JP5111380B2 - 心臓血管障害および薬物応答に関連する遺伝的多型、その検出方法および使用 - Google Patents

心臓血管障害および薬物応答に関連する遺伝的多型、その検出方法および使用 Download PDF

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Description

（関連出願への相互参照）
本出願は、そのその内容が本出願中にその全体で参考として本明細書によって援用される、２００５年９月２３日に出願された米国仮出願番号第６０／７２０，２７４号の利益を主張している。
（発明の分野）
本発明は、心臓血管障害および薬物応答、特に急性冠状動脈事象および急性冠状動脈事象のスタチン処置の分野に属する。特に、本発明は、ヒトゲノムにおける特定の一塩基多型（ＳＮＰ）、ならびに異なる個体間のスタチン処置（予防的処置を含む）への応答性における冠状動脈事象および／または変動性とのそれらの関連に関する。本明細書において開示される天然に存在するＳＮＰは、診断試薬の設計および治療剤の開発のため、ならびに疾患関連分析および連鎖分析のための標的として、使用され得る。特に、本発明のＳＮＰは、例えば、個体が急性冠状動脈事象（最初または再発性急性冠状動脈事象のいずか）を経験する可能性があるか否かを識別することにおいて、個体における急性冠状動脈事象の重篤度または結果を予測するため、急性冠状動脈事象からの個体の回復の予後を決定するため、急性冠状動脈事象の処置／予防のためのスタチンへの個体の応答の可能性を評価するため、急性冠状動脈事象の予防および／または処置のための臨床的に重要な情報を提供するため、および治療剤をスクリーニングおよび選択するために有用である。本明細書において開示されるＳＮＰはまた、ヒト同定用途のために有用である。これらの多型およびそれらのコードする産物の存在を検出するための方法、アッセイ、キットおよび試薬が提供される。
（発明の背景）
（急性冠状動脈事象およびスタチン処置への応答）
本発明は、心臓血管障害の発生、特に心筋梗塞および脳卒中のような急性冠状動脈事象と関連しているＳＮＰに関する。本発明はまた、スタチン（例えば、パラバスタチン）での心臓血管障害の処置（予防的処置を含む）に応答する異なる個体間の変動に関連するＳＮＰに関する。
（心筋梗塞）
心筋梗塞（ＭＩ）は、先進国における死亡率の最も共通の原因である。それは、アテローム発生、血栓形成および成長を含む多因性疾患である。血栓症は、冠状動脈の完全または部分的閉塞を生じ得る。冠状動脈の管腔狭窄またはブロックは、心筋への酸素および栄養分供給を減少し（心臓虚血）、心筋壊死および／または気絶に至る。ＭＩ、不安定アンギナ、または突然の虚血死は、心臓筋肉損傷の臨床的発現である。すべて３つの終点は、急性冠状動脈症候群の一部である。なぜなら、アテローム性動脈硬化症の急性合併症の原因となる機構は、同じであると考えられるからである。
ＭＩの病因の最初のステップであるアテローム性動脈硬化症は、血液要素、機械的力、乱れた血液流れ、および血管壁奇形間の複雑な相互作用である。細胞レベルでは、これらは、内皮機能不全、改変リポタンパク質による単球／マクロファージ活性化、新脈管内膜中への単球／マクロファージ移動、およびプラーク蓄積を生じる引き続く中膜からの血管平滑筋細胞（ＶＳＭＣ）の移動および増殖を含む。
最近、不安定（脆弱）なプラークが動脈血栓形成事象およびＭＩの基礎となる原因として認識された。脆弱プラークは、しばしば狭窄性ではないが、破壊されるか、または腐食されるようになる高い可能性を有し、それ故、血栓形成病巣を形成するプラークである。２つの脆弱プラーク形態が記載されている。第１のタイプの脆弱プラーク形態は、保護繊維質キャップの破裂である。それは、プラークの肩の領域中の線維性キャップの別個の壊死コアおよび裂片をともなう大きくかつ柔らかい脂質プールのような別個の形態学的特徴を有するプラークで起こり得る。繊維性キャップは、かなりの代謝活性を有する。ＶＳＭＣアポトーシスと組み合わさった炎症メディエーターによって調節されると考えられているマトリックス合成とマトリックス分解との間の不均衡は、プラーク破壊の鍵となる根底となる機構である。「プラーク侵食」として知られる第２のタイプの脆弱プラーク形態もまた、致死的な冠状動脈血栓形成事象に至り得る。プラーク侵食は、プラーク破裂とは形態学的に異なる。侵食されたプラークは、プラーク繊維性キャップ中に破損を有さず、内膜の皮相侵食のみである。内皮細胞の損失は、血栓形成に参加する血栓形成性の内皮下マトリックスを剥き出し得る。このプロセスは、炎症メディエーターによって調節され得る。プラーク破裂およびプラーク侵食事象の両方について急性血栓の成長は、凝固と血栓溶解との間のバランスに依存する。脆弱プラークに起因するＭＩは：プラーク脆弱性、血液脆弱性（超凝固、超血栓溶解）、および心臓脆弱性（虚血または不整脈の傾向に対する心臓の感受性）を含む複合現象である。
再発性心筋梗塞（ＲＭＩ）は、一般に、極度の血液凝固性と組み合わさって、予備破裂または予備侵食状態を受け得る複数の脆弱性プラークによって引き起こされるＭＩ進行の重篤な形態とみなされ得る。
ＭＩの発症は、現在利用可能な予防的尺度および治療介入にかかわらず、なお高い。米国で１，５００，０００人を超える人々が、毎年、急性ＭＩを患い（多くは、認識されないＭＩに起因して助けを求めることはない）、そしてこれら人々の１／３が死亡する。４０才における冠状動脈疾患事象の寿命危険性は、男性について４２．４％（２人に１人）および女性について２４．９％（４人に１人）である（非特許文献１）。
ＭＩの現在の診断は、心臓筋肉進行性壊死を示すトロポニンＩまたはＴのレベル、損傷した心電図（ＥＣＧ）、および異常心室壁運動または血管造影的データ（急性血栓の存在）に基く。しかし、急性ＭＩの２５％の無症状性質に起因して（不規則な胸部の痛みの不在、低いＥＣＧ感度）、ＭＩの有意な部分は診断されず、そしてそれ故適切に処置（例えば、再発性ＭＩの予防）されない。
ＭＩの非常に高い罹患率および寿命リクスにかかわらず、脆弱プラークの高い危険性をもつ個体を識別し、そして予防的処置を正当化し得る良好な予後マーカーはない。ＭＩ危険性評価および予後は、現在、古典的危険因子または最近導入されたフレーミングハムリスク指数を用いて行われている。これら評価の両方は、予防的処置を正当化するためにＬＤＬレベルに有意な荷重を置く。しかし、すべてのＭＩの半分が明白な高脂血症なくして個体中で生じることが良好に確立されている。これ故、ＭＩに対する素因を予測するためのさらなる危険因子に対する必要性が存在する。
その他の現れる危険因子は、Ｃ−反応性プロテイン（ＣＲＰ）、ＩＣＡＭ−１、ＳＡＡ、ＴＮＦα、ホモシステイン、減損絶食グルコース、のような炎症生物マーカー、新規な脂質マーカー（ｏｘＬＤＬ、Ｌｐ−ａ、ＭＡＤ−ＬＤＬなど）およびプロ血栓形成因子（フィブリノゲン、ＰＡＩ−１）である。ある程度の保証を示すにかかわらず、これらマーカーは、低い特異性および低い陽性予測値、および異なる人々（例えば、男性−女性、喫煙者−非喫煙者、ホルモン補充治療ユーザー、異なる年齢群）について用いられるべき複数の参照間隔の必要性のような有意な制限を有している。これらの制限は、これらマーカーのＭＩスクリーニングのための独立予後マーカーとしての有用性を減少する。
遺伝的性質は、ＭＩ危険性で重要な役割を演じている。ＭＩの陽性の家族歴をもつ家族は、全人口の１４％、未熟ＭＩの７２％、およびすべてのＭＩの４８％を占める（非特許文献２）。さらに、複製連鎖研究は、ＭＩおよびＭＩ遺伝形質に関係する遺伝子の複数の領域の証拠を示し、染色体１４、２、３および７上の領域を含み（非特許文献３；非特許文献４；非特許文献５）、遺伝的危険因子が、ＭＩの発症、症状発現、および進行に影響することを示す。最近の関連研究は、冠状動脈心臓疾患の急性合併症に関連する、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＡ５、Ｌｐａ、ＡＰＯＣＩＩＩ、およびＫｌｏｔｈｏ遺伝子の対立遺伝子改変体を含む、対立遺伝子改変体を同定した。
単一のヌクレオチド多型のような遺伝子マーカーは、その他のタイプの生物マーカーより好ましい。ＭＩに対して予後的である遺伝子マーカーは、寿命の初期に遺伝子型が決まり得、そして種々の危険因子に対する個体の応答を予測し得る。血清タンパク質レベルと、感受性遺伝子の遺伝的解析によって示される遺伝的素因の組み合わせは、遺伝子型と環境因子との間の相互作用の一体型評価を提供し得、診断試験の相乗的に増加した予後価値を生じる。
従って、特に、ＭＩに対する素因を有すると認識されていない個体のためのＭＩに対する素因の予測である新規遺伝的マーカーに対する緊急の必要性がある、このような遺伝的マーカーは、現存する危険因子および生物マーカーを用いることによって現在評価され得る集団と比較してかなりより多い集団において、ＭＩの予後を可能にし得る。遺伝的試験の利用可能性は、例えば、感受性個体のために提供されるべき急性冠状動脈事象のための適切な予防的処置を可能にし得（このような予防的処置は、例えば、スタチン処置およびスタチン投薬段階的拡大、ならびに改変可能な危険因子への変更）、ＥＣＧおよび血管造影試験に対する閾値を低下し、そして情報的生物マーカーの適切なモニタリングを可能にする。
さらに、ＭＩと関連する遺伝的マーカーの発見は、ＭＩの治療介入または予防処置のための新規な標的を提供し、そしてＭＩおよびその他の心臓血管障害を処置するための新規治療剤の開発を可能にする。
（脳卒中）
脳卒中は、優勢かつ重篤な疾患である。脳卒中は、障害の最も共通の原因であり、痴呆の第２の先導する原因であり、そして米国における死亡率の第３の先導する原因である。それは、米国で４．７百万の個体に影響し、毎年５００，０００が最初の攻撃であり、そして２００，０００が再発事例がある。４５才のおよそ４人の男性に１人および５人の女性に１人は、かれらがかれらの８５才まで生存する場合、脳卒中を有し得る。脳卒中を有する人々の約２５％が１年以内に死亡する。そのため、脳卒中は、米国における死亡率の第３の先導する原因であり、そして１年に１７０，０００の死亡の原因である。脳卒中の攻撃を生存した人々の中で、３０〜５０％は、機能的独立性を回復しない。従って、脳卒中は、障害の最も共通の原因であり、そして痴呆の第２の先導する原因である。
脳卒中は、脳に酸素または栄養分をもたらす動脈が、破裂し、出血タイプの脳卒中を引き起こすか、または閉塞するようになり、虚血脳卒中と集合的に呼ばれる血栓／塞栓脳卒中を引き起こすかのいずれかのときに生じる。各々の場合において、虚血または増加した頭蓋圧が、脳細胞の損傷または死滅に至る。米国では、脳卒中の大部分（約８０〜９０％）が虚血性であり、３１％の大血管血栓（大血管閉塞疾患とも称される）、２０％の小血管血栓（小血管閉塞疾患とも称される）、および３２％の（身体のいずれか、例えば、心房細動に起因する血液よどみから、または頸動脈狭窄から生じる血餅によって引き起こされる）塞栓症または心臓性を含む。脳卒中の虚血性形態は、アテローム性動脈硬化症および血栓症をともなう共通の病理学的病因を共有する。約１０〜２０％の脳卒中は、出血タイプであり、脳内または脳の周りの出血を含む。脳内の出血は、大脳出血として知られ、これは、しばしば、高血圧に関連する。脳の周りの髄膜中への出血は、クモ膜下出血として知られ、これは、破裂した大脳動脈瘤、動静脈奇形、または頭部損傷によって引き起こされ得る。出血性脳卒中は、より優勢ではないけれども、より大きな危険を課す。ここで、約８％の虚血性脳卒中は、３０日以内の死亡をもたらし、約３８％の出血性脳卒中が同時の期間内の死亡をもたらす。
脳卒中についての既知の危険因子は、改変可能な危険因子および改変可能でない危険因子に分割され得る。より高い年齢、男性、黒人またはヒスパニック人種集団、および脳卒中の家族歴は、改変可能でない危険因子である。改変可能な危険因子は、高血圧症、喫煙、増加したインシュリンレベル、無症状頸動脈疾患、および高脂血症を含む。Ｄｕｔｃｈ Ｔｗｉｎ Ｒｅｇｉｓｔｒｙに由来する情報は、脳卒中死亡について０．３２の、そして脳卒中入院について０．１７の遺伝率を推定している。
脳卒中の急性性質は、医師に脳損傷の惨害を防ぐか、または少なくするための時間をほとんど与えない。脳卒中の衝撃を減らす戦略は、血栓溶解性、そしておそらくは神経保護薬剤での予防および処置を含む。予防の成功の尺度は、危険因子およびそれらの衝撃を調整するための手段の識別に依存する。
年齢および家族歴のように、いくつかの危険因子は、改変可能ではないけれども、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、喫煙、糖尿病、動脈瘤、および心房細動のような脳卒中のその他の原因となる病因または危険因子は、慢性であり、そして有効なライフスタイル、医療処置および外科処置の影響を受け易い。これらの危険因子をもつ患者、特に家族歴をもつ患者の遺伝的マーカーの非侵襲的試験での初期の認識は、医師が積極的な危険性減少のための最も高い危険性の個体を標的にすることを可能にする。
（スタチン処理）
冠状動脈心臓疾患（ＣＨＤ）は、米国における心臓血管死亡率の約２／３の原因であり、１９９８年には、５人の死亡のうちの１人の原因であり、それを死亡率の最も大きな単一の原因にしている（非特許文献６）。脳卒中は、死亡の第３の先導する原因であり、１５人の死亡毎に１人の原因である。ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター（スタチン）での処置による、冠状動脈および脳血管事象の減少および全体の死亡率の減少が、多くのランダム化された、二重盲検偽薬コントロール予想試行で示されている（非特許文献７、非特許文献８）。これらの薬物は、肝臓コレステロール合成の阻害を通じてそれらの主要な効果を有し、それによって肝臓中のＬＤＬレセプターを上方制御する。ＬＤＬ異化における得られる増加は、心臓血管疾患の主要な危険因子である減少した循環性ＬＤＬを生じる。さらに、スタチンは、トリグリセリドレベルにおける比較的少ない減少（５〜１０％）およびＨＤＬレベルにおける上昇（５〜１０％）をもたらす。５年の初期介入試行（ＷＯＳＣＯＰＳ）では、プラバスタチンは、高コレステロール血症被験体中で偽薬と比較して臨床事象を２９％減少し、ＬＤＬ−コレステロール（ＬＤＬ−Ｃ）における２６％の減少を達成した（非特許文献９）。平均コレステロールレベルをもつ被験体がロバスタチンで処理された同様の初期予防試行（ＡＦＣＡＰＳ／ＴｅｘＣＡＲＰ）（非特許文献１０）では、ＬＤＬ−Ｃは平均を２５％減少し、そして事象は３７％だけ減少した。２次的予防スタチン試行は、ＣＡＲＥ（非特許文献１１）およびＬＩＰＩＤ（プラバスタチンでの処置）（非特許文献１２）、および４Ｓ（シムバスタチンでの処置）（非特許文献１３）研究を含む。これらの試行では、臨床事象危険性は、２３％〜３４％の間から減少され、２５％〜３５％の間の範囲でＬＤＬ−Ｃが低下した。
ＬＤＬ低下に加え、種々の可能な非脂質低下効果が示唆されており、スタチンによる心臓血管危険性減少で役割を演ずる。これらは、泡細胞マクロファージを含む種々の血管細胞タイプに対する抗炎症効果、改善された内皮応答、血小板反応性の阻害を含み、それによって超凝固能力、および多くのその他を含む（非特許文献１４、非特許文献１５、非特許文献１６、非特許文献１７、非特許文献１８、非特許文献１９）。しかし、高コレステロール血症は、スタチンにより逆転される多くのこれらのさらなる異常生理学的機構における因子であるので、多くのこれらのスタチン利益は、ＬＤＬ低下の結果であり得る。
薬物のクラスとして、スタチンは、一般に、良好に耐えられ得る。最も一般的な副作用は、種々の筋肉関連愁訴または筋障害を含む。筋肉副作用の発生は低いけれども、最も重篤な副作用である、横紋筋融解症をともなう筋炎は、生命を脅かす。この副作用は、セレバスタチンが比較的高いレベルの横紋筋融解症関連死亡をともなうことが見出されたとき、この薬物の最近の中止によって強調された。さらに、シムバスタチンの高投薬量持続放出処方物の開発は、横紋筋融解症関連問題のために中断された（非特許文献２０）。
スタチンは、それらの物理化学的および薬物動態学的性質に従って２つのタイプに分割され得る。ロバスタチン、シムバスタチン、アトルバスタチン、およびせればスタチンのようなスタチンは、元来、疎水性であり、従って、膜を横切って拡散し、そしてそれ故、高度に細胞透過性である。プラバスタチンのような親水性スタチンは、より極性であり、その結果、それらは、細胞取り込みのために特異的な細胞表面トランスポーターを必要とする（非特許文献２１、非特許文献２２、非特許文献２３）。後者のスタチンは、トランスポーターＯＡＴＰ２を利用し、その組織分布は肝臓に区画され、そしてそれ故、それらは、比較的肝臓特異的な阻害剤である（非特許文献２４）。前者のスタチンは、特異的な輸送機構を必要とせず、すべての細胞に利用可能であり、そしてそれらは、かなりより広いスペクトルの細胞および組織に直接影響し得る。性質におけるこれらの差異は、各々のスタチンが所有する活性のスペクトルに影響し得る。プラバスタチンは、例えば、疎水性スタチンと比較して、動物モデルおよび筋細胞培養で低い筋傷害性能力を有している（非特許文献２５、非特許文献２６、非特許文献２７）。
先進国における心臓血管死亡率は、最近１０年で急激に減少した（非特許文献２８）。これは、効き目のある高血圧、血栓溶解および脂質低下治療の開発および使用に起因するようである（非特許文献２９）。それにもかかわらず、心臓血管疾患は、工業国における死亡の主要原因のままであり、少なくとも部分的には、高度に優勢な危険因子および不十分な処置の存在に起因する（非特許文献３０）。適切な治療でさえ、すべての患者がスタチン処理に等しく良好に応答するわけではない。スタチンが心臓血管疾患の疾患危険性を低減するという圧倒する証拠にかかわらず、一次および二次介入セッティングの両方で、スタチン治療は、はっきりと、部分的危険性減少を達成するに過ぎない。上記の試行で観察された２３〜３７％の危険性における減少は、臨床的に、実質的かつ極度に重要であるが、事象の大部分は、スタチン処置によってはなお防がれない。これは、遺伝学、環境、および異常脂血症、年齢、性別、高血圧、糖尿病、肥満、および喫煙を含む種々のさらなる危険因子によって影響される心臓血管疾患の病因の複雑さを考慮すれば、驚くことではない。すべてのこのような複数の因子の危険性がスタチン応答を改変し、そして各個体が治療から達成する最終の利益を決定すると推定することは合理的である。さらに、冠状動脈疾患の２つの主要な危険因子である、西洋諸国中の２型糖尿病および肥満の増加する発症（非特許文献３１、非特許文献３２）、および発展する世界におけるより大きな心臓血管危険因子の出現（非特許文献３３、非特許文献３４）とともに、ＣＨＤのなおより有効な処置に対する必要性が安定して増加することが予測される。
従って、スタチンから利益を受ける最も高い機会を有する人々、および副作用を発症する最も低い危険性を有する人々をより良好に識別する方法に対して増加する必要性がある。上記に示したように、重篤な筋疾患は、患者集団の低％に顕著な危険性を提示する。これは、将来スタチンでより積極的に処置され得る患者にとっては特に真実であり得る。患者へのより高いスタチン投薬量を投与することにより、現在のＮＣＥＰ目的未満のレベルにＬＤＬ−Ｃを低下することを狙う処置がＣＨＤ危険性をさらに低減するか、またはさらなる心臓血管利益を提供するか否か調査している進行中の少なくとも３つの研究がある（非特許文献３５）。現在標準的である実践より積極的であるスタチン治療が、さらなる利益がこのような試行で観察される場合、将来標準になる可能性がある。より積極的なスタチン治療は、上記の副作用の発症を増加し、そして処置のコストを上昇する可能性がある。それ故、増加する強調が、最も低いコストで達成される最大の利益−危険性比のために、反応体患者および非反応体患者を層別化することに対して置かれ得る。
成人における高血中コレステロールの検出、評価および処置に関する専門家パネルの第３の報告（ＡＴＰＩＩＩ）は、高血清コレステロールの管理のための現在の推奨を含む（非特許文献３６）。３８の一次および二次予防試行の後続分析は、血清コレステロールにおける１０％減少毎について、ＣＨＤ死亡率が１５％だけ減少したことを見出した。これらのガイドラインは、脂質低下戦略のための推奨を作製するとき、血清コレステロールを超えるさらなる危険因子を考慮した。さらなる危険因子および脂質低下臨床試験に関するアップデートされた情報を考慮した後、以前よりは、より多くの患者が、ＣＨＤまたはＣＨＤ危険性相当の最も高い危険性カテゴリーに分類され、そしてかれらのＬＤＬを１００ｍｇ／ｄｌ未満まで低減することが推奨される。結果として、より積極的な治療が推奨され、そして薬物治療が３６．５百万の米国人に推奨される。これらの推奨を履行することで、処置のコスト有効性が主要な関心である。より低い危険性集団では、１つの事象を減少するコストは、高危険性患者群における１つの事象あたり約２５，０００ドルと比較して１２５，０００を超え得る（非特許文献３７）。非常に低い危険性患者における事象を防ぐコストは、１百万ドルを超え得る。コスト抑制の文脈では、患者のさらなる危険性層別化は、患者の不必要な処置を避けることを支援する。全体の危険性を決定することで現在考慮されている種々の臨床終点に加え、「スタチン応答」遺伝子型を基にスタチンで処置される人または処理すべきでない人の決定は、将来、これらの決定の正確さを実質的に増加し得る。
薬物に対する応答が、実際に、少なくとも部分的には遺伝的制御の下にあることを示す遺伝子関連研究からの証拠が蓄積している。従って、薬理遺伝学−異なる集団における遺伝的因子に帰する薬物応答における変動性の研究−は、この挑戦に合致することに向かう答えを提供することを顕著に支援し得る（非特許文献３８、非特許文献３９）。ＳＮＰおよびその他の配列改変体によって規定されるような選択された遺伝子型と、心臓血管薬物に対する特異的応答との間の多くの関連が報告されている。いくつかの遺伝子における多型が、ＣＥＴＰ（非特許文献４０）、β−フィブリノーゲン（非特許文献４１）、肝臓リパーゼ（非特許文献４２）、リポタンパク質リパーゼ（非特許文献４３）、糖タンパク質ＩＩＩａ（非特許文献４４）、ストロメリシン−１（非特許文献４５）およびアポリポタンパク質Ｅ（非特許文献４６、非特許文献４７）を含むスタチンへの応答に影響することが示唆されている。これら改変体のいくつかは、臨床事象に影響することが示され、その他は、代用終点における変更をともなった。ＣＥＴＰ改変体対立遺伝子Ｂ１およびＢ２は、ＨＤＬコレステロールレベルと関連することが示された。Ｂ１Ｂ１およびＢ１Ｂ２遺伝子型をもつ患者は、プラバスタチンＲＥＧＲＥＳＳ臨床試験の間に、偽薬に対するとき、Ｂ２Ｂ２被験体より、低いＨＤＬコレステロールおよびより大きい血管造影法で決定されるアテローム性動脈硬化症の進行を有する。さらに、Ｂ１Ｂ１およびＢ１Ｂ２は、プラバスタチンに対するとき、アテローム性動脈硬化症の有意により少ない進行を有したが、その一方、Ｂ２Ｂ２患者は利益を得なかった。同様に、β−フィブリノーゲンプロモーター配列改変体はまた、ストメリシン−１プロモーター改変体がそうであったように、同じ研究で、疾患進行およびプラバスタチンへの応答と関連した。プラバスタチン二次介入研究である、コレステロールおよび再発事象（ＣＡＲＥ）試行においては、糖タンパク質ＩＩＩａ改変体がまた、プラバスタチンへの臨床事象応答と関連した。上記のすべての事例では、ＣＨＤをもつ偽薬処理患者の遺伝的サブグループは、主要冠状動脈事象に対する増加した危険性を有するヒトと同定された。プラバスタチンでの処置は、「よりリクスのある」遺伝子型と関連する有害な影響をなくし、その一方、危険性のより少ない遺伝子型の患者にはほとんど影響を有さなかった。最後に、予後およびシムバスタチンまたは偽薬に対する応答に対するアポリポタンパク質ε４遺伝子型の衝撃は、スカンジナビア人シムバスタチン生存研究（非特許文献４８）中で調査された。少なくとも１つのアポリポタンパク質ε４対立遺伝子をもつ患者は、この対立遺伝子を欠く患者よりすべての原因の死亡に対するより高い危険性を有した。プラバスタチン処置での場合のように、シムバスタチンは、「より危険性のある対立遺伝子」のこの有害な効果を逆転した。これらの結果は、一般に、一般に、虚血心臓疾患をもつ高危険性患者は、スタチン治療から最大の利益を得ることを示す。しかし、これらの初期の観察は、その他のコホートで繰り返されるべきであり、これらの特異的遺伝子型の推定価値をさらに支持する。上記の５つの例を超えるさらなる遺伝子が、スタチンに対する個体の応答の最終結果に衝撃を与え得るが、これらの５つの例は、どの患者がスタチン処理から利益を受け、そしてどの患者が利益を受けないかを推定するために用いられ得るスタチン臨床応答に関連する遺伝子を識別することが可能であることを示すために供される。
（ＳＮＰ）
全ての生体のゲノムは、それらの継続的な進化の過程で、自然発生性の突然変異を起こし、前駆遺伝子配列の改変形態を生じる（Ｇｕｓｅｌｌａ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５５，８３１−８５４（１９８６））。改変形態は、前駆形態に対して、進化上の利益もしくは不利益を与え得るか、または中立的である。いくつかの例において、改変形態は、その種に進化上の利益を与え、最終的に、その種の多くかまたはほとんどのメンバーのＤＮＡに組み込まれ、効率的にその前駆形態になる。さらに、改変形態の効果は、環境に依存して、有益でもあり有害でもある。例えば、ヘテロ接合性の鎌形赤血球突然変異はマラリアに対する耐性を与えるが、ホモ接合性の鎌形赤血球突然変異は通常は致死性である。多くの場合、前駆形態および改変形態の両方が生き残り、種の集団内で共存する。遺伝子配列の複数の形態の共存は、ＳＮＰを含む遺伝的多型をもたらす。
ヒトのゲノムにおける全多型のおよそ９０％は、ＳＮＰである。ＳＮＰは、異なる対立遺伝子または代替的ヌクレオチドが集団内に存在するＤＮＡ中の一塩基の配置である。ＳＮＰ位置（本明細書において、交換可能に、ＳＮＰ、ＳＮＰ部位もしくはＳＮＰ座、ＳＮＰマーカー、またはマーカーと呼ばれる）には、通常、対立遺伝子の高度に保存された配列（例えば、集団のメンバーの１／１００もしくは１／１０００未満で異なる配列）が先行するか、または対立遺伝子の高度に保存された配列が後に続く。個体は、各ＳＮＰ位置における対立遺伝子に関して、ホモ接合性またはヘテロ接合性であり得る。ＳＮＰは、いくつかの例において、「ｃＳＮＰ」と呼ばれ、そのＳＮＰを含むヌクレオチド配列がアミノ酸をコードする配列であることを表し得る。
ＳＮＰは、多型部位における一ヌクレオチドの他への置換から生じ得る。置換は、転移または塩基転換であり得る。転移は、一プリンヌクレオチドの、他のプリンヌクレオチドによる置換、または一ピリミジンの他のピリミジンによる置換である。塩基転換は、ピリミジンによるプリンの置換またはその逆である。ＳＮＰはまた、「ｉｎｄｅｌ」（Ｗｅｂｅｒら、「Ｈｕｍａｎ ｄｉａｌｌｅｌｉｃ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ／ｄｅｌｅｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ」，Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ２００２ Ｏｃｔ；７１（４）：８５４−６２）と呼ばれる一塩基が挿入または欠失した改変体であり得る。
同義的コドン変化またはサイレント突然変異／ＳＮＰ（「ＳＮＰ」、「多型」、「突然変異」、「突然変異体」、「改変」、および「改変体」のような用語は、本明細書において、交換可能に使用される）は、遺伝暗号の縮重に起因する、アミノ酸の変化をもたらさないものである。一アミノ酸をコードするコドンを異なるアミノ酸をコードするコドンに変化させる置換（すなわち、非同義的コドン変化）は、ミスセンス変異と呼ばれる。ナンセンス変異は、非同義的コドン変化の一つの型を生じる。その中では、終止コドンが形成され、それによってポリペプチド鎖の早期終止および短縮型タンパク質を生じる。リードスルー突然変異は、停止コドンの破壊を引き起こし、それよって延長されたポリペプチド産物をもたらす、別の型の非同義的コドン変化である。ＳＮＰは、二対立遺伝子性（ｂｉ−ａｌｌｅｌｉｃ）、三対立遺伝子性（ｔｒｉ−ａｌｌｅｌｉｃ）、または四対立遺伝子性（ｔｅｔｒａ−ａｌｌｅｌｉｃ）であり得るが、大部分のＳＮＰは、二対立遺伝子性であり、したがって、多くの場合、二対立遺伝子マーカーまたはジアレリック（ｄｉ−ａｌｌｅｌｉｃ）マーカーと呼ばれる。
本明細書中で使用される場合、ＳＮＰおよびＳＮＰ遺伝子型への言及は、個別のＳＮＰおよび／またはハプロタイプを含み、これらは、一般的に互いに遺伝するＳＮＰの群である。ハプロタイプは、個別のＳＮＰと比較して、疾患または他の表現型効果とより強い相関を有し得、したがって、いくつかの場合、診断精度の上昇を提供し得る（Ｓｔｅｐｈｅｎｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９３，４８９−４９３，２００１年７月２０日）。
原因（Ｃａｕｓａｔｉｖｅ）ＳＮＰは、遺伝子発現または遺伝子産物の発現、構造、および／または機能における変化を生じるＳＮＰであり、したがって、最も可能性のある臨床表現型として予測される。このような分類の一つとしては、ポリペプチド産物をコードする遺伝子領域に含まれるＳＮＰ（すなわち、ｃＳＮＰ）が挙げられる。これらのＳＮＰは、ポリペプチド産物のアミノ酸配列の変化をもたらし得（すなわち、非同義的コドン変化）、そして欠損型または他の改変型タンパク質の発現を生じる。さらに、ナンセンス変異の場合、ＳＮＰは、ポリペプチド産物の早期終結を生じ得る。このような変異体産物は、病的状態（例えば、遺伝病）を生じ得る。コード配列中のＳＮＰが遺伝病を引き起こす遺伝子の例としては、鎌形赤血球貧血および嚢胞性線維症が挙げられる。
原因ＳＮＰは、必ずしもコード領域に生じる必要はない；原因ＳＮＰは、例えば、最終的に核酸にコードされたタンパク質の発現、構造および／または活性に影響し得るあらゆる遺伝子領域に起こり得る。このような遺伝子領域としては、例えば、転写に関与する領域（例えば、転写因子結合ドメインにおけるＳＮＰ、プロモーター領域におけるＳＮＰ）、転写物のプロセシングに関する部位に関与する領域（例えば、不完全なスプライシングを引き起こし得るイントロン−エクソン境界におけるＳＮＰ、または、ｍＲＮＡプロセシングシグナル配列（例えば、ポリアデニル化シグナル領域）におけるＳＮＰ）、が挙げられる。いくつかのＳＮＰは、原因ＳＮＰではないが、やはり疾患を引き起こす配列に密接に関連し、したがって、疾患を引き起こす配列に分けられる。この状況において、ＳＮＰの存在は、疾患の存在、疾患の素因、または疾患発症の危険性の増加と関連する。これらのＳＮＰはまた、原因ＳＮＰでなくとも、やはり診断、疾患の素因のスクリーニング、および他の用途に有用である。
ＳＮＰと特定の障害との関連性の研究は、目的の障害（例えば、スタチン処置に応答する個体（「反応体」）またはスタチン処置に反応しない個体「非反応体」）を有する個体由来の生物学的サンプル中のＳＮＰ対立遺伝子の存在または頻度の決定、およびその情報と、好ましくは同様の年齢および人種のコントロール（すなわち、障害を有さない個体；コントロールは、「健康」個体、「正常」個体ともいわれる）との比較に関係する。患者およびコントロールの適切な選択は、ＳＮＰの関連性の研究の成功に重要である。したがって、十分特徴付けられた表現型を有する個体のプールが、非常に望ましい。
ＳＮＰは、疾患組織サンプルまたは疾患個体から得られた任意の生物サンプルにおいてスクリーニングされ得、コントロールサンプルと比較され得、特定の表現型（例えば、心臓血管疾患のスタチン処置への応答または非応答）の発生の増加（または減少）について選択され得る。一旦統計学的に有意な関連が、一以上のＳＮＰと目的の病的状態（または他の表現型）との間に確立された場合、このＳＮＰ周辺の領域は、必要に応じて十分にスクリーニングされて、この病的状態または表現型に影響する原因遺伝子座／配列（例えば、原因となるＳＮＰ／突然変異、遺伝子、調節領域など）を同定し得る。関連性の研究は、一般的な集団内で行われ得、罹患家系中の関係する個体において行われる研究（連鎖研究）に限定されない。
臨床試験は、医薬品による処置に応答する患者が、多くの場合、異種性であることを示した。医薬品の設計および治療を改善することへの必要性が引き続いて存在する。これに関して、ＳＮＰは、特定の医薬品による治療に最も適した患者を同定するために使用され得る（これは、多くの場合、薬理ゲノム科学と称される）。同様に、ＳＮＰは、患者が毒性の副作用を発現する可能性の増加、または患者がその処置に応答しない可能性に起因して、特定の処置から患者を除外するために使用され得る。薬理ゲノム科学はまた、薬学的研究に使用されて、薬物の開発および選択のプロセスを支援し得る。（Ｌｉｎｄｅｒら（１９９７），Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，４３，２５４；Ｍａｒｓｈａｌｌ（１９９７），Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５，１２４９；Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐａｔｅｎｔ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ＷＯ ９７／４０４６２，Ｓｐｅｃｔｒａ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ；およびＳｃｈａｆｅｒら（１９９８），Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１６，３）。
Ｌｌｏｙｄ−Ｊｏｎｅｓ ＤＭ；Ｌａｎｃｅｔ、１９９９ ３５３：８９〜９２ ＲＲ Ｗｉｌｌｉａｍｓ、Ａｍ Ｊ Ｃａｒｄｉｏｌｏｇｙ、２００１；８７：１２９ Ｂｒｏｅｃｋｅｌ Ｕ、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、２００２；３０：２１０ Ｈａｒｒａｐ Ｓ、Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，２００２；２２：８７４〜８７８ Ｓｈｅａｒｍａｎ Ａ、Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、２０００、９；９、１３１５〜１３２０ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｒｔ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ．２００１ Ｈｅａｒｔ ａｎｄ Ｓｔｒｏｋｅ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｕｐｄａｔｅ．Ｄａｌｌａｓ、ＴＸ：Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｒｔ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ．２０００ Ｗａｔｅｒｓ，Ｄ．Ｄ．，Ｗｈａｔ ｄｏ ｔｈｅ ｓｔａｔｉｎ ｔｒｉａｌｓ ｔｅｌｌ ｕｓ？ Ｃｌｉｎ Ｃａｒｄｉｏｌ，２００１．２４（８ Ｓｕｐｐｌ）：ｐ．ＩＩＩ３−７ Ｓｉｎｇｈ，Ｂ．Ｋ．およびＪ．Ｌ．Ｍｅｈｔａ，Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｉｍａｒｙ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ． Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃａｒｄｉｏｌ，２００２．１７（５）：ｐ．５０３−１１ Ｓｈｅｐｈｅｒｄ，Ｊ．ら，Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ ｗｉｔｈ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ｍｅｎ ｗｉｔｈ ｈｙｐｅｒｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌｅｍｉａ．Ｗｅｓｔ ｏｆ Ｓｃｏｔｌａｎｄ Ｃｏｒｏｎａｒｙ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｙ Ｇｒｏｕｐ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９５．３３３（２０）：ｐ．１３０１−７ Ｄｏｗｎｓ，Ｊ．Ｒ．ら，Ｐｒｉｍａｒｙ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ａｃｕｔｅ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｅｖｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｌｏｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ｍｅｎ ａｎｄ ｗｏｍｅｎ ｗｉｔｈ ａｖｅｒａｇｅ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｌｅｖｅｌｓ：ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ＡＦＣＡＰＳ／ＴｅｘＣＡＰＳ． Ａｉｒ Ｆｏｒｃｅ／Ｔｅｘａｓ Ｃｏｒｏｎａｒｙ Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｙ．Ｊａｍａ，１９９８．２７９（２０）：ｐ．１６１５−２２ Ｓａｃｋｓ，Ｆ．Ｍ．ら， Ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｏｎ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｅｖｅｎｔｓ ａｆｔｅｒ ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ａｖｅｒａｇｅ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｌｅｖｅｌｓ． Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ａｎｄ Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ Ｅｖｅｎｔｓ Ｔｒｉａｌ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｏｒｓ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９６．３３５（１４）：ｐ．１００１−９ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｅｖｅｎｔｓ ａｎｄ ｄｅａｔｈ ｗｉｔｈ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ ａｎｄ ａ ｂｒｏａｄ ｒａｎｇｅ ｏｆ ｉｎｉｔｉａｌ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｌｅｖｅｌｓ．Ｔｈｅ Ｌｏｎｇ−Ｔｅｒｍ Ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ Ｉｓｃｈａｅｍｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅ（ＬＩＰＩＤ） Ｓｔｕｄｙ Ｇｒｏｕｐ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９８．３３９（１９）：ｐ．１３４９−５７ Ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ ｔｒｉａｌ ｏｆ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｌｏｗｅｒｉｎｇ ｉｎ ４４４４ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ：ｔｈｅ Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａｎ Ｓｉｍｖａｓｔａｔｉｎ Ｓｕｒｖｉｖａｌ Ｓｔｕｄｙ （４Ｓ）．Ｌａｎｃｅｔ，１９９４．３４４（８９３４）：ｐ． １３８３−９ Ｐｕｄｄｕ，Ｐ．，Ｇ．Ｍ．Ｐｕｄｄｕ，およびＡ． Ｍｕｓｃａｒｉ，Ｃｕｒｒｅｎｔ ｔｈｉｎｋｉｎｇ ｉｎ ｓｔａｔｉｎ ｔｈｅｒａｐｙ．Ａｃｔａ Ｃａｒｄｉｏｌ，２００１．５６（４）：ｐ．２２５−３１ Ａｌｂｅｒｔ，Ｍ．Ａ．ら， Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｓｔａｔｉｎ ｔｈｅｒａｐｙ ｏｎ Ｃ−ｒｅａｃｔｉｖｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｌｅｖｅｌｓ： ｔｈｅ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ／ＣＲＰ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ （ＰＲＩＮＣＥ）：ａ ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ ｔｒｉａｌ ａｎｄ ｃｏｈｏｒｔ ｓｔｕｄｙ．Ｊａｍａ，２００１．２８６（１）：ｐ．６４−７０ Ｒｏｓｅｎｓｏｎ，Ｒ．Ｓ．，Ｎｏｎ−ｌｉｐｉｄ−ｌｏｗｅｒｉｎｇ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｓｔａｔｉｎｓ ｏｎ ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｃｕｒｒ Ｃａｒｄｉｏｌ Ｒｅｐ，１９９９．１（３）：ｐ．２２５−３２ Ｄａｎｇａｓ，Ｇ．ら， ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ： ａｎ ａｎｔｉｔｈｒｏｍｂｏｔｉｃ ｅｆｆｅｃｔ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ−ｌｏｗｅｒｉｎｇ ｅｆｆｅｃｔ． Ｔｈｒｏｍｂ Ｈａｅｍｏｓｔ，２０００．８３（５）：ｐ．６８８−９２ Ｃｒｉｓｂｙ，Ｍ．，Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｐｒｏｃｅｓｓ ｂｙ ｓｔａｔｉｎｓ．Ｄｒｕｇｓ Ｔｏｄａｙ （Ｂａｒｃ），２００３．３９（２）：ｐ．１３７−４３ Ｌｉａｏ，Ｊ．Ｋ．，Ｒｏｌｅ ｏｆ ｓｔａｔｉｎ ｐｌｅｉｏｔｒｏｐｉｓｍ ｉｎ ａｃｕｔｅ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ ａｎｄ ｓｔｒｏｋｅ． Ｉｎｔ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐｒａｃｔ Ｓｕｐｐｌ，２００３（１３４）：ｐ．５１−７ Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｍ．Ｈ．ら， Ｔｈｅ ｅｆｆｉｃａｃｙ ａｎｄ ｓｉｘ−ｗｅｅｋ ｔｏｌｅｒａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｓｉｍｖａｓｔａｔｉｎ ８０ ａｎｄ １６０ ｍｇ／ｄａｙ． Ａｍ Ｊ Ｃａｒｄｉｏｌ，１９９７．７９（１）：ｐ．３８−４２ Ｚｉｅｇｌｅｒ，Ｋ．およびＷ．Ｓｔｕｎｋｅｌ，Ｔｉｓｓｕｅ−ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｄｕｅ ｔｏ ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ ｕｐｔａｋｅ ｖｉａ ａ ｓｏｄｉｕｍ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｂｉｌｅ ａｃｉｄ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ．Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ，１９９２．１１３９（３）：ｐ．２０３−９ Ｙａｍａｚａｋｉ，Ｍ．ら．，Ｎａ（＋）−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｍｕｌｔｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｍｅｄｉａｔｅｓ ａｃｔｉｖｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｏｆ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎｔｏ ｒａｔ ｌｉｖｅｒ． Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ，１９９３．２６４（１ Ｐｔ １）：ｐ．Ｇ３６−４４ Ｋｏｍａｉ，Ｔ．ら， Ｃａｒｒｉｅｒ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｕｐｔａｋｅ ｏｆ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｂｙ ｒａｔ ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ｐｒｉｍａｒｙ ｃｕｌｔｕｒｅ．Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ， １９９２．４３（４）：ｐ．６６７−７０ Ｈｓｉａｎｇ，Ｂ．ら， Ａ ｎｏｖｅｌ ｈｕｍａｎ ｈｅｐａｔｉｃ ｏｒｇａｎｉｃ ａｎｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｉｎｇ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ（ＯＡＴＰ２）．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｌｉｖｅｒ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｈｕｍａｎ ｏｒｇａｎｉｃ ａｎｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｉｎｇ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｒａｔ ａｎｄ ｈｕｍａｎ ｈｙｄｒｏｘｙｍｅｔｈｙｌｇｌｕｔａｒｙｌ−ＣｏＡ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｓ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９９．２７４（５２）：ｐ．３７１６１−８ Ｍａｓｔｅｒｓ，Ｂ．Ａ．ら，Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｍｙｏｔｏｘｉｃｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ３−ｈｙｄｒｏｘｙ−３−ｍｅｔｈｙｌｇｌｕｔａｒｙｌ ｃｏｅｎｚｙｍｅ Ａ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ， ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ， ｌｏｖａｓｔａｔｉｎ， ａｎｄ ｓｉｍｖａｓｔａｔｉｎ， ｕｓｉｎｇ ｎｅｏｎａｔａｌ ｒａｔ ｓｋｅｌｅｔａｌ ｍｙｏｃｙｔｅｓ． Ｔｏｘｉｃｏｌ Ａｐｐｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９５．１３１（１）：ｐ．１６３−７４ Ｎａｋａｈａｒａ，Ｋ．ら，Ｍｙｏｐａｔｈｙ ｉｎｄｕｃｅｄ ｂｙ ＨＭＧ−ＣｏＡ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｉｎ ｒａｂｂｉｔｓ： ａ ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ，ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ，ａｎｄ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｓｔｕｄｙ．Ｔｏｘｉｃｏｌ Ａｐｐｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，１９９８．１５２（１）：ｐ．９９−１０６， Ｒｅｉｊｎｅｖｅｌｄ，Ｊ．Ｃ．ら．，Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ３−ｈｙｄｒｏｘｙ−３−ｍｅｔｈｙｌｇｌｕｔａｒｙｌ−ｃｏｅｎｚｙｍｅ Ａ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｏｎ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｍｙｏｐａｔｈｙ ｉｎ ｙｏｕｎｇ ｒａｔｓ． Ｐｅｄｉａｔｒ Ｒｅｓ，１９９６．３９（６）：ｐ．１０２８−３５ Ｔｕｎｓｔａｌｌ−Ｐｅｄｏｅ，Ｈ．ら．，Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈａｎｇｅｓ ｉｎ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｃａｒｅ ｔｏ ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｓｕｒｖｉｖａｌ， ｅｖｅｎｔ ｒａｔｅｓ， ａｎｄ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ＷＨＯ ＭＯＮＩＣＡ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．Ｌａｎｃｅｔ，２０００．３５５（９２０５）：ｐ．６８８−７００ Ｋｕｕｌａｓｍａａ，Ｋ．ら，Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈａｎｇｅｓ ｉｎ ｃｌａｓｓｉｃ ｒｉｓｋ ｆａｃｔｏｒｓ ｔｏ ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ ｃｏｒｏｎａｒｙ−ｅｖｅｎｔ ｒａｔｅｓ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ＷＨＯ ＭＯＮＩＣＡ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．Ｌａｎｃｅｔ，２０００．３５５（９２０５）：ｐ．６７５−８７ Ｗｏｎｇ，Ｍ．Ｄ．ら，Ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｊｏｒ ｄｉｓｅａｓｅｓ ｔｏ ｄｉｓｐａｒｉｔｉｅｓ ｉｎ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２００２．３４７（２０）：ｐ．１５８５−９２ Ｆｌｅｇａｌ，Ｋ．Ｍ．ら， Ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ａｎｄ ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ ｏｂｅｓｉｔｙ ａｍｏｎｇ ＵＳ ａｄｕｌｔｓ，１９９９−２０００．Ｊａｍａ，２００２．２８８（１４）：ｐ．１７２３−７ Ｂｏｙｌｅ，Ｊ．Ｐ．ら， Ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉａｂｅｔｅｓ ｂｕｒｄｅｎ ｔｈｒｏｕｇｈ ２０５０：ｉｍｐａｃｔ ｏｆ ｃｈａｎｇｉｎｇ ｄｅｍｏｇｒａｐｈｙ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｉｎ ｔｈｅ Ｕ．Ｓ．Ｄｉａｂｅｔｅｓ Ｃａｒｅ，２００１．２４（１１）：ｐ．１９３６−４０ Ｙｕｓｕｆ，Ｓ．ら， Ｇｌｏｂａｌ ｂｕｒｄｅｎ ｏｆ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅｓ：Ｐａｒｔ ＩＩ： ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅ ｂｙ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｅｔｈｎｉｃ ｇｒｏｕｐｓ ａｎｄ ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ ｒｅｇｉｏｎｓ ａｎｄ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ． Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００１．１０４（２３）：ｐ．２８５５−６４ Ｙｕｓｕｆ，Ｓ．ら，Ｇｌｏｂａｌ ｂｕｒｄｅｎ ｏｆ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅｓ： ｐａｒｔ Ｉ：ｇｅｎｅｒａｌ ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ， ｔｈｅ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃ ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ， ｒｉｓｋ ｆａｃｔｏｒｓ， ａｎｄ ｉｍｐａｃｔ ｏｆ ｕｒｂａｎｉｚａｔｉｏｎ． Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００１．１０４（２２）：ｐ．２７４６−５３，ｔｈｅ ｎｅｅｄ ｆｏｒ ｅｖｅｒ ｍｏｒｅ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ＣＨＤ ｉｓ ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ ｔｏ ｓｔｅａｄｉｌｙ ｉｎｃｒｅａｓｅ． 総説 Ｃｌａｒｋ，Ｌ．Ｔ．，Ｔｒｅａｔｉｎｇ ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｓｔａｔｉｎｓ：ｔｈｅ ｒｉｓｋ−ｂｅｎｅｆｉｔ ｐｒｏｆｉｌｅ．Ａｍ Ｈｅａｒｔ Ｊ，２００３．１４５（３）：ｐ．３８７−９６ Ｅｘｅｃｕｔｉｖｅ Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｉｒｄ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ Ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ （ＮＣＥＰ） Ｅｘｐｅｒｔ Ｐａｎｅｌ ｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ， Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ， Ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｉｇｈ Ｂｌｏｏｄ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｉｎ Ａｄｕｌｔｓ（Ａｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ）．Ｊａｍａ，２００１．２８５（１９）：ｐ．２４８６−９７ Ｓｉｎｇｈ，Ｂ．Ｋ．およびＪ．Ｌ．Ｍｅｈｔａ，Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｉｍａｒｙ ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ｈｅａｒｔ ｄｉｓｅａｓｅ．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃａｒｄｉｏｌ，２００２．１７（５）：ｐ．５０３−１１ Ｒｏｓｅｓ，Ａ．Ｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．Ｎａｔｕｒｅ，２０００．４０５（６７８８）：ｐ．８５７−６５，Ｍｏｏｓｅｒ，Ｖ．ら．，Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｉｎ ｔｈｅ ＳＮＰ ｅｒａ．Ｊ Ｔｈｒｏｍｂ Ｈａｅｍｏｓｔ，２００３．１（７）：ｐ．１３９８−１４０２， Ｈｕｍｍａ，Ｌ．Ｍ．およびＳ．Ｇ．Ｔｅｒｒａ，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ｉｍｐａｃｔ ｏｎ ｄｒｕｇ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｔｏ ｄｉｓｅａｓｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ．Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔ Ｐｈａｒｍ，２００２．５９（１３）：ｐ．１２４１−５２ Ｋｕｉｖｅｎｈｏｖｅｎ，Ｊ．Ａ．ら，Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ａ ｃｏｍｍｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｙｌ ｅｓｔｅｒ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｇｅｎｅ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｔｈｅ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ Ｇｒｏｗｔｈ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｔａｔｉｎ Ｓｔｕｄｙ Ｇｒｏｕｐ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，１９９８．３３８（２）：ｐ．８６−９３ ｄｅ Ｍａａｔ，Ｍ．Ｐら，−４５５Ｇ／Ａ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｂｅｔａ−ｆｉｂｒｉｎｏｇｅｎ ｇｅｎｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ｉｎ ｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ ｍｅｎ：ｐｒｏｐｏｓｅｄ ｒｏｌｅ ｆｏｒ ａｎ ａｃｕｔｅ−ｐｈａｓｅ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎ ｏｆ ｆｉｂｒｉｎｏｇｅｎ．ＲＥＧＲＥＳＳ ｇｒｏｕｐ．Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，１９９８．１８（２）：ｐ．２６５−７１ Ｚａｍｂｏｎ，Ａ．ら，Ｃｏｍｍｏｎ ｈｅｐａｔｉｃ ｌｉｐａｓｅ ｇｅｎｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｖａｒｉａｎｔ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ ｌｉｐｉｄ−ｌｏｗｅｒｉｎｇ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２００１．１０３（６）：ｐ．７９２−８ Ｊｕｋｅｍａ，Ｊ．Ｗ．ら，Ｔｈｅ Ａｓｐ９ Ａｓｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ ｌｉｐａｓｅ ｇｅｎｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｏｒｏｎａｒｙ ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ． ＲＥＧＲＥＳＳ Ｓｔｕｄｙ Ｇｒｏｕｐ， Ｉｎｔｅｒｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃａｒｄｉｏｌｏｇｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｕｔｒｅｃｈｔ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ．Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ Ｇｒｏｗｔｈ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｔａｔｉｎ Ｓｔｕｄｙ．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，１９９６．９４（８）：ｐ．１９１３−８ Ｂｒａｙ，Ｐ．Ｆ．ら，Ｔｈｅ ｐｌａｔｅｌｅｔ Ｐｌ（Ａ２） ａｎｄ ａｎｇｉｏｔｅｎｓｉｎ−ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｇ ｅｎｚｙｍｅ （ＡＣＥ） Ｄ ａｌｌｅｌｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｏｆ ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ ｅｖｅｎｔｓ ａｆｔｅｒ ａｃｕｔｅ ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ． Ａｍ Ｊ Ｃａｒｄｉｏｌ，２００１．８８（４）：ｐ．３４７−５２） ｄｅ Ｍａａｔ， Ｍ．Ｐ．ら，Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｔｈｅ ｓｔｒｏｍｅｌｙｓｉｎ−１ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｏｎ ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ｐｒａｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ｃｏｒｏｎａｒｙ ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ａｎｄ ｒｅｓｔｅｎｏｓｉｓ．Ａｍ Ｊ Ｃａｒｄｉｏｌ，１９９９．８３（６）：ｐ．８５２−６） Ｇｅｒｄｅｓ，Ｌ．Ｕ．ら．，Ｔｈｅ ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｐｓｉｌｏｎ４ ａｌｌｅｌｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔ ｏｎ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｏｆ ｓｉｍｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ ｏｆ ｍｙｏｃａｒｄｉａｌ ｉｎｆａｒｃｔｉｏｎ： ａ ｓｕｂｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａｎ ｓｉｍｖａｓｔａｔｉｎ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｓｔｕｄｙ．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２０００．１０１（１２）：ｐ．１３６６−７１ Ｐｅｄｒｏ−Ｂｏｔｅｔ，Ｊ．ら，Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ａｆｆｅｃｔｓ ｐｌａｓｍａ ｌｉｐｉｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ａｔｏｒｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ａ ｇｅｎｄｅｒ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍａｎｎｅｒ． Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，２００１．１５８（１）：ｐ．１８３−９３ Ｐｅｄｒｏ−Ｂｏｔｅｔ，Ｊ．ら，Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ａｆｆｅｃｔｓ ｐｌａｓｍａ ｌｉｐｉｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ａｔｏｒｖａｓｔａｔｉｎ ｉｎ ａ ｇｅｎｄｅｒ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍａｎｎｅｒ．Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，２００１．１５８（１）：ｐ．１８３−９３
（発明の要旨）
本発明は、新規のＳＮＰ、このようなＳＮＰの固有の組み合わせ、ならびに心臓血管障害および／または薬物応答、特に急性冠状動脈事象（例えば、心筋梗塞）および急性冠状動脈事象のような心臓血管障害の処置（予防処置を含む）に関連するＳＮＰのハプロタイプの同定に関する。本明細書において開示される多型は、診断用試薬の設計のための標的として、ならびに心臓血管障害および関連する病態、特に急性冠状動脈事象の診断および処置に使用するための治療剤の開発のための標的として、直接的に有用である。
心臓血管障害、特に急性冠状動脈事象、および／またはスタチン処置に関連するＳＮＰの同定に基づいて、本発明はまた、これらの改変体を検出する方法、ならびにこの課題の遂行のために必要とされる検出試薬の設計および調製を提供する。本発明は、詳細には、例えば、心臓血管障害および／またはスタチン処置に対する応答性に関与する遺伝子配列における新規のＳＮＰ、これらのＳＮＰを含む単離された核酸分子（例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡ分子を含む）、このようなＳＮＰを含む核酸分子によってコードされた改変型タンパク質、このコードされた改変型タンパク質に対する抗体、この新規のＳＮＰ情報を含む、コンピュータベースのデータ保存システム、試験サンプルにおいてこれらのＳＮＰを検出する方法、一次または二次急性冠状動脈事象を経験する個体の危険性を決定する方法、急性冠状動脈事象を経験する増加した危険性を有する個体を処置する方法、本明細書において開示された１つ以上のＳＮＰ部位における１つ以上の特定のヌクレオチド（対立遺伝子）の存在または不在、または１つ以上のコードされた改変体産物（例えば、改変体ｍＲＮＡ転写物または改変体タンパク質）の検出に基く、心臓血管障害（例えば、急性冠状動脈事象）のスタチン処置に応答する改変された（すなわち、増加または減少した）可能性を有する個体を同定する方法、処置、特に急性冠状動脈事象のような心臓血管障害のスタチン処置に多少とも応答する可能性のある（または処置からの所望されない副作用を多少とも経験する可能性のある）個体を同定する方法、改変体遺伝子／タンパク質と関連する障害の処置において有用な化合物をスクリーニングする方法、これらの方法によって同定された化合物、改変体遺伝子／タンパク質によって媒介される障害を処置する方法、ヒト同定のために本発明の新規ＳＮＰを用いる方法などを提供する。本発明はまた、ＭＩのような急性冠状動脈事象を発症する増加した危険性と関連するＳＮＰを所有し、そしてなお、ＭＩのような急性冠状動脈事象を発症する個体の危険性を低下し得るので、スタチンで処置されることから利益を受け得る個体を同定する方法を提供する。
心臓血管障害／疾患は、それらの基礎となる機構に関与する共通の遺伝的因子に起因し得る特定の類似の特徴を共有するので、本明細書中で同定されたＳＮＰは、急性冠状動脈事象および／またはスタチン応答と特に関連するとして本明細書中で同定されたＳＮＰは、冠状動脈心臓疾患（ＣＨＤ）、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患、うっ血性心不全、先天的心臓疾患、および種々の心臓疾患と関連する病状および症状（例えば、アンギナ、高血圧）のような広範なスペクトルの心臓血管疾患のための診断／予後マーカーとして、ならびに心臓血管障害を処置するために用いられるスタチン以外の薬物に対する応答を推定するために用いられ得る。
本発明は、処置レジメンを選択または処方するための方法（例えば、心臓血管疾患を有する個体にスタチン処置を投与するか否かを決定する方法、スタチン、または特定の薬学的処方物または化合物のようなスタチンの特定の形態／タイプの投与の投薬量および頻度のような特定のスタチンを基礎にした処置レジメンを選択する方法、スタチン処置に陽性に応答する可能性のないと推定される個体に対し、代替の、非スタチンを基礎にした処置を投与する方法など）、およびスタチン処置などから、毒性またはその他の所望されない副作用を経験する可能性を決定するなどをさらに提供する。本発明はまた、個体の遺伝子型に基き、スタチンまたはその他の治療約が投与される個体を選択する方法、および個体の遺伝子型に基きスタチンまたはその他の治療剤の臨床試験のための個体を選択する（例えば、スタチン処置から陽性に応答する可能性か最も高い人を上記試行に参加するために個体を選択する）方法を提供する。本発明は、スタチン処理を用いて、ＭＩまたはＲＭＩのような心臓血管障害を発症することで個体の危険性を、この個体がこのような心臓血管障害と関連するとして本明細書中で同定された１つ以上のＳＮＰを保持するとき、減少する方法をさらに提供する。
表１〜２において、本発明は、本発明のＳＮＰを含む、遺伝子情報、転写物配列（配列番号１〜６０）、コードされたアミノ酸配列（配列番号６１〜１２０）、ゲノム配列（配列番号２０１〜２５０），転写物ベースのコンテクスト（ｃｏｎｔｅｘｔ）配列（配列番号１２１〜２００）およびゲノムベースのコンテクスト配列（配列番号２５１〜４１０）を提供し、そして大規模ＳＮＰ情報（観察された対立遺伝子、対立遺伝子頻度、対立遺伝子が観察された集団／民族集団、ＳＮＰの型および対応する機能的効果についての情報、ならびに、ｃＳＮＰに関して、コードされたポリペプチド産物についての情報を含む）を提供する。転写物配列（配列番号１〜６０）、アミノ酸配列（配列番号６１〜１２０）、ゲノム配列（配列番号２０１〜２５０）、転写物ベースのＳＮＰコンテクスト配列（配列番号１２１〜２００）、およびゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列（配列番号２５１〜４１０）もまた、配列表に提供される。
本発明の特定の実施形態において、ヒトゲノムにおいて天然に生じるＳＮＰが、単離された核酸分子として提供される。これらのＳＮＰは、心臓血管障害、特定の急性冠状動脈事象および／またはスタチン処置に関連し、したがって心臓血管障害および関連する病理の診断および／または処置、そして特に、狭窄を伴う心臓血管障害の処置における種々の用途を有し得る。本発明の一局面は、少なくとも１つのヌクレオチドが、表３および／または表４に開示されたＳＮＰであるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子に関する。代替の実施形態において、本発明の核酸は、増幅されたポリヌクレオチドであり、これは、ＳＮＰを含む核酸テンプレートの増幅によって生成される。別の実施形態において、本発明は、本明細書において開示されたＳＮＰを含む核酸分子によってコードされた、改変型タンパク質を提供する。
本発明のなお別の実施形態において、ＳＮＰを、その天然に存在する隣接（ｆｌａｎｋｉｎｇ）ヌクレオチド配列（これは例えば、ＤＮＡもしくはｍＲＮＡのいずれかであり得る）と関連させて検出する試薬が提供される。特に、このような試薬は、例えば、目的とするＳＮＰの特異的検出に有用なハイブリダイゼーションプローブまたは増幅用プライマーの形態であり得る。代替の実施形態において、タンパク質検出試薬は、本明細書において開示されるＳＮＰを含む核酸分子によってコードされる改変型タンパク質を検出するために使用され得る。タンパク質検出試薬の好ましい実施形態は、抗体または抗原応答性抗体フラグメントである。
本発明の種々の実施形態はまた、ＳＮＰ検出試薬を含むキット、および検出試薬を利用することにより本明細書で開示されるＳＮＰを検出するための方法を提供する。特定の実施形態において、本発明は、本明細書において開示される１つ以上のＳＮＰ対立遺伝子の存在または非存在を検出することによって、心臓血管障害を発症する（例えば、急性冠状動脈事象を経験する）危険性の増加または減少を有する個体を同定する方法を提供する。本発明はまた、本明細書において開示される１つ以上のＳＮＰ対立遺伝子の存在または非存在を検出することによって、個体が心臓血管疾患のスタチン処置に応答するようである（または応答しないようである）か否かを評価するための方法を提供される。
本発明の核酸分子は、発現ベクター（例えば、宿主細胞において改変型タンパク質を産生するためのもの）に挿入され得る。したがって、本発明はまた、ＳＮＰを含む核酸分子を含むベクター、このベクターを含む遺伝的に操作された宿主細胞、およびこのような宿主細胞を用いて組み換え改変タンパク質を発現させる方法を提供する。別の特定の実施形態において、宿主細胞、ＳＮＰを含む核酸分子、および／または改変型タンパク質は、心臓血管疾患の処置に有用な治療剤または薬学的化合物をスクリーニングおよび同定するための方法において、標的として使用され得る。
本発明の一局面は、ヒト被験体において心臓血管障害、特定の急性冠状動脈事象を処置するための方法である。ここで、このヒト被験体は、表１〜２に同定された遺伝子、転写物、および／またはコードされたタンパク質を有する。本方法は、このヒト被験体に、障害の影響を相殺する（例えば、この表１〜２に同定された遺伝子、転写物、および／またはコードされたタンパク質の活性を阻害（または刺激）することによって相殺する）治療的有効量または予防的有効量の１種以上の薬剤（例えば、スタチン）を投与する工程を包含する。
本発明の別の局面は、ヒト被験体において心臓血管障害、特定の急性冠状動脈事象を治療的または予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法である。ここで、このヒト被験体は、表１〜２に同定されたＳＮＰ、遺伝子、転写物、および／またはコードされたタンパク質を有する。本方法は、遺伝子、転写物、またはコードされたタンパク質と候補薬剤（例えば、スタチン）との間の結合複合体の形成を可能にするのに適切な条件下で、この遺伝子、転写物、および／またはコードされたタンパク質とこの候補薬剤（例えば、スタチン）とを接触させる工程、およびこの結合複合体の形成を検出する工程を包含する。ここで、この複合体の存在は、前述の薬剤の存在を同定する。
本発明の別の局面は、ヒト被験体において心臓血管障害を処置するための方法であって、この本方法は、以下を包含する：
（ｉ）このヒト被験体が、表１〜２で同定されたＳＮＰ、遺伝子、転写物、および／またはコードされたタンパク質を有することを決定する工程、および
（ｉｉ）この被験体に、この疾患の影響を相殺する、治療的有効量または予防的有効量の１種以上の薬剤（例えば、スタチン）を投与する工程。
本発明の多くの他の用途および利点は、本明細書における好ましい実施形態の詳細な説明を概説することによって、当業者に明らかとなる。考察の明確さのためにのみ、本発明は、非限定的な実施例によって以下の節に記載される。
（ＣＤ０００００２ＯＲＤＣＤＲと名付けられたＣＤ−Ｒに含まれるファイルの説明）
ＣＤ０００００２ＯＲＤＣＤＲと名付けられたＣＤ−Ｒは、以下の５つのテキスト（ＡＳＣＩＩ）ファイルを含む：
１）ファイルＳＥＱＬＩＳＴ＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、配列表を提供する。この配列表は、一以上の本発明のＳＮＰを含む各狭窄関連遺伝子に関して、表１に示される転写物配列（配列番号１〜６０）およびタンパク質配列（配列番号６１〜１２０）を、そして表２に示されるゲノム配列（配列番号２０１〜２５０）を提供する。各ＳＮＰに隣接するコンテクスト配列もまた、配列表に提供され、これらは、表１に示される転写物ベースのコンテクスト配列（配列番号１２１〜２００）および表２に示されるゲノムベースのコンテクスト配列（配列番号２５１〜４１０）の両方を含む。コンテクスト配列は、一般的に、各ＳＮＰを囲む全体で２００ｂｐのコンテクスト配列について、このコンテクスト配列の中央にＳＮＰを有し、各ＳＮＰの１００ｂｐ上流（５’）および１００ｂｐ下流（３’）を提供する。ファイルＳＥＱＬＩＳＴ＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、サイズ１，４５１ＫＢであり、そして２００６年９月２１日に作成された。
２）ファイルＴＡＢＬＥ１＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、表１を提供する。ファイルＴＡＢＬＥ１＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、サイズ９６ＫＢであり、そして２００６年９月２１日に作成された。
３）ファイルＴＡＢＬＥ２＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、表２を提供する。ファイルＴＡＢＬＥ２＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、サイズ１２２ＫＢであり、そして２００６年９月２１日に作成された。
４）ファイルＴＡＢＬＥ３＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、表３を提供する。ファイルＴＡＢＬＥ３＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、サイズ１ＫＢであり、そして２００６年９月２１日に作成された。
５）ファイルＴＡＢＬＥ４＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、表４を提供する。ファイルＴＡＢＬＥ４＿ＣＤ０００００２ＯＲＤ．ｔｘｔは、サイズ１ＫＢであり、そして２００６年９月２１日に作成された。ＣＤ０００００２ＯＲＤＣＤＲとラベルされたこのＣＤ−Ｒに含まれる資料は、本明細書によって、米国特許法施工規則１．７７（ｂ）（４）に従って、参考として援用される。
（表１および表２の説明）
表１および表２（どちらもＣＤ−Ｒで提供される）は、本発明のＳＮＰおよび関連する遺伝子／転写物／タンパク質情報を開示する。各遺伝子について、表１および表２の各々は、遺伝子／転写物／タンパク質情報を含むヘッダーを提供し、このヘッダーの後に、転写物配列およびタンパク質配列（表１）またはゲノム配列（表２）、ならびにその遺伝子／転写物に見出される各ＳＮＰに関するＳＮＰ情報が続く。
注意：ＳＮＰは、表１および表２の両方に含まれ得る；表１は、それらの転写物配列およびコードされるタンパク質配列に関するＳＮＰを示し、一方表２は、それらのゲノム配列に関するＳＮＰを示す（いくつかの例では、表２はまた、最後の遺伝子配列の後に、一以上の遺伝子間領域のゲノム配列、ならびにそれらの遺伝子間領域内に位置する任意のＳＮＰについてのＳＮＰコンテクスト配列および他のＳＮＰ情報を含み得る）。ＳＮＰは、それらのｈＣＶ（または、いくつかの例では、ｈＤＶ）識別番号に基づいて、表の間で容易に相互参照可能である。
遺伝子／転写物／タンパク質情報は、以下を含む：
−遺伝子番号（１〜ｎ、ここでｎ＝表の遺伝子の総数）
−遺伝子についてのＣｅｌｅｒａ ｈＣＧ識別番号およびＵＩＤ内部識別番号
−転写物についてのＣｅｌｅｒａ ｈＣＴ識別番号およびＵＩＤ内部識別番号（表１のみ）
−転写物についての公開Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号（例えば、ＲｅｆＳｅｑ ＮＭ番号）（表１のみ）
−ｈＣＴ転写物によりコードされるタンパク質についてのＣｅｌｅｒａ ｈＣＰ識別番号およびＵＩＤ内部識別番号（表１のみ）
−タンパク質についての公開Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号（例えば、ＲｅｆＳｅｑ ＮＰ番号）（表１のみ）
−当該分野で公知の遺伝子記号
−当該分野で公知の遺伝子／タンパク質名
−Ｃｅｌｅｒａゲノム軸位置（開始ヌクレオチド位置−停止ヌクレオチド位置を示す）
−遺伝子が位置する染色体の番号
−各遺伝子の医学的重要性に関するさらなる情報を得るための、ＯＭＩＭ（Ｏｎｌｉｎ
ｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ；Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐ
ｋｉｎｓ大学／ＮＣＢＩ）公開参照番号
−ＯＭＩＭエントリにおける代替の遺伝子／タンパク質名および／または記号。
以下に留意すること：代替的スプライス形態の存在に起因して、表１における単一の遺伝子エントリに対して複数の転写物／タンパク質エントリが提供され得る；すなわち、単一の遺伝子番号に対して、複数のエントリが、それらの転写物／タンパク質情報および転写物／タンパク質配列が異なるシリーズで、提供され得る。
以下の遺伝子／転写産物／タンパク質情報は、以下のような各遺伝子に対する転写産物配列およびタンパク質配列（表１）またはゲノム配列（表２）である：
−ＩＵＢコードによって同定されたＳＮＰを有する転写産物配列（表１のみ）（配列表の配列番号１〜６０に相当する）（転写産物配列は、５’ＵＴＲ領域、タンパク質コード領域、および３’ＵＴＲ領域を含み得る）。
以下に留意すること：ｈＣＴ転写産物のヌクレオチド配列とＧｅｎｅｂａｎｋ登録番号により同定される対応する公開された転写配列との間の相違が存在する場合、このｈＣＴ転写産物配列（およびコードされたタンパク質）が提供され、公開配列がＮＭ数により同定されたＲｅｆＳｅｑ転写産物配列ではない場合、このＲｅｆＳｅｑ ＮＭ転写産物配列（およびコードされるタンパク質）が提供される。しかし、このｈＣＴ転写産物またはこのＲｅｆＳｅｑ ＮＭ転写産物が転写配列として使用される場合、開示されるＳＮＰは、この転写産物内のＩＵＢコードによって表される。
−コードされたタンパク質配列（表１のみ、配列表の配列番号６１〜１２０に相当する）。
−遺伝子のゲノム配列（表２のみ）、遺伝子の境界の両端の６ｋｂ（すなわち、遺伝子の５’側の６ｋｂ＋遺伝子の３’側の６ｋｂ、配列表の配列番号２０１〜２５０に相当する）を含む。
最後の遺伝子配列の後、表２は、遺伝子間の領域のさらなる遺伝子配列（そのような場合、これらの配列は、「遺伝子間領域」として同定され、数値の識別番号を与えられる）ならびにＳＮＰコンテクスト配列および各遺伝子間領域内に存在する任意のＳＮＰ（そして、このようなＳＮＰは、ＳＮＰ型に関して「ＩＮＴＥＲＧＥＮＩＣ」として同定される）についての他のＳＮＰ情報を含み得る。
以下に留意すること：転写産物、タンパク質および転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列は、表１および配列表の両方に提供される。ゲノムおよびゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列は、表２および配列表の両方に提供される。各転写産物配列に対する配列番号（配列番号１〜６０）、タンパク質配列に対する配列番号（配列番号６１〜１２０）および転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列に対する配列番号（配列番号１２１〜２００）は、表１に示され、各ゲノム配列に対する配列番号（配列番号２０１〜２５０）およびゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列に対する配列番号（配列番号２５１〜４１０）は、表２に示される。
ＳＮＰ情報は、以下を含む：
−コンテクスト配列（表１の転写産物配列から選択され、そして、表２のゲノム配列から選択される）は、そのＩＵＢコードによって表されるＳＮＰを有し、ＳＮＰ位置の上流（５’）に１００塩基対＋ＳＮＰ位置の下流（３’）に１００塩基対を含む（表１の転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列は、配列表中に配列番号１２１〜２００として提供され、表２のゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列は、配列表中に配列番号２５１〜４１０として提供される）。
−ＳＮＰに対するＣｅｌｅｒａ ｈＣＶ内部識別番号（いくつかの場合、「ｈＤＶ」番号が、「ｈＣＶ」番号の代わりに示される）。
−ＳＮＰ位置（所定の転写産物配列内のＳＮＰの位置（表１）または所定のゲノム配列内のＳＮＰの位置（表２））。
−ＳＮＰ源（これは、内部配列決定プロジェクトおよび／または公開データベースに依存する以下の５個のコードの一つ以上の任意の組合せを含み得、ＳＮＰは、以下に見出された：「Ａｐｐｌｅｒａ」＝３９の個体の遺伝子および調節領域の再配列決定の間に見出されたＳＮＰ、「Ｃｅｌｅｒａ」＝ショットガン配列決定およびＣｅｌｅｒａヒトゲノム配列のアセンブリの間に見出されたＳＮＰ、「Ｃｅｌｅｒａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ」＝心臓血管障害を有する（例えば、急性冠状動脈事象を経験した）個体および／またはスタチン処置を受けた個体由来の核酸サンプルの配列決定の間に見出されたＳＮＰ、「ｄｂＳＮＰ」＝ｄｂＳＮＰ公開データベースに見出されたＳＮＰ、「ＨＧＢＡＳＥ」＝ＨＧＢＡＳＥ公開データベースに見出されたＳＮＰ、「ＨＧＭＤ」＝Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＨＧＭＤ）公開データベースに見出されたＳＮＰ、「ＨａｐＭａｐ」＝国際ＨａｐＭａｐプロジェクト公開データベースに見出されたＳＮＰ、「ＣＳＮＰ」＝コードＳＮＰＳ（ｃＳＮＰｓ）の内部Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）データベースに見出されたＳＮＰ）。
以下に留意すること：「Ａｐｐｌｅｒａ」源の単一ＳＮＰへのエントリーは、同一のＳＮＰが、複数の重複する増幅産物によって網羅されたこと、およびこれらの増幅産物のそれぞれの再配列決定結果（例えば、観察された対立遺伝子の数）が提供されることを示唆する。
−［集団１（第１の対立遺伝子の数｜第２の対立遺伝子の数）集団２（対立遺伝子１の数｜対立遺伝子２の数）総数（第１の対立遺伝子の総数｜第２の対立遺伝子の総数）］の形式における集団／対立遺伝子／対立遺伝子数の情報。
以下に留意すること：この分野における情報は、集団／特定のＳＮＰ対立遺伝子が観察された人種群（「ｃａｕ」＝白人、「ｈｉｓ」＝ラテン系アメリカ人、「ｃｈｎ」＝中国人、および「ａｆｒ」＝アフリカ系アメリカ人、「ｊｐｎ」＝日本人、「ｉｎｄ」＝インド人、「ｍｅｘ」＝メキシコ人、「ａｉｎ」＝アメリカインディアン、「ｃｒａ」＝Ｃｅｌｅｒａドナー、「ｎｏ＿ｐｏｐ」＝集団の情報が利用可能ではない）、同定されたＳＮＰ対立遺伝子、および観察された対立遺伝子数（各集団群内および総対立遺伝子数の内で）を含む、ここで以下が適用される；利用可能な（対立遺伝子の領域における「−」は、挿入／欠失［「ｉｎｄｅｌ」］多型の欠失対立遺伝子を表し、この場合対応する挿入対立遺伝子は、一つ以上のヌクレオチドから構成され得るが、「｜」の反対側の対立遺伝子の領域に示される；数領域における「−」は、対立遺伝子数情報が利用可能ではないことを示唆する）。
以下に留意すること：「Ａｐｐｌｅｒａ」ＳＮＰ源のＳＮＰに関しては、３９人の個体（２０人の白人および１９人のアフリカ系アメリカ人）の遺伝子／調節領域を再配列決定し、そして、各ＳＮＰの位置は、各個体の二つの染色体によって表される（男性のＸ染色体およびＹ染色体上のＳＮＰを除く、これらについては、各ＳＮＰの染色体に対する位置は、一つの染色体によって代表される）ので、７８本以下の染色体を、各ＳＮＰ位置に関して遺伝子型特定した。従って、アフリカ系アメリカ人（「ａｆｒ」）の対立遺伝子の数の合計は、３８以下であり、白人の対立遺伝子の数の合計（「ｃａｕ」）は、４０以下であり、全ての対立遺伝子の数の合計は、７８以下である。
以下に留意すること：セミコロンは、それぞれの示されたＳＮＰ源に対応する集団／対立遺伝子／数情報を分ける；すなわち、四つのＳＮＰ源（例えば、「Ｃｅｌｅｒａ」、「ｄｂＳＮＰ」、「ＨＧＢＡＳＥ」および「ＨＧＭＤ」）が示される場合、集団／対立遺伝子／数情報は、セミコロンによって分けられる４つの群に提供され、ＳＮＰ源の一覧と同じ順序で、列挙され、順序に基づくそれぞれのＳＮＰ源に対応する各集団／対立遺伝子／数情報群を伴なう；従って、この例において、第一の集団／対立遺伝子／数情報群は、第一の列挙したＳＮＰ源（Ｃｅｌｅｒａ）に相当し、セミコロンによって分けられる第三の集団／対立遺伝子／数情報群は、第三の列挙したＳＮＰ源（ＨＧＢＡＳＥ）に対応する；任意の特定のＳＮＰ源に対する集団／対立遺伝子／数情報が利用可能ではない場合、一対のセミコロンが、ＳＮＰ源のリストと集団／対立遺伝子／数情報の対応するリストとの間の対応を維持するために、なおプレースホルダー（ｐｌａｃｅ−ｈｏｌｄｅｒ）として挿入される。
−ＳＮＰ型（例えば、遺伝子／転写産物における位置および／または予測される機能効果）［「ＭＩＳ−ＳＥＮＳＥ ＭＵＴＡＴＩＯＮ」＝ＳＮＰは、コードされたアミノ酸に変化を引き起こす（すなわち、コードＳＮＰと同義語ではない）；「ＳＩＬＥＮＴ ＭＵＴＡＴＩＯＮ」＝ＳＮＰは、コードされたアミノ酸に変化を引き起こさない（すなわち、コードＳＮＰの同義語）；「ＳＴＯＰ ＣＯＤＯＮ ＭＵＴＡＴＩＯＮ」＝ＳＮＰは、終止コドンに位置する；「ＮＯＮＳＥＮＳＥ ＭＵＴＡＴＩＯＮ」＝ＳＮＰは、終止コドンを作製するかまたは破壊する；「ＵＴＲ ５」＝ＳＮＰは、転写産物の５’ＵＴＲに位置する；「ＵＴＲ３」＝ＳＮＰは、転写産物の３’ＵＴＲに位置する；「ＰＵＴＡＴＩＶＥ ＵＴＲ ５」＝ＳＮＰは、推定５’ＵＴＲに位置する；「ＰＵＴＡＴＩＶＥ ＵＴＲ ３’’＝ＳＮＰは、推定３’ＵＴＲに位置する；「ＤＯＮＯＲ ＳＰＬＩＣＥ ＳＩＴＥ」＝ＳＮＰは、ドナースプライシング部位（５’イントロン境界）に位置する；「ＡＣＣＥＰＴＯＲ ＳＰＬＩＣＥ ＳＩＴＥ」＝ＳＮＰは、受容体スプライシング部位（３’イントロン境界）に位置する；「ＣＯＤＩＮＧ ＲＥＧＩＯＮ」＝ＳＮＰは、転写産物のタンパク質コード領域に位置する；「ＥＸＯＮ」＝ＳＮＰは、エクソンに位置する；「ＩＮＴＲＯＮ」＝ＳＮＰは、イントロンに位置する；「ｈｍＣＳ」＝ＳＮＰは、ヒト−マウス保存セグメントに位置する；「ＴＦＢＳ」＝ＳＮＰは、転写因子結合部位に位置する；「ＵＮＫＮＯＷＮ」＝ＳＮＰ型は、定義されない；「ＩＮＴＥＲＧＥＮＩＣ」＝ＳＮＰは、遺伝子間である、すなわち、任意の遺伝子境界の外側である］。
