JP6202001B2 - メタクリリル−CoAの製造法 - Google Patents

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Description

本発明は、酵素触媒を用いたメタクリリル−CoAの製造方法に関する。
メタクリル酸エステルは主にアクリル樹脂の原料として使われている。また、その他、塗料、接着剤、樹脂改質剤などの分野のコモノマーとしても多くの需要がある。工業的な製法としてはいくつかの方法があり、例えば、アセトンおよびシアン化水素を原料とするACH(アセトンシアノヒドリン)法、イソブチレン、t−ブチルアルコールを原料とする直酸法が知られている。これら化学的な製造方法は、化石原料に依存しており、また多くのエネルギーを必要とする。
近年では、地球温暖化防止及び環境保護の観点から、従来の化石原料の代替となる炭素源として、バイオマスから種々の化学製品を製造する技術が注目されている。メタクリル酸及びメタクリル酸エステルもバイオマス原料からの製造が期待されている。
例えば、天然に存在する微生物を利用し、糖などの天然物からメタクリル酸の前駆体となる2−ヒドロキシイソ酪酸及び3−ヒドロキシイソ酪酸を生産する方法が提案されている(特許文献1、2及び非特許文献1参照)。また、酵素遺伝子を導入した、天然に存在しない組換え微生物を用いてグルコースからメタクリル酸を生成する方法が提案されているが、これらは既知の酵素反応及びそれから類推される仮想の酵素反応を組み合わせたものであり、実証されたものではない(特許文献3〜5参照)。これらの公報には、3−ヒドロキシイソ酪酸あるいは3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの酵素的な脱水反応について、類似反応を触媒する酵素の利用が可能な旨の記載がある。確かに、アセトン/ブタノール発酵経路にあるエノイル−CoAヒドラターゼは脱水反応を触媒することから、これらの酵素が前記化合物を基質とするのであれば、利用可能と考えられる。一方、脂肪酸のβ−酸化あるいは分岐鎖アミノ酸の分解経路のエノイルCoAヒドラターゼは水和反応を触媒する酵素であり、脱水反応を触媒するものではない。
非特許文献2には、ポリ−3−ヒドロキシブチレート生産菌より精製されたエノイル−CoAヒドラターゼが、3−ヒドロキシブチリル−CoAの脱水反応とその逆反応(水和反応)の活性を有していることが示されているが、他のエノイル−CoAヒドラターゼが両方向の反応を行うかどうかは不明である。さらに、これら先行技術においては、実際に3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを原料として、メタクリリル−CoAを合成可能かどうかは報告されていない。酵素の多様性、基質特異性を考慮すると、類似反応を触媒する酵素で本来の基質と構造が異なるメタクリリル−CoAの製造が可能であるかは不明であった。
一方、メタクリリル−CoAはバリン分解経路中の中間体として知られている。また、細胞毒性を有すると言われており、生体内では、エノイルCoAヒドラターゼの作用により、メタクリリル−CoAは速やかに水和され、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを経て、3−ヒドロキシイソ酪酸へと代謝されると推定されている。
非特許文献3には、メタクリリル−CoAから3−ヒドロキシイソブチリル−CoAへのクロトナーゼによる水和反応の例が示されている。本反応は他の反応(アクリリル−CoA→ヒドロキシプロピオニル−CoA)に比べ、反応が低転化率で平衡に達している旨の記載があるが、本反応は原料をメタクリリル−CoAを用いた水和反応の場合であり、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを原料として実際に脱水反応が進行するかどうかは全く不明であった。さらに、非特許文献4にはメタクリリル−CoAが自発的に水和されることが記載されている。メタクリリル−CoA自身が自発的に水和されるような水中の環境下で、実際に3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの脱水反応が進行し、本発明の目的物であるメタクリリル−CoAの製造が可能かどうかは全く不明であった。
国際公開第2007/110394号 国際公開第2008/145737号 国際公開第2009/135074号 国際公開第2011/031897号 国際公開第2012/135789号
Green Chemistry, 2012, 14, 1942−1948 Biochemistry,1969,8,2748−2755 Journal of Biological Chemistry,1994,269,14248−14253 Journal of Biological Chemistry,1957, 224, 1−11
本発明は、酵素触媒によるメタクリリル−CoAの製造方法を提供することを目的とする。
3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからデヒドラターゼ活性を有する酵素の作用により、メタクリリル−CoAを合成しうること見出し、本発明を完成するに至った。すなわち、本発明は以下の通りである。
(1)デヒドラターゼの存在下、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換するメタクリリル−CoAの製造法。
(2)3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAへの変換率が50%以上であるデヒドラターゼを用いる、(1)の製造法。
(3)pH4〜10の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、(1)又は(2)の製造法。
(4)温度5〜80℃の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、(1)から(3)のいずれかの製造法。
(5)時間1分〜1週間の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、(1)から(4)のいずれかの製造法。
(6)3−ヒドロキシイソブチリル−CoAが、1mM以上の浸透圧調整剤を含む水性媒体で調製されたものである、(1)から(5)のいずれかの製造法。
(7)デヒドラターゼをコードする遺伝子を発現する形質転換体の存在下で、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換する、(1)から(6)のいずれかの製造法。
(8)デヒドラターゼをコードする遺伝子が微生物由来の遺伝子である、(7)の製造法。
(9)微生物が、シュードモナス属又はロドコッカス属に属する微生物である(8)の製造法。
(10)デヒドラターゼが下記(a)〜(f)からなる群より選択される(7)の製造法。
(a)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質。
(b)配列番号1または3で示すアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、付加及び/又は挿入したアミノ酸配列からなり、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(c)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質と90%以上の同一性を示し、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(d)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAでコードされるタンパク質。
(e)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(f)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAと90%以上の同一性を示すDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(11)微生物由来のデヒドラターゼをコードする遺伝子を発現する形質転換体の存在下、1mM以上の浸透圧調整剤を含む水性媒体で調製された3−ヒドロキシイソブチリル−CoA水溶液を、pH4〜10、温度5〜80℃、時間1分〜1週間の反応条件で反応させることにより、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換率50%以上で変換するメタクリリル−CoAの製造法。
本発明により、酵素触媒によるメタクリリル−CoAの製造が可能となり、本発明の製造法と生体内代謝等を組み合わせることにより、メタクリル酸およびそのエステルの発酵生産も達成できる。その結果、従来の化学製造プロセスと比較して、エネルギー、資源、環境への負荷を格段に低減でき、かつ効率的にメタクリル酸エステルを製造することが可能になる。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明において、メタクリリル−CoAとは、以下の式(1)で示される化合物であり、生体内ではバリンの代謝中間体として知られている。
Figure 0006202001
本発明におけるメタクリリル−CoAの製造の原料となる3−ヒドロキシイソブチリル−CoAは以下の式(2)で示される化合物であり、生体内ではバリンの代謝中間体として知られている。
Figure 0006202001
本発明で使用する3−ヒドロキシイソブチリル−CoAは公知又は新規な方法で製造したものを使用することができる。その合成方法としては有機化学的に合成する方法(Angew. Chem. 1953,65, 186−187)あるいは酵素反応を用いた合成方法が知られている。さらに、バイオマス等から代謝工学(発酵)的に合成されたものを用いることができる。
本発明において、デヒドラターゼ(dehydratase)活性とは、基質分子から水分子を除去する反応を触媒する活性を表し、特に3−ヒドロキシイソブチリル−CoAから水分子を除去してメタクリリル−CoAを生成する反応を触媒する活性を意味する。デヒドラターゼ活性を有する具体的な酵素として、エノイルCoAヒドラターゼ(EC4.2.1.17)、クロトナーゼ(crotonase)などに分類される酵素が挙げられる。これらの酵素は一般に、脂肪酸のβ−酸化、アセトン/ブタノール発酵、および分岐鎖アミノ酸の代謝に関与している。
本発明において使用するデヒドラターゼ活性を有する酵素(以下、単に「デヒドラターゼ」と表記する場合がある。)とは、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAへ変換する能力を有する触媒であれば、特に限定されず、その種類及び起源を問わない。好ましくは、生体由来の触媒であり、さらに好ましくは、脂肪酸のβ−酸化、アセトン/ブタノール発酵、および分岐鎖アミノ酸の分解能を有する微生物由来のデヒドラターゼである。
これら生物からの本発明に有効なデヒドラターゼの選択はこれら生物の全ゲノム配列を利用することができる。全ゲノム配列から本発明者らが明らかにしたデヒドラターゼ活性を有するタンパク質をコードする遺伝子配列情報あるいは一般的なエノイルCoAヒドラターゼまたはクロトナーゼのタンパク質をコードする遺伝子配列情報から相同性検索を用いて配列の相同性の高い遺伝子配列を探し、以下に示す方法により、本発明に適した酵素を選択することが可能である。前記生物で全ゲノム配列の不明なものについては、全ゲノム配列決定後、同様に実施することができる。なお、次世代シーケンサーの普及により、同業者であれば、全ゲノム配列は容易に解析可能である。
本発明に用いられるデヒドラターゼの選択は、前記生物等のデヒドラターゼ活性を有すると推定される酵素遺伝子を単離、あるいは公知の方法で全合成し、一般的な宿主ベクター系に導入し、該ベクター系で形質転換した微生物によって候補タンパクを発現させ、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを含む溶液に添加し、例えば、30℃で反応させ、液体クロマトグラフィーによりメタクリリル−CoAの生成の有無を確認することにで、合成活性を確認可能である。
本発明において、好ましい酵素の由来としては、シュードモナス(Pseudomonas)属またはロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物由来のものが挙げられる。
