JP4440905B2 - 多発性嚢胞腎1型遺伝子及びその使用 - Google Patents
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Description
以下に述べる文献の全てを、本説明の最後に全て列記し、これを全体として引用により本明細書中に取り込む。文脈が特に明示しない限り、PBP 遺伝子、転写物、配列、タンパク質その他への言及は、それぞれ、PKD1遺伝子、転写物、配列、タンパク質その他を言及するものと読まれることができる。
従って、1の態様においては、本発明は、単離、精製又は組換え核酸配列であって:
(a)PKD1遺伝子又はその相補的ストランド、
(b)上記(a)において定めた分子の実質的な部分と実質的に相同であり、又はそれにハイブリダイズすることができる配列、
(c)上記(a)又は(b)において定めた分子の断片、を含んで成るものを提供する。特に、PKD1遺伝子が図7及び/又は10に記載の部分的核酸配列をもつような配列を提供する。それ故、本発明は:
(a)PKD1遺伝子又はその相補的ストランド、
(b)上記(a)において定めた分子の実質的な部分と実質的に相同であり、又はそれにハイブリダイズすることができる配列、
(c)図7の部分配列をもつポリペプチドをコードする分子、
(d)上記(a)における分子に対応するゲノムDNA ;及び
(e)上記(a),(b),(c)又は(d)のいずれかにおいて定めた分子の断片、
から選ばれたDNA 分子を含む。
(d)〔OX114 〕図7に定めるような塩基対1746−2192が欠失されており(446塩基対);
(b)〔OX32〕図7に定めるような塩基対3696−3831がスプライシング欠陥により欠失されており;
(c)〔OX875 〕図3aに示す2つの XbaI部位により隣接された約5.5kb が欠失されており、そしてCW10(41kb)とJH1(18kb)部位を分離するEcoRI部位がそれにより非存在であり;
(d)〔WS53〕図6に示すJH1とCW2及びSM6とJH17部位の間にわたる約100kb 、そしてPKD1遺伝子がそれにより非存在であり、その欠失がSM6とJH13の間に近接して横たわり;
(e)〔461 〕18塩基対が、図11に示すような3′配列の3696位におけるプライマー対3A3 C 挿入物により増幅された75塩基対のイントロン内で欠失され;
(f)〔OX1054〕20塩基対が、図11に示すような3′配列の3696位におけるプライマー対3A3 C 挿入物により増幅された75塩基対のイントロン内で欠失され;
(g)〔WS212 〕約75kbが、図12に示すようにSM9−CW9の遠位とPKD1 3′UTR 近位の間で欠失され;
(h)〔WS−215 〕約160kb が、図12に示すようにCW20とSM6−JH17の間で欠失され;
(i)〔WS−227 〕約50kbが、図12に示すようにCW20とJH11の間で欠失され;
(j)〔WS−219 〕約27kbが、図12に示すようにJH1とJH6の間で欠失され;
(k)〔WS−250 〕約160kb が、図12に示すようにCW20とBLu24の間で欠失され;
(l)〔WS−194 〕約65kbがCW20とCW10の間で欠失されている、配列から選ばれたものを含んで成る核酸配列をさらに提供する。
を含んで成る方法を提供する。
AH3 F9 : AH3 B7
3A3 C1 : 3A3 C2
AH4 F2 : JH14 B3
A.患者から生物学的組織又は生検サンプルを採取し;
B.第1セットの結果を得るために上記サンプル中のPKD1 DNA,PKD1 mRNA 及び/又はPKD1タンパク質の存在を検出しそして/又はその特性を評価し;
C.その失調の疑いのない個体の同一又は類似の方法論を使用して得られた第2セットの結果と上記第1セットの結果を比較し;そして上記第1セットの結果と第2セットの結果が、PKD1 DNAが欠失され、失われ、異常であり、突然変異され、又はPKD1タンパク質を発現しない場合に、それが、患者がその失調を顕出する存在、素因又は傾向を示す、
を含んで成る。
他方において、上記方法の段階Cは:
C.上記失調又は上記失調(複数)の少なくとも1をもつことが知られている個体における同一又は類似の方法論を使用して得られた第2セットの結果と上記第1セットの結果を比較し;そして第1セットと第2セットの結果が実質的に同一である場合、これが、その患者におけるPKD1 DNAが欠失され、突然変異され又は正常なPKD1タンパク質を発現しないことを示す、
により変更される。
A.上記被験者のPKD1遺伝子内のエクソンの各々を増幅し;
B.その増幅されたエクソンの相補的ストランドを変性させ;
C.その変性された別個の相補的ストランドを希釈して、各1本鎖DNA 分子が2次構造コンホメーションを保証することを許容し;
D.非変性条件下、そのDNA 分子を電気泳動に供し;
E.正常又はPKD1ヘテロ接合遺伝子型のいずれかをもつ対照個体からの同一の増幅されたエクソンを含む1本鎖分子の電気泳動パターンと、上記1本鎖分子の電気泳動パターンを比較し;そして
F.上記対照個体のDNA から得たパターンとは異なる電気泳動パターンをもついずれかの増幅された生成物を配列決定する、
を含んで成る方法を提供する。
AH3 F9 : AH3 B7
3A3 C1 : 3A3 C2
AH4 F2 : JH14 B3
の中の少なくとも1を含んで成ることができる。
図面の詳細な説明
ADPKD 関連転座
PKD1遺伝子の同定のための主要な指針(pointer)を、ADPKD とTSC の両方をもつポルトガル家系(家族77)により提供する。細胞遺伝学的分析は、母、77−2が均衡転座、46XX t(16;22)(p13.3;q11.21)をもち、これが彼女の娘、77−3に遺伝したことを示した。この息子、77−4は、不均衡核型(Karyotype)、45XY−16−22+der (16) (16qter−−>16p13.3::22q11.21 −−>2qter)をもち、そしてそれ故、16p13.3−−>16pter並びに22q11.21−−>22pterについて一染色体的である。この個体は、TSC の臨床的表現型をもち(実験手順参照);最も妥当な説明は、16p13.3内に位置するTSC2座が上記不均衡核型内で欠失されているということである。
CW21とN54間の領域(図1a)が第16染色体の短腕上のより近位の部位において2倍化されたことが先に記されている(Germino, etal., 1992 ; European Chromoseme 16 Tuberous Sclerosis Consortium, 1993) 。図2は、この2倍化領域からのコスミド、CN10III が16p上の2点;遠位の、PKD1領域及び16p13.1内に位置する近位部位にハイブリダイズすることを示している。この2倍化領域の構造は、16p13.1内で2−4図反復された16p13.3内に1回存在する各断片との複合体である(図2参照)。16p13.3内の2倍化領域にわたるコスミドをサブクローン化し(詳細については図3aと実験手順を参照のこと。)、そして制限酵素地図を作成した。PKD1領域のゲノム地図を放射ハイブリッド、すなわち、16pの遠位部分を含むが16p13.1内の2倍化部位を含まないHyl45.19を使用して構築した。
上記77破断点の局在化は、PKD1遺伝子のための候補の探索のための正確な領域を同定した。TSC2遺伝子の探索の間、我々は、ゲノム断片CW23とCW21にマップされたcDNAs 3A3とAH4内に部分的に表される大きな転写物(〜14kb)を含むTSC に関連しない他の転写物を同定した(図3a)。この転写物をコードしている遺伝子の方向を、cDNA,AH4:この遺伝子の3′末端はTSC 遺伝子にひじょうに接近して、尾対尾の方向で横たわる、の中のポリA域(tract)の同定により決定した(European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium, 1993) 。この遺伝子が転座破断点を交差するかどうかを決定するために、重複領域内からのそしてその破断点に隣接するゲノム・プローブをノーザン・ブロットにハイブリダイズした。JH5とJH13の間の上記破断点の両側からのプローブは14kbの転写物を同定した(図3a及び詳細について以下参照)。それ故、先に3A3といわれたが現在PBP 遺伝子といわれるこの遺伝子は、上記77破断点にわたって及び、そして結論としてPKD1遺伝子の候補であった。PBP cDNA contig の範囲を増加させるために歩行を開始し、そしていくつかの新規cDNAs を、単一コピー(非2倍化)領域からのプローブを使用して同定した(詳細については実験手順参照)。2倍化した領域内に〜2kbを含んで〜5.7kb に及ぶcDNA contig を、構築した(図3a)。
PBP 遺伝子の発現パターンの最初の研究を、単一コピー領域内に全体が位置するcDNAs(例えば、AH4と3A3)を用いて企てた。図4aは、〜14kb転写物が、さまざまな組織特異的セルラインにおいてA3A を用いて同定した。これ及び他のノーザン・ブロットから、我々は、PBP 遺伝子が、しばしば低レベルにあるけれども、テストしたセルラインの企てにおいて発現されたと結論付けた。最高レベルの発現を示す2つのセルラインは、線維芽細胞と星状細胞腫、G−CCM から得られたセルラインであった。かなりのレベルの発現が、腎臓(G401)と肝臓(Hep3B)から得られたセルライン内でも得られた。ノーザン・ブロッティングによる組織サンプル中でのPBP 遺伝子の計測は困難であることが証明された。なぜなら、このような大きな転写物は、小さなRNA 分離を受け易いからである。しかしながら、単一コピー領域内に位置する遺伝子の領域を使用する、RNAse 保護検定による最初の結果(実験手順参照)は、正常及び多発性嚢胞腎から得られた組織内でのPBP 遺伝子の中程度のレベルの発現を示した(データを示さず)。PBP 遺伝子の広い発現は、ADPKD の全身的性質と矛盾しない。
新たなcDNAs を、2倍化領域に位置するゲノム断片、JH4とJH8を用いて同定した(図3a及び実験手順参照)。しかしながら、これらのcDNAs がノーザン・ブロットにハイブリダイズしたとき、3A3を用いて見られるよりもより複雑なパターンが観察された。上記〜14kb PBP転写物と同様に3つの他の部分的に相同な転写物が同定され、相同遺伝子−A(HG−A;〜21kb)、HG−B(〜17kb)及びHG−C(8.5kb)と命名された(図4b)。これらの結果のために2つの可能性のある説明が存在し、HG転写物がPBP 遺伝子の他のスプライスされた形態であったか、又はHG転写物が16p13.1内に位置する遺伝子によりコードされていたかのいずれかである。HG座のゲノム位置を決定するために、1のHG cDNA(HG−4/1.1)の3′末端からの断片を単離した。HG−4/1.1 は全ての3つのHG転写物にハイブリダイズしたがPBP 転写物にはハイブリダイズせず、そしてハイブリッド・パネル上で、それは、(PKD1領域ではなく)16p13.1に位置決めされた。これらの結果は、HG転写物の全てが、互いに、PBP 転写物との相同性をもつ領域の外側に関連付けられ、そしてHG座が近位(16p13.1)に位置することを示している。
PBP 遺伝子は、染色体上の近位〜遠位方向において、77転座破断点により破壊される領域を横切って転写されたので(図3a)、PBPプロモーターから始まる新規転写物がこの家族において見られるであろうことが可能であった。図4cは、上記破断点に対し主に近位に位置するPBP 転写物に対するプローブを使用して、その転座のder(16)生成物から得られた約9kbの新規転写物(PBP−77)が検出されたことを、示している。面白いことに、 PBP−77転写物は、正常PBP 生成物よりも高いレベルを発現するようである。これらの結果は、77転座がPBP 遺伝子を破壊し、そしてこれがPKD1遺伝子であるという仮説を支持することを確信させた。
PBP 遺伝子がPKD7座において欠陥遺伝子であることを証明するために、我々は、典型的なADPKD をもつ患者における突然変異についてこの領域を分析した。PBP 遺伝子の3′末端は、最も研究し易かった。なぜなら、それが、その2倍化領域の外側に位置するからである。この領域をスクリーニングするために、282 人の明らかに無関係のADPKD 患者からのDNA のBamHI消化物を、プローブ1A1H.6とハイブリダイズさせた(図3a参照)。さらに、PBP 遺伝子のかなりの部分を含む大きなEcoRI断片(41kb)を、プローブCW10を用いて、167 のADPKD 患者におけるフィールド・インバージョン・ゲル電気泳動(FIGE)により検定した。2つのゲノム再編成を、これらの手順によりADPKD 患者において同定し;各々を両方の方法により同定した。
TSC2とPKD1遺伝子を破壊する欠失
さらに、我々は、典型的なPKD1家族において同定された上記遺伝子の2つのさらなる突然変異を特徴付けた。両ケースにおいて、この突然変異は、プライマー対3A3 C により増幅された75塩基対イントロン内の欠失である(European Polycystic kidney Disease Consortium, 1994)。これらの欠失は、患者461 とOX1054において、それぞれ、18塩基対と20塩基対をもつ。これらの欠失は、そのエクソン/イントロン境界に隣接する高保存配列を破壊しないけれども、それらは、その転写物の異常なスプライシングをもたらす。両ケースにおいて、2つの異常なmRNAs 、正常なものよりも大きなものと小さなものが作り出される。これらのcDNAs の配列決定は、より大きな転写物が欠失されたイントロンを含み、そしてまた、461 において57塩基対のイン−フレーム挿入をもち、一方、OX1054が、55塩基対のフレーム・シフト挿入をもつことを示した。より小さな転写物は、上記欠失イントロンに先行するエクソン内の潜在スプライス部位の活性化により、そして両患者において66塩基対のイン−フレーム欠失をもたらす。PKD1患者におけるこの遺伝子の2つの追加の突然変異の立証は、これがPKD1遺伝子であることをさらに確信させる。
PKD1遺伝子をさらに特徴付けするために、進化的保存を、Zoc ブロッティングにより分析した。単一コピー、3′領域(3A3)及び上記2倍化領域(JH4,JH8)からのプローブを使用して、PKD1遺伝子は、ウマ、イヌ、ブタ及びげっ歯類を含む他の哺乳動物種内で保存されていた(データを示さず)。関連配列の証拠は、正常ストリンジェンシーにおけるハイブリダイゼーションにより、ニワトリ、カエル又はキイロショウジョウバエ属(drosophila) において見られた。保存の程度は、単一コピー又は2倍化領域からのプローブが使用されたとき、同様であった。
患者の臨床的詳細事項
家族77
77−2と77−3は、それぞれ、48と17歳であり、そして典型的なADPKD をもつ。両者は、両側の多発性嚢胞腎をもち、そして77−2は、腎機能が低下している。いずれの患者も、臨床及び眼科学的検査又はその脳のCTスキャンにより、(嚢胞腎とは別の)いずれのTSC の徴候を顕出しない。
OX875 はADPKD からESRDに進行し、年齢46である。腎機能における進行性減退が17年間にわたり観察された;超音波検査は、広汎性の低い肝嚢胞疾患をもつ拡大性多発性嚢胞腎を立証した。両方の腎臓が腎移植後に取り出され、そして病理学的検査が、1920gと3450g(正常平均 120g)の重さの腎臓中に典型的な嚢胞疾患を示した。
DNA 抽出、制限酵素消化、電気泳動、サザン・ブロッティング、ハイブリダイゼーション及び洗浄を、先に記載されたように(Harris, et al., 1990) 又は標準的な方法により行った。FIGEを、25−50kbから断片を分離するためにプログラム5を使用してBiorad FIGE Mapperを用いて行った。PFGEについての高分子量DNA を、アガロース・ブロック中で単離し、そして適当な条件を使用してBiorad CHEF DRII機器上で分離した。
本研究に使用されたDNA プローブの多くは先に記載されている:MS205.2 (D16S309 ; Royle, et al., 1992) ; GGG1 (D16S259 ; Germino, et al., 1990);N54 (D16S139 ; Himmelbauer, et al., 1991);SM6 (D16S665), CW23, CW21、及びJH1 (European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium, 1993)。1倍体分析のためのマイクロサテライト・プローブは、KG8とW5.2(Snarey, et al., 1994),SM6,CW3及びCW2(Peral, et al., 1994), 16AC2.5 (Thompson, et al., 1992);SM7(Harris, et al., 1991), VK5AC (Aksentijevich, et al., 1993)であった。
コスミドを、第16染色体特異的、かつ、全てのゲノム・ライブラリーから単離し、そしてcontigを、先に記載された(European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium, 1993) 方法及びライブラリーを使用して構築した。コスミドが、最初に(2倍化16p13.1領域ではなく)その16p13.3領域から得られることを確保するために、その単一コピーからのプローブ(例えば、CW21及びN54)を、ライブラリーをスクリーニングするために使用した。2つのコスミド、CW10III とJC10.2B が、上記2倍化領域内に全て位置決め(mapped) された。これらがPKD1領域由来であることを確立するために、それらについて制限地図を作成し、そしてプローブCW10とハイブリダイズさせた。検出された断片サイズを、16p13.3領域だけを含むハイブリッド(Hy145.19) 又は16p13.1領域だけを含むハイブリッド(P−MWH2A)を用いて得られた結果と比較した。
FISHを、本質的に先に記載したように(Buckle and Rack, 1993)行った。このハイブリダイゼーション混合物は、100ng のビオチン−II−dUTP標識コスミドDNA と2.5mg ヒト cot−1 DNA(BRL)を含んでおり、これを、42℃における一夜のハイブリダイゼーションに先立って変性させ、そして37℃においてアニールした。ストリンジェントな洗浄後、ハイブリダイゼーションの部位を、フルオレセイン−結合アビジン(5mg/ml)とビオチン化抗−アビジン(5mg/ml)の連続層(Vector Laboratories)により検出した。スライドを、1mg/mlのプロピジウム・ヨージド(propidiumiodide)と1mg/mlの4′,6−ジアミジノ−2−フェニルインドール(DAPI)を含むVectashield (Vector Laboratories) 中に置き、UV光下同時G−バンド分析に供した。結果を分析し、そして画像を、 Bio−Rad MRC 600 共焦レーザー走査顕微鏡を使用して撮影した。
lファージ内の胎児脳cDNAs ライブラリー(Clonetech and Stratagene) を、(CW23とCW21に等価な)単一コピー領域内のゲノム断片を用いて、又はAH3の0.8kb の PvuII−EcoRI単一コピー断片を用いて、標準的な方法によりスクリーニングした。6つのPBP cDNAs であって、2つの先に記載された、AH4(1.7kb)、3A3 (2.0kb) (European Chnomosome 16 Tuberous Sclerosis Cousortium, 1993) 、並びに4つの新規cDNAs AH3(2.2kb),AH6(2.0kb),A1C (2.2kb) 及びB1E (2.9kb) を含むものを特徴付けた。Striatamライブラリー(Stratagene) を、JH4を用いてスクリーニングし、そしてHG−C cDNA, 11BHS21 (3.8kb)を単離した;21p.9は、このcDNAの0.9kb PvuII−EcoRIサブクローンである。HG−A又はHG−B cDNA,HG−4(7kb)も、JH8を用いた胎児脳ライブラリー(Stratagene) のスクリーニングにより単離した。HG−4/1.1 は、HG−4の3′末端からの1.1kb PvuII−EcoRI断片である。1A1H.6は、上記Clonetech ライブラリーから単離された、TSC2 cDNA,1A−1(1.7kb)の0.6kb HindIII −EcoRIサブクローンである。各cDNAを、Blue script にサブクローニングし、そしてDyeDeoxy Terminators (Applied Biosystems) とADI 373 A DNA Sequencer (Applied Biosystems)を使用して、又は“Sequenase ”T7 DNAポリメラーゼ(USB)を用いて手動により、逐次的切断とオリゴヌクレオチドプライマーとの組合せを使用して配列決定した。
全RNA を、Chomczynski and Sacchi (1981) の方法によりセルラインと組織から単離し、そしてPolyAT域mRNA Isolation System (Promega) を使用してmRNAの濃縮を行った。RNA 電気泳動のために、 0.5%アガロース変性ホルムアルデヒド・ゲルを使用し、これをノーザン・ブロットし、ハイブリダイズさせ、そして標準的な手順により洗浄した。0.24−9.5kb RNA (Gibco BRL) サイズ標準を使用し、そして全線維芽細胞RNA 内の13kb Utrophin 転写物(Love, et al., 1989) への上記プローブ(1−9B3)のハイブリダイゼーションを、その大きな転写物のためのサイズ・マーカーとして使用した。
バッファー(Dode, et al., 1990) を含むDMSO中で以下のプライマー:
AH3 F9 5′TTT GAC AAG CAC ATC TGG CTC TC 3′
AH3 B7 5′TAC ACC AGG AGG CTC CGC AG 3′
並びに:94℃,1分間;61℃,1分間;72℃,2分間の36サイクルプラス10分間の最終的伸長を使用した。OX32 cDNA 及びDNA を増幅するために使用した3A3 C プライマーは:
3A3 C1 5′CGC CGC TTC ACT AGC TTC GAC 3′
3A3 C2 5′ACG CTC CAG AGG GAG TCC AC 3′
であった。
配列決定するためのPCR 生成物を、 Pfu−1(Stratagene) を用いて増幅し、そして Srf−1の存在中 PCR−Script (Stratagene)内の Srf−1部位内にライゲートした。
正常及び最終段階多発性嚢胞腎からの組織を、グアニジニウム・チオシアネート(guanidinium thiocyarate)中で直ちにホモジェナイズした。RNA を塩化セシウム勾配上で精製し、そして30mgの全RNA を、上記3A3, Cプライマーを用いて作ったゲノム鋳型を使用してMelton, et al., (1984)の方法によるRNAase保護により検定した。
ヘテロ2本鎖分析を本質的にKeen et al (1991) により記載されたように行った。サンプルを、3A3, Cプライマーを用いてゲノムDNA から増幅し、そして5分間95℃において加熱し、そしてHydrolink ゲル(AT Biochem) 上にローディングする前少なくとも30分間含浸においてインキュベートした。Hydrolink ゲルを 250Vにおいて12−18時間走らせ、そして断片を、臭化エチジウムによる染色後に観察した。
ホルマリン固定した、パラフィン・ウックス埋め込み腎組織からのDNA を、Wright and Maros (1990) の方法により調製した。但し、55℃における一夜のプロティナーゼK消化の後に、そのDNA を、エタノール沈降前に、フェノール・プラス・クロロホルムを用いて抽出した。約50ngのDNA を、1.5mM MgCl2 並びに40サイクルの、94℃1分間、59℃1分間及び72℃40秒間、プラス72℃における10分間伸長を用いたPCR のために使用した。OX875 のゲノム欠失を横断して増幅させるために改作されたオリゴヌクレオチド・プライマーは:
AH4F2 : 5′− GGG CAA GGG AGG ATG ACA AG −3′
JH14B3: 5′− GGG TTT ATC AGC AGC AAG CGG−3′
であり、これは、OX875 欠失をもつ個体内に〜220 塩基対の生成物を作り出した。
3′RACEを本質的に記載されたように(European Polycystic Kidney Disease Consortium (1994)) 遂行した。逆転写を、先に記載された条件(Fronman et al., (1988)) を使用して、 0.5μgのハイブリッドdT17アダプター・プライマーを用いて5μg全RNA をもって行った。特定の3′RACE生成物を、プログラム:57℃,60秒間;72℃,15分間及び30サイクルの95℃,40秒間;57℃,60秒間;72℃,60秒間プラス72℃,10分間を使用して、0.5mM MgCl2 中でプライマーF5 adnアダプター・プライマーを用いて増幅した。この増幅された生成物を、TAクローニング・システム(Invitrogen) を使用してクローン化し、そして常法により配列決定した。
Claims (6)
- PKD1関連失調キャリアーであるか又はPKD1関連失調をもつと疑われる患者からの生物学的サンプル中の、核酸の配列をもつPKD1 DNA又はPKD1 RNAの存在を検出する方法であって、当該存在は、PKD1関連失調キャリアーであるか又はPKD1関連失調をもつ患者を指標し、ここで、該核酸は、以下の:
(a)〔OX114〕配列番号3の内の塩基対1746〜2192が欠失されているもの(446bp);
(b)〔OX32〕配列番号3の内の塩基対3696〜3831がスプライシング欠陥により欠失されているもの;
(c)〔OX875〕以下の制限酵素地図:
(d)〔WS53〕European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium 1993に記載されるJH1プローブに相当する遺伝子座とEuropean Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium 1993に記載されるCW21プローブに相当する遺伝子座と、D16S665と命名されたSM6プローブに相当する遺伝子座とJH17部位との間に延びる100kbが以下の制限酵素地図:
から選ばれる突然変異PKD1遺伝子を含む核酸、又は以下の:
(a)〔461〕以下の制限酵素地図(A)に示す3′配列の3696位において、以下のプライマー対3A3C挿入物:
3A3 C1 5′ CGC CGC TTC ACT AGC TTC GAC 3′、
3A3 C2 5′ ACG CTC CAG AGG GAG TCC AC 3′により増幅された75bpイントロン内で、18bpが欠失されたもの;
(b)〔OX1054〕以下の制限酵素地図(A)に示す3′配列の3696位において、以下のプライマー対3A3C挿入物:
3A3 C1 5′ CGC CGC TTC ACT AGC TTC GAC 3′、
3A3 C2 5′ ACG CTC CAG AGG GAG TCC AC 3′により増幅された75bpイントロン内で、20bpが欠失されたもの;
3′UTR近位の間で、75kbが欠失されたもの;
(d)〔WS−215〕以下の制限酵素地図(B)に示すCW20と、配列番号6に示すCW10プローブCW36に相当する遺伝子座との間で、160kbが欠失されたもの;
(e)〔WS−227〕以下の制限酵素地図(B)に示すCW20とJH11との間で、50kbが欠失されたもの;
(f)〔WS−219〕European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium 1993に記載のJH1プローブに相当する遺伝子座と、以下の制限酵素地図(B)に示すJH6との間で、27kbが欠失されたもの;
(g)〔WS−250〕以下の制限酵素地図(B)に示すCW20とBlu24との間で、160kbが欠失されたもの;
(h)以下の制限酵素地図(B)に示すCW20と配列番号6に示すCW10プローブに相当する遺伝子座との間で、65kbが欠失されたもの;
- 前記方法は、核酸増幅方法を、前記サンプルに適用して、PKD1 DNA又はPKD1 RNAに相当するcDNAの断片を増幅することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸増幅方法は、以下のプライマー・セット:
AH3 F9:AH3 B7(配列番号7と8)
3A3 C1:3A3 C2(配列番号9と10)
AH4 F2:JH14 B3(配列番号11と12)
の内の少なくとも1つを使用する、請求項2に記載の方法。 - 前記の方法の結果が、PKD1関連失調キャリアーでもなく、PKD1関連失調をもってもいない患者から採取した生物学的サンプルの対応の結果と比較される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
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