JP3881224B2 - 配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体 - Google Patents
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Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体に関し、特に、ＤＮＡ塩基配列またはアミノ酸配列の部分配列を処理する配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体に関する。
【０００２】
【従来の技術】
バイオインフォマティクス分野において広く利用される情報として、塩基またはアミノ酸の配列データがある。各種のデータベースに蓄積された配列データに基づいてホモロジー検索やモチーフ検索などを行うことにより、現在、様々な生命現象の分析が行われている。ここで、配列情報を用いた生命現象の分析の過程において、配列の部分配列を用いた解析手法が近年になって研究されている。
【０００３】
たとえば、特開平１０−４５７９５号公報に開示された発明は、部分配列を用いて機能未知の蛋白質の機能や機能部位、あるいは、機能が既知で機能部位が未知の蛋白質の機能部位を推定するための蛋白質データベース・システム並びに蛋白質の機能および機能部位の推定方法に関するものである。特開平１０−４５７９５号公報には、特定の蛋白質のアミノ酸配列情報の一部分であるオリゴペプチドとそのオリゴペプチドを含む蛋白質に関する機能等の情報や、オリゴペプチドの出現頻度等を出力装置に表示する発明が開示されている。
【０００４】
また、特願２０００−７２４８５号に開示された発明は、部分配列を用いた蛋白質間相互作用予測方法及び該予測プログラムを担持した記録媒体に関するものである。特願２０００−７２４８５号には、特定の蛋白質のアミノ酸配列の一部分であるオリゴペプチドの配列情報や、そのオリゴペプチドの配列情報を持つ他の蛋白質とのアラインメント結果や蛋白質におけるそのオリゴペプチドの出現頻度等に関する情報を利用して蛋白質間の相互作用を予測する発明が開示されている。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、これらの従来技術においては、すべてのオリゴペプチド等の部分配列に関する情報を網羅的に収集し、分かり易く表形式でまとめて表示するものが存在しなかったという問題点を有していた。すなわち、部分配列に関するあらゆる情報を当該部分配列と関連付けて整理、格納、検索、管理などを行うものは存在しなかった。
【０００６】
例えば、上述した特開平１０−４５７９５号公報および特願２０００−７２４８５号に開示された発明においては、オリゴペプチドの配列データに関連する大量の情報について出力装置に表示させる際に、どの情報をどの程度表示するかについて、利用者がその値を容易に設定し、かつ、その設定を保存しておき、後から設定を検索して再利用することはできなかった。
【０００７】
すなわち、従来技術においては、表示する情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を検索することにより再利用することができなかった。
【０００８】
また、従来のオリゴペプチドの解析手法は、そのオリゴペプチドのミュータントにまで検索範囲を自動的に拡大して配列情報を検索するものは存在しなかった。
【０００９】
このように、部分配列の解析は、特に、アミノ酸配列の部分配列であるオリゴペプチドの解析は蛋白質の機能や相互作用などを推定する場合にも利用できることがわかっているため極めて有効であるが、従来技術は上述したような数々の問題点を有しており、その結果、配列情報表示装置の利用者および管理者のいずれにとっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いものであった。
【００１０】
なお、これまで説明した従来の技術および発明が解決しようとする課題は、オリゴペプチドに関する配列情報を表示するシステムに限られず、あらゆる配列情報の部分配列を表示する全てのシステムにおいて、同様に考えることができる。
【００１１】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、出力装置に表示する配列情報とその関連情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を検索することにより再利用することのできる、配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することを目的としている。
【００１２】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の配列情報処理装置は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置であって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置は、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択手段と、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択手段と、上記ターゲット配列選択手段により選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段と、上記配列分割手段にて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索手段と、上記配列分割手段にて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索手段にて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索手段と、上記検索手段にて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成手段と、上記分析結果情報作成手段にて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力手段と、を備えたことを特徴とする。
【００１３】
この装置によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００１５】
この装置によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００２０】
また、請求項２に記載の配列情報処理装置は、請求項１に記載の配列情報処理装置において、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００２１】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００２８】
また、本発明は配列情報処理方法に関するものであり、請求項３に記載の配列情報処理方法は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置における配列情報処理方法であって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置において実行される、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、を含むことを特徴とする。
【００２９】
この方法によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００３１】
この方法によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００３６】
また、請求項４に記載の配列情報処理方法は、請求項３に記載の配列情報処理方法において、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００３７】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００４４】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項５に記載のプログラムは、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置において実行されるプログラムであって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置において実行される、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、を含むことを特徴とする。
【００４５】
このプログラムによれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００４７】
このプログラムによれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００５２】
また、請求項６に記載のプログラムは、請求項５に記載のプログラムにおいて、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００５３】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００６０】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、請求項７に記載の記録媒体は、上記請求項５または６に記載されたプログラムを記録したことを特徴とする。
【００６１】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項５または６に記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現することができ、これら各プログラムと同様の効果を得ることができる。
【００６２】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体の実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
特に、以下の実施の形態においては、本発明を、オリゴペプチドに関する配列情報を表示するシステムに適用した例について説明するが、この場合に限られず、あらゆる配列情報の部分配列を表示する全てのシステムにおいて、同様に適用することができる。
【００６３】
［本システムの概要］
以下、本システムの原理構成について説明し、その後、本システムの構成および処理等について詳細に説明する。図１は本システムの基本原理の一例を示す原理構成図であり、該システム構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００６４】
本システムは、ターゲットとなる蛋白質のアミノ酸配列に関するオリゴペプチドベースの分析結果を、利用者が所望のテーブル形式にまとめて出力するためのシステムである。まず利用者は、ターゲットとなる蛋白質のアミノ酸配列を配列情報データベースから指定する。指定方法は画面上に指定可能な情報を出力して、利用者がその中から所望のアミノ酸配列を選択するようにしてもよく、また、利用者がスクリプト言語などで直接的に所望のアミノ酸配列を特定して当該スクリプトなどを実行することにより指定してもよい。以下においても同様に利用者の指定方法について既存のいかなる指定方法を用いてもよい。
【００６５】
ここで、配列情報データベースは、例えば、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ、ＴｒＥＭＢＬ、ＰＩＲ、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＰＲＦ／ＳＥＱＤＢなどのインターネットを経由してアクセスする外部のアミノ酸配列データベースであってもよく、また、これらのデータベースをコピーしたり、オリジナルの配列情報を格納したり、さらに独自のアノテーション情報等を付加したりして作成したインハウスデータベースであってもよい。
【００６６】
そして、利用者は、予め作成した蛋白質集合（ＰＳ；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｔ）データベースから検索の対象となる母集団を抽出するための条件を指定する。ここで、ＰＳＤＢは、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成されたデータベースであり、例えば、ヒトの蛋白質に関する配列情報をまとめたＰＳＤＢ等である。また、ＰＳＤＢは、例えば、外部データベースやインハウスデータベースから所定のキーワード（例えば、「ヒト」または「ｈｕｍａｎ」など）に合致する配列情報を、自然言語検索などを行うことにより抽出して作成してもよい。
【００６７】
また、利用者は、検索範囲をミュータントまで検索するか否かを指定する。ミュータントとは、所定のオリゴペプチド配列が変異する可能性のあるものであり、ミューテーションテーブルに予め各オリゴペプチド配列とそのミュータント配列との対応が格納されている。
【００６８】
このようにして、利用者がスライドサーチのための条件等の指定が完了すると（ステップＳＡ−１）、本発明の配列情報処理装置においてスライドサーチが実行される（ステップＳＡ−２）。スライドサーチとは、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さの部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報から検索していくことにより、ターゲット配列について各種の分析を行うことをいう。スライドサーチの基本的な手法については後述する。
【００６９】
つぎに、スライドサーチの分析結果を、利用者が予め指定したパラメータ等により定められた出力形式に従って関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめる（ステップＳＡ−３）。
【００７０】
そして、作成したテーブルをディスプレイ装置などの出力装置に出力する（ステップＳＡ−４）。これにより、利用者が必要な部分配列情報に関連する情報をテーブル形式で見易く表示等することが可能になる。
【００７１】
［システム構成］
以下、このような基本的特徴を具現化するための、本システムの構成について説明する。
【００７２】
［システム構成］
まず、本システムの構成について説明する。図２は、本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。本システムは、概略的に、配列情報を処理する配列情報処理装置である配列情報処理装置１００と、配列情報等に関するデータベースやホモロジー検索用のプログラム等を提供する外部システム２００とを、ネットワーク３００を介して通信可能に接続して構成されている。
【００７３】
図２においてネットワーク３００は、配列情報処理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネット等である。
【００７４】
図２において外部システム２００は、ネットワーク３００を介して、配列情報処理装置１００と相互に接続され、利用者に対して配列情報等に関する外部データベースやホモロジー検索やモチーフ検索等の外部分析プログラムを実行するウェブサイトを提供する機能を有する。
