JP6146945B2 - 高ヘタ離れ性イチゴの作出方法および選抜方法 - Google Patents
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- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
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Description
[1]イチゴ果実と当該イチゴ果実の一部が残り付いた萼であるヘタとの分離性を高めるべく、
エチレン関連遺伝子であるエチレン受容体遺伝子ETR2、および、当該エチレン受容体遺伝子ETR2の発現を制御可能なプロモーター配列の少なくとも一部を有するDNA配列を使用してイチゴの植物体を形質転換するヘタ離れ性を高めたイチゴの作出方法。
[2]前記プロモーター配列が、配列番号17に記載のDNA配列を有する上記[1]に記載のヘタ離れ性を高めたイチゴの作出方法。
[3]エチレン関連遺伝子であるエチレン受容体遺伝子ETR2の発現量、或いは、前記エチレン受容体遺伝子ETR2を基に合成されたエチレン関連タンパク質の蓄積量を指標とした、イチゴ果実と当該イチゴ果実の一部が残り付いた萼であるヘタとの分離性を高めた高ヘタ離れ性イチゴの選抜方法。
本発明は、イチゴ果実と当該イチゴ果実の一部が残り付いた萼であるヘタとの分離性(ヘタ離れ性)を高めるため、エチレン関連遺伝子および当該エチレン関連遺伝子の発現を制御可能なプロモーター配列の少なくとも一部を有するDNA配列を使用してイチゴの植物体を形質転換したイチゴを作出するものである。
図1に示したように、イチゴ果実Xを収穫する際に、例えばヘタ離れ性を有するイチゴ品種である「ベニヒバリ」であれば、果実aの赤道部付近を持って果梗付け根と反対方向に果実を引張ると、果実aと萼(がく)bとの境界付近cで、果実aおよび果実aの一部が残り付いた萼bである「ヘタ」dに分離する。このように、ヘタ離れ性を有するイチゴ品種であれば、収穫の際には片手で果実をつまむと容易にヘタdが分離して果実aのみを収穫できる。
本明細書では、果実を持って引張るだけで容易に果実のみを収穫できる「ヘタ離れ形質」を有する遺伝子群を特定している。ヘタ離れ形質関連遺伝子の推定あるいは特定は、例えばプロテオーム解析を行なうとよい。
本発明では、ヘタ離れ形質関連遺伝子として、エチレン関連遺伝子に着目している。
エチレンは、植物においては果実の成熟を促進する効果があり、成熟ホルモンの一つであると考えられている。クライマクテリック型の果実では、一般に成熟直後にエチレン生成量のピークを示す。エチレンが合成されるとセルラーゼに関与して細胞壁組織の破壊が誘導され、また、合成されたエチレンは、エチレン受容体、エチレン情報伝達因子などが関与して、果実の成熟が引き起こされると考えられる。
上述したエチレン関連遺伝子を、ヘタ離れ形質を有さない或いはヘタ離れ性の低いイチゴ品種の植物体に導入して形質転換することで、ヘタ離れ形質を有さない或いはヘタ離れ性の低いイチゴ品種の植物体にヘタ離れ形質を付与する、或いは、ヘタ離れ性を高めることができる。また、エチレン関連遺伝子を、ある程度ヘタ離れ形質を有するイチゴ品種の植物体に導入して形質転換すれば、更にヘタ離れ性を高めることができる。
特に植物体へのベクターの導入法がアグロバクテリウムを用いる方法である場合には、pBI系等のバイナリーベクターを用いることが好ましい。バイナリーベクターとしては、例えばpBIG、pBIN19、pBI101、pBI121、pBI221等を使用するのがよい。
形質転換の対象となるイチゴの植物体は、植物体全体、植物器官(例えば葉・花弁・茎・根・種子など)、植物培養細胞、懸濁培養細胞、プロトプラスト、カルスなどのいずれであってもよい。
パーティクルガン法の場合は、植物体をそのまま使用してもよく、切片を調製した後に使用してもよく、プロトプラストを調製して使用してもよい。このように調製した試料を遺伝子導入装置(例えばPDS−1000(BIO−RAD社)など)を用いて処理することができる。
