JP4388983B2 - 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング - Google Patents
候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング Download PDFInfo
- Publication number
- JP4388983B2 JP4388983B2 JP2008014752A JP2008014752A JP4388983B2 JP 4388983 B2 JP4388983 B2 JP 4388983B2 JP 2008014752 A JP2008014752 A JP 2008014752A JP 2008014752 A JP2008014752 A JP 2008014752A JP 4388983 B2 JP4388983 B2 JP 4388983B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- polynucleotide
- tumors
- expression
- library
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
a)患者からポリヌクレオチド試料を得ることと、
b)ステップ(a)で得られた前記試料ポリヌクレオチドと、上述したライブラリのポリヌクレオチド配列のうちいずれかまたは前記ライブラリのポリヌクレオチド配列のうちいずれかでコードされる発現産物を含む、固相支持体に固定化したプローブと、を反応させることと、
c)ステップ(b)の反応産物を検出することとを含む、癌と相関し、発現状態の異なるポリヌクレオチド配列を検出する方法に関するものである。
a)患者からポリヌクレオチド試料を得、
b)ステップ(a)で得られた前記試料ポリヌクレオチドと、上記にて定義したライブラリのポリヌクレオチド配列のうちいずれかまたは上記にて定義した前記ライブラリのポリヌクレオチド配列のうちいずれかでコードされる発現産物を含む、固相支持体に固定化したプローブと、を反応させ、
c)ステップ(b)の反応産物を検出することを含む、癌と相関し、発現状態の異なるポリヌクレオチド配列を検出する方法に関するものである。
腫瘍のタイプとサイズに関して選択の偏りを一切なくすために、試験対象となるRNAを未選択試料から調製した。Institute Paoli−Calmetteで手術を受けている34名の患者から侵襲性の原発性乳癌の試料を収集した。外科的切除の後に、腫瘍をマクロ解剖した(macrodissected)。病理学者による診断用に切片を取得し、隣接した断片を分子分析用に液体窒素中ですみやかに凍結させた。診断時における患者の年齢の中央値は55歳(39、83の範囲)であり、彼女らの大半が閉経後であった。乳腫についてのWHOの組織学的診断基準に従って腫瘍を分類したところ、乳管癌29例、小葉癌2例、乳管癌と小葉癌との併発1例、髄様癌2例であった。これらの癌腫はサイズがまちまちであり、免疫組織化学的なアッセイで評価(23例でER陽性、11例でER陰性)したところ、20mm以下(n=13)、20〜50mm(n=18)、50mm以上(n=3)、腋窩リンパ節の状態(陰性:19腫瘍、陽性:15腫瘍)、SBRグレード(I:3腫瘍、II:20腫瘍、III:10腫瘍、評価できず:1腫瘍)、エストロゲンレセプター状態(ER)であった。ER陽性のカットオフ値は10%であった。地元の慣行に従い、放射線療法と合わせた補助処置ならびに、必要に応じてアントラサイクリンベースの多剤併用化学療法(n=16)を患者に対して施した。
アレイを放射性プローブとハイブリダイゼーションすることで、遺伝子の発現を分析した。これらのアレイには、実用的な基準(mRNAの3’配列、同一のクローニングベクター、宿主バクテリア、インサートサイズ)を用いて選択した180のIMAGEヒトcDNAクローンと5つの対照クローンのPCR産物が含まれていた。これは176の遺伝子を表す(4つの遺伝子が2種類の異なるクローンで表された)もので、このうち121に未証明または推定ではあるが癌ではないかと思われるものが認められ、55が免疫反応と関係していた(http://tagc.univ−mrs.fr/pub/Cancer/のウェブサイトで一覧を入手可能)。プラスミドDNAの5’tag配列決定ならびに、NCBIでのEST(dbEST)データベースおよびヌクレオチド(GenBank)データベースに収録された配列との比較によって、それぞれの同一性を検証した。GenBankでの受入番号で照会した、有意な遺伝子同一性のない14のクローン以外のすべてのクローンについて、同一性が確認された。シロイヌナズナシトクロムc554遺伝子(ハイブリダイゼーションシグナルの正規化に使用)、サイズの異なる3ポリ(A)配列、ベクターpT7T3D(負の対照)を対照クローンとした。
(各スポットでハイブリダイゼーション可能な標的DNAの量を正確に判定するために)ベクターオリゴヌクレオチドを使用し、続いてベクタープローブを取り除いた後はRNAから作製した複合体プローブを使用して、ハイブリダイゼーションを成功させた(4)。各複合体プローブを別々のフィルタにハイブリダイズさせた。過剰なオリゴ(dT25)を用いて全RNAからプローブを作製し、メッセンジャーのポリ(A)尾を飽和させ、逆転写された産物に長いポリ(T)配列が含まれないようにした。標識前に正確な量のc554 mRNAを全RNAに加え、データを正常化できるようにした。
イメージングプレート装置を用いて定量的データを得た。すでに説明した(http://tagc.univ−mrs.fr/pub/Cancer/)ようにして、FUJI BAS 1500装置でハイブリダイゼーションシグナルを検出し、HDG Analyzerソフトウェア(ミシガン州アンアーバーのゲノミックソリューションズ)で定量化を行った。定量化については、すべてのスポット画素強度を一緒にし、隣接するエリアで求めたスポットのバックグラウンド値を減算することで行った。LaPlacian形質転換でスポットを位置付けた。スポットのバックグラウンドレベルは、そのスポットを中心とする小さなウィンドウ内にあり、任意のスポットの一部ではない、すべての画素の強度の中央値であった(44)。既述(4)のとおり、定量化データを3ステップで正規化し、これを絶対遺伝子発現レベルとして(すなわち試料中のmRNAに対する個々のmRNAの存在量のパーセンテージで)表した。
結果を分析する前に、2組のスポットを比較するか、別個の2つのアレイ上にある同一プローブで1回のハイブリダイゼーションを行うか、あるいは同一のRNAから作製したプローブで2回のハイブリダイゼーションを独立して行うことにより、実験の再現性を検証した。いずれの場合も、それぞれの相関係数が0.95、0.98および0.98(データ示さず)という結果となり、再現性は良好であった。さらに、CDK4またはETV5などのアレイ上で2種類の異なるクローンで表される遺伝子では、すべての試料でこの2種類のクローンについて同様の発現プロフィールが認められた。この再現性は、倍化発現差(fold expression difference)を著しく異なるものとみなすには十分であった。
アレイ上で試験した34例のうち22例を含む、79の乳腫のGATA3発現をノーザンブロットハイブリダイゼーションで分析した。腫瘍試料からのRNA抽出とノーザンブロットとを、過去に説明されているようにして実施した(43)。GATA3 cDNA配列(GenBank受入番号X55122)の3’領域(+843から+1689)に対応するGATA3プローブを、IMAGE cDNAクローン129757から作製した。このクローンをEcoRI酵素およびPacI酵素で消化することにより、インサート(846bp)を得た。ノーザンブロットを取り除き、a−アクチンプローブを用いて再ハイブリダイズさせた(46)。
図1は、正常な乳房組織と乳腫から抽出されたRNAから作製したプローブでcDNAアレイをハイブリダイゼーションする一例を示す。
図2bにおいて示すように、クラスタリングアルゴリズムで2つのグループの試料を識別し、これをA(正常な乳房を含む、n=15、NB)とB(n=20)とした。これらのグループは、患者の年齢、診断時の閉経状態、SBRグレード、腫瘍の病理学的サイズに関して類似のものとした。しかしながら、グループAの腫瘍のうち72%は節陽性であり、グループBの75%が節陰性であった。さらに、グループBの腫瘍のうち80%はエストロゲンレセプター(ER)陽性であり、グループAの50%はER陰性であった。診断後に中央値44ヶ月で追跡を行ったところ、全体の生存率はグループAとグループBとで異なっていた。すなわち、Aでは5名の女性が亡くなり(追跡期間の中央値58ヶ月)、Bでは1名の女性が亡くなった(追跡期間の中央値40ヶ月)。しかしながら、Aでは5名、Bでは6名の女性に再発が認められ、2つのグループにおける転移再発の頻度は比較的近かった。Bでは転移の診断から最終追跡までの時間が短すぎるため、さらに長い期間をかけて追跡を行い、発現プロファイルで定義した2つの異なるグループで全体の生存率が実際に異なっているのか否かを判断しなければならない。
乳腫(T)と正常な乳房(NB)との間で差次的に発現される遺伝子を同定するために、各遺伝子のNB値と各腫瘍におけるその発現レベルとを比較した。NBの遺伝子の発現レベルを検出できなかったときは、腫瘍のシグナル強度が再現性の閾値(mRNA存在量の0.002%)を上回った場合に、質的な情報だけを推定してmRNAを差次的に発現されたとみなすことが可能であった。その他の事例では、少なくとも2倍の発現差があれば差次的な発現と定義した。さらに、高発現または低発現された場所での腫瘍数を測定した。高発現された遺伝子および低発現された遺伝子の上位20ずつの一覧を表2に示す。これらの遺伝子については、T/NB比を示す。ここで、Tは34の腫瘍における発現値の中央値である。この比は高発現された遺伝子では、2.70(ABCC5)から17.76(GATA3)までの範囲、低発現された遺伝子では0.00(デスミン)から0.29(APC)までの範囲であった。
乳癌における潜在的な予後マーカーを探索するために、発現レベルが従来の組織臨床的な予後パラメーターすなわち、患者の年齢、腋窩節の状態、腫瘍のサイズ、組織学的グレードおよびERの状態と相関した遺伝子を探した。年齢、腫瘍のサイズ、組織学的グレードとの有意な相関は認められなかった。しかしながら、発現プロファイルがERの状態と腋窩節の関与とに相関する遺伝子もあった。
図2bからの遺伝子クラスタリングは、複数の試料にわたって発現が相関した遺伝子のグループを示した。異なるクローンが同じ遺伝子を表す場合、これを互いに隣同士のクラスターに分けた(赤い矢印)。34の腫瘍における遺伝子対間の相関係数は大きいことが多かった(13,041の遺伝子対の1%で相関係数が0.95よりも大きかった−図示せず)。極めて相関性の高い遺伝子発現の一例にBCL2とRBL2の遺伝子発現がある。このような相関性のある発現は、文献にこそ記載されていないが、これらの2つの遺伝子に共通の調節機序を反映しているであろうと思われる。さらに、これらの遺伝子は、PPP2CA、AKT2、PRKCSHまたはTNFRSF6/FASなどの他の遺伝子との有意な相関性のある発現も認められた。特に、BCL2とFASとの間に顕著な相関性のある発現を観察することが可能であった(r=0.91、データ示さず)。この相関性の正確な意味は不明であるが、それは細胞が生存するために必要なアポトーシスと反アポトーシスとのバランスを反映している可能性がある。
Claims (6)
- ポリヌクレオチド配列またはこれらの部分配列のプールを含む、癌腫の分子キャラクタリゼーションに役立つポリヌクレオチドライブラリであって、前記配列または部分配列が乳腫瘍細胞にて低発現または高発現され、さらにGATA3、GZMA、MYB、KIAA1075、STMY3、MST1、CRABP2、XBP1、TP53、IGF2、CD3G、IL2RG、SOX4、EGFR、IL2RB、TOP2B、SOX9、S100B、ESTN 53133およびGSTP1からなる遺伝子、或いはGATA3、THBS1、EGFR、PDNP2、ATF3、KIAA1075、NF1A、SELP、GZMA、CDH1、ERBB2、PP2ABRγ、GSTP1、SOX4、IL2RB、ZNF144、MUC1、CD44、RBL2およびTOP2Bからなる遺伝子に対応する、ポリヌクレオチドライブラリ。
- 前記配列または部分配列が、GATA3、GZMA、MYB、KIAA1075、STMY3、MST1、CRABP2、XBP1、TP53、IGF2、CD3G、IL2RG、SOX4、EGFR、IL2RB、TOP2B、SOX9、S100B、ESTN 53133およびGSTP1からなる遺伝子に対応し、さらに前記遺伝子は、ホルモン応答性表現型である、請求項1に記載のライブラリ。
- 前記配列または部分配列が、GATA3、THBS1、EGFR、PDNP2、ATF3、KIAA1075、NF1A、SELP、GZMA、CDH1、ERBB2、PP2ABRγ、GSTP1、SOX4、IL2RB、ZNF144、MUC1、CD44、RBL2およびTOP2Bからなる遺伝子に対応し、さらに前記遺伝子は、腋窩リンパ節の状態と関連する、請求項1に記載のライブラリ。
- 乳腫瘍の予後判定に役立つものである、請求項1〜3のいずれか1項に記載のライブラリ。
- ホルモン感受性腫瘍を検出するのに役立つポリヌクレオチドアレイであって、固体支持体に固定化した、請求項2に記載のポリヌクレオチドライブラリを含むことを特徴とするポリヌクレオチドアレイ。
- 乳腫瘍の予後判定に役立つポリヌクレオチドアレイであって、固体支持体に固定化した、請求項1〜3のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドライブラリを含むことを特徴とするポリヌクレオチドアレイ。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US25409000P | 2000-12-08 | 2000-12-08 | |
US10/007,926 US20030143539A1 (en) | 2000-12-08 | 2001-12-07 | Gene expression profiling of primary breast carcinomas using arrays of candidate genes |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002548184A Division JP2004537261A (ja) | 2000-12-08 | 2001-12-07 | 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008178411A JP2008178411A (ja) | 2008-08-07 |
JP4388983B2 true JP4388983B2 (ja) | 2009-12-24 |
Family
ID=26677525
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002548184A Pending JP2004537261A (ja) | 2000-12-08 | 2001-12-07 | 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング |
JP2008014752A Expired - Fee Related JP4388983B2 (ja) | 2000-12-08 | 2008-01-25 | 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002548184A Pending JP2004537261A (ja) | 2000-12-08 | 2001-12-07 | 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20030143539A1 (ja) |
EP (1) | EP1353947A2 (ja) |
JP (2) | JP2004537261A (ja) |
AU (1) | AU2002234799A1 (ja) |
CA (1) | CA2430981A1 (ja) |
WO (1) | WO2002046467A2 (ja) |
Families Citing this family (40)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7820447B2 (en) * | 2000-12-22 | 2010-10-26 | Sagres Discovery Inc. | Compositions and methods for cancer |
US7645441B2 (en) * | 2000-12-22 | 2010-01-12 | Sagres Discovery Inc. | Compositions and methods in cancer associated with altered expression of PRLR |
WO2002099421A2 (en) * | 2001-05-18 | 2002-12-12 | Thomas Jefferson University | Specific microarrays for breast cancer screening |
WO2003078662A1 (en) * | 2002-03-13 | 2003-09-25 | Genomic Health | Gene expression profiling in biopsied tumor tissues |
EP1361433A3 (en) * | 2002-04-09 | 2005-02-23 | Kabushiki Kaisha Hayashibara Seibutsu Kagaku Kenkyujo | Method for estimating therapeutic efficacy of tumor necrosis factor (TNF) |
DE10229391A1 (de) * | 2002-06-29 | 2004-01-29 | Forschungszentrum Karlsruhe Gmbh | METASTACHIP: ein Biochip zur Bestimmung des metastatischen Potentials von Tumoren |
EP1382969A1 (en) | 2002-07-17 | 2004-01-21 | Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Diagnosis and prevention of cancer cell invasion |
US7074911B2 (en) * | 2002-09-25 | 2006-07-11 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Endogenous granzyme B in non-immune cells |
JP4606879B2 (ja) | 2002-11-15 | 2011-01-05 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | Egfr陽性癌の遺伝子発現プロファイリング |
AU2012206980B2 (en) * | 2003-01-15 | 2015-02-05 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for breast cancer prognosis |
US20040231909A1 (en) * | 2003-01-15 | 2004-11-25 | Tai-Yang Luh | Motorized vehicle having forward and backward differential structure |
JP4568716B2 (ja) | 2003-02-20 | 2010-10-27 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を測定するためのイントロンrnaの使用 |
US20040229225A1 (en) * | 2003-05-16 | 2004-11-18 | Jose Remacle | Determination of a general three-dimensional status of a cell by multiple gene expression analysis on micro-arrays |
EP1631689A2 (en) * | 2003-05-28 | 2006-03-08 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
DK1641810T4 (en) | 2003-06-24 | 2017-07-03 | Genomic Health Inc | Predicting the likelihood of cancer recurrence |
ES2651849T3 (es) | 2003-07-10 | 2018-01-30 | Genomic Health, Inc. | Algoritmo del perfil de expresión y test para el pronóstico del cáncer |
EP1892306A3 (en) * | 2003-10-06 | 2008-06-11 | Bayer HealthCare AG | Methods and kits for investigating cancer |
EP1538218A1 (en) * | 2003-12-04 | 2005-06-08 | Erasmus University Medical Center Rotterdam | Method to diagnose or screen for inflammatory diseases |
ATE498022T1 (de) | 2003-12-23 | 2011-02-15 | Genomic Health Inc | Universelle vervielfältigung von fragmentierter rns |
JP2005270093A (ja) * | 2004-02-24 | 2005-10-06 | Nippon Medical School | 乳癌の術後予後予測に関与する遺伝子 |
US20080026950A1 (en) | 2004-02-24 | 2008-01-31 | Mitsubishi Rayon Co., Ltd. | Gene Relating to Estimation of Postoperative Prognosis for Breast Cancer |
ES2550614T3 (es) * | 2004-04-09 | 2015-11-11 | Genomic Health, Inc. | Marcadores de expresión génica para predecir la respuesta a la quimioterapia |
US7587279B2 (en) | 2004-07-06 | 2009-09-08 | Genomic Health | Method for quantitative PCR data analysis system (QDAS) |
US20060063184A1 (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-23 | Felix Carolyn A | Compositions and methods for the detection of DNA topoisomerase II complexes with DNA |
EP1836629B1 (en) | 2004-11-05 | 2020-03-04 | Genomic Health, Inc. | Predicting response to chemotherapy using gene expression markers |
DK1815014T3 (da) | 2004-11-05 | 2012-06-18 | Genomic Health Inc | Molekylære indikatorer for brystcancerprognose og forudsigelse af behandlingsrespons |
US20070072175A1 (en) * | 2005-05-13 | 2007-03-29 | Biogen Idec Ma Inc. | Nucleotide array containing polynucleotide probes complementary to, or fragments of, cynomolgus monkey genes and the use thereof |
US7998674B2 (en) | 2005-09-22 | 2011-08-16 | China Synthetic Rubber Corporation | Gene expression profiling for identification of prognostic subclasses in nasopharyngeal carcinomas |
EP2177910A1 (en) * | 2005-11-10 | 2010-04-21 | Aurelium Biopharma Inc. | Tissue diagnostics for breast cancer |
CA2637988A1 (en) | 2006-02-10 | 2007-11-29 | Genentech, Inc. | Anti-fgf19 antibodies and methods using same |
JP5167155B2 (ja) * | 2006-03-09 | 2013-03-21 | ザ ボード オブ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティー オブ テキサス システム | ペプチド結合に基づく多数の細胞株のプロファイリングに関連した組成物および方法 |
WO2008123867A1 (en) * | 2007-04-05 | 2008-10-16 | Source Precision Medicine, Inc. | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of breast cancer |
CA2693852C (en) | 2007-08-03 | 2016-11-29 | Genentech, Inc. | Humanized anti-fgf19 antagonists and methods using same |
JP2012511323A (ja) * | 2008-12-10 | 2012-05-24 | イプソゲン | 腫瘍中のerbb2の変化を特定するための方法 |
WO2010088498A1 (en) * | 2009-01-30 | 2010-08-05 | Bayer Healthcare Llc | Methods for treating estrogen receptor positive cancer by x-box binding protein 1 inhibition |
WO2013052745A1 (en) | 2011-10-06 | 2013-04-11 | Aveo Pharmaceuticals, Inc. | Predicting tumor response to anti-erbb3 antibodies |
US9575115B2 (en) | 2012-10-11 | 2017-02-21 | Globalfoundries Inc. | Methodology of grading reliability and performance of chips across wafer |
US9169509B2 (en) | 2013-01-15 | 2015-10-27 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Topoisomerase 2b as a predictor of susceptibility to anthracycline-induced cardiotoxicity |
EP3274476B1 (en) | 2015-03-25 | 2023-06-07 | The General Hospital Corporation | Digital analysis of circulating tumor cells in blood samples |
EP3532642B1 (en) | 2016-10-27 | 2021-12-08 | The General Hospital Corporation | Digital analysis of blood samples to determine efficacy of cancer therapies for specific cancers |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5474796A (en) * | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
WO2000024940A1 (en) * | 1998-10-28 | 2000-05-04 | Vysis, Inc. | Cellular arrays and methods of detecting and using genetic disorder markers |
-
2001
- 2001-12-07 EP EP01985452A patent/EP1353947A2/en not_active Ceased
- 2001-12-07 AU AU2002234799A patent/AU2002234799A1/en not_active Abandoned
- 2001-12-07 WO PCT/IB2001/002811 patent/WO2002046467A2/en active Application Filing
- 2001-12-07 US US10/007,926 patent/US20030143539A1/en not_active Abandoned
- 2001-12-07 JP JP2002548184A patent/JP2004537261A/ja active Pending
- 2001-12-07 CA CA002430981A patent/CA2430981A1/en not_active Abandoned
-
2008
- 2008-01-25 JP JP2008014752A patent/JP4388983B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2010
- 2010-10-13 US US12/903,594 patent/US20110086765A1/en not_active Abandoned
-
2011
- 2011-05-26 US US13/116,518 patent/US20130079234A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1353947A2 (en) | 2003-10-22 |
WO2002046467A3 (en) | 2003-08-28 |
AU2002234799A1 (en) | 2002-06-18 |
US20110086765A1 (en) | 2011-04-14 |
US20130079234A1 (en) | 2013-03-28 |
US20030143539A1 (en) | 2003-07-31 |
JP2004537261A (ja) | 2004-12-16 |
WO2002046467A2 (en) | 2002-06-13 |
JP2008178411A (ja) | 2008-08-07 |
CA2430981A1 (en) | 2002-06-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4388983B2 (ja) | 候補遺伝子のアレイを用いた原発性乳がんの遺伝子発現プロファイリング | |
US7803552B2 (en) | Biomarkers for predicting prostate cancer progression | |
JP5237076B2 (ja) | 乳癌患者の診断および予後 | |
Bertucci et al. | Gene expression profiling of primary breast carcinomas using arrays of candidate genes | |
JP4913331B2 (ja) | 結腸直腸癌の予後 | |
US8183353B2 (en) | Breast cancer prognostics | |
US20070015148A1 (en) | Gene expression profiles in breast tissue | |
WO2005076005A2 (en) | A method for classifying a tumor cell sample based upon differential expression of at least two genes | |
AU2008203226B2 (en) | Colorectal cancer prognostics | |
Goldsmith et al. | The microrevolution: applications and impacts of microarray technology on molecular biology and medicine | |
JP2009153521A (ja) | 結腸直腸癌の評価 | |
JP2009153522A (ja) | 結腸直腸癌の評価 | |
EP1512758B1 (en) | Colorectal cancer prognostics | |
JP2003061678A (ja) | 遺伝子のスクリーニング方法及び感受性の判定方法 | |
JP2006166789A (ja) | 癌の新規診断方法 | |
US20090239756A1 (en) | Predictors for metastasis of breast cancer | |
KR20070051033A (ko) | 대장 증식 폴립의 진단 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20080725 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20081009 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20081015 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20081120 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20081126 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20081224 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090105 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090123 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20090227 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090629 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20090813 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20090904 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20091005 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121009 Year of fee payment: 3 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131009 Year of fee payment: 4 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |