JP2003167883A - 配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 利用者が必要な部分配列情報に関連する情報
をテーブル形式で見易く表示等することが可能な配列情
報処理装置等を提供することを課題とする。 【解決手段】 本発明にかかるシステムは、配列情報を
処理する配列情報処理装置である配列情報処理装置１０
０と、配列情報等に関するデータベースやホモロジー検
索用のプログラム等を提供する外部システム２００と
を、ネットワーク３００を介して通信可能に接続して構
成されている。配列情報処理装置１００は、配列情報処
理装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御
部１０２、通信回線等に接続されるルータ等の通信装置
に接続される通信制御インターフェース部１０４、入力
装置１１２および出力装置１１４に接続される入出力制
御インターフェース部１０８、および、各種のデータベ
ースやテーブルを格納する記憶部１０６を備えて構成さ
れている。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、配列情報処理装
置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体
に関し、特に、ＤＮＡ塩基配列またはアミノ酸配列の部
分配列を処理する配列情報処理装置、配列情報処理方
法、プログラム、および、記録媒体に関する。

【０００２】

【従来の技術】バイオインフォマティクス分野において
広く利用される情報として、塩基またはアミノ酸の配列
データがある。各種のデータベースに蓄積された配列デ
ータに基づいてホモロジー検索やモチーフ検索などを行
うことにより、現在、様々な生命現象の分析が行われて
いる。ここで、配列情報を用いた生命現象の分析の過程
において、配列の部分配列を用いた解析手法が近年にな
って研究されている。

【０００３】たとえば、特開平１０−４５７９５号公報
に開示された発明は、部分配列を用いて機能未知の蛋白
質の機能や機能部位、あるいは、機能が既知で機能部位
が未知の蛋白質の機能部位を推定するための蛋白質デー
タベース・システム並びに蛋白質の機能および機能部位
の推定方法に関するものである。特開平１０−４５７９
５号公報には、特定の蛋白質のアミノ酸配列情報の一部
分であるオリゴペプチドとそのオリゴペプチドを含む蛋
白質に関する機能等の情報や、オリゴペプチドの出現頻
度等を出力装置に表示する発明が開示されている。

【０００４】また、特願２０００−７２４８５号に開示
された発明は、部分配列を用いた蛋白質間相互作用予測
方法及び該予測プログラムを担持した記録媒体に関する
ものである。特願２０００−７２４８５号には、特定の
蛋白質のアミノ酸配列の一部分であるオリゴペプチドの
配列情報や、そのオリゴペプチドの配列情報を持つ他の
蛋白質とのアラインメント結果や蛋白質におけるそのオ
リゴペプチドの出現頻度等に関する情報を利用して蛋白
質間の相互作用を予測する発明が開示されている。

【０００５】

【発明が解決しようとする課題】しかしながら、これら
の従来技術においては、すべてのオリゴペプチド等の部
分配列に関する情報を網羅的に収集し、分かり易く表形
式でまとめて表示するものが存在しなかったという問題
点を有していた。すなわち、部分配列に関するあらゆる
情報を当該部分配列と関連付けて整理、格納、検索、管
理などを行うものは存在しなかった。

【０００６】例えば、上述した特開平１０−４５７９５
号公報および特願２０００−７２４８５号に開示された
発明においては、オリゴペプチドの配列データに関連す
る大量の情報について出力装置に表示させる際に、どの
情報をどの程度表示するかについて、利用者がその値を
容易に設定し、かつ、その設定を保存しておき、後から
設定を検索して再利用することはできなかった。

【０００７】すなわち、従来技術においては、表示する
情報の取捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を
保存し、また後からその設定を検索することにより再利
用することができなかった。

【０００８】また、従来のオリゴペプチドの解析手法
は、そのオリゴペプチドのミュータントにまで検索範囲
を自動的に拡大して配列情報を検索するものは存在しな
かった。

【０００９】このように、部分配列の解析は、特に、ア
ミノ酸配列の部分配列であるオリゴペプチドの解析は蛋
白質の機能や相互作用などを推定する場合にも利用でき
ることがわかっているため極めて有効であるが、従来技
術は上述したような数々の問題点を有しており、その結
果、配列情報表示装置の利用者および管理者のいずれに
とっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いもので
あった。

【００１０】なお、これまで説明した従来の技術および
発明が解決しようとする課題は、オリゴペプチドに関す
る配列情報を表示するシステムに限られず、あらゆる配
列情報の部分配列を表示する全てのシステムにおいて、
同様に考えることができる。

【００１１】本発明は上記問題点に鑑みてなされたもの
で、出力装置に表示する配列情報とその関連情報の取捨
選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、ま
た後からその設定を検索することにより再利用すること
のできる、配列情報処理装置、配列情報処理方法、プロ
グラム、および、記録媒体を提供することを目的として
いる。

【００１２】

【課題を解決するための手段】このような目的を達成す
るため、請求項１に記載の配列情報処理装置は、塩基ま
たはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列
関連情報とを対応付けて格納する配列情報格納手段と、
上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報の
うち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配
列選択手段と、上記配列情報格納手段により格納された
上記配列情報のうち検索の対象となる母集団の配列情報
を上記利用者に選択させる母集団選択手段と、上記ター
ゲット配列選択手段により選択された上記ターゲット配
列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分割する配
列分割手段と、上記配列分割手段にて分割された上記部
分配列を上記母集団から検索する検索手段と、上記検索
手段の検索結果情報から上記ターゲット配列に関する分
析結果情報を作成する分析結果情報作成手段と、上記利
用者の設定したパラメータに従って、上記部分配列に関
する部分配列情報と上記分析結果情報とをテーブル形式
で出力するテーブル出力手段とを備えたことを特徴とす
る。

【００１３】この装置によれば、塩基またはアミノ酸の
配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対
応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にタ
ーゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検
索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、
選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部
分配列に分割し、分割された部分配列を母集団から検索
し、検索結果情報からターゲット配列に関する分析結果
情報を作成し、利用者の設定したパラメータに従って、
部分配列に関する部分配列情報と分析結果情報とをテー
ブル形式で出力するので、処理結果として表示される配
列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設
定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用
することができる。

【００１４】また、請求項２に記載の配列情報処理装置
は、請求項１に記載の配列情報処理装置において、上記
配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミュ
ータント配列に関するミュータント配列情報とを対応付
けて格納するミュータント配列情報格納手段と、上記配
列分割手段にて分割された上記部分配列に対するミュー
タント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納手段
にて格納された上記ミュータント配列情報から検索する
ミュータント配列検索手段とをさらに備え、上記検索手
段は、上記ミュータント配列検索手段にて検索された上
記部分配列に対する上記ミュータント配列情報を上記母
集団から検索することを特徴とする。

【００１５】この装置によれば、配列情報と、当該配列
情報が変異する可能性があるミュータント配列に関する
ミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割され
た部分配列に対するミュータント配列情報を、格納され
たミュータント配列情報から検索し、検索された部分配
列に対するミュータント配列情報を母集団から検索する
ので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範
囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析
に利用することができるようになる。

【００１６】また、請求項３に記載の配列情報処理装置
は、請求項１または２に記載の配列情報処理装置におい
て、上記配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生
物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／
または、関連データベースのアドレスのうち少なくとも
一つに関する情報を含むことを特徴とする。

【００１７】これは配列関連情報の一例を一層具体的に
示すものである。この装置によれば、配列関連情報は、
当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名
称、蛋白質の機能、および／または、関連データベース
のアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むの
で、これらの項目をターゲット配列に関する分析情報と
して利用することができるようになる。

【００１８】また、請求項４に記載の配列情報処理装置
は、請求項１から３のいずれか一つに記載の配列情報処
理装置において、上記母集団は、特定の性質を備える蛋
白質に関する配列情報を収集して作成することを特徴と
する。

【００１９】これは検索対象の母集団の一例を一層具体
的に示すものである。この装置によれば、母集団は、特
定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作
成するので、分析情報として抽出する必要のある蛋白質
を限定することができ、検索時間を短縮化できるように
なる。また、母集団に対して別のターゲット配列で分析
することができるようになる。

【００２０】また、請求項５に記載の配列情報処理装置
は、請求項１から４のいずれか一つに記載の配列情報処
理装置において、上記部分配列の長さは４〜７であるこ
とを特徴とする。

【００２１】これは部分配列の長さの一例を一層具体的
に示すものである。この装置によれば部分配列の長さは
４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコ
ンピュータの演算時間で集計できるようになる。

【００２２】また、請求項６に記載の配列情報処理装置
は、請求項１から５のいずれか一つに記載の配列情報処
理装置において、上記部分配列情報は、上記ターゲット
配列の先頭からの位置、および／または、部分配列のう
ち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とす
る。

【００２３】これは部分配列情報の一例を一層具体的に
示すものである。この装置によれば部分配列情報は、タ
ーゲット配列の先頭からの位置、および／または、部分
配列のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、部
分配列とその位置を任意に表示できるようになる。

