JP2016512602A5 - - Google Patents
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Description
ペプチドが1μg/μL酵母トリプシン消化の複合のバックグラウンドにスパイクされた場合、形式2混合物中のすべてのペプチドの検出が可能であった(図18を参照されたい)。酵母バックグラウンド中のペプチドセットの定量分析の上限は、検出が200amolを下回るまでに及ぶことは不可能であろうことを明らかにしたが(図19を参照されたい)、スパイクした試料の希釈がそのような検出を容易にするであろうことを示した。開始濃度が200fmolである場合、検出限界は、2.4fmolに至る(図19を参照されたい)。開始濃度が20fmolである場合、検出限界は、250amolに至る(図20を参照されたい)。開始濃度が2fmolである場合、検出限界は、20amolに至る(図21を参照されたい)。このようにして、絶対的な機器感度(及び場合によっては、LOD及びLOQ)を決定するための方法が確立された。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔1〕2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物。
〔2〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔3〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在する、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔4〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも10nMの低さから少なくとも1μMの高さの範囲の濃度で存在する、前記〔3〕に記載のペプチド混合物。
〔5〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、1nM(1マイクロリットル当たりのフェムトモル)〜10μMの範囲の濃度で存在する、前記〔4〕に記載のペプチド混合物。
〔6〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔7〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔8〕3〜20の別個の配列のペプチドを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔9〕5〜10の別個の配列のペプチドを含む、前記〔8〕に記載のペプチド混合物。
〔10〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔11〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、安定重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせの結果である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔12〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、前記〔11〕に記載のペプチド混合物。
〔13〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの3〜20の別個の質量のバージョンを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔14〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの5〜10の別個の質量のバージョンを含む、前記〔13〕に記載のペプチド混合物。
〔15〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔16〕前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドである、前記〔15〕に記載の方法。
〔17〕前記ペプチド混合物が、1以上の不純物の存在下でペプチドを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔18〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔15〕に記載の方法。
〔19〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔18〕に記載の方法。
〔20〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔21〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔22〕前記〔15〕に記載の方法、LC及びMSの機能性の前記感度。
〔23〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔15〕に記載の方法。
〔24〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔23〕に記載の方法。
〔25〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔26〕前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、LCによって分離可能である、前記〔25〕に記載の方法。
〔27〕前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、MSによって分離可能である、前記〔26〕に記載の方法。
〔28〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔25〕に記載の方法。
〔29〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔25〕に記載の方法。
〔30〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔31〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔32〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔25〕に記載の方法。
〔33〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔32〕に記載の方法。
〔34〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ソフトウェアを使用して、ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔35〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔34〕に記載の方法。
〔36〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔35〕に記載の方法。
〔37〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔38〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔39〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔34〕に記載の方法。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔1〕2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物。
〔2〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔3〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在する、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔4〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも10nMの低さから少なくとも1μMの高さの範囲の濃度で存在する、前記〔3〕に記載のペプチド混合物。
〔5〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、1nM(1マイクロリットル当たりのフェムトモル)〜10μMの範囲の濃度で存在する、前記〔4〕に記載のペプチド混合物。
〔6〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔7〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔8〕3〜20の別個の配列のペプチドを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔9〕5〜10の別個の配列のペプチドを含む、前記〔8〕に記載のペプチド混合物。
〔10〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔11〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、安定重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせの結果である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔12〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、前記〔11〕に記載のペプチド混合物。
〔13〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの3〜20の別個の質量のバージョンを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔14〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの5〜10の別個の質量のバージョンを含む、前記〔13〕に記載のペプチド混合物。
〔15〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔16〕前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドである、前記〔15〕に記載の方法。
〔17〕前記ペプチド混合物が、1以上の不純物の存在下でペプチドを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔18〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔15〕に記載の方法。
〔19〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔18〕に記載の方法。
〔20〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔21〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔22〕前記〔15〕に記載の方法、LC及びMSの機能性の前記感度。
〔23〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔15〕に記載の方法。
〔24〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔23〕に記載の方法。
〔25〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔26〕前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、LCによって分離可能である、前記〔25〕に記載の方法。
〔27〕前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、MSによって分離可能である、前記〔26〕に記載の方法。
〔28〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔25〕に記載の方法。
〔29〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔25〕に記載の方法。
〔30〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔31〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔32〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔25〕に記載の方法。
〔33〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔32〕に記載の方法。
〔34〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ソフトウェアを使用して、ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔35〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔34〕に記載の方法。
〔36〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔35〕に記載の方法。
〔37〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔38〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔39〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔34〕に記載の方法。
Claims (17)
- 2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物であって、それらの量が、正確に知られており、前記2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの1以上の前記別個の質量のバージョンが、天然の存在度レベルを超える量の1以上の重同位体を有する1以上のアミノ酸を含むことを特徴とするペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在し、前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも10nMの低さから少なくとも1μMの高さの範囲の濃度で存在する、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 3〜20の別個の配列のペプチドを含む、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 前記別個の配列のペプチドのそれぞれの3〜20の別個の質量のバージョンを含む、請求項1に記載のペプチド混合物。
- 液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入する工程であって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む工程と、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析する工程と、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析する工程と、及び
(d)工程(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価する工程と、を含む、前記方法。 - 前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドからなる、請求項10に記載の方法。
- 前記ペプチド混合物が、1以上の不純物の存在下でペプチドを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含み、別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在するペプチド混合物である、請求項10に記載の方法。
- 前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記1以上のペプチド配列の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、請求項10及び13〜15のいずれか1項に記載の方法。
- 工程(b)がLCによって前記ペプチド混合物を分析する場合に、前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、LCによって分離可能であり、前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、MSによって分離可能である、請求項10に記載の方法。
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