−タンパク質コード情報（表１のみ）、関連する場合、［タンパク質配列番号、アミノ酸位置（アミノ酸−１、コドン１）（アミノ酸−２、コドン２）］の形式におけるタンパク質コード情報。
以下に留意すること：この分野における情報としては、コードタンパク質配列の配列番号、ＳＮＰを含むコドンによってコードされる配列番号によって同定されるタンパク質内のアミノ酸残基の位置、代替的なＳＮＰ対立遺伝子によってコードされるアミノ酸（一文字アミノ酸コードによって表される）（終止コドンの場合には、一文字アミノ酸コードに対して、「Ｘ」が使用される）、およびアミノ酸残基をコードする代替的なＳＮＰヌクレオチドを含む代替的なコドン（従って、例えば、ミスセンス変異型ＳＮＰに関しては、少なくとも二つの異なるアミノ酸および少なくとも二つの異なるコドンが、一般に示される；サイレント変異型ＳＮＰに関しては、一つのアミノ酸および少なくとも二つの異なるコドンが一般に示されるなど）が挙げられる。ＳＮＰがタンパク質コード領域の外側（例えば、ＵＴＲ領域）に位置する例において、「Ｎｏｎｅ」は、タンパク質配列番号の後に示される。
（表３および表４の説明）
表３および表４（両方ともＣＤ−Ｒに提供される）は、表１（表３の場合）または表２（表４の場合）からのＳＮＰの一部のリストを提供し、それらの表では、ＳＮＰ源は、以下の３つの分類の一つに該当する：１）ＳＮＰ源が「Ａｐｐｌｅｒａ」のみで、それ以外ではない、ＳＮＰ、２）ＳＮＰ源が、「Ｃｅｌｅｒａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ」のみで、それ以外ではない、ＳＮＰ、および３）ＳＮＰ源が、「Ａｐｐｌｅｒａ」および「Ｃｅｌｅｒａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ」の両方で、それ以外ではない、ＳＮＰ。
これらのＳＮＰは、いずれの公開データベース（ｄｂＳＮＰ、ＨＧＢＡＳＥおよびＨＧＭＤ）中にも見出されず、ショットガン配列決定およびＣｅｌｅｒａヒトゲノム配列のアセンブリ（すなわち、「Ｃｅｌｅｒａ」ＳＮＰ源）の間にも見出されなかった。表３および表４は、ｈＣＶ識別番号（または「Ｃｅｌｅｒａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ」ＳＮＰ源を有するＳＮＰに対するｈＤＶ識別番号）およびこれらのＳＮＰのそれぞれに対するコンテクスト配列の配列番号を提供する。
（表５〜２１の説明）
表５〜２１は、表５は、表１〜４に開示されるＳＮＰについての対立遺伝子頻度および統計学的分析の結果を提供する（ＳＮＰは、それらのｈＣＶ識別番号に基づいて、表の間で相互参照され得る）。統計学的結果は、これらのＳＮＰの冠動脈狭窄との関連に対する支持を提供する。表５〜２１に示される結果は、これらのＳＮＰと心臓血管障害（特に、心筋梗塞／再発性ＭＩなどの急性冠状動脈事象）との関連、および／またはこれらのＳＮＰと薬物応答（例えば、急性冠状動脈事象に対する予防的処置として投与されたスタチン）との関連に対する支持を提供する。１つの例として、表５〜２１における統計学的結果は、これらのＳＮＰと、ＭＩ／ＲＭＩの危険性および／またはＭＩの予防におけるスタチン処置に対する応答との関連が、遺伝子型関連試験における＜０．０５のＰ値によって支持されることを示す。
表５〜１０、１７および１８は、遺伝子ｃ６ｏｒｆ１０２における遺伝的多型ｈＣＶ３０５４７９９の分析からの統計を提示する。表５は、ＣＡＲＥ研究およびＷＯＳＣＯＰＳ研究において遺伝子型特定されたケースサンプルおよびコントロールサンプルの数、ならびにそれぞれの処置治療群（偽薬およびプラバスタチン）における患者の数を列挙する。より大きい対立遺伝子およびより小さい対立遺伝子（すなわち、それぞれ、より高い頻度の対立遺伝子およびより低い頻度の対立遺伝子）の頻度もまた、この表において示される。表６は、ＣＡＲＥ研究およびＷＯＳＣＯＰＳ研究におけるｈＣＶ３０５４７９９についての遺伝子型の頻度を示し、一方で表７は、ＭＩ危険性との関連の優性モードおよび劣性モードを算出するのに使用される合わせた遺伝子型（主要なホモ接合性＋ヘテロ接合性、少数のホモ接合性＋ヘテロ接合性）のケースおよびコントロールの数を列挙する。
ＳＮＰ ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性およびスタチン処置に対する応答との関連が、表５〜７において得られた数からの対立遺伝子／遺伝子型の頻度を使用して評価された。表８は、２つの反復研究（ＣＡＲＥ研究患者のケース（特に、再発性ＭＩ））における、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性との関連についての統計学的データを提示する。このＳＮＰがまた、スタチン処置に対する陽性の応答に関連する（表１０を参照のこと）ので、表８における統計は、処置群（偽薬 対 プラバスタチン）によって層別化された患者、および層別化されていない全ての患者について与えられる。表８における危険性推定値は、従来のＭＩ危険因子（例えば、年齢、性別、および喫煙／非喫煙状態）について調整されない。
表９は、ＳＮＰ ｈＣＶ３０５４７９９の稀な（少数の）対立遺伝子に関してヘテロ接合性またはホモ接合性である偽薬処置した個体についてのＭＩ危険性推定値を提示する。少数のホモ接合患者についてのオッズ比（Ｍｉｎ ｈｏｍ）は、少数のホモ接合性キャリアについての危険性推定値と主要なホモ接合性キャリアについての危険性推定値との比較から得られる；ヘテロ接合性（Ｈｅｔ）についてのオッズ比は、ヘテロ接合体キャリアについての危険性推定値と主要なホモ接合体キャリアについての危険性推定値との比較から得られる。ＣＡＲＥ患者において、危険性推定値は、逐次ロジスティック回帰分析によって正当化され、その逐次ロジスティック回帰分析は、従来の危険因子（例えば、年齢、性別、喫煙／非喫煙の状態、ならびにベースラインのＬＤＬおよびＨＤＬ）について調整するために機能する。ＷＯＳＣＯＰＳ患者において、ロジスティック回帰が、ベースラインのＬＤＬおよびＨＤＬについて調整するために行なわれた。全ての患者は、男性であったので、調整は、ＷＯＳＣＯＰＳにおいて性別の層について行われなかった；同様に、喫煙状態または年齢についての調整は、ＷＯＳＣＯＰＳにおけるケースおよびコントロールがこれらのパラメータについて一致したので行なわれなかった。この調整は、従来の危険因子とは独立して、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性との関連を確認する。
表１０は、２つの反復研究におけるｈＣＶ３０５４７９９とスタチン処置によるＭＩの予防（すなわち、ＭＩの予防的処置としてのプラバスタチンに対する応答）との統計学的関連を提示する。（ＣＡＲＥ研究において、スタチンと再発性ＭＩの予防との関連が、提示される）。偽薬処置した患者群におけるＭＩ／ＲＭＩについてのこのＳＮＰの危険性推定値もまた、示される（データはまた、表８において示される）。
表８〜１０の比較は、このｃ６ｏｒｆ１０２ ＳＮＰがＭＩ危険性およびスタチン処置に対する応答に関連することを示す。ＣＡＲＥ研究およびＷＯＳＣＯＰＳ研究の両方における偽薬群の個体（それらの個体は、少数の対立遺伝子に関してヘテロ接合性またはホモ接合性であった）は、主要な対立遺伝子に関してホモ接合性であった個体よりもＭＩを経験する有意により高い危険性を有した。重要なことに、これらの統計は、ヘテロ接合性または少数の対立遺伝子に関してホモ接合性であったＣＡＲＥ個体がまた、主要な対立遺伝子に関してホモ接合性である個体と比較して、有害な冠状動脈事象からプラバスタチン処置によって有意に保護されたことを示す。表１７および１８は、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性との関連およびスタチン処置によるＭＩの予防とのその関連を示すさらなる分析を提供する。
表１１〜１３は、処置治療群によってＣＡＲＥ研究において同定された他の有意な多型についての遺伝子型の数を提供する。表１４および１５は、偽薬処置した患者（表１４）および処置治療群によって層別化されていない全ての患者（表１５）におけるこれらのＳＮＰとＲＭＩ危険性との統計学的関連を示す。
表１６は、ＣＡＲＥ研究からの有意なマーカーおよびそれらの遺伝子型とスタチン処置の手段によるＲＭＩ予防（すなわち、ＭＩ予防的処置としてのプラバスタチンに対する応答）との統計学的関連を示す。結果は、偽薬処置した群とスタチン処置した群との間の有意な危険性の差として正当化され、ブレスロー−デイのＰ値は、各ＳＮＰについて＜０．０５である。表１９および２０は、表１９および２０に列挙されるマーカー（それらのマーカーが表１４に示されるようなＭＩ／ＲＭＩ関連マーカーであることを前提として）を保有する個体がスタチン処置によって減少したＭＩ／ＲＭＩを発症するそれらの危険性を有し得ることを示すさらなる分析を提供する。表２０において６種のマーカーが、存在する。
表２１は、調べられたＳＮＰに関連し、かつそのＳＮＰに由来するサンプルＬＤ ＳＮＰの一覧を提供する。これらのＬＤ ＳＮＰは、疾患の関連についてのマーカーとしても機能し得るＳＮＰの群の例として提供され、この疾患の関連は、調べられたＳＮＰを含むＬＤにあることに基づく。このようなＬＤ ＳＮＰを選択する判定基準および方法は、ｒ２値およびｒ２閾値の算出を包含し、下の実施例３に記載される。
表２１において、「調べられたＳＮＰ」と表示された欄は、その固有の同定因子（ｈＣＶ番号）によって同定されるような各マーカーを提示する。「調べられたＳＮＰ ｒｓ」と表示された欄は、対応するｈＣＶ番号に対する公知の同定因子ｒｓ番号を提示する。「ＬＤ ＳＮＰ」と表示された欄は、それらの対応する調べられたＳＮＰに由来するＬＤ ＳＮＰのｈＣＶ番号を提示する。「ＬＤ ＳＮＰ ｒｓ」と表示された欄は、対応するｈＣＶ番号に対する公知のｒｓ番号を提示する。「検出力」と表示された欄は、ｒ２閾値が設定される場合の検出力のレベルを提示する。例えば、検出力が、５１％にて設定される場合、そこから算出された閾値ｒ２は、５１％より大きい確率で疾患表現型に関連し得るマーカーとしてＬＤ ＳＮＰが分類されるために、ＬＤ ＳＮＰが調べられたＳＮＰに関して有さなければならない最小ｒ２である。「閾値ｒ２」と表示された欄は、ＬＤ ＳＮＰと見なすために、ＬＤ ＳＮＰが調べられたＳＮＰに関して満たさなければならないｒ２の最小値を提示する。「ｒ２」と表示された欄は、調べられたＳＮＰに関するＬＤ ＳＮＰの実際のｒ２値を提示し、そのＬＤ ＳＮＰは、その調べられたＳＮＰ関連する。
以下に留意すること：ＳＮＰは、それぞれのＳＮＰに対して提供される識別番号（ｈＣＶ番号）に基づいて、表１〜２１の間で相互参照され得る。
以下は、本明細書中に提示される種々の表において使用される欄見出しの説明である。
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 （発明の詳細な説明）
本発明は、心臓血管障害（特に、心筋梗塞および脳卒中などの急性冠状動脈事象（再発性心筋梗塞などの再発性急性冠状動脈事象）と関連するＳＮＰ、および心臓血管障害の処置（予防的処置を含む）（特に、急性冠状動脈事象の処置）に使用される治療剤（特に、スタチン）に対する個体の応答性に関連するＳＮＰを提供する。本発明は、これらのＳＮＰを含む核酸分子、本明細書中に開示されるＳＮＰの検出ための方法および試薬、検出試薬の開発のためのこれらのＳＮＰの使用、およびこれらの試薬を使用するアッセイまたはキットをさらに提供する。本明細書中に開示されるスタチン応答関連ＳＮＰは、ヒトにおける心臓血管疾患のスタチン処置に対する応答を診断し、スクリーニングし、そして評価するために有用である。さらに、このようなＳＮＰおよびそれらにコードされる産物は、治療薬の開発のための有用な標的である。
多数のＳＮＰが、３９の個体のＤＮＡを再配列決定することにより同定されてきた。そして、それらは、表１〜２では、「Ａｐｐｌｅｒａ」ＳＮＰ源と示されている。白人人種群およびアフリカ系アメリカ人人種群のそれぞれにおいて見出されたそれらの対立遺伝子頻度が提供される。本明細書中に含まれるさらなるＳＮＰは、既にショットガン配列決定およびヒトゲノムのアセンブリの間に、同定され、そして、それらは、表１〜２では、「Ｃｅｌｅｒａ」ＳＮＰ源として示されている。さらに、情報、特に、３９の個体から得た対立遺伝子頻度情報が表１〜２に提供され、各遺伝子／転写産物内の各ＳＮＰの正確な位置の同定は、ハプロタイプ（すなわち、同時に遺伝するＳＮＰの群）を、容易に推測することを可能にする。本発明は、ＳＮＰハプロタイプならびに個々のＳＮＰを含む。
従って、本発明は、心臓血管障害（特に、急性冠状動脈事象）と関連する個々のＳＮＰ、および心臓血管疾患の処置のためのスタチンに対する応答性と関連するＳＮＰ、ならびに心臓血管障害および／またはスタチン応答と関連する遺伝子領域におけるＳＮＰおよびハプロタイプの組合せ、多型／改変転写産物配列（配列番号１〜６０）およびＳＮＰを含むゲノム配列（配列番号２０１〜２５０）、コードされるアミノ酸配列（配列番号６１〜１２０）、および転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列（配列番号１２１〜２００）およびゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列（配列番号２５１〜４１０）の両方（転写産物配列、タンパク質配列および転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列は、表１および配列表に提供され；ゲノム配列およびゲノムベースのＳＮＰコンテクスト配列は、表２および配列表に提供される）、試験サンプルにおいてこれらの多型を検出する方法、心臓血管障害（例えば、急性冠状動脈事象）を有するか、または発症する個体の危険性を決定する方法、心臓血管疾患のスタチン処置に対する応答を決定する方法、心臓血管疾患を処置するために有用な化合物についてスクリーニングする方法、これらのスクリーニング方法によって同定された化合物、処置計画を選択するために、開示されたＳＮＰを使用する方法、改変遺伝子／タンパク質と関連する障害を処置する方法（すなわち、治療方法）、およびヒト識別に関して本発明のＳＮＰを使用する方法を提供する。
心臓血管障害／疾患は、それらの基礎となる機構に関与する共通の遺伝的因子に起因し得る特定の類似の特徴を共有するので、本明細書中で同定されたＳＮＰは、急性冠状動脈事象および／またはスタチン応答と特に関連するとして本明細書中で同定されたＳＮＰは、冠状動脈心臓疾患（ＣＨＤ）、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患、うっ血性心不全、先天的心臓疾患、および種々の心臓疾患と関連する病状および症状（例えば、アンギナ、高血圧）のような広範なスペクトルの心臓血管疾患のための診断／予後マーカーまたは治療標的として、ならびに心臓血管疾患を処置するために用いられるスタチン以外の薬物に対する応答を推定するために用いられ得る。
本発明は、処置レジメンを選択または処方するための方法（例えば、心臓血管疾患を有する個体にスタチン処置を投与するか否かを決定する方法、スタチン、または特定の薬学的処方物または化合物のようなスタチンの特定の形態／タイプの投与の投薬量および頻度のような特定のスタチンを基礎にした処置レジメンを選択する方法、スタチン処置に陽性に応答する可能性がないと推定される個体に対し、代替の、非スタチンを基礎にした処置を適用するための方法など）、およびスタチン処置からの毒性またはその他の所望されない副作用を経験する可能性を決定する方法などをさらに提供する。本発明はまた、個体の遺伝子型に基き、スタチンまたはその他の治療薬が投与される個体を選択するための方法、および個体の遺伝子型に基きスタチンまたはその他の治療剤の臨床試験のための個体を選択する（例えば、スタチン処置から陽性に応答する可能性か最も高い個体を上記臨床試験に参加させるために個体を選択する）ための方法を提供する。
本発明は、心臓血管障害および／またはスタチン処置に対する応答と関連する新規ＳＮＰ、ならびに当該分野で既知であるが、心臓血管障害および／またはスタチン応答と関連することが既知ではなかったＳＮＰを提供する。従って、本発明は、本明細書中に開示された新規ＳＮＰに基づいた新規組成物および新規方法を提供し、また、心臓血管障害を有するかもしくは発症する個体の可能性を評価すること、心臓血管障害の再発を経験する（例えば、再発性心筋梗塞を経験する）個体の可能性を予測すること、個体における心臓血管障害の重篤度を予後診断すること、または心臓血管障害からの個体の回復を予後診断することに関連する方法および心臓血管疾患に対するスタチン処置に応答する個体の可能性を評価することに関連する方法における、既知ではあるが、関連していなかったＳＮＰを使用する新規の方法を提供する。表１〜２において、既知のＳＮＰは、それらが見出された公開のデータベースに基づいて同定され、一つ以上の以下のＳＮＰ型として示される：「ｄｂＳＮＰ」＝ｄｂＳＮＰに見出されるＳＮＰ、「ＨＧＢＡＳＥ」＝ＨＧＢＡＳＥに見出されるＳＮＰ、および「ＨＧＭＤ」＝Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＨＧＭＤ）に見出されるＳＮＰ。ＳＮＰ源が「Ａｐｐｌｅｒａ」のみであって、それ以外ではない新規ＳＮＰ、すなわち、いずれの公開データベースにも見出されず、ショットガン配列決定およびＣｅｌｅｒａヒトゲノム配列のアセンブリの間（すなわち、「Ｃｅｌｅｒａ」ＳＮＰ源）にも見出されなかったＳＮＰは、表３〜４に示される。
本発明の特定のＳＮＰ対立遺伝子は、心臓血管障害を有する（例えば、急性冠状動脈事象を経験する）可能性の増加、もしくは心臓血管疾患のスタチン処置に応答する可能性の増加、または心臓血管障害を有する可能性の減少、もしくは心臓血管疾患のスタチン処置に応答する可能性の減少いずれかと関連し得る。従って、特定のＳＮＰ（またはそれらにコードされる産物）は、個体が、冠状動脈事象を経験する可能性またはスタチン処置に応答する可能性が増加したことを示すＳＮＰ対立遺伝子を保有するか否かを決定するためにアッセイされ得るのに対して、他のＳＮＰ（またはそれらにコードされる産物）は、個体が、冠状動脈事象を経験する可能性またはスタチン処置に応答する可能性が減少したことを示すＳＮＰ対立遺伝子を保有するか否かを決定するためにアッセイされ得る。同様に、本発明の特定のＳＮＰ対立遺伝子は、心臓血管障害の再発を有する可能性、心臓血管障害から完全に回復する可能性、特定の処置または治療化合物由来の毒作用を受ける可能性などの増加または減少のいずれかと関連し得る。用語「変化した」は、本明細書中では、これらの二つの可能性（例えば、危険性／可能性の増加または減少）のいずれかを含むように使用されえたとえばる。心臓血管障害（例えば、心筋梗塞）を有するかまたは発症する危険性の減少と関連するＳＮＰ対立遺伝子は、「保護」対立遺伝子と称され得、そして心臓血管障害を有するかまたは発症する危険性の増加と関連するＳＮＰ対立遺伝子は、「感受性」対立遺伝子、「危険性」対立遺伝子または「危険因子」と称され得る。
当業者は、核酸分子が二本鎖分子であり得、一本鎖上の特定の部位に対する参照はまた、相補鎖上の対応する部位を参照するということを容易に認識する。ＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子またはヌクレオチド配列の規定において、核酸分子の一本鎖上の特定の部位におけるアデニン、チミン（ウリジン）、シトシン、グアニンに対する参照はまた、核酸分子の相補鎖上の対応する部位におけるチミン（ウリジン）、アデニン、グアニンまたはシトシン（それぞれ）を規定する。従って、参照は、特定のＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子またはヌクレオチド配列を参照するために、どちらかの鎖上でなされ得る。プローブおよびプライマーは、どちらかの鎖にハイブリダイズするように設計され得、そして、本明細書中に開示されるＳＮＰ遺伝子型特定方法は、一般にどちらかの鎖を標的し得る。本明細書を通して、ＳＮＰ位置を同定する工程において、参照は、便宜のために、一般に、タンパク質コード鎖に対してなされる。
本発明の改変ペプチド、改変ポリペプチドまたは改変タンパク質に対する参照は、当該分野で公知のペプチド／ポリペプチド／タンパク質の対応するアミノ酸配列とは異なる少なくとも一つのアミノ酸残基を含むペプチド、ポリペプチド、タンパク質またはこれらのフラグメントを含む（当該分野で公知のタンパク質は、相互変換可能に、「野生型」タンパク質、「参照」タンパク質または「正常」タンパク質と称され得る）。このような改変ペプチド／ポリペプチド／タンパク質は、本発明により開示されるＳＮＰ位置をコードするタンパク質での非同義的ヌクレオチド置換（すなわち、ミスセンス変異）により引き起こされるコドン変化から生じ得る。本発明の改変ペプチド／ポリペプチド／タンパク質はまた、ナンセンス変異（すなわち、早すぎる終止コドンを作製するＳＮＰ、終止コドンをなくすことによるリードスルー変異を作製するＳＮＰ）から、または他にタンパク質の構造、機能／活性、もしくは発現を変える、本発明により開示される任意のＳＮＰ（例えば、プロモーターまたはエンハンサーなどの調節領域におけるＳＮＰまたは代替的なスプライシング、または不完全なスプライシングを生じるＳＮＰ（例えば、イントロン内のＳＮＰもしくはエキソン／イントロン境界でのＳＮＰ））に起因して生じ得る。本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」は相互変換可能に使用される。
（単離された核酸分子ならびにＳＮＰ検出試薬およびキット）
表１および表２は、心臓血管障害（例えば、心筋梗塞および脳卒中などの急性冠状動脈事象）および／またはスタチン処置に対する応答性と関連する本発明の各ＳＮＰについての種々の情報を提供し、コードされる遺伝子産物（核酸配列中に、ＩＵＢコードによって示されるＳＮＰを有する）の転写産物配列（配列番号１〜６０）、ゲノム配列（配列番号２０１〜２５０）およびタンパク質配列（配列番号６１〜１２０）を含む。さらに、表１および表２は、ＳＮＰコンテクスト配列を含み、この配列は、一般に、各ＳＮＰの位置の上流（５’）に１００ヌクレオチド＋下流（３’）に１００ヌクレオチド（配列番号１２１〜２００は、表１に開示される転写産物ベースのＳＮＰコンテクスト配列に対応し、配列番号２５１〜４１０は、表２に開示されるゲノムベースのコンテクスト配列に対応する）、各ＳＮＰ位置における代替的なヌクレオチド（対立遺伝子）、および例えば、ＳＮＰ型（コード部位、ミスセンス部位、スプライシング部位、ＵＴＲなど）、ＳＮＰが見出されたヒト集団、見出された対立遺伝子頻度、コードされるタンパク質についての情報などに関連する改変体についてのさらなる情報を含む。
（単離された核酸分子）
本発明は、表１および／または表２に開示された一つ以上のＳＮＰを含む単離された核酸分子を提供する。好ましい単離された核酸分子は、表３および／または表４に同定された一つ以上のＳＮＰを含む。表１〜４の少なくとも一つに開示された一つ以上のＳＮＰを含む単離された核酸分子は、本文を通して相互変換可能に、「ＳＮＰ含有核酸分子」と言われ得る。単離された核酸分子は、必要に応じて全長改変タンパク質またはそれらのフラグメントをコードし得る。本発明の単離された核酸分子はまた、プローブおよびプライマー（「ＳＮＰ検出試薬」と題された以下の節により詳細に記載される）を含み、これらは、開示されたＳＮＰ、および単離された全長遺伝子、転写産物、ｃＤＮＡ分子、およびこれらのフラグメントをアッセイするために使用され得、これらは、例えば、コードされたタンパク質を発現する目的で使用され得る。
本明細書中で使用される場合、「単離された核酸分子」は、一般に、本発明のＳＮＰを含む核酸分子、またはこのような分子（例えば、相補的配列を有する核酸）にハイブリダ
イズする核酸分子を含み、そして、核酸分子の天然供給源に存在するほとんどの他の核酸から分離される。さらに、「単離された」核酸分子（例えば、本発明のＳＮＰを含むｃＤＮＡ分子）は、他の細胞物質、または組換え技術によって産生される場合、培養培地、または化学合成される場合、化学的前駆物質もしくは他の化学物質を、実質的に含み得ない。核酸分子は、他のコード配列または調節配列に融合され得、それでもなお、「単離された」と考えられ得る。非ヒトトランスジェニック動物に存在する核酸分子は、動物には、天然には存在しないが、やはり「単離された」と考えられる。例えば、ベクター中に含まれる組換えＤＮＡ分子は、「単離された」と考えられる。「単離された」ＤＮＡ分子のさらなる例としては、異種宿主細胞内で維持される組換えＤＮＡ分子、および溶液中の（部分的に、または実質的に）精製されたＤＮＡ分子が挙げられる。単離されたＲＮＡ分子はとしては、本発明の単離されたＳＮＰ含有ＤＮＡ分子のインビボＲＮＡ転写産物またはインビトロＲＮＡ転写産物が挙げられる。本発明に従う単離された核酸分子としては、さらに、合成により生成されたこのような分子が挙げられる。
一般に、単離されたＳＮＰ含有核酸分子は、本発明によって開示される一以上のＳＮＰ位置を含み、それらのＳＮＰ位置の両側の隣接ヌクレオチド配列を有する。隣接配列は、上記ＳＮＰ部位と天然で結合しているヌクレオチド残基および／または非相同ヌクレオチド配列を含み得る。好ましくは、上記隣接配列は、特に上記ＳＮＰ含有核酸分子が、タンパク質またはタンパク質フラグメントを産生するために使用される場合、ＳＮＰ位置の両側の約５００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約２５ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約８ヌクレオチドまたは約４ヌクレオチド（もしくはこれらの間の任意の他の長さ）、あるいは全長遺伝子または全タンパク質コード配列（またはエクソンのようなその任意の一部分）までである。
全長遺伝子および全タンパク質コード配列について、ＳＮＰ隣接配列は、例えば、ＳＮＰの両側の約５ＫＢ、約４ＫＢ、約３ＫＢ、約２ＫＢ、約１ＫＢまでである。さらに、この場合には、単離された核酸分子は、エクソンの配列を含む（タンパク質をコードするエクソン配列および／または非コードエクソン配列を含む）が、イントロンの配列も含み得る。従って、任意のタンパク質コード配列は、隣接しているか、またはイントロンによって分離され得る。重要な点は、核酸が、遠く離れかつ重要ではない隣接配列から単離され、および適切な長さであり、その結果、特定の処置または組換えタンパク質の発現、ＳＮＰ位置をアッセイするためのプローブおよびプライマーの調製、およびＳＮＰ含有核酸配列特異的な他の用途のような本明細書中で所望される用途に供され得る。
単離されたＳＮＰ含有核酸分子は、例えば、ゲノムＤＮＡから単離された遺伝子（例えば、クローニングまたはＰＣＲ増幅による）、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ転写分子のような全長遺伝子または転写物を含み得る。多型の転写配列は、表１および配列リスト（配列番号１〜６０）に提供され、そして多型ゲノム配列は、表２および配列リスト（配列番号２０１〜２５０）に提供される。さらに、本明細書中に開示される一以上のＳＮＰを含むこのような全長遺伝子および転写物もまた、本発明に包含され、そしてこのようなフラグメントは、使用され、例えば、特定の機能ドメインまたは抗原エピトープのようなタンパク質の任意の一部分を発現し得る。
従って、本発明はまた、表１〜２に提供される核酸配列（転写配列は、配列番号１〜６０のような表１に提供され、ゲノム配列は、配列番号２０１〜２５０のような表２に提供され、転写物ベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号１２１〜２００のような表１に提供され、そしてゲノムベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）およびその相補体のフラグメントも含む。フラグメントは代表的に、少なくとも約８以上のヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約１２以上のヌクレオチド、そしてさらに好ましくは、少なくとも約１６以上のヌクレオチチドの隣接したヌクレオチド配列を含む。さらに、フラグメントは、少なくとも約１８ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド、約２５ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約６０ヌクレオチド、約８０ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約１５０ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約２５０ヌクレオチド、または約５００ヌクレオチドの長さを含み得る。フラグメントの長さは、意図される用途に基づく。例えば、このフラグメントは改変体ペプチドのエピトープ保有領域または、正常／野生型のタンパク質と異なる改変体ペプチドの領域をコードし得るか、またはポリヌクレオチドプローブまたはポリヌクレオチドプライマーとして有用であり得る。このようなフラグメントは、ポリヌクレオチドプローブの合成ために表１および／または表２に提供さえるヌクレオチド配列を使用して単離され得る。次いで、標識されたプローブが、使用され、上記コード領域に一致する核酸を単離するために、例えば、ｃＤＮＡライブラリー、ゲノムＤＮＡライブラリー、またはｍＲＮＡをスクリーニングし得る。さらに、プライマーが、一以上のＳＮＰ部位をアッセイする目的で、または遺伝子の特定領域をクローニングするために、増幅反応において使用され得る。
本発明の単離された核酸分子はさらに、核酸サンプル中の目的のポリヌクレオチドのコピー数を増加するために使用される種々の核酸増幅方法のうちの一つの産物である、ＳＮＰ含有ポリヌクレオチドをさらに含む。このような増幅方法は、当該分野において周知であり、そしてこれらとしては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ編，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ＮＹ，１９９２）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０，１９８９；Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７，１９８８）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）（米国特許第５，２７０，１８４号；および同第５，４２２，２５２号）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）（米国特許出願第５，３９９，４９１号）、連鎖直線増幅（ｌｉｎｋｅｄ ｌｉｎｅａｒ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＬＬＡ）（米国特許第６，０２７，９２３号）など、ならびに等温増幅方法［例えば、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）ならびに自己維持配列複製（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）のような（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４，１９９０）］が挙げられるがこれらに限定されない。このような方法論に基づいて、当業者は、本明細書中に開示されるＳＮＰの５’側および３’側の領域任意の適切なにプライマーを容易に設計し得る。このようなプライマーは、その配列中に目的のＳＮＰを含む限り任意の長さのＤＮＡを増幅するために使用され得る。
本明細書中で使用される場合、本発明の「増幅ポリヌクレオチド」は、ＳＮＰ含有核酸分子であり、その量は、試験サンプル中のその開始量と比較した場合、インビトロで実施された任意の核酸増幅方法によって少なくとも２倍に増加している。他の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、試験サンプル中のその開始量と比較した場合、少なくとも１０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはさらに１０，０００倍の増加の結果である。代表的なＰＣＲ増幅において、目的のポリヌクレオチドは、増幅されないゲノムＤＮＡを少なくとも５０，０００倍の量上回ってしばしば増幅されるが、アッセイのために必要とされる増幅の正確な量は、その後使用される検出方法の感度に依存する。
一般に、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約１６ヌクレオチドの長さである。より代表的には、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約２０ヌクレオチドの長さである。本発明の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約３０ヌクレオチドの長さである。本発明のより好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約３２ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約４５ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、または約６０ヌクレオチドの長さである。本発明のさらに別の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約１００ヌクレオチド、約２００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチドまたは約５００ヌクレオチドの長さである。本発明の増幅ポリヌクレオチドの全長は、目的のＳＮＰが存在するエクソン、イントロン、または遺伝子全体程度の長さであり得るが、増幅産物は、代表的には約１，０００ヌクレオチドまでの長さである（しかし、特定の増幅方法は、１０００ヌクレオチドの長さよりも長い増幅産物を生じ得る）。より好ましくは、増幅ポリヌクレオチドは、約６００〜７００ヌクレオチド以下の長さである。増幅ポリヌクレオチドの長さに関わらず、目的のＳＮＰは、その配列に沿って至る所に位置し得ることが理解される。
本発明の具体的な実施形態において、増幅産物は、少なくとも約２０１ヌクレオチドの長さであり、表１〜２に示される転写ベースの関連配列またはゲノムベースの関連配列の一つを含む。このような産物は、その５’末端もしくは３’末端またはその両方に付加的な配列を有し得る。別の実施形態において、増幅産物は、約１０１ヌクレオチドの長さであり、そして本明細書中に開示されるＳＮＰを含む。好ましくは、そのＳＮＰは、増幅産物の中央に位置する（例えば、２０１ヌクレオチドの長さである増幅産物において１０１位、または１０１ヌクレオチドの長さである増幅産物において５１位）か、または増幅産物の中央から１ヌクレオチド、２ヌクレオチド、３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、もしくは２０ヌクレオチド以内に位置する（しかし、上に示したように、目的のＳＮＰは、増幅産物の長さに沿って至る所に位置し得る）。
本発明は、本明細書中に開示される一以上のＳＮＰ、その相補体およびそのＳＮＰ含有フラグメントを含む、一以上のポリヌクレオチド配列を含むか、このポリヌクレオチドからなるか、または本質的にこのポリヌクレオチドから構成される単離された核酸分子を提供する。
従って、本発明は、表１および／もしくは表２に示されるヌクレオチド配列のうちのいずれかから核酸分子（転写物配列は、配列番号１〜６０として表１に提供され、ゲノム配列は、配列番号２０１〜２５０として表２に提供され、転写物ベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号１２１〜２００として表１に提供され、そしてゲノムベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）または表１に提供される改変タンパク質のうちのいずれか（配列番号６１〜１２０）をコードする任意の核酸分子を提供する。核酸分子は、ヌクレオチド配列が、この核酸分子の全長ヌクレオチド配列である場合、そのヌクレオチド配列からなる。
本発明はさらに、表１および／もしくは表２に示されるヌクレオチド配列のいずれかから本質的になる核酸分子（転写配列は、配列番号１〜６０として表１に提供され、ゲノム配列は、配列番号２０１〜２５０として表２に提供され、転写物ベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号１２１〜２００として表１に提供され、そしてゲノムベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）または表１に提供される改変タンパク質（配列番号６１〜１２０）のいずれかをコードする任意の核酸分子を提供する。核酸分子は、そのヌクレオチド配列が、最終の核酸分子において少数の付加的なヌクレオチド残基しか伴わずに存在する場合、本質的にそのようなヌクレオチド配列から成る。
本発明はさらに、表１および／もしくは表２に示されるヌクレオチド配列のいずれかまたはそのＳＮＰ含有フラグメントを含む核酸分（転写物配列は、配列番号１〜６０として表１に提供され、ゲノム配列は、配列番号２０１〜２５０として表２に提供され、転写物ベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号１２１〜２００として表１に提供され、そしてゲノムベースのＳＮＰ関連配列は、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）または表１に提供される改変タンパク質（配列番号６１〜１２０）のうちのいずれかをコードする任意の核酸分子を提供する。核酸分子は、ヌクレオチド配列が、その核酸分子の最終のヌクレオチド配列の少なくとも一部である場合、そのヌクレオチド配列を含む。このような様式において、その核酸分子は、ヌクレオチド配列のみであり得るか、または付加的なヌクレオチド残基（例えば、天然にそれに関係する残基）かもしくは異種ヌクレオチド配列を有する。このような核酸分子は、１個〜少数の付加的なヌクレオチドを有し得るか、またはさらに多くの付加的なヌクレオチドを含み得る。種々の型のこれら核酸分子がどのようにして容易に作製され得、そして単離され得るのかの簡単な説明を、以下に提供する。そしてこのような技術は、当業者にとって周知である（ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ，２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）。
単離された核酸分子は、成熟タンパク質に加え付加的なアミノ末端アミノ酸もしくはカルボキシル末端アミノ酸またはその両方、あるいは成熟ペプチド内のアミノ酸をコードし得る（成熟形態が、例えば、一より多くのペプチド鎖を有する場合）。このような配列は、前駆体から成熟形態へのタンパク質のプロセッシングにおいて一定の役割を果たし得、タンパク質の輸送を容易にすること、タンパク質の半減期を伸長もしくは短縮し得、またはアッセイもしくは産生のためにタンパク質の操作を容易にし得る。一般的なインサイチュの場合と同様に、一般的であるように、付加的なアミノ酸は、細胞の酵素によって成熟タンパク質からプロセッシングされ除去され得る。
従って、単離された核酸分子としては、ペプチドをコードする配列のみを有する核酸分子、成熟ペプチドをコードする配列およびさらなるコード配列（例えば、リーダー配列または分泌配列（例えば、プレ−プロタンパク質配列またはプロタンパク質配列））を有する核酸分子、付加的なコード配列を有する成熟ペプチドをコードする配列または付加的なコード配列を有さない成熟ペプチドをコードする配列に加えて付加的な非コード配列（例えば、ｍＲＮＡの転写、ｍＲＮＡプロセッシング（スプライシングシグナル、およびポリアデニル化シグナルを含む）リボソーム結合、および／または安定性において一定の役割を果たす、転写されるが翻訳されない配列のような、例えば、イントロンおよび非コード５’配列および非コード３’配列）、が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、核酸分子は、例えば、精製を容易にするペプチドをコードする異種マーカー配列へ融合され得る。
単離された核酸分子は、ｍＲＮＡのようなＲＮＡの形態、またはｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含むＤＮＡ形態であり得、例えば、分子クローニングによって得られ得るかまたは化学合成技術による産生またはその組合せにより産生され得る（ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ，２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）。さらに、単離された核酸分子（特にプローブおよびプライマーのようなＳＮＰ検出試薬）はまた、部分的または全体的にペプチド核酸（ＰＮＡ）のような一以上の型の核酸アナログ形態（米国特許第５，５３９，０８２号；同第５，５２７，６７５号；同第５，６２３，０４９号；同第５，７１４，３３１号）であり得る。核酸、特にＤＮＡは、二本鎖であってもまたは一本鎖であってもよい。一本鎖核酸は、コード鎖（センス鎖）または相補的非コード鎖（アンチセンス鎖）であり得る。ＤＮＡセグメント、ＲＮＡセグメント、またはＰＮＡセグメントは、例えば、ヒトゲノムのフラグメント（ＤＮＡまたはＲＮＡの場合）、または単一のヌクレオチド、短いオリゴヌクレオチドリンカーから、あるいは一連のオリゴヌクレオチドから構築され、合成核酸分子を提供し得る。核酸分子は、参考として本明細書中に提供される配列を使用して容易に合成され得、オリゴヌクレオチドおよびＰＮＡオリゴマーの合成技術は、当該分野で周知である（例えば、Ｃｏｒｅｙ、「Ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ：ｅｘｐａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ｓｃｏｐｅ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ」、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９９７年６月；１５（６）：２２４−９、およびＨｙｒｕｐら、「Ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ（ＰＮＡ）：ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．１９９６年１月；４（１）：５−２３を参照のこと）。さらに、大規模な自動化オリゴヌクレオチド／ＰＮＡ合成（アレイまたはビーズ表面または他の固体支持体上での合成を含む）が、市販の核酸合成機（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）３９００ Ｈｉｇｈ−Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ＤＮＡ ＳｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒまたはＥｘｐｅｄｉｔｅ ８９０９ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ）、および本明細書中に提供される配列情報を使用して容易に達成され得る。
本発明は、当該分野で公知の改変されたヌクレオチド、合成ヌクレオチド、もしくは天然に生じないヌクレオチド、または改変された構造エレメント、合成の構造エレメント、もしくは天然に生じない構造エレメント、または他の代替的な／改変された核酸化学を含む、核酸アナログを含む。このような核酸アナログは、例えば、表１および／または表２において同定される一以上のＳＮＰを検出するための検出試薬（例えば、プライマー／プローブ）として有用である。さらに、これらアナログを含むキット／系（例えば、ビーズ、アレイなど）もまた、本発明に含まれる。例えば、本発明の多型配列に基づくＰＮＡオリゴマーは、特に企図される。ＰＮＡオリゴマーは、ＤＮＡのアナログであり、そのリン酸骨格は、ペプチド様骨格で置換されている（Ｌａｇｒｉｆｆｏｕｌら、Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ，４：１０８１−１０８２（１９９４）、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら、Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ，６：７９３−７９６（１９９６）、Ｋｕｍａｒら、Ｏｒｇａｎｉｃ Ｌｅｔｔｅｒｓ ３（９）：１２６９−１２７２（２００１）、ＷＯ９６／０４０００）。ＰＮＡは、従来のオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドアナログよりも、高い親和性および特異性で、相補的なＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズする。このＰＮＡの特性は、従来のオリゴヌクレオチドおよびペプチドを用いては達成し得ない新規な分子生物学適用および生化学の適用を可能とする。
核酸の結合特性および／または安定性を改善する核酸改変のさらなる例は、イノシンのような塩基アナログ、インターカレーター（米国特許第４，８３５，２６３号）および副溝の結合体（米国特許第５，８０１，１１５号）の使用を含む。従って、核酸分子、ＳＮＰ含有核酸分子、ＳＮＰ検出試薬（例えば、プローブおよびプライマー）、オリゴヌクレオチド／ポリヌクレオチドに対する本明細書中における言及は、ＰＮＡオリゴマーおよび他の核酸アナログを含む。当該分野で公知の核酸アナログおよび選択的核酸化学／改変核酸化学の他の例は、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（２００２）に記載される。
本発明はさらに、本明細書中に開示される改変体ポリペプチドのフラグメントをコードする核酸分子および改変体ポリペプチドの明白な改変体をコードする核酸分子を提供する。このような核酸分子は、パラログ（ｐａｒａｌｏｇ）（異なる遺伝子座）およびオーソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）（異なる生物体）のように、天然に生じ得るか、または組換えＤＮＡ方法もしくは化学合成によって構築され得る。天然に生じない改変体は、核酸分子、細胞、または生物への適用されるものを含む、変異誘発技術によって作製され得る。従って、その改変体は、ヌクレオチドの置換、欠失、転位、および挿入を含み得る（表１〜２において開示されるＳＮＰに加えて）。改変体は、コード領域および非コード領域のいずれかまたは両方に生じ得る。この改変体は、保存的および／または非保存的なアミノ酸置換を生じ得る。
さらに、天然に生じる対立遺伝子改変体（ならびにオルソログおよびパラログ）ならびに変異誘発技術によって産生される合成改変体のような、表１〜２に開示される核酸分子の改変体は、当該分野において周知の方法を使用して同定および／または産生され得る。さらにこのような改変体は、表１および／または表２において開示される核酸配列（またはそのフラグメント）と少なくとも、７０％〜８０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を共有し、かつ表１および／または表２に開示される新規ＳＮＰ対立遺伝子を含む、ヌクレオチド配列を含み得る。さらに、改変体は、表１に開示されたポリペプチド配列（またはそのフラグメント）と少なくとも７０％〜８０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を共有し、かつ表１および／または表２に開示される新規ＳＮＰ対立遺伝子を含む、ヌクレオチド配列を含み得る。従って、特に企図される本発明の局面は、表１〜２において示される配列と比較した場合ある程度の配列の変化を有するが、本明細書中に開示される新規ＳＮＰ対立遺伝子を含む、単離された核酸分子である。言い換えれば、単離された核酸分子が、本明細書中に開示された新規ＳＮＰ対立遺伝子を含む限り、この新規ＳＮＰ対立遺伝子に隣接する核酸分子の他の部分は、表１〜２に示される特定の転写物配列、ゲノム配列、および関連配列からある程度変化し得、表１に示される特定のポリペプチド配列からある程度変化したポリペプチにコードし得る。
配列相同性を共有する二つの分子の二つのアミノ酸配列または二つのヌクレオチド配列の同一性のパーセントを決定するために、これらの配列は、最適な比較を目的としてアライメントされる（例えば、ギャップが、最適なアライメントのために第一および第二のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非相同性配列は、比較目的のために、無視され得る）。好ましい実施形態において、参照配列の長さの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％以上は、比較の目的でアライメントされる。次いで対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第一の配列におけるある位置が、第二の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められている場合、その分子は、その位置で同一である（本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい）。二つの配列の間の同一性のパーセントは、二つの配列の最適なアライメントのために導入される必要性があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮して、それらの配列により共有される同一位置の数の関数である。
二つの配列間の配列の比較および同一性のパーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ １、Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．、ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；およびＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．編、Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１）。好ましい実施形態において、二つのアミノ酸配列間の同一性のパーセントは、Ｂｌｏｓｓｏｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ギャップウェート（ｇａｐ ｗｅｉｇｈｔ）１６、１４、１２、１０、８、６または４、長さウェート（ｌｅｎｇｔｈ ｗｅｉｇｈｔ）１、２、３、４、５または６）を使用して、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４−４５３ １９７０））を用いて決定され、これは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ内のＧＡＰプログラムへ組み込まれている。
さらに別の好ましい実施形態においては、二つのヌクレオチド配列間の同一性のパーセントは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスならびにギャップウェート（４０、５０、６０、７０、または８０）および長さウェート（１、２、３、４、５、または６）を使用してＧＣＧソフトウェアパッケージ内のＧＡＰプログラム（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２（１）：３８７（１９８４））を用いて決定される。別の実施形態において、二つのアミノ酸配列または二つのヌクレオチド配列の間の同一性のパーセントは、ＰＡＭ１２０ウェート残基表、ギャップ長ペナルティー１２およびギャップペナルティー４を用いて、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）へ組み込まれているＥ．ＭｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズム（ＣＡＢＩＯＳ，４：１１−１７（１９８９））を使用して決定される。
本発明のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、さらに「照会配列」として使用され、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連配列を同定するために、配列データベースに対して検索を実施し得る。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０（１９９０））のＮＢＬＡＳＴプログラムおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実施し得る。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、ＮＢＬＡＳＴプログラム（スコア＝１００、ワード長（ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ）＝１２）を用いて実施し、本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得ることが可能である。ＢＬＡＳＴのタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム（スコア＝５０、ワード長＝３）を用いて実施し、本発明のタンパク質に相同なアミノ酸配列を得ることが可能である。比較目的のためにギャップをいれたアライメントを得るために、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴが、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９−３４０２（１９９７））に記載されるように利用され得る。ＢＬＡＳＴおよびｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用した場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターが、使用され得る。ＢＬＡＳＴに加えて、当該分野で使用される他の検索プログラムおよび配列比較プログラムの例としては、ＦＡＳＴＡ（Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５，３
６５−３８９（１９９４））およびＫＥＲＲ（Ｄｕｆｒｅｓｎｅら、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅ
ｃｈｎｏｌ ２００２ Ｄｅｃ；２０（１２）：１２６９−７１）が挙げられるが、これらに限定されない。生命情報科学技術に関するさらなる情報については、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．を参照のこと。
本発明はさらに、表１および／または表２に開示される核酸分子の非コードフラグメントを提供する。好ましい非コードフラグメントとしては、プロモーター配列、エンハンサー配列、イントロン配列、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、３’非翻訳領域、遺伝子調節配列および遺伝子終止配列が挙げられるが、これらに限定されない。このようなフラグメントは、例えば、異種遺伝子の発現を制御することおよび遺伝子調節剤を同定するためにスクリーニングを開発することにおいて有用である。
（ＳＮＰ検出試薬）
本発明の特定の局面において、表１および／または表２に開示されたＳＮＰおよびその関連転写物配列（配列番号１〜６０として表１に提供される）、ゲノム配列（配列番号２０１〜２５０として表２に提供される）および関連配列（転写物ベースの関連配列が、配列番号１２１〜２００として表１に提供され、ゲノムベースの関連配列が、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）は、ＳＮＰ検出試薬の設計のために使用され得る。本明細書中で使用される場合、「ＳＮＰ検出試薬」は、本明細書中に開示される特定の標的ＳＮＰ位置を特異的に検出し、好ましくは、標的ＳＮＰ位置の特定のヌクレオチド（対立遺伝子）に対して特異的である（すなわち、検出試薬は、好ましくは、標的ＳＮＰ位置にある異なる選択的ヌクレオチドを区別し得、これによって標的ＳＮＰ位置に存在するヌクレオチドの正体を決定することを可能とする）。代表的に、このような検出試薬は、標的ＳＮＰ含有核酸分子に対して配列特異的様式の相補的な塩基対合によってハイブリダイズし、試験サンプル中において当該分野で公知の形態のような他の核酸配列から標的改変体の配列を区別する。検出試薬の例は、表１および／または表２に提供される一以上のＳＮＰを含有する標的核酸にハイブリダイズするプローブである。好ましい実施形態において、このようなプローブは、同一の標的ＳＮＰ位置において異なるヌクレオチドを有する他の核酸から標的ＳＮＰ位置で特定のヌクレオチド（対立遺伝子）を有する核酸を区別し得る。さらに、検出試薬は、ＳＮＰ位置に対して５’側および／または３’側にある特定の領域にハイブリダイズし得、特に表１および／または表２に提供される関連配列（転写物ベースの関連配列が、配列番号１２１〜２００として表１に提供され；ゲノムベースの関連配列が、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）に対応している領域にハイブリダイズし得る。検出試薬の別の例は、標的ポリヌクレオチドの相補鎖に沿うヌクレオチドの伸長の開始点として作用するプライマーである。本明細書中に提供されるＳＮＰ配列の情報はまた、本発明の任意のＳＮＰを（例えば、ＰＣＲを使用に）増幅するためのプライマー（例えば、対立遺伝子特異的プライマー）を設計するためにも有用である。
本発明の一つの好ましい実施形態において、ＳＮＰ検出試薬は、単離もしくは合成されたＤＮＡ、あるいはＲＮＡのポリヌクレオチドプローブはプライマー、またはＰＮＡオリゴマーまたはＤＮＡ、ＲＮＡおよび／もしくはＰＮＡの組合せであり、表１および／または表２に同定されたＳＮＰを含有する標的核酸分子のセグメントに対してハイブリダイズする。ポリヌクレオチドの形態の検出試薬は必要に応じて、改変塩基アナログ、インターカレート剤、または副溝に結合体を含み得る。プローブのような複数の検出試薬は、ＳＮＰ検出キットを形成するために、例えば、固体支持体（例えば、アレイもしくはビーズ）に付着させられるか、または溶液中にて供給され得る（例えば、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＴａｑＭａｎアッセイ、もしくはプライマー伸長反応のような酵素反応のためのプローブ／プライマーセット）。
プローブまたはプライマーは代表的には、精製されたオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡオリゴマーである。このようなオリゴヌクレオチドは、代表的に、ストリンジェントな条件下で、標的核酸分子の少なくとも約８個、約１０個、約１２個、約１６個、約１８個、約２０個、約２２個、約２５個、約３０個、約４０個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１２０個（またはこれらの間のいずれか他の個数）連続するヌクレオチドに対してハイブリダイズする、相補的なヌクレオチド配列の領域を含む。特定のアッセイに依存して、その連続するヌクレオチドは、標的ＳＮＰ位置を含み得るかあるいは所望されるアッセイを実施するためにＳＮＰ位置に十分に近い、５’側および／または３’側の特定の領域含み得るかいずれかである。
他の好ましいプライマー配列およびプローブ配列は、配列表および表１〜２に開示される転写物配列（配列番号１〜６０）、ゲノム配列（配列番号２０１〜２５０）およびＳＮＰ関連配列（転写物ベースの関連配列か、配列番号１２１〜２００として表１に提供され、ゲノムベースの関連配列か、配列番号２５１〜４１０として表２に提供される）を使用して容易に決定される。このようなプライマーおよびプローブが、本発明のＳＮＰの遺伝子型特定のための試薬として直接的に有用であり、任意のキット／システム形態へ組込まれ得ることは、当業者に明らかである。
標的ＳＮＰ含有配列に特異的なプローブまたはプライマーを作製するために、そのヌクレオチド配列の５’末端または３’末端において開始する、目的のＳＮＰ周辺の遺伝子配列／転写物配列および／または関連配列が代表的には、コンピューターアルゴリズムを使用して調べられる。次いで代表的なアルゴリズムは、その遺伝子配列／ＳＮＰ関連配列に特有であり、このオリゴマーは、ハイブリダイゼーションのために適切な範囲内のＧＣ含量を有し、ハイブリダイゼーションを妨げ得る推定二次構造を有さず、かつ／または所望される他の特性を保有するか、あるいは、所望されない他の特質を欠く、規定された長さのオリゴマーを同定する。
本発明のプライマーまたはプロ−ブは、代表的には、少なくとも約８ヌクレオチド長である。本発明の一実施形態において、プライマーまたはプロ−ブは、少なくとも約１０ヌクレオチド長である。好ましい実施形態において、プライマーまたはプロ−ブは、少なくとも約１２ヌクレオチド長である。より好ましい実施形態において、プライマーまたはプロ−ブは、少なくとも約１６ヌクレオチド長、１７ヌクレオチド長、１８ヌクレオチド長、１９ヌクレオチド長、２０ヌクレオチド長、２１ヌクレオチド長、２２ヌクレオチド長、２３ヌクレオチド長、２４ヌクレオチド長、または２５ヌクレオチド長である。プロ−ブの最大の長さは、使用されるアッセイの型に依存して、標的配列が検出される限りであり得るが、その最大長は、代表的には、約５０ヌクレオチド長未満、６０ヌクレオチド長未満、６５ヌクレオチド長未満、または７０ヌクレオチド長未満である。プライマーの場合には、その最大長は、代表的には、約３０ヌクレオチド長未満である。本発明の具体的な好ましい実施形態において、プライマーまたはプロ−ブは、約１８ヌクレオチド長〜約２８ヌクレオチド長の範囲内にある。しかし、他の実施形態（例えば、核酸アレイ、およびプロ−ブが基材に付着する他の実施形態）において、上記プロ−ブは、より長い（例えば、約３０〜７０ヌクレオチド長、７５ヌクレオチド長、８０ヌクレオチド長、９０ヌクレオチド長、１００ヌクレオチド長以上）ものであり得る（以下の「ＳＮＰ検出キットおよびシステム」と題する節を参照のこと）。
ＳＮＰを分析するために、選択的ＳＮＰ対立遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドを使用することが、適切であり得る。標的配列における単一ヌクレオチド変化を検出するそのようなオリゴヌクレオチドは、「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」、「対立遺伝子特異的プロ−ブ」または「対立遺伝子特異的プライマー」のような用語によって呼ばれ得る。多型を分析するための対立遺伝子特異的プロ−ブの設計および使用は、例えば、Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｃｏｔｔｏｎら編，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９８；Ｓａｉｋｉら，Ｎａｔｕｒｅ ３２４，１６３〜１６６（１９８６）；Ｄａｔｔａｇｕｐｔａ，ＥＰ２３５，７２６；およびＳａｉｋｉ，ＷＯ８９／１１５４８に記載される。
各々の対立遺伝子特異的プライマーまたは対立遺伝子特異的プロ−ブの設計は、変数（例えば、標的核酸分子中のＳＮＰ位置に隣接するヌクレオチド配列の正確な組成、ならびにそのプライマーまたはプロ−ブの長さ）に依存するが、プライマーおよびプロ−ブの使用における別の要因は、そのプロ−ブまたはプライマーと、標的配列との間のハイブリダイゼ−ションが実施される条件のストリンジェンシーである。より高いストリンジェンシー条件は、より低いイオン強度の緩衝液および／またはより高い反応温度を利用し、そして安定な二重鎖を形成するためには、プロ−ブ／プライマーと標的配列との間のより完全な一致を必要とする傾向がある。しかし、そのストリンジェンシーが高すぎる場合、ハイブリダイゼ−ションは、全く生じないかもしれない。対照的に、より低いストリンジェンシー条件は、より高いイオン強度の緩衝液および／またはより低い反応温度を利用し、そしてプロ−ブ／プライマーと標的配列との間のよりミスマッチした塩基による安定な二重鎖の形成を可能にする。例としてであって限定としてではないが、対立遺伝子特異的プロ−ブを使用する高ストリンジェンシーハイブリダイゼ−ション条件についての例示的な条件は、以下の通りである：５×標準的生理食塩水リン酸ＥＤＴＡ（ＳＳＰＥ）、０．５％ＮａＤｏｄＳＯ４（ＳＤＳ）を含む溶液を用いる５５℃でのプレハイブリダイゼ−ション；同じ溶液中にある標的核酸分子とともに同じ温度でプロ−ブをインキュベ−トすること、その後、２×ＳＳＰＥおよび０．１％ ＳＤＳを含む溶液を用いて５５℃または室温で洗浄すること。
中程度のストリンジェンシーのハイブリダイゼ−ション条件が、例えば、約５０ｍＭ ＫＣｌを含む溶液を用いて、約４６℃にて、対立遺伝子特異的プライマー伸長反応のために使用され得る。あるいは、上記反応は、高温（例えば、６０℃）にて実行され得る。別の実施形態において、オリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）反応（この反応において、２つのプロ−ブが、それらが標的配列と完全に相補的な場合に連結される）のために適切な中程度にストリンジェントなハイブリダイゼ−ション条件は、約１００ｍＭ ＫＣｌの溶液を、温度４６℃にて利用し得る。
ハイブリダイゼ−ションベ−スのアッセイにおいて、ある個体由来の標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズするが、別の個体由来の対応するセグメントには、その２つの個体由来の個々のＤＮＡセグメントにおける異なる多型形態（例えば、選択的ＳＮＰ対立遺伝子／ヌクレオチド）の存在に起因してハイブリダイズしない、対立遺伝子特異的プロ−ブが、設計され得る。ハイブリダイゼ−ション条件は、対立遺伝子間のハイブリダイゼ−ション強度における検出可能な有意な差異が存在し、好ましくは、本質的には二元の応答が存在し、それによって、プロ−ブが対立遺伝子のうちの一方のみにハイブリダイズするかまたは一方の対立遺伝子に対して有意により強くハイブリダイズするに充分に、ストリンジェントであるべきである。プロ−ブは、ＳＮＰ部位を含む標的配列にハイブリダイズしてそのＳＮＰ部位がそのプロ−ブの配列に沿ったどこかに整列するように設計され得るが、そのプロ−ブは、好ましくは、標的配列のセグメントにハイブリダイズして、そのＳＮＰ部位が、そのプロ−ブの中心位置（例えば、そのプロ−ブのいずれかの末端から少なくとも３ヌクレオチド離れているそのプロ−ブ内の位置）と整列するように設計される。このプロ−ブ設計は、一般的には、異なる対立遺伝子形態間でのハイブリダイゼ−ションにおける良好な識別を達成する。
別の実施形態において、プロ−ブまたはプライマーは、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズして、そのＳＮＰがそのプロ−ブまたはプライマーの最も５’側の末端または最も３’側の末端のいずれかと整列するように、設計され得る。オリゴヌクレオチド連結アッセイ（米国特許第４，９８８，６１７号）における使用のために特に適切な具体的な好ましい実施形態において、上記プロ−ブの最も３’側のヌクレオチドは、その標的配列中のＳＮＰ位置と整列する。
オリゴヌクレオチドプロ−ブおよびオリゴヌクレオチドプライマーは、当該分野で周知の方法によって調製され得る。化学合成方法としては、Ｎａｒａｎｇら、１９７９、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ６８：９０により記載されるホスホトリエステル法；Ｂｒｏｗｎら、１９７９，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ６８：１０９により記載されるホスホジエステル法；Ｂｅａｕｃａｇｅら、１９８１、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ ２２：１８５９により記載されるジエチルホスホロアミデ−ト法；および米国特許第４，４５８，０６６号に記載される固体支持体法が挙げられるが、これらに限定されない。
対立遺伝子特異的プロ−ブは、しばしば、対の状態で（または、より一般的ではないが、３個または４個の組の状態で（例えば、ＳＮＰ位置がそれぞれ３個または４個の対立遺伝子を有することが公知である場合、あるいは、標的ＳＮＰ対立遺伝子の核酸分子の両方の鎖をアッセイするために））使用され、そのような対は、そのＳＮＰ位置で対立遺伝子改変体を示す１ヌクレオチドミスマッチ以外は同一であり得る。一般的に、１つの対のうちの一方のメンバ−は、より一般的なＳＮＰ対立遺伝子（すなわち、標的集団中においてより頻繁である対立遺伝子）を有する標的配列参照形態と完全に一致し、その対のうちのもう一方のメンバ−は、より一般的ではないＳＮＰ対立遺伝子（すなわち、その標的集団において稀な対立遺伝子）を有する標的配列形態と完全に一致する。アレイの場合には、複数のプロ−ブ対が、複数の異なる多型を同時に分析するために同じ支持体上に固定され得る。
ある型のＰＣＲベ−スのアッセイにおいて、対立遺伝子特異的プライマーは、ＳＮＰ位置と重複し、そのプライマーが完全相補性を示す対立遺伝子形態の増幅のみをプライミングする、標的核酸分子上の領域にハイブリダイズする（Ｇｉｂｂｓ，１９８９，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１７：２４２７〜２４４８）。代表的には、それらのプライマーの最も３’側のヌクレオチドは、その標的核酸分子のＳＮＰ位置と整列し、かつそのＳＮＰ位置と相補的である。このプライマーは、遠位部位にてハイブリダイズする第二のプライマーと整列の結合に使用される。増幅は、これらの２つのプライマーから進行し、どの対立遺伝子形態が試験サンプル中に存在するかを示す検出可能な産物を生じる。コントロ−ルが、通常、第二のプライマー対を用いて実施される。この第二のプライマー対のうちの一方は、その多型部位で一塩基ミスマッチを示し、この第二のプライマー対のうちのもう一方は、遠位部位に対して完全相補性を示す。この一塩基ミスマッチは、増幅を防止するかまたは増幅効率を実質的に減少させ、その結果、検出可能な産物が形成されないか、または検出可能な産物がより低量もしくはより低速度で形成される。上記の方法は、一般的には、そのミスマッチがそのオリゴヌクレオチドの最も３’側の位置にある（すなわち、そのオリゴヌクレオチドの最も３’側の位置が、標的ＳＮＰ位置と整列する）場合に、最も効率的に作用する。なぜなら、この位置は、上記プライマーからの伸長に対して最も不安定であるからである（例えば、ＷＯ９３／２２４５６参照）。このＰＣＲベ−スアッセイは、下記のＴａｑＭａｎアッセイの一部として利用され得る。
本発明の具体的実施形態において、本発明のプライマーは、標的ＳＮＰを含む核酸分子のセグメントに対して実質的に相補的な配列を含み、但し、そのプライマーは、そのプライマーの最も３’側の末端にある３つのヌクレオチド位置のうちの１つにおいてミスマッチヌクレオチドを有し、その結果、そのミスマッチヌクレオチドは、そのＳＮＰ部位において特定の対立遺伝子と塩基対形成しない。好ましい実施形態において、上記プライマー中のミスマッチヌクレオチドは、そのプライマーの最も３’側の位置にある最後のヌクレオチドから２番目にある。より好ましい実施形態において、上記プライマー中のミスマッチヌクレオチドは、そのプライマーの最も３’側の位置にある最後のヌクレオチドである。
本発明の別の実施形態において、本発明のＳＮＰ検出試薬は、検出可能なシグナルを発する蛍光発生レポ−タ−色素で標識される。好ましいレポ−タ−色素は、蛍光色素であるが、検出試薬（例えば、オリゴヌクレオチドまたはプライマー）に結合され得る任意のレポ−タ−色素が、本発明における使用のために適切である。そのような色素としては、アクリジン、ＡＭＣＡ，ＢＯＤＩＰＹ、カスケ−ドブル−、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ７、ダブシル、エダンス、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、６−Ｆａｍ、Ｔｅｔ、Ｊｏｅ、Ｈｅｘ、オレゴングリ−ン、ロ−ダミン、Ｒｈｏｄｏｌ Ｇｒｅｅｎ、Ｔａｍｒａ、Ｒｏｘ、およびテキサスレッドが挙げられるが、これらに限定されない。
本発明のなお別の実施形態において、その検出試薬は、特に、その試薬が自己クエンチングプロ−ブ（例えば、ＴａｑＭａｎ）（米国特許第５，２１０，０１５号および同第５，５３８，８４８号）または分子ビ−コンプロ−ブ（米国特許第５，１１８，８０１号および同第５，３１２，７２８号）または他のステムレスプロ−ブもしくは直鎖状ビ−コンプロ−ブ（Ｌｉｖａｋら、１９９５、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄ Ａｐｐｌ．４：３５７〜３６２；Ｔｙａｇｉら、１９９６、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：３０３〜３０８；Ｎａｚａｒｅｎｋｏら、１９９７、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５１６〜２５２１；米国特許第５，８６６，３３６号および同第６，１１７，６３５号）として使用される場合に、クエンチャ−色素（例えば、Ｔａｍｒａ）でさらに標識され得る。
本発明の検出試薬はまた、他の標識（ストレプトアビジン結合のためのビオチン、抗体結合のためのハプテン、および別の相補的オリゴヌクレオチド（例えば、ジップコ−ドの対）に結合するためのオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない）を含み得る。
本発明はまた、本明細書中で同定されたＳＮＰヌクレオチドを含まない（またはそのＳＮＰヌクレオチドと相補的である）が、本明細書中に開示される１つ以上のＳＮＰをアッセイするために使用される、試薬も企図する。例えば、本明細書中に提供される標的ＳＮＰ位置に隣接はするが直接的にはハイブリダイズしないプライマーが、それらのプライマーが、その標的ＳＮＰ位置と近接する（すなわち、その標的ＳＮＰ部位から１ヌクレオチド以上以内にある）領域にハイブリダイズプライマー伸長反応において、有用である。そのプライマー伸長反応の間に、プライマーは、代表的には、特定のヌクレオチド（対立遺伝子）が標的ＳＮＰ部位に存在する場合にはその標的ＳＮＰ部位を過ぎては伸長できず、そのプライマー伸長産物は、ＳＮＰ対立遺伝子がどの標的ＳＮＰ部位に存在するかを決定するために容易に検出され得る。例えば、特定のｄｄＮＴＰが、一旦ｄｄＮＴＰが上記伸長産物（その最も３’側の末端にｄｄＮＴＰを含み、そのｄｄＮＴＰが本明細書中に開示されるＳＮＰのヌクレオチドである、プライマー伸長産物は、本発明により包含される組成物である）に組み込まれるとプライマー伸長を終結させるために、上記プライマー伸長反応において使用される。従って、ＳＮＰ部位に近接する領域中の核酸分子に結合し、そしてそのＳＮＰ部位をアッセイするために使用される試薬は、結合した配列はそのＳＮＰ部位自体を必ずしも含まないけれども、これもまた本発明によって企図される。
（ＳＮＰ検出キットおよびＳＮＰ検出システム）
当業者は、本明細書中に開示されるＳＮＰおよび関連する配列情報に基づいて、検出試薬が、本発明の任意のＳＮＰを個別にかまたは組み合わせてアッセイするために開発および使用され得、そのような検出試薬は、当該分野で周知である確立されたキット形態またはシステム形態のうちの１つに容易に組み込まれ得ることを、認識する。用語「キット」および「システム」とは、本明細書中でＳＮＰ検出試薬の文脈で使用される場合、複数のＳＮＰ検出試薬の組み合わせ、または１つ以上の他の型のエレメントまたは構成要素（例えば、他の型の生化学試薬、容器、パッケ−ジ（例えば、市販用に意図されるパッケ−ジング）、ＳＮＰ検出試薬が結合している基材、電子ワ−ドウェア構成要素など）と組み合わせた１種以上のＳＮＰ検出試薬のようなものを指す。従って、本発明は、ＳＮＰ検出キットおよびＳＮＰ検出システム（パッケ−ジされたプロ−ブとプライマーとの組（例えば、ＴａｑＭａｎプロ−ブ／プライマーの組）、核酸分子のアレイ／マイクロアレイ、および本発明の１種以上のＳＮＰを検出するための１種以上のプロ−ブ、プライマー、または他の検出試薬を含むビ−ズが挙げられるが、これらに限定されない）をさらに提供する。上記キット／システムは、種々の電子ハ−ドウェア構成要素を必要に応じて含み得る。例えば、種々の製造業者により提供されるアレイ（「ＤＮＡチップ」）および微小流体システム（「ラブ・オン・ア・チップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）」システム）は、代表的には、ハ−ドウェア構成要素を含む。上記キット／システム（例えば、プロ−ブ／プライマーの組）は、電子ハ−ドウェア構成要素を含まないかもしれないが、例えば、１つ以上の容器中にパッケ−ジングされた１種以上のＳＮＰ検出試薬を（必要に応じて、他の生化学試薬とともに）含み得る。
いくつかの実施形態において、ＳＮＰ検出キットは、代表的には、１種以上の検出試薬と、アッセイまたは反応（例えば、ＳＮＰ含有核酸分子の増幅および／または検出）を実行するための必要な他の構成要素（例えば、緩衝液、酵素（例えば、ＤＮＡポリメラ−ゼもしくはリガ−ゼ）、鎖伸長ヌクレオチド（例えば、デオキシヌクレオチド三リン酸）、Ｓａｎｇｅｒ型ＤＮＡ配列決定反応の場合には鎖終結ヌクレオチド、ポジティブコントロ−ル配列、ネガティブコントロ−ル配列など）を含む。キットは、標的核酸の量を決定するための手段、およびその量を標準物と比較するための手段をさらに含み得る。キットは、そのキットを使用して目的のＳＮＰ含有核酸分子を検出するための指示書を含み得る。本発明の一実施形態において、１種以上のアッセイを実行して本明細書中に開示される１種以上のＳＮＰを検出するための必要試薬を含むキットが、提供される。本発明の好ましい実施形態において、ＳＮＰ検出キット／システムは、核酸アレイの形態、または区画分けされたキット（微小流体システム／ラブ・オン・ア・チップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）システムを含む）の形態である。
ＳＮＰ検出キット／システムは、例えば、各標的ＳＮＰ位置またはその付近にある核酸分子にハイブリダイズする１つ以上のプロ−ブまたはプロ−ブ対を含み得る。複数の対立遺伝子特異的プロ−ブ対が、多数のＳＮＰを同時にアッセイするためにこのキット／システム中に含まれ得る。上記多数のＳＮＰのうちの少なくとも１つは、本発明のＳＮＰである。いくつかのキット／システムにおいて、上記対立遺伝子特異的プロ−ブは、基材（例えば、アレイまたはビ−ズ）に固定される。例えば、同じ基材は、表１および／または表２に示されるＳＮＰのうちの少なくとも１個、１０個、１００個、１０００個、１０，０００個、１００，０００個（もしくはこれらの間の他の任意の個数）または実質的にすべてを検出するための、対立遺伝子特異的プロ−ブを含み得る。
用語「アレイ」、「マイクロアレイ」、および「ＤＮＡチップ」とは、基材（例えば、ガラス、プラスチック、紙、ナイロン、または他の型の膜、フィルタ−、チップ、もしくは他の適切な固体支持体）に付着された、別個のポリヌクレオチド群を指すために本明細書中で互換可能に使用される。上記ポリヌクレオチドは、上記基材上で直接合成され得るか、または上記基材とは別個に合成された後で上記基材に付着される。一実施形態において、上記マイクロアレイは、米国特許第５，８３７，８３２号、ＣｈｅｅらのＰＣＴ出願ＷＯ９５／１１９９５（Ｃｈｅｅら）、Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｄ．Ｊ．ら（１９９６；Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：１６７５〜１６８０）およびＳｃｈｅｎａ，Ｍ．ら（１９９６；Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１０６１４〜１０６１９）（これらすべては、その全体が参考として本明細書中に援用される）に記載される方法に従って、調製されそして使用される。他の実施形態において、このようなアレイは、Ｂｒｏｗｎら、米国特許第５，８０７，５２２号により記載される方法により生成される。
核酸アレイは、以下の参考文献中に概説されている：Ｚａｍｍａｔｔｅｏら「Ｎｅｗ ｃｈｉｐｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ」Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ａｎｎｕ Ｒｅｖ．２００２；８：８５〜１０１；Ｓｏｓｎｏｗｓｋｉら「Ａｃｔｉｖｅ ｍｉｃｒｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ ａｒｒａｙ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ＤＮＡ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ａｎｄ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」Ｐｓｙｃｈｉａｔｒ Ｇｅｎｅｔ．２００２ Ｄｅｃ；１２（４）：１８１〜９２；Ｈｅｌｌｅｒ「ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ｄｅｖｉｃｅｓ，ｓｙｓｔｅｍｓ，ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｍｅｄ Ｅｎｇ．２００２；４：１２９〜５３、Ｅｐｕｂ ２００２ Ｍａｒ ２２；Ｋｏｌｃｈｉｎｓｋｙら「Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＳＮＰｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｇｅｎｏｍｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ ｇｅｌ−ｂａｓｅｄ ｃｈｉｐｓ」Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ．２００２ Ａｐｒ；１９（４）：３４３〜６０；およびＭｃＧａｌｌら「Ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ ｇｅｎｅｃｈｉｐ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｏｂｅ ａｒｒａｙｓ」Ａｄｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｅｎｇ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２；７７：２１〜４２。
多数のプロ−ブ（例えば、対立遺伝子特異的プロ−ブ）が、アレイにおいて実施され得、各プロ−ブまたはプロ−ブ対は、異なるＳＮＰ位置にハイブリダイズし得る。ポリヌクレオチドプロ−ブの場合、これらのプロ−ブは、光指向性化学プロセスを使用して、基材上の指定領域で合成され得る（かまたは、別個に合成され得、その後、指定領域に付着され得る）。各ＤＮＡチップは、格子様パタ−ンで整列され（例えば、１０セント銀貨の大きさまで）小型化された、例えば、数千〜数億個の個々の合成ポリヌクレオチドプロ−ブを含み得る。好ましくは、プロ−ブは、順序立ったアドレス指定可能なアレイ状に固体支持体に付着される。
マイクロアレイは、固体支持体に付着した多数の独特の一本鎖ポリヌクレオチド（通常は、合成アンチセンスポリヌクレオチドまたはｃＤＮＡフラグメントのいずれか）から構成され得る。代表的なポリヌクレオチドは、好ましくは、約６〜６０ヌクレオチド長、より好ましくは約１５〜３０ヌクレオチド長、最も好ましくは約１８〜２５ヌクレオチド長である。特定の型のマイクロアレイまたは他の検出キット／システムについて、ほんの約７〜２０ヌクレオチド長であるオリゴヌクレオチドを使用することが、好ましくあり得る。他の型のアレイ（例えば、化学発光検出技術と組み合わせて使用されるアレイ）において、好ましいプロ−ブの長さは、例えば、約１５〜８０ヌクレオチド長、好ましくは約５０〜７０ヌクレオチド長、より好ましくは約５５〜６５ヌクレオチド長、最も好ましくは約６０ヌクレオチドであり得る。このマイクロアレイまたは検出キットは、遺伝子／転写物または標的ＳＮＰ部位の既知の５’配列または３’配列を網羅するポリヌクレオチド；遺伝子／転写物の全長配列を網羅する連続するポリヌクレオチド；または標的遺伝子／転写物配列の長さに沿った特定の領域（特に、表１および／または表２に開示される１つ以上のＳＮＰに対応する領域）から選択される独特のポリヌクレオチドを含み得る。上記マイクロアレイまたは検出キットにおいて使用されるポリヌクレオチドは、目的のＳＮＰに対して特異的（例えば、標的ＳＮＰ部位の特定のＳＮＰ対立遺伝子に対して特異的、または複数の異なるＳＮＰ部位にある特定のＳＮＰ対立遺伝子に対して特異的）であり得るか、あるいは目的の多型遺伝子／転写物に対して特異的であり得る。
ポリヌクレオチドアレイに基づくハイブリダイゼ−ションアッセイは、完全一致標的配列改変体およびミスマッチ標的配列改変体に対する、上記プロ−ブのハイブリダイゼ−ション安定性の差異に依存する。ＳＮＰ遺伝子型決定のために、ハイブリダイゼ−ションアッセイにおいて使用されるストリンジェンシー条件は、１ＳＮＰ位置程度にしか互いと異ならない核酸分子が区別され得るのに充分に高いことが、一般的には好ましい（例えば、代表的ＳＮＰハイブリダイゼ−ションアッセイが、１つの特定のヌクレオチドがＳＮＰ位置に存在する場合にハイブリダイゼ−ションが生じるが、代替的ヌクレオチドがそのＳＮＰ位置に存在する場合にはハイブリダイゼ−ションは生じないように、設計される）。そのような高いストリンジェンシーの条件は、例えば、ＳＮＰ検出のために対立遺伝子特異的プロ−ブの核酸アレイを使用する場合に、好ましくあり得る。そのような高いストリンジェンシ−の条件は、先の節において記載されており、当業者にとって周知であり、そして例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）６．３．１〜６．３．６において見出され得る。
他の実施形態において、上記アレイは、化学発光検出技術と組み合わせて使用される。以下の特許および特許出願（これらはすべて、本明細書により参考として援用される）は、化学発光検出に関するさらなる情報を提供する：米国特許出願１０／６２０３３２および同１０／６２０３３３は、マイクロアレイ検出のための化学発光アプロ−チを記載し、米国特許第６１２４４７８号、同第６１０７０２４号、同第５９９４０７３号、同第５９８１７６８号、同第５８７１９３８号、同第５８４３６８１号、同第５８００９９９号、および同第５７７３６２８号は、化学発光検出を実施するためのジオキセタンの方法および組成物を記載し；公開された米国出願ＵＳ２００２／０１１０８２８は、マイクロアレイコントロ−ルのための方法および組成物を開示する。
本発明の一実施形態において、核酸アレイは、約１５〜２５ヌクレオチド長のプロ−ブのアレイを含み得る。さらなる実施形態において、核酸アレイは、多数のプロ−ブを含み得、ここで、少なくとも１つのプロ−ブは、表１および／もしくは表２において開示される１つ以上のＳＮＰを検出可能であり、かつ／または少なくとも１つのプロ−ブは、表１、表２、配列表、およびそれらの相補的な配列に開示される配列からなる群より選択される配列のうちの１つのフラグメントを含み、そのフラグメントは、少なくとも約８個連続するヌクレオチド（好ましくは、１０個、１２個、１５個、１６個、１８個、２０個、より好ましくは２２個、２５個、３０個、４０個、４７個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、８０個、９０個、１００個（またはこれらの間の他の任意の個数）以上連続するヌクレオチドを含み、かつ表１および／または表２において開示される新規なＳＮＰ対立遺伝子を含む。いくつかの実施形態において、上記ＳＮＰ部位に対して相補的なヌクレオチドは、上記プロ−ブの中心から５ヌクレオチド内、４ヌクレオチド内、３ヌクレオチド内、２ヌクレオチド内、または１ヌクレオチド内、より好ましくは上記プロ−ブの中心にある。
ポリヌクレオチドプロ−ブは、ＰＣＴ出願ＷＯ９５／２５１１１６（Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒら）（これは、本明細書中にその全体が参考として援用される）に記載されるように、化学カップリング手順およびインクジェット適用装置を使用することによって、基材表面上で合成され得る。別の局面において、ドット（またはスロット）ブロットと類似する「格子状」アレイが、真空系、熱的結合手順、ＵＶ結合手順、機械的結合手順、または化学結合手順を使用して、基材表面にｃＤＮＡフラグメントまたはオリゴヌクレオチドを整列させて結合するために使用され得る。アレイ（例えば、上記のアレイ）は、手によってか、あるいは利用可能なデバイス（スロットブロット装置またはドットブロット装置）、材料（適切な任意の固体支持体）、および機器（ロボット機器を含む）を使用することによって、生成され得、そして８個、２４個、９６個、３８４個、１５３５個、６１４４個以上のポリヌクレオチド、または市販の機器の効率的使用のために適する他の任意の数のポリヌクレオチドを含み得る。
そのようなアレイまたは他のキット／システムを使用して、本発明は、試験サンプル中にある本明細書中に開示されるＳＮＰを同定するための方法を提供する。そのような方法は、代表的には、試験核酸サンプルを、本発明の少なくとも１つのＳＮＰ位置に対応する１つ以上のプロ−ブを含むアレイとともにインキュベ−トする工程、ならびに上記試験サンプル由来の核酸と上記プロ−ブのうちの１つ以上との結合についてアッセイする工程を包含する。ＳＮＰ検出試薬（またはそのような１種以上のＳＮＰ検出試薬を使用する、キット／システム）を、インキュベ−ション条件は、上記アッセイにおいて使用される形式、使用される検出方法、ならびに上記アッセイにおいて使用される検出試薬の型および性質に依存する。当業者は、市販のハイブリダイゼ−ション形式、増幅形式、およびアレイアッセイ形式のうちのいずれか１つが、本明細書中に開示されるＳＮＰを検出するために容易に適合され得ることを、認識する。
本発明のＳＮＰ検出キット／システムは、ＳＮＰ含有核酸分子の後の増幅および／または検出のために、試験サンプルから核酸を調製するために使用される構成要素を含み得る。そのようなサンプル調製構成要素は、任意の体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、粘液質、胃液、精液、涙、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に、有核細胞）、生検、口腔スワブまたは組織標本からの、核酸抽出物（ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含む）、タンパク質抽出物もしくは膜抽出物を生成するために使用され得る。上記の方法において使用される試験サンプルは、上記アッセイ形式、上記検出方法の性質、およびアッセイされるべき試験サンプルとして使用される具体的な組織、細胞、または抽出物に基づいて、変化する。核酸抽出物、タンパク質抽出物、および細胞抽出物を調製する方法は、当該分野で周知であり、利用されるシステムと適合するサンプルを得るために容易に適合され得る。試験サンプルから核酸を抽出するための自動サンプル調製システムは、市販されており、その例は、ＱｉａｇｅｎのＢｉｏＲｏｂｏｔ ９６００、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＰＲＩＳＭ ６７００、およびＲｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＳｙｓｔｅｍｓのＣＯＢＡＳ ＡｍｐｌｉＰｒｅｐ Ｓｙｓｔｅｍである。
本発明により企図される別の形態のキットは、区画分けされたキットである。区画分けされたキットは、試薬が別個の容器中に含まれる任意のキットを包含する。そのような容器としては、例えば、小さいガラス容器、プラスチック容器、プラスチック片、ガラス片、または紙片、またはアレイ形成材料（例えば、シリカ）が挙げられる。そのような容器によって、試験サンプルおよび試薬が相互混入しないようにある区画から別の区画へと試薬を効率的に移動することが可能であるか、またはある区画からそのキット中に含まれない別の容器に移動することが可能であり、各容器の薬剤または溶液は、ある区画から別の区画または別の容器へと、定量的様式で添加され得る。そのような容器としては、例えば、試験サンプルを受容する１つ以上の容器、本発明の１つ以上のＳＮＰを検出するための少なくとも１つのプロ−ブまたは他のＳＮＰ検出試薬を含む１つ以上の容器、洗浄試薬（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水、Ｔｒｉｓ緩衝液など）を含む１つ以上の容器、および結合したプロ−ブまたは他のＳＮＰ検出試薬の存在を明らかにするために使用される試薬を含む１つ以上の容器が、挙げられ得る。上記キットは、例えば、核酸増幅反応または他の酵素反応（例えば、プライマー伸長反応）、ハイブリダイゼ−ション、ライゲ−ション、電気泳動（好ましくは、キャピラリ−電気泳動）、質量分析法、および／またはレーザー誘導蛍光検出のための、区画および／もしくは試薬を必要に応じてさらに含み得る。上記キットはまた、そのキットを使用するための指示書を備え得る。例示的な区画分けされたキットとしては、当該分野で公知の微小流体デバイス（例えば、Ｗｅｉｇｌら「Ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ ｆｏｒ ｄｒｕｇ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ」Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．２００３ Ｆｅｂ ２４；５５（３）：３４９〜７７参照）が挙げられる。そのような微小流体デバイスにおいて、上記容器は、例えば、微小流体「容器」、微小流体「チャンバ」、または微小流体「チャネル」と呼ばれ得る。
マイクロ流体デバイスは、「ラボオンチップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）」系とも称され得、生物医学的なマイクロ電気機械系（ｂｉｏＭＥＭ）または多構成の集積系は、ＳＮＰを分析するための本発明の典型的なキット／系である。このような系は、単一の機能性デバイスにおいてプローブ／標的ハイブリダイゼーション、核酸増幅、およびキャピラリー電気泳動法の反応のような過程を縮小化および分画化する。このようなマイクロ流体デバイスは代表的に、系の少なくとも一つの局面において検出試薬を利用し、そしてこのような検出試薬は使用され、本発明の一以上のＳＮＰを検出し得る。マイクロ流体系の一つの例は、米国特許第５，５８９，１３６号に開示され、この開示はチップにおいてＰＣＲ増幅の統合およびキャピラリー電気泳動が記載される。典型的なマイクロ流体系は、マイクロチップ上に含まれるガラス、シリコン、石英、またはプラスチックのウエハ上に設計されるマイクロチャネルのパターンを含む。サンプルの移動は、電気、電気浸透性、または流体静力学の力によって制御され得、この力は、機能的顕微鏡バルブおよび可動部分を伴わないポンプを作成するためにマイクロチップの異なる範囲にわたって適用される。電圧の変化は、マイクロ機械加工チャンネル間の交点で液体の流動を制御する方法およびマイクロチップの異なるセクションにわたりポンプ注入するための液体流量を変化させるための方法として使用され得る。例えば、米国特許第６，１５３，０７３号（Ｄｕｂｒｏｗら）および同第６，１５６，１８１号（Ｐａｒｃｅら）を参照のこと。
ＳＮＰの遺伝子型を特定するために、典型的なマイクロ流動系は、例えば、核酸増幅、プライマー伸長、キャピラリー電気泳動、およびレーザー光誘導蛍光検出のような検出方法を統合し得る。このような典型的な系を使用するための典型的なプロセスの最初の工程において、核酸サンプルは、好ましくはＰＣＲによって増幅される。次いで、増幅産物は、ｄｄＮＴＰ（各ｄｄＮＴＰに対して特異的な蛍光）および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用する自動プライマー伸長反応に供され標的ＳＮＰのちょうど上流にハイブリダイズするプライマー伸長反応を実施する。３’末端において伸長が一旦完了すると、このプライマーは、キャピラリー電気泳動によって組込まれていない蛍光ｄｄＮＴＰから分離される。キャピラリー電気泳動に使用される分離培地は、例えば、ポリアクリルアミド、ポリエチレングリコールまたはデキストランであり得る。単一のヌクレオチドプライマーの伸長産物中に組込まれたｄｄＮＴＰは、レーザー光誘導蛍光検出によって同定される。このような典型的なマイクロチップが、使用され例えば、少なくとも９６サンプル〜３８４サンプル、またはそれ以上が同時に処理され得る。
（核酸分子の使用）
本発明の核酸分子は、特に、心臓血管障害を発症する個体の危険性（特に、心筋梗塞または脳卒中などの初回または再発性の急性冠状動脈事象を経験する危険性）を予測すること、個体における心臓血管障害の進行（例えば、急性冠状動脈事象の重篤度または結果）を予後診断すること、スタチンによる心臓血管障害の処置に応答する心臓血管障害を有する個体の可能性を評価すること、および／あるいは個体がスタチン処置からの毒性または他の望ましくない副作用を経験する可能性を予測することなどにおいて種々の用途を有する。例えば、核酸分子は、ハイブリダイゼーションプローブとして、例えば、メッセンジャーＲＮＡ、転写物、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、増幅されたＤＮＡまたは他の核酸分子においてＳＮＰの遺伝子型を特定するために、ならびに全長ｃＤＮＡおよび表１に開示される改変体ペプチドをコードするゲノムクローンおよびそのオーソログを単離するために有用である。
プローブは、表１および／または表２に提供される核酸分子の全長に沿って任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズし得る。好ましくは本発明のプローブは、表１および／または表２に示されるＳＮＰ位置を含む標的配列の領域にハイブリダイズする。より好ましくは、プローブは、配列特異的様式でＳＮＰ含有標的配列にハイブリダイズし、その結果、標的配列を、どのヌクレオチドがＳＮＰ部位に存在するかによって標的配列と異なる他のヌクレオチド配列とを識別する。このようなプローブは、試験サンプル中のＳＮＰ含有核酸の存在を検出するために、またはどのヌクレオチド（対立遺伝子）が、特定のＳＮＰ部位に存在するかを決定する（すなわち、ＳＮＰ部位の遺伝子型決定）ために特に有用である。
核酸のハイブリダイゼーションプローブは、核酸発現の存在、レベル、形態、および／または分布を決定するために使用され得る。レベルが決定される核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得る。従って、本明細書中に記載されるＳＮＰに特異的なプローブが、使用され所定の細胞、組織、または生物において存在、発現および／または遺伝子のコピー数を調べ得る。これらの用途は、正常レベルに対する遺伝子発現の増加または減少に関与する障害の診断に関連する。ｍＲＮＡ検出のためのインビトロ技術としては、例えば、ノーザンブロットハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンブロットハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる（ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ、２０００、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ）。
プローブは、例えば、被験体に由来する細胞のサンプルにおいて改変タンパク質コード核酸（例えば、ｍＲＮＡ）のレベルを測定することのよって、またはポリヌクレオチドが、目的のＳＮＰを含有するか否かを決定することによって、改変タンパク質が発現される細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として使用され得る。
従って、本発明の核酸分子は、ハイブリダイゼーションプローブとして使用され本明細書中に開示されるＳＮＰを検出し得、それによって多型を有する個体が心臓血管障害（例えば、急性冠状動脈事象）を発症するようであるか否か、または個体が心臓血管障害のスタチン処置に陽性に応答する可能性を決定する。疾患の表現型に関連するＳＮＰの検出は、活性疾患および／または疾患の遺伝的疾病素質についての診断ツールを提供する。
さらに、それによって、本発明の核酸分子は、本明細書中に開示されるＳＮＰおよび／またはこのような遺伝子の産物（例えば、発現したｍＲＮＡ転写物分子（例えば、転写物情報は、表１に開示される））を含む遺伝子（例えば、遺伝子情報は、表２に開示される）を検出するのに有用であり、したがって遺伝子発現を検出するのに有用である。その核酸分子は、必要に応じて、例えば、遺伝子発現の検出に使用するためのアレイまたはキット形式において実施され得る。
本発明の核酸分子はまた、核酸分子の任意の所定領域、特に表１および／または表２に同定されるＳＮＰ含有領域を増幅するためのプライマーとしても有用である。
本発明の核酸分子はまた、組換えベクターを構築するためにも有用である（以下により詳細に記載される）。このようなベクターとしては、表１に提供される任意の改変体ペプチド配列の一部または全体を発現する発現ベクターが挙げられる。ベクターはまた、例えば細胞のゲノムのような別の核酸分子配列へ組み込むために使用され、遺伝子および／または遺伝子産物のインサイチュでの発現を変化させる、挿入ベクターも含む。例えば、内因性のコード配列は、相同組換えを介して、一以上の特異的に導入されたＳＮＰを含有するコード領域の全体または一部分と置換され得る。
本発明の核酸分子はまた、改変タンパク質の抗原部分、特に、表１および／または表２に開示されるＳＮＰによって生じる改変体アミノ酸配列（例えば、アミノ酸置換）を含む抗原部分を発現するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、本発明の核酸分子の遺伝子調節領域を含むベクターを構築するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子に由来する発現されたｍＲＮＡ分子の全体または一部分に対応するリボザイムを設計するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた核酸分子および改変体ペプチドの一部分または全体を発現する宿主細胞を構築するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、核酸分子および改変体ペプチドの全体または一部分を発現するトランスジェニック動物を構築するためにも有用である。表１および／または表２に開示されるＳＮＰを含有する核酸分子を有する組換え細胞およびトランスジェニック動物の産生は、例えば、処置化合物および投薬レジメンの効果的な臨床設計を可能とする。
本発明の核酸分子はまた、例えば、核酸の発現を調節する化合物を同定するための薬物スクリーニングのアッセイにおいても有用である。
本発明の核酸分子はまた、細胞が異常な遺伝子発現をしている患者の遺伝子治療においても有用である。従って、エキソビボで操作されそして患者に戻された患者の細胞を含む組換え細胞は、個体へ導入され、ここで組換え細胞は、所望されるタンパク質を産生し個体を処置する。
（ＳＮＰ遺伝子決定方法）
どの特定のヌクレオチド（すなわち対立遺伝子）が、一以上のＳＮＰ位置の各々に存在するかを決定するプロセス（例えば、表１および／または表２に開示される核酸分子のＳＮＰ位置）は、ＳＮＰ遺伝子型特定と称される。本発明は、以下において使用するためのようなＳＮＰ遺伝子型特定の方法を提供する：心臓血管疾患（特に、心筋梗塞または脳卒中など急性冠状動脈事象）を発症する個体の危険性を評価することおよび疾患の重篤度および回復に関して個体の予後を評価すること、以前に急性冠状動脈事象を経験している個体が１つ以上の再発性の急性冠状動脈事象を経験する可能性を予測すること、心臓血管障害を発症する感受性の増加（例えば、１つ以上の心筋梗塞または脳卒中を経験する危険性の増加）を有する個体に基づいて個体に対して予防レジメンまたは処置レジメンを実行すること、心臓血管疾患に対するスタチン処置に応答する個体の可能性を評価すること、処置レジメンを選択すること（例えば、心臓血管疾患を有する個体にスタチン処置を適用するか否かを決定すること、または特定のスタチンベースの処置レジメン（例えば、スタチン処置の適用の投薬量および／または頻度）を処方もしくは選択すること、または投与されるスタチンの形態／タイプ（例えば、特定の薬学的組成物または薬学的化合物）を選択することなど）、スタチン処置からの毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を決定すること、またはスタチンの臨床試験のために個体を選択すること（例えば、スタチン処置から陽性に応答する可能性か最も高い個体を上記臨床試験に参加させるために個体を選択すること）など。
核酸サンプルは、当該分野において周知の方法によって遺伝子特定され、どの対立遺伝子が、目的の任意の所定遺伝子領域（例えば、ＳＮＰ位置）に存在するかを決定し得る。隣接する配列が、オリゴヌクレオチドプローブのようなＳＮＰ検出試薬を設計するために使用され得、このプローブは必要に応じてキットフォーマット中に与えられ得る。代表的なＳＮＰ遺伝子特定方法は、Ｃｈｅｎら、「Ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ：ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｐｒｏｔｏｃｏｌ，ｃｏｓｔ ａｎｄ ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ」、Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｊ．２００３；３（２）：７７−９６；Ｋｗｏｋら、「Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ」、Ｃｕｒｒ Ｉｓｓｕｅｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２００３ Ａｐｒ；５（２）：４３−６０；Ｓｈｉ、「Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ： ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｔａｒｇｅｔｓ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ ｇｅｎｅｓ」、Ａｍ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ．２００２；２（３）：１９７−２０５；およびＫｗｏｋ、「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ」、Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ２００１；２：２３５−５８に記載される。高処理のＳＮＰ遺伝子型特定についての代表的な技術は、Ｍａｒｎｅｌｌｏｓ、「Ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ＳＮＰ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ」、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｄｅｖｅｌ．２００３ Ｍａｙ；６（３）：３１７−２１に記載される。一般のＳＮＰ遺伝子特定方法としては、ＴａｑＭａｎアッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、配列されたプライマー伸長、均質なプライマーの伸長アッセイ、質量分析法による検出を伴うプライマー伸長、高熱配列決定（ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、遺伝子アレイで選別される複合プライマーの伸長、周期的増幅（ｒｏｌｌｉｎｇ ｃｉｒｃｌｅ）を伴うライゲーション、同質のライゲーション、ＯＬＡ（米国特許第４，９８８，１６７号）、遺伝子アレイで選別される複合ライゲーション反応、制限断片長の多型、一塩基の伸長タグアッセイおよびインベーダーアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。このような方法は、例えば、発光または化学発光の検出、蛍光検出、時間分解型蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー伝達、蛍光偏光、質量分析、および電気検出のような検出機構と組み合わせて用いられ得る。
多型を検出するための種々の方法としては、切断因子からの保護がＲＮＡ／ＲＮＡ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖において不一致の塩基を検出する方法（Ｍｙｅｒｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２（１９８５）；Ｃｏｔｔｏｎら、ＰＮＡＳ ８５：４３９７（１９８８）およびＳａｌｅｅｂａら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５（１９９２））、改変体および野生型の核酸分子の電気泳動の移動度の比較（Ｏｒｉｔａら、ＰＮＡＳ ８６：２７６６（１９８９）；Ｃｏｔｔｏｎら、Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４（１９９３）；およびＨａｙａｓｈｉら、Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９（１９９２））ならびに変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を用いる変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおいて多型フラグメントまたは野生型フラグメントの移動をアッセイすること（Ｍｙｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５（１９８５））が挙げられるが、これらに限定されない。特定の位置での配列変動はまた、ＲＮａｓｅ保護およびＳ１保護のような、ヌクレアーゼプロテクションアッセイまたは化学切断方法によっても調べられ得る。
好ましい実施形態において、ＳＮＰ遺伝子型特定は、５’ヌクレアーゼアッセイとしても公知であるＴａｑＭａｎアッセイを用いて実施される（米国特許第５，２１０，０１５号および同第５，５３８，８４８号）。ＴａｑＭａｎアッセイは、ＰＣＲの間に特定の増幅産物の蓄積を検出する。ＴａｑＭａｎアッセイは、蛍光レポーター色素およびクエンチャー色素を用いて標識されたオリゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での放射線照射によって励起され、蛍光共鳴エネルギー伝達（ＦＲＥＴ）と呼ばれるプロセスを介して同一のプローブ中のクエンチャー色素へエネルギーを伝達する。このプローブへ取り付けられた場合、励起されたレポーター色素は、シグナルを放射しない。インタクトのプローブにおいてクエンチャー色素とレポーター色素の近さは、レポーターについての減少した蛍光を維持する。レポーター色素およびクエンチャー色素は、それぞれ最も５’の末端および最も３’の末端に有り得るか、またはその逆であり得る。あるいは、レポーター色素は、最も５’の末端または最も３’の末端にあり得るが、クエンチャー色素は、内部のヌクレオチドに取り付けられる（またはこの逆）。さらに別の実施形態において、レポーターおよびクエンチャーの両方、互いに離れて内部のヌクレオチドへ取り付けられ得、その結果レポーターの蛍光は、減少される。
ＰＣＲの間、ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性がプローブを切断し、それによってレポーター色素とクエンチャー色素とを分離し、そして結果として、レポーターの蛍光の上昇を生じる。ＰＣＲ産物の蓄積は、レポーター色素の蛍光の上昇を直接モニタリングすることにより検出される。ＤＮＡポリメラーゼは、プローブがＰＣＲの間に増幅される標的ＳＮＰ含有鋳型にハイブリダイズする場合にのみ、レポーター色素とクエンチャー色素との間のプローブを切断し、かつプローブは、特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在する場合にのみ、標的ＳＮＰ部位にハイブリダイズするように設計されている。
好ましいＴａｑＭａｎプライマーおよびＴａｑＭａｎプローブの配列は、本明細書中で提供されるＳＮＰおよび関連する核酸配列情報を用いて、容易に決定され得る。Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）のようなコンピュータープログラムの多くは、最適なプライマー／プローブのセットを容易に得るために使用され得る。本発明のＳＮＰを検出するためのこのようなプライマーおよびプローブが、心臓血管障害（例えば、急性冠状動脈事象）の発症に感受性である個体についてスクリーニングすることまたは心臓血管障害を有する個体をスタチン処置に応答するそれらの可能性についてスクリーニングすることにおいて有用であることが、当業者に明らかである。これらのプローブおよびプライマーは、キット形式に容易に組み込まれる得る。本発明はまた、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｅａｃｏｎプローブ（米国特許第５，１１８，８０１号および同第５，３１２，７２８号）ならびに他の改変形式（米国特許第５，８６６，３３６号および同第６，１１７，６３５号）の使用のような、当該分野において周知のＴａｑｍａｎアッセイの改変を含む。
本発明のＳＮＰを遺伝子型特定するための別の好ましい方法は、ＯＬＡにおける二つのオリゴヌクレオチドプローブの使用である（例えば、米国特許第４，９８８，６１７号を参照）。この方法において、一つのプローブは、その最も３’末端にＳＮＰ部位が整列した、標的核酸のセグメントにハイブリダイズする。第二のプローブは、標的核酸分子の第一のプローブのすぐ３’に隣接するセグメントにハイブリダイズする。二つの並列したプローブは、標的核酸分子にハイブリダイズし、そして、もし第一のプローブの最も３’のヌクレオチドとＳＮＰ部位との間に完全な相補性があれば、リガーゼのような結合剤の存在下で連結される。ミスマッチがある場合、連結は起こらない。反応後、連結されたプローブは、標的核酸分子から分離され、そしてＳＮＰの存在の指標として検出される。
以下の特許、特許出願、および公開されている国際特許出願は、全て、本明細書で参考により援用され、種々の形式のＯＬＡを実施するための技術に関するさらなる情報を提供する：米国特許第６０２７８８９号、同第６２６８１４８号、同第５４９４８１０号、同第５８３０７１１号、および同第６０５４５６４号は、ＳＮＰ検出を実施するためのＯＬＡストラテジーを記載する；ＷＯ ９７／３１２５６およびＷＯ ００／５６９２７は、ユニバーサルアレイを用いたＳＮＰ検出を実施するためのＯＬＡストラテジーを記載し、ここで、ジップコード配列は、ハイブリダイゼーションプローブの一つに導入され得、かつ結果として生じた産物（もしくは増幅産物）は、ユニバーサルジップコードアレイにハイブリダイズし得る；米国特許出願ＵＳ０１／１７３２９（および０９／５８４，９０５）は、ＯＬＡ（もしくはＬＤＲ）、続いてＰＣＲを記載し、ここで、ジップコードはＯＬＡプローブに組み込まれ、かつ増幅されたＰＣＲ産物は、電気泳動もしくはユニバーサルジップコードアレイ読み出し装置により決定される；米国特許出願６０／４２７８１８、同６０／４４５６３６および同６０／４４５４９４は、ＳＮＰｌｅｘ法およびＯＬＡに続くＰＣＲを用いた多重ＳＮＰ検出のためのソフトウェアを記載し、ここで、ジップコードは、ＯＬＡプローブに組み込まれ、かつ増幅されたＰＣＲ産物は、ジップシュート（ｚｉｐｃｈｕｔｅ）試薬とハイブリダイズし、かつＳＮＰの同定は、ジップシュートの電気泳動読み出し装置により決定される。いくつかの実施形態において、ＯＬＡは、ＰＣＲ（もしくは別の核酸増幅方法）の前に実施される。他の実施形態において、ＰＣＲ（もしくは他の核酸増幅方法）は、ＯＬＡの前に実施される。
ＳＮＰを遺伝子型決定するための別の方法は、質量分析に基づく。質量分析は、ＤＮＡの４種のヌクレオチドの各々の固有の質量を利用する。ＳＮＰは、代替的なＳＮＰ対立遺伝子を有する核酸の質量の差異を測定することにより、質量分析によって明白に遺伝子型決定され得る。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ−Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ）質量分析技術が、ＳＮＰのような分子質量のきわめて正確な決定のために好ましい。ＳＮＰ分析に対する数多くのアプローチが、質量分析に基づいて開発されている。好ましい質量分析に基づくＳＮＰを遺伝子型決定する方法は、プライマー伸長アッセイを含み、これも、従来のゲルに基づく形式およびマイクロアレイのような他の適用と組み合わせて利用され得る。
代表的に、プライマー伸長アッセイは、標的ＳＮＰ部位から（５’）上流の鋳型ＰＣＲアプリコンに対する、プライマーの設計およびアニールを含む。ジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ）および／もしくはデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の混合物を、鋳型（例えば、ＰＣＲなどにより代表的に増幅されている、ＳＮＰ含有核酸分子）、プライマー、およびＤＮＡポリメラーゼを含有する反応混合物に添加する。プライマーの伸長は、混合物中のｄｄＮＴＰのうちの一つに対して相補的なヌクレオチドが生じる鋳型中の最初の部位で、終結する。プライマーは、ＳＮＰ部位に直接隣接する（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドは、標的ＳＮＰ部位の隣のヌクレオチドにハイブリダイズする）か、もしくはＳＮＰ部位から二つ以上のヌクレオチド離れているかのどちらかであり得る。プライマーが、標的ＳＮＰ部位から数ヌクレオチド離れている場合、唯一の制限は、プライマーの３’末端とＳＮＰ部位との間の鋳型配列が、検出されるべきものと同じ型のヌクレオチドを含まないこと、またはこのことが、伸長プライマーの未完成な終結を引き起こすことである。あるいは、全ての４種のｄｄＮＴＰのみが、ｄＮＴＰなしで反応混合物に添加される場合、プライマーは常に、標的ＳＮＰ部位に対応するただ一つのヌクレオチドにより伸長される。この場合、プライマーは、ＳＮＰ部位より一つ上流のヌクレオチドに結合するために設計される（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドは、標的ＳＮＰ部位の５’側で標的ＳＮＰ部位に直接隣接するヌクレオチドにハイブリダイズする）。ただ一つのヌクレオチドによる伸長は、伸長されるプライマーの全体の質量を最小にし、それにより、代替的なＳＮＰヌクレオチドの間の質量の差異の分解能を上昇させるので、ただ一つのヌクレオチドによる伸長が好ましい。さらに、非改変ｄｄＮＴＰのプライマー伸長反応に代えて、質量標識されたｄｄＮＴＰが用いられ得る。このことは、これらのｄｄＮＴＰにより伸長されたプライマーの間の質量の差異を上昇させ、それにより、上昇する感度および精度を提供し、そして特に、ヘテロ接合の塩基部位を決定するために有用である。質量標識はまた、集中的なサンプル調製手順の必要性を軽減し、そして質量分析の必要とされる分解能を低下させる。
伸長されたプライマーは、次に精製され得、そして、標的ＳＮＰ部位に存在しているヌクレオチドの同一性を決定するために、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析により分析され得る。分析の一つの方法において、プライマー伸長反応からの生成物は、マトリックスを形する光吸収結晶と組み合わせられる。次に、このマトリックスは、核酸分子をイオン化し、そして気体相に脱着するために、レーザーのようなエネルギー源により打ち付けられる。次に、イオン化された分子は、飛行管内に放射され、そして加速されて検出器に向かってこの管を下る。レーザーパルスのようなイオン化現象と分子が検出器と衝突する間の時間は、その分子の飛行時間である。飛行時間は、イオン化された分子の電荷に対する質量比（ｍ／ｚ）と正確に相関する。より小さいｍ／ｚを有するイオンは、より大きいｍ／ｚを有するイオンよりも早くこの管を下って進行し、そしてそのため、このより軽いイオンは、より重いイオンの前に検出器に到達する。したがって、飛行時間は、対応する、かつ非常に正確なｍ／ｚに変換される。この様式で、ＳＮＰは、一塩基部分に異なるヌクレオチドを有する核酸分子において固有の、質量のわずかな差異、および対応する飛行時間の差異に基づいて同定され得る。ＳＮＰ遺伝子型決定のための、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析と関連するプライマー伸長反応アッセイの使用に関するさらなる情報については、例えば、Ｗｉｓｅら、「Ａ ｓｔａｎｄａｒｄ ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｆｏｒ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｉｍｅｒ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｕｓｉｎｇ ｍａｔｒｉｘ−ａｓｓｉｓｔｅｄ ｌａｓｅｒ ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ ｔｉｍｅ−ｏｆ−ｆｌｉｇｈｔ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ」、Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．２００３；１７（１１）：１１９５−２０２を参照のこと。
以下の参考は、ＳＮＰ遺伝子型決定のための質量分析に基づく方法を記載する、さらなる情報を提供する：Ｂｏｃｋｅｒ、「ＳＮＰ ａｎｄ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｕｓｉｎｇ ｂａｓｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｌｅａｖａｇｅ ｓｎｄ ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ」、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２００３年７月；１９補遺１：Ｉ４４−Ｉ５３；Ｓｔｏｒｍら、「ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ−ｂａｓｅｄ ＳＮＰ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２００３；２１２：２４１−６２；Ｊｕｒｉｎｋｅら、「Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ＭａｓｓＡＲＲＡＹ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｆｏｒ ｈｉｇｈ ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ」、Ａｄｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｅｎｇ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２；７７：５７−７４；およびＪｕｒｉｎｋｅら、「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ＤＮＡ ＭａｓｓＡｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２００２；１８７：１７９−９２。
ＳＮＰはまた、直接のＤＮＡ配列決定によっても評価され得る。種々の自動化配列決定手順が利用され得（（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８）、これらとしては、質量分析による配列決定が挙げられる（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら、Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２（１９９６）；およびＧｒｉｆｆｉｎら、Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９（１９９３）を参照のこと）。本発明の核酸配列は、当業者がこのような自動化配列決定手順のための配列決定プライマーを容易に設計することを可能にする。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ３７７、３１００、３７００、３７３０、および３７３０ｘｌ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）のような商業的な機器が、自動化配列決定のために、当該分野において一般的に使用される。
本発明のＳＮＰの遺伝子型を決定するために使用され得る他の方法としては、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）および変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）が挙げられる（Ｍｙｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５（１９８５））。ＳＳＣＰは、Ｏｒｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．に記載のように、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動移動度の変化により、塩基の差異を識別する。一本鎖ＰＣＲ産物は、二本鎖ＰＣＲ産物を加熱するか、もしくはそれ以外で変性させることにより生成され得る。一本鎖核酸は、塩基配列に部分的に依存する二次構造を、再び折りたたむか、もしくは形成し得る。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、ＳＮＰ部位の塩基配列の差異に関連する。ＤＧＧＥは、多型ＤＮＡに固有の異なる配列依存的安定性および融解特性、ならびに変性勾配ゲルにおける電気泳動移動度パターンの対応する差異に基づいて、ＳＮＰ対立遺伝子を識別する（Ｅｒｌｉｃｈ、編、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９２、７章）。
配列特異的リボザイム（米国特許第５，４９８，５３１号）はまた、リボザイム切断部位の発生もしくは消失に基づいてＳＮＰを評価するために、使用され得る。完全にマッチする配列は、ヌクレアーゼ切断消化アッセイによるか、もしくは融解温度の差異により、ミスマッチ配列と区別され得る。ＳＮＰが制限酵素切断部位に影響する場合、ＳＮＰは、制限酵素消化パターンの変化、およびゲル電気泳動により決定される核酸フラグメントの長さの対応する変化により確認され得る。
ＳＮＰ遺伝子型決定は、例えば、ヒト被験体から生物学的サンプル（例えば、組織、細胞、流体、分泌物などのサンプル）を収集する工程、サンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡもしくは両方）を単離する工程、標的核酸領域のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で、標的ＳＮＰを含む単離された核酸の領域に特異的にハイブリダイズする一つ以上のプライマーに、核酸を接触させる工程、そして、本発明のＳＮＰ部位に存在するヌクレオチドを決定する工程、または、いくつかのアッセイにおいては、増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程（アッセイは、特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在するか、もしくは存在しない場合にのみ、ハイブリダイゼーションおよび／もしくは増幅が生じるように設計され得る）を包含し得る。いくつかのアッセイにおいて、増幅産物の大きさは、検出され、そしてコントロールサンプルの長さと比較される；例えば、欠損および挿入は、正常な遺伝子型と比較した増幅産物の大きさの変化により検出され得る。
ＳＮＰ遺伝子型決定は、以下に記載のような数多くの実用的な適用のために有用である。このような適用の例としては、ＳＮＰ−疾患関連分析、疾患素因スクリーニング、疾患診断、疾患予後判断、疾患経過モニタリング、個体の遺伝子型に基づく治療ストラテジーの決定（薬理ゲノミクス）、疾患もしくは薬物に対する応答の見込みに関連したＳＮＰ遺伝子型に基づく治療剤の開発、処置レジメンについての臨床試験のための患者母集団の層別化、個体が治療剤により有害な副作用を経験する可能性の予測、ならびに法医学のようなヒトの確認適用が挙げられるが、これらに限定されない。
（ＳＮＰと表現型形質との間の遺伝子型関連の分析）
疾患診断、疾患素因スクリーニング、疾患予後、薬物反応性の決定（薬理ゲノム学）、薬物毒性スクリーニングおよび本明細書中に記載される他の用途のためのＳＮＰ遺伝子型特定は、代表的に、１種以上の特定のＳＮＰと目的の特定の表現型形質との間の遺伝的関連を最初に確立することに依存する。
異なる研究設計が、遺伝的関連研究のために使用され得る（Ｍｏｄｅｒｎ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ（１９９８），６０９−６２２）。観察研究は最も頻繁に実施され、この研究において、患者の応答は妨害されない。第１の型の観察研究は、疾患の予測される原因が存在する人のサンプルと、予測される原因が存在しない人の別のサンプルを同定し、次いで、２つのサンプルにおける疾患の発症頻度が比較される。これらの標本抽出された集団はコホートと呼ばれ、この研究は、前向き研究である。他の型の観察研究は、ケース−コントロールまたは後向き研究である。代表的なケース−コントロール研究において、サンプルは、疾患の特定の徴候のような目的の表現型を有する個体（ケース）、および、結論が導かれる集団（標的集団）における表現型（コントロール）を有さない個体から、収集される。次いで、疾患の可能な原因が、過去に遡って調査される。ケース−コントロール研究においてサンプルを収集する時間および費用が、前向き研究にかかるものよりもかなり少ないので、ケース−コントロール研究は、少なくとも、探索および発見の段階の間、遺伝的関連の研究において、最も一般的に使用される研究設計である。
両方の型の観察研究において、考慮されるべき強力な交絡因子が存在し得る。交絡因子は、疾患の実際の原因および疾患自体の両方に関連するものであり、そして、年齢、性別、民族性ならびに環境因子のような人口統計学的情報を含む。研究において、交絡因子がケースおよびコントロールで適合せず、そして、適切に制御されない場合、偽の関連結果が生じ得る。強力な交絡因子が同定される場合、これらは、以下に説明される分析方法により制御されるべきである。
遺伝的関連研究において、試験されるべき目的の原因は、特定の対立遺伝子またはＳＮＰ、またはいくつかのＳＮＰからの対立遺伝子もしくはハプロタイプの組合せである。従って、標本抽出された個体からの組織生検（例えば、全血）が収集され得、ゲノムＤＮＡが、目的のＳＮＰについて遺伝子型を特定される。目的の表現型形質に加えて、人口統計学的情報（例えば、年齢、性別、民族性など）、臨床的情報および環境的情報のような、形質の出現に影響を及ぼし得る他の情報が収集されて、サンプルセットをさらに特徴付け、そして定義し得る。多くの場合、これらの因子は、疾患および／またはＳＮＰ対立遺伝子頻度に関連することが知られている。見込みのある遺伝子−環境および／または遺伝子−遺伝子の相互作用もまた存在する。遺伝子−環境および遺伝子−遺伝子の相互作用に取り組むための分析方法（例えば、２つの異なる遺伝子における両方の感受性対立遺伝子の存在の効果が、２つの遺伝子における個々の対立遺伝子の効果を合わせたものよりも大きい可能性がある）は、以下に議論される。
全ての関連する表現型および遺伝子型情報が得られた後、統計的分析を実施して、対立遺伝子または遺伝子型の存在と個体の表現型特徴との間に任意の有意な相関があるかどうかを決定する。好ましくは、遺伝的関連についての統計的試験を実施する前に、データの検査および精選がまず実施される。サンプルの疫学的および臨床的データは、表およびグラフを用いて、記述統計学によりまとめられ得る。データの評価は、好ましくは、データの完成性、矛盾したエントリーおよび異常値についてチェックするために実施される。次いで、χ二乗検定およびｔ検定（分布が正常でない場合は、ウィルソン順位和検定）を用いて、それぞれ、離散型変数および連続型変数についてのケースとコントロールとの間の有意差についてチェックし得る。遺伝子型の質を保証するために、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ不均衡検定がケースおよびコントロールについて別個に実施され得る。個々のマーカーについてのケースおよびコントロールの両方におけるＨａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ不均衡（ＨＷＥ）からの有意な偏差は、遺伝子型の誤差の指標であり得る。ＨＷＥがマーカーの大半で違反される場合、これは、さらに調査されるべき集団下部構造の指標である。さらに、ケースのみにおいて、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ不均衡は、マーカーの疾患との遺伝的関連を示唆し得る（Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｗｅｉｒ Ｂ．，Ｓｉｎａｕｅｒ（１９９０））。
単一のＳＮＰの対立遺伝子が、表現型形質のケースまたはコントロールの状態に関連するかどうかを試験するために、当業者は、ケースおよびコントロールにおける対立遺伝子の頻度を比較し得る。標準的なχ二乗検定およびフィッシャーの正確検定が、２×２の表（２つのＳＮＰ対立遺伝子×２つの目的の分類形質における結果）について実施され得る。ＳＮＰの遺伝子型が関連するかどうかを試験するために、χ二乗検定が、３×２の表（３つの遺伝子型×２つの結果）について実施され得る。スコア検定がまた、遺伝子型関連について実施され、ケースおよびコントロールにおける３つの遺伝子型頻度（主なホモ接合性、ヘテロ接合性および少数のホモ接合性）を対照させ、そして、遺伝の３つの異なる様式、すなわち、優性（対比係数２，−１，−１）、相加的（対比係数１，０，−１）および劣性（対比係数１，１，−２）を用いて、傾向を探索する。少数の対立遺伝子 対 主要な対立遺伝子についてのオッズ比、ならびに、ヘテロ接合性改変体およびホモ接合性改変体 対 野生型の遺伝子型についてのオッズ比が、所望の信頼限界（通常は９５％）を用いて算出される。
混同（ｃｏｎｆｏｕｎｄｅｒ）を制御し、交互作用および効果モディファイアを試験するために、人口統計学的情報（例えば、年齢、民族および性別）または交互作用要素もしくは効果モディファイア（例えば、公知の主要遺伝子（例えば、アルツハイマー病についてのＡＰＯＥ、または自己免疫疾患についてのＨＬＡ））または環境因子（例えば、肺癌における喫煙）を含む、混乱を生じる可能性のある層別化した因子を用いて、層別化した分析が実施され得る。層別化した関連試験は、０、１および２の改変体の対立遺伝子を有する遺伝子型の序数的性質を考慮に入れるＣｏｃｈｒａｎ−Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ検定を用いて実施され得る。ＳｔａｔＸａｃｔによる完全検定（ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔ）がまた、計算的に可能な場合実施され得る。混乱モディファイア効果を調節し、交互作用について試験するための別の方法は、ＳＡＳまたはＲのような統計的パッケージを用いて、逐次重ロジスティック回帰分析を実施することである。ロジスティック回帰は、モデル構築技術であり、ここで、最もフィットし、かつ最も倹約な（ｐａｒｓｉｍｏｎｉｏｕｓ）モデルが構築され、二分法の結果（例えば、特定の疾患を有するか否か）と、一連の独立した変数（例えば、別個の関連する遺伝子の遺伝子型、ならびに関連す得る人口統計学因子および環境因子）との間の関連を記述する。最も一般的なモデルは、オッズ比のロジット変換が、変数（主要効果）とそのクロス積項（ｃｒｏｓｓ−ｐｒｏｄｕｃｔ ｔｅｒｍｓ）（交互作用）との一次結合（ｌｉｎｅａｒ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）として表されるものである（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｌｏｇｉｓｔｉｃ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ，Ｈｏｓｍｅｒ ａｎｄ Ｌｅｍｅｓｈｏｗ，Ｗｉｌｅｙ（２０００））。特定の変数または交互作用が、結果と有意に関連するかどうかを試験するために、このモデルにおける係数をまず推定し、次いで、ゼロからのその逸脱（ｄｅｐａｒｔｕｒｅ）の統計的有意差について試験される。
１つのマーカーについての関連の検定を同時に実施することに加え、ハプロタイプ関連分析がまた、互いに密接に連鎖される多数のマーカーを調べるために実施され得る。試験されるマーカーが、それ自体疾患を生じる変異ではないが、このような変異と連鎖不均衡である場合、ハプロタイプ関連試験は、遺伝子型関連試験または対立遺伝子関連試験よりも強力であり得る。この試験は、なお、疾患が、実際に、ハプロタイプに関する対立遺伝子の組み合わせにより生じる場合により強力である（例えば、ＡＰＯＥは、互いに非常に密接している２つのＳＮＰにより形成されたハプロタイプである）。ハプロタイプ関連を効果的に実施するために、マーカー−マーカー連鎖不均衡の指標（Ｄ’およびＲ２の両方）が、代表的には、ハプロタイプ構造を明らかにするために、遺伝子内のマーカーについて算出される。連鎖不均衡における最近の研究（Ｄａｌｙら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２９，２３２−２３５，２００１）は、遺伝子内のＳＮＰが、ブロックパターンで組織化され、ブロック内に高い程度の連鎖不均衡が存在し、そして、ごくわずかの連鎖不均衡しかブロック間に存在しないことを示している。一旦これらが明らかにされると、疾患状態とのハプロタイプ関連が、このようなブロックを用いて実施され得る。
ハプロタイプ関連試験は、対立遺伝子関連試験および遺伝子型関連試験と同じ様式で実施され得る。遺伝子における各ハプロタイプは、多対立遺伝子マーカーにおける対立遺伝子と類似する。当業者は、ケースおよびコントロールにおけるハプロタイプの頻度を比較するか、または、異なる対のハプロタイプとの遺伝子関連を試験し得る。プログラム「ｈａｐｌｏ．ｓｃｏｒｅ」を用いて、ハプロタイプについてスコア試験がなされ得ることが提案されている（Ｓｃｈａｉｄら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，７０，４２５−４３４，２００２）。この方法において、ハプロタイプはまず、ＥＭアルゴリズムによって推測され、そして、他の因子の調節を可能にする一般化線形モデル（ＧＬＭ）フレームワークを用いて、スコア試験が実施される。
遺伝子関連試験の実施における重要な決定は、有意なレベルの決定であり、試験のｐ値がそのレベルに到達するときに、有意な関連が示され得る。正のヒットがその後の確認試験において追跡される、探索分析において、調節されていないｐ値＜０．１（寛大な側の有意差レベル）が、ＳＮＰの、疾患の特定の表現型特徴との有意な関連についての仮説を作成するために使用され得る。ＳＮＰが疾患と関連を有するとみなされるためには、ｐ値＜０．０５（当該分野で従来使用されている有意差レベル）が達成されることが好ましい。関連が示されるためには、ｐ値＜０．０１（厳密な側の有意差レベル）が達成されることがより好ましい。ヒットが、同じ供給源のより多くのサンプル、または、異なる供給源の異なるサンプルにおける確認分析において追跡される場合、複数の試験についての調節が、実験−ワイズ（ｗｉｓｅ）誤差率を０．０５に維持しつつ、過剰数のヒットを避けるように実施される。異なる種類の誤差率をコントロールするための複数の試験について調節するための異なる方法が存在するが、一般に使用されるがやや保守的な方法は、実験−ワイズ誤差率またはファミリー−ワイズ誤差率を制御するためのＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正である（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ ａｎｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｔｅｓｔｓ，Ｗｅｓｔｆａｌｌら、ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（１９９９））。誤り発見率（ＦＤＲ）を制御するための並べ替え検定が、より強力であり得る（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ ａｎｄ Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｏｙａｌ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｓｅｒｉｅｓ Ｂ ５７，１２８９−１３００，１９９５，Ｒｅｓａｍｐｌｉｎｇ−ｂａｓｅｄ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｔｅｓｔｉｎｇ，Ｗｅｓｔｆａｌｌ ａｎｄ Ｙｏｕｎｇ，Ｗｉｌｅｙ（１９９３））。多様性を制御するためのこのような方法は、試験が依存的である場合に好まれ、誤り発見率の制御は、実験−ワイズ誤差率の制御と対抗するのに十分である。
統計学的に有意なマーカーが探索段階で同定された後の異なる集団に由来するサンプルを用いる複製研究において、次いで、メタ分析が異なる研究の証拠を合わせることによって実施され得る（Ｍｏｄｅｒｎ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，１９９８，６４３−６７３）。利用可能な場合、同じＳＮＰについての当該分野で公知の関連結果がメタ分析に包含され得る。
遺伝子型の特定と疾患状態の分類の両方が、誤りを含み得るので、オッズ比およびｐ値が、遺伝子型の特定および疾患分類の誤差率についての種々の推定の際にどのように変化するかを見るために、感度分析を実施し得る。
疾患の罹患率が異なる下位集団群と関連する場合、ケースとコントロールとの間の下位集団ベースの標本抽出の偏りが、ケース−コントロール関連研究における偽の結果をもたらし得ることは周知である（ＥｗｅｎｓおよびＳｐｉｅｌｍａｎ，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６２，４５０−４５８，１９９５）。このような偏りはまた、遺伝的関連研究における統計学的な力の消失をもたらし得る。集団の層別化を検出するために、ＰｒｉｔｃｈａｒｄおよびＲｏｓｅｎｂｅｒｇは、疾患と連鎖しないマーカーを分類し、これらのマーカーに関する関連試験の結果を使用して、任意の集団層別化が存在するかどうかを決定することを示唆した（Ｐｒｉｔｃｈａｒｄら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎ．１９９９，６５：２２０−２２８）。層別化が検出される場合、ＤｅｖｌｉｎおよびＲｏｅｄｅｒに提案されたようなゲノムコントロール（ＧＣ）法（Ｄｅｖｌｉｎら、Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ １９９９，５５：９９７−１００４）が、集団層別化に起因する試験統計のインフレーションを調節するために使用され得る。ＧＣ法は、集団構造レベルの変化に対して堅固であり、かつ、ＤＮＡプール設計に適用可能である（Ｄｅｖｌｉｎら、Ｇｅｎｅｔ．Ｅｐｉｄｅｍ
．２０００１，２１：２７３−２８４）。
１５〜２０のリンクしないマイクロサテライトマーカーを用いる、Ｐｒｉｔｃｈａｒｄ法が推奨されるが、集団層別化を検出するのに十分な力を得るために、３０以上の二対立遺伝子マーカーを使用することを示唆した。ＧＣ法については、約６０〜７０の二対立遺伝子マーカーが、集団層別化に起因する試験統計についてのインフレーション因子を推定するために十分であることが示されている（Ｂａｃａｎｕら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２０００，６６：１９３３−１９４４）。従って、７０の遺伝子間のＳＮＰは、ゲノムスキャンにおいて示されるものとリンクしない領域において選択され得る（Ｋｅｈｏｅら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９９９，８：２３７−２４５）。
一旦、個々の危険因子（遺伝的または非遺伝的）が、疾患に対する素因について見出されると、次の工程は、カテゴリー（例えば、疾患または疾患なし）を予測するための分類／予測スキームを設定することであり、このカテゴリーは、個体がその関連するＳＮＰの遺伝子型および他の非遺伝的危険因子に依存しているかということである。別個の形質についてのロジスティック回帰、および、連続的な形質についての線形回帰は、このような仕事についての標準的な技術である（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｄｒａｐｅｒ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ，Ｗｉｌｅｙ（１９９８））。さらに、他の技術がまた、分類を設定するために使用され得る。このような技術としては、異なる方法の性能の比較における用途に適切なＭＡＲＴ、ＣＡＲＴ、神経ネットワークおよび判別分析が挙げられるが、これらに限定されない（Ｔｈｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｏｆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｌｅａｒｎｉｎｇ，Ｈａｓｔｉｅ，Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ ＆ Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ（２００２））。
（疾患の診断および素因のスクリーニング）
遺伝子型と疾患に関連する表現型との間の関連／相関に関する情報は、いくつかの方法で活用され得る。例えば、１つ以上のＳＮＰと、処置が利用可能な疾患に対する素因との間の高度に統計的に有意な関連の場合は、個体におけるこのような遺伝子型パターンの検出は、処置の即時管理、または、少なくとも、個体の定期的なモニタリングの制度を正当化し得る。子供をもうけようと意図している夫婦における、深刻な疾患に関連する感受性対立遺伝子の検出はまた、その生殖決定において、夫婦に価値あるものであり得る。ＳＮＰとヒトの疾患との間の、弱いが、なお統計学的に有意な関連の場合、即時の治療的介入またはモニタリングは、感受性対立遺伝子またはＳＮＰを検出した後に正当化されないこともある。それにもかかわらず、被験体は、単純なライフスタイルの変化（例えば、食事、運動）を始めることを動機付けされ得、このライフスタイルの変化は、個体がほとんど、または全く費用をかけずに達成され得るが、個体が感受性対立遺伝子を有することによって危険性が増加し得る、状態を発症する危険性を減少するという、強力な利点を与え得る。
本発明のＳＮＰは、異なる方法で、心臓血管障害（例えば、急性冠状動脈事象）、またはスタチン処置に対する個体の応答性に対して寄与し得る。いくつかの多型は、タンパク質コード配列内で生じ、そして、タンパク質の構造に影響を及ぼすことによって、疾患の表現型に寄与する。他の多型が、非コーディング領域で生じるが、例えば、複製、転写および／または翻訳への影響を介して、間接的に表現型上の効果を発揮し得る。単一のＳＮＰが、１つ以上の表現型形質に影響を及ぼし得る。同様に、単一の表現型形質は、異なる遺伝子の複数のＳＮＰにより影響を受け得る。
本明細書中で使用される場合、用語「診断する」、「診断」および「診断学」としては、以下のいずれかが挙げられるがこれらに限定されない：個体が現在有し得る心臓血管障害の検出、素因／感受性のスクリーニング（例えば、個体が将来的に急性冠状動脈事象を経験する危険性の増加を有するか否かの決定、または、個体が将来的に急性冠状動脈事象を経験する危険性の減少を有するか否かの決定）、心臓血管疾患を現在有するかまたは心臓血管疾患を以前に経験したことが知られている個体における心臓血管障害の特定の型もしくはサブクラスの決定、以前になされた心臓血管障害の診断の確認もしくは補足、心臓血管障害に対するスタチン処置に応答する個体の可能性の評価、素因のスクリーニング（例えば、個体が将来的に心臓血管障害を発症した場合にスタチン処置に応答する個体の可能性の評価）、スタチン処置に応答するかもしくは応答しないことが知られる個体における応答者／非応答者の特定の型もしくはサブクラスの決定、スタチン処置に対する応答者／非応答者のような以前に行われた個体の分類の確認もしくは補足、どの治療ストラテジーに個体が最も積極的に応答する可能性があるかを決定するため、もしくは、患者が特定の処置（例えば、スタチン処置）に応答する可能性があるかを予測するための個体の薬理ゲノム学的評価、患者が特定の処置もしくは治療化合物から毒性効果を経験する可能性があるかの予測、ならびに心臓血管障害を有する個体の将来的な予後の評価。このような診断的用途は、個々のＳＮＰもしくは固有の組合せのＳＮＰ、または、本発明のＳＮＰハプロタイプに基づく。
ハプロタイプは、例えば、特定のゲノム領域が、特定の表現型に影響を与える遺伝子座を有するかどうかを決定するために、より少ない数のＳＮＰが遺伝子型を特定され得る点で、特に有用である（例えば、連鎖不均衡ベースのＳＮＰ関連分析）。
連鎖不均衡（ＬＤ）とは、所定の集団における各対立遺伝子の存在の別個の頻度から予測されるものよりも多い頻度での、２つ以上の異なるＳＮＰ部位における対立遺伝子の同時遺伝（例えば、選択的なヌクレオチド）をいう。独立して遺伝される２つの対立遺伝子の同時遺伝の予測される頻度は、第１の対立遺伝子の頻度に第２の対立遺伝子の頻度を乗じたものである。予測された頻度で同時に生じる対立遺伝子は、「連鎖不均衡」であると言われる。対照的に、ＬＤは、２つ以上の異なるＳＮＰ部位における対立遺伝子の間の任意の非ランダムな遺伝的関連をいい、この遺伝的関連は一般に、染色体に沿う２つの遺伝子座の物理的な近接性に起因する。ＬＤは、２つ以上のＳＮＰ部位が、所定の染色体上で互いに密接に物理的に近接している場合に生じ得、従って、これらのＳＮＰ部位における対立遺伝子は、１つのＳＮＰ部位における特定のヌクレオチド（対立遺伝子）が、近くに位置する異なるＳＮＰ部位における特定のヌクレオチド（対立遺伝子）と非ランダムな関連を示す結果のために、複数の世代について分離されていないままである傾向がある。従って、ＳＮＰ部位の１つの遺伝子型を特定することにより、ＬＤにおける他のＳＮＰの遺伝子型を特定したものとほとんど同じ情報が生じる。
種々の程度のＬＤが、いくつかのＳＮＰが他よりもより密接に関連している（すなわち、ＬＤにおいてより強い）という結果を有する２つ以上のＳＮＰの間で遭遇され得る。さらに、染色体に沿ってＬＤが延びる物理的な距離は、ゲノムの異なる領域間で異なり、従って、ＬＤが生じるために必要とされる２つ以上のＳＮＰ部位の間の物理的分離の程度は、ゲノムの異なる領域の間で異なり得る。
診断目的および同様の用途のために、特定のＳＮＰ部位が、例えば、急性冠状動脈事象に対する個体の感受性またはスタチン処置に対する個体の応答を予測するのに有用であることが見出される場合、当業者は、このＳＮＰ部位を有するＬＤにおける他のＳＮＰ部位がまた、スタチン処置に対する個体の応答を予測するのに有用であることを認識する。種々の程度のＬＤは、２つ以上のＳＮＰの間で、いくつかのＳＮＰが他のＳＮＰよりも密接に関連する（すなわち、より強いＬＤにある）という結果に直面され得る。さらに、ＬＤが染色体に沿って延びる物理的距離は、ゲノムの異なる領域の間で異なり、したがってＬＤが生じるために必要な２つ以上のＳＮＰ部位の間の物理的分離の程度は、ゲノムの異なる領域の間で異なり得る。従って、実際に疾患を生じる（原因となる）多型ではないが、このような原因となる多型を有するＬＤ中にある多型（例えば、ＳＮＰおよび／またはハプロタイプ）がまた、有用である。このような場合、原因となる多型を有するＬＤ中にある多型の遺伝子型は、原因となる多型の遺伝子型の予測となり、従って、原因となるＳＮＰにより影響を受ける表現型（例えば、スタチン処置に対する応答者／非応答者）の予測となる。従って、原因となる多型を有するＬＤ中にある多型マーカーは、診断マーカーとして有用であり、そして、実際の原因となる多型が未知である場合、特に有用である。
１以上の原因性多型を有するＬＤ（および／またはある状態と統計上有意な関連を有する１以上の多型を有するＬＤ）において存在する可能性があり、従って原因性／関連性ＳＮＰが診断するために使用される状態と同じ状態を診断するために有用であり得る多型の例としては、例えば、原因性／関連性ＳＮＰと同じ遺伝子領域、同じタンパク質コーディング領域、または同じｍＲＮＡ転写産物コーディング領域における他のＳＮＰが挙げられ、この他のＳＮＰは、原因性／関連性ＳＮＰと同一エクソンもしくは同一イントロン内の他のＳＮＰ、原因性／関連性ＳＮＰと同一ハプロタイプブロック内の他のＳＮＰ、原因性／関連性ＳＮＰと同一遺伝子間領域内の他のＳＮＰ、原因性／関連性ＳＮＰを有する遺伝子の外側にあるがその遺伝子に近い（例えば、遺伝子境界の５’もしくは３’のどちらかの側で６ｋｂ以内）ＳＮＰなどが含まれる。そのような有用なＬＤ ＳＮＰは、例えば、表１〜２に開示されるＳＮＰ間から選択され得る。
ヒトのゲノムにおける連鎖不均衡は、以下で総説されている：Ｗａｌｌら、「Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｂｌｏｃｋｓ ａｎｄ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ」，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ．２００３ Ａｕｇ；４（８）：５８７−９７；Ｇａｒｎｅｒら、「Ｏｎ ｓｅｌｅｃｔｉｎｇ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ：ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｗｏ ａｎｄ ｔｈｒｅｅ ｄｉａｌｌｅｌｉｃ ｌｏｃｉ」，Ｇｅｎｅｔ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．２００３ Ｊａｎ；２４（１）：５７−６７；Ａｒｄｌｉｅら、「Ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ」，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ．２００２ Ａｐｒ；３（４）：２９９−３０９（ｅｒｒａｔｕｍ ｉｎ Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ ２００２ Ｊｕｌ；３（７）：５６６）；およびＲｅｍｍら、「Ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ａｎｄ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｕｓｉｎｇ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２２ ａｓ ａ ｍｏｄｅｌ」；Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２００２ Ｆｅｂ；６（１）：２４−３０；Ｈａｌｄａｎｅ ＪＢＳ（１９１９）Ｔｈｅ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｉｎｋａｇｅ ｖａｌｕｅｓ，ａｎｄ ｔｈｅ ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｓｔａｎｃｅｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ｌｏｃｉ ｏｆ ｌｉｎｋｅｄ ｆａｃｔｏｒｓ．Ｊ Ｇｅｎｅｔ ８：２９９−３０９；Ｍｅｎｄｅｌ，Ｇ．（１８６６）Ｖｅｒｓｕｃｈｅ ｕｅｂｅｒ Ｐｆｌａｎｚｅｎ−Ｈｙｂｒｉｄｅｎ．Ｖｅｒｈａｎｄｌｕｎｇｅｎ ｄｅｓ ｎａｔｕｒｆｏｒｓｃｈｅｎｄｅｎ Ｖｅｒｅｉｎｅｓ ｉｎ Ｂｒuｎｎ ［Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｕｒａｌ Ｈｉｓｔｏｒｙ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｂｒｕｅｎｎ］；Ｌｅｗｉｎ Ｂ（１９９０）Ｇｅｎｅｓ ＩＶ．Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ；Ｈａｒｔｌ ＤＬ ａｎｄ Ｃｌａｒｋ ＡＧ（１９８９）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ 第２版．Ｓｉｎａｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ；Ｇｉｌｌｅｓｐｉｅ ＪＨ（２００４）Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ： Ａ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｇｕｉｄｅ．第２版．Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ．ＵＳＡ；Ｌｅｗｏｎｔｉｎ ＲＣ（１９６４）Ｔｈｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｌｉｎｋａｇｅ．Ｉ．Ｇｅｎｅｒａｌ ｃｏｎｓｉｄｅｒａｔｉｏｎｓ；ｈｅｔｅｒｏｔｉｃ ｍｏｄｅｌｓ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ４９：４９−６７；Ｈｏｅｌ ＰＧ（１９５４）Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ第２版．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ； Ｈｕｄｓｏｎ ＲＲ（２００１）Ｔｗｏ−ｌｏｃｕｓ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １５９：１８０５−１８１７；Ｄｅｍｐｓｔｅｒ ＡＰ，Ｌａｉｒｄ ＮＭ，Ｒｕｂｉｎ ＤＢ（１９７７）Ｍａｘｉｍｕｍ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ ｆｒｏｍ ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ ｄａｔａ ｖｉａ ｔｈｅ ＥＭ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｊ Ｒ Ｓｔａｔ Ｓｏｃ ３９：１−３８；Ｅｘｃｏｆｆｉｅｒ Ｌ，Ｓｌａｔｋｉｎ Ｍ（１９９５）Ｍａｘｉｍｕｍ−ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ ｉｎ ａ ｄｉｐｌｏｉｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌ １２（５）：９２１−９２７；Ｔｒｅｇｏｕｅｔ ＤＡ，Ｅｓｃｏｌａｎｏ Ｓ，Ｔｉｒｅｔ Ｌ，Ｍａｌｌｅｔ Ａ，Ｇｏｌｍａｒｄ ＪＬ（２００４）Ａ ｎｅｗ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ｈａｐｌｏｔｙｐｅ−ｂａｓｅｄ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ： ｔｈｅ Ｓｔｏｃｈａｓｔｉｃ−ＥＭ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ａｎｎ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ６８（Ｐｔ ２）：１６５−１７７；Ｌｏｎｇ ＡＤ ａｎｄ Ｌａｎｇｌｅｙ ＣＨ（１９９９）Ｔｈｅ ｐｏｗｅｒ ｏｆ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔ ｔｈｅ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｌｏｃｉ ｔｏ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｒａｉｔｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ９：７２０−７３１；Ａｇｒｅｓｔｉ Ａ（１９９０）Ｃａｔｅｇｏｒｉｃａｌ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ；Ｌａｎｇｅ Ｋ（１９９７）Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ ａｎｄ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ；Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＨａｐＭａｐ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（２００３）Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＨａｐＭａｐ Ｐｒｏｊｅｃｔ．Ｎａｔｕｒｅ ４２６：７８９−７９６；Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＨａｐＭａｐ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（２００５）Ａ ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｍａｐ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．Ｎａｔｕｒｅ ４３７：１２９９−１３２０；Ｔｈｏｒｉｓｓｏｎ ＧＡ，Ｓｍｉｔｈ ＡＶ，Ｋｒｉｓｈｎａｎ Ｌ，Ｓｔｅｉｎ ＬＤ（２００５），Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＨａｐＭａｐ Ｐｒｏｊｅｃｔ Ｗｅｂ Ｓｉｔｅ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １５：１５９１−１５９３；ＭｃＶｅａｎ Ｇ，Ｓｐｅｎｃｅｒ ＣＣＡ，Ｃｈａｉｘ Ｒ（２００５）Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｏｎ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＨａｐＭａｐ ｐｒｏｊｅｃｔ．ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １（４）：４１３−４１８；Ｈｉｒｓｃｈｈｏｒｎ ＪＮ，Ｄａｌｙ ＭＪ（２００５）Ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｆｏｒ ｃｏｍｍｏｎ ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｒａｉｔｓ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ６：９５−１０８；Ｓｃｈｒｏｄｉ ＳＪ（２００５）Ａ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｌａｒｇｅ−ｓｃａｌｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｃａｎｓ： ａ ｓｅｍｉ−Ｂａｙｅｓｉａｎ ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔ ｄｉｓｅａｓｅ−ｐｒｅｄｉｓｐｏｓｉｎｇ ａｌｌｅｌｅｓ．ＳＡＧＭＢ ４（１）：３１；Ｗａｎｇ ＷＹＳ，Ｂａｒｒａｔｔ ＢＪ，Ｃｌａｙｔｏｎ ＤＧ，Ｔｏｄｄ ＪＡ（２００５）Ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ： ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ｃｏｎｃｅｒｎｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ ６：１０９−１１８． Ｐｒｉｔｃｈａｒｄ ＪＫ，Ｐｒｚｅｗｏｒｓｋｉ Ｍ（２００１）Ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｉｎ ｈｕｍａｎｓ： ｍｏｄｅｌｓ ａｎｄ ｄａｔａ．Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ６９：１−１４。
上で考察される通り、本発明の１つの局面は、調べられたＳＮＰを有する特定のＬＤ距離において存在するＳＮＰがまた、ＣＨＤを有する危険性または発症する危険性の増加または減少を同定するための有効なマーカーとして使用され得るという発見である。本明細書中で使用される場合、用語「調べられたＳＮＰ」とは、疾患の危険性の増加または減少に関連することが遺伝子型決定の結果および分析、または本願に記載される研究例において例示されるような他の適切な実験方法を使用して見出されているＳＮＰをいう。本明細書中で使用される場合、用語「ＬＤ ＳＮＰ」とは、本願に記載される算出方法の下で、「調べられたＳＮＰ」を有するＬＤにおいて存在することに起因して、疾患の危険性の増加または減少に関連するＳＮＰとして特徴付けられているＳＮＰをいう。以下で、本出願人らは、当業者が、特定のＳＮＰが調べられたＳＮＰを有するＬＤにおいて存在するか否かを決定し得る方法を記載する。パラメータｒ２は、マーカー間の連鎖不均衡の程度を特徴付けるために遺伝学分野において一般的に使用される（Ｈｕｄｓｏｎ，２００１）。本明細書中で使用される場合、用語「を有するＬＤにおいて（ｉｎ ＬＤ ｗｉｔｈ）」とは、パラメータ（例えば、調べられたＳＮＰによるｒ２）の閾値を上回って測定される特定のＳＮＰをいう。
ここで、それは、遺伝的改変体をある集団から得られた染色体のサンプルにおいて直接観察するための一般的な場所である。染色体上に位置する２つの遺伝マーカーにおける、マーカーＡおよびＢについての遺伝子型データを有すると仮定する。さらに、２つの対立遺伝子は、対立遺伝子Ａ１およびＡ２がマーカーＡにおいて見出され得そして対立遺伝子Ｂ１およびＢ２がマーカーＢにおいて見出され得るように、これら２つのマーカーの各々において分離すると仮定する。また、これら２つのマーカーがヒト常染色体上にあると仮定する。特定の個体を試験し、そしてそれらが両方のマーカーにおいてヘテロ接合であり、その結果それらの２マーカー遺伝子型（ｔｗｏ−ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｏｔｙｐｅ）がＡ１Ａ２Ｂ１Ｂ２であることを見出す場合、２つの可能な構造が存在する：目的とする個体は、一方の染色体上に対立遺伝子Ａ１Ｂ１を有し、かつ残りの染色体上にＡ２Ｂ２を有し得るか；あるいは、その個体は、一方の染色体上に対立遺伝子Ａ１Ｂ２を有し、かつ他方の染色体上にＡ２Ｂ１を有し得る。染色体上の対立遺伝子の配列は、ハプロタイプと称される。この例示において、上記個体は、Ａ１Ｂ１／Ａ２Ｂ２またはＡ１Ｂ２／Ａ２Ｂ１を有し得る（より完全な記載については、ＨａｒｔｌおよびＣｌａｒｋ（１９８９）を参照のこと）。連鎖均衡の概念は、対立遺伝子頻度に対するハプロタイプの頻度に関連する。
個体のサンプルが大きな集団から選択されると仮定する。上に記載される２つのマーカー（各々が２つの対立遺伝子を有する）を考慮すると、４つの可能なハプロタイプが存在する：Ａ１Ｂ１、Ａ１Ｂ２、Ａ２Ｂ１およびＡ２Ｂ２。これら４つハプロタイプの頻度を、以下の表記法を用いて示す。
Figure 0005111380
 次いで、上記２つのマーカーにおける対立遺伝子頻度は、異なるハプロタイプ頻度の合計であり、単一マーカー対立遺伝子頻度に関する類似した一組の方程式を２マーカーハプロタイプ頻度へと書き出すことは容易である：
Figure 0005111380
 各マーカーにおける上記４つのハプロタイプ頻度および上記対立遺伝子頻度は、合計して１の頻度でなければならないことに留意すべきである。
Figure 0005111380
 上記２つのマーカーにおける対立遺伝子の間に相関関係が存在しない場合、上記ハプロタイプの頻度はほぼ複合対立遺伝子の積であることが予想される。したがって、
Figure 0005111380
 これらの近似方程式（１２）〜（１５）は、連鎖均衡の概念を示し、独立性組み合わせが、上記２つのマーカーの間に存在する−上記２つのマーカーにおける対立遺伝子は、ランダムに、一緒に生じる。これらは、近似として示される。なぜならば、連鎖均衡および連鎖不均衡は、代表的に、染色体のサンプルの特性と考えられる概念であるからである；そのようなものとして、それらは、標本抽出方法に起因して確率変動に陥り易い。実験的に、遺伝マーカーの多くの対は、連鎖均衡において存在するが、明らかに全ての対が連鎖均衡において存在するわけではない。
上記の連鎖均衡の概念を確立したことによって、ここで、本出願人らは、連鎖均衡からの偏移である連鎖不均衡（ＬＤ）の概念を記載し得る。Ａ１Ｂ１ハプロタイプの頻度が、（１２）において数学的に記述されるような連鎖均衡の仮定の下で、ほぼＡ１およびＢ１についての対立遺伝子頻度の積であるので、連鎖均衡からの逸脱の量についての単純な測定は、これら２つの量における差であるＤである：
Figure 0005111380
 Ｄ＝０は、完全な連鎖均衡を示す。Ｄ＝０からの実質的な逸脱は、試験した染色体のサンプル中のＬＤを示す。Ｄの多くの特性は、Ｄが採り得る最大値および最小値を含めてＬｅｗｏｎｔｉｎ（１９６４）において考察される。数学的に、基本的な代数学を使用して、Ｄもまた専らハプロタイプに関して記述され得ることが、示され得る：
Figure 0005111380
 Ｄを二乗し、次いでＡ１の対立遺伝子頻度と、Ａ２の対立遺伝子頻度と、Ｂ１の対立遺伝子頻度と、Ｂ２の対立遺伝子頻度との積で除算することによってＤを変換する場合、得られる量（ｒ２と称される）は、統計学において一般的に使用されるＰｅａｒｓｏｎ相関係数の二乗と等しい（例えば、Ｈｏｅｌ，１９５４）。
Figure 0005111380
 Ｄに関してのように、０に近いｒ２の値は、サンプルセットにおいて試験された２つのマーカーの間の連鎖均衡を示す。ｒ２の値が増加する場合、上記２つのマーカーは、連鎖不均衡にあるといわれる。ｒ２が採り得る値の範囲は、０〜１である。完全な相関が、上記２つのマーカーにおける対立遺伝子の間に存在する場合、ｒ２＝１である。
さらに、上で考察される量は、サンプル特異的である。そのようなものとして、研究されたサンプルに特異的な表記法を公式化する必要がある。ここで考察されるアプローチにおいて、以下の３つの型のサンプルが、主に目的とするサンプルである：（ｉ）疾患に関連する表現型に罹患した個体由来の染色体のサンプル（ケース）、（ｉｉ）疾患に関連する表現型に罹患していない個体由来の染色体のサンプル（コントロール）、および（ｉｉｉ）ハプロタイプの構築および対での連鎖不均衡の計算に使用される標準的なサンプルセット。下に記載される方法の開発に使用される対立遺伝子頻度に関して、さらなる添字が、ケースサンプルセットまたはコントロールサンプルセットのいずれかを記載するために加えられる。
Figure 0005111380
 同様に、
Figure 0005111380
 十分に受容されるサンプルセットが、連鎖不均衡の頑健性の算出に必要である場合、国際ＨａｐＭａｐプロジェクト（Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＨａｐＭａｐ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ２００３，２００５；Ｔｈｏｒｉｓｓｏｎら，２００５；ＭｃＶｅａｎら，２００５）から得られたデータが、対でのｒ２値の算出に使用され得る。実際に、国際ＨａｐＭａｐプロジェクトに関して遺伝子型決定されたサンプルは、意味がありかつ頑健性の結論を観察された遺伝的バリエーションのパターンから引き出すために、十分な数の試験された染色体を有する種々のヒト下位集団群からの代表的な例として選択された。国際ＨａｐＭａｐプロジェクトウェブサイト（ｈａｐｍａｐ．ｏｒｇ）は、その計画、利用された方法および試験されたサンプルの記載を含む。そのようなデータに存在するパターンの意味を理解するために実験データを調べることは、有用である。
ハプロタイプ頻度は、上記の方程式（１８）における顕在項（ｅｘｐｌｉｃｉｔ ａｒｇｕｍｅｎｔ）である。しかし、２マーカーハプロタイプ頻度を知ることは、複異型接合サンプルについて決定される相を必要とする。その相が、試験されたデータにおいて未知である場合、種々のアルゴリズムが、その遺伝子型データから相を推測するために使用され得る。この問題は、初期に考察され、ここでＡ１Ａ２Ｂ１Ｂ２の２−ＳＮＰ遺伝子型を有する複異型接合が、染色体の以下の２つの異なるセットのうちの１つを有し得た：Ａ１Ｂ１／Ａ２Ｂ２またはＡ１Ｂ２／Ａ２Ｂ１。ハプロタイプ頻度を推定するための１つのそのようなアルゴリズムは、Ｄｅｍｐｓｔｅｒら（１９７７）によって最初に形式化された期待値−最大化（ＥＭ）アルゴリズムである。このアルゴリズムは、しばしば、遺伝子型データからハプロタイプ頻度を推定するために遺伝学において使用される（例えば、ＥｘｃｏｆｆｉｅｒおよびＳｌａｔｋｉｎ，１９９５；Ｔｒｅｇｏｕｅｔら，２００４）。ここで外挿される２−ＳＮＰケースに対して、ＥＭアルゴリズムは、非常に小さい誤差を有するが、但し対立遺伝子頻度およびサンプルサイズが、小さすぎないことに留意すべきである。ｒ２値に対する影響は、代表的に、無視できる。
相関した遺伝マーカーが情報を共有する場合、疾患に関連するＳＮＰマーカーを有するＬＤにおけるＳＮＰマーカーの照合はまた、疾患の関連を検出するのに十分な検出力を有する（ＬｏｎｇおよびＬａｎｇｌｅｙ，１９９９）。疾患に関連する対立遺伝子を直接的に見出す検出力と、疾患の関連を間接的に検出する検出力との間の関係は、ＰｒｉｔｃｈａｒｄおよびＰｒｚｅｗｏｒｓｋｉ（２００１）によって調査された。直接的導出において、サンプルサイズが、疾患に関連する遺伝子座と比較すると、そのマーカーにおける１／ｒ２の因数（方程式１８の逆数）によって増加される場合、疾患に関連する遺伝子座を有する連鎖不均衡におけるマーカー遺伝子座にて疾患の関連を間接的に検出する検出力は、疾患に関連する遺伝子座にて疾患の関連を直接的に検出する検出力とほぼ同じであることが、示され得る。
したがって、疾患の関連を間接的に検出する検出力をＮ個のサンプルを伴う実験によって算出する場合、（実際の疾患感受性遺伝子座にて）疾患の関連を直接的に検出する等価な検出力は、約ｒ２Ｎ個のサンプルを使用する実験を必要とする。検出力と、サンプルサイズと、連鎖不均衡との間のこの基本的な関係は、疾患状態に直接関連するＳＮＰマーカーを有する連鎖不均衡においてマーカーを遺伝子型決定するか否かにかかわらず決定するのに有用なｒ２閾値を導出するために、使用され得、そのＳＮＰマーカーは、疾患の関連を間接的に検出するのに十分な検出力を有する。
疾患に関連するマーカーを間接工程によって検出する検出力の導出を開始するために、有効な染色体サンプルサイズを、
Figure 0005111380
 と規定し、ＮｃｓおよびＮｃｔは、それぞれ、二倍体のケースおよび二倍体のコントロールの数である。これは、ケースの数とコントロールの数とが等しくない状況を扱うために必要である。等しいケースサンプルサイズおよびコントロールサンプルサイズに関して、Ｎｃｓ＝Ｎｃｔ＝Ｎであり、染色体の有効数の値は、予想通り、単純にｎ＝２Ｎである。検出力を、（α未満の伝統的なＰ値が、統計的に有意であると見なされるような）有意水準αに対して計算する。標準的なガウス分布関数をΦ（・）と規定する。数学的に、
Figure 0005111380
 あるいは、以下の誤差関数表記法（Ｅｒｆ）もまた、使用され得る：
Figure 0005111380
 例えば、Φ（１．６４４８５４）＝０．９５である。ｒ２の値は、間接的な照合によって疾患の関連を検出するための検出力の予め特定された最小量をもたらすために導出され得る。ＬＤ ＳＮＰマーカーが、疾患関連対立遺伝子を保有しているマーカーであり得、それによってこのアプローチが、全ての間接的な検出力結果が調べられたものと少なくとも同程度であると予測される下界モデルを構成することに留意する。
真に疾患に関連するマーカーを検出しない誤差率をβで記載する。したがって、１−βは、統計的検出力の古典的な定義である。サンプルサイズをＰｒｉｔｃｈａｒｄ−Ｐｚｒｅｗｏｒｓｋｉの結果に置換すると、αの有意水準にて疾患の関連を検出する検出力が、以下の近似：
Figure 0005111380
 で与えられ、Ｚｕは、ｕ（ｕ∈（０，１））にて評価される標準正規累積分布の逆分布である。Ｚｕ＝Φ−１（ｕ）であり、Φ（Φ−１（ｕ））＝Φ−１（Φ（ｕ））＝ｕである。例えば、α＝０．０５に設定すると、それによって１−α／２＝０．９７５となり、Ｚ０．９７５＝１．９５９９６を得る。次に、Ｔ、
Figure 0005111380
 の最小検出力の閾値に等しい検出力を設定し、そしてｒ２について解くと、以下の閾値ｒ２が得られる：
Figure 0005111380
 すなわち、
Figure 0005111380
 である。
ｒ２が、調べられたＳＮＰと、調べられたＳＮＰを有するＬＤの変動するレベルを伴う多くの他のＳＮＰとの間で算出されると仮定する。閾値ｒ２ Ｔは、調べられたＳＮＰと潜在的なＬＤ ＳＮＰとの間の連鎖不均衡の最小値であり、その結果、ＬＤ ＳＮＰは、疾患の関連を検出するために、Ｔより大きいかまたはＴに等しい検出力を依然として維持する。例えば、ＳＮＰ ｒｓ２００がケース−コントロール疾患関連研究において遺伝子型決定され、そして疾患の表現型に関連することが見出されると仮定する。さらに、１，０００のケース染色体における小さい対立遺伝子頻度は、１，０００のコントロール染色体における１０％の対立遺伝子頻度とは対照的に１６％であることが見出されたと仮定する。測定値が与えられると、０．０５の有意水準にて疾患の関連を検出する検出力が非常に高かった（対立遺伝子関連の検定を使用して約９８％）ことを、実験前に予測し得た。方程式（３２）を適用し、ＳＮＰ ｒｓ２００における小さい対立遺伝子が閾値レベルの検出力に関して真に疾患の素因を与えていると仮定することで、疾患の関連を間接的に評価するためにｒ２の最小値を算出し得る。検出力の閾値レベルを８０％であると設定する場合、ｒ２ Ｔ＝０．４８９は、上記のように、同じ有意水準および染色体数を与えた。したがって、ｒｓ２００による０．４８９より大きい対でのｒ２値を伴う任意のＳＮＰは、疾患の関連を検出する８０％より大きい検出力を有すると予想される。さらに、これは、ＬＤ ＳＮＰが、調べられたＳＮＰ ｒｓ２００を有する連鎖不均衡によってのみ疾患に関連する、保存的モデルを仮定している。
