JP2024518151A - Ｃｏｖｉｄ－１９および新興変異株の処置および予防のための抗体 - Google Patents

Ｃｏｖｉｄ－１９および新興変異株の処置および予防のための抗体 Download PDF

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Abstract

本明細書に開示する保護対象は、SARS-CoV-2ウイルスのB.1.351.2-7変異株由来の組換えスパイク(S)タンパク質、組換えB.1.351.2-7スパイクタンパク質をコードするDNAおよびRNAヌクレオチド配列、およびB.1.351.2-7スパイクタンパク質に結合しB.1.351.2-7ウイルスを中和する、改変抗体である。

Description

本願は、2021年4月28日に出願された米国仮特許出願番号63/181,138の利益と優先権を主張し、その内容は参照によりその全体が本明細書に援用される。
本明細書に引用されるすべての特許、特許出願、および刊行物は参照によりその全体が本明細書に援用される。これら刊行物の開示はその全体が参照により本願に援用される。
本特許開示は、著作権保護の対象となる資料を含んでいる。著作権者は、米国特許商標庁の特許ファイルまたは記録に記載されている特許文書または特許開示の何人によるファクシミリ複製について何ら異議を唱えるものではないが、それ以外のすべての著作権を保有する。
コロナウイルス疾患2019 (COVID-19)は重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)により引き起こされる感染症疾患である。この疾患は肺を含む体内の複数の臓器に影響を与える。COVID-19を処置および予防する治療薬の開発に対する緊急の必要性が存在する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する、改変抗体またはその機能的断片を提供する。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３３を含む第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３５を含む第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４の相補性決定領域(CDR)および配列番号５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６の相補性決定領域(CDR)および配列番号７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８の相補性決定領域(CDR)および配列番号９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２の相補性決定領域(CDR)および配列番号１３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６の相補性決定領域(CDR)および配列番号１７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８の相補性決定領域(CDR)および配列番号１９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０の相補性決定領域(CDR)および配列番号２１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２の相補性決定領域(CDR)および配列番号２３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４の相補性決定領域(CDR)および配列番号２５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６の相補性決定領域(CDR)および配列番号２７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２の相補性決定領域(CDR)および配列番号３３の相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２の相補性決定領域(CDR)および配列番号３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４の相補性決定領域(CDR)および配列番号１５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０の相補性決定領域(CDR)および配列番号１１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８の相補性決定領域(CDR)および配列番号２９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０の相補性決定領域(CDR)および配列番号３１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４の相補性決定領域(CDR)および配列番号３５の相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質が野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。
いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、ウイルス感染している対象を処置する、または対象のウイルス感染を予防するための方法であって、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する、本明細書に記載のいずれかの改変モノクローナル抗体または断片を含む組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質はSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分を含む精製タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分はB.1.351.2-7変異株表面タンパク質である。いくつかの実施形態では、B.1.351.2-7変異株表面タンパク質はスパイクタンパク質(S)である。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は配列番号１を含む。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列を提供する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列によりコードされる精製スパイクタンパク質またはその一部分および担体を含む医薬組成物であって、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する、組成物を提供する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、(i) SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列またはその一部分、および(ii) 担体、を含む医薬組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、組成物はさらにアジュバントを含む。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する方法であって、対象に本明細書に記載のいずれかの組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象はSARS-CoV-2ウイルスに感染する危険性がある。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはWA1株である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはB.1.351株である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはB.1.351.2-7株である。いくつかの実施形態では、方法は組成物の投与のプライム-ブーストレジメンを含む。いくつかの実施形態では、プライムおよびブーストは同じ組成物を含む。いくつかの実施形態では、プライムおよびブーストは異なる組成物を含む。
特許ファイルまたは出願ファイルは、本来カラーの図面を少なくとも1枚含む。PCT特許出願の要件に適合させるため、本明細書で提示される図の多くは、本来カラーで作成された画像を白黒で表現したものである。
図１Ａ-Ｔは、mAb 2-7耐性SARS-CoV-2 B.1.351ウイルス変異株(B.1.351.2-7)に対するモノクローナル抗体(mAb)のB.1.351.2-7スパイクタンパク質(S)の受容体結合ドメイン(RBD)への中和を示している。図１ＡはmAb 2-7の中和を示している。図１ＢはmAb REGN10987の中和を示している。図１ＣはmAb 2-38の中和を示している。図１ＤはmAb C135の中和を示している。図１ＥはmAb CoV2-2130の中和を示している。図１ＦはmAb 2-36の中和を示している。図１ＧはmAb COVA 1-16の中和を示している。図１ＨはmAb 1-20の中和を示している。図１ＩはmAb 2-15の中和を示している。図１ＪはmAb 2-43の中和を示している。図１ＫはmAb C121の中和を示している。図１ＬはmAb LY CoV 555の中和を示している。図１ＭはmAb 2-30の中和を示している。図１ＮはmAb REGN10985の中和を示している。図１ＯはmAb CB6の中和を示している。図１ＰはmAb 1-57の中和を示している。図１ＱはmAb REGN10985の中和を示している。図１ＲはmAb S309の中和を示している。図１ＳはmAb CoV2-2196の中和を示している。図１ＴはmAb CR3022の中和を示している。
図２Ａ-Ｊは、mAb 2-7耐性SARS-CoV-2 B.1.351ウイルス変異株(B.1.351.2-7)に対するモノクローナル抗体(mAb)のB.1.351.2-7スパイクタンパク質のN末端ドメイン(NTD)への中和を示している。図２ＡはmAb 4A8の中和を示している。図２ＢはmAb 4-8の中和を示している。図２ＣはmAb 5-24の中和を示している。図２ＤはmAb 1-68の中和を示している。図２ＥはmAb 1-87の中和を示している。図２ＦはmAb 2-51の中和を示している。図２ＧはmAb 2-17の中和を示している。図２ＨはmAb 4-18の中和を示している。図２ＩはmAb 4-19の中和を示している。図２ＪはmAb 5-7の中和を示している。
図３はSARS-CoV-2 WA1(野生型)、B.1.351(β変異株)、およびB.1.351.2-7ウイルス株に対するスパイクタンパク質RBD特異的mAbの中和力価(IC50 μg/ml)の範囲を示している。
図４はWA1、B.1.351、およびB.1.351.2-7ウイルス株に対するスパイクタンパク質NTD特異的mAbの中和力価(IC50 μg/ml)を示している。
図５はB.1.351.2-7変異株の変異の略図を示している。
図６はB.1.351.2-7スパイクタンパク質の配列を示している。黄色ハイライトはNTDを示している。緑フォントはRBDを示している。濃青フォントはS1/S2ドメインを示している。薄青フォントはFPドメインである。オレンジフォントはHR1ドメインを示している。茶フォントはHR2ドメインを示している。紫フォントはTMドメインである。ピンクフォントはCTドメインである。
発明の詳細な説明
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する、改変抗体またはその機能的断片を提供する。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２７を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３３を含む第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１５を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２９を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３１を含む第2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３５を含む第2のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号４の相補性決定領域(CDR)および配列番号５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号６の相補性決定領域(CDR)および配列番号７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号８の相補性決定領域(CDR)および配列番号９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１２の相補性決定領域(CDR)および配列番号１３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１６の相補性決定領域(CDR)および配列番号１７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１８の相補性決定領域(CDR)および配列番号１９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２０の相補性決定領域(CDR)および配列番号２１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２２の相補性決定領域(CDR)および配列番号２３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２４の相補性決定領域(CDR)および配列番号２５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２６の相補性決定領域(CDR)および配列番号２７の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３２の相補性決定領域(CDR)および配列番号３３の相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２の相補性決定領域(CDR)および配列番号３の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１４の相補性決定領域(CDR)および配列番号１５の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号１０の相補性決定領域(CDR)および配列番号１１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号２８の相補性決定領域(CDR)および配列番号２９の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３０の相補性決定領域(CDR)および配列番号３１の相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体または断片は配列番号３４の相補性決定領域(CDR)および配列番号３５の相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質が野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体または断片はSARS-CoV-2スパイクタンパク質が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。
いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、ウイルス感染している対象を処置する、または対象のウイルス感染を予防するための方法であって、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する、本明細書に記載のいずれかの改変モノクローナル抗体または断片を含む組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質はSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する。いくつかの実施形態では、抗体はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分を含む精製タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分はB.1.351.2-7変異株表面タンパク質である。いくつかの実施形態では、B.1.351.2-7変異株表面タンパク質はスパイクタンパク質(S)である。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は配列番号１を含む。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列を提供する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列によりコードされる精製スパイクタンパク質またはその一部分および担体を含む医薬組成物であって、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する、組成物を提供する。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、(i) SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列またはその一部分、および(ii) 担体、を含む医薬組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸配列は配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、組成物はさらにアジュバントを含む。
ある態様では、本明細書に記載する保護対象は、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する方法であって、対象に本明細書に記載のいずれかの組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象はSARS-CoV-2ウイルスに感染する危険性がある。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはWA1株である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはB.1.351株である。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2ウイルスはB.1.351.2-7株である。いくつかの実施形態では、方法は組成物の投与のプライムブーストレジメンを含む。いくつかの実施形態では、プライムおよびブーストは同じ組成物を含む。いくつかの実施形態では、プライムおよびブーストは異なる組成物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、野生型SARS-CoV-2 (WA1)およびSARS-CoV-2 B.1.351またはB.1.351.2-7を含むが限定されない変異株に対するモノクローナル抗体(mAb)に関する。いくつかの実施形態では、B.1.351.2-7ウイルス株は、mAb 2-7の中和効果に耐性がある。新興COVID-19変異株の研究中に、多くのモノクローナル抗体、FDA緊急使用許可(EUA)用のmAb治療薬、および多くの臨床開発候補の中和活性が、B.1.351.2-7として指定されたSARS-CoV-2汎耐性ウイルス株によって著しい影響を受けることが観察された。この耐性ウイルス株はモノクローナル抗体2-7を用いたインビトロセレクションで同定された。抗体2-7は、B.1.351株を含む複数のSARS-CoV-2変異株に対する強力な中和活性を示す受容体結合ドメイン(RBD)中和モノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、耐性B.1.351.2-7変異株の単離と配列決定に関する。そのスパイクタンパク質の主要な変異は、図５に示すように、H66R、V445G、および677-681欠失を含む。偽ウイルス中和試験は、どのポイントの変異か、または変異の組み合わせか、耐性表現型への寄与を分析するために実施される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、モノクローナル抗体パネルを用いたB.1.351.2-7変異ウイルス中和アッセイに関する。いくつかの実施形態では、mAbはB.1.351.2-7変異ウイルスのスパイクタンパク質のRBDに対して特異的である。いくつかの実施形態では、mAbはB.1.351.2-7変異ウイルスのスパイクタンパク質のNTDに対して特異的である。回復期血清およびワクチン接種者血清は、現在利用できる治療およびワクチンにこの耐性ウイルスが与える潜在的影響を評価するために利用される。
B.1.351.2-7ウイルスは、中和抗体および現在のEUA治療抗体のほとんどに対して汎耐性であり、現在のCOVID-19治療およびワクチンの有効性は、本明細書に開示される汎耐性ウイルス株と類似の配列を共有する新興変異株によって深刻な影響を受け得る。一実施形態では、本明細書に開示される保護対象は、B.1.351.2-7株に対して被験者に接種するためのワクチン候補の開発に関する。一実施形態では、本明細書に開示される保護対象は、B.1.351.2-7耐性株に対して有効な抗体治療薬を単離することに関する。一実施形態では、本明細書に開示される保護対象は、耐性SARS-CoV-2変異株によって引き起こされる将来のCOVID-19アウトブレイクの予防および処置に関する。一実施形態では、本明細書に開示される保護対象は、新興SARS-CoV-2変異株に対するワクチンの設計に関する。いくつかの実施形態において、本明細書で開示される保護対象は、B.1.351.2-7耐性株およびSARS-CoV-2の将来の汎耐性変異株に対する強力なおよび/または交差反応性を示す中和抗体を単離するためのベイトタンパク質の設計に関する。いくつかの実施形態において、ベイトタンパク質は、B.1.351.2-7ウイルス粒子由来のタンパク質の少なくとも一部分から設計される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される保護対象は、ウイルス変異株の検出に関する。
早い代の継代株の塩基配列を決定し、現在の中和抗体に汎耐性であるウイルス配列を単離する。耐性表現型に寄与する主要な変異は、偽ウイルス中和によって同定される。この耐性ウイルスが治療薬やワクチンに与える潜在的な影響を評価するために、追加的な抗体パネル(RBDとNTDの両方)、回復期血清、およびワクチン接種者血清に対する中和を実施する。構造的な特徴決定と、ヒト化マウス系または当分野で知られている他の動物モデルでの免疫化のために、この耐性ウイルス配列に基づいてスパイク三量体を作製し、治療薬としての次世代の中和抗体を作製する。
配列番号１は変異株B.1.351.2-7の全長スパイクタンパク質のアミノ酸配列である:
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFRAIHVSGTNGTKRFANPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRGLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKGGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVKGFNCYFPLQSYGFQPTYGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTRRARSVASQSIIAYTMSLGVENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT*