具体的にはシュードモナス(Pseudomonas)属に分類される微生物として、例えば、シュードモナス エルギノーサ(Pseudomonas aeruginosa)、シュードモナス アガリシ(Pseudomonas agarici)、シュードモナス アルカリゲネス(Pseudomonas alcaligenes)、シュードモナス アミグダレ(Pseudomonas amygdale)、シュードモナス アングイリセプチカ(Pseudomonas anguiliseptica)、シュードモナス アンチミクロビカ(Pseudomonas antimicrobica)、シュードモナス アスプレニ(Pseudomonas aspleni)、シュードモナス オーランチアカ(Pseudomonas aurantiaca)、シュードモナス オーレオファシエンス(Pseudomonas aureofaciens)、シュードモナス アベラナエ(Pseudomonas avellanae)、シュードモナス アゾトフォルマンス(Pseudomonas azotoformans)、シュードモナス バレアリカ(Pseudomonas balearica)、シュードモナス ベイジェリンスキイ(Pseudomonas beijerinsckii)、シュードモナス ベテリ(Pseudomonas beteli)、シュードモナス ボレオポリス(Pseudomonas boreopolis)、シュードモナス カルボキシヒドロゲナ(Pseudomonas carboxyhydrogena)、シュードモナス カリカパパヤエ(Pseudomonas caricapapayae)、シュードモナス シコリイ(Pseudomonas cichorii)、シュードモナス シッシコラ(Pseudomonas cissicola)、シュードモナス シトロネロリス(Pseudomonas citronellolis)、シュードモナス コロナファシエンス(Pseudomonas coronafaciens)、シュードモナス コルガテ(Pseudomonas corrugate)、シュードモナス ドゥードロフィイ(Pseudomonas doudoroffii)、シュードモナス エキノイズス(Pseudomonas echinoids)、シュードモナス エロンガテ(Pseudomonas elongate)、シュードモナス フィクセレクタエ(Pseudomonas ficuserectae)、シュードモナス フラベッセンス(Pseudomonas flavescens)、シュードモナス フレクテンス(Pseudomonas flectens)、シュードモナス フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス フラギ(Pseudomonas fragi)、シュードモナス フルバ(Pseudomonas fulva)、シュードモナス フスコバギナエ(Pseudomonas fuscovaginae)、シュードモナス ゲリディコラ(Pseudomonas gelidicola)、シュードモナス ゲニクラタ(Pseudomonas geniculata)、シュードモナス グラテイ(Pseudomonas glathei)、シュードモナス ハロフィラ(Pseudomonas halophila)、シュードモナス ヒビシコラ(Pseudomonas hibiscicola)、シュードモナス フッチエンシス(Pseudomonas huttiensis)、シュードモナス イネルス(Pseudomonas iners)、シュードモナス ランセロタ(Pseudomonas lancelota)、シュードモナス レモイグネイ(Pseudomonas lemoignei)、シュードモナス ルンデンシス(Pseudomonas lundensis)、シュードモナス ルテオラ(Pseudomonas luteola) 、シュードモナス マルギナリス(Pseudomonas marginalis)、シュードモナス メリアエ(Pseudomonas meliae)、シュードモナス メンドシナ(Pseudomonas mendocina)、シュードモナス ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス モンテイリ(Pseudomonas monteilli)、シュードモナス ナウチカ(Pseudomonas nautica)、シュードモナス ニトロレデュセンス(Pseudomonas nitroreducens)、シュードモナス オレオボランス(Pseudomonas oleovorans)、シュードモナス オリジハビタンス(Pseudomonas oryzihabitans)、シュードモナス パーツシノゲナ(Pseudomonas pertucinogena)、シュードモナス フェナジニウム(Pseudomonas phenazinium)、シュードモナス ピクトルム(Pseudomonas pictorum)、シュードモナス シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス プチダ(Pseudomonas putida)、シュードモナス ピロシニア(Pseudomonas pyrrocinia)、シュードモナス レシノボランス(Pseudomonas resinovorans)、シュードモナス ローデシアエ(Pseudomonas rhodesiae)、シュードモナス サッカロフィラ(Pseudomonas saccharophila)、シュードモナス サバスタノイ(Pseudomonas savastanoi)、シュードモナス スピノサ(Pseudomonas spinosa)、シュードモナス スタニエリ(Pseudomonas stanieri)、シュードモナス ストラミナエ(Pseudomonas straminae)、シュードモナス スツッツェリ(Pseudomonas stutzeri)、シュードモナス シンキサンタ(Pseudomonas synxantha)、シュードモナス シリンガエ(Pseudomonas syringae)、シュードモナス シジギイ(Pseudomonas syzygii)、シュードモナス タエロレンス(Pseudomonas taetrolens)、シュードモナス トラアシイ(Pseudomonas tolaasii)、シュードモナス ベロニイ(Pseudomonas veronii)、シュードモナス ビリディフラバ(Pseudomonas viridiflava)、シュードモナス ブルガリス(Pseudomonas vulgaris)、シュードモナス ウィスコンシエンシス(Pseudomonas wisconsinensis)等が挙げられる。
