JP2018528780A - 短いホモポリマー反復の改良された検出 - Google Patents
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Abstract
Description
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること;
− 標的ホモポリマー反復配列にハイブリダイズ可能な配列を含む少なくとも1つのシグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数での前記プローブにより生成されたシグナルの強度変化を検出すること;及び
− 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること;
を含む。
該方法は以下の工程:
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること;
− 標的ホモポリマー反復配列にハイブリダイズ可能な配列を含む少なくとも1つのシグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数での前記プローブにより生成されたシグナルの強度変化を検出すること;及び
− 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること;
を含む。
(a)反復の長さを決定するためには、PCR後の分析を行うための特別な装置を必要とし、及び/又はこの分析は通常、高度に訓練された専門家によって解釈される必要がある;又は
(b) dsDNAインターカレーティング色素を用いた高分解能融解曲線の場合、欠点となるのは、異なるアンプリコンからの重複する融解シグナルを避けるため、多重化能力が非常に限定されることであり、さらに、安定な(野生型)配列に対する不安定な(変異体)配列の相対量を定量する能力を提供しないことである。
− 標的ホモポリマー反復配列及びその特異的隣接配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること;
− 該ホモポリマー反復配列及びその隣接配列に特異的にハイブリダイズすることにより産生されるシグナルの検出;及び
− 標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること;
前記方法は、前記プローブが、前記標的ホモポリマー反復配列の突然変異配列と同一又は相補的な配列を含むことを特徴とするものであって、前記突然変異配列は、標的ホモポリマー反復配列の予想される野生型形態と比較して、前記標的ホモポリマー反復配列中の少なくとも1つのホモヌクレオチドの欠失を含む。
− プローブの3 '末端の逆位dT、
− プローブの3 '末端の最後の3つのヌクレオチドのいずれかの前に位置する少なくとも1つのホスホロチオエート結合、
から選択される。
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること;
− シグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数での前記シグナルの強度変化を検出すること;及び
− 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること。
そのような自動化に特に適したシステムは、バイオカーティス社(Biocartis)のイディラ(Idylla)プラットフォームであり、試料処理の自動化をさらに提供する。
− 標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸の供給源を提供する工程であり、好ましくは前記供給源が生物学的試料である工程、
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程に前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
少なくとも以下の工程:
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程へ前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
が自動化システムで実行されるものである。
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程へ前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生する工程、及び
− シグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数でのシグナルの強度変化を検出すること、
が前記自動化システムと係合可能なカートリッジ内で行われる。
− 生物学的試料を収容するための試料区画、
− 試料区画に収容された生体試料から核酸を遊離又は精製するための手段であって、前記手段は前記試料区画と流体連通することができ、
− 試料区画の下流に配置されており、核酸を遊離又は精製するための手段のPCR区画であって、前記PCR区画は遊離又は精製された核酸の少なくとも一部、又はライブラリ区画において調製された核酸ライブラリの少なくとも一部を収容するように構成されており、熱サイクリングを行う前記PCR区画はさらに核酸を増幅するために適しており、そのような増幅中又は増幅後に生成されたシグナルの検出を可能にするものである、
ことを含み、
該カートリッジは、上記に記載の少なくとも1つ、好ましくは複数の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブと、好ましくはPCR区画内において、プルーフリーディングポリメラーゼをさらに含むことを特徴とする。
の配列を有する分子ビーコン検出プローブを設計した(分子ビーコンプローブのステム領域は斜体で示され、プローブハイブリダイズ領域は太字で示され、11に代わる10アデニン反復を含む変異TMEM65と同一の反復配列は太字かつ下線で示される)。
TMEM65_T10 (1塩基対欠失):
TMEM65_T11 (参照):
TMEM65_T12 (1塩基対挿入):
TMEM65_T10 - TMEM65_T11 = 3.6℃
TMEM65_T11 - TMEM65_T12 = 3.6℃
TMEM65_T10 - TMEM65_T12 = 7.2℃
Melt curve: 融解曲線、Melt peak: 融解ピーク、Temperature, Celsius: 温度、セ氏
Claims (15)
- 塩基長15bp以下のホモポリマーヌクレオチド反復配列のヌクレオチド数の変化を検出する方法であって、該方法は以下の工程:
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること;
− 標的ホモポリマー反復配列にハイブリダイズ可能な配列を含む少なくとも1つのシグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数での前記プローブにより生成されたシグナルの強度変化を検出すること;及び
− 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること;
を含む。 - 標的ホモポリマー反復配列にハイブリダイズ可能な配列が前記標的ホモポリマー反復配列中に少なくとも1つのホモヌクレオチドの欠失を含む変異配列と同一又は相補的である配列を含む、請求項1に記載の方法。
- オリゴヌクレオチドプローブが分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブである、請求項1又は2に記載の方法。
- 第1の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブと異なる標識がされている少なくとも第2の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブが使用され、前記第2の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブが第1の標的ホモポリマーヌクレオチド反復配列と異なる第2の標的ホモポリマーヌクレオチド反復配列にハイブリダイズ可能な配列を含む、請求項3に記載の方法。
- 第2の標的ホモポリマーヌクレオチド反復配列にハイブリダイズ可能な配列が前記第2の標的ホモポリマー反復配列中の少なくとも1つのホモヌクレオチドの欠失を含む変異配列と同一又は相補的な配列を含む、請求項4に記載の方法。
- アンプリコンを産生する工程が3'―5'エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを含むPCRで実行されるものである、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つのシグナル生成標識オリゴヌクレオチドプローブが前記ポリメラーゼの3'―5'エキソヌクレアーゼ活性から前記プローブを保護する構造的特徴又は修飾を含み、前記構造的特徴又は修飾が、
− プローブの3'末端の逆位dT;
− プローブの3'末端の最後の3つのヌクレオチドのいずれかの前に位置する少なくとも1つのホスホロチオエート結合、
から選択される、請求項6に記載の方法。 - 配列特異的プローブが、分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブであり、かつ、前記構造特徴又は修飾が3'―5'エキソヌクレアーゼ活性耐性ステムである、請求項7に記載の方法。
- − 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生すること、
− 少なくとも1つのシグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数でのシグナルの強度変化を検出すること、及び
− 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測すること、
の工程が自動化システムで実行される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。 - 以下のいずれかの工程が先に行われる、請求項9に記載の方法であって、
− 標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸の供給源を提供する工程であり、供給源が生物学的試料を含む工程、
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程に前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
少なくとも以下の工程:
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程へ前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
が自動化システムで実行されるものである、
方法。 - 少なくとも以下の工程:
− 核酸の供給源から標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を遊離及び/又は単離する工程、
− アンプリコンを産生する工程へ前記遊離及び/又は単離された標的ホモポリマー反復配列を潜在的に含む核酸を提供する工程、
− 標的ホモポリマー反復配列を含む核酸配列を増幅することによりアンプリコンを産生する工程、及び
− シグナル生成オリゴヌクレオチドプローブの存在下で産生されたアンプリコンを加熱すること、及び少なくとも1つの融解曲線を得るための温度関数でのシグナルの強度変化を検出すること、
が前記自動化システムと係合可能なカートリッジ内で行われる、請求項10に記載の方法。 - 少なくとも1つの融解曲線から標的ホモポリマー反復配列中に存在するヌクレオチドの数を推測することが前記融解曲線の一次導関数の少なくとも一つのピークの位置又は相対位置を評価することによって自動化を含む態様で行われる、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- 塩基長15bp以下のホモポリマーヌクレオチド反復配列のヌクレオチド数の変化を検出するためのキットであって、前記キットは少なくとも1つ又は複数の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブを含み、それぞれ塩基長15bp以下の異なる標的ホモポリマー反復配列を含む配列にハイブリダイズ可能な配列を含み、さらにプルーフリーディングポリメラーゼを含む、キット。
- 少なくとも1つ又は複数の分子ビーコンオリゴヌクレオチドプローブ、及び/又はプルーフリーディングポリメラーゼが自動化システムと係合可能なカートリッジ内に供給されるものである、請求項13に記載のキット。
- がんと診断された患者又はがんに罹患していると予期される患者から得られた試料に使用されることを含む、マイクロサテライト不安定性(MSI)の検出のための、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法及び/又は請求項13又は14に記載のキットの使用。
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