JP4926079B2 - 一塩基多型を含む乳癌に関連したポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び診断キット、並びにそれを利用した乳癌の診断方法 - Google Patents
一塩基多型を含む乳癌に関連したポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び診断キット、並びにそれを利用した乳癌の診断方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4926079B2 JP4926079B2 JP2007555027A JP2007555027A JP4926079B2 JP 4926079 B2 JP4926079 B2 JP 4926079B2 JP 2007555027 A JP2007555027 A JP 2007555027A JP 2007555027 A JP2007555027 A JP 2007555027A JP 4926079 B2 JP4926079 B2 JP 4926079B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- breast cancer
- polynucleotide
- nucleotide sequence
- seq
- group
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
本発明は、乳癌に関連したポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び診断キット、並びに乳癌の診断方法に関する。
全ての生物のゲノムは、自然発生的突然変異を経験してきており、継続的進化の過程で祖先の核酸配列の変異形態を発生させる(Gusella,Ann.Rev.Biochem.55,831−854(1986))。変異形態は、先祖の形態に比べて、進化的に利益または不利益を与えるか、またはその中間の場合もありうる。ある場合には、変異形態が致死的な不利益を与えて子孫に受け継がれない。他の場合では、変異形態が種に進化上の利益を与え、ついには、その種のほとんどの個体のDNAに変異形態が組み込まれ、有利な先祖形態となる。多くの場合、この先祖形態及び変異形態は共に生き残って、種の集団の中で共存する。複数形態の配列の共存によって、多型が発生する。
発明が解決しようとする課題
本発明は、乳癌に関連する一塩基多型(SNP)を含むポリヌクレオチドを提供する。
本発明は、配列番号1ないし5のヌクレオチド配列よりなる群から選択されるヌクレオチド配列が10個以上の連続ヌクレオチドを含み、前記ヌクレオチド配列のうち101番目の塩基を含むポリヌクレオチド、またはその相補的ポリヌクレオチドを提供する。
本発明のポリヌクレオチドは、乳癌の診断及び治療、並びに遺伝子のフィンガープリント解析に用いることができる。
以下、本発明を、実施例を通じてさらに詳細に説明する。しかし、これらの実施例は、本発明を例示的に説明するためのものであって、本発明の範囲がこれらの実施例に限定されるものではない。
実施例1
本実施例では、表1に表したような集団の規模を有する、300人の乳癌患者を含む患者群及び正常群の血液からDNAを分離し、特定の一塩基多型(SNP)の出現頻度を分析した。本実施例のSNPは、公開されたデータベース(NCBI dbSNP:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)またはシーケノム社のrealsnp.com(http:://www.realsnp.com/)から選択されたものである。このようにして選択されたSNPに近接したプライマーを利用して、試料中の単一ヌクレオチド配列を分析した。
乳癌患者及び正常者より採取した血液からDNAを抽出した。DNA抽出は、公知の抽出方法(Molecular cloning:A Laboratory Manual,p392,Sambrook,Fritsch and Maniatis,2nd edition,Cold Spring Harbor Press,1989)及び商業用キット(Gentrasystem)の説明書に従ってなされた。UV(260/280nm)を用いて測定された、1.7以上の純度を有するDNAだけを抽出されたDNAから選抜し、使用した。
分析しようとするSNPを含む一定のDNA領域を有する標的DNAを、PCRを利用して増幅した。PCRは一般的な方法で行われ、その条件は次の通りであった。まず、標的ゲノムDNAを2.5ng/mlに調製した。次いで、以下のPCR反応液を調製した。
水(HPLCグレード) 2.24μl
10×バッファ(15mM MgCl、2,25mM MgCl2含有) 0.5μl
dNTPミックス(GIBCO)(25mM/各) 0.04μl
Taq pol(HotStar)(5U/μl) 0.02μl
フォワード/リバースプライマーミックス(1μM/各) 0.02μl
DNA 1.00μl
総反応体積 5.00μl
ここで、前記フォワード及びリバースプライマーは、公知のデータベースのSNPの上流及び下流から、適当な位置で選択された。前記プライマーを表4に挙げた。
標的DNA断片についてのSNP分析は、シーケノム社の均質的MassExtension(hME)技術を利用して行った。hMEの原理は、次の通りである。まず、標的DNA断片についてのSNP直前までの塩基に相補的なプライマー(伸長プライマー)を調製した。次いで、前記プライマーを標的DNA断片にハイブリダイズさせ、DNAの重合を行わせた。このとき、対象SNP対立遺伝子のうち、第1対立遺伝子塩基(例えば、A対立遺伝子)に相補的な塩基を反応液中に添加した後、重合を停止させる試薬(例えば、ddTTP)を添加した。その結果、標的DNA断片に第1対立遺伝子(例えば、A対立遺伝子)が存在する場合には、前記第1対立遺伝子に相補的な塩基(例えば、T)のみが付加された産物を得た。一方、標的DNA断片に第2対立遺伝子(例えば、G対立遺伝子)が存在する場合には、前記第2対立遺伝子に相補的な塩基(例えば、C)が付加され、最も近接した第1対立遺伝子塩基(例えば、A)まで伸長した産物を得た。前記プライマーから伸長した産物の長さを質量分析を通じて決定することによって、標的DNAに存在する対立遺伝子の種類を決定した。具体的な実験条件は、次の通りであった。
水(nanopureグレード) 1.728μl
hME伸長反応ミックス(2.25mM d/ddNTPs含有10×バッファ) 0.200μl
伸長プライマー(各100μM) 0.054μl
Thermosequenase(32U/μl) 0.018μl
総体積 2.00μl
前記反応液をよく混合した後、スピンダウン遠心分離した。前記反応液が含まれたチューブまたはプレートを密封した後、94℃で2分間維持し、続いて94℃で5秒、52℃で5秒、72℃で5秒を40回反復した後、4℃に保管した。このようにして得られた均質的伸長反応産物を樹脂(SpectroCLEAN(登録商標))を用いて洗浄した。均質的伸長反応に使われた伸長プライマーを表4に示した。
本発明のポリヌクレオチドは、乳癌の診断及び治療、並びに遺伝子フィンガープリント解析に好適に利用できる。
Claims (4)
- 配列番号1ないし5のヌクレオチド配列よりなる群から選択されるヌクレオチド配列が17個以上の連続ヌクレオチドを含み、前記ヌクレオチド配列のうち101番目の塩基を含むポリヌクレオチド、またはその相補的ポリヌクレオチドを含む、乳癌診断用マイクロアレイ。
- 配列番号1ないし5のヌクレオチド配列よりなる群から選択されるヌクレオチド配列が17個以上の連続ヌクレオチドを含み、前記ヌクレオチド配列のうち101番目の塩基を含むポリヌクレオチドまたはその相補的ポリヌクレオチドを含む、乳癌診断用キット。
- 検体から核酸試料を得る段階と、
前記核酸試料に含まれる配列番号1ないし5のポリヌクレオチドまたはそれらの相補的ポリヌクレオチドのうち一以上のポリヌクレオチドの多型部位(101番目の塩基)のヌクレオチド配列を決定する段階と、
決定のなされた前記多型部位のヌクレオチド配列の前記配列番号1ないし5のポリヌクレオチドまたはそれらの相補的ポリヌクレオチドが、101番目の多型部位のヌクレオチドがそれぞれA、C、A、G及びAである配列番号1ないし5よりなる群から選択された一以上に該当する場合、前記検体が乳癌にかかる確率の高い危険群に属するものと判定する段階と、
を含む、乳癌の検査方法。 - 前記多型部位のヌクレオチド配列を決定する段階は、配列番号1ないし5のヌクレオチド配列よりなる群から選択されるヌクレオチド配列が17個以上の連続ヌクレオチドを含み、前記ヌクレオチド配列のうち101番目の塩基を含むポリヌクレオチドまたはその相補的ポリヌクレオチドが固定化されているマイクロアレイ上に前記核酸試料をハイブリダイズさせる段階と、
ハイブリダイゼーションの結果を検出する段階と、を含む請求項3に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR20050012038A KR101138862B1 (ko) | 2005-02-14 | 2005-02-14 | 단일염기 다형을 포함하는 유방암과 관련된 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단 키트 및 그를이용한 유방암 진단 방법 |
KR10-2005-0012038 | 2005-02-14 | ||
PCT/KR2006/000505 WO2006085733A1 (en) | 2005-02-14 | 2006-02-13 | Polynucleotide associated with breast cancer comprising single nucleotide polymorphism, microarray and diagnostic kit comprising the same and method for diagnosing breast cancer using the same |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008529523A JP2008529523A (ja) | 2008-08-07 |
JP4926079B2 true JP4926079B2 (ja) | 2012-05-09 |
Family
ID=36793284
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007555027A Expired - Fee Related JP4926079B2 (ja) | 2005-02-14 | 2006-02-13 | 一塩基多型を含む乳癌に関連したポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び診断キット、並びにそれを利用した乳癌の診断方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7833710B2 (ja) |
EP (1) | EP1848821B1 (ja) |
JP (1) | JP4926079B2 (ja) |
KR (1) | KR101138862B1 (ja) |
WO (1) | WO2006085733A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR100861493B1 (ko) * | 2007-03-06 | 2008-10-02 | 포천중문의과대학교 산학협력단 | 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는마이크로어레이 및 진단키트, 및 그를 이용한 조기폐경진단방법 |
US20110117545A1 (en) * | 2007-03-26 | 2011-05-19 | Decode Genetics Ehf | Genetic variants on chr2 and chr16 as markers for use in breast cancer risk assessment, diagnosis, prognosis and treatment |
EP2535425A1 (en) * | 2007-05-25 | 2012-12-19 | Decode Genetics EHF. | Variantes génétiques sur les chr 10q26 utilisées comme marqueurs dans l'évaluation, le diagnostic, le pronostic et le traitement d'un risque de cancer du sein |
KR101012601B1 (ko) * | 2008-01-29 | 2011-02-10 | 주식회사 마크로젠 | 유방암 발병 위험성 검진용 조성물 |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002503943A (ja) | 1994-08-12 | 2002-02-05 | ミリアド・ジェネティックス・インコーポレイテッド | 17q−連鎖乳癌および卵巣癌感受性遺伝子におけるイン・ビボ突然変異および多形性 |
AU2001243142A1 (en) * | 2000-02-03 | 2001-08-14 | Hyseq, Inc. | Novel nucleic acids and polypeptides |
WO2001077384A2 (de) | 2000-04-07 | 2001-10-18 | Epigenomics Ag | DETEKTION VON SNPs UND CYTOSIN-METHYLIERUNGEN |
US20030022255A1 (en) * | 2000-12-22 | 2003-01-30 | Morris David W. | Novel compositions and methods for breast cancer |
US20060051763A1 (en) | 2002-09-25 | 2006-03-09 | Anu-Maria Loukola | Detection methods |
-
2005
- 2005-02-14 KR KR20050012038A patent/KR101138862B1/ko active IP Right Grant
-
2006
- 2006-01-10 US US11/329,299 patent/US7833710B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2006-02-13 JP JP2007555027A patent/JP4926079B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-02-13 EP EP20060715956 patent/EP1848821B1/en not_active Expired - Fee Related
- 2006-02-13 WO PCT/KR2006/000505 patent/WO2006085733A1/en active Application Filing
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1848821A1 (en) | 2007-10-31 |
EP1848821B1 (en) | 2011-07-27 |
KR20060091161A (ko) | 2006-08-18 |
WO2006085733A1 (en) | 2006-08-17 |
JP2008529523A (ja) | 2008-08-07 |
EP1848821A4 (en) | 2009-07-08 |
KR101138862B1 (ko) | 2012-05-14 |
US7833710B2 (en) | 2010-11-16 |
US20060183139A1 (en) | 2006-08-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2006104370A1 (en) | Multiple snp for diagnosing colorectal cancer, microarray and kit comprising the same, and method of diagnosing colorectal cancer using the same | |
JP4926079B2 (ja) | 一塩基多型を含む乳癌に関連したポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び診断キット、並びにそれを利用した乳癌の診断方法 | |
JP2008529524A (ja) | 多座マーカを利用した2型糖尿病の診断方法、2型糖尿病に関連したマーカを含むポリヌクレオチド、それを含むマイクロアレイ及び2型糖尿病診断用キット | |
US7914996B2 (en) | Polynucleotide associated with a colon cancer comprising single nucleotide polymorphism, microarray and diagnostic kit comprising the same and method for diagnosing a colon cancer using the polynucleotide | |
KR101206028B1 (ko) | 유방암 특이적 다형성 서열을 이용한 유방암의 진단방법,유방암 특이적인 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드가 고정되어 있는 마이크로어레이 | |
KR101100437B1 (ko) | 단일염기 다형을 포함하는 대장암과 관련된 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단 키트 및 그를 이용한 대장암의 진단방법 | |
US7635559B2 (en) | Polynucleotide associated with a type II diabetes mellitus comprising single nucleotide polymorphism, microarray and diagnostic kit comprising the same and method for analyzing polynucleotide using the same | |
JP2008545387A (ja) | 心血管疾患診断のための方法及び構成 | |
KR100647304B1 (ko) | 단일염기 다형을 포함하는 2형 당뇨병과 관련된폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트 및 그를 이용한 폴리뉴클레오티드 분석방법 | |
EP2764116A1 (en) | Genetic polymorphisms associated with venous thrombosis in women, methods of detection and uses thereof | |
KR100695147B1 (ko) | 다중좌 마커를 이용한 2형 당뇨병의 진단방법, 2형당뇨병과 연관된 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드 및마이크로어레이 | |
KR20150136430A (ko) | 다운증후군 진단을 위한 바이오마커 및 그의 용도 | |
JP2009515538A (ja) | Azgp遺伝子の一塩基多型(snp) |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20090114 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110830 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20111130 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20111207 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20111226 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120124 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120207 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150217 Year of fee payment: 3 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 4926079 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |