JP2024063065A - インビボのデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換(dRMCE)のためのシステム及び方法ならびにその疾患モデル - Google Patents
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Abstract
【課題】導入遺伝子発現の一貫して正確な動物モデルを作製するための、ドナーベクター及びシステムを提供する。
【解決手段】導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、前記導入遺伝子またはRNA、及びペアになったリコンビナーゼ認識部位を含む、プロモーターのないドナーベクター;ならびに前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクター、または2つの発現ベクターであって、第1の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含み、第2の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含む、2つの発現ベクター、を含むシステムとする。
【選択図】図12
【解決手段】導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、前記導入遺伝子またはRNA、及びペアになったリコンビナーゼ認識部位を含む、プロモーターのないドナーベクター;ならびに前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクター、または2つの発現ベクターであって、第1の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含み、第2の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含む、2つの発現ベクター、を含むシステムとする。
【選択図】図12
Description
背景
本明細書におけるすべての出版物は、あたかも各々の個別の出版物または特許出願が参照によって援用されることが具体的かつ個別に指示されたかのように、それと同程度に参照によって援用される。以下の記載は、本発明の理解に有用であり得る情報を包含する。それは、本明細書において提供される情報のうちの任意のものが先行技術であるかもしくは本明細書で特許請求される発明に関連するという承認、または具体的もしくは黙示的に参照される任意の出版物が先行技術であるという承認ではない。
本明細書におけるすべての出版物は、あたかも各々の個別の出版物または特許出願が参照によって援用されることが具体的かつ個別に指示されたかのように、それと同程度に参照によって援用される。以下の記載は、本発明の理解に有用であり得る情報を包含する。それは、本明細書において提供される情報のうちの任意のものが先行技術であるかもしくは本明細書で特許請求される発明に関連するという承認、または具体的もしくは黙示的に参照される任意の出版物が先行技術であるという承認ではない。
遺伝子操作マウスモデル(GEMM)、特にコンディショナル体細胞モザイク性を可能にするものは、時間的及び組織特異的な様式でリバースジェネティクスを遂行するためのゴールドスタンダードであり続けている。GEMM生成は労力を要するプロセスであることを考慮すると、多くの代替の非GEMMモデル(エレクトロポレーション媒介性(EP)送達及びウイルスによる遺伝子送達等)が、体細胞モザイク(腫瘍のモデル化等)を作成するより迅速な手段としてますます用いられている。両方の技法は、実質的には体中のどこでも標的とすることができる。テトラサイクリン調節系(TRE)及びshRNAに加えて、近年EPは、トランスポゾンを取り込んで(piggyBac(PB-EP)等)、安定的で誘導可能な遺伝子導入及び腫瘍生成をインビボで可能にする。
提供するスピード及び柔軟性にもかかわらず、PB-EP及びウイルスによる方法は多くの不備を有する。ウイルスベクターは、ペイロードが限定され、免疫応答を刺激し、かつ複雑な調製に専門的技術を要し、PB-EP及びウイルスによる送達は両方とも、それらの予測不能なゲノム組み込みパターン、後続する挿入突然変異誘発、及びエピジェネティック導入遺伝子サイレンシングをこうむる。機能獲得型(GOF)突然変異を調べるために最も重要なことは、非GEMM技法は両方とも、多くの場合、導入遺伝子のコピー数変動(CNV)または染色体位置変動によって引き起こされるクローン性の遺伝子型/表現型の変動をもたらし、一方GEMMは、マウス操作の間に定量化される一定の遺伝子量及び接合性を確実にするということである。したがって、GOFタンパク質機能の非GEMMベースの評価は、多くの場合、過剰発現の人為的な影響、意図しない細胞毒性、及び転写鎮圧のような超生理学的現象によって混乱する。
したがって、研究適用、疾患モデル化、薬物スクリーニング、及び治療法のためのこれらのタイプの動物モデル及びツールについての当技術分野における満たされていない必要性が依然として存在する。
例示的な実施形態は参照される図において説明される。本明細書において開示される実施形態及び図は制限するというより、むしろ例示的であると判断されることが意図される。
(図1-1)図1(a~f)は、本発明の様々な実施形態に記載のヘテロ接合のmTmG中のdRMCEが、インビボ及びインビトロで3つの組換え系譜を生成することを示す。a)Flp-Cre発現ベクターは、dRMCEドナーベクターの存在下において、Rosa26mTmG対立遺伝子上での、Cre媒介性切り出しまたはdRMCEのいずれかを触媒し、2つの別個の組換え産物をもたらす。b)ヘテロ接合のRosa26WT/mTmGのmNSCのヌクレオフェクションは3つの可能な系譜(tdTomato+、EGFP+、及びTagBFP2+)をもたらす。c)オーバーラップしない蛍光色による代表的な細胞のライブ画像化。スケールバー:100μm。d)生後2日のヘテロ接合のRosa26WT/mTmG仔マウス中の脳室帯(VZ)/脳室下帯(SVZ)の細胞を標的とする、Flp-Cre発現ベクター及びドナープラスミドのDNA混合物による、標準的な出生後エレクトロポレーションプロトコール。e)出生後EPはインビトロのヌクレオフェクション実験を再現し、EP後2週間までに嗅球神経新生及び線条体グリア新生をもたらす。スケールバー:100μm。f)異なる濃度のリコンビナーゼプラスミド及びドナープラスミドのDNA混合物は、様々な効率のMADR及びCre切り出し組換え反応の両方をインビボでもたらし、インビボのdRMCE反応効率を修飾できることを例証する。
(図1-2)図1-1の説明を参照のこと。
(図2-1)図2(a~g)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビボのdRMCEを使用する体細胞モザイクの迅速な生成を、自然発症腫瘍のモデル化のために使用できることを示す。a~b)ホモ接合のRosa26mTmGの生後2日の仔マウスにおけるHrasG12Vがん遺伝子による出生後EPは、2つの異なる腫瘍タイプ(青色のみのRosa26HrasG12V×2、ならびに、青色及び緑色のRosa26HrasG12V×1)を産生する。c)EP後3か月のホモ接合のmTmGにおける代表的な腫瘍形成。青色のみのRosa26HrasG12V×2細胞は、青色及び緑色のRosa26HrasG12V×1よりも、腫瘍の大きなセクションを占める。スケールバー:2mm。d~e、j)TagBFP2レポーターへ結合された、Nf1、Pten、及びTrp53に対するmiR-E shRNAのためのドナーコンストラクト、ならびにTagBFP2+細胞がPdgfra+であることを示す6か月齢の代表的なマウス矢状切片。スケールバー:200μm及び20μm。f~g)小児グリオーマ突然変異の2つの組み合わせをコードする2つのドナーコンストラクト、及びヘテロ接合のRosa26WT/mTmGにおける生後50日の脳でのその後の過形成。スケールバー:2mm。i)Nf1、Pten、及びTrp53に対するmiR-E shRNAのためのドナーコンストラクトは、qPCRによって測定されるように、およそ80%のmRNAレベルのノックダウン効率をもたらす。
(図2-2)図2-1の説明を参照のこと。
(図3)図3(a~d)は、FACS分析によるヘテロ接合のmTmGのmNSCにおけるdRMCE効率の測定、及び本発明の様々な実施形態に記載の非クローン性の集団レベルでの正確なタンパク質翻訳の確認を描写する。a)用いられたリコンビナーゼ発現プラスミドの概略図。b)FACS分析は、神経幹細胞における近似するdRMCE効率、及びそれらの触媒効率においてFlp2A-CreとFlp-IRES-Creとの間に明らかな差はないことを示す。c)選別された細胞はtdTomatoまたはEGFPではなく、HrasG12Vを発現する。スケールバー:50μm。d)非クローン性の凝集細胞から正常な導入遺伝子が産生されること及びFACS陰性集団においてその産生が欠如していることを示すウエスタンブロット。tdTomato発現の除去も観察される。
(図4-1)図4(a~g)は、本発明の様々な実施形態に記載の遺伝子の過剰発現及びGOF突然変異を調べるために使用できる、dRMCEに適合性のある誘導可能ドナーコンストラクトを描写する。a)dRMCEに適合性のあるTREプラスミド。b)ヘテロ接合のmTmGのmNSCはa)のプラスミドによりヌクレオフェクションされ、ピューロマイシンにより処理され、無色の集団へと変わった。スケールバー:10μm。c)rtTA-V10-AU1を構成的に発現する細胞株におけるEGFP発現の誘導。スケールバー:50μm。d)集団規模の一様な発現分布のある、ドキシサイクリン処理に際してDll1を発現するTRE細胞株。スケールバー:20μm。(e~g)4つの別個のdRMCEドナープラスミド(すべてはrtTA-V10-AU1を保有し、SM-FP-Flag、SM-FP-Myc、SM-FP-HA、及びSM-FP-V5を各々保有していた)を作成した後に、単一のRosa26対立遺伝子を保有するヘテロ接合のmTmGのmNSCを、すべての4つの前述のSM-FPバリアントプラスミドによりヌクレオフェクションし、ピューロマイシンにより処理し、ドキシサイクリンにより処理した。SM-FPプローブの誘導は、SM-FPシグナルのオーバーラップがないことを示し、各々の細胞がRosa26 CAGプロモーター制御下で1つのSM-FPバリアントを正確に有すること実証し、4つの色の釣り合いの取れた比は、4つのSM-FPドナープラスミドの各々が類似する効率で組換えられたことも示す。
(図4-2)図4-1の説明を参照のこと。
(図5)図5(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載のRosa26mTmG遺伝子座でのdRMCE媒介性のtdTomatoカセットの切り出し及びドナーカセットの組み込みを確認する、PCRスクリーニング及びウエスタンブロット分析を描写する。a)表示された部位でPCR分析を受けるプラスミド及び対立遺伝子の概略図。使用するプライマーを表1中にリストする。b)PCRスクリーニング分析は、rtTA-V10-AU1カセットがピューロマイシン処理へ耐性のある細胞中でCAGプロモーターの下流に正確に組み込まれることを明らかにする。c)ドキシサイクリン誘導に際して、rtTA-V10-AU1及びさらにEGFPの発現を示す図4cからの細胞株のウエスタンブロット分析であり、ピューロマイシン耐性細胞が他の非特異的組み込み体ではなくRosa26遺伝子座からピューロマイシンを発現していたことも例証する。
(図6)図6(a~c)は、脳室帯/脳室下帯におけるインビボのdRMCEがEP後2日で検出可能でありかつ2週間で安定的であり、本発明の様々な実施形態に記載の膜のtdTomato発現が後続して除去されていることを示す。a)EP後2日で、細胞はTagBFP2を発現し始める。スケールバー:50μm;挿入図:10μm。b)EP後2週間のグリア新生及び放射状グリア。矢印は脳室帯での稀な緑色及び青色二重陽性細胞を示す。スケールバー:100μm;挿入図:20μm。c)1ペアのTagBFP2+サテライトグリア(それはtdTomato及びEGFPについては陰性である)の高倍率共焦点イメージ。スケールバー:10μm。
(図7)図7(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載のHrasG12Vが遺伝子量依存的な差次的表現型を付与することを示す。a)pBase媒介性組み込み後に、より明るいEGPF-HrasG12V細胞はリン酸化Rb1を発現する。スケールバー:200μm。b)図1C及び図7Cに関連する。スケールバー:1mm。c)b)からの領域1及び2のズームイン画像は、リン酸化Rb1の発現が大部分は青色のみの細胞と相関することを示す。スケールバー:50μm。
(図8)図8(a~b)は、本発明の様々な実施形態に記載の線条体におけるHrasG12V組換えmTmG細胞の試験を描写する。a)EP後2週間で、tdTomatoカセットのCre媒介性切り出しを受けたEGFP+細胞と、dRMCEの成功したHrasG12V+細胞との間での、明瞭な系譜分岐が示される。スケールバー:100μm。b)EP混合物中で10ng/μlほどの低さのリコンビナーゼ発現ベクターで、インビボでのdRMCEを触媒することができる。スケールバー:100μm。
(図9)図9(a~b)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビボのdRMCEのための対照エレクトロポレーション実験を描写する。a)hyPBase組み込みEGFPレポーター及び様々なドナーベクター、ならびにリコンビナーゼを用いてEPを行った(EP-ed)脳室帯/脳室下帯中の細胞の系譜の追跡は、EP後2週間までにいかなる過形成も示さない。スケールバー:100μm。b)逆向きのloxP方向性によるドナーベクターはHrasG12Vを発現せず、過形成を産生しない。スケールバー:100μm。図中の配列は、
上部の配列loxP:
;下部の配列loxP:
である。
(図10-1)図10(a~e)は、本発明の様々な実施形態に記載のqPCRによるNf1、Pten及びTrp53のmRNAのノックダウン、ならびに神経細胞系譜におけるこれらの突然変異の休止を描写する。a)EP後3か月で、TagBFP2レポーターへ結合されたmulti-miR-Eを発現する細胞は、優先的にPdgfra+ OPCである。スケールバー:100μm。b)EP後6か月で安定的にTagBFP2-multi-miR-Eを発現する嗅球ニューロンは、異常な形質転換の徴候を示さない。スケールバー:200μm。c)mRNAの定量化によるmulti-miR-Eノックダウン効率。生物学的反復を使用した。d~e)Nf1、Trp53、及びPtenのエピソーム性のCas9媒介性マルチプレックス突然変異は、piggyBac置き換えEGFP+細胞の、白質路の近くに局在化するOlig2+腫瘍への形質転換をもたらす。
(図10-2)図10-1の説明を参照のこと。
(図11-1)図11(a~j)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビトロ及びインビボの免疫組織化学による、Pdgfra及びV5タグ付加Trp53発現の確認を描写する。a)ヘテロ接合のmTmGのmNSCにおけるdRMCE後の導入遺伝子発現のインビトロでの査定は、Pdgfra、V5(Trp53R270H)及びP53との核EGFPの共発現を示す。膜EGFPのある混入mG細胞が存在すること、及びtdTomatoまたは導入遺伝子発現がないことに注目されたい。スケールバー:50μm。b)Trp53の核EGFP(H3f3a)との共発現の確認。スケールバー:50μm。c)MADR G34R/Pdgfra/Trp53、及びAtrxのCRISPR/Cas9標的化を誘導するプラスミドの組み合わせた発現は、腫瘍形成を加速しない。d)AtrxはK27M腫瘍中の大多数のEGFP+細胞において発現される。EGFP+細胞(黄色矢印)の少量のサブセットはAtrx抗原性を失っていた。e)EP後100日でG34R細胞はAtrxを発現する。f)CRISPR/Cas9標的化はEPを行った細胞において高度に効率的なAtrxの喪失を導く。g)EP後120日で皮質に浸潤するG34R腫瘍。Olig2は腫瘍中の背側で高発現し、それはEGFP+の過形成の腹側では弱まった(黄色矢印)ことに注目されたい。h)EP後120日でのK27M腫瘍は優先的に皮質下にある。i)Nf1及びTrp53の突然変異に由来するCas9媒介性グリオーマは、H3K27Me高メチル化を示す。i-1は、腫瘍の縁で染色パターンの不一致を示す。j)モノクローナル抗体は、H3f3a導入遺伝子の発現がRosa26H3f3a-K27M/Pdgfra/Trp53腫瘍の全体にわたって一貫していることを実証する。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図11-2)図11-1の説明を参照のこと。
(図11-3)図11-1の説明を参照のこと。
(図11-4)図11-1の説明を参照のこと。
(図12)インビボのMADRまたはMADR MAXに適する代替のレポーターマウス、ならびに本発明の様々な実施形態に記載のRibotrap、及び遺伝子トラップ対立遺伝子を備えたIKMCレポジトリマウス系統への方法の拡張を描写する。既存のCAGベースのレポーターマウスが存在し、このマウスの構築はmTmGマウスの場合と類似しており、突然変異系譜追跡研究を達成するインビボのMADR、またはRibotrapヘテロ接合体を使用するオルソゴナルなRNA単離と適合性がある。加えて、この方法は、一例としてではあるが、重要なエクソンの周囲にloxP及びFRTが隣接する何千もの遺伝子トラップマウスへ拡張することができる。かかる遺伝子座でのインビボのMADRは、1)この遺伝子座でのヘテロ接合/ホモ接合のヌル細胞の系譜を追跡すること、に加えて、2)この遺伝子座を導入遺伝子とスワッピングすること、を可能にするだろう。図中の配列は、
上部のパネル:loxPコア:
GCATACAT(SEQ ID NO:12)
;最小FRT:
;第2のパネル:最小FRT:
;loxPコア:
ATAGTATGC(SEQ ID NO:14)
である。
(図13)図13(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載の線条体におけるHrasG12V組換えmTmG細胞の試験を描写する。(A)EP後2週間で、tdTomatoカセットのCre媒介性切り出しを受けたEGFP+細胞と、MADRの成功したHrasG12V+細胞との間での、明瞭な系譜分岐が示される。スケールバー:100μm。(B)EP混合物中で10ng/μlほどの低さのリコンビナーゼ発現ベクターで、インビボでのMADRを触媒することができる。スケールバー:100μm。(C)pBase媒介性組み込み後に、より明るいEGPF-HrasG12V細胞はリン酸化Rb1を発現する。スケールバー:200μm。
(図14)図14(a~g)は、小児GBMにおいて観察される再発性突然変異を利用するMADRグリオーマモデルの生成がヒトサブタイプと一致する表現型をもたらすことを示し、本発明の様々な実施形態に記載の、改変H3f3a PTMに対する洞察を与える。A)複数の再発性小児グリオーマのドライバー変異のMADRのためのドナープラスミドの概略図。B)EP後100日のヘテロ接合のmTmGにおける代表的な腫瘍形成。核EGFP+ Rosa26H3f3a-K27M/Pdgfra/Trp53細胞は、大きな線条体腫瘍を形成する。挿入図B-1は、有意な皮質浸潤の欠如を示す。C)同腹仔Rosa26H3f3aG34R/Pdgfra/Trp53は、線条体におけるグリアの過形成、及び梨状皮質の内側の腹側前脳におけるEGFP+細胞の小さな塊を示す。D)Rosa26H3f3aG34R/Pdgfra/Trp53 EGFP+腫瘍細胞はH3K27が低メチル化状態である。E)EGFP+腫瘍細胞は、腫瘍の縁 対 中心部で可変的なH3f3aセリン31のリン酸化を示す。F~G)領域E)のズームイン画像は、中心部において全体的な細胞密度が増加しているにもかかわらず、EGFP+の核のリン酸化セリン31の発現が、腫瘍の縁でより高く、中心部において弱まることを示す。
(図15-1)図15(a~h)は、インビボのMADRで取り込まれるCas9及びPCR由来sgRNAを使用する体細胞モザイクの迅速な生成が、本発明の様々な実施形態に記載のグリオーマ内の分化転換を調べることを可能にすることを示す。A)TagBFP2-V5リポータータンパク質及びSpCas9のMADRのためのプラスミド。B)tdTomato-/EGFP-腫瘍から精製されたグリオーマ細胞はNf1及びTrp53中でInDelを示す。図中の配列:Nfl1エクソン42
;Trp53エクソン2
。C)共EPを行ったPCR由来sgRNAによる、TagBFP2-V5レポーター及びCas9のMADR挿入は、3つの組換え系譜の遺伝学的標識を介して観察可能な高異型度グリオーマをもたらす。D)グリオーマ細胞は、大部分がOlig2+であり、不均一性の小さなポケット(白色矢印)を伴う。E)図15D中の白色矢印によって表示された領域に注目する、高倍率のOlig2及びtdTomatoの画像。F)ほぼ隣接する切片におけるCD44及びtdTomatoの免疫染色ならびに図15Eからの領域は、CD44(間葉腫瘍マーカー)について陽性であることを実証する。G)脳のPdgfrb免疫染色は、大部分の周皮細胞が非腫瘍由来(すなわちtdTomato+;E1)であることを実証する。G2)tdTomato-周皮細胞のクラスターは不連続の領域中で観察することができる。G3~5)G2からの単一のz平面及び後続するその拡大は、tdTomato及びPdgfrbの共局在化の欠如(矢頭)を実証する。(H)脳周皮細胞のDes(すなわちデスミン)免疫染色。H1)tdTomatoと共局在しないDes+周皮細胞のクラスター。H2)F1中で観察された突起からの単一のz平面。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図15-2)図15-1の説明を参照のこと。
(図16-1)図16(a~f)は、本発明の様々な実施形態に記載のMADRグリオーマにおける分化転換の調査を描写する。A)V5+腫瘍由来細胞集団は、腫瘍の病巣領域においてTdtomato+血管に並んで存在することが見出され得る。B)大きなグリオーマのあるMADR脳のPecam免疫染色。C~D2)稀なtdTomato-/Pecam1+像は観察することができるが、血管と関連していない。E)図F2のパネルにおける赤色のシグナルの過剰露出から、同様にtdTomatoとDesとの間の共局在化の欠如が実証される。F)腫瘍の大部分の領域におけるDesのシグナルは血管周囲のパターンを示し、血管と明確に関連しなかった場合であってもtdTomatoと共局在する(白色矢印)。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図16-2)図16-1の説明を参照のこと。
(図1-2)図1-1の説明を参照のこと。
(図2-1)図2(a~g)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビボのdRMCEを使用する体細胞モザイクの迅速な生成を、自然発症腫瘍のモデル化のために使用できることを示す。a~b)ホモ接合のRosa26mTmGの生後2日の仔マウスにおけるHrasG12Vがん遺伝子による出生後EPは、2つの異なる腫瘍タイプ(青色のみのRosa26HrasG12V×2、ならびに、青色及び緑色のRosa26HrasG12V×1)を産生する。c)EP後3か月のホモ接合のmTmGにおける代表的な腫瘍形成。青色のみのRosa26HrasG12V×2細胞は、青色及び緑色のRosa26HrasG12V×1よりも、腫瘍の大きなセクションを占める。スケールバー:2mm。d~e、j)TagBFP2レポーターへ結合された、Nf1、Pten、及びTrp53に対するmiR-E shRNAのためのドナーコンストラクト、ならびにTagBFP2+細胞がPdgfra+であることを示す6か月齢の代表的なマウス矢状切片。スケールバー:200μm及び20μm。f~g)小児グリオーマ突然変異の2つの組み合わせをコードする2つのドナーコンストラクト、及びヘテロ接合のRosa26WT/mTmGにおける生後50日の脳でのその後の過形成。スケールバー:2mm。i)Nf1、Pten、及びTrp53に対するmiR-E shRNAのためのドナーコンストラクトは、qPCRによって測定されるように、およそ80%のmRNAレベルのノックダウン効率をもたらす。
(図2-2)図2-1の説明を参照のこと。
(図3)図3(a~d)は、FACS分析によるヘテロ接合のmTmGのmNSCにおけるdRMCE効率の測定、及び本発明の様々な実施形態に記載の非クローン性の集団レベルでの正確なタンパク質翻訳の確認を描写する。a)用いられたリコンビナーゼ発現プラスミドの概略図。b)FACS分析は、神経幹細胞における近似するdRMCE効率、及びそれらの触媒効率においてFlp2A-CreとFlp-IRES-Creとの間に明らかな差はないことを示す。c)選別された細胞はtdTomatoまたはEGFPではなく、HrasG12Vを発現する。スケールバー:50μm。d)非クローン性の凝集細胞から正常な導入遺伝子が産生されること及びFACS陰性集団においてその産生が欠如していることを示すウエスタンブロット。tdTomato発現の除去も観察される。
(図4-1)図4(a~g)は、本発明の様々な実施形態に記載の遺伝子の過剰発現及びGOF突然変異を調べるために使用できる、dRMCEに適合性のある誘導可能ドナーコンストラクトを描写する。a)dRMCEに適合性のあるTREプラスミド。b)ヘテロ接合のmTmGのmNSCはa)のプラスミドによりヌクレオフェクションされ、ピューロマイシンにより処理され、無色の集団へと変わった。スケールバー:10μm。c)rtTA-V10-AU1を構成的に発現する細胞株におけるEGFP発現の誘導。スケールバー:50μm。d)集団規模の一様な発現分布のある、ドキシサイクリン処理に際してDll1を発現するTRE細胞株。スケールバー:20μm。(e~g)4つの別個のdRMCEドナープラスミド(すべてはrtTA-V10-AU1を保有し、SM-FP-Flag、SM-FP-Myc、SM-FP-HA、及びSM-FP-V5を各々保有していた)を作成した後に、単一のRosa26対立遺伝子を保有するヘテロ接合のmTmGのmNSCを、すべての4つの前述のSM-FPバリアントプラスミドによりヌクレオフェクションし、ピューロマイシンにより処理し、ドキシサイクリンにより処理した。SM-FPプローブの誘導は、SM-FPシグナルのオーバーラップがないことを示し、各々の細胞がRosa26 CAGプロモーター制御下で1つのSM-FPバリアントを正確に有すること実証し、4つの色の釣り合いの取れた比は、4つのSM-FPドナープラスミドの各々が類似する効率で組換えられたことも示す。
(図4-2)図4-1の説明を参照のこと。
(図5)図5(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載のRosa26mTmG遺伝子座でのdRMCE媒介性のtdTomatoカセットの切り出し及びドナーカセットの組み込みを確認する、PCRスクリーニング及びウエスタンブロット分析を描写する。a)表示された部位でPCR分析を受けるプラスミド及び対立遺伝子の概略図。使用するプライマーを表1中にリストする。b)PCRスクリーニング分析は、rtTA-V10-AU1カセットがピューロマイシン処理へ耐性のある細胞中でCAGプロモーターの下流に正確に組み込まれることを明らかにする。c)ドキシサイクリン誘導に際して、rtTA-V10-AU1及びさらにEGFPの発現を示す図4cからの細胞株のウエスタンブロット分析であり、ピューロマイシン耐性細胞が他の非特異的組み込み体ではなくRosa26遺伝子座からピューロマイシンを発現していたことも例証する。
(図6)図6(a~c)は、脳室帯/脳室下帯におけるインビボのdRMCEがEP後2日で検出可能でありかつ2週間で安定的であり、本発明の様々な実施形態に記載の膜のtdTomato発現が後続して除去されていることを示す。a)EP後2日で、細胞はTagBFP2を発現し始める。スケールバー:50μm;挿入図:10μm。b)EP後2週間のグリア新生及び放射状グリア。矢印は脳室帯での稀な緑色及び青色二重陽性細胞を示す。スケールバー:100μm;挿入図:20μm。c)1ペアのTagBFP2+サテライトグリア(それはtdTomato及びEGFPについては陰性である)の高倍率共焦点イメージ。スケールバー:10μm。
(図7)図7(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載のHrasG12Vが遺伝子量依存的な差次的表現型を付与することを示す。a)pBase媒介性組み込み後に、より明るいEGPF-HrasG12V細胞はリン酸化Rb1を発現する。スケールバー:200μm。b)図1C及び図7Cに関連する。スケールバー:1mm。c)b)からの領域1及び2のズームイン画像は、リン酸化Rb1の発現が大部分は青色のみの細胞と相関することを示す。スケールバー:50μm。
(図8)図8(a~b)は、本発明の様々な実施形態に記載の線条体におけるHrasG12V組換えmTmG細胞の試験を描写する。a)EP後2週間で、tdTomatoカセットのCre媒介性切り出しを受けたEGFP+細胞と、dRMCEの成功したHrasG12V+細胞との間での、明瞭な系譜分岐が示される。スケールバー:100μm。b)EP混合物中で10ng/μlほどの低さのリコンビナーゼ発現ベクターで、インビボでのdRMCEを触媒することができる。スケールバー:100μm。
(図9)図9(a~b)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビボのdRMCEのための対照エレクトロポレーション実験を描写する。a)hyPBase組み込みEGFPレポーター及び様々なドナーベクター、ならびにリコンビナーゼを用いてEPを行った(EP-ed)脳室帯/脳室下帯中の細胞の系譜の追跡は、EP後2週間までにいかなる過形成も示さない。スケールバー:100μm。b)逆向きのloxP方向性によるドナーベクターはHrasG12Vを発現せず、過形成を産生しない。スケールバー:100μm。図中の配列は、
上部の配列loxP:
;下部の配列loxP:
である。
(図10-1)図10(a~e)は、本発明の様々な実施形態に記載のqPCRによるNf1、Pten及びTrp53のmRNAのノックダウン、ならびに神経細胞系譜におけるこれらの突然変異の休止を描写する。a)EP後3か月で、TagBFP2レポーターへ結合されたmulti-miR-Eを発現する細胞は、優先的にPdgfra+ OPCである。スケールバー:100μm。b)EP後6か月で安定的にTagBFP2-multi-miR-Eを発現する嗅球ニューロンは、異常な形質転換の徴候を示さない。スケールバー:200μm。c)mRNAの定量化によるmulti-miR-Eノックダウン効率。生物学的反復を使用した。d~e)Nf1、Trp53、及びPtenのエピソーム性のCas9媒介性マルチプレックス突然変異は、piggyBac置き換えEGFP+細胞の、白質路の近くに局在化するOlig2+腫瘍への形質転換をもたらす。
(図10-2)図10-1の説明を参照のこと。
(図11-1)図11(a~j)は、本発明の様々な実施形態に記載のインビトロ及びインビボの免疫組織化学による、Pdgfra及びV5タグ付加Trp53発現の確認を描写する。a)ヘテロ接合のmTmGのmNSCにおけるdRMCE後の導入遺伝子発現のインビトロでの査定は、Pdgfra、V5(Trp53R270H)及びP53との核EGFPの共発現を示す。膜EGFPのある混入mG細胞が存在すること、及びtdTomatoまたは導入遺伝子発現がないことに注目されたい。スケールバー:50μm。b)Trp53の核EGFP(H3f3a)との共発現の確認。スケールバー:50μm。c)MADR G34R/Pdgfra/Trp53、及びAtrxのCRISPR/Cas9標的化を誘導するプラスミドの組み合わせた発現は、腫瘍形成を加速しない。d)AtrxはK27M腫瘍中の大多数のEGFP+細胞において発現される。EGFP+細胞(黄色矢印)の少量のサブセットはAtrx抗原性を失っていた。e)EP後100日でG34R細胞はAtrxを発現する。f)CRISPR/Cas9標的化はEPを行った細胞において高度に効率的なAtrxの喪失を導く。g)EP後120日で皮質に浸潤するG34R腫瘍。Olig2は腫瘍中の背側で高発現し、それはEGFP+の過形成の腹側では弱まった(黄色矢印)ことに注目されたい。h)EP後120日でのK27M腫瘍は優先的に皮質下にある。i)Nf1及びTrp53の突然変異に由来するCas9媒介性グリオーマは、H3K27Me高メチル化を示す。i-1は、腫瘍の縁で染色パターンの不一致を示す。j)モノクローナル抗体は、H3f3a導入遺伝子の発現がRosa26H3f3a-K27M/Pdgfra/Trp53腫瘍の全体にわたって一貫していることを実証する。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図11-2)図11-1の説明を参照のこと。
(図11-3)図11-1の説明を参照のこと。
(図11-4)図11-1の説明を参照のこと。
(図12)インビボのMADRまたはMADR MAXに適する代替のレポーターマウス、ならびに本発明の様々な実施形態に記載のRibotrap、及び遺伝子トラップ対立遺伝子を備えたIKMCレポジトリマウス系統への方法の拡張を描写する。既存のCAGベースのレポーターマウスが存在し、このマウスの構築はmTmGマウスの場合と類似しており、突然変異系譜追跡研究を達成するインビボのMADR、またはRibotrapヘテロ接合体を使用するオルソゴナルなRNA単離と適合性がある。加えて、この方法は、一例としてではあるが、重要なエクソンの周囲にloxP及びFRTが隣接する何千もの遺伝子トラップマウスへ拡張することができる。かかる遺伝子座でのインビボのMADRは、1)この遺伝子座でのヘテロ接合/ホモ接合のヌル細胞の系譜を追跡すること、に加えて、2)この遺伝子座を導入遺伝子とスワッピングすること、を可能にするだろう。図中の配列は、
上部のパネル:loxPコア:
GCATACAT(SEQ ID NO:12)
;最小FRT:
;第2のパネル:最小FRT:
;loxPコア:
ATAGTATGC(SEQ ID NO:14)
である。
(図13)図13(a~c)は、本発明の様々な実施形態に記載の線条体におけるHrasG12V組換えmTmG細胞の試験を描写する。(A)EP後2週間で、tdTomatoカセットのCre媒介性切り出しを受けたEGFP+細胞と、MADRの成功したHrasG12V+細胞との間での、明瞭な系譜分岐が示される。スケールバー:100μm。(B)EP混合物中で10ng/μlほどの低さのリコンビナーゼ発現ベクターで、インビボでのMADRを触媒することができる。スケールバー:100μm。(C)pBase媒介性組み込み後に、より明るいEGPF-HrasG12V細胞はリン酸化Rb1を発現する。スケールバー:200μm。
(図14)図14(a~g)は、小児GBMにおいて観察される再発性突然変異を利用するMADRグリオーマモデルの生成がヒトサブタイプと一致する表現型をもたらすことを示し、本発明の様々な実施形態に記載の、改変H3f3a PTMに対する洞察を与える。A)複数の再発性小児グリオーマのドライバー変異のMADRのためのドナープラスミドの概略図。B)EP後100日のヘテロ接合のmTmGにおける代表的な腫瘍形成。核EGFP+ Rosa26H3f3a-K27M/Pdgfra/Trp53細胞は、大きな線条体腫瘍を形成する。挿入図B-1は、有意な皮質浸潤の欠如を示す。C)同腹仔Rosa26H3f3aG34R/Pdgfra/Trp53は、線条体におけるグリアの過形成、及び梨状皮質の内側の腹側前脳におけるEGFP+細胞の小さな塊を示す。D)Rosa26H3f3aG34R/Pdgfra/Trp53 EGFP+腫瘍細胞はH3K27が低メチル化状態である。E)EGFP+腫瘍細胞は、腫瘍の縁 対 中心部で可変的なH3f3aセリン31のリン酸化を示す。F~G)領域E)のズームイン画像は、中心部において全体的な細胞密度が増加しているにもかかわらず、EGFP+の核のリン酸化セリン31の発現が、腫瘍の縁でより高く、中心部において弱まることを示す。
(図15-1)図15(a~h)は、インビボのMADRで取り込まれるCas9及びPCR由来sgRNAを使用する体細胞モザイクの迅速な生成が、本発明の様々な実施形態に記載のグリオーマ内の分化転換を調べることを可能にすることを示す。A)TagBFP2-V5リポータータンパク質及びSpCas9のMADRのためのプラスミド。B)tdTomato-/EGFP-腫瘍から精製されたグリオーマ細胞はNf1及びTrp53中でInDelを示す。図中の配列:Nfl1エクソン42
;Trp53エクソン2
。C)共EPを行ったPCR由来sgRNAによる、TagBFP2-V5レポーター及びCas9のMADR挿入は、3つの組換え系譜の遺伝学的標識を介して観察可能な高異型度グリオーマをもたらす。D)グリオーマ細胞は、大部分がOlig2+であり、不均一性の小さなポケット(白色矢印)を伴う。E)図15D中の白色矢印によって表示された領域に注目する、高倍率のOlig2及びtdTomatoの画像。F)ほぼ隣接する切片におけるCD44及びtdTomatoの免疫染色ならびに図15Eからの領域は、CD44(間葉腫瘍マーカー)について陽性であることを実証する。G)脳のPdgfrb免疫染色は、大部分の周皮細胞が非腫瘍由来(すなわちtdTomato+;E1)であることを実証する。G2)tdTomato-周皮細胞のクラスターは不連続の領域中で観察することができる。G3~5)G2からの単一のz平面及び後続するその拡大は、tdTomato及びPdgfrbの共局在化の欠如(矢頭)を実証する。(H)脳周皮細胞のDes(すなわちデスミン)免疫染色。H1)tdTomatoと共局在しないDes+周皮細胞のクラスター。H2)F1中で観察された突起からの単一のz平面。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図15-2)図15-1の説明を参照のこと。
(図16-1)図16(a~f)は、本発明の様々な実施形態に記載のMADRグリオーマにおける分化転換の調査を描写する。A)V5+腫瘍由来細胞集団は、腫瘍の病巣領域においてTdtomato+血管に並んで存在することが見出され得る。B)大きなグリオーマのあるMADR脳のPecam免疫染色。C~D2)稀なtdTomato-/Pecam1+像は観察することができるが、血管と関連していない。E)図F2のパネルにおける赤色のシグナルの過剰露出から、同様にtdTomatoとDesとの間の共局在化の欠如が実証される。F)腫瘍の大部分の領域におけるDesのシグナルは血管周囲のパターンを示し、血管と明確に関連しなかった場合であってもtdTomatoと共局在する(白色矢印)。*コントラスト増加のためにCy5波長からの緑色に擬似着色したチャンネル。
(図16-2)図16-1の説明を参照のこと。
発明の説明
本明細書において引用されるすべての参照は、あたかも完全に説明されたかのように、それらの全体が参照によって援用される。特別に定義されない限り、本明細書において使用される技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって共通して理解されるものと同じ意味を有する。Singleton et al.、Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 3rd ed.,Revised、J.Wiley & Sons(New York、NY 2006);及びSambrook and Russel、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、4th ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press(Cold Spring Harbor、NY 2012)は、本出願中で使用される用語の多くに対する一般的な指針を当業者に提供する。
本明細書において引用されるすべての参照は、あたかも完全に説明されたかのように、それらの全体が参照によって援用される。特別に定義されない限り、本明細書において使用される技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって共通して理解されるものと同じ意味を有する。Singleton et al.、Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 3rd ed.,Revised、J.Wiley & Sons(New York、NY 2006);及びSambrook and Russel、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、4th ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press(Cold Spring Harbor、NY 2012)は、本出願中で使用される用語の多くに対する一般的な指針を当業者に提供する。
当業者は本明細書において記載されるものと類似するまたは等価な多くの方法及び材料を認識し、本発明の実践においてそれらを使用することができるだろう。実際、本発明は、記載される方法及び材料へ一切限定されてない。
「調節エレメント」という用語は、プロモーター領域、ポリアデニル化シグナル、転写終結配列、上流調節ドメイン、複製起点、内部リボソーム侵入部位(「IRES」)、エンハンサー、及び同種のものを集合的に指し、それらはレシピエント細胞においてコーディング配列の複製、転写及び翻訳を集合的に提供する。選択されたコーディング配列が適切な宿主細胞中で複製、転写、及び翻訳され得る限り、これらの調節エレメントのすべてが常に存在する必要があるわけではない。
「プロモーター領域」という用語は、通常の意味でDNA調節配列を含むヌクレオチド領域を指すように本明細書において使用され、そこで、調節配列は、RNAポリメラーゼを結合すること及び下流(3’方向)のコーディング配列の転写を開始させることが可能である遺伝子に由来する。
「作動可能に連結された」は、記載される構成要素がそれらの通例の機能を遂行するように構成される、エレメントのアレンジを指す。したがって、コーディング配列へ作動可能に連結された調節エレメントは、コーディング配列の発現を達成することができる。調節エレメントがコーディング配列の発現を指令するように機能する限り、調節エレメントはコーディング配列と隣接する必要はない。したがって、例えば、翻訳されないが介在する転写配列はプロモーター配列の間に存在することができ、コーディング配列及びプロモーター配列は依然としてコーディング配列へ「作動可能に連結された」と見なすことができる。
およそ300の再発性の推定上のがんドライバー変異の、バイアスのない同定により、その多くはGOFがん遺伝子であり、これらのがんドライバーをモデル化することができる、扱いやすいインビボのプラットフォームを作成することは必須である。腫瘍抑制因子における機能喪失型(LOF)突然変異のために、大規模ノックアウト(KO)マウスコンソーシアムは、現在妥当なGEMMへの即時アクセスを提供するが、複数のKOをともなう腫瘍のモデル化は、独立して組換えることができる多くのflox対立遺伝子を要求し、結果を複雑にするだろう。この観点から、現在CRISPR/Cas9ベースの研究は、マウスにおいてインビボで複数のKOを誘導する能力を実証している。しかしながら、GOF突然変異については、必要なGEMMの網羅的なカタログの編纂は、気が遠くなるような見通しのままである。
非GEMMモデルの、CNV、位置変動、及び挿入突然変異誘発の問題に注目して、本発明は、トランスフェクションした細胞の中で一様な遺伝子量を確実にできる方法を捜し、したがって効率的なノックイン方法として探索されたdRMCE(デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換によるモザイク解析(MADR)としても本明細書において論じられる)を目指した。慣習的には、この方法は、陽性組み込み体(典型的にはマウス胚性幹細胞(mESC))の抗生物質によるクローン選択及びサザンプロービングを必要とする。適切な保護手段を用いて、本発明は、組換えられた細胞に関する決定的な遺伝学的標識を備える既製のレポーターマウスRosa26mTmG(mTmG)を使用して、成功したdRMCEが、体細胞中でインサイチューで触媒され得ることを実証する(図1a)。さらに、本発明は、GOF突然変異及びLOF突然変異(患者特異的ながんドライバー変異が含まれる)の混合物によるモザイクの生成におけるこのシステムの有用性を実証する。腫瘍モデル化のための非GEMM方法として、この手順は、患者特異的な様式で前臨床薬物を探索するために優秀で迅速なパイプラインとして供することができる。
Rosa26mTmGは広く使用されるレポーター系統であり、これは膜tdTomatoを構成的に発現し、tdTomatoカセットのCre媒介性切り出しに際してEGFP発現へスイッチする。mTmGにおいてdRMCEを適応させるために、本発明は、未使用の青色蛍光チャンネルを利用し、loxP及びFRTの部位が隣接し、TagBFP2をコードする、同様にTagBFP2タグ付加HrasG12Vをコードする、プロモーターのないドナープラスミドを作成した(図1d及び図2a)。mTmG及びTagBFP2プラスミドの両方は、最小の34bpのFRT(それはFlp媒介性組み込みへ不応性である)を含有する。簡潔には、PGKポリアデニル化シグナル(pA)及び三量体化SV40 pAはオープンリーディングフレーム(ORF)に先行し、それらは、組み込まれていないエピソーム及びランダムに組み込まれた全体のプラスミド(それは電気化学的トランスフェクションにより起こることが公知である)からの誤った転写を未然に食い止めるだろう。ウッドチャック肝炎ウイルス(それは導入遺伝子発現を増加させる)、転写後調節エレメント(WPRE)及びウサギβグロビンpA(それは効率的に転写を終結させる)は、ORFに後続する(図1a)。本発明はヘテロ接合のRosa26WT/mTmGマウス(mTmGHet)を生成し、後続して単一のmTmG対立遺伝子を保有するマウス神経幹細胞株(mNSC)を確立した。TagBFP2ドナープラスミド及びFlp-Cre発現ベクターによるdRMCEは、3つの可能な結果(tdTomato+のままである細胞、または緑色もしくは青色になった細胞)を生じた(図1b、c及び図3a)。TagBFP2またはHrasG12Vプラスミドのいずれかによるヌクレオフェクション1週間後に、FACS分析から、HrasG12V細胞の急速増殖及びさらに約1%のmNSCにおけるdRMCEのおよその効率が示された(図3b)。平均で、青色蛍光について陽性細胞のうちの5%は緑色蛍光または赤色蛍光を保持していたが、それは膜tdTomatoの比較的遅い分解速度によって説明することができる(図3b、c)。選別した細胞をもう1週間培養した後に、ウエスタンブロットを遂行し、残存するEGFPまたはtdTomatoの発現の非存在及びさらに正確なHrasG12V発現を確認し、これは、組換えられたRosa26遺伝子座が、凝集した非クローン性の集団レベルでさえ、正確なポリペプチドを生成することを示す(図3d)。
GOFタンパク質の評価は多くの場合インビトロで達成されるが、構成的導入遺伝子発現は安定的な細胞株の生成に有害であり得る。この問題を回避するために、場合によっては誘導可能遺伝子系(TRE等)を用いる。単一の対立遺伝子mTmGHetのmNSCの有用性を発展させるために、本発明は、rtTA-V10及びTRE-Biエレメントを含有する単一のdRMCEに適合性のあるプラスミドの作成によって、誘導可能細胞株産生のためのパイプラインを作成することを目標とした(図4a)。後続して、ピューロマイシン選択により無色のTRE-Bi-EGFP細胞株を生成し、標準的なインビトロのドキシサイクリン処理によりTREの忠実度を確認した(図4b、c)。本発明はCNVの細胞内分布の変化に注目したので、バイシストロン性TRE-Bi-Dll1/EGFPドナーベクターにより一様なレベルのノッチリガンドDll1発現を示す細胞株も生成した(データ不掲載;図4d)。ピューロマイシンのみを発現するクローニング中間体プラスミドを使用して、Rosa26遺伝子座での正確な組換えについてもPCRスクリーニングによってチェックした(図5a、b及び表1)。dRMCE後に、tdTomatoカセットは、dRMCEに際してCAGプロモーターの下流にもはや存在しない。しかしながら、PCRスクリーニングは、いくつかの細胞におけるEGFPシストロンの持続を明らかにしたが、EGFPの発現は、上流のポリAエレメント、及びCAGプロモーターからの距離によって軽減される(図5b)。これを支持して、EGFP自己蛍光は観察されず、これらの細胞のウエスタンブロットは、ドキシサイクリン処理でのみEGFP発現を示した(図4b及び図5c)。
TRE-Bi-EGFP細胞株におけるピューロマイシン選択後のEGFP発現の欠如を考慮すると、類似のドキシサイクリン誘導可能プラスミドを使用して、4つの異なる「spaghetti monster」蛍光タンパク質(SM_FP)(それらの異なるエピトープタグを介してオルソゴナルな検出を可能にする)を発現させることができることが推論された。本発明は、多重抗原性XFPによるMADR(MADR MAX)を使用して、1細胞あたり各々のプラスミドの2つ以上のコピーを発現できるかどうかを経験的に評価した(図2g)。特に、1細胞あたりのこれらの高いシグナル対ノイズのSM_FPプローブのより高い発現は、免疫蛍光法によって容易に検出可能だろう。何百もの細胞の試験から、ピューロマイシン選択及びドキシサイクリン添加後に実質的にはすべて細胞におけるSM_FPの存在が示された(図4e)。しかしながら、高倍率で、どの細胞も免疫蛍光法によって2つ以上のSM_FPを発現していることが観察されず(図4f)、dRMCE方法論が遺伝子導入エレメントの単一コピーの挿入を媒介することを示した。
このインビトロのシステムは、より均一で誘導可能な安定的な細胞株を提供することによって、loxP及びFrtを保有する任意の動物に由来する様々な初代細胞株におけるGOFタンパク質機能を調べるのに有益である。これについての原理証明として、及び、TRE-Biエレメント(それは上流プロモーターまたはエンハンサーによって潜在的に活性化され得る)の3’シストロンの漏出性の可能性の有用性を経験的に試験するために、バイシストロン性TRE-Bi-Dll1/EGFPドナーベクターによりノッチシグナリングリガンド(Dll1)を誘導可能に発現する細胞株も生成した(図4d)。顕著なことに、ドキシサイクリンなしで存在する容易に検出可能なレポーター及び微小レベルのリガンドはなかったが、添加された場合の、EGFP及びDll1の両方はすべての細胞によって実質的には類似するレベルで発現された(図4d)(ドキシサイクリンの非存在下における微小量のリガンド発現は、mNSCの内在性発現と同等であった)。ノッチシグナリングは遺伝子用量に感受性のある分子経路の1つの例であり、これらのような経路の研究のために本発明のパイプラインを意図できるだろう。
インビボのdRMCEの適用可能性を調査するために、出生後のmTmGHet仔マウスの脳室帯/脳室下帯を裏打ちする神経幹細胞/前駆細胞の中へ、Flp-Cre発現ベクターとTagBFP2ドナーベクターを用いてEPを行った(図1d)。その結果、早ければEPの2日後に脳室帯に沿って組換えられた細胞の出現が注目され、これらの細胞は2週間までに嗅球ニューロン及びグリアを生じた(図1e及び図6a~c)。TagBFP+サテライトグリアの共焦点分析は、これらの細胞におけるtdTomato及びEGFPの発現の非存在を示す(図6c)。脳室帯での、持続性のEGFP発現のあるいくつかの稀なTagBFP2+細胞が示され、これらの細胞は、遅いタンパク質プロセシング動態の上衣細胞系譜の細胞であり得る(図6b)。HrasG12Vを用いてEPを行ったホモ接合のmTmGの4匹はすべて、急速にグリオーマを発症し、3~4か月以内に死亡した(図2a~c)。CAGプロモーターによって駆動される同じがん遺伝子を使用して、本発明者はHrasG12VのPB-EPが100%浸透するグリオーマをもたらすことを以前に示している。興味深いことには、このホモ接合のmTmGグリオーマにおいて、青色のみの細胞(Rosa26HrasG12V×2)は、青色及び緑色の両方を発現する細胞(Rosa26HrasG12V×1)よりも、腫瘍横断面のうちの大きなパッチを占めた(図2b、c)。以前に、HrasG12Vのコピー数は、表現型の差(増殖及びアポトーシスの率等)を付与することが示されている。本発明者は、PB-EPを使用して、より明るいEGFPタグ付加HrasG12V細胞が、薄暗いEGFP+細胞よりも、リン酸化Rb1(pRb1)を多く発現することも観察した(図7a)。同様に、HrasG12Vを用いてEPを行ったmTmGにおける大部分のRosa26HrasG12V×2細胞はpRb1を発現するが、Rosa26HrasG12V×1は発現しないように思われる(図7b、c)。このデータは、GEMMを使用して以前に観察されたように、がん遺伝子のコピー数が、生じた腫瘍集団のプロファイルを有意に変更する可能性を示す。
しかしながら、大部分のTagBFP2+細胞は、EP後2週間までにtdTomato及びEGFPの発現の非存在を示した(図6C)。インビボの組換え効率に対するプラスミド濃度の効果を経験的に試験するために、組換えられた細胞の高感度検出のためにFlp-Creリコンビナーゼ発現プラスミド及びMADR MAXレポータープラスミド(すなわち10のHAタグを備えたspaghetti-monsterレポータープラスミドを発現する)の濃度を変動させた(図1f)。MADR(及びしたがってMADR MAX)反応は理論的に不可逆的であるので、EP後2日の脳を検査した。すべてのDNA混合物は非MADRの構成的核TagBfp2レポーターを含有していた。意外にも、ドナープラスミド濃度を10ng/μlへ低下させることで、MADR MAX効率はおよそ100%に近づき、EGFP発現のあるCre組換え細胞はほとんど0であることが示された(図1f)。可能な1つの説明は、ドナープラスミドの濃度を(したがってloxP及びFRTの組換え部位の濃度も)増加させることが、リコンビナーゼについて競合するということである。あるいは、トランスポゼースで観察されるような「過剰生産阻害」メカニズムは、別の可能性である。すべての後続するエレクトロポレーション混合物は、並列比較について、EGFP細胞、及びMADR細胞またはMADR MAX細胞のほぼ等価な数を生成するために、0.5~1μg/μlのプラスミドを含有していた。
HrasG12VによるmTmGHetにおいて、青色の組換えられた細胞(すなわち単一コピーのHrasG12V)の腫瘍形成性増殖が観察されたが、Cre組換えのみを受けた緑色の同胞細胞(すなわちHrasG12Vなし)は、異常増殖を提示しなかった(図8a)。これらの緑色の同胞細胞はMADM22における野生型細胞に似た様式で有用な対照細胞集団として供することができた。MADM及びMASTRは、ショウジョウバエの様に突然変異細胞の正確な判読を可能にするが、目的の遺伝子の染色体位置に依存してGEMM生成を新たに要求する。10ng/μlほどの低さのリコンビナーゼ発現ベクターと混合されたHrasG12Vは、その高い増殖能に起因して、依然として侵襲性で早発性の腫瘍形成をもたらした(図8b)。ランダムに組み込まれたエピソームまたは組換えられなかったエピソームからの発現に起因する腫瘍形成を除外するために、1シリーズの対照エレクトロポレーションを遂行した(図9)。最初に、形質導入細胞の系譜にマーキングするPB-EGFPプラスミドと組み合わせた、ドナーHrasG12V(約5μg/μl)の濃縮した混合物の、野生型CD1仔マウスの中へのEPは、Flp及びCreリコンビナーゼの存在にかかわらず、異常増殖、過形成、または腫瘍形成をもたらさなかった(図9a)。加えて、逆向きのloxPを保有するHrasG12VによりmTmG仔マウスにEPを行ったところ、いかなる青色の組換えられた細胞または過形成も免疫染色によって検出できず、インビボのdRMCE組換え反応の特異性を例証する(図9b)。EP後2週間で検査した場合に、HrasG12Vドナープラスミド及びCreリコンビナーゼ単独の複数の独立したEPは、腫瘍形成を生じず、Flp切り出しは効率的なインビボのdRMCE反応についての非常に重要なステップであること及びCreは単独では持続的導入遺伝子組み込みのために不十分であることが示された(データ不掲載)。Flp切り出しが不可逆的平衡の確立に重要であるので、FlpEをFlpOにより置き換えてFlp切り出しの効率を増加させることは、本発明の別の実施形態である。
MADMにより、組み合わせたTrp53-LOF及びNf1-LOFの突然変異がオリゴデンドロサイト前駆細胞(OPC)の前悪性の過剰増殖を促進することが示されている。本発明者は、本発明の方法を使用して、類似する発生現象を模倣することを目的とした。最初に、本発明では、TagBFP2発現へ結合された、Nf1、Pten、及びTrp53を標的化する3つの連続した検証済みmiR-EベースのshRNAを保有するドナーコンストラクトを作成した(図2d)。このmulti-miR-Eコンストラクトを試験したところ、約80%のmRNAレベルのノックダウン効率が観察され、miR-Eについての原報に同等であった(図10b、c)。MADMの所見に一致して、TagBFP2+/Pdgfra+ OPCの選択的過剰増殖が観察され、Nf1及びTrp53に基づくLOFモデルがOPC駆動性過形成をもたらすという以前の観察と合致した(図2e及び図10a)。嗅球(OB)ニューロンにおける3つのmiR-Eの発現が、それらの形態または明らかな細胞タイプを無効にしないことも観察され、細胞背景(context)はこれらのLOF突然変異の形質転換能力のために重要であり、この細胞背景によって突然変異は神経細胞系譜細胞において休止するようになるという先行研究とも一致した(図10b)。EP後200日で悪性腫瘍は検出されず、Trp53の完全な消耗がおそらく高浸透度の早発腫瘍形成のために要求されることが示された(図10c)。本発明の追加の実施形態として、このシステムは、spCas9を保有し、腫瘍抑制因子を標的化するsgRNAと共に送達される、ドナープラスミドの作成によって修飾され得る。
本発明のMADRシステムがGOF細胞及びLOF細胞の複数の集団をインビボで独立して系譜追跡する能力を考慮すると、このシステムはグリアの発生の研究に有用であり得ることが推論された。組み合わせたTrp53-LOF及びNf1-LOFの突然変異がオリゴデンドロサイト前駆細胞(OPC)の前悪性の過剰増殖を促進することは、MADMを使用してエレガントに実証された。本発明者は、本発明の方法を使用して、類似する発生現象を模倣することを目的とした。最初に、本発明では、TagBFP2発現へ結合された、Nf1、Pten、及びTrp53を標的化する3つの連続した検証済みmiR-EベースのshRNAを保有するドナーコンストラクトを作成した(図2H)。このmulti-miR-Eコンストラクトを試験したところ、約80%のmRNAレベルのノックダウン効率が観察され、もともと報告された効率に同等であった(図2I)。MADMの所見に一致して、TagBFP2+/Pdgfra+ OPCの選択的過剰増殖が観察され、Nf1及びTrp53に基づくLOFモデルがOPC駆動性過形成をもたらすという以前の観察と合致した(図2J及び図10a)。顕著なことに、同胞EGFP+集団(それはmiR-Eを含有しない)は、ほとんど星状細胞の、定量的により小さな混合集団をもたらした(図2J及びデータ不掲載)。これらの遺伝的に定義された(すなわちEGFP+)同胞細胞は、MADM GEMMシステムにおける野生型細胞に似た様式で有用な対照細胞集団として供することができた。MADM及びMASTRは、ショウジョウバエの様に突然変異細胞の正確な判読を可能にするが、目的の遺伝子の染色体位置に依存してGEMM生成を新たに要求する。3つのmiR-Eの発現が嗅球神経新生を阻止しないとも観察され(図10B)、このことはHras及びErrb2を使用する本発明者の以前の所見に反し、Ras/MAPKシグナリングの増加をもたらすGOF及びLOFの突然変異は、微細に異なる細胞運命の改変を導き得ることを示唆した。小さな集団の動物によるものとはいえ、EP後200日で悪性腫瘍は検出されず、Nf1 P53及びPtenのうちのいずれか1つ、2つ、またはすべての完全な消耗(ノックダウンではなく)は、おそらく高浸透度の早発性腫瘍形成のために要求されることが示された。このことの確認として、これらの抑制因子のCRISPR/Cas9ベースのノックアウトを使用した。顕著なことに、SpCas9及びpiggyBac媒介性EGFP標識と一緒に、Nf1、Trp53、及びPtenに対するsgRNAの組み合わせをEPすることによって、GEMMグリオーマモデル、MADMグリオーマモデル、及び子宮内EPベースのCRISPRモデルに一致して、白質に結び付いた高異型度Olig2+腫瘍の形成が示された(図10d~e)。それにもかかわらず、本発明のmiR-E研究は、標的遺伝子の単一コピーの安定的なのノックダウン後に系譜の追跡を遂行する一方で、内部の「対照」系譜(すなわちEGFP+ Cre組換え細胞)を提供することにおける、MADRの有用性を実証する。
インビボのMADRに基づく局所性グリオーマモデルの生成
ウイルスによる腫瘍モデル及びEP腫瘍モデルは様々な組織におけるがんの発生進化的側面を研究するためにますます用いられているが、様々な遺伝子送達方法に関して問題がある。推定上のがんドライバー遺伝子のインビボの自然発症モデル化のためには本発明の方法が最も適すると推論し、原理証明のためにHrasG12V(よく使用される活性化がん遺伝子)を選択した。推定上の単一コピーのヘテロ接合のマウスにおける増殖ダイナミックスの組織学的分析から、HrasG12V細胞は、EGFP+集団と比較した場合に、急速に過剰増殖したということが示された(図13A)。さらに、本発明者は、ホモ接合性へmTmGマウスを繁殖させることによって、細胞のヘテロ接合集団及びホモ接合集団を識別でき得ると推論した。具体的には、理論的には4つの可能性が組換えまたは挿入後に生じ、各々は遺伝的マーカーの異なる組み合わせを有するだろう(図2B)。生後2日のEP後に、HrasG12Vを用いてEPを行ったホモ接合のmTmGのすべては、急速にグリオーマを発症し、3~4か月以内に最終的に死亡した(図2a;n=4)(CAGプロモーターによって駆動される同じがん遺伝子を使用して、本発明者はHrasG12VのPB-EPが100%浸透するグリオーマをもたらすことを以前に示している)。ホモ接合のmTmGマウスにおいて、10ng/μlのプラスミドを使用する場合でさえ、MADR反応は高度に効率的であった(図13B)。興味深いことには、このホモ接合のmTmGグリオーマにおいて、青色のみの細胞(Rosa26HrasG12V×2)は、青色及び緑色の両方を発現する細胞(Rosa26HrasG12V×1)よりも、腫瘍横断面のうちの大きなパッチを占めた(図2c、7b)。以前に、HrasG12Vのコピー数は、表現型の差(増殖及びアポトーシスの率等)を付与することが示されている。本発明者は、PB-EPを使用して、より明るいEGFPタグ付加HrasG12V細胞が、薄暗いEGFP+細胞よりも、リン酸化Rb1(pRb1)を多く発現することも観察した(図13C)。同様に、HrasG12Vを用いてEPを行ったmTmGマウスにおける大部分の推定上のホモ接合のRosa26HrasG12V×2細胞はpRb1を発現するが、ヘミ接合のRosa26HrasG12V×1は発現しないように思われる(図7b~7c)。このデータは、GEMMを使用して以前に観察されたように、がん遺伝子のコピー数が、生じた腫瘍集団のプロファイルを有意に変更する可能性を示す。
ウイルスによる腫瘍モデル及びEP腫瘍モデルは様々な組織におけるがんの発生進化的側面を研究するためにますます用いられているが、様々な遺伝子送達方法に関して問題がある。推定上のがんドライバー遺伝子のインビボの自然発症モデル化のためには本発明の方法が最も適すると推論し、原理証明のためにHrasG12V(よく使用される活性化がん遺伝子)を選択した。推定上の単一コピーのヘテロ接合のマウスにおける増殖ダイナミックスの組織学的分析から、HrasG12V細胞は、EGFP+集団と比較した場合に、急速に過剰増殖したということが示された(図13A)。さらに、本発明者は、ホモ接合性へmTmGマウスを繁殖させることによって、細胞のヘテロ接合集団及びホモ接合集団を識別でき得ると推論した。具体的には、理論的には4つの可能性が組換えまたは挿入後に生じ、各々は遺伝的マーカーの異なる組み合わせを有するだろう(図2B)。生後2日のEP後に、HrasG12Vを用いてEPを行ったホモ接合のmTmGのすべては、急速にグリオーマを発症し、3~4か月以内に最終的に死亡した(図2a;n=4)(CAGプロモーターによって駆動される同じがん遺伝子を使用して、本発明者はHrasG12VのPB-EPが100%浸透するグリオーマをもたらすことを以前に示している)。ホモ接合のmTmGマウスにおいて、10ng/μlのプラスミドを使用する場合でさえ、MADR反応は高度に効率的であった(図13B)。興味深いことには、このホモ接合のmTmGグリオーマにおいて、青色のみの細胞(Rosa26HrasG12V×2)は、青色及び緑色の両方を発現する細胞(Rosa26HrasG12V×1)よりも、腫瘍横断面のうちの大きなパッチを占めた(図2c、7b)。以前に、HrasG12Vのコピー数は、表現型の差(増殖及びアポトーシスの率等)を付与することが示されている。本発明者は、PB-EPを使用して、より明るいEGFPタグ付加HrasG12V細胞が、薄暗いEGFP+細胞よりも、リン酸化Rb1(pRb1)を多く発現することも観察した(図13C)。同様に、HrasG12Vを用いてEPを行ったmTmGマウスにおける大部分の推定上のホモ接合のRosa26HrasG12V×2細胞はpRb1を発現するが、ヘミ接合のRosa26HrasG12V×1は発現しないように思われる(図7b~7c)。このデータは、GEMMを使用して以前に観察されたように、がん遺伝子のコピー数が、生じた腫瘍集団のプロファイルを有意に変更する可能性を示す。
がんのマウスモデルに関しての現在の満たされていない必要性は、「個人化された」腫瘍モデル化のさらなるハイスループット法である。がんにおける推定上のドライバー変異に関する知識についての最近の急増により、コンビナトリアル様式でインビボのこれらの突然変異を迅速かつ包括的にモデル化できるプラットフォームについての必要性がある。例えば、最近、H3F3A、PDGFRA、及びTRP53は小児グリオーマにおいて再発性であることが見出された。興味深いことには、H3F3A突然変異は2つの残基(K27及びG34)中に存在した。顕著なことに、H3F3AにおけるK27MまたはG34R/V突然変異のいずれかを持つ結果の患者腫瘍は、臨床的挙動に加えて著しく異なるトランスクリプトームを示す。特に、患者K27Mのグリオーマは正中線に沿ってクラスター化しG34R/Vグリオーマよりも早期に出現し、その大部分は大脳半球中に存在する。それにもかかわらず、両方のクラスのH3F3Aグリオーマは典型的にはTRP53突然変異を保有し、PDGFRA活性化突然変異を示し得る。マウスにおいてこれらの小児腫瘍をモデル化するために、本発明者は、H3f3a突然変異(EGFPへタグ付加した)、活性化Pdgfra(D842V)、及び突然変異Trp53(R270H)の共発現のためのカセットを生成した(図14)。最初に、本発明者は、H3f3a、Pdgfra、及びTrp53の適切な発現についてインビボ及びインビトロで免疫組織化学によってチェックし、すべてのタンパク質の一致する発現を示した(図11A~B)。次に、出生後のEPによって同腹仔の中へこれらのプラスミドを導入した。重要なことには、電極を掃引して両方の皮質脳室帯及び線条体脳室帯の両方へEP行って、両方の前駆細胞帯からの可能な腫瘍形成を起させた。興味深いことに、そして外見はこれらの腫瘍の臨床所見に一致して、K27Mを持つ同腹仔は生後100日までに正中線でのグリオーマを示したが(図14B)、同様に処理されたG34Rを持つ同腹仔の多くはびまん性のグリアの過形成及び非常に稀で小さな腫瘍を提示した(図14C、矢頭)。G34R突然変異は多くの場合、コーディング配列の後半のATRX突然変異と共に現れるので、CRISPR/CAS9を使用して、これらの天然に存在する突然変異を模倣するInDelを導入した。G34Rを含有する共発現カセットと一緒に、ATRXを標的化するsgRNAと共にSpCas9を発現するプラスミドを共導入した後に、生後100日で、肉眼的変化は、腫瘍形成についての傾向に関してG34Rグリア細胞の挙動において観察されなかった(図11C)(AtrxのC末端を認識する以前に検証された抗体は、K27M細胞の>90%及びG34R MADR細胞の100%が全長Atrxを発現する一方で、AtrxのCRISPR/Cas9標的化によるG34R細胞の>95%がAtrx抗体標識を示さないということを実証した(図11D~E))。顕著なことに、EP後120日で、G34R腫瘍が観察され、線条体脳室帯の等しい標的化にもかかわらず皮質及び下層にある脳梁へ局在した(及びこれらの細胞のうちのいくつかは過形成と一致した;図11G)。興味深いことには、Olig2シグナルは背側領域において有意に顕著であり、腫瘍と過形成との間の細胞運命の食い違いを示唆した(図11G1)。この同じ120日目のタイムポイントで、K27M腫瘍は皮質下構造へ優先的に局在化したが、より深部の皮質層中の少量の細胞を備えた白質路において細胞を観察することができた(図11H)。これらの所見は、K27残基及びG34残基が、強力なPdgfra及びTrp53の突然変異の一致する存在にもかかわらず、これらのグリオーマサブタイプの発症の時間及び所在位置を有意に調節するのに十分であることを示す。さらに、体細胞Atrx突然変異は、G34R腫瘍における腫瘍形成のための律速ステップであるとは思われない。
機構的に、K27M突然変異はこの残基で低メチル化を導くと考えられている。実際、MADRが腫瘍細胞の系譜を追跡する内因性の能力を考慮して、本発明者は、K27Me抗体によってK27M突然変異細胞の低メチル化を確認することができた(図14D)(これは、単純に、高メチル化されたグリオーマの形成を導くNf1/Trp53のCRISPR/Cas9媒介性ノックアウトとしての腫瘍増殖の人為的な影響ではなかった(図11I))。最近、K27とG34との間に位置するセリン31のリン酸化(従来はリン酸化Ser31)が、Trp53媒介性細胞周期停止のために重要であり、これが異数性フェールセーフの短絡を導き得ることが見出された。再び腫瘍細胞の系譜を追跡する本発明の能力を使用して、リン酸化Ser31の印象的なパターンが示され、それは腫瘍の中心部ではなく縁で見出された(図14E)。これは高倍率の共焦点zスタックによって確認された(図14F~G)。さらに、H3f3aに対するモノクローナル抗体により、腫瘍の全体にわたるタンパク質の存在が確認された(図11J)。この染色パターンは、腫瘍播種における可能な役割について極めて示唆的であるが、このリン酸化が腫瘍ダイナミックスのために機能的に重要かどうかを調査するさらなる研究が必要だろう。総合すると、腫瘍細胞自律的な様式におけるかかる翻訳後変化を、インビボで容易かつ明確に観察する能力は、これら及び他のがんにおける疾患病理機構の将来の調査のために有望である。
系譜を追跡するCRISPR/Cas9誘導性MADR MAXグリオーマモデルは、腫瘍の周皮細胞への分化転換を明らかにする
最近、CRISPR/Cas9は、EPを使用する遺伝子の突然変異についてインビボで高度に効率的なことが実証されている。しかしながら、これらの研究の欠点は、修飾された細胞の系譜を追跡する決定的な手法である。この問題に取り組むために、同時に細胞を標識し突然変異させる、SM_BFP2-P2a-SpCas9含有ドナープラスミドを作成し、インビボでの突然変異細胞の正確な追跡を可能にした(図15A)。Nf1、Trp53及びPtenのタンデムmiR-E及びCas9媒介性ノックアウトによる本発明の前述の所見を考慮し、これらの同じPCRを行った(PCR-ed)sgRNAを使用して、Nf1及びTrp53を標的化した。EPを行った細胞において成功した標的化は、シーケンシングによって腫瘍集団のゲノムDNA中で確認された(図15B)。大まかに5か月で、EPを行った動物での最終的な死亡が観察された。病理学的分析により、主に腫瘍における壊死の存在に起因して、多形性グリオブラストーマの診断が導かれた。免疫組織化学的に、腫瘍では、血管を例外として、TdTomatoに標識された集団がほとんど無いことが観察された(図15C~C1)。小さなEGFP集団は、標的化部位が存在することが予想される付近で観察された(図15C、C2;矢頭)。しかしながら、腫瘍は、MADR MAX SM_BFP-V5で標識された細胞によって区切られ、半球を超えて異常増殖した(図15C、C3)。大部分のこの体積はOlig2+集団により満たされていが、シグナルが欠如した領域が観察された(図15;矢頭;15E)。Olig2は、前神経性グリオーマサブタイプのマーカーであるので(本発明者及び他の者は間充織発達に先行することを観察している)、これが腫瘍発達の部位であるかどうかを、間充織マーカー(CD44)についての染色によって評価した。とりわけ、CD44は、腫瘍の全体にわたって見出されたがこのOlig2減退領域でエンリッチされていた(図15E~F、データ不掲載)。TdTomatoの血管が顕著であること、及びSM_BFP-V5が腫瘍細胞系譜を識別する能力に起因して、V5タグ付加血管周囲細胞の顕著な集団は他の集団から際立っていた(図16A;矢印)。腫瘍細胞と間質とを遺伝的マーカーにより遺伝的に識別する本発明の能力と一緒に、これらの細胞の所在位置及び形態を考慮して、グリオーマ細胞の分化転換に関する現在の論争を再考した。具体的には、複数のグループは、グリオーマ細胞が内皮細胞へと分化転換し得ることを示した。これは、その代りに周皮細胞への分化転換であるという所見によって争われた。他のグループは、かなりの調査にもかかわらずいずれについても証拠が欠如していることを見出している。Pecam1(内皮細胞の真のマーカー)のTdTomatoとの共局在化の試験において、本発明者は、実質的にすべてのPecam1+細胞が共標識されていると示し、血管は腫瘍由来でないことを示唆した(図16B)。しかしながら、非常に稀なPecam1+/TdTomato-シグナルが示され、小さなサイズ(<5μm)であること及び正常な内皮細胞のサイズのプロファイルがほんのわずかのであることを考慮すると、その大部分は残骸であると思われる(図16C~D)。しかしながら、管に結び付いた細胞は見出されず、これらの推定上の細胞数は体系的調査に適していなかった(図16C~D)。反対に、十分に検証された周皮細胞マーカーであるPdgfrb及びDes(すなわちデスミン)の両方を使用して、本発明者は、前述のOlig2-/Cd44+部位で及びその周辺で、不連続な所在位置を観察することができ(図15D中で矢頭によって描写された領域に大まかに隣接する切片において)、この不連続な所在位置はTdTomatoの非存在下においてどちらの周皮細胞マーカーについても陽性を示した(図15G~H)。TdTomatoの抗体増幅及びこれらの領域におけるTdTomatoシグナルの人為的に過度な露出にもかかわらず、いくつかの周皮細胞においてTdTomato及びDesの共局在化は観察されなかった(図16E)。しかしながら、腫瘍の大部分の領域(特にOlig2エンリッチ領域)において、これらの周皮細胞マーカーは、TdTomato膜と厳密に共局在することが見出され、この分化転換が、前神経性サブタイプが優勢な領域中に広がっていないことを示唆した(図16F)。したがって、本発明の新規の自然発症モデル(それはインビボで複数の集団の明確な遺伝学的標識を可能にする)を使用して、本発明者は、GBMにおける腫瘍細胞の周皮細胞への局所性分化転換についての証拠を提供する。これは、グリオーマ細胞の周皮細胞への分化転換がグリオーマの不均一な発達(前神経性サブタイプから間充織サブタイプのものが含まれる)と相関し得ることを示唆する。
最近、CRISPR/Cas9は、EPを使用する遺伝子の突然変異についてインビボで高度に効率的なことが実証されている。しかしながら、これらの研究の欠点は、修飾された細胞の系譜を追跡する決定的な手法である。この問題に取り組むために、同時に細胞を標識し突然変異させる、SM_BFP2-P2a-SpCas9含有ドナープラスミドを作成し、インビボでの突然変異細胞の正確な追跡を可能にした(図15A)。Nf1、Trp53及びPtenのタンデムmiR-E及びCas9媒介性ノックアウトによる本発明の前述の所見を考慮し、これらの同じPCRを行った(PCR-ed)sgRNAを使用して、Nf1及びTrp53を標的化した。EPを行った細胞において成功した標的化は、シーケンシングによって腫瘍集団のゲノムDNA中で確認された(図15B)。大まかに5か月で、EPを行った動物での最終的な死亡が観察された。病理学的分析により、主に腫瘍における壊死の存在に起因して、多形性グリオブラストーマの診断が導かれた。免疫組織化学的に、腫瘍では、血管を例外として、TdTomatoに標識された集団がほとんど無いことが観察された(図15C~C1)。小さなEGFP集団は、標的化部位が存在することが予想される付近で観察された(図15C、C2;矢頭)。しかしながら、腫瘍は、MADR MAX SM_BFP-V5で標識された細胞によって区切られ、半球を超えて異常増殖した(図15C、C3)。大部分のこの体積はOlig2+集団により満たされていが、シグナルが欠如した領域が観察された(図15;矢頭;15E)。Olig2は、前神経性グリオーマサブタイプのマーカーであるので(本発明者及び他の者は間充織発達に先行することを観察している)、これが腫瘍発達の部位であるかどうかを、間充織マーカー(CD44)についての染色によって評価した。とりわけ、CD44は、腫瘍の全体にわたって見出されたがこのOlig2減退領域でエンリッチされていた(図15E~F、データ不掲載)。TdTomatoの血管が顕著であること、及びSM_BFP-V5が腫瘍細胞系譜を識別する能力に起因して、V5タグ付加血管周囲細胞の顕著な集団は他の集団から際立っていた(図16A;矢印)。腫瘍細胞と間質とを遺伝的マーカーにより遺伝的に識別する本発明の能力と一緒に、これらの細胞の所在位置及び形態を考慮して、グリオーマ細胞の分化転換に関する現在の論争を再考した。具体的には、複数のグループは、グリオーマ細胞が内皮細胞へと分化転換し得ることを示した。これは、その代りに周皮細胞への分化転換であるという所見によって争われた。他のグループは、かなりの調査にもかかわらずいずれについても証拠が欠如していることを見出している。Pecam1(内皮細胞の真のマーカー)のTdTomatoとの共局在化の試験において、本発明者は、実質的にすべてのPecam1+細胞が共標識されていると示し、血管は腫瘍由来でないことを示唆した(図16B)。しかしながら、非常に稀なPecam1+/TdTomato-シグナルが示され、小さなサイズ(<5μm)であること及び正常な内皮細胞のサイズのプロファイルがほんのわずかのであることを考慮すると、その大部分は残骸であると思われる(図16C~D)。しかしながら、管に結び付いた細胞は見出されず、これらの推定上の細胞数は体系的調査に適していなかった(図16C~D)。反対に、十分に検証された周皮細胞マーカーであるPdgfrb及びDes(すなわちデスミン)の両方を使用して、本発明者は、前述のOlig2-/Cd44+部位で及びその周辺で、不連続な所在位置を観察することができ(図15D中で矢頭によって描写された領域に大まかに隣接する切片において)、この不連続な所在位置はTdTomatoの非存在下においてどちらの周皮細胞マーカーについても陽性を示した(図15G~H)。TdTomatoの抗体増幅及びこれらの領域におけるTdTomatoシグナルの人為的に過度な露出にもかかわらず、いくつかの周皮細胞においてTdTomato及びDesの共局在化は観察されなかった(図16E)。しかしながら、腫瘍の大部分の領域(特にOlig2エンリッチ領域)において、これらの周皮細胞マーカーは、TdTomato膜と厳密に共局在することが見出され、この分化転換が、前神経性サブタイプが優勢な領域中に広がっていないことを示唆した(図16F)。したがって、本発明の新規の自然発症モデル(それはインビボで複数の集団の明確な遺伝学的標識を可能にする)を使用して、本発明者は、GBMにおける腫瘍細胞の周皮細胞への局所性分化転換についての証拠を提供する。これは、グリオーマ細胞の周皮細胞への分化転換がグリオーマの不均一な発達(前神経性サブタイプから間充織サブタイプのものが含まれる)と相関し得ることを示唆する。
推定上のドライバー変異が最近急増していることにより、コンビナトリアル様式でインビボのこれらの突然変異を迅速かつ包括的にモデル化できるプラットフォームについての必要性がある。最近、H3f3a、Pdgfra、及びTrp53は小児グリオーマにおいて再発性であることが見出された。本発明者は、これらの突然変異の異なる組み合わせを保有する2つのドナープラスミドのEPが、生後50日までに増殖性過形成をもたらすことを実証した(図2f、g)。H3f3a、Pdgfra及びTrp53の発現についてインビボ及びインビトロで免疫組織化学によって、チェックした(図2g及び図11a、b)。
本発明者は、インビボのdRMCE媒介性体細胞遺伝子導入が、1つのマウス系統を使用して、多数の体細胞モザイクを作成する高度に着実で費用効率の高い方法であることを実証した。特に、dRMCEは最近インビトロで利用されてきたが、比較的低い挿入効率に悩まされ、したがって、クローン細胞株の抗生物質選択及び分子生物学的方法(PCR、サザンブロットなど)により個別の細胞株の正確な検証が要求される。本明細書において、本発明者は、注意深いプラスミドデザインによって、構成プラスミドエレメントのタイトレーションによって、及び「安全な着陸地点(safe-landing site)」(例えば本明細書において記載される様々な実施形態のためのROSA26遺伝子座)の利用によって、RMCEによりインビボの導入遺伝子のおよそ90%の発現を達成することができることを実証する。これは、単一コピーまたは2コピーの導入遺伝子発現の一貫して正確で容易な調査を可能にする。比較として、エピソーム及びトランスポゾン媒介性挿入は、多くの場合、何十または何百もの所与の導入遺伝子のコピーからの超生理学的発現を導く。さらに、エピソーム導入遺伝子は増殖系譜においてより頻繁に希釈され、トランスポゾンベースの方法は、トランスポゼースの存在下においてカセット「ホッピング」を引き起こし、内在性遺伝子機能(腫瘍抑制因子、細胞周期遺伝子などが含まれる)を破壊する可能性があるだろう。さらに、リコンビナーゼ事象を示すmt/mgレポーターの使用を介して、プラスミド構成物のタイトレーションによって、及び複数のドナープラスミドの使用によって、複数の独立した系譜を追跡することができる。
本発明者は、腫瘍突然変異の2つの広範囲のモード(GOF/LOF)を柔軟に組み合わせる能力を実証した。本ストラテジーは、デュアルリコンビナーゼ部位を保有する任意の既製のGEMM(例えばAi14マウス、R26-CAG-LF-mTFP1マウス、及びIKMCマウス)と共に用いることができ、定義された供与量でインビボのGOFタンパク質及びLOFタンパク質の機能の決定的な査定を可能にする(図12)。このストラテジーは、ウイルスベクター及び他の遺伝子送達方法と併用して、他の器官(肺、乳房、及びさらに多くのもの等)へも拡張され得る。
本発明のインビボのMADR効率実験は、ドナーコンストラクトの濃度の希釈が、おそらく単一基質ベースの組換え反応(それはflox遺伝子座及びCreリコンビナーゼによる二重遺伝子導入GEMMにおいて起こる)を模倣することを示す(図1f)。本発明者は、迅速にかつ柔軟に腫瘍突然変異の2つの広範囲のモード(GOF/LOF)を組み合わせることが可能であることを実証した。全体として見れば、本発明者は、EPによりマウスにおいて安定的な定義されたコピー数の体細胞モザイク性を産生する新しい技法を導入した。MADRの固有の特色を、他の方法を使用するインビボのマウス遺伝子操作のための既存の方法と有利に比較した(表2)。今後は、所望されるドナーエレメントのサイズが十分に小さいならば、組み込まれないウイルスベクターを使用し、標的化できる組織の数の増やすことができる。
新しいMADR EPツールキット
トランスポゾン(PB及びSleeping Beauty等)はEPと組み合わせてますます使用されて、近年これらの技法を利用する複数の報告により安定的な体細胞遺伝子導入体が産生される。トランスポゾンは長期的な発生的研究及びさらにインビボの腫瘍生成を可能にするので、非常に魅力的なツールである。本発明の新しい方法はトランスポゾン系の2つの大きな問題:ランダムなゲノム挿入及びコピー数変動を克服する。ノッチシグナリングは、遺伝子用量感受性のある分子経路の1つの重要な例である。加えて、他の複数の細胞運命決定要素は、それらの発現レベルに基づいて劇的に差次的な表現型をもたらすことが示されている。例えば、グリア前駆細胞におけるNfiaの高発現はアストロサイトへの分化を促進する一方で、低発現はオリゴデンドロサイトになる細胞において観察され、別の例において、より高いFezf2発現は、ノッチシグナリングエフェクターのアップレギュレートによって脳室帯/脳室下帯におけるNSC休止を誘導する。本発明の方法は迅速にインビボでかかる経路を査定するために使用することができる。本明細書において示される1コピーvs2コピーの比較パラダイムを使用して、かかる核内因子は、天然の切片内の対照細胞により1匹のマウスにおいて調査することができる。GEMM操作と比較した場合に、本発明のインビボのMADRは拡張可能であり、比較的低価格である。さらに、出生後のEP手順が迅速であり(動物の1腹仔あたり約35分)、侵襲手術を要求しないという事実を考慮すると、本方法論は容易に多くの研究室によって採択され得る。
トランスポゾン(PB及びSleeping Beauty等)はEPと組み合わせてますます使用されて、近年これらの技法を利用する複数の報告により安定的な体細胞遺伝子導入体が産生される。トランスポゾンは長期的な発生的研究及びさらにインビボの腫瘍生成を可能にするので、非常に魅力的なツールである。本発明の新しい方法はトランスポゾン系の2つの大きな問題:ランダムなゲノム挿入及びコピー数変動を克服する。ノッチシグナリングは、遺伝子用量感受性のある分子経路の1つの重要な例である。加えて、他の複数の細胞運命決定要素は、それらの発現レベルに基づいて劇的に差次的な表現型をもたらすことが示されている。例えば、グリア前駆細胞におけるNfiaの高発現はアストロサイトへの分化を促進する一方で、低発現はオリゴデンドロサイトになる細胞において観察され、別の例において、より高いFezf2発現は、ノッチシグナリングエフェクターのアップレギュレートによって脳室帯/脳室下帯におけるNSC休止を誘導する。本発明の方法は迅速にインビボでかかる経路を査定するために使用することができる。本明細書において示される1コピーvs2コピーの比較パラダイムを使用して、かかる核内因子は、天然の切片内の対照細胞により1匹のマウスにおいて調査することができる。GEMM操作と比較した場合に、本発明のインビボのMADRは拡張可能であり、比較的低価格である。さらに、出生後のEP手順が迅速であり(動物の1腹仔あたり約35分)、侵襲手術を要求しないという事実を考慮すると、本方法論は容易に多くの研究室によって採択され得る。
既存のGEMMへのMADRの拡張性
本ストラテジーは、デュアルリコンビナーゼ部位を保有する任意の既製のGEMM(例えばAi14マウス、R26-CAG-LF-mTFP1マウス、Ribotagマウス、及びIKMCマウス)と共に用いることができ、定義された供与量でのインビボのGOFタンパク質及びLOFタンパク質機能の決定的な査定を可能にする(図16)。目的の遺伝子座の周囲にloxP及びFRTの部位を既に保有する何千もの遺伝子導入マウスがある。Rosa26mTmGと同様に、Ai14は別の広く用いられるレポーターマウス系統であり、それは典型的にはリコンビナーゼ発現遺伝子導入マウスと交配繁殖される。図16中で図示されるように適切にリコンビナーゼ認識部位を配向させることによって、ドナープラスミドをAi14マウスにおける使用のために作成することができる。RibotagはCre組換えを使用して、Cre発現に定義されたmRNAの親和性免疫沈降のために、タグ付加していないRpl22エクソン4をHAタグ付加バリアントとスワップする。MADRにより、代替タグは、タグについての連続的な免疫沈降を使用する同時のオルソゴナルなmRNAの精製を可能にするように、追加のエレメントを挿入することができる。加えて、スプライスアクセプターにより開始するORFを作成し、このコンストラクトを使用して、外来のシス調節環境下で導入遺伝子を置換する効果を調査することができる(図16)。同時に、蛍光レポーターを備えたドナープラスミドは単純にエレクトロポレーションして(Flp及びCreと共に)、loxP部位及びFRT部位が重要な遺伝子座に隣接する様々な遺伝子導入マウスにおいて、Cre発現マウスについての必要性なしに、焦点からの系譜追跡を可能にすることができる。
本ストラテジーは、デュアルリコンビナーゼ部位を保有する任意の既製のGEMM(例えばAi14マウス、R26-CAG-LF-mTFP1マウス、Ribotagマウス、及びIKMCマウス)と共に用いることができ、定義された供与量でのインビボのGOFタンパク質及びLOFタンパク質機能の決定的な査定を可能にする(図16)。目的の遺伝子座の周囲にloxP及びFRTの部位を既に保有する何千もの遺伝子導入マウスがある。Rosa26mTmGと同様に、Ai14は別の広く用いられるレポーターマウス系統であり、それは典型的にはリコンビナーゼ発現遺伝子導入マウスと交配繁殖される。図16中で図示されるように適切にリコンビナーゼ認識部位を配向させることによって、ドナープラスミドをAi14マウスにおける使用のために作成することができる。RibotagはCre組換えを使用して、Cre発現に定義されたmRNAの親和性免疫沈降のために、タグ付加していないRpl22エクソン4をHAタグ付加バリアントとスワップする。MADRにより、代替タグは、タグについての連続的な免疫沈降を使用する同時のオルソゴナルなmRNAの精製を可能にするように、追加のエレメントを挿入することができる。加えて、スプライスアクセプターにより開始するORFを作成し、このコンストラクトを使用して、外来のシス調節環境下で導入遺伝子を置換する効果を調査することができる(図16)。同時に、蛍光レポーターを備えたドナープラスミドは単純にエレクトロポレーションして(Flp及びCreと共に)、loxP部位及びFRT部位が重要な遺伝子座に隣接する様々な遺伝子導入マウスにおいて、Cre発現マウスについての必要性なしに、焦点からの系譜追跡を可能にすることができる。
本発明の方法が2つの異なるリコンビナーゼを要求するので、組換えられる細胞のタイプを制限するように、異なる組み合わせのプロモーターによりこれらのリコンビナーゼの発現を駆動することもできる。例えば、本方法を使用して、細胞タイプに特異的なFlp/Cre発現の使用によって、不連続の幹細胞及び前駆細胞のサブセットから生じる系譜の予定運命図を比較及び対比させることができる。最終的に、大積載のバクテリア人工染色体(BAC)によるインビボのMADRがある。蛍光レポーターまたはリコンビナーゼ(vCreまたはsCRE等)の発現を駆動するゲノム断片の大きなかたまりを保有するドナープラスミドは、各々の末端上に追加のloxP部位及びFRT部位を備えて作成することができる。次いで、EPは、vCre/sCre活性化可能なレポーターを保有する追加のプラスミドと組み合わせて、限界希釈でこの大きな断片をゲノムの中へ送達することができる。このタイプの研究は、GEMM様の高次の系譜追跡研究を実質的に可能にするだろう。
次世代シーケンシングは、腫瘍形成において起こるゲノム及びトランスクリプトームの変化についての我々の理解を指数関数的に増加させてきた。しかしながら、増加し続ける腫瘍における再発性の体細胞突然変異のカタログにより、パッセンジャー突然変異から腫瘍促進性ドライバー変異を分離するという新たな問題が生じる。さらに、類似の組織学的分類の腫瘍が、多くの場合、顕著に異なる腫瘍表現型を生じる異なる遺伝的素因を有し得ることは、ますます現在認識される(例えばK27M腫瘍vsG34R腫瘍)。GEMMはグリオーマ発生の理解のために重要なものであった。特に、洗練されたMADM方法論は、腫瘍細胞の起源に対するユニークな洞察及び可能性のある治療を提供してきた。本発明者は、小児GBMの迅速な「個人化された」モデル化のためのプラットフォームとしてMADRを使用することについての原理証明を示す。MADR GOF遺伝子導入及びCRISPR/Cas9 LOF操作を組み合わせることによって、小さな研究室が、大部分の腫瘍タイプのための突然変異のスペクトル(及びしたがって可能な組み合わせ)をカバーするのに必要なプラスミド試薬を生成することは可能である。
したがって、我々の所見は、安定的なモザイク解析のための着実な方法論としてのインビボのMADRを確立し、それはウイルスによるアプローチ、GEMMアプローチ、EPアプローチ、及びトランスポゾンベースのアプローチにおける固有の欠点の多くを克服する。加えて、この遺伝学的フレームワークは、デュアルリコンビナーゼ認識部位を備えて操作された何千ものマウスの系統へ適応可能である。したがって、これらのツールは、発生及び疾患における遺伝子機能の、効率的なさらなるハイスループット調査を可能にすることを見込める。
したがって、本発明の様々な実施形態は、これらの所見に少なくとも部分的に基づいている。
ドナーベクター
本発明の様々な実施形態は、導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写終止エレメントと;導入遺伝子またはRNAと;ペアになったリコンビナーゼ認識部位と、を含む、プロモーターのないドナーベクターを提供する。
本発明の様々な実施形態は、導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写終止エレメントと;導入遺伝子またはRNAと;ペアになったリコンビナーゼ認識部位と、を含む、プロモーターのないドナーベクターを提供する。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、転写後調節エレメントをさらに含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、導入遺伝子またはRNAの下流にポリアデニル化シグナルをさらに含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、PGKポリアデニル化シグナル(pA)と;三量体化SV40pAと;導入遺伝子またはRNAと;loxPと;フリッパーゼ認識標的(FRT)と;ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と;ウサギβ-グロビンpAと、を含む。
本発明の様々な実施形態は、導入遺伝子またはRNAから上流の転写終止エレメントと;ペアになったリコンビナーゼ認識部位と;rtTA-V10と;導入遺伝子またはRNAと;TRE-Biと、を含む、プロモーターのないドナーベクターを提供する。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、転写後調節エレメントをさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシンをコードする遺伝子をさらに含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、導入遺伝子またはRNAから上流の転写終止エレメントと;loxPと;rtTA-V10と;導入遺伝子またはRNAと;TRE-Biと;フリッパーゼ認識標的(FRT)と、を含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、転写後調節エレメントをさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシンをコードする遺伝子をさらに含む。
本発明の様々な実施形態は、導入遺伝子またはRNAから上流の転写終止エレメントと;ペアになったリコンビナーゼ認識部位と;rtTA-V10と;導入遺伝子またはRNAと;TRE-Bi-Dll1と、を含む、プロモーターのないドナーベクターを提供する。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、転写後調節エレメントをさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシンをコードする遺伝子をさらに含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、導入遺伝子またはRNAから上流の転写終止エレメントと;loxPと;rtTA-V10と;導入遺伝子またはRNAと;TRE-Bi-Dll1と;フリッパーゼ認識標的(FRT)と、を含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシンをコードする遺伝子をさらに含む。
ペアになったリコンビナーゼ部位の方向性は、遺伝子導入動物における操作される遺伝子座によって指示される(すなわち、導入遺伝子が上流プロモーターの「センス」方向で挿入されることになっているならば、リコンビナーゼ部位は外側のペアのリコンビナーゼ部位を正確に模倣するだろう)。したがって、様々な実施形態において、ペアになったリコンビナーゼ認識部位は正確な方向性で存在する。様々な実施形態において、loxPは逆方向で存在しない。
様々な実施形態において、ペアになったリコンビナーゼ認識部位はloxP及びフリッパーゼ認識標的(FRT)であり、リコンビナーゼはcre及びflpである。Flpの例としてはflpE及びflpOが挙げられる。
リコンビナーゼ(及び部位)の他の例としては、VCre(Vlox及び誘導体)、SCre(Slox及び誘導体)、Dre(Rox及び誘導体)、及びphiC31(attb)が挙げられるがこれらに限定されない。
様々な実施形態において、RNAは、siRNA、shRNA、またはsgRNAである。
様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、疾患関連突然変異を含む。様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、機能獲得型(GOF)突然変異を含む。様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、機能喪失型(LOF)突然変異を含む。
導入遺伝子の例としては発癌性機能獲得型突然変異が挙げられるがこれらに限定されず、これらには、Ras、H3f3a、Pdgfra、Trp53点突然変異(Idh1)が含まれる。RNA(shRNA及びsgRNA)の例としては、腫瘍抑制因子標的(Trp53、Nf1、Atrx、またはPten等)が挙げられるがこれらに限定されない。
転写後調節エレメントの例としては、B型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)及びウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)が挙げられるがこれらに限定されない。
様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、抗生物質をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシン、または真核生物代替物(カナマイシン及びブラストサイジンなど)をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、ドキシサイクリン調節性トランス活性化因子、またはsgRNAとペアにした場合に、DNA切断、遺伝子活性化(Crispra)、もしくは遺伝子抑制(Crispri)のためのCRISPR/Casベースのバリアント(例えばSpCas9またはCpf1)、をコードする遺伝子をさらに含む。
様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、1つまたは複数のspaghetti monster蛍光タンパク質(SM_FP)をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、1つまたは複数のSM_FPは各々異なるSM_FPである。様々な実施形態において、1つまたは複数のSM_FPは4つの異なるSM_FPである。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、1つまたは複数のエピトープタグをコードする遺伝子をさらに含む。例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15のエピトープタグである。エピトープタグは反復または異なるタグであり得る。様々な実施形態において、エピトープタグは、HAタグ、Mycタグ、V5タグ、またはFlagタグである。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、大積載のバクテリア人工染色体(BAC)を含む。
システム
本発明の様々な実施形態は、インビボのデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換における使用のためのシステムを提供する。
本発明の様々な実施形態は、インビボのデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換における使用のためのシステムを提供する。
様々な実施形態において、システムは、
本明細書において開示されるようなプロモーターのないドナーベクターと;
ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクターと
を含む。
本明細書において開示されるようなプロモーターのないドナーベクターと;
ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクターと
を含む。
様々な実施形態において、システムは、
本明細書において開示されるようなプロモーターのないドナーベクターと;
2つの発現ベクターであって、
第1の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする第1の遺伝子を含み、
第2の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする第2の遺伝子を含む、2つの発現ベクターと
を含む。
本明細書において開示されるようなプロモーターのないドナーベクターと;
2つの発現ベクターであって、
第1の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする第1の遺伝子を含み、
第2の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする第2の遺伝子を含む、2つの発現ベクターと
を含む。
様々な実施形態において、システムは、
導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、
導入遺伝子またはRNA、及び
ペアになったリコンビナーゼ認識部位
を含む、プロモーターのないドナーベクターと;
ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクターと
を含む。
導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、
導入遺伝子またはRNA、及び
ペアになったリコンビナーゼ認識部位
を含む、プロモーターのないドナーベクターと;
ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクターと
を含む。
様々な実施形態において、システムは、
導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、
導入遺伝子またはRNA、及び
ペアになったリコンビナーゼ認識部位
を含む、プロモーターのないドナーベクターと;
2つの発現ベクターであって、
第1の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする第1の遺伝子を含み、
第2の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする第2の遺伝子を含む、2つの発現ベクターと
を含む。
導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、
導入遺伝子またはRNA、及び
ペアになったリコンビナーゼ認識部位
を含む、プロモーターのないドナーベクターと;
2つの発現ベクターであって、
第1の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする第1の遺伝子を含み、
第2の発現ベクターは、ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする第2の遺伝子を含む、2つの発現ベクターと
を含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、転写後調節エレメントをさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、導入遺伝子またはRNAの下流にポリアデニル化シグナルをさらに含む。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、PGKポリアデニル化シグナル(pA)と;三量体化SV40pAと;導入遺伝子またはRNAと;loxPと;フリッパーゼ認識標的(FRT)と;ウサギβ-グロビンpAと;ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と、を含む。
ペアになったリコンビナーゼ部位の方向性は、遺伝子導入動物における操作される遺伝子座によって指示される(すなわち、導入遺伝子が上流プロモーターの「センス」方向で挿入されることになっているならば、リコンビナーゼ部位は外側のペアのリコンビナーゼ部位を正確に模倣するだろう)。したがって、様々な実施形態において、ペアになったリコンビナーゼ認識部位は正確な方向性で存在する。様々な実施形態において、loxPは逆方向で存在しない。
様々な実施形態において、ペアになったリコンビナーゼ認識部位はloxP及びフリッパーゼ認識標的(FRT)であり、リコンビナーゼはcre及びflpである。Flpの例としてはflpE及びflpOが挙げられる。
リコンビナーゼ(及び部位)の他の例としては、VCre(Vlox及び誘導体)、SCre(Slox及び誘導体)、Dre(Rox及び誘導体)、及びphiC31(attb)が挙げられるがこれらに限定されない。
様々な実施形態において、RNAは、siRNA、shRNA、またはsgRNAである。
様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、疾患関連突然変異を含む。様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、機能獲得型(GOF)突然変異を含む。様々な実施形態において、導入遺伝子またはRNAは、機能喪失型(LOF)突然変異を含む。
導入遺伝子の例としては発癌性機能獲得型突然変異が挙げられるがこれらに限定されず、これらには、Ras、H3f3a、Pdgfra、Trp53点突然変異(Idh1)が含まれる。RNA(shRNA及びsgRNA)の例としては、腫瘍抑制因子標的(Trp53、Nf1、Atrx、またはPten等)が挙げられるがこれらに限定されない。
転写後調節エレメントの例としては、B型肝炎ウイルス転写後調節エレメント(HPRE)及びウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)が挙げられるがこれらに限定されない。
様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、抗生物質をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、ピューロマイシン、または真核生物代替物(カナマイシン及びブラストサイジンなど)をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、ドキシサイクリン調節性トランス活性化因子、またはsgRNAとペアにした場合に、DNA切断、遺伝子活性化(Crispra)、もしくは遺伝子抑制(Crispri)のためのCRISPR/Casベースのバリアント(例えばSpCas9またはCpf1)、をコードする遺伝子をさらに含む。
様々な実施形態において、上及び下で記載されるプロモーターのないドナーベクターは、1つまたは複数のspaghetti monster蛍光タンパク質(SM_FP)をコードする遺伝子をさらに含む。様々な実施形態において、1つまたは複数のSM_FPは各々異なるSM_FPである。様々な実施形態において、1つまたは複数のSM_FPは4つの異なるSM_FPである。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、1つまたは複数のエピトープタグをコードする遺伝子をさらに含む。例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15のエピトープタグである。エピトープタグは反復または異なるタグであり得る。様々な実施形態において、エピトープタグは、HAタグ、Mycタグ、V5タグ、またはFlagタグである。
様々な実施形態において、プロモーターのないドナーベクターは、大積載のバクテリア人工染色体(BAC)を含む。
動物モデル
本発明の様々な実施形態は、非ヒト動物モデル、及び非ヒト動物モデルを生成する方法を提供する。動物モデルを使用して、がんドライバー変異(例えば機能獲得型がん遺伝子)をモデル化することができる。
本発明の様々な実施形態は、非ヒト動物モデル、及び非ヒト動物モデルを生成する方法を提供する。動物モデルを使用して、がんドライバー変異(例えば機能獲得型がん遺伝子)をモデル化することができる。
様々な実施形態において、非ヒト動物モデルの生成は、デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムを提供することと;デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムを非ヒト動物へ投与することと、非ヒト動物にエレクトロポレーションを行うこと、を含む。
非ヒト動物モデルの生成に提供及び使用されるデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムは、本明細書において記載されるような本発明のデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムである。
様々な実施形態において、この方法は、hypBase及び/またはレポータープラスミドを投与することをさらに含む。
デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換エレクトロポレーションのためのシステムは、試験が所望される所在位置へ投与され得る。例えば、脳を研究する実験では、このシステムは側脳室の中へ注入することができ、エレクトロポレーションをその所在位置で遂行することができる。別の例において、脊髄を研究する実験については、このシステムは例えば脳脊髄液の中へ、または脊髄の中もしくはその近くに注入することができ、エレクトロポレーションは脊髄でまたはその近くで行うことができる。
様々な実施形態において、非ヒト動物モデルは、本明細書において開示されるようなデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムを含み、そこで、デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換が起こっていた。
様々な実施形態において、非ヒト動物はマウスである。他の実施形態において、非ヒト動物は、ラット、ハムスター、アレチネズミ、ブタ、モルモット、ウサギ、サル(例えばアカゲザル)、ヒヒ、チンパンジー、ヒツジ、またはイヌである。様々な実施形態において、非ヒト動物は遺伝子操作マウスである。様々な実施形態において、非ヒト動物は、ペアになったデュアルリコンビナーゼ部位を備えた遺伝子操作マウスである。様々な実施形態において、マウスは、Rosa26mTmG(mTmG)マウス、Ai14マウス、R26-CAG-LF-mTFP1マウスもしくはIKMCマウスまたは類似するペアになったデュアルリコンビナーゼ部位を備えたマウスである。
薬物スクリーニング
本発明の様々な実施形態は、本発明の非ヒト動物モデルを提供することと、薬物候補を投与することと、非ヒト動物モデルに対する薬物候補の効果を査定することと、を含む、薬物候補をスクリーニングする方法を提供する。
本発明の様々な実施形態は、本発明の非ヒト動物モデルを提供することと、薬物候補を投与することと、非ヒト動物モデルに対する薬物候補の効果を査定することと、を含む、薬物候補をスクリーニングする方法を提供する。
様々な実施形態において、この方法は、薬物候補が非ヒト動物モデルへ有益な結果を提供する場合に薬物候補を薬物として選択することをさらに含む。様々な実施形態において、この方法は、薬物候補が非ヒト動物モデルへ有益な結果を提供する場合に薬物候補を薬物として検証することをさらに含む。
「有益な結果」には、疾患病態の重症度を軽減または緩和すること、疾患病態が悪化するのを予防すること、疾患病態を治癒させること、及び患者の寿命または平均余命を長くすること、が含まれ得るがこれらに一切限定されない。
治療の方法
本発明の様々な実施形態は、本発明のデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムを含む細胞を提供することと、細胞を対象へ投与することと、を含む、対象における疾患または病態を治療する方法を提供する。
本発明の様々な実施形態は、本発明のデュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換のためのシステムを含む細胞を提供することと、細胞を対象へ投与することと、を含む、対象における疾患または病態を治療する方法を提供する。
様々な実施形態において、細胞は幹細胞である。
様々な実施形態において、デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換が、細胞において起こっていた。
細胞の対象への投与は、疾患病態のために適切な投与ルートによって遂行され得る。「投与ルート」は当技術分野において公知の任意の投与経路を指し、これらには、エアロゾル、経鼻、経口、経粘膜、経皮、または非経口が含まれるがこれらに限定されない。「経皮」投与は、局所用のクリームもしくは軟膏を使用してまたは経皮パッチを用いて達成され得る。「非経口的である」は一般的には注入と関連する投与ルートを指し、それらには、眼窩内、点滴、動脈内、嚢内、心臓内、皮内、筋肉内、腹腔内、肺内、脊髄内、胸骨内、髄腔内、子宮内、静脈内、クモ膜下、被膜下、皮下、経粘膜、または経気管が含まれる。非経口ルートで、組成物は、点滴もしくは注入のための溶液もしくは懸濁物の形態、または凍結乾燥された粉末としての形態であり得る。
腸ルートで、医薬組成物は、錠、ゲル、カプセル、糖衣錠、シロップ、懸濁物、溶液、粉末、顆粒、エマルション、マイクロスフェアもしくはナノスフェア、または制御放出を可能にする脂質小胞もしくはポリマー小胞の形態であり得る。非経口ルートで、組成物は、点滴または注入のための溶液または懸濁物の形態であり得る。
局所ルートで、本発明に記載の化合物に基づく医薬組成物は、皮膚及び粘膜の治療のために製剤化され得、軟膏、クリーム、乳液、膏薬、粉末、含浸パッド、溶液、ゲル、スプレー、ローションまたは懸濁物の形態である。それらは、制御放出を可能にする、マイクロスフェアもしくはナノスフェアまたは脂質小胞もしくはポリマー小胞またはポリマーパッチ及びハイドロゲルの形態でもあり得る。これらの局所ルートの組成物は、臨床徴候に依存して、無水形態または水性形態のいずれかでありえる。
眼ルートで、それらは点眼剤の形態であり得る。
様々な実施形態において、細胞は移植によって投与される。治療は、疾患(がん、神経変性疾患、卒中、または癲癇等)において、増殖因子療法、エクソソーム療法、またはペプチド療法を送達するために、dRMCE事象と共に移植細胞を使用することを含む。
様々な実施形態において、細胞を移植し、後続して、エレクトロポレーションまたはウイルスによる形質導入によってdRMCEのために標的化する。
以下の実施例は特許請求された発明をより良く説明するために提供され、本発明の範囲を限定すると解釈するべきでない。具体的な材料が言及される範囲で、それは単に例示の目的のためのものであり、本発明を限定することは意図しない。当業者は、発明能力の訓練なしに、及び本発明の範囲から逸脱することなしに、等価な手段または反応物を開発することができる。
実施例1
クローニング
Flp-Creコンストラクトは、Y.Voziyanovによって惜しみなく提供され、dRMCEのコンテキスト中で検証された。本発明のドナープラスミドは、標準的な制限消化技法と組み合わせたIn-Fusion technique(Clontech)を使用して、PGKneotpAlox2から導かれた。FRT部位は、2つのオリゴをアニールし、PGKneotpAlox2の中へ挿入物をインフュージョンすることによって作成した。他のドナープラスミドの下流の生成は、既存のORFを除去しIn-Fusionまたはライゲーションを使用して、新しいカセットを追加することによって行った。PB-CAGプラスミドは以前に記載された。
クローニング
Flp-Creコンストラクトは、Y.Voziyanovによって惜しみなく提供され、dRMCEのコンテキスト中で検証された。本発明のドナープラスミドは、標準的な制限消化技法と組み合わせたIn-Fusion technique(Clontech)を使用して、PGKneotpAlox2から導かれた。FRT部位は、2つのオリゴをアニールし、PGKneotpAlox2の中へ挿入物をインフュージョンすることによって作成した。他のドナープラスミドの下流の生成は、既存のORFを除去しIn-Fusionまたはライゲーションを使用して、新しいカセットを追加することによって行った。PB-CAGプラスミドは以前に記載された。
マウス及びエレクトロポレーション
Gt(ROSA)26Sortm4(ACTB-tdTomato,-EGFP)Luo/Jマウスは、Jackson Laboratoryから購入した。mTmGを野生型CD1マウス(Charles River)と交配させて、ヘテロ接合のマウスを生成した。すべてのマウスは、Cedars-Sinai研究機関内動物実験委員会に従って使用した。出生後の側脳室EPは、以前に記載されるように実行した。生後1日~3日の仔マウスを約5分間氷上に置いた。すべてのDNA混合物は、トリス-EDTAバッファー中で希釈された、0.5~1μg/μlのFlp-Cre発現ベクター、ドナープラスミド、hypBase、またはCAGレポータープラスミドを、特別に示さない限り含有した。ファストグリーン色素を混合物へ添加し(10%v/v)、それを側脳室の中へ注入した。Platinum Tweezertrodesは、ECM 830 System(Harvard Apparatus)からの120Vの5パルス(50ミリ秒;950ミリ秒で分離される)を送達した。SignaGelを適用してコンダクタンスを増加させた。マウスを加熱ランプ下で暖め、ケージへ戻した。
Gt(ROSA)26Sortm4(ACTB-tdTomato,-EGFP)Luo/Jマウスは、Jackson Laboratoryから購入した。mTmGを野生型CD1マウス(Charles River)と交配させて、ヘテロ接合のマウスを生成した。すべてのマウスは、Cedars-Sinai研究機関内動物実験委員会に従って使用した。出生後の側脳室EPは、以前に記載されるように実行した。生後1日~3日の仔マウスを約5分間氷上に置いた。すべてのDNA混合物は、トリス-EDTAバッファー中で希釈された、0.5~1μg/μlのFlp-Cre発現ベクター、ドナープラスミド、hypBase、またはCAGレポータープラスミドを、特別に示さない限り含有した。ファストグリーン色素を混合物へ添加し(10%v/v)、それを側脳室の中へ注入した。Platinum Tweezertrodesは、ECM 830 System(Harvard Apparatus)からの120Vの5パルス(50ミリ秒;950ミリ秒で分離される)を送達した。SignaGelを適用してコンダクタンスを増加させた。マウスを加熱ランプ下で暖め、ケージへ戻した。
組織調製
麻酔後に、マウス脳を単離し、4℃で一晩、4%のPFA中で固定した。脳を4%の低融点アガロース中に包埋し、ビブラトーム(Leica)で70μmの切片にした。
麻酔後に、マウス脳を単離し、4℃で一晩、4%のPFA中で固定した。脳を4%の低融点アガロース中に包埋し、ビブラトーム(Leica)で70μmの切片にした。
免疫組織化学
免疫組織化学は以前に記載されるように標準的方法論を用いて遂行した。すべての二次抗体(Jackson ImmunoResearch)は1:500で使用した。一次抗体についての詳細は表3に見出すことができる。
免疫組織化学は以前に記載されるように標準的方法論を用いて遂行した。すべての二次抗体(Jackson ImmunoResearch)は1:500で使用した。一次抗体についての詳細は表3に見出すことができる。
細胞培養及びヌクレオフェクション
3匹のヘテロ接合の生後0日のmTmG仔マウス脳を分離して、本研究において使用するマウス神経幹細胞株を確立した。以前に記載されるように細胞株を維持した。ビタミンA不含有B-27(Life Technologies 12587-010)、GlutaMAX(Life Technologies 35050)、抗生物質-抗真菌剤(Life Technologies 15240)、hEGFP(Sigma E9644)、ヘパリン(Sigma H3393)、及びbFGF(Millipore GF003)を補足したNeurobasal(登録商標)-A Medium(Life Technologies 10888-022)を含有する培地中で、細胞を増殖させた。神経幹細胞ヌクレオフェクションは、製造者の推奨(Lonza AG)に従ってNucleofector 2bデバイス及びマウス神経幹細胞キットを使用して遂行した。ヌクレオフェクション混合物は、10ng/μlの等しい濃度のプラスミドを含有していた。
3匹のヘテロ接合の生後0日のmTmG仔マウス脳を分離して、本研究において使用するマウス神経幹細胞株を確立した。以前に記載されるように細胞株を維持した。ビタミンA不含有B-27(Life Technologies 12587-010)、GlutaMAX(Life Technologies 35050)、抗生物質-抗真菌剤(Life Technologies 15240)、hEGFP(Sigma E9644)、ヘパリン(Sigma H3393)、及びbFGF(Millipore GF003)を補足したNeurobasal(登録商標)-A Medium(Life Technologies 10888-022)を含有する培地中で、細胞を増殖させた。神経幹細胞ヌクレオフェクションは、製造者の推奨(Lonza AG)に従ってNucleofector 2bデバイス及びマウス神経幹細胞キットを使用して遂行した。ヌクレオフェクション混合物は、10ng/μlの等しい濃度のプラスミドを含有していた。
画像化及びプロセシング
すべての固定画像は、Nikon A1Rの倒立レーザー共焦点顕微鏡で収集した。mNSCのライブ画像はEVOSのデジタル蛍光倒立顕微鏡で得た。全脳画像のために、Nikon Elementsの自動化スティッチング機能を使用した。次いでND2ファイルをImageJの中へインポートしてZ投影画像を作成し、後続してそれをAdobe Photoshop CS6で編集した。Adobe Illustrator CS6を最終的な図の制作のために使用した。
すべての固定画像は、Nikon A1Rの倒立レーザー共焦点顕微鏡で収集した。mNSCのライブ画像はEVOSのデジタル蛍光倒立顕微鏡で得た。全脳画像のために、Nikon Elementsの自動化スティッチング機能を使用した。次いでND2ファイルをImageJの中へインポートしてZ投影画像を作成し、後続してそれをAdobe Photoshop CS6で編集した。Adobe Illustrator CS6を最終的な図の制作のために使用した。
フローサイトメトリー
以前に記載されるように細胞を収集した。細胞をPBS中で短時間リンスし、Accutase(Millipore)を使用する酵素による解離によって取り出し、250gで3分間ペレット化し、培地中で再懸濁した。FACSは、Cedars-SinaiフローサイトメトリーにおいてBeckman Coulter MoFloで行った。
以前に記載されるように細胞を収集した。細胞をPBS中で短時間リンスし、Accutase(Millipore)を使用する酵素による解離によって取り出し、250gで3分間ペレット化し、培地中で再懸濁した。FACSは、Cedars-SinaiフローサイトメトリーにおいてBeckman Coulter MoFloで行った。
ウエスタンブロット
細胞ペレットをLaemmliバッファー中で再懸濁し、95℃で5分間煮沸した。タンパク質濃度をThermoScientific NanoDrop 2000で測定した。SDS-PAGE分離及びニトロセルロース膜上への転写後に、0.1% PBS-Tween中の5% 脱脂乳中で希釈した、表3でリストされた抗体を使用して、タンパク質を検出した。すべての二次抗体(Li-cor IRDye(登録商標))は1:15000で使用した。赤外線検出はLi-Cor Odyssey(登録商標)CLX Imaging Systemによって達成した。
細胞ペレットをLaemmliバッファー中で再懸濁し、95℃で5分間煮沸した。タンパク質濃度をThermoScientific NanoDrop 2000で測定した。SDS-PAGE分離及びニトロセルロース膜上への転写後に、0.1% PBS-Tween中の5% 脱脂乳中で希釈した、表3でリストされた抗体を使用して、タンパク質を検出した。すべての二次抗体(Li-cor IRDye(登録商標))は1:15000で使用した。赤外線検出はLi-Cor Odyssey(登録商標)CLX Imaging Systemによって達成した。
ドキシサイクリン及びピューロマイシンの投与
ドキシサイクリン(Clontech 631311)を100ng/mlの最終濃度で培養培地へ添加した。ピューロマイシン(Clontech 631305)を1μg/mlで使用した。
ドキシサイクリン(Clontech 631311)を100ng/mlの最終濃度で培養培地へ添加した。ピューロマイシン(Clontech 631305)を1μg/mlで使用した。
multi-miR-Eノックダウン効率定量化
本発明者は、FlExベースの導入遺伝子発現(特にEGFPカセット(FlEx-EGFP)のCre媒介性の逆位及び活性化)を以前に使用した。Nf1、Pten、及びTrp53を標的化する本発明のmulti-miR-Eを試験するために、多重miR-Es(FlEx-multi-miR-E)を保有するCAG駆動性FlExベースのコンストラクトを製作した。出生後のmNSC株をCD1仔マウス脳の分離によって確立し、EGFPまたはFlEx-multi-miR-E及びCreリコンビナーゼベクターをトランスフェクションした。蛍光細胞を選別し、mRNAの抽出、ならびにNf1、Pten及びTrp53についてのqPCRプローブを使用するSYBRベースのFluidigm BioMarkダイナミックアレイを行った。
本発明者は、FlExベースの導入遺伝子発現(特にEGFPカセット(FlEx-EGFP)のCre媒介性の逆位及び活性化)を以前に使用した。Nf1、Pten、及びTrp53を標的化する本発明のmulti-miR-Eを試験するために、多重miR-Es(FlEx-multi-miR-E)を保有するCAG駆動性FlExベースのコンストラクトを製作した。出生後のmNSC株をCD1仔マウス脳の分離によって確立し、EGFPまたはFlEx-multi-miR-E及びCreリコンビナーゼベクターをトランスフェクションした。蛍光細胞を選別し、mRNAの抽出、ならびにNf1、Pten及びTrp53についてのqPCRプローブを使用するSYBRベースのFluidigm BioMarkダイナミックアレイを行った。
インビボのMADR効率の定量化
各々の条件について、2匹の仔マウスにpCAG-TagBFP2-nls、pDonor-smFP-HA、及びFlp-2A-Creをエレクトロポレーションした。脳をEP後2日に得て、各々の脳からの2つの隣接しない切片をHAタグ抗体及びEGFPにより染色した。各々の切片について、約25のBFP+細胞をランダムに選択し、その中で、BFP+細胞中の、HA+細胞及びEGFP+細胞をカウントした。各々の群について4つの切片にわたって、割合を平均化した。
各々の条件について、2匹の仔マウスにpCAG-TagBFP2-nls、pDonor-smFP-HA、及びFlp-2A-Creをエレクトロポレーションした。脳をEP後2日に得て、各々の脳からの2つの隣接しない切片をHAタグ抗体及びEGFPにより染色した。各々の切片について、約25のBFP+細胞をランダムに選択し、その中で、BFP+細胞中の、HA+細胞及びEGFP+細胞をカウントした。各々の群について4つの切片にわたって、割合を平均化した。
U6-sgRNA断片のPCR生成
短いリバースプライマー及びultramerフォワードプライマー(IDT DNA)をPCR反応及び後続する精製において組み合わせて、濃縮したsgRNAを製作した(Ran et al.,2013)。100ngの各々の断片をEPのためにプラスミドDNAと組み合わせた。
短いリバースプライマー及びultramerフォワードプライマー(IDT DNA)をPCR反応及び後続する精製において組み合わせて、濃縮したsgRNAを製作した(Ran et al.,2013)。100ngの各々の断片をEPのためにプラスミドDNAと組み合わせた。
マウス腫瘍細胞におけるInDel突然変異のシーケンシング
腫瘍細胞の純粋な集団をFACSによって得て、ゲノムDNAを単離した(Qiagen DNeasy)。gRNA標的部位に隣接するプライマーを使用して、NF1、Trp53、及びPtenについてのInDel突然変異を含有すると予想される領域をPCR増幅した。PCR増幅断片をThermo Fisher Zero Blunt TOPOキットを使用してtopoクローニングし、One Shot MAX Efficiency DH5-T1R細胞の中に形質転換した。
腫瘍細胞の純粋な集団をFACSによって得て、ゲノムDNAを単離した(Qiagen DNeasy)。gRNA標的部位に隣接するプライマーを使用して、NF1、Trp53、及びPtenについてのInDel突然変異を含有すると予想される領域をPCR増幅した。PCR増幅断片をThermo Fisher Zero Blunt TOPOキットを使用してtopoクローニングし、One Shot MAX Efficiency DH5-T1R細胞の中に形質転換した。
本発明の様々な実施形態は、発明を実施するための形態において上述される。これらの記載は上の実施形態を直接的に記載するが、当業者が本明細書において示され記載される具体的な実施形態への修飾及び/または変動を想像し得ることは、理解される。本記載の範囲内にある任意のかかる修飾または変動は、その中に同様に包含されることが意図される。具体的に示されない限り、明細書及び請求項における単語及び語句は、当業者にとって通常の習慣的な意味が与えられることは、本発明者の意図である。
本出願の申請の時点で本出願人に既知の発明の様々な実施形態の先の記載は提示されており、例示及び記載のために意図される。本記載は、網羅的であるとか、開示された正確な形態へ本発明を限定することは意図せず、多くの修飾及び変動は上述の教示に照らして可能である。記載された実施形態は、本発明の原則及びその実践的な適用について説明し、当業者が、様々な実施形態において、及び企図された特定の使用に適するような様々な修飾により、本発明を利用することを可能にする役目を果たす。したがって、本発明は、本発明の実行のために開示される特定の実施形態へ限定されることは意図しない。
本発明の特定の実施形態が示され記述されてきたが、本発明及びそのより広義の態様から逸脱せずに、変化及び修飾を、本明細書における教示に基づいて行えることは、当業者に明らかであり、したがって添付の請求項は、本発明の真の趣旨及び範囲内にあるようなそれらの範囲内のすべてのかかる変化及び修飾を包含するべきである。一般に、本明細書において使用される用語が「非制限的な」用語として一般的には意図されることは当業者によって理解されるだろう(例えば「含まれること」という用語は「が含まれるがこれらに限定されないこと」と解釈されるべきであり、「有すること」という用語は「少なくとも有すること」と解釈されるべきであり、「含まれる」という用語は「含まれるがこれらに限定されない」と解釈されるべきである、など)。
配列情報
SEQUENCE LISTING
<110> CEDARS-SINAI MEDICAL CENTER
<120> SYSTEMS AND METHODS FOR IN VIVO DUAL RECOMBINASE-MEDIATED
CASSETTE EXCHANGE (dRMCE) AND DISEASE MODELS THEREOF
<150> US 62/287,197
<151> 2016-01-26
<160> 20
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> synthetic construct
<400> 1
gcaacgtgct ggttattgtg c 21
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> synthetic construct
<400> 2
ctcaatccag cggaccttcc 20
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> synthetic construct
<400> 3
agcaaagacc ccaacgagaa g 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> synthetic construct
<400> 4
tgtctggatc cccatcaagc 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> synthetic construct
<400> 5
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Claims (21)
- 以下を含む、システム:
導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写の終止エレメント、
前記導入遺伝子またはRNA、及び
ペアになったリコンビナーゼ認識部位
を含む、プロモーターのないドナーベクター;ならびに
前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位に特異的なリコンビナーゼをコードする2つの遺伝子を含む、1つの発現ベクター、または
2つの発現ベクターであって、
第1の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの1つに特異的な第1のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含み、
第2の発現ベクターが、前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位のうちの他のものに特異的な第2のリコンビナーゼをコードする1つの遺伝子を含む、2つの発現ベクター。 - 前記プロモーターのないドナーベクターが、転写後調節エレメントをさらに含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロモーターのないドナーベクターが、前記導入遺伝子またはRNAの下流にポリアデニル化シグナルをさらに含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロモーターのないドナーベクターが、
PGKポリアデニル化シグナル(pA)と;
三量体化SV40pAと;
前記導入遺伝子またはRNAと;
loxP及びフリッパーゼ認識標的(FRT)と;
ウサギβ-グロビンpAと;
ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と
を含む、請求項1に記載のシステム。 - 前記ペアになったリコンビナーゼ認識部位がloxP及びフリッパーゼ認識標的(FRT)であり、前記リコンビナーゼがcre及びflpである、請求項1に記載のシステム。
- 前記RNAがsiRNAである、請求項1に記載のシステム。
- 前記RNAがshRNAである、請求項1に記載のシステム。
- 前記RNAがsgRNAである、請求項1に記載のシステム。
- 前記導入遺伝子またはRNAが疾患関連突然変異を含む、請求項1に記載のシステム。
- 導入遺伝子またはRNAの上流の、ポリアデニル化シグナルまたは転写終止エレメントと;
前記導入遺伝子またはRNAと;
ペアになったリコンビナーゼ認識部位と
を含む、プロモーターのないドナーベクター。 - 転写後調節エレメントをさらに含む、
請求項10に記載の、プロモーターのないドナーベクター。 - 前記導入遺伝子またはRNAの下流に、ポリアデニル化シグナルをさらに含む、
請求項10に記載の、プロモーターのないドナーベクター。 - PGKポリアデニル化シグナル(pA)と;
三量体化SV40pAと;
導入遺伝子またはRNAと;
loxP及びフリッパーゼ認識標的(FRT)と;
ウサギβ-グロビンpAと;
ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)と
を含む、
請求項10に記載の、プロモーターのないドナーベクター。 - 請求項1に記載のシステムを含む、非ヒト動物モデル。
- デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換が起こっている、請求項14に記載の非ヒト動物モデル。
- 前記動物がマウスである、請求項14に記載の非ヒト動物モデル。
- 請求項1に記載のシステムを提供する段階と;
前記システムを非ヒト動物へ投与する段階と;
前記非ヒト動物にエレクトロポレーションを行う段階と
を含む、請求項14に記載の非ヒト動物モデルを産生する方法。 - 請求項14に記載の非ヒト動物モデルを提供する段階と;
薬物候補を投与する段階と;
前記非ヒト動物モデルに対する前記薬物候補の効果を査定する段階と
を含む、前記薬物候補をスクリーニングする方法。 - 請求項1に記載のシステムを含む細胞を提供する段階と;
前記細胞を対象へ投与する段階と
を含む、前記対象における疾患または病態を治療する方法。 - 前記細胞が幹細胞である、請求項19に記載の方法。
- デュアルリコンビナーゼ媒介性カセット交換が前記細胞において起こっている、請求項19に記載の方法。
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