JP2023552448A - 二量体色素又はポリマー色素における輝度を増強するためのスペーシングリンカー基の設計 - Google Patents

二量体色素又はポリマー色素における輝度を増強するためのスペーシングリンカー基の設計 Download PDF

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Abstract

蛍光又は発色色素として有用な化合物が開示されている。本化合物は、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1、Ｌ1a、Ｌ1b、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ、ｎ、ｑ及びｗが本明細書で定義されている通りである、以下の構造（Ａ）、又はその立体異性体、互変異性体若しくは塩を有する。このような化合物の調製及び使用に関連する方法も提供される。

Description

本開示は、概して、輝度増強のためのスペーシング基を有する二量体及びポリマー蛍光色素又は発色色素、並びにそれらの調製法、並びに様々な分析法における使用を対象とする。
蛍光及び／又は発色色素は、非常に感度の高い検出試薬が望ましい用途にとって特に好適であることが知られている。試料中の特定の成分又は構成成分を優先的に標識することが可能な色素によって、研究者は、その特定の成分又は構成成分の存在、量及び／又は位置を判定することが可能となる。さらに、特定の系は、多様な環境における、その空間的及び時間的分布に関するモニタリングが行われ得る。
蛍光及び比色定量方法は、化学及び生物学において、非常に広範囲に普及している。これらの方法は、生体分子に関する、存在、構造、距離、配向、複合体形成及び／又は位置に関する有用な情報をもたらす。さらに、時間分解法は、動力学及び速度の測定に使用されることが次第に増加している。その結果、核酸及びタンパク質などの生体分子の蛍光又は着色標識化に関する多数の戦略が開発されてきた。生体分子の分析は、通常、水性環境で行われるので、水溶性色素の開発及び使用に重点が置かれてきた。
蛍光性又は発色性が高い色素の使用により、シグナル対ノイズ比が増大し、他の関連利益が実現されるので、このような色素は非常に望ましい。したがって、既知の蛍光部分及び／又は発色部分からのシグナルを増大させる試みが行われてきた。例えば、２つ以上の蛍光部分及び／又は発色部分を含む二量体化合物及びポリマー化合物が、そのような化合物は一層明るい色素となるであろうと期待されて、調製されてきた。しかし、分子内での蛍光消光の結果として、既知の二量体色素及びポリマー色素は、輝度の望ましい向上を実現しない。
したがって、モル輝度の増大した水溶性色素が当分野において必要とされている。理想的には、このような色素及びバイオマーカーは、強く発色する又は蛍光であるべきであり、様々な色及び蛍光波長に利用可能であるべきである。本開示は、この必要性を満足し、さらに関連する利点を実現する。
手短に述べると、本開示の実施形態は、概して、生体分子などの分析対象分子の目視検出を可能にする、水溶性蛍光色素及び／又は発色色素及び／又はプローブとして有用な化合物、並びにそれらを調製するための試薬を対象とする。色素を使用する分析対象分子を目視検出する方法もまた記載されている。
本開示色素の実施形態は、以下の構造：
Figure 2023552448000002
 （式中、Ｌ４及びＬ５は、Ｌ６基とは異なるリンカー基である）を有するリンカーによって共有結合により連結されている、２つ以上の蛍光部分及び／又は発色部分を含む。Ｌ６リンカー基しか有していない二量体及び／又はポリマー色素のこれまでの報告とは対照的に、Ｌ６を取り囲む追加のリンカー基Ｌ４及びＬ５の導入は、リンカーの剛性、並びに隣接する蛍光部分及び／又は発色部分間の間隔が増大する一助となる。本色素化合物は、Ｌ６リンカー基しか含有しない対応する色素化合物よりもかなり明るい。本色素化合物の輝度もまた、経時的に増大する。理論によって拘泥されることを望むものではないが、Ｌ６の周りに追加のリンカー基を付与することにより、蛍光部分及び／又は発色部分の間に一層の空間隔離及び空間隔離安定性をもたらし、こうして分子内の蛍光消光が低減される及び／又はなくなると考えられる。
一部の実施形態では、本開示の化合物は、この化合物に結合したＦＲＥＴ蛍光発光が可能となるので有用である。色素を使用する分析対象分子を目視検出する方法もまた記載されている。
本開示色素の実施形態は、リンカー（例えば、「Ｌ１」又は「Ｌ１ｃ」及び「Ｌ１ｄ」）によって共有結合により連結されている、２つ以上の蛍光部分及び／又は発色部分（すなわち、発色団又はＦＲＥＴドナー／アクセプター）を含む。タンパク質をベースとする二量体及び／又はポリマー色素のこれまでの報告とは対照的に、分子内相互作用の結果として、かなり一層明るいＦＲＥＴ吸光及び発光が可能となり、当分野において公知の容易な方法（すなわち、自動ＤＮＡ合成法）を使用して、確実に再現性がある。
本開示の実施形態の水溶性蛍光色素又は発色色素は、色及び／又は蛍光を強く発し、ＦＲＥＴ過程（例えば、吸光度、発光量、ストークスシフト）を可能にし、目視検査又は他の手段によって容易に観察することができる。一部の実施形態では、本化合物は、事前の照射、又は化学的若しくは酵素的活性化なしに、観察することができる。色素の適切な選択により、本明細書に記載されている通り、様々な発色の目視により検出可能な分析対象分子を得ることができる。
一部の実施形態では、以下の構造（Ｉ）を有する化合物：
Figure 2023552448000003
 (I)
又はその立体異性体、互変異性体若しくは塩（式中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ及びｎは、本明細書で定義されている通りである）が提供される。
一部の他の実施形態では、以下の構造（Ａ）を有する化合物：
Figure 2023552448000004
 (A)
又はその立体異性体、互変異性体若しくは塩（式中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1a、Ｌ1b、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ、ｎ及びｑは、本明細書で定義されている通りである）が提供される。
他の実施形態では、以下の構造（ＩＩ）を有する化合物：
(II)
又はその立体異性体、互変異性体若しくは塩（式中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1c、Ｌ1d、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ、ｎ及びｑは、本明細書で定義されている通りである）が提供される。
構造（Ｉ）、（Ａ）又は（ＩＩ）の化合物は、様々な分析法における、蛍光色素及び／又は発色色素としての使用を含めた、いくつかの用途に利用が見出される。
さらに他の実施形態では、試料を染色する方法であって、前記試料に、前記試料が適切な波長で照射されると光学応答を生じるのに十分な量の構造（Ｉ）、（Ａ）又は（ＩＩ）の化合物を添加するステップを含む方法が提供される。
さらに他の実施形態では、本開示は、分析対象分子を目視で検出する方法であって、
（ａ）本明細書において開示されている化合物を用意するステップ、及び
（ｂ）該化合物をその可視特性によって検出するステップ
を含む方法を提供する。
他の開示されている方法は、生体分子を目視で検出するための方法であって、
（ａ）本明細書において開示されている化合物と１つ又は複数の生体分子とを混合するステップ、及び
（ｂ）該化合物をその可視特性によって検出するステップ
を含む方法を含む。
他の実施形態は、分析対象を目視で検出する方法であって、
（ａ）Ｒ2又はＲ3が、分析対象に対する特異性を有する標的指向性部分への共有結合を含むリンカーを含む、本明細書において開示されている化合物を用意するステップ、
（ｂ）該化合物及び分析対象を混合し、それによって、標的指向性部分と分析対象とを結合させるステップ、及び
（ｃ）該化合物をその可視特性によって検出するステップ
を含む方法を提供する。
さらに他の実施形態では、本開示は、色素の輝度を増大する方法であって、
（ａ）本明細書において開示されている化合物を含む色素溶液を用意するステップ、及び
（ｂ）一定期間、色素溶液をエージングするステップ
を含む方法を提供する。
他の実施形態は、本明細書において開示されている化合物、及び１つ又は複数の生体分子などの１つ又は複数の分析対象分子を含む組成物を対象とする。１つ又は複数の生体分子を検出するための分析法における、このような組成物の使用も提供される。
一部の他の異なる実施形態では、構造（ＩＩＩ）の化合物：
Figure 2023552448000006
 (III)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1’、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｇ1、Ｇ2、ｍ及びｎは、本明細書で定義されている通りである）が提供される。構造（ＩＩＩ）の化合物は、構造（Ｉ）の蛍光色素及び／又は発色色素を調製するための中間体としての使用を含めた、いくつかの用途に利用を見出す。
一部の他の異なる実施形態では、構造（ＩＶ）の化合物：
Figure 2023552448000007
 (IV)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1c、Ｌ1d’、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｇ1、Ｇ2、ｍ及びｎは、本明細書で定義されている通りである）が提供される。構造（ＩＩＩ）の化合物は、構造（ＩＩ）の蛍光色素及び／又は発色色素を調製するための中間体としての使用を含めた、いくつかの用途に利用を見出す。
さらに他の実施形態では：
（ａ）Ｒ2又はＲ3が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物を分析対象分子と混合するステップ、
（ｂ）該化合物及び分析対象分子のコンジュゲートを形成するステップ、及び
（ｃ）該コンジュゲートを式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と反応させて、これによって、Ｇ及びＧ’の反応によって少なくとも１つの共有結合を形成するステップ（Ｒ2、Ｒ3、Ｑ、Ｇ及びＭ－Ｌ1b－Ｇ’は、本明細書で定義されている通りである）
を含む、分析対象分子を標識する方法が提供される。
一部の異なる実施形態では、分析対象分子を標識する別の方法であって、以下：
（ａ）Ｒ2又はＲ3が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ及びＧ’の反応によって少なくとも１つの共有結合を形成するステップ、及び
（ｂ）ステップ（Ａ）の生成物を分析対象分子と反応させて、これによって、ステップ（Ａ）と分析対象分子との生成物のコンジュゲート（Ｒ2、Ｒ3、Ｑ、Ｇ及びＭ－Ｌ1b－Ｇ’は、本明細書で定義されている通りである）を形成するステップ
を含む方法が提供される。
より多くの異なる実施形態では、構造（Ｉ）の化合物を調製する方法であって、構造（ＩＩＩ）の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ及びＧ’の反応による少なくとも１つの共有結合を形成するステップ（Ｇ及びＭ－Ｌ1b－Ｇ’は、本明細書で定義されている通りである）を含む方法が提供される。
より多くの異なる実施形態では、構造（ＩＩ）の化合物を調製する方法であって、構造（ＩＶ）の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ及びＧ’の反応による少なくとも１つの共有結合を形成するステップ（Ｇ及びＭ－Ｌ1b－Ｇ’は、本明細書で定義されている通りである）を含む方法が提供される。
本開示のこれらの態様及び他の態様が、以下の詳細な説明を参照すると明白になろう。
図面では、同一の参照番号は、同様の要素と識別する。図面における要素のサイズ及び相対位置は、必ずしも、縮尺通りに描かれておらず、これらの要素の一部は、任意に拡大されて、図面の見易さを改善するように配置されている。さらに、図示されている要素の具体的な形状は、その具体的な要素の実際の形状に関するいかなる情報も伝えることを意図しているわけではなく、図面における認識の容易さを理由に単に選択されているに過ぎない。
対照化合物と比較した、様々なＭ部分を有する代表的な化合物に関する染色指数を示す図である。 ＮａＣｌ溶液及びＫＣｌ溶液中の代表的な化合物の経時的な隔離有効性の増大の概略図である。 対象化合物構築物及び構造（Ｉ）の代表的な化合物の構築物のインビトロ分析を提示する図である。 対照化合物構築物及び構造（Ｉ）の代表的な化合物の構築物の輝度に及ぼす緩衝液の効果を示す図である。
以下の記載において、ある種の具体的な詳細は、本開示の様々な実施形態の完全な理解をもたらすために説明される。しかし、当業者は、本開示は、これらの詳細なしに行われ得ることを理解していよう。
文脈上異なる解釈を要する場合を除き、本明細書及び特許請求の範囲の全体を通して、語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、並びに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのその変化形は、オープンな包括的な意味、すなわち、「以下に限定されないが、含む」として解釈されるべきである。
本明細書全体を通じて、「一実施形態」又は「ある１つの実施形態」という場合、これらの実施形態に関連して記載されている、特定の特色、構造又は特徴が、本開示の少なくとも１つの実施形態に含まれていることを意味する。したがって、本明細書の全体における様々な位置における、「一実施形態では」又は「ある１つの実施形態では」という言い回しが現れる場合、必ずしも、すべてが、同じ実施形態を指すわけではない。さらに、特定の特色、構造又は特徴は、１つ又は複数の実施形態における、任意の好適な方法において組み合わされ得る。
「アミノ」とは、－ＮＨ2基を指す。
「カルボキシ」とは、－ＣＯ2Ｈ基を指す。
「シアノ」とは、－ＣＮ基を指す。
「ホルミル」とは、－Ｃ（＝Ｏ）Ｈ基を指す。
「ヒドロキシ」又は「ヒドロキシル」とは、－ＯＨ基を指す。
「イミノ」とは、＝ＮＨ基を指す。
「ニトロ」とは、－ＮＯ2基を指す。
「オキソ」とは、＝Ｏ置換基を指す。
「スルフヒドリル」とは、－ＳＨ基を指す。
「チオキソ」とは、＝Ｓ基を指す。
「アルキル」とは、不飽和を含まず、１～１２個の炭素原子（Ｃ1－Ｃ12アルキル）、１～８個の炭素原子（Ｃ1－Ｃ8アルキル）又は１～６個の炭素原子（Ｃ1－Ｃ6アルキル）を有する、炭素及び水素原子のみからなる直鎖状又は分岐状の炭化水素鎖の基であって、単結合によって分子の残りに結合している炭化水素鎖の基、例えば、メチル、エチル、ｎ－プロピル、１－メチルエチル（イソ－プロピル）、ｎ－ブチル、ｎ－ペンチル、１，１－ジメチルエチル（ｔ－ブチル）、３－メチルヘキシル、２－メチルヘキシルなどを指す。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルキル基は、置換されていてもよい。
「アルキレン」又は「アルキレン鎖」とは、不飽和を含まず、１～１２個の炭素原子を有する、炭素及び水素のみからなる、分子の残りをラジカル基に連結する、二価の直鎖状又は分岐状炭化水素鎖、例えば、メチレン、エチレン、プロピレン、ｎ－ブチレン、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレン、プロピニレン、ｎ－ブチニレンなどを指す。アルキレン鎖は、単結合を介して分子の残りに、及び単結合を介してラジカル基に結合している。分子の残り及びラジカル基へのアルキレン鎖の結合点は、この鎖内の１個の炭素又は任意の２個の炭素を介することができる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルキレンは、置換されていてもよい。
「アルケニレン」又は「アルケニレン鎖」とは、少なくとも１つの炭素－炭素二重結合を含み、２～１２個の炭素原子を有する、炭素及び水素のみからなる、分子の残りをラジカル基に連結する、二価の直鎖状又は分岐状炭化水素鎖、例えば、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレンなどを指す。アルケニレン鎖は、単結合を介して分子の残りに、及び二重結合又は単結合を介してラジカル基に結合している。分子の残り及びラジカル基へのアルケニレン鎖の結合点は、この鎖内の１個の炭素又は任意の２個の炭素を介することができる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルケニレンは、置換されていてもよい。
「アルキニレン」又は「アルキニレン鎖」とは、少なくとも１つの炭素－炭素三重結合を含み、２～１２個の炭素原子を有する、炭素及び水素のみからなる、分子の残りをラジカル基に連結する、二価の直鎖状又は分岐状炭化水素鎖、例えば、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレンなどを指す。アルキニレン鎖は、単結合を介して分子の残りに、及び二重結合又は単結合を介してラジカル基に結合している。アルキニレン鎖の、分子の残り及びラジカル基への結合点は、この鎖内の１個の炭素又は任意の２個の炭素を介することができる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルキニレンは、置換されていてもよい。
「アルキルエーテル」とは、少なくとも１つの炭素－炭素結合が、炭素－酸素結合により置き換えられている、上で定義されている任意のアルキル基を指す。炭素－酸素結合は、末端（アルコキシ基のように）に存在していてもよく、又は炭素酸素結合は内部（すなわち、Ｃ－Ｏ－Ｃ）に存在していてもよい。アルキルエーテルは、少なくとも１つの炭素酸素結合を含むが、１つより多く含むことがある。例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）は、アルキルエーテルの意味の範囲内に含まれている。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルキルエーテル基は置換されていてもよい。例えば、一部の実施形態では、アルキルエーテルは、アルコール又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcにより置換されており、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「アルコキシ」とは、式－ＯＲaの基を指し、Ｒaは、１～１２個の炭素原子を含有する、上で定義したアルキル基である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルコキシ基は置換されていてもよい。
「アルコキシアルキルエーテル」とは、式－ＯＲaＲbの基を指し、Ｒaは、１～１２個の炭素原子を含有する、上で定義したアルキレン基であり、Ｒbは、本明細書において定義されているアルキルエーテル基である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アルコキシアルキルエーテル基は置換されていてもよく、例えば、アルコール又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcにより置換されており、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「ヘテロアルキル」とは、アルキル基内、又はアルキル基の末端において、少なくとも１個のヘテロ原子（例えば、Ｎ、Ｏ、Ｐ又はＳ）を含む、上で定義したアルキル基を指す。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、アルキル基内に存在する（すなわち、ヘテロアルキルは、少なくとも１個の炭素－［ヘテロ原子］x－炭素という結合を含み、ｘは、１、２又は３である）。他の実施形態では、ヘテロ原子は、アルキル基の末端に存在し、したがって、該アルキル基を分子の残りに結合させるよう働き（例えば、Ｍ１－Ｈ－Ａ）、Ｍ１は、分子の一部であり、Ｈは、ヘテロ原子であり、Ａは、アルキル基である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアルキル基は置換されていてもよい。例示的なヘテロアルキル基には、ホスホジエステル結合などのリン－酸素結合を含んでもよい、エチレンオキシド（例えば、ポリエチレンオキシド）が含まれる。
「ヘテロアルコキシ」とは、式－ＯＲaの基を指し、Ｒaは、１～１２個の炭素原子を含有する、上で定義したヘテロアルキル基である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアルコキシ基は置換されていてもよい。
「ヘテロアルキレン」とは、アルキレン鎖内、又はアルキレン鎖の末端において、少なくとも１個のヘテロ原子（例えば、Ｎ、Ｏ、Ｐ又はＳ）を含む、上で定義したアルキレン基を指す。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、アルキレン鎖内に存在する（すなわち、ヘテロアルキレンは、少なくとも１個の炭素－［ヘテロ原子］－炭素結合を含み、ｘは、１、２又は３である）。他の実施形態では、ヘテロ原子は、アルキレンの末端に存在し、こうして、このアルキレンを分子の残りに結合させるよう働く（例えば、Ｍ１－Ｈ－Ａ－Ｍ２であり、Ｍ１及びＭ２は、分子の部分であり、Ｈは、ヘテロ原子であり、Ａは、アルキレンである）。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアルキレン基は置換されていてもよい。例示的なヘテロアルキレン基には、エチレンオキシド（例えば、ポリエチレンオキシド）、並びに以下に例示されている連結基である、「Ｃ」、「ＨＥＧ」、「ＴＥＧ」、「ＰＥＧ １Ｋ」及びそれらの変形体が含まれる。
Figure 2023552448000008
上記のＣ－リンカー、ＨＥＧリンカー及び／又はＰＥＧ １Ｋリンカーの多量体が、ヘテロアルキレンリンカーの様々な実施形態に含まれる。
ＰＥＧ １Ｋリンカーの一部の実施形態では、ｎは２５である。多量体は、例えば、以下の構造：
Figure 2023552448000009
 （式中、ｘは、０又は０より大きい整数であり、例えば、ｘは、０～１００（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０）の範囲である）を含むことができる。
「ヘテロアルケニレン」は、少なくとも１つの炭素－炭素二重結合を含む、上で定義したヘテロアルキレンである。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアルケニレン基は置換されていてもよい。
「ヘテロアルキニレン」は、少なくとも１つの炭素－炭素三重結合を含む、ヘテロアルキレンである。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアルキニレン基は置換されていてもよい。
「ヘテロ原子リンカー」に関連する「ヘテロ原子」とは、１個又は複数のヘテロ原子からなる、リンカー基を指す。例示的なヘテロ原子リンカーには、Ｏ、Ｎ、Ｐ及びＳからなる群から選択される単一原子、並びに複数のヘテロ原子、例えば、式－Ｐ（Ｏ-）（＝Ｏ）Ｏ－又はＯＰ（Ｏ-）（＝Ｏ）Ｏ－を有するリンカー及び多量体、並びにそれらの組合せが含まれる。
「ホスフェート」とは、－ＯＰ（＝Ｏ）（Ｒa）Ｒb基（Ｒaは、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲcであり、Ｒbは、ＯＨ、Ｏ-、ＯＲcである）、チオホスフェート基、又はさらなるホスフェート基（Ｒcは、対イオン（例えば、Ｎａ＋など）である）を指す。
「ホスホアルキル」とは、－ＯＰ（＝Ｏ）（Ｒa）Ｒb基を指し、Ｒaは、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲcであり、Ｒbは、－Ｏアルキルであり、Ｒcは、対イオン（例えば、Ｎａ+など）である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ホスホアルキル基は置換されていてもよい。例えば、ある種の実施形態では、ホスホアルキル基中の－Ｏアルキル部分は、ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル、チオホスホアルキルエーテル又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcのうちの１つ又は複数により置換されていてもよく、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「ホスホアルキルエーテル」とは、－ＯＰ（＝Ｏ）（Ｒa）Ｒb基を指し、Ｒaは、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲcであり、Ｒbは、－Ｏアルキルエーテルであり、Ｒcは、対イオン（例えば、Ｎａ＋など）である。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ホスホアルキルエーテル基は置換されていてもよい。例えば、ある種の実施形態では、ホスホアルキルエーテル基中の－Ｏアルキルエーテル部分は、ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル、チオホスホアルキルエーテル、又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcのうちの１つ又は複数により置換されていてもよく、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「チオホスフェート」とは、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc基を指し、Ｒaは、Ｏ又はＳであり、Ｒbは、ＯＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＳＲd、ホスフェート基、又はさらなるチオホスフェート基であり、Ｒdは、対イオン（例えば、Ｎａ＋など）であり、ただし、ｉ）ＲaはＳである、ｉｉ）ＲbはＳ-若しくはＳＲdである、ｉｉｉ）Ｒcは、ＳＨ、Ｓ-若しくはＳＲdである、又はｉｖ） ｉ）、ｉｉ）及び／若しくはｉｉｉ）の組合せであることを条件とする。
「チオホスホアルキル」とは、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc基を指し、Ｒaは、Ｏ又はＳであり、Ｒbは、ＯＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、Ｒcは、－Ｏアルキルであり、Ｒdは、対イオン（例えば、Ｎａ＋など）であり、ただし、ｉ）ＲaはＳである、ｉｉ）Ｒbは、Ｓ-若しくはＳＲdである、又はｉｉｉ）Ｒaは、Ｓであり、Ｒbは、Ｓ-若しくはＳＲdであることを条件とする。本明細書において特に具体的に明記しない限り、チオホスホアルキル基は置換されていてもよい。例えば、ある種の実施形態では、チオホスホアルキル基中の－Ｏアルキル部分は、ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル、チオホスホアルキルエーテル、又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcのうちの１つ又は複数により置換されていてもよく、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「チオホスホアルキルエーテル」とは、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc基を指し、Ｒaは、Ｏ又はＳであり、Ｒbは、ＯＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、Ｒcは、－Ｏアルキルエーテルであり、Ｒdは、対イオン（例えば、Ｎａ＋など）であり、ただし、ｉ）ＲaはＳである、ｉｉ）Ｒbは、Ｓ-若しくはＳＲdである、又はｉｉｉ）Ｒaは、Ｓであり、Ｒbは、Ｓ-若しくはＳＲdであることを条件とする。本明細書において特に具体的に明記しない限り、チオホスホアルキルエーテル基は置換されていてもよい。例えば、ある種の実施形態では、チオホスホアルキル基中の－Ｏアルキルエーテル部分は、ヒドロキシル、アミノ、スルフヒドリル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル、チオホスホアルキルエーテル、又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcのうちの１つ又は複数により置換されていてもよく、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
「炭素環式」とは、３～１８個の炭素原子を含む、安定な３～１８員の芳香族又は非芳香族環を指す。本明細書において特に具体的に明記しない限り、炭素環式環は、単環式、二環式、三環式又は四環式環系とすることができ、これらは、縮合又は架橋環系を含んでもよく、部分又は完全飽和であってもよい。非芳香族カルボシクリルラジカルには、シクロアルキルが含まれる一方、芳香族カルボシクリルラジカルには、アリールが含まれる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、炭素環式基は置換されていてもよい。
「シクロアルキル」とは、安定な非芳香族単環式又は多環式炭素環式環を指し、これらは、３～１５個の炭素原子、好ましくは３～１０個の炭素原子を有する、飽和又は不飽和な縮合又は架橋環系であって、単結合によって分子の残りに結合している、縮合又は架橋環系を含んでもよい。単環式シクロアルキルには、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル及びシクロオクチルが含まれる。多環式シクロアルキルには、例えば、アダマンチル、ノルボルニル、デカリニル、７，７－ジメチル－ビシクロ－［２．２．１］ヘプタニルなどが含まれる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、シクロアルキル基は置換されていてもよい。
「アリール」とは、少なくとも１つの炭素環式芳香族環を含む環系を指す。一部の実施形態では、アリールは、６～１８個の炭素原子を含む。アリール環は、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく、これらは、縮合又は架橋環系を含んでもよい。アリールには、以下に限定されないが、アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、フルオランテン、フルオレン、ａｓ－インダセン、ｓ－インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、フェナレン、フェナントレン、プレイアデン、ピレン及びトリフェニレンから誘導されるアリールが含まれる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、アリール基は置換されていてもよい。
「複素環式」は、１～１２個の炭素原子、並びに窒素、酸素及び硫黄からなる群から選択される１～６個のヘテロ原子を含む、安定な３～１８員の芳香族又は非芳香族環を指す。本明細書において特に具体的に明記しない限り、複素環式環は、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく、これらは、縮合又は架橋環系を含んでもよく、複素環式環中の窒素、炭素又は硫黄原子は、酸化されていてもよい。窒素原子は四級化されていてもよい。複素環式環は、部分又は完全飽和であってもよい。芳香族複素環式環の例は、ヘテロアリールの定義において、以下に列挙されている（すなわち、ヘテロアリールは、複素環式の部分集合である）。非芳香族複素環式環の例には、以下に限定されないが、ジオキソラニル、チエニル［１，３］ジチアニル、デカヒドロイソキノリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、イソチアゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、オクタヒドロインドリル、オクタヒドロイソインドリル、２－オキソピペラジニル、２－オキソピペリジニル、２－オキソピロリジニル、オキサゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、４－ピペリドニル、ピロリジニル、ピラゾリジニル、ピラゾロピリミジニル、キヌクリジニル、チアゾリジニル、テトラヒドロフリル、トリオキサニル、トリチアニル、トリアジナニル、テトラヒドロピラニル、チオモルホリニル、チアモルホリニル、１－オキソ－チオモルホリニル及び１，１－ジオキソ－チオモルホリニルが含まれる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、複素環式基は置換されていてもよい。
「ヘテロアリール」とは、１～１３個の炭素原子、窒素、酸素及び硫黄からなる群から選択される１～６個のヘテロ原子、及び少なくとも１つの芳香族環を含む、５～１４員の環系を指す。本開示のある種の実施形態の目的のため、ヘテロアリールラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく、これらは、縮合又は架橋環系を含んでもよく、ヘテロアリールラジカル中の窒素、炭素又は硫黄原子は、酸化されていてもよく、窒素原子は、四級化されていてもよい。例には、以下に限定されないが、アゼピニル、アクリジニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾインドリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキセピニル、１，４－ベンゾジオキサニル、ベンゾナフトフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキシニル、ベンゾピラニル、ベンゾピラノニル、ベンゾフラニル、ベンゾフラノニル、ベンゾチエニル（ベンゾチオフェニル）、ベンゾトリアゾリル、ベンゾ［４，６］イミダゾ［１，２－ａ］ピリジニル、ベンゾオキサゾリノニル、ベンゾイミダゾールチオニル、カルバゾリル、シンノリニル、ジベンゾフラニル、ジベンゾチオフェニル、フラニル、フラノニル、イソチアゾリル、イミダゾリル、インダゾリル、インドリル、インダゾリル、イソインドリル、インドリニル、イソインドリニル、イソキノリル、インドリジニル、イソオキサゾリル、ナフチリジニル、オキサジアゾリル、２－オキソアゼピニル、オキサゾリル、オキシラニル、１－オキシドピリジニル、１－オキシドピリミジニル、１－オキシドピラジニル、１－オキシドピリダジニル、１－フェニル－１Ｈ－ピロリル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、フタラジニル、プテリジニル、プテリジノニル、プリニル、ピロリル、ピラゾリル、ピリジニル、ピリジノニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリミジノニル（ｐｒｙｒｉｍｉｄｉｎｏｎｙｌ）、ピリダジニル、ピロリル、ピリド［２，３－ｄ］ピリミジノニル、キナゾリニル、キナゾリノニル、キノキサリニル、キノキサリノニル、キノリニル、イソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、チアゾリル、チアジアゾリル、チエノ［３，２－ｄ］ピリミジン－４－オニル、チエノ［２，３－ｄ］ピリミジン－４－オニル、トリアゾリル、テトラゾリル、トリアジニル及びチオフェニル（すなわち、チエニル）が含まれる。本明細書において特に具体的に明記しない限り、ヘテロアリール基は置換されていてもよい。
接尾辞「－エン（－ｅｎｅ）」とは、単結合を介して分子の残りに、及び単結合を介してラジカル基に結合した特定の構造的特徴（例えば、アルキル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアリール）を指す。言い換えると、接尾辞「－エン」とは、これが結合している部分の構造的特徴を有するリンカーを指す。「－エン」鎖の、分子の残り及びラジカル基への結合点は、この鎖内の任意の２個の原子の１個の原子、又はこの任意の２個の原子を介することができる。例えば、ヘテロアリーレンとは、本明細書において定義されているヘテロアリール部分を含むリンカーを指す。
「縮合した」とは、少なくとも２つの環を含む環系を指し、２つの環は、少なくとも１個の共通の環原子、例えば、２つの共通の環原子を共有する。縮合環が、ヘテロシクリル環又はヘテロアリール環である場合、共通の環原子は、炭素又は窒素とすることができる。縮合環は、二環式、三環式、四環式（ｔｅｒｔｒａｃｙｃｌｉｃ）などを含む。
本明細書に使用されている用語「置換されている」は、上記の基（例えば、アルキル、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、ホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル、チオホスホアルキル、チオホスホアルキルエーテル、炭素環式、シクロアルキル、アリール、複素環式及び／又はヘテロアリール）のいずれかを意味し、少なくとも１個の水素原子（例えば、１個、２個、３個又はすべての水素原子）が、以下に限定されないが、Ｆ、Ｃｌ、Ｂ及びＩなどのハロゲン原子；ヒドロキシル基、アルコキシ基及びエステル基などの基中の酸素原子；チオール基、チオアルキル基、スルホン基、スルホニル基及びスルホキシド基などの基中の硫黄原子；アミン、アミド、アルキルアミン、ジアルキルアミン、アリールアミン、アルキルアリールアミン、ジアリールアミン、Ｎ－オキシド、イミド及びエナミンなどの基中の窒素原子；トリアルキルシリル基、ジアルキルアリールシリル基、アルキルジアリールシリル基及びトリアリールシリル基などの基中のケイ素原子；及び様々な他の基中の他のヘテロ原子などの非水素原子への結合によって置き換えられている。「置換されている」はまた、１個又は複数の水素原子が、オキソ基、カルボニル基、カルボキシル基及びエステル基中の酸素、並びにイミン、オキシム、ヒドラゾン及びニトリルなどの基中の窒素などのヘテロ原子への高次結合（例えば、二重結合又は三重結合）によって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。例えば、「置換されている」には、１個又は複数の水素原子が、－ＮＲgＲh、－ＮＲgＣ（＝Ｏ）Ｒh、－ＮＲgＣ（＝Ｏ）ＮＲgＲh、－ＮＲgＣ（＝Ｏ）ＯＲh、－ＮＲgＳＯ2Ｒh、－ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲgＲh、－ＯＲg、－ＳＲg、－ＳＯＲg、－ＳＯ2Ｒg、－ＯＳＯ2Ｒg、－ＳＯ2ＯＲg、＝ＮＳＯ2Ｒg及びＳＯ2ＮＲgＲhにより置き換えられている、上記の基のいずれかが含まれる。「置換されている」はまた、１個又は複数の水素原子が、－Ｃ（＝Ｏ）Ｒg、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＲg、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲgＲh、－ＣＨ2ＳＯ2Ｒg、－ＣＨ2ＳＯ2ＮＲgＲhによって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。上述において、Ｒg及びＲhは、同一であるか又は異なっており、独立して、水素、アルキル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキルである。「置換されている」は、１個又は複数の水素原子が、アミノ、シアノ、ヒドロキシル、イミノ、ニトロ、オキソ、チオキソ、ハロ、アルキル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキル基への結合によって置き換えられている、上記の基のいずれかをさらに意味する。一部の実施形態では、任意に用いてもよい置換基は、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒa、Ｒb及びＲcはそれぞれ、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。さらに、上述の置換基のいずれもまた、上記の置換基のうちの１つ又は複数により置換されていてもよい。
「電子求引基」とは、それが、分子中の同じ位置に占有した場合に、水素原子よりもそれ自体に電子を引きつける官能基を指す。これらの用語は、当業者によって十分に理解され、Advanced Organic Chemistry, by J. March, John Wiley & Sons, New York, N.Y., pp. 16-18 (1985)に議論されており、この文献中の議論は、参照により本明細書に組み込まれている。電子求引基の例には、以下に限定されないが、ハロ、ハロ（例えば、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ）、－ＮＯ2、－ＣＮ、－ＳＯ3Ｈ、－ＳＯ2Ｒa、－ＳＯ3Ｒa、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＲa、－ＣＯＯＲa、－ＣＯＮＨＲa、－ＣＯＮ（Ｒa）2、ハロアルキル基及び５～１４員の電子不足ヘテロアリール基が含まれ、Ｒaは、アルキル基、アルケニル基又はアルキニル基である。
「共役」とは、介在するシグマ結合全体に、１つのｐ軌道と別のｐ軌道とに重なりがあることを指す。共役は、環式又は非環式化合物に起こり得る。「共役度」とは、介在するシグマ結合全体に、少なくとも１つのｐ軌道と別のｐ軌道とに重なりがあることを指す。例えば、１，３－ブタジエンは、１の共役度を有する一方、ベンゼン及び他の芳香族化合物は、通常、複数の共役度を有する。蛍光及び発色化合物は、通常、少なくとも１の共役度を含む。
「蛍光」とは、特定の周波数の光を吸収して、異なる周波数の光を放出することが可能な分子を指す。蛍光は、当業者に周知である。
「発色」とは、有色スペクトル（すなわち、赤色、黄色、青色など）内の光を吸収する分子を指す。
「ＦＲＥＴ」とは、Ｆｏｒｓｔｅｒ共鳴エネルギー移動を指し、１つの部分（例えば、第１の発色団又は「ドナー」）の励起に起因するエネルギーが、隣接部分（例えば、第２の発色団又は「アクセプター」）への移動による物理的相互作用を指す。「ＦＲＥＴ」は、時として、蛍光共鳴エネルギー移動とも互換的に使用される（すなわち、各発色団は、蛍光部分である）。一般に、ＦＲＥＴは、（１）アクセプター発色団の励起又は吸収スペクトルが、ドナー発色団の発光スペクトルと重なること、（２）アクセプター発色団及びドナー発色団の遷移双極子モーメントが、実質的に平行である（すなわち、約０°又は１８０°）こと、及び（３）アクセプター及びドナー発色団が、近接空間を共有する（すなわち、互いに近い）ことを必要とする。ドナーからアクセプターへのエネルギー移動は、非放射双極子－双極子カップリングにより発生し、ドナー発色団とアクセプター発色団との間の距離は、一般に、光の波長よりもかなり短い。
「ドナー」又は「ドナー発色団」とは、励起した電子状態に誘発される、又はこの状態に誘発することができる発色団（例えば、フルオロフォア）を指し、長距離双極子－双極子相互作用により非放射的に、その励起又は吸光エネルギーを近傍のアクセプター発色団に移動させることができる。理論によって拘泥されることを望むものではないが、個々の発色団の振動双極子が類似の共鳴周波数を有するので、エネルギー移動が起こると考えられる。これらの類似の共鳴周波数を有するドナー及びアクセプターは、「ドナー－アクセプター対」と称され、これは、「ＦＲＥＴ部分」、「ＦＲＥＴ対」、「ＦＲＥＴ色素」又は類似語と互換的に使用される。
「アクセプター」又は「アクセプター発色団」とは、発色団（例えば、フルオロフォア）を指し、この発色団への、ドナー発色団からの励起又は吸光エネルギーが、長距離双極子－双極子相互作用により、非放射性移動を介して移動される。
「ストークシフト」とは、励起又は吸光の最大バンドの位置（例えば、波長）と電子遷移（例えば、励起状態から非励起状態へ、又はその逆）の発光スペクトルとの間の差異を指す。一部の実施形態では、本化合物は、２５ｎｍを超える、３０ｎｍを超える、３５ｎｍを超える、４０ｎｍを超える、４５ｎｍを超える、５０ｎｍを超える、５５ｎｍを超える、６０ｎｍを超える、６５ｎｍを超える、７０ｎｍを超える、７５ｎｍを超える、８０ｎｍを超える、８５ｎｍを超える、９０ｎｍを超える、９５ｎｍを超える、１００ｎｍを超える、１１０ｎｍを超える、１２０ｎｍを超える、１３０ｎｍを超える、１４０ｎｍを超える、１５０ｎｍを超える、１６０ｎｍを超える、１７０ｎｍを超える、１８０ｎｍを超える、１９０ｎｍ又は２００ｎｍを超えるストークシフトを有する。
「Ｊ値」は、ドナー発色団の発光スペクトルとアクセプター発色団の励起又は吸光スペクトルとの間のスペクトル重なりの整数値として計算される。ドナー発色団の発光スペクトルは、ドナー発色団が好ましい励起又は吸光波長で励起されると発生するものである。ドナー発色団の好ましい励起又は吸光波長は、当業者に周知のそれらの個々の励起又は吸光極大値にあるか、又はこれに近い（例えば、パシフィックブルーは、約４０１ｎｍに励起又は吸光極大値を有し、ＦＩＴＣは、約４９５ｎｍに励起又は吸光極大値を有する）。
「リンカー」とは、炭素、酸素、窒素、硫黄、リン及びそれらの組合せなどの少なくとも１個の原子の連続鎖であって、分子のある部分を同一分子の別の部分に、又は異なる分子、部分若しくは固体支持体（例えば、マイクロ粒子）に連結させる連続鎖を指す。リンカーは、イオン性相互作用又は水素結合相互作用などの、共有結合又は他の手段を介して分子に連結することができる。
用語「生体分子」は、核酸、炭水化物、アミノ酸、ポリペプチド、グリコタンパク質、ホルモン、アプタマー及びそれらの混合物を含めた、様々な生体物質のいずれかを指す。より詳細には、この用語は、非限定的に、ＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、修飾又は誘導体化ヌクレオチド、酵素、受容体、プリオン、受容体リガンド（ホルモンを含む）、抗体、抗原及び毒素、並びに細菌、ウイルス、血液細胞及び組織細胞を含むことが意図されている。本開示の目視により検出可能な生体分子（例えば、構造（Ｉ）の化合物に連結した生体分子を有する構造（Ｉ）の化合物）は、本明細書にさらに記載されている通り、生体分子を、該生体分子上のアミノ、ヒドロキシ、カルボキシル又はスルフヒドリル基などの任意の利用可能な原子又は官能基を介して、生体分子を本化合物に結合させることを可能にする反応性基を有する化合物に接触させることによって調製される。
「反応性基」は、例えば、置換、酸化、還元、付加又は環化付加反応によって、第２の反応性基（例えば、「相補性反応性基」）と反応して、１つ又は複数の共有結合を形成することができる部分である。例示的な反応性基が、表１に提示されており、例えば、求核剤、求電子剤、ジエン、求ジエン体、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン、チイランなどを含む。
用語「目視可能な」及び「目視により検出可能な」は、本明細書において、事前の照射、又は化学的若しくは酵素的活性化なしに、目視検査によって観察可能な物質を指すために使用される。このような目視により検出可能な物質は、約３００～約９００ｎｍの範囲のスペクトル領域の光を吸収して、放出する。好ましくは、このような物質は、強く色を呈し、好ましくは、少なくとも約４０，０００、より好ましくは少なくとも約５０，０００Ｍ、さらにより好ましくは少なくとも約６０，０００、さらにより好ましくは少なくとも約７０，０００及び最も好ましくは少なくとも約８０，０００Ｍ-1ｃｍ-1のモル吸光係数を有する。本開示の化合物は、裸眼による観察によって検出され得るか、又は非限定的に、吸収スペクトル光度計、透過型光学顕微鏡、デジタルカメラ及びスキャナを含めた光学に基づく検出デバイスを用いて検出され得る。目視により検出可能な物質は、可視スペクトルの光を発光及び／又は吸収するものに限定されない。紫外線（ＵＶ）領域（約１０ｎｍ～約４００ｎｍ）、赤外（ＩＲ）領域（約７００ｎｍ～約１ｍｍ）の光を放出及び／又は吸収する物質、並びに電磁スペクトルの他の領域において放出及び／又は吸収する物質も、「目視により検出可能な」物質の範囲内に含まれる。
本開示の実施形態の目的のため、用語「光安定性可視色素」とは、本明細書の上で定義されている通り、目視により検出可能であり、かつ光への曝露時に有意には改変又は分解しない化学部分を指す。好ましくは、光安定性可視色素は、少なくとも１時間の光への曝露後に、有意な脱色又は分解を示さない。より好ましくは、可視色素は、少なくとも１２時間、さらにより好ましくは少なくとも２４時間、さらにより好ましくは少なくとも１週間、最も好ましくは少なくとも１か月間の光への曝露後に安定である。本開示の化合物及び方法において使用するのに好適な光安定性可視色素の非限定例は、アゾ色素、チオインジゴ色素、キナクリドン顔料、ジオキサジン、フタロシアニン、ペリノン、ジケトピロロピロール、キノフタロン及びトリアリールカルボニウム（ｔｒｕａｒｙｃａｒｂｏｎｉｕｍ）を含む。
本明細書で使用する場合、用語「ペリレン誘導体」は、目視により検出可能な任意の置換ペリレンを含むことが意図されている。しかし、この用語は、ペリレンそれ自体を含むことを意図するものではない。用語「アントラセン誘導体」、「ナフタレン誘導体」、及び「ピレン誘導体」は、類似的に使用される。一部の好ましい実施形態では、誘導体（例えば、ペリレン、ピレン、アントラセン又はナフタレン誘導体）は、ペリレン、アントラセン、ナフタレン又はピレンのイミド、ビスイミド又はヒドラザムイミド（ｈｙｄｒａｚａｍｉｍｉｄｅ）誘導体である。
本開示の様々な実施形態の目視により検出可能な分子は、特定の分析対象（例えば、生体分子）の存在、位置又は量を決定することが必要な、生化学的及び生物医学的用途などの幅広い分析用途に有用である。したがって、別の態様では、本開示は、生体分子を目視で検出する方法であって、（ａ）生物系に、生体分子に連結されている、構造（Ｉ）の化合物を含む目視により検出可能な生体分子を提供するステップ、及び（ｂ）該生体分子をその可視特性によって検出するステップを含む方法を提供する。本開示の目的のために、言い回し「その可視特性によって生体分子を検出する」とは、照射、又は化学的若しくは酵素的活性化なしに、生体分子が、裸眼により、又は非限定的に、吸収スペクトル光度計、透過型光学顕微鏡、デジタルカメラ及びスキャナを含めた光学に基づく検出デバイスを用いて観察されることを意味する。密度計を使用して、存在する目視により検出可能な生体分子の量を定量することができる。例えば、２つの試料中の生体分子の相対量は、相対光学密度を測定することによって決定することができる。生体分子あたりの色素分子の化学量論が既知であり、かつ色素分子の吸光係数が既知である場合、生体分子の絶対濃度は、光学密度の測定値から求めることもできる。本明細書で使用する場合、用語「生物系」は、目視により検出可能な生体分子に加えて、１つ又は複数の生体分子を含む任意の溶液又は混合物を指すために使用される。このような生物系の非限定例には、細胞、細胞抽出物、組織試料、電気泳動用ゲル、アッセイ混合物及びハイブリッド化反応混合物が含まれる。
「固体支持体」とは、分子を固相に支持するための当分野で公知の任意の固体基材を指し、例えば「マイクロ粒子」とは、以下に限定されないが、ガラス製ビーズ、磁気ビーズ、ポリマー製ビーズ、非ポリマー製ビーズなどを含めた、本開示の化合物への結合に有用ないくつかの小型粒子のいずれかを指す。ある種の実施形態では、マイクロ粒子はポリスチレン製ビーズを含む。
「固体支持体残基」とは、分子が固体支持体から開裂した際に、分子への結合状態を維持する官能基を指す。固体支持体残基は、当分野で公知であり、固体支持体の構造及びその分子に連結している基に基づいて容易に誘導することができる。
「標的指向性部分」とは、分析対象分子などの特定の標的に選択的に結合するか、又はこれと会合する部分である。「選択的に」結合する又は会合するとは、標的指向性部分が、他の標的に比べて所望の標的に優先的に会合する、又は結合することを意味する。一部の実施形態では、本明細書において開示されている化合物は、この化合物を目的とする分析対象（すなわち、標的指向性部分の標的）に選択的に結合又は会合させるための標的指向性部分への連結を含み、こうして分析対象の検出が可能になる。例示的な標的指向性部分は、以下に限定されないが、抗体、抗原、核酸配列、酵素、タンパク質、細胞表面受容体アンタゴニストなどを含む。一部の実施形態では、標的指向性部分は、細胞表面又は細胞中の標的特徴部、例えば細胞膜又は他の細胞の構造表面の標的特徴部に選択的に結合又は会合する抗体などの部分であり、こうして目的細胞の検出を可能にする。所望の分析対象に選択的に結合又は会合する低分子はまた、ある種の実施形態では、標的指向性部分としても企図される。当業者は、様々な実施形態において有用な他の分析対象及び対応する標的指向性部分を理解しているであろう。
「塩基対部分」とは、水素結合を介して、相補性複素環式部分とハイブリダイズすることが可能な複素環式部分を指す（例えば、ワトソン－クリック塩基対）。塩基対部分は、天然及び非天然塩基を含む。塩基対部分の非限定例は、アデノシン、グアノシン、チミジン、シトシン及びウリジン、並びにそれらの類似体などの（ｓｕｃｈ）ＲＮＡ及びＤＮＡ塩基である。
本明細書において開示されている本開示の実施形態はまた、１個又は複数の原子が異なる原子質量又は質量数を有する原子によって置き換えられることによって、同位体標識されている構造（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のすべてを包含することが意図されている。開示されている化合物に組み込まれ得る同位体の例には、それぞれ、2Ｈ、3Ｈ、11Ｃ、13Ｃ、14Ｃ、13Ｎ、15Ｎ、15Ｏ、17Ｏ、18Ｏ、31Ｐ、32Ｐ、35Ｓ、18Ｆ、36Ｃｌ、123Ｉ及び125Ｉなどの水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素、塩素及びヨウ素の同位体が含まれる。
構造（Ｉ）又は（ＩＩ）の同位体標識化合物は、一般に、当業者に公知の従来技法によって、又は以前に使用された非標識試薬の代わりに適切な同位体標識試薬を使用して、以下及び以下の実施例に記載されているものに類似した方法によって一般に調製することができる。
「安定な化合物」及び「安定な構造」は、反応混合物から有用な純度の程度までの単離及び有効な治療剤への製剤化に分解しない（ｓｕｒｖｉｖｅ）ほど十分に頑強な化合物を示すことが意図されている。
「任意に用いてもよい（ｏｐｔｉｏｎａｌ）」又は「してもよい（ｏｐｔｉｏｎａｌｌｙ）」は、その後に記載されている事象又は状況が発生することがあるか、又は発生しないことがあること、並びにこの記載は、前記事象又は状況が発生する場合、及びそれが発生しない場合を含むことを意味する。例えば、「置換されていてもよいアルキル」は、このアルキル基が置換されていてもよいこと、又は置換されていなくてもよいこと、及びこの記載は置換アルキル基と置換を有していないアルキル基の両方を含むことを意味する。
「塩」は、酸付加塩と塩基付加塩の両方を含む。
「酸付加塩」とは、以下に限定されないが、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機酸、及び以下に限定されないが、酢酸、２，２－ジクロロ酢酸、アジピン酸、アルギン酸、アスコルビン酸、アスパラギン酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、４－アセトアミド安息香酸、シヨウノウ酸、カンファー－１０－スルホン酸、カプリン酸、カプロン酸、カプリル酸、炭酸、桂皮酸、クエン酸、シクラミン酸、ドデシル硫酸、エタン－１，２－二スルホン酸、エタンスルホン酸、２－ヒドロキシエタンスルホン酸、ギ酸、フマル酸、ガラクタル酸、ゲンチジン酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルクロン酸、グルタミン酸、グルタル酸、２－オキソ－グルタル酸、グリセロリン酸、グリコール酸、馬尿酸、イソ酪酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリン酸、マレイン酸、リンゴ酸、マロン酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、粘液酸、ナフタレン－１，５－二スルホン酸、ナフタレン－２－スルホン酸、１－ヒドロキシ－２－ナフトエ酸、ニコチン酸、オレイン酸、オロチン酸、シュウ酸、パルミチン酸、パモ酸、プロピオン酸、ピログルタミン酸、ピルビン酸、サリチル酸、４－アミノサルチル酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸、酒石酸、チオシアン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、トリフルオロ酢酸、ウンデシレン酸などの有機酸と共に形成される塩を指す。
「塩基付加塩」とは、無機塩基又は有機塩基の遊離酸への付加から調製される塩を指す。無機塩基に由来する塩には、以下に限定されないが、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウムの塩などが含まれる。有機塩基に由来する塩には、以下に限定されないが、アンモニア、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、ジエタノールアミン、エタノールアミン、デアノール、２－ジメチルアミノエタノール、２－ジエチルアミノエタノール、ジシクロヘキシルアミン、リシン、アルギニン、ヒスチジン、カフェイン、プロカイン、ヒドラバミン、コリン、ベタイン、ベネタミン、ベンザチン、エチレンジアミン、グルコサミン、メチルグルカミン、テオブロミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、プリン、ピペラジン、ピペリジン、Ｎ－エチルピペリジン、ポリアミン樹脂などの、天然置換アミン、環式アミン及び塩基性イオン交換樹脂を含めた、一級、二級及び三級アミン、置換アミンの塩が含まれる。特に、好ましい有機塩基は、イソプロピルアミン、ジエチルアミン、エタノールアミン、トリメチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、コリン及びカフェインである。
結晶化は、本明細書において記載されている化合物の溶媒和物を生じることがある。本開示の実施形態は、記載されている化合物の溶媒和物のすべてを含む。本明細書で使用する場合、用語「溶媒和物」とは、本開示の化合物の１つ又は複数の分子と溶媒の１つ又は複数の分子を含む凝集物を指す。溶媒は水であってもよく、この場合、溶媒和物は水和物となり得る。代替的に、溶媒は、有機溶媒であってもよい。したがって、本開示の化合物は、一水和物、二水和物、ヘミ水和物、セスキ水和物、三水和物、四水和物など、並びに対応する溶媒和物形態を含めた、水和物として存在することがある。本開示の化合物は、真の溶媒和物であってもよい一方、他の場合では、本開示の化合物は、単に偶発的な水又は別の溶媒を保持することがあるか、又は水とある偶発的な溶媒との混合物であってもよい。
本開示の化合物（例えば、構造Ｉ又はＩＩの化合物）の実施形態、又はその塩、互変異性体若しくは溶媒和物は、１個又は複数の不斉中心を含むことがあり、したがって、絶対立体化学に関して、（Ｒ）－若しくは（Ｓ）－、又はアミノ酸の場合、（Ｄ）－若しくは（Ｌ）－と定義され得る、鏡像異性体、ジアステレオマー及び他の立体異性体が生じることがある。本開示の実施形態は、すべてのこのような可能な異性体、並びにそのラセミ体及び光学的に純粋な形態を含むことが意図されている。光学活性な（＋）及び（－）、（Ｒ）－及び（Ｓ）－、又は（Ｄ）－及び（Ｌ）－異性体は、キラルシントン若しくはキラル試薬を使用して調製することができるか、又は従来の技法、例えばクロマトグラフィー及び分別結晶化を使用して分割され得る。個々の鏡像異性体の調製／単離に関する従来の技法には、好適な光学的に純粋な前駆体からのキラル合成、又は例えば、キラル高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を使用するラセミ体（又は、塩若しくは誘導体のラセミ体）の分割が含まれる。本明細書において記載されている化合物が、オレフィン性二重結合又は幾何学的不斉の他の中心を含有している場合、及び特に指定しない限り、本化合物は、Ｅ及びＺ幾何異性体の両方を含むことが意図されている。同様に、互変異性体のすべてが、含まれることも意図されている。
「立体異性体」とは、同じ結合によって結合した同一原子から構成されているが、相互変換することができない異なる三次元構造を有する化合物を指す。本開示は、様々な立体異性体及びそれらの混合物を企図しており、２つの立体異性体であって、それらの分子が互いに重なり合わない鏡像である、２つの立体異性体を指す「鏡像異性体」を含む。
「互変変異性体」とは、分子の１個の原子から同一分子の別の原子へのプロトン移動を指す。本開示は、任意の前記化合物の互変異性体を含む。本化合物の様々な互変異性体は、当業者によって容易に誘導可能である。
本明細書において使用される化学命名プロトコール及び構造略図は、ＡＣＤ／命名バージョン９．０７ソフトウェアプログラム及び／又はＣｈｅｍＤｒａｗ Ｕｌｔｒａバージョン１１．０ソフトウェア命名プログラム（ＣａｍｂｒｉｄｇｅＳｏｆｔ）を使用する、Ｉ．Ｕ．Ｐ．Ａ．Ｃ．命名法システムの修正版である。当業者が精通している一般名称も使用する。
上記の通り、本開示の一実施形態では、様々な分析法における蛍光及び／又は発色色素として有用な化合物が提供される。他の実施形態では、蛍光及び／又は発色色素として有用な化合物を調製する合成中間体として有用な化合物が提供される。一般用語では、本開示の実施形態は、蛍光及び／又は発色部分の二量体以上のポリマーを対象としている。蛍光及び／又は発色部分は、リンカーによって連結される。理論に拘泥されることを望むものではないが、リンカーは、蛍光部分及び／又は発色部分の間に十分な空間距離を維持する一助となり、こうして、分子内消光が低減され、又はなくなり、こうして、高いモル「輝度」（例えば、高蛍光発光）を有する色素化合物をもたらすと考えられる。
したがって、一部の実施形態では、本開示の化合物は、以下の構造（Ａ）：
Figure 2023552448000010
 (A)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
Ｌ1aは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
Ｌ1、Ｌ1b、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ａ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数であり、
ｑ及びｗは、出現毎に独立して、０～３の整数であり、ただし、出現する、ｑ又はｗのどちらか一方の少なくとも１つは１であることを条件とする）
を有する。
一部の実施形態では、ｗは０である。
一部の関連する実施形態では、本開示の化合物は、以下の構造（Ｉ）：
Figure 2023552448000011
 (I)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
Ｌ1、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ｉ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
を有する。
一部の関連する実施形態では、本開示の化合物は、以下の構造（Ｉ）：
Figure 2023552448000012
 (I)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
Ｌ1、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ｉ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
を有する。
構造（Ｉ）の化合物中の様々なリンカー及び置換基（例えば、Ｍ、Ｑ、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｒc、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5及びＬ6）は、もう１つの置換基により置換されていてもよい。例えば、一部の実施形態では、任意に用いてもよい置換基は、構造（Ｉ）の化合物の水溶解度又は他の特性を最適化するよう選択される。ある種の実施形態では、構造（Ｉ）の化合物中のアルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル及びチオホスホアルキルエーテルはそれぞれ、ヒドロキシル、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、スルフヒドリル、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル及びチオホスホアルキルエーテルからなる群から選択される、さらに１つの置換基により置換されていてもよい。ある種の実施形態では、任意に用いてもよい置換基は、－ＯＰ（＝Ｒａ）（Ｒｂ）Ｒｃであり、Ｒａ、Ｒｂ及びＲｃは、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りである。
任意に用いてもよいリンカーＬ1は、化合物の残りへのＭ部分の結合点として使用することができる。例えば、一部の実施形態では、構造（Ｉ）の化合物への合成前駆体が調製され、Ｍ部分は、あらゆる数の、当分野において公知の容易な方法、例えば、「クリックケミストリー」と称される方法を使用して合成前駆体に結合される。この目的の場合、迅速かつ実質的に不可逆なあらゆる反応を使用して合成前駆体にＭを結合し、構造（Ｉ）の化合物を形成することができる。例示的な反応には、アジドとアルキンとのトリアゾールを形成する銅触媒反応（Ｈｕｉｓｇｅｎの１，３－双極子環化付加）、ジエンと求ジエンとの反応（Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ）、歪みにより促進されるアルキン－ニトロン環化付加、歪アルケンとアジド、テトラジン又はテトラゾールの反応、アルケンとアジドの［３＋２］環化付加、アルケンとテトラジンの逆需要Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ、アルケンとテトラゾールの光反応、並びに求電子性原子への求核攻撃による脱離基の置換などの様々な置換反応が含まれる。例示的な置換反応は、アミンと、活性化エステル；Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル；イソシアネート；イソチオシアネートなどとの反応を含む。一部の実施形態では、Ｌ1を形成する反応は、水性環境中で行われてもよい。
したがって、一部の実施形態では、Ｌ1は、出現毎に、２つの相補性反応性基の反応によって形成可能な官能基、例えば、上述の「クリック」反応の１つの生成物である官能基を含むリンカーである。様々な実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基は、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル（例えば、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル）、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイラン官能基と、相補性反応性基との反応、例えば、アミンとＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル又はイソチオシアネートとの反応によって形成され得る。
他の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基は、アルキン及びアジドの反応によって形成され得る。他の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基は、アミン（例えば、一級アミン）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル又はイソチオシアネートの反応によって形成され得る。
より多くの実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基は、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む。より多くの実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基は、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、チオウレア、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む。他の実施形態では、官能基は、アミド又はチオウレアを含む。一部のより多くの具体的な実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1は、トリアゾリル官能基を含むリンカーである。他の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1は、アミド又はチオウレア官能基を含むリンカーである。
構造（Ｉ）のさらに他の異なる実施形態では、Ｌ1は、出現毎に独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンリンカーである。一部の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つは、ヘテロアルキレンである。
一部の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つは、以下の構造：
Figure 2023552448000013
 （式中、
ｘ0及びｙ0は、それぞれ独立して、１以上の整数である）を有する。
一部の実施形態では、ｘ0は、１、２、３又は４である。ある種の実施形態では、ｙ0は、２、３、４又は５である。一部の具体的な実施形態では、ｘ0は、１又は２であり、ｙ0は、２、３又は４である。
一部の他の実施形態では、Ｌ1は、以下の構造のうちの１つ：
Figure 2023552448000014
 を有する。
さらに他の実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1－Ｍ1又はＬ1－Ｍ2は、以下の構造の１つ：
（式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）を有する。
様々な実施形態では、出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1－Ｍ1又はＬ1－Ｍ2は、以下の構造の１つ：
（式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）を有する。
上述の様々な実施形態では、Ｌ1a若しくはＬ1b、又はそれらの両方が、存在しない。他の実施形態では、Ｌ1a若しくはＬ1b、又はそれらの両方が存在する。
一部の実施形態では、Ｌ1a及びＬ1bは、存在する場合、それぞれ独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンである。例えば、一部の実施形態では、Ｌ1a及びＬ1bは、存在する場合、独立して、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000017
 を有する。
一部の実施形態では、構造（Ａ）のＭ2－Ｌ1bは、以下の構造（ｓｔｒｕｃｔｒｕｒｅ）：
Figure 2023552448000018
 を有する。
一部の実施形態では、出現するＬ4及びＬ5の少なくとも１つは、同じである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に同じである。
一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである。他のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ6は、ポリエチレンオキシドである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（Ｉａ）：
Figure 2023552448000019
 (Ia)
（式中、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ｚは１～３０、例えば１５～３０、又は２２～２５の整数である。一部の実施形態では、ｚは２３である。一部の実施形態では、ｚは、２１、２２、２３、２４又は２５である。一部の実施形態では、ｚは、１～１０、例えば３～６の整数である。一部の実施形態では、ｚは、３、４、５又は６である。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである。他のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5は同じである。他の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に同じである。
一部のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3アルキレン、Ｃ4アルキレン又はＣ6アルキレンである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（Ｉｂ）：
(Ib)
（式中、
Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレン、Ｃ2－Ｃ6アルケニレン又はＣ2－Ｃ6アルキニレンである。例えば、一部の実施形態では、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレンであり、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（Ｉｃ）：
Figure 2023552448000021
 (Ic)
（式中、
ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に独立して、０～６の整数であり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ｘ1及びｘ3は、出現毎に、それぞれ０であり、ｘ2及びｘ4は、出現毎に、それぞれ１である。他の実施形態では、ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に、それぞれ１である。
一部の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ３である。他の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ４である。さらに他の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ６である。
一部の実施形態では、ｚは、１～６の整数である。他の実施形態では、ｚは、１５～３０の整数である。さらに他の実施形態（ｅｍｂｏｄｉｍｅｔｎ）では、ｚは、２２～２５の整数である。
構造（Ｉ）の上述の化合物のいずれかの一部の実施形態では、出現するＲ1の少なくとも１つは、Ｈである。より具体的な実施形態では、Ｒ1は、出現毎に、Ｈである。
一部の実施形態では、ｑは０である。一部の関連する実施形態では、本開示の化合物は、以下の構造（ＩＩ）：
(II)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
Ｌ1d、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ｉ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、本開示の化合物は、以下の構造（ＩＩ）：
Figure 2023552448000023
 (II)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
Ｌ1d、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
を有する。
構造（ＩＩ）の化合物中の様々なリンカー及び置換基（例えば、Ｍ、Ｑ、Ｒ2、Ｒ3、Ｒc、Ｌ1c、Ｌ1d、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5及びＬ6）は、もう１つの置換基により置換されていてもよい。例えば、一部の実施形態では、任意に用いてもよい置換基は、構造（ＩＩ）の化合物の水溶解度又は他の特性を最適化するよう選択される。ある種の実施形態では、構造（ＩＩ）の化合物中の発色団、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアリーレン、ヘテロアルキル、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、アルコキシアルキルエーテル、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル及びチオホスホアルキルエーテルはそれぞれ、ヒドロキシル、アルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、スルフヒドリル、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル及びチオホスホアルキルエーテルからなる群から選択される、さらに１つの置換基により置換されていてもよい。ある種の実施形態では、任意に用いてもよい置換基は、－ＯＰ（＝Ｒａ）（Ｒｂ）Ｒｃであり、Ｒａ、Ｒｂ及びＲｃは、構造（ＩＩ）の化合物に関して定義されている通りである。
一部の実施形態では、出現するＬ1cの少なくとも１つは、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである。一部のさらに具体的な実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に独立して、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ1cは、６員のヘテロアリーレンである。一部の実施形態では、Ｌ1cは、２個のＮ原子及び２個のＯ原子を含む。ある種の実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に、置換されている。一部の関連する実施形態では、Ｌ1cは、置換されており、例えば、オキソ、アルキル（例えば、メチル、エチルなど）、又はそれらの組合せにより置換されている。より具体的な実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に、少なくとも１つのオキソにより置換されている。一部の実施形態では、Ｌ1cは、以下の構造：
Figure 2023552448000024
 のうちの１つを有する。
一部の実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、アルキレンヘテロアリーレンアルキレン、アルキレンヘテロシクリレンアルキレン、アルキレンカルボシクリレンアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロアリーレンアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロシクリレンアルキレン、ヘテロアルキレンカルボシクリレンアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロアリーレンヘテロアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロシクリレンヘテロアルキレン、ヘテロアルキレンカルボシクリレンヘテロアルキレン、アルキレンヘテロアリーレンヘテロアルキレン、アルキレンヘテロシクリレンヘテロアルキレン、アルキレンカルボシクリレンヘテロアルキレン、ヘテロアリーレン、ヘテロシクリレン、カルボシクリレン、アルキレンヘテロアリーレン、アルキレンヘテロシクリレン、ヘテロアリーレンアルキレン、アルキレンカルボシクリレン、カルボシクリレンアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロアリーレン、ヘテロアルキレンヘテロシクリレン、ヘテロアリーレンヘテロアルキレン、ヘテロアルキレンカルボシクリレン、カルボシクリレンヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーである。一部の実施形態では、Ｌ1dは、置換されていてもよいヘテロアルケニレンリンカーである。
一部の実施形態では、出現するＬ1dの少なくとも１つは、置換されている。ある種の実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に置換されている。一部のさらに具体的な実施形態では、Ｌ1dは、オキソにより置換されている。
他の実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、２つの相補性反応性基（例えば、トリアゾリル、アミドなど）、例えばＱ基の反応により形成可能な官能基を含むリンカーである。
任意に用いてもよいリンカーＬ1dは、化合物の残りへのＭ部分の結合点として使用することができる。例えば、一部の実施形態では、構造（ＩＩ）の化合物への合成前駆体が調製され、Ｍ部分は、任意の数の、当分野において公知の容易な方法、例えば、「クリックケミストリー」と称される方法を使用して合成前駆体に結合される。この目的の場合、迅速かつ実質的に不可逆な任意の反応を使用して、構造（ＩＩ）の化合物を形成するための合成前駆体にＭ部分を結合することができる。例示的な反応には、アジドとアルキンとのトリアゾールを形成する銅触媒反応（Ｈｕｉｓｇｅｎの１，３－双極子環化付加）、ジエンと求ジエンとの反応（Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ）、歪みにより促進されるアルキン－ニトロン環化付加、歪により促進されるシクロアルキン－アジド環化付加（Ｃｕ不含クリック）、歪アルケンとアジド、テトラジン又はテトラゾールの反応、アルケンとアジドの［３＋２］環化付加、アルケンとテトラジンの逆需要Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ、アルケンとテトラゾールの光反応、並びに求電子性原子への求核攻撃による脱離基の置換などの様々な置換反応が含まれる。例示的な置換反応は、活性化エステル；Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル；イソシアネート；イソチオシアネートなどとのアミンの反応を含む。一部の実施形態では、Ｌ1dを形成する反応は、水性環境中で行われてもよい。
したがって、一部の実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、２つの相補性反応性基の反応によって形成可能な官能基、例えば、上述の「クリック」反応の１つの生成物である官能基を含むリンカーである。様々な実施形態では、Ｌ1dが少なくとも１つ出現する場合、官能基は、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル（例えば、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル）、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイラン官能基と、相補性反応性基との反応、例えば、アミンとＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル又はイソチオシアネートとの反応によって形成され得る。
他の実施形態では、Ｌ1dが少なくとも１つ出現する場合、官能基は、アルキン及びアジドの反応によって形成され得る。他の実施形態では、Ｌ1dが少なくとも１つ出現する場合、官能基は、アミン（例えば、一級アミン）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル又はイソチオシアネートの反応によって形成することができる。
より多くの実施形態では、出現するＬ1dの少なくとも１つについて、官能基は、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、ジスルフィド、炭素環式、複素環式又はヘテロアリール基を含む。より多くの実施形態では、Ｌ1dが少なくとも１つ出現する場合、官能基は、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、チオウレア、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む。他の実施形態では、官能基は、アミド又はチオウレアを含む。一部のさらに具体的な実施形態では、Ｌ1d、Ｌbが少なくとも１つ出現する場合、Ｌ1d、Ｌbは、トリアゾリル官能基を含むリンカーである。一部の関連する実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、トリアゾリル官能基を含む。他の実施形態では、Ｌ1dの少なくとも１つの出現は、アミド又はチオウレア官能基を含むリンカーである。
さらに他の実施形態では、出現するＬ1dの少なくとも１つについて、Ｌ1d－Ｍ1又はＬ1d－Ｍ2は、以下の構造の１つ：
（式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）を有する。
異なる実施形態では、出現するＬ1dの少なくとも１つについて、Ｌ1d－Ｍ1又はＬ1d－Ｍ2は、以下の構造の１つ：
（式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）を有する。
上述の様々な実施形態では、Ｌ1a若しくはＬ1b、又はそれらの両方が、存在しない。他の実施形態では、Ｌ1a若しくはＬ1b、又はそれらの両方が存在する。
一部の実施形態では、Ｌ1a及びＬ1bは、存在する場合、それぞれ独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンである。例えば、一部の実施形態では、Ｌ1a及びＬ1bは、存在する場合、独立して、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000027
 を有する。
構造（Ｉ）のさらに他の異なる実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン又はヘテロアルキレンリンカーである。ある種の実施形態では、Ｌ1dは、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000028
 （式中、
ａ、ｂ、ｃ及びｄは、それぞれ独立して、１～６の範囲の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、出現するＬ2の少なくとも１つは、アルキレンリンカーである。より具体的な実施形態では、Ｌ2は、出現毎に、アルキレンリンカーである。ある種の実施形態では、アルキレンリンカーは、メチレンリンカーである。
一部の実施形態では、出現するＬ3の少なくとも１つは、存在しない。より具体的な実施形態では、Ｌ3は、出現毎に、存在しない。
一部の実施形態では、少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5は同じである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に、同じである。
一部の実施形態では、出現するＬ6の少なくとも１つは、アルキレンオキシドを含む。上述の実施形態のうちの一部では、アルキレンオキシドは、エチレンオキシド、例えば、ポリエチレンオキシドである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩａ）：
(IIa)
（式中、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ｚは１～３０、例えば１５～３０、又は２２～２５の整数である。一部の実施形態では、ｚは２３である。一部の実施形態では、ｚは、２１、２２、２３、２４又は２５である。一部の実施形態では、ｚは、１～１０、例えば３～６の整数である。一部の実施形態では、ｚは、３、４、５又は６である。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである。一部のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3アルキレン、Ｃ4アルキレン又はＣ6アルキレンである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩｂ）：
(IIb)
（式中、
Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈであり、Ｌ1cは、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000031
 を有する。
一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）、（ＩＩｅ）、又は（ＩＩｆ）：
(IIc);
(IId);
(IIe); 又は
(IIf)
（式中、
Ｌ1dは、出現毎に独立して、置換されていてもよいアルキレン又は置換されていてもよいヘテロアルキレンリンカーである）
を有する。
一部の実施形態では、Ｌ1dは、出現毎に独立して、アミド官能基又はトリアゾリル官能基を含む。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のいずれかのさらに他の実施形態では、Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲdである。「ＯＲd」及び「ＳＲd」は、陽イオンを伴うＯ-及びＳ-を指すことが意図されることが理解される。例えば、ホスフェート基の二ナトリウム塩は、以下の通り表すことができる：
Figure 2023552448000036
 ,
（式中、Ｒdは、ナトリウム（Ｎａ+）である）。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のいずれかの他の実施形態では、出現するＲ5の少なくとも１つは、オキソである。構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のいずれの他の実施形態では、Ｒ5は、出現毎に、オキソである。
他の様々な実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、ＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである。一部の異なる実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、ＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方は、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである。
上述の構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のいずれかのさらに異なる実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである。これらの実施形態の一部では、Ｒcは、ＯＬ’である。
他の実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）ＯＬ’であり、Ｌ’は、Ｑ、標的指向性部分、分析対象（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド又は構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物へのアルキレン又はヘテロアルキレンリンカーである。
リンカーＬ’は、Ｑ、標的指向性部分、分析対象（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド又は構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物を構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物に結合させるのに好適な任意のリンカーとすることができる。有利には、ある種の実施形態は、化合物の水溶解度を増大又は最適化するよう選択される、Ｌ’部分の使用を含む。ある種の実施形態では、Ｌ’は、ヘテロアルキレン部分である。一部の他のある種の実施形態では、Ｌ’は、アルキレンオキシド若しくはホスホジエステル部分、又はそれらの組合せを含む。
ある種の実施形態では、Ｌ’は、以下の構造：
Figure 2023552448000037
 ,
（式中、
ｍ”及びｎ”は、独立して、１～１０の整数であり、
Ｒeは、Ｈ、電子対又は対イオンであり、
Ｌ”は、Ｒe、又はＱ、標的指向性部分、分析対象分子（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド若しくは構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物への直接結合若しくは連結基である）
を有する。
一部の実施形態では、ｍ”は、４～１０、例えば４、６又は１０の整数である。他の実施形態では、ｎ”は、３～６、例えば３、４、５又は６の整数である。一部の実施形態では、ｎ”は、１８～２８、例えば、２１～２３の整数である。
一部の他の実施形態では、Ｌ”は、アルキレン、アルキレンヘテロシクリレン、アルキレンヘテロシクリレンアルキレン、アルキレンシクリレン、アルキレンシクリレンアルキレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルキレンヘテロシクリレン、ヘテロアルキレンヘテロシクリレンヘテロアルキレン、ヘテロアルキレンシクリレン又はヘテロアルキレンサイクレンヘテロアルキレン部分である。一部の他のある種の実施形態では、Ｌ’’は、アルキレンオキシド、ホスホジエステル部分、スルフヒドリル、ジスルフィド若しくはマレイミド部分、又はそれらの組合せを含む。
ある種の上述の実施形態では、標的指向性部分は、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストである。
一部の実施形態では、抗体には、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１が含まれる。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の上述の化合物のいずれかの他のより多くの具体的な実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000038
 を有する。
上述の構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のいずれかの他のさらなる具体的な実施形態では、Ｒ1又はＲ2は、以下の構造：
Figure 2023552448000039
 のうちの１つを有する。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のある種の実施形態は、オリゴヌクレオチドの調製に当分野で公知の合成法に類似した固相合成法に準拠して調製することができる。したがって、一部の実施形態では、Ｌ’は、固体支持体、固体支持体残基又はヌクレオシドへのリンカーである。活性化デオキシチミジン（ｄＴ）基を含む固体支持体は、容易に入手可能であり、一部の実施形態では、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の調製のための出発原料として使用することができる。したがって、一部の実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、以下の構造：
Figure 2023552448000040
 を有する。
当業者は、上に図示されているｄＴ基は、合成を容易にするため及び経済的効率性だけのために含まれており、必要ではないことを理解していよう。他の固体支持体を使用することができ、Ｌ’上に存在する異なるヌクレオシド若しくは固体支持体残基をもたらすか、又はヌクレオシド若しくは固体支持体残基は、合成後に除去され得るか、又は修飾され得る。
さらに他の実施形態では、Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子又は固体支持体と共有結合を形成することが可能な反応性基を含む部分である。他の実施形態では、Ｑは、出現毎に独立して、相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な反応性基を含む部分である。例えば、一部の実施形態では、Ｑ’は、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物に存在し（例えば、Ｒ2又はＲ3の位置）、Ｑ及びＱ’は、相補性反応性基を含み、こうして、構造（Ｉ）の化合物と構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物との反応により、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の共有結合による二量体をもたらす。構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の多量体化合物もまた、類似の方法で調製することができ、本開示の実施形態の範囲内に含まれる。
Ｑ基のタイプ、及び構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の残りへのＱ基の結合性は限定されず、ただし、Ｑは、所望の結合を形成するために適切な反応性を有する部分を含むことを条件とする。
ある種の実施形態では、Ｑは、水性条件下で加水分解を受けにくいが、分析対象分子又は固体支持体の表面の対応する基（例えば、アミン、アジド又はアルキン）と結合を形成するのに十分な反応性のある部分である。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物のある種の実施形態は、バイオコンジュゲートの分野において、一般に使用されているＱ基を含む。例えば一部の実施形態では、Ｑは、求核性反応性基、求電子性反応性基又は環化付加反応性基を含む。一部のより具体的な実施形態では、Ｑは、スルフヒドリル、ジスルフィド、活性化エステル、イソチオシアネート、アジド、アルキン、アルケン、ジエン、求ジエン体、酸ハロゲン化物、ハロゲン化スルホニル、ホスフィン、α－ハロアミド、ビオチン、アミノ又はマレイミド官能基を含む。一部の実施形態では、活性化エステルは、Ｎ－スクシンイミドエステル、イミドエステル又はポリフルオロフェニル（ｐｏｌｙｆｌｏｕｒｏｐｈｅｎｙｌ）エステルである。他の実施形態では、アルキンは、アルキルアジド又はアシルアジドである。
Ｑ基は、保存安定性又は他の所望の特性を増大させる保護形態で都合よく設けることができ、次に、この保護基は、例えば、標的指向性部分又は分析対象とのコンジュゲートにとって適切なときに除去される。したがって、Ｑ基は、上記及び以下の表１中の反応性基のいずれかを含めた、反応性基の「保護形態」を含む。Ｑの「保護形態」とは、所定の反応条件下で、Ｑに比べて一層低い反応性を有する部分であって、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の他の部分を好ましくは分解しない又は構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物と反応しない条件下で、Ｑへと変換することができる部分を指す。当業者は、特定のＱ、並びに所望の最終使用及び貯蔵条件に基づいた、Ｑの適切な保護形態を誘導することができる。例えば、ＱがＳＨである場合、Ｑの保護形態はジスルフィドを含み、ジスルフィドは、一般的な公知技法及び試薬を使用して還元すると、ＳＨ部分を現すことができる。
例示的なＱ部分は、以下の表Ｉに提示されている。
Figure 2023552448000041
Figure 2023552448000042

Figure 2023552448000043
一部の実施形態では、ＱがＳＨである場合、ＳＨ部分は、例えば、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の別の化合物の別のスルフヒドリル基とジスルフィド結合を形成する傾向があることに留意すべきである。したがって、一部の実施形態は、ジスルフィド二量体の形態にある、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を含み、ジスルフィド結合は、ＳＨであるＱ基から誘導される。
同様に、構造（Ｉ）の化合物が、ある種の実施形態の範囲内に含まれ、この場合、Ｒ2及びＲ3の１つ又はどちらも、構造（Ｉ）のさらなる化合物への連結を含む。例えば、Ｒ2及びＲ3の１つ又はどちらも、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、ＲcはＯＬ’であり、Ｌ’は、構造（Ｉ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーである。このような化合物は、例えば、約１０の「Ｍ」部分（すなわち、ｎ＝９）を有する第１の構造（Ｉ）の化合物であって、第２の構造（Ｉ）の化合物上の相補性Ｑ’基との反応にとって適切な「Ｑ」を有する、第１の構造（Ｉ）の化合物を調製することにより調製することができる。この方法では、任意の数、例えば１００以上の「Ｍ」部分を有する、構造（Ｉ）の化合物は、各モノマーを逐次にカップリングする必要なしに調製することができる。このような構造（Ｉ）の化合物の例示的な実施形態は、以下の構造（Ｉ’）
Figure 2023552448000044
 (I')
（式中、
Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ及びｎは、出現毎に、独立して、構造（Ｉ）の化合物に関して定義されている通りであり、
Ｌ”は、Ｑ部分と対応するＱ’部分との反応から生じる官能基を含むリンカーであり、
αは、１以上の整数、例えば１～１００又は１～１０である）
を有する。
構造（Ｉ’）の化合物は、当業者によって、例えば、本明細書において提供されている構造（Ｉ）の化合物を二量化又は重合することによって誘導可能である。
同様に、構造（ＩＩ）の化合物が、ある種の実施形態の範囲内に含まれ、この場合、Ｒ2及びＲ3の１つ又はどちらも、構造（ＩＩ）のさらなる化合物への連結を含む。例えば、Ｒ2及びＲ3の１つ又はどちらも、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、ＲｃはＯＬ’であり、Ｌ’は、構造（ＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーである。このような化合物は、例えば、約１０個の「Ｍ」部分（すなわち、ｎ＝９）を有する第１の構造（ＩＩ）の化合物であって、第２の構造（Ｉ）の化合物上の相補性Ｑ’基との反応にとって適切な「Ｑ」を有する、第１の構造（ＩＩ）の化合物を調製することにより調製することができる。この方法では、あらゆる数、例えば１００以上の「Ｍ」部分を有する、構造（ＩＩ）の化合物が、各モノマーを逐次にカップリングする必要がなく調製することができる。構造（ＩＩ）のこのような化合物の例示的な実施形態は、以下の構造（ＩＩ’）：
(II')
（式中、
Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ1c、Ｌ1d、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ1、Ｍ2、ｍ及びｎは、出現毎に、構造（ＩＩ）の化合物に関して独立して、定義されている通りであり、
Ｌ”は、Ｑ部分と対応するＱ’部分との反応から生じる官能基を含むリンカーであり、
αは、１超えの整数、例えば１～１００、又は１～１０である）
を有する。
構造（ＩＩ’）の化合物は、当業者によって、例えば、本明細書において提供されている構造（ＩＩ）の化合物を二量化又は重合することによって誘導可能である。
他の実施形態では、Ｑ部分は、ジスルフィド部分として都合よくマスクされ（例えば、保護される）、この部分は、後に還元されて、所望の分析対象分子又は標的指向性部分への結合のための、活性化されたＱ部分をもたらすことができる。例えば、Ｑ部分は、以下の構造を有するジスルフィド：
Figure 2023552448000046
 （式中、Ｒは、置換されていてもよいアルキル基である）としてマスクことができる。例えば、一部の実施形態では、Ｑは、以下の構造を有するジスルフィド部分：
Figure 2023552448000047
 （式中、ｎは、１～１０の整数であり、例えば、６である。）
として提供される。
一部の他の実施形態では、Ｒ2又はＲ3の一方はＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方は、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、又は固体支持体への共有結合を含むリンカーである。例えば、一部の実施形態では、分析対象分子は、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマーである。他の実施形態では、分析対象分子は、酵素、受容体、受容体リガンド、抗体、グリコタンパク質、アプタマー又はプリオンである。さらに異なる実施形態では、固体支持体は、ポリマー製ビーズ又は非ポリマー製ビーズである。
ｍに関する値は、所望の蛍光強度及び／又は着色強度に基づいて選択することができる別の可変因子である。一部の実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、１～１０の整数である。他の実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、１～５、例えば、１、２、３、４又は５の整数である。
他の実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、２より大きな整数であり、ｚは、１５～３０の整数であり、例えば、ある実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、３、４、５又は６などの２より大きな整数であり、ｚは、２２～２５の整数である。
蛍光強度もまた、異なるｎの値を選択することによって調節することができる。ある種の実施形態では、ｎは、１～１００の整数である。他の実施形態では、ｎは、１～１０の整数である。一部の実施形態では、ｎは、１である。一部の実施形態では、ｎは、２である。一部の実施形態では、ｎは、３である。一部の実施形態では、ｎは、４である。一部の実施形態では、ｎは、５である。一部の実施形態では、ｎは、６である。一部の実施形態では、ｎは、７である。一部の実施形態では、ｎは、８である。一部の実施形態では、ｎは、９である。一部の実施形態では、ｎは、１０である。
ｑに関する値は、所望の蛍光強度及び／又は着色強度に基づいて選択され得る（ｂａｎ）別の可変因子である。一部の実施形態では、ｑは、出現毎に独立して、０～３の整数である。例えば、一部の実施形態では、ｑは０である。一部の実施形態では、ｑは１である。一部の実施形態では、ｑは２である。一部の実施形態では、ｑは３である。
ｗに関する値は、所望の蛍光強度及び／又は着色強度に基づいて選択され得る（ｂａｎ）別の可変因子である。一部の実施形態では、ｗは、出現毎に独立して、０～３の整数である。例えば、一部の実施形態では、ｗは、０である。一部の実施形態では、ｗは、１である。一部の実施形態では、ｗは、２である。一部の実施形態では、ｗは、３である。
Ｍ1及びＭ2は、所望の光学特性に基づいて、例えば、所望の発色及び／又は蛍光発光波長に基づいて選択される。一部の実施形態ではＭ1及びＭ2は、出現毎に同じである。しかし、Ｍ1又はＭ2の各出現は、同一のＭ1又はＭ2である必要がなく、ある種の実施形態は、Ｍ1及びＭ2が出現毎に同じではない化合物を含むことに留意することが重要である。例えば、一部の実施形態では、Ｍ1及びＭ2はそれぞれ、同じではなく、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）法に使用するために、吸光度及び／又は発光を有するよう、異なるＭ1部分及びＭ2部分が選択される。例えば、このような実施形態では、ＦＲＥＴ機構によって、１つの波長における照射の吸光が、異なる波長における照射の発光を引き起こすよう、異なるＭ部分を選択して、ＦＲＥＴドナー－アクセプター対を形成させる。例示的なＭ1部分及びＭ2部分は、所望の最終使用に基づいて、当業者により適切に選択され得る。ＦＲＥＴ法のための例示的なＭ1部分及びＭ2部分には、フルオレセイン及び５－ＴＡＭＲＡ（５－カルボキシテトラメチルローダミン、スクシンイミジルエステル）色素が含まれる。
Ｍ1及びＭ2は、Ｍ1及びＭ2上の任意の位置（すなわち、原子）から分子の残りに結合することができる。当業者は、Ｍ1及びＭ2が分子の残りに結合するための手段を認識していよう。例示的な方法には、本明細書に記載されている「クリック」反応が含まれる。
一部の実施形態では、Ｍ1及びＭ2は、蛍光部分又は発色部分である。任意の蛍光及び／又は発色部分が使用されて、例えば、当分野での公知のもの、及び通常、比色分析アッセイ、ＵＶアッセイ及び／又は蛍光アッセイに使用されるものが使用され得る。本開示の様々な実施形態に有用なＭ部分の例には、以下に限定されないが、キサンテン誘導体（例えば、フルオレセイン、ローダミン、オレゴングリーン、エオシン又はテキサスレッド）；シアニン誘導体（例えば、シアニン、インドカルボシアニン、オキサカルボＬ１シアニン（ｏｘａｃａｒｂｏＬ１ｃｙａｎｉｎｅ）、チアカルボシアニン又はメロシアニン）；スクアライン誘導体及び環置換スクアライン（セタ、セタウ及びスクエア色素を含む）；ナフタレン誘導体（例えば、ダンシル及びポロダン誘導体）；クマリン誘導体；オキサジアゾール誘導体（例えば、ピリジルオキサゾール、ニトロベンゾオキサジアゾール又はベンゾオキサジアゾール）；アントラセン誘導体（例えば、ＤＲＡＱ５、ＤＲＡＱ７及びＣｙＴＲＡＫオレンジを含むアントラキノン）；カスケードブルーなどのピレン誘導体；オキサジン誘導体（例えば、ナイルレッド、ナイルブルー、クレシルバイオレット、オキサジン１７０）；アクリジン誘導体（例えば、プロフラビン、アクリジンオレンジ、アクリジンイエロー）；アリールメチン誘導体：アウラミン、クリスタルバイオレット、マラカイトグリーン；及びテトラピロール誘導体（例えば、ポルフィン、フタロシアニン又はビリルビン）が含まれる。他の例示的なＭ部分には、シアニン色素、キサンテート色素（例えば、Ｈｅｘ、Ｖｉｃ、Ｎｅｄｄ、Ｊｏｅ又はＴｅｔ）；ヤキマイエロー；レッドモンドレッド；タムラ；テキサスレッド、及びＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）３５０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０などのＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）色素が含まれる。
本開示の化合物は、高い量子効率を有する蛍光色素及び／又は発色色素としての利用が見出される。これは、一部には、ドナー部分（例えば、Ｍ1）の発光スペクトルとアクセプター部分（例えば、Ｍ2）の吸光又は励起スペクトルとの重なりによる。したがって、一部の実施形態は、３００～９００ｎｍの間の励起極大値及び３５０～９００ｎｍの間の発光極大値を有する、ＦＲＥＴドナーを提供する。例えば、一部の実施形態（ｅｍｂｏｄｉｅｍｔｎ）では、ＦＲＥＴドナーは、３１１ｎｍの励起極大値及び３７５ｎｍの発光極大値を有する２，５－ジフェニルオキサゾールを含む。別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、３３３ｎｍの励起極大値及び５１８ｎｍの発光極大値を有するダンシルフルオロフォアを含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、３４６ｎｍの励起極大値及び４４２ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）３５０を含む。さらなる例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、３４０ｎｍの励起極大値及び３７６ｎｍの発光極大値を有するピレンを含む。さらなる例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、４３７ｎｍの励起極大値及び４７７ｎｍの発光極大値を有するクマリン３４３を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、４３０ｎｍの励起極大値及び５３９ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、４９５ｎｍの励起極大値及び５１９ｎｍの発光極大値を有する５－カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、５５０ｎｍの励起極大値及び６１５ｎｍの発光極大値を有するシアニド色素（ＣＹ３）を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、５５５ｎｍの励起極大値及び５７２ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、５７８ｎｍの励起極大値及び６０３ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、６３０ｎｍの励起極大値及び６５０ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、６５０ｎｍの励起極大値及び６６８ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、７７４ｎｍの励起極大値及び７９８ｎｍの発光極大値を有するＭＢ８００を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８０１ｎｍの励起極大値及び８１４ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）８００を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８１２ｎｍの励起極大値及び８２６ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）８１０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８２０ｎｍの励起極大値及び８３０ｎｍの発光極大値を有するＣＦ８２０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８２０ｎｍの励起極大値及び８４９ｎｍの発光極大値を有するｉＦｌｕｏｒ（登録商標）８２０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８３８ｎｍの励起極大値及び８８０ｎｍの発光極大値を有するＰｒｏｍｏＦｌｕｏｒ８４０／ｉＦｌｕｏｒ（登録商標）８４０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナーは、８５２ｎｍの励起極大値及び８７７ｎｍの発光極大値を有するｉＦｌｕｏｒ（登録商標）８６０を含む。
一部の実施形態は、４００～８００ｎｍの間の励起極大値及び５００～５００ｎｍの間の発光極大値を有する、ＦＲＥＴアクセプターを提供する。例えば、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、４９５ｎｍの励起極大値及び５１９ｎｍの発光極大値を有する５－カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）を含む。別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５４８ｎｍの励起極大値及び５６６ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４３を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５３２ｎｍの励起極大値及び５５４ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５５４ｎｍの励起極大値及び５７０ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５５５ｎｍの励起極大値及び５７２ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５７８ｎｍの励起極大値及び６０３ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、５９０ｎｍの励起極大値及び６１７ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、６３０ｎｍの励起極大値及び６５０ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、６６３ｎｍの励起極大値及び６９０ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、６５０ｎｍの励起極大値及び６６８ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、６７９ｎｍの励起極大値及び７０２ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０を含む。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴアクセプターは、７５６ｎｍの励起極大値及び７７６ｎｍの発光極大値を有するＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７５０を含む。
本開示の実施形態により、センサーとして輝度を増強するＦＲＥＴドナー／アクセプター対の様々な組合せが可能となる。例えば、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとして２，５－ジフェニルオキサゾールであり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０である。別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてダンシルフルオロフォアであり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４３又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）３５０であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてピレンであり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてクマリン３４３であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＦＡＭである。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＦＡＭであり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＣＹ３であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０である。さらに別の例では、一部の実施形態では、ＦＲＥＴドナー／アクセプター対は、ＦＲＥＴドナーとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７であり、ＦＲＥＴアクセプターとしてＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０又はＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７５０である。
上述のいずれかのさらに他の実施形態では、Ｍ1及びＭ2が、３つ以上のアリール若しくはヘテロアリール環、又はそれらの組合せ、例えば、４つ以上のアリール若しくはヘテロアリール環、又はそれらの組合せ、或いは５つ以上のアリール若しくはヘテロアリール環、又はそれらの組合せさえも含む。一部の実施形態では、Ｍ1及びＭ2が、６つのアリール若しくはヘテロアリール環、又はそれらの組合せを含む。さらなる実施形態では、環は縮合している。例えば、一部の実施形態では、Ｍ1及びＭ2が、３つ以上の縮合環、４つ以上の縮合環、５つ以上の縮合環、又は６つ以上の縮合環さえも含む。
一部の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、環式である。例えば、一部の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、炭素環式である。他の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、複素環式である。上述のさらに他の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に独立して、アリール部分を含む。これらの実施形態の一部では、アリール部分は、多環式である。他のさらなる具体例では、アリール部分は、縮合多環式アリール部分であり、例えば、この縮合多環式アリール部分は、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は４つを超えることさえあるアリール環を含んでもよい。
上記の構造（Ａ）、（Ｉ）、（ＩＩ）、（Ｉ’）、又は（Ｉ’’）の化合物のいずれかの他の実施形態では、Ｍ1若しくはＭ2は、出現毎に独立して、少なくとも１個のヘテロ原子を含む。例えば、一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素又は硫黄である。
上述のいずれかのさらにより多くの実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に独立して、少なくとも１つの置換基を含む。例えば、一部の実施形態では、置換基は、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、ヒドロキシ、スルフヒドリル、アルコキシ、アリールオキシ、フェニル、アリール、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｔ－ブチル、カルボキシ、スルホネート、アミド又はホルミル基である。
上述の一部のさらにより具体的な実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に独立して、ジメチルアミノスチルベン、キナクリドン、フルオロフェニル－ジメチル－ＢＯＤＩＰＹ、ｈｉｓ－フルオロフェニル－ＢＯＤＩＰＹ、アクリジン、テリレン、セキシフェニル、ポルフィリン、ベンゾピレン（フルオロフェニル－ジメチル－ジフルオロボラ－ジアザ－インダセン）フェニル、（ビス－フルオロフェニル－ジフルオロボラ－ジアザ－インダセン）フェニル、クアテルフェニル、ビ－ベンゾチアゾール、ター－ベンゾチアゾール、ビ－ナフチル、ビ－アントラシル、スクアライン、スクアリリウム、９，１０－エチニルアントラセン又はター－ナフチル部分である。他の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に独立して、ｐ－ターフェニル、ペリレン、アゾベンゼン、フェナジン、フェナントロリン、アクリジン、チオキサントレン、クリセン、ルブレン、コロネン、シアニン、ペリレンイミド若しくはペリレンアミド、又はそれらの誘導体である。さらにより多くの実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に独立して、クマリン色素、レゾルフィン色素、ジピロメテンボロンジフルオリド色素、ルテニウムビピリジル色素、エネルギー移動色素、チアゾールオレンジ色素、ポリメチン又はＮ－アリール－１，８－ナフタルイミド色素である。
上述のいずれかのさらにより多くの実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、出現毎に、同じである。他の実施形態では、Ｍ1又はＭ2はそれぞれ、異なる。さらにより多くの実施形態では、１つ又は複数のＭ1又はＭ2は同じであり、１つ又は複数のＭ1又はＭ2は異なる。
一部の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、ピレン、ペリレン、ペリレンモノイミド、５－カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６－ＦＡＭ、６－ＦＩＴＣ、５－ＦＩＴＣ又はそれらの誘導体である。
一部の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、以下の構造：
のうちの１つを有する。
カルボン酸基を含むＭ1部分又はＭ2部分は、上記の陰イオン性形態（ＣＯ2 -）で図示されているが、当業者は、これは、ｐＨに応じて様々になること、及びプロトン化形態（－ＣＯ2Ｈ）が、様々な実施形態に含まれることを理解していよう。
一部の実施形態では、Ｍ1又はＭ2は、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000049
Figure 2023552448000050

Figure 2023552448000051

Figure 2023552448000052
を有する。
一部の具体的な実施形態では、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物は、表２から選択される化合物である。表２中の化合物は、実施例に説明されている手順に準拠して調製し、それらの構造（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）は、質量分析法によって確認した。
Figure 2023552448000053
Figure 2023552448000054

Figure 2023552448000055

Figure 2023552448000056

Figure 2023552448000057

Figure 2023552448000058

Figure 2023552448000059

Figure 2023552448000060

Figure 2023552448000061
表２、及び本開示の全体で使用されている通り、Ｒ2、Ｒ3、ｚ及びｎは、特に示さない限り、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物に関して提示されている定義を有する。
表２、及び本開示の全体で使用されている通り、Ｆｘは、出現毎に独立して、（ｉｎｄｅｐｅｄｅｎｔｌｙ）、以下の構造の１つ：
を有する蛍光（ｆｌｕｒｏｒｅｓｅｎｔ）部分又は発色部分を指す。
一部の実施形態では、Ｆｘは、フルオレセインである。フルオレセイン部分は、キノイド体、双性体イオン体及びラクトイド体の間で互変異性することが当分野において周知である。当業者は、この形態は、ｐＨに依存すること、及び各形態（例えば、キノイド、双性イオン及びラクトイド）もまた、本開示の実施形態の範囲内に含まれることを容易に理解するであろう。
上の表２、及び本開示の全体で使用されている通り、Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、Ｍに関して上に記載されている蛍光部分又は発色部分である。Ｍ1及びＭ2の一方は、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、ＦＲＥＴアクセプターである。一部の実施形態では、Ｍ1は、ＦＡＭであり、Ｍ2は、ＡＦ５９４である。一部の実施形態では、Ｍ1は、Ｃｙ３であり、Ｍ2はＡＦ６８０である。
ＦＡＭは、以下の構造の１つ：
を有する部分を指す。
ＡＦ５９４は、以下の構造：
Figure 2023552448000064
 AF594
を有する部分を指す。
Ｃｙ３は、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000065
 Cy3
を有する部分を指す。
ＡＦ６８０は、以下の構造：
AF680
を有する部分を指す。
上の表２及び本開示の全体で使用されている通り、ｄＴは、以下の構造：
Figure 2023552448000067
 dT
（式中、
Ｒは、Ｈ又は直接結合である）を指す。
一部の実施形態は、表２に提示されており、抗体などの標的指向性部分にコンジュゲートされている具体的な化合物を含む、上述のいずれかを含む。一部の実施形態では、抗体には、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１が含まれる。
本開示は、概して、これまで公知の化合物に比べて、蛍光発光量が増大した化合物を提供する。したがって、ある種の実施形態は、Ｙ個の蛍光部分Ｍを含む蛍光化合物であって、所定の波長の紫外光により励起すると、同一波長の紫外光により励起した際の単一Ｍ部分のビーク蛍光発光量よりもＹ倍高い発光量の少なくとも８５％のピーク蛍光発光量を有しており、Ｙが２以上の整数である、蛍光化合物を対象とする。蛍光化合物は、紫外光などの光による励起時に蛍光シグナルを発光する化合物を含む。
一部の実施形態では、蛍光化合物は、単一Ｍ部分のピーク蛍光発光よりもＹ倍高い発光量の少なくとも９０％、Ｙ倍高い発光量の９５％、Ｙ倍高い発光量の９７％、又はＹ倍高い発光量の９９％のピーク蛍光発光量を有する。
一部の実施形態では、Ｙは、２～１００、例えば２～１０の整数である。
一部の実施形態では、Ｙ個のＭ部分は、独立して、以下の構造：
（式中、
Figure 2023552448000069
 は、蛍光化合物への結合点を示す）
のうちの１つを有する。
他の実施形態では、単一のＭ部分は、独立して、以下の構造：
のうちの１つを有する。
より具体的な実施形態では、蛍光化合物は、以下の構造：
（式中、
Figure 2023552448000072
 は、蛍光化合物への結合点を示し、単一のＭ部分は、以下の構造：
Figure 2023552448000073
 を有する）
のうちの１つを独立して有する、Ｙ個のＭ部分を含む。
一部の実施形態では、Ｙ個のＭ部分は、独立して、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000074
Figure 2023552448000075

Figure 2023552448000076

Figure 2023552448000077
を有する。
他の実施形態では、ピーク蛍光発光は、約５００～約５５０ｎｍの範囲の波長に存在する。
さらに多くの実施形態では、蛍光化合物は、少なくとも１つのエチレンオキシド部分を含む。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）のいずれか１項の蛍光化合物を含む組成物及び分析対象も提供される。
現在開示されている化合物は、「調節可能」であり、当業者は、上述の化合物のいずれかにおける可変因子を適切に選択することにより、所望の及び／又は所定のモル蛍光光度（モル輝度）を有する化合物に到達することができることを意味する。本化合物の「調節可能性」により、使用者は、特定のアッセイにおいて使用するため、又は特定の目的分析対象を特定するための所望の蛍光及び／又は発色を有する化合物に容易に到達することが可能となる。すべての可変因子は、本化合物のモル蛍光光度に影響を及ぼし得るが、Ｍ、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、ｍ、ｎ及びｚの適切な選択は、本化合物のモル蛍光光度において重要な役割を果たすと考えられる。したがって、一実施形態では、所望のモル蛍光光度を有する化合物を得るための方法であって、既知の蛍光光度を有するＭ部分を選択するステップ、Ｍ部分を含む構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を調製するステップ、及び所望のモル蛍光光度に行き着くためにＬ4、Ｌ5、Ｌ6、ｍ、ｎ及びｚに関する適切な可変因子を選択するステップを含む方法が提供される。
モル蛍光光度は、ある種の実施形態では、親フルオロフォア（例えば、モノマー）の蛍光発光に比べた、増加倍率又は低下倍率に関して表すことができる。一部の実施形態では、本化合物のモル蛍光光度は、親フルオロフォアに対して、１．１×、１．５×、２×、３×、４×、５×、６×、７×、８×、９×、１０×又はさらに大きい。様々な実施形態は、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、ｍ、ｎ及びｚの適切な選択によって、親フルオロフォアに比べて、所望の増加倍率の蛍光光度を有する化合物を調製することを含む。
例示を容易にするため、リン部分（例えば、ホスフェートなど）を含む様々な化合物は、陰イオン性状態（例えば、－ＯＰＯ（ＯＨ）Ｏ-、－ＯＰＯ3 2-）で図示されている。当業者は、電荷はｐＨに依存し、非電荷（例えば、プロトン化されているか、又はナトリウム若しくは他の陽イオンなどの塩）形態も、本開示の実施形態の範囲内に含まれることを容易に理解するであろう。
上述の化合物のいずれか、及び１つ又は複数の分析対象分子（例えば、生体分子）を含む組成物が、様々な他の実施形態において提供される。一部の実施形態では、１つ又は複数の分析対象分子を検出するための分析法でのこのような組成物の使用も提供される。
さらに他の実施形態では、本化合物は、様々な分析法に有用である。例えば、ある種の実施形態では、本開示は、試料を染色する方法であって、前記試料に、例えば、Ｒ2又はＲ3の一方が分析対象分子（例えば、生体分子）又はマイクロ粒子への共有結合を含むリンカーであり、Ｒ2又はＲ3の他方がＨ、ＯＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を、前記試料が適切な波長において照射されると光学応答を生じるのに十分な量で添加するステップを含む方法を提供する。
上述の方法の一部の実施形態では、Ｒ2は、生体分子などの分析対象分子への共有結合連結を含むリンカーである。例えば、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマー（例えば、ポリヌクレオチド又はポリペプチド）である。さらにより多くの実施形態では、生体分子は、酵素、受容体、受容体リガンド、抗体、糖タンパク質、アプタマー又はプリオンである。
上述の方法のさらに他の実施形態では、Ｒ2は、マイクロ粒子などの固体支持体への共有結合連結を含むリンカーである。例えば、一部の実施形態では、マイクロ粒子は、ポリマー製ビーズ又は非ポリマー製ビーズである。
さらにより多くの実施形態では、前記光学応答は蛍光応答である。
他の実施形態では、前記試料は細胞を含み、一部の実施形態は、フローサイトメトリーによって前記細胞を観察するステップをさらに含む。
さらにより多くの実施形態では、本方法は、蛍光応答を、検出可能な形で異なる光学特性を有する第２のフルオロフォアの蛍光応答と区別するステップをさらに含む。
他の実施形態では、本開示は、生体分子などの分析対象分子を目視で検出する方法であって、
（ａ）例えば、Ｒ2又はＲ3の一方は、分析対象分子への共有結合を含むリンカーであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方は、Ｈ、ＯＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を用意するステップ、及び
（ｂ）該化合物をその可視特性によって検出するステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、分析対象分子は、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマー（例えば、ポリヌクレオチド又はポリペプチド）である。さらにより多くの実施形態では、分析対象分子は、酵素、受容体、受容体リガンド、抗体、糖タンパク質、アプタマー又はプリオンである。
他の実施形態では、以下：
（ａ）上述の化合物のいずれかを１つ又は複数の分析対象分子と混合するステップ、及び
（ｂ）該化合物をその可視特性によって検出するステップ
を含む、生体分子などの分析対象分子を目視で検出する方法が提供される。
他の実施形態では、分析対象分子を目視で検出する方法であって、
（ａ）Ｒ2又はＲ3がＱ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を分析対象分子と混合するステップ、
（ｂ）該化合物及び分析対象分子のコンジュゲートを形成するステップ、及び
（ｃ）該コンジュゲートをその可視特性によって検出するステップ
を含む方法が提供される。
他の例示的な方法は、分析対象を検出する方法であって、以下：
（ａ）Ｒ2又はＲ3が、分析対象に対する特異性を有する標的指向性部分への共有結合を含むリンカーを含む、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を用意するステップ、
（ｂ）該化合物及び分析対象を混合し、それによって、標的指向性部分と分析対象とを会合させるステップ、及び
（ｃ）該化合物を、例えば、その目視可能な特性又は蛍光特性によって検出するステップ
を含む方法を含む。
上述の方法のある種の実施形態では、分析対象は、細胞などの粒子であり、本方法は、フローサイトメトリーの使用を含む。例えば、本化合物は、所望の細胞に選択的に会合させるために、抗体などの標的指向性部分を設けることができ、こうして、目視による検出又は蛍光による検出などの任意の数の技法によって、細胞を検出可能にする。一部の実施形態では、抗体はポリクローナル抗体である。他の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。適切な抗体は、所望の最終使用に応じて、当業者によって選択することができる。ある種の実施形態では、使用するための例示的な抗体には、ＣＤ３（クローンＵＣＨＴ１）、ＣＤ４（クローンＯＫＴ４）、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ抗体（ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１など）、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９及びＭＯＰＣ－２１が含まれる。
ある種の実施形態では、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物及び分析対象を含むコンジュゲートを形成するコンジュゲート率は、約８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％又は９９％よりも高い。
さらに他の実施形態では、本開示は、色素の輝度を増大する方法であって、
（ａ）構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を含む色素溶液を用意するステップ、及び
（ｂ）一定期間、色素溶液をエージングするステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、色素溶液は、少なくとも１週間、エージングされる。例えば、一部の実施形態では、色素溶液は、使用前に、約３週間、エージングされる。
色素溶液は、様々な緩衝液を含んでもよい。一部の実施形態では、色素は、ＥＴＯＨを含む。一部の実施形態では、色素溶液は、ＢＤ ｂｒｉｌｌｉａｎｔを含む。一部の実施形態では、色素溶液は塩化ナトリウム又は塩化カリウムを含む。
したがって、本化合物の実施形態は、以下に限定されないが：細胞計数、細胞選別、バイオマーカー検出、アポトーシスの定量、細胞生存率の決定、細胞表面抗原の特定、全ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ内容物の決定、特異的核酸配列（例えば、核酸プローブとして）の特定、及び血液がんなどの疾患の診断を含む、任意の数の方法に利用が見いだされる。
上記の方法に加えて、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の実施形態は、以下に限定されないが：がん組織及び他の組織を特定するための内視鏡手順における画像化；単一細胞及び／若しくは単一分子の分析法、例えば、増幅をほとんど若しくは全く伴わないポリヌクレオチドの検出；例えば、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物の、抗体若しくは糖、若しくはがん細胞に優先的に結合する他の部分などの標的指向性部分を含ませることによるがんの画像化；外科手術における画像化；様々な疾患を特定するためのヒストンの結合；例えば、構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物中のＭ部分を活性薬物部分によって置き換えることによる薬物送達；並びに／又は歯科作業における造影剤、及び例えば、構造（Ｉ）の化合物の様々な微生物叢及び／若しくは生物への優先的な結合による他の手順を含めた、様々な分野及び方法における利用を見出す。
上で説明されている構造（Ｉ）の化合物の任意の実施形態、並びに上で説明されている構造（Ｉ）の化合物中の可変因子Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ’、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ、ｍ、ｎ及び／又はｚに関して本明細書において説明されている任意の特定の選択肢は、他の実施形態及び／又は構造（Ｉ）の化合物の可変因子と独立して組み合わされて、上記に具体的に説明されていない本開示の実施形態を形成してもよいことが理解される。さらに、選択肢のリストが、特定の実施形態及び／又は特許請求の範囲における任意の特定の可変因子Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ’、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ、ｍ、ｎ及び／又はｚに関して一覧表示されている場合、個々の選択肢はそれぞれ、特定の実施形態及び／又は特許請求の範囲から削除され得ること、及び選択肢の残りのリストは、本開示の範囲内にあると見なされることが理解される。
上で説明されている構造（ＩＩ）の化合物のいずれかの実施形態、並びに上で説明されている構造（ＩＩ）の化合物中の可変因子Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ’、Ｌ1c、Ｌ1d、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ、ｍ、ｎ及び／又はｚに関して本明細書において説明されているあらゆる特定の選択肢は、他の実施形態及び／又は構造（ＩＩ）の化合物の可変因子と独立して組み合わされて、上記に具体的に説明されていない本開示の実施形態を形成してもよいことが理解される。さらに、選択肢のリストが、特定の実施形態及び／又は特許請求の範囲におけるあらゆる特定の可変因子Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ’、Ｌ1c、Ｌ1d、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5、Ｌ6、Ｍ、ｍ、ｎ及び／又はｚに関して一覧表示されている場合、個々の選択肢はそれぞれ、特定の実施形態及び／又は特許請求の範囲から削除され得ること、及び選択肢の残りのリストは、本開示の範囲内にあると見なされることが理解される。
本記載では、図示されている式の置換基及び／又は可変因子の組合せは、このような寄与が安定な化合物をもたらす場合のみ許容可能となることが理解される。
本明細書に記載されている方法では、中間化合物の官能基が好適な保護基によって保護される必要があり得ることも、当業者によって理解されよう。このような官能基には、ヒドロキシ、アミノ、メルカプト及びカルボン酸が含まれる。ヒドロキシに好適な保護基には、トリアルキルシリル又はジアリールアルキルシリル（例えば、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル又はトリメチルシリル）、テトラヒドロピラニル、ベンジルなどが含まれる。アミノ、アミジノ及びグアニジノに好適な保護基には、ｔ－ブトキシカルボニル、ベンジルオキシカルボニルなどが含まれる。メルカプトに好適な保護基には、－Ｃ（Ｏ）－Ｒ”（式中、Ｒ”は、アルキル、アリール又はアリールアルキルである）、ｐ－メトキシベンジル、トリチルなどが含まれる。カルボン酸に好適な保護基には、アルキル、アリール又はアリールアルキルエステルが含まれる。保護基は、当業者に公知であり、本明細書に記載されている、標準技法に準拠して、付加又は除去することができる。保護基の使用は、Green, T.W. and P.G.M. Wutz, Protective Groups in Organic Synthesis (1999), 3rd Ed., Wileyに詳述されている。当業者が理解している通り、保護基はまた、Ｗａｎｇ樹脂、Ｒｉｎｋ樹脂又は塩化２－クロロトリチル樹脂などのポリマー樹脂であってもよい。
さらに、遊離塩基又は酸形態で存在する本開示の化合物はすべて、当業者に公知の方法によって、適切な無機又は有機の塩基又は酸による処理によってその塩に変換することができる。本開示の化合物の塩は、標準技法によってその遊離塩基又は酸形態に変換することができる。
以下の反応スキームは、本開示の構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を作製する例示的な方法を例示している。当業者は、類似の方法により、又は当業者に公知の他の方法を組み合わせることにより、これらの化合物を作製することが可能であり得ることが理解される。当業者は、適切な出発構成成分を使用し、必要に応じて合成のパラメーターを修正することにより、以下に具体的に例示されていない構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の他の化合物を、以下に記載されている類似の方法で、作製することが可能であることも理解される。一般に、出発構成成分は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｌａｎｃａｓｔｅｒ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｍａｙｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＴＣＩ及びＦｌｕｏｒｏｃｈｅｍ ＵＳＡなどの供給元から得ることができるか、又は当業者に公知（例えば、Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure, 5th edition (Wiley, December 2000)を参照されたい）の情報源に従い合成することができるか、又は本開示において記載されている通り調製することができる。
反応スキームＩ
Figure 2023552448000078
反応スキームＩは、Ｒ1、Ｌ2、Ｌ3及びＭが上で定義されている通りであり、Ｒ2及びＲ3が上で定義されている通りであるか、又はそれらの保護変形体であり、Ｌが任意に用いてもよいリンカーである、構造（Ｉ）の化合物の調製に有用な中間体を調製する例示的な方法を例示する。反応スキーム１を参照すると、構造の化合物は購入することができるか、又は当業者に周知の方法により調製することができる。当分野で公知のＳｕｚｕｋｉカップリング条件下でのｘがブロモなどのハロゲンであるＭ－Ｘとの反応により、構造ｂの化合物が得られる。構造ｂの化合物は、以下に記載されている、構造（Ｉ）の化合物の調製に使用することができる。
反応スキームＩＩ
Figure 2023552448000079
 反応スキームＩＩは、構造（Ｉ）の化合物の調製に有用な中間体の調製の代替法を例示している。Ｒ1、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｇ及びＭが上で定義されている通りであり、Ｒ2及びＲ3が上で定義されている通りであるか、それらの保護変形体である、反応スキームＩＩを参照すると、購入することができるか、又は周知技法によって調製することができる構造ｃの化合物は、Ｍ－Ｇ’と反応させると、構造ｄの化合物が生成する。ここで、Ｇ及びＧ’は、相補性反応性を有する官能基（すなわち、反応して共有結合を形成する官能基）を表す。Ｇ’は、Ｍへのペンダント基、又はＭの構造上の主鎖の一部であり得る。Ｇ及びＧ’は、それぞれ、アルキン及びアジドなど、それぞれアミン及び活性化エステル、又はそれぞれアミン及びイソチオシアネートなどの、本明細書に記載されている任意の数の官能基とすることができる。
構造（Ｉ）の化合物は、構造ｂ又はｄの１つから、周知の自動化ＤＮＡ合成条件下で、以下の構造（ｅ）：
Figure 2023552448000080
 ,
(e)
（式中、Ｌは、任意に用いてもよいリンカーである）を有するホスホロアミダイト化合物との反応によって調製することができる。
ＤＮＡ合成法は、当分野において周知である。手短に述べると、２つのアルコール基、例えば上の中間体ｂ又はｄ中のＲ2及びＲ3は、それぞれ、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基及び２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルアミノホスホロアミダイト基により官能基化される。ホスホロアミダイト基は、通常、テトラゾールなどの活性化剤の存在下で、アルコール基とカップリングさせて、次いで、ヨウ素によりリン原子を酸化する。ジメトキシトリチル基を酸（例えば、クロロ酢酸）により除去することができ、遊離アルコールを露出させ、これをホスホロアミダイト基と反応させることができる。２－シアノエチル基は、アンモニア水による処理によってオリゴマー化した後に除去され得る。
オリゴマー化法に使用されるホスホロアミダイトの調製もまた、当分野で周知である。例えば、一級アルコール（例えば、Ｒ3）は、ＤＭＴ－Ｃｌとの反応によってＤＭＴ基として保護され得る。次に、二級アルコール（例えば、Ｒ2）を、２－シアノエチルＮ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホロアミダイトなどの適切な試薬との反応によって、ホスホロアミダイトとして官能基化する。ホスホロアミダイトの調製及びそれらのオリゴマー化の方法は、当分野で周知であり、実施例中にさらに詳細に記載する。
構造（Ｉ）の化合物は、上記の周知のホスホロアミダイト化学反応に従って、中間体ｂ又はｄ及びｅのオリゴマー化により調製する。ホスホロアミダイトカップリングを所望の回数、繰り返すことによって、所望の数のｍ及びｎ個の繰り返し単位を分子に組み込む。以下に記載されている通り、構造（ＩＩＩ）の化合物は、類似法により調製することができることが理解されよう。
さらに、本開示の化合物は、それらの各々が、参照により本明細書に組み込まれている、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／１８３１８５、ＷＯ２０１７／１７３３５５及びＷＯ２０１７／１７７０６５に記載されている方法に従い調製することができる。
様々な他の実施形態では、構造（Ｉ）の化合物の調製に有用な化合物が提供される。本化合物は、上記の通り、モノマー、二量体及び／又はオリゴマー形態で調製することができ、次に、Ｍ部分は、任意の数の合成法（例えば、上記の「クリック」反応）により、本化合物に共有結合により結合されて、構造（Ｉ）の化合物を形成する。したがって、様々な実施形態では、以下の構造（ＩＩＩ）を有する化合物：
Figure 2023552448000081
 (III)
又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体（式中、
Ｇ1及びＧ2は、出現毎に独立して、相補性反応性基と共有結合を形成することが可能な反応性基又はその保護類似基を含む部分であり、
Ｌ1、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
が提供される。
一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5は同じである。
一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである。他のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ6は、ポリエチレンオキシドである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩＩａ）：
Figure 2023552448000082
 (IIIa)
（式中、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩＩｂ）：
(IIIb)
（式中、
Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈである。
一部の実施形態では、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレン、Ｃ2－Ｃ6アルケニレン又はＣ2－Ｃ6アルキニレンである。例えば、一部の実施形態では、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレンであり、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＩＩｃ）：
Figure 2023552448000084
 (IIIc)
（式中、
ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に独立して、０～６の整数であり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ｘ1及びｘ3は、出現毎に、それぞれ０であり、ｘ2及びｘ4は、出現毎に、それぞれ１である。
一部の実施形態では、ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に、それぞれ１である。
一部の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ３である。一部の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ４である。一部の実施形態では、ｙ1及びｙ2は、出現毎に、それぞれ６である。
一部の実施形態では、ｚは、１５～３０の整数である。他の実施形態では、ｚは、２２～２５の整数である。
一部の実施形態では、Ｌ1’は、以下の構造：
のうちの１つ：
Figure 2023552448000085
 を有する。
一部の実施形態では、Ｒ1は、出現毎に、Ｈである。
一部の実施形態では、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレン、Ｃ2－Ｃ6アルケニレン又はＣ2－Ｃ6アルキニレンである。
反応スキームＩＩＩ
Figure 2023552448000086
 反応スキームＩＩＩは、構造（ＩＩ）の化合物の調製に有用な中間体の調製方法を例示している。Ｌ1c、Ｌ1d’、Ｌ2、Ｌ3、Ｇ及びＭが上で定義されている通りであり、Ｒ2及びＲ3が、上で定義されている通りであるか、又はそれらの保護変形体である、反応スキームＩＩＩを参照すると、購入することができるか、又は周知技法によって調製することができる構造ｆの化合物は、Ｍ－Ｇ’と反応させると、構造ｇの化合物が生成する。ここで、Ｇ及びＧ’は、相補性反応性を有する官能基（すなわち、反応して共有結合を形成する官能基）を表す。Ｇ’は、Ｍへのペンダント基、又はＭの構造上の主鎖の一部であり得る。Ｇ及びＧ’は、それぞれ、アルキン及びアジドなど、それぞれアミン及び活性化エステル、又はそれぞれアミン及びイソチオシアネートなどの、本明細書に記載されているあらゆる数の官能基とすることができる。
構造ｆの化合物は、周知のホスホロアミダイト化学反応を使用するオリゴマー化によって調製することができる。本出願人らは、構造ｆの化合物の合成に有用な中間化合物を発見した。したがって、一実施形態は、以下の構造ｈを有する化合物：
Figure 2023552448000087
 (h)
（式中、
ｎ1は、１～６の整数であり、
ｎ2は、１～３の整数であり、
Ｘは、Ｏ又は直接結合であり、
Ｒ1”及びＲ2”は、出現毎に独立して、Ｈ、保護基又は活性化リン部分であり、
Ｒ3”は、Ｈ又はアルキルであり、
Ｒ4”は、アルコキシ、ハロアルキル、アルキル、置換されていてもよいアリール又は置換されていてもよいアラルキルである）
を提供する。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、ｎ1は２である。一部の実施形態では、ｎは４である。一部の関連する実施形態では、ｎ2は１である。ある種の実施形態では、ｎ1は２であり、ｎ2は１である。他の実施形態では、ｎ1は４であり、ｎ2は１である。上述の実施形態の一部では、Ｘは、直接結合である。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、ｎ1は２である。ある種の関連する実施形態では、ｎ2は２である。上述の実施形態の一部では、Ｘは、Ｏである。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、Ｘは、直接結合である。一部の実施形態では、Ｘは、Ｏである。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、Ｒ1”はＨである。ある種の実施形態では、保護基は、例えば、トリチル保護基である。一部の実施形態では、Ｒ1’’は、トリチルである。一部の実施形態では、Ｒ1’’は、４－メトキシトリチルである。より具体的な実施形態では、Ｒ1’’は、４，４’－ジメトキシトリチルである。
一部の実施形態では、Ｒ2’’は、Ｈである。一部の実施形態では、Ｒ2’’は、活性化リン部分である。例えば、一部の実施形態では、Ｒ2’’は、以下の構造：
Figure 2023552448000088
 （式中、
Ｒ5’’は、Ｈ又はシアノアルキルであり、
Ｒ6’’は、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキルである）
を含む。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、Ｒ5’’はＨである。他の実施形態では、Ｒ5’’は、２－シアノエチルである。
一部の実施形態では、出現するＲ6’’の少なくとも１つは、イソプロピルである。一部の実施形態では、Ｒ6’’は、出現毎に、イソプロピルである。
ある種の特定の実施形態では、Ｒ2’’は、以下の構造：
Figure 2023552448000089
 を有する。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、Ｒ5’’はＨである。
化合物（ｈ）の一部の実施形態では、Ｒ4’’は、１つ、２つ又は３つの芳香族環を含むアリールであり、例えば、Ｒ4’’は、１つ又は２つの芳香族環を含む。一部の実施形態では、Ｒ4’’は、ケイ素を含まない。一部の実施形態では、Ｒ4’’は、Ｃ1－Ｃ4ハロアルキルである。より具体的な実施形態では、Ｒ4’’は、－ＣＦ3である。一部の実施形態では、Ｒ4’’は、Ｃ1－Ｃ4アルコキシである。より具体的な実施形態では、Ｒ4’’は、ｔｅｒｔ－ブトキシである。
様々な他の実施形態では、構造（ＩＩ）の化合物の調製に有用な化合物が提供される。本化合物は、上記の通り、モノマー、二量体及び／又はオリゴマー形態で調製することができ、次に、Ｍ部分は、あらゆる数の合成法（例えば、上記の「クリック」反応）により、本化合物に共有結合により結合されて、構造（ＩＩ）の化合物を形成する。したがって、様々な実施形態では、以下の構造（ＩＶ）を有する化合物：
(IV)
（式中、
Ｇ1及びＧ2は、出現毎に独立して、相補性反応性基と共有結合を形成することが可能な反応性基又はその保護類似基を含む部分であり、
Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
Ｌ1d’、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
Ｒdは、対イオンであり、
Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＶ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
ｎは、１以上の整数である）
が提供される。
一部の実施形態では、出現するＬ1cの少なくとも１つは、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に独立して、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に置換されている。例えば、一部の実施形態では、Ｌ1cは、出現毎に、少なくとも１つのオキソにより置換されている。一部の実施形態では、Ｌ1cは、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000091
 を有する。
一部の実施形態では、出現するＬ1d’の少なくとも１つは、置換されている。例えば、一部の実施形態では、Ｌ1d’は、オキソにより置換されている。
一部の実施形態では、出現するＬ2の少なくとも１つは、アルキレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ2は、出現毎に、アルキレンリンカーである。
一部の実施形態では、出現するＬ3の少なくとも１つは、存在しない。一部の実施形態では、Ｌ3は、出現毎に、存在しない。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5は同じである。
一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである。一部の実施形態では、Ｌ6は、出現毎に独立して、ポリエチレンオキシドである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＶａ）：
(IVa)
（式中、
Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである。一部のより多くの具体的な実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである。一部の実施形態では、Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、Ｃ3アルキレン、Ｃ4アルキレン又はＣ6アルキレンである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＶｂ）：
(IVb)
（式中、
Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈである。一部の関連する実施形態では、本化合物は、以下の構造（ＩＶｃ）、（ＩＶｄ）、（ＩＶｅ）又は（ＩＶｆ）のうちの１つ：
(IVc);
(IVd);
(IVe) 又は
(IVf)
（式中、
Ｌ1d’は、アミド官能基又はトリアゾリル官能基を出現毎に独立して含み、
ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
ｚは、１～１００の整数である）
を有する。
一部の実施形態では、ｚは、１５～３０の整数である。他の実施形態では、ｚは、２２～２５の整数である。
一部の実施形態では、Ｌ1d’は、以下の構造：
の１つ：
Figure 2023552448000098
 （式中、
ａ、ｂ、ｃ及びｄは、それぞれ独立して、１～６の範囲の整数である）
を有する。
例えば、ある種の実施形態では、Ｌ1d’は、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000099
 を有する。
一部の具体的な実施形態では、Ｌ1d’は、アルキレン、例えば、エチレン、プロピレン、ブチレン又はペンチレンである。
一部の実施形態では、Ｌ2は、出現毎に、アルキレンリンカー（例えば、メチレン）である。化合物（ＩＩ）の一部の具体的な実施形態では、Ｌ3は、出現毎に存在しない。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の他の実施形態では、Ｇは、出現毎に独立して、相補性反応性基と共有結合を形成することが可能な反応性基を含む部分である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物中のＧ1又はＧ2部分は、Ｍ部分上の相補性基と共有結合を形成するための適切な反応性基を有する基を含む任意の部分から選択され得る。例示的な実施形態では、Ｇ1又はＧ2部分は、表１に提示されているそれらの具体例を含めた、本明細書に記載されているＱ部分のいずれかから選択することができる。一部の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、アジドとアルキンとのトリアゾールを形成する銅触媒反応（Ｈｕｉｓｇｅｎの１，３－双極子環化付加）、ジエンと求ジエンとの反応（Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ）、歪みにより促進されるアルキン－ニトロン環化付加、歪アルケンとアジド、テトラジン又はテトラゾールの反応、アルケンとアジドの［３＋２］環化付加、アルケンとテトラジンの逆需要Ｄｉｅｌｓ－Ａｌｄｅｒ、アルケンとテトラゾールの光反応、並びに求電子性原子への求核攻撃による脱離基の置換などの様々な置換反応を含む反応に好適な部分を含む。
一部の実施形態では、Ｇ1又はＧ2が、出現毎に独立して、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイラン官能基を含む部分である。
他の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、アルキン基又はアジド基を含む。他の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、アミノ基、イソチオシアネート基又は活性化エステル基を含む。異なる実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、相補性反応性基と反応すると、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、ジスルフィド、炭素環式、複素環式又はヘテロアリール基を含む官能基を形成することが可能な反応性基を含む。例えば、一部の実施形態では、ヘテロアリールは、トリアゾリルである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の上述の実施形態のいずれかのものでは、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、以下構造：
Figure 2023552448000100
 のうちの１つを有する。
化合物（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の一部の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、
Figure 2023552448000101
 である。
化合物（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の一部の実施形態では、出現するＧ1又はＧ2の少なくとも１つは、アミンの保護形態である。一部の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、複数の出現において、独立して、アミンの保護形態である。ある種の実施形態では、Ｇ1又はＧ2は、出現毎に独立して、アミンの保護形態である。
一部の実施形態では、出現するＧ1の少なくとも１つは、
Figure 2023552448000102
 である。一部の実施形態では、Ｇ1は、出現毎に独立して、
Figure 2023552448000103
 である。一部の実施形態では、出現するＧ2の少なくとも１つは、
Figure 2023552448000104
 である。一部の実施形態では、Ｇ2は、出現毎に独立して、
Figure 2023552448000105
 である。一部の実施形態では、Ｇ1は、出現毎に
Figure 2023552448000106
 であり、Ｇ2は、出現毎に、
Figure 2023552448000107
 である。
上述の実施形態のうちの一部では、アミンの保護形態は、トリフルオロアセテート保護アミンである。一部の実施形態では、アミンの保護形態は、ＢＯＣ保護アミンである。一部の実施形態では、アミンの保護形態は、Ｆｍｏｃ保護アミンである。例えば、ある種の実施形態では、出現するＧ1又はＧ2の少なくとも１つは、以下構造：
Figure 2023552448000108
 のうちの１つを有する。
より具体的な実施形態では、Ｇは、出現毎に独立して、以下の構造：
Figure 2023552448000109
 のうちの１つを有する。
一部の実施形態では、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、Ｌ5又はＬ6は、上述の実施形態のいずれか１つに定義されている通りである。例えば、化合物（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の一部の実施形態では、Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、Ｏ－又はＯＲdである。化合物（ＩＩ）又は（ＩＶ）の一部の実施形態では、Ｒ5は、出現毎に、オキソである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の他の様々な実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである。一部の異なる実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3の他方は、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の上述の化合物のいずれかのさらにより多くの異なる実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである。これらの実施形態の一部では、Ｒcは、ＯＬ’である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の他の実施形態では、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）ＯＬ’であり、Ｌ’は、Ｑ、標的指向性部分、分析対象（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド、又は構造（ＩＩＩ）若しくは（ＩＶ）のさらなる化合物へのヘテロアルキレンリンカーである。
リンカーＬ’は、Ｑ、標的指向性部分、分析対象（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド、又は構造（ＩＩＩ）若しくは（ＩＶ）のさらなる化合物を構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物に結合するのに好適なあらゆるリンカーであり得る。有利には、ある種の実施形態は、化合物の水溶解度を増大又は最適化するよう選択される、Ｌ’部分の使用を含む。一部のある種の実施形態では、Ｌ’は、アルキレンオキシド若しくはホスホジエステル部分、又はそれらの組合せを含む。
ある種の実施形態では、Ｌ’は、以下の構造：
Figure 2023552448000110
 （式中、
ｍ”及びｎ”は、独立して、１～１０の整数であり、
Ｒeは、Ｈ、電子対又は対イオンであり、
Ｌ”は、Ｒe、或いはＱ、標的指向性部分、分析対象（例えば、分析対象分子）、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド、又は構造（ＩＩＩ）若しくは（ＩＶ）のさらなる化合物への直接結合又は連結である）
を有する。
ある種の上述の実施形態では、標的指向性部分は、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストである。一部の実施形態では、抗体には、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１が含まれる。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の上述の化合物のいずれかの他のより多くの具体的な実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、以下の構造の１つ：
Figure 2023552448000111
 を有する。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のある種の実施形態は、オリゴヌクレオチドの調製に当分野で公知の合成法に類似した固相合成法に準拠して調製することができる。したがって、一部の実施形態では、Ｌ’は、固体支持体、固体支持体残基又はヌクレオシドへの連結である。活性化デオキシチミジン（ｄＴ）基を含む固体支持体は、容易に入手可能であり、一部の実施形態では、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の調製のための出発原料として使用することができる。したがって、一部の実施形態では、Ｒ2又はＲ3は、以下の構造：
Figure 2023552448000112
 を有する。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のさらに他の実施形態では、Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子又は固体支持体と共有結合を形成することが可能な反応性基を含む部分である。他の実施形態では、Ｑは、出現毎に独立して、相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な反応性基を含む部分である。例えば、一部の実施形態では、Ｑ’は、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）のさらなる化合物に存在し（例えば、Ｒ2又はＲ3の位置）、Ｑ及びＱ’は、相補性反応性基を含み、こうして、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物と構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）のさらなる化合物との反応により、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の共有結合による二量体をもたらす。構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の多量体化合物もまた、類似の方法で調製することができ、本開示の実施形態の範囲内に含まれる。
Ｑ基のタイプ、及び構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の残りへのＱ基の結合性は限定されず、ただし、Ｑは、所望の結合を形成するために適切な反応性を有する部分を含むことを条件とする。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のある種の実施形態では、Ｑは、水性条件下で加水分解を受けにくいが、分析対象分子又は固体支持体の表面の対応する基（例えば、アミン、アジド又はアルキン）と結合を形成するのに十分な反応性のある部分である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のある種の実施形態は、バイオコンジュゲートの分野において、一般に使用されているＱ基を含む。例えば、一部の実施形態では、Ｑは、求核性反応性基、求電子性反応性基又は環化付加反応性基を含む。一部のより多くの具体的な実施形態では、Ｑは、スルフヒドリル、ジスルフィド、活性化エステル、イソチオシアネート、アジド、アルキン、アルケン、ジエン、求ジエン、酸ハロゲン化物、ハロゲン化スルホニル、ホスフィン、α－ハロアミド、ビオチン、アミノ又はマレイミド官能基を含む。一部の実施形態では、活性化エステルは、Ｎ－スクシンイミドエステル、イミドエステル又はポリフルオロフェニル（ｐｏｌｙｆｌｏｕｒｏｐｈｅｎｙｌ）エステルである。他の実施形態では、アルキンは、アルキルアジド又はアシルアジドである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物に関する例示的なＱ部分は、上記の表Ｉに提示されている。
構造（Ａ）、（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物と同様に、ＱがＳＨである構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の一部の実施形態では、ＳＨ部分は、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の別の化合物の別のスルフヒドリル基とジスルフィド結合を形成する傾向がある。したがって、一部の実施形態は、ジスルフィド二量体の形態にある、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物を含み、ジスルフィド結合は、ＳＨであるＱ基から誘導される。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の一部の他の実施形態では、Ｒ2又はＲ3の一方は、ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方は、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、又は固体支持体への共有結合を含むリンカーである。例えば、一部の実施形態では、分析対象分子は、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマーである。他の実施形態では、分析対象分子は、酵素、受容体、受容体リガンド、抗体、グリコタンパク質、アプタマー又はプリオンである。一部の実施形態では、標的指向性部分は、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストである。さらに異なる実施形態では、固体支持体は、ポリマー製ビーズ又は非ポリマー製ビーズである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の他の実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、０～１０の整数である。例えば、一部の実施形態では、ｍは、出現毎に独立して、１、２、３、４又は５などの１～５の整数である。一部の実施形態では、ｍは０である。一部の実施形態では、ｍは１である。一部の実施形態では、ｍは２である。一部の実施形態では、ｍは３である。一部の実施形態では、ｍは４である。一部の実施形態では、ｍは５である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のさらに異なる実施形態では、ｎは、１～１００の整数である。例えば、一部の実施形態では、ｎは、１～１０の整数である。一部の実施形態では、ｎは１である。一部の実施形態では、ｎは２である。一部の実施形態では、ｎは３である。一部の実施形態では、ｎは４である。一部の実施形態では、ｎは５である。一部の実施形態では、ｎは６である。一部の実施形態では、ｎは７である。一部の実施形態では、ｎは８である。一部の実施形態では、ｎは９である。一部の実施形態では、ｎは１０である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の一部の具体的な実施形態では、ｎは３であり、各ｎ値に対し、ｍ値は、１、１及び０（例えば、化合物ＩＶ－７）である。構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物の他の実施形態では、ｎは２であり、各ｎ値に対し、ｍ値は、１及び０（例えば、化合物ＩＶ－８）である。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物のさらに異なる実施形態では、ｚは、１～３０、例えば１５～３０、又は２２～２５の整数である。一部の実施形態では、ｚは２３である。一部の実施形態では、ｚは、２１、２２、２３、２４又は２５である。一部の実施形態では、ｚは、１～１０、例えば３～６の整数である。一部の実施形態では、ｚは、３、４、５又は６である。
他の異なる実施形態では、構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物は、表３から選択される。
Figure 2023552448000113
Figure 2023552448000114

Figure 2023552448000115

Figure 2023552448000116

Figure 2023552448000117

Figure 2023552448000118
様々な実施形態では、表３の化合物中のＧ1又はＧ2は、エチニルなどのアルキニルである。他の実施形態では、表３の化合物中のＧ1又はＧ2は、アジドである。他の実施形態では、表３の化合物中のＧ1又はＧ2は、アミノ（ＮＨ2）である。他の実施形態では、表３の化合物中のＧ1又はＧ2は、イソチオシアネートである。他の実施形態では、表３の化合物中のＧ1又はＧ2は、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドのエステルなどの活性化エステルである。
構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物は、様々な方法で使用することができ、例えば、実施形態では、
（ａ）Ｒ2又はＲ3がＱ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の記載されている化合物のいずれかを分析対象分子又は標的指向性部分と混合するステップ、
（ｂ）該化合物及び分析対象分子又は標的指向性部分のコンジュゲートを形成するステップ、及び
（ｃ）該コンジュゲートを式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ1’又はＧ2’の化合物と反応させて、これによって、少なくとも１つのＧ1又はＧ2及び少なくとも１つのＧ1’又はＧ2’の反応によって少なくとも１つの共有結合を形成するステップ
を含む、分析対象分子又は標的指向性部分などの分析対象を標識する方法であって、
式中、
Ｍ1及びＭ2は、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
Ｌ1bは、任意に用いてもよいアルキレン、ヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｇ1’又はＧ2’は、それぞれ、Ｇ1又はＧ2に相補性の反応性基である、
方法が提供される。
異なる実施形態は、
（ａ）本明細書において開示されている構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）の化合物（式中、Ｒ2又はＲ3は、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである）のいずれかを式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ及びＧ’の反応によって少なくとも１つの共有結合を形成するステップ、及び
（ｂ）ステップ（Ａ）の生成物を分析対象分子又は標的指向性部分と反応させて、これによって、ステップ（Ａ）の生成物と分析対象分子又は標的指向性部分とのコンジュゲートを形成するステップ
を含む、分析対象分子又は標的指向性部分などの分析対象を標識するための方法であって、
式中、
Ｍ1及びＭ2は、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
Ｌ1bは、任意に用いてもよいアルキレン、ヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｇ1’又はＧ2’は、それぞれ、Ｇ1又はＧ2に相補性の反応性基である、
方法である。
さらに、上で明記されている通り、構造（ＩＩＩ）の化合物は、構造（Ｉ）の化合物の調製に有用であり、構造（ＩＶ）の化合物は、構造（ＩＩ）の化合物の調製に有用である。したがって、一実施形態では、構造（Ｉ）の化合物を調製する方法であって、構造（ＩＩＩ）の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによってＧ及びＧ’の反応によって、少なくとも１つの共有結合を形成するステップを含む方法が提供される。別の実施形態では、構造（ＩＶ）の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ及びＧ’の反応による少なくとも１つの共有結合を形成するステップを含む、構造（ＩＩ）の化合物を調製する方法であって、
式中、
Ｍ1及びＭ2は、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であるか、又はＭ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
Ｌ1bは、任意に用いてもよいアルキレン、ヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーであり、
Ｇ’は、Ｇに相補性の反応性基である、
方法が提供される。
以下の実施例は、限定ではなく、例示目的のために提示される。
一般方法
質量スペクトル分析は、ＭａｓｓＬｙｎｘ ４．１アクイジションソフトウェアを使用する、Ｗａｔｅｒｓ／Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ ＱｕａｔｔｒｏマイクロＭＳ／ＭＳシステム（ＭＳモードのみ）で行った。色素に関してＬＣ／ＭＳに使用した移動相は、１００ｍＭの１，１，１，３，３，３－ヘキサフルオロ－２－プロパノール（ＨＦＩＰ）、８．６ｍＭのトリエチルアミン（ＴＥＡ）、ｐＨ８とした。ホスホロアミダイト及び前駆体分子も、アセトニトリル／水の移動相のグラジエントを使用し、４５℃に保持した２．１ｍｍｘ５０ｍｍ Ａｃｑｕｉｔｙ ＢＥＨ－Ｃ１８カラムを備えるＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＨＰＬＣシステムを使用して分析した。モノマー中間体の分子量は、Ｗａｔｅｒｓ／Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ ＱｕａｔｔｒｏマイクロＭＳ／ＭＳシステム（ＭＳモードのみ）で、トロピリウム陽イオン注入増強イオン化を使用して得た。励起及び発光プロファイル実験を、Ｃａｒｙ Ｅｃｌｉｐｓｅスペクトル光度計で記録した。
反応はすべて、特に明記しない限り、窒素雰囲気下、オーブン乾燥したガラス器具中で行った。市販のＤＮＡ合成試薬をＧｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓｔｅｒｌｉｎｇ、ＶＡ）から購入した。無水ピリジン、トルエン、ジクロロメタン、ジイソプロピルエチルアミン、トリエチルアミン、酢酸、ピリジン及びＴＨＦは、Ａｌｄｒｉｃｈから購入した。他の化学品はすべて、Ａｌｄｒｉｃｈ又はＴＣＩから購入し、さらに精製することなくそのまま使用した。
（実施例１）
アルキレン－ポリエチレングリコール－アルキレンスペーサーを有する色素の合成
アルキレン－ポリエチレンオキシド－アルキレンリンカーを有する化合物は、以下の通り調製した：
オリゴフルオロシド構築物（すなわち、構造（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物）は、１μｍｏｌのスケールで、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ３９４ ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置で合成し、３’－ホスフェート基又は３’－Ｓ2－（ＣＨ2）6－ＯＨ基又は本明細書に記載されている他の基のいずれかを有した。合成は、標準ホスホロアミダイト（ｐｈｏｐｓｈｏｐｏｒａｍａｄｉｔｅ）化学を使用して、ＣＰＧビーズ又はポリスチレン固体支持体上で直接行った。オリゴフルオロシドは、標準固相ＤＮＡ法を使用して、３’から５’への方向で合成し、カップリングは、標準β－シアノエチルホスホロアミダイト化学反応を使用した。フルオロシドホスホロアミダイト及びスペーサー（例えば、ポリエチレングリコールホスホロアミダイト、プロパン－ジオールホスホロアミダイト、ブタン－ジオールホスホロアミダイト（ｏｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ）及びヘキサン－ジオールホスホロアミダイト）及びリンカー（例えば、５’－アミノ－改変体ホスホロアミダイト及びチオール－改変体Ｓ２ホスホロアミダイト）をアセトニトリルに溶解して、０．１Ｍ溶液を作製し、以下の合成サイクルを使用する連続順序で加えた。１）ジクロロメタン中、５’－ジメトキシトリチル保護基をジクロロ酢酸で除去する、２）アセトニトリル中、次のホスホロアミダイトを活性剤試薬でカップリングする、３）Ｐ（ＩＩＩ）をヨウ素／ピリジン／水で酸化して、安定なＰ（ｖ）を形成させる、及び４）未反応５’－ヒドロキシル基のいずれも無水酢酸／１－メチルイミダゾール（ｍｅｔｈｙｌｉｍｉｄｉｚｏｌｅ）／アセトニトリルによりキャップする。完全長オリゴフルオロシド構築物が組み立てられるまで、合成サイクルを繰り返した。鎖の組立ての終わりに、モノメトキシトリチル（ＭＭＴ）基又はジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基を、ジクロロメタン中、ジクロロ酢酸で除去した。
これらの化合物を、ラベルを付けたエッペンドルフ管中、０．２ｕｍｏｌのスケールで、細孔制御ガラス（ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ－ｐｏｒｅ ｇｌａｓｓ：ＣＰＧ）支持体に供給した。２０～３０％のＮＨ4ＯＨ ４００μＬを加え、穏やかに混合した。開放した管を５５℃で約５分間、又は過剰のガスが放出されるまで置き、次に、しっかりと密閉して、２時間（＋／－１５分間）、インキュベートした。管を加熱ブロックから取り出し、室温に到達させ、次いで１３，４００ＲＰＭで３０秒間、遠心分離にかけ、上清及び固体にした。上清を注意深く取り除き、ラベルを付けた管に入れて、次に、１５０μＬのアセトニトリルを加えて、支持体を洗浄した。洗浄液を管に加えた後、乾燥するまで、４０℃のＣｅｎｔｒｉＶａｐ装置に入れた。
生成物は、ＥＳＩ－ＭＳ、ＵＶ－吸光度及び蛍光分光法によって特徴付けを行った。
（実施例２）
フローサイトメトリー（ｃｙｔｏｍｅｙｒｙ）測定からの累積染色指数
プロピレン／ホスフェート／ポリエチレングリコール／ホスフェート／プロピレンスペーサー（ｓｐａｃｄｅｒ）（Ｃ３－ＰＥＧ－Ｃ３）及び３個、５個、７個又は１０個のフルオロフォア部分（それぞれ、Ｃ３－３ｘＦＡＭ、Ｃ３－５ｘＦＡＭ、Ｃ３－７ｘＦＡＭ及びＣ３－１０ｘＦＡＭと称する）を含む構造（Ｉ）の代表的な化合物は、実施例１に準拠して調製した。構造（Ｉ）の代表的な化合物、対照化合物（ｃｏｍｐｕｏｎｄ）であるＰＥＧ－５ｘＦＡＭ、フルオレセイン（ＦＩＴＣ）及びＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８色素（ＡＦ４８８）のフローサイトメトリー測定を行った。結果を図１に示す。構造（Ｉ）（Ｃ３－３ｘＦＡＭ、Ｃ３－５ｘＦＡＭ、Ｃ３－７ｘＦＡＭ及びＣ３－１０ｘＦＡＭ）、対照化合物（ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ）、ＦＩＴＣ及びＡＦ４８８の代表的（ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖ）な化合物が、表４に提示（ｐｒｏｖｉｄｄｅｄ）されている。
Figure 2023552448000119
Figure 2023552448000120
表４に使用されている通り、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ（ｒｅｓｐｅｃｔｖｉｅｌｙ）、以下の構造：
を有する部分を指す。
染色指数に関するデータは、ＰＥＧリンカー基の周囲にプロピレン（Ｃ３）リンカー基を含むリンカーを導入することによって、本開示の実施形態による化合物は、ＦＩＴＣ及びＡＦ４８８の輝度よりも約４～７倍高い輝度を有することを示している。本開示の実施形態による化合物はまた、同量のフルオロフォア（ｆｌｕｏｒｐｈｏｒｅ）（すなわち、色素）を含有する対応する対照化合物（ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ）よりも高い輝度を示す。輝度の増大は、ＰＥＧ周囲にプロピレンリンカー基を導入することによる、フルオロフォア部分間のより多くの空間的隔離があることが理由となり得る。
（実施例３）
経時的な比較蛍光発光応答
Ｃ３－ＰＥＧ－Ｃ３スペーサー及び３個、５個、７個又は１０個のフルオロフォア部分（すなわち、表４に提示されている化合物Ｃ３－３ｘＦＡＭ、Ｃ３－５ｘＦＡＭ、Ｃ３－７ｘＦＡＭ及びＣ３－１０ｘＦＡＭ）を含む、構造（Ｉ）の化合物の蛍光発光安定性を、対応する対照化合物ＦＩＴＣ、ＡＦ４８８と比較した。結果を表５に要約する。データは、本開示の実施形態による化合物は、経時的に蛍光発光量を増大することを示している。３週間後、本開示の実施形態による化合物すべての輝度が増大する一方、対照化合物、ＦＩＴＣ及びＡＦ４８８の輝度は、同じままである。経時的な輝度の増大は、構造（Ｉ）の化合物が経時的に「エージング」すると、隔離効率が増大することが理由となり得る（図２）。
Figure 2023552448000122
（実施例４）
一般的なフローサイトメトリー法
特に明記されていない限り、以下（ｆｏｌｌｏｉｎｇ）の実施例全体（ｔｈｒｏｕｇｏｕｔ）にわたり、以下の一般手順を使用した。
全血液の溶解：
緩衝化塩化アンモニウム法。生細胞の染色に関しては、エチレンジアミン四酢酸塩（ＥＤＴＡ）で抗凝固処理した正常なヒト血液を、３５ｍＬの溶解液に対して１５ｍＬの血液で、塩化アンモニウム溶液（ＡＣＫ）を用い、室温（ＲＴ）で１５分間、バルク溶解する。この細胞を０．０２％のアジ化ナトリウムを含む５０％のハンクス緩衝塩溶液（ＨＢＳＳ）及び５０％の１％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、１ｘダルベッコのリン酸緩衝液生理食塩水（ＰＢＳ）で２回、洗浄した。次に、この細胞をドナー血漿中、１００μＬ／試験品／０．１～１ｘ１０ｅ６に再懸濁させた。ポリプロピレン製９６ウェルＨＴＳプレートにおいて、０．０２％アジ化ナトリウムを含む１００μＬの１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）及び１×ＤＰＢＳのＶfの事前希釈抗体に血漿中の細胞を加えた。室温で４５分間のインキュベート後、細胞を、０．０２％アジ化ナトリウムを含む５０％のＨＢＳＳ及び５０％の１％ＦＢＳ１ｘＤＰＢＳで２回、洗浄した。
溶解／固定法。血液を、３５ｍＬの溶解液に対して１．０ｍＬのＲＢＣ溶解溶液（塩化アンモニウム）、１００～１５ｍＬの血液に、室温で１５分間、溶解した。次に、細胞を、０．０２％アジ化ナトリウムを含む５０％のＨＢＳＳ及び５０％の１％ＦＢＳ１ｘＤＰＢＳで２回、洗浄した。次に、細胞をドナー血漿中、１００μＬ／試験品／１ｘ１０ｅ６に再懸濁させた。事前希釈抗体を、０．０２％アジ化ナトリウムを含む１００μＬの１％ＢＳＡ及び１ｘＤＰＢＳに加えた。１００μＬの細胞をポリプロピレン製９６ウェルＨＴＳプレートに加えた（全量が２００μＬの試験サイズ）。細胞を室温で４５分間のインキュベート後、０．０２％アジ化ナトリウムを含む５０％のＨＢＳＳ及び５０％の１％ＦＢＳ１ｘＤＰＢＳで２回、洗浄した。
抗体コンジュゲートの調製
抗体コンジュゲートは、以下の構造を有するＱ部分：
Figure 2023552448000123
 を含む構造（Ｉ）又は（ＩＩ）の化合物を所望の抗体と反応させることにより調製した。こうして本化合物及び抗体を、Ｑ部分を有する抗体上のＳの反応によってコンジュゲートし、以下の連結構造を形成させる：
Figure 2023552448000124
 抗体コンジュゲートは、化合物番号によって従う抗体名称によって表示する。例えば、ＵＣＨＴ１－Ｃ３－３ｘＦｘは、ＵＣＨＴ１抗体と、Ｃ３リンカー及び３個のフルオロホス（Ｆｘ）を含む構造（Ｉ）の化合物との間に形成されたコンジュゲートを示す。参照した化合物番号が、表１中の上のＱ部分を含まない場合、このＱ部分が導入され、Ｑ部分を有する生じた化合物からコンジュゲートが調製されたと理解される。
コンジュゲートの希釈
抗体を室温にした。細胞染色用緩衝液（１ＸＤＰＢＳ、１％ＢＳＡ、０．０２％アジ化ナトリウム）中、抗体コンジュゲートを０．１～５４０ｎＭ（試験あたり８．０マイクログラム以下）の範囲の濃度に希釈した。一部の例では、各試料の段階希釈を細胞染色用緩衝液中、２６９ｎＭの抗体で開始し、使用するまで抗体希釈液を光からの保護状態を維持した。他の実験では、希釈は、４．０μｇの抗体／試験のサイズで開始し、試験サイズは、１００～２００μＬの範囲とした。滴定は、２倍又は４倍希釈で行い、結合曲線を生成した。一部の場合、８．０又は２．０μｇ／試験のサイズを希釈シリーズの第１のウェルに使用した。
コンジュゲートを用いるフローサイトメトリー：
物理的特徴付けの後に、コンジュゲートの活性及び官能性（抗体結合親和性及び色素の輝度）を試験し、参照抗体染色と比較した。次に、分解能の質は、自動蛍光ネガティブ対照と比較した輝度、及びフローサイトメータを使用する他の非特異的結合を精査することによって決定した。コンジュゲートを試験するための全血液スクリーニングは、最も常套的なものとした。新規構築物が形成されたので、橋渡し検討を実施した。
遊離色素フローサイトメトリーの実施：
分子特徴付け及び物理的特徴付けの後に、参照色素の染色と比べた、上記の色素の細胞への潜在的な親和性も試験した。色素は、細胞プローブとしてやはり機能し、細胞物質に結合する可能性を有するので、色素は、一般に、高濃度（＞１００ｎＭ～１０，０００ｎＭ）で血液に対してスクリーニングし、特定の特徴を確認することができる。次に、フローサイトメータを使用し、予期した又は予期しない標的外結合を、自己蛍光ネガティブ対照及び他の色素対照と比較して、希釈時の輝度及び線形性を評価することによって定量した。
フローサイトメトリーワークフロー：
細胞を培養し、色素のスクリーニング又は標的外結合に関する代謝負荷の目視による兆候について観察するか（データは図示せず）、又は新しい健常な細胞をコンジュゲートのスクリーニングに使用した。細胞を定期的に計数して、細胞密度（１×１０ｅ５及び１×１０ｅ６の生存細胞／ｍＬ）を確認した。抗体コンジュゲートを希釈（好ましくは、プレート又は管中で）した後、染色用緩衝液（ＤＰＢＳ、０．１％ＢＳＡ、０．０２％アジ化ナトリウム）中に細胞を採取した。８０～８５％の範囲の生存率を有する細胞を使用した。遠心分離、及び緩衝液を用いる細胞の洗浄によって細胞を２回、洗浄し、ｐＨ指示薬を除去し、ＦＢＳに含まれているＩｇ及び他のタンパク質を含む細胞をブロッキングした。細胞密度を調節して、染色用緩衝液中でサイズを試験した。細胞をプレート培養して、ウェル又は色素あたり（事前希釈済み）１回の試験をプレート中の細胞に施した。次に、これらの細胞を２３℃で４５分間、インキュベートした。この細胞を遠心分離にかけて、細胞を洗浄用緩衝液で洗浄することによって２回、洗浄し、次に、プレートを吸引した。細胞を取得用緩衝液中に再懸濁した。５０００個の無傷細胞がフローサイトメトリーによって得られた。
これらの色素の蛍光は、５２５／５０バンドパスフィルターを使用して検出した、ピーク発光（５２１ｎＭ）により、フローサイトメトリーによって４８８ｎＭの青色レーザー線によって検出した。３０００～５０００個の無傷細胞の取得を目標に、少なくとも１５００個の無傷細胞をフローサイトメトリーによって取得し、分析して細胞調製物中に存在する生存細胞を特定した。
データ分析方法：
記述統計学。ＥＣ－８００ソフトウェアにより、使用者は、各試料の取得に関する多数の統計学的データを修正することが可能となる。ＦＬ１－Ａチャネルにおける平均又は蛍光強度中央値（ＭＦＩ）を使用して、フローサイトメトリーによって調べ、ノイズを精査した場合の、抗体－色素試薬の輝度を測定した。他の統計学を評価して、中央値のシグナル対ノイズ及び絶対蛍光量（中央値又は幾何平均）を含めた、色素の特徴及び総合的な試薬の質を判定した。
ヒストグラム。フローサイトメトリー事象は、前方散乱対側方散乱（細胞体積対細胞粒度）に対するサイズによってゲート制御した。次に、それらの細胞の平均蛍光強度（ＭＦＩ）に関して、５１５ｎｍでの蛍光発光によってゲート制御した。収集したデータをｙ軸対蛍光強度に関する事象の数としてプロットしたデュアルパラメーターヒストグラムとして表し、これを、ｘ軸に対する対数スケールで表す。データは、親和性曲線、又は相対蛍光強度のヒストグラムによって要約することができる。
結合曲線。ＭＦＩは、ＦＣＭによって調べた場合、抗体－色素試薬の輝度を最良に測定するパラメーターであるので、これを選択し、このＭＦＩは、幾何平均、中央値又は平均値として表すことができ、絶対的な蛍光測定値となる。比較のため、ノイズが非常に特徴的となり得る場合、シグナル対ノイズ比Ｓ／ＮをＭＦＩとして報告する。
二変量デュアルパラメーターヒストグラム。一部の場合、定性的な出力値を精査するため、ＦＣＭ事象をゲート制御せず、データを細胞粒度（ＳＳＣ）対色素蛍光量によって表した。この方法により、全血液中で回収された集団のすべての総合的な評価が可能となる。
（実施例５）
様々な色素に対する、対照化合物（スペーサー＝ＰＥＧ）及び構造（Ｉ）の化合物（スペーサー＝プロピレン／ホスフェート／ＰＥＧ／ホスフェート／プロピレン（Ｃ３－ＰＥＧ－Ｃ３））配列構築物のフローサイトメトリー解析をＣＤ４（クローンＯＫＴ４）抗体にコンジュゲートし、１ｘｄ－ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）中で溶出した。使用した色素は、ＦＡＭ、パシフィックブルー（ＰＢ）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２（ＡＦ５３２）及びＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０（ＡＦ６６０）を含む。０．５ｕｇの抗体コンジュゲートを使用して全血液を染色し、スペクトル機器でスクリーニングした。
表６は、ＰＥＧスペーサーを有する対照化合物とＣ３－ＰＥＧ－Ｃ３スペーサーを有する構造（Ｉ）の化合物との間の染色指数（ＳＩ）の差異を示す。Ｃ３－ＰＥＧ－Ｃ３スペーサーを有する構造（Ｉ）の化合物は、ＰＥＧスペーサーを有する対応する対照化合物（ｃｏｒｒｅｓｐｎｄｉｎｇ ｃｏｎｔｒｏｌ ｃｏｍｐｕｏｕｎｄ）及び上市されている既存の化合物よりも高いＳＩ値を有する。Ｃ３－ＰＥＧ－Ｃ３スペーサーを有する構造（Ｉ）の化合物は、主鎖上のフルオロフォアの数が増加するにつれて、ＳＩ値（ｖａｌｕｖｅ）の向上も示す。
Figure 2023552448000125
Figure 2023552448000126

Figure 2023552448000127

Figure 2023552448000128
表６に使用されている通り、Ｒ2及びＲ3は、それぞれ、以下の構造：
を有する部分を指す。
ＦＡＭは、以下の構造の１つ：
を有する部分を指す。
ＰＢは、以下の構造：
Figure 2023552448000131
 を有する部分を指す。
ＡＦ５３２は、以下の構造：
Figure 2023552448000132
 を有する部分を指す。
ＡＦ６６０は、以下の構造：
Figure 2023552448000133
 を有する部分を指す。
（実施例６）
対照化合物（ＰＥＧ－５ｘ－ＦＡＭ）又は構造（Ｉ）の化合物（Ｃ３－３ｘ－ＦＡＭ、Ｃ３－５ｘ－ＦＡＭ、Ｃ３－７ｘ－ＦＡＭ又はＣ３－１０ｘ－ＦＡＭ）構築物のいずれかに、ＣＤ３（クローンＵＣＨＴ１）抗体をコンジュゲートした。０．５ｕｇの抗体コンジュゲートをＤｕｌｂｅｃｃｏ１ｘＰＢＳ中に希釈し、リバースピペッティングを使用して混合し、４８８ｎｍの発光において、シナジープレートリーダーで分析を行った。標識度（ｄｅｇｒｅｅ ｏｆ ｌａｂｅｌｉｎｇ：ＤＯＬ）は、シグナル強度を測定し、ＤＯＬによって除算することによって計算し、次に、グラフ表示した。対照化合物（ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ）及び構造（Ｉ）の化合物（Ｃ３－３ｘＦＡＭ、Ｃ３－５ｘＦＡＭ、Ｃ３－７ｘＦＡＭ又はＣ３－１０ｘＦＡＭ）のインビトロ分析の結果を図３に要約する。図３に示されている通り、Ｃ３－１０ｘＦＡＭ構築物は、ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ構築物と同じ程度に明るい。構造（Ｉ）の化合物の主鎖上のフルオロフォアの数が増加するにつれて、対応する化合物のシグナル強度は向上する。Ｃ３－７ｘＦＡＭ及びＣ３－１０ｘＦＡＭ構築物は、シグナルは、０．５ｕｇでのスケールを外れている程、明るい。
（実施例７）
色素構築物をＣＤ３（クローンＵＣＨＴ１）抗体にコンジュゲートし、１ｘｄ－ＰＢＳに溶出した。０．５ｕｇの抗体コンジュゲートを使用して全血液を染色し、スペクトル機器でスクリーニングした。以前に、シクロデキストリン（ＣＤ）は、水溶液中で分析すると、ＦＡＭの輝度が増大することが示されている。構造（Ｉ）の化合物の構築物（Ｃ３－５ｘＦＡＭ及びＣ３－７ｘＦＡＭ）は、対照化合物構築物（ＰＥＧ－５ｘ－ＦＡＭ）のマレイミドにシクロデキストリン（ＣＤ）を添加した場合でさえ、対照化合物構築物（ＰＥＧ－５ｘ－ＦＡＭ）よりも明るい。対照化合物、及び構造（Ｉ）の化合物の構築物の染色指数に及ぼす緩衝液の影響を表７に要約する。化合物（ｃｏｍｐｕｎｄ）ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ、Ｃ３－５ｘＦＡＭ及びＣ３－７ｘＦＡＭの構造を表６に提示する。
Figure 2023552448000134

次に、２ｍＭ ＮａＰＯ4緩衝液又は２ｍＭ ＮａＰＯ4緩衝液＋５ｍＭシクロデキストリン（ＣＤ）を凍結乾燥した。次に、マレイミド試料を水中に再懸濁してＣＤ３抗体にコンジュゲートし、１ｘｄ－ＰＢＳ中で溶出した。０．５ｕｇの抗体コンジュゲートをＤｕｌｂｅｃｃｏ１ｘＰＢＳ中に希釈し、リバースピペッティングを使用して混合し、４８８ｎｍの発光において、シナジープレートリーダーで分析した。標識度（ＤＯＬ）は、シグナル強度を測定し、ＤＯＬによって除算することによって計算し、次に、グラフ表示した。対照化合物構築物ＰＥＧ－５ｘＦＡＭ及び構造（Ｉ）の化合物の構築体Ｃ３－５ｘＦＡＭ及びＣ３－７ｘＦＡＭに対する緩衝液の影響を図４に例示する。図４に示されている通り、構造（Ｉ）の化合物の構築物Ｃ３－５ｘＦＡＭ及びＣ３－７ｘＦＡＭは、ＣＤを添加した場合でさえも、対照化合物構築物ＰＥＧ－５ｘＦＡＭよりも明るい。
（実施例８）
ホスホロアミダイト及び化合物の調製
例示的な化合物は、標準固相オリゴヌクレオチド合成のプロトコール、及びＣｈｅｍＧｅｎｅｓから購入した、以下の構造：
Figure 2023552448000135
 を有するフルオレセイン含有ホスホロアミダイト（カタログ番号ＣＬＰ－９７８０）を使用して調製した。
例示的なリンカー（Ｌ6）を、やはり市販の以下の構造：
Figure 2023552448000136
 を有するホスホロアミダイトとのカップリングによって化合物中に含ませた。
例示的なリンカー（Ｌ4／Ｌ5）を、やはり市販の以下の構造：
Figure 2023552448000137
 の１つを有するホスホロアミダイトとのカップリングによって化合物中に含ませた。
他の例示的な化合物は、以下のスキーム：
Figure 2023552448000138
 に従い調製したホスホロアミダイトを使用して調製した。
最後の脱保護により、所望のＦｘ部分が生成する。他の市販のホスホロアミダイト試薬を適宜使用して、本化合物の様々な部分を導入した。以下の構造を有するＱ部分：
Figure 2023552448000139
 は、
Figure 2023552448000140
 と遊離スルフィドリルとの反応によって導入した。他のＱ部分は、当業者の知識に従う類似の方法で導入する。
上記の様々な実施形態が組み合わされて、さらなる実施形態がもたらされる。２０２０年１２月７日出願の米国仮特許出願第６３／１２２，２８５号、及び２０２１年７月８日出願の同第６３／２１９，７０６号を含めた、本明細書中で言及されている米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願及び非特許公開のすべての全体が、参照により本明細書に組み込まれている。実施形態の態様は、必要な場合、修正されて、様々な特許、出願及び公開の概念を使用して、さらなる実施形態をもたらすことができる。上記の詳細説明に照らし合わせて、実施形態にこのような変更及び他の変更を行うことができる。一般に、以下の特許請求の範囲において、使用される用語は、本明細書及び特許請求の範囲に開示されている具体的な実施形態への特許請求の範囲を制限されると解釈されるべきではないが、このような特許請求の範囲に権利が与えられる均等物の全範囲を伴う可能なすべての実施形態を含むと解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は、本開示によって限定されるものではない。

Claims (206)

  1. 以下の構造（Ａ）を有する化合物又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体。
    Figure 2023552448000141
     (A)
    （式中、
    Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
    Ｌ1aは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
    Ｌ1、Ｌ1b、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ａ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数であり、
    ｑ及びｗは、出現毎に独立して、０～３の整数であり、ただし、出現する、ｑ又はｗのどちらか一方の少なくとも１つは１であることを条件とする）
  2. 以下の構造（Ｉ）を有する化合物又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体。
    Figure 2023552448000142
     (I)
    （式中、
    Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
    Ｌ1、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（Ｉ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数である）
  3. Ｌ6が、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである、請求項１又は２に記載の化合物。
  4. Ｌ6が、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである、請求項３に記載の化合物。
  5. Ｌ6が、出現毎に独立して、ポリエチレンオキシドである、請求項４に記載の化合物。
  6. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである、請求項１～５のいずれか１項に記載の化合物。
  7. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである、請求項６に記載の化合物。
  8. 少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5が同じである、請求項１～７のいずれか１項に記載の化合物。
  9. 以下の構造（Ｉａ）を有する、請求項２～８のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000143
     (Ia)
    （式中、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
    ｚは、１～１００の整数である）
  10. 以下の構造（Ｉｂ）を有する、請求項２～９のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000144
     (Ib)
    （式中、
    Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数である）
  11. Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10が、出現毎に独立して、Ｈである、請求項１０に記載の化合物。
  12. 以下の構造（Ｉｃ）を有する、請求項２～１１のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000145
     (Ic)
    （式中、
    ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に独立して、０～６の整数であり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数である）
  13. ｘ1及びｘ3が、出現毎に、それぞれ０であり、ｘ2及びｘ4が、出現毎に、それぞれ１である、請求項１２に記載の化合物。
  14. ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4が、出現毎に、それぞれ１である、請求項１２に記載の化合物。
  15. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ３である、請求項１０～１４のいずれか１項に記載の化合物。
  16. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ４である、請求項１０～１４のいずれか１項に記載の化合物。
  17. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ６である、請求項１０～１４のいずれか１項に記載の化合物。
  18. ｚが、２２～２５の整数である、請求項９～１７のいずれか１項に記載の化合物。
  19. Ｌ1が、出現毎に、２つの相補性反応性基の反応により形成可能な官能基を含むリンカーである、請求項１～１８のいずれか１項に記載の化合物。
  20. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基が、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイラン官能基と、相補性反応性基との反応によって形成され得る、請求項１９に記載の化合物。
  21. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基が、アルキン及びアジドの反応によって形成され得る、請求項１９に記載の化合物。
  22. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、官能基が、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、チオウレア、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む、請求項１９に記載の化合物。
  23. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1が、トリアゾリル官能基を含むリンカーである、請求項１９に記載の化合物。
  24. Ｌ1が、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000146
     を有する、請求項１９に記載の化合物。
  25. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1－Ｍ1又はＬ1－Ｍ2が、以下の構造の１つを有する、請求項１９に記載の化合物。
    Figure 2023552448000147
     （式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）
  26. 出現するＬ1の少なくとも１つについて、Ｌ1－Ｍ1又はＬ1－Ｍ2が、以下の構造の１つを有する、請求項１９に記載の化合物。
    Figure 2023552448000148
     （式中、Ｌ1a及びＬ1bは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）
  27. Ｌ1a若しくはＬ1b、又はどちらも存在しない、請求項２５～２６のいずれか１項に記載の化合物。
  28. Ｌ1a若しくはＬ1b、又はどちらも存在する、請求項２５～２６のいずれか１項に記載の化合物。
  29. Ｌ1a及びＬ1bが、存在する場合、それぞれ独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンである、請求項２８に記載の化合物。
  30. Ｌ1a及びＬ1bが、存在する場合、独立して、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000149
     を有する、請求項２８に記載の化合物。
  31. Ｌ1が、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン又はヘテロアルキレンリンカーである、請求項１～１８のいずれか１項に記載の化合物。
  32. Ｍ2－Ｌ1bが、以下の構造：
    Figure 2023552448000150
     を有する、請求項１に記載の化合物。
  33. Ｌ2及びＬ3が、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレン、Ｃ2－Ｃ6アルケニレン又はＣ2－Ｃ6アルキニレンである、請求項１～３２のいずれか１項に記載の化合物。
  34. Ｒ1が、出現毎に、Ｈである、請求項１～３３のいずれか１項に記載の化合物。
  35. 以下の構造（ＩＩ）を有する化合物又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体。
    Figure 2023552448000151
     (II)
    （式中、
    Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
    Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
    Ｌ1d、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数である）
  36. 以下の構造（ＩＩ）を有する化合物又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体。
    Figure 2023552448000152
     (II)
    （式中、
    Ｍ1及びＭ2は、出現毎に独立して、発色団であり、ただし、Ｍ1及びＭ2の少なくとも１つは、ＦＲＥＴドナーであり、Ｍ1及びＭ2のもう一方は、対応するＦＲＥＴアクセプターであることを条件とし、
    Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
    Ｌ1d、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数である）
  37. 出現するＬ1dの少なくとも１つが、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミン、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイランと、相補性反応性基との反応によって形成される官能基を含む、請求項３５又は３６に記載の化合物。
  38. 出現するＬ1dの少なくとも１つが、アルキン及びアジドの反応によって形成される官能基を含む、請求項３５又は３６に記載の化合物。
  39. 出現するＬ1dの少なくとも１つが、アルケン、エステル、アミド、チオエステル、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む、請求項３５又は３６に記載の化合物。
  40. 出現するＬ1dの少なくとも１つが、トリアゾリル官能基を含むリンカーである、請求項３９に記載の化合物。
  41. 出現するＬ1d－Ｍ1又はＬ1d－Ｍ2の少なくとも１つが、以下の構造の１つを含む、請求項４０に記載の化合物。
    （式中、Ｌa及びＬbは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）
  42. 出現するＬ1d－Ｍ2の少なくとも１つが、以下の構造を含む、請求項４０に記載の化合物。
    （式中、Ｌa及びＬbは、それぞれ独立して、任意に用いてもよいリンカーである）
  43. Ｌa若しくはＬb、又はどちらも存在しない、請求項３９～４２のいずれか１項に記載の化合物。
  44. Ｌa若しくはＬb、又はどちらも存在する、請求項３９～４２のいずれか１項に記載の化合物。
  45. Ｌa及びＬbが、存在する場合、それぞれ独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンである、請求項４４に記載の化合物。
  46. Ｌa及びＬbが、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000155
     を独立して有する、請求項４４に記載の化合物。
  47. Ｌ1dが、出現毎に独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンリンカーを含む、請求項３５～４６のいずれか１項に記載の化合物。
  48. Ｌ1dが、以下の構造の１つを含む、請求項３５～４７のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000156
     （式中、
    ａ、ｂ、ｃ及びｄは、それぞれ独立して、１～６の範囲の整数である）
  49. 出現するＬ1cの少なくとも１つが、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである、請求項３５～４８のいずれか１項に記載の化合物。
  50. Ｌ1cが、出現毎に独立して、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである、請求項３５～４９のいずれか１項に記載の化合物。
  51. Ｌ1cが、出現毎に、置換されている、請求項３５～５０のいずれか１項に記載の化合物。
  52. Ｌ1cが、出現毎に、少なくとも１つのオキソにより置換されている、請求項３５～５１のいずれか１項に記載の化合物。
  53. 出現するＬ1dの少なくとも１つが、置換されている、請求項３５～５２のいずれか１項に記載の化合物。
  54. Ｌ1dが、オキソにより置換されている、請求項３５～５３のいずれか１項に記載の化合物。
  55. Ｌ1cが、以下の構造のうちの１つを有する、請求項３５～５４のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000157
  56. 出現するＬ2の少なくとも１つが、アルキレンリンカーである、請求項３５～５５のいずれか１項に記載の化合物。
  57. Ｌ2が、出現毎に、アルキレンリンカーである、請求項３５～５６のいずれか１項に記載の化合物。
  58. 出現するＬ3の少なくとも１つが、存在しない、請求項３５～５７のいずれか１項に記載の化合物。
  59. Ｌ3が、出現毎に、存在しない、請求項３５～５８のいずれか１項に記載の化合物。
  60. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである、請求項３５～５９のいずれか１項に記載の化合物。
  61. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである、請求項６０に記載の化合物。
  62. 少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5が同じである、請求項３５～６１のいずれか１項に記載の化合物。
  63. Ｌ6が、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである、請求項３５～６２のいずれか１項に記載の化合物。
  64. Ｌ6が、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである、請求項６３に記載の化合物。
  65. Ｌ6が、出現毎に独立して、ポリエチレンオキシドである、請求項６４に記載の化合物。
  66. 以下の構造（ＩＩａ）を有する、請求項３５～６５のいずれか１項に記載の化合物。
    (IIa)
    （式中、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
    ｚは、１～１００の整数である）
  67. 以下の構造（ＩＩｂ）を有する、請求項３５～６６のいずれか１項に記載の化合物。
    (IIb)
    （式中、
    Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  68. Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10が、出現毎に独立して、Ｈである、請求項６７に記載の化合物。
  69. 以下の構造（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）、（ＩＩｅ）又は（ＩＩｆ）のうちの１つを有する、請求項３５～６８のいずれか１項に記載の化合物。
    (IIc);
    (IId);
    (IIe); 又は
    (IIf)
    （式中、
    Ｌ1dは、出現毎に独立して、アミド官能基又はトリアゾリル官能基を含み、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  70. ｚが、１～６の整数である、請求項６６～６９のいずれか１項に記載の化合物。
  71. Ｒ4が、出現毎に独立して、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲdである、請求項１～７０のいずれか１項に記載の化合物。
  72. Ｒ5が、出現毎に、オキソである、請求項１～７１のいずれか１項に記載の化合物。
  73. Ｒ2及びＲ3が、それぞれ独立して、ＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、請求項１～７２のいずれか１項に記載の化合物。
  74. Ｒ2又はＲ3の一方が、ＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである、請求項１～７２のいずれか１項に記載の化合物。
  75. Ｒ2及びＲ3が、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、請求項１～７２のいずれか１項に記載の化合物。
  76. Ｒcが、ＯＬ’である、請求項７５に記載の化合物。
  77. Ｌ’が、Ｑ、標的指向性部分、分析対象分子、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド又は構造（Ｉ）又は（ＩＩ）のさらなる化合物へのヘテロアルキレンリンカーである、請求項７６に記載の化合物。
  78. Ｌ’が、アルキレンオキシド部分若しくはホスホジエステル部分、又はそれらの組合せを含む、請求項７７に記載の化合物。
  79. Ｌ’が、以下の構造を有する、請求項７８に記載の化合物。
    Figure 2023552448000164
     （式中、
    ｍ”及びｎ”は、独立して、１～１０の整数であり、
    Ｒeは、Ｈ、電子対又は対イオンであり、
    Ｌ”は、Ｒe、或いはＱ、標的指向性部分、分析対象分子、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド又は構造（Ａ）、（Ｉ）若しくは（ＩＩ）のさらなる化合物への直接結合又は連結である）
  80. 標的指向性部分が、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストである、請求項７７～７９のいずれか１項に記載の化合物。
  81. 抗体が、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１を含む、請求項８０に記載の化合物。
  82. Ｒ2又はＲ3が、以下の構造のうちの１つを有する、請求項７５～８１のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000165
    Figure 2023552448000166
  83. Ｑが、求核性反応性基、求電子性反応性基又は環化付加反応性基を含む、請求項１～７２又は７４～７９のいずれか１項に記載の化合物。
  84. Ｑが、スルフヒドリル、ジスルフィド、活性化エステル、イソチオシアネート、アジド、アルキン、アルケン、ジエン、求ジエン、酸ハロゲン化物、ハロゲン化スルホニル、ホスフィン、α－ハロアミド、ビオチン、アミノ又はマレイミド官能基を含む、請求項８３に記載の化合物。
  85. 活性化エステルが、Ｎ－スクシンイミドエステル、イミドエステル又はポリフルオロフェニルエステルである、請求項８４に記載の化合物。
  86. アジドが、アルキルアジド又はアシルアジドである、請求項８４に記載の化合物。
  87. Ｑが、表１から選択される部分である、請求項８４に記載の化合物。
  88. Ｒ2又はＲ3の一方が、ＯＨ又はＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方が、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカーである、請求項１～７２のいずれか１項に記載の化合物。
  89. 分析対象分子が、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマーである、請求項８８に記載の化合物。
  90. 分析対象分子が、酵素、受容体、受容体リガンド、グリコタンパク質、アプタマー又はプリオンである、請求項８８に記載の化合物。
  91. 標的指向性部分が、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストであり、抗体が、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１を含む、請求項８８に記載の化合物。
  92. 固体支持体が、ポリマー製ビーズ又は非ポリマー製ビーズである、請求項８８に記載の化合物。
  93. ｍが、出現毎に独立して、１～１０の整数である、請求項１～９２のいずれか１項に記載の化合物。
  94. ｍが、出現毎に独立して、１～５の整数である、請求項１～９２のいずれか１項に記載の化合物。
  95. ｎが、１～１００の整数である、請求項１～９４のいずれか１項に記載の化合物。
  96. ｎが、１～１０の整数である、請求項１～９４のいずれか１項に記載の化合物。
  97. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、３つ以上のアリール環若しくはヘテロアリール環、又はそれらの組合せを含む部分である、請求項１～９６のいずれか１項に記載の化合物。
  98. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、蛍光性又は発色性である、請求項１～９７のいずれか１項に記載の化合物。
  99. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、少なくとも４つの縮合環を含む縮合多環式アリール部分を含む、請求項１～９８のいずれか１項に記載の化合物。
  100. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、ジメチルアミノスチルベン、キナクリドン、フルオロフェニル－ジメチル－ＢＯＤＩＰＹ、ｈｉｓ－フルオロフェニル－ＢＯＤＩＰＹ、アクリジン、テリレン、セキシフェニル、ポルフィリン、ベンゾピレン、（フルオロフェニル－ジメチル－ジフルオロボラ－ジアザ－インダセン）フェニル、（ビス－フルオロフェニル－ジフルオロボラ－ジアザ－インダセン）フェニル、クアテルフェニル、ビ－ベンゾチアゾール、ター－ベンゾチアゾール、ビ－ナフチル、ビ－アントラシル、スクアライン、スクアリリウム、９，１０－エチニルアントラセン又はター－ナフチル部分である、請求項１～９９のいずれか１項に記載の化合物。
  101. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、ｐ－ターフェニル、ペリレン、アゾベンゼン、フェナジン、フェナントロリン、アクリジン、チオキサントレン、クリセン、ルブレン、コロネン、シアニン、ペリレンイミド若しくはペリレンアミド、又はそれらの誘導体である、請求項１～１００のいずれか１項に記載の化合物。
  102. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、クマリン色素、レゾルフィン色素、ジピロメテンボロンジフルオリド色素、ルテニウムビピリジル色素、エネルギー移動色素、チアゾールオレンジ色素、ポリメチン又はＮ－アリール－１，８－ナフタルイミド色素である、請求項１～９９のいずれか１項に記載の化合物。
  103. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、ピレン、ペリレン、ペリレンモノイミド若しくは６－ＦＡＭ、又はそれらの誘導体である、請求項１～９９のいずれか１項に記載の化合物。
  104. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、以下の構造のうちの１つを有する、請求項１～９９のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000167
  105. Ｍ1及びＭ2が、出現毎に独立して、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000168
    Figure 2023552448000169

    Figure 2023552448000170

    Figure 2023552448000171
    を有する、請求項１～９９のいずれか１項に記載の化合物。
  106. 表２から選択される化合物である、請求項１～１０５のいずれか１項に記載の化合物。
  107. 試料を染色する方法であって、試料に、前記試料が適切な波長で照射されると光学応答を生じるのに十分な量で請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物を添加するステップを含む方法。
  108. 光学応答が、蛍光応答である、請求項１０７に記載の方法。
  109. 試料が細胞を含む、請求項１０７～１０８のいずれか１項に記載の方法。
  110. フローサイトメトリーによって細胞を観察することステップをさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
  111. 蛍光応答を、検出可能な形で異なる光学特性を有する第２のフルオロフォアの蛍光応答と区別するステップをさらに含む、請求項１０７に記載の方法。
  112. 分析対象分子を目視で検出する方法であって、
    （ａ）Ｒ2又はＲ3が、分析対象分子への共有結合を含むリンカーである、請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物を用意するステップ、及び
    （ｂ）化合物をその可視特性によって検出するステップ
    を含む方法。
  113. 分析対象分子を目視で検出する方法であって、
    （ａ）Ｒ2又はＲ3が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物を分析対象分子と混合するステップ、
    （ｂ）化合物及び分析対象分子のコンジュゲートを形成するステップ、及び
    （ｃ）コンジュゲートをその可視特性によって検出するステップ
    を含む方法。
  114. 分析対象を目視で検出する方法であって、
    （ａ）Ｒ2又はＲ3が、分析対象に対する特異性を有する標的指向性部分への共有結合を含むリンカーを含む、請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物を用意するステップ、
    （ｂ）化合物及び分析対象を混合し、それによって、標的指向性部分と分析対象とを会合させるステップ、及び
    （ｃ）化合物をその可視特性によって検出するステップ
    を含む方法。
  115. 標的指向性部分が、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９及びＭＯＰＣ－２１からなる群から選択される抗体である、請求項１１４に記載の方法。
  116. 請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物、及び１つ又は複数の分析対象分子を含む組成物。
  117. 以下の構造（ＩＩＩ）を有する化合物又はその立体異性体、塩若しくは互変異性体。
    Figure 2023552448000172
     (III)
    （式中、
    Ｇ1及びＧ2は、出現毎に独立して、相補性反応性基と共有結合を形成することが可能な反応性基又はその保護類似基を含む部分であり、
    Ｌ1、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン、ヘテロアリーレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ1は、出現毎に独立して、Ｈ、アルキル又はアルコキシであり、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＩＩ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数である）
  118. Ｌ6が、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである、請求項１１７に記載の化合物。
  119. Ｌ6が、出現毎に独立して、ポリエチレンオキシドである、請求項１１８に記載の化合物。
  120. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである、請求項１１７～１１９のいずれか１項に記載の化合物。
  121. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである、請求項１２０に記載の化合物。
  122. 少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5が同じである、請求項１１７～１２１のいずれか１項に記載の化合物。
  123. 以下の構造（ＩＩＩａ）を有する、請求項１１７～１２２のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000173
     (IIIa)
    （式中、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
    ｚは、１～１００の整数である）
  124. 以下の構造（ＩＩＩｂ）を有する、請求項１１７～１２３のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000174
     (IIIb)
    （式中、
    Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  125. Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10が、出現毎に独立して、Ｈである、請求項１２４に記載の化合物。
  126. 以下の構造（ＩＩＩｃ）を有する、請求項１１７～１２５のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000175
     (IIIc)
    （式中、
    ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4は、出現毎に独立して、０～６の整数であり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  127. ｘ1及びｘ3が、出現毎に、それぞれ０であり、ｘ2及びｘ4が、出現毎に、それぞれ１である、請求項１２６に記載の化合物。
  128. ｘ1、ｘ2、ｘ3及びｘ4が、出現毎に、それぞれ１である、請求項１２６に記載の化合物。
  129. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ３である、請求項１２６～１２８のいずれか１項に記載の化合物。
  130. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ４である、請求項１２６～１２９のいずれか１項に記載の化合物。
  131. ｙ1及びｙ2が、出現毎に、それぞれ６である、請求項１２６～１２９のいずれか１項に記載の化合物。
  132. ｚが、２２～２５の整数である、請求項１２６～１３１のいずれか１項に記載の化合物。
  133. Ｌ1が、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000176
     を有する、請求項１１７～１３２のいずれか１項に記載の化合物。
  134. Ｌ2及びＬ3が、出現毎に独立して、Ｃ1－Ｃ6アルキレン、Ｃ2－Ｃ6アルケニレン又はＣ2－Ｃ6アルキニレンである、請求項１１７～１３３のいずれか１項に記載の化合物。
  135. Ｒ1が、出現毎に、Ｈである、請求項１１７～１３４のいずれか１項に記載の化合物。
  136. 以下の構造（ＩＶ）を有する化合物。
    Figure 2023552448000177
     (IV)
    （式中、
    Ｇ1及びＧ2は、出現毎に独立して、相補性反応性基と共有結合を形成することが可能な反応性基又はその保護類似基を含む部分であり、
    Ｌ1cは、出現毎に独立して、ヘテロアリーレンリンカーであり、
    Ｌ1d’、Ｌ2及びＬ3は、出現毎に独立して、任意に用いてもよいアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、
    Ｌ6は、出現毎に独立して、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン又はヘテロアルキニレンリンカーであり、ただし、出現するＬ6の少なくとも１つは、Ｌ4及びＬ5の各々とは異なることを条件とし、
    Ｒ2及びＲ3は、それぞれ独立して、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、アルキル、アルコキシ、アルキルエーテル、ヘテロアルキル、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒc、Ｑ若しくはその保護形態又はＬ’であり、
    Ｒ4は、出現毎に独立して、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒ5は、出現毎に独立して、オキソ、チオキソであるか、又は存在せず、
    Ｒaは、Ｏ又はＳであり、
    Ｒbは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd又はＳＲdであり、
    Ｒcは、ＯＨ、ＳＨ、Ｏ-、Ｓ-、ＯＲd、ＯＬ’、ＳＲd、アルキル、アルコキシ、ヘテロアルキル、ヘテロアルコキシ、アルキルエーテル、アルコキシアルキルエーテル、ホスフェート、チオホスフェート、ホスホアルキル、チオホスホアルキル、ホスホアルキルエーテル又はチオホスホアルキルエーテルであり、
    Ｒdは、対イオンであり、
    Ｑは、出現毎に独立して、分析対象分子、標的指向性部分、固体支持体又は相補性反応性基Ｑ’と共有結合を形成することが可能な、反応性基又はその保護形態を含む部分であり、
    Ｌ’は、出現毎に独立して、Ｑへの共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、固体支持体への共有結合を含むリンカー、固体支持体残基への共有結合を含むリンカー、ヌクレオシドへの共有結合を含むリンカー、又は構造（ＩＶ）のさらなる化合物への共有結合を含むリンカーであり、
    ｍは、出現毎に独立して、ゼロ以上の整数であり、ただし、出現するｍの少なくとも１つは、１以上の整数であることを条件とし、
    ｎは、１以上の整数である）
  137. 出現するＬ1cの少なくとも１つが、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである、請求項１３６に記載の化合物。
  138. Ｌ1cが、出現毎に独立して、置換されていてもよい５～７員のヘテロアリーレンリンカーである、請求項１３６～１３７のいずれか１項に記載の化合物。
  139. Ｌ1cが、出現毎に、置換されている、請求項１３６～１３８のいずれか１項に記載の化合物。
  140. Ｌ1cが、出現毎に、少なくとも１つのオキソにより置換されている、請求項１３６～１３９のいずれか１項に記載の化合物。
  141. Ｌ1cが、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000178
     を有する、請求項１３６～１４０のいずれか１項に記載の化合物。
  142. 出現するＬ1d’の少なくとも１つが、置換されている、請求項１３６～１４１のいずれか１項に記載の化合物。
  143. Ｌ1d’が、オキソにより置換されている、請求項１３６～１４２のいずれか１項に記載の化合物。
  144. 出現するＬ2の少なくとも１つが、アルキレンリンカーである、請求項１３６～１４３のいずれか１項に記載の化合物。
  145. Ｌ2が、出現毎に、アルキレンリンカーである、請求項１３６～１４４のいずれか１項に記載の化合物。
  146. 出現するＬ3の少なくとも１つが、存在しない、請求項１３６～１４３のいずれか１項に記載の化合物。
  147. Ｌ3が、出現毎に、存在しない、請求項１３６～１４６のいずれか１項に記載の化合物。
  148. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、アルキレンリンカーである、請求項１３６～１４７のいずれか１項に記載の化合物。
  149. Ｌ4及びＬ5が、出現毎に独立して、Ｃ3－Ｃ6アルキレンである、請求項１４８に記載の化合物。
  150. 少なくとも１回の出現につき、Ｌ4及びＬ5が同じである、請求項１３６～１４９のいずれか１項に記載の化合物。
  151. Ｌ6が、出現毎に独立して、ヘテロアルキレンリンカーである、請求項１３６～１５０のいずれか１項に記載の化合物。
  152. Ｌ6が、出現毎に独立して、アルキレンオキシドリンカーである、請求項１５１に記載の化合物。
  153. Ｌ6が、出現毎に独立して、ポリエチレンオキシドである、請求項１５２に記載の化合物。
  154. 以下の構造（ＩＶａ）を有する、請求項１３６～１５３のいずれか１項に記載の化合物。
    (IVa)
    （式中、
    Ｌ4及びＬ5は、出現毎に独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニレン、ヘテロアルキニレン又はヘテロ原子リンカーであり、ただし、Ｌ4及びＬ5は、ポリエチレンオキシドではないことを条件とし、
    ｚは、１～１００の整数である）
  155. 以下の構造（ＩＶｂ）を有する、請求項１１７～１５４のいずれか１項に記載の化合物。
    (IVb)
    （式中、
    Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10は、出現毎に独立して、Ｈ又はアルキルであり、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  156. Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9及びＲ10が、出現毎に独立して、Ｈである、請求項１５５に記載の化合物。
  157. 以下の構造（ＩＶｃ）、（ＩＶｄ）、（ＩＶｅ）又は（ＩＶｆ）のうちの１つを有する、請求項１３６～１５６のいずれか１項に記載の化合物。
    (IVc)
    (IVd)
    (IVe) 又は
    (IVf)
    （式中、
    Ｌ1d’は、出現毎に独立して、アミド官能基又はトリアゾリル官能基を含み、
    ｙ1及びｙ2は、出現毎に独立して、１～６の整数であり、
    ｚは、１～１００の整数である）
  158. Ｚが、２２～２５の整数である、請求項１５４～１５７のいずれか１項に記載の化合物。
  159. Ｌ1d’が、存在する場合、それぞれ独立して、アルキレン又はヘテロアルキレンである、請求項１３６～１５８のいずれか１項に記載の化合物。
  160. Ｌ1d’が、以下の構造の１つを含む、請求項１３６～１５９のいずれか１項に記載の化合物。
    Figure 2023552448000185
     （式中、
    ａ、ｂ、ｃ及びｄは、それぞれ独立して、１～６の範囲の整数である）
  161. Ｒ4が、出現毎に独立して、ＯＨ、Ｏ-又はＯＲdである、請求項１１７～１６０のいずれか１項に記載の化合物。
  162. Ｒ5が、出現毎に、オキソである、請求項１１７～１６１のいずれか１項に記載の化合物。
  163. Ｒ2及びＲ3が、それぞれ独立して、ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、請求項１１７～１６２のいずれか１項に記載の化合物。
  164. Ｒ2又はＲ3の一方が、－ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである、請求項１１７～１６２のいずれか１項に記載の化合物。
  165. Ｒ2及びＲ3が、それぞれ独立して、－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcである、請求項１１７～１６２のいずれか１項に記載の化合物。
  166. ＲcがＯＬ’である、請求項１６５に記載の化合物。
  167. Ｌ’が、Ｑ、標的指向性部分、分析対象分子、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド又は構造（ＩＩＩ）若しくは（ＩＶ）のさらなる化合物へのヘテロアルキレンリンカーである、請求項１６６に記載の化合物。
  168. Ｌ’が、アルキレンオキシド部分若しくはホスホジエステル部分、又はそれらの組合せを含む、請求項１６７に記載の化合物。
  169. Ｌ’が、以下の構造を有する、請求項１６８に記載の化合物。
    Figure 2023552448000186
     （式中、
    ｍ”及びｎ”は、独立して、１～１０の整数であり、
    Ｒeは、Ｈ、電子対又は対イオンであり、
    Ｌ”は、Ｒe、或いはＱ、標的指向性部分、分析対象分子、固体支持体、固体支持体残基、ヌクレオシド、又は構造（ＩＩＩ）若しくは（ＩＶ）のさらなる化合物への直接結合又は連結である）
  170. 標的指向性部分が、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストであり、抗体が、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１を含む、請求項１６５～１６９のいずれか１項に記載の化合物。
  171. Ｒ2又はＲ3が、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000187
    Figure 2023552448000188
    を有する、請求項１６５～１７０のいずれか１項に記載の化合物。
  172. Ｒ2又はＲ3が、以下の構造：
    Figure 2023552448000189
     を有する、請求項１６５～１７１のいずれか１項に記載の化合物。
  173. Ｑが、求核性反応性基、求電子性反応性基又は環化付加反応性基を含む、請求項１１７～１７２のいずれか１項に記載の化合物。
  174. Ｑが、スルフヒドリル、ジスルフィド、活性化エステル、イソチオシアネート、アジド、アルキン、アルケン、ジエン、求ジエン、酸ハロゲン化物、ハロゲン化スルホニル、ホスフィン、α－ハロアミド、ビオチン、アミノ又はマレイミド官能基を含む、請求項１７３に記載の化合物。
  175. 活性化エステルが、Ｎ－スクシンイミドエステル、イミドエステル又はポリフルオロフェニルエステルである、請求項１７４に記載の化合物。
  176. アジドが、アルキルアジド又はアシルアジドである、請求項１７４に記載の化合物。
  177. Ｑが、表１から選択される部分である、請求項１１７～１７２に記載の化合物。
  178. Ｒ2又はＲ3の一方が、ＯＨ又は－ＯＰ（＝Ｒa）（Ｒb）Ｒcであり、Ｒ2又はＲ3のもう一方が、分析対象分子への共有結合を含むリンカー、標的指向性部分への共有結合を含むリンカー、又は固体支持体への共有結合を含むリンカーである、請求項１１７～１７７のいずれか１項に記載の化合物。
  179. 分析対象分子が、核酸、アミノ酸又はそれらのポリマーである、請求項１７８に記載の化合物。
  180. 分析対象分子が、酵素、受容体、受容体リガンド、グリコタンパク質、アプタマー又はプリオンである、請求項１７８に記載の化合物。
  181. 標的指向性部分が、抗体又は細胞表面受容体アンタゴニストであり、抗体が、ＣＤ３、ＣＤ４、ＦｏｘＰ３、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ、クローン４Ｓ．Ｂ３、クローン２０６Ｄ、ＣＤ８α（Ｄ８Ａ８Ｙ）ウサギｍＡｂ、ビメンチン（Ｄ２１Ｈ３）ＸＰ（登録商標）ウサギｍＡｂ、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６０８、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ６１２、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７８０、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ７９５、ホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８０７又はホスホ－ＲＢ－Ｓｅｒ８１１、抗ヒトＩＬ１７Ａ、インテグリンアルファＥ／ＣＤ１０３、ＣＣＲ９又はＭＯＰＣ－２１を含む、請求項１７８に記載の化合物。
  182. 固体支持体が、ポリマー製ビーズ又は非ポリマー製ビーズである、請求項１７８に記載の化合物。
  183. ｍが、出現毎に独立して、１～１０の整数である、請求項１１７～１８２のいずれか１項に記載の化合物。
  184. ｍが、出現毎に独立して、１～５の整数である、請求項１１７～１８２のいずれか１項に記載の化合物。
  185. ｎが、１～１００の整数である、請求項１１７～１８４のいずれか１項に記載の化合物。
  186. ｎが、１～１０の整数である、請求項１１７～１８５のいずれか１項に記載の化合物。
  187. Ｇ1及びＧ2が、出現毎に独立して、アルデヒド、オキシム、ヒドラゾン、アルキン、アミノ、アジド、アシルアジド、アシルハライド、ニトリル、ニトロン、スルフヒドリル、ジスルフィド、ハロゲン化スルホニル、イソチオシアネート、イミドエステル、活性化エステル、ケトン、α，β－不飽和カルボニル、アルケン、マレイミド、α－ハロイミド、エポキシド、アジリジン、テトラジン、テトラゾール、ホスフィン、ビオチン又はチイラン官能基を含む、請求項１１７～１８６のいずれか１項に記載の化合物。
  188. Ｇ1及びＧ2が、出現毎に独立して、アミノ、アルキン又はアジド基を含む、請求項１８７に記載の化合物。
  189. Ｇ1及びＧ2が、出現毎に独立して、
    Figure 2023552448000190
     である、請求項１８８に記載の化合物。
  190. Ｇ1及びＧ2が、出現毎に独立して、相補性反応性基との反応時に、アルケン，エステル、アミド、チオエステル、ジスルフィド、炭素環式基、複素環式基又はヘテロアリール基を含む官能基を形成することが可能な反応性基を含む、請求項１１７～１８６のいずれか１項に記載の化合物。
  191. ヘテロアリールが、トリアゾリルである、請求項１９０に記載の化合物。
  192. 出現するＧ1又はＧ2の少なくとも１つが、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000191
     を有する、請求項１１７～１８６のいずれか１項に記載の化合物。
  193. Ｇ1又はＧ2が、出現毎に独立して、以下の構造の１つ：
    Figure 2023552448000192
     を有する、請求項１１７～１８６のいずれか１項に記載の化合物。
  194. 出現するＧ1の少なくとも１つが、
    Figure 2023552448000193
     である、請求項１９２に記載の化合物。
  195. Ｇ1が、出現毎に独立して、
    Figure 2023552448000194
     である、請求項１９３に記載の化合物。
  196. 出現するＧ2の少なくとも１つが、
    Figure 2023552448000195
     である、請求項１９２に記載の化合物。
  197. Ｇ2が、出現毎に独立して、
    Figure 2023552448000196
     である、請求項１９３に記載の化合物。
  198. 表３から選択される、請求項１１７～１９７のいずれか１項に記載の化合物。
  199. （ａ）Ｒ2又はＲ3がＱ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである請求項１１７～１９８のいずれか１項に記載の化合物を分析対象分子又は標的指向性部分と混合するステップ、
    （ｂ）化合物及び分析対象分子又は標的指向性部分のコンジュゲートを形成するステップ、及び
    （ｃ）コンジュゲートを式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と反応させて、これによって、Ｇ1又はＧ2の少なくとも１つ及び少なくとも１つのＧ1’又はＧ2’の反応によって少なくとも１つの共有結合を形成するステップ
    を含む、分析対象分子又は標的指向性部分を標識する方法であって、
    式中、
    Ｍ1及びＭ2が、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
    Ｌ1bが、任意に用いてもよいアルキレン、ヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｇ1’又はＧ2’が、それぞれ、Ｇ1又はＧ2に相補性の反応性基である、
    方法。
  200. （ａ）Ｒ2又はＲ3が、Ｑ、又はＱへの共有結合を含むリンカーである請求項１１７～１９８のいずれか１項に記載の化合物を式Ｍ－Ｌ1b－Ｇ’の化合物と混合し、これによって、Ｇ1又はＧ2の少なくとも１つ及び少なくとも１つのＧ1’又はＧ2’を形成するステップ、及び
    （ｂ）ステップ（Ａ）の生成物を分析対象分子又は標的指向性部分と反応させて、これによって、ステップ（Ａ）の生成物と分析対象分子又は標的指向性部分とのコンジュゲートを形成するステップ
    を含む、分析対象分子又は標的指向性部分を標識する方法であって、
    式中、
    Ｍ1及びＭ2が、２つ以上の炭素－炭素二重結合及び少なくとも１の共役度を含む部分であり、
    Ｌ1bが、任意に用いてもよいアルキレン、ヘテロアルキレン又はヘテロ原子リンカーであり、
    Ｇ1’又はＧ2’が、それぞれ、Ｇ1又はＧ2に相補性の反応性基である、
    方法。
  201. 色素の輝度を増大する方法であって、
    （ａ）請求項１～１０６のいずれか１項に記載の化合物を含む色素溶液を用意するステップ、及び
    （ｂ）一定期間、色素溶液をエージングするステップ
    を含む方法。
  202. 色素溶液をエージングするステップが、少なくとも１週間、色素溶液を貯蔵するステップを含む、請求項２０１に記載の方法。
  203. 溶液をエージングするステップが、３週間、色素溶液を貯蔵するステップを含む、請求項２０２に記載の方法。
  204. 色素溶液がＥＴＯＨを含む、請求項２０１～２０３のいずれか１項に記載の方法。
  205. 色素溶液が、ＢＤ ｂｒｉｌｌｉａｎｔを含む、請求項２０１～２０４のいずれか１項に記載の方法。
  206. 色素溶液が、塩化ナトリウム又は塩化カリウムを含む、請求項２０１～２０５のいずれか１項に記載の方法。
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