JP6114256B2 - Cd40を拮抗する抗体ポリペプチド - Google Patents
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Description
CD40を標的とし、かつCD40アゴニスト活性を示さない、抗体およびそのフラグメント、それらを含む組成物、ならびにCD40活性が関わる疾患を処置するためにそれらを使用する方法が提供される。
本願は、2011年4月21日に出願された米国仮特許出願第61/477,904号の利益を主張し、この仮特許出願の内容は全て、引用により、本明細書に組み込まれる。
本願はASCIIフォーマットの配列表を含んでおり、これは、引用により、そのまま本明細書に組み込まれる。2012年4月20日に作成された前記ASCIIコピーは、200896WO.txtと名付けられており、サイズは1,188,533バイトである。
CD40は、樹状細胞、B細胞、およびマクロファージを含む抗原提示細胞(APC)上に存在する、腫瘍壊死因子(TNF)受容体スーパーファミリーに属する共刺激分子である。CD40がTH細胞上のそのリガンドCD154(CD40L)に結合すると、APCは活性化される。CD40を介したAPCの活性化は、サイトカイン生産、共刺激分子(CD86など)のアップレギュレーション、ならびに抗原提示およびB細胞増殖の強化を含むさまざまな免疫応答に関与する。CD40は、内皮細胞、平滑筋細胞、線維芽細胞、および上皮細胞によっても発現されうる。
部分アゴニスト活性を持たない抗CD40抗体アンタゴニストは、今なお、臨床の場において必要とされている。ヒトCD40の新規エピトープに特異的に結合する新規抗体ポリペプチドを提供する。本CD40エピトープは、競合解析によって示されるとおり、また抗体ポリペプチドとCD40との共結晶化によって得られる構造によって示されるとおり、Chi220エピトープとはオーバーラップしない。本抗体ポリペプチドは、有利なことに、CD40アゴニスト活性を示さない。本抗体ポリペプチドは、自己免疫疾患、移植片拒絶、およびアレルギー応答を含む、CD40活性化が関わる疾患の処置において有用である。本抗体ポリペプチドは可変ドメインを含む。ある実施形態において、本抗体ポリペプチドは単一可変ドメインを含有するドメイン抗体(dAb)の形態にある。もう一つの実施形態において、dAbは、ヒト血清アルブミン(HSA)などに結合することができる第2可変ドメインを含む二重特異性試薬である。
を含み、X1がGlnまたはArgであり、Y1がGluまたはGlyであり、Z1が、Ala、Leu、またはGluであり、A1がPheまたはTyrであり、B1がTrpまたはArgである抗体ポリペプチドが提供される。
を含み、X1がThrまたはProであり、Y1がAlaまたはSerであり、Z1がArgまたはGlyであり、A1が、Arg、Ser、Asn、Gln、Gly、His、またはLeuであり、B1が、Tyr、Phe、Trp、またはGlyであり、C1がSerまたはGlyであり、D1がArg、Met、またはProである抗体ポリペプチドも提供される。
を含み、X1がMetまたはLeuであり、Y1がValまたはPheであり、Z1がAspまたはAsnであり、A1がSerまたはThrであり、B1がTyrまたはHisであり、C1がLysまたはArgであり、D1がAspまたはGluであり、E1がTyrまたはPheであり、F1がTrpまたはArgであり、G1がGlyまたはArgであり、H1がGlnまたはHisである抗体ポリペプチドも提供される。
本特許または特許出願ファイルは少なくとも1つの彩色図を含んでいる。この特許または特許出願公開の写しは、請求および必要な手数料の納付があり次第、特許庁によって提供されるであろう。
ヒトCD40に特異的に結合する抗体ポリペプチドが提供される。本抗体ポリペプチドはCD40アゴニスト活性を示さず、本抗体ポリペプチドは、CD40活性化が関わる疾患、例えば自己免疫疾患などの処置において有用である。本抗体ポリペプチドは、細胞結合アッセイをを利用する一次スクリーンと、それに続く1ラウンド以上のエラープローン親和性成熟または縮重オリゴヌクレオチド指定親和性成熟とを使って選択することができる。結果として、単一のCD40エピトープに特異的に結合する一群の抗体ポリペプチドが得られる。
ヒトCD40に結合する抗体ポリペプチドが提供される。CD40は、B細胞表面抗原CD40、Bp50、CD40L受容体、CDw40、CDW40、MGC9013、p50、TNFRSF5、および腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー5とも呼ばれている。ヒトCD40に関する関連構造情報は、例えばUniProtアクセッション番号P25942、Q9BYU0、およびQ53GN5に見いだすことができる。「ヒトCD40」は、次に挙げるアミノ酸配列を含むCD40を指す:
CALR(P27797);
ERP44(Q9BS26);
FBL(P22087);
POLR2H(P52434);
RFC5(P40937);
SGK1(O00141);
SLC30A7(Q8NEW0);
SLC39A7(Q92504);
TRAF2(Q5T1L5);
TRAF3(Q13114);
TRAF6(Q9Y4K3);
TXN(Q5T937);
UGGT1(Q9NYU2)および
USP15(Q9Y4E8)。
例えばCD40「活性」にはTRAF2との相互作用が含まれる。CD40/TRAF2相互作用はNF-κBおよびJNKを活性化する。Davies et al., Mol. Cell Biol. 25:9806-19 (2005)を参照されたい。したがってこのCD40活性は、参照と比較したCD40依存的細胞性NF-κBおよびJNK活性化によって決定することができる。
ヒトCD40(配列番号1)とdAb BMS3h-56-5(配列番号321)との複合体のX線結晶解析を使って、本開示の抗体ポリペプチドによって認識されるエピトープを明らかにした。CD40とBMS3h-56-5の構造モデルを電子密度データにフィッティングすることによって、一つの結晶形における結晶学的に独立した3つの複合体と、第2の結晶形における結晶学的に独立した4つの複合体とに由来する、CD40/BMS3h-56-5複合体の7つのモデルまたはバージョンを得た。これらのバージョンは、主鎖原子について約0.92および側鎖原子について0.80の実空間相関係数を有する。CD40分子は、これら7つのバージョンにおいて一定量の柔軟性を有するが、CD40/BMS3h-56-5相互作用の全体的性質は全てのバージョンにおいて保たれている。これらのバージョンは、CD40残基Trp109とBMS3h-56-5 Trp103の間の相互作用が異なっている(Kabatナンバリング、下記参照)。BMS3h-56-5 Trp103は、あるバージョンでは、CD40 Trp109とエッジトゥフェイス(edge-to-face)相互作用を形成するが、他のバージョンでは、ずれたスタッキング(displaced stacking)(すなわちフェイストゥフェイス(face-to-face))相互作用を形成している。
