JP2024510122A - 抗ａｌｐｐ／ａｌｐｐｌ２抗体及び抗体薬物コンジュゲート - Google Patents

抗ａｌｐｐ／ａｌｐｐｌ２抗体及び抗体薬物コンジュゲート Download PDF

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ローリ ウエステンドルフ，
ノア ビンドマン，
ニコル オケリー，
ピーター センター，
ディヴィヤ アワスティ，
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Abstract

ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する抗体及びその断片などの抗原結合タンパク質が提供される。かかる抗原結合タンパク質をコードする核酸ならびにかかる抗原結合タンパク質を調製するのに有用なベクター及び細胞もまた提供される。本抗原結合タンパク質は、卵巣癌の治療を含む様々な方法に有用である。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年３月１８日出願された米国仮出願第６３／１６２，６３５号及び２０２２年１月２１日に出願された米国仮出願第６３／３０１，５７４号の利益を主張するものであり、そのそれぞれは、全ての目的のために、その全体が参照により援用される。
配列表の参照
本出願は、２０２２年３月４日作成され、１０６ＫＢからなる、５６２０－００１１２ＰＣ＿ＳＴ２５というファイル名の電子配列表を含み、これは、参照により本明細書に援用される。
本発明は、新規の抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体及び抗体薬物コンジュゲート、ならびにかかる抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体及び抗体薬物コンジュゲートをがんの治療に使用する方法に関する。
胎盤性アルカリホスファターゼとしても知られるＡＬＰＰ、及び胎盤様２アルカリホスファターゼとしても知られるＡＬＰＰＬ２は、胎盤で広く発現しているパラロガス遺伝子である。ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２は、細胞外スペースからのＡＴＰのリサイクルに関与する膜結合タンパク質である。ＡＬＰＰは、卵巣癌、肺癌、子宮内膜癌、膀胱癌、及び胃癌を含む、複数のがんで上方制御されている。ＡＬＰＰＬ２も同様に、卵巣癌、肺癌、子宮内膜癌、膀胱癌、胃癌、及び精巣癌を含む、複数のがんで上方制御されている。卵巣癌は、５番目に最も多い婦人科系悪性腫瘍であり、この疾患に対する治療の改善が必要とされている。
本明細書において引用される全ての参考文献は、特許出願、特許公報、及び科学文献を含め、それぞれの個々の参考文献が参照により援用されることが具体的かつ個別に示される場合と同様に、その全体が参照により本明細書に援用される。
本明細書で提供されるのは、抗ＡＬＰＰ抗体及びＡＬＰＰ指向性抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、ならびに抗ＡＬＰＰＬ２抗体及びＡＬＰＰＬ２指向性ＡＤＣである。本明細書ではまた、ＡＬＰＰとＡＬＰＰＬ２の両方に結合することができる抗体（抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）、及びＡＬＰＰとＡＬＰＰＬ２の両方を指向するＡＤＣ（ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２指向性ＡＤＣ）が提供される。本明細書ではまた、がんを含むＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２発現障害を治療するために抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２指向性抗体及びＡＤＣを使用する方法が提供される。いくつかの実施形態において、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体は、Ｋａｂａｔナンバリングによって決定される、配列番号５６、５７、及び５８の重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号６３、６４、及び６５の軽鎖ＣＤＲ配列とを含む。いくつかの実施形態において、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体は、ＩＭＧＴナンバリング．によって決定される、配列番号６０、６１、及び６２の重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号６６、６７、及び６８の軽鎖ＣＤＲ配列とを含む。
ＣＯＶ６４４及びＮＣＩ－Ｈ１６５１腫瘍細胞に対する、バイスタンダー活性を有する及び有さないペイロードを使用したＡＤＣとしてのＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２特異的抗体の細胞毒性評価を示す。 バイスタンダー活性を有さないペイロードを使用したＡＤＣとしての上位ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２特異的抗体の細胞毒性評価における細胞株ＣＡＯＶ３、ＣＯＶ６４４及びＮＣＩ－Ｈ１６５１の残存生存率を示す。 ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２特異的抗体の結合親和性を示す。 ＡＬＰＰとＡＬＰＰＬ２の両方を発現するＨＥＫ２９３細胞に対する抗体１Ｆ７及び１２Ｆ３のフローサイトメトリーによる結合プロファイルを示す。 ヒト重鎖アクセプター配列を含むｈ１２Ｆ３可変重鎖バリアントＩＧＨＶ３－４９／ＨＪ４の配列アラインメントを示す。 ｈ１２Ｆ３可変重鎖バリアントの可変ドメインアラインメントを示す。 ヒトカッパアクセプター配列を含むｈ１２Ｆ３可変軽鎖バリアントＩＧＫＶ１－３３／ＫＪ２の配列アラインメントを示す。 ｈ１２Ｆ３軽鎖バリアントの可変ドメインアラインメントを示す。 可変ＣＡＯＶ３細胞のパーセンテージを示す。図の左側は、異なる重鎖を含むヒト化Ｆ軽鎖バリアントを含有するＡＤＣの用量反応曲線の生存率のパーセンテージを示す。図の右側は、異なる軽鎖バリアントを含むヒト化Ｄ重鎖を含有するＡＤＣの生存率を示す。 ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（４）薬物リンカーを有するヒト化バリアント間のｉｎ ｖｉｔｒｏ効力の相関を示す。 ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける３Ｄスフェロイドに対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ＡＤＣの細胞毒性プロファイルを示す。ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２ Ｆｃ融合体に対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ及びＨＦＬＤバリアントの両方のカイネティクス結合曲線及び値を示す。 ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦの様々な抗体濃度での内在化カイネティクスを示す。 ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２ Ｆｃ融合体に対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦとＨＦＬＤバリアントの両方のカイネティクス結合曲線及び値を示す。 ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２ ｆｃ融合体に対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ 及びＨＦＬＤのｐＨ７．４及びｐＨ６におけるカイネティクス結合曲線及び値を示す。 ＣＡＯＶ３マウスモデルにおけるｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及びＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性を示す。 ＮＣＩ－Ｎ８７マウスモデルにおけるｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及びＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性を示す。 ＮＣＩ－Ｎ８７マウスモデルにおけるｈ１２Ｆ３ ＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及びＨＦＬＤ－ｖｃ－ＭＭＡＥのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性を示す。 Ｈ１６５１マウスモデルにおけるｈ１２Ｆ３ ＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及びＨＦＬＤ－ｖｃ－ＭＭＡＥのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性を示す。 ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされたｈ１２Ｆ３ ＡＤＣで処置した場合の７つの異種移植モデルにわたる腫瘍体積変化率（％）を示す。 ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥまたはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートによるＮＣＩ－Ｎ８７胃癌モデルのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性をそれぞれのアイソタイプＡＤＣ対照と比較して示す。 ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥまたはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートによるＮＣＩ－Ｎ８７胃癌モデルのｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性をそれぞれのアイソタイプＡＤＣ対照と比較して示す。 ｈ１２Ｆ３－ＨＧＬＦ ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥによる、膵臓（ＨＰＡＣ）、胃（ＮＣＩ－Ｎ８７）、卵巣（ＣＡＯＶ３）及び肺（ＳＮＵ－２５３５）を含む４つの異種移植片腫瘍モデルにわたる腫瘍成長阻害のまとめを示す。平均非標的ＡＤＣは、破線で示される。 ｈ１２Ｆ３－ＨＤＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥで処置した卵巣患者由来の異種移植片に対する抗腫瘍活性を示す。Ａ）は、１２の異種移植片にわたる腫瘍成長阻害のまとめを示し、Ｂ）及びＣ）は、無処置コホートと比較した２つのコンジュゲート処置モデルの例を示す。 ヒトＡＬＰＰ及びサルオルソログＡＬＰＰに対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ及びＨＦＬＤの結合親和性を示す。 キメララット／ヒトＡＬＰＰ発現ＨＥＫ２９３細胞に対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦのエピトープマッピングを示す。 ｈ１２Ｆ３、ｈ１２Ｆ３－ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、ｈ１２Ｆ３－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥまたは陽性対照ｍＡｂ（行ごとに異なる）のヒトＦｃ受容体（列ごとに異なる）への結合を示すセンサーグラムを示す。平衡解離定数は、各センサーグラムの右上隅に列挙されている。 Ｎａ２［５１Ｃｒ］Ｏ４（Ｃｒ－５１）標識細胞をｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートの存在下でＮＫ細胞とインキュベートした後、クロム放出アッセイによって決定したＬｏＶｏ細胞の細胞溶解を示す。 ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートの存在下でＬｏＶｏ細胞とインキュベートしたマクロファージの貪食活性を、陽性（機能遮断抗ＣＤ４７抗体）またはアイソタイプコントロールと比較して示す。 ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ抗体及びＡＤＣによる発光レポーターのＦｃｇＲＩＩＩ媒介活性化を示す。 ２つの異なる濃度のｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートによる、免疫原性細胞死に関与する２つのシグナル伝達通路の活性化を示す。 １または１０ｍｇ／ｍｌのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥまたはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートで処置したＬｏＶｏ細胞による２４時間または４８時間の培地中のＡＴＰの放出を、遊離ＭＭＡＥ細胞毒素と比較して示す。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。
本明細書に記載または参照される技術及び手順は、当業者によって一般によく理解され、広く採用されているものであり、従来の方法論、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（２０１２）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｎ．Ｙ．；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，（２００３））；シリーズのＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；ＰＣＲ ２：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ ｅｄｓ．（１９９５））；Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，ｅｄ．（２０１３）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ），ｅｄ．，１９８７）；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ；Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）；Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）；Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）；Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）；Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）；Ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ．ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；及びその更新版に記載されている広く利用されている方法論などが使用される。本段落における前述の参考文献のそれぞれは、その全体が参照により本明細書に援用される。
Ｉ．定義
別途の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本開示が関係する技術分野の当業者によって一般的に理解されている意味と同じ意味を有する。例えば、Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ－Ｓｈｏｗ，２ｎｄ ｅｄ．，２００２，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ；Ｔｈｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ ｅｄ．，２０１３，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；ａｎｄ ｔｈｅ Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ Ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２ｎｄ ｅｄ．，２００６，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓは、本開示で使用される用語の多くに関する一般的な辞書を当業者に提供するものである。
文脈によって別途必要とされない限り、または明示されない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。
本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態「を含む」、「からなる」、及び／または「から本質的になる」を含むことが理解される。
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、特に指示のない限り、引用または列挙されるあらゆる構成要素の「１つ以上」を指すことを理解されたい。
本明細書で使用される「及び／または」という用語は、２つの指定された特徴または構成成分のそれぞれが、他方の有無にかかわらず具体的に開示されているとみなされるものとする。したがって、本明細書において「Ａ及び／またはＢ」などの文言中で使用される「及び／または」という用語は、「Ａ及びＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、及び「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／またはＣ」などの文言中で使用される「及び／または」という用語は、次の態様：Ａ、Ｂ、及びＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）のそれぞれを包含することが意図される。
「約」という用語は、当業者により決定される特定の値または組成について許容される誤差範囲内内である値または組成を指し、部分的には、その値または組成を測定または決定する方法、すなわち、測定系の限界に依存する。当業者によって理解されるように、本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつ説明する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記述は、「Ｘ」の記述を含む。
本明細書に記載されるように、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲または整数範囲は、特に指示のない限り、列挙される範囲内の任意の整数の値を含み、必要に応じて、その分数（整数の１／１０及び１／１００など）を含むものと理解される。
本明細書で商品名が使用される場合、その商品名への言及は、特に文脈による指定のない限り、その商品名の製品の製剤、ジェネリック医薬品、及び医薬品有効成分（複数可）にも言及する。
「ＡＬＰＰ」、「アルカリホスファターゼ」、「胎盤性アルカリホスファターゼ」、「ＡＬＰａｓｅ」、または「ＰＬＡＰ」という用語は、本明細書中で区別なく使用され、特に指定のない限り、天然に存在するヒトＡＬＰＰの任意のバリアント（例えば、スプライスバリアント、アレルバリアント）、アイソフォーム、及び脊椎動物種のホモログを含む。この用語は、プロセシングを受けていない「全長」ＡＬＰＰだけではなく、細胞内のプロセシングから生じるあらゆるＡＬＰＰの形態を包含する。例示的なヒトＡＬＰＰのアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ：Ｐ０５１８７またはＲｅｆＳｅｑ ＩＤ：ＮＭ＿００１６３２に記載されている。成熟ヒトＡＬＰＰタンパク質の具体的な一例のアミノ酸配列は、配列番号２に記載されている。
「ＡＬＰＰＬ２」、「胎盤性アルカリホスファターゼ様２」、または「胚細胞型アルカリホスファターゼ」という用語は、本明細書中で区別なく使用され、特に指定のない限り、天然に存在するヒトＡＬＰＰＬ２の任意のバリアント（例えば、スプライスバリアント、アレルバリアント）、アイソフォーム、及び脊椎動物種のホモログを含む。この用語は、プロセシングを受けていない「全長」ＡＬＰＰＬ２だけではなく、細胞内のプロセシングから生じるあらゆるＡＬＰＰＬ２の形態を包含する。例示的なヒトＡＬＰＰＬ２のアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ ＩＤ：Ｐ１０６９６またはＲｅｆＳｅｑ ＩＤ：ＮＭ＿０３１３１３に記載されている。成熟ヒトＡＬＰＰＬ２タンパク質の具体的な一例のアミノ酸配列は、配列番号４に記載されている。
本明細書で使用される「抗原結合タンパク質」（「ＡＢＰ」）とは、特定の標的抗原に結合するあらゆるタンパク質であって、その特定の抗原に結合する天然に存在する同種リガンド（複数可）またはかかるリガンドの断片（複数可）以外のものを意味する。本出願において、特定の標的抗原は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２またはＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の断片である。「抗原結合タンパク質」は、少なくとも１つの抗原結合領域またはドメイン（例えば、本明細書で定義される少なくとも１つの超可変領域（ＨＶＲ）または相補性決定領域（ＣＤＲ））を含むタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、１つまたは複数のポリペプチドなどのスカフォールドを含み、本明細書に記載される１つ以上（例えば、１、２、３、４、５または６つ）のＨＶＲ（複数可）またはＣＤＲ（複数可）がそこに埋め込まれ、及び／または接続される。いくつかの抗原結合タンパク質において、ＨＶＲまたはＣＤＲは、「フレームワーク」領域に埋め込まれ、それにより、ＨＶＲ（複数可）またはＣＤＲ（複数可）が方向付けられ、ＣＤＲ（複数可）の適切な抗原結合特性が達成される。いくつかの抗原結合タンパク質について、スカフォールドは、抗体またはその断片に由来する免疫グロブリン重鎖及び／または軽鎖（複数可）である。スカフォールドの追加例としては、ヒトフィブロネクチン（例えば、ヒトフィブロネクチンＩＩＩの１０番目の細胞外ドメイン）、ネオカルジノスタチンＣＢＭ４－２、リポカリン由来のアンチカリン、設計されたアンキリンリピートドメイン（ＤＡＲＰｉｎｓ）、プロテインＡドメイン（プロテインＺ）、Ｋｕｎｉｔｚドメイン、Ｉｍ９、ＴＰＲタンパク質、ジンクフィンガードメイン、ｐＶＩＩＩ、ＧＣ４、トランスフェリン、ＳＰＡのＢドメイン、Ｓａｃ７ｄ、Ａドメイン、ＦｙｎキナーゼのＳＨ３ドメイン、及びＣ型レクチン様ドメインが挙げられるが、これらに限定されない。（例えば、Ｇｅｂａｕｅｒ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ（２００９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，１３：２４５－２５５；Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１２５７－１２６８；及びＹｕ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ １０：２９３－３２０参照；そのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に援用される）。したがって、抗原結合タンパク質には、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、ミニボディ、Ｎａｎｏｂｏｄｉｅｓ（登録商標）などのドメイン抗体、合成抗体（本明細書において「抗体模倣体」と称されることもある）、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体融合体、及びそのそれぞれの部分または断片が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの場合にいて、抗原結合タンパク質は、完全抗体の機能性断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、ドメイン抗体またはミニボディ）である。ペプチボディは、抗原結合タンパク質の別の例である。いくつかの実施形態において、「抗原結合タンパク質」という用語は、誘導体、例えば、化学修飾された抗原結合タンパク質、例えば、標識または細胞毒性もしくは細胞増殖抑制性剤などの別の剤に接続された抗原結合タンパク質（例えば、抗体薬物コンジュゲートなどの抗原結合タンパク質コンジュゲート）を含む。
本明細書で使用される抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の「抗原結合断片」（または単純に「断片」）または「抗原結合ドメイン」は、どのように得られたか、または合成されたかにかかわらず、抗原結合タンパク質全体によって結合される抗原に特異的に結合する能力を保持している、抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の１つ以上の断片を指す。抗体断片の例としては、Ｆｖ；Ｆａｂ；Ｆａｂ’；Ｆａｂ’－ＳＨ；Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；線状抗体；一本鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。「Ｆｖ」断片は、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインの非共有結合二量体を含む。「Ｆａｂ」断片は、Ｆｖ断片の重鎖及び軽鎖可変ドメインに加えて、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）を含む。「Ｆ（ａｂ’）２」断片は、ヒンジ領域近くでジスルフィド結合によって接続された２つのＦａｂ断片を含む。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基の高分子化合物を指すために本明細書において区別なく使用され、最小の長さには限定されない。そのようなアミノ酸残基の高分子化合物は、天然または非天然のアミノ酸残基を含有し得、これらには、アミノ酸残基の二量体、三量体、ペプチド、オリゴペプチド、及び多量体が含まれるが、これらに限定されない。全長タンパク質及びその断片はいずれもこの定義に包含される。この用語はまた、ポリペプチドの発現後の修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化などを含む。「ポリペプチド」という用語は、タンパク質が所望の活性を保持する限り、天然配列に対して欠失、付加、及び置換（一般に本質的には保存的）などの修飾を含むタンパク質も指す。「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２抗原結合タンパク質を包含し、抗体、抗体断片、または抗原結合タンパク質の１つ以上のアミノ酸の欠失、付加及び／または置換を有する配列を含む。
「天然配列」または「天然に存在する」ポリペプチドには、自然に見出されるポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドが含まれる。したがって、天然配列ポリペプチドは、任意の哺乳動物に由来する天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列を有し得る。そのような天然配列ポリペプチドは、自然から単離することができ、または組み換えもしくは合成手段によって産生することもできる。「天然配列」ポリペプチドという用語は、具体的には、そのポリペプチドの天然に存在する切断型または分泌型（例えば、細胞外ドメイン配列）、そのポリペプチドの天然に存在するバリアント型（例えば、あるいはスプライシング型）及び天然に存在するアレルバリアントを包含する。
ポリペプチド「バリアント」とは、配列をアラインメントし、必要に応じてギャップを導入して最大配列同一性パーセントを達成した後、あらゆる保存的置換を配列同一性の一部として考慮しない場合に、天然または参照配列ポリペプチドと少なくとも約７０％、８０％、または９０％のアミノ酸配列同一性を有する、生物学的に活性なポリペプチド（例えば、抗原結合タンパク質または抗体）を意味する。そのようなバリアントには、例えば、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に１つ以上のアミノ酸残基の付加または欠失がある、ポリペプチドが含まれる。いくつかの実施形態において、バリアントは、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、バリアントは、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、バリアントは、天然配列ポリペプチドと少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性を有する。
本明細書で使用される場合、ペプチド、ポリペプチドまたは抗原結合タンパク質（例えば、抗体）配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」及び「相同性」は、配列をアラインメントし、必要に応じてギャップを導入して最大配列同一性パーセントを達成した後、あらゆる保存的置換を配列同一性の一部として考慮しない場合の、特定のペプチドまたはポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の百分率として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のためのアラインメントは、当該技術分野の技術範囲内である様々な方法、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭＥＧＡＬＩＧＮ（商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの一般に利用可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを評価するための適切なパラメータを決定することができる。例えば、所与のアミノ酸配列Ｂへの、当該配列Ｂとの、または当該配列Ｂに対する、所与のアミノ酸配列Ａの配列同一性％（あるいは、所与のアミノ酸配列Ｂへ、当該配列Ｂと、または当該配列Ｂに対して、ある特定の配列同一性％を有するまたは含む所与のアミノ酸配列Ａと表現することもできる）は、以下のように算出される。
１００×分数Ｘ／Ｙ
式中、Ｘは、Ａ及びＢの当該プログラムのアラインメントにおける配列によって完全な一致としてスコアリングされたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である。特に明記しない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性パーセントの値は、ＡＬＩＧＮ－２コンピュータプログラムを使用して、この式に従って算出される。アミノ酸配列Ａの長さとアミノ酸配列Ｂの長さが等しくない場合、ＡのＢに対する配列同一性パーセントは、ＢのＡに対する配列同一性パーセントとは等しくないことが理解されるであろう。
「リーダー配列」という用語は、哺乳動物細胞からのポリペプチドの分泌を促進するポリペプチドのＮ末端に位置するアミノ酸残基の配列を指す。リーダー配列は、哺乳動物細胞からポリペプチドが輸送される際に切断され得、成熟タンパク質が形成される。リーダー配列は、天然または合成であってよく、結合されるタンパク質に対して異種または同種であり得る。
「免疫グロブリン」という用語は、１対の軽（Ｌ）低分子鎖と１対の重（Ｈ）鎖の２対のポリペプチド鎖からなり、４つ全てがジスルフィド結合によって相互に接続されている、構造的に関連する糖タンパク質のクラスを指す。免疫グロブリンの構造は、十分に特徴付けされている。例えば、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｐａｕｌ，Ｗ．，ｅｄ．，７ｔｈ ｅｄ．Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ ．Ｙ．（２０１３））を参照されたい。簡潔に述べると、各重鎖は、典型的に、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨまたはＶＨと略される）及び重鎖定常領域（ＣＨまたはＣＨ）を含む。重鎖定常領域は、典型的に、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３の３つのドメインを含む。重鎖は、一般に、いわゆる「ヒンジ領域」でジスルフィド結合を介して相互に接続されている。各軽鎖は、典型的に、軽鎖可変領域（本明細書でＶＬまたはＶＬと略される）及び軽鎖定常領域（ＣＬまたはＣＬ）を含む。軽鎖定常領域は、典型的に、ＣＬの１つのドメインを含む。ＣＬは、κ（カッパ）またはλ（ラムダ）のアイソタイプであり得る。「定常ドメイン」及び「定常領域」という用語は、本明細書中で区別なく使用される。免疫グロブリンは、限定するものではないが、ＩｇＡ、分泌型ＩｇＡ、ＩｇＧ、及びＩｇＭを含む、一般に知られているアイソタイプのいずれかに由来し得る。ＩｇＧのサブクラスも当業者によく知られており、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４が含まれるが、これらに限定されない。「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラスまたはサブクラス（例えば、ＩｇＭまたはＩｇＧ１）を指す。
「抗体」という用語は、その最も広い意味で使用され、例えば、以下に記載されるように、モノクローナル抗体（全長またはインタクトモノクローナル抗体を含む）、ポリエピトープまたはモノエピトープ特異性を有する抗体、ポリクローナルまたは一価抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体、所望の生物学的活性を示す場合に限る）、一本鎖抗体、及び前述の断片を具体的に包含する。抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体及び／または親和性成熟抗体、ならびに他の種、例えば、マウス及びウサギなどに由来する抗体であり得る。したがって、「抗体」という用語は、例えば、特定の分子抗原に結合することが可能であり、ポリペプチド鎖の２つの同一ペアで構成される、免疫グロブリンクラスのポリペプチド内のＢ細胞のポリペプチド産物を含み、ここで、各ペアは、１つの重鎖（約５０～７０ｋＤａ）及び１つの軽鎖（約２５ｋＤａ）を有し、各鎖のそれぞれのアミノ末端部分は、約１００～約１３０以上のアミノ酸の可変領域を含み、各鎖のそれぞれのカルボキシ末端部分は、定常領域を含む。例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ｅｄ．，２ｄ ｅｄ．１９９５）；ａｎｄ Ｋｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（３ｄ ｅｄ．１９９７）を参照されたい。「抗体」という用語はまた、限定するものではないが、合成抗体、組み換え産生抗体、ラクダ化抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、及び上記のいずれかの機能性断片（例えば、抗原結合断片）を含み、当該断片は、その断片が由来する抗体の結合活性のいくつかまたは全てを保持している抗体重鎖または軽鎖ポリペプチドの部分を指す。機能性断片（例えば、抗原結合断片）の非限定的な例としては、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（例えば、単一特異性、二重特異性などを含む）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、Ｆ（ａｂ）２断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｄｓＦｖ）、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、及びミニボディが挙げられる。特に、本明細書で提供される抗体は、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、例えば、抗原に結合する抗原結合部位（例えば、抗体の１つ以上のＣＤＲ）を含有する抗原結合ドメインまたは分子を含む。そのような抗体断片は、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８９）；Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ（Ｍｙｅｒｓ ｅｄ．，１９９５）；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃｓ ２２：１８９－２２４；Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ，１９８９，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１７８：４９７－５１５；及びＤａｙ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２ｄ ｅｄ．１９９０）に見出すことができる。本明細書で提供される抗体は、免疫グロブリン分子の任意のクラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＡ）または任意のサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）のものであり得る。
本明細書で使用される「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、配列が超可変的である抗体可変ドメインの領域のそれぞれを指す。ＨＶＲは、構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成することができる。一般に、天然４本鎖抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つはＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）中にあり、３つはＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）中にある。天然抗体において、６つのＨＶＲのうち、Ｈ３及びＬ３がで最も高い多様性を呈し、特にＨ３が抗体に優れた特異性を与える上で特有の役割を果たすと考えられる。例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７－４５（２０００）；Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｗｕ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１ －２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）を参照されたい。実際に、天然に存在する重鎖のみからなるラクダ科抗体は、軽鎖がなくても機能性であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ－Ｃａｓｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６－４４８（１９９３）；Ｓｈｅｒｉｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３－７３６（１９９６）を参照されたい。
ＨＶＲは、一般に、超可変ループ及び／または「相補性決定領域」（ＣＤＲ）に由来するアミノ酸残基を含み、ＣＤＲは、配列可変性が最も高く、及び／または抗原認識に関与する。所与のＣＤＲの境界を定義するスキームは、様々なものが当該技術分野において知られている。例えば、Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づき、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｔ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１））。一方、Ｃｈｏｔｈｉａは構造ループの位置に言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造的ループとの間の折衷物を表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている。「Ｃｏｎｔａｃｔ」ＣＤＲは、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づいている。上述のスキームに関する更なる詳細及び他のナンバリング規則は、次の参考文献に提供されている：Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」ナンバリングスキーム）；ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６），（「Ｃｏｎｔａｃｔ」ナンバリングスキーム）；Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５－７７（「ＩＭＧＴ」ナンバリングスキーム）；及びＨｏｎｅｇｇｅｒ Ａ．＆ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ．（２００１）Ｊ．Ｍｏｌ／ Ｂｉｏｌ．３０９：６５７－７０（ＡＨｏナンバリングスキーム）。
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ領域及び関連配列は、前述のナンバリング規則の１つに基づいて、ＣＤＲ領域及び関連配列と同じである。したがって、例示的なＨＶＲ及び／またはＣＤＲの残基を以下の表１にまとめる。
Figure 2024510122000002
いくつかの実施形態において、ＨＶＲは、次の伸長ＨＶＲを含み得る：ＶＬの２４～３６または２４～３４（Ｌ１）、４６～５６または５０～５６（Ｌ２）及び８９～９７または８９～９６（Ｌ３）及びＶＨの２６～３５（Ｈ１）、５０～６５または４９～６５（Ｈ２）及び９３～１０２、９４～１０２または９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々に対して、Ｋａｂａｔら（上掲）に従ってナンバリングされる。
特に指定のない限り、所与の抗体またはその領域、例えば、可変領域、及び抗体またはその領域の個々のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２）の「ＣＤＲ」及び「相補性決定領域」という用語は、本明細書に上述される既知のスキームのいずれかによって定義される相補性決定領域を包含することを理解されたい。いくつかの場合において、特定の１つのＣＤＲまたは複数のＣＤＲを識別するためのスキームは、ＩＭＧＴ、Ｋａｂａｔ、ＡｂＭ、Ｃｈｏｔｈｉａ、またはＣｏｎｔａｃｔの方法によって定義されるＣＤＲのように指定される。他の場合において、ＣＤＲの特定のアミノ酸配列が与えられる。
したがって、いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＩＭＧＴシステムによって定義されるＣＤＲ及び／またはＨＶＲを含む。他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、Ｋａｂａｔシステムによって定義されるＣＤＲまたはＨＶＲを含む。更に他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＡｂＭシステムによって定義されるＣＤＲまたはＨＶＲを含む。更に他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、Ｃｈｏｔｈｉａシステムによって定義されるＣＤＲまたはＨＶＲを含む。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、図５～８に特定されるまたは本明細書に別途示されるＨＶＲ及び／またはＣＤＲ残基を含む。
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の抗原への結合に関与する、抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の重鎖または軽鎖のドメインを指す。抗体などの抗原結合タンパク質の重鎖及び軽鎖の可変領域またはドメイン（それぞれＶＨ及びＶＬ）は、超可変領域（ＨＶＲ）または相補性決定領域（ＣＤＲ）などの超可変性の領域（または構造的に定義されたループの配列及び／または形態において超可変であり得る超可変領域）と、その間に点在するフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる保存性の高い領域に更に分けることができる。一般に、各重鎖可変領域には３つのＨＶＲ（ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３）またはＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３）があり、各軽鎖可変領域には、３つのＨＶＲ（ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２、ＨＶＲ－Ｌ３）またはＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３）がある。「フレームワーク領域」及び「ＦＲ」は、重鎖及び軽鎖の可変領域のＨＶＲ以外またはＣＤＲ以外の部分を指すことが当該技術分野において知られている。一般に、各全長重鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、及びＦＲ－Ｈ４）があり、各全長軽鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、及びＦＲ－Ｌ４）がある。各ＶＨ及びＶＬ内において、３つのＨＶＲまたはＣＤＲ及び４つのＦＲは、典型的に、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、次の順序で配置されている：ＨＶＲの場合にはＦＲ１、ＨＶＲ１、ＦＲ２、ＨＶＲ２、ＦＲ３、ＨＶＲ３、ＦＲ４、またはＣＤＲの場合にはＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｔ．Ｂｉｏｌ．，１９５，９０１－９１７（１９８７）も参照）。単一のＶＨまたはＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。加えて、特定の抗原に結合する抗体は、その抗原に結合する抗体に由来するＶＨまたはＶＬドメインを使用して、それぞれ補完的なＶＬまたはＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングすることで、単離することができる。例えば、Ｐｏｒｔｏｌａｎｏ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：８８０－８８７（１９９３）；Ｃｌａｒｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８（１９９１）を参照されたい。
本明細書で使用される「重鎖可変領域」（ＶＨ）という用語は、重鎖のＨＶＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、及びＨＶＲ－Ｈ３を含む領域を指す。例えば、重鎖可変領域は、重鎖のＣＤＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、及びＣＤＲ－Ｈ３を含み得る。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域はまた、少なくともＦＲ－Ｈ１の一部及び／または少なくともＦＲ－Ｈ４の一部を含む。
本明細書で使用される「重鎖定常領域」という用語は、少なくとも３つの重鎖定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３を含む領域を指す。非限定的な重鎖定常領域は、γ、δ、及びαを含む。非限定的な重鎖定常領域はまた、ε及びμを含む。各重鎖定常領域は、抗体アイソタイプに対応する。例えば、γ定常領域を含む抗体は、ＩｇＧ抗体であり、δ定常領域を含む抗体は、ＩｇＤ抗体であり、α定常領域を含む抗体は、ＩｇＡ抗体である。更に、μ定常領域を含む抗体は、ＩｇＭ抗体であり、ε定常領域を含む抗体は、ＩｇＥ抗体である。特定のアイソタイプは、更にサブクラスに分けることができる。例えば、ＩｇＧ抗体は、限定するものではないが、ＩｇＧ１（γ１定常領域を含む）、ＩｇＧ２（γ２定常領域を含む）、ＩｇＧ３（γ３定常領域を含む）及びＩｇＧ４（γ４定常領域を含む）抗体を含み、ＩｇＡ抗体は、限定するものではないが、ＩｇＡ１（α１定常領域を含む）及びＩｇＡ２（α２定常領域を含む）抗体を含み、ＩｇＭ抗体は、限定するものではないが、ＩｇＭ１及びＩｇＭ２を含む。
本明細書で使用される「重鎖」（ＨＣ）という用語は、リーダー配列の有無に関係なく、少なくとも重鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。いくつかの実施形態において、重鎖は、重鎖定常領域の少なくとも一部を含む。本明細書で使用される「全長重鎖」という用語は、リーダー配列の有無に関係なく、重鎖可変領域及び重鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
本明細書で使用される場「軽鎖可変領域」（ＶＬ）という用語は、軽鎖のＨＶＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＨＶＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、及びＨＶＲ－Ｌ３を含む領域を指す。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、軽鎖のＣＤＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、及びＣＤＲ－Ｌ３を含む。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域はまた、ＦＲ－Ｌ１及び／またはＦＲ－Ｌ４を含む。
本明細書で使用される「軽鎖定常領域」という用語は、軽鎖定常ドメインＣＬを含む領域を指す。非限定的な軽鎖定常領域は、λ及びκを含む。
本明細書で使用される「軽鎖」（ＬＣ）という用語は、リーダー配列の有無に関係なく、少なくとも軽鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。いくつかの実施形態において、軽鎖は、軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む。本明細書で使用される「全長軽鎖」という用語は、リーダー配列の有無に関係なく、軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
「ＥＵナンバリングシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基について言及する際に使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１で報告されているＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔにおけるＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。本明細書において別途の記載がない限り、抗体の定常ドメインにおける残基番号への言及は、ＥＵナンバリングシステムによる残基ナンバリングを意味する。
「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られた抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る天然に存在する変異の可能性を除いて同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原部位を対象とする。異なる決定基（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を含み得るポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。
本明細書で使用される「二重特異性」抗体は、少なくとも２つの異なる抗原エピトープに対して結合特異性を有する抗体を指す。一実施形態において、エピトープは、同じ抗原に由来する。別の実施形態において、エピトープは、２つの異なる抗原に由来する。二重特異性抗体を作製するための方法は、当該技術分野において知られている。例えば、二重特異性抗体は、２つの免疫グロブリン重鎖／軽鎖対の共発現を使用して組み換え的に産生することができる。例えば、Ｍｉｌｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３０５：５３７－３９（１９８３）を参照されたい。あるいは、二重特異性抗体は、化学連結を使用して調製することができる。例えば、Ｂｒｅｎｎａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１（１９８５）を参照されたい。二重特異性抗体は、二重特異性抗体断片を含む。例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４－４８（１９９３），Ｇｒｕｂｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照されたい。
「デュアル可変ドメイン免疫グロブリン」または「ＤＶＤ－Ｉｇ」は、例えば、ＤｉＧｉａｍｍａｒｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．８９９：１４５－１５６，２０１２；Ｊａｋｏｂ ｅｔ ａｌ．，ＭＡＢｓ ５：３５８－３６３，２０１３；ならびに米国特許第７，６１２，１８１号；同第８，２５８，２６８号；同第８，５８６，７１４号；同第８，７１６，４５０号；同第８，７２２，８５５号；同第８，７３５，５４６号；及び同第８，８２２，６４５号に記載されているような多価及び多重特異性結合タンパク質を指し、それぞれは、その全体が参照により援用される。
「デュアル親和性再標的化タンパク質」または「ＤＡＲＴ」は、二重特異性抗体の１つの形態であって、ある抗体に由来する重鎖可変ドメインが別の軽鎖可変ドメインと連結し、２つの鎖が会合しているものであり、例えば、Ｇａｒｂｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ １３：７９９－８０１，２０１４に記載されている。
「二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー」または「ＢｉＴＥ（登録商標）」は、タンデムｓｃＦｖ分子をもたらす２つのｓｃＦｖ断片の遺伝子融合体であり、例えば、Ｂａｅｕｅｒｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６９：４９４１－４９４４，２００９に記載されている。
本明細書で使用される「キメラ抗体」は、重鎖及び／または軽鎖の一部分が特定の源または種に由来するのに対し、重鎖及び／または軽鎖の残りの部分は異なる源または種に由来する抗体を指す。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、第１の種（例えば、マウス、ラット、カニクイザルなど）に由来する少なくとも１つの可変領域と、第２の種（例えば、ヒト、カニクイザルなど）に由来する少なくとも１つの定常領域とを含む、抗体を指す。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、少なくとも１つのマウス可変領域と、少なくとも１つのヒト定常領域とを含む。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、少なくとも１つのカニクイザル可変領域と、少なくとも１つのヒト定常領域とを含む。いくつかの実施形態において、キメラ抗体の可変領域の全てが第１の種に由来し、キメラ抗体の定常領域の全てが第２の種に由来する。
本明細書で使用される「ヒト化抗体」という用語は、ヒト抗体定常ドメインと、ヒト可変ドメインに対して高レベルの配列相同性を含有するように改変された非ヒト可変ドメインとを含有する、遺伝子組み換えされた非ヒト抗体を指す。これは、６つの非ヒト抗体相補性決定領域（ＣＤＲ）を相同なヒトアクセプターフレームワーク領域（ＦＲ）にグラフトすることによって達成することができる（ＷＯ９２／２２６５３及びＥＰ０６２９２４０参照）。親抗体の結合親和性及び特異性を完全に再現するために、親抗体（すなわち、非ヒト抗体）由来のフレームワーク残基のヒトフレームワーク領域への置換（復帰変異）が必要となる場合もある。抗体の結合特性に重要なフレームワーク領域中のアミノ酸残基を特定するには、構造的ホモロジーモデリングが役立ち得る。したがって、ヒト化抗体は、非ヒトＣＤＲ配列と、主にヒトフレームワーク領域（任意選択により非ヒトアミノ酸配列への１つ以上のアミノ酸復帰変異を含む）と、完全なヒト定常領域とを含み得る。任意選択により、親和性及び生化学的特性などの好ましい特徴を有するヒト化抗体を得るために、必ずしも復帰変異ではない追加のアミノ酸修飾が適用されてもよい。
本明細書で使用される「ヒト抗体」は、ヒトで産生される抗体、ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（登録商標）などのヒト免疫グロブリン遺伝子を含む非ヒト動物で産生される抗体、及びファージディスプレイなどのｉｎ ｖｉｔｒｏ法を使用して選択される抗体（ここで、抗体レパートリーは、ヒト免疫グロブリン配列に基づく）を指す。「ヒト抗体」は、ＦＲ及びＣＤＲの両方がヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有するものである。更に、抗体が定常領域を含有する場合、当該定常領域もまたヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列に由来し得る。本開示のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列によってコードされていないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのランダム変異導入もしくは部位特異的変異導入、またはｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞変異によって導入される変異）を含み得る。しかしながら、「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列にグラフトされた抗体を含むことを意図していない。「ヒト抗体」及び「完全ヒト抗体」という用語は、同義に使用される。
本明細書における目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義される、ヒト免役グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来するアクセプターヒトフレームワークは、当該フレームワークと同じアミノ酸配列を含んでもよいし、またはアミノ酸配列変化を含有してもよい。いくつかの実施形態において、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、または２以下である。いくつかの実施形態において、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、配列において、ＶＬヒト免役グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と同一である。
「親和性成熟」抗体は、１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ以上の改変を含む抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、そのような改変により、抗原に対する抗体の親和性が改善する、抗体を指す。いくつかの例において、親和性成熟抗体は、１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ）に１つ以上の改変を含む抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、そのような改変により、抗原に対する抗体の親和性が改善する、抗体を指す。
「誘導体」という用語は、アミノ酸（または核酸）の挿入、欠失、または置換以外の化学修飾を含む分子（例えば、抗体またはその断片などの抗原結合タンパク質）を指す。ある特定の実施形態において、誘導体は、限定するものではないが、ポリマー、脂質、または他の有機もしくは無機部分との化学結合を含む、共有結合による修飾を含む。ある特定の実施形態において、特定の抗原結合タンパク質の誘導体は、化学修飾されていない抗原結合タンパク質よりも大きい循環半減期を有し得る。ある特定の実施形態において、誘導体は、所望の細胞、組織、及び／または器官に対して改善された標的化能を有し得る。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質の誘導体は、限定するものではないが、モノメトキシポリエチレングリコール、デキストラン、セルロース、または他の炭水化物系ポリマー、ポリ（Ｎ－ビニルピロリドン）－ポリエチレングリコール、プロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）及びポリビニルアルコール、ならびにそのようなポリマーの混合物を含む、１つ以上のポリマーを含むように共有結合的に修飾される。例えば、米国特許第４，６４０，８３５号、同第４，４９６，６８９号、同第４，３０１，１４４号、同第４，６７０，４１７号、同第４，７９１，１９２号及び同第４，１７９，３３７号を参照されたい。
本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗原（例えば、ＡＬＰＰまたはＡＬＰＰＬ２）上の部位であって、その抗原を標的とする抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）が結合する部位を指す。エピトープは、多くの場合、アミノ酸、ポリペプチド、糖側鎖、ホスホリルまたはスルホニル基などの化学的に活性な分子表面基からなり、特定の三次元構造特徴及び特定の電荷特徴を有する。エピトープは、三次フォールディングによって並置される、抗原の連続アミノ酸または非連続アミノ酸の両方から形成され得る。連続する残基から形成されるエピトープは、典型的に、変性溶媒に曝されても保持されるが、三次フォールディングによって形成されるエピトープは、典型的に、変性溶媒で処理すると失われる。ある特定の実施形態において、エピトープは、限定するものではないが、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７個のアミノ酸を固有の空間的配置で含み得る。いくつかの実施形態において、エピトープは、固有の空間コンフォメーションにある３～５、４～６、または８～１０個のアミノ酸を指す。更なる実施形態において、エピトープは、２０アミノ酸長未満、１５アミノ酸長未満または１２アミノ酸長未満、１０アミノ酸長未満、または８アミノ酸長未満である。一実施形態において、本発明の抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体のエピトープは、配列番号７３及び／または配列番号７４を含む。エピトープは、結合に直接関与するアミノ酸残基（エピトープの免疫優性要素とも呼ばれる）及び結合に直接関与しない他のアミノ酸残基、例えば、抗原結合分子によって効果的に遮断またはカバーされるアミノ酸残基（すなわち、アミノ酸は、抗原結合分子のフットプリント内にある）を含み得る。エピトープの空間コンフォメーションを決定する方法には、例えば、Ｘ線結晶学、二次元核磁気共鳴、及びＨＤＸ－ＭＳが含まれる（例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６，Ｇ．Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ，Ｅｄ．（１９９６）参照）。抗原の所望のエピトープが決定されれば、そのエピトープに対する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）は、確立された技術を使用して生成することができる。次いで、得られた抗原結合タンパク質を競合アッセイでスクリーニングして、同じまたは重複するエピトープに結合する抗原結合タンパク質を特定することができる。相互競合試験に基づいて抗体をビニングするための方法は、ＷＯ０３／４８７３１に記載されている。
「非線状エピトープ」または「高次構造エピトープ」は、エピトープに特異的な抗体が結合する、抗原タンパク質内の非連続のポリペプチド、アミノ酸、及び／または糖を含む。
「線状エピトープ」は、エピトープに特異的な抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）が結合する、抗原タンパク質内の連続したポリペプチド、アミノ酸、及び／または糖を含む。
「競合する」という用語は、同じエピトープに対して競合する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）の文脈で使用される場合、試験される抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）（例えば、試験抗体）が、参照抗原結合タンパク質（例えば、参照抗体）の共通抗原（例えば、ＡＬＰＰもしくはＡＬＰＰＬ２またはその断片）に対する特異的結合を阻止または阻害する（部分的にまたは完全に）アッセイによって決定される、抗原結合タンパク質間の競合を意味する。ある抗原結合タンパク質が他の抗原結合タンパク質と競合するかどうかを判定するには、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）分析などの様々なラベルフリーバイオセンサーアプローチを含む数多くのタイプの競合結合アッセイを使用することができる（例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．，２００９，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３８６：１７２－１８０；Ａｂｄｉｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ３８２：１０１－１１６；及びＡｂｄｉｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．，２０１４ ＰＬｏＳ Ｏｎｅ９：ｅ９２４５１。使用することができる他のアッセイには、固相ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）直接法または間接法、固相酵素免疫測定（ＥＩＡ）直接法または間接法、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２－２５３参照）；固相ビオチン－アビジンＥＩＡ直接法（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４－３６１９参照）、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ（例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ参照）；Ｉ－１２５標識を使用する固相標識ＲＩＡ直接法（例えば、Ｍｏｒｅｌ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：７－１５参照）；固相ビオチン－アビジンＥＩＡ直接法（例えば、Ｃｈｅｕｎｇ，ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６－５５２参照）；直接標識ＲＩＡ（Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３２：７７－８２）が含まれる。典型的に、試験抗原結合タンパク質は、過剰に存在する（例えば、少なくとも２ｘ、５ｘ、１０ｘ、２０ｘまたは１００ｘ）。通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合、競合抗原結合タンパク質は、共通抗原に対する参照抗原結合タンパク質の特異的結合を少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％阻害する。各抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）が他の抗原結合タンパク質のその同種エピトープとの結合を検出可能に阻害する場合、その程度が同じであるか、より大きいか、より小さいかにかかわらず、抗原結合タンパク質は、そのそれぞれのエピトープ（複数可）の結合について互いに「交差競合する」または互いに「交差遮断する」といわれる。典型的に、そのような交差競合試験は、競合試験について上述した条件及び方法を使用して行われ、遮断の程度は、いずれの方法でも、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％である。競合抗原結合タンパク質を特定するための方法に関する更なるアプローチ及び詳細は、本明細書の実施例に記載される。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有性相互作用の合計の強さを指す。分子Ｘの、そのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当該技術分野において知られている一般的な方法によって測定することができる。
「親和性成熟」抗体は、１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ以上の改変を含む抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、そのような改変により、抗原に対する抗体の親和性が改善する、抗体を指す。いくつかの例において、親和性成熟抗体は、１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ）に１つ以上の改変を含む抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、そのような改変により、抗原に対する抗体の親和性が改善する、抗体を指す。
本明細書で使用される場合、抗原結合タンパク質のその標的抗原に対する結合の文脈における「特異的に結合する」、「結合」もしくは単純に「結合する」という用語または他の関連する用語は、抗原結合タンパク質が、非標的分子に対して、本質的にバックグラウンド結合を示すことを意味する。しかしながら、標的抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（例えば、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２）は、異なる種に由来するＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２タンパク質と交差反応する場合がある。典型的に、ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗原結合タンパク質は、解離定数（ＫＤ）が、抗体をリガンドとして及び抗原をアナライトとして使用する表面プラズマ共鳴（ＳＰＲ）技術（例えば、ＢＩＡＣｏｒｅ，ＧＥ－Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）により測定したときに、１０－７Ｍ以下、例えば、約１０－８Ｍ以下、例えば、約１０－９Ｍ以下、約１０－１０Ｍ以下、約１０－１１Ｍ以下、または更に約１０－１２以下である場合、ヒトＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に特異的に結合する。
「ＫＤ」（Ｍ）という用語は、本明細書で使用される場合、特定の抗原結合タンパク質－抗原相互作用（例えば、抗体－抗原相互作用）の平衡解離定数を指す。本明細書で使用される親和性及びＫＤは、逆相関しており、親和性が高いほどＫＤが低いことを指すことが意図され、親和性が低いほどＫＤが高いことを指すことが意図される。
「抗体薬物コンジュゲート」または単純に「ＡＤＣ」は、細胞毒性剤または細胞増殖抑制性剤にコンジュゲートされた抗体を指す。抗体薬物コンジュゲートは、典型的に、細胞表面上の標的抗原（例えば、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２）に結合し、続いて、抗体薬物コンジュゲートが細胞に内在化し、そこで薬物が放出される。
「ｖｃ」及び「ｖａｌ－ｃｉｔ」という略字は、ジペプチドのバリン－シトルリンを指す。
ＬＡＥという略字は、トリペプチドリンカーのロイシン－アラニン－グルタミン酸を指す。ｄＬＡＥという略字は、トリペプチドリンカーのＤ－ロイシン－アラニン－グルタミン酸を指し、ここで、トリペプチドリンカー中のロイシンは、Ｄ型である。
ＶＫＧという略字は、トリペプチドリンカーのバリン－リシン－グリシンを指す。
「ＰＡＢＣ」という略字は、自壊性スペーサーを指す：
「ｍｃ」という略字は、ストレッチャーのマレイミドカプロイルを指す：
「ｍｐ」という略字は、ストレッチャーのマレイミドプロピオニルを指す：
本明細書で使用される「ＰＥＧ単位」は、エチレンオキシサブユニット（ＰＥＧまたはＰＥＧサブユニット）の繰り返しから構成される有機部分であり、多分散系、単分散または離散（すなわち、ばらばらな数のエチレンオキシサブユニットを有する）であり得る。多分散ＰＥＧは、サイズと分子量が不均一な混合物であるのに対し、単分散ＰＥＧは、典型的に、不均一な混合物から精製されるので、単一の鎖長及び分子量となる。好ましいＰＥＧ単位は、重合プロセスによらず、段階的に合成される化合物である、離散ＰＥＧを含む。離散ＰＥＧは、定義された特定の鎖長を持つ単一の分子を提供する。
本明細書で提供されるＰＥＧ単位は、１つまたは複数のポリエチレングリコール鎖を含み、そのそれぞれは、１つ以上のエチレンオキシサブユニットから構成され、互いに共有結合されている。ポリエチレングリコール鎖は、例えば、線状、分枝状または星形の構造に連結し得る。典型的に、カンプトテシンコンジュゲートに組み込む前のポリエチレングリコール鎖のうちの少なくとも１つは、一端が、カルバミン酸メチル単位のカルバミン酸窒素に共有結合するための求電子性基で置換されたアルキル部分で誘導体化されている（すなわち、Ｒの一例を表す）。典型的に、リンカーユニットの残りの部分への共有結合に関与しない各ポリエチレングリコール鎖中の末端エチレンオキシサブユニットは、典型的に、任意選択により、－ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ３またはＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈなどのアルキルで置換されたＰＥＧキャッピング単位で修飾される。好ましいＰＥＧ単位は、２～２４個の－ＣＨ２ＣＨ２Ｏ－サブユニットが直列に結合し、一端がＰＥＧキャッピング単位で終わっている、単一のポリエチレングリコール鎖を有する。
「細胞毒性作用」とは、標的細胞の枯渇、除去及び／または殺傷を指す。
「細胞毒性剤」とは、細胞に対して細胞毒性作用を有する剤を指す。
「細胞増殖抑制性作用」とは、細胞増殖の阻害を指す。
「細胞増殖抑制性剤」とは、細胞に対して細胞増殖抑制性作用を有し、それにより、細胞の特定のサブセットの成長及び／または拡大を阻害する剤を指す。細胞増殖抑制性剤は、抗体にコンジュゲートされるか、または抗体と組み合わせて投与され得る。
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部分を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するように使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及びバリアントＦｃ領域を含む。一実施形態において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、重鎖のＣｙｓ２２６またはＰｒｏ２３０からカルボキシル末端にわたる。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リシン（Ｌｙｓ４４７）は、存在する場合もあれば、しない場合もある。本明細書において特に指定のない限り、Ｆｃ領域または定常領域のアミノ酸残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１．に記載されている、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵナンバリングシステムに従う。
「機能性Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を保有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｆｃ受容体結合；Ｃ１ｑ結合；補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；抗体依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体；ＢＣＲ）の下方制御などが挙げられる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Ｆｃ領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）に結合することを必要とし、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「天然配列Ｆｃ領域」は、自然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域には、天然配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）、天然配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域、及び天然配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびに天然に存在するそれらのバリアントが含まれる。
「バリアントＦｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって、天然配列Ｆｃ領域のアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を表す。いくつかの実施形態において、ＦｃγＲは、天然ヒトＦｃＲである。いくつかの実施形態において、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマ受容体）に結合するものであり、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体を含み、それらの受容体のアレルバリアント、あるいはスプライス形態を含む。ＦｃγＲＩＩ受容体は、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「抑制性受容体」）を含み、これらは、その細胞質ドメインが主に異なる同様のアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメイン中に免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含有する。抑制性受容体ＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメイン中に免疫受容体チロシン抑制性モチーフ（ＩＴＩＭ）を含有する（例えば、Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３－２３４（１９９７）参照）。ＦｃＲについては、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７－９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５－３４（１９９４）；及びｄｅ Ｈａａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０－４１（１９９５）に概説されている。今後特定されるものを含む他のＦｃＲも本明細書における「ＦｃＲ」という用語に包含される。「Ｆｃ領域」または「ＦｃＲ」という用語はまた、母体ＩｇＧの胎児への転移（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））及び免疫グロブリンのホメオスタシスの調節に関与する胎児性受容体ＦｃＲｎを含む。ＦｃＲｎに対する結合を測定する方法は知られている（例えば、Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ １８（１２）：５９２－５９８（１９９７）；Ｇｈｅｔｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（７）：６３７－６４０（１９９７）；Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３－６２１６（２００４）；ＷＯ２００４／９２２１９（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）。
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域に帰属する生物学的活性を指し、抗体アイソタイプによって様々である。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃｌｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；抗体依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御；及びＢ細胞の活性化が挙げられる。そのような機能は、例えば、貪食活性もしくは溶解活性を有する免疫細胞上のＦｃ受容体にＦｃエフェクタードメイン（複数可）が結合すること、または補体系の成分にＦｃエフェクタードメイン（複数可）が結合することによって、影響を受け得る。典型的に、Ｆｃ結合細胞または補体成分によって媒介される作用（複数可）により、ＣＤ３３標的細胞が抑制され、及び／または枯渇する。抗体のＦｃ領域は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）発現細胞を動員し、その細胞を抗体で覆われた標的細胞と近接させることができる。ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ６４）を含むＩｇＧに対する表面ＦｃＲを発現する細胞は、ＩｇＧで覆われた細胞を破壊するエフェクター細胞として機能し得る。そのようなエフェクター細胞には、単球、マクロファージ、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球及び好酸球が含まれる。ＩｇＧによるＦｃγＲへの係合は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）または抗体依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）を活性化する。ＡＤＣＣは、ＣＤ１６＋エフェクター細胞によって、膜貫通孔形成タンパク質及びプロテアーゼの分泌を通して媒介され、貪食は、ＣＤ３２＋及びＣＤ６４＋エフェクター細胞によって媒介される（例えば、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈｅｄ．，Ｐａｕｌ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ，Ｎ．Ｙ．，１９９７，Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３，１７ ａｎｄ ３０；Ｕｃｈｉｄａ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９９：１６５９－６９；Ａｋｅｗａｎｌｏｐ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６１：４０６１－６５；Ｗａｔａｎａｂｅ ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｔｒｅａｔ．５３：１９９－２０７参照。
「ヒトエフェクター細胞」は、１つ以上のＦｃＲを発現し、かつエフェクター機能を実行する白血球である。ある特定の実施形態において、これらの細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能（複数可）を行う。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞、及び好中球が挙げられる。エフェクター細胞は、天然源、例えば、血液から単離され得る。
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」または「ＡＤＣＣ」とは、標的細胞の細胞表面上の抗原に結合した抗体のＦｃ領域が、特定の細胞傷害性エフェクター細胞（例えば、ＮＫ細胞、好中球、及びマクロファージ）上に存在するＦｃ受容体（ＦｃＲ）と相互作用する細胞傷害性の機序を指す。この相互作用により、これらの細胞傷害性エフェクター細胞は、その後、細胞毒素で標的細胞を殺傷することができる。ＡＤＣＣを媒介する主な細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞にけるＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７－９２（１９９１）の４６４頁表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号もしくは同第５，８２１，３３７号または米国特許第６，７３７，０５６号（Ｐｒｅｓｔａ）に記載されているものなどのｉｎ ｖｉｔｒｏ ＡＤＣＣアッセイを実施することができる。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が含まれる。目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されているものなどの動物モデルでｉｎ ｖｉｖｏで評価することもできる。改変されたＦｃ領域アミノ酸配列を有する追加のポリペプチドバリアント（バリアントＦｃ領域を含むポリペプチド）、及びＡＤＣＣ活性の増加または減少については、例えば、米国特許第７，９２３，５３８号、及び米国特許第７，９９４，２９０号に記載されている。
「補体依存性細胞傷害」または「ＣＤＣ」とは、補体の存在下で標的細胞を溶解することを指す。古典的補体経路の活性化は、補体系の第１の成分（Ｃ１ｑ）が、標的細胞上の同種抗原に結合している抗体（適切なサブクラスの抗体）のＦｃ領域に結合することによって開始する。この結合により、一連の酵素反応が活性化され、最終的には標的細胞膜に孔が形成された後、細胞死に至る。補体の活性化はまた、白血球上の補体受容体（例えば、ＣＲ３）に結合することによってＡＤＣＣを媒介する補体成分の標的細胞表面上への沈着をもたらし得る。補体活性化を評価するために、例えば、Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２０２：１６３（１９９６）に記載されているＣＤＣアッセイを実施することができる。改変されたＦｃ領域アミノ酸配列を有するポリペプチドバリアント（バリアントＦｃ領域を有する抗体などのポリペプチド）及びＣ１ｑ結合能の増加または減少については、例えば、米国特許第６，１９４，５５１Ｂ１号、米国特許第７，９２３，５３８号、米国特許第７，９９４，２９０号及びＷＯ１９９９／５１６４２に記載されている。例えば、Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）も参照されたい。
「抗体依存性細胞貪食」、または単純に「ＡＤＣＰ」という用語は、ＩｇのＦｃ領域に結合する貪食性免疫細胞（例えば、マクロファージ、好中球及び樹状細胞）によって、抗体で覆われた細胞が全体的または部分的に取り込まれるプロセスを指す。
ＦｃＲ結合親和性またはＡＤＣＣ活性（例えば、抗体）が「改変された」ポリペプチドバリアントは、親ポリペプチドまたは天然配列Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して、増大または低減したＦｃＲ結合活性及び／またはＡＤＣＣ活性のいずれかを有するものである。ＦｃＲに対する「結合の増加を示す」ポリペプチドバリアントは、親ポリペプチドよりも良好な親和性で少なくとも１つのＦｃＲに結合する。ＦｃＲに対する「結合の減少を示す」ポリペプチドバリアントは、親ポリペプチドよりも低い親和性で少なくとも１つのＦｃＲに結合する。いくつかの実施形態において、そのようなＦｃＲに対する結合の減少を示すバリアントは、天然配列ＩｇＧ Ｆｃ領域と比較して、ＦｃＲに対する結合をほとんどまたは全く評価できず、例えば、ＦｃＲに対して、０～２０％の結合を有し得る。
「核酸分子」、「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書中で区別なく使用され、任意の長さのヌクレオチドの重合体を指す。そのようなヌクレオチドの重合体は、天然及び／または非天然ヌクレオチドを含有し得、これらには、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びＰＮＡが含まれるが、これらに限定されない。「核酸配列」は、核酸分子またはポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの線状配列を指す。
「ベクター」という用語は、核酸分子を宿主細胞に運搬するために使用される任意の分子または実体（例えば、核酸、プラスミド、バクテリオファージまたはウイルス）を意味する。ベクターは、典型的に、宿主細胞内で増殖することができる１つまたは複数の目的のポリペプチドまたはポリペプチドをコードする１つまたは複数のクローン化されたポリヌクレオチドを含有するように操作された核酸分子を含む。ベクターの例としては、プラスミド、ウイルスベクター、及び発現ベクター、例えば、組み換え発現ベクターが挙げられるが、これらに限定されない。ベクターは、次の要素のうちの１つ以上を含み得る：複製起点、目的のポリペプチドの発現を調節する１つ以上の調節配列（例えば、プロモーター及び／またはエンハンサー）、及び／または１つ以上の選択マーカー遺伝子。この用語は、自己複製核酸分子であるベクターだけでなく、それが導入された宿主細胞のゲノム内に組み込まれたベクターも含む。
「発現ベクター」という用語は、宿主細胞の形質転換に好適であり、宿主細胞内で目的のポリペプチドを発現させるために使用することができるベクターを指す。
「宿主細胞」または「宿主細胞株」という用語は、本明細書中で区別なく使用され、ベクターまたは単離されたポリヌクレオチドのレシピエントになり得るか、またはそうであった細胞または細胞集団を指す。宿主細胞は、原核細胞または真核細胞であり得る。例示的な真核細胞としては、霊長類または非霊長類動物細胞などの哺乳動物細胞；酵母などの真菌；植物細胞；及び昆虫細胞が挙げられる。非限定的な例示的な哺乳動物細胞としては、ＮＳＯ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）、ならびに２９３及びＣＨＯ細胞及びそれらの誘導体、例えば、それぞれ２９３－６Ｅ細胞及びＤＧ４４細胞が挙げられるが、これらに限定されない。かかる用語は、元の細胞だけでなく、かかる細胞の子孫も指す。世代が進むと、例えば、突然変異または環境の影響に起因して、いくつかの修飾が生じ得る。そのような子孫は、その細胞が元の細胞と同じ機能または生物学的活性を有する限り、かかる用語に包含される。
「制御配列」という用語は、当該配列にライゲーションされているコード配列の発現及びプロセシングに影響を与えることができるポリヌクレオチド配列を指す。そのような制御配列の性質は、宿主生物に依存し得る。特定の実施形態において、原核生物の制御配列は、プロモーター、リボソーム結合部位及び転写終結配列を含み得る。真核生物の制御配列は、例えば、１つまたは複数の転写因子認識部位を含むプロモーター、転写エンハンサー配列、及び転写終結配列を含み得る。「制御配列」は、リーダー配列及び／または融合パートナー配列を含み得る。
本明細書で使用される場合、「作動可能に連結された」とは、この用語が適用される構成成分が、好適な条件下でその本来の機能を発揮できる関係にあることを意味する。例えば、タンパク質をコードする配列に「作動可能に連結された」ベクター中の制御配列は、タンパク質をコードする配列の発現が制御配列の転写活性に適合する条件下で達成されるように、タンパク質をコードする配列にライゲーションされる。２つのコード配列が作動可能に連結されている場合、この表現は、２つの断片によってコードされるアミノ酸配列がインフレームのままとなるように、２つのＤＮＡ断片またはコード配列が接続されることを意味する。
「トランスフェクション」という用語は、細胞による外来性または外因性ＤＮＡの取り込みを意味し、外因性ＤＮＡが細胞膜内に導入された場合、細胞は「トランスフェクト」されたことになる。いくつかのトランスフェクション技術が当該技術分野においてよく知られており、本明細書で開示される。例えば、Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，１９７３，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ５２：４５６；Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｕｐｒａ；Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｂａｓｉｃ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ；Ｃｈｕ ｅｔ ａｌ．，１９８１，Ｇｅｎｅ １３：１９７を参照されたい。このような技術を使用して、１つ以上の外因性ＤＮＡ部分を好適な宿主細胞に導入することができる。
「形質転換」という用語は、細胞の遺伝的特徴の変化を指し、細胞が新しいＤＮＡまたはＲＮＡを含有するように改変された場合、細胞は形質転換されたことになる。例えば、細胞は、トランスフェクション、トランスダクション、または他の技術を介して新しい遺伝物質を導入することによって、その天然状態から遺伝的に改変される場合、形質転換される。トランスフェクションまたはトランスダクション後、形質転換ＤＮＡは、細胞の染色体に物理的に組み込まれることによって細胞のＤＮＡとの組み換えが起こり得るか、複製されずにエピソーム要素として一時的に維持され得るか、またはプラスミドとして独立して複製され得る。細胞は、形質転換ＤＮＡが細胞の分裂とともに複製される場合、「安定的に形質転換された」とみなされる。
本明細書で使用される「単離された」という用語は、典型的に、自然に見出されるまたは産生される構成成分の少なくともいくつかから分離された分子を指す。例えば、ポリペプチドは、当該ポリペプチドが産生された細胞の構成成分の少なくともいくつかから分離されている場合、「単離された」という。発現後に細胞によって分泌されるポリペプチドの場合、当該ポリペプチドを産生する細胞から、当該ポリペプチドを含有する上清を物理的に分離することは、ポリペプチドを「単離する」こととみなされる。同様に、ポリヌクレオチドは、典型的に、自然に見出されるより大きなポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合、ゲノムＤＮＡまたはミトコンドリアＤＮＡなど）の一部でない場合、あるいは、例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドの場合、当該ポリヌクレオチドが産生された細胞の構成成分の少なくともいくつかから分離されている場合、「単離された」という。したがって、宿主細胞内のベクターに含有されるＤＮＡポリヌクレオチドは、「単離された」ということもできる。
「個体」、「対象」、または患者という用語は、動物、例えば、哺乳動物を指すために、本明細書中で区別なく使用される。いくつかの実施形態において、哺乳動物、例えば、限定するものではないが、ヒト、齧歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、実験用哺乳動物、家畜哺乳動物、競技用哺乳動物、及び愛玩哺乳動物を治療する方法もまた提供される。いくつかの場合において、「個体」または「対象」は、ヒトである。いくつかの例において、「個体」または「対象」は、疾患または障害の治療を必要とする個体または対象（例えば、ヒト）を指す。
本明細書で使用される「疾患」または「障害」は、治療が必要とされる状態を指す。
本明細書で使用される「がん」及び「腫瘍」は、動物におけるあらゆる異常な細胞または組織の成長または増殖を指す交換可能な用語である。本明細書で使用される場合、「がん」及び「腫瘍」という用語は、固形癌及び血液／リンパ癌を包含し、悪性、前悪性、及び異形成などの良性成長も包含する。固形腫瘍は、通常、嚢胞または液状領域を含まない組織の異常な成長または塊である。がんの例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が挙げられるが、それらに限定されない。そのようながんのより具体的な非限定的な例としては、扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌、下垂体癌、食道癌、星細胞腫、軟部組織肉腫、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌、膵癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、ヘパトーマ、乳癌、結腸癌、大腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝臓癌腫、脳癌、子宮内膜癌、精巣癌、胆管癌、胆嚢癌、胃癌、黒色腫、及び様々な種類の頭頸部癌が挙げられる。
「腫瘍組織量」は、「腫瘍細胞量」とも称され、全身に分布する腫瘍物質の総量を指す。腫瘍組織量は、リンパ節及び骨髄を含む全身にわたるがん細胞の総数または腫瘍（複数可）の総サイズを指す。腫瘍組織量は、当該技術分野において知られている様々な方法によって決定することができ、例えば、対象から腫瘍を除去する際に、例えば、ノギスを使用して、またはイメージング技術、例えば、超音波、骨スキャン、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）もしくは磁気共鳴映像法（ＭＲＩ）によるスキャンを使用して体内で、腫瘍（複数可）の寸法を測定することによって決定することができる。
「転移性癌」及び「転移性疾患」という用語は、発生部位から身体の他の部位、例えば、所属リンパ節または遠位に広がったがんを意味する。
「進行癌」、「局所進行癌」、「進行疾患」及び「局所進行疾患」という用語は、関連する組織の被膜を越えて広がったがんを意味する。典型的に、局所進行疾患の患者に手術は推奨されず、これらの患者は、臨床的に局部的（器官限局的）癌を有する患者と比較して、転帰が実質的にあまり好ましくない。
本明細書で使用される場合、「治療」とは、有益なまたは望ましい臨床結果を得るためのアプローチである。本明細書で使用される「治療」は、ヒトを含む哺乳動物の疾患に対する治療用物質の投与または適用を含む。有益なまたは望ましい臨床結果としては、１つ以上の症状の緩和、疾患の程度の軽減、疾患の拡大（例えば、転移、例えば、肺またはリンパ節への転移）の予防または遅延、疾患の再発の予防または遅延、疾患進行の遅延または緩徐、疾患状態の改善、疾患または疾患進行の阻害、疾患またはその進行の阻害または緩徐、その発症の阻止、及び寛解（部分寛解であるか完全寛解であるかを問わない）のいずれか１つ以上が挙げられるが、これらに限定されない。また、増殖性疾患の病理学的転帰の軽減も「治療」に包含される。
がんの文脈において、「治療すること」という用語は、がん細胞の成長を阻害すること、がん細胞の複製を阻害すること、がん細胞の数を減少させること、がん細胞の末梢器官への浸潤速度を低下させること、腫瘍転移の速度または程度を低減させること、全体腫瘍組織量を減らすこと、及びがんに関連する１つ以上の症状を改善することのいずれかまたは全てを含む。
自己免疫疾患の文脈において、「治療すること」という用語は、自己免疫疾患状態に関連する細胞、例えば、限定するものではないが、自己免疫抗体を産生することが可能な細胞の複製を防止すること、自己免疫抗体の量を減らすこと、及び自己免疫疾患の１つ以上の症状を改善することのいずれかまたは全てを含む。
感染症の文脈において、「治療すること」という用語は、感染症をもたらす病原体の成長、増殖または複製を防止すること、及び感染症の１つ以上の症状を改善することのいずれかまたは全てを含む。
「阻害」または「阻害する」という用語は、任意の表現型特徴の減少もしくは消失、またはその特徴の発生、程度、もしくは可能性の減少もしくは消失を指す。「減少する」または「阻害する」とは、参照と比較して、活性、機能、及び／または量を減少させること、低下させること、または阻止することである。ある特定の実施形態において、「減少する」または「阻害する」とは、２０％以上の全体的な減少をもたらす能力を意味する。別の実施形態において、「減少する」または「阻害する」とは、５０％以上の全体的な減少をもたらす能力を意味する。更に別の実施形態において、「減少する」または「阻害する」とは、７５％、８５％、９０％、９５％以上の全体的な減少をもたらす能力を意味する。
本明細書で使用される「参照」は、比較目的のために使用される任意の試料、標準、またはレベルを指す。参照は、健康な及び／または疾患のない試料から得ることができる。いくつかの例において、参照は、治療を受けていない試料から得ることができる。いくつかの例において、参照は、対象個体の疾患のないまたは治療を受けていない試料から得られる。いくつかのにおいて、参照は、対象または患者ではない１以上の健康な個体から得られる。
本明細書で使用される場合、「疾患の発生を遅延する」とは、疾患（がんなど）の発生を引き延ばす、阻止する、減速させる、遅らせる、安定させる、及び／または延期させることを意味する。この遅延は、病歴及び／または治療される個体に応じて、様々な時間の長さになり得る。当業者に明らかであるように、十分なまたは著しい遅延は、事実上、個体が疾患を発症しないという点で予防を包含し得る。例えば、転移の発生などの末期がんを遅延させることができる。
「予防すること」は、本明細書で使用される場合、疾患の素因を有し得るが、まだ疾患と診断されていない対象における疾患の発症または再発に関して予防を提供することを含む。
本明細書で使用される場合、機能または活性を「抑制する」とは、目的の条件もしくはパラメータ以外は同じである条件と比較した場合、あるいは、別の条件と比較した場合に、機能または活性が減少することである。例えば、腫瘍成長を抑制する抗体は、抗体がない場合の腫瘍の成長速度と比較して、腫瘍の成長速度を減少させる。
薬物または治療薬剤の「有効量」または「治療上有効な量」または「治療上有効な投与量」は、単独で、または別の治療薬剤と組み合わせて使用された場合、治療効果、例えば、対象を疾患の発症から保護し、または疾患症状の重症度の軽減、疾患症状のない期間の頻度及び期間の増加、もしくは疾患罹患による機能障害もしくは能力障害の防止によって示される疾患の退行を促進することなどの治療効果をもたらす、薬物または薬剤の任意の量である。疾患の退行を促進する治療薬剤の能力は、臨床試験中のヒト対象、ヒトにおける有効性を予測する動物モデル系、またはｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイで薬剤の活性を評価することによることなどの当業者に知られた様々な方法を使用して評価することができる。
腫瘍の治療のための例として、いくつかの実施形態において、治療上有効な量の抗がん剤は、治療対象（複数可）（例えば、１以上の治療対象）の細胞成長または腫瘍成長を非治療対象（複数可）（例えば、１以上の非治療対象）と比べて、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％阻害する。いくつかの実施形態において、治療上有効な量の抗がん剤は、治療対象（複数可）（例えば、１以上の治療対象）の細胞成長または腫瘍成長を非治療対象（複数可）（例えば、１以上の非治療対象）と比べて１００％阻害する。本開示の他の実施形態において、腫瘍退縮は、少なくとも約２０日、少なくとも約３０日、少なくとも約４０日、少なくとも約５０日、または少なくとも約６０日の期間にわたって観察され、継続し得る。
薬物の治療上有効な量は、がんを発生するリスクのある対象（例えば、前悪性状態を有する対象）またはがんを再発するリスクのある対象に、単独で、または抗がん剤と組み合わせて投与された場合、がんの発生または再発を阻害する薬物の任意の量である「予防上有効な量」を含む。いくつかの実施形態において、予防上有効な量は、がんの発生または再発を完全に防止する。がんの発生または再発を「阻害する」とは、がんの発生もしくは再発の可能性を低くすること、またはがんの発生もしくは再発を完全に予防することのいずれかを意味する。
本明細書で使用される場合、「治療量以下の用量」とは、過剰増殖疾患（例えば、がん）の治療に単独で投与される場合の治療用化合物の通常または典型的な用量よりも少ない治療用化合物の用量を意味する。
「投与すること」または「投与」は、当業者に知られている様々な方法及び送達系のいずれかを使用して、対象に治療薬剤を物理的に導入することを指す。例示的な投与経路としては、静脈内、筋肉内、皮下、腹腔内、脊髄または他の非経口の投与経路、例えば、注射または注入（例えば、静脈内注入）によるものが挙げられる。投与はまた、例えば、１回、複数回、及び／または１回以上の長い期間にわたって行うことができる。
本明細書で使用される「単剤療法」という用語は、本発明の抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体またはＡＤＣが、治療サイクル中に対象に投与される唯一の抗がん剤であることを意味する。しかしながら、他の治療薬剤が対象に投与されてもよい。例えば、基礎のがん自体そのものではないがんに関連する症状（例えば、炎症、疼痛、体重減少、及び全身の倦怠感を含む）を治療するために、がんの対象に投与される抗炎症薬または他の薬剤を単剤療法の期間中に投与することができる。
１つ以上の更なる治療薬と「組み合わせた」投与は、同時（並行）投与及び任意の順序での連続または逐次投与を含む。
「並行」という用語は、２つ以上の治療薬剤の投与を指すために本明細書で使用され、投与の少なくとも一部が時間的に重なるか、または一方の治療薬剤の投与が他方の治療薬剤の投与に対して短い期間内に行われる。例えば、２つ以上の治療薬剤は、同時に、または約６０分以下、例えば、約３０、１５、１０、５、もしくは１分以下のいずれかの時間間隔で投与される。
「逐次」という用語は、２つ以上の治療薬剤の投与を指すために本明細書で使用され、１つ以上の薬剤（複数可）の投与が１つ以上の他の薬剤（複数可）の投与を止めた後も継続する。例えば、２つ以上の治療薬剤の投与は、約１５分以上、例えば、約２０、３０、４０、５０、もしくは６０分のいずれか、１日、２日、３日、１週間、２週間、もしくは１ヶ月以上またはそれ以上の時間間隔で投与される。
「化学療法剤」とは、腫瘍成長を阻害するのに有効な全ての化学化合物を指す。化学療法剤の非限定的な例としては、アルキル化剤（例えば、ナイトロジェンマスタード、エチレンイミン化合物及びアルキルスルホナート）；代謝拮抗物質（例えば、葉酸、プリンまたはピリミジンアンタゴニスト）；有糸分裂阻害剤（例えば、ビンカアルカロイド、アウリスタチン及びポドフィロトキシンの誘導体などの抗チューブリン剤）；細胞毒性抗生物質；ＤＮＡの発現または複製に損傷を与えるまたは干渉する化合物（例えば、ＤＮＡ副溝結合剤）；ならびに成長因子受容体アンタゴニスト、及び細胞毒性または細胞増殖抑制性剤が挙げられる。
「薬学的に許容される」という語句は、その物質または組成物が、製剤を含む他の成分及び／またはそれらを用いて治療される対象と化学的及び／または毒物学的に適合性があることを示す。
「医薬製剤」及び「医薬組成物」という用語は、有効成分の生物学的活性（複数可）を有効にするような形態であり、製剤が投与される対象にとって許容できないほど有毒である追加の構成成分を何ら含有しない調製物を指す。そのような製剤は、無菌であり得る。
「薬学的に許容される担体」は、対象への投与のために、「医薬組成物」を一緒に含む治療薬剤で使用するために当該技術分野で従来から用いられている、非毒性の固形、半固形もしくは液体の賦形剤、希釈剤、カプセル化材料、製剤助剤、または担体を指す。薬学的に許容される担体は、採用される投与量及び濃度でレシピエントに対して毒性がなく、製剤の他の成分と適合性があるものである。薬学的に許容される担体は、採用される製剤に適したものである。
本明細書で使用される「薬学的に許容される塩」という表現は、本発明の化合物の薬学的に許容される有機塩または無機塩を指す。例示的な塩としては、硫酸塩、クエン酸塩、酢酸塩、シュウ酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硝酸塩、硫酸水素塩、リン酸塩、酸リン酸塩、イソニコチン酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、酸クエン酸塩、酒石酸塩、オレイン酸塩、タンニン酸塩、パントテン酸塩、酒石酸水素塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、ゲンチシン酸塩、フマル酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、糖酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩「メシル酸塩」、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、パモ酸塩（すなわち、４，４’－メチレン－ビス－（２－ヒドロキシ－３－ナフトアート））塩、アルカリ金属（例えば、ナトリウム及びカリウム）塩、アルカリ土類金属（例えば、マグネシウム）塩、及びアンモニウム塩が挙げられるが、これらに限定されない。薬学的に許容される塩は、酢酸イオン、コハク酸イオンまたは他の対イオンなどの別の分子の包含を含み得る。対イオンは、親化合物上の電荷を安定させる任意の有機部分または無機部分であり得る。更に、薬学的に許容される塩は、その構造内に１つを超える荷電原子を有し得る。複数の荷電原子が薬学的に許容される塩の一部である例では、複数の対イオンを有し得る。したがって、薬学的に許容される塩は、１つ以上の荷電原子及び／または１つ以上の対イオンを有し得る。
本開示の様々な態様は、以下の節で更に詳細に説明される。
ＩＩ．概説
本発明は、特にＡＬＰＰ＋発現細胞の殺傷に効果的である、ｖｃＭＭＡＥ（本明細書において、ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥまたはｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥと称されることもある）またはｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（本明細書において、ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥまたはｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥと称されることもある）にコンジュゲートされた抗ＡＬＰＰ抗体を含む、抗体薬物コンジュゲートを提供する。本発明はまた、特にＡＬＰＰＬ２＋発現細胞の殺傷に効果的である、ｖｃＭＭＡＥまたはｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされた抗ＡＬＰＰＬ２抗体を含む、抗体薬物コンジュゲートを提供する。好ましい実施形態において、本発明は、特にＡＬＰＰ＋及びＡＬＰＰＬ２＋の両方を発現する細胞の殺傷に効果的である、ｖｃＭＭＡＥまたはｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされたＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２の両方に結合する抗体（抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）を提供する。ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２はいずれも、卵巣癌、肺癌、子宮内膜癌、精巣癌、及び胃癌を含む、様々ながんで発現していることが示されている。
ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）（その抗原結合断片を含む）（例えば、抗体及びその抗原結合断片）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質及び断片は、ヒトＡＬＰＰ（例えば、配列番号２）を含むＡＬＰＰに特異的に結合する抗原結合ドメインを含有する。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質及び断片は、ヒトＡＬＰＰＬ２（例えば、配列番号４）を含むＡＬＰＰＬ２に特異的に結合する抗原結合ドメインを含有する。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク及び断片は、ヒトＡＬＰＰ（例えば、配列番号２）及びヒトＡＬＰＰＬ２（例えば、配列番号４）を含むＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２の両方に特異的に結合する抗原結合ドメインを含有する。
ＩＩＩ．抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗原結合タンパク質（断片を含む）
様々な抗原結合タンパク質が本明細書で提供され、以下にて更に詳細に記載される。本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、典型的に、１つまたは複数のポリペプチドなどのスカフォールドを含み、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５または６つ）の超可変領域（ＨＶＲ）または相補性決定領域（ＣＤＲ）がそこに埋め込まれ、グラフトされ、及び／または接続される。いくつかの抗原結合タンパク質において、ＨＶＲまたはＣＤＲは、「フレームワーク」領域に埋め込まれ、グラフトされ、または接続され、それにより、ＨＶＲまたはＣＤＲ（複数可）が方向付けられ、ＨＶＲまたはＣＤＲの適切な抗原結合特性が達成される。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、１つ以上のＶＨ及び／またはＶＬドメインを含む。
いくつかの抗原結合タンパク質において、ＨＶＲまたはＣＤＲ配列は、タンパク質スカフォールドまたは他の生体適合性ポリマー中または内に埋め込まれ、グラフトされ、または接続される。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、抗体であるか、または抗体に由来する。したがって、提供される抗原結合タンパク質には、モノクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体（本明細書において「抗体模倣体」と称されることもある）、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体融合体、抗体コンジュゲート、前述のそれぞれの部分または断片が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で提供される断片である抗原結合タンパク質の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、及びドメイン抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
抗原結合タンパク質は、いくつかの実施形態において、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、５００ｐＭ、２５０ｐＭ、２００ｐＭ、１５０ｐＭ、１３０ｐＭ、１００ｐＭ、５０ｐＭ、２５ｐＭ、１０ｐＭ、または１ｐＭ未満の親和性（例えば、ＫＤ）でＡＬＰＰに結合する。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、１ｐＭ～１０ｎＭ、１ｐＭ～５ｎＭ、１ｐＭ～１ｎＭ、１００～２００ｐＭ、１００～１５０ｐＭ、または１２０～１４０ｐＭの親和性でＡＬＰＰに結合する。いくつかの実施形態において、ＡＬＰＰに対する結合親和性は、実施例に記載されるアッセイに従って決定される。抗原結合タンパク質は、いくつかの実施形態において、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、５００ｐＭ、２５０ｐＭ、１００ｐＭ、５０ｐＭ、４４ｐＭ、２５ｐＭ、１０ｐＭ、または１ｐＭ未満の親和性（例えば、ＫＤ）でＡＬＰＰＬ２に結合する。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、０．１ｐＭ～５ｎＭ、０．１ｐＭ～１ｎＭ、１ｐＭ～１ｎＭ、１～１００ｐＭ、１～７５ｐＭ、１０～７５ｐＭ、１０～５０ｐＭ、または３０～５０ｐＭの親和性でＡＬＰＰＬ２に結合する。いくつかの実施形態において、ＡＬＰＰＬ２に対する結合親和性は、実施例に記載されるアッセイに従って決定される。
Ａ．例示的な抗原結合タンパク質（断片を含む）
一実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質は、本明細書の実施例に記載される抗体１２Ｆ３を含む。いくつかの実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質は、マウス抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、及び／またはヒト１２Ｆ３抗体を含む。
一実施形態において、本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、配列番号５６～５８または６０～６２のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３と、配列番号６３～６５または６８～７０のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、及びＣＤＲ－Ｌ３とを含む。更なる実施形態において、本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、配列番号５６～５８のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３と、配列番号６３～６５のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、及びＣＤＲ－Ｌ３とを含み、ここで、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔによって決定される。更なる実施形態において、本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、配列番号６０～６２のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３と、配列番号６８～７０のアミノ酸配列をそれぞれ含むＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、及びＣＤＲ－Ｌ３とを含み、ここで、ＣＤＲは、ＩＭＧＴによって決定される。
更なる実施形態において、本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＨと、配列番号３０のアミノ酸配列を含むＶＬとを含む。
更なる実施形態において、本明細書で開示される抗原結合タンパク質は、配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＣと、配列番号５０のアミノ酸配列を含むＬＣとを含む。
他の実施形態において、提供される抗原結合タンパク質は、以下に記載される抗体のＣＤＲ、可変重鎖、可変軽鎖、重鎖、及び／または軽鎖のうちの１つ以上を含むか、またはそれらに由来する。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメインであって、ＶＨ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号５６または配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｉｉ）配列番号５７または配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号５８または配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３から選択される、ＶＨドメインと、（ｂ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインであって、ＶＬ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号６３または配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｉｉ）配列番号６４または配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６５または配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３から選択される、ＶＬドメインとを含み、ただし、ＡＢＰが複数のＣＤＲを含む実施形態において、各ＣＤＲは、異なる群から選択される。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメインであって、ＶＨ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｉｉ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３から選択される、ＶＨドメインと、（ｂ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインであって、ＶＬ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｉｉ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３から選択される、ＶＬドメインとを含み、ここで、ＣＤＲはＫａｂａｔによって決定され、ただし、ＡＢＰが複数のＣＤＲを含む実施形態において、各ＣＤＲは、異なる群から選択される。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメインであって、ＶＨ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３から選択される、ＶＨドメインと、（ｂ）少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインであって、ＶＬ ＣＤＲ配列（複数可）は、（ｉ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｉｉ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｉｉｉ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３から選択される、ＶＬドメインとを含み、ここで、ＣＤＲはＩＭＧＴによって決定され、ただし、ＡＢＰが複数のＣＤＲを含む実施形態において、各ＣＤＲは、異なる群から選択される。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）配列番号５６または配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｂ）配列番号５７または配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｃ）配列番号５８または配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、（ｄ）配列番号６３または配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｅ）配列番号６４または配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｆ）配列番号６５または配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３を含む。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｃ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、（ｄ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｅ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｆ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３を含み、ここで、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔによって決定される。
更に別の実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、及び（ｃ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、（ｄ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、（ｅ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び（ｆ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３を含み、ここで、ＣＤＲは、ＩＭＧＴによって決定される。
ある特定のＡＢＰは、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３を含むＶＨを含み、ここで、ＶＨのＣＤＲは、対応するＣＤＲ参照配列に対して、総数で多くとも１、２、３、４、または５つのアミノ酸変化を有し、ＣＤＲ－Ｈ１参照配列は、配列番号５６または配列番号６０のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｈ２参照配列は、配列番号５７または配列番号６１のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｈ３参照配列は、配列番号５８または配列番号６２のアミノ酸配列を有する。このような実施形態において、アミノ酸変化は、典型的には、挿入、欠失、及び／または置換である。これらの実施形態のいくつかにおいて、アミノ酸変化の総数は、１～３であり、他の実施形態において、アミノ酸変化の総数は、１または２である。前述の実施形態のいくつかにおいて、変化は、保存的アミノ酸置換である。
他の実施形態において、ＡＢＰは、ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、及びＣＤＲ－Ｌ３を含むＶＬを含み、ここで、ＶＬのＣＤＲは、対応するＣＤＲ参照配列に対して、総数で多くとも１、２、３、４、または５つのアミノ酸変化を有し、ＣＤＲ－Ｌ１参照配列は、配列番号６３または配列番号６８のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｌ２参照配列は、配列番号６４または配列番号６９のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｌ３参照配列は、配列番号６５または配列番号７０のアミノ酸配列を有する。このような実施形態において、アミノ酸変化は、典型的には、挿入、欠失、及び／または置換である。これらの実施形態のいくつかにおいて、アミノ酸変化の総数は、１～３であり、他の実施形態において、アミノ酸変化の総数は、１または２である。前述の実施形態のいくつかにおいて、変化は、保存的アミノ酸置換である。
更なる実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３を含むＶＨであって、ＶＨのＣＤＲは、対応するＣＤＲ参照配列に対して、総数で多くとも１、２、３、４、または５つのアミノ酸変化を有し、ＣＤＲ－Ｈ１参照配列は、配列番号５６または配列番号６０のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｈ２参照配列は、配列番号５７または配列番号６１のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｈ３参照配列は、配列番号５８または配列番号６２のアミノ酸配列を有する、ＶＨと、（ｂ）ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、及びＣＤＲ－Ｌ３を含むＶＬであって、ＶＬのＣＤＲは、対応するＣＤＲ参照配列に対して、総数で多くとも１、２、３、４、または５つのアミノ酸変化を有し、ＣＤＲ－Ｌ１参照配列は、配列番号６３または配列番号６８のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｌ２参照配列は、配列番号６４または配列番号６９のアミノ酸配列を有し、ＣＤＲ－Ｌ３参照配列は、配列番号６５または配列番号７０のアミノ酸配列を有する、ＶＬとを含む。このような実施形態において、アミノ酸変化は、典型的には、挿入、欠失、及び／または置換である。これらの実施形態のいくつかにおいて、アミノ酸変化の総数は、１～３であり、他の実施形態において、アミノ酸変化の総数は、１または２である。前述の実施形態のいくつかにおいて、変化は、保存的アミノ酸置換である。
別の実施形態におけるＡＢＰは、ＶＨドメインを含み、ここで、ＶＨドメイン配列は、配列番号９～１６のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、ただし、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。ある特定の実施形態において、そのようなＡＢＰは、参照配列（すなわち、配列番号９～１６のうちの１つ）に対して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、及び／または欠失を含有し、ただし、そのようなＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。ある特定の実施形態において、配列番号９～１６のいずれか１つにおいて、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のアミノ酸が置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態において、ＶＨ配列中の１～５個または１～３個のアミノ酸が置換、挿入及び／または欠失されている。これらの実施形態のいくつかにおいて、そのような置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（すなわち、ＦＲ）で生じる。
別の実施形態におけるＡＢＰは、ＶＬドメインを含み、ここで、ＶＬドメイン配列は、配列番号２２～３３のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有し、ただし、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。ある特定の実施形態において、そのようなＡＢＰは、参照配列（すなわち、配列番号２２～３３のうちの１つ）に対して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、及び／または欠失を含有し、ただし、そのようなＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。ある特定の実施形態において、配列番号２２～３３のいずれか１つにおいて、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のアミノ酸が置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態において、ＶＬ配列中の１～５個または１～３個のアミノ酸が置換、挿入及び／または欠失されている。これらの実施形態のいくつかにおいて、そのような置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（すなわち、ＦＲ）で生じる。
更なる実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）ＶＨドメインであって、ＶＨドメイン配列は、配列番号９～１６のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬドメインであって、ＶＬドメイン配列は、配列番号２２～３３のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、ＶＬドメインとを含み、ただし、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。
更なる実施形態において、ＡＢＰは、（ａ）ＶＨドメインであって、ＶＨドメイン配列は、配列番号１５のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬドメインであって、ＶＬドメイン配列は、配列番号３０のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、ＶＬドメインとを含み、ただし、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する能力を保持している。
前述の実施形態のいずれかにおける抗原結合タンパク質は、任意の形態の抗体であり得る。したがって、上記の実施形態のいずれかに記載される抗原結合タンパク質は、例えば、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体、及び上記のいずれかのＡＬＰＰ結合断片、例えば、一本鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、またはＦａｂ発現ライブラリーによって産生された断片であり得る。抗体は、任意の免疫グロブリンアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）またはサブクラスのものであり得る。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるＣＤＲ及び／または可変ドメイン配列を含むＡＢＰは、抗原結合断片（例えば、ヒト抗原結合断片）であり、限定するものではないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’及びＦ（ａｂ’）２、Ｆｄ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、一本鎖抗体、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）ならびにＶＬまたはＶＨドメインのいずれかを含む断片を含む。一本鎖抗体を含む抗原結合断片は、可変領域（複数可）を、単独で、またはヒンジ領域、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３及びＣＬドメインの全部もしくは一部との組み合わせで含み得る。また、可変領域（複数可）と、ヒンジ領域、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３及びＣＬドメインとの任意の組み合わせを含む抗原結合断片も本開示に含まれる。
ＡＢＰは、一重特異性、二重特異性、三重特異性またはそれ以上の多重特異性であり得る。多重特異性抗体は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の異なるエピトープに対して特異的であり得るか、またはＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の両方ならびに非相同タンパク質に対して特異的であり得る。例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ９３／１７７１５；ＷＯ９２／０８８０２；ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／０５７９３；Ｔｕｔｔ，ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０ ６９；米国特許第４，４７４，８９３号；同第４，７１４，６８１号；同第４，９２５，６４８号；同第５，５７３，９２０号；同第５，６０１，８１９号；及びＫｏｓｔｅｌｎｙ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：１５４７ １５５３を参照されたい。
本明細書に記載される実施形態のいずれにおいて、重鎖のＣ末端リシンなどの軽鎖及び／または重鎖のアミノ末端またはカルボキシ末端の１つまたはいくつかのアミノ酸（例えば、１、２、３または４つ）は、組成物中の分子の一部または全てにおいて、欠落または誘導体化され得る。そのような修飾の一具体例は、重鎖のカルボキシ末端リシンが欠落しているＡＢＰである（例えば、翻訳後修飾の一部として）。更に、本明細書に記載される配列のいずれも、細胞培養（例えば、ＣＨＯ細胞培養）におけるＡＢＰの発現中の特定の配列に対する翻訳後修飾を含むことを理解されたい。
Ｂ．キメラ抗原結合タンパク質
ある特定の実施形態において、本明細書で提供される抗原結合タンパク質は、キメラ抗体である。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）と、ヒト定常領域都を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された、「クラススイッチされた」抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１ ：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されてもいる。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
非限定的な例示的なキメラ抗体は、本明細書に記載される重鎖及び／または軽鎖可変領域のいずれかを含むキメラ抗体を含む。ある特定の実施形態において、重鎖及び／または軽鎖可変ドメインは、追加の非限定的な例示的なキメラ抗体から選択され、本明細書で提供されるように、重鎖ＨＶＲ配列（例えば、ＣＤＲ）もしくはその一部、及び／または軽鎖ＨＶＲ配列（例えば、ＣＤＲ）を含むキメラ抗体が含まれる。
Ｃ．ヒト化抗原結合タンパク質
ある特定の実施形態において、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合するヒト化抗体である。典型的に、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しつつ、ヒトに対する免疫原性を低減するように、非ヒト抗体がヒト化される。ヒト化抗体は、非ヒト「ドナー」抗体に由来するＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）またはその一部がヒト「アクセプター」抗体配列にグラフトされている、遺伝子工学抗体である（例えば、Ｑｕｅｅｎ、ＵＳ５，５３０，１０１及び５，５８５，０８９；Ｗｉｎｔｅｒ、ＵＳ５，２２５，５３９；Ｃａｒｔｅｒ、ＵＳ６，４０７，２１３；Ａｄａｉｒ、ＵＳ５，８５９，２０５；ならびにＦｏｏｔｅ、ＵＳ６，８８１，５５７参照）。
アクセプター抗体配列は、例えば、成熟ヒト抗体配列、そのような配列の複合体、ヒト抗体配列のコンセンサス配列、または生殖細胞系列領域配列であり得る。ヒトアクセプター配列は、他の基準のなかでも、アクセプターとドナーのＨＶＲまたはＣＤＲとの間の標準形態と一致する可変領域フレームワークとドナー配列との配列同一性の程度の高さから選択することができる。したがって、ヒト化抗体は、ドナー抗体に完全にまたは実質的に由来するＨＶＲまたはＣＤＲと、ヒト抗体配列に完全にまたは実質的に由来する可変領域フレームワーク配列及び定常領域（存在する場合）とを有する抗体である。同様に、ヒト化重鎖は、典型的に、ドナー抗体重鎖に完全にまたは実質的に由来する３つ全てのＨＶＲまたはＣＤＲと、ヒト重鎖可変領域フレームワーク及び定常領域配列に実質的に由来する重鎖可変領域フレームワーク配列及び重鎖定常領域（存在する場合）とを有する。同様に、ヒト化軽鎖は、通常、ドナー抗体軽鎖に完全にまたは実質的に由来する３つの全てのＣＤＲと、ヒト軽鎖可変領域フレームワーク及び定常領域配列に実質的に由来する軽鎖可変領域フレームワーク配列及び軽鎖定常領域（存在する場合）を有する。ヒト化抗体のＨＶＲまたはＣＤＲは、対応する残基（Ｋａｂａｔによる定義）の少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％が、それぞれのＨＶＲまたはＣＤＲの間で同一である場合、非ヒト抗体の対応するＨＶＲまたはＣＤＲに実質的に由来する。抗体鎖の可変領域フレームワーク配列または抗体鎖の定常領域は、Ｋａｂａｔによって定義される対応する残基の少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％が同一である場合、ヒト可変領域フレームワーク配列またはヒト定常領域にそれぞれ実質的に由来する。
ヒト化抗体は、多くの場合、マウス抗体に由来する６つ全てのＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ、好ましくは、Ｋａｂａｔによる定義）を組み込んでいるが、全てのＨＶＲまたはＣＤＲよりも少ない（例えば、少なくとも３、４、または５つの）マウス抗体由来のＨＶＲまたはＣＤＲが用いられてもよい（例えば、Ｐａｓｃａｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６９：３０７６，２００２；Ｖａｊｄｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３２０：４１５－４２８，２００２；Ｉｗａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６：１０７９－１０９１，１９９９；及びＴａｍｕｒａ ｅｔ ａｌ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１６４：１４３２－１４４１，２０００）。
ヒト可変領域フレームワーク残基に由来する特定のアミノ酸の置換は、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）のコンフォメーション及び／または抗原への結合に影響を与える可能性に基づいて選択することができる。そのような潜在的影響の調査は、モデリング、特定の位置にあるアミノ酸の特徴の調査、または特定のアミノ酸の置換もしくは変異導入の影響の経験的観察によって行われる。
例えば、マウス可変領域フレームワーク残基と、選択されたヒト可変領域フレームワーク残基との間でアミノ酸が異なる場合、そのアミノ酸について、以下であることが合理的に予想されるのであれば、そのヒトフレームワークアミノ酸は、マウス抗体由来の同等のフレームワークアミノ酸で置換することができる：
（１）抗原に非共有結合的に直接結合する、
（２）ＨＶＲまたはＣＤＲ領域に隣接する、
（３）ＨＶＲまたはＣＤＲ領域と別様に相互作用する（例えば、かかる領域から約６Å以内にある）、
（４）重鎖と軽鎖との間の相互作用を媒介する、または
（５）マウス鎖の体細胞変異の結果である、
（６）グリコシル化部位である。
（１）～（３）のクラスのフレームワーク残基は、カノニカル及びバーニア残基と互いに称されることもある。カノニカル残基は、ＣＤＲループのコンフォメーションを決定するドナーＣＤＲループのカノニカルクラスを定義するフレームワーク残基を指す（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６，９０１－９１７（１９８７）、Ｔｈｏｒｎｔｏｎ ＆ Ｍａｒｔｉｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２６３，８００－８１５，１９９６）。バーニア残基は、抗原結合ループのコンフォメーションをサポートし、抗体の抗原への適合性を微調整する役割を持つフレームワーク残基の層を指す（Ｆｏｏｔｅ ＆ Ｗｉｎｔｅｒ，１９９２，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏ．２２４，４８７－４９９）。
ヒト化抗体及びヒト化抗体を製造する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３に概説されており、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４（特異性決定領域（ＳＤＲ）グラフトについて記載）；Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（「リサーフェーシング」について記載）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（「ＦＲシャッフリング」について記載）；ならびにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」アプローチについて記載）に記載されている。
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、次のものが含まれるが、これらに限定されない：「ベストフィット」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１ ：２２９６参照）；軽鎖または重鎖可変領域の特定の下位集団のヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５；及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１５１：２６２３参照）；ヒト成熟（体細胞突然変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系列フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３参照）；及びＦＲライブラリーのスクリーニングから得られるフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１ ：２２６１１－２２６１８参照）。
非限定的な例示的なヒト化抗体は、本明細書で開示されるＣＤＲ及び／または重鎖及び／または軽鎖可変領域のいずれかを含むか、またはそれらに由来するヒト化抗体を含む。そのような抗体の具体例としては、マウス抗体１２Ｆ３のヒト化形態が挙げられる。そのようなマウス抗体１２Ｆ３のヒト化バリアントの１つは、ＨＧＬＦと呼ばれ、配列番号１５のアミノ酸配列を含む成熟重鎖可変領域と、配列番号３０のアミノ酸配列を含む成熟軽鎖可変領域とを含む。本発明のヒト化抗体は、ＨＧＬＦヒト化抗体のバリアントを含み、ヒト化重鎖成熟可変領域は、配列番号１５に対して少なくとも９０％、９５％または９９％の同一性を示し、ヒト化軽鎖成熟可変領域は、配列番号３０に対して少なくとも９０％、９５％または９９％の配列同一性を示す。好ましくは、そのような抗体において、ＨＧＬＦの復帰変異の一部または全てが保持される。換言すれば、重鎖位置Ｈ３０、Ｈ３７、Ｈ４８、Ｈ４９、Ｈ７３、Ｈ７８、及びＨ９３の少なくとも１、２、３、４、５、６個、または好ましくは７個全てがそれぞれＴ、Ｖ、Ｌ、Ａ、Ｎ、Ｌ、及びＡで占められている。同様に、軽鎖位置Ｌ２、Ｌ３８、Ｌ４９、及びＬ６９の少なくとも１、２、３、４個、または好ましくは４個全てがそれぞれＴ、Ｙ、Ｈ、及びＲで占められている。ＨＧＬＦは、実施例でより詳細に記載され、図５～８に示される配列を有する。
Ｄ．例示的な抗体定常領域
ＡＢＰが抗体であるこれらの実施形態について、本明細書に記載される抗体の重鎖及び軽鎖可変領域は、ヒト定常領域の少なくとも一部に連結することができる。いくつかの実施形態において、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、及びＩｇＤから選択されるアイソタイプものである。いくつかの実施形態において、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。これらの実施形態のいくつかにおいて、本明細書に記載される抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域にＳ２２８Ｐ変異を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
本明細書及び特許請求の範囲を通して、明記されない限り、または当業者に既知でない限り、免疫グロブリン重鎖の残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）におけるＥＵインデックスのナンバリングであり、参照により本明細書に明示的に援用される。「Ｋａｂａｔに従うＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
ヒト定常領域は、異なる個体間でアロタイプ多様体及びアイソアロタイプ多様体を示す。すなわち、定常領域は、異なる個体において、１つ以上の多型位置で異なる場合がある。アイソアロタイプは、アイソアロタイプを認識する血清が１つ以上の他のアイソタイプの非多型領域に結合するという点でアロタイプとは異なる。ヒト定常領域への言及は、任意の天然のアロタイプ、または天然のアロタイプの多型位置を占める残基の任意の順列を有する定常領域を含む。また、Ｆｃγ受容体結合を減少させるか、またはＦｃＲｎへの結合を増加させるために、上に示したものなどの天然ヒト定常領域に対して最大１、２、５、または１０個の変異が存在し得る。
いくつかの実施形態において、重鎖のＣ末端リシンなどの軽鎖及び／または重鎖のアミノ末端またはカルボキシ末端の１つまたはいくつかのアミノ酸は、分子の一部または全てにおいて、欠落または誘導体化され得る。
定常領域の選択は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害、抗体依存性細胞食作用、及び／または補体依存性細胞傷害が望まれるか否かに部分的に依存する。例えば、ヒト同位体ＩｇＧ１及びＩｇＧ３は、強い補体依存性細胞傷害性を有し、ヒトアイソタイプＩｇＧ２は、弱い補体依存性細胞傷害性を有し、ヒトＩｇＧ４は、補体依存性細胞傷害性を欠いている。ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ３はまた、ヒトＩｇＧ２及びＩｇＧ４よりも強力な細胞媒介性エフェクター機能も誘導する。軽鎖定常領域は、ラムダまたはカッパであり得る。
更に、以下により詳細に記載されるように、補体媒介性細胞傷害性またはＡＤＣＣなどのエフェクター機能を減少または増加させるために（例えば、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．、米国特許第５，６２４，８２１号；Ｔｓｏ ｅｔ ａｌ．、米国特許第５，８３４，５９７号；及びＬａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０３：４００５，２００６参照）、またはヒトでの半減期を延長するために（例えば、Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９：６２１３，２００４参照）、定常領域に置換を行うことができる。
Ｅ．バリアント
本明細書で提供される抗原結合タンパク質はまた、本明細書で提供される抗原結合タンパク質のアミノ酸配列バリアントを含む。一例として、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性が改善されたバリアントを調製することができる。抗原結合タンパク質のアミノ酸配列バリアントは、抗原結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。そのような修飾には、例えば、抗原結合タンパク質のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／またはそれへの挿入、及び／またはその置換が含まれる。欠失、挿入、及び置換は、最終的なコンストラクトが所望の特徴、例えば、抗原結合を有することを条件とし、最終的なコンストラクトに到達するように任意の組み合わせがなされる。
１．置換、挿入、及び欠失バリアント
いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質に対して、１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／または挿入を有するという点で、バリアントである。ある特定のそのような実施形態において、バリアントは、１つ以上のアミノ酸置換を有する。更なるそのような実施形態において、置換は、保存的アミノ酸置換である。
アミノ酸の置換には、ポリペプチド中の１つのアミノ酸を別のアミノ酸に置き換えることが含まれるが、これに限定されない。保存的アミノ酸置換は、天然に存在しないアミノ酸残基を包含し得、これは、典型的に、生物系での合成ではなく、ペプチド化学合成によって組み込まれる。天然に存在する残基は、共通する側鎖特性に基づいて、いくつかのクラスに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
置換型変異誘発の目的とする部位には、ＣＤＲ及びＦＲが含まれる。保存的置換は、以下の表２において、「好ましい置換」の見出しの下に示される。より実質的な変化は、表２において、「例示的な置換」の見出しの下に提供され、アミノ酸側鎖クラスを参照して更に後述される。アミノ酸置換を目的の抗体に導入し、その産物を、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、またはＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善についてスクリーニングすることができる。
Figure 2024510122000006
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスに交換することを伴う。
抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）のアミノ酸配列を変更する際には、いくつかの実施形態において、アミノ酸の疎水性親水性指標が考慮され得る。各アミノ酸は、その疎水性及び電荷特性に基づいて、以下のように疎水性親水性指標が割り当てられている：イソロイシン（＋４．５）；バリン（＋４．２）；ロイシン（＋３．８）；フェニルアラニン（＋２．８）；システイン／シスチン（＋２．５）；メチオニン（＋１．９）；アラニン（＋１．８）；グリシン（－０．４）；トレオニン（－０．７）；セリン（－０．８）；トリプトファン（－０．９）；チロシン（－１．３）；プロリン（－１．６）；ヒスチジン（－３．２）；グルタミン酸（－３．５）；グルタミン（－３．５）；アスパラギン酸（－３．５）；アスパラギン（－３．５）；リシン（－３．９）；及びアルギニン（－４．５）。
相互作用的な生物学的機能をタンパク質に付与する場合における疎水性親水性アミノ酸指標の重要性は、当該技術分野において理解されている。Ｋｙｔｅ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１５７：１０５－１３１。ある特定のアミノ酸は、類似の疎水性親水性指標またはスコアを有する他のアミノ酸で置換することができ、それでもなお、類似の生物学的活性を保持することが知られている。疎水性親水性指標に基づく変化を行う際には、ある特定の実施形態において、疎水性親水性指標が±２以内であるアミノ酸の置換が含まれる。ある特定の実施形態において、±１以内のものが含まれ、ある特定の実施形態において、±０．５以内のものが含まれる。
同様のアミノ酸の置換は、特に、このようにして作製された生物学的に機能的なタンパク質またはペプチド（例えば、抗体）が本件のように免疫学的実施形態における使用を意図している場合、親水性に基づいて効果的に行うことができることも当該技術分野において理解されている。ある特定の実施形態において、隣接するアミノ酸の親水性によって支配されるタンパク質の最大の局所的平均親水性は、その免疫原性及び抗原性、すなわち、タンパク質の生物学的特性と相関する。
これらのアミノ酸残基には、次の親水性値が割り当てられている：アルギニン（＋３．０）；リシン（＋３．０±１）；アスパラギン酸（＋３．０±１）；グルタミン酸（＋３．０±１）；セリン（＋０．３）；アスパラギン（＋０．２）；グルタミン（＋０．２）；グリシン（０）；トレオニン（－０．４）；プロリン（－０．５±１）；アラニン（－０．５）；ヒスチジン（－０．５）；システイン（－１．０）；メチオニン（－１．３）；バリン（－１．５）；ロイシン（－１．８）；イソロイシン（－１．８）；チロシン（－２．３）；フェニルアラニン（－２．５）及びトリプトファン（－３．４）。類似の親水性値に基づいて変更を行う場合、ある特定の実施形態において、親水性値が±２以内であるアミノ酸の置換が含まれ、ある特定の実施形態において、±１以内であるものが含まれ、ある特定の実施形態において、±０．５以内であるものが含まれる。また、親水性に基づいて、一次アミノ酸配列からエピトープを特定することもできる。これらの領域はまた、「エピトープコア領域」とも称される。
改変（例えば、置換）は、例えば、抗体親和性を改善するために、ＣＤＲに行うことができる。そのような改変は、ＣＤＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス中に高頻度で変異を経るコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９－１９６（２００８）参照）、及び／または抗原と接触する残基で行われ得、結果として得られるバリアントＶＨまたはＶＬは、結合親和性について試験される。二次ライブラリーの構築及び再選択による親和性成熟は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７に記載されている（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，（２００１）参照）。親和性成熟のいくつかの実施形態において、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異導入）のいずれかによって、成熟について選択された可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリーが作製される。次いで、このライブラリーをスクリーニングして、所望の親和性を有する任意の抗体バリアントを特定する。多様性を導入する別の方法は、いくつかのＣＤＲ残基（例えば、一度に４～６残基）がランダム化されるＣＤＲ指向性アプローチを伴う。例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデリングを使用して、抗原結合に関与するＣＤＲ残基が特異的に特定され得る。多くの場合、特に、ＣＤＲ－Ｈ３及びＣＤＲ－Ｌ３が対象にされる。
ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、そのような改変が抗体の抗原結合能力を実質的に減少させない限り、１つ以上のＣＤＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書で提供される保存的置換）をＣＤＲに行うことができる。そのような改変は、例えば、ＣＤＲ内の抗原接触残基の外側にあってもよい。上述のバリアントＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施形態では、各ＣＤＲは、改変されていないか、または１つ、２つ、もしくは３つを超えないアミノ酸置換を含有し得る。
変異導入の対象となり得る抗体の残基または領域の特定に有用な方法は、「アラニンスキャニング変異導入法」と呼ばれ、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１－１０８５によって記載されている。この方法では、標的残基のうちのある残基または群（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、及びＧｌｕなどの荷電残基）を特定し、これを中性または負に帯電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）で置き換え、抗体と抗原の相互作用に影響があるかどうかを決定する。最初の置換に対して機能感受性を示すアミノ酸位置に更なる置換が導入されてもよい。代替的にまたは追加的に、抗原抗体複合体の結晶構造から、抗体と抗原との間の接触点を特定する。そのような接触残基及び隣接残基は、置換の候補として、標的にされるか、または排除され得る。バリアントは、スクリーニングにより、所望の特性を含有するかどうか決定され得る。
アミノ酸配列の挿入には、１残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドまでの長さに及ぶアミノ末端及び／またはカルボキシル末端の融合、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入バリアントには、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴの場合）または抗体の血清中半減期を延長させるポリペプチドを抗体のＮ末端またはＣ末端に融合することが含まれる。
２．修飾Ｆｃ領域を含むバリアント
低減したエフェクター機能を有する抗体は、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものを含む（米国特許第６，７３７，０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７のうちの２つ以上に置換を含むＦｃ変異体、例えば、残基２６５及び２９７をアラニンに置換したいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体（米国特許第７，３３２，５８１号）を含む。
ある特定の実施形態において、ＦｃＲへの結合が改善または低減するように調製された抗体バリアントが記載される。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）参照）。いくつかの実施形態において、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／または３３４（残基のＥＵナンバリング）での置換を有するＦｃ領域を含む。例えば、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域の溶媒露出アミノ酸の系統的置換により、ＦｃγＲ結合親和性が変更されたＩｇＧバリアントが生成されている（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１－６０４）。親ＩｇＧ１と比較した場合、Ｔｈｒ２５６／Ｓｅｒ２９８、Ｓｅｒ２９８／Ｇｌｕ３３３、Ｓｅｒ２９８／Ｌｙｓ３３４、またはＳｅｒ２９８／Ｇｌｕ３３３／Ｌｙｓ３３４におけるＡｌａへの置換を伴うこれらのバリアントのサブセットは、ＦｃγＲに対する結合親和性とＡＤＣＣ活性の両方の増加を示す（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１－６０４；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－４９）。
いくつかの実施形態において、例えば、米国特許第６，１９４，５５１、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）に記載されるように、Ｃｌｑ結合及び／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）に変更（すなわち、改善または減少のいずれか）をもたらす改変がＦｃ領域になされる。例えば、抗体の補体固定活性（Ｃ１ｑ結合とＣＤＣ活性の両方）は、Ｌｙｓ３２６及びＧｌｕ３３３における置換によって改善することができる（Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６６：２５７１－２５７５）。ヒトＩｇＧ２主鎖上での同じ置換は、Ｃ１ｑへの結合が弱く補体活性化活性が著しく欠損している抗体アイソタイプを、Ｃ１ｑの結合及びＣＤＣの媒介が両方とも可能なアイソタイプに変換することができる（Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６６：２５７１－７５）。抗体の補体固定活性を改善するために、いくつかの他の方法も適用されている。例えば、ＩｇＭの１８アミノ酸のカルボキシル末端尾部ピースをＩｇＧのカルボキシル末端に移植することにより、そのＣＤＣ活性が大幅に向上する。これは、通常、検出可能なＣＤＣ活性を持たないＩｇＧ４でも観察される（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４：２２２６－３６）。また、ＩｇＧ１重鎖のカルボキシ末端近くに位置するＳｅｒ４４４をＣｙｓで置換することにより、ＩｇＧ１の尾部から尾部への二量体化が誘導され、単量体ＩｇＧ１よりもＣＤＣ活性が２００倍増加した（Ｓｈｏｐｅｓ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８－２２）。更に、Ｃ１ｑに対する特異性を有する二重特異性ダイアボディ構築物もＣＤＣ活性を付与する（Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１５：６２９－３１）。
補体活性は、重鎖のアミノ酸残基３１８、３２０、及び３２２の少なくとも１つを、Ａｌａなどの異なる側鎖を有する残基に変異させることによって低下させることができる。Ｇｌｙ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、またはＶａｌなどの他のアルキル置換非イオン性残基、または３つの残基のうちのいずれか１つの代わりにあるＰｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、及びＰｒｏなどの芳香族非極性残基も、Ｃ１ｑ結合を減少させるかまたは無効にする。Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、及びＭｅｔは、Ｃ１ｑ結合活性を減少させるかまたは無効にするために、残基３２０及び３２２で使用できるが、３１８では使用できない。極性残基による３１８（Ｇｌｕ）残基の置換は、Ｃ１ｑ結合活性を変更し得るが、無効にする可能性はない。残基２９７（Ａｓｎ）をＡｌａに置き換えることにより、溶解活性が取り除かれるが、Ｃ１ｑに対する親和性はわずかに低下する（約３分の１になる）のみである。この変化は、グリコシル化部位と、補体活性化に必要な炭水化物の存在とを破壊する。この部位での任意の他の置換も、グリコシル化部位を破壊する。以下の変異及びそれらの任意の組み合わせもまた、Ｃ１ｑ結合を減少させる：Ｄ２７０Ａ、Ｋ３２２Ａ、Ｐ３２９Ａ、及びＰ３１１Ｓ（ＷＯ０６／０３６２９１参照）。
本明細書で提供される抗体の半減期は、その治療活性を変化させるために延長または短縮することができる。ＦｃＲｎは、β２－ミクログロブリンと非共有結合により会合するＭＨＣクラスＩ抗原に構造的に類似した受容体である。ＦｃＲｎは、ＩｇＧの異化作用及び組織全体でのトランスサイトーシスを調節する（Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ，２０００，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８：７３９－７６６；Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ，２００２，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．２５：９７－１１３）。ＩｇＧ－ＦｃＲｎ相互作用は、ｐＨ６．０（細胞内小胞のｐＨ）で発生するが、ｐＨ７．４（血液のｐＨ）では発生せず、この相互作用により、ＩｇＧを循環に戻すことができる（Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ，２０００，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８：７３９－７６６；Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ，２００２，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．２５：９７－１１３）。ＦｃＲｎ結合に関与するヒトＩｇＧ１上の領域がマッピングされている（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１－６０４）。ヒトＩｇＧ１のＰｒｏ２３８位、Ｔｈｒ２５６位、Ｔｈｒ３０７位、Ｇｌｎ３１１位、Ａｓｐ３１２位、Ｇｌｕ３８０位、Ｇｌｕ３８２位、またはＡｓｎ４３４位でのアラニン置換は、ＦｃＲｎ結合を増強する（Ｓｈｉｅｌｄｓｅｔａｌ．，２００１，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１－６０４）。これらの置換を保有するＩｇＧ１分子は、長い血清半減期を有する。その結果、これらの修飾されたＩｇＧ１分子は、非修飾のＩｇＧ１と比較して、より長い期間にわたってエフェクター機能を実施できるため、治療効果を発揮し得る。ＦｃＲｎへの結合を増加させるための他の例示的な置換としては、位置２５０におけるＧｌｎ及び／または位置４２８におけるＬｅｕが挙げられる。他の研究では、Ｆｃ領域のＦｃＲｎに対する結合は、１つ以上の次のＦｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４または４３４に１つ以上の置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を導入することによって改善し得ることが示されている（例えば、米国特許第７，３７１，８２６号；及びＵＳ７，３６１，７４０参照）。
３．グリコシル化修飾を含む抗体バリアント
ある特定の実施形態において、本明細書で提供される抗体は、抗体のグリコシル化の程度が増加または減少するような１つ以上の修飾を含む。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作製または除去されるように、アミノ酸配列を改変することによって好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、Ｆｃ領域に結合した炭水化物が改変され得る。哺乳動物細胞によって産生される天然抗体は、典型的に、分岐した二分岐型オリゴ糖を含み、これは、一般に、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ－結合により結合している。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース及びシアル酸、ならびに二分岐型オリゴ糖構造の「幹」中のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースを含み得る。
このグリコフォームをＩｇＧ上で操作することにより、ＩｇＧ媒介性ＡＤＣＣを顕著に改善することができる。このグリコフォームへの二分Ｎ－アセチルグルコサミン修飾の付加（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：１７６－１８０；Ｄａｖｉｅｓ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．７４：２８８－９４）、またはこのグリコフォームからのフコースの除去（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７：２６７３３－４０；Ｓｈｉｎｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８：６５９１－６０４；Ｎｉｗａ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６４：２１２７－３３）は、ＩｇＧ ＦｃとＦｃγＲとの間の結合を改善し、それによってＩｇ媒介ＡＤＣＣ活性を増強するＩｇＧ Ｆｃ操作の２つの例である。そのような置換または操作を含む抗体は、本明細書で提供される実施形態のいくつかに含まれる。
ある特定の実施形態において、Ｆｃ領域に（直接的にまたは間接的に）結合されるフコースを欠いた炭水化物構造を有する、抗体が提供される。例えば、そのような抗体のフコースの量は、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％または２０％～４０％であり得る。フコースの量は、例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６に記載されるＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析によって測定される、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、及び高マンノース構造）の合計に対するＡｓｎ２９７での糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の位置２９７付近（Ｆｃ領域残基のＥＵナンバリング）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７は、抗体の軽微な配列変化に起因して、位置２９７から上流または下流の約±３アミノ酸、すなわち、位置２９４～３００の間に位置する場合もある。そのようなフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。例えば、米国特許公開第ＵＳ２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；ＵＳ ２００４／００９３６２１（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照されたい。「脱フコシル化」または「フコース欠損」抗体バリアントに関連する公開物の例としては、ＵＳ２００３／０１５７１０８；ＷＯ２０００／６１７３９；ＷＯ２００１／２９２４６；ＵＳ２００３／０１１５６１４；ＵＳ２００２／０１６４３２８；ＵＳ２００４／００９３６２１；ＵＳ２００４／０１３２１４０；ＵＳ２００４／０１１０７０４；ＵＳ２００４／０１１０２８２；ＵＳ２００４／０１０９８６５；ＷＯ２００３／０８５１１９；ＷＯ２００３／０８４５７０；ＷＯ２００５／０３５５８６；ＷＯ２００５／０３５７７８；ＷＯ２００５／０５３７４２；ＷＯ２００２／０３１１４０；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。脱フコシル化抗体を産生することが可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損したＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５ （１９８６）；米国特許出願第ＵＳ２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ， Ｌ；及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１、Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．、特に実施例１１）、及びアルファ－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子ＦＵＴ８をノックアウトしたＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）；Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０－６８８（２００６）；及びＷＯ２００３／０８５１０７）が挙げられる。
二分されたオリゴ糖を含有する他の抗体、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている抗体も更に提供される。そのような抗体は、フコシル化の減少及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。そのような抗体の例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８（Ｊｅａｎ－Ｍａｉｒｅｔ ｅｔ ａｌ．）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）；及びＵＳ２００５／０１２３５４６（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖中に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体も提供される。そのような抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。そのような抗体バリアントは、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．）；ＷＯ１９９８／５８９６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）；及びＷＯ１９９９／２２７６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
４．システイン操作抗体バリアント
いくつかの実施形態において、本明細書で提供される抗体バリアントは、ヒトＩｇＧ１アイソタイプのアミノ酸位置２３４、２３５、２３７、２３９、２６７、２９８、２９９、３２６、３３０、または３３２における天然アミノ酸のシステイン残基への置換、好ましくは、Ｓ２３９Ｃ変異（定常領域の置換はＥＵインデックスに従う）を含む。追加のシステイン残基の存在により、鎖間ジスルフィド結合の形成が可能となる。このような鎖間ジスルフィド結合の形成は、立体障害をもたらすことができ、それにより、Ｆｃ領域とＦｃγＲの結合相互作用の親和性が低下する。ＩｇＧ定常領域のＦｃ領域内またはＦｃ領域に近接して導入されたシステイン残基（複数可）は、治療薬剤へのコンジュゲーション（例えば、薬物のマレイミド誘導体などのチオール特異的試薬を使用した細胞毒性薬物のカップリング）部位としても機能し得る。治療薬剤の存在により立体障害が生じ、それにより、Ｆｃ領域とＦｃγＲの結合相互作用の親和性が更に低下する。位置２３４、２３５、２３６及び／または２３７のいずれかにおける他の置換もＦｃγ受容体、特にＦｃγＲＩ受容体に対する親和性を低下させる（例えば、ＵＳ６，６２４，８２１、ＵＳ５，６２４，８２１参照）。
他のシステイン操作抗体バリアントにおいて、１つ以上の反応性チオール基が抗体の接近可能部位に配置され、これを使用して抗体を薬物部分またはリンカー薬物部分などの他の部分にコンジュゲートして、本明細書で更に記載されるイムノコンジュゲートを作製することができる。ある特定の実施形態において、次の残基のうちの任意の１つ以上は、システインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔナンバリング）；重鎖のＡ１１８（ＥＵナンバリング）；及び重鎖Ｆｃ領域の５４００（ＥＵナンバリング）。システイン操作抗体の作製は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されている。
５．例示的なＦｃバリアント
提供されるＡＢＰのいくつかは、定常領域に以下の修飾を含む。
Ｆ．競合抗原結合タンパク質
本明細書で提供される抗原結合タンパク質には、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２（例えば、配列番号２のヒトＡＬＰＰ及び／または配列番号４のヒトＡＬＰＰＬ２）への特異的結合について上述した例示のＡＢＰまたは断片のうちの１つと競合するものが含まれる。これらの実施形態のいくつかにおいて、試験及び参照ＡＢＰは、互いに交差競合する。そのようなＡＢＰは、本明細書に記載される抗原結合タンパク質のうちの１つと同じエピトープ、または重複するエピトープに結合し得る。一実施形態において、そのようなＡＢＰは、配列番号７３及び／または配列番号７４のアミノ酸配列を有するエピトープに結合する。例示したＡＢＰと競合する断片を含むＡＢＰは、類似の機能特性（例えば、上述した活性のうちの１つ以上）を示すことが機体される。
いくつかの実施形態において、提供されるＡＢＰには、（ａ）配列番号５６～５８もしくは６０～６２、及び６３～６５もしくは６８～７０と同じ抗体について列挙されているＣＤＲの６つ全て、（ｂ）配列番号１５及び３０と同じ抗体について列挙されているＶＨ及びＶＬ、または（ｃ）配列番号４０及び５０と同じ抗体について指定されている軽鎖及び重鎖を有する抗体と競合するものが含まれる。
Ｇ．同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質
別の実施形態において、提供される抗原結合タンパク質は、本明細書に記載されるＡＢＰのいずれかと同じエピトープに結合するものを含む。本明細書に記載されるＡＢＰのうちの１つ以上と同じエピトープに結合するＡＢＰを特定するための技術は、様々なものが利用可能である。そのような方法としては、例えば、本明細書に記載される競合アッセイ、ペプチド断片のスクリーニング、ＭＳベースのタンパク質フットプリンティング、アラニンまたはグルタミンスキャニングアプローチ、及びエピトープの原子分解を提供する抗原：抗原結合タンパク質複合体の結晶のｘ線分析が挙げられる。
特定の抗体が結合するエピトープまたはエピトープ領域（「エピトープ領域」は、エピトープを含むまたはエピトープと重複する領域である）を特定するための１つのアプローチは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の断片、例えば、非変性または変性断片を含むペプチドに対するＡＢＰの結合を評価することを伴う。ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２（例えば、ヒトＡＬＰＰ及び／またはヒトＡＬＰＰＬ２）の配列を包含する一連の重複ペプチドを調製し、例えば、直接ＥＬＩＳＡ、競合ＥＬＩＳＡ（ここで、ペプチドは、マイクロタイタープレートのウェルに結合させたＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に対する抗体の結合を阻害する能力について評価される）、またはチップ上で、これらの結合についてスクリーニングすることができる。そのようなペプチドスクリーニング法は、いくつかの不連続な機能性エピトープ、すなわち、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２ポリペプチド鎖の一次配列に沿って連続していないアミノ酸残基を伴う機能性エピトープを検出できない場合がある。
他の実施形態において、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２中の特定の残基を変異させ、変異またはバリアントＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２タンパク質に結合することができるかどうかを決定することによって、抗体と接触するまたは抗体によって埋もれる残基を含有する領域（複数可）を特定することができる。個々の変異をいくつか行うことで、結合に直接的な役割を果たす残基、または変異が抗原結合タンパク質と抗原との間の結合に影響し得るほど抗体に十分近接する残基を特定することができる。これらのアミノ酸に関する知見から、ＡＢＰと接触する残基または抗体によって覆われる残基を含有する抗原のドメイン（複数可）または領域（複数可）を推定することができる。そのようなドメインは、ＡＢＰの結合エピトープを含み得る。そのようなスキャニング技術の一般的なアプローチは、野生型ポリペプチド中のアミノ酸をアルギニン及び／またはグルタミン酸残基に（典型的には個別に）置換することを伴う。これらの２つのアミノ酸は、帯電し、嵩高いことから、変異が導入されるＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の領域において、ＡＢＰとＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２との間の結合を破壊する可能性を有するため、典型的に、そのようなスキャニング技術に使用される。野生型抗原に存在するアルギニンがグルタミン酸に置き換えられる。このような個々の様々な変異体を得、収集した結合結果を分析して、どの残基が結合に影響するかを決定する（例えば、Ｎａｎｅｖｉｃｚ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７０：３７，２１６１９－２１６２５及びＺｕｐｎｉｃｋ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，２００６，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２８１：２９，２０４６４－２０４７３参照）。
エピトープを特定するための代替アプローチは、水素／重水素交換質量分析（ＨＤＸ－ＭＳ）及びＦａｓｔ Ｐｈｏｔｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（ＦＰＯＰ）などのＭＳベースのタンパク質フットプリンティングによって行われる。ＨＤＸ－ＭＳを実施するための方法は、例えば、Ｗｅｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ １９：９５に記載されている。ＦＰＯＰを実施するための方法は、例えば、Ｈａｍｂｌｅｙ ａｎｄ Ｇｒｏｓｓ（２００５）Ｊ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ １６：２０５７に記載されている。
ＡＢＰが結合するエピトープは、Ｘ線結晶構造決定、分子モデリング、及び核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、例えば、遊離の場合及びＡＢＰと結合した複合体の場合における抗原中の不安定なアミド水素のＨ－Ｄ交換速度のＮＭＲ決定などの構造的方法によって決定することもできる（例えば、Ｚｉｎｎ－Ｊｕｓｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３１，１１３３５－１１３４７；及びＺｉｎｎ－Ｊｕｓｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２，６８８４－６８９１参照）。
Ｘ線結晶構造解析は、当該技術分野において知られている方法のいずれかを使用して達成することができる。結晶化法の例は、例えば、Ｇｉｅｇｅ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５０：３３９－３５０；及びＭｃＰｈｅｒｓｏｎ（１９９０）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１８９：１－２３）に記載されている。そのような結晶化アプローチは、マイクロバッチ（例えば、Ｃｈａｙｅｎ（１９９７）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ５：１２６９－１２７４）、ハンギングドロップ蒸気拡散法（例えば、ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ（１９７６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５１：６３００－６３０３）、シーディング及び透析を含む。ＡＢＰ：抗原結晶が形成されたら、それ自体を、よく知られたＸ線回折技術を使用して研究することができ、Ｘ－ＰＬＯＲなどのコンピュータソフトウェアを使用して精査することができる（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，１９９２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．による配布；例えば、Ｂｌｕｎｄｅｌｌ ＆ Ｊｏｈｎｓｏｎ（１９８５）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１１４ ＆ １１５，Ｈ．Ｗ．Ｗｙｃｋｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；米国特許出願公開第２００４／００１４１９４号）、及びＢＵＳＴＥＲ（Ｂｒｉｃｏｇｎｅ（１９９３）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ４９：３７－６０；Ｂｒｉｃｏｇｎｅ（１９９７）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２７６Ａ：３６１－４２３，Ｃａｒｔｅｒ ＆ Ｓｗｅｅｔ，ｅｄｓ．；Ｒｏｖｅｒｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５６：１３１３－１３２３参照）。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、連続エピトープに結合する。好ましい実施形態において、ＡＢＰは、配列番号７３及び／または配列番号７４のアミノ酸配列を有するエピトープに結合する。
Ｈ．他の例示的なフォーマット
抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、単一のポリペプチドであってもよいし、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の（同じまたは異なる）ポリペプチドを含んでもよい。抗体またはその抗原結合断片が単一のポリペプチドであるいくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、単一の抗原結合ドメインまたは２つの抗原結合ドメインを含むことができる。抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであり、２つの抗原結合ドメインを含むいくつかの実施形態において、第１及び第２の抗原結合ドメインは、互いに同一または異なり得る（同じまたは異なる抗原またはエピトープに特異的に結合することができる）。
本明細書に記載される抗原結合タンパク質の異なる部分は、更なる抗原結合タンパク質を得るために、様々な構成で配置することができる。例えば、抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであるいくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメイン（存在する場合）は、ＶＨドメイン、ＶＨＨドメイン、ＶＮＡＲドメイン、及びｓｃＦｖからなる群から独立してそれぞれ選択することができる。抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであるいくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、ＢｉＴＥ（登録商標）、（ｓｃＦｖ）２、ナノボディ、ナノボディ－ＨＳＡ、ＤＡＲＴ、ＴａｎｄＡｂ、ｓｃＤｉａｂｏｄｙ、ｓｃＤｉａｂｏｄｙ－ＣＨ３、ｓｃＦｖ－ＣＨ－ＣＬ－ｓｃＦｖ、ＨＳＡｂｏｄｙ、ｓｃＤｉａｂｏｄｙ－ＨＡＳ、タンデムｓｃＦｖ、アドネクチン、ＤＡＲＰｉｎ、フィブロネクチン、及びＤＥＰコンジュゲートであり得る。抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドである場合に使用することができる抗原結合ドメインの追加例は、当該技術分野において知られている。
ＶＨＨドメインは、ラクダ科動物で見出すことができる単一の単量体可変抗体ドメインである。ＶＮＡＲドメインは、軟骨魚で見出すことができる単一の単量体可変抗体ドメインである。ＶＨＨドメイン及びＶＮＡＲドメインの非限定的な態様は、例えば、Ｃｒｏｍｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１５：２５４３－２５５７，２０１６；Ｄｅ Ｇｅｎｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：１８７－１９８，２００６；Ｄｅ Ｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３２：２６３－２７０，２０１４；Ｋｉｊａｎｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ １０：１６１－１７４，２０１５；Ｋｏｖａｌｅｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．１４：１５２７－１５３９，２０１４；Ｋｒａｈ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｏｘｉｃｏｌ．３８：２１－２８，２０１６；Ｍｕｊｉｃ－Ｄｅｌｉｃ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．３５：２４７－２５５，２０１４；Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ，Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７４：２７７－３０２，２００１；Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２６：２３０－２３５，２００１；Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．８２：７７５－７９７，２０１３；Ｒａｈｂａｒｉｚａｄｅｈ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｎｖｅｓｔ．４０：２９９－３３８，２０１１；Ｖａｎ Ａｕｄｅｎｈｏｖｅ ｅｔ ａｌ．，ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ ８：４０－４８，２０１６；Ｖａｎ Ｂｏｃｋｓｔａｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ １０：１２１２－１２２４，２００９；Ｖｉｎｃｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．９１１：１５－２６，２０１２；及びＷｅｓｏｌｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９８：１５７－１７４，２００９に記載されている。
抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであり、２つの抗原結合ドメインを含むいくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインはいずれもＶＨＨドメインであり得るか、または少なくとも１つの抗原結合ドメインがＶＨＨドメインであり得る。抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであり、２つの抗原結合ドメインを含むいくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインはいずれもＶＮＡＲドメインであるか、または少なくとも１つの抗原結合ドメインがＶＮＡＲドメインである。抗体または抗原結合ドメインが単一のポリペプチドであるいくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖドメインである。抗体または抗原結合断片が単一のポリペプチドであり、２つの抗原結合ドメインを含むいくつかの実施形態において、第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインはいずれもｓｃＦｖドメインであり得るか、または少なくとも１つの抗原結合ドメインがｓｃＦｖドメインであり得る。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片は、２つ以上のポリペプチド（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のポリペプチド）を含み得る。抗体または抗原結合断片が２つ以上のポリペプチドを含むいくつかの実施形態において、２つ以上のポリペプチドのうち２、３、４、５または６個は同一であり得る。
抗体または抗原結合断片が２つ以上のポリペプチド（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のポリペプチド）を含むいくつかの実施形態において、抗体または抗原結合断片のポリペプチドの２つ以上が組み立てられて（例えば、非共有結合的に組み立てられて）、１つ以上の抗原結合ドメイン、例えば、抗体の抗原結合断片（例えば、本明細書に記載される抗体の抗原結合断片のいずれか）、ＶＨＨ－ｓｃＡｂ、ＶＨＨ－Ｆａｂ、デュアルｓｃＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、ｃｒｏｓｓＭａｂ、ＤＡＦ（ツーインワン）、ＤＡＦ（フォーインワン）、ＤｕｔａＭａｂ、ＤＴ－ＩｇＧ、ノブインホール共通軽鎖、ノブインホールアセンブリ、電荷対、Ｆａｂアーム交換、ＳＥＥＤｂｏｄｙ、ＬＵＺ－Ｙ、Ｆｃａｂ、κλ－ボディ、オルソゴナルＦａｂ、ＤＶＤ－ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｈ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｈ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｌ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ，Ｈ）－Ｆｖ、ＩｇＧ（Ｈ）－Ｖ、Ｖ（Ｈ）－ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－Ｖ、Ｖ（Ｌ）－ＩｇＧ、ＫＩＨ ＩｇＧ－ｓｃＦａｂ、２ｓｃＦｖ－ＩｇＧ、ＩｇＧ－２ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ４－Ｉｇ、Ｚｙｂｏｄｙ、ＤＶＩ－ＩｇＧ、ダイアボディ－ＣＨ３、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、ＴｒｉＢｉミニボディ、ｓｃＦｖ－ＣＨ３ ＫＩＨ、Ｆａｂ－ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２－ｓｃＦｖ２、ｓｃＦｖ－ＫＩＨ、Ｆａｂ－ｓｃＦｖ－Ｆｃ、三価ＨＣＡｂ、ｓｃＤｉａｂｏｄｙ－Ｆｃ、ダイアボディ－Ｆｃ、タンデムｓｃＦｖ－Ｆｃ、ＶＨＨ－Ｆｃ、タンデムＶＨＨ－Ｆｃ、ＶＨＨ－Ｆｃ ＫｉＨ、Ｆａｂ－ＶＨＨ－Ｆｃ、イントラボディ、ドックアンドロック、ＩｍｍＴＡＣ、ＩｇＧ－ＩｇＧコンジュゲート、Ｃｏｖ－Ｘ－Ｂｏｄｙ、ｓｃＦｖ１－ＰＥＧ－ｓｃＦｖ２、アドネクチン、ＤＡＲＰｉｎ、フィブロネクチン、及びＤＥＰコンジュゲートを形成することができる。例えば、Ｓｐｉｅｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６７：９５－１０６，２０１５を参照されたく、これらの要素の記述について、その全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、非免疫グロブリンスカフォールドに基づく。本明細書に記載されるものなどの結合ドメイン（例えば、ＨＶＲまたはＣＤＲ）に挿入またはグラフトすることができる他のスカフォールドの例としては、ヒトフィブロネクチン（例えば、ヒトフィブロネクチンＩＩＩの１０番目の細胞外ドメイン）、ネオカルジノスタチンＣＢＭ４－２、リポカリン由来のアンチカリン、設計されたアンキリンリピートドメイン（ＤＡＲＰｉｎｓ）、プロテインＡドメイン（プロテインＺ）、Ｋｕｎｉｔｚドメイン、Ｉｍ９、ＴＰＲタンパク質、ジンクフィンガードメイン、ｐＶＩＩＩ、ＧＣ４、トランスフェリン、ＳＰＡのＢドメイン、Ｓａｃ７ｄ、Ａドメイン、ＦｙｎキナーゼのＳＨ３ドメイン、及びＣ型レクチン様ドメインが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、Ｇｅｂａｕｅｒ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ（２００９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，１３：２４５－２５５；Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１２５７－１２６８；及びＹｕ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ １０：２９３－３２０参照；そのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に援用される）。
ＩＶ．抗原結合タンパク質の発現及び産生
Ａ．抗原結合タンパク質をコードする核酸
本明細書に記載される抗原結合タンパク質またはその一部をコードする核酸分子も提供される。そのような核酸は、例えば、１）抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその断片）、またはその誘導体もしくはバリアントをコードするもの、２）重鎖及び／または軽鎖、ＶＨ及び／またはＶＬドメイン、または可変ドメイン内に位置するＨＶＲもしくはＣＤＲの１つ以上（例えば、ＶＨ ＨＶＲまたはＣＤＲの１、２もしくは３つ全て、またはＶＬ ＨＶＲまたはＣＤＲの１、２もしくは３つ全て）をコードするポリヌクレオチド、３）かかるコードポリヌクレオチドを特定、分析、変異、または増幅するためのハイブリダイゼーションプローブ、ＰＣＲプライマーまたは配列決定プライマーとして使用するのに十分なポリヌクレオチド、４）そのようなコードポリヌクレオチドの発現を阻害するためのアンチセンス核酸、及び５）前述の相補配列を含む。核酸は、任意の長さであり得る。核酸は、例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、７５０、もしくは１，０００ヌクレオチド長以上であり得、及び／または１つ以上の追加の配列、例えば、調節配列を含み得、及び／またはより大きな核酸、例えば、ベクターの一部であり得る。核酸は、一本鎖または二本鎖であり得る。
核酸分子は、全細胞中、細胞溶解物中、または部分的に精製されたもしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。核酸は、他の細胞成分または他の夾雑物、例えば、他の細胞核酸（例えば、他の染色体ＤＮＡ、例えば、自然において、単離されたＤＮＡに連結している染色体ＤＮＡ）またはタンパク質から、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、制限酵素、アガロースゲル電気泳動及び当該技術分野においてよく知られている他のものを含む標準的な技術によって精製された場合、「単離された」または「実質的に純粋になった」となる。Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．（１９８７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照されたい。本明細書に記載される核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得、イントロン配列を含有しても、しなくてもよい。ある特定の実施形態において、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
一実施形態において、本明細書で提供される抗体のＶＨ配列をコードする核酸分子は、配列番号７１を含む。別の実施形態において、本明細書で提供される抗体のＶＬ配列をコードする核酸分子は、配列番号７２を含む。更なる実施形態において、本明細書で提供される抗体のＶＨ及びＶＬ配列をコードする核酸分子は、それぞれ配列番号７１及び配列番号７２を含む。
したがって、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体などのＡＢＰの１つ以上の鎖をコードするポリヌクレオチドを含む核酸分子が提供される。いくつかの実施形態において、核酸分子は、ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、核酸分子は、ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）の重鎖をコードするポリヌクレオチド配列と、軽鎖をコードするポリヌクレオチド配列の両方を含む。いくつかの実施形態において、第１の核酸分子は、重鎖をコードする第１のポリヌクレオチド配列を含み、第２の核酸分子は、軽鎖をコードする第２のポリヌクレオチド配列を含む。
一実施形態において、核酸分子は、本明細書で提供される抗体のうちの１つのＶＨをコードするポリヌクレオチドを含む。別の実施形態において、核酸は、本明細書で提供される抗体のうちの１つのＶＬをコードするポリヌクレオチドを含む。更に別の実施形態において、核酸は、本明細書で提供される抗体のうちの１つのＶＨとＶＬの両方をコードする。ある特定の実施形態において、核酸分子は、配列番号１５または配列番号３０のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、核酸は、上記アミノ酸配列（例えば、本明細書で開示される重鎖及び／または軽鎖アミノ酸配列、またはＶＨ及び／またはＶＬアミノ酸配列）のうちの１つ以上のバリアントをコードし、ここで、バリアントは、多くとも２５個のアミノ酸修飾、例えば、多くとも２０個、例えば、多くとも１５、１４、１３、１２または１１個のアミノ酸修飾、例えば、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個のアミノ酸修飾、例えば、欠失または挿入、好ましくは、保存的置換などの置換を有する。
また、前述の配列のいずれかに対して、少なくとも８０％、８５％、９０％（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）の配列同一性を有する核酸分子も提供される。したがって、例えば、ある特定の実施形態において、核酸は、本明細書で開示される抗原結合タンパク質のうちの１つの重鎖及び／または軽鎖配列またはＶＨ及び／またはＶＬ配列をコードするヌクレオチド配列を含む。
ＶＨ及びＶＬセグメントをコードする核酸が得られたら、これらの核酸を標準的な組み換えＤＮＡ技術によって更に操作し、例えば、可変領域遺伝子を全長抗体鎖遺伝子、Ｆａｂ断片遺伝子またはｓｃＦｖ遺伝子に変更することができる。これらの操作において、ＶＬコードまたはＶＨコード核酸は、抗体定常領域またはフレキシブルリンカーなどの別のポリペプチドをコードする別の核酸に動作可能に連結される。
ＶＨ領域をコードする単離された核酸は、ＶＨコード核酸を、重鎖定常領域（ヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及び／またはＣＨ３）をコードする別の核酸分子に動作可能に連結することによって、全長重鎖遺伝子に変換することができる。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当該技術分野において知られており（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２参照）、これらの領域を包含する核酸断片は、標準的なＰＣＲ増幅によって得ることができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤ定常領域、例えば、ＩｇＧ１領域であり得る。Ｆａｂ断片の重鎖遺伝子について、ＶＨコード核酸は、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別の核酸分子に動作可能に連結され得る。
ＶＬ領域をコードする単離された核酸分子は、ＶＬコード核酸分子を、軽鎖定常領域ＣＬをコードする別の核酸分子に動作可能に連結することによって、全長軽鎖遺伝子（及びＦａｂ軽鎖遺伝子）に変換することができる。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当該技術分野において知られており（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２参照）、これらの領域を包含する核酸断片は、標準的なＰＣＲ増幅によって得ることができる。軽鎖定常領域は、カッパまたはラムダ定常領域であり得る。
ｓｃＦｖ遺伝子を作製するために、ＶＨ及びＶＬコード核酸断片を、フレキシブルリンカーをコードする別の断片、例えば、アミノ酸配列（Ｇｌｙ４－Ｓｅｒ）３をコードする別の断片に動作可能に連結する。それにより、ＶＬ及びＶＨ領がフレキシブルリンカーによって接続され、ＶＨ及びＶＬ配列が連続した一本鎖タンパク質として発現することができる（例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９－５８８３；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２－５５４参照）。
別の態様において、核酸配列を検出するためのプライマーまたはハイブリダイゼーションプローブとして使用するのに好適な核酸分子も提供される。核酸分子は、全長ポリペプチドをコードする核酸配列の一部のみ、例えば、プローブもしくはプライマーとして使用することができる断片またはポリペプチドの活性部分（例えば、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２結合部分）をコードする断片を含むことができる。
核酸の配列に基づくプローブは、核酸または類似の核酸、例えば、ポリペプチドをコードする転写物を検出するために使用することができる。プローブは、標識基、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子を含むことができる。そのようなプローブは、ポリペプチドを発現する細胞を特定するのに使用することができる。
ＡＢＰの１つ以上の構成成分（例えば、ＶＨ及び／またはＶＬ；ならびに軽鎖、及び／または重鎖）をコードする１つ以上の核酸を含むベクター（発現ベクターを含む）も提供される。発現ベクターは、限定するものではないが、作動可能に連結されたコード領域の転写、翻訳に影響するか、またはこれらを制御する配列を含み得、また、イントロンが存在する場合には、作動可能に連結されたコード領域のＲＮＡスプライシングに影響する配列を含み得る。原核生物での発現に必要な核酸配列は、プロモーター、任意選択によりオペレーター配列、リボソーム結合部位を含み、場合により他の配列も含む。真核細胞は、プロモーター、エンハンサー、ならびに終結シグナル及びポリアデニル化シグナルを利用することが知られている。
発現ベクターはまた、所望により、目的のコード配列に作動可能に連結された分泌シグナルペプチド配列を含むことができ、それにより、発現されたポリペプチドが組み換え宿主細胞によって分泌され得、目的のポリペプチドの細胞からの単離がより容易になる。
本発明の発現及びクローニングベクターは、典型的に、宿主生物により認識され、かつポリペプチドをコードする分子に作動可能に連結されたプロモーターを含む。様々な潜在的宿主細胞によって認識される多数のプロモーターがよく知られている。好適なプロモーターは、元となるＤＮＡから制限酵素消化によってプロモーターを除去し、所望のプロモーター配列をベクターに挿入することによって、例えば、本発明の抗体及び抗原結合断片の重鎖、軽鎖、または他の構成成分をコードするＤＮＡに作動可能に連結される。酵母宿主との使用に好適なプロモーターもまた当該技術分野においてよく知られている。酵母エンハンサーは、酵母プロモーターと有利に使用される。哺乳動物宿主細胞との使用に好適なプロモーターは、よく知られており、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス（アデノウイルス血清型２、８、または９など）、ウシパピローマウイルス、鳥肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス及びシミアンウイルス４０（ＳＶ４０）などのウイルスゲノムから得られるものが含まれるが、これらに限定されない。他の好適な哺乳動物プロモーターには、異種哺乳動物プロモーター、例えば、熱ショックプロモーター及びアクチンプロモーターが含まれる。
利用することができる更なる具体的なプロモーターとしては、ＳＶ４０初期プロモーター（Ｂｅｎｏｉｓｔ ａｎｄ Ｃｈａｍｂｏｎ，１９８１，Ｎａｔｕｒｅ ２９０：３０４－３１０）；ＣＭＶプロモーター（Ｔｈｏｒｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１：６５９－６６３）；ラウス肉腫ウイルスの３’長末端反復に含まれるプロモーター（Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，１９８０，Ｃｅｌｌ ２２：７８７－７９７）；ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター（Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７８：１４４４－１４４５）；メタロチオニン遺伝子由来のプロモーター及び調節配列（Ｐｒｉｎｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ｎａｔｕｒｅ ２９６：３９－４２）；ならびにベータ－ラクタマーゼプロモーターなどの原核生物プロモーター（Ｖｉｌｌａ－Ｋａｍａｒｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，１９７８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７５：３７２７－３７３１）；またはｔａｃプロモーター（ＤｅＢｏｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８０：２１－２５）が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態において、ＡＢＰの異なる構成成分をコードする核酸は、同じ発現ベクター中に挿入してもよい。例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体軽鎖または可変領域をコードする核酸は、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体重鎖または可変領域をコードする核酸と同じベクター中にクローニングすることができる。このような実施形態において、２つの核酸は、軽鎖及び重鎖が同じｍＲＮＡ転写物から発現されるように、配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）によって隔てられ、１つのプロモーターの制御下に置かれ得る。あるいは、２つの核酸は、軽鎖及び重鎖が２つの別個のｍＲＮＡ転写物から発現されるように、２つの別個のプロモーターの制御下にあってもよい。いくつかの実施形態において、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体軽鎖または可変領域をコードする核酸は、１つの発現ベクター中にクローニングされ、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体重鎖または可変領域をコードする核酸は、第２の発現ベクター中にクローニングされる。このような実施形態において、宿主細胞は、本発明の完全な抗体または抗原結合断片を産生するために、両方の発現ベクターがコトランスフェクトされ得る。
Ｂ．宿主細胞
ベクターを構築し、本明細書に記載されるＡＢＰの構成成分をコードする１つ以上の核酸分子を１つまたは複数のベクターの適切な部位（複数可）に挿入した後、完成したベクター（複数可）を、増幅及び／またはポリペプチド発現に好適な宿主細胞に挿入することができる。
したがって、別の態様において、本明細書に記載されるものなどの核酸分子またはベクターを含む宿主細胞も提供される。様々な実施形態において、ＡＢＰ重鎖及び／または抗軽鎖は、細菌細胞などの原核細胞、または真菌細胞（酵母など）、植物細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞などの真核細胞で発現することができる。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性に望ましいまたは必要なポリペプチド修飾（グリコシル化またはリン酸化など）及び生物学的活性分子への折り畳み容易性などの様々な要因に左右される。
所望の宿主細胞への１つ以上の核酸の導入は、限定するものではないが、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、カチオン性脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスダクション、感染などを含む任意の方法によって達成することができる。非限定的な例示的な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（２００１）に記載されている。核酸は、任意の好適な方法に従って、所望の宿主細胞に一過性または安定的にトランスフェクトされ得る。
例示的な原核生物宿主細胞には、グラム陰性またはグラム陽性の生物などの真正細菌、例えば、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａなどのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、例えば、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、例えば、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ、及びＳｈｉｇｅｌｌａ、ならびにＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ及びＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓなどのＢａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、ならびにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓが挙げられる。
酵母、例えば、限定するものではないが、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓａｅ、Ｓ．ｐｏｍｂｅ、またはＫ．ｌａｃｔｉｓも宿主細胞として使用することができる。
宿主としては、様々な哺乳動物細胞株を使用することができ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から入手可能な不死化細胞株、例えば、限定するものではないが、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、例えば、ＣＨＯＫ１細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ６１）、ＤＸＢ－１１、ＤＧ－４４、及びチャイニーズハムスター卵巣細胞／－ＤＨＦＲ（ＣＨＯ、Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４２１６，１９８０）；ＳＶ４０により形質転換したサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ－７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胎児腎細胞株（２９３細胞または浮遊培養での成長のためにサブクローニングされた２９３細胞（Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．３６：５９，１９７７）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ １０）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３－２５１，１９８０）；サル腎細胞（ＣＶ１ ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ－７６，ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１５８７）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ，ＡＴＣＣ ＣＣＬ ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ，ＡＴＣＣ ＣＣＬ ３４）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ，ＡＴＣＣ ＣＲＬ １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８，ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２，ＨＢ ８０６５）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２，ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）；ＴＭ細胞（Ｍａｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４－６８，１９８２）；ＭＲＣ５細胞またはＦＳ４細胞；哺乳動物骨髄腫細胞、ならびに多数の他の細胞株が挙げられるが、これらに限定されない。
好適な宿主細胞が調製されたら、それを使用して所望のＡＢＰを発現させることができる。したがって、更なる態様において、本明細書に記載されるＡＢＰを産生するための方法も提供される。一般に、そのような方法は、本明細書に記載される１つ以上の発現ベクターを含む宿主細胞を、１つ以上の発現ベクターによってコードされるＡＢＰの発現を可能にする条件下で培養培地中で培養することと、培養培地からＡＢＰを回収することとを含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、無細胞系で産生される。非限定的な例示的無細胞系は、例えば、Ｓｉｔａｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４９８：２２９－４４（２００９）；Ｓｐｉｒｉｎ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：５３８－４５（２００４）；Ｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｄｖ．２１：６９５－７１３（２００３）に記載されている。
Ｖ．抗原結合タンパク質コンジュゲート
本明細書で提供されるＡＢＰは、細胞毒性または細胞増殖抑制性部分（その薬学的に適合性のある塩を含む）にコンジュゲートされ、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）などのコンジュゲートを形成することができる。ＡＢＰ（例えば、抗体）へのコンジュゲーションに特に好適な部分は、細胞毒性剤（例えば、化学療法剤）、プロドラッグ変換酵素、放射性同位体もしくは化合物、または毒素である（これらの部分は治療薬剤と総称される）。例えば、ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）は、化学療法剤などの細胞毒性剤、または毒素（例えば、細胞増殖抑制性または細胞破壊性剤、例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス外毒素、またはジフテリア毒素など）にコンジュゲートすることができる。細胞毒性剤の有用なクラスの例としては、例えば、ＤＮＡ副溝結合剤、ＤＮＡアルキル化剤、及びチューブリン阻害剤が挙げられる。例示的な細胞毒性剤としては、例えば、アウリスタチン、カンプトテシン、カリケアミシン、デュオカルマイシン、エトポシド、メイタンシノイド（例えば、ＤＭ１、ＤＭ２、ＤＭ３、ＤＭ４）、タキサン、ベンゾジアゼピン（例えば、ピロロ［１，４］ベンゾジアゼピン、インドリノベンゾジアゼピン、及びオキサゾリジノベンゾジアゼピン）及びビンカアルカロイドが挙げられる。
一実施形態において、ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）は、プロドラッグ変換酵素にコンジュゲートされる。プロドラッグ変換酵素は、既知の方法を使用して、抗体に組み換え的に融合されるか、または化学的にコンジュゲートされ得る。例示的なプロドラッグ変換酵素は、カルボキシペプチダーゼＧ２、ベータグルクロニダーゼ、ペニシリン－Ｖ－アミダーゼ、ペニシリン－Ｇ－アミダーゼ、β－ラクタマーゼ、β－グルコシダーゼ、ニトロレダクターゼ及びカルボキシペプチダーゼＡである。
治療薬剤をタンパク質、特に抗体にコンジュゲートするための技術は、よく知られている。（例えば、Ａｌｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０１０ １４：１－９；Ｓｅｎｔｅｒ，Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．，２００８，１４（３）：１５４－１６９参照。）治療薬剤は、抗体から切断されない限り（例えば、加水分解、タンパク質分解、または切断剤によって）、その活性が減少するようにコンジュゲートすることができる。いくつかの態様において、治療薬剤は、ＡＬＰＰ発現癌細胞の細胞内環境での切断には感受性であるが、細胞外環境には実質的に感受性でない切断性リンカーを用いて抗体に結合される。それにより、コンジュゲートは、ＡＬＰＰ発現癌細胞によって内在化されたときに抗体から切断される（例えば、エンドソーム内、または、例えば、ｐＨ感受性もしくはプロテアーゼ感受性により、リソソーム環境内またはカベオラ環境内において）。いくつかの態様において、治療薬剤は、非切断性リンカーを用いて抗体に結合することもできる。
典型的に、ＡＤＣは、治療薬剤と抗ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）との間にリンカー領域を含む。リンカーは、一般に、細胞内条件下で切断可能であり、それにより、リンカーが切断されて、治療薬剤が抗体から細胞内環境（例えば、リソソームまたはエンドソームまたはカベオラ内）に放出される。リンカーは、例えば、細胞内ペプチダーゼまたはプロテアーゼ酵素、例えば、リソソームまたはエンドソームプロテアーゼによって切断されるペプチジルリンカーであり得る。切断剤には、カテプシンＢ及びＤならびにプラスミンが含まれ得る（例えば、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ ａｎｄ Ｗａｌｋｅｒ，Ｐｈａｒｍ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ８３：６７－１２３，１９９９）。ＡＬＰＰ発現細胞中に存在する酵素によって切断可能であるペプチジルリンカーが最も典型的である。例えば、がん性組織中で高度に発現するチオール依存性プロテアーゼであるカテプシン－Ｂによって切断可能なペプチジルリンカー（例えば、Ｐｈｅ－ＬｅｕまたはＶａｌ－Ｃｉｔペプチドを含むリンカー）を使用することができる。
切断性リンカーは、ｐＨ感受性であり得、すなわち、ある特定のｐＨ値で加水分解を受けやすい。典型的に、ｐＨ感受性リンカーは、酸性条件下で加水分解可能である。例えば、リソソーム中で加水分解可能な酸不安定性リンカー（例えば、ヒドラゾン、セミカルバゾン、チオセミカルバゾン、ｃｉｓ－アコニットアミド、オルトエステル、アセタール、ケタールなど）が使用され得る。（例えば、米国特許第５，１２２，３６８号；同第５，８２４，８０５号；同第５，６２２，９２９号；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ ａｎｄ Ｗａｌｋｅｒ，Ｐｈａｒｍ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ８３：６７－１２３，１９９９；Ｎｅｖｉｌｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１４６５３－１４６６１，１９８９参照）。そのようなリンカーは、血液中などの中性のｐＨ条件下では比較的安定しているが、リソソームのおおよそのｐＨであるｐＨ５．５または５．０未満では不安定である。
他のリンカーは、還元条件下で切断可能である（例えば、ジスルフィドリンカー）。ジスルフィドリンカーには、ＳＡＴＡ（Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチルチオアセタート）、ＳＰＤＰ（Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオナート）、ＳＰＤＢ（Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）ブチラート）、ならびにＳＭＰＴ（Ｎ－スクシンイミジル－オキシカルボニル－アルファ－メチル－アルファ－（２－ピリジル－ジチオ）トルエン）、ＳＰＤＢ及びＳＭＰＴを使用して形成することができるものが含まれる（例えば、Ｔｈｏｒｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４７：５９２４－５９３１，１９８７；Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ：Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｉｎ Ｒａｄｉｏｉｍａｇｅｒｙ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ（Ｃ．Ｗ．Ｖｏｇｅｌ ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕ．Ｐｒｅｓｓ，１９８７参照。米国特許第４，８８０，９３５も参照。）
リンカーはまた、マロン酸リンカー（Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１５：１３８７－９３，１９９５）、マレイミドベンゾイルリンカー（Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ－Ｍｅｄ－Ｃｈｅｍ．３：１２９９－１３０４，１９９５）、または３’－Ｎ－類似体（Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ－Ｍｅｄ－Ｃｈｅｍ．３：１３０５－１２，１９９５）であってもよい。
他の実施形態において、リンカーは、治療薬剤に直接結合し、抗体のタンパク質分解によって放出される、マレイミド－アルキレンまたはマレイミド－アリールリンカーなどの非切断性リンカーである。
典型的に、リンカーは、細胞外環境に実質的に感受性ではなく、これは、ＡＤＣが細胞外環境内（例えば、血漿中）に存在する場合、ＡＤＣの試料中のリンカーのうち約２０％以下、典型的には、約１５％以下、より典型的には、約１０％以下、更により典型的には、約５％以下、約３％以下、または約１％以下が切断されることを意味する。リンカーが細胞外環境に実質的に感受性でないかどうかは、例えば、（ａ）ＡＤＣ（「ＡＤＣ試料」）と、（ｂ）等モル量のコンジュゲートされていない抗体または治療薬剤（「対照試料」）の両方を独立して血漿とともに特定期間（例えば、２、４、８、１６、または２４時間）インキュベートし、次いで、ＡＤＣ試料中に存在するコンジュゲートされていない抗体または治療薬剤の量と対照試料中に存在するそれらの量を、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定し、比較することによって、決定することができる。
リンカーは、細胞への内在化を促進することもできる。リンカーは、治療薬剤にコンジュゲートされる場合（すなわち、本明細書に記載されるＡＤＣまたはＡＤＣ誘導体のリンカー－治療薬剤部分である場合）、細胞内在化を促進することができる。あるいは、リンカーは、治療薬剤と抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）の両方にコンジュゲートされる場合（すなわち、本明細書に記載されるＡＤＣの場合）、細胞内在化を促進することができる。
例示的な抗体薬物コンジュゲートには、アウリスタチンベースの抗体薬物コンジュゲートが含まれ、これは、薬物成分がアウリスタチン薬物であることを意味する。アウリスタチンは、チューブリンに結合し、微小管動態ならびに核及び細胞分裂に干渉し、抗がん活性を有することが示されている。典型的に、アウリスタチンベースの抗体薬物コンジュゲートは、アウリスタチン薬物とＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）との間にリンカーを含む。リンカーは、例えば、切断性リンカー（例えば、ペプチジルリンカー）または非切断性リンカー（例えば、抗体の分解によって放出されるリンカー）であり得る。アウリスタチンは、アウリスタチンＥまたはその誘導体であり得る。アウリスタチンは、例えば、アウリスタチンＥとケト酸との間で形成されるエステルであり得る。例えば、アウリスタチンＥは、パラアセチル安息香酸またはベンゾイル吉草酸と反応して、それぞれＡＥＢ及びＡＥＶＢを生成することができる。他の典型的なアウリスタチンには、ＭＭＡＦ、及びＭＭＡＥが含まれる。例示的なアウリスタチンの合成及び構造は、米国公報第７，６５９，２４１号、同第７，４９８，２９８号、同第２００９－０１１１７５６号、同第２００９－００１８０８６号、及び同第７，９６８，６８７号に記載されており、そのそれぞれは、全ての目的のために、その全体が参照により本明細書に援用される。
例示的なアウリスタチンベースの抗体薬物コンジュゲートとしては、ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥ（本明細書においてｖｃＭＭＡＥまたは１００６とも称される）、ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＦ、ｍｃ－ＭＭＡＦ、及びｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥ（本明細書においてｄＬＡＥ－ＭＭＡＥまたはｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥまたは７０９２とも称される）、以下に示される抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容される塩が挙げられ、式中、Ａｂは、ＡＢＰ（例えば、本明細書に記載される抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）であり、ｖａｌ－ｃｉｔ（ｖｃ）は、バリン－シトルリンジペプチドを表し、ｄＬＡＥは、Ｄ－ロイシン－アラニン－グルタミン酸トリペプチド：
トリペプチド：
Figure 2024510122000007
 を表す。薬物担持量は、抗体あたりの薬物－リンカー部分の数であるｐによって表される。文脈に応じて、ｐは、抗体組成物中の抗体あたりの薬物－リンカー部分の平均数を表すことができ、平均薬物担持量とも称される。Ｐは、１～２０の範囲であり、好ましくは、１～１２または１～８である。いくつかの好ましい実施形態において、ｐが平均薬物担持量を表す場合、ｐは、約２～約５である。いくつかの実施形態において、ｐは、約２、約３、約４、または約５である。調製物中の抗体あたりの平均薬物数は、質量分光法、ＨＩＣ、ＥＬＩＳＡアッセイ、及びＨＰＬＣなどの従来の手段によって特徴付けることができる。いくつかの態様において、ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）は、抗体のシステイン残基を介して薬物－リンカーに結合される。いくつかの実施形態において、システイン残基は、抗体中に操作されたものである。他の態様において、システイン残基は、鎖間ジスルフィドシステイン残基である。
ＶＩ．治療用途
Ａ．疾患を治療する方法
別の態様において、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２を発現する細胞に関連する障害、例えば、がんを治療する方法が提供される。細胞は、目的の障害に関連しない細胞と比べて、高レベルのＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２を発現する場合もあれば、しない場合もある。したがって、ある特定の実施形態は、本明細書に記載されるＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）を裸の抗体またはコンジュゲート（例えば、抗体薬物コンジュゲート）のいずれかとして使用して、対象、例えば、がんを有する対象を治療することを伴う。これらの実施形態のいくつかにおいて、方法は、有効量のＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）もしくはコンジュゲート（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２ＡＤＣ）、またはそのようなＡＢＰもしくはコンジュゲートを含む組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む。ある特定の例示的な実施形態において、方法は、細胞、組織、器官、動物または患者のがんを治療することを含む。最も典型的には、治療法は、ヒトのがんを治療することを含む。いくつかの実施形態において、治療は、単剤療法を伴う。他の方法において、抗原結合タンパク質は、１つ以上の他の治療薬剤、手術及び／または放射線との併用療法の一部として投与される。
がんにおける肯定的な治療効果は、様々な方法で測定することができる（例えば、Ｗ．Ａ．Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｎｕｌｌ．Ｍｅｄ．５０：１Ｓ－１０Ｓ（２００９）；及びＥｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ４５：２２８－２４７（２００９）参照）。いくつかの実施形態において、ＡＢＰまたはコンジュゲートによる治療に対する応答は、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準を使用して評価される。いくつかの実施形態において、治療上有効な量によって達成される治療は、更なる腫瘍成長の阻害、腫瘍退縮の誘導、部分奏効（ＰＲ）、完全奏効（ＣＲ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、無病生存期間ｌ（ＤＦＳ）、客観的奏効（ＯＲ）または全生存期間（ＯＳ）のいずれかである。いくつかの実施形態において、治療は、転移の発生を遅延させるか、または予防する。治療の経過は、様々な方法を使用してモニタリングすることができる。例えば、阻害により、腫瘍サイズの縮小及び／または腫瘍内の代謝活性の低下をもたらすことができる。これらのパラメータはいずれも、例えば、ＭＲＩまたはＰＥＴスキャンによって測定することができる。阻害はまた、生検により、壊死、腫瘍細胞死のレベル及び腫瘍内の血管分布レベルを確認して、モニタリングすることもできる。がん患者の治療に有効な本明細書に記載される治療法の投与レジメンは、患者の疾患状態、年齢、及び体重などの因子、ならびに対象において抗がん応答を引き起こす治療法の能力によって変動し得る。本発明の治療方法、医薬品及び用途の実施形態は、全ての対象において肯定的な治療効果を達成するのに有効であるとは限らないが、Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定、ｃｈｉ２検定、Ｍａｎｎ及びＷｈｉｔｎｅｙによるＵ検定、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定（Ｈ検定）、Ｊｏｎｃｋｈｅｅｒｅ－Ｔｅｒｐｓｔｒａ検定ならびにＷｉｌｃｏｘｏｎ検定などの当該技術分野において知られている任意の統計的検定によって決定される、統計的に有意な数の対象においてはそうであるべきである。
本明細書で使用される「ＲＥＣＩＳＴ １．１ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｃｒｉｔｅｒｉａ」は、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ４５：２２８－２４７ （２００９）に、適宜、奏効が判断される状況に応じて、標的病変または非標的病変に関して記載される定義を意味する。
有効量のＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）またはＡＤＣは、１以上の投与、適用または投与量で投与することができ、特定の製剤または投与経路に限定されることを意図するものではない。一般に、治療上有効な量の活性成分は、０．１ｍｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ、例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇの範囲内である。
ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）の例示的な投与量は、例えば、患者の体重に対して、０．１ｍｇ／ｋｇ～５０ｍｇ／ｋｇ、より典型的には、１ｍｇ／ｋｇ～３０ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ～２０ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ～１２ｍｇ／ｋｇ、または１ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ１、または２ｍｇ／ｋｇ～３０ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ～２０ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ～１２ｍｇ／ｋｇ、または２ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ、または３ｍｇ／ｋｇ～３０ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ～２０ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ～１２ｍｇ／ｋｇ、または３ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇである。
ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）の例示的な投与量は、固定投与量として、例えば、患者の体重に対して、例えば、０．０１ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ～３ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ～３ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ～７．５ｍｇ／ｋｇ、もしくは２ｍｇ／ｋｇ～７．５ｍｇ／ｋｇ、もしくは３ｍｇ／ｋｇ～７．５ｍｇ／ｋｇ、または０．１～２０、もしくは０．５～５ｍｇ／ｋｇ体重（例えば、０．５、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０ｍｇ／ｋｇ）もしくは１０～１５００もしくは２００～１５００ｍｇである。いくつかの方法において、患者は、少なくとも１．５ｍｇ／ｋｇ、少なくとも２ｍｇ／ｋｇまたは少なくとも３ｍｇ／ｋｇの用量が投与され、３週間に１回またはそれ以上投与される。
投与量は、特定の薬剤の薬力学特性、その投与様式及び投与経路；レシピエントの年齢、健康、及び体重；治療される疾患または適応症の種類及び程度、症状の性質及び程度、同時治療の種類、治療の頻度、ならびに所望の効果などの既知の因子によって変わり得る。初期投与量は、所望の血液レベルまたは組織レベルを迅速に達成するために、上限を超えて増やすことができる。あるいは、初期投与量は、最適量よりも少なくすることができ、１日投与量を治療期間中に徐々に増やしてもよい。
投与の頻度は、他の因子のなかでも、ＡＢＰまたはＡＤＣの循環中半減期、患者の状態及び投与経路に依存する。頻度は、患者の状態の変化または治療中のがんの進行に応じて、例えば、毎日、毎週、毎月、四半期ごと、または不定期であり得る。静脈内投与の例示的な頻度は、連続する治療コースにわたって、週２回から四半期に１回の間であるが、より頻繁な投与またはより少ない投与も可能である。静脈内投与の他の例示的な頻度は、連続する治療コースにわたって、毎週、隔週、４週間のうち３週間、または３週間ごとであるが、より頻繁な投与またはより少ない投与も可能である。皮下投与の場合、例示的な投与頻度は、毎日から毎月であるが、より頻繁な投与またはより少ない投与も可能である。
投与量の回数は、がんの性質（例えば、急性または慢性の症状を示すかどうか）及び治療に対する障害の応答に依存する。いくつかの態様において、急性障害または慢性障害の急性増悪に対しては、多くの場合、１～１０回の投与で十分である。急性障害または慢性障害の急性増悪には、任意選択により分割形態での１回のボーラス用量が十分である場合もある。急性障害または急性増悪の再発に対しては、治療を繰り返すことができる。慢性障害の場合、抗体は、定期的に、例えば、毎週、２週間ごと、毎月、四半期ごと、半年ごとに、少なくとも１、５もしくは１０年間、または患者の生涯にわたって投与することができる。
本明細書で提供される抗原結合タンパク質による治療に好適な例示的ながんは、がん性細胞または組織にＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２発現を有するものである。ＡＢＰまたはそのコンジュゲートにより治療するために使用することができるがんの例としては、造血器腫瘍、固形腫瘍を引き起こす造血器腫瘍、固形腫瘍、軟組織腫瘍、及び転移性病変が挙げられるが、これらに限定されない。
治療することができる例示的な固形腫瘍としては、様々な器官系の悪性腫瘍、例えば、腺癌、及び癌腫、例えば、頭頸部（咽頭を含む）、肺（小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）または非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、乳房、消化管（例えば、口腔、食道、胃、肝臓、膵臓、小腸、結腸及び直腸、肛門管）、生殖器及び泌尿生殖器管（例えば、腎臓、尿路上皮、膀胱、卵巣、子宮、子宮頸部、子宮内膜、前立腺、精巣）、皮膚（例えば、黒色腫）に影響するものなどが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、固形腫瘍は、ＮＭＤＡ受容体陽性奇形腫である。他の実施形態において、がんは、乳癌、結腸癌、膵癌（例えば、膵神経内分泌腫瘍（ＰＮＥＴ）または膵管腺癌（ＰＤＡＣ））、胃癌、子宮癌、及び卵巣癌から選択される。いくつかの実施形態において、がんは、悪性精巣胚細胞腫瘍（ＧＣＴ）または悪性卵巣ＧＣＴである。更なる実施形態において、がんは、がんは、純粋な奇形腫ではない。いくつかの実施形態において、固形腫瘍癌は、転移性である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍癌は、手術で除去することができない（切除不能）。
ある特定の実施形態において、がんは、腹水を伴う固形腫瘍である。腹水は、多くの種類のがんの症状であり、進行性肝疾患などのいくつかの状態によって生じることもある。腹水を生じやすいがんの種類には、乳房、肺、大腸（結腸）、胃、膵臓、卵巣、子宮（子宮内膜）、腹膜などのがんが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、腹水を伴う固形腫瘍は、乳癌、結腸癌、膵癌、胃、子宮癌、及び卵巣癌から選択される。いくつかの実施形態において、がんは、胸水を伴い、例えば、肺癌である。
特定の実施形態において、がんは、ＨＧＳＯＣであり、ＨＧＳＯＣは、先の白金含有化学療法から６ヶ月以内の患者において進行または再発したものであり、患者は、ベバシズマブまたはベバシズマブのバイオシミラーを含有する少なくとも１つの治療ラインを含む、１～３の抗がん治療ラインを以前に受けたことがある。他の実施形態において、がんは、ＮＳＣＬＣであり、患者は、切除不能な局所進行性または転移性ＮＳＣＬＣを有し、白金系療法及びＰＤ－Ｌ１阻害剤を受けたことがある。他の実施形態において、がんは、胃癌であり、患者は、切除不能な局所進行性または転移性胃癌を有し、白金及びフルオロピリミジン系化学療法を以前に受けたことがある。
特定の実施形態において、がんは、卵巣癌、肺癌、子宮内膜癌、膀胱癌、または胃癌である。
Ｂ．併用治療
本明細書に記載される方法、抗原結合タンパク質及びコンジュゲートは、他の治療薬剤及び／またはモダリティと組み合わせて使用することができる。そのような併用治療法において、２つ（またはそれ以上）の異なる治療は、対象が障害に罹患している間、患者に対する治療の効果がある時点で重複するように対象に送達される。ある特定の実施形態において、１つの治療の送達は、第２の送達の開始時にも変わらず行われるため、投与に関しては重複がある。これは、本明細書において、「同時」または「同時送達」と称されることがある。他の実施形態において、一方の治療の送達は、他方の治療の送達が始まる前に終了する。いずれの場合のいくつかの実施形態において、治療は、併用投与のため、より効果的である。例えば、第２の治療はより効果的であり、例えば、第２の治療が少ない量でも同等の効果がみられるか、第１の治療なく第２の治療が施される場合にみられるよりも第２の治療により症状が大幅に軽減するか、または第１の治療で類似の状況がみられる。いくつかの実施形態において、送達は、障害に関係する症状または他のパラメータの軽減が、一方の治療を他方の治療なく送達した場合に観察される軽減よりも大きくなるようなものである。２つの治療の効果は、部分的に相加であるか、全体的に相加であるか、相加を超えるものであり得る（すなわち、相乗的応答）。送達は、送達された第１の治療の効果が、第２の治療の送達時に依然として検出可能であるようなものであり得る。
ある特定の実施形態において、本明細書で提供される方法は、対象に、本明細書に記載されるＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）またはＡＤＣ、例えば、組成物または調製物を、１つ以上の追加治療、例えば、手術、放射線療法、または別の治療調製物の投与と組み合わせて投与することを含む。例えば、いくつかの実施形態において、化学療法（例えば、細胞毒性剤）、標的療法（例えば、がん抗原に対する抗体）、血管新生阻害剤、及び／または免疫チェックポイント分子阻害剤などの免疫調節剤と併用される。他の実施形態において、追加療法は、抗炎症（例えば、メトトレキサート）、または抗線維化剤である。ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）またはＡＤＣ及び追加療法は、同時または逐次的に実施することができる。
いくつかの実施形態においてＡＢＰと組み合わせて使用することができる例示的な細胞毒性剤としては、抗微小管剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗物質、タンパク質合成分解阻害剤、有糸分裂阻害剤、アルキル化剤、白金剤、核酸合成阻害剤、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤（ＨＤＡＣ阻害剤、例えば、ボリノスタット（ＳＡＨＡ、ＭＫ０６８３）、エンチノスタット（ＭＳ－２７５）、パノビノスタット（ＬＢＨ５８９）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、モセチノスタット（ＭＧＣＤ０１０３）、ベリノスタット（ＰＸＤ１０１）、ロミデプシン（ＦＫ２２８、デプシペプチド））、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、ナイトロジェンマスタード、ニトロソ尿素、エチレンイミン、アルキルスルホナート、トリアゼン、葉酸類似体、ヌクレオシド類似体、リボヌクレオチドレダクターゼ阻害剤、ビンカアルカロイド、タキサン、エポチロン、インターカレート剤、シグナル伝達経路に干渉することができる剤、アポトーシス及び放射線を促進する剤、または表面タンパク質に結合して毒性剤を送達する抗体分子コンジュゲートが挙げられる。一実施形態において、本明細書に記載されるＡＢＰとともに投与することができる細胞毒性剤は、白金系剤（シスプラチンなど）、シクロホスファミド、ダカルバジン、メトトレキサート、フルオロウラシル、ゲムシタビン、カペシタビン、ヒドロキシウレア、トポテカン、イリノテカン、アザシチジン、ボリノスタット、イクサベピロン、ボルテゾミブ、タキサン（例えば、パクリタキセルまたはドセタキセル）、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、コルヒチン、アントラサイクリン（例えば、ドキソルビシンまたはエピルビシン）ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、アドリアマイシン、１－デヒドロテストステロン、糖質コルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、リシン、またはメイタンシノイドである。
いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾン）；ＣＶＰ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、及びプレドニゾン）；ＲＣＶＰ（リツキシマブ＋ＣＶＰ）；ＲＣＨＯＰ（リツキシマブ＋ＣＨＯＰ）；ＲＣＨＰ（リツキシマブ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、及びプレドニゾン）；ＲＩＣＥ（リツキシマブ＋イホスアミド、カルボプラチン、エトポシド）；ＲＤＨＡＰ、（リツキシマブ＋デキサメタゾン、シタラビン、シスプラチン）；ＲＥＳＨＡＰ（リツキシマブ＋エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン、シスプラチン）；Ｒ－ＢＥＮＤＡ（リツキシマブ及びベンダムスチン）、ＲＧＤＰ（リツキシマブ、ゲムシタビン、デキサメタゾン、シスプラチン）などの化学療法レジメンの一部として投与される。一実施形態において、ＣＨＯＰ、ＣＶＰ、ＲＣＶＰ、ＲＣＨＯＰ、ＲＣＨＰ、ＲＩＣＥ、ＲＤＨＡＰ、ＲＥＳＨＡＰ、Ｒ－ＢＥＮＤＡ、及びＲＧＤＰのうちの１つは、本明細書に記載される抗原結合タンパク質またはコンジュゲートとの併用療法で投与される。
ある特定の実施形態においてＡＢＰと併用することができる標的療法の例としては、治療抗体の使用が挙げられるが、これらに限定されない。例示的な抗体としては、腫瘍細胞上に存在するＨｅｒ２、ＣＤＣ２０、ＣＤＣ３３、ムチン様糖タンパク質、及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）などの細胞表面タンパク質に結合し、任意選択により、これらのタンパク質を提示する腫瘍細胞に細胞増殖抑制性及び／または細胞毒性作用を誘導するものが挙げられるが、これらに限定されない。例示的な抗体としては、乳癌及び他のがん形態の治療に使用され得るＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）（トラスツズマブ）、ならびに非ホジキンリンパ腫及び他のがん形態の治療に使用され得るＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）（リツキシマブ）、ＺＥＶＡＬＩＮ（登録商標）（イブリツモマブチウキセタン）、ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）及びＬＹＭＰＨＯＣＩＤＥ（登録商標）（エプラツズマブ）も挙げられる。他の例示的な抗体としては、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）（ＩＭＣ－Ｃ２２５）；エルチノリブ（Ｉｒｅｓｓａ）；ＢＥＸＸＡＲ（登録商標）（ヨウ素１３１トシツモマブ）；ＫＤＲ（キナーゼドメイン受容体）阻害剤；抗ＶＥＧＦ抗体及びアンタゴニスト（例えば、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）、モテサニブ、及びＶＥＧＡＦ－ＴＲＡＰ）；抗ＶＥＧＦ受容体抗体及び抗原結合領域；抗Ａｎｇ－１及びＡｎｇ－２抗体及び抗原結合領域；Ｔｉｅ－２及び他のＡｎｇ－１及びＡｎｇ－２受容体に対する抗体；Ｔｉｅ－２リガンド；Ｔｉｅ－２キナーゼ阻害剤に対する抗体；Ｈｉｆ－１ａ阻害剤、及びＣａｍｐａｔｈ（登録商標）（アレムツズマブ）が挙げられる。ある特定の実施形態において、がん治療剤は、限定するものではないが、ＴＮＦ関連ポリペプチドＴＲＡＩＬを含む、腫瘍細胞のアポトーシスを選択的に誘導するポリペプチドである。
ある特定の実施形態において、本明細書で提供される抗原結合タンパク質は、血管新生を減少させる１つ以上の抗血管新生剤と組み合わせて使用される。そのような剤としては、ＩＬ－８アンタゴニスト；Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）、Ｂ－ＦＧＦ；ＦＧＦアンタゴニスト；Ｔｅｋアンタゴニスト（Ｃｅｒｒｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．、米国公開第２００３／０１６２７１２号；Ｃｅｒｒｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．、米国特許第６，４１３，９３２号、及びＣｅｒｒｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．、米国特許第６，５２１，４２４号）；抗ＴＷＥＡＫ剤（限定するものではないが、抗体及び抗原結合領域を含む）；可溶性ＴＷＥＡＫ受容体アンタゴニスト（Ｗｉｌｅｙ、米国特許第６，７２７，２２５号）；インテグリンのそのリガンドへの結合に拮抗するＡＤＡＭディスインテグリンドメイン（Ｆａｎｓｌｏｗ ｅｔ ａｌ．、米国公開第２００２／００４２３６８号）；抗ｅｐｈ受容体及び抗エフリン抗体、抗原結合領域、またはアンタゴニスト（米国特許第５，９８１，２４５号；同第５，７２８，８１３号；同第５，９６９，１１０号；同第６，５９６，８５２号；同第６，２３２，４４７号；同第６，０５７，１２４号）；Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）またはＶＥＧＦ－ＴＲＡＰ（商標）などの抗ＶＥＧＦ剤（例えば、ＶＥＧＦ、または可溶性ＶＥＧＦ受容体またはそのリガンド結合領域に特異的に結合する抗体もしくは抗原結合領域）、ならびに抗ＶＥＧＦ受容体剤（例えば、それに特異的に結合する抗体または抗原結合領域）、パニツムマブ、ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）（ゲフィチニブ）、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）（エルロチニブ）などのＥＧＦＲ阻害剤（例えば、それに特異的に結合する抗体または抗原結合領域）、抗Ａｎｇ－１及び抗Ａｎｇ－２剤（例えば、それらまたはその受容体に特異的に結合する抗体または抗原結合領域、例えば、Ｔｉｅ－２／ＴＥＫ）、ならびに抗Ｔｉｅ－２キナーゼ阻害剤（例えば、成長因子に特異的に結合し、その活性を阻害する抗体または抗原結合領域、例えば、肝細胞成長因子（ＨＧＦ、Ｓｃａｔｔｅｒ因子としても知られる）のアンタゴニスト）及びその受容体「ｃ－ｍｅｔ」に特異的に結合する抗体または抗原結合領域；抗ＰＤＧＦ－ＢＢアンタゴニスト；ＰＤＧＦ－ＢＢリガンドに対する抗体及び抗原結合領域；ならびにＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
抗原結合タンパク質と組み合わせて使用することができる他の抗血管新生剤には、ＭＭＰ－２（マトリックス－メタロプロテアーゼ２）阻害剤、ＭＭＰ－９（マトリックス－メタロプロテアーゼ９）阻害剤、及びＣＯＸ－ＩＩ（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤などの剤が含まれる。有用なＣＯＸ－ＩＩ阻害剤の例としては、ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標）（セレコキシブ）、バルデコキシブ、及びロフェコキシブが挙げられる。
本明細書で使用される「免疫チェックポイント分子」は、シグナルを上げる免疫系分子（刺激性分子）及び／またはシグナルを下げる免疫系分子（抑制性分子）のいずれかを指す。多くのがんは、Ｔ細胞シグナル伝達を阻害することによって免疫系を回避する。ある特定の実施形態において、ＡＢＰと使用することができる例示的な免疫チェックポイント分子としては、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１）、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、ＰＤ－Ｌ２、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ－４）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有３（ＴＩＭ－３）、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ－３）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ－１）、ＣＥＡＣＡＭ－５、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、Ｉｇ及びＩＴＩＭドメインを含むＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）、リンパ球関連免疫グロブリン様受容体１（ＬＡＩＲ１）、ＣＤ１６０、ＴＧＦＲ、アデノシン２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られる）、Ｂ７－Ｈ４（ＶＴＣＮ１とも呼ばれる）、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、２Ｂ４、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、ＯＸ４０、４－１ＢＢ、４－１ＢＢＬ、Ｂ７－Ｈ３、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ／ＩＣＯＳ－Ｌ）、ＣＤ２７／ＣＤ７０、糖質コルチコイド誘導ＴＮＦ受容体（ＧＩＴＲ）、ＣＤ４７／シグナル調節タンパク質アルファ（ＳＩＲＰα）、ならびにインドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態においてＡＢＰと組み合わせて使用することができる免疫チェックポイント阻害剤の具体例としては、次のモノクローナル抗体：ペンブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）及びニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）などのＰＤ－１阻害剤；アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ）、デュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）などのＰＤ－Ｌ１阻害剤；ならびにイピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）及びトレメリムマブ（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）などのＣＴＬＡ－１阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
ＶＩＩ．診断用途
別の態様において、本明細書で提供されるＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体またはその断片）、ポリペプチド、及び核酸は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に関連する疾患、障害または状態の検出、診断及びモニタリングを行うための方法に使用することができる。
いくつかの実施形態において、方法は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に関連する障害を有することが疑われる対象から得られた試料中のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の発現を検出することを含む。いくつかの実施形態において、検出方法は、試料を本明細書に記載される抗体、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドと接触させることと、結合のレベルが参照または比較試料と異なるかどうかを決定することとを含む。いくつかの実施形態において、そのような方法は、本明細書に記載される抗体またはポリペプチドが対象にとって適切な治療であるかどうかを決定するのに有用である。
例えば、一実施形態において、細胞または細胞／組織溶解物を抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体と接触させ、抗体と細胞または抗原との間の結合を決定する。試験細胞が同じ組織型の参照細胞と比較して結合活性を示す場合、それは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に関連する疾患または状態の存在を示し得る。いくつかの実施形態において、試験細胞は、ヒト組織由来である。
特定の抗体抗原結合を検出するには、当該技術分野において知られている方法を使用することができる。本発明に従って実施することができる例示的なイムノアッセイとしては、蛍光偏光イムノアッセイ（ＦＰＩＡ）、蛍光イムノアッセイ（ＦＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、比濁阻害イムノアッセイ（ＮＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）．が挙げられる。
本明細書で提供される診断用途は、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の発現ならびにリガンドのＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２への結合を検出するためのＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体またはその断片）の使用を含む。診断用途の場合、ＡＢＰは、典型的に、検出可能な標識基で標識される。好適な標識基には、次のもの：放射性同位体もしくは放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光基（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニド蛍光体）、酵素基（例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、β－ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光基、ビオチニル基、または二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパーペア配列、二次抗体のための結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、標識基は、潜在的な立体障害を低減するために、様々な長さのスペーサーアームを介してＡＢＰに結合される。タンパク質を標識するための各種方法は、当該技術分野において知られており、使用することができる。ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２の存在の検出に有用な方法の例としては、上記のものなどのイムノアッセイが挙げられ、当該技術分野において知られており、使用することができる。
別の態様において、ＡＢＰは、ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２を発現する１つまたは複数の細胞を特定するために使用することができる。具体的な一実施形態において、抗原結合タンパク質は、標識基で標識され、標識された抗原結合タンパク質のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２への結合が検出される。更なる具体的な一実施形態において、抗原結合タンパク質のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２への結合は、ｉｎ ｖｉｖｏで検出される。
抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体またはその断片）はまた、当該技術分野においてよく知られている技術を使用して、病理学における染色試薬として使用することができる。
ＶＩＩＩ．医薬組成物及び製剤
ＡＢＰ（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体またはその断片）を含む医薬組成物もまた提供され、本明細書で開示される治療用途のいずれにも利用することができる。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、治療上有効な量の１つまたは複数の抗原結合タンパク質を、薬学的に許容される希釈剤または担体とともに含む。他の実施形態において、医薬組成物は、治療上有効な量の１つまたは複数の抗原結合タンパク質、薬学的に許容される希釈剤、担体、溶解剤、乳化剤、保存剤、及び／または助剤を含む。許容される製剤化材料は、採用される投与量及び濃度で、レシピエントにとって無毒である。医薬組成物は、液体、凍結または凍結乾燥組成物として製剤化することができる。
ある特定の実施形態において、医薬組成物は、例えば、組成物のｐＨ、浸透圧モル濃度、粘性、透明度、色、等張性、匂い、無菌性、安定性、溶解もしくは放出速度、吸着または浸透を改変、維持または保持するための製剤化材料を含有し得る。好適な製剤化材料には、アミノ酸；抗菌剤；抗酸化剤；緩衝液；増量剤；キレート剤；錯化剤；充填剤；単糖もしくは二糖などの炭水化物；タンパク質；着色、風味及び希釈剤；乳化剤；親水性ポリマー；低分子量ポリペプチド；塩形成対イオン（ナトリウムなど）；防腐剤；溶媒（グリセリン、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコールなど）；糖アルコール；懸濁化剤；界面活性剤もしくは湿潤剤；安定性向上剤；等張化向上剤；送達ビヒクル；及び／または医薬品助剤が含まれるが、これらに限定されない。医薬組成物に組み込むことができる好適な剤の追加の詳細及び選択肢は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，（Ｌｏｙｄ Ｖ．Ａｌｌｅｎ，ｅｄ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０１３）；Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，７ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ（２００４）；及びＫｉｂｂｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０００）に提供されている。
医薬組成物の構成成分は、例えば、意図される投与経路、送達フォーマット及び所望の投与量に応じて選択される。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，（Ｌｏｙｄ Ｖ．Ａｌｌｅｎ，ｅｄ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０１３）を参照されたい。組成物は、開示される抗原結合タンパク質の物理的状態、安定性、ｉｎ ｖｉｖｏ放出速度及びｉｎ ｖｉｖｏクリアランス速度に影響を与えるように選択される。医薬組成物中の主なビヒクルまたは担体は、本質的に水性または非水性のいずれかであり得る。例えば、好適なビヒクルまたは担体は、注射用水または生理食塩水であり得る。ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質組成物は、所望の純度を有する選択組成物を任意選択の製剤化剤と混合し、凍結乾燥ケーキまたは水溶液の形態にすることによって、保存用に調製することができる。更に、ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、適切な賦形剤を使用して凍結乾燥剤として製剤化することができる。
医薬組成物は、その意図された投与経路と適合するように製剤化される。投与経路の例は、静脈内（ＩＶ）、皮内、吸入、経皮、局所、経粘膜、及び経直腸投与である。抗原結合タンパク質（例えば、抗体）の好ましい投与経路は、ＩＶ注入である。別の好ましい実施形態において、調製剤は、筋肉内または皮下注射によって投与される。
ＩＸ．キット／製造品
本明細書に記載されるＡＢＰを含有するキットも提供される。一実施形態において、そのようなキットは、抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）、または単位剤形及び／または製造品が入った１つ以上の容器を含む。いくつかの実施形態において、単位投与量が提供され、単位投与量は、１つ以上の追加剤とともに、または含まずに、抗原結合タンパク質を含む所定量の組成物を含有する。いくつかの実施形態において、そのような単位投与量は、注射用のシングルユースプレフィルドシリンジで供給される。様々な実施形態において、単位投与量を含有する組成物は、生理食塩水、緩衝液、他の製剤化成分を含み得、及び／または本明細書に記載される安定かつ有効なｐＨ範囲内に製剤化され得る。あるいは、いくつかの実施形態において、組成物は、適切な液体、例えば、滅菌水の添加により再構成することができる凍結乾燥粉末として提供される。
本明細書で提供されるいくつかのキットは、本明細書に記載される方法のいずれかに従って、卵巣癌などのＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に関連する疾患を治療するための使用に関する説明書を更に含む。キットは、治療に好適な個体を選択または特定するための方法に関する記述を更に含み得る。本発明のキットに供給される説明は、典型的に、ラベルまたは添付文書（例えば、キットに含まれる書面）上に書かれた説明書であるが、機械で読み取り可能な説明書（例えば、磁気または光学式記憶ディスク上に保存された説明書）も許容される。いくつかの実施形態において、キットは、抗原結合タンパク質と組み合わせて使用するのに好適である上述のものなどの別の治療薬剤を更に含む。
更なる態様において、試料中のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２またはＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２を発現する細胞の存在を検出するためのキットが提供される。そのようなキットは、典型的に、本明細書に記載される抗原結合タンパク質と、キットの使用説明書を含む。
ある特定のキットは、例えば、がんの診断用であり、抗原結合タンパク質のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２への結合を検出するための抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）、及び１つ以上の試薬が入った容器を含む。そのような試薬には、例えば、蛍光タグ、酵素タグ、または他の検出可能なタグを挙げることができる。試薬はまた、例えば、可視化することができる産物をもたらす酵素反応に使用される、二次もしくは三次抗体または試薬を含み得る。一実施形態において、診断キットは、好適な容器（複数可）中の標識または非標識の形態の１つ以上の抗原結合タンパク質、間接アッセイのためのインキュベーション用試薬、及びかかるアッセイにおける検出のための基質または誘導体化剤を標識の性質に応じて含む。
本明細書で提供されるものなどのキットは、ｉｎ ｓｉｔｕ検出に使用することができる。そのようなキットを利用するいくつかの方法は、患者から組織学的標本を採取し、次いで、標識した抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）と生体試料を合わせることを含む。そのような方法により、ＡＬＰＰまたはＡＬＰＰ断片及び／またはＡＬＰＰＬ２またはＡＬＰＰＬ２断片の存在だけでなく、試験組織中における当該ペプチドの分布も決定することが可能となる（例えば、がん細胞の広がりを評価する場合）。
別の態様において、抗原結合タンパク質（例えば、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体）に結合する抗イディオタイプ抗体（Ｉｄ）が提供される。Ｉｄ抗体は、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２ ｍＡｂの供給源と同じ種及び遺伝子型の動物を、抗Ｉｄを調製しようとするｍＡｂで免疫化することによって調製することができる。免疫化された動物は、典型的に、これらのイディオタイプ決定基に対する抗体（抗Ｉｄ抗体）を産生することによって、免疫化抗体のイディオタイプ決定基を認識し、応答することができる。
以下の実施例は、実施した実験及び得られた結果を含め、例示のみを目的に提供するものであり、添付する特許請求の範囲を限定するものと解釈すべきではない。
実施例１：ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２発現レベル
以下の実施例に記載される細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ （ＡＴＣＣ）もしくはＤｅｕｔｓｃｈｅ Ｓａｍｍｌｕｎｇ ｖｏｎ Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ ｕｎｄ Ｚｅｌｌｋｕｌｔｕｒｅｎ ＧｍｂＨ，Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ（ＤＭＳＺ）、Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ Ｂａｎｋ（ＪＣＲＢ）によって指定される条件に従って、または他の公知の条件のとおりに維持培養した。
様々ながん細胞株の細胞表面上のＡＬＰＰコピー数の定量を、一次抗体であるマウスＡＬＰＰ ｍＡｂと、ＤＡＫＯ ＱｉＦｉＫｉｔフローサイトメトリー間接アッセイを製造元（ＤＡＫＯ Ａ／Ｓ Ｇｌｏｓｔｒｕｐ，Ｄｅｎｍａｒｋ）の記載に従って使用して決定し、Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒで評価した。結果として得られた細胞あたりのＡＬＰＰ分子の発現数を表３に示す。ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２ ｍＲＮＡ発現レベルは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ細胞株ＲＮＡ－ｓｅｑデータから得た（Ｋｌｉｊｎ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１５ Ｍａｒ；３３（３）：３０６－１２参照）。
Figure 2024510122000008
腫瘍組織アレイは、民間の供給元から入手した。凍結ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織は、ＵＳ Ｂｉｏｍａｘ Ｉｎｃ．から購入した。全ての試料は、Ｂｏｎｄ－Ｍａｘ（商標）自動染色装置（Ｌｅｉｃａ）で処理した。
スライドガラス上で切片化した凍結試料を染色前にアセトンで１０分間固定した。スライドを一次抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体（Ｈ１７Ｅ２；Ｔｈｅｒｍｏ；カタログ番号ＭＡ１－２０２４５）とインキュベートした。バックグラウンド染色の陰性対照として、アイソタイプが一致したマウスＩｇＧ１を使用した。自動ＩＨＣ染色には、Ｒｅｆｉｎｅ ＤＡＢキット（Ｌｅｉｃａ、カタログ番号ＤＳ９８００）を使用した。スライドをＡＬＰＰに対するマウスモノクローナル一次抗体と５μｇ／ｍｌで４５分間インキュベートし、ＰｅｒｏｘＡｂｏｌｉｓｈ（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌカタログ番号ＰＸＡ９６９Ｍ）試薬と１５分間、タンパク質ブロック（ＤＡＫＯカタログ番号Ｘ０９０９）と２０分間、予備インキュベーションした。スライドガラス上で切片化したＦＦＰＥスライドをＢｏｎｄ（商標）Ｄｅｗａｘ溶液（Ｌｅｉｃａ、カタログ番号ＡＲ９２２２）を７２℃で使用して脱パラフィン化し、再水和した。抗原賦活化をＥＤＴＡベースのＢｏｎｄ（商標）Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ ２（Ｌｅｉｃａ、カタログ番号ＡＲ９６４０）を使用して９５～１００℃で２０分間実施した後、一次抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体（２５Ｃ３モノクローナルＡｂ；自社開発マウスモノクローナル）と１μｇ／ｍｌで４５分間インキュベーションした。バックグラウンド染色の陰性対照として、アイソタイプが一致したマウスＩｇＧ２ａを使用した。自動ＩＨＣ染色には、Ｒｅｆｉｎｅ ＤＡＢキット（Ｌｅｉｃａ、カタログ番号ＤＳ９８００）を使用した。スライドをＡＬＰＰ ｍＡｂに対するマウスモノクローナル抗体と１μｇ／ｍｌで４５分間インキュベートし、予備的タンパク質ブロック（ＤＡＫＯカタログ番号Ｘ０９０９）を２０分間行った。発色後、切片をヘマトキシリンで対比染色し、カバースリップを載せた。病理学者がスライドの評価及びスコア化を行い、画像をＡｐｅｒｉｏスライドスキャナー（Ｌｅｉｃａ）を使用して撮影した。染色強度は０～＋３でスコア化し、存在比率は四分位数（０～２５、２６～５０、５１～７５及び７６～１００）とした。表４に示されるように、ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２の発現存在率は、卵巣、精巣及び子宮内膜を含む複数の固形腫瘍の適応症で高いことがわかった。肺腺癌、胃癌及び膀胱癌試料の約２５％にもＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２の発現がある。
実施例２：リード抗体選択
コンジュゲーション及びｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞毒性
マウスを組み換え全長ＡＬＰＰＬ２で免疫化した。ＡＬＰＰ抗体産生マウスの脾臓及びリンパ節から採取したリンパ球を骨髄腫細胞に融合させた。融合させた細胞をハイブリドーマ成長培地中で一晩回復させた。回復後、細胞を遠心分離し、次いで、半固形培地にプレーティングした。ハイブリドーマをインキュベートし、ＩｇＧ産生ハイブリドーマクローンを摘出した。このハイブリドーマキャンペーンの抗体を、ｉＱｕｅを製造元の説明書に従って使用し、ＡＬＰＰ、ＡＬＰＰＬ２、ＡＬＰＩ及びＡＬＰＬを発現するＨＥＫ２９３細胞株でスクリーニングした。ＡＬＰＩ及びＡＬＰＬではなく、ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２に対して交差反応性を有する抗体をＡＤＣとして評価した。
様々なマウス抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２モノクローナルマウス抗体を、それぞれバイスタンダー活性を示すまたは示さない１０～１２個のＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥまたはアウリスタチンＴのいずれかにコンジュゲートした。コンジュゲーション法は、米国公開第２０１８／００９２９８４号に記載されている。
ＣＡＯＶ３（ＡＬＰＰ）、ＣＯＶ６４４（ＡＬＰＰ＋）及びＮＣＩ－Ｈ１６５１（ＡＬＰＰＬ２＋＋ＡＬＰＰ＋）の腫瘍細胞をＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体薬物コンジュゲートと（ＡＤＣ）３７℃で９６時間インキュベートした。ヒトＩｇＧ ＡＤＣを陰性対照として使用した。Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏを製造元の説明書に従って使用して、細胞生存率を測定した。蛍光シグナルをＦｕｓｉｏｎ ＨＴ蛍光プレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で測定した。データを未処理細胞に対して正規化し、ｘ５０値をＧｒａｐｈ Ｐａｄソフトウェアを使用して算出した。図１～２に示されるように、Ａｂのサブグループは、いずれのペイロードでも低いｘ５０値を示しており、高い薬物送達能力を示唆している。
フローサイトメトリー及び飽和結合アッセイ
カニクイザルＡＬＰＰ、ヒトＡＬＰＰ、ＡＬＰＰＬ２、ＡＬＰＩ及びＡＬＰＬを発現するＨＥＫ２９３細胞を使用して、特異性及び結合親和性を評価した。簡潔に述べると、１０万個の標的発現ＨＥＫ２９３細胞を９６ウェルプレートに移した。細胞を遠心分離によってペレット化し、１００μＬのＰＢＳ＋２％ｗ／ｖ ＢＳＡ中に再懸濁した。ブロッキング後、８ｐＭ～６６６ｎＭの濃度範囲の非標識モノクローナル抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体を含むＰＢＳ＋２％ｗ／ｖ ＢＳＡ中に細胞を再懸濁し、氷上で３０分間インキュベートした。細胞をＰＢＳで２回洗浄し、Ｒ－ＰＥ標識二次ヤギ抗ヒトまたは抗マウス抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ，ＰＡ）に氷上で３０分間再懸濁した。このアルカリホスファターゼファミリーの他のメンバーではなく、ヒト及びカニクイザルＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２に対するモノクローナル抗体の特異性がフローサイトメトリーによって確認された。蛍光をＡｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーターを使用して分析し、飽和蛍光シグナルのパーセントを使用して結合パーセントを決定し、その後、みかけのＫＤを算出した。図３に示されるように、抗体１Ｃ７及び１２Ｆ３は、上位候補のなかでも最も低いＫＤを示した。しかしながら、ＳＧ８２－１２Ｆ３及びＳＧ８４－１Ｆ７は、標的に対する親和性が類似している一方で、ＳＧ８２－１２Ｆ３は、図４に示されるように、ＡＬＰＰに対する飽和レベルがＳＧ８４－１Ｆ７よりも高いことを示している。最終的に、その優れたＡＤＣ細胞毒性及びＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２に対する高い親和性に基づき、更にはカニクイザルオルソログで保存されているエピトープを有することから、１２Ｆ３抗体がヒト化に向けて選択された。
実施例３：ヒト化及び結合試験
ヒト化抗体をマウス１２Ｆ３抗体から誘導した。８個のヒト化重鎖（ＨＡ－ＨＨ）及び１２個のヒト化軽鎖（Ｌ１－ＬＩ）を異なる位置に復帰変異を組み込むことで作製した。いくつかの場合において、復帰変異は、マウス生殖細胞系列と一致する場合もあれば、一致しない場合あった（体細胞変異の場合と同様）。ヒト化重鎖及び軽鎖を対合させた。配列アラインメントについては図５～８を、行われた特定の変異については表５～８を参照されたい。
Figure 2024510122000011
Figure 2024510122000012
Figure 2024510122000013
ＨＧＬＦ抗体の代わりに、ＨＡＬ１（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬ１と指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬ２（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬ２と指定される軽鎖可変領域を有する抗体）ＨＡＬ３（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬ３と指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＡ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＡと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＢ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＢと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＣ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＣと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＤ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＤと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＥ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＥと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＥ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＥと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＦ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＦと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＧ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＧと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、ＨＡＬＨ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＨと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）、及びＨＡＬＩ（ｖＨＡと指定される重鎖可変領域及びｖＬＩと指定される軽鎖可変領域を有する抗体）と指定される抗体を本発明に使用することができる。同様に、ＨＧＬＦ抗体の代わりに、ｖＨＡ、ｖＨＢ、ｖＨＣ、ｖＨＤ、ｖＨＥ、ｖＨＦ、ｖＨＧ、またはｖＨＨと指定される重鎖可変領域と、ｖＬ１、ｖＬ２、ｖＬ３、ｖＬＡ、ｖＬＢ、ｖＬＣ、ｖＬＤ、ｖＬＥ、ｖＬＦ、ｖＬＧ、ｖＬＨ、またはｖＬＩと指定される軽鎖可変領域を任意の順列で有する抗体を本発明に使用することができる。ｖＨＡ、ｖＨＢ、ｖＨＣ、ｖＨＤ、ｖＨＥ、ｖＨＦ、ｖＨＧ、ｖＨＨ、ｖＬ１、ｖＬ２、ｖＬ３、ｖＬＡ、ｖＬＢ、ｖＬＢ－Ｑ、ｖＬＢ－Ｖ、ｖＬＣ、ｖＬＤ、ｖＬＥ、ｖＬＦ、ｖＬＧ、ｖＬＨ、及びｖＬＩの配列については、図５～８を参照されたい。
低品質、低発現量、または好ましくない配列を有するヒト化抗体については、機能アッセイで評価しなかった。ＡＬＰＰＬ２発現細胞に対するヒト化抗体のみかけの親和性は、フローサイトメトリーを使用して評価した。簡潔に述べると、次に、得られた各抗体のＫＤを、飽和結合アッセイによって決定した。ヒトＡＬＰＰＬ２を安定的に発現するＨＥＫ２９３細胞を９６ウェルｖ底プレートにウェルあたり１Ｅ５細胞でアリコートした。各ヒト化ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体を０．２、２及び２０ｎＭの濃度で加え、氷上で６０分間インキュベートした。細胞をペレット化し、ＰＢＳ／ＦＢＳで２回洗浄し、続いて、１０μｇ／ｍｌのＡＰＣ標識抗ヒトＩｇＧマウス二次抗体を加え、氷上で更に６０分間インキュベートした。細胞をペレット化し、ＰＢＳ／ＦＢＳで２回洗浄し、１００μＬの２％パラホルムアルデヒド中に再懸濁した。蛍光をフローサイトメトリーによって分析し、飽和蛍光シグナルのパーセントを使用して結合パーセントを決定し、その後、３つの抗体濃度に基づいて、みかけのＫＤを算出した。表９に示されるように、組み換えヒト化抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２のみかけのＫＤをｃ１２Ｆ３（キメラ１２Ｆ３ ＩｇＧ１ ｋ）と比較した。
Figure 2024510122000014
実施例４：ｈ１２Ｆ３コンジュゲーション及びｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞毒性
ｈＩＧＨＶ３－４９／ｈＩＧＨＪ４重鎖可変領域ヒト生殖細胞系列及びｈＩＧＫＶ１－３３／ｈＩＧＫＪ２またはｈＩＧＫＶ１Ｄ－４３／ｈＩＧＫＪ２またはｈＩＧＫＶ１－１６／ｈＩＧＫＪ２軽鎖可変領域ヒト生殖細胞系列をヒトアクセプター配列として使用して、いくつかのｈ１２Ｆ３抗体を構築した。これらの抗体は、マウス抗体またはマウス生殖細胞系列配列に復帰変異させるアミノ酸残基の選択が異なっていた。
上述のように、低品質、低発現、または好ましくない配列を有するヒト化抗体については、機能アッセイで評価しなかった。薬物送達の評価のために、ｈ１２Ｆ３抗体の様々なヒト化バージョンを８個のＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥアウリスタチンＴにコンジュゲートした。潜在的な抗体リードを選択した後、４個のｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥもしくはｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥまたは８個のＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥにコンジュゲートした抗体を含む、異なるペイロードで追加の細胞毒性評価を実施した。コンジュゲーション法は、米国公開第２０１８／００９２９８４号に記載されている。ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥリンカーコンジュゲーションについては、本明細書に記載されるヒト化抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体を使用して、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０５１６４８（２０２０年９月１８日出願）に記載されるように、抗体薬物コンジュゲートを調製した。ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥを抗体にコンジュゲーションするために、参照により本明細書に具体的に援用されるＵＳ２００５／０２３８６４９の手順に従って、適切な当量のＴＣＥＰ（トリス（２－カルボキシエチル）ホスフィン）を使用して抗体を部分的に還元した。簡潔に述べると、２ｍＭ ＤＴＰＡ、ｐＨ７．４を含むリン酸緩衝生理食塩水中の抗体を、２．１当量のＴＣＥＰで処理し、次いで、３７℃で約４５分間インキュベートした。担持量を決定するために、還元した抗体と化合物１を反応させ、疎水性相互作用クロマトグラフィーを使用することによって、チオール／Ａｂ値を確認した。
トリペプチドベースのアウリスタチン薬物－リンカーｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥ化合物を、参照により本明細書に具体的に援用されるＵＳ２００５／０２３８６４９の方法を使用して、部分還元抗体にコンジュゲートした。簡潔に述べると、ＤＭＳＯ中の薬物－リンカー化合物（ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＭＥ）（５０％過剰）をＥＤＴＡ含有ＰＢＳ中の還元抗体に加え、追加のＤＭＳＯを加えて、反応共溶媒の合計を１０～２０％にした。周囲温度で３０分後、過剰のＱｕａｄｒａＳｉｌ ＭＰＴＭを混合物に加えて、未反応マレイミド基を全てクエンチした。次いで、得られたＡＤＣを精製し、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ２５樹脂を使用して脱塩することによって緩衝液をＰＢＳ緩衝液に交換し、更なる使用まで－８０℃に維持した。得られたＡＤＣ組成物のタンパク質濃度を２８０ｎｍで決定した。コンジュゲートの薬物抗体比（ＤＡＲ）を疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によって決定した。
ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞毒性アッセイのために、ＡＤＣ治療の２４時間前に腫瘍細胞株をプレーティングした。細胞を指定用量のＡＤＣで処理し、３７℃で９６時間インキュベートした。いくつかの実験において、陰性対照として非抗原結合ＡＤＣを含めた。Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を製造元の説明書に従って使用して、細胞株の細胞生存率を測定した。細胞をＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ試薬とともに室温で３０分間インキュベートし、発光量をＥｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で測定した。図９に示されるように、Ｆバリアントの軽鎖を含有するｈ１２Ｆ３抗体のヒト化バージョンは、特に他の組み合わせと比較して、高い薬物送達能力を有するバリアントであることがわかる。
細胞毒性効力及びみかけの親和性に基づいて、異なるペイロードを腫瘍細胞に送達する能力について、選択されたヒト化抗体を更に評価した。薬物送達能力の高いヒト化１２Ｆ３抗体を、先に述べたように、４個のｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥもしくはｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥまたは８個のＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃＭＭＡＥにコンジュゲートした。
腫瘍細胞を各ＡＤＣと３７℃で９６～１４４時間インキュベートした。非結合（ｈ００またはＩｇＧと称される）ＡＤＣを陰性対照として使用した。Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏを製造元の説明書に従って使用して、細胞生存率を測定した。蛍光シグナルをＦｕｓｉｏｎ ＨＴ蛍光プレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で測定した。データを未処理細胞に対して正規化し、ＩＣ５０値をＧｒａｐｈ Ｐａｄソフトウェアを使用して算出した。結果は、ビヒクル処理細胞（対照＝１００％）と比較して生存率が５０％低下するのに必要な化合物の濃度であるＩＣ５０として表１０に報告した。ｈ１２Ｆ３ ＡＤＣは、ＡＬＰＰ発現が３０，０００～５００，０００の範囲である細胞株のパネルにわたって１桁及び２桁のｎｇ／ｍｌのＩＣ５０値を達成している。
複数の細胞株にわたるＩＣ５０値をグラフ化することによって、同じペイロード（ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ）を使用したヒト化バリアントの抗体薬物コンジュゲートの細胞毒性効力の比較を行った。１２Ｆ３抗体のヒト化バリアントは、図１０に示されるように、ｉｎ ｖｉｔｒｏで同様の効力を示した。
最終的に、（ｉ）結合特性、（ｉｉ）薬物送達能力及び（ｉｉｉ）他のバリアントと比較した復帰変異（表５～８参照参照）の数に基づいて、ＨＧＬＦ（配列番号１５（ｖＨＧ）に記載される重鎖可変領域及び配列番号３０（ｖＬＦ）に記載される軽鎖可変領域）と指定された抗体をヒト化抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体のリードとして選択した。
腫瘍がん細胞スフェロイドに対するＨＧＬＦ ＡＤＣの評価を次のように実施した：１００ｕＬの細胞を２．５Ｅ４細胞／ウェルで超低接着丸底９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｃｏｒｎｉｎｇ，ＮＹ）中３７℃で４８時間。このインキュベーション後、２倍のＡＤＣを含有する１００ｕＬの培地を加え、３７℃で１２０時間インキュベートした。いくつかの実験において、陰性対照として非抗原結合ＡＤＣを含めた。３Ｄ Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を製造元の説明書に従って使用して、細胞株の細胞生存率を測定した。細胞を３Ｄ Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ試薬とともに室温で３０分間インキュベートし、発光量をＥｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で測定した。結果は、ビヒクル処理細胞（対照＝１００％）と比較して生存率が最大半数低下するのに必要な化合物の濃度であるＩＣ５０として報告した。図１１及び表１１に示されるように、ｖｃＭＭＡＥ、ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及びｍｄｐｒ－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥベースリンカーにコンジュゲートされたｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ＡＤＣは、３Ｄスフェロイドに対して高い細胞毒性を示し、２Ｄ培養と同様の効力であった。
実施例５：抗体内在化
内在化実験は、ＲＭＵＧＳ、親Ｈｅｐ２、及びＨｅｐ２ ＡＬＰＰノックアウト細胞株で自動蛍光顕微鏡（ＩｎｃｕＣｙｔｅＳ３、Ｅｓｓｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）によって実施した。細胞を９６ウェル平底黒クリアボトム組織培養処理済みマイクロプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｃｏｒｎｉｎｇ，ＮＹ）に播種し、３７℃で一晩接着させた。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ及び非標的化対照抗体をＩｎｃｕＣｙｔｅ ＦａｂＦｌｕｏｒ－ｐＨ Ｒｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｅｓｓｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）を用いて、製造元のプロトコルに従って標識した。試験抗体、ＦａｂＦｌｕｏｒ試薬及び培地の必要量は、最終アッセイ濃度の２倍で算出し、ＦａｂＦｌｕｏｒ試薬は、抗体に対して１：３のモル比で加えた。抗体及びＦａｂＦｌｏｕｒを穏やかに混合し、３７℃で１５分間インキュベートし、続いて、抗体－ＦａｂＦｌｕｏｒ複合体を細胞含有プレートの適切な各ウェルに加えた。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ及び非結合対照抗体の細胞あたりの最終濃度は、２５０ｎｇ／ｍＬであった。プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅ Ｓ３（Ｅｓｓｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）のマイクロプレートトレイに配置し、Ａｄｈｅｒｅｎｔ Ｃｅｌｌ－ｂｙ－Ｃｅｌｌプロトコルを使用してスキャンを取得した。対物レンズを１０ｘに設定し、最低０．５～２時間ごとに最大２０時間、位相データ及び赤チャンネルデータ（取得時間を４００ｍｓに設定）をウェルあたり画像４枚で収集した。蛍光シグナル強度の定量は、ＩｎｃｕＣｙｔｅソフトウェア分析ツールを使用して実施した。分析は、アルゴリズムのプレビュー及びトレーニングのためにラベルフリーの細胞数及び手動画像選択を利用して細胞株ごとに精錬し、調整した。分析が完了したら、ＩｎｃｕＣｙｔｅソフトウェアを使用してデータをグラフ化し、グラフメトリクスは、非結合対照に対して正規化した細胞あたりの赤色平均強度対象平均に設定した。図１２に示されるように、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦは、ＡＬＰＰ発現細胞に内在化した。この内在化は、ＡＬＰＰノックアウトＨＥＰ２細胞ではネイキッド抗体が内在化しないため、特異的である。
実施例６：カイネティクス結合及びｐＨ感受性
抗ヒトＦａｂ－ＣＨ１第二世代（ＦＡＢ２Ｇ）バイオセンサーを用いたＯｃｔｅｔ Ｒｅｄ ３８４システム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）におけるバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって、ｐＨ７．４、３７℃における二価親和性を測定した。可溶性ヒトＡＬＰＰ－Ｆｃ及びＡＬＰＰＬ２－Ｆｃ融合二量体タンパク質をＣＨＯ細胞で生成し、アナライトとして使用した。ｈ１２Ｆ３ＨＧＬＦ及びＨＦＬＤの抗体をバイオセンサー上に３ｕｇ／ｍＬで６００秒間固定化した後、滴定したアナライトｈＡＬＰＰ及びｈＡＬＰＰＬ２を０．１２～１２５ｎＭの範囲の６つの濃度で６００秒間会合させ、続いて、カイネティクス緩衝液（１ｘ ＰＢＳ中１％カゼイン及び０．２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０ ｐＨ７．４）中での最後の５０分の解離ステップを行った。プローブのみの曲線をリファレンスとして差し引いた後、Ｒｍａｘセンサーリンクなしの１：１モデルを用いてデータをグローバルフィッティングした。濃度３１．３、７．８、１．９５、０．４９、及び０．１２ｎＭのカーブフィッティングを行い、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦのｈＡＬＰＰ及びｈＡＬＰＰＬ２への二価結合を測定すると、それぞれ１．３Ｅ－１０Ｍ（ｋｄ ２．０Ｅ－０５１／ｓ／ ｋａ １．５Ｅ５ １／Ｍｓ）及び４．４Ｅ－１１Ｍ（ｋｄ ７．１Ｅ－０６ １／ｓ ／ ｋａ １．６Ｅ５ １／Ｍｓ）であった。ＨＦＬＤバリアントは、図１３に示されるように、ＨＧＬＦと比較して、ｈＡＬＰＰ及びｈＡＬＰＰＬ２に対する親和性がそれぞれ２６．９倍及び３４倍低かった。
ｐＨ感受性を評価するために、ｐＨ７．４の実験と同じＢＬＩ法を使用して、ｐＨ６．０、３７℃における二価親和性を決定した。異なるカイネティクス緩衝液（リン酸クエン酸中１％カゼイン及び０．２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０、ｐＨ６．０）を使用したことが唯一の違いであった。８００秒の解離を使用し、濃度１２５、３１．３、７．８、１．９５、０．４９、及び０．１２ｎＭのカーブフィッティングを行い、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦのｈＡＬＰＰ及びｈＡＬＰＰＬ２への二価結合を測定すると、それぞれ６．８Ｅ－０９Ｍ（ｋｄ５．９Ｅ－０４１／ｓ／ｋａ８．７Ｅ４１／Ｍｓ）及び４．８Ｅ－９Ｍ（ｋｄ４．３Ｅ－０４１／ｓ／ｋａ８．９Ｅ４１／Ｍｓ）であった。図１４に示されるように、これは、ｐＨ７．４親和性に対して、ｈＡＬＰＰＦｃで５２倍の減少、ｈＡＬＰＰＬ２では１０９倍の減少であった。
実施例７：ｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性
ＮＳＧマウスに５×１０５個のＣＡＯＶ３ｐ１細胞または２．５×１０６個のＮＣＩ－Ｈ１６５１細胞を皮下播種した。ヌードマウスに１×１０７個のＮＣＩ－Ｎ８７細胞、２×１０６個のＲＭＵＧ－Ｓ細胞、１×１０７個のＬｏＶｏ細胞及び５×１０６個のＨＴ－１３７６細胞を皮下播種した。各マウスの右脇腹に、Ｍａｔｒｉｇｅｌ（１：１）を含む０．１ｍｌのＰＢＳを製造元の指定どおりに皮下接種した。腫瘍成長をノギスでモニタリングし、平均腫瘍体積を式（０．５×［長径×短径２］）を使用して計算した。平均腫瘍体積がおよそ１００～２００ｍｍ３に達したら、未処置条件のコホートまたはｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥもしくはｖｃＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦもしくはＨＦＬＤを４日ごとに４回（ｑ４ｄｘ４）もしくは７日ごとに３回（ｑ７ｄｘ３）腹腔内投与したコホートを含む、異なるコホートにマウスを無作為に分けた。マウスは、腫瘍体積がおよそ８００～１０００ｍｍ３に達したら安楽死させた。％ＴＧＩは、（１－（治療腫瘍の平均体積）／（対照腫瘍の平均体積））×１００％と定義した。全ての動物処置は、Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｃｃｒｅｄｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅによる認定を受けた施設において、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによる承認を受けたプロトコル下で実施された。
卵巣腫瘍モデルＣＡＯＶ３の未処置マウスならびに３ｍｇ／ｋｇ及び５ｍｇ／ｋｇのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦまたはＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図１５に示す。胃腫瘍モデルＮＣＩ－Ｎ８７の未処置マウスならびに１ｍｇ／ｋｇ及び３ｍｇ／ｋｇのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦまたはＨＦＬＤ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図１６に示す。胃腫瘍モデルＮＣＩ－Ｎ８７の未処置マウスならびにｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされたｈ１２Ｆ３ ＡＤＣを３ｍｇ／ｋｇで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図１７に示す。ＡＬＰＰ ＡＤＣは、ｉｎ ｖｉｖｏで同様の抗腫瘍活性を示している。
肺腫瘍モデルＮＣＩ－Ｈ１６５１の未処置マウスならびにｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされたｈ１２Ｆ３ ＡＤＣを３ｍｇ／ｋｇで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図１８に示す。ＡＬＰＰ ＡＤＣは、ｉｎ ｖｉｖｏで同様の抗腫瘍活性を示している。７つの異種移植モデルから得られた腫瘍成長阻害を図１９に示す。棒グラフは、対照に対する治療群における腫瘍体積変化率（％）をまとめたものである。比較は、ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３－ＨＦＬＤ ＡＤＣ ３ｍｇ／ｋｇで実施した。非結合ＡＤＣ対照の平均抗腫瘍活性を破線で示す。
別のアッセイセットにおいて、ＮＳＧマウスに５×１０５個のＣＡＯＶ３ｐ１を皮下播種し、ＮＣＧマウスに５×１０６個のＳＮＵ－２５３５を皮下播種し、ヌードマウスに１×１０７個のＮＣＩ－Ｎ８７を皮下播種し、ＳＣＩＤマウスに１×１０７個のＨＰＡＣを皮下播種した。各マウスの右脇腹に、Ｍａｔｒｉｇｅｌ（１：１）を含む０．１ｍｌのＰＢＳを製造元の指定どおりに皮下接種した。腫瘍成長をノギスでモニタリングし、平均腫瘍体積を式（０．５×［長径×短径２］）を使用して計算した。平均腫瘍体積がおよそ１００～２００ｍｍ３に達したら、未処置条件のコホートまたはｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥもしくはｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦもしくはＨＦＬＤを４日ごとに４回（ｑ４ｄｘ４）もしくは７日ごとに３回（ｑ７ｄｘ３）腹腔内投与したコホートを含む、異なるコホートにマウスを無作為に分けた。マウスは、腫瘍体積がおよそ２～３０００ｍｍ３に達したら安楽死させた。％ＴＧＩは、（１－（治療腫瘍の平均体積）／（対照腫瘍の平均体積））×１００％と定義した。全ての動物処置は、Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｃｃｒｅｄｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅによる認定を受けた施設において、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによる承認を受けたプロトコル下で実施された。
胃腫瘍モデルＮＣＩ－Ｎ８７の未処置マウスならびにｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３ ＡＤＣを１ｍｇ／ｋｇまたは３ｍｇ／ｋｇで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図２０に示す。ＡＬＰＰ ＡＤＣは、ｉｎ ｖｉｖｏで同様の抗腫瘍活性を示している。
膵臓腫瘍モデルＨＰＡＣの未処置マウスならびにｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３ ＡＤＣを１ｍｇ／ｋｇまたは３ｍｇ／ｋｇで処置したマウスについて得られた経時的な腫瘍体積を図２１に示す。ＡＬＰＰ ＡＤＣは、ｉｎ ｖｉｖｏで同様の抗腫瘍活性を示している。４つの異種移植モデルから得られた腫瘍成長阻害を図２２に示す。棒グラフは、対照に対する治療群における腫瘍体積変化率をまとめたものである。比較は、ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｄＬＡＥ－ＭＭＡＥにコンジュゲートしたｈ１２Ｆ３－ＨＧＬＦ ＡＤＣ ３ｍｇ／ｋｇで実施した。非結合ＡＤＣ対照の平均抗腫瘍活性を破線で示す。
別のアッセイにおいて、１２の患者由来の異種移植片に対する抗腫瘍活性を、２＋２実験デザインを使用してヌードマウスで実施した。簡潔に述べると、十分な量のストック動物の腫瘍が１．０～１．５ｃｍ３に達したら、試験前動物に再移植するために腫瘍を採取した。ストック動物から採取した腫瘍断片を試験前動物の左脇腹に片側移植した。各動物には特定の継代ロットから移植を行い、記録を取った。腫瘍が１５０～３００ｍｍ３の平均腫瘍体積に達したら、動物を腫瘍体積ごとに治療群または対照群に一致させ、投与に使用し、０日目に投与を開始した。ｈ１２Ｆ３－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥコンジュゲートを５ｍｇ／ｋｇ（ＱＷｘ３）で投与し、ＰＢＳ処置コホートと比較した。腫瘍体積を週２回測定した。試験がエンドポイントに達した日に最終的な腫瘍体積測定値を取った。０日目に開始し、腫瘍寸法をデジタルノギスで週２回測定し、個々の推定腫瘍体積と平均推定腫瘍体積（平均ＴＶ±ＳＥＭ）を含むデータを各群について記録し、腫瘍体積を式（１）：ＴＶ＝短径２×長径×０．５２を使用して算出した。試験終了時に、初期腫瘍測定値（ｉ）及び最終腫瘍測定値（ｆ）を使用し、各治療群（Ｔ）対対照群（Ｃ）についての腫瘍成長阻害率（％ＴＧＩ）値を式（２）：％ＴＧＩ＝１－（Ｔｆ－Ｔｉ）／（Ｃｆ－Ｃｉ）により、算出し、報告した。図２３に示されるように、ｈ１２Ｆ３－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥコンジュゲートであるＳＧＮ－ＡＬＰＶは、異種標的を発現するＰＤＸモデルの５８％（７／１２）で抗腫瘍活性を示している。応答モデルは、使用した用量で５５％～１００％超の範囲のＴＧＩを示した。抗腫瘍活性は、化学療法前処置患者とナイーブ患者の両方に由来するＰＤＸモデルでも認められた（図２３のＢ及びＣ）。
実施例８：交差反応性及びエピトープマッピング
オルソログＡＬＰＰタンパク質に対する抗体交差反応性を確認するために、ｍａｃａｃａ ｆａｌｓｉｃｕｌａｒｉｓ ＡＬＰＰ遺伝子（ＮＨＰ ＡＬＰＰ）をＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクトし、抗体をフローサイトメトリーによってスクリーニングした。簡潔に述べると、得られた各抗体のＫＤを飽和結合アッセイによって決定した。ヒトＡＬＰＰＬまたはＡＬＰＰＬ２及びＮＨＰ ＡＬＰＰを安定発現する１×１０５個のＨＥＫ２９３細胞を９６ウェルｖ底プレートの各ウェルに分注した。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ及びＨＦＬＤ抗体を０．２ｎＭ～２０ｎＭの範囲の濃度で加え、氷上で６０分間インキュベートした。細胞をペレット化し、ＰＢＳ／ＢＳＡで３回洗浄し、続いて、１０ｕｇ／ｍｌのＡＰＣ標識抗ヒトＩｇＧヤギ二次抗体を加え、氷上で更に６０分間インキュベートした。細胞をペレット化し、ＰＢＳ／ＢＳＡで３回洗浄し、１２５μＬのＰＢＳ／ＢＳＡ中に再懸濁した。蛍光をフローサイトメトリーによって分析し、飽和蛍光シグナルのパーセントを使用して結合パーセントを決定し、その後、みかけのＫＤを算出した。両抗体のみかけのＫＤを図２４に示す。重要なのは、抗体バリアントｈ１２Ｆ３ ＨＦＬＤがサルオルソログ遺伝子に対して劇的な親和性減少を示すのに対し、ＨＧＬＦバリアントは、ヒト及びサルの両方の胎盤アルカリホスファターゼに対して同様の結合プロファイルを示すことである。
ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦは、ラットＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２オルソログと交差反応しないので、ヒトＡＬＰＰ領域をラットＡＬＰＰ由来のホモログ領域と交換した。これらのコンストラクトを、リポフェクタミン３０００（１：１．５のＤＮＡ／リポフェクタミンの比）を製造元の説明書に従って使用して、２×１０６個のＨＥＫ２９３細胞に一過性にトランスフェクトした。先に記載のフローサイトメトリーを使用して、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ結合エピトープを、トランスフェクションから４８時間後のキメララット／ヒトＡＬＰＰバリアント発現細胞で評価した。図２５に示されるように、ａａＬ２８７－Ｓ３３９を含有するヒトＡＬＰＰ領域をラットＡＬＰＰ配列に置き換えると、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ結合が損なわれる。
実施例９：Ｆｃ受容体に対する抗体カイネティクス結合
抗体に基づく免疫応答は、免疫細胞上のＦｃ受容体との相互作用によって駆動される。そこで、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥがＦｃ受容体と相互作用する能力を確認するために、ｈＦｃγＲＩ、ｈＦｃγＲＩＩａＨ１３１、ｈＦｃγＲＩＩａ Ｒ１３１、ｈＦｃγＲＩＩＩａ Ｆ１５８、ｈＦｃγＲＩＩＩａ Ｖ１５８、及びｈｓｃＦｃＲＮとの結合カイネティクスをバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって評価した。単量体Ｆｃと融合させたビオチン化ａｖｉタグ付きヒトＦｃ受容体（Ｓｅａｇｅｎで設計及び発現）を高精度ストレプトアビジンバイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ社製）にロードしたところ、１．２ｎｍ前後の応答を示したｈＦｃγＲ１を除き、全ての受容体で０．４ｎｍ前後の応答となった。初期のベースラインを固定化緩衝液（０．１％ＢＳＡ、０．０２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０、１ｘ ＰＢＳ ｐＨ７．４）中で終え、続いて、第２のベースラインをカイネティクス緩衝液（ｈＦｃγＲＩ、ＩＩａ、ＩＩＩａ、及びＩＩｂ相互作用については、１％カゼイン、０．２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０、１ｘ ＰＢＳ ｐＨ７．４、ｈｓｃＦｃＲＮ相互作用については、１％ＢＳＡ＋０．２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０、リン酸クエン酸ｐＨ６．０）中で行った。滴定したｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ及び陽性対照ｍＡｂ試料を次のようにそれぞれ会合及び解離させた：カイネティクス緩衝液中、ｈＦｃγＲＩについては６００秒及び１０００秒、ｈＦｃγＲＩＩａ及びｈＦｃγＲＩＩｂについては１０秒及び５０秒、ｈＦｃγＲＩＩＩａについては６０秒及び２００秒、ならびにｈｓｃＦｃＲＮについては５０秒及び２００秒。センサーグラムをＯｃｔｅｔ ＨＴＸシステム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）により３０℃で生成し、抗原をロードした０ｎＭのアナライトセンサーによるリファレンスを差し引いた後、１：１カイネティクスＬａｎｇｍｕｉｒ等温線モデル（Ｒｍａｘリンクなし）でグローバルフィッティングした。ストレプトアビジンバイオセンサー自体へのアナライトの非特異的結合が存在しないことを確認するために、Ｆｃ受容体を含まないＡＤＣ（２０μＭ）を固定化し、最大濃度の抗体を用いた陰性対照を含めた。ストレプトアビジンセンサーに対する各受容体の具体的なローディング濃度及び時間ならびに滴定したアナライトの濃度を列挙する（表１２及び表１３）。まとめると、図２６に示されるように、親抗体及びｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ ＡＤＣは、全てのヒトＦｃ受容体に結合する。最も高い親和性はｈＦｃγＲＩの場合であり、１．３～２．２ｎＭ前後の範囲であったが、２番目に高い親和性はｈＦｃＲＮの場合で、およそ１０．６～１３．９ｎＭであった。ｈＦｃγＲＩＩａ及びｈＦｃγＲＩＩＩａバリアントの親和性は、０．８１～７．３μＭの範囲であり、ｈＦｃγＲＩＩｂは、３６～６７μＭの範囲で最も弱い親和性を示した。陽性対照のｍＡｂの結果と比較すると、全てのヒトＦｃ受容体に対するｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥの親和性は、極めて類似しており、親抗体ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦと同等であった。
Figure 2024510122000017
初代ＮＫ細胞による抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）
ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ骨格及び誘導コンジュゲートが抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を誘起するかどうかを確認するために、ＡＬＰＰＬ２発現細胞をｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥの存在下でナチュラルキラー（ＮＫ）細胞とｉｎ ｖｉｔｒｏでインキュベートした。インキュベーション後、細胞溶解のパーセンテージを測定した。簡潔に述べると、エフェクター細胞調製：アッセイの前日に、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を３７℃の水浴中で急速解凍した。細胞を、５％加熱不活性化ヒト血清（Ｇｅｍｉｎｉ Ｂｉｏ－ｐｒｏｄｕｃｔｓ、カタログ番号１００－５１２）を加えたＡＩＭ－Ｖ培地（Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号１２０５５０９１）（ＡＩＭ－Ｖ／５％ ＨＩＨＳ）を入れた５０ｍＬチューブに移した。細胞を１５００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。ＰＢＭＣを、最終濃度２０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅ Ｉ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｄ５０２５）含有ＡＩＭ－Ｖ／５％ ＨＩＨＳ（１ｍｇ／ｍＬのストック溶液を１：５０希釈に希釈）中に再懸濁し、３７℃で１０～１５分間インキュベートした。細胞を上記のように遠心分離によってペレット化し、ＡＩＭ－Ｖ／５％ ＨＩＨＳ中に再懸濁した。細胞を計数し、Ｔ１５０フラスコに２～４×１０８細胞／フラスコの濃度で、フラスコあたり２５ｍＬで播種した。細胞を３７℃、５％ＣＯ２の加湿インキュベーターで一晩静置してインキュベートした。翌日、非接着細胞を回収し、フラスコをＰＢＳで３回（７ｍＬ）勢いよくすすいだ。すすぎ液非接着細胞と合わせ、１５００ｒｐｍで７分間遠心分離することによってペレット化した。細胞を計数するために少量を再懸濁し（２ｍＬ）、細胞懸濁液をＰＢＳ＋２％ＦＢＳ中５×１０７細胞／ｍＬの濃度に調整した（ＥａｓｙＳｅｐプロトコルによる推奨とおり）。ＮＫ細胞をＥａｓｙＳｅｐヒトＮＫ細胞濃縮キット（Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１９０５５）の説明書に従って、陰性選択により単離した。次いで、濃縮したエフェクター細胞をＲＰＭＩ／１％ＦＢＳ中に７．２×１０５細胞／ｍＬの濃度で懸濁した（これにより７０μＬ中に約５×１０４個のエフェクター細胞が含まれる）。標的細胞の調製：ＡＬＰＰＬ２発現ＬｏＶｏ細胞を回収し、計数した。次に、５×１０６個の細胞を取り出し、遠心分離によってペレット化した。細胞を１００μＬのＦＢＳ中に再懸濁した。次いで、１００μＬ（およそ１００μＣｉ）のＣｒ－５１（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、カタログ番号ＮＥＺ０３０Ｓ）を細胞に加え、軽くタッピングして混合した。細胞を３７℃、５％ＣＯ２の加湿インキュベーターに入れて１時間標識し、チューブを時々タッピングして細胞を懸濁させた。細胞をＲＰＭＩ／１％ＦＢＳで３回洗浄した。洗浄の間に、チューブをタッピングして細胞ペレットをほぐした。洗浄後、細胞を１０ｍＬのＲＰＭＩ／１％ＦＢＳに再懸濁し、計数した。次いで、７．２×１０５個の細胞を取り出し、総量１０ｍＬのアッセイ培地中に懸濁し、７０μＬが約５×１０３個の標的細胞に相当するようにした。ＡＤＣ及び抗体希釈物の調製及びプレートの組み立て：抗体及びＡＤＣをアッセイ培地で３倍濃度に希釈した。試験抗体は、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ、ＣＤ７１結合脱フコシル化抗体、及びアイソタイプコントロールであった。Ｃｒ標識標的細胞を加える直前に抗体をアッセイプレートに加えた。加えて、全放出対照及び自然放出対照をそれぞれ表す対照ウェルには、抗体の代わりに、７０μＬ及び１４０μＬのアッセイ培地を加えた。最後に、標的細胞を混合し、７０μＬを９６ウェルプレートの各試験ウェル及び対照ウェルに加えた。標的をｍＡｂとともに３７℃、５％ＣＯ２の加湿インキュベーター中で３０分間インキュベートした。次いで、７０μＬ（５×１０４）のエフェクター細胞を各試験ウェルに加え、７０μＬの３％Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１００を全放出ウェルに加え、混合した。プレートを３７℃、５％ＣＯ２の加湿インキュベーターに４時間戻した。インキュベーション後、３５μＬの上清をＬｕｍａプレート（複数可）に移した。Ｌｕｍａプレート（複数可）を一晩乾燥させ、次いで、密封テープで覆い、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ ＴｏｐＣｏｕｎｔ ＮＸＴ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｓｃｉｎｔｉｌｌａｔｉｏｎ Ｃｏｕｎｔｅｒで読み取った。分析は、次のように特異的溶解率（％）を算出することによって行った（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍにより分析）：％特異的溶解＝［（試験ｃｐｍ－バックグラウンドｃｐｍ）÷（合計ｃｐｍ－バックグラウンドｃｐｍ）］×１００。図２７に示されるように、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ抗体ならびにｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、及びｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥの存在下において、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＮＫ細胞細胞毒性を媒介する。この活性は、陽性対照と同様であり、非結合抗体がエフェクター細胞を刺激しないことから、細胞上の標的の存在によって媒介されている。
抗体依存性細胞傷害
ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥがＡＤＣＰ活性を示すかどうかを決定するために、ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２を発現する抗体またはＡＤＣで覆われた蛍光細胞を初代マクロファージとコインキュベートし、貪食を蛍光フローサイトメトリーで測定した。簡潔に述べると、製造元の説明書に従って、ＬｏＶｏ腫瘍細胞をＰＫＨ２６で蛍光標識した。細胞を培養皿から０．０５％トリプシンＥＤＴＡで回収し、１ｘ ＰＢＳで１回洗浄した。細胞を、ＰＫＨ２６ Ｒｅｄ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｃｅｌｌ Ｍｅｍｂｒａｎｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号ＰＫＨ２６ＧＬ－１ＫＴ）に含まれる１ｍＬのＤｉｌｕｅｎｔ Ｃ中に懸濁した。別個のチューブに、１ｍＬのＤｉｌｕｅｎｔ Ｃ＋４μＬのＰＫＨ２６色素を加え、上下にピペッティングして混合した。染色溶液を再懸濁した細胞に移し、数回上下にピペッティングして素早く混合した。細胞を室温で５分間インキュベートし、２ｍＬのＦＢＳを加えることによって標識反応を停止した。細胞をＲＰＭＩ／１０％ＦＢＳで３回洗浄し、０．８×１０６細胞／ｍＬの濃度でＰＢＳ中に再懸濁した。以下のステップを使用して、標識した標的細胞を９６ウェルＵ底プレートに移し、試験抗体、ＡＤＣまたはアイソタイプコントロール抗体で処置した。別個の９６ウェルＵ底プレートに、ＰＢＳ中の１０ｘストックのｍＡｂ、ＡＤＣ及びアイソタイプコントロールをＰＢＳで１：１０に連続希釈し、３３μＬ／ウェルをＵ底プレートの適切な細胞ウェルに加えた。プレートを室温で３０分間インキュベートし、遠心分離し、２００μＬ／ウェルの培地（ＲＰＭＩ／１０％ＦＢＳ）で１回洗浄した。細胞を３３０μＬ／ウェルの培地（ＲＰＭＩ／１０％ＦＢＳ）中に再懸濁した。アッセイの前日、２名の健常ドナーに由来するＰＢＭＣを水浴中３７℃で解凍し、ＲＰＭＩ／１０％ＦＢＳ（０．１～０．２ＥＵ／ｍＬ）に移した。ウェルあたり合計０．７×１０６個のＰＢＭＣを４８ウェル平底プレートに加え、一晩接着させた。古い培地（及び非接着細胞）を吸引し、２００μＬの新鮮な培地に交換した。次に、各ウェルから、１００μＬの標識処置した標的細胞を、接着を行った単球／マクロファージ平底プレートの対応するウェルにトリプリケートで移し、プレートを３７℃で一晩１６～１８時間インキュベートした。上清を回収し、１ｘ ＰＢＳによる洗浄液及び１ｘ Ｖｅｒｓｅｎｅによる剥離物を回収することによって、４８ウェルプレート内の全細胞を集めた。マクロファージは、次のステップを使用して蛍光標識した：標的細胞及びマクロファージをＵ底プレートに回収し、遠心分離し、ヒトＦｃ断片ブロック剤（１：２０希釈）を含有する５０μＬのＦＡＣＳ染色緩衝液中に再懸濁し、氷上で３０分間インキュベートした。次に、ＦＡＣＳ染色緩衝液で希釈したＣＤ１４－ＢＶ４２１及びＣＤ４５－ＡＰＣ－Ｃｙ７抗体の１：５０希釈液を５０μＬで各ウェルに加え、ホイルで覆い、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を遠心分離し、ＦＡＣＳ緩衝液で２回洗浄し、Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒによる後続のフローサイトメトリー分析のために、１ｘ ＰＢＳ中に再懸濁した。ＣＤ１４＋／ＣＤ４５細胞のＹＬ１ ＧｅｏＭｅａｎ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ（ＣＤ１４＋／ＣＤ４５＋細胞のＭＦＩ）をＦｌｏｗＪｏの使用により分析し、次いで、更なるデータ解析のために、Ｅｘｃｅｌ及びＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍに値をエクスポートした。食作用は、ＣＤ１４＋細胞のＭＦＩとして報告する。図２８に示されるように、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ、またはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートが存在することで、陽性対照（抗ＣＤ４７抗体）と同様のカイネティクスで標的発現細胞の貪食が可能となる。この活性は、非結合抗体がいかなる細胞死も誘起しないことから、標的細胞上のＡＬＰＰＬ２発現の存在に依存する。
別のアッセイにおいて、ＦｃｇＲＩＩＩ依存性の抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を、Ｐｒｏｍｅｇａのサロゲートルシフェラーゼをベースにした媒介バイオアッセイを使用することによって測定した。簡潔に述べると、ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２発現細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし、漸増量のネイキッドｈ１２Ｆ３抗体または４分子もしくは８分子のｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥもしくはＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥにそれぞれコンジュゲートさせたｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ抗体の存在下で、ＡＤＣＣ Ｂｉｏａｓｓａｙ Ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｃｅｌｌｓ（Ｐｒｏｍｅｇａ）と共培養した。処置から２４時間後、製造元に従って、細胞をＢｉｏ－Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）とインキュベートし、発光量をＥｎｖｉｓｉｏｎプラットフォームで測定した。図２９に示されるように、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦは、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ＡＤＣコンジュゲートｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥと同様のカイネティクスでレポーター細胞株のＦｃｇＲＩＩＩシグナル伝達を活性化することが可能である。８分子のＭＤｐｒ－ＰＥＧ（１２）－ｇｌｕｃ－ＭＭＡＥをコンジュゲートすると、ネイキッドｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦと比較してＡＤＣＣ活性が減少した。
実施例１０：免疫原性細胞死
免疫原性細胞死のためのシグナル経路活性化
ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥ及びｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥがＩＣＤの特性を活性化できるかどうかを決定するために、ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２発現細胞をＡＤＣで処置し、免疫ブロット法を使用してＩＲＥ及びＪＮＫ経路のリン酸化状態を確認した。簡潔に述べると、４００万個のＬＯＶＯ細胞を１０ｍＬの完全成長培地（ハムＦ－１２Ｋ（Ｋａｉｇｈｎ’ｓ）培地＋１０％ＦＢＳ）を入れた１０ｃｍのＴＣ処理済みディッシュにプレーティングし、一晩接着させた。細胞を完全培地中で１０ｎＭのＭＭＡＥまたは１ｕｇ／ｍＬ及び１０ｕｇ／ｍＬのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥもしくはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥで処置した。次いで、細胞を処置培地中で４８時間または９６時間インキュベートした。細胞を回収し、洗浄し、５００ｕＬの冷ＰＢＳ中に再懸濁し、エッペンドルフチューブに移した。試料を３００ｘｇ、３分間、４度で遠心した。上清を除去し、細胞をプロテアーゼ及びホスファターゼを含有するＲＩＰＡ溶解緩衝液中に再懸濁した。氷上で５分間インキュベーションした後、試料を１７０００ｘｇ、１０分間、４度で遠心し、上清を回収し、－８０で保存した。定量した試料をＮｕＰＡＧＥ４～１２％ビス－トリスゲル中で分離し、小さいタンパク質にはＭＥＳランニング緩衝液または大きいタンパク質にはＭＯＰＳのいずれかで実施した（１６５ｖで４０分間）。ｉＢｌｏｔ２（２０ｖで７分間）を使用してゲルをＰＶＤＦ膜に移した。膜を脱イオン水で軽くすすぎ、次いで、ブロッキング緩衝液（ＴＢＳ＋０．１％ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０＋５％ＢＳＡ）中に４度で一晩置いた。次いで、ブロットを、ブロッキング緩衝液で１：１０００に希釈したＩＲＥ、ＪＮＫ、ｐ－ＩＲＥ、またはｐ－ＪＮＫに対する一次抗体と室温で２時間インキュベートした。ｐ－ＥＲＫを１：５００で使用し、同じようにインキュベートした。ブロットをＴＢＳＴ（ＴＢＳ＋０．１％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０）で３回洗浄した。抗ウサギペルオキシダーゼ二次抗体をブロッキング緩衝液で１：１０，０００の希釈に調製した。ブロットを二次抗体と室温で１時間インキュベートした。ブロットを再びＴＢＳＴで３回洗浄した。ブロットをＳｉｇｎａｌＦｉｒｅ ＥＣＬを使用して現像し、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｉｍａｇｅｒ ６００で画像化した。次いで、ブロットを剥がし、ＧＡＰＤＨをローディングコントロールとして再プローブし、上述のとおりブロットした。図３０に示されるように、ＬｏＶｏ細胞をｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥまたはｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥのいずれかとインキュベーションすると、免疫原性細胞死プロセスの活性化において重要な役割を果たすｐＩＲＥ及びｐＪＮＫのリン酸化レベルが増加した。
ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ＡＤＣでの処置によりＡＴＰの培養培地中への放出がもたらされるかどうかを確認するために、６００，０００個のＬＯＶＯ細胞を２ｍＬの完全成長培地（ハムＦ－１２Ｋ（Ｋａｉｇｈｎ’ｓ）培地＋１０％ＦＢＳ）を入れた６ウェルのＴＣ処理済みディッシュにプレーティングし、一晩接着させた。１０ｎＭのＭＭＡＥ、１ｍｇ／ｍＬまたは１０ｍｇ／ｍＬのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥまたはｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥの溶液を完全培地で調製した。次いで、細胞を処置培地中で２４、４８、または７２時間インキュベートした。エンドポイントのそれぞれで、５００ｕＬの上清を各ウェルから回収した（試料）。上清を２００ｘｇで１分間、４度で遠心してあらゆる細胞デブリを慎重に除去した。次いで、各上清について３５０ｕＬのアリコート（トリプリケートのデータ分）を黒壁透明ボトム９６ウェルプレートに入れた。次いで、再構成した５０ｕＬのＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏを上清を含有する全てのウェルに加えた。プレートにカバーをし、遮光した。次いで、プレートをＥｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダーで読み取った。トリプリケートのデータから得た発光量の生データを全試料で平均化した。無処置試料と比較した倍率変化を決定するために、実験試料の平均発光量を無処置試料の平均で除算した。図３１に示されるように、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥまたはｍｃ－ｖｃ－ＭＭＡＥコンジュゲートはいずれも免疫原性細胞死の特性であるＡＴＰの放出をもたらした。
実施例１１：薬物動態
ヒト化ｈ１２Ｆ３ＡＤＣの薬物動態評価を非ヒト霊長類で実施した。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｖｃ－ＭＭＡＥ（４）及びＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（４）を含む抗体薬物コンジュゲートを１ｍｇ／ｋｇで１回投与し、血漿試料を指定の時点で採取した。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｖｃ－ＭＭＡＥ（４）及びＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（４）のカニクイザル血漿レベルの合計を、Ｇｙｒｏｌａｂ（Ｇｙｒｏｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓｗｅｄｅｎ）１－Ｓｔｅｐ Ｇｅｎｅｒｉｃ Ｔｏｔａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ（ｇＴＡｂ）アッセイを使用して分析した。手短に述べれば、プールしたカニクイザルＫ２ＥＤＴＡ血漿（ＢｉｏＩＶＴ）で、投与する試験品を希釈し、アッセイ標準及び品質対照試料（ＱＣ）を調製した。試験品濃度がアッセイの定量限界値を超える試験試料は、薬物未処置のカニクイザルＫ２ＥＤＴＡ血漿で範囲内に希釈した。標準品、ＱＣ試料、及び試験試料は、Ｒｅｘｘｉｐ ＨＸ緩衝液（Ｇｙｒｏｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓｗｅｄｅｎ）で１：２０の最小必要希釈（ＭＲＤ）に希釈した。３０ｎＭの等モルマスターミックス溶液を、ビオチン化抗ヒトカッパ軽鎖（Ｓｅａｇｅｎ）及びＡｌｅｘａＦｌｏｕｒ－６４７抗ヒトＦｃγ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）を０．０１％（ｖ／ｖ）ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０（ＰＢＳＴ）を含有する１ｘリン酸緩衝生理食塩水で希釈することによって調製した。等量のＭＲＤ標準品、ＱＣ試料、または試験試料及びマスターミックス溶液を混合した。得られた溶液を遮光し、振盪しながら、室温で１～２時間インキュベートした。インキュベーション後、溶液を９６ウェルＰＣＲプレートに移し、Ｇｙｒｏｌａｂ Ｂｉｏａｆｆｙ １０００ ＣＤ（Ｇｙｒｏｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓｗｅｄｅｎ）に加え、試料をＣＤ内のストレプトアビジン親和性カラムに通した。カラムをＰＢＳＴで４回洗浄し、関連する蛍光について、６３５ｎｍでカラムを調査した。校正の蛍光反応を、Ｇｙｒｏｌａｂ Ｅｖａｌｕａｔｏｒソフトウェアを使用して、５パラメータロジスティック回帰（５－ＰＬ）に当てはめた。ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｖｃＭＭＡＥ及びＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥＱＣならびに試験試料の総濃度を、それぞれ当てはめた標準曲線から補間し、薬物動態評価に使用した。ＰＫパラメータは、適宜、Ｐｈｏｅｎｉｘ ＷｉｎＮｏｎｌｉｎ（バージョン８．２、Ｃｅｒｔａｒａ ＵＳＡ、Ｉｎｃ．）を使用して、ノンコンパートメント解析（ＮＣＡ）により決定した。次のＰＫパラメータを決定した：２１日までの血漿中濃度対時間曲線下面積（ＡＵＣ０－２１）、最高観察血漿中濃度（Ｃｍａｘ）、終末半減期、クリアランス（Ｃｌ）、及び定常状態における分布容積の計算値（Ｖｓｓ）。ＡＵＣは、線形台形線形法を使用して算出した。半減期、Ｃｌ及びＶｓｓは、Ｒ２を≧０．８に調整し、ＡＵＣ０－ｉｎｆ＜２０％を外挿した血漿中濃度対時間プロファイルについて報告した。得られた薬物動態パラメータを表１４に示す。これは、ｖｃＭＭＡＥとｍｐ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥの両方のｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦコンジュゲートが、非結合ＡＤＣ対照と比較した場合、同様の抗体コンジュゲートＭＭＡＥ薬物動態プロファイルを呈し、標的媒介性薬物動態の証拠はないことを示している。
抗体コンジュゲートＭＭＡＥ（ａｃＭＭＡＥ）を定量するために、血漿試料をまず免疫捕捉にかけて、ＡＤＣ（ＭＡｂＳｅｌｅｃｔ、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を２～８℃で１時間単離した。結合した試料を、パパイン消化緩衝液（２０ｍＭ ＫＰＯ４、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、２０ｍＭシステインＨＣｌ）を使用して洗浄し、次いで、２ｍｇ／ｍＬのパパインを含む消化緩衝液を各試料に加えた。試料を３７℃で４時間インキュベートして、酵素的にａｃＭＭＡＥを放出させた。得られた放出ａｃＭＭＡＥを固相抽出を使用して抽出した。次いで、各試料を、タンデム質量分析（Ｓｃｉｅｘ６５００＋Ｔｒｉｐｌｅ Ｑｕａｄ）が連結された順相ＵＰＬＣ（Ｂｅｔａｓｉｌ、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用して分析した。表１５は、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ｖｃ－ＭＭＡＥ及びＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥコンジュゲートを使用した抗体コンジュゲートＭＭＡＥの薬物動態パラメータが類似していることを示し、後者は半減期の延長を示している。
ヒトとカニクイザルのＡＬＰＰオルソログが同等の結合親和性を有する薬理学的に関連する種であることから、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ ＡＤＣの忍容性をカニクイザルで評価した。雌のサルに５ｍｇ／ｋｇのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｖｃ－ＭＭＡＥ（４）または５、８、９、及び１０ｍｇ／ｋｇのｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（４）をそれぞれ４週間に１回（ｑ１ｗｘ４）投与した。毒性評価には、体重、臨床所見、血液学、凝固、血清化学、及びＴＫが含まれた。終末期（最終投与後１週間）及び回復期（最終投与後４週間）の剖検時に、肉眼病理学検査を実施し、組織を組織病理学的に検査した。最大耐量は、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｖｃ－ＭＭＡＥ（４）が５ｍｇ／ｋｇであり、ｈ１２Ｆ３ ＨＧＬＦ－ｄＬＡＥ－ＭＭＡＥ（４）が９ｍｇ／ｋｇであった（表１６）。血液学及び解剖病理学評価により、ＭＭＡＥの薬理学と一致する骨髄毒性が両方のＡＤＣで検出され、用量制限毒性とみなされた。肺の肺胞マクロファージの蓄積、卵巣中の二次及び三次卵胞の数の減少、ならびに胸腺のリンパ球枯渇という毒性も追加された。
Figure 2024510122000021
参照による援用
本明細書で引用される全ての参考文献は、特許、特許出願、科学誌、教科書などを含め、その全体が参照により援用される。

Claims (55)

  1. ＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２に結合する抗原結合タンパク質またはその断片であって、以下の６つのＣＤＲ：
    配列番号５６または配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、
    配列番号５７または配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、
    配列番号５８または配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、
    配列番号６３または配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、
    配列番号６４または配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び
    配列番号６５または配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３
    を含み、
    前記ＣＤＲは、ＫＡＢＡＴまたはＩＭＧＴによって決定される、
    前記抗原結合タンパク質またはその断片。
  2. 配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３を含み、前記ＣＤＲは、Ｋａｂａｔによって決定される、請求項１に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  3. 配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、及び配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３を含み、前記ＣＤＲは、ＩＭＧＴによって決定される、請求項１に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  4. ＶＨ及びＶＬを含み、前記ＶＨは、配列番号１５のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または９９％のアミノ酸配列同一性を有し、前記ＶＬは、配列番号３０のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または９９％のアミノ酸配列同一性を有する、請求項１～３のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  5. ＶＨ及びＶＬを含み、前記ＶＨは、配列番号１５のアミノ酸配列を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  6. ＶＨ及びＶＬを含み、前記ＶＬは、配列番号３０のアミノ酸配列を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  7. ＶＨ及びＶＬを含み、前記ＶＨは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬは、配列番号３０のアミノ酸配列を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  8. 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖（ＨＣ）を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  9. 配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖（ＬＣ）を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  10. 配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＣを含み、配列番号５０のアミノ酸配列を含むＬＣを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  11. 前記抗原結合タンパク質が、モノクローナル抗体またはその断片である、請求項１～１０のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  12. 前記抗原結合タンパク質が、ヒト化抗体またはその断片である、請求項１～１１のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  13. 前記断片が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖまたは（Ｆａｂ’）２断片から選択される、請求項１～１２のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片。
  14. 細胞毒性または細胞増殖抑制性剤にコンジュゲートされた請求項１～１３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、抗体薬物コンジュゲート。
  15. 前記抗体または抗原結合断片が、前記細胞毒性または細胞増殖抑制性剤にリンカーを介してコンジュゲートされる、請求項１４に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  16. 前記細胞毒性または細胞増殖抑制性剤が、モノメチルアウリスタチンである、請求項１４～１５のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  17. 前記モノメチルアウリスタチンが、モノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）である、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  18. 前記抗体またはその抗原結合断片が、酵素切断性リンカーユニットを介してＭＭＡＥにコンジュゲートされる、請求項１７に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  19. 前記酵素切断性リンカーユニットが、Ｖａｌ－Ｃｉｔリンカーを含む、請求項１８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  20. 前記抗体またはその抗原結合断片が、式：－Ａａ－Ｗｗ－Ｙｙ－を有するリンカーユニットを介してＭＭＡＥにコンジュゲートされ、式中、－Ａ－は、ストレッチャーユニットであり、ａは、０または１であり、－Ｗ－は、アミノ酸ユニットであり、ｗは、０～１２の範囲の整数であり、－Ｙ－は、スペーサーユニットであり、ｙは、０、１、または２である、請求項１９に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  21. 前記ストレッチャーユニットが、以下の式Ｉの構造を有し、前記アミノ酸ユニットが、Ｖａｌ－Ｃｉｔであり、前記スペーサーユニットが、以下の式ＩＩの構造を有するｐ－アミノベンジルアルコール（ＰＡＢＣ）基である、請求項２０に記載の抗体薬物コンジュゲート
  22. 前記リンカーが、モノメチルアウリスタチンＥに結合して以下の構造を有する抗体薬物コンジュゲートを形成し、
    式中、Ａｂは、抗体ｈ１２Ｆ３であり、ｐは、１～１６の数を示す、
    請求項１４～２１のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  23. 前記抗体薬物コンジュゲートの集団におけるｐの平均値が、約４である、請求項２２に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  24. 前記抗体薬物コンジュゲートが、以下の構造：
    Figure 2024510122000024
     またはその薬学的に許容される塩によって表され、式中、
    Ａｂは、抗体ｈ１２Ｆ３であり、ｐは、１～１２の数を示し、
    下付き文字ｎｎは、１～５の数であり、
    下付き文字ａ’は、０であり、Ａ’は、不在であり、
    Ｐ１、Ｐ２、及びＰ３は、それぞれアミノ酸であり、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第１のものは、負に帯電しており、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第２のものは、ロイシンと同じくらいの疎水性を有する脂肪族側鎖を有し、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第３のものは、ロイシンよりも小さい疎水性を有し、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第１のものは、Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のいずれか１つに対応し、前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第２のものは、残り２つのアミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうちの１つに対応し、前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第３のものは、最後の残りのアミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３に対応し、
    ただし、－Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－は、－Ｇｌｕ－Ｖａｌ－Ｃｉｔ－または－Ａｓｐ－Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ではない、
    請求項１４～１８のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  25. 下付き文字ｎｎは、２である、請求項２４に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  26. トリペプチドの前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－アミノ酸構造であり、
    前記Ｐ２及びＰ１アミノ酸のうちの一方が、ロイシンよりも小さい疎水性を有する脂肪族側鎖を有し、
    前記Ｐ２及びＰ１アミノ酸の他方が、負に帯電している、
    請求項２４または２５に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  27. 前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－ＬｅｕまたはＤ－Ａｌａである、請求項２４～２６のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  28. 前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－ＬｅｕまたはＤ－Ａｌａであり、前記Ｐ２アミノ酸が、Ａｌａ、Ｇｌｕ、またはＡｓｐであり、前記Ｐ１アミノ酸が、Ａｌａ、Ｇｌｕ、またはＡｓｐである、請求項２４～２７のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  29. －Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－が、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ａｓｐ－、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－、－Ｄ－Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｓｐ－、または－Ｄ－Ａｌａ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－である、請求項２４～２８のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  30. －Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－が、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－である、請求項２４～２９のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  31. 前記抗体薬物コンジュゲートが、以下の構造：
    Figure 2024510122000025
     またはその薬学的に許容される塩によって表され、
    式中、Ａｂは、抗体ｈ１２Ｆ３であり、ｐは、１～１２の数を示す、請求項２４～３０のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  32. 請求項１～１３のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片をコードする、単離された核酸。
  33. 請求項３２に記載の核酸を含む、ベクター。
  34. 請求項３３に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  35. 前記宿主細胞が、ＣＨＯ細胞である、請求項３４に記載の宿主細胞。
  36. 請求項１～１３のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片を産生する、宿主細胞。
  37. 抗原結合タンパク質またはその断片を作製するための方法であって、請求項３６に記載の宿主細胞を前記抗原結合タンパク質の産生に好適な条件下で培養することを含む、前記方法。
  38. 前記宿主細胞によって産生された前記抗原結合タンパク質または断片を回収することを更に含む、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記宿主細胞が、ＣＨＯ細胞である、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
  40. 請求項３７～３９のいずれか１項に記載の方法によって産生された、抗原結合タンパク質またはその断片。
  41. 請求項１～３１または４０のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または断片と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
  42. 個体のＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２発現がんを治療する方法であって、それを必要とする個体に、有効量の請求項１～３１もしくは４０のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質もしくは断片、または請求項４１に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
  43. 前記がんが、卵巣癌、肺癌、子宮内膜癌、膀胱癌、胃癌、または精巣癌である、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記がんが、卵巣癌である、請求項４３に記載の方法。
  45. ｍｃ－ｖｃ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされた単離された抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体を含む、抗体薬物コンジュゲートであって、前記抗体は、配列番号１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含み、前記抗体薬物コンジュゲートは、以下の構造：
    を有し、式中、Ａｂは、前記抗体であり、ｐは、１～１６の数を示す、
    前記抗体薬物コンジュゲート。
  46. ＡＬＰＰ及びＡＬＰＰＬ２に結合する抗原結合タンパク質またはその断片を含む抗体薬物コンジュゲートであって、前記抗体薬物コンジュゲートは、以下の構造：
    Figure 2024510122000027
     またはその薬学的に許容される塩によって表され、式中、
    Ａｂは、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体であり、ｐは、１～１２の数を示し、
    下付き文字ｎｎは、１～５の数であり、
    下付き文字ａ’は、０であり、Ａ’は、不在であり、
    Ｐ１、Ｐ２、及びＰ３は、それぞれアミノ酸であり、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第１のものは、負に帯電しており、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第２のものは、ロイシンと同じくらいの疎水性を有する脂肪族側鎖を有し、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち第３のものは、ロイシンよりも小さい疎水性を有し、
    前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第１のものは、Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のいずれか１つに対応し、前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第２のものは、残り２つのアミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうちの１つに対応し、前記アミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３のうち前記第３のものは、最後の残りのアミノ酸Ｐ１、Ｐ２、またはＰ３に対応し、
    ただし、－Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－は、－Ｇｌｕ－Ｖａｌ－Ｃｉｔ－または－Ａｓｐ－Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ではない、
    前記抗体薬物コンジュゲート。
  47. 下付き文字ｎｎは、２である、請求項４６に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  48. トリペプチドの前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－アミノ酸構造であり、
    前記Ｐ２及びＰ１アミノ酸のうちの一方が、ロイシンよりも小さい疎水性を有する脂肪族側鎖を有し、
    前記Ｐ２及びＰ１アミノ酸の他方が、負に帯電している、
    請求項４６または４７に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  49. 前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－ＬｅｕまたはＤ－Ａｌａである、請求項４６～４８のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  50. 前記Ｐ３アミノ酸が、Ｄ－ＬｅｕまたはＤ－Ａｌａであり、前記Ｐ２アミノ酸が、Ａｌａ、Ｇｌｕ、またはＡｓｐであり、前記Ｐ１アミノ酸が、Ａｌａ、Ｇｌｕ、またはＡｓｐである、請求項４６～４９のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  51. －Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－が、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ａｓｐ－、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－、－Ｄ－Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｓｐ－、または－Ｄ－Ａｌａ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－である、請求項４６～５０のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  52. －Ｐ３－Ｐ２－Ｐ１－が、－Ｄ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｕ－である、請求項４６～５１のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  53. 前記抗体薬物コンジュゲートが、以下の構造：
    Figure 2024510122000028
     またはその薬学的に許容される塩によって表され、
    式中、Ａｂは、抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体であり、ｐは、１～１２の数を示す、
    請求項４６～５２のいずれか１項に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  54. ｍｐ－ｄＬＡＥ－ＰＡＢＣ－ＭＭＡＥにコンジュゲートされた単離された抗ＡＬＰＰ／ＡＬＰＰＬ２抗体を含む、抗体薬物コンジュゲートであって、前記抗体は、配列番号１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号３０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含み、前記抗体薬物コンジュゲートは、以下の構造：
    Figure 2024510122000029
     を有し、式中、Ａｂは、前記抗体であり、ｐは、１～１２の数を示す、
    前記抗体薬物コンジュゲート。
  55. 配列番号７３及び／または配列番号７４を含むペプチドの１つ以上のアミノ酸に結合することが可能なＡＬＰＰ及び／またはＡＬＰＰＬ２結合抗原結合タンパク質またはその断片。
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