JP6158965B2 - Ｓｒｍアッセイにおけるバックグラウンド干渉の決定のためのｔｏｆ−ｍｓｍｓデータの可変ｘｉｃ幅の使用 - Google Patents

Description

（関連出願の引用）
本願は、米国仮特許出願第６１／４９３，３５２号（２０１１年６月３日出願）の利益を主張する。該仮出願は、参照によりその全体が本明細書に引用される。

選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）アッセイの発展における難点の１つは、マトリクスの影響の調査および定量化に好適なイオンの選択である。これは、通常、アッセイのロバスト性を決定するための定量化方法の利用ならびに検出限界（ＬＯＤ）および定量化限界（ＬＯＱ）値の調査によって行われる。そのような作業は、時間がかかり得、また、関わる真の潜在的干渉の明確な全体像をもたらさないであろう。これは、低分解能データからの液体クロマトグラフィ（ＬＣ）ピーク形状の定義不能性と、生成イオンの異なる溶出プロファイルの自動化分析のための好適なアルゴリズムの欠如とによる。

定性的および定量的情報の両方が、タンデム質量分析計から得られ得る。そのような装置では、前駆体イオンが、第１の質量分析器内で選択され、断片化され、その断片または生成イオンが、第２の分析器または第１の分析器の第２のスキャンにおいて分析される。断片イオンスペクトルを使用して、分子を識別することができ、１つ以上の断片の強度を使用して、試料中に存在する化合物の量を定量化することができる。
例えば、本願発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
干渉を含まない生成イオンを識別するためのシステムであって、
１つ以上の前駆体スキャンを使用して第１の試料を分析するタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
を備え、前記プロセッサは、
前記タンデム質量分析計から、前記第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルを受信することと、
第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
を行う、システム。
（項目２）
前記第１の試料は、前記検体に加え、第１のマトリクスを含み、前記プロセッサは、
前記生成イオンを前記第１の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけ、
前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが、前記第１のマトリクスではなく前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別する、
項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記タンデム質量分析計は、前記質量範囲にわたり２つ以上の単離窓幅を使用し、１つ以上の前駆体イオンの単一の質量分析スキャンおよび前記生成イオンの２つ以上の質量分析スキャンを使用して、前記第１の試料を分析する、項目１または項目２に記載のシステム。
（項目４）
前記２つ以上の単離窓幅は、均一である、項目１〜３のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目５）
前記２つ以上の単離窓幅は、可変である、項目１〜４のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目６）
前記タンデム質量分析計は、１つ以上の前駆体イオンの２つ以上の質量分析スキャンを使用して、前記第１の試料を分析する、項目１〜５のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目７）
前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅は、前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅より狭い、項目１〜６のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目８）
前記生成イオンは、前記検体の既知の生成イオンであり、前記第１のマトリクスが、前記生成イオンに干渉していないかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが計算され、前記生成イオンが、前記検体の前駆体イオンと関係づけられ、前記生成イオンが、前記第１のマトリクスではなく前記検体に由来することを確認する、項目１〜７のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目９）
前記生成イオンは、未知の生成イオンであり、前記生成イオンは、前記検体の前駆体イオンと関係づけられ、前記生成イオンが、前記第１のマトリクスではなく前記検体に由来することを決定し、前記第１のマトリクスが、前記生成イオンに干渉していないかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが計算される、項目１〜８のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１０）
前記プロセッサは、前記生成イオンおよび前記前駆体イオンを含む選択的反応モニタリングアッセイを生成する、項目１〜９のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１１）
前記タンデム質量分析計は、１つ以上の前駆体スキャンを使用して、前記検体および第２のマトリクスを含む第２の試料を分析し、前記プロセッサは、
前記タンデム質量分析計から、前記第２の試料中の前記検体の前記質量範囲に対する第２のフル生成イオンスペクトルを受信することと、
前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第２のフル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第３の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第２のフル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第４の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記生成イオンを前記第２の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけることと、
前記第３の組の１つ以上のピークパラメータと前記第４の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが、前記第２のマトリクスではなく前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスおよび前記第２のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別することと
を行う、項目１〜１０のうちのいずれか一項に記載のシステム。
（項目１２）
干渉を含まない生成イオンを識別する方法であって、
第１の試料を分析するタンデム質量分析計から、第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルを受信することと、
第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
を含む、方法。
（項目１３）
前記第１の試料は、前記検体に加え、第１のマトリクスを含み、前記方法は、
前記生成イオンを前記第１の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけることと、
前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが、前記第１のマトリクスではなく前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別することと
をさらに含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅は、前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅より狭い、項目１２または項目１３に記載の方法。
（項目１５）
有形のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記有形のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体のコンテンツは、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記命令は、干渉を含まない生成イオンを識別する方法を実行し、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、干渉および相関モジュールと、識別モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、前記第１の試料を分析するタンデム質量分析計から、第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルを受信することと、
前記干渉および相関モジュールを使用して、第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用し、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記干渉および相関モジュールを使用して、第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用し、前記第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
前記識別モジュールを使用して、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
を含む、コンピュータプログラム製品。

