JP3853836B1 - Dnaが有する標的塩基を判別する方法 - Google Patents
Dnaが有する標的塩基を判別する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP3853836B1 JP3853836B1 JP2006039785A JP2006039785A JP3853836B1 JP 3853836 B1 JP3853836 B1 JP 3853836B1 JP 2006039785 A JP2006039785 A JP 2006039785A JP 2006039785 A JP2006039785 A JP 2006039785A JP 3853836 B1 JP3853836 B1 JP 3853836B1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- base
- allele
- dna
- primer
- specific primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
【解決手段】3’末端塩基をSNP対応塩基とし、かつ3’末端から2番目の塩基はCとし、かつ3’末端から3番目の塩基はAかTかGのいずれかとし、かつ3’末端から4番目の塩基から5’末端の塩基までの塩基配列を、標的SNP塩基から3’側に対して三塩基隣の塩基から所望の塩基までの配列に対して完全に相補的に設計する。
【選択図】図2
Description
この方法は、
(1) A、T、G、およびCの4種類の塩基の中から前記標的塩基として予想される塩基と相補的な塩基を3’末端に有するアレル特異性プライマーをDNAに結合させてDNA伸長反応を生じさせるDNA伸長工程、および
(2) DNA伸長工程の効率を調べ、高効率であれば標的塩基は予想された塩基と同一であると判別され、低効率であれば標的塩基は予想された塩基とは異なると判別される判別工程
を有し、
DNAにおいて、標的塩基の3’末端側にすぐ隣接する塩基がAであり、もう一塩基隣の塩基がGであり、
アレル特異性プライマーの3’末端塩基が標的塩基であると予想される塩基と相補的であり、
アレル特異性プライマーの3’末端から2番目の塩基がCであり、
アレル特異性プライマーの3’末端から3番目の塩基がAかTかGのいずれかであり、かつ
前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基と5’末端の塩基との間の塩基配列が、前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基に対応する前記DNA側の塩基と前記アレル特異性プライマーの5’末端の塩基に対応する前記DNA側の塩基との間の塩基配列に相補的に結合する。
本実施の形態1では、本発明におけるアレル特異性プライマーの塩基種条件について図2を用いて説明する。
本実施の形態2では、本発明におけるアレル特異性プライマーを用いてプライマー伸長反応を行うことでSNPを判別する方法について説明する。
本実施の形態3では、本発明におけるアレル特異性プライマーを用いてPCRを行うことでSNPを判別する方法について説明する。
本実施の形態4では、本発明におけるアレル特異性プライマーを含むSNP判別用キットについて説明する。
本実施の形態5では、本発明におけるアレル特異性プライマーを含むSNP判別用キットについて説明する。
本発明のより具体的な実施例について以下に記す。
本実施例1では、本発明におけるアレル特異性プライマーを用いたプライマー伸長反応によってλDNA中の標的塩基種判別を行った。
5’−CCCGACCGACGATATCGAAGCACA−3’(λ−ACA:配列番号1)、
5’−CCCGACCGACGATATCGAAGCTCA−3’(λ−TCA:配列番号2)、および
5’−CCCGACCGACGATATCGAAGCGCA−3’(λ−GCA:配列番号3)
からなる三種類のプライマーを用いて行うこととした。
20μMの上記野生型λDNAあるいは変異型λDNA−6694−GC、
10μMのλ−ACAあるいはλ−TCAあるいはλ−GCAのいずれか、
0.5U/μLのTaKaRa Taq(タカラバイオ(株)製)、
10mMのTris−HCl(pH8.3)、
50mMのKCl、
1.5mMのMgCl2、
各0.25mMのdNTPs
を含む反応溶液10μLを調製した。
本比較例1では、上記実施例1の比較実験として、上記実施例1の野生型λDNAと変異型λDNA−6694−CGの一塩基の違いについて、以下のニ種類のプライマーを用いて判別を試みた。
5’−CCCGACCGACGATATCGAAGCAGA−3’(λ−AGA:配列番号6)、および
5’−CCCGACCGACGATATCGAAGCTAA−3’(λ−TAA:配列番号7)
の配列からなるニ種類のプライマーを用いて、実施例1と同様の実験を行った。
本実施例2では、本発明におけるアレル特異性プライマーを用いたPCR反応によってλDNA中の標的塩基種判別を行った。
5’−GACGATATCGAAGCCTACGCGACG−3’(λ−ACG:配列番号8)、
5’−GACGATATCGAAGCCTACGCGTCG−3’(λ−TCG:配列番号9)、および
5’−GACGATATCGAAGCCTACGCGGCG−3’(λ−GCG:配列番号10)
からなる三種類のプライマーをフォワードプライマーとして用いたPCR反応によって行うこととした。
Light Cycler−FastStart DNA Master SYBR Green Iキット(ロシュ・ダイアグノスティクス社製)の酵素ミクスチャーを2μL、
10μg/mLの上記野生型λDNAあるいは変異型λDNA−6701−AT、
1μMのλ−ACGあるいはλ−TCGあるいはλ−GCGのいずれか、
1μMの上記リバースプライマー、
1.6mMのMgCl2
を含む反応溶液20μLを調製した。
本比較例2では、上記実施例2の比較実験として、上記実施例2の野生型λDNAと変異型λDNA−6701−ATの一塩基の違いについて、以下のニ種類のプライマーを用いて判別を試みた。
5’−GACGATATCGAAGCCTACGCGAGG−3’(λ−AGG:配列番号15)および、
5’−GACGATATCGAAGCCTACGCGTAG−3’(λ−TAG:配列番号16)、の配列からなるニ種類のプライマーを用いて、実施例2と同様の実験を行った。
2:従来技術におけるテンプレートDNA
3:本発明におけるアレル特異性プライマー
4:本発明におけるテンプレートDNA
Claims (6)
- DNAが有する標的塩基を判別する方法であって、
前記方法は、
(1) A、T、G、およびCの4種類の塩基の中から前記標的塩基として予想される塩基と相補的な塩基を3’末端に有するアレル特異性プライマーを前記DNAに結合させてDNA伸長反応を生じさせるDNA伸長工程、および
(2) 前記DNA伸長工程の効率を調べ、高効率であれば前記標的塩基は前記予想された塩基と同一であると判別され、低効率であれば前記標的塩基は前記予想された塩基とは異なると判別される判別工程
を有し、
前記DNAにおいて、前記標的塩基の3’末端側にすぐ隣接する塩基がAであり、もう一塩基隣の塩基がGであり、
前記アレル特異性プライマーの3’末端塩基が前記標的塩基であると予想される塩基と相補的であり、
前記アレル特異性プライマーの3’末端から2番目の塩基がCであり、
前記アレル特異性プライマーの3’末端から3番目の塩基がAかTかGのいずれかであり、かつ
前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基と5’末端の塩基との間の塩基配列が、前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基に対応する前記DNA側の塩基と前記アレル特異性プライマーの5’末端の塩基に対応する前記DNA側の塩基との間の塩基配列に相補的に結合する、方法。 - 前記DNA伸長反応がプライマー伸長反応である、請求項1に記載の方法。
- 前記プライマー伸長反応により産生されるピロリン酸の濃度を調べることによって前記効率を調べる、請求項2に記載の方法。
- 前記ピロリン酸の濃度を発光強度として検出する、請求項3に記載の方法。
- 前記DNA伸長反応がPCR反応である、請求項1に記載の方法。
- 前記PCR反応により産生された増幅DNAの濃度を、電気泳動法により測定することによって前記効率を調べる、請求項5に記載の方法。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US11/203,417 US7309574B2 (en) | 2005-08-15 | 2005-08-15 | Discrimination method of target base in DNA, and allele specific primer used in the method of the same |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP3853836B1 true JP3853836B1 (ja) | 2006-12-06 |
JP2007049982A JP2007049982A (ja) | 2007-03-01 |
Family
ID=37560658
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006039785A Active JP3853836B1 (ja) | 2005-08-15 | 2006-02-16 | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7309574B2 (ja) |
JP (1) | JP3853836B1 (ja) |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6794133B1 (en) * | 1997-12-11 | 2004-09-21 | The General Hospital Corporation | Broad range PCR amplification techniques |
JP3937136B2 (ja) | 1999-12-10 | 2007-06-27 | 東洋紡績株式会社 | 塩基多型の検出方法 |
US20030148301A1 (en) * | 1999-12-10 | 2003-08-07 | Toshiya Aono | Method of detecting nucleotide polymorphism |
JP3638516B2 (ja) * | 2000-09-28 | 2005-04-13 | 株式会社日立製作所 | 核酸検出方法および核酸検出キット |
WO2003078655A1 (fr) | 2002-03-19 | 2003-09-25 | Matsushita Electric Industrial Co., Ltd. | Procede de detection d'acide phosphorique inorganique, acide pyrophosphorique et acide nucleique et typage de sequences de polymorphisme de nucleotide (psn) simple d'adn |
JP2004141158A (ja) | 2002-10-01 | 2004-05-20 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | プライマーの伸長反応検出方法、塩基種判別方法、塩基種判別装置、ピロリン酸の検出装置、核酸の検出方法および試料溶液導入チップ |
JP2005065688A (ja) | 2002-12-06 | 2005-03-17 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | 塩基種判別方法、塩基種判別用プライマー及びキット |
US20040197803A1 (en) * | 2002-12-06 | 2004-10-07 | Hidenobu Yaku | Method, primer and kit for determining base type |
JP4344818B2 (ja) | 2003-02-21 | 2009-10-14 | 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 | イネゲノムの1塩基多型判別法の開発とイネ品種識別への応用 |
-
2005
- 2005-08-15 US US11/203,417 patent/US7309574B2/en active Active
-
2006
- 2006-02-16 JP JP2006039785A patent/JP3853836B1/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20070037176A1 (en) | 2007-02-15 |
US7309574B2 (en) | 2007-12-18 |
JP2007049982A (ja) | 2007-03-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP3859687B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859688B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859684B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3853836B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859692B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859685B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859686B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859689B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3859689B6 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3853838B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3853837B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3853840B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
JP3853839B1 (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法 | |
US7297496B2 (en) | Discrimination method of target base in DNA, and allele specific primer used in the method of the same | |
JP2007135539A (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法およびそれに用いられるアレル特異性プライマー | |
JP2007135541A (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法およびそれに用いられるアレル特異性プライマー | |
JP2007135538A (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法およびそれに用いられるアレル特異性プライマー | |
JP2007135540A (ja) | Dnaが有する標的塩基を判別する方法およびそれに用いられるアレル特異性プライマー |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20060905 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20060906 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 3853836 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20090915 Year of fee payment: 3 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20100915 Year of fee payment: 4 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110915 Year of fee payment: 5 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120915 Year of fee payment: 6 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130915 Year of fee payment: 7 |