【００７５】
ここで、外部システム２００は、ＷＥＢサーバやＡＳＰサーバ等として構成してもよく、そのハードウェア構成は、一般に市販されるワークステーション、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置およびその付属装置により構成してもよい。また、外部システム２００の各機能は、外部システム２００のハードウェア構成中のＣＰＵ、ディスク装置、メモリ装置、入力装置、出力装置、通信制御装置等およびそれらを制御するプログラム等により実現される。
【００７６】
図２において配列情報処理装置１００は、概略的に、配列情報処理装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、通信回線等に接続されるルータ等の通信装置（図示せず）に接続される通信制御インターフェース部１０４、入力装置１１２および出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやテーブル（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）を格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この配列情報処理装置１００は、ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、ネットワーク３００に通信可能に接続されている。
【００７７】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【００７８】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａは、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成されたデータベースである。また、インハウスデータベース１０６ｂは、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納する配列情報格納手段である。ここで、配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／または、関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含む。
【００７９】
また、ミューテーションテーブル１０６ｃは、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段である。また、テーブル１０６ｄは、利用者の指定した出力形式に従って、部分配列に関する部分配列情報とスライドサーチによる分析結果とを用いて作成した情報である。
【００８０】
また、図２において、通信制御インターフェース部１０４は、配列情報処理装置１００とネットワーク３００（またはルータ等の通信装置）との間における通信制御を行う。すなわち、通信制御インターフェース部１０４は、他の端末と通信回線を介してデータを通信する機能を有する。
【００８１】
また、図２において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置をモニタとして記載する）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【００８２】
また、図２において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、スライドサーチ実行部１０２ａ、および、テーブル作成部１０２ｂを備えて構成されている。
【００８３】
このうち、スライドサーチ実行部１０２ａは、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さの部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報から検索していくことにより、ターゲット配列について各種の分析を行う手段である。また、テーブル作成部１０２ｂは、スライドサーチの分析結果を、利用者が予め指定したパラメータ等により定められた出力形式に従って関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめる手段である。なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細については、後述する。
【００８４】
ここで、図３は、スライドサーチ実行部１０２ａの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。スライドサーチ実行部１０２ａは、概略的に、サーチ条件設定部１０２ｃ、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄ、および、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅを備えて構成されている。
【００８５】
このうち、サーチ条件設定部１０２ｃは、利用者にスライドサーチの各種の条件を設定させる手段であって、インハウスデータベース１０６ｂに格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択手段、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａに格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させる母集団選択手段、部分配列の長さを利用者に指定させる手段、および、後述するシンプルスライドサーチを行うか、またはミューテーションスライドサーチを行うかを利用者に選択させる手段などとして機能する。
【００８６】
また、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、後述するシンプルスライドサーチを実行する手段である。また、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、後述する対象範囲を部分配列のミュータントまで拡大して検索するミューテーションスライドサーチを実行する手段である。
【００８７】
ここで、図４は、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、概略的に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍ、および、分析結果作成部１０２ｎを備えて構成されている。
【００８８】
このうち、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段である。また、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋにより分割された部分配列を蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａから抽出した母集団から検索する検索手段である。また、分析結果作成部１０２ｎは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋによる検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結果を作成する分析結果情報作成手段である。
【００８９】
ここで、図５は、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、概略的に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐ、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒ、および、分析結果作成部１０２ｓを備えて構成されている。
【００９０】
このうち、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段である。また、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑは、部分配列のミュータントをミューテーションテーブル１０６ｃから取得する手段である。また、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐにより分割された部分配列を蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａから抽出した母集団から検索する検索手段である。また、分析結果作成部１０２ｓは、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒによる検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結果を作成する分析結果情報作成手段である。
【００９１】
ここで、図６は、テーブル作成部１０２ｂの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。テーブル作成部１０２ｂは、概略的に、パラメータ設定部１０２ｆ、列データ作成部１０２ｇ、外部分析プログラム実行部１０２ｈ、テーブル整形部１０２ｉ、および、出力形式変換部１０２ｊを備えて構成されている。
【００９２】
このうち、パラメータ設定部１０２ｆは、出力するテーブルの各種パラメータを利用者に設定させるパラメータ設定手段である。また、列データ作成部１０２ｇは、利用者が設定したパラメータに従って部分配列に関する部分配列情報とスライドサーチの分析結果情報とからテーブルの列データを作成する列データ作成手段である。また、外部分析プログラム実行部１０２ｈは、分析結果情報に基づいて外部プログラム（例えば、ホモロジー検索やモチーフ検索など）を実行してその実行結果を分析結果情報に追加する外部分析プログラム実行手段である。
【００９３】
また、テーブル整形部１０２ｉは、利用者の指定したパラメータに従って、部分配列情報と分析結果情報とをテーブル形式に整形するテーブル整形手段である。また、出力形式変換部１０２ｊは、テーブル整形部１０２ｉにより整形されたテーブルのデータを利用者が指定した表示用データの記述言語（例えば、ＳＧＭＬ、ＨＴＭＬ、ＸＭＬ、オリジナル記述言語等）に変換する出力形式変換手段である。
【００９４】
［本システムの処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本システムの処理の一例について、以下に図７〜図１３を参照して詳細に説明する。
【００９５】
［スライドサーチ処理］
次に、スライドサーチ処理の詳細について図７〜図９に示すフローチャートおよび図１３〜図１８に示す表示画面図等を参照して説明する。図７は、本実施形態における本システムのスライドサーチ処理の一例を示すフローチャートである。
【００９６】
まず、配列情報処理装置１００は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により、利用者にスライドサーチの各種の条件や、スライドサーチの分析結果などを表示するテーブルの表示条件などを設定させる（ステップＳＢ−１）。
【００９７】
ここで、図１３は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるテーブル・パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１３に示すように、テーブル・パラメータ設定画面は、テーブル名の入力領域ＭＡ−１、ターゲット蛋白質のデータベース名や蛋白質名の入力領域ＭＡ−２、オリゴペプチド長の入力領域ＭＡ−３、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−４、テーブルの列数の入力領域ＭＡ−５等を含んで構成される。
【００９８】
利用者がテーブル・パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてＭＡ−１からＭＡ−５の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【００９９】
なお、オリゴペプチド長の入力領域ＭＡ−２に入力される部分配列の長さは、好ましくは２〜１０であり、さらに好適な長さは４〜７であり、その中で特に好適な長さは４または５である。
【０１００】
また、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−４に利用者がヘッダ行数を入力すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１３に示すように入力されたヘッダ行数分のヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタン（図中の「ヘッダ行１」、「ヘッダ行２」が対応する）を表示する。利用者が、当該ヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタンを入力装置１１２を用いて選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１７に示すヘッダ・パラメータ設定画面を出力装置１１４に表示する。
【０１０１】
ここで、図１７は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるヘッダ・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
図１７に示すように、ヘッダ・パラメータ設定画面は、ヘッダ行の行数および総列数の表示領域ＭＥ−１、および、開始列数と終了列数と表示項目とから構成されるヘッダフォーマット情報の入力領域ＭＥ−２等を含んで構成される。ヘッダフォーマット情報入力領域ＭＥ−２に利用者が終了列数を設定すると、サーチ条件設定部１０２ｃは次の列の開始列数を自動的に表示する。
【０１０２】
利用者がヘッダ・パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてヘッダフォーマット情報入力領域ＭＥ−２の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１０３】
再び図１３に戻り、列数の入力領域ＭＡ−５に利用者がテーブルの列数を入力すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１３に示すように列数分の列パラメータ設定画面リンクボタン（図中の「列１」から「列１４」が対応する）を表示する。利用者が、当該列パラメータ設定画面リンクボタンを入力装置１１２を用いて選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１４に示す列パラメータ設定画面（１）を出力装置１１４に表示する。
【０１０４】
ここで、図１４は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（１）の一例を示す図である。
図１４に示すように、列パラメータ設定画面（１）は、オリゴペプチドをテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−１、外部分析プログラムの実行結果をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力するためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＢ−３、スライドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−４等を含んで構成される。
【０１０５】
ＭＢ−４において利用者がスライドサーチ結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１４に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５、検索対象母集団名の入力領域ＭＢ−６、表示情報の選択領域ＭＢ−７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示するか、または、図形形式（グラフなど）で表示するかをさらに選択する）、蛋白質名、オリゴペプチドの抽出件数（数字形式で表示するか、または、図形形式（グラフなど）で表示するかをさらに選択する）、オリゴペプチドがある蛋白質名とその位置など）、テーブルに情報を表示する際の制約を設定する制約パラメータ設定画面に移行するための制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＢ−８などを自動的に表示する。
【０１０６】
また、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５において、利用者がミューテーション（ＭＳＳ）を選択した場合には、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１５に示す列パラメータ設定画面（２）を表示する。
【０１０７】
ここで、図１５は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（２）の一例を示す図である。
図１５に示すように、列パラメータ設定画面（２）は、オリゴペプチドをテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−１、外部分析プログラムの実行結果をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力するためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＣ−３、スライドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−４等を含んで構成される。
【０１０８】
ＭＣ−４において利用者がスライドサーチ結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１５に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＣ−５、検索対象母集団名の入力領域ＭＣ−６、表示情報の選択領域ＭＣ−７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示するかまたは図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴペプチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集計するかなどをさらに選択する）、ミュータント名、蛋白質名、オリゴペプチドの抽出件数（数字形式で表示するかまたは図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴペプチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集計するかなどをさらに選択する）、オリゴペプチドのミュータント配列、オリゴペプチドがある蛋白質名とその蛋白質のアミノ酸配列の先頭からの位置など）、テーブルに情報を表示する際の制約を設定する制約パラメータ設定画面に移行するための制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＣ−８などを自動的に表示する。
【０１０９】
利用者が列パラメータ設定画面（１）または列パラメータ設定画面（２）を用いて、入力装置１１２を用いて各項目の入力や選択を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１１０】
また、利用者が列パラメータ設定画面（１）または列パラメータ設定画面（２）を用いて、入力装置１１２を用いて制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＢ−８またはＭＣ−８を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１６に示す制約パラメータ設定画面を表示する。
【０１１１】
ここで、図１６は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される制約パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１６に示すように、制約パラメータ設定画面は、検索結果の件数の上限数やミュータントの個数の上限数を入力するための入力領域ＭＤ−１、ターゲット蛋白質内で無視するオリゴペプチドと開始位置の入力領域ＭＤ−２、検索結果内で無視するミュータントや蛋白質や蛋白質と開始位置の入力領域ＭＤ−３、外部分析プログラムの入力領域ＭＤ−４等を含んで構成される。
【０１１２】
利用者が制約パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてＭＤ−１からＭＤ−４の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１１３】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、インハウスデータベース１０６ｂにアクセスして利用者が指定したターゲット配列を取得する（ステップＳＢ−２）。
【０１１４】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａにアクセスして利用者が指定した母集団の条件に合致する配列情報を抽出して母集団を作成する（ステップＳＢ−３）。
【０１１５】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、利用者が指定したサーチ種別を判定し（ステップＳＢ−４）、サーチ種別がＳＳＳの場合には、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの処理により、後述するＳＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ−５）。
【０１１６】
一方、サーチ種別がＭＳＳの場合には、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの処理により、ミューテーションテーブル１０６ｃを参照して後述するＭＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ−６）。
【０１１７】
そして、スライドサーチ実行部１０２ａは、ＳＳＳまたはＭＳＳの分析結果情報を記憶部１０６に格納する（ステップＳＢ−７）。これにて、スライドサーチ処理が終了する。
【０１１８】
［シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理］
次に、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の詳細について図８を参照して説明する。図８は、本実施形態における本システムのシンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【０１１９】
まず、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ターゲット配列の先頭からの位置を示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳＣ−１）。
【０１２０】
次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋは、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する（ステップＳＣ−２）。
【０１２１】
ここで、図１１は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【０１２２】
ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍは、オリゴペプチド配列を母集団から検索して（ステップＳＣ−３）、母集団の中にオリゴペプチド配列が存在する場合には（ステップＳＣ−４）、ｉと、検索に用いたオリゴペプチド配列と、母集団中に存在した個数と、当該オリゴペプチド配列が存在した蛋白質名とを検索結果情報として抽出して記憶部１０６に格納する（ステップＳＣ−５）。
【０１２３】
ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ｉに１を加算してインクリメントする（ステップＳＣ−６）。
【０１２４】
ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ターゲット配列の最後であるか判断して（ステップＳＣ−７）、最後ではない場合にはステップＳＣ−２に処理を戻す。
【０１２５】
一方、ターゲット配列の最後である場合には、分析結果作成部１０２ｎは、全ての部分配列情報に関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する分析結果情報を作成する（ステップＳＣ−８）。これにて、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理が終了する。
【０１２６】
［ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理］
次に、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の詳細について図９を参照して説明する。図９は、本実施形態における本システムのミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【０１２７】
まず、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の先頭からの位置を示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳＤ−１）。
【０１２８】
次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐは、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する（ステップＳＤ−２）。
【０１２９】
ここで、図１１は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【０１３０】
ついで、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑは、オリゴペプチド配列に基づいてミューテーションテーブル１０６ｃにアクセスして当該オリゴペプチド配列に対応するミュータントの配列を取得する（ステップＳＤ−３）。
【０１３１】
ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列およびそのミュータントを母集団から検索して（ステップＳＤ−４）、母集団の中にオリゴペプチド配列またはミュータントが存在する場合には（ステップＳＤ−５）、ｉと、検索に用いたオリゴペプチドまたはミュータントの配列と、母集団中に存在した個数と、当該オリゴペプチドまたはミュータントの配列が存在した蛋白質名とを検索結果情報として抽出して記憶部１０６に格納する（ステップＳＤ−６）。
【０１３２】
ついで、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ｉに１を加算してインクリメントする（ステップＳＤ−７）。
【０１３３】
ついで、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の最後であるか判断して（ステップＳＤ−８）、最後ではない場合にはステップＳＤ−２に処理を戻す。
【０１３４】
一方、ターゲット配列の最後である場合には、分析結果作成部１０２ｓは、全ての部分配列情報に関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する分析結果情報を作成する（ステップＳＤ−９）。これにて、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理が終了する。
【０１３５】
［テーブル作成処理］
次に、テーブル作成処理の詳細について図１０を参照して説明する。図１０は、本実施形態における本システムのテーブル作成処理の一例を示すフローチャートである。
【０１３６】
まず、パラメータ設定部１０２ｆは、記憶部１０６を参照して、利用者が予め設定したテーブルの各種パラメータを取得する（ステップＳＥ−１）。すなわち、上述した図１３から図１７の各種のパラメータ設定画面などを用いて利用者が設定したパラメータを記憶部１０６を参照して取得する。
【０１３７】
ついで、テーブル作成部１０２ｂは、記憶部１０６に格納されたスライドサーチ実行部１０２ａによるスライドサーチ処理の分析結果情報を取得する（ステップＳＥ−２）。
【０１３８】
ついで、列データ作成部１０２ｇは、利用者が設定したテーブルのパラメータに従って、分析結果情報の各項目についてテーブルの列データを作成する。まず、列データ作成部１０２ｇは、列ごとに外部分析プログラムの呼び出しを指定しているかを判定する（ステップＳＥ−３）。
【０１３９】
ステップＳＥ−３において、外部分析プログラムの実行を選択していない場合には、スライドサーチの分析結果に基づいて列データを作成する（ステップＳＥ−４）。
【０１４０】
一方、ステップＳＥ−３において、外部分析プログラム（例えば、ホモロジー検索、モチーフ検索等）の実行を選択した場合には、列データ作成部１０２ｇは、ＨＴＭＬリンク情報で指定された外部システム２００に対してコマンドや引数等を通信制御インターフェース部１０４を介して送信して、外部分析プログラムの実行を依頼し、外部システム２００からその実行結果を受信する（ステップＳＥ−５）。
【０１４１】
そして、列データ作成部１０２ｇは、外部分析プログラムの実行結果およびスライドサーチの分析結果に基づいて列データを作成する（ステップＳＥ−６）。
【０１４２】
全ての列について、列データの作成と外部分析プログラムの実行が完了した後、テーブル整形部１０２ｉの処理により、外部分析プログラムの実行結果等について見易い形式に整形したり、表示されるテーブルの列数や行数について整形処理を行ったりした後（ステップＳＥ−７）、出力形式変換部１０２ｊの処理により、既存の変換技術を用いて利用者が設定したテーブルの表示用データの記述言語（例えばＨＴＭＬやＸＭＬなど）に変換する（ステップＳＥ−８）。
【０１４３】
ついで、出力形式変換部１０２ｊは、作成したテーブルの表示用データを記憶部１０６に格納し（ステップＳＥ−９）、所望のタイミングで出力装置１１４に送信して出力する。
【０１４４】
図１８は、配列情報処理装置１００の出力装置１１４に出力されたテーブルの一例を示す図である。図１８に示すように、テーブルは、ヘッダの出力領域ＭＦ−１と、そのヘッダに対応する上述した列データとを含んで構成される。
【０１４５】
図１８の例では、ヘッダは、先頭からの位置ＭＦ−２、ターゲット配列の部分配列であるオリゴペプチド配列ＭＦ−３、母集団における抽出件数およびその件数の図形表示ＭＦ−４、ミュータント配列ＭＦ−５、抽出した蛋白質名ＭＦ−６、母集団抽出の条件ＭＦ−７、および、サーチ種別ＭＦ−８を含んで構成される。
【０１４６】
また、蛋白質名は、関連するウェブサイトのＷＷＷリンク情報が埋め込まれており、利用者が当該蛋白質名をクリックすると既存のＷＷＷのハイパーリンク構造のウェブページ表示技術を用いてそのウェブサイトの情報を表示させることができる（ＭＦ−９）。
【０１４７】
また、利用者が設定した抽出件数の上限値を超える場合には、膨大な量の情報を表示しないように制御することができる（ＭＦ−１０）。これにて、テーブル作成処理が終了する。
【０１４８】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０１４９】
例えば、テーブル・パラメータ設定画面や列パラメータ設定画面やヘッダ・パラメータ設定画面や制約パラメータ設定画面などで利用者が入力する各種の情報は、スクリプト言語などによりプログラム形式で指定することにより情報の定義および設定を行ってもよい。
【０１５０】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０１５１】
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０１５２】
また、配列情報処理装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０１５３】
例えば、配列情報処理装置１００の各サーバが備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて配列情報処理装置１００に機械的に読み取られる。
【０１５４】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１５５】
また、配列情報処理装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０１５６】
さらに、配列情報処理装置１００の分散・統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ Ｇａｔｅｗａｙ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０１５７】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代表されるネットワークを介してプログラムを送信する場合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持する「通信媒体」を含むものとする。
【０１５８】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０１５９】
また、ネットワーク３００は、配列情報処理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネットや、イントラネットや、ＬＡＮ（有線／無線の双方を含む）や、ＶＡＮや、パソコン通信網や、公衆電話網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、専用回線網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、ＣＡＴＶ網や、ＩＭＴ２０００方式、ＧＳＭ方式またはＰＤＣ／ＰＤＣ―Ｐ方式等の携帯回線交換網／携帯パケット交換網や、無線呼出網や、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ等の局所無線網や、ＰＨＳ網や、ＣＳ、ＢＳまたはＩＳＤＢ等の衛星通信網等のうちいずれかを含んでもよい。すなわち、本システムは、有線・無線を問わず任意のネットワークを介して、各種データを送受信することができる。
【０１６０】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列を母集団から検索し、検索結果情報からターゲット配列に関する分析結果情報を作成し、利用者の設定したパラメータに従って、部分配列に関する部分配列情報と分析結果情報とをテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６１】
また、本発明によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６２】
また、本発明によれば、配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／または、関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの項目をターゲット配列に関する分析情報として利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６３】
また、本発明によれば、母集団は、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成するので、分析情報として抽出する必要のある蛋白質を限定することができ、検索時間を短縮化できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。また、本発明によれば、母集団に対して別のターゲット配列で分析することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６４】
また、本発明によれば、部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６５】
また、本発明によれば、部分配列情報は、ターゲット配列の先頭からの位置、および／または、部分配列のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、部分配列とその位置を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６６】
また、本発明によれば、分析結果情報は、部分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、および／または、抽出した配列の関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６７】
また、本発明によれば、パラメータは、分析結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力する際の上限数、分析結果情報の各情報の図形表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、および／または、テーブルの表示用データの記述言語のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本システムの基本原理の一例を示す原理構成図である。
【図２】本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図である。
【図３】スライドサーチ実行部１０２ａの構成の一例を示すブロック図である。
【図４】シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの構成の一例を示すブロック図である。
【図５】ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの構成の一例を示すブロック図である。
【図６】テーブル作成部１０２ｂの構成の一例を示すブロック図である。
【図７】本実施形態における本システムのスライドサーチ処理の一例を示すフローチャートである。
【図８】本実施形態における本システムのシンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【図９】本実施形態における本システムのミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】本実施形態における本システムのテーブル作成処理の一例を示すフローチャートである。
【図１１】ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図である。
【図１２】図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【図１３】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるテーブル・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１４】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（１）の一例を示す図である。
【図１５】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（２）の一例を示す図である。
【図１６】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される制約パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１７】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるヘッダ・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１８】配列情報処理装置１００の出力装置１１４に出力されたテーブルの一例を示す図である。
【符号の説明】
１００ 配列情報処理装置
１０２ 制御部
１０２ａ スライドサーチ実行部
１０２ｂ テーブル作成部
１０２ｃ サーチ条件設定部
１０２ｄ シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部
１０２ｅ ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部
１０２ｆ パラメータ設定部
１０２ｇ 列データ作成部
１０２ｈ 外部分析プログラム実行部
１０２ｉ テーブル整形部
１０２ｊ 出力形式変換部
１０２ｋ オリゴペプチド配列作成部
１０２ｍ 蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部
１０２ｎ 分析結果作成部
１０２ｐ オリゴペプチド配列作成部
１０２ｑ ミューテーションテーブル検索部
１０４ 通信制御インターフェース部
１０６ 記憶部
１０６ａ 蛋白質集合（ＰＳ）データベース
１０６ｂ インハウスデータベース
１０６ｃ ミューテーションテーブル
１０６ｄ テーブル
１０８ 入出力制御インターフェース部
１１２ 入力装置
１１４ 出力装置
２００ 外部システム
３００ ネットワーク
【発明の属する技術分野】
本発明は、配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体に関し、特に、ＤＮＡ塩基配列またはアミノ酸配列の部分配列を処理する配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体に関する。
【０００２】
【従来の技術】
バイオインフォマティクス分野において広く利用される情報として、塩基またはアミノ酸の配列データがある。各種のデータベースに蓄積された配列データに基づいてホモロジー検索やモチーフ検索などを行うことにより、現在、様々な生命現象の分析が行われている。ここで、配列情報を用いた生命現象の分析の過程において、配列の部分配列を用いた解析手法が近年になって研究されている。
【０００３】
たとえば、特開平１０−４５７９５号公報に開示された発明は、部分配列を用いて機能未知の蛋白質の機能や機能部位、あるいは、機能が既知で機能部位が未知の蛋白質の機能部位を推定するための蛋白質データベース・システム並びに蛋白質の機能および機能部位の推定方法に関するものである。特開平１０−４５７９５号公報には、特定の蛋白質のアミノ酸配列情報の一部分であるオリゴペプチドとそのオリゴペプチドを含む蛋白質に関する機能等の情報や、オリゴペプチドの出現頻度等を出力装置に表示する発明が開示されている。
【０００４】
また、特願２０００−７２４８５号に開示された発明は、部分配列を用いた蛋白質間相互作用予測方法及び該予測プログラムを担持した記録媒体に関するものである。特願２０００−７２４８５号には、特定の蛋白質のアミノ酸配列の一部分であるオリゴペプチドの配列情報や、そのオリゴペプチドの配列情報を持つ他の蛋白質とのアラインメント結果や蛋白質におけるそのオリゴペプチドの出現頻度等に関する情報を利用して蛋白質間の相互作用を予測する発明が開示されている。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、これらの従来技術においては、すべてのオリゴペプチド等の部分配列に関する情報を網羅的に収集し、分かり易く表形式でまとめて表示するものが存在しなかったという問題点を有していた。すなわち、部分配列に関するあらゆる情報を当該部分配列と関連付けて整理、格納、検索、管理などを行うものは存在しなかった。
【０００６】
例えば、上述した特開平１０−４５７９５号公報および特願２０００−７２４８５号に開示された発明においては、オリゴペプチドの配列データに関連する大量の情報について出力装置に表示させる際に、どの情報をどの程度表示するかについて、利用者がその値を容易に設定し、かつ、その設定を保存しておき、後から設定を検索して再利用することはできなかった。
【０００７】
すなわち、従来技術においては、表示する情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を検索することにより再利用することができなかった。
【０００８】
また、従来のオリゴペプチドの解析手法は、そのオリゴペプチドのミュータントにまで検索範囲を自動的に拡大して配列情報を検索するものは存在しなかった。
【０００９】
このように、部分配列の解析は、特に、アミノ酸配列の部分配列であるオリゴペプチドの解析は蛋白質の機能や相互作用などを推定する場合にも利用できることがわかっているため極めて有効であるが、従来技術は上述したような数々の問題点を有しており、その結果、配列情報表示装置の利用者および管理者のいずれにとっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いものであった。
【００１０】
なお、これまで説明した従来の技術および発明が解決しようとする課題は、オリゴペプチドに関する配列情報を表示するシステムに限られず、あらゆる配列情報の部分配列を表示する全てのシステムにおいて、同様に考えることができる。
【００１１】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、出力装置に表示する配列情報とその関連情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を検索することにより再利用することのできる、配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することを目的としている。
【００１２】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の配列情報処理装置は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置であって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置は、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択手段と、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択手段と、上記ターゲット配列選択手段により選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段と、上記配列分割手段にて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索手段と、上記配列分割手段にて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索手段にて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索手段と、上記検索手段にて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成手段と、上記分析結果情報作成手段にて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力手段と、を備えたことを特徴とする。
【００１３】
この装置によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００１５】
この装置によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００２０】
また、請求項２に記載の配列情報処理装置は、請求項１に記載の配列情報処理装置において、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００２１】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００２８】
また、本発明は配列情報処理方法に関するものであり、請求項３に記載の配列情報処理方法は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置における配列情報処理方法であって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置において実行される、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、を含むことを特徴とする。
【００２９】
この方法によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００３１】
この方法によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００３６】
また、請求項４に記載の配列情報処理方法は、請求項３に記載の配列情報処理方法において、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００３７】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００４４】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項５に記載のプログラムは、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置において実行されるプログラムであって、上記記憶装置は、複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、を備え、上記制御装置において実行される、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索ステップと、上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、を含むことを特徴とする。
【００４５】
このプログラムによれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、分割された部分配列、および、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索し、検索された全ての部分配列について、部分配列と、部分配列を分割したときのターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、記憶装置に格納し、格納された全ての部分配列に対する分析結果情報を検索し、部分配列と、ターゲット配列の先頭からの位置と、部分配列に対するミュータント配列情報と、部分配列およびミュータント配列情報が母集団から検索された個数とを出力装置にテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる。
【００４７】
このプログラムによれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができるようになる。
【００５２】
また、請求項６に記載のプログラムは、請求項５に記載のプログラムにおいて、上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする。
【００５３】
これは部分配列の長さの一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。
【００６０】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、請求項７に記載の記録媒体は、上記請求項５または６に記載されたプログラムを記録したことを特徴とする。
【００６１】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項５または６に記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現することができ、これら各プログラムと同様の効果を得ることができる。
【００６２】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体の実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
特に、以下の実施の形態においては、本発明を、オリゴペプチドに関する配列情報を表示するシステムに適用した例について説明するが、この場合に限られず、あらゆる配列情報の部分配列を表示する全てのシステムにおいて、同様に適用することができる。
【００６３】
［本システムの概要］
以下、本システムの原理構成について説明し、その後、本システムの構成および処理等について詳細に説明する。図１は本システムの基本原理の一例を示す原理構成図であり、該システム構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００６４】
本システムは、ターゲットとなる蛋白質のアミノ酸配列に関するオリゴペプチドベースの分析結果を、利用者が所望のテーブル形式にまとめて出力するためのシステムである。まず利用者は、ターゲットとなる蛋白質のアミノ酸配列を配列情報データベースから指定する。指定方法は画面上に指定可能な情報を出力して、利用者がその中から所望のアミノ酸配列を選択するようにしてもよく、また、利用者がスクリプト言語などで直接的に所望のアミノ酸配列を特定して当該スクリプトなどを実行することにより指定してもよい。以下においても同様に利用者の指定方法について既存のいかなる指定方法を用いてもよい。
【００６５】
ここで、配列情報データベースは、例えば、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ、ＴｒＥＭＢＬ、ＰＩＲ、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＰＲＦ／ＳＥＱＤＢなどのインターネットを経由してアクセスする外部のアミノ酸配列データベースであってもよく、また、これらのデータベースをコピーしたり、オリジナルの配列情報を格納したり、さらに独自のアノテーション情報等を付加したりして作成したインハウスデータベースであってもよい。
【００６６】
そして、利用者は、予め作成した蛋白質集合（ＰＳ；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｔ）データベースから検索の対象となる母集団を抽出するための条件を指定する。ここで、ＰＳＤＢは、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成されたデータベースであり、例えば、ヒトの蛋白質に関する配列情報をまとめたＰＳＤＢ等である。また、ＰＳＤＢは、例えば、外部データベースやインハウスデータベースから所定のキーワード（例えば、「ヒト」または「ｈｕｍａｎ」など）に合致する配列情報を、自然言語検索などを行うことにより抽出して作成してもよい。
【００６７】
また、利用者は、検索範囲をミュータントまで検索するか否かを指定する。ミュータントとは、所定のオリゴペプチド配列が変異する可能性のあるものであり、ミューテーションテーブルに予め各オリゴペプチド配列とそのミュータント配列との対応が格納されている。
【００６８】
このようにして、利用者がスライドサーチのための条件等の指定が完了すると（ステップＳＡ−１）、本発明の配列情報処理装置においてスライドサーチが実行される（ステップＳＡ−２）。スライドサーチとは、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さの部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報から検索していくことにより、ターゲット配列について各種の分析を行うことをいう。スライドサーチの基本的な手法については後述する。
【００６９】
つぎに、スライドサーチの分析結果を、利用者が予め指定したパラメータ等により定められた出力形式に従って関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめる（ステップＳＡ−３）。
【００７０】
そして、作成したテーブルをディスプレイ装置などの出力装置に出力する（ステップＳＡ−４）。これにより、利用者が必要な部分配列情報に関連する情報をテーブル形式で見易く表示等することが可能になる。
【００７１】
［システム構成］
以下、このような基本的特徴を具現化するための、本システムの構成について説明する。
【００７２】
［システム構成］
まず、本システムの構成について説明する。図２は、本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。本システムは、概略的に、配列情報を処理する配列情報処理装置である配列情報処理装置１００と、配列情報等に関するデータベースやホモロジー検索用のプログラム等を提供する外部システム２００とを、ネットワーク３００を介して通信可能に接続して構成されている。
【００７３】
図２においてネットワーク３００は、配列情報処理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネット等である。
【００７４】
図２において外部システム２００は、ネットワーク３００を介して、配列情報処理装置１００と相互に接続され、利用者に対して配列情報等に関する外部データベースやホモロジー検索やモチーフ検索等の外部分析プログラムを実行するウェブサイトを提供する機能を有する。
【００７５】
ここで、外部システム２００は、ＷＥＢサーバやＡＳＰサーバ等として構成してもよく、そのハードウェア構成は、一般に市販されるワークステーション、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置およびその付属装置により構成してもよい。また、外部システム２００の各機能は、外部システム２００のハードウェア構成中のＣＰＵ、ディスク装置、メモリ装置、入力装置、出力装置、通信制御装置等およびそれらを制御するプログラム等により実現される。
【００７６】
図２において配列情報処理装置１００は、概略的に、配列情報処理装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、通信回線等に接続されるルータ等の通信装置（図示せず）に接続される通信制御インターフェース部１０４、入力装置１１２および出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやテーブル（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）を格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この配列情報処理装置１００は、ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、ネットワーク３００に通信可能に接続されている。
【００７７】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【００７８】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａは、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成されたデータベースである。また、インハウスデータベース１０６ｂは、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納する配列情報格納手段である。ここで、配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／または、関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含む。
【００７９】
また、ミューテーションテーブル１０６ｃは、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段である。また、テーブル１０６ｄは、利用者の指定した出力形式に従って、部分配列に関する部分配列情報とスライドサーチによる分析結果とを用いて作成した情報である。
【００８０】
また、図２において、通信制御インターフェース部１０４は、配列情報処理装置１００とネットワーク３００（またはルータ等の通信装置）との間における通信制御を行う。すなわち、通信制御インターフェース部１０４は、他の端末と通信回線を介してデータを通信する機能を有する。
【００８１】
また、図２において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置をモニタとして記載する）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【００８２】
また、図２において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、スライドサーチ実行部１０２ａ、および、テーブル作成部１０２ｂを備えて構成されている。
【００８３】
このうち、スライドサーチ実行部１０２ａは、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さの部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報から検索していくことにより、ターゲット配列について各種の分析を行う手段である。また、テーブル作成部１０２ｂは、スライドサーチの分析結果を、利用者が予め指定したパラメータ等により定められた出力形式に従って関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめる手段である。なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細については、後述する。
【００８４】
ここで、図３は、スライドサーチ実行部１０２ａの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。スライドサーチ実行部１０２ａは、概略的に、サーチ条件設定部１０２ｃ、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄ、および、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅを備えて構成されている。
【００８５】
このうち、サーチ条件設定部１０２ｃは、利用者にスライドサーチの各種の条件を設定させる手段であって、インハウスデータベース１０６ｂに格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択手段、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａに格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させる母集団選択手段、部分配列の長さを利用者に指定させる手段、および、後述するシンプルスライドサーチを行うか、またはミューテーションスライドサーチを行うかを利用者に選択させる手段などとして機能する。
【００８６】
また、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、後述するシンプルスライドサーチを実行する手段である。また、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、後述する対象範囲を部分配列のミュータントまで拡大して検索するミューテーションスライドサーチを実行する手段である。
【００８７】
ここで、図４は、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、概略的に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍ、および、分析結果作成部１０２ｎを備えて構成されている。
【００８８】
このうち、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段である。また、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋにより分割された部分配列を蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａから抽出した母集団から検索する検索手段である。また、分析結果作成部１０２ｎは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋによる検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結果を作成する分析結果情報作成手段である。
【００８９】
ここで、図５は、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、概略的に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐ、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒ、および、分析結果作成部１０２ｓを備えて構成されている。
【００９０】
このうち、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段である。また、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑは、部分配列のミュータントをミューテーションテーブル１０６ｃから取得する手段である。また、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐにより分割された部分配列を蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａから抽出した母集団から検索する検索手段である。また、分析結果作成部１０２ｓは、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒによる検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結果を作成する分析結果情報作成手段である。
【００９１】
ここで、図６は、テーブル作成部１０２ｂの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。テーブル作成部１０２ｂは、概略的に、パラメータ設定部１０２ｆ、列データ作成部１０２ｇ、外部分析プログラム実行部１０２ｈ、テーブル整形部１０２ｉ、および、出力形式変換部１０２ｊを備えて構成されている。
【００９２】
このうち、パラメータ設定部１０２ｆは、出力するテーブルの各種パラメータを利用者に設定させるパラメータ設定手段である。また、列データ作成部１０２ｇは、利用者が設定したパラメータに従って部分配列に関する部分配列情報とスライドサーチの分析結果情報とからテーブルの列データを作成する列データ作成手段である。また、外部分析プログラム実行部１０２ｈは、分析結果情報に基づいて外部プログラム（例えば、ホモロジー検索やモチーフ検索など）を実行してその実行結果を分析結果情報に追加する外部分析プログラム実行手段である。
【００９３】
また、テーブル整形部１０２ｉは、利用者の指定したパラメータに従って、部分配列情報と分析結果情報とをテーブル形式に整形するテーブル整形手段である。また、出力形式変換部１０２ｊは、テーブル整形部１０２ｉにより整形されたテーブルのデータを利用者が指定した表示用データの記述言語（例えば、ＳＧＭＬ、ＨＴＭＬ、ＸＭＬ、オリジナル記述言語等）に変換する出力形式変換手段である。
【００９４】
［本システムの処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本システムの処理の一例について、以下に図７〜図１３を参照して詳細に説明する。
【００９５】
［スライドサーチ処理］
次に、スライドサーチ処理の詳細について図７〜図９に示すフローチャートおよび図１３〜図１８に示す表示画面図等を参照して説明する。図７は、本実施形態における本システムのスライドサーチ処理の一例を示すフローチャートである。
【００９６】
まず、配列情報処理装置１００は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により、利用者にスライドサーチの各種の条件や、スライドサーチの分析結果などを表示するテーブルの表示条件などを設定させる（ステップＳＢ−１）。
【００９７】
ここで、図１３は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるテーブル・パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１３に示すように、テーブル・パラメータ設定画面は、テーブル名の入力領域ＭＡ−１、ターゲット蛋白質のデータベース名や蛋白質名の入力領域ＭＡ−２、オリゴペプチド長の入力領域ＭＡ−３、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−４、テーブルの列数の入力領域ＭＡ−５等を含んで構成される。
【００９８】
利用者がテーブル・パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてＭＡ−１からＭＡ−５の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【００９９】
なお、オリゴペプチド長の入力領域ＭＡ−２に入力される部分配列の長さは、好ましくは２〜１０であり、さらに好適な長さは４〜７であり、その中で特に好適な長さは４または５である。
【０１００】
また、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−４に利用者がヘッダ行数を入力すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１３に示すように入力されたヘッダ行数分のヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタン（図中の「ヘッダ行１」、「ヘッダ行２」が対応する）を表示する。利用者が、当該ヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタンを入力装置１１２を用いて選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１７に示すヘッダ・パラメータ設定画面を出力装置１１４に表示する。
【０１０１】
ここで、図１７は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるヘッダ・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
図１７に示すように、ヘッダ・パラメータ設定画面は、ヘッダ行の行数および総列数の表示領域ＭＥ−１、および、開始列数と終了列数と表示項目とから構成されるヘッダフォーマット情報の入力領域ＭＥ−２等を含んで構成される。ヘッダフォーマット情報入力領域ＭＥ−２に利用者が終了列数を設定すると、サーチ条件設定部１０２ｃは次の列の開始列数を自動的に表示する。
【０１０２】
利用者がヘッダ・パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてヘッダフォーマット情報入力領域ＭＥ−２の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１０３】
再び図１３に戻り、列数の入力領域ＭＡ−５に利用者がテーブルの列数を入力すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１３に示すように列数分の列パラメータ設定画面リンクボタン（図中の「列１」から「列１４」が対応する）を表示する。利用者が、当該列パラメータ設定画面リンクボタンを入力装置１１２を用いて選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１４に示す列パラメータ設定画面（１）を出力装置１１４に表示する。
【０１０４】
ここで、図１４は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（１）の一例を示す図である。
図１４に示すように、列パラメータ設定画面（１）は、オリゴペプチドをテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−１、外部分析プログラムの実行結果をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力するためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＢ−３、スライドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＢ−４等を含んで構成される。
【０１０５】
ＭＢ−４において利用者がスライドサーチ結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１４に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５、検索対象母集団名の入力領域ＭＢ−６、表示情報の選択領域ＭＢ−７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示するか、または、図形形式（グラフなど）で表示するかをさらに選択する）、蛋白質名、オリゴペプチドの抽出件数（数字形式で表示するか、または、図形形式（グラフなど）で表示するかをさらに選択する）、オリゴペプチドがある蛋白質名とその位置など）、テーブルに情報を表示する際の制約を設定する制約パラメータ設定画面に移行するための制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＢ−８などを自動的に表示する。
【０１０６】
また、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５において、利用者がミューテーション（ＭＳＳ）を選択した場合には、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１５に示す列パラメータ設定画面（２）を表示する。
【０１０７】
ここで、図１５は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（２）の一例を示す図である。
図１５に示すように、列パラメータ設定画面（２）は、オリゴペプチドをテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−１、外部分析プログラムの実行結果をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力するためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＣ−３、スライドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示することを選択するための選択ボタンＭＣ−４等を含んで構成される。
【０１０８】
ＭＣ−４において利用者がスライドサーチ結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１５に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＣ−５、検索対象母集団名の入力領域ＭＣ−６、表示情報の選択領域ＭＣ−７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示するかまたは図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴペプチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集計するかなどをさらに選択する）、ミュータント名、蛋白質名、オリゴペプチドの抽出件数（数字形式で表示するかまたは図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴペプチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集計するかなどをさらに選択する）、オリゴペプチドのミュータント配列、オリゴペプチドがある蛋白質名とその蛋白質のアミノ酸配列の先頭からの位置など）、テーブルに情報を表示する際の制約を設定する制約パラメータ設定画面に移行するための制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＣ−８などを自動的に表示する。
【０１０９】
利用者が列パラメータ設定画面（１）または列パラメータ設定画面（２）を用いて、入力装置１１２を用いて各項目の入力や選択を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１１０】
また、利用者が列パラメータ設定画面（１）または列パラメータ設定画面（２）を用いて、入力装置１１２を用いて制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＢ−８またはＭＣ−８を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１６に示す制約パラメータ設定画面を表示する。
【０１１１】
ここで、図１６は、サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される制約パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１６に示すように、制約パラメータ設定画面は、検索結果の件数の上限数やミュータントの個数の上限数を入力するための入力領域ＭＤ−１、ターゲット蛋白質内で無視するオリゴペプチドと開始位置の入力領域ＭＤ−２、検索結果内で無視するミュータントや蛋白質や蛋白質と開始位置の入力領域ＭＤ−３、外部分析プログラムの入力領域ＭＤ−４等を含んで構成される。
【０１１２】
利用者が制約パラメータ設定画面を用いて、入力装置１１２を用いてＭＤ−１からＭＤ−４の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。
【０１１３】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、インハウスデータベース１０６ｂにアクセスして利用者が指定したターゲット配列を取得する（ステップＳＢ−２）。
【０１１４】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａにアクセスして利用者が指定した母集団の条件に合致する配列情報を抽出して母集団を作成する（ステップＳＢ−３）。
【０１１５】
ついで、スライドサーチ実行部１０２ａは、利用者が指定したサーチ種別を判定し（ステップＳＢ−４）、サーチ種別がＳＳＳの場合には、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの処理により、後述するＳＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ−５）。
【０１１６】
一方、サーチ種別がＭＳＳの場合には、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの処理により、ミューテーションテーブル１０６ｃを参照して後述するＭＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ−６）。
【０１１７】
そして、スライドサーチ実行部１０２ａは、ＳＳＳまたはＭＳＳの分析結果情報を記憶部１０６に格納する（ステップＳＢ−７）。これにて、スライドサーチ処理が終了する。
【０１１８】
［シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理］
次に、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の詳細について図８を参照して説明する。図８は、本実施形態における本システムのシンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【０１１９】
まず、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ターゲット配列の先頭からの位置を示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳＣ−１）。
【０１２０】
次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋは、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する（ステップＳＣ−２）。
【０１２１】
ここで、図１１は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【０１２２】
ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍは、オリゴペプチド配列を母集団から検索して（ステップＳＣ−３）、母集団の中にオリゴペプチド配列が存在する場合には（ステップＳＣ−４）、ｉと、検索に用いたオリゴペプチド配列と、母集団中に存在した個数と、当該オリゴペプチド配列が存在した蛋白質名とを検索結果情報として抽出して記憶部１０６に格納する（ステップＳＣ−５）。
【０１２３】
ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ｉに１を加算してインクリメントする（ステップＳＣ−６）。
【０１２４】
ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄは、ターゲット配列の最後であるか判断して（ステップＳＣ−７）、最後ではない場合にはステップＳＣ−２に処理を戻す。
【０１２５】
一方、ターゲット配列の最後である場合には、分析結果作成部１０２ｎは、全ての部分配列情報に関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する分析結果情報を作成する（ステップＳＣ−８）。これにて、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理が終了する。
【０１２６】
［ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理］
次に、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の詳細について図９を参照して説明する。図９は、本実施形態における本システムのミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【０１２７】
まず、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の先頭からの位置を示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳＤ−１）。
【０１２８】
次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐは、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する（ステップＳＤ−２）。
【０１２９】
ここで、図１１は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【０１３０】
ついで、ミューテーションテーブル検索部１０２ｑは、オリゴペプチド配列に基づいてミューテーションテーブル１０６ｃにアクセスして当該オリゴペプチド配列に対応するミュータントの配列を取得する（ステップＳＤ−３）。
【０１３１】
ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列およびそのミュータントを母集団から検索して（ステップＳＤ−４）、母集団の中にオリゴペプチド配列またはミュータントが存在する場合には（ステップＳＤ−５）、ｉと、検索に用いたオリゴペプチドまたはミュータントの配列と、母集団中に存在した個数と、当該オリゴペプチドまたはミュータントの配列が存在した蛋白質名とを検索結果情報として抽出して記憶部１０６に格納する（ステップＳＤ−６）。
【０１３２】
ついで、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ｉに１を加算してインクリメントする（ステップＳＤ−７）。
【０１３３】
ついで、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の最後であるか判断して（ステップＳＤ−８）、最後ではない場合にはステップＳＤ−２に処理を戻す。
【０１３４】
一方、ターゲット配列の最後である場合には、分析結果作成部１０２ｓは、全ての部分配列情報に関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する分析結果情報を作成する（ステップＳＤ−９）。これにて、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理が終了する。
【０１３５】
［テーブル作成処理］
次に、テーブル作成処理の詳細について図１０を参照して説明する。図１０は、本実施形態における本システムのテーブル作成処理の一例を示すフローチャートである。
【０１３６】
まず、パラメータ設定部１０２ｆは、記憶部１０６を参照して、利用者が予め設定したテーブルの各種パラメータを取得する（ステップＳＥ−１）。すなわち、上述した図１３から図１７の各種のパラメータ設定画面などを用いて利用者が設定したパラメータを記憶部１０６を参照して取得する。
【０１３７】
ついで、テーブル作成部１０２ｂは、記憶部１０６に格納されたスライドサーチ実行部１０２ａによるスライドサーチ処理の分析結果情報を取得する（ステップＳＥ−２）。
【０１３８】
ついで、列データ作成部１０２ｇは、利用者が設定したテーブルのパラメータに従って、分析結果情報の各項目についてテーブルの列データを作成する。まず、列データ作成部１０２ｇは、列ごとに外部分析プログラムの呼び出しを指定しているかを判定する（ステップＳＥ−３）。
【０１３９】
ステップＳＥ−３において、外部分析プログラムの実行を選択していない場合には、スライドサーチの分析結果に基づいて列データを作成する（ステップＳＥ−４）。
【０１４０】
一方、ステップＳＥ−３において、外部分析プログラム（例えば、ホモロジー検索、モチーフ検索等）の実行を選択した場合には、列データ作成部１０２ｇは、ＨＴＭＬリンク情報で指定された外部システム２００に対してコマンドや引数等を通信制御インターフェース部１０４を介して送信して、外部分析プログラムの実行を依頼し、外部システム２００からその実行結果を受信する（ステップＳＥ−５）。
【０１４１】
そして、列データ作成部１０２ｇは、外部分析プログラムの実行結果およびスライドサーチの分析結果に基づいて列データを作成する（ステップＳＥ−６）。
【０１４２】
全ての列について、列データの作成と外部分析プログラムの実行が完了した後、テーブル整形部１０２ｉの処理により、外部分析プログラムの実行結果等について見易い形式に整形したり、表示されるテーブルの列数や行数について整形処理を行ったりした後（ステップＳＥ−７）、出力形式変換部１０２ｊの処理により、既存の変換技術を用いて利用者が設定したテーブルの表示用データの記述言語（例えばＨＴＭＬやＸＭＬなど）に変換する（ステップＳＥ−８）。
【０１４３】
ついで、出力形式変換部１０２ｊは、作成したテーブルの表示用データを記憶部１０６に格納し（ステップＳＥ−９）、所望のタイミングで出力装置１１４に送信して出力する。
【０１４４】
図１８は、配列情報処理装置１００の出力装置１１４に出力されたテーブルの一例を示す図である。図１８に示すように、テーブルは、ヘッダの出力領域ＭＦ−１と、そのヘッダに対応する上述した列データとを含んで構成される。
【０１４５】
図１８の例では、ヘッダは、先頭からの位置ＭＦ−２、ターゲット配列の部分配列であるオリゴペプチド配列ＭＦ−３、母集団における抽出件数およびその件数の図形表示ＭＦ−４、ミュータント配列ＭＦ−５、抽出した蛋白質名ＭＦ−６、母集団抽出の条件ＭＦ−７、および、サーチ種別ＭＦ−８を含んで構成される。
【０１４６】
また、蛋白質名は、関連するウェブサイトのＷＷＷリンク情報が埋め込まれており、利用者が当該蛋白質名をクリックすると既存のＷＷＷのハイパーリンク構造のウェブページ表示技術を用いてそのウェブサイトの情報を表示させることができる（ＭＦ−９）。
【０１４７】
また、利用者が設定した抽出件数の上限値を超える場合には、膨大な量の情報を表示しないように制御することができる（ＭＦ−１０）。これにて、テーブル作成処理が終了する。
【０１４８】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０１４９】
例えば、テーブル・パラメータ設定画面や列パラメータ設定画面やヘッダ・パラメータ設定画面や制約パラメータ設定画面などで利用者が入力する各種の情報は、スクリプト言語などによりプログラム形式で指定することにより情報の定義および設定を行ってもよい。
【０１５０】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０１５１】
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０１５２】
また、配列情報処理装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０１５３】
例えば、配列情報処理装置１００の各サーバが備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて配列情報処理装置１００に機械的に読み取られる。
【０１５４】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０６ｄ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１５５】
また、配列情報処理装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０１５６】
さらに、配列情報処理装置１００の分散・統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ Ｇａｔｅｗａｙ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０１５７】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代表されるネットワークを介してプログラムを送信する場合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持する「通信媒体」を含むものとする。
【０１５８】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０１５９】
また、ネットワーク３００は、配列情報処理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネットや、イントラネットや、ＬＡＮ（有線／無線の双方を含む）や、ＶＡＮや、パソコン通信網や、公衆電話網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、専用回線網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、ＣＡＴＶ網や、ＩＭＴ２０００方式、ＧＳＭ方式またはＰＤＣ／ＰＤＣ―Ｐ方式等の携帯回線交換網／携帯パケット交換網や、無線呼出網や、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ等の局所無線網や、ＰＨＳ網や、ＣＳ、ＢＳまたはＩＳＤＢ等の衛星通信網等のうちいずれかを含んでもよい。すなわち、本システムは、有線・無線を問わず任意のネットワークを介して、各種データを送受信することができる。
【０１６０】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割された部分配列を母集団から検索し、検索結果情報からターゲット配列に関する分析結果情報を作成し、利用者の設定したパラメータに従って、部分配列に関する部分配列情報と分析結果情報とをテーブル形式で出力するので、処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６１】
また、本発明によれば、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納されたミュータント配列情報から検索し、検索された部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析に利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６２】
また、本発明によれば、配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／または、関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの項目をターゲット配列に関する分析情報として利用することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６３】
また、本発明によれば、母集団は、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成するので、分析情報として抽出する必要のある蛋白質を限定することができ、検索時間を短縮化できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。また、本発明によれば、母集団に対して別のターゲット配列で分析することができる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６４】
また、本発明によれば、部分配列の長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコンピュータの演算時間で集計できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６５】
また、本発明によれば、部分配列情報は、ターゲット配列の先頭からの位置、および／または、部分配列のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、部分配列とその位置を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６６】
また、本発明によれば、分析結果情報は、部分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、および／または、抽出した配列の関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０１６７】
また、本発明によれば、パラメータは、分析結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力する際の上限数、分析結果情報の各情報の図形表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、および／または、テーブルの表示用データの記述言語のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本システムの基本原理の一例を示す原理構成図である。
【図２】本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図である。
【図３】スライドサーチ実行部１０２ａの構成の一例を示すブロック図である。
【図４】シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの構成の一例を示すブロック図である。
【図５】ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの構成の一例を示すブロック図である。
【図６】テーブル作成部１０２ｂの構成の一例を示すブロック図である。
【図７】本実施形態における本システムのスライドサーチ処理の一例を示すフローチャートである。
【図８】本実施形態における本システムのシンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【図９】本実施形態における本システムのミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】本実施形態における本システムのテーブル作成処理の一例を示すフローチャートである。
【図１１】ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を示した概念図である。
【図１２】図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図である。
【図１３】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるテーブル・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１４】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（１）の一例を示す図である。
【図１５】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（２）の一例を示す図である。
【図１６】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力される制約パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１７】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるヘッダ・パラメータ設定画面の一例を示す図である。
【図１８】配列情報処理装置１００の出力装置１１４に出力されたテーブルの一例を示す図である。
【符号の説明】
１００ 配列情報処理装置
１０２ 制御部
１０２ａ スライドサーチ実行部
１０２ｂ テーブル作成部
１０２ｃ サーチ条件設定部
１０２ｄ シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部
１０２ｅ ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部
１０２ｆ パラメータ設定部
１０２ｇ 列データ作成部
１０２ｈ 外部分析プログラム実行部
１０２ｉ テーブル整形部
１０２ｊ 出力形式変換部
１０２ｋ オリゴペプチド配列作成部
１０２ｍ 蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部
１０２ｎ 分析結果作成部
１０２ｐ オリゴペプチド配列作成部
１０２ｑ ミューテーションテーブル検索部
１０４ 通信制御インターフェース部
１０６ 記憶部
１０６ａ 蛋白質集合（ＰＳ）データベース
１０６ｂ インハウスデータベース
１０６ｃ ミューテーションテーブル
１０６ｄ テーブル
１０８ 入出力制御インターフェース部
１１２ 入力装置
１１４ 出力装置
２００ 外部システム
３００ ネットワーク
Claims (7)
- 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置であって、
上記記憶装置は、
複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、
上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、
を備え、
上記制御装置は、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択手段と、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択手段と、
上記ターゲット配列選択手段により選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割手段と、
上記配列分割手段にて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索手段と、
上記配列分割手段にて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索手段にて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索手段と、
上記検索手段にて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成手段と、
上記分析結果情報作成手段にて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索手段により上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力手段と、
を備えたことを特徴とする配列情報処理装置。 - 上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする請求項１に記載の配列情報処理装置。
- 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置における配列情報処理方法であって、
上記記憶装置は、
複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、
上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、
を備え、
上記制御装置において実行される、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、
上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、
上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索する ミュータント配列検索ステップと、
上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、
上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、
上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、
を含むことを特徴とする配列情報処理方法。 - 上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする請求項３に記載の配列情報処理方法。
- 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた配列情報処理装置において実行されるプログラムであって、
上記記憶装置は、
複数の塩基またはアミノ酸の配列情報を格納する配列情報格納手段と、
上記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報格納手段と、
を備え、
上記制御装置において実行される、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配列選択ステップと、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステップと、
上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、
上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段に格納された上記ミュータント配列情報から検索するミュータント配列検索ステップと、
上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列、および、上記ミュータント配列検索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母集団から検索する検索ステップと、
上記検索ステップにて検索された全ての上記部分配列について、上記部分配列と、上記配列分割手段にて上記部分配列を分割したときの上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを含む分析結果情報を作成し、上記記憶装置に格納する分析結果情報作成ステップと、
上記分析結果情報作成ステップにて上記記憶装置に格納された全ての上記部分配列に対する上記分析結果情報を検索し、上記部分配列と、上記ターゲット配列の先頭からの位置と、上記部分配列に対する上記ミュータント配列情報と、上記検索ステップにより上記部分配列および上記ミュータント配列情報が上記母集団から検索された個数とを上記出力装置にテーブル形式で出力するテーブル出力ステップと、
を含むことを特徴とするプログラム。 - 上記部分配列の長さは４〜７であることを特徴とする請求項５に記載のプログラム。
- 上記請求項５または６に記載されたプログラムを記録したことを特徴とするコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
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