また、エチレン関連遺伝子が植物に導入されたか否かの確認は、PCR法やハイブリダイゼーション法などによって行うことができる。例えば形質転換した植物体からDNAを調製し、DNA特異的プライマーを設計してPCRを行い、増幅産物について電気泳動などを行って臭化エチジウムなどによって染色し、目的のエチレン関連遺伝子の増幅産物をバンドとして検出することによって、形質転換されたことを確認することができる。
高ヘタ離れ性イチゴ品種が有する特異的なDNA配列を利用して、高ヘタ離れ性イチゴを選抜することができる。
例えば、図7にて示したベニヒバリ(配列番号17)および宝交早生(配列番号18)の塩基配列のシーケンスアライメントより、当該プロモーター配列においてベニヒバリと宝交早生の間で15箇所の塩基置換が認められる。この塩基置換が特定の制限酵素の認識部位に存在すれば、当該制限酵素で処理して得られたDNA断片の長さは、ベニヒバリおよび宝交早生において異なることとなる。よって、対象となるイチゴ品種より抽出したゲノムDNAを制限酵素処理し、切断された特定のDNA断片の長さを検討することでヘタ離れ形質の有無を判断することができる。
当該プライマーの設計は、例えばプライマー設計ソフトであるOligo(Molecular Biology Insights社)を用いて設計すればよい。PCR条件は、設計されたプライマーの塩基配列に応じて、適宜設定するとよい。
エチレン関連遺伝子のコピー数は、例えば染色体DNAの制限酵素処理を行い、エチレン関連遺伝子配列に基づくプローブを用いたサザンブロッティングを行う方法で確認できる。また、エチレン関連遺伝子のmRNAが発現している組織を調べるには、in situハイブリダイゼーションや蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)等を行なうとよい。
また、エチレン関連遺伝子のmRNAの発現量は、ノーザンブロッティング、ドットブロット法、定量的RT−PCR、リアルタイムPCR法、マイクロアレイ法等を含む各種方法により測定することができる。
ベニヒバリ成熟果(ヘタ離れ性有り)、ベニヒバリ未成熟果および宝交早生成熟果(ヘタ離れ性無し)からタンパク質を抽出してプロテオーム解析を行ない、ヘタ離れ形質に関与するタンパク質を推定した。
これら3種類の試料よりタンパク質を抽出した。タンパク質の抽出は、酢酸アンモニウム含有メタノール沈殿法(Qifa Zheng, et al. "Qualitative and Quantitative Evaluation of Protein Extraction Protocols for Apple and Strawberry Fruit Suitable for Two-Dimensional Electrophoresis and Mass Spectrometry Analysis." J. Agric. Food Chem. 2007, 55, 1663-1673)を用いた。
二次元電気泳動には,Multiphor II電気泳動装置(GEヘルスケア社製)を用いた。等電点電気泳動(1次元目電気泳動)用ゲルにはプレキャストゲルであるImmobiline DryStrip IPGゲル(GEヘルスケア社)を使用した。等電点電気泳動終了後のゲルを1%DTTまたは2.5%ヨードアセトアミドを含む平衡化緩衝液(1.5M Tris-HCl pH8.0, 6M尿素,30%グリセロール,2%ドデシル硫酸ナトリウム)で、それぞれ30分間穏やかに浸透しゲルの平衡化を行った。平衡化したゲルをExcelGel(GEヘルスケア社製)上に載せ、二次元目電気泳動を行った。分解能を向上させるため,一次元目電気泳動にはpH4〜7,6〜10の2種類のIPGゲルを用いた。二次元目電気泳動後に0.25%Coomassie Brilliant Blue R-250 (CBB)染色液で一晩ゲルを染色後、脱染色液(25%メタノール,7.5%酢酸)でバックグラウンドの染色を除いた。二次元電気泳動の操作は全て25℃で行った。
タンパク質を二次元展開した後のゲルをGT-X900(EPSON社製)を用いてスキャンし、画像データを取得した。得られた画像データからImageMaster 2D Platinum(GEヘルスケア社製)を用いてタンパク質スポットの解析を行った(図2)。同一試料タンパク質から3枚の独立した泳動ゲルを取得し、それらの画像データを統合して各種試料のデータとした。各試料間におけるスポットを解析し、染色面積・濃度に応じた数値を比較し、2倍以上の差があるものを発現パターンに差があるスポットとして選択した。また、ベニヒバリ成熟果のみで発現がみられたタンパク質スポットを「ヘタ離れ促進候補タンパク質」、ベニヒバリ未成熟果および宝交早生成熟果で共通に検出され、ベニヒバリ成熟果では検出されなかったスポットを「ヘタ離れ抑制候補タンパク質」として扱った。
発現差異のあるスポット(複数のタンパク質が含まれている:図2に付した番号1〜13)を切り出し、トリプシン(プロテアーゼ:MP Biomedicals社製)を用いたin gel digestion法(ゲル内消化法)によってタンパク質をペプチド(50以下のアミノ酸から構成)に断片化し、質量分析の試料とした。質量分析はLTQ Orbitrap XL(Thermo Scientific社製)を用いESI-MS/MS法で行った。得られた質量分析データからアミノ酸配列を決定し、そのアミノ酸配列を持つタンパク質をタンパク質データベースから検索した。従って、そのアミノ酸配列を持つイチゴ由来タンパク質がデータベースに登録されていない場合には、配列が類似した他の植物種のタンパク質が検出される。
尚、アミノ酸配列およびタンパク質の検索には、Mascot search データベース(http://www.matrixscience.com/)を用いた。二つ以上のアミノ酸配列数が一致したタンパク質を同定タンパク質とした。
質量分析より得られたタンパク質情報から、BLAST search(Basic Local Alignment Search Tool; http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)によりシロイヌナズナの相同遺伝子を検索した。得られたホモログの情報を基にGOデータベース(Gene Ontology;文献情報に基づきタンパク質などの遺伝子産物に対して機能情報を付加しているデータベース)により生体内機能を推定し分類した。
ヘタ離れ性の高い試料(ベニヒバリ成熟果実)と、ヘタ離れ性の無い試料(ベニヒバリ未成熟果実および宝交早生成熟果)とにおいて、84種類のタンパク質に発現差異が認められた。
ヘタ離れとエチレンの関連性を明らかにするために、ヘタ離れ性を持たない宝交早生に、エチレン発生剤であるエテホンを処理した。
ヘタ離れ性が異なる品種/熟度の果実から抽出したRNAを用いて、エチレン合成関連酵素遺伝子およびエチレン受容体遺伝子の発現解析を行った。
−80℃で保存している果実ヘタ部を液体窒素中で粉末状になるまで乳鉢および乳棒を使用して破砕した。粉砕試料1gに対して65℃に加温したExtraction Buffer(100mM Tris-HCl (pH8.2), 1.4M NaCl, 20mM EDTA (pH8.0), 2% CTAB)を10mL添加し、ボルテックスを使用して激しく撹拌した。試料懸濁液を65℃で1時間静置後、室温まで冷却し、等量のCIA(Chloroform:Isoamylalchol=24:1)を添加し、転倒混和により均一なエマルジョンにした。室温にて15分間の遠心分離(12,000×g)を行い、上清を回収した。再度等量のCIAを添加し転倒混和した。室温にて15分間の遠心分離(12,000×g)を行い、上精を回収後、1/3倍量の12M LiClを添加し、4℃で一晩静置した。4℃にて15分間の遠心分離(12,000×g)を行い、上清を除去し5mLの二重蒸留水と5mLのフェノールを添加し、4℃にて10分間の遠心分離(12,000×g)を行い、水相を回収した。回収した水相と等量のフェノール/クロロホルムを添加し、4℃にて10分間の遠心分離(12,000×g)を行い、水相を回収した。回収した水相と等量のクロロホルムを添加し、4℃にて10分間の遠心分離(12,000×g)を行い、水相を回収した。