JP5249581B2 - 核酸の単離および増幅方法 - Google Patents
核酸の単離および増幅方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5249581B2 JP5249581B2 JP2007525726A JP2007525726A JP5249581B2 JP 5249581 B2 JP5249581 B2 JP 5249581B2 JP 2007525726 A JP2007525726 A JP 2007525726A JP 2007525726 A JP2007525726 A JP 2007525726A JP 5249581 B2 JP5249581 B2 JP 5249581B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- polynucleotide molecule
- sequence
- amplification
- molecule
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 351
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 196
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 196
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims description 161
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims description 161
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 117
- 238000002955 isolation Methods 0.000 title description 23
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 422
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 422
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 422
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 175
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 174
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims description 167
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 149
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims description 116
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 100
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 87
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 78
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 59
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 51
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 claims description 48
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 30
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims description 30
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 29
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 28
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 26
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 18
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 17
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 claims description 15
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 claims description 13
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 8
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 claims description 8
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 claims description 8
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims description 5
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 claims description 5
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000008021 deposition Effects 0.000 claims 1
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 134
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 60
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 31
- 239000000047 product Substances 0.000 description 29
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 25
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 24
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 16
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 13
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 13
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 10
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 10
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 10
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 10
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 9
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 8
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 8
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 8
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 8
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 8
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 7
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 7
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 6
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 6
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 4
- -1 RecA Proteins 0.000 description 4
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 4
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 4
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 4
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 4
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- 102100028971 HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain Human genes 0.000 description 3
- 108010052199 HLA-C Antigens Proteins 0.000 description 3
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 3
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 3
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 238000013412 genome amplification Methods 0.000 description 3
