JP2023540705A - 修飾された抗ウイルス結合剤 - Google Patents

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Abstract

本明細書では、結合剤を必要とする対象に送達することによって、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置する方法であって、結合剤が、（ｉ）ウイルスの表面で発現したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）野生型Ｆｃドメインと比較して、（ａ）Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合または（ｂ）Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合のいずれかを示す修飾型Ｆｃドメインとを含む、方法が提供される。結合剤は、ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）として送達されても、タンパク質として送達されてもよく、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターなどの送達用ビヒクルに含有されていてもよい。本開示は、本方法で使用するためのものを含む、ポリヌクレオチド、タンパク質、及びビヒクル（例えばウイルスベクター及び非ウイルスベクター）、ならびにそれらの組成物にも関する。

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０２０年８月２８日に出願された「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ａｎｔｉ－ｖｉｒａｌ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ａｇｅｎｔｓ」と題する米国仮出願第６３／０７２，０４２号、２０２０年１１月２４日に出願された「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ａｎｔｉ－ｖｉｒａｌ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ａｇｅｎｔｓ」と題する米国仮出願第６３／１１７，８６４号、及び２０２１年５月７日に出願された「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ａｎｔｉ－ｖｉｒａｌ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ａｇｅｎｔｓ」と題する米国仮出願第６３／１８６，０１９号の優先権を主張するものであり、これらの各々の内容は、その全体があらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の参照による組み込み
本願は、電子形式の配列表と共に出願されている。この配列表は、２０２１年８月２７日に作成された２７７，１３７バイトのサイズである１８６１５＿２００４０４０＿ＳＥＱＬＩＳＴＩＮＧと題するファイルとして提供されている。この配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
分野
本開示は、結合剤を必要とする対象に送達することによって、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置する方法であって、結合剤が、（ｉ）ウイルスの表面で発現したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）野生型Ｆｃドメインと比較して、（ａ）Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合または（ｂ）Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合のいずれかを示す修飾型Ｆｃドメインとを含む、方法に関する。結合剤は、ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）として送達されてもタンパク質として送達されてもよく、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターなどの送達用ビヒクルに含有されていてもよい。本開示は、本方法で使用するためのものを含む、ポリヌクレオチド、タンパク質、及びビヒクル（例えばウイルスベクター及び非ウイルスベクター）、ならびにそれらの組成物にも関する。
背景
コロナウイルス（ＣｏＶ）は、最大のプラス鎖ＲＮＡゲノムをコードし、ほとんどの哺乳動物で効率的に複製する、系統発生的に多様なエンベロープウイルスの一群を構成する。ヒトのＣｏＶ感染は通常、軽度から重度の上部及び下部呼吸器疾患をもたらす。重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）は２００２～２００３年に出現し、全体的な死亡率が１０％、高齢者の死亡率が最大で５０％の急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）を引き起こした。中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）は２０１２年４月に中東で出現し、重度肺炎、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）及び急性腎不全として現れる。つい最近、新型コロナウイルス感染症２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）を引き起こすコロナウイルス株であるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が、ヒトの感染性株として出現している。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を含め、コロナウイルス感染の処置または防止のための療法は限られている。調査中の薬物の多くは、レムデシビル、ヒドロキシクロロキン、及びファビピラビルを含め、もともと他の病原体のために設計されたものであり、現在のＣＯＶＩＤ－１９試験のために直ちに転用された。いくつかの態様では、既存の抗ウイルス薬がコロナウイルス感染を効率的に処置できるという証拠は不十分である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連するものを含め、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置するための向上した療法が依然として必要とされている。
概要
本明細書では、ウイルス感染に応答する対象における炎症を減少させるための結合剤、ポリヌクレオチド、ベクター、及びその送達の方法が提供される。また本明細書では、活性化免疫複合体を阻害し、阻害性免疫複合体機能を促進するなど、免疫複合体機能を調節するための結合剤、ポリヌクレオチド、ベクター、及びその送達の方法が提供される。いくつかの態様では、これらの方法は、ウイルス感染の処置をさらに含む。
本明細書では、（ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、ウイルスを中和することが可能であり、未修飾型Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す、結合剤が提供される。また本明細書では、（ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を持つＦｃドメインとを含む結合剤であって、ウイルスを中和することが可能である、結合剤が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、Ｆｃドメインは、ＩｇＧ２またはＩｇＧ４ Ｆｃドメインである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃは、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示す。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃは、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す。
また本明細書では、（ｉ）表面露出ウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、修飾型Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、少なくとも１つのＦｃ活性化受容体ファミリーメンバーに対する低下した結合を有する、結合剤が提供される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、Ｆｃ活性化受容体は、Ｆｃガンマ受容体Ｉ（ＦｃγＲＩ）、Ｆｃガンマ受容体ＩＩＡ（ＦｃγＲＩＩＡ）またはＦｃガンマ受容体ＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩ）である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症誘発活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、各々ＥＵ付番に基づく、Ｓｅｒ２２８Ｐｒｏ、Ｇｌｕ２３３Ｐｒｏ、Ｌｅｕ２３４Ａｌａ、Ｌｅｕ２３４Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ａｌａ、Ｌｅｕ２３５Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ｐｈｅ、Ｇｌｙ２３６Ａｒｇ、Ｇｌｙ２３７Ａｌａ、Ｐｒｏ２３８Ｓｅｒ、Ａｓｐ２６５Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ｇｌｎ、Ｓｅｒ２８８Ｐｒｏ、Ａｓｎ２９７Ａｌａ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｙ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｎ、Ｖａｌ３０９Ｌｅｕ、Ｇｌｙ３１８Ａｌａ、Ｌｅｕ３２８Ａｒｇ、Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ、Ａｌａ３３０Ｓｅｒ、及びＰｒｏ３３１Ｓｅｒ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２８８Ｐｒｏ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｐｈｅ置換を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡｓｐ２６５Ａｌａ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ３１８Ａｌａ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ｐｒｏ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｒｇ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ａｒｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｇｌｎ置換、ＥＵ付番に基づくＶａｌ３０９Ｌｅｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及び／またはＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｙ置換、またはＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｎ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２２８Ｐｒｏ置換、ＥＵ付番に基づくＰｈｅ２３４Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む。
また本明細書では、（ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、修飾型Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、阻害性Ｆｃ受容体に対する増加した結合を有する、結合剤が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、阻害性Ｆｃ受容体はＦｃγＲＩＩＢであり、場合により、ＦｃＲＩＩＢはＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して増加した抗炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、各々ＥＵ付番に基づく、Ｐｈｅ２４１Ａｌａ、Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ、Ｈｉｓ２６８Ｐｈｅ、Ｌｅｕ３２８Ｐｈｅ、Ｓｅｒ３２４Ｔｈｒ、Ｐｒｏ２３８Ａｓｐ、Ｌｅｕ３２８Ｇｌｕ、Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ、Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ、Ｇｌｙ２３６Ａｌａ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｐｈｅ置換、及びＥＵ付番に基づくＳｅｒ３２４Ｔｈｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｐｈｅ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ａｓｐ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｇｌｕ置換を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｌａ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、及びＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、野生型ＩｇＧ１である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、配列番号１に示されるアミノ酸の配列を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、配列番号１との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、野生型ＩｇＧ２である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、配列番号２に示されるアミノ酸の配列を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、配列番号２との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、野生型ＩｇＧ４である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、野生型Ｆｃドメインは、配列番号３に示されるアミノ酸の配列を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、配列番号３との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型Ｆｃドメインは、配列番号１～３のいずれかとの少なくとも８５％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメイン及び修飾型Ｆｃドメインは、直接連結されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメイン及び修飾型Ｆｃドメインは、リンカーを介して間接的に連結されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、リンカーはペプチドリンカーである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ペプチドリンカーは、（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）であり、ｍ及びｎの各々は、１～４（境界値を含む）の整数である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、少なくとも２つの結合ドメインである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメインは、ウイルスタンパク質の少なくとも２つの別個のエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメインは、直接連結されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメインは、リンカーを介して間接的に連結されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、リンカーはペプチドリンカーである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ペプチドリンカーは、（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）であり、ｍ及びｎの各々は、１～４（境界値を含む）の整数である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ウイルス受容体である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＲＮＡウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスはオルソミクソウイルスであり、場合により、ウイルスはインフルエンザウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、パラミクソウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、麻疹モルビリウイルス（ＭｅＶ）である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、コロナウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ＣｏＶ－２である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２のバリアントである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の注目すべきバリアント（ＶｏＩ）、懸念されるバリアント（ＶｏＣ）、及び／または甚大な被害が想定されるバリアント（ＶｏＨＣ）である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントは、アルファ（すなわち、Ｂ．１．１．７）、ベータ（すなわち、Ｂ．１．３５１、Ｂ．１．３５１．２、Ｂ．１．３５１．３）、デルタ（すなわち、Ｂ．１．６１７．２、ＡＹ．１、ＡＹ．２、ＡＹ．３）、及びガンマ（すなわち、Ｐ．１、Ｐ．１．１、Ｐ．１．２）を含む群から選択される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、中東呼吸器症候群ウイルス（ＭＥＲＳ－Ｖ）である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、二量体である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、ウイルスを中和することが可能である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、宿主細胞へのウイルスの結合を減少させるまたは防止する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ウイルスタンパク質と特異的に結合する抗体の抗原結合断片を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質と特異的に結合する。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、抗原結合断片は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、抗原結合断片は、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片の中から選択される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質と特異的に結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２及びＪＳ０１６の中から選択される抗体の抗原結合断片である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＳＴＩ－２０２０ ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２ｄ（、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５７６－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、またはＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２の中から選択される抗体の抗原結合断片である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３の中から選択されるシングルドメイン抗体である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも１つの結合ドメインは、抗体模倣物であり、場合により、デザインドアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、アドネクチン、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場から選択される。
本明細書では、（ｉ）請求項１～８８のいずれかに記載の結合剤と、（ｉｉ）結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質とを含む粒子が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、精製されたウイルスタンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、組換えウイルスタンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳコロナウイルス１（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）のＳ糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳコロナウイルス２（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２）のＳ糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントのＳ糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の注目すべきバリアント（ＶｏＩ）、懸念されるバリアント（ＶｏＣ）、及び／または甚大な被害が想定されるバリアント（ＶｏＨＣ）のＳ糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスタンパク質は、アルファ（すなわち、Ｂ．１．１．７）、ベータ（すなわち、Ｂ．１．３５１、Ｂ．１．３５１．２、Ｂ．１．３５１．３）、デルタ（すなわち、Ｂ．１．６１７．２、ＡＹ．１、ＡＹ．２、ＡＹ．３）、及びガンマ（すなわち、Ｐ．１、Ｐ．１．１、Ｐ．１．２）を含む群から選択されるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントのＳ糖タンパク質である。
本明細書では、本明細書で提供される結合剤のいずれかをコードする核酸分子が提供される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインは、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、核酸は、ＶＨ鎖及び修飾型Ｆｃをコードする第１の配列と、ＶＬ鎖をコードする第２の配列とを含み、第１及び第２の配列は、多シストロン性要素によって分離されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、多シストロン性要素（複数可）は、Ｔ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｅ２ＡもしくはＦ２Ａまたは内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）の中から選択されるリボソームスキップ要素をコードする配列を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、第１の配列及び第２の配列は、同じプロモーターに機能可能に接続されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、核酸分子はｍＲＮＡである。
本明細書では、提供される核酸のいずれかを含む細胞などの細胞が提供される。
また本明細書では、本明細書で提供される核酸分子のいずれかを含むベクターなどのベクターが提供される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ベクターは、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ベクターは、アデノウイルスに由来する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＡＡＶは、血清型１、２、５、６、８または９のものである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＡＡＶは、血清型８のものである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＡＡＶは、血清型６のものである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＡＡＶは、血清型６．２のものである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスベクターは、レンチウイルスに由来する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、レンチウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス－１（ＨＩＶ－１）である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子は、フソゲンを含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ベクターは脂質粒子であり、脂質粒子は、（ｉ）内腔を取り囲む脂質二重層、及び（ｉｉ）フソゲンを含み、フソゲンは、脂質二重層に埋め込まれている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、脂質二重層は、ウイルスまたはウイルス様粒子を生成するために使用される宿主細胞の膜に由来する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、脂質二重層は、ウイルス様粒子を生成するために使用される宿主細胞の膜に由来し、ウイルス様粒子は、複製欠損性である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、クラスＩウイルス膜融合タンパク質、クラスＩＩウイルス膜タンパク質、クラスＩＩウイルス膜融合タンパク質、ウイルス膜糖タンパク質、またはウイルスエンベロープタンパク質から選択されるウイルスフソゲンである。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、水疱性口内炎ウイルスエンベロープ糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、ヒヒ内在性ウイルス（ＢａＥＶ）エンベロープ糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、シンシチンである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、コロナウイルス由来である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス１（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）スパイク糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス２（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２）スパイク糖タンパク質である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、アルファコロナウイルスＣＤ１３タンパク質である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、パラミクソウイルス由来のＦタンパク質分子もしくはその生物学的に活性な部分及び／またはパラミクソウイルス由来の糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、パラミクソウイルス由来のＦタンパク質分子もしくはその生物学的に活性な部分及び／またはパラミクソウイルス由来の糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分に由来する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、パラミクソウイルスは、ヘニパウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、パラミクソウイルスは、ニパウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、パラミクソウイルスは、ヘンドラウイルスである。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、標的細胞上の分子に結合するターゲティング部分を含む再標的指向型フソゲンである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ターゲティング部分は、デザインアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、標的細胞は、コロナウイルスに感染していることが知られているまたは疑われる。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ターゲティング部分は、コロナウイルスの受容体と結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ターゲティング部分は、アンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）と結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、標的細胞はＢリンパ球である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ターゲティング部分は、ヒトＣＤ２０に結合する。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、フソゲンは、そのネイティブな結合指向性を減少させるように修飾されている。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に対する減少した結合を示す変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質である。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号５に示される付番を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選択されるアミノ酸置換に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号３４に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３４との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号３５に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３５との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号１９）のＣ末端におけるまたはその近くの２０アミノ酸切断を有するその生物学的に活性な部分である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３２との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号３７）のＣ末端におけるまたはその近くの２２アミノ酸切断を有するその生物学的に活性な部分である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３６との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号３８に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３８との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、Ｎ結合型グリコシル化部位における点変異を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、ｉ）野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号３６）のＣ末端におけるまたはその近くの２０アミノ酸切断、及びｉｉ）Ｎ結合型グリコシル化部位における点変異を含む、その生物学的に活性な部分である。
本明細書では、結合剤を生成する方法であって、宿主細胞において結合剤を発現させる条件下で、請求項９３～９８のいずれかに記載の核酸分子または請求項９９～１４４のいずれかに記載のベクターを該細胞に導入することを含む、方法が提供される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、この方法は、結合剤を細胞から単離または精製することをさらに含む。
また、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、提供されるいずれかの１つ以上の結合剤を投与することを含む、免疫複合体を形成する方法であって、投与された１つ以上の結合剤を含む免疫複合体が対象において形成される、方法がここに提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、免疫複合体は、ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に対する少なくとも１つの内因性抗体をさらに含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、１つ以上の結合剤及び少なくとも１つの内因性抗体は、同じウイルスタンパク質と結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、１つ以上の結合剤及び少なくとも１つの内因性物質は、ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、１つ以上の結合剤及び少なくとも１つの内因性物質は、ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、１つ以上の結合剤及び少なくとも１つの内因性物質は、ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する。
本明細書では、（ｉ）提供される結合剤のいずれかと、（ｉｉ）結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合する表面露出ウイルスタンパク質とを含む免疫複合体を含む組成物が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、免疫複合体は、２つ以上の結合剤を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメインは、ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、免疫複合体は、場合により1つ及び／または複数の内因性抗体由来の、内因性結合ドメインをさらに含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメイン及び内因性結合ドメインは、ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメイン及び内因性結合ドメインは、ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、少なくとも２つの結合ドメイン及び内因性結合ドメインは、ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する。
本明細書では、提供される結合剤のいずれか、提供される核酸のいずれか、提供される細胞、提供されるベクター及び／または提供される粒子のいずれかを含む、薬学的組成物が提供される。
また本明細書では、（ｉ）請求項１～８８のいずれかに記載の結合剤と、（ｉｉ）結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質とを含む薬学的組成物が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、薬学的組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、薬学的組成物は無菌である。
本明細書では、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、提供される結合剤のいずれか、提供される粒子のいずれか、提供される核酸のいずれか、提供される細胞のいずれか、または提供されるベクターのいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。
本明細書では、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、提供される薬学的組成物のいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法が提供される。
また本明細書では、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、（ｉ）提供される薬学的組成物のいずれかの治療有効量、（ｉｉ）結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質を投与することを含む、方法が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、炎症は、肺におけるリンパ球蓄積、肺におけるリンパ球増殖、末梢血リンパ球減少、炎症誘発性サイトカイン生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、炎症誘発性サイトカインは、ＭＣＰ－１、ＩＬ－８、ＩＬ－１β、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＧＣＳＦ、ＭＩＰ－１Ａ、及びＴＮＦ－αからなる群から選択される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、薬学的組成物及び組換えウイルスタンパク質は同時に投与される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、薬学的組成物及び組換えウイルスタンパク質は順次投与され、場合により、組換えウイルスタンパク質が最初に投与される。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、薬学的組成物及び組換えウイルスタンパク質は順次投与され、場合により、薬学的組成物が最初に投与される。
本明細書では、提供される薬学的組成物のいずれかの治療有効量を投与することを含む、阻害性免疫複合体機能を促進する方法が提供される。
また本明細書では、提供される結合剤のいずれか、提供される粒子のいずれか、提供される核酸のいずれか、提供される細胞のいずれか、提供されるベクターのいずれかの治療有効量を投与することを含む、阻害性免疫複合体機能を促進する方法が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、阻害性免疫複合体機能は、減弱した抗原取り込み、減弱した抗原提示、減少した細胞活性化、減少した抗体分泌、抗炎症性サイトカインの生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む。
本明細書では、提供される薬学的組成物のいずれかの治療有効量を投与することを含む、活性化免疫複合体機能を減少させる方法が提供される。
また本明細書では、提供される結合剤のいずれか、提供される粒子のいずれか、提供される核酸のいずれか、提供される細胞のいずれか、提供されるベクターのいずれかの治療有効量を投与することを含む、活性化免疫複合体機能を減少させる方法が提供される。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、活性化免疫複合体機能は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体依存性増強（ＡＤＥ）、炎症性メディエータの放出、プロサイトカインの生成、食作用、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、この方法は、対象におけるウイルス感染の処置をさらに含む。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルス感染は、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインによって認識される表面露出ウイルスタンパク質を含むウイルスによって引き起こされる感染である。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＲＮＡウイルスである。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、ウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ、ＲＳＶ、インフルエンザウイルス、及び麻疹ウイルスから選択される。
また本明細書では、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法において使用するための、提供される結合剤、粒子、核酸、細胞、ベクター、または本明細書で提供される薬学的組成物のいずれかが提供される。また本明細書では、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させるための医薬の製造のための、提供される結合剤、粒子、核酸、細胞、ベクター、または本明細書で提供される薬学的組成物のいずれかの使用が提供される。任意の上記実施形態のいくつかにおいて、対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法は、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質の使用をさらに含む。
本明細書では、阻害剤免疫複合体機能を促進する方法において使用するための、提供される結合剤、粒子、核酸、細胞、ベクター、または本明細書で提供される薬学的組成物のいずれかが提供される。また本明細書では、活性化免疫複合体機能を減少させるための医薬の製造における、提供される結合剤、粒子、核酸、細胞、ベクター、または本明細書で提供される薬学的組成物のいずれかの使用が提供される。
詳細な説明
本明細書では、ウイルス表面タンパク質に結合してウイルスを中和する少なくとも１つの結合ドメインを含有する結合剤が提供され、結合剤は、炎症誘発活性を示さない。少なくとも１つの結合ドメインは、ウイルス表面タンパク質に結合してウイルスを中和する少なくとも１つの抗体または抗原結合断片を含み得る。いくつかの実施形態では、結合剤は、活性化Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）に対する結合を介してエフェクター活性を示すＦｃドメインを含有しない。いくつかの実施形態では、結合剤は、少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗体の抗原結合断片と、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を持つＦｃドメインとを含有する。いくつかの実施形態では、結合剤は、少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗体の抗原結合断片と、未修飾型Ｆｃドメインと比較して、例えば野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す修飾型Ｆｃドメインとを含有する。また、ウイルス感染の処置のための治療剤としての結合剤の組成物、方法、及び使用が提供される。
いくつかの実施形態では、結合剤は、抗体模倣物であるか、またはウイルス表面タンパク質に対して指向される抗原結合ドメインを含有する（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）全長抗体であり、抗体のＦｃ部分は、野生型ＩｇＧ２または野生型ＩｇＧ４である。場合によっては、結合剤は、参照抗体の抗原結合ドメインを含有する（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）参照抗体に基づくが、参照抗体のＩｇＧ１ Ｆｃは、野生型ＩｇＧ２または野生型ＩｇＧ４のＦｃに置き換えられている。いくつかの実施形態では、結合剤は、ウイルス表面タンパク質に対して指向される抗原結合ドメインを含有する（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）全長抗体であり、抗体のＦｃ部分は、参照抗体のＦｃと比較して修飾されている。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、Ｆｃ活性化受容体に対する結合を減少させるように、１つ以上のアミノ酸置換によって修飾されている。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、Ｆｃ阻害性受容体に対する結合を増加させるように、１つ以上のアミノ酸置換によって修飾されている。
いくつかの実施形態では、結合剤は、（ｉ）少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗体の（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）抗原結合断片と、（ｉｉ）野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインなどの野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示すＦｃドメインとを含有する。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、Ｆｃ活性化受容体に対する結合を減少させるように、１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型Ｆｃドメインである。いくつかの実施形態では、提供される結合剤は、炎症誘発性免疫複合体の形成またはエフェクター機能を減少させる。
いくつかの実施形態では、結合剤は、（ｉ）少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗体の（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）抗原結合断片と、（ｉｉ）野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインなどの野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示すＦｃドメインとを含有する。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、Ｆｃ阻害剤受容体に対する結合を増加させるように、１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型Ｆｃドメインである。いくつかの実施形態では、提供される結合剤は、抗炎症性阻害性免疫複合体の形成を促進する。
また本明細書では、提供される結合剤のいずれかと、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質とを含有する粒子（以降、粒子ともいう）が提供される。
本明細書では、コロナウイルス感染などのウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、提供される結合剤のいずれかを投与することを含む、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置する方法が提供される。また本明細書では、コロナウイルス感染などのウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、提供される粒子剤のいずれかを投与することを含む、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、結合剤は、ポリヌクレオチドとして投与される。いくつかの実施形態では、結合剤は、タンパク質として投与される。いくつかの実施形態では、タンパク質は、結合剤がウイルスタンパク質と共に粒子として提供されるように、タンパク質複合体として投与される。ポリヌクレオチドまたはタンパク質は、送達用のウイルスベクターまたは非ウイルスベクターなどのビヒクルに含有されていてもよい。特定の実施形態では、提供される方法は、ウイルス感染の処置に使用するためのものである。例えば、提供される実施形態は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる、またはそれに起因するような、コロナウイルス感染を処置するための方法及び使用を含む。
いくつかの態様では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の感染によって引き起こされるＣＯＶＩＤ－１９などのウイルス性疾患の病理が、炎症応答によって媒介される。上皮細胞及び内皮細胞におけるウイルス複製の早期発生は、細胞の損傷及びアポトーシスをもたらし得る。感染は、マクロファージを含むある特定のリンパ球のピロトーシスをもたらすこともある。いくつかの態様では、血管漏出を伴う炎症誘発性サイトカインの放出は、病理学的炎症をもたらす。
いくつかの態様では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の感染により引き起こされるＣＯＶＩＤ－１９などのウイルス性疾患の続発症が、炎症応答によって媒介される。抗ウイルス中和抗体は、一部のウイルス感染の急性期に続いて見られる重度の肺傷害を助長し得る。例えば、抗ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質抗体は、マクロファージを含むリンパ球の肺内の蓄積を介して肺の炎症を促進することがあり、その結果、局所的なＭＣＰ－１及びＩＬ－８炎症誘発性サイトカインの生成が誘発されることがある（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＩ Ｉｎｓｉｇｈｔ．４（４）：２０１９）。
抗ウイルス中和抗体によって開始される炎症応答は、いくつかの態様では、リンパ球（例えば、単球、マクロファージ、Ｂ細胞など）に存在するＦｃファミリー受容体（ＦｃＲ）に抗原－抗体複合体が結合することによって媒介される。抗ウイルス中和抗体は、補体成分の固定を通して、あるいは抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）または抗体依存性増強（ＡＤＥ）を介して、ウイルス性疾患の病理に寄与することもある。ＡＤＥは抗体－抗原複合体の取り込み及び提示を促進し、したがって免疫応答を伝播し、ＦｃＲとの相互作用によっても媒介される（Ｆｕ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏ Ｓｉｎ（３５）：２６６－２７１，２０２０）。
免疫複合体（ＩＣ）は、複数の抗原が抗体に結合することによって形成される。抗原の抗体に対する比によって、ＩＣの形状及び全体的サイズが決定され得る。いくつかの態様では、ＩＣは、単一の抗体に対する親和性が低いため、ＦｃＲを介した結合及びシグナル伝達においてより効率的である。ウイルスへの曝露、またはＩＶＩＧもしくはモノクローナル抗体といったウイルスもしくはウイルスの成分に結合する抗体治療薬の使用は、ＩＣの生成につながり得る。ＩＣは、その結果、免疫細胞または感染細胞自体に、これらの細胞上の特定のタイプのＦｃ受容体を介してシグナルを送達し得る。抗体の特定のＦｃの特性に応じて、多様な生産的免疫反応及び非生産的免疫反応の両方が生じ得る。特に、ＩＣは、感染細胞を殺傷し得る補体結合などの免疫エフェクター機能をもたらし、及び／またはＩＣと接触する細胞からの病理学的炎症誘発性分子の発現を誘導し得る（Ｍｏｎｓａｌｖｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ１７（２）：１９５－１９９，２０１１）。
したがって、患者の処置は、ＩＣと免疫細胞及び／またはウイルス感染の標的との間の相互作用の結果を特異的にコントロールする能力から利益を得る可能性が高い。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に関連するものを含め、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置するための向上した療法が依然として必要とされている。
ある特定の実施形態では、結合剤または粒子は、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ活性化受容体との免疫学的複合体の形成の低下をもたらすことが可能である。ある特定の実施形態では、結合剤または粒子は、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体との免疫学的複合体の形成の増加をもたらすことが可能である。したがって、提供される結合剤は、結合ドメイン、例えば抗体または抗原結合断片が、ウイルス表面タンパク質に結合する際、炎症誘発活性を減少させるまたは回避するように、免疫複合体の形成を調節することができると考えられる。
Ｆｃγ受容体は、抗体分子のＦｃγ部分に結合できるタンパク質の免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーのメンバーである。このファミリーのメンバーは、Ｆｃγ受容体のα鎖上の認識ドメインを介して抗体の１つ以上のアイソタイプを認識する。Ｆｃγ受容体は、免疫グロブリンのサブタイプに対する特異性によって定義される。
Ｆｃγ受容体ファミリーのメンバーは、免疫グロブリン関連ドメインのＣ２セットに関連する細胞外ドメイン、単一の膜貫通ドメイン、及び可変長の細胞質ドメインを持つ膜内在性糖タンパク質である。ＦｃγＲＩ（別名ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）の３つのＦｃγＲが知られている。これら３つの受容体は異なる遺伝子によってコードされるが、それらの配列の相同性は遺伝子重複事象の証拠であると考えられている。
様々なリンパ球細胞は、異なるアイソタイプの抗体と結合するように複数のＦｃγ受容体を有することができ、いくつかの態様では、抗体アイソタイプは、どのリンパ球が所与の応答に関与するかを決定する（Ｒａｖｅｔｃｈ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９０：８４－８９，２０００、Ｒａｖｅｔｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９：２７５－９０，２００１）。表１Ａは、様々なＦｃγ受容体、それらを発現する細胞、及びそれらのアイソタイプ特異性をまとめたものである。
いくつかの態様では、Ｆｃ活性化受容体は、Ｆｃガンマ受容体Ｉ（ＦｃγＲＩ）、Ｆｃガンマ受容体ＩＩＡ（ＦｃγＲＩＩＡ）またはＦｃガンマ受容体ＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩ）である。ＦｃγＲ媒介性活性化及び抑制エフェクター機能の両方が、ライゲーション後にＦｃγＲを介して伝達される。受容体の細胞質シグナル伝達ドメインにある２つの別個のドメインである、免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）または免疫受容体チロシン抑制モチーフ（ＩＴＩＭ）は、これらの構造に対する異なる細胞質酵素の動員を介して、反対の免疫学的応答を可能にする。ＩＴＡＭ含有ＦｃγＲ複合体は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＡを含み、ＦｃγＲＩＩＩＡが含まれるが、ＩＴＩＭ含有複合体は、ＦｃγＲＩＩＢのみを含む。
例えば、好中球はＦｃγＲＩＩＡ活性化受容体を発現する。免疫複合体または特異的抗体のＦｃとの架橋を介したＦｃγＲＩＩＡクラスタリングは、ＩＴＡＭリン酸化を促進する局所受容体関連キナーゼを凝集させるように作用する。ＩＴＡＭリン酸化は、Ｓｙｋキナーゼなどの他の細胞キナーゼのドッキング部位として機能する。Ｓｙｋキナーゼの活性化は、炎症誘発性メディエータとして機能する下流基質（例えば、ＰＩ３Ｋを含む）の活性化をもたらす。
いくつかの態様では、阻害性Ｆｃ受容体は、ＦｃγＲＩＩＢ、例えばＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２である。ＦｃγＲＩＩは、４０ＫＤａの膜内在性糖タンパク質である。この受容体は、その免疫グロブリン結合鎖に免疫グロブリン様領域を２つしか有しないため、ＦｃγＲＩよりもＩｇＧに対する親和性が大幅に低い。ＦｃγＲＩＩは、単量体Ｉｇに対する親和性が低い（１０６Ｍ－１）ため、主に複合ＩｇＧに結合する。この受容体は最も広く発現するＦｃγＲであり、単球、マクロファージ、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、好中球、マスト細胞、及び血小板などに存在する。ヒトＦｃγＲＩＩ遺伝子は３つあり（ＦｃγＲＩＩ－Ａ、ＦｃγＲＩＩ－Ｂ及びＦｃγＲＩＩ－Ｃ）、そのすべてが免疫複合体のＩｇＧに結合する。しかしながら、ＦｃγＲＩＩ－Ａ及びＦｃγＲＩＩ－Ｂの細胞質ドメインは明確に異なるため、受容体結合に対する２つの機能的に異なる応答が生じる。基本的な違いは、Ａアイソフォームが細胞内シグナル伝達を開始して細胞活性化（例えば、食作用及び呼吸バースト）をもたらすのに対し、Ｂアイソフォームは、ＩＴＡＭモチーフを介した阻害性シグナル、例えば、Ｂ細胞活性化の抑制を開始することである。活性化されたＦｃγＲと結合すると、ＦｃγＲＩＩＢのＩＴＩＭはリン酸化され、イノシトールポリリン酸５’－ホスファターゼ（ＳＨＩＰ）のＳＨ２ドメインを引き付け、これがホスホイノシトールメッセンジャーの活性化をもたらす（ＩＴＡＭ含有ＦｃγＲ媒介性チロシンキナーゼが放出される）。これにより、さらなるＢ細胞の活性化に必要な細胞内Ｃａ＋＋の流入が阻害される。
様々なＦｃ受容体及びそれらの特徴を表１Ａにまとめる。
（表１Ａ）例示的なＦｃの受容体
Figure 2023540705000001
提供される実施形態において、少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗体の（例えば、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する）抗原結合断片が、ウイルス表面タンパク質に結合することで、ウイルスが中和される。ウイルスは、本明細書で開示される結合剤のいずれかの結合ドメイン（例えば、抗体の抗原結合断片）を介して、各々がウイルスの感染力の全体的な減少をもたらす複数のメカニズムによって中和され得る。提供される実施形態の諸態様では、結合剤または粒子は、宿主細胞へのウイルスの結合を減少させるまたは防止する。細胞外ウイルスの表面に結合した結合剤は、（ｉ）ウイルス結合タンパク質の立体障害、（ｉｉ）ウイルスカプシドの安定化、または（ｉｉｉ）表面に露出した構造タンパク質に他の構造変化を引き起こすことによって、結合を防止し得る。細胞外ウイルスの表面に結合した結合剤は、エンドサイトーシスまたはアンコーティングに必要な相互作用の物理的妨害またはタンパク質干渉によってウイルスを中和することもできる（Ｒｈｏｒｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｖａｃｃｉｎｅ，２７（７）：１１０１－１１１０，２００９）。提供される実施形態は、結合剤または粒子を対象に送達する方法に関する。結合剤または粒子は、タンパク質または核酸剤として送達することができる。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子のタンパク質（またはポリペプチド）、例えば組換えタンパク質が、対象に投与される。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子をコードする核酸が、対象に投与される。特定の実施形態では、結合剤または粒子を対象に送達するための薬剤、例えばタンパク質またはコードするポリヌクレオチドは、結合剤もしくは粒子またはそのコード核酸を含有するように工学操作され得る任意のビヒクル（例えばウイルスベクター及び非ウイルスベクター）に含有されていてもよい。
いくつかの実施形態では、ウイルス表面タンパク質は、提供される実施形態に従ってウイルスの感染力を中和または遮断するためのウイルスの表面に存在する。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムは、一本鎖核酸種である。いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムは、二本鎖核酸種である。いくつかの実施形態では、ウイルスは、７つのＢａｌｔｉｍｏｒｅ分類のうちのいずれか１つのメンバーである。Ｄａｖｉｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅによって策定及び提唱されたＢａｌｔｉｍｏｒｅ分類は、ウイルスをそのゲノム構造及び複製ストラテジーに基づいて主要な群に分ける。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第Ｉ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第Ｉ群ウイルスは、ヘルペスウイルス科（例えば、単純ヘルペスウイルス１型）、アデノウイルス科（例えば、ヒトアデノウイルス）、及びパポバウイルス科に属するウイルスのように、二本鎖ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＩ群ウイルスは、パルボウイルス科に属するウイルスのように、一本鎖ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＩＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＩＩ群ウイルスは、レオウイルス科及びビルナウイルス科に属するウイルスのように、二本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＶ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＶ群ウイルスは、コロナウイルス科、フラビウイルス科（例えば、デングウイルス、西ナイルウイルス、及びＣ型肝炎ウイルス）、トガウイルス科（例えば、チクングニアウイルス）、及びピコルナウイルス科に属するウイルスのように、プラスセンスの一本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第Ｖ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第Ｖ群ウイルスは、オルトミクソウイルス科（例えば、インフルエンザウイルス）、パラミクソウイルス科、フィロウイルス科、及びラブドウイルス科に属するウイルスのように、マイナスセンスの一本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、レトロウイルス（例えば、ＨＩＶ－１及びＨＩＶ－２などのレンチウイルス）などのＢａｌｔｉｍｏｒｅ第ＶＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＶＩＩ群ウイルスは、パラレトロウイルス（例えば、Ｂ型肝炎）のように、ＲＮＡ中間体を必要とする二本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスは、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＶ群に含まれる。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルス科のメンバーである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルスである。
現在、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはＭＥＲＳに対するＦＤＡ承認済みの処置はない。２０２１年８月には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する最初のワクチンが１２歳以上の人々への使用のためにＦＤＡによって承認された。現在米国では緊急時使用許可（ＥＵＡ）の下で他のワクチンが投与されているが、コロナウイルス感染を防止及び処置する方法を提供する甚大なニーズは未だ満たされてない。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１またはＭＥＲＳのいずれにも利用可能なワクチンはなく、１２歳未満の小児に利用可能なＳＡＲＳ ＣｏＶ－２のワクチンは現在存在しない。
本明細書では、治療法などにおける、本明細書で提供されるポリヌクレオチド及びビヒクルの方法及び使用も提供される。また、ポリヌクレオチド、ビヒクル及びポリヌクレオチドを含有する組成物、ならびに粒子を使用及び投与するためのキットが提供される。
本願で参照される特許文献、科学記事及びデータベースを含むすべての刊行物は、各個の刊行物が参照により個々に組み込まれているのと同じ程度に、あらゆる目的のためにそれらの全体が参照により組み込まれる。本明細書に示される定義が参照により本明細書に組み込まれる特許、出願、公開された出願及び他の刊行物に示される定義に反している場合または別様に矛盾する場合、本明細書に示される定義は、参照により本明細書に組み込まれる定義より優先する。
本明細書で使用されるセクションの見出しは、単に構成目的のものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。
Ｉ． 減少した炎症活性を持つ結合剤
提供される結合剤または粒子は、少なくとも１つの結合ドメイン、例えば抗原結合断片と、Ｆｃドメインとを含有する。提供される結合剤または粒子の特徴を、以下のサブセクションに記載する。また本明細書では、提供される結合剤のいずれかをコードするポリヌクレオチド（核酸分子）が提供される。ポリペプチド結合剤、粒子、または結合剤をコードするポリヌクレオチドは、提供される実施形態及び方法に従って、対象のウイルス感染を処置するまたは減少させるために対象に投与され得る。
いくつかの実施形態では、提供される結合剤または粒子は、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を持つＦｃドメインを含む。いくつかの実施形態では、提供される結合剤または粒子は、修飾型Ｆｃドメイン、例えばＦｃ活性化受容体に対する減少した親和性または阻害性Ｆｃ受容体に対する増加した親和性を持つものを含み、抗炎症性または減少した炎症誘発活性を示す。いくつかの実施形態では、提供される結合剤または粒子は、ウイルスを中和することが可能である。提供される結合剤または粒子は、免疫細胞活性、例えば細胞の増殖、分化、活性化、または生存のうちの１つ以上を調節することができる。場合によっては、提供される結合剤は、免疫複合体（ＩＣ）機能をさらに調節し得る。いくつかの実施形態では、活性化免疫複合体機能は、減少するか、低下するか、または弱化される。いくつかの実施形態では、阻害性免疫複合体機能は、上昇するか、増加するか、または強化される。
ヒトＦｃ受容体は、ＩｇＧ ＦｃドメインがＩＣ内に存在する場合を含め、前記ＦｃドメインのＣＨ領域と結合することが可能な２つ以上のＩｇ様ドメインを含む。シグナル伝達は主に、細胞内チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）の特異的なリン酸化を介して伝播される。活性化Ｆｃ受容体ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＡ、及びＦｃγＲＩＩＩは、ｓｒｃキナーゼによってリン酸化され得るＩＴＡＭ配列を特徴とする。このキナーゼ活性は、二次メッセンジャーの最終的な下流の生成をもたらし、結果として遺伝子発現を改変し得る。これに対して、ＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２などの阻害性Ｆｃ受容体の細胞内ドメイン上に見られるＩＴＩＭ配列のリン酸化は、抑制性ホスファターゼの活性化をもたらす（Ｊｕｎｋｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｆｒｏｎｔ． Ｉｍｍｕｎｏｌ（１１）：１３９３，２０２０）。
提供される結合剤の機能は、上述のような同族結合パートナーに結合する提供される薬剤の能力を評価するための多様な手法を使用して調べることができる。例えば、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した親和性を持つ修飾型Ｆｃドメインを含む結合剤は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＡ、及び／またはＦｃγＲＩＩＩに対して試験され得る。Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した親和性を持つ修飾型Ｆｃドメインを含む結合剤の場合、本明細書で提供される結合剤は、ＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２などの同族結合パートナーＦｃＲＩＩＢへの結合について評価され得る。結合親和性を評価するため、及び／または結合分子（例えば、結合剤または粒子）が特定の結合パートナーに特異的に結合するかどうかを決定するための多様なアッセイが知られている。当該技術分野で周知である複数の結合アッセイのいずれかを使用することなどによって、ＦｃγＲファミリーメンバーなどの結合パートナーに対する、結合剤または粒子などの結合分子の結合親和性を決定することは、当業者のレベルの範囲内にある。様々な結合アッセイが公知であり、例えば、本明細書に記載のものを含め、ＥＬＩＳＡ ＫＤ、ＫｉｎＥｘＡ、フローサイトメトリー、及び／または表面プラズモン共鳴デバイスを含むが、これらに限定されない。そのような方法は、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）、Ｏｃｔｅｔ（登録商標）、またはフローサイトメトリーを用いる方法を含むが、これらに限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）機器を使用し、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）分析を使用して２つのタンパク質間の複合体の結合動態及び定数を決定することができる（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５１：６６０，１９４９、Ｗｉｌｓｏｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３，２００２、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：２５６０，１９９３、及び米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号、または均等物を参照のこと）。ＳＰＲは、分子が表面に結合するまたは表面から解離する際のセンサ表面での分子濃度の変化を測定する。ＳＰＲシグナルの変化は、表面近くの質量濃度の変化に正比例し、これにより、２つの分子間の結合動態の測定が可能になる。複合体の解離定数は、バッファーがチップ上を通過する際の時間に対する屈折率の変化をモニターすることによって決定することができる。あるタンパク質の別のタンパク質への結合を測定する他の好適なアッセイには、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）などのイムノアッセイ、または蛍光、ＵＶ吸収、円偏光二色性、もしくは核磁気共鳴（ＮＭＲ）によってタンパク質の分光特性もしくは光学特性の変化をモニターすることによる結合の決定が含まれる。他の例示的なアッセイは、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、分析超遠心、分光測定、フローサイトメトリー、シーケンシング、及び発現されたポリヌクレオチドまたはタンパク質の結合を検出するための他の方法を含むが、これらに限定されない。
提供される結合剤または粒子は、免疫細胞活性の調節を評価するための多様なアッセイのいずれかで評価することもできる。そのようなアッセイの１つは、細胞増殖アッセイである。細胞が試験化合物（例えば結合剤）の存在下または非存在下で培養され、細胞増殖が、例えば、滴定されたチミジンの組み込みの測定、または３－（４，５－ジメチルチアゾール－２－イル）－２，５－ジフェニルテトラゾリウムブロミド（ＭＴＴ）の代謝分解に基づく比色アッセイによって検出される（Ｍｏｓｍａｎ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈ．６５：５５－６３，１９８３）。代替的なアッセイ形式では、レポーター遺伝子を発現するようにさらに工学操作された細胞を使用する。レポーター遺伝子は、受容体連結経路に応答するプロモーター要素に連結されており、このアッセイは、レポーター遺伝子の転写の活性化を検出する。細胞抽出物において容易にアッセイされる多数のレポーター遺伝子、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ ｌａｃＺ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）、及び血清応答要素（ＳＲＥ）が、当該技術分野で公知である（例えば、Ｓｈａｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ５６：５６３－７２，１９８９を参照のこと）。例示的なレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ遺伝子である（ｄｅ Ｗｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．７：７２５，１９８７）。ルシフェラーゼ遺伝子の発現は、当該技術分野で公知の方法を使用して発光によって検出される（例えば、Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：２９０９４－１０１，１９９４、Ｓｃｈｅｎｂｏｒｎ ａｎｄ Ｇｏｉｆｆｉｎ，Ｐｒｏｍｅｇａ Ｎｏｔｅｓ ４１：１１，１９９３）。ルシフェラーゼ活性アッセイキットは、例えば、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓから市販されている。
提供される結合剤または粒子は、例えばＧｒｏｓｓらの国際公開第ＷＯ２０００／４０７１６号に記載されているようにＢリンパ球による、可溶性刺激剤による細胞の刺激を阻害する能力によって特徴付けることができる。手短に述べると、ＣＤ１９磁気ビーズ分離（例えばＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ Ａｕｂｕｒｎ，ＣＡ）を使用するなどして、ヒトＢ細胞を末梢血単核細胞から単離する。精製されたＢ細胞を刺激条件下でインキュベートし、さらに滴定濃度の結合剤の存在下でインキュベートしてもよい。Ｂ細胞は増殖色素で標識してもよく、または１μＣｉ ３Ｈ－チミジンで標識して増殖を測定してもよい。Ｂ細胞の数は経時的に決定することができる。同様のアッセイは、特定の可溶性刺激剤を使用して他の免疫細胞タイプで行うことができ、当該技術分野で公知である。例えばＢ細胞においてＮＦ－κＢ、ＮＦＡＴ－１及びＡＰ－１などの転写因子の機能可能なコントロール下でレポーター遺伝子を発現するレポーター細胞株を作製することもできる。これらの細胞を可溶性の刺激性リガンドと共にインキュベートすると、これらの構築物中のレポーター遺伝子を介してシグナルが伝達される。提供される結合剤がこのシグナル伝達を調節する効果を評価することができる。ある特定の免疫細胞は、セクレトームプロファイルに基づいて活性化を評価することもできる。例えば、活性化されたＢ細胞の抗体を生成する能力について、遠心分離、カラムアフィニティークロマトグラフィー、ウエスタンブロットなどによって測定することができる。
免疫細胞活性化は、サイトカイン生成によってさらに評価することができる。ＦｃγＲファミリー受容体は多くの免疫細胞タイプに存在し、ヒト受容体の各々についての例示的な細胞分布は表１Ａに示されている。活性化Ｆｃ受容体ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＡ、及び／またはＦｃγＲＩＩＩのいずれかによるシグナル伝達の開始は、サイトカイン分泌を含む炎症誘発性シグナルの生成をもたらす。例えば樹状細胞（ＤＣ）上の活性化Ｆｃ受容体とＦｃドメインが相互作用すると、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－２３、及びＴＮＦαが顕著に増加する。これに対して、ＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２などの阻害性Ｆｃ受容体ＦｃＲＩＩＢのライゲーションは、上記のものなどの炎症誘発性サイトカインの生成の低下、ならびにＩＬ－１０などの抗炎症性サイトカインの生成及び分泌の増加をもたらす。サイトカインを数量化する方法は、例えば細胞培養上清の特異的ＥＬＩＳＡによるものなど、多数が当該技術分野で公知である。
提供される結合剤または粒子は、免疫細胞による、例えばマクロファージ及びＤＣなどの抗原提示細胞（ＡＰＣ）による、抗原の取り込み及び提示を調節する能力によって特徴付けることもできる。ＡＰＣの表面上の活性化Ｆｃ受容体のライゲーションは、結合した標的（例えば、提供される結合剤、免疫複合体のいずれか）のＩＴＡＭ依存性クラスリン媒介性内部移行をもたらし、タンパク質分解処理及び最終的な細胞表面での提示が起こる。また、活性化受容体に対する親和性を持つＦｃドメインを含むＩＣは、リソソーム及び最終的なＭＨＣ ＩＩ分子へのローディングを優先して、リサイクリングエンドソームから優先的にシャトルされることが示されている（Ｒｅｇｎａｕｌｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ（１８９）３７１－３８０，１９９９）。抗原は、細胞表面に存在すると、Ｔ細胞によって認識されることが可能であり、したがって免疫応答が持続する。これに対して、阻害性受容体の細胞内ドメインは必要なＩＴＡＭ残基を欠いているため、Ｆｃ阻害性受容体のライゲーションはクラスリン被覆ピットの形成を誘発しない。
以下のサブセクションでは、提供される結合剤の例示的なドメイン及び配列について記載する。
Ａ． 結合ドメイン
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの結合ドメインは、ウイルス表面タンパク質と特異的に結合する抗体または抗体の抗原結合断片に由来する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの結合ドメインは、ウイルス表面タンパク質と特異的に結合する抗体の抗原結合断片を含む。ウイルス表面タンパク質は、ウイルスの表面に露出したタンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、ウイルス表面タンパク質は、ウイルスの表面に存在し、提供される実施形態に従ってウイルスの感染力を中和または遮断するための標的である。特定の実施形態では、少なくとも１つの結合ドメインは、ウイルス表面タンパク質が表面に露出しているウイルスに対する中和活性を示す。
いくつかの実施形態では、ウイルス表面タンパク質は、７つのＢａｌｔｉｍｏｒｅ分類のいずれか１つのメンバーであるウイルスの表面に露出している。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムは、一本鎖核酸種である。いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムは、二本鎖核酸種である。いくつかの実施形態では、ウイルスは、７つのＢａｌｔｉｍｏｒｅ分類のうちのいずれか１つのメンバーである。Ｄａｖｉｄ Ｂａｌｔｉｍｏｒｅによって策定及び提唱されたＢａｌｔｉｍｏｒｅ分類は、ウイルスをそのゲノム構造及び複製ストラテジーに基づいて主要な群に分ける。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第Ｉ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第Ｉ群ウイルスは、ヘルペスウイルス科（例えば、単純ヘルペスウイルス１型）、アデノウイルス科（例えば、ヒトアデノウイルス）、及びパポバウイルス科に属するウイルスのように、二本鎖ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＩ群ウイルスは、パルボウイルス科に属するウイルスのように、一本鎖ＤＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＩＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＩＩ群ウイルスは、レオウイルス科及びビルナウイルス科に属するウイルスのように、二本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＶ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＩＶ群ウイルスは、コロナウイルス科、フラビウイルス科（例えば、デングウイルス、西ナイルウイルス、及びＣ型肝炎ウイルス）、トガウイルス科（例えば、チクングニアウイルス）、及びピコルナウイルス科に属するウイルスのように、プラスセンスの一本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第Ｖ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第Ｖ群ウイルスは、オルトミクソウイルス科（例えば、インフルエンザウイルス）、パラミクソウイルス科、フィロウイルス科、及びラブドウイルス科に属するウイルスのように、マイナスセンスの一本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、レトロウイルス（例えば、ＨＩＶ－１及びＨＩＶ－２などのレンチウイルス）などのＢａｌｔｉｍｏｒｅ第ＶＩ群ウイルスの複製を阻害する。いくつかの態様では、第ＶＩＩ群ウイルスは、パラレトロウイルス（例えば、Ｂ型肝炎）のように、ＲＮＡ中間体を必要とする二本鎖ＲＮＡゲノムを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスは、Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ第ＩＶ群に含まれる。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルス科のメンバーである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルスである。
いくつかの態様では、ウイルスの表面に露出したウイルス表面タンパク質は、ウイルスに感染する可能性がある標的宿主細胞上の同族受容体への結合を媒介する受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む任意のタンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、あらゆるウイルスのライフサイクルにおける第１のステップは、標的宿主細胞との接触及び結合であり、これは、表面に露出した受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を介して、構造タンパク質またはウイルス膜タンパク質によって媒介され得る。ＲＢＤを標的とする、またはその機能を破壊する抗体または他の結合ドメインは、それらの結合がウイルスと宿主受容体の相互作用を妨害し、したがって宿主細胞に進入する能力を「中和する」ため、中和として知られる抗体のクラスに入る。いくつかの態様では、ウイルス表面タンパク質は、ウイルス膜融合タンパク質である。いくつかの態様では、ウイルス表面タンパク質は、カプシドタンパク質などの構造タンパク質である。
いくつかの態様では、ＲＢＤは、表面に露出したウイルス膜融合糖タンパク質内に位置する。ウイルス融合糖タンパク質は、ほとんどのエンベロープウイルスが同じ膜融合経路を利用するため、構造に基づいて３つのクラスに特徴付けられる。クラスＩウイルス膜融合タンパク質は、膜から突出し、アルファヘリックスのコイルドコイルを含む主要な構造を特徴とする。いくつかの態様では、クラスＩタンパク質は、インフルエンザウイルスヘマグルチニン（ＨＡ）及びパラミクソウイルスの融合（Ｆ）タンパク質を含む。ビリオンの表面にあるネイティブなクラスＩタンパク質は、融合前も融合後も三量体であり、各単量体が融合前にタンパク質分解処理を必要とする。得られるＣ末端断片はウイルス膜に固定され、融合ペプチドはＮ末端またはその近くに位置する。クラスＩＩウイルス膜融合タンパク質は最近までフラビウイルスのＥタンパク質及びアルファウイルスのＥ１に限られていたが、現在は追加のブニヤウイルス科及びトガウイルス科のタンパク質を含む。これらのクラスＩＩタンパク質はスパイクとして現れず、むしろその配向の大部分が膜と平行である。３つの球状ドメインの各々の主要な二次構造は主にＢプリーツシートであり、融合ループが２つの単量体の各々の界面におけるドメインＩＩの内部にある。クラスＩタンパク質と同様に、クラスＩＩウイルス膜融合タンパク質は、融合性になるためにタンパク質分解性切断を必要とする。クラスＩＩＩウイルス膜融合タンパク質は、アルファヘリックス及びベータプリーツシートの両方を含み、クラスＩ及びＩＩの両方の特徴を共有する。このクラスの例には、ＶＳＶの三量体融合糖タンパク質Ｇ（ＶＳＶ－Ｇ）及びＨＳＶ－１及びエプスタイン・バーウイルスのＢタンパク質、ならびにバキュロウイルスｇｐ６４フソゲンが含まれるが、融合前及び融合後の結晶構造はＶＳＶ－Ｇについてしか知られていない（Ｖｅｒｄａｇｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＩＵＣｒＪ（１）６：４９２－５０４，２０１４）。
いくつかの態様では、ＲＢＤは、表面に露出したウイルスのスパイクタンパク質、またはＳタンパク質内に位置する。いくつかの態様では、結合ドメインは、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質と特異的に結合する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶスパイク（Ｓ）タンパク質は、２つのサブユニットから構成されており、Ｓ１サブユニットは、宿主細胞受容体アンギオテンシン変換酵素２と係合する受容体結合ドメインを含有し、Ｓ２サブユニットは、ウイルス膜と宿主細胞膜との間の融合を媒介する。Ｓタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染時の中和抗体及びＴ細胞の応答の誘導、ならびに防御免疫において重要な役割を果たす。ネイティブなＳタンパク質は、機能的なホモ三量体として細胞表面に発現されるクラスＩウイルス融合糖タンパク質である。予測されるＳタンパク質は、Ｎ末端に位置するシグナルペプチド（アミノ酸１～１２）、細胞外ドメイン（アミノ酸１３～１，１９５）、膜貫通ドメイン（アミノ酸１，１９６～１，２１５）及び細胞内ドメイン（アミノ酸１，２１６～１，２５５）からなる。
Ｓ１サブユニット内に位置し、アミノ酸３１８～５１０にわたる断片は、アンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ－２）受容体との相互作用に必要な可能性の高い最小限の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）と考えられている。ＲＢＤとＡＣＥ－２受容体との相互作用の間、ＲＢＤは受容体ペプチダーゼのＮ末端に凹状表面を提示し、その上でアミノ酸４４５～４６０がＲＢＤコアの受容体結合ループ全体を固定する（Ｄｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．７（３）：２２６－２３６，２００９）。
ＲＢＤ及び不活性化ＳＡＲＳ－ＣｏＶに関する情報を、回復した患者の回復期血清の研究と併せて使用することで、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質への特異性を持つ多くの抗体及びその結合ドメインが生成されている。いくつかの態様では、これらのＳ特異的抗体は、ＡＣＥ２受容体とのＳタンパク質の相互作用を遮断し、したがってヒトにおける感染を中和することが観察された。選択された例示的なＳＡＲＳ ＣｏＶ－２抗体を表１Ｂに示す。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、表１Ｂに示される抗体の可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する。いくつかの実施形態では、結合剤は、結合剤が本明細書に記載のＦｃドメインを含有する抗体となるように、表１Ｂに記載の抗体と比較して修飾されている。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃドメインは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインなどの野生型Ｆｃドメインと比較して、少なくとも１つのＦｃ活性化受容体ファミリーメンバーに対する低下した結合を有する。いくつかの実施形態では、そのような修飾型抗体は、ウイルス中和活性を示し、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す。いくつかの実施形態では、そのような修飾型抗体は、ウイルス中和活性を示し、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す。
いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ウイルスタンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質に結合する、ＶＨＨ抗体、またはナノボディである。いくつかの態様では、結合ドメインは、ウイルスタンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ Ｓタンパク質に結合する、重鎖のみの抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ウイルスタンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２スパイクタンパク質に結合する、ヒト化ラマＶＨＨである（例えば、Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｍｅｒｇ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ．９（１）：１０３４－１０３６，２０２０を参照のこと）。選択された例示的なＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ＶＨＨ抗体も表１Ｂに示す。いくつかの実施形態では、結合剤は、ＶＨＨである結合ドメインを含有し、本明細書に記載のＦｃドメインをさらに含有する。いくつかの実施形態では、Ｆｃドメインは、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃドメインは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインなどの野生型Ｆｃドメインと比較して、少なくとも１つのＦｃ活性化受容体ファミリーメンバーに対する低下した結合を有する。いくつかの実施形態では、そのような結合剤は、ウイルス中和活性を示し、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す。いくつかの実施形態では、そのような結合剤は、中和ウイルス活性を示し、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す。
（表１Ｂ）
Figure 2023540705000002
Figure 2023540705000003
いくつかの実施形態では、提供される実施形態による結合ドメインは、記載されているいずれかのような、ウイルス表面タンパク質と特異的に結合する抗体の抗原結合ドメインである。「抗原結合ドメイン」という用語は、抗原の一部またはすべてに特異的に結合し、かつ相補的である領域を含む抗体の一部を指す。抗原結合ドメインは、例えば、１つ以上の抗体可変ドメイン（抗体可変領域とも呼ばれる）によって提供され得る。特に、抗原結合ドメインは、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）及び抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含む。典型的には抗原結合ドメイン
いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２と特異的に結合する抗体の抗原結合ドメインである。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、注目すべきバリアント（ＶｏＩ）、懸念されるバリアント（ＶｏＣ）、及び／または甚大な被害が想定されるバリアント（ＶｏＨＣ）のような、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２のバリアントと特異的に結合する抗体の抗原結合ドメインである。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントは、アルファ（すなわち、Ｂ．１．１．７）、ベータ（すなわち、Ｂ．１．３５１、Ｂ．１．３５１．２、Ｂ．１．３５１．３）、デルタ（すなわち、Ｂ．１．６１７．２、ＡＹ．１、ＡＹ．２、ＡＹ．３）、及びガンマ（すなわち、Ｐ．１、Ｐ．１．１、Ｐ．１．２）を含む群から選択される。
いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２Ｄ９、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２の中から選択される抗体の抗原結合ドメインである。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２Ｄ９、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２から選択される抗体の重鎖及び軽鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含有する。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＳＴＩ－２０２０、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２Ｄ９、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２から選択される抗体の可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）領域を含有する。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＳＴＩ－２０２０、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２Ｄ９、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２の中から選択される抗体の抗原結合断片であり、この抗原結合断片はＳＡＲＳ ＣｏＶ２に結合する。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体を含み、インタクト抗体及び機能的（抗原結合）抗体断片を含み、断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、抗原と特異的に結合することが可能な重鎖可変（ＶＨ）領域、単鎖抗体断片を含み、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、及びシングルドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片を含む。この用語は、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、及びヘテロコンジュゲート抗体、多特異性抗体、例えば、二重特異性抗体または三重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、及びテトラボディ、タンデムｄｉ－ｓｃＦｖ、タンデムｔｒｉ－ｓｃＦｖなどの、遺伝子工学操作された及び／または別様に修飾された形態の免疫グロブリンを包含する。別段記載しない限り、「抗体」という用語は、本明細書では「抗原結合断片」とも称される、その機能的抗体断片を包含すると理解されるべきである。この用語には、ＩｇＧならびにそのサブクラス、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、及びＩｇＤを含む、任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む、インタクト抗体または全長抗体も包含される。
「相補性決定領域」、及び「ＣＤＲ」という用語は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、抗原特異性及び／または結合親和性を付与する抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが当該技術分野で公知である。概して、各重鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３）があり、各軽鎖可変領域に３つのＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３）がある。「フレームワーク領域」及び「ＦＲ」は、重鎖及び軽鎖の可変領域のＣＤＲ以外の部分を指すことが当該技術分野で公知である。概して、各全長重鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ－Ｈ１、ＦＲ－Ｈ２、ＦＲ－Ｈ３、及びＦＲ－Ｈ４）があり、各全長軽鎖可変領域に４つのＦＲ（ＦＲ－Ｌ１、ＦＲ－Ｌ２、ＦＲ－Ｌ３、及びＦＲ－Ｌ４）がある。
所与のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列境界は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（１９９１），“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，”５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（「Ｋａｂａｔ」付番スキーム）、Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）ＪＭＢ ２７３，９２７－９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」付番スキーム）、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６），“Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：Ｃｏｎｔａｃｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ，”Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２，７３２－７４５．”（「Ｃｏｎｔａｃｔ」付番スキーム）、Ｌｅｆｒａｎｃ ＭＰ ｅｔ ａｌ．，“ＩＭＧＴ ｕｎｉｑｕｅ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ ａｎｄ Ｉｇ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ Ｖ－ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎｓ，”Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２００３ Ｊａｎ；２７（１）：５５－７７（「ＩＭＧＴ」付番スキーム）、Ｈｏｎｅｇｇｅｒ Ａ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ，“Ｙｅｔ ａｎｏｔｈｅｒ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｓｃｈｅｍｅ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ：ａｎ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌ，”Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２００１ Ｊｕｎ ８；３０９（３）：６５７－７０（「Ａｈｏ」付番スキーム）、及びＭａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ ｌｏｏｐｓ：ａ ｃｏｍｂｉｎｅｄ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ，”ＰＮＡＳ，１９８９，８６（２３）：９２６８－９２７２（「ＡｂＭ」付番スキーム）に記載されているものを含む、いくつかの周知のスキームのいずれかを使用して容易に決定され得る。
所与のＣＤＲまたはＦＲの境界は、同定に使用されるスキームに応じて変わり得る。例えば、Ｋａｂａｔスキームは、構造的アライメントに基づくのに対し、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは、構造的情報に基づく。Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａスキームの両方について付番は、挿入文字、例えば、「３０ａ」によって提供される挿入、及びいくつかの抗体で現れる欠失を伴って、最も共通の抗体領域配列長さに基づく。これらの２つのスキームは、異なる位置で所定の挿入及び欠失（「インデル」）を配置し、異なる付番をもたらす。Ｃｏｎｔａｃｔスキームは、複雑な結晶構造の分析に基づいており、Ｃｈｏｔｈｉａ付番スキームと多くの点で類似する。ＡｂＭスキームは、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウエアによって使用されるものに基づくＫａｂａｔ定義とＣｈｏｔｈｉａ定義との間の折衷案である。
以下の表２は、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡｂＭ、及びＣｏｎｔａｃｔスキームによってそれぞれ同定されるＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３及びＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３の例示的な位置境界を列挙している。ＣＤＲ－Ｈ１については、残基付番は、Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａの両方の付番スキームを使用して列挙されている。ＦＲはＣＤＲの間に位置し、例えば、ＦＲ－Ｌ１はＣＤＲ－Ｌ１の前に位置し、ＦＲ－Ｌ２はＣＤＲ－Ｌ１とＣＤＲ－Ｌ２との間に位置し、ＦＲ－Ｌ３はＣＤＲ－Ｌ２とＣＤＲ－Ｌ３との間に位置するなどである。示されるＫａｂａｔ付番スキームは、Ｈ３５Ａ及びＨ３５Ｂに挿入を配置するので、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループの端部は、示されるＫａｂａｔ付番規則を使用して付番された場合、ループの長さに応じて、Ｈ３２とＨ３４との間で変わることに留意されたい。
（表２）様々な付番スキームに従うＣＤＲの境界
Figure 2023540705000004
1 - Kabat et al. (1991), “Sequences of Proteins of Immunological Interest,” 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD
2 - Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948
よって、別段特定されない限り、所与の抗体またはその可変領域などのその領域の「ＣＤＲ」もしくは「相補性決定領域」、または個々の特定のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、ＣＤＲ－Ｈ３）は、前述したスキームのいずれか、または他の公知のスキームによって定義される、ある（または特定の）相補性決定領域を包含するものと理解されるべきである。例えば、特定のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｈ３）が、所与のＶＨまたはＶＬ領域アミノ酸配列における対応するＣＤＲのアミノ酸配列を含有することが記述される場合、そのようなＣＤＲは、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡｂＭもしくはＣｏｎｔａｃｔ法、または他の公知のスキームによって定義されるＣＤＲのような、前述したスキームのいずれかによって定義される可変領域内の対応するＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ－Ｈ３）の配列を有することが理解される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ付番によって定義される。
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗原に対する抗体の結合に関与する、抗体重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域（それぞれ、ＶＨ及びＶＬ）は、一般に、類似の構造を有し、各ドメインが４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）及び３つのＣＤＲを含む。（例えば、Ｋｉｎｄｔ ｅｔ ａｌ． Ｋｕｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ ｅｄ．，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，ｐａｇｅ ９１（２００７）を参照のこと。抗原結合特異性を付与するためには、単一のＶＨまたはＶＬドメインで十分であり得る。
提供される結合ドメインの中には、抗体断片である抗原結合ドメインがある。「抗体断片」または「抗原結合断片」は、インタクト抗体が結合する抗原と結合するインタクト抗体の一部を含むインタクト抗体以外の分子を指す。抗体断片の例は、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；線状抗体；重鎖可変（ＶＨ）領域、ｓｃＦｖ、及びＶＨ領域のみを含むシングルドメイン抗体などの単鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多特異性抗体を含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、抗体は、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）領域を含む抗体断片であるか、またはそれを含む。特定の実施形態では、抗体は、重鎖可変（ＶＨ）領域及び／または軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単鎖抗体断片である。例えば、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）は、典型的にはペプチドリンカーによって接合されている重鎖可変（ＶＨ）領域及び軽鎖可変（ＶＬ）領域を含有する。
シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）は、抗体の重鎖可変領域のすべてもしくは一部または軽鎖可変領域のすべてもしくは一部を含む抗体断片である。ある特定の実施形態では、シングルドメイン抗体は、ヒトシングルドメイン抗体である。ある特定の実施形態では、シングルドメイン抗体は、ラクダ科抗体、例えば、ラクダ、ラマ、またはアルパカ抗体である。ある特定の実施形態では、シングルドメイン抗体は、ヒト化ラクダ科抗体、例えば、ヒト化ラクダ、ヒト化ラマ、またはヒト化アルパカ抗体である。
抗体断片は、インタクト抗体のタンパク質分解消化及び組換え宿主細胞による生成を含むがこれらに限定されない、様々な技術によって作製することができる。いくつかの実施形態では、抗体は、組換えにより生成された断片である。そのような断片は、２つ以上の抗体領域または鎖が、合成リンカー、例えばペプチドリンカーによって接合されたもの、及び／または自然発生のインタクト抗体の酵素消化によって生成できないものなど、自然に発生しない構成を含み得る。いくつかの態様では、抗体断片はｓｃＦｖである。
提供される抗体の中には、モノクローナル抗体断片を含むモノクローナル抗体がある。本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から、またはその集団内で得られる抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、自然発生の変異を含有するまたはモノクローナル抗体調製物の生成中に生じる可能性のあるバリアントを除いては同一であり、そのようなバリアントは通常微量で存在する。異なるエピトープに対して指向される異なる抗体を含むことが一般的であるポリクローナル抗体調製物とは異なり、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一のエピトープに対して指向される。この用語は、いずれかの特定の方法による抗体の生成を必要とするものと解釈されるべきではない。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマからの生成、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ及び他の抗体ディスプレイ法を含むがこれらに限定されない多様な技術によって作製することができる。
特定の実施形態では、結合ドメインは、抗体の可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含有する抗体の抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、結合剤は、ＶＨ鎖及びＶＬ鎖がジスルフィド結合によって連結されている二本鎖分子である。いくつかの実施形態では、結合剤は、ＶＨ鎖及びＶＬ鎖がペプチドリンカーなどのリンカーによって接合されている単鎖分子である。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、抗体のＦａｂ断片である。いくつかの態様では、Ｆａｂは、抗体の重鎖及び軽鎖の各々の１つの定常ドメイン及び１つの可変ドメインから構成されている。いくつかの実施形態では、抗原結合断片は、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、またはｓｃＦｖの中から選択される。Ｆ（ａｂ’）２断片抗体は、全ＩｇＧ抗体のＦｃ領域の大部分を欠いているが、従来のＦａｂ断片には存在しないヒンジ領域のごく一部を残している。Ｆ（ａｂ’）２断片は、分子量が約１１０ｋＤａで、ジスルフィド結合によってひとつに連結されている２つの抗原結合Ｆ（ａｂ）部分を有する。単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）は、抗原結合ドメインをコードする免疫グロブリンの軽鎖及び重鎖の可変領域が単一のポリペプチドへと工学操作されている組換え分子である。いくつかの態様では、ＶＨ及びＶＬ配列は、可動性リンカー配列によって接合されている。
いくつかの実施形態では、結合ドメインは、ラクダ科動物またはラマに由来するものを含む、ＶＨＨ抗体などのシングルドメイン抗体である。
いくつかの態様では、結合ドメインは、デザインドアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、アドネクチン、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場から選択されるような抗体模倣物である。
Ｂ． Ｆｃドメイン
本明細書で提供される結合剤は、Ｆｃドメインに接合された（例えば、直接連結された、またはリンカーを介して間接的に連結された）少なくとも１つの結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃは修飾されている。提供される実施形態において、結合剤のＦｃドメインは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃと比較して、炎症誘発活性を示さないか、または減少した炎症誘発活性を示す。
免疫グロブリン分子のＦｃ（断片結晶化可能）領域またはドメイン（別称、Ｆｃポリペプチド）は、大部分が免疫グロブリン重鎖の定常領域に対応し、抗体のエフェクター機能（複数可）を含む様々な機能を担っている。Ｆｃドメインは、免疫グロブリン分子のヒンジドメインの一部またはすべてに加えて、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有する。Ｆｃドメインは、１つ以上のジスルフィド結合によって接合されたポリペプチド鎖の多量体を形成することができる。いくつかの実施形態では、結合剤は、軽鎖及び重鎖を含有する二本鎖抗原結合断片であり、例えばＦａｂであり、Ｆｃドメインが結合ドメインの重鎖に接合されることにより、２つの重鎖及び２つの軽鎖を含有する分子が形成されている。いくつかの実施形態では、結合剤は、軽鎖及び重鎖を含有する単鎖抗原結合断片であり、例えばｓｃＦｖであり、Ｆｃドメインが単鎖抗原結合断片のＮ末端またはＣ末端に接合されることにより、２つの単鎖抗原結合断片を含有する二量体分子が形成されている。
いくつかの実施形態では、提供される結合剤のＦｃドメインは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃではない。いくつかの実施形態では、提供される結合剤のＦｃドメインは、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含有するＦｃドメインではない。
いくつかの実施形態では、結合剤は、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃと比較して、例えば配列番号１に示されるＦｃドメインと比較して、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示すＦｃドメインを含有する。いくつかの実施形態では、提供される結合剤のＦｃドメインは、ＩｇＧ２ Ｆｃドメイン（例えば、配列番号２に示されるもの）である。いくつかの実施形態では、提供される結合剤のＦｃドメインは、ＩｇＧ４ Ｆｃドメイン（例えば、配列番号３に示されるもの）である。いくつかの実施形態では、結合剤は、例えば、野生型Ｆｃドメインと比較して、例えばＩｇＧｌ、ｌｇＧ２、またはｌｇＧ４ Ｆｃドメインと比較して、１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含有し、修飾型Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃと比較して、活性化Ｆｃ受容体に対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、結合剤は、例えば、野生型Ｆｃドメインと比べて、Ｆｃ活性化受容体に対する低下した結合親和性を有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含有する。いくつかの実施形態では、結合剤の修飾型ＦｃなどのＦｃは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃと比べて、Ｆｃ活性化受容体に対する低下した結合親和性を有する。いくつかの実施形態では、低下した結合親和性は、Ｆｃガンマ受容体Ｉ（ＦｃγＲＩ）、Ｆｃガンマ受容体ＩＩＡ（ＦｃγＲＩＩＡ）及び／またはＦｃガンマ受容体ＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩ）Ｆｃドメインに対するものである。いくつかの実施形態では、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃなどの野生型Ｆｃドメイン対照と比べた結合親和性の低下は、少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３５％、または５０％低下する。いくつかの実施形態では、野生型ＩｇＧ１などの野生型Ｆｃドメインと比べた結合親和性の低下は、１．２倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍または５０倍を超えて低下する。
いくつかの実施形態では、結合剤は、例えば、野生型Ｆｃと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す修飾型ＦｃなどのＦｃを含有する。いくつかの実施形態では、結合剤は、例えば、野生型Ｆｃドメインと比較して、例えばＩｇＧｌ、ｌｇＧ２、またはｌｇＧ４ Ｆｃドメインと比較して、１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含有し、修飾型Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃと比較して、阻害性Ｆｃ受容体に対する増加した結合を示す。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃである。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含む結合剤は、野生型Ｆｃドメインと比べて、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合親和性を有する。いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃは、野生型Ｆｃドメインと比べて、ＦｃγＲＩＩＢ、例えばＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２に対する増加した結合親和性を有する。いくつかの実施形態では、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加または上昇した結合親和性を有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含む結合剤は、野生型Ｆｃドメイン対照と比べて、結合親和性が少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３５％、または５０％増加している。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインと比べた結合親和性の増加は、１．２倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍または５０倍を超えて増加する。
いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、ヒトＦｃである。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、哺乳動物またはヒトのＩｇＧｌ、ｌｇＧ２、またはｌｇＧ４ Ｆｃ領域である。
いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、ヒトＩｇＧ１などのＩｇＧ１に由来する。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号１に示されるＩｇＧ１ Ｆｃである。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号１に示されるアミノ酸配列、または配列番号１との少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、ヒトＩｇＧ２などのＩｇＧ２に由来する。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号２に示されるＩｇＧ２ Ｆｃ ｔである。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号２に示されるアミノ酸配列、または配列番号２との少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、ヒトＩｇＧ４などのＩｇＧ４に由来する。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号３に示されるＩｇＧ４ Ｆｃ ｔである。いくつかの実施形態では、野生型Ｆｃドメインは、配列番号３に示されるアミノ酸配列、または配列番号３との少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、修飾型ＦｃなどのＦｃは、野生型Ｆｃ配列、例えば上述のいずれか（例えば、野生型ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、またはＩｇＧ４のＦｃ領域）の配列を有するが、もう１つのアミノ酸置換をさらに含有する。活性化ＦｃＲに対する結合を減少させるか、または阻害性Ｆｃ受容体に対する結合を増加させる、あらゆるアミノ酸置換が考えられる。Ｆｃ領域におけるアミノ酸置換への言及は、特定の配列番号を参照して記載されていない限り、ＥＵ付番システムによるものである。ＥＵ付番は公知であり、つい最近更新されたＩＭＧＴ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｈａｒｔ（ＩＭＧＴ（登録商標）、ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／Ｈｕ＿ＩＧＨＧｎｂｅｒ．ｈｔｍｌ（作成：２００１年５月１７日、最終更新：２０１３年１月１０日）、及びＫａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ｅｔ ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ ｅｄ．ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２（１９９１）で報告されているＥＵインデックスに従う。
いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃは、最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換（複数可）を有する。いくつかの実施形態では、記載されるような１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃなどのＦｃは、野生型Ｆｃドメインとの、例えば配列番号１、２、または３のアミノ酸配列との、少なくとも約８５％、８６％、８６％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、記載されるような１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃは、配列番号１のアミノ酸配列との少なくとも約８５％、８６％、８６％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、記載されるような１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃなどのＦｃは、配列番号２のアミノ酸配列との少なくとも約８５％、８６％、８６％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、記載されるような１つ以上のアミノ酸置換を含有する修飾型ＦｃドメインなどのＦｃは、配列番号３のアミノ酸配列との少なくとも約８５％、８６％、８６％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃドメインなどのＦｃを含む結合剤は、例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイ、フローサイトメトリーまたはＢｉａｃｏｒｅアッセイによって決定した場合、ＦｃγＲファミリーメンバーのうちの１つまたはいずれかに対して、野生型Ｆｃ配列のものとは異なる結合親和性を有する。
Ｆｃドメインにおけるアミノ酸置換などの修飾の例を、以下のサブセクションに記載する。
１． 活性化Ｆｃドメインに対する修飾
いくつかの実施形態では、Ｆｃ領域は、その通常の機能のうちの１つ以上を改変するように、１つ以上のアミノ酸置換などの、もう１つの修飾を含有する。一般に、Ｆｃ領域は、活性化Ｆｃ受容体に対するＦｃの結合を介して、免疫グロブリンの主な機能である抗原結合能力に加えて、Ｆｃ依存性サイトカイン放出及び抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）などのエフェクター機能を担う。例えば、ＦｃγＲを介したシグナル伝達は、免疫細胞を活性化して、ＩＦＮ－ガンマ、単球走化性タンパク質－１、ＩＬ－６、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、ＧＭ－ＣＳＦ、またはＩＬ－８などの様々な炎症誘発性サイトカインを分泌させる。さらに、Ｆｃ領域に存在するＦｃＲｎ配列は、ｉｎ ｖｉｖｏ ＦｃＲｎ受容体へのコンジュゲーションによってｉｎ ｖｉｖｏ半減期を増加させることにより、血清中のＩｇＧレベルを制御する役割を果たす。いくつかの実施形態では、そのような機能は、提供される結合剤で使用するためのＦｃにおいて減少または改変され得る。
いくつかの実施形態では、１つ以上のアミノ酸置換がＦｃ領域に導入され、これにより修飾型Ｆｃドメインが生成され得る。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、低下したエフェクター機能を有する。エフェクター機能を改変し得るＦｃ配列の変化または変異の例は数多くある。例えば、ＷＯ００／４２０７２、ＷＯ２００６０１９４４７、ＷＯ２０１２１２５８５０、ＷＯ２０１５／１０７０２６、ＵＳ２０１６／００１７０４１及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）は、ＦｃＲへの結合が向上または減弱した例示的なＦｃバリアントについて記載している。これらの刊行物の内容は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、提供される結合剤は、減少したエフェクター機能を示すＦｃ領域を含み、そのため、ある特定のエフェクター機能（ＡＤＣＣまたはＦｃ依存性サイトカイン放出など）が不要または有害である用途での望ましい候補となる。Ｉｎ ｖｉｔｒｏ及び／またはｉｎ ｖｉｖｏの細胞傷害性アッセイを行って、ＡＤＣＣ活性またはＦｃ依存性サイトカイン放出の減少／枯渇を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを行って、結合剤がＦｃγＲ結合を欠いているが、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７－４９２（１９９１）の４６４頁の表２にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えばＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：７０５９－７０６３（１９８６）を参照のこと）、及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：１４９９－１５０２（１９８５）；米国特許第５，８２１，３３７号（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．１６６：１３５１－１３６１（１９８７）を参照のこと）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法を用いてもよい（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆ．；及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）を参照のこと。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、またはさらに、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、ｉｎ ｖｉｖｏで、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されているような動物モデルで評価されてもよい。ＦｃＲｎ結合及びｉｎ ｖｉｖｏクリアランス／半減期の決定は、当該技術分野で公知の方法を使用して行うこともできる（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，Ｓ．Ｂ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）を参照のこと）。
エフェクター機能が減少した結合剤には、ＥＵ付番によるＦｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６，７３７，０５６号）。かかるＦｃ変異体には、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体（米国特許第７，３３２，５８１号）を含む、ＥＵ付番によるアミノ酸２６５位、２６９位、２７０位、２９７位及び３２７位のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体が含まれる。
いくつかの態様では、野生型Ｆｃは、エフェクター活性を減少させるように、またはＦｃをＦｃエフェクター機能に対して不活性にするように、１つ以上のアミノ酸置換によって修飾される。例示的なエフェクターのないまたは不活性な変異には、本明細書に記載のものが含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤のＦｃ領域は、２３３位、２３４位、２３５位、２３６位、２３７位、２３８位、２３９位、２６５位、２６８位、２７０位、２８８位、２９７位、２９８位、３０９位、３１８位、３２８位、３３０位、３２５位、３２８位、３２９位、３３０位及び３３１位（ＥＵ付番で示されている）のアミノ酸のうちのいずれか１つ以上がネイティブなＦｃ領域と比較して異なるアミノ酸で置換されているＦｃ領域を有する。
Ｆｃ領域のかかる改変は、上述の改変に限定されず、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００９）２０（６），６８５－６９１に記載されている、脱グリコシル鎖（Ｎ２９７Ａ及びＮ２９７Ｑ）、ＩｇＧ１－Ｎ２９７Ｇ、ＩｇＧ１－Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ、ＩｇＧ１－Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ｅ／Ｇ２３７Ａ、ＩｇＧ１－Ａ３２５Ａ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、ＩｇＧ１－Ｃ２２６Ｓ／Ｃ２２９Ｓ、ＩｇＧ１－Ｃ２２６Ｓ／Ｃ２２９Ｓ／Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ、ＩｇＧ１－Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６ｄｅｌ／Ｓ２６７Ｋ、ＩｇＧ１－Ｌ２３４Ｆ／Ｌ２３５Ｅ／Ｐ３３１Ｓ、ＩｇＧ１－Ｓ２６７Ｅ／Ｌ３２８Ｆ、ＩｇＧ２－Ｖ２３４Ａ／Ｇ２３７Ａ、ＩｇＧ２－Ｈ２６８Ｑ／Ｖ３０９Ｌ／Ａ３３０Ｓ／Ａ３３１Ｓ、ＩｇＧ４－Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｅ３１８Ａ、及びＩｇＧ４－Ｌ２３６Ｅなどの改変；ＷＯ２００８／０９２１１７に記載されている、Ｇ２３６Ｒ／Ｌ３２８Ｒ、Ｌ２３５Ｇ／Ｇ２３６Ｒ、Ｎ３２５Ａ／Ｌ３２８Ｒ、及びＮ３２５ＬＬ３２８Ｒなどの改変；２３３位、２３４位、２３５位、及び２３７位（ＥＵ付番で示されている）におけるアミノ酸挿入；ならびにＷＯ２０００／０４２０７２に記載の部位での改変を含む。ＦｃＲへの結合が向上または減弱している、ある特定のＦｃバリアントが記述されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、ＷＯ２００４／０５６３１２、ＷＯ２００６０１９４４７、及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）を参照のこと）。
半減期が増加し、新生児型Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が向上した抗体は、当該技術分野で公知である。ＦｃＲｎについては、ＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）またはＷＯ２０１５１０７０２６に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎに対するＦｃ領域の結合を向上させる１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃバリアントとしては、ＥＵ付番によるＦｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４または４３４のうちの１つ以上における置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を有するものが挙げられる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
いくつかの実施形態では、Ｆｃは、ＦｃγＲ１親和性に対する親和性を減少させることが示されているＳｅｒ２２８Ｐｒｏ変異を含有するＩｇＧ４である（例えば、Ｓａｕｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１０）；１２９６，２０１９を参照のこと）。いくつかの実施形態では、Ｆｃは、Ｌｅｕ２３５Ｇｌｕ変異を含有するＩｇＧ４である。いくつかの実施形態では、Ｆｃは、Ｓｅｒ２２８Ｐｒｏ変異及びＬｅｕ２３５Ｇｌｕ変異（Ｓｅｒ２８８Ｐｒｏ／Ｌｅｕ２３５Ｇｌｕ）を含有するＩｇＧ４である。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２２８Ｐｒｏ置換、ＥＵ付番に基づくＰｈｅ２３４Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換（Ｓｅｒ２２８Ｐｒｏ／Ｐｈｅ２３４Ａｌａ／Ｌｅｕ２３５Ａｌａ）を含む。
いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、各々ＥＵ付番に基づく、Ｇｌｕ２３３Ｐｒｏ、Ｌｅｕ２３４Ａｌａ、Ｌｅｕ２３４Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ａｌａ、Ｌｅｕ２３５Ｐｈｅ、Ｇｌｙ２３６Ａｒｇ、Ｇｌｙ２３７Ａｌａ、Ｐｒｏ２３８Ｓｅｒ、Ａｓｐ２６５Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ｇｌｎ、Ｓｅｒ２８８Ｐｒｏ、Ａｓｎ２９７Ａｌａ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｙ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｎ、Ｖａｌ３０９Ｌｅｕ、Ｇｌｙ３１８Ａｌａ、Ｌｅｕ３２８Ａｒｇ、Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ、Ａｌａ３３０Ｓｅｒ、及びＰｒｏ３３１Ｓｅｒ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む修飾型ＩｇＧ１ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換（Ｌｅｕ２３４Ａ／Ｌｅｕ２３５Ａ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換（Ｌｅｕ２３４Ａｌａ／Ｌｅｕ２３５Ａｌａ／Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｐｈｅ置換（Ｐｒｏ３３１Ｓｅｒ／Ｌｅｕ２３４Ｇｌｕ／Ｌｅｕ２３５Ｐｈｅ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡｓｐ２６５Ａｌａ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ３１８Ａｌａ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ｐｒｏ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｒｇ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ａｒｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換（Ｇｌｙ２３６Ａｒｇ／Ｌｅｕ３２８Ａｒｇ／Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換（Ｌｅｕ２３４Ａｌａ／Ｌｅｕ２３５Ａｌａ／Ｇｌｙ２３７Ａｌａ／Ｐｒｏ２３８Ｓｅｒ／Ｈｉｓ２６８Ａｌａ／Ａｌａ３３０Ｓｅｒ／Ｐｒｏ３３１Ｓｅｒ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｙ置換、またはＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｎ置換を含む。
２． 阻害性Ｆｃドメインに対する修飾
いくつかの実施形態では、Ｆｃ領域は、その通常の機能のうちの１つ以上を改変するように、１つ以上のアミノ酸置換などの、もう１つの修飾を含有する。いくつかの態様では、Ｆｃ領域は、セクション１．Ｂ．１に上述したように、活性化Ｆｃ受容体に対するＦｃの結合を介して、免疫グロブリンの主な機能である抗原結合能力に加えて、Ｆｃ依存性サイトカイン放出及び抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）などのエフェクター機能を担う。あるいは、Ｆｃ領域は、阻害性Ｆｃ受容体（ＦｃγＲＩＩＢ）などの阻害性Ｆｃ受容体のライゲーションを介してエフェクター機能に関与することもできる。
いくつかの実施形態では、阻害性Ｆｃ受容体（ＦｃγＲＩＩＢ）に対する結合を向上させる１つ以上のアミノ酸置換を含むバリアントＦｃ領域を含む結合剤が提供される。
いくつかの態様では、野生型Ｆｃは、Ｆｃ阻害性受容体に対する親和性を増加させ、炎症誘発性シグナル伝達を減少させるように、１つ以上のアミノ酸置換によって修飾される。
いくつかの態様では、野生型Ｆｃは、Ｆｃ阻害性受容体に対する親和性を増加させるように、及び／または増加したグリカンシアリル化を示すように、１つ以上のアミノ酸置換によって修飾される。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、アミノ酸置換Ｐｈｅ２４１Ａｌａを含む修飾型ＩｇＧ１ドメインを含む。いくつかの態様では、アミノ酸置換Ｐｈｅ２４１Ａｌａを含む修飾型ＩｇＧ１ドメインは、Ｆｃ ＣＨ２ドメインの高次構造柔軟性の増加が観察されるように、グリカンシアリル化を増加させる。いくつかの態様では、アミノ酸置換Ｐｈｅ２４１Ａｌａは、Ｆｃ阻害性受容体に対する親和性を増加させ、及び／または阻害性Ｆｃ受容体の発現を刺激する（Ａｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊｒ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ（４２６）１８：３１６６－３１７９，２０１４）。いくつかの態様では、アミノ酸置換Ｐｈｅ２４１Ａｌａは、Ｆｃ阻害性受容体に対する親和性を増加させ、炎症誘発性シグナル伝達を減少させる。
例示的なエフェクターのないまたは不活性な変異には、本明細書に記載のものが含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤のＦｃ領域は、２３３位、２３６位、２３７位、２３９位、２６７位、２６８位、２７０位、２７１位、３３０位及び３３２位（ＥＵ付番で示されている）のアミノ酸のうちのいずれか１つ以上がネイティブなＦｃ領域と比較して異なるアミノ酸で置換されているＦｃ領域を有する。
Ｆｃ領域のかかる改変は、上述の改変に限定されない。阻害性ＦｃＲへの結合が向上している、ある特定のＦｃバリアントが記述されている。（例えば、Ｍｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，（２６）：１０ ５８９－５９８，２０１３、Ｓａｕｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１０）；１２９６，２０１９を参照のこと）。
いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、各々ＥＵ付番に基づく、Ｇｌｕ２３３Ａｓｐ、Ｇｌｙ２３７Ａｓｐ、Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ、Ｈｉｓ２６８Ｐｈｅ、Ｈｉｓ２６８Ａｓｐ、Ｐｒｏ２７１Ｇｌｕ、Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ、Ａｌａ３３０Ａｒｇ、Ｌｅｕ３２８Ｐｈｅ、Ｓｅｒ３２４Ｔｈｒ、Ｐｒｏ２３８Ａｓｐ、Ｌｅｕ３２８Ｇｌｕ、Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ、Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ、Ｇｌｙ２３６Ａｌａ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む修飾型ＩｇＧ１ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｐｈｅ置換、及びＥＵ付番に基づくＳｅｒ３２４Ｔｈｒ置換（Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ／Ｈｉｓ２６８Ｐｈｅ／Ｓｅｒ３２４Ｔｈｒ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｐｈｅ置換（Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ／Ｌｅｕ３２８Ｐｈｅ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ａｓｐ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｇｌｕ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換（Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ／Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｌａ置換（Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ／Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ／Ｇｌｙ２３６Ａｌａ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ａｓｐ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｓｐ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｓｐ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｕ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｇｌｕ２３３Ａｓｐ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｙ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｇｌｕ２３３Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｓｐ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｙ置換（Ｇｌｙ２３７Ａｓｐ／Ｈｉｓ２６８Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｙ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｇｌｙ２３７Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｙ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｇｌｕ２３３Ａｓｐ／Ｈｉｓ２６８Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｙ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｇｌｙ２３７Ａｓｐ／Ｈｉｓ２６８Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｙ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾型Ｆｃドメインは、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｓｐ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２７１Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ａｒｇ置換（Ｅ２３３Ｄ／Ｇｌｙ２３７Ａｓｐ／Ｈｉｓ２６８Ａｓｐ／Ｐｒｏ２７１Ｇｌｕ／Ａｌａ３３０Ａｒｇ）を含む。
Ｃ． リンカー
セクションＩ．Ａで開示した１つ以上の結合ドメインと、セクションＩ．Ｂで開示した１つ以上のＦｃ（例えば、修飾型Ｆｃ）との間の結合は、直接的または間接的に連結されていてもよく、すなわち、結合ドメインペプチド及びＦｃドメインは、直接隣接するか、または、複合体の追加の成分、例えばスペーサーもしくはリンカーによって連結されていてもよい。
連結される成分が反応性アミノ基またはカルボキシ基を有する場合など、アミド架橋によって直接的な結合を実現することができる。より具体的には、連結される成分がペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質である場合、結合はペプチド結合を介するものでもよい。そのようなペプチド結合は、連結される両方の成分（一方の成分のＮ末端及び他方の成分のＣ末端）を含む化学合成を使用して形成されてもよく、または両方の成分のペプチド配列の全体のタンパク質合成を介して直接形成されてもよく、ここで、両方の（タンパク質またはペプチド）成分が１ステップで合成されることが好ましい。このようなタンパク質合成法は、例えば、液相ペプチド合成法または固体ペプチド合成法、例えばＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄによる固体ペプチド合成法、ｔ－Ｂｏｃ固相ペプチド合成、Ｆｍｏｃ固相ペプチド合成、ＢＯＰ（ベンゾトリアゾール－１－イル－オキシ－トリス－（ジメチルアミノ）－ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）に基づく固相ペプチド合成などを含むが、これらに限定されるものではない。あるいは、エステル結合またはエーテル結合が可能である。
さらに、連結される成分がペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質である場合は特に、結合は側鎖を介して、例えばジスルフィド架橋によって生じ得る。側鎖を介した結合は、側鎖アミノ、チオール、またはヒドロキシル基に基づいており、例えばアミドまたはエステルまたはエーテル結合を介する。ペプチド主鎖と、別の成分のペプチド側鎖との結合は、イソペプチド結合を介するものでもよい。イソペプチド結合は、タンパク質の主鎖には存在しないアミド結合である。この結合は、１つのペプチドまたはタンパク質のカルボキシル末端と、別の（標的）ペプチドまたはタンパク質のリジン残基のアミノ基との間に生じる。
本明細書で開示される結合粒子は、非免疫学的部分であるスペーサーまたはリンカーを含み得る。粒子。さらなる機能の例、特に融合タンパク質のリンカーに関する例は、例えば、Ｃｈｅｎ Ｘ．ｅｔ ａｌ．，２０１３：Ｆｕｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌｉｎｋｅｒｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｙ，Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ．Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．６５（１０）：１３５７－１３６９に見ることができ、例えばｉｎ ｖｉｖｏで切断可能なリンカーも開示されている。さらに、Ｃｈｅｎ Ｘ．ｅｔ ａｌ．，２０１３：Ｆｕｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌｉｎｋｅｒｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｙ，Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ．Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．６５（１０）：１３５７－１３６９は、様々なリンカー、例えば可動性リンカー及び剛性リンカー、ならびにリンカー設計ツール及びデータベースも開示しており、これらは、提供される実施形態に従って有用であり得る、または提供される実施形態に従って使用するためのリンカーを設計するために有用であり得る。
いくつかの実施形態では、修飾型ＦｃなどのＦｃは、ペプチドリンカーを介して結合ドメインに間接的に連結される。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、最長で６５アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、約２～６５アミノ酸、２～６０アミノ酸、２～５６アミノ酸、２～５２アミノ酸、２～４８アミノ酸、２～４４アミノ酸、２～４０アミノ酸、２～３６アミノ酸、２～３２アミノ酸、２～２８アミノ酸、２～２４アミノ酸、２～２０アミノ酸、２～１８アミノ酸、２～１４アミノ酸、２～１２アミノ酸、２～１０アミノ酸、２～８アミノ酸、２～６アミノ酸、６～６５アミノ酸、６～６０アミノ酸、６～５６アミノ酸、６～５２アミノ酸、６～４８アミノ酸、６～４４アミノ酸、６～４０アミノ酸、６～３６アミノ酸、６～３２アミノ酸、６～２８アミノ酸、６～２４アミノ酸、６～２０アミノ酸、６～１８アミノ酸、６～１４アミノ酸、６～１２アミノ酸、６～１０アミノ酸、６～８アミノ酸、８～６５アミノ酸、８～６０アミノ酸、８～５６アミノ酸、８～５２アミノ酸、８～４８アミノ酸、８～４４アミノ酸、８～４０アミノ酸、８～３６アミノ酸、８～３２アミノ酸、８～２８アミノ酸、８～２４アミノ酸、８～２０アミノ酸、８～１８アミノ酸、８～１４アミノ酸、８～１２アミノ酸、８～１０アミノ酸、１０～６５アミノ酸、１０～６０アミノ酸、１０～５６アミノ酸、１０～５２アミノ酸、１０～４８アミノ酸、１０～４４アミノ酸、１０～４０アミノ酸、１０～３６アミノ酸、１０～３２アミノ酸、１０～２８アミノ酸、１０～２４アミノ酸、１０～２０アミノ酸、１０～１８アミノ酸、１０～１４アミノ酸、１０～１２アミノ酸、１２～６５アミノ酸、１２～６０アミノ酸、１２～５６アミノ酸、１２～５２アミノ酸、１２～４８アミノ酸、１２～４４アミノ酸、１２～４０アミノ酸、１２～３６アミノ酸、１２～３２アミノ酸、１２～２８アミノ酸、１２～２４アミノ酸、１２～２０アミノ酸、１２～１８アミノ酸、１２～１４アミノ酸、１４～６５アミノ酸、１４～６０アミノ酸、１４～５６アミノ酸、１４～５２アミノ酸、１４～４８アミノ酸、１４～４４アミノ酸、１４～４０アミノ酸、１４～３６アミノ酸、１４～３２アミノ酸、１４～２８アミノ酸、１４～２４アミノ酸、１４～２０アミノ酸、１４～１８アミノ酸、１８～６５アミノ酸、１８～６０アミノ酸、１８～５６アミノ酸、１８～５２アミノ酸、１８～４８アミノ酸、１８～４４アミノ酸、１８～４０アミノ酸、１８～３６アミノ酸、１８～３２アミノ酸、１８～２８アミノ酸、１８～２４アミノ酸、１８～２０アミノ酸、２０～６５アミノ酸、２０～６０アミノ酸、２０～５６アミノ酸、２０～５２アミノ酸、２０～４８アミノ酸、２０～４４アミノ酸、２０～４０アミノ酸、２０～３６アミノ酸、２０～３２アミノ酸、２０～２８アミノ酸、２０～２６アミノ酸、２０～２４アミノ酸、２４～６５アミノ酸、２４～６０アミノ酸、２４～５６アミノ酸、２４～５２アミノ酸、２４～４８アミノ酸、２４～４４アミノ酸、２４～４０アミノ酸、２４～３６アミノ酸、２４～３２アミノ酸、２４～３０アミノ酸、２４～２８アミノ酸、２８～６５アミノ酸、２８～６０アミノ酸、２８～５６アミノ酸、２８～５２アミノ酸、２８～４８アミノ酸、２８～４４アミノ酸、２８～４０アミノ酸、２８～３６アミノ酸、２８～３４アミノ酸、２８～３２アミノ酸、３２～６５アミノ酸、３２～６０アミノ酸、３２～５６アミノ酸、３２～５２アミノ酸、３２～４８アミノ酸、３２～４４アミノ酸、３２～４０アミノ酸、３２～３８アミノ酸、３２～３６アミノ酸、３６～６５アミノ酸、３６～６０アミノ酸、３６～５６アミノ酸、３６～５２アミノ酸、３６～４８アミノ酸、３６～４４アミノ酸、３６～４０アミノ酸、４０～６５アミノ酸、４０～６０アミノ酸、４０～５６アミノ酸、４０～５２アミノ酸、４０～４８アミノ酸、４０～４４アミノ酸、４４～６５アミノ酸、４４～６０アミノ酸、４４～５６アミノ酸、４４～５２アミノ酸、４４～４８アミノ酸、４８～６５アミノ酸、４８～６０アミノ酸、４８～５６アミノ酸、４８～５２アミノ酸、５０～６５アミノ酸、５０～６０アミノ酸、５０～５６アミノ酸、５０～５２アミノ酸、５４～６５アミノ酸、５４～６０アミノ酸、５４～５６アミノ酸、５８～６５アミノ酸、５８～６０アミノ酸、または６０～６５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、または６５アミノ酸長のポリペプチドである。
特定の実施形態では、リンカーは、可動性ペプチドリンカーである。いくつかのそのような実施形態では、リンカーは、主にグリシンから構成される１～２０個のアミノ酸のような、１～２０個のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、リンカーは、主にグリシン及びセリンから構成される１～２０個のアミノ酸のような、１～２０個のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＧＳリンカーと称される、アミノ酸グリシン及びセリンを含有する可動性ペプチドリンカーである。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカーは、配列ＧＳ、ＧＧＳ、ＧＧＧＧＳ、ＧＧＧＧＧＳ、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドリンカーは配列（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）を有し、ここで、ｍ及びｎの各々は１～４である。
特定の実施形態では、リンカーは、ヒト抗体ヒンジドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ１ヒンジドメイン、ヒトＩｇＧ２ヒンジドメイン、ヒトＩｇＧ３ヒンジドメイン、またはヒトＩｇＧ４ヒンジドメインである。
Ｄ． 結合剤を含む粒子
いくつかの実施形態では、セクションＩに記載したような提供される結合剤のいずれも、粒子の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質を含む粒子としてフォーマットまたは提供され得る。いくつかの実施形態では、ウイルスタンパク質には、粒子の少なくとも１つの結合ドメインが結合する。
いくつかの態様では、提供される粒子は相互作用することができ、独立した粒子からの結合ドメインが、複数の抗原などの抗原と結合して、免疫複合体（ＩＣ）などの多タンパク質複合体を形成する。抗原－抗体複合体とも呼ばれるＩＣは、複数の抗原が抗体またはその抗原結合断片に結合することから形成され、ＩＣはその後の免疫応答において単一の単位として機能することができる。ＩＣは、ｉｎ ｖｉｖｏで、補体沈着、オプソニン作用、食作用及び／またはペプチドプロセシングに関与し得る（Ｍｏｎｓａｌｖｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ（１７）２：１９５－１９９，２０１１）。いくつかの態様では、ＩＣは、免疫制御機能を有する。いくつかの態様では、ＩＣは、コロナウイルス感染の結果としてを含む、呼吸器ウイルス感染の結果としての肺ＩＣ沈着などの組織病理に関連し得る（Ｆｕ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏ Ｓｉｎ（３５）：２６６－２７１，２０２０）。
いくつかの態様では、ＩＣの形成は、いくつかの要因によって影響を受ける。抗原の結合ドメインに対する比、例えば提供される粒子のいずれかの少なくとも１つの結合ドメインとウイルスタンパク質との間の比、及びＦｃ受容体に対するＦｃドメインの親和性は、ＩＣのサイズ及び形状を決定し得る。いくつかの態様では、ＩＣの安定性は、提供される粒子のＦｃドメイン、例えば、修飾型Ｆｃドメインと、Ｆｃファミリー受容体との間の結合に依存する。いくつかの態様では、ＩＣエフェクター機能は、ＩＣのサイズ、すなわち、関与する本明細書で提供される粒子または関与するその結合ドメインの数の増加によって強化される。ＩＣの化学量論は、ウイルスタンパク質の余剰などの抗原の余剰、または本明細書で提供される粒子のいずれかの余剰などの結合剤の余剰が、より少ないＦｃ受容体を係合させることができる、より小さいＩＣの形成に有利に働くようなものである。いくつかの態様では、ＦｃＲの架橋は高次構造に依存し、本明細書で提供される粒子またはその結合ドメインの力価が高いほど、小さなＩＣが減少する。
いくつかの実施形態では、粒子は、抗原と結合ドメインとの最適な比をもたらすようにフォーマットすることができる。最適な比では、安定なＩＣがより多く生成され、増加した数のＦｃファミリー受容体がライゲートされる。提供される結合ドメインのいずれかとウイルスタンパク質との比のような、抗原と結合ドメインとの最適な比を決定する方法は、当該技術分野で公知である。抗原の抗原結合ドメインに対する比（Ａｇ：ＢＤ）は、エピトープによって異なり得、１：１、１：５、１：１０、１：２０、１：１００、１：５００、５：１、１０：１、２０：１、１００：１、５００：１を含む。このような方法は、結合剤の実験的力価の決定、その後のＦｃファミリー受容体ライゲーションの機能的ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏ研究、用量応答曲線の生成、Ｘ線結晶構造解析、ならびに質量分析を含む。
いくつかの実施形態では、粒子は、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、ウイルスタンパク質は、本明細書に記載のいずれかのようなウイルスの表面タンパク質である。いくつかの実施形態では、ウイルスタンパク質は、単離または精製されたウイルスタンパク質である。いくつかの実施形態では、ウイルスタンパク質は、組換えタンパク質または合成タンパク質である。
いくつかの実施形態では、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質である。いくつかの態様では、成熟Ｓタンパク質が、まず、配列番号４３または４５に示されるような、Ｓ（０）としても知られる単一の前駆体ポリペプチドとして合成される。タンパク質分解処理により、Ｓポリペプチドは、配列番号４３のアミノ酸１３～６８５に示されるようなＳ１と、配列番号４３のアミノ酸６８６～１２７３または８１６～１２７３に示されるようなＳ２との、２つのサブユニットをもたらす。Ｓ１サブユニットは、表面に露出したＲＢＤを含有するため、受容体－ウイルス相互作用に優位に関与している。いくつかの態様では、ウイルス受容体相互作用は、宿主細胞の表面上のアンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体に対するＲＢＤの親和性によって媒介される。いくつかの態様では、ＳＡＲＳコロナウイルスに対して作られる抗体は、ＲＢＤに対する親和性を有する。ＲＢＤ及び受容体が相互作用すると、Ｓ２サブユニットの高次構造が変化し、ウイルス膜と宿主膜との間の膜融合を容易にする内部疎水性融合ループが露出する。
いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、組換えＳタンパク質である。いくつかの態様では、組換えタンパク質は、配列番号４３に示されるような、Ｓポリペプチド前駆体、Ｓ（０）のものである。いくつかの態様では、組換えタンパク質は、配列番号４３のアミノ酸１３～６８５に示されるような、Ｓ１サブユニットのものである。いくつかの態様では、組換えタンパク質は、ＲＢＤである。いくつかの態様では、ＲＢＤは、Ｓタンパク質または配列番号４３の３３１～５２４である。
いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳウイルスバリアントのＳ（スパイク）糖タンパク質である。いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、配列番号４３または４５に示されるような野生型配列と比較して、１つ以上の変異を有する。いくつかの態様では、１つ以上の変異は、Ｄ６１４Ｇ（別名「Ｄｏｕｇ」）、Ｎ５０１Ｙ（別名「Ｎｅｌｌｙ」）、Ｐ６８１Ｈ（別名「Ｐｏｏｈ」）、及び／またはＥ４８４Ｋ（別名「Ｅｅｅｋ」）を含む群から選択される。いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、Ｂ．１．１．７、Ｂ．１．３５１、及び／またはＢ．１．１．２４８を含む群から選択される系統に属するＳＡＲＳウイルスバリアントのＳ糖タンパク質である。いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、５０１Ｙ．Ｖ１、５０１．Ｖ２、Ｎ５０１Ｙ．Ｖ２及び／またはＰ１と分類されるＳＡＲＳウイルスバリアントのＳ糖タンパク質である。
（表３）例示的なSARS CoV-2天然バリアント
Figure 2023540705000005
いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２のバリアントのＳ糖タンパク質である。例示的なＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントは、上記の表３に示されている。いくつかの態様では、ウイルスタンパク質は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２の注目すべきバリアント（ＶｏＩ）、懸念されるバリアント（ＶｏＣ）、及び／または甚大な被害が想定されるバリアント（ＶｏＨＣ）のＳ糖タンパク質である。いくつかの態様では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントは、アルファ（すなわち、Ｂ．１．１．７）、ベータ（すなわち、Ｂ．１．３５１、Ｂ．１．３５１．２、Ｂ．１．３５１．３）、デルタ（すなわち、Ｂ．１．６１７．２、ＡＹ．１、ＡＹ．２、ＡＹ．３）、及びガンマ（すなわち、Ｐ．１、Ｐ．１．１、Ｐ．１．２）を含む群から選択される。いくつかの態様では、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアント（すなわち、ＶｏＩ、ＶｏＣ、またはＶｏＨＣのいずれか）のウイルスＳタンパク質は、配列番号４３または４５に示されるような野生型Ｓ配列と比較して、１つ以上の変異を有する。
ＩＩ． 結合剤の送達のためのビヒクル及び方法
本明細書では、提供される結合剤ポリペプチドを含有するビヒクルが提供される。また本明細書では、結合剤をコードするポリヌクレオチドが提供される。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子が、対象の細胞に導入される。また、コロナウイルスなどのウイルスに感染した細胞に、提供される結合剤もしくは粒子、または結合剤をコードするポリヌクレオチドのいずれかを送達する方法も提供される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、対象に、裸の核酸（例えばｍＲＮＡまたはＤＮＡ）として投与されてもよく、または送達用の担体もしくはビヒクルにおいて送達されてもよい。いくつかの実施形態では、結合剤ポリペプチドは、対象に、組換え分子もしくは精製分子として投与されてもよく、または送達用の担体またはビヒクルにおいて送達されてもよい。いくつかの実施形態では、粒子ポリペプチドは、少なくとも１つの結合剤と、結合剤の少なくとも１つの結合ドメインが結合するウイルスタンパク質とを含有する複合体として投与される。
いくつかの実施形態では、結合剤をコードするポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドを対象に送達するための、ウイルス粒子、ウイルス様粒子、または非ウイルス粒子などのビヒクルに含有される。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、裸の核酸として送達される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡとして投与される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、例えば、プラスミドとして投与される。
本発明の結合剤をコードするポリヌクレオチドは、裸で細胞に送達され得る。本明細書で使用される場合、「裸」は、内部移行を促進する薬剤を用いずに結合剤を送達することを指す。例えば、細胞に送達されるポリヌクレオチドは修飾を含まなくてもよい。裸のポリヌクレオチドは、当該技術分野で公知かつ本明細書に記載の投与経路を使用して細胞に送達することができる。
いくつかの態様では、ｍＲＮＡは、パッケージングされた粒子として（例えば、送達ビヒクルに封入されて）送達されても、パッケージングされずに（すなわち、裸で）送達されてもよい。いくつかの態様では、ｍＲＮＡは、宿主細胞内で転写され得る。外因性ｍＲＮＡの送達は、Ｗｏｌｆｆらがレポーター遺伝子をコードするｍＲＮＡの注射後のマウスにおけるタンパク質発現を観察した１９９０年に初めて調査された（Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２４７）１４６５，１９９０）。外因性ｍＲＮＡがサイトゾルに伝達されると、いくつかの態様では、宿主細胞機構が成熟ポリペプチドを生成することができる。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、翻訳後修飾を受けることがある。いくつかの態様では、外因性ｍＲＮＡ送達から生成されたタンパク質は、正常な生理学的プロセスによって分解される。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ送達は、代謝物毒性のリスクを減少させる（Ｐａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ（１７）４，２０１８）。
提供される実施形態によれば、ｍＲＮＡとして投与されるポリヌクレオチドは、キャッピング領域を有し得る。キャッピング領域は、単一のキャップ、またはキャップを形成する一連のヌクレオチドを含み得る。この実施形態では、キャッピング領域は、１～１０、例えば２～９、３～８、４～７、１～５、５～１０、または少なくとも２、もしくは１０以下のヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、キャップは存在しない。
遺伝子の野生型の非翻訳領域（ＵＴＲ）は転写されるが、翻訳はされない。ｍＲＮＡにおいて、５’ＵＴＲは転写開始部位から始まり、開始コドンまで続くが、開始コドンは含まない。一方、３’ＵＴＲは停止コドンの直後から始まり、転写終結シグナルまで続く。核酸分子の安定性及び翻訳に関してＵＴＲが果たす制御的役割についての証拠は増加している。ＵＴＲの制御機能を本発明のポリヌクレオチドに組み込むと、とりわけ、分子の安定性が増強され得る。いくつかの態様では、ｍＲＮＡのｉｎ ｖｉｖｏ半減期が、３’ポリアデノシン尾部への修飾を介して制御され得る。転写産物が望ましくない器官の部位に誤って誘導された場合に、転写産物のコントロールされた下方制御を確実にするために、特定の機能を組み込むこともできる。
いくつかの実施形態では、結合剤をコードするポリヌクレオチドは、発現をコントロールするためにプロモーターに機能可能に連結される。いくつかの実施形態では、プロモーター要素は、転写開始の頻度を制御する。プロモーターは、コードセグメント及び／またはエクソンの上流に位置する５’非コード配列を単離することによって得ることができるように、遺伝子またはポリヌクレオチド配列に天然に関連するものであり得る。そのようなプロモーターは、「内因性」と称され得る。あるいは、天然環境におけるポリヌクレオチド配列に通常は関連しないプロモーターを指す組換えまたは異種プロモーターのコントロール下にコードポリヌクレオチドセグメントを配置することにより、ある特定の利点が得られる。そのようなプロモーターには、他の遺伝子のプロモーター、及び任意の他の原核生物、ウイルス、または真核細胞から単離されたプロモーターまたはエンハンサー、及び「自然発生」ではない、すなわち、異なる転写制御領域の異なる要素、及び／または発現を改変する変異を含有するプロモーターまたはエンハンサーが含まれ得る。プロモーター及びエンハンサーの核酸配列を合成的に生成することに加えて、本明細書で開示される組成物との関連で、組換えクローニング及び／またはＰＣＲを含む核酸増幅技術を使用して、配列を生成してもよい（米国特許第４，６８３，２０２号及び同第５，９２８，９０６号）。
いくつかの実施形態では、好適なプロモーターは、前初期サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター配列または短縮されたサイトメガロウイルス前初期（ＣＭＶｉｅ）プロモーターである（Ｏｓｔｅｄｇａａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ２００５，１０２，２９５２－２９５７）。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、それに動作可能に連結された任意のポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することが可能な、強力な構成的プロモーター配列である。いくつかの実施形態では、好適なプロモーターは、伸長成長因子－ｌａ（ＥＦ－ｌａ）である。いくつかの実施形態では、サルウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、サイレンシング易発性脾フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）プロモーター、サイレンシング易発性脾フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）プロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）長い末端反復（ＬＴＲ）プロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、ＣＡＧプロモーター（Ｈａｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２００７，１８，３４４－３５４）、エプスタイン・バーウイルス前初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、Ｆ５ｔｇ８３プロモーター（Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．，２６：３３４－３４６）を含むがこれらに限定されない他の構成的プロモーター配列、ならびに、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、及びクレアチンキナーゼプロモーター、ならびにヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー及び伸長因子１ａプロモーターを有するハイブリッドプロモーター（ｈＣＥＦ）などのハイブリッドプロモーターなどだがこれらに限定されないヒト遺伝子プロモーターも使用され得る。
いくつかの実施形態では、プロモーターは、構成的プロモーターである。いくつかの態様では、構成的プロモーターは、多種多様な細胞及び組織型における発現を可能にするユビキタスプロモーターであり得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ヒトユビキチンＣ（ＵｂＣ）プロモーター、ヒト伸長因子１α（ＥＦ１α）プロモーター、ＳＶ４０プロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、またはＰＧＫ－１プロモーターである。
いくつかの実施形態では、結合剤をコードする提供されるポリヌクレオチドのいずれも、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ウシなどの種のような特定の種における翻訳のために、ＣｐＧモチーフを除去する及び／またはコドンを最適化するように修飾され得る。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトコドン使用頻度について最適化される（すなわち、ヒトコドン最適化される）。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＣｐＧモチーフを除去するように修飾される。他の実施形態では、提供されるポリヌクレオチドは、ＣｐＧモチーフを除去するように修飾され、コドン最適化、例えば、ヒトコドン最適化される。コドン最適化ならびにＣｐＧモチーフ検出及び修飾の方法は、よく知られている。典型的には、ポリヌクレオチド最適化は、導入遺伝子発現を増強し、導入遺伝子安定性を増加させ、コードされるポリペプチドのアミノ酸配列を保存する。
提供される実施形態において、ウイルス感染（例えばコロナウイルス感染）を処置する方法は、結合剤または粒子タンパク質を対象に送達することを含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、組換えタンパク質または精製タンパク質として投与することができる。いくつかの実施形態では、タンパク質は、送達用の担体またはビヒクルにおいて対象に送達することができる。提供される実施形態において、結合剤または粒子タンパク質は、上述の結合剤ポリペプチドのいずれかのアミノ酸配列を有し得る。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、組換えＤＮＡ技術を使用して生成される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、選択された宿主細胞における発現に好適な発現ベクターである。いくつかの実施形態では、タンパク質は遺伝子合成法によって生成することができる。
いくつかの実施形態では、結合剤をコードする核酸は、発現ベクターに含有されていてもよい。本明細書に記載の結合剤またはポリペプチドをコードする核酸を含むベクターが提供される。そのようなベクターは、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＣＨＯもしくはＣＨＯ由来細胞などの所望の細胞タイプでの、またはＮＳＯ細胞でのポリペプチドの発現のために最適化されたベクターが選択される。そのようなベクターの例は、例えば、Ｒｕｎｎｉｎｇ Ｄｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：８８０－８８９（２００４）に記載されている。
特に、結合剤をコードするＤＮＡベクターは、結合剤の発現及び組換え生成を容易にするために使用することができる。ＤＮＡ配列は、適切な発現ベクター、すなわち、挿入されるタンパク質コード配列の転写及び翻訳に必要な要素を含有するベクターに挿入され得る。タンパク質コード配列を発現させるために、多様な宿主ベクター系が利用され得る。これらには、ウイルス（例えば、ワクシニアウイルス、アデノウイルスなど）に感染した哺乳動物細胞系；ウイルス（例えば、バキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系；酵母ベクターを含有する酵母、またはバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡもしくはコスミドＤＮＡで形質転換された細菌などの微生物が含まれる。利用される宿主ベクター系に応じて、いくつかの好適な転写要素及び翻訳要素のうちのいずれか１つを使用することができる。結合剤ポリペプチドを生成する方法は、ポリペプチドの発現をもたらす条件下で細胞を培養することを含み得、ここで、細胞は、本明細書に記載の結合剤をコードする核酸分子、及び／またはこれらの核酸配列を含むベクターを含む。いくつかの実施形態では、結合剤を、細菌細胞などの原核細胞内で、または真菌細胞（酵母など）、植物細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞などの真核細胞内で発現させてもよい。提供される任意の実施形態のいくつかにおいて、結合剤は、ウイルス（例えばコロナウイルス）に感染していることが知られている、または感染する可能性が高い対象などの、対象の細胞に送達するための薬剤として投与される。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子は、タンパク質を対象に送達するための、ウイルス粒子、ウイルス様粒子、または非ウイルス粒子などのビヒクルに含有される。例示的な送達用ビヒクルについては、セクションＩＩに記載している。
いくつかの実施形態では、ビヒクルは、ウイルスベクターであるか、またはウイルスベクターに由来する。他の実施形態では、ビヒクルは、細胞粒子、リポソーム、ナノ粒子、または他の合成粒子などの非ウイルスベクターである。
ポリマー、界面活性剤、及び／または賦形剤の使用を用いる非ウイルスベクター及び方法が、ターゲティング部分とのコンジュゲーション、細胞透過性ペプチドとのコンジュゲーション、脂質による誘導体化、ならびにリポソーム、脂質ナノ粒子、及びカチオン性リポソームへの組み込みを含め、ポリヌクレオチド及びポリペプチドを細胞に導入するために用いられている。非ウイルスベクターの大部分は、脂質またはポリカチオンと複合体を形成したプラスミドＤＮＡからなる。ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでプラスミドＤＮＡを細胞に送達する能力を有する多くの異なる脂質が報告されている（Ｇａｏ，ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２：７１０－７２２（１９９５））。
特定の実施形態では、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、脂質粒子の内腔に封入され、脂質粒子は脂質二重層を含有し、内腔は脂質二重層によって取り囲まれている。いくつかの実施形態では、脂質粒子は、ウイルス粒子、ウイルス様粒子、ナノ粒子、小胞、エクソソーム、デンドリマー、レンチウイルス、ウイルスベクター、除核細胞、微小胞、膜小胞、細胞外膜小胞、細胞膜小胞、巨大細胞膜小胞、アポトーシス小体、ミト粒子（ｍｉｔｏｐａｒｔｉｃｌｅ）、ピレノサイト（ｐｙｒｅｎｏｃｙｔｅ）、リソソーム、別の膜包囲小胞、またはレンチウイルスベクター、ウイルスベースの粒子、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）または細胞由来粒子であり得る。
いくつかの実施形態では、脂質二重層には、脂質二重層の由来となる宿主細胞の膜成分、例えば、リン脂質、膜タンパク質などが含まれる。いくつかの実施形態では、脂質二重層には、ビヒクルの由来となる細胞に見られる成分、例えば、溶質、タンパク質、核酸などを含むが、細胞の成分のすべてを含まず、例えば、核を欠いているサイトゾルが含まれる。いくつかの実施形態では、脂質二重層は、エクソソーム様とみなされる。脂質二重層は、サイズが様々であり得、いくつかの例では、４０～１００ｎｍを含む、３０～１５０ｎｍなどの３０～３００ｎｍの範囲の直径を有する。
いくつかの実施形態では、脂質二重層は、ウイルスエンベロープである。いくつかの実施形態では、ウイルスエンベロープは、宿主細胞から得られる。いくつかの実施形態では、ウイルスエンベロープは、源細胞の細胞膜からのウイルスカプシドによって得られる。いくつかの実施形態では、脂質二重層は、宿主細胞の細胞膜以外の膜から得られる。いくつかの実施形態では、ウイルスエンベロープ脂質二重層は、ウイルス糖タンパク質を含むウイルスタンパク質と共に埋め込まれている。
他の態様では、脂質二重層には、合成脂質複合体が含まれる。いくつかの実施形態では、合成脂質複合体は、リポソームである。いくつかの実施形態では、脂質二重層は、リン脂質二重層膜及び内側水性媒体によって特性化される小胞構造である。いくつかの実施形態では、脂質二重層は、水性媒体によって分離された複数の脂質層を有する。いくつかの実施形態では、脂質二重層は、リン脂質が過剰の水溶液に懸濁された場合に自発的に形成する。いくつかの例では、脂質成分は、閉じた構造の形成の前に自己再構成を行い、脂質二重層間に水及び溶解した溶質を捕捉する。
いくつかの実施形態では、脂質粒子は、幾つかの異なるタイプの脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、両親媒性脂質である。いくつかの実施形態では、両親媒性脂質は、リン脂質である。いくつかの実施形態では、リン脂質は、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルイノシトール、及びホスファチジルセリンを含む。いくつかの実施形態では、脂質は、ホスホコリン及びホスホイノシトールなどのリン脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、ＤＭＰＣ、ＤＯＰＣ、及びＤＳＰＣを含む。
Ａ． ウイルスベクター
本明細書では、ウイルス粒子などのウイルスに由来する、セクションＩに記載したポリヌクレオチドまたはポリペプチドのいずれかのような結合剤または粒子を含有するビヒクルが提供される。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子には、レトロウイルスまたはレンチウイルスに由来するものが含まれる。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子の両親媒性脂質の二重層は、ウイルスエンベロープであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子の両親媒性脂質の二重層は、感染宿主細胞に由来する脂質であるか、またはそれを含む。
外因性物質を宿主細胞に導入するための生物学的方法は、ＤＮＡ及びＲＮＡベクターの使用を含む。ＤＮＡ及びＲＮＡベクターは、ポリヌクレオチド及びポリペプチドを収容し送達するために使用することもできる。ウイルスベクター、特にレトロウイルスベクターは、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞に遺伝子を挿入するために最も広く使用されている方法となっている。他のウイルスベクターは、レンチウイルス、ポックスウイルス、単純ヘルペスウイルスＩ、アデノウイルス及びアデノ随伴ウイルスなどに由来し得る。例えば、米国特許第５，３５０，６７４号及び同第５，５８５，３６２号を参照のこと。ベクター及び／または外因性酸を含む細胞を生成する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド及びポリペプチドは、ウイルスベクター内に含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチド（例えば、結合剤または粒子）は、例えば、アデノウイルス及びアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するベクターなどの組換えウイルス粒子を使用して宿主細胞に投与される。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、血清型１、２、６、８または９のものである。いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、血清型６．２のものである。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶベクターは、１つの点変異（Ａ５８１Ｔ）を含むＡＡＶ２（アミノ酸１～１２８）とＡＡＶ５（アミノ酸１２９～７２５）との間のキメラであるカプシドを含む（ＡＡＶ２．５Ｔ、Ｅｘｃｏｆｆｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．１０６（１０）：３８７５－７０，２００９）。
ＡＡＶは、潜伏感染期に宿主ゲノムに組み込まれることが可能な一本鎖ＤＮＡパルボウイルスである。例えば、血清型２のＡＡＶは、主にヒト及び霊長類の集団に特有であり、高頻度でヒトの１９番染色体ｑ１３．３に部位特異的に組み込まれる。
いくつかの態様では、ＡＡＶは、複製するためにアデノウイルスまたはヘルペスウイルスのいずれかからのヘルパー機能を必要とするため、依存性ウイルスとみなされる。これらのヘルパーウイルスのいずれかの非存在下で、ＡＡＶはそのゲノムを宿主細胞の染色体に組み込むことが観察されている。しかしながら、これらのビリオンは、感染を新しい細胞に伝播することはできない。
一部の実施形態では、ＡＡＶ由来ビヒクルを生成するための好適な宿主細胞には、微生物、酵母細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞が含まれる。いくつかの実施形態では、宿主細胞という用語は、トランスフェクトされている元の細胞の子孫を含む。よって、上記のように、本明細書で使用される「宿主細胞」または「プロデューサー細胞」は、概して、本明細書に記載のベクタービヒクルがトランスフェクトされた細胞を指す。例えば、安定なヒト細胞株２９３（ＡＴＣＣ受入番号ＣＲＬ１５７３）由来の細胞は、ＡＡＶベクターのプロデューサー細胞として当業者によく知られている。２９３細胞株は、アデノウイルス５型ＤＮＡ断片で形質転換されたヒト胎児腎臓細胞株であり（Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ． Ｖｉｒｏｌ．，３６：５９（１９７７））、アデノウイルスＥ１ａ及びＥ１ｂ遺伝子を発現する（Ａｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌ．，９４：４６０（１９７９））。２９３細胞株は容易にトランスフェクトされるため、ＡＡＶビリオンを産生させるための特に有用な系を提供する。
本明細書で提供されるＡＡＶビヒクルを含有する上述のプロデューサー細胞は、ＡＡＶヘルパー機能を提供できるようにされていなければならない。いくつかの実施形態では、プロデューサー細胞は、ＡＡＶベクターが、セクションＩ、ＩＩ、及びＩＩＩで提示したような結合剤または粒子をコードするものなどのポリヌクレオチド配列を複製し、封入することを可能にする。いくつかの実施形態では、プロデューサー細胞は、ＡＡＶビリオンを産生する。ＡＡＶヘルパー機能は、概して、ＡＡＶ遺伝子産物をもたらすように発現させることができるＡＡＶ由来のコード配列であり、ＡＡＶ遺伝子産物は次いで、生産的なＡＡＶ複製のために機能する。いくつかの実施形態では、ＡＡＶヘルパー機能は、ＡＡＶベクターから欠損している必要なＡＡＶ機能を補完するために使用される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶヘルパー機能は、主要なＡＡＶ ＯＲＦのうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、ヘルパー機能は、少なくともｒｅｐコード領域、またはその機能的ホモログを含む。いくつかの実施形態では、ヘルパー機能は、少なくともｃａｐコード領域、またはその機能的ホモログを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶヘルパー機能は、ＡＡＶベクターのトランスフェクションの前に、またはそれと同時に、ＡＡＶヘルパー構築物の混合物を宿主細胞にトランスフェクトすることにより、宿主細胞に導入される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶヘルパー構築物は、ＡＡＶ ｒｅｐ及び／またはｃａｐ遺伝子の一過性発現を行うために使用される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶヘルパー構築物は、ＡＡＶパッケージング配列を欠いており、それ自体を複製することもパッケージングすることもできない。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶゲノムを異種ウイルスとクロスパッケージングすることができる。例えば、ｒＡＡＶ２ゲノムのヒトボカウイルス１型（ＨＢｏＶ１）カプシドへの属交差パッキング（ｒＡＡＶ２／ＨＢｏＶ１ハイブリッドベクター）は、気道上皮に対する指向性の高いハイブリッドベクターをもたらす（Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２１：２１８１－９４）。
いくつかの実施形態では、ウイルス粒子は、レンチウイルスである。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクター粒子は、ヒト免疫不全ウイルス－１（ＨＩＶ－１）である。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｏＭＬＶ）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（ＭＰＳＶ）、マウス胚性幹細胞ウイルス（ＭＥＳＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）、脾フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）、またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するレトロウイルスベクターは、長い末端反復配列（ＬＴＲ）を有する。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、任意のトリまたは哺乳動物の細胞源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には広宿主性であり、つまり、ヒトを含む幾つかの種の宿主細胞に感染することが可能である。一実施形態では、発現される遺伝子が、レトロウイルスのｇａｇ、ｐｏｌ及び／またはｅｎｖ配列に置き換わる。いくつかの例示的なレトロウイルス系が記述されている（例えば、米国特許第５，２１９，７４０号、同第６，２０７，４５３号、同第５，２１９，７４０号）。
レンチウイルス形質導入の方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）：６８９－７０１，２０１２、Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．１０１：１６３７－１６４４，２００３、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．５０６：９７－１１４，２００９、及びＣａｖａｌｉｅｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．１０２（２）：４９７－５０５，２００３に記載されている。
いくつかの前臨床研究が、動物モデル及び臨床試験におけるウイルスベクターに基づく遺伝子送達の治療有効性及び予防有効性を示している。いくつかの態様では、複製可能なウイルスベクター及びウイルス由来ベクターは、経時的に一貫した遺伝子発現をもたらす。いくつかの態様では、複製能力のあるウイルスは、望ましくない免疫原性、毒性、及び細胞死をもたらし得る。いくつかの実施形態では、挿入可能なベクターは、多様な細胞の形質導入のために効率的である。しかしながら、いくつかの態様では、これらは挿入変異誘発のリスクをもたらし得る。組み込み欠損ベクターは、エピソームとして存続できるが、標準的な組み込みベクターの形質導入効率を保持することもできる。よって、いくつかの実施形態では、ベクター粒子は複製欠損性である。いくつかの実施形態では、ベクター粒子は、組み込み欠損性である。ベクターを挿入欠損または複製欠損にする様々な方法が当該技術分野で公知である。アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、ポリオウイルス、及びセンダイウイルスを含め、多くの他のウイルスを用いて様々な複製欠損性ワクチンベクターが生成されている。
Ｂ． ウイルス様粒子
また本明細書では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドのいずれかなどの結合剤または粒子を含有するウイルス様粒子（ＶＬＰ）が提供される。ＶＬＰＳには、レトロウイルスまたはレンチウイルスに由来するものが含まれる。ＶＬＰはネイティブなビリオン構造を模倣するが、宿主細胞内での独立した複製に必要なウイルスゲノム情報を欠いている。したがって、いくつかの態様では、ＶＬＰは非感染性である。いくつかの実施形態では、ＶＬＰの両親媒性脂質の二重層は、ウイルスエンベロープであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、標的指向型脂質粒子の両親媒性脂質の二重層は、細胞に由来する脂質であるか、またはそれを含む。ＶＬＰは、典型的には、少なくとも１種類のウイルス由来の構造タンパク質を含む。ほとんどの場合、このタンパク質は、タンパク質性カプシド（例えば、レンチウイルス、アデノウイルスまたはパラミクソウイルス構造タンパク質を含むＶＬＰ）を形成する。場合によっては、カプシドも、アセンブルされたＶＬＰ（例えばＧＡＧなどのヒト免疫不全ウイルス構造タンパク質を含むＶＬＰ）を放出している細胞に由来する脂質二重層に包まれている。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、脂質二重層内のエンベロープタンパク質としてターゲティング部分をさらに含む。
いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、カプシドへと自己アセンブルするウイルスタンパク質によって形成される超分子複合体を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、ウイルスカプシドに由来する。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、ウイルスヌクレオカプシドに由来する。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、ヌクレオカプシドに由来し、パッケージング核酸の特性を保持する。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、ウイルス構造糖タンパク質のみを含む。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、ウイルスゲノムを含有しない。
本明細書では、レトロウイルスまたはレンチウイルスに由来するものなど、ウイルスに由来するＶＬＰが提供される。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子は、パラミクソウイルスに由来する。よって、いくつかの例では、ウイルス様粒子は、ニパ、ヘンドラ、または麻疹ウイルスに由来する。
Ｃ． 非ウイルスベクター
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、ウイルスベクターまたはウイルス由来ベクター内に含まれない。本明細書では、本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのいずれかなどの結合剤または粒子を含有する非ウイルスベクターが提供される。いくつかの実施形態では、結合剤もしくは粒子ペプチドまたはコードするポリヌクレオチドは、非ウイルスベクターまたは送達ビヒクル内に含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤または粒子をコードするポリヌクレオチドは、非ウイルスベクターまたは送達ビヒクル内に含まれる。
提供される非ウイルスベクターの中には、脂質粒子がある。いくつかの実施形態では、脂質粒子は、両親媒性脂質の天然に由来する二重層を含む。いくつかの実施形態では、二重層は、同じまたは異なるタイプの１つ以上の脂質から成っていてもよい。いくつかの実施形態では、脂質は、ホスホコリン及びホスホイノシトールなどのリン脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、ＤＭＰＣ、ＤＯＰＣ、及びＤＳＰＣを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、脂質粒子などの非ウイルスベクターに含まれる。
ナノ粒子は、サイズが約１００ｎｍに及ぶ固体の球状構造であり、天然または合成のポリマーから調製することができる。いくつかの態様では、ナノ粒子は、特定の組織または細胞を標的とし、標的遺伝子をヌクレアーゼ分解から保護し、ＤＮＡ安定性を向上させ、形質転換効率または安全性を増加させる能力を示す。いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、ナノ粒子である。いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、生分解性ポリマー、テトラポッド量子ドット、テトラポッド物品、多脚発光ナノ粒子、テトラポッドナノ結晶、生分解性ナノ粒子、リポソーム、ナノキャリア、またはデンドリマーのうちのいずれかの１つ以上である。
カチオン性脂質は、安定な結合または分解可能な結合のいずれかによって接続されたカチオン性頭部基と疎水性尾部基とを有する両親媒性分子である。Ｆｅｌｇｎｅｒらは、ＤＮＡ送達のためのカチオン性脂質の使用を１９８７年に初めて示した（Ｆｅｌｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ（８４）２１：７４１３－７４１７，１９８７）。それ以来、例えばＧＬ６７Ａを含む多くのカチオン性脂質が合成され、核酸送達について評価されている。よって、いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、脂質複合体である。いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、プラスミドである。いくつかの実施形態では、非ウイルスベクターは、裸の核酸である。
いくつかの実施形態では、ベクターは、ｍＲＮＡである。ｍＲＮＡの非ウイルス性送達は、裸の核酸、ポリプレックス、リポプレックスまたはリポソーム封入ｍＲＮＡの注射、遺伝子銃によるバイオリステック送達、微粒子担体による送達、及び電気穿孔を使用して行うことができる。
いくつかの態様では、ｍＲＮＡ分子の基本的成分は、少なくともコード領域、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ及びポリＡ尾部を含む。いくつかの実施形態では、第１及び第２のフランキング領域は、独立して１５～１，０００ヌクレオチド長（例えば、３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、及び９００を超えるヌクレオチド、または少なくとも３０、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、及び１，０００のヌクレオチド）の範囲である。いくつかの実施形態では、テーリング配列は、不在から５００ヌクレオチド長（例えば、少なくとも６０、７０、８０、９０、１２０、１４０、１６０、１８０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５００のヌクレオチド）の範囲である。テーリング領域がポリＡ尾部である場合、長さは、ポリＡ結合タンパク質の結合の単位で、またはその関数として決定され得る。いくつかの実施形態では、ポリＡ尾部は、ポリＡ結合タンパク質の少なくとも４つの単量体を結合するのに十分長い。ポリＡ結合タンパク質単量体は、およそ３８ヌクレオチドの区間に結合する。したがって、約８０ヌクレオチド及び１６０ヌクレオチドのポリＡ尾部が機能的であることが観察されている。
ｍＲＮＡの５’キャップ構造は核外搬出に関与し、ｍＲＮＡ安定性を増加させる。いくつかの態様では、５’キャップは、ｍＲＮＡキャップ結合タンパク質（ＣＢＰ）と結合し、次いでこれがポリ（Ａ）結合タンパク質と会合して成熟環状ｍＲＮＡ種を形成する。いくつかの態様では、キャップは、ｍＲＮＡスプライシング中の５’近位イントロン除去の除去をさらに補助する。内因性ｍＲＮＡ分子は、ｍＲＮＡ分子の末端グアノシンキャップ残基と５’末端の転写されたセンスヌクレオチドとの間に５’－ｐｐｐ－５’－三リン酸結合を生成するように５’末端キャップされ得る。次いで、この５’－グアニル酸キャップをメチル化して、Ｎ７－メチル－グアニル酸残基を生成することができる。ｍＲＮＡの５’末端の末端及び／または末端前（ａｎｔｅｔｅｒｍｉｎａｌ）の転写されたヌクレオチドのリボース糖が２’－Ｏ－メチル化されてもよい。グアニル酸キャップ構造の加水分解及び切断による５’－デキャッピングにより、ｍＲＮＡ分子などの核酸分子を分解の標的とすることができる。
いくつかの実施形態では、結合剤をコードするｍＲＮＡベクターなどの本明細書で提供されるポリヌクレオチドに対する修飾は、非加水分解性キャップ構造を生成し、デキャッピングを防止し、したがってｍＲＮＡ半減期を増加させ得る。キャップ構造の加水分解には５’－ｐｐｐ－５’ホスホロジエステル結合の切断が必要であるため、いくつかの態様では、修飾型ヌクレオチドがキャッピング反応中に使用され得る。例えば、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ（Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）製のワクシニアキャッピング酵素をａ－チオ－グアノシンヌクレオチドと共に製造元の説明に従って使用して、５’－ｐｐｐ－５’キャップにホスホロチオエート結合を作ることができる。
いくつかの実施形態では、ａ－メチル－ホスホネート及びセレノ－ホスフェートヌクレオチドなどの追加の修飾型グアノシンヌクレオチドを使用することができる。いくつかの態様では、追加の修飾には、糖環の２’－ヒドロキシル基上のｍＲＮＡの５’末端及び／または５’－末端前ヌクレオチドのリボース糖の２’－Ｏ－メチル化（上記のとおり）が含まれる。複数の異なる５’－キャップ構造を使用して、ｍＲＮＡ分子などの核酸分子の５’キャップを生成することができる。
合成キャップアナログ、化学キャップ、化学キャップアナログ、または構造的もしくは機能的キャップアナログとも呼ばれるキャップアナログは、天然の（すなわち内因性、野生型、または生理学的）５’キャップとは化学構造が異なるが、キャップ機能を保持している。いくつかの態様では、キャップアナログは、化学的に（すなわち非酵素的に）または酵素的に合成する及び／または核酸分子に連結することができる。
いくつかの実施形態では、キャッピング領域は、単一のキャップ、またはキャップを形成する一連のヌクレオチドを含み得る。この実施形態では、キャッピング領域は、１～１０、例えば２～９、３～８、４～７、１～５、５～１０、または少なくとも２、もしくは１０以下のヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、キャップは存在しない。
いくつかの態様では、非ウイルスｍＲＮＡベクターなどの本明細書で提供されるポリヌクレオチドは、部分的または実質的に翻訳不可能な、例えば非コード領域を有するポリ核酸配列の領域を含む。このような分子は通常翻訳されないが、リボソームタンパク質またはトランスファーＲＡ（ｔＲＡ）などの１つ以上の翻訳機構成分への結合及びそれらの隔離のうちの１つ以上によってタンパク質生成に影響を及ぼすことにより、細胞内のタンパク質発現を効果的に減少させるか、または細胞内の１つ以上の経路もしくはカスケードを調節することでタンパク質レベルを改変することができる。いくつかの態様では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドは、非コード領域を含有する。いくつかの実施形態では、非コード領域は、１つ以上の長い非コードＲＮＡ（ＩｎｃＲＮＡ、またはｌｉｎｃＲＮＡ）もしくはその一部、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏ－ＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはＰｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）をコードする。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの安定性を調節するために、３’非翻訳領域ＡＵリッチ要素（ＡＲＥ）の修飾が使用される。結合剤または粒子をコードするものなど、特定のポリヌクレオチドを工学操作する際、ＡＲＥの１つ以上のコピーを導入して、本明細書で提供されるポリヌクレオチドの安定性を下げることができる。いくつかの態様では、ポリヌクレオチドの安定性の減少は、同族タンパク質の発現を減少させる。いくつかの態様では、ＡＲＥを同定し、除去または変異させて、細胞内安定性を増加させ、結果として得られるタンパク質の翻訳及び生成を増加させることができる。本明細書で提供されるポリヌクレオチドを使用して、関連する細胞株でトランスフェクション実験を行うことができ、トランスフェクション後の様々な時点でタンパク質生成をアッセイすることができる。例えば、異なるＡＲＥ工学操作分子を細胞にトランスフェクトすることができ、関連するタンパク質にＥＬＩＳＡキットを使用することにより、トランスフェクションの６時間後、１２時間後、２４時間後、４８時間後、及び７日後に生成されたタンパク質をアッセイすることができる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるポリヌクレオチドは、開始コドン及び／または停止コドンに加えて、１つ以上のシグナル及び／または制限配列をさらに含み得る。
いくつかの態様では、非ウイルス性の核酸移送ビヒクルまたは送達ビヒクルは、核酸送達用のウイルスベクターよりも毒性が低く、抗原性が低く、調製が容易であり、かつ費用が低い場合がある。カチオン性脂質ビヒクルまたはポリマー送達ビヒクルのようなある特定の送達ビヒクルも、核酸移送中の内因性ＲＮＡａｓｅからの保護に役立ち得る。
Ｄ． 脂質粒子を生成する方法
本明細書では、本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのいずれかなどの結合剤または粒子を含む脂質粒子が提供される。いくつかの実施形態では、脂質粒子は、ウイルス粒子、ウイルス様粒子、ナノ粒子、小胞、エクソソーム、デンドリマー、レンチウイルス、ウイルスベクター、除核細胞、微小胞、膜小胞、細胞外膜小胞、細胞膜小胞、巨大細胞膜小胞、アポトーシス小体、ミト粒子、ピレノサイト、リソソーム、別の膜包囲小胞、またはレンチウイルスベクター、ウイルスベースの粒子、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）または細胞由来粒子であり得る。
いくつかの実施形態では、脂質粒子は、細菌、哺乳動物細胞株、昆虫細胞株、酵母及び植物細胞を含む複数の細胞培養系において生成され得る。
いくつかの実施形態では、脂質粒子のアセンブリは、ウイルスゲノム内の独自のカプシド形成配列（例えば、ステムループ構造を有するＵＴＲ）へのコアタンパク質の結合によって開始する。いくつかの実施形態では、コアとカプシド形成配列との相互作用は、オリゴマー化を容易にする。
いくつかの実施形態では、ビヒクルは、ウイルスＲＮＡが欠如または欠損している配列を含む標的指向型脂質粒子であり、ウイルスＲＮＡの欠如または欠損は、いくつかの態様では、配列からウイルスＲＮＡを除去または排除した結果であり得る。いくつかの実施形態では、これは、ｇａｇ上の内因性パッケージングシグナル結合部位を使用することによって達成され得る。いくつかの実施形態では、内因性パッケージングシグナル結合部位は、ｐｏｌ上にある。いくつかの実施形態では、提供される結合剤のいずれかをコードするものなど、本明細書で提供されるポリヌクレオチドは、同族のパッケージングシグナルを含有する。いくつかの実施形態では、送達すべき本明細書で提供されるポリヌクレオチド上に位置する異種結合ドメイン（ｇａｇに対して異種である）と、ｇａｇまたはｐｏｌ上に位置する同族結合部位とを使用して、送達すべき本明細書で提供されるポリヌクレオチドのパッケージングを確実にすることができる。いくつかの実施形態では、ベクター粒子を使用して、本明細書で提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドを送達してもよく、この場合、機能的なインテグラーゼ及び／または逆転写酵素は必要ない。
１． トランスファーベクター
いくつかの実施形態では、ベクター粒子は、典型的には核酸分子の移送または細胞のゲノムもしくは核酸移送を媒介するウイルス粒子への組み込みを容易にするウイルス由来核酸要素を含む核酸分子（例えば、トランスファープラスミド）を含む。いくつかの態様では、ベクター粒子は、典型的には、核酸（複数可）に加えて様々なウイルス成分を含み、時には宿主細胞成分も含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、例えば、細胞または移送された核酸に（例えば、裸のｍＲＮＡとして）核酸を移送することが可能なウイルスまたはウイルス粒子を含む。いくつかの実施形態では、ウイルスベクター及びトランスファープラスミドは、主にウイルスに由来する構造的及び／または機能的遺伝子要素を含む。レトロウイルスベクターは、主にレトロウイルスに由来する構造的及び機能的遺伝子要素、またはそれらの一部を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを含み得る。レンチウイルスベクターは、主にレンチウイルスに由来する、ＬＴＲを含む、構造的及び機能的遺伝子要素、またはそれらの一部を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを含み得る。
実施形態では、レンチウイルスベクター（例えば、レンチウイルス発現ベクター）は、レンチウイルストランスファープラスミド（例えば、裸のＤＮＡとして）または感染性レンチウイルス粒子を含み得る。クローニング部位、プロモーター、制御要素、異種核酸などの要素に関して、これらの要素の配列は、ＲＮＡ形態でレンチウイルス粒子に存在し得、ＤＮＡ形態でＤＮＡプラスミドに存在し得ることが理解されるべきである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のベクターにおいて、複製に寄与する、または必須である１つ以上のタンパク質コード領域の少なくとも一部は、対応する野生型ウイルスと比較して存在しない場合がある。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、複製欠損性である。いくつかの実施形態では、ベクターは、標的非分裂宿主細胞を形質導入すること、及び／またはそのゲノムを宿主ゲノムに組み込むことが可能である。
いくつかの実施形態では、野生型レトロウイルスゲノムの構造は、しばしば、５’長い末端反復（ＬＴＲ）及び３’ＬＴＲを含み、その間またはその中に、ゲノムがパッケージングされることを可能にするためのパッケージングシグナル、プライマー結合部位、宿主細胞ゲノムへの組み込みを可能とするための組み込み部位ならびにウイルス粒子の構築を促進するパッケージング成分をコードするｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖ遺伝子が配置されている。より複雑なレトロウイルスは、追加の特徴、例えば、ＨＩＶにおけるｒｅｖ及びＲＲＥ配列を有し、これは、感染した標的細胞の核から細胞質への組み込まれたプロウイルスのＲＮＡ転写産物の効率的な搬出を可能とする。プロウイルスでは、ウイルス遺伝子は、長い末端反復（ＬＴＲ）と呼ばれる領域によって両端で挟まれている。いくつかの実施形態では、ＬＴＲは、プロウイルスの組み込み及び転写に関与する。いくつかの実施形態では、ＬＴＲは、エンハンサー－プロモーター配列として機能し、ウイルス遺伝子の発現をコントロールし得る。いくつかの実施形態では、レトロウイルスＲＮＡのカプシド形成は、ウイルスゲノムの５’末端に位置するプサイ配列により生じる。
いくつかの実施形態では、ＬＴＲは、Ｕ３、Ｒ及びＵ５と呼ばれる３つの要素に分けられ得る同様の配列である。Ｕ３は、ＲＮＡの３’末端に特有の配列に由来する。Ｒは、ＲＮＡの両端で繰り返される配列に由来し、Ｕ５は、ＲＮＡの５’末端に特有の配列に由来する。３つの要素のサイズは、異なるレトロウイルス間で大幅に変化し得る。
いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムについては、転写開始の部位は、典型的には、一方のＬＴＲにおけるＵ３とＲとの間の境界であり、ポリ（Ａ）付加（終結）の部位は、他方のＬＴＲにおけるＲとＵ５との間の境界である。Ｕ３は、細胞性、及びいくつかの場合では、ウイルス転写活性化因子タンパク質に対して反応性のプロモーター及び複数のエンハンサー配列を含む、プロウイルスの転写コントロール要素のほとんどを含有する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、遺伝子発現の制御に関与するタンパク質をコードする次の遺伝子：ｔａｔ、ｒｅｖ、ｔａｘ及びｒｅｘのうちの任意の１つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、構造遺伝子ｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖ、ｇａｇは、ウイルスの内部構造タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、Ｇａｇタンパク質は、成熟タンパク質ＭＡ（マトリックス）、ＣＡ（カプシド）及びＮＣ（ヌクレオカプシド）にタンパク質分解的に処理される。いくつかの実施形態では、ｐｏｌ遺伝子は、逆転写酵素（ＲＴ）をコードし、これは、ゲノムの複製を媒介する、ＤＮＡポリメラーゼ、関連するＲＮａｓｅ Ｈ及びインテグラーゼ（ＩＮ）を含有する。いくつかの実施形態では、ｅｎｖ遺伝子は、細胞受容体タンパク質と特異的に相互作用する複合体を形成する、ビリオンの表面（ＳＵ）糖タンパク質及び膜貫通（ＴＭ）タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、相互作用は、ウイルス膜と細胞膜との融合によって感染症を促進する。
いくつかの実施形態では、複製欠損性レトロウイルスベクターゲノムｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖは、存在しない場合があり、または機能性ではない場合がある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡの両末端におけるＲ領域は、典型的には繰り返し配列である。いくつかの実施形態では、Ｕ５及びＵ３は、ＲＮＡゲノムの５’及び３’末端における独自の配列をそれぞれ表す。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスはまた、ｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖ以外のタンパク質をコードする追加の遺伝子を含有し得る。追加の遺伝子の例には、（ＨＩＶにおける）、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｘ、ｖｐｕ、ｔａｔ、ｒｅｖ及びｎｅｆのうちの１つ以上が含まれる。ＥＩＡＶは、（とりわけ）追加の遺伝子Ｓ２を有する。いくつかの実施形態では、追加の遺伝子によってコードされるタンパク質は、様々な機能を果たし、その一部は、細胞性タンパク質によって提供される機能の重複であり得る。ＥＩＡＶにおいて、例えば、ｔａｔは、ウイルスＬＴＲの転写活性化因子として作用する（Ｄｅｒｓｅ ａｎｄ Ｎｅｗｂｏｌｄ １９９３ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １９４：５３０－６；Ｍａｕｒｙ ｅｔ ａｌ．１９９４ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２００：６３２－４２）。それは、ＴＡＲと称される安定なステムループＲＮＡ二次構造に結合する。Ｒｅｖは、ｒｅｖ－反応要素（ＲＲＥ）を介してウイルス遺伝子の発現を制御し、調整する（Ｍａｒｔａｒａｎｏ ｅｔ ａｌ．１９９４ Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６８：３１０２－１１）。
いくつかの実施形態では、プロテアーゼ、逆転写酵素及びインテグラーゼに加えて、非霊長類レンチウイルスは、ｄＵＴＰａｓｅをコードする第４のｐｏｌ遺伝子産物を含有する。いくつかの実施形態では、これは、これらのレンチウイルスが、所定の非分裂細胞または徐々に分裂する細胞タイプに感染する能力において役割を果たす。
実施形態では、組換えレンチウイルスベクター（ＲＬＶ）は、ＲＮＡゲノムを、パッケージング成分の存在下で、標的細胞に感染することが可能なウイルス粒子にパッケージングすることが可能となるように十分なレトロウイルス遺伝子情報を有するベクターである。いくつかの実施形態では、標的細胞の感染は、逆転写及び標的細胞ゲノムへの組み込みを含み得る。いくつかの実施形態では、ＲＬＶは、典型的には、ベクターによって標的細胞に送達される非ウイルスコーディング配列を保有する。いくつかの実施形態では、ＲＬＶは、標的細胞内で感染性レトロウイルス粒子を生成するための独立した複製が不可能である。いくつかの実施形態では、ＲＬＶは、機能性ｇａｇ－ｐｏｌ及び／またはｅｎｖ遺伝子及び／または複製に関与する他の遺伝子を欠く。いくつかの実施形態では、ベクターは、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ９９／１５６８３（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、スプリット－イントロンベクターとして構成され得る。
いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、最小ウイルスゲノムを含み、例えば、ウイルスベクターは、例えば、ＷＯ９８／１７８１５（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、対象となるヌクレオチド配列を標的宿主細胞に感染させ、形質導入し、送達するための必要とされる機能性を提供するために、非必須要素を除去し、必須要素を保持するように操作されている。
いくつかの実施形態では、最小レンチウイルスゲノムは、例えば、（５’）Ｒ－Ｕ５－１つ以上の第１のヌクレオチド配列－Ｕ３－Ｒ（３’）を含み得る。いくつかの実施形態では、源細胞内でレンチウイルスゲノムを生成するために使用されるプラスミドベクターにはまた、源細胞におけるゲノムの転写を誘導するためのレンチウイルスゲノムに機能可能に連結された転写制御コントロール配列が含まれ得る。いくつかの実施形態では、制御配列は、転写されたレトロウイルス配列、例えば、５’Ｕ３領域に関連する天然配列を含み得、またはそれらは、異種プロモーター、例えば、別のウイルスプロモーター、例えばＣＭＶプロモーターを含み得る。いくつかの実施形態では、レンチウイルスゲノムは、効率的なウイルス生成を促進するための追加の配列を含む。いくつかの実施形態では、ＨＩＶの場合、ｒｅｖ及びＲＲＥ配列が含まれ得る。いくつかの実施形態では、代替的にまたは組み合わせて、コドン最適化が使用され得、例えば、外因性物質をコードする遺伝子は、例えば、ＷＯ０１／７９５１８（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、コドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、ｒｅｖ／ＲＲＥシステムと類似するまたは同じ機能を発揮する代替的配列も使用され得る。いくつかの実施形態では、ｒｅｖ／ＲＲＥシステムの機能性アナログは、Ｍａｓｏｎ Ｐｆｉｚｅｒサルウイルスに見られる。いくつかの実施形態では、これは、ＣＴＥとして知られており、感染細胞における因子と相互作用すると考えられるゲノムにおけるＲＲＥ型配列を含む。細胞因子は、ｒｅｖアナログと考えられ得る。いくつかの実施形態では、ＣＴＥは、ｒｅｖ／ＲＲＥシステムの代替手段として使用され得る。いくつかの実施形態では、ＨＴＬＶ－ＩのＲｅｘタンパク質は、ＨＩＶ－ＩのＲｅｖタンパク質に機能的に取って代わり得る。Ｒｅｖ及びＲｅｘは、ＩＲＥ－ＢＰに対して類似する効果を有する。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸（例えば、レンチウイルス核酸、例えば、霊長類または非霊長類レンチウイルス核酸）は、（１）欠失したｇａｇ遺伝子であって、ｇａｇにおける欠失が、ｇａｇコード配列の約ヌクレオチド３５０または３５４の下流の１つ以上のヌクレオチドを除去する、欠失したｇａｇ遺伝子を含む、（２）レトロウイルス核酸に存在しない１つ以上のアクセサリー遺伝子を有する、（３）ｔａｔ遺伝子を欠くが、５’ＬＴＲの末端とｇａｇのＡＴＧとの間にリーダー配列を含む、及び（４）（１）、（２）及び（３）の組み合わせである。実施形態では、レンチウイルスベクターは、特徴（１）及び（２）及び（３）のすべてを含む。このストラテジーは、ＷＯ９９／３２６４６（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）においてより詳細に記載されている。
いくつかの実施形態では、霊長類レンチウイルス最小システムは、ベクター生成のためにまたは分裂細胞及び非分裂細胞の形質導入のためにＨＩＶ／ＳＩＶの追加の遺伝子ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｘ、ｖｐｕ、ｔａｔ、ｒｅｖ及びｎｅｆのいずれも必要としない。いくつかの実施形態では、ＥＩＡＶ最小ベクターシステムは、ベクター生成のためにまたは分裂細胞及び非分裂細胞の形質導入のためにＳ２を必要としない。
いくつかの実施形態では、追加の遺伝子の欠失により、レンチウイルス（例えば、ＨＩＶ）感染症における疾患に関連する遺伝子を伴わずにベクターを生成することが可能となり得る。いくつかの実施形態では、ｔａｔは、疾患に関連する。いくつかの実施形態では、追加の遺伝子の欠失により、ベクターは、より多くの異種ＤＮＡをパッケージングすることが可能となる。いくつかの実施形態では、Ｓ２などの機能が不明である遺伝子は、省略され、よって、不要な効果を引き起こすリスクを減少させ得る。最小レンチウイルスベクターの例は、ＷＯ９９／３２６４６及びＷＯ９８／１７８１５に開示されている。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、少なくともｔａｔ及びＳ２（ＥＩＡＶベクター系である場合）を欠いており、場合によってはｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｘ、ｖｐｕ及びｎｅｆも欠いている。いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸はまた、ｒｅｖ、ＲＲＥ、またはその両方を欠いている。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、ｖｐｘを含む。Ｖｐｘポリペプチドは、細胞質における遊離ｄＮＴＰを分解するＳＡＭＨＤ１制限因子に結合し、その分解を誘導する。いくつかの実施形態では、細胞質における遊離ｄＮＴＰの濃度は、ＶｐｘがＳＡＭＨＤ１を分解し、逆転写活性が増加するとともに増加し、よって、レトロウイルスゲノムの逆転写及び標的細胞ゲノムへの組み込みを容易化する。
いくつかの実施形態では、異なる細胞は、特定のコドンのそれらの使用頻度が異なる。いくつかの実施形態では、このコドンバイアスは、細胞タイプにおける特定のｔＲＮＡの相対的存在量におけるバイアスに対応する。いくつかの実施形態では、対応するｔＲＮＡの相対的存在量に一致するように調整されるように配列におけるコドンを改変することにより、発現を増加させることが可能である。いくつかの実施形態では、対応するｔＲＮＡが特定の細胞タイプにおいて稀であることが知られているコドンを故意に選択することによって発現を減少させることが可能である。いくつかの実施形態では、追加の程度の翻訳コントロールが可能である。コドン最適化の追加的説明は、例えば、ＷＯ９９／４１３９７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。
いくつかの実施形態では、ＨＩＶ及び他のレンチウイルスを含むウイルスは、多数の稀なコドンを使用し、これらを一般的に使用される哺乳動物コドンに対応するように変化させることによって、哺乳動物プロデューサー細胞におけるパッケージング成分の増加した発現が達成され得る。
いくつかの実施形態では、コドン最適化は、多数の他の利点を有する。いくつかの実施形態では、それらの配列における変化により、パッケージング成分をコードするヌクレオチド配列は、ＲＮＡ不安定性配列（ＩＮＳ）が減少する、またはそれから排除され得る。同時に、パッケージング成分のためのアミノ酸配列コード配列は、その配列によってコードされるウイルス成分が、パッケージング成分の機能が損なわれないように同じ、または少なくとも十分に類似したままとなるように保持される。いくつかの実施形態では、コドン最適化はまた、搬出のためのＲｅｖ／ＲＲＥ要件を克服し、最適化された配列をＲｅｖ非依存にする。いくつかの実施形態では、コドン最適化はまた、ベクター系内の異なる構築物間（例えば、ｇａｇ－ｐｏｌ及びｅｎｖオープンリーディングフレームにおける重複領域間）の相同組換えを減少させる。いくつかの実施形態では、コドン最適化は、ウイルス力価の増加及び／または安全性の向上をもたらす。
いくつかの実施形態では、ＩＮＳに関するコドンのみが、コドン最適化される。他の実施形態では、配列は、ｇａｇ－ｐｏｌのフレームシフト部位を包含する配列を除いて、全体がコドン最適化されている。
ｇａｇ－ｐｏｌ遺伝子は、ｇａｇ－ｐｏｌタンパク質をコードする２つの重複リーディングフレームを含む。両方のタンパク質の発現は、翻訳中のフレームシフトに依存する。このフレームシフトは、翻訳中のリボソームの「滑り」の結果として生じる。この滑りは、少なくとも部分的にリボソーム停止ＲＮＡ二次構造によって引き起こされると考えられる。このような二次構造は、ｇａｇ－ｐｏｌ遺伝子のフレームシフト部位の下流に存在する。ＨＩＶの場合、重複領域は、ｇａｇの始点の下流のヌクレオチド１２２２（ヌクレオチド１はｇａｇ ＡＴＧのＡである）からｇａｇの終点（ｎｔ１５０３）まで延びる。したがって、フレームシフト部位及び２つのリーディングフレームの重複領域にわたる２８１ｂｐの断片は、コドン最適化されていないことが好ましい。いくつかの実施形態では、この断片を保持することにより、ｇａｇ－ｐｏｌタンパク質のより効率的な発現が可能になる。ＥＩＡＶの場合、重複の始点はｎｔ１２６２にある（ヌクレオチド１はｇａｇ ＡＴＧのＡである）。重複の最後は、ｎｔ１４６１である。フレームシフト部位及びｇａｇ－ｐｏｌ重複が保存されることを確保するために、野生型配列は、ｎｔ１１５６から１４６５まで保持され得る。
いくつかの実施形態では、例えば、好都合な制限部位に適応するために、最適なコドン使用頻度からの誘導がなされ得、保存的アミノ酸変化がｇａｇ－ｐｏｌタンパク質に導入され得る。
いくつかの実施形態では、コドン最適化は、哺乳動物システムにおける不十分なコドン使用頻度を伴うコドンに基づく。３番目ならびに時に２番目及び３番目の塩基が変化され得る。
いくつかの実施形態では、遺伝子コードの縮重特質により、多数のｇａｇ－ｐｏｌ配列が当業者によって達成され得ることが理解される。また、コドン最適化ｇａｇ－ｐｏｌ配列を生成するための足掛かりとして使用され得る記載される多くのレトロウイルスバリアントが存在する。レンチウイルスゲノムは非常に多様であり得る。例えば、依然として機能性であるＨＩＶ－Ｉの多くの準種が存在する。これは、ＥＩＡＶについても当てはまる。これらのバリアントは、形質導入プロセスの特定の部分を向上させるために使用され得る。ＨＩＶ－Ｉバリアントの例は、Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙによって維持されているＨＩＶデータベースで見ることができる。ＥＩＡＶクローンの詳細は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈによって維持されているＮＣＢＩデータベースで見ることができる。
いくつかの実施形態では、コドン最適化ｇａｇ－ｐｏｌ配列のためのストラテジーが、任意のレトロウイルス、例えば、ＥＩＡＶ、ＦＩＶ、ＢＩＶ、ＣＡＥＶ、ＶＭＲ、ＳＩＶ、ＨＩＶ－Ｉ及びＨＩＶ－２に関して使用され得る。また、この方法は、ＨＴＬＶ－Ｉ、ＨＴＬＶ－２、ＨＦＶ、ＨＳＲＶ及びヒト内因性レトロウイルス（ＨＥＲＶ）、ＭＬＶ及び他のレトロウイルスからの遺伝子の発現を増加させるために使用され得る。
実施形態では、レトロウイルスベクターは、ｅｎｖ配列を依然として保持するベクターにおけるｇａｇの２５５～３６０ヌクレオチド、またはスプライスドナー変異、ｇａｇ及びｅｎｖ欠失の特定の組み合わせにおけるｇａｇの約４０ヌクレオチド含むパッケージングシグナルを含む。いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクターは、１つ以上の欠失を含むｇａｇ配列を含み、例えば、ｇａｇ配列は、Ｎ末端から誘導可能な約３６０ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクター、ヘルパー細胞、ヘルパーウイルス、またはヘルパープラスミドは、レトロウイルス構造及びアクセサリータンパク質、例えばｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｔａｔ、ｒｅｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｖｐｘ、またはｎｅｆタンパク質または他のレトロウイルスタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態ではレトロウイルスタンパク質は、同じレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスタンパク質は、複数のレトロウイルス、例えば、２、３、４、またはそれ以上のレトロウイルスに由来する。
いくつかの実施形態では、ｇａｇ及びｐｏｌをコードする配列は通常、ネイティブレンチウイルスにおいてＧａｇ－Ｐｏｌ前駆体として組織化される。ｇａｇ配列は、ｐ５５とも呼ばれる、５５－ｋＤのＧａｇ前駆体タンパク質をコードする。ｐ５５は、ＭＡ（マトリックス［ｐ１７］）、ＣＡ（カプシド［ｐ２４］）、ＮＣ（ヌクレオカプシド［ｐ９］）、及びｐ６と指定された４つのより小さなタンパク質への成熟のプロセス中にウイルスにコードされるプロテアーゼ（ｐｏｌ遺伝子の生成物）によって切断される。ｐｏｌ前駆体タンパク質は、ウイルスにコードされるプロテアーゼによってＧａｇから切断され、さらに消化されてプロテアーゼ（ｐ１０）、ＲＴ（ｐ５０）、ＲＮａｓｅ Ｈ（ｐ１５）、及びインテグラーゼ（ｐ３１）活性を分離する。
いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、組み込み欠損性である。いくつかの実施形態では、ｐｏｌは、インテグラーゼ遺伝子における変異によりコードすることなどによってインテグラーゼ欠損性となる。例えば、ｐｏｌコード配列は、例えば、触媒活性に関与するアミノ酸の１つ以上の変異、すなわち、アスパラギン６４、アスパラギン酸１１６及び／またはグルタミン酸１５２のうちの１つ以上の変異によって、インテグラーゼにおける不活性化変異を含有し得る。いくつかの実施形態では、インテグラーゼ変異は、Ｄ６４Ｖ変異である。いくつかの実施形態では、インテグラーゼにおける変異は、レンチウイルスへのウイルスＲＮＡのパッケージングを可能とする。いくつかの実施形態では、インテグラーゼにおける変異は、レンチウイルスへのウイルスタンパク質のパッケージングを可能とする。いくつかの実施形態では、インテグラーゼにおける変異は、挿入変異誘発の可能性を減少させる。いくつかの実施形態では、インテグラーゼにおける変異は、複製能力のあるリコンビナント（ＲＣＲ）を生成する可能性を低下させる（Ｗａｎｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．２００９． Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．１７９８）：１３１６－１３３２）。いくつかの実施形態では、ネイティブＧａｇ－Ｐｏｌ配列がヘルパーベクター（例えば、ヘルパープラスミドまたはヘルパーウイルス）において利用され得、または修飾がなされ得る。これらの修飾には、キメラＧａｇ－Ｐｏｌであって、Ｇａｇ及びＰｏｌ配列が、異なるウイルス（例えば、異なる種、亜種、株、分岐群など）から得られ得、及び／または配列が、転写及び／または翻訳を改善するように、及び／または組換えを減少させるように修飾されているものが含まれる。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸には、（ｉ）野生型ＩＮＳ１に対してＲＮＡの核外搬出の制限を減少させる変異したＩＮＳ１阻害配列を含む、（ｉｉ）フレームシフト及び未完熟終結をもたらす２つのヌクレオチド挿入を含有する、及び／または（ｉｉｉ）ｇａｇのＩＮＳ２、ＩＮＳ３、及びＩＮＳ４阻害配列を含まないｇａｇタンパク質の１５０～２５０（例えば、１６８）ヌクレオチド部分をコードするポリヌクレオチドが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のベクターは、レトロウイルス（例えば、レンチウイルス）配列及び非レンチウイルス性ウイルス配列の両方を含むハイブリッドベクターである。いくつかの実施形態では、ハイブリッドベクターは、逆転写、複製、組み込み及び／またはパッケージングのためのレトロウイルス、例えば、レンチウイルスの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクター骨格配列のほとんどまたはすべては、レンチウイルス、例えば、ＨＩＶ－１に由来する。しかしながら、レトロウイルス及び／またはレンチウイルス配列の多くの異なる源が使用または組み合わされ得、所定のレンチウイルス配列における多数の置換及び改変が、トランスファーベクターが本明細書に記載の機能を発揮する能力を損なうことなく提供され得ることが理解されるべきである。多様なレンチウイルスベクターがＮａｌｄｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９６ａ，１９９６ｂ，及び１９９８）、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）、Ｄｕｌｌ ｅｔ ａｌ．，１９９８、米国特許第６，０１３，５１６号、及び同第５，９９４，１３６号に記載されており、その多くは、レトロウイルス核酸を生成するために適応され得る。
いくつかの実施形態では、プロウイルスの各末端には、長い末端反復（ＬＴＲ）が典型的に見られる。ＬＴＲは、典型的には、それらの天然配列状況において、ダイレクトリピートであり、かつＵ３、Ｒ及びＵ５領域を含有するレトロウイルス核酸の末端に位置するドメインを含む。ＬＴＲは一般に、レトロウイルス遺伝子の発現（例えば、促進、開始及び遺伝子転写産物のポリアデニル化）及びウイルス複製を促進する。ＬＴＲは、転写コントロール要素、ポリアデニル化シグナル、ならびにウイルスゲノムの複製及び組み込みのための配列を含む、多数の制御シグナルを含み得る。ウイルスＬＴＲは、典型的には、Ｕ３、Ｒ及びＵ５と呼ばれる３つの領域に分けられる。Ｕ３領域は、典型的には、エンハンサー及びプロモーター要素を含有する。Ｕ５領域は、典型的には、プライマー結合部位とＲ領域との間の配列であり、ポリアデニル化配列を含有し得る。Ｒ（リピート）領域は、Ｕ３領域及びＵ５領域によって挟まれ得る。ＬＴＲは、典型的にはＵ３、Ｒ及びＵ５領域から構成され、ウイルスゲノムの５’末端及び３’末端の両方で出現し得る。いくつかの実施形態では、５’ＬＴＲには、ゲノムの逆転写のための配列（ｔＲＮＡプライマー結合部位）及びウイルスＲＮＡの粒子への効率的なパッケージングのための配列（プサイ部位）が隣接する。
いくつかの実施形態では、パッケージングシグナルは、ウイルスＲＮＡのウイルスカプシドまたは粒子への挿入を媒介するレトロウイルスゲノム内に配置された配列を含み得、例えば、Ｃｌｅｖｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９５． Ｊ．ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６９，Ｎｏ．４；ｐｐ．２１０１－２１０９を参照されたい。いくつかのレトロウイルスベクターは、ウイルスゲノムのカプシド形成のための最小パッケージングシグナル（プサイ［Ψ］配列）を使用する。
様々な実施形態では、レトロウイルス核酸は、修飾された５’ＬＴＲ及び／または３’ＬＴＲを含む。ＬＴＲのいずれかまたは両方は、１つ以上の欠失、挿入、または置換を含むがこれらに限定されない１つ以上の修飾を含み得る。３’ＬＴＲの修飾は、ウイルスを複製欠損性、例えば、感染性ビリオンが生成されないように完全で効果的な複製が不可能なウイルス（例えば、複製欠損性レンチウイルス子孫）にすることにより、レンチウイルスまたはレトロウイルス系の安全性を向上させるために行われることが多い。
いくつかの実施形態では、ベクターは、Ｕ３領域として知られる右（３’）ＬＴＲエンハンサー－プロモーター領域が、１回目のウイルス複製以降のウイルス転写を防止するように（例えば、欠失または置換により）修飾されている、自己不活性化（ＳＩＮ）ベクター、例えば、複製欠損性ベクター、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターである。これは、右（３’）ＬＴＲ Ｕ３領域をウイルス複製中の左（５’）ＬＴＲ Ｕ３領域の鋳型として使用することができるため、Ｕ３エンハンサー－プロモーターの非存在によりウイルス複製が阻害されるからである。実施形態では、３’ＬＴＲは、Ｕ５領域が除去される、改変される、または例えば外因性ポリ（Ａ）配列に置き換えられるように修飾される。３’ＬＴＲ、５’ＬＴＲ、または３’ＬＴＲ及び５’ＬＴＲの両方は、修飾型ＬＴＲでもよい。
いくつかの実施形態では、５’ＬＴＲのＵ３領域は、ウイルス粒子の生成中にウイルスゲノムの転写を駆動するように異種プロモーターに置き換えられる。使用できる異種プロモーターの例には、例えば、ウイルス性サルウイルス４０（ＳＶ４０）（例えば、初期または後期）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えば、前初期）、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｏＭＬＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、及び単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）（チミジンキナーゼ）プロモーターが含まれる。いくつかの実施形態では、プロモーターは、Ｔａｔ非依存的に高レベルの転写を駆動することができる。ある特定の実施形態では、異種プロモーターは、ウイルスゲノムが転写される様式をコントロールするうえで追加の利点を有する。例えば、異種プロモーターは、誘導因子が存在する場合にのみウイルスゲノムのすべてまたは一部の転写が生じるように、誘導性であり得る。誘導因子は、１つ以上の化合物または宿主細胞が培養される温度もしくはｐＨなどの生理学的条件を含むが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、例えば、レンチウイルス（例えば、ＨＩＶ）ＬＴＲのＲ領域に位置するＴＡＲ（トランス活性化応答）要素を含む。この要素は、レンチウイルスのトランス活性化因子（ｔａｔ）遺伝子要素と相互作用して、ウイルス複製を増強する。しかしながら、この要素は、例えば、５’ＬＴＲのＵ３領域が異種プロモーターによって置き換えられた実施形態では必要とされない。
いくつかの実施形態では、Ｒ領域、例えば、キャッピング基の開始（すなわち、転写の開始）で始まり、ポリＡトラクトの開始の直前に終了するレトロウイルスＬＴＲ内の領域は、Ｕ３及びＵ５領域によって挟まれ得る。Ｒ領域は、ゲノムの一端から他端への新生ＤＮＡの移行において逆転写中に役割を果たす。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、ＦＬＡＰ要素、例えば、レトロウイルス、例えば、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２の中央ポリプリントラクト及び中央終結配列（ｃＰＰＴ及びＣＴＳ）を配列に含む核酸も含み得る。好適なＦＬＡＰ要素は、米国特許第６，６８２，９０７号及びＺｅｎｎｏｕ，ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｃｅｌｌ，１０１：１７３（これらの全体は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。ＨＩＶ－１の逆転写中、中央ポリプリントラクト（ｃＰＰＴ）におけるプラス鎖ＤＮＡの中央開始、及び中央終結配列（ＣＴＳ）における中央終結により、３本鎖ＤＮＡ構造のＨＩＶ－１中央ＤＮＡフラップが形成され得る。いくつかの実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターの骨格は、外因性物質をコードする遺伝子の上流または下流に１つ以上のＦＬＡＰ要素を含む。例えば、いくつかの実施形態では、トランスファープラスミドは、ＦＬＡＰ要素、例えば、ＨＩＶ－１に由来するまたはＨＩＶ－１から単離されたＦＬＡＰ要素を含む。
実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルス核酸は、細胞の核から細胞質へのＲＮＡ転写産物の輸送を制御するシス作用性転写後制御要素などの１つ以上の搬出要素を含む。ＲＮＡ搬出要素の例は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）ｒｅｖ応答要素（ＲＲＥ）（例えば、Ｃｕｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９９１． Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６５：１０５３、及びＣｕｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９９１．Ｃｅｌｌ ５８：４２３を参照のこと）、及びＢ型肝炎ウイルス転写後制御要素（ＨＰＲＥ）を含むが、これらに限定されず、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれている。一般に、ＲＮＡ搬出要素は、遺伝子の３’ＵＴＲ内に配置され、１または複数のコピーとして挿入され得る。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターにおける異種配列の発現は、転写後制御要素、ポリアデニル化部位、及び転写終結シグナルのうちの１つ以上、例えばすべてを、ベクターに組み込むことによって増加する。多様な転写後制御要素、例えば、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後制御要素（ＷＰＲＥ；Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，７３：２８８６）、Ｂ型肝炎ウイルスに存在する転写後制御要素（ＨＰＲＥ）（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，５：３８６４）、及び類似物（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．，９：１７６６）（この各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）が、タンパク質での異種核酸の発現を増加させ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレトロウイルス核酸は、ＷＰＲＥまたはＨＰＲＥなどの転写後制御要素を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレトロウイルス核酸は、転写後制御要素、例えば、ＷＰＲＥまたはＨＰＲＥを欠くまたは含まない。
いくつかの実施形態では、異種核酸転写産物の終結及びポリアデニル化を指示する要素が、例えば、外因性物質の発現を増加させるために、含まれ得る。転写終結シグナルは、ポリアデニル化シグナルの下流で見ることができる。いくつかの実施形態では、ベクターは、外因性物質をコードするポリヌクレオチドの３’にポリアデニル化配列を含む。ポリＡ部位は、ＲＮＡポリメラーゼＩＩによって新生ＲＮＡ転写産物の終結及びポリアデニル化の両方を指示するＤＮＡ配列を含み得る。ポリアデニル化配列は、コード配列の３’末端にポリＡ尾部を付加することでｍＲＮＡ安定性を促進し、したがって翻訳効率の増加に寄与し得る。レトロウイルス核酸で使用できるポリＡシグナルの具体例には、ＡＡＴＡＡＡ、ＡＴＴＡＡＡ、ＡＧＴＡＡＡ、ウシ成長ホルモンポリＡ配列（ＢＧＨｐＡ）、ウサギβグロビンポリＡ配列（ｒβｇｐＡ）、または別の好適な異種もしくは内因性ポリＡ配列が含まれる。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターは、１つ以上のインスレーター要素、例えば、本明細書に記載のインスレーター要素をさらに含む。
様々な実施形態において、ベクターは、外因性物質をコードするポリヌクレオチドに機能可能に連結されたプロモーターを含む。ベクターは、１つ以上のＬＴＲを有することができ、いずれかのＬＴＲは、１つ以上のヌクレオチド置換、付加、または欠失などの１つ以上の修飾を含む。ベクターはさらに、形質導入効率を増加させるアクセサリー要素（例えば、ｃＰＰＴ／ＦＬＡＰ）、ウイルスパッケージングを増加させるアクセサリー要素（例えば、プサイ（Ψ）パッケージングシグナル、ＲＲＥ）、及び／または外因性遺伝子発現を増加させる他の要素（例えば、ポリ（Ａ）配列）を１つ以上含んでもよく、ＷＰＲＥまたはＨＰＲＥを含んでもよい。
いくつかの実施形態では、レンチウイルス核酸は、例えば、５’から３’まで、プロモーター（例えば、ＣＭＶ）、Ｒ配列（例えば、ＴＡＲを含む）、Ｕ５配列（例えば、組み込みのため）、ＰＢＳ配列（例えば、逆転写のため）、ＤＩＳ配列（例えば、ゲノム二量化のため）、プサイパッケージングシグナル、部分的ｇａｇ配列、ＲＲＥ配列（例えば、核外搬出のため）、ｃＰＰＴ配列（例えば、核内輸送のため）、外因性物質の発現を駆動するためのプロモーター、外因性物質をコードする遺伝子、ＷＰＲＥ配列（例えば、効率的な導入遺伝子発現のため）、ＰＰＴ配列（例えば、逆転写のため）、Ｒ配列（例えば、ポリアデニル化及び終結のため）、及びＵ５シグナル（例えば、組み込みのため）のうちの１つ以上、例えばすべてを含む。
２． パッケージングベクター
ベクター粒子の大規模生産は、ベクター粒子の所望の濃度を達成するのに有用であることが多い。粒子は、ウイルス構造遺伝子及び／またはアクセサリー遺伝子、例えば、ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｔａｔ、ｒｅｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｖｐｘ、もしくはｎｅｆ遺伝子または他のレトロウイルス遺伝子を含むパッケージング細胞株にトランスファーベクターをトランスフェクトすることによって生成され得る。
いくつかの実施形態では、パッケージングベクターは、パッケージングシグナルを欠き、かつ１、２、３、４またはそれ以上のウイルス構造遺伝子及び／またはアクセサリー遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクターまたはウイルスベクターである。典型的には、パッケージングベクターは、プロデューサー細胞に含まれ、トランスフェクション、形質導入または感染を介して細胞に導入される。レトロウイルス、例えば、レンチウイルストランスファーベクターは、源細胞または細胞株を生成するためにトランスフェクション、形質導入または感染を介してプロデューサー細胞株に導入され得る。パッケージングベクターは、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、リポフェクションまたはエレクトロポレーションを含む標準的な方法によってヒト細胞または細胞株に導入され得る。いくつかの実施形態では、パッケージングベクターは、顕性選択マーカー、例えば、ネオマイシン、ハイグロマイシン、ピューロマイシン、ブラストサイジン、ゼオシン、チミジンキナーゼ、ＤＨＦＲ、ＧｌｎシンテターゼまたはＡＤＡと共に細胞に導入され、続いて適切な薬物の存在下で選択され、クローンが単離される。選択マーカー遺伝子は、パッケージングベクターによって、例えば、ＩＲＥＳまたは自己切断性ウイルスペプチドによってコードする遺伝子に物理的に連結され得る。
いくつかの実施形態では、プロデューサー細胞株には、パッケージングシグナルを含有しないが、ウイルス粒子をパッケージングし得るウイルス構造タンパク質及び複製酵素（例えば、ｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖ）を安定的にまたは一過性で発現する細胞株が含まれる。任意の好適な細胞株、例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞が採用され得る。使用され得る好適な細胞株としては、例えば、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、ＭＤＣＫ細胞、Ｃ３Ｈ １０Ｔ１／２細胞、ＦＬＹ細胞、Ｐｓｉ－２細胞、ＢＯＳＣ ２３細胞、ＰＡ３１７細胞、ＷＥＨＩ細胞、ＣＯＳ細胞、ＢＳＣ １細胞、ＢＳＣ ４０細胞、ＢＭＴ １０細胞、ＶＥＲＯ細胞、Ｗ１３８細胞、ＭＲＣ５細胞、Ａ５４９細胞、ＨＴ１０８０細胞、２９３細胞、２９３Ｔ細胞、Ｂ－５０細胞、３Ｔ３細胞、ＮＩＨ３Ｔ３細胞、ＨｅｐＧ２細胞、Ｓａｏｓ－２細胞、Ｈｕｈ７細胞、ＨｅＬａ細胞、Ｗ１６３細胞、２１１細胞、及び２１１Ａ細胞が挙げられる。実施形態では、パッケージング細胞は、２９３細胞、２９３Ｔ細胞、またはＡ５４９細胞である。
いくつかの実施形態では、源細胞株には、プロデューサー細胞株とパッケージングシグナルを含むトランスファーベクター構築物とを含む組換えレトロウイルス粒子を生成することが可能な細胞株が含まれる。ウイルスストック溶液を調製する方法は、例えば、Ｙ．Ｓｏｎｅｏｋａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２３：６２８－６３３、及びＮ．Ｒ．Ｌａｎｄａｕ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６６：５１１０－５１１３（これらは参照により本明細書に組み込まれる）によって説明されている。感染性ウイルス粒子は、例えば、細胞溶解、または細胞培養物の上清の収集によって、プロデューサー細胞から収集され得る。収集されたウイルス粒子は、濃縮または精製され得る。
いくつかの実施形態では、源細胞は、ウイルス粒子をパッケージングし得るウイルス構造タンパク質及び複製酵素（例えば、ｇａｇ、ｐｏｌ及びｅｎｖ）をコードする１つ以上のプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ前駆体のうちの少なくとも２つをコードする配列は、同じプラスミド上にある。いくつかの実施形態では、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ前駆体をコードする配列は、異なるプラスミド上にある。いくつかの実施形態では、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ前駆体をコードする配列は、同じ発現シグナル、例えば、プロモーターを有する。いくつかの実施形態では、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ前駆体をコードする配列は、異なる発現シグナル、例えば、異なるプロモーターを有する。いくつかの実施形態では、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ前駆体の発現は、誘導性である。いくつかの実施形態では、ウイルス構造タンパク質及び複製酵素をコードするプラスミドは、同時にまたは異なる時点でトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、ウイルス構造タンパク質及び複製酵素をコードするプラスミドは、同時にまたはパッケージングベクターとは異なる時点でトランスフェクトされる。
いくつかの実施形態では、源細胞株は、１つ以上の安定に組み込まれたウイルス構造遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、安定に組み込まれたウイルス構造遺伝子の発現は、誘導性である。
いくつかの実施形態では、ウイルス構造遺伝子の発現は、転写レベルで制御される。いくつかの実施形態では、ウイルス構造遺伝子の発現は、翻訳レベルで制御される。いくつかの実施形態では、ウイルス構造遺伝子の発現は、翻訳後レベルで制御される。
いくつかの実施形態では、ウイルス構造遺伝子の発現は、テトラサイクリン（Ｔｅｔ）依存系によって制御され、この系では、Ｔｅｔ制御性転写リプレッサー（Ｔｅｔ－Ｒ）が、プロモーターに含まれるＤＮＡ配列に結合し、立体障害によって転写を抑制する（Ｙａｏ ｅｔ ａｌ，１９９８、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ，２００５）。ドキシサイクリン（ｄｏｘ）を添加すると、Ｔｅｔ－Ｒが放出され、転写が可能となる。複数の他の好適な転写制御プロモーター、転写因子、及び小分子インデューサーが、ウイルス構造遺伝子の転写を制御するために好適である。
いくつかの実施形態では、第３世代レンチウイルス成分、ヒト免疫不全ウイルス１型（ＨＩＶ）Ｒｅｖ、Ｇａｇ／Ｐｏｌ、及びＴｅｔ制御性プロモーターのコントロール下にあり、抗生物質抵抗性カセットと結合したエンベロープは、源細胞ゲノムに別々に組み込まれる。いくつかの実施形態では、源細胞は、ゲノムに組み込まれたＲｅｖ、Ｇａｇ／Ｐｏｌ、及びエンベロープタンパク質の各々の１コピーのみを有する。
いくつかの実施形態では、外因性物質をコードする核酸（例えば、外因性物質をコードするレトロウイルス核酸）もまた、源細胞ゲノムに組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレトロウイルス核酸は、逆転写を受けることができない。そのような核酸は、実施形態では、外因性物質を一過性に発現することができる。レトロウイルスまたはＶＬＰは、無効化された逆転写酵素タンパク質を含む場合があり、または逆転写酵素タンパク質を含まない場合がある。実施形態では、レトロウイルス核酸は、無効化されたプライマー結合部位（ＰＢＳ）及び／またはａｔｔ部位を含む。実施形態では、ｒｅｖ、ｔａｔ、ｖｉｆ、ｎｅｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｖｐｘ及びＳ２またはそれらの機能的均等物を含む１つ以上のウイルスアクセサリー遺伝子が、無効化されているか、またはレトロウイルス核酸に存在しない。実施形態では、Ｓ２、ｒｅｖ及びｔａｔから選択される１つ以上のアクセサリー遺伝子が、無効化されているか、またはレトロウイルス核酸に存在しない。
Ｅ． ビヒクルのターゲティング及び再ターゲティング
いくつかの実施形態では、ビヒクルは、標的リガンドに特異的に結合するベクター表面ターゲティング部分をさらに含む。当業者には、本明細書で提供されるビヒクルが、結合及び／または融合糖タンパク質を保有し、標的細胞に結合して標的細胞の細胞質にビヒクルの内容物を送達することが可能であることが認識されるであろう。これがウイルス膜と標的細胞の細胞膜との直接的な融合を含む天然のウイルス侵入メカニズムによるものであることも、当業者には認識されるであろう。
さらに、パラミクソウイルスなどの多くのウイルスがシアル酸受容体に結合し、したがって、対応する誘導体ビヒクルが、シアル酸受容体を発現するほとんどすべての種類の細胞に一般的にそれらの内容物を送達できることが、当業者には認識されるであろう。ニパウイルス及びＨＩＶなどの他のウイルスはタンパク質受容体に結合するため、対応するビヒクルは、各ウイルス及びその表面タンパク質に対する天然の指向性に一致する特異性を有する。
さらに、目的のマーカータンパク質を発現する特定の細胞または細胞タイプのみとビヒクルが相互作用するように、結合タンパク質を「再ターゲティング」する技術が存在することが認識されるであろう（Ｍｓａｏｕｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ７９７：１４１－１６２，２０１２）。よって、ビヒクル表面糖タンパク質のタンパク質は、抗体及びその抗原結合断片、受容体リガンド、ならびに本開示の利点を考慮すれば当業者に明らかとなる他の手法を含むが必ずしもこれらに限定されない、他のターゲティングタンパク質で補充または置換することができる。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、フソゲンである。
１． フソゲン
いくつかの実施形態では、提供されるビヒクル、例えばウイルスベクターまたはウイルス様粒子などの脂質粒子は、１つ以上のフソゲンを含有する。いくつかの実施形態では、脂質粒子、例えばウイルスベクターまたはウイルス様粒子は、外因性のまたは過剰発現したフソゲンを含有する。いくつかの実施形態では、フソゲンは、脂質二重層に配される。いくつかの実施形態では、フソゲンは、膜への脂質粒子の融合を容易にする。いくつかの実施形態では、膜は、形質細胞膜である。いくつかの実施形態では、フソゲンを含むウイルスベクターまたは非ウイルスベクターなどの脂質粒子は、標的細胞の膜に組み込まれ、脂質二重層に組み込まれる。いくつかの実施形態では、フソゲンは、脂質粒子中の脂質と標的細胞中の脂質との混合をもたらす。いくつかの実施形態では、フソゲンは、非細胞粒子の内部と標的細胞のサイトゾルとの間の１つ以上の細孔の形成をもたらす。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、タンパク質ベース、脂質ベース、及び化学ベースのフソゲンである。いくつかの実施形態では、脂質粒子、例えばウイルスベクターまたはウイルス様粒子は、タンパク質フソゲンである第１のフソゲン及び脂質フソゲンまたは化学フソゲンである第２のフソゲンを含有する。いくつかの実施形態では、フソゲンは、標的細胞表面上のフソゲン結合パートナーと結合する。いくつかの実施形態では、脂質粒子は、フソゲンで偽型化されたウイルスベクターまたはウイルス様粒子である。いくつかの例では、ウイルス様粒子のウイルスは、そのエンベロープタンパク質のうちの１つ以上に対する修飾を有し、例えば、エンベロープタンパク質が別のウイルス由来のエンベロープタンパク質で置換されている。いくつかの実施形態では、レトロウイルスエンベロープタンパク質、例えばレンチウイルスエンベロープタンパク質は、フソゲンで偽型化されている。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、タンパク質フソゲン、例えば、哺乳動物タンパク質または哺乳動物タンパク質のホモログ（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上の同一性を有する）、ウイルスタンパク質またはウイルスタンパク質のホモログ（例えば、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上の同一性を有する）などの非哺乳動物タンパク質、天然タンパク質または天然タンパク質の誘導体、合成タンパク質、それらの断片、それらのバリアント、フソゲンまたは断片のうちの１つ以上を含むタンパク質融合物、及びそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、哺乳動物タンパク質を含み得る。哺乳動物フソゲンの例は、ｖＳＮＡＲＥ及びｔＳＮＡＲＥなどのＳＮＡＲＥファミリータンパク質、シンシチン－１（ＤＯＩ：１０．１１２８／ＪＶＩ．７６．１３．６４４２－６４５２．２００２）、及びシンシチン－２などのシンシチンタンパク質、ミオメーカー（ｍｙｏｍａｋｅｒ）（ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｅａｒｌｙ／２０１７／０４／０２／１２３１５８、ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／１２３１５８、ｄｏｉ：１０．１０９６／ｆｊ．２０１６００９４５Ｒ、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ１２３４３）、ミオミキサー（ｍｙｏｍｉｘｅｒ）（ｗｗｗ．ｎａｔｕｒｅ．ｃｏｍ／ｎａｔｕｒｅ／ｊｏｕｒｎａｌ／ｖ４９９／ｎ７４５８／ｆｕｌｌ／ｎａｔｕｒｅ１２３４３．ｈｔｍｌ、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ１２３４３）、ミオマージャー（ｍｙｏｍｅｒｇｅｒ）（ｓｃｉｅｎｃｅ．ｓｃｉｅｎｃｅｍａｇ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｅａｒｌｙ／２０１７／０４／０５／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｍ９３６１、ＤＯＩ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｍ９３６１）、ＦＧＦＲＬ１（線維芽細胞成長因子受容体様１）、ミニオン（Ｍｉｎｉｏｎ）（ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／１２２６９７）、グリセルアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）のアイソフォーム（例えば、ＵＳ６，０９９，８５７Ａに開示されているもの）、コネキシン４３、コネキシン４０、コネキシン４５、コネキシン３２またはコネキシン３７などのギャップジャンクションタンパク質（例えば、ＵＳ２００７／０２２４１７６に開示されているもの、Ｈａｐ２、異種細胞間の合胞体形成を誘導することが可能な任意のタンパク質、フソゲン特性を持つ任意のタンパク質、それらのホモログ、それらの断片、それらのバリアント、ならびに１つ以上のタンパク質またはそれらの断片を含むタンパク質融合物を含み得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、フソゲンは、ヒトゲノムに見られるヒト内因性レトロウイルス要素（ｈＥＲＶ）によってコードされる。追加の例示的なフソゲンは、ＵＳ６，０９９，８５７Ａ及びＵＳ２００７／０２２４１７６において開示されており、これらの全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、非哺乳動物タンパク質、例えばウイルスタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態では、ウイルスフソゲンは、クラスＩウイルス膜融合タンパク質、クラスＩＩウイルス膜タンパク質、クラスＩＩＩウイルス膜融合タンパク質、ウイルス膜糖タンパク質、もしくは他のウイルス融合タンパク質、またはそれらのホモログ、それらの断片、それらのバリアント、または１つ以上のタンパク質もしくはそれらの断片を含むタンパク質融合物である。
いくつかの実施形態では、クラスＩウイルス膜融合タンパク質は、バキュロウイルスＦタンパク質、例えば、核多角体病ウイルス（ＮＰＶ）属のＦタンパク質、例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｅｘｉｇｕａ ＭＮＰＶ（ＳｅＭＮＰＶ）Ｆタンパク質及びＬｙｍａｎｔｒｉａ ｄｉｓｐａｒ ＭＮＰＶ（ＬｄＭＮＰＶ）、ならびにパラミクソウイルスＦタンパク質を含むが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、クラスＩＩウイルス膜タンパク質は、ダニ媒介脳炎Ｅ（ＴＢＥＶ Ｅ）、セムリキ森林ウイルスＥ１／Ｅ２を含むが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、クラスＩＩＩウイルス膜融合タンパク質は、ラブドウイルスＧ（例えば、水疱性口内炎ウイルスの融合性Ｇタンパク質（ＶＳＶ－Ｇ））、ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｂ（例えば、単純ヘルペスウイルス１（ＨＳＶ－１）ｇＢ））、エプスタイン・バーウイルス糖タンパク質Ｂ（ＥＢＶ ｇＢ）、トゴトウイルスＧ、バキュロウイルスｇｐ６４（例えば、Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ＮＰＶ（ＡｃＭＮＰＶ）ｇｐ６４）、ヒヒ内因性レトロウイルスエンベロープ糖タンパク質（ＢａＥＶ）、及びボルナ病ウイルス（ＢＤＶ）糖タンパク質（ＢＤＶ Ｇ）を含むが、これらに限定されない。
他のウイルスフソゲン、例えば、膜糖タンパク質及びウイルス融合タンパク質の例は、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）もしくは変異体などのウイルス合胞体タンパク質、またはそれらの融合タンパク質；ヒト免疫不全ウイルス１型エンベロープタンパク質（ＨＩＶ－１ ＥＮＶ）、リンパ球合胞体を形成するＨＩＶ結合ＬＦＡ－１由来のｇｐ１２０、ＨＩＶ ｇｐ４１、ＨＩＶ ｇｐ１６０、またはＨＩＶ転写トランス活性化因子（ＴＡＴ）；ウイルス糖タンパク質ＶＳＶ－Ｇ、ラブドウイルス科の水疱性口内炎ウイルス由来のウイルス糖タンパク質；水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）の糖タンパク質ｇＢ及びｇＨ－ｇＬ；マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）－１０Ａ１；テナガザル白血病ウイルス糖タンパク質（ＧａＬＶ）；狂犬病、モコラ、水疱性口内炎ウイルス及びトガウイルスのＧ型糖タンパク質；マウス肝炎ウイルスＪＨＭ表面突起タンパク質；ブタ呼吸器コロナウイルススパイク及び膜糖タンパク質；トリ伝染性気管支炎スパイク糖タンパク質及びその前駆体；ウシ腸コロナウイルススパイクタンパク質；麻疹ウイルスのＦ及びＨ、ＨＮまたはＧ遺伝子；イヌジステンパーウイルス、ニューカッスル病ウイルス、ヒトパラインフルエンザウイルス３、サルウイルス４１、センダイウイルス及びヒト呼吸器合胞体ウイルス；シャペロンタンパク質ｇＬを含むヒトヘルペスウイルス１及びサル水痘ウイルスのｇＨ；ヒト、ウシ及びオナガザルヘルペスウイルスｇＢ；フレンドマウス白血病ウイルス及びＭａｓｏｎ Ｐｆｉｚｅｒサルウイルスのエンベロープ糖タンパク質；ムンプスウイルスヘマグルチニンノイラミニダーゼ、ならびに糖タンパク質Ｆ１及びＦ２；ベネズエラウマ脳炎由来の膜糖タンパク質；パラミクソウイルスＦタンパク質；ＳＩＶ ｇｐ１６０タンパク質；エボラウイルスＧタンパク質；またはセンダイウイルス融合タンパク質、またはそれらのホモログ、それらの断片、それらのバリアント、ならびに１つ以上のタンパク質またはそれらの断片を含むタンパク質融合物を含むが、これらに限定されない。
非哺乳動物フソゲンには、ウイルスフソゲン、そのホモログ、その断片、及び１つ以上のタンパク質またはそれらの断片を含む融合タンパク質が含まれる。ウイルスフソゲンには、クラスＩフソゲン、クラスＩＩフソゲン、クラスＩＩＩフソゲン、及びクラスＩＶフソゲンが含まれる。実施形態では、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）ｇｐ４１などのクラスＩフソゲンは、中央のコイルドコイル構造を有するα－ヘリカルヘアピンの特徴的な三量体を含む独特の融合後高次構造を有する。クラスＩウイルス融合タンパク質には、中央の融合後６ヘリックスバンドルを有するタンパク質が含まれる。クラスＩウイルス融合タンパク質には、インフルエンザＨＡ、パラインフルエンザＦ、ＨＩＶ Ｅｎｖ、エボラＧＰ、オルソミクソウイルス由来のヘマグルチニン、パラミクソウイルス（例えば麻疹（Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．ＢＭＣ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０１０，１０：３７））由来のＦタンパク質、レトロウイルス由来のＥＮＶタンパク質、ならびにフィロウイルス及びコロナウイルスのフソゲンが含まれる。実施形態では、デングＥ糖タンパク質などのクラスＩＩウイルスフソゲンは、リフォールディングしてヘアピンの三量体をもたらす細長い外部ドメインを形成するβ－シートの構造的特徴を有する。実施形態では、クラスＩＩウイルスフソゲンは、中央のコイルドコイルを欠いている。クラスＩＩウイルスフソゲンは、アルファウイルス（例えば、Ｅ１タンパク質）及びフラビウイルス（例えば、Ｅ糖タンパク質）に見られることがある。クラスＩＩウイルスフソゲンは、セムリキ森林ウイルス、Ｓｉｎｂｉｓ、風疹ウイルス、及びデングウイルス由来のフソゲンを含む。実施形態では、水疱性口内炎ウイルスＧ糖タンパク質などのクラスＩＩＩウイルスフソゲンは、クラスＩ及びＩＩに見られる構造的特徴を兼ね備える。実施形態では、クラスＩＩＩウイルスフソゲンは、αヘリックス（例えば、クラスＩウイルスフソゲンと同様に６ヘリックスバンドルを形成してタンパク質を折り返す）、及び末端の両親媒性融合ペプチドを含むβシートを含み、クラスＩＩウイルスフソゲンによく似ている。クラスＩＩＩウイルスフソゲンは、ラブドウイルス及びヘルペスウイルスに見られることがある。実施形態では、クラスＩＶウイルスフソゲンは、融合関連小膜貫通（ＦＡＳＴ）タンパク質であり（ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｊ．ｅｍｂｏｊ．７６００７６７、Ｎｅｓｂｉｔｔ，Ｒａｅ Ｌ．，“Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｕｓｉｎｇ Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ Ｆｏｒｍｕｌａｔｅｄ ｗｉｔｈ Ｍｕｌｔｉｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ＦＡＳＴ ｐｒｏｔｅｉｎｓ”（２０１２）．Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ Ｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｄｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ．Ｐａｐｅｒ ３８８）、無エンベロープのレオウイルスによってコードされる。実施形態では、クラスＩＶウイルスフソゲンは、ヘアピンを形成しないほど十分に小さい（ｄｏｉ：１０．１１４６／ａｎｎｕｒｅｖ－ｃｅｌｌｂｉｏ－１０１５１２－１２２４２２、ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｄｅｖｃｅｌ．２００７．１２．００８）。
追加の例示的なフソゲンは、ＵＳ９，６９５，４４６、ＵＳ２００４／００２８６８７、ＵＳ６，４１６，９９７、ＵＳ７，３２９，８０７、ＵＳ２０１７／０１１２７７３、ＵＳ２００９／０２０２６２２、ＷＯ２００６／０２７２０２、及びＵＳ２００４／０００９６０４において開示されており、これらすべての全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、ポックスウイルス科フソゲンである。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、パラミクソウイルスフソゲンである。いくつかの実施形態では、フソゲンは、パラミクソウイルス科のエンベロープ糖タンパク質Ｇ、Ｈ及び／またはＦタンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、フソゲンは、ニパウイルスタンパク質Ｆ、麻疹ウイルスＦタンパク質、ツパイ属パラミクソウイルスＦタンパク質、パラミクソウイルスＦタンパク質、ヘンドラウイルスＦタンパク質、ヘニパウイルスＦタンパク質、モルビリウイルスＦタンパク質、レスピロウイルスＦタンパク質、センダイウイルスＦタンパク質、ルブラウイルスＦタンパク質、またはアブラウイルスＦタンパク質を含有する。いくつかの実施形態では、脂質粒子は、ヘニパウイルスエンベロープ結合糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分及び／またはヘニパウイルスエンベロープ融合糖タンパク質Ｆ（Ｆタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分を含む。
特定の実施形態では、フソゲンは、バキュロウイルスの糖タンパク質ＧＰ６４、糖タンパク質ＧＰ６４バリアントＥ４５Ｋ／Ｔ２５９Ａである。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、呼吸器パラミクソウイルス由来のヘマグルチニン－ノイラミニダーゼ（ＨＮ）及び融合（Ｆ）タンパク質（Ｆ／ＨＮ）である。いくつかの実施形態では、呼吸器パラミクソウイルスはセンダイウイルスである。センダイウイルスのＨＮ及びＦ糖タンパク質は、ＨＮタンパク質を介してシアル酸に結合し、Ｆタンパク質を介して細胞への侵入のための細胞融合を媒介するように機能する。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質の配列は、配列番号４６に示されるとおりである。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、切断型であり、配列番号４６のＣ末端における最大で４２個の連続アミノ酸、例えば、最大で４２、４１、４０、３０、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個の連続アミノ酸を欠く。
いくつかの実施形態では、ＨＮタンパク質の配列は、配列番号４７に示されるとおりである。いくつかの実施形態では、ＨＮタンパク質は、Ｃ末端ドメインへの修飾などによって修飾される。いくつかの実施形態では、ＨＮタンパク質の配列は、配列番号４８に示されるとおりである。
いくつかの実施形態では、フソゲンは、マウスパラインフルエンザウイルス１型由来のＦ及び／またはＨＮタンパク質である（例えば、米国特許第１０７０４０６１号を参照のこと）。
ａ． Ｇタンパク質
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、ヘニパウイルスＧタンパク質またはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、ヘニパウイルスＧタンパク質は、ヘンドラ（ＨｅＶ）ウイルスＧタンパク質、ニパ（ＮｉＶ）ウイルスＧ－タンパク質（ＮｉＶ－Ｇ）、セダー（ＣｅｄＰＶ）ウイルスＧ－タンパク質、ＭｏｊｉａｎｇウイルスＧ－タンパク質、コウモリパラミクソウイルスＧ－タンパク質またはそれらの生物学的に活性な部分である。例示的なＧタンパク質の非限定的なリストを表４Ａに示す。
結合Ｇタンパク質は、Ｎ末端細胞質尾部（例えば、配列番号５のアミノ酸１～４９に対応する）、膜貫通ドメイン（例えば、配列番号５のアミノ酸５０～７０に対応する）、及び細胞外茎部（例えば、配列番号５のアミノ酸７１～１８７に対応する）を含有する細胞外ドメイン、及び球状頭部（配列番号５のアミノ酸１８８～６０２に対応する）を含むＩＩ型膜貫通糖タンパク質である。Ｎ末端細胞質ドメインは脂質二重層の内腔内にあり、Ｃ末端部分は脂質二重層の外側に露出している細胞外ドメインである。Ｃ末端領域の茎部の領域（例えば、ＮｉＶ－Ｇのアミノ酸１５９～１６７に対応する）は、Ｆタンパク質との相互作用及びＦタンパク質融合の誘発に関与することが示されている（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．２０１５ Ｊ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８９：１８３８）。野生型Ｇタンパク質において、球状頭部は、ヘニパウイルス侵入受容体エフリンＢ２及びエフリンＢ３への受容体結合を媒介するが、膜融合には不必要である（Ｂｒａｎｄｅｌ－Ｔｒｅｔｈｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２０１９．９３（１３）ｅ００５７７－１９）。
本明細書の特定の実施形態では、Ｇタンパク質の指向性が改変される。Ｇタンパク質の結合パートナーへの結合は、適合するＦタンパク質またはその生物学的に活性な部分によって媒介される融合を誘発することができる。本明細書で開示されるＧタンパク質配列は主に、翻訳の開始に必要なＮ末端メチオニンを含む発現配列として開示される。そのようなＮ末端メチオニンは、一般的に、翻訳と共にまたは翻訳後に切断されるので、本明細書で開示されるすべてのＧタンパク質配列についての成熟タンパク質配列はまた、Ｎ末端メチオニンを欠くものとして企図される。
Ｇ糖タンパク質は、ヘニパウイルス種間で高度に保存されている。例えば、ＮｉＶ及びＨｅＶウイルスのＧタンパク質は、７９％のアミノ酸同一性を共有する。異型融合活性化によって示されるように、Ｇタンパク質の中で異なる種のＦタンパク質との高い適合度が、複数の研究によって示されている（Ｂｒａｎｄｅｌ－Ｔｒｅｔｈｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２０１９）。以下に記載するように、再標的指向型脂質粒子は、異なる種に由来する異種タンパク質を含有し得る。
（表４Ａ）例示的なヘニパウイルスGタンパク質
Figure 2023540705000006
Figure 2023540705000007
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号５～１５のいずれかに示される配列を有するか、あるいは、配列番号５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５のいずれか１つと少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、少なくとも９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％同一である配列を有するその機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分である。
特定の実施形態では、Ｇタンパク質または機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、ヘニパウイルスＦタンパク質、例えばＮｉＶ－ＦまたはＨｅＶ－Ｆと併せて融合活性を保持するタンパク質である。融合活性には、２つの膜内腔、例えば、その脂質二重層に埋め込まれたヘニパウイルスＦ及びＧタンパク質を有する標的指向型脂質粒子の内腔、ならびに標的細胞、例えば、標的指向型エンベロープタンパク質によって認識または結合される表面受容体または分子を含有する細胞の細胞質の融合を促進するまたは容易にするためのヘニパウイルスＦタンパク質と併せたＧタンパク質の活性が含まれる。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質及びＧタンパク質は、同じヘニパウイルス種からのものである（例えばＮｉＶ－Ｇ及びＮｉＶ－Ｆ）。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質及びＧタンパク質は、異なるヘニパウイルス種からのものである（例えばＮｉＶ－Ｇ及びＨｅＶ－Ｆ）。
特定の実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４もしくは配列番号１５に示されるアミノ酸の配列を有するか、または融合活性を保持するその機能的に活性なバリアントもしくはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントは、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１５との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ヘニパウイルスＦタンパク質（例えば、ＮｉＶ－ＦまたはＨｅＶ－Ｆ）と併せて融合活性を保持する。いくつかの実施形態では、生物学的に活性な部分は、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１５との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、ヘニパウイルスＦタンパク質（例えば、ＮｉＶ－ＦまたはＨｅＶ－Ｆ）と併せて融合活性を保持する。
融合活性を保持することに対する言及には、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１５に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質の結合のレベルまたは程度の１０％または約１０％～１５０％または約１５０％の間またはそれ以上、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約２０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約２５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約３０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約３５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約４０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約４５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約６０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約６５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９０％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９５％、例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１００％、または例えば、対応する野生型Ｇタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１２０％である（ヘニパウイルスＦタンパク質と併せた）活性が含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、１つ以上のアミノ酸変異、例えば１つ以上のアミノ酸挿入、欠失、置換または切断を含有する機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分である変異体Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、参照Ｇタンパク質配列と比較したアミノ酸のアミノ酸挿入、欠失、置換または切断に関する。いくつかの実施形態では、参照Ｇタンパク質配列は、Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分の野生型配列である。いくつかの実施形態では、その機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分は、野生型ヘンドラ（ＨｅＶ）ウイルスＧタンパク質、野生型ニパ（ＮｉＶ）ウイルスＧ－タンパク質（ＮｉＶ－Ｇ）、野生型セダー（ＣｅｄＰＶ）ウイルスＧ－タンパク質、野生型ＭｏｊｉａｎｇウイルスＧ－タンパク質、野生型コウモリパラミクソウイルスＧ－タンパク質またはその生物学的に活性な部分の変異体である。いくつかの実施形態では、野生型Ｇタンパク質は、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１５のいずれか１つに示される配列を有する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、野生型ヘンドラ（ＨｅＶ）ウイルスＧタンパク質、野生型ニパ（ＮｉＶ）ウイルスＧ－タンパク質（ＮｉＶ－Ｇ）、野生型セダー（ＣｅｄＰＶ）ウイルスＧ－タンパク質、野生型ＭｏｊｉａｎｇウイルスＧ－タンパク質、野生型コウモリパラミクソウイルスＧ－タンパク質のＮ末端及び／またはＣ末端で切断された断片である生物学的に活性な部分である変異体Ｇタンパク質である。特定の実施形態では、切断は、細胞質ドメインのすべてまたは一部のＮ末端切断である。いくつかの実施形態では、変異体Ｇタンパク質は、切断型であり、かつ配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１５のいずれか１つに示される野生型Ｇタンパク質などの野生型Ｇタンパク質のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４９個の連続アミノ酸残基を欠く生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、切断型であり、野生型Ｇタンパク質のＮ末端における最大で４９個の連続アミノ酸、例えば、最大で４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３０、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個の連続アミノ酸を欠く。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、野生型ニパウイルスＧ（ＮｉＶ－Ｇ）タンパク質もしくはヘンドラウイルスＧタンパク質であるか、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号５、配列番号８もしくは配列番号９に示される配列を有するＮｉＶ－Ｇタンパク質であるか、または、配列番号５、配列番号８もしくは配列番号９との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的バリアントもしくは生物学的に活性な部分である。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、野生型ＮｉＶ－Ｇの生物学的に活性な部分である変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、生物学的に活性な部分は、Ｎ末端で切断された断片である。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、切断型であり、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質配列番号９、配列番号５、配列番号８または配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４４個の連続アミノ酸残基、または野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号５、配列番号８または配列番号９）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４５個の連続アミノ酸残基を欠く。
いくつかの実施形態では、ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、細胞質ドメインを含有しない生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、細胞質ドメインを有しないＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号３９によってコードされる。
いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号２９～３９のいずれかに示される配列を含むか、あるいは配列番号２９～３９との少なくとも８０％もしくは８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的バリアントである。
いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、例えば配列番号３２に示されるものまたは配列番号３２との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアント、あるいは、例えば配列番号３３に示されるものまたは配列番号３３との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアント、あるいは、例えば配列番号３４に示されるものまたは配列番号３４との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアントのように、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号２９、配列番号３０または配列番号３１）のＮ末端におけるまたはその近くの５アミノ酸切断を有する。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、例えば配列番号３５に示されるものまたは配列番号３５との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアント、あるいは、例えば配列番号３６に示されるものまたは配列番号３６との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアント、あるいは、例えば配列番号３７に示されるものまたは配列番号３７との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアントのように、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号３５、配列番号３６または配列番号３７）のＮ末端におけるまたはその近くの１０アミノ酸切断を有する。
いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、例えば配列番号３８に示されるものまたは配列番号３８との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的バリアント、あるいは、例えば配列番号３９に示されるものまたは配列番号３９との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアントのように、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号３８、または配列番号３９）のＮ末端におけるまたはその近くの１５アミノ酸切断を有する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、野生型ＨｅＶ－Ｇの生物学的に活性な部分である変異体ＨｅＶ－Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、生物学的に活性な部分は、Ｎ末端で切断された断片である。
いくつかの実施形態では、変異体Ｇタンパク質は、配列番号４０もしくは４１に示される配列を有する変異体ＨｅＶ－Ｇタンパク質であるか、あるいは配列番号４０もしくは４１との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、８８％もしくは約８８％、少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的バリアントもしくは生物学的に活性な部分である。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、野生型ＨｅＶ－Ｇの生物学的に活性な部分である変異体ＨｅＶ－Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、生物学的に活性な部分は、Ｎ末端で切断された断片である。いくつかの実施形態では、変異体ＨｅＶ－Ｇタンパク質は、切断型であり、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で５個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で６個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で７個の連続アミノ酸残基、または野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で８個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で９個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１０個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１１個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１２個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１３個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１４個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１５個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１６個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１７個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１８個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１９個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２０個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２１個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２２個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２３個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２４個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２５個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２６個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２７個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２８個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２９個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３０個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３１個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３２個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３３個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３４個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３５個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３６個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３７個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３８個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３９個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４０個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４１個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４２個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４３個の連続アミノ酸残基、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４４個の連続アミノ酸残基、または野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４５個の連続アミノ酸残基を欠く。いくつかの実施形態では、ＨｅＶ－Ｇタンパク質は、細胞質ドメインを含有しない生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、変異体ＨｅＶ－Ｇタンパク質は、例えば配列番号６８に示されるものまたは配列番号４２との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するその機能的バリアントのように、野生型ＨｅＶ－Ｇタンパク質（配列番号４０または４１）のＮ末端細胞質ドメインを欠く。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に結合する。いくつかの態様では、Ｇタンパク質は、配列番号４１、配列番号４０もしくは配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２もしくは配列番号１４のいずれか１つに示されるアミノ酸の配列を有するか、またはエフリンＢ２もしくはエフリンＢ３に結合することができるその機能的に活性なバリアントもしくはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分は、配列番号４１、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４のいずれかとの少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分を有し、エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持する。
いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分は、配列番号４４、配列番号４０もしくは配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２もしくは配列番号１４との少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分を有し、エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持する。エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持することに対する言及には、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の１０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の１５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の２０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、または機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の２５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の３０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の３５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の４０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の４５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の５０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の５５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の６０％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の６５％、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の７０％、例えば、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７５％、例えば、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８０％、例えば、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８５％、例えば、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型Ｇタンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９０％、または例えば、配列番号４４、配列番号４０または配列番号８、配列番号１０、配列番号９、配列番号１２または配列番号１４に示されるような対応する野生型タンパク質、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分の結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９５％である結合が含まれる。いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、ＮｉＶ－Ｇまたはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分であり、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に結合する。いくつかの態様では、ＮｉＶ－Ｇは、配列番号８、配列番号９もしくは配列番号４４に示されるアミノ酸の配列を有するか、またはエフリンＢ２もしくはエフリンＢ３に結合することができるその機能的に活性なバリアントもしくはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分は、配列番号８、配列番号９または配列番号４４との少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持する。例示的な生物学的に活性な部分には、細胞質ドメインのすべてまたは一部、例えば、１つ以上、例えば、１～４９個の連続Ｎ末端アミノ酸残基を欠くＮ末端切断バリアントが含まれる。エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持することに対する言及には、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の１０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の１５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の２０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の２５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の３０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の３５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の４０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の４５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の５０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の５５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の６０％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の６５％、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の７０％、例えば、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７５％、例えば、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮＩＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８０％、例えば、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８５％、例えば、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９０％、または例えば、配列番号８、配列番号９または配列番号４４に示されるような対応する野生型ＮｉＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９５％である結合が含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質またはその生物学的は、野生型Ｇタンパク質のネイティブ結合パートナーについて減少した結合を示す変異体Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、変異体Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、野生型ＮｉＶ－Ｇの変異体であり、ネイティブ結合パートナーであるエフリンＢ２またはエフリンＢ３の一方または両方に対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質などの変異体Ｇ－タンパク質または生物学的に活性な部分は、ネイティブ結合パートナーに対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に対する減少した結合は、５％もしくは約５％、１０％もしくは約１０％、１５％もしくは約１５％、２０％もしくは約２０％、２５％もしくは約２５％、３０％もしくは約３０％、４０％もしくは約４０％、５０％もしくは約５０％、６０％もしくは約６０％、７０％もしくは約７０％、８０％もしくは約８０％、９０％もしくは約９０％、または１００％もしくは約１００％を超えて減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、形質導入効率を改善し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、エフリンＢ２でもエフリンＢ３ではない他の所望の細胞タイプの特異的ターゲティングを可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、少なくとも１つの天然受容体との結合を少なくとも部分的に不可能にし、例えば、エフリンＢ２またはエフリンＢ３のうちの少なくとも１つに対する結合を減少させた。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、天然受容体認識と干渉する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、ＨｅＶ－Ｇまたはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分であり、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に結合する。いくつかの態様では、ＨｅＶ－Ｇは、配列番号４０もしくは４１に示されるアミノ酸の配列を有するか、またはエフリンＢ２もしくはエフリンＢ３に結合することができるその機能的に活性なバリアントもしくはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントまたは生物学的に活性な部分は、配列番号４０または４１との少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持する。例示的な生物学的に活性な部分には、細胞質ドメインのすべてまたは一部、例えば、１つ以上、例えば、１～４９個の連続Ｎ末端アミノ酸残基を欠くＮ末端切断バリアントが含まれる。エフリンＢ２またはＢ３に対する結合を保持することに対する言及には、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の１０％、配列番号６６または６７に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の１５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の２０％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の２５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の３０％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の３５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の４０％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の４５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の５０％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の５５％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の６０％、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の６５％、配列番号１８または５２に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の７０％、例えば、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７５％、例えば、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８０％、例えば、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＮＩＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８５％、例えば、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９０％、または例えば、配列番号４０または４１に示されるような対応する野生型ＨｅＶ－Ｇの結合のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９５％である結合が含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質またはその生物学的は、野生型Ｇタンパク質のネイティブ結合パートナーについて減少した結合を示す変異体Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、変異体Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、野生型ＮｉＶ－Ｇの変異体であり、ネイティブ結合パートナーであるエフリンＢ２またはエフリンＢ３の一方または両方に対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質などの変異体Ｇ－タンパク質または生物学的に活性な部分は、ネイティブ結合パートナーに対する減少した結合を示す。いくつかの実施形態では、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に対する減少した結合は、５％もしくは約５％、１０％もしくは約１０％、１５％もしくは約１５％、２０％もしくは約２０％、２５％もしくは約２５％、３０％もしくは約３０％、４０％もしくは約４０％、５０％もしくは約５０％、６０％もしくは約６０％、７０％もしくは約７０％、８０％もしくは約８０％、９０％もしくは約９０％、または１００％もしくは約１００％を超えて減少する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、エフリンＢ２及びエフリンＢ３の一方または両方との相互作用に関与する残基における１つ以上のアミノ酸置換を含有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、配列番号３８に示される付番を参照して変異Ｅ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａに対応する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号８に示される付番を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選択される１つ以上のアミノ酸置換を含有する変異体Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号８を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選定される１つ以上のアミノ酸置換を含有する変異体Ｇタンパク質であり、Ｎ末端切断を含有するその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、切断型であり、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で１５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの１９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で２５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの２９個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３０個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３１個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの３２個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの３３個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの３４個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの３５個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３６個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３７個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３８個の連続アミノ酸残基、野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で３９個の連続アミノ酸残基、または野生型ＮｉＶ－Ｇタンパク質（配列番号８）のＮ末端におけるまたはその近くの最大で４０個の連続アミノ酸残基を欠く。
いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質は、配列番号３４もしくは３５に示されるアミノ酸配列または配列番号３４もしくは３５との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。特定の実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号３４または３５に示されるアミノ酸の配列を有する。
いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号１０に示される付番を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選択される１つ以上のアミノ酸置換を含有する変異体Ｇタンパク質である。いくつかの実施形態では、Ｇタンパク質は、配列番号１０を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選定される１つ以上のアミノ酸置換を含有する変異体Ｇタンパク質であり、Ｎ末端切断を含有するその生物学的に活性な部分である。
ｂ． Ｆタンパク質
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、疎水性融合ペプチドドメインを有するタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、ヘニパウイルスＦタンパク質分子またはその生物学的に活性な部分を含む。いくつかの実施形態では、ヘニパウイルスＦタンパク質は、ヘンドラ（Ｈｅｖ）ウイルスＦタンパク質、ニパ（ＮｉＶ）ウイルスＦ－タンパク質、セダー（ＣｅｄＰＶ）ウイルスＦタンパク質、ＭｏｊｉａｎｇウイルスＦタンパク質もしくはコウモリパラミクソウイルスＦタンパク質またはそれらの生物学的に活性な部分である。
表４Ｂは、Ｆタンパク質の非限定的な例を提供する。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質分子またはその生物学的に活性な部分のＮ末端疎水性融合ペプチドドメインは、脂質二重層の外側に露出する。
ヘニパウイルスのＦタンパク質は、シグナルペプチド（例えば、配列番号１６のアミノ酸残基１～２６に対応する）を含有するＦ０前駆体としてコードされる。シグナルペプチドの切断後、成熟Ｆ０（例えば配列番号１７）が細胞表面に輸送され、次いでエンドサイトーシスされ、カテプシンＬによって切断されて、成熟した融合性サブユニットＦ１及びＦ２になる。Ｆ１及びＦ２サブユニットは、ジスルフィド結合によって会合し、細胞表面に戻されてリサイクルされる。Ｆ１サブユニットは、融合を駆動するために細胞膜に挿入することができる、Ｆ１サブユニットのＮ末端に位置する融合ペプチドドメインを含有する。いくつかの態様では、Ｇタンパク質が標的分子と係合し、Ｆからのその解離及び膜融合を媒介するための融合ペプチドの曝露をもたらすまで、融合は、Ｆタンパク質とＧタンパク質との会合によってブロックされる。
異なるヘニパウイルス種間で、Ｆタンパク質の配列及び活性は、高度に保存されている。例えば、ＮｉＶ及びＨｅＶウイルスのＦタンパク質は、８９％のアミノ酸配列同一性を共有する。さらに、いくつかの場合では、ヘニパウイルスＦタンパク質は、融合を誘発するための他の種からのＧタンパク質との適合性を示す（Ｂｒａｎｄｅｌ－Ｔｒｅｔｈｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２０１９．９３（１３）：ｅ００５７７－１９）。いくつかの態様または提供される再標的指向型脂質粒子において、Ｆタンパク質は、Ｇタンパク質に対して異種であり、すなわち、Ｆ及びＧタンパク質または生物学的に活性な部分は、異なるヘニパウイルス種からのものである。例えば、Ｆタンパク質は、ヘンドラウイルスからのものであり、Ｇタンパク質は、ニパウイルスからのものである。他の態様において、Ｆタンパク質は、異なる種のヘニパウイルス由来のＦタンパク質の領域を含有するキメラＦタンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質のアミノ酸残基の領域をある種のヘニパウイルスから別のものに切り替えることにより、アミノ酸挿入を含む種のＧタンパク質への融合をもたらすことができる。（Ｂｒａｎｄｅｌ－Ｔｒｅｔｈｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２０１９．９３（１３）：ｅ００５７７－１９）。場合によっては、キメラＦタンパク質は、１つのヘニパウイルス種由来の細胞外ドメイン、ならびに異なるヘニパウイルス種由来の膜貫通ドメイン及び／または細胞質ドメインを含有する。例えば、Ｆタンパク質は、ヘンドラウイルスの細胞外ドメイン及びニパウイルスの膜貫通／細胞質ドメインを含有する。本明細書で開示されるＦタンパク質配列は主に、Ｎ末端シグナル配列を含む発現配列として開示される。そのようなＮ末端シグナル配列は、一般的に、翻訳と共にまたは翻訳後に切断されるので、本明細書で開示されるすべてのＦタンパク質配列についての成熟タンパク質配列はまた、Ｎ末端シグナル配列を欠くものとして企図される。
（表４Ｂ）Ｆタンパク質
Figure 2023540705000008
Figure 2023540705000009
Figure 2023540705000010
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、もしくは配列番号２５のいずれか１つによって示される配列をコードするヌクレオチド配列によってコードされるか、または配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、もしくは配列番号２５のいずれか１つと少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、少なくとも９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％同一である配列を有するその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分である。
特定の実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、ヘニパウイルスＧタンパク質、例えば、セクションＩＩ．Ｅ．１ａに示されるＧタンパク質（例えばＮｉＶ－ＧまたはＨｅＶ－Ｇ）と併せて融合活性を保持する。融合活性には、２つの膜内腔、例えば、その脂質二重層に埋め込まれたヘニパウイルスＦ及びＧタンパク質を有する標的指向型脂質粒子の内腔、ならびに標的細胞、例えば、標的指向型エンベロープタンパク質によって認識または結合される表面受容体または分子を含有する細胞の細胞質の融合を促進するまたは容易にするためのＧタンパク質と併せたＦタンパク質の活性が含まれる。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質及びＧタンパク質は、同じヘニパウイルス種からのものである（例えばＮｉＶ－Ｇ及びＮｉＶ－Ｆ）。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質及びＧタンパク質は、異なるヘニパウイルス種からのものである（例えばＮｉＶ－Ｇ及びＨｅＶ－Ｆ）。特定の実施形態では、Ｆタンパク質または機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、カテプシンＬによって切断される切断部位（例えば、配列番号１８のアミノ酸１０９～１１０の間の切断部位に対応する）を保持する。
特定の実施形態では、Ｆタンパク質は、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、もしくは配列番号２５に示されるアミノ酸の配列を有するか、または融合活性を保持するその機能的に活性なバリアントもしくはその生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、機能的に活性なバリアントは、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、または配列番号２５との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ヘニパウイルスＧタンパク質（例えば、ＮｉＶ－ＧまたはＨｅＶ－Ｇ）と併せて融合活性を保持する。いくつかの実施形態では、生物学的に活性な部分は、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、または配列番号２５との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。
融合活性を保持することに対する言及には、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、または配列番号２５に示されるような対応する野生型Ｆタンパク質の結合のレベルまたは程度の１０％または約１０％～１５０％または約１５０％の間またはそれ以上、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約２０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約２５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約３０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約３５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約４０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約４５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５０％、例えば、対応する野生型ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約５５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約６０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約６５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約７５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約８５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９０％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約９５％、例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１００％、または例えば、対応する野生型Ｆタンパク質の融合活性のレベルまたは程度の少なくともまたは少なくとも約１２０％である（ヘニパウイルスＧタンパク質と併せた）活性が含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、１つ以上のアミノ酸変異、例えば、１つ以上のアミノ酸挿入、欠失、置換または切断を含有する機能的に活性な断片または生物学的に活性な部分である変異体Ｆタンパク質である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、参照Ｆタンパク質配列と比較したアミノ酸のアミノ酸挿入、欠失、置換または切断に関する。いくつかの実施形態では、参照Ｆタンパク質配列は、Ｆタンパク質またはその生物学的に活性な部分の野生型配列である。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、野生型ヘンドラ（Ｈｅｖ）ウイルスＦタンパク質、ニパ（ＮｉＶ）ウイルスＦ－タンパク質、セダー（ＣｅｄＰＶ）ウイルスＦタンパク質、ＭｏｊｉａｎｇウイルスＦタンパク質またはコウモリパラミクソウイルスＦタンパク質の変異体である。いくつかの実施形態では、野生型Ｆタンパク質は、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、または配列番号２５のいずれか１つをコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、Ｎ末端及び／またはＣ末端で切断された断片である野生型Ｆタンパク質の生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質またはその野生型Ｆタンパク質の生物学的に活性な部分は、１つ以上のアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、形質導入効率を改善し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変異は、融合能力を増加させ得る。例示的な変異は、記述されている任意のものを含む。例えば、Ｋｈｅｔａｗａｔ ａｎｄ Ｂｒｏｄｅｒ ２０１０ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｊｏｕｒｎａｌ ７：３１２、Ｗｉｔｔｉｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１３ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２０：９９７－１００５、国際公開、特許出願第ＷＯ／２０１３／１４８３２７号を参照のこと。
いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、切断型であり、かつ配列番号１６～２５のいずれか１つに示されるＦタンパク質をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる野生型Ｆタンパク質などの野生型Ｆタンパク質のＣ末端におけるまたはその近くの最大で２０個の連続アミノ酸残基を欠く生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、切断型であり、野生型Ｆタンパク質のＣ末端における最大で１９個の連続アミノ酸、例えば、最大で１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１個の連続アミノ酸を欠く。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、Ｆ１サブユニットまたはその融合部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｆ１サブユニットは、Ｆ０前駆体のタンパク質分解的に切断された部分である。いくつかの実施形態では、Ｆ０前駆体は不活性である。いくつかの実施形態では、Ｆ０前駆体の切断は、ジスルフィド連結したＦ１＋Ｆ２ヘテロ二量体を形成する。いくつかの実施形態では、切断は融合ペプチドを露出させ、成熟Ｆタンパク質を生成する。いくつかの実施形態では、切断は、単一の塩基性残基またはその周辺で生じる。いくつかの実施形態では、切断は、ＮｉＶ－Ｆタンパク質のアルギニン１０９で生じる。いくつかの実施形態では、切断は、ヘンドラウイルスＦタンパク質のリジン１０９で生じる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、野生型ニパウイルスＦ（ＮｉＶ－Ｆ）タンパク質であるか、またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、Ｆ０前駆体は、配列番号３６に示される配列をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。コード核酸は、配列ＭＶＶＩＬＤＫＲＣＹ ＣＮＬＬＩＬＩＬＭＩ ＳＥＣＳＶＧ（配列番号２６）を有するシグナルペプチド配列をコードすることができる。いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、配列番号１８に示される配列を有する。いくつかの例では、Ｆタンパク質は、配列番号２８に示される配列を含むＦ１サブユニット及び配列番号２７に示される配列を含むＦ２サブユニットに切断される。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、配列番号１８に示される配列をコードするヌクレオチドの配列によってコードされるＮｉＶ－Ｆタンパク質であるか、または配列番号１８との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分である。いくつかの実施形態では、ＮｉＶ－Ｆ－タンパク質は、配列番号１１に示される配列を有するか、または配列番号１１との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分である。特定の実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分は、カテプシンＬによって切断される切断部位を保持する。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分には、配列番号２８に示される配列、または配列番号２８との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＦ１サブユニットが含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分には、配列番号２７に示される配列、または配列番号２７との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＦ２サブユニットが含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分には、配列番号９に示される配列、または配列番号９との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＦ１サブユニットが含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質またはその機能的に活性なバリアントもしくは生物学的に活性な部分には、配列番号１０に示される配列、または配列番号１０との少なくとも８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、少なくとも８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、８６％もしくは約８６％、少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するＦ２サブユニットが含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、切断型であり、かつ野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（例えば、配列番号２８）のＣ末端におけるまたはその近くの最大で２０個の連続アミノ酸残基を欠くその生物学的に活性な部分である変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質である。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１１との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、配列番号１２に示される配列を有するＦ１タンパク質を含有する。いくつかの実施形態では、変異体Ｆタンパク質は、配列番号１２との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号２８）のＣ末端におけるまたはその近くの２０アミノ酸切断、及びＮ結合型グリコシル化部位における点変異を含むその生物学的に活性な部分である変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質である。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１３との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する。
いくつかの実施形態では、Ｆタンパク質は、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号２８）のＣ末端におけるまたはその近くの２２アミノ酸切断を含むその生物学的に活性な部分である変異体ＮｉＶ－Ｆタンパク質である。いくつかの実施形態では、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１４に示される配列をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＮｉＶ－Ｆタンパク質は、配列番号１４との少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。
２． 再ターゲティング部分
いくつかの実施形態では、フソゲンは、ベクター表面ターゲティング部分を含有する標的指向型エンベロープタンパク質である。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、標的リガンドと結合する。いくつかの実施形態では、標的リガンドは、目的の器官または細胞タイプ、例えば肺で発現され得る。特定の実施形態では、フソゲン（例えばＧタンパク質）は、フソゲンのネイティブ結合パートナーに対する結合を減少させるように変異している。いくつかの実施形態では、フソゲンは、上述の任意のものを含む、野生型ＮｉＶ－Ｇの変異体であり、かつネイティブ結合パートナーであるエフリンＢ２またはエフリンＢ３の一方または両方に対する減少した結合を示す、変異体Ｇタンパク質またはその生物学的に活性な部分であるか、またはそれを含有する。よって、いくつかの態様では、フソゲンは、改変された指向性を示すように再標的指向され得る。いくつかの実施形態では、結合は、野生型表面糖タンパク質のタンパク質の結合と比較して再標的指向型の結合を付与し、その場合、新たなまたは異なる結合活性が付与される。特定の実施形態では、結合は、野生型Ｇタンパク質の結合と比較して再標的指向型の結合を付与し、その場合、新たなまたは異なる結合活性が付与される。
いくつかの実施形態では、タンパク質フソゲンは、ターゲティング部分を融合タンパク質に共有結合性にコンジュゲートすることによって再標的指向され得る。いくつかの実施形態では、フソゲン及びターゲティング部分は、ターゲティング部分に連結されたフソゲンを含むキメラタンパク質の発現によって共有結合性にコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、標的は、標的細胞上に提示される任意のペプチド（例えば受容体）を含む。いくつかの実施形態では、標的は、非標的細胞よりも標的細胞において高いレベルで発現される。いくつかの実施形態では、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）が、ｓｃＦｖ結合標的を提示する細胞に融合活性を向け直すためにフソゲンとコンジュゲートされ得る（ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ１０６０、ＤＯＩ １０．１１８２／ｂｌｏｏｄ－２０１２－１１－４６８５７９、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍｅｔｈ．１５１４、ｄｏｉ：１０．１００６／ｍｔｈｅ．２００２．０５５０、ＨＵＭＡＮ ＧＥＮＥ ＴＨＥＲＡＰＹ １１：８１７-８２６、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ９４２、ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００２６３８１、ＤＯＩ １０．１１８６／ｓ１２８９６－０１５－０１４２－ｚ）。いくつかの実施形態では、デザインドアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）が、ＤＡＲＰｉｎ結合標的（ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔ．２０１３．１６、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔ．２０１０．２９８、ｄｏｉ：１０．４０４９／ｊｉｍｍｕｎｏｌ．１５００９５６）、及び異なるＤＡＲＰｉｎの組み合わせ（ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｏ．２０１６．３）を提示する細胞に融合活性を向け直すためにフソゲンとコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態では、受容体リガンド及び抗原が、標的受容体を提示する細胞に融合活性を向け直すためにフソゲンとコンジュゲートされ得る（ＤＯＩ：１０．１０８９／ｈｇｔｂ．２０１２．０５４、ＤＯＩ：１０．１１２８／ＪＶＩ．７６．７．３５５８-３５６３．２００２）。いくつかの実施形態では、ターゲティングタンパク質は、抗体もしくはその抗原結合断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ抗体断片、ジスルフィド連結したＦｖｓ（ｓｄＦｖ）、ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、線状抗体、シングルドメイン抗体、例えば、ｓｄＡｂ（ＶＬまたはＶＨのいずれか）、ナノボディ、またはラクダ科動物ＶＨＨドメイン）、抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場、例えば、フィブロネクチンポリペプチドミニボディ、リガンド、サイトカイン、ケモカイン、またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）も含み得る。いくつかの実施形態では、タンパク質フソゲンは、ターゲティング部分を融合タンパク質またはターゲティングタンパク質（例えばヘマグルチニンタンパク質）に非共有結合性にコンジュゲートすることによって再標的指向され得る。いくつかの実施形態では、標的細胞上の抗原を標的とする抗体のＦｃ領域と結合するように融合タンパク質を工学操作して、抗体の標的を提示する細胞に融合活性を向け直すことができる（ＤＯＩ：１０．１１２８／ＪＶＩ．７５．１７．８０１６－８０２０．２００１、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ１１９２）。いくつかの実施形態では、改変型及び非改変型フソゲンが、同じレトロウイルスベクターまたはＶＬＰ上に提示され得る（ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ．２０１４．０１．０５１）。
いくつかの実施形態では、ターゲティング部分は、ヒト化抗体分子、インタクトＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＥまたはＩｇＭ抗体；二重または多重特異性抗体（例えば、Ｚｙｂｏｄｉｅｓ（登録商標）など）；抗体断片、例えば、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｄ’断片、Ｆｄ断片、及び単離されたＣＤＲまたはそのセット；単鎖Ｆｖｓ；ポリペプチド－Ｆｃ融合体；シングルドメイン抗体（例えば、サメシングルドメイン抗体、例えば、ＩｇＮＡＲまたはその断片）；ラクダ様抗体；マスク化抗体（例えば、Ｐｒｏｂｏｄｉｅｓ（登録商標））；Ｓｍａｌｌ Ｍｏｄｕｌａｒ ＩｍｍｕｎｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ（「ＳＭＩＰｓ（商標）」）；単鎖またはタンデムダイアボディ（ＴａｎｄＡｂ（登録商標））；ＶＨＨ；Ａｎｔｉｃａｌｉｎｓ（登録商標）；Ｎａｎｏｂｏｄｉｅｓ（登録商標）；ミニボディ；ＢｉＴＥ（登録商標）；アンキリンリピートタンパク質またはＤＡＲＰＩＮ（登録商標）；Ａｖｉｍｅｒｓ（登録商標）；ＤＡＲＴ；ＴＣＲ様抗体；Ａｄｎｅｃｔｉｎ（登録商標）；Ａｆｆｉｌｉｎ（登録商標）；Ｔｒａｎｓ－ｂｏｄｉｅｓ（登録商標）；Ａｆｆｉｂｏｄｙ（登録商標）；ＴｒｉｍｅｒＸ（登録商標）；ＭｉｃｒｏＰｒｏｔｅｉｎｓ；Ｆｙｎｏｍｅｒｓ（登録商標）、Ｃｅｎｔｙｒｉｎｓ（登録商標）；及びＫＡＬＢＩＴＯＲ（登録商標）を含む。
実施形態では、再標的指向型フソゲンは、標的細胞上の細胞表面マーカー、例えば、タンパク質、糖タンパク質、受容体、細胞表面リガンド、アゴニスト、脂質、糖、クラスＩ膜貫通タンパク質、クラスＩＩ膜貫通タンパク質、またはクラスＩＩＩ膜貫通タンパク質と結合する。
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、ペプチドである。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、シングルドメイン抗体などの抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒトまたはヒト化型であり得る。いくつかの実施形態では、抗体またはその一部は、自然に発生する。いくつかの実施形態では、抗体またはその一部は、合成である。
いくつかの実施形態では、抗体は、所望の標的リガンドに対する特異性を有するようにファージディスプレイライブラリから生成され得る。いくつかの実施形態では、標的リガンドは、ＡＣＥ２のように肺で発現される。いくつかの実施形態では、ファージディスプレイライブラリは、Ａｒｂａｂｉ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ，４１４，５２１－５２６（１９９７）、Ｌａｕｗｅｒｅｙｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１７，３５１２－３５２０（１９９８）、Ｄｅｃａｎｎｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，７，３６１－３７０（１９９９）に記載されているように、様々な抗原で免疫されたラクダ科動物のＶＨＨレパートリーから生成される。いくつかの実施形態では、ファージディスプレイライブラリは、非免疫ラクダ科動物の抗体断片を含めて生成される。いくつかの実施形態では、ヒトシングルドメイン抗体のシングルドメイン抗体ライブラリは、１つ以上の足場に多様性を導入することによって合成的に生成される。
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分のＣ末端は、Ｇタンパク質（例えば、フソゲン）またはその生物学的に活性な部分のＣ末端に結合されている。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分のＮ末端は、脂質二重層の外表面に露出している。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分のＮ末端は、標的細胞の細胞表面分子に結合する。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、標的細胞上に存在する細胞表面分子に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、タンパク質、グリカン、脂質または低分子量分子である。
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、コロナウイルスに由来する。コロナウイルスは、典型的には、スパイク受容体（Ｓ）相互作用を介して標的細胞に結合し、受容体媒介性エンドサイトーシスまたは細胞膜との融合によって細胞に侵入する。Ｓ受容体相互作用は、第１群及び第２群の両方のコロナウイルスについて示されているように、種特異性の強力な決定要因である。ヒトコロナウイルス２２９Ｅ（ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、ネココロナウイルス（ＦＣｏＶ）及びブタコロナウイルス（ＰＣｏＶ）を含む第１群コロナウイルスの受容体は、アミノペプチダーゼＮ（ＡＰＮ／ＣＤ１３）として同定されている（Ｄｅｌｍａｓ，ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｎａｔｕｒｅ ３５７：４１７－４２０、Ｔｒｅｓｎａｎ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７０：８６６９－８６７４、Ｙｅａｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｎａｔｕｒｅ ３５７：４２０－４２２）。ＡＰＮ／ＣＤ１３は、膜ペプチダーゼである１５０～１６０ｋＤａのＩＩ型タンパク質である（Ｌｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ ８３：１２９９－１３０７）。いくつかの実施形態では、Ｓタンパク質はＡＣＥ２と結合する。いくつかの実施形態では、Ｓタンパク質はＤＰＰ４と結合する。
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、コロナウイルスＳタンパク質に由来する。コロナウイルスＳ糖タンパク質は、ｇｉ｜３１４１６２９２｜ｇｂ｜ＡＹ２７８４８７．３｜ＳＡＲＳコロナウイルスＢＪ０２、ｇｉ｜３０２４８０２８｜ｇｂ｜ＡＹ２７４１１９．３｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＯＲ２、ｇｉ｜３０６９８３２６｜ｇｂ｜ＡＹ２９１４５１．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷ１、ｇｉ｜３３１１５１１８｜ｇｂ｜ＡＹ３２３９７７．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＨＳＲ１、ｇｉ｜３５３９６３８２｜ｇｂ｜ＡＹ３９４８５０．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＷＨＵ、ｇｉ｜３３４１１４５９｜ｄｂｊ｜ＡＰ００６５６１．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＹ、ｇｉ｜３３４１１４４４｜ｄｂｊ｜ＡＰ００６５６０．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＳ、ｇｉ｜３３４１１４２９｜ｄｂｊ｜ＡＰ００６５５９．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＫ、ｇｉ｜３３４１１４１４｜ｄｂｊ｜ＡＰ００６５５８．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＪ、ｇｉ｜３３４１１３９９｜ｄｂｊ｜ＡＰ００６５５７．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＨ、ｇｉ｜３００２３９６３｜ｇｂ｜ＡＹ２７８４９１．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＨＫＵ－３９８４９、ｇｉ｜３３５７８０１５｜ｇｂ｜ＡＹ３１０１２０．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＦＲＡ、ｇｉ｜３３５１８７２５｜ｇｂ｜ＡＹ３６２６９９．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＣ３、ｇｉ｜３３５１８７２４｜ｇｂ｜ＡＹ３６２６９８｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＣ２、ｇｉ｜３００２７６１７｜ｇｂ｜ＡＹ２７８７４１．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＵｒｂａｎｉ、ｇｉ｜３１８７３０９２｜ｇｂ｜ＡＹ３２１１１８．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＴＷＣ、ｇｉ｜３３３０４２１９｜ｇｂ｜ＡＹ３５１６８０．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＺＭＹ１、ｇｉ｜３１４１６３０５｜ｇｂ｜ＡＹ２７８４９０．３°ＳＡＲＳコロナウイルスＢＪ０３、ｇｉ｜３０９１０８５９｜ｇｂ｜ＡＹ２９７０２８．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＺＪ０１、ｇｉ｜３０４２１４５１｜ｇｂ｜ＡＹ２８２７５２．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＣＵＨＫ－Ｓｕ１０、ＳＡＲＳコロナウイルスＳＺ１６、ｇｉ｜３４４８２１３７｜ｇｂ｜ＡＹ３０４４８６．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳＺ３ｇｉ｜３００２７６１０｜ｇｂ｜ＡＹ２７８５５４．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＣＵＨＫ－Ｗ１、ｇｉ｜３１４１６３０６｜ｇｂ｜ＡＹ２７９３５４．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＢＪ０４、ｇｉ｜３７５７６８４５｜ｇｂ｜ＡＹ４２７４３９．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＡＳ、ｇｉ｜３７３６１９１５｜ｇｂ｜ＡＹ２８３７９８．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳｉｎ２７７４、ｇｉ｜３１４１６２９０｜ｇｂ｜ＡＹ２７８４８９．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＧＤ０１、ｇｉ｜３０４６８０４２｜ｇｂ｜ＡＹ２８３７９４．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳｉｎ２５００、ｇｉ｜３０４６８０４３｜ｇｂ｜ＡＹ２８３７９５．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳｉｎ２６７７、ｇｉ｜３０４６８０４４｜ｇｂ｜ＡＹ２８３７９６．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳｉｎ２６７９、ｇｉ｜３０４６８０４５｜ｇｂ｜ＡＹ２８３７９７．１｜ＳＡＲＳコロナウイルスＳｉｎ２７４８、ｇｉ｜３１９８２９８７｜ｇｂ｜ＡＹ２８６３２０．２｜ＳＡＲＳコロナウイルス分離株ＺＪ－ＨＺ０１、及びｇｉ｜３０２７５６６６｜ｇｂ｜ＡＹ２７８４８８．２｜ＳＡＲＳコロナウイルスＢＪ０１のゲノム配列によってコードされるものによって例示されるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス１（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）スパイク糖タンパク質である。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス２（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２）スパイク糖タンパク質である。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分は、シンシチンである。
いくつかの実施形態では、標的細胞の細胞表面リガンドは、抗原またはその一部である。いくつかの実施形態では、ベクター表面ターゲティング部分またはその一部は、特定の抗原に選択的に結合することができる単一の単量体ドメイン抗原結合／認識ドメインを有する抗体である。いくつかの実施形態では、シングルドメイン抗体は、標的細胞上に存在する抗原と結合する。
例示的な細胞には、肺幹細胞、細気管支上皮細胞、肺胞上皮細胞、間質細胞、肺胞Ｉ型及びＩＩ型上皮細胞としても知られる１型及びＩＩ型肺細胞、基底細胞、分泌細胞、クラブ細胞、クララ細胞、線毛細胞、毛細管細胞、肺胞マクロファージ、ならびに肺上皮細胞が含まれる。いくつかの実施形態では、標的細胞は、上皮細胞である。いくつかの実施形態では、リガンドは、上皮細胞などの宿主細胞で発現される。いくつかの実施形態では、リガンドはＡＣＥ２である。いくつかの実施形態では、標的細胞はＢ－リンパ球である。いくつかの実施形態では、リガンドはＣＤ２０である。
いくつかの実施形態では、標的細胞は、標的組織の細胞である。標的組織は、肝臓、肺、心臓、脾臓、膵臓、胃腸管、腎臓、精巣、卵巣、脳、生殖器、中枢神経系、末梢神経系、骨格筋、内皮、内耳、または眼を含み得る。いくつかの実施形態では、標的組織は、肺である。
ＩＩＩ． 薬学的組成物及び製造方法
結合剤、粒子、または結合剤をコードするポリヌクレオチドを含有する、薬学的組成物及び製剤などの組成物も提供される。結合剤もしくは結合剤をコードするポリヌクレオチドまたは提供される粒子を含有する、ウイルス様粒子などの提供されるビヒクルのいずれかを含有する、薬学的組成物及び製剤などの組成物も提供される。コロナウイルス感染の処置などにおける、組成物を使用する方法及び組成物の使用も提供される。
本開示は、いくつかの態様では、本明細書に記載の組成物と薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物も提供する。薬学的組成物は、記載されるポリヌクレオチドまたは送達用ビヒクルのいずれかを含み得る。
「薬学的製剤」という用語は、調製物の中に含有される活性成分の生物学的活性が有効となるような形態にあり、かつ製剤が投与される対象にとって許容できないほど有毒である追加の成分をまったく含有しない調製物を指す。
「薬学的に許容される担体」は、対象にとって非毒性である、薬学的製剤中の活性成分以外の成分を指す。薬学的に許容される担体は、バッファー、賦形剤、安定剤、または防腐剤を含むが、これらに限定されない。
いくつかの態様では、担体の選択は、部分的には、特定の細胞及び／または投与方法によって決定される。したがって、好適な製剤には様々なものがある。例えば、薬学的組成物は防腐剤を含有することができる。好適な防腐剤には、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、及び塩化ベンザルコニウムが含まれ得る。いくつかの態様では、２つ以上の防腐剤の混合物が使用される。防腐剤またはその混合物は、典型的には、全組成物の約０．０００１重量％～約２重量％の量で存在する。担体は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に記載されている。薬学的に許容される担体は、一般に、用いられる投与量及び濃度でレシピエントに対して非毒性であり、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸などのバッファー、アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤、防腐剤（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール、メチルパラベンもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３－ペンタノール、及びｍ－クレゾール）、低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質、ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなどのアミノ酸、単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート剤、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖類、ナトリウムなどの塩形成対イオン、金属複合体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）、及び／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤を含むが、これらに限定されない。
薬学的組成物は、吸入によるものなどの頬側口腔を介した肺投与に好適な製剤として調製、パッケージング、及び／または販売することができる。現在利用可能な送達系には、加圧式定量吸入器、噴霧器、及び乾燥粉末吸入器が含まれる。いくつかの態様では、吸入による投与のための医薬は、肺への最大の浸透を達成するために、好ましくは直径１～１０マイクロメートルの範囲でコントロールされた粒径をもつべきであることが分かっている。
肺送達のために製剤された薬学的組成物は、溶液及び／または懸濁液の液滴の形態で活性成分を提供することができる。そのような組成物は、活性成分を含む無菌のものなどの水溶液及び／または希釈アルコール溶液及び／または懸濁液として調製、パッケージング、及び／または販売することができ、任意の噴霧及び／または霧化デバイスを使用して簡便に投与することができる。そのような組成物は、サッカリンナトリウムなどの香味剤、揮発性油、緩衝剤、表面活性剤、及び／またはヒドロキシ安息香酸メチルなどの防腐剤を含むがこれらに限定されない１つ以上の追加の成分をさらに含み得る。この投与経路によって提供される液滴は、約０．１ｎｍ～約２００ｎｍの範囲の平均直径を有し得る。
いくつかの態様では、本明細書で提供されるポリヌクレオチド、ポリペプチド、及びビヒクルは、例えば、吸入可能な粉末、噴射剤含有エアロゾル及び噴射剤不含吸入溶液を含む、吸入に好適な組成物に配合され得る。ある特定の実施形態では、吸入可能な粉末は、乾燥粉末吸入器（ＤＰＩ）を介して対象に投与される。ある特定の実施形態では、噴射剤含有エアロゾルは、定量吸入器（ＭＤＩ）を介して対象に投与される。ある特定の実施形態では、噴射剤不含吸入溶液は、噴霧器を介して対象に投与される。
いくつかの実施形態では、提供される薬剤またはビヒクル、例えばポリヌクレオチド、結合剤もしくは粒子、または送達用ビヒクルのいずれかを含有する組成物は、乾燥粉末の形態などでフリーズドライされる。そのような製剤には、活性成分を含み、約０．５ｎｍ～約７ｎｍまたは約１ｎｍ～約６ｎｍの範囲の直径を有する乾燥粒子が含まれ得る。そのような組成物は、好適には、粉末を分散させるために噴射剤の流れを向けることができる乾燥粉末リザーバを備えるデバイスを使用して、及び／または、密閉容器内の低沸点噴射剤に溶解及び／または懸濁した活性成分を含むデバイスなどの自走式溶媒／粉末分配容器を使用して投与される乾燥粉末の形態にある。そのような粉末は、重量で少なくとも９８％の粒子が０．５ｎｍ超の直径を有し、数で少なくとも９５％の粒子が７ｎｍ未満の直径を有する粒子を含む。あるいは、重量で少なくとも９５％の粒子が１ｎｍ超の直径を有し、数で少なくとも９０％の粒子が６ｎｍ未満の直径を有する。乾燥粉末組成物は、糖などの固体微細粉末希釈剤を含むことができ、単位用量形態で簡便に提供される。
低沸点噴射剤は、一般に、大気圧で６５°Ｆ未満の沸点を有する液体噴射剤を含む。一般に、噴射剤は組成物の５０％～９９．９％（ｗ／ｗ）を構成し得、活性成分は組成物の０．１％＞～２０％（ｗ／ｗ）を構成し得る。噴射剤は、液体の非イオン性及び／または固体のアニオン性界面活性剤及び／または固体の希釈剤（活性成分を含む粒子と同等の粒径を有し得る）などの追加の成分をさらに含み得る。
いくつかの態様では、本明細書で提供されるポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び／またはビヒクルを含む薬学的組成物は、吸入された粒子の吸収を容易にするのに十分であるような量の少なくとも１つの界面活性剤を含んで吸入用に調製され得る。これらの吸収性組成物を得るために、本明細書で開示される組成物のいずれかの吸入を容易にする任意の界面活性剤。吸入された組成物の吸収を促進するために使用するのに好適な界面活性剤は、ポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ ８０）及びポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ ２０）などのポリオキシエチレンソルビトールエステル；ポロクサマー１８８などのプロピレン－ポリオキシエチレンエステル；Ｂｒｉｊ３５などのポリオキシエチレンアルコール；ポリソルベート界面活性剤とホスファチジルコリン及び誘導体などのリン脂質との混合物（ジパルミトイル、ジオレオイル、ジミリスチル、または１－パルミトイル、２混合誘導体、例えばオルコイル）、ジミリストルグリセロール及び一連のリン脂質グリセロールの他のメンバー；リゾホスファチジルコリン及びその誘導体；ポリソルベートとコレステロールとのリゾレシチンＡ混合物；ポリソルベート界面活性剤とソルビタン界面活性剤（例えばモノオレイン酸ソルビタン、ジオレイン酸ソルビタン、トリオレイン酸ソルビタン、またはこのクラスの他のもの）との混合物；ポロクサマー界面活性剤；胆汁酸塩及びその誘導体、例えばコール酸ナトリウム、デオキシコール酸ナトリウム、グリコデオキシコール酸ナトリウム、タウロコール酸ナトリウムなど；ＴＮＦα阻害剤と胆汁酸塩及びリン脂質との混合ミセル；Ｂｒｉｊ界面活性剤（Ｂｒｉｊ３５－ＰＥＧ９２３など）ラウリルアルコールなど）を含むが、これらに限定されない。添加される界面活性剤の量は、約０．００５％～約１．０％（ｗ／ｖ）、好ましくは約０．００５％～約０．５％、より好ましくは約０．０１％～約０．４％、さらにより好ましくは約０．０３％～約０．３％、最も好ましくは約０．０５％～約０．２％である。
無菌吸入溶液は、必要量の活性化合物（すなわち、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び／または結合剤もしくは粒子を含むビヒクル）を適切な溶媒に組み込むことによって調製することができる。次いで溶液を濾過によって滅菌することができる。一般に、分散液は、基本的な分散媒及び上記に列挙した成分のうち必要な他の成分を含有する無菌ビヒクルに活性化合物を組み込むことによって調製される。溶液の適正な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散の場合には必要な粒径の維持によって、そして界面活性剤の使用によって維持することができる。モノステアリン酸塩及びゼラチンなど、吸収を遅延させる薬剤を組成物に含めることにより、吸入可能な組成物の持続的な吸収をもたらすことができる。
肺送達に有用であると本明細書に記載される組成物は、薬学的組成物の鼻腔内送達に有用である。鼻腔内投与に好適な別の組成物は、活性成分を含み、平均粒子が約０．２μｍ～５００μｍの粗粉末である。このような組成物は、鼻で吸い込む様式で、すなわち、鼻の近くに保持された粉末の容器から鼻腔を介して急速に吸入することによって投与される。経鼻投与に好適な組成物は、例えば、約０．１％（ｗ／ｗ）程度から１００％（ｗ／ｗ）程度の活性成分を含んでよく、本明細書に記載の追加の成分のうちの１つ以上を含んでよい。
薬学的組成物は、頬側投与に好適な製剤として調製、パッケージング、及び／または販売することができる。このような組成物は、例えば、従来の方法を使用して作製された錠剤及び／またはロゼンジの形態でもよく、例えば、０．１％～２０％（ｗ／ｗ）の活性成分を含んでもよく、残りは口内で溶解及び／または分解される組成物、ならびに本明細書に記載の追加の成分のうちの１つ以上を含む。代わりに、頬側投与に好適な組成物は、活性成分を含む粉末及び／またはエアロゾル化及び／または霧化された溶液及び／または懸濁液を含んでもよい。そのような粉末化、エアロゾル化、及び／またはエアロゾル化された製剤は、分散した場合、約０．１ｎｍ～約２００ｎｍの範囲の平均粒径及び／または液滴サイズを有し得、本明細書に記載のいずれかの追加の成分のうちの１つ以上をさらに含んでもよい。
いくつかの態様では、緩衝剤が組成物に含まれる。好適な緩衝剤には、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに様々な他の酸及び塩が含まれる。いくつかの態様では、２つ以上の緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には、全組成物の約０．００１重量％～約４重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製する方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ；２１ｓｔ ｅｄ．（２００５年５月１日）にさらに詳細に記載されている。
活性成分は、マイクロカプセル、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、及びナノカプセル）またはマクロエマルジョンに封入され得る。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、シクロデキストリン包接複合体などの包接複合体として、またはリポソームとして製剤される。リポソームは、ポリヌクレオチド（例えば、送達ビヒクル）を特定の組織に標的指向させるのに役立ち得る。リポソームを調製するには、例えば、Ｓｚｏｋａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｂｉｏｅｎｇ．，９：４６７（１９８０）、ならびに米国特許第４，２３５，８７１号、同第４，５０１，７２８号、同第４，８３７，０２８号、及び同第５，０１９，３６９号に記載されている方法などの多くの方法が利用可能である。
いくつかの実施形態における薬学的組成物は、ポリヌクレオチドまたはその送達のためのビヒクルを、コロナウイルス感染を処置するのに有効な、治療有効量または予防有効量などの量で含有する。いくつかの実施形態における治療有効性または予防有効性は、処置された対象の定期的な評価によってモニターされる。数日間以上にわたる反復投与の場合、状態に応じて、疾患症状の所望の抑制が生じるまで処置が繰り返される。しかしながら、他の投与量レジメンが有用な場合もあり、決定される場合もある。所望の投与量は、組成物の単回ボーラス投与、組成物の複数回ボーラス投与、または組成物の連続注入投与によって送達することができる。
ポリヌクレオチド及び／または送達ビヒクルは、標準的な投与技術、製剤、及び／またはデバイスを使用して投与することができる。製剤には、経口、静脈内、腹腔内、皮下、肺、経皮、筋肉内、鼻腔内、頬側、舌下、または坐剤投与用の製剤が含まれる。いくつかの実施形態では、細胞集団が非経口投与される。「非経口」という用語は、本明細書で使用される場合、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、膣、及び腹腔内投与を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド及び／または送達ビヒクルは、噴霧によって投与される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド及び／または送達ビヒクルは、吸入によって投与される。
いくつかの実施形態では、結合剤または粒子をコードするようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドの送達用ビヒクルは、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子である（例えば、セクションＩＩ）。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、ゲノムコピー（ＧＣ）の投与量単位で製剤され得る。ＧＣを決定するための好適な方法は記述されており、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＭ．Ｌｏｃｋ ｅｔ ａｌ，Ｈｕ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２５（２）：１１５－２５．２０１４に記載されているように、ｑＰＣＲまたはデジタルドロップレットＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）などを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０４～約１０１０ＧＣ単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０９～約１０１５ＧＣ単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０５～約１０９ＧＣ単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０６～約１０９ＧＣ単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０１２～約１０１４ＧＣ単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、投与量は、１．０×１０９ＧＣ単位、５．０×１０９ＧＣ単位、１．０×１０１０ＧＣ単位、５．０×１０１０ＧＣ単位、１．０×１０１１ＧＣ単位、５．０×１０１１ＧＣ単位、１．０×１０１２ＧＣ単位、５．０×１０１２ＧＣ単位、または１．０×１０１３ＧＣ単位、５．０×１０１３ＧＣ単位、１．０×１０１４ＧＣ単位、５．０×１０１４ＧＣ単位、または１．０×１０１５ＧＣ単位である。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０４～約１０１０感染単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０９～約１０１５感染単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０５～約１０９感染単位である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０６～約１０９感染単位である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０１２～約１０１４感染単位（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、投与量は、１．０×１０９感染単位、５．０×１０９感染単位、１．０×１０１０感染単位、５．０×１０１０感染単位、１．０×１０１１感染単位、５．０×１０１１感染単位、１．０×１０１２感染単位、５．０×１０１２感染単位、または１．０×１０１３感染単位、５．０×１０１３感染単位、１．０×１０１４感染単位、５．０×１０１４感染単位、または１．０×１０１５感染単位である。感染単位を数量化するために利用可能な技術は、当該技術分野では定型的であり、ウイルス粒子数の決定、蛍光顕微鏡、及びプラークアッセイによる力価を含む。例えば、アデノウイルス粒子の数は、Ａ２６０での吸光度を測定することによって決定できる。同様に、感染単位は、モノクローナル抗体を使用したベクター特異的タンパク質の定量的免疫蛍光法またはプラークアッセイによって決定することもできる。
いくつかの実施形態では、感染単位を計算する方法には、滴定されたウイルスを細胞単層上で成長させ、数日から数週間後にプラークの数を計数するプラークアッセイが含まれる。例えば、感染力価は、プラークアッセイ、例えば細胞変性効果（ＣＰＥ）を評価するためのアッセイなどによって決定される。いくつかの実施形態では、ＣＰＥアッセイは、アガロースで覆われたＨＦＦ細胞などの細胞の単層上でウイルスを系列希釈することによって行われる。細胞変性効果を達成するための期間、例えば約３～２８日、一般には７～１０日間インキュベーションを行った後、細胞を固定することができ、プラークとして可視化された不在細胞のフォーカスが決定される。いくつかの実施形態では、感染単位は、エンドポイント希釈（ＴＣＩＤ５０）法を使用して決定することができ、この方法は、細胞培養物の５０％が感染するウイルスの希釈度を決定し、したがって、一般に１対数などのある特定の範囲内で力価を決定することができる。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０４～約１０１０プラーク形成単位（ｐｆｕ）（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０９～約１０１５ｐｆｕ（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０５～約１０９ｐｆｕである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０６～約１０９ｐｆｕである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターまたはウイルス様粒子の投与量は、約１０１２～約１０１４ｐｆｕ（境界値を含む）である。いくつかの実施形態では、投与量は、１．０×１０９ｐｆｕ、５．０×１０９ｐｆｕ、１．０×１０１０ｐｆｕ、５．０×１０１０ｐｆｕ、１．０×１０１１ｐｆｕ、５．０×１０１１ｐｆｕ、１．０×１０１２ｐｆｕ、５．０×１０１２ｐｆｕ、または１．０×１０１３ｐｆｕ、５．０×１０１３ｐｆｕ、１．０×１０１４ｐｆｕ、５．０×１０１４ｐｆｕ、または１．０×１０１５ｐｆｕである。
いくつかの実施形態では、結合剤または粒子をコードするようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドの送達用ビヒクルは、アデノウイルスベクターである。いくつかの態様では、ヒトに対するアデノウイルスの投与量は、注射当たり約１０７～１０９（境界値を含む）のプラーク形成単位（ｐｆｕ）の範囲であり得る。
いくつかの態様では、本明細書で提供される薬学的組成物中のビヒクルの投与量は、対象の体重に応じて異なる。例えば、組成物は、ＧＣ／ｋｇ、感染単位／ｋｇ、ｐｆｕ／ｋｇなどとして製剤され得る。いくつかの態様では、治療効果が得られる投与量は、対象の体重１ｋｇ当たり１０８ＧＣ～１０１４ＧＣ（境界値を含む）またはその程度である。いくつかの態様では、治療効果が得られる投与量は、対象の体重１ｋｇ当たり１０８ＧＣ（ＧＣ／ｋｇ）またはその程度である。
いくつかの実施形態では、対象は単回注射を受ける。いくつかの実施形態では、無期限に、及び／または処置の有効性が確立されるまで、毎日／毎週／毎月の間隔で投与が繰り返され得る。本明細書で示すように、処置の有効性は、本明細書のセクションＶに記載の症状及び臨床パラメータを評価することによって、及び／または所望の応答を検出することによって決定することができる。
必要とされるポリヌクレオチド、ポリペプチド、またはベクタービヒクルの正確な量は、対象の種、年齢、体重及び全身状態、使用される特定のポリ核酸、ポリペプチド、またはベクター、その投与様式などに応じて、対象ごとに異なる。よって、本明細書で提供されるすべてのポリ核酸、ポリヌクレオチド、またはベクタービヒクルについて正確な量を特定することは不可能である。しかしながら、適切な量は、本明細書における教示を考慮すれば、当業者が定型的な実験を使用するだけで決定することができる。
いくつかの実施形態における組成物は、無菌液体調製物、例えば、等張水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供され、いくつかの態様では、選択されたｐＨに緩衝されていてもよい。液体調製物は通常、ゲル、他の粘性組成物、及び固体組成物よりも調製しやすい。さらに、液体組成物は、注射による場合は特に、投与するのにいくぶんか便利である。一方、粘性組成物は、特定の組織との接触期間が長くなるように、適切な粘度範囲内で製剤することができる。液体または粘性組成物には、例えば、水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）を含有する溶媒または分散媒、及びそれらの好適な混合物であり得る担体が含まれ得る。
無菌の注射可能な溶液は、無菌の水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどの好適な担体、希釈剤、または賦形剤との混和物などの溶媒に細胞を組み込むことによって調製することができる。組成物は凍結乾燥することもできる。組成物は、所望される投与経路及び調製物に応じて、例えば湿潤剤、分散剤、または乳化剤（例えば、メチルセルロース）、ｐＨ緩衝剤、ゲル化剤または増粘添加剤、防腐剤、香味剤、着色剤などの補助物質を含有することができる。いくつかの態様では、好適な調製物を調製するために標準的教本を参考にしてもよい。
注射可能物は、液体の溶液もしくは懸濁液のいずれかとしての従来の形態で、注射前に液体に溶解もしくは懸濁するのに好適な固体形態で、またはエマルジョンとして調製することができる。本明細書で使用される場合、「非経口投与」には、皮内、鼻腔内、皮下、筋肉内、腹腔内、静脈内及び気管内経路、ならびに一定の投与量が維持されるような徐放系または持続放出系が含まれる。
抗菌防腐剤、抗酸化剤、キレート剤、及びバッファーを含め、組成物の安定性及び無菌性を増強する様々な添加剤を加えることができる。様々な抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などにより、微生物の作用の防止を確実にすることができる。注射可能な薬学的形態の持続的吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンの使用によってもたらすことができる。
持続放出調製物を調製してもよい。持続放出調製物の好適な例としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは、成形物品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形態にある。
いくつかの実施形態では、ビヒクル製剤は、凍結防止剤を含み得る。本明細書で使用される場合、「凍結防止剤」という用語は、所与の物質と組み合わせると、凍結時に生じるその物質への損傷を減少または消失させるのに役立つ１つ以上の薬剤を指す。いくつかの実施形態では、凍結中のベクタービヒクルを安定化するために、凍結防止剤をベクタービヒクルと組み合わせる。いくつかの態様では、－２０℃から－８０℃の間でのＲＮＡの凍結保存が、ポリヌクレオチドの長期（例えば３６か月）安定性にとって有利であり得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ種は、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、凍結／解凍サイクル及び凍結保存条件下のポリヌクレオチドを安定化するために、凍結防止剤がビヒクル製剤に含まれる。提供される実施形態の凍結防止剤は、スクロース、トレハロース、ラクトース、グリセロール、デキストロース、ラフィノース及び／またはマンニトールを含み得るが、これらに限定されない。トレハロースは、米国食品医薬品局によって、一般に安全と認められる（ｇｅｎｅｒａｌｌｙ ｒｅｇａｒｄｅｄ ａｓ ｓａｆｅ、ＧＲＡＳ）としてリストされており、市販の薬学的製剤に一般的に使用されている。
ｉｎ ｖｉｖｏ投与のために使用される製剤は、一般に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜による濾過によって容易に達成され得る。
ＩＶ． 使用方法及び治療的適応
本明細書では、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置する方法及び使用が提供される。いくつかの実施形態では、ポリペプチド結合剤、または結合剤をコードするポリヌクレオチド、または提供される粒子は、提供される実施形態及び方法に従って、対象のウイルス感染を処置するまたは減少させるために対象に投与され得る。提供される方法及び使用の中には、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置するために、結合剤または結合剤を含有するビヒクルを含有する組成物を投与することを含むものがある。提供される方法及び使用の中には、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置するために、本明細書で提供される、粒子または粒子を含有するビヒクルを含有する組成物を投与することを含むものがある。提供される方法及び使用の中には、コロナウイルス感染などのウイルス感染を処置するために、結合剤をコードするポリヌクレオチド、またはポリペプチドを含有するビヒクル、またはポリヌクレオチドを含有するビヒクルを含有する組成物を投与することを含むものがある。いくつかの実施形態では、疾患または状態はウイルス感染であり、対象は、感染を引き起こすウイルスに曝露されたことが知られているか、疑われるか、または予測される。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、ニドウイルス目のものである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コルニドウイルス亜目のものである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルス科のものである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、オルトコロナウイルス亜科のものである。いくつかの態様では、ウイルスは、アルファコロナウイルス属のものである。いくつかの態様では、ウイルスは、ベータコロナウイルス属のものである。
提供される実施形態において、方法は、コロナウイルス感染を処置することに関する。コロナウイルス科は、関連するエンベロープウイルスのファミリーである。コロナウイルスは、らせん状のヌクレオカプシド及び正二十面体のタンパク質コート内にあるプラスセンス一本鎖ＲＮＡゲノムを特徴とする。コロナウイルスのゲノムは、２６キロベースからおよそ３２キロベースまで様々であり得、記録されている最大のウイルスゲノムの一部である。最初のヒトコロナウイルスは、Ｂ８１４株、２２９Ｅ株、ＩＢＶ株、及びＯＣ４３株を含め、１９６０年代に発見された。つい最近発見されたヒトコロナウイルスは、それぞれ２００３年及び２００４年に同定されたＮＬ６３及びＨＫＵ１を含む。多くのヒトコロナウイルスが集団内を循環し、感冒に関連する季節的流行及び／または散発性疾患を引き起こす。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、コロナウイルスである。いくつかの実施形態では、コロナウイルスは、コロナウイルス第１ａ亜群、第１ｂ亜群、第２ａ亜群、第２ｂ亜群、第２ｃ亜群、第２ｄ亜群、または第３亜群のいずれかのものである。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第１ａ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第ｌａ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＦＣｏｖ．ＦＩＰＶ．７９．１ １４６．ＶＲ．２２０２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＶ＿００７０２５）、伝染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ Ｊ３０２３０６；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｑ８１ １７８９．２；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ８１ １７８６．２；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ８１１７８８．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ８１１７８５．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｘ５２１５７．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＪ０１ １４８２．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＣ９６２４３３．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＪ２７１９６５．２；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０６０．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｃ６０９３７１．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０６０．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５９．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５８．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５７．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５２．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５１．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＱ６９３０５０．１）、ブタ生殖器呼吸器症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００１９ １．１；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ８１ １７８７）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第ｌａ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第１ｂ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第ｌｂ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＢｔＣｏＶ．ｌＡ．ＡＦＣＤ６２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿０１０４３７）、ＢｔＣｏＶ．ｌＢ．ＡＦＣＤ３０７（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪＨ０４３６）、ＢｔＣｏｖ．Ｈ Ｕ８．ＡＦＣＤ７７（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿０１０４３８）、ＢｔＣｏＶ．５１２．２００５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ６４８８５８）、ブタ流行性下痢ウイルスＰＥＤＶ．ＣＶ７７７（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪ）０３４３６５ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ３５５２２４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ３５５２２３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ３５５２２１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０６２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０６１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０６０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｊ ６０１０５９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０５８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０５７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号、ＪＮ６０１０５６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６ＯＩ ０５５，１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０５４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０５３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ６０１０５２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ４００９０２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＮ５４７３９５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４７３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４７２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４７１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４７０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６２，１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６Ｕ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４６０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５３ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４５０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＦＪ６８７４４９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＦ５００２１５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０６１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０６０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ４７６０５９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ４７６０５６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０５０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ４７６０４９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ４７６０４８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ １７７２５８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ１７７２５７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ１７７２５６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ１７７２５５．１）、ＨＣｏＶ．２２９Ｅ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪ）０２６４５）、ＨＣｏＶ．ＮＬ６３． Ａｍｓｔｅｒｄａｍ．！ （ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００５８３１）、ＢｔＣｏＶ．Ｈ Ｕ２．ＨＫ．２９８．２００６（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ２０３０６６）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ２．ＨＫ．３３．２００６（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ２０３０６７）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ２．ＨＫ．４６．２００６（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ２０３０６５）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ２．ＧＤ．４３０．２００６（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ２０３０６４）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第ｌｂ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第２ａ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第２ａ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＨＣｏＶ．ＨＫＵｌ．ＣＮ５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ３３９１０１）、ＭＨＶ．Ａ５９（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００１８４６）、ＰＨＥＶ．ＶＷ５７２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００７７３２）、ＨＣｏＶ．ＯＣ４３．ＡＴＣＣ．ＶＲ．７５９（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００５１４７）、ウシ腸コロナウイルス（ＢＣｏＶ．ＥＮＴ）（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００３０４５）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第２ａ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第２ｂ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第２ｂ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＢｔＳＡＲＳ．ＨＫｌＤ．ｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号、ＤＱ０２２３０５）、ＢｔＳＡＲＳ．ＨＫＵ３．２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ０８４１９９）、ＢｔＳＡＲＳ．ＨＫＵ３．３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ０８４２００）、ＢｔＳＡＲＳ．Ｒｍｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ４１２０４３）、ＢｔＣｏＶ．２７９．２００５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ６４８８５７）、ＢｔＳＡＲＳ．Ｒｆｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ４１２０４２）、ＢｔＣｏＶ．２７３．２００５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ６４８８５６）、ＢｔＳＡＲＳ．Ｒｐ３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ０７１６１５）、ＳＡＲＳ ＣｏＶ．Ａ０２２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ６８６８６３）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ＣＵＨＫ－Ｗｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ２７８５５４）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ＧＤＯｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ２７８４８９）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ＨＣ．ＳＺ．６１．０３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ５１５５１２）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ＳＺ １６（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ３０４４８８）、ＳＡＲＳＣｏＶ．Ｕｒｂａｎｉ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ２７８７４１）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ｃｉｖｅｔＯｌＯ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＹ５７２０３５）、ＳＡＲＳＣｏＶ．ＭＡ．１５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ４９７００８）、ＳＡＲＳＣｏＶ＿Ｗｕｈａｎ－ＨＵ－１（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ０４５５１２）、ＳＡＲＳＣｏＶ＿Ｕｎｋｎｏｗｎ－ＵＱ－５８１（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＭＴ４１２２４３）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第２ｂ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第２ｃ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第２ｃ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ｒｉｙａｄｈ＿２＿２０１２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６５２．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－ＨａｓａＪ ８Ｊ ０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ６００６５１．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿１７＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ６００６４７．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿１５＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ６００６４５．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿１６＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６４４．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿２１＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６３４）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿１９＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６３２．）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ｂｕｒａｉｄａｈ＿ｌ＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６３０．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ｆｆａｆｒ－Ａｌ－Ｂａｔｉｎ＿ｌ＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ６００６２８．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿１２＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６２７．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ｂｉｓｈａ＿ｌ＿２０１２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６２０．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ｒｉｙａｄｈ＿３＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６１３．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株ＲｉｙａｄｈＪ＿２０１２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ６００６１２．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株ＡＩ－Ｈａｓａ＿３＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ １８６５６５．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿ｌ＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ１８６５６７．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿２＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｆ１８６５６６．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス分離株Ａｌ－Ｈａｓａ＿＿４＿２０１３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ １８６５６４．１）、中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＦ１９２５０７．１）、ベータコロナウイルス英国株１－Ｎｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿０１９８４３）、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ＿ＳＡ－Ｎｌ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＫＣ６６７０７４）、中東呼吸器症候群コロナウイルスの次の分離株（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６５６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号；ＫＦ６００６５５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６５４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６４０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ ６００６４１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６３３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６２９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ６００６１７．１）、コロナウイルスＮｅｏｒｏｍｉｃｉａ／ＰＭＬ ＰＨＥ１／ＲＳＡ／２０１ １ ＧｅｎＢａｎｋ受入：ＫＣ８６９６７８．２、コウモリコロナウイルスＴａｐｅｒ／ＣＩＩ＿ＫＳＡ＿２８７／Ｂｉｓｈａ／Ｓａｕｄｉ Ａｒａｂｉａ／ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ４９３８８５．１、コウモリコロナウイルスＲｈｈａｒ／ＣＩＩ＿ＫＳＡＪ）０３／Ｂｉｓｈａ Ｓａｕｄｉ Ａｒａｂｉａ／２０１３ ＧｅｎＢａｎｋ＾受入番号：ＫＦ４９３８８８．１、コウモリコロナウイルスＰｉｋｕｈ／ＣＩＩ＾ＫＳＡ＿００１／Ｒｉｙａｄｈ／Ｓａｕｄｉ Ａｒａｂｉａ／２０１３ ＧｅｎＢａｎｋ＿受入番号：ＫＦ４９３８８７．１、コウモリコロナウイルスＲｈｈａｒ／ＣＩＩ ＫＳＡ＿００２／Ｂｉｓｈａ／Ｓａｕｄｉ Ａｒａｂｉａ／２０１３ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ４９３８８６．１、コウモリコロナウイルスＲｈｈａｒ／ＣＩＩＪｉＳＡ＿００４／Ｂｉｓｈａ／Ｓａｕｄｉ Ａｒａｂｉａ ２０１３ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ４９３８８４．１、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ４．２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５０６）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ４．１（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００９０１９）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ４．３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５０７）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ４．４（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５０８）、ＢｔＣｏＶ１３３．２００５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪ）０８３１５）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ５．５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５１２）；ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ５．１（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪ）０９０２０）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ５．２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５ Ｉ０）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ５．３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５１ １）、ヒトベータコロナウイルス２ｃ Ｊｏｒｄａｎ－Ｎ３／２０１２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｃ７７６１７４．１；ヒトベータコロナウイルス２ｃ ＥＭＣ／２０１２，（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＪＸ８６９０５９．２）、アブラコウモリコロナウイルスＨＫＵ５分離株（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０８６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０８４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８１，１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０８０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０７７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１０４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ ５２２１０２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１０１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１００．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０９８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０９０．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１ １９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １８．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １７．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １６．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １５．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １４．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号；ＫＣ５２２１ １３，１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２１ １２．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ ５２２ １ １．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１ １０．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２１０５．１）アブラコウモリコロナウイルスＨＫＵ４分離株（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４６，ｌ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４５．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４３．Ｉ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４２．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４１．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４０．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３９．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０３８．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０３７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０４８．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４７．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４６．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４５．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０４４，ｌ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４３．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４２．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４１．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４０，１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３８．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３７．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０３６．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６Ｕ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６０．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５８．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５７．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０５６．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５５，ｌ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０５４．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５３，ｌ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５２，ｌ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５１．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０５０．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０４９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７４．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７３．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７２．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０７１．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０７０．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６９．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６８．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６７．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６６．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６５．１ ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６４，ｌ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｃ５２２０６３．１、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＣ５２２０６２．１）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第２ｃ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第２ｄ亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第２ｄ亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ９．２（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５１４）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ９．１（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣＪ）０９０２１）、ＢｔＣｏＶ．ＨｋＵ９．３（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５１５）、ＢｔＣｏＶ．ＨＫＵ９．４（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＥＦ０６５５１６）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第２ｄ亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第３亜群コロナウイルスである。提供される実施形態のいずれかの第３亜群コロナウイルスの非限定的な例は、ＩＢＶ．ＢｅａｕｄｅｔｔｅＩＢＶ．ｐ６５（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＤＱ００１３３９）、及び現在公知の（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）データベースに見ることができるような）または将来同定される任意の他の第３亜群コロナウイルス、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む。
当業者には十分理解されるように、ｌａ、ｌｂ、２ａ、２ｂ、２ｃ、２ｄ及び３の各亜群のコロナウイルスは、提供される実施形態のいずれかの方法及び組成物に任意の組み合わせで含まれ得る。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、第２ｂ亜群コロナウイルスである。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスは、２０１９年に中国で最初に報告されたコロナウイルス疾患（ＣＯＶＩＤ－１９）の原因物質として同定されており、２０２０年３月に世界的パンデミックであると宣言された。この新しいヒトコロナウイルスは、特に顔及び肺の粘膜への呼吸器飛沫及び媒介物の伝達を介して伝染することが知られている呼吸器病原体である。曝露後の潜伏期間は、１４～２１日に及ぶことがある。確認されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症例の多くは無症候性であるが、重症例では死に至り得る。関連するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ウイルスは、２００３年に東アジアで報告された最初の大規模なＳＡＲＳアウトブレイクの原因物質として同定された。中東呼吸器ウイルス（ＭＥＲＳ）のヒト感染は２０１２年に初めて報告された。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２、及びＭＥＲＳは各々、コウモリならびにおそらくブタ及びラクダ科動物のような他の家畜動物を介した人畜共通性伝染事象の結果であると考えられている。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１である。いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＭＥＲＳである。
いくつかの実施形態では、結合剤、粒子、送達用ビヒクル、または組成物は、治療効果をもたらすような、例えばウイルス感染またはウイルス感染に関連する症状の重篤度を減少させるまたは防止するような有効量で投与される。使用には、そのような治療方法を行うための医薬の調製におけるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、送達用ビヒクル、または組成物の使用が含まれる。いくつかの実施形態では、方法は、ウイルス感染を有するもしくは有することが疑われる、または例えばＣＡＲＳ－ＣＯＶ－２ウイルスへの感染のようなコロナウイルス感染などのウイルス感染を引き起こすウイルスへの曝露のリスクがある対象に、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、または送達用ビヒクル、またはそれらを含む組成物を投与することによって行われる。いくつかの実施形態では、方法は、それにより対象のウイルス感染を処置する。
したがって、提供される実施形態の目的は、コロナウイルス感染などの感染の処置のために、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド（例えば結合剤及び粒子）を送達するための組成物を含む方法のような処置の方法を提供することである。
いくつかの実施形態では、提供される方法または使用は、経口、吸入、経皮または非経口（静脈内、腫瘍内、腹腔内、筋肉内、腔内、及び皮下を含む）投与を含む薬学的組成物の投与を伴う。いくつかの実施形態では、ビヒクル粒子は、単独で投与されても、薬学的組成物として製剤されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のビヒクル粒子または組成物は、対象、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに投与され得る。任意の実施形態のいくつかにおいて、対象は、特定の疾患または状態（例えば、コロナウイルス感染）のリスクがある、その症状を有する、またはその診断を受けている、もしくはそれを有するものとして特定されている場合がある。いくつかの実施形態では、疾患は、疾患または障害である。いくつかの実施形態では、疾患は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）である。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、経口投与される。経口投与は、肺に送達するためのエアロゾルを生成するような吸入による投与を含み得る。いくつかの実施形態では、組成物は、乾燥粉末吸入器（ＤＰＩ）、加圧式定量吸入器（ｐＭＤＩ）または噴霧器を使用して投与され得る。本明細書に記載される、吸入などによる経口投与のために製剤される提供される組成物のいずれも、提供される方法に従って投与することができる。
エアロゾル送達は、非侵襲的であり、高濃度の治療用ポリヌクレオチドまたはポリペプチド、例えば結合剤または粒子をコードするものを送達する可能性があるため、魅力的な手法である。ウイルスベクター、ポリマー、界面活性剤、または賦形剤を使用した肺への核酸のエアロゾル送達が記述されている。ＭｃＤｏｎａｌｄらは、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子タンパク質（ＣＦＴＲ）をコードするアデノウイルスベクターの非ヒト霊長類へのエアロゾル送達について記述している（ＭｃＤｏｎａｌｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ８：４１１－４２２（１９９７））。Ｃａｎｏｎｉｃｏらは、カチオン性リポソームと複合体を形成した組換えヒトアルファ１－アンチトリプシン遺伝子及びサイトメガロウイルスプロモーターを含有するプラスミドのウサギの肺へのエアロゾルによるｉｎ ｖｉｖｏ遺伝子移送について記述している（Ｃａｎｏｎｉｃｏ，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ． Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，１０：２４－２９（１９９４））。Ｓｔｒｉｂｌｉｎｇらは、カチオン性リポソーム担体と複合体を形成したクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼレポーター遺伝子のエアロゾル送達により、マウス肺内でＣＡＴ遺伝子発現が生じ得ることを記述している（Ｓｔｒｉｂｌｉｎｇ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１１２７７－１１２８１（１９９２））。
Ｍａｓｓａｒｏらは、表面活性物質またはＳＡＭとして知られるリポタンパク質肺界面活性剤と複合体を形成した低分子阻害性ＲＮＡ分子を、鼻孔への液体沈着を介してマウスの肺胞に送達することを記述している（Ｍａｓｓａｒｏ，ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ． Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２８７：Ｌ１０６６－Ｌ１０７０（２００４））。Ｃｈｅｎらによる米国特許出願第２００５／０００８６１７号は、肺への導入に好適なカチオン性ポリマー、修飾型カチオン性ポリマー、脂質、及び／または界面活性剤と複合体を形成した、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、及びＲＮＡｉ誘導ベクターを含む、ＲＮＡｉ誘導剤の送達について記述している。Ｄａｖｉｓらによる米国特許出願第２００３／０１５７０３０号は、経鼻送達用のポリマーと複合体を形成した、ｓｉＲＮＡまたはｓｉＲＮＡを生成する核酸などのＲＮＡｉ構築物の投与について記述している。このような方法はいずれも、提供される実施形態で使用され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、単位用量の経口、非経口、経皮または吸入組成物などの単位用量組成物の形態で投与され得る。いくつかの実施形態では、組成物は、混和によって調製され、経口、吸入、経皮または非経口投与のために適合され、したがって、錠剤、カプセル、経口液体調製物、粉末、顆粒、ロゼンジ、再構成可能な粉末、注射可能かつ注入可能な溶液もしくは懸濁液または坐剤またはエアロゾルの形態であり得る。
いくつかの態様では、「治療上有効な時間」とは、薬学的有効量の化合物が投与され、ＳＡＲＳ－コロナウイルス感染などの疾患または障害に関連する１つ以上の症状を減少させるのに十分である期間を指す。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ＳＡＲＳ－コロナウイルスなどの感染の症状の検出の前に、それに付随して、及び／またはその後に投与され得る。化合物の投与と症状との間の関係に言及する場合の「付随」という用語は、ＳＡＲＳ－コロナウイルス感染に関連する症状の発現と同時または発現中に投与が行われることを意味する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、別のタイプの薬物の投与または治療手技の前に、それに付随して、及び／またはその後に投与され得る。
いくつかの実施形態では、組成物は、１日数回の頻度で対象に投与されてもよく、または、より低い頻度で、例えば、１日１回、週１回、２週に１回、月１回、もしくはさらに低い頻度で、例えば、数か月に１回もしくはさらには１年に１回もしくはそれ以下で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、１日に投薬される化合物の量は、非限定的な例では、毎日、１日おき、２日毎、３日毎、４日毎、または５日毎に投与され得る。いくつかの実施形態では、１日おきの投与を用いて、１日当たり５ｍｇの用量が月曜日に開始され、第１の後続の１日当たり５ｍｇの用量が水曜日に投与され、第２の後続の１日当たり５ｍｇの用量が金曜日に投与されるなどであり得る。投薬の頻度は、当業者に容易に明らかとなり、例えば、処置されている疾患のタイプ及び重篤度、対象のタイプ及び年齢などだがこれらに限定されない多数の要因に依存する。
本明細書で使用される場合、「対象」は、ヒトまたは他の動物などの哺乳動物であり、典型的にはヒトである。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド、送達用ビヒクル、及び組成物が投与される対象、例えば患者は、哺乳動物、典型的にはヒトなどの霊長類である。いくつかの実施形態では、霊長類はサルまたは類人猿である。対象は、男性または女性であり得、幼児、若年、青年、成人、及び老年対象を含む任意の好適な年齢であり得る。
本明細書で使用される場合、「処置」（及び「処置する」または「処置すること」などのその文法的変形）は、疾患もしくは状態もしくは障害、またはそれらに関連する、例えばコロナウイルス感染に関連する症状、有害作用もしくは転帰、もしくは表現型の、完全または部分的な改善または減少を指す。処置の望ましい効果は、感染の発生または再発の防止、症状の軽減、感染の任意の直接的または間接的な病理学的帰結の減弱、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）の防止、疾患進行速度の低下、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後向上を含むが、これらに限定されない。これらの用語は、疾患の完全な治癒、またはいずれかの症状の完全な排除、またはすべての症状もしくは転帰に対する効果（複数可）を意味するものではない。
いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ウイルスに曝露されたことが知られている、疑われる、または予測される。いくつかの実施形態では、対象は、両側性肺炎などの肺炎を有する。いくつかの実施形態では、対象は、胸部コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンで撮像できるようなスリガラス陰影を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ウイルスに曝露されたことが知られている、疑われる、または予測される。いくつかの実施形態では、対象は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）を有することが知られているか、または疑われる。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２には、３つの異なる病期を含む病期分類システムが提案されている。軽度または初期の感染は、ステージ１コロナウイルス疾患（ＣＯＶＩＤ）としても知られている。ステージＩのＣＯＶＩＤは、ほとんど無症候性であるか、または倦怠感、咳、発熱などの一般的に非特異的な症状を呈する。ステージＩＩのＣＯＶＩＤは、肺疾患及び／または肺の炎症の確立と共に生じる。ステージＩＩａでは、患者は、ウイルス性肺炎に関連する低酸素症（ＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００ｍｍＨｇで定義される）を示さない。ステージＩＩｂのＣＯＶＩＤは低酸素症を特徴とし、しばしば機械的人工呼吸を必要とする。ステージＩＩＩのＣＯＶＩＤは、少数の患者で観察され、死亡率に強く関連している。いくつかの態様では、ステージＩＩＩのＣＯＶＩＤは、「サイトカインストーム」中に観察されるような全身性炎症を特徴とする。いずれのステージのＣＯＶＩＤにも、ＦＤＡ承認済みの処置はない。
本明細書で使用される場合、「疾患の発生を遅延させる」は、疾患（がんなど）の発生を遅らせること、妨害すること、緩徐化すること、減速すること、安定させること、抑制すること、及び／または先延ばしにすることを意味する。この遅延は、処置されている疾患及び／または個体の履歴に応じて異なる期間であり得る。当業者に明らかであるように、十分な、または著しい遅延は、事実上、個体が疾患を発症しないという点で防止を包含し得る。
本明細書で使用される場合、「防止すること」には、疾患または疾患を引き起こす因子の影響を受けやすいまたはそれらに曝露されている可能性があるが、まだ疾患と診断されていない対象における疾患の発生または再発に関して予防を行うことが含まれる。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、送達用ビヒクル、及び組成物は、疾患の発生を遅延させるため、または疾患の進行を緩徐化するために使用される。
「有効量」、例えば、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、または送達用ビヒクルを含有する任意のものを含む薬学的製剤、または組成物は、投与の文脈において、治療結果または予防結果などの所望の結果を達成するために、必要な投与量／量及び期間で有効な量を指す。
「治療有効量」、例えば、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、または送達用ビヒクルを含有する任意のものを含む薬学的製剤または組成物は、例えば疾患、状態、もしくは障害の処置のための所望の治療結果、及び／または処置の薬物動態的もしくは薬力学的効果を達成するために、必要な投与量及び期間で有効な量を指す。治療有効量は、対象の疾患状態、年齢、性別、及び体重、ならびに投与されるポリヌクレオチドなどの要因によって異なり得る。いくつかの実施形態では、提供される方法は、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物を、有効量、例えば、治療有効量で投与することを含む。
「予防有効量」は、必要な投与量及び期間にて、所望の予防結果を達成するのに有効な量を指す。典型的であって必ずしもそうではないが、予防用量は疾患の前または疾患の早期段階の対象において使用されるため、予防有効量は治療有効量よりも少ない。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ベースライン（本明細書のセクションＩ、ＩＩ、及びＩＩＩのいずれかで提供される、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物のいずれかの投与１日目）と比べて、症状の重篤度を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、対象は、発熱、喉の痛み、咳、息切れ、筋肉痛のいずれか１つを含むコロナウイルス感染の症状について評価される。いくつかの実施形態では、対象は自己評価する。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて５日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて７日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて１４日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインに対していつ症状が完全に和らぐかについて２１日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて３０日目に評価される。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ベースライン（本明細書のセクションＩ、ＩＩ、及びＩＩＩのいずれかで提供されるポリヌクレオチド、ポリペプチド、またはビヒクルの投与１日目）と比べて、症状の解消までの時間を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が完全に解消するかについて５日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が完全に解消するかについて７日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が完全に解消するかについて１４日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が完全に解消するかについて２１日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が完全に解消するかについて３０日目に評価される。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、１４日目における７ポイント順位尺度の向上のオッズ比を改善または増加させ得る。いくつかの態様では、オッズ比は、処置群間の順位尺度の向上のオッズを表す。いくつかの態様では、順位尺度は、所与の日の臨床状態の評価である。この尺度は、次のように設定されている：１．死亡、２．入院、侵襲的機械的人工呼吸または体外式膜型人工肺（ＥＣＭＯ）、３．入院、非侵襲的人工呼吸または高流量酸素デバイス、４．入院、低流量酸素補給が必要、５．入院、酸素補給の必要なし－継続的な医療が必要（コロナウイルス関連か否かを問わない）、６．入院、酸素補給の必要なし－継続的な医療はもはや必要ない、７．入院していない。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ＥＲ来院の必要性を改善または防止し得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、最初のＥＲ来院後のＥＲ再来院の回数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、集中治療室（ＩＣＵ）における日数を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、対象に機械的人工呼吸器などの人工呼吸器が装着される日数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、集中治療室（ＩＣＵ）における日数を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤及び粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、対象に昇圧薬が投与される日数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、集中治療室（ＩＣＵ）における日数を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、対象に腎置換療法が投与される日数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、コロナウイルス感染からの回復に必要な日数を改善または減少させ得る。いくつかの態様では、対象は、次の臨床基準に基づいて回復について評価される：発熱、呼吸数及びＳＰＯ２の正常化、ならびに咳（登録時に関連する異常症状がある場合）の緩和の少なくとも７２時間の維持。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、発熱の解消までの日数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、処置後少なくとも１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、または６か月にわたる、Ｃａｎｃｅｒ ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＣｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＮＣＩ－ＣＴＣＡＥ）ｖ５．０によって測定される有害事象の数を改善または減少させ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、咳の解消までの日数を改善または減少させ得る。いくつかの態様では、以下の表５に示すように、ＮＣＩ－ＣＴＣＡＥ ｖ５．０に従って対象の咳がグレーディングされ得る。
（表５）ＮＣＩ－ＣＴＣＡＥ ｖ５．０ 咳グレーディングスケール
Figure 2023540705000011
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えばｆ結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、肺炎の悪化及び／または増悪の発生数を改善または減少させ得る。いくつかの態様では、対象は、肺炎の悪化／増悪について、次の臨床基準のうちの少なくとも１つの存在に基づいて評価される：ＳＰＯ２≦９３％、ＰａＯ２／ＦｉＯ２≦３００ｍｍＨｇ、または酸素吸入なしで窮迫ＲＲ≧３０／分であり、かつ酸素療法もしくはより高度な呼吸サポートが必要な場合。
いくつかの態様では、対象は、ＱＴｃ延長について評価される。ＱＴ間隔は、心電図によって評価される心臓の電気的特性の測定値である。いくつかの態様では、ＱＴ延長は、トルサードドポアンなどの頻拍をもたらし得る。いくつかの態様では、補正ＱＴ（ＱＴｃ）が＞５００ｍｓの場合、心臓事象のリスクが高くなる。いくつかの態様では、ベースラインＱＴｃの＞６０ｍｓの増加により、心臓事象のリスクが高くなる。いくつかの態様では、成人男性の正常なＱＴｃは＜４３０ｍｓである。いくつかの態様では、成人女性の正常なＱＴｃは＜４５０ｍｓである。いくつかの態様では、１５歳未満の小児の正常なＱＴｃは＜４４０ｍｓである。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ベースライン（本明細書のセクションＩ、ＩＩ、及びＩＩＩのいずれかで提供されるポリヌクレオチド、ポリペプチド、またはビヒクルの投与１日目）と比べて、症状の重篤度を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、対象は、ＱＴｃ延長について評価される。いくつかの実施形態では、対象は自己評価する。いくつかの実施形態では、対象は、上述のようにベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて５日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて７日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて１４日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインに対していつ症状が完全に和らぐかについて２１日目に評価される。いくつかの実施形態では、対象は、ベースラインと比較していつ症状が和らぐかについて３０日目に評価される。
いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ウイルス負荷を改善または減少させ得る。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、ウイルス負荷における２日連続で０．５対数を超える増加、または１日で１対数を超える増加として定義されるウイルス学的失敗を防止し得る。いくつかの態様では、ウイルス負荷の増加は、処置前のウイルス検査中のいかなるベースライン傾向とも一致しない。
任意の実施形態のいくつかにおいて、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物（例えば、セクションＩＩに記載のいずれか、セクションＩに記載のポリヌクレオチド及びポリペプチドを含む組成物、及び／またはセクションＩＩＩに記載のビヒクルを含む組成物）は、標的細胞に対する効果を媒介し、この効果は、少なくとも１、２、３、４、５、６、もしくは７日、２、３、もしくは４週、または１、２、３、６、もしくは１２か月の間持続する。いくつかの実施形態（例えば、ビヒクル粒子組成物が、結合剤または粒子をコードするような外因性ポリペプチドを含む場合）では、この効果は、１、２、３、４、５、６、もしくは７日、２、３、もしくは４週、または１、２、３、６、もしくは１２か月未満の間持続する。
任意の実施形態のいくつかにおいて、本明細書に記載の、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、細胞または組織、例えば、ヒト細胞または組織にｅｘ－ｖｉｖｏで送達される。いくつかの実施形態では、組成物は、傷害状態（例えば、外傷、疾患、低酸素症、虚血または他の損傷からのもの）にあるｅｘ ｖｉｖｏ組織に送達される。いくつかの実施形態では、組成物は、ｅｘ－ｖｉｖｏ移植物（例えば、組織外植片または移植のための組織、例えば、ヒト静脈、筋骨格移植片、例えば、骨もしくは腱、角膜、皮膚、心臓弁、神経；または単離もしくは培養された器官、例えば、ヒトに移植される器官、例えば、ヒト心臓、肝臓、肺、腎臓、膵臓、腸、胸腺、眼）に送達される。いくつかの実施形態では、組成物は、移植の前、その間及び／またはその後に組織または器官に送達される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の、提供されるポリヌクレオチド、タンパク質（例えば結合剤または粒子）、送達用ビヒクル、またはそれらのいずれかを含有する組成物は、対象、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに投与され得る。そのような実施形態では、対象は、特定の疾患または状態（例えば、コロナウイルス感染の既往または疑い）のリスクがある、その症状を有する、またはその診断を受けている、もしくはそれを有するものとして特定されている場合がある。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）などの呼吸器症候群である。
Ｖ． 定義
別段定義されない限り、本明細書で使用される当該技術分野のすべての用語、表記ならびに他の技術的及び科学的用語または専門用語は、請求される主題が関連する当該技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有することが意図されている。いくつかの場合では、一般的に理解される意味を有する用語は、明確性のため及び／またはすぐに参照できるようにするために本明細書で定義されており、本明細書におけるそのような定義の包含は、必ずしも、当該技術分野で通常理解されるものとの実質的な差を示すものと解釈されるべきではない。別段示されない限り、化学的名称及び生化学的名称の略語及び記号は、ＩＵＰＡＣ－ＩＵＢ命名法に従う。別段示されない限り、すべての数値範囲は、範囲を定義する値及びそれらの間のすべての整数値を含む。
本明細書で使用される場合、冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、冠詞の文法上の目的語の１つまたは複数（すなわち、少なくとも１つの）を指す。例として、「要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または複数の要素を意味する。
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、当業者によって理解され、それが使用される文脈である程度異なる。本明細書で使用される場合、「約」は、測定可能な値、例えば、量、時間的継続時間などに言及する場合、指定された値から±２０％または±１０％、より好ましくは±５％、さらにより好ましくは±１％、またより好ましくは±０．１％の変動を包含するが、それは、そのような変動が、開示される方法を実施するために適切であるからである。
本明細書で使用される場合、「脂質粒子」は、内腔またはキャビティを包囲する両親媒性脂質の二重層を含有する任意の生物学的または合成粒子を指す。典型的には脂質粒子は、核を含有しない。脂質粒子の例には、固体粒子、例えば、ナノ粒子、ウイルス由来粒子または細胞由来粒子が含まれる。そのような脂質粒子は、ウイルス粒子（例えばレンチウイルス粒子）、ウイルス様粒子、ウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクター）エクソソーム、除核細胞、様々な小胞、例えば、微小胞、膜小胞、細胞外膜小胞、細胞膜小胞、巨大細胞膜小胞、アポトーシス小体、ミト粒子、ピレノサイト、またはリソソームを含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、例えばＧタンパク質またはＦタンパク質などのタンパク質に関する「生物学的に活性な部分」は、全長のタンパク質の活性または特性を示すまたは保持するタンパク質の一部を指す。例えば、Ｆタンパク質の生物学的に活性な部分は、Ｇタンパク質と併せて、各々が脂質二重層に埋め込まれている場合、融合活性を保持する。Ｇタンパク質の生物学的に活性な部分は、Ｆタンパク質と併せて、各々が脂質二重層に埋め込まれている場合に融合活性を保持する。保持される活性には、全長または野生型Ｆタンパク質またはＧタンパク質の活性の１０％～１５０％またはそれ以上が含まれる。Ｆタンパク質及びＧタンパク質の生物学的に活性な部分の例には、細胞質ドメインの切断、例えば最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５またはそれ以上の連続アミノ酸の切断が含まれる。例えば、Ｋｈｅｔａｗａｔ ａｎｄ Ｂｒｏｄｅｒ ２０１０ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｊｏｕｒｎａｌ ７：３１２、Ｗｉｔｔｉｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１３ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２０：９９７－１００５、国際公開、特許出願第ＷＯ／２０１３／１４８３２７号を参照のこと。
本明細書で使用される場合、「レトロウイルス核酸」は、レトロウイルスまたはレトロウイルスベクターに、単独で、またはヘルパー細胞、ヘルパーウイルス、もしくはヘルパープラスミドと組み合わせてパッケージングするための少なくとも最小配列要件を含有する核酸を指す。いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、外因性物質、陽性標的細胞特異的制御要素、非標的細胞特異的制御要素、または陰性ＴＣＳＲＥをさらに含むか、またはコードする。いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、５’ＬＴＲ（例えば、組み込みを促進するためのもの）、Ｕ３（例えば、ウイルスゲノムＲＮＡ転写を活性化するためのもの）、Ｒ（例えば、Ｔａｔ結合領域）、Ｕ５、３’ＬＴＲ（例えば、組み込みを促進するためのもの）、パッケージング部位（例えば、プサイ（Ψ））、ＲＲＥ（例えば、Ｒｅｖに結合し、核外搬出を促進するためのもの）のうちの１つ以上（例えば、すべて）を含む。レトロウイルス核酸は、ＲＮＡ（例えば、ビリオンの一部である場合）またはＤＮＡ（例えば、源細胞に導入されている場合またはレシピエント細胞における逆転写後）を含み得る。いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖのうちの１つ以上（例えば、すべて）を含むヘルパー細胞、ヘルパーウイルス、またはヘルパープラスミドを使用してパッケージングされる。
本明細書で使用される場合、「標的細胞」は、標的指向型脂質粒子が外因性物質を送達することが所望であるタイプの細胞を指す。実施形態では、標的細胞は、特定の組織タイプまたはクラスの細胞、例えば、免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、標的細胞は、罹患細胞、例えば、がん細胞である。
本明細書で使用される場合、「非標的細胞」は、標的指向型脂質粒子が外因性物質を送達することが所望されない細胞のタイプを指す。いくつかの実施形態では、非標的細胞は、特定の組織タイプまたはクラスの細胞である。いくつかの実施形態では、非標的細胞は、非罹患細胞、例えば、非がん細胞である。
本明細書で使用される場合、抗原などの標的分子に「特異的に結合する」という用語は、結合分子（例えば抗体またはその抗原結合断片）が、代替的な分子よりも頻繁に、より迅速に、より長期間にわたり、及び／またはより高い親和性で、特定の標的分子と反応または会合することを意味する。抗体またはその抗原結合断片などの結合分子は、それが他の分子に結合する場合よりも高い親和性、アビディティで、より容易に、及び／またはより長期間にわたり結合する場合、標的分子に「特異的に結合する」。第１の標的に特異的に結合する結合分子（例えば抗体またはその抗原結合断片）は、第２の標的に特異的に結合する場合もしない場合もあることが理解される。したがって、「特異的結合」は、排他的結合を必ずしも必要とはしない（ただし排他的結合を含み得る）。
本明細書で使用される場合、結合剤に関する「中和する」もしくは「中和」という用語、またはそれらの文法的変形は、結合ドメイン（例えば抗体またはその抗原結合断片）が特異的に結合するウイルス表面タンパク質が表面に露出しているウイルスの少なくとも１つの活性を遮断または減少させる結合ドメイン（例えば抗体またはその抗原結合断片）を含有するものを指す。例えば、中和は、例えば、ウイルスの結合または接着を担う部位に直接結合するか、またはそれに近い、結合ドメイン（例えば抗体またはその抗原結合断片）により、標的細胞表面へのウイルスの結合または接着を阻害することによって達成され得る。中和活性には、ウイルスの複製を阻害する能力が含まれる。中和活性は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及び／またはｉｎ ｖｉｖｏで測定され得る。
本明細書で使用される場合、ペプチド、ポリペプチドまたは抗体配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」及び「相同性」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列をアライメントし、必要に応じてギャップを導入した後、いかなる保存的置換も配列同一性の一部とみなさずに、特定のペプチドまたはポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である、候補配列内のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のためのアライメントは、当該技術分野における技術の範囲内である種々の方式で、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭＥＧＡＬＩＧＮＴＭ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア等の、公的に利用可能なコンピュータソフトウェアを使用して、達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。
アミノ酸置換は、ポリペプチドにおけるあるアミノ酸の別のアミノ酸での置き換えを含み得るが、これに限定されない。アミノ酸置換が目的の抗体に導入され、その産物が、所望の活性、例えば、結合の保持／向上についてスクリーニングされてもよい。非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
タンパク質の位置を参照して「に対応する」という用語、例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸位置が、配列表に示されるものなどの開示される配列におけるヌクレオチドまたはアミノ酸位置「に対応する」という記述は、構造的配列アライメントに基づいてまたはＧＡＰアルゴリズムなどの標準的なアライメントアルゴリズムを使用して開示される配列とのアライメントで同定されるヌクレオチドまたはアミノ酸位置を指す。例えば、同様の配列（例えば、断片または種バリアント）の対応する残基は、構造的アライメント法によって参照配列に対するアライメントによって決定され得る。配列をアライメントすることにより、当業者は、例えば、ガイドとして保存された及び同一のアミノ酸残基を使用して、対応する残基を同定し得る。
「単離された」という用語は、本明細書で使用される場合、天然で典型的に見られるまたは生成される成分の少なくとも一部から分離された分子を指す。例えば、ポリペプチドは、それが生成された細胞の成分の少なくとも一部から分離された場合、「単離された」と称される。ポリペプチドが発現後に細胞によって分泌される場合、生成された細胞からポリペプチドを含有する上清を物理的に分離することは、ポリペプチドを「単離すること」とみなされる。同様に、ポリヌクレオチドは、天然で典型的に見られるより大きなポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合、ゲノムＤＮＡまたはミトコンドリアＤＮＡなど）の一部ではない場合、または例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドの場合、それが生成された細胞の成分の少なくとも一部から分離された場合、「単離された」と称される。よって、宿主細胞内部のベクターに含有されるＤＮＡポリヌクレオチドは、「単離された」と称され得る。
「有効量」という用語は、本明細書で使用される場合、処置される症状及び／または病態を有意にかつ良好に改変する（例えば、良好な臨床的反応を提供する）のに十分な薬学的組成物の量を意味する。薬学的組成物において使用するための活性成分の有効量は、処置されている特定の状態、状態の重篤度、処置の期間、併用療法の性質、用いられる特定の活性成分（複数可）、利用される特定の薬学的に許容される賦形剤（複数可）及び／または担体（複数可）、ならびに同様の要因に応じて担当医の知識及び専門技術によって変わる。
「外因性物質」は、標的指向型脂質粒子に関して本明細書で使用される場合、対応する野生型ウイルスに含まれず、コードもされない物質を指す。いくつかの実施形態では、外因性物質は、天然に存在せず、例えば、自然発生のタンパク質と比べて（例えば、挿入、欠失、または置換によって）改変された配列を有するタンパク質または核酸である。いくつかの実施形態では、外因性物質は、源細胞に天然に存在しない。いくつかの実施形態では、外因性物質は、源細胞に天然に存在するが、ウイルスにとって外因性である。いくつかの実施形態では、外因性物質は、レシピエント細胞に天然に存在しない。いくつかの実施形態では、外因性物質は、レシピエント細胞に天然に存在するが、所望のレベルまたは所望の時点では存在しない。いくつかの実施形態では、外因性物質は、ＲＮＡまたはタンパク質を含む。
本明細書で使用される場合、「機能可能に連結された」または「機能可能に関連する」は、少なくとも２つの配列の機能的連結への言及を含む。例えば、機能可能に連結されたには、プロモーター配列が第２の配列に対応するＤＮＡ配列の転写を開始及び媒介するような、プロモーターと第２の配列との間の連結が含まれる。機能可能に関連するには、誘導要素または抑制要素がプロモーターの転写活性化因子として作用するような、誘導要素または抑制要素とプロモーターとの間の連結が含まれる。
本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、遺伝子コード配列に機能可能に連結された場合、遺伝子の転写を駆動するシス制御性ＤＮＡ配列を指す。プロモーターは、転写因子結合部位を含み得る。いくつかの実施形態では、プロモーターは、遺伝子に対して遠位の１つ以上のエンハンサーと協働して作用する。
本明細書で使用される場合、「ビヒクル」は、遺伝子またはタンパク質を細胞に送達して、細胞によるそれらの認識または取り込みを容易にするための生物学的担体を指す。送達ビヒクルの例は、ウイルスまたはウイルス様粒子、リポソーム、微粒子、ナノ粒子、ナノゲル、デンドリマーまたはデンドリソームなどの脂質及び非脂質粒子を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、組成物は、細胞を含む、２つ以上の生成物、物質、または化合物の任意の混合物を指す。それは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」という用語は、化合物の生物学的活性または特性を抑止せず、かつ比較的非毒性である担体または希釈剤などの物質を指し、すなわち、この物質は、望ましくない生物学的効果を引き起こすことも、それが含有される組成物の成分のいずれとも有害な様式で相互作用することもなく、個体に投与され得る。
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」という用語は、提供される実施形態のいずれかの少なくとも１つの化合物と、他の化学的成分、例えば担体、安定剤、希釈剤、分散剤、懸濁剤、増粘剤、及び／または賦形剤との混合物を指す。薬学的組成物は、化合物の生物への投与を容易にする。静脈内、経口、エアロゾル、非経口、眼内、肺、及び局所投与を含むがこれらに限定されない化合物を投与する複数の技術が当該技術分野で存在する。
「疾患」または「障害」は、本明細書で使用される場合、処置が必要とされる及び／または所望である状態を指す。
本明細書で使用される場合、「処置する」、「処置すること」、または「処置」という用語は、疾患または障害を改善すること、例えば、疾患または障害の進展を遅らせることもしくは停止させることもしくは減少させることまたはその臨床的症状の少なくとも１つを減少させることを指す。本開示の目的のため、疾患または障害を改善することは、１つ以上の症状の軽減、疾患の程度の減弱、疾患の拡大（例えば、転移、例えば、肺またはリンパ節への転移）を防止することまたは遅延させること、疾患の再発を防止することまたは遅延させること、疾患進行を遅延させることまたは遅らせること、疾患状態の改善、疾患または疾患の進行を阻害すること、疾患またはその進行の阻害することまたは遅らせること、その進展を停止させること、及び寛解（部分的または全体的にかかわらない）のうちの任意の１つ以上を含むがこれらに限定されない有益なまたは所望の臨床的結果を得ることを含み得る。
「個体」及び「対象」という用語は、動物；例えば哺乳動物を指すために本明細書で互換的に使用される。患者という用語には、ヒト及び獣医学的対象が含まれる。いくつかの実施形態では、ヒト、齧歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、哺乳類実験動物、哺乳類牧場動物、哺乳類スポーツ動物、及び哺乳類ペットを含むがこれらに限定されない哺乳動物を処置する方法が提供される。対象は、男性または女性であり得、幼児、若年、青年、成人、及び老年対象を含む任意の好適な年齢であり得る。いくつかの例では、「個体」または「対象」は、疾患または障害のための処置を必要とする個体または対象を指す。いくつかの実施形態では、処置を受ける対象は、対象が処置に関連する障害を有する、または障害にかかるのに十分なリスクがあるものとして特定されているということを意味する患者であり得る。特定の実施形態では、対象は、ヒト、例えばヒト患者である。
ＶＩ． 例示的な実施形態
提供される実施形態には以下のものがある：
１． （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、前記ウイルスを中和することが可能であり、未修飾型Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す、前記結合剤。
２． （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を持つＦｃドメインとを含む結合剤であって、前記ウイルスを中和することが可能である、前記結合剤。
３． 前記Ｆｃドメインが、ＩｇＧ２またはＩｇＧ４ Ｆｃドメインである、実施形態２に記載の結合剤。
４． 前記修飾型Ｆｃが、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示す、実施形態１に記載の結合剤。
５． 前記修飾型Ｆｃが、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す、実施形態１に記載の結合剤。
６． （ｉ）表面露出ウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して、少なくとも１つのＦｃ活性化受容体ファミリーメンバーに対する低下した結合を有する、前記結合剤。
７． 前記Ｆｃ活性化受容体が、Ｆｃガンマ受容体Ｉ（ＦｃγＲＩ）、Ｆｃガンマ受容体ＩＩＡ（ＦｃγＲＩＩＡ）またはＦｃガンマ受容体ＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩ）である、実施形態４または実施形態６に記載の結合剤。
８． 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症誘発活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である、実施形態１～７のいずれかに記載の結合剤。
９． 前記修飾型Ｆｃドメインが、各々ＥＵ付番に基づく、Ｓｅｒ２２８Ｐｒｏ、Ｇｌｕ２３３Ｐｒｏ、Ｌｅｕ２３４Ａｌａ、Ｌｅｕ２３４Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ａｌａ、Ｌｅｕ２３５Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ｐｈｅ、Ｇｌｙ２３６Ａｒｇ、Ｇｌｙ２３７Ａｌａ、Ｐｒｏ２３８Ｓｅｒ、Ａｓｐ２６５Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ｇｌｎ、Ｓｅｒ２８８Ｐｒｏ、Ａｓｎ２９７Ａｌａ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｙ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｎ、Ｖａｌ３０９Ｌｅｕ、Ｇｌｙ３１８Ａｌａ、Ｌｅｕ３２８Ａｒｇ、Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ、Ａｌａ３３０Ｓｅｒ、及びＰｒｏ３３１Ｓｅｒ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む、実施形態１、４、または６～８のいずれかに記載の結合剤。
１０． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１１． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１２． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２８８Ｐｒｏ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１３． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１４． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｐｈｅ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１５． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡｓｐ２６５Ａｌａ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１６． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１７． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ３１８Ａｌａ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１８． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ｐｒｏ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
１９． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｒｇ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ａｒｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
２０． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｇｌｎ置換、ＥＵ付番に基づくＶａｌ３０９Ｌｅｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及び／またはＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
２１． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
２２． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｙ置換、またはＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｎ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
２３． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２２８Ｐｒｏ置換、ＥＵ付番に基づくＰｈｅ２３４Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の結合剤。
２４． （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、（ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインとを含む結合剤であって、前記修飾型Ｆｃドメインが、前記野生型Ｆｃドメインと比較して、阻害性Ｆｃ受容体に対する増加した結合を有する、前記結合剤。
２５． 前記阻害性Ｆｃ受容体がＦｃγＲＩＩＢであり、場合により、前記ＦｃＲＩＩＢがＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２である、実施形態５または２４に記載の結合剤。
２６． 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して増加した抗炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である、実施形態１、２、５、または２４～２５のいずれかに記載の結合剤。
２７． 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である、実施形態１、２、５、または２４～２５のいずれかに記載の結合剤。
２８． 前記修飾型Ｆｃドメインが、各々ＥＵ付番に基づく、Ｐｈｅ２４１Ａｌａ、Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ、Ｈｉｓ２６８Ｐｈｅ、Ｌｅｕ３２８Ｐｈｅ、Ｓｅｒ３２４Ｔｈｒ、Ｐｒｏ２３８Ａｓｐ、Ｌｅｕ３２８Ｇｌｕ、Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ、Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ、Ｇｌｙ２３６Ａｌａ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む、実施形態１、５、または２４～２７のいずれかに記載の結合剤。
２９． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｐｈｅ置換、及びＥＵ付番に基づくＳｅｒ３２４Ｔｈｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～２８のいずれかに記載の結合剤。
３０． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｐｈｅ置換を含む、実施形態１、５、または２４～２９のいずれかに記載の結合剤。
３１． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ａｓｐ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３０のいずれかに記載の結合剤。
３２． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｇｌｕ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３１のいずれかに記載の結合剤。
３３． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３２のいずれかに記載の結合剤。
３４． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｌａ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３３のいずれかに記載の結合剤。
３５． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３４のいずれかに記載の結合剤。
３６． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３５のいずれかに記載の結合剤。
３７． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３６のいずれかに記載の結合剤。
３８． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３７のいずれかに記載の結合剤。
３９． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３８のいずれかに記載の結合剤。
４０． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～３９のいずれかに記載の結合剤。
４１． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４０のいずれかに記載の結合剤。
４２． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４１のいずれかに記載の結合剤。
４３． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、及びＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４２のいずれかに記載の結合剤。
４４． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４３のいずれかに記載の結合剤。
４５． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４４のいずれかに記載の結合剤。
４６． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４５のいずれかに記載の結合剤。
４７． 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、実施形態１、５、または２４～４６のいずれかに記載の結合剤。
４８． 前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換を含む、実施形態１～４７のいずれかに記載の結合剤。
４９． 前記野生型Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ１である、実施形態１～４８のいずれかに記載の結合剤。
５０． 前記野生型Ｆｃドメインが、配列番号１に示されるアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４９のいずれかに記載の結合剤。
５１． 前記修飾型Ｆｃドメインが、配列番号１との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４９のいずれかに記載の結合剤。
５２． 前記野生型Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ２である、実施形態１～４９のいずれかに記載の結合剤。
５３． 前記野生型Ｆｃドメインが、配列番号２に示されるアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４９のいずれかに記載の結合剤。
５４． 前記修飾型Ｆｃドメインが、配列番号２との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４９のいずれかに記載の結合剤。
５５． 前記野生型Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ４である、実施形態１～４８のいずれかに記載の結合剤。
５６． 前記野生型Ｆｃドメインが、配列番号３に示されるアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４８のいずれかに記載の結合剤。
５７． 前記修飾型Ｆｃドメインが、配列番号３との少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４８のいずれかに記載の結合剤。
５８． 前記修飾型Ｆｃドメインが、配列番号１～３のいずれかとの少なくとも８５％の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、実施形態１～４８のいずれかに記載の結合剤。
５９． 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び前記修飾型Ｆｃドメインが、直接連結されている、実施形態１～５８のいずれかに記載の結合剤。
６０． 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び前記修飾型Ｆｃドメインが、リンカーを介して間接的に連結されている、実施形態１～５８のいずれかに記載の結合剤。
６１． 前記リンカーが、ペプチドリンカーである、実施形態６０に記載の結合剤。
６２． 前記ペプチドリンカーが、（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）であり、ｍ及びｎの各々が、１～４（境界値を含む）の整数である、実施形態６０～６１に記載の結合剤。
６３． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、少なくとも２つの結合ドメインである、実施形態１～６２のいずれかに記載の結合剤。
６４． 前記少なくとも２つの結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の少なくとも２つの別個のエピトープと結合する、実施形態６３に記載の結合剤。
６５． 前記少なくとも２つの結合ドメインが、直接連結されている、実施形態１～６４のいずれかに記載の結合剤。
６６． 前記少なくとも２つの結合ドメインが、リンカーを介して間接的に連結されている、実施形態１～６４のいずれかに記載の結合剤。
６７． 前記リンカーが、ペプチドリンカーである、実施形態６６に記載の結合剤。
６８． 前記ペプチドリンカーが、（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）であり、ｍ及びｎの各々が、１～４（境界値を含む）の整数である、実施形態６６または実施形態６７に記載の結合剤。
６９． 前記ウイルスタンパク質が、ウイルス受容体である、実施形態１～６８のいずれかに記載の結合剤。
７０． 前記ウイルスが、ＲＮＡウイルスである、実施形態１～６９のいずれかに記載の結合剤。
７１． 前記ウイルスがオルソミクソウイルスであり、場合により、前記ウイルスがインフルエンザウイルスである、実施形態１～７０のいずれかに記載の結合剤。
７２． 前記ウイルスが、パラミクソウイルスである、実施形態１～７０のいずれかに記載の結合剤。
７３． 前記ウイルスが、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）である、実施形態７２に記載の結合剤。
７４． 前記ウイルスが、麻疹モルビリウイルス（ＭｅＶ）である、実施形態７２に記載の結合剤。
７５． 前記ウイルスが、コロナウイルスである、実施形態１～７０のいずれかに記載の結合剤。
７６． 前記ウイルスが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ＣｏＶ－２である、実施形態７５に記載の結合剤。
７７． 前記ウイルスが、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１である、実施形態７６に記載の結合剤。
７８． 前記ウイルスが、中東呼吸器症候群ウイルス（ＭＥＲＳ－Ｖ）である、実施形態７７に記載の結合剤。
７９． 二量体である、実施形態１～７８のいずれかに記載の結合剤。
８０． 前記ウイルスを中和することが可能である、実施形態１～７９のいずれかに記載の結合剤。
８１． 宿主細胞へのウイルスの結合を減少させるまたは防止する、実施形態１～８０のいずれかに記載の結合剤。
８２． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質と特異的に結合する抗体の抗原結合断片を含む、実施形態１～８１のいずれかに記載の結合剤。
８３． 前記抗原結合断片が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含む、実施形態８２に記載の結合剤。
８４． 前記抗原結合断片が、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片の中から選択される、実施形態８２または実施形態８３に記載の結合剤。
８５． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質と特異的に結合する、実施形態１～８４のいずれかに記載の結合剤。
８６． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２ｄ（、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５７６－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２の中から選択される抗体の抗原結合断片である、実施形態１～８５のいずれかに記載の結合剤。
８７． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）であり、場合により、前記少なくとも１つの結合ドメインが、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３である、実施形態１～８２のいずれかに記載の結合剤。
８８． 前記少なくとも１つの結合ドメインが、抗体模倣物であり、場合により、デザインドアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、アドネクチン、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場から選択される、実施形態１～８２のいずれかに記載の結合剤。
８９． （ｉ）実施形態１～８８のいずれかに記載の結合剤と、（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質とを含む、粒子。
９０． 前記ウイルスタンパク質が、精製されたウイルスタンパク質である、実施形態８９に記載の粒子。
９１． 前記ウイルスタンパク質が、組換えウイルスタンパク質である、実施形態８９に記載の粒子。
９２． 前記ウイルスタンパク質が、ＳＡＲＳウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質である、実施形態８９～９１のいずれかに記載の粒子。
９３． 実施形態１～８８のいずれかに記載の結合剤をコードする、核酸分子。
９４． 前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、前記核酸が、前記ＶＨ鎖及び前記修飾型Ｆｃをコードする第１の配列と、前記ＶＬ鎖をコードする第２の配列とを含み、前記第１及び第２の配列が、多シストロン性要素によって分離されている、実施形態９３に記載の核酸分子。
９５． 前記多シストロン性要素（複数可）が、Ｔ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｅ２ＡもしくはＦ２Ａまたは内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）の中から選択されるリボソームスキップ要素をコードする配列を含む、実施形態９４に記載の核酸。
９６． 前記第１の配列及び前記第２の配列が、同じプロモーターに機能可能に接続されている、実施形態９４または実施形態９５に記載の核酸。
９７． ｍＲＮＡである、実施形態９３～９６のいずれかに記載の核酸分子。
９８． 実施形態９３～９６のいずれかに記載の核酸を含む、細胞。
９９． 実施形態９３～９８のいずれかに記載の核酸分子を含む、ベクター。
１００． ウイルスベクターまたはウイルス様粒子である、実施形態９９に記載のベクター。
１０１． アデノウイルスに由来する、実施形態９９に記載のベクター。
１０２． 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来する、実施形態９９に記載のベクター。
１０３． 前記ＡＡＶが、血清型１、２、５、６、８または９のものである、実施形態１０２に記載のベクター。
１０４． 前記ＡＡＶが、血清型８のものである、実施形態１０２または実施形態１０３に記載のベクター。
１０５． 前記ＡＡＶが、血清型６のものである、実施形態１０２または実施形態１０３に記載のベクター。
１０６． 前記ＡＡＶが、血清型６．２のものである、実施形態１０５に記載のベクター。
１０７． 前記ウイルスベクターが、レンチウイルスに由来する、実施形態９９に記載のベクター。
１０８． 前記レンチウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス－１（ＨＩＶ－１）である、実施形態１０７に記載のベクター。
１０９． 前記ウイルスベクターまたは前記ウイルス様粒子がフソゲンを含む、実施形態９９～１０８のいずれかに記載のベクター。
１１０． 前記ベクターが脂質粒子であり、前記脂質粒子が、（ｉ）内腔を取り囲む脂質二重層、及び（ｉｉ）フソゲンを含み、前記フソゲンが、前記脂質二重層に埋め込まれている、実施形態９９～１０９のいずれかに記載のベクター。
１１１． 前記脂質二重層が、ウイルスまたはウイルス様粒子を生成するために使用される宿主細胞の膜に由来する、実施形態１１０に記載のベクター。
１１２． 前記脂質二重層が、ウイルス様粒子を生成するために使用される宿主細胞の膜に由来し、前記ウイルス様粒子が、複製欠損性である、実施形態１１０または実施形態１１１に記載のベクター。
１１３． 前記フソゲンが、クラスＩウイルス膜融合タンパク質、クラスＩＩウイルス膜タンパク質、クラスＩＩウイルス膜融合タンパク質、ウイルス膜糖タンパク質、またはウイルスエンベロープタンパク質から選択されるウイルスフソゲンである、実施形態１１０～１１２のいずれかに記載のベクター。
１１４． 前記フソゲンが、水疱性口内炎ウイルスエンベロープ糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）である、実施形態１１０～１１３のいずれかに記載のベクター。
１１５． 前記フソゲンが、ヒヒ内在性ウイルス（ＢａＥＶ）エンベロープ糖タンパク質である、実施形態１１０～１１３のいずれかに記載のベクター。
１１６． 前記フソゲンが、シンシチンである、実施形態１１０～１１３のいずれかの実施形態のいずれかに記載のベクター。
１１７． 前記フソゲンが、コロナウイルス由来である、実施形態１１０～１１３のいずれかに記載のベクター。
１１８． 前記フソゲンが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス１（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）スパイク糖タンパク質である、実施形態１１０～１１３及び１１７のいずれかの実施形態のいずれかに記載のベクター。
１１９． 前記フソゲンが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス２（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２）スパイク糖タンパク質である、実施形態１１０～１１３及び１１７のいずれかの実施形態のいずれかに記載のベクター。
１２０． 前記フソゲンが、アルファコロナウイルスＣＤ１３タンパク質である、実施形態１１０～１１３、１１８及び１１９のいずれかの実施形態のいずれかに記載のベクター。
１２１． 前記フソゲンが、パラミクソウイルス由来のＦタンパク質分子もしくはその生物学的に活性な部分及び／またはパラミクソウイルス由来の糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分を含む、実施形態１１０～１１２のいずれかに記載のベクター。
１２２． 前記フソゲンが、パラミクソウイルス由来のＦタンパク質分子もしくはその生物学的に活性な部分及び／またはパラミクソウイルス由来の糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分に由来する、実施形態１１０～１１２のいずれかに記載のベクター。
１２３． 前記パラミクソウイルスが、ヘニパウイルスである、実施形態１２１または実施形態１２２に記載のベクター。
１２４． 前記パラミクソウイルスが、ニパウイルスである、実施形態１２１～１２３のいずれかに記載のベクター。
１２５． 前記パラミクソウイルスが、ヘンドラウイルスである、実施形態１２１～１２４のいずれかに記載のベクター。
１２６． 前記フソゲンが、標的細胞上の分子に結合するターゲティング部分を含む再標的指向型フソゲンである、実施形態１１０～１２５のいずれか１つに記載のベクター。
１２７． 前記ターゲティング部分が、デザインアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場である、実施形態１２６に記載のベクター。
１２８． 前記標的細胞が、コロナウイルスに感染していることが知られているまたは疑われる、実施形態１２６または実施形態１２７に記載のベクター。
１２９． ターゲティング部分が、コロナウイルスの受容体と結合する、実施形態１２６～１２８のいずれかに記載のベクター。
１３０． 前記ターゲティング部分が、アンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）と結合する、実施形態１２６～１２９のいずれかに記載のベクター。
１３１． 前記標的細胞がＢリンパ球である、実施形態１２６または実施形態１２７に記載のベクター。
１３２． 前記ターゲティング部分が、ヒトＣＤ２０に結合する、実施形態１３１のいずれかに記載のベクター。
１３３． 前記フソゲンが、そのネイティブな結合指向性を減少させるように修飾されている、実施形態１２１～１３２のいずれか１つに記載のベクター。
１３４． 前記Ｇタンパク質またはその前記生物学的に活性な部分が、エフリンＢ２またはエフリンＢ３に対する減少した結合を示す変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質である、実施形態１２１～１３３のいずれかに記載のベクター。
１３５． 前記変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質が、配列番号５に示される付番を参照してＥ５０１Ａ、Ｗ５０４Ａ、Ｑ５３０Ａ及びＥ５３３Ａからなる群から選択されるアミノ酸置換に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含む、実施形態１３４に記載のベクター。
１３６． 前記変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質が、配列番号３４に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３４との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、実施形態１３４または１３５のいずれかに記載のベクター。
１３７． 前記変異体ＮｉＶ－Ｇタンパク質が、配列番号３５に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３５との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、実施形態１３４～１３６のいずれかに記載のベクター。
１３８． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号１９）のＣ末端におけるまたはその近くの２０アミノ酸切断を有するその生物学的に活性な部分である、実施形態１２１～１３３のいずれかに記載のベクター。
１３９． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、配列番号３２に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３２との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、実施形態１３８に記載のベクター。
１４０． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号３７）のＣ末端におけるまたはその近くの２２アミノ酸切断を有するその生物学的に活性な部分である、実施形態１２１～１３３のいずれかに記載のベクター。
１４１． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３６との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する、実施形態１４０に記載のベクター。
１４２． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、配列番号３８に示されるアミノ酸配列、あるいは配列番号３８との８０％もしくは約８０％、少なくとも８１％もしくは約８１％、少なくとも８２％もしくは約８２％、少なくとも８３％もしくは約８３％、８４％もしくは約８４％、少なくとも８５％もしくは約８５％、少なくとも８６％もしくは約８６％、または少なくとも８７％もしくは約８７％、少なくとも８８％もしくは約８８％、または少なくとも８９％もしくは約８９％、少なくとも９０％もしくは約９０％、少なくとも９１％もしくは約９１％、少なくとも９２％もしくは約９２％、少なくとも９３％もしくは約９３％、少なくとも９４％もしくは約９４％、少なくとも９５％もしくは約９５％、９６％もしくは約９６％、少なくとも９７％もしくは約９７％、少なくとも９８％もしくは約９８％、または少なくとも９９％もしくは約９９％の配列同一性を有する配列を有する、実施形態１４０または実施形態１４１に記載のベクター。
１４３． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、Ｎ結合型グリコシル化部位における点変異を含む、実施形態１２１～１４２のいずれかに記載のベクター。
１４４． 前記ＮｉＶ－Ｆタンパク質が、
ｉ）前記野生型ＮｉＶ－Ｆタンパク質（配列番号３６）のＣ末端におけるまたはその近くの２０アミノ酸切断、及び
ｉｉ）Ｎ結合型グリコシル化部位における点変異
を含むその生物学的に活性な部分である、実施形態１２１～１４０及び１４３のいずれかに記載のベクター。
１４５． 結合剤を生成する方法であって、宿主細胞において前記結合剤を発現させる条件下で、実施形態９３～９８のいずれかに記載の核酸分子または実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターを前記細胞に導入することを含む、前記方法。
１４６． 前記結合剤を前記細胞から単離または精製することをさらに含む、実施形態１４５に記載の方法。
１４７． ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、実施形態１～８８のいずれかに記載の１つ以上の結合剤を投与することを含む、免疫複合体を形成する方法であって、前記投与された１つ以上の結合剤を含む免疫複合体が前記対象において形成される、前記方法。
１４８． 前記免疫複合体が、前記ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に対する少なくとも１つの内因性抗体をさらに含む、実施形態１４７に記載の方法。
１４９． 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性抗体が、同じウイルスタンパク質と結合する、実施形態１４７または１４８のいずれかに記載の方法。
１５０． 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性物質が、前記ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合する、実施形態１４７～１４９のいずれかに記載の方法。
１５１． 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性物質が、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する、実施形態１４７～１５０のいずれかに記載の方法。
１５２． 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性物質が、前記ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する、実施形態１４７～１５１のいずれかに記載の方法。
１５３． （ｉ）実施形態１～８８のいずれかに記載の結合剤と、（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合する表面露出ウイルスタンパク質とを含む免疫複合体を含む、組成物。
１５４． 前記免疫複合体が、２つ以上の結合剤を含む、実施形態１５３に記載の組成物。
１５５． 前記少なくとも２つの結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する、実施形態１５３～１５４に記載の組成物。
１５６． 前記免疫複合体が、場合により1つ及び／または複数の内因性抗体由来の、内因性結合ドメインをさらに含む、実施形態１５３～１５５に記載の組成物。
１５７． 前記少なくとも２つの結合ドメイン及び前記内因性結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合する、実施形態１５３～１５６のいずれかに記載の組成物。
１５８． 前記少なくとも２つの結合ドメイン及び前記内因性結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する、実施形態１５３～１５６に記載の組成物。
１５９． 前記少なくとも２つの結合ドメイン及び前記内因性結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する、実施形態１５３～１５６に記載の組成物。
１６０． 実施形態１～２３のいずれかに記載の結合剤、実施形態９３～９７のいずれかに記載の核酸、実施形態９８に記載の細胞、及び／または実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターを含む、薬学的組成物。
１６１． 実施形態２３～８８のいずれかに記載の結合剤、実施形態９３～９７のいずれかに記載の核酸、実施形態９８に記載の細胞、及び／または実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターを含む、薬学的組成物。
１６２． 実施形態８９～９２のいずれかに記載の粒子を含む、薬学的組成物。
１６３． 実施形態９８に記載の細胞を含む、薬学的組成物。
１６４． （ｉ）実施形態１～８８のいずれかに記載の結合剤と、（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質とを含む、薬学的組成物。
１６５． 薬学的に許容される賦形剤を含む、実施形態１５３～１６４のいずれかに記載の薬学的組成物。
１６６． 無菌である、実施形態１５３～１６５のいずれかに記載の薬学的組成物。
１６７． 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、実施形態１～８８のいずれか１つに記載の結合剤、実施形態８９～９２のいずれかに記載の粒子、実施形態９３～９７のいずれかに記載の核酸、実施形態９８に記載の細胞、または実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、前記方法。
１６８． 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、前記対象に対する実施形態１６０～１６６のいずれかに記載の薬学的組成物の治療有効量を投与することを含む、前記方法。
１６９． 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、（ｉ）実施形態１６０に記載の薬学的組成物の治療有効量、（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質を投与することを含む、前記方法。
１７０． 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、（ｉ）実施形態１６１に記載の薬学的組成物の治療有効量、（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質を投与することを含む、前記方法。
１７１． 前記炎症が、肺におけるリンパ球蓄積、肺におけるリンパ球増殖、末梢血リンパ球減少、炎症誘発性サイトカイン生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む、実施形態１６７～１７０のいずれかに記載の方法。
１７２． 前記炎症誘発性サイトカインが、ＭＣＰ－１、ＩＬ－８、ＩＬ－１β、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＧＣＳＦ、ＭＩＰ－１Ａ、及びＴＮＦ－αからなる群から選択される、実施形態１７１に記載の方法。
１７３． 前記薬学的組成物及び前記組換えウイルスタンパク質が同時に投与される、実施形態１６９または１７０のいずれかに記載の方法。
１７４． 前記薬学的組成物及び前記組換えウイルスタンパク質が順次投与され、場合により、前記組換えウイルスタンパク質が最初に投与される、実施形態１６９または１７０のいずれかに記載の方法。
１７５． 前記薬学的組成物及び前記組換えウイルスタンパク質が順次投与され、場合により、前記薬学的組成物が最初に投与される、実施形態１６９または１７０のいずれかに記載の方法。
１７６． 実施形態１６０、１６２～１６６のいずれかに記載の薬学的組成物の治療有効量を投与することを含む、阻害性免疫複合体機能を促進する方法。
１７７． 実施形態２４～８８のいずれか１つに記載の結合剤、実施形態８９～９２のいずれかに記載の粒子、実施形態９３～９７のいずれかに記載の核酸、実施形態９８に記載の細胞、実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、阻害性免疫複合体機能を促進する方法。
１７８． 阻害性免疫複合体機能が、減弱した抗原取り込み、減弱した抗原提示、減少した細胞活性化、減少した抗体分泌、抗炎症性サイトカインの生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む、実施形態１７６～１７７のいずれかに記載の方法。
１７９． 実施形態１６１～１６６のいずれかに記載の薬学的組成物の治療有効量を投与することを含む、活性化免疫複合体機能を減少させる方法。
１８０． 実施形態１～２１のいずれか１つに記載の結合剤、実施形態８９～９２のいずれかに記載の粒子、実施形態９３～９７のいずれかに記載の核酸、実施形態９８に記載の細胞、実施形態９９～１４４のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、活性化免疫複合体機能を減少させる方法。
１８１． 活性化免疫複合体機能が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体依存性増強（ＡＤＥ）、炎症性メディエータの放出、プロサイトカインの生成、食作用、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む、実施形態１７９～１８０のいずれかに記載の方法。
１８２． 対象におけるウイルス感染の処置をさらに含む、実施形態１６７～１８１のいずれかに記載の方法。
１８３． 前記ウイルス感染が、前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインによって認識される表面露出ウイルスタンパク質を含むウイルスによって引き起こされる感染である、実施形態１８２に記載の方法。
１８４． 前記ウイルスが、ＲＮＡウイルスである、実施形態１８３に記載の方法。
１８５． 前記ウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ、ＲＳＶ、インフルエンザウイルス、及び麻疹ウイルスから選択される、実施形態１８３または１８４のいずれかに記載の方法。
ＶＩＩ． 実施例
以下の実施例は、例証のみを目的として含まれており、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー及び伸長因子１ａプロモーターを有するハイブリッドプロモーター（ｈＣＥＦ）のコントロール下で、（ｉ）ヒト化ラマ抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２スパイクタンパク質、（ｉｉ）ヒトＩｇＧ１ヒンジドメイン、ならびに（ｉｉｉ）Ｐ２３８Ｄ、Ｅ２３３Ｄ、Ｇ２３７Ｄ、Ｈ２６８Ｄ、Ｐ２７１Ｇ、及びＡ３３０Ｒ置換を有するヒトＩｇＧ１ Ｆｃドメイン（Ｖ１２；Ｍｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ Ｄｅｓ Ｓｅｌ．２６（１０）：５８９－５９８，２０１３）からなる結合剤を発現するＡＡＶ２．５Ｔベクター（Ｅｘｃｏｆｆｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０６：３８６５－７０）を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した患者に吸入によって投与する。このＡＡＶベクターは、感染細胞による結合剤の発現を駆動する。
患者の処置後２８日間にわたる炎症を、（ｉ）パルスオキシメトリまたは呼気一酸化窒素検査などの肺機能検査、（ｉｉ）ＣＴ、ＭＲＩ、またはＸ線などのｉｎ ｓｉｔｕ肺イメージング、（ｉｉｉ）生検などからのｅｘ ｓｉｔｕ肺イメージング、（ｉｖ）血清サイトカイン濃度の決定、及び（ｖ）聴診器などによる身体検査によって評価する。処置を施された患者は、転帰の向上を示す。
患者の処置後２８日間にわたる全生存を評価し、二次転帰（ｉ）入院期間、（ｉｉ）ＩＣＵ滞在期間、（ｉｉｉ）人工呼吸器の使用期間、（ｉｖ）昇圧薬の使用期間、（ｖ）腎置換療法の期間、（ｖｉ）ウイルス学的失敗（処置前ウイルス検査中のウイルス負荷上昇のいかなるベースライン傾向とも一致しない、ウイルス負荷における２日連続で０．５対数を超える増加、または１日で１対数を超える増加として定義される）によって測定されるウイルス動態、及び（ｖｉｉ）処置後少なくとも６か月にわたる、ＣＴＣＡＥ ｖ．５．０によって測定される有害事象の数を評価する。処置を施された患者は、転帰の向上を示す。
本発明は、特定の開示された実施形態に範囲が限定されることは意図されず、特定の開示された実施形態は、例えば、本発明の様々な態様を例証するために提供されている。記載される組成物及び方法に対する様々な修飾が、本明細書における説明及び教示から明らかになるであろう。そのような変形は、本開示の真の範囲及び趣旨から逸脱することなく実施され得、本開示の範囲に入ることが意図されている。
ＶＩＩＩ． 配列
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Claims (94)

  1. （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、
    （ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインと
    を含む結合剤であって、
    前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換を含み、前記結合剤が、前記ウイルスを中和することが可能であり、未修飾型Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を示す、
    前記結合剤。
  2. （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、
    （ｉｉ）野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して減少した炎症誘発活性を持つＦｃドメインと
    を含む結合剤であって、前記ウイルスを中和することが可能である、前記結合剤。
  3. 前記Ｆｃドメインが、ＩｇＧ２またはＩｇＧ４ Ｆｃドメインである、請求項２に記載の結合剤。
  4. 前記Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ１ Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換によって修飾されている修飾型Ｆｃドメインである、請求項１または請求項２に記載の結合剤。
  5. 前記修飾型Ｆｃドメインが、Ｆｃ活性化受容体に対する減少した結合を示す、請求項１または請求項４に記載の結合剤。
  6. 前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃ阻害性受容体に対する増加した結合を示す、請求項１または請求項４に記載の結合剤。
  7. （ｉ）表面露出ウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、
    （ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインと
    を含む結合剤であって、
    前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換を含み、前記修飾型Ｆｃドメインが、前記野生型Ｆｃドメインと比較して、少なくとも１つのＦｃ活性化受容体ファミリーメンバーに対する低下した結合を有する、
    前記結合剤。
  8. 前記Ｆｃ活性化受容体が、Ｆｃガンマ受容体Ｉ（ＦｃγＲＩ）、Ｆｃガンマ受容体ＩＩＡ（ＦｃγＲＩＩＡ）またはＦｃガンマ受容体ＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩ）である、請求項５または請求項７に記載の結合剤。
  9. 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症誘発活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である、請求項１～５、７及び８のいずれかに記載の結合剤。
  10. 前記野生型Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ１である、請求項１～９のいずれかに記載の結合剤。
  11. 前記修飾型Ｆｃドメインが、各々ＥＵ付番に基づく、Ｓｅｒ２２８Ｐｒｏ、Ｇｌｕ２３３Ｐｒｏ、Ｌｅｕ２３４Ａｌａ、Ｌｅｕ２３４Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ａｌａ、Ｌｅｕ２３５Ｇｌｕ、Ｌｅｕ２３５Ｐｈｅ、Ｇｌｙ２３６Ａｒｇ、Ｇｌｙ２３７Ａｌａ、Ｐｒｏ２３８Ｓｅｒ、Ａｓｐ２６５Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ａｌａ、Ｈｉｓ２６８Ｇｌｎ、Ｓｅｒ２８８Ｐｒｏ、Ａｓｎ２９７Ａｌａ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｙ、Ａｓｎ２９７Ｇｌｎ、Ｖａｌ３０９Ｌｅｕ、Ｇｌｙ３１８Ａｌａ、Ｌｅｕ３２８Ａｒｇ、Ｐｒｏ３２９Ｇｌｙ、Ａｌａ３３０Ｓｅｒ、及びＰｒｏ３３１Ｓｅｒ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む、請求項１、４、５及び７～１０のいずれかに記載の結合剤。
  12. 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２８８Ｐｒｏ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｇｌｕ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ｐｈｅ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡｓｐ２６５Ａｌａ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ３１８Ａｌａ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｕ２３３Ｐｒｏ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｒｇ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ａｒｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３２９Ｇｌｙ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｇｌｎ置換、ＥＵ付番に基づくＶａｌ３０９Ｌｅｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及び／またはＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３４Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ｓｅｒ置換、ＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｌａ３３０Ｓｅｒ置換、及びＥＵ付番に基づくＰｒｏ３３１Ｓｅｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ａｌａ置換、ＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｙ置換、またはＥＵ付番に基づくＡｓｎ２９７Ｇｌｎ置換を含む；あるいは
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２２８Ｐｒｏ置換、ＥＵ付番に基づくＰｈｅ２３４Ａｌａ置換、及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ２３５Ａｌａ置換を含む、
    請求項１～４、５、７～９及び１１のいずれかに記載の結合剤。
  13. （ｉ）ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、
    （ｉｉ）修飾型Ｆｃドメインと
    を含む結合剤であって、
    前記修飾型Ｆｃドメインが、野生型Ｆｃドメインと比較して１つ以上のアミノ酸置換を含み、前記修飾型Ｆｃドメインが、前記野生型Ｆｃドメインと比較して、阻害性Ｆｃ受容体に対する増加した結合を有する、
    前記結合剤。
  14. 前記阻害性Ｆｃ受容体がＦｃγＲＩＩＢであり、場合により、前記ＦｃＲＩＩＢがＦｃγＲＩＩＢ１またはＦｃγＲＩＩＢ２である、請求項６または１３に記載の結合剤。
  15. 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して増加した抗炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能であるか、または
    前記少なくとも１つの結合ドメイン及び野生型Ｆｃドメインを含む結合剤で形成される免疫複合体と比較して低下した炎症活性を持つ免疫複合体を形成することが可能である、
    請求項１、２、４、６、１３及び１４のいずれかに記載の結合剤。
  16. 前記野生型Ｆｃドメインが、野生型ＩｇＧ１である、請求項１、２、４、６、及び１３～１５のいずれかに記載の結合剤。
  17. 前記修飾型Ｆｃドメインが、各々ＥＵ付番に基づく、Ｐｈｅ２４１Ａｌａ、Ｓｅｒ２６７Ｇｌｕ、Ｈｉｓ２６８Ｐｈｅ、Ｌｅｕ３２８Ｐｈｅ、Ｓｅｒ３２４Ｔｈｒ、Ｐｒｏ２３８Ａｓｐ、Ｌｅｕ３２８Ｇｌｕ、Ｓｅｒ２３９Ａｓｐ、Ｉｌｅ３３２Ｇｌｕ、Ｇｌｙ２３６Ａｌａ、または前述のもののいずれかの組み合わせから選択されるアミノ酸置換を含む、請求項１、４、６、または１３～１６のいずれかに記載の結合剤。
  18. 前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＨｉｓ２６８Ｐｈｅ置換、及びＥＵ付番に基づくＳｅｒ３２４Ｔｈｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換及びＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｐｈｅ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰｒｏ２３８Ａｓｐ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＬｅｕ３２８Ｇｌｕ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２３９Ａｓｐ置換及びＥＵ付番に基づくＩｌｅ３３２Ｇｌｕ置換、及びＥＵ付番に基づくＧｌｙ２３６Ａｌａ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＳｅｒ２６７Ｇｌｕ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、及びＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む；
    前記修飾型Ｆｃドメインが、ＥＵ付番に基づくＥ２３３Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＧ２３７Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＨ２６８Ｄ置換、ＥＵ付番に基づくＰ２７１Ｇ置換、及びＥＵ付番に基づくＡ３３０Ｒ置換を含む、
    請求項１、４、６、または１３～１７のいずれかに記載の結合剤。
  19. 前記少なくとも１つの結合ドメイン及び前記修飾型Ｆｃドメインが、リンカーを介して間接的に連結されており、場合により、前記リンカーがペプチドリンカーである、請求項１～１８のいずれかに記載の結合剤。
  20. 前記ペプチドリンカーが、（ＧｍＳ）ｎ（配列番号４）であり、ｍ及びｎの各々が、境界値を含む１～４の整数である、請求項１９に記載の結合剤。
  21. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、少なくとも２つの結合ドメインである、請求項１～２０のいずれかに記載の結合剤。
  22. 前記少なくとも２つの結合ドメインの各々が、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合する、請求項２１に記載の結合剤。
  23. 前記ウイルスタンパク質が、ウイルス受容体である、請求項１～２２のいずれかに記載の結合剤。
  24. 前記ウイルスが、ＲＮＡウイルスである、請求項１～２３のいずれかに記載の結合剤。
  25. 前記ウイルスが、コロナウイルスである、請求項１～２４のいずれかに記載の結合剤。
  26. 前記ウイルスが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ＣｏＶ－２である、請求項２５に記載の結合剤。
  27. 前記ウイルスが、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１である、請求項２５に記載の結合剤。
  28. 前記ウイルスが、中東呼吸器症候群ウイルス（ＭＥＲＳ－Ｖ）である、請求項２５に記載の結合剤。
  29. 前記ウイルスがオルソミクソウイルスであり、場合により、前記ウイルスがインフルエンザウイルスである、請求項１～２４のいずれかに記載の結合剤。
  30. 前記ウイルスが、パラミクソウイルスである、請求項１～２４のいずれかに記載の結合剤。
  31. 前記ウイルスが、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）であるか、または麻疹モルビリウイルス（ＭｅＶ）である、請求項３０に記載の結合剤。
  32. 前記ウイルスを中和することが可能である、かつ／または、
    宿主細胞へのウイルスの結合を減少させるもしくは防止する、
    請求項１～３１のいずれかに記載の結合剤。
  33. 前記ウイルスが、コロナウイルスであり、前記少なくとも１つの結合ドメインが、前記コロナウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質と特異的に結合する、請求項１～２８及び３２のいずれかに記載の結合剤。
  34. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質と特異的に結合する抗体の抗原結合断片を含み、場合により、前記抗原結合断片が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含む、請求項１～３３のいずれかに記載の結合剤。
  35. 前記抗原結合断片が、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片の中から選択される、請求項３４に記載の結合剤。
  36. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、ＳＴＩ－１４９９、ＳＴＩ－４３９８、ＲＥＧＮ１０９３３、ＲＥＧＮ１０９８７、ＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、ＪＳ０１６、ＬＹ－ＣｏＶ５５５、ＬＹ－３８１９２５３、ＴＢ１８１－８、ＴＢ１８１－２８、ＴＢ１８１－３６、ＢＧＢ－ＤＸＰ５９３、ＴＹ０２７、ＣＴ－Ｐ５９、ＢＲＩＩ－１９６、ＢＲＩＩ－１９８、ＳＣＴＡ０１、ＭＷ３３