JP4709990B2 - Dnaへのランダム変異導入方法 - Google Patents
Dnaへのランダム変異導入方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4709990B2 JP4709990B2 JP2005088811A JP2005088811A JP4709990B2 JP 4709990 B2 JP4709990 B2 JP 4709990B2 JP 2005088811 A JP2005088811 A JP 2005088811A JP 2005088811 A JP2005088811 A JP 2005088811A JP 4709990 B2 JP4709990 B2 JP 4709990B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- dna
- fragment
- strand
- bases
- random
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Leung, D. W., Chen, E. and Goeddel, D. W., A method for random mutagenesis of a defined DNA segment using a modified polymerase chain reaction. Techniques, 1, 11-15 (1989). Miyazaki, K. and Arnold, F. H., Exploring nonnatural evolutionary pathways by saturation mutagenesis: Rapid improvement of protein function. J. Mol. Evol., 49, 716-720 (1999). Stemmer, W. P. C., Rapid evolution of a protein in-vitro by DNA shuffling. Nature, 370, 389-391 (1994). Pascarella, S. and Argos, P., Analysis of Insertions Deletions in Protein Structures. J. Mol. Biol., 224, 461-471 (1992). Murakami, H., Hohsaka, T. and Sisido, M., Random insertion and deletion of arbitrary number of bases for codon-based random mutation of DNAs. Nat. Biotechnol., 20, 76-81 (2002). Osuna, J., Yanez, J., Soberon, X. and Gaytan, P., Protein evolution by codon-based random deletions. Nucleic Acids Res., 32, e136 (2004). Hallet, B., Sherratt, D. J. and Hayes, F., Pentapeptide scanning mutagenesis: Random insertion of a variable five amino acid cassette in a target protein. Nucleic Acids Res., 25, 1866-1867 (1997). Pikkemaat, M. G. and Janssen, D. B., Generating segmental mutations in haloalkane dehalogenase: a novel part in the directed evolution toolbox. Nucleic Acids Res., 30, e35 (2002).
(1) 以下の工程を含むDNAへのランダム変異導入方法。
(a) 対象とするDNA鎖をランダムな部位で切断し、DNA断片を得る工程
(b) 得られたDNA断片の3'末端に複数個の塩基を付加する工程
(c) 塩基を付加した3'末端から、外来の鋳型DNA鎖の存在下または非存在下において、DNAポリメラーゼによりDNA鎖を伸長させる工程
(2) 外来の鋳型DNA鎖を除去する工程をさらに含む、(1)に記載の方法。
(3) 外来の鋳型DNA鎖が、含ウラシルDNA、メチル化DNA、末端ビオチン化 DNAのいずれかを含むDNA鎖である、(2)に記載の方法。
(4) 対象となるDNA鎖が、二本鎖または一本鎖である、(1)〜(3)のいずれに記載の方法。
(5) DNA断片の3'末端に付加する塩基が、デオキシリボ核酸またはデオキシリボ核酸類縁体である、(1)〜(4)のいずれかに記載の方法。
(6) DNA断片の3'末端に付加する塩基数が5〜50塩基である、(1)〜(5)のいずれかに記載の方法。
(7) DNA断片の3'末端への塩基の付加が、ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、またはRNAリガーゼのいずれかを用いて行われる、(1)〜(6)のいずれかに記載の方法。
(実施例1)DNA 配列へのランダム変異導入
(1) ターゲット遺伝子の調製
pUC19 の2661-2686-1-480 位のDNA配列をターゲット遺伝子として、ランダム変異導入を行った。まず、プラスミドpUC19 上の2661-2686-1-480位のDNA配列をPCR法で増幅した。反応溶液の組成は、20 pg/μL pUC19, 0.02 U/μL TOYOBO社製 KOD plus DNA ポリメラーゼ, 1×添付バッファー, 0.2 mM dNTP, 1 mM MgSO4, 0.3 pmol/μLプライマー1:5'-TAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTC-3'(配列番号1)およびプライマー2:5'-ATTACGCCAAGCTAGCATGCCTGCAGGTCG-3'(配列番号2)とした。なお、プライマー1は、pUC19の2661-2686位のDNA配列の相補鎖に相当し、プライマー2は、pUC19の431-460位のDNA配列の相補鎖に相当する(ただし447位にA-T変異を持つ)。
(2) プラスミドベクターの調製
上記のターゲット遺伝子をプラスミドに組み込むためのベクターとして、pUC19 の 431-2680 位のDNA配列をPCR増幅した。PCRの条件としては、プライマー1および2の代わりにプライマー3:5'-ATTACGCCAAGCTAGCATGCCTGCAGGTCG-3'(配列番号3)とプライマー4:5'-AGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGG-3'(配列番号4)を用いる点、温度条件中の68℃で保持する時間を2分にする以外は、前記のターゲット遺伝子の増幅と同じであった。なお、プライマー3は、pUC19の431-460位のDNA配列の相補鎖に相当し(ただし447位にA-T変異を持つ)、プライマー4は、pUC19の2651-2680位のDNA配列の相補鎖に相当する。生成物をキアゲン社の QIAprep PCR Purification kit を用いて精製した。DNA 濃度は64ng/μLであった。
(3) ターゲット遺伝子への変異導入
前記のターゲット遺伝子(pUC19の2661-2686-1-480 位のDNA配列)の増幅産物22μgを、1mLのDNaseI溶液(50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 10 mM MnCl2, 0.5 U/mL TaKaRa 社製 DNaseI)に加え、16℃で10分インキュベートすることにより断片化した。反応後、0.5 M EDTAを40μL加えて反応を停止して、MinElute Reaction Cleanup kit を用いて精製し、200μLの精製産物を得た。DNA濃度は12ng/μLであった。2% アガロースゲル上で電気泳動することにより断片の長さを調べたところ、平均 100bp 程度であった。従って、生成物のモル濃度は、約0.18 pmol/μLと推定された。
Claims (4)
- 以下の工程を含むDNAへのランダム変異導入方法。
(a) 対象とする二本鎖のDNA鎖をランダムな部位で切断し、二本鎖のDNA断片を得る工程
(b) 得られたDNA断片の3'末端に複数個の塩基を付加する工程
(c) 塩基を付加した3'末端から、外来の鋳型DNA鎖の非存在下において、DNAポリメラーゼによりDNA鎖を伸長させる工程 - DNA断片の3'末端に付加する塩基が、デオキシリボ核酸またはデオキシリボ核酸類縁体である、請求項1に記載の方法。
- DNA断片の3'末端に付加する塩基数が5〜50塩基である、請求項1または2に記載の方法。
- DNA断片の3'末端への塩基の付加が、ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェ
ラーゼ、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、またはRNAリガーゼのいずれかを用いて行われる、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2005088811A JP4709990B2 (ja) | 2005-03-25 | 2005-03-25 | Dnaへのランダム変異導入方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2005088811A JP4709990B2 (ja) | 2005-03-25 | 2005-03-25 | Dnaへのランダム変異導入方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2006262838A JP2006262838A (ja) | 2006-10-05 |
JP4709990B2 true JP4709990B2 (ja) | 2011-06-29 |
Family
ID=37199421
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2005088811A Expired - Fee Related JP4709990B2 (ja) | 2005-03-25 | 2005-03-25 | Dnaへのランダム変異導入方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP4709990B2 (ja) |
-
2005
- 2005-03-25 JP JP2005088811A patent/JP4709990B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2006262838A (ja) | 2006-10-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2018529326A (ja) | 核酸ガイド化ヌクレアーゼをベースとした系を使用する核酸の捕捉 | |
JP7025552B2 (ja) | 無細胞系でdnaを編集する方法 | |
CA2584984A1 (en) | Methods for assembly of high fidelity synthetic polynucleotides | |
JP2009518013A (ja) | エラーが最小化された核酸分子の合成 | |
JP2005507641A (ja) | ヘテロ二本鎖の相補性を増大させる方法 | |
US20220364067A1 (en) | Base editing enzymes | |
AU2003267008B2 (en) | Method for the selective combinatorial randomization of polynucleotides | |
JP5390076B2 (ja) | Pcrを用いた変異導入方法 | |
JP2004509628A (ja) | 組換えポリヌクレオチドの製造方法 | |
JP4709990B2 (ja) | Dnaへのランダム変異導入方法 | |
WO2008131580A1 (en) | Site-directed mutagenesis in circular methylated dna | |
US10344317B2 (en) | Method and a sequence combination for producing nucleic acid fragments | |
JP2023509618A (ja) | 遺伝子変異ライブラリーを構築する方法 | |
CA2962254C (en) | Composition and method for processing dna | |
Kim et al. | Profiling Genome-wide specificity of CRISPR-Cas9 using digenome-seq | |
WO2023191034A1 (ja) | 配列エラーの減少した二本鎖dnaの製造方法 | |
JP4304328B2 (ja) | Dnaの変異導入法 | |
EP1548113B1 (en) | A method for obtaining circular mutated and/or chimaeric polynucleotides | |
JP4681129B2 (ja) | 核酸末端領域の非対称的修飾法 | |
WO2003040376A1 (en) | Method for site-directed mutagenesis of nucleic acid molecules using a single primer | |
JP2008109875A (ja) | 簡便で確実な変異導入方法 | |
US20040132054A1 (en) | Method for the selective combinatorial randomization of polynucleotides | |
JP2000197493A (ja) | 末端ホモポリマ―部を除いた2本鎖dnaの調製方法及び塩基配列決定方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20060919 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20061013 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080204 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20101005 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20101111 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20110215 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20110223 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 4709990 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |