JP6185975B2 - タンデム質量分析計において可変質量選択窓幅を用いるためのシステムおよび方法 - Google Patents

Description

（関連出願の引用）
本願は、米国仮特許出願第６１／３８０，９１６号（２０１０年９月８日出願）の利益を主張する。該出願は、その全体が参照により本明細書に引用される。

定質的情報および定量的情報の両方を、タンデム質量分析計から得ることが可能である。そのような器具では、前駆体イオンが、第１の質量分析器において選択され、断片化され、断片が、第２の質量分析器または第１の分析器の第２のスキャンにおいて分析される。断片イオンスペクトルは、分子を同定するために使用することができ、１つ以上の断片の強度が、試料内に存在する化合物の量を定量化するために使用されることができる。

単一反応モニタリング（ＳＲＭ）は、これの周知実施例であって、前駆体イオンが選択され、断片化され、単一イオンを透過するように設定された第２の分析器に通される。応答は、選択された質量断片の前駆体が、選択された断片質量のイオンを与えるべき時にもたらされ、本出力信号は、定量化のために使用されることができる。器具は、確認目的のためのいくつかの断片イオン、または異なる化合物を定量化するためのいくつかの前駆体断片の組み合わせを測定するように設定され得る。

分析の感度および特定性は、第１の質量分析ステップにおいて選択された質量窓の幅によって影響を受ける。広い窓は、より多くのイオンを透過し、感度の増加をもたらすが、異なる質量のイオンを通過させ得る。すなわち、後者が、標的化合物と同一質量にある断片をもたらす場合、干渉が生じ、精度が落ちるであろう。

いくつかの質量分析計では、第２の質量分析器は、高分解能で動作されることが可能であり、特定性が、大幅に回復され得るように、断片イオン窓を狭くすることを可能にする。これらの器具はまた、本質的に、異なる断片を検出するように、全断片を検出し得る。そのような器具では、感度を最大化するために、広い窓を使用することが適している。定量化は、高分解能によって、１つ以上の断片イオンをモニタリングすることによって達成され、定質的分析は、これらが、直接選択されていない場合でも、断片の液体クロマトグラフィ（ＬＣ）プロファイルを適切な前駆体質量と相関させるアルゴリズムを使用して実施することができる。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
可変質量選択窓幅を使用して試料を分析するためのシステムであって、
可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含むタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信しているプロセッサであって、前記プロセッサは、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、プロセッサと
を備えている、システム。
（項目２）
前記プロセッサは、各異なる質量選択窓に対して１つ以上の異なる取得パラメータを調節するように、前記タンデム質量分析計にさらに命令する、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記取得パラメータは、蓄積時間、衝突エネルギー、または衝突エネルギー拡散のうちの１つ以上を含む、項目２に記載のシステム。
（項目４）
前記質量選択窓幅は、同一数の質量値を含むように選択される、項目１に記載のシステム。
（項目５）
前記質量選択窓幅は、試料化合物の１つ以上の特性に基づいている、項目１に記載のシステム。
（項目６）
前記試料化合物の１つ以上の特性は、試料化合物分子量分布を含む、項目１に記載のシステム。
（項目７）
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を前記試料中の予期される化合物の分子量分布から計算する、項目６に記載のシステム。
（項目８）
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を１つ以上の既知の化合物に対する分子量のリストから決定する、項目６に記載のシステム。
（項目９）
前記プロセッサは、前記プロセッサが、前記試料の後続分析の一部である、前記試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように前記タンデム質量分析計に命令する前に、前記試料の分析を実施するように前記タンデム質量分析計に命令する、項目６に記載のシステム。
（項目１０）
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析よって生成されたデータを受信し、前記データから前記試料化合物分子量分布を計算する、項目９に記載のシステム。
（項目１１）
前記プロセッサは、前記データからスペクトルを求め、前記スペクトルから前記試料化合物分子量分布を計算することによって、前記試料化合物分子量分布を計算する、項目１０に記載のシステム。
（項目１２）
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析によって生成されたデータを受信し、前記データを解釈し、前記データの解釈から見つけられた事前計算化合物分子量分布から前記試料化合物分子量分布を決定する、項目９に記載のシステム。
（項目１３）
前記プロセッサは、リアルタイムでループ状様式において２回以上、前記分析および前記後続分析を実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、項目９に記載のシステム。
（項目１４）
可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法であって、
プロセッサを使用して、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することを含み、
前記タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、方法。
（項目１５）
そのコンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、命令を有し、前記命令は、プロセッサ上で実行されることにより、可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を実施し、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、質量選択窓幅モジュールを備えている、ことと、
前記質量選択窓幅モジュールを使用して、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することと
を含み、前記タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、コンピュータプログラム製品。

当業者は、後述の図面が、例証目的に過ぎないことを理解するであろう。図面は、本教示の範囲をいかようにも制限することを意図するものではない。

図１は、本教示の実施形態が実装され得るコンピュータシステムを例証するブロック図である。 図２は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して試料を分析するためのシステムを示す概略図である。 図３は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を示す例示的流れ図である。 図４は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を実施する１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含むシステムを示す概略図である。

本教示の１つ以上の実施形態を詳細に説明する前に、当業者は、本教示が、その適用において、以下の発明を実施するための形態に記載される、または図面に例証される、構造、構成要素の配列、およびステップの配列の詳細に制限されないことを理解するであろう。また、本明細書で使用される表現および専門用語は、説明の目的のためであって、制限としてみなされるべきではないことを理解されたい。

（コンピュータ実装システム）
図１は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム１００を例証するブロック図である。コンピュータシステム１００は、情報を通信するためのバス１０２または他の通信機構と、情報を処理するためにバス１０２と結合されたプロセッサ１０４とを含む。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４によって実行される命令を記憶するために、バス１０２に結合されるランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ１０６も含む。メモリ１０６は、プロセッサ１０４によって実行される命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４のための静的情報および命令を記憶するために、バス１０２に結合された読取専用メモリ（ＲＯＭ）１０８または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス１１０は、情報および命令を記憶するために提供され、バス１０２に結合される。

コンピュータシステム１００は、情報をコンピュータユーザに表示するために、バス１０２を介して、ブラウン管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）等のディスプレイ１１２に結合され得る。英数字および他のキーを含む入力デバイス１１４は、情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信するために、バス１０２に結合される。別のタイプのユーザ入力デバイスは、方向情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信し、ディスプレイ１１２上のカーソル移動を制御するためのマウス、トラックボール、またはカーソル方向キー等のカーソル制御１１６である。本入力デバイスは、典型的には、デバイスが平面において位置を指定することを可能にする２つの軸、すなわち、第１の軸（すなわち、ｘ）および第２の軸（すなわち、ｙ）において、２自由度を有する。

コンピュータシステム１００は、本教示を実施することができる。本教示のある実装によると、結果は、メモリ１０６内に含まれる１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスをプロセッサ１０４が実行することに応答して、コンピュータシステム１００によって提供される。そのような命令は、記憶デバイス１１０等の別のコンピュータ可読媒体から、メモリ１０６内に読み込まれ得る。メモリ１０６内に含まれる命令のシーケンスの実行は、プロセッサ１０４に、本明細書に説明されるプロセスを行わせる。代替として、有線回路が、本教示を実装するためのソフトウェア命令の代わりに、またはそれと組み合わせて、使用され得る。したがって、本教示の実装は、ハードウェア回路およびソフトウェアの任意の具体的組み合わせに制限されない。

用語「コンピュータ可読媒体」は、本明細書で使用される場合、実行のために、命令をプロセッサ１０４に提供する際に関与する任意の媒体を指す。そのような媒体は、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含むが、それらに制限されない、多くの形態をとり得る。不揮発性媒体は、例えば、記憶デバイス１１０等の光学または磁気ディスクを含む。揮発性媒体は、メモリ１０６等の動的メモリを含む。伝送媒体は、バス１０２を備えている配線を含む、同軸ケーブル、銅線、および光ファイバを含む。

コンピュータ可読媒体の一般的形態として、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、または任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルビデオディスク（ＤＶＤ）、ブルーレイディスク、任意の他の光学媒体、サムドライブ、メモリカード、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、フラッシュ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップまたはカートリッジ、あるいはコンピュータが読み取ることができる、任意の他の有形媒体が挙げられる。