当業者は、後述の図面が、例証目的に過ぎないことを理解するであろう。図面は、本教示の範囲をいかようにも制限することを意図するものではない。

図１は、本教示の実施形態が実装され得るコンピュータシステムを図示するブロック図である。 図２は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別するためのシステムを示す、概略図である。 図３は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別する方法を示す、例示的流れ図である。 図４は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別する方法を行う、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含む、システムの概略図である。

本教示の１つ以上の実施形態を詳細に説明する前に、当業者は、本教示が、その適用において、以下の発明を行うための形態に記載される、または図面に図示される、構造、構成要素の配列、およびステップの配列の詳細に制限されないことを理解するであろう。また、本明細書で使用される表現および専門用語は、説明の目的のためであって、制限としてみなされるべきではないことを理解されたい。

（コンピュータ実装システム）
図１は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム１００を図示するブロック図である。コンピュータシステム１００は、情報を通信するためのバス１０２または他の通信機構と、情報を処理するためにバス１０２と結合されたプロセッサ１０４とを含む。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４によって実行される命令を記憶するために、バス１０２に結合されるランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ１０６も含む。メモリ１０６は、プロセッサ１０４によって実行される命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４のための静的情報および命令を記憶するために、バス１０２に結合された読取専用メモリ（ＲＯＭ）１０８または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス１１０は、情報および命令を記憶するために提供され、バス１０２に結合される。

コンピュータシステム１００は、情報をコンピュータユーザに表示するために、バス１０２を介して、ブラウン管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）等のディスプレイ１１２に結合され得る。英数字および他のキーを含む入力デバイス１１４は、情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信するために、バス１０２に結合される。別のタイプのユーザ入力デバイスは、方向情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信し、ディスプレイ１１２上のカーソル移動を制御するためのマウス、トラックボール、またはカーソル方向キー等のカーソル制御１１６である。この入力デバイスは、典型的には、デバイスが平面において位置を指定することを可能にする２つの軸、すなわち、第１の軸（すなわち、ｘ）および第２の軸（すなわち、ｙ）において、２自由度を有する。

コンピュータシステム１００は、本教示を行うことができる。本教示のある実装によると、結果は、メモリ１０６内に含まれる１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスをプロセッサ１０４が実行することに応答して、コンピュータシステム１００によって提供される。そのような命令は、記憶デバイス１１０等の別のコンピュータ読み取り可能な媒体から、メモリ１０６内に読み込まれ得る。メモリ１０６内に含まれる命令のシーケンスの実行は、プロセッサ１０４に、本明細書に説明されるプロセスを行わせる。代替として、有線回路が、本教示を実装するためのソフトウェア命令の代わりに、またはそれと組み合わせて、使用され得る。したがって、本教示の実装は、ハードウェア回路およびソフトウェアの任意の具体的組み合わせに制限されない。

