JP5023474B2 - カロテノイド合成微生物の作製方法およびカロテノイドの製造方法 - Google Patents
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Yokoyama, A., H. Izumida, and W. Miki, Procuction of astaxanthin and 4-ketozeaxanthin by the marine bacterium, Agrobacaterium aurantiacum, Biosci. Biotechnol. Biochem., 58: 1842-1844(1994). Norihiko Misawa, Yoshiko Satomi, Keiji Kondo, Akihiro Yokoyama, Susumu Kajiwara, Tochiko Saito, Takeshi Ohtani, and Wataru Miki, Structure and functional analysis of a marine bectarial carotenoid biosynthesis gene cluster and astaxanthin biosynthetic pathway proposed at the gene level, J. Bacateriology, 177: 6575-6584(1995). Eric A. Johnson, and William A. Schroeder, Microbial Carotenoids, Advances in Biochemical Engineering Biotechnology, 53: 119-178(1995). P. C. Lee, and Schmidt-Dannert, Metabolic engineering towards biotechnological production of carotenoids in microorganism, 60: 1-11(2002). Kovach, M. E. et al., GENE166, 175-176(1995). R. Simon, U. Priefer, and A. Puhler, A broad host range mobilization system for in vivo genetic engineering: transposon mutagenesis in gram negative bacteria, BIO/TECHNOLOFY, 1: 784-791(1983). Cedric Y. Szpiper, Michel Faelen, and Martine Couturier, Mobilization function of the pBHR1 plasmid, a derivative of the broad-host-range plasmid pBBR1, J. Bacteriology, 183: 2101-2110(2001).
(2)カロテノイド合成活性を有するポリペプチドが以下の(i)または(ii)のポリペプチドである(1)のカロテノイド生成増大方法。
(i)配列番号2、3、4、5、6又は7に示したアミノ酸配列を有するポリペプチド。
(ii)配列番号2、3、4、5、6又は7に示したアミノ酸配列において実質的に相同なアミノ酸配列を有するポリペプチド。
(3)上記(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)の群から選択されるDNA鎖をパラコッカス(Paracoccus)sp.等のカロテノイド産生微生物に導入して該形質転換微生物を培地で培養することを特徴とする、カロテノイドの製造方法。
(4)カロテノイド合成活性を有するポリペプチドが以下の(i)または(ii)のポリペプチドである(1)のカロテノイド製造方法。
(i)配列番号2、3、4、5、6又は7に示したアミノ酸配列を有するポリペプチド
(ii)配列番号2、3、4、5、6又は7に示したアミノ酸配列において実質的に相同なアミノ酸配列を有するポリペプチド。
ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするとは、プローブが典型的には核酸の複雑な混合物中で、その標的配列にハイブリダイズするが、他の核酸にはハイブリダイズしない条件を意味する。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、異なる環境においては異なることになる。より長い配列では、特異的に、より高温でハイブリダイズする。一般に、高度にストリンジェントな条件は、規定のイオン強度およびpHで、特異的配列の熱融解温度よりも約5〜10℃低くなるように選択される。低ストリンジェントな条件は一般的には、融解温度よりも約15〜30℃低くなるように選択される。融解温度は、規定のイオン強度、pH、核酸配列で標的核酸に対して相補的なプローブにおいて50%が平衡状態で占有される温度である。ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸でも、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一であれば、実質的に同一である。これは、例えば、核酸のコピーが遺伝暗号によって許容される最大コドン縮重を用いて作製される場合に起こる。そのような場合、核酸は典型的に中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。
パラコッカス属細菌MBIC1143株をOEG培地(2 g/Lのトリプチケースペプトン、1 g/Lの酵母抽出液、8.8 g/LのNaCl、0.73 g/Lの硫酸マグネシウム・7水和物、3.6 g/Lのリン酸二カリウム・無水、1.4 g/Lのリン酸一カリウム、1 g/LのD-グルコース)を用いて25℃(回転振とう120 rpm)にて3日間培養した。パラコッカス属細菌MBIC1143株は株式会社海洋バイオテクノロジー研究所から分譲を受けた。
pUCCRTは開示した特願2005-106045の方法に従い、大腸菌内においてカロテノイド合成活性を示すことを確認した。
プラスミドベクターpUCCRTを制限酵素BamHIで処理し、カロテノイド合成遺伝子断片(約5.4 kbase)を得た。次いでこの断片を広宿主域ベクターpBBR1MCS2のBamHIサイトに挿入した。ヒートショック法により大腸菌JM109株に遺伝子導入を行い、50 μg/mlのカナマイシンを含むLB寒天培地により形質転換を行った。カナマイシン耐性を獲得した任意の形質転換株をLB培地で培養し(37℃、18時間)、プラスミド抽出キット(キアゲン社製)を用いてプラスミド抽出を行った。プラスミドを制限酵素BamHIで処理したところ、先のインサートを確認することができた。インサート断片の挿入方向は2種類ある。すなわち、pBBR1MCS2ベクター中のlacプロモータとインサート断片の転写方向が正方向であるベクター(pBBR1MCS2CRT)および逆方向のベクター(pBBR1MCS2CRTrv)である。図4に作製したベクターの構造を示す。
カロテノイド合成遺伝子断片がクローニングされたpBBR1MCS2CRTおよびpBBR1MCS2CRTrvのそれぞれのベクターをヒートショック法により大腸菌S17-1株に遺伝子導入を行い、50 μg/mlのカナマイシン、10 μg/mlのストレプトマイシンを含むLB寒天培地により形質転換を行った。カナマイシン耐性を獲得した任意の形質転換株を同LB培地で培養し(37℃、18時間)、プラスミド抽出キット(キアゲン社製)を用いてプラスミド抽出を行い、プラスミドが導入されたかどうか確認した。次いで、制限酵素BamH I処理を行い、大腸菌S17-1株内でプラスミドが正しく複製されたかどうか確認した。2種類のプラスミドベクターはそれぞれ大腸菌S17-1株にて組換え等起こることなく複製されていた。
pBBR1MCS2CRT、pBBR1MCS2CRTrvのプラスミドを保持したパラコッカス属細菌をそれぞれ100μg/mlのカナマイシンを含むOEG培地で培養した(25℃)。培養は100 ml容のバッフル付三角フラスコに60mlの培地を入れ、120rpmの回転振とう培養器で行った。
実施例4の通り、カロテノイド合成遺伝子断片をpBBR1MCS2ベクターに挿入し、パラコッカス属細菌で同種発現を試みたところ有意にカロテノイドの一種であるアスタキサンチンの産生量が増加した。さらに、ベクターに対する挿入方向は関係なく活性向上を確認することができた。すなわち、pBBR1MCS2ベクター中に挿入されていlacプロモータの機能を利用しないでカロテノイド合成遺伝子が発現したことを意味する。そこで、増幅したカロテノイド合成遺伝子の転写上流方向の配列(配列番号1記載の1から450 番目まで)についてプロモータ解析を実施した。解析は市販のソフトウェアーであるGENETYX(ゼネティクス社製)を利用した。解析結果、増幅DNA中のcrtW遺伝子の上流にプロモータとして機能する配列を見出すことができた(表2)。配列番号19記載の1番からcrtW遺伝子の直近までの塩基配列はパラコッカス(Paracoccus)sp.内でプロモータ活性を有する塩基配列であると推定できる。なお、表中のプロモータスコアー値はGENETYXソフトウェアーが算出した数値で、高い値ほどプロモータ機能があると考えることができる。
実施例1と同様にパラコッカス(Paracoccus)sp.のゲノムDNAを調製した。次いで、β-カロテン酸化酵素である遺伝子crtWおよびcrtZを含む領域をPCRにより増幅した。塩基配列を配列番号9に示す。PCRは配列番号13と配列番号15(’5-cgggatccgcagggcgatcagcccgttggcaagg -3’)のプライマーを使用した。次いで、テンプレートとなる調製DNA 1.0 μLに、水16.5 μL、2×High GC緩衝液(タカラバイオ社製)を25 μLをそれぞれ添加し、94℃で10 分間加熱した。氷冷後、dNTP 5 μL、配列番号13 の10 pmol/μLのフォワードプライマー 2.0 μL、配列番号15の 10 pmol/μLのリバースプライマー2.0 μLを添加し、最後にexTaq DNAポリメラーゼ (タカラバイオ社製)0.5 μLを加えた。反応は94℃、30秒のステップ、次いで60℃、30秒の第2のステップ、最後に72℃、2分の第3ステップを30サイクル行い、最後に72℃、7 分間反応させた。増幅された断片をアガロース電気泳動で確認し、抽出精製(キアゲン社製QIAgen Gel Extraction Kit)した。プラスミドベクターpBBR1MCS2のBamHIサイトに挿入するため、この精製DNAを制限酵素BamHIで消化した。これらをライゲーション後、ヒートショック法により大腸菌JM109株に遺伝子導入を行い、50μg/mlのカナマイシンを含むLB寒天培地により形質転換を行った。カナマイシン耐性を獲得した任意の形質転換株をLB培地で培養し(37℃、18時間)、プラスミド抽出キット(キアゲン社製)を用いてプラスミド抽出を行った。プラスミドを制限酵素BamHIで処理したところ、先のインサートを確認することができた。インサート断片の挿入方向は2種類ある。すなわち、pBBR1MCS2ベクター中のlacプロモータとインサート断片の転写方向が正方向であるベクター(pBBR1MCS2CRTWZ)および逆方向のベクター(pBBR1MCS2CRTWZrv)である。図5にそれぞれの構造を示す。
pBBR1MCS2CRTWZおよびpBBR1MCS2CRTWZrvを実施例3と同様に大腸菌S17-1株導入し、接合伝達によりパラコッカス(Paracoccus)sp.の変異株を形質転換した。3日間培養後、カロテノイドをHPLCにより定量した。表3に結果を示す。表中Axはアスタキサンチン、TCは総カロテノイドを表す。
実施例1と同様にパラコッカス(Paracoccus)sp.のゲノムDNAを調製した。次いで、ゲラニルゲラニル2リン酸合成酵素遺伝子(crtE)領域をPCRで増幅した。crtE遺伝子の上流域にあると考えられるプロモータ領域が不明のため、配列番号1記載の塩基配列を参考にし、ハイブリダイズ領域が異なる2組のPCRプライマーを設計・使用した。すなわち、配列番号16(5’- ctagtctagatgcttgacaatccgggtgacgcgg-3’)と配列番号17(5’-tgggagctcatcacgcctaggcgcgcgcggcgtag-3’)記載の組合わせ、もう一つは配列番号18(5’-ctagtctagagccggtccactgaccttgttggac-3’)と配列番号17記載の組合わせである。増幅される領域は前者が約1.2 kbase、後者が1.1 kbaseである。それぞれの塩基配列を配列番号10と配列番号11に示す。また、増幅領域が長いものをPcrtE1crtE、短いものをPcrtE2crtEとした。PcrtE1crtEについては、先ず、PCRはテンプレートとなる調製DNA 1.0 μLに、水16.5 μL、2×High GC緩衝液(タカラバイオ社製)を25 μLをそれぞれ添加し、94℃で10 分間加熱した。氷冷後、dNTP 5 μL、配列番号16 の10 pmol/μLのフォワードプライマー 2.0 μL、配列番号17の 10 pmol/μLのリバースプライマー2.0 μLを添加し、最後にexTaq DNAポリメラーゼ (タカラバイオ社製)0.5 μLを加えた。反応は94℃、30秒のステップ、次いで60℃、30秒の第2のステップ、最後に72℃、2分の第3ステップを30サイクル行い、最後に72℃、7 分間反応させた。増幅された断片をアガロース電気泳動で確認し、抽出精製(キアゲン社製QIAgen Gel Extraction Kit)した。さらに、制限酵素Xba Iおよび SacIによって消化し、プラスミドベクターへの挿入末端を揃えた。同様にして、PcrtE2については配列番号17と配列番号18記載のプライマーを使用して調製した。