コンピュータ可読媒体の種々の形態は、実行のために、１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスをプロセッサ１０４に搬送することに関わり得る。例えば、命令は、最初は、遠隔コンピュータの磁気ディスク上で搬送され得る。遠隔コンピュータは、命令をその動的メモリ内にロードし、モデムを使用して、電話回線を介して、命令を送信することができる。コンピュータシステム１００にローカルのモデムは、データを電話回線上で受信し、赤外線送信機を使用して、データを赤外線信号に変換することができる。バス１０２に結合された赤外線検出器は、赤外線信号で搬送されるデータを受信し、データをバス１０２上に配置することができる。バス１０２は、データをメモリ１０６に搬送し、そこから、プロセッサ１０４は、命令を読み出し、実行する。メモリ１０６によって受信された命令は、随意に、プロセッサ１０４による実行の前後に、記憶デバイス１１０上に記憶され得る。

種々の実施形態による、方法を実施するためにプロセッサによって実行されるように構成される命令は、コンピュータ可読媒体上に記憶される。コンピュータ可読媒体は、デジタル情報を記憶するデバイスであることができる。例えば、コンピュータ可読媒体は、ソフトウェアを記憶するために、当技術分野において周知のように、コンパクトディスク読取専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭ）を含む。コンピュータ可読媒体は、実行されるように構成される命令を実行するために好適なプロセッサによってアクセスされる。

本教示の種々の実装の以下の説明は、例証および説明の目的のために提示される。包括的でもなく、本教示を開示される精密な形態に制限するものでもない。修正および変形例は、前述の教示に照らして可能である、または本教示の実践から取得され得る。加えて、説明される実装は、ソフトウェアを含むが、本教示は、ハードウェアおよびソフトウェアの組み合わせとして、またはハードウェア単独において、実装され得る。本教示は、オブジェクト指向および非オブジェクト指向両方のプログラミングシステムによって実装され得る。

（データ処理のシステムおよび方法）
前述のように、タンデム質量分析計、すなわち、質量分析／質量分析（ＭＳ／ＭＳ）質量分析計上で実施される方法の特定性は、質量分析器に、狭質量選択窓幅、すなわち、前駆体質量選択窓幅を提供することによって改善される。狭質量選択窓幅は、例えば、１原子質量単位（ａｍｕ）のオーダーである。代替として、方法の感度は、質量分析器に、広質量選択窓幅を提供することによって改善することができる。

典型的には、断片化スキャンは、ある質量範囲にわたって、均一質量選択窓において生じる。質量範囲は、例えば、試料の好ましい質量範囲または試料の質量範囲全体を含むことができる。したがって、方法分析全体の特定性および感度は、分析の開始時、質量分析器のために選定される質量選択窓幅によって決定される。

質量分析ハードウェアにおける近年の発展は、ある質量範囲にわたって、単一値の代わりに、タンデム質量分析計の質量選択窓幅が変動されること、または任意の値に設定されることを可能にした。例えば、四重極質量フィルタまたは分析器に印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方の独立制御が、可変質量選択窓幅の選択を可能にすることができる。任意のタイプのタンデム質量分析計が、可変質量選択窓幅の選択を可能にすることができる。タンデム質量分析計は、２つ以上の質量分析を実施する１つ以上の物理的な質量分析器を含むことができる。タンデム質量分析計の質量分析器として、飛行時間（ＴＯＦ）、四重極、イオントラップ、線形イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換質量分析器が挙げられ得るが、それらに制限されない。

（可変質量選択窓幅）
種々の実施形態では、システムおよび方法は、随時、分析内の任意の質量選択窓幅の選択を可能にする。さらに、質量範囲の一部に対して選定された質量選択窓幅の値は、試料に関する既知の情報に基づく。