【００２４】また、請求項７に記載の配列情報処理装置
は、請求項１から６のいずれか一つに記載の配列情報処
理装置において、上記分析結果情報は、上記部分配列毎
に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列
情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生
物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した
配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、およ
び／または、抽出した配列の関連データベースのアドレ
スのうち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴
とする。

【００２５】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。この装置によれば分析結果情報は、部
分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータ
ント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由
来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、
抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結
果、および／または、抽出した配列の関連データベース
のアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むの
で、これらの各項目を任意に表示できるようになる。

【００２６】また、請求項８に記載の配列情報処理装置
は、請求項１から７のいずれか一つに記載の配列情報処
理装置において、上記パラメータは、上記分析結果情報
に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力
する際の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形表示
可否、上記テーブルのヘッダのフォーマット、および／
または、上記テーブルの表示用データの記述言語のうち
少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする。

【００２７】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。この装置によればパラメータは、分析
結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数の
うち出力する際の上限数、分析結果情報の各情報の図形
表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、および／
または、テーブルの表示用データの記述言語のうち少な
くとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を
任意に表示できるようになる。

【００２８】また、本発明は配列情報処理方法に関する
ものであり、請求項９に記載の配列情報処理方法は、塩
基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する
配列関連情報とを対応付けて格納する配列情報格納ステ
ップと、上記配列情報格納ステップにより格納された上
記配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させる
ターゲット配列選択ステップと、上記配列情報格納ステ
ップにより格納された上記配列情報のうち検索の対象と
なる母集団の配列情報を上記利用者に選択させる母集団
選択ステップと、上記ターゲット配列選択ステップによ
り選択された上記ターゲット配列を上記利用者が指定し
た長さの部分配列に分割する配列分割ステップと、上記
配列分割ステップにて分割された上記部分配列を上記母
集団から検索する検索ステップと、上記検索ステップの
検索結果情報から上記ターゲット配列に関する分析結果
情報を作成する分析結果情報作成ステップと、上記利用
者の設定したパラメータに従って、上記部分配列に関す
る部分配列情報と上記分析結果情報とをテーブル形式で
出力するテーブル出力ステップとを含むことを特徴とす
る。

【００２９】この方法によれば、塩基またはアミノ酸の
配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報とを対
応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用者にタ
ーゲット配列を選択させ、格納された配列情報のうち検
索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択させ、
選択されたターゲット配列を利用者が指定した長さの部
分配列に分割し、分割された部分配列を母集団から検索
し、検索結果情報からターゲット配列に関する分析結果
情報を作成し、利用者の設定したパラメータに従って、
部分配列に関する部分配列情報と分析結果情報とをテー
ブル形式で出力するので、処理結果として表示される配
列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容易に設
定し、その設定を保存し、また後からその設定を再利用
することができる。

【００３０】また、請求項１０に記載の配列情報処理方
法は、請求項９に記載の配列情報処理方法において、上
記配列情報と、当該配列情報が変異する可能性があるミ
ュータント配列に関するミュータント配列情報とを対応
付けて格納するミュータント配列情報格納ステップと、
上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対
するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情
報格納ステップにて格納された上記ミュータント配列情
報から検索するミュータント配列検索ステップとをさら
に含み、上記検索ステップは、上記ミュータント配列検
索ステップにて検索された上記部分配列に対する上記ミ
ュータント配列情報を上記母集団から検索することを特
徴とする。

【００３１】この方法によれば、配列情報と、当該配列
情報が変異する可能性があるミュータント配列に関する
ミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割され
た部分配列に対するミュータント配列情報を、格納され
たミュータント配列情報から検索し、検索された部分配
列に対するミュータント配列情報を母集団から検索する
ので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検索範
囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の解析
に利用することができるようになる。

【００３２】また、請求項１１に記載の配列情報処理方
法は、請求項９または１０に記載の配列情報処理方法に
おいて、上記配列関連情報は、当該配列の名称、由来す
る生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、およ
び／または、関連データベースのアドレスのうち少なく
とも一つに関する情報を含むことを特徴とする。

【００３３】これは配列関連情報の一例を一層具体的に
示すものである。この方法によれば、配列関連情報は、
当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名
称、蛋白質の機能、および／または、関連データベース
のアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むの
で、これらの項目をターゲット配列に関する分析情報と
して利用することができるようになる。

【００３４】また、請求項１２に記載の配列情報処理方
法は、請求項９から１１のいずれか一つに記載の配列情
報処理方法において、上記母集団は、特定の性質を備え
る蛋白質に関する配列情報を収集して作成することを特
徴とする。

【００３５】これは検索対象の母集団の一例を一層具体
的に示すものである。この方法によれば、母集団は、特
定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作
成するので、分析情報として抽出する必要のある蛋白質
を限定することができ、検索時間を短縮化できるように
なる。また、母集団に対して別のターゲット配列で分析
することができるようになる。

【００３６】また、請求項１３に記載の配列情報処理方
法は、請求項９から１２のいずれか一つに記載の配列情
報処理方法において、上記部分配列の長さは４〜７であ
ることを特徴とする。

【００３７】これは部分配列の長さの一例を一層具体的
に示すものである。この方法によれば部分配列の長さは
４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコ
ンピュータの演算時間で集計できるようになる。

【００３８】また、請求項１４に記載の配列情報処理方
法は、請求項９から１３のいずれか一つに記載の配列情
報処理方法において、上記部分配列情報は、上記ターゲ
ット配列の先頭からの位置、および／または、部分配列
のうち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴と
する。

【００３９】これは部分配列情報の一例を一層具体的に
示すものである。この方法によれば部分配列情報は、タ
ーゲット配列の先頭からの位置、および／または、部分
配列のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、部
分配列とその位置を任意に表示できるようになる。

【００４０】また、請求項１５に記載の配列情報処理方
法は、請求項９から１４のいずれか一つに記載の配列情
報処理方法において、上記分析結果情報は、上記部分配
列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント
配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来す
る生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出
した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、
および／または、抽出した配列の関連データベースのア
ドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むことを
特徴とする。

【００４１】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。この方法によれば分析結果情報は、部
分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータ
ント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由
来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、
抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結
果、および／または、抽出した配列の関連データベース
のアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むの
で、これらの各項目を任意に表示できるようになる。

【００４２】また、請求項１６に記載の配列情報処理方
法は、請求項９から１５のいずれか一つに記載の配列情
報処理方法において、上記パラメータは、上記分析結果
情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち
出力する際の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形
表示可否、上記テーブルのヘッダのフォーマット、およ
び／または、上記テーブルの表示用データの記述言語の
うち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とす
る。

【００４３】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。この方法によればパラメータは、分析
結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数の
うち出力する際の上限数、分析結果情報の各情報の図形
表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、および／
または、テーブルの表示用データの記述言語のうち少な
くとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目を
任意に表示できるようになる。

【００４４】また、本発明はプログラムに関するもので
あり、請求項１７に記載のプログラムは、塩基またはア
ミノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情
報とを対応付けて格納する配列情報格納ステップと、上
記配列情報格納ステップにより格納された上記配列情報
のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット
配列選択ステップと、上記配列情報格納ステップにより
格納された上記配列情報のうち検索の対象となる母集団
の配列情報を上記利用者に選択させる母集団選択ステッ
プと、上記ターゲット配列選択ステップにより選択され
た上記ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部
分配列に分割する配列分割ステップと、上記配列分割ス
テップにて分割された上記部分配列を上記母集団から検
索する検索ステップと、上記検索ステップの検索結果情
報から上記ターゲット配列に関する分析結果情報を作成
する分析結果情報作成ステップと、上記利用者の設定し
たパラメータに従って、上記部分配列に関する部分配列
情報と上記分析結果情報とをテーブル形式で出力するテ
ーブル出力ステップとを含む配列情報処理方法をコンピ
ュータに実行させることを特徴とする。

【００４５】このプログラムによれば、塩基またはアミ
ノ酸の配列情報と当該配列情報に関連する配列関連情報
とを対応付けて格納し、格納された配列情報のうち利用
者にターゲット配列を選択させ、格納された配列情報の
うち検索の対象となる母集団の配列情報を利用者に選択
させ、選択されたターゲット配列を利用者が指定した長
さの部分配列に分割し、分割された部分配列を母集団か
ら検索し、検索結果情報からターゲット配列に関する分
析結果情報を作成し、利用者の設定したパラメータに従
って、部分配列に関する部分配列情報と分析結果情報と
をテーブル形式で出力するので、処理結果として表示さ
れる配列情報とその分析情報の取捨選択を、利用者が容
易に設定し、その設定を保存し、また後からその設定を
再利用することができる。

【００４６】また、請求項１８に記載のプログラムは、
請求項１７に記載のプログラムにおいて、上記配列情報
と、当該配列情報が変異する可能性があるミュータント
配列に関するミュータント配列情報とを対応付けて格納
するミュータント配列情報格納ステップと、上記配列分
割ステップにて分割された上記部分配列に対するミュー
タント配列情報を、上記ミュータント配列情報格納ステ
ップにて格納された上記ミュータント配列情報から検索
するミュータント配列検索ステップとをさらに含み、上
記検索ステップは、上記ミュータント配列検索ステップ
にて検索された上記部分配列に対する上記ミュータント
配列情報を上記母集団から検索することを特徴とする。

【００４７】このプログラムによれば、配列情報と、当
該配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に
関するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分
割された部分配列に対するミュータント配列情報を、格
納されたミュータント配列情報から検索し、検索された
部分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検
索するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで
検索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報
の解析に利用することができるようになる。

【００４８】また、請求項１９に記載のプログラムは、
請求項１７または１８に記載のプログラムにおいて、上
記配列関連情報は、当該配列の名称、由来する生物名、
対応する蛋白質の名称、蛋白質の機能、および／また
は、関連データベースのアドレスのうち少なくとも一つ
に関する情報を含むことを特徴とする。

【００４９】これは配列関連情報の一例を一層具体的に
示すものである。このプログラムによれば、配列関連情
報は、当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白
質の名称、蛋白質の機能、および／または、関連データ
ベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を
含むので、これらの項目をターゲット配列に関する分析
情報として利用することができるようになる。

【００５０】また、請求項２０に記載のプログラムは、
請求項１７から１９のいずれか一つに記載のプログラム
において、上記母集団は、特定の性質を備える蛋白質に
関する配列情報を収集して作成することを特徴とする。

【００５１】これは検索対象の母集団の一例を一層具体
的に示すものである。このプログラムによれば、母集団
は、特定の性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集
して作成するので、分析情報として抽出する必要のある
蛋白質を限定することができ、検索時間を短縮化できる
ようになる。また、母集団に対して別のターゲット配列
で分析することができるようになる。

【００５２】また、請求項２１に記載のプログラムは、
請求項１７から２０のいずれか一つに記載のプログラム
において、上記部分配列の長さは４〜７であることを特
徴とする。

【００５３】これは部分配列の長さの一例を一層具体的
に示すものである。このプログラムによれば部分配列の
長さは４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適
切なコンピュータの演算時間で集計できるようになる。

【００５４】また、請求項２２に記載のプログラムは、
請求項１７から２１のいずれか一つに記載のプログラム
において、上記部分配列情報は、上記ターゲット配列の
先頭からの位置、および／または、部分配列のうち少な
くとも一つに関する情報を含むことを特徴とする。

【００５５】これは部分配列情報の一例を一層具体的に
示すものである。このプログラムによれば部分配列情報
は、ターゲット配列の先頭からの位置、および／また
は、部分配列のうち少なくとも一つに関する情報を含む
ので、部分配列とその位置を任意に表示できるようにな
る。

【００５６】また、請求項２３に記載のプログラムは、
請求項１７から２２のいずれか一つに記載のプログラム
において、上記分析結果情報は、上記部分配列毎に、抽
出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列情報、
抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生物名、
抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した配列の
蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、および／ま
たは、抽出した配列の関連データベースのアドレスのう
ち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とす
る。

【００５７】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。このプログラムによれば分析結果情報
は、部分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミ
ュータント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配
列の由来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の
名称、抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの
実行結果、および／または、抽出した配列の関連データ
ベースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を
含むので、これらの各項目を任意に表示できるようにな
る。

【００５８】また、請求項２４に記載のプログラムは、
請求項１７から２３のいずれか一つに記載のプログラム
において、上記パラメータは、上記分析結果情報に含ま
れる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力する際
の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形表示可否、
上記テーブルのヘッダのフォーマット、および／また
は、上記テーブルの表示用データの記述言語のうち少な
くとも一つに関する情報を含むことを特徴とする。

【００５９】これは分析結果情報の一例を一層具体的に
示すものである。このプログラムによればパラメータ
は、分析結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出し
た件数のうち出力する際の上限数、分析結果情報の各情
報の図形表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、
および／または、テーブルの表示用データの記述言語の
うち少なくとも一つに関する情報を含むので、これらの
各項目を任意に表示できるようになる。

【００６０】また、本発明は記録媒体に関するものであ
り、請求項２５に記載の記録媒体は、上記請求項１７か
ら２４のいずれか一つに記載されたプログラムを記録し
たことを特徴とする。

【００６１】この記録媒体によれば、当該記録媒体に記
録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行
することによって、請求項１７から２４のいずれか一つ
に記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現
することができ、これら各プログラムと同様の効果を得
ることができる。

【００６２】

【発明の実施の形態】以下に、本発明にかかる配列情報
処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記
録媒体の実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。
なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるもの
ではない。特に、以下の実施の形態においては、本発明
を、オリゴペプチドに関する配列情報を表示するシステ
ムに適用した例について説明するが、この場合に限られ
ず、あらゆる配列情報の部分配列を表示する全てのシス
テムにおいて、同様に適用することができる。

【００６３】［本システムの概要］以下、本システムの
原理構成について説明し、その後、本システムの構成お
よび処理等について詳細に説明する。図１は本システム
の基本原理の一例を示す原理構成図であり、該システム
構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示して
いる。

【００６４】本システムは、ターゲットとなる蛋白質の
アミノ酸配列に関するオリゴペプチドベースの分析結果
を、利用者が所望のテーブル形式にまとめて出力するた
めのシステムである。まず利用者は、ターゲットとなる
蛋白質のアミノ酸配列を配列情報データベースから指定
する。指定方法は画面上に指定可能な情報を出力して、
利用者がその中から所望のアミノ酸配列を選択するよう
にしてもよく、また、利用者がスクリプト言語などで直
接的に所望のアミノ酸配列を特定して当該スクリプトな
どを実行することにより指定してもよい。以下において
も同様に利用者の指定方法について既存のいかなる指定
方法を用いてもよい。

【００６５】ここで、配列情報データベースは、例え
ば、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ、ＴｒＥＭＢＬ、ＰＩＲ、Ｇ
ｅｎＰｅｐｔ、ＰＲＦ／ＳＥＱＤＢなどのインターネッ
トを経由してアクセスする外部のアミノ酸配列データベ
ースであってもよく、また、これらのデータベースをコ
ピーしたり、オリジナルの配列情報を格納したり、さら
に独自のアノテーション情報等を付加したりして作成し
たインハウスデータベースであってもよい。

【００６６】そして、利用者は、予め作成した蛋白質集
合（ＰＳ；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｔ）データベースから
検索の対象となる母集団を抽出するための条件を指定す
る。ここで、ＰＳＤＢは、特定の性質を備える蛋白質に
関する配列情報を収集して作成されたデータベースであ
り、例えば、ヒトの蛋白質に関する配列情報をまとめた
ＰＳＤＢ等である。また、ＰＳＤＢは、例えば、外部デ
ータベースやインハウスデータベースから所定のキーワ
ード（例えば、「ヒト」または「ｈｕｍａｎ」など）に
合致する配列情報を、自然言語検索などを行うことによ
り抽出して作成してもよい。

【００６７】また、利用者は、検索範囲をミュータント
まで検索するか否かを指定する。ミュータントとは、所
定のオリゴペプチド配列が変異する可能性のあるもので
あり、ミューテーションテーブルに予め各オリゴペプチ
ド配列とそのミュータント配列との対応が格納されてい
る。

【００６８】このようにして、利用者がスライドサーチ
のための条件等の指定が完了すると（ステップＳＡ−
１）、本発明の配列情報処理装置においてスライドサー
チが実行される（ステップＳＡ−２）。スライドサーチ
とは、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さ
の部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報
から検索していくことにより、ターゲット配列について
各種の分析を行うことをいう。スライドサーチの基本的
な手法については後述する。

【００６９】つぎに、スライドサーチの分析結果を、利
用者が予め指定したパラメータ等により定められた出力
形式に従って関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめ
る（ステップＳＡ−３）。

【００７０】そして、作成したテーブルをディスプレイ
装置などの出力装置に出力する（ステップＳＡ−４）。
これにより、利用者が必要な部分配列情報に関連する情
報をテーブル形式で見易く表示等することが可能にな
る。

【００７１】［システム構成］以下、このような基本的
特徴を具現化するための、本システムの構成について説
明する。

【００７２】［システム構成］まず、本システムの構成
について説明する。図２は、本発明が適用される本シス
テムの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のう
ち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。本
システムは、概略的に、配列情報を処理する配列情報処
理装置である配列情報処理装置１００と、配列情報等に
関するデータベースやホモロジー検索用のプログラム等
を提供する外部システム２００とを、ネットワーク３０
０を介して通信可能に接続して構成されている。

【００７３】図２においてネットワーク３００は、配列
情報処理装置１００と外部システム２００とを相互に接
続する機能を有し、例えば、インターネット等である。

【００７４】図２において外部システム２００は、ネッ
トワーク３００を介して、配列情報処理装置１００と相
互に接続され、利用者に対して配列情報等に関する外部
データベースやホモロジー検索やモチーフ検索等の外部
分析プログラムを実行するウェブサイトを提供する機能
を有する。

【００７５】ここで、外部システム２００は、ＷＥＢサ
ーバやＡＳＰサーバ等として構成してもよく、そのハー
ドウェア構成は、一般に市販されるワークステーショ
ン、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置およびそ
の付属装置により構成してもよい。また、外部システム
２００の各機能は、外部システム２００のハードウェア
構成中のＣＰＵ、ディスク装置、メモリ装置、入力装
置、出力装置、通信制御装置等およびそれらを制御する
プログラム等により実現される。

【００７６】図２において配列情報処理装置１００は、
概略的に、配列情報処理装置１００の全体を統括的に制
御するＣＰＵ等の制御部１０２、通信回線等に接続され
るルータ等の通信装置（図示せず）に接続される通信制
御インターフェース部１０４、入力装置１１２および出
力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース
部１０８、および、各種のデータベースやテーブル（蛋
白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テーブル１０
６ｄ）を格納する記憶部１０６を備えて構成されてお
り、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続
されている。さらに、この配列情報処理装置１００は、
ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の
通信回線を介して、ネットワーク３００に通信可能に接
続されている。

【００７７】記憶部１０６に格納される各種のデータベ
ース（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テー
ブル１０６ｄ）は、固定ディスク装置等のストレージ手
段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブ
ルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル
等を格納する。

【００７８】これら記憶部１０６の各構成要素のうち、
蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａは、特定の性
質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成され
たデータベースである。また、インハウスデータベース
１０６ｂは、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列
情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納する配
列情報格納手段である。ここで、配列関連情報は、当該
配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、
蛋白質の機能、および／または、関連データベースのア
ドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含む。

【００７９】また、ミューテーションテーブル１０６ｃ
は、配列情報と、当該配列情報が変異する可能性がある
ミュータント配列に関するミュータント配列情報とを対
応付けて格納するミュータント配列情報格納手段であ
る。また、テーブル１０６ｄは、利用者の指定した出力
形式に従って、部分配列に関する部分配列情報とスライ
ドサーチによる分析結果とを用いて作成した情報であ
る。

【００８０】また、図２において、通信制御インターフ
ェース部１０４は、配列情報処理装置１００とネットワ
ーク３００（またはルータ等の通信装置）との間におけ
る通信制御を行う。すなわち、通信制御インターフェー
ス部１０４は、他の端末と通信回線を介してデータを通
信する機能を有する。

【００８１】また、図２において、入出力制御インター
フェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４
の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニ
タ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いること
ができる（なお、以下においては出力装置をモニタとし
て記載する）。また、入力装置１１２としては、キーボ
ード、マウス、および、マイク等を用いることができ
る。また、モニタも、マウスと協働してポインティング
デバイス機能を実現する。

【００８２】また、図２において、制御部１０２は、Ｏ
Ｓ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プロ
グラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、およ
び所要データを格納するための内部メモリを有し、これ
らのプログラム等により、種々の処理を実行するための
情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、スラ
イドサーチ実行部１０２ａ、および、テーブル作成部１
０２ｂを備えて構成されている。

【００８３】このうち、スライドサーチ実行部１０２ａ
は、ターゲット配列の先頭から利用者が指定した長さの
部分配列に分割し、この部分配列を母集団の配列情報か
ら検索していくことにより、ターゲット配列について各
種の分析を行う手段である。また、テーブル作成部１０
２ｂは、スライドサーチの分析結果を、利用者が予め指
定したパラメータ等により定められた出力形式に従って
関連情報等と一緒にテーブル形式にまとめる手段であ
る。なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細に
ついては、後述する。

【００８４】ここで、図３は、スライドサーチ実行部１
０２ａの構成の一例を示すブロック図であり、該構成の
うち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
スライドサーチ実行部１０２ａは、概略的に、サーチ条
件設定部１０２ｃ、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）
実行部１０２ｄ、および、ミューテーションスライドサ
ーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅを備えて構成されてい
る。

【００８５】このうち、サーチ条件設定部１０２ｃは、
利用者にスライドサーチの各種の条件を設定させる手段
であって、インハウスデータベース１０６ｂに格納され
た配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させる
ターゲット配列選択手段、蛋白質集合（ＰＳ）データベ
ース１０６ａに格納された配列情報のうち検索の対象と
なる母集団の配列情報を利用者に選択させる母集団選択
手段、部分配列の長さを利用者に指定させる手段、およ
び、後述するシンプルスライドサーチを行うか、または
ミューテーションスライドサーチを行うかを利用者に選
択させる手段などとして機能する。

【００８６】また、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）
実行部１０２ｄは、後述するシンプルスライドサーチを
実行する手段である。また、ミューテーションスライド
サーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、後述する対象範囲
を部分配列のミュータントまで拡大して検索するミュー
テーションスライドサーチを実行する手段である。

【００８７】ここで、図４は、シンプルスライドサーチ
（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの構成の一例を示すブロック
図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概
念的に示している。シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）
実行部１０２ｄは、概略的に、オリゴペプチド配列作成
部１０２ｋ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索
部１０２ｍ、および、分析結果作成部１０２ｎを備えて
構成されている。

【００８８】このうち、オリゴペプチド配列作成部１０
２ｋは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分
配列に分割する配列分割手段である。また、蛋白質集合
データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｍは、オリゴペ
プチド配列作成部１０２ｋにより分割された部分配列を
蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａから抽出した
母集団から検索する検索手段である。また、分析結果作
成部１０２ｎは、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋに
よる検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結
果を作成する分析結果情報作成手段である。

【００８９】ここで、図５は、ミューテーションスライ
ドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅの構成の一例を示す
ブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分
のみを概念的に示している。ミューテーションスライド
サーチ（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、概略的に、オリゴ
ペプチド配列作成部１０２ｐ、ミューテーションテーブ
ル検索部１０２ｑ、蛋白質集合データベース（ＰＳＤ
Ｂ）検索部１０２ｒ、および、分析結果作成部１０２ｓ
を備えて構成されている。

【００９０】このうち、オリゴペプチド配列作成部１０
２ｐは、ターゲット配列を利用者が指定した長さの部分
配列に分割する配列分割手段である。また、ミューテー
ションテーブル検索部１０２ｑは、部分配列のミュータ
ントをミューテーションテーブル１０６ｃから取得する
手段である。また、蛋白質集合データベース（ＰＳＤ
Ｂ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列作成部１０
２ｐにより分割された部分配列を蛋白質集合（ＰＳ）デ
ータベース１０６ａから抽出した母集団から検索する検
索手段である。また、分析結果作成部１０２ｓは、蛋白
質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部１０２ｒによる
検索結果に基づいてターゲット配列に関する分析結果を
作成する分析結果情報作成手段である。

【００９１】ここで、図６は、テーブル作成部１０２ｂ
の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本
発明に関係する部分のみを概念的に示している。テーブ
ル作成部１０２ｂは、概略的に、パラメータ設定部１０
２ｆ、列データ作成部１０２ｇ、外部分析プログラム実
行部１０２ｈ、テーブル整形部１０２ｉ、および、出力
形式変換部１０２ｊを備えて構成されている。

【００９２】このうち、パラメータ設定部１０２ｆは、
出力するテーブルの各種パラメータを利用者に設定させ
るパラメータ設定手段である。また、列データ作成部１
０２ｇは、利用者が設定したパラメータに従って部分配
列に関する部分配列情報とスライドサーチの分析結果情
報とからテーブルの列データを作成する列データ作成手
段である。また、外部分析プログラム実行部１０２ｈ
は、分析結果情報に基づいて外部プログラム（例えば、
ホモロジー検索やモチーフ検索など）を実行してその実
行結果を分析結果情報に追加する外部分析プログラム実
行手段である。

【００９３】また、テーブル整形部１０２ｉは、利用者
の指定したパラメータに従って、部分配列情報と分析結
果情報とをテーブル形式に整形するテーブル整形手段で
ある。また、出力形式変換部１０２ｊは、テーブル整形
部１０２ｉにより整形されたテーブルのデータを利用者
が指定した表示用データの記述言語（例えば、ＳＧＭ
Ｌ、ＨＴＭＬ、ＸＭＬ、オリジナル記述言語等）に変換
する出力形式変換手段である。

【００９４】［本システムの処理］次に、このように構
成された本実施の形態における本システムの処理の一例
について、以下に図７〜図１３を参照して詳細に説明す
る。

【００９５】［スライドサーチ処理］次に、スライドサ
ーチ処理の詳細について図７〜図９に示すフローチャー
トおよび図１３〜図１８に示す表示画面図等を参照して
説明する。図７は、本実施形態における本システムのス
ライドサーチ処理の一例を示すフローチャートである。

【００９６】まず、配列情報処理装置１００は、サーチ
条件設定部１０２ｃの処理により、利用者にスライドサ
ーチの各種の条件や、スライドサーチの分析結果などを
表示するテーブルの表示条件などを設定させる（ステッ
プＳＢ−１）。

【００９７】ここで、図１３は、サーチ条件設定部１０
２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるテーブル
・パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１３に
示すように、テーブル・パラメータ設定画面は、テーブ
ル名の入力領域ＭＡ−１、ターゲット蛋白質のデータベ
ース名や蛋白質名の入力領域ＭＡ−２、オリゴペプチド
長の入力領域ＭＡ−３、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−
４、テーブルの列数の入力領域ＭＡ−５等を含んで構成
される。

【００９８】利用者がテーブル・パラメータ設定画面を
用いて、入力装置１１２を用いてＭＡ−１からＭＡ−５
の各項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２
ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納する。

【００９９】なお、オリゴペプチド長の入力領域ＭＡ−
２に入力される部分配列の長さは、好ましくは２〜１０
であり、さらに好適な長さは４〜７であり、その中で特
に好適な長さは４または５である。

【０１００】また、ヘッダ行数の入力領域ＭＡ−４に利
用者がヘッダ行数を入力すると、サーチ条件設定部１０
２ｃは、図１３に示すように入力されたヘッダ行数分の
ヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタン（図中の「ヘ
ッダ行１」、「ヘッダ行２」が対応する）を表示する。
利用者が、当該ヘッダ・パラメータ設定画面リンクボタ
ンを入力装置１１２を用いて選択すると、サーチ条件設
定部１０２ｃは、図１７に示すヘッダ・パラメータ設定
画面を出力装置１１４に表示する。

【０１０１】ここで、図１７は、サーチ条件設定部１０
２ｃの処理により出力装置１１４に出力されるヘッダ・
パラメータ設定画面の一例を示す図である。図１７に示
すように、ヘッダ・パラメータ設定画面は、ヘッダ行の
行数および総列数の表示領域ＭＥ−１、および、開始列
数と終了列数と表示項目とから構成されるヘッダフォー
マット情報の入力領域ＭＥ−２等を含んで構成される。
ヘッダフォーマット情報入力領域ＭＥ−２に利用者が終
了列数を設定すると、サーチ条件設定部１０２ｃは次の
列の開始列数を自動的に表示する。

【０１０２】利用者がヘッダ・パラメータ設定画面を用
いて、入力装置１１２を用いてヘッダフォーマット情報
入力領域ＭＥ−２の各項目の入力を完了すると、サーチ
条件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格
納する。

【０１０３】再び図１３に戻り、列数の入力領域ＭＡ−
５に利用者がテーブルの列数を入力すると、サーチ条件
設定部１０２ｃは、図１３に示すように列数分の列パラ
メータ設定画面リンクボタン（図中の「列１」から「列
１４」が対応する）を表示する。利用者が、当該列パラ
メータ設定画面リンクボタンを入力装置１１２を用いて
選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１４に示
す列パラメータ設定画面（１）を出力装置１１４に表示
する。

【０１０４】ここで、図１４は、サーチ条件設定部１０
２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメ
ータ設定画面（１）の一例を示す図である。図１４に示
すように、列パラメータ設定画面（１）は、オリゴペプ
チドをテーブルの列に表示することを選択するための選
択ボタンＭＢ−１、外部分析プログラムの実行結果をテ
ーブルの列に表示することを選択するための選択ボタン
ＭＢ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力す
るためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＢ−３、スライ
ドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示すること
を選択するための選択ボタンＭＢ−４等を含んで構成さ
れる。

【０１０５】ＭＢ−４において利用者がスライドサーチ
結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１
４に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳ
Ｓ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５、検索対象母
集団名の入力領域ＭＢ−６、表示情報の選択領域ＭＢ−
７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示する
か、または、図形形式（グラフなど）で表示するかをさ
らに選択する）、蛋白質名、オリゴペプチドの抽出件数
（数字形式で表示するか、または、図形形式（グラフな
ど）で表示するかをさらに選択する）、オリゴペプチド
がある蛋白質名とその位置など）、テーブルに情報を表
示する際の制約を設定する制約パラメータ設定画面に移
行するための制約パラメータ設定画面リンクボタンＭＢ
−８などを自動的に表示する。

【０１０６】また、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、Ｍ
ＳＳ）を選択するための選択ボタンＭＢ−５において、
利用者がミューテーション（ＭＳＳ）を選択した場合に
は、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１５に示す列パラ
メータ設定画面（２）を表示する。

【０１０７】ここで、図１５は、サーチ条件設定部１０
２ｃの処理により出力装置１１４に出力される列パラメ
ータ設定画面（２）の一例を示す図である。図１５に示
すように、列パラメータ設定画面（２）は、オリゴペプ
チドをテーブルの列に表示することを選択するための選
択ボタンＭＣ−１、外部分析プログラムの実行結果をテ
ーブルの列に表示することを選択するための選択ボタン
ＭＣ−２、外部分析プログラムのアドレスなどを入力す
るためのＨＴＭＬリンク情報入力領域ＭＣ−３、スライ
ドサーチの分析結果情報をテーブルの列に表示すること
を選択するための選択ボタンＭＣ−４等を含んで構成さ
れる。

【０１０８】ＭＣ−４において利用者がスライドサーチ
結果を選択すると、サーチ条件設定部１０２ｃは、図１
５に示すように、スライドサーチの種別（ＳＳＳ、ＭＳ
Ｓ）を選択するための選択ボタンＭＣ−５、検索対象母
集団名の入力領域ＭＣ−６、表示情報の選択領域ＭＣ−
７（例えば、蛋白質の抽出件数（数字形式で表示するか
または図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴペ
プチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集計
するかなどをさらに選択する）、ミュータント名、蛋白
質名、オリゴペプチドの抽出件数（数字形式で表示する
かまたは図形形式（グラフなど）で表示するか、オリゴ
ペプチド単位で集計するかまたはミュータント単位で集
計するかなどをさらに選択する）、オリゴペプチドのミ
ュータント配列、オリゴペプチドがある蛋白質名とその
蛋白質のアミノ酸配列の先頭からの位置など）、テーブ
ルに情報を表示する際の制約を設定する制約パラメータ
設定画面に移行するための制約パラメータ設定画面リン
クボタンＭＣ−８などを自動的に表示する。

【０１０９】利用者が列パラメータ設定画面（１）また
は列パラメータ設定画面（２）を用いて、入力装置１１
２を用いて各項目の入力や選択を完了すると、サーチ条
件設定部１０２ｃは当該入力情報を記憶部１０６に格納
する。

【０１１０】また、利用者が列パラメータ設定画面
（１）または列パラメータ設定画面（２）を用いて、入
力装置１１２を用いて制約パラメータ設定画面リンクボ
タンＭＢ−８またはＭＣ−８を選択すると、サーチ条件
設定部１０２ｃは、図１６に示す制約パラメータ設定画
面を表示する。

【０１１１】ここで、図１６は、サーチ条件設定部１０
２ｃの処理により出力装置１１４に出力される制約パラ
メータ設定画面の一例を示す図である。図１６に示すよ
うに、制約パラメータ設定画面は、検索結果の件数の上
限数やミュータントの個数の上限数を入力するための入
力領域ＭＤ−１、ターゲット蛋白質内で無視するオリゴ
ペプチドと開始位置の入力領域ＭＤ−２、検索結果内で
無視するミュータントや蛋白質や蛋白質と開始位置の入
力領域ＭＤ−３、外部分析プログラムの入力領域ＭＤ−
４等を含んで構成される。

【０１１２】利用者が制約パラメータ設定画面を用い
て、入力装置１１２を用いてＭＤ−１からＭＤ−４の各
項目の入力を完了すると、サーチ条件設定部１０２ｃは
当該入力情報を記憶部１０６に格納する。

【０１１３】ついで、スライドサーチ実行部１０２ａ
は、インハウスデータベース１０６ｂにアクセスして利
用者が指定したターゲット配列を取得する（ステップＳ
Ｂ−２）。

【０１１４】ついで、スライドサーチ実行部１０２ａ
は、蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａにアクセ
スして利用者が指定した母集団の条件に合致する配列情
報を抽出して母集団を作成する（ステップＳＢ−３）。

【０１１５】ついで、スライドサーチ実行部１０２ａ
は、利用者が指定したサーチ種別を判定し（ステップＳ
Ｂ−４）、サーチ種別がＳＳＳの場合には、シンプルス
ライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０２ｄの処理により、
後述するＳＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ−５）。

【０１１６】一方、サーチ種別がＭＳＳの場合には、ミ
ューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実行部１０２
ｅの処理により、ミューテーションテーブル１０６ｃを
参照して後述するＭＳＳ処理を実行する（ステップＳＢ
−６）。

【０１１７】そして、スライドサーチ実行部１０２ａ
は、ＳＳＳまたはＭＳＳの分析結果情報を記憶部１０６
に格納する（ステップＳＢ−７）。これにて、スライド
サーチ処理が終了する。

【０１１８】［シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処
理］次に、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理の詳
細について図８を参照して説明する。図８は、本実施形
態における本システムのシンプルスライドサーチ（ＳＳ
Ｓ）処理の一例を示すフローチャートである。

【０１１９】まず、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）
実行部１０２ｄは、ターゲット配列の先頭からの位置を
示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳＣ−１）。

【０１２０】次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｋ
は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め
利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配
列）を取得する（ステップＳＣ−２）。

【０１２１】ここで、図１１は、ターゲット配列（アミ
ノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部
分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を
示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたア
ミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の
名称の一覧を示す図である。