疾患の表現型（例えば、急性冠状動脈事象に対する感受性またはスタチン処置に対する応答性）を有する特定のＳＮＰおよび／またはＳＮＰハプロタイプの寄与または関連は、本発明のＳＮＰを使用して、その遺伝子型を有さない個体と比較して、特定の遺伝子型の結果として検出可能な形質（例えば、急性冠状動脈事象に対する素因またはスタチン処置に対する応答者／非応答者）を発現する個体、または、その後に、検出可能な形質（例えば、狭窄）を発現する危険性を増加もしくは減少してその遺伝子型を配置する個体を同定し得る、優れた診断試験を開発し得る。本明細書中で使用される場合、診断は、単一のＳＮＰまたは一群のＳＮＰに基づき得る。複数のＳＮＰ（例えば、表１および／または表２に提供されるＳＮＰの、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２４、２５、３０、３２、４８、５０、６４、９６、１００、または、これらの間の任意の数、もしくはこれ以上）の組合せた検出は、代表的に、正確な診断の可能性を増加する。例えば、スタチン処置に対する応答と相関することが公知の単一のＳＮＰの存在は、個体がスタチン処置に応答するという、２０％の可能性を示唆し得るのに対して、各々がスタチン処置に対する応答と相関する５つのＳＮＰの検出は、個体がスタチン処置に応答するという、８０％の可能性を示唆し得る。診断もしくは素因のスクリーニングの精度をさらに高めるために、本発明のＳＮＰの分析は、スタチン処置に対する応答に相関する他の多型もしくは他の危険因子（例えば、家族歴）の分析と組合せられ得る。
当然、心臓血管障害の処置もしくは診断において、本発明は一般に、急性冠状動脈事象を経験するかもしくは経験しないか、または別の心臓血管障害を発症するかもしくは発症しない個体、あるいは心臓血管障害のスタチン処置に応答するかまたは応答しない個体の絶対的な同定は提供しないが、むしろ、統計的に有意な関連結果に基づいて、スタチン処置に応答する程度もしくは可能性の特定の増加（または減少）を示唆することは、当業者により理解される。しかし、この情報は、例えば、心臓血管障害を有する個体が、特定のスタチンベースの処置レジメンに従うべきであるか、またはスタチンを含まない代替の処置レジメンに従うべきであることを示し得るものとして、非常に価値がある。この情報はまた、予防処置を開始するため、または、１つ以上の有意なＳＮＰもしくはＳＮＰハプロタイプを保有する個体に、心臓血管疾患の軽微な臨床症状のような警告的な徴候を予見するため、または、初期段階で障害の処置を同定および開始するために、心臓血管障害をモニタリングする、定期的な健康診断を有するために使用され得る。適時処置されないと非常に衰弱するかまたは致死である疾患の場合、特に、上記疾患についての潜在的な素因の知識または利用可能な処置に応答する可能性が、たとえ、この素因または可能性が絶対的なものでないとしても、効率的に処置するためのまさに有意な様式に貢献する可能性がある。
本発明の診断技術は、種々の方法論（例えば、ハプロタイプ決定のための個体の染色体の分析を可能にする方法、家族研究、単一精子ＤＮＡ分析または体細胞ハイブリッドが挙げられる）を採用して、検出可能な形質を発症する危険性の増加もしくは減少に関連するＳＮＰもしくはＳＮＰパターンを試験被験体が有するかどうか、または、個体が特定の多型／変異の結果として検出可能な形質を罹患するかどうかを決定し得る。本発明の診断を用いて分析された形質は、心臓血管障害またはスタチン処置の過程の間において通常観察される、任意の検出可能な形質であり得る。
本発明の別の局面は、個体が、１つ以上の形質を発症する危険性がある（または危険性が低い）かどうか、または、個体が、特定の形質が原因となる対立遺伝子もしくは形質が影響を与える対立遺伝子を保有する結果として、１つ以上の形質を発現するかどうかを決定する方法に関連する。これらの方法は一般に、個体から核酸サンプルを得る工程、および、この核酸サンプルをアッセイして、１つ以上のＳＮＰ位置にどのヌクレオチドが存在するかを決定する工程を包含し、ここで、アッセイされるヌクレオチドは、形質を発症する危険性の増加もしくは減少の指標、または、個体が、特定の形質が原因となる対立遺伝子もしくは形質が影響を与える対立遺伝子を保有する結果として、１つ以上の形質を発現することの指標である。
別の実施形態において、本発明のＳＮＰ検出試薬を用いて、個体が、遺伝子発現（集合的に、細胞もしくは体液の「遺伝子応答」）のレベル（例えば、サンプル中のｍＲＮＡもしくはタンパク質の濃度など）またはパターン（例えば、発現の反応速度論、分解速度、安定性プロフィール、Ｋｍ、Ｖｍａｘなど）に影響を及ぼす、１つ以上のＳＮＰ対立遺伝子を有するかどうかを決定する。このような決定は、（例えば、核酸アレイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＴａｑＭａｎアッセイもしくは質量分析を用いることによって）ｍＲＮＡもしくはタンパク質の発現をスクリーニングすること、個体において変更された発現を有する遺伝子を同定すること、変更された発現を有する遺伝子の発現に影響を与え得る、表１および／もしくは表２に開示されるＳＮＰの遺伝子型（例えば、変更された発現を有する遺伝子内および／もしくはその周囲にあるＳＮＰ、調節／制御領域にあるＳＮＰ、変更された発現を有する遺伝子の発現に影響を与え得る経路に関与する他の遺伝子内および／もしくはその周囲にあるＳＮＰ、または、遺伝子型が特定され得る全てのＳＮＰ）を特定すること、ならびに、ＳＮＰ遺伝子型を変更された遺伝子発現と相関させることによって達成され得る。この様式において、特定のＳＮＰ部位における特定のＳＮＰ対立遺伝子は、遺伝子発現に影響を与えると同定され得る。
（薬理ゲノム学および治療学／薬物開発）
本発明は、特定の治療剤もしくは薬学的化合物、またはこのような化合物のクラスに対して、特定のＳＮＰ対立遺伝子もしくはハプロタイプを有する被験体の薬理ゲノム学を評価するための方法を提供する。薬理ゲノム学は、臨床的に有意な遺伝性のバリエーション（例えば、ＳＮＰ）が、影響を受けた人における変化した薬物の性質および／または異常作用に起因する薬物に対する応答において機能する役割を扱う。例えば、Ｒｏｓｅｓ、Ｎａｔｕｒｅ ４０５、８５７−８６５（２０００）；Ｇｏｕｌｄ Ｒｏｔｈｂｅｒｇ、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １９、２０９−２１１（２００１）；Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３（１０−１１）：９８３−９８５（１９９６）；およびＬｉｎｄｅｒ、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３（２）：２５４−２６６（１９９７）を参照のこと。こららのバリエーションの臨床結果は、代謝における個々のバリエーションの結果として、特定の個体における治療用薬物の重篤な毒性、または特定の個体における薬物の治療不全を生じ得る。従って、個体のＳＮＰ遺伝子型は、治療用化合物が身体に作用する様式、または身体がその化合物を代謝する様式を決定し得る。例えば、薬物代謝酵素におけるＳＮＰは、これらの酵素の活性に影響を与え得、これは次々に薬物作用の強度および期間の両方、ならびに薬物代謝および薬物浄化に影響を与え得る。
薬物代謝酵素、薬物輸送体、製剤用のタンパク質、および他の薬物標的におけるＳＮＰの発見は、なぜ数名の患者が期待された薬物効果を得ず、過度の薬物効果を示すのか、またはなぜ標準的な薬物投薬量から重篤な毒性を受けるのかを説明してきた。ＳＮＰは、代謝の速い人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）の遺伝子型、および代謝の遅い人（ｐｏｏｒ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）の表現型において発現し得る。従って、ＳＮＰは、タンパク質の対立遺伝子改変体をもたらし得、その改変体において、ある集団の１以上のタンパク質機能が、別の集団におけるタンパク質機能と異なる。従って、ＳＮＰおよびコードされる改変ペプチドは、処置様式に影響を与え得る遺伝的素因を確認するための標的を提供する。例えば、リガンドベースの処置において、ＳＮＰは、リガンド結合においてほぼ活性なアミノ末端細胞外ドメインおよび／またはレセプターの他のリガンド結合領域に対する上昇を与え得、それによって、その後のタンパク質活性化に影響を与える。従って、リガンド投薬量は、必然的に特定のＳＮＰ対立遺伝子もしくはハプロタイプを含む所定の集団内の治療効果を最大化するように修正される。
遺伝子型特定の代替として、代替のＳＮＰ対立遺伝子によってコードされる改変アミノ酸配列を含む特定の改変タンパク質が同定され得る。従って、個体の薬理ゲノム的特徴付けは、個々のＳＮＰ遺伝子型に基づく予防的用途または治療的用途のために有効な化合物およびそのような化合物の有効投薬量の選択を可能にし、それによって、治療の有効性を増強および最適化する。さらに、特定のＳＮＰ／ハプロタイプを含む組み換え細胞およびトランスジェニック動物の作製は、有効な臨床設計ならびに処置化合物および投薬レジメンの試験を可能にする。例えば、トランスジェニック動物は、ヒト疾患感受性遺伝子に対してオルソログな遺伝子における特定のＳＮＰ対立遺伝子のみが異なるように作製され得る。
本発明のＳＮＰの薬理ゲノム学的使用は、患者の介護に対して（特に、急性冠状動脈事象および他の心臓血管障害についての個体の素因を予測すること、ならびに心臓血管疾患を処置するためのスタチンの使用に対する個体の応答性を予測することにおいて）いくつかの有意な利点を提供する。個々のＳＮＰ遺伝子型に基づく個体の薬理ゲノム学的特徴付けは、特定の医薬での処置に対して応答しそうにない個体を同定し得、それによって、医師が、それらの個体に対して効果のない医薬を処方するのを回避することを可能にする。一方で、個体のＳＮＰ遺伝子タイピングは、医師に、個々のＳＮＰ遺伝子型に基づいて最も有効な適切な医薬および投薬レジメンを選択することを可能にし得る。この情報は、医薬を処方することにおける医師の信頼を増加させ、そして患者に彼らの薬物レジメンに従うように動機付けする。さらに、薬理ゲノム学は、毒性に対する素因のある患者、および特定の薬物または薬物投薬に対する副作用を同定し得る。薬物副作用は、米国単独で１年あたり１００，０００件を超える可避可能な死亡をもたらし、従って、入院および死亡の重要な原因、ならびに保健医療システムにおける重要な経済的な負担を表す（Ｐｆｏｓｔら、Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、２０００年８月）。従って、本明細書中に開示されるＳＮＰに基づく薬理ゲノム学は、生命を維持することおよび保健医療費を実質的に減少させることの両方に対する可能性を有する。
薬理ゲノム学は、一般的には、Ｒｏｓｅら、「Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｍｅｄ．２００３；８５：２２５−３７においてさらに議論されている。アルツハイマー病および他の神経変性障害に関する薬理ゲノム学は、Ｃａｃａｂｅｌｏｓ、「Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｄｅｍｅｎｔｉａ」、Ａｎｎ Ｍｅｄ．２００２；３４（５）：３５７−７９、Ｍａｉｍｏｎｅら、「Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅｓ」、Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２００１年２月９日；４１３（１）：１１−２９、およびＰｏｉｒｉｅｒ、「Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ：ａ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ」、Ｍｏｌ Ｄｉａｇｎ．１９９９年１２月；４（４）：３３５−４１において議論されている。心血管疾患に関する薬理ゲノム学は、Ｓｉｅｓｔら、「Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ ｄｒｕｇｓ ａｆｆｅｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｓｙｓｔｅｍ」、Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ Ｌａｂ Ｍｅｄ．２００３年４月；４１（４）：５９０−９、Ｍｕｋｈｅｒｊｅｅら、「Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｉｎ ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅｓ」、Ｐｒｏｇ Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ Ｄｉｓ．２００２年５月〜６月；４４（６）：４７９−９８、およびＭｏｏｓｅｒら、「Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｉｎ ｔｈｅ ＳＮＰ ｅｒａ」、Ｊ Ｔｈｒｏｍｂ Ｈａｅｍｏｓｔ．２００３年７月；１（７）：１３９８−４０２において議論されている。癌に関連する薬理ゲノム学は、ＭｃＬｅｏｄら、「Ｃａｎｃｅｒ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ：ＳＮＰｓ、ｃｈｉｐｓ、ａｎｄ ｔｈｅ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ ｐａｔｉｅｎｔ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｖｅｓｔ．２００３；２１（４）：６３０−４０、およびＷａｔｔｅｒｓら、「Ｃａｎｃｅｒ ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ：ｃｕｒｒｅｎｔ ａｎｄ ｆｕｔｕｒｅ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ．２００３年３月１７日；１６０３（２）；９９−１１１において議論されている。
本発明のＳＮＰはまた、心臓血管障害に対する新規な治療標的を同定するために使用され得る。例えば、疾患に関連する改変体（「改変遺伝子」）もしくはそれらの産物、ならびにこれらの改変遺伝子もしくはそれらの産物と相互作用することによって直接的もしくは間接的に調節される遺伝子またはそれらの産物を含む遺伝子は、例えば、疾患を処置するかまたは疾患の発症を予防もしくは遅延させる治療剤の開発のために標的化され得る。その治療剤は、例えば、標的遺伝子もしくは遺伝子産物の機能またはレベルを調節する低分子、タンパク質、タンパク質フラグメンもしくはペプチド、抗体、核酸、またはそれらの誘導体もしくは模倣物から構成され得る。
本明細書中で開示されるＳＮＰ含有核酸分子、およびそれらの相補的核酸分子は、細胞、組織、および生物における遺伝子発現を制御するためのアンチセンス構築物として使用され得る。アンチセンス技術は、当該分野で十分に確立されており、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ（編）、Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ、Ｉｎｃ．：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（２００１）において広範に概説されている。アンチセンス核酸分子は、一般的には、遺伝子によって発現されるｍＲＮＡの領域に相補的であるように設計され、その結果、アンチセンス分子がｍＲＮＡとハイブリダイズし、それによってタンパク質へのｍＲＮＡの翻訳をブロックする。種々のクラスのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、当該分野で使用され、そのうちの２つが切断剤（ｃｌｅａｖｅｒ）および遮断剤（ｂｌｏｃｋｅｒ）である。切断剤は、標的ＲＮＡに結合することによって、その標的ＲＮＡを切断する細胞内のヌクレアーゼ（例えば、ＲＮａｓｅＨまたはＲＮａｓｅＬ）を活性化する。遮断剤（これもまた、標的ＲＮＡに結合する）は、リボソームの立体障害を通してタンパク質翻訳を阻害する。例示的な遮断剤としては、ペプチド核酸、モルホリノ、ロックされた核酸（ｌｏｃｋｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）、およびメチルホスホネートが挙げられる（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ、Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ、７（１７）：９１２−９１７（２００２））。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、治療剤として直接的に有用であり、そして（例えば、遺伝子ノックアウト実験または遺伝子ノックダウン実験において）遺伝子機能を決定および確認するためにもまた有用である。
アンチセンス技術は、以下：Ｌａｖｅｒｙら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ａｎｄ ＲＮＡｉ：ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｔｏｏｌｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｔａｒｇｅｔ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ」、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｄｅｖｅｌ．２００３年７月；６（４）：５６１−９；Ｓｔｅｐｈｅｎｓら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ」、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２００３年４月；５（２）：１１８−２２；Ｋｕｒｒｅｃｋ、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ．Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ｔｈｒｏｕｇｈ ｎｏｖｅｌ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ．２００３年４月；２７０（８）：１６２８−４４；Ｄｉａｓら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ：ｂａｓｉｃ ｃｏｎｃｅｐｔｓ ａｎｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ」、Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ．２００２年３月；１（５）：３４７−５５；Ｃｈｅｎ、「Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｓ ａｎｔｉ−ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｍｅｄ．２００３；７５：６２１−３６；Ｗａｎｇら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」、Ｃｕｒｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｓ．２００１年１１月；１（３）：１７７−９６；およびＢｅｎｎｅｔｔ、「Ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｏｆ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ」、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ．２００２年６月；１２（３）：２１５−２４においてさらに概説されている。
本発明のＳＮＰは、特定の核酸改変体に対して特異的なアンチセンス試薬を設計するために特に有用である。本明細書中に開示されるＳＮＰ情報に基づいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、１以上の特定のＳＮＰヌクレオチドを含むｍＲＮＡ分子を特異的に標的するように生成され得る。この様式において、１以上の望ましくない多型（例えば、欠損タンパク質（例えば、触媒ドメインにおけるアミノ酸置換をもたらすＳＮＰヌクレオチド）を含むｍＲＮＡ分子の発現は、阻害され得るかまたは完全にブロックされ得る。従って、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定の多型形態（例えば、欠損タンパク質をコードするＳＮＰ対立遺伝子）に特異的に結合するように使用され得、それによって、この形態の翻訳を阻害するが、代替の多型形態（例えば、正常な機能を有するタンパク質をコードする代替のＳＮＰヌクレオチド）には結合しない。
アンチセンス分子は、遺伝子発現および欠損タンパク質の産生を阻害するために、ｍＲＮＡを不活性化するように使用され得る。従って、これらの分子は、異常な遺伝子発現もしくは望ましくない遺伝子発現、または特定の欠損タンパク質の発現によって特徴付けられる障害（例えば、心臓血管障害）を処置するために使用され得る。この技術は、翻訳されるべきｍＲＮＡの能力を減弱する、ｍＲＮＡにおける１以上の領域に相補的なヌクレオチド配列を含むリボザイムによる切断に関与し得る。考え得るｍＲＮＡ領域としては、例えば、タンパク質コード領域、特に、タンパク質の触媒活性、基質／リガンド結合、もしくは他の機能的活性に対応するタンパク質コード領域が挙げられる。
本発明のＳＮＰはまた、特定のＳＮＰ改変体を有する核酸分子を特異的に標的にするＲＮＡ干渉試薬を設計するために有用である。ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）（遺伝子サイレンシングとしてもまた称される）は、遺伝子をオフ（ｏｆｆ）にするための二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子の使用に基づいている。細胞に導入される場合、ｄｓＲＮＡは、その細胞によって低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）として公知の短いフラグメント（一般的には、長さが約２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチドまたは２３ヌクレオチド）にプロセシングされ、このｓｉＲＮＡは、細胞が配列特異的様式で使用して、相補的なＲＮＡを認識し、そして破壊する（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ、Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ、７（１７）：９１２−９１７（２００２））。従って、本発明の局面は、特に、長さが約１８〜２６ヌクレオチド（好ましくは、長さが１９〜２５ヌクレオチド、そしてより好ましくは、長さが２０、２１、２２、または２３ヌクレオチド）である単離された核酸分子、およびＲＮＡｉのためのこれらの核酸分子の使用を企図する。ＲＮＡｉ分子（ｓｉＲＮＡを含む）は配列特異的様式で作用するので、本発明のＳＮＰは、特定のＳＮＰ対立遺伝子／ヌクレオチド（例えば、欠損タンパク質の産生をもたらす有害な対立遺伝子）を有する核酸分子を認識し、そして破壊するが、代替のＳＮＰ対立遺伝子（例えば、正常な機能を有するタンパク質をコードする対立遺伝子）を有する核酸分子に影響を与えないＲＮＡｉ試薬を設計するために使用され得る。アンチセンス試薬のように、ＲＮＡｉ試薬は、（例えば、欠損した、疾患を引き起こす遺伝子をターンオフ（ｔｕｒｎ ｏｆｆ）するための）治療剤として、直接的に有用であり得、また、（例えば、遺伝子ノックアウト実験または遺伝子ノックダウン実験において）遺伝子機能を特徴付けし、そして確認するのに有用であり得る。
以下の参考文献は、ＲＮＡｉのさらなる概説を提供する：Ｒｅｙｎｏｌｄｓら、「Ｒａｔｉｏｎａｌ ｓｉＲＮＡ ｄｅｓｉｇｎ ｆｏｒ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ」、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００４年３月；２２（３）：３２６−３０．Ｅｐｕｂ ２００４年２月１日；Ｃｈｉら、「Ｇｅｎｏｍｅｗｉｄｅ ｖｉｅｗ ｏｆ ｇｅｎｅ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｂｙ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡｓ」、ＰＮＡＳ １００（１１）：６３４３−６３４６、２００３；Ｖｉｃｋｅｒｓら、「Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ Ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｔａｒｇｅｔ ＲＮＡｓ ｂｙ Ｓｍａｌｌ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡ ａｎｄ ＲＮａｓｅ Ｈ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ａｇｅｎｔｓ」、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８：７１０８−７１１８、２００３；Ａｇａｍｉ、「ＲＮＡｉ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｕｓｅ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２００２年１２月；６（６）：８２９−３４；Ｌａｖｅｒｙら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ａｎｄ ＲＮＡｉ：ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｔｏｏｌｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｔａｒｇｅｔ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ」、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｄｅｖｅｌ．２００３年７月；６（４）：５６１−９；Ｓｈｉ、「Ｍａｍｍａｌｉａｎ ＲＮＡｉ ｆｏｒ ｔｈｅ ｍａｓｓｅｓ」、Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ ２００３年１月；１９（１）：９−１２）、Ｓｈｕｅｙら、「ＲＮＡｉ：ｇｅｎｅ−ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ」、Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ ２００２年１０月；７（２０）：１０４０−１０４６；ＭｃＭａｎｕｓら、Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ ２００２年１０月；３（１０）：７３７−４７；Ｘｉａら、Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２００２年１０月；２０（１０）：１００６−１０；Ｐｌａｓｔｅｒｋら、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ ２０００年１０月；１０（５）：５６２−７；Ｂｏｓｈｅｒら、Ｎａｔ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２０００年２月；２（２）：Ｅ３１−６；およびＨｕｎｔｅｒ、Ｃｕｒｒ Ｂｉｏｌ １９９９年６月１７日；９（１２）：Ｒ４４０−２）。
ＳＮＰの原因とされる病的状態（例えば、心臓血管障害）を有する被験体は、遺伝的欠損を修正する（ｃｏｒｒｅｃｔ）ように処置され得る（Ｋｒｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：１０３４９−１０３５４（１９９９）を参照のこと）。そのような被験体は、その被験体から取り出された生物学的サンプル中の多型を検出し得る任意の方法によって同定され得る。そのような遺伝的欠損は、そのような被験体にＳＮＰの位置で正常／野生型ヌクレオチドを供給する修復配列を組み込んでいる核酸フラグメントを投与することによって、持続的に修正され得る。この部位特異的修復配列は、被験体のゲノムＤＮＡの内因性修復を促進するように作動するＲＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドを含み得る。部位特異的修復配列は、適切なビヒクル（例えば、ポリエチレンイミンとの複合体）中で投与されるか、アニオン性リポソーム、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルス）もしくは投与された核酸の細胞内取り込みを促進する他の薬学的組成物中にカプセル化される。次いで、キメラオリゴヌクレオチドが被験体のゲノムへの正常配列の取り込みを誘導するにつれて、先天的病理をもたらす遺伝的欠損が克服され得る。取り込みの際に、正常な遺伝子産物が発現され、置換が広められ、それによって、被験体の臨床状態の持続的修復および治療的増強が引き起こされる。
ｃＳＮＰが、病的状態の原因とされるかまたは病的状態の要因とされる改変タンパク質を生じる場合において、そのような状態を処置する方法は、その病理を有する被験体にその改変タンパク質の野生型同族体／正常同族体を投与する工程を包含し得る。一旦、有効な投薬レジメンで投与されると、野生型同族体は、病理状態の補完または改善を提供する。
本発明はさらに、心臓血管障害を処置するために使用され得る化合物または薬剤を同定するための方法を提供する。本明細書中で開示されるＳＮＰは、治療剤の同定および／または開発のための標的として有用である。治療剤または治療用化合物を同定するための方法は、代表的には、その薬剤または化合物がＳＮＰ含有核酸またはコードされる産物の活性および／または発現を調節する能力をアッセイする工程、そしてＳＮＰ含有核酸またはコードされる産物の所望でない活性または発現によって特徴付けられる障害を処置するために使用され得る薬剤または化合物を同定する工程を包含する。そのアッセイは、細胞ベースのシステムおよび細胞を含まないシステムで実施され得る。細胞ベースのアッセイは、目的の核酸分子を天然に発現する細胞、または特定の核酸分子を発現するように遺伝的に操作された組換え細胞を含み得る。
心臓血管障害を有するかまたはスタチン処置を受ける患者における改変遺伝子発現としては、例えば、ＳＮＰ含有核酸配列（例えば、ＳＮＰを含むｍＲＮＡ転写物分子に転写され得るＳＮＰを含み、順に改変タンパク質に翻訳され得る遺伝子）、または１以上のＳＮＰに起因して発現が変化する正常／野生型核酸配列（例えば、正常な転写物の発現レベルまたは発現パターンに影響を与えるＳＮＰを含み得る調節／制御領域）の発現のいずれかが挙げられ得る。
改変体遺伝子発現のためのアッセイは、核酸レベル（例えば、ｍＲＮＡレベル）、発現したタンパク質レベル、またはシグナル伝達経路に関連する対応化合物の直接アッセイを含み得る。さらに、シグナル伝達経路に応じてアップレギュレートもしくはダウンレギュレートする遺伝子の発現もまた、アッセイされ得る。この実施形態において、これらの遺伝子の調節領域は、レポーター遺伝子（例えば、ルシフェラーゼ）に対して作動可能に連結され得る。
改変体遺伝子発現の調節因子は、例えば、細胞が候補化合物／薬剤と接触され、そしてｍＲＮＡの発現が決定される方法において同定され得る。候補化合物の存在下でのｍＲＮＡの発現のレベルは、その候補化合物の非存在下でのｍＲＮＡの発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて改変体遺伝子発現の調節因子として同定され得、そして本発明の１以上のＳＮＰに起因する改変体遺伝子発現（例えば、ＳＮＰ含有核酸の発現、または核酸分子の発現に影響を与える１以上のＳＮＰに起因する正常／野生型核酸分子の発現の変化のいずれか）によって特徴付けられる障害（例えば、心臓血管障害）を処置するために使用され得る。ｍＲＮＡの発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下において統計的に有意に大きい場合、その候補化合物は、核酸発現の刺激物質として同定される。核酸発現が候補化合物の非存在下よりもその存在下において統計的に有意に小さい場合、その候補化合物は、核酸発現のインヒビターとして同定される。
本発明はさらに、標的として、改変体核酸発現を調節する遺伝子として薬物をスクリーニングすることを通して同定される化合物を使用して、ＳＮＰまたは関連する核酸ドメイン（例えば、触媒ドメイン、リガンド／基質結合ドメイン、調節／制御領域など）または遺伝子、あるいはコードされるｍＲＮＡ転写物を用いる処置方法を提供する。調節としては、核酸発現のアップレギュレーション（すなわち、活性化または作動化（ａｇｏｎｉｚａｔｉｏｎ））あるいはダウンレギュレーション（すなわち、抑制または拮抗化（ａｎｔａｇｏｎｉｚａｔｉｏｎ））のいずれかが挙げられ得る。
ｍＲＮＡ転写物およびコードされるタンパク質の発現は、野生型でも改変体でも、調節／制御エレメント（例えば、発現を調節するプロモーターまたは転写調節因子結合ドメイン）中の特定のＳＮＰ対立遺伝子に伴って個々に変更され得る。この状況において、処置方法および化合物は、本明細書中で議論されるように、改変体調節／制御エレメントを調節または克服し、それによって、野生型タンパク質もしくは改変タンパク質のいずれかの正常または健常な発現レベルを生じることを確認する。
本発明のＳＮＰ含有核酸分子はまた、臨床試験または処置レジメンにおいて、改変遺伝子またはコードされる産物の発現もしくは活性における化合物を調節することの有効性をモニタリングするのに有用である。従って、遺伝子発現パターンは、化合物（特に、患者が耐性を発達させ得る化合物）を用いる処置の有効性を持続させることについての指標、ならびに毒性についての指標として役立ち得る。遺伝子発現パターンはまた、その化合物に対して影響を受けた細胞の生理学的応答を示すマーカーとして役立ち得る。従って、そのようなモニタリングは、その化合物の投与の増加、または患者が耐性を生じていない代替の化合物の投与のいずれかを可能にする。同様に、核酸発現レベルが、望ましいレベルより低い場合、その化合物の投与は、相応に減少され得る。
本発明の別の局面において、薬学的パックが提供され、そのパックは、治療剤（例えば、低分子薬物、抗体、ペプチド、アンチセンス核酸分子またはＲＮＡｉ核酸分子など）、および本発明によって提供される１以上のＳＮＰもしくはＳＮＰハプロタイプについて診断的に試験されるヒトへの治療剤の投与のための指示書のセットを含む。
本発明のＳＮＰ／ハプロタイプはまた、薬物開発プロセスの多くの様々な局面を改良するのに有用である。例えば、本発明の局面は、個体は、ＳＮＰ遺伝子型に基づく臨床試験のために個体を選択することを包含する。例えば、個体が薬物に対して陽性に応答しそうであることを示すＳＮＰ遺伝子型を有する個体は、その試験に含まれ得るのに対して、そして個体のＳＮＰ遺伝子型が、個体がその薬物に対してあまり応答しそうにないかまたは応答しないことを示すか、あるいは毒性効果または他の有害反応を患う危険性を有しそうであることを示す個体は、その臨床試験から除外され得る。このことは、臨床試験の安全性を改善し得るだけでなく、その試験が統計学的に有意な効力を示す機会を高め得る。さらに、本発明のＳＮＰは、特定の以前に開発された薬物が、臨床試験において不十分に実施された理由を説明し得、そして臨床試験において以前に不十分に実施された薬物から恩恵を受ける集団のサブセットを同定する一助となり、それによって、以前に開発された薬物を「救い」、そしてその薬物を、それから恩恵を受け得る特定の患者集団に利用可能にする。
ＳＮＰは、薬物発見、薬物スクリーニング、および薬物開発において、多くの重要な用途を有する。潜在的な薬物標的として選択される任意の遺伝子／タンパク質について、その遺伝子／タンパク質の改変体が、患者集団中に存在するという高い確率が存在する。従って、治療剤の選択および送達における遺伝子／タンパク質の改変体の影響を決定することは、薬物発見および薬物開発プロセスの不可欠な局面であるべきである。（Ｊａｚｗｉｎｓｋａ，Ａ Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２００２年３月；Ｓ３０−Ｓ３６）。
特定の治療標的（例えば、遺伝子、ｍＲＮＡ転写物、またはタンパク質）の改変体（例えば、ＳＮＰおよび任意の対応するアミノ酸多型）に関する知識は、改変体を超える効力を示す治療剤候補（例えば、低分子化合物、抗体、アンチセンス核酸化合物またはＲＮＡｉ核酸化合物など）を同定するために、改変体のパラレルスクリーニングを可能にする（Ｒｏｔｈｂｅｒｇ，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２００１年３月；１９（３）：２０９−１１）。このような治療剤候補は、患者集団のより大きいセグメントにわたって等しい効力を示し、それによって、治療剤候補についてのより大きい潜在的な市場をもたらすことが期待される。
さらに、潜在的な治療標的の改変体を同定することは、その標的の最も一般的な形態が、治療剤候補の選択のために使用されることを可能にし、それによって、選択された候補物について観察される実験的な活性が、患者集団の最も大きい集団において期待される実際の活性を反映することを確認する一助となる（Ｊａｚｗｉｎｓｋａ，Ａ Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２００２年３月；Ｓ３０−Ｓ３６）。
さらに、標的の全ての公知の改変体に対して治療候補をスクリーニングすることは、特定の改変体に関連した潜在的毒性および有害な反応の早期同定を可能にし得る。例えば、治療標的または薬物代謝遺伝子におけるＳＮＰによって引き起こされる、例えば、薬物の吸収、分布、代謝および排出（ＡＤＭＥ）における変動性が同定され得、そしてこの情報は、薬物開発プロセスの間に利用されて、薬物の廃棄における変動性が最小にされ得、そして広範囲の患者集団にわたってより安全である治療剤が開発され得る。改変タンパク質および表１〜２に提供されるコード多型核酸分子を含め、本発明のＳＮＰは、当該分野で確立された種々の毒物学的方法（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．に記載される方法）に関連して有用である。
さらに、当該分野で公知の任意のタンパク質（またはＲＮＡもしくはＤＮＡのいずれかの核酸分子）を標的とする治療剤は、表１に開示される改変タンパク質（または多型核酸分子）と交叉反応し得、それにより、薬物の薬物動態特性に顕著に影響を与え得る。その結果、表１〜２に開示されるタンパク質改変体およびＳＮＰ含有核酸分子は、対応する当該分野で公知のタンパク質形態（またはその核酸分子）を標的とする治療剤を開発、スクリーニングおよび評価する際に有用である。さらに、上記で考察されるように、特定の薬物標的の全ての多型形態の知識は、この薬物標的のこのような多型形態の大部分または全てに対して有効である治療剤の設計を可能にする。
（薬学的組成物およびその投与）
本明細書中に開示される任意の心臓血管疾患および／またはスタチン応答に関連するタンパク質（およびコードする核酸分子）は、心臓血管障害および関連の病状を処置するための治療標的として用いられ得（またはそれ自体が治療用化合物として直接用いられ得）、そして本開示は、これらの治療標的のいずれかを標的とする（またはそれらから構成される）治療用化合物（例えば、低分子、抗体、治療タンパク質、ＲＮＡｉおよびアンチセンス分子など）が開発されることを可能にする。
一般に、治療用化合物は、類似の有用性を果たす薬剤についての受け入れられた投与形態のいずれかによって、治療有効量で投与される。本発明の治療用化合物の実際の量、すなわち、有効成分は、多数の要因（例えば、処置すべき疾患の重篤度、被験体の年齢および関連の健康状態、用いられる化合物の効力、投与経路および投与形態、ならびに他の要因）に依存する。
治療有効量の治療用化合物は、例えば、１日あたりレシピエントの体重１ｋｇあたり約０．０１〜５０ｍｇ（好ましくは約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ／日）の範囲であり得る。従って、一例として、７０ｋｇのヒトに対する投与については、投薬範囲は、最も好ましくは、１日あたり約７ｍｇ〜１．４ｇである。
一般に、治療用化合物は、以下の経路のうちの任意の１つによって薬学的組成物として投与される：経口投与、全身投与（例えば、経皮投与、鼻腔内投与または坐剤投与）、または非経口投与（例えば、筋肉内投与、静脈内投与または皮下投与）。好ましい投与様式は、苦痛の程度に従って調整され得る、従来の毎日の投薬レジメンを用いた、経口投与様式または非経口投与様式である。経口用組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、半固体、散剤、徐放性処方物、液剤、懸濁剤、エリキシル剤、エアロゾル剤または任意の他の適切な組成物の形態を採り得る。
処方物の選択は、種々の要因（例えば、薬物の投与形態（例えば、経口投与については、錠剤、丸剤またはカプセル剤の形態の処方物が好ましい）および薬物物質のバイオアベイラビリティ）に依存する。近年、薬学的処方物は、表面積を増大させる、すなわち、粒子サイズを減少させることによってバイオアベイラビリティが増大し得るという原理に基づいて、より乏しいバイオアベイラビリティを示す薬物について特に開発されている。例えば、米国特許第４，１０７，２８８号は、活性な物質が高分子の架橋マトリクス上に保持される、１０ｎｍ〜１，０００ｎｍの〜サイズ範囲の粒子を有する薬学的処方物を記載する。米国特許第５，１４５，６８４号は、薬物物質が、表面モディファイヤの存在下でナノ粒子（４００ｎｍの平均粒子サイズ）まで粉砕され、次いで、液体媒体中に分散されて、顕著に高いバイオアベイラビリティを示す薬学的処方物が得られる、薬学的処方物の生産を記載する。
薬学的組成物は、一般に、少なくとも１つの薬学的に受容可能な賦形剤と組み合わせた治療用化合物から構成される。受容可能な賦形剤は、無毒性であり、投与を補助し、そしてこの治療用化合物の治療的利益に対して有害には影響を与えない。このような賦形剤は、任意の固体、液体、半固体、またはエアロゾル組成物の場合は気体の、当業者に一般的に入手可能である賦形剤であり得る。
固体の薬学的賦形剤としては、デンプン、セルロース、滑石、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、イネ、粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、塩化ナトリウム、脱脂粉乳などが挙げられる。液体賦形剤および半固体賦形剤は、グリセロール、プロピレングリコール、水、エタノールおよび種々の油（石油起源、動物起源、植物起源もしくは合成起源の油（例えば、落花生油、大豆油、鉱油、胡麻油など）を含む）から選択され得る。（特に注射可能溶液用に）好ましい液体キャリアとしては、水、生理食塩水、水性デキストロースおよびグリコールが挙げられる。
圧縮ガスは、エアロゾル形態で本発明の化合物を分散させるために使用され得る。この目的で適切な不活性ガスは、窒素、二酸化炭素などである。
他の適切な薬学的賦形剤およびそれらの処方物は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎ編（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，第１８版，１９９０）に記載される。
処方物中のその治療化合物の量は、当業者によって採用される十分な範囲内で変化し得る。代表的には、その処方物は、重量％（ｗｔ％）ベースで、処方物全体に基づいて、約０．０１〜９９．９９ｗｔ％の治療化合物を含み、そのバランスをとるものは、１種以上の適切な薬学的賦形剤である。好ましくは、その化合物は、約１〜８０ｗｔ％のレベルで存在する。
治療化合物は、単独で、または他の治療化合物もしくは１種以上の他の活性成分と組み合わせて投与され得る。例えば、心臓血管障害関連タンパク質のインヒビターまたは刺激剤は、同じ心臓血管障害関連タンパク質または異なる心臓血管障害関連タンパク質の活性を阻害するかまたは刺激する別の薬剤と組み合わせて投与されて、それにより心臓血管障害の影響に対抗し得る。
薬理学に関するさらなる情報については、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．を参照のこと。
（ヒト識別適用）
心臓血管障害および心臓血管障害のスタチン処置におけるそれらの診断用途および治療用途に加えて、本発明により提供されるＳＮＰはまた、法医学、親子鑑定、および生物測定法（例えば、Ｇｉｌｌ，「Ａｎ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｕｔｉｌｉｔｙ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ（ＳＮＰｓ） ｆｏｒ ｆｏｒｅｎｓｉｃ ｐｕｒｐｏｓｅｓ」，Ｉｎｔ Ｊ Ｌｅｇａｌ Ｍｅｄ．２００１；１１４（４−５）：２０４−１０を参照のこと）のような適用のためのヒト識別マーカーとして有用である。個体間の核酸配列における遺伝的変動は、個体を識別し、生物学的サンプルと個体とを識別するために遺伝マーカーとして使用され得る。どのヌクレオチドが個体におけるＳＮＰ位置のセットを占めるかという決定は、その個体を区別するＳＮＰマーカーのセットを識別する。分析されるＳＮＰ位置が多いほど、１個体におけるＳＮＰのセットが、関連しない個体におけるＳＮＰのセットと同じである確率は、低くなる。好ましくは、複数の部位が分析される場合、その部位は、連鎖していない（すなわち、独立して遺伝する）。従って、ＳＮＰの好ましいセットは、本明細書中に開示されるＳＮＰの中から選択され得、これらのＳＮＰとしては、異なる染色体上のＳＮＰ、異なる染色体アーム上のＳＮＰ、および／または同じ染色体アームに沿って実質的な距離だけ離れて分散されるＳＮＰが挙げられ得る。
さらに、本明細書中に開示されるＳＮＰの中でも、特定の法医学的適用／ヒト識別適用における使用に好ましいＳＮＰとしては、縮重コドン位置（すなわち、２以上の選択的ヌクレオチドのうちの１つであり得、同じアミノ酸をなおコードし得る特定のコドンにおける三番目の位置）に位置するＳＮＰが挙げられる。なぜなら、これらのＳＮＰは、コードされるタンパク質に影響を及ぼさないからである。そのコードされるタンパク質に影響を及ぼさないＳＮＰは、少ない選択圧下にあると予測され、よって、集団中でより多型性であると予測され、これは、代表的には、法医学適用／ヒト識別適用の利点である。しかし、特定の法医学適用／ヒト識別適用（例えば、ＤＮＡサンプルから表現型的特性を推測する（個体の家系を推論するかまたはその個体の１種以上の物理的特性を推論する））に関して、そのコードされるタンパク質に影響を及ぼすＳＮＰを利用することは望ましいことであり得る。
表１〜２（これは、「Ａｐｐｌｅｒａ」ＳＮＰソースと識別される）に開示されるＳＮＰの多くについては、表１〜２は、３９個体に由来する染色体のＤＮＡを再配列決定することによって得られたＳＮＰ対立遺伝子頻度を提供する（表１〜２はまた、「Ｃｅｌｅｒａ」ソースＳＮＰ、利用可能な場合、ｄｂＥＳＴ、ＨＧＢＡＳＥ、および／またはＨＧＭＤからの公的なＳＮＰについての対立遺伝子頻度情報を提供する）。表１〜２に提供されるその対立遺伝子頻度は、これらのＳＮＰが、ヒト識別適用のために容易に使用されるようにし得る。表１および／または表２に開示される任意のＳＮＰは、ヒト識別のために使用され得るが、特定のＳＮＰ部位における少数の対立遺伝子の頻度が、５０％に近くなるほど、そのＳＮＰが、集団中の異なる個体の間を区別する能力が大きくなる。なぜなら、２つの無作為に選択された個体が、そのＳＮＰ部位において異なる対立遺伝子を有する可能性は、興味深いことに高くなるからである。表１〜２に提供されるＳＮＰ対立遺伝子頻度を使用すると、当業者は、その少数の対立遺伝子の頻度が、例えば、少なくとも１％、２％、５％、１０％、２０％、２５％、３０％、４０％、４５％、または５０％であるか、あるいはその間の任意の他の頻度であるＳＮＰのサブセットを容易に選択し得る。従って、表１〜２は、３９個体に由来する染色体の再配列決定に基づいて対立遺伝子頻度を提供するので、ＳＮＰのサブセットは、ヒト識別について容易に選択され得、そのサブセットにおいて、特定のＳＮＰ部位における少数の対立遺伝子の総対立遺伝子数は、例えは、少なくとも１個、２個、４個、８個、１０個、１６個、２０個、２４個、３０個、３２個、３６個、３８個、３９個、４０個、またはその間の任意の他の数である。
さらに、表１〜２はまた、広い対立遺伝子頻度情報と合わせて個体群（民族群または人種群と本明細書中で交換可能にいわれる）情報を提供する。例えば、３９個体の群（ＤＮＡを再配列決定した）を、２０名の白人および１９名のアフリカ系アメリカ人で構成した。この個体群情報は、ヒト識別のためのＳＮＰ選択をさらに精緻にし得る。例えば、ヒト識別についての好ましいＳＮＰは、白人集団およびアフリカ系アメリカ人集団の両方において類似の対立遺伝子頻度を有する表１〜２から選択され得る；従って、例えば、両方の集団において等しく高い識別能を有するＳＮＰが選択され得る。あるいは、白人集団とアフリカ系アメリカ人集団との間で対立遺伝子頻度は統計学的に有意に異なる（極端な例として、特定の対立遺伝子が、白人個体群またはアフリカ系アメリカ人個体群のいずれかでのみ観察され得るが、他方の個体群においては観察されない）ＳＮＰが選択され得る；このようなＳＮＰは、例えば、ある犯罪現場で回収された生物学的サンプル（例えば、毛髪または血痕）から、未知の加害者の人種／民族を推定するために有用である。統計学的方法を含め、ＳＮＰを使用して、ＤＮＡサンプルから家系を推定するという議論については、Ｆｒｕｄａｋｉｓら、「Ａ Ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｆｏｒ ｔｈｅ ＳＮＰ−Ｂａｓｅｄ Ｉｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｆ Ａｎｃｅｓｔｒｙ」，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｆｏｒｅｎｓｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ２００３；４８（４）：７７１−７８２を参照のこと。
ＳＮＰは、短い直列反復（ＳＴＲ）のような多型マーカーの他のタイプより多くの利点を有する。例えば、ＳＮＰは、容易にスコア付けされ得、自動化しやすく、このことにより、ＳＮＰは、大規模な法医学的データベースについて選択されたマーカーにされる。ＳＮＰは、反復多型よりもゲノム全体を通して遙かに多く見出される。２つの多型形態の集団頻度は、通常、複数対立遺伝子座における複数の多型形態のものよりも高い正確性で決定され得る。ＳＮＰは、反復多型よりも変異として安定である。ＳＮＰは、分析を妨害し得る人工産物（例えば、スタッターバンド（ｓｔｕｔｔｅｒ ｂａｎｄ））に感受性でない。スタッターバンドは、反復多型を分析する場合に頻繁に遭遇し、サンプル（例えば、多数の供給源に由来するＤＮＡの混合物を含み得る犯行現場サンプル）を分析する場合に、特に煩わしい。ＳＴＲマーカーを超えるＳＮＰマーカーの別の有意な利点は、ＳＮＰをスコア付けするために必要な核酸の長さがより短いことである。例えば、ＳＴＲマーカーは、一般に、長さが数百塩基対である。他方、ＳＮＰは、単一のヌクレオチド、一般には、プライマーおよび／またはプローブ結合のためのＳＮＰ位置のいずれかの側の短い保存領域を含む。これは、ＳＮＰを、ＤＮＡが、短い小片にフラグメント化され得る、法医学的ケースワークにおいて頻繁に遭遇する高度に分解した、または時間が経った生物学的サンプルにおける型決定により扱いやすくする。
ＳＮＰはまた、ＳＴＲ遺伝子座を分析する場合に頻繁に遭遇する微小改変体（ｍｉｃｒｏｖａｒｉａｎｔ）および「オフラダー（ｏｆｆ−ｌａｄｄｅｒ）」対立遺伝子になりにくい。微小改変体は、増幅されたＤＮＡ生成物のサイズを変化させる反復単位内の欠失または挿入であり、その結果、その増幅された生成物は、正常サイズの反復単位を有する参照対立遺伝子と同じ速度で移動しない。サイズによって（例えば、ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動によって）分離される場合、微小改変体は、標準サイズの反復単位の参照対立遺伝子ラダーと整列しないが、むしろ、参照対立遺伝子の間に移動する。その参照対立遺伝子ラダーは、対立遺伝子分類のために対立遺伝子の正確なサイズ分けのために使用される；従って、参照対立遺伝子ラダーと整列しない対立遺伝子は、実質的な分析の問題をもたらす。さらに、複数対立遺伝子の反復多型を分析する場合、ときおり、その集団中であらかじめ認められるよりも多いかまたは少ない反復単位、あるいは参照対立遺伝子ラダーに含まれるよりも多いかまたは少ない反復単位からなる対立遺伝子が見出される。これらの対立遺伝子は、参照対立遺伝子ラダーにおける既知の対立遺伝子のサイズ範囲の外側に移動し、そのために、「オフラダー」対立遺伝子といわれる。極端な場合、その対立遺伝子は、ごく少数の反復しか含まないかまたは非常に多くの反復を含み得るので、それは、その参照対立遺伝子ラダーの範囲の十分外に移動する。この状況において、その対立遺伝子は、観察すらされないかもしれないか、または、多重分析を用ると、別の遺伝子座についてのサイズ範囲内にまたはそのサイズ範囲近くに移動し得、さらに分析を混乱させる。
ＳＮＰ分析は、ＳＴＲ分析において遭遇する微小改変体およびオフラダー対立遺伝子の問題を回避する。重要なことに、微小改変体およびオフラダー対立遺伝子は、顕著な問題を生じ得、そして特定の既知の対立遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを利用する、オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアレイのような分析法を使用する場合に、完全に見逃され得る。さらに、ＳＴＲ分析で遭遇するオフラダー対立遺伝子および微小改変体は、たとえ正しく型分類されたとしても、不適切な統計学的分析をもたらし得る。なぜなら、その集団中のそれらの頻度は、一般に、未知であるかまたは特徴付けが乏しく、よって、その適合する遺伝子型の統計学的有意性には疑問が残り得る。ＳＮＰ分析の全てのこれらの利点は、大部分のＤＮＡ識別例の結論（個体の終身刑、または死亡した個体の家族に対する遺体の再関連づけをもたらし得る）に鑑みて、注目に値する。
ＤＮＡは、生物学的サンプル（例えば、血液、骨、毛髪、唾液、または精液）から単離され得、特定のＳＮＰ位置における参照供給源からのＤＮＡと比較され得る。複数のＳＮＰマーカーは、適合している遺伝子型の識別能および統計学的有意性を増大させるために、同時にアッセイされ得る。例えば、オリゴヌクレオチドアレイは、多数のＳＮＰを同時に遺伝子型決定するために使用され得る。本発明により提供されるＳＮＰは、個体を識別するか、または特定の生物学的サンプルと個体を関連づけるために、他の多型遺伝マーカー（例えば、当該分野で公知の他のＳＮＰ）またはＳＴＲと組み合わせてアッセイされ得る。
さらに、本発明により提供されるＳＮＰは、ＤＮＡ遺伝子型のデータベース（例えば、犯罪者ＤＮＡデータバンク（例えば、ＦＢＩのＣｏｍｂｉｎｅｄ ＤＮＡ Ｉｎｄｅｘ Ｓｙｓｔｅｍ（ＣＯＤＩＳ）データベース））中に含めるために遺伝子型決定され得る。次いで、未知の供給源の生物学的サンプルから得られた遺伝子型が、適合している遺伝子型を見出すためにデータベースに対して問い合わせられ得、本発明のＳＮＰは、そこで既知のＤＮＡ配列および未知のＤＮＡ配列を同一性について比較するヌクレオチド位置を提供する。従って、本発明は、例えば、法医学的適用、生物測定法適用、または他のヒト識別適用において使用するために、本発明の新規なＳＮＰまたはＳＮＰ対立遺伝子を含むデータベース（例えば、そのデータベースは、集団の個々のメンバーが、本発明の１以上の新規なＳＮＰ部位において、どの対立遺伝子を保有するかを示す情報を含み得る）を提供する。このようなデータベースは、代表的には、本発明のＳＮＰまたはＳＮＰ対立遺伝子が、コンピューター読み取り可能な媒体（本明細書中の、標題「コンピューター関連実施形態」の節を参照のこと）上に記録される、コンピューターベースのシステムを含む。
本発明のＳＮＰはまた、親子鑑定において使用するためにアッセイされ得る。親子鑑定の目的は、通常、ある男性が子供の父親であるか否かを決定することである。大部分の例において、その子供の母親は、既知であり、よって、その子供の遺伝子型に対する母親の寄与が追跡され得る。親子鑑定は、その母親に帰さない子供の遺伝子型の一部が、推定の父親の遺伝子型と一致するか否かを調査する。親子鑑定は、その推定の父親およびその子供における多型のセットを分析することによって行われ得、本発明のＳＮＰは、ここで同一性についてその推定の父親および子供のＤＮＡ配列を比較するためのヌクレオチド位置を提供する。その父親に帰する、子供における多型のセットが、その推定の父親の多型のセットと適合しない場合、実験誤差を除いて、その推定の父親が、その子供の父親でないと結論づけられ得る。その父親に帰する子供における多型のセットが、推定の父親の多型のセットと適合する場合、統計学的計算は、偶然一致した適合の可能性、および推定の父親がその子供の真の生物学的父親であるという可能性に関して引き出される結論を決定するために行われ得る。
親子鑑定に加えて、ＳＮＰは、血族鑑定の他の型についても（例えば、移民目的の家族関係を確証するため、またはある個人が、死亡した個人からの相続を主張するために、その死亡した個人の血縁関係にあると主張する場合のため、など）に有用である。親子鑑定および他の型の血族鑑定についてのＳＮＰの有用性に関するさらなる情報に関しては、統計学的分析のための方法を含め、Ｋｒａｗｃｚａｋ，「Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｉｔｙ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｆｏｒ ｂｉａｌｌｅｌｉｃ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ」，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ １９９９ Ｊｕｎ；２０（８）：１６７６−８１を参照のこと。
ヒト識別のための本発明のＳＮＰの用途は、生物測定系と一般にいわれる種々の鑑定システムにさらに拡張し、代表的には、ヒト（または他の生物）の物理的特性をデジタルデータに変換する。生物測定系は、このような独自の解剖学的または生理学的特性（人差し指、親指の指紋または掌紋；手の形状；手の甲側の静脈パターン；網膜の血管パターンならびに虹彩の色および外観；顔の特徴；声のパターン；サインおよびタイピングの強弱；ならびにＤＮＡとして）を測定する種々の技術的デバイスを含む。このような生理学的測定値は、同一性を確認し、例えば、その識別に基づいて、アクセスを制限または許容するために使用され得る。生物測定法のための適用の例としては、物理的区域のセキュリティー、コンピューターおよびネットワークのセキュリティー、航空機乗客のチェックインおよび搭乗手続、金銭取引、医療記録アクセス、政府機関配電、投票、法執行、パスポート、査証および入国管理、刑務所、種々の軍事的用途、ならびに高価なもしくは危険な品物（例えば、自動車もしくは銃）へのアクセス制限目的（例えば、Ｏ’Ｃｏｎｎｏｒ，Ｓｔａｎｆｏｒｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌａｗ Ｒｅｖｉｅｗおよび米国特許第６，１１９，０９６号を参照のこと）が挙げられる。
ＳＮＰ（特に、本発明によって提供されるＳＮＰ）の群は、生物測定法適用（例えば、上記のもの）のために個体を固有に識別するために、分類され得る。このようなＳＮＰ分類は、例えば、ＤＮＡチップ／アレイを用いて、達成され得る。好ましくは、ＤＮＡサンプルを取得するための最小限に侵襲性の手段が利用される。例えば、ＰＣＲ増幅により、頬内のぬぐい液または指紋（これらは、ＤＮＡ含有皮膚細胞および接触する間に自然に移った油を含む）から、分析に十分な量のＤＮＡを得られるようになる。
法医学的／ヒト識別適用においてＳＮＰを使用するための技術に関するさらなる情報は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（２００２），１４．１−１４．７に見出され得る。
（改変タンパク質、抗体、ベクターおよび宿主細胞、ならびにその使用）
（ＳＮＰ含有核酸分子によりコードされる改変タンパク質）
本発明は、ＳＮＰ含有核酸分子を提供し、その多くは、当該分野で公知の（すなわち、野生型）タンパク質と比較して、改変体アミノ酸配列をコードするタンパク質をコードする。本発明の多型核酸分子によりコードされるアミノ酸配列は、表１および配列表において配列番号６１〜１２０として提供される：これらの改変体は、一般に、本発明の改変タンパク質／ペプチド／ポリペプチド、または多型タンパク質／ペプチド／ポリペプチドといわれる。用語「タンパク質」、「ペプチド」、および「ポリペプチド」は、交換可能に本明細書中で使用される。
本発明の改変タンパク質は、例えば、本明細書中に開示されるｃＳＮＰ位置のいずれか１つにおいて非類似のヌクレオチド置換によってコードされ得る。さらに、改変タンパク質はまた、発現、構造、および／または機能が本明細書中で開示されるＳＮＰ（例えば、終止コドンを作り出すまたは破壊するＳＮＰ、スプライシングに影響を及ぼすＳＮＰ、および制御エレメント／調節エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサー、または転写因子結合ドメイン）におけるＳＮＰ）によって改変されるタンパク質が挙げられ得る。
本明細書中で使用される場合、タンパク質またはペプチドは、細胞物質も化学的前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない場合に、「単離される」または「精製される」といわれる。本発明の改変タンパク質は、均質にまで、または他のより低い純度まで精製され得る。精製のレベルは、意図される用途に基づく。その重要な特徴は、その調製物が、他の成分のかなりの量が存在しても、改変タンパク質の望ましい機能を与えることである。
本明細書中で使用される場合、「細胞物質を実質的に含まない」とは、約３０％（乾燥重量で）の他のタンパク質（すなわち、夾雑タンパク質）、約２０％未満の他のタンパク質、約１０％未満の他のタンパク質、または約５％未満の他のタンパク質を有する、その改変タンパク質の調製物を包含する。その改変タンパク質が組換え生成される場合、それはまた、培養培地を実質的に含まないことであり得る（すなわち、培養培地は、そのタンパク質調製物の容量の約２０％未満を表す）。
語句「化学前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない」は、改変タンパク質の合成に関与する化学前駆物質または他の化学物質から分離されている、その改変タンパク質の調製物を包含する。一実施形態において、語句「化学前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない」は、約３０％（乾燥重量で）未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質または約２０％未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質、約１０％未満の化学前駆物質または他の化学物質、または約５％未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質を有する、その改変タンパク質の調製物を包含する。
単離された改変タンパク質は、その改変タンパク質を天然に発現する細胞から精製され得るか、これを発現するように改変された細胞（組換え宿主細胞）から精製され得るか、または公知のタンパク質合成方法を使用して合成され得る。例えば、ＳＮＰを含有する、改変タンパク質をコードする核酸分子は、発現ベクターにクローニングされ得、その発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、およびその改変タンパク質は、その宿主細胞において発現され得る。次いで、その改変タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用して、任意の適切な精製スキームによってその細胞から単離され得る。これらの技術の例は、以下に詳細に記載される（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ）。
本発明は、本発明のＳＮＰを含む１以上のコドンによってコードされる１以上の改変体アミノ酸を含むアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらから本質的になる単離された改変タンパク質を提供する。
従って、本発明は、表１および／または表２に提供されるＳＮＰによってコードされる１以上のアミノ酸多型（または終止コドンの生成または破壊にそれぞれ起因する、短縮または伸長）を含むアミノ酸配列からなる改変タンパク質を提供する。タンパク質は、そのアミノ酸配列は、そのタンパク質のアミノ酸配列全体である場合に、アミノ酸配列からなる。
本発明は、表１および／または表２に提供されるＳＮＰによってコードされる１以上のアミノ酸多型（または終止コドンの生成もしくは破壊にそれぞれ起因する、短縮もしくは伸長）を含むアミノ酸配列から本質的になる改変タンパク質をさらに提供する。タンパク質は、アミノ酸配列が、最終的なタンパク質中にわずか数個のさらなるアミノ酸残基とともに存在する場合、このようなアミノ酸配列から本質的になる。
本発明は、表１および／または表２に提供されるＳＮＰによってコードされる１以上のアミノ酸多型（または終止コドンの生成または破壊にそれぞれ起因する短縮または伸長）を含むアミノ酸配列を含む改変タンパク質をさらに提供する。タンパク質は、アミノ酸配列が、そのタンパク質の最終的なアミノ酸配列の少なくとも一部である場合に、そのアミノ酸配列を含む。このようにして、そのタンパク質は、その改変体アミノ酸配列のみを含んでいてもよいし、さらなるアミノ酸残基（例えば、そのタンパク質と天然に関連しているか、または異種アミノ酸残基である、連続したコードされる配列）を有していてもよい。このようなタンパク質は、数個のさらなるアミノ酸残基を有し得るか、または多くのさらなるアミノ酸を含み得る。これらのタンパク質のどの程度種々の型が作製されかつ単離され得るかの簡単な説明は、以下に提供される。
本発明の改変タンパク質は、キメラタンパク質または融合タンパク質を形成するために、異種配列に結合され得る。このようなキメラタンパク質および融合タンパク質は、改変タンパク質に実質的に相同でないアミノ酸配列を有する異種タンパク質に作動可能に連結されたその改変タンパク質を含む。「作動可能に連結される」とは、その改変タンパク質およびその異種タンパク質についてのコード配列が、インフレームで連結されることを示す。その異種タンパク質は、その改変タンパク質のＮ末端またはＣ末端に融合され得る。別の実施形態において、その融合タンパク質は、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来の技術によって合成される融合ポリヌクレオチドによってコードされる。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅は、２つの連続した遺伝子フラグメントの間に相補的な突出部（ｏｖｅｒｈａｎｇ）を生じる別のプライマーを使用して行われ得、これらのフラグメントは、その後、キメラ遺伝子配列を生成するためにアニールおよび再増幅され得る（Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９２を参照のこと）。さらに、多くの発現ベクターが、市販されており、これらはすでに融合部分（例えば、ＧＳＴタンパク質）をコードしている。改変タンパク質をコードする核酸は、その融合部分がその改変タンパク質にインフレームで連結されるように、このような発現ベクターにクローニングされ得る。
多くの場合、その融合タンパク質は、その改変タンパク質の活性に影響を及ぼさない。その融合タンパク質としては、酵素融合タンパク質（例えば、β−ガラクトシダーゼ融合物）、酵母ツーハイブリッドＧＡＬ融合物、ポリ−Ｈｉｓ融合物、ＭＹＣタグ化融合物、ＨＩタグ化融合物およびＩｇ融合物が挙げられるが、これらに限定されない。このような融合タンパク質（特に、ポリ−Ｈｉｓ融合物）は、組換え発現後のそれらの精製を容易にし得る。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、タンパク質の発現および／または分泌は、異種シグナル配列を使用することで増大され得る。融合タンパク質は、例えば、Ｔｅｒｐｅ，「Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｔａｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆｕｓｉｏｎｓ：ｆｒｏｍ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ ｔｏ ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ ｓｙｓｔｅｍｓ」，Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００３ Ｊａｎ；６０（５）：５２３−３３．Ｅｐｕｂ ２００２ Ｎｏｖ ０７；Ｇｒａｄｄｉｓら，「Ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｈａｔ ｗｏｒｋ ｕｓｉｎｇ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ」，Ｃｕｒｒ Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；３（４）：２８５−９７；およびＮｉｌｓｓｏｎら，「Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｕｓｉｏｎ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ａｎｄ ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ」，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ Ｐｕｒｉｆ．１９９７ Ｏｃｔ；１１（１）：１−１６にさらに記載される。
本発明はまた、本発明の改変体ポリペプチドのさらに明らかな改変体（例えば、天然に存在する成熟形態（例えば、対立遺伝子改変体）、天然に存在しない組換え由来改変体、ならびに配列相同性を共有するこのようなタンパク質のオルソログおよびパラログ）に関する。このような改変体は、組換え核酸技術およびタンパク質生化学の分野における分野で公知の技術を使用して容易に生成され得る。しかし、改変体は、本発明より前の先行技術において公知であるものを除くことが理解される。
表１に開示される改変体ポリペプチドのさらなる改変体は、表１に開示されるアミノ酸配列（またはそれらのフラグメント）と少なくとも７０〜８０％、８０〜８５％、８５〜９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を共有し、かつ表１に開示される新規なアミノ酸残基（対立遺伝子）（新規ＳＮＰ対立遺伝子によってコードされる）を含むアミノ酸配列を包含し得る。従って、具体的に企図される本発明の局面は、表１に示されるポリペプチド配列と比較して、ある程度の配列の変化を有するが、本明細書中に開示される新規ＳＮＰ対立遺伝子によってコードされる新規アミノ酸残基（対立遺伝子）を含む、ポリペプチドである。言い換えると、ポリペプチドが本明細書中に開示される新規なアミノ酸残基を含む限りにおいて、その新規なアミノ酸残基に隣接するポリペプチドの他の部分は、表１に示されるポリペプチド配列からある程度変化し得る。
本明細書中に開示されるアミノ酸配列のうちの１つを含むタンパク質の全長の予めプロセシングされた形態、ならびに成熟プロセシング形態は、本発明の改変タンパク質のうちの１つに対して完全な配列同一性を有し、本明細書中に提供される改変タンパク質と同じ遺伝子座によってコードされると容易に同定され得る。
改変体ペプチドのオルソログは、改変体ペプチドの少なくとも一部に対してある程度有意な配列相同性／同一性を有し、別の生物に由来する遺伝子によってコードされると容易に同定され得る。好ましいオルソログは、ヒト治療標的および因子の開発のために、非ヒト哺乳動物（好ましくは、霊長類）から単離される。このようなオルソログは、そのオルソログタンパク質を生じる２つの生物の関連性の程度に依存して、中程度からストリンジェントな条件下で、改変体ペプチドコード核酸分子にハイブリダイズする核酸配列によってコードされ得る。
改変タンパク質としては、本発明のＳＮＰによって引き起こされる、アミノ酸配列における欠失、付加および置換を含むタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。１つのクラスの置換は、ポリペプチド中の所定のアミノ酸が類似の特性の別のアミノ酸で置換される、保存的アミノ酸置換である。代表的な保存的置換は、脂肪族アミノ酸の中では、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅの１つを別のアミノ酸で置換すること；ヒドロキシル残基ＳｅｒとＴｈｒとの交換；酸性残基ＡｓｐとＧｌｕとの交換；アミド残基ＡｓｎとＧｌｎとの間の置換；塩基性残基ＬｙｓとＡｒｇとの交換；ならびに芳香族残基ＰｈｅとＴｙｒとの置換である。どのアミノ酸変化が表現系的にサイレントであり得るかに関してのガイダンスは、例えば、Ｂｏｗｉｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１３０６−１３１０（１９９０）において見出される。
改変タンパク質は、１つ以上の活性（例えば、別の分子に結合する能力、基質に触媒作用を及ぼす能力、シグナル伝達を媒介する能力など）において十分に機能的であり得るか、またはこれらの活性において機能を欠き得る。十分に機能的な改変体は、代表的には、保存的改変または重要でない残基または重要でない領域における改変を含む。機能的な改変体はまた、機能において何の変化ももたらさないか、またはわずかな変化しかもたらさない、類似のアミノ酸の置換を含み得る。あるいは、このような置換は、ある程度まで、機能に正にまたは負に影響を及ぼし得る。非機能的改変体は、代表的には、１つ以上の非保存的アミノ酸置換、欠失、挿入、逆位、短縮もしくは伸長、または重要な残基もしくは重要な領域における置換、挿入、逆位、もしくは欠失を含む。
タンパク質の機能のために必要不可欠なアミノ酸は、当該分野で公知の方法（例えば、部位特異的突然変異誘発またはアラニン走査突然変異誘発（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１−１０８５（１９８９）））によって、特に、表１に提供されるアミノ酸配列および多型情報を用いて同定され得る。後者の手順は、分子中の全ての残基において単一のアラニン変異を誘発する。次いで、生じる変異体分子は、生物活性（例えば、酵素活性）について試験されるか、またはアッセイ（例えば、インビトロ増殖活性）で試験される。結合パートナー／基質結合について重要な部位はまた、構造分析（例えば、結晶化、核磁気共鳴または光アフィニティーラベリング）によって決定され得る（Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２４：８９９−９０４（１９９２）；ｄｅ Ｖｏｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：３０６−３１２（１９９２））。
ポリペプチドは、２０種の天然に生ずるアミノ酸と一般的に言われる２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含み得る。さらに、多くのアミノ酸（末端アミノ酸を含む）は、天然のプロセス（例えば、プロセシングおよび他の翻訳後修飾）によって、または当該分野で周知の化学的修飾技術によって修飾され得る。従って、本発明の変異タンパク質はまた、誘導体またはアナログを含み、この誘導体またはアナログにおいては、置換されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によってコードされるものでないか、置換基が含まれるか、成熟ポリペプチドが別の化合物（例えば、ポリペプチドの半減期を増加させる化合物（例えば、ポリエチレングリコール））と融合されるか、または、さらなるアミノ酸がこの成熟ポリペプチド（例えば、リーダー配列もしくは分泌配列またはこの成熟ポリペプチドの精製のための配列あるいはプロタンパク質配列）に融合される。
公知のタンパク質修飾としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：アセチル化、アシル化、ＡＤＰリボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、γカルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシング、ホスホリル化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、タンパク質へのアミノ酸の転移ＲＮＡ媒介性付加（例えば、アルギニル化）、およびユビキチン化。
このようなタンパク質修飾は、当業者に周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。いくつかの特に一般的な修飾、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のγカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰリボシル化は、例えば、以下の最も基本的な教科書に記載される：例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，第２版，Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９３）；Ｗｏｌｄ，Ｆ．，Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｂ．Ｃ．Ｊｏｈｎｓｏｎ（編），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １−１２（１９８３）；Ｓｅｉｆｔｅｒら，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８２：６２６−６４６（１９９０）；およびＲａｔｔａｎら，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６３：４８−６２（１９９２）。
本発明は、変異タンパク質のフラグメントをさらに提供する。このフラグメントは、本明細書中に開示される１つ以上のＳＮＰによってコードされる、１つ以上のアミノ酸配列改変体（例えば、置換、または停止コドンの作製もしくは破壊に起因する切断または伸長）を含む。しかし、本発明が関係するフラグメントは、本発明の前の先行技術で開示されているフラグメントを包含するようには解釈されない。
本明細書中で使用される場合、フラグメントは、改変タンパク質由来の、少なくとも約４、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１４、少なくとも約１６、少なくとも約１８、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約５０、少なくとも約１００（もしくは合間の任意の他の数）またはそれ以上連続するアミノ酸残基を含み得る。ここで、少なくとも１つのアミノ酸残基（例えば、本発明によって提供されるｃＳＮＰ位での非同義ヌクレオチド置換によってコードされる改変体アミノ酸残基）は、本発明のＳＮＰによって影響を受ける。ｃＳＮＰによってコードされる改変体アミノ酸は、フラグメントの配列に沿って任意の残基位置を占め得る。このようなフラグメントは、改変タンパク質の１つ以上の生物活性を保持する能力、または機能を行う（例えば、免疫原として作用する）能力に基づいて選択され得る。特別に重要なフラグメントは、生物活性フラグメントである。このようなフラグメントは、代表的には、本発明の改変タンパク質のドメインもしくはモチーフ（例えば、活性部位、膜貫通ドメイン、またはリガンド／基質結合ドメイン）を含む。他のフラグメントとしては、ドメイン含有フラグメントまたはモチーフ含有フラグメント、可溶性ペプチドフラグメント、および免疫原構造を含むフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。予想されるドメインおよび機能的部位は、当業者に周知のコンピュータープログラムによって容易に同定可能である（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ分析）（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（２００２））。
（改変タンパク質の使用）
本発明の改変タンパク質は、種々の方法で使用され得る以下が挙げられるが、これらに限定されない：改変タンパク質の生物活性を決定するためのアッセイ（例えば、高処理能力スクリーニングのための複数タンパク質の一団におけるアッセイ）において使用され得る；抗体を産生させるか、または別の型の免疫応答を誘発するため使用され得る；生体液中の改変タンパク質（またはその結合パートナー）のレベルを定量的に決定するために設計されたアッセイにおける試薬（標識された試薬を含む）として使用され得る；細胞または組織に対するマーカーとして（この細胞または組織において、このマーカーは、（構成的に、または組織分化もしくは組織発生の特定の段階で、あるいは疾患状態でのいずれかで）優先的に発現される）；治療剤のスクリーニングのための標的として使用され得る；およびヒト被験体に投与される直接的治療剤として使用され得る。本明細書中に開示される任意の改変タンパク質は、研究用製品としての商品化のために試薬等級またはキット型へと開発され得る。上記で列挙された用途を実行するための方法は、当業者に周知である（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ，２０００，ならびにＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｅｒｇｅｒ，Ｓ．Ｌ．およびＡ．Ｒ．Ｋｉｍｍｅｌ（編），１９８７を参照のこと）。
本発明の特定の実施形態において、本発明の方法は、本明細書中に開示される１つ以上の改変タンパク質の検出を含む。改変タンパク質は、配列番号６１〜１２０として、表１および配列表に開示される。このようなタンパク質の検出は、例えば、抗体、低分子化合物、アプタマー、リガンド／基質、他のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または他のタンパク質結合剤を用いて達成され得る。好ましくは、タンパク質検出剤は、本発明の改変タンパク質に特異的であり、従って、本発明の改変タンパク質と野生型のタンパク質または別の改変体形態との間を識別し得る。これは、一般的には、例えば、改変タンパク質と野生型タンパク質との間で異なるタンパク質の領域（例えば、本発明の非同義ｃＳＮＰによってコードされた１つ以上のアミノ酸置換を含む、タンパク質の領域、または、停止コドンを作製し、それによってより短いポリペプチドをもたらすナンセンス改変体型ＳＮＰに従うタンパク質の領域、または、停止コドンを破壊し、それによってより長いポリペプチドをもたらす読み通し改変体型ＳＮＰに従うタンパク質の領域（ここで、このポリペプチドの部分は、このポリペプチドのうちの１つのバージョンでは存在するが、他のバージョンでは存在しない））に結合する検出薬剤を選択するか、または設計することによって達成され得る。
本発明の別の特定の局面において、本発明の改変タンパク質は、心臓血管障害（特に、心筋梗塞または脳卒中などの急性冠状動脈事象）を発症する個体の素因を評価するため、心臓血管障害を処置および／または予防するため、心臓血管障害のスタチン処置に対する個体の応答を予測するためなどの標的として使用される。従って、本発明は、細胞、組織、または生体における本発明の１つ以上の改変タンパク質の存在もしくはレベルを検出するための方法を提供する。このような方法は、代表的には、試験サンプルと薬剤（例えば、抗体、低分子化合物、またはペプチド）とを接触させる工程を包含する。この薬剤は、改変タンパク質と相互作用することが可能であり、その結果、改変タンパク質への薬剤の特異的な結合が検出され得る。このようなアッセイは、単一検出フォーマットまたはアレイのような複数検出形式（例えば、抗体アレイまたはアプタマーアレイ（タンパク質検出のためのアレイはまた、「タンパク質チップ」とも呼べれ得る））で提供され得る。目的の改変タンパク質は、試験サンプルから単離され得、そして本発明によって開示される１つ以上のＳＮＰによってコードされた改変体アミノ酸配列の存在についてアッセイされ得る。このＳＮＰは、タンパク質および対応するタンパク質機能／活性に対して、（例えば、アミノ酸の置換、欠失、挿入および／もしくは再配列をもたらし得るタンパク質コード領域における非同義置換；停止コドンの形成もしくは破壊；またはプロモーターのような制御要素の変更を介して）変化を引き起こし得る。ＳＮＰはまた、非適切な翻訳後修飾をもたらし得る。
サンプルにおける改変タンパク質を検出するための１つの好ましい薬剤は、タンパク質の改変体形態に選択的に結合することが可能な抗体である（抗体は、次節でより詳細に記載される）。このようなサンプルとしては、例えば、被験体から単離された組織、細胞、および生体液、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および液体が挙げられる。
本明細書中に開示される心臓血管障害および／またはスタチン応答に関連する改変タンパク質およびそのフラグメントの検出のためのインビトロ法としては、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、ウエスタンブロット法、免疫沈降、免疫蛍光、およびタンパク質アレイ／チップ（例えば、抗体またはアプタマーのアレイ）が挙げられるが、これらに限定されない。イムノアッセイおよび関連するタンパク質検出法に関するさらなる情報については、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．，およびＨａｇｅ，「Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ」，Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．１９９９ Ｊｕｎ １５；７１（１２）：２９４Ｒ−３０４Ｒを参照のこと。
アミノ酸改変体を検出するさらなる分析法としては、電気泳動移動度の変化、トリプシンペプシド消化の変化、細胞ベースのまたは細胞フリーのアッセイにおけるタンパク質活性の変化、リガンドまたは抗体結合パターンにおける変化、等電点の変化、および直接アミノ酸シークエンシングが挙げられるが、これらに限定されない。
あるいは、改変タンパク質は、改変タンパク質に特異的な標識抗体（または他の型の検出試薬）を被験体に導入することによって、その被験体においてインビボで検出され得る。例えば、この抗体は、放射性マーカーで標識され得る。被験体におけるこの放射性マーカーの存在および位置は、標準画像化技術によって検出され得る。
本発明の改変タンパク質の他の使用は、そのタンパク質の分類または作用に基づく。例えば、ヒトから単離されたタンパク質およびそれらの哺乳動物相同分子種は、特に、このタンパク質を発現する細胞または組織における生物学的応答または病理学的応答を調節するための治療用途での使用のための薬剤（例えば、低分子薬または抗体）を同定するための標的として作用する。薬学的薬剤は、タンパク質活性を調節するように開発され得る。
遺伝子発現を調節するための代替物として、治療化合物が、タンパク質機能を調節するように開発され得る。例えば、本明細書中に開示される多くのＳＮＰ（例えば、非同義ｃＳＮＰおよびナンセンス変異型ＳＮＰ）は、コードされたタンパク質のアミノ酸配列に影響を与える。コードされたアミノ酸配列におけるこのような変化は、特に、このようなアミノ酸配列改変体が機能的タンパク質ドメイン（例えば、触媒ドメイン、ＡＴＰ結合ドメイン、またはリガンド／基質結合ドメイン）において起こる場合、タンパク質機能に影響を与え得る。機能的ドメインにアミノ酸配列の変化を有する改変タンパク質が、病理学的状態を引き起こし得るか、または病状学的状態に影響を与え得るということは当該分野で確立されている。このような例において、化合物（例えば、低分子薬または抗体）は、改変タンパク質を標的にするように開発され得、そしてタンパク質機能／活性を調節（例えば、アップレギュレーションまたはダウンレギュレーション）し得る。
本発明の治療方法は、本発明の１つ以上の改変タンパク質を標的にする方法をさらに含む。改変タンパク質は、例えば、低分子化合物、抗体、アプタマー、リガンド／基質、他のタンパク質、または他のタンパク質結合剤を用いて、標的され得る。さらに、当業者は、表１に開示される新規のタンパク質改変体（および多型核酸分子）が、対応する当該分野で公知のタンパク質（またはｍＲＮＡ分子のような核酸分子）の競合的インヒビターとして作用することによって、それら自身で治療剤として直接的に使用され得ることを認識する。
本発明の改変タンパク質は、薬物スクリーニングアッセイ、細胞ベース系または細胞フリー系において特に有用である。細胞ベース系は、タンパク質を自然に発現する、生検標本、または細胞培養物細胞を利用し得る。１つの実施形態において、細胞ベースのアッセイは、改変タンパク質を発現する組換え宿主細胞を含む。細胞フリーのアッセイは、改変タンパク質またはその改変タンパク質をコードする対応するＳＮＰ含有核酸フラグメントに直接結合する化合物の能力を検出するために使用され得る。
本発明の改変タンパク質、およびその適切なフラグメントは、高処理能力スクリーニングアッセイにおいて使用され、この改変タンパク質を結合する能力および／またはこの改変タンパク質の活性を調節する能力について候補化合物を試験し得る。これらの候補化合物は、正常機能（例えば、野生型／非改変タンパク質）を有するタンパク質に対してさらにスクリーニングされ、タンパク質活性に対する化合物の効果をさらに決定し得る。さらに、これらの化合物は、インビボ活性／有効性を決定するために、動物系または無脊椎動物系において試験され得る。化合物は、この改変タンパク質を活性化する（アゴニスト）か、または不活性化（アンタゴニスト）すると同定され得、そして異なる化合物は、この改変タンパク質の種々の程度の活性化または不活性化を引き起こすと同定され得る。
さらに、改変タンパク質は、この改変タンパク質とこのタンパク質と正常に相互作用する標的分子との間の相互作用を刺激するか、または阻害する能力について化合物をスクリーニングするために使用され得る。標的は、リガンド、基質、またはこのタンパク質が正常に相互作用する結合パートナー（例えば、エピネフリンまたはノルエピネフリン）であり得る。このようなアッセイは、代表的に、改変タンパク質またはそのフラグメントをこの標的分子と相互作用させ、そしてこのタンパク質とこの標的との間の複合体の形成を検出するか、またはこの改変タンパク質とこの標的との相互作用の生化学的因果関係（例えば、シグナル伝達の任意の関連する効果）を決定することを可能にする条件下で、この改変タンパク質と候補化合物とを組み合わせる工程を包含する。
候補化合物としては、例えば、以下が挙げられる：１）可溶性ペプチドのようなペプチド（Ｉｇテイル融合ペプチド、ならびにランダムペプチドライブラリーのメンバー（例えば、Ｌａｍら，Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８２−８４（１９９１）；Ｈｏｕｇｈｔｅｎら，Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８４−８６（１９９１）を参照のこと）、およびＤ−立体配置アミノ酸および／またはＬ−立体配置アミノ酸から作製されるコンビナトリアルケミストリー由来の分子ライブラリーのメンバーを含む）；２）リンペプチド（例えば、ランダムかつ部分的に変性した、リンペプチドライブラリーに指向するメンバー（例えば、Ｓｏｎｇｙａｎｇら，Ｃｅｌｌ ７２：７６７−７７８（１９９３）を参照のこと））；３）抗体（例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、および単鎖抗体、ならびにＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ発現ライブラリーフラグメント、および抗体のエピトープ結合フラグメント）；そして４）有機低分子および無機低分子（例えば、コンビナトリアルライブラリーおよび天然産物ライブラリーから得られる分子）。
１つの候補化合物は、リガンド結合に対して競合する改変タンパク質の可溶性フラグメントである。他の候補化合物としては、突然変異体タンパク質、または改変タンパク質機能に影響を与え、従ってリガンドに対して競合する突然変異を含む適切なフラグメントが挙げられる。従って、リガンドに対して（例えば、より高い親和性で）競合するフラグメント、またはリガンドに結合するが、放出させないフラグメントは、本発明によって包含される。
本発明は、改変タンパク質活性を調節する（刺激するか、または阻害する）化合物を同定するための他の終点アッセイをさらに含む。このアッセイは、代表的に、タンパク質活性を示すシグナル伝達経路における現象のアッセイを包含する。従って、改変タンパク質依存性シグナルカスケードに応答してアップレギュレーションされるか、またはダウンレギュレーションされる遺伝子の発現が、アッセイされ得る。１つの実施形態において、このような遺伝子の調節領域は、容易に検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）に作動可能に連結され得る。あるいは、この改変タンパク質のリン酸化、または改変タンパク質の標的もまた、測定され得る。この改変タンパク質によって媒介される生物学的機能および生化学的機能のいずれ、終点アッセイとして使用され得る。これらは、本明細書中、本明細書中で引用される参考文献（これらの終点アッセイの標的および当業者に公知の他の機能について、参考として援用される）に記載される生化学的現象または生物学的現象の全てを含む。
結合化合物および／または活性化化合物もまた、キメラ改変タンパク質を用いることによってスクリーニングされ得る。ここで、アミノ末端細胞外ドメインもしくはその部分、膜貫通ドメインの全体もしくは部分領域、および／またはカルボキシル末端細胞内ドメインもしくはその部分は、異種ドメインまたは部分領域によって置換され得る。例えば、基質結合領域は、改変タンパク質によって正常に認識される基質とは異なる基質と相互作用するように使用され得る。従って、異なる一組のシグナル伝達成分は、活性化についての終点アッセイとして利用可能である。これは、アッセイが、改変タンパク質が誘導される特異的宿主細胞以外において実行されることを可能にする。
改変タンパク質はまた、この改変タンパク質と相互作用する化合物を発見するために設計された方法での競合的結合アッセイにおいて有用である。従って、化合物は、化合物を改変タンパク質に結合させるか、または別に改変タンパク質と相互作用させる条件下で、この改変タンパク質に曝露され得る。この改変タンパク質と正常に相互作用する結合パートナー（例えば、リガンド）もまた、混合物に添加される。試験化合物が、この改変タンパク質またはその結合パートナーと相互作用する場合、この改変タンパク質から形成される複合体の量、またはこの改変タンパク質由来の活性を減少させる。この型のアッセイは、改変タンパク質の特定領域と相互作用する化合物についてスクリーニングすることに特に有用である（Ｈｏｄｇｓｏｎ，Ｂｉｏ／ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，Ｓｅｐｔ １０（９），９７３−８０）。
細胞フリーの薬物スクリーニングアッセイを実行するために、改変タンパク質もしくはそのフラグメントのいずれか、またはその標的分子を固定化して、１つまたは両方のタンパク質の非複合形態からの複合体の分離を促進すること、およびアッセイの自動化を適応することが、時に所望される。マトリックスにタンパク質を固定化するための任意の方法が、薬物スクリーニングアッセイにおいて使用され得る。１つの実施形態において、さらなるドメインを含む融合タンパク質が、タンパク質をマトリックスに結合させる。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／１２５Ｉ融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）、またはグルタチオン誘導化マイクロタイタープレートに吸着され得、これは次いで、細胞溶解物（例えば、３５Ｓ標識化）および候補化合物（例えば、薬物候補）と組み合わされ、そしてこの混合物は、複合体形成をもたらす条件下で（例えば、塩およびｐＨについて生理学的な条件で）インキュベートされる。インキュベーションに続いて、このビーズは任意の未結合標識を取り除くために洗浄され、そして固定化されたマトリックスおよび放射標識が直接的に、またはこの複合体が解離された後の上清において、決定され得る。あるいは、この複合体は、マトリックスから解離され得、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離され得、そしてビーズ画分に見出される結合物質のレベルは、標準的な電気泳動技術を用いてゲルから定量され得る。
改変タンパク質またはその標的分子のいずれかは、ビオチンおよびストレプトアビジンの結合を利用して固定化され得る。あるいは、改変タンパク質と反応するが、この改変タンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、プレートのウェルへと誘導体化され、そして、改変タンパク質が抗体結合によってこのウェルにトラップされ得る。標的分子および候補化合物の調製物は、この改変タンパク質が存在するウェル中でインキュベートされ、そしてこのウェルにトラップされた複合体の量が、定量され得る。ＧＳＴ−固定化複合体について上記された方法に加えて、このような複合体を検出するための方法としては、タンパク質標的分子と反応する抗体、または改変タンパク質と反応して標的分子と競合する抗体を用いた複合体の免疫検出、および標的分子に関する酵素活性を検出することに依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
これらの薬物スクリーニングアッセイに従って同定される改変タンパク質活性の調節因子は、このタンパク質経路によって媒介される障害（例えば、心臓血管疾患）を有する被験体を処置するために使用され得る。これらの処置方法は、代表的には、このような処置を必要とする被験体に、薬学的組成物におけるタンパク質活性の調節因子を投与する工程を包含する。
本明細書中に開示される改変タンパク質、またはそのフラグメントは、この改変タンパク質の発現もしくは活性の不適切な欠如、またはこの改変タンパク質の所望しない発現もしくは活性によって特徴付けられる障害を処置するために、それ自身直接的に使用され得る。従って、処置するための方法は、本明細書中に開示される改変タンパク質またはそのフラグメントの使用を包含する。
本発明のさらに別の局面において、改変タンパク質は、２−ハイブリッドアッセイまたは３−ハイブリッドアッセイで「おとり（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用され（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３）Ｃｅｌｌ ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ Ｗ０９４／１０３００を参照のこと）、この改変タンパク質に結合するか、またはこの改変タンパク質と相互作用し、そして改変タンパク質活性に関係している他のタンパク質を同定し得る。このような改変タンパク質結合タンパク質はまた、例えば、タンパク質媒介シグナル伝達経路の要素として改変タンパク質または改変タンパク質標的によるシグナルの伝達に関係している可能性がある。あるいは、このような改変タンパク質結合タンパク質は、改変タンパク質のインヒビターである。
２−ハイブリッド系は、大部分の転写因子（代表的に、別個のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる）のモジュール的性質に基づく。簡単に言うと、このアッセイは、代表的に、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築物において、改変タンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他の構築物において、ＤＮＡ配列のライブラリーに由来し、非同定タンパク質（「おとり（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「おとり（ｂａｉｔ）」タンパク質および「おとり（ｐｒｅｙ）」タンパク質がインビボで相互作用し、改変タンパク質依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、極めて近接する。この近接は、この転写因子に対応る転写調節部位に作動可能に連結されるレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写を可能にする。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが単離され得、改変タンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
（改変タンパク質に対する抗体）
本発明はまた、本明細書中に開示される改変タンパク質およびそのフラグメントに選択的に結合する抗体を提供する。このような抗体は、本発明の改変タンパク質を定量的に、または定性的に検出するために使用され得る。本明細書中で使用される場合、抗体が改変タンパク質に結合するが、非改変タンパク質に有意に結合しない場合（すなわち、抗体が、本発明の１つ以上のＳＮＰに起因する改変体アミノ酸配列を含まない、正常タンパク質、野生型タンパク質、または当該分野で公知のタンパク質に有意に結合しない場合）、この抗体は、標的改変タンパク質に選択的に結合する（改変体アミノ酸配列は、例えば、非同義的ｃＳＮＰ、停止コドンを作製し、それによってポリペプチドの短縮を引き起こすナンセンスＳＮＰ、またはポリペプチドの伸長をもたらす読み通し変異を引き起こすＳＮＰに起因し得る）。
本明細書中で使用される場合、抗体は、当該分野で認識される用語と一致した用語において定義される：抗体は、抗原初回刺激に応答して生体より産生される、複数サブユニットのタンパク質である。本発明の抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の両方、ならびにこのような抗体の抗原応答性のタンパク質分解性フラグメント（例えば、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ）’２フラグメント、およびＦｖフラグメント）を含む。さらに、本発明の抗体は、任意の種々の操作された抗原結合分子（例えば、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号、同第４，８１６，３９７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１，１９８４；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ ３１２：６０４，１９８４）、ヒト化抗体（米国特許第５，６９３，７６２号；同第５，５８５，０８９号；および同第５，５６５，３３２号）、単鎖Ｆｖ（米国特許第４，９４６，７７８号；Ｗａｒｄら，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５４４，１９８９）、２つの結合特異的部位を有する二重特異性抗体（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ）（Ｓｅｇａｌら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４８：１，２００１；Ｃａｒｔｅｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４８：７，２００１）、ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）、およびテトラボディ（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）（Ｔｏｄｏｒｏｖｓｋａら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２４８：４７，２００１））、ならびにＦａｂ接合体（ダイマーまたはトリマー）、およびミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）をさらに含む。
多くの方法が、所定の標的抗原に対する抗体を産生するか、および／または同定するために、当該分野で公知である（Ｈａｒｌｏｗ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，（１９８９））。一般的に、単離されたペプチド（例えば、本発明の改変タンパク質）が、免疫原として使用され、そして哺乳動物生物体（例えば、ラット、ウサギ、ハムスター、またはマウス）に投与される。全長タンパク質、抗原性ペプチドフラグメント（例えば、改変タンパク質と対応する野生型タンパク質との間で変動する領域を含むペプチドフラグメント）、または融合タンパク質のいずれかが使用され得る。免疫原として使用されるタンパク質は、天然に存在し得るか、合成または組換えで産生され得、そしてアジュバントと組み合わせて投与され得る。このアジュバントとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：フロイントアジュバント（フロイント完全アジュバントおよびフロイント不完全アジュバント）、鉱物ゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リソレクチン、プルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油性乳濁液、スカシ貝（ｋｅｙｈｏｌｅ ｌｉｍｐｅｔ）ヘモシアニン、ジニトロフェノールなど）。
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術によって産生され得る（ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５，１９７５）。ハイブリドーマ技術は、特異的モノクローナル抗体を分泌する細胞を不死化させる。この不死化細胞株は、２つの異なる細胞型（代表的には、リンパ球、および腫瘍細胞）を融合させることによってインビトロで作製され得る。ハイブリドーマ細胞は、インビトロまたはインビボで培養され得る。さらに、全てのヒト抗体は、トランスジェニック動物によって産生され得る（Ｈｅら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６９：５９５，２００２）。ＦｄファージおよびＦｄファージミド技術は、インビトロで組換え抗体を産生し、選択するために使用され得る（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＣｈａｍｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ ２１：３７１，２０００；Ｌｉｕら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３１５：１０６３，２００２）。抗体の相補決定領域が同定され得、そしてこのような領域に対応する合成ペプチドが、抗原結合を媒介するために使用され得る（米国特許第５，６３７，６７７号）。
抗体は、好ましくは、対応する野生型タンパク質と比較して、改変体アミノ酸配列を含む改変タンパク質の領域または別個のフラグメント（例えば、非同意語（ｎｏｎｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ）的ｃＳＮＰによってコードされるアミノ酸を含む改変タンパク質の領域、停止コドンを作製するナンセンスＳＮＰによってもたらされる短縮によって影響を受ける領域、またはＳＮＰによってもたらされる読み過ごし変異（ｒｅａｄ−ｔｈｒｏｕｇｈ ｍｕｔａｔｉｏｎ）に起因する停止コドンの破壊から生じる領域）に対して調製される。さらに、好ましい領域は、機能／活性および／またはタンパク質／結合パートナー相互作用に関与する領域を含む。このようなフラグメントは、タンパク質の表面に位置する領域に対応するフラグメント（例えば、親水性領域）のような物理的特性について選択され得るか、あるいは配列のユニークさに基づいてまたは本発明によって提供されるＳＮＰによってコードされる改変体アミノ酸残基の位置に基づいて選択され得る。抗原性フラグメントは、代表的に、少なくとも約８〜１０個の連続したアミノ酸残基を含み、ここで、このアミノ酸残基の少なくとも１つは、本明細書中に開示されるＳＮＰによって影響を受けるアミノ酸である。しかし、抗原性ペプチドは、少なくとも、１２個、１４個、１６個、２０個、２５個、５０個、１００個（もしくはこれらの間の任意の他の数）またはそれ以上のアミノ酸残基を含み得、但し、少なくとも１つのアミノ酸は、本明細書中に開示されるＳＮＰによって影響を受ける。
本発明の抗体の検出は、抗体またはその抗原反応性フラグメントを検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことによって促進され得る。検出可能物質としては、種々の酵素、補欠分子団、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射性物質が挙げられるが、これらに限定されない。適切な酵素の例としては、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ；適切な補欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオロセイン、フルオロセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられ、そして適切な放射性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
抗体（特に、治療剤としての抗体の使用）は、以下で概説される：Ｍｏｒｇａｎ，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ」，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ．２００３ Ｆｅｂ；２（１）：５３−９；Ｒｏｓｓら，「Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」，Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐａｔｈｏｌ．２００３ Ａｐｒ；ｌ１９（４）：４７２−８５；Ｇｏｌｄｅｎｂｅｒｇ，「Ａｄｖａｎｃｉｎｇ ｒｏｌｅ ｏｆ ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ」，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２００３ Ｍａｙ；５２（５）：２８１−９６．Ｅｐｕｂ ２００３ Ｍａｒ １１；Ｒｏｓｓら，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｂａｓｅｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｉｎ ｏｎｃｏｌｏｇｙ」，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ．２００３ Ｆｅｂ；３（１）：１０７−２１；Ｃａｏら，「Ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」，Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．２００３ Ｆｅｂ １０；５５（２）：１７１−９７；ｖｏｎ Ｍｅｈｒｅｎら，「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ」，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｍｅｄ．２００３；５４：３４３−６９．Ｅｐｕｂ ２００１ Ｄｅｃ ０３；Ｈｕｄｓｏｎら，「Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」，Ｎａｔ Ｍｅｄ．２００３ Ｊａｎ；９（１）：１２９−３４；Ｂｒｅｋｋｅら，「Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｈｕｍａｎ ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｔ ｔｈｅ ｄａｗｎ ｏｆ ｔｈｅ ｔｗｅｎｔｙ−ｆｉｒｓｔ ｃｅｕｔｕｒｙ」，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．２００３ Ｊａｎ；２（１）：５２−６２（Ｅｒｒａｔｕｍ ｉｎ：Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．２００３ Ｍａｒ；２（３）：２４０）；Ｈｏｕｄｅｂｉｎｅ， 「Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｅ ｉｎ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ ｗｉｔｈ ｏｔｈｅｒ ｓｙｓｔｅｍｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；１３（６）：６２５−９；Ａｎｄｒｅａｋｏｓら，「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｉｍｍｕｎｅ ａｎｄ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｄｉｓｅａｓｅｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；１３（６）：６１５−２０；Ｋｅｌｌｅｒｍａｎｎら，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ：ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ｍｉｃｅ ｔｏ ｇｅｎｅｒａｔｅ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；１３（６）：５９３−７；Ｐｉｎｉら，「Ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙ ａｎｄ ｃｏｌｏｎｙ ｆｉｌｔｅｒ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ」，Ｃｏｍｂ Ｃｈｅｍ Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｓｃｒｅｅｎ．２００２ Ｎｏｖ；５（７）：５０３−１０；Ｂａｔｒａら，「Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ ｂｉｏｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；１３（６）：６０３−８；およびＴａｎｇｒｉら，「Ｒａｔｉｏｎａｌｌｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｗｉｔｈ ａｂｓｅｎｔ ｏｒ ｒｅｄｕｃｅｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ」，Ｃｕｒｒ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．２００２ Ｄｅｃ；９（２４）：２１９１−９。
（抗体の使用）
抗体は、標準的な技術（例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降）によって天然の細胞供給源からまたは組換え宿主細胞から、本発明の改変タンパク質を単離するために使用され得る。さらに、抗体は、生物の種々の組織の間、および正常な発生または疾患の進行の過程にわたって、種々のタンパク質の発現のパターンを決定するために、細胞または組織において本発明の改変タンパク質の存在を検出するために有用である。さらに、抗体は、発現の量およびパターンを評価するためにに、インサイチュ、インビトロ、体液中、または細胞溶解物もしくは懸濁液において、改変タンパク質を検出するために使用され得る。また、抗体は、異常な組織分布、発生の間の異常な発現、または異常な状態（例えば、心臓血管障害またはスタチン処置の間）における発現を評価するために使用され得る。さらに、全長改変タンパク質の循環するフラグメントの抗体検出は、代謝回転を同定するために使用され得る。
本発明の改変タンパク質に対する抗体はまた、遺伝薬理学の分析において有用である。従って、代替のＳＮＰ対立遺伝子によってコードされる改変タンパク質に対する抗体は、改変された処置の様式を必要とする個体を同定するために使用され得る。
さらに、抗体は、疾患の活性段階のような疾患の状態においてか、またはタンパク質の機能に関連する疾患（例えば、心臓血管障害）に対する素因を有する個体においてか、または処置レジメンの過程の間（スタチン処置の間）に、改変タンパク質の発現を評価するために使用され得る。本発明のＳＮＰ含有核酸分子によってコードされる改変タンパク質に特異的な抗体は、改変タンパク質の存在をアッセイするために（例えば、改変タンパク質の存在によって示されるようなスタチン処置に対する個体の応答または急性冠状動脈事象に対する素因／感受性についてを予測するために）、使用され得る。
抗体はまた、電気泳動度、等電点、トリプシンペプチド消化、および当該分野で周知の他の物理的アッセイによる分析とともに、改変タンパク質を評価するための診断ツールとして有用である。
抗体はまた、組織型別のために有用である。従って、特定の改変タンパク質が特定の組織における発現と相関している場合、このタンパク質に対して特異的な抗体は、組織型を同定するために使用され得る。
抗体はまた、種々の組織における細胞内の改変タンパク質の異常な細胞内局在化を評価するために使用され得る。診断的使用は、遺伝的試験だけではなく、処置様式をモニタリングする際にも適用され得る。従って、処置が、改変タンパク質の発現レベルまたは存在、あるいは改変タンパク質の異常な組織分布または発展的な発現を直すことを最終的な目標とする場合、改変タンパク質または関連するフラグメントに対する抗体は、治療効力をモニタリングするために使用され得る。
抗体はまた、例えば、結合パートナーに対する改変タンパク質の結合を遮断することによって、改変タンパク質の機能を阻害するために有用である。これらの使用はまた、処置が改変タンパク質の機能を阻害することを包含する治療的文脈において適用され得る。抗体は、例えば、結合を遮断するかまたは競合的に阻害し、従って、改変タンパク質の活性を調節する（作用するかまたは拮抗する）ために使用され得る。抗体は、機能に必要とされる部位を含む特異的改変タンパク質フラグメントに対して、または細胞もしくは細胞膜と関連するインタクトな改変タンパク質に対して調製され得る。インビボ投与について、抗体は、放射性核種、酵素、免疫原性エピトープ、または細胞傷害性剤のようなさらなる治療的ペイロードと連結され得る。適切な細胞傷害性剤としては、ジフテリアのような細菌性毒素、およびリシンのような植物性毒素が挙げられるが、これらに限定されない。抗体またはそのフラグメントのインビボ半減期は、ポリエチレングリコールに対する結合を介するペグ化によって延長され得る（Ｌｅｏｎｇら、Ｃｙｔｏｋｉｎｅ １６：１０６，２００１）。
本発明はまた、抗体を使用するためのキット（例えば、試験サンプル中の改変タンパク質の存在を検出するためのキット）を包含する。例示的なキットは、抗体（例えば、標識された抗体または標識可能な抗体）および生物学的サンプル中の改変タンパク質を検出するための化合物または薬剤；サンプル中の改変タンパク質の量、または存在／非存在を決定するための手段；サンプル中の改変タンパク質の量と標準とを比較するための手段；および使用のための説明書を含み得る。
（ベクターおよび宿主細胞）
本発明はまた、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子を含むベクターを提供する。用語「ベクター」は、ビヒクル、好ましくは、核酸分子をいい、これは、ＳＮＰ含有核酸分子を輸送し得る。このベクターが核酸分子である場合、ＳＮＰ含有核酸分子は、ベクター核酸に共有結合的に連結され得る。このようなベクターとしては、プラスミド、一本鎖ファージもしくは二本鎖ファージ、一本鎖ＲＮＡウイルスベクターもしくは二本鎖ＲＮＡウイルスベクター、または一本鎖ＤＮＡウイルスベクターもしくは二本鎖ＤＮＡウイルスベクター、あるいは人工染色体（例えば、ＢＡＣ、ＰＡＣ、ＹＡＣ、またはＭＡＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ベクターは、染色体外エレメントとして宿主細胞内で維持され得、ここで、このベクターは、ＳＮＰ含有核酸分子を複製し、そしてそのさらなるコピーを産生する。あるいは、ベクターは、宿主細胞ゲノム内に組み込まれ得、宿主細胞が複製する場合にＳＮＰ含有核酸分子のさらなるコピーを産生し得る。
本発明は、ＳＮＰ含有核酸分子の維持のためのベクター（クローニングベクター）または発現のためのベクター（発現ベクター）を提供する。ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞あるいはその両方（シャトルベクター）において機能し得る。
発現ベクターは、代表的に、ＳＮＰ含有核酸分子の転写が宿主細胞において許容されるように、ＳＮＰ含有核酸分子に対してベクター内で作動可能に連結されるシス作用性調節領域を含む。ＳＮＰ含有核酸分子はまた、転写に影響し得る別の核酸分子を用いて、宿主細胞中に導入され得る。従って、第２の核酸分子は、ベクターからのＳＮＰ含有核酸分子の転写を可能にするために、シス調節制御領域と相互作用するトランス作用因子を提供し得る。あるいは、トランス作用因子は、宿主細胞によって供給され得る。最終的に、トランス作用因子は、ベクター自体から産生され得る。しかし、いくつかの実施形態において、核酸分子の転写および／または翻訳が無細胞系において行われ得ることが理解される。
本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子が作動可能に連結され得る調節配列は、ｍＲＮＡ転写を指向するためのプロモーターを含む。これらの調節配列には、バクテリオファージλ由来の左プロモーター、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のｌａｃプロモーター、ＴＲＰプモ
ーター、およびＴＡＣプロモーター、ＳＶ４０由来の初期プロモーターおよび後期プロモーター、ＣＭＶ最初期プロモーター、アデノウイルス初期プロモーターおよびアデノウイルス後期プロモーター、ならびにレトロウイルス末端反復配列が挙げられるがこれらに限定されない。
転写を促進する制御領域に加えて、発現ベクターはまた、転写を調節する領域（例えば、リプレッサー結合部位およびエンハンサー）を含み得る。例としては、ＳＶ４０エンハンサー、サイトメガロウイルス最初期エンハンサー、ポリオーマエンハンサー、アデノウイルスエンハンサー、およびレトロウイルスＬＴＲエンハンサーが挙げられる。
転写開始および制御のための部位を含むことに加えて、発現ベクターはまた、転写終結に必要な配列、および転写される領域において、翻訳のためのリボソーム結合部位を含み得る。発現のための他の調節制御エレメントとしては、開始コドンおよび終止コドンならびにポリアデニル化シグナルが挙げられる。当業者は、発現ベクターにおいて有用な多くの調節配列を知っている（例えば、ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ、２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹを参照のこと）。
種々の発現ベクターは、ＳＮＰ含有核酸分子を発現するために使用され得る。このようなベクターとしては、染色体ベクター、エピソームベクター、およびウイルス由来のベクター（例えば、細菌性プラスミド由来、バクテリオファージ由来、酵母エピソーム由来、酵素染色体エレメント（酵母人工染色体を含む）由来、バキュロウイルス、パポバウイルス（例えば、ＳＶ４０）、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、ポックスウイルス、偽狂犬病ウイルス、およびレトロウイルスのようなウイルス由来のベクター）が挙げられる。ベクターはまた、プラスミド由来のものおよびバクテリオファージ遺伝子エレメント（例えば、コスミドおよびファージミド）由来のもののようなこれらの供給源の組み合わせ由来であり得る。原核生物宿主および真核生物宿主に対する適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、ＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ、２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載されている。
ベクター中の調節配列は、１つ以上の宿主細胞における構成的発現（例えば、組織特異的発現）を提供し得るか、または例えば、温度、栄養添加剤、または外来因子（例えば、ホルモンもしくは他のリガンド）によって、１つ以上の細胞型における誘導性発現を提供し得る。原核生物宿主細胞および真核生物宿主細胞における核酸配列の構成的発現または誘導性発現を提供する種々のベクターは、当業者に周知である。
ＳＮＰ含有核酸分子は、当該分野で周知の方法論によってベクター中に挿入され得る。一般的に、最終的に発現されるＳＮＰ含有核酸分子は、ＳＮＰ含有核酸分子および発現ベクターを、１つ以上の制限酵素を用いて切断し、次いで、フラグメントを一緒に連結することによって、発現ベクターに連結される。制限酵素消化および連結についての手順は、当業者に周知である。
適切な核酸分子を含むベクターは、周知の技術を使用して、増殖または発現のための適切な宿主細胞内に導入され得る。細菌宿主細胞としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、およびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍが挙げられるが、これらに限定されない。真核生物宿主としては、酵母、昆虫細胞（例えば、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）、動物細胞（例えば、ＣＯＳ細胞およびＣＨＯ細胞）、ならびに植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中に記載されるように、融合タンパク質として改変体ペプチドを発現することが望ましくあり得る。従って、本発明は、改変体ペプチドの産生を可能にする融合ベクターを提供する。融合ベクターは、例えば、組換えタンパク質の発現を増加し得、組換えタンパク質の溶解性を増加し得、そして例えば、アフィニティー精製のためのリガンドとして作用することによってタンパク質の精製を補助し得る。タンパク質分解性切断部位は、融合部分の接合において導入され得、その結果、所望の改変体ペプチドが、最終的に、融合部分から分離され得る。このような使用に適切なタンパク質分解性酵素としては、Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼが挙げられるが、これらに限定されない。代表的な融合発現ベクターとしては、ｐＧＥＸ（Ｓｍｉｔｈら，Ｇｅｎｅ ６７；３１−４０（１９８８））、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）（こ
れらは、それぞれグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的組換えタンパク質に融合する）が挙げられる。適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍａｎｎら，Ｇｅｎｅ ６９：３０１−３１５（１９８８））およびｐＥＴ １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら，Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５：６０−８９（１９９０））が挙げられる。
組換えタンパク質発現は、遺伝子的背景を提供することによって細菌宿主において最大化され得、ここで、宿主細胞は、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を損なっている（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｓ．，Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｎｉａ（１９９０）１１９−１２８）。あるいは、目的のＳＮＰ含有核酸分子の配列は、特定の宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）についての優先的なコドン利用を提供するように変更され得る（Ｗａｄａら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８（１９９２））。
ＳＮＰ含有核酸分子はまた、酵母において作動する発現ベクターによって発現され得る。酵母（例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）における発現のためのベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら，ＥＭＢＯ Ｊ．６：２２９−２３４（１９８７））、ｐＭＦａ（Ｋｕｒｊａｎら，Ｃｅｌｌ ３０：９３３−９４３（１９８２））、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら，Ｇｅｎｅ ５４：１１３−１２３（１９８７））、およびｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）が挙げられる。
ＳＮＰ含有核酸分子はまた、例えば、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養された昆虫細胞（例えば、Ｓｆ９細胞）中のタンパク質の発現に利用可能なバキュロウイルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．３：２１５６−２１６５（１９８３））およびｐＶＬシリーズ（Ｌｕｃｋｌｏｗら，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７０：３１−３９（１９８９）が挙げられる。
本発明の特定の実施形態において、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子は、哺乳動物発現ベクターを使用して哺乳動物細胞において発現される。哺乳動物発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，Ｂ．Ｎａｔｕｒｅ ３２９：８４０（１９８７））およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら，ＥＭＢＯ Ｊ．６：１８７−１９５（１９８７））が挙げられる。
本発明はまた、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子が逆方向でベクター中にクローニングされるが、アンチセンスＲＮＡの転写を可能にする調節配列に作動可能に連結されるベクターを包含する。従って、アンチセンス転写は、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸配列（コード領域および非コード領域の両方を含む）に対して産生され得る。このアンチセンスＲＮＡの発現は、センスＲＮＡの発現に関連する上記のパラメーター（調節配列、構成的発現または誘導性発現、組織特異的発現）のそれぞれに供される。
本発明はまた、本明細書中に記載されるベクターを含む組換え宿主細胞に関連する。従って、宿主細胞としては、例えば、原核生物細胞、下等真核生物細胞（例えば、酵母）、他の真核生物細胞（例えば、昆虫細胞）、および高等真核生物細胞（例えば、哺乳動物細胞）が挙げられる。
組換え宿主細胞は、当業者が容易に利用可能な技術によって、本明細書中に記載のベクター構築物を細胞に導入することによって調製され得る。これらには、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染、リポフェクション、およびＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ，２０００，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ）に記載されるような他の技術が挙げられるがこれらに限定されない。
宿主細胞は、１つより多くのベクターを含み得る。従って、異なるＳＮＰ含有ヌクレオチド配列が、同じ細胞中に、異なるベクターで導入され得る。同様に、ＳＮＰ含有核酸分子は、単独で、またはＳＮＰ含有核酸分子に関連しない他の核酸分子（例えば、発現ベクターにトランス作用因子を提供する核酸分子）のいずれかで導入され得る。１つより多くのベクターが細胞内に導入される場合、ベクターは、独立して導入され得るか、同時に導入され得るか、または核酸分子ベクターに連結され得る。
バクテリオファージおよびウイルスベクターの場合、これらは、感染および形質導入のための標準的な手順によって、パッケージされたウイルスまたはカプセル化されたウイルスとして細胞に導入され得る。ウイルスベクターは、複製コンピテントであり得るかまたは複製欠損であり得る。ウイルス複製が欠損である場合、複製は、欠損を補う機能を提供する宿主細胞中で行われ得る。
ベクターは、一般的に、組換えベクター構築物を含む細胞の下位集団の選択を可能にする選択マーカーを含む。マーカーは、本明細書中に記載されるＳＮＰ含有核酸分子を含む同じベクター中に挿入され得るか、または別のベクター内であり得る。マーカーとしては、例えば、原核宿主細胞についてのテトラサイクリン耐性遺伝子またはアンピシリン耐性遺伝子、および真核生物宿主細胞についてのジヒドロ葉酸レダクターゼ耐性遺伝子またはネオマイシン耐性遺伝子が挙げられる。しかし、発現型の特性についての選択を提供する任意のマーカーが有効であり得る。
成熟改変タンパク質が、適切な調節配列の制御下で、細菌、酵母、哺乳動物細胞および他の細胞において産生され得る場合、無細胞転写および翻訳系がまた、本明細書中に記載されるＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して、これらの改変タンパク質を産生するために使用され得る。
改変タンパク質（Ｇタンパク質共役レセプター（ＧＰＣＲ）のようなタンパク質を含む複数膜貫通ドメインを用いて達成することが困難である）の分泌が所望される場合、適切な分泌シグナルは、ベクター中に組み込まれ得る。シグナル配列は、ペプチドに対して内因性であり得るかまたはこれらのペプチドに対して異種であり得る。
改変タンパク質が媒体中に分泌されない場合、タンパク質は、標準的な破壊手順（凍結／解凍、超音波、機械的破壊、溶解剤の使用などを含む）によって、宿主細胞から単離され得る。次いで、改変タンパク質は、回収され得、例えば、硫酸アンモニウム沈殿、酸抽出、アニオン交換クロマトグラフィーまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、レクチンクロマトグラフィー、または高速液体クロマトグラフィーを含む周知の精製方法によって精製され得る。
本明細書中に記載される改変タンパク質の組換え産生が行われる宿主細胞に依存して、これらは、種々のグリコシル化パターンを有し得るか、または細菌において産生される場合、非グリコシル化であり得ることもまた理解される。さらに、改変タンパク質は、宿主媒介プロセスの結果として、いくらかの場合で、初期改変メチオニンを含み得る。
ベクターおよび宿主細胞に関するさらなる情報について、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．を参照のこと。
（ベクターおよび宿主細胞の使用、ならびにトランスジェニック動物）
本明細書中に記載される改変タンパク質を発現する組換え宿主細胞は、種々の用途を有する。例えば、細胞は、所望量の改変タンパク質またはそのフラグメントの調製物に精製され得る改変タンパク質を産生するために有用である。従って、発現ベクターを含む宿主細胞は、改変タンパク質産生に有用である。
宿主細胞はまた、改変タンパク質または改変タンパク質フラグメントを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、上記のものおよび当該分野で公知の他の形式）を行うために有用である。従って、改変タンパク質を発現する組換え宿主細胞は、改変タンパク質機能を刺激するかまたは阻害する化合物をアッセイするために有用である。改変タンパク質の機能を調節する化合物のこのような能力は、ネイティブ／野生型タンパク質に対する化合物のアッセイから、または化合物の無細胞アッセイから明らかではないかもしれない。組換え宿主細胞はまた、公知の機能と比較して、改変タンパク質における機能的変化をアッセイするために有用である。
遺伝的に操作された宿主細胞は、非ヒトトランスジェニック動物を作製するためにさらに使用され得る。トランスジェニック動物は、好ましくは、動物の１つ以上の細胞が導入遺伝子である非ヒト哺乳動物（例えば、齧歯類動物（例えば、ラットまたはマウス））である。導入遺伝子は、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノム内に組み込まれ、そしてその細胞型または組織の１つ以上において成熟動物のゲノムに残る本発明のＳＮＰを含む外来ＤＮＡである。このような動物は、インビボで改変タンパク質の機能を研究するため、ならびに改変タンパク質活性のモジュレーターを同定および評価するために有用である。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、および両生類が挙げられるが、これらに限定されない。トランスジェニック非ヒト哺乳動物（例えば、ウシおよびヤギ）は、動物の乳に分泌され得、次いで回収され得る改変タンパク質を産生するように使用され得る。
トランスジェニック動物は、ＳＮＰ含有核酸分子を受精された卵母細胞の雄性前核内に導入し（例えば、マイクロインジェクションまたはレトロウイルス感染によって）、そして偽妊娠した雌性養育動物において卵母細胞を発生させることによって作製され得る。本発明の１つ以上のＳＮＰを含む任意の核酸分子は、潜在的に、非ヒト動物のゲノム内に導入遺伝子として導入され得る。
発現ベクターにおいて有用な調節配列または他の配列のいずれも、トランスジェニック配列の一部分を形成し得る。これは、まだ含まれていない場合、イントロン配列およびポリアデニル化シグナルを含む。組織特異的調節配列は、特定の細胞または組織中の改変タンパク質の発現を指向するために、導入遺伝子に作動可能に連結され得る。
胚操作およびマイクロインジェクションによりトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野において慣用的であり、例えば、両方ともＬｅｄｅｒらによる、米国特許第４，７３６，８６６号および同第４，８７０，００９号、Ｗａｇｎｅｒらによる米国特許第４，８７３，１９１号、ならびにＨｏｇａｎ，Ｂ．，Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ ｔｈｅ Ｍｏｕｓｅ Ｅｍｂｒｙｏ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．１９８６）に記載される。同様の方法は、他のトランスジェニック動物の作製に使用される。トランスジェニック創始動物は、そのゲノム中の導入遺伝子の存在、および／または動物の組織または細胞におけるトランスジェニックｍＲＮＡの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、導入遺伝子を保有するさらなる動物を繁殖させるために使用され得る。さらに、導入遺伝子を保有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を保有する他のトランスジェニック動物に繁殖され得る。トランスジェニック動物はまた、動物全体または動物の組織が本明細書中に記載される相同組換え宿主細胞を使用して作製されている非ヒト動物を含む。
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含むトランスジェニック非ヒト動物が作製され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である（Ｌａｋｓｏら、ＰＮＡＳ８９：６２３２−６２３６（１９９２））。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５１：１３５１−１３５５（１９９１））。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が一般的に必要とされる。このような動物は、例えば、２匹のトランスジェニック動物を交配することにより、「二重」トランスジェニック動物を構築することによって提供され得、一方は、選択された改変タンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方は、リコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む。
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンもまた、例えば、Ｗｉｌｍｕｔ，Ｉら、Ｎａｔｕｒｅ ３８５：８１０−８１３（１９９７）およびＰＣＴ国際公開番号ＷＯ ９７／０７６６８およびＷＯ ９７／０７６６９に記載される方法に従って作製され得る。簡単に述べると、トランスジェニック動物由来の細胞（例えば、体細胞）は、単離され、増殖周期を出て、Ｇ０期に入るように誘導され得る。次いで、静止細胞は、静止細胞が単離される同じ種の動物由来の除核された卵母細胞に、例えば、電気パルスの使用によって、融合され得る。次いで、再構築された卵母細胞は、桑実胚または胚盤胞まで発生するように培養され、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から生まれた子孫は、細胞（例えば、体細胞）が単離される動物のクローンである。
本明細書中に記載される改変タンパク質を発現する組換え細胞を含むトランスジェニック動物は、インビボの文脈で、本明細書中に記載されるアッセイを行うために有用である。従って、インビボで存在し、リガンドまたは基質の結合、改変タンパク質活性化、シグナル伝達、または他のプロセスもしくは相互作用に影響し得る種々の生理学的因子は、インビトロ無細胞アッセイまたは細胞ベースのアッセイから明らかではないかもしれない。従って、本発明の非ヒトトランスジェニック動物は、インビトロ改変タンパク質機能および改変タンパク質機能／活性もしくは発現を調節する治療剤または化合物の活性をアッセイするために使用され得る。このような動物はまた、ヌル変異（ｎｕｌｌ ｍｕｔａｔｉｏｎ）（すなわち、１つ以上の改変タンパク質を実質的にまたは完全に排除する変異）の効果を評価するために適切である。
トランスジェニック動物に関するさらなる情報について、Ｈｏｕｄｅｂｉｎｅ，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｅ ｉｎ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ ｗｉｔｈ ｏｔｈｅｒ ｓｙｓｔｅｍｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００２ Ｄｅｃ；１３（６）：６２５−９；Ｐｅｔｔｅｒｓら，「Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ ａｓ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｈｕｍａｎ ｄｉｓｅａｓｅ」，Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ Ｒｅｓ．２０００；９（４−５）：３４７−５１；ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ ３４５−６；Ｗｏｌｆら，「Ｕｓｅ ｏｆ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ ｉｎ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ｔｏｘｉｃｉｔｙ」，Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１９９８ Ｊｕｎ；５０（６）：５６７−７４；Ｅｃｈｅｌａｒｄ，「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ」，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９９６ Ｏｃｔ；７（５）：５３６−４０；Ｈｏｕｄｅｂｉｎｅ，「Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌ ｂｉｏｒｅａｃｔｏｒｓ」，Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ Ｒｅｓ．２０００；９（４−５）：３０５−２０；Ｐｉｒｉｔｙら，「Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ，ｃｒｅａｔｉｎｇ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１９９８；５７：２７９−９３；およびＲｏｂｌら，「Ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｖｅｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｘ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ａｎｉｍａｌｓ」，Ｔｈｅｒｉｏｇｅｎｏｌｏｇｙ．２００３ Ｊａｎ １；５９（１）：１０７−１３を参照のこと。
（コンピューター関連実施形態）
本発明において提供されるＳＮＰは、その使用を容易にするために、種々の媒体中に「提供され」得る。この節において使用される場合、「提供される」とは、単離された核酸分子以外の製品をいい、この製品は、本発明のＳＮＰ情報を含む。このような製品は、それらが天然もしくは精製された形態にある場合、ＳＮＰもしくはその部分集合の試験に直接には適用可能でない手段を用いて、当業者が製品を試験することを可能にする形態で、ＳＮＰ情報を提供する。このような形態で提供され得るＳＮＰ情報は、例えば、配列番号１〜６０、配列番号６１〜１２０、配列番号２０１〜２５０、配列番号１２１−２００、および配列番号２５１〜４１０のような多型核酸配列ならびに／または多型アミノ酸配列の情報；観察されたＳＮＰ対立遺伝子、代替的なコドン、母集団、対立遺伝子出現率、ＳＮＰ型、および／もしくは影響を受けるタンパク質についての情報；または表１〜２および／もしくは配列表において本発明により提供される任意の他の情報のような、本発明により提供される任意のＳＮＰ情報を含む。
本実施形態の一つの適用において、本発明のＳＮＰは、コンピューター読取可能媒体に記録され得る。本明細書中で使用される場合、「コンピューター読取可能媒体」とは、コンピューターにより直接読まれ、かつ直接アクセスされ得る任意の媒体をいう。このような媒体としては、：フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク保存媒体、および磁気テープのような磁気保存媒体；ＣＤ−ＲＯＭのような光学保存媒体；ＲＡＭおよびＲＯＭのような電気保存媒体；ならびに磁気／電気保存媒体のようなこれらの分類のハイブリッドが挙げられるが、これらに限定されない。当業者は、そこに本発明のヌクレオチド配列が記録されたコンピューター読取可能媒体を備える製品を生成するために、現在公知の任意のコンピューター読取可能媒体がどのように使用され得るかを、容易に理解し得る。一つのこのような媒体は、本願を提供され、すなわち、本願は、詳細なＳＮＰおよび配列の情報（配列番号１〜６０として転写体の配列が提供され、配列番号６１〜１２０としてタンパク質配列が提供され、配列番号２０１〜２５０としてゲノム配列が提供され、配列番号１２１〜２００として転写体に基づく関連配列が提供され、そして配列番号２５１〜４１０としてゲノムに基づく関連配列が提供される）を含む添付の表に加えて、配列表において、ＡＳＣＩＩテキスト形式で、そこに提供／記録されているＳＮＰを含む核酸配列（およびコードされたタンパク質配列）を有するコンピューター読取可能媒体（ＣＤ−Ｒ）を含む。
本明細書中で使用される場合、「記録された」とは、コンピューター読取可能媒体に情報を保存するためのプロセスをいう。当業者は、本発明のＳＮＰ情報を含む製品を生成するためにコンピューター読取可能媒体に情報を保存するために、現在公知の任意の方法を、容易に採用可能である。
種々のデータ保存構造体は、そこに本発明のヌクレオチド配列もしくはアミノ酸配列が記録されているコンピューター読取可能媒体を生成するために、当業者に入手可能である。データ保存構造体の選択は、一般的に、保存された情報にアクセスするために選択される手段に基づく。さらに、種々のデータ処理のプログラムおよび形式が、本発明のヌクレオチド／アミノ酸配列情報をコンピューター読取可能媒体に保存するために使用され得る。例えば、配列情報は、ワードプロセシングテキストファイルで表わされ得るか、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｏｒｄのような市販のソフトウェアにおいてフォーマットされ得るか、ＡＳＣＩＩファイルの形態で表わされ得るか、もしくはＯＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなどのようなデータベースアプリケーションに保存され得る。当業者は、本発明のＳＮＰ情報がそこに記録されているコンピューター読取可能媒体を得るために、任意の数のデータ処理構造化形式（例えば、テキストファイルもしくはデータベース）を容易に採用し得る。
コンピューター読取可能な形態において本発明のＳＮＰを提供することにより、当業者は、種々の目的のために慣用的にＳＮＰ情報にアクセスし得る。コンピューターソフトウェアは、公的に利用可能であり、当業者は、コンピューター読取可能媒体において提供される配列情報にアクセスし得る。公的に利用可能なコンピューターソフトウェアの例としては、ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（１９９９））およびＢＬＡＺＥ（Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．１７：２０３−２０７（１９９３））検索アルゴリズムが挙げられる。
本発明は、システム、特にコンピューターに基づくシステムをさらに提供し、このシステムは、本明細書中において記載されるＳＮＰ情報を含む。このようなシステムは、例えば、数多くのＳＮＰ位置に関する情報、もしくは数多くの個体からのＳＮＰ遺伝子型に関する情報を保存および／または分析するように設計され得る。本発明のＳＮＰ情報は、貴重な情報源となる。コンピューターに基づくシステムにおいて保存／分析される本発明のＳＮＰ情報は、母集団におけるＳＮＰ対立遺伝子の出現率を決定するか、もしくは分析し、疾患遺伝子をマッピングし（遺伝子型−表現型関連研究）、ＳＮＰをハロタイプに分類し、ＳＮＰハロタイプを特定薬物への応答と関連付けるようなコンピューター集約的な適用のため、または種々の他のバイオインフォマティクス、薬理ゲノミクス、薬物開発もしくはヒトの同定／法医学の適用のために使用され得る。
本明細書中で使用される場合、「コンピューターに基づくシステム」とは、本発明のＳＮＰ情報を分析するために使用されるハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ保存手段をいう。本発明のコンピューターに基づくシステムの最小のハードウェア手段は、代表的に、中央処理装置（ＣＰＵ）、インプット手段、アウトプット手段、およびデータ保存手段を含む。当業者は、現在入手可能なコンピューターに基づくシステムのうちの任意の一つが、本発明における使用のために適切であることを容易に理解し得る。このようなシステムは、ＣＤ−Ｒで提供されるＳＮＰ情報もしくはその部分集合を利用することにより、いずれの実験も行うことなく本発明のシステムに変化され得る。
上に述べられるように、本発明のコンピューターに基づくシステムは、そこに本発明のＳＮＰが保存されているデータ保存手段、ならびに検索手段を支え、かつ実行するために必要なハードウェア手段およびソフトウェア手段を含む。本明細書中で使用される場合、「データ保存手段」とは、本発明のＳＮＰ情報を保存し得る記憶装置もしくはそこに本発明のＳＮＰ情報が記録されている製品にアクセスし得る、メモリ接近手段をいう。
本明細書中で使用される場合、「検索手段」とは、データ保存手段の中に保存されているＳＮＰ情報に基づいて、標的配列のＳＮＰを同定するか、もしくは分析するために、コンピューターに基づくシステムで実行される一つ以上のプログラムもしくはアルゴリズムをいう。検索手段は、どのヌクレオチドが標的配列の特定のＳＮＰ部位に存在するかを決定するために使用され得る。本明細書中で使用される場合、「標的配列」は、検索されるか、もしくは問われるべきＳＮＰ部位を含有する任意のＤＮＡ配列であり得る。
本明細書中で使用される場合、「標的構造モチーフ」、もしくは「標的モチーフ」とは、ＳＮＰ部位を含有する任意の合理的に選択された配列もしくは配列の組み合わせをいい、ここで、この配列は、標的モチーフの折り畳みで形成されている三次元構造に基づいて選択される。当該分野に公知の種々の標的モチーフが存在する。タンパク質標的モチーフとしては、酵素活性部位およびシグナル配列が挙げられるが、これらに限定されない。核酸標的モチーフとしては、プロモーター配列、ヘアピン構造、および誘導可能発現エレメント（タンパク質結合配列）が挙げられるが、これらに限定されない。
インプット手段およびアウトプット手段のための種々の構造的形態が、本発明のコンピューターに基づくシステムにおいて情報をインプットおよびアウトプットするために使用され得る。アウトプット手段のための例示的な形態は、目的の特定のＳＮＰ部位の特定のヌクレオチド（対立遺伝子）の存在もしくは非存在を示すディスプレイである。このような表示は、同時に多くのＳＮＰについて、迅速に二進法で評価するシステムを提供し得る。
本発明のＳＮＰ情報を含むコンピューターに基づくシステムの一つの例示的な実施形態は、図１において提供される。図１は、本発明を実行するために使用され得るコンピューターシステム１０２のブロック図を提供する。コンピューターシステム１０２は、バス１０４に結合された処理装置１０６を備える。メイン記憶装置１０８（好ましくは、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）として実行される）ならびにハードドライブ１１２およびリムーバブル媒体保存装置１１４のような種々の二次保存装置１１０もまた、バス１０４に結合されている。リムーバブル媒体保存装置１１４には、例えば、フロッピー（登録商標）ディスクドライブ、ＣＤ−ＲＯＭドライブ、磁気テープドライブなどが相当し得る。そこに記録されている制御理論および／もしくはデータを含む（フロッピー（登録商標）ディスク、コンパクトディスク、磁気テープなどのような）リムーバブル媒体１１６は、リムーバブル媒体保存装置１１４に挿入され得る。コンピューターシステム１０２は、リムーバブル媒体保存装置１１４に一度挿入されたリムーバブル保存媒体１１６からの制御
論および／もしくはデータを読むために適切なソフトウェアを備える。
本発明のＳＮＰ情報は、メイン記憶装置１０８、二次保存装置１１０のいずれか、および／もしくはリムーバブル保存媒体１１６に、周知の様式で保存され得る。（ＳＮＰ評価ツール、調査ツール、比較ツールなどのような）ＳＮＰ情報に接近し、そしてこれを処理するためのソフトウェアは、実行の間、好ましくはメイン記憶装置１０８に属する。
（実施例：ＭＩおよびスタチン応答に関連する遺伝的多型）
以下の実施例は、例示のために提供されるが、特許請求の発明を限定するものではない。
（研究設計）
急性冠状動脈事象（例えば、ＭＩ、脳卒中、不安定狭心症、うっ血性心不全など）または冠状動脈事象の予防のためのスタチン処置に対する応答に関連する遺伝的マーカーを同定するために、サンプルを、２つの臨床試験において遺伝子型特定した：Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ａｎｄ Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＡＲＥ）研究（プラバスタチンに対する急性冠状動脈事象の二次的予防におけるランダム化された多施設二重盲検試験；Ｓａｃｋｓら、Ａｍ．Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｌ．６８：１４３６−１４４６［１９９１］）、およびＷｅｓｔ ｏｆ Ｓｃｏｔｌａｎｄ Ｃｏｒｏｎａｒｙ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｙ（ＷＯＳＣＯＰＳ）研究（Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｎ Ｅｎｇ Ｊ Ｍｅｄ ３３３（２０）、ｐｐ．１３０１−７、１９９５年１１月１６日；Ｐａｃｋａｒｄら、Ｎ Ｅｎｇ Ｊ Ｍｅｄ ３４３ （１６）、ｐｐ．１１４８−５５、Ｏｃｔ．１９、２０００年１０月１９日）。
十分に文書化された心筋梗塞（ＭＩ）は、ＣＡＲＥ研究への参加のための登録基準の１つであった。患者を、８０の参加研究施設から試験に登録された。男性および閉経後の女性は、その者らがランダム化の３ヶ月と２０ヶ月との間に急性ＭＩを有し、２１歳〜７５歳であり、そして２４０ｍｇ／デシリットル未満の血漿総コレステロールレベル、１１５〜１７４ｍｇ／デシリットルのＬＤＬコレステロールレベル、３５０ｍｇ／デシリットル未満の空腹時トリグリセリドレベル、２２０ｍｇ／デシリットルを超えない空腹時グルコースレベル、２５％未満の左室駆出率を有し、かつ症候性うっ血心不全を有さなかった場合、その試験にふさわしい。患者を、１日１回４０ｍｇのプラバスタチンまたは対応する偽薬のいずれかを受容するようにランダム化した。その試験の一次エンドポイントは、冠状動脈心疾患による死であり、そして追跡の持続期間の中央値は、５．０年（４．０〜６．２年の範囲）であった。研究に含まれた全ての個体は、インフォームドコンセント書面に署名し、そしてその研究プロトコルは、それぞれのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄ（ＩＲＢ）によって承認された。
ＣＡＲＥ患者サンプルにおいてＳＮＰを遺伝子型特定するために、ＤＮＡを、Ｑｉａｇｅｎ製のＱＩＡａｍｐキットなどの従来の抽出方法を使用して血液サンプルから抽出した。遺伝子型を、Ｌａｎｎｏｎｅによって記載される方法と同様の方法によって得た（Ｍ．Ａ．Ｌａｎｎｏｎｅら、Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ ３９（２）：１３１−１４０［２０００年２月１日］；節「ＳＮＰ検出試薬」、前出においても記載される）。簡単にいうと、標的ＤＮＡを、多重ＰＣＲによって増幅し、その増幅産物を、多重オリゴライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）に供し、特定のライゲーション産物を、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ（登録商標）Ｍｕｌｔｉ−Ａｎａｌｙｔｅ ＣＯＯＨ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓに共有結合された特有のユニバーサル「ジップコード」オリゴマー配列にハイブリダイズさせ、そしてこれらのハイブリダイゼーション産物／マイクロスフェアを、Ｌｕｍｉｎｅｘ １００装置を使用した迅速な自動化多重システムにおいて検出した。あるいは、対立遺伝子特異的プライマーを、各ＳＮＰを検出するために設計し、そして遺伝子型を、Ｇｅｒｍｅｒらによって記載される方法（Ｇｅｒｍｅｒ Ｓ．、Ｈｏｌｌａｎｄ Ｍ．Ｊ．、Ｈｉｇｕｃｈｉ Ｒ．２０００、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０： ２５８−２６６）と同様に、対立遺伝子特異的ＰＣＲによって、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）において得た。
ＣＡＲＥサンプルにおける急性冠状動脈事象または冠状動脈事象の予防のためのスタチン処置に対する応答に関連するとして同定された遺伝的マーカーもまた、第２のサンプルセット（Ｗｅｓｔ ｏｆ Ｓｃｏｔｌａｎｄ Ｃｏｒｏｎａｒｙ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｙ（ＷＯＳＣＯＰＳ））において遺伝子特定した。本来のＷＯＳＣＯＰＳコホート研究およびコホート内ケース−コントロール研究の設計は、記載されている（Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｎ Ｅｎｇ Ｊ Ｍｅｄ ３３３ （２０）、ｐｐ．１３０１−７、１９９５年１１月１６日；Ｐａｃｋａｒｄら、Ｎ Ｅｎｇ Ｊ Ｍｅｄ ３４３ （１６）、ｐｐ．１１４８−５５、２０００年１０月１９日）。ＷＯＳＣＯＰＳ試験の対象は、高コレステロール血症（空腹時ＬＤＬコレステロール＞１５５ｍｇ／ｄｌ）を有するスコットランド人男性の間において主要なＭＩまたは冠状動脈死の危険性の減少におけるプラバスタチンの効力を評価することであった。ＷＯＳＣＯＰＳ研究における参加者は、４５〜６４歳であり、そしてそれらの参加者は、冠状動脈事象について平均で４．９年間追跡された。コホート内ケース−コントロール研究は、冠状動脈事象を経験した全てのＷＯＳＣＯＰＳ患者（確認された非致死性のＭＩ、冠状動脈性心疾患による死、または脈管再生手順；Ｎ＝５８０）をケースとして含んだ。コントロールは、年齢および喫煙が一致した罹患していない患者であった。この研究に含まれた全ての個体は、インフォームドコンセント書面に署名し、そして研究プロトコルは、ＩＲＢによって承認された。ＤＮＡは、上に記載したように抽出および遺伝子特定した。
（実施例１：ＭＩ／ＲＭＩの危険性およびスタチン処置に対する応答に関連する遺伝的多型ｈＣＶ３０５４７９９）
ｈＣＶ３０５４７９９と患者におけるＭＩの危険性との関連を、プラバスタチンまたは偽薬のいずれかによる処置を受容する患者による２つの臨床試験（ＣＡＲＥおよびＷＯＳＣＯＰＳ）において試験した。ＣＡＲＥは、第二次予防試験（すなわち、エンドポイントとしての再発性ＭＩ）であり、ＷＯＳＣＯＰＳは、第１次予防試験であった。５年間のＣＡＲＥ追跡調査の間に第２のＭＩを有した２４４人の患者の群（ケース）におけるＳＮＰ遺伝子型頻度を、第２のＭＩを経験しなかった２４７１人のＣＡＲＥ患者の群（コントロール）における頻度と比較した。この知見を再現するために、ＷＯＳＣＯＰＳ追跡調査の５年以内にＭＩを有した４８３人の患者の群（ケース）におけるＳＮＰ遺伝子型頻度を、ＭＩを経験しなかった１０９４人のＷＯＳＣＯＰＳ患者の群（コントロール）における頻度と比較した。ＷＯＳＣＯＰＳ（コホート内ケース−コントロール研究）における分析を、エンドポイントとしてＭＩを使用して行なった。
表５〜７は、研究した総患者数、および各処置治療群（研究層）における患者の数を列挙する。遺伝子特定アッセイ後に観察された特定の遺伝子型の数、それらの頻度およびこのＳＮＰに関する２つの対立遺伝子の頻度もまた、提示される。その数は、いくつかの場合において、この研究に登録された患者総数よりも僅かに少ない得られた有効な遺伝子特定アッセイの総数を示す。
表８における統計は、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ／ＲＭＩとの関連を示す。ＣＡＲＥ研究およびＷＯＳＣＯＰＳ研究の両方において、関連分析を、遺伝形質の２つの様式（優性および劣性）の各々について行なった。さらに、遺伝子型試験（ヘテロ接合体 対 主要なホモ接合体）および関連の対立遺伝子試験を、フィッシャーの正確検定を使用して行なった。オッズ比の推定値および対応する９５％信頼区間を、算出した。ｈＣＶ３０５４７９９と全体の（層別化していない）集団との疾患関連の有意性、およびｈＣＶ３０５４７９９と偽薬処置した患者またはプラバスタチン処置した患者との疾患関連の有意性を、表８をに示す。これらの統計の分析は、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性との関連が本質的に有意であり、そしてその関連がＣＡＲＥ研究およびＷＯＳＣＯＰＳ研究の両方において再現されることを示す。少数の対立遺伝子のヘテロ接合性キャリアである患者において、少数の対立遺伝子を有さない患者と比較してＭＩの危険性に関するオッズ比は、両方の研究において０．０１を下回るＰ値を伴って１．７である。そのオッズ比は、遺伝形質の優性様式（１つまたは２つの少数の対立遺伝子を有する遺伝子型 対 なし）について算出される場合、両方の研究において０．０１未満であるかまたは０．０１と等しいＰ値を伴って、ほぼ同じ（１．６〜１．７）である。
ロジスティック回帰法を、ＣＡＲＥ研究サンプルおよびＷＯＳＣＯＰＳ研究サンプルにおける主要な疫学的危険因子に対して調整するために使用した（表８）。ＣＡＲＥサンプルにおいて、この方法は、性別、家族歴、喫煙状態、ボディマス指数および高血圧に関する危険因子に対して調節した。ＷＯＳＣＯＰＳセットにおいて、ロジスティック回帰を、家族歴および高血圧の危険因子に対して調整するために行なった。調整を、ＷＯＳＣＯＰＳセットにおいて性別または喫煙状態に対して行なわなかった。なぜならば全ての患者は、男性であり、そしてケースおよびコントロールは、喫煙状態について一致したからである。ヘテロ接合性サンプルに関して表９に示したオッズ比は、他の従来の危険因子とは無関係でありかつそれによって影響を受けずに、ｈＣＶ３０５４７９９とＭＩ危険性との関連を明確に確認する。表８にあるように、ヘテロ接合性キャリアにおけるＭＩの危険性についてのＯＲは、両方の研究において０．０１を下回るＰ値を伴って約１．７である。
ｈＣＶ３０５４７９９がスタチン処置に対する応答に関連するか否か（特に、プラバスタチンによる処置の結果としてのＭＩの危険性の減少）もまた、分析した。表１０は、これらの危険性関連の結果を提示する。５年間の追跡の間に第２のＭＩを有したプラバスタチン処置群のヘテロ接合性患者（ケース）の数を、第２のＭＩを経験しなかったヘテロ接合性個体（コントロール）の数と比較した。偽薬処置群のヘテロ接合性キャリアを、オッズ比の決定における参照として使用した。見出し「スタチンによる危険性の減少」の欄における結果は、ｈＣＶ３０５４７９９とプラバスタチン処置に対する応答との強力な関連を示す：プラバスタチンによって処置されたキャリアについて約０．５のオッズ比、両方の研究における０．０１を十分に下回るＰ値。これらのデータは、この対立遺伝子のキャリアは、それらがスタチン処置、そして特に、プラバスタチン処置を受容した場合にＭＩを有する危険性の減少を有したことを示す。比較のために、このＳＮＰと偽薬処置したキャリアにおけるＭＩ危険性との関連についてのオッズ比はまた、見出し「ＭＩ／ＲＭＩ危険性の推定」において提示される（表８からのデータ；再び、ヘテロ接合性キャリア）。
特定のｈＣＶ３０５４７９９対立遺伝子を保有する個体がＭＩ／ＲＭＩを発症する危険性の増加を有し、そしてそれらがスタチン処置に対して良好に応答したという結論を支持するさらなるデータについては、表１７および１８をまた参照のこと。表１７および１８におけるデータを、以下の通りに導出した：
ＣＡＲＥ患者の分析において、統計学的分析を、ＳＡＳバージョン９を用いて行なった。Ｃｏｘ比例ハザードモデル（ワルド検定）を、遺伝子型と、偽薬治療群における起こり易いＭＩの危険性および、遺伝子型によって定義されたサブグループにおける偽薬と比較したＭＩプラバスタチンの効果の両方との関連を評価するためにＣＡＲＥにおいて使用した。ＷＯＳＣＯＰＳ患者の分析において、条件ロジスティック回帰モデルを、コントロールが以前にケースと一致していたことを前提としてＷＯＳＣＯＰＳにおいて使用した。「試験中のＭＩ」と名付けられた欄は、臨床試験期間の間にＲＭＩを罹患した患者の数を列挙する。
表１８において、ｐ交互作用値を、算出した。交互作用（または作用改変）は、第３の変数が曝露と帰結との間の関係を改変する場合に形成される。＜０．０５のｐ交互作用は、第３の変数（遺伝子型）が曝露（スタチン処置）と帰結（ＭＩ）との間の関係を改変することを示す。偽薬およびスタチン処置の下で異なる遺伝子型の存在における疾患の罹患率が、それらの個々の効果からの結果に対して予測される罹患率とは異なる場合、遺伝子型および薬物の交互作用が、存在する。ＨＲは、オッズ比（ＯＲ）に類似する概念であるハザード比を示す。生存分析におけるハザード比は、事象のハザードまたは危険性に対する説明的な変数の効果である。それは、プラバスタチンおよび偽薬によって処置された患者の間の事象の比の比較に基づくＭＩを発症する可能性を記載する。ｈＣＶ３０５４７９９危険性対立遺伝子は、ＭＩの危険性を予測し、そして、ＷＯＳＣＯＰＳにおけるＣＨＤのオッズに関連した。両方の試験において、この危険性対立遺伝子のキャリア（集団のうちの約６０％）は、プラバスタチン処置から利益を得た。
（実施例２：ＭＩ／ＲＭＩの危険性およびスタチン処置に対する応答に関する他の遺伝的多型）
さらなる１７５種のマーカーを、ＣＡＲＥ研究（第二次ＭＩ予防試験）からのサンプルにおいて分析した。ＣＡＲＥにおける全ての患者は、その試験における登録の１０ヶ月前以内にＭＩを有した。５年間の追跡調査の間、２６４人の患者は、再発性ＭＩを経験し（ケース）、そして２６４９人の患者は、再発性ＭＩを経験しなかった。（コントロール）。ケースに関して、１５０人は、偽薬処置を受容し、そして１１４人は、プラバスタチンを受容した；コントロールに関して、１２９０人は、偽薬を受容し、そして１３５９人は、プラバスタチンを受容した。
表１１〜１３は、各ＳＮＰに対するケースサンプルおよびコントロールサンプルの総数、ならびにケースおよびコントロールの内訳を示す：主要なホモ接合性個体およびヘテロ接合性個体ならびに少数のホモ接合性個体およびヘテロ接合性個体。表１１は、この研究の偽薬−処置治療群についてのデータを示し、表１２は、プラバスタチン−処置治療群を示し、そして表１３は、処置によって層別化されていない全てのサンプルについてのデータを示す。
各ＳＮＰについての遺伝子型を、ＲＭＩとの関連について試験した。関連のこの遺伝子型試験（すなわち、少数のホモ接合体遺伝子型 対 主要なホモ接合体遺伝子型、および少数のヘテロ接合体 対 主要なヘテロ接合体）を、フィッシャーの正確検定を使用して、偽薬処置した患者および処置によって層別化されていない全ての患者について別個に行なった。表１４は、偽薬−処置治療群の遺伝子型分析から得られたオッズ比を示す（見出し「少数のホモ接合性（Ｈｏｍｏｚｙｇｏｕｓ Ｍｉｎｏｒ）」および「ヘテロ接合性キャリア（Ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓ Ｃａｒｒｉｅｒｓ）」において）。それぞれの特定のＳＮＰについてのＯＲの信頼度は、その各々の９５％信頼区間（ＣＩ）およびＰ値によって確かめられ、また示される。表１４から、数種のＳＮＰとＭＩ危険性との関連は、それらが少数のホモ接合性遺伝子型（ＯＲ＞１、＞１の９５％ＣＩの下限および＜０．０５のＰ値に基づく関連）に存在する場合に見られ得る。これらのＳＮＰとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ｈＣＶ１１４３３５５７、ｈＣＶ１６０５４９９１、ｈＣＶ２５４７２６７３、およびｈＣＶ７５１４８７０。ヘテロ接合性キャリア遺伝子型において、表１４におけるＲＭＩの危険性の増加に関連するＳＮＰは、以下である：ｈＣＶ１１４５０６１７、ｈＣＶ１６１８９７４７、ｈＣＶ２５９６３６９１、ｈＣＶ３０５４７９９およびｈＣＶ４６５４１２。
各ＳＮＰについての遺伝形質の優性様式および劣性様式をまた、偽薬処置したサンプル群および層別化されていないサンプル群において、ＭＩ危険性との関連（すなわち、優性＝１つまたは２つの少数の対立遺伝子 対 なし；劣性＝２つの少数の対立遺伝子 対 １つまたはなし）について試験した。表１４は、偽薬処置した患者についての様式結果を示す。列挙したＯＲ、Ｐ値および信頼区間に従って、ヘテロ接合性キャリアにおいてＭＩ危険性と関連するような上述のＳＮＰの全てはまた、ｈＣＶ２５９６３６９１を除きそしてｈＣＶ１８０１１４９の追加を伴って、優性遺伝形質様式においてＭＩについての危険性の増加に関連する（ＯＲ ２．１４、Ｐ値０．０４）。同様に、少数のホモ接合性患者における危険性に関連するような上に列挙したＳＮＰの全てはまた、劣性遺伝形質様式においてＭＩについての危険性の増加に関連する。
表１５は、処置治療群によって層別化されていない全ての患者に対して行なった関連の遺伝子型試験および様式試験の結果を示す；すなわち、スタチン処置した患者を含む。この分析（再び、ＯＲ、９５％ＣＩおよびＰ値に従う）において、少数のホモ接合性遺伝子型に存在する場合、ＭＩに有意に関連するＳＮＰは、以下である：ｈＣＶ１６２０３３８３、ｈＣＶ２１４６５７８およびｈＣＶ２５９３６３７５。ヘテロ接合性キャリア遺伝子型において、ＭＩ危険性ＳＮＰとしては、以下が挙げられる：ｈＣＶ１１４５０６１７、ｈＣＶ１６１８９７４７、ｈＣＶ２５６２４１９６、ｈＣＶ２５９６３６９１およびｈＣＶ３０５４７９９。
表１５（処置治療群によって層別化されていない患者）の優性および劣性の様式結果は、優性様式においてＲＭＩの危険性の増加に関連するＳＮＰとしては、以下が挙げられることを示す：ｈＣＶ１１４５０６１７、ｈＣＶ１６１８９７４７、ｈＣＶ２５６２４１９６、ｈＣＶ２５７４１５８４およびｈＣＶ３０５４７９９。劣性様式において、ＲＭＩの危険性の増加に関連するＳＮＰとしては、以下が挙げられる：ｈＣＶ１６０５４９９１、ｈＣＶ１６２０３３８３およびｈＣＶ２５９３６３７５。
表１６における統計学的結果は、ＲＭＩの予防におけるスタチン処置に対する応答を予測するＳＮＰを示す。これらのＳＮＰの全ては、各ＳＮＰについてのブレスロー−デイのＰ値（＜０．０５）によって示されるように、それらのそれぞれの偽薬処置した患者群とスタチン処置した患者群との間の危険性関連における有意差を示す。表１６における全てのＳＮＰに関して、少数のホモ接合性個体は、ヘテロ接合性個体および主要なホモ接合性個体と比較した場合、統計学的に異なるスタチン応答との関連を示した（偽薬 対 プラバスタチン処置のＯＲ）。すなわち、これらのＳＮＰは、１つおよび／または２つの対立遺伝子の遺伝子型において存在する場合、スタチン処置に対する応答に関連し、その結果ＭＩの危険性が、減少する。ここで、ブレスロー−デイ統計は、ＭＩについてのオッズ比がキャリアと非キャリアとの間で異なるか否かを試験する。＜０．０５のブレスロー−デイのｐ値は、処置群とＭＩとの間の関連が遺伝子型にわたってホモ接合性ではないこと意味し、従って、このＳＮＰは、スタチン処置における変動性と関連し得る。
表１９および２０に示すように、ＭＩ／ＲＭＩを発症する危険性の増加に関連するような表１４において同定されたＳＮＰを保有する特定の個体は、スタチンによって処置されることによって利益を受け得る。なぜならば、スタチンは、スタチン処置を受けなかった個体と比較した場合、ＭＩ／ＲＭＩを発症するそれらの危険性を減少させたからである。例えば、ｈＣＶ１１４５０６１７の例において、ヘテロ接合性遺伝子型および優性遺伝子型を有する個体は、スタチン処置によって減少したＭＩを発症する危険性を有する。
（実施例３：ＭＩ／ＲＭＩの危険性およびスタチン処置に対する応答に関連するＳＮＰを有するＬＤにおけるさらなるＳＮＰ）
研究を、表１〜２０に示されるような、ＭＩ／ＲＭＩの危険性およびスタチン処置に対する応答に関連することが見出されているＳＮＰを有する連鎖不均衡（ＬＤ）におけるＳＮＰマーカーを同定するために行なった。簡単にいうと、検出力閾値（Ｔ）を、ＬＤマーカーを使用して疾患の関連を検出するために５１％に設定した。この検出力閾値は、先の疾患関連研究からの対立遺伝子頻度データ、真に疾患に関連するマーカーを検出しない予想される誤差率、および０．０５の有意水準を組み込む上記の方程式（３１）に基づく。この検出力の算出およびサンプルサイズを使用して、それぞれの調べられたＳＮＰに対して、ＬＤの閾値レベルまたはｒ２値を、導出した（ｒ２ Ｔ、方程式（３２）および（３３））。閾値ｒ２ Ｔは、調べられたＳＮＰとその可能なＬＤ ＳＮＰとの間の連鎖不均衡の最小値であり、その結果、調べられていないＳＮＰは、依然として疾患の関連を検出するために、Ｔより大きいか、またはＴに等しい検出力を維持する。
上記の方法論に基づいて、ＬＤ ＳＮＰを、表５〜２０に示した調べられたＳＮＰについて見出した。表２１は、ＬＤ ＳＮＰのいくつかの一覧を示し、それらの各々は、そのそれぞれの調べられたＳＮＰに関連する。調べられたＳＮＰおよびＬＤ ＳＮＰについての公的なＳＮＰ ＩＤ（ｒｓ番号）、これを決定するために使用される閾値ｒ２および検出力、ならびに調べられたＳＮＰとその一致するＬＤ ＳＮＰとの間の連鎖不均衡のｒ２値もまた、示される。表のＬＤ ＳＮＰにおける例のように、ＭＩ／ＲＭＩ関連ＳＮＰ ｈＣＶ１１４５０６１７を、５１％の検出力の算出に基づいて、０．７３５８６のｒ２値にてｈＣＶ２７８４６３８２を有するＬＤにおいて存在することを算出した。従って、ｈＣＶ２７８４６３８２もまた、調べられたＳＮＰ ｈＣＶ１１４５０６１７を有するＬＤにおけるその存在に起因して、ＭＩ／ＲＭＩ関連ＳＮＰである。
本明細書中に引用される全ての刊行物および特許は、本明細書中で完全に参考として援
用される。記載されている本発明の組成物、方法およびシステムの種々の改変および変化
が、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、当業者に明らかである。本発明は、
特定の好ましい実施形態および特定の実施例と関連して記載されているが、特許請求され
ているような本発明が、このような特定の実施形態に不当に限定されるべきではないこと
が理解されるべきである。実際に、分子生物学、遺伝学および関連する分野の当業者に明
らかな、本発明を実施するための上に記載された様式の種々の改変が、添付の特許請求の
範囲の範囲内であることが意図される。
（表１）
遺伝子番号: 1
Celera 遺伝子: hCG15777 - 30000022987759
Celera 転写物: hCT6806 - 30000022987761
公開転写物アクセッション: NM_173676
Celera タンパク質: hCP35358 - 30000022987751
公開タンパク質アクセッション: NP_775947
遺伝子シンボル: PNPLA1
タンパク質名: patatin-like phospholipase domain containing 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(9219805..9305282)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号1):


タンパク質配列 (配列番号61):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号121):
TGTAATGGAGAGCCCTGCTGAAGACTCAAACTGGGTGAATAAGGTCTTCAAGAAGAACAAGCAAAAGACAAGTGGCACCAGAAAAGGCTTCCCAAGACAT
Y
CGGGATCCAAAAAACCAAGCAGCAAAGTGCAGTGAGCATGTCTAATGTTCCTTAAATCCCACGGAGAGGAGCAGCTTTGGGAACTGTGTTCAGAGAGATT
Celera SNP ID: hCV2476746
公開 SNP ID: rs4713956
転写配列のSNP 配列番号1
SNP位置, 転写物: 1453
SNP 供給源: ABI_Val;Celera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(C,-|T,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号61, 427位において,(S,TCG) (P,CCG)

遺伝子番号: 2
Celera 遺伝子: hCG16019 - 146000220356722
Celera 転写物: hCT1952605 - 146000220356734
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1761679 - 197000064917833
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: MLF1
タンパク質名: myeloid leukemia factor 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(37001831..37057013)
染色体: 3
OMIM 番号: 601402
OMIM 情報: Leukemia, acute myeloid, 601626 (1)

転写配列 (配列番号2):

タンパク質配列 (配列番号62):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号122):
GTCATCATATCCATGACCGAGCTCATGTCATTAAAAAGTCAAAGAACAAGAAGACTGGAGATGAAGAGGTCAACCAGGAGTTCATCAATATGAATGAAAG
Y
GATGCTCATGCTTTTGATGAGGAGTGGCAAAGTGAGGTTTTGAAGTACAAACCAGGACGACACAATCTAGGAAACACTAGAATGAGAAGTGTTGGCCATG
Celera SNP ID: hCV15974589
公開 SNP ID: rs4875
転写配列のSNP 配列番号2
SNP位置, 転写物: 666
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号62, 205位において,(S,AGT) (S,AGC)

コンテクスト (配列番号123):
TGATATCTGAATGTTCATGAAGGTCCTAGCTTTATATTGTCCCTCTTTTAGGAATAAAATTTTGATTTTCAACAATGTGAGTAAATTGAGTCTATTTAAT
R
TAAAACTCTTTAAAACATACTAATTTTTTAAAGCTTATATGCTTATTTCGCTTCCCCAGTTGTTTTTGTGTTGGCTAAATATTCTTTTATATTTATCAAG
Celera SNP ID: hCV29114176
公開 SNP ID: rs6804259
転写配列のSNP 配列番号2
SNP位置, 転写物: 1124
Related Interrogated SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,43|A,63)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 2
Celera 遺伝子: hCG16019 - 146000220356722
Celera 転写物: hCT7049 - 146000220356723
公開転写物アクセッション: NM_022443
Celera タンパク質: hCP34143 - 197000064917832
公開タンパク質アクセッション: NP_071888
遺伝子シンボル: MLF1
タンパク質名: myeloid leukemia factor 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(37001831..37057013)
染色体: 3
OMIM 番号: 601402
OMIM 情報: Leukemia, acute myeloid, 601626 (1)

転写配列 (配列番号3):

タンパク質配列 (配列番号63):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号124):
GTCATCATATCCATGACCGAGCTCATGTCATTAAAAAGTCAAAGAACAAGAAGACTGGAGATGAAGAGGTCAACCAGGAGTTCATCAATATGAATGAAAG
Y
GATGCTCATGCTTTTGATGAGGAGTGGCAAAGTGAGGTTTTGAAGTACAAACCAGGACGACACAATCTAGGAAACACTAGAATGAGAAGTGTTGGCCATG
Celera SNP ID: hCV15974589
公開 SNP ID: rs4875
転写配列のSNP 配列番号3
SNP位置, 転写物: 694
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号63, 190位において,(S,AGT) (S,AGC)

コンテクスト (配列番号125):
TGATATCTGAATGTTCATGAAGGTCCTAGCTTTATATTGTCCCTCTTTTAGGAATAAAATTTTGATTTTCAACAATGTGAGTAAATTGAGTCTATTTAAT
R
TAAAACTCTTTAAAACATACTAATTTTTTAAAGCTTATATGCTTATTTCGCTTCCCCAGTTGTTTTTGTGTTGGCTAAATATTCTTTTATATTTATCAAG
Celera SNP ID: hCV29114176
公開 SNP ID: rs6804259
転写配列のSNP 配列番号3
SNP位置, 転写物: 1152
Related Interrogated SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,43|A,63)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 3
Celera 遺伝子: hCG1641616 - 79000075093172
Celera 転写物: hCT1641743 - 79000075093173
公開転写物アクセッション: NM_001447
Celera タンパク質: hCP1633863 - 197000069447433
公開タンパク質アクセッション: NP_001438
遺伝子シンボル: FAT2
タンパク質名: FAT tumor suppressor homolog 2 (Drosophila)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VUFE(24331975..24417314)
染色体: 5
OMIM 番号: 604269
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号4):

タンパク質配列 (配列番号64):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号126):
CCCCAAGTACTTCCTGTCCATTGAGTGCAGCCGGAAGAGCTCCTCTTCCCTCAGTGACGTGACCACAGTCATGGTCAACATCACTGATGTCAATGAACAC
Y
GGCCCCAATTCCCCCAAGATCCATATAGCACAAGGGTCTTAGAGAATGCCCTTGTGGGTGACGTCATCCTCACGGTATCAGCGACTGATGAAGATGGACC
Celera SNP ID: hCV15973230
公開 SNP ID: rs2304024
転写配列のSNP 配列番号4
SNP位置, 転写物: 9965
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,92|T,28)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3318位において,(R,CGG) (W,TGG)

コンテクスト (配列番号127):
TGCAGCTGATCCTGAGTGACCCAGATTCTCCAGAGAATGGCCCCCCCTACTCGTTTCGAATCACCAAGGGGAACAACGGCTCTGCCTTCCGAGTGACCCC
R
GATGGATGGCTGGTGACTGCTGAGGGCCTAAGCAGGAGGGCTCAGGAATGGTATCAGCTTCAGATCCAGGCGTCAGACAGTGGCATCCCTCCCCTCTCGT
Celera SNP ID: hCV25639371
公開 SNP ID: rs3734051
転写配列のSNP 配列番号4
SNP位置, 転写物: 10450
Related Interrogated SNP: hCV15973230 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,86|A,32)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3479位において,(P,CCG) (P,CCA)

コンテクスト (配列番号128):
TCCGAGTGACCCCGGATGGATGGCTGGTGACTGCTGAGGGCCTAAGCAGGAGGGCTCAGGAATGGTATCAGCTTCAGATCCAGGCGTCAGACAGTGGCAT
M
CCTCCCCTCTCGTCTTCGACGTCTGTCCGTGTCCATGTCACAGAGCAGAGCCACTATGCACCTTCTGCTCTCCCACTGGAGATCTTCATCACTGTTGGAG
Celera SNP ID: hCV25951598
公開 SNP ID: rs3734049
転写配列のSNP 配列番号4
SNP位置, 転写物: 10537
Related Interrogated SNP: hCV15973230 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,29|A,7) アフリカ系アメリカ人(C,24|A,4) 全体(C,53|A,11)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3508位において,(I,ATC) (I,ATA)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,92|A,24)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3508位において,(I,ATC) (I,ATA)

コンテクスト (配列番号129):
CTGAGGGCCTAAGCAGGAGGGCTCAGGAATGGTATCAGCTTCAGATCCAGGCGTCAGACAGTGGCATCCCTCCCCTCTCGTCTTCGACGTCTGTCCGTGT
S
CATGTCACAGAGCAGAGCCACTATGCACCTTCTGCTCTCCCACTGGAGATCTTCATCACTGTTGGAGAGGATGAGTTCCAGGGTGGCATGGTGGGTAAGA
Celera SNP ID: hCV25953895
公開 SNP ID: rs3734047
転写配列のSNP 配列番号4
SNP位置, 転写物: 10570
Related Interrogated SNP: hCV15973230 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,8|C,30) アフリカ系アメリカ人(G,4|C,28) 全体(G,12|C,58)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3519位において,(V,GTC) (V,GTG)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,95|G,25)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号64, 3519位において,(V,GTC) (V,GTG)

遺伝子番号: 4
Celera 遺伝子: hCG1643662 - 84000314615955
Celera 転写物: hCT1643789 - 84000314615956
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1639904 - 197000069387300
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VT2P(430754..547362)
染色体: 10
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号5):

タンパク質配列 (配列番号65):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号130):
GCTCCCAGAACTAGGAAACTTATATTTAACTGGTCAGAAGAAGGTATGCAAAGTGGAGAACAGCCCCTGGGTTACCCCAATTGCTGGCCAGTTCCAGCTT
S
ATGTGTCCTGTGTGTCTGAATGTGTCTGTTCTGAGACATATGAGTACCTCTATGGCAGCACATGCAGGCAAATCCAGAACCACCAAAACATAATAATCAC
Celera SNP ID: hCV881283
公開 SNP ID: rs211070
転写配列のSNP 配列番号5
SNP位置, 転写物: 550
SNP 供給源: dbSNP; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,113|C,1)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号65, 184位において,(D,GAT) (H,CAT)

遺伝子番号: 5
Celera 遺伝子: hCG1644106 - 103000085235807
Celera 転写物: hCT1644233 - 103000085235808
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1612404 - 197000069434377
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: FLJ20014
タンパク質名: hypothetical protein FLJ20014
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7319816..7341647)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号6):

タンパク質配列 (配列番号66):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号131):
AACTCAAGATCCGTCTGAGCGGCGCGCCTCCACCCCCGCCTTCTGCCCCTGCGCGGCCCTGCCCAGCGCCTGCACCCACACCCACACCGGCCATTCCCCC
M
ATCGACCCCGAGGTGCTGCGGGATCTGGAGCGGTTGAGTCGGGAGCTGGGAGGCCGGGTGGACCGTCTGCTTCGCGGTCTGGGTGGCGCGGTGCAGGAGC
Celera SNP ID: hCV7453127
公開 SNP ID: rs8531
転写配列のSNP 配列番号6
SNP位置, 転写物: 788
Related Interrogated SNP: hCV22275215 (Power=.51)

SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,26|A,6) アフリカ系アメリカ人(C,10|A,2) 全体(C,36|A,8)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号66, 255位において,(P,CCC) (P,CCA)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,30|A,6) アフリカ系アメリカ人(C,22|A,14) 全体(C,52|A,20)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号66, 255位において,(P,CCC) (P,CCA)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,16|C,88)
SNP 型: サイレント変異
コードタンパク質: 配列番号66, 255位において,(P,CCC) (P,CCA)

遺伝子番号: 6
Celera 遺伝子: hCG1647070 - 84000313730920
Celera 転写物: hCT1647197 - 84000313730921
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1617236 - 197000069366336
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIF6
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(12311520..12426711)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号7):

タンパク質配列 (配列番号67):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号132):
GTGGGCAGAGGAGGCCACCAACCTGCAGGTAAATTCTCCAGCAGTGAATTCACTCGATCACACGAAGCCATTTCTCCAGACATCTGACTCCCAGCATGAA
Y
GGTCCCAACTCCTCTCTAACAAAAGTTCTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGCACTGGCAGATTCGATGTCTGTGATGTGAATGCCAGGAAAATCCT
Celera SNP ID: hCV3054799
公開 SNP ID: rs20455
転写配列のSNP 配列番号7
SNP位置, 転写物: 694
SNP 供給源: ABI_Val;Celera;HGBASE;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号67, 170位において,(W,TGG) (R,CGG)

遺伝子番号: 7
Celera 遺伝子: hCG16542 - 30000023220752
Celera 転写物: hCT7580 - 30000023220753
公開転写物アクセッション: NM_139209
Celera タンパク質: hCP34181 - 30000023220751
公開タンパク質アクセッション: NP_631948
遺伝子シンボル: GRK7
タンパク質名: G protein-coupled receptor kinase 7
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(53789104..53849271)
染色体: 3
OMIM 番号: 606987
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号8):

タンパク質配列 (配列番号68):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号133):
TTGCAGGCTCTTCTTGGCTAAGAAACCAGAGCAACGCTTAGGAAGCAGAGAAAAGTCTGATGATCCCAGGAAACATCATTTCTTTAAAACGATCAACTTT
M
CTCGCCTGGAAGCTGGCCTAATTGAACCCCCATTTGTGCCAGACCCTTCAGTGGTTTATGCCAAAGACATCGCTGAAATTGATGATTTCTCTGAGGTTCG
Celera SNP ID: hCV465412
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号8
SNP位置, 転写物: 1378
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,4|C,36) アフリカ系アメリカ人(A,3|C,35) 全体(A,7|C,71)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号68, 460位において,(P,CCT) (T,ACT)
SNP 供給源: Celera
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号68, 460位において,(P,CCT) (T,ACT)

遺伝子番号: 8
Celera 遺伝子: hCG1657517 - 84000314340970
Celera 転写物: hCT1657644 - 84000314340971
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1610709 - 197000069429481
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W8B1(17712978..17756628)
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号9):

タンパク質配列 (配列番号69):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号134):
ATATGCAAGTGAATCAACTTGCCAGATAAAAGTTTGCTGCCTAAATATGATTACTAGGAAAGCCAAGTCTCTCTTCCTGGATTTCTTCTCCTATAAACCG
Y
CTATTGATACCTACCCACTTCTCTATGGAGCACAGATGAAGGATATTGGTCATCTCCAGCATCTAGCACAACGTCTGCAATGGAACAGGCGAGCTGTGAA
Celera SNP ID: hCV9879153
公開 SNP ID: rs3736919
転写配列のSNP 配列番号9
SNP位置, 転写物: 215
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,61|T,57)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号69, 39位において,(P,CCT) (S,TCT)

遺伝子番号: 9
Celera 遺伝子: hCG1658913 - 61000125195351
Celera 転写物: hCT1659040 - 61000125195352
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1633631 - 197000069405775
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(3643581..3713961)
染色体: 9
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号10):

タンパク質配列 (配列番号70):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号135):
CCCTGTACCTCATCATGGCCACGGGCATGAGGGAATGATGCTGGATCATGACCTTAAAGGAACCATGCAGCTCTATGGGCATGAAGAAGCCATGCAGTAT
S
ATGGCCATGAGGGAACCATGAGGCTCCATGGGCATGAGGAACCATGCAGCTCCATGGCCATAAGGGAATCATGCAGCTACAGGGCCATGAGGAGCCATGC
Celera SNP ID: hCV25741584
公開 SNP ID: rs12685413
転写配列のSNP 配列番号10
SNP位置, 転写物: 476
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,120|C,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 10
Celera 遺伝子: hCG17584 - 146000220354806
Celera 転写物: hCT1952608 - 146000220354817
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1761719 - 197000064917858
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: LXN
タンパク質名: latexin
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36936789..36983633)
染色体: 3
OMIM 番号: 609305
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号11):

タンパク質配列 (配列番号71):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号136):
TACATCAACTACCAGCAGGGGACCCCGCACAGGGTGTTTGAGGTGCAGAAGGTCAAACAAGCCAGCATGGAGGATATTCCAGGAAGAGGACATAAGTATC
R
CCTTAAATTTGCTGTTGAAGAAATTATACAAAAACAAGTTAAGGTGAACTGCACAGCTGAAGTACTTTACCCTTCAACGGGACAAGAAACTGCACCAGAA
Celera SNP ID: hCV11238304
公開 SNP ID: rs8455
転写配列のSNP 配列番号11
SNP位置, 転写物: 362
Related Interrogated SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,10|A,10) アフリカ系アメリカ人(G,8|A,0) 全体(G,18|A,10)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号71, 53位において,(H,CAC) (R,CGC)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,49|G,71)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号71, 53位において,(H,CAC) (R,CGC)

遺伝子番号: 10
Celera 遺伝子: hCG17584 - 146000220354806
Celera 転写物: hCT8635 - 146000220354807
公開転写物アクセッション: NM_020169
Celera タンパク質: hCP34244 - 197000064917857
公開タンパク質アクセッション: NP_064554
遺伝子シンボル: LXN
タンパク質名: latexin
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36936789..36983633)
染色体: 3
OMIM 番号: 609305
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号12):

タンパク質配列 (配列番号72):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号137):
TACATCAACTACCAGCAGGGGACCCCGCACAGGGTGTTTGAGGTGCAGAAGGTCAAACAAGCCAGCATGGAGGATATTCCAGGAAGAGGACATAAGTATC
R
CCTTAAATTTGCTGTTGAAGAAATTATACAAAAACAAGTTAAGGTGAACTGCACAGCTGAAGTACTTTACCCTTCAACGGGACAAGAAACTGCACCAGAA
Celera SNP ID: hCV11238304
公開 SNP ID: rs8455
転写配列のSNP 配列番号12
SNP位置, 転写物: 362
Related Interrogated SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,10|A,10) アフリカ系アメリカ人(G,8|A,0) 全体(G,18|A,10)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号72, 53位において,(H,CAC) (R,CGC)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,49|G,71)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号72, 53位において,(H,CAC) (R,CGC)

遺伝子番号: 11
Celera 遺伝子: hCG1772922 - 107000109464830
Celera 転写物: hCT1811512 - 107000109464831
公開転写物アクセッション: NM_021632
Celera タンパク質: hCP1733133 - 197000069407806
公開タンパク質アクセッション: NP_067645
遺伝子シンボル: ZNF350
タンパク質名: zinc finger protein 350
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY4T(1814231..1856919)
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号13):

タンパク質配列 (配列番号73):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号138):
CCCCTCAGACATCATTAAACATCAGCGGCCTCCTCGCAAACAGGAACGTAGTCCTTGTGGGACAGCCAGTGGTCAGATGTGCAGCCTCAGGAGATAACAG
W
GGATTTGCACAGGACAGAAACCTTGTGAATGCAGTGAATGTGGTTGTGCCTTCCGTGATCAATTATGTCTTATTTTATGTTACAGAAAACCCATAGGAAG
Celera SNP ID: hCV15965459
公開 SNP ID: rs2278415
転写配列のSNP 配列番号13
SNP位置, 転写物: 1728
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,104|T,16)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号73, 501位において,(R,AGA) (S,AGT)

遺伝子番号: 11
Celera 遺伝子: hCG1772922 - 107000109464830
Celera 転写物: hCT2296352 - 107000109464840
公開転写物アクセッション: NM_021632
Celera タンパク質: hCP1874543 - 197000069407807
公開タンパク質アクセッション: NP_067645
遺伝子シンボル: ZNF350
タンパク質名: zinc finger protein 350
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY4T(1814231..1856919)
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号14):

タンパク質配列 (配列番号74):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号139):
CCCCTCAGACATCATTAAACATCAGCGGCCTCCTCGCAAACAGGAACGTAGTCCTTGTGGGACAGCCAGTGGTCAGATGTGCAGCCTCAGGAGATAACAG
W
GGATTTGCACAGGACAGAAACCTTGTGAATGCAGTGAATGTGGTTGTGCCTTCCGTGATCAATTATGTCTTATTTTATGTTACAGAAAACCCATAGGAAG
Celera SNP ID: hCV15965459
公開 SNP ID: rs2278415
転写配列のSNP 配列番号14
SNP位置, 転写物: 1674
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,104|T,16)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号74, 501位において,(R,AGA) (S,AGT)

遺伝子番号: 12
Celera 遺伝子: hCG1783416 - 104000116835546
Celera 転写物: hCT1822355 - 104000116835547
公開転写物アクセッション: NM_024843
Celera タンパク質: hCP1728260 - 197000064925936
公開タンパク質アクセッション: NP_079119
遺伝子シンボル: CYBRD1
タンパク質名: cytochrome b reductase 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W8UP(22874959..22930607)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号15):

タンパク質配列 (配列番号75):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号140):
ACCATTCTTCATCCAAATGGAGGCACTGAACAGGGAGCAAGAGGTTCCATGCCAGCCTACTCTGGCAACAACATGGACAAATCAGATTCAGAGTTAAACA
R
TGAAGTAGCAGCAAGGAAAAGAAACTTAGCTCTGGATGAGGCTGGGCAGAGATCTACCATGTAAAATGTTGTAGAGATAGAGCCATATAACGTCACGTTT
Celera SNP ID: hCV3200162
公開 SNP ID: rs10455
転写配列のSNP 配列番号15
SNP位置, 転写物: 870
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,12|G,6) アフリカ系アメリカ人(A,32|G,0) 全体(A,44|G,6)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号75, 266位において,(N,AAT) (S,AGT)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,17|G,13) アフリカ系アメリカ人(A,32|G,6) 全体(A,49|G,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号75, 266位において,(N,AAT) (S,AGT)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,31|A,89)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号75, 266位において,(N,AAT) (S,AGT)

コンテクスト (配列番号141):
CAAATTAAAACCTAGAGTAGTGCTTATGCTGAAATGATACTTTTCATTTTTTGGTTGATTTTTTTGCCTTCCCTTCAATTTTAAACTGAAGCATTTTAAT
R
TGGGTAGAAACTCTACACCAAATACACTAAACATTTTGGTGCTTAGTGGATTTCTTTTTAGGTAACTGGTACTTACTTCCAAAGACTGAATACAAGCCAC
Celera SNP ID: hCV27053832
公開 SNP ID: rs2542939
転写配列のSNP 配列番号15
SNP位置, 転写物: 2614
Related Interrogated SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,32|G,86)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号142):
GTGTCTACTAGTAGTTAATTGGATAAACTGGCAGCATCCCTGGCCTGTTGTCATGCAGTCATTTCCTGTTAATTCTGGGAGACAATGATTTCACAACTAG
M
GGGAAGCAGTCCTAAAAGTTTAAAATCCGATAAGGAATATCTGGGACAGGGTTTAGATCATGACTCTACACAGATACCATGATGAGAGTATATTAAAGAA
Celera SNP ID: hDV71152540
公開 SNP ID: rs950163
転写配列のSNP 配列番号15
SNP位置, 転写物: 1334
Related Interrogated SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,31|A,87)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
Celera 転写物: hCT1814657 - 118000094879375
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1768958 - 197000069405836
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cerebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


転写配列 (配列番号16):

タンパク質配列 (配列番号76):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号143):
GGCTACCAGTTACATTTGACAAGTCTGTGCAATGGATCAAAATCAGAAGAGATGATTCAACTTGGTGACCAAGAAGTTTCTGAGCTTTGTGGCCTACCAA
R
GGAGAAACTGGCTGCAGCAGAGCGAGTACTTCGTTCCAACATGGACATCCTGAAGCCAATCCTGAGAACACTAAACTCTACATCTCCCTTCCCGAGCAAG
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
転写配列のSNP 配列番号16
SNP位置, 転写物: 811
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,14) アフリカ系アメリカ人(G,14|A,24) 全体(G,40|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号76, 159位において,(R,AGG) (K,AAG)
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号76, 159位において,(R,AGG) (K,AAG)

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
Celera 転写物: hCT1829098 - 118000094879269
公開転写物アクセッション: NM_005502
Celera タンパク質: hCP1713177 - 197000069405834
公開タンパク質アクセッション: NP_005493
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cerebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


転写配列 (配列番号17):

タンパク質配列 (配列番号77):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号144):
GGCTACCAGTTACATTTGACAAGTCTGTGCAATGGATCAAAATCAGAAGAGATGATTCAACTTGGTGACCAAGAAGTTTCTGAGCTTTGTGGCCTACCAA
R
GGAGAAACTGGCTGCAGCAGAGCGAGTACTTCGTTCCAACATGGACATCCTGAAGCCAATCCTGAGAACACTAAACTCTACATCTCCCTTCCCGAGCAAG
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
転写配列のSNP 配列番号17
SNP位置, 転写物: 969
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,14) アフリカ系アメリカ人(G,14|A,24) 全体(G,40|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異

コードタンパク質: 配列番号77, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号77, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
Celera 転写物: hCT2274783 - 118000094879323
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1872571 - 197000069405835
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cerebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


転写配列 (配列番号18):

タンパク質配列 (配列番号78):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号145):
GGCTACCAGTTACATTTGACAAGTCTGTGCAATGGATCAAAATCAGAAGAGATGATTCAACTTGGTGACCAAGAAGTTTCTGAGCTTTGTGGCCTACCAA
R
GGAGAAACTGGCTGCAGCAGAGCGAGTACTTCGTTCCAACATGGACATCCTGAAGCCAATCCTGAGAACACTAAACTCTACATCTCCCTTCCCGAGCAAG
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
転写配列のSNP 配列番号18
SNP位置, 転写物: 590
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,14) アフリカ系アメリカ人(G,14|A,24) 全体(G,40|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号78, 159位において,(R,AGG) (K,AAG)
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号78, 159位において,(R,AGG) (K,AAG)

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
Celera 転写物: hCT2274784 - 118000094879428
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1872573 - 197000069405837
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cerebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


転写配列 (配列番号19):

タンパク質配列 (配列番号79):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号146):
GGCTACCAGTTACATTTGACAAGTCTGTGCAATGGATCAAAATCAGAAGAGATGATTCAACTTGGTGACCAAGAAGTTTCTGAGCTTTGTGGCCTACCAA
R
GGAGAAACTGGCTGCAGCAGAGCGAGTACTTCGTTCCAACATGGACATCCTGAAGCCAATCCTGGTGAGTAGACTTGCTCACTGGAGAAACTTCAAGCAC
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
転写配列のSNP 配列番号19
SNP位置, 転写物: 969
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,14) アフリカ系アメリカ人(G,14|A,24) 全体(G,40|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号79, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号79, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
Celera 転写物: hCT2274785 - 118000094879439
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1872574 - 197000069405838
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cerebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


転写配列 (配列番号20):

タンパク質配列 (配列番号80):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号147):
GGCTACCAGTTACATTTGACAAGTCTGTGCAATGGATCAAAATCAGAAGAGATGATTCAACTTGGTGACCAAGAAGTTTCTGAGCTTTGTGGCCTACCAA
R
GGAGAAACTGGCTGCAGCAGAGCGAGTACTTCGTTCCAACATGGACATCCTGAAGCCAATCCTGATGGATGTGACATGTGATGACATTGCACATGGGCAG
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
転写配列のSNP 配列番号20
SNP位置, 転写物: 969
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,14) アフリカ系アメリカ人(G,14|A,24) 全体(G,40|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号80, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,19)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号80, 219位において,(R,AGG) (K,AAG)

遺伝子番号: 14
Celera 遺伝子: hCG1811418 - 146000220356745
Celera 転写物: hCT1825890 - 146000220356768
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1701302 - 197000064917835
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: GFM1
タンパク質名: mitochondrial elongation factor G1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36916899..36984944)
染色体: 3
OMIM 番号: 606639
OMIM 情報: Combined oxidative phosphorylation deficiency, 609060 (3)

転写配列 (配列番号21):

タンパク質配列 (配列番号81):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号148):
TGGCGATTGGGAACTCTCAGTTGGCTCCTGTGTTCCTTTAACATCTTCCAATGTTTTGCCTTTTTGAATACTTCCTTACTTGCTGGCACTACAAGACGCC
Y
CAGGCTTATCTTGTATATTCCATGCCCTAACCCTAGAATCAGCCGTTCTCCAAGGAGCACTGGTTCCTTTTTAAGTAAAATGGTATTAGAAACCAAGATT
Celera SNP ID: hCV29593475
公開 SNP ID: rs9819567
転写配列のSNP 配列番号21
SNP位置, 転写物: 2306
Related Interrogated SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 15
Celera 遺伝子: hCG1978757 - 146000219433834

Celera 転写物: hCT2250379 - 146000219433846
公開転写物アクセッション: NM_002640
Celera タンパク質: hCP1860312 - 197000069373446
公開タンパク質アクセッション: NP_002631
遺伝子シンボル: SERPINB8
タンパク質名: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade B (ovalbumin), member
8

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VUQQ(16920598..16980347)
染色体: 18
OMIM 番号: 601697
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号22):

タンパク質配列 (配列番号82):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号149):
ATCTCCTCTGCCCTGGCCATGGTCTTCATGGGGGCAAAGGGAAGCACTGCAGCCCAGATGTCCCAGGCACTTTGTTTATACAAAGACGGAGATATTCACC
R
AGGTTTCCAGTCACTTCTCAGTGAAGTTAACAGAACTGGCACTCAGTACTTGCTTAGAACTGCCAACAGACTCTTTGGAGAAAAGACGTGTGATTTCCTT
Celera SNP ID: hCV11450617
公開 SNP ID: rs1944270
転写配列のSNP 配列番号22
SNP位置, 転写物: 525
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,82|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号82, 68位において,(R,CGA) (Q,CAA)

遺伝子番号: 15
Celera 遺伝子: hCG1978757 - 146000219433834
Celera 転写物: hCT2250381 - 146000219433835
公開転写物アクセッション: NM_002640
Celera タンパク質: hCP1860311 - 197000069373445
公開タンパク質アクセッション: NP_002631
遺伝子シンボル: SERPINB8
タンパク質名: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade B (ovalbumin), member
8

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VUQQ(16920598..16980347)
染色体: 18
OMIM 番号: 601697
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号23):

タンパク質配列 (配列番号83):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号150):
ATCTCCTCTGCCCTGGCCATGGTCTTCATGGGGGCAAAGGGAAGCACTGCAGCCCAGATGTCCCAGGCACTTTGTTTATACAAAGACGGAGATATTCACC
R
AGGTTTCCAGTCACTTCTCAGTGAAGTTAACAGAACTGGCACTCAGTACTTGCTTAGAACTGCCAACAGACTCTTTGGAGAAAAGACGTGTGATTTCCTT
Celera SNP ID: hCV11450617
公開 SNP ID: rs1944270
転写配列のSNP 配列番号23
SNP位置, 転写物: 288
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,82|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号83, 68位において,(R,CGA) (Q,CAA)

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
Celera 転写物: hCT1959636 - 146000220786421
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1769466 - 197000069410800
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号24):

タンパク質配列 (配列番号84):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号151):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
転写配列のSNP 配列番号24
SNP位置, 転写物: 5070
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: UTR3
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
Celera 転写物: hCT1959637 - 146000220786470
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1769478 - 197000069410803
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号25):

タンパク質配列 (配列番号85):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号152):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
転写配列のSNP 配列番号25
SNP位置, 転写物: 4380
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: UTR3
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
Celera 転写物: hCT1959638 - 146000220786448
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1769491 - 197000069410801
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号26):

タンパク質配列 (配列番号86):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号153):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
転写配列のSNP 配列番号26
SNP位置, 転写物: 4607
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: UTR3
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
Celera 転写物: hCT1959639 - 146000220786505
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1769456 - 197000069410805
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号27):

タンパク質配列 (配列番号87):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号154):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
転写配列のSNP 配列番号27
SNP位置, 転写物: 4992
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: UTR3
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
Celera 転写物: hCT2332754 - 146000220786531
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1877542 - 197000069410806
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号28):

タンパク質配列 (配列番号88):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号155):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
転写配列のSNP 配列番号28
SNP位置, 転写物: 4858
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: UTR3
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 17
Celera 遺伝子: hCG1818187 - 110000085683607
Celera 転写物: hCT1961184 - 110000085683616
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1772331 - 197000064937339
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: IL1F10
タンパク質名: interleukin 1 family, member 10 (theta)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY9Y(627199..650730)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号29):

タンパク質配列 (配列番号89):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号156):
AGTTCCTTCCTGCCTGAGCCTTTACCTGCCAAGAGCCTGCAACATGGGGTTCCCTTGTCCCTTGACTCTTCTCTCTCTTCCCTCCTAGAGAAGATCTGCA
Y
ACTTCCTAACAGAGGCTTGGCCCGCACCAAGGTCCCCATTTTCCTGGGGATCCAGGGAGGGAGCCGCTGCCTGGCATGTGTGGAGACAGAAGAGGGGCCT
Celera SNP ID: hCV2146578
公開 SNP ID: rs6761276
転写配列のSNP 配列番号29
SNP位置, 転写物: 197
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,10|T,20) アフリカ系アメリカ人(C,7|T,11) 全体(C,17|T,31)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号89, 36位において,(I,ATA) (T,ACA)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,53|C,67)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号89, 36位において,(I,ATA) (T,ACA)

遺伝子番号: 17
Celera 遺伝子: hCG1818187 - 110000085683607
Celera 転写物: hCT2273798 - 110000085683608
公開転写物アクセッション: NM_032556
Celera タンパク質: hCP1804697 - 197000064937338
公開タンパク質アクセッション: NP_115945
遺伝子シンボル: IL1F10
タンパク質名: interleukin 1 family, member 10 (theta)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY9Y(627199..650730)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号30):

タンパク質配列 (配列番号90):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号157):
ATAATTAAATATGCAGACCAGAAGGCTCTATACACAAGAGATGGCCAGCTGCTGGTGGGAGATCCTGTTGCAGACAACTGCTGTGCAGAGAAGATCTGCA
Y
ACTTCCTAACAGAGGCTTGGCCCGCACCAAGGTCCCCATTTTCCTGGGGATCCAGGGAGGGAGCCGCTGCCTGGCATGTGTGGAGACAGAAGAGGGGCCT
Celera SNP ID: hCV2146578
公開 SNP ID: rs6761276
転写配列のSNP 配列番号30
SNP位置, 転写物: 552
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,10|T,20) アフリカ系アメリカ人(C,7|T,11) 全体(C,17|T,31)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号90, 44位において,(I,ATA) (T,ACA)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,53|C,67)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号90, 44位において,(I,ATA) (T,ACA)

遺伝子番号: 18
Celera 遺伝子: hCG31282 - 66000115705562
Celera 転写物: hCT1962137 - 66000115705572
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1776915 - 197000069434228
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: RANGNRF
タンパク質名: RAN guanine nucleotide release factor
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7218837..7240942)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号31):

タンパク質配列 (配列番号91):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号158):
TAGCAAAGGACGTGACACTTCATCAGGCCTTGCTGAGGCTGCCCCAGTACCAGACTGATCTCTTGCTTACCTTCAATCAGCCCCCGTAAGGAGGAAGGAA
Y
GGGCGGGTATCTCATGACTGGGTTCCCAGGAGAATCGGGCTGGGAGGGACAGAACAGGGAGACTCACTGGTGGGATCCTCCAAGGAAGCAGGAGTGGGCC
Celera SNP ID: hDV71102112
公開 SNP ID: rs869773
転写配列のSNP 配列番号31
SNP位置, 転写物: 902
Related Interrogated SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,113|T,5)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 19
Celera 遺伝子: hCG31287 - 103000085235647
Celera 転写物: hCT22464 - 103000085235648
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP45092 - 197000069434366
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: FLJ22170
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7261280..7301962)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号32):

タンパク質配列 (配列番号92):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号159):
GTTGGAGAAAAGGGTTTCCAGATCTCACAATGTTTATTGTTGTTTCCGGTCATCCACTTATGTGCAGGTCCTGAGTTTTCCCCCTGAGACCACCATCAGC
R
TTCCCCTGCCCCACATCTACCTGGCTGAACTTCTGCAGGGTGGTCAGTCCCCATTCCAGGCCACTGCCTCTTGCCATATCGTCTCTGTCTTCAGCCTTCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
転写配列のSNP 配列番号32
SNP位置, 転写物: 1195

SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,19|G,101)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号92, 329位において,(V,GTT) (I,ATT)

遺伝子番号: 19
Celera 遺伝子: hCG31287 - 103000085235647
Celera 転写物: hCT2263346 - 103000085235665
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1891103 - 197000069434367
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: FLJ22170
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7261280..7301962)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号33):

タンパク質配列 (配列番号93):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号160):
GTTGGAGAAAAGGGTTTCCAGATCTCACAATGTTTATTGTTGTTTCCGGTCATCCACTTATGTGCAGGTCCTGAGTTTTCCCCCTGAGACCACCATCAGC
R
TTCCCCTGCCCCACATCTACCTGGCTGAACTTCTGCAGGGTGGTCAGTCCCCATTCCAGGCCACTGCCTCTTGCCATATCGTCTCTGTCTTCAGCCTTCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
転写配列のSNP 配列番号33
SNP位置, 転写物: 2609
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,19|G,101)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号93, 706位において,(V,GTT) (I,ATT)

遺伝子番号: 19
Celera 遺伝子: hCG31287 - 103000085235647
Celera 転写物: hCT2263351 - 103000085235690
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1891104 - 197000069434368
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: FLJ22170
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7261280..7301962)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号34):

タンパク質配列 (配列番号94):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号161):
GTTGGAGAAAAGGGTTTCCAGATCTCACAATGTTTATTGTTGTTTCCGGTCATCCACTTATGTGCAGGTCCTGAGTTTTCCCCCTGAGACCACCATCAGC
R
TTCCCCTGCCCCACATCTACCTGGCTGAACTTCTGCAGGGTGGTCAGTCCCCATTCCAGGCCACTGCCTCTTGCCATATCGTCTCTGTCTTCAGCCTTCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
転写配列のSNP 配列番号34
SNP位置, 転写物: 2609
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,19|G,101)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号94, 706位において,(V,GTT) (I,ATT)

遺伝子番号: 19
Celera 遺伝子: hCG31287 - 103000085235647
Celera 転写物: hCT2263353 - 103000085235715
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1891105 - 197000069434369
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: FLJ22170
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7261280..7301962)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号35):

タンパク質配列 (配列番号95):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号162):
GTTGGAGAAAAGGGTTTCCAGATCTCACAATGTTTATTGTTGTTTCCGGTCATCCACTTATGTGCAGGTCCTGAGTTTTCCCCCTGAGACCACCATCAGC
R
TTCCCCTGCCCCACATCTACCTGGCTGAACTTCTGCAGGGTGGTCAGTCCCCATTCCAGGCCACTGCCTCTTGCCATATCGTCTCTGTCTTCAGCCTTCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
転写配列のSNP 配列番号35
SNP位置, 転写物: 1737
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,19|G,101)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号95, 329位において,(V,GTT) (I,ATT)

遺伝子番号: 20
Celera 遺伝子: hCG37187 - 146000220350063
Celera 転写物: hCT28417 - 146000220350064
公開転写物アクセッション: NM_000271
Celera タンパク質: hCP47700 - 197000069426589
公開タンパク質アクセッション: NP_000262
遺伝子シンボル: NPC1
タンパク質名: Nasopharyngeal carcinoma 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W66L(2585858..2660984)

染色体: 18
OMIM 番号: 607107
OMIM 情報: {Nasopharyngeal carcinoma 1}, 161550 (2)

転写配列 (配列番号36):

タンパク質配列 (配列番号96):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号163):
GACGCCTGTAATGCCACCAACTGGATTGAATACATGTTCAATAAGGACAATGGACAGGCACCTTTTACCATCACTCCTGTGTTTTCAGATTTTCCAGTCC
R
TGGGATGGAGCCCATGAACAATGCCACCAAAGGCTGTGACGAGTCTGTGGATGAGGTCACAGCACCATGTAGCTGCCAAGACTGCTCTATTGTCTGTGGC
Celera SNP ID: hCV25472673
公開 SNP ID: rs1805081
転写配列のSNP 配列番号36
SNP位置, 転写物: 767
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,64|G,56)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号96, 215位において,(H,CAT) (R,CGT)

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT1957920 - 93000022563684
公開転写物アクセッション: NM_002344
Celera タンパク質: hCP1762545 - 197000064936662
公開タンパク質アクセッション: NP_002335
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号37):

タンパク質配列 (配列番号97):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号164):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号37
SNP位置, 転写物: 1773
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号97, 535位において,(D,GAC) (N,AAC)

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT2281697 - 93000022563708
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1804022 - 197000064936663
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号38):

タンパク質配列 (配列番号98):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号165):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号38
SNP位置, 転写物: 1215
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)

SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号98, 146位において,(D,GAC) (N,AAC)

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT2281698 - 93000022563667
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1804020 - 197000064936661
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号39):

タンパク質配列 (配列番号99):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号166):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506

公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号39
SNP位置, 転写物: 1438
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号99, 76位において,(D,GAC) (N,AAC)

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT2281701 - 93000022563620
公開転写物アクセッション: NM_206961
Celera タンパク質: hCP1804018 - 197000064936659
公開タンパク質アクセッション: NP_996844
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号40):

タンパク質配列 (配列番号100):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号167):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号40
SNP位置, 転写物: 1590
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号100, 474位において,(D,GAC) (N,AAC)

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT2281702 - 93000022563727
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1804023 - 197000064936664
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号41):

タンパク質配列 (配列番号101):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号168):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号41
SNP位置, 転写物: 2071
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
Celera 転写物: hCT30541 - 93000022563643
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP49089 - 197000064936660
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号42):

タンパク質配列 (配列番号102):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号169):
TGTCACCGAGGTTTCCCCAGCCAATGTTACTCTGCTCAGAGCCCTGGGCCATGGTGCCTTTGGGGAGGTGTATGAGGGACTGGTAATTGGCCTTCCTGGG
R
ACTCCAGTCCCCTGCAGGTAGCTATCAAGACCCTGCCAGAACTCTGCTCGCCTCAGGATGAGCTGGATTTCCTCATGGAGGCCCTCATCATCAGCAAGTT
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
転写配列のSNP 配列番号42
SNP位置, 転写物: 1859
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,36|A,4) アフリカ系アメリカ人(G,37|A,1) 全体(G,73|A,5)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号102, 146位において,(D,GAC) (N,AAC)

遺伝子番号: 22
Celera 遺伝子: hCG39602 - 145000147474422
Celera 転写物: hCT1961571 - 145000147474423
公開転写物アクセッション: NM_002417
Celera タンパク質: hCP1774284 - 197000069450827
公開タンパク質アクセッション: NP_002408
遺伝子シンボル: MKI67
タンパク質名: antigen identified by monoclonal antibody Ki-67
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF114(4250619..4300355)
染色体: 10
OMIM 番号: 176741
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号43):

タンパク質配列 (配列番号103):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号170):
CCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAAAGAGCTCTTCCAGACTCCTGGTCACACCGAGGAATTAGTGGCTGCTGGTAAAACCA
Y
TAAAATACCCTGCGACTCTCCACAGTCAGACCCAGTGGACACCCCAACAAGCACAAAGCAACGACCCAAGAGAAGTATCAGGAAAGCAGATGTAGAGGGA
Celera SNP ID: hCV1801149
公開 SNP ID: rs4750685
転写配列のSNP 配列番号43
SNP位置, 転写物: 4116
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,112|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号103, 1247位において,(T,ACT) (I,ATT)

コンテクスト (配列番号171):
TTGTGATAAGTTCTAGTGCAGTTTTTGTCATAAATTACAAGTGAATTCTGTAAGTAAGGCTGTCAGTCTGCTTAAGGGAAGAAAACTTTGGATTTGCTGG
S
TCTGAATCGGCTTCATAAACTCCACTGGGAGCACTGCTGGGCTCCTGGACTGAGAATAGTTGAACACCGGGGGCTTTGTGAAGGAGTCTGGGCCAAGGTT
Celera SNP ID: hCV11276365
公開 SNP ID: rs4750935
転写配列のSNP 配列番号43
SNP位置, 転写物: 10287
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,109|C,9)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号172):
CGCACTCAGGAAACGAACACCATCAGCAGGCAAAGCCATGCACACACCCAAACCAGCAGTAAGTGGTGAGAAAAACATCTACGCATTTATGGGAACTCCA
R
TGCAGAAACTGGACCTGACAGAGAACTTAACTGGCAGCAAGAGACGGCTACAAACTCCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAA
Celera SNP ID: hCV1801150
公開 SNP ID: rs7918199
転写配列のSNP 配列番号43
SNP位置, 転写物: 5051
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,112|A,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号103, 1559位において,(V,GTG) (M,ATG)

コンテクスト (配列番号173):
GTCCTGCAAAACAGCCCCTGCTTCCAGCAGCAAATCTCAGACAGAGGTTCCTAAGAGAGGAGGGAGAAAGAGTGGCAACCTGCCTTCAAAGAGAGTGTCT
M
TCAGCCGAAGTCAACATGATATTTTACAGATGATATGTTCCAAAAGAAGAAGTGGTGCTTCGGAAGCAAATCTGATTGTTGCAAAATCATGGGCAGATGT
Celera SNP ID: hCV8903188
公開 SNP ID: rs997983
転写配列のSNP 配列番号43
SNP位置, 転写物: 2267
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,112|C,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号103, 631位において,(I,ATC) (L,CTC)

遺伝子番号: 22
Celera 遺伝子: hCG39602 - 145000147474422
Celera 転写物: hCT2320220 - 145000147474460
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1897565 - 197000069450829
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: MKI67
タンパク質名: antigen identified by monoclonal antibody Ki-67
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF114(4250619..4300355)
染色体: 10
OMIM 番号: 176741
OMIM 情報:


転写配列 (配列番号44):

タンパク質配列 (配列番号104):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号174):
CCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAAAGAGCTCTTCCAGACTCCTGGTCACACCGAGGAATTAGTGGCTGCTGGTAAAACCA
Y
TAAAATACCCTGCGACTCTCCACAGTCAGACCCAGTGGACACCCCAACAAGCACAAAGCAACGACCCAAGAGAAGTATCAGGAAAGCAGATGTAGAGGGA
Celera SNP ID: hCV1801149
公開 SNP ID: rs4750685
転写配列のSNP 配列番号44
SNP位置, 転写物: 3040
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,112|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号104, 792位において,(T,ACT) (I,ATT)

コンテクスト (配列番号175):
TTGTGATAAGTTCTAGTGCAGTTTTTGTCATAAATTACAAGTGAATTCTGTAAGTAAGGCTGTCAGTCTGCTTAAGGGAAGAAAACTTTGGATTTGCTGG
S
TCTGAATCGGCTTCATAAACTCCACTGGGAGCACTGCTGGGCTCCTGGACTGAGAATAGTTGAACACCGGGGGCTTTGTGAAGGAGTCTGGGCCAAGGTT
Celera SNP ID: hCV11276365
公開 SNP ID: rs4750935
転写配列のSNP 配列番号44
SNP位置, 転写物: 9211
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,109|C,9)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号176):
CGCACTCAGGAAACGAACACCATCAGCAGGCAAAGCCATGCACACACCCAAACCAGCAGTAAGTGGTGAGAAAAACATCTACGCATTTATGGGAACTCCA
R
TGCAGAAACTGGACCTGACAGAGAACTTAACTGGCAGCAAGAGACGGCTACAAACTCCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAA
Celera SNP ID: hCV1801150
公開 SNP ID: rs7918199
転写配列のSNP 配列番号44
SNP位置, 転写物: 3975
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,112|A,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号104, 1104位において,(V,GTG) (M,ATG)

コンテクスト (配列番号177):
GTCCTGCAAAACAGCCCCTGCTTCCAGCAGCAAATCTCAGACAGAGGTTCCTAAGAGAGGAGGGAGAAAGAGTGGCAACCTGCCTTCAAAGAGAGTGTCT
M
TCAGCCGAAGTCAACATGATATTTTACAGATGATATGTTCCAAAAGAAGAAGTGGTGCTTCGGAAGCAAATCTGATTGTTGCAAAATCATGGGCAGATGT
Celera SNP ID: hCV8903188
公開 SNP ID: rs997983
転写配列のSNP 配列番号44
SNP位置, 転写物: 1191
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,112|C,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号104, 176位において,(I,ATC) (L,CTC)

遺伝子番号: 22
Celera 遺伝子: hCG39602 - 145000147474422
Celera 転写物: hCT30854 - 145000147474442
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP50753 - 197000069450828
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: MKI67

タンパク質名: antigen identified by monoclonal antibody Ki-67
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF114(4250619..4300355)
染色体: 10
OMIM 番号: 176741
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号45):

タンパク質配列 (配列番号105):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号178):
CCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAAAGAGCTCTTCCAGACTCCTGGTCACACCGAGGAATTAGTGGCTGCTGGTAAAACCA
Y
TAAAATACCCTGCGACTCTCCACAGTCAGACCCAGTGGACACCCCAACAAGCACAAAGCAACGACCCAAGAGAAGTATCAGGAAAGCAGATGTAGAGGGA
Celera SNP ID: hCV1801149
公開 SNP ID: rs4750685
転写配列のSNP 配列番号45
SNP位置, 転写物: 3036
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,112|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号105, 887位において,(T,ACT) (I,ATT)

コンテクスト (配列番号179):
GTCCTGCAAAACAGCCCCTGCTTCCAGCAGCAAATCTCAGACAGAGGTTCCTAAGAGAGGAGGGAGAAAGAGTGGCAACCTGCCTTCAAAGAGAGTGTCT
M
TCAGCCGAAGTCAACATGATATTTTACAGATGATATGTTCCAAAAGAAGAAGTGGTGCTTCGGAAGCAAATCTGATTGTTGCAAAATCATGGGCAGATGT
Celera SNP ID: hCV8903188
公開 SNP ID: rs997983
転写配列のSNP 配列番号45
SNP位置, 転写物: 1187
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,112|C,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号105, 271位において,(I,ATC) (L,CTC)

コンテクスト (配列番号180):
TTGTGATAAGTTCTAGTGCAGTTTTTGTCATAAATTACAAGTGAATTCTGTAAGTAAGGCTGTCAGTCTGCTTAAGGGAAGAAAACTTTGGATTTGCTGG
S
TCTGAATCGGCTTCATAAACTCCACTGGGAGCACTGCTGGGCTCCTGGACTGAGAATAGTTGAACACCGGGGGCTTTGTGAAGGAGTCTGGGCCAAGGTT
Celera SNP ID: hCV11276365
公開 SNP ID: rs4750935
転写配列のSNP 配列番号45
SNP位置, 転写物: 9207
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,109|C,9)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号181):
CGCACTCAGGAAACGAACACCATCAGCAGGCAAAGCCATGCACACACCCAAACCAGCAGTAAGTGGTGAGAAAAACATCTACGCATTTATGGGAACTCCA
R
TGCAGAAACTGGACCTGACAGAGAACTTAACTGGCAGCAAGAGACGGCTACAAACTCCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAA
Celera SNP ID: hCV1801150
公開 SNP ID: rs7918199
転写配列のSNP 配列番号45
SNP位置, 転写物: 3971
Related Interrogated SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,112|A,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号105, 1199位において,(V,GTG) (M,ATG)

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
Celera 転写物: hCT1956047 - 146000220073493
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1765048 - 197000069424555
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

転写配列 (配列番号46):

タンパク質配列 (配列番号106):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号182):
AGGAGCGGCTTTTTAAAAACGCAAGGCACAAGGACGGTCACCCGCGCGACTATGTTTGCTGATTTTTCGCCTTGCCCTCTTTAAAAGCGGCCTCCCATTC
Y
CCAAAAGACACTTCCCCTCCTCCCTTTGAAGTGCATTAGTTGTGATTTCTGCCTCCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTTTCCCCCCTTTT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
転写配列のSNP 配列番号46
SNP位置, 転写物: 798
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,30|C,8) アフリカ系アメリカ人(T,34|C,4) 全体(T,64|C,12)
SNP 型: UTR5
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: UTR5

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
Celera 転写物: hCT1959859 - 146000220073506
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1768482 - 197000069424556
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

転写配列 (配列番号47):

タンパク質配列 (配列番号107):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号183):
AGGAGCGGCTTTTTAAAAACGCAAGGCACAAGGACGGTCACCCGCGCGACTATGTTTGCTGATTTTTCGCCTTGCCCTCTTTAAAAGCGGCCTCCCATTC
Y
CCAAAAGACACTTCCCCTCCTCCCTTTGAAGTGCATTAGTTGTGATTTCTGCCTCCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTTTCCCCCCTTTT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
転写配列のSNP 配列番号47
SNP位置, 転写物: 798
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,30|C,8) アフリカ系アメリカ人(T,34|C,4) 全体(T,64|C,12)
SNP 型: UTR5
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: UTR5

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
Celera 転写物: hCT2307500 - 146000220073519
公開転写物アクセッション: NM_016569
Celera タンパク質: hCP1881293 - 197000069424557
公開タンパク質アクセッション: NP_057653
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

転写配列 (配列番号48):

タンパク質配列 (配列番号108):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号184):
AGGAGCGGCTTTTTAAAAACGCAAGGCACAAGGACGGTCACCCGCGCGACTATGTTTGCTGATTTTTCGCCTTGCCCTCTTTAAAAGCGGCCTCCCATTC
Y
CCAAAAGACACTTCCCCTCCTCCCTTTGAAGTGCATTAGTTGTGATTTCTGCCTCCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTTTCCCCCCTTTT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
転写配列のSNP 配列番号48
SNP位置, 転写物: 798
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,30|C,8) アフリカ系アメリカ人(T,34|C,4) 全体(T,64|C,12)
SNP 型: UTR5
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: UTR5

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
Celera 転写物: hCT2307501 - 146000220073532
公開転写物アクセッション: NM_005996
Celera タンパク質: hCP1881294 - 197000069424558
公開タンパク質アクセッション: NP_005987
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

転写配列 (配列番号49):

タンパク質配列 (配列番号109):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号185):
AGGAGCGGCTTTTTAAAAACGCAAGGCACAAGGACGGTCACCCGCGCGACTATGTTTGCTGATTTTTCGCCTTGCCCTCTTTAAAAGCGGCCTCCCATTC
Y
CCAAAAGACACTTCCCCTCCTCCCTTTGAAGTGCATTAGTTGTGATTTCTGCCTCCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTTTCCCCCCTTTT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
転写配列のSNP 配列番号49
SNP位置, 転写物: 798
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,30|C,8) アフリカ系アメリカ人(T,34|C,4) 全体(T,64|C,12)
SNP 型: UTR5
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: UTR5

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
Celera 転写物: hCT31596 - 146000220073482
公開転写物アクセッション: NM_005996
Celera タンパク質: hCP50088 - 197000069424554
公開タンパク質アクセッション: NP_005987
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

転写配列 (配列番号50):

タンパク質配列 (配列番号110):

SNP 情報


コンテクスト (配列番号186):
AGGAGCGGCTTTTTAAAAACGCAAGGCACAAGGACGGTCACCCGCGCGACTATGTTTGCTGATTTTTCGCCTTGCCCTCTTTAAAAGCGGCCTCCCATTC
Y
CCAAAAGACACTTCCCCTCCTCCCTTTGAAGTGCATTAGTTGTGATTTCTGCCTCCTTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTTTCCCCCCTTTT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
転写配列のSNP 配列番号50
SNP位置, 転写物: 798
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,30|C,8) アフリカ系アメリカ人(T,34|C,4) 全体(T,64|C,12)
SNP 型: UTR5
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: UTR5

遺伝子番号: 24
Celera 遺伝子: hCG40416 - 104000117910922
Celera 転写物: hCT31674 - 104000117910923
公開転写物アクセッション: NM_014758
Celera タンパク質: hCP50186 - 197000069365677
公開タンパク質アクセッション: NP_055573
遺伝子シンボル: SNX19
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40773551..40834144)
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号51):

タンパク質配列 (配列番号111):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号187):
CAAAAGTTTCTTCGTCTTATCTTTGGGACCCTAGTTCAAAGGTGGCTAGAGGTGCAGGTAGCTAATTTAACAAGTCCACAGCGCTGGGTGCAGTACCTCC
K
GCTTCTTCAGGAGTCCATCTGGCCTGGTGGAGTTTTGCCTAAGTTTCCACGGCCCGTAAGGACCCAAGAGCAGAAACTGGCTGCTGAGAAACAGGCTTTG
Celera SNP ID: hCV16189747
公開 SNP ID: rs2298566
転写配列のSNP 配列番号51
SNP位置, 転写物: 3161
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,41|G,79)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号111, 878位において,(L,CTG) (R,CGG)

コンテクスト (配列番号188):
AGTAGGCTACAGCTAAGAAGGCCTAGGTTCTCGGTGGCTCACTTCTCTCCCACTTCTGCTCCATTTGTAGCAGGTGACAGGGGTCTGTGTGTCCCAGTTG
Y
ATGCACGTTTATTTCCCTGTTCCTTTTGTGATGTTGGGATTGTTGCTGGTGAGTAGATCCTGTTTCCTTTGGGAAAAGAAGCTGTGAGGTAGAGGAATGA
Celera SNP ID: hCV27467549
公開 SNP ID: rs3190331
転写配列のSNP 配列番号51
SNP位置, 転写物: 3693
Related Interrogated SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,67|C,53)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号189):
AACTGCATGACAAGCTGCATATTCAGCCTCAGTTTTTCCAAGGAGAATGGAAAGCACTTGCCTCCTGTCTTAAGAATGCACAAAGAGTAGGACTAGCAAG
S
CTGGGGGATGAAATCTCCCTTCCTAAGTCTTTGACAGAGAACTTTTATTATTCTGAACAGATAAGATTAGCAAACTTACAAGGAATAGCTTCTTATTTCC
Celera SNP ID: hCV29138827
公開 SNP ID: rs6590520
転写配列のSNP 配列番号51
SNP位置, 転写物: 4438
Related Interrogated SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,67|C,51)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号190):
GCTAGCAAGTCTAGGCTGAGGTTCTCATCCAGTAAAATTTCTCCAGCACTAAGTGTGACTGAAGCACAAGACAAGATTCTTTATTGTCTCCAGGAAGGCA
R
TGTGGAGTCTGAGACTCTATCCATGTCTGCGATGGAATCTTTTATTGAAAAACAGACAAAGTTACTGGAAATGCAGCCAACAAAAGCCCCAGAAAAAGAT
Celera SNP ID: hCV25626077
公開 SNP ID: rs4414223
転写配列のSNP 配列番号51
SNP位置, 転写物: 2786
Related Interrogated SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,25|A,13) アフリカ系アメリカ人(G,16|A,14) 全体(G,41|A,27)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号111, 753位において,(S,AGT) (N,AAT)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,45|G,75)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号111, 753位において,(S,AGT) (N,AAT)

コンテクスト (配列番号191):
AGAGGTTGAAGAAGGCCACGAAGCTGTAGAGGGAGATTTGGGTGGGATGTGTGAAGAAAGAAAAGTAGGAAACAACTCATCTCATTTCCTACAGCCAAAT
S
TTCGAGGTCCCCTGTTCTTATGTGAAGACTCAGAGCTGGAGTCTCCGCTGTCTGAACTGGGCAAAGAAACCATCATGCTCATGACTCCAGGCAGCTTTCT
Celera SNP ID: hCV25759522
公開 SNP ID: rs3751037
転写配列のSNP 配列番号51
SNP位置, 転写物: 1609
Related Interrogated SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,42|G,78)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号111, 361位において,(V,GTT) (L,CTT)

遺伝子番号: 25
Celera 遺伝子: hCG43681 - 30000035144826
Celera 転写物: hCT1952761 - 30000035144827
公開転写物アクセッション: NM_000595
Celera タンパク質: hCP1763834 - 30000035144821
公開タンパク質アクセッション: NP_000586
遺伝子シンボル: LTA
タンパク質名: lymphotoxin alpha (TNF superfamily, member 1)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(4592366..4614637)
染色体: 6
OMIM 番号: 153440
OMIM 情報: {Myocardial infarction, susceptibility to} (3)

転写配列 (配列番号52):

タンパク質配列 (配列番号112):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号192):
GTTCTGCTGCCTGGGGCCCAGGGGCTCCCTGGTGTTGGCCTCACACCTTCAGCTGCCCAGACTGCCCGTCAGCACCCCAAGATGCATCTTGCCCACAGCA
M
CCTCAAACCTGCTGCTCACCTCATTGGAGACCCCAGCAAGCAGAACTCACTGCTCTGGAGAGCAAACACGGACCGTGCCTTCCTCCAGGATGGTTTCTCC
Celera SNP ID: hCV7514870
公開 SNP ID: rs1041981
転写配列のSNP 配列番号52
SNP位置, 転写物: 437
SNP 供給源: HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号112, 60位において,(T,ACC) (N,AAC)

遺伝子番号: 25
Celera 遺伝子: hCG43681 - 30000035144826
Celera 転写物: hCT34966 - 30000035144820
公開転写物アクセッション: NM_000595
Celera タンパク質: hCP52117 - 30000035144824
公開タンパク質アクセッション: NP_000586
遺伝子シンボル: LTA
タンパク質名: lymphotoxin alpha (TNF superfamily, member 1)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(4592366..4614637)
染色体: 6
OMIM 番号: 153440
OMIM 情報: {Myocardial infarction, susceptibility to} (3)

転写配列 (配列番号53):

タンパク質配列 (配列番号113):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号193):
GTTCTGCTGCCTGGGGCCCAGGGGCTCCCTGGTGTTGGCCTCACACCTTCAGCTGCCCAGACTGCCCGTCAGCACCCCAAGATGCATCTTGCCCACAGCA
M
CCTCAAACCTGCTGCTCACCTCATTGGAGACCCCAGCAAGCAGAACTCACTGCTCTGGAGAGCAAACACGGACCGTGCCTTCCTCCAGGATGGTTTCTCC
Celera SNP ID: hCV7514870
公開 SNP ID: rs1041981
転写配列のSNP 配列番号53
SNP位置, 転写物: 346
SNP 供給源: HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号113, 60位において,(T,ACC) (N,AAC)

遺伝子番号: 26
Celera 遺伝子: hCG1981506 - 62000133107911
Celera 転写物: hCT2254394 - 62000133108012
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1855116 - 197000069368250
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: HSPG2
タンパク質名: heparan sulfate proteoglycan 2 (perlecan)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W3P1(4938116..5032197)
染色体: 1
OMIM 番号: 142461
OMIM 情報: Schwartz-Jampel syndrome, type 1, 255800 (3); Dyssegmental dysplasia,/Silverman-Handmaker type, 224410 (3)


転写配列 (配列番号54):

タンパク質配列 (配列番号114):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号194):
TCAGGCTACCCCACTCCTGACATCAGCTGGAGCAAGCTGGATGGCAGCCTGCCACCTGACAGCCGCCTGGAGAACAACATGCTGATGCTGCCCTCAGTCC
R
ACCCCAGGACGCAGGTACCTACGTCTGCACCGCCACTAACCGCCAGGGCAAGGTCAAAGCCTTTGCCCACCTGCAGGTGCCAGAGCGGGTGGTGCCCTAC
Celera SNP ID: hCV1603656
公開 SNP ID: rs11552566
転写配列のSNP 配列番号54
SNP位置, 転写物: 10845
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,38|A,2) アフリカ系アメリカ人(G,27|A,7) 全体(G,65|A,9)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号114, 3587位において,(R,CGA) (Q,CAA)
SNP 供給源: CDX_Heart;Celera;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(G,-|A,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号114, 3587位において,(R,CGA) (Q,CAA)

遺伝子番号: 26
Celera 遺伝子: hCG1981506 - 62000133107911
Celera 転写物: hCT2254395 - 62000133108113
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1855117 - 197000069368251
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: HSPG2
タンパク質名: heparan sulfate proteoglycan 2 (perlecan)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W3P1(4938116..5032197)
染色体: 1
OMIM 番号: 142461
OMIM 情報: Schwartz-Jampel syndrome, type 1, 255800 (3); Dyssegmental dysplasia,/Silverman-Handmaker type, 224410 (3)


転写配列 (配列番号55):

タンパク質配列 (配列番号115):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号195):
TCAGGCTACCCCACTCCTGACATCAGCTGGAGCAAGCTGGATGGCAGCCTGCCACCTGACAGCCGCCTGGAGAACAACATGCTGATGCTGCCCTCAGTCC
R
ACCCCAGGACGCAGGTACCTACGTCTGCACCGCCACTAACCGCCAGGGCAAGGTCAAAGCCTTTGCCCACCTGCAGGTGCCAGAGCGGGTGGTGCCCTAC
Celera SNP ID: hCV1603656
公開 SNP ID: rs11552566
転写配列のSNP 配列番号55
SNP位置, 転写物: 10784
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,38|A,2) アフリカ系アメリカ人(G,27|A,7) 全体(G,65|A,9)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号115, 2829位において,(R,CGA) (Q,CAA)
SNP 供給源: CDX_Heart;Celera;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(G,-|A,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号115, 2829位において,(R,CGA) (Q,CAA)

遺伝子番号: 26
Celera 遺伝子: hCG1981506 - 62000133107911
Celera 転写物: hCT2254396 - 62000133107912
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1855115 - 197000069368249
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル: HSPG2
タンパク質名: heparan sulfate proteoglycan 2 (perlecan)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W3P1(4938116..5032197)
染色体: 1
OMIM 番号: 142461
OMIM 情報: Schwartz-Jampel syndrome, type 1, 255800 (3); Dyssegmental dysplasia,/Silverman-Handmaker type, 224410 (3)


転写配列 (配列番号56):

タンパク質配列 (配列番号116):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号196):
TCAGGCTACCCCACTCCTGACATCAGCTGGAGCAAGCTGGATGGCAGCCTGCCACCTGACAGCCGCCTGGAGAACAACATGCTGATGCTGCCCTCAGTCC
R
ACCCCAGGACGCAGGTACCTACGTCTGCACCGCCACTAACCGCCAGGGCAAGGTCAAAGCCTTTGCCCACCTGCAGGTGCCAGAGCGGGTGGTGCCCTAC
Celera SNP ID: hCV1603656
公開 SNP ID: rs11552566
転写配列のSNP 配列番号56
SNP位置, 転写物: 10848
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,38|A,2) アフリカ系アメリカ人(G,27|A,7) 全体(G,65|A,9)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号116, 3588位において,(R,CGA) (Q,CAA)
SNP 供給源: CDX_Heart;Celera;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(G,-|A,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号116, 3588位において,(R,CGA) (Q,CAA)

遺伝子番号: 27
Celera 遺伝子: hCG1991338 - 103000085249050
Celera 転写物: hCT2269195 - 103000085249051
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1891078 - 197000069434342
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7320330..7340729)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号57):

タンパク質配列 (配列番号117):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号197):
GCTCCTGCACCGCGCCACCCAGACCGCGAAGCAGACGGTCCACCCGGCCTCCCAGCTCCCGACTCAACCGCTCCAGATCCCGCAGCACCTCGGGGTCGAT
K
GGGGGAATGGCCGGTGTGGGTGTGGGTGCAGGCGCTGGGCAGGGCCGCGCAGGGGCAGAAGGCGGGGGTGGAGGCGCGCCGCTCAGACGGATCTTGAGTT
Celera SNP ID: hCV7453127
公開 SNP ID: rs8531
転写配列のSNP 配列番号57
SNP位置, 転写物: 126
Related Interrogated SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,10|T,2) 全体(G,36|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号117, 42位において,(M,ATG) (I,ATT)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,30|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,22|T,14) 全体(G,52|T,20)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号117, 42位において,(M,ATG) (I,ATT)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,16|G,88)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号117, 42位において,(M,ATG) (I,ATT)

遺伝子番号: 28
Celera 遺伝子: hCG2015975 - 145000147245434
Celera 転写物: hCT2308609 - 145000147245435
公開転写物アクセッション: NM_003248
Celera タンパク質: hCP1807556 - 197000064940197
公開タンパク質アクセッション: NP_003239
遺伝子シンボル: THBS4
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W40L(8622353..8690750)
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号58):

タンパク質配列 (配列番号118):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号198):
CCCAGTGGGCTTCACAGGGCCCATGGTGCAGGGTGTTGGGATCAGTTTTGCCAAGTCAAACAAGCAGGTCTGCACTGACATTGATGAGTGTCGAAATGGA
S
CGTGCGTTCCCAACTCGATCTGCGTTAATACTTTGGGATCTTACCGCTGTGGGCCTTGTAAGCCGGGGTATACTGGTGATCAGATAAGGGGATGCAAAGC
Celera SNP ID: hCV11433557
公開 SNP ID: rs1866389
転写配列のSNP 配列番号58
SNP位置, 転写物: 1349
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,86|G,34)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号118, 387位において,(A,GCG) (P,CCG)

遺伝子番号: 29
Celera 遺伝子: hCG2041118 - 209000073582473
Celera 転写物: hCT2346349 - 209000073582474
公開転写物アクセッション:
Celera タンパク質: hCP1912283 - 232000171436863
公開タンパク質アクセッション:
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6BN(13454338..13474835)
染色体: 18
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号59):

タンパク質配列 (配列番号119):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号199):
AAGATCCGGAGTCATCGACTTCTCATAAACACCTTTCACTCATACAATCCAATTTTTAAGAAGTCCAATTGTTTTGATGGTTTTCAATTTCACCCATTTC
Y
CAAGGACAGCCTCACCAATCGGAGCTCTGGTCTCTGGAATTAAGCATCATCAAGCTCTCCTATTAATAAATTTAATTTAGATCTCCTAA
Celera SNP ID: hCV16054991
公開 SNP ID: rs2689000
転写配列のSNP 配列番号59
SNP位置, 転写物: 324
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,10|C,28) アフリカ系アメリカ人(T,2|C,28) 全体(T,12|C,56)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号119, 43位において,(P,CCC) (L,CTC)
SNP 供給源: HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(T,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号119, 43位において,(P,CCC) (L,CTC)

遺伝子番号: 30
Celera 遺伝子: hCG2043414 - 30000035864837
Celera 転写物: hCT2350235 - 30000035864835
公開転写物アクセッション: NM_176890
Celera タンパク質: hCP1915481 - 30000035864786
公開タンパク質アクセッション: NP_795371

遺伝子シンボル: TAS2R50
タンパク質名: taste receptor, type 2, member 50
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W45C(1391258..1412158)
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:

転写配列 (配列番号60):

タンパク質配列 (配列番号120):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号200):
AATACAGTACATCTTTCATATTTGACTGTAACTACCCTATGGAGCTTCATACCCTTTACTCTGTCCCTGATATCTTTTCTGATGCTAATCTGTTCTCTGT
R
TAAACATCTCAAGAAGATGCAGCTCCATGGAGAAGGATCGCAAGATCTCAGCACCAAGGTCCACATAAAAGCTTTGCAAACTCTGATCTCCTTCCTCTTG
Celera SNP ID: hCV12107274
公開 SNP ID: rs1376251
転写配列のSNP 配列番号60
SNP位置, 転写物: 608
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,77|A,41)
SNP 型: ミスセンス変異
コードタンパク質: 配列番号120, 203位において,(Y,TAT) (C,TGT)
（表２）
遺伝子番号: 1
Celera 遺伝子: hCG15777 - 30000022987759
遺伝子シンボル: PNPLA1
タンパク質名: patatin-like phospholipase domain containing 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(9219805..9305282)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号201):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号251):
GCCTAGGGAGAGCCCTGCTGAAGACTCAAACTGGGTGAATAAGGTCTTCAAGAAGAACAAGCAAAAGACAAGTGGCACCAGAAAAGGCTTCCCAAGACAT
Y
CGGGATCCAAAAAACCAAGCAGCAAAGTGCAGTGAGCATGTCTAATGTTCCTTAAATCCCACGGAGAGGAGCAGCTTTGGGAACTGTGTTCAGAGAGATT
Celera SNP ID: hCV2476746
公開 SNP ID: rs4713956
ゲノム配列のSNP: 配列番号201
SNP位置, ゲノム: 74563
SNP 供給源: ABI_Val;Celera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(C,-|T,-)
SNP 型: ミスセンス変異

遺伝子番号: 2
Celera 遺伝子: hCG16019 - 146000220356722
遺伝子シンボル: MLF1
タンパク質名: myeloid leukemia factor 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(37001831..37057013)
染色体: 3
OMIM 番号: 601402
OMIM 情報: Leukemia, acute myeloid, 601626 (1)

ゲノム配列 (配列番号202):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号252):
AATGAAAACACCAGACTAGACTGAAATATGTGGGAGCAAGGCAGTTACTGACAGTTGATACCTTAATACTTATTCCCATTATTTTTCTGTTTGACATAGG
Y
GATGCTCATGCTTTTGATGAGGAGTGGCAAAGTGAGGTTTTGAAGTACAAACCAGGACGACACAATCTAGGAAACACTAGAATGAGAAGTGTTGGCCATG
Celera SNP ID: hCV15974589
公開 SNP ID: rs4875
ゲノム配列のSNP: 配列番号202
SNP位置, ゲノム: 41531
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

コンテクスト (配列番号253):
AGAAGGCATGCTCTTTATGGATGACCTATAAATTTCTGGCCCTAACAGTGGCATTTTCTCTTAACCGGCACTGTCCAATGGCATTTTCTGAAATGACTTC
R
GTAATGACAAAAATGCTATATATCTATTCTGTCCAGTGTAGTAATCACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTCACATTTGAAGCATTGCTGGTACAACTGAA
Celera SNP ID: hCV3175476
公開 SNP ID: rs6800914
ゲノム配列のSNP: 配列番号202
SNP位置, ゲノム: 43108
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,46|A,70)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号254):
TGATATCTGAATGTTCATGAAGGTCCTAGCTTTATATTGTCCCTCTTTTAGGAATAAAATTTTGATTTTCAACAATGTGAGTAAATTGAGTCTATTTAAT
R
TAAAACTCTTTAAAACATACTAATTTTTTAAAGCTTATATGCTTATTTCGCTTCCCCAGTTGTTTTTGTGTTGGCTAAATATTCTTTTATATTTATCAAG
Celera SNP ID: hCV29114176
公開 SNP ID: rs6804259
ゲノム配列のSNP: 配列番号202
SNP位置, ゲノム: 44146
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,43|A,63)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号255):
CCCACCTACTATTCTACTCTTTATGAGATCAACTTTTTTAGATTCCATATATGAATGAGATCATGTAGTATCAAATTCATCATTTTAAATATTCTTCTGT
R
TCATCAATTTTTAAAATATTTTCCCACAATACTTTTGCTCACCATCCACTTTTTGTACCCCAGACCGTCCATCTGAGATCTTTTTTTTTTCCTTCCTGAA
Celera SNP ID: hCV29864539
公開 SNP ID: rs6803047
ゲノム配列のSNP: 配列番号202
SNP位置, ゲノム: 50465
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,47|G,73)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 3
Celera 遺伝子: hCG1641616 - 79000075093172
遺伝子シンボル: FAT2
タンパク質名: FAT tumor suppressor homolog 2 (Drosophila)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VUFE(24331975..24417314)
染色体: 5
OMIM 番号: 604269
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号203):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号256):
CAAAGAGCAAGGTGGCAGATCCTTACCGTGAGGATGACGTCACCCACAAGGGCATTCTCTAAGACCCTTGTGCTATATGGATCTTGGGGGAATTGGGGCC
R
GTGTTCATTGACATCAGTGATGTTGACCATGACTGTGGTCACGTCACTGAGGGAAGAGGAGCTCTTCCGGCTGCACTCAATGGACAGGAAGTACTTGGGG
Celera SNP ID: hCV15973230
公開 SNP ID: rs2304024
ゲノム配列のSNP: 配列番号203
SNP位置, ゲノム: 35661
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,92|A,28)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

コンテクスト (配列番号257):
GTCACCACCAGAAGCCTAGCACAGCTCTCACCTGGATCTGAAGCTGATACCATTCCTGAGCCCTCCTGCTTAGGCCCTCAGCAGTCACCAGCCATCCATC
Y
GGGGTCACTCGGAAGGCAGAGCCGTTGTTCCCCTTGGTGATTCGAAACGAGTAGGGGGGGCCATTCTCTGGAGAATCTGGGTCACTCAGGATCAGCTGCA
Celera SNP ID: hCV25639371
公開 SNP ID: rs3734051
ゲノム配列のSNP: 配列番号203
SNP位置, ゲノム: 32246
関連照会 SNP: hCV15973230 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,86|T,32)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異


コンテクスト (配列番号258):
CTCCAACAGTGATGAAGATCTCCAGTGGGAGAGCAGAAGGTGCATAGTGGCTCTGCTCTGTGACATGGACACGGACAGACGTCGAAGACGAGAGGGGAGG
K
ATGCCACTGTCTGACGCCTGTGGGCAAAACAAACACTGCTGTCACCCAACAGAACTGCAGTGCTCTTGCGCCCGACTGAGGCTGGGCCTCCTTGTGGAGC
Celera SNP ID: hCV25951598
公開 SNP ID: rs3734049
ゲノム配列のSNP: 配列番号203
SNP位置, ゲノム: 28474
関連照会 SNP: hCV15973230 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,29|T,7) アフリカ系アメリカ人(G,24|T,4) 全体(G,53|T,11)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,92|T,24)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

コンテクスト (配列番号259):
TCTTACCCACCATGCCACCCTGGAACTCATCCTCTCCAACAGTGATGAAGATCTCCAGTGGGAGAGCAGAAGGTGCATAGTGGCTCTGCTCTGTGACATG
S
ACACGGACAGACGTCGAAGACGAGAGGGGAGGGATGCCACTGTCTGACGCCTGTGGGCAAAACAAACACTGCTGTCACCCAACAGAACTGCAGTGCTCTT
Celera SNP ID: hCV25953895
公開 SNP ID: rs3734047
ゲノム配列のSNP: 配列番号203
SNP位置, ゲノム: 28441
関連照会 SNP: hCV15973230 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,8|G,30) アフリカ系アメリカ人(C,4|G,28) 全体(C,12|G,58)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,95|C,25)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

コンテクスト (配列番号260):
AGGTGTTAAAATCACAGGCAGACTGTGACCTTCCACATGACATAATCCAAATAACTGAATGATTATTACAAAGGAAATTTATTTTTCTTCCATGTGATTC

S
ATGGGGTTTGAGCACCCCCAGTGGTAAGCAATCCCCCCATCCCTGGGAAACACTGGCCTATTACTCAGCAAAAATGATAACGGCACCAGGGCTAGTTGAC
Celera SNP ID: hCV31985917
公開 SNP ID: rs6870052
ゲノム配列のSNP: 配列番号203
SNP位置, ゲノム: 23653
関連照会 SNP: hCV15973230 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,95|G,25)
SNP 型: INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 4
Celera 遺伝子: hCG1643662 - 84000314615955
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VT2P(430754..547362)
染色体: 10
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号204):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号261):
GCTCCCAGAACTAGGAAACTTATATTTAACTGGTCAGAAGAAGGTATGCAAAGTGGAGAACAGCCCCTGGGTTACCCCAATTGCTGGCCAGTTCCAGCTT
S
ATGTGTCCTGTGTGTCTGAATGTGTCTGTTCTGAGACATATGAGTACCTCTATGGCAGCACATGCAGGCAAATCCAGAACCACCAAAACATAATAATCAC

Celera SNP ID: hCV881283
公開 SNP ID: rs211070
ゲノム配列のSNP: 配列番号204
SNP位置, ゲノム: 106451
SNP 供給源: dbSNP; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,113|C,1)
SNP 型: ミスセンス変異;INTRON

遺伝子番号: 5
Celera 遺伝子: hCG1644106 - 103000085235807
遺伝子シンボル: FLJ20014
タンパク質名: hypothetical protein FLJ20014
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7319816..7341647)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号205):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号262):
GCTCCTGCACCGCGCCACCCAGACCGCGAAGCAGACGGTCCACCCGGCCTCCCAGCTCCCGACTCAACCGCTCCAGATCCCGCAGCACCTCGGGGTCGAT
K
GGGGGAATGGCCGGTGTGGGTGTGGGTGCAGGCGCTGGGCAGGGCCGCGCAGGGGCAGAAGGCGGGGGTGGAGGCGCGCCGCTCAGACGGATCTTGAGTT
Celera SNP ID: hCV7453127
公開 SNP ID: rs8531
ゲノム配列のSNP: 配列番号205
SNP位置, ゲノム: 11044
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,10|T,2) 全体(G,36|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,30|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,22|T,14) 全体(G,52|T,20)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,16|G,88)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異


遺伝子番号: 6
Celera 遺伝子: hCG1647070 - 84000313730920
遺伝子シンボル: KIF6
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(12311520..12426711)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号206):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号263):
ACAGGAATAGGTTAAACAGAAAGGTAGGGAGCCTTTTCTGGGAACTCTAACACCTCCGGTGAGTTCTCACCTTACCTTTTGTTAGAGAGGAGTTGGGACC
R
TTCATGCTGGGAGTCAGATGTCTGGAGAAATGGCTTCGTGTGATCGAGTGAATTCACTGCTGGAGAATTTACCTGTTGGCCCCAGAAGGAGTTTCACAGT
Celera SNP ID: hCV3054799
公開 SNP ID: rs20455
ゲノム配列のSNP: 配列番号206
SNP位置, ゲノム: 31149
SNP 供給源: ABI_Val;Applera;Celera;HGBASE;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: ミスセンス変異

遺伝子番号: 7
Celera 遺伝子: hCG16542 - 30000023220752
遺伝子シンボル: GRK7
タンパク質名: G protein-coupled receptor kinase 7
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(53789104..53849271)
染色体: 3
OMIM 番号: 606987
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号207):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号264):
TTTGTTTTGTTAACTCTGTCTCAGGCTGATCATCTCCTTTCTTCACAGAGAAAAGTCTGATGATCCCAGGAAACATCATTTCTTTAAAACGATCAACTTT
M
CTCGCCTGGAAGCTGGCCTAATTGAACCCCCATTTGTGCCAGACCCTTCAGTGGTTTATGCCAAAGACATCGCTGAAATTGATGATTTCTCTGAGGTTCG
Celera SNP ID: hCV465412
公開 SNP ID:
ゲノム配列のSNP: 配列番号207
SNP位置, ゲノム: 48443
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,4|C,36) アフリカ系アメリカ人(A,3|C,35) 全体(A,7|C,71)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION
SNP 供給源: Applera;Celera
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 8
Celera 遺伝子: hCG1657517 - 84000314340970
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W8B1(17712978..17756628)
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号208):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号265):
CTTTTCTCCAAAATGTTTTTCATTTTGTTTGTTTTTGCAAATATCTTAGATTACTAGGAAAGCCAAGTCTCTCTTCCTGGATTTCTTCTCCTATAAACCG
Y
CTATTGATACCTACCCACTTCTCTATGGAGCACAGATGAAGGATATTGGTCATGTATGTTGAAATATTTGTCCAACTTTATCCCTAGTTTTTTGACTTTG
Celera SNP ID: hCV9879153
公開 SNP ID: rs3736919
ゲノム配列のSNP: 配列番号208
SNP位置, ゲノム: 29131
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,61|T,57)
SNP 型: ミスセンス変異;INTRON

遺伝子番号: 9
Celera 遺伝子: hCG1658913 - 61000125195351
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(3643581..3713961)
染色体: 9
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号209):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号266):
CCCTGTACCTCATCATGGCCACGGGCATGAGGGAATGATGCTGGATCATGACCTTAAAGGAACCATGCAGCTCTATGGGCATGAAGAAGCCATGCAGTAT
S
ATGGCCATGAGGGAACCATGAGGCTCCATGGGCATGAGGAACCATGCAGCTCCATGGCCATAAGGGAATCATGCAGCTACAGGGCCATGAGGAGCCATGC
Celera SNP ID: hCV25741584
公開 SNP ID: rs12685413
ゲノム配列のSNP: 配列番号209
SNP位置, ゲノム: 60264
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,120|C,-)
SNP 型: UTR3

遺伝子番号: 10
Celera 遺伝子: hCG17584 - 146000220354806
遺伝子シンボル: LXN
タンパク質名: latexin
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36936789..36983633)
染色体: 3
OMIM 番号: 609305
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号210):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号267):
CCACTGCACTTCAGCCTGGGTGATAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAGAAAAAAGAAATTTAACTTACTTTTTGTATAATTTCTTCAACAGCAAATTTAAGG
Y
GATACTTATGTCCTCTTCCTGGAATATCCTAAAATTAAGAAAATGTAGTGGAGACAAGAAAATATTATAACAACATTATACTTGCATTGTTAGAAGTATG
Celera SNP ID: hCV11238304
公開 SNP ID: rs8455
ゲノム配列のSNP: 配列番号210
SNP位置, ゲノム: 35153
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,10|T,10) アフリカ系アメリカ人(C,8|T,0) 全体(C,18|T,10)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,49|C,71)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号268):
TGTTAGTTTTCTATTGCTGACTTAAGAAGTTACCACAAACGTAGTGGCTTAAAACAACACAAATATATACTTTTATAGTTCTGTGGATCATAGGCTGATA
R
CTGTTCTCAAAGGGCTAAATTAATCAAGATATTGGTAATGTTGTTTTCCTTTCTGGAGGCTCTATGGGAGAATTTCTCTCCTTCTTACTCAGGTTATTGG
Celera SNP ID: hCV2004219
公開 SNP ID: rs891464
ゲノム配列のSNP: 配列番号210
SNP位置, ゲノム: 28466
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,47|A,73)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号269):
TGGCGATTGGGAACTCTCAGTTGGCTCCTGTGTTCCTTTAACATCTTCCAATGTTTTGCCTTTTTGAATACTTCCTTACTTGCTGGCACTACAAGACGCC
Y
CAGGCTTATCTTGTATATTCCATGCCCTAACCCTAGAATCAGCCGTTCTCCAAGGAGCACTGGTTCCTTTTTAAGTAAAATGGTATTAGAAACCAAGATT
Celera SNP ID: hCV29593475
公開 SNP ID: rs9819567
ゲノム配列のSNP: 配列番号210
SNP位置, ゲノム: 21082
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: UTR3;INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 11
Celera 遺伝子: hCG1772922 - 107000109464830
遺伝子シンボル: ZNF350
タンパク質名: zinc finger protein 350
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY4T(1814231..1856919)
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号211):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号270):
CTTCCTATGGGTTTTCTGTAACATAAAATAAGACATAATTGATCACGGAAGGCACAACCACATTCACTGCATTCACAAGGTTTCTGTCCTGTGCAAATCC
W
CTGTTATCTCCTGAGGCTGCACATCTGACCACTGGCTGTCCCACAAGGACTACGTTCCTGTTTGCGAGGAGGCCGCTGATGTTTAATGATGTCTGAGGGG
Celera SNP ID: hCV15965459
公開 SNP ID: rs2278415
ゲノム配列のSNP: 配列番号211
SNP位置, ゲノム: 10815
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,104|A,16)
SNP 型: ミスセンス変異;UTR3

遺伝子番号: 12
Celera 遺伝子: hCG1783416 - 104000116835546
遺伝子シンボル: CYBRD1
タンパク質名: cytochrome b reductase 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W8UP(22874959..22930607)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号212):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号271):
ACCATTCTTCATCCAAATGGAGGCACTGAACAGGGAGCAAGAGGTTCCATGCCAGCCTACTCTGGCAACAACATGGACAAATCAGATTCAGAGTTAAACA
R
TGAAGTAGCAGCAAGGAAAAGAAACTTAGCTCTGGATGAGGCTGGGCAGAGATCTACCATGTAAAATGTTGTAGAGATAGAGCCATATAACGTCACGTTT
Celera SNP ID: hCV3200162
公開 SNP ID: rs10455
ゲノム配列のSNP: 配列番号212
SNP位置, ゲノム: 42279
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,12|G,6) アフリカ系アメリカ人(A,32|G,0) 全体(A,44|G,6)
SNP 型: ミスセンス変異
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,17|G,13) アフリカ系アメリカ人(A,32|G,6) 全体(A,49|G,19)
SNP 型: ミスセンス変異
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,31|A,89)
SNP 型: ミスセンス変異

コンテクスト (配列番号272):
AAAAGCAAGATGCAGAACAATATGTATAGGGATAATAAATTTTCTGGAATGATCCATGAGAAGGTGATAAAAGGGGTTACATTAGGTAGTGGAACTGGAG
Y
GAGGAAACTTCATTTTCTACCCTTTGGTTCTATATGAAAGGTTTTGTCATATTACACATATTGCTTTTTAAATAATTTAAAATTAGTTTAGAACTTAAAA
Celera SNP ID: hCV3200161
公開 SNP ID: rs2542941
ゲノム配列のSNP: 配列番号212
SNP位置, ゲノム: 40727
関連照会 SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,31|T,89)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号273):
TTCTTTAATATACTCTCATCATGGTATCTGTGTAGAGTCATGATCTAAACCCTGTCCCAGATATTCCTTATCGGATTTTAAACTTTTAGGACTGCTTCCC
K
CTAGTTGTGAAATCATTGTCTCCCAGAATTAACAGGAAATGACTGCATGACAACAGGCCAGGGATGCTGCCAGTTTATCCAATTAACTACTAGTAGACAC
Celera SNP ID: hDV71152540
公開 SNP ID: rs950163
ゲノム配列のSNP: 配列番号212
SNP位置, ゲノム: 42744
関連照会 SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,31|T,87)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号274):
CAAATTAAAACCTAGAGTAGTGCTTATGCTGAAATGATACTTTTCATTTTTTGGTTGATTTTTTTGCCTTCCCTTCAATTTTAAACTGAAGCATTTTAAT
R
TGGGTAGAAACTCTACACCAAATACACTAAACATTTTGGTGCTTAGTGGATTTCTTTTTAGGTAACTGGTACTTACTTCCAAAGACTGAATACAAGCCAC
Celera SNP ID: hCV27053832
公開 SNP ID: rs2542939
ゲノム配列のSNP: 配列番号212
SNP位置, ゲノム: 44023
関連照会 SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,32|G,86)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号275):
AATCCTGATCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGCAGGCATCCCTTTAAATGCATGCCTTCTGTGAACAGCACTTCCA
S
TACTGACTTAGAGAGACAAAAGGTCTTATAATTTTCGGTCCACTAGGTTATAAATTATCACCTTCACTTGTAAGGTAGTAAGATTAAGATAGTTAAAAGG
Celera SNP ID: hCV31898499
公開 SNP ID: rs11675373
ゲノム配列のSNP: 配列番号212
SNP位置, ゲノム: 37944
関連照会 SNP: hCV3200162 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,32|C,88)
SNP 型: INTRON

遺伝子番号: 13
Celera 遺伝子: hCG1789838 - 118000094879268
遺伝子シンボル: ABCA1
タンパク質名: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VU0F(7748303..7915441)
染色体: 9
OMIM 番号: 600046
OMIM 情報: Tangier disease, 205400 (3); HDL deficiency, familial, 604091 (3);/Cer
ebral amyloid angiopathy, 105150 (3); {Coronary artery disease in familial hypercholesterolemia, protection against}, 143890 (3)


ゲノム配列 (配列番号213):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号276):
GTGCTTGAAGTTTCTCCAGTGAGCAAGTCTACTCACCAGGATTGGCTTCAGGATGTCCATGTTGGAACGAAGTACTCGCTCTGCTGCAGCCAGTTTCTCC
Y
TTGGTAGGCCACAAAGCTCAGAAACTTCTTGGTCACCAAGTTGAATCATCTCTTCTGATTTTGATCCATTGCACAGACTTGTCAAATGTAACTGGTAGCC
Celera SNP ID: hCV2741051
公開 SNP ID: rs2230806
ゲノム配列のSNP: 配列番号213
SNP位置, ゲノム: 87575
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,26|T,14) アフリカ系アメリカ人(C,14|T,24) 全体(C,40|T,38)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION
SNP 供給源: HGMD; dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,101|T,19)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 14
Celera 遺伝子: hCG1811418 - 146000220356745
遺伝子シンボル: GFM1
タンパク質名: mitochondrial elongation factor G1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36916899..36984944)
染色体: 3
OMIM 番号: 606639
OMIM 情報: Combined oxidative phosphorylation deficiency, 609060 (3)

ゲノム配列 (配列番号214):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号277):
CCACTGCACTTCAGCCTGGGTGATAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAGAAAAAAGAAATTTAACTTACTTTTTGTATAATTTCTTCAACAGCAAATTTAAGG
Y
GATACTTATGTCCTCTTCCTGGAATATCCTAAAATTAAGAAAATGTAGTGGAGACAAGAAAATATTATAACAACATTATACTTGCATTGTTAGAAGTATG
Celera SNP ID: hCV11238304
公開 SNP ID: rs8455
ゲノム配列のSNP: 配列番号214

SNP位置, ゲノム: 36464
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,10|T,10) アフリカ系アメリカ人(C,8|T,0) 全体(C,18|T,10)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,49|C,71)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号278):
TGTTAGTTTTCTATTGCTGACTTAAGAAGTTACCACAAACGTAGTGGCTTAAAACAACACAAATATATACTTTTATAGTTCTGTGGATCATAGGCTGATA
R
CTGTTCTCAAAGGGCTAAATTAATCAAGATATTGGTAATGTTGTTTTCCTTTCTGGAGGCTCTATGGGAGAATTTCTCTCCTTCTTACTCAGGTTATTGG
Celera SNP ID: hCV2004219
公開 SNP ID: rs891464
ゲノム配列のSNP: 配列番号214
SNP位置, ゲノム: 29777
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,47|A,73)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号279):
GATTATAATTTGAGTCTTTTCCTACTATAACTGAGTACTCCATTTTTCTAAGAGAAAGAGAATGAGTTACTTAAAAAACAATTTTTTTCTTTTCTCTTTC
M
GCCTTTTTCCCTGTTCTCTACTTCCTGCTTAGCTCTTTAGAAATGGAATCATAACTTTTACCTTCCCTTTTACCAGACACTCCCTGCATGGCAAGCTTAT
Celera SNP ID: hCV29114183
公開 SNP ID: rs7621897
ゲノム配列のSNP: 配列番号214
SNP位置, ゲノム: 64330
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,47|C,73)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号280):
TTTGCTTCAAGATATGGAAGTCATGGATCCTCATTTTTGTCTTGTCACTGAGTTATATGAAAGTCTGGTTGAATGTCTGTCACTTTTTCTGATGGAGACC
R
AAGTCTGTGGGAATAGGGAGATTCTTTTAACAACCTTAAGGATCTAGATACTGTATATATACCTCAAGCTGATATATTAGCCCTGATATGACAGGCAATA
Celera SNP ID: hCV29114184
公開 SNP ID: rs6772483
ゲノム配列のSNP: 配列番号214
SNP位置, ゲノム: 63683
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,47|G,73)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号281):
TGGCGATTGGGAACTCTCAGTTGGCTCCTGTGTTCCTTTAACATCTTCCAATGTTTTGCCTTTTTGAATACTTCCTTACTTGCTGGCACTACAAGACGCC
Y
CAGGCTTATCTTGTATATTCCATGCCCTAACCCTAGAATCAGCCGTTCTCCAAGGAGCACTGGTTCCTTTTTAAGTAAAATGGTATTAGAAACCAAGATT
Celera SNP ID: hCV29593475
公開 SNP ID: rs9819567
ゲノム配列のSNP: 配列番号214
SNP位置, ゲノム: 22393
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,47|C,73)
SNP 型: UTR3;INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 15
Celera 遺伝子: hCG1978757 - 146000219433834
遺伝子シンボル: SERPINB8
タンパク質名: serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 8

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VUQQ(16920598..16980347)
染色体: 18
OMIM 番号: 601697
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号215):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号282):
TTGGAGAAAGCTCTTTGGGAGAGTATAATGGCAGCGTTAAAAGTCAGTGTTGGTTTCTGTTCCCAGGCACTTTGTTTATACAAAGACGGAGATATTCACC
R
AGGTTTCCAGTCACTTCTCAGTGAAGTTAACAGAACTGGCACTCAGTACTTGCTTAGAACTGCCAACAGACTCTTTGGAGAAAAGACGTGTGATTTCCTT
Celera SNP ID: hCV11450617
公開 SNP ID: rs1944270
ゲノム配列のSNP: 配列番号215
SNP位置, ゲノム: 40490

SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,82|A,38)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

コンテクスト (配列番号283):
TATCTTATGGTTCTGGAAGTCCTAAGTCCAAAATGGTACAGCATAGCAATGTTATTTTCTGGAGTCTCTAGAAGAAAATCTGTTCCTTGCCTTTTCTGGC
Y
TCTCGAGGAGGTTGCATTCCTTCATCAGTGGCCCCTATCCCTCTGACCTCTGCTTCCGTCCTCATGTCTCTGTCTCTGACTCTGCCCCTCCTGCCTCTCT
Celera SNP ID: hCV27846382
公開 SNP ID: rs7234924
ゲノム配列のSNP: 配列番号215
SNP位置, ゲノム: 38585
関連照会 SNP: hCV11450617 (Power=.6)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,7|T,29) アフリカ系アメリカ人(C,16|T,18) 全体(C,23|T,47)
SNP 型: INTRON;REPEATS
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,85|C,31)
SNP 型: INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 16
Celera 遺伝子: hCG1817372 - 146000220786385
遺伝子シンボル: KIAA1411
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF0F9(100048640..100216389)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号216):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号284):
CTCATTGGGAGAGCTGCACATATAGCTGTTCTTGATTCGGAAATATTTTTAGAGAAATTCTTTCTGGTTGCTGCCCTCAAATATTTCCAATAGTATAAAA
R
CATTGTTAGCGACTGGACAATTACCTCATTCAACAATGTTTCAAATAATGTATTATATTAAAATGTAGATGCTGATAAGTTCTAAGAAATATTTATACCT
Celera SNP ID: hCV25936375
公開 SNP ID: rs16869373
ゲノム配列のSNP: 配列番号216
SNP位置, ゲノム: 156437
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,3|G,37) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,36) 全体(A,5|G,73)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3
SNP 供給源: Applera;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3

遺伝子番号: 17
Celera 遺伝子: hCG1818187 - 110000085683607
遺伝子シンボル: IL1F10
タンパク質名: interleukin 1 family, member 10 (theta)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VY9Y(627199..650730)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号217):

SNP 情報


コンテクスト (配列番号285):
AGTTCCTTCCTGCCTGAGCCTTTACCTGCCAAGAGCCTGCAACATGGGGTTCCCTTGTCCCTTGACTCTTCTCTCTCTTCCCTCCTAGAGAAGATCTGCA
Y
ACTTCCTAACAGAGGCTTGGCCCGCACCAAGGTCCCCATTTTCCTGGGGATCCAGGGAGGGAGCCGCTGCCTGGCATGTGTGGAGACAGAAGAGGGGCCT
Celera SNP ID: hCV2146578
公開 SNP ID: rs6761276
ゲノム配列のSNP: 配列番号217
SNP位置, ゲノム: 12418
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,10|T,20) アフリカ系アメリカ人(C,7|T,11) 全体(C,17|T,31)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,53|C,67)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 18
Celera 遺伝子: hCG31282 - 66000115705562
遺伝子シンボル: RANGNRF
タンパク質名: RAN guanine nucleotide release factor
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7218837..7240942)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号218):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号286):
GGCCCACTCCTGCTTCCTTGGAGGATCCCACCAGTGAGTCTCCCTGTTCTGTCCCTCCCAGCCCGATTCTCCTGGGAACCCAGTCATGAGATACCCGCCC
R
TTCCTTCCTCCTTACGGGGGCTGATTGAAGGTAAGCAAGAGATCAGTCTGGTACTGGGGCAGCCTCAGCAAGGCCTGATGAAGTGTCACGTCCTTTGCTA
Celera SNP ID: hDV71102112
公開 SNP ID: rs869773
ゲノム配列のSNP: 配列番号218
SNP位置, ゲノム: 11191
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,113|A,5)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3;INTRON

コンテクスト (配列番号287):
AAATACAGGCCAGGCCCTGTACAAGTCAGTGGAAAGTTGATGGTGAAAAGACAGACATGGACCCCTCTCTCCTGGTGCTTAGTGTGTTACACAGTGAGGC
R
CCTGCAGTGGTGACAGGAGCATAGCAGCACAGCAGGAGCCAGCAGTTAATCCACAAATGTTTTCTGGAGATCTGAGGATGAGCTAGCTAGGGAAGAAGGG
Celera SNP ID: hCV27915850
公開 SNP ID: rs4792722
ゲノム配列のSNP: 配列番号218
SNP位置, ゲノム: 4393
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,94)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号288):
TCTGTCTCCGCAGGAGGCCCATAGGATTCTGAAGAGCTGTGATGGGAGCCCTGCCTCGGCTCTCCATCAGACTCAGGACAGGCCACCAGGGCTGCTATCC
R
TCACCACACACCACCTCTCCCGTTTGACAGTGTCCAAATTGCCTCCTCTTCCCCACTTCTGGAATATGTGTTGAGAGACAGCAGTGAGATGCAGGAGGGC
Celera SNP ID: hCV30957101
公開 SNP ID: rs6503096
ゲノム配列のSNP: 配列番号218
SNP位置, ゲノム: 524
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,18|A,102)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号289):
CGGGTGGGGTCACATAAGTTCAGGTCCACGCCCTGCTCGGTGCCGGCGCCAGGAGAGCCAGGAAGACGCGGCCCGGCTTGCGGGGGGTAGAGGGACACAC
Y
TGCGCTGCGGGACCAGTCTCCTGAGGCTGCACGGGTTGGTGCTTGGTTAATTAAATCCTTAGTCCTTAGGCTCTTTATTTTTATTTTTTATTTTTTTTGA
Celera SNP ID: hCV30957112
公開 SNP ID: rs7208297
ゲノム配列のSNP: 配列番号218
SNP位置, ゲノム: 17414
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,110|C,10)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 19
Celera 遺伝子: hCG31287 - 103000085235647
遺伝子シンボル: FLJ22170
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7261280..7301962)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号219):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号290):
TGAAGGCTGAAGACAGAGACGATATGGCAAGAGGCAGTGGCCTGGAATGGGGACTGACCACCCTGCAGAAGTTCAGCCAGGTAGATGTGGGGCAGGGGAA
Y
GCTAAATAAATACAGGGAGACAGAGACAGGGGTCAAGATAACAGAACAGGCAAAGGGGTTCTGAAAGCAGGGTGGGTCTAGAAGGACTTAGAGGGCATCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
ゲノム配列のSNP: 配列番号219
SNP位置, ゲノム: 11628
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,19|C,101)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS

コンテクスト (配列番号291):
TAGACTCTTGGGACCTAGACTTCTACACCAAGCGCTTCCAGGAGCTACAGCGGAACCCGAGCACTGTGGAGGCCTTTGACTTGGCGCAGTCCAATAGGTG
R
GGAGAAATGGGGTTGTTCCCATACCTGAGCCCATGGGTGTTGGGAGAGACCACAGGGGCTCACCTTCATGTTCCTCCCTTGGCTTAGGGGCCTCCCTGAG
Celera SNP ID: hCV25610955
公開 SNP ID: rs7221716
ゲノム配列のSNP: 配列番号219
SNP位置, ゲノム: 38417
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,13|G,107)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号292):
GTGCTCGGATTACAGGCGGGAGCCACCGCGCCCAGCCTCCGTCTCCCTCCTAAGTGACATCCTGTCCGGCATCCCGCAGGCCTTCAGATGGATGGGGTAG
S
AGAGCTCAGGAACTCAAACACAGCCCGCCTGGTGGATGACTTCTAAGCATCTTTCAGTCTCCCTGATCTTGCCAAGCAGAGAAGGGCTTCCTCGTAATGC
Celera SNP ID: hCV26960050
公開 SNP ID: rs7221547
ゲノム配列のSNP: 配列番号219
SNP位置, ゲノム: 31531
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,13|G,105)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 20
Celera 遺伝子: hCG37187 - 146000220350063
遺伝子シンボル: NPC1
タンパク質名: Nasopharyngeal carcinoma 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W66L(2585858..2660984)
染色体: 18
OMIM 番号: 607107
OMIM 情報: {Nasopharyngeal carcinoma 1}, 161550 (2)

ゲノム配列 (配列番号220):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号293):
GCCACAGACAATAGAGCAGTCTTGGCAGCTACATGGTGCTGTGACCTCATCCACAGACTCGTCACAGCCTTTGGTGGCATTGTTCATGGGCTCCATCCCA
Y
GGACTGGAAAATCTACAGAAAGGAATTGTGTTGAGTACAAATCTCAATTAAAAACATCCAAAATTTTGTATTATACTTAAACTCAAAGAAAAGCCCACTG
Celera SNP ID: hCV25472673
公開 SNP ID: rs1805081
ゲノム配列のSNP: 配列番号220
SNP位置, ゲノム: 38962
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,64|C,56)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 21
Celera 遺伝子: hCG39290 - 93000022563619
遺伝子シンボル: LTK
タンパク質名: leukocyte tyrosine kinase
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8836563..8866805)
染色体: 15
OMIM 番号: 151520
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号221):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号294):
CTCTAGTCATTGTCCTTCCCTTCAGGGTGTTCCGCTCTCCTACCCCCAGCCAGAAGTCCCACTCCTCTCACCTTGATAGCTACCTGCAGGGGACTGGAGT
Y
CCCAGGAAGGCCAATTACCAGTCCCTCATACACCTCCCCAAAGGCACCATGGCCCAGGGCTCTGCAGGAAGACACGTTGGAAGGGAGTGGGCAGGCGGCC
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
ゲノム配列のSNP: 配列番号221
SNP位置, ゲノム: 12308
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,36|T,4) アフリカ系アメリカ人(C,37|T,1) 全体(C,73|T,5)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3


遺伝子番号: 22
Celera 遺伝子: hCG39602 - 145000147474422
遺伝子シンボル: MKI67
タンパク質名: antigen identified by monoclonal antibody Ki-67
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF114(4250619..4300355)
染色体: 10
OMIM 番号: 176741
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号222):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号295):
TCCCTCTACATCTGCTTTCCTGATACTTCTCTTGGGTCGTTGCTTTGTGCTTGTTGGGGTGTCCACTGGGTCTGACTGTGGAGAGTCGCAGGGTATTTTA
R
TGGTTTTACCAGCAGCCACTAATTCCTCGGTGTGACCAGGAGTCTGGAAGAGCTCTTTAAAGCCAGCCAGGTCTTCTAGAGCCTGGGCCTTTTCCTTAGG
Celera SNP ID: hCV1801149
公開 SNP ID: rs4750685
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 21442
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,112|A,8)
SNP 型: ミスセンス変異

コンテクスト (配列番号296):
GCAGATTAACAAGTTAACTCTCTTCACTGTAAAGCACCTTCCAGCTTTCTATGTATACGCTGCTCTCCAGGGTAAAGACATGCATTTGACATTTCCACAC
Y
TATTTCATGCAGGACATGTGATCCCAAAAATTAGCAGAGACTTGTCTTTGCAAGCCAAAACAGCTTTATCTTCCCTGAACACTAAGACCCCAGAAGGGTG
Celera SNP ID: hCV1801142
公開 SNP ID: rs9787436
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 24765
関連照会 SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,110|T,8)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号297):
TGGCCCTCTTTGGTCAACATTCTGCCTGGACATGTCAGCACGTACACAGCTTCCTACTTCTGTTTAATGGCTGCTTGGCATTCCACAGTATAAACATAAC
R
AAGTCTGGAGAGTCACCTCCACCTCCCCAGTGACAGACATTAACTTCTTTCCACATGCTGCAATTCTATAATTCAACTGTATAATGAATACTCCTGCATG
Celera SNP ID: hCV218623
公開 SNP ID: rs12261926
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 750
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,112|G,8)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

コンテクスト (配列番号298):
AAACATTAGAAACAAACAGCTGTTTCTTGCCTTAAATCGCCAATAAAATAACATGGATTATCCTTATGTGGTTAGGGTCCATATTACACAGGAAATATTT
R
CCTACCGCAAACATCTTCAGGGTAGCAAGCTGTTCCCTCTGTGACAGGAATACAGTGACCAGTGCCAAATGAGAGATTAGACAGATTCTCATCTCCCATC
Celera SNP ID: hCV1801143
公開 SNP ID: rs7100645
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 23189
関連照会 SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,108|G,8)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号299):
CGCACTCAGGAAACGAACACCATCAGCAGGCAAAGCCATGCACACACCCAAACCAGCAGTAAGTGGTGAGAAAAACATCTACGCATTTATGGGAACTCCA
R
TGCAGAAACTGGACCTGACAGAGAACTTAACTGGCAGCAAGAGACGGCTACAAACTCCTAAGGAAAAGGCCCAGGCTCTAGAAGACCTGGCTGGCTTTAA
Celera SNP ID: hCV1801150
公開 SNP ID: rs7918199
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 20507
関連照会 SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,112|A,8)
SNP 型: ミスセンス変異

コンテクスト (配列番号300):
CACTGTCCCTATGACTTCTGGTTCTTATTTTCTTGACACACACATTGTCCTCAGCCTGTGTGGGAAGAAAAAAAATAGAACTCTTAAGTAATTTAAACAC
Y
CATTTTTAGAATCGACCTCCTCTGCAAAACCCCAAAGGCTTACTAGGTATTATGCAGGTCCTTAGTTGCAGAAAATTAATTTTGAGGTTGGAAATAAGTT
Celera SNP ID: hCV1801168
公開 SNP ID: rs3781301
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 12643
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,111|T,9)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号301):
TGTATTCTAATGTCAGACTAACCAATCAGATTTGCTTCCGAAGCACCACTTCTTCTTTTGGAACATATCATCTGTAAAATATCATGTTGACTTCGGCTGA
K
AGACACTCTCTTTGAAGGCAGGTTGCCACTCTTTCTCCCTCCTCTCTTAGGAACCTCTGTCTGAGATTTGCTGCTGGAAGCAGGGGCTGTTTTGCAGGAC
Celera SNP ID: hCV8903188
公開 SNP ID: rs997983
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 25553
関連照会 SNP: hCV1801149 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,112|G,8)
SNP 型: ミスセンス変異

コンテクスト (配列番号302):
AACCTTGGCCCAGACTCCTTCACAAAGCCCCCGGTGTTCAACTATTCTCAGTCCAGGAGCCCAGCAGTGCTCCCAGTGGAGTTTATGAAGCCGATTCAGA
S
CCAGCAAATCCAAAGTTTTCTTCCCTTAAGCAGACTGACAGCCTTACTTACAGAATTCACTTGTAATTTATGACAAAAACTGCACTAGAACTTATCACAA
Celera SNP ID: hCV11276365
公開 SNP ID: rs4750935
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 12392
関連照会 SNP: hCV1801149 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,109|G,9)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号303):
GTGAAGGCAGGCACAGACGGTGCACACACATGGCCCATTGCTTCCCCGACCAACCTGGAATCCAAAGGAAGAGGCAGGCGAGCAAAGCGGGCTGTACAGA
K
GAGGGGGCAGAGGTGCTTCTGAGAGGGGTATCGGACGGTGCTCAGGGAGCCTCAGGGGCCACCTAGCGTTGTGTTACCTCCAAAGCAGTGCTTTCTCGGA
Celera SNP ID: hCV31968275
公開 SNP ID: rs11016062
ゲノム配列のSNP: 配列番号222

SNP位置, ゲノム: 5323
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,103|T,3)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号304):
GCCCATTGCTTCCCCGACCAACCTGGAATCCAAAGGAAGAGGCAGGCGAGCAAAGCGGGCTGTACAGAGGAGGGGGCAGAGGTGCTTCTGAGAGGGGTAT
Y
GGACGGTGCTCAGGGAGCCTCAGGGGCCACCTAGCGTTGTGTTACCTCCAAAGCAGTGCTTTCTCGGAGTAACAGAGGGCGGGCCCAGAGCCAAATAGCT
Celera SNP ID: hCV31968274
公開 SNP ID: rs11016063
ゲノム配列のSNP: 配列番号222
SNP位置, ゲノム: 5355
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,112|T,8)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 23
Celera 遺伝子: hCG40340 - 146000220073481
遺伝子シンボル: TBX3
タンパク質名: T-box 3 (ulnar mammary syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(62349384..62383314)
染色体: 12
OMIM 番号: 601621
OMIM 情報: Ulnar-mammary syndrome, 181450 (3)

ゲノム配列 (配列番号223):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号305):
AAAAGGGGGGAAAAAGCAAAACAAAAAAGAAAGAAAAAAGAAAAGGAGGCAGAAATCACAACTAATGCACTTCAAAGGGAGGAGGGGAAGTGTCTTTTGG
R
GAATGGGAGGCCGCTTTTAAAGAGGGCAAGGCGAAAAATCAGCAAACATAGTCGCGCGGGTGACCGTCCTTGTGCCTTGCGTTTTTAAAAAGCCGCTCCT
Celera SNP ID: hCV25624196
公開 SNP ID: rs12366395
ゲノム配列のSNP: 配列番号223
SNP位置, ゲノム: 23133
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,30|G,8) アフリカ系アメリカ人(A,34|G,4) 全体(A,64|G,12)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR5
SNP 供給源: Applera;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR5

遺伝子番号: 24
Celera 遺伝子: hCG40416 - 104000117910922
遺伝子シンボル: SNX19
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40773551..40834144)
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号224):

SNP 情報


コンテクスト (配列番号306):
CAAAGCCTGTTTCTCAGCAGCCAGTTTCTGCTCTTGGGTCCTTACGGGCCGTGGAAACTTAGGCAAAACTCCACCAGGCCAGATGGACTCCTGAAGAAGC
M
GGAGGTACTGCACCCAGCGCTGTGGACTTGTTAAATTAGCTACCTGCACCTCTAGCCACCTGTGGTAGAAGAGAGACGAAAGCTTAGATAAAGCTGAAGG
Celera SNP ID: hCV16189747
公開 SNP ID: rs2298566
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 14868
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,41|C,79)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

コンテクスト (配列番号307):
AGGTAGTCAATAAAAGCTTTCTGATACTCTCAAGGCATTTTTCATCCCTGTAACCCCTGTAACAGAGAATCTATCTTCTCTTACGGCTGCAGATTCCCTG
R
ACACTATTCAGCATCACATCCACCTTCTCTGCAACTTGAGATTCTGATGTGAGGGAGAATTCAGCAGTCTTACCTTTGAACTAGGGTCCCAAAGATAAGA
Celera SNP ID: hCV25626063
公開 SNP ID: rs3751039
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 37308
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,19|G,21) アフリカ系アメリカ人(A,11|G,21) 全体(A,30|G,42)
SNP 型: INTRON
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,69|A,51)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号308):
ACATTTCTGACTTCAGAGAATATCTCAACTACCTGTAACTGCAGGACCAACATCTCAGATATTTTTGCCTCACATTCTCTGGGTTTTGGTTCTTACCACA
Y
TGCCTTCCTGGAGACAATAAAGAATCTTGTCTTGTGCTTCAGTCACACTTAGTGCTGGAGAAATTTTACTGGATGAGAACCTCAGCCTAGACCTGGTACA
Celera SNP ID: hCV25626077
公開 SNP ID: rs4414223
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 40756
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,25|T,13) アフリカ系アメリカ人(C,16|T,14) 全体(C,41|T,27)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,75)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION


コンテクスト (配列番号309):
GAATCTTGTCTTGTGCTTCAGTCACACTTAGTGCTGGAGAAATTTTACTGGATGAGAACCTCAGCCTAGACCTGGTACAGAAACAAAGAGCAGAAACAGG
W
TGTAATTTATGGCCTTGAGCCTCACACTAAGGGCTGGCAAGTACTGATAATAAAACACAACAAGAATATCCATACTTATTCTGGGGAGCTTACTGTGGTC
Celera SNP ID: hCV25626089
公開 SNP ID: rs4586174
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 40878
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,27|T,9) アフリカ系アメリカ人(A,26|T,4) 全体(A,53|T,13)
SNP 型: INTRON
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,41|A,77)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号310):
AGAAAGCTGCCTGGAGTCATGAGCATGATGGTTTCTTTGCCCAGTTCAGACAGCGGAGACTCCAGCTCTGAGTCTTCACATAAGAACAGGGGACCTCGAA
S
ATTTGGCTGTAGGAAATGAGATGAGTTGTTTCCTACTTTTCTTTCTTCACACATCCCACCCAAATCTCCCTCTACAGCTTCGTGGCCTTCTTCAACCTCT
Celera SNP ID: hCV25759522
公開 SNP ID: rs3751037
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 48985
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,42|C,78)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

コンテクスト (配列番号311):
ATGGGCAGAGGTAGCCTACTTGCCCAGCTGGAGAAGAGAAGGTAATCTACCACGTGGAAGGAAGGACATGAACAAAAAAATGAAAGCAGGAAGGAACATG
S
TGGTTTGGGCAGAATAAAAAATCCCTAGATTTTTTTGGAAGTTTCTCGTCTAACCTCCTGCCTAAACCATCTATAATACATTCTGTCCCCAAGAAAATGC
Celera SNP ID: hCV3108695
公開 SNP ID: rs4937582
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 5253
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,41|G,77)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号312):
TGTCCAAAATAGCCAACACGATCGTATTTGTTATTATTAGGGCCGCATCTCCTTTTTATAGGGCTTTTCATTCAGTGAGCCTAAGATGCCTGATGAAAGG
R
ATCCAGTAGCAAGAATTCCTGTTCCTGTTTATGTAAGAGGGTCACTAGAGGGAGGTGGCTGCAATGACCTGATCGGCTTCTCTGCAGGGGATTAAGTGAC
Celera SNP ID: hCV3108709
公開 SNP ID: rs948085
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 16793
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,41|G,79)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号313):
CAATATTATCAGCATGATCTCATCCTGCTGGATTAGAACTTCCTGTGTTTGTGCCCTGTTCTGCTGCTTGATTCCGCTGTGGCAACTATGTACTACTCAT
Y
TCTGTGCCCCAACACAGCACCTCCAACACTGGAGTTCAACACATGGCATGCTCAGCTGAATGGAACAGAAATCAAAGTTACAAACTCCAACTACCCCAAG
Celera SNP ID: hCV3108767
公開 SNP ID: rs3198419
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 39920
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号314):

M
ATTTTTTTCAAAGTGATATGGTCAGAAGTGAGGTTCAAGGCTGTTGAGGCCTCCCCTTCACCCACCTCATTTAAGACTGACATAGCTGTGTGGGTCATGG
Celera SNP ID: hDV71141362
公開 SNP ID: rs876641
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 16260
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,65|C,53)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号315):
GAAAGATATTACCCCATCTTTTTAGTTATGCTTCTCAATCTGCAAGGTGGAAAACTGTGTGAGTCATTCTTGATTTGTCTTTTTCTCAACCCTAATCCAA
Y
ACCACATAATCATTTAAATAGTCACTAAATATAGGTGATCCTACCTCCTCAATATCTCATGAATCTATTACCCCTTTACCATCTCTATAGCAATGATCTC
Celera SNP ID: hCV11345437
公開 SNP ID: rs7937411
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24329
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号316):
ACAGTACAGGCTTCTCTGGGTGCATCATTGATTTTTATATAAATCAGAGTAGATACTAATCTATTACTTTAGTAAGCAACAGGATTTTAACCACAACCCC
R
ATATGCTGTTCAGAAAGATATTACCCCATCTTTTTAGTTATGCTTCTCAATCTGCAAGGTGGAAAACTGTGTGAGTCATTCTTGATTTGTCTTTTTCTCA
Celera SNP ID: hCV11345444
公開 SNP ID: rs7937166
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24216
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,38|G,66)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号317):
GAACCTCAGCCTAGACCTGGTACAGAAACAAAGAGCAGAAACAGGTTGTAATTTATGGCCTTGAGCCTCACACTAAGGGCTGGCAAGTACTGATAATAAA
H
CACAACAAGAATATCCATACTTATTCTGGGGAGCTTACTGTGGTCAGAGCTGCCAGGAAAGACTCGGCCCTGCAATCCCCCAAACAATGTATATTCTGGC
Celera SNP ID: hCV25626101
公開 SNP ID: rs6590537
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 40933
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,13|C,0) アフリカ系アメリカ人(A,11|C,2) 全体(A,24|C,2)
SNP 型: INTRON
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,39|T,65)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号318):
GAAGATGAGTAACAATAAGAATCGTGTTATTTATGGAGCGTTCACTATGTGCCATCTACCGTACAAGAAGTTTTACAGAACAGAACACTAAAAGGGCCTC
S
GTCTCTGGGTGAGCCTGCACCTATACCTTCCCAACTCTCCTCTGGCAAGGCTGCACCTATTATCTTTCTAGCTCTCCTCTGATGGGAAGCATTATAACCT
Celera SNP ID: hCV26490015
公開 SNP ID: rs7942621
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 15534
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,66|G,52)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号319):
CTTTGGCCCCTTCAATTAATTAATCCTCCACAGCACTATTTAAATGATTTTTCTCAATTGCAAATTTGCTCATGTCATCATCTGTTTATGTTTTGTAAAA
Y
TGTTTCCTATCAAATGAGTGACAAATGTTTTGTTCTTGGAATGACTCACAGGAGTCTGAATGAGCAGACTCCCTTTAAACTCTTCACTGTTATCATCAGC
Celera SNP ID: hCV26490026
公開 SNP ID: rs7924461
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24595
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,75)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号320):
TTTTGTTCTTGGAATGACTCACAGGAGTCTGAATGAGCAGACTCCCTTTAAACTCTTCACTGTTATCATCAGCCATTATTCTTGCATATCATATATTCCT
W
ATCAATCATACTAACTTCTTTGAGTACCACAAATACACTATATTGTTTTACTGCTCTGCCTTGAATGTTCTCTCTCTCTCTCACTGTCCGCTGGCAACGC
Celera SNP ID: hCV26490027
公開 SNP ID: rs7937782
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24723
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,45|T,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号321):
TCAGCCATTATTCTTGCATATCATATATTCCTAATCAATCATACTAACTTCTTTGAGTACCACAAATACACTATATTGTTTTACTGCTCTGCCTTGAATG
Y
TCTCTCTCTCTCTCACTGTCCGCTGGCAACGCCCCACATTCTTTAAATCTCATCTCTGATGTCATCTACTATAAGCCTTCCCTGCACCTCTCATAATTGA
Celera SNP ID: hCV26490028
公開 SNP ID: rs7924736
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24791
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,75)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号322):
GGTCAGGTTACCTTTCTAACAAATGTAGAAAGAGAAAAAGACACTTGGGGTCTGTGTATTTTTAGGATAAATAAGACTGATTGTAAAGGGAAAGCTCTAA
M
AATTTCTATATTTGAGTATTGTGACATGTTTAAGATTTCATTCTGAAAGTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCATTCTGTCGCCCAGGCTGG
Celera SNP ID: hCV26490038
公開 SNP ID: rs6590523
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 25917
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,44|A,68)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号323):
TGAAACTCCTGACCTCAAATGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCGGCCAATCTGAAAGTTTTCTAT
R
CACAAATCTAGTGTGCCTCTGAAGTCTTTCAAGTCAACCTTTTTTTGGCCCCATACTATGTTGCTACCGACATACTATAATCCAGTTCTGAGAAAATCAG
Celera SNP ID: hCV26490043
公開 SNP ID: rs6421609
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 26289
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,45|A,75)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号324):
TTGCACACCAGCCTCCCTCCCAGGAAGGCTGAATCCTCTCCGAGAAATCTTTCGGGGCCAGCATTATATTAGAGCTAAAGTATATTTCCCACCAATTTAC
Y
CAACTCCCTCCCTGCTCCAGTACCAAATAGCTCTACTTCTCCAAAGGGCACTTGGAGAAGCCTGCAAGGACAGAGGTAAAGATCAAAAGTAAGCAATAAC
Celera SNP ID: hCV26490055
公開 SNP ID: rs3794143
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 28004
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号325):
GGGCTATTCAGCACTGACAATCTCCATCTTAGTGAATACATAATGTATAAGATTTTAGGATCACAGGAGACCCTGAATATAGGTCCAAGTAGTTTATACA
K
AATATTAACAAAATTCTTGCAATTCAGATGTCTAGCTGGTCTCATCACCACAGACTCTGTTCTGCTCACTCTGTTCTGAATGAATCAGCTCCAGCACTGA
Celera SNP ID: hCV26490056
公開 SNP ID: rs3794140
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 28324
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,52|T,68)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号326):
GACCTATAACTGCAAAACAAACAGGTCTTCCTCAAAGGACAGTGAATGGTATTGTTTAACCTGCAGCGCCACCTGGTGCCCATAGAGAGAATTCCTGTGC
Y
CACGCCATGCAGCAGCAGTTTGGTAGGCTTTTTGTCACCTATTTGAAACAATAAAAGCAACACACATTCAGAAAGAAGCTGGCTAAAAATATTCCAGGTT
Celera SNP ID: hCV26490057
公開 SNP ID: rs7925664
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 28758
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号327):
TTTTGACACAGGTCTGATGCCATCGTTGGGGCCATGGGGAGGGCAGCGCCGCGGACGTGGCATTCACGCATTCTGCTGCTGGCATGGTTCCTATTTTTAT
Y
GTGGCATTGCTCTGGGTGTCCAGGCAGGGCGCCGGTCCAGCTTCTCATTCCTTCACTTTCCATCAGGACTCCACACCAATCCTACCCCTTACCTTGGCTG
Celera SNP ID: hCV26490064
公開 SNP ID: rs3829270
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 31687
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号328):
GCTAAATCTGATTCTGATGTTTGCAGAGATATTTTCAAGTTTCTTCTGTTTTCGGGCATGAGCAGAGTTTGCACAAGCCGGATTTGCTCCTTGGCTCAGA
S
TGCTACCCGCTCTCCCCTTCCCCTCCCTTTGTCTCTCATTCCAAATAAGGAGTGCTTCTTGTTACATAATTGGATGTTCCCAGCACAGAAGCTGACACAT
Celera SNP ID: hCV26490066
公開 SNP ID: rs3794132
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 31984
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,44|G,76)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号329):
TCATTCCTCTACCTCACAGCTTCTTTTCCCAAAGGAAACAGGATCTACTCACCAGCAACAATCCCAACATCACAAAAGGAACAGGGAAATAAACGTGCAT
R
CAACTGGGACACACAGACCCCTGTCACCTGCTACAAATGGAGCAGAAGTGGGAGAGAAGTGAGCCACCGAGAACCTAGGCCTTCTTAGCTGTAGCCTACT
Celera SNP ID: hCV27467549
公開 SNP ID: rs3190331
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 12357
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,67|G,53)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号330):
TTTTTAAGCTGTAATTCAATTTCTAAGACACACTTTATTATCACTCACTATGCCTTTCTTAAGTTGTAAATGGCTGTATATTCAGGGATTTGGTATACTT
W
GCCTTGCCCAACACCTGGATGGAACCAACTGCCACTGGTTCTTGAGAGCAATGAAGAAGGTGGAGATTTCTTCATCCAAATATCTTTCCTCTCCCTTTCA
Celera SNP ID: hCV27497392
公開 SNP ID: rs3829271
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 18138
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,72|T,48)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号331):
GCTCCCAGACTCTGCCGCAGCTCTCCTGACCTTTCCTAGGAGATGGTTTAGAGAGAGACATCTTCTCTAAGAAAGTGATTCCAAGGTCTGGTGTAAGGTC
Y
AGAGCTTGCCATCAAGTTTCTCCTGGGTGCCCTGCTTGTTGGACTCCTTAAACCTGCACACCCTTTCTTTTCTTCTTCCTCTCTGGATACTTCCTAACTT
Celera SNP ID: hCV27502173
公開 SNP ID: rs3794139
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 31290
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号332):
CAATCCAAGGGCAATTATGCTCCAACCTTAAGATACCAAATACAGTTCAAAGGAAAAGAGAAAGAAAAGGAAGATCAAGTTAAAGCTTCTATCATCCTAA
R
TACACCTTCAGTAAATTAGAAGTATTGACTTATTTTATTACCCTGAGAGCAGGGTTTTCAACGTTGGTACTACTGATATTTTGGACTGCGAAATCTTTGT
Celera SNP ID: hCV27869000
公開 SNP ID: rs4436551
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 19965
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,67|A,53)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号333):
TTCAAAGGAAAAGAGAAAGAAAAGGAAGATCAAGTTAAAGCTTCTATCATCCTAAGTACACCTTCAGTAAATTAGAAGTATTGACTTATTTTATTACCCT
K
AGAGCAGGGTTTTCAACGTTGGTACTACTGATATTTTGGACTGCGAAATCTTTGTCATAGGGGCTTTCCTGTGCATTATAAAACATTCCACAACATCCTT
Celera SNP ID: hCV27869001
公開 SNP ID: rs4264159
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 20010
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,61|T,47)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号334):
TCAAGTTAAAGCTTCTATCATCCTAAGTACACCTTCAGTAAATTAGAAGTATTGACTTATTTTATTACCCTGAGAGCAGGGTTTTCAACGTTGGTACTAC
Y
GATATTTTGGACTGCGAAATCTTTGTCATAGGGGCTTTCCTGTGCATTATAAAACATTCCACAACATCCTTGCCCCTCCTCCCCTCAAACTAGATGCTAG
Celera SNP ID: hCV27931232
公開 SNP ID: rs4456262
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 20039
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,67|C,53)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号335):
ATGAAGAGGAGAAAGGGAAGAAGATACTAAAATCATAAAACAGAAAATATTCATAAGATCCACAACAATATTCTAAACAAAAATGCCTGGTGCAGTCTAA
R
TATAAGGAAAATAACAGGTCCATTCCTTCCAGCCTATTTATCTATTGGCTGTACCTCTATAGACAATCCAAGGGCAATTATGCTCCAACCTTAAGATACC
Celera SNP ID: hCV27996234
公開 SNP ID: rs4457753
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 19801
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,65|G,51)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号336):
AGAGTTTTGGCTGGTGCAATCAGACAGTGCTTCTTGAAAATGGAACTTGAATTGGTCCTTATGGGCAGAGGTAGCCTACTTGCCCAGCTGGAGAAGAGAA
R
GTAATCTACCACGTGGAAGGAAGGACATGAACAAAAAAATGAAAGCAGGAAGGAACATGCTGGTTTGGGCAGAATAAAAAATCCCTAGATTTTTTTGGAA
Celera SNP ID: hCV29138826
公開 SNP ID: rs4936123
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 5193
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,67|A,53)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号337):
GGAAATAAGAAGCTATTCCTTGTAAGTTTGCTAATCTTATCTGTTCAGAATAATAAAAGTTCTCTGTCAAAGACTTAGGAAGGGAGATTTCATCCCCCAG
S
CTTGCTAGTCCTACTCTTTGTGCATTCTTAAGACAGGAGGCAAGTGCTTTCCATTCTCCTTGGAAAAACTGAGGCTGAATATGCAGCTTGTCATGCAGTT
Celera SNP ID: hCV29138827
公開 SNP ID: rs6590520
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 11612
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,67|G,51)
SNP 型: UTR3

コンテクスト (配列番号338):
TGCAAATGCAATGCACAGGCACACGGCTGTCAGCTGCCATCCACCTGCTACAATCTCAAAGATATATTCCAGTAGAGACTGTCGCTATGTGACAGGAAAG
S
CATGATGTCTTCATCCTAAGATGGGTGTAGAATAAGTGATACCCAAGAAATATGACAGGCAGACCACTCATATGACAGGGGAAACTGCTAGGGCCCATCC
Celera SNP ID: hCV29138833
公開 SNP ID: rs6590532
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 29955
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,42|G,78)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号339):

CATGATGTCTTCATCCTAAGATGGGTGTAGAATAAGTGATACCCAAGAAATATGACAGGCAGACCACTCATATGACAGGGGAAACTGCTAGGGCCCATCC
Y
GGCCCAGTCTATAGAAGTCAAGAGCTTCCCTTTGGCATGGCCTAATGGAAGAGGCCTGGGACAAGCAGTACTCCTTCCCAGGGAGCCACAGTACAATCTG
Celera SNP ID: hCV29138834
公開 SNP ID: rs6590533
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30056
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,38|C,72)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号340):
GGGAGCCACAGTACAATCTGAGCAAAGCCATCAATGAGAAAAATTAATTTCAGCACCTCTAAAAACAGCCCAAGCCAATGACTGGAGAGCCAGAAAATAA
S
CGAGAATTCTGAAGACTGAGCTTGAGTTAATTTTGTATGTGGGGGTCTTGCAAAAGTATGCGTATTTCTAGAAAAGCTGTGCATAGGAAGAGATGGGGTA
Celera SNP ID: hDV71218734
公開 SNP ID: rs7110949
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30217
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,45|C,75)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号341):
AAAATTAATTTCAGCACCTCTAAAATCAGCCCAAGCCAATGACTGGAGAGCCAGAAAATAAGCGAGAATTCTGAAGACTGAGCTTGAGTTAATTTTGTAT
K
TGGGGGTCTTGCAAAAGTATGCGTATTTCTAGAAAAGCTGTGCATAGGAAGAGATGGGGTATAAGACATAGCCAGGCATCAGAGCTGAACTGGAAGAAAA
Celera SNP ID: hCV29138837
公開 SNP ID: rs7110968
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30276
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,45|T,75)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号342):
CTTAAGTGGAATCTTAAGGTGTGGTTGTTACGACTTTTATGATTTTGGGAACGTTATTTTATCTGAATGTAATTTTCTTCACTTATGAAATGTAGAACTA
Y
ATGTCTATCTCATAGAATTGAACATTAATATAAACAGTACATAGCTGCTTTCCTGGTATTAATATTGTAATAAGCGTCAGTTCCTTTCCCATTGCAATTA
Celera SNP ID: hCV29138841
公開 SNP ID: rs7933747
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30840
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,39|T,69)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号343):
TCTCATAGAATTGAACATTAATATAAACAGTACATAGCTGCTTTCCTGGTATTAATATTGTAATAAGCGTCAGTTCCTTTCCCATTGCAATTACTCGTGC
M
CTTTTGGTGGCAGACCTGGAGGTTCTCTTAAGAAATAACCAATGTCACAAAGAACTGTTATCCACCTGCTAGTTAGACATGCCCACCAAGAAAGAGGCCC
Celera SNP ID: hCV29138842
公開 SNP ID: rs7933767
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30948
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,45|C,73)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号344):
CTGGTATTAATATTGTAATAAGCGTCAGTTCCTTTCCCATTGCAATTACTCGTGCACTTTTGGTGGCAGACCTGGAGGTTCTCTTAAGAAATAACCAATG
Y
CACAAAGAACTGTTATCCACCTGCTAGTTAGACATGCCCACCAAGAAAGAGGCCCTTGAAGTAGAGTTCCACAGAAAGCGCCTTGATTCTGGAGCGTTCT
Celera SNP ID: hCV29138843
公開 SNP ID: rs7930661
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 30993
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号345):
TGATTCTGGAGCGTTCTAAGAGAACAGTGGAAGCAAGAGGGTTCATGGTCAACCTTTCCCAACTGTCCTTAGGGGAGGTGGACGTTGCGCCTTGCAGCAC
M
GCACTCTCCAGTGCTCCCAGACTCTGCCGCAGCTCTCCTGACCTTTCCTAGGAGATGGTTTAGAGAGAGACATCTTCTCTAAGAAAGTGATTCCAAGGTC
Celera SNP ID: hCV29138844
公開 SNP ID: rs7943935
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 31177
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,45|C,75)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号346):
ATAAAGAAATAAATGCATATTTTAAACAGAGTGGAGCCCCTTTTCAAACAAAGCGTTACCTAGAGCCCCAGTATATTAAACTGATCAAAGTGTAACTTCT
K
TGGTTGGGTCATGGTCCACTCAGTTTTCCCTGAGCTTCTAAGTTGGCTTCAGAAGCACTTCTGCAGAACCCTAGAACTCTAGGAAACATAATGGAAAAAC
Celera SNP ID: hCV29138848
公開 SNP ID: rs7110591
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 35894
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,45|T,75)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号347):
AGGCACTCATTAAAAATTTGCTGAAGATTAAACAGACAGGTGGCATAGAGCAAGTTTTCATTATTGCTATTCATGGTGTATCCTTTTTGGACATCCATTT
W
TTCCCCTTGTGTTCCAAATAAAACCAGAAAAGGAACTGCAAGTGATAACATCAATGTTTCAAGGGACAGAGACTCATAAGCAGAGGTATCATGGTCATCC
Celera SNP ID: hCV29138854
公開 SNP ID: rs7949722
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 41271
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; CDX_Heart
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,41|A,69)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号348):
TGGACTCCTTAAACCTGCACACCCTTTCTTTTCTTCTTCCTCTCTGGATACTTCCTAACTTTACACACTTCACGCTCCCCTCTGCCAGAACCTTTCCCCC
Y
GGCTTTCTGCCAAGCCATTCCATTCCCACATGCCCCCAACACTCACACACACACACTCTGTCTCTATCTTACACACACACACACAGACACACACACACAC
Celera SNP ID: hCV31258124
公開 SNP ID: rs3794136
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 31430
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,45|C,71)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号349):
CGACCTGTGGGCTGGACATCATTAGAGGTCATATCATCTGTTTTGTTGTTTGTGATAACATAAAAAGGCATCTCATGTTTGGAGACACTTGTTTCGTATG
Y
ATGTACATATATATGTATATATCAGATCTGCGTGCATGCATATGTGTGTATGCGCCTGTGCCTATGTGCATGCTCACAGTGGGCTGCAACGTACAATGCA
Celera SNP ID: hCV31258101
公開 SNP ID: rs4459316
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 20402
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,66|C,52)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号350):
GTGCCCCTCTGTTAAGTATAGTCTTGCCCTTCTGTATTTGTGCAATTAAAAAAAAATCTAAATTATAGTTCATCTTGTTGGCTTTAGATTATCATTCTAA
R
TTTTCTAAATGTTTTTGAATCTTAATTTTCATCATCTAGAGTTTTAACTACTCCTCTAAGATTAGAATTACTTGCAAATTTTCTGATGAAAAAATTGATC
Celera SNP ID: hCV31258105
公開 SNP ID: rs7106973
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 22339
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,65|A,45)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号351):
AACCCATAATGGTTTCTAGGGTTCCCCATTGCCCTTCCCAAATGTTCACAAACATCTATTTCGTCATCTGCTTCAGAAATTTCCAGAAATAAATGTTGGG
R
TCAAGAACCTTTAACCATTTTTTAAAAAGGCAAGATATCTGTGCATCTCTAACCCATATGGACAAATGGCAATGTTTCTTAATGACCTTAGGTCTTTAAT
Celera SNP ID: hCV31258108
公開 SNP ID: rs7107595
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 22782
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,67|A,53)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号352):
CACATAATCATTTAAATAGTCACTAAATATAGGTGATCCTACCTCCTCAATATCTCATGAATCTATTACCCCTTTACCATCTCTATAGCAATGATCTCAG
Y
TGAATGCCTCATCACCTTTTCTATCAATGAAACTCCTCCCTAATTTGTCTTCCTGTTTCTAACTTTGGCCCCTTCAATTAATTAATCCTCCACAGCACTA
Celera SNP ID: hCV31258111
公開 SNP ID: rs7937514
ゲノム配列のSNP: 配列番号224
SNP位置, ゲノム: 24432
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,45|T,75)
SNP 型: INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 25
Celera 遺伝子: hCG43681 - 30000035144826
遺伝子シンボル: LTA
タンパク質名: lymphotoxin alpha (TNF superfamily, member 1)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(4592366..4614637)
染色体: 6
OMIM 番号: 153440
OMIM 情報: {Myocardial infarction, susceptibility to} (3)

ゲノム配列 (配列番号225):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号353):
CTCAACTCTGTTCTCCCCTAGGGGCTCCCTGGTGTTGGCCTCACACCTTCAGCTGCCCAGACTGCCCGTCAGCACCCCAAGATGCATCTTGCCCACAGCA
M
CCTCAAACCTGCTGCTCACCTCATTGGTAAACATCCACCTGACCTCCCAGACATGTCCCCACCAGCTCTCCTCCTACCCCTGCCTCAGGAACCCAAGCAT
Celera SNP ID: hCV7514870
公開 SNP ID: rs1041981
ゲノム配列のSNP: 配列番号225
SNP位置, ゲノム: 10954
SNP 供給源: HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|C,-)
SNP 型: ミスセンス変異;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 26
Celera 遺伝子: hCG1981506 - 62000133107911
遺伝子シンボル: HSPG2
タンパク質名: heparan sulfate proteoglycan 2 (perlecan)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W3P1(4938116..5032197)
染色体: 1
OMIM 番号: 142461
OMIM 情報: Schwartz-Jampel syndrome, type 1, 255800 (3); Dyssegmental dysplasia,/Silverman-Handmaker type, 224410 (3)


ゲノム配列 (配列番号226):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号354):
TAGGGGTGGTGTCTTACCTGGCACCTGCAGGTGGGCAAAGGCTTTGACCTTGCCCTGGCGGTTAGTGGCGGTGCAGACGTAGGTACCTGCGTCCTGGGGT
Y
GGACTGAGGGCAGCATCAGCATGTTGTTCTCCAGGCGGCTGTCAGGTGGCAGGCTGCCATCCAGCTGCAAATGCACTAGCACTGAGGGCCCTGGCCTTGG
Celera SNP ID: hCV1603656
公開 SNP ID: rs11552566
ゲノム配列のSNP: 配列番号226
SNP位置, ゲノム: 21307
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,38|T,2) アフリカ系アメリカ人(C,27|T,7) 全体(C,65|T,9)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

SNP 供給源: Applera;CDX_Heart;Celera;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(C,-|T,-)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION


遺伝子番号: 27
Celera 遺伝子: hCG1991338 - 103000085249050
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7320330..7340729)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号227):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号355):
GCTCCTGCACCGCGCCACCCAGACCGCGAAGCAGACGGTCCACCCGGCCTCCCAGCTCCCGACTCAACCGCTCCAGATCCCGCAGCACCTCGGGGTCGAT
K
GGGGGAATGGCCGGTGTGGGTGTGGGTGCAGGCGCTGGGCAGGGCCGCGCAGGGGCAGAAGGCGGGGGTGGAGGCGCGCCGCTCAGACGGATCTTGAGTT
Celera SNP ID: hCV7453127
公開 SNP ID: rs8531
ゲノム配列のSNP: 配列番号227
SNP位置, ゲノム: 10126
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,10|T,2) 全体(G,36|T,8)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,30|T,6) アフリカ系アメリカ人(G,22|T,14) 全体(G,52|T,20)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異

SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,16|G,88)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;サイレント変異


遺伝子番号: 28
Celera 遺伝子: hCG2015975 - 145000147245434
遺伝子シンボル: THBS4
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W40L(8622353..8690750)
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号228):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号356):
AGATTTATTTGCATTTCTATTTAAGCAGCATGTCTCGCTAAACTTTCTTTGAACTTTTCTGCACTAGGTCTGCACTGACATTGATGAGTGTCGAAATGGA
S
CGTGCGTTCCCAACTCGATCTGCGTTAATACTTTGGTAAGTATTTCTCACAGCTGTTGTTATCAAAGCAGAACCGGTTATTAAAACAAGTGTATGTTTAT
Celera SNP ID: hCV11433557
公開 SNP ID: rs1866389
ゲノム配列のSNP: 配列番号228
SNP位置, ゲノム: 40089
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,86|G,34)
SNP 型: ミスセンス変異;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON


遺伝子番号: 29
Celera 遺伝子: hCG2041118 - 209000073582473

遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6BN(13454338..13474835)
染色体: 18
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号229):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号357):
GGTGAGGCTTGATGAAAAAGTAAAGAGAAATCGTAATTGTATAGTTAAAAACATAACTTTTGTCATCCTCAAAATTCTAAAAATTCTTTACCTGTCCTTG
R
GAAATGGGTGAAATTGAAAACCATCAAAACAATTGGACTTCTTAAAAATTGGATTGTATGAGTGAAAGGTGTTTATGAGAAGTCGATGACTCCGGATCTT
Celera SNP ID: hCV16054991
公開 SNP ID: rs2689000
ゲノム配列のSNP: 配列番号229
SNP位置, ゲノム: 10174
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,10|G,28) アフリカ系アメリカ人(A,2|G,28) 全体(A,12|G,56)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION
SNP 供給源: Applera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION

遺伝子番号: 30
Celera 遺伝子: hCG2043414 - 30000035864837
遺伝子シンボル: TAS2R50
タンパク質名: taste receptor, type 2, member 50
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W45C(1391258..1412158)
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号230):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号358):
CAAGAGGAAGGAGATCAGAGTTTGCAAAGCTTTTATGTGGACCTTGGTGCTGAGATCTTGCGATCCTTCTCCATGGAGCTGCATCTTCTTGAGATGTTTA
Y
ACAGAGAACAGATTAGCATCAGAAAAGATATCAGGGACAGAGTAAAGGGTATGAAGCTCCATAGGGTAGTTACAGTCAAATATGAAAGATGTACTGTATT
Celera SNP ID: hCV12107274
公開 SNP ID: rs1376251
ゲノム配列のSNP: 配列番号230
SNP位置, ゲノム: 10293
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,77|T,41)
SNP 型: ミスセンス変異;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON


遺伝子番号: 31
Celera 遺伝子: hCG16018 - 146000220354731
遺伝子シンボル: RARRES1
タンパク質名: retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VYQG(36876699..36932362)
染色体: 3
OMIM 番号: 605090
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号231):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号359):
GATTATAATTTGAGTCTTTTCCTACTATAACTGAGTACTCCATTTTTCTAAGAGAAAGAGAATGAGTTACTTAAAAAACAATTTTTTTCTTTTCTCTTTC
M
GCCTTTTTCCCTGTTCTCTACTTCCTGCTTAGCTCTTTAGAAATGGAATCATAACTTTTACCTTCCCTTTTACCAGACACTCCCTGCATGGCAAGCTTAT
Celera SNP ID: hCV29114183
公開 SNP ID: rs7621897
ゲノム配列のSNP: 配列番号231
SNP位置, ゲノム: 11748
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,47|C,73)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号360):
TTTGCTTCAAGATATGGAAGTCATGGATCCTCATTTTTGTCTTGTCACTGAGTTATATGAAAGTCTGGTTGAATGTCTGTCACTTTTTCTGATGGAGACC
R
AAGTCTGTGGGAATAGGGAGATTCTTTTAACAACCTTAAGGATCTAGATACTGTATATATACCTCAAGCTGATATATTAGCCCTGATATGACAGGCAATA
Celera SNP ID: hCV29114184
公開 SNP ID: rs6772483
ゲノム配列のSNP: 配列番号231
SNP位置, ゲノム: 11101
関連照会 SNP: hCV15974589 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,47|G,73)
SNP 型: INTRON

遺伝子番号: 32
Celera 遺伝子: hCG1742080 - 79000075494058
遺伝子シンボル: NFIB
タンパク質名: nuclear factor I/B
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VTY6(24453015..24701324)
染色体: 9
OMIM 番号: 600728
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号232):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号361):
CGCTGAATTTTATATAGTCTAGGAAACATTTTCACATTGGTTGTTTCAGTCAAATACAAAGAAGTTACAGAACAGCATCGAGTACCTAAGAGAGACCAAA
R
GCATTTCCTTCTGTAAAGCCCTGCAGCTGAGGGCTTACATCCGCCTGGTCCAATCAGTTCATTTCCAAACAAAGGTAGGAAATGGCTGCATCCTAGTATT
Celera SNP ID: hCV1690777
公開 SNP ID: rs12684749
ゲノム配列のSNP: 配列番号232
SNP位置, ゲノム: 161940
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,116|G,2)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

遺伝子番号: 33
Celera 遺伝子: hCG2043302 - 30000034795819
遺伝子シンボル: PRKG1
タンパク質名: protein kinase, cGMP-dependent, type I
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VT2P(198014..1522568)
染色体: 10
OMIM 番号: 176894
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号233):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号362):
GCTCCCAGAACTAGGAAACTTATATTTAACTGGTCAGAAGAAGGTATGCAAAGTGGAGAACAGCCCCTGGGTTACCCCAATTGCTGGCCAGTTCCAGCTT
S
ATGTGTCCTGTGTGTCTGAATGTGTCTGTTCTGAGACATATGAGTACCTCTATGGCAGCACATGCAGGCAAATCCAGAACCACCAAAACATAATAATCAC
Celera SNP ID: hCV881283
公開 SNP ID: rs211070
ゲノム配列のSNP: 配列番号233
SNP位置, ゲノム: 339191
SNP 供給源: dbSNP; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,113|C,1)
SNP 型: ミスセンス変異;INTRON

遺伝子番号: 34
Celera 遺伝子: hCG1812098 - 146000219455196
遺伝子シンボル: CDKAL1
タンパク質名: CDK5 regulatory subunit associated protein 1-like 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VT9V(20153063..20871202)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号234):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号363):
GCACCGCAAGATGGGAAGACAGGTGGCAACTCTCTTACAGGGATATCTTTTATTTGAGCAGAACCAGACCAACTGTTCCTCATTAAAACACATTTTGCAA
Y
GTGTTCTCATGTGAGCGCATCAAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTTCAGAGCATACTCAGCGATGTGCCATCTACAGGTCACAATTACAAATTCGCAACGTG
Celera SNP ID: hCV16203383
公開 SNP ID: rs2328574
ゲノム配列のSNP: 配列番号234
SNP位置, ゲノム: 698648
SNP 供給源: Celera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(C,-|T,-)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

遺伝子番号: 35
Celera 遺伝子: hCG2009327 - 30000035862829
遺伝子シンボル: PRH1
タンパク質名: proline-rich protein HaeIII subfamily 1
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W45C(1286365..1591315)
染色体: 12
OMIM 番号: 168730
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号235):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号364):

CAAGAGGAAGGAGATCAGAGTTTGCAAAGCTTTTATGTGGACCTTGGTGCTGAGATCTTGCGATCCTTCTCCATGGAGCTGCATCTTCTTGAGATGTTTA
Y
ACAGAGAACAGATTAGCATCAGAAAAGATATCAGGGACAGAGTAAAGGGTATGAAGCTCCATAGGGTAGTTACAGTCAAATATGAAAGATGTACTGTATT
Celera SNP ID: hCV12107274
公開 SNP ID: rs1376251
ゲノム配列のSNP: 配列番号235
SNP位置, ゲノム: 115186
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,77|T,41)
SNP 型: ミスセンス変異;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON


遺伝子番号: 36
Celera 遺伝子: hCG31283 - 30000023193853
遺伝子シンボル: PFAS
タンパク質名: phosphoribosylformylglycinamidine synthase (FGAR amidotransferase)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7238908..7280052)
染色体: 17
OMIM 番号: 602133
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号236):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号365):
TAGACTCTTGGGACCTAGACTTCTACACCAAGCGCTTCCAGGAGCTACAGCGGAACCCGAGCACTGTGGAGGCCTTTGACTTGGCGCAGTCCAATAGGTG
R
GGAGAAATGGGGTTGTTCCCATACCTGAGCCCATGGGTGTTGGGAGAGACCACAGGGGCTCACCTTCATGTTCCTCCCTTGGCTTAGGGGCCTCCCTGAG
Celera SNP ID: hCV25610955
公開 SNP ID: rs7221716
ゲノム配列のSNP: 配列番号236
SNP位置, ゲノム: 16507
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,13|G,107)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON

コンテクスト (配列番号366):
GTGCTCGGATTACAGGCGGGAGCCACCGCGCCCAGCCTCCGTCTCCCTCCTAAGTGACATCCTGTCCGGCATCCCGCAGGCCTTCAGATGGATGGGGTAG
S
AGAGCTCAGGAACTCAAACACAGCCCGCCTGGTGGATGACTTCTAAGCATCTTTCAGTCTCCCTGATCTTGCCAAGCAGAGAAGGGCTTCCTCGTAATGC
Celera SNP ID: hCV26960050
公開 SNP ID: rs7221547
ゲノム配列のSNP: 配列番号236
SNP位置, ゲノム: 9621
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,13|G,105)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号367):
TCTGTCTCCGCAGGAGGCCCATAGGATTCTGAAGAGCTGTGATGGGAGCCCTGCCTCGGCTCTCCATCAGACTCAGGACAGGCCACCAGGGCTGCTATCC
R
TCACCACACACCACCTCTCCCGTTTGACAGTGTCCAAATTGCCTCCTCTTCCCCACTTCTGGAATATGTGTTGAGAGACAGCAGTGAGATGCAGGAGGGC
Celera SNP ID: hCV30957101
公開 SNP ID: rs6503096
ゲノム配列のSNP: 配列番号236
SNP位置, ゲノム: 39634
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,18|A,102)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号368):
GGAGTCGGGGTCCTCGTACCACTGCCAGACTGTTCACCCAGTTCAAAGAAAACCCTGCCCGTTGCAGGCTCATGCCATTCTACTACATCCCTTTCATCCA
R
TTCTTTGTGTTCTACTGACTTCCCCAGCGCTTCCTTTGGGAGAAGGTGCCAATTCTTCAATAGTTGATTCCTCTCTAGAAATACAATGTTCCTGCCAGGT
Celera SNP ID: hCV30957093
公開 SNP ID: rs7225429
ゲノム配列のSNP: 配列番号236
SNP位置, ゲノム: 32261
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,18|A,102)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

遺伝子番号: 37
Celera 遺伝子: hCG31284 - 66000115704320
遺伝子シンボル: SLC25A35
タンパク質名: similar to 1810012H11Rik
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7213921..7239307)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号237):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号369):
GGCCCACTCCTGCTTCCTTGGAGGATCCCACCAGTGAGTCTCCCTGTTCTGTCCCTCCCAGCCCGATTCTCCTGGGAACCCAGTCATGAGATACCCGCCC
R
TTCCTTCCTCCTTACGGGGGCTGATTGAAGGTAAGCAAGAGATCAGTCTGGTACTGGGGCAGCCTCAGCAAGGCCTGATGAAGTGTCACGTCCTTTGCTA
Celera SNP ID: hDV71102112
公開 SNP ID: rs869773
ゲノム配列のSNP: 配列番号237
SNP位置, ゲノム: 9556
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,113|A,5)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3;INTRON

コンテクスト (配列番号370):
AAATACAGGCCAGGCCCTGTACAAGTCAGTGGAAAGTTGATGGTGAAAAGACAGACATGGACCCCTCTCTCCTGGTGCTTAGTGTGTTACACAGTGAGGC
R
CCTGCAGTGGTGACAGGAGCATAGCAGCACAGCAGGAGCCAGCAGTTAATCCACAAATGTTTTCTGGAGATCTGAGGATGAGCTAGCTAGGGAAGAAGGG
Celera SNP ID: hCV27915850
公開 SNP ID: rs4792722
ゲノム配列のSNP: 配列番号237
SNP位置, ゲノム: 2758
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,26|A,94)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号371):
GCTACCTACATTAACAGCTTTGCAGACAGAAATGAGGCCCAGGTGTTCTGTGCTCCATGAAAGAGTCTACTGGACTTCCAAGTCCTGGCCCTACCGGAGG
S
AGCTGGACTCAACACTTCTTTTATTAGAAGCTCCCTTTATAAGGGATTGTTTTGTTGTAAGTGACAGAAATCCAACTCAAACTAGCTTACAAAAAGGGAA
Celera SNP ID: hCV30294410
公開 SNP ID: rs9899432
ゲノム配列のSNP: 配列番号237
SNP位置, ゲノム: 20983
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,92|C,20)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号372):
ATGTAACTGCCCAGTGGGCTCTTCCTGTCCTCTGCACAAATAAAGACCACGGCATTGCAGTAAAGAAAGAGTTTAATTGACACGAGGCCGGCCATGCCAC
W
TGCAAAATTGATTATTACTCAAGTCAATCTCCCTGAAAATTCAGAGATCAGGGTTTTTGATAATTTGGTGGGTAGGGGGTCAGAAAGTGGGGAGTGCTAA
Celera SNP ID: hCV29573094
公開 SNP ID: rs8079361
ゲノム配列のSNP: 配列番号237
SNP位置, ゲノム: 21365
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,100|T,8)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

コンテクスト (配列番号373):
CGGGTGGGGTCACATAAGTTCAGGTCCACGCCCTGCTCGGTGCCGGCGCCAGGAGAGCCAGGAAGACGCGGCCCGGCTTGCGGGGGGTAGAGGGACACAC
Y
TGCGCTGCGGGACCAGTCTCCTGAGGCTGCACGGGTTGGTGCTTGGTTAATTAAATCCTTAGTCCTTAGGCTCTTTATTTTTATTTTTTATTTTTTTTGA
Celera SNP ID: hCV30957112
公開 SNP ID: rs7208297
ゲノム配列のSNP: 配列番号237
SNP位置, ゲノム: 15779
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,110|C,10)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 38
Celera 遺伝子: hCG32832 - 84000314349299
遺伝子シンボル: SPG20
タンパク質名: spastic paraplegia 20, spartin (Troyer syndrome)
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W8B1(17669409..17756722)
染色体: 13
OMIM 番号: 607111
OMIM 情報: Troyer syndrome, 275900 (3)

ゲノム配列 (配列番号238):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号374):
CTTTTCTCCAAAATGTTTTTCATTTTGTTTGTTTTTGCAAATATCTTAGATTACTAGGAAAGCCAAGTCTCTCTTCCTGGATTTCTTCTCCTATAAACCG
Y
CTATTGATACCTACCCACTTCTCTATGGAGCACAGATGAAGGATATTGGTCATGTATGTTGAAATATTTGTCCAACTTTATCCCTAGTTTTTTGACTTTG
Celera SNP ID: hCV9879153
公開 SNP ID: rs3736919
ゲノム配列のSNP: 配列番号238
SNP位置, ゲノム: 72700
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,61|T,57)
SNP 型: ミスセンス変異;INTRON

遺伝子番号: 39
Celera 遺伝子: hCG33195 - 84000313730962
遺伝子シンボル: KIF6
タンパク質名: 染色体 6 open reading frame 102
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(12492363..12669871)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:


ゲノム配列 (配列番号239):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号375):
ACAGGAATAGGTTAAACAGAAAGGTAGGGAGCCTTTTCTGGGAACTCTAACACCTCCGGTGAGTTCTCACCTTACCTTTTGTTAGAGAGGAGTTGGGACC
R
TTCATGCTGGGAGTCAGATGTCTGGAGAAATGGCTTCGTGTGATCGAGTGAATTCACTGCTGGAGAATTTACCTGTTGGCCCCAGAAGGAGTTTCACAGT
Celera SNP ID: hCV3054799
公開 SNP ID: rs20455
ゲノム配列のSNP: 配列番号239
SNP位置, ゲノム: 149694
SNP 供給源: ABI_Val;Applera;Celera;HGBASE;HapMap;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: ミスセンス変異

遺伝子番号: 40
Celera 遺伝子: hCG39289 - 93000022561622
遺伝子シンボル: ITPKA

タンパク質名: inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W323(8826725..8856477)
染色体: 15
OMIM 番号: 147521
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号240):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号376):
CTCTAGTCATTGTCCTTCCCTTCAGGGTGTTCCGCTCTCCTACCCCCAGCCAGAAGTCCCACTCCTCTCACCTTGATAGCTACCTGCAGGGGACTGGAGT
Y
CCCAGGAAGGCCAATTACCAGTCCCTCATACACCTCCCCAAAGGCACCATGGCCCAGGGCTCTGCAGGAAGACACGTTGGAAGGGAGTGGGCAGGCGGCC
Celera SNP ID: hCV25623506
公開 SNP ID:
ゲノム配列のSNP: 配列番号240
SNP位置, ゲノム: 22146
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,36|T,4) アフリカ系アメリカ人(C,37|T,1) 全体(C,73|T,5)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;UTR3


遺伝子番号: 41
Celera 遺伝子: hCG40419 - 104000117898327

遺伝子シンボル: ST14
タンパク質名: suppression of tumorigenicity 14 (colon carcinoma, matriptase, epithin
)

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40056278..40127041)
染色体: 11
OMIM 番号: 606797
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号241):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号377):
CACCCAAATCAAAGTGAAACTGACCAGCCAGCCTCCGGAGGCCCTCGCTGCATTTGTGAGGGAGGGGGAGGTGGGAAGATGAGGGTTTGAATTTGGGAGC
R
GGGAGAAGGAGGGGCATGGTGGAAGGGAGTCTGTGAAGCTCAAAGATAGTTTTGGGGGTCCCTCATGCCCTGGCCACGCCAGCAGTGCTGTGCACGCCAA
Celera SNP ID: hCV25767057
公開 SNP ID: rs12421950
ゲノム配列のSNP: 配列番号241
SNP位置, ゲノム: 50140
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,4|G,36) アフリカ系アメリカ人(A,0|G,36) 全体(A,4|G,72)
SNP 型: INTRON
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,101|A,1)
SNP 型: INTRON

遺伝子番号: 42
Celera 遺伝子: hCG40952 - 30000063684233
遺伝子シンボル: PTPRE
タンパク質名: protein tyrosine phosphatase, receptor type, E
Celera ゲノム軸: GA_x54KRFTF114(4291113..4489962)
染色体: 10
OMIM 番号: 600926
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号242):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号378):
TGGCCCTCTTTGGTCAACATTCTGCCTGGACATGTCAGCACGTACACAGCTTCCTACTTCTGTTTAATGGCTGCTTGGCATTCCACAGTATAAACATAAC
R
AAGTCTGGAGAGTCACCTCCACCTCCCCAGTGACAGACATTAACTTCTTTCCACATGCTGCAATTCTATAATTCAACTGTATAATGAATACTCCTGCATG
Celera SNP ID: hCV218623
公開 SNP ID: rs12261926
ゲノム配列のSNP: 配列番号242
SNP位置, ゲノム: 190357
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,112|G,8)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

コンテクスト (配列番号379):
TCAGAAGCAAAGTTTCAGGCTCACCTTTTCCTTCTCTGGAAAACTCAGCTCCTTCCCATCCTGGCCAGACCGGGACTCAGGAAGGGCTAAGCTAGCTGTT
Y
GGCATCTTTCCACCCAAAAGCATTTAGATATTTGTTCACTGTGTGCTGAGAAGAGCCCAAGTGCAATGTGTTGGAAAGAAGCAGGGAGGTGCTGAGGACA
Celera SNP ID: hCV374877
公開 SNP ID: rs12252890
ゲノム配列のSNP: 配列番号242
SNP位置, ゲノム: 184829
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,112|C,8)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON

コンテクスト (配列番号380):
GTGAAGGCAGGCACAGACGGTGCACACACATGGCCCATTGCTTCCCCGACCAACCTGGAATCCAAAGGAAGAGGCAGGCGAGCAAAGCGGGCTGTACAGA
K
GAGGGGGCAGAGGTGCTTCTGAGAGGGGTATCGGACGGTGCTCAGGGAGCCTCAGGGGCCACCTAGCGTTGTGTTACCTCCAAAGCAGTGCTTTCTCGGA
Celera SNP ID: hCV31968275
公開 SNP ID: rs11016062
ゲノム配列のSNP: 配列番号242
SNP位置, ゲノム: 194930
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,103|T,3)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号381):
GCCCATTGCTTCCCCGACCAACCTGGAATCCAAAGGAAGAGGCAGGCGAGCAAAGCGGGCTGTACAGAGGAGGGGGCAGAGGTGCTTCTGAGAGGGGTAT
Y
GGACGGTGCTCAGGGAGCCTCAGGGGCCACCTAGCGTTGTGTTACCTCCAAAGCAGTGCTTTCTCGGAGTAACAGAGGGCGGGCCCAGAGCCAAATAGCT
Celera SNP ID: hCV31968274
公開 SNP ID: rs11016063
ゲノム配列のSNP: 配列番号242
SNP位置, ゲノム: 194962
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,112|T,8)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 43
Celera 遺伝子: hCG2016139 - 145000147253802
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W40L(8639312..8690658)
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号243):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号382):
AGATTTATTTGCATTTCTATTTAAGCAGCATGTCTCGCTAAACTTTCTTTGAACTTTTCTGCACTAGGTCTGCACTGACATTGATGAGTGTCGAAATGGA
S
CGTGCGTTCCCAACTCGATCTGCGTTAATACTTTGGTAAGTATTTCTCACAGCTGTTGTTATCAAAGCAGAACCGGTTATTAAAACAAGTGTATGTTTAT
Celera SNP ID: hCV11433557
公開 SNP ID: rs1866389
ゲノム配列のSNP: 配列番号243
SNP位置, ゲノム: 23130
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,86|G,34)
SNP 型: ミスセンス変異;TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON


遺伝子番号: 44
Celera 遺伝子: hCG2032978 - 208000044094206
遺伝子シンボル: LOC399978
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40741875..40779789)
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号244):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号383):
TTTTCAGAATCTGATTCTCTGCCCCTTTCTCCTAATGAATCTCCATGTTGGTAGAAATACATTTATACCTTCCCTCCTTTAAAAATGGAATATGACACTA
S
AGACAGACGGCATCCTAGTCCCAGTCTTCCAAGTTCACATATGTAACACATCTCTGTATTGTATATTCATATGCATTTTCCCATCTCTATACCTAACAAC
Celera SNP ID: hCV1067003
公開 SNP ID: rs735094
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 21011
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,70|G,50)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号384):
ATGGGCAGAGGTAGCCTACTTGCCCAGCTGGAGAAGAGAAGGTAATCTACCACGTGGAAGGAAGGACATGAACAAAAAAATGAAAGCAGGAAGGAACATG
S
TGGTTTGGGCAGAATAAAAAATCCCTAGATTTTTTTGGAAGTTTCTCGTCTAACCTCCTGCCTAAACCATCTATAATACATTCTGTCCCCAAGAAAATGC
Celera SNP ID: hCV3108695
公開 SNP ID: rs4937582
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 36929
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,41|G,77)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号385):
TAAAACCCAAGTCCCTCGGCCACATTTGCACTGAAATGTAAAATAAAGGGTTAGACAGGTACAATTTCCTTTGTAGTGATAAAATCCTCTGATTCTATTG
Y
ATAATCTCCAAAAGCAGGTCCAAACCGAATAATTTTTTTCCCCTGAAACTAGATTCCTCCCTGTTTAGTAGAGTCCCCATTTCCAATTTAGGACTTTGCC
Celera SNP ID: hCV3251060
公開 SNP ID: rs7943757
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 12063
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,72|T,48)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号386):
ACAAAAAAAATACAGTGAGTAATGGCAATAATGTTCTCATTAAAGGAAAATACCTCACAACTTAGACAGAAACAGAGGGAATTAGTGAAACTCCATCCAT
Y
GAGGGCTCATAGGCTGCCCTTGGAAATACTCTTACCTGGTCACAGTACTAGTGAATTCATTTCCTGGTTAAGTTGGTAAGGTAGGCATCTTGAAAGACAT
Celera SNP ID: hCV3251061
公開 SNP ID: rs4366492
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 13162
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,62|C,58)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号387):
GTGTTCAAGTGACCCTTATTTTACTGAACAGTGGCTCCAAAGAACAAAAGTAGTGATGCTGGCCATTTGAACATGCCTAGGAGAAGCTGGGAAGTGCTTT
Y
GTTAAGTGAAAAGGTGAGAGCTCTTGACTTAATAACGAAAGAATAAAAATTGCAATATTAAAGTTGCTGAGATCTACAGTGAGAATGAATTTTTTTACCT
Celera SNP ID: hCV3251063
公開 SNP ID: rs6590512
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 13822
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,66|T,54)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号388):
CTTTGATGTATTAAAATATATTAATCGCTCTTAAAGTATCTCCTCACATGATGCTTATTAATTGCAAAAAGAAAAACAGTTAACTTTACAGAGGGGAAAC
Y
TGACAGCCTTCCCCATAAGCAAATGACCGGTGTAAGGTACAGTGGCATCATGTGCCTCTGGATACTATGCACTGAGAAGGACATAACACCACTGTGAGTA
Celera SNP ID: hCV3251074
公開 SNP ID: rs7106373
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 16954
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,40|C,80)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号389):
GGGTTTGAATCCCAGCTCTGACCTTTACTAACTGGATAAGTGGGGTGAATTACTTCTCTCTCTAAGCTTCAACTCCTCCATCTGTACATGGGGGTGGGGA
Y
CCTCATACTTCATGCAATCTTTGGGAGAATTAAGTGAGTTAATCCACATAGAGCACGGAAACCAGGCCTTGACATGTTGTGAGCCCTCTCTGATGTTAGC
Celera SNP ID: hCV3251078
公開 SNP ID: rs4601795
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 25332
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,66|C,54)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号390):
TCTCTCTAAGCTTCAACTCCTCCATCTGTACATGGGGGTGGGGATCCTCATACTTCATGCAATCTTTGGGAGAATTAAGTGAGTTAATCCACATAGAGCA
Y
GGAAACCAGGCCTTGACATGTTGTGAGCCCTCTCTGATGTTAGCTATTGCTATTAGAGCAAGTTATTTCCCCTTTTTGGGATTTCATACTGTTGTCCAGC
Celera SNP ID: hCV27868997
公開 SNP ID: rs4622274
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 25388
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,66|T,44)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号391):
AGTGTAACCTGAAGTGATGTAAGCCAGGCACAGAAAGACAAATACCACATGGTCTCACTTACATGTGAACTCTAAAGAGCTGAATTCATAGAAACACTGA
R
TAAAATAGTGGCTAACAGGCTGAAGGGTTGGAGGATTGGGGAGATGTTGGTCAAAGGACACAAAATTTCAGTTAGGAGGAAGAAGTTCAAAGATCTATTG
Celera SNP ID: hCV27868998
公開 SNP ID: rs4936121
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 29780
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,65|G,55)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

コンテクスト (配列番号392):
TCCAAGCTTAGGGAAGCCACTTAGCTCCCAGGAGCAGATGAGACCCAGTCCTCCTCCTAGCCCAATTGTAAGCAAAAAAATAATAGCAAAGTCTTTGCTC
R
GGGTCTTTTGGGACCAAACCACTTAAAAATAGAATACCCCAGAGAACATTTTAATCCTTGTAATTGAGGTATTTATCATCTGGAAATATAGCTGTTTCTA
Celera SNP ID: hCV29138817
公開 SNP ID: rs4936120
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 19354
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,70|A,48)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号393):
AGCTCAACTTGAAATACACTTCCCTGAAAGGATTACTTTGTTTTGGGACAAGGCTCATATCAATCTGTCCTGCCAAGAGATTACTGCTGTTAAACTGTTG
K
TTTTCACTGCTGTCAAACATAATCTTACAAGGAGAGAGAGGGGCAATCACCCTCAACACCCAGCTGCAAGAGAAGACTTTTGACTGGGCAGGACTTTTCC
Celera SNP ID: hCV29138819
公開 SNP ID: rs7116068
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 28641
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,69|T,49)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTERGENIC;UNKNOWN


コンテクスト (配列番号394):
AGGGTTTGGCCTAACACACAAAGGATGGGAAGAATAAAGAAACGATGTTCCAACAGTATTTCTGCAGATCTAAGCTACTGAAGGGATGCTGGACCAACCA
Y
GATAGATGCTTCCTTTTCCGCAGTGCCTCGAAAAACACTTAGGAGTGTGAAGGAGTGAAATTTTATGCTATTGGCCTTGTTCTCATTTACTTTTGATTAT
Celera SNP ID: hCV29138820
公開 SNP ID: rs7119425
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 29087
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,68|T,52)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号395):
CCCTCTCTGGGACTCAGTTTCCTACTCTGTACAATTGGGACGGTGACCTACTTTCAAGGACCTTTATAGTTCAAACGCTCTTCGGTTCTGTGAAAAGAAG
Y
CTTACATCATCCCATGGTGGGCTGCATGTCACATTATCACACAGAGTGGTCCTTGCTTTACAGAAAAATATTCATTTGCTCATTCATTCACCTATCCACT
Celera SNP ID: hCV29138822
公開 SNP ID: rs6590518
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 29432
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,68|T,52)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号396):
AGAGTTTTGGCTGGTGCAATCAGACAGTGCTTCTTGAAAATGGAACTTGAATTGGTCCTTATGGGCAGAGGTAGCCTACTTGCCCAGCTGGAGAAGAGAA
R
GTAATCTACCACGTGGAAGGAAGGACATGAACAAAAAAATGAAAGCAGGAAGGAACATGCTGGTTTGGGCAGAATAAAAAATCCCTAGATTTTTTTGGAA
Celera SNP ID: hCV29138826
公開 SNP ID: rs4936123
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 36869
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,67|A,53)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号397):
TTCTCATTTACTTTTGATTATTATAAAATTATTCTAACGCAAAACCCATAAAAAATTGGTAACTCAGAATCTCGCCAGATGAACTGTTACATCGGACTAC
R
CTCTAGGAAGAAGTATTAAAAATCAAAGATATTAACTTTCCAAGTGTTCATTTCCATCTGTTTTCCCTCTCTGGGACTCAGTTTCCTACTCTGTACAATT
Celera SNP ID: hCV31258077
公開 SNP ID: rs6590515
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 29267
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,68|A,52)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号398):
CCAAGTGTTCATTTCCATCTGTTTTCCCTCTCTGGGACTCAGTTTCCTACTCTGTACAATTGGGACGGTGACCTACTTTCAAGGACCTTTATAGTTCAAA
Y
GCTCTTCGGTTCTGTGAAAAGAAGCCTTACATCATCCCATGGTGGGCTGCATGTCACATTATCACACAGAGTGGTCCTTGCTTTACAGAAAAATATTCAT
Celera SNP ID: hCV31258078
公開 SNP ID: rs6590517
ゲノム配列のSNP: 配列番号244
SNP位置, ゲノム: 29407
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,68|T,52)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

遺伝子番号: 45
Celera 遺伝子: hCG2039811 - 208000027486904
遺伝子シンボル: KRT5
タンパク質名: keratin 5 (epidermolysis bullosa simplex, Dowling-Meara/Kobner/Weber-C
ockayne types)

Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W46Y(168432..194676)
染色体: 12
OMIM 番号: 148040
OMIM 情報: Epidermolysis bullosa simplex, Koebner, Dowling-Meara, and/Weber-Cocka
yne types, 131900, 131760, 131800 (3); Epidermolysis bullosa simplex with mottled pigmentation, 1319
60 (3)


ゲノム配列 (配列番号245):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号399):
CAGCCCCCCAGGTGTGTTCCAGCAAGCTCTATTCCACTAGGGAAGAAATGAGTCATCGTATGTGTTGATACAGGCTGAAGGCCGCCACAAACACATACCT
K
CAGGAGCTTCTAATCTCATCAGGAACATGTTGAGAGTCTGACGGCCTGTTATAACGGCGAACCACCCTGTTCCAAGCAGCGGGACTTGCTCTGCTTTCTC
Celera SNP ID: hCV945276
公開 SNP ID: rs89962
ゲノム配列のSNP: 配列番号245
SNP位置, ゲノム: 16815
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,69|T,49)
SNP 型: TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE;HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTERGENIC;UNKNOWN


遺伝子番号: 46
Celera 遺伝子: Chr11:127850642..127890642
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40719542..40759542)
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号246):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号400):
TCTTAGCACTCCCCCCACCCCTGCTCCGAAACTTGATTCAATCAGTGGTGGATGGGAAAGGCCCGTTTCCATGACAACCCCACTGTGAGAGAGAAAAATC
R
GCCACAGAGCAGGCTAGAATTTTATCTGGAAGAGGGCACTTGGGTAGGTTTAGAAATGGAGGCCCAGCAAACAGTGCGATGGGCTCGCATCCCATGGTGG
Celera SNP ID: hCV3251044
公開 SNP ID: rs7114655
ゲノム配列のSNP: 配列番号246
SNP位置, ゲノム: 20000
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,28|G,92)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号401):
TAAAACCCAAGTCCCTCGGCCACATTTGCACTGAAATGTAAAATAAAGGGTTAGACAGGTACAATTTCCTTTGTAGTGATAAAATCCTCTGATTCTATTG
Y
ATAATCTCCAAAAGCAGGTCCAAACCGAATAATTTTTTTCCCCTGAAACTAGATTCCTCCCTGTTTAGTAGAGTCCCCATTTCCAATTTAGGACTTTGCC
Celera SNP ID: hCV3251060
公開 SNP ID: rs7943757
ゲノム配列のSNP: 配列番号246
SNP位置, ゲノム: 34396
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.51)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,72|T,48)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号402):
ACAAAAAAAATACAGTGAGTAATGGCAATAATGTTCTCATTAAAGGAAAATACCTCACAACTTAGACAGAAACAGAGGGAATTAGTGAAACTCCATCCAT
Y
GAGGGCTCATAGGCTGCCCTTGGAAATACTCTTACCTGGTCACAGTACTAGTGAATTCATTTCCTGGTTAAGTTGGTAAGGTAGGCATCTTGAAAGACAT
Celera SNP ID: hCV3251061
公開 SNP ID: rs4366492
ゲノム配列のSNP: 配列番号246
SNP位置, ゲノム: 35495
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,62|C,58)
SNP 型: INTRON

コンテクスト (配列番号403):
GTGTTCAAGTGACCCTTATTTTACTGAACAGTGGCTCCAAAGAACAAAAGTAGTGATGCTGGCCATTTGAACATGCCTAGGAGAAGCTGGGAAGTGCTTT
Y
GTTAAGTGAAAAGGTGAGAGCTCTTGACTTAATAACGAAAGAATAAAAATTGCAATATTAAAGTTGCTGAGATCTACAGTGAGAATGAATTTTTTTACCT
Celera SNP ID: hCV3251063
公開 SNP ID: rs6590512
ゲノム配列のSNP: 配列番号246
SNP位置, ゲノム: 36155
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.6)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,66|T,54)
SNP 型: INTRON;REPEATS

コンテクスト (配列番号404):
CTTTGATGTATTAAAATATATTAATCGCTCTTAAAGTATCTCCTCACATGATGCTTATTAATTGCAAAAAGAAAAACAGTTAACTTTACAGAGGGGAAAC
Y
TGACAGCCTTCCCCATAAGCAAATGACCGGTGTAAGGTACAGTGGCATCATGTGCCTCTGGATACTATGCACTGAGAAGGACATAACACCACTGTGAGTA
Celera SNP ID: hCV3251074
公開 SNP ID: rs7106373
ゲノム配列のSNP: 配列番号246
SNP位置, ゲノム: 39287
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; Celera; HapMap
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,40|C,80)
SNP 型: INTRON;REPEATS

遺伝子番号: 47
Celera 遺伝子: Chr11:128036442..128076442
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VVY5(40905342..40945342)
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号247):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号405):
TTTATATTTTTCCTTCAAGGTTTGGGAGTTAGTAGCTTTATAGATAAGGGCAGTCTTGATCATAAACCTGACTACATTTGCACAAAATGGTGGAGTTAGT
Y
TATCCCTTCCCTGCTTTAAATCCTAGTGCTTACTAATAAATGTCCTTTGTGGCCTGCCCTGCAACCTCCCTCCACTAAATGGTGCACTTTTGTCTGCATT
Celera SNP ID: hCV26490121
公開 SNP ID: rs2875322
ゲノム配列のSNP: 配列番号247
SNP位置, ゲノム: 20000
関連照会 SNP: hCV16189747 (Power=.7)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,31|C,89)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

遺伝子番号: 48
Celera 遺伝子: Chr2:232460696..232500696
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32VWPT(43375226..43415226)
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号248):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号406):
AACCTCATCTCAAGACTCTGTGGCCAGGCCCTCACAACCTCCTGCCAGGCTCTCGCTACCTACCCATCAACAGCAAGACTCCCAGGCCATCTCAATCCCC
S
CAAAGAGCCCTGTTCCTCCAGCCCCACGGCTTCTGTTCACCTGCCGTGCTGTCCCCGCCTCTGCCCACCCACTCATCCTGCAGATCTGGAGCAGCATTCC
Celera SNP ID: hCV25963691
公開 SNP ID: rs3754699
ゲノム配列のSNP: 配列番号248
SNP位置, ゲノム: 20000
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(C,35|G,3) アフリカ系アメリカ人(C,31|G,7) 全体(C,66|G,10)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN
SNP 供給源: Applera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(C,-|G,-)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

遺伝子番号: 49
Celera 遺伝子: Chr17:8125566..8165566
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W2JD(7285976..7325976)
染色体: 17
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号249):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号407):
TGAAGGCTGAAGACAGAGACGATATGGCAAGAGGCAGTGGCCTGGAATGGGGACTGACCACCCTGCAGAAGTTCAGCCAGGTAGATGTGGGGCAGGGGAA
Y
GCTAAATAAATACAGGGAGACAGAGACAGGGGTCAAGATAACAGAACAGGCAAAGGGGTTCTGAAAGCAGGGTGGGTCTAGAAGGACTTAGAGGGCATCA
Celera SNP ID: hCV22275215
公開 SNP ID: rs3826543
ゲノム配列のSNP: 配列番号249
SNP位置, ゲノム: 35642
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val; HGBASE
集団(対立遺伝子,数): 白人(T,19|C,101)
SNP 型: ミスセンス変異;ESS

コンテクスト (配列番号408):
GGTTGAGGGCTCAGTCCCACAAGACTGCCCCTCACTTTGGATGCCAACTGCAAGCCTCAGGTTGTTTTTACCTGTACTCATGACTAACTGGGTGTAAGCT
R
GGGTTCCTACGATTCCCTCTTTATGTTCAATGAATTTGCTAGAGTGGCTGACAGAACTCAGGAAAAAATGTTTACTGGTTTATTATAAAGGATTTTTTTT
Celera SNP ID: hCV31793593
公開 SNP ID: rs4792590
ゲノム配列のSNP: 配列番号249
SNP位置, ゲノム: 20001
関連照会 SNP: hCV22275215 (Power=.8)
SNP 供給源: dbSNP; HapMap; ABI_Val
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,12|G,108)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN;REPEATS

遺伝子番号: 50
Celera 遺伝子: Chr6:34607097..34646076
遺伝子シンボル:
タンパク質名:
Celera ゲノム軸: GA_x5YUV32W6W6(6071418..6110397)
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:

ゲノム配列 (配列番号250):

SNP 情報

コンテクスト (配列番号409):
AGCAGCAGGGTAGAAAAGGCAGCCATAACTGCAAGGCAGGCAGAAGATGTAGCAGAGTAGACAGGAAGCAGTCCAACTGACAGAGAATACTGGAAGATAT
K
AGAACAACTAAGGGACACAAAATAAAATGACAAACACTTGGATGCAAGAGTGATGCCAGGGCCAAGGAAAATTAAACATGGCCAAGATGGCCACAAAACA
Celera SNP ID: hCV25745415
公開 SNP ID: rs3130210
ゲノム配列のSNP: 配列番号250
SNP位置, ゲノム: 20000
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(G,30|T,8) アフリカ系アメリカ人(G,22|T,10) 全体(G,52|T,18)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN
SNP 供給源: Applera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(G,-|T,-)
SNP 型: INTERGENIC;UNKNOWN

コンテクスト (配列番号410):
CCCTGTGGAGTCAAAGGTTAAAACTCACAGGTGACAGGGCCAGCACACTAAACCCCACTTGCTTCTCCTCTTTCCACCACCTCAGCCCTGTGACCAGCAT
R
ACTTACAGGTTCCAGCACTGCAGGCTCTCTCTTCTCTCCCTTCAGCCCCCGGGGCCCATGGGCAGCCTAAGGGAGACACACATGTAACCCCAGTGGGGCC
Celera SNP ID: hCV25749177
公開 SNP ID: rs3129196
ゲノム配列のSNP: 配列番号250
SNP位置, ゲノム: 18979
SNP 供給源: Applera
集団(対立遺伝子,数): 白人(A,7|G,29) アフリカ系アメリカ人(A,11|G,23) 全体(A,18|G,52)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTERGENIC;UNKNOWN
SNP 供給源: Applera;HGBASE;dbSNP
集団(対立遺伝子,数): no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: HUMAN-MOUSE SYNTENIC REGION;INTERGENIC;UNKNOWN
（表３）
hCV25623506 配列番号 164
hCV25623506 配列番号 165
hCV25623506 配列番号 166
hCV25623506 配列番号 167
hCV25623506 配列番号 168
hCV25623506 配列番号 169
（表４）
hCV25623506 配列番号294
hCV25623506 配列番号376
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図１は、コンピューター読取可能な形態にある本発明のＳＮＰ情報を収容するコンピューターに基づく発見システムのダイアグラムを提供する。

Claims (25)

  1. 心筋梗塞（ＭＩ）を発症する変更された危険性を有する個体を同定するインビトロの方法であって、該方法が、
    該個体の核酸における配列番号２６３のヌクレオチド配列内の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程
    を包含し、ここで該個体は、配列番号２６３の１０１位におけるＧの存在、または、その相補体の１０１位におけるＣの存在に起因して、心筋梗塞を発症する増加した危険性を有す、方法。
  2. 個体が、心筋梗塞を有する該個体の危険性を低下させるためのＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター処置に応答する可能性を評価するインビトロの方法であって、該方法は、該個体の核酸における配列番号２６３のヌクレオチド配列内の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該個体は、配列番号２６３の１０１位におけるＧの存在、または、その相補体の１０１位におけるＣの存在に起因して、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター処置に応答するより高い可能性を有する、方法。
  3. 前記核酸が、前記個体由来の生物学的サンプルから単離された核酸である、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記核酸は、前記個体の血液細胞、唾液または口腔スワブから調製される、請求項１または２に記載の方法。
  5. 前記検出する工程が、核酸増幅を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 前記核酸増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応によって行われる、請求項５に記載の方法。
  7. 前記個体の核酸と検出試薬とを接触させる工程、および配列番号２６３の１０１位にどのヌクレオチドが存在するかまたは存在しないかを決定する工程を包含する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記検出試薬は、ポリヌクレオチドプローブである、請求項７に記載の方法。
  9. 前記プローブの３’末端は、前記核酸内のＳＮＰにハイブリダイズする、請求項８に記載の方法。
  10. 前記プローブは、レポーター色素によって標識される、請求項８に記載の方法。
  11. 前記検出工程は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、サイズ分析、一本鎖立体配座多型分析（ＳＳＣＰ）または変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して行なわれる、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
  12. 請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法における増幅されたポリヌクレオチドの使用であって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号２６３またはその相補体の１０１位における一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、１６ヌクレオチドと１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、使用。
  13. 前記増幅されたポリヌクレオチドは、配列番号２６３のヌクレオチド配列を含む、請求項１２に記載の使用。
  14. 請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法における単離されたポリヌクレオチドの使用であって、該単離されたポリヌクレオチドが、配列番号２６３またはその相補体の１０１位における一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に特異的にハイブリダイズする、使用。
  15. 前記単離されたポリヌクレオチドが、１６ヌクレオチド〜７０ヌクレオチドの長さである、請求項１４に記載の使用。
  16. 前記単離されたポリヌクレオチドが対立遺伝子特異的プローブである、請求項１４に記載の使用。
  17. 前記単離されたポリヌクレオチドが対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１４に記載の使用。
  18. 請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法における試験キットの使用であって、該試験キットが、請求項１２〜１７のいずれか１項に定義されるポリヌクレオチド、緩衝液、および酵素を備える、使用。
  19. 前記個体が、前記Ｇまたは前記Ｃに関してホモ接合性である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法または使用。
  20. 前記個体が、前記Ｇまたは前記Ｃに関してヘテロ接合性である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法または使用。
  21. 心筋梗塞（ＭＩ）を発症する変更された危険性を有する個体を同定するインビトロの方法であって、該方法が、
    配列番号６７のアミノ酸配列の１７０位におけるアルギニン（Ｒ）またはトリプトファン（Ｗ）の存在を検出する工程
    を包含し、ここで、該個体は、配列番号６７のアミノ酸配列の１７０位におけるＲの存在に起因して、ＭＩを発症する増加した危険性を有する、方法。
  22. 個体が、心筋梗塞を有する該個体の危険性を低下させるためのＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター処置に応答する可能性を評価するインビトロの方法であって、該方法は、配列番号６７のアミノ酸配列の１７０位におけるアルギニン（Ｒ）またはトリプトファン（Ｗ）の存在を検出する工程を包含し、ここで、該個体は、配列番号６７のアミノ酸配列の１７０位におけるＲの存在に起因して、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター処置に応答するより高い可能性を有する、方法。
  23. 請求項２１または２２に記載の方法におけるタンパク質検出試薬の使用であって、該タンパク質検出試薬は、１７０位にＷを有する配列番号６７のアミノ酸配列を有する該タンパク質の改変体形態と比較して、配列番号６７のアミノ酸配列の１７０位にＲを有するタンパク質に選択的に結合する、使用。
  24. 前記試薬は、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプチド、リガンドまたは低分子化合物である、請求項２３に記載の使用。
  25. 前記試薬は、レポーター色素または造影剤によって標識される、請求項２４に記載の使用。
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