用語「コンピュータ読み取り可能な媒体」は、本明細書で使用される場合、実行のために、命令をプロセッサ１０４に提供する際に関与する任意の媒体を指す。そのような媒体は、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含むが、それらに制限されない、多くの形態をとり得る。不揮発性媒体は、例えば、記憶デバイス１１０等の光学または磁気ディスクを含む。揮発性媒体は、メモリ１０６等の動的メモリを含む。伝送媒体は、バス１０２を備えている配線を含む、同軸ケーブル、銅線、および光ファイバを含む。

コンピュータ読み取り可能な媒体の一般的形態として、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、または任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルビデオディスク（ＤＶＤ）、ブルーレイディスク、任意の他の光学媒体、サムドライブ、メモリカード、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、フラッシュ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップまたはカートリッジ、あるいはコンピュータが読み取ることができる、任意の他の有形媒体が挙げられる。

コンピュータ読み取り可能な媒体の種々の形態は、実行のために、１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスをプロセッサ１０４に搬送することに関わり得る。例えば、命令は、最初は、遠隔コンピュータの磁気ディスク上で搬送され得る。遠隔コンピュータは、命令をその動的メモリ内にロードし、モデムを使用して、電話回線を介して、命令を送信することができる。コンピュータシステム１００にローカルのモデムは、データを電話回線上で受信し、赤外線送信機を使用して、データを赤外線信号に変換することができる。バス１０２に結合された赤外線検出器は、赤外線信号で搬送されるデータを受信し、データをバス１０２上に配置することができる。バス１０２は、データをメモリ１０６に搬送し、そこから、プロセッサ１０４は、命令を読み出し、実行する。メモリ１０６によって受信された命令は、随意に、プロセッサ１０４による実行の前後に、記憶デバイス１１０上に記憶され得る。

種々の実施形態による、方法を行うためにプロセッサによって実行されるように構成される命令は、コンピュータ読み取り可能な媒体上に記憶される。コンピュータ読み取り可能な媒体は、デジタル情報を記憶するデバイスであることができる。例えば、コンピュータ読み取り可能な媒体は、ソフトウェアを記憶するために、当技術分野において周知のように、コンパクトディスク読取専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭ）を含む。コンピュータ読み取り可能な媒体は、実行されるように構成される命令を実行するために好適なプロセッサによってアクセスされる。

本教示の種々の実装の以下の説明は、例証および説明の目的のために提示される。包括的でもなく、本教示を開示される精密な形態に制限するものでもない。修正および変形例は、前述の教示に照らして可能である、または本教示の実践から取得され得る。加えて、説明される実装は、ソフトウェアを含むが、本教示は、ハードウェアおよびソフトウェアの組み合わせとして、またはハードウェア単独において、実装され得る。本教示は、オブジェクト指向および非オブジェクト指向両方のプログラミングシステムによって実装され得る。

（データ処理のシステムおよび方法）
単一または選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）は、これの既知の実施例であって、前駆体イオンが、選択され、断片化され、第２の分析器に移され、第２の分析器は、単一イオンを伝送するように設定される。選択された質量の前駆体が断片化し、選択された断片質量のイオンをもたらすと、応答が生じ、この出力信号は、定量化のために使用することができる。装置は、確認目的のために、いくつかの断片イオンを測定するように、または異なる化合物を定量化するためのいくつかの前駆体−断片の組み合わせを測定するように設定され得る。多重反応モニタリング（ＭＲＭ）では、前駆体イオンが、選択され、断片化され、第２の分析器に移され、第２の分析器は、２つ以上のイオンを伝送するように設定される。

分析の感度および特定性は、第１の質量分析ステップにおいて選択された質量窓の幅によって影響を受ける。幅広窓は、より多くのイオンを伝送し、増加した感度をもたらすが、また、異なる質量のイオンを通過させ得る。すなわち、該異なる質量のイオンが、標的化合物と同一の質量で断片をもたらす場合、干渉が生じ、正確度が、損なわれるであろう。

いくつかの質量分析計では、第２の質量分析器は、高分解能で動作され、特定性が、大幅に回復され得るように、断片イオン窓を狭くさせることができる。これらの装置はまた、全断片を検出し、したがって、異なる断片を本質的に検出する。そのような装置によって、幅広窓を使用して、感度を最大限にすることが可能である。定量化は、１つ以上の断片イオンを高分解能でモニタリングすることによって達成され、定性的分析は、これらが、直接選択されなくても、断片の液体クロマトグラフィ（ＬＣ）プロファイルを適切な前駆体質量と相関させるアルゴリズムを使用して行うことができる。

前述のように、選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）アッセイの発展における難点の１つは、マトリクスの影響の調査および定量化に好適なイオンの選択である。この作業は、時間がかかり得る。また、イオン間の真の潜在的干渉の明確な全体像をもたらさないであろう。この全体像は、低分解能データからの液体クロマトグラフィ（ＬＣ）ピーク形状の定義不能性と、生成イオンの異なる溶出プロファイルの自動化分析のための好適なアルゴリズムの欠如とにより、曖昧化され得る。

種々の実施形態では、タンデム質量分析計と、高分解能で動作される第２の質量分析器との使用は、好適な時間フレーム内でのマトリクスの影響の調査および定量化に好適なイオンの選択を可能にする。この装置によって提供される断片スキャンの高分解能は、試料中のマトリクスから独特な（ｕｎｉｑｕｅ）検体の前駆体／生成イオン対を識別する取得後分析を可能にする。この取得後分析は、高および低抽出イオンクロマトグラム（ＸＩＣ）分解能において、検体の各生成イオンに対するピークパラメータを計算する。高および低ＸＩＣ分解能におけるピークパラメータが、実質的に、同一である場合、その生成物は、第１のマトリクスから独特に（ｕｎｉｑｕｅｌｙ）識別される。取得後分析はまた、生成イオンが、検体の前駆体イオンに由来することを確認または決定する。

この取得後分析から、検体の前駆体／生成イオン対が、見つけられ、ＳＲＭアッセイにおいて使用することができる。加えて、この取得後分析と結合された異なるマトリクスと混合された試料に対して、タンデム質量分析計を用いて、複数の物理的スキャンを行うことによって、複数のマトリクスにわたって独特である検体の前駆体／生成イオン対を見出すことができる。

種々の実施形態では、ある質量範囲にわたって、複数の質量選択窓幅において断片化スキャンを提供するタンデム質量分析計の使用は、好適な時間フレーム内において、マトリクスの影響の調査と定量化に好適なイオンの選択とを可能にする。典型的には、断片化スキャンは、ある質量範囲にわたって、均一質量選択窓において生じる。質量範囲は、例えば、試料の好ましい質量範囲または試料の質量範囲全体を含むことができる。したがって、方法分析全体の特定性および感度は、分析の開始時に、質量分析器に対して選定された質量選択窓幅によって決定される。

質量分析ハードウェアにおける近年の発展は、ある質量範囲にわたって、単一値の代わりに、タンデム質量分析計の質量選択窓幅が変動させること、または任意の値に設定されることを可能にした。例えば、四重極質量フィルタに印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方の独立制御が、可変質量選択窓幅の選択を可能にすることができる。任意のタイプのタンデム質量分析計が、可変質量選択窓幅の選択を可能にすることができる。タンデム質量分析計は、２つ以上の質量分析を行う、１つ以上の物理的質量分析器を含むことができる。タンデム質量分析計の質量分析器として、飛行時間（ＴＯＦ）、四重極、イオントラップ、線形イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換質量分析計が挙げられ得るが、それらに限定されない。

（タンデム質量分析システム）
図２は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別するためのシステム２００を示す、概略図である。システム２００は、タンデム質量分析計２１０およびプロセッサ２２０を含む。プロセッサ２２０は、コンピュータ、マイクロプロセッサ、または制御信号およびデータを質量分析計２１０から送受信し、データを処理可能な任意のデバイスであることができるが、それらに限定されない。

タンデム質量分析計２１０は、２つ以上の質量分析を行う、１つ以上の物理的質量分析器を含むことができる。タンデム質量分析計の質量分析器として、飛行時間（ＴＯＦ）、四重極、イオントラップ、線形イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換質量分析器が挙げられ得るが、それらに限定されない。タンデム質量分析計２１０はまた、分離デバイス（図示せず）を含むことができる。分離デバイスは、液体クロマトグラフィ、ガスクロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動、またはイオン移動度を含むが、それらに限定されない、分離技法を行うことができる。タンデム質量分析計２１０は、空間または時間それぞれにおいて、別個の質量分析段階またはステップを含むことができる。

タンデム質量分析計２１０は、１つ以上の前駆体スキャンを使用して、第１のマトリクスを含む、第１の試料を分析する。プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０と通信する。プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０から、第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルを受信する。プロセッサ２２０は、第１のＸＩＣ窓幅を使用して、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。プロセッサ２２０は、第２のＸＩＣ窓幅を使用して、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。第１のＸＩＣ窓幅は、例えば、第２のＸＩＣ窓幅より狭い。最後に、プロセッサ２２０は、第１の組の１つ以上のピークパラメータと第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、生成イオンを識別する。

種々の実施形態では、システム２００はさらに、第１のマトリクスから、検体の前駆体イオンおよび生成イオン対を独特に識別するために使用される。第１の試料は、検体に加え、第１のマトリクスを含む。プロセッサ２２０は、生成イオンを第１の試料中の検体の前駆体イオンに関係づける。プロセッサ２２０は、第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび第２の組の１つ以上のピークパラメータが、実質的に同一であり、かつ、生成イオンが、第１のマトリクスではなく、検体に由来する場合、第１のマトリクスから独特であるとして、前駆体イオンおよび生成イオンを識別する。

種々の実施形態では、タンデム質量分析計２１０は、ある質量範囲にわたって、複数の質量選択窓幅において、単一の前駆体スキャンおよび複数の断片化スキャンを行い、それは、タンデム質量分析計２１０の単一の稼働後に、取得後処理が稼働されることを可能にする。タンデム質量分析計２１０は、その質量範囲にわたり２つ以上の単離窓幅を使用し、１つ以上の前駆体イオンの単一の質量分析スキャンおよび生成イオンの２つ以上の質量分析スキャンを使用し、第１の試料を分析する。２つ以上の単離窓幅は、均一または可変であることができる。

種々の実施形態では、タンデム質量分析計２１０はまた、複数回、稼働された後、毎回、取得後処理を続けることができる。タンデム質量分析計２１０は、１つ以上の前駆体イオンの２つ以上の質量分析スキャンを使用して、第１の試料を分析する。

種々の実施形態では、生成イオンは、検体の既知の生成イオンである。第１のマトリクスが、生成イオンに干渉していないかどうかを決定するために、第１の組の１つ以上のピークパラメータと第２の組の１つ以上のピークパラメータとが計算される。生成イオンが、検体の前駆体イオンと関係づけられることにより、生成イオンが、第１のマトリクスではなく、検体に由来することを確認する。

種々の実施形態では、生成イオンは、未知の生成イオンである。生成イオンは、検体の前駆体イオンと関係づけられ、生成イオンが、第１のマトリクスではなく、検体に由来することを決定する。第１のマトリクスが、生成イオンに干渉していないかどうかを決定するために、第１の組の１つ以上のピークパラメータと第２の組の１つ以上のピークパラメータとが計算される。

種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、生成イオンおよび前駆体イオンを含む、選択的反応モニタリングアッセイを生成する。

種々の実施形態では、システム２００を使用して、２つ以上のマトリクスにわたって独特である、検体の前駆体イオンおよび生成イオン対を識別することができる。例えば、タンデム質量分析計２１０は、第２の分析を行い、以前に見つけられた前駆体イオンおよび生成イオン対がまた、第２のマトリクスから、検体を独特に識別するかどうかを決定することができる。タンデム質量分析計２１０は、１つ以上の前駆体スキャンを使用して、検体および第２のマトリクスを含む、第２の試料を分析する。

プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０から、第２の試料中の検体の質量範囲に対する第２のフル生成イオンスペクトルを受信する。プロセッサ２２０は、第１のＸＩＣ窓幅を使用して、第２のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第３の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。プロセッサ２２０は、第２のＸＩＣ窓幅を使用して、第２のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第４の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。プロセッサ２２０は、生成イオンを第２の試料中の検体の前駆体イオンに関係づける。最後に、プロセッサ２２０は、第３の組の１つ以上のピークパラメータと第４の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一であり、かつ、生成イオンが、第２のマトリクスではなく、検体に由来する場合、第１のマトリクスおよび第２のマトリクスから、独特であるとして、前駆体イオンおよび生成イオンを識別する。

２つ以上のマトリクスにわたって使用される２つのＸＩＣ窓幅は、好ましくは、同一である。種々の実施形態では、２つ以上のマトリクスにわたって使用される２つのＸＩＣ窓幅は、異なることができる。

（タンデム質量分析方法）
図３は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別する方法３００を示す、例示的流れ図である。

方法３００のステップ３１０では、第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルが、第１の試料を分析するタンデム質量分析計から受信される。

ステップ３２０では、第１の組の１つ以上のピークパラメータが、第１のＸＩＣ窓幅を使用して、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対して計算される。

ステップ３３０では、第２の組の１つ以上のピークパラメータが、第２のＸＩＣ窓幅を使用して、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対して計算される。

ステップ３４０では、第１の組の１つ以上のピークパラメータと第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、生成イオンは、干渉を含まないとして識別される。

（タンデム質量分析コンピュータプログラム製品）
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、有形のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含み、そのコンテンツは、干渉を含まない生成イオンを識別する方法を行うように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む。この方法は、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含むシステムによって行われる。

図４は、種々の実施形態による、干渉を含まない生成イオンを識別する方法を行う、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含む、システム４００の概略図である。システム４００は、測定モジュール４１０、干渉および相関モジュール４２０、および識別モジュール４３０を含む。

測定モジュール４１０は、第１の試料を分析するタンデム質量分析計から、第１の試料中の検体のある質量範囲に対する第１のフル生成イオンスペクトルを受信する。干渉および相関モジュール４２０は、第１のＸＩＣ窓幅を使用して、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。干渉および相関モジュール４２０は、干渉および相関モジュールを使用して、第２のＸＩＣ窓幅を使用し、第１のフル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算する。識別モジュール４３０は、識別モジュールを使用して、第１の組の１つ以上のピークパラメータと第２の組の１つ以上のピークパラメータとが、実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、生成イオンを識別する。

本教示は、種々の実施形態と併せて説明されるが、本教示が、そのような実施形態に制限されることを意図するものではない。対照的に、本教示は、当業者によって理解されるように、種々の代替、修正、および均等物を包含する。

さらに、種々の実施形態の説明において、本明細書は、ステップの特定のシーケンスとして、方法および／またはプロセスを提示し得る。しかしながら、方法またはプロセスが本明細書に記載されるステップの特定の順序に依拠しない程度において、方法またはプロセスは、説明されるステップの特定のシーケンスに制限されるべきではない。当業者が理解するであろうように、ステップの他のシーケンスも可能であり得る。したがって、本明細書に記載されるステップの特定の順序は、請求項に関する制限として解釈されるべきでない。加えて、方法および／またはプロセスを対象とする請求項は、そのステップの実施を書かれた順序に制限されるべきではなく、当業者は、シーケンスが、変動され得、依然として、種々の実施形態の精神および範囲内にあることを容易に理解することができる。