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、精製した変異株B.1.351.2-7スパイクタンパク質に関する。いくつかの実施形態では、変異株B.1.351.2-7スパイクタンパク質をコードするベクターをバクテリア集団に導入する。いくつかの実施形態では、前記タンパク質は、変異株B.1.351.2-7スパイクタンパク質をコードするベクターで形質転換したバクテリア集団を含むバクテリア培養で生産される。いくつかの実施形態では、前記タンパク質はバクテリア培養液から精製される。いくつかの実施形態では、前記ベクターは、ベクターバックボーンおよび配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ベクターはベクターバックボーンおよび配列番号１をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ベクターバックボーンは発現ベクターとして当分野で使用される任意のバックボーンである。いくつかの実施形態では、前記タンパク質は、アフィニティクロマトグラフィを使用して精製される。いくつかの実施形態では、前記タンパク質は、当分野で知られる任意の好適な方法を使用して精製される。いくつかの実施形態では、精製された変異株B.1.351.2-7スパイクタンパク質は組換えタンパク質である。
SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質に対するmAbの配列
以下の配列番号内の下線および斜体のアミノ酸は、それぞれ相補性決定領域(CDR)を表している。
mAb 2-7の配列
配列番号２は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-7の重鎖可変領域である。
配列番号３は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-7の軽鎖可変領域である。
mAb 2-38の配列
配列番号４は、抗体番号2-38の重鎖可変領域である。
配列番号５は、抗体番号2-38の軽鎖可変領域である。
mAb 2-36の配列
配列番号６は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-36の重鎖可変領域である。
配列番号７は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-36の軽鎖可変領域である。
mAb 1-20の配列
配列番号８は、RBDを特異的に認識する抗体番号1-20の重鎖可変領域である。
配列番号９は、RBDを特異的に認識する抗体番号1-20の軽鎖可変領域である。
mAb 2-15の配列
配列番号１０は、抗体番号2-15の重鎖可変領域である。
配列番号１１は、抗体番号2-15の軽鎖可変領域である。
mAb 2-43の配列
配列番号１２は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号2-43の重鎖可変領域である。
配列番号１３は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号2-43の軽鎖可変領域である。
mAb 1-57の配列
配列番号１４は、RBDを特異的に認識する抗体番号1-57の重鎖可変領域である。
配列番号１５は、RBDを特異的に認識する抗体番号1-57の軽鎖可変領域である。
mAb 2-30の配列
配列番号１６は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-30の重鎖可変領域である。
配列番号１７は、RBDを特異的に認識する抗体番号2-30の軽鎖可変領域である。
mAb 4-8の配列
配列番号１８は、抗体番号4-8の重鎖可変領域である。
配列番号１９は、抗体番号4-8の軽鎖可変領域である。
mAb 5-24の配列
配列番号２０は、NTDを特異的に認識する抗体番号5-24の重鎖可変領域である。
配列番号２１は、NTDを特異的に認識する抗体番号5-24の軽鎖可変領域である。
mAb 1-68の配列
配列番号２２は、NTDを特異的に認識する抗体番号1-68の重鎖可変領域である。
配列番号２３は、NTDを特異的に認識する抗体番号1-68の軽鎖可変領域である。
mAb 1-87の配列
配列番号２４は、NTDを特異的に認識する抗体番号1-87の重鎖可変領域である。
配列番号２５は、NTDを特異的に認識する抗体番号1-87の軽鎖可変領域である。
mAb 2-51の配列
配列番号２６は、抗体番号2-51の重鎖可変領域である。
配列番号２７は、抗体番号2-51の軽鎖可変領域である。
mAb 2-17の配列
配列番号２８は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号2-17の重鎖可変領域である。
配列番号２９は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号2-17の軽鎖可変領域である。
mAb 4-18の配列
配列番号３０は、NTDを特異的に認識する抗体番号4-18の重鎖可変領域である。
配列番号３１は、NTDを特異的に認識する抗体番号4-18の軽鎖可変領域である。
mAb 4-19の配列
配列番号３２は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号4-19の重鎖可変領域である。
配列番号３３は、RBDまたはNTD以外のエピトープを認識する抗体番号4-19の軽鎖可変領域である。
mAb 5-7の配列
配列番号３４は、NTDを特異的に認識する抗体番号5-7の重鎖可変領域である。
配列番号３５は、NTDを特異的に認識する抗体番号5-7の軽鎖可変領域である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、SARS-CoV-2およびB.1.351.2-7変異株を含む変異株に対する強力なモノクローナル抗体(mAb)の単離、特徴決定、および配列決定を報告する。mAbはCOVID-19患者の血液サンプルから単離し得、一度その抗体配列をこれらサンプルから取得したら、そのmAbはインビトロで合成し得る。
本明細書に記載するSARS-CoV-2中和mAbはSARS-CoV-2に感染している対象の処置に使用し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、それを必要とする対象内のSARS-CoV-2ウイルス量を減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、それを必要とする対象の疾患重症度を低減する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、それを必要とする対象のCOVID-19臨床成績を改善する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のmAbは、高リスクの対象や個人がSARS-CoV-2に感染するのを予防するための予防薬として使用し得る。
本明細書で開示する強力なCOVID-19 mAbの同定プロセスのフロースルー
1. COVID-19患者の血漿サンプルを単離し、これらの血漿サンプル内に含まれる潜在的抗体がインビトロでSARS-CoV-2および変異株を中和する能力を評価した。
2. 患者から末梢血単核球(PMBC)を単離し、強い血漿中抗ウイルス活性の元となりうるmAb配列を含む単一のB細胞を単離した。抗体配列は、ハイスループットシークエンシングによってこれらの単一B細胞から取得した。
3. これらのmAb配列をコードする単一B細胞由来の遺伝子を合成し、発現ベクターにクローニングした。mAbをインビトロで発現させ、その後の分析と特性決定のために精製した。
4. インビトロで生産し、精製したmAbを、SARS-CoV-2または変異ウイルスによる感染を中和する能力について試験した。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、COVID-19の処置および/または予防のために使用し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、COVID-19対象暴露の診断に使用し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載する前記mAbは、研究室での研究開発活動に利用し得る。
免疫グロブリンまたは抗体は、アミノ酸配列が同一の2本の軽鎖(LC)と同一の2本の重鎖(HC)からなるY字型のタンパク質である。軽鎖および重鎖は互いに会合して、完全な免疫グロブリンヘテロ二量体を形成する。いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体のHCおよびLCは、ジスルフィド結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、ヘテロ四量体の2つのHCは、ジスルフィド結合によって連結される。ヒトLCは、機能的に類似した2つのクラスである、κまたはλの1つであり得る。両LCクラスは、2つのドメイン、定常ドメイン(CL)および可変ドメイン(VL)を有する。ヒト抗体HCは、IgA、IgD、IgE、IgG、IgMの5つのアイソタイプのうちの1つであり得る。IgA、IgD、IgGは、3つの定常ドメイン(C)と1つの可変ドメイン(V)を有する。IgEおよびIgMは、1つの可変ドメインと4つの定常ドメインを有する。IgAとIgMのアイソタイプはさらにJ鎖があり、それぞれ二量体と五量体の形成を可能としている。
抗体分子は、2つのフラグメント抗原結合ドメイン(Fab)とフラグメント結晶化可能ドメイン(Fc)の3つの機能的構成要素からなり、2つのFabはヒンジ領域によってFcに連結され、Fcに対するFabの自由度を大きくしている。モノクローナル抗体では、各Fabは特定の標的抗原に結合するための同一の抗原結合部位を有する。FabのFv領域は、重鎖(HC)および軽鎖(LC)によって寄与される一対の可変ドメイン(重鎖可変(VH)および軽鎖可変(VL))から構成される。いくつかの実施形態では、重鎖および軽鎖のドメインは、約110アミノ酸残基の長さである。標的抗原と相互作用する免疫グロブリン構造のFvドメインは、HCおよびLCのN末端にある。免疫グロブリン分子のFab領域は、LCのVLおよび定常軽鎖(CL)と、HCのVHおよび第一定常重鎖領域(CH1)の対によって形成される。VLとVHの対は抗原結合部位を形成する。
Fab領域とFc領域を接続するポリペプチド領域はヒンジ領域と呼ばれる。ヒンジ領域は機能的にFcに対するFabの立体構造の自由度を大きくしている。抗体のヒンジは、上部ヒンジ、コアヒンジ、下部ヒンジの3つの領域に分けられ、それぞれ異なる機能的役割を持つ。上部ヒンジはFabの動作と回転を可能にする。中央のコアヒンジはIgGサブタイプによって不定数のシステイン残基を含み、ジスルフィド結合を形成して2本の重鎖の会合を安定化する。下部ヒンジはFabに対するFcの動作を可能にする。
実施例１ - SARS-CoV-2とその変異株に対する中和抗体
図１Ａ-Ｔは、B.1.351.2-7スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン(RBD)に対するモノクローナル抗体による2-7耐性B.1.351(B.1.351.2-7)ウイルス株の中和を示す。図１ＡはmAb 2-7の中和を示している。図１ＢはmAb REGN10987の中和を示している。図１ＣはmAb 2-38の中和を示している。図１ＤはmAb C135の中和を示している。図１ＥはmAb CoV2-2130の中和を示している。図１ＦはmAb 2-36の中和を示している。図１ＧはmAb COVA 1-16の中和を示している。図１ＨはmAb 1-20の中和を示している。図１ＩはmAb 2-15の中和を示している。図１ＪはmAb 2-43の中和を示している。図１ＫはmAb C121の中和を示している。図１ＬはmAb LY CoV 555の中和を示している。図１ＭはmAb 2-30の中和を示している。図１ＮはmAb REGN10985の中和を示している。図１ＯはmAb CB6の中和を示している。図１ＰはmAb 1-57の中和を示している。図１ＱはmAb REGN10985の中和を示している。図１ＲはmAb S309の中和を示している。図１ＳはmAb CoV2-2196の中和を示している。図１ＴはmAb CR3022の中和を示している。SARS-CoV-2野生型ウイルスおよびB.1.351ウイルス変異株の中和曲線も示している。
図２Ａ-Ｊは、mAb 2-7耐性SARS-CoV-2 B.1.351ウイルス変異株(B.1.351.2-7)に対するモノクローナル抗体(mAb)のB.1.351.2-7スパイクタンパク質のN末端ドメイン(NTD)への中和を示している。図２ＡはmAb 4A8の中和を示している。図２ＢはmAb 4-8の中和を示している。図２ＣはmAb 5-24の中和を示している。図２ＤはmAb 1-68の中和を示している。図２ＥはmAb 1-87の中和を示している。図２ＦはmAb 2-51の中和を示している。図２ＧはmAb 2-17の中和を示している。図２ＨはmAb 4-18の中和を示している。図２ＩはmAb 4-19の中和を示している。図２ＪはmAb 5-7の中和を示している。SARS-CoV-2野生型ウイルスおよびB.1.351ウイルス変異株の中和曲線も示している。
図３はWA1、B.1.351、およびB.1.351.2-7ウイルス株に対するRBD mAbの力価(IC50 μg/ml)の範囲を示している。
図４はWA1、B.1.351、およびB.1.351.2-7ウイルス株に対するNTD mAbの中和(IC50 μg/ml)を示している。
図５はSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株の変異の略図を示している。図５はWA1株とB1.351株、およびB.1.351.2-7株とのスパイクタンパク質における主要な差異も示している。B.1.351.2-7株のスパイクタンパク質配列のNTDにおいて、アミノ酸L241、L242、およびA243は欠失し、R66はH66に置換している。B.1.351.2-7株のスパイクタンパク質配列のRBDにおいて、B.1.351株と比較してアミノ酸G445はV445に置換している。B.1.351.2-7株のスパイクタンパク質のS1/S2ドメインにおいて、WA1と比較して、アミノ酸677-681は欠失し、G614はD614に置換している。
図６はB.1.351.2-7スパイクタンパク質の配列を示している。黄色ハイライトはNTDを示している。緑フォントはRBDを示している。濃青フォントはS1/S2ドメインを示している。薄青フォントはFPドメインである。オレンジフォントはHR1ドメインを示している。茶フォントはHR2ドメインを示している。紫フォントはTMドメインである。ピンクフォントはCTドメインである。各ドメインに対するラベルはその対応するアミノ酸の隣に見つけることができる。FPドメインに対する配列は対応するラインの中央に存在する。
実施例２ - B.1.351.2-7に対するDNAに基づくワクチン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載する保護対象は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)に対する免疫応答を誘導するワクチンに関する。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、感受性宿主生物に侵入し、そこで疾患を引き起こし得るSARS-CoV-2ウイルスに対する予防薬として投与される。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、感染によって引き起こされる疾患を処置するために投与される。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は、B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列と50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、または95％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示するワクチンがSARS-CoV-2に対する免疫応答を誘導し得る宿主動物としては、哺乳類または鳥類、例えば、ヒト、イヌ、ネコ、ブタ、ウマ、ニワトリ、アヒル、七面鳥、フェレットなどが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載されるワクチンはさらに、溶媒、アジュバントおよび/または賦形剤よりなる群から選択される少なくとも1つの成分を含み得るが、これらに限定されない。溶媒は、生理食塩水または蒸留水を含み得る。アジュバントは、フロイントの不完全アジュバントまたは完全アジュバント、水酸化アルミニウムゲル、および植物油、鉱物油を含み得る。賦形剤は、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、または硫酸アルミニウムカリウムを含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるワクチンは、当業者に周知のワクチン調製に使用される少なくとも1つの物質を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるワクチンの組成物は、対象の体重、年齢、症状の重症度、または他の身体的特徴に依る投与のために調整される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるワクチンは、経口剤または非経口剤で調製され得る。いくつかの実施形態では、ワクチンは、皮内、筋肉内、腹腔内、経鼻、または硬膜外経路を介して投与され得る。いくつかの実施形態では、ワクチンは、当分野で知られる任意の好適な経路により投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される保護対象は、本明細書に記載のワクチンを1人以上の対象に投与することによって、SARS-CoV-2または変異型SARS-CoV-2感染を予防または処置する方法に関する。このような感染は、対象にCOVID-19の症状や疾患を引き起こし得る。本明細書で使用される「対象」なる用語は、SARS-CoV-2ウイルスまたは変異ウイルスにすでに感染している、または感染する可能性があるヒトを含む任意の動物を意味する。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2変異株は、野生型SARS-CoV-1と比較して、スパイクタンパク質をコードする配列内に少なくとも1つのアミノ酸変異を含んでいる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるワクチンは、単独で、または任意のCOVID-19処置薬と組み合わせて投与し得る。いくつかの実施形態では、ワクチンは、感染症を処置するために当分野で使用される任意の薬とともに投与し得る。
本明細書で使用される、「予防」なる用語は、本明細書に記載されるワクチンの投与を介してSARS-CoV-2または変異株の感染を阻害する、または感染によって引き起こされる疾患の重症化の発生を遅延する、または重症度を減少するいかなる作用をも意味する。
本明細書で使用される、「処置」なる用語は、本明細書に記載されるワクチンの投与を介してSARS-CoV-2または変異株の感染によって引き起こされる症状が減少また有利に変化するいかなる作用をも意味する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるワクチンは個別の治療薬として投与され、または他の治療薬と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、ワクチンは従来の治療薬と連続してまたは同時に投与され得る。
いくつかの実施形態では、ワクチンは単一のまたは複数の方法で投与され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示する保護対象は、SARS-CoV-2ウイルスのB.1.351.2-7変異株または他の新興SARS-CoV-2変異株に対するワクチンの生産および検証に関する。いくつかの実施形態では、ワクチンはB.1.351.2-7スパイクタンパク質(配列番号１)の少なくとも一部分をコードするDNAヌクレオチド配列に基づく。
いくつかの実施形態では、B.1.351.2-7に対するDNAに基づくワクチンは、B.1.351.2-7スパイクタンパク質(配列番号１)の少なくとも一部分をコードするDNA配列を含む遺伝子操作プラスミドを、それを必要とする対象に導入する。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードするDNA核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は、B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列と50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、または95％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ワクチンは配列番号１によって定義されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、導入は注射を介する。いくつかの実施形態では、導入は鼻内噴霧を介する。いくつかの実施形態では、導入は当分野で知られる任意の好適な方法を介する。いくつかの実施形態では、ワクチン投与はB.1.351.2-7変異株の拡散を防ぐ。いくつかの実施形態では、ワクチン投与はB.1.351.2-7検査陽性の対象を処置する。いくつかの実施形態では、対象はB.1.351.2-7に暴露されていた。いくつかの実施形態では、対象はCOVID-19症状を示している。いくつかの実施形態では、対象はCOVID-19の診断を受けていた。
本明細書に記載されるDNAに基づくワクチンを対象に接種すると、対象の細胞はB.1.351.2-7スパイクタンパク質またはそのDNAによってコードされる少なくとも一部分を直接生産する。これにより、対象の組織内で防御免疫応答が生じる。ワクチン接種した対象がB.1.351.2-7ウイルスに感染した場合、重症が避けられ得る。いくつかの実施形態では、B.1.351.2-7ウイルスに感染したワクチン接種した対象は、疾患の症状を示さず、またはとても軽度の症状を示す。いくつかの実施形態では、ワクチン接種した対象は、他の対象にウイルスを伝染させない。いくつかの実施形態では、DNAワクチンは広範囲の免疫応答型を誘導し得る。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、B.1.351.2-7 DNAを対象に導入する1つ以上のイベントを含む。いくつかの実施形態では、導入イベントは経時的に広がる。いくつかの実施形態では、初回ワクチン接種の後に、初回ワクチン接種から1ヶ月以内に少なくとも1回のブースター注射が行われる。いくつかの実施形態では、初回ワクチンおよびブースターショットは、B.1.351.2-7スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードする同じB.1.351.2-7 DNAスパイクタンパク質配列に基づく。いくつかの実施形態では、初回ワクチンおよびブースターショットは、それぞれがB.1.351.2-7スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードする、異なるB.1.351.2-7 DNAスパイクタンパク質配列に基づく。
実施例３ - B.1.351.2-7に対するRNAワクチン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるワクチンは、B.1.351.2-7スパイクタンパク質(配列番号１)の少なくとも一部分をコードするmRNAヌクレオチド配列に基づく。いくつかの実施形態では、ワクチンは、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードするmRNA核酸を含む。いくつかの実施形態では、SARS-CoV-2スパイクタンパク質は、B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１で定義されるアミノ酸の少なくとも一部分をコードするmRNA核酸を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列と50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、または95％同一であるアミノ酸配列をコードするmRNA核酸を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、配列番号１によって定義されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
対象に導入されたmRNA鎖は体内の細胞に入り、細胞はmRNAによってコードされた遺伝情報を用いてB.1.351.2-7スパイクタンパク質またはそのコードされる一部を産生する。その後、対象の免疫系はこのタンパク質を認識するようになる。RNAワクチンは、注射針による注射や無針で皮膚に注射する方法、血液、筋肉、リンパ節、または直接臓器に注射する方法、鼻内噴霧による方法を含む様々な方法で送達され得るが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、B.1.351.2-7 RNAを送達する1回以上のイベントを含み、イベントは経時的に広がる。いくつかの実施形態では、初回ワクチン接種の後に、初回ワクチン接種から1ヶ月以内に少なくとも1回のブースター注射が行われる。いくつかの実施形態では、初回ワクチンおよびブースターショットは、B.1.351.2-7スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードする同じB.1.351.2-7 RNA配列に基づく。いくつかの実施形態では、初回ワクチンおよびブースターショットは、それぞれがB.1.351.2-7スパイクタンパク質の少なくとも一部分をコードする、異なるB.1.351.2-7 RNA配列に基づく。

Claims (74)

  1. SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する、改変抗体またはその機能的断片。
  2. 配列番号４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  3. 配列番号６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  4. 配列番号８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  5. 配列番号１２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  6. 配列番号１６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  7. 配列番号１８と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号１９と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  8. 配列番号２０と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  9. 配列番号２２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  10. 配列番号２４と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２５と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  11. 配列番号２６と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号２７と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  12. 配列番号３２と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第1のアミノ酸配列、および配列番号３３と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有する第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  13. 配列番号４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号５を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  14. 配列番号６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号７を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  15. 配列番号８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号９を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  16. 配列番号１２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１３を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  17. 配列番号１６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１７を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  18. 配列番号１８を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号１９を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  19. 配列番号２０を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２１を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  20. 配列番号２２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２３を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  21. 配列番号２４を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２５を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  22. 配列番号２６を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号２７を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  23. 配列番号３２を含む第1のアミノ酸配列、および配列番号３３を含む第2のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  24. 配列番号４の相補性決定領域(CDR)および配列番号５の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  25. 配列番号６の相補性決定領域(CDR)および配列番号７の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  26. 配列番号８の相補性決定領域(CDR)および配列番号９の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  27. 配列番号１２の相補性決定領域(CDR)および配列番号１３の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  28. 配列番号１６の相補性決定領域(CDR)および配列番号１７の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  29. 配列番号１８の相補性決定領域(CDR)および配列番号１９の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  30. 配列番号２０の相補性決定領域(CDR)および配列番号２１の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  31. 配列番号２２の相補性決定領域(CDR)および配列番号２３の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  32. 配列番号２４の相補性決定領域(CDR)および配列番号２５の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  33. 配列番号２６の相補性決定領域(CDR)および配列番号２７の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  34. 配列番号３２の相補性決定領域(CDR)および配列番号３３の相補性決定領域(CDR)を含む、請求項１に記載の抗体または断片。
  35. SARS-CoV-2スパイクタンパク質が野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  36. SARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  37. SARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  38. SARS-CoV-2スパイクタンパク質が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  39. 抗体がSARS-CoV-2ウイルスを中和する、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  40. 抗体がSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  41. 抗体がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する、請求項１～３４のいずれかに記載の抗体または断片。
  42. ウイルス感染している対象を処置する、または対象のウイルス感染を予防するための方法であって、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の少なくとも一部分に選択的に結合する請求項１～３４のいずれかに記載の改変モノクローナル抗体または断片を含む組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法。
  43. SARS-CoV-2スパイクタンパク質が野生型SARS-CoV-2 WA1スパイクタンパク質である、請求項４２に記載の方法。
  44. SARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351変異株スパイクタンパク質である、請求項４２に記載の方法。
  45. SARS-CoV-2スパイクタンパク質がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である、請求項４２に記載の方法。
  46. SARS-CoV-2スパイクタンパク質が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質である、請求項４２に記載の方法。
  47. 抗体がSARS-CoV-2ウイルスを中和する、請求項４２に記載の方法。
  48. 抗体がSARS-CoV-2 B.1.351変異株ウイルスを中和する、請求項４２に記載の方法。
  49. 抗体がSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株ウイルスを中和する、請求項４２に記載の方法。
  50. SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分を含む、精製タンパク質。
  51. SARS-CoV-2表面タンパク質の少なくとも一部分がB.1.351.2-7変異株表面タンパク質である、請求項５０に記載のタンパク質。
  52. B.1.351.2-7変異株表面タンパク質がスパイクタンパク質(S)である、請求項５１に記載のタンパク質。
  53. スパイクタンパク質が配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項５２に記載のタンパク質。
  54. スパイクタンパク質が配列番号１を含む、請求項５２に記載のタンパク質。
  55. SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列。
  56. 核酸配列が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である、請求項５５に記載の核酸。
  57. 核酸配列が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である、請求項５５に記載の核酸。
  58. 核酸配列が配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする、請求項５５に記載の核酸。
  59. 核酸配列が配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする、請求項５５に記載の核酸。
  60. 配列番号１によって定義されるアミノ酸配列によりコードされる精製スパイクタンパク質またはその一部分および担体を含む医薬組成物であって、それを必要とする対象において免疫応答を誘導する、組成物。
  61. (i) SARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む合成核酸配列またはその一部分、および
    (ii) 担体
    を含む医薬組成物。
  62. 核酸配列が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする相補的デオキシリボ核酸(cDNA)である、請求項６１に記載の組成物。
  63. 核酸配列が配列番号１を含むSARS-CoV-2 B.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードするメッセンジャーリボ核酸(mRNA)である、請求項６１に記載の組成物。
  64. 核酸配列が配列番号１と50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする、請求項６１に記載の組成物。
  65. 核酸配列が配列番号１を含むB.1.351.2-7変異株スパイクタンパク質をコードする、請求項６１に記載の組成物。
  66. さらにアジュバントを含む、請求項６１～６５のいずれかに記載の組成物。
  67. それを必要とする対象において免疫応答を誘導する方法であって、対象に請求項６１～６２のいずれかに記載の組成物を投与することを含む方法。
  68. 対象がSARS-CoV-2ウイルスに感染する危険性がある、請求項６７に記載の方法。
  69. SARS-CoV-2ウイルスがWA1株である、請求項６８に記載の方法。
  70. SARS-CoV-2ウイルスがB.1.351株である、請求項６８に記載の方法。
  71. SARS-CoV-2ウイルスがB.1.351.2-7株である、請求項６８に記載の方法。
  72. 組成物の投与のプライム-ブーストレジメンを含む、請求項６７に記載の方法。
  73. プライムおよびブーストが同じ組成物を含む、請求項６９に記載の方法。
  74. プライムおよびブーストが異なる組成物を含む、請求項６９に記載の方法。
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