抗体ポリペプチドは可変ドメインを含む。ある実施形態では、抗体ポリペプチドが、単一の可変ドメインを含有するdAbの形態にある。抗体ポリペプチドは、ジスルフィド結合によって互いに連結された2つの重(H)鎖と2つの軽(L)鎖を含む完全長抗CD40免疫グロブリン分子であってもよい。この実施形態では、各鎖のアミノ末端部分が、そこに含まれる相補性決定領域(CDR)による抗原認識を主に担っている約100〜110アミノ酸の可変ドメイン(VLまたはVH)を含んでいる。各重鎖のカルボキシ末端側の「半分」は、主にエフェクター機能を担う定常領域(Fc)を規定している。
医薬組成物は、治療有効量の1つ以上の抗体ポリペプチドと、場合によっては医薬上許容される担体とを含む。医薬上許容される担体には、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、ならびにそれらの組み合わせが含まれる。医薬上許容される担体はさらに、融合タンパク質の貯蔵寿命または有効性を強化する少量の補助物質、例えば湿潤剤もしくは乳化剤、保存剤、または緩衝剤などを含みうる。組成物は、投与後に活性成分の迅速な放出、持続的放出、または遅延放出を与えるように製剤化することができる。適切な医薬組成物およびそれらを調製するためのプロセスは当技術分野においてよく知られている。例えばA. Gennaro, et al.編「Remington, The Science and Practice of Pharmacy」第21版、Mack Publishing Co. (2005)を参照されたい。
CD40を拮抗する本開示の抗体ポリペプチドの能力は、いくつかの利用可能なインビトロモデル系またはインビボモデル系の一つにおいて試験することができる。適当な動物および細胞モデル系を以下に説明する。さらなる細胞アッセイ系は実施例で述べる。
IBDは病院不明の多因子免疫障害である。IBDに似た粘膜炎のいくつかのマウスモデルにより、正常な粘膜免疫機能と病的な粘膜免疫機能の両方を支配する機序への洞察が得られている。IBDモデルには、De Winter et al., Am. J. Physiol. 276: G1317-1321 (1999)の粘膜免疫および炎症系の使用が含まれる。ある態様では、免疫不全マウスへのCD4(+)Tリンパ球のサブセットCD4(+)CD45RBhigh細胞の注入が、腸の炎症をもたらす。病理発生の一因は炎症誘発性サイトカインにある。大腸炎の誘導は、もう一つのCD4(+)亜集団CD4(+)CD45RBlow T細胞の同時移入によって防止することができる。この集団は、活性化マーカーの獲得と宿主腸へのホーミングについては、CD4(+)CD45RBhigh集団と同じように挙動する。しかし、活性化された時のそれらのリンホカインプロファイルは異なり、CD4(+)CD45RBlow T細胞によって分泌および/または誘導される抗炎症性サイトカインは大腸炎を防止する。De Winter et al.の論文には、養子移入モデルと、大腸炎病理発生を促進する因子および防止する因子についての説明がなされている。
全身性自己免疫によって惹起される臓器特異的疾患のモデルは、Kouskoff et al., Cell 87: 811-822 (1996)によって提供されている。関節リウマチ(RA)は、白血球浸潤と滑膜細胞活性化、それに続く軟骨と骨の破壊を特徴とする、慢性関節疾患である。Kouskoff et al.には、T細胞受容体(TCR)トランスジェニック系統をNOD系統と交配することによって生成した、RAの自発的マウスモデルが開示されている。全ての子孫が、ヒトにおけるRAを強く連想させる関節疾患を発症する。このマウス障害の引き金は、トランスジェニックTCRによるNOD由来主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスII分子の偶発的認識であり、関節炎への進行には、CD4+ T、B、そしておそらくは骨髄性細胞が関与する。
コラーゲン誘発性関節炎のマウスモデルは、Brand et al., Methods Mol. Med. 102: 295-312 (2004)によって提供されている。コラーゲン誘発性関節炎(CIA)は、関節軟骨の主要構成成分タンパク質であるタイプIIコラーゲン(CII)を使った免疫処置によって、齧歯類動物(ラットおよびマウス)と非ヒト霊長類の感受性系統において引き出すことができる自己免疫疾患である。免疫処置後に、動物は、RAと共通する臨床的特徴と組織学的特徴をいくつか持つ自己免疫性多発性関節炎を発症する。齧歯類動物におけるCIAに対する感受性は、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)のクラスII分子に関連しており、CIIに対する免疫応答は、コラーゲン特異的T細胞の刺激、および免疫原(異種CII)と自己抗原(マウスCII)との両方に特異的な高力価の抗体の生産を、どちらも特徴とする。組織学的には、マウスCIAは、関節炎の臨床的発症と合致する激しい滑膜炎を特徴とする。CIAとRAの病理学的類似性ゆえに、この実験データはCIAを評価するのに有用である。
T細胞受容体(TCR)トランスジェニックT細胞の養子移入の使用は、抗原誘発性T細胞増殖のインビボモデルを与える。Pape et al., Immunol. Rev. 156:67-78 (1997)は、既知のペプチド/MHC特異性を有する同定可能なTCRを一様に発現するTCRトランスジェニックT細胞の養子移入を開示している。このモデルは、抗原特異的T細胞のインビボ挙動を監視するために使用することができる。ナイーブT細胞は、まず最初に、二次リンパ組織のT細胞域内で活性化されて、B7依存的に増殖する。この期間中にアジュバントまたは炎症性サイトカインが存在すると、より多数のT細胞が蓄積され、B細胞に富む濾胞へと移動し、IFN-γを生産する能力を獲得して、B細胞がIgG2aを生産するのを助ける。炎症が効果的に拮抗されると、最初に活性化される抗原特異的T細胞の大半が、濾胞に進入することなく消失し、生き残ったものもIL-2およびIFN-γを生産する能力に乏しい。
表3に、本開示の抗体ポリペプチドにとって有用な代表的抗ヒトCD40可変ドメインアミノ酸配列を列挙する。表3に列挙する可変ドメイン配列をコードする代表的核酸を、表4に開示する。当技術分野ではよく知られているとおり、複数のコドンが同じアミノ酸をコードしうる。したがって、タンパク質配列をコードする核酸には、コドン縮重を有する核酸が含まれる。表3に開示する抗体ポリペプチドはCD40に特異的に結合し、以下の実施例において説明する反復的な初回/一次スクリーニングおよび親和性成熟法を使って作製された。
以下の実施例では、BMS3h-1〜BMS3h-225と呼ばれる一連の抗ヒトCD40可変ドメインの生成を説明する。単一免疫グロブリン可変ドメインのレパートリーをファージの表面上に組換え発現させた後、そのファージレパートリーを固定化ターゲット抗原と接触させ、未結合のファージを除去するために洗浄し、結合しているファージを増殖させることによって選択を行う。このプロセスはしばしば「パンニング」と呼ばれる。これは、単一免疫グロブリン可変ドメインや、ディスプレイライブラリー上に発現させることができる他の抗体フラグメント、例えばscFv、Fab、およびFab'のスクリーニングに応用することができる。あるいは、フォールディングされたメンバーだけが結合する固定化汎用リガンド(例えばプロテインAまたはプロテインL)に対するパンニングによって、適正にフォールディングされたメンバー変異体の発現について、ファージを事前選択しておいてもよい。これには、非機能的なメンバーの比率を下げ、それによってターゲット抗原に結合する可能性が高いメンバーの比率を増加させるという利点がある。汎用リガンドによる事前選択は、例えばWO 99/20749に教示されている。ファージ抗体ライブラリーのスクリーニングについては、例えばHarrison et al., Meth. Enzymol. 267:83-109 (1996)に概説されている。
ビオチン化ヒトCD40単量体(供給者BMS、1.5モル・ビオチン/モル・CD40)とビオチン化ヒトCD40-Ig(供給者BMS、3.3モル・ビオチン/モル・CD40-Ig)の両方に対して、使用する抗原の濃度を低下させつつ(第1ラウンドは100nM;第2ラウンドは10nM;第3ラウンドは1nM)、3ラウンドの選択を並行して行った。選択を開始する前に、ナイーブ4Gおよび6G Domantis dAbライブラリーからのファージを、次のように組み合わせた:
1)4G+6G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
2)4G+6G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
3)4G+6G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
4)4G VK、
5)6G VK。
BMS3h-106〜225は、BMS3h-1〜BMS3h-69について説明したように、ただし次に挙げる変更を加えて、ビオチン化CD40またはビオチン化CD40-Fcに対する選択から単離された。選択を開始する前に、ナイーブ4Gおよび6Gライブラリーからのファージを、次のように組み合わせた:
6)4G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
7)4G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
8)4G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
9)6G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
10)6G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
11)6G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
12)4G VK、
13)6G VK。
第1ラウンドは、CD40-Fcの場合は160nM、CD40の場合は100nMの抗原濃度で行った。アウトプット力価は、2.0×104〜9.0×107TU/ml(機能的ウイルス力価)の範囲にあった。
1)4G+6G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸(第1ラウンドからのプール1+4)、
2)4G+6G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸(第1ラウンドからのプール2+5)、
3)4G+6G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸(第1ラウンドからのプール3+6)、
4)4G+6G VK(第1ラウンドからのプール7+8)。
選択は、100nMの抗原濃度で行い、NeutrAvidin(Thermo Fisher Scientific、英国)とカップリングしておいたM-280トシル活性化Dynabeads(登録商標)(Invitrogen)を使って、抗原-ファージ複合体を捕捉した。アウトプット力価は6.5×107〜7.5×108TU/mlの範囲にあった。
BMS3h-70〜105は、イムノチューブ(immunotube)に受動的に吸着させた抗原に対する選択から単離された。選択を開始する前に、ナイーブ4Gおよび6G Domantis dAbライブラリーからのファージを、次のように組み合わせた:
1)4G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
2)4G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
3)4G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
4)6G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
5)6G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
6)6G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
7)4G VK、
8)6G VK。
BMS3h-210〜225は全細胞に対する選択から単離された。選択を開始する前に、ナイーブ4Gおよび6G Domantis dAbライブラリーからのファージを、次のように組み合わせた:
1)4G+6G VH CDR3鎖長7〜9アミノ酸、
2)4G+6G VH CDR3鎖長10〜12アミノ酸、
3)4G+6G VH CDR3鎖長13〜15アミノ酸、
4)4Gおよび6G VK。
下記実施例6で説明するB細胞増殖アッセイにおいて中和活性を示した13のBMS3h dAbについて、エラープローンファージライブラリーを構築した(表17参照)。これは、Mutazyme IIポリメラーゼ(Agilent Technologies製のGeneMorph IIキットのパーツ)を使用して、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による増幅中にdAb遺伝子中にランダムにエラーを導入することによって行った。変異型dAb遺伝子を、感染性ファージ粒子の生成に必要なfd遺伝子を全て含有するpDOM4ベクターに、GAS1リーダー配列の制御下にあるfdファージ遺伝子IIIタンパク質との遺伝子融合物としてクローニングした。これらのライブラリーは、サイズが約1×108CFU(コロニー形成ユニット)で、エラー率はdAb遺伝子あたり2〜5アミノ酸であった。
上記第3ラウンド選択アウトプットのそれぞれからのdAb遺伝子を、E. coli HB2151中の可溶性発現ベクターpDOM13(Domantis)に、プールとしてサブクローニングした。pDOM13ベクターはpDOM33とも呼ばれ、WO/2008/149143に開示されている。このベクターにより、E. coliにおける遊離dAbの発現と上清への分泌が可能になった。47個の個別コロニーをアウトプットのそれぞれから拾い、Costar96穴細胞培養クラスター(Corning Incorporated、米国)において、Novagen Overnight Express Autoinduction培地(Merck Chemicals、英国)を含有する200μlのテリフィックブロス中、250rpmで振とうしながら、37℃で終夜発現させた。同じプレートにおいて、一つのウェルに、適当な親(野生型)dAbを発現するE. coliを接種した。培養物を遠心分離して細胞をペレット化し、上清を、親dAbと比較した「オフ速度」(すなわち解離速度定数,kd)の改善について、BIAcore(商標)3000計器(GE Healthcare)でスクリーニングした。
トリプレットスキャニング多様化法によるさらなるアフィニティ成熟のために、エラープローン成熟から単離された5つの効力改善型dAb、BMS3h-37-2、-38-2、-56-2、-193-25および-217-23を選んだ。エラープローンPCRを使用する代わりに、一連のオーバーラップ縮重トリプレットオリゴヌクレオチドを使って各dAbの相補性決定(CDR)領域を多様化した点以外は、エラープローンライブラリーについて上で説明したように、これらの親に基づいてファージライブラリーを構築した。アフィニティ成熟させようとする各dAbについて、NNSコドントリプレットを含有するオリゴヌクレオチド(Arkin et al., (1992) Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 89:7811-7815参照)を使って、オーバーラップ伸長(SOE)PCRによるスライシング(slicing)により、各CDRについて、いくつかのライブラリーを作製した。所与のCDRについてオリゴヌクレオチドによって多様化されるトリプレットは、2つのコドンでオーバーラップしていて、CDR毎に2〜4つのライブラリーをもたらした。BMS3h-37-2ライブラリーにおいて多様化されたアミノ酸残基は、位置30、31、32、33、35、50、52、53、55、56、95、96、97、および98(Kabatナンバリング)にあった。BMS3h-38-2ライブラリーにおいて多様化された残基は37-2の場合と同様であったが、位置100を加えた。BMS3h-56-2ライブラリーにおいて多様化された残基は37-2の場合と同様であったが、位置100および101を加えた。BMS3h-193-25および-217-23ライブラリーにおいて多様化された残基は、位置27、28、30、31、32、34、49、50、51、53、89、91、92、93、94、および96にあった。
実施例1において生成した抗ヒトCD40可変ドメインアミノ酸配列のCD40アフィニティを決定するために、いくつかのインビトロ受容体結合アッセイ(RBA)を使用した。3つのRBAフォーマットを使用した:(1)ビーズRBA、(2)ELISA RBA、および(3)CHO細胞RBA。
リン酸緩衝食塩水(PBS)で洗浄したSpheroストレプトアビジンポリスチレン粒子(Saxon Europe、英国)を、0.5μg/mlビオチン化ヒトIZ-CD40L(BMS)でコーティングした。コーティング後に、ビオチン化CD40L粒子をPBS中で洗浄し、PBSアッセイ緩衝液中の0.1%(w/v)ウシ血清アルブミン(BSA)(Sigma-Aldrich、英国)に1:10希釈した。384穴透明底黒壁プレート(Applied Biosystems)において、ある希釈度範囲の精製dAb、0.25μg/mlヒトCD40(BMS、CY24FEB06-01)、5000分の1のマウス抗ヒトIgG(Fc)mAbクローンGG-7(Sigma-Aldrich、英国)、0.25μg/mlヤギ抗マウスALEXA Fluor 647(Invitrogen、Molecular probes、英国)およびビオチン化CD40Lポリスチレン粒子を均一に混合し、遮光下、室温で6時間インキュベートしておいた。インキュベーション後に、ビオチン化CD40L粒子へのdAbとヒトCD40との競合的結合を、AB8200細胞検出装置(Applied Biosystems)で、相対的蛍光を使って評価した。
透明壁ハイバインド(High Bind)384穴プレート(Corning、英国)を、0.2M炭酸-重炭酸塩緩衝液pH9.4中の1μg/ml Neutravidin 25μlにより、4℃で終夜コーティングした。翌日、アッセイプレートを0.1%(v/v)Tween PBS緩衝液で洗浄し、PBS中の1%(w/v)BSAにより、室温で1時間ブロッキングし、再び洗浄した。過剰の洗浄緩衝液を除去した後、1μg/mlのビオチン化ヒトIZ-CD40L(BMS)25μlを、アッセイプレートと共に、室温で1時間インキュベートした。同時に、ある希釈度範囲の精製dAbと1μg/mlのヒトCD40(BMS、CY24FEB06-01)とを、1:1の比で複合体にした。アッセイプレートの洗浄後に、そのdAb:ヒトCD40複合体を、アッセイプレート中、穏やかに撹拌しながら、室温で2時間インキュベートした。5000分の1のマウス抗ヒトIgG(Fc)mAbクローンGG-7(Sigma-Aldrich、英国)および10000分の1のセイヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲートヤギ抗マウスIgG(Fc)二次検出抗体(Sigma-Aldrich、英国)と逐次的にインキュベートすることによって、ビオチン化CD40LへのdAbとヒトCD40との競合的結合を検出した。1M HCl溶液による中和後に、SpectraMax M5eプレートリーダー(Molecular Devices)を使って、450nmにおいて、吸光シグナルを測定した。
安定トランスフェクトヒトCD40発現CHO-DG44細胞またはネイティブCHO-DG44細胞(どちらもBMS)を、Versene(Invitrogen)を使って細胞培養フラスコから剥離した。1ウェルあたり4万個の細胞を、ある希釈度範囲のdAb、0.25μg/mlのビオチン化ヒトIZ-CD40L(BMS)、および0.25μg/mlのストレプトアビジンAlexa Fluor 647(Invitrogen、Molecular probes、英国)を含む0.1%(w/v)BSA PBSアッセイ緩衝液に入れて、96穴ハイバインド黒壁透明底プレート(Corning、英国)に播種した。その混合物を遮光下で6時間インキュベートした。インキュベーション後に、可溶性ビオチン化IZ-CD40LへのdAbとヒトCD40 CHO細胞との競合的結合を、AB8200細胞検出装置(Applied Biosystems)で、相対的蛍光を使って評価した。
一次スクリーニング作業(「ナイーブクローン」)および後続の親和性成熟ラウンド(「エラープローン成熟クローン」)において同定された抗ヒトCD40 dAbについて、結合速度論を決定した。使用した方法は、CD40に対するdAbのアフィニティを直接測定するものである。
一次スクリーニング作業(「ナイーブクローン」)および後続の親和性成熟ラウンド(「エラープローン成熟クローン」および「追加成熟クローン)において同定された抗ヒトCD40 dAbを、生物物理学的パラメータの解析によって、さらに特徴づけた。dAbの相対的安定性を測定するために、それらの融点を示差走査熱量測定(DSC)によって決定した。融解温度が高いdAbの方が安定である。dAbが溶解状態において多量体型凝集体を形成するかどうかを決定するために、サイズ排除クロマトグラフィー/マルチアングルレーザー光散乱(SEC-MALLS)によってdAbをアッセイした。結果を表10〜12に示す。
[表11]エラープローン成熟クローン
[表12]追加成熟クローン
BIAcore(商標)3000計器(GE Healthcare)を使って、CD40特異的dAbが同じCD40エピトープに結合するかどうかを解析した。およそ600応答ユニット(RU)のビオチン化ヒトCD40(BMS)を、ストレプトアビジン(SA)BIAcore(商標)チップのフローセルの一つに固定化した。リガンドが何も固定化されていないもう一つのフローセルを、インライン参照用の参照フローセルとした。解析しようとする各dAbまたはFabの適当な希釈液をHBS-EP緩衝液(0.15M NaCl、3mM EDTAおよび0.005%v/vサーファクタントP20を含む0.01M HEPES pH7.4、GE Healthcare)に調製した。選ばれた希釈度は、後述のように注入した場合に、その特定阻害剤に関して考えうる最大の結合RUの>80%をもたらすもの、典型的には1〜10μMであった。次に、競合について解析しようとする第2のdAbまたはFabを使って、上記と同じ(同じ最終濃度の)dAbまたはFabの混合物を調製した。計器のCOINJECT機能を使って、60μlの単一阻害剤希釈液を、CD40固定化フローセルおよび参照フローセルを順次横切るように注入し、その直後に、60μlの二阻害剤混合物を注入した。参照セルからのシグナルのインライン差し引きは、計器の制御ソフトウェアによって行った。実験は、HBS-EPの流速を30μl/分とし、25℃において行った。各同時注入が完了した後に、阻害剤を、緩衝液中で60秒間、リガンドから解離させ、それから、10mMグリシンpH2.0を10μl注入することで再生した。2回目の注入(2つの阻害剤の混合物)について得られた最大RUを記録し、単独で注入した場合の同じ阻害剤について得られたRUのパーセンテージとして表した。
[表14]
[表16]
抗ヒトCD40 dAbを、CD40活性を拮抗するそれらの能力について、機能的にアッセイした。試験したCD40活性は、B細胞増殖、および初代ヒト単球由来樹状細胞(DC)のhCD40L駆動性活性化によるサイトカイン生産であった。別段の注記がある場合を除き、アッセイは全て、10%ウシ胎児血清(FCS)を補足したRPMI培地中で行った。さまざまなアッセイを使った結果を表17に示す。
1×105個の扁桃ヒトB細胞を、0.6μg/mlのIZ-hCD40Lと共に、さまざまな力価測定値(titration)の抗体ポリペプチドと合わせて、96穴丸底プレート中、200μl/ウェルの最終体積でインキュベートした。プレートを37℃で72時間インキュベートした後、チミジン(3H;0.5μci/ウェル)を6時間加えた。B細胞増殖をチミジン取り込みに基づいて定量した。
CHO細胞にヒトCD40Lをトランスフェクトすることで、細胞表面に高レベルのCD40Lを発現する安定細胞株を生成させた。ヒトB細胞と共にインキュベートする前にCHO-CD40L細胞に10,000Radを照射した。1×105個の扁桃ヒトB細胞を、1×103個のCHO-CD40L細胞(CHO-CD40L:ヒトB細胞の比は1:100)と共に、さまざまな力価測定値の抗体ポリペプチドと合わせて、96穴丸底プレート中、200μl/ウェルの最終体積でインキュベートした。プレートを37℃で72時間インキュベートした後、3H-チミジン(0.5μci/ウェル)を6時間加えた。B細胞増殖をチミジン取り込みに基づいて定量した。
1×105個のカニクイザル脾臓B細胞を、0.5μg/mlのIZ-hCD40Lと共に、さまざまな力価測定値の抗体ポリペプチドと合わせて、96穴丸底プレート中、200μl/ウェルの最終体積でインキュベートした。プレートを37℃で72時間インキュベートした後、3H-チミジン(0.5μci/ウェル)を6時間加えた。B細胞増殖をチミジン取り込みに基づいて定量した。
T細胞を、ヒト末梢血単核球(PBMC)から単離し、ヒツジ赤血球(SRBC)ロゼット形成を使って濃縮した。ヒト扁桃B細胞は、扁桃組織を単一細胞懸濁液までホモジナイズすることによって単離した。白血球をフィコール分離によって取得してから、SRBCロゼット形成を使ってB細胞を負に選択し、ロゼット形成した細胞を捨てることによって濃縮した。
SRBCロゼット形成でT細胞を枯渇させることによって、ヒトPBMCを、単球について濃縮した。単球が濃縮されたPBMCを、10ng/ml GM-CSFおよび5ng/ml IL-4と共に、6穴プレート中、37℃で6日間、培養した。2日目と5日目に、培養したプレートに新鮮培地(GM-CSFおよびIL-4を含むもの)を補充した。6日目に、未成熟樹状細胞(DC)を細胞アッセイに使用した。8×104個の未成熟DCを、4×103個のCHO-hCD40L細胞(10,000Radを照射したもの)と共に、さまざまな力価測定値の抗体ポリペプチドと合わせて、96穴平底プレート中で培養した。24時間後に上清を収穫し、さまざまなサイトカイン(IL-12、TNF、IL-23)の存在について試験した。サイトカイン生産のレベルによってDC活性化を決定した。
CD40ヒト血清アルブミン(HSA)またはカニクイザル血清アルブミン(CSA)に特異的に結合する二重特異性dAbを構築し、細胞ベースのアッセイにおいて活性について試験した。アルブミン特異的dAbを「AlbudAb」と呼ぶ。この実施例では、AlbudAb融合物が、CD40に結合するBMS3h dAbと、HSAを認識するもう一つのドメイン抗体DOM7hとを含む。これら2つのdAbをアミノ酸リンカーのアミノ末端とカルボキシル末端にインフレームに融合して、インライン融合(ILF)ポリペプチドを形成させる。そのILFポリペプチドを、単一融合タンパク質として組換え発現させる。AlbudAb ILFの活性を実証するRBAを以下に説明し、結果を表18に示す。表19に、試験したAlbudAb ILFに使用したリンカー配列を要約する。BIAcore(商標)アッセイによって決定された速度論的結合データを表20に示す。
安定トランスフェクトヒトCD40発現CHO-DG44細胞またはネイティブCHO-DG44細胞(どちらもBMS)を、0.25%トリプシンEDTAを使って細胞培養フラスコから剥離し、1ウェルあたり100,000個の細胞を成長培地に入れて96穴組織培養処理プレート(NUNC)に播種した。細胞を湿潤雰囲気下、37℃、5%CO2で付着させた。アッセイの当日に、細胞シートをPBSで洗浄してから、2%パラホルムアルデヒド(Sigma-Aldrich)で20分間固定した。固定後に細胞シートを再びPBS中で洗浄し、次に、PBS中の15%ウシ胎児血清(FBS、PAA)による1時間のブロッキングステップを行った。プレートをもう一度洗浄してから、100μl/ウェルのdAb上清を加え、室温で2時間インキュベートした。dAb上清を細胞と共にインキュベートした後、プレートを洗浄し、dAbがVHドメインであるかVLドメインであるかに応じてセイヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲート抗プロテインAまたはLのインキュベーションで、dAb結合を検出した。1M HClによる中和後にSpectraMax M5eプレートリーダー(Molecular Devices)を使って、450nmにおいて、吸光シグナルを測定した。
安定トランスフェクトヒトCD40L発現COS細胞を、Versene(Invitrogen)を使って細胞培養フラスコから剥離した。1ウェルあたり20,000細胞を、アッセイ緩衝液(フェノールレッドを含まないRPMI 1640(Sigma-Aldrich、英国)+1%ペニシリン/ストレプトマイシン+10%FBS Gold(どちらもPAA Laboratories、英国))に入れて、96穴ハイバインド黒壁透明底プレート(Corning、英国)に播種した。細胞を湿潤雰囲気下、37℃、5%CO2で放置して、終夜付着させた。翌日、付着していない細胞を含有する消耗されたアッセイ緩衝液に、100μlの新鮮アッセイ緩衝液を補充した。これに、20,000個のRAMOS細胞/ウェルを、ある希釈度範囲のdAbと共に、アッセイ緩衝液に入れて加えた。アッセイプレートを、37℃、5%CO2の湿潤雰囲気に、さらに24時間戻しておいた。陰性対照ウェルには、RAMOS細胞を加えなかった。COS細胞の細胞表面上のCD40Lへの曝露に応答して起こるRAMOS細胞の細胞表面におけるICAM-1のアップレギュレーションを阻害するdAbの能力を、0.5μg/mlマウス抗ヒトICAM-1抗体(R&D systems)と0.2μg/mlヤギ抗マウスALEXA flour 647(Invitrogen、Molecular probes、英国)とを加えることによって評価した。遮光下で3時間のインキュベーション期間後に、AB8200細胞検出プラットフォーム(Applied Biosystems)で測定される相対的蛍光を検出した。
BIAcore(商標)3000計器(GE Healthcare)を使って、ヒトおよびカニクイザル血清アルブミンへの抗CD40-AlbudAb ILFの結合速度論を解析した。約400応答ユニット((RU)のヒト血清アルブミン(HSA)またはカニクイザル血清アルブミン(CSA)を、アミンカップリングキット(GE Healthcare)を使ってCM5 BIAcore(商標)チップのフローセルに固定化した。リガンドが何も固定化されていない第2のフローセルをインライン参照用の参照フローセルとした。解析しようとする各dAbの適当な二倍希釈系列を、HBS-EP緩衝液(0.15M NaCl、3mM EDTAおよび0.005%v/vサーファクタントP20を含む0.01M HEPES pH7.4、GE Healthcare)中に調製した。計器のKINJECT機能を使って、200マイクロリットルの各ILFを、二つ一組にして注入した。注入は、血清アルブミン-固定化フローセルおよび参照フローセルを順次横切るように行い、参照セルからのシグナルをインラインで差し引いた。実験は、HBS-EPの流速を40μl/分とし、25℃において行った。各注入が完了した後に、dAbを、緩衝液中で120秒間、リガンドから解離させ、それから、10mMグリシンpH2.0を10μl注入することで再生した。各分析物トレースから差し引くための第2の参照とするために、HBS-EP緩衝液ブランク(分析物を含有しないもの)の参照注入物も、同じ条件下で注入した。BIAevaluation 4.1ソフトウェア(GE Healthcare)を使って、参照フローセルトレースと緩衝液ブランクトレースの両方を各分析物トレースから差し引いた。同じソフトウェアを使って、分析物希釈系列トレースの会合相および解離相への1:1(ラングミュア)速度論モデルの同時グローバルフィットを行った。このモデルにより、相互作用の会合および解離速度定数(それぞれkaおよびkd)ならびに平衡状態解離定数(KD)が得られた。それらのパラメータ値を表20に示す。
[表19]代表的リンカー配列
[表20]BIAcore(商標)解析
(表21は、それぞれ配列番号5〜7、1207〜1209および8として開示される「AST」、「TVAAPS」、「TVA」、「G4S」、「(G4S)3」、「(G4S)5」および「ASTSGPS」を開示している)
[表22]二重特異性dAbをコードするポリヌクレオチド
(表22は、それぞれ配列番号5〜7、1207〜1209および8として開示される「AST」、「TVAAPS」、「TVA」、「G4S」、「(G4S)3」、「(G4S)5」および「ASTSGPS」を開示している)
ヒトCD40に特異的に結合する抗体ポリペプチドを生成させるための本明細書に開示する方法は、他の種のCD40に特異的に結合する抗体ポリペプチドを生成させるために使用することができる。例えば、抗カニクイザル(抗cyno)CD40抗体ポリペプチドは、ここに開示する方法を使って作製することができる。抗cynoCD40抗体ポリペプチドは、例えば抗ヒトCD40 dAbと同じ初回/一次スクリーニングおよび親和性成熟のスキームを使って生成させることができる。抗cynoCD40 dAbを取得するための方法を開示し、抗cynoCD40 dAbの代表的な例を、下記表23に記載する。
透明壁ハイバインド384穴プレート(Corning、英国)を、炭酸塩緩衝液中の1μg/mlニュートラアビジン25μlで、4℃において終夜コーティングした。翌日、アッセイプレートを0.1%Tween PBS緩衝液で洗浄し、PBS中の1%BSAを使って室温で1時間ブロッキングし、再び洗浄した。過剰の洗浄緩衝液を除去した後、1μg/mlのビオチン化ヒトIZ-CD40L(BMS、保存液濃度1.2mg/ml)25μlを、アッセイプレートと共に、室温で1時間インキュベートした。同時に、ある希釈度範囲の精製dAbと1μg/mlのcynoCD40(BMS)を1:1の比で複合体化した。アッセイプレートの洗浄後に、dAb:cynoCD40複合体を、アッセイプレート中、室温で穏やかに撹拌しながら2時間インキュベートした。ビオチン化CD40LへのdAbとcynoCD40との競合的結合を、セイヨウワサビペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲート抗ヒト(Fc)二次抗体(Sigma-Aldrich、英国)で検出した。1M HClで中和した後、Spectromax M5eプレートリーダー(Molecular Devices)を使って、450nmにおいて、吸光シグナルを測定した。
安定トランスフェクトcynoCD40発現CHO-DG44細胞またはネイティブCHO-DG44細胞(BMS)を、Versene (Invitrogen)を使って細胞培養フラスコから剥離した。1ウェルあたり40,000個の細胞を、ある希釈度範囲のdAb、0.25μg/mlのビオチン化ヒトIZ-CD40L(BMS、保存液濃度1.2mg/ml)および0.25μg/mlのストレプトアビジンAlexa Fluor 647(Invitrogen、Molecular probes、英国)と共に、0.1% BSA PBSアッセイ緩衝液に入れて、96ウェルハイバインド黒壁透明底プレート(Corning、英国)に播種した。その混合物を遮光下で6時間インキュベートした。インキュベーション後に、AB8200細胞検出プラットフォーム(Applied Biosystems)によって測定される相対的蛍光を使って、可溶性ビオチン化IZ-CD40LへのdAbとcynoCD40 CHO細胞との競合的結合を測定した。
CHO細胞(ATCC)にヒトCD40Lをトランスフェクトして、細胞表面に高レベルのCD40Lを発現する安定細胞株を生成させた。ヒトB細胞と共にインキュベートするために、CHO-CD40L細胞に10,000Radを照射した。1×105個の扁桃ヒトB細胞を、1×103個のCHO-CD40L細胞(CHO-CD40L:ヒトB細胞の比は1:100)と共に、さまざまな力価測定値のdAbまたはモノクローナル抗体と合わせて、96穴丸底プレート中、200μl/ウェルの最終体積でインキュベートした。プレートを37℃で72時間インキュベートした後、チミジン(3H;0.5μci/ウェル)を6時間加えた。B細胞増殖をチミジン取り込みに基づいて定量した。別段の注記がある場合を除き、アッセイは全て、10%ウシ胎児血清(FCS)を補足したRPMI培地において行った。
カニクイザル脾臓から単離された1×105個のB細胞を、0.5μg/mlのIZ-hCD40Lと共に、さまざまな力価測定値のdAbまたはmAbと合わせて、96穴丸底プレート中、200μl/ウェルの最終体積でインキュベートした。プレートを37℃で72時間インキュベートした後、3H-チミジン(μci/ウェル)を6時間加えた。B細胞増殖をチミジン取り込みに基づいて定量した。別段の注記がある場合を除き、アッセイは全て、10%ウシ胎児血清(FCS)を補足したRPMI培地において行った。
CynoCD40は、ヒトCD40におけるTrp109の代わりにLeu109残基を有する。Macaca fascicularis CD40のアミノ酸配列を、以下に転載する:
PEG化抗ヒトCD40 dAb(BMS3h-56-5C-40LおよびBMS3h38-2C-P40Br)またはビオチン-コンジュゲートdAb(BMS3h38-2-ビオチン)を、ローテータ上で、ヒトおよび霊長類血液試料と共に、37℃で1時間インキュベートした。各血液試料から100μlを12×75mmチューブに分注し、FACS緩衝液(0.5%FBS/PBS/0.1%アジ化ナトリウム)と共に3回洗浄した。チューブを1500rpmで5分間遠心分離し、洗浄と洗浄の間に上清をデカントした。洗浄後に、チューブを氷上に置き、Fc受容体を介した非特異的結合をブロックするために、ヒトIgGと共に5分間インキュベートした。
マーモセット試料の場合は、CD20抗体が交差反応性ではなかったので、解析は、前方および側方散乱特性(サイズ)によって同定される全てのリンパ球で行った。
PEG化およびビオチン化抗ヒトCD40 dAbの結合を、上記の方法に従って、ヒトおよび霊長類血液試料において試験した。ヒト血液試料ではCD20+ B細胞への抗ヒトCD40 dAb結合が検出された。対照的に、カニクイザル、アカゲザル、もしくはチンパンジー血液試料中のCD20+ B細胞、マーモセット血液試料中のリンパ球では、PEG化およびビオチン化CD40 dAbの結合は検出されなかった。BMS3h-38-2C-P40Br dAbに関する結果を図3のパネルAおよびBに示す。他のdAbについても同様の結果が得られた。霊長類CD40と交差反応する抗ヒトCD40抗体を使って、ヒトおよび霊長類種のB細胞上に同等レベルのCD40が確認された。これらのデータは、BMS3h-56およびBMS3h-38系統からのヒトCD40 dAbが、霊長類種におけるCD40に結合できないことを示している。このデータは、図1および図2に示すようにCD40と抗CD40 dAbとの間の複合体の形成にはTrp109残基が重要であることと合致している。
データの収集と処理
ヒトCD40(配列番号1)/BMS3h-56-5(配列番号321)複合体の構造決定に際して、2つの異なる結晶形を解析した。100Kにフラッシュ冷却(flash-cool)して100Kに維持し、Rigaku AFC-9ゴニオメーターにマウントした、CD40/BMS3h56-5複合体の結晶から、データを収集した。X線源は、MicroMax(商標)共焦点光学系およびSaturn 92検出器を伴い、銅ターゲットを用いる、Rigaku FR-Eであった。データは、硫黄異常回折シグナルを強化して、そのシグナルをデータの位相決定に利用することを期待して、極めて高い多重度で収集された。データは、HKL2000(HKL Research;Otwinowski et al.、「Methods Enzymol. Macromolecular Crystallography part A」(Carter et al編)vol.276のp.307-326、Academic Press, Inc.、ニューヨーク州ニューヨーク (1997))で処理した。この結晶に関するデータ収集統計値を以下と表24とに要約する。
空間群:I222;
単位格子:a=156.6Å;b=158.3Å;c=200.7Å;
モザイク度(mosaicity)0.59〜0.84;除外された観察結果:1028;0.06%。
[表24]
空間群:C2;
単位格子:a=199.3Å;b=48.7Å;c=138.8Å;β=118.2°;
モザイク度0.62〜0.71;除外された観察結果:70;0.08%。
[表25]
dAb、BMS3h-56-5のモデルは、PDB ID 2VYR E鎖残基1〜124から導き出し、CDR31〜35、50〜57、および99〜111に対応する連番残基(Kabatナンバリングの31〜35、50〜56、および95-100Gに対応する)をSPLIT_PDBによって除去した後、MUTATEにかけ、最後にRENUMBERで番号を再付与した。MUTATEは、非同一残基を最小同一残基(minimum identical)、すなわち通常はAlaまたはGlyに変えるが、例えばTyr→PheおよびPhe→TyrはPheを与えるであろう。これが原子を構築することはないが、Thr→Val、Val→Thr、Cys→Ser、およびSer→Cysについては適当な原子名に置き換える(ただし位置は変化させない)。RENUMBERは、ナンバリングを、CDRおよびフレームワーク残基の説明を簡単明瞭にする抗体の標準的ナンバリングシステムであるKabatナンバリング(Kabat et al.「Sequences of Immunological Interest」第5版、米国保健社会福祉省、ワシントンD.C.(1991))に変える。
分子置換にはプログラムPHASER(McCoy et al., J. Appl. Crystallogr. 40:658-674 (2007))を使用した。真の解が見つかったかどうかを決定するために、並進関数Zスコア(translation function Z-score)(TFZ)と対数尤度ゲインの増加(increase in the log-likelihood gain)を監視した。8以上のTFZスコアは一般に解を表す。それより小さいTFZスコアであって、対数尤度ゲインの実質的な増加(>50)を伴うものも、許容できる指標である。
分子グラフィクス用のモデル構築ツールには、COOTプログラムを含めた(Emsley et al., Acta Crystallogr Sect. D 60:2126-2132 (2004);Emsley et al.「Features and Development of Coot」Acta Crystallogr Sect. D 66:486-501 (2010)))。既知の密度修正プログラムおよび他のプログラムを使って、非結晶学的対称性マップ平均化法による密度修飾を行い、分子間のオイラー角および並進を算出した。精密化は、autoBUSTER(GlobalPhasing, Ltd.:Bricogne et al., Acta Crystallogr. Sect. D 60: 2210-2221 (2004);Tronrud et al., Acta Crystallogr. Sect. A 43: 489-501 (1987))を使って行った。
ドメイン抗体の残基ナンバリングシステムはKabatのものに従った。以下にBMS3h-56-5について、Kabatナンバリングを単純な連続的ナンバリングと比較する。
PHASERは、I222結晶形では4つのBMS3h-56-5 dAb分子を、またC2結晶形では3つのBMS3h-56-5 dAb分子を位置づけることができた。I222結晶形では、TFZスコアが7.6〜41.0の範囲にあり、対数尤度ゲインの増加は77〜446の範囲にあった。BMS3h-56-5 dAb分子に関するこれらの解は、大きなチャネルによって他のカラムから分離された、I222結晶を貫くdAb分子のらせんカラムを形成した。C2結晶では、TFZスコアが7.7〜16.5の範囲にあり、対数尤度ゲインの増加は110〜150の範囲にあった。この結晶形におけるdAbのパッキングは反復性でも対称性でもなかった。
同一残基を適当な一文字記号でコンセンサス行に記し、類似残基をアスタリスクでコンセンサス行に示す。これは、CD40のN末端ドメインの残基41〜84の場合と同じ残基のストレッチであった。
同一残基を適当な一文字記号でコンセンサス行に記し、類似残基をアスタリスクでコンセンサス行に示す。
CD40の残基41〜84および125〜168におけるジスルフィド結合の比較
一つのBMS3h-56-5 dAbが一つのCD40分子に結合する。図1に示すように、BMS3h-56-5は、N末端領域において結合する抗体Chi220のそれとは異なるエピトープに結合する。CD40残基(配列番号1)は、エピトープ残基を除いて、緑色で示されている。Chi220のためのCD40エピトープ残基は青色で示されており、BMS3h-56-5 dAbエピトープ残基はシアンで示されている。Chi220 FabおよびBMS3h-56-5のβストランドは赤色で示され、CDR残基はマゼンタで示され、他のループは橙色で示されている。CD40、Chi220、およびBMS3h-56-5分子について、ジスルフィド結合が、硫黄原子を黄色にして示されている。
BMS3h-56-5に対する最小CD40エピトープは、BMS3h-56-5原子とファンデルワールス接触または水素結合接触している少なくとも1つの原子を含有するCD40残基と定義される。どの複合体でも最小エピトープは、配列番号1で言えば、次に挙げるCD40残基を含んでいる:Trp109、Leu121、His122、Ser124、Ser156、Ala157、Phe158、Glu159、およびHis162。次に挙げるさらなる残基は、いくつかの複合体において、ファンデルワールス接触または水素結合接触している:Pro85、Asn86、Leu87、Gly88、Glu106、Glu107、Gly108、His110、Thr112、Cys119、Val120、Gln133、Ile134、Ala135、Thr136、Ser155、Lys160。
CD40上のdAb結合エピトープを同定するために、残基76、109、または121に特異的アミノ酸残基置換を含有する7つのCD40-Fc融合タンパク質に対して、dAb結合を試験した。これらのCD40-Fc融合タンパク質には、野生型ヒトCD40(wt-hCD40)、野生型カニクイザルCD40(wt-cCD40)、および特定のアミノ酸残基をカニクイザルCD40(M1、M2、M4、M5)またはチンパンジーCD40(M3)の配列からの対応する残基に変異させた5つの変異型ヒトCD40タンパク質(M1〜M5)が含まれる。アミノ酸置換を表26に列挙する。
[表26]
[表27]
[表28]
dAbを含む抗体ポリペプチドは、本明細書に開示するように、さまざまな構成で構築することができる。この実施例では、さまざまなdAbをFcドメインに融合することで、3h37-202、3h37-235、3h37-258、および3h37-202などの抗ヒトCD40可変ドメインコンストラクトのFc融合物ポリペプチドを生成させた。
配列番号1286に示すdAb-IgG1* Fc融合物ポリペプチドは、39,127Daの計算分子量を有する単量体である。これは78,254Daの計算分子量を有する二量体を形成することができる。
(配列番号1287)
配列番号1287に示すBMS3h-56-269-IgG4 Fc融合物ポリペプチドは、38,867Daの計算分子量を有する単量体である。これは77,734Daの計算分子量を有する二量体を形成することができる。
抗ヒトCD40 Fc融合物ポリペプチドを、CD40活性を拮抗するそれらの能力について、機能的にアッセイした。試験したCD40活性は、B細胞増殖および初代ヒト単球由来樹状細胞(DC)のhCD40L駆動性活性化によるサイトカイン生産である。B細胞増殖およびサイトカイン生産は、実施例6に開示したアッセイを使って測定した。別段の注記がある場合を除き、アッセイは全て、10%ウシ胎児血清(FCS)を補足したRPMI培地中で行った。dAb-Fcドメイン融合物ポリペプチドは、CD40依存的活性化の強力な阻害(すなわち拮抗作用)を示した。ヒトCD40特異的dAb-Fcドメイン融合物ポリペプチドのいずれにも、アゴニスト性は認められなかった。さまざまなアッセイを使って得られた結果を表29に示す。3h56-269-IgG4は、実施例11に開示したアッセイを使って、固定化ヒトCD40へのその結合についてアッセイした。3h56-269-IgG4については、固定化ヒト-CD40への結合に関する見掛けのアビディティの影響を受けたKd値を、30pMかつ25C、および40pMかつ37Cで、測定する。
[表29]
Claims (13)
- 第1可変ドメインを含む抗体ポリペプチドであって、第1可変ドメインは、
(a)BMS3h−56−269のCDR1領域(配列番号417のアミノ酸31〜35)からなるCDR1領域、
(b)BMS3h−56−269のCDR2領域(配列番号417のアミノ酸50〜66)からなるCDR2領域、
(c)BMS3h−56−269のCDR3領域(配列番号417のアミノ酸99〜105)からなるCDR3領域
を含み、該抗体ポリペプチドはヒトCD40に結合するドメイン抗体である、抗体ポリペプチド。 - 第1可変ドメインが、BMS3h−56−269(配列番号417)を含む、請求項1に記載の抗体ポリペプチド。
- 第1可変ドメインが、BMS3h−56−269(配列番号417)からなる、請求項1に記載の抗体ポリペプチド。
- 第1可変ドメインとFcドメインとを含む融合ポリペプチドである、請求項1〜3のいずれか一項に記載の抗体ポリペプチド。
- BMS3h−56−269−IgG1* Fc融合物ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号1286)を含む、請求項4に記載の抗体ポリペプチド。
- 配列番号1286のアミノ酸配列からなる、請求項4に記載の抗体ポリペプチド。
- BMS3h−56−269−IgG4 Fc融合物ポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号1287)を含む、請求項4に記載の抗体ポリペプチド。
- 配列番号1287のアミノ酸配列からなる、請求項4に記載の抗体ポリペプチド。
- ヒトCD40以外の抗原である第2抗原に特異的に結合する第2可変ドメインをさらに含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の抗体ポリペプチド。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載の抗体ポリペプチドをコードする核酸。
- 請求項10に記載の核酸を含む単離された宿主細胞。
- 治療有効量の請求項1〜9のいずれか一項に記載の抗体ポリペプチドと医薬上許容される担体とを含む、免疫疾患を処置するための医薬組成物。
- 抗体ポリペプチドが、請求項2、請求項3、請求項5、請求項6、請求項7または請求項8に記載の抗体ポリペプチドである、請求項12に記載の医薬組成物。
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