JP4959110B2 - 抗病原体治療 - Google Patents

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Description

発明の詳細な説明
関連出願
本出願は、2002年2月7日出願、米国仮出願第60／355,359号、2002年2月7日出願、米国仮出願第60／355,022号、および2002年12月10日出願、米国仮出願第60／432,386号の利益を請求する。
上記の出願の教示全体が、参考として本明細書に援用される。
政府の支援
本発明は、全体または一部が、米国空軍から契約番号F19628−00−C−0002として支援された。米国政府は本発明に一定の権利を有する。
発明の背景
多くの病原体が、感染した宿主細胞または生物体の天然の防御を回避する能力を有する。結果として、感染された宿主は、その病原に関連する疾患または障害を発症する。
病原体感染のための処置は、一般的には、特定の病原体の性質または特徴を識別することを標的としている。例えば、アシクロビルは、ヘルペスウイルス感染の複製段階を標的しており、ジドブジン／AZTは、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）の逆転写酵素を標的としており、種々のプロテアーゼインヒビターは、HIVプロテアーゼを標的としている。しかし、一般に、これらの治療は、多くの欠点を有している。この欠点としては、有用性が特定の病原体に限定されること、病原体のばらつきに起因する無効性、および毒性の副作用が挙げられる。さらに、これらの治療の多くは、開発が遅れがちである。
従って、広範囲の病原体に有効であり、かつ既存の治療の欠点を克服する抗病原体治療の開発の必要性が存在する。
発明の要旨
本発明は、キメラ分子のような因子、またはその成分であって、本明細書に記載されるように、一緒にアセンブルされてこのキメラ分子または因子を形成し得るものに関する。本発明のキメラ分子または因子は、少なくとも１つの病原体検出ドメイン（または病原体認識ドメイン）、または病原体、病原体成分、病原体産物もしくは病原体により誘導される産物と特異的に相互作用し得る分子構造、および／または少なくとも１つのエフェクタードメイン、または所望のエフェクター機能を誘発し得る分子構造を有し、これらのドメインまたは分子構造は、一般的には、自然界では連結されていることも一緒に結合することもない。本発明はまた、細胞または生物体における病原体感染の処置または予防のためのこの因子の使用に関する。
１つの実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、このような病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは通常は互いに連結されておらず、そしてこの細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
別の実施形態では、細胞中で病原体感染を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物を検出するドメインおよびエフェクタードメインは通常は互いに連結されておらず、そして細胞における病原体により誘導される産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
さらなる実施形態において、生物体における病原体の伝播を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこのような生物体に投与する工程を包含し、このような病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは通常は互いに連結されておらず、そしてこの生物体における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体の伝播を処置または予防する。
なおさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの生物体に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物を検出するドメインおよびエフェクタードメインは通常は互いに連結されておらず、そしてこの生物体における病原体により誘導される産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
本発明の別の実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子を細胞に投与する工程を包含し、このような病原体と相互作用する分子構造およびエフェクターを媒介する分子構造は自然界では細胞中に存在しない因子であり、そして細胞における病原体の存在下で、この因子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子を細胞に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造およびエフェクターを媒介する分子構造は自然界では細胞中に存在しない因子であり、そして細胞における病原体により誘導される産物の存在下で、この因子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
さらなる実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの生物体に投与する工程を包含し、このような病原体と相互作用する分子構造およびエフェクターを媒介する分子構造は生物体中に自然界には存在しない因子であり、そしてこの生物体における病原体の存在下で、この因子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
別の実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子を生物体に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造およびエフェクターを媒介する分子構造は自然界では細胞中に存在しない因子であり、そしてこの生物体における病原体により誘導される産物の存在下で、この因子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、キメラ分子の個々の成分であって、この成分は、一緒にアセンブルされて、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を形成する成分をこの細胞に投与する工程を包含し、このような病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは、通常は互いに連結されておらず、そしてこの細胞における病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、このキメラ分子は、この細胞において、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明の別の実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、キメラ分子の個々の成分であって、この成分は、一緒にアセンブルされて、少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を形成する成分をこの細胞に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物を検出するドメインおよびエフェクタードメインは、通常は互いに連結されておらず、そしてこの細胞における病原体により誘導される産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態において、生物体における病原体感染を処置または予防するための方法は、キメラ分子の個々の成分であって、この成分は、一緒にアセンブルされて、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を形成する成分をこの生物体に投与する工程を包含し、このような病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは、通常は互いに連結されておらず、そしてこの生物体における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
本発明の別の実施形態において、生物体における病原体感染を処置または予防するための方法は、キメラ分子の個々の成分であって、この成分は、一緒にアセンブルされて、少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子を形成する成分をこの生物体に投与する工程を包含し、このような病原体により誘導される産物を検出するドメインおよびエフェクタードメインは、通常は互いに連結されておらず、そしてこの生物体における病原体により誘導される産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子であって、この病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは、自然界では細胞中に存在しないものであるキメラ分子が提供される。
本発明のなおさらなる実施形態において、少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子であって、この病原体により誘導される産物を検出するドメインおよびエフェクタードメインは、自然界では細胞中に存在しないものであるキメラ分子が提供される。
本発明のなお別の実施形態において、少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造検出および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子であって、この因子は、自然界では細胞中に存在しないものである因子が提供される。
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子であって、この因子は、自然界では細胞中に存在しないものである因子が提供される。
本発明の別の実施形態において、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの細胞における病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本発明のさらに別の実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、および適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの細胞（単数または複数）に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここで病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化する。これによって、この生物体から単離した細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この生物体における病原体感染の有無を示す。
本発明のなおさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体からサンプルを獲得する工程、およびこのサンプルを未感染の細胞に与える工程、次いで適切な細胞培養培地中でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここで病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化する。これによって、エフェクタードメイン活性化の有無を決定する工程が、この生物体から獲得されたサンプルにおける病原体感染の有無を示す。
本発明のなおさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体からサンプルを獲得する工程、およびこのサンプルを未感染の細胞に与える工程、次いで適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの細胞に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの細胞における病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、この因子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この生物体から獲得されたサンプルにおける病原体感染の有無を示す。
本発明のさらなる実施形態において、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をその細胞に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの細胞における病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、この因子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この生物体における病原体感染の有無を示す。
本発明の別の実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、および適切な細胞培養培地でこの細胞（単数または複数）を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの細胞（単数または複数）に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この生物体における病原体感染の有無を示す。
本発明の別の実施形態では、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの細胞における病原体により誘導される産物の存在下で、このキメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによって、この細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本発明のなお別の実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、および適切な細胞培養培地でこの細胞（単数または複数）を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をこの細胞（単数または複数）に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの病原体、病原体成分または病原体産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化する。これによって、この生物体から単離されたこの細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この生物体における病原体感染の有無を示す。
本発明のさらなる実施形態では、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をその細胞に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの細胞における病原体により誘導される産物の存在下で、この因子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本発明のなおさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体からサンプルを獲得する工程、および未感染の細胞にこのサンプルを与える工程、次いで適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物を検出するドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をその細胞に投与する工程を包含し、このようなキメラ分子は自然界では細胞中に存在せず、ここでこの病原体により誘導される産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化する。これによって、エフェクタードメイン活性化の有無を決定する工程が、この生物体から得られたサンプルにおける病原体感染の有無を示す。
本発明のなおさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体からサンプルを獲得する工程、および未感染の細胞にこのサンプルを与える工程、次いで適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの細胞に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの病原体により誘導される産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この生物体から得られたサンプルにおける病原体感染の有無を示す。
本発明の別の実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、および適切な細胞培養培地でこの細胞（単数または複数）を培養する工程、ならびに少なくとも１つの病原体により誘導される産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの細胞（単数または複数）に投与する工程を包含し、このような因子は自然界では細胞中に存在しないものであり、ここでこの病原体により誘導される産物の存在下で、キメラ分子は、この病原体により誘導される産物に結合して、このエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。これによって、この細胞におけるエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無を決定する工程が、この生物体における病原体感染の有無を示す。
別の実施形態では、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有するキメラ分子をその生物体に投与する工程を包含し、このような病原体検出ドメインおよびエフェクタードメインは通常は互いに連結されておらず、そしてこの生物体における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体、病原体成分または病原体産物に結合して、このエフェクタードメインを活性化し、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
さらに別の実施形態では、この方法は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、このキメラ分子は、自然界では細胞中に存在しないものであり、その結果、この細胞における病原体の存在下で、キメラ分子はこの病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、このアポトーシスメディエータードメインを活性化し、これによってこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
さらなる実施形態では、この方法は、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子を細胞に投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞中に存在しないものであり、その結果、この細胞における病原体の存在下で、この因子はこの病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、このアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化し、これによってこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明の別の実施形態では、細胞におけるウイルス感染を処置または予防するための方法は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメイン有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、このキメラ分子は、自然界では細胞中に存在しないものであり、その結果、この細胞におけるウイルスの存在下で、このキメラ分子はこのウイルスによって生成された二本鎖RNAに結合して、このアポトーシスメディエータードメインを活性化し、これによってこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこのウイルス感染を処置または予防する。
本発明のさらなる実施形態では、細胞における病原体感染を処置または予防するための方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、その結果、この細胞における病原体の存在下で、これらのキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、このプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを活性化し、これによってこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明の別の実施形態において、細胞における病原体感染を処置または予防する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびデスドメインを有するFas結合タンパク質（Fas−associated protein with death domain）（FADD）から単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、その結果、この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化して細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの生物体に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、これによってこの生物体の細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの生物体におけるこの病原体の伝播を処置または予防する。
なお別の実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの生物体に投与する工程を包含し、この因子は自然界では細胞に存在しないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、この因子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化して、これによってこの生物体において細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの生物体におけるこの病原体の伝播を処置または予防する。
本発明のさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを有するキメラ分子を細胞に投与する工程を包含し、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、これらのキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、このプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを活性化し、これによってこの生物体のこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体の伝播を処置または予防する。
本発明の別の実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびFADDから単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの生物体に投与する工程を包含し、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、このキメラ分子は、その病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化し、これによってこの生物体においてこの細胞のアポトーシスを生じ、これによってこの細胞におけるこの病原体の伝播を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態では、細胞における病原体感染を処置または予防する方法は、キメラ分子の個々の成分をこの細胞に投与する工程を包含し、この成分は一緒にアセンブルされて少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインのキメラ分子を形成し、その結果、この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、これによってこの細胞におけるこの病原体感染を処置または予防する。
本発明のなお別の実施形態において、生物体における病原体感染の伝播を処置または予防する方法は、キメラ分子の個々の成分をこの生物体に投与する工程を包含し、この成分は一緒にアセンブルされて少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子を形成し、その結果、この病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、これによってこの生物体におけるこの病原体感染の伝播を処置または予防する。
本発明のさらなる実施形態において、病原体に感染した細胞においてアポトーシスを媒介する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、これによってこの細胞のアポトーシスを生じる。
本発明のさらなる実施形態では、病原体に感染した細胞においてアポトーシスを媒介する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの細胞に投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞に存在しないものであり、その結果、病原体の存在下で、この因子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化して、これによってこの細胞のアポトーシスを生じる。
本発明の別の実施形態において、病原体に感染した細胞においてアポトーシスを媒介する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この細胞におけるこの病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、プロ酵素的カスパーゼ−3を活性化して、これによってこの細胞のアポトーシスを生じる。
本発明のさらなる実施形態において、病原体に感染した細胞においてアポトーシスを媒介する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびFADDから単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、この細胞のアポトーシスを生じる。
本発明のさらなる別の実施形態において、病原体に感染した生物体においてアポトーシスを媒介する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの生物体に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）におけるこの病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、この生物体中で細胞のアポトーシスを生じる。
本発明の別の実施形態において、病原体に感染した生物体においてアポトーシスを媒介する方法は、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこの生物体に投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞に存在しないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）におけるこの病原体の存在下で、この因子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化して、これによってこの生物体中で細胞のアポトーシスを生じる。
本発明のさらなる実施形態において、病原体に感染した生物体においてアポトーシスを媒介する方法は、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのプロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、このキメラ分子は、その病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、プロ酵素的カスパーゼ−3ドメインを活性化して、この生物体中で細胞のアポトーシスを生じる。
本発明の別の実施形態は、病原体に感染した生物体においてアポトーシスを媒介する方法であり、これは、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびFADDから単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの生物体に投与する工程によるものであって、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、この生物体の細胞（単数または複数）における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成された二本鎖RNAに結合し、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、この生物体中で細胞のアポトーシスを生じる。
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの二本鎖病原体RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子が提供される。
なお別の実施形態では、因子は、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子である。
さらなる実施形態において、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびプロ酵素的カスパーゼ−3から単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子が提供されるが、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものである。
別の実施形態において、プロテインキナーゼRから単離された少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよびFADDアポトーシスメディエーターから単離された少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子が提供されるが、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものである。
本発明のさらなる実施形態において、１つ以上の二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子であって、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであるキメラ分子が提供される。
別の実施形態において、本発明のキメラ分子は、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび２つ以上のアポトーシスメディエータードメインを有するが、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものである。
本発明のさらなる実施形態において、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成される二本鎖RNAに結合し、アポトーシスメディエータードメインを活性化して、これによって、この細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本発明のさらなる実施形態において、細胞における病原体感染の検出のためのアッセイは、適切な細胞培養培地でこの細胞を培養する工程、ならびに少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をその細胞に投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞に存在しないものであり、その結果この細胞における病原体の存在下で、この因子は、この病原体によって生成される二本鎖RNAに結合し、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化して、これによって、この細胞におけるアポトーシスの有無が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本発明のなおさらなる実施形態において、サンプル中の二本鎖RNAの検出のためのアッセイは、少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこのサンプルに投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果、このサンプルにおける二本鎖RNAの存在下で、このキメラ分子が、その二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化する。このアポトーシスメディエータードメインの活性化の有無の決定は、このサンプル中での二本鎖RNAの有無を示す。
本発明の別の実施形態において、サンプル中の二本鎖RNAの検出のためのアッセイは、少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をこのサンプルに投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞に存在しないものであり、その結果、このサンプルにおける二本鎖RNAの存在下で、この因子は、その二本鎖RNAに結合し、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化して、これによって、このアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造の活性化の有無の決定がサンプル中の二本鎖RNAの有無を示す。
本発明のさらなる実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、適切な細胞培養培地でこの細胞（単数または複数）を培養する工程、ならびに少なくとも１つの二本鎖RNA結合ドメインおよび少なくとも１つのアポトーシスメディエータードメインを有するキメラ分子をこの細胞に投与する工程を包含し、この二本鎖RNA結合ドメインは、自然界ではこのアポトーシスメディエータードメインには連結されていないものであり、その結果この細胞における病原体の存在下で、このキメラ分子は、この病原体によって生成される二本鎖RNAに結合して、アポトーシスメディエータードメインを活性化する。この細胞におけるアポトーシスの有無を決定する工程が、この生物体における病原性の感染の有無を示す。
本発明の別の実施形態において、生物体における病原体感染の検出のためのアッセイは、この生物体から細胞（単数または複数）を獲得する工程、適切な細胞培養培地でこの細胞（単数または複数）を培養する工程、ならびに少なくとも１つの二本鎖RNAと相互作用する分子構造および少なくとも１つのアポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を有する因子をその細胞（単数または複数）に投与する工程を包含し、この因子は、自然界では細胞に存在しないものであり、その結果この細胞における病原体の存在下で、この因子は、この病原体によって生成される二本鎖RNAに結合して、アポトーシスエフェクターを媒介する分子構造を活性化する。この細胞におけるアポトーシスの有無の決定が、この細胞における病原体感染の有無を示す。
本明細書において記載された本発明は、細胞または生物体における病原体感染の処置および予防のためのキメラ分子、およびこのキメラ分子の使用の方法を提供する。本発明の利点としては例えば、予防法および感染後の処置の両方におけるその使用に加えて、広範囲の病原体感染に対するその適用性が挙げられる。さらに、本発明は既存の治療法の少なくともいくつかの欠点を克服し得る。
発明の詳細な説明
生物体、例えば、ヒト、他の動物、および植物、ならびにそれらの細胞は、病原体、例えば、ウイルス、ウイロイド、細菌、リケッチア、クラミジア、マイコプラズマ、真菌、原生動物（プロトゾア）、蠕虫およびプリオンに対する天然の防御を有する。これらの天然の防御としては、例えば、限定はしないが、以下が挙げられる：（1）インターフェロン経路、これによって感染した細胞が、感染に対するその耐性を増大するように付近の未感染の細胞に警告するかまたは初回刺激（プライム）できる；（2）アポトーシス、ここで感染細胞は、感染のさらなる伝播を妨げるように細胞自殺を生じることができる；（3）熱ショックおよび他のストレス応答、これは、感染のようなストレス条件下で細胞生存を補助する；（4）炎症性応答、これは感染と戦う；（5）未折り畳みのタンパク質応答、または小胞体関連タンパク質分解応答、これは、例えば、病原体によって生じ得る、小胞体ストレスまたはタンパク質蓄積に対する細胞応答を補助する；（6）生来の免疫応答、これは、広範囲の病原体を阻害する；および（7）適応性の免疫応答、これは特定の病原を同定して応答する。
しかし、例えば、以下の多くの病原体は、これらの天然の防御のいくつかまたは全てを回避する方法を発達させている：ウイルス、例えば、大痘瘡（天然痘）、エボラ、HIV、肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、パピローマウイルス、ヘルペスウイルス、およびアデノウイルス；細菌、例えばMycobacterium（マイコバクテリウム）属、Salmonella（サルモネラ）属、Yersinia（エルシニア）属、Chlamydia（クラミジア）属、Coxiella burnetti（コクシエラ・バーネッティ（Q 熱リケッチア））、Francisella tularensis（野兎病菌）、Brucella（ブルセラ）属、Bordetella（ボルデテラ）属、Listeria monocytogenes（リステリア・モノサイトゲネス）およびLegionella pneumophila（レジオネラ・ニューモフィラ（在郷軍人病菌））;真菌、例えば、Histoplasma capsulatum（ヒストプラスマ・カプスラーツム）;ならびに原生動物（プロトゾア）、例えば、Plasmodium（プラスモジウム）属、Trypanosoma（トリパノソーマ）属、Leishmania（リーシュマニア）属、およびToxoplasma gondii（トキソプラズマ・ゴンディ）。
本発明は、天然の防御が病原体感染に対してより有効であるように操作または改変する、キメラ分子、因子およびそれらの使用方法を提供する。本発明はまた、「非特異的な抗病原体細胞酵素および活性の薬理学的増強（Pharmacological Augmentation of Nonspecific Anti−pathogen Cellular Enzymes and Activities（PANACEA））」としても公知である。
本発明のキメラ分子は、本明細書において記載されるとおり、少なくとも２つのドメインから構成され、これらのドメインは、自然界においては、細胞中で互いに連結されていることも互いに結合することも見出されていない。
本発明の因子は、本明細書において記載されるとおり、自然界では細胞中に存在しないものである。
広範囲の病原体が、本明細書に記載された因子およびキメラ分子を用いる処置に感受性であり、例えば、限定はしないが、以下が挙げられる：ウイルスであって、以下のファミリーに属するものを含む、ウイルス：ポックスウイルス（例えば、大痘瘡）、ヘルペスウイルス（例えば、単純疱疹（ヘルペス）ウイルス1型および2型、水疱瘡ウイルス、サイトメガロウイルス、およびエプスタイン・バーウイルス）、アデノウイルス（例えば、種々のヒトアデノウイルス血清型）、パポバウイルス（例えば、ヒトパピローマウイルス）、ヘパドナウイルス（例えば、B型肝炎ウイルス）、パルボウイルス（例えば、パルボウイルス様因子）、ピコルナウイルス（例えば、ポリオウイルス、コクサッキーウイルスAおよびB、ライノウイルス、および口蹄疫ウイルス）、カリチウイルス（例えば、ノーウォーク因子およびE型肝炎ウイルス）、トガウイルス（例えば、ウマ脳炎ウイルスおよび風疹ウイルス）、フラビウイルス（例えば、西ナイルウイルス、黄熱病ウイルスおよびポーワッサン（Powassan））、コロナウイルス（例えば、ヒトコロナウイルス）、レオウイルス（例えば、コロラドダニ熱ウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス）、フィロウイルス（例えば、（エボラウイルスおよびマールブルグウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、パラインフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、ジステンパーウイルス、牛疫ウイルスおよび呼吸器合胞体ウイルス）、オルソミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ブニアウイルス（例えば、リフトバレー熱ウイルスおよびハンターンウイルス）、アレナウイルス（ラッサ熱ウイルス）、レトロウイルス（例えば、ヒト免疫不全ウイルスおよびヒトT細胞白血病ウイルス）、植物ウイルス、例えば：dsDNA植物ウイルス（例えば、カリフラワーモザイクウイルスおよびバドナウイルス）;ssDNA植物ウイルス（例えば、ジェミニウイルス）;dsRNA植物ウイルス（例えば、植物レオウイルスおよびクリプトウイルス）;マイナス鎖RNA植物ウイルスまたはアンビセンスRNA植物ウイルス（例えば、ラブドウイルス、トマト・スポッテッド・ウイルト・ウイルスおよびテヌイウイルス）;プラス鎖ssRNA植物ウイルス（例えば、タバコモザイクウイルス、タバコ茎えそウイルスおよびアルファルファモザイクウイルス）;およびウイロイド（例えば、ジャガイモやせいも病ウイロイド）;および他の肝炎ウイルスまたは他のウイルス;細菌、例えば、Treponema pallidum（梅毒トレポネーマ）、Borrelia bergdorferi（ボレリア・ブルグドルフェリー）、Helicobacter pylori（ヘリコバクター・ピロリ）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、Legionella pneumophila（レジオネラ・ニューモフィラ（在郷軍人病菌））、Neisseria meningitidis（髄膜炎菌）、Neisseria gonorrhoeae（淋菌）、Brucella（ブルセラ属）、Bordetella pertusis（百日咳菌）、Francisella tularensis（野兎病菌）、Escherichia coli（大腸菌）、Shigella dysenteriae（シゲラ・ディゼンテリエ（志賀赤痢菌））、Salmonella（サルモネラ）属、Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、Proteus（プロテウス）属、Yersinia（エルシニア）属、Vibrio cholerae（コレラ菌）、Haemophilus influenzae（インフルエンザ菌）、Rickettsia（リケッチア）属、Coxiella burnetti（コクシエラ・バーネッティ（Q 熱リケッチア））、Chlamydia（クラミジア）属、Mycoplasma（マイコプラズマ）属、Staphylococcus（ブドウ球菌）属、Streptococcus（連鎖球菌）属、Bacillus anthracis（炭素菌）、Clostridium（クロストリディウム）属、Listeria monocytogenes（リステリア・モノサイトゲネス）、Corynebacterium diphtheriae（ジフテリア菌）、Mycobacterium tuberculosis（結核菌）、Mycobacterium leprae（ハンセン菌（ライ菌））、および他のMycobacterium（マイコバクテリウム）属、およびNocardia asteroides（ノカルジア・アステロイデス）;プリオン、例えば以下の原因因子：クールー病、クロイツフェルトヤコブ病、ゲルストマン−シュトロイスラー症候群、スクレイピー、牛海綿状脳症および伝染性ミンク脳症；原生動物、例えば、Plasmodium vivax（三日熱マラリア原虫）、Plasmodium ovale（卵形マラリア原虫）、Plasmodium malariae（四日熱マラリア原虫）、Plasmodium falciparum（熱帯マラリア原虫）、Toxoplasma gondii（トキソプラズマ・ゴンディ）、Pneumocystis carinii（ニューモシスティス・カリニ（カリニ肺炎菌））、Trypanasoma cruzi（トリパノソーマ・ブルーセイ）、Trypanasoma brucei gambiense（トリパノソーマ・ブルーセイ・ガンビエンス）、Trypanasoma brucei rhodesiense（トリパノソーマ・ブルーセイ・ロデシエンス）、Leishmania（リーシュマニア）属、Naegleria（ネグレリア）、Acanthamoeba（アカントアメーバ）、Trichomonas vaginalis（膣トリコモナス）、Cryptosporidium（クリプトスポリジウム）属、Isospora（イソスポラ）属、Balantidium coli（大腸バランチジウム）、Giardia lamblia（ランブル鞭毛虫）、Entamoeba histolytica（赤痢アメーバ）およびDientamoeba fragilis（二核アメーバ）；真菌、例えば、Candida albicans（カンジダ・アルビカンス）、Candida parasilosis（カンジダ・パラシロシス）、Cryptococcus neoformans（クリプトコックス・ネオフォルマンス）、Aspergillus fumigatus conidia（アスパラジラス・フミガーツス分生子）およびAspergillus fumigatus hyphae（アスパラジラス・フミガーツス菌糸）;または多細胞の寄生生物であって、Trichinella spiralis（旋毛虫）、線虫類の幼生（nematode larvae）、Schistosome（住血吸虫）の幼生、Ascaris（回虫属）、Tricuris（鞭虫類）、フィラリア原虫（filarila worm）など。
本明細書において用いる場合、本発明のキメラ分子または因子によって検出できる病原体は、このキメラ分子または因子によるそれらの病原体の検出のために十分な病原体の一部を含む。例えば、病原体の成分、病原体生成物または病原体特異的であるエピトープは全て、本明細書に用いられる病原体の用語によって包含される。
病原体検出ドメインは、本明細書において用いられる場合、一般に、病原体、病原体成分、またはこの病原体の生成物を認識するかまたは結合し得るドメインに関する。本明細書において用いる場合、病原体検出ドメインという用語は、このドメインの病原体認識（本明細書において、病原体検出とも呼ばれる）機能を実施するのに必要な少なくとも最小の領域を含む分子の領域である。この病原体検出ドメインはまた、より大きい領域もしくは構造、またはより小さい領域もしくは構造内に包含されてもよいが、ただしこの領域もしくは構造はこのドメインの病原体認識機能を依然として保持している。
より詳細には、検出ドメインとは、本明細書において用いる場合、以下の１つ以上に結合するか、以下の１つ以上によって刺激されるか、または以下の１つ以上によって阻害される分子である：病原体（例えば、細菌または他の病原体に結合するトル様（toll−like）レセプターの細胞外ドメインなど）；病原体成分（例えば、細菌のリポ多糖（LPS）に結合するヒト殺菌／透過性増大タンパク質（bactericidal／permeability−increasing protein）（BPI）のおよそアミノ酸1〜199由来のドメインなど）；病原体により産生される産物（例えば、ウイルスに感染した細胞で生成されるdsRNAに結合するヒトPKRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメインなど）；病原体により誘導される産物（例えば、ウイルスに感染した細胞において生成される2’，5’−オリゴアデニレートに結合するヒトRNase Lのおよそアミノ酸1〜335由来のドメインなど）；または病原体により誘導されるシグナル伝達分子（例えば、病原体により誘導されるアポトーシス経路のシグナル伝達の間にあるチトクロムcに結合するおよそアミノ酸98〜1194由来のドメインなど）。検出される分子または構造は、前記された複数のカテゴリーに属してもよい。例えば、dsRNAは、病原体成分であるとも、病原体により産生される産物であるとも、または病原体により誘導される産物であるとも考えることができる。
病原体検出ドメインは、病原体、病原体成分、またはこの病原体の産物、例えば、細胞性タンパク質を正常に認識する、自然界に存在する分子から単離することができる。適切な病原体検出ドメインは、当業者に理解されるとおり、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、げっ歯類、植物、Drosophila（ショウジョウバエ）、酵母、細菌などを含む、多数の異なる生物体由来の広範な公知の細胞性タンパク質から単離することができる。あるいは、この病原体検出ドメインは、当業者に公知の標準的技術を用いて、病原体検出ドメインを増強、最適化または改変するために、自然界に存在する分子を化学的に修飾するかまたは別の方法で自然界に存在する分子を操作することにより、合成によって得ることもできる。さらに、この病原体検出ドメインは、低分子またはペプチド模倣物のような合成生成物であってもよい。さらに、病原体検出ドメインは、特定の病原体エピトープ、病原体成分のエピトープ、またはこの病原体の産物のエピトープを認識する、抗体（例えば、以下を含む：抗体フラグメント、例えば、Fab、Fab’、F（ab’）2、およびVLもしくはHVドメインのいずれかを含むフラグメント、単鎖抗体、二重特異的抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体）であってもよい。
１つの実施形態において、本発明のキメラ分子の病原体検出ドメインが結合し得る、病原体、病原体成分、またはこの病原体の産物は、この病原体によって生成される、二本鎖RNA（dsRNA）である。好ましい実施形態において、dsRNAは、ウイルスまたはウイルスに感染した細胞によって生成される。
適切なdsRNA結合ドメインは、当業者に理解されるとおり、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、げっ歯類、植物、Drosophila（ショウジョウバエ）、酵母、細菌などを含む、多数の異なる生物体由来の広範な公知のdsRNA−結合タンパク質から単離することができる。dsRNA結合タンパク質の例としては、プロテインキナーゼR、2’，5’−オリゴアデニレートシンターゼ、RNA特異的アデノシンデアミナーゼ1（ADAR1）、ワクシニアE3L、RNaseIII、Rnt1pおよびPac1が挙げられる。目的のタンパク質または他の分子からの適切なドメインの同定および単離は、当業者に理解されるとおり、標準的技術を用いて容易に達成することができる。
いくつかのdsRNA結合ドメイン含有タンパク質の例およびこのdsRNA結合ドメインのおよそのアミノ酸位置を表1に示す。このタンパク質内のdsRNA結合ドメイン領域のおよそのアミノ酸位置、および全米バイオテクノロジー情報センター（National Center for Biotechnology Information）（NCBI）のデータベースアクセッション番号を表1に示す。
Figure 0004959110
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本発明における使用に適切な１つ以上のdsRNA結合ドメインを含むdsRNA結合タンパク質としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼの100kDa型、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAD28543）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼの69kDa型および71kDa型、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号P29728）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼの41kDa型および46kDa 型、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号P00973）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ 1A、Mus musculus（NCBI アクセッション番号P11928）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ 1B、Mus musculus（NCBI アクセッション番号P29080）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ 2、Mus musculus（NCBI アクセッション番号SYMS02）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ 3、Mus musculus（NCBI アクセッション番号SYMS03）；RNase III、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAF80558）；RNase III、Escherichia coli（NCBI アクセッション番号NP＿417062）；Rnt1、Saccharomyces cerevisiae（NCBI アクセッション番号S56053）；およびPac1、Schizosaccharomyces pombe（NCBI アクセッション番号S12605）。これらおよび任意の他のタンパク質からのdsRNA結合ドメインの同定および単離は、標準的な技術を用いて、当業者に容易に理解される。
他の病原体検出ドメインは、例えば、リビドマイシンまたはトブラマイシンのような抗体を含む他のdsRNA結合化合物から単離することができる。
病原体検出ドメインはまた、リポ多糖（LPS）に結合する分子であり、例えば、LPS結合タンパク質（LBP）のおよそアミノ酸1〜197のドメイン（S.L.Abrahamsonら（1997）Journal of Biological Chemistry 272,2149〜2155；L.J.Beamerら（1998）Protein Science 7,906〜914）、殺菌／透過性増大タンパク質（BPI）のおよそアミノ酸1〜193のドメイン（S.L.Abrahamsonら（1997）Journal of Biological Chemistry 272,2149〜2155；L.J.Beamerら（1998）Protein Science 7,906〜914）、またはLPSに結合する単鎖抗体である。
病原体検出ドメインはまた、この病原体、病原体成分、もしくは病原体産物上にマルチコピーで存在するか、またはその上で繰り返されるエピトープを認識するドメインであってもよい。
病原体により誘導される産物を検出するドメインは一般に、病原体により誘導される産物を認識するかまたはそれに結合し得る、単離されたドメインをいう。本明細書において用いる場合、病原体により誘導される産物を検出するドメインという用語は、このドメインの機能を実施するのに必要な少なくとも最小領域を含む分子の領域である。この病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、より大きい領域もしくは構造、またはより小さい領域もしくは構造内に包含されてもよいが、ただしこの領域もしくは構造はこのドメインの病原体により誘導される産物を検出する機能を依然として保持している。
病原体により誘導される産物を検出するドメインは、病原体または病原体刺激に応答して細胞によって発現されるように誘導される細胞性タンパク質のような、病原体により誘導される産物を正常には認識する自然界に存在する分子から単離することができる。適切な病原体により誘導される産物を検出するドメインは、当業者によって理解されるとおり、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、げっ歯類、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、酵母、細菌などを含む、多数の異なる生物体由来の広範な公知の分子タンパク質から単離することができる。この病原体誘導性検出検出ドメインは、当業者に公知の標準的技術を用いて、病原体により誘導される産物を検出するドメインを増強、最適化または改変するために、自然界に存在する分子を化学的に修飾するかまたは別の方法で自然界に存在する分子を操作することにより、合成によって得ることもできるし、あるいは、病原体誘導性検出検出ドメインは、低分子またはペプチド模倣物のような合成生成物であってもよい。さらに、病原体により誘導される産物を検出するドメインは、特定の病原体により誘導される産物を認識する、抗体（例えば、以下を含む：抗体フラグメント、例えば、Fab、Fab’、F（ab’）2、およびVLもしくはHVドメインのいずれかを含むフラグメント、単鎖抗体、二重特異的抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体）であってもよい。
病原体により誘導される産物を検出するドメインによって認識され得る病原体により誘導される産物としては、例えば、限定はしないが、以下が挙げられる：サイトカイン、例えば、インターフェロンまたはインターロイキン、2’，5’−オリゴアデニレート、未折り畳みのタンパク質応答、または小胞体関連タンパク質分解応答シグナル伝達分子、ストレス応答または炎症性応答のシグナル伝達分子、およびアポトーシスシグナル伝達分子。
サイトカイン、例えば、インターフェロンα、インターフェロンβ、またはインターフェロンωは、病原体感染に応答して細胞によって生成され、そして多くの遺伝子が、適切な誘導性プロモーター、例えば、限定はしないが、１つ以上のインターフェロン刺激性応答エレメント（ISRE）を含むプロモーターを通じて、このようなサイトカインによる刺激に対して応答性である。適切なプロモーターの例は、当業者に周知であり、そして以下の遺伝子のプロモーターが挙げられる：プロテインキナーゼR（K.L.KuhenおよびC.E.Samuel（1999）Virology 254,182〜195；H.TanakaおよびC.E.Samuel（2000）Gene 246,373〜382）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（F.Yu,Q.WangおよびG.Floyd−Smith（1999）Gene 237,177〜184；G.Floyd−Smith,Q.WangおよびG.C.Sen（1999）Exp.Cell Res.246,138〜147；Q.WangおよびG.Floyd−Smith（1998）Gene 222,83〜90）；Mx遺伝子（T.Ronniら（1998）J.Interferon Cytokine Res.18,773〜781）；ADAR1（C.X.GeorgeおよびC.E.Samuel（1999）Gene 229,203〜213）。Stratagene PathDetect（登録商標）ISREベクター（Stratagene 番号219092）のISRE含有プロモーターは、インターフェロンα、インターフェロンβまたはインターフェロンωのようなサイトカインによって誘導され得るプロモーターの別の例である。病原体により誘導される産物を検出するドメインは、ISRE含有プロモーターまたは本明細書において記載されたようなエフェクタードメインをコードするポリヌクレオチド配列に作動可能に連結される、前出で規定されたような他の適切なプロモーターであってもよく、このエフェクタードメインは、一般的には、自然界ではこのプロモーターとは連結されていないドメインである。
サイトカイン、例えば、インターフェロンγ、インターロイキン1、インターロイキン2、インターロイキン3、インターロイキン4、インターロイキン5、インターロイキン6、インターロイキン7、インターロイキン9、インターロイキン12、またはインターロイキン15は、病原体感染に応答して細胞によって生成され、そして多くの遺伝子は、適切な誘導性プロモーター、例えば、限定はしないが、１つ以上のγ活性化配列（GAS）、GAS関連配列、またはSTATタンパク質結合配列を含むプロモーターを通じてこのようなサイトカインによる刺激に応答性する。適切なプロモーターの例は当業者に周知である（T.Kisselevaら（2002）Gene 285,1〜24）。Stratagene PathDetect（登録商標）GASベクター（Stratagene 番号219093）のGAS含有プロモーターは、インターフェロンγのようなサイトカインによって誘導され得るプロモーターの例である。病原体により誘導される産物を検出するドメインは、GAS含有プロモーターであっても、GAS関連配列含有プロモーターであっても、STATタンパク質結合配列含有プロモーターであっても、または本明細書において記載されたようなエフェクタードメインをコードするポリヌクレオチド配列に作動可能に連結される、前出で規定されたような他の適切なプロモーターであってもよく、このエフェクタードメインは、一般的には、自然界ではこのプロモーターとは連結されていないドメインである。
別の好ましい実施形態において、この病原体により誘導される産物を検出するドメインは、dsRNA刺激性細胞シグナル伝達に応答性であるdsRNA誘導性プロモーターである。１つの実施形態において、このプロモーターは、本明細書において記載されたようなエフェクタードメインをコードするポリヌクレオチド配列に作動可能に連結され、このエフェクタードメインは、一般的には、自然界ではこのプロモーターとは連結されていないドメインである。適切なプロモーターの例は、当業者によって理解され、そしてこれには、以下の遺伝子のプロモーターが挙げられる：インターフェロンβ（R.Linら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,6342〜6353）；RANTES（R.Linら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,6342〜6353）；および他のインターフェロン遺伝子（R.M.Robertsら（1998）J.Interferon Cytokine Res.18,805〜816）。
必要に応じて、病原体誘導体性産物検出ドメインであるプロモーターは、条件的に調節することができる。例えば、プロモーターは、薬物刺激、例えば、抗生物質に対して応答性である制御領域を含んでもよい。薬物誘導性プロモーターの例としては、以下が挙げられる：テトラサイクリン誘導性プロモーターまたはドキシサイクリン誘導性プロモーター（例えば、Clontech pTRE2hygベクター）、これは、適切な転写因子で刺激される（例えば、Clontech TetOn）；合成レセプター認識エレメントプロモーター（例えば、Stratagene pEGSHベクター）、これは合成のエクジソン誘導性レセプター（例えば、Stratagene pERV3ベクターによって発現されるレセプター）に応答性である；またはIPTG誘導性プロモーター（例えば、Stratagene pOPI3CATおよびpOPRSVI／MCSベクター）、これは、Lac リプレッサータンパク質を介して応答する）。
あるいは、病原体により誘導される産物を検出するドメインは、例えば、ヒトRNase L（NCBI アクセッション番号CAA52920）から単離されたような、2’,5’−オリゴアデニレート結合ドメインであってもよい。ヒトRNase Lの2’,5’−オリゴアデニレート結合ドメインは、およそアミノ酸1〜335である（B.DongおよびR.H.Silverman（1997）Journal of Biological Chemistry 272,22236〜22242）。Rnase Lは、病原体感染に応答して細胞中で発現されるが、2’,5’−オリゴアデニレート結合ドメインを含み、これは、標準的な技術を用いて単離することが可能であり、そして本発明において病原体により誘導される産物を検出するドメインとして用いることが可能である。さらに、単鎖抗体または2’,5’−オリゴアデニレートに結合する他の分子構造は、病原体により誘導される産物を検出するドメインとして用いることができる。
本発明のさらなる病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、当業者によって理解されているような、アポトーシスを活性化する分子、例えば、限定はしないが、以下の遺伝子の１つ以上から単離されたアポトーシスを誘導するプロモーターが挙げられる：DIABLO／Smac（P.G.Ekertら（2001）J.Cell Biology 152,483〜490；S.M.Srinivasulaら（2001）Nature 410,112〜116）；Fas／APO−1／CD95（D.Munschら（2000）J.Biological Chemistry 275,3867〜3872；M.Muellerら（1998）J.Exp.Med.188,2033〜2045）；Apaf−1（A.Fortinら（2001）J.Cell Biology 155,207〜216）；Bax（E.C.ThornborrowおよびJ.J.Manfredi（2001）J.Biological Chemistry 276,15598〜15608）；またはアポトーシスにおいてその発現が誘導される他の遺伝子。アポトーシスを誘導するプロモーターの別の例は、Stratagene PathDetect（登録商標）p53ベクター（Stratagene 番号219083）のp53結合部位含有プロモーターである。
本発明のなお他の病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、未折り畳みのタンパク質応答または小胞体関連タンパク質分解応答の間に活性化されるプロモーター、例えば、限定はしないが、当業者によって理解されているような、小胞体ストレス応答エレメント（ERSE：C.PatilおよびP.Walter（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,349〜356；K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466；S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7,335〜345）、ATF6−結合モチーフ（K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466）もしくはアミノ酸応答エレメント（AARE: T.Okadaら（2002）Biochem.J.366,585〜594）を含む適切なプロモーター、または未折り畳みのタンパク質応答もしくは小胞体関連タンパク質分解応答の間に発現が誘導される遺伝子からのプロモーターが挙げられる。
本発明の他の病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、当業者によって理解されているような、ストレス応答の間に活性化されるプロモーター、例えば、限定はしないが、熱ショックエレメントを含むプロモーター（HSE: S.Ahnら（2001）Genes & Development 15,2134〜2145；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21,7163〜7171）、hsp70もしくはhsp90遺伝子由来のプロモーター、またはストレス応答の間に発現が誘導される別の遺伝子からのプロモーターが挙げられる。
本発明のなお他の病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、当業者によって理解されているような、炎症性応答の間に活性化されるプロモーター、例えば、限定はしないが、NF−κ−B結合部位を含むプロモーター（F.E.ChenおよびG.Ghosh（1999）Oncogene 18,6845〜6852；H.L.Pahl（1999）Oncogene 18,6853〜6866）、Stratagene PathDetect（登録商標）NF−κ−Bベクター（Stratagene 番号219077）のNF−κ−B誘導性プロモーター、または炎症性応答の間に発現が誘導される別の遺伝子からのプロモーターが挙げられる。
他の病原体により誘導される産物を検出するドメインは、アポトーシスまたは他の形態の病原体により誘発される細胞死の間に活性化されるかまたは阻害される分子から単離されてもよい（A.MullerおよびT.Rudel（2001）Int.J.Med.Microbiol.291,197〜207；C.A.Benedictら（2002）Nature Immunology 3,1013〜1018；V.T.Heusslerら（2001）International Journal for Parasitology 31,1166〜1176；L.−Y.GaoおよびY.A.Kwaik（2000）Microbes and Infection 2,1705〜1719；L.−Y.GaoおよびY.A.Kwaik（2000）Trends Microbiol.8,306〜313；K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70；H.R.StennickeおよびG.S.Salvesen（2000）Biochimica et Biophysica Acta 1477,299〜306；S.Nagata（1997）Cell 88,355〜365；Z.Song & H.Steller（1999）Trends Cell Biol.9,M49〜52）、例えば、限定はしないが:p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM＿004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM＿001196）；Bcl−2（K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70）；アポトーシスタンパク質のインヒビター（IAPs: H.R.Stennickeら（2002）TRENDS in Biochemical Sciences 27,94〜101；S.M.Srinivasulaら（2001）Nature 410,112〜116）；ミトコンドリアチトクロムc（K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70；S.B.Brattonら（2001）EMBO Journal 20,998〜1009）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf−1: Homo sapiens、番号NM＿013229、NM＿001160；Mus musculus、番号NP＿033814）；Fas ligand（Homo sapiens、番号D38122；Mus musculus U58995）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；腫瘍壊死因子α（TNF−α：Homo sapiens、番号CAA01558、CAB63904、CAB63905；Mus musculus、番号CAA68530）；TNFレセプター（Homo sapiens、番号NP＿001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE−活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens,番号U24231；Mus musculus,番号NM＿010175）；TRADD（Homo sapiens,番号NP＿003780,CAC38018）；パーフォリン（Homo sapiens,番号CAA01809,NP＿005032；Mus musculus、番号CAA42731、CAA35721、AAB01574）；グランザイムB（Homo sapiens、番号AAH30195、NP＿004122；Mus musculus、番号AAH02085、NP＿038570）；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM＿019887）；カスパーゼ（カスパーゼ1を含むがそれに限定されない、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED−3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26）；カスパーゼ活性化DNase（CAD：Homo sapiens、番号AB013918；Mus musculus、番号AB009377）；またはカスパーゼ活性化DNaseのインヒビター（ICAD：Mus musculus、番号AB009375、AB009376）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、上述のような自然界に存在しているアポトーシス分子または細胞死シグナル伝達分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答の間に活性化、刺激または阻害される分子から単離することができる（T.Kisselevaら（2002）Gene 285,1〜24；A.Garcia−Sastre（2002）Microbes and Infection 4,647〜655；C.E.Samuel（2001）Clinical Microbiology Reviews 14,778〜809；S.Landolfoら（1995）Pharmacol.Ther.65,415〜442）、例えば、限定はしないが：インターフェロン−α（Homo sapiens、番号NM＿002169、NM＿021002、J00207；Mus musculus、番号NM＿010502、NM＿010503、NM＿010507、NM＿008333、M68944、M13710）；インターフェロン−β（Homo sapiens、番号M25460、NM＿002176；Mus musculus、番号NM＿010510）；インターフェロン−γ（Homo sapiens、番号NM＿000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロン−δ；インターフェロン−τ；インターフェロン−ω（Homo sapiens、番号NM＿002177）；インターロイキン1（IL−1：Homo sapiens、番号NM＿000575、NM＿012275、NM＿019618、NM＿000576、NM＿014439；Mus musculus、番号NM＿019450、NM＿019451、AF230378）；インターロイキン2（IL−2：Homo sapiens、番号NM＿000586）；インターロイキン3（IL−3：Homo sapiens、番号NM＿000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL−4：Homo sapiens、番号NM＿000589、NM＿172348；Mus musculus、番号NM＿021283）；インターロイキン5（IL−5：Homo sapiens、番号NM＿000879；Mus musculus、番号NM＿010558）；インターロイキン6（IL−6：Homo sapiens、番号NM＿000600；Mus musculus、番号NM＿031168）；インターロイキン7（IL−7：Homo sapiens、番号NM＿000880、AH006906；Mus musculus、番号NM＿008371）；インターロイキン9（IL−9：Homo sapiens、番号NM＿000590）；インターロイキン12（IL−12：Homo sapiens、番号NM＿000882、NM＿002187；Mus musculus、番号NM＿008351、NM＿008352）；インターロイキン15（IL−15：Homo sapiens、番号NM＿172174、NM＿172175、NM＿000585；Mus musculus、番号NM＿008357）；サイトカインレセプターおよび関連のシグナル伝達分子（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999）,第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM＿000629；Mus musculus、番号NM＿010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM＿000874；Mus musculus、番号NM＿010509）；ヤーヌスキナーゼ（janus kinase）1（JAK1：Homo sapiens、番号NP＿002218；Mus musculus、番号NP＿666257）；ヤーヌスキナーゼ（janus kinase）2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP＿004963；Mus musculus、番号NP＿032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナル伝達性転写活性化因子1（STAT1：Homo sapiens、番号NM＿007315、NM＿139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナル伝達性転写活性化因子2（STAT2：Homo sapiens、番号NM＿005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；IRF9／インターフェロン刺激遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM＿006084；Mus musculus、番号NM＿008394）インターフェロン制御因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM＿002198、P10914；Mus musculus、番号NM＿008390）；インターフェロン制御因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM＿001571、Z56281；Mus musculus、番号NM＿016849、U75839、U75840）；インターフェロン制御因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP＿036187）；インターフェロン制御因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM＿006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン制御因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM＿016850、U73037）；IRF8；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17,5458〜5465）；真核生物翻訳開始因子2α（eIF−2α：Homo sapiens、番号NP＿004085）；p58（Homo sapiens、番号NP＿006251）；2’,5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（Homo sapiens型、以下を含む：番号P00973、P29728、AAD28543；Mus musculus型、以下を含む：P11928；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270,3454〜3461）；2’,5’−オリゴアデニレート（C.E.Samuel（2001）Clinical Microbiology Reviews 14,778〜809）；RNase L（Homo sapiens、番号CAA52920）；前骨髄球性白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76,3810〜3818）；p56または関連のタンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19,6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10,93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；ADAR1（Homo sapiens、番号U18121；Mus musculus、番号NP＿062629）；Mx1（Homo sapiens、番号NM＿002462）；またはMx2（Homo sapiens、番号NM＿002463）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、前出のような自然界に存在しているインターフェロン応答に関連するシグナル伝達分子またはサイトカイン応答に関連する分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、トル様（toll-like）レセプター、それらのアクセサリー分子、またはそれらが直接もしくは間接的に活性化する分子から単離することができる（S.Akira（2003）Current Opinion in Immunology 15,5〜11；T.VasselonおよびP.A.Detmers（2002）Infection and Immunity 70,1033〜1041；C.A.Janeway Jr.およびR.Medzhitov（2002）Annu.Rev.Immunol.20,197〜216）。これには例えば、限定はしないが、以下が挙げられる：トル様（toll−like）レセプター1、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿003254、AAC34137）；トル様レセプター2、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAH33756、AAM23001、AAC34133）；トル様レセプター3、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34134、NP＿003256）；トル様レセプター4、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34135、AAF89753、AAF07823、AAF05316）；トル様レセプター5、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34136、BAB43955）；トル様レセプター6、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006059、BAA78631）；トル様レセプター7、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAF60188、AAF78035、NP＿057646、AAH33651）；トル様レセプター8、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAF64061、AAF78036）；トル様レセプター9 Homo sapiens（NCBI アクセッション番号 AAG01734、AAG01735、AAG01736、BAB19259）；トル様レセプター10、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAK26744、NP＿112218）；CD14、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAH10507、AAL02401、CAD36116）；MD−2、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿056179、BAA78717、AAH20690）；MD−1、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC98152、NP＿004262）；RP105、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAA12019）；トル／IL−1レセプタードメイン含有アダプタータンパク質（TIRAP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿683708、NP＿443119、AAL05627）；MyD88、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAB49967、AAC50954）；IL−1R活性化キナーゼ4（IRAK−4）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号CAC60090）；TNFレセプター結合因子6（TRAF6）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿665802、NP＿004611）；トル様レセプター1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAG35062、AAG37302、NP＿109607）；トル様レセプター2、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAD46481、AAF04277、AAD49335、NP＿036035、AAF28345）；トル様レセプター3、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAK26117、AAL27007、NP＿569054）；トル様レセプター4、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAD29272、AAF04278、AAF05317、NP＿067272、AAH29856）；トル様レセプター5、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAF65625、NP＿058624）；トル様レセプター6、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA78632、AAG38563、NP＿035734）；トル様レセプター7、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAK62676、NP＿573474、AAL73191、AAL73192）；トル様レセプター8、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿573475、AAK62677）；トル様レセプター9、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB19260、AAK29625、AAK28488、NP＿112455）；CD14、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA32166、BAB68578、NP＿033971）；MD−2、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA93619）；MD−1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA32399）；RP105、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA07043）；トル／IL−1レセプタードメイン含有アダプタータンパク質（TIRAP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAL05628,NP＿473437）；MyD88、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAC53013）；IL−1R活性化キナーゼ4（IRAK−4）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAM15773,NP＿084202）；およびTNFレセプター結合因子6（TRAF6）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA12705、NP＿033450）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、トル様レセプター経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
なお他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、ヌクレオチド結合オリゴマー形成ドメイン（NOD）タンパク質、またはヌクレオチド結合ドメイン（NBD）タンパク質、またはヌクレオチド結合部位（NBS）タンパク質、あるいはそれらが間接的にまたは直接活性化する分子から単離することが可能であり（N.Inoharaら（2002）Current Opinion in Microbiology 5,76〜80；S.E.Girardinら（2002）TRENDS in Microbiology 10,193〜199；J.A.Hartonら（2002）Journal of Immunology 169,4088〜4093；N.Inoharaら（2000）Journal of Biological Chemistry 275,27823〜27831）、これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：Nod1／CARD4（Homo sapiens、番号AAD28350、AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274、14560〜14567）；Nod2、（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry、PMID：12514169）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（Homo sapiens、番号NM＿021209、AY035391；J.−L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM＿000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21、3001〜3011；A.Muhlethaler−Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM＿033004、NM＿033005、NM＿033006、NM＿033007、NM＿014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM＿017852）；クリオピリン（cryopyrin）／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM＿004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93、10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4、387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273,18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8,885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,31871〜31876）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、NODタンパク質経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、ペントラキシン（pentraxin）または、それらが直接もしくは間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（H.Gewurzら（1995）Current Opinion in Immunology 7,54〜64）、これには以下が挙げられるがこれらに限定されない：C反応性タンパク質（CRP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号1GNHA、1GNHB、1GNHC、1GNHD、1GNHE、1GNHF、1GNHG、1GNHH、1GNHI、1GNHJ）；C−反応性タンパク質（CRP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA31928、NP＿031794）；血清アミロイドP成分（SAP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号1SACA、1SACB、1SACC、1SACD、1SACE）；および血清アミロイドP成分（SAP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿035448、CAA34774）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、ペントラキシン経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、コレクチン（collectin）または、それらが直接もしくは間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（M.Gadjevaら（2001）Current Opinion in Immunology 13、74〜78；U.L.Holmskov（2000）APMIS Suppl.100、1〜59）、これには例えば、以下が挙げられるがこれらに限定されない：マンナン／マンノース結合レクチン（MBL）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAK52907、CAB56120、CAB56044）；マンナン／マンノース結合レクチン（MBL）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿034905、NP＿034906）；MBL関連セリンプロテアーゼ1（MASP1）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿001870、NP＿624302）；MBL関連セリンプロテアーゼ2（MASP2）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006601、NP＿631947、AAG50274、BAA85659）；MBL関連セリンプロテアーゼ1（MASP1）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号XP＿193834）；MBL関連セリンプロテアーゼ2（MASP2）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA34674、CAB65247、CAB65250）；MBL関連セリンプロテアーゼ3（MASP3）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB69688）；サーファクタントタンパク質A（SP−A）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿005402、NP＿008857）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号CAA46152、NP＿003010）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAF15277）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA53510、S33603）；コングルチニン、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA50665、BAA03170）；コレクチン43（CL−43）、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA53511、P42916、A53570）；コレクチンL1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAC53954）；および胎盤コレクチン（collectin placenta）1（CL−P1）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AB005145）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、コレクチン経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
さらに他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、マンノースレセプターまたは、それらが直接もしくは間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（L.EastおよびC.M.Isacke（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1572,364〜386；S.Zamzeら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,41613〜41623）、これには例えば、以下が挙げられるがこれらに限定されない：マンノースレセプター（MR）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NM＿002438）；およびマンノースレセプター（MR）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA78028,NP＿032651,NP＿032652）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、マンノースレセプター経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、スカベンジャーレセプターまたは、それらが直接もしくは間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（L.Peiserら（2002）Current Opinion in Immunology 14,123〜128；A.Brannstromら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 290,1462〜1469）、これには例えば、以下が挙げられるがこれらに限定されない：スカベンジャーレセプターA I（SR−A I）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号D90187）；スカベンジャーレセプターA II（SR−A II）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号D90188）；スカベンジャーレセプターA I（SR−A I）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号L04274）；スカベンジャーレセプターA II（SR−A II）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号L04275）；コラーゲン構造を有するマクロファージレセプター（MARCO）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006761）；コラーゲン構造を有するマクロファージレセプター（MARCO）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿034896）；C型レクチンIを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL I）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAB39147）；C型レクチンIIを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL II）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAB39148）；およびC型レクチンを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB82497）。病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、スカベンジャーレセプター経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、免疫関連応答を開始するか、シグナル伝達するか、または検出する分子から単離することが可能であり（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999）；M.T.M.Vossenら（2002）Immunogenetics 54,527〜542）、これには例えば、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられるがそれらに限定されない：MHCクラスI；MHCクラスII；抗体；単鎖抗体；T細胞レセプター；Fcレセプター；NK細胞活性化レセプター（NKp46、Ly49H、およびNKG2Dを含むがこれらに限定されない；A.DiefenbachおよびD.H.Raulet（2003）Current Opinion in Immunology 15,37〜44；A.R.FrenchおよびW.M.Yokoyama（2003）Current Opinion in Immunology 15,45〜51）；NK細胞阻害性レセプター；レセプター結合チロシンキナーゼ；またはホスホリパーゼC。病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、免疫応答経路関連分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、未折り畳みタンパク質応答関連または小胞体関連タンパク質分解関連応答の間に活性化されるかまたは阻害される分子から単離することが可能であり（C.PatilおよびP.Walter（2001）Current Opinion in Cell Biology 13、349〜356；K.Leeら（2002）Genes & Development 16、452〜466；S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345）、例えば、以下であるが、それらに限定されない：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM＿005347；Mus musculus、番号NM＿022310）；PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP＿004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP＿034251）；IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）；IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）；IRE1αまたはIRE1βのRNA（W.Tirasophonら（2000）Genes & Development 14,2725〜2736）；p58（Homo sapiens,番号NP＿006251；W.Yanら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,15920〜15925）；活性化転写因子4（ATF4：Homo sapiens、番号NM＿001675；Mus musculus、番号NM＿009716）；活性化転写因子6αまたはβ（ATF6αまたはβ：Homo sapiens、番号NM＿007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM＿129579）；X−ボックス結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM＿013842）；XBP1 RNA（K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466；H.Yoshidaら（2001）Cell 107,881〜891）；CHOP−10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM＿004083；Mus musculus、番号X67083、NM＿007837）；サイト−1プロテアーゼ（S1P：Homo sapiens、番号NM＿003791；Mus musculus、番号NM＿019709）；サイト−2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM＿015884）；プレセニリン−1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM＿008943、AF149111）；TNFレセプター結合因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM＿021138、NM＿145718、Mus musculus、番号XM＿203851、XM＿130119、L35303）；cJUN N末端キナーゼ（JNK：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7,335〜345）；または真核生物翻訳開始因子2α（eIF−2α：Homo sapiens,番号NP＿004085）。病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、自然界に存在している未折り畳みタンパク質応答に関連する分子または小胞体関連タンパク質の分解に関連する分子、例えば、前出で列挙されたものに結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
さらに、本発明の他の病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、当業者によって理解されているような、未折り畳みタンパク質応答または小胞体関連タンパク質分解応答の間に活性化されるかまたは阻害されるプロモーター、例えば、限定はしないが、小胞体ストレス応答エレメント（ERSE：C.PatilおよびP.Walter（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,349〜356；K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466；S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7,335〜345）、ATF6結合モチーフ（K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466）、もしくはアミノ酸応答エレメント（AARE：T.Okadaら（2002）Biochem.J.366,585〜594）を含む単離されたプロモーター、またはその発現が未折り畳みタンパク質応答または小胞体関連タンパク質分解応答の間に誘導されるかもしくは抑制される遺伝子由来のプロモーターが挙げられる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、ストレス応答または炎症性応答の間に活性化されるかまたは阻害される分子から単離することが可能であり（R.I.MorimotoおよびM.G.Santoro（1998）Nature Biotech.16,833〜838；R.I.Morimoto（1998）Genes & Dev.12,3788〜3796；M.G.Santoro（2000）Biochem.Pharmacol.59,55〜63；A.De Marcoら（1998）Eur.J.Biochem.256,334〜341；C.Contiら（1999）Antimicrobial Agents and Chemotherapy 43,822〜829；M.G.Santoro（1996）EXS 77,337〜357；E.A.A.Nollen and R.I.Morimoto（2002）Journal of Cell Science 115,2809〜2816；J.Hiscottら（2001）J.Clinical Investigation 107,143〜151；E.N.Hatadaら（2000）Curr.Opin.Immunol.12,52〜58；T.Wangら（2002）Int.Immunopharmacol.2,1509〜1520；X.LiおよびG.R.Stark（2002）Exp.Hematol.30,285〜296；Z.SunおよびR.Andersson（2002）Shock 18,99〜106；H.L.Pahl（1999）Oncogene 18,6853〜6866；F.Mercurio and A.M.Manning Oncogene 18,6163〜6167））、例えば、限定はしないが、以下である：熱ショックタンパク質70または関連タンパク質（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM＿016299、NM＿005346、NM＿005345、NM＿002155、NM＿021979、AF093759；Mus musculus、番号XM＿207065、XM＿128584、XM＿128585、XM＿110217、NM＿015765、NM＿010481、NM＿008301、M76613）；Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM＿005348、NM＿007355）；Hsp40／Hdj−1（Homo sapiens、番号X62421、NM＿006145、NM＿005880）；Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）；Hsp47／CBP−2（Homo sapiens、番号D83174）；cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107〜110）；Bip／GRP78；Hsp60（Homo sapiens、番号NM＿002156）；Hsp100（Homo sapiens、番号NM＿006660）；α−A−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿000394）；α−B−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿001885）；Hsp27−1（Homo sapiens、番号NM＿001540）；Hsp27−2（Homo sapiens、番号XM＿012054）；熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM＿005526、M64673；Mus musculus、番号XM＿128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21,7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15,1118〜1131）；熱ショック因子2（HSF2：Homo sapiens、番号NM＿004506；Mus musculus、番号X61754、AH007205、NM＿008297）；熱ショック因子3（HSF3：L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15,1118〜1131）；熱ショック因子4（HSF4：Homo sapiens、番号NM＿001538、D87673、AB029348；Mus musculus、番号AF160965、AF160966、AB029349、AB029350）；熱ショック因子結合タンパク質1（HSBP1：Homo sapiens、番号NM＿001537、BC007515、AF068754）；熱ショック因子2結合タンパク質（HSF2BP：Homo sapiens、番号NM＿007031）；RelA／p65（Homo sapiens、番号NM＿021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM＿009045、AF199371）；RelB（Homo sapiens、番号NM＿006509；Mus musculus、番号NM＿009046、M83380）；c−Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM＿002908；Mus musculus、番号NM＿009044、X15842）；p50／p105／NF−κB1（Homo sapiens、番号NM＿003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM＿008689、AK052726、M57999）；p52／p100／NF−κB2（Homo sapiens、番号NM＿002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM＿019408）；κBのインヒビター（IκB：Homo sapiens、番号AY033600、NM＿020529；S.GhoshおよびM.Karin（2002）Cell 109、S81〜S96）；IKK1／IκBキナーゼα（IKKα：Homo sapiens、番号 AF009225、AF080157）；IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）；NEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542）。病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、前出で列挙されたようなストレス応答に関連する分子または炎症応答に関連する分子に結合するか、それによって活性化されるか、またはそれによって阻害される分子から単離することができる。
本発明のなお他の病原体により誘導される産物を検出するドメインとしては、当業者に理解されているような、ストレス応答または炎症性応答の間に間に活性化されるかまたは阻害されるプロモーター、例えば、限定はしないが、熱ショックエレメント（HSE：S.Ahnら（2001）Genes & Development 15,2134〜2145；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21,7163〜7171）またはNF−κ−B結合部位（F.E.ChenおよびG.Ghosh（1999）Oncogene 18,6845〜6852；H.L.Pahl（1999）Oncogene 18,6853〜6866）を含むプロモーター、hsp70もしくはhsp90遺伝子由来のプロモーター、またはその発現がストレス応答もしくは炎症性応答の間に誘導されるかもしくは抑制される別の遺伝子由来のプロモーターが挙げられる。
他の病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインは、補体経路関連分子から単離することが可能であり（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999）,第29章；M.K.Pangburnら（2000）Journal of Immunology 164,4742〜4751）、例えば、限定はしないが以下である：C3α、C3β、B因子、D因子、プロパージン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1−INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL−1、FHR−1、FHR−2、FHR−3、FHR−4、CR1、またはDAF。病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインはまた、前出で列挙されたような、自然界に存在している補体経路に関連する分子に結合するか、それらによって活性化されるか、またはそれらによって阻害される分子から単離され得る。
本発明のエフェクタードメインは、広範なエフェクター機能を直接または間接的に媒介し得る。これらとしては、例えば、限定はしないが以下の応答の１つ以上が挙げられる：（1）インターフェロン応答；（2）アポトーシス応答；（3）ストレス応答；（4）免疫応答の増強；（5）二本鎖Rnaseの発現；（6）標的の核局在化の阻害；（7）エンドソーム機能または活性の阻害；および他の抗病原体応答。
本明細書において用いる場合、エフェクタードメインは、このドメインの記載されたエフェクター機能を実施するのに必要な少なくとも最小領域を含む分子の領域である。このエフェクタードメインはまた、より大きいかまたは小さい領域または構造内に包含されてもよいが、ただしこの領域または構造はこのドメインのエフェクター機能を依然として保持している。
より詳細には、本明細書において用いられるエフェクタードメインは、以下の１つ以上に結合するかまたはそれに対して作用する分子である：病原体（例えば：病原性プリオンに結合して阻害するハムスタープリオンタンパク質のアミノ酸119〜136を含むペプチド）；病原体成分（例えば、本明細書に記載のように、ウイルスの後期ドメインモチーフに結合して、それによってウイルスの出芽または放出を阻害する分子）；病原体によって生成または誘導される分子（例えば、本明細書に記載のように、ウイルス感染細胞で生成されたdsRNAを分解するRNase III）；自然界に存在している坑病原体分子（例えば、感染した細胞においてカスパーゼを活性化して、それによってこの細胞を死滅させて感染のさらなる伝播を防ぐ分子）；細胞または生物体内に自然界に存在し、自然界で細胞または生物体内に存在する抗病原体分子または成分を直接または間接的に活性化または阻害して、病原体または病原性効果を補助する成分（例えば、血管のATPaseに結合して細胞におけるエンドソームの酸性化を阻害して、これによって、本明細書に記載のようにウイルスによるこの細胞の感染を阻害する分子）。前出および本明細書に記載のような結合または作用によって、このエフェクタードメインは、例えば、限定はしないが、以下の機能の１つ以上を実施することによって抗病原体効果を発揮する：病原体による細胞または生物体の感染の阻害；病原体の複製の阻害；病原体の破壊もしくは中和；または病原体を他の治療用の抗病原体分子もしくは自然界に存在している坑病原体分子に対してより脆弱にさせること。エフェクタードメインは、本明細書に記載の複数のカテゴリーに属してもよい。
エフェクタードメインは、細胞性タンパク質のような、本明細書に記載されるエフェクタードメインの機能を正常に媒介する自然界に存在している分子から単離することができる。エフェクタードメインは、当業者に理解されるとおり、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、げっ歯類、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、酵母、細菌などを含む、多数の異なる生物体由来の広範な公知の細胞性タンパク質から単離することができる。このエフェクタードメインは、当業者に公知の標準的技術を用いて、このエフェクタードメインを増強、最適化または改変するために、自然界に存在する分子を化学的に修飾するかまたは別の方法で自然界に存在する分子を操作することにより、合成によって誘導することもできる。あるいはエフェクタードメインは、低分子またはペプチド模倣物のような合成産物であってもよい。さらに、エフェクタードメインは、エフェクタードメインの機能を実施する、抗体（例えば、以下を含む：抗体フラグメント、例えば、Fab、Fab’、F（ab’）2、およびVLもしくはHVドメインのいずれかを含むフラグメント、単鎖抗体、二重特異的抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体）であってもよい。
エフェクタードメインは、アポトーシスまたは他の形態の細胞死を果たすか、刺激するか、または阻害する分子から単離することが可能であり（A.MullerおよびT.Rudel（2001）Int.J.Med.Microbiol.291,197〜207；C.A.Benedictら（2002）Nature Immunology 3,1013〜1018；V.T.Heusslerら（2001）International Journal for Parasitology 31,1166〜1176；L.−Y.GaoおよびY.A.Kwaik（2000）Microbes and Infection 2,1705〜1719；L.−Y.GaoおよびY.A.Kwaik（2000）Trends Microbiol.8,306〜313；K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70；H.R.StennickeおよびG.S.Salvesen（2000）Biochimica et Biophysica Acta 1477,299〜306；S.Nagata（1997）Cell 88,355〜365；Z.Song & H.Steller（1999）Trends Cell Biol.9,M49〜52）、これは、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM＿004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM＿001196）；Bcl−2（K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70）；アポトーシスタンパク質のインヒビター（IAPs：H.R.Stennickeら（2002）TRENDS in Biochemical Sciences 27,94〜101；S.M.Srinivasulaら（2001）Nature 410,112〜116）；ミトコンドリアチトクロムc（K.C.Zimmermannら（2001）Pharmacology & Therapeutics 92,57〜70；S.B.Brattonら（2001）EMBO Journal 20,998〜1009）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf−1：Homo sapiens、番号NM＿013229、NM＿001160；Mus musculus、番号NP＿033814）；Fasリガンド（Homo sapiens、番号D38122；Mus musculus U58995）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；腫瘍壊死因子α（TNF−a：Homo sapiens、番号CAA01558、CAB63904、CAB63905；Mus musculus、番号CAA68530）；TNFレセプター（Homo sapiens,番号NP＿001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE−活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens、番号U24231；Mus musculus、番号NM＿010175）；TRADD（Homo sapiens、番号NP＿003780、CAC38018）；パーフォリン（Homo sapiens、番号CAA01809、NP＿005032；Mus musculus、番号CAA42731、CAA35721、AAB01574）；グランザイムB（Homo sapiens、番号AAH30195、NP＿004122；Mus musculus、番号AAH02085、NP＿038570）；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM＿019887）；カスパーゼ類（以下を含むがそれらに限定されない：カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED−3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26）；カスパーゼ活性化DNase（CAD：Homo sapiens、番号AB013918；Mus musculus、番号AB009377）；またはカスパーゼ活性化DNaseのインヒビター（ICAD：Mus musculus、番号AB009375、AB009376）。エフェクタードメインはまた、前出で列挙されたような、自然界に存在するアポトーシス分子または細胞死シグナル伝達分子に結合、またはそれらを刺激、または阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子から単離することが可能であり（T.Kisselevaら（2002）Gene 285,1〜24；A.Garcia−Sastre（2002）Microbes and Infection 4,647〜655；C.E.Samuel（2001）Clinical Microbiology Reviews 14,778〜809；S.Landolfoら（1995）Pharmacol.Ther.65,415〜442）、これは、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：インターフェロン−α（Homo sapiens、番号NM＿002169、NM＿021002、J00207；Mus musculus、番号NM＿010502、NM＿010503、NM＿010507、NM＿008333、M68944、M13710）；インターフェロン−β（Homo sapiens、番号M25460、NM＿002176；Mus musculus、番号NM＿010510）；インターフェロン−γ（Homo sapiens、番号NM＿000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロン−δ；インターフェロン−τ；インターフェロン−ω（Homo sapiens、番号NM＿002177）；インターロイキン1（IL−1：Homo sapiens、番号NM＿000575、NM＿012275、NM＿019618、NM＿000576、NM＿014439；Mus musculus、番号NM＿019450、NM＿019451、AF230378）；インターロイキン2（IL−2：Homo sapiens、番号NM＿000586）；インターロイキン3（IL−3：Homo sapiens、番号NM＿000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL−4：Homo sapiens、番号NM＿000589、NM＿172348；Mus musculus、番号NM＿021283）；インターロイキン5（IL−5：Homo sapiens、番号NM＿000879；Mus musculus、番号NM＿010558）；インターロイキン6（IL−6：Homo sapiens、番号NM＿000600；Mus musculus、番号NM＿031168）；インターロイキン7（IL−7：Homo sapiens、番号NM＿000880、AH006906；Mus musculus、番号NM＿008371）；インターロイキン9（IL−9：Homo sapiens、番号NM＿000590）；インターロイキン12（IL−12：Homo sapiens、番号NM＿000882、NM＿002187；Mus musculus、番号NM＿008351、NM＿008352）；インターロイキン15（IL−15：Homo sapiens、番号NM＿172174、NM＿172175、NM＿000585；Mus musculus、番号NM＿008357）；サイトカインレセプターおよび関連のシグナル伝達分子（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999）,第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM＿000629；Mus musculus、番号NM＿010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM＿000874；Mus musculus、番号NM＿010509）；ヤーヌスキナーゼ1（JAK1：Homo sapiens、番号NP＿002218；Mus musculus、番号NP＿666257）；ヤーヌスキナーゼ2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP＿004963；Mus musculus、番号NP＿032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナル伝達性転写活性化因子1（STAT1：Homo sapiens、番号NM＿007315、NM＿139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナル伝達性転写活性化因子2（STAT2：Homo sapiens、番号NM＿005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；IRF9／インターフェロンで刺激される遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM＿006084；Mus musculus、番号NM＿008394）インターフェロン制御因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM＿002198、P10914；Mus musculus、番号NM＿008390）；インターフェロン制御因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM＿001571、Z56281；Mus musculus、番号NM＿016849、U75839、U75840）；インターフェロン制御因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP＿036187）；インターフェロン制御因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM＿006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン制御因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM＿016850、U73037）；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17、5458〜5465）；真核生物翻訳開始因子2α（eIF−2α：Homo sapiens、番号NP＿004085）；p58（Homo sapiens、番号NP＿006251）；2’，5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（番号P00973、P29728、AAD28543を含むHomo sapiens型；P11928を含むMus musculus型；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270,3454〜3461）；2’,5’−オリゴアデニレート（C.E.Samuel（2001）Clinical Microbiology Reviews 14,778〜809）；RNase L（Homo sapiens,番号CAA52920）；前骨髄急性白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76,3810〜3818）；p56または関連タンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19,6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10,93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10,93〜101）；ADAR1（Homo sapiens,番号U18121；Mus musculus,番号NP＿062629）；Mx1（Homo sapiens,番号NM＿002462）；またはMx2（Homo sapiens,番号NM＿002463）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、インターフェロン応答に関連する分子またはサイトカイン応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、ストレス応答または炎症性応答を果たすか、刺激するか、または阻害する分子から単離することが可能であり（R.I.MorimotoおよびM.G.Santoro（1998）Nature Biotech.16,833〜838；R.I.Morimoto（1998）Genes & Dev.12,3788〜3796；M.G.Santoro（2000）Biochem.Pharmacol.59,55〜63；A.De Marcoら（1998）Eur.J.Biochem.256,334〜341；C.Contiら（1999）Antimicrobial Agents and Chemotherapy 43,822〜829；M.G.Santoro（1996）EXS 77,337〜357；E.A.A.NollenおよびR.I.Morimoto（2002）Journal of Cell Science 115,2809〜2816；J.Hiscottら（2001）J.Clinical Investigation 107,143〜151；E.N.Hatadaら（2000）Curr.Opin.Immunol.12,52〜58；T.Wangら（2002）Int.Immunopharmacol.2,1509〜1520；X.LiおよびG.R.Stark（2002）Exp.Hematol.30,285〜296；Z.SunおよびR.Andersson（2002）Shock 18,99〜106；H.L.Pahl（1999）Oncogene 18,6853〜6866；F.MercurioおよびA.M.Manning Oncogene 18,6163〜6167））、これは、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：熱ショックタンパク質70または関連タンパク質（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM＿016299、NM＿005346、NM＿005345、NM＿002155、NM＿021979、AF093759；Mus musculus、番号XM＿207065、XM＿128584、XM＿128585、XM＿110217、NM＿015765、NM＿010481、NM＿008301、M76613）；Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM＿005348、NM＿007355）；Hsp40／Hdj−1（Homo sapiens、番号X62421、NM＿006145、NM＿005880）；Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）；Hsp47／CBP−2（Homo sapiens、番号D83174）；cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107〜110）；Bip／GRP78；Hsp60（Homo sapiens、番号NM＿002156）；Hsp100（Homo sapiens、番号NM＿006660）；α−A−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿000394）；α−B−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿001885）；Hsp27−1（Homo sapiens、番号NM＿001540）；Hsp27−2（Homo sapiens、番号XM＿012054）；熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM＿005526、M64673；Mus musculus、番号XM＿128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21,7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15,1118〜1131）；熱ショック因子2（HSF2：Homo sapiens、番号NM＿004506；Mus musculus、番号X61754、AH007205、NM＿008297）；熱ショック因子3（HSF3：L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15,1118〜1131）；熱ショック因子4（HSF4：Homo sapiens、番号NM＿001538、D87673、AB029348；Mus musculus、番号AF160965、AF160966、AB029349、AB029350）；熱ショック因子結合タンパク質1（HSBP1：Homo sapiens、番号NM＿001537、BC007515、AF068754）；熱ショック因子2結合タンパク質（HSF2BP：Homo sapiens、番号NM＿007031）；RelA／p65（Homo sapiens、番号NM＿021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM＿009045、AF199371）；RelB（Homo sapiens、番号NM＿006509；Mus musculus、番号NM＿009046、M83380）；c−Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM＿002908；Mus musculus、番号NM＿009044、X15842）；p50／p105／NF−kappa B 1（Homo sapiens、番号NM＿003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM＿008689、AK052726、M57999）；p52／p100／NF−κB 2（Homo sapiens、番号NM＿002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM＿019408）；κBのインヒビター（I κB：Homo sapiens、番号AY033600、NM＿020529；S.GhoshおよびM.Karin（2002）Cell 109,S81〜S96）；IKK1／IκBキナーゼα（IKK α：Homo sapiens、番号 AF009225、AF080157）；IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）；NEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在しているストレス応答に関連する分子または炎症性応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、未折り畳みのタンパク質応答に関連する応答または小胞体関連タンパク質の分解に関連する応答を果たすか、刺激するか、または阻害する分子から単離することが可能であり（C.PatilおよびP.Walter（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,349〜356；K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466；S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7,335〜345）、これは、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM＿005347；Mus musculus、番号NM＿022310）；PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP＿004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP＿034251）；IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）；IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）；IRE1αまたはIRE1βのRNA（W.Tirasophonら（2000）Genes & Development 14,2725〜2736）；p58（Homo sapiens,番号NP＿006251；W.Yanら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,15920〜15925）；活性化転写因子4（ATF4：Homo sapiens,番号NM＿001675；Mus musculus,番号NM＿009716）；活性化転写因子6αまたはβ（ATF6 αまたはβ：Homo sapiens、番号NM＿007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM＿129579）；X−box 結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM＿013842）；XBP1 RNA（K.Leeら（2002）Genes & Development 16,452〜466；H.Yoshidaら（2001）Cell 107,881〜891）；CHOP−10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM＿004083；Mus musculus、番号X67083、NM＿007837）；サイト1プロテアーゼ（site−1 protease）（S1P：Homo sapiens、番号NM＿003791；Mus musculus、番号NM＿019709）；サイト2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM＿015884）；プレセニリン−1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM＿008943、AF149111）；TNFレセプター関連因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM＿021138、NM＿145718、Mus musculus、番号XM＿203851、XM＿130119、L35303）；cJUN NH2末端キナーゼ（JNKs：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345）；または真核生物翻訳開始因子2α（eIF−2α：Homo sapiens、番号NP＿004085）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在している未折り畳みタンパク質応答に関連する分子または小胞体関連タンパク質の分解に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
エフェクタードメインは、病原体を直接または間接的に補助する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する任意の自然界に存在する分子または自然界には存在しない分子であってもよい。このようなエフェクタードメインとしては、例えば、限定はしないが、抗体、抗体フラグメント、単鎖抗体、ペプチド模倣物、または合成分子が挙げられる。エフェクタードメインはまた、アンチセンスポリヌクレオチドまたは短い干渉RNA（small interfering RNA）（G.M.BartonおよびR.Medzhitov（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,14943〜14945）であってもよく、これが病原体を補助する病原体遺伝子または宿主遺伝子の発現を阻害する。エフェクタードメインはまた、病原体を直接または間接的に補助する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する分子をコードするDNAであってもRNAであってもよい。さらに、エフェクタードメインは、病原体を直接または間接的に補助する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する分子を合成する任意の分子であってもよい。
他のエフェクタードメインは、補体経路関連分子から単離することが可能であり（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999）,第29章；M.K.Pangburnら（2000）Journal of Immunology 164,4742〜4751）、これは、例えば、限定はしないが以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：C3α、C3β、B因子、D因子、プロパージン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1−INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL−1、FHR−1、FHR−2、FHR−3、FHR−4、CR1、またはDAF。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような自然界に存在している補体経路に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、またはそれらを阻害する分子から単離され得る。
他のエフェクタードメインは、トル様レセプター、それらのアクセサリー分子、またはそれらが直接または間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（S.Akira（2003）Current Opinion in Immunology 15,5〜11；T.VasselonおよびP.A.Detmers（2002）Infection and Immunity 70,1033〜1041；C.A.Janeway Jr.and R.Medzhitov（2002）Annu.Rev.Immunol.20,197〜216）、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：トル様レセプター1、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿003254、AAC34137）；トル様レセプター2、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAH33756、AAM23001、AAC34133）；トル様レセプター3、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34134、NP＿003256）；トル様レセプター4、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34135、AAF89753、AAF07823、AAF05316）；トル様レセプター5、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC34136、BAB43955）；トル様レセプター6、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006059、BAA78631）；トル様レセプター7、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAF60188、AAF78035、NP＿057646、AAH33651）；トル様レセプター8、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAF64061、AAF78036）；トル様レセプター9 Homo sapiens（NCBI アクセッション番号 AAG01734、AAG01735、AAG01736、BAB19259）；トル様レセプター10、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAK26744、NP＿112218）；CD14、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAH10507、AAL02401、CAD36116）；MD−2、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿056179、BAA78717、AAH20690）；MD−1、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAC98152、NP＿004262）；RP105、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAA12019）；トル／IL−1レセプタードメイン含有アダプタータンパク質（TIRAP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿683708、NP＿443119、AAL05627）；MyD88、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAB49967、AAC50954）；IL−1R活性化キナーゼ4（IRAK−4）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号CAC60090）；TNFレセプター結合因子6（TRAF6）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿665802、NP＿004611）；トル様レセプター1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAG35062、AAG37302、NP＿109607）；トル様レセプター2、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAD46481、AAF04277、AAD49335、NP＿036035、AAF28345）；トル様レセプター3、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAK26117、AAL27007、NP＿569054）；トル様レセプター4、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAD29272、AAF04278、AAF05317、NP＿067272、AAH29856）；トル様レセプター5、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAF65625、NP＿058624）；トル様レセプター6、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA78632、AAG38563、NP＿035734）；トル様レセプター7、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAK62676、NP＿573474、AAL73191、AAL73192）；トル様レセプター8、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿573475、AAK62677）；トル様レセプター9、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB19260、AAK29625、AAK28488、NP＿112455）；CD14、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA32166、BAB68578、NP＿033971）；MD−2、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA93619）；MD−1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA32399）；RP105、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA07043）；トル／IL−1レセプタードメイン含有アダプタータンパク質（TIRAP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAL05628、NP＿473437）；MyD88、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAC53013）；IL−1R活性化キナーゼ4（IRAK−4）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAM15773、NP＿084202）；またはTNFレセプター結合因子6（TRAF6）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA12705、NP＿033450）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在するトル様レセプター応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
なお他のエフェクタードメインは、ヌクレオチド結合オリゴマー形成ドメイン（NOD）、またはヌクレオチド結合ドメイン（NBD）、またはヌクレオチド結合部位（NBS）、それらが直接または間接的に活性化するタンパク質もしくは分子から単離することが可能であり（N.Inoharaら（2002）Current Opinion in Microbiology 5,76〜80；S.E.Girardinら（2002）TRENDS in Microbiology 10,193〜199；J.A.Hartonら（2002）Journal of Immunology 169,4088〜4093；N.Inoharaら（2000）Journal of Biological Chemistry 275,27823〜27831）、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：Nod1／CARD4（Homo sapiens,番号AAD28350,AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274,14560〜14567）；Nod2,（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry,PMID：12514169）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（Homo sapiens,番号NM＿021209,AY035391；J.−L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM＿000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21,3001〜3011；A.Muhlethaler−Mottetら（1997）EMBO Journal 16,2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM＿033004、NM＿033005、NM＿033006、NM＿033007、NM＿014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM＿017852）；クリオピリン／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM＿004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93,10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4,387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273,18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8,885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,31871〜31876）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在しているNOD応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
エフェクタードメインはまた、ペントラキシン、またはそれらが直接または間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（H.Gewurzら（1995）Current Opinion in Immunology 7,54〜64）、これには例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：C−反応性タンパク質（CRP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号1GNHA、1GNHB、1GNHC、1GNHD、1GNHE、1GNHF、1GNHG、1GNHH、1GNHI、1GNHJ）；C−反応性タンパク質（CRP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA31928，NP＿031794）；血清アミロイドP成分（SAP）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号1SACA、1SACB、1SACC、1SACD、1SACE）；および血清アミロイドP成分（SAP）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿035448、CAA34774）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在するペントラキシン応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、コレクチン、またはそれらが直接または間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（M.Gadjevaら（2001）Current Opinion in Immunology 13,74〜78；U.L.Holmskov（2000）APMIS Suppl.100,1〜59）、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：マンナン／マンノース結合レクチン（MBL）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AAK52907、CAB56120、CAB56044）；マンナン／マンノース結合レクチン（MBL）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿034905、NP＿034906）；MBL関連セリンプロテアーゼ1（MASP1）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿001870、NP＿624302）；MBL関連セリンプロテアーゼ2（MASP2）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006601、NP＿631947、AAG50274、BAA85659）；MBL関連セリンプロテアーゼ1（MASP1）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号XP＿193834）；MBL関連セリンプロテアーゼ2（MASP2）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAA34674、CAB65247、CAB65250）；MBL関連セリンプロテアーゼ3（MASP3）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB69688）；サーファクタントタンパク質A（SP−A）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿005402、NP＿008857）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号CAA46152、NP＿003010）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号AAF15277）；サーファクタントタンパク質D（SP−D）、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA53510、S33603）；コングルチニン、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA50665、BAA03170）；コレクチン−43（CL−43）、Bos taurus（NCBI アクセッション番号CAA53511、P42916、A53570）；コレクチン−L1、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAC53954）；または胎盤コレクチン1（CL−P1）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号AB005145）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在するコレクチン応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
なお他のエフェクタードメインは、マンノースレセプターまたはそれらが直接または間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（L.EastおよびC.M.Isacke（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1572,364〜386；S.Zamzeら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,41613〜41623）、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：マンノースレセプター（MR）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NM＿002438）；およびマンノースレセプター（MR）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号CAA78028、NP＿032651、NP＿032652）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在しているマンノースレセプター応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
エフェクタードメインはまた、スカベンジャーレセプター、またはそれらが直接または間接的に活性化する分子から単離することが可能であり（L.Peiserら（2002）Current Opinion in Immunology 14,123〜128；A.Brannstromら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 290,1462〜1469）、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：スカベンジャーレセプターA I（SR−A I）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号D90187）；スカベンジャーレセプターA II（SR−A II）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号D90188）；スカベンジャーレセプターA I（SR−A I）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号L04274）；スカベンジャーレセプターA II（SR−A II）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号L04275）；コラーゲン構造を有するマクロファージレセプター（MARCO）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号NP＿006761）；コラーゲン構造を有するマクロファージレセプター（MARCO）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号NP＿034896）；C型レクチンIを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL I）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAB39147）；C型レクチンIIを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL II）、Homo sapiens（NCBI アクセッション番号BAB39148）；およびC型レクチンを有するスカベンジャーレセプター（SR−CL）、Mus musculus（NCBI アクセッション番号BAB82497）。エフェクタードメインはまた、前出において列挙されたような、自然界に存在しているスカベンジャーレセプター応答に関連する分子に結合するか、それらを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