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 3
- 108010026228 mRNA guanylyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 3
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 3
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 3
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 3
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 3
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 3
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 108010068698 spleen exonuclease Proteins 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100028976 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain Human genes 0.000 description 2
- 108010058607 HLA-B Antigens Proteins 0.000 description 2
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 2
- 108010010677 Phosphodiesterase I Proteins 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 2
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 2
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 238000003505 heat denaturation Methods 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 108010077055 methylated bovine serum albumin Proteins 0.000 description 2
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 2
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 2
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 description 2
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 2
- 230000000379 polymerizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 2
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000713838 Avian myeloblastosis virus Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 240000006497 Dianthus caryophyllus Species 0.000 description 1
- 235000009355 Dianthus caryophyllus Nutrition 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000193385 Geobacillus stearothermophilus Species 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108010059724 Micrococcal Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 206010027626 Milia Diseases 0.000 description 1
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 description 1
- 241000581002 Murex Species 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 241000205160 Pyrococcus Species 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000007660 Residual Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000801924 Sena Species 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000205180 Thermococcus litoralis Species 0.000 description 1
- 241000589500 Thermus aquaticus Species 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- SWPYNTWPIAZGLT-UHFFFAOYSA-N [amino(ethoxy)phosphanyl]oxyethane Chemical compound CCOP(N)OCC SWPYNTWPIAZGLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 239000012830 cancer therapeutic Substances 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 108091092328 cellular RNA Proteins 0.000 description 1
- 238000003508 chemical denaturation Methods 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- OJYGBLRPYBAHRT-IPQSZEQASA-N chloralose Chemical compound O1[C@H](C(Cl)(Cl)Cl)O[C@@H]2[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@@H]21 OJYGBLRPYBAHRT-IPQSZEQASA-N 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 238000010668 complexation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 238000004163 cytometry Methods 0.000 description 1
- 230000000994 depressogenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 229940079920 digestives acid preparations Drugs 0.000 description 1
- 230000003292 diminished effect Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 1
- 238000012912 drug discovery process Methods 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 230000005489 elastic deformation Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000012215 gene cloning Methods 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 1
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 150000002605 large molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000000155 melt Substances 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 108010087904 neutravidin Proteins 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 238000001821 nucleic acid purification Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 1
- 238000009597 pregnancy test Methods 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000005086 pumping Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 210000005084 renal tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 102000023888 sequence-specific DNA binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008420 sequence-specific DNA binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6846—Common amplification features
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
本発明は、一般に、核酸分子を単離および増幅するための方法および組成物に関する。
現在の臨床研究の1つの主な領域は、疾患に対する感受性および/または薬物療法に対する応答についての個体の遺伝子プロフィールの相関関係である。薬理ゲノム学と呼ばれているこの研究分野により、個体への薬物のターゲティングならびに遺伝的素因およびリスクの解明のためのストラテジーが提案されている。さらに、薬理ゲノム学により、複雑な疾患の分子基盤のより深い理解に基づいた改良創薬過程が得られる可能性が高くなる。
本発明は、核酸分子を単離および増幅するための方法および組成物を提供する。目的のポリヌクレオチド分子を、最初に、ポリヌクレオチド分子中の特定の配列に基づいて核酸集団中の他の核酸分子から単離し、その後に等温増幅することができる。一定の実施形態では、本発明は、相対的に長いポリヌクレオチド分子(例えば、約50kbまたはそれを超える)を単離し、その後に単離した分子またはそのフラグメントを増幅する。増幅されたポリヌクレオチド分子またはそのフラグメントを、さらに分析することができる。
を含む。
を含む。
を含む方法を提供する。
本発明は、ポリヌクレオチド分子中の一定の特異的配列(例えば、ハプロタイプ特異的または遺伝子座特異的)に基づいて核酸分子を単離および増幅するための方法および組成物を提供する。単離ポリヌクレオチド分子を、その後に、一般的増幅、配列特異的増幅(例えば、遺伝子座特異的)、または配列特異的(例えば、遺伝子座に偏った)増幅を使用して等温増幅することができる。一定の実施形態では、本発明は、比較的大きなポリヌクレオチド分子(例えば、約50kbまたはそれを超える)の単離およびその後の単離ポリヌクレオチド分子またはその一部の増幅に有用である。
配列特異的抽出は、一般に、米国特許出願公開公報20010031467号およびPCT出願公開公報WO01/042150号に記載されている。一般に、配列特異的抽出は、目的のポリヌクレオチド分子の特異的配列に基づく核酸分子集団からの目的のポリヌクレオチド分子の分離方法である。
目的のポリヌクレオチド分子を含むか、含むことが疑われる場合、精製形態または非精製形態の任意の核酸標本を、出発核酸として使用することができる。したがって、この過程は、例えば、ゲノムDNA、プラスミドDNA、増幅DNA、cDNA、全細胞RNA、hnRNA、およびポリA含有RNAを使用することができる。核酸は、1つの単細胞生物または真核生物に由来し得る。例えば、ヒトなどの哺乳動物から核酸を得ることができる。核酸の混合物を使用することもできる。
一定の実施形態では、目的のポリヌクレオチド分子の単離は、ポリヌクレオチド分子の特異的配列(本明細書中で、「識別エレメント」と併せて「標的核酸配列」という)に基づく。「識別エレメント」は、ヌクレオチド配列を含まない他の分子から目的のポリヌクレオチド分子を固有に識別することができる目的のポリヌクレオチド分子中のヌクレオチド配列である。識別エレメントは、例えば、多型(多型オリゴヌクレオチド配列、一塩基多型、ハプロタイプ「タグ」一塩基多型(タグSNP)、短いタンデム反復など)、欠失、挿入、逆位、重複、転座、または染色体の別の再編成形態であり得る。識別エレメントはまた、例えば、制限部位、メチル化制限部位、メチル化配列モチーフ、タンパク質結合部位、SiRNAをコードするかSiRNAによるサイレンシングをターゲティングすることが見出されている部位、領域、もしくは配列、または特異的二次構造を有する配列であり得る。
一定の実施形態では、目的のポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列に結合するターゲティングエレメントへの固定化可能な分離基の選択的付着によって、核酸集団中の目的のポリヌクレオチド分子と他の核酸分子とを区別する。固定化可能な分離基が識別エレメントを含む目的のポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列に結合するターゲティングエレメントのみに付着するが、目的のポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列に結合しないいかなるターゲティングエレメント(例えば、いかなる核酸分子にも結合しない任意のターゲティングエレメントまたは目的のポリヌクレオチド分子以外の核酸分子に結合する任意のターゲティングエレメント)にも付着しない場合、固定化可能な分離基がターゲティングエレメントに「選択的に付着」する。言い換えれば、ターゲティングエレメントへの固定化可能な分離基の選択的付着は、ターゲティングエレメントが結合する核酸分子が目的のポリヌクレオチド分子(すなわち、ターゲティングエレメントが結合する標的核酸配列が存在する鎖中に特定の識別エレメントを含む核酸)であるかどうかに依存する。
5’−GATTACCAAAAATTC ...3’(配列番号1)(対立遺伝子1)
5’−GATTACCAAAAAGTC ...(配列番号2)(対立遺伝子2)。
修飾されているが必ずしも付着した分離基で「A」が終結されていないこと、
未修飾であり、必ずしも「G」が終結されていないこと、および
終結されているが、そうでなければ未修飾の「C」によってリゴヌクレオチドの3’末端のすぐ隣りに存在しない(多型部位は、対立遺伝子1中の「T」および対立遺伝子2中の「G」である)。
本発明で有用な分離基は、目的のポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列とそれ自体が会合する付着ターゲティングエレメントのその後の単離を容易にする任意の部分であり得る。このような分離基には、同族リガンドと特異的に相互作用することができる分離基が含まれる。一定の実施形態では、分離基は固定化可能であり、適切な基盤への固定化によって分離基と会合したポリヌクレオチド分子を分離可能である。例示的分離基は、固定化可能なヌクレオチド(例えば、ビオチン化ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド)を含むか固定化可能なヌクレオチドである。分離基の他の例には、リガンド、受容体、抗体、ハプテン、酵素、抗体またはアプタマーによって認識可能な化学基が含まれる。
必要に応じて、第2のターゲティングエレメントを使用して、核酸分子集団中での核酸分子集団と第2の目的のポリヌクレオチド配列中の第2の標的核酸配列に特異的に結合する第2のターゲティングエレメントとの接触によって、上記方法を繰り返すことができる。第2の分離基は、第2のターゲティングエレメントに選択的に付着する。次いで、付着した第2の分離基を基盤に固定化し、それにより、第2のポリヌクレオチド分子が結合した第2の固定化ターゲティングエレメント−分離基複合体が形成される。次いで、第2のポリヌクレオチド分子が結合した第2の固定化ターゲティングエレメント−分離基複合体核酸分子集団から除去し、それにより、核酸集団中の他の核酸分子から目的の第2の核酸配列が分離される。
上記の単離された目的のポリヌクレオチド分子またはその一部を、本発明にしたがってさらに等温増幅することができる。このような増幅を、依然として基盤に付着した目的のポリヌクレオチド分子または基盤から解離した後の目的のポリヌクレオチド分子を使用して行うことができる。一般的増幅、配列特異的増幅、または偏った増幅によって増幅することができる。
「一般的増幅」は、ランダムプライマーのみを使用するポリヌクレオチド分子の増幅をいう。一般的増幅を、図2Aに概略的に示す。一定の実施形態では、プライマーは、6ヌクレオチド長と40ヌクレオチド長との間(6ヌクレオチド長と30ヌクレオチド長との間または8ヌクレオチド長と20ヌクレオチド長との間)であり得る。
「配列特異的増幅」は、配列特異的プライマーのみを使用したポリヌクレオチド分子の増幅をいう。プライマーは、一定の所与の条件下で目的の配列にアニーリングするが、同一条件下で増幅反応混合物中の他の核酸分子にアニーリングしない場合、目的の配列(例えば、配列特異的抽出によって単離されたポリヌクレオチド分子)に「特異的」である。
「配列に偏った増幅」は、一般的増幅と配列特異的増幅とのハイブリッドである。ランダムプライマーおよび配列特異的プライマーの両方の存在下で行う。
上記のように、本発明にしたがって、配列特異的抽出によって単離されたポリヌクレオチド分子またはそのフラグメントを等温増幅することができる。等温増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)(例えば、Saiki et al.,1995.Science 230:1350−1354を参照のこと)、リガーゼ連鎖反応(例えば、Barany,1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189−193;Barringer et al.,1990,Gene 89:117−122を参照のこと)、および転写ベースの増幅(例えば、Kwoh et al.,1989,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173−1177を参照のこと)などの温度サイクリングを必要とする増幅と比較して、単離された巨大ポリヌクレオチド分子(またはそのフラグメント)の増幅で特に有用である。例えば、等温増幅は、(1)巨大フラグメントの効果のない熱変性および(2)使用したポリメラーゼの低進行性に起因するPCRベースの増幅技術に関連する巨大なポリヌクレオチドフラグメント増幅の感度の喪失を回避する。
増幅用プライマーは、典型的には、所望の一般的増幅または遺伝子座特異的増幅を行うのに十分な長さおよび適切な配列のオリゴヌクレオチドである。詳細には、本明細書中で使用される、用語「プライマー」は、プライマー伸長産物の合成を開始することができ、且つ実質的に目的のヌクレオチド配列と相補的な6つまたはそれを超えるデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを含む配列をいう。合成を助長する環境条件には、ヌクレオシド三リン酸および重合剤(DNAポリメラーゼなど)ならびに適切な温度およびpHが含まれる。プライマーは、増幅効率を最大にするには一般鎖が好ましいが、二本鎖でもよい。二本鎖の場合、プライマーを、伸長産物を調製するために使用する前に、最初にその鎖を分離するための処理を行う。一定の実施形態では、プライマーはオリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、重合誘導剤の存在下での伸長産物の合成をプライミングするのに十分な長さでなければならない。プライマーの正確な長さは、多数の要因(温度、緩衝液、およびヌクレオチド組成が含まれる)に依存する。オリゴヌクレオチドプライマーは、典型的には、12〜20またはそれを超えるヌクレオチドを含むが、より少ないヌクレオチドを含み得る。
一般に、プライミングした3’−OH基の活性を伸長することができる任意のポリメラーゼを、本発明の単離ポリヌクレオチド分子の増幅で使用することができる。ポリメラーゼは、DNAまたはRNA指向性DNAポリメラーゼであり得る。一定の実施形態では、ポリメラーゼは、3’→5’エクソヌクレアーゼを欠く。適切なDNA指向性ポリメラーゼには、φ29レプリカーゼ、バチルス・ステアロサーモフィルス、テルムス・アクアチクス、パイロコッカス・フリオシシス、サーモコッカス・リトラリス、および高度高熱菌、T4およびT7バクテリオファージ由来のDNAポリメラーゼ、ならびに大腸菌DNAポリメラーゼIクレノウフラグメントが含まれるが、これらに限定されない。適切なRNA指向性DNAポリメラーゼには、トリ骨髄芽球症ウイルス由来の逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス由来の逆転写酵素、およびヒト免疫不全ウイルス−I由来の逆転写酵素が含まれるが、これらに限定されない。
配列特異的抽出と同様に、抽出された(すなわち、単離された)ポリヌクレオチド分子の増幅を、複数のプライマーもしくは複数のプライマー組(例えば、一般的プライマー、配列特異的プライマー、または一般的プライマーと配列特異的プライマーとの組み合わせ)を使用して行うことができる。
必要に応じて、連続的抽出および増幅後にさらなる配列特異的抽出および/または増幅を行うことができる。例えば、抽出サンプルを、一般的増幅に供し、その後に第2の抽出に供し、その後に遺伝子座特異的増幅に供し、任意選択的に、さらに抽出し、さらに増幅することができる。一定の実施形態では、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20回の連続的抽出および増幅を行う。
本発明の核酸の単離および増幅方法を、種々の形式で行うことができる。例えば、配列特異的核酸抽出およびその後の増幅(一般的増幅、遺伝子座特異的増幅、または偏った増幅が含まれる)を、DNAアレイを使用して行うことができる。当該分野で公知の技術を使用して、アレイを作製することができる。一定の実施形態では、平面上にアレイを都合よく提供する。
1つの態様では、本発明は、核酸の単離およびその後の等温増幅のためのキットを提供する。このようなキットは、1つまたは複数の以下の成分を含み得る:(1)1つまたは複数のターゲティングエレメント(例えば、特定の識別エレメントを含むポリヌクレオチド分子の抽出に特異的なオリゴヌクレオチド)、(2)生体サンプル由来の核酸調製物のための試薬(例えば、溶解緩衝液および中和緩衝液)、(3)分離基(例えば、ビオチン化ヌクレオチド)、(4)分離基が結合することができる基盤(例えば、ストレプトアビジンコーティングされたビーズ)、(5)配列特異的抽出によって単離されたポリヌクレオチド分子または単離されたポリヌクレオチド分子の特定の領域のための配列特異的プライマー、(6)ランダムプライマー、(7)核酸増幅のためのdNTP、(8)ターゲティングエレメントへの分離基の選択的付着および/または核酸の伸長/増幅のためのポリメラーゼ(例えば、φ29DNAポリメラーゼ)、および(9)増幅産物中の特定の配列の存在を検出するための1つまたは複数の特異的プローブ(例えば、対立遺伝子特異的プローブ)。
本発明の核酸の単離および増幅方法は、種々に適用される。例えば、単離されたポリヌクレオチド分子およびその増幅産物を、広範なアッセイ(配列決定、特異的配列の検出、さらなる多型部位の特徴付け、さらなる増幅(リアルタイムPCRなど)、および質量分析法が含まれる)で使用することができる。
φ29レプリカーゼ/GenomiPhiキット(AmershamBiosciences)を使用して、ハプロタイプ特異的抽出後にハプロ分離ゲノムDNAを増幅した。得られた増幅DNAは、配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ(SSOP;Innogenetics)によって分類した場合、以前として二倍体であり、非ターゲティング対立遺伝子の視覚可能な残存成分を本質的に含まなかった。ハプロ分離サンプルから生成されたSSOPシグナルは、二倍体コントロールサンプルから生成されたSSOPシグナルより顕著に強い(図3)。
Claims (37)
- 目的のポリヌクレオチド分子またはそのフラグメントを増幅する方法であって、
(a)標的核酸配列に特異的に結合するターゲティングエレメント及び固定可能な分離基を使用して核酸集団から標的核酸配列及び識別エレメントを含む目的のポリヌクレオチド分子を単離して目的の単離ポリヌクレオチド分子を準備する工程であって、前記目的のポリヌクレオチド分子は、該目的のポリヌクレオチド分子の標的核酸配列がターゲティングエレメント−分離基複合体に結合するものであり、該目的のポリヌクレオチド分子が固体支持体へ固定化されることによって、他の核酸分子から分離される工程と、
(b)前記目的の単離ポリヌクレオチド分子またはそのフラグメントを等温増幅する工程であって、該増幅は、一般的増幅と配列特異的増幅とのハイブリッドとして定義される、配列に偏った増幅であり、前記ハイブリッドはランダムプライマー及び配列特異的プライマーの両方の存在下で実施されるものである、工程と、
を含む、方法。 - 前記配列に偏った増幅が、一般的増幅と遺伝子座特異的増幅とのハイブリッドとして定義される、遺伝子座に偏った増幅であり、前記ハイブリッドはランダムプライマー及び遺伝子座特異的プライマーの両方の存在下で実施されるものである、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子座特異的プライマーは、遺伝子座を占める対立遺伝子の全部または大部分によって共有される遺伝子座内又は遺伝子座に隣接する共通の配列に結合する、請求項2に記載の方法。
- 前記遺伝子座に隣接する配列が遺伝子座の外側に存在するが、遺伝子座に隣接する配列と遺伝子座の隣接末端との間の距離が500ヌクレオチド以内である、請求項3に記載の方法。
- 前記目的のポリヌクレオチド分子がゲノムDNA分子である、請求項1から4のいずれか1項に記載の方法。
- (A)前記核酸集団が目的のポリヌクレオチド分子を含み、
(B)前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖が標的核酸配列および識別エレメントを含み、
(C)前記標的核酸配列が、前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖中に識別エレメントの100ヌクレオチド以内で存在し、
(D)前記工程(a)が、
(i)前記核酸集団を前記ポリヌクレオチド分子中の前記標的核酸配列に特異的に結合するターゲティングエレメントと接触させる工程と、
(ii)前記固定可能な分離基を前記ポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列に結合したターゲティングエレメントに選択的に付着させてターゲティングエレメント−分離基複合体を形成させる工程と、
(iii)前記分離基を介してポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する前記ターゲティングエレメント−分離基複合体を基盤に固定化する工程と、
(iv)前記ポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する固定化ターゲティングエレメント−分離基複合体を除去し、それにより、前記核酸集団から前記ポリヌクレオチド分子を単離する工程と
を含む、請求項1から5のいずれか1項に記載の方法。 - 前記標的核酸配列が、前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖中の識別エレメントに対してすぐ3'側に存在する、請求項6に記載の方法。
- 前記ターゲティングエレメントがオリゴヌクレオチドを含む、請求項6又は7に記載の方法。
- 前記分離基が固定化可能なヌクレオチドを含む、請求項6から8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記固定可能なヌクレオチドが終結ヌクレオチドである、請求項9に記載の方法。
- 前記固定可能なヌクレオチドが非終結ヌクレオチドである、請求項9に記載の方法。
- 前記識別エレメントが多型配列である、請求項6から11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記識別エレメントが一塩基多型である、請求項12に記載の方法。
- (1)前記ターゲティングエレメントがオリゴヌクレオチドを含むことと、
(2)前記分離基が固定可能なヌクレオチドを含むことと、
(3)前記分離基が、前記固定化可能なヌクレオチドの存在下での前記オリゴヌクレオチドの伸長によってターゲティングエレメントに付着し、それにより、前記固定化可能なヌクレオチドを含む伸長産物が形成される、請求項6に記載の方法。 - (4)前記オリゴヌクレオチドの3'末端が、前記ポリヌクレオチド分子中の前記識別エレメントまたはその一部と相補的であり、
(5)前記固定化可能なヌクレオチドが非終結であり、
(6)前記伸長産物が複数の分離基を含む、請求項14に記載の方法。 - (4)前記標的核酸配列が前記識別エレメントに対してすぐ3'側に存在し、
(5)前記固定化可能なヌクレオチドが終結であり、かつ前記識別エレメントまたはその一部と相補的である、請求項14に記載の方法。 - (A)前記核酸集団が目的のポリヌクレオチド分子を含み、
(B)前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖が標的核酸配列および識別エレメントを含み、
(C)前記標的核酸配列が、前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖中に識別エレメントの100ヌクレオチド以内で存在し、
(D)前記工程(a)が、
(i)前記核酸集団をターゲティングエレメント−分離基複合体と接触させる工程と、前記ターゲティングエレメント−分離基複合体が前記ポリヌクレオチド分子中の前記標的核酸配列に特異的に結合することと、
(ii)前記ポリヌクレオチド分子中の前記標的核酸配列への前記ターゲティングエレメント−分離基複合体の結合を選択的に安定化させる工程と、
(iii)前記分離基を介してポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する安定化された前記ターゲティングエレメント−分離基複合体を基盤に固定化する工程と、
(iv)前記ポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する安定化された固定化ターゲティングエレメント−分離基複合体を除去し、それにより、前記核酸集団から前記ポリヌクレオチド分子を単離する工程と
を含む、請求項1から5のいずれか1項に記載の方法。 - (1)前記ターゲティングエレメントがオリゴヌクレオチドを含み、
(2)前記オリゴヌクレオチドの3'末端が前記ポリヌクレオチド中の識別エレメントまたはその一部と相補的である、請求項17に記載の方法。 - 前記選択的安定化をライゲーションによって行う、請求項18に記載の方法。