Claims (14)

1. 干渉を含まない生成イオンを識別するためのシステムであって、
   経時的に検体を含む第１の試料を分離する分離デバイスと、
   タンデム質量分析計と、
   前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
   を備え、
   前記タンデム質量分析計は、前記第１の試料が分離されるたびに、可変幅を有する２つ以上の前駆体イオン単離窓を使用して前記第１の試料の質量範囲の単一の前駆体イオンスキャンを実行し、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の断片化スキャンを実行して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々のフル生成イオンスペクトルを生成し、前記タンデム質量分析計は、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の選択を可能にする四重極質量フィルタを含み、前記四重極質量フィルタは、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓を選択することにより、適切な時間フレーム内において、前記第１の試料のマトリクスの影響を調査し、定量化に適切なイオンの選択を可能にし、
   前記プロセッサは、
   前記四重極質量フィルタに印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方を独立して制御することにより、前記第１の試料が分離されるたびに可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の前記選択を可能にすることと、
   前記タンデム質量分析計から、前記第１の試料が分離されるたびに前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々に対するフル生成イオンスペクトルを受信することと、
   第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの前記１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
   を行う、システム。
2. 前記第１の試料は、前記検体に加え、第１のマトリクスを含み、前記プロセッサは、
   前記生成イオンを前記第１の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけることと、
   前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別することと
   を行う、請求項１に記載のシステム。
3. 前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅は、前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅より狭い、請求項１に記載のシステム。
4. 前記生成イオンは、前記検体の既知の生成イオンであり、前記第１のマトリクスが前記生成イオンに干渉しているかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが、計算され、前記生成イオンが、前記検体の前記前駆体イオンと関係づけられて、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来することを確認する、請求項２に記載のシステム。
5. 前記生成イオンは、未知の生成イオンであり、前記生成イオンが、前記検体の前記前駆体イオンと関係づけられて、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来することを決定し、前記第１のマトリクスが前記生成イオンに干渉しているかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが、計算される、請求項２に記載のシステム。
6. 前記プロセッサは、前記生成イオンおよび前記前駆体イオンを含む選択的反応モニタリングアッセイを生成する、請求項１に記載のシステム。
7. 前記分離デバイスは、経時的に第２のマトリクスおよび前記検体を含む第２の試料を分離し、
   前記タンデム質量分析計は、前記第２の試料が分離されるたびに、可変幅を有する２つ以上の前駆体イオン単離窓を使用して前記第２の試料の質量範囲の単一の前駆体スキャンを実行し、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の断片化スキャンを実行して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々のフル生成イオンスペクトルを生成し、
   前記プロセッサは、
   前記四重極質量フィルタに印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方を独立して制御することにより、前記第２の試料が分離されるたびに可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の前記選択を可能にすることと、
   前記タンデム質量分析計から、前記第２の試料が分離されるたびに前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々に対するフル生成イオンスペクトルを受信することと、
   前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第３の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの前記１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第４の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   前記生成イオンを前記第２の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけることと、
   前記第３の組の１つ以上のピークパラメータと前記第４の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが前記第２のマトリクスに由来せず前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスおよび前記第２のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別することと
   を行う、請求項２に記載のシステム。
8. 干渉を含まない生成イオンを識別するための方法であって、
   分離デバイスを使用して、経時的に検体を含む第１の試料を分離することと、