回収した水相の1/30倍量の3M酢酸ナトリウムと1/10倍量の100%エタノールを添加し、よく撹拌した後、氷上で30分間静置した。室温にて25分間の遠心分離(12,000×g)を行い、上清を回収した後1/30倍量の3M酢酸ナトリウムと3倍量の100%エタノールを添加し、−70℃で3時間以上静置した。4℃にて20分間の遠心分離(12,000×g)を行い、上清を除去した後70%エタノールで洗浄し30mmの0.1%ジエチルピロカーボネート(DEPC)水溶液に溶解させた(Mehar H. Asif, et al., "A Simple Procedure for the Isolation of High Quality RNA from Ripening Banana Fruit" Plant Molecular Biology Reporter 18: 109-115, 2000)。
抽出した全RNAを鋳型とし、1st strand cDNA synthesis Kit(TaKaRa社製)を用いた逆転写反応によってcDNAを調製した。調製したcDNAを用いてリアルタイムPCR(TaKaRa社製)によって遺伝子発現解析を行った。各遺伝子のプライマー配列(配列番号1〜16)を図5に示した。PCRの条件は、製造業者の指示に従って行なった。また、アクチン遺伝子の発現量を各RNA試料間の内部標準(アクチン遺伝子の発現量を1とする)として用いた。結果を図6に示した。
また、エチレンにより遺伝子発現誘導が起こるエチレン受容体(ETR1,ETR2,ERS1)もベニヒバリ成熟果での発現量が高かった(それぞれ約1.4倍、約7倍、約1.7倍)。また、エチレン情報伝達因子CTRにおいても、ベニヒバリ果実での発現量が高かった(約2倍)。これらの結果から、ベニヒバリ(特に成熟果)では、エチレンの生成量が多いことが推測された。
ベニヒバリおよび宝交早生では、エチレン関連遺伝子群の発現量に差異が認められた。この差異の原因として、遺伝子の上流に位置し、遺伝子の発現量を制御しているプロモーター配列に着目し、ベニヒバリおよび宝交早生におけるプロモーター配列の違いおよび遺伝子発現量との関連性を調べた。
農場にて公知の手法によって露地栽培したベニヒバリおよび宝交早生の果実を収穫し、本葉0.3gを収穫し、液体窒素で急速冷凍した後、乳鉢および乳棒を使用して破砕して粉末状にした。粉砕試料を自動核酸抽出装置QuickGene-810(FUJIFILM社)に供し、核酸の抽出精製を行った。
抽出したゲノムDNAを用いて遺伝子(エチレン受容体遺伝子ETR2)の上流1kb程度の領域をDNA walking SpeedUpTM Premix Kit II(Seegene社製)を用いて増幅した。増幅したPCR産物は、pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit(invitrogen社製)を用いて、pCR8/GW/TOPOベクターに導入し、CEQTM8000シーケンサー(ベックマン・コールター社製)で配列情報を取得した。ベニヒバリ(配列番号17)および宝交早生(配列番号18)の塩基配列のシーケンスアライメントを図7に示す。
a 果実
b 萼
c 境界付近
d ヘタ
Claims (3)
- イチゴ果実と当該イチゴ果実の一部が残り付いた萼であるヘタとの分離性を高めるべく、
エチレン関連遺伝子であるエチレン受容体遺伝子ETR2、および、当該エチレン受容体遺伝子ETR2の発現を制御可能なプロモーター配列の少なくとも一部を有するDNA配列を使用してイチゴの植物体を形質転換するヘタ離れ性を高めたイチゴの作出方法。 - 前記プロモーター配列が、配列番号17に記載のDNA配列を有する請求項1に記載のヘタ離れ性を高めたイチゴの作出方法。
- エチレン関連遺伝子であるエチレン受容体遺伝子ETR2の発現量、或いは、前記エチレン受容体遺伝子ETR2を基に合成されたエチレン関連タンパク質の蓄積量を指標とした、イチゴ果実と当該イチゴ果実の一部が残り付いた萼であるヘタとの分離性を高めた高ヘタ離れ性イチゴの選抜方法。
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