図6にそれぞれの構造を示す。
pBBR1MCS2PcrtE1crtEおよびpBBR1MCS2PcrtE2crtEを実施例3と同様に大腸菌S17-1株導入し、接合伝達によりパラコッカス(Paracoccus)sp.の変異株を形質転換した。実施例4と同様に5日間培養後、カロテノイドを定量した。表4に結果を示す。
実施例7の通り、ゲラニルゲラニル2リン酸合成酵素をコードしている領域882 baseに対して上流域の配列を付加することによりカロテノイド合成量が有意に増加することがわかった。すなわち、ゲラニルゲラニル2リン酸合成酵素ORFの上流域の約300 baseの塩基配列、あるいは約200 baseはプロモータ機能を有するDNA鎖であることが判明した。それぞれの塩基配列を配列番号20と配列番号21に記載する。
実施例7記載のpBBR1MCS2PcrtE1crtEを制限酵素XbaIで消化した。切断末端をDNA Blunting Kit(タカラバイオ社製)により平滑化し、フェノールクロロホルム抽出、エタノール沈殿により精製した。次いで、実施例2で調製した、制限酵素BamH Iで消化したカロテノイド合成遺伝子断片を同様に、平滑化、フェノールクロロホルム抽出、エタノール沈殿により精製した。これらをライゲーションし、50 μg/mlのカナマイシンを含むLB寒天培地により大腸菌JM109を形質転換した。任意のコロニーをピックアップし、培養後、プラスミド調製を行い、設計通りのコンストラクトであることを電気泳動により確認した。作製した装入断片の塩基配列を配列番号12に示す。また、このコンストラクトをpBBR1MCS2PcrtE1crtECRTとした。図7に構造を示す。
pBBR1MCS2PcrtE1crtECRTを実施例3と同様に大腸菌S17-1株導入し、接合伝達によりパラコッカス(Paracoccus)sp.の変異株を形質転換した。実施例4と同様に5日間培養後、カロテノイドをHPLCにより定量した。定量結果を表5に結果を示す。表中Axはアスタキサンチン、TCは総カロテノイドを表す。また、培養3日目のTSTT001株のHPLCのパターンを図8に示す。
Claims (7)
- (a)および(b)に記載のDNA配列を含むDNA鎖と配列番号19に記載の海洋性細菌内でプロモータ活性を有するDNA鎖との組み合わせからなる、連続したオリゴヌクレオチド。
(a)配列番号2記載の、パラコッカス(Paracoccus)sp. MBIC1143株のβ−イオノン環の4位のメチレン基をケト基に変換する酵素活性を有するポリペプチドをコードするDNA配列。
(b)配列番号3記載の、パラコッカス(Paracoccus)sp. MBIC1143株の4−ケト−β−イオノン環の3位および/またはβ−イオノン環の3位の炭素に一つの水酸基を付加する酵素活性を有するポリペプチドをコードするDNA配列。 - 請求項1記載のオリゴヌクレオチドを含むプラスミドベクター。
- 配列番号9記載のDNA配列であるDNA鎖を有する、請求項2記載のプラスミドベクター。
- 請求項2に記載のプラスミドベクターにより形質転換されたパラコッカス属(Paracoccus sp.)細菌。
- カロテノイドの調製方法であって、
請求項2に記載のプラスミドベクターのポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの発現を可能にする条件下で請求項4に記載のパラコッカス属(Paracoccus sp.)細菌を培養する段階、および
カロテノイドを該細菌または該細菌の培地から単離する段階を含む方法。 - 前記形質転換されたパラコッカス属(Paracoccus sp.)細菌の16SrRNAをコードするDNA配列と配列番号24記載のDNA配列との相同性が97%以上である請求項4に記載の細菌。
- 請求項2に記載のプラスミドベクターによりパラコッカス(Paracoccus)sp. MBIC1143株を形質転換することにより得られる、請求項4に記載のパラコッカス属(Paracoccus sp.)細菌。
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