JP5924595B2 - ウシ白血病ウイルス(blv)検出用キットおよびその利用 - Google Patents
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Description
(キットの基本構成)
本発明に係るウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキットは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、BLV由来のDNA断片を選択的に増幅可能なものである。ここで、「選択的に増幅可能」とは、ウシ由来の検査サンプルに対して、当該キットを用いたPCRを行った場合に、BLV由来の断片が専ら増幅産物として得られるが、ウシ自身由来のDNA断片及びBLV以外のウイルス由来のDNA断片は増幅産物として相対的に少量しか得られない(又はウシ自身由来のDNA断片及びBLV以外のウイルス由来のDNA断片はほぼ得られない)ことを指す。
(1) 配列番号1で示す塩基配列における連続する20以上の塩基を含む、50塩基以下のオリゴヌクレオチドである第一のPCRプライマーと、配列番号2で示す塩基配列における連続する20以上の塩基を含む、50塩基以下のオリゴヌクレオチドである第二のPCRプライマーとの組合せ。なお、配列番号1で示す塩基配列は、表1中のprimer ID No. 6で示す塩基配列に相当する。また、配列番号2で示す塩基配列は、表1中のprimer ID No.81で示す塩基配列に相当する。
(2) 配列番号1で示す塩基配列における連続する20以上で25以下の塩基を含み、40塩基以下である第一のPCRプライマーと、配列番号2で示す塩基配列における連続する20以上で25以下の塩基を含み、40塩基以下である第二のPCRプライマーとの組合せ。
アッセイの特異性及び感度を増強するために、BLV検出用のキットはさらに、上記第一のPCRプライマー及び第二のPCRプライマーにより増幅された遺伝子断片に特異的に結合するTaqMan(商標)プローブを含んでいてもよい。上記TaqMan(商標)プローブは、例えば、配列番号3又は4に示す何れかの塩基配列を含むオリゴヌクレオチドでありえる。
本発明に係るBLVの検出方法は、ウシ(例えば、ウシは一頭でも複数頭でもよい)から取得した検査用サンプルに対して、本発明に係るBLV検出用の上記キットを用いて、BLV由来の遺伝子断片を増幅する増幅工程を含む。
(a)DNAを含有する検査用サンプルをウシから調製するサンプル調製工程、
(b)上記検査用サンプルに対して、キットが含む第一のプライマー及び第二のプライマーを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応を行う増幅工程、
(c)上記増幅工程で得られる増幅断片の有無、及び/又は当該増幅断片の量を検出する検出工程、を含む。
調製工程は、検査対象となるウシからDNAを含有する試料を調製する工程である。DNAを含有する試料とは、例えば、ウシの血液、血液以外の体液、組織等である。なお、調製されたDNAを含有する試料には、DNAの他に、各種RNA、タンパク質、細胞破砕物、等が含まれる。従って、該試料を常法に従って精製し、ゲノムDNAを抽出してもよい。
増幅工程は、上記試料に対して、本発明に係るキットが備える第一及び第二のプライマーのセットを用いたPCRを行う工程である。PCRは、PCR増幅装置を用い、常法に従って行うことができる。これにより、試料中にBLVが含まれている場合には、そのLTRに対応する増幅断片が得られる。より具体的には、検査対象となるウシのゲノムDNAに組み込まれた、プロウイルス化したBLVのLTRに対応する増幅断片が得られる。
1) 縮重プライマーとして用いる場合、第一のプライマーと第二のプライマーとの濃度比(PCRの反応液中)は、7:1〜13:1が好ましく、8:1〜12:1がより好ましく、9:1〜11:1がさらに好ましく、10:1が特に好ましい。
2) PCRの反応液に含まれるゲノムDNAの終濃度は、1ng/μl〜100ng/μlの範囲内が好ましく、1.5ng/μl〜20ng/μlの範囲内がより好ましい。このとき、縮重プライマーとして用いられる第一のプライマーの終濃度は、400〜600nMが好ましく、450〜550nMがより好ましい。また、縮重プライマーとして用いられる第二のプライマーの終濃度は、40〜60nMが好ましく、45〜55nMがより好ましい。