エフェクタードメインは、細胞質と細胞の核との間の輸送を阻害する分子から単離することが可能であり、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子、またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：インポーチンα1（Homo sapiens,番号NM＿002266）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜99）が除去されたもの；インポーチンα3（Homo sapiens,番号NM＿002268）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα4（Homo sapiens,番号NM＿002267）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα5（Homo sapiens,番号U28386）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα6（Homo sapiens,番号NM＿002269）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα7（Homo sapiens,番号NM＿012316）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜103）が除去されたもの；当業者に理解されているような、インポーチンαであってインポーチンβ結合ドメインが前出で記載のように除去され、また少なくとも２つのアルマジロリピートが除去されたもの（Y.Miyamotoら（2002）EMBO Journal 21,5833〜5842）；当業者に理解されているような、野生型インポーチンαに対する正常な親和性よりも高い親和性を有するように変異させられたインポーチンαの自己阻害性ドメイン（B.Catimelら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,34189〜34198）；当業者によって理解されるとおり、核輸送ができないが、１つ以上の病原体核局在化シグナル（NLS）に依然として結合する改変インポーチンαであって、好ましくは細胞性NLSに対して結合するよりも高い親和性を有するもの；インポーチンα1のインポーチン結合βドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002266,およそアミノ酸1〜99）；インポーチンα3のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002268、およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα4のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002267,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα5のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号U28386,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα6のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002269,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα7のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿012316,およそアミノ酸1〜103）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265,番号NP＿002256）であって、例えば、HEAT−5とHEAT−6との間の領域（およそアミノ酸203〜211）およびHEAT−6とHEAT−7との間の領域（およそアミノ酸246〜252）を欠失させることによって、またはそれらの領域を非相同性のリンカー領域で置換することによって、ヌクレオポリンに結合しないように改変されたもの（Y.M.ChookおよびG.Blobel（2001）Current Opinion in Structural Biology 11,703〜715）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265,番号NP＿002256）であって、例えば、およそアミノ酸333から、およそアミノ酸343までにまたがる酸性ループインポーチンα結合領域を欠失させることによって、インポーチンαに結合しないように改変されたもの（G.Cingolaniら（1999）Nature 399,221〜229）；当業者によって理解されるとおり、エクスポーチンの欠損性変異体（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594）；インポーチンβ1による輸送を阻害する変異体p10／NTF2、例えば、p10 D23A（C.M.Laneら（2000）Journal of Cell Biology 151,321〜331）またはN77Y（B.B.Quimbyら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,38820〜38829）；核輸入および／または核輸出を阻害する、小胞体マトリックスタンパク質（vesicuovirus matrix protein）またはその一部（J.M.Petersenら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8590〜8595；J.M.Petersenら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,8590〜8601；C.von Kobbeら（2000）Molecular Cell 6,1243〜1252）；SV40T抗原の古典的な核局在化シグナルに似ているペプチドまたは他の分子（E.Merleら（1999）Journal of Cellular Biochemistry 74,628〜637）；FxFGリピートまたはGLFGリピートを有するペプチド（R.Baylissら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,50597〜50606）；レプトマイシンB；または核輸入もしくは核輸出を妨害するRanの変異体、例えば、限定はしないが、RanC4A（R.H.Kehlenbachら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,14524〜14531）。
細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する、任意の自然界に存在する分子または自然界には存在しない分子からエフェクタードメインを単離することができる（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；B.Ossareh−Nazari（2001）Traffic 2,684〜689）。このようなエフェクター分子としては、例えば、限定はしないが、以下が挙げられる：抗体、抗体フラグメント、単鎖抗体、ペプチド模倣物、または合成分子。エフェクター分子はまた、細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する分子をコードするDNAであってもRNAであってもよい。さらに、エフェクター分子は、細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、病原体成分、または細胞成分に結合する分子を合成する任意の分子であってもよい。
細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する細胞成分（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；E.ContiおよびE.Izaurralde（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,310〜319）としては、例えば、以下が挙げられる：インポーチンαタンパク質、インポーチンβタンパク質、インポーチン7、Ran、Nup358（S.K.VasuおよびD.J.Forbes（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,363〜375）,CAN／Nup214（L.C.Trotmanら（2001）Nature Cell Biology 3,1092〜1100；S.K.VasuおよびD.J.Forbes（2001）Current Opinion in Cell Biology 13,363〜375）、CRM1、CAS、カルレティキュリン、またはキナーゼもしくはホスファターゼ（核輸入または輸出を調節する）（R.H.KehlenbachおよびL.Gerace（2000）Journal of Biological Chemistry 275,17848〜17856）。１つの実施形態において、エフェクタードメインは、細胞性輸送よりも効率的に病原体輸送を阻害する。
エフェクタードメインは、エンドサイトーシス（飲食作用）経路または食作用経路（例えば、制限はしないが、エンドソーム、食胞、リソソーム、他の細胞内区画、または小胞輸送の特性）を変化させ、抗病原体効果を生じる分子から単離することができる（L.A.Knodler,J.CelliおよびB.B.Finlay（2001）Nat.Rev.Mol.Cell.Biol.2,578〜588；D.SacksおよびA.Sher（2002）Nature Immunology 3,1041〜1047；M.W.Hornefら（2002）Nature Immunology 3,1033〜1040；J.Pieters（2001）Current Opinion in Immunology 13,37〜44）、これには、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAが挙げられる：特に過剰発現された場合の、ダイナミン1変位体K44A（M.Huberら（2001）Traffic 2,727〜736）、；特に過剰発現された場合の、セルブレビン（cellubrevin）（R.A.Frattiら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,17320〜17326）；サルモネラ（Salmonella）SpiCタンパク質（NCBI アクセッション番号U51927）；TassCの欠損性変位体（A.H.Leeら（2002）Cell.Microbiol.4,739〜750）；特に過剰発現された場合の、他の小胞輸送インヒビター；Nramp1（P.Cuellar−Mataら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2258〜2265；C.Frehelら（2002）Cellular Microbiology 4,541〜556；D.J.Hackamら（1998）J.Exp.Med.188,351〜364）；特に過剰発現された場合の、NADPHオキシダーゼサブユニットまたは補因子（P.V.Vignais（2002）Cell.Mol.Life Sci.59,1428〜1459）；特に過剰発現された場合の、NOS2一酸化窒素シンターゼ（J.D.MacMickingら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94,5243〜5248）；ヒトパピローマウイルス16 E5タンパク質（NCBI アクセッション番号W5WLHS）；バフィロマイシンA1；V−ATPaseサブユニットaに結合する、抗体、単鎖抗体、または他の分子（S.B.SatoおよびS.Toyama（1994）J.Cell.Biol.127,39〜53）、好ましくは、a1またはa2；小胞ATPaseサブユニットを阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154）；小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのおよそ78アミノ末端アミノ酸から構成されるペプチド（M.Luら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,38409〜38415）；小胞体H＋−ATPaseサブユニットAのA2カセット変異体（N.Hernandoら（1999）Eur.J.Biochem.266,293〜301）；小胞体H＋−ATPaseのサブユニットa1またはa2の欠損変異体（S.Kawasaki−Nishiら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,12397〜12402；S.Kawasaki−Nishiら（2001）276,47411〜47420；T.NishiおよびM.Forgac（2000）J.Biol.Chem.275,6824〜6830；S.B.Pengら（1999）J.Biol.Chem.274,2549〜2555；T.Toyomuraら（2000）J.Biol.Chem.275,8760〜8765）；小胞H＋−ATPaseサブユニットEのCおよび／またはHサブユニットの過剰発現（K.K.CurtisおよびP.M.Kane（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2716〜2724）；他の欠損性小胞体ATPaseサブユニットまたはサブユニットの一部（抗病原体効果を欠損するように作製することができる野生型ヒト小胞体ATPaseサブユニットの例は、当業者によって理解され、そして限定はしないが以下のアクセッション番号を有する小胞体ATPaseサブユニットが挙げられる： NM＿004231、NM＿130463、NM＿015994、NM＿001694、NM＿004047、NM＿001696、NM＿004691、NM＿001695、NM＿001693、NM＿001690、NM＿020632、NM＿004888）；他の小胞H＋−ATPaseインヒビター、特に、破骨細胞および腎介在細胞のような細胞に対する望ましくない効果が最小限である、エンドソーム、食胞、またはリソソームにおけるpHを変化させるインヒビター；細胞内区画の酸性化を阻害する、細胞内病原体から単離することができる分子（例えば、限定はしないが、Mycobacterium（マイコバクテリウム）属、Salmonella（サルモネラ）属、Yersinia（エルシニア）属、Chlamydia（クラミジア）属、Histoplasma capsulatum（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154）または Toxoplasma gondii）；細胞内区画酸性化を促進する、細胞内病原体から単離することができる分子（例えば、限定はしないが、Coxiella burnetti、Francisella tularensis、Brucella（ブルセラ）属（F.Porteら（1999）Infection and Immunity 67,4041〜4047）、Leishmania（リーシュマニア）属、Listeria monocytogenes、Bordetella bronchiseptica、またはLegionella pneumophila）；または小胞輸送もしくは細胞内区画の他の特性を妨害する分子が、細胞内病原体から単離され得る（例えば、限定はしないが、マイコバクテリウム属（Mycobacterium spp.）、サルモネラ属（Salmonella spp.）、エルシニア属（Yersinia spp.）、クラミジア属（Chlamydia spp.）、Histoplasma capsulatum（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154）、Toxoplasma gondii、Coxiella burnetti、Francisella tularensis、ブルセラ属（Brucella spp.）（F.Porteら（1999）Infection and Immunity 67,4041〜4047）、リーシュマニア属（Leishmania spp.）、Listeria monocytogenes、Bordetella bronchiseptica、またはLegionella pneumophila）。
エフェクタードメインは、ユビキチン−プロテアソーム分解経路の成分を刺激するか、阻害するか、またはそれに結合して、抗病原体効果を生じる分子から単離することが可能であり（M.H.GlickmanおよびA.Ciechanover（2002）Physiol.Rev.82,373〜428；K.M.Sakamoto（2002）Molecular Genetics and Metabolism 77,44〜56）、これは、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：特に過剰発現された場合の、CHIP（D.M.Cyrら（2002）Trends Biochem.Sci.27,368〜375；J.Demandら（2001）Curr.Biol.11,1569〜1577；S.Murataら（2001）EMBO Rep.2,1133〜1138）；特に過剰発現された場合の、Fbx2（Y.Yoshidaら（2002）Nature 418,438〜442）；病原体、病原体成分、または病原体を補助する細胞成分をユビキチン化する分子（P.Zhouら（2000）Mol.Cell 6,751〜756；K.M.Sakamotoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8554〜8559；N.Zhengら（2000）Cell 102,533〜539；D.Oyakeら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 295,370〜375）；あるいはユビキチン化またはプロテアソームのインヒビター（J.Myungら（2001）Medicinal Research Reviews 21,245〜273；G.Lennoxら（1988）Neurosci.Lett.94,211〜217；N.F.Benceら（2001）Science 292,1552〜1555）、例えば、限定はしないが、ラクタシスチン（lactacystin）またはエポキソマイシン（epoxomicin）。
エフェクタードメインは、デフェンシン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子から単離することが可能であり（R.I.LehrerおよびT.Ganz（2002）Current Opinion in Immunology 14,96〜102；D.Yangら（2002）TRENDS in Immunology 23,291〜296；P.A.RajおよびA.R.Dentino（2002）FEMS Microbiology Letters 206,9〜18；G.T.−J.Huangら（2002）Human Gene Therapy 13,2017〜2025；J.Cohnら（2001）Current Opinion in Immunology 13,55〜62）、これは例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：αデフェンシン、βデフェンシン、θデフェンシン、植物デフェンシン、または節足動物デフェンシン。エフェクタードメインは、前出で列挙されたような自然界に存在しているデフェンシン応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、カテリシジン（cathelicidin）関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子から単離することが可能であり（R.I.LehrerおよびT.Ganz（2002）Curr.Opin.Hematol.9,18〜22；B.Ramanathanら（2002）Microbes Infect.4,361〜372；M.ZaiouおよびR.L.Gallo（2002）J.Mol.Med.80,549〜561）、これは例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：hCAP−18／LL−37、CRAMP、Bac4、OaBac5；プロフェニン（prophenin）−1、プロテグリン−1、またはPR−39。エフェクタードメインは、前出で列挙されたような、自然界に存在しているカテリシジン応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
なお他のエフェクタードメインは、ケモカイン関連応答またはトロンボシジン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子から単離することが可能であり（M.DurrおよびA.Peschel（2002）Infection and Immunity 70,6515〜6517；Y.Tangら（2002）Infection and Immunity 70,6524〜6533；J.Krijgsveldら（2000）Journal of Biological Chemistry 275,20374〜20381；A.D.Luster（2002）Current Opinion in Immunology 14,129〜135；M.Melladoら（2001）Annu.Rev.Immunol.19,397〜421）、これは例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：CCケモカイン、CXCケモカイン、Cケモカイン、CX3Cケモカイン、CCケモカインレセプター、CXCケモカインレセプター、Cケモカインレセプター、CX3Cケモカインレセプター、JAKタンパク質、STATタンパク質、フィブリノペプチドA、フィブリノペプチドB、またはサイモシンβ4。エフェクタードメインは、前出で列挙されたような、自然界に存在しているケモカイン応答に関連する分子またはトロンボシジン応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
エフェクタードメインは、感染した宿主細胞または病原体細胞に対して毒性である分子から単離することができる。１つの実施形態では、エフェクター分子は、感染した宿主細胞に対して毒性であり、未感染の宿主細胞に対しては毒性でなく、例えば、限定はしないが、ジフテリア毒素のA（21kDa）フラグメントのような、細胞の原形質膜を通過できないように改変されている細胞内細菌毒素である（B.B.FinlayおよびP.Cossart（1997）Science 276,718〜725；C.Montecuccoら（1994）FEBS Lett.346,92〜98；P.O.Falnesら（2001）Biochemistry 40,4349〜4358）。エフェクタードメインは、ペニシリン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、リファンピン、アンホテリシンB、メトロニダゾールまたはメフロキンが挙げられるがこれらに限定されない、病原体細胞に対して毒性である分子から単離することができる。エフェクタードメインは、ATPインヒビターから単離することができる（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2001）Virology 290,329〜341）。エフェクター分子は、転写、翻訳、複製、酸化的リン酸化、細胞骨格プロセス、または他の細胞および／もしくは病原体の機能を阻害する毒素であってもよい。
エフェクタードメインは、感染した細胞からの病原体の出芽または放出を阻害する分子から単離することが可能であり、この分子は、例えば、限定はしないが以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：特に過剰発現された場合の、Hrs（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157,91〜101；L.Chinら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,7069〜7078；C.Raiborgら（2002）Nature Cell Biology 4,394〜398）；特に過剰発現された場合の、欠損性Vps4 変異体、例えば、K173QまたはE228Q（J.E.Garrusら（2001）Cell 107,55〜65）；Tsg101発現を阻害する短い干渉RNA（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157,91〜101；J.E.Garrusら（2001）Cell 107,55〜65）；特に過剰発現された場合の、およそアミノ酸121〜435からなる短縮AP-50、またはAP-50の他の欠損性変異体（B.A.Pufferら（1998）Journal of Virology 72,10218〜10221）；特に過剰発現された場合の、LDI-1のWWドメイン含有フラグメント、Nedd4、Yes関連タンパク質、KIAA0439遺伝子産物、または他の欠損性Nedd4−関連タンパク質（A.Kikonyogoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,11199〜11204；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）；HIV p6 Gag PTAPP−モチーフ含有後期（L）ドメイン（L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729）または他のウイルス後期（L）ドメイン含有PTAP、PSAP、PPXY、YPDLまたはYXXLモチーフ（J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）からなるペプチド；特に過剰発現された場合の、Tsg101のアミノ酸1〜167、Tsg101のTSG−5’フラグメント、またはTsg101の同様のアミノ末端フラグメント（D.G.Demirovら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,955〜960l；E.L.MyersおよびJ.F.Allen（2002）Journal of Virology 76,11226〜11235）；Tsg101の変異体（M.Babstら（2000）Traffic 1,248〜258；L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729；J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；O.Pornillosら（2002）EMBO Journal 21,2397〜2406）であって、ウイルス出芽を補助する能力が低いもの；カゼインキナーゼ2（CK2）インヒビター、例えば、ペプチドRRADDSDDDDD（配列番号472）（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；またはGタンパク質シグナル伝達インヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）。エフェクタードメインは、感染した細胞からの病原体の出芽または放出に関与する、細胞性分子または病原体分子に結合する分子から単離することができる（例えば、限定はしないが以下の分子の１つ以上に対して結合する分子から：Tsg101、Vps4、カゼインキナーゼ2、Hrs、hVps28、Eap30、Eap20、Eap45、Chmp1、Chmp2、Chmp3、Chmp4、Chmp5、Chmp6、AP−50、Nedd4関連タンパク質、WWドメイン含有タンパク質、またはLドメイン含有タンパク質；O.Pornillosら（2002）TRENDS in Cell Biology 12,569〜579；P.Gomez−Puertasら（2000）Journal of Virology 74,11538〜11547；E.Katzら（2002）Journal of Virology 76,11637〜11644）。
エフェクタードメインは、細胞または病原体の成分を分解する分子から単離することが可能であり、この分子は、例えば、限定はしないが、以下である：プロテアーゼ、これにはキモトリプシン、トリプシン、またはエラスターゼが挙げられる；Dnases、これには、恒常的に活性なCADである、カスパーゼ活性化DNase（CAD）（N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274,270〜274）、または制限酵素が挙げられる；RNase類、これにはRNase III（Homo sapiens,番号AF189011；Escherichia coli,番号NP＿417062,NC＿000913）、RNt1p（Saccharomyces cerevisiae,番号U27016）、Pac1,（Schizosaccharomyces pombe,番号X54998）、RNase A、またはRNase Lが挙げられる；グリコシダーゼ、これにはN−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼH、O−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼF2、シアリダーゼ、またはβガラクトシダーゼが挙げられる；あるいはリパーゼ、これにはホスホリパーゼA1、ホスホリパーゼA2、ホスホリパーゼC、またはホスホリパーゼDが挙げられる。エフェクタードメインは、細胞または病原体の成分を分解する分子をコードするDNAまたはRNAによってコードされ得る。エフェクタードメインは、細胞または病原体の成分を分解する、上記で記載されたような分子に結合するか、それを刺激するか、またはそれを阻害する分子から単離することができる。
他のエフェクタードメインは、免疫関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子から単離することができ（W.E.Paul（編）,Fundamental Immunology（第4版,Lippincott−Raven,Philadelphia,1999））、この分子は、例えば、限定はしないが、以下の分子またはそれらをコードするDNAもしくはRNAである：MHCクラスI、MHCクラスII、抗体、単鎖抗体、T細胞レセプター、Fcレセプター、NK細胞活性化レセプター（NKp46、Ly49H、およびNKG2Dが挙げられるがこれらに限定されない；A.DiefenbachおよびD.H.Raulet（2003）Current Opinion in Immunology 15,37〜44；A.R.FrenchおよびW.M.Yokoyama（2003）Current Opinion in Immunology 15,45〜51）、NK細胞阻害性レセプター、レセプター結合チロシンキナーゼ、またはホスホリパーゼC。エフェクタードメインは、自然界に存在している免疫応答に関連する分子に結合するか、それを刺激するか、または阻害する分子から単離することができる。
上記のような少なくとも１つのdsRNA結合ドメインを有する本発明のキメラ分子は、アポトーシスの活性化または誘導を媒介するエフェクタードメインに結合し得るか、またはそれと連結する。例えば、カスパーゼ（プロカスパーゼとしても公知）1〜14（カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；CED−3カスパーゼ、およびCaenorhabditis elegans、番号AF210702）は、エフェクタードメインであり得る。このようなカスパーゼは当該分野で広範に認識されており、Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogasterおよびC.elegansを含む種々の生物体由来のホモログを含む。当業者によって理解されているように、活性なカスパーゼサブユニットおよび活性化切断部位を含む全長プロカスパーゼおよびプロカスパーゼの断片の両方が、本発明における使用に適切である。
アポトーシスの活性化または誘導を媒介する他のエフェクタードメインとしては、アポトーシス関連タンパク質、例えば、FADDから単離されたデスエフェクタードメイン（death effector domain）（DED）、Apaf-1から単離されたカスパーゼ補充ドメイン（caspase recruitment domain）（CARD）、またはFasもしくはTRADD（腫瘍壊死因子レセプター1型（TNFR1）関連デスドメインタンパク質）のいずれかから単離されたデスドメイン（DD）が挙げられる。表2は、これらのエフェクタードメイン含有タンパク質の例、およびこのエフェクタードメインのおよそのアミノ酸位置を提供する。
Figure 0004959110
好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARD−なし（CARD−less）ヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長のヒトIKKγ、またはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；またはRip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、上記のような１つ以上のdsRNA結合ドメインを有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、上記のような１つ以上の2’，5’−オリゴアデニレート結合ドメインを有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結したPERK由来の１つ以上の小胞体ストレス検出ドメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸1〜542）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結したIRE1α由来の１つ以上の小胞体ストレス検出ドメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸1〜469）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結したIRE1β由来の１つ以上の小胞体ストレス検出ドメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸1〜451）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結したHSF1由来の１つ以上のストレス検出ドメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸125〜503）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、限定はしないが、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、上記のような１つ以上のLPS結合ドメインを有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Apaf-1由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸97〜1194）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126が挙げられるがこれに限定されない）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、FADD由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸117〜208）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、カスパーゼ8由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトカスパーゼ8のおよそアミノ酸1〜215）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、カスパーゼ9由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトカスパーゼ9のおよそアミノ酸1〜92）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126が挙げられるがこれに限定されない）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、TNFαレセプター1由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトTNF-RIの細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Fas／CD95由来の１つ以上のアポトーシスシグナル検出ドメイン（例えば、ヒトFas／CD95の細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Nod1／CARD4由来の１つ以上の病原体検出ドメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸127〜953）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Nod2由来の１つ以上の病原体検出ドメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸251〜1040）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Ipaf-1／CLAN／CARD12由来の１つ以上の病原体検出ドメイン（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸126〜1024）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、CIITA由来の１つ以上の病原体検出ドメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸341〜1130）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；架橋によって活性化されるプロテアーゼ；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、１つ以上の病原体結合ドメインまたは病原体誘導産物結合ドメイン（例えば、１つ以上の病原体、病原体成分、病原体により産生される産物、または病原体により誘導される産物に結合する単鎖抗体）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、Nod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；架橋によって活性化されるプロテアーゼ；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、１つ以上の病原性型のプリオンに特異的に結合する１つ以上のドメイン（例えば、プリオン型病原体に結合する非病原性プリオン型の一部（例えば、ハムスタープリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら(1999)Journal of Virology 73,6245〜6250）、または１つ以上の病原型プリオンに結合する単鎖抗体）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、IKKγ由来の１つ以上の炎症性シグナル検出ドメイン（例えば、全長ヒトIKKγ）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスのエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、RIP由来の１つ以上の病原体誘導シグナル検出ドメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸301〜671）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；または、RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、Rip2／RICK／CARDIAK由来の１つ以上の病原体誘導シグナル検出ドメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸301〜540）を有する。
別の好ましい実施形態において、本発明のキメラ分子または因子は、以下のエフェクター分子：上記のようなアポトーシスのエフェクタードメイン；プロテインキナーゼR由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸175〜551または274〜551）；RNase L由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸336〜741）；PERK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトPERKのおよそアミノ酸543〜1115）；IRE1α由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1αのおよそアミノ酸470〜977）；IRE1β由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIRE1βのおよそアミノ酸452〜925）；Nod1／CARD4由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126）；Nod2由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜250）；Ipaf−1／CLAN／CARD12由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125）；CIITA由来の酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、CARDなしヒトCIITAのおよそアミノ酸1〜340）；樹状細胞CIITA由来のCARDエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜100）；樹状細胞CIITA由来のCARD酸性ドメインエフェクタードメイン（例えば、ヒト樹状細胞CIITAのおよそアミノ酸1〜440）；IKKγ由来のエフェクタードメイン（例えば、全長ヒトIKKγまたはヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200）；HSF1由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜227）；RIP由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜300）；または、Rip2／RICK／CARDIAK由来のエフェクタードメイン（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAKのおよそアミノ酸1〜300） の１つ以上と枠組み内で融合した、または結合した、または連結した、トル様レセプターから単離された１つ以上の病原体検出ドメイン（例えば、以下のヒトトル様レセプター：TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、またはTLR10の細胞外ドメイン）を有する。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体、または病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物に結合する分子であり得、また、天然のエフェクター分子に結合し、それによって、多価の病原体／病原体産生産物／病原体誘導産物への架橋によってエフェクター分子を活性化し、および／または、病原体／病原体産生産物を天然の抗病原体エフェクター分子と密接に近接させることによって、抗病原体効果を促進する分子でもあり得る。より詳細には、そして限定はしないが、本発明の因子は、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物に結合する分子であり得、また、以下：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内への結合による）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内の結合による）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内の結合による）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内の結合による）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内の結合による）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによる）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；架橋により活性化されるプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ の１つ以上に結合する分子でもあり得る。
本発明のキメラ分子または因子は、dsRNAに結合する（例えば、リビドマイシンを含むことによって、またはリビドマイシンのdsRNA結合ドメイン、プロテインキナーゼRもしく上記のような他のdsRNA結合ドメインを模倣することによって）分子であり得、また、以下：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内への結合による）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内の結合による）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内の結合による）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内の結合による）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内の結合による）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによる）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ の１つ以上に結合する分子でもあり得る。
本発明のキメラ分子または因子は、プロテインキナーゼRに結合する（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸174〜551由来のドメイン内に結合することによって）分子であり得、また、以下：RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内の結合による）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内の結合による）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内の結合による）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内の結合による）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによる）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ の１つ以上に結合する分子でもあり得る。
本発明のキメラ分子または因子は、2',5'-オリゴアデニレートに結合し（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸1〜335由来の2',5'-オリゴアデニレート結合ドメインを模倣することによって）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であり得る：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2',5'-オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによって）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによって）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによって）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによって）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによって）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによって）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、RNase Lに結合し（例えば、ヒトRNase Lのおよそアミノ酸364〜741由来のドメイン内への結合によって）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であり得る：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内への結合によって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内への結合によって）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内への結合によって）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内への結合によって）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内への結合によって）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによって）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによって）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス後期ドメインに結合し（例えば、限定はしないが、上記のような、PTAP、PSAP、PPXY、YPDL、またはYXXLなどのウイルス後期ドメインモチーフへの結合によって）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であり得る：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2',5'-オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによって）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによって）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによって）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによって）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによって）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによって）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス糖タンパク質に結合し（例えば、限定はしないが、ヒトNK細胞活性化レセプターNKp46の血球凝集素結合ドメインを模倣することによって）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であり得る：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2',5'-オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによって）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによって）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによって）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによって）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによって）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによって）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、LPSに結合し（例えば、上記のようなヒトBPIのおよそアミノ酸1〜199由来のLPS結合ドメインまたは他のLPS結合ドメインを模倣することによって）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であり得る：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNase L（例えば、この場合、病原体または、病原体によって産生されるかもしくは誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2',5'-オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf-1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf-1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによって）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによって）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf-1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによって）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによって）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによって）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによって）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、ペプチドグリカンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のペプチドグリカン結合ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、ムラミルジペプチドに結合し（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸744〜1040由来のムラミルジペプチド結合ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のフラジェリンに結合し（例えば、ヒトTLR5の細胞外ドメイン由来のフラジェリン結合ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のIII型分泌系に結合し、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、CpG DNAに結合し（例えば、ヒトTLR9の細胞外ドメイン由来のCpG−DNA結合ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、ザイモサンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のザイモサン結合ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体型のプリオンに結合し（例えば、非病原体型プリオンの一部（例えば、病原体型プリオンに結合する、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）を模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；架橋によって活性化されるプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Apaf−1に結合し（例えば、ヒトカスパーゼ9のおよそアミノ酸1〜91由来のCARDドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、FADDに結合し（例えば、ヒトカスパーゼ8のおよそアミノ酸1〜215由来のDED含有ドメインを模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、TRADDに結合し（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸117〜208由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Fas／CD95に結合し（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸117〜208由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、PERKに結合し（例えば、PERKの細胞質ドメインへ結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、IRE1αに結合し（例えば、IRE1αの細胞質ドメインへ結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、IRE1βに結合し（例えば、IRE1βの細胞質ドメインへ結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Nod1／CARD4に結合し（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインへの結合による）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Nod2に結合し（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸1〜220由来のCARD含有ドメインに結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Ipaf−1／CLAN／CARD12に結合し（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸1〜125由来のCARDドメインに結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、CIITAに結合し（例えば、CIITAアイソフォーム由来のCARDおよび／または酸性ドメインへ結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、RIPに結合し（例えば、ヒトRIPのおよそアミノ酸1〜289由来のドメン内に結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、Rip2／RICK／CARDIAKに結合し（例えば、ヒトRip2／RICK／CARDIAK のおよそアミノ酸1〜292由来のドメイン内に結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、IKKγに結合し（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメイン内に結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；HSF1（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸137〜503由来のドメイン内に結合することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、HSF1に結合し（例えば、ヒトHSF1のおよそアミノ酸1〜120由来のDNA結合ドメイン内に結合することによる）、かつ以下の１つ以上にも結合する分子であってもよい：プロテインキナーゼR（例えば、ヒトプロテインキナーゼRのおよそアミノ酸1〜174由来のドメイン内に結合することによって）；RNaseL（例えば、この場合、病原体であるか、または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物である、RNase Lに結合するが、二次架橋なしにはそれを活性化しない2’，5’−オリゴアデニレートの短い分子を含むかまたは模倣することによって）；PERK；IRE1α；IRE1β；カスパーゼ3；カスパーゼ8（例えば、ヒトFADDのおよそアミノ酸1〜117由来のカスパーゼ8結合DEDドメインを模倣することによって）；カスパーゼ9（例えば、ヒトApaf−1のおよそアミノ酸1〜97由来のカスパーゼ9結合CARDドメインを模倣することによって）；Apaf−1；FADD（例えば、ヒトFas／CD95またはTRADD由来の死滅ドメイン（DD）を模倣することによって）；カスパーゼまたはアポトーシスシグナル伝達分子；Nod1／CARD4（例えば、ヒトNod1／CARD4のおよそアミノ酸126〜953由来のドメイン内に結合することによる）；Nod2（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸220〜1040由来のドメイン内に結合することによる）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（例えば、ヒトIpaf−1／CLAN／CARD12のおよそアミノ酸125〜1024由来のドメイン内に結合することによる）；CIITA（例えば、ヌクレオチドオリゴマー化ドメイン（NOD）またはCIITAアイソフォームのロイシンリッチリピート（LRR）ドメイン内に結合することによる）；RIP（例えば、Fas／CD95またはTRADDの死滅ドメイン（DD）を模倣することによる）；Rip2／RICK／CARDIAK（例えば、ヒトNod1のおよそアミノ酸1〜126由来のCARDドメインを模倣することによって）；IKKγ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸201〜419由来のドメインと結合することによる）；IKKαおよび／またはβ（例えば、ヒトIKKγのおよそアミノ酸1〜200由来のIKKα／β結合ドメインを模倣することによる）；上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のような熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物に結合し、かつエフェクタードメインも含み、それによって病原体／病原体により産生される産物を抗病原体エフェクタードメインと密接に近接させることによって抗病原体効果を促進する分子であってもよい。より詳細には、本発明の因子は、病原体または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物に結合し、かつ以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子（例えば、限定はしないが、単鎖抗体）であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、dsRNAに結合し（例えば、上記のような１つ以上のdsRNA結合ドメインを含むことによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス後期ドメインに結合し（例えば、限定はしないが、上記のような、PTAP、PSAP、PPXY、YPDL、またはYXXLなどのウイルス後期ドメインモチーフに結合することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス糖タンパク質に結合し（例えば、限定はしないが、ヒトNK細胞活性化レセプターNKp46の血球凝集素結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、LPSに結合し（例えば、上記のような、ヒトBPIのおよそアミノ酸1〜199由来のLPS結合ドメイン、または他のLPS結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ペプチドグリカンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のペプチドグリカン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ムラミルジペプチドに結合し（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸744〜1040由来のムラミルジペプチド結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のフラジェリンに結合し（例えば、ヒトTLR5の細胞外ドメイン由来のフラジェリン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のIII型分泌系に結合し、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、CpG DNAに結合し（例えば、ヒトTLR9の細胞外ドメイン由来のCpG−DNA結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ザイモサンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のザイモサン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体型のプリオンに結合し（例えば、病原体型のプリオンに結合する非病原性型のプリオンの一部（例えば、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）を含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物に結合し、かつエフェクタードメインも含み、それによって病原体／病原体により産生される産物を抗病原体エフェクタードメインと密接に近接させることによって抗病原体効果を促進する分子であってもよい。より詳細には、本発明の因子は、病原体または病原体により産生される産物もしくは病原体により誘導される産物に結合し、かつ以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子（例えば、限定はしないが、単鎖抗体）であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、dsRNAに結合し（例えば、上記のような１つ以上のdsRNA結合ドメインを含むことによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス後期ドメインに結合し（例えば、限定はしないが、上記のような、PTAP、PSAP、PPXY、YPDL、またはYXXLなどのウイルス後期ドメインモチーフに結合することよる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ウイルス糖タンパク質に結合し（例えば、限定はしないが、ヒトNK細胞活性化レセプターNKp46の血球凝集素結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、LPSに結合し（例えば、上記のような、ヒトBPIのおよそアミノ酸1〜199由来のLPS結合ドメイン、または他のLPS結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ペプチドグリカンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のペプチドグリカン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ムラミルジペプチドに結合し（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸744〜1040由来のムラミル−ジペプチド−結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のフラジェリンに結合し（例えば、ヒトTLR5の細胞外ドメイン由来のフラジェリン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、細菌のIII型分泌系に結合し、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、CpG DNAに結合し（例えば、ヒトTLR9の細胞外ドメイン由来のCpG−DNA結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、ザイモサンに結合し（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のザイモサン結合ドメインを含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体型のプリオンに結合し（例えば、病原体型のプリオンに結合する非病原性型のプリオンの一部（例えば、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）を含むかまたは模倣することによる）、かつまた以下のエフェクタードメインの１つ以上も含む分子であってもよい：上記のようなDNase；上記のようなRNase；上記のようなプロテアーゼ；上記のようなグリコシダーゼ；上記のようなリパーゼ；上記のようなストレス応答タンパク質または熱ショックタンパク質；上記のようなE3ユビキチンリガーゼ；病原体に対して毒性であるか阻害性である分子（上記のようなデフェンシンまたはドロソマイシンを含むがそれに限定されない）。
好ましい実施形態において、エフェクタードメインは、所望のエフェクタードメインをコードするポリヌクレオチド配列であり、このポリヌクレオチド配列は、プロモーターである病原体検出ドメインまたは病原体により誘導される産物を検出するドメインと作動可能に連結される。
上記のような、dsRNA誘導性プロモーターは、上記のように、ポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。同様に、上記のような、アポトーシス誘導性プロモーターは、上記のように、ポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。さらに、上記のような、未折り畳みタンパク質応答誘導性プロモーター、または小胞体結合タンパク質分解応答誘導性プロモーターは、上記のように、ポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。これらのプロモーターに作動可能に連結されるエフェクタードメインの例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない、本明細書に記載のようなキメラ分子または因子が挙げられる：dsRNA活性化カスパーゼ、2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子、または2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ活性化因子；本明細書に記載のようなキメラ転写因子；本明細書に記載のような、病原体、病原体成分、または病原体産物についての２つ以上の結合部位を含む分子；病原体遺伝子、または病原体を補助する宿主遺伝子の発現を阻害する、アンチセンスポリヌクレオチドまたは短い干渉RNA（G.M.Barton and R.Medzhitov（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99、14943〜14945）；上記のような、ストレス応答または炎症応答を実施、刺激または阻害する分子（これには、限定はしないが、以下が挙げられる：熱ショックタンパク質70（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM＿016299、NM＿005346、NM＿005345、NM＿002155、NM＿021979、AF093759；Mus musculus、番号XM＿207065、XM＿128584、XM＿128585、XM＿110217、NM＿015765、NM＿010481、NM＿008301、M76613）、Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）、Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM＿005348、NM＿007355）；Hsp40／Hdj−1（Homo sapiens、番号X62421、NM＿006145、NM＿005880）、Hsp60（Homo sapiens、番号NM＿002156）、Hsp47／CBP−2（Homo sapiens、番号D83174）、Hsp100（Homo sapiens、番号NM＿006660）、α−A−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿000394）、α−B−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿001885）、Hsp27−1（Homo sapiens、番号NM＿001540）、Hsp27−2（Homo sapiens、番号XM＿012054）、cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107〜110）、熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM＿005526、M64673；Mus musculus、番号XM＿128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21、7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15、1118〜1131）、当業者によって理解されているような恒常的に活性なHSF1、RelA／p65（Homo sapiens、番号NM＿021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM＿009045、AF199371）、RelB（Homo sapiens、番号NM＿006509；Mus musculus、番号NM＿009046、M83380）、c−Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM＿002908；Mus musculus、番号NM＿009044、X15842）、p50／p105／NF−κB1（Homo sapiens、番号NM＿003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM＿008689、AK052726、M57999）、p52／p100／NF−κB2（Homo sapiens、番号NM＿002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM＿019408）、κBのインヒビター（IκB：Homo sapiens、番号AY033600、NM＿020529；S.Ghosh および M.Karin（2002）Cell 109、S81〜S96）、IKK1／IκBキナーゼα（IKKα：Homo sapiens、番号AF009225、AF080157）、IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）、またはNEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542））；上記のような、未折り畳みタンパク質関連応答、または小胞体結合タンパク質分解関連応答を実施、刺激または阻害する分子（これには、限定はしないが、以下が挙げられる：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM＿005347；Mus musculus、番号NM＿022310）、PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP＿004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP＿034251）、当業者によって理解されているような恒常的に活性なPERK、IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）、当業者によって理解されているような恒常的に活性なIRE1α、IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）、当業者によって理解されているような恒常的に活性なIRE1β、転写活性化因子4（ATF4：Homo sapiens、番号NM＿001675；Mus musculus、番号NM＿009716）、転写活性化因子6αまたはβ（ATF6αまたはβ：Homo sapiens、番号NM＿007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM＿129579）、X−box 結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM＿013842）、CHOP−10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM＿004083；Mus musculus、番号X67083、NM＿007837）、サイト−1プロテアーゼ（S1P：Homo sapiens、番号NM＿003791；Mus musculus、番号NM＿019709）、サイト−2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM＿015884）、プレセニリン−1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM＿008943、AF149111）、TNFレセプター結合因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM＿021138、NM＿145718、Mus musculus、番号XM＿203851、XM＿130119、L35303）、またはcJUN NH2末端キナーゼ（JNKs：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345））；上記のような、病原体、病原体成分、または病原体を直接もしくは間接的に補助する細胞成分に結合する、単鎖抗体または他の分子；上記のような補体経路関連応答を実行するかまたは刺激する分子であって、これには、限定はしないが、以下が挙げられる：C3α、C3β、B因子、D因子、プロペルジン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1−INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL−1、FHR−1、FHR−2、FHR−3、FHR−4、CR1、またはDAF；上記のような、トル様レセプター関連応答、NODタンパク質関連応答を実施、刺激、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：Nod1／CARD4（Homo sapiens、番号AAD28350、AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274、14560〜14567）；Nod2、（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry、PMID：12514169）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（Homo sapiens、番号NM＿021209、AY035391；J.−L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276，28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM＿000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21，3001〜3011；A.Muhlethaler−Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM＿033004、NM＿033005、NM＿033006、NM＿033007、NM＿014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM＿017852）；クリオピリン／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM＿004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93、10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4、387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273，18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8，885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277，31871〜31876））、ペントラキシン関連応答、コレクチン関連応答、マンノースレセプター関連応答、スカベンジャーレセプター関連応答、または免疫関連応答を実施、刺激または阻害する分子；上記のような細胞質と細胞の核との間の輸送を阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：インポーチンα1（Homo sapiens、番号NM＿002266）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜99）が除去されたもの；インポーチンα3（Homo sapiens,番号NM＿002268）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα4（Homo sapiens,番号NM＿002267）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα5（Homo sapiens,番号U28386）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα6（Homo sapiens,番号NM＿002269）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα7（Homo sapiens,番号NM＿012316）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜103）が除去されたもの；当業者に理解されているような、インポーチンαであってインポーチンβ結合ドメインが上記のように除去され、また最後の２つのアルマジロリピートが除去されたもの（Y.Miyamotoら（2002）EMBO Journal 21,5833〜5842）；当業者に理解されているような、野生型インポーチンαに対する正常な親和性よりも高い親和性を有するように変異されせらたインポーチンαの自己阻害性ドメイン（B.Catimelら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,34189〜34198）；当業者に理解されているような、核輸送ができないが、なお１つ以上の病原体核局在化シグナル（NLS）に依然として、細胞性NLSに対して結合するよりも高い親和性で好ましく結合する改変インポーチンα；インポーチンα1のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002266,およそアミノ酸1〜99）；インポーチンα3のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002268、およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα4のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002267,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα5のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号U28386,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα6のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002269,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα7のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿012316,およそアミノ酸1〜103）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265,番号NP＿002256）であって、（例えば、HEAT−5とHEAT−6との間の領域（およそアミノ酸203〜211）およびHEAT−6とHEAT−7との間の領域（およそアミノ酸246〜252）を欠失させることによって、またはそれらの領域を非相同性のリンカー領域で置換することによって）ヌクレオポリンに結合しないように改変されたもの（Y.M.ChookおよびG.Blobel（2001）Current Opinion in Structural Biology 11,703〜715）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265、番号NP＿002256）であって、（例えば、およそアミノ酸333から、およそアミノ酸343までにまたがる酸性ループインポーチンα結合領域を欠失させることによって（G.Cingolaniら（1999）Nature 399,221〜229））インポーチンαに結合しないように改変されたもの；当業者によって理解されるとおり、エクスポーチンの欠損性変異体（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594）；インポーチンβ1による輸入を阻害する変異体p10／NTF2、（例えば、限定はしないが、p10 D23A（C.M.Laneら（2000）Journal of Cell Biology 151,321〜331）またはN77Y（B.B.Quimbyら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,38820〜38829））；核輸入および／または核輸出を阻害する、ベシクロウイルス (vesicuovirus) マトリックスタンパク質またはその一部（J.M.Petersenら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8590〜8595；J.M.Petersenら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,8590〜8601；C.von Kobbeら（2000）Molecular Cell 6,1243〜1252）
；SV40 T抗原の古典的な核局在化シグナルに似ているペプチド（E.Merleら（1999）Journal of Cellular Biochemistry 74,628〜637）、別の核局在化シグナル、FxFGリピートまたはGLFGリピートを有するペプチド（R.Baylissら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,50597〜50606）；レプトマイシンB、核輸入もしくは核輸出制限に干渉するRanの変異体（例えば、限定はしないが、RanC4A（R.H.Kehlenbachら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,14524〜14531））、あるいは細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、または病原体成分、または細胞成分に結合する分子（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；B.Ossareh−Nazari（2001）Traffic 2,684〜689））；病原性プリオンを阻害する分子（例えば、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）；上記のような、エンドサイトーシス経路、食作用経路、エンドソーム、食胞、リソソーム、他の細胞内区画、または小胞輸送の特性を変化させて、抗病原体効果を生じる分子（限定はしないが、以下が挙げられる：ダイナミン−１変異体K44A（M.Huberら（2001）Traffic 2、727〜736；特に過剰発現の場合）、セルブレビン（R.A.Frattiら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,17320〜17326、特に過剰発現の場合）、Salmonella SpiCタンパク質（NCBI アクセッション番号U51927）；TassCの欠損性変異体（A.H.Leeら（2002）Cell.Microbiol.4,739〜750）；他の小胞輸送インヒビター；Nramp1（P.Cuellar−Mataら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2258〜2265；C.Frehelら（2002）Cellular Microbiology 4,541〜556；D.J.Hackamら（1998）J.Exp.Med.188,351〜364；特に過剰発現の場合）；NADPHオキシダーゼサブユニットまたは補因子（P.V.Vignais（2002）Cell.Mol.Life Sci.59,1428〜1459；特に過剰発現の場合）、NOS2一酸化窒素シンターゼ（J.D.MacMickingら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94,5243〜5248；特に過剰発現の場合）；ヒトパピローマウイルス16 E5タンパク質（NCBI アクセッション番号W5WLHS）；バフィロマイシンA1；小胞体ATPaseサブユニットaに結合する、単鎖抗体、または他の分子（S.B.SatoおよびS.Toyama（1994）J.Cell.Biol.127,39〜53；好ましくは、a1またはa2）、小胞体ATPaseサブユニットを阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのおよそ78個のアミノ末端のアミノ酸から構成されるペプチド（M.Luら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,38409〜38415）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットAのA2カセット変異体（N.Hernandoら（1999）Eur.J.Biochem.266,293〜301）、当業者に理解されているような、小胞体H＋−ATPaseのサブユニットa1またはa2の欠損変異体（S.Kawasaki−Nishiら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,12397〜12402；S.Kawasaki−Nishiら（2001）276,47411〜47420；T.NishiおよびM.Forgac（2000）J.Biol.Chem.275,6824〜6830；S.B.Pengら（1999）J.Biol.Chem.274,2549〜2555；T.Toyomuraら（2000）J.Biol.Chem.275,8760〜8765）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのCおよび／またはHサブユニットの過剰発現（K.K.CurtisおよびP.M.Kane（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2716〜2724）、他の欠損性小胞体ATPaseサブユニットまたはサブユニットの一部（抗病原体効果を欠損するように作製することができる野生型ヒト小胞体ATPaseサブユニットの例は、当業者によって理解されており、そして限定はしないが以下のアクセッション番号を有する小胞体ATPaseサブユニットが挙げられる：NM＿004231、NM＿130463、NM＿015994、NM＿001694、NM＿004047、NM＿001696、NM＿004691、NM＿001695、NM＿001693、NM＿001690、NM＿020632、NM＿004888）；上記のような、ユビキチン−プロテアソーム分解経路に関連する応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：CHIP（D.M.Cyrら（2002）Trends Biochem.Sci.27,368〜375；J.Demandら（2001）Curr.Biol.11,1569〜1577；S.Murataら（2001）EMBO Rep.2,1133〜1138；特に過剰発現の場合）、Fbx2（Y.Yoshidaら（2002）Nature 418,438〜442；特に過剰発現の場合）、病原体、病原体成分、または病原体を補助する細胞成分をユビキチン化する分子（P.Zhouら（2000）Mol.Cell 6,751〜756；K.M.Sakamotoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8554〜8559；N.Zhengら（2000）Cell 102,533〜539；D.Oyakeら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 295,370〜375）、あるいはユビキチン化またはプロテアソームのインヒビター（J.Myungら（2001）Medicinal Research Reviews 21,245〜273；G.Lennoxら（1988）Neurosci.Lett.94,211〜217；N.F.Benceら（2001）Science 292,1552〜1555）；例えば、限定はしないが、ラクタシスチンまたはエポキソマイシン；上記のような、デフェンシン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：αデフェンシン、βデフェンシン、θデフェンシン、植物デフェンシン、または節足動物デフェンシン；上記のような、カテリシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：hCAP−18／LL−37、CRAMP、Bac4、OaBac5；プロフェニン−1、プロテグリン−1、またはPR−39；上記のような、ケモカイン関連応答またはトロンボシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：CCケモカイン、CXCケモカイン、Cケモカイン、CX3Cケモカイン、CCケモカインレセプター、CXCケモカインレセプター、Cケモカインレセプター、CX3Cケモカインレセプター、JAKタンパク質、STATタンパク質、フィブリノペプチドA、フィブリノペプチドB、またはサイモシンβ4；上記のような、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（これには、限定はしないが以下が挙げられる：インターフェロンα（Homo sapiens、番号NM＿002169、NM＿021002、J00207；Mus musculus、番号NM＿010502、NM＿010503、NM＿010507、NM＿008333、M68944、M13710）；インターフェロンβ（Homo sapiens、番号M25460、NM＿002176；Mus musculus、番号NM＿010510）；インターフェロンγ（Homo sapiens、番号NM＿000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロンδ；インターフェロンτ；インターフェロンω（Homo sapiens、番号NM＿002177）；インターロイキン1（IL−1：Homo sapiens、番号NM＿000575、NM＿012275、NM＿019618、NM＿000576、NM＿014439；Mus musculus、番号NM＿019450、NM＿019451、AF230378）；インターロイキン2（IL−2：Homo sapiens、番号NM＿000586）；インターロイキン3（IL−3：Homo sapiens、番号NM＿000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL−4：Homo sapiens、番号NM＿000589、NM＿172348；Mus musculus、番号NM＿021283）；インターロイキン5（IL−5：Homo sapiens、番号NM＿000879；Mus musculus、番号NM＿010558）；インターロイキン6（IL−6：Homo sapiens、番号NM＿000600；Mus musculus、番号NM＿031168）；インターロイキン7（IL−7：Homo sapiens、番号NM＿000880、AH006906；Mus musculus、番号NM＿008371）；インターロイキン9（IL−9：Homo sapiens、番号NM＿000590）；インターロイキン12（IL−12：Homo sapiens、番号NM＿000882、NM＿002187；Mus musculus、番号NM＿008351、NM＿008352）；インターロイキン15（IL−15：Homo sapiens、番号NM＿172174、NM＿172175、NM＿000585；Mus musculus、番号NM＿008357）；サイトカインレセプターおよび関連のシグナル伝達分子（W.E.Paul（編）、Fundamental Immunology（第4版、Lippincott−Raven、Philadelphia、1999）、第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM＿000629；Mus musculus、番号NM＿010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM＿000874；Mus musculus、番号NM＿010509）；ヤーヌスキナーゼ1（JAK1：Homo sapiens、番号NP＿002218；Mus musculus、番号NP＿666257）；ヤーヌスキナーゼ2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP＿004963；Mus musculus、番号NP＿032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナル伝達性転写活性化因子1（STAT1：Homo sapiens、番号NM＿007315、NM＿139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナル伝達性転写活性化因子2（STAT2：Homo sapiens、番号NM＿005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；インターフェロンで刺激される遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM＿006084；Mus musculus、番号NM＿008394）インターフェロン制御因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM＿002198、P10914；Mus musculus、番号NM＿008390）；インターフェロン制御因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM＿001571、Z56281；Mus musculus、番号NM＿016849、U75839、U75840）；インターフェロン制御因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP＿036187）；インターフェロン制御因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM＿006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン制御因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM＿016850、U73037）；インターフェロン制御因子8（IRF8）；恒常的に活性なインターフェロン制御因子；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17、5458〜5465）；恒常的に活性なPKR；2’，5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（番号P00973、P29728、AAD28543を含むHomo sapiens型；P11928を含むMus musculus型；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270、3454〜3461）；恒常的に活性な2’，5’−オリゴアデニレートシンテターゼ；RNase L（Homo sapiens、番号CAA52920）；恒常的に活性な RNase L；前骨髄急性白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76、3810〜3818）；p56または関連タンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19、6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；ADAR1（Homo sapiens、番号U18121；Mus musculus、番号NP＿062629）；Mx1（Homo sapiens、番号NM＿002462）；またはMx2（Homo sapiens、番号NM＿002463））；上記のような、感染した細胞からの病原体の出芽または放出を阻害する分子（特に過剰発現された場合のHrsが挙げられるがこれに限定されない（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；L.Chinら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、7069〜7078；C.Raiborgら（2002）Nature Cell Biology 4、394〜398）；特に過剰発現された場合の、欠損性Vps4変異体、例えば、K173QまたはE228Q（J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；Tsg101発現を阻害する、短い干渉RNA（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；特に過剰発現された場合の、およそアミノ酸121〜435からなる短縮型AP−50、またはAP−50の他の欠損性変異体（B.A.Pufferら（1998）Journal of Virology 72,10218〜10221）；特に過剰発現された場合の、LDI−1のWWドメイン含有フラグメント、Nedd4、Yes関連タンパク質、KIAA0439遺伝子産物、または他の欠損性Nedd4−関連タンパク質（A.Kikonyogoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,11199〜11204；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）；HIV p6 Gag PTAPP−モチーフ含有後期（L）ドメイン（L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729）またはPTAP、PSAP、PPXY、YPDLもしくはYXXLモチーフを含有
する他のウイルス後期（L）ドメイン（J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）からなるペプチド；特に過剰発現された場合の、Tsg101のアミノ酸1〜167、Tsg101のTSG−5’フラグメント、またはTsg101の同様のアミノ末端フラグメント（D.G.Demirovら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,955〜960l；E.L.MyersおよびJ.F.Allen（2002）Journal of Virology 76,11226〜11235）；Tsg101の変異体（M.Babstら（2000）Traffic 1,248〜258；L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729；J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；O.Pornillosら（2002）EMBO Journal 21,2397〜2406）であって、ウイルス出芽を補助する能力が低いもの；カゼインキナーゼ2（CK2）インヒビター、例えば、ペプチドRRADDSDDDDD（配列番号472）（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；またはGタンパク質シグナル伝達インヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；細胞性分子または病原体分子に結合する分子（感染した細胞からの病原体の出芽または放出に関与する、例えば、限定はしないが以下の分子の１つ以上に対して結合する分子：Tsg101、Vps4、カゼインキナーゼ2、Hrs、hVps28、Eap30、Eap20、Eap45、Chmp1、Chmp2、Chmp3、Chmp4、Chmp5、Chmp6、AP−50、Nedd4−関連タンパク質、WWドメイン含有タンパク質、またはLドメイン含有タンパク質；O.Pornillosら（2002）TRENDS in Cell Biology 12,569〜579；P.Gomez−Puertasら（2000）Journal of Virology 74,11538〜11547；E.Katzら（2002）Journal of Virology 76,11637〜11644）；上記のような、アポトーシス関連または他の細胞死関連の応答を実行するかまたは刺激する分子（これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM＿004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM＿001196）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf−1: Homo sapiens、番号NM＿013229、NM＿001160；Mus musculus、番号NP＿033814）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；TNFレセプター（Homo sapiens、番号NP＿001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens,番号U24231；Mus musculus,番号NM＿010175）；TRADD（Homo sapiens,番号NP＿003780,CAC38018）；グランザイムB（Homo sapiens、番号AAH30195、NP＿004122；Mus musculus、番号AAH02085、NP＿038570）；当業者によって理解されているような、恒常的に活性なグランザイムB；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM＿019887）；カスパーゼ類（以下を含むがそれに限定されない：カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED−3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；恒常的に活性なカスパーゼ；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26））；上記のような、細胞または病原体の成分を分解する分子（例えば、限定はしないが、以下：プロテアーゼ、これにはキモトリプシン、トリプシン、またはエラスターゼが挙げられる；DNase類、これには、恒常的に活性なCADである、カスパーゼ活性化DNase（CAD）（N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274,270〜274）、または制限酵素が挙げられる；RNase類、これにはRNase III（Homo sapiens,番号AF189011；Escherichia coli,番号NP＿417062,NC＿000913）、RNt1p（Saccharomyces cerevisiae,番号U27016）、Pac1,（Schizosaccharomyces pombe,番号X54998）、RNase A、またはRNase Lが挙げられる；グリコシダーゼ、これにはN−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼH、O−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼF2、シアリダーゼ、またはβガラクトシダーゼが挙げられる；あるいはリパーゼ、これにはホスホリパーゼA1、ホスホリパーゼA2、ホスホリパーゼC、またはホスホリパーゼDが挙げられる）；上記のような、感染した宿主細胞または病原性細胞に対して毒性であり、ジフテリア毒素のA（21kDa）フラグメントのような、細胞の原形質膜を通過できないように改変されている分子（細胞内細菌毒素が挙げられるがこれらに限定されない（B.B.FinlayおよびP.Cossart（1997）Science 276、718〜725；C.Montecuccoら（1994）FEBS Lett.346、92〜98；P.O.Falnesら（2001）Biochemistry 40、4349〜4358）；病原性細胞に対して毒性である分子、これには、限定はしないが以下が挙げられる：ペニシリン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、リファンピン、アンホテリシンB、メトロニダゾールまたはメフロキン；ATPインヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2001）Virology 290,329〜341）；あるいは、転写、翻訳、複製、酸化的リン酸化、細胞骨格プロセス、または他の細胞および／もしくは病原体の機能を阻害する毒素）。
上記のような炎症応答誘導性プロモーターは、上記のように、ポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。同様に、上記のようなストレス／熱ショック誘導性プロモーターは、上記のようなポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。同様に、上記のようなインターフェロンα、インターフェロンβまたはインターフェロンωなどのサイトカインによって誘導され得るプロモーターは、上記のようなポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。さらに、上記のようなサイトカイン、例えば、インターフェロンγ、インターロイキン1、インターロイキン2、インターロイキン3、インターロイキン4、インターロイキン5、インターロイキン6、インターロイキン7、インターロイキン9、インターロイキン12、またはインターロイキン15によって誘導され得るプロモーターは、上記のようなポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。あるいは、上記のような薬物誘導性プロモーターは、上記のようなポリヌクレオチド配列によってコードされる広範な種々のエフェクタードメインと作動可能に連結され得る。これらのプロモーターに作動可能に連結され得るエフェクタードメインの例としては、以下が挙げられる：本明細書中に記載されるようなキメラ分子または因子であって、以下を含むがそれらに限定されないもの、dsRNA活性化カスパーゼ、2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子、または2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ活性化因子；上記のようなキメラ転写因子；本明細書中に記載されるような、病原体、病原体成分または病原体産物についての２つ以上の結合部位を含む分子；病原体遺伝子または病原体を補助する宿主遺伝子の発現を阻害するアンチセンスポリヌクレオチドまたは短い干渉RNA（G.M.Barton and R.Medzhitov（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99、14943〜14945）；上記のようなストレス応答または炎症応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：熱ショックタンパク質70（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM＿016299、NM＿005346、NM＿005345、NM＿002155、NM＿021979、AF093759；Mus musculus、番号XM＿207065、XM＿128584、XM＿128585、XM＿110217、NM＿015765、NM＿010481、NM＿008301、M76613）、Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）、Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM＿005348、NM＿007355）；Hsp40／Hdj−1（Homo sapiens、番号X62421、NM＿006145、NM＿005880）、Hsp60（Homo sapiens、番号NM＿002156）、Hsp47／CBP−2（Homo sapiens、番号D83174）、Hsp100（Homo sapiens、番号NM＿006660）、α−A−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿000394）、α−B−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿001885）、Hsp27−1（Homo sapiens、番号NM＿001540）、Hsp27−2（Homo sapiens、番号XM＿012054）、cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107−110）、熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM＿005526、M64673；Mus musculus、番号XM＿128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21、7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15、1118〜1131）、恒常的に活性なHSF1、RelA／p65（Homo sapiens、番号NM＿021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM＿009045、AF199371）、RelB（Homo sapiens、番号NM＿006509；Mus musculus、番号NM＿009046、M83380）、c−Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM＿002908；Mus musculus、番号NM＿009044、X15842）、p50／p105／NF−κB 1（Homo sapiens、番号NM＿003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM＿008689、AK052726、M57999）、p52／p100／NF−κB 2（Homo sapiens、番号NM＿002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM＿019408）、κBのインヒビター（IκB：Homo sapiens、番号AY033600、NM＿020529；S.GhoshおよびM.Karin（2002）Cell 109、S81〜S96）、IKK1／IκBキナーゼα（IKK alpha：Homo sapiens、番号AF009225、AF080157）、IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）、またはNEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542））；上記のような、未折り畳みタンパク質関連応答または小胞体結合タンパク質分解関連す応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM＿005347；Mus musculus、番号NM＿022310）、PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP＿004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP＿034251）、恒常的に活性なPERK、IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）、当業者によって理解されているような、恒常的に活性なIRE1α、IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）、恒常的に活性なIRE1β、転写活性化因子4（ATF4：Homo sapiens、番号NM＿001675；Mus musculus、番号NM＿009716）、転写活性化因子6αまたはβ（ATF6αまたはβ：Homo sapiens、番号NM＿007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM＿129579）、X−box結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM＿013842）、CHOP−10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM＿004083；Mus musculus、番号X67083、NM＿007837）、サイト−1プロテアーゼ（S1P：Homo sapiens、番号NM＿003791；Mus musculus、番号NM＿019709）、サイト−2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM＿015884）、プレセニリン−1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM＿008943、AF149111）、TNFレセプター結合因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM＿021138、NM＿145718、Mus musculus、番号XM＿203851、XM＿130119、L35303）、またはcJUN NH2末端キナーゼ（JNKs：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345））；上記のような、病原体、病原体成分、または病原体を直接もしくは間接的に補助する細胞成分に結合する、単鎖抗体または他の分子；上記のような、補体経路関連応答を実行するかまたは刺激する分子であって、これには以下が挙げられるがこれらに限定されない：C3α、C3β、B因子、D因子、プロペルジン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1−INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL−1、FHR−1、FHR−2、FHR−3、FHR−4、CR1、またはDAF；上記のような、トル様レセプター関連応答、NODタンパク質関連応答を実施、刺激、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：Nod1／CARD4（Homo sapiens、番号AAD28350、AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274、14560〜14567）；Nod2、（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry、PMID：12514169）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（Homo sapiens、番号NM＿021209、AY035391；J.−L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM＿000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21、3001〜3011；A.Muhlethaler−Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM＿033004、NM＿033005、NM＿033006、NM＿033007、NM＿014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM＿017852）；クリオピリン／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM＿004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93、10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4、387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273、18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8、885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277、31871〜31876））、ペントラキシン関連応答、コレクチン関連応答、マンノースレセプター関連応答、スカベンジャーレセプター関連応答、または免疫関連応答を実施、刺激または阻害する分子；上記のような細胞質と細胞の核との間の輸送を阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：インポーチンα1（Homo sapiens、番号NM＿002266）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜99）が除去されたもの；インポーチンα3（Homo sapiens,番号NM＿002268）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα4（Homo sapiens,番号NM＿002267）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα5（Homo sapiens,番号U28386）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα6（Homo sapiens,番号NM＿002269）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα7（Homo sapiens,番号NM＿012316）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜103）が除去されたもの、インポーチンαであってインポーチンβ結合ドメインが前出で記載のように除去され、また最後の２つのアルマジロリピートが除去されたもの（Y.Miyamotoら（2002）EMBO Journal 21,5833〜5842）、野生型インポーチンαに対する正常な親和性よりも高い親和性を有するように変異したインポーチンαの自己阻害性ドメイン（B.Catimelら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,34189〜34198）、核輸送ができないが、なお１つ以上の病原体核局在化シグナル（NLS）に依然として、細胞性NLSに対して結合するよりも高い親和性で好ましく結合する改変されたインポーチンα；インポーチンα1のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002266,およそアミノ酸1〜99）；インポーチンα3のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002268、およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα4のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002267,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα5のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号U28386,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα6のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002269,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα7のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿012316,およそアミノ酸1〜103）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265,番号NP＿002256）であって（例えば、限定はしないが、HEAT−5とHEAT−6との間の領域（およそアミノ酸203〜211）およびHEAT−6とHEAT−7との間の領域（およそアミノ酸246〜252）を欠失させることによって、またはそれらの領域を非相同性のリンカー領域で置換することによって（Y.M.ChookおよびG.Blobel（2001）Current Opinion in Structural Biology 11,703〜715））ヌクレオポリンに結合しないように改変されたもの；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265、番号NP＿002256）であって、（例えば、限定はしないが、およそアミノ酸333から、およそアミノ酸343までにまたがる酸性ループインポーチンα結合領域を欠失させることによって、インポーチンαに結合しないように改変されたもの（G.Cingolaniら（1999）Nature 399,221〜229））、エクスポーチンの欠損性変異体（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594）、インポーチンβ1による輸入を阻害する変異体p10／NTF2、例えば、限定はしないが
、p10 D23A（C.M.Laneら（2000）Journal of Cell Biology 151,321〜331）またはN77Y（B.B.Quimbyら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,38820〜38829））、核輸入および／または核輸出を阻害する、ベシクロウイルス (vesicuovirus) マトリックスタンパク質またはその一部（J.M.Petersenら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8590〜8595；J.M.Petersenら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,8590〜8601；C.von Kobbeら（2000）Molecular Cell 6,1243〜1252）、SV40 T抗原の古典的な核局在化シグナル（E.Merleら（1999）Journal of Cellular Biochemistry 74,628〜637）、別の核局在化シグナルに似ているペプチド、FxFGリピートまたはGLFGリピートを有するペプチド（R.Baylissら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,50597〜50606）、レプトマイシンB、核輸入もしくは核輸出を妨害するRanの変異体（例えば、限定はしないが、RanC4A（R.H.Kehlenbachら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,14524〜14531））、または細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、または病原体成分、または細胞成分に結合する分子（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；B.Ossareh−Nazari（2001）Traffic 2,684〜689））；病原性プリオンを阻害する分子（例えば、限定はしないが、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）；上記のような、エンドサイトーシス経路、食作用経路、エンドソーム、食胞、リソソーム、他の細胞内区画、または小胞輸送の特性を変化させて、抗病原体効果を生じる分子（限定はしないが、以下が挙げられる：ダイナミン−１変異体K44A（M.Huberら（2001）Traffic 2、727〜736；特に過剰発現の場合）、セルブレビン（R.A.Frattiら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,17320〜17326）、特に過剰発現の場合）；Salmonella SpiCタンパク質（NCBI アクセッション番号U51927）；TassCの欠損性変異体（A.H.Leeら（2002）Cell.Microbiol.4,739〜750）；他の小胞輸送インヒビター；Nramp1（P.Cuellar−Mataら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2258〜2265；C.Frehelら（2002）Cellular Microbiology 4,541〜556；D.J.Hackamら（1998）J.Exp.Med.188,351〜364；特に過剰発現の場合）；NADPHオキシダーゼサブユニットまたは補因子（P.V.Vignais（2002）Cell.Mol.Life Sci.59,1428〜1459；特に過剰発現の場合）；NOS2一酸化窒素シンターゼ（J.D.MacMickingら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94,5243〜5248；特に過剰発現の場合）；ヒトパピローマウイルス16 E5タンパク質（NCBI アクセッション番号W5WLHS）；バフィロマイシンA1；小胞体ATPaseサブユニットaに結合する、単鎖抗体、または他の分子（S.B.SatoおよびS.Toyama（1994）J.Cell.Biol.127,39〜53；好ましくは、a1またはa2）、小胞体ATPaseサブユニットを阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのおよそ78個のアミノ末端のアミノ酸から構成されるペプチド（M.Luら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,38409〜38415）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットAのA2カセット変異体（N.Hernandoら（1999）Eur.J.Biochem.266,293〜301）、小胞体H＋−ATPaseのサブユニットa1またはa2の欠損変異体（S.Kawasaki−Nishiら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,12397〜12402；S.Kawasaki−Nishiら（2001）276,47411〜47420；T.NishiおよびM.Forgac（2000）J.Biol.Chem.275,6824〜6830；S.B.Pengら（1999）J.Biol.Chem.274,2549〜2555；T.Toyomuraら（2000）J.Biol.Chem.275,8760〜8765）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのCおよび／またはHサブユニットの過剰発現（K.K.CurtisおよびP.M.Kane（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2716〜2724）、他の欠損性小胞体ATPaseサブユニットまたはサブユニットの一部（抗病原体効果を欠損するように作製することができる野生型ヒト小胞体ATPaseサブユニットの例は、当業者によって理解されており、そして限定はしないが以下のアクセッション番号を有する小胞体ATPaseサブユニットが挙げられる：NM＿004231、NM＿130463、NM＿015994、NM＿001694、NM＿004047、NM＿001696、NM＿004691、NM＿001695、NM＿001693、NM＿001690、NM＿020632、NM＿004888））；上記のような、ユビキチン−プロテアソーム分解経路に関連する応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：CHIP（D.M.Cyrら（2002）Trends Biochem.Sci.27,368〜375；J.Demandら（2001）Curr.Biol.11,1569〜1577；S.Murataら（2001）EMBO Rep.2,1133〜1138；当業者によって理解されるように、特に過剰発現の場合）、Fbx2（Y.Yoshidaら（2002）Nature 418,438〜442；特に過剰発現の場合）、病原体、病原体成分、または病原体を補助する細胞成分をユビキチン化する分子（P.Zhouら（2000）Mol.Cell 6,751〜756；K.M.Sakamotoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8554〜8559；N.Zhengら（2000）Cell 102,533〜539；D.Oyakeら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 295,370〜375）；あるいはユビキチン化またはプロテアソームのインヒビター（J.Myungら（2001）Medicinal Research Reviews 21,245〜273；G.Lennoxら（1988）Neurosci.Lett.94,211〜217；N.F.Benceら（2001）Science 292,1552〜1555；例えば、限定はしないが、ラクタシスチンまたはエポキソマイシン））；上記のような、デフェンシン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：αデフェンシン、βデフェンシン、θデフェンシン、植物デフェンシン、または節足動物デフェンシン；上記のような、カテリシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：hCAP−18／LL−37、CRAMP、Bac4、OaBac5；プロフェニン−1、プロテグリン−1、またはPR−39；上記のような、ケモカイン関連応答またはトロンボシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：CCケモカイン、CXCケモカイン、Cケモカイン、CX3Cケモカイン、CCケモカインレセプター、CXCケモカインレセプター、Cケモカインレセプター、CX3Cケモカインレセプター、JAKタンパク質、STATタンパク質、フィブリノペプチドA、フィブリノペプチドB、またはサイモシンβ4；上記のような、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（これには、限定はしないが以下が挙げられる：インターフェロンα（Homo sapiens、番号NM＿002169、NM＿021002、J00207；Mus musculus、番号NM＿010502、NM＿010503、NM＿010507、NM＿008333、M68944、M13710）；インターフェロンβ（Homo sapiens、番号M25460、NM＿002176；Mus musculus、番号NM＿010510）；インターフェロンγ（Homo sapiens、番号NM＿000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロンδ；インターフェロンτ；インターフェロンω（Homo sapiens、番号NM＿002177）；インターロイキン1（IL−1：Homo sapiens、番号NM＿000575、NM＿012275、NM＿019618、NM＿000576、NM＿014439；Mus musculus、番号NM＿019450、NM＿019451、AF230378）；インターロイキン2（IL−2：Homo sapiens、番号NM＿000586）；インターロイキン3（IL−3：Homo sapiens、番号NM＿000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL−4：Homo sapiens、番号NM＿000589、NM＿172348；Mus musculus、番号NM＿021283）；インターロイキン5（IL−5：Homo sapiens、番号NM＿000879；Mus musculus、番号NM＿010558）；インターロイキン6（IL−6：Homo sapiens、番号NM＿000600；Mus musculus、番号NM＿031168）；インターロイキン7（IL−7：Homo sapiens、番号NM＿000880、AH006906；Mus musculus、番号NM＿008371）；インターロイキン9（IL−9：Homo sapiens、番号NM＿000590）；インターロイキン12（IL−12：Homo sapiens、番号NM＿000882、NM＿002187；Mus musculus、番号NM＿008351、NM＿008352）；インターロイキン15（IL−15：Homo sapiens、番号NM＿172174、NM＿172175、NM＿000585；Mus musculus、番号NM＿008357）；サイトカインレセプターおよび関連シグナル伝達分子（W.E.Paul（編）、Fundamental Immunology（第4版、Lippincott−Raven、Philadelphia、1999）、第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM＿000629；Mus musculus、番号NM＿010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM＿000874；Mus musculus、番号NM＿010509）；ヤーヌスキナーゼ1（JAK1：Homo sapiens、番号NP＿002218；Mus musculus、番号NP＿666257）；ヤーヌスキナーゼ2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP＿004963；Mus musculus、番号NP＿032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナル伝達性転写活性化因子1（STAT1：Homo sapiens、番号NM＿007315、NM＿139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナル伝達性転写活性化因子2（STAT2：Homo sapiens、番号NM＿005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；インターフェロン刺激遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM＿006084；Mus musculus、番号NM＿008394）インターフェロン制御因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM＿002198、P10914；Mus musculus、番号NM＿008390）；インターフェロン制御因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM＿001571、Z56281；Mus musculus、番号NM＿016849、U75839、U75840）；インターフェロン制御因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP＿036187）；インターフェロン制御因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM＿006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン制御因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM＿016850、U73037）；インターフェロン制御因子8（IRF8）；当業者に理解されているような、恒常的に活性なインターフェロン制御因子；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17、5458〜5465）；2’，5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（番号P00973、P29728、AAD28543を含むHomo sapiens型；P11928を含むMus musculus型；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270、3454〜3461）；RNase L（Homo sapiens，番号CAA52920）；前骨髄性白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76、3810〜3818）；p56または関連タンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19、6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；ADAR1（Homo sapiens、番号U18121；Mus musculus、番号NP＿062629）；Mx1（Homo sapiens、番号NM＿002462）；またはMx2（Homo sapiens、番号NM＿002463））；上記のような、感染した細胞からの病原体の出芽または放出を阻害する分子（特に過剰発現された場合、Hrsが挙げられるがこれらに限定されない（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；L.Chinら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、7069〜7078；C.Raiborgら（2002）Nature Cell Biology 4、394−398）；特に過剰発現された場合の、欠損性Vps4変異体、例えば、K173QまたはE228Q（J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；Tsg101発現を阻害する、短い干渉RNA（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；特に過剰発現された場合の、およそアミノ酸121〜435からなる短縮型AP−50、またはAP−50の他の欠損性変異体（B.A.Pufferら（1998）Journal of Virology 72,10218〜10221）；特に過剰発現された場合の、LDI−1のWWドメイン含有フラグメン
ト、Nedd4、Yes関連タンパク質、KIAA0439遺伝子産物、または他の欠損性Nedd4関連タンパク質（A.Kikonyogoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,11199〜11204；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）；HIV p6 Gag PTAPPモチーフ含有後期（L）ドメイン（L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729）またはPTAP、PSAP、PPXY、YPDLもしくはYXXLモチーフを含有する他のウイルス後期（L）ドメイン（J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）からなるペプチド；特に過剰発現された場合の、Tsg101のアミノ酸1〜167、Tsg101のTSG−5’フラグメント、またはTsg101の同様のアミノ末端フラグメント（D.G.Demirovら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,955〜960l；E.L.MyersおよびJ.F.Allen（2002）Journal of Virology 76,11226〜11235）；当業者に理解されるようなTsg101の変異体（M.Babstら（2000）Traffic 1,248〜258；L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729；J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；O.Pornillosら（2002）EMBO Journal 21,2397〜2406）であって、ウイルス出芽を補助する能力が低いもの；カゼインキナーゼ2（CK2）インヒビター、例えば、ペプチドRRADDSDDDDD（配列番号472）（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；またはGタンパク質シグナル伝達インヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；細胞性分子または病原体分子に結合する分子（感染した細胞からの病原体の出芽または放出に関与する、例えば、限定はしないが以下の分子の１つ以上に対して結合する分子：Tsg101、Vps4、カゼインキナーゼ2、Hrs、hVps28、Eap30、Eap20、Eap45、Chmp1、Chmp2、Chmp3、Chmp4、Chmp5、Chmp6、AP−50、Nedd4関連タンパク質、WWドメイン含有タンパク質、またはLドメイン含有タンパク質；O.Pornillosら（2002）TRENDS in Cell Biology 12,569〜579；P.Gomez−Puertasら（2000）Journal of Virology 74,11538〜11547；E.Katzら（2002）Journal of Virology 76,11637〜11644））；上記のような、アポトーシスシグナルに対して細胞をより受容性にさせる分子（これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM＿004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM＿001196）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf−1: Homo sapiens、番号NM＿013229、NM＿001160；Mus musculus、番号NP＿033814）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；TNFレセプター（Homo sapiens、番号NP＿001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens,番号U24231；Mus musculus,番号NM＿010175）；TRADD（Homo sapiens,番号NP＿003780,CAC38018）；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM＿019887）；カスパーゼ類（以下を含むがそれに限定されない：カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED−3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26））；上記のような、病原体の成分を分解する分子（例えば、限定はしないが、以下：プロテアーゼ、これにはキモトリプシン、トリプシン、またはエラスターゼが挙げられる；DNase類、これには、制限酵素が挙げられる；RNase類、これにはRNase III（Homo sapiens,番号AF189011；Escherichia coli,番号NP＿417062,NC＿000913）、RNt1p（Saccharomyces cerevisiae,番号U27016）、Pac1、（Schizosaccharomyces pombe,番号X54998）、またはRNase Lが挙げられる；グリコシダーゼ、これにはN−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼH、O−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼF2、シアリダーゼ、またはβガラクトシダーゼが挙げられる；あるいはリパーゼ、これにはホスホリパーゼA1、ホスホリパーゼA2、ホスホリパーゼC、またはホスホリパーゼDが挙げられる）；上記のような、病原性細胞を阻害するかまたはそれに対して毒性である分子（これには、限定はしないが以下が挙げられる：ペニシリン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、リファンピン、アンホテリシンB、メトロニダゾール、メフロキン、または病原体機能を阻害する別の分子）。
誘導性プロモーター（例えば、限定はしないが、本明細書に記載のような以下のプロモーターのうちの１つ：dsRNA誘導性プロモーター；アポトーシス誘導性プロモーター；未折り畳みタンパク質応答誘導性プロモーターまたは小胞体結合タンパク質分解応答誘導性プロモーター；炎症応答誘導性プロモーター；ストレス／熱ショック誘導性プロモーター；インターフェロンα、インターフェロンβまたはインターフェロンωのようなサイトカインによって誘導され得るプロモーター；サイトカイン、例えば、インターフェロンγ、インターロイキン1、インターロイキン2、インターロイキン3、インターロイキン4、インターロイキン5、インターロイキン6、インターロイキン7、インターロイキン9、インターロイキン12、またはインターロイキン15によって誘導され得るプロモーター；または、薬物誘導性プロモーター）は、産生細胞内で、細胞間で、または他の細胞上でもしくは細胞内で作用し得るエフェクター分子をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結され得る。エフェクター分子は任意に、当業者によって理解されているように、本明細書中に記載されるような細胞標的化タグもしくはタンパク質取り込みタグ、および／または、二次シグナルペプチドを含み得る。付加的なタグまたはペプチドに加えて、エフェクター分子は、例えば、限定はしないが、以下のドメインの１つ以上を含んでもよい：本明細書に記載されるようなキメラ分子または因子であって、これには以下が挙げられるがこれらに限定されない：dsRNA活性化カスパーゼ、2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子、または2’，5’−オリゴアデニレート活性化カスパーゼ活性化因子；本明細書に記載のようなキメラ転写因子；本明細書中に記載されるような、病原体、病原体成分、または病原体産物についての２つ以上の結合部位を含む分子；上記のように、ストレス応答または炎症応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：熱ショックタンパク質70（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM＿016299、NM＿005346、NM＿005345、NM＿002155、NM＿021979、AF093759；Mus musculus、番号XM＿207065、XM＿128584、XM＿128585、XM＿110217、NM＿015765、NM＿010481、NM＿008301、M76613）、Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）、Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM＿005348、NM＿007355）；Hsp40／Hdj−1（Homo sapiens、番号X62421、NM＿006145、NM＿005880）、Hsp60（Homo sapiens、番号NM＿002156）、Hsp47／CBP−2（Homo sapiens、番号D83174）、Hsp100（Homo sapiens、番号NM＿006660）、α−A−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿000394）、α−B−クリスタリン（Homo sapiens、番号NM＿001885）、Hsp27−1（Homo sapiens、番号NM＿001540）、Hsp27−2（Homo sapiens、番号XM＿012054）、cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107〜110）、熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM＿005526、M64673；Mus musculus、番号XM＿128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21、7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15、1118〜1131）、恒常的に活性なHSF1、RelA／p65（Homo sapiens、番号NM＿021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM＿009045、AF199371）、RelB（Homo sapiens、番号NM＿006509；Mus musculus、番号NM＿009046、M83380）、c−Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM＿002908；Mus musculus、番号NM＿009044、X15842）、p50／p105／NF−κB1（Homo sapiens、番号NM＿003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM＿008689、AK052726、M57999）、p52／p100／NF−κB2（Homo sapiens、番号NM＿002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM＿019408）、κBのインヒビター（IκB：Homo sapiens、番号AY033600、NM＿020529；S.GhoshおよびM.Karin（2002）Cell 109、S81〜S96）、IKK1／IκBキナーゼα（IKKα：Homo sapiens、番号AF009225、AF080157）、IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）、またはNEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542））；上記のような、未折り畳みタンパク質関連応答または小胞体結合タンパク質分解関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM＿005347；Mus musculus、番号NM＿022310）、PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP＿004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP＿034251）、恒常的に活性な PERK、IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）、恒常的に活性なIRE1α、IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）、恒常的に活性なIRE1β、転写活性化因子4（ATF4：Homo sapiens、番号NM＿001675；Mus musculus、番号NM＿009716）、転写活性化因子6αまたはβ（ATF6αまたはβ：Homo sapiens、番号NM＿007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM＿129579）、X−box結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM＿013842）、CHOP−10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM＿004083；Mus musculus、番号X67083、NM＿007837）、サイト−1プロテアーゼ（S1P：Homo sapiens、番号NM＿003791；Mus musculus、番号NM＿019709）、サイト−2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM＿015884）、プレセニリン−1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM＿008943、AF149111）、TNFレセプター結合因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM＿021138、NM＿145718、Mus musculus、番号XM＿203851、XM＿130119、L35303）、またはcJUN NH2末端キナーゼ（JNKs：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345））；上記のような、病原体、病原体成分、または病原体を直接もしくは間接的に補助する細胞成分に結合する、単鎖抗体または他の分子；上記のような、補体経路関連応答を実行するかまたは刺激する分子であって、これには以下が挙げられるがこれらに限定されない：C3α、C3β、B因子、D因子、プロペルジン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1−INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL−1、FHR−1、FHR−2、FHR−3、FHR−4、CR1、またはDAF；上記のような、トル様レセプター関連応答、NODタンパク質関連応答を実施、刺激、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：Nod1／CARD4（Homo sapiens、番号AAD28350、AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274、14560〜14567）；Nod2、（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry、PMID：12514169）；Ipaf−1／CLAN／CARD12（Homo sapiens、番号NM＿021209、AY035391；J.−L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM＿000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21、3001〜3011；A.Muhlethaler−Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM＿033004、NM＿033005、NM＿033006、NM＿033007、NM＿014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM＿017852）；クリオピリン／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM＿004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93、10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4、387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273、18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8、885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277、31871〜31876））、ペントラキシン関連応答、コレクチン関連応答、マンノースレセプター関連応答、スカベンジャーレセプター関連応答、または免疫関連応答を実施、刺激または阻害する分子；上記のような細胞質と細胞の核との間の輸送を阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：インポーチンα1（Homo sapiens、番号NM＿002266）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜99）が除去されたもの；インポーチンα3（Homo sapiens,番号NM＿002268）であって、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα4（Homo sapiens,番号NM＿002267）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα5（Homo sapiens,番号U28386）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα6（Homo sapiens,番号NM＿002269）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたもの；インポーチンα7（Homo sapiens,番号NM＿012316）であってインポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜103）が除去されたもの；インポーチンαであってインポーチンβ結合ドメインが上記のように除去され、また、最後の２つのアルマジロリピートが除去されたもの（Y.Miyamotoら（2002）EMBO Journal 21,5833〜5842）、野生型インポーチンαに対する正常な親和性よりも高い親和性を有するように変異されせらたインポーチンαの自己阻害性ドメイン（B.Catimelら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,34189〜34198）、核輸送ができないが、なお１つ以上の病原体核局在化シグナル（NLS）に依然として、細胞性NLSに対して結合するよりも高い親和性で好ましく結合する改変されたインポーチンα、インポーチンα1のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002266,およそアミノ酸1〜99）；インポーチンα3のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002268、およそアミノ酸1〜94）、インポーチンα4のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002267,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα5のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号U28386,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα6のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿002269,およそアミノ酸1〜94）；インポーチンα7のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM＿012316,およそアミノ酸1〜103）；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265,番号NP＿002256）であって（例えば、HEAT−5とHEAT−6との間の領域（およそアミノ酸203〜211）およびHEAT−6とHEAT−7との間の領域（およそアミノ酸246〜252）を欠失させることによって、またはそれらの領域を非相同性のリンカー領域で置換することによって（Y.M.ChookおよびG.Blobel（2001）Current Opinion in Structural Biology 11,703〜715））ヌクレオポリンに結合しないように改変されたもの；インポーチンβ1（Homo sapiens,番号NM＿002265、番号NP＿002256）であって、（例えば、およそアミノ酸333から、およそアミノ酸343までにまたがる酸性ループインポーチンα結合領域を欠失させることによって（G.Cingolaniら（1999）Nature 399,221〜229））インポーチンαに結合しないように改変されたもの、エクスポーチンの欠損性変異体（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594）、インポーチンβ1による輸入を阻害する変異体p10／NTF2（例えば、p10 D23A（C.M.Laneら（2000）Journal of Cell Biology 151,321〜331）またはN77Y（B.B.Quimbyら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,38820〜38829））、核輸入および／または核輸出を阻害する、ベシクロウイルス (vesicuovirus) マトリックスタンパク質またはその一部（J.M.Petersenら（2001）Proc.Natl.
Acad.Sci.USA 98,8590〜8595；J.M.Petersenら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,8590〜8601；C.von Kobbeら（2000）Molecular Cell 6,1243〜1252）、SV40 T抗原の古典的な核局在化シグナル（E.Merleら（1999）Journal of Cellular Biochemistry 74,628〜637）、別の核局在化シグナルに似ているペプチド、FxFGリピートまたはGLFGリピートを有するペプチド（R.Baylissら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,50597〜50606）、レプトマイシンB、核輸入もしくは核輸出を妨害するRanの変異体（例えば、RanC4A（R.H.Kehlenbachら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,14524〜14531））、または細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、または病原体成分、または細胞成分に結合する分子（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；B.Ossareh−Nazari（2001）Traffic 2,684〜689））；病原性プリオンを阻害する分子（例えば、限定はしないが、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）；上記のような、エンドサイトーシス経路、食作用経路、エンドソーム、食胞、リソソーム、他の細胞内区画、または小胞輸送の特性を変化させて、抗病原体効果を生じる分子（限定はしないが、以下が挙げられる：ダイナミン−１変異体K44A（M.Huberら（2001）Traffic 2、727〜736；特に過剰発現の場合）、セルブレビン（R.A.Frattiら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,17320〜17326；特に過剰発現の場合）、Salmonella SpiCタンパク質（NCBI アクセッション番号U51927）；TassCの欠損性変異体（A.H.Leeら（2002）Cell.Microbiol.4,739〜750）；当業者に理解されるような他の小胞輸送インヒビター；Nramp1（P.Cuellar−Mataら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2258〜2265；C.Frehelら（2002）Cellular Microbiology 4,541〜556；D.J.Hackamら（1998）J.Exp.Med.188,351〜364；特に過剰発現の場合）；NADPHオキシダーゼサブユニットまたは補因子（P.V.Vignais（2002）Cell.Mol.Life Sci.59,1428〜1459；特に過剰発現の場合）；NOS2一酸化窒素シンターゼ（J.D.MacMickingら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94,5243〜5248；特に過剰発現の場合）；ヒトパピローマウイルス16 E5タンパク質（NCBI アクセッション番号W5WLHS）；バフィロマイシンA1；小胞体ATPaseサブユニットaに結合する、単鎖抗体、または他の分子（S.B.SatoおよびS.Toyama（1994）J.Cell.Biol.127,39〜53；好ましくは、a1またはa2）、小胞体ATPaseサブユニットを阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154；）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのおよそ78個のアミノ末端のアミノ酸から構成されるペプチド（M.Luら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,38409〜38415）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットAのA2カセット変異体（N.Hernandoら（1999）Eur.J.Biochem.266,293〜301）、小胞体H＋−ATPaseのサブユニットa1またはa2の欠損変異体（S.Kawasaki−Nishiら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,12397〜12402；S.Kawasaki−Nishiら（2001）276,47411〜47420；T.NishiおよびM.Forgac（2000）J.Biol.Chem.275,6824〜6830；S.B.Pengら（1999）J.Biol.Chem.274,2549〜2555；T.Toyomuraら（2000）J.Biol.Chem.275,8760〜8765）、小胞体H＋−ATPaseサブユニットEのCおよび／またはHサブユニットの過剰発現（K.K.CurtisおよびP.M.Kane（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2716〜2724）、他の欠損性小胞体ATPaseサブユニットまたはサブユニットの一部（抗病原体効果を欠損するように作製することができる野生型ヒト小胞体ATPaseサブユニットの例は、当業者によって理解されており、そして限定はしないが以下のアクセッション番号を有する小胞体ATPaseサブユニットが挙げられる：NM＿004231、NM＿130463、NM＿015994、NM＿001694、NM＿004047、NM＿001696、NM＿004691、NM＿001695、NM＿001693、NM＿001690、NM＿020632、NM＿004888））；上記のような、ユビキチン−プロテアソーム分解経路関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（限定はしないが、以下が挙げられる：CHIP（D.M.Cyrら（2002）Trends Biochem.Sci.27,368〜375；J.Demandら（2001）Curr.Biol.11,1569〜1577；S.Murataら（2001）EMBO Rep.2,1133〜1138；特に過剰発現の場合）、Fbx2（Y.Yoshidaら（2002）Nature 418,438〜442；特に過剰発現の場合）、当業者に理解されるように病原体、病原体成分、または病原体を補助する細胞成分をユビキチン化する分子（P.Zhouら（2000）Mol.Cell 6,751〜756；K.M.Sakamotoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8554〜8559；N.Zhengら（2000）Cell 102,533〜539；D.Oyakeら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 295,370〜375）；あるいはユビキチン化またはプロテアソームのインヒビター（J.Myungら（2001）Medicinal Research Reviews 21,245〜273；G.Lennoxら（1988）Neurosci.Lett.94,211〜217；N.F.Benceら（2001）Science 292,1552〜1555；例えば、ラクタシスチンまたはエポキソマイシン））；上記のような、デフェンシン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：αデフェンシン、βデフェンシン、θデフェンシン、植物デフェンシン、または節足動物デフェンシン；上記のような、カテリシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：hCAP−18／LL−37、CRAMP、Bac4、OaBac5；プロフェニン−1、プロテグリン−1、またはPR−39；上記のような、ケモカイン関連応答またはトロンボシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、これは、限定はしないが、以下が挙げられる：CCケモカイン、CXCケモカイン、Cケモカイン、CX3Cケモカイン、CCケモカインレセプター、CXCケモカインレセプター、Cケモカインレセプター、CX3Cケモカインレセプター、JAKタンパク質、STATタンパク質、フィブリノペプチドA、フィブリノペプチドB、またはサイモシンβ4；上記のような、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（これには、限定はしないが以下が挙げられる：インターフェロンα（Homo sapiens、番号NM＿002169、NM＿021002、J00207；Mus musculus、番号NM＿010502、NM＿010503、NM＿010507、NM＿008333、M68944、M13710）；インターフェロンβ（Homo sapiens、番号M25460、NM＿002176；Mus musculus、番号NM＿010510）；インターフェロンγ（Homo sapiens、番号NM＿000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロンδ；インターフェロンτ；インターフェロンω（Homo sapiens、番号NM＿002177）；インターロイキン1（IL−1：Homo sapiens、番号NM＿000575、NM＿012275、NM＿019618、NM＿000576、NM＿014439；Mus musculus、番号NM＿019450、NM＿019451、AF230378）；インターロイキン2（IL−2：Homo sapiens、番号NM＿000586）；インターロイキン3（IL−3：Homo sapiens、番号NM＿000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL−4：Homo sapiens、番号NM＿000589、NM＿172348；Mus musculus、番号NM＿021283）；インターロイキン5（IL−5：Homo sapiens、番号NM＿000879；Mus musculus、番号NM＿010558）；インターロイキン6（IL−6：Homo sapiens、番号NM＿000600；Mus musculus、番号NM＿031168）；インターロイキン7（IL−7：Homo sapiens、番号NM＿000880、AH006906；Mus musculus、番号NM＿008371）；インターロイキン9（IL−9：Homo sapiens、番号NM＿000590）；インターロイキン12（IL−12：Homo sapiens、番号NM＿000882、NM＿002187；Mus musculus、番号NM＿008351、NM＿008352）；インターロイキン15（IL−15：Homo sapiens、番号NM＿172174、NM＿172175、NM＿000585；Mus musculus、番号NM＿008357）；サイトカインレセプターおよび関連のシグナル伝達分子（W.E.Paul（編）、Fundamental Immunology（第4版、Lippincott−Raven、Philadelphia、1999）、第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM＿000629；Mus musculus、番号NM＿010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM＿000874；Mus musculus、番号NM＿010509）；ヤーヌスキナーゼ1（JAK1：Homo sapiens、番号NP＿002218；Mus musculus、番号NP＿666257）；ヤーヌスキナーゼ2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP＿004963；Mus musculus、番号NP＿032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナル伝達性転写活性化因子1（STAT1：Homo sapiens、番号NM＿007315、NM＿139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナル伝達性転写活性化因子2（STAT2：Homo sapiens、番号NM＿005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；インターフェロン刺激遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM＿006084；Mus musculus、番号NM＿008394）インターフェロン制御因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM＿002198、P10914；Mus musculus、番号NM＿008390）；インターフェロン制御因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM＿001571、Z56281；Mus musculus、番号NM＿016849、U75839、U75840）；インターフェロン制御因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP＿036187）；インターフェロン制御因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM＿006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン制御因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM＿016850、U73037）；インターフェロン制御因子8（IRF8）；恒常的に活性なインターフェロン制御因子；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17、5458〜5465）；2’，5’−オリゴアデニレートシンテターゼ（番号P00973、P29728、AAD28543を含むHomo sapiens型；P11928を含むMus musculus型；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270、3454〜3461）；RNase L（Homo sapiens,番号CAA52920）；前骨髄性白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76、3810〜3818）；p56または関連タンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19、6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；ADAR1（Homo sapiens、番号U18121；Mus musculus、番号NP＿062629）；Mx1（Homo sapiens、番号NM＿002462）；またはMx2（Homo sapiens、番号NM＿002463））；上記のような、感染した細胞からの病原体の出芽または放出を阻害する分子（特に過剰発現された場合のHrsが挙げられるがこれらに限定されない（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；L.Chinら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、7069〜7078；C.Raiborgら（2002）Nature Cell Biology 4、394〜398）；特に過剰発現された場合の、欠損性Vps4変異体、例えば、K173QまたはE228Q（J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；Tsg101発現を阻害する、短い干渉RNA（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；特に過剰発現された場合の、およそアミノ酸121〜435からなる短縮型AP−50、またはAP−50の他の欠損性変異体（B.A.Pufferら（1998）Journal of Virology 72,10218〜10221）；特に過剰発現された場合の、LDI−1のWWドメイン含有フラグメント、Nedd4、Yes関連タンパク質、KIAA0439遺伝子産物、または他の欠損性Nedd4関連タンパク質（A.Kikonyogoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,11199〜11204；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）；HIV p6 Gag PTAPPモチーフ含有後期（L）ドメイン（L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729）またはPTAP、PSAP、PPXY、
YPDLもしくはYXXLモチーフを含有する他のウイルス後期（L）ドメイン（J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）からなるペプチド；特に過剰発現された場合の、Tsg101のアミノ酸1〜167、Tsg101のTSG−5’フラグメント、またはTsg101の同様のアミノ末端フラグメント（D.G.Demirovら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,955〜960l；E.L.MyersおよびJ.F.Allen（2002）Journal of Virology 76,11226〜11235）；Tsg101の変異体（M.Babstら（2000）Traffic 1,248〜258；L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729；J.Martin−Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；O.Pornillosら（2002）EMBO Journal 21,2397〜2406）であって、ウイルス出芽を補助する能力が低いもの；カゼインキナーゼ2（CK2）インヒビター、例えば、ペプチドRRADDSDDDDD（配列番号472）（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；またはGタンパク質シグナル伝達インヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；細胞性分子または病原体分子に結合する分子（感染した細胞からの病原体の出芽または放出に関与する、例えば、限定はしないが以下の分子の１つ以上に対して結合する分子：Tsg101、Vps4、カゼインキナーゼ2、Hrs、hVps28、Eap30、Eap20、Eap45、Chmp1、Chmp2、Chmp3、Chmp4、Chmp5、Chmp6、AP−50、Nedd4関連タンパク質、WWドメイン含有タンパク質、またはLドメイン含有タンパク質；O.Pornillosら（2002）TRENDS in Cell Biology 12,569〜579；P.Gomez−Puertasら（2000）Journal of Virology 74,11538〜11547；E.Katzら（2002）Journal of Virology 76,11637〜11644））；上記のような、アポトーシスシグナルに対して細胞をより受容性にさせる分子（これには、以下が挙げられるがこれらに限定されない：p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM＿004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM＿001196）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf−1: Homo sapiens、番号NM＿013229、NM＿001160；Mus musculus、番号NP＿033814）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；TNFレセプター（Homo sapiens、番号NP＿001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens,番号U24231；Mus musculus,番号NM＿010175）；TRADD（Homo sapiens,番号NP＿003780,CAC38018）；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM＿019887）；カスパーゼ類（以下を含むがそれに限定されない：カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM＿001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM＿032982、NM＿001224、NM＿032983、およびNM＿032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP＿004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM＿001226およびNM＿032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM＿053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM＿001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP＿027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP＿036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM＿007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM＿009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM＿015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM＿007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM＿009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED−3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26））；上記のような、病原体の成分を分解する分子（例えば、プロテアーゼ、これには限定はしないが、キモトリプシン、トリプシン、またはエラスターゼが挙げられる；DNase類、これには限定はしないが、制限酵素が挙げられる；RNase類、これには限定はしないが、RNase III（Homo sapiens,番号AF189011；Escherichia coli,番号NP＿417062,NC＿000913）、RNt1p（Saccharomyces cerevisiae,番号U27016）、Pac1、（Schizosaccharomyces pombe,番号X54998）、またはRNase Lが挙げられる；グリコシダーゼ、これには限定はしないが、N−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼH、O−グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼF2、シアリダーゼ、またはβガラクトシダーゼが挙げられる；あるいはリパーゼ、これには限定はしないが、ホスホリパーゼA1、ホスホリパーゼA2、ホスホリパーゼC、またはホスホリパーゼDが挙げられる）；上記のような、病原性細胞を阻害するかまたはそれに対して毒性である分子（これには、限定はしないが以下が挙げられる：ペニシリン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、リファンピン、アンホテリシンB、メトロニダゾール、メフロキン、または病原体機能を阻害する別の分子）。
本発明のキメラ分子または因子は、メッセンジャーRNA（mRNA）分子であり得、このmRNAが非折り畳みタンパク質応答または小胞体結合タンパク質分解応答を受けている細胞内で天然にスプライシングされる場合、mRNA分子は機能的な抗病原体ドメインまたは分子構造のみをコードする。例えば、限定はしないが、このmRNAは、当業者によって理解されるように、そのタンパク質コーディング配列内に、活性化されたIRE1αによってXBP1 mRNAから除去されるイントロン由来の5'および3'スプライス部位を含み得（H.Yoshidaら（2001）Cell 107、881〜891；K.Leeら（2002）Genes & Development 16、452〜466；W.Tirasophonら（2000）Genes & Development 14、2725〜2736）、このスプライス部位の間にヌクレオチドを有し、その結果、このmRNAが活性化IRE1αによってスプライシングされ場合は、このmRNAは抗病原体分子をコードするが、このmRNAがスプライスされていない場合には、このmRNAはノンセンスまたはフレームシフト変異を有する抗病原体分子の非機能的なバージョンのみをコードする。このmRNAは、例えば、限定はしないが、以下のエフェクター分子の１つ以上をコードし得る：本明細書に記載のようなキメラ分子または因子（dsRNA活性化カスパーゼ、2',5'-オリゴアデニレート活性化カスパーゼ、dsRNA活性化カスパーゼアクチベーター、または2',5'-オリゴアデニレート活性化カスパーゼアクチベーターが挙げられるがこれらに限定されない）；本明細書に記載のようなキメラ転写因子；本明細書に記載のような病原体、病原体成分、または病原体産物についての２つ以上の結合部位を含む分子；病原体遺伝子または病原体を補助する宿主遺伝子の発現を阻害するアンチセンスポリヌクレオチドまたは小さい干渉RNA（G.M.BartonおよびR.Medzhitov（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99、14943〜14945）；上記のようなストレス応答または炎症応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：熱ショックタンパク質70（Hsp70：Homo sapiens、番号M11717、M15432、L12723、NM_016299、NM_005346、NM_005345、NM_002155、NM_021979、AF093759；Mus musculus、番号XM_207065、XM_128584、XM_128585、XM_110217、NM_015765、NM_010481、NM_008301、M76613）、Hsc70（Homo sapiens、番号AF352832）、Hsp90（Homo sapiens、番号M16660、NM_005348、NM_007355）；Hsp40／Hdj-1（Homo sapiens、番号X62421、NM_006145、NM_005880）、Hsp60（Homo sapiens、番号NM_002156）、Hsp47／CBP-2（Homo sapiens、番号D83174）、Hsp100（Homo sapiens、番号NM_006660）、α-A-クリスタリン（Homo sapiens、番号NM_000394）、α-B-クリスタリン（Homo sapiens、番号NM_001885）、Hsp27-1（Homo sapiens、番号NM_001540）、Hsp27-2（Homo sapiens、番号XM_012054）、cdc48（S.Thoms（2002）FEBS Lett.520、107〜110）、熱ショック因子1（HSF1：Homo sapiens、番号NM_005526、M64673；Mus musculus、番号XM_128055、X61753、Z49206；A.Mathewら（2001）Mol.Cell.Biol.21、7163〜7171；L.Pirkkalaら（2001）FASEB J.15、1118〜1131）、構造的に活性なHSF1、RelA／p65（Homo sapiens、番号NM_021975、Z22948、L19067；Mus musculus、番号NM_009045、AF199371）、RelB（Homo sapiens、番号NM_006509；Mus musculus、番号NM_009046、M83380）、c-Rel（Homo sapiens、番号X75042、NM_002908；Mus musculus、番号NM_009044、X15842）、p50／p105／NF-κB1（Homo sapiens、番号NM_003998、S76638、AF213884、AH009144；Mus musculus、番号NM_008689、AK052726、M57999）、p52／p100／NF-κB2（Homo sapiens、番号NM_002502；Mus musculus、番号AF155372、AF155373、NM_019408）、κBのインヒビター（IκB：Homo sapiens、番号AY033600、NM_020529；S.Ghosh and M.Karin（2002）Cell 109、S81〜S96）、IKK1／IκBキナーゼα（IKKα：Homo sapiens、番号AF009225、AF080157）、IKK2／IκBキナーゼβ（IKKβ：Homo sapiens、番号AF080158；Mus musculus、番号AF026524、AF088910）、またはNEMO／IκBキナーゼγ（IKKγ：Homo sapiens、番号AF261086、AF091453；Mus musculus、番号AF069542））；上記のような、非折り畳みタンパク質に関連する応答または小胞体結合タンパク質の分解に関連する応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：BiP／GRP78／SHPA5（Homo sapiens、番号AJ271729、AF216292、X87949、NM_005347；Mus musculus、番号NM_022310）、PKR様小胞体キナーゼ（PERK：Homo sapiens、番号NP_004827；Mus musculus、番号AAD03337、NP_034251）、構造的に活性なPERK、IRE1α（Homo sapiens、番号AF059198；Mus musculus、番号AB031332、AF071777）、構造的に活性なIRE1α、IRE1β（Homo sapiens、番号AB047079）、構造的に活性なIRE1β、活性化転写因子4（ATF4：Homo sapiens、番号NM_001675；Mus musculus、番号NM_009716）、活性化転写因子6αまたはβ（ATF6αまたはβ：Homo sapiens、番号NM_007348、AF005887、AB015856；Mus musculus、番号XM_129579）、X-box結合タンパク質1（XBP1：Homo sapiens、番号AB076383、AB076384；Mus musculus、番号AF443192、AF027963、NM_013842）、CHOP-10／GADD153／DDIT3（Homo sapiens、番号NM_004083；Mus musculus、番号X67083、NM_007837）、サイト-1プロテアーゼ（S1P：Homo sapiens、番号NM_003791；Mus musculus、番号NM_019709）、サイト-2プロテアーゼ（S2P：Homo sapiens、番号NM_015884）、プレセニリン-1（Homo sapiens、番号AH004968、AF416717；Mus musculus、番号BC030409、NM_008943、AF149111）、TNFレセプター結合因子2（TRAF2：Homo sapiens、番号NM_021138、NM_145718、Mus musculus、番号XM_203851、XM_130119、L35303）、またはcJUN NH2末端キナーゼ（JNK：S.Oyadomariら（2002）Apoptosis 7、335〜345））；上記のような、病原体、病原体成分、または病原体を直接もしくは間接的に補助する細胞成分に結合する、単鎖抗体または他の分子；上記のような、補体経路に関連する応答を実行するかまたは刺激する分子であって、これには以下が挙げられるがこれらに限定されない：C3α、C3β、B因子、D因子、プロペルジン、C1q、C1r、C1s、C4、C2、C5、C6、C7、C8、C9、I因子、H因子、C1-INH、C4bp、Sタンパク質、クラステリン、カルボキシペプチダーゼN、FHL-1、FHR-1、FHR-2、FHR-3、FHR-4、CR1、またはDAF；トル（toll）様レセプター関連応答、NODタンパク質関連応答を実施、刺激、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：Nod1／CARD4（Homo sapiens、番号AAD28350、AAD43922；N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274、14560〜14567）；Nod2、（Homo sapiens、番号AAG33677、AAK70863、AAK70865、AAK70866、AAK70867、AAK70868；Y.Oguraら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、4812〜4818；N.Inoharaら（2003）Journal of Biological Chemistry、PMID：12514169）；Ipaf-1／CLAN／CARD12（Homo sapiens、番号NM_021209、AY035391；J.-L.Poyetら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、28309〜28313）；CIITA（Homo sapiens、番号AY084054、AY084055、AF410154、NM_000246、X74301；M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21、3001〜3011；A.Muhlethaler-Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）；NAIP（Homo sapiens、番号U21912、U19251）；Defcap／NAC／NALP1／CARD7（Homo sapiens、番号NM_033004、NM_033005、NM_033006、NM_033007、NM_014922）；NBS1／NALP2（Homo sapiens、番号AF310106、NM_017852）；クリオピリン／CIAS1（Homo sapiens、番号AF410477、AF427617、AH011140、NM_004895）；RIP（Homo sapiens、番号U50062；S.Grimmら（1996）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93、10923〜10927；H.Hsuら（1996）Immunity 4、387〜396）；Rip2／RICK／CARDIAK（Homo sapiens、番号AF064824、AF078530；N.Inoharaら（1998）Journal of Biological Chemistry 273、18675；M.Thomeら（1998）Current Biology 8、885〜888）；およびPKK（A.Mutoら（2002）Journal of Biological Chemistry 277、31871〜31876））、上記のようなペントラキシン関連応答、コレクチン関連応答、マンノースレセプター関連応答、スカベンジャーレセプター関連応答、または免疫関連応答を実施、刺激または阻害する分子；上記のような細胞質と細胞の核との間の輸送を阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜99）が除去されたインポーチンα1（Homo sapiens、番号NM_002266）、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたインポーチンα3（Homo sapiens,番号NM_002268）、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたインポーチンα4（Homo sapiens,番号NM_002267）、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたインポーチンα5（Homo sapiens,番号U28386）、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜94）が除去されたインポーチンα6（Homo sapiens,番号NM_002269）、インポーチンβ結合ドメイン（およそアミノ酸3〜103）が除去されたインポーチンα7（Homo sapiens,番号NM_012316）、前出で記載のようにインポーチンβ結合ドメインが除去され、また、少なくとも２つのアルマジロリピートが除去されたインポーチンα（Y.Miyamotoら（2002）EMBO Journal 21,5833〜5842）、野生型インポーチンαに対する正常な親和性よりも高い親和性を有するように変異したインポーチンαの自己阻害性ドメイン（B.Catimelら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,34189〜34198）、当業者によって理解されているような、核輸送ができないが、なお１つ以上の病原体核局在化シグナル（NLS）に依然として結合し、好ましくは細胞性NLSに結合するよりも高い親和性を有する改変されたインポーチンα、インポーチンα1のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM_002266,およそアミノ酸1〜99）、インポーチンα3のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM_002268、およそアミノ酸1〜94）、インポーチンα4のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM_002267,およそアミノ酸1〜94）、インポーチンα5のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号U28386,およそアミノ酸1〜94）、インポーチンα6のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM_002269,およそアミノ酸1〜94）、インポーチンα7のインポーチンβ結合ドメイン（Homo sapiens,番号NM_012316,およそアミノ酸1〜103）、ヌクレオポリンに結合しないように改変されたインポーチンβ1（例えば、HEAT-5とHEAT-6との間の領域（およそアミノ酸203〜211）およびHEAT-6とHEAT-7との間の領域（およそアミノ酸246〜252）を欠失させることによって、またはそれらの領域を非相同性のリンカー領域で置換することによって（Y.M.ChookおよびG.Blobel（2001）Current Opinion in Structural Biology 11,703〜715））（Homo sapiens,番号NM_002265,番号NP_002256）、インポーチンαに結合しないように改変されたインポーチンβ1（例えば、およそアミノ酸333からおよそアミノ酸343までにまたがる酸性ループインポーチンα結合領域を欠失させることによって（G.Cingolaniら（1999）Nature 399,221〜229））（Homo sapiens,番号NM_002265、番号NP_002256）、エクスポーチンの欠損性変異体（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594）、インポーチンβ1による移入を阻害する変異体p10／NTF2（例えば、p10 D23A（C.M.Laneら（2000）Journal of Cell Biology 151,321〜331）またはN77Y（B.B.Quimbyら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,38820〜38829））、核移入および／または核輸出を阻害する、小胞体マトリックスタンパク質またはその一部（J.M.Petersenら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8590〜8595；J.M.Petersenら（2000）Molecular and Cellular Biology 20,8590〜8601；C.von Kobbeら（2000）Molecular Cell 6,1243〜1252）、SV40 T抗原の古典的な核局在化シグナルに似ているペプチド（E.Merleら（1999）Jour
nal of Cellular Biochemistry 74,628〜637）、別の核局在化シグナル、FxFGリピートまたはGLFGリピートを有するペプチド（R.Baylissら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,50597〜50606）、レプトマイシンB、核移入もしくは核輸出を妨害するRanの変異体（例えば、RanC4A（R.H.Kehlenbachら（2001）Journal of Biological Chemistry 276,14524〜14531））、または細胞質と細胞の核との間の輸送に関与する、病原体、または病原体成分、または細胞成分に結合する分子（I.G.Macara（2001）Microbiology and Molecular Biology Reviews 65,570〜594；B.Ossareh-Nazari（2001）Traffic 2,684〜689））；病原性プリオンを阻害する分子（例えば、限定はしないが、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）；上記のような、エンドサイトーシス経路、食細胞性経路、エンドソーム、食胞、リソソーム、他の細胞内区画、または小胞輸送の特性を変化させて、抗病原体効果を生じる分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：ダイナミン-１変異体K44A（M.Huberら（2001）Traffic 2、727〜736；特に過剰発現の場合）、セルブレビン（R.A.Frattiら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,17320〜17326；特に過剰発現の場合）、Salmonella SpiCタンパク質（NCBI アクセッション番号U51927）、TassCの欠損性変異体（A.H.Leeら（2002）Cell.Microbiol.4,739〜750）、当業者に理解されるような他の小胞輸送インヒビター、Nramp1（P.Cuellar-Mataら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2258〜2265；C.Frehelら（2002）Cellular Microbiology 4,541〜556；D.J.Hackamら（1998）J.Exp.Med.188,351〜364；特に過剰発現の場合）、NADPHオキシダーゼサブユニットまたは補因子（P.V.Vignais（2002）Cell.Mol.Life Sci.59,1428〜1459；特に過剰発現の場合）、NOS2一酸化窒素シンターゼ（J.D.MacMickingら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94,5243〜5248；特に過剰発現の場合）、ヒトパピローマウイルス16 E5タンパク質（NCBI アクセッション番号W5WLHS）、バフィロマイシンA1、空胞ATPaseサブユニットaに結合する、単鎖抗体、または他の分子（S.B.SatoおよびS.Toyama（1994）J.Cell.Biol.127,39〜53；好ましくは、a1またはa2）、空胞ATPaseサブユニットを阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド（J.E.Strasserら（1999）Journal of Immunology 162,6148〜6154；）、空胞H＋-ATPaseサブユニットEのおよそ78個のアミノ末端のアミノ酸から構成されるペプチド（M.Luら（2002）Journal of Biological Chemistry 277,38409〜38415）、空胞H＋-ATPaseサブユニットAのA2カセット変異体（N.Hernandoら（1999）Eur.J.Biochem.266,293〜301）、空胞H＋-ATPaseのサブユニットa1またはa2の欠損変異体（S.Kawasaki-Nishiら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,12397〜12402；S.Kawasaki-Nishiら（2001）276,47411〜47420；T.NishiおよびM.Forgac（2000）J.Biol.Chem.275,6824〜6830；S.B.Pengら（1999）J.Biol.Chem.274,2549〜2555；T.Toyomuraら（2000）J.Biol.Chem.275,8760〜8765）、空胞H＋-ATPaseサブユニットEのCおよび／またはHサブユニットの過剰発現（K.K.CurtisおよびP.M.Kane（2002）Journal of Biological Chemistry 277,2716〜2724）、他の欠損性空胞ATPaseサブユニットまたはサブユニットの一部（抗病原体効果を欠損させ得る野生型ヒト空胞ATPaseサブユニットの例は、当業者によって理解されており、以下が挙げられるがこれらに限定されない：アクセッション番号：NM_004231、NM_130463、NM_015994、NM_001694、NM_004047、NM_001696、NM_004691、NM_001695、NM_001693、NM_001690、NM_020632、NM_004888を有する空胞ATPaseサブユニット））；上記のような、ユビキチン-プロテアソーム分解経路に関連する応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：CHIP（D.M.Cyrら（2002）Trends Biochem.Sci.27,368〜375；J.Demandら（2001）Curr.Biol.11,1569〜1577；S.Murataら（2001）EMBO Rep.2,1133〜1138；特に過剰発現の場合）、Fbx2（Y.Yoshidaら（2002）Nature 418,438〜442；特に過剰発現の場合）、当業者によって理解されるような、病原体または病原体成分または病原体を補助する細胞成分をユビキチン化する分子（P.Zhouら（2000）Mol.Cell 6,751〜756；K.M.Sakamotoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,8554〜8559；N.Zhengら（2000）Cell 102,533〜539；D.Oyakeら（2002）Biochemical and Biophysical Research Communications 295,370〜375）、あるいはユビキチン化またはプロテアソームのインヒビター（J.Myungら（2001）Medicinal Research Reviews 21,245〜273；G.Lennoxら（1988）Neurosci.Lett.94,211〜217；N.F.Benceら（2001）Science 292,1552〜1555；例えば、ラクタシスチンまたはエポキソマイシン））；上記のような、ディフェンシン関連応答を実行するか、刺激するかまたは阻害する分子であって、以下が挙げられるがこれらに限定されない：αディフェンシン、βディフェンシン、θディフェンシン、植物ディフェンシン、または節足動物ディフェンシン；上記のような、カテリシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、以下が挙げられるがこれらに限定されない：hCAP-18／LL-37、CRAMP、Bac4、OaBac5；プロフェニン-1、プロテグリン-1、またはPR-39；上記のような、ケモカイン関連応答またはトロンボシジン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子であって、以下が挙げられるがこれらに限定されない：CCケモカイン、CXCケモカイン、Cケモカイン、CX3Cケモカイン、CCケモカインレセプター、CXCケモカインレセプター、Cケモカインレセプター、CX3Cケモカインレセプター、JAKタンパク質、STATタンパク質、フィブリノペプチドA、フィブリノペプチドB、またはサイモシンβ4；上記のような、インターフェロン関連応答またはサイトカイン関連応答を実行するか、刺激するか、または阻害する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：インターフェロンα（Homo sapiens、番号NM_002169、NM_021002、J00207；Mus musculus、番号NM_010502、NM_010503、NM_010507、NM_008333、M68944、M13710）；インターフェロンβ（Homo sapiens、番号M25460、NM_002176；Mus musculus、番号NM_010510）；インターフェロンγ（Homo sapiens、番号NM_000619、J00219；Mus musculus、番号M28621）；インターフェロンδ；インターフェロンτ；インターフェロンω（Homo sapiens、番号NM_002177）；インターロイキン1（IL-1：Homo sapiens、番号NM_000575、NM_012275、NM_019618、NM_000576、NM_014439；Mus musculus、番号NM_019450、NM_019451、AF230378）；インターロイキン2（IL-2：Homo sapiens、番号NM_000586）；インターロイキン3（IL-3：Homo sapiens、番号NM_000588；Mus musculus、番号A02046）；インターロイキン4（IL-4：Homo sapiens、番号NM_000589、NM_172348；Mus musculus、番号NM_021283）；インターロイキン5（IL-5：Homo sapiens、番号NM_000879；Mus musculus、番号NM_010558）；インターロイキン6（IL-6：Homo sapiens、番号NM_000600；Mus musculus、番号NM_031168）；インターロイキン7（IL-7：Homo sapiens、番号NM_000880、AH006906；Mus musculus、番号NM_008371）；インターロイキン9（IL-9：Homo sapiens、番号NM_000590）；インターロイキン12（IL-12：Homo sapiens、番号NM_000882、NM_002187；Mus musculus、番号NM_008351、NM_008352）；インターロイキン15（IL-15：Homo sapiens、番号NM_172174、NM_172175、NM_000585；Mus musculus、番号NM_008357）；サイトカインレセプターおよび関連のシグナル伝達分子（W.E.Paul（編）、Fundamental Immunology（第4版、Lippincott-Raven、Philadelphia、1999）、第21章および22章）；インターフェロンI型レセプターサブユニット1（IFNAR1：Homo sapiens、番号NM_000629；Mus musculus、番号NM_010508）；インターフェロンI型レセプターサブユニット2（IFNAR2：Homo sapiens、番号NM_000874；Mus musculus、番号NM_010509）；ヤーヌスキナーゼ1（JAK1：Homo sapiens、番号NP_002218；Mus musculus、番号NP_666257）；ヤーヌスキナーゼ2（JAK2：Homo sapiens、番号AAC23653、AAC23982、NP_004963；Mus musculus、番号NP_032439、AAN62560）；JAK3；Tyk2；シグナルトランスデューサーおよび転写アクチベーター1（STAT1：Homo sapiens、番号NM_007315、NM_139266；Mus musculus、番号U06924）；シグナルトランスデューサーおよび転写アクチベーター2（STAT2：Homo sapiens、番号NM_005419；Mus musculus、AF206162）；STAT3；STAT4；STAT5；STAT6；インターフェロンで刺激される遺伝子因子3γ（ISGF3γ：Homo sapiens、番号Q00978、NM_006084；Mus musculus、番号NM_008394）インターフェロン調節因子1（IRF1：Homo sapiens、番号NM_002198、P10914；Mus musculus、番号NM_008390）；インターフェロン調節因子3（IRF3：Homo sapiens、番号NM_001571、Z56281；Mus musculus、番号NM_016849、U75839、U75840）；インターフェロン調節因子5（IRF5：Homo sapiens、番号Q13568、U51127；Mus musculus、番号AAB81997、NP_036187）；インターフェロン調節因子6（IRF6：Homo sapiens、番号AF027292、NM_006147；Mus musculus、番号U73029）；インターフェロン調節因子7（IRF7：Homo sapiens、番号U53830、U53831、U53832、AF076494、U73036；Mus musculus、番号NM_016850、U73037）；インターフェロン調節因子8（IRF8）；構造的に活性なインターフェロン調節因子；プロテインキナーゼR（PKR：Homo sapiens、番号AAC50768；Mus musculus、番号Q03963；S.Nanduriら（1998）EMBO J.17、5458〜5465）；構造的に活性なPKR；2',5'-オリゴアデニレートシンテターゼ（番号P00973、P29728、AAD28543を含むHomo sapiens型；P11928を含むMus musculus型；S.Y.Desaiら（1995）J.Biol.Chem.270、3454〜3461）；構造的に活性な2',5'-オリゴアデニレートシンテターゼ；RNase L（Homo sapiens、番号CAA52920）；構造的に活性な RNase L；前骨髄細胞白血病タンパク質（PML：W.V.Bonillaら（2002）Journal of Virology 76、3810〜3818）；p56または関連タンパク質（J.Guoら（2000）EMBO Journal 19、6891〜6899；G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；p200または関連タンパク質（G.C.Sen（2000）Seminars in Cancer Biology 10、93〜101）；ADAR1（Homo sapiens、番号U18121；Mus musculus、番号NP_062629）；Mx1（Homo sapiens、番号NM_002462）；またはMx2（Homo sapiens、番号NM_002463））；上記のような、感染した細胞からの病原体の出芽または放出を阻害する分子（特に過剰発現された場合のHrsが挙げられるがこれらに限定されない（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；L.Chinら（2001）Journal of Biological Chemistry 276、7069〜7078；C.Raiborgら（2002）Nature Cell Biology 4、394-398）；特に過剰発現された場合の、欠損性Vps4変異体、例えば、K173QまたはE228Q（J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；Tsg101発現を阻害する、短い干渉RNA（N.Bishopら（2002）Journal of Cell Biology 157、91〜101；J.E.Garrusら（2001）Cell 107、55〜65）；特に過剰発現された場合の、およそアミノ酸121〜435からなる切断型AP-50、またはAP-50の他の欠損性変異体（B.A.Pufferら（1998）Journal of Virology 72,10218〜10221）；特に過剰発現された場合の、LDI-1のWWドメイン含有断片、Nedd4、Yes関連タンパク質、KIAA0439遺伝子産物、または他の欠損性Nedd4-関連タンパク質（A.Kikonyogoら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,11199〜11204；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）；HIV p6 Gag PTAPP-モチーフ含有後期（L）ドメイン（L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729）またはPTAP、PSAP、PPXY、YPDLもしくはYXXLモチーフを含有する他のウイルス後期（L）ドメイン（J.Martin-Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；A.PatnaikおよびJ.W.Wills（2002）Journal of Virology 76,2789〜2795）か
らなるペプチド；特に過剰発現された場合の、Tsg101のアミノ酸1〜167、Tsg101のTSG-5'断片、またはTsg101の同様のアミノ末端断片（D.G.Demirovら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99,955〜960l；E.L.MyersおよびJ.F.Allen（2002）Journal of Virology 76,11226〜11235）；ウイルス出芽を補助する能力が低いTsg101の変異体（M.Babstら（2000）Traffic 1,248〜258；L.VerPlankら（2001）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 98,7724〜7729；J.Martin-Serranoら（2001）Nature Medicine 7,1313〜1319；O.Pornillosら（2002）EMBO Journal 21,2397〜2406）；カゼインキナーゼ2（CK2）インヒビター、例えば、ペプチドRRADDSDDDDD（配列番号472）（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；またはGタンパク質シグナル伝達インヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2002）Journal of General Virology 83,3055〜3066）；細胞性分子または病原体分子（感染した細胞からの病原体の出芽または放出に関与する、例えば、以下の１つ以上の分子：Tsg101、Vps4、カゼインキナーゼ2、Hrs、hVps28、Eap30、Eap20、Eap45、Chmp1、Chmp2、Chmp3、Chmp4、Chmp5、Chmp6、AP-50、Nedd4-関連タンパク質、WWドメイン含有タンパク質、またはLドメイン含有タンパク質；O.Pornillosら（2002）TRENDS in Cell Biology 12,569〜579；P.Gomez-Puertasら（2000）Journal of Virology 74,11538〜11547；E.Katzら（2002）Journal of Virology 76,11637〜11644））に結合する分子；上記のような、アポトーシス関連または他の細胞死関連の応答を実行するかまたは刺激する分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：p53（Homo sapiens、番号AAF36354〜AAF36382；Mus musculus、番号AAC05704、AAD39535、AAF43275、AAF43276、AAK53397）；Bax（Homo sapiens、番号NM_004324）；Bid（Homo sapiens、番号NM_001196）；アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（Apaf-1: Homo sapiens、番号NM_013229、NM_001160；Mus musculus、番号NP_033814）；Fas／CD95（Homo sapiens、番号AAC16236、AAC16237；Mus musculus、番号AAG02410）；TNFレセプター（Homo sapiens、番号NP_001056；V.BaudおよびM.Karin（2001）TRENDS in Cell Biology 11,372〜377；U.Sartoriusら（2001）Chembiochem 2,20〜29）；FLICE活性化死滅ドメイン（FADD：Homo sapiens,番号U24231；Mus musculus,番号NM_010175）；TRADD（Homo sapiens,番号NP_003780,CAC38018）；グランザイムB（Homo sapiens、番号AAH30195、NP_004122；Mus musculus、番号AAH02085、NP_038570）；構造的に活性なグランザイムB；Smac／DIABLO（Homo sapiens、番号NM_019887）；カスパーゼ類（以下を含むがそれに限定されない：カスパーゼ1、Homo sapiens、番号NM_001223；カスパーゼ2、Homo sapiens、番号NM_032982、NM_001224、NM_032983、およびNM_032984；カスパーゼ3、Homo sapiens、番号U26943；カスパーゼ4、Homo sapiens、番号AAH17839；カスパーゼ5、Homo sapiens、番号NP_004338；カスパーゼ6、Homo sapiens、番号NM_001226およびNM_032992；カスパーゼ7、Homo sapiens、番号XM_053352；カスパーゼ8、Homo sapiens、番号NM_001228；カスパーゼ9、Homo sapiens、番号AB019197；カスパーゼ10、Homo sapiens、番号XP_027991；カスパーゼ13、Homo sapiens、番号AAC28380；カスパーゼ14、Homo sapiens、番号NP_036246；カスパーゼ1、Mus musculus、番号BC008152；カスパーゼ2、Mus musculus、番号NM_007610；カスパーゼ3、Mus musculus、番号NM_009810；カスパーゼ6、Mus musculus、番号BC002022；カスパーゼ7、Mus musculus、番号BC005428；カスパーゼ8、Mus musculus、番号BC006737；カスパーゼ9、Mus musculus、番号NM_015733；カスパーゼ11、Mus musculus、番号NM_007609；カスパーゼ12、Mus musculus、番号NM_009808；カスパーゼ14、Mus musculus、番号AF092997；およびCED-3カスパーゼ、Caenorhabditis elegans、番号AF210702）；構造的に活性なカスパーゼ；カルパイン（T.Luら、（2002）Biochimica et Biophysica Acta 1590、16〜26））；上記のような、細胞または病原体の成分を分解する分子（例えば、プロテアーゼ（キモトリプシン、トリプシン、またはエラスターゼが挙げられるがこれらには限定されない）；DNase類（カスパーゼ活性化DNase（CAD）、構造的に活性なCAD（N.Inoharaら（1999）Journal of Biological Chemistry 274,270〜274）、または制限酵素が挙げられるがこれらに限定されない）；RNase類（RNase III（Homo sapiens,番号AF189011；Escherichia coli,番号NP_417062,NC_000913）、RNt1p（Saccharomyces cerevisiae,番号U27016）、Pac1（Schizosaccharomyces pombe,番号X54998）、RNase A、またはRNase Lが挙げられるがこれらに限定されない）；グリコシダーゼ（N-グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼH、O-グリカナーゼ、エンドグリコシダーゼF2、シアリダーゼ、またはβガラクトシダーゼが挙げられるがこれらに限定されない）；あるいはリパーゼ（ホスホリパーゼA1、ホスホリパーゼA2、ホスホリパーゼC、またはホスホリパーゼDが挙げられるがこれらに限定されない））；上記のような、感染した宿主細胞または病原性細胞に対して毒性である分子（以下が挙げられるがこれらに限定されない：ジフテリア毒素のA（21kDa）断片のような、細胞の原形質膜を通過できないように改変されている細胞内細菌毒素（B.B.FinlayおよびP.Cossart（1997）Science 276,718〜725；C.Montecuccoら（1994）FEBS Lett.346,92〜98；P.O.Falnesら（2001）Biochemistry 40,4349〜4358）（当業者に理解される））；病原体細胞に対して毒性である分子（ペニシリン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、リファンピン、アンホテリシンB、メトロニダゾールまたはメフロキンが挙げられるがこれらに限定されない）；ATPインヒビター（E.K.HuiおよびD.P.Nayak（2001）Virology 290,329〜341）；あるいは転写、翻訳、複製、酸化的リン酸化、細胞骨格プロセス、または他の細胞および／もしくは病原体の機能を阻害する毒素）。
また、本発明にはキメラ転写因子が包含される。熱ショックエレメント（HSE）結合ドメインは、ヒト熱ショック因子1（HSF1）のおよそアミノ酸13〜121である（M.Greenら（1995）Molecular and Cellular Biology 15、3354〜3362；S.-G.Ahnら（2001）Genes & Development 15、2134〜2145）。このドメインの１つ以上のコピーが単離され、そして好ましくは、キメラ転写因子中の可撓性の親水性アミノ酸配列によって一緒に連結され得る。好ましい態様において、HSF1 DNA結合ドメインの３つのコピーが、好ましくは可撓性の親水性アミノ酸配列によって隔てられて、キメラ転写因子中に存在する。
インターフェロンで刺激される遺伝子因子3γ（ISGF-3γ）は、I型インターフェロンに応答して転写を誘導する。ISGF-3γDNA結合ドメインは、およそアミノ酸1〜112である。（NCBIアクセッション番号Q00978；H.A.R.Bluyssen、J.E.Durbin、およびD.E.Levy（1996）Cytokine & Growth Factor Reviews 7，11〜17；Y.Mamaneら（1999）Gene 237，1〜14）。ISGF-3γDNA結合ドメインは、下記のように、単離されて、遺伝子操作されたキメラ転写因子において用いることができる。
インターフェロン調節因子3（IRF-3）は、dsRNAに応答して転写を誘導する。その活性化の調節のために必要な領域を排除して、IRF-3のDNA結合ドメインは、およそアミノ酸1〜97である（Y.Mamaneら（1999）Gene 237、1〜14；R.Lin、Y.Mamane、およびJ.Hiscott（1999）Molecular and Cellular Biology 19、2465〜2474）。IRF-3のDNA結合ドメインはまた、下記のように、単離されて、遺伝子操作されたキメラ転写因子において用いることができる。
インターフェロン調節因子1（IRF-1）は、MHCクラスIの発現をアップレギュレーションして他の方法で機能し、免疫応答および抗ウイルス応答を改善する。IRF-1 DNA結合ドメインは、およそアミノ酸1〜109である（NCBI アクセッション番号 P10914、NP_002189；C.E.Samuel（2001）Clinical Microbiology Reviews 14、778〜809；S.J.P.Gobinら（1999）J.Immunology 163、1428〜1434；W.-C.Auら（1995）Proc.Natl.Acad.Sci.92、11657〜11661；S.Kirchhoffら（2000）Eur.J.Biochem.267、6753〜6761；Y.Mamaneら（1999）Gene 237、1〜14）。IRF-1 DNA結合ドメインはまた、下記のように、単離されて、遺伝子操作されたキメラ転写因子において用いることができる。
p53は、活性化された場合、アポトーシス関連遺伝子および他の遺伝子をアップレギュレーションする。p53 DNA結合ドメインは、およそアミノ酸100〜300である（A.Ayedら（2001）Nature Structural Biology 8、756〜760；B.F.Mueller-Tiemannら（1998）Proc.Natl.Acad.Sci.95、6079〜6084；M.E.Andersonら（1997）Molecular and Cellular Biology 17、6255〜6264；Y.Wangら（1995）Molecular and Cellular Biology 15、2157〜2165）。好ましい態様において、このキメラ転写因子は、好ましくは可撓性の親水性アミノ酸配列によって隔てられた、p53 DNA結合ドメインの４つのコピーを有する。p53 DNA結合ドメインは、下記のように、単離されて、遺伝子操作されたキメラ転写因子において用いることができる。
XBP1（K.Leeら（2002）Genes & Development 16、452〜466；H.Yoshidaら（2001）Cell 107、881〜891）およびATF6（X.Chenら（2002）Journal of Biological Chemistry 277、13045〜13052；J.Shiら（2002）Developmental Cell 3、99〜111；Y.Wangら（2000）Journal of Biological Chemistry 275、27013〜27020）は、非折り畳みタンパク質応答遺伝子または小胞体結合タンパク質分解応答遺伝子をアップレギュレーションする。
CIITA（M.W.Linhoffら（2001）Molecular and Cellular Biology 21、3001〜3011；A.Muhlethaler-Mottetら（1997）EMBO Journal 16、2851〜2860）は、活性化されると、MHCクラスII遺伝子をアップレギュレーションする。CARDおよび／またはCIITAアイソフォームの酸性ドメインは、転写アクチベーターとして作用する。
NFκBは、活性化されると、炎症応答遺伝子をアップレギュレーションする（F.E.ChenおよびG.Ghosh（1999）Oncogene 18、6845〜6852；H.L.Pahl（1999）Oncogene 18、6853〜6866）。
１つの態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、ISGF-3γの天然のDNA結合ドメインが以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、IRF-3の天然のDNA結合ドメイン（およそアミノ酸1〜97）が以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；p53から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、NFκBの天然のDNA結合ドメインが以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-3から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、ATF6の天然のDNA結合ドメインが以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；p53から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-3から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、p53の天然のDNA結合ドメインが以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-3から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、CITAの天然の転写活性化ドメイン（CARDおよび／または酸性ドメイン）が以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-3から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；p53から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、IRF-1の天然のDNA結合ドメインが以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
別の態様において、本発明のキメラ分子または因子としては、HSF1の天然のDNA結合ドメイン（およそアミノ酸13〜121）が以下の１つ以上で置き換えられているキメラ転写因子が挙げられる：XBP1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；ATF6から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；CIITAから単離された１つ以上の転写活性化ドメイン；ISGF-3γから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-3から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；１つ以上のHSE結合ドメイン；NFκBから単離された１つ以上のDNA結合ドメイン；IRF-1から単離された１つ以上のDNA結合ドメイン。
本発明の因子は、本明細書において記載されるとおり、少なくとも１つの病原体と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を含み得る。あるいは、本発明の因子は、少なくとも１つの病原体誘導性産物と相互作用する分子構造および少なくとも１つのエフェクターを媒介する分子構造を含み得る。
本明細書に使用される場合、病原体と相互作用する分子構造は、一般に、病原体、病原体成分または病原体産物を認識するかまたはそれに結合する（それらと相互作用する）ことができる単離された分子構造に関する。病原体と相互作用する分子構造という用語は、病原体、病原体成分または病原体産物と相互作用する機能を実施するために必要な少なくとも最小の領域を含む分子の構造である。本明細書において用いる場合、単離された、病原体と相互作用する分子構造とは、上記の病原体検出ドメインを包含する。さらに、病原体と相互作用する分子構造は、記載されたタンパク質またはポリヌクレオチドの配列のドメインより大きくても小さくてもよいが、これは依然として、病原体、病原体成分または病原体産物と相互作用する機能を保持している。
本明細書において用いる場合、病原体誘導性産物と相互作用する分子構造は一般に、本明細書に記載されるように、病原体誘導性産物を認識するかまたはそれに結合する（相互作用する）ことができる単離された分子構造に関しており、そして例えば、限定はしないが、サイトカイン、例えば、インターフェロンまたはインターロイキン、非折り畳みタンパク質応答または小胞体結合タンパク質分解応答のシグナル伝達分子、ストレス応答または炎症応答のシグナル伝達分子、2',5'-オリゴアデニレート、およびアポトーシスシグナル伝達分子が挙げられる。病原体誘導性産物と相互作用する分子構造という用語は、病原体誘導性産物と相互作用する機能を実施するために必要な少なくとも最小の領域を含む分子の構造である。本明細書において用いる場合、単離された、病原体誘導性産物と相互作用する分子構造とは、上記のように、病原体誘導性産物を検出するドメインを包含する。さらに、病原体誘導性産物と相互作用する分子構造は、記載されたタンパク質またはポリヌクレオチドの配列のドメインより大きくても小さくてもよいが、これは、病原体誘導性産物と相互作用する機能を保持している。
本明細書において用いる場合、エフェクターを媒介する分子構造は、一般に、本発明のキメラ分子のエフェクタードメインについて上記されたような、広範なエフェクター機能を媒介し得る単離された分子構造に関する。詳細には、本発明のエフェクターを媒介する分子構造は、エフェクタードメインと同じ応答、例えば、限定はしないが、以下を媒介し得る：（１）インターフェロン応答；（２）アポトーシス応答；（３）ストレス応答；（４）炎症性応答；（５）増強された免疫応答；（６）分解性応答；（７）細胞の細胞質と核との間の輸送の阻害；（８）非折り畳みタンパク質応答もしくは小胞体結合タンパク質分解応答；または（９）エンドサイトーシス経路もしくは食作用経路の変更（その全てが上記で考察されている）。
記載された因子の分子構造は、通常、病原体、病原体成分、病原体産物もしくは病原体誘導性産物を認識するか、または広範なエフェクター機能のメディエーターである天然に存在する分子（例えば細胞性タンパク質）から単離することができる。分子構造は、当業者に理解されているように、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、植物、Drosophila、酵母、細菌などを含む、多数の異なる生物体由来の広範な公知の細胞性タンパク質から単離することができる。この分子構造は、当業者に公知の標準的技術を用いて、この分子構造を増強、最適化または改変するために、天然に存在する分子を化学的に修飾するか、または別の方法で天然に存在する分子を操作することなどによって、合成的に誘導することもできるし、あるいはそれらの分子構造は、低分子またはペプチド模倣物のような合成産物であってもよい。さらに、この因子の分子構造は、この分子構造の機能を実施する、抗体（例えば、抗体断片、例えば、Fab、Fab’、F（ab’）2、およびVLもしくはHVドメインのいずれかを含む断片、単鎖抗体、二重特異的抗体、キメラ抗体またはヒト化抗体が挙げられる）であってもよい。
１つより多い検出ドメインおよび／またはエフェクタードメインが、キメラ分子に存在してもよい。これらは同じドメインであっても異なるドメインであってもよい。同様に、１つより多い検出および／またはエフェクターの分子構造が、本発明の因子に存在してもよい。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体または病原体産物について２つ以上の結合部位を含む天然に存在しない分子であってもよい。２つ以上の結合部位が病原体または病原体産物の凝集作用を促進して、それによって抗病原体効果を直接または間接的に促進する。例えば、本発明のキメラ分子または因子は、LPSの２つ以上の結合部位を有してもよい（例えば、上記のような、ヒトBPIのおよそアミノ酸1〜199由来のLPS結合ドメインまたは他のLPS結合部位を模倣する部位）；ペプチドグリカンについての２つ以上の結合部位（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のペプチドグリカン結合ドメインを模倣する部位）；ムラミルジペプチドについての２つ以上の結合部位（例えば、ヒトNod2のおよそアミノ酸744〜1040由来のムラミルジペプチド結合ドメインを模倣する部位）；細菌のフラジェリンについての２つ以上の結合部位（例えば、ヒトTLR5の細胞外ドメイン由来のフラジェリン結合ドメインを模倣する部位）；細菌のIII型分泌系についての２つ以上の結合部位；CpG DNAについての２つ以上の結合部位（例えば、ヒトTLR9の細胞外ドメイン由来のCpG-DNA結合ドメインを模倣する部位）；ザイモサンについての２つ以上の結合部位（例えば、ヒトTLR2の細胞外ドメイン由来のザイモサン結合ドメインを模倣する部位）；病原性形態のプリオンについての２つ以上の結合部位（例えば、病原体性プリオン形態に結合する、非病原性プリオンの一部（例えば、ハムスターのプリオンタンパク質のおよそアミノ酸119〜136；J.Chabryら（1999）Journal of Virology 73、6245〜6250）を模倣する部位）；dsRNAについての２つ以上の結合部位（例えば、上記のような、リビドマイシンを含むか、またはリビドマイシンのdsRNA結合ドメイン、プロテインキナーゼR、もしくは他のdsRNA結合ドメインを模倣する部位）；ウイルス後期ドメインについての２つ以上の結合部位（例えば、限定はしないが、上記のような、PTAP、PSAP、PPXY、YPDL、またはYXXLなどのウイルス後期ドメインモチーフに結合する部位）；ウイルス糖タンパク質についての２つ以上の結合部位（例えば、限定はしないが、ヒトNK細胞活性化レセプターNKp46の血球凝集素結合ドメインを模倣する部位）。
本明細書に記載のキメラ分子および因子は、例えば、ペプチド結合、共有結合、人工的結合、またはドメインもしくは分子構造のいずれかに正常に結合する可撓性のリンカー領域によって、ドメインまたは分子構造の間で会合されるかまたは連結され得る。
あるいは、このキメラ分子のドメイン、またはこの因子の分子構造は分離され得る。別個のドメインまたは分子構造は、いくつかの機構（例えば、限定はしないが、別の試薬（例えば、二重特異的抗体、化学架橋リンカー）との相互作用、または当業者によって理解されているような他の方法）によって会合または連結され得る。別々のドメインはまた、非共有結合を介して、例えば、静電相互作用などによって、一緒に会合され得る。さらに、別々のドメインまたは分子構造は、当業者に理解されるように、二次シグナル伝達分子のような因子を介して直接または間接的にのいずれかでそれらの効果を媒介し得る。
別々のドメインまたは構造の連結を媒介し、キメラ分子または因子を形成し得るさらなるドメインまたは構造は、別々のドメインまたは別々の分子構造へ結合され得る、例えば、１つのドメインまたは分子構造は、結合された１つ以上のストレプトアビジン分子を有してもよく、そして他のドメインまたは分子構造は、結合された１つ以上のビオチン分子を有してもよく、これによって、特定のビオチンストレプトアビジン相互作用がキメラ分子または因子の形成を媒介する。他の適切な相互作用ドメインまたは構造は、当業者によって認識される。
キメラ分子または因子はさらに、細胞標的化タグを含んでもよい。例えば、細胞膜もしくは細胞小器官、核、または他の多様なタグに対してこのキメラ分子または因子を指向するタグ。このようなタグは、キメラ分子または因子が膜を通過することを媒介するために用いることができる。適切なタンパク質取り込みタグとしては、例えば、以下が挙げられるがこれらに限定されない：（1）ポリアルギニンおよび関連ペプトイドタグ（L.Chenら（2001）Chem.Biol.8：1123〜1129、P.A.Wenderら（2000）Proc.Natl.Acad.Sci.97：13003〜13008）；（2）HIV TATタンパク質、およそアミノ酸47〜57にわたるそのタンパク質形質導入ドメイン（PTD）またはPTDの合成アナログ（M.Becker-Hapak、S.S.McAllister、and S.F.Dowdy（2001）Methods 24：247〜256、A.Hoら（2001）Cancer Res.61：474〜477）；（3）Drosophila Antennapediaタンパク質、Helix-3もしくはペネトラチン（Penetratin）-1とも呼ばれるおよそアミノ酸43〜58にまたがるドメイン、またはそれらの合成アナログ（D.Derossi、G.Chassaing、およびA.Prochiantz（1998）Trends Cell Biol.8：84〜87、A.Prochiantz（1996）Curr.Opin.Neurobiol.6：629〜63）；（4）ヘルペスウイルスVP22タンパク質、およそアミノ酸159〜301にまたがるドメイン、またはその一部もしくは合成アナログ（N.Normand、H.van Leeuwen、およびP.O’Hare（2001）J.Biol.Chem.276：15042〜15050、A.Phelan、G.Elliott、およびP.O’Hare（1998）Nat.Biotech.16：440〜443）；（5）Kaposi線維芽細胞増殖因子由来の膜転移配列（MTS）または関連のアミノ酸配列、例えば、AAVLLPVLLAAP（配列番号473）（M.Rojas、J.P.Donahue、Z.Tan、およびY.-Z.Lin（1998）Nat.Biotech.16：370〜375、C.Du、S.Yao、M.Rojas、and Y.-Z.Lin（1998）J.Peptide Res.51：235〜243）；（6）Pep-1、MPG、および同様のペプチド（M.C.Morrisら（2001）Nat.Biotech.19：1173〜1176、M.C.Morrisら（1999）Nuc.Ac.Res.27：3510〜3517）；（7）トランスポータン（Transportan）、トランスポータン2、および同様のペプチド（M.Poogaら（1998）FASEB J.12：67〜77；M.Poogaら（1998）Ann.New York Acad.Sci.863：450〜453）；（8）両親媒性モデルペプチドおよび関連のペプチド配列（A.Schellerら（2000）Eur.J.Biochem.267：6043〜6049、A.Schellerら（1999）J.Pept.Sci.5：185〜194）；（9）Bacillus anthracisの致死因子（LF）のおよそアミノ酸1〜254を用いて送達されるTagタンパク質、そして細胞へタグ化タンパク質を送達するまたは同様の方法のためにB.anthracis保護抗原（PA）とともに投与するもの（S.H.Leppla、N.Arora、およびM.Varughese（1999）J.App.Micro.87：284、T.J.Goletzら（1997）Proc.Natl.Acad.Sci.94：12059〜12064）；ならびに（10）葉酸（C.P.Leamon and P.S.Low（2001）Drug Discov.Today 6：44〜51、C.P.Leamon、R.B.DePrince、and R.W.Hendren（1999）J.Drug Targeting 7：157〜169）。タンパク質に対して取り込みタグを結合させるための方法には、標準的な方法を使用しており、当業者によって理解される。
キメラ分子または因子は、任意に、阻害性分子または調節性分子を促進して、キメラ分子または因子の活性を調節し、未感染の細胞における毒性を防止するために、１つ以上の天然の阻害性分子または調節性分子についての１つ以上の結合部位を含むことができる。例えば、限定はしないが、キメラ分子または因子は、以下の１つ以上についての１つ以上の結合部位を含んでもよい：プロテインキナーゼRおよびPERKの天然のP58インヒビター（W.Yanら（2002）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99、15920〜15925）；RNase Lの天然のRLIインヒビター（C.Bisbalら（1995）Journal of Biological Chemistry 270、13308〜13317）；カスパーゼ9の天然のXIAPインヒビター（S.M.Srinivasulaら（2001）Nature 410、112〜116）；またはHSF1の天然のHSBP1インヒビター（R.I.Morimoto（1998）Genes & Development 12、3788〜3796）。
キメラ分子およびその個々のドメイン、ならびに因子およびその個々の分子構造は、種々の化合物または物質、例えば、タンパク質、DNA、RNA、単鎖抗体、低分子薬物、プロドラッグ、またはペプチド模倣物であってもよい。目的の分子をコードするDNAまたはRNAは、必要に応じて、プロモーターに作動可能に連結することができる。さらに、このプロモーターは、条件付きで調節することができる。
キメラ分子または因子は、感染の前（予防的に）または感染の後（治療的に）、細胞または生物体に投与することもできる。
本発明の組成物は、任意の公知の投与経路によって投与することができる。例えば、投与経路は、静脈内、筋肉内、動脈内、腹腔内、胸骨内、皮下、眼内、吸入、経口であっても、および関節内注射または注入であってもよい。
本発明の組成物は、例えば、固体（または半固体、例えば、クリームまたはゼラチン型物質）、液体、またはエアロゾルであってもよい。固体組成物の例としては、丸剤、クリーム、および移植可能な投薬形態が挙げられる。丸剤は、経口投与することができ、クリームは局所投与することができる。移植可能な投薬形態は、局所投与することができ、また、キメラ分子もしくは因子の全身性放出のために、例えば、皮下に移植することもできる。液体の組成物の例としては、皮下、静脈内、動脈内の注射に適した製剤、ならびに局所および投与のための製剤が挙げられる。エアロゾル製剤の例としては、肺への投与のための吸入用製剤が挙げられる。
非経口的な注射のための医薬組成物は、薬学的に受容され得る滅菌水溶液または非水性溶液、分散液、懸濁液またはエマルジョン、ならびに使用の直前の滅菌注射用溶液または分散液への再構成のための滅菌粉末を含む。適切な水性キャリアおよび非水性キャリア、希釈液、溶媒またはビヒクルの例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、カルボキシメチルセルロースおよびそれらの適切な混合物、植物油（例えば、オリーブオイル）およびオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティング材料の使用によって、分散液の場合には必要な粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって維持することができる。これらの組成物はまた、保存剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤のようなアジュバントを含んでもよい。微生物の作用の防止は、種々の抗菌および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などの包含によって保証することができる。糖、塩化ナトリウムなどの等張剤を含むこともまた望まれ得る。注射可能な薬学的形態の長期の吸収は、吸収を遅らせる、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンのような因子を含めることによって達成され得る。注射可能な蓄積形態は、ポリアクチド-ポリグリコリド、ポリ（オルトエステル）およびポリ（無水物）のような生分解性ポリマー中に薬物のマイクロカプセルマトリックスを形成することによって作製される。ポリマーに対する薬物の比、および使用された粒子ポリマーの性質に基づいて、薬物放出の速度を制御することができる。蓄積注射製剤はまた、身体の組織に適合性であるリポソームまたはマイクロエマルジョン中に薬物を捕捉することによって調製される。注射可能な製剤は、例えば、細菌保持フィルターを介する濾過によって、または使用の直前に、滅菌水もしくは他の滅菌注射用媒体中に溶解もしくは分散させることができる滅菌固体組成物の形態で滅菌剤を含めることによって、滅菌することができる。
本発明の組成物は、例えば、無機酸または有機酸由来の、本明細書に記載される組成物の薬学的に受容され得る塩を含むことができる。「薬学的に受容され得る塩」とは、正常な医学的判断の範囲内で、動物、好ましくは哺乳動物の組織と接触させる使用に、過度の毒性、刺激作用、アレルギー応答などがなく、妥当な利益性／危険性の比が釣り合っている塩について記載することを意味する。薬学的に受容され得る塩は、当該分野で周知である。例えば、S.M.Bergeらは、薬学的に受容され得る塩を、J.Pharmaceutical Sciences（1977）66:1（以下参照）に詳細に記載している。薬学的に受容され得る塩としては、無機酸、例えば、塩酸もしくはリン酸、または酢酸、酒石酸、マンデル酸などのような有機酸と形成された酸付加塩（ポリペプチドの遊離アミノ基で形成された）が挙げられる。遊離カルボキシル基と形成された塩はまた、例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウムまたは水酸化第二鉄のような無機塩基、およびイソプロピルアミン、トリメチルアミン、２-エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基に由来し得る。塩は、本発明の化合物の最終の単離および精製の間にインサイチュで調製することができ、また、遊離塩基の官能基と適切な有機酸とを反応させることによって別々に調製することもできる。代表的な酸付加塩としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、クエン酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、重硫酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、ショウノウスルホン酸塩、ジグルコン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトノエート、ヘキサン酸塩、フマル酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシメタンスルホン酸塩（イセチオン酸塩）、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、シュウ酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、ピクリン酸塩、ピバレート、プロピオン酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、リン酸塩、グルタミン酸塩、重炭酸塩、p-トルエンスルホン酸塩およびウンデカン酸塩。また、塩基性窒素含有基は、以下のような薬剤で四級化されてもよい：低級アルキルハライド、例えば、メチル、エチル、プロピルおよびブチルの塩化物、臭化物およびヨウ化物；ジアルキル硫酸、例えば、ジメチル、ジエチル、ジブチルおよびジアミルの硫酸塩；長鎖ハライド、例えば、デシル、ラウリル、ミリスチルおよびステアリルの塩化物、臭化物およびヨウ化物；アリールアルキルハライド、例えば、ベンジルおよびフェネチルの臭化物など。水または油に可溶性であるかまたは分散性である産物がこれによって得られる。薬学的に受容され得る酸付加塩を形成するために使用することができる酸の例としては、塩化水素酸、臭化水素酸、硫酸、およびリン酸のような無機酸、ならびにシュウ酸、マレイン酸、コハク酸およびクエン酸のような有機酸が挙げられる。
本明細書において用いる場合、用語「薬学的に受容され得る」、「生理的に許容され得る」およびそれらの文法的なバリエーションは、それらが、組成物、キャリア、希釈物および試薬について言及する場合、交換可能に用いられて、悪心、眩暈、胃の不調などの望ましくない生理学的影響が最小であって、動物、好ましくは哺乳動物への投与が可能である物質を示す。中に溶解されるかまたは分散された活性成分を含む薬理学的組成物の調製は、当該分野で十分理解され、製剤に基づいて限定される必要はない。代表的には、このような組成物は、液体溶液または懸濁液としてのいずれかで注射可能なように調製されるが、使用前の液体における溶液または懸濁液に適切な固体形態もまた調製することができる。この調製物はまた乳化することもできる。
活性成分は、薬学的に受容可能であって、活性成分と適合性である賦形剤と、本明細書に記載の治療方法における使用に適切な量で混合可能である。適切な賦形剤としては、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、およびそれらの組み合わせが挙げられる。さらに、望ましい場合には、この組成物は、活性成分の有効性を増強する少量の補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、pH緩衝化剤など）を含むことができる。
徐放性（timed release）または徐放性（sustained release）送達システムの使用もまた本発明に含まれる。本明細書において用いられるような徐放性マトリックスは、酵素もしくは酸性／塩基性の加水分解によって、または溶解によって分解可能である物質、通常はポリマーから作製されたマトリックスである。一旦身体内に挿入されれば、このマトリックスは、酵素および体液によって作動される。徐放性マトリックスは、望ましい場合には、以下のような生体適合性材料から選択される：リポソーム、ポリラクチド（ポリ乳酸）、ポリグリコリド（グリコール酸のポリマー）、ポリラクチドコグリコリド（乳酸およびグリコール酸のコポリマー）ポリ無水物、ポリ（オルト）エステル、ポリプロテイン、ヒアルロン酸、コラーゲン、硫酸コンドロイチン、カルボン酸、脂肪酸、リン脂質、ポリサッカライド、核酸、ポリアミノ酸、アミノ酸、例えば、フェニルアラニン、チロシン、イソロイシン、ポリヌクレオチド、ポリビニルプロピレン、ポリビニルピロリドンおよびシリコーン。好ましい生分解性マトリックスは、ポリラクチド、ポリグリコリドまたはポリラクチドコグリコリド（乳酸およびグリコール酸のコポリマー）のいずれかのうちの１つのマトリックスである。
本明細書に記載されるキメラ分子および因子は、当業者に理解されているように、個々に、お互いに組み合わせて、または他の処置と組み合わせて投与することができる。本明細書に記載されるキメラ分子の個々のドメイン、または因子の個々の分子構造は、細胞または生物体に対して、別々に、または同時に投与することもできる。別個のドメインもしくは分子構造からの本発明のキメラ分子または因子の形成は、細胞もしくは生物体への投与の前に生じさせることができ（エキソビボまたはインビトロ組み立て）、また、別個のドメインもしくは分子構造は、別個に細胞もしくは生物体に投与して、細胞もしくは生物体中で、本発明のキメラ分子として、または因子として組み立てることもできる（インビボ組み立て）。
さらに、本発明の１つ以上のキメラ分子および／または因子は、１つ以上の病原体による感染を処置または予防するために細胞または生物体に投与することもできる。所望されない影響を最小化するため、１つ以上の病原体ディテクター分子または病原体誘導性産物ディテクター分子を必要に応じて、１つ以上のエフェクター分子とともに投与することが可能であり、その結果、このディテクター分子による病原体または病原体誘導性産物の検出が、直接または間接的に、エフェクター分子を刺激、活性化、促進またはアップレギュレーションする。例えば、限定はしない：１つ以上のディテクター分子は、１つ以上のエフェクター分子に連結されてもよく、その結果、病原体または病原体誘導性産物への結合が、エフェクター分子の機能を活性化または促進する；ディテクター分子は、エフェクター分子をコードする遺伝子に作動可能に連結される遺伝的プロモーターであってもよい；病原体または病原体誘導性産物は、ディテクター分子に影響し得、次にエフェクター分子を刺激、活性化、促進、またはアップレギュレーションする；病原体または病原体誘導性産物は、ディテクター分子に影響し得、次に、１つ以上の天然に存在する分子を介して、エフェクター分子を刺激、活性化、促進またはアップレギュレーションするように作用する；このディテクター分子およびエフェクター分子は、同じ分子であってもよく、例えば限定はしないが、１つ以上の病原体または病原体成分に結合し、それによりこの病原体または病原体成分を妨害する分子；ディテクター分子および／またはエフェクター分子は、１つ以上の天然に存在する分子に結合するかまたはそれと相互作用し得、それにより、この天然に存在する分子の病原体検出、病原体誘導性産物検出、または抗病原体特性を利用する。
当業者に理解されているように、このキメラ分子、因子、このキメラ分子のドメイン、またはこの因子の分子構造は、単独で、また、上記のような、このキメラ分子もしくは因子と有害に反応しない、従来の賦形剤との混合物として投与することもできる。このような調製物はまた、本発明のキメラ分子または因子と有害に反応しない滑沢剤、保存剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、緩衝液、着色剤および／または芳香物質などのような補助剤と混合することができる。さらに、この調製物をまた、所望の場合、代謝による分解を減らすために、他の活性物質と混合することができる。
細胞または生物体へ投与される用量および頻度（単回投薬量または多回投薬量）は、病原体のタイプ、病原体感染の期間、病原体感染に関連する疾患の程度、レシピエントの体重および健康状態、ならびに組成物の投与経路を含む種々の要因に依存して変化させることができる。当業者は、標準的な技術を用いて適切な投薬量および頻度を容易に決定することができる。
本明細書において用いる場合、「治療有効量」という用語は、レシピエントに対して有意義な利益、すなわち、関連の疾患もしくは障害の処置、治癒、予防もしくは緩和、またはこのような疾患もしくは障害の処置、治癒、予防もしくは緩和の速度の増大を示すのに十分な組成物または方法の各々の活性成分の総量を意味する。混合して与える場合、この用語は、連続してかまたは同時に投与されるかにはかかわらず治療効果を生じる活性成分の組み合わせ量をいう。
他の処置の方法としては遺伝子治療が挙げられる。遺伝子治療のための遺伝子移入法は、３つの広範なカテゴリーにおさまる：物理的（例えば、エレクトロポレーション、直接遺伝子移入および粒子ボンバードメント）、化学的（例えば、脂質ベースのキャリア、または他の非ウイルスベクター）、および生物学的（例えば、ウイルス由来ベクターおよびレセプター取り込み）。例えば、DNAでコーティングされたリポソームを含む非ウイルスベクターを用いることができる。このようなリポソーム／DNA複合体は、患者の静脈内に直接注入することができる。さらに、遺伝子のベクターまたは「裸の（naked）」DNAは、治療用DNAを標的化して送達するために、所望の器官、組織または腫瘍中に直接注入することができる
遺伝子治療の方法論はまた、送達部位によって記載することができる。遺伝子を送達するための基本的な方法としては、エキソビボ遺伝子移入、インビボ遺伝子移入、およびインビトロ遺伝子移入が挙げられる。エキソビボ遺伝子移入においては、細胞を患者から採取して、細胞培養中で増殖させる。DNAを細胞にトランスフェクトして、このトランスフェクトされた細胞の数を拡大させて、次いで患者に再移植する。インビトロ遺伝子移入では、形質転換した細胞を、特定の患者由来の特定の細胞ではなく、組織培養細胞のような培養物中で増殖させた細胞である。これらの「実験室細胞」をトランスフェクトして、このトランスフェクトした細胞を、患者への移植または他の用途のいずれかのために選択して拡張させる。
インビボの遺伝子移入は、細胞が患者内にあるときに患者の細胞へDNAを導入する工程を包含する。この方法は、非感染性のウイルスを用いウイルス媒介遺伝子移入を用いて、患者に遺伝子を送達する工程、または患者のある部位へ裸のDNAを注入する工程を包含し、このDNAは、遺伝子産物のタンパク質が発現される細胞の割合によって取り込まれる。さらに、他の方法、例えば、「遺伝子銃」の使用を、本明細書に記載のキメラタンパク質または因子の産生を制御するDNAまたは調節配列のインビトロ挿入のために用いることができる。
遺伝子治療の化学的方法は、細胞膜を横切ってDNAを移入するために、リポソームである必要は無いが、脂質ベースの化合物を含むことができる。負電荷を有するDNAに結合する脂質ベースの陽イオンであるリポフェクチンまたはサイトフェクチンは、細胞膜を横切ることができる複合体を形成して、DNAを細胞の内部へと入れる。別の化学的方法は、レセプターに基づくエンドサイトーシスを用い、この方法は、特定のリガンドを細胞表面レセプターに結合させる工程、およびエンベロープ化する工程、および細胞膜を横切ってそれを輸送する工程を包含する。このリガンドは、DNAに結合し、そしてその複合体全体が細胞内に輸送される。このリガンド遺伝子複合体が、血流中に注射されて、次いでレセプターを有する標的細胞が、リガンドに特異的に結合して、リガンド-DNA複合体を細胞内に輸送する。
多くの遺伝子治療方法論では、ウイルスベクターが、遺伝子を細胞内に挿入するために用いられる。例えば、変化させたレトロウイルスベクターが、末梢リンパ球および腫瘍浸潤性リンパ球、肝細胞、表皮細胞、筋細胞、または他の体細胞に遺伝子を導入するためにエクスビボ方法で使用されている。これらの変化させられた細胞は、その後、挿入されたDNAからの遺伝子産物を与えるために患者に導入される。
ウイルスベクターはまた、インビボプロトコルを使用して遺伝子を細胞内に挿入するために使用されている。外来遺伝子の組織特異的な発現を行わせるために、組織特異的であることが知られているシス作用調節エレメントまたはプロモーターを使用することができる。あるいは、これは、インビボでの特定の解剖学的部位へのDNAまたはウイルスベクターのインサイチュ送達を使用して達成することができる。例えば、インビボでの血管への遺伝子導入が、インビトロで形質導入された内皮細胞を動脈壁上の選ばれた部位に移植することによって達成されていた。ウイルスが周囲の細胞に感染し、周囲の細胞もまた遺伝子産物を発現した。ウイルスベクターは、例えば、カテーテルによって、インビボ部位に直接的に送達することができ、従って、特定の領域のみにウイルスを感染させることが可能であり、そして、長期間の部位特異的な遺伝子発現がもたらされる。
遺伝子治療プロトコルのために使用されているウイルスベクターには、レトロウイルス、他のRNAウイルス（例えば、ポリオウイルスまたはシンドビスウイルスなど）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、SV40、ワクシニアおよび他のDNAウイルスが含まれるが、これらに限定されない。複製能欠損のネズミレトロウイルスベクターが、最も広く利用されている遺伝子導入ベクターである。レトロウイルスベクター系では、ウイルスの構造タンパク質がパッケージング細胞株にトランスで供給されるならば、ベクターのパッケージング、感染、および標的細胞内への組み込みを可能にするのに、5’および3’のLTRならびにパッケージングシグナルを含有する最小限のベクターで十分であるという事実が利用されている。遺伝子導入のためのレトロウイルスベクターの基本的な利点には、ほとんどの細胞タイプにおける効率的な感染および遺伝子発現、標的細胞の染色体DNAへの精密な1コピーのベクター組み込み、ならびに、レトロウイルスゲノムの操作が容易であることが含まれる。
DNA送達の機械的方法には、融合誘導性の脂質小胞（例えば、膜融合のためのリポソームまたは他の小胞など）、DNA取り込みカチオン脂質の脂質粒子（例えば、リポフェクチンなど）、DNAのポリリシン媒介導入、DNAの直接的な注入（例えば、生殖細胞または体細胞へのDNAの顕微注入など）、空気圧により送達されるDNA被覆粒子（例えば、「遺伝子銃」において使用される金粒子など）、ならびに無機化学的方法（例えば、リン酸カルシウムトランスフェクションなど）が含まれる。粒子媒介による遺伝子導入方法は、最初、植物組織を形質転換する際に使用された。粒子衝撃装置、すなわち、「遺伝子銃」により、DNAをコーティングした高密度粒子（例えば、金またはタングステンなど）を、標的とする器官、組織または細胞への侵入を可能にする高速度に加速するための原動力がもたらされている。粒子衝撃は、細胞、組織または器官にDNAを導入するために、インビトロシステムにおいて、またはエクスビボ技術もしくはインビボ技術とともに使用することができる。別の方法、すなわち、リガンド媒介による遺伝子治療では、DNAを特定の細胞または組織に導くために、DNAを特異的なリガンドと複合体化させて、リガンド−DNA結合体を形成させることが伴う。
プラスミドのDNAは細胞のゲノムに組み込むことができ、また組み込まなくてもよい。トランスフェクションされたDNAの非組み込みは、最終分化した非増殖組織におけるトランスフェクションおよび遺伝子産物タンパク質の発現を、細胞ゲノムまたはミトコンドリアゲノムにおける変異による挿入、欠失または変化の恐れを伴うことなく長期間にわたって可能にする。必ずしも永続的である必要はないが、長期間にわたる特定の細胞への治療用遺伝子の導入は、遺伝的疾患に対する処置または予防的使用のための処置をもたらし得る。DNAを、変異をレシピエント細胞のゲノムに生じさせることなく遺伝子産物のレベルを維持するために定期的に再注入することができる。外因性DNAの非組み込みは、構築物のすべてが様々な遺伝子産物を発現しながら、数個の異なる外因性DNA構築物を１つの細胞に存在させることを可能にできる。
遺伝子導入のためのエレクトポレーションでは、細胞または組織を、エレクトポレーション媒介による遺伝子導入に対して感受性にするために電流が使用される。所定の電場強度を有する短時間の電気的インパルスが、DNA分子が細胞内に侵入することができるような方法で膜の透過性を増大させるために使用される。この技術は、細胞、組織または器官にDNAを導入するために、インビトロシステムにおいて、またはエクスビボ技術もしくはインビボ技術とともに使用することができる。
インビボでのキャリア媒介による遺伝子導入を、外来DNAを細胞内にトランスフェクションするために使用することができる。キャリア−DNA複合体が体液内または血流内に都合よく導入され、その後、体内の標的器官または標的組織に部位特異的に導かれ得る。リポソームおよびポリカチオン（例えば、ポリリシン、リポフェクチンまたはサイトフェクチンなど）の両方を使用することができる。細胞特異的または器官特異的であり、従って、リポソームによって運ばれる外来DNAが標的細胞によって取り込まれるリポソームを開発することができる。ある種の細胞の表面に存在する特異的な受容体に対して標的化される免疫リポソームの注射を、その受容体を有する細胞にDNAを挿入する好都合な方法として使用することができる。使用されている別のキャリアシステムには、インビボ遺伝子導入のためにDNAを肝細胞に運搬するためのアシアロ糖タンパク質／ポリリシン結合システムがある。
トランスフェクションされたDNAはまた、他の種類のキャリアと複合体を形成することができ、その結果、DNAはレシピエント細胞に運ばれ、その後、細胞質または核質に存在する。DNAを、特異的に操作されたベシクル複合体においてキャリア核タンパク質に結合させることができ、DNAを核内に直接運ぶことができる。
本発明のキメラ分子または因子は、当業者によって容易に理解されているように、必要に応じて、例えば、しかし限定されないが、その細胞表面に特異的に発現するリガンドを標的化するリポソームベクター、ウイルスベクターまたは他の送達ベクターを使用することによって、あるいは、本発明のキメラ分子または因子をコードするポリヌクレオチド配列に作動可能に連結された細胞型特異的なプロモーターを使用することによって生物体内のある種の細胞に標的化することができる。
本発明のキメラ分子または因子の濃度、用量、および、それらを用いた処置の継続期間は、毒性または望ましくない副作用を最小限に抑えながら、治療利益を最大限にするために制御することができる。そのような制御を達成する様々な方法が当業者によって容易に理解され、これらには、限定されないが、投与される本発明のキメラ分子または因子の用量、投与頻度、投与回数、誘導性プロモーター、肝臓による代謝および腎臓による排出の速度を制御するための分子構造、mRNA安定性シグナル、ユビキチン化シグナルまたは他のタンパク質安定性シグナル、ならびに送達ベクターが含まれる。
本明細書中に記載されている因子の好適なレシピエントには、動物、具体的には哺乳動物、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、齧歯類、ウシなどが含まれる。当業者によって容易に理解されるように、鳥類種、魚類、植物、昆虫および原核生物もまた含まれる。
さらに、これらのキメラ分子および因子は最小限の毒性副作用を有することが好ましい。さらにより好ましくは、本発明のキメラ分子および因子は毒性副作用を有しない。最小限の毒性副作用は当業者によって評価することができる。許容され得る毒性副作用により、レシピエントは、病原体感染を予防または処置に有効であるが、回復不能な傷害または耐えられない傷害をレシピエントに生じさせない処置を受けることができる。好ましくは、レシピエント細胞またはレシピエント生物は、処置が施されることによる有害な毒性副作用を全く示さないか、またはそのような有害な毒性副作用を全く受けずに、病原体感染を十分に処置されるかまたはそれから予防される。
必要に応じて、本発明のキメラ分子または因子は、当業者によって容易に理解されるように、ウイルスの遺伝子発現をアップレギュレーションするように潜伏ウイルスを誘導し、それにより、感染細胞に対するキメラ分子または因子の効果を増強する刺激とともに投与することができる。
本明細書中に記載されるキメラ分子および因子の一部は、病原体感染以外の病気を処置することができること、そして、病原体感染以外のさらなる病気を処置する類似した治療薬が設計され得ることもまた考えられる。本明細書中に記載されているキメラ分子または因子によって、あるいは、類似した治療薬によって処置され得る病気には、例えば、しかし限定されないが、下記のものが含まれる：ガン、例えば、リンパ腫、癌腫および肉腫など；自己免疫疾患、例えば、慢性関節リウマチ、狼瘡、移植拒絶および多発性硬化症など；炎症性障害、例えば、過敏性に関連する障害、またはクローン病（N. Inohara他（2003）、Journal of Biological Chemistry、PMID: 12514169）など：原発性免疫不全疾患；神経障害、例えば、虚血性ニューロン傷害（W. PaschenおよびJ. Doutheil（1999）、J. Cereb. Blood Flow Metab.、19、1〜18）、アルツハイマー病（K. Imaizumi他（2001）、Biochimica et Biophysica Acta、1536、85〜96；T. Kudo他（2002）、Ann. N.Y. Acad. Sci.、977、349〜355）、ハンチントン病およびパーキンソン病など；糖尿病（S. Oyadomari他（2002）、Apoptosis、7、335〜345）；嚢胞性線維症（M. H. GlickmanおよびA. Ciechanover（2002）、Physiol. Rev.、82、373〜428；K. M. Sakamoto（2002）、Molecular Genetics and Metabolism、77、44〜56）；アテローム性動脈硬化（C. PattersonおよびD. Cyr（2002）、Circulation、106、2741〜2746）など。例えば、キメラ分子または因子の検出ドメインにより、アポトーシスシグナル、小胞体ストレスシグナル、炎症応答シグナル、タンパク質凝集、細胞周期制御シグナル、特異的な病気関連分子エピトープ、または上記に記載された病気などの病気に関連する他のシグナルを検出することができる。前記のキメラ分子または因子のエフェクタードメインは前記検出ドメインによって刺激または誘導され、アポトーシス経路、炎症応答経路、未折り畳みタンパク質の応答経路、小胞体結合タンパク質の分解応答経路、ユビキチン−プロテアソーム経路、ストレス応答経路、または他の経路に影響を及ぼし、その結果、病気が遅らされるか、または緩和されるか、または治療されるか、または予防することができる。
本発明のキメラ分子または因子は、病原体、病原体の成分、病原体産物または他の分子を検出するために使用することができる。例えば、しかし限定されないが、カスパーゼエフェクタードメインと、多価の病原体、病原体成分、病原体産物、ガン抗原、他の抗原または他の分子を認識する検出ドメインとを有するキメラ分子を、サンプル中の前記の病原体、病原体成分、病原体産物、ガン抗原、他の抗原または分子を検出するために使用することができる。カスパーゼ活性についての比色アッセイ、蛍光アッセイおよび他のアッセイ（例えば、R&D Systemsから得られるアッセイ）が当業者に周知である。キメラ分子または因子のカスパーゼ活性の増大は、当業者によって容易に理解されるように、前記の病原体、病原体成分、病原体産物、ガン抗原、他の抗原または分子がサンプル中に存在することを示しており、そして、必要に応じて、前記サンプル中における前記の病原体、病原体成分、病原体産物、ガン抗原、他の抗原または分子の濃度を決定するために使用することができる。
必要に応じて、架橋されると活性化されるキナーゼなどの別のエフェクタードメインを、当業者によって容易に理解されるように、適切なアッセイとともに使用することができる。
本発明は、本発明をより具体的に例示する下記の実施例によってさらに例示される。
実施例１：
材料：dsRNA活性化カスパーゼ
ヒトプロカスパーゼ3（NCBIアクセション番号U26943）をコードするプラスミドおよびヒトFADD（番号U24231）のアミノ酸1〜125をコードするプラスミドが、D. M. Spencer（Baylor College of Medicine）によって提供された。ヒトプロテインキナーゼR（番号U50648）をコードするプラスミドが、E. F. Meurs（Insitut Pasteur）によって提供された。哺乳動物発現ベクターpTRE2hyg、HeLa Tet−On（登録商標）ヒト細胞株、ドキシサイクリン、およびテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清をClontechから得た。pCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをInvitrogenから得た。PCRプライマー、LIPOFECTIN（登録商標）試薬、およびPLUS試薬をGibco BRL／Life Technologies／Invitrogenから得た。ヒトカスパーゼ3に特異的なポリクローナルヤギIgG抗体をR&D Systemsから入手し、ヤギIgG（H+L）に特異的なHRP結合ウサギ抗体をZymedから入手した。ヒトFADDに特異的なポリクローナルウサギIgG抗体をUpstate Biotechnologyから入手し、ウサギIgGに特異的なHRP結合ヤギ抗体をSanta Cruz Biotechnologyから入手した。CellTiter96（登録商標）AQueous One SolutionをPromegaから得た。ポリ（I）・ポリ（C）二本鎖RNAをAmersham Pharmaciaから入手した。
dsRNA活性化カスパーゼの合成：PCR産物7
図7には、新規のdsRNA活性化カスパーゼをコードするPCR産物7を合成するための方法を示す。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（S−G−G−G−S−G（配列番号1））および全長カスパーゼ−3とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR1では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜174をコードする領域をPCR増幅するために使用した。PCR2では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからカスパーゼ−3のコード配列をPCR増幅するために使用した。PCR7では、PCR1およびPCR2のゲル精製された生成物と、PCR1からの5’プライマーと、PCR2からの3’プライマーとを、重複伸張（C. W. DieffenbachおよびG. S. Dveksler（編）、PCR Primer: A Laboratory Manual（1995、Cold Spring HarborLaboratory Press、Plainview、NY））によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
dsRNA活性化カスパーゼの合成：PCR産物8
図8には、新規のdsRNA活性化カスパーゼをコードするPCR産物8を合成するための方法を示す。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）を全長カスパーゼ−3とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR3では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜181をコードする領域をPCR増幅するために使用した。PCR6では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからカスパーゼ−3のコード配列をコピーするために使用した。PCR8では、PCR3およびPCR6のゲル精製した生成物と、PCR3からの5’プライマーと、PCR6からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の合成：PCR産物9
図9には、新規のdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子をコードするPCR産物9を合成するための方法を示す。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）を、プロカスパーゼ−8に結合する死滅エフェクタードメイン（DED）を含むFADDのアミノ酸1〜125とインフレームで融合させた。PCR9によってコードされるタンパク質の2コピー以上がdsRNAによって架橋されると、それらは内因性（プロ）カスパーゼ−8を架橋し、活性化する。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR3では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜181をコードする領域をコピーするために使用した。PCR4では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからFADDのアミノ酸1〜125をコードする領域をPCR増幅するために使用した。PCR9では、PCR3およびPCR4のゲル精製した生成物と、PCR3からの5’プライマーと、PCR4からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の合成：PCR産物10
図10には、新規のdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子をコードするPCR産物10を合成するための方法を示す。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（S−G−G−G−S−G（配列番号1））、および、プロカスパーゼ−8に結合する死滅エフェクタードメイン（DED）を含むFADDのアミノ酸1〜125とインフレームで融合させた。PCR10によってコードされるタンパク質の2コピー以上がdsRNAによって架橋されると、それらは内因性（プロ）カスパーゼ−8を架橋し、活性化する。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR1では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜174をコードする領域をPCR増幅するために使用した。PCR5では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからFADDのアミノ酸1〜125をコードする領域をPCR増幅するために使用した。PCR10では、PCR1およびPCR5のゲル精製した生成物と、PCR1からの5’プライマーと、PCR5からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
PCR産物7〜10のクローニング
PCR産物7、PCR産物8、PCR産物9およびPCR産物10をゲル精製して、InvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに製造者のプロトコルに従って挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR産物7〜10を含有する各pCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBamHIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物7〜10に対応するフラグメントをゲル精製した。pTRE2hygベクター（図11に模式的に示す）もまたBamHIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物7〜10を消化したベクターに連結して、PCR7、PCR8、PCR9およびPCR10についての発現ベクターを作製した。これらのベクターは、挿入された遺伝子のためのドキシサイクリンまたはテトラサイクリン誘導性プロモーターに加えて、さらに、トランスフェクションされた細胞を選択するためのハイグロマイシン耐性遺伝子をも含む。Clontechから得たコントロールベクターは、ルシフェラーゼ遺伝子が誘導性プロモーターの後に挿入されている。これらの新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。これらの挿入された遺伝子を有するベクターのすべてを、FspI制限酵素を使用してトランスフェクションのために直鎖状にした。それらを、図11のDNAゲル電気泳動写真に示す。
dsRNA活性化カスパーゼおよびdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子による細胞トランスフェクション
ClontechのTet−On HeLaヒト細胞株は、テトラサイクリンまたはドキシサイクリン誘導性プロモーターが適正に機能するために必要なrtTA調節タンパク質を含有する。細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシン、250ng／mlのアンホテリシンBおよび100μg／mlのG418を含有するDMEM培養培地を使用して維持した。
図12に示すように、PCR7、PCR8、PCR9、PCR10またはルシフェラーゼが挿入されている直鎖状にしたpTRE2hyg由来ベクターをHeLa Tet−On（登録商標）細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、トランスフェクションは、HeLa細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、250μg／mlのハイグロマイシンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策としてこの濃度のハイグロマイシン中で永続的に保った。
それぞれのトランスフェクションにより生じたハイグロマイシン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入されている。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団を単離した。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたりほぼ1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。1個を超える細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視した。得られたクローン細胞の集団を、HeLa 7−x、HeLa 8−x、HeLa 9AxまたはHeLa 10−xとした。この場合、最初の数字は、図7〜図10に由来するどのPCR産物が細胞にトランスフェクションされたかを示し、xは細胞クローン番号で置き換えられる。例えば、細胞株HeLa 7−3は、PCR産物7、細胞クローン3を示す。
トランスフェクションされた細胞におけるタンパク質発現
ウエスタンブロットを、細胞クローンを分析するために使用した。PKR−カスパーゼ−3融合タンパク質（PCR7およびPCR8に由来する）を、R&D Systems製カスパーゼ−3特異的ポリクローナルヤギIgG抗体を使用して検出し、PKR−FADD融合タンパク質（PCR9およびPCR10に由来する）を、Upstate Biotechnology製FADD特異的ポリクローナルウサギIgG抗体を使用して検出した。細胞をドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、製造者のプロトコルに従って、タンパク質を細胞から抽出し、ウエスタンブロットによって分析した。
図13のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−7含有ベクターでトランスフェクションされた細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現するように誘導されたことを示している。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗カスパーゼ−3抗体で細胞抽出物をプローブした。32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3が、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼの発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼは、ほぼ予測されるサイズを有し、かつ、抗体によって認識されるカスパーゼ−3のエピトープを含有していた。
図14のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−8含有ベクターでトランスフェクションされた細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現するように誘導されることを示している。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗カスパーゼ−3抗体で細胞抽出物をプローブした。32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3が、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。細胞クローンの8−9、8−13および8−17について、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼの発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼは、ほぼ予測されるサイズを有し、かつ、抗体によって認識されるカスパーゼ−3のエピトープを含有していた。
図15のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−9含有ベクターでトランスフェクションされた細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子を発現するように誘導されることを示している。細胞を1μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗FADD抗体で細胞抽出物をプローブした。28kDaの天然のFADDが、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、ほぼ予測されるサイズを有し、かつ、抗体によって認識されるFADDのエピトープを含有していた。
図16のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−10含有ベクターでトランスフェクションされた細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子を発現するように誘導されることを示している。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗FADD抗体で細胞抽出物をプローブした。28kDaの天然のFADDが、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、ほぼ予測されるサイズを有し、かつ抗体によって認識されるFADDのエピトープを含有していた。
トランスフェクション細胞におけるドキシサイクリン濃度に依存した発現
図17のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンの濃度により、トランスフェクションされた細胞におけるdsRNA活性化カスパーゼ（またはカスパーゼ活性化因子）発現のレベルが制御されることを明らかにしている。細胞クローン7−6はPCR7を含有し、クローン8−13はPCR8を含有し、クローン10−6はPCR10を含有し、9Aは、クローンのプールであり、PCR9を含むが限界希釈によって個々のクローン集団に分けられていないクローンのプールを含有する。トランスフェクションされていないHeLa細胞をコントロールとして使用した。細胞を、0μg／ml、0.01μg／ml、0.1μg／ml、1μg／mlまたは10μg／mlのドキシサイクリンとともに2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗カスパーゼ−3抗体または抗FADD抗体で細胞抽出物をプローブした。ドキシサイクリン濃度を増大させると、天然のカスパーゼ3またはFADDと比較して、dsRNA活性化カスパーゼ（またはカスパーゼ活性化因子）の発現レベルが一般に増大する。
毒性アッセイ
トランスフェクション遺伝子の毒性を下記のようにアッセイした。細胞を、5x104細胞／mlの初期密度で、ウエルあたり100μlの培地とともに96ウエルプレートに加えた。トランスフェクションされた遺伝子の種々の発現レベルを、0μg／ml、0.01μg／ml、0.1μg／ml、1μg／mlまたは10μg／mlのドキシサイクリンを添加することによって誘導した。細胞数を、生細胞によって着色したホルマザン生成物に生物還元されるPromegaのCellTiter96（登録商標）AQueous One Solutionを使用して3日後に推定した。製造者の推奨されるプロトコルに従った。細胞を含まない培地を含むウエルにおいて見出されるバックグラウンド吸光度を差し引いた後の492nmでの吸光度は、生細胞の数とほぼ比例している。すべてのアッセイを、統計学的変動を小さくするために四連で行った。
図18には、ドキシサイクリンの種々の濃度により誘導された様々なdsRNA活性化カスパーゼ（PCR7）レベルの毒性を示す。すべてのドキシサイクリン濃度において、細胞クローン7−1、7−3、7−4および7−6の代謝は、トランスフェクションされていないHeLa細胞の代謝とほぼ同じであった。このことは、毒性がほとんどないことを示している。
図19には、ドキシサイクリンの種々の濃度により誘導された様々なdsRNA活性化カスパーゼ（PCR8）レベルの毒性を示す。すべてのドキシサイクリン濃度において、細胞クローン8−9、8−13および8−17の代謝は、トランスフェクションされていないHeLa細胞の代謝とほぼ同じであった。このことは、毒性がほとんどないことを示している。
図20には、ドキシサイクリンの種々の濃度により誘導された様々なdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子（PCR9）レベルの毒性を示す。発現レベルが大きい場合、ある程度の毒性があるようである。従って、このdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、より低いレベルで病原体に対して使用することができる。
図21には、ドキシサイクリンの種々の濃度により誘導された様々なdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子（PCR10）レベルの毒性を示す。発現レベルが大きい場合、ある程度の毒性があるようである。従って、このdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、より低いレベルで病原体に対して使用することができる。
dsRNAに依存したアポトーシス
細胞を、アポトーシスが予想通りに誘導されるかどうかを明らかにするために、ポリ（I）・ポリ（C）dsRNAを用いて試験した。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれかで2日間培養した。その後、dsRNAを、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、HeLa細胞をトランスフェクションするためのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従って、約7.5μg／mlの濃度で細胞にトランスフェクションした。コントロール細胞を、同じプロトコルを使用して、いずれのdsRNAをも用いることなくトランスフェクションされた。ドキシサイクリン中で事前に培養した細胞はドキシサイクリン中に残し、ドキシサイクリン中で事前に培養しなかった細胞はドキシサイクリンで処理しなかった。dsRNAトランスフェクションの約20時間後、細胞を、400xの倒立型位相差顕微鏡に取り付けられたCCDカメラを使用して写真撮影した。正常な細胞は、広がる傾向を有し、これに対して、アポトーシス細胞は丸くなり、明るい顆粒化した内部を有するように見えた。
図22における写真には、細胞クローン8−13におけるdsRNA活性化カスパーゼを示す。dsRNAを伴わない細胞は、ドキシサイクリン処理にかかわらず、正常に見えた。ドキシサイクリンを伴わないが、dsRNAを伴う細胞は、一般に正常であるようであり、しかしおそらく、ドキシサイクリンの非存在下でさえもdsRNA活性化カスパーゼの低レベルの発現のためであると考えられるが、アポトーシス細胞が少し含まれた。ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方を伴う細胞は、予想されたように、広範囲に及ぶアポトーシスを示した。
図23における写真には、細胞クローン8−9におけるdsRNA活性化カスパーゼを示す。dsRNAを伴わない細胞は、ドキシサイクリン処理にかかわらず、正常であるように見えた。ドキシサイクリンを伴わないが、dsRNAを伴う細胞は、一般に正常であるようであり、しかしおそらく、ドキシサイクリンの非存在下でさえもdsRNA活性化カスパーゼの低レベルの発現のためであると考えられるが、アポトーシス細胞が少し含まれた。ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方を伴う細胞は、予想されたように、広範囲に及ぶアポトーシスを示した。一方、生き残っている明らかに正常な細胞は、dsRNAが全く与えられていないと考えられる。
図24における写真には、上記に記載したdsRNA活性化カスパーゼトランスフェクション実験に対するコントロールとして使用したトランスフェクションしていないHeLa細胞を示す。細胞はドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、そしてdsRNAの存在下または非存在下のいずれでも、一般に正常であるようであったが、限られた数の丸い細胞またはアポトーシス細胞がこれらの４つの場合のそれぞれにおいて認められた。統計学的に有意であるとも、また有意ではないとも考えることができる細胞の４つの集団の間にはある程度の変動が存在したが、ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方で処理したクローン8−9およびクローン8−13において認められた広範囲に及ぶアポトーシスが、トランスフェクションされていないHeLa細胞に関しては生じなかった。
実施例２：
材料：インターフェロン誘導性防御遺伝子
ヒトHdj−1（NCBIアクセション番号X62421）をコードするプラスミドおよびヒトHsp70（番号M11717、M15432）をコードするプラスミドが、R. I. Morimoto（Northwestern University）よって提供された。ヒトHsp90（番号M16660）をコードするプラスミドが、R. D. Mosser（Biotechnology Research Institute、National Research Council of Canada）によって提供された。ベクターpISRE−LucをStratageneから得た。哺乳動物発現ベクターpCMV／BsdおよびクローニングベクターpCR（登録商標）2.1−TOPOをInvitrogenから得た。PCRプライマー、LIPOFECTIN（登録商標）試薬、およびPLUS試薬をGibco BRL／Life Technologies／Invitrogenから得た。H1−HeLaヒト細胞株（CRL−1958）をATCCから得た。ヒトインターフェロン−αをSigmaから入手した。
インターフェロン誘導性防御遺伝子の合成
図26には、インターフェロン誘導性ベクターをどのようにして、インターフェロン誘導性プロモーターおよびポリA配列をInvitrogenのpCMV／Bsdブラスチシジン耐性ベクターに付加することによって作製したかを示す。新しいインターフェロン誘導性プロモーターとポリA配列との間のマルチクローニング配列は、任意の遺伝子、例えば、熱ショックタンパク質Hdj−1、Hsp70、Hsp90、ルシフェラーゼ（コントロールとして）の遺伝子、または抗病原体作用を有する他の遺伝子などを付加することを可能にする。
図27に示す方法を使用して、SV40のポリA配列を、示したプライマーを用いたPCR11によってpCMV／Bsdからコピーした。PCR11の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR産物11を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをHindIIIおよびKasIの制限酵素によって消化し、PCR産物11に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsdベクター（図27に模式的に示す）もまたHindIIIおよびKasIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。この消化したPCR産物11を消化したベクターに連結して、改変したpCMV／Bsdを作製した。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。
図28に示す方法を使用して、多数のインターフェロン刺激応答エレメント（ISRE）を含有するインターフェロン誘導性プロモーターを、示したプライマーを用いたPCR12によってStratageneのベクターpISRE−Lucからクローン化した。PCR12の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR産物12を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBamHIおよびSalIの制限酵素によって消化し、PCR産物12に対応するフラグメントをゲル精製した。改変されたpCMV／Bsdベクター（図28に模式的に示す）もまたBamHIおよびSalIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物12を消化したベクターに連結して、pCMV／Bsd／ISREベクター（汎用目的のインターフェロン誘導性哺乳動物発現ベクター）を作製した。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。任意の所望する遺伝子をこの新しいインターフェロン誘導性ベクターに挿入し、哺乳動物細胞にトランスフェクションして、インターフェロンにより誘導することができる。
インターフェロン誘導性防御遺伝子の合成：Hdj−1
図29に示す方法を使用して、熱ショックタンパク質Hdj−1の遺伝子を、示したプライマーを用いたPCR13で、提供されたプラスミドからクローン化する。PCRプライマーは、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluIの制限酵素部位を加えるために使用する。PCR13の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入する。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。部位特異的変異誘発を用いて、コードされるアミノ酸を公表されている配列に直す。直したPCR産物13を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物13に対応するフラグメントをゲル精製する。pCMV／Bsd／ISREベクター（図29に模式的に示す）もまたBssHIIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製する。その後、消化したPCR産物13を消化したベクターに連結して、インターフェロン誘導性Hdj−1発現ベクターを作製する。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。
インターフェロン誘導性防御遺伝子の合成：Hsp70
図30に示す方法を使用して、熱ショックタンパク質Hsp70の遺伝子を、示したプライマーを用いたPCR14で、提供されたプラスミドからクローン化する。PCRプライマーは、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluIの制限酵素部位を加えるために使用する。PCR14の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入する。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。部位特異的変異誘発を用いて、コードされるアミノ酸を公表されている配列に直す。直したPCR産物14を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物14に対応するフラグメントをゲル精製する。pCMV／Bsd／ISREベクター（図30に模式的に示す）もまたBssHIIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製する。その後、消化したPCR産物14を消化したベクターに連結して、インターフェロン誘導性Hsp70発現ベクターを作製する。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。
インターフェロン誘導性防御遺伝子の合成：Hsp90
図31に示す方法を使用して、熱ショックタンパク質Hsp90の遺伝子を、示したプライマーを用いたPCR15で、提供されたプラスミドからクローン化する。PCRプライマーは、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluIの制限酵素部位を加えるために使用する。PCR15の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入する。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。部位特異的変異誘発を用いて、コードされるアミノ酸を公表されている配列に直す。直したPCR産物15を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物15に対応するフラグメントをゲル精製する。pCMV／Bsd／ISREベクター（図31に模式的に示す）もまたBssHIIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製する。その後、消化したPCR産物15を消化したベクターに連結して、インターフェロン誘導性Hsp90発現ベクターを作製する。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定する。
インターフェロン誘導性防御遺伝子の合成：コントロール遺伝子
図32に示す方法を使用して、ルシフェラーゼの遺伝子を、示したプライマーを用いたPCR16でpISRE−Lucからクローン化された。PCRプライマーは、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluIの制限酵素部位を加えるために使用した。PCR16の生成物をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR産物16を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物16に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクター（図32に模式的に示す）もまたBssHIIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物16を消化したベクターに連結して、インターフェロン誘導性ルシフェラーゼ発現ベクターを作製した。この新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。
インターフェロン誘導性防御遺伝子のDNAゲル電気泳動分析
図33のDNA電気泳動ゲル写真は、PCR11〜PCR16の生成物を示す。PCR11はポリA配列であり、PCR12はISRE含有インターフェロン誘導性プロモーターであり、PCR13はHdj−1であり、PCR14はHsp70であり、PCR15はHsp90であり、PCR16はルシフェラーゼである。
図34のDNA電気泳動ゲル写真は、インターフェロン誘導のベクターおよび遺伝子を示す。ゲルの2番目のレーンは、遺伝子が挿入されてない完成したインターフェロン誘導性ベクターpCMV／Bsd／ISREである。レーン3は、Hsp90が挿入されている同じベクターであり、レーン4は、ルシフェラーゼが挿入されている同じベクターである。これらのレーンのベクターは、分析を容易にするために、BssHIIおよびMluIの制限酵素で消化されている。右端の２つのレーンは、分析を容易にするためにEcoRIで消化したInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入したHdj−1遺伝子およびHsp70遺伝子である。図29および図30に示す方法を使用して、Hdj−1遺伝子およびHsp70遺伝子をpCMV／Bsd／ISREに挿入する。
インターフェロン誘導性防御遺伝子による細胞のトランスフェクション
H1−HeLa細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシンおよび250ng／mlのアンホテリシンBを含有するDMEM培養培地を使用して維持する。
Hdj−1、Hsp70、Hsp90およびルシフェラーゼについてのインターフェロン誘導性発現ベクターを直鎖状にし、H1−HeLa細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、トランスフェクションは、HeLa細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従う。トランスフェクションの1日後、ブラスチシジンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策としてブラスチシジンにおいて永続的に保たれる。
それぞれのトランスフェクションにより生じたブラスチシジン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入されている。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団が単離される。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたりほぼ1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。1個を超える細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視される。
トランスフェクションされた細胞におけるインターフェロン誘導性防御遺伝子のタンパク質発現
ウエスタンブロットを、細胞クローンを分析するために使用する。細胞をヒトインターフェロン−αの存在下または非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、タンパク質を細胞から抽出し、ヒトHdj−1、ヒトHsp70またはヒトHsp90に特異的な抗体を用いたウエスタンブロットによって分析する。インターフェロンにより誘導された細胞は、細胞にトランスフェクションされた熱ショックタンパク質を、誘導されなかったH1−HeLa細胞またはコントロールのトランスフェクションしていないH1−HeLa細胞よりも多く発現する。
実施例３：
dsRNA活性化カスパーゼはH1−HeLa細胞をライノウイルスから保護する
材料および方法
H1−HeLa細胞（ATCC CRL−1958）を、ライノウイルスに対するその特有の感受性によって選択した。細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシンおよび250ng／mlのアンホテリシンBを含有するDMEM培養培地を使用して維持した。ベクターpTetOnは、テトラサイクリンまたはドキシサイクリン誘導性プロモーターが適正に機能するために必要なrtTA調節タンパク質をコードする。これを、BD Biosciences Clontechから入手し、そして製造者の説明書に従って調製および直鎖状にした。
H1−HeLa細胞を、直鎖状にしたpTetOnおよび直鎖状にしたPCR8含有pTRE2hyg由来ベクターのそれぞれ5μgで同時トランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、トランスフェクションは、HeLa細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、600μg／mlのG418および400μg／mlのハイグロマイシンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策として800μg／mlのG418および400μg／mlのハイグロマイシン中に維持した。得られたトランスフェクション細胞は8Sまたは8同時とした。
結果および考察
図37のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、8S細胞が、dsRNA活性化カスパーゼを発現するように誘導されたことを明らかにしている。トランスフェクションされていないH1−HeLa細胞をドキシサイクリンの非存在下で2日間培養し、8S細胞を、0μg／ml、1μg／mlまたは10μg／mlのドキシサイクリンとともに2日間培養した。その後、ウエスタンブロットを用いて、抗カスパーゼ−3抗体で細胞抽出物をプローブした。32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3が、トランスフェクションまたはドキシサイクリンに関わらず、すべての細胞において認められた。8S細胞の場合、1μg／mlまたは10μg／mlのドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼの発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼは、ほぼ予測されるサイズを有し（図37、53kDaの新しいタンパク質として標識された）、かつ、抗体によって認識されるカスパーゼ−3のエピトープを含有していた。
ウイルスに対するdsRNA活性化カスパーゼの有効性を明らかにするために、図38に示すように、細胞にヒトライノウイルス14（ATCC VR−284）を感染させた。ストックのライノウイルス濃度を限界希釈および非トランスフェクションH1−HeLa細胞でのプラークアッセイによって決定した。ドキシサイクリンを伴わないコントロールのトランスフェクションしていないH1−HeLa細胞、および10μg／mlのドキシサイクリンにより誘導された8S H1−HeLa細胞を25cm2組織培養フラスコで増殖させた。約300プラーク形成単位（pfu）のウイルスをトランスフェクションしていない細胞またはトランスフェクション細胞のフラスコに加えられ、その一方で、他のフラスコはコントロールとして非感染のままとした。33℃で7日間インキュベーションした後、ライノウイルスにさらされたすべてのトランスフェクションされていない細胞集団は完全に死んでおり、そのフラスコ表面から剥離していた（図38、下段左側パネル）。対照的に、ライノウイルスにさらされたトランスフェクション8S H1−HeLa細胞は生存して付着しており、コンフルエントであった。細胞は感染の徴候を全く示さなかった（図38、下段右側パネル）。ライノウイルスにさらされなかったトランスフェクションされていない細胞およびトランスフェクション細胞はともに、これらもまたコンフルエントで、正常であった（図38、それぞれ上段の左側パネルおよび右側パネル）。従って、dsRNA活性化カスパーゼは、HeLa細胞をウイルス感染から首尾よく保護し、毒性をほとんど有していない。様々なフラスコの間での細胞密度の違いは、最初の細胞播種密度が異なるためであった。従って、フラスコ間の細胞密度の違いはdsRNA活性化カスパーゼと関係がない。
実施例４：
ヒト胚性腎臓293細胞におけるdsRNA活性化カスパーゼ
材料および方法
293TetOn（登録商標）細胞株（BD Biosciences Clontech）は、テトラサイクリンまたはドキシサイクリン誘導性プロモーターが適正に機能するために必要なrtTA調節タンパク質を含んだ。細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシン、250ng／mlのアンホテリシンBおよび100μg／mlのG418を含有するDMEM培養培地を使用して維持した。
PCR7、PCR8、PCR9またはPCR10が挿入されている直鎖状にしたpTRE2hyg由来ベクターを293TetON（登録商標）細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、トランスフェクションは、HeLa細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、100μg／mlのハイグロマイシンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策として100μg／mlのG418および200μg／mlのハイグロマイシン中に維持した。
それぞれのトランスフェクションにより生じたハイグロマイシン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入された。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団を単離した。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたり約1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。1個を超える細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視した。得られたクローン細胞の集団を、293 7−x、293 8−x、293 9−xまたは293 10−xとした。この場合、細胞株名称の後の最初の数字は、どのPCR産物が細胞にトランスフェクションされたかを示し、xは細胞クローン番号で置き換えられる。例えば、細胞株293 7−3は、PCR産物7、細胞クローン3を示す。
ウエスタンブロットを、細胞クローンを分析するために使用した。PKR−カスパーゼ3融合タンパク質（PCR7およびPCR8に由来する）を、R&D Systems製カスパーゼ−3特異的ポリクローナルヤギIgG抗体を使用して検出し、PKR−FADD融合タンパク質（PCR9およびPCR10に由来する）を、Upstate Biotechnology製FADD特異的ポリクローナルウサギIgG抗体を使用して検出した。細胞をドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、製造者のプロトコルに従って、タンパク質を細胞から抽出し、ウエスタンブロットによって分析した。
結果および考察
図39のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−7含有ベクターまたはPCR−8含有ベクターでトランスフェクションされた293細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現するように誘導されることを明らかにしている。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗カスパーゼ−3抗体で細胞抽出物をプローブした。32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3が、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼの発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼは、ほぼ予測されるサイズを有し（図39、53kDaの新しいタンパク質として標識された）、かつ、抗体によって認識されるカスパーゼ−3のエピトープを含有していた。
図40のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−9含有ベクターでトランスフェクションされた293細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子を発現するように誘導されたことを明らかにしている。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗FADD抗体で細胞抽出物をプローブした。28kDaの天然のFADDが、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、ほぼ予測されるサイズを有し（図40、41kDaの新しいタンパク質として標識された）、かつ、抗体によって認識されるFADDのエピトープを含有していた。
図41のウエスタンブロットは、ドキシサイクリンにより、PCR−10含有ベクターでトランスフェクションされた293細胞が、対応するdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子を発現するように誘導されたことを明らかにしている。細胞を10μg／mlのドキシサイクリンの存在下またはドキシサイクリン非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、ウエスタンブロットを用いて、抗FADD抗体で細胞抽出物をプローブした。28kDaの天然のFADDが、ドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれでも、すべての細胞において認められた。示したそれぞれの細胞クローンについて、ドキシサイクリンにより、dsRNA活性化カスパーゼ活性化因子の発現がアップレギュレーションされ、この発現されたdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子は、ほぼ予測されるサイズを有し（図41、41kDaの新しいタンパク質として標識された）、かつ、抗体によって認識されるFADDのエピトープを含有していた。
本実施例は、293細胞を、PCR7、PCR8、PCR9またはPCR10を発現させるように2日間誘導することができることを明らかにし、そして、対応するタンパク質が、未感染の細胞に対して、限定された毒性を有するか、または毒性を全く有しないことを示している。
実施例５：
他の病原体により活性化されたアポトーシスの処置
材料および方法
ヒトプロカスパーゼ3（NCBIアクセション番号U26943）をコードするプラスミドが、D. M. Spencer（Baylor College of Medicin）によって提供された。ヒトプロテインキナーゼR（番号U50648）をコードするプラスミドが、E. F. Meurs（Institut Pasteur）から得られた。ヒトRNase L（番号CAA52920）をコードするプラスミドが、R. Silverman（Cleveland Clinic Foundation）によって提供された。ヒトApaf−1（番号NM_013229、NM_001160）をコードするプラスミドが、Y. Shi（Princeton University）によって贈与された。ヒトBPI（番号NM_001725）をコードするプラスミドが、L. J. Beamer（University of Missouri−Columbia）によって提供された。哺乳動物発現ベクターpTRE2hyg、293Tet−On（登録商標）ヒト細胞株、ドキシサイクリン、およびテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清をBD Biosciences Clontechから得た。pCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをInvitrogenから得た。PCRプライマー、Lipofectamine（登録商標）2000試薬、LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬をGibco BRL／Life Technologies／Invitrogenから得た。ヒトカスパーゼ3に特異的なポリクローナルヤギIgG抗体をR&D Systemsから得た。ヒトBPIに特異的なポリクローナルウサギ抗体をCell Sciences, Incから得た。ヒトApaf−1に特異的な抗体をExalpha Biologicals（ポリクローナルウサギIgG）およびSanta Cruz Biotechnology（ポリクローナルヤギIgG）から得た。二次抗ヤギ抗体および抗ウサギ抗体をSanta Cruz BiotechnologyおよびZymedから得た。
結果および考察
図42には、新規の病原体活性化カスパーゼ活性化因子をコードするPCR産物25の合成法を示す。2',5’−オリゴアデニレートが、dsRNAなどの病原体成分に応答して細胞内で産生される。RNase L由来の2',5’−オリゴアデニレート結合ドメイン（アミノ酸1〜335）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S−G−G−G−S−G（配列番号1））、および、プロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ動員ドメイン（CARD）を含むApaf−1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR21では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからRNase Lのアミノ酸1〜335をコードする領域をコピーするために使用した。PCR22では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからApf−1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーするために使用した。PCR25では、PCR21およびPCR22のゲル精製した生成物と、PCR21からの5’プライマーと、PCR22からの3’プライマーとを、重複伸張（C. W. DieffenbachおよびG. S. Dveksler（編）、PCR Primer: A Laboratory Manual（1995）、Cold Spring HarborLaboratory Press、Plainview、NY）によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
図43には、新規の病原体活性化カスパーゼ活性化因子をコードするPCR産物26の合成法を示す。リポ多糖（LPS）は、細菌などの病原体の成分である。BPI由来のLPS結合ドメイン（アミノ酸1〜199）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S−G−G−G−S−G（配列番号1））、および、プロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ動員ドメイン（CARD）を含むApaf−1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR23では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからBPIのアミノ酸1〜199をコードする領域をコピーするために使用した。PCR22では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからApf−1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーするために使用した。PCR26では、PCR22およびPCR23のゲル精製した生成物と、PCR23からの5’プライマーと、PCR22からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
図44には、新規のdsRNA活性化カスパーゼ活性化因子をコードするPCR産物27の合成法を示す。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）を、プロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ動員ドメイン（CARD）を含むApaf−1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。PCR27によってコードされるタンパク質の2コピー以上がdsRNAによって架橋されると、それらは内因性の（プロ）カスパーゼ9を架橋し、活性化する。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR3では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜181をコードする領域をコピーするために使用した。PCR24では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからApf−1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーするために使用した。PCR27では、PCR3およびPCR24のゲル精製した生成物と、PCR3からの5’プライマーと、PCR24からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
図45には、新規の病原体活性化カスパーゼをコードするPCR産物28の合成法を示す。2',5’−オリゴアデニレートが、dsRNAなどの病原体成分に応答して細胞内で産生される。RNase L由来の2',5’−オリゴアデニレート結合ドメイン（アミノ酸1〜335）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S−G−G−G−S−G（配列番号1））および全長カスパーゼ3とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR21では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからRNase Lのアミノ酸1〜335をコードする領域をコピーするために使用した。PCR2では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからカスパーゼ3のコード配列をコピーするために使用した。PCR28では、PCR21およびPCR2のゲル精製した生成物と、PCR21からの5’プライマーと、PCR2からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
図46には、新規の病原体活性化カスパーゼをコードするPCR産物29の合成法を示す。リポ多糖（LPS）は、細菌などの病原体の成分である。BPI由来のLPS結合ドメイン（アミノ酸1〜199）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S−G−G−G−S−G（配列番号1））および全長カスパーゼ3とインフレームで融合させた。Kozak配列および停止コドンを、示すように含めた。BamHIおよびMluIの制限部位を、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするために両端に含めた。PCR23では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからBPIのアミノ酸1〜199をコードする領域をコピーするために使用した。PCR2では、示した5’および3’のPCRプライマーを、提供されたプラスミドからカスパーゼ3のコード配列をコピーするために使用した。PCR29では、PCR23およびPCR2のゲル精製した生成物と、PCR23からの5’プライマーと、PCR2からの3’プライマーとを、重複伸張によるスプライシングにより所望の生成物を作製するために使用した。
PCR産物25、PCR産物26、PCR産物27、PCR産物28およびPCR産物29をゲル精製して、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、フィラデルフィア子供病院（Children's Hospital of Philadelphia）で核酸／タンパク質研究中央施設（Nucleic Acid／Protein Research Core Facility）によって両方の鎖について配列決定した。PCR産物25〜29を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBamHIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物25〜29に対応するフラグメントをゲル精製した。pTRE2hygベクター（図47に模式的に示す）もまたBamHIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物25〜29を消化したベクターに連結して、PCR25、PCR26、PCR27、PCR28およびPCR29についての発現ベクターを作製した。これらのベクターは、挿入された遺伝子のためのドキシサイクリンまたはテトラサイクリン誘導性プロモーターに加えて、さらに、トランスフェクションされた細胞を選択するためのハイグロマイシン耐性遺伝子をも含む。これらの新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。挿入された遺伝子を有するベクターのすべてを、FspI制限酵素を使用してトランスフェクションのために直鎖状にした。それらを、図47のDNAゲル電気泳動写真に示す。
293TetOn（登録商標）ヒト細胞株は、テトラサイクリンまたはドキシサイクリン誘導性プロモーターが適正に機能するために必要なrtTA調節タンパク質を含有する。細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシン、250ng／mlのアンホテリシンBおよび100μg／mlのG418を含有するDMEM培養培地を使用して維持した。
PCR25、PCR26、PCR27、PCR28またはPCR29が挿入されている直鎖状にしたpTRE2hyg由来ベクターを293TetOn（登録商標）細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製Lipofectamine（登録商標）2000試薬を使用し、トランスフェクションは、293細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、200μg／mlのハイグロマイシンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策としてこの濃度のハイグロマイシン中で永続的に保った。
それぞれのトランスフェクションにより生じたハイグロマイシン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入されている。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団を単離した。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたり約1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。2個以上の細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視した。得られたクローン細胞の集団を、293 25−x、293 26−x、293 27−x、293 28−xまたは293 29−xとした。この場合、細胞株名称の後の最初の数字は、図42〜図46に由来するどのPCR産物が細胞にトランスフェクションされたかを示し、xは細胞クローン番号で置き換えられる。例えば、細胞株293 25−3は、PCR産物25、細胞クローン3を示す。
ウエスタンブロットを、細胞クローンを分析するために使用した。上記の材料および方法の節に示した抗体を、カスパーゼ3、Apaf−1および／またはBPIの領域を含有する融合タンパク質を検出するために使用した。細胞をドキシサイクリンの存在下または非存在下のいずれかで2日間培養し、その後、製造者のプロトコルに従って、タンパク質を細胞から抽出し、ウエスタンブロットによって分析した。
実施例６
熱ショックタンパク質、導入阻害剤またはdsRNaseを伴う抗病原体処置
ヒトのインポーチンα1（NCBIアクセション番号NM_002266）、インポーチンα4（番号NM_002267）およびインポーチンα6（番号NM_002269）をコードする各プラスミドは、B. R. Cullen（Duke University）によって提供された。大腸菌（E. coli）RNase III（番号NP_417062、NC_000913）をコードするプラスミドは、A. W. Nicholson（Wayne State University）から提供された。ヒトパピローマウイルス16（HPV−16）E5タンパク質（番号W5WLHS）をコードするプラスミドはD. J. McCance（University of Rochester）によって提供された。Salmonella enterica SpiCタンパク質（番号U51927）をコードするプラスミドはE. A. Groisman（Washington University、St. Louis）によって提供された。ヘムアグルチニン（HA）エピトープに特異的なラットIgG1モノクローナル抗体はRocheから得た。ヒトHdj−1（これはまたHsp40としても知られている）およびヒトHsp70に特異的なモノクローナルマウス抗体はStressgenから入手した。ヒトHsp90に特異的なラット抗体はCalbiochemから得た。二次抗マウス抗体および抗ラット抗体はSanta Cruz BiotechnologyおよびZymedから得た。
図52には、短縮型インポーチンα1遺伝子の合成法、および、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／α1を作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。インポーチンα1のアミノ酸100〜529をコードする領域を、示した3’PCRプライマーおよび最初の5’プライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。得られたPCR産物をゲル精製し、同じ3’プライマーおよび第2の5’プライマーを用いたその次のPCRに使用した。この最後のPCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのSalIおよびMluIの制限部位、翻訳のためのKozak配列および停止コドン、そして免疫アッセイによる検出のためのHAエピトープを含む。この最後のPCR産物は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているインポーチンα1の短縮型をコードする。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをSalIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたSalIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α1を作製した。
図53は、PCR産物30を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α1とを使用して行った。得られたPCR産物30は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物30は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているが、HAエピトープを含むインポーチンα1の短縮型をコードする。
図54には、短縮型インポーチンα4遺伝子の合成法、および、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／α4を作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。インポーチンα4のアミノ酸95〜521をコードする領域を、示した3’PCRプライマーおよび最初の5’プライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。得られたPCR産物をゲル精製し、同じ3’プライマーおよび第2の5’プライマーを用いたその次のPCRに使用した。この最後のPCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのBssHIIおよびHindIIIの制限部位、翻訳のためのKozak配列および停止コドン、そして免疫アッセイによる検出のためのHAエピトープを含む。この最後のPCR産物は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているインポーチンα4の短縮型をコードする。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびHindIIIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたBssHIIおよびHindIIIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α4を作製した。
図55は、PCR産物31を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α4とを使用して行った。得られたPCR産物31は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのMluIおよびNotIの制限部位を有する。PCR産物31は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているが、HAエピトープを含むインポーチンα4の短縮型をコードする。
図56には、短縮型インポーチンα6遺伝子の合成法、および、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／α6を作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。インポーチンα1のアミノ酸104〜536をコードする領域を、示した3’PCRプライマーおよび最初の5’プライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。得られたPCR産物をゲル精製し、同じ3’プライマーおよび第2の5’プライマーを用いたその次のPCRに使用した。この最後のPCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのBssHIIおよびHindIIIの制限部位、翻訳のためのKozak配列および停止コドン、そして免疫アッセイによる検出のためのHAエピトープを含む。この最後のPCR産物は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているインポーチンα6の短縮型をコードする。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびHindIIIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたBssHIIおよびHindIIIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α6を作製した。
図57は、PCR産物32を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／α6とを使用して行った。得られたPCR産物32は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物32は、インポーチンβ結合ドメインを欠失しているが、HAエピトープを含むインポーチンα6の短縮型をコードする。
図58には、HAエピトープを伴う大腸菌RNase IIIをコードする遺伝子の作製、および、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／RNase IIIを作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへのその後のその挿入を示す。全長RNase IIIをコードする領域を、示した3’PCRプライマーおよび最初の5’プライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。得られたPCR産物をゲル精製し、同じ3’プライマーおよび第2の5’プライマーを用いたその次のPCRに使用した。この最後のPCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのSalIおよびMluIの制限部位、翻訳のためのKozak配列および停止コドン、そして免疫アッセイによる検出のためのHAエピトープを含む。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをSalIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたSalIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／RNase IIIを作製した。
図59は、PCR産物33を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／RNase IIIとを使用して行った。得られたPCR産物33は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物33は、HAエピトープを伴う大腸菌RNase IIIをコードする。
図60は、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／E5を作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへの、HPV−16のE5タンパク質をコードする遺伝子の挿入の概略図である。全長RNase IIIをコードする領域を、示した5’PCRプライマーおよび3’PCRプライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。PCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのBssHIIおよびHindIIIの制限部位、そして翻訳のためのKozak配列および停止コドンを含む。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBssHIIおよびHindIIIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたBssHIIおよびHindIIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／E5を作製した。
図61は、PCR産物34を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／E5とを使用して行った。得られたPCR産物34は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物34はHPV−16のE5タンパク質をコードする。
図62には、HAエピトープを有するサルモネラSpiCタンパク質をコードする遺伝子の合成法、および、新しいベクターpCMV／Bsd／ISRE／SpiCを作製するための、上記に記載されるpCMV／Bsd／ISREベクターへのその後のその挿入を示す。全長SpiCをコードする領域を、示した3’PCRプライマーおよび最初の5’プライマーを用いたPCRを使用して、提供されたプラスミドからクローン化した。得られたPCR産物をゲル精製し、同じ3’プライマーおよび第2の5’プライマーを用いた次のPCRに使用した。この最後のPCR産物は、ベクターへの挿入を容易にするためのSalIおよびMluIの制限部位、翻訳のためのKozak配列および停止コドン、そして免疫アッセイによる検出のためのHAエピトープを含む。このPCR産物をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。PCR挿入物を含有するpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをSalIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pCMV／Bsd／ISREベクターもまたSalIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、発現ベクターpCMV／Bsd／ISRE／SpiCを作製した。
図63は、PCR産物35を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／SpiCとを使用して行った。得られたPCR産物35は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物35は、HAエピトープを有するサルモネラSpiCタンパク質をコードする。
図64は、PCR産物36を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／Hdj1とを使用して行った。得られたPCR産物36は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。PCR産物36はヒトHdj−1（これはまたHsp40としても知られている）をコードする。
図65は、PCR産物37を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／Hsp70とを使用して行った。得られたPCR産物37は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluIの制限部位を有する。得られたPCR産物37はヒトHsp70をコードする。
図66は、PCR産物38を得るための概略図である。PCRを、示したPCRプライマーと、ベクターpCMV／Bsd／ISRE／Hsp90とを使用して行った。得られたPCR産物38は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのMluIおよびNotIの制限部位を有する。PCR産物38はヒトHsp90をコードする。
PCR産物30、PCR産物31、PCR産物32、PCR産物33、PCR産物34、PCR産物35、PCR産物36、PCR産物37およびPCR産物38をゲル精製し、製造者のプロトコルに従ってInvitrogenのpCR（登録商標）2.1−TOPOベクターに挿入した。挿入物を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。
PCR産物30、PCR産物32、PCR産物33、PCR産物34、PCR産物35、PCR産物36およびPCR産物37を含有する各pCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをBamHIおよびMluIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pTRE2hygベクターもまたBamHIおよびMluIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、これらの消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、PCR30、PCR32、PCR33、PCR34、PCR35、PCR36およびPCR37についての発現ベクターを作製した。
PCR産物31およびPCR産物38を含有する各pCR（登録商標）2.1−TOPOベクターをMluIおよびNotIの制限酵素によって消化し、PCR産物に対応するフラグメントをゲル精製した。pTRE2hygベクターもまたMluIおよびNotIによって消化し、得られた大きい方のフラグメントをゲル精製した。その後、これらの消化したPCR産物を消化したベクターに連結して、PCR31およびPCR38についての発現ベクターを作製した。
これらの発現ベクターは、挿入された遺伝子のためのドキシサイクリンまたはテトラサイクリン誘導性プロモーターに加えて、さらに、トランスフェクションされた細胞を選択するためのハイグロマイシン耐性遺伝子をも含む。これらの新しいベクターの挿入された領域を、Children's Hospital of PhiladelphiaでNucleic Acid／Protein Research Core Facilityによって両方の鎖について配列決定した。挿入された遺伝子を有するベクターのすべて（PCR37を有するベクターを除く、これはApaIで直鎖状にした）を、FspI制限酵素を使用してトランスフェクションのために直鎖状にし、ザイモ・リサーチ・DNA・クリーン・アンド・コンセントレーション（Zymo Research DNA Clean & Concentrator）キットを用いて精製した。調製したこれらのベクターを、図67のDNAゲル電気泳動写真に示す。
293TetOn（登録商標）ヒト細胞株は、テトラサイクリンまたはドキシサイクリン誘導性プロモーターが適正に機能するために必要なrtTA調節タンパク質を含有する。細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のテトラサイクリン非含有ウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシン、250ng／mlのアンホテリシンBおよび100μg／mlのG418を含有するDMEM培養培地を使用して維持した。
PCR30、PCR31、PCR32、PCR33、PCR34、PCR35、PCR36、PCR37またはPCR38が挿入されている直鎖状にしたpTRE2hyg由来ベクターを293TetOn（登録商標）細胞にトランスフェクションされた。トランスフェクションでは、Invitrogen製Lipofectamine（登録商標）2000試薬を使用し、トランスフェクションは、293細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、200μg／mlのハイグロマイシンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策としてこの濃度のハイグロマイシン中で永続的に保った。
これらのトランスフェクションのそれぞれにより得られたハイグロマイシン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入されている。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団を単離した。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたり約1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。2個以上の細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視した。得られたクローン細胞の集団を、293 30−x、293 31−x、293 32−x、293 33−x、293 34−x、293 35−x、293 36−x、293 37−xまたは293 38−xと表わした。この場合、最初の数字は、どのPCR産物が細胞にトランスフェクションされたかを示し、xは細胞クローン番号で置き換えられる。例えば、細胞株293 30−3は、PCR産物30、細胞クローン3を示す。
H1−HeLa細胞を、標準的な組織培養操作、37℃および5％CO2での加湿インキュベーター、そして、10％のウシ胎児血清、100μMの非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、4mMのL−グルタミン、100ユニット／mlのペニシリンG、100μg／mlのストレプトマイシンおよび250ng／mlのアンホテリシンBを含有するDMEM培養培地を使用して維持した。
pCMV／Bsd／ISREに由来するこれらの新しい発現ベクターをApaI制限酵素で直鎖状にし、Zymo Research DNA Clean & Concentratorキットを用いて精製し、H1−HeLa細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションでは、Invitrogen製LIPOFECTIN（登録商標）試薬およびPLUS試薬を使用し、トランスフェクションは、HeLa細胞についてのInvitrogenにより推奨されるプロトコルに従った。トランスフェクションの1日後、4μg／mlのブラスチシジンを、ベクターで安定にトランスフェクションされていない細胞を殺すために細胞培養培地に添加し、その後、細胞を、トランスフェクションされた遺伝子を細胞が喪失する可能性に対する予防策としてブラスチシジン中で永続的に保った。
これらのトランスフェクションのそれぞれにより得られたブラスチシジン耐性細胞のプールはおそらくは遺伝子的に不均一であり、細胞毎に挿入されたベクターのコピー数が異なるか、またはベクターが細胞ゲノムの異なる領域に挿入されている。従って、遺伝子的に均一なクローン細胞の集団を単離した。トランスフェクションした細胞のプールの限界希釈物を使用して、96ウエルプレートにウエルあたり約1個の細胞を置き、細胞を増殖させた。2個以上の細胞を最初に受けたと考えられるウエルは無視した。
実施例７
インビトロまたはインビボで細胞に形質導入することができる抗病原体タンパク質の産生および試験
材料
ベクターpET100／D−TOPO（登録商標）、大腸菌株BL21（DE）pLysS、抗Xpress（登録商標）抗体を伴うNi−NTA精製キット、EKMax（登録商標）エンテロキナーゼ、およびEK−Away（登録商標）樹脂をInvitrogenから得た。ベクターpCMV.IRES.AEQはD. Button（Stanford University）によって提供された。ベクターpEGFP−IRES−puroはClontechから入手する。
方法
図68には、タンパク質形質導入ドメインまたはタグを含有する試験タンパク質を産生する方法を模式的に示す。タグは、HIV TAT（S. R. Schwarze、K. A. HruskaおよびS. F. Dowdy（2000）、Trends in Cell Biology、10、290〜295）、PTD−4（A. Ho他（2001）、Cancer Research、61、474〜477）、アルギニンリッチ配列（P. A. Wender他（2002）、Proc. Natl. Acad. Sci.、97、13003〜13008；J. B. Rothbard他（2002）、J. Med. Chem.、45、3612〜3618）、あるいは、インビトロまたはインビボでの取り込みおよび／または細胞への標的化を容易にする任意の他のアミノ酸配列に由来する示されたアミノ酸配列のいずれかなどのアミノ酸配列を有することができる。コードされる試験タンパク質は抗病原体作用を有することができ、あるいは任意の他のタンパク質またはアミノ酸配列であってもよい。PTD配列を、試験タンパク質のいずれかの末端に、または試験タンパク質の内部にインフレームで融合させる。融合させたPTDと試験タンパク質をコードするDNA配列を発現ベクターに挿入する。例示するベクターは原核生物用ベクターであるが、酵母、昆虫細胞、哺乳動物細胞用の発現ベクター、インビトロでの転写および翻訳のためのシステム、または他のタンパク質発現システムを使用することができる。任意の好適な原核生物発現ベクターを使用することができる。例示するものはInvitrogenのpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターであり、これは、タンパク質精製のための6個のヒスチジンのタグ、免疫アッセイのためのXpress（登録商標）エピトープ、および切断のためのエンテロキナーゼ部位をコードする。
発現ベクターを、当業者によって理解されるように、好適な発現システム（例示するものは、大腸菌株BL21（DE）pLysSである）に形質転換する。およそ約6時間〜24時間の後、タグ化された発現タンパク質を、InvitrogenのNi−NTA精製キットを使用して、そして、製造者の説明書、またはM. Becker−Hapak、S. S. McAllisterおよびS. F. Dowdy（2001）、Methods、24、247〜256におけるプロトコルのいずれかに従って発現システムから集める。変性させたタンパク質産物または可溶性タンパク質産物のいずれかについてのプロトコルに従うことができる。望ましい場合は、InvitrogenのEKMax（登録商標）エンテロキナーゼおよびEK−Away（登録商標）樹脂が、6ヒスチジンタグおよびXpress（登録商標）タグを除き、タンパク質を再精製するため、製造者の説明書に従って使用する。
図69には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させたエクオリンをコードするDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびベクターpCMV.IRES.AEQを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびベクターpCMV.IRES.AEQを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびベクターpCMV.IRES.AEQを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびベクターpCMV.IRES.AEQを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。形質導入可能なエクオリンを用いて、タンパク質形質導入タグの相対的な効率を評価する。
図70には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた強化型緑色蛍光タンパク質（EGFP）をコードするDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびベクターpEGFP−IRES−puroを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびベクターpEGFP−IRES−puroを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびベクターpEGFP−IRES−puroを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入される。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびベクターpEGFP−IRES−puroを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。形質導入可能なEGFPを用いて、タンパク質形質導入タグの相対的な効率を評価する。
図71には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物7またはPCR産物8に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物7もしくはPCR産物8、またはPCR産物7もしくはPCR産物8のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物7もしくはPCR産物8、またはPCR産物7もしくはPCR産物8のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物7もしくはPCR産物8、またはPCR産物7もしくはPCR産物8のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物7もしくはPCR産物8、またはPCR産物7もしくはPCR産物8のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図72には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物9またはPCR産物10に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物9もしくはPCR産物10、またはPCR産物9もしくはPCR産物10のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物9もしくはPCR産物10、またはPCR産物9もしくはPCR産物10のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物9もしくはPCR産物10、またはPCR産物9もしくはPCR産物10のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物9もしくはPCR産物10、またはPCR産物9もしくはPCR産物10のいずれかを含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図73には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物25に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含めた。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物25、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物25、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物25、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物25、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図74には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物26に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物26、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物26、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行った。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物26、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物26、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図75には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物27に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物27、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物27、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物27、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物27、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図76には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物28に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物28、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物28、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物28、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物28、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図77には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物29に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物29、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物29、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物29、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物29、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図78には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物30に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物30、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物30、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物30、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物30、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図79には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物31に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物31、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物31、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物31、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物31、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図80には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物32に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物32、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物32、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物32、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物32、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図81には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物33に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物33、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物33、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物33、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物33、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図82には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物34に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物34、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物34、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物34、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物34、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図83には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物35に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物35、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物35、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物35、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物35、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図84には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物36に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物36、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物36、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物36、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物36、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図85には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物37に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物37、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物37、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物37、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物37、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
図86には、以下のタンパク質形質導入タグのいずれか１つに融合させた、PCR産物38に由来するコード配列を含むDNA配列を得るためのPCRプライマーを示す：TAT、PTD−4、アルギニンリッチ配列Argまたはタンパク質形質導入タグなし。グリシン残基を、得られるアミノ酸配列のその位置での回転を可能にまたはその位置で柔軟にするために、タンパク質形質導入タグの両端に含める。TATタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’TATプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物38、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’TATプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。PTD−4タグの場合は、最初のPCRを、第1の5’PTD−4プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物38、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’PTD−4プライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。Argタグの場合は、最初のPCRを、第1の5’Argプライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物38、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、第2の5’Argプライマーと、3’プライマーとを用いた第2のPCRに使用する。このPCR産物をゲル精製し、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。タンパク質形質導入タグなしの場合は、PCRが、タグをつけないための5’プライマー、3’プライマー、およびゲル精製されたPCR産物38、またはそのPCR産物を含有するベクターを用いて行う。得られたPCR産物をゲル精製して、製造者の説明書に従ってpET100／D−TOPO（登録商標）ベクターに挿入する。pET100／D−TOPO（登録商標）中の挿入物を、配列確認のために両方の鎖について配列決定する。
本明細書中に引用されているすべての参考文献、特許および特許出願の関連する教示はその全体が参考として本明細書中に組み込まれる。
本発明は、その好ましい実施形態を参照して具体的に記載されているが、形態および細部における様々な変化が、添付された請求項によって包含される本発明の範囲から逸脱することなく本発明においてなされ得ることが、当業者によって理解される。
図1は、病原体を検出するための見込みのある細胞性の方法（cellilar method）および病原体に応答する（１つ以上の効果またはエフェクター機能を媒介することによって）ための見込みのある細胞性の方法のいくつかを図示するチャートである。検出方法としては、インターフェロン、二本鎖RNA（dsRNA）、リポ多糖類（LPS）、およびアポトーシスシグナルの検出が挙げられるがこれらに限定されない。抗病原体効果（エフェクター機能）を有する細胞性応答としては、インターフェロン経路からの種々の応答、アポトーシス、熱ショック、ならびに細胞表面上のMHCクラスＩ分子をアップレギュレートすることまたは他の方法により免疫応答、dSRNase活性、エンドソーム機能の阻害、および核局在化シグナルインヒビターを増強または誘導する他のストレス応答が挙げられるがこれらに限定されない。 図2は、ウイルスまたは他の病原体と相互作用する天然の細胞性経路のうちの３つを示す簡略な図である。示したとおり、矢印で終わる線は、刺激するための一般的な傾向を示すが、バーで終わる線は阻害するための一般的傾向を示す。 図3は、インターフェロン経路およびいくつかの病原体がそれを阻害する方法を示す簡略な図である。示したとおり、矢印で終わる線は、刺激するための一般的な傾向を示すが、バーで終わる線は阻害するための一般的傾向を示す。 図4は、アポトーシス経路およびいくつかの病原体がそれを阻害する方法を示す簡略な図である。示したとおり、矢印で終わる線は、刺激するための一般的な傾向を示すが、バーで終わる線は阻害するための一般的傾向を示す。この図は病原体がアポトーシスを阻害して宿主細胞の早期死滅を防止し得るいくつかの方法を図示する。 図5は、熱ショックおよび他のストレス応答に関与する経路、ならびにいくつかの病原体とのその相互作用を示す簡略な図である。示したとおり、矢印で終わる線は、刺激するための一般的な傾向を示すが、バーで終わる線は阻害するための一般的傾向を示す。 インターフェロンおよびアポトーシス経路の一部を組み合わせて、新規のdsRNA活性化カスパーゼまたは病原体に感染した細胞を選択的に殺傷する関連の処置を生じ得る方法を示す図である。PKR由来のドメインのようなdsRNA結合ドメインを有するキメラ（プロ）カスパーゼタンパク質は、感染した細胞を選択的に殺傷する。あるいは、dsRNA（例えば、リビドマイシン）およびカスパーゼ（例えば、APAF-1、またはFADDのカスパーゼ結合領域を模倣することによって）の両方に結合する低分子薬物は、架橋し、それによってdsRNAが存在する場合、内因性カスパーゼを活性化することによって、感染した細胞を選択的に殺傷する。 図7は、ds-RNA活性化カスパーゼの合成のためのポリメラーゼ連鎖反応（PCR）ストラテジーの概要である。PCRを用いてPCR生成物７を生成した。PKR由来のdsRNA-結合ドメイン（アミノ酸1〜174）は、短い可撓性のポリペプチドリンカー（S-G-G-G-S-G（配列番号：１））および全長のカスパーゼ-3とインフレームで融合される。示すように、Kozak配列および終止コドンが含まれる。適切なベクターへの挿入のために、BamHIおよびMluI制限部位はポリヌクレオチド末端で含まれる。 図8は、別の新規のdsRNA活性化カスパーゼであるPCR生成物8を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。PKR由来のdsRNA-結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）は、全長のカスパーゼ-3とインフレームで融合される。示すように、Kozak配列および終止コドンが含まれる。適切なベクターへの挿入のために、BamHIおよびMluI制限部位はポリヌクレオチド末端で含まれる。 図9は、新規のdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターであるPCR生成物9を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。PKR由来のdsRNA-結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）は、プロカスパーゼ-8に結合する死滅エフェクタードメイン（DED）を含むFADDのアミノ酸1〜125とインフレームで融合される。示すように、Kozak配列および終止コドンが含まれる。適切なベクターへの挿入のために、BamHIおよびMluI制限部位はポリヌクレオチド末端で含まれる。 図10は、別の新規のdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターであるPCR生成物10を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。PKR由来のdsRNA-結合ドメイン（アミノ酸1〜174）は、短い可撓性のポリペプチドリンカー（S-G-G-G-S-G（配列番号：１））およびプロカスパーゼ-8に結合する死滅エフェクタードメイン（DED）を含むFADDのアミノ酸1〜125とインフレームで融合される。示すように、Kozak配列および終止コドンが含まれる。ベクターへの容易な挿入のために、BamHIおよびMluI制限部位は末端で含まれる。 図11の左のパネルは、Clontechベクター（pTRE2hyg）の模式図であり、ここへ４つの異なるバージョンのdsRNA活性化カスパーゼ（またはカスパーゼアクチベーター）をコードするPCR生成物7〜10が、BamHIおよびMluI制限部位を用いて挿入される。このベクターは、挿入された遺伝子のためのドキシサイクリン誘導性またはテトラサイクリン誘導性のプロモーター、およびトランスフェクトされた細胞の選択のためのハイグロマイシン耐性遺伝子を含む。Clontechが供給するコントロールベクターは、この誘導性プロモーターの後ろにルシフェラーゼ遺伝子が挿入されている。遺伝子が挿入された全てのベクターを、トランスフェクションの前にFspI制限酵素での消化によって、直鎖状にした。PCR生成物7〜10を含む直鎖状のDNA構築物およびコントロールベクターを、右側のパネルの写真に示すようにアガロースゲル上で電気泳動させた。DNAサイズマーカーは最も左側のレーンである。 図12は、PCR7、8、9、10、またはルシフェラーゼが挿入された直鎖状ベクターを、Clontech Tet-On（登録商標）HeLAヒト細胞株にトランスフェクトした模式図である。この細胞株は、テトラサイクリン誘導性またはドキシサイクリン誘導性のプロモーターの適切な機能化に必要であるrtTA調節タンパク質を含む。遺伝子がトランスフェクトされていない任意の細胞を殺傷するために、このトランスフェクトした細胞を、ハイグロマイシンの存在下で連続的に培養する。得られた細胞は、そのゲノム中にトランスフェクトされた遺伝子を安定に取り込んでおり、ドキシサイクリンに応答してそれを発現する。 図13は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-7含有ベクターでトランスフェクトされた細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現する。トランスフェクトされた細胞のクローン性集団を限界希釈によって単離した。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗カスパーゼ-3抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3は、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができる。示される各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、トランスフェクトされたds-RNA活性化カスパーゼの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼは、ほぼ予想されたサイズを有し、抗体によって認識されるカスパーゼ-3エピトープを含む。 図14は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-8含有ベクターでトランスフェクトされた細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現させる。トランスフェクトされた細胞のクローン性集団を限界希釈によって単離した。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗カスパーゼ-3抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3は、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができる。細胞クローン8-9、8-13、および8-17について、ドキシサイクリンは、トランスフェクトされたds-RNA活性化カスパーゼの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼは、ほぼ予想されたサイズを有し、抗体によって認識されるカスパーゼ-3エピトープを含む。 図15は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-9含有ベクターでトランスフェクトされた細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターを発現させる。トランスフェクトされた細胞のクローン性集団を限界希釈によって単離した。1μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗FADD抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この28kDaの天然のFADDは、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができる。示した各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼアクチベーターの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼアクチベーターは、ほぼ予想されたサイズを有し、抗体によって認識されるFADDエピトープを含む。 図16は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-10含有ベクターでトランスフェクトされた細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターを発現させる。トランスフェクトされた細胞のクローン性集団を限界希釈によって単離した。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗FADD抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この28kDaの天然のFADDは、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができる。示した各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼアクチベーターの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼアクチベーターは、ほぼ予想されたサイズを有し、抗体によって認識されるFADDエピトープを含む。 図17は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンの濃度によって、トランスフェクトされた細胞においてdsRNA活性化カスパーゼ（またはカスパーゼアクチベーター）発現のレベルを制御する。細胞クローン7-6は、PCR7を含み、クローン8-13はPCR8を含み、クローン10-6はPCR10を含み、そして9Aは、PCR9を含むが、限外希釈によって個々のクローン性集団に分離されないクローンのプールである。トランスフェクトされていないHeLa細胞をコントロールとして用いた。細胞を0、0.01、0.1、1、または10μg/mlのドキシサイクリンを用いて2日間培養し、次いでウエスタンブロットを用い、抗カスパーゼ-3抗体または抗FADD抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。ドキシサイクリン濃度の増大に伴い、天然のカスパーゼ3またはFADDと比較してds-RNA活性化カスパーゼ（またはカスパーゼアクチベーター）の発現レベルは一般に増大する。 図18は、アッセイされた種々の濃度のドキシサイクリンによって誘導されたds-RNA活性化カスパーゼ（PCR 7）レベルの毒性を図表化したグラフである。96ウェルプレートに5×104細胞／mlの最初の密度で細胞を添加した。そしてトランスフェクトされた遺伝子の種々の発現レベルを、0、0.01、0.1、1または10μg/mlドキシサイクリンを添加することによって誘導した。生細胞によって代謝されるCellTiter96（登録商標）（Promega）を用いて、3日後に細胞数を評価した。細胞なしのバックグラウンド吸収を差引きした後の492nmでの吸収は生細胞の数とほぼ比例した。全てのアッセイを四連で実施して、統計的なバラツキを減らした。全てのドキシサイクリン濃度で、細胞クローン7-1、7-3、7-4、および7-6の代謝は、トランスフェクトされていないHeLa細胞の代謝とほぼ同じであって、このことは毒性がほとんどないかまたは全くないことを示す。 図19は、アッセイされた種々の濃度のドキシサイクリンによって誘導されたds-RNA活性化カスパーゼ（PCR 8）レベルの毒性を図表化したグラフである。96ウェルプレートに5×104細胞／mlの最初の密度で細胞を添加した。そしてトランスフェクトされた遺伝子の種々の発現レベルを、0、0.01、0.1、1または10μg/mlのドキシサイクリンを添加することによって誘導した。生細胞によって代謝されるCellTiter96（登録商標）（Promega）を用いて、3日後に細胞数を評価した。細胞なしのバックグラウンド吸収を差引きした後の492nmでの吸収は生細胞の数とほぼ比例した。全てのアッセイを四連で実施して、統計的なバラツキを減らした。全てのドキシサイクリン濃度で、細胞クローン8-9、8-13、および8-17の代謝は、トランスフェクトされていないHeLa細胞の代謝とほぼ同じであって、このことは毒性がほとんどないかまたは全くないことを示す。 図20は、アッセイされた種々の濃度のドキシサイクリンによって誘導されたds-RNA活性化カスパーゼアクチベーター（PCR 9）レベルの毒性を図表化したグラフである。96ウェルプレートに5×104細胞／mlの最初の密度で細胞を添加した。そしてトランスフェクトされた遺伝子の種々の発現レベルを、0、0.01、0.1、1または10μg/mlのドキシサイクリンを添加することによって誘導した。生細胞によって代謝されるCellTiter96（登録商標）（Promega）を用いて、3日後に細胞数を評価した。細胞なしのバックグラウンド吸収を差引きした後の492nmでの吸収は生細胞の数とほぼ比例した。全てのアッセイを四連で実施して、統計的なバラツキを減らした。 図21は、アッセイされた種々の濃度のドキシサイクリンによって誘導されたds-RNA活性化カスパーゼアクチベーター（PCR10）レベルの毒性を図表化したグラフである。96ウェルプレートに5×104細胞／mlの最初の密度で細胞を添加した。そしてトランスフェクトされた遺伝子の種々の発現レベルを、0、0.01、0.1、1または10μg/mlのドキシサイクリンを添加することによって誘導した。生細胞によって代謝されるCellTiter96（登録商標）（Promega）を用いて、3日後に細胞数を評価した。細胞なしのバックグラウンド吸収を差引きした後の492nmでの吸収は生細胞の数とほぼ比例した。全てのアッセイを四連で実施して、統計的なバラツキを減らした。 図22は、細胞クローン8-13のdsRNA活性化カスパーゼ活性を示す写真である。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養し、次いで、Invitrogenトランスフェクション試薬LIPOFECTIN（登録商標）およびPLUS試薬を単独で、またはポリ（I）・ポリ（C）合成dsRNAとともにのいずれかを用いて、写真撮影の約20時間前に処理した。健常な細胞は押し広がる傾向があるが、アポトーシス細胞は、丸まって、内部は明るく粒状化されているようである。dsRNAを含まない細胞は、ドキシサイクリン処理にかかわらず、健常であるようである（上の左側および下の左側の写真）。ドキシサイクリンなしだがdsRNAありの細胞は、一般的に健常であるようであるが、いくつかのアポトーシス細胞を含み（上の右側の写真）、これはおそらく、ドキシサイクリンの非存在下でさえもds-RNA活性化カスパーゼの発現が低レベルであることに起因する。ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方を有する細胞は、期待どおり広範なアポトーシスを示す（下の右側の写真）。 図23は、細胞クローン8-9のdsRNA活性化カスパーゼ活性を示す写真である。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養し、次いで、Invitrogenトランスフェクション試薬LIPOFECTIN（登録商標）およびPLUS試薬を単独で、またはポリ（I）・ポリ（C）合成dsRNAとともにのいずれかを用いて、写真撮影の約20時間前に処理した。健常な細胞は押し広がる傾向があるが、アポトーシス細胞は、丸まって、内部は明るく粒状化されているようである。dsRNAを含まない細胞は、ドキシサイクリン処理にかかわらず、健常であるようである（上の左側および下の左側の写真）。ドキシサイクリンなしだがdsRNAありの細胞は、一般的に健常であるようであるが、いくつかのアポトーシス細胞を含み（上の右側の写真）、これはおそらく、ドキシサイクリンの非存在下でさえもds-RNA活性化カスパーゼの発現が低レベルであることに起因する。ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方を有する細胞は、期待どおり広範なアポトーシスを示す（下の右側の写真）。 図24は、dsRNA活性化カスパーゼ構築物でトランスフェクトされていないHeLa細胞（コントロール細胞）を示す写真である。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養し、次いで、Invitrogenトランスフェクション試薬LIPOFECTIN（登録商標）およびPLUS試薬を単独で、またはポリ（I）・ポリ（C）合成dsRNAとともにのいずれかを用いて、写真撮影の約20時間前に処理した。健常な細胞は押し広がる傾向があるが、アポトーシス細胞は、丸まって、内部は明るく粒状化されているようである。ドキシサイクリンの有または無のいずれかの、およびdsRNAあり（上の右側および下の右側の写真）またはdsRNAなしのいずれかの細胞（上の左側および下の左側の写真）は一般的に健常であるようであり、４つ場合それぞれにおいて、見ることができる丸まった細胞またはアポトーシス細胞の数は限られている。ドキシサイクリンおよびdsRNAの両方で処理したクローン8-9および8-13において見ることができた広範なアポトーシスは、トランスフェクトされていないHeLa細胞では生じない。 図25は、感染した細胞に近い未感染の細胞を選択的に保護するインターフェロン誘導性熱ショックタンパク質の図である。インターフェロン誘導性熱ショックタンパク質遺伝子は、遺伝子治療または他の方法を介して細胞に添加され、細胞における病原体複製を阻害することができる、新しい抗病原体防御である。その効果が空間的かつ時間的の両方に局所的であり、感染した細胞に近い細胞でのみ生じるおかげで、副作用は最小限である。 図26は、Invitrogen pCMV／Bsdブラスチシジン耐性ベクターに対してインターフェロン誘導性プロモーターおよびポリA配列を追加することによって作製したインターフェロン誘導性ベクターの図である。新しいインターフェロン誘導性プロモーターとポリA配列との間のマルチクローニング配列によって、任意の遺伝子、例えば、熱ショックタンパク質Hdj-1、Hsp70、Hsp90、ルシフェラーゼ（コントロールとして）の遺伝子、または抗病原体効果を有する他の遺伝子を追加することが可能になる。 図27は、図示されたプライマー（PCR生成物11）を用いるPCRによってpCMV／BsdからコピーされたSV40ポリA配列を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。次いで、PCR生成物11を、示すようにpCMV／Bsd中に挿入して、ベクター中に第二のポリA配列を作製する。 図28は、PCR生成物12を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。複数のインターフェロン刺激応答配列（ISRE）を含有するインターフェロン誘導性プロモーターを、図に示されたPCRプライマーを用いてStratageneベクターpISRE-Lucからクローニングする。PCR生成物12を第二のポリA配列を含有する改変pCMV／Bsd中に挿入して、一般的な目的のインターフェロン誘導性ベクターであるpCMV／Bsd／ISREを得る。任意の所望の遺伝子を、この新しいインターフェロン誘導性ベクター中に挿入することもできる。 図29は、PCR生成物13を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。熱ショックタンパク質Hdj-1の遺伝子（NCBIアクセッション番号X62421）を、PCR13にクローニングして、PCRプライマーを用いて、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluI制限酵素部位を追加する。Hdj-1を含むPCR生成物13を、図28由来のベクター中に挿入して、インターフェロン誘導性Hdj-1発現ベクターを作製する。 図30は、PCR生成物14を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。熱ショックタンパク質Hsp70の遺伝子（NCBIアクセッション番号M11717 M15432）を、PCR14にクローニングして、PCRプライマーを用いて、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluI制限酵素部位を追加する。Hsp70を含むPCR生成物14を、図28由来のベクター中に挿入して、インターフェロン誘導性Hsp70発現ベクターを作製する。 図31は、PCR生成物15を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。熱ショックHsp90の遺伝子（NCBIアクセッション番号M16660）を、PCR15にクローニングして、PCRプライマーを用いて、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluI制限酵素部位を追加する。Hsp90を含むPCR生成物15を、図28由来のベクター中に挿入して、インターフェロン誘導性Hsp90発現ベクターを作製する。 図32は、PCR生成物16を生成するために用いられるPCRストラテジーの概要である。ルシフェラーゼ遺伝子をStratageneベクターpISRE-LucからPCR16中にクローニングして、PCRプライマーを用いて、Kozak配列ならびにBssHIIおよびMluI制限酵素部位を追加する。ルシフェラーゼ遺伝子を含むPCR生成物16を、図28由来のベクター中に挿入して、インターフェロン誘導性ルシフェラーゼ発現ベクターを作製する。 図33は、インターフェロン誘導性熱ショックタンパク質の図、およびアガロースゲルで電気泳動したPCR生成物11〜PCR16の写真である。PCR11はポリA配列であり、PCR12はISRE含有インターフェロン誘導性プロモーターであり、PCR13はHdj-1であり、PCR14はHsp70であり、PCR15はHsp90であり、そしてPCR16はルシフェラーゼである。 図34は、インターフェロン誘導性ベクターおよび遺伝子のDNA電気泳動アガロースゲルの写真である。レーン1は、DNAサイズマーカーである。レーン2は、遺伝子が挿入されていない完全なインターフェロン誘導性ベクターpCMV／Bsd／ISREである。レーン3は、Hsp90が挿入された同じベクターであり、レーン4は、ルシフェラーゼが挿入されたベクターである。これらのレーンのベクターを、解析のために制限酵素BssHIIおよびMluIで消化した。レーン5は、DNAサイズマーカーである。レーン6および7は、それぞれ、解析のためにEcoRIで消化された、Invitrogen TOPOベクター中に挿入されたHdj-1およびHsp70遺伝子である。図29および30中で図示された方法を用いて、Hdj-1およびHsp70遺伝子を、pCMV／Bsd／ISRE中に挿入する。 図35は、左のパネルがインターフェロン誘導性熱ショックタンパク質（HSP）発現ベクターの図であり、右のパネルは、アガロースゲル上で電気泳動されたインターフェロン誘導性HSP発現ベクターの写真である。 図36は、他の抗病原体エフェクターの図であるが、この抗病原体エフェクターは細胞に添加することが可能であり、インターフェロン、dsRNA、LPS、アポトーシスシグナル、または他の病原体検出方法によって誘導可能であるか、あるいはこの抗病原体エフェクターは、本質的に存在するかまたは活性であり得る。例えば、インターフェロンは、細菌のRNaseIII、またはその真核生物ホモログであるdsRNaseのうちの１つの遺伝子を誘導可能であり、これは、ウイルスdsRNAを分解するが、細胞RNAは比較的完全なまま残す。または、１つ以上のエンドソームインヒビターを用いて、このエンドソームにおけるウイルスの非コーティングを阻害することができる。エンドソームインヒビターの例としては、液胞H+-ATPaseインヒビター（例えば、ヒトパピローマウイルス16E5タンパク質、欠損性ATPaseサブユニット、またはバフィロマイシンA1）または小胞体の輸送インヒビター（例えば、Salmonella SpiCタンパク質）が挙げられるがこれらに限定されない。あるいは、核局在化シグナル（NLS）インヒビターの発現は、NLSを有する病原体または病原体成分の核への輸送を防止するためにインターフェロンによって誘導することができる。このNLSインヒビターは、NLSに結合するが、核へは輸送されないインポーチンαの切断バージョンであり得るか、または核へ輸送されない任意の他のNLS結合タンパク質であり得る。NLSを有するタンパク質、またはインポーチンαに結合する他のデコイタンパク質を、病原体NLSを阻害する別の方法としてインターフェロンの存在下で過剰発現させることができる。 図37は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、8S細胞を誘導してds活性化カスパーゼを発現させる。トランスフェクトされていないH1-HeLa細胞をドキシサイクリンなしで2日間培養し、そして8S細胞を0、1、または10μg/mlのドキシサイクリンを用いて2日間培養した。次いでウエスタンブロットを用い、抗カスパーゼ-3抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3は、トランスフェクションまたはドキシサイクリンにかかわらず、全ての細胞において見ることができた。8S細胞について、1または10μg/mlのドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼの発現をアップレギュレートしたが、このカスパーゼは、ほぼ予想されたサイズを有し（図37、標識された53kDaの新規タンパク質）、抗体によって認識されるカスパーゼ-3エピトープを含む。 図38は、ウイルスに対するdsRNA活性化カスパーゼの有効性を実証する写真である。コントロールのドキシサイクリンなしの未トランスフェクトのH1-HeLa細胞および10μg/mlのドキシサイクリンで誘導された8S H1-HeLa細胞を、25cm2の組織培養フラスコ中で増殖させた。細胞をヒトライノウイルス14（アメリカンタイプカルチャーコレクション（ATCC）番号VR-284）で感染させた（図38、下の左側および右のパネル）。33℃でのインキュベーションの7日後、ライノウイルスに曝された全ての未トランスフェクトの細胞集団は死滅して、フラスコ表面から脱着した（図38、下の左側パネル）。対照的に、ライノウイルスに曝されたトランスフェクトされた8S H1-HeLa細胞は生存しており、付着しており、そしてコンフルエントであり、感染の兆候は示さない（図38、下部の右側パネル）。ライノウイルスに曝されていない未トランスフェクト細胞およびトランスフェクトされた細胞の両方ともコンフルエントであって健常であった（図38、それぞれ上の左側および右側のパネル）。 図39は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-7含有ベクターまたはPCR-8含有ベクターでトランスフェクトされた293細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼを発現させる。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗カスパーゼ-3抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この32kDaの天然の（プロ）カスパーゼ3は、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができた。示される各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼは、ほぼ予想されたサイズを有し（図39、53kDaの新規タンパク質として標識される）、そして抗体によって認識されるカスパーゼ-3エピトープを含む。 図40は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-9含有ベクターでトランスフェクトされた293細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターを発現させる。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗FADD抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この28kDaの天然のFADDは、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができた。示される各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼアクチベーターの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼアクチベーターは、ほぼ予想されたサイズを有し（図40、41kDaの新規タンパク質として標識される）、そして抗体によって認識されるFADDエピトープを含む。 図41は、ウエスタンブロット解析である。ドキシサイクリンは、PCR-10含有ベクターでトランスフェクトされた293細胞を誘導して、対応するdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターを発現させる。10μg/mlのドキシサイクリンまたはドキシサイクリンなしのいずれかで2日間細胞を培養して、次いでウエスタンブロットを用い、抗FADD抗体を用いて細胞抽出物をプローブした。この28kDaの天然のFADDは、ドキシサイクリンの有無のいずれでも、全ての細胞において見ることができた。示した各々の細胞クローンについて、ドキシサイクリンは、ds-RNA活性化カスパーゼアクチベーターの発現をアップレギュレートするが、このカスパーゼアクチベーターは、ほぼ予想されたサイズを有し（図41、41kDaの新規タンパク質として標識される）、抗体によって認識されるFADDエピトープを含む。 図42は、新規の病原体活性化カスパーゼアクチベーターをコードするPCR生成物25についての合成ストラテジーの図である。2',5'-オリゴアデニレートを、dsRNAのような病原体成分に応答して細胞内で生成する。RNase L（アミノ酸1〜335）由来の2',5'-オリゴアデニレート-結合ドメインを、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S-G-G-G-S-G（配列番号：１））およびプロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ漸増ドメイン（CARD）を含んだ、Apsf-1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。示すように、Kozak配列および終止コドンを含めた。pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためにその末端に、BamHIおよびMluI制限部位を含めた。PCR21は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからRNase Lのアミノ酸1〜335をコードする領域をコピーした。PCR22は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからApaf-1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーした。PCR25は、PCR21および22のゲル精製した生成物である、PCR21由来の5'プライマー、およびPCR22由来の3'プライマーを用いて、重複伸長によるスプライシングによって所望の生成物を作製した（C.W. Dieffenbach and G.S.Dveksler（編）,PCR Primer：A Laboratory Manual,（1995）,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Plainview,NY）。 図43は、新規の病原体活性化カスパーゼアクチベーターをコードするPCR生成物26についての合成ストラテジーの図である。リポ多糖類（LPS）は、細菌のような病原体の成分である。BPI由来のLPS結合ドメイン（アミノ酸1〜199）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S-G-G-G-S-G（配列番号：１））およびプロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ漸増ドメイン（CARD）を含んだ、Apsf-1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。示すように、Kozak配列および終止コドンを含めた。pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためにその末端に、BamHIおよびMluI制限部位を含めた。PCR23は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからBPIのアミノ酸1〜199をコードする領域をコピーした。PCR22は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからApaf-1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーした。PCR26は、PCR22および23のゲル精製した生成物である、PCR23由来の5'プライマー、およびPCR22由来の3'プライマーを用いて、重複伸長によるスプライシングによって所望の生成物を作製した。 図44は、新規のdsRNA活性化カスパーゼアクチベーターをコードするPCR生成物27についての合成ストラテジーの図である。PKR由来のdsRNA結合ドメイン（アミノ酸1〜174）およびPKR由来の天然のリンカー領域の一部（アミノ酸175〜181）を、プロカスパーゼ9に結合するカスパーゼ漸増ドメイン（CARD）を含んだ、Apsf-1のアミノ酸1〜97とインフレームで融合させた。PCR27によってコードされるタンパク質の２つ以上のコピーがdsRNAによって架橋される場合、それらは、架橋して内因性の（プロ）カスパーゼ9を活性化する。示すように、Kozak配列および終止コドンを含めた。pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためにその末端に、BamHIおよびMluI制限部位を含めた。PCR3は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからPKRのアミノ酸1〜181をコードする領域をコピーした。PCR24は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからApaf-1のアミノ酸1〜97をコードする領域をコピーした。PCR27は、PCR3および24のゲル精製した生成物である、PCR3由来の5'プライマー、およびPCR24由来の3'プライマーを用いて、重複伸長によるスプライシングによって所望の生成物を作製した。 図45は、新規の病原体活性化カスパーゼをコードするPCR生成物28についての合成ストラテジーの図である。2',5'-オリゴアデニレートを、dsRNAのような病原体成分に応答して細胞内で生成する。RNase L由来の2',5'-オリゴアデニレート結合ドメイン（アミノ酸1〜335）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S-G-G-G-S-G（配列番号：１））および全長のカスパーゼ3とインフレームで融合させた。示すように、Kozak配列および終止コドンを含めた。pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためにその末端に、BamHIおよびMluI制限部位を含めた。PCR21は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからRNase Lのアミノ酸1〜335をコードする領域をコピーした。PCR2は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからカスパーゼ3のコーディング配列をコピーした。PCR28は、PCR21および2のゲル精製した生成物である、PCR21由来の5'プライマー、およびPCR2由来の3'プライマーを用いて、重複伸長によるスプライシングによって所望の生成物を作製した。 図46は、新規の病原体活性化カスパーゼをコードするPCR生成物29についての合成ストラテジーの図である。リポ多糖類（LPS）は、細菌のような病原体の成分である。BPI由来のLPS結合ドメイン（アミノ酸1〜199）を、短い可撓性のポリペプチドリンカー（アミノ酸配列S-G-G-G-S-G（配列番号：１））および全長カスパーゼ3とインフレームで融合させた。示すように、Kozak配列および終止コドンを含めた。pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためにその末端に、BamHIおよびMluI制限部位を含めた。PCR23は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからBPIのアミノ酸1〜199をコードする領域をコピーした。PCR2は、示した5'および3'PCRプライマーを用いて、提供されたプラスミドからカスパーゼ3のコーディング配列をコピーした。PCR29は、PCR23および2のゲル精製した生成物である、PCR23由来の5'プライマー、およびPCR2由来の3'プライマーを用いて、重複伸長によるスプライシングによって所望の生成物を作製した。 図47の左パネルは、Clontechベクター（pTRE2hyg）の模式図である。BamHIおよびMluI制限酵素で消化したPCR生成物25、26、27、28および29をこのベクターに連結して、PCR25、26、27、28および29の発現ベクターを作製した。このベクターは、挿入された遺伝子のためのドキシサイクリン誘導性またはテトラサイクリン誘導性のプロモーターを、そしてトランスフェクトされた細胞の選択のためのハイグロマイシン耐性遺伝子を含む。遺伝子が挿入された全てのベクターを、右側のパネルのDNAゲル電気泳動写真に示されるとおり、FspI制限酵素を用いて、トランスフェクションのために直鎖状にした。DNAサイズマーカーは最も左側のレーンである。 図48はさらなるキメラカスパーゼの模式図である。 図49は、キメラタンパク質の例の図解である。 図50（a）〜（f）は、キメラ転写因子の例の図解である。 図51は、IFN誘導性防御を用いる模式図である。図示しているのは、少なくとも１つの防御遺伝子の発現を調節するISRE含有プロモーターを備えるベクターである。 図52は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／α1を生成するための短縮されたインポーチンα1遺伝子についての合成ストラテジーおよびpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くインポーチンα1の短縮バージョンをコードする。 図53は、PCR生成物30の生成のための模式図である。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くがHAエピトープを含むインポーチンα1の短縮型をコードする。 図54は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／α4を生成するための短縮されたインポーチンα4遺伝子についての合成ストラテジーおよびpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くインポーチンα4の短縮バージョンをコードする。 図55は、PCR生成物31の生成のための模式図である。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くがHAエピトープを含むインポーチンα4の短縮型をコードする。 図56は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／α6を生成するための短縮されたインポーチンα6遺伝子についての合成ストラテジーおよびpCMV／Bsd／ISREベクターへのその挿入を示す。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くインポーチンα6の短縮バージョンをコードする。 図57は、PCR生成物32の生成のための模式図である。図示されたPCRプライマーおよびベクターpCMV／Bsd／ISRE／α6を用いてPCRを実行した。これは、インポーチンβ結合ドメインを欠くがHAエピトープを含むインポーチンα6の短縮型をコードする。 図58は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／RNaseIIIを生成するためのHAエピトープを有するE.coli RNaseIIIをコードする遺伝子の作製、およびpCMV／Bsd／ISREベクターへのその引き続く挿入を図示する。 図59は、PCR生成物33の生成のための模式図である。図示されたPCRプライマーおよびベクターpCMV／Bsd／ISRE／RNaseIIIを用いてPCRを実行した。これは、HAエピトープを有するE.coli RNaseIIIをコードする。 図60は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／E5を生成するためのHPV-16 E5タンパク質をコードする遺伝子のpCMV／Bsd／ISREベクターへの挿入の模式図である。 図61は、PCR生成物34の生成のための模式図である。図示されたPCRプライマーおよびベクターpCMV／Bsd／ISRE／E5を用いてPCRを実行した。これは、HPV-16 E5タンパク質をコードする。 図62は、新しいベクターであるpCMV／Bsd／ISRE／SpiCを生成するための、HAエピトープを有するSalmonella SpiCタンパク質をコードする遺伝子についての合成ストラテジー、およびpCMV／Bsd／ISREベクターへのその引き続く挿入を図示する。 PCR生成物35の生成のための模式図である、これは、HAエピトープを有するSalmonella SpiCタンパク質をコードする。 図64は、PCR生成物36の生成のための模式図である。図示されたPCRプライマーおよびベクターpCMV／Bsd／ISRE／Hdj1を用いてPCRを実行した。得られたPCR生成物36は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluI制限部位を有する。これは、Hsp40としても公知のヒトHdj-1をコードする。 PCR生成物37の生成のための模式図である。得られたPCR生成物37は、pTRE2hygベクターへの挿入を容易にするためのBamHIおよびMluI制限部位を有する。これは、ヒトHsp70をコードする。 PCR生成物38の生成のための模式図である。これは、ヒトHsp90をコードする。 図67は、トランスフェクションのための挿入された生成物PCR30〜38を有する直鎖状ベクターのアガロースゲル中での電気泳動後の写真である。最も左側のレーンはDNAサイズマーカーを含む。 図68は、タンパク質形質導入ドメインまたはタグを含む試験タンパク質を生成する方法を模式的に図示する。 図69は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたエクオリンをコードするDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図70は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合された強化緑色蛍光タンパク質（EGFP）をコードするDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図71は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物7または8由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図72は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物9または10由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図73は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物25由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図74は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物26由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図75は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物27由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図76は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物28由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図77は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物29由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図78は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物30由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図79は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物31由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図80は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物32由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図81は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物33由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図82は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物34由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図83は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物35由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図84は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物36由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図85は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物37由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。 図86は、以下のタンパク質形質導入タグのうちの１つに融合されたPCR生成物38由来のコーディング配列を含むDNA配列を生成するためのPCRプライマーを図示する：TAT、PTD-4、アルギニンリッチ配列Arg、またはタンパク質形質導入タグなし。

Claims (22)

  1. 天然には細胞に存在しないものである、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有してなるキメラ分子であって、該病原体検出ドメインと該エフェクタードメインは、細胞中で天然には互いに結合していないものであり、該病原体検出ドメインは、二本鎖ＲＮＡ結合ドメインを含み、該エフェクタードメインは、アポトーシスメディエータードメインを含み、該二本鎖ＲＮＡ結合ドメインは、プロテインキナーゼＲ、ワクシニアウイルスＥ３Ｌタンパク質、大腸菌ＲＮａｓｅ ＩＩＩ、酵母ＲＮＴ１ｐ、ＡＤＡＲ１、および２’，５’−オリゴアデニレートシンセターゼからなる群より選択されるタンパク質から単離されたものであり、該アポトーシスメディエータードメインは、プロ酵素的カスパーゼ−３、Ａｐａｆ−１もしくはＦＬＩＣＥ活性化デスドメイン（ＦＡＤＤ）から単離されたものであるか、または活性なカスパーゼサブユニットおよび活性化切断部位を含むプロ酵素的カスパーゼ−３の断片である、キメラ分子。
  2. 天然には細胞に存在しないものである、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有してなるキメラ分子であって、該病原体検出ドメインと該エフェクタードメインは、細胞中で天然には互いに結合していないものであり、該病原体検出ドメインは、二本鎖ＲＮＡ結合ドメインを含み、該二本鎖ＲＮＡ結合ドメインは、プロテインキナーゼＲから単離されたものであり、該エフェクタードメインは、アポトーシスメディエータードメインを含み、該アポトーシスメディエータードメインは、プロ酵素的カスパーゼ−３、Ａｐａｆ−１もしくはＦＬＩＣＥ活性化デスドメイン（ＦＡＤＤ）から単離されたものであるか、または活性なカスパーゼサブユニットおよび活性化切断部位を含むプロ酵素的カスパーゼ−３の断片である、キメラ分子。
  3. 天然には細胞に存在しないものである、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有してなるキメラ分子であって、該病原体検出ドメインと該エフェクタードメインは、細胞中で天然には互いに結合していないものであり、該病原体検出ドメインは、二本鎖ＲＮＡ結合ドメインを含み、該二本鎖ＲＮＡ結合ドメインは、プロテインキナーゼＲから単離されたものであり、該エフェクタードメインは、アポトーシスメディエータードメインを含み、該アポトーシスメディエータードメインは、プロ酵素的カスパーゼ−３から単離されたものであるか、または活性なカスパーゼサブユニットおよび活性化切断部位を含むその断片であり、二本鎖ＲＮＡの存在下において、該キメラ分子は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該アポトーシスメディエータードメインを活性化する、キメラ分子。
  4. 天然には細胞に存在しないものである、少なくとも１つの病原体検出ドメインおよび少なくとも１つのエフェクタードメインを有してなるキメラ分子であって、該病原体検出ドメインと該エフェクタードメインは、細胞中で天然には互いに結合していないものであり、該病原体検出ドメインは、二本鎖ＲＮＡ結合ドメインを含み、該エフェクタードメインは、アポトーシスメディエータードメインを含み、該アポトーシスメディエータードメインは、Ａｐａｆ−１から単離されたものであり、該二本鎖ＲＮＡ結合ドメインは、プロテインキナーゼＲ、ワクシニアウイルスＥ３Ｌタンパク質、大腸菌ＲＮａｓｅ ＩＩＩ、酵母ＲＮＴ１ｐ、ＡＤＡＲ１、および２’，５’−オリゴアデニレートシンセターゼからなる群より選択されるタンパク質から単離されたものである、キメラ分子。
  5. 請求項１〜４いずれか記載のキメラ分子を含んでなる剤。
  6. 細胞における病原体感染を治療または予防するための医薬の製造における請求項１記載のキメラ分子の使用であって、該病原体検出ドメインは天然には該エフェクタードメインとは結合しないものであり、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化し、それにより該細胞における病原体感染を治療または予防する、使用。
  7. 細胞中における病原体の存在下で、該キメラ分子は病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化し、それにより該細胞における病原体感染を治療または予防する、請求項２記載のキメラ分子の使用。
  8. 二本鎖ＲＮＡの存在下において、該キメラ分子は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該アポトーシスメディエータードメインを活性化し、細胞中における病原体の存在下で、該キメラ分子は病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化し、それにより該細胞における病原体感染を治療または予防する、請求項３記載のキメラ分子の使用。
  9. 細胞中における病原体の存在下で、該キメラ分子は病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化し、それにより該細胞における病原体感染を治療または予防する、請求項４記載のキメラ分子の使用。
  10. 細胞における病原体感染を治療または予防するための医薬の製造における請求項５記載の剤の使用であって、該細胞における病原体の存在下で、該剤は病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化し、それにより該細胞における病原体感染を治療または予防する、使用。
  11. ａ）適切な培養培地中で細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該細胞における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  12. ａ）適切な培養培地中で生物から得られた細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程：
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における細胞中の病原体感染の存在を示す、生物から得られた細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  13. ａ）生物から得られたサンプルを非感染細胞に添加する工程；
    ｂ）適切な培養培地において該細胞を培養する工程：
    ｃ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｄ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  14. ａ）適切な培養培地中で細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項３記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該キメラ分子は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該アポトーシスメディエータードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該細胞における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  15. ａ）適切な培養培地中で生物から得られた細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項３記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該キメラ分子は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該アポトーシスメディエータードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程：
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における細胞中の病原体感染の存在を示す、生物から得られた細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  16. ａ）生物から得られたサンプルを非感染細胞に添加する工程；
    ｂ）適切な培養培地において該細胞を培養する工程：
    ｃ）請求項３記載のキメラ分子を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該キメラ分子は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該アポトーシスメディエータードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該キメラ分子は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｄ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  17. ａ）適切な培養培地中で細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該細胞における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  18. ａ）適切な培養培地中で生物から得られた細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程：
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における細胞中の病原体感染の存在を示す、生物から得られた細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  19. ａ）生物から得られたサンプルを非感染細胞に添加する工程；
    ｂ）適切な培養培地において該細胞を培養する工程：
    ｃ）請求項１、２または４記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｄ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  20. ａ）適切な培養培地中で細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項３記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該剤は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該エフェクタードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該細胞における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  21. ａ）適切な培養培地中で生物から得られた細胞を培養する工程；
    ｂ）請求項３記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該剤は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該エフェクタードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｃ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程：
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における細胞中の病原体感染の存在を示す、生物から得られた細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
  22. ａ）生物から得られたサンプルを非感染細胞に添加する工程；
    ｂ）適切な培養培地において該細胞を培養する工程：
    ｃ）請求項３記載のキメラ分子を含んでなる剤を該細胞に投与する工程、ここで、二本鎖ＲＮＡの存在下で、該剤は、二本鎖ＲＮＡに結合し、該エフェクタードメインを活性化し、該細胞における病原体の存在下で、該剤は該病原体に結合し、該エフェクタードメインを活性化する；および
    ｄ）エフェクタードメイン活性化の存在または非存在を決定する工程；
    を含み、ここで、該エフェクタードメインの活性化が該生物における病原体感染の存在を示す、細胞における病原体感染を検出するためのアッセイ。
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