ロドコッカス(Rhodococcus)属に分類される微生物としては、例えば、ロドコッカス ロドクロウス(Rhodococcus rhodocrous)、ロドコッカス エリスロポリス(Rhodococcus erythropolis)、ロドコッカス エクイ(Rhodococcus equi)、ロドコッカス オパカス(Rhodococcus opacus)、ロドコッカス ジョスティイ(Rhodococcus jostii)、 ロドコッカス ピリジノボランス(Rhodococcuspyridinovorans)、ロドコッカス ロドニ(Rhodococcus rhodnii)、 ロドコッカス コラリヌス(Rhodococcus corallinus)、ロドコッカス ルブロペルチンクタス(Rhodococcus rubropertinctus)、ロドコッカス コプロフィラス(Rhodococcus coprophilus)、ロドコッカス グロベルルス(Rhodococcus globerulus)、ロドコッカス クロロフェノリカス(Rhodococcus chlorophenolicus)、ロドコッカス ルテウス(Rhodococcus luteus)、ロドコッカス アイシェンシス(Rhodococcus aichiensis)、ロドコッカス チュブエンシス(Rhodococcus chubuensis)、ロドコッカス マリス(Rhodococcus maris)、ロドコッカス ファシエンス(Rhodococcus fascines)等が挙げられる。
これらの微生物を由来とするデヒドラターゼが好ましく、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAへ変換率が50%以上である酵素が特に好ましい。変換率は、より好ましくは55%以上であり、さらに好ましくは60%以上である。
ここで、変換率が50%以上とは、原料3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの半量以上がメタクリリル−CoAへ変換したことを意味し、反応終了時のメタクリリル−CoAの生成量が、原料の3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの残存量を超えた状態にあることを意味する。
本発明おける変換率は、以下の式で求められる。
[メタクリリル−CoA生成量]/[3−ヒドロキシイソブチリル−CoA残存量+メタクリリル−CoA生成量]×100
本発明において、特に有用なデヒドラターゼは以下の(a)〜(f)からなる群より選択されるいずれかのタンパク質である。
(a)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質。
(b)配列番号1または3で示すアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、付加及び/又は挿入したアミノ酸配列からなり、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(c)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質と90%以上の同一性を示し、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(d)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAでコードされるタンパク質。
(e)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
(f)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAと90%以上の同一性を示すDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
本発明において、デヒドラターゼは配列番号1または3に示されるアミノ酸配列を有する。
本発明において、デヒドラターゼは、上記配列を有するものに限定されるものではなく、配列番号1または3記載のアミノ酸配列と約50%以上、好ましくは約60%以上、より好ましくは約70%以上、さらに好ましくは約80%以上、特に好ましくは約90%以上、さらに特に好ましくは約95%以上、最も好ましくは約98%以上の相同性あるいは同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質も本発明のデヒドラターゼに含まれる。
上記の相同性の数値は、配列解析ソフトウェアであるDNASIS(日立ソフトウェアエンジニアリング)を用いて、例えば、マキシマムマッチング法のコマンドを実行することにより求められる。その際のパラメータは、デフォルトの設定(初期設定)とする。また、本発明においてデヒドラターゼには、配列番号1または3記載のアミノ酸配列において、1個または数個のアミノ酸が欠失、置換、付加及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質も含まれる。
(i)配列番号1または3記載のアミノ酸配列において、1〜20個(例えば1〜10個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは1〜2個)のアミノ酸が欠失したアミノ酸配列、(ii)配列番号1または3記載のアミノ酸配列の1〜20個(例えば1〜10個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは1〜2個)のアミノ酸が他のアミノ酸に置換されたアミノ酸配列、(iii)配列番号1または3記載のアミノ酸配列に1〜20個(例えば1〜10個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは1〜2個)のアミノ酸が付加したアミノ酸配列、(iv)配列番号1または3記載のアミノ酸配列に1〜20個(例えば1〜10個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは1〜2個)のアミノ酸が挿入されたアミノ酸配列、(v)上記(i)〜(iv)を組み合わせたアミノ酸配列が挙げられる。
アミノ酸配列の1個または数個のアミノ酸が置換する場合は、類似するアミノ酸残基間の保存的置換が好ましい。例えばアミノ酸は、その側鎖の性質に基づいて、疎水性アミノ酸(A,I,L,M,F,P,W,Y,V)、親水性アミノ酸(R,D,N,C,E,Q,G,H,K,S,T)、脂肪族側鎖を有するアミノ酸(G,A,V,L,I,P)、水酸基含有側鎖を有するアミノ酸(S,T,Y)、硫黄原子含有側鎖を有するアミノ酸(C,M)、カルボン酸及びアミド含有側鎖を有するアミノ酸(D,N,E,Q)、塩基含有側鎖を有するアミノ酸(R,K,H)、芳香族含有側鎖を有するアミノ酸(H,F,Y,W)に分類される。各群に分類されたアミノ酸は、相互に置換したときに、当該ポリペプチドの活性が維持される可能性が高いことが知られており、そのようなアミノ酸相互の置換が好ましい。例えば、グリシンとプロリン、グリシンとアラニンまたはバリン、ロイシンとイソロイシン、グルタミン酸とグルタミン、アスパラギン酸とアスパラギン、システインとスレオニン、スレオニンとセリン又はアラニン、リジンとアルギニン間での置換を挙げることができる。
本発明において、デヒドラターゼをコードする遺伝子は、例えば配列番号2または4に記載の塩基配列からなるDNAを含む。
本発明において、デヒドラターゼをコードする遺伝子は、上記配列に限定されるものではなく、配列番号2または4記載の塩基配列と約50%以上、好ましくは約60%以上、より好ましくは約70%以上、さらに好ましくは約80%以上、特に好ましくは約90%以上、さらに特に好ましくは約95%以上、最も好ましくは約98%以上の相同性(同一性)を有する塩基配列を有するDNAも、それがデヒドラターゼ活性を有するタンパク質をコードする限り、デヒドラターゼをコードする遺伝子に含まれる。
また、前述したアミノ酸配列の欠失、置換、付加及び/又は挿入に対応して、配列番号2または4記載の塩基配列において、数個の塩基に欠失、置換、付加及び/又は挿入等の変異が生じた塩基配列も、それが本発明においてデヒドラターゼ活性を有するタンパク質をコードする限り、デヒドラターゼをコードする遺伝子に含まれる。なお、欠失、置換、付加及び/又は挿入される塩基の個数は、30個以下、好ましくは15個以下、特に好ましくは6個以下である。
さらに、配列番号2または4に記載の塩基配列からなるDNAと相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAも、これがデヒドラターゼ活性を有するタンパク質をコードする限り、デヒドラターゼをコードする遺伝子に含まれる。
本明細書において、ストリンジェントな条件は、ハイブリダイゼーション後の洗浄条件として、例えば、「2×SSC、0.1%SDS、42℃」、「1×SSC、0.1%SDS、37℃」、よりストリンジェントな条件としては、例えば、「1×SSC、0.1%SDS、65℃」、「0.5×SSC、0.1%SDS、50℃」等の条件を挙げることができる。
ハイブリダイゼーションは、公知の方法によって行うことができる。ハイブリダイゼーションの方法は、例えば、「Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2nd ed.」(ColdSpring Harbor Laboratory Press(1989))、「Current Protocols in Molecular Biology」(John Wiley & Sons(1987−1997))等を参照することができる。
上述した本発明におけるデヒドラターゼをコードする遺伝子は、宿主に導入して形質転換体を作成することができる。例えば、前記遺伝子を、宿主内で機能的である発現調節配列に作動可能に連結された状態で含む、1つまたは複数の発現ベクターを構築することで可能となる。本発明において使用可能な発現ベクターには、プラスミドベクター、ファージ(ウィルス)ベクター、コスミドベクターおよび人工染色体ベクターなどが含まれ、さらに、発現ベクターは、1つまたは複数の選択可能なマーカー遺伝子および適当な発現調節配列を含むことができる。多くの宿主・ベクター系が知られているが、必要に応じて、同様の手法にて開発することができる。
例えば、Pseudomonas aeruginosa PA01のゲノム配列からデヒドラターゼをコードする遺伝子を増幅するためのPrimerを設計し、ゲノムDNAを鋳型としてPCR反応により前記遺伝子を増幅し、これを大腸菌用の発現ベクターに組込むことにより、デヒドラターゼを発現するためのベクターを構築することができる。前記ベクターを含む発現プラスミドを作成し、これを大腸菌等の宿主に導入して組換え体(形質転換体)を作製することができる。前記組換え体を培養して得られた細胞抽出液を用いて、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAを生成させることができる。
デヒドラターゼを発現させるための宿主としては、細菌では大腸菌、Rhodococcus属、Pseudomonas属、Corynebacterium属、Bacillus属、Streptococcus属、Streptomyces属などが挙げられ、酵母ではSaccharomyces属、Candida属、Shizosaccharomyces属、Pichia属、糸状菌ではAspergillus属などが挙げられる。これらの中で、特に大腸菌を用いることが簡便であり、効率もよく好ましい。
デヒドラターゼをコードする遺伝子が導入された形質転換体を用いてメタクリリル−CoAを製造することができる。具体的には、デヒドラターゼをコードする遺伝子を宿主に導入して形質転換体を作製し、デヒドラターゼを発現させる。
メタクリリル−CoA合成反応には3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを基質にデヒドラターゼが作用する条件下で接触させることにより、メタクリリル−CoAを得ることができる。例えば、組換え微生物を培養して得られる培養液をそのまま用いるか、又は、該培養液から遠心分離等の集菌操作によって得られる菌体又はその処理物等を用いることができる。菌体処理物としては、アセトン、トルエン等で処理した菌体、凍結乾燥菌体、菌体破砕物、菌体を破砕した無細胞抽出物、これらから酵素を抽出した粗酵素又は精製酵素等が挙げられる。好ましくは、形質転換体を培養して菌体からタンパク質を破砕、抽出、遠心分離等の方法により採取する。
