JP3880417B2 - 遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体 - Google Patents

Description

【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体に関し、特に、発現画像を管理する遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体に関する。
【０００２】
【従来の技術】
従来より、破砕していない細胞や組織に特定遺伝子のプローブを直接ハイブリダイズさせ、ＤＮＡやｍＲＮＡなどの核酸あるいはタンパク質の細胞または組織内の分布や局在を光学顕微鏡や電子顕微鏡により調べるｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを用いて、遺伝子の発現場所などの同定を行う実験手法が広く行われている。
【０００３】
また、科学技術振興事業団土居バイオアシンメトリプロジェクトの小宮透らにより、臓器などの切片を用いた高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションの手法が開発されている（小宮透「９６ウェルで行う切片のｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション」細胞工学 １８、４０５ １９９９年 など）。
【０００４】
この高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法の概要について図１を参照して説明する。図１に示すように、まず、臓器などの組織からｍＲＮＡを精製し、ＮｏｔＩオリゴ（ｄＴ）を用いてｍＲＮＡからｃＤＮＡを合成してｃＤＮＡライブラリーを作製する（ステップＳＡ−１）。そして、ｃＤＮＡライブラリーの均一化を行い均一化ライブラリーを作製する（ステップＳＡ−２）。本手法においては、ｃＤＮＡの均一化ライブラリーを用いることにより、微量な遺伝子の発現についても同定することができる。
【０００５】
そして、ベクタへのライゲーションを行い、大腸菌へのトランスフォームを行う（ステップＳＡ−３）。そして、トランスフォームされた大腸菌のコロニーを作製する（ステップＳＡ−４）。そして、コロニーをランダムにピックアップし、ベクタの配列を使ってＰＣＲにより内部のｃＤＮＡを直線化し増幅する。その際にはベクタ由来のＲＮＡポリメラーゼのプロモーター配列が付加される。増幅されたｃＤＮＡをガラスパウダー法を用いて９６ウェルプレートのフォーマットで精製し、これをマスターライブラリーとして保存する（ステップＳＡ−５）。
【０００６】
そして、精製フラグメントを使って９６ウェルプレートでハプテンであるＤＩＧ（ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ）ラベルの転写反応を行う（ステップＳＡ−６）。そして、出来上がったプローブをエタノール沈殿し、希釈して、９６ウェルプレートの底にポリエステルワックスなどで貼り付けた臓器などの組織の切片に対して、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行う（ステップＳＡ−７）。なお、ハイブリダイズ、酵素ラベルされた抗ＤＩＧ抗体反応後の洗浄はＥＬＩＳＡ洗浄器を用いてシステマチックに行う。
【０００７】
そして、酵素抗体法による発色後、倒立顕微鏡で観察し、画像をＣＣＤカメラで取り込む。ここで、図２は、取り込まれた画像の一例を示す図である。図２に示すように、発色（図中の黒色で示す部分）がある場所などの興味のある発現を示す像が得られた場合には、マスターライブラリーの対応するクローンの塩基配列を決定することで、遺伝子の発現像と塩基配列とを対応させて情報を得ることができる（ステップＳＡ−８）。
【０００８】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、従来の手法によると、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションにより発現像を得て、プローブとして用いたｃＤＮＡの塩基配列の情報とのマッチングやその情報を用いた生物的知見の発見は人手により行っているため、取得した情報を統括的に管理し漏れなく知見を抽出することが困難であるという問題点を有していた。
以下、この問題点の内容について、一層具体的に説明する。
【０００９】
上述した高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションでは、得られた大量の発現像の解析やその遺伝子配列のホモロジー検索などによる解析が人手により行われる。すなわち、実験者は、発現したｃＤＮＡクローンの塩基配列に基づいて、既存のｃＤＮＡデータベース（たとえば、ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に対してＢＬＡＳＴなどのホモロジー検索プログラムにより類似配列の検索を行い、発現した遺伝子（ｍＲＮＡ）の特定などを行う必要がある。また、ｃＤＮＡライブラリーに含まれる複数のｃＤＮＡクローンにつき同一のｍＲＮＡに由来するものを抽出してクラスタリングを行ったり、同一のクラスタに含まれるｃＤＮＡクローンの発現画像の分類作業を行ったり、さらに、その画像から読取れる知見について抽出を行ったりする必要がある。
【００１０】
また、このような高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション実験を一つの組織について行うと少なくとも数百から数千の画像が取得され、さらに近年のトランスクリプトーム解析やプロテオーム解析の進展に伴い、高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどによる発現解析のための実験データは膨大になることが予想される。従って、人手による作業には自ずと限界が生ずるため、これらの作業につき統合的に管理することができるデータベースシステムの開発が望まれている。
【００１１】
また、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションに関する実験データを一元管理するデータベースシステムを導入してデータマイニング手法を駆使することにより、従来の人手による解析によっては発見することができなかった知見についてコンピュータシステム上で発見することができることが期待される。
【００１２】
なお、これまで説明した従来の技術および発明が解決しようとする課題は、上述した高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによる実験データを収集する場合に限られず、他の手法により遺伝子の発現情報を解析する全ての実験手法を用いる場合において、同様に考えることができる。
【００１３】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、各種の遺伝子発現実験により取得した画像情報および遺伝子情報を統括的に管理し漏れなく知見を抽出することのできる、遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することを目的としている。
【００１４】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の遺伝子発現情報管理装置は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置であって、上記記憶装置は、遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られるか否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、を備え、上記制御装置は、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索手段と、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリング手段と、任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示手段と、を備えたことを特徴とする。
【００１５】
この装置によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、画像データと対応する塩基配列とその類似塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００１６】
すなわち、例えばｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどの遺伝子発現実験において撮影された画像データに対応する、プローブとして用いたｃＤＮＡの塩基配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、当該ｃＤＮＡを特定し、当該ｃＤＮＡと画像データとを併記して分かり易く表示することができるようになる。
【００１７】
また、類似塩基配列と一緒に当該塩基配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジー検索のスコアなど）を表示してもよい。これにより、最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【００１８】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該ｃＤＮＡの塩基配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と併記して表示してもよい。
また、この装置によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してクラスタリングを行い、塩基配列を特定のクラスタに分類し、クラスタ毎に画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば同じｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ（ＥＳＴ配列）を同じクラスタに分類すること等により、同一の性質を持つ塩基配列を集めて特定のクラスタに分類することができるようになる。
これにより、ｃＤＮＡライブラリーからランダムに抽出したｃＤＮＡクローンの重複を排除すること等ができるようになり、さらに、実験結果のまとめ作業を効率化することができるようになる。
また、この装置によれば、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて格納し、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて表示することができるようになる。
【００１９】
また、請求項２に記載の装置は、請求項１に記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記ホモロジー検索手段は、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【００２０】
これはホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【００２１】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【００２５】
また、請求項３に記載の装置は、請求項１または２に記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記クラスタリング手段により同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定手段、をさらに備え、上記表示手段は、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、ことを特徴とする。
【００２６】
この装置によれば、同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定し、クラスタ毎にクラスタ配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば、クラスタのメンバーの塩基配列を組み合わせて作成した塩基配列（例えば、完全長ｃＤＮＡなど）をクラスタ配列として決定し、表示することができるようになる。
【００２７】
これにより、部分的なｃＤＮＡ配列（ＥＳＴ配列）を用いた実験から、完全長ｃＤＮＡ（ｍＲＮＡ配列）などの遺伝子配列を容易に予想することができるようになる。
【００２８】
また、請求項４に記載の装置は、請求項３に記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記クラスタリング手段は、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、上記クラスタ配列決定手段は、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、ことを特徴とする。
【００２９】
この装置によれば、塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の共通配列を構成した塩基配列を同一のクラスタに分類し、クラスタの共通配列をクラスタ配列として決定するので、アセンブル技術（短い断片配列から長い配列を作成する技術をいう。例えば、断片配列間の配列の重なりをマルチプルアラインメントなどの手法を用いて探索し、重なりを持つ断片配列同士を合成することにより長い配列を生成する。）により部分的なｃＤＮＡ配列からより完全長に近いｃＤＮＡ配列を作成することができるようになる。
【００３０】
また、請求項５に記載の装置は、請求項３または４に記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記クラスタ配列決定手段により決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索手段、をさらに備え、上記表示手段は、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記ホモロジースコアを表示する、ことを特徴とする。
【００３１】
この装置によれば、決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、クラスタ毎にクラスタ配列とその類似配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００３２】
すなわち、プローブに用いたｃＤＮＡの塩基配列からアセンブルなどを実行することより合成したクラスタ配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００３３】
また、類似塩基配列と一緒に当該クラスタ配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジースコアなど）を表示してもよい。これにより、クラスタ配列に最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【００３４】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該クラスタ配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と一緒に表示してもよい。
【００３５】
さらに、任意の遺伝子配列を入力することにより、入力された遺伝子について登録されたｃＤＮＡクローン配列とクラスタリングを行い、同一のクラスタに属するクラスタ配列に関する情報（画像データなど）を表示することが可能になる。
【００３６】
また、請求項６に記載の装置は、請求項５に記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記クラスタ配列ホモロジー検索手段は、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【００３７】
これはクラスタ配列に対するホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【００３８】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【００４１】
また、請求項７に記載の装置は、請求項１から６のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較手段と、上記画像比較手段の比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出手段と、上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定手段と、上記発現量推定手段により推定された上記発現量に従って、上記表示手段における上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソート手段とをさらに備えたことを特徴とする。
【００４２】
この装置によれば、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定するので、発現パターン（均一に発現、偏って発現など）などを容易に特定することができるようになる。
【００４３】
ここで、画像データ中の蛍光色素などの発光量や発光面積を既知の画像解析手法などにより求めることにより、発現量を推定してもよい。また、画像データだけでなく塩基配列の情報も利用すれば、例えば、塩基配列にリピート配列が含まれている場合にはクロスハイブリダイズ（同じリピートを持つ当該ｍＲＮＡ以外のｍＲＮＡに対してもハイブリダイゼーション反応が起こる）の可能性が高いため推定された発現量に対する信用性は低い、などの評価を自動的にできるようになる。
【００４４】
また、例えば、同じ組織切片に対してプローブを発光させたものと発光させないものを撮影したり、別の種類の蛍光色素などで染色したものを撮影したりすることにより、画像解析処理を簡単に実行することができるようになる（その２枚の画像の差分をとることにより発現量を推定する等）。
【００４６】
この装置によれば、推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートするので、効率的に実験結果を確認できるようになる。
【００４８】
この装置によれば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出するので、画像間の差異を効率的に抽出することができるようになる。
【００４９】
これにより、画像認識あるいは手作業によってそれぞれの組織での発現パターンについてアノテーションを行ない、そのアノテーションを自動で比較し、相違がみられるものについて抽出して表示することができるようになる。
【００５０】
また、例えば、正常細胞と疾患細胞との比較や、発育段階または加齢段階の時系列での比較や、薬剤投与前と投与後の比較などを効率的に実行することができるようになる。
【００５２】
この装置によれば、２つ以上の画像データから３次元画像を作成し、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションするので、一つの配列で臓器の全スライスをテストした場合、その画像をつなぐことにより臓器の３次元画像をシミュレーションし、各画像を画像解析して求めたｍＲＮＡの発現量を３次元的に補正し表示することができるようになる。
【００５４】
この装置によれば、同一のクラスタに属する塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定するので、例えば、同じｍＲＮＡに由来するクローン群のうち最もよい実験データがとれるクローンを一つ選んで代表クローンとして抽出することができるようになる。また、同じｍＲＮＡ由来と思われるＥＳＴは同じクラスタに分類し、代表クローンのみを実験することによって、その後の実験回数を減らすことができる。つまり、クラスタリングによって、それまではＥＳＴ数の実験が必要だったのに対し、代表クローン（クラスタ数存在する）についてのみ実験を行うことで足りるようになる。
【００５５】
ここで、同一ｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡクローンであっても切断箇所により配列が少しずつ異なる。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを実施したときにそのｃＤＮＡ配列によってきれいに発現シグナルがでるものとそうでないものがあるため、画像データをみてきれいにシグナルが出ているクローンを代表クローンとしてもよい。
【００５６】
また、ｃＤＮＡクローンの塩基配列は、リピート配列を持たないものや、実験に適した配列長のものを代表クローンとしてもよい。
【００５８】
この装置によれば、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいてクラスタ重要度を決定するので、これらの情報に基づいてクラスタの重要度を任意に決定し、利用者が注目するクラスタを容易に発見することができるようになる。
【００５９】
例えば、発現量と組織に関する情報に基づいて特定の発育段階または加齢段階の組織で高い発現を示すクローンについて重要度を高く決定してもよく、さらに、その塩基配列に対するホモロジー検索結果により既存の遺伝子配列ＤＢにヒットしない（すなわち、既知の類似配列が存在しない）ものであれば、さらに重要度を高く決定してもよい。
【００６０】
また、請求項８に記載の装置は、請求項１から７のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置において、上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定手段と、上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成手段と、上記染色体マップ作成ステップにて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示ステップとをさらに備えたことを特徴とする。
【００６１】
この装置によれば、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定し、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）をマッピングすることにより染色体マップを作成することができるようになる。
【００６２】
また、当該染色体マップの遺伝子座に対応する部分（特定のマークなどを表示しても良い）を選択すると、その詳細な塩基配列に関する情報を表示するようにしてもよい。
【００６３】
また、本発明は遺伝子発現情報管理方法に関するものであり、請求項９に記載の遺伝子発現情報管理方法は、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置を用いた遺伝子発現情報管理方法であって、上記記憶装置は、遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られるか否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、を備え、上記制御装置において実行される、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索ステップと、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリングステップと、任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示ステップと、を備えたことを特徴とする。
【００６４】
この方法によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、画像データと対応する塩基配列とその類似塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００６５】
すなわち、例えばｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどの遺伝子発現実験において撮影された画像データに対応する、プローブとして用いたｃＤＮＡの塩基配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、当該ｃＤＮＡを特定し、当該ｃＤＮＡと画像データとを併記して分かり易く表示することができるようになる。
【００６６】
また、類似塩基配列と一緒に当該塩基配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジー検索のスコアなど）を表示してもよい。これにより、最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【００６７】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該ｃＤＮＡの塩基配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と併記して表示してもよい。
また、この方法によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してクラスタリングを行い、塩基配列を特定のクラスタに分類し、クラスタ毎に画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば同じｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ（ＥＳＴ配列）を同じクラスタに分類すること等により、同一の性質を持つ塩基配列を集めて特定のクラスタに分類することができるようになる。
これにより、ｃＤＮＡライブラリーからランダムに抽出したｃＤＮＡクローンの重複を排除すること等ができるようになり、さらに、実験結果のまとめ作業を効率化することができるようになる。
また、この方法によれば、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて格納し、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて表示することができるようになる。
【００６８】
また、請求項１０に記載の方法は、請求項９に記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記ホモロジー検索ステップは、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【００６９】
これはホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【００７０】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【００７４】
また、請求項１１に記載の方法は、請求項９または１０に記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記クラスタリングステップにより同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定ステップ、をさらに備え、上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、ことを特徴とする。
【００７５】
この方法によれば、同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定し、クラスタ毎にクラスタ配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば、クラスタのメンバーの塩基配列を組み合わせて作成した塩基配列（例えば、完全長ｃＤＮＡなど）をクラスタ配列として決定し、表示することができるようになる。
【００７６】
これにより、部分的なｃＤＮＡ配列（ＥＳＴ配列）を用いた実験から、完全長ｃＤＮＡ（ｍＲＮＡ配列）などの遺伝子配列を容易に予想することができるようになる。
【００７７】
また、請求項１２に記載の方法は、請求項１１に記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記クラスタリングステップは、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、上記クラスタ配列決定ステップは、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、ことを特徴とする。
【００７８】
この方法によれば、塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の共通配列を構成した塩基配列を同一のクラスタに分類し、クラスタの共通配列をクラスタ配列として決定するので、アセンブル技術（短い断片配列から長い配列を作成する技術をいう。例えば、断片配列間の配列の重なりをマルチプルアラインメントなどの手法を用いて探索し、重なりを持つ断片配列同士を合成することにより長い配列を生成する。）により部分的なｃＤＮＡ配列からより完全長に近いｃＤＮＡ配列を作成することができるようになる。
【００７９】
また、請求項１３に記載の方法は、請求項１１または１２に記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記クラスタ配列決定ステップにより決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索ステップ、をさらに備え、上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記ホモロジースコアを表示する、ことを特徴とする。
【００８０】
この方法によれば、決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、クラスタ毎にクラスタ配列とその類似配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００８１】
すなわち、プローブに用いたｃＤＮＡの塩基配列からアセンブルなどを実行することより合成したクラスタ配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【００８２】
また、類似塩基配列と一緒に当該クラスタ配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジースコアなど）を表示してもよい。これにより、クラスタ配列に最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【００８３】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該クラスタ配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と一緒に表示してもよい。
【００８４】
さらに、任意の遺伝子配列を入力することにより、入力された遺伝子について登録されたｃＤＮＡクローン配列とクラスタリングを行い、同一のクラスタに属するクラスタ配列に関する情報（画像データなど）を表示することが可能になる。
【００８５】
また、請求項１４に記載の方法は、請求項１３に記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記クラスタ配列ホモロジー検索ステップは、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【００８６】
これはクラスタ配列に対するホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【００８７】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【００９０】
また、請求項１５に記載の方法は、請求項９から１４のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較ステップと、上記画像比較ステップの比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出ステップと、上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定ステップと、上記発現量推定ステップにより推定された上記発現量に従って、上記表示ステップにおける上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソートステップとをさらに備えたことを特徴とする。
【００９１】
この方法によれば、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定するので、発現パターン（均一に発現、偏って発現など）などを容易に特定することができるようになる。
【００９２】
ここで、画像データ中の蛍光色素などの発光量や発光面積を既知の画像解析手法などにより求めることにより、発現量を推定してもよい。また、画像データだけでなく塩基配列の情報も利用すれば、例えば、塩基配列にリピート配列が含まれている場合にはクロスハイブリダイズ（同じリピートを持つ当該ｍＲＮＡ以外のｍＲＮＡに対してもハイブリダイゼーション反応が起こる）の可能性が高いため推定された発現量に対する信用性は低い、などの評価を自動的にできるようになる。
【００９３】
また、例えば、同じ組織切片に対してプローブを発光させたものと発光させないものを撮影したり、別の種類の蛍光色素などで染色したものを撮影したりすることにより、画像解析処理を簡単に実行することができるようになる（その２枚の画像の差分をとることにより発現量を推定する等）。
【００９５】
この方法によれば、推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートするので、効率的に実験結果を確認できるようになる。
【００９７】
この方法によれば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出するので、画像間の差異を効率的に抽出することができるようになる。
【００９８】
これにより、画像認識あるいは手作業によってそれぞれの組織での発現パターンについてアノテーションを行ない、そのアノテーションを自動で比較し、相違がみられるものについて抽出して表示することができるようになる。
【００９９】
また、例えば、正常細胞と疾患細胞との比較や、発育段階または加齢段階の時系列での比較や、薬剤投与前と投与後の比較などを効率的に実行することができるようになる。
【０１０１】
この方法によれば、２つ以上の画像データから３次元画像を作成し、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションするので、一つの配列で臓器の全スライスをテストした場合、その画像をつなぐことにより臓器の３次元画像をシミュレーションし、各画像を画像解析して求めたｍＲＮＡの発現量を３次元的に補正し表示することができるようになる。
【０１０３】
この方法によれば、同一のクラスタに属する塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定するので、例えば、同じｍＲＮＡに由来するクローン群のうち最もよい実験データがとれるクローンを一つ選んで代表クローンとして抽出することができるようになる。また、同じｍＲＮＡ由来と思われるＥＳＴは同じクラスタに分類し、代表クローンのみを実験することによって、その後の実験回数を減らすことができる。つまり、クラスタリングによって、それまではＥＳＴ数の実験が必要だったのに対し、代表クローン（クラスタ数存在する）についてのみ実験を行うことで足りるようになる。
【０１０４】
ここで、同一ｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡクローンであっても切断箇所により配列が少しずつ異なる。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを実施したときにそのｃＤＮＡ配列によってきれいに発現シグナルがでるものとそうでないものがあるため、画像データをみてきれいにシグナルが出ているクローンを代表クローンとしてもよい。
【０１０５】
また、ｃＤＮＡクローンの塩基配列は、リピート配列を持たないものや、実験に適した配列長のものを代表クローンとしてもよい。
【０１０７】
この方法によれば、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいてクラスタ重要度を決定するので、これらの情報に基づいてクラスタの重要度を任意に決定し、利用者が注目するクラスタを容易に発見することができるようになる。
【０１０８】
例えば、発現量と組織に関する情報に基づいて特定の発育段階または加齢段階の組織で高い発現を示すクローンについて重要度を高く決定してもよく、さらに、その塩基配列に対するホモロジー検索結果により既存の遺伝子配列ＤＢにヒットしない（すなわち、既知の類似配列が存在しない）ものであれば、さらに重要度を高く決定してもよい。
【０１０９】
また、請求項１６に記載の方法は、請求項９から１５のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理方法において、上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定ステップと、上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成ステップと、上記染色体マップ作成ステップにて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示ステップとをさらに備えたことを特徴とする。
【０１１０】
この方法によれば、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定し、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）をマッピングすることにより染色体マップを作成することができるようになる。
【０１１１】
また、当該染色体マップの遺伝子座に対応する部分（特定のマークなどを表示しても良い）を選択すると、その詳細な塩基配列に関する情報を表示するようにしてもよい。
【０１１２】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項１７に記載のプログラムは、制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置に遺伝子発現情報管理方法を実行させるためのプログラムであって、上記記憶装置は、遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られるか否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、を備え、上記制御装置において実行される、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索ステップと、上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリングステップと、任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示ステップと、を備えたことを特徴とする。
【０１１３】
このプログラムによれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、画像データと対応する塩基配列とその類似塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【０１１４】
すなわち、例えばｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどの遺伝子発現実験において撮影された画像データに対応する、プローブとして用いたｃＤＮＡの塩基配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、当該ｃＤＮＡを特定し、当該ｃＤＮＡと画像データとを併記して分かり易く表示することができるようになる。
【０１１５】
また、類似塩基配列と一緒に当該塩基配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジー検索のスコアなど）を表示してもよい。これにより、最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【０１１６】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該ｃＤＮＡの塩基配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と併記して表示してもよい。
また、このプログラムによれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してクラスタリングを行い、塩基配列を特定のクラスタに分類し、クラスタ毎に画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば同じｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ（ＥＳＴ配列）を同じクラスタに分類すること等により、同一の性質を持つ塩基配列を集めて特定のクラスタに分類することができるようになる。
これにより、ｃＤＮＡライブラリーからランダムに抽出したｃＤＮＡクローンの重複を排除すること等ができるようになり、さらに、実験結果のまとめ作業を効率化することができるようになる。
また、このプログラムによれば、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて格納し、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて表示することができるようになる。
【０１１７】
また、請求項１８に記載のプログラムは、請求項１７に記載のプログラムにおいて、上記ホモロジー検索ステップは、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【０１１８】
これはホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【０１１９】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【０１２３】
また、請求項１９に記載のプログラムは、請求項１７または１８に記載のプログラムにおいて、上記クラスタリングステップにより同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定ステップ、をさらに備え、上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、ことを特徴とする。
【０１２４】
このプログラムによれば、同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定し、クラスタ毎にクラスタ配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば、クラスタのメンバーの塩基配列を組み合わせて作成した塩基配列（例えば、完全長ｃＤＮＡなど）をクラスタ配列として決定し、表示することができるようになる。
【０１２５】
これにより、部分的なｃＤＮＡ配列（ＥＳＴ配列）を用いた実験から、完全長ｃＤＮＡ（ｍＲＮＡ配列）などの遺伝子配列を容易に予想することができるようになる。
【０１２６】
また、請求項２０に記載のプログラムは、請求項１９に記載のプログラムにおいて、上記クラスタリングステップは、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、上記クラスタ配列決定ステップは、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、ことを特徴とする。
【０１２７】
このプログラムによれば、塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の共通配列を構成した塩基配列を同一のクラスタに分類し、クラスタの共通配列をクラスタ配列として決定するので、アセンブル技術（短い断片配列から長い配列を作成する技術をいう。例えば、断片配列間の配列の重なりをマルチプルアラインメントなどの手法を用いて探索し、重なりを持つ断片配列同士を合成することにより長い配列を生成する。）により部分的なｃＤＮＡ配列からより完全長に近いｃＤＮＡ配列を作成することができるようになる。
【０１２８】
また、請求項２１に記載のプログラムは、請求項１９または２０に記載のプログラムにおいて、上記クラスタ配列決定ステップにより決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索ステップ、をさらに備え、上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記ホモロジースコアを表示する、ことを特徴とする。
【０１２９】
このプログラムによれば、決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、クラスタ毎にクラスタ配列とその類似配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【０１３０】
すなわち、プローブに用いたｃＤＮＡの塩基配列からアセンブルなどを実行することより合成したクラスタ配列について、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列とホモロジー検索（例えば、ＦａｓｔＡ、Ｂｌａｓｔなど）を行い、類似性の高い塩基配列を表示することにより、発現した遺伝子を容易に特定することができるようになる。
【０１３１】
また、類似塩基配列と一緒に当該クラスタ配列と類似塩基配列との間の類似度（例えば、ホモロジースコアなど）を表示してもよい。これにより、クラスタ配列に最も類似する塩基配列を表示したり、ホモロジースコアの高い順にソートして類似配列を表示したりすることができるようになる。
【０１３２】
さらに、類似配列に付属する情報として、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該クラスタ配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報のうち少なくとも一つを類似配列と一緒に表示してもよい。
【０１３３】
さらに、任意の遺伝子配列を入力することにより、入力された遺伝子について登録されたｃＤＮＡクローン配列とクラスタリングを行い、同一のクラスタに属するクラスタ配列に関する情報（画像データなど）を表示することが可能になる。
【０１３４】
また、請求項２２に記載のプログラムは、請求項２１に記載のプログラムにおいて、上記クラスタ配列ホモロジー検索ステップは、上記核酸配列データベースに格納された、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子、のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする。
【０１３５】
これはクラスタ配列に対するホモロジー検索の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができるようになる。
【０１３６】
すなわち、（１）から（５）の各カテゴリの塩基配列を格納した各塩基情報データベースを対象としてホモロジー検索を行うことができるようになるので、各カテゴリで最も類似度の高い塩基配列を個別に特定することができるようになる。
【０１３９】
また、請求項２３に記載のプログラムは、請求項１７から２２のいずれか一つに記載のプログラムにおいて、上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較ステップと、上記画像比較ステップの比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出ステップと、上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定ステップと、上記発現量推定ステップにより推定された上記発現量に従って、上記表示ステップにおける上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソートステップとをさらに備えたことを特徴とする。
【０１４０】
このプログラムによれば、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定するので、発現パターン（均一に発現、偏って発現など）などを容易に特定することができるようになる。
【０１４１】
ここで、画像データ中の蛍光色素などの発光量や発光面積を既知の画像解析手法などにより求めることにより、発現量を推定してもよい。また、画像データだけでなく塩基配列の情報も利用すれば、例えば、塩基配列にリピート配列が含まれている場合にはクロスハイブリダイズ（同じリピートを持つ当該ｍＲＮＡ以外のｍＲＮＡに対してもハイブリダイゼーション反応が起こる）の可能性が高いため推定された発現量に対する信用性は低い、などの評価を自動的にできるようになる。
【０１４２】
また、例えば、同じ組織切片に対してプローブを発光させたものと発光させないものを撮影したり、別の種類の蛍光色素などで染色したものを撮影したりすることにより、画像解析処理を簡単に実行することができるようになる（その２枚の画像の差分をとることにより発現量を推定する等）。
【０１４４】
このプログラムによれば、推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートするので、効率的に実験結果を確認できるようになる。
【０１４６】
このプログラムによれば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出するので、画像間の差異を効率的に抽出することができるようになる。
【０１４７】
これにより、画像認識あるいは手作業によってそれぞれの組織での発現パターンについてアノテーションを行ない、そのアノテーションを自動で比較し、相違がみられるものについて抽出して表示することができるようになる。
【０１４８】
また、例えば、正常細胞と疾患細胞との比較や、発育段階または加齢段階の時系列での比較や、薬剤投与前と投与後の比較などを効率的に実行することができるようになる。
【０１５０】
このプログラムによれば、２つ以上の画像データから３次元画像を作成し、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションするので、一つの配列で臓器の全スライスをテストした場合、その画像をつなぐことにより臓器の３次元画像をシミュレーションし、各画像を画像解析して求めたｍＲＮＡの発現量を３次元的に補正し表示することができるようになる。
【０１５２】
このプログラムによれば、同一のクラスタに属する塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定するので、例えば、同じｍＲＮＡに由来するクローン群のうち最もよい実験データがとれるクローンを一つ選んで代表クローンとして抽出することができるようになる。また、同じｍＲＮＡ由来と思われるＥＳＴは同じクラスタに分類し、代表クローンのみを実験することによって、その後の実験回数を減らすことができる。つまり、クラスタリングによって、それまではＥＳＴ数の実験が必要だったのに対し、代表クローン（クラスタ数存在する）についてのみ実験を行うことで足りるようになる。
【０１５３】
ここで、同一ｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡクローンであっても切断箇所により配列が少しずつ異なる。ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを実施したときにそのｃＤＮＡ配列によってきれいに発現シグナルがでるものとそうでないものがあるため、画像データをみてきれいにシグナルが出ているクローンを代表クローンとしてもよい。
【０１５４】
また、ｃＤＮＡクローンの塩基配列は、リピート配列を持たないものや、実験に適した配列長のものを代表クローンとしてもよい。
【０１５６】
このプログラムによれば、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいてクラスタ重要度を決定するので、これらの情報に基づいてクラスタの重要度を任意に決定し、利用者が注目するクラスタを容易に発見することができるようになる。
【０１５７】
例えば、発現量と組織に関する情報に基づいて特定の発育段階または加齢段階の組織で高い発現を示すクローンについて重要度を高く決定してもよく、さらに、その塩基配列に対するホモロジー検索結果により既存の遺伝子配列ＤＢにヒットしない（すなわち、既知の類似配列が存在しない）ものであれば、さらに重要度を高く決定してもよい。
【０１５８】
また、請求項２４に記載のプログラムは、請求項１７から２３のいずれか一つに記載のプログラムにおいて、上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定ステップと、上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成ステップと、上記染色体マップ作成ステップにて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示ステップとをさらに備えたことを特徴とする。
【０１５９】
このプログラムによれば、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定し、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）をマッピングすることにより染色体マップを作成することができるようになる。
【０１６０】
また、当該染色体マップの遺伝子座に対応する部分（特定のマークなどを表示しても良い）を選択すると、その詳細な塩基配列に関する情報を表示するようにしてもよい。
【０１６１】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、請求項２５に記載の記録媒体は、上記請求項１７から２４のいずれか一つに記載されたプログラムを記録したことを特徴とする。
【０１６２】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項１７から２４のいずれか一つに記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現することができ、これら各方法と同様の効果を得ることができる。
【０１６３】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体の実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
特に、以下の実施の形態においては、本発明を、高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによる実験データを収集する場合に適用した例について説明するが、この場合に限られず、他の手法により遺伝子の発現情報を解析する全ての実験手法を用いる場合において、同様に適用することができる。
【０１６４】
［本発明の概要］
以下、本発明の概要について説明し、その後、本発明の構成および処理等について詳細に説明する。図３は本発明の基本原理を示す原理構成図である。
【０１６５】
本発明は、概略的に、以下の基本的特徴を有する。すなわち、図３に示すように、まず、本発明は、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション結果の画像データと対応する発現遺伝子（ｃＤＮＡ）の塩基配列データを格納し、当該画像データに対するアノテーション情報（採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる細胞などの部位に関する情報など）を利用者に入力させる。また、本発明は、これらのアノテーション情報について既知の画像解析技術を用いて画像データから自動的に認識する。
【０１６６】
そして、本発明は、入力されたｃＤＮＡの塩基配列に対して、塩基配列データベース（ＥＳＴデータベースや完全長ｃＤＮＡデータベースなど）に格納された既知の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行い、その類似塩基配列を抽出し、画像データと対応する塩基配列、その類似塩基配列、ホモロジースコア等を表示する。
【０１６７】
また、本発明は、既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、染色体上での位置がわかっている遺伝子、既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象として、ｃＤＮＡクローン塩基の配列データとホモロジー検索を行う。
【０１６８】
また、本発明は、例えば同じｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ（ＥＳＴ配列）を同じクラスタに分類すること等により、同一の性質を持つ塩基配列を集めて特定のクラスタに分類する。また、同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定し、クラスタ毎にクラスタ配列と画像データと対応する塩基配列とを表示する。また、塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の共通配列を構成した塩基配列を同一のクラスタに分類し、クラスタの共通配列をクラスタ配列として決定してもよい。
【０１６９】
また、本発明は、決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、クラスタ毎にクラスタ配列とその類似配列と画像データと対応する塩基配列とを表示する。
【０１７０】
また、本発明は、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定する。また、推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートしてもよい。
【０１７１】
また、本発明は、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出する。
【０１７２】
また、本発明は、２つ以上の画像データから３次元画像を作成し、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションする。
【０１７３】
また、本発明は、同一のクラスタに属する塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定する。
【０１７４】
また、本発明は、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいてクラスタ重要度を決定する。
【０１７５】
さらに、本発明は、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定し、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）をマッピングすることにより染色体マップを作成する。
【０１７６】
［システム構成］
まず、本システムの構成について説明する。図４は、本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。本システムは、概略的に、遺伝子発現情報管理装置１００と、配列情報等に関する外部データベースやホモロジー検索等の外部プログラム等を提供する外部システム２００とを、ネットワーク３００を介して通信可能に接続して構成されている。
【０１７７】
図４においてネットワーク３００は、遺伝子発現情報管理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネット等である。
【０１７８】
図４において外部システム２００は、ネットワーク３００を介して、遺伝子発現情報管理装置１００と相互に接続され、利用者に対してｃＤＮＡなどの配列情報等に関する外部データベースや、ホモロジー検索等の外部プログラムを実行するウェブサイトを提供する機能を有する。
【０１７９】
ここで、外部システム２００は、ＷＥＢサーバやＡＳＰサーバ等として構成してもよく、そのハードウェア構成は、一般に市販されるワークステーション、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置およびその付属装置により構成してもよい。また、外部システム２００の各機能は、外部システム２００のハードウェア構成中のＣＰＵ、ディスク装置、メモリ装置、入力装置、出力装置、通信制御装置等およびそれらを制御するプログラム等により実現される。
【０１８０】
図４において遺伝子発現情報管理装置１００は、概略的に、遺伝子発現情報管理装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、通信回線等に接続されるルータ等の通信装置（図示せず）に接続される通信制御インターフェース部１０４、入力装置１１２や出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやテーブルなどを格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この遺伝子発現情報管理装置１００は、ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、ネットワーク３００に通信可能に接続されている。
【０１８１】
記憶部１０６に格納される各種のデータベースやテーブル（ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａ〜核酸配列データベース１０６ｈ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１８２】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａは、各ｃＤＮＡクローンを一意に識別するｃＤＮＡクローン識別情報と、その塩基配列（ＥＳＴ配列）とを対応付けて格納する。
【０１８３】
また、クラスタデータベース１０６ｂは、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報と、クラスタを構成するｃＤＮＡクローンのｃＤＮＡクローン識別情報と、クラスタ配列を一意に識別するクラスタ配列識別情報と、代表クローンのｃＤＮＡクローン識別情報とを対応付けて格納する。
【０１８４】
また、ホモロジー検索結果データベース１０６ｃは、ｃＤＮＡクローン識別情報と、ｃＤＮＡクローンの塩基配列に対して各種の塩基配列データベースに格納された塩基配列を対象としてホモロジー検索を行った検索結果とを対応付けて格納する。
【０１８５】
また、クラスタ配列データベース１０６ｄは、クラスタ配列識別情報と、クラスタ配列の塩基配列とを対応付けて格納する。
【０１８６】
また、クラスタ配列ホモロジー検索結果データベース１０６ｅは、クラスタ配列識別情報と、クラスタ配列の塩基配列に対して各種の塩基配列データベースに格納された塩基配列を対象としてホモロジー検索を行った検索結果とを対応付けて格納する。
【０１８７】
また、ベクタ配列データベース１０６ｆは、ｃＤＮＡクローン識別情報と、ｃＤＮＡクローンを組み込んだベクタの塩基配列とを対応付けて格納する。
【０１８８】
また、画像データベース１０６ｇは、画像データを一意に識別するための画像識別情報と、ｃＤＮＡクローン識別情報と、アノテーション情報（例えば、遺伝子の発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）とを対応付けて格納する。
【０１８９】
また、核酸配列データベース１０６ｈは、ＥＳＴ配列や完全長ｃＤＮＡ配列などの塩基配列を格納したデータベースである。核酸配列データベース１０６ｈは、インターネットを経由してアクセスする外部の塩基配列データベースであってもよく、また、これらのデータベースをコピーしたり、オリジナルの配列情報を格納したり、さらに独自のアノテーション情報等を付加したりして作成したインハウスデータベースであってもよい。ここで、核酸配列データベース１０６ｈは、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子に関する塩基配列を格納してもよい。
【０１９０】
また、図４において、通信制御インターフェース部１０４は、遺伝子発現情報管理装置１００とネットワーク３００（またはルータ等の通信装置）との間における通信制御を行う。すなわち、通信制御インターフェース部１０４は、他の端末と通信回線を介してデータを通信する機能を有する。
【０１９１】
また、図４において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置１１４をモニタとして記載する場合がある）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【０１９２】
また、図４において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、画像アノテーション情報入力部１０２ａ、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂ、ｃＤＮＡクローンクラスタリング部１０２ｃ、クラスタ配列決定部１０２ｄ、クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅ、３次元シミュレーション部１０２ｆ、発現量推定部１０２ｇ、画像比較部１０２ｈ、代表クローン決定部１０２ｉ、クラスタ重要度決定部１０２ｊ、外部データベースアクセス部１０２ｋ、染色体マップ作成部１０２ｍ、および、表示画面作成部１０２ｎを備えて構成されている。
【０１９３】
このうち、画像アノテーション情報入力部１０２ａは、遺伝子の発現に関する画像データを入力する画像データ入力手段、および、発現した遺伝子の塩基配列を入力する塩基配列入力手段である。また、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂは、塩基配列入力手段により入力された塩基配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出するホモロジー検索手段である。また、ｃＤＮＡクローンクラスタリング部１０２ｃは、塩基配列入力手段により入力された塩基配列に対してクラスタリングを行い、塩基配列を特定のクラスタに分類するクラスタリング手段である。
【０１９４】
また、クラスタ配列決定部１０２ｄは、クラスタリング手段により同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定手段である。また、クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅは、クラスタ配列決定手段により決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出するクラスタ配列ホモロジー検索手段である。また、３次元シミュレーション部１０２ｆは、２つ以上の画像データから３次元画像を作成する３次元画像作成手段、および、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションする発現量シミュレーション手段である。
【０１９５】
また、発現量推定部１０２ｇは、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定手段、および、発現量推定手段により推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートする発現量順ソート手段である。また、画像比較部１０２ｈは、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較する画像比較手段、および、画像比較手段の比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出する相違点抽出手段である。
【０１９６】
また、代表クローン決定部１０２ｉは、同一の上記クラスタに属する上記塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定する代表クローン決定手段である。
【０１９７】
また、クラスタ重要度決定部１０２ｊは、クラスタに対して、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、クラスタ重要度を決定するクラスタ重要度決定手段である。また、外部データベースアクセス部１０２ｋは、ネットワーク３００を介して外部システム２００の外部データベースにアクセスする外部データベースアクセス手段である。
【０１９８】
また、染色体マップ作成部１０２ｍは、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定手段、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成手段、および、染色体マップ作成手段にて作成した染色体マップを表示する染色体マップ表示手段である。また、表示画面作成部１０２ｎは、画像データと対応する塩基配列とその類似塩基配列とを表示する表示手段、および、クラスタ毎に画像データと対応する塩基配列とを表示する表示手段である。なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細については、後述する。
【０１９９】
［システムの処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本システムの処理の一例について、以下に図５〜図１３を参照して詳細に説明する。
【０２００】
［画像アノテーション情報入力処理］
まず、画像アノテーション情報入力処理の詳細について図５を参照して説明する。図５は、本実施形態における本システムの画像アノテーション情報入力処理の一例を示すフローチャートである。
【０２０１】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、画像アノテーション情報入力部１０２ａの処理により、アノテーション情報入力画面を出力装置１１４に表示する（ステップＳＢ−１）。
【０２０２】
ここで、図１３は、モニタに表示されるアノテーション情報入力画面の表示画面の一例を示す図である。この図に示すようにアノテーション情報入力画面は、例えば、画像識別情報の入力領域（図中の（１））、ｃＤＮＡクローン識別情報の入力領域（図中の（２））、ｃＤＮＡクローンの塩基配列決定が完了しているか否かを示す情報の入力領域（図中の（３））、切片を採取した組織名の入力領域（図中の（４））、切片を採取した生物の発育段階または加齢段階の入力領域（図中の（５））、どの細胞や組織などの部分領域に発現が見られるかを示す情報の入力領域（図中の（６）〜（１１））、切片上に遺伝子の発現が見られるか否かを示す情報の入力領域（図中の（１２）〜（１５））、および、画像データの表示領域（図中の（１６））を含んで構成されている。
【０２０３】
ついで、ユーザがアノテーション情報入力画面を確認して各種の情報を入力装置１１２を介して入力すると（ステップＳＢ−２）、遺伝子発現情報管理装置１００は、画像アノテーション情報入力部１０２ａの処理により、記憶部１０６の所定の記憶領域に入力情報を格納する（ステップＳＢ−３）。これにて、画像アノテーション情報入力処理が終了する。
【０２０４】
［ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索処理］
次に、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索処理の詳細について図６を参照して説明する。図６は、本実施形態における本システムのｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索処理の一例を示すフローチャートである。
【０２０５】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂの処理により、ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａにアクセスしてｃＤＮＡクローン配列を取得する（ステップＳＣ−１）。
【０２０６】
ついで、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂは、核酸配列データベース１０６ｈにアクセスして、取得したｃＤＮＡクローン配列に対するホモロジー検索を実行する（ステップＳＣ−２）。ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂがアクセスする核酸配列データベース１０６ｈには、例えば、ｍａｍｍａｌ（哺乳動物）について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、全生物について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、ＥＳＴ配列（ｃＤＮＡクローンの断片配列）を集めたデータベース、ゲノム配列決定プロジェクトによって決定されつつあるゲノムＤＮＡ配列のドラフトを集めたデータベース、ＧＳＳ配列（ゲノムＤＮＡクローンの断片配列）を集めたデータベース、ＳＴＳ配列（ゲノム上でマッピングされた配列）を集めたデータベース、既に特許が取得されている遺伝子配列を集めたデータベースを含む。
【０２０７】
ついで、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部１０２ｂは、ホモロジー検索結果（例えば、類似配列、ホモロジースコア、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該ｃＤＮＡの塩基配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報などを含む）をホモロジー検索結果データベース１０６ｃに格納する（ステップＳＣ−３）。これにて、ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索処理が終了する。
【０２０８】
［アセンブル処理］
次に、アセンブル処理の詳細について図７を参照して説明する。図７は、本実施形態における本システムのアセンブル処理の一例を示すフローチャートである。
【０２０９】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、ｃＤＮＡクローンクラスタリング部１０２ｃの処理により、ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａにアクセスして全てのｃＤＮＡクローンの塩基配列を取得し、既知のアセンブラ・ソフトウェアを用いて共通配列のアセンブルを行う（ステップＳＤ−１）。
【０２１０】
そして、クラスタ配列決定部１０２ｄは、複数のｃＤＮＡクローン配列からつながれた共通配列をクラスタ配列として決定し、クラスタ配列データベース１０６ｄの所定の記録領域に格納する（ステップＳＤ−２）。
【０２１１】
そして、ｃＤＮＡクローンクラスタリング部１０２ｃは、同一のクラスタ配列を構成するｃＤＮＡクローンを同一クラスタに分類し、ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａにどのｃＤＮＡクローンがどのクラスタに含まれるか対応付けて記憶する（ステップＳＤ−３）。これにて、アセンブル処理が終了する。
【０２１２】
［クラスタ配列ホモロジー検索処理］
次に、クラスタ配列ホモロジー検索処理の詳細について図８を参照して説明する。図８は、本実施形態における本システムのクラスタ配列ホモロジー検索処理の一例を示すフローチャートである。
【０２１３】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅの処理により、クラスタ配列データベース１０６ｄにアクセスしてクラスタ配列を取得する（ステップＳＥ−１）。
【０２１４】
ついで、クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅは、核酸配列データベース１０６ｈにアクセスして、取得したクラスタ配列に対するホモロジー検索を実行する（ステップＳＥ−２）。クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅがアクセスする核酸配列データベース１０６ｈには、例えば、ｍａｍｍａｌ（哺乳動物）について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、全生物について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、ＥＳＴ配列（ｃＤＮＡクローンの断片配列）を集めたデータベース、ゲノム配列決定プロジェクトによって決定されつつあるゲノムＤＮＡ配列のドラフトを集めたデータベース、ＧＳＳ配列（ゲノムＤＮＡクローンの断片配列）を集めたデータベース、ＳＴＳ配列（ゲノム上でマッピングされた配列）を集めたデータベース、既に特許が取得されている遺伝子配列を集めたデータベースを含む。
【０２１５】
ついで、クラスタ配列ホモロジー検索部１０２ｅは、ホモロジー検索結果（例えば、類似配列、ホモロジースコア、遺伝子名、当該遺伝子の産物タンパク質名、当該遺伝子が取得されている生物種、当該遺伝子が取得された臓器名や組織名、当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、当該クラスタ配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、または、当該遺伝子の存在の証拠に関する情報などを含む）をクラスタ配列ホモロジー検索結果データベース１０６ｅに格納する（ステップＳＥ−３）。これにて、クラスタ配列ホモロジー検索処理が終了する。
【０２１６】
［３次元シミュレーション処理］
次に、３次元シミュレーション処理の詳細について図９を参照して説明する。図９は、本実施形態における本システムの３次元シミュレーション処理の一例を示すフローチャートである。
【０２１７】
一つの配列で臓器の全スライスをテストした場合、遺伝子発現情報管理装置１００は、３次元シミュレーション部１０２ｆの所により、２つ以上の画像データのセットを画像データベース１０６ｇから取得する（ステップＳＦ−１）。
【０２１８】
そして、３次元シミュレーション部１０２ｆは、画像データセットから既存の３Ｄ表示ソフトウェアなどを用いて３次元画像を作成する（ステップＳＦ−２）。
【０２１９】
そして、３次元シミュレーション部１０２ｆは、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションし、各画像を画像解析して求めた発現量を３次元的に補正し表示する（ステップＳＦ−３）。これにて、３次元シミュレーション処理が終了する。
【０２２０】
［発現量推定処理］
次に、発現量推定処理の詳細について図１０を参照して説明する。図１０は、本実施形態における本システムの発現量推定処理の一例を示すフローチャートである。
【０２２１】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、発現量推定部１０２ｇの処理により、画像データベース１０６ｇおよびｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａにアクセスして、画像データおよび塩基配列を取得する（ステップＳＧ−１）。
【０２２２】
ついで、発現量推定部１０２ｇは、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定する。すなわち、発現量推定部１０２ｇは、画像データ中の蛍光色素などの発光量や発光面積を既知の画像解析手法などにより求めることにより（ステップＳＧ−２）、発現量を推定する（ステップＳＧ−３）。
【０２２３】
また、画像データだけでなく塩基配列の情報も利用すれば、例えば、塩基配列にリピート配列が含まれている場合にはクロスハイブリダイズ（同じリピートを持つ当該ｍＲＮＡ以外のｍＲＮＡに対してもハイブリダイゼーション反応が起こる）の可能性が高いため推定された発現量に対する信用性は低い、などの評価を自動的にできるようになる。これにて、発現量推定処理が終了する。
【０２２４】
［画像比較処理］
次に、画像比較処理の詳細について図１１を参照して説明する。図１１は、本実施形態における本システムの画像比較処理の一例を示すフローチャートである。
【０２２５】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、例えば、正常細胞と疾患細胞との比較や、発育段階または加齢段階の時系列での比較や、薬剤投与前と投与後の比較などを行う場合に、画像比較部１０２ｈの処理により、画像データベース１０６ｇ等にアクセスして、比較される画像の組について、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報などを取得する（ステップＳＨ−１）。
【０２２６】
そして、画像比較部１０２ｈは、これらの情報に基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出する（ステップＳＨ−２）。これにて、画像比較処理が終了する。
【０２２７】
［染色体マップ作成処理］
次に、染色体マップ作成処理の詳細について図１２を参照して説明する。図１２は、本実施形態における本システムの染色体マップ作成処理の一例を示すフローチャートである。
【０２２８】
まず、遺伝子発現情報管理装置１００は、染色体マップ作成部１０２ｍの処理により、ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａあるいはクラスタ配列データベース１０６ｄ、および、核酸配列データベース１０６ｈにアクセスすることにより、核酸配列データベース１０６ｈに登録された遺伝子座の特定されている塩基配列情報をもとに、当該ｃＤＮＡクローンあるいは当該クラスタの遺伝子座を特定する（ステップＳＪ−１）。
【０２２９】
ついで、染色体マップ作成部１０２ｍは、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）を染色体マップ上に配置（例えば、リンク情報を設定するなど）してマッピングする（ステップＳＪ−２）。
【０２３０】
ついで、染色体マップ作成部１０２ｍは、塩基配列に関する情報を追加して、当該染色体マップの遺伝子座に対応する部分（特定のマークなどを表示しても良い）を選択すると、その詳細な塩基配列に関する情報を表示するようにする（ステップＳＪ−３）。これにて、染色体マップ作成処理が終了する。
【０２３１】
［実施例］
次に、このように構成された本発明の実施例について、以下に図１４〜図１９を参照して詳細に説明する。
【０２３２】
１．ｃＤＮＡクローンごとのデータ閲覧
ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される一覧レポート画面を図１４に示す。図１４に示すように、一覧レポート画面では、１行に１つのｃＤＮＡクローンについての情報が表示される。各列に表示される情報はそれぞれ以下の情報（１）〜（１３）を表わす（図１４中の（１）〜（１３）を示す）。
【０２３３】
（１） ｃＤＮＡクローンＩＤを表示する。
【０２３４】
（２） 当該ｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄに対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が何枚存在するかを表示する。
【０２３５】
（３） 当該ｃＤＮＡクローンの生後１週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ
ハイブリダイゼーション画像が何枚存在するかを表示する。
【０２３６】
（４） 当該ｃＤＮＡクローンの生後２週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ
ハイブリダイゼーション画像が何枚存在するかを表示する。
【０２３７】
（５） 当該ｃＤＮＡクローンの生後３週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ
ハイブリダイゼーション画像が何枚存在するかを表示する。
【０２３８】
（６） 当該ｃＤＮＡクローンのＡｄｕｌｔのマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が何枚存在するかを表示する。
【０２３９】
（７） 当該ｃＤＮＡクローンのｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が全部で何枚存在するかを表示する。
【０２４０】
（８） 当該ｃＤＮＡクローンが所属クラスタの代表ｃＤＮＡクローンである場合はＹＥＳ、そうでない場合はＮＯを表示する。
【０２４１】
（９） 当該ｃＤＮＡクローンが属するクラスタのＩＤを表示する。
【０２４２】
（１０） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｎｒ（無冗長核酸配列データベース）に対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２４３】
（１１） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｄｂｅｓｔ（ＥＳＴ配列データベース）に対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２４４】
（１２） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列の長さ（塩基数）を表示する。
【０２４５】
（１３） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列にベクタの配列が含まれている場合は「ＹＥＳ」、そうでない場合は「ＮＯ」を表示する。
【０２４６】
次に詳細レポート画面について説明する。
ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面を図１５に示す。図１５に示すように、詳細レポート画面では、１つのｃＤＮＡクローンについての情報が１画面に表示される。図１５中の各項目（１）〜（２６）で表示される情報を以下に示す。
【０２４７】
（１） ｃＤＮＡクローンＩＤを表示する。
【０２４８】
（２） 当該ｃＤＮＡクローンが属するクラスタのＩＤを表示する。
【０２４９】
（３） 当該ｃＤＮＡクローンが所属クラスタの代表ｃＤＮＡクローンである場合は「ＹＥＳ」、そうでない場合は「ＮＯ」を表示する。
【０２５０】
（４） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列にベクタの配列が含まれている場合は「ＹＥＳ」、そうでない場合は「ＮＯ」を表示する。
【０２５１】
（５）、（８）、（１１）、（１４）、（１７） 当該ｃＤＮＡクローンがｉｎｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション実験によって、それぞれＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣においてどの細胞に発現がみられたかを表示する。ここでＧ、 Ｃ、 Ｒ、Ｅ、 Ｌ、 Ｓはそれぞれ、「Ｇｏｎｉａ細胞」、 「Ｓｐｅｒｍａｔｏｃｙｔｅ細胞」、「Ｒｏｕｎｄ ｓｐｅｒｍａｔｉｄ細胞」、「Ｅｌｏｎｇａｔｅｄｓｐｅｒｍａｔｉｄ細胞」、「Ｌｅｙｄｉｇ細胞」、「Ｓｅｒｔｏｌｉ細胞」を表わす。
【０２５２】
（６）、（９）、（１２）、（１５）、（１８） 当該ｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像がそれぞれ何枚存在するかを表示する。
【０２５３】
（７）、（１０）、（１３）、（１６）、（１９） 当該ｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像をそれぞれ表示する。画像は画像ＩＤと共に表示される。
【０２５４】
（２０） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｎｒに対してｂｌａｓｔ検索した結果を表示する。
【０２５５】
（２１） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｎｒに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２５６】
（２２） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｂｌａｓｔ検索した対象ｎｒデータのバージョン情報を表示する。
【０２５７】
（２３） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｄｂｅｓｔに対してｂｌａｓｔ検索した結果を表示する。
【０２５８】
（２４） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｄｂｅｓｔに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２５９】
（２５） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をｂｌａｓｔ検索した対象ｄｂｅｓｔデータのバージョン情報を表示する。
【０２６０】
（２６） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列を表示する。
【０２６１】
また、ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面の別の一例を図１６に示す。図１６中の各項目（１）〜（１７）で表示される情報を以下に示す。
【０２６２】
（１）〜（５） 各発育段階または加齢段階での画像の右上にそれぞれ、“Ｙ”、“Ｎ”、“？”、“Ｎｄ”というチェックボックスによって表示されている部分である、発現情報フィールドを表示する。これは画像から遺伝子の発現がみられるかどうかを入力するためのフィールドであり、「Ｙ」は発現がみられること、「Ｎ」は発現がみられないこと、「？」はどちらとも判定できないこと、「Ｎｄ（Ｎｏ ｄａｔａ）」は画像データが存在しないことを示す。
【０２６３】
（６） 当該ｃＤＮＡクローンの重要度を表示する。
【０２６４】
（７） 既存のデータベースに掲載されたものであるか否かを表示する。
【０２６５】
（８） 当該ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列をホモロジー検索した結果のトップスコアをデータベース分類別に表示する。これにより当該クローンが未知のものであるか既知のものであるかどうかが概観できる。ここで、「ｍａｍｍａｌ」は哺乳動物について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、「ＮＴ」は全生物について既知の遺伝子配列を集めたデータベース、「ＥＳＴ」はＥＳＴ 配列（ｃＤＮＡ クローンの断片配列）を集めたデータベース、「ＨＴＧ」はゲノム配列決定プロジェクトによって決定されつつあるゲノムＤＮＡ 配列のドラフトを集めたデータベース、「ＧＳＳ」はＧＳＳ 配列（ゲノムＤＮＡ クローンの断片配列）を集めたデータベース、「ＳＴＳ」はＳＴＳ 配列（ゲノム上でマッピングされた配列）を集めたデータベース、「ＰＡＴ」は既に特許が取得されている遺伝子配列を集めたデータベースを示す。この結果を見ることによって、当該ｃＤＮＡクローンが、既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子（ｍａｍｍａｌ、ＮＴ ）、未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡ が既に取得されている遺伝子（ＥＳＴ）、未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ 断片が既に取得されている遺伝子（ＨＴＧ、ＧＳＳ）、染色体上での位置がわかっている遺伝子（ＳＴＳ）、既に特許が取得されている遺伝子（ＰＡＴ）であるかを確認することができる。
【０２６６】
（９）〜（１７） 当該ｃＤＮＡクローンが既知の遺伝子である場合、各フィールドにその既知遺伝子に関する情報が表示される。ここで、「Ｇｅｎｅ」は遺伝子名、「Ｐｒｏｄｕｃｔ」は当該遺伝子の産物タンパク質名、「Ｏｒｇａｎｉｓｍ」は当該遺伝子が取得されている生物種、「Ｔｉｓｓｕｅ」は当該遺伝子が取得された臓器または組織、「Ｌｏｃｕｓ ＩＤ」は当該遺伝子のＧｅｎＢａｎｋデータベースでのＩＤ、「Ｐｒｏｔｅｉｎ ＩＤ」は当該遺伝子の産物タンパク質のＧｅｎＢａｎｋ データベースでのＩＤ、「Ｈｉｔ ｌｅｎｇｔｈ、Ｈｉｔ Ｉｄｅｎｔｉｔｙ」は、当該ｃＤＮＡの塩基配列が当該遺伝子配列にどのくらいの長さでどのくらい一致したか、「Ｅｖｉｄｅｎｃｅ」は当該遺伝子の存在の証拠に関する情報（ｍＲＮＡ、ＤＮＡ など；ｍＲＮＡ：ｍＲＮＡ の存在が確認されている、ＤＮＡ：ＤＮＡ 配列から予測されたもの）を表示する。
【０２６７】
２．クラスタごとのデータ閲覧
クラスタごとのデータを閲覧する場合に表示される一覧レポート画面を図１７に示す。図１７に示すように、一覧レポート画面では、１行に１つのクラスタについての情報が表示される。図１７の各列はそれぞれ以下の情報（１）〜（１３）を表わす。
【０２６８】
（１） クラスタＩＤを表示する。
【０２６９】
（２） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄに対するｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション画像が合計何枚存在するかを表示する。
【０２７０】
（３） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンの生後１週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が合計何枚存在するかを表示する。
【０２７１】
（４） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンの生後２週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が合計何枚存在するかを表示する。
【０２７２】
（５） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンの生後３週のマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が合計何枚存在するかを表示する。
【０２７３】
（６） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンのＡｄｕｌｔのマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が合計何枚存在するかを表示する。
【０２７４】
（７） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンのｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像が全部で何枚存在するかを表示する。
【０２７５】
（８） 当該クラスタに属するｃＤＮＡクローンの数を表示する。
【０２７６】
（９） 当該クラスタの代表ｃＤＮＡクローンのＩＤを表示する。
【０２７７】
（１０） 当該クラスタの配列をｎｒに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ
ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２７８】
（１１） 当該クラスタの配列をｄｂｅｓｔに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２７９】
（１２） 当該クラスタの重要度を表示する。重要度の高いものからＡＡＡ、 ＡＡ、Ａ、Ｂ、… のようにランク付けされている。
【０２８０】
（１３） 当該クラスタに属するいずれかのｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列にベクタの配列が含まれている場合はＹＥＳ、そうでない場合はＮＯを表示する。
【０２８１】
クラスタごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面を図１８に示す。図１８に示すように、詳細レポート画面では、１つのクラスタについての情報が１画面に表示される。図中の各項目（１）〜（２９）に表示される情報は以下の通りである。
【０２８２】
（１） クラスタＩＤを表示する。
【０２８３】
（２） 当該クラスタの代表ｃＤＮＡクローンのＩＤを表示する。
【０２８４】
（３） 当該クラスタの重要度を表示する。重要度の高いものからＡＡＡ、ＡＡ、Ａ、Ｂ、… のようにランク付けされている。
【０２８５】
（４） 当該クラスタの配列および、所属ｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列について公開してもよいと思われるものにはＹＥＳ、そうでないものにはＮＯを表示する。
【０２８６】
（５） 当該クラスタに属するいずれかのｃＤＮＡクローンのＥＳＴ配列にベクタの配列が含まれている場合はＹＥＳ、そうでない場合はＮＯを表示する。
【０２８７】
（６）、（９）、（１２）、（１５）、（１８） 当該クラスタに属するｃＤＮＡクローンがｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション実験によって、それぞれＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣においてどの細胞に発現がみられたかを表示する。ここでＧ、 Ｃ、Ｒ、Ｅ、Ｌ、Ｓはそれぞれ、Ｇｏｎｉａ、Ｓｐｅｒｍａｔｏｃｙｔｅ、Ｒｏｕｎｄ ｓｐｅｒｍａｔｉｄ、Ｅｌｏｎｇａｔｅｄ ｓｐｅｒｍａｔｉｄ、Ｌｅｙｄｉｇ ｃｅｌｌ、Ｓｅｒｔｏｌｉ ｃｅｌｌを表わす。
【０２８８】
（７）、（１０）、（１３）、（１６）、（１９） 当該クラスタに属するｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像がそれぞれ合計何枚存在するかを表示する。
【０２８９】
（８）、（１１）、（１４）、（１７）、（２０） 当該クラスタに属するｃＤＮＡクローンのＧｏｎａｄ、生後１週マウス精巣、生後２週マウス精巣、生後３週マウス精巣、Ａｄｕｌｔマウス精巣に対するｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション画像をそれぞれ表示する。画像は画像ＩＤと共に表示される。
【０２９０】
（２１） 当該クラスタに属するｃＤＮＡクローンの数を表示する。
【０２９１】
（２２） 当該クラスタに属するすべてのｃＤＮＡクローンのＩＤを表示する。各ｃＤＮＡクローンはｃＤＮＡクローンＩＤとＥＳＴ配列長（塩基数）が表示される。
【０２９２】
（２３） 当該クラスタの配列をｎｒに対してｂｌａｓｔ検索した結果を表示する。
【０２９３】
（２４） 当該クラスタの配列をｎｒに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ
ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２９４】
（２５） 当該クラスタの配列をｂｌａｓｔ検索した対象ｎｒデータのバージョン情報を表示する。
【０２９５】
（２６） 当該クラスタの配列をｄｂｅｓｔに対してｂｌａｓｔ検索した結果を表示する。
【０２９６】
（２７） 当該クラスタの配列をｄｂｅｓｔに対してｂｌａｓｔ検索した結果のｔｏｐ ｈｉｔ ｓｃｏｒｅを表示する。
【０２９７】
（２８） 当該クラスタの配列をｂｌａｓｔ検索した対象ｄｂｅｓｔデータのバージョン情報を表示する。
【０２９８】
（２９） 当該クラスタの配列を表示する。
【０２９９】
３．染色体マップの閲覧
染色体マップを閲覧する場合に表示される染色体マップ表示画面を図１９に示す。図１９に示すように、遺伝子座が特定されたｃＤＮＡクローン（またはクラスタ）が染色体マップ上に配置される。そして、そのｃＤＮＡクローンの発現量を時系列に一覧表示する。
【０３００】
また、各ｃＤＮＡクローン（またはクラスタ名）をクリックなどすることにより選択すると、対応するｃＤＮＡクローンまたはクラスタの詳細レポート画面が表示される。
【０３０１】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０３０２】
例えば、遺伝子発現情報管理装置１００がスタンドアローンの形態で処理を行う場合を一例に説明したが、遺伝子発現情報管理装置１００とは別筐体で構成されるクライアント端末からの要求に応じて処理を行い、その処理結果を当該クライアント端末に返却するように構成してもよい。
【０３０３】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０３０４】
また、遺伝子発現情報管理装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
例えば、遺伝子発現情報管理装置１００の各部または各装置が備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて遺伝子発現情報管理装置１００に機械的に読み取られる。
【０３０５】
すなわち、ＲＯＭまたはＨＤなどの記憶部１０６などには、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）と協働してＣＰＵに命令を与え、各種処理を行うためのコンピュータプログラムが記録されている。このコンピュータプログラムは、ＲＡＭ等にロードされることによって実行され、ＣＰＵと協働して制御部１０２を構成する。また、このコンピュータプログラムは、遺伝子発現情報管理装置１００に対して任意のネットワーク３００を介して接続されたアプリケーションプログラムサーバに記録されてもよく、必要に応じてその全部または一部をダウンロードすることも可能である。
【０３０６】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、を含むものとする。
【０３０７】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０３０８】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（ｃＤＮＡクローンデータベース１０６ａ〜核酸配列データベース１０６ｈ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０３０９】
また、遺伝子発現情報管理装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０３１０】
さらに、遺伝子発現情報管理装置１００の分散・統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ Ｇａｔｅｗａｙ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０３１１】
また、ネットワーク３００は、遺伝子発現情報管理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネットや、イントラネットや、ＬＡＮ（有線／無線の双方を含む）や、ＶＡＮや、パソコン通信網や、公衆電話網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、専用回線網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、ＣＡＴＶ網や、ＩＭＴ２０００方式、ＧＳＭ方式またはＰＤＣ／ＰＤＣ―Ｐ方式等の携帯回線交換網／携帯パケット交換網や、無線呼出網や、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ等の局所無線網や、ＰＨＳ網や、ＣＳ、ＢＳまたはＩＳＤＢ等の衛星通信網等のうちいずれかを含んでもよい。すなわち、本システムは、有線・無線を問わず任意のネットワークを介して、各種データを送受信することができる。
【０３１２】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、画像データと対応する塩基配列とその類似塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１３】
また、本発明によれば、ホモロジー検索は、（１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、（２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、（３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、（４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、（５）既に特許が取得されている遺伝子のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うので、画像データの持つ生物学的な重要度などを容易に特定することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１４】
また、本発明によれば、遺伝子の発現に関する画像データを入力し、発現した遺伝子の塩基配列（例えば、ｃＤＮＡクローンの塩基配列など）を入力し、入力された塩基配列に対してクラスタリングを行い、塩基配列を特定のクラスタに分類し、クラスタ毎に画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば同じｍＲＮＡに由来するｃＤＮＡ（ＥＳＴ配列）を同じクラスタに分類すること等により、同一の性質を持つ塩基配列を集めて特定のクラスタに分類することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１５】
また、本発明によれば、同一のクラスタに分類された塩基配列からクラスタ配列を決定し、クラスタ毎にクラスタ配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、例えば、クラスタのメンバーの塩基配列を組み合わせて作成した塩基配列（例えば、完全長ｃＤＮＡなど）をクラスタ配列として決定し、表示することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１６】
また、本発明によれば、塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の共通配列を構成した塩基配列を同一のクラスタに分類し、クラスタの共通配列をクラスタ配列として決定するので、アセンブル技術（短い断片配列から長い配列を作成する技術をいう。例えば、断片配列間の配列の重なりをマルチプルアラインメントなどの手法を用いて探索し、重なりを持つ断片配列同士を合成することにより長い配列を生成する。）により部分的なｃＤＮＡ配列からより完全長に近いｃＤＮＡ配列を作成することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１７】
また、本発明によれば、決定されたクラスタ配列に対してホモロジー検索を行い類似塩基配列を抽出し、クラスタ毎にクラスタ配列とその類似配列と画像データと対応する塩基配列とを表示するので、画像データにおいて発現した遺伝子を容易に特定することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１８】
また、本発明によれば、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて格納し、画像データに対して、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つを対応付けて表示することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３１９】
また、本発明によれば、画像データおよび／または塩基配列に基づいて、画像データ中の遺伝子の発現量を推定するので、発現パターン（均一に発現、偏って発現など）などを容易に特定することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２０】
また、本発明によれば、推定された発現量に従って、画像データの表示順番をソートするので、効率的に実験結果を確認できる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２１】
また、本発明によれば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、２つ以上の画像データを比較し、比較結果に基づいて、２つ以上の画像データの相違点を抽出するので、画像間の差異を効率的に抽出することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２２】
また、本発明によれば、２つ以上の画像データから３次元画像を作成し、画像データの発現量から３次元画像における発現量をシミュレーションするので、一つの配列で臓器の全スライスをテストした場合、その画像をつなぐことにより臓器の３次元画像をシミュレーションし、各画像を画像解析して求めたｍＲＮＡの発現量を３次元的に補正し表示することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２３】
また、本発明によれば、同一のクラスタに属する塩基配列の中から、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいて、代表クローンを決定するので、例えば、同じｍＲＮＡに由来するクローン群のうち最もよい実験データがとれるクローンを一つ選んで代表クローンとして抽出することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２４】
また、本発明によれば、クラスタ配列のホモロジー検索結果、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報のうち少なくとも一つに基づいてクラスタ重要度を決定するので、これらの情報に基づいてクラスタの重要度を任意に決定し、利用者が注目するクラスタを容易に発見することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【０３２５】
さらに、本発明によれば、塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定し、染色体の遺伝子座に塩基配列に関する情報（例えば、画像データ、塩基配列、発現量、採取した組織に関する情報、採取した組織の発育段階または加齢段階に関する情報、遺伝子の発現が見られるか否かに関する情報、および、発現が見られる部位に関する情報など）をマッピングすることにより染色体マップを作成することができる遺伝子発現情報管理装置、遺伝子発現情報管理方法、プログラム、および、記録媒体を提供することができる。
【配列表】

【図面の簡単な説明】
【図１】高速ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法の概要を示す図である。
【図２】取り込まれた画像の一例を示す図である。
【図３】本発明の基本原理を示す原理構成図である。
【図４】本発明が適用される本システムの構成の一例を示すブロック図である。
【図５】本実施形態における本システムの画像アノテーション情報入力処理の一例を示すフローチャートである。
【図６】本実施形態における本システムのｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索処理の一例を示すフローチャートである。
【図７】本実施形態における本システムのアセンブル処理の一例を示すフローチャートである。
【図８】本実施形態における本システムのクラスタ配列ホモロジー検索処理の一例を示すフローチャートである。
【図９】本実施形態における本システムの３次元シミュレーション処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】本実施形態における本システムの発現量推定処理の一例を示すフローチャートである。
【図１１】本実施形態における本システムの画像比較処理の一例を示すフローチャートである。
【図１２】本実施形態における本システムの染色体マップ作成処理の一例を示すフローチャートである。
【図１３】モニタに表示されるアノテーション情報入力画面の表示画面の一例を示す図である。
【図１４】ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される一覧レポート画面の一例を示す図である。
【図１５】ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面の一例を示す図である。
【図１６】ｃＤＮＡクローンごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面の別の一例を示す図である。
【図１７】クラスタごとのデータを閲覧する場合に表示される一覧レポート画面の一例を示す図である。
【図１８】クラスタごとのデータを閲覧する場合に表示される詳細レポート画面の一例を示す図である。
【図１９】染色体マップを閲覧する場合に表示される染色体マップ表示画面の一例を示す図である。
【符号の説明】
１００ 遺伝子発現情報管理装置
１０２ 制御部
１０２ａ 画像アノテーション情報入力部
１０２ｂ ｃＤＮＡクローン配列ホモロジー検索部
１０２ｃ ｃＤＮＡクローンクラスタリング部
１０２ｄ クラスタ配列決定部
１０２ｅ クラスタ配列ホモロジー検索部
１０２ｆ ３次元シミュレーション部
１０２ｇ 発現量推定部
１０２ｈ 画像比較部
１０２ｉ 代表クローン決定部
１０２ｊ クラスタ重要度決定部
１０２ｋ 外部データベースアクセス部
１０２ｍ 染色体マップ作成部
１０２ｎ 表示画面作成部
１０４ 通信制御インターフェース部
１０６ 記憶部
１０６ａ ｃＤＮＡクローンデータベース
１０６ｂ クラスタデータベース
１０６ｃ ホモロジー検索結果データベース
１０６ｄ クラスタ配列データベース
１０６ｅ クラスタ配列ホモロジー検索結果データベース
１０６ｆ ベクタ配列データベース
１０６ｇ 画像データベース
１０６ｈ 核酸配列データベース
１０８ 入出力制御インターフェース部
１１２ 入力装置
１１４ 出力装置
２００ 外部システム
３００ ネットワーク

Claims (25)

1. 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置であって、
   上記記憶装置は、
   遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られるか否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、
   上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、
   複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、
   を備え、
   上記制御装置は、
   上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索手段と、
   上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリング手段と、
   任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示手段と、
   を備えたことを特徴とする遺伝子発現情報管理装置。
2. 上記ホモロジー検索手段は、
   上記核酸配列データベースに格納された、
   （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
   （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
   （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
   （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
   （５）既に特許が取得されている遺伝子、
   のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うこと、
   を特徴とする請求項１に記載の遺伝子発現情報管理装置。
3. 上記クラスタリング手段により同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定手段、
   をさらに備え、
   上記表示手段は、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、
   ことを特徴とする請求項１または２に記載の遺伝子発現情報管理装置。
4. 上記クラスタリング手段は、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、
   上記クラスタ配列決定手段は、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、
   ことを特徴とする請求項３に記載の遺伝子発現情報管理装置。
5. 上記クラスタ配列決定手段により決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索手段、
   をさらに備え、
   上記表示手段は、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記ホモロジースコアを表示する、
   ことを特徴とする請求項３または４に記載の遺伝子発現情報管理装置。
6. 上記クラスタ配列ホモロジー検索手段は、
   上記核酸配列データベースに格納された、
   （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
   （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
   （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
   （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
   （５）既に特許が取得されている遺伝子、
   のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする請求項５に記載の遺伝子発現情報管理装置。
7. 上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較手段と、
   上記画像比較手段の比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出手段と、
   上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定手段と、
   上記発現量推定手段により推定された上記発現量に従って、上記表示手段における上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソート手段と
   をさらに備えたことを特徴とする請求項１から６のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置。
8. 上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定手段と、
   上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成手段と、
   上記染色体マップ作成手段にて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示手段と、
   をさらに備えたことを特徴とする請求項１から７のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置。
9. 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置を用いた遺伝子発現情報管理方法であって、
   上記記憶装置は、
   遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られる か否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、
   上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、
   複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、
   を備え、
   上記制御装置において実行される、
   上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索ステップと、
   上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリングステップと、
   任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示ステップと、
   を備えたことを特徴とする遺伝子発現情報管理方法。
10. 上記ホモロジー検索ステップは、
    上記核酸配列データベースに格納された、
    （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
    （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
    （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
    （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
    （５）既に特許が取得されている遺伝子、
    のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うこと、
    を特徴とする請求項９に記載の遺伝子発現情報管理方法。
11. 上記クラスタリングステップにより同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定ステップ、
    をさらに備え、
    上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、
    ことを特徴とする請求項９または１０に記載の遺伝子発現情報管理方法。
12. 上記クラスタリングステップは、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、
    上記クラスタ配列決定ステップは、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、
    ことを特徴とする請求項１１に記載の遺伝子発現情報管理装置。
13. 上記クラスタ配列決定ステップにより決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索ステップ、
    をさらに備え、
    上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記ホモロジースコアを表示する、
    ことを特徴とする請求項１１または１２に記載の遺伝子発現情報管理装置。
14. 上記クラスタ配列ホモロジー検索ステップは、
    上記核酸配列データベースに格納された、
    （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
    （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
    （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
    （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
    （５）既に特許が取得されている遺伝子、
    のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする請求項１３に記載の遺伝子発現情報管理装置。
15. 上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較ステップと、
    上記画像比較ステップの比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出ステップと、
    上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定ステップと、
    上記発現量推定ステップにより推定された上記発現量に従って、上記表示ステップにおける上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソートステップと
    をさらに備えたことを特徴とする請求項９から１４のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置。
16. 上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定ステップと、
    上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成ステップと、
    上記染色体マップ作成ステップにて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示ステップと、
    をさらに備えたことを特徴とする請求項９から１５のいずれか一つに記載の遺伝子発現情報管理装置。
17. 制御装置と記憶装置と出力装置とを少なくとも備えた遺伝子発現情報管理装置に遺伝子発現情報管理方法を実行させるためのプログラムであって、
    上記記憶装置は、
    遺伝子の発現に関する複数の画像データと、当該画像データに対応する発現遺伝子の識別情報と、当該発現遺伝子を採取した組織に関する搾取組織情報、当該発現遺伝子を採取した組織の発育段階または加齢段階に関する段階情報、当該発現遺伝子の発現が見られるか否かに関する発現情報、および、発現が見られる部位に関する部位情報を含むアノテーション情報と、を対応付けて格納した画像データベースと、
    上記画像データに対応する上記発現遺伝子の識別情報と、発現遺伝子塩基配列と、を対応付けて格納した発現遺伝子データベースと、
    複数の、塩基配列識別情報と塩基配列とを対応付けて格納する核酸配列データベースと、
    を備え、
    上記制御装置において実行される、
    上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現発現遺伝子の識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報および当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するホモロジー検索ステップと、
    上記発現遺伝子データベースに格納された上記発現遺伝子塩基配列に基づいてクラスタ分類を実行し、各クラスタを一意に識別するクラスタ識別情報を付与し、上記クラスタ識別情報と、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、を対応付けて登録したクラスタデータベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタリングステップと、
    任意の上記クラスタについて、（１）上記クラスターデータベースに登録された、当該任意の上記クラスタに対応する上記クラスタ識別情報、および、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子塩基配列に対応する上記発現遺伝子の識別情報と、（２）上記ホモロジー検索結果データベースに登録された、当該発現遺伝子の識別情報に対応する、上記類似塩基配列の塩基配列識別情報および上記ホモロジースコアと、（３）上記画像データベースに登録された、当該クラスタを構成する上記発現遺伝子の識別情報に対応する上記画像データ、および、当該画像データに対応する上記アノテーション情報の一部または全部と、を抽出して上記出力装置に表示する表示ステップと、
    を備えたことを特徴とするプログラム。
18. 上記ホモロジー検索ステップは、
    上記核酸配列データベースに格納された、
    （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
    （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
    （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
    （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
    （５）既に特許が取得されている遺伝子、
    のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うこと、
    を特徴とする請求項１７に記載のプログラム。
19. 上記クラスタリングステップにより同一の上記クラスタに分類された上記発現遺伝子塩基配列からクラスタ配列を決定するクラスタ配列決定ステップ、
    をさらに備え、
    上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列を表示する、
    ことを特徴とする請求項１７または１８に記載のプログラム。
20. 上記クラスタリングステップは、上記発現遺伝子塩基配列を用いて共通配列のアセンブルを行い、同一の上記共通配列を構成した上記発現遺伝子塩基配列を同一の上記クラスタに分類し、
    上記クラスタ配列決定ステップは、上記クラスタの上記共通配列を上記クラスタ配列として決定する、
    ことを特徴とする請求項１９に記載のプログラム。
21. 上記クラスタ配列決定ステップにより決定された上記クラスタ配列に対して、上記核酸配列データベースに格納された上記複数の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行いホモロジースコアにより類似塩基配列を抽出し、当該クラスタ配列に対応する上記クラスタ識別情報と、当該類似塩基配列の上記塩基配列識別情報と、当該ホモロジースコアと、を対応付けて登録したクラスタ配列ホモロジー検索結果データベースを作成し、上記記憶装置に格納するクラスタ配列ホモロジー検索ステップ、
    をさらに備え、
    上記表示ステップは、さらに、上記クラスタ毎に上記クラスタ配列ホモロジー検索結果データベースに登録した上記クラスタ配列と上記類似配列の上記塩基配列識別情報と上記 ホモロジースコアを表示する、
    ことを特徴とする請求項１９または２０に記載のプログラム。
22. 上記クラスタ配列ホモロジー検索ステップは、
    上記核酸配列データベースに格納された、
    （１）既に同じあるいは別の生物で既知となっている遺伝子、
    （２）未知の遺伝子であるが同じｃＤＮＡが既に取得されている遺伝子、
    （３）未知の遺伝子であるが対応するゲノムＤＮＡ断片が既に取得されている遺伝子、
    （４）染色体上での位置がわかっている遺伝子、
    （５）既に特許が取得されている遺伝子、
    のうち少なくとも一つの遺伝子の塩基配列を対象としてホモロジー検索を行うことを特徴とする請求項２１に記載のプログラム。
23. 上記画像データベースに登録された上記アノテーション情報の中の上記段階情報が異なる２つ以上の上記画像データについて、上記画像データ中の発光量および発光面積を比較する画像比較ステップと、
    上記画像比較ステップの比較結果に基づいて、２つ以上の上記画像データの相違点を抽出する相違点抽出ステップと、
    上記相違点に基づいて、上記画像データ中の遺伝子の発現量を推定する発現量推定ステップと、
    上記発現量推定ステップにより推定された上記発現量に従って、上記表示ステップにおける上記上記画像データの表示順番をソートする発現量順ソートステップと
    をさらに備えたことを特徴とする請求項１７から２２のいずれか一つに記載のプログラム。
24. 上記塩基配列の存在する染色体上の遺伝子座を特定する遺伝子座特定ステップと、
    上記染色体の上記遺伝子座に上記塩基配列に関する情報をマッピングすることにより染色体マップを作成する染色体マップ作成ステップと、
    上記染色体マップ作成ステップにて作成した上記染色体マップを表示する染色体マップ表示ステップと、
    をさらに備えたことを特徴とする請求項１７から２３のいずれか一つに記載のプログラム。
25. 上記請求項１７から２４のいずれか一つに記載されたプログラムを記録したことを特徴とするコンピュータ読み取り可能な記録媒体。

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