分析のある質量範囲にわたって、質量選択窓幅の値を変動させることは、特定性、感度、および分析の速度を改善することができる。例えば、化合物が存在することが既知である質量範囲の領域では、狭質量選択窓幅が使用される。これは、既知の化合物の特定性を向上させる。化合物が存在しない、または着目化合物がほとんど存在しないことが既知である質量範囲の領域では、広質量選択窓幅が使用される。これは、未知の化合物を見付け、それによって、分析の感度を改善することを可能にする。広範囲と狭範囲との組み合わせは、スキャンが、固定の狭窓を使用するより高速で完了されることを可能にする。

また、質量範囲のある領域において、狭質量選択窓幅を使用することによって、隣接する質量ピークは、着目質量ピークの分析に影響を及ぼす可能性が低い。隣接する質量ピークによって生じ得る影響の一部として、飽和、イオン抑制、または空間電荷効果が挙げられ得るが、それらに制限されない。

前述のように、種々の実施形態では、質量範囲の一部に対して選定される質量選択窓幅の値は、試料に関する既知の情報に基づく。言い換えると、質量選択窓幅の値は、試料の既知の複雑性に基づいて、質量範囲にわたって調節される。したがって、試料がより複雑であるか、または多数のイオンを有する場合、より狭い質量選択窓幅が使用され、試料が、あまり複雑ではない、または少数のイオンを有する場合、より広い質量選択窓幅が使用される。質量選択窓幅は、ある基準を満たすようにも選択され得る。例えば、各質量選択窓幅は、同一数の質量値を含むように選択され得る。試料の複雑性は、例えば、試料化合物分子量分布を作成することによって決定することができる。

試料化合物分子量分布は、いくつかの方法において、または試料の既知の化合物の特性から作成することができる。加えて、試料化合物分子量分布は、データ取得前またはデータ取得の間に作成することができる。さらに、種々の実施形態では、試料化合物分子量分布は、データ取得の間、リアルタイムで作成することができる。

（分子量分布に基づく幅）
種々の実施形態では、試料化合物分子量分布は、試料内の既知の化合物の分子量分布から作成することができる。試料内の既知の化合物の分子量分布は、次いで、質量範囲にわたって、質量選択窓幅を選択するために使用される。

例えば、曲線または分布を試料の既知の化合物に対して作成することができる。既知の化合物として、ゲノム、プロテオーム、メタボローム、または脂質等の化合物の種類が挙げられ得るが、それらに限定されない。ヒストグラムが分布に対して計算される。ヒストグラム頻度は、例えば、質量の間隔あたりの化合物の数である。ヒストグラム頻度は、次いで、変換関数を使用して、質量選択窓幅に変換される。変換関数は、例えば、ヒストグラム頻度の逆数である。言い換えると、質量選択窓幅は、ヒストグラム頻度の逆数に関連する。

種々の実施形態では、試料化合物分子量分布は、既知の分子量分布を調節することによって計算することができる。例えば、既知のタンパク質分子量分布は、既知のタンパク質の修飾形態に対しても可能となるように調節することができる。

（分子量のリストに基づく幅）
種々の実施形態では、試料化合物分子量分布は、標的化合物に対する分子量のリストから作成することができる。試料化合物分子量分布は、次いで、質量範囲にわたって、質量選択窓幅を選択するために使用される。

例えば、分子量のリストは、殺虫剤等の標的化合物のために作成される。標的化合物に対する分子量分布は、次いで、例えば、分子量のリストを使用して、殺虫剤データベースから求めることができる。狭質量選択窓幅は、これらの既知の分子量分布に基づいて、標的化合物に対して選択される。しかしながら、新しい未知の化合物も、試料内にあり得る。その結果、標的化合物の間の領域もまた、検査される。これらの領域は、より広い質量選択窓幅を使用して検査される。その結果、試料化合物分子量分布は、既知の標的化合物に対する分子量のリストのための狭質量選択窓幅と、その間の質量に対するより広い質量選択窓幅を含み、他の予想外の化合物の検出を可能にする。

（試料分析に基づく幅）
種々の実施形態では、試料化合物分子量分布は、可変質量選択窓幅を使用する後続分析の前に、試料の分析を実施することによって作成することができる。本試料の分析は、完全分析または単一スキャンを含むことができる。完全分析は、例えば、複数のスキャンを使用する液体クロマトグラフィ質量（ＬＣ−ＭＳ）分析を含む。スキャンは、サーベイスキャン、ニュートラルロススキャン、生成イオンスキャン、または前駆体イオンスキャンであり得るが、それらに限定されない。

試料の分析は、直接的または間接的に、データの解釈から試料化合物分子量分布を決定するために使用することができる。試料化合物分子量分布は、１つ以上のスペクトルを分析から求め、試料化合物分子量分布を１つ以上のスペクトルから計算することによって直接的に決定される。

試料化合物分子量分布は、データを分析から解釈し、その解釈に基づいて、事前計算化合物分子量分布を選択することによって間接的に決定される。例えば、試料の分析は、前駆体スキャンを含むことができる。前駆体スキャンの解釈は、標的生成イオンを同定することができる。事前計算化合物分子量分布は、次いで、同定された標的生成イオンに対するデータベースから選択される。

試料化合物分子量分布は、分析から直接的または間接的に決定されるかに関わらず、１つ以上の後続分析において使用される質量選択窓幅を定義するために使用される。

（リアルタイムで計算される幅）
種々の実施形態では、試料化合物分子量分布を決定するために分析と、試料化合物分子量分布に基づく質量選択窓幅を使用する後続分析とは、試料が変化するのに伴って、ループ状様式において２回以上実施される。試料が急速に、またはリアルタイムで変化する場合、データを分析から解釈することによって、化合物分子量分布を間接的に計算するための十分な時間がないことがある。

したがって、種々の実施形態では、試料化合物分子量分布を直接決定するための試料のスキャンと、試料化合物分子量分布に基づく質量選択窓幅を使用する後続分析とが、試料が変化するのに伴って、リアルタイムでループ状様式において２回以上実施される。試料化合物分子量分布は、スペクトルをスキャンから求めて、そのスペクトルから試料化合物分子量分布を計算することによって、直接的に決定される。後続分析は、試料化合物分子量分布から決定された２つの異なる質量選択窓幅を使用する少なくとも２回の断片化スキャンを含む。

（試料分析に基づく他のパラメータ）
タンデム質量分析計の他のパラメータは、試料の分析から決定される、質量選択窓幅に依存する。これらの他のパラメータとして、衝突エネルギー等のイオン光学要素、または、例えば、蓄積時間等の非イオン光学要素が挙げられ得る。

その結果、種々の実施形態では、試料の分析は、決定される試料化合物分子量分布に基づいて、質量選択窓幅以外のタンデム質量分析計の１つ以上のパラメータを変動させることをさらに含むことができる。

（タンデム質量分析システム）
図２は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して、試料を分析するためのシステム２００を示す概略図である。システム２００は、タンデム質量分析計２１０およびプロセッサ２２０を含む。プロセッサ２２０は、コンピュータ、マイクロプロセッサ、または、制御信号を送信し、質量分析計２１０からデータを受信しデータを処理可能な任意のデバイスであり得るが、それらに制限されない。

タンデム質量分析計２１０は、２つ以上の質量分析を実施する１つ以上の物理的質量分析器を含むことができる。タンデム質量分析計の質量分析器として、飛行時間（ＴＯＦ）、四重極、イオントラップ、線形イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換質量分析器が挙げられ得るが、それらに制限されない。タンデム質量分析計２１０は、分離デバイス（図示せず）を含むこともできる。分離デバイスは、液体クロマトグラフィ、ガスクロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動、またはイオン移動度を含むが、それらに制限されない、分離技法を実施することができる。タンデム質量分析計２１０は、それぞれ、空間または時間において分離している質量分析段階またはステップを含むことができる。

タンデム質量分析計２１０は、可変前駆体質量選択窓幅を用いて断片化スキャンを実施することができる質量分析器を含む。プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０に、異なる質量選択窓幅用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように命令する。

種々の実施形態では、質量選択窓幅は、同一数の質量値を含むように選択される。

種々の実施形態では、質量選択窓幅は、試料化合物の１つ以上の特質に基づく。試料化合物の１つ以上の特質は、例えば、試料化合物分子量分布を含むことができる。プロセッサ２２０は、例えば、試料中の予期される化合物の等電点（ＰＩ）または疎水性を使用して、試料化合物分子量分布を計算することができる。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、試料化合物分子量分布を試料中の予期される化合物の分子量分布から計算する。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、試料化合物分子量分布を１つ以上の既知の化合物に対する分子量のリストから決定する。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、プロセッサが、タンデム質量分析計２１０に、試料の後続分析の一部である、試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように命令する前に、タンデム質量分析計２１０に、試料の分析を実施するように命令する。試料の分析は、単一スキャンまたは２つ以上のスキャンを含むことができる。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０から、分析によって生成されたデータを受信し、試料化合物分子量分布を本データから計算する。例えば、プロセッサ２２０は、スペクトルをデータから求めて、そのスペクトルから試料化合物分子量分布を計算することによって、試料化合物分子量分布を計算する。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０から、分析によって生成されたデータを受信し、データを解釈し、データの解釈から見つけられた事前に計算された試料化合物分子量分布から、試料化合物分子量分布を決定する。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０に、分析および後続分析を、リアルタイムでループ状様式において２回以上実施するように命令する。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０から、分析によって生成されたデータを受信し、試料化合物分子量分布をデータから決定し、試料化合物分子量分布に基づいて、タンデム質量分析計に、質量選択窓幅以外の後続分析の１つ以上のパラメータを変動させることも命令する。

（タンデム質量分析方法）
図３は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して、試料を分析する方法３００を示す、例示的流れ図である。

方法３００のステップ３１０では、タンデム質量分析計は、プロセッサを使用して、異なる質量選択窓幅を用いて、試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように命令される。タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅において、断片化スキャンを実施することができる質量分析器を含む。

（タンデム質量分析コンピュータプログラム製品）
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、有形コンピュータ可読記憶媒体を含み、そのコンテンツは、可変質量選択窓幅を使用して、試料を分析する方法を実施するように、プロセッサ上で実行される命令を伴う、プログラムを含む。本方法は、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含む、システムによって実施される。

図４は、種々の実施形態による、可変質量選択窓幅を使用して、試料を分析する方法を実施する、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含む、システム４００の概略図である。システム４００は、質量選択窓幅モジュール４１０を含む。

質量選択窓幅モジュール４１０は、タンデム質量分析計に、異なる質量選択窓幅を用いて、試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように命令する。タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅において、断片化スキャンを実施することができる、質量分析器を含む。

本教示は、種々の実施形態と併せて説明されるが、本教示が、そのような実施形態に制限されることを意図するものではない。対照的に、本教示は、当業者によって理解されるように、種々の代替、修正、および均等物を包含する。

さらに、種々の実施形態の説明において、本明細書は、ステップの特定のシーケンスとして、方法および／またはプロセスを提示し得る。しかしながら、方法またはプロセスが本明細書に記載されるステップの特定の順序に依拠しない程度において、方法またはプロセスは、説明されるステップの特定のシーケンスに制限されるべきではない。当業者が理解するであろうように、ステップの他のシーケンスも可能であり得る。したがって、本明細書に記載されるステップの特定の順序は、請求項に関する制限として解釈されるべきでない。加えて、方法および／またはプロセスを対象とする請求項は、そのステップの実施を書かれた順序に制限されるべきではなく、当業者は、シーケンスが、変動され得、依然として、種々の実施形態の精神および範囲内にあることを容易に理解することができる。

Claims (19)