また、メタクリリル−CoA合成反応は、上記の通り、デヒドラターゼをコードする遺伝子が導入された形質転換体を用いて、該形質転換体の存在下で、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換することもできる。デヒドラターゼをコードする遺伝子に加え、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを合成しうる酵素遺伝子群が同時に導入された形質転換体を作成し、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの前駆体を原料にメタクリリル−CoAを製造してもよい。そうすることで、前述のようにバイオマス等から代謝工学(発酵)的にメタクリリル−CoAを効率よく製造することができる。
メタクリリル−CoAの製造は、以下の方法で行うことができる。3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの水溶液に又は懸濁液に、デヒドラターゼを接触させ、温度等の条件を制御しながら反応させる。反応により、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAが脱水されて、メタクリリル−CoAが生成する。
3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを含む水溶液は、通常、緩衝液等の水性媒体で調製する。ここで、反応を円滑に進行させるために、浸透圧調整剤等によりモル浸透圧濃度および/またはイオン強度を制御することが可能である。浸透圧調整剤(pH緩衝液としても使用されることがある)としては、細胞内部等の溶液の浸透圧に対して等張または高張になるように調節する目的で加えられる水溶性物質であればよく、例えば、有機および無機の塩又は糖類であり、好ましくは塩である。塩は、好ましくは金属塩あるいは無機酸塩であり、より好ましくはアルカリ金属塩あるいは塩酸塩であり、例えば、リン酸とのアルカリ金属塩、アミノ酸あるいはトリスヒドロキシメチルアミノメタンのようにアミノ基と塩酸との塩、塩化ナトリウムおよび塩化カリウムが挙げられる。糖類は、好ましくは単糖類又はオリゴ糖類、より好ましくは単糖類又は二糖類であり、例えば、グルコース、スクロース、マンニトール等が挙げられる。浸透圧調整剤は1mM以上の濃度で添加することが好ましく、使用する生体細胞内の溶液と比して等張または高張になるように調節ことが特に好ましい。3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを含む水溶液中の浸透圧調整剤の濃度は、好ましくは1mM以上、より好ましくは50mM以上である。
反応液中の3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの濃度は任意であり、特に制限はない。また、デヒドラターゼ活性を有する酵素の使用量または反応条件は、用いる原料に応じて適宜決定される。通常、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの濃度は0.00001〜10重量%の範囲に設定する。好ましくは、0.0001〜1重量%の範囲である。
その他の反応温度又は反応時間等の各種条件は使用する原料、生体触媒の活性等により、適宜決定されるもので、特に制限はないが、通常5〜80℃で、1分〜1週間反応させればよい。好ましくは、10〜70℃で、1分〜120時間であり、10分以上がより好ましい。このような条件で反応が終了する条件を選択することが好ましい。反応液のpHについても反応が効率良く進行すれば特に限定されないが、例えば、pH4〜10の範囲、好ましくはpH5.5〜8.5である。
本発明において、デヒドラターゼは、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAの変換率が50%以上であることが好ましい。変換率は、より好ましくは55%以上であり、さらに好ましくは60%以上である。反応条件は、デヒドラターゼの諸性質に適した範囲になるよう適宜調整して実施することが好ましい。
また、効率的に反応を進行させる目的で、あらかじめ、有機溶剤を添加した系で反応させることも可能である。有機溶媒としては、例えば直鎖状、分岐状又は環状の、飽和又は不飽和脂肪族炭化水素、飽和又は不飽和芳香族炭化水素等を単独で又は2種以上を混合して用いることができる。具体的には、例えば、炭化水素系溶媒(例えばペンタン、ヘキサン、シクロヘキサン、ベンゼン、トルエン、キシレンなど)、ハロゲン化炭化水素系溶媒(例えば塩化メチレン、クロロホルムなど)、エーテル系溶媒(例えばジエチルエーテル、ジプロピルエーテル、ジイソプロピルエーテル、ジブチルエーテル、t−ブチルメチルエーテル、ジメトキシエタンなど)、エステル系溶媒(例えばギ酸メチル、酢酸メチル、酢酸エチル、酢酸ブチル、プロピオン酸メチル)などが挙げられる。
本発明の方法によって生成されたメタクリリル−CoAは、必要に応じて、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)などによって、測定又は定量分析することができる。反応液からのメタクリリル−CoAの単離する場合は、カラム分離等の公知の単離法のより行うことができる。
さらに、得られたメタクリリル−CoAはチオエステル結合を化学的あるいは酵素的に切断することで、メタクリル酸へ、あるいは、同じく、アルコールと反応させ、メタクリル酸エステルへ変換すること可能である。すなわち、本発明の方法は、メタクリリル−CoAからメタクリル酸あるいはメタクリル酸エステルを製造する工程を更に含むことができる。
デヒドラターゼをコードする遺伝子に加えて、バイオマス等から3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを合成しうる酵素遺伝子群およびチオエステル結合に作用する酵素遺伝子を全て導入された形質転換体を作製することで、バイオマス等から代謝工学(発酵)的にメタクリル酸あるいはメタクリル酸エステルの直接合成が可能となる。
このようにして得られたメタクリル酸あるいはメタクリル酸エステルはエネルギー、資源、環境に対する負荷を格段に低減することができ、石油製品を出発原料とした従来の化学製造品と比較して環境低負荷材料として非常に大きな社会的価値を有するものである。
以下、本発明を実施例により具体的に説明するが、本発明の範囲はこれらの実施例の範囲に限定されるものではない。
Rhodococcus erythropolis PR4 (NBRC100887)由来デヒドラターゼ遺伝子が導入された大腸菌組換え体の作製
<RhodococcusからのゲノムDNAの調製>
LB寒天培地培地(1%バクトトリプトン、0.5%バクトイーストエキス、0.5%NaCl、1.5%寒天)上で生育させたRhodococcus erythropolis PR4 (NBRC100887)株を10mlのLB液体培地(1%バクトトリプトン、0.5%バクトイ−ストエキス、0.5%NaCl)に植菌し、30℃にて36時間振盪培養を行った。培養終了後、2mlの培養液より菌体を遠心により回収し、Wizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ株式会社)を用いてゲノムDNA100μlを取得した。
<デヒドラターゼ発現用プラスミドの作製>
得られたゲノムDNAを鋳型にして、デヒドラターゼをコ−ドすることが推定された遺伝子を含むDNA断片を、発現ベクターに容易に導入可能な制限酵素認識部位が付加された形となるようPCR法により調製した。
オリゴヌクレオチドプライマー:
MMA−031: 5’−GGTCATGACCGACTTCAACACCATCATCCTC −3’(配列番号5)
MMA−032: 5’−GGCCTGCAGGTTCAGCTGTTCGAAAGTTCAGCGC −3’(配列番号6)
反応液組成:
滅菌水 22 μl
2×PrimeSTAR(タカラバイオ社製) 25 μl
MMA−031(配列番号5) 1 μl
MMA−032(配列番号6) 1 μl
ゲノムDNA 1 μl
総量 50 μl
温度サイクル:
98℃ 10秒、55℃ 15秒及び72℃ 150秒の反応を30サイクル
得られた約0.8kbの増幅産物のバンドをQIAquick Gel Extraction Kit(QIAGEN)で精製した。精製したDNAを制限酵素BspHI(オリゴヌクレオチドMMA−031中に切断認識部位が含まれる)およびSse8387I(オリゴヌクレオチドMMA−032中に切断認識部位が含まれる)で切断した。アガロースゲル電気泳動により分離を行い、ゲルから目的のバンドをGel/PCR Purification Kit(FAVORGEN社製)を用いて精製し、30μLの滅菌水に溶出した。精製したDNA断片(5μL)、NcoIおよびSse8387Iで予め消化しておいたベクターpTrc99A(1μL)、蒸留水(4μL)およびsolution I(DNA Ligation Kit ver.2(タカラバイオ(株)))(10μL)を混合し12時間、16℃でインキュベ−トして、PCR増幅産物とベクターをライゲーションした。
大腸菌JM109株をLB培地1mLに接種し37℃、5時間好気的に前培養し、この培養物0.4mLをSOB培地40mL(2%バクトトリプトン、0.5%バクトイ−ストエキス、10mMNaCl、2.5mMKCl、1mMMgSO、1mMMgCl)に加え、18℃で20時間培養した。この培養物を遠心分離により集菌した後、冷TF溶液(20mM PIPES−KOH(pH6.0)、200mM KCl、10mM CaCl2、40mM MnCl2)を13mL加え、0℃で10分間放置した。その後、再度遠心し、上澄を除いた後、沈殿した大腸菌を冷TF溶液3.2mLに懸濁し、0.22mLのジメチルスルフォキシドを加え0℃で10分間放置した。
こうして作製したコンピテントセル200μLに上記のライゲーション溶液を10μL加え、0℃で30分放置後、42℃で30秒間ヒ−トショックを与え、0℃で2分間冷却後、SOC培地(20mMグルコ−ス、2%バクトトリプトン、0.5%バクトイ−ストエキス、10mM NaCl、2.5mM KCl、1mM MgSO、1mM MgCl)1mLを添加して37℃にて1時間振盪培養した。
培養後、100μLずつLBAmp寒天培地(アンピシリン100mg/L、1.5%寒天を含有するLB培地)に塗布し、さらに37℃で培養した。寒天培地上に生育した形質転換体コロニ−複数個を1.5mLのLBAmp培地(アンピシリン100mg/Lを含有するLB培地)にて37℃で一晩培養し、集菌後QIAprep Spin Miniprep kit(QIAGEN社)を用いてプラスミドDNAを調製した。
得られた組換えプラスミドDNAについて、その塩基配列をCEQ DTCS Quick Start Kitおよび蛍光シ−ケンサCEQ 2000XL DNA Analysis(いずれもBECKMAN COULTER、米国)を用いて確認し、プラスミドpMMA011と命名した。プラスミドpMMA011を用いて大腸菌JM109株を形質転換し、デヒドラターゼ発現組換え体を作製した。
Rhodococcus erythropolis PR4 (NBRC100887)由来デヒドラターゼをコードする遺伝子発現大腸菌組換え体細胞抽出液を用いた、3−ヒドロキシイソ酪酸−CoAからメタクリリル−CoAの合成
1)デヒドラターゼ活性を有する細胞破砕液の調製
実施例1で得られたデヒドラターゼをコードする遺伝子が導入された大腸菌組換え体JM109/pMMA011を2mlのLBAmp培地に植菌し、37℃にて24時間前培養を行った。培養液を0.1ml取り、1mM IPTGを含む100mlの同培地に加え、37℃にて24時間振盪培養した。得られた培養液から遠心分離(3,700×g、10分間、4℃)により菌体を回収し、10mMリン酸−ナトリウム緩衝液(pH7.0)で2回洗浄した後、同緩衝液にOD630nmが6となるように懸濁した。
得られた菌体懸濁液から1mlを以下のようにして細胞破砕液を調製した。超音波式ホモジナイザーVP-300(タイテック、日本)を用いて、出力(振幅):15%/On:1秒,off:1秒の条件で氷冷しながら5分間破砕した。
2)デヒドラターゼをコードする遺伝子発現大腸菌組換え体細胞破砕液を用いたメタクリリル−CoA合成反応
1.0Mトリス塩酸緩衝液(pH7.4)を0.05ml、5mM 3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを0.2ml及び水0.65mlを混合したものに、上記のようにして得られたエノイルCoAヒドラターゼ活性を有する細胞破砕液0.1mlを加え、反応液1mlに調整した。37℃で3時間反応させ、以下に示すHPLC条件にて分析を行った。その結果、0.6mMのメタクリリル−CoAの生成を確認した。そのとき、3−ヒドロキシイソブチリル−CoA残存量は0.33mMであった。3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAへ変換率は、65%(=0.6/(0.33+0.6)×100)であった。
(HPLC分析条件)
カラム:Capcell Pak ODS-UG120(shiseido),2.0mm×250mm
移動相:25% MeOH,50mM H3PO4,pH5.7
流量:1.0ml/min
カラム温度:40℃
検出:UV 254nm
注入量10μl(反応溶液を移動相で10倍希釈)
Pseudomonas aeruginosa PA01(NBRC106052)由来デヒドラターゼをコードする遺伝子が導入された大腸菌組換え体の作製
<PseudomonasからのゲノムDNAの調製>
10mlのLB液体培地で培養したPseudomonas aeruginosa PA01株より、実施例1と同様にしてゲノムDNAを取得した。
<デヒドラターゼ発現用プラスミドの作製>
下記のオリゴヌクレオチドプライマーを用い、上記で得られたPseudomonas aeruginosa PA01(NBRC106052)株ゲノムDNAを鋳型として、実施例1と同様にして、デヒドラターゼをコ−ドすることが推定された遺伝子を含むDNA断片(約0.8kb)を増幅した。
オリゴヌクレオチドプライマー:
MMA−025:5’−GGTCATGAACACTGCCGTCGAACCCTACAAG−3’(配列番号7)
MMA−026:5’−GGCCTGCAGGCTCAGCAGTTGCGCCACTTGGGATC−3’(配列番号8)
このDNA断片をBspHI及びSse8387Iで消化後、実施例1と同様にして、ベクターpTrc99Aに組み込んだ。得られたプラスミドをpMMA015と命名した。プラスミドpMMA015を用いて大腸菌JM109株を形質転換し、デヒドラターゼ発現組換え体を作製した。
Pseudomonas aeruginosa PA01(NBRC106052)由来デヒドラターゼをコードする遺伝子発現大腸菌組換え体細胞抽出液を用いた、3−ヒドロキシイソ酪酸−CoAからメタクリリル−CoAの合成
1)デヒドラターゼ活性を有する細胞破砕液の調製
実施例3で得られたデヒドラターゼ遺伝子が導入された大腸菌組換え体JM109/pMMA015を実施例2の1)記載の方法と同様の方法を用いて培養及び菌体の回収を行い、菌体懸濁液を得た。得られた菌体懸濁液から実施例2の1)記載の方法と同様の方法を用いて細胞破砕液を調製した。
2)デヒドラターゼ遺伝子発現大腸菌組換え体細胞破砕液を用いたメタクリリル−CoA合成反応
1.0Mトリス塩酸緩衝液(pH7.4)を0.05ml、5mM 3−ヒドロキシイソブチリル−CoAを0.2ml及び水0.65mlを混合したものに、上記のようにして得られたエノイルCoAヒドラターゼ活性を有する細胞破砕液0.1mlを加え、反応液1mlに調整した。37℃で3時間反応させ、実施例2の2)に示すHPLC条件にて分析を行った。その結果、0.6mMのメタクリリル−CoAの生成を確認した。そのとき、3−ヒドロキシイソブチリル−CoA残存量は0.37mMであった。3−ヒドロキシイソブチリル−CoAからメタクリリル−CoAへ変換率は、62%(=0.6/(0.37+0.6)×100)であった。
配列番号5:MMA−031
配列番号6:MMA−032
配列番号7:MMA−025
配列番号8:MMA−026

Claims (10)

  1. 水性媒体中で、デヒドラターゼの存在下、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ、変換率50%以上で変換するメタクリリル−CoAの製造法。
  2. pH4〜10の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、請求項1記載の製造法。
  3. 温度5〜80℃の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、請求項1又は2記載の製造法。
  4. 時間1分〜1週間の反応条件でメタクリリル−CoAへ変換する、請求項1から3のいずれか1項に記載の製造法。
  5. 3−ヒドロキシイソブチリル−CoAが、1mM以上の浸透圧調整剤を含む水性媒体で調製されたものである、請求項1から4のいずれか1項に記載の製造法。
  6. デヒドラターゼをコードする遺伝子を発現する形質転換体の存在下で、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換する、請求項1から5のいずれか1項に記載の製造法。
  7. デヒドラターゼをコードする遺伝子が微生物由来の遺伝子である、請求項6記載の製造法。
  8. 微生物が、シュードモナス属又はロドコッカス属に属する微生物である請求項7記載の製造法。
  9. デヒドラターゼが下記(a)〜(f)からなる群より選択される請求項6記載の製造法。
    (a)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質。
    (b)配列番号1または3で示すアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、付加及び/又は挿入したアミノ酸配列からなり、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
    (c)配列番号1または3で示すアミノ酸配列からなるタンパク質と90%以上の同一性を示し、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
    (d)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAでコードされるタンパク質。
    (e)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
    (f)配列番号2または4で示す塩基配列からなるDNAと90%以上の同一性を示すDNAでコードされ、かつデヒドラターゼ活性を有するタンパク質。
  10. 微生物由来のデヒドラターゼをコードする遺伝子を発現する形質転換体の存在下、1mM以上の浸透圧調整剤を含む水性媒体で調製された3−ヒドロキシイソブチリル−CoA水溶液を、pH4〜10、温度5〜80℃、時間1分〜1週間の反応条件で反応させることにより、3−ヒドロキシイソブチリル−CoAをメタクリリル−CoAへ変換率50%以上で変換するメタクリリル−CoAの製造法。
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