   タンデム質量分析計を使用して、前記第１の試料が分離されるたびに、可変幅を有する２つ以上の前駆体イオン単離窓を使用して前記第１の試料の質量範囲の単一の前駆体イオンスキャンを実行し、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の断片化スキャンを実行して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々のフル生成イオンスペクトルを生成することであって、前記タンデム質量分析計は、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の選択を可能にする四重極質量フィルタを含み、前記四重極質量フィルタは、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓を選択することにより、適切な時間フレーム内において、前記第１の試料のマトリクスの影響を調査し、定量化に適切なイオンの選択を可能にする、ことと、
   プロセッサを使用して、前記四重極質量フィルタに印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方を独立して制御することにより、前記第１の試料が分離されるたびに可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の前記選択を可能にすることと、
   前記プロセッサを使用して、タンデム質量分析計から、前記第１の試料が分離されるたびに前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々に対するフル生成イオンスペクトルを受信することと、
   前記プロセッサを使用して、第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   前記プロセッサを使用して、第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの前記１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
   前記プロセッサを使用して、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
   を含む、方法。
9. 前記第１の試料は、前記検体に加え、第１のマトリクスを含み、
   前記生成イオンを前記第１の試料中の前記検体の前駆体イオンに関係づけることと、
   前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一であり、かつ、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来する場合、前記第１のマトリクスから独特であるとして、前記前駆体イオンおよび前記生成イオンを識別することと
   をさらに含む、請求項８に記載の方法。
10. 前記第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅は、前記第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅より狭い、請求項８に記載の方法。
11. 前記生成イオンは、前記検体の既知の生成イオンであり、前記第１のマトリクスが前記生成イオンに干渉しているかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが、計算され、前記生成イオンが、前記検体の前記前駆体イオンと関係づけられて、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来することを確認する、請求項９に記載の方法。
12. 前記生成イオンは、未知の生成イオンであり、前記生成イオンが、前記検体の前記前駆体イオンと関係づけられて、前記生成イオンが前記第１のマトリクスに由来せず前記検体に由来することを決定し、前記第１のマトリクスが前記生成イオンに干渉しているかどうかを決定するために、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータおよび前記第２の組の１つ以上のピークパラメータが、計算される、請求項９に記載の方法。
13. 前記プロセッサは、前記生成イオンおよび前記前駆体イオンを含む選択的反応モニタリングアッセイを生成する、請求項８に記載の方法。
14. 非一時的な有形のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記非一時的な有形のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体のコンテンツは、干渉を含まない生成イオンを識別するための方法を実行するようにプロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
    システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、干渉および相関モジュールと、識別モジュールとを備えている、ことと、
    前記測定モジュールを使用して、経時的に検体を含む第１の試料を分離するように分離デバイスに命令することと、
    前記測定モジュールを使用して、前記第１の試料が分離されるたびに、可変幅を有する２つ以上の前駆体イオン単離窓を使用して前記第１の試料の質量範囲の単一の前駆体イオンスキャンを実行し、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の断片化スキャンを実行して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々のフル生成イオンスペクトルを生成するようにタンデム質量分析計に命令することであって、前記タンデム質量分析計は、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の選択を可能にする四重極質量フィルタを含み、前記四重極質量フィルタは、可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓を選択することにより、適切な時間フレーム内において、前記第１の試料のマトリクスの影響を調査し、定量化に適切なイオンの選択を可能にする、ことと、
    前記測定モジュールを使用して、前記四重極質量フィルタに印加される無線周波数（ＲＦ）および直流（ＤＣ）電圧の両方を独立して制御することにより、前記第１の試料が分離されるたびに可変幅を有する前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の前記選択を可能にすることと、
    前記測定モジュールを使用して、タンデム質量分析計から、前記第１の試料が分離されるたびに前記２つ以上の前駆体イオン単離窓の各々に対するフル生成イオンスペクトルを受信することと、
    前記干渉および相関モジュールを使用して、第１の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の生成イオンに対する第１の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
    前記干渉および相関モジュールを使用して、第２の抽出イオンクロマトグラム窓幅を使用して、前記２つ以上の前駆体イオン単離窓のうちの前記１つの前駆体イオン単離窓の前記フル生成イオンスペクトル内の前記生成イオンに対する第２の組の１つ以上のピークパラメータを計算することと、
    前記識別モジュールを使用して、前記第１の組の１つ以上のピークパラメータと前記第２の組の１つ以上のピークパラメータとが実質的に同一である場合、干渉を含まないとして、前記生成イオンを識別することと
    を含む、コンピュータプログラム製品。