1. 可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析するためのシステムであって、
   試料の質量範囲にわたって可変前駆体質量選択窓幅で断片化スキャンが実施されることを可能にする質量分析器を含むタンデム質量分析計と、
   前記タンデム質量分析計と通信しているプロセッサであって、前記プロセッサは、前記試料の質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓を選択することと、前記質量範囲の単一スキャンにおける前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように、前記タンデム質量分析計に命令することとを実行し、前記質量範囲の一部に対して選定された前記異なる前駆体質量選択窓幅の値は、前記試料に関して既知の情報に基づく、プロセッサと
   を備えている、システム。
2. 前記プロセッサは、各異なる前駆体質量選択窓に対して１つ以上の異なる取得パラメータを調節するように、前記タンデム質量分析計にさらに命令する、請求項１に記載のシステム。
3. 前記取得パラメータは、蓄積時間、衝突エネルギー、または衝突エネルギー拡散のうちの１つ以上を含む、請求項２に記載のシステム。
4. 前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓は、同一数の質量値を含むように選択される、請求項１に記載のシステム。
5. 前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓は、試料化合物の１つ以上の特性に基づいて選択される、請求項１に記載のシステム。
6. 前記試料化合物の１つ以上の特性は、試料化合物分子量分布を含む、請求項５に記載のシステム。
7. 前記異なる前駆体質量選択窓幅の値は、前記試料の既知の複雑性に基づいて前記質量範囲にわたって調節され、前記試料がより複雑であるかまたは多数のイオンを有する場合、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより狭い前駆体質量選択窓が選択され、前記試料があまり複雑でないかまたは少数のイオンを有する場合、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより広い前駆体質量選択窓が選択される、請求項１に記載のシステム。
8. 前記異なる前駆体質量選択窓幅の値は、既知の強いピークを避けるために前記質量範囲にわたって調節される、請求項１に記載のシステム。
9. 前記プロセッサは、前記プロセッサが、前記試料の後続分析の一部である、前記試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように前記タンデム質量分析計に命令する前に、前記試料の分析を実施するように前記タンデム質量分析計に命令する、請求項６に記載のシステム。
10. 前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析よって生成されたデータを受信し、前記データから前記試料化合物分子量分布を計算する、請求項９に記載のシステム。
11. 前記プロセッサは、前記データからスペクトルを求め、前記スペクトルから前記試料化合物分子量分布を計算することによって、前記試料化合物分子量分布を計算する、請求項１０に記載のシステム。
12. 前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析によって生成されたデータを受信し、前記データを解釈し、前記データの解釈から見つけられた事前計算化合物分子量分布から前記試料化合物分子量分布を決定する、請求項９に記載のシステム。
13. 前記プロセッサは、リアルタイムでループ状様式において２回以上、前記分析および前記後続分析を実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、請求項９に記載のシステム。
14. 可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法であって、
    試料の質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓を選択することであって、前記質量範囲の一部に対して選定された前記異なる前駆体質量選択窓幅の値は、前記試料に関して既知の情報に基づく、ことと、
    プロセッサを使用して、前記質量範囲の単一スキャンにおける前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することと
    を含み、
    前記タンデム質量分析計は、可変前駆体質量選択窓幅で断片化スキャンが実施されることを可能にする質量分析器を含む、方法。
15. コンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、命令を有し、前記命令は、プロセッサ上で実行されることにより、可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を実施し、
    前記方法は、
    システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、質量選択窓幅モジュールを備えている、ことと、
    試料の質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓を選択することであって、前記質量範囲の一部に対して選定された前記異なる前駆体質量選択窓幅の値は、前記試料に関して既知の情報に基づく、ことと、
    前記質量選択窓幅モジュールを使用して、前記質量範囲の単一スキャンにおける前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することと
    を含み、
    前記タンデム質量分析計は、可変前駆体質量選択窓幅で断片化スキャンが実施されることを可能にする質量分析器を含む、コンピュータプログラム製品。
16. 化合物が存在することが既知である前記質量範囲の領域に対して、既知の化合物の特定性を改善するために、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより狭い前駆体質量選択窓が選択される、請求項１に記載のシステム。
17. 化合物が存在しないことが既知であるかまたは着目化合物がほとんど存在しない前記質量範囲の領域に対して、前記スキャンの感度を改善するために、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより広い前駆体質量選択窓が選択される、請求項１に記載のシステム。
18. 前記選択するステップは、化合物が存在することが既知である前記質量範囲の領域に対して、既知の化合物の特定性を改善するために、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより狭い前駆体質量選択窓を選択することを含む、請求項１４に記載の方法。
19. 前記選択するステップは、化合物が存在しないことが既知であるかまたは着目化合物がほとんど存在しない前記質量範囲の領域に対して、前記スキャンの感度を改善するために、前記少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓のうちのより広い前駆体質量選択窓を選択することを含む、請求項１４に記載の方法。