JP5585976B2 - 遺伝子変異検出によるモヤモヤ病発症リスクの検出又は診断方法 - Google Patents
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Description
[態様1]配列番号1に示されたRNF213遺伝子の塩基配列の少なくとも一部から成り、第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換を有するポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド。
[態様2]態様1に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列からなるDNAと相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、且つ、態様1記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの存在を検出するために使用できるDNAから成るポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド。
[態様3]10〜100個の連続した塩基配列から成る、態様1又は2記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド。
[態様4]態様1〜3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドから成る遺伝子増幅用プライマー。
[態様5]態様1〜3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドから成るハイブリダイゼーション用プローブ。
[態様6]RNF213遺伝子の発現産物の少なくとも一部から成り、第2883番目のアミノ酸におけるR(アルギニン)からA(リジン)への置換(R2883K)を有するポリペプチド又はオリゴペプチド。
[態様7]態様6記載のポリペプチド又はオリゴペプチドにおいて、更に1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、且つ、態様6記載のポリペプチド又はオリゴペプチドを認識する抗体の抗原として機能する、ポリペプチド又はオリゴペプチド。
[態様8]態様6又は7記載のポリペプチド又はオリゴペプチドを認識する抗体。
[態様9]配列番号1に示されたRNF213遺伝子の第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換の有無を検出することから成る、RNF213遺伝子の検査方法。
[態様10]態様1〜3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの有無を検出することによる、態様9記載の方法。
[態様11]態様6又は7記載のポリペプチド又はオリゴペプチドの存在を検出することによる、態様9記載の方法。
[態様12]態様9〜11のいずれか一項に記載の検査方法を用いる、モヤモヤ病発症リスクの診断方法。
[態様13]態様9〜12のいずれか一項に記載の方法を実施するための、検出用システム。
[態様14]態様4に記載の遺伝子増幅用プライマー、態様5記載のハイブリダイゼーション用プローブ、及び/又は態様8記載の抗体を含む、態様133記載の検出用システム。
1)患者
20のMMD家系、MMD家系ではない63人のMMD患者、及び429人のコントロール被験者の血液及び/又は唾液試料からゲノムDNA試料を調製した。尚、被験者は全て日本人であった。合計で72家系(罹患44家系、非罹患28家系)がこの試験に参加した。MMDは、日本国厚生省の「ウィリス動脈輪閉塞症に関する調査研究班」で確立されたMMD診断ガイドライン(Ikezaki, K., Han, D.H., Kawano, T., Kinukawa, N. & Fukui, M. A clinical comparison of definite moyamoya disease between South Korea and Japan. Stroke 28, 2513-7 (1997))に基づき診断した。尚、本研究は、東北大学医学部倫理委員会による承認(承認番号2004-365)を受けている。Total RNAは、RNeasy kit (QIAGEN, Hilden, Germany) を用いて白血球から精製し、Oligo (dT)20 プライマー及び SuperScript II逆転写酵素 (Invitrogen Corp., Carlsbad, CA)によりcDNAを合成した。
日本人のモヤモヤ病の20家系について予備連鎖解析を行い、既に報告されているMMDの5つの遺伝子座候補内の36個のマイクロサテライトマーカーをABI 3373A DNA シークエンサーで解析した。このマイクロサテライトマーカーは、Human Map Viewer (National Center for Biological Information: 国立生物工学情報センター)を利用して選択した。Cyrillic version 2.1ソフトウェアを用いて、家系図及びハプロタイプを構築した。多点解析はGENEHUNTER 2を使用した。罹患対立遺伝子頻度及び浸透率は、夫々、1/10000 及び0.8にセットした。SPSS version 14.0J (SPSS Inc., Tokyo, Japan)を用いて統計分析を行なった。
上記の3種類の遺伝子における変異分析は各エクソンをPCR増幅した後に直接配列を決定して行なった。PCRプライマーはGeneBankのゲノム配列データに基づき設計した。RNF213遺伝子のcDNA断片を白血球mRNAから増幅して構造分析に使用した。ABI Prism BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit in ABI 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いて、PCR産物の配列を決定した。
PCR増幅用フォーワード・プライマー:RNF213-E35F
(配列番号3)acaagtctcgcagccagtctca
PCR増幅用リバース・プライマー:RNF213-E35R
(配列番号4)gtcacaagcatgtctgaggtgc
PCR増幅用フォーワード・プライマー:RNF213-E34F
(配列番号5) acacccactggtggagttac
PCR増幅用リバース・プライマー:RNF213-E34R
(配列番号6)cctgagcttctgctacatcct
次に、RNF213遺伝子における上記2つの変異の機能的効果を調べる目的で、正常なRNF213遺伝子及びこれら2つの変異を有するRNF213遺伝子cDNAでHEK293細胞を形質転換し、HGFの受容体であるc-Met プロトオンコジーン、及び、低酸素誘導性因子1α(HIF-1α)のタンパク質レベルを測定した。c-Met及びHIF-1αは血管形成において重要な役割を担い、NMD患者の内頚動脈において過剰発現していることが報告されている(Nanba, R., Kuroda, S., Ishikawa, T., Houkin, K. & Iwasaki, Y. Increased expression of hepatocyte growth factor in cerebrospinal fluid and intracranial artery in moyamoya disease. Stroke 35, 2837-42 (2004); Takagi, Y. et al. Expression of hypoxia-inducing factor-1 alpha and endoglin in intimal hyperplasia of the middle cerebral artery of patients with Moyamoya
disease. Neurosurgery 60, 338-45; discussion 345 (2007))。
National Center for Biotchnology Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/;
International HapMap Project, http://www.hapmap.org/index.html.ja;
Haploview version 3.32, http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/;
Tagger,http://www.broad.mit.edu/index.html;
Bodymap database (Human and mouse gene expression database), http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp.
Claims (9)
- 配列番号1に示されたRNF213遺伝子の塩基配列において、第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換を有するポリヌクレオチド。
- 配列番号1に示されたRNF213遺伝子の塩基配列において、第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換を有する20〜100個の連続した塩基配列から成る、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド。
- 請求項2に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを含むハイブリダイゼーション用プローブであって、配列番号1に示されたRNF213遺伝子の第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換を検出・同定するために使用されるハイブリダイゼーション用プローブ。
- 配列番号2に示されたRNF213遺伝子の発現産物の数十個以上のアミノ酸残基から成り、第2883番目のアミノ酸におけるR(アルギニン)からK(リジン)への置換(R2883K)を有するポリペプチド。
- 請求項4記載のポリペプチドを特異的に認識する抗体。
- 配列番号1に示されたRNF213遺伝子の第8648番目の塩基におけるgからaへの一塩基置換の有無を検出することから成る、RNF213遺伝子の検査方法。
- 請求項1又は2に記載のポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの有無を検出することによる、請求項6記載の方法。
- 請求項4記載のポリペプチドの存在を検出することによる、請求項6記載の方法。
- 請求項6〜8のいずれか一項に記載の方法を実施するための検出用システムであって、請求項3記載のハイブリダイゼーション用プローブ、及び/又は請求項5記載の抗体を含む、前記検出用システム。
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