【０１２２】ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤ
Ｂ）検索部１０２ｍは、オリゴペプチド配列を母集団か
ら検索して（ステップＳＣ−３）、母集団の中にオリゴ
ペプチド配列が存在する場合には（ステップＳＣ−
４）、ｉと、検索に用いたオリゴペプチド配列と、母集
団中に存在した個数と、当該オリゴペプチド配列が存在
した蛋白質名とを検索結果情報として抽出して記憶部１
０６に格納する（ステップＳＣ−５）。

【０１２３】ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳ
Ｓ）実行部１０２ｄは、ｉに１を加算してインクリメン
トする（ステップＳＣ−６）。

【０１２４】ついで、シンプルスライドサーチ（ＳＳ
Ｓ）実行部１０２ｄは、ターゲット配列の最後であるか
判断して（ステップＳＣ−７）、最後ではない場合には
ステップＳＣ−２に処理を戻す。

【０１２５】一方、ターゲット配列の最後である場合に
は、分析結果作成部１０２ｎは、全ての部分配列情報に
関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する
分析結果情報を作成する（ステップＳＣ−８）。これに
て、シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）処理が終了す
る。

【０１２６】［ミューテーションスライドサーチ（ＭＳ
Ｓ）処理］次に、ミューテーションスライドサーチ（Ｍ
ＳＳ）処理の詳細について図９を参照して説明する。図
９は、本実施形態における本システムのミューテーショ
ンスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフローチ
ャートである。

【０１２７】まず、ミューテーションスライドサーチ
（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の先頭か
らの位置を示す情報（ｉ）に１を設定する（ステップＳ
Ｄ−１）。

【０１２８】次に、オリゴペプチド配列作成部１０２ｐ
は、ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目から予め
利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチド配
列）を取得する（ステップＳＤ−２）。

【０１２９】ここで、図１１は、ターゲット配列（アミ
ノ酸配列）のｉ番目から予め利用者が設定した長さの部
分配列（オリゴペプチド配列）を取得する場合の一例を
示した概念図であり、図１２は、図１１で用いられたア
ミノ酸の１文字記号に対応する３文字記号とアミノ酸の
名称の一覧を示す図である。

【０１３０】ついで、ミューテーションテーブル検索部
１０２ｑは、オリゴペプチド配列に基づいてミューテー
ションテーブル１０６ｃにアクセスして当該オリゴペプ
チド配列に対応するミュータントの配列を取得する（ス
テップＳＤ−３）。

【０１３１】ついで、蛋白質集合データベース（ＰＳＤ
Ｂ）検索部１０２ｒは、オリゴペプチド配列およびその
ミュータントを母集団から検索して（ステップＳＤ−
４）、母集団の中にオリゴペプチド配列またはミュータ
ントが存在する場合には（ステップＳＤ−５）、ｉと、
検索に用いたオリゴペプチドまたはミュータントの配列
と、母集団中に存在した個数と、当該オリゴペプチドま
たはミュータントの配列が存在した蛋白質名とを検索結
果情報として抽出して記憶部１０６に格納する（ステッ
プＳＤ−６）。

【０１３２】ついで、ミューテーションスライドサーチ
（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ｉに１を加算してインク
リメントする（ステップＳＤ−７）。

【０１３３】ついで、ミューテーションスライドサーチ
（ＭＳＳ）実行部１０２ｅは、ターゲット配列の最後で
あるか判断して（ステップＳＤ−８）、最後ではない場
合にはステップＳＤ−２に処理を戻す。

【０１３４】一方、ターゲット配列の最後である場合に
は、分析結果作成部１０２ｓは、全ての部分配列情報に
関する検索結果情報を集計してターゲット配列に関する
分析結果情報を作成する（ステップＳＤ−９）。これに
て、ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）処理が
終了する。

【０１３５】［テーブル作成処理］次に、テーブル作成
処理の詳細について図１０を参照して説明する。図１０
は、本実施形態における本システムのテーブル作成処理
の一例を示すフローチャートである。

【０１３６】まず、パラメータ設定部１０２ｆは、記憶
部１０６を参照して、利用者が予め設定したテーブルの
各種パラメータを取得する（ステップＳＥ−１）。すな
わち、上述した図１３から図１７の各種のパラメータ設
定画面などを用いて利用者が設定したパラメータを記憶
部１０６を参照して取得する。

【０１３７】ついで、テーブル作成部１０２ｂは、記憶
部１０６に格納されたスライドサーチ実行部１０２ａに
よるスライドサーチ処理の分析結果情報を取得する（ス
テップＳＥ−２）。

【０１３８】ついで、列データ作成部１０２ｇは、利用
者が設定したテーブルのパラメータに従って、分析結果
情報の各項目についてテーブルの列データを作成する。
まず、列データ作成部１０２ｇは、列ごとに外部分析プ
ログラムの呼び出しを指定しているかを判定する（ステ
ップＳＥ−３）。

【０１３９】ステップＳＥ−３において、外部分析プロ
グラムの実行を選択していない場合には、スライドサー
チの分析結果に基づいて列データを作成する（ステップ
ＳＥ−４）。

【０１４０】一方、ステップＳＥ−３において、外部分
析プログラム（例えば、ホモロジー検索、モチーフ検索
等）の実行を選択した場合には、列データ作成部１０２
ｇは、ＨＴＭＬリンク情報で指定された外部システム２
００に対してコマンドや引数等を通信制御インターフェ
ース部１０４を介して送信して、外部分析プログラムの
実行を依頼し、外部システム２００からその実行結果を
受信する（ステップＳＥ−５）。

【０１４１】そして、列データ作成部１０２ｇは、外部
分析プログラムの実行結果およびスライドサーチの分析
結果に基づいて列データを作成する（ステップＳＥ−
６）。

【０１４２】全ての列について、列データの作成と外部
分析プログラムの実行が完了した後、テーブル整形部１
０２ｉの処理により、外部分析プログラムの実行結果等
について見易い形式に整形したり、表示されるテーブル
の列数や行数について整形処理を行ったりした後（ステ
ップＳＥ−７）、出力形式変換部１０２ｊの処理によ
り、既存の変換技術を用いて利用者が設定したテーブル
の表示用データの記述言語（例えばＨＴＭＬやＸＭＬな
ど）に変換する（ステップＳＥ−８）。

【０１４３】ついで、出力形式変換部１０２ｊは、作成
したテーブルの表示用データを記憶部１０６に格納し
（ステップＳＥ−９）、所望のタイミングで出力装置１
１４に送信して出力する。

【０１４４】図１８は、配列情報処理装置１００の出力
装置１１４に出力されたテーブルの一例を示す図であ
る。図１８に示すように、テーブルは、ヘッダの出力領
域ＭＦ−１と、そのヘッダに対応する上述した列データ
とを含んで構成される。

【０１４５】図１８の例では、ヘッダは、先頭からの位
置ＭＦ−２、ターゲット配列の部分配列であるオリゴペ
プチド配列ＭＦ−３、母集団における抽出件数およびそ
の件数の図形表示ＭＦ−４、ミュータント配列ＭＦ−
５、抽出した蛋白質名ＭＦ−６、母集団抽出の条件ＭＦ
−７、および、サーチ種別ＭＦ−８を含んで構成され
る。

【０１４６】また、蛋白質名は、関連するウェブサイト
のＷＷＷリンク情報が埋め込まれており、利用者が当該
蛋白質名をクリックすると既存のＷＷＷのハイパーリン
ク構造のウェブページ表示技術を用いてそのウェブサイ
トの情報を表示させることができる（ＭＦ−９）。

【０１４７】また、利用者が設定した抽出件数の上限値
を超える場合には、膨大な量の情報を表示しないように
制御することができる（ＭＦ−１０）。これにて、テー
ブル作成処理が終了する。

【０１４８】［他の実施の形態］さて、これまで本発明
の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した
実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技
術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて
実施されてよいものである。

【０１４９】例えば、テーブル・パラメータ設定画面や
列パラメータ設定画面やヘッダ・パラメータ設定画面や
制約パラメータ設定画面などで利用者が入力する各種の
情報は、スクリプト言語などによりプログラム形式で指
定することにより情報の定義および設定を行ってもよ
い。

【０１５０】また、実施形態において説明した各処理の
うち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全
部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手
動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または
一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。

【０１５１】この他、上記文書中や図面中で示した処理
手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索
条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース
構成については、特記する場合を除いて任意に変更する
ことができる。

【０１５２】また、配列情報処理装置１００に関して、
図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも
物理的に図示の如く構成されていることを要しない。

【０１５３】例えば、配列情報処理装置１００の各サー
バが備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる
各処理機能については、その全部または任意の一部を、
ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎ
ｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラム
にて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジッ
クによるハードウェアとして実現することも可能であ
る。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録され
ており、必要に応じて配列情報処理装置１００に機械的
に読み取られる。

【０１５４】記憶部１０６に格納される各種のデータベ
ース等（蛋白質集合（ＰＳ）データベース１０６ａ〜テ
ーブル１０６ｄ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、
ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルデ
ィスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処
理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテー
ブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイ
ル等を格納する。

【０１５５】また、配列情報処理装置１００は、既知の
パーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報
処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメー
ジスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本
発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、デ
ータ等を含む）を実装することにより実現してもよい。

【０１５６】さらに、配列情報処理装置１００の分散・
統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部ま
たは一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能
的または物理的に分散・統合して構成することができ
る。例えば、各データベースを独立したデータベース装
置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣ
ＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ Ｇａｔｅｗａｙ Ｉｎｔｅｒｆａ
ｃｅ）を用いて実現してもよい。

【０１５７】また、本発明にかかるプログラムを、コン
ピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもでき
る。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディ
スク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲ
ＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用
の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵され
るＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒
体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代
表されるネットワークを介してプログラムを送信する場
合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保
持する「通信媒体」を含むものとする。

【０１５８】また、「プログラム」とは、任意の言語や
記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソース
コードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、
「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限
られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成
されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅ
ｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能
を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各
装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、
読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手
順等については、周知の構成や手順を用いることができ
る。

【０１５９】また、ネットワーク３００は、配列情報処
理装置１００と外部システム２００とを相互に接続する
機能を有し、例えば、インターネットや、イントラネッ
トや、ＬＡＮ（有線／無線の双方を含む）や、ＶＡＮ
や、パソコン通信網や、公衆電話網（アナログ／デジタ
ルの双方を含む）や、専用回線網（アナログ／デジタル
の双方を含む）や、ＣＡＴＶ網や、ＩＭＴ２０００方
式、ＧＳＭ方式またはＰＤＣ／ＰＤＣ―Ｐ方式等の携帯
回線交換網／携帯パケット交換網や、無線呼出網や、Ｂ
ｌｕｅｔｏｏｔｈ等の局所無線網や、ＰＨＳ網や、Ｃ
Ｓ、ＢＳまたはＩＳＤＢ等の衛星通信網等のうちいずれ
かを含んでもよい。すなわち、本システムは、有線・無
線を問わず任意のネットワークを介して、各種データを
送受信することができる。

【０１６０】

【発明の効果】以上詳細に説明したように、本発明によ
れば、塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配列情報に
関連する配列関連情報とを対応付けて格納し、格納され
た配列情報のうち利用者にターゲット配列を選択させ、
格納された配列情報のうち検索の対象となる母集団の配
列情報を利用者に選択させ、選択されたターゲット配列
を利用者が指定した長さの部分配列に分割し、分割され
た部分配列を母集団から検索し、検索結果情報からター
ゲット配列に関する分析結果情報を作成し、利用者の設
定したパラメータに従って、部分配列に関する部分配列
情報と分析結果情報とをテーブル形式で出力するので、
処理結果として表示される配列情報とその分析情報の取
捨選択を、利用者が容易に設定し、その設定を保存し、
また後からその設定を再利用することができる配列情報
処理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記
録媒体を提供することができる。

【０１６１】また、本発明によれば、配列情報と、当該
配列情報が変異する可能性があるミュータント配列に関
するミュータント配列情報とを対応付けて格納し、分割
された部分配列に対するミュータント配列情報を、格納
されたミュータント配列情報から検索し、検索された部
分配列に対するミュータント配列情報を母集団から検索
するので、検索対象の部分配列のミュータントにまで検
索範囲を拡張することができ、より有益な生物学情報の
解析に利用することができる配列情報処理装置、配列情
報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供する
ことができる。

【０１６２】また、本発明によれば、配列関連情報は、
当該配列の名称、由来する生物名、対応する蛋白質の名
称、蛋白質の機能、および／または、関連データベース
のアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含むの
で、これらの項目をターゲット配列に関する分析情報と
して利用することができる配列情報処理装置、配列情報
処理方法、プログラム、および、記録媒体を提供するこ
とができる。

【０１６３】また、本発明によれば、母集団は、特定の
性質を備える蛋白質に関する配列情報を収集して作成す
るので、分析情報として抽出する必要のある蛋白質を限
定することができ、検索時間を短縮化できる配列情報処
理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録
媒体を提供することができる。また、本発明によれば、
母集団に対して別のターゲット配列で分析することがで
きる配列情報処理装置、配列情報処理方法、プログラ
ム、および、記録媒体を提供することができる。

【０１６４】また、本発明によれば、部分配列の長さは
４〜７であるので、生物学的に有効なデータを適切なコ
ンピュータの演算時間で集計できる配列情報処理装置、
配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体を提
供することができる。

【０１６５】また、本発明によれば、部分配列情報は、
ターゲット配列の先頭からの位置、および／または、部
分配列のうち少なくとも一つに関する情報を含むので、
部分配列とその位置を任意に表示できる配列情報処理装
置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録媒体
を提供することができる。

【０１６６】また、本発明によれば、分析結果情報は、
部分配列毎に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュー
タント配列情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の
由来する生物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名
称、抽出した配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実
行結果、および／または、抽出した配列の関連データベ
ースのアドレスのうち少なくとも一つに関する情報を含
むので、これらの各項目を任意に表示できる配列情報処
理装置、配列情報処理方法、プログラム、および、記録
媒体を提供することができる。

【０１６７】また、本発明によれば、パラメータは、分
析結果情報に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数
のうち出力する際の上限数、分析結果情報の各情報の図
形表示可否、テーブルのヘッダのフォーマット、および
／または、テーブルの表示用データの記述言語のうち少
なくとも一つに関する情報を含むので、これらの各項目
を任意に表示できる配列情報処理装置、配列情報処理方
法、プログラム、および、記録媒体を提供することがで
きる。

【図面の簡単な説明】

【図１】本システムの基本原理の一例を示す原理構成図
である。

【図２】本発明が適用される本システムの構成の一例を
示すブロック図である。

【図３】スライドサーチ実行部１０２ａの構成の一例を
示すブロック図である。

【図４】シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部１０
２ｄの構成の一例を示すブロック図である。

【図５】ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）実
行部１０２ｅの構成の一例を示すブロック図である。

【図６】テーブル作成部１０２ｂの構成の一例を示すブ
ロック図である。

【図７】本実施形態における本システムのスライドサー
チ処理の一例を示すフローチャートである。

【図８】本実施形態における本システムのシンプルスラ
イドサーチ（ＳＳＳ）処理の一例を示すフローチャート
である。

【図９】本実施形態における本システムのミューテーシ
ョンスライドサーチ（ＭＳＳ）処理の一例を示すフロー
チャートである。

【図１０】本実施形態における本システムのテーブル作
成処理の一例を示すフローチャートである。

【図１１】ターゲット配列（アミノ酸配列）のｉ番目か
ら予め利用者が設定した長さの部分配列（オリゴペプチ
ド配列）を取得する場合の一例を示した概念図である。

【図１２】図１１で用いられたアミノ酸の１文字記号に
対応する３文字記号とアミノ酸の名称の一覧を示す図で
ある。

【図１３】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力
装置１１４に出力されるテーブル・パラメータ設定画面
の一例を示す図である。

【図１４】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力
装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（１）の
一例を示す図である。

【図１５】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力
装置１１４に出力される列パラメータ設定画面（２）の
一例を示す図である。

【図１６】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力
装置１１４に出力される制約パラメータ設定画面の一例
を示す図である。

【図１７】サーチ条件設定部１０２ｃの処理により出力
装置１１４に出力されるヘッダ・パラメータ設定画面の
一例を示す図である。

【図１８】配列情報処理装置１００の出力装置１１４に
出力されたテーブルの一例を示す図である。

【符号の説明】

１００ 配列情報処理装置 １０２ 制御部 １０２ａ スライドサーチ実行部 １０２ｂ テーブル作成部 １０２ｃ サーチ条件設定部 １０２ｄ シンプルスライドサーチ（ＳＳＳ）実行部 １０２ｅ ミューテーションスライドサーチ（ＭＳＳ）
実行部 １０２ｆ パラメータ設定部 １０２ｇ 列データ作成部 １０２ｈ 外部分析プログラム実行部 １０２ｉ テーブル整形部 １０２ｊ 出力形式変換部 １０２ｋ オリゴペプチド配列作成部 １０２ｍ 蛋白質集合データベース（ＰＳＤＢ）検索部 １０２ｎ 分析結果作成部 １０２ｐ オリゴペプチド配列作成部 １０２ｑ ミューテーションテーブル検索部 １０４ 通信制御インターフェース部 １０６ 記憶部 １０６ａ 蛋白質集合（ＰＳ）データベース １０６ｂ インハウスデータベース １０６ｃ ミューテーションテーブル １０６ｄ テーブル １０８ 入出力制御インターフェース部 １１２ 入力装置 １１４ 出力装置 ２００ 外部システム ３００ ネットワーク

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 土居 洋文 千葉県千葉市美浜区中瀬１丁目３番地 幕 張テクノガーデンＤ17 セレスター・レキ シコ・サイエンシズ株式会社内 Ｆターム(参考） 4B024 AA11 AA20 CA04 HA11 HA19 5B075 ND02 NS10 PP03 PP12 PQ02 PQ15 UU19

Claims (25)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配
   列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納する
   配列情報格納手段と、 上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報の
   うち利用者にターゲット配列を選択させるターゲット配
   列選択手段と、 上記配列情報格納手段により格納された上記配列情報の
   うち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用者に
   選択させる母集団選択手段と、 上記ターゲット配列選択手段により選択された上記ター
   ゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列に分
   割する配列分割手段と、 上記配列分割手段にて分割された上記部分配列を上記母
   集団から検索する検索手段と、 上記検索手段の検索結果情報から上記ターゲット配列に
   関する分析結果情報を作成する分析結果情報作成手段
   と、 上記利用者の設定したパラメータに従って、上記部分配
   列に関する部分配列情報と上記分析結果情報とをテーブ
   ル形式で出力するテーブル出力手段と、 を備えたことを特徴とする配列情報処理装置。
2. 【請求項２】 上記配列情報と、当該配列情報が変異す
   る可能性があるミュータント配列に関するミュータント
   配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情報
   格納手段と、 上記配列分割手段にて分割された上記部分配列に対する
   ミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情報格
   納手段にて格納された上記ミュータント配列情報から検
   索するミュータント配列検索手段と、 をさらに備え、 上記検索手段は、上記ミュータント配列検索手段にて検
   索された上記部分配列に対する上記ミュータント配列情
   報を上記母集団から検索することを特徴とする請求項１
   に記載の配列情報処理装置。
3. 【請求項３】 上記配列関連情報は、当該配列の名称、
   由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の機
   能、および／または、関連データベースのアドレスのう
   ち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする
   請求項１または２に記載の配列情報処理装置。
4. 【請求項４】 上記母集団は、特定の性質を備える蛋白
   質に関する配列情報を収集して作成することを特徴とす
   る請求項１から３のいずれか一つに記載の配列情報処理
   装置。
5. 【請求項５】 上記部分配列の長さは４〜７であること
   を特徴とする請求項１から４のいずれか一つに記載の配
   列情報処理装置。
6. 【請求項６】 上記部分配列情報は、上記ターゲット配
   列の先頭からの位置、および／または、部分配列のうち
   少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする請
   求項１から５のいずれか一つに記載の配列情報処理装
   置。
7. 【請求項７】 上記分析結果情報は、上記部分配列毎
   に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列
   情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生
   物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した
   配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、およ
   び／または、抽出した配列の関連データベースのアドレ
   スのうち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴
   とする請求項１から６のいずれか一つに記載の配列情報
   処理装置。
8. 【請求項８】 上記パラメータは、上記分析結果情報に
   含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力す
   る際の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形表示可
   否、上記テーブルのヘッダのフォーマット、および／ま
   たは、上記テーブルの表示用データの記述言語のうち少
   なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする請求
   項１から７のいずれか一つに記載の配列情報処理装置。
9. 【請求項９】 塩基またはアミノ酸の配列情報と当該配
   列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納する
   配列情報格納ステップと、 上記配列情報格納ステップにより格納された上記配列情
   報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲッ
   ト配列選択ステップと、 上記配列情報格納ステップにより格納された上記配列情
   報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用
   者に選択させる母集団選択ステップと、 上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記
   ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列
   に分割する配列分割ステップと、 上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列を上
   記母集団から検索する検索ステップと、 上記検索ステップの検索結果情報から上記ターゲット配
   列に関する分析結果情報を作成する分析結果情報作成ス
   テップと、 上記利用者の設定したパラメータに従って、上記部分配
   列に関する部分配列情報と上記分析結果情報とをテーブ
   ル形式で出力するテーブル出力ステップと、 を含むことを特徴とする配列情報処理方法。
10. 【請求項１０】 上記配列情報と、当該配列情報が変異
    する可能性があるミュータント配列に関するミュータン
    ト配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情
    報格納ステップと、 上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対
    するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情
    報格納ステップにて格納された上記ミュータント配列情
    報から検索するミュータント配列検索ステップと、 をさらに含み、 上記検索ステップは、上記ミュータント配列検索ステッ
    プにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータン
    ト配列情報を上記母集団から検索すること、 を特徴とする請求項９に記載の配列情報処理方法。
11. 【請求項１１】 上記配列関連情報は、当該配列の名
    称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の
    機能、および／または、関連データベースのアドレスの
    うち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とす
    る請求項９または１０に記載の配列情報処理方法。
12. 【請求項１２】 上記母集団は、特定の性質を備える蛋
    白質に関する配列情報を収集して作成することを特徴と
    する請求項９から１１のいずれか一つに記載の配列情報
    処理方法。
13. 【請求項１３】 上記部分配列の長さは４〜７であるこ
    とを特徴とする請求項９から１２のいずれか一つに記載
    の配列情報処理方法。
14. 【請求項１４】 上記部分配列情報は、上記ターゲット
    配列の先頭からの位置、および／または、部分配列のう
    ち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする
    請求項９から１３のいずれか一つに記載の配列情報処理
    方法。
15. 【請求項１５】 上記分析結果情報は、上記部分配列毎
    に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列
    情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生
    物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した
    配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、およ
    び／または、抽出した配列の関連データベースのアドレ
    スのうち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴
    とする請求項９から１４のいずれか一つに記載の配列情
    報処理方法。
16. 【請求項１６】 上記パラメータは、上記分析結果情報
    に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力
    する際の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形表示
    可否、上記テーブルのヘッダのフォーマット、および／
    または、上記テーブルの表示用データの記述言語のうち
    少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする請
    求項９から１５のいずれか一つに記載の配列情報処理方
    法。
17. 【請求項１７】 塩基またはアミノ酸の配列情報と当該
    配列情報に関連する配列関連情報とを対応付けて格納す
    る配列情報格納ステップと、 上記配列情報格納ステップにより格納された上記配列情
    報のうち利用者にターゲット配列を選択させるターゲッ
    ト配列選択ステップと、 上記配列情報格納ステップにより格納された上記配列情
    報のうち検索の対象となる母集団の配列情報を上記利用
    者に選択させる母集団選択ステップと、 上記ターゲット配列選択ステップにより選択された上記
    ターゲット配列を上記利用者が指定した長さの部分配列
    に分割する配列分割ステップと、 上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列を上
    記母集団から検索する検索ステップと、 上記検索ステップの検索結果情報から上記ターゲット配
    列に関する分析結果情報を作成する分析結果情報作成ス
    テップと、 上記利用者の設定したパラメータに従って、上記部分配
    列に関する部分配列情報と上記分析結果情報とをテーブ
    ル形式で出力するテーブル出力ステップと、を含むこと
    を特徴とする配列情報処理方法をコンピュータに実行さ
    せることを特徴とするプログラム。
18. 【請求項１８】 上記配列情報と、当該配列情報が変異
    する可能性があるミュータント配列に関するミュータン
    ト配列情報とを対応付けて格納するミュータント配列情
    報格納ステップと、 上記配列分割ステップにて分割された上記部分配列に対
    するミュータント配列情報を、上記ミュータント配列情
    報格納ステップにて格納された上記ミュータント配列情
    報から検索するミュータント配列検索ステップと、 をさらに含み、 上記検索ステップは、上記ミュータント配列検索ステッ
    プにて検索された上記部分配列に対する上記ミュータン
    ト配列情報を上記母集団から検索すること、 を特徴とする請求項１７に記載のプログラム。
19. 【請求項１９】 上記配列関連情報は、当該配列の名
    称、由来する生物名、対応する蛋白質の名称、蛋白質の
    機能、および／または、関連データベースのアドレスの
    うち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とす
    る請求項１７または１８に記載のプログラム。
20. 【請求項２０】 上記母集団は、特定の性質を備える蛋
    白質に関する配列情報を収集して作成することを特徴と
    する請求項１７から１８のいずれか一つに記載のプログ
    ラム。
21. 【請求項２１】 上記部分配列の長さは４〜７であるこ
    とを特徴とする請求項１７から２０のいずれか一つに記
    載のプログラム。
22. 【請求項２２】 上記部分配列情報は、上記ターゲット
    配列の先頭からの位置、および／または、部分配列のう
    ち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする
    請求項１７から２１のいずれか一つに記載のプログラ
    ム。
23. 【請求項２３】 上記分析結果情報は、上記部分配列毎
    に、抽出した件数、検索に用いた上記ミュータント配列
    情報、抽出した配列の名称、抽出した配列の由来する生
    物名、抽出した配列に対応する蛋白質の名称、抽出した
    配列の蛋白質の機能、外部プログラムの実行結果、およ
    び／または、抽出した配列の関連データベースのアドレ
    スのうち少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴
    とする請求項１７から２２のいずれか一つに記載のプロ
    グラム。
24. 【請求項２４】 上記パラメータは、上記分析結果情報
    に含まれる各情報の出力可否、抽出した件数のうち出力
    する際の上限数、上記分析結果情報の各情報の図形表示
    可否、上記テーブルのヘッダのフォーマット、および／
    または、上記テーブルの表示用データの記述言語のうち
    少なくとも一つに関する情報を含むことを特徴とする請
    求項１７から２３のいずれか一つに記載のプログラム。
25. 【請求項２５】 上記請求項１７〜２４のいずれか一つ
    に記載されたプログラムを記録したことを特徴とするコ
    ンピュータ読み取り可能な記録媒体。