- 前記選択的安定化を、テンプレートとしてポリヌクレオチド分子を使用したオリゴヌクレオチドの伸長によって行う、請求項18に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチド分子が少なくとも10kb長である、請求項1から20のいずれか1項に記載の方法。
- 前記識別エレメントがハプロタイプ特異的である、請求項6から21のいずれか1項に記載の方法。
- 前記識別エレメントが遺伝子座特異的である、請求項6から21のいずれか1項に記載の方法。
- 前記工程(b)を、鎖置換増幅によって行う、請求項1から23のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ランダムプライマーが、互いに1から10Kb離れている、請求項1から24のいずれか1項に記載の方法。
- (c)ハプロタイプを構成する増幅ポリヌクレオチド分子またはそのフラグメント中の1つまたは複数の部位を特徴づける工程をさらに含む、請求項1から25のいずれか1項に記載の方法。
- (c)前記増幅ポリヌクレオチド分子またはそのフラグメント中の1つまたは複数の多型部位を特徴づける工程をさらに含む、請求項1から25のいずれか1項に記載の方法。
- (d)前記特徴づけた部位の情報をアセンブリする工程をさらに含む、請求項26又は27に記載の方法。
- 工程(b)の前に前記基盤から前記単離ポリヌクレオチド分子を解離する工程をさらに含む、請求項6から28のいずれか1項に記載の方法。
- 核酸分子集団から目的の複数のポリヌクレオチド分子を増幅する方法であって、
(a)標的核酸配列に特異的に結合するターゲティングエレメント及び1つまたは複数の固定化可能な分離基を使用して核酸集団から標的核酸配列及び識別エレメントをそれぞれ含む複数のポリヌクレオチド分子を単離して目的の単離ポリヌクレオチド分子を得る工程であって、前記目的のポリヌクレオチド分子は、該目的のポリヌクレオチド分子の標的核酸配列がターゲティングエレメント−分離基複合体に結合するものであり、該目的のポリヌクレオチド分子が固体支持体へ固定化されることによって、他の核酸分子から分離される工程と、
(b)前記目的の単離ポリヌクレオチド分子またはそのフラグメントを等温増幅する工程であって、該増幅は、一般的増幅と配列特異的増幅とのハイブリッドとして定義される、配列に偏った増幅であり、前記ハイブリッドはランダムプライマー及び配列特異的プライマーの両方の存在下で実施されるものである、工程と
を含む、方法。 - 前記工程(a)が、
(A)各ターゲティングエレメントがその対応するポリヌクレオチド分子の標的核酸配列と特異的に結合するように前記目的の複数のポリヌクレオチド分子を含む核酸集団を複数のターゲティングエレメントと接触させる工程であって、
(i)前記標的核酸配列が、前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖中に識別エレメントの100ヌクレオチド以内で存在し、かつ
(ii)前記識別エレメントが、前記ポリヌクレオチド分子と95%を超える配列が同一である別の核酸分子から、前記ポリヌクレオチド分子を異なるものとして識別する、
前記工程と
(B)前記対応するポリヌクレオチド分子の標的核酸配列に結合した複数のターゲティングエレメントに分離基を選択的に付着させて、ターゲティングエレメント−分離基複合体を形成する工程と、
(C)前記分離基を介してポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する前記ターゲティングエレメント−分離基複合体を基盤に固定化する工程と、
(D)結合する前記固定化ターゲティングエレメント−分離基分子を除去し、それにより、前記核酸分子集団から前記ポリヌクレオチド分子を単離する工程と
を含む、請求項30に記載の方法。 - 前記工程(a)が、
(A)各ターゲティングエレメントがその対応するポリヌクレオチド分子の標的核酸配列と特異的に結合するように前記目的の複数のポリヌクレオチド分子を含む核酸集団を分離基が付着する複数のターゲティングエレメントと接触させる工程であって、
(i)前記標的核酸配列が、前記ポリヌクレオチド分子の1つの鎖中に識別エレメントの100ヌクレオチド以内で存在し、かつ
(ii)前記識別エレメントが、前記ポリヌクレオチド分子と95%を超える配列が同一である別の核酸分子から、前記ポリヌクレオチド分子を異なるものとして識別する、
前記工程と
(B)前記ターゲティングエレメントのその対応するポリヌクレオチド分子の標的核酸配列への結合を選択的に安定化させて、前記ポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合した安定化されたターゲティングエレメント−分離基複合体を形成する工程と、
(C)前記分離基を介してポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する前記ターゲティングエレメント−分離基複合体を基盤に固定化する工程と、
(D)前記ポリヌクレオチド分子中の標的核酸配列が結合する固定化ターゲティングエレメント−分離基複合体を除去して、前記核酸分子集団から前記ポリヌクレオチド分子を単離する工程と
を含む、請求項30に記載の方法。 - 異なる種類の分離基を異なる種類のターゲティングエレメントに付着させる、請求項31又は32に記載の方法。
- 同一種類の分離基を異なる種類のターゲティングエレメントに付着させる、請求項31又は32に記載の方法。
- 少なくとも3つの目的の異なるポリヌクレオチドが単離される、請求項30から34のいずれか1項に記載の方法。
- 目的のゲノムDNA分子またはそのフラグメントを増幅する方法であって、前記目的のゲノムDNA分子が多型配列を含み、
(a)前記目的のゲノムDNA分子を含むゲノムDNA集団をオリゴヌクレオチドと接触させる工程と、
(i)前記オリゴヌクレオチドが、前記目的のゲノムDNA分子の1つの鎖中の標的核酸配列と少なくとも実質的に相補的な配列を含むことと、
(ii)前記標的核酸配列が、前記目的のゲノムDNA分子の1つの鎖中の多型配列に対してすぐ3'側に存在することと、
(iii)前記目的のゲノムDNA分子の1つの鎖にアニーリングする場合、前記オリゴヌクレオチドの3'部分が多型配列またはその一部と相補的であることと、
(b)固定化可能なヌクレオチドの存在下でテンプレートとしてオリゴヌクレオチドがアニーリングする目的のゲノムDNA分子の1つの鎖を使用して前記オリゴヌクレオチドを伸長して、伸長産物を得る工程と、
(c)固定化可能なヌクレオチドを介して目的のゲノムDNA分子が結合する伸長産物を基盤に固定化する工程と、
(d)前記目的のゲノムDNA分子が結合する固定化された伸長産物を除去し、それにより、前記ゲノムDNA集団から前記目的のゲノムDNA分子を単離する工程と、
(e)任意選択的に、前記基盤から前記目的のゲノムDNA分子を溶離する工程と、
(f)単離または溶離された前記目的のゲノムDNA分子またはそのフラグメントを等温増幅する工程であって、該増幅は、一般的増幅と配列特異的増幅とのハイブリッドとして定義される、配列に偏った増幅であり、前記ハイブリッドはランダムプライマー及び配列特異的プライマーの両方の存在下で実施されるものである、工程と
を含む、方法。 - ハプロタイプをアセンブリする方法であって、
(a)目的とする生物から核酸集団を準備する工程と、
(b)複数の基盤を使用したハプロタイプ特異的抽出によってポリヌクレオチド分子を個別に単離する工程と、
(i)各基盤を使用して、ポリヌクレオチド分子が、複数の抽出部位で単離されることと、
(ii)1つの基盤を使用して1つの抽出部位で単離されたポリヌクレオチド分子が、同一の基盤を使用した他の抽出部位で単離したポリヌクレオチド分子中にも存在する多型部位を含まないことと、
(iii)1つの基盤を使用して1つの抽出部位で単離された1つまたは複数のポリヌクレオチド分子が、他の基盤を使用して隣接抽出部位で単離されたポリヌクレオチド分子中にも存在する多型部位を含むことと、
(c)各基盤を使用して単離したポリヌクレオチド分子中の多型部位を個別に特徴づける工程と、
(d)1つを超える基盤を使用して単離したポリヌクレオチド分子中に存在する多型部位の特徴付けに基づいてハプロタイプをアセンブリする工程と
を含む、方法であり、
該方法は、前記工程(c)の前に複数の基盤を使用して単離した前記ポリヌクレオチド分子を等温増幅する工程をさらに含み、
該増幅は、一般的増幅と配列特異的増幅とのハイブリッドとして定義される、配列に偏った増幅であり、前記ハイブリッドはランダムプライマー及び配列特異的プライマーの両方の存在下で実施されるものである、上記方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US59990304P | 2004-08-09 | 2004-08-09 | |
US60/599,903 | 2004-08-09 | ||
PCT/US2005/028230 WO2006020617A1 (en) | 2004-08-09 | 2005-08-09 | Method for nucleic acid isolation and amplification |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008508901A JP2008508901A (ja) | 2008-03-27 |
JP5249581B2 true JP5249581B2 (ja) | 2013-07-31 |
Family
ID=35432173
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007525726A Active JP5249581B2 (ja) | 2004-08-09 | 2005-08-09 | 核酸の単離および増幅方法 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20060040300A1 (ja) |
EP (1) | EP1784508B1 (ja) |
JP (1) | JP5249581B2 (ja) |
WO (1) | WO2006020617A1 (ja) |
Families Citing this family (64)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8024128B2 (en) * | 2004-09-07 | 2011-09-20 | Gene Security Network, Inc. | System and method for improving clinical decisions by aggregating, validating and analysing genetic and phenotypic data |
US8532930B2 (en) | 2005-11-26 | 2013-09-10 | Natera, Inc. | Method for determining the number of copies of a chromosome in the genome of a target individual using genetic data from genetically related individuals |
US11111543B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US20070027636A1 (en) * | 2005-07-29 | 2007-02-01 | Matthew Rabinowitz | System and method for using genetic, phentoypic and clinical data to make predictions for clinical or lifestyle decisions |
US11111544B2 (en) | 2005-07-29 | 2021-09-07 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US8515679B2 (en) | 2005-12-06 | 2013-08-20 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US20070178501A1 (en) * | 2005-12-06 | 2007-08-02 | Matthew Rabinowitz | System and method for integrating and validating genotypic, phenotypic and medical information into a database according to a standardized ontology |
US10081839B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
US9424392B2 (en) | 2005-11-26 | 2016-08-23 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals |
US10083273B2 (en) | 2005-07-29 | 2018-09-25 | Natera, Inc. | System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number |
EP1979079A4 (en) | 2006-02-03 | 2012-11-28 | Integenx Inc | MICROFLUIDIC DEVICES |
WO2008051928A2 (en) * | 2006-10-23 | 2008-05-02 | The Salk Institute For Biological Studies | Target-oriented whole genome amplification of nucliec acids |
EP2173909A1 (en) * | 2007-07-26 | 2010-04-14 | Roche Diagnostics GmbH | Target preparation for parallel sequencing of complex genomes |
KR20110030415A (ko) | 2008-01-22 | 2011-03-23 | 인터젠엑스 인크. | 만능 샘플 제조 시스템 및 집적 분석 시스템에서의 용도 |
US20110033862A1 (en) * | 2008-02-19 | 2011-02-10 | Gene Security Network, Inc. | Methods for cell genotyping |
WO2009146335A1 (en) * | 2008-05-27 | 2009-12-03 | Gene Security Network, Inc. | Methods for embryo characterization and comparison |
ES2620431T3 (es) * | 2008-08-04 | 2017-06-28 | Natera, Inc. | Métodos para la determinación de alelos y de ploidía |
CN102803147B (zh) | 2009-06-05 | 2015-11-25 | 尹特根埃克斯有限公司 | 通用样品准备系统以及在一体化分析系统中的用途 |
WO2011041485A1 (en) | 2009-09-30 | 2011-04-07 | Gene Security Network, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11322224B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-03 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11332785B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US11939634B2 (en) | 2010-05-18 | 2024-03-26 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11326208B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-10 | Natera, Inc. | Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA |
US11332793B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-17 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US20190010543A1 (en) | 2010-05-18 | 2019-01-10 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US11408031B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-08-09 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal paternity testing |
US10316362B2 (en) | 2010-05-18 | 2019-06-11 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
EP2854058A3 (en) | 2010-05-18 | 2015-10-28 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive pre-natal ploidy calling |
US11339429B2 (en) | 2010-05-18 | 2022-05-24 | Natera, Inc. | Methods for non-invasive prenatal ploidy calling |
US9677118B2 (en) | 2014-04-21 | 2017-06-13 | Natera, Inc. | Methods for simultaneous amplification of target loci |
US9422593B2 (en) | 2010-05-19 | 2016-08-23 | Qiagen Gaithresburg, Inc | Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids |
GB201010232D0 (en) * | 2010-06-18 | 2010-07-21 | Univ Leuven Kath | Methods for haplotyping single cells |
EP2606154B1 (en) | 2010-08-20 | 2019-09-25 | Integenx Inc. | Integrated analysis system |
JP6328934B2 (ja) | 2010-12-22 | 2018-05-23 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲性出生前親子鑑定法 |
JP6153874B2 (ja) | 2011-02-09 | 2017-06-28 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法 |
US10865440B2 (en) | 2011-10-21 | 2020-12-15 | IntegenX, Inc. | Sample preparation, processing and analysis systems |
US20150136604A1 (en) | 2011-10-21 | 2015-05-21 | Integenx Inc. | Sample preparation, processing and analysis systems |
US9528107B2 (en) | 2012-01-31 | 2016-12-27 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for selection of nucleic acids |
US10870099B2 (en) | 2012-07-26 | 2020-12-22 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for the amplification of nucleic acids |
MX365323B (es) | 2013-03-15 | 2019-05-29 | Theranos Ip Co Llc | Amplificación de ácidos nucléicos. |
US20140302504A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-10-09 | Theranos, Inc. | Nucleic Acid Amplification |
EP2970961B1 (en) | 2013-03-15 | 2019-04-24 | Theranos IP Company, LLC | Nucleic acid amplification |
US10450595B2 (en) | 2013-03-15 | 2019-10-22 | Theranos Ip Company, Llc | Nucleic acid amplification |
JP2016537009A (ja) | 2013-09-06 | 2016-12-01 | セラノス, インコーポレイテッド | 感染症の検出のためのシステム及び方法 |
US10262755B2 (en) | 2014-04-21 | 2019-04-16 | Natera, Inc. | Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments |
WO2015048535A1 (en) | 2013-09-27 | 2015-04-02 | Natera, Inc. | Prenatal diagnostic resting standards |
US10577655B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-03-03 | Natera, Inc. | Cell free DNA diagnostic testing standards |
US10191071B2 (en) | 2013-11-18 | 2019-01-29 | IntegenX, Inc. | Cartridges and instruments for sample analysis |
EP3561075A1 (en) | 2014-04-21 | 2019-10-30 | Natera, Inc. | Detecting mutations in tumour biopsies and cell-free samples |
WO2015179098A1 (en) | 2014-05-21 | 2015-11-26 | Integenx Inc. | Fluidic cartridge with valve mechanism |
WO2016028887A1 (en) | 2014-08-19 | 2016-02-25 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for enrichment of nucleic acids |
US10435685B2 (en) | 2014-08-19 | 2019-10-08 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for enrichment of nucleic acids |
WO2016065073A1 (en) | 2014-10-22 | 2016-04-28 | Integenx Inc. | Systems and methods for sample preparation, processing and analysis |
EP3294906B1 (en) | 2015-05-11 | 2024-07-10 | Natera, Inc. | Methods for determining ploidy |
EP3380634A1 (en) * | 2015-11-26 | 2018-10-03 | Dnae Group Holdings Limited | Single molecule controls |
WO2018067517A1 (en) | 2016-10-04 | 2018-04-12 | Natera, Inc. | Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing |
US10011870B2 (en) | 2016-12-07 | 2018-07-03 | Natera, Inc. | Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules |
EP3585889A1 (en) | 2017-02-21 | 2020-01-01 | Natera, Inc. | Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids |
JP2021506342A (ja) | 2017-12-14 | 2021-02-22 | ティーエーアイ ダイアグノスティックス インコーポレイテッドTai Diagnostics,Inc. | 移植のための移植片適合性の評価 |
CA3090426A1 (en) | 2018-04-14 | 2019-10-17 | Natera, Inc. | Methods for cancer detection and monitoring by means of personalized detection of circulating tumor dna |
US11821023B2 (en) | 2018-05-30 | 2023-11-21 | Generation Biotech, Llc | Method for capturing long polynucleotides for sequencing specific gnomic regions |
JP2021526825A (ja) * | 2018-06-11 | 2021-10-11 | ファウンデーション・メディシン・インコーポレイテッド | ゲノム変化を評価するための組成物および方法 |
US11525159B2 (en) | 2018-07-03 | 2022-12-13 | Natera, Inc. | Methods for detection of donor-derived cell-free DNA |
WO2020132714A1 (en) * | 2018-12-24 | 2020-07-02 | Deakin University | Method for amplification of nucleic acids |
Family Cites Families (34)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6221581B1 (en) * | 1984-04-27 | 2001-04-24 | Enzo Diagnostics, Inc. | Processes for detecting polynucleotides, determining genetic mutations or defects in genetic material, separating or isolating nucleic acid of interest from samples, and useful compositions of matter and multihybrid complex compositions |
US4762779A (en) * | 1985-06-13 | 1988-08-09 | Amgen Inc. | Compositions and methods for functionalizing nucleic acids |
US4888274A (en) * | 1985-09-18 | 1989-12-19 | Yale University | RecA nucleoprotein filament and methods |
WO1990001563A1 (en) | 1988-08-01 | 1990-02-22 | Cimino George D | Identification of allele specific nucleic acid sequences by hybridization with crosslinkable oligonucleotide probes |
US5856092A (en) | 1989-02-13 | 1999-01-05 | Geneco Pty Ltd | Detection of a nucleic acid sequence or a change therein |
US6013431A (en) * | 1990-02-16 | 2000-01-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators |
US5665582A (en) * | 1990-10-29 | 1997-09-09 | Dekalb Genetics Corp. | Isolation of biological materials |
US6004744A (en) * | 1991-03-05 | 1999-12-21 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer |
US5387510A (en) * | 1991-10-02 | 1995-02-07 | Eastman Kodak Company | Detection of amplified nucleic acid using secondary capture oligonucleotides and test kit |
EP0648222B1 (en) | 1992-07-02 | 2003-01-29 | Savyon Diagnostics Ltd. | Methods of single nucleotide primer extension to detect specific alleles and kits therefor |
US5547843A (en) * | 1992-07-17 | 1996-08-20 | Associated Universities, Inc. | Method for promoting specific alignment of short oligonucleotides on nucleic acids |
AU6031094A (en) * | 1993-01-15 | 1994-08-15 | Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc., The | Sensitive nucleic acid sandwich hybridization assays and kits |
SE501439C2 (sv) | 1993-06-22 | 1995-02-13 | Pharmacia Lkb Biotech | Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser |
JP3175110B2 (ja) * | 1994-02-07 | 2001-06-11 | オーキッド・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド | リガーゼ/ポリメラーゼ媒体された単一ヌクレオチド多型のジェネティックビットアナリシスおよび遺伝子解析におけるその使用 |
US5695934A (en) * | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
US5731153A (en) * | 1996-08-26 | 1998-03-24 | The Regents Of The University Of California | Identification of random nucleic acid sequence aberrations using dual capture probes which hybridize to different chromosome regions |
GB9609441D0 (en) | 1996-05-04 | 1996-07-10 | Zeneca Ltd | Process |
GB9620075D0 (en) * | 1996-09-26 | 1996-11-13 | Dynal As | Method |
US6124092A (en) * | 1996-10-04 | 2000-09-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Multiplex polynucleotide capture methods and compositions |
US5858671A (en) | 1996-11-01 | 1999-01-12 | The University Of Iowa Research Foundation | Iterative and regenerative DNA sequencing method |
AU5794498A (en) | 1996-12-10 | 1998-07-03 | Genetrace Systems, Inc. | Releasable nonvolatile mass-label molecules |
US5876936A (en) * | 1997-01-15 | 1999-03-02 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators |
US5939261A (en) * | 1997-06-24 | 1999-08-17 | Sarnoff Corporation | Method for capturing a nucleic acid |
US6124120A (en) * | 1997-10-08 | 2000-09-26 | Yale University | Multiple displacement amplification |
JP4196236B2 (ja) * | 1998-03-17 | 2008-12-17 | 東洋紡績株式会社 | 核酸増幅用試薬および配列特異的な核酸増幅法 |
US6355422B1 (en) * | 1998-06-24 | 2002-03-12 | City Of Hope | Single tube PCR assay for detection of chromosomal mutations: application to the inversion hotspot in the factor VIII gene including optional use of subcycling PCR |
US6268147B1 (en) * | 1998-11-02 | 2001-07-31 | Kenneth Loren Beattie | Nucleic acid analysis using sequence-targeted tandem hybridization |
WO2000056925A2 (en) | 1999-03-19 | 2000-09-28 | Aclara Biosciences, Inc. | Methods for single nucleotide polymorphism detection |
US6309833B1 (en) * | 1999-04-12 | 2001-10-30 | Nanogen/Becton Dickinson Partnership | Multiplex amplification and separation of nucleic acid sequences on a bioelectronic microchip using asymmetric structures |
US20010031467A1 (en) * | 1999-12-10 | 2001-10-18 | Johannes Dapprich | Method for selectively isolating a nucleic acid |
WO2001042510A2 (en) * | 1999-12-10 | 2001-06-14 | Trustees Of Princeton University | Method for selectively isolating a nucleic acid |
US6844154B2 (en) * | 2000-04-04 | 2005-01-18 | Polygenyx, Inc. | High throughput methods for haplotyping |
EP1364046B1 (en) | 2000-05-23 | 2011-11-30 | Variagenics, Inc. | Methods for genetic analysis of dna to detect sequence variances |
US20050221341A1 (en) * | 2003-10-22 | 2005-10-06 | Shimkets Richard A | Sequence-based karyotyping |
-
2005
- 2005-08-09 JP JP2007525726A patent/JP5249581B2/ja active Active
- 2005-08-09 EP EP05784160A patent/EP1784508B1/en active Active
- 2005-08-09 US US11/199,818 patent/US20060040300A1/en not_active Abandoned
- 2005-08-09 WO PCT/US2005/028230 patent/WO2006020617A1/en active Application Filing
-
2008
- 2008-04-04 US US12/098,197 patent/US8465925B2/en active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1784508A1 (en) | 2007-05-16 |
EP1784508B1 (en) | 2012-10-03 |
US20060040300A1 (en) | 2006-02-23 |
US20090047674A1 (en) | 2009-02-19 |
WO2006020617A1 (en) | 2006-02-23 |
US8465925B2 (en) | 2013-06-18 |
JP2008508901A (ja) | 2008-03-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5249581B2 (ja) | 核酸の単離および増幅方法 | |
US11725241B2 (en) | Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read | |
CN110536967B (zh) | 用于分析相联系核酸的试剂和方法 | |
WO2019226659A1 (en) | Enrichment of dna comprising target sequence of interest | |
AU2015243130B2 (en) | Systems and methods for clonal replication and amplification of nucleic acid molecules for genomic and therapeutic applications | |
US20080090733A1 (en) | Method for selectively isolating a nucleic acid | |
JP2005508599A (ja) | 核酸の増幅方法 | |
JP2005511030A (ja) | 核酸の増幅方法 | |
JP2022145606A (ja) | 核酸の正確な並行定量のための高感度な方法 | |
JP6908615B2 (ja) | ヌクレアーゼ保護を使用する直接標的シーケンシングの方法 | |
US20230183789A1 (en) | A method of detecting structural rearrangements in a genome | |
JP2024515305A (ja) | 核酸の濃縮及び検出 | |
CA2393874C (en) | Method for selectively isolating a nucleic acid | |
JP2024035109A (ja) | 核酸の正確な並行検出及び定量のための方法 | |
JP2024035110A (ja) | 変異核酸の正確な並行定量するための高感度方法 | |
JP2024529674A (ja) | 同時での変異検出およびメチル化分析のための方法 | |
CN113454235A (zh) | 经改进的核酸靶标富集和相关方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080801 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110405 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110630 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110707 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110801 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20120417 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120717 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130326 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130412 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5249581 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20160419 Year of fee payment: 3 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |