JP4437206B2 - Cyp2c9の変異の検出法ならびにそのための核酸プローブおよびキット - Google Patents
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Description
クリニカルケミストリー(Clinical Chemistry)、2000年、第46巻、第5号、p.631−635
本発明は、以下のものを提供する。
本発明プローブは、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、(a)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号595もしくは588で終わる8〜40塩基長の塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている、(b)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号574から始まる10〜40塩基長の塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている、または、(c)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号576から始まる8〜40塩基長の塩基配列に相補的な配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されていることを特徴とする。
Tmはほぼ同一(通常には、相違が2℃以内)であることが好ましい。なお、Tm値は最近接塩基対(Nearest Neighbor)法により算出した値である。プライマー対の例としては、配列番号3および4に示す塩基配列を有するプライマーからなるものが挙げられる。
(1) 変性、90〜98℃、1〜60秒
(2) アニーリング、60〜70℃、10〜60秒
(3) 伸長、60〜75℃、10〜180秒
本発明キットは、本発明の検出方法に用いるためのキットである。このキットは、末端
が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブ(消光プローブ)であって、(a)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号595もしくは588で終わる8〜40塩基長の塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている、(b)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号574から始まる10〜40塩基長の塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている、または、(c)配列番号2に示す塩基配列において塩基番号576から始まる8〜40塩基長の塩基配列に相補的な配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている核酸プローブを含むことを特徴とする。
Claims (7)
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、(a)配列番号5,6,および8のいずれかに示す塩基配列からなり、3'末端が蛍光色素で標識されている、または、(b)配列番号7に示す塩基配列からなり、5'末端が蛍光色素で標識されている前記核酸プローブ。
- 一塩基多型の部位を有する核酸について、蛍光色素で標識された核酸プローブを用いて、蛍光色素の蛍光を測定することにより融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を検出する方法であって、一塩基多型は、CYP2C9遺伝子のcDNAにおける1075位の変異であり、核酸プローブは、請求項1に記載の核酸プローブである前記方法。
- 試料に含まれる核酸における一塩基多型の部位を含む領域を増幅して一塩基多型を有する核酸を得ることを含む請求項2記載の方法。
- 増幅をDNAポリメラーゼを用いる方法により行う請求項3記載の方法。
- 増幅を核酸プローブの存在下で行う請求項4記載の方法。
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、(a)配列番号5,6,および8のいずれかに示す塩基配列からなり、3'末端が蛍光色素で標識されている、または、(b)配列番号7に示す塩基配列からなり、5'末端が蛍光色素で標識されている前記核酸プローブを含む、請求項2記載の方法のためのキット。
- CYP2C9遺伝子のcDNAにおける1075位の変異を含む領域を、DNAポリメラーゼを用いる方法で増幅するためのプライマーをさらに含む請求項6記載のキット。
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