JP4885727B2 - 植物における改善された標的に向けたdna挿入 - Google Patents
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Description
実施態様の1つにおいて本発明は、対象の外来性DNAであって、あらかじめ選択された部位に隣接するDNA領域と少なくとも80%の配列同一性を有するDNA領域と隣接している可能性のあるDNAを、トウモロコシ細胞のような植物細胞のゲノムの、I−SceI部位などのあらかじめ選択された部位へ導入する方法であって
(a)二本鎖DNA切断を細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に、例えばI−SceIをコードする遺伝子を導入することによって引き起こす工程;
(b)対象の外来性DNAを植物細胞へ導入する工程;
を含み、外来性DNAが、対象の外来性DNAでコートされたマイクロプロジェクタイル撃ち込みにより遂行される直接DNA移入により送達されることを特徴とする方法を提供する。
I−SceIをコードする遺伝子は、配列番号1のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むことができ、前記ヌクレオチド配列は、約50%〜約60%のGC含量を有し、以下を条件とする。
i) ヌクレオチド配列が、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
ii) ヌクレオチドが、CCAAT、ATTGG、GCAATおよびATTGCからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
iii) ヌクレオチド配列が、ATTTA、AAGGT、AGGTA、GGTAまたはGCAGGからなる群より選択される配列を含まず;
iv) ヌクレオチド配列が、GまたはCの群より選択される連続する7個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まず;
v) ヌクレオチド配列が、AまたはTの群より選択される連続する5個のヌクレオチドから成るATストレッチを含まず;および
vi) ヌクレオチド配列がコドンTTA、CTA、ATA、GTA、TCG、CCG、ACGおよびGCGを含まない。そのようなI−SceIをコードする遺伝子の一例は、配列番号4のヌクレオチド配列を含む。
植物細胞を工程(a)に先立って植物フェノール化合物中でインキュベーションしてもよい。
(a)二本鎖DNA切断を細胞のゲノム中のあらかじめ選択された部位に引き起こす工程;
(b)対象の外来性DNAを植物細胞中へ導入する工程:
を含み、二本鎖DNA切断が、ヌクレオチド配列によってコードされるレア切断エンドヌクレアーゼによって導入され、前記ヌクレオチド配列が、約50%〜約60%のGC含量を有し、
i)ヌクレオチド配列が、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
ii)ヌクレオチドが、CCAAT、ATTGG、GCAATおよびATTGCからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
iii)ヌクレオチド配列が、ATTTA、AAGGT、AGGTA、GGTAまたはGCAGGからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
iv)ヌクレオチド配列が、GまたはCからなる群より選択される連続する7個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まず;
v)ヌクレオチド配列が、AまたはTからなる群より選択される連続する5個のヌクレオチドから成るATストレッチを含まず;および
vi)ヌクレオチド配列が、コドンTTA、CTA、ATA、GTA、TCG、CCG、ACGおよびGCGを含まない、
ことを条件とすることを特徴とする。
(a)二本鎖DNA切断を細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に引き起こす工程;
(b)対象の外来性DNAを植物細胞へ導入する工程;
を含み、工程(a)に先立って植物細胞を、アセトシリンゴン(3,5−ジメトキシ−4−ヒドロキシアセトフェノン)、α−ヒドロキシ−アセトシリンゴン、シナピン酸(3,5ジメトキシ−4−ヒドロキシケイ皮酸)、シリング酸(4−ヒドロキシ−3,5ジメトキシ安息香酸)、フェルラ酸(4−ヒドロキシ−3−メトキシケイ皮酸)、カテコール(1,2−ジヒドロキシベンゼン)、p−ヒドロキシ安息香酸(4−ヒドロキシ安息香酸)、β−レソルシル酸(2,4ジヒドロキシ安息香酸)、プロトカテク酸(3,4−ジヒドロキシ安息香酸)、ピロ没食子酸(2,3,4−トリヒドロキシ安息香酸)、没食子酸(3,4,5−トリヒドロキシ安息香酸)、およびバニリン(3−メトキシ−4−ヒドロキシベンズアルデヒド)、の群より選択される植物フェノール化合物中でインキュベーションすることを特徴とする方法に関する。
i)ヌクレオチド配列が、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
ii)ヌクレオチドが、CCAAT、ATTGG、GCAATおよびATTGCからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まず;
iii)ヌクレオチド配列が、ATTTA,AAGGT,AGGTA、GGTAまたはGCAGGからなる群より選択される配列を含まず;
iv)ヌクレオチド配列が、GまたはCの群より選択される連続する7個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まず;
v)ヌクレオチド配列が、AまたはTの群より選択される連続する5個のヌクレオチドから成るATストレッチを含まず;および
vi)前記ヌクレオチド配列の、ロイシン(Leu)、イソロイシン(Ile)、バリン(Val)、セリン(Ser)、プロリン(Pro)、トレオニン(Thr)、アラニン(Ala)をコードするコドンが、前記コドンの位置2および3にTAまたはGCという二連コードを含まない。
a)二本鎖DNA切断を、細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に、レア切断エンドヌクレアーゼにより引き起こす工程;
b)対象の外来性DNAを植物細胞中へ導入する工程、
を含み、前記エンドヌクレアーゼが核移行シグナルを含むことを特徴とする方法を提供する。
本発明は次の発見に基づく:
a) 植物細胞中への、直接のDNA移入、特にマイクロプロジェクタイル撃ち込みにより挿入される外来性DNAの導入が、標的指向挿入イベントの頻度を予想外に増加させた。すべての得られた挿入イベントが標的指向DNA挿入イベントであって、二本鎖DNA切断が引き起こされた部位で生じた。さらに、すべてのこれらの標的指向挿入イベントは、二本鎖DNA切断に隣接する与えられた配列相同性の間の正確な組換えイベントであるように見えた。これらのイベントの約半分のみが、二本鎖DNA切断が引き起こされた部位とは異なる部位に、さらに追加の外来性DNA挿入を持っていた。
b)あらかじめ選択された一組の規則によって設計されたI−SceIなどの、レア切断エンドヌクレアーゼ用の合成コード領域を含むキメラ遺伝子によってコードされたI−SceIなどの、レア切断をする二重鎖切断誘導エンドヌクレアーゼの一時的発現による二本鎖DNA切断の誘導が、結果として生じる標的指向DNA挿入イベントの質(すなわち完全に標的指向DNA挿入イベントである頻度を)を驚くほど高めた。更に、エンドヌクレアーゼは核移行シグナルを備えていた。
c)アセトシリンゴンなどの植物フェノール化合物中で標的細胞をプレインキュベーションすることにより、さらに、植物細胞のゲノムに誘導された二本鎖DNA切断における標的指向挿入の頻度が増加した。
(a)二本鎖DNA切断を細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に引き起こす工程;
(b)対象の外来性DNAを植物細胞中へ導入する工程;
を含み、外来性DNAが直接DNA移入により送達されることを特徴とする方法に関する。
a) ヌクレオチド配列が、配列番号1で与えられるアミノ酸配列を有するI−SceIエンドヌクレアーゼなどの、機能的なI−SceIエンドヌクレアーゼをコードする;
b)ヌクレオチド配列が、約50%〜約60%のGC含量を有する;
c)ヌクレオチド配列が、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まない;
d)ヌクレオチドが、CCAAT、ATTGG、GCAATおよびATTGCからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まない;
e)ヌクレオチド配列が、ATTTA、AAGGT、AGGTA、GGTAまたはGCAGGからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含まない;
f)ヌクレオチド配列が、GまたはCの群より選択される連続する7個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まない;
g)ヌクレオチド配列が、AまたはTの群より選択される連続する5個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まない;および
h)ヌクレオチド配列が、位置2および3にTAまたはCGという二連コードを含むLeu、Ile、Val、Ser、Pro、Thr、Alaをコードするコドン、を含まない(即ち、ヌクレオチド配列がコドンTTA、CTA、ATA、GTA、TCG、CCG、ACGおよびGCGを含まない)。
●位置1〜10を欠失させることができる。
●位置36:Gly(G)を許容する。
●位置40:Met(M)またはVal(V)を許容する。
●位置41:Ser(S)またはAsn(N)を許容する。
●位置43:Ala(A)を許容する。
●位置46:Val(V)またはN(Asn)を許容する。
●位置91:Ala(A)を許容する。
●位置123および156:Leu(L)を許容する。
●位置223:Ala(A)およびSer(S)を許容する。
また、そのような変異体I−SceI酵素をコードする合成ヌクレオチド配列を本発明に従って設計し用いることができる。
もし位置358〜位置360のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置361〜位置363のヌクレオチド配列がTTGでなく;もし位置364〜位置366のヌクレオチド配列がGCCである場合は、位置367〜位置369のヌクレオチド配列がAATでなく;位置367〜位置378のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置382〜位置384のヌクレオチド配列がAATである場合は、位置385〜位置387のヌクレオチド配列がAATでなく;位置385〜位置387のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置400〜位置402のヌクレオチド配列がCCCである場合は、位置403〜位置405のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置403〜位置405のヌクレオチド配列がAATである場合は、位置406〜位置408のヌクレオチド配列がAATでなく;位置406〜位置411のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;位置421〜位置426のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;位置430〜位置432のヌクレオチド配列がCCAでなく;もし位置436〜位置438のヌクレオチド配列がTCAである場合は、位置439〜位置441のヌクレオチド配列がTTGでなく;位置445〜位置447のヌクレオチド配列がTATでなく;位置481〜483のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置484〜位置486のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置487〜位置489のヌクレオチド配列がAATでなく、同時に位置490〜位置492のヌクレオチド配列がAGYであり;もし位置490〜位置492のヌクレオチド配列がTCAである場合は、位置493〜位置495のヌクレオチド配列がACCでなく、同時に位置496〜位置498のヌクレオチド配列がAAYであり;もし位置493〜位置495のヌクレオチド配列がACCである場合は、位置496〜位置498のヌクレオチド配列がAATでなく;位置496〜位置498のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置499〜位置501のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置502〜位置504のヌクレオチド配列がTCAまたはAGCでなく;もし位置508〜位置510のヌクレオチド配列がGTAである場合は、位置511〜位置513のヌクレオチド配列がTTAでなく;もし位置514〜位置516のヌクレオチド配列がAATである場合は、位置517〜位置519のヌクレオチド配列がACAでなく;もし位置517〜位置519のヌクレオチド配列がACCまたはACGである場合は、位置520〜位置522のヌクレオチド配列がCAAでなく、同時に位置523〜位置525のヌクレオチド配列がTCNであり;位置523〜位置531のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置544〜位置546のヌクレオチド配列がGAAである場合は、位置547〜位置549のヌクレオチド配列がTATでなく、同時に位置550〜位置552のヌクレオチド配列がTTRであり;位置547〜位置552のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置559〜位置561のヌクレオチド配列がGGAである場合は、位置562〜位置564のヌクレオチド配列がTTGでなく、同時に位置565〜位置567のヌクレオチド配列がCGNであり;もし位置565〜位置567のヌクレオチド配列がCGCである場合は、位置568〜位置570のヌクレオチド配列がAATでなく;位置568〜位置570のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置574〜位置576のヌクレオチド配列がTTCである場合は、位置577〜位置579のヌクレオチド配列がCAAでなく、同時に位置580〜位置582のヌクレオチド配列がTTRであり;もし位置577〜位置579のヌクレオチド配列がCAAである場合は、位置580〜位置582のヌクレオチド配列がTTAでなく;
もし位置583〜位置585のヌクレオチド配列がAATである場合は、位置586〜位置588のヌクレオチド配列がTGCでなく;位置595〜位置597のヌクレオチド配列がAAAでなく;もし位置598〜位置600のヌクレオチド配列がATTである場合は、位置601〜位置603のヌクレオチド配列がAATでなく;位置598〜位置600のヌクレオチド配列がATAでなく;位置601〜位置603のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置604〜位置606のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置607〜位置609のヌクレオチド配列がAATでなく;位置607〜位置609のヌクレオチド配列がAATでなく;位置613〜位置615のヌクレオチド配列がCCAでなく;もし位置613〜位置615のヌクレオチド配列がCCGである場合は、位置616〜位置618のヌクレオチド配列がATAでなく;もし位置616〜位置618のヌクレオチド配列がATAである場合は、位置619〜位置621のヌクレオチド配列がATAでなく;もし位置619〜位置621のヌクレオチド配列がATAである場合は、位置622〜位置624のヌクレオチド配列がTACでなく;位置619〜位置621のヌクレオチド配列がATTでなく;位置640〜位置645のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置643〜位置645のヌクレオチド配列がTTAである場合は、位置646〜位置648のヌクレオチド配列がATAでなく;もし位置643〜位置645のヌクレオチド配列がCTAである場合は、位置646〜位置648のヌクレオチド配列がATAでなく;位置655〜位置660のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置658〜位置660のヌクレオチド配列がTTAまたはCTAである場合は、位置661〜位置663のヌクレオチド配列がATTまたはATCでなく;位置661〜位置663のヌクレオチド配列がATAでなく;もし位置661〜位置663のヌクレオチド配列がATTである場合は、位置664〜位置666のヌクレオチド配列がAAAでなく;位置670〜位置675のヌクレオチド配列のコドンが、その結果のヌクレオチド配列がATTTAを含まないようになる選択に従って選ばれ;もし位置691〜位置693のヌクレオチド配列がTATである場合は、位置694〜位置696のヌクレオチド配列がAAAでなく;もし位置694〜位置696のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置697〜位置699のヌクレオチド配列がTTGでなく;もし位置700〜位置702のヌクレオチド配列がCCCである場合は、位置703〜位置705のヌクレオチド配列がAATでなく;もし位置703〜位置705のヌクレオチド配列がAATである場合は、位置706〜位置708のヌクレオチド配列がACAまたはACTでなく;もし位置706〜位置708のヌクレオチド配列がACAである場合は、位置709〜位置711のヌクレオチド配列がATAでなく、同時に位置712〜位置714のヌクレオチド配列がAGYであり;ヌクレオチド配列がコドンTTA、CTA、ATA、GTA、TCG、CCG、ACG、およびGCGを含まず;前記ヌクレオチド配列が、GまたはCの群より選択される連続する7個のヌクレオチドから成るGCストレッチを含まず;および前記ヌクレオチド配列が、AまたはTの群より選択される連続する5個のヌクレオチドから成るATストレッチを含まない。
(a)二重鎖切断を細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に引き起こす工程;および
(b)対象の外来性DNAを植物細胞へ導入する工程;
を含み、工程(a)に先立って植物細胞を植物フェノール化合物中でインキュベーションすることを特徴とする方法に関する。
(a)本明細書に別記する方法または従来技術において利用可能な方法に従って、二本鎖DNA切断を、植物細胞のゲノム中のあらかじめ選択された部位に引き起こす工程;および
(b)対象の外来性DNAをマイクロプロジェクタイル撃ち込みによって植物細胞へ導入する工程(ここで前記対象の外来性DNAは、植物ゲノム中のあらかじめ選択された部位に隣接するDNA領域へ少なくとも80%の配列同一性を有する2つのDNA領域に挟まれている)。
このように得られる遺伝子組換え植物の個体数の多くの部分が、植物細胞のゲノム中に外来性DNAの単純な組込みパターンを有し、より詳しくいえば、遺伝子組換え植物のかなりの部分は、1コピーの外来性DNA挿入のみを、植物ゲノム中のあらかじめ選択された部位に隣接する2つのDNA領域の間に正確に有することになる。この部分は、二本鎖DNA切断を引き起こすことなしに、および外来性DNAにあらかじめ選択された部位に隣接するゲノム領域との相同性を与えることなしに、単純なマイクロプロジェクタイル撃ち込みによって植物が得られる場合における単純な組込みパターンを有する遺伝子組換え植物の個体数よりも高い。
(a)本明細書に別記する方法または従来技術において利用可能な方法に従って、植物細胞のゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に二本鎖DNA切断を引き起こす工程;および
(b)対象の外来性DNAをマイクロプロジェクタイル撃ち込みによって植物細胞へ導入する工程(ここで前記対象の外来性DNAは、植物ゲノム中のあらかじめ選ばれた部位に隣接するDNA領域と少なくとも80%の配列同一性を有する2つのDNA領域に挟まれている)、
を含むマイクロプロジェクタイル撃ち込みによる遺伝子組換え植物の産生が、マーカー遺伝子が対象の外来性DNAによって置換された遺伝子組換え植物細胞および植物をもたらすことになる。
配列番号2:I−SceIコード領域のヌクレオチド配列(UIPACコード)。
配列番号3:合成I−SceIコード領域のヌクレオチド配列(UIPACコード)。
配列番号4:合成I−SceIコード領域のヌクレオチド配列。
配列番号5:pTTAM78のT−DNA(標的座位)のヌクレオチド配列。
配列番号6:pTTA82のT−DNA(修復DNA)のヌクレオチド配列。
配列番号7:pCV78のヌクレオチド配列。
4個のアミノ末端アミノ酸が核移行シグナルで置換されたI−SceIのコード領域を、次のプロセスを用いて最適化した:
1.I−SceIタンパク質のアミノ酸配列を変更せずに、Synergy Geneoptimizer(登録商標)を用いて、トウモロコシに対して最も好ましいコドン使用にコドンを変換するプロセス;
2.特異的な制限部位を作成または除去するために配列を調節して、合成I−SceIコード領域をユニバーサルコードのI−SceI遺伝子で交換するプロセス;
3.前躯体mRNAスプライシングに影響する可能性のあるRNAの二次構造形成を回避するために、6bpより長いGCストレッチおよび4bpより長いATストレッチをすべて除去するプロセス;
4.コドンの中の2と3の位置のCGおよびTAという二連コードを回避するプロセス;
5.他の調節要素、例えば未成熟のポリアデニル化シグナルの候補
隠れたイントロンスプライシング部位(AAGGTAAGTおよびTGCAGG)、ATTTA五量体、およびCCAATボックス配列(CCAAT、ATTGG、CGAAT、およびATTCG)を回避するプロセス;
6.適合されたコード領域が上に述べた基準をすべて満たすかどうかを再確認するプロセス。
二本鎖DNA切断が誘導する相同性を介する組換えの分析を発展させるために、核ゲノム中に単一コピーで組み込まれた、I−SceI認識部位が先行しプロモーターを欠くbar遺伝子を含むトウモロコシ細胞の懸濁液を分離した。I−SceIエンドヌクレアーゼをコードする植物で発現可能なキメラ遺伝子の送達、およびbar遺伝子の5’末端に作動可能に連結されたCaMV35Sプロモーターを含む修復DNAの共同送達、による二本鎖DNA切断誘導によって、35Sプロモーターが相同性を介する標的指向DNA挿入により挿入され、その結果ホスフィノトリシン(PPT)に対する耐性を与える機能的なbar遺伝子が得られる。分析を模式的に図1に表わす。
a)ノパリン合成酵素遺伝子からの3’末端終止シグナルおよびポリアデニル化シグナル、
b)プロモーターを欠くbarをコードするDNA領域、
c)I−SceI認識部位を含むDNA領域、
d)A. tumefaciens 遺伝子7からの3’末端終止およびポリアデニル化シグナル(3’g7)、
e)ノパリン合成酵素プロモーター、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子、および3’ocsシグナルを含む植物で発現可能なネオマイシン耐性遺伝子。
このDNA領域を、T−DNAベクターのT−DNA境界間に挿入した。T−DNAベクターをpTTAM78と名付けた(T−DNAのヌクレオチド配列については配列番号5を参照のこと)。
修復DNA、pTTA82は、T−DNA境界間に作動可能に連結された下記のDNA領域を含むT−DNAベクターである:
a)bar遺伝子のアミノ末端部分のみをコードするDNA領域;
b)部分的なI−SceI認識部位(認識部位の5’末端に位置する13個のヌクレオチド)を含むDNA領域;
c)CaMV35Sプロモーター領域;
d)部分的なI−SceI認識部位(認識部位の3’末端に位置する9個のヌクレオチド)を含むDNA領域;
e)A. tumefaciens 遺伝子7由来の3’末端終止およびポリアデニル化シグナル(3’g7);
f)キメラの植物発現可能なネオマイシン耐性遺伝子;
g)CaMV35Sプロモーターの制御下の欠落を有するI−SceIエンドヌクレアーゼをコードする遺伝子。
実施例3に記述した撃ち込みの1週間前に、細胞懸濁液を、200μM アセトシリンゴンを補ったN6M培地またはLSIDhy1.5培地で希釈した。他の点では、実施例3に記述した方法を用いた。次の表に要約された結果からわかるように、形質転換される細胞のアセトシリンゴンとのプレインキュベーションは、標的指向PPT耐性挿入イベントの回収に有益な効果を有した。
修復DNAがAgrobacteriumに媒介される形質転換により送達される、トウモロコシ中へのDSBを介する標的指向配列挿入を解析するために、欠陥I−SceIを実施例1の合成I−SceIコード遺伝子と置換したT−DNAベクターをpTTA82(実施例3を参照のこと)と同様に構成した。T−DNAベクターは、さらにT−DNA境界の外側に、Agrobacterium tumefaciens のvirGおよびvirC(pTCV83)、または、virG、virC、およびvirB(pTCV87)の1コピ−を含んでいた。これらのT−DNAベクターを、ヘルパーTiプラスミドpAL4404を含むLBA4404に挿入し、それによってAgrobacterium 菌株A4995およびA4996がそれぞれ生み出された。
Mahq1VII:100mg/L カゼイン加水分解物、6mM L−プロリン、0.5g/L 2−(N−モルホリノ)エタンスルホン酸(MES)、0.2M マニトール、0.2M ソルビトール、2% 蔗糖、lmg/L 2,4−ジクロロフェノキシ酢酸(2,4−D)、を補ったN6培地 (Chu et al., 1975)、pH5.8に調節し、2.5g/L Gelrite(登録商標)で凝固させた。
表2は、合成I−SceIコード領域に対する好ましい可能なトリヌクレオチドの選択を表わす(配列番号3中のヌクレオチド配列も参照のこと)。
Claims (17)
- 対象の外来性DNAを、植物細胞の核ゲノムのあらかじめ選択された部位へ導入する方
法であって、
(a)二本鎖DNA切断を細胞の核ゲノム中のあらかじめ選択された部位に引き起こす工程;
(b)対象の外来性DNAを植物細胞中へ導入する工程;
を含み、二本鎖DNA切断が、ヌクレオチド配列によってコードされるI−SceIエンドヌクレアーゼをコードする、植物で発現可能な遺伝子の該植物細胞への導入によって導入され、前記ヌクレオチド配列が、配列番号4のヌクレオチド配列、または、ヌクレオチド配列のGC含量が約50%〜約60%であるように、配列番号4の1〜20個のヌクレチドを配列番号3のヌクレオチド配列の中で提供される選択肢のいずれかに置換することにより得られるヌクレオチド配列を含み、ただし、
a)位置121〜位置123のヌクレオチド配列がGAGである場合は、位置124〜126のヌクレオチド配列がCAAでなく;
b)位置253〜位置255のヌクレオチド配列がGACである場合は、位置256〜258のヌクレオチド配列がCAAでなく;
c)位置277〜位置279のヌクレオチド配列がCATである場合は、位置280〜282のヌクレオチド配列がAAAでなく;
d)位置340〜位置342のヌクレオチド配列がAAGである場合は、位置343〜345のヌクレオチド配列がCATでなく;
e)位置490〜位置492のヌクレオチド配列がTCAである場合は、位置493〜495のヌクレオチド配列がACCでなく;
f)位置499〜位置501のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置502〜504のヌクレオチド配列がTCAまたはAGCでなく;
g)位置517〜位置519のヌクレオチド配列がACCである場合は、位置520〜522のヌクレオチド配列がCAAでなく、同時に位置523〜525のヌクレオチド配列がTCNであり;
h)位置661〜位置663のヌクレオチド配列がATTである場合は、位置664〜666のヌクレオチド配列がAAAでなく;
i)位置7〜位置15のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
j)位置61〜位置69のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
k)位置130〜位置138のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
l)位置268〜位置279のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのドストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
m)位置322〜位置333のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
n)位置460〜位置468のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
o)位置13〜位置27のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
p)位置37〜位置48のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
q)位置184〜位置192のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
r)位置214〜位置219のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
s)位置277〜位置285のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
t)位置388〜位置396のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
u)位置466〜位置474のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
v)位置484〜位置489のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
w)位置571〜位置576のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
x)位置598〜位置603のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
y)位置604〜位置609のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
z)位置613〜位置621のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
aa)位置646〜位置651のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
bb)位置661〜位置666のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;および
cc)位置706〜位置714のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれる、
ことを条件とすることを特徴とする方法。 - ヌクレオチド配列が配列番号4のヌクレオチド配列を含む、請求項1記載の方法。
- 対象の外来性DNAが、直接のDNA移入によって前記植物細胞中へ導入される、請求
項1または2記載の方法。 - 前記直接のDNA移入が、対象の外来性DNAでコートされたマイクロプロジェクタイ
ルの撃ち込みにより遂行される、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。 - 前記対象の外来性DNAが、あらかじめ選択された部位に隣接するDNA領域と少なく
とも80%の配列同一性を有するDNA領域と隣接している、請求項1〜4のいずれか1項記載の方法。 - 植物細胞がトウモロコシ細胞である、請求項1〜5のいずれか1項記載の方法。
- トウモロコシ細胞が細胞懸濁液中に含まれる、請求項6記載の方法。
- 前記植物細胞を、工程(a)に先立って植物フェノール化合物中でインキュベーション
する、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。 - 前記植物フェノール化合物が、アセトシリンゴン(3,5−ジメトキシ−4−ヒドロキ
シアセトフェノン)、α−ヒドロキシ−アセトシリンゴン、シナピン酸(3,5ジメトキシ−4−ヒドロキシケイ皮酸)、シリング酸(4−ヒドロキシ−3,5ジメトキシ安息香酸)、フェルラ酸(4−ヒドロキシ−3−メトキシケイ皮酸)、カテコール(1,2−ジヒドロキシベンゼン)、p−ヒドロキシ安息香酸(4−ヒドロキシ安息香酸)、β−レソルシル酸(2,4ジヒドロキシ安息香酸)、プロトカテク酸(3,4−ジヒドロキシ安息香酸)、ピロ没食子酸(2,3,4−トリヒドロキシ安息香酸)、没食子酸(3,4,5−トリヒドロキシ安息香酸)、およびバニリン(3−メトキシ−4−ヒドロキシベンズアルデヒド)、の群より選択される、請求項8記載の方法。 - 前記植物フェノール化合物がアセトシリンゴンである、請求項9記載の方法。
- 前記エンドヌクレアーゼが核移行シグナルを含むことを特徴とする、請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
- I−SceIエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列を含む単離されたDNA
断片であって、前記ヌクレオチド配列が、配列番号4のヌクレオチド配列、または、ヌクレオチド配列のGC含量が約50%〜約60%であるように、配列番号4の1〜20個のヌクレオチドを配列番号3のヌクレオチド配列の中で提供される選択肢のいずれかに置換することにより得られるヌクレオチド配列を含み、ただし
a)位置121〜位置123のヌクレオチド配列がGAGである場合は、位置124〜126のヌクレオチド配列がCAAでなく;
b)位置253〜位置255のヌクレオチド配列がGACである場合は、位置256〜258のヌクレオチド配列がCAAでなく;
c)位置277〜位置279のヌクレオチド配列がCATである場合は、位置280〜282のヌクレオチド配列がAAAでなく;
d)位置340〜位置342のヌクレオチド配列がAAGである場合は、位置343〜345のヌクレオチド配列がCATでなく;
e)位置490〜位置492のヌクレオチド配列がTCAである場合は、位置493〜495のヌクレオチド配列がACCでなく;
f)位置499〜位置501のヌクレオチド配列がAAAである場合は、位置502〜504のヌクレオチド配列がTCAまたはAGCでなく;
g)位置517〜位置519のヌクレオチド配列がACCである場合は、位置520〜522のヌクレオチド配列がCAAでなく、同時に位置523〜525のヌクレオチド配列がTCNであり;
h)位置661〜位置663のヌクレオチド配列がATTである場合は、位置664〜666のヌクレオチド配列がAAAでなく;
i)位置7〜位置15のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
j)位置61〜位置69のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
k)位置130〜位置138のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
l)位置268〜位置279のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのドストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
m)位置322〜位置333のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
n)位置460〜位置468のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、GまたはCの群からの連続する7個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
o)位置13〜位置27のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
p)位置37〜位置48のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
q)位置184〜位置192のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
r)位置214〜位置219のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
s)位置277〜位置285のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
t)位置388〜位置396のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
u)位置466〜位置474のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
v)位置484〜位置489のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
w)位置571〜位置576のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
x)位置598〜位置603のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
y)位置604〜位置609のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
z)位置613〜位置621のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
aa)位置646〜位置651のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;
bb)位置661〜位置666のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれ;および
cc)位置706〜位置714のヌクレオチド配列のコドンが、その結果生じるヌクレオチド配列が、AまたはTの群からの連続する5個のヌクレオチドのストレッチを含まないようになる選択に従って選ばれる、
ことを条件とする、DNA断片。 - 1の位置のみが配列番号4のヌクレオチド配列と異なるヌクレオチド配列を含むことを
特徴とする、請求項12記載の単離されたDNA断片。 - 10の位置のみが配列番号4のヌクレオチド配列と異なるヌクレオチド配列を含むこと
を特徴とする、請求項12記載の単離されたDNA断片。 - 配列番号4のヌクレオチド配列を含む、単離されたDNA断片。
- 植物で発現可能なプロモーターに作動可能に連結された請求項12〜15のいずれか1項記載の単離されたDNA断片を含む、キメラ遺伝子。
- 外来性DNAを、植物ゲノムのI−SceI認識部位に挿入するための、請求項16記載のキメラ遺伝子の使用。
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