3) PCRのサイクル数は、30回〜100回程度が好ましく、60回〜90回程度がより好ましく、80回〜90回程度がさらに好ましい。
4) PCRのアニーリング温度は、55℃〜70℃が好ましく、55℃〜65℃がより好ましく、60℃程度がさらに好ましい。
5) PCRの反応液に含まれる塩化マグネシウムの濃度は、2.5mM〜3.5mMが好ましく、2.8mM〜3.2mMがより好ましく、約3mMがさらに好ましい。
検出工程は、増幅工程で得られるPCR増幅断片の有無、及び/又は当該PCR増幅断片の量を検出する工程である。PCR増幅断片(アンプリコン)の有無の確認は、常法に従って行うことができる。例えば、電気泳動によりPCR増幅断片の有無、量、及びサイズを確認することができる。
〔BLVプロウイルスのコピー数決定用の絶対定量の原理〕
BLVプロウイルスの絶対的なコピー数を決定するために、PCR増幅用の標的配列としてLTR領域を選択した(図1における(A))。アッセイの設計において、2つのLTRが個々のBLVゲノムのそれぞれについて検出されることを考慮した(以下の式を参照すればよい)。また、ゲノムDNAの投入量を標準化するために、アッセイに、1コピーのBoLA−DRA遺伝子の平行した増幅を組み入れた(図1における(B))。100000細胞ごとのプロウイルスのコピー数は、以下の式:
BLVプロウイルス量
=BLVプロウイルスのコピー数/二倍体細胞数×100000細胞
=(BLT−LTRのコピー数/2)/(BoLA−DRAのコピー数/2)×100000細胞 (A)
にしたがって算出された。
すべてのBLVバリアントを増幅するために、複数のウイルス株を増幅可能なPCRプライマーを設計するために開発されたCoCoMoアルゴリズムを改変して用いて、BLVのLTRを標的化するプライマーを構築した。356のBLVヌクレオチド配列をGenBankから収集した(2009年4月30日に)。これらのBLV配列から、102のLTR配列をGenBankのannotaitionにしたがって選択した。上記LTR配列から、相同性を決定するために十分に大きい85の配列を選択し、当該配列を、Pajekグラフィックソフトウェアを用いた相同性に基づいて、主要なBLV−LTR群に指定した。これらの配列のうちの52をプライマー設計用に選択した。標的配列を、複数のウイルス株を検出する縮重プライマーを設計するために開発されたCoCoMoアルゴリズムのBLV−LTR用に改変したバージョンにかけた。これらの配列をテンプレートとして用いて、49の候補プライマー(Table.1)を有している合計72のプライマーセット(図2における(B))を設計した。
CoCoMoプライマーセットがBLVのLTR領域を増幅したか否かを判定するために、72の候補プライマーセット(図2における(B))を用いたタッチダウンPCRを、BLV感染したBLSC−KU−17細胞から抽出されたゲノムDNAを用いて行った。図2における(A)に示されているように、BLVのLTR領域を巧く増幅した16組のプライマー(1〜6、9、15〜17、20、21、24、33、43および46)を同定した。
PCRテンプレートとして使用されたゲノムDNAの標準化のために、BoLA−DRA遺伝子の定量用のプライマーおよびプローブを設計した(図1)。MR1のcDNAクローン(DDJB: No. D37956)から配列を入手し、増幅用の標的としてBoLA−DRA遺伝子のエキソン4領域を選択した。増幅プライマーDRA643およびDRA734、ならびにBoLA−DRA内部のTaqMan(商標)プローブを、Primer Express 3.0(Applied Biosystems, Tokyo, Japan)を用いて設計した。プローブの融解温度を高めるためにVIC色素、NFQおよびMGBプローブを用いて、プローブを標識し、VIC−DRAと命名した。
BLVプロウイルスDNAおよび細胞性DNAの定量用の標準物質を得るために、BLVの全長LTRを含んでいるpBLV−LTR/SK、およびウシのDRA遺伝子の全長を含んでいるpBoLA−DRA/SKを、それぞれ103.1ng/μl(pBLV−LTRconc)および125.0ng/μl(pBoLA−DRAconc)において調製した。これらのプラスミドのコピー数を段階希釈法によって算出した。各プラスミドを10倍に希釈し、標的DNAをネステッドPCRによって検出した。例えば、pBLV−LTRconcの10−11希釈において、PCR増幅は、PCR産物(BLVのLTRが挙げられる)をまったく検出できなかった。それから、10−11希釈において10回にわたってPCR反応を繰り返し、成功率は5/10と分かった。10のうち5のPCR溶液はLTR遺伝子を含有しておらず、f(x=0)=5/10として方程式に表されることをこの結果は示していた。標的遺伝子の平均コピー数(λ)は、−loge(5/10)=0.231と算出され、2.31×1010/μlのpBLV−LTRconcについてのコピー数と一致していた。また、見積もられたコピー数の信頼性を確認するために、DNA質量に基づく試算の(draft)コピー数を算出し、ほぼ同じ結果(pBLV−LTRconcについて2.35×1010およびpBoLA−DRAconcについて2.85×1010)を得た。
標準曲線を作成するために、pBLV−LTRconc)および125.0ng/μl(pBoLA−DRAconcの以下の希釈物:0.1コピー/μl、1000コピー/μlおよび1000000コピー/μlを作った。500nMのCoCoMo6プライマー、50nMのCoCoMo81プライマー、150nMのFAM−BLVプローブ(5’−FAM−CTCAGCTCTCGGTCC−NFQ−MGB−3’)、および30ngのテンプレートDNAを含有している1×TaqMan Gene Expression Master Mixの総量20μlにおいて、BLV−LTRから得られた168bpのアンプリコンを増幅させた。50nMのDRA643プライマー(5’−CCCAGAGACCACAGAGAATGC−3’)、50nMのDRA734プライマー(5’−CCCACCAGAGCCACAATCA−3’)、150nMのVIC−DRAプローブ(5’−VIC−TGTGTGCCCTGGGC−NFQ−MGB 3’)、および30ngのテンプレートDNAを含有している1×TaqMan Gene Expression Master Mixの総量20μlにおいて、BoLA−DRA領域の57bpのアンプリコンを増幅させた。以下のプログラムにしたがってABI 7500 Fast Real-time PCRシステムを用いて、PCR増幅を行った:ウラシルDNAグリコシラーゼ(UDG)酵素の2分にわたる50℃における活性化、AmpliTaq Gold Ultra Pure(UP)の10分にわたる95℃における活性化、および95℃における15秒および60℃における1分の85サイクル。BLV−LTRおよびBoLA−DRAについて得られたコピー数を用いて、式(A)に示されるように、100000細胞ごとのBLVプロウイルス量を算出した。
BLVプロウイルスのコピー数決定用のBLV−CoCoMo−qPCRの、アッセイ内再現性およびアッセイ間再現性を、BLV感染した7頭のウシから得られた血液サンプルから抽出されたゲノムDNAの分取物を用いて評価した(Table.2)。アッセイ内信頼性の決定のために、アッセイを3回にわたって繰り返して、各サンプルからの3組のPCR増幅物を調べた。合計21の試験を行い、アッセイ内の変動係数(CV)は0%〜20.5%(平均8.6%)の範囲であった。アッセイ間信頼性の決定のために、各サンプルについて独立した3つの実験を行った。100000細胞ごとのBLVプロウイルスのコピー数についてのアッセイ間CVに関する値は、5.5%〜19.8%(平均12.7%)の範囲であった。これらの結果は、このアッセイが良好なアッセイ内信頼性およびアッセイ間信頼性を有していることを明らかに証明している。
BLV−CoCoMo−qPCRプライマーの特異性を、種々のレトロウイルス分子クローンおよび種々のプラスミドを用いて試験した。当該レトロウイルス分子クローンとしては、BLV、HTLV−1、ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV−1)、サル免疫不全ウイルス(SIV)、マウス乳がんウイルス(MMTV)、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)が挙げられる。当該プラスミドとしては、pUC18、pUC19、pBR322、およびpBluescript II SK (+)が挙げられる。リアルタイムPCRのために、CoCoMo6およびCoCoMo81のプライマーを0.3ngの各プラスミドとともに使用し、産物を3%アガロース電気泳動によって分析した。168bp長の単一のPCR産物は、7.9×1010/μg+4.3×1010/μgのコピー数を有して(図4における(B))、BLV感染性の分子クローンについてのみ観察された(図4における(A))。アンプリコンは、他のプラスミドのいずれについても検出されなかった。これらの結果は、他のレトロウイルスのLTRを増幅させずに、BLV−CoCoMo−qPCRプライマーがBLVのLTRを特異的に増幅させることを強く示している。
BLV−CoCoMo−qPCRの感度を決定するために、それぞれ0.7コピーのpBLV−LTR/SKを含有している20の溶液を、ネステッドPCR、ならびにCoCoMo6およびCoCoMo81のプライマーセットを用いたリアルタイムPCRによって増幅させた(図5)。ネステッドPCR増幅の3/10がポジティブであり、コピー数は0.36と見積もられた。CoCoMo6およびCoCoMo81のプライマーセットを用いたリアルタイムPCRについて、PCR増幅の5/10がポジティブであり、コピー数は0.69と見積もられた。この結果は、BLV−CoCoMo−qPCRの感度がネステッドPCRより1.9倍高いことを示していた。
段階希釈法は、標的遺伝子のコピー数を定量化するために有効である。段階希釈−ネステッドPCR、ならびにCoCoMo6およびCoCoMo81のプライマーセットを用いたリアルタイムPCRによって、1μgのゲノムDNAごとのBLVプロウイルスのコピー数を、BLV感染した5頭のウシについて算出した(図6における(A))。両方の方法によって得られたBLVプロウイルスのコピー数を、回帰分析によって確認した。相関係数の平方(R2)は、0.8806であり(図6における(B))、CoCoMoプライマーを用いたリアルタイムPCRによって得られたコピー数が、段階希釈−ネステッドPCRによって得られたコピー数と相関することを示していた。したがって、CoCoMo6およびCoCoMo81のプライマーセットを用いたリアルタイムPCRは、臨床サンプルからのBLVプロウイルスのコピー数を得るために使用され得ると考えられる。
BLVプロウイルスのコピー数がBLVによる感染能と相関しているか否かを調べるために、BLV−CoCoMo−qPCRおよびシンチチウム形成アッセイを、BLV感染した5頭のウシから得られたサンプルに対して行った。BLV感染した5頭のウシから得られた1×105のPBMCを、誘導因子CC81とともに3日にわたって共培養し、同じウシから得られた1×105の細胞とプロウイルスのコピー数を比較することによって、BLVの感染能を評価した(図7における(A))。プロウイルスのコピー数は105細胞につき113〜63098コピーの範囲であり、シンチチウムの数は105PBMCにつき36〜12737の範囲であった。これらのサンプルについての回帰分析によって、プロウイルス量のレベルは、図7における(B)に示されているように、シンチチウムの数と正に相関していた(R2=0.9658)。
縮重プライマーは高度に縮重している配列を検出可能なので、BLV−CoCoMo−qPCRは、既知および未知の両方の種々のBLV株を検出する潜在能を有している。上述の実験において、BLV−CoCoMo−qPCRの感度は、ネステッドPCRより優れていることを見出した。このため、BLV−CoCoMo−qPCRは、世界中の異なる地域からのウシにおけるBLVプロウイルスを検出し得るか否かを調べた。日本における1つの飼育場からの54頭のウシ、ペルーにおける2つの飼育場からの15頭のウシ、ボリビアにおける4つの飼育場からの60頭のウシ、チリにおける3つの飼育場からの32頭のウシ、およびアメリカにおける1つの飼育場からの5頭のウシを試験し、BLV−CoCoMo−qPCRによって得られた結果を、ネステッドPCRによって得られた結果と比較した(Table.3)。2つの方法によるBLVのLTRの増幅は、166頭のウシを3つのグループに分けた。第1グループのウシ(n=107)は、両方の方法によってBLVのLTRについてポジティブであった(日本における50頭、ペルーにおける7頭、ボリビアにおける27頭、チリにおける18頭、およびアメリカにおける5頭)。第2グループのウシ(n=50)は、両方の方法によってBLVのLTRについてネガティブであった(日本における2頭、ペルーにおける7頭、ボリビアにおける28頭、およびチリにおける13頭)。第3グループのウシ(n=9)は、BLV−CoCoMo−qPCRによってポジティブであったが、ネステッドPCRによってネガティブであった(日本における2頭、ペルーにおける1頭、ボリビアにおける5頭、およびチリにおける1頭)。興味深いことに、BLV−CoCoMo−qPCRによってネガティブであったが、ネステッドPCRによってポジティブであったウシはいなかった。したがって、ネステッドPCR法およびBLV−CoCoMo−qPCR法は、試験したウシの94.6%について同じ結果を示したが、5.4%のウシについて、BLV−CoCoMo−qPCRのみがBLVプロウイルスを検出可能であった。これらの結果は、BLV−CoCoMo−qPCRの感度がネステッドPCRより高いことを明らかに示している。
疾患の初期および後期におけるBLVプロウイルスの量における差異を特徴づけるために、EBLの進行の異なる段階において、BLV感染した268頭のウシについてBLVプロウイルスのコピー数を算出した。BLVポジティブの健常な163頭のウシ、PLにかかっているBLV感染した16頭のウシ、リンパ腫にかかっているBLV感染した89頭のウシ、およびBLVなしの正常な117頭のウシにおいて、BLV−CoCoMo−qPCRによってプロウイルス量を測定した(図9)。プロウイルス量は、無白血病段階と比べてPL段階において有意に増加しており(p=0.0052)、リンパ腫段階においてさらに増加していた(p=0.0052)。BLVなしの正常な117頭のウシにおいてBLVは検出されなかった。したがって、BLVプロウイルスのコピー数は疾患の重篤度の増大にともなって増加することを証明できた。
この研究において、われわれは、感染動物からのBLVプロウイルス量の定量にとっての非常に特異的かつ正確な高感度の方法の開発に成功したことを説明している。
CoCoMoを用いて、既知または新規のBLVバリアントのプロウイルス量を測定するための新たな定量的リアルタイムPCR法を開発した。われわれの方法は、感染動物におけるBLVのLTR領域の検出のために、非常に特異的、高感度、定量的かつ再現可能である。上記方法は、種々の地理的位置からのウシにおけるBLVの検出に有効であり、以前に開発されたネステッドPCRより幅広いサンプルにおけるBLVを検出した。最後に、われわれは、プロウイルス量が疾患の進行の段階と非常に相関していることを初めて示している。
〔臨床サンプル、細胞株およびDNA抽出物〕
血液サンプルを、血清学的にBLVネガティブの正常な117頭のウシ、臨床的および血液学的に正常な163頭のBLV感染したウシ、PLにかかっている臨床的に正常な16頭のBLV感染したウシ、およびEBLにかかっている89頭のBLV感染したウシから入手した。これらのウシを日本において飼った。ボリビア、ペルー、チリおよび米国において飼われたさらなる116頭のウシを本研究に組み入れた。BLV感染したウシを、以前に確立された基準(非特許文献42)およびBLVプロウイルスのゲノムへの組込みにしたがって分類した。PBMCを、Miyasaka and Trnka(非特許文献43)の方法によって血液から分離した。
個々のBLVのLTR配列のうち52のバリアントを、GenBankにおける356のBLV配列から選択した。標的配列を、複数のウイルス株を検出する縮重プライマーを設計するために開発されたCoCoMo-primer-designアルゴリズム(http://www.geneknot.jp/cocomo; Endoh D, Mizutani T, Morikawa S Hamaguchi I, Sakai K, Takizawa K, Osa Y, Asakawa M, Kon Y, Hayashi M,: CoCoMo-Primers: a web server for designing degenerate primers for virus research. Submitted)のBLV−LTR用に改変したバージョンにかけた。なお、LTRが公式に報告されていないBLV配列を利用するために、個々のBLVのLTR配列のうち52のバリアントを、公知のLTR配列に基づくBLASTプログラムおよびクラスター選択法を組み合わせることによって抽出した。さらに、CoCoMo-primer-designアルゴリズムが使用される場合に、標的配列に多く見られる4塩基(一致する2塩基−自由な1塩基−一致する1塩基)が、一般的に検索される。しかし、ここでは多く見られる5塩基をBLVにおいて検索した。
多くのウイルスは進化の間に変異しており、病原性および集団発生における変化を導き得る(非特許文献1、2)。分子技術(特にポリメラーゼ連鎖反応(PCR)に基づくこれらの用途)の開発は、ウイルス感染症の診断を激変させている(非特許文献3、4)。遺伝子のいくつかの起こり得る変異したバージョンの増幅を可能にする縮重オリゴヌクレオチドプライマーは、cDNAクローニング用、および高い割合の変異に起因して変異性の高い配列の検出用に首尾よく使用されている(非特許文献5)。縮重プライマーは、未知の遺伝子の増幅だけでなく、類似しているが、同一ではない遺伝子の同時の増幅に有用である(非特許文献6)。縮重プライマーは、ウイルス検出に対する費用の大幅な削減および所要時間の大幅な短縮を可能にする。“Coordination of Common Motifs”(CoCoMo)アルゴリズムは、複数のウイルスの種を検出するために特に開発されている(Endoh D, Mizutani T, Morikawa S, Hamaguchi I, Sakai K, Takizawa K, Osa Y, Asakawa M, Kon Y, Hayashi M: CoCoMo-Primers: a web server for designing degenerate primers for virus research, submitted)。このプログラムは、MAFFTを用いた複数のDNA配列のアラインメント(非特許文献8)に基づく、COnsensus-DEgenerate Hybrid Oligonucleotide Primer(CodeHop)技術(非特許文献7)の拡張を利用している。CoCoMoは、標的配列から得られた複数のコドンを含んでいる多く見られるギャップテトラヌクレオチドモチーフ(GTNM)を選択する。それから、CoCoMoは、データベースに基づく方法を用いて共通のGTNMの増幅可能な組を選択し、多く見られる増幅可能なGTNMのそれぞれの5’末端においてコンセンサスヌクレオチドを構築する。それから、コンセンサス縮重配列を、設計した縮重プライマーに結合させる。したがって、CoCoMoアルゴリズムは、高度に縮重した配列にとっての縮重プライマーの設計において有用である。
BLV由来の全長LTRを含んだpBLV−LTR/SKを得るために、プライマー(LTR/XhoI(5’−CCCGCTCGAGTGTATGAAAGATCATGCCGA−3’;1位〜20位)およびBLV−LTRR/BamHI(5’−CGGGATCCTGTTTGCCGGTCTCTCCTGG−3’;510位〜530位)、およびKU−17細胞から抽出された、テンプレートとしてのゲノムDNAを用いたPCRを使用した。ウシDRA遺伝子の全長を含んだpBoLA−DRA/SKを生成するために、哺乳類の発現ベクターpCDM8(非特許文献47)から、Xba Iを用いてMR1を消化した。それから、MR1配列を含んでいるXba I−Xba I断片を、pBluescript II SK (+)(Stratagene)にサブクローニングした。使用されたさらなるクローンは、BLV感染性クローンpBLV−IF(非特許文献34);HTLV−1感染性クローンpK30(非特許文献48);HIV−1感染性クローンpNL4−3(非特許文献49);SIV感染性クローンSIVmac239/WT(非特許文献50);ハイブリッドMMTVプロウイルスプラスミド(非特許文献51);M−MLV感染性クローンpL−4(非特許文献51);およびプラスミド(pUC18(Takara Bio Inc., Tokyo, Japan)、pUC19(Takara Bio Inc.)およびpBR322(Promega)が挙げられる)を含んでいた。
pBLV−LTR/SKおよびpBoLA−DRA/SKを、Sca Iを用いて消化し、Sephadex G-50カラム(GE Healthcare Japan, Tokyo, Japan)を用いて精製した。ゲノムDNAを、5mMのスペルミジンの存在下において24時間にわたってXho Iを用いて消化した。サンプルを、TE緩衝液(1mMのエチレンジアミンテトラ酢酸(EDTA)を有している10mMのTris−HCl(pH8.0))を用いて、氷上において10倍段階希釈物に希釈した。マイクロチューブに対するDNA吸着を避けるために、超滑面処理されたチューブ(BM4015 Platinum super polypropylene; BM bio, Tokyo, Japan)を、標準曲線にとってのテンプレートの調製に使用した。
1.0ユニットのrTaq、0.2mMのdNTP、1.0mMのMgCl2、500nMのフォワードプライマーおよびリバースプライマー、ならびにネステッドPCRによってゲノムDNAから増幅されている1:1000倍希釈したBLV−LTRアンプリコンを含有している、rTaq DNAポリメラーゼ用の1×緩衝液(TOYOBO, Tokyo, Japan)の20μl量において、タッチダウンPCR増幅を実施した。PCR増幅を、TGRADIENTサーモサイクラー(Biometra, Gottingen, Germany)を用いて以下のプログラムにしたがって実施した:10分における95℃における開始の変性、95℃における15秒、60℃〜52℃における10秒(アニーリング温度は、3サイクルごとに0.2℃だけ60℃から52℃まで段階的に低下させた)および72℃における10秒の、続く40サイクル。2%アガロースゲル電気泳動のために5μlのPCR産物を使用し、増幅産物をエチジウムブロマイド染色によって検出した。
500nMのCoCoMoプライマーのそれぞれ、3mMのMgCl2、および30ngのゲノムDNAを含有している、1×LightCycler FastStart DNA Master SYBR Green I(Roche Diagnostics GmbH, Basel, Switzerland)の総量20μlにおいて、PCR増幅を実施した。PCR増幅を、Light Cycler 2.0(Roche Diagnostics GmbH)を用いて以下のプログラムにしたがって実施した:10分間にわたる95℃における開始の変性、95℃における15秒、65℃における5秒および72℃における9秒の、続く75サイクル。融解過程を、二本鎖化したDNAの検出用の、DNAと結合しているSYBR Green I色素の蛍光によってモニターした。
プライマーBLTRF−YR(5’−TGTATGAAAGATCATGYCGRC−3’ LTR 1−21)およびBLTRR(5’−AATTGTTTGCCGGTCTCTC−3’ LTR 515−533)を用いて、最初のPCRを実施した。250nMのBLTRF−YRプライマーおよびBLTRRプライマー、0.5ユニットのrTaqポリメラーゼ、0.2mMのdNTP、2.5mMのMgCl2、ならびに30ngのテンプレートDNAを含有している、rTaqDNAポリメラーゼ用の1×緩衝液(TOYOBO)の総量20μlにおいて、増幅を実施した。PCR増幅を、TGRADIENTサーモサイクラー(Biometra)を用いて以下のプログラムにしたがって実施した:2分にわたる94℃における開始の変性、94℃における30秒、58℃における30秒、および72℃における30秒の、続く35サイクル、ならびに72℃における5分の最後のサイクル。
BLV−CoCoMo−qPCRによってポジティブであったが、ネステッドPCRによってネガティブであったサンプルのヌクレオチド配列を分析するために、BLV感染したウシからのゲノムDNAを、MightyAmp DNA polymerase Ver.2(TAKARA)、KOD plus Neo(TOYOBO)、およびTaqMan Universal Master Mix IIシステム(AB)を用いたPCRによる増幅にかけた。BLV−LTR特異的なオリゴヌクレオチドプライマーBLTR56F(5’−AACGTCAGCTGCCAGAAA−3’)、BLTR134F(5’−AAAATCCACACCCTGAGCTG−3’)、CoCoMo6、CoCoMo81、およびBLTR544R(5’−ACCGAGCCCCCAATTGTTT−3’)を、BLVプロウイルス配列のLTR領域を参照することによって設計した。PCR産物をTAクローニングによってpGEM-T Easyベクター(Promega)によってサブクローニングし、ヌクレオチド配列を、標準的な手法を用いたサイクル配列決定によって決定した。
以前に説明されている手法(非特許文献15、22)にしたがってアッセイを実施した。CC81細胞を、直径6cmのディッシュにおいて72時間にわたって成長させ、1×105のBLV感染したPBMCとともにRPMI1640培地においてインキュベートした。細胞を、May-Grunwald溶液において10分にわたって固定し、Giemsa溶液を用いて10分にわたって染色した。水を用いた洗浄後に、細胞を光学顕微鏡のもとに調べた。5を超える核を含んでいる細胞をシンチチウムとしてカウントした。
R 2.10.1統計演算ソフトウェアを用いて、統計分析を実施した。複数の試験について、補正をともなった群のレベル間の対比較を算出するために、ペアt検定を使用した。0.05未満のP値を有意であるとみなした。回帰分析を用いて、段階希釈法およびBLV−CoCoMo−qPCR法の間、ならびにシンチチウムカウントおよびプロウイルスのコピー数の間における相関を調べた。
Claims (7)
- 50塩基以下のオリゴヌクレオチドであって、配列番号1で示す塩基配列における連続する20以上の塩基を含む第一のPCRプライマーと、
50塩基以下のオリゴヌクレオチドであって、配列番号2で示す塩基配列における連続する20以上の塩基を含む第二のPCRプライマーとを含む、ウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。 - 40塩基以下のオリゴヌクレオチドであって、配列番号1で示す塩基配列における連続する20以上で25以下の塩基を含む上記第一のPCRプライマーと、
40塩基以下のオリゴヌクレオチドであって、配列番号2で示す塩基配列における連続する20以上で25以下の塩基を含む上記第二のPCRプライマーとを含む、請求項1に記載のウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。 - 上記第一のPCRプライマーは、配列番号1で示す塩基配列における連続する25の塩基を全て含み、
上記第二のPCRプライマーは、配列番号2で示す塩基配列における連続する25の塩基を全て含む、請求項1又は2に記載のウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。 - 上記第一のPCRプライマー及び第二のPCRプライマーがいずれも、取りうる全プライマーの混合物としての縮重プライマーとして構成される、請求項1から3の何れか一項に記載のウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。
- 上記第一のPCRプライマー及び第二のPCRプライマーにより増幅された遺伝子断片に特異的にハイブリダイズするTaqMan(商標)プローブをさらに含む、請求項1から4の何れか一項に記載のウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。
- 上記TaqMan(商標)プローブは、配列番号3又は4で示す塩基配列を含む、請求項5に記載のウシ白血病ウイルス(BLV)検出用のキット。
- ウシ白血病ウイルス (BLV)の検出方法であって、
請求項1〜6の何れか一項に記載のウシ白血病ウイルス検出用のキットを用いて、ウシから取得した検査用サンプルにおけるBLV由来の遺伝子断片を増幅する増幅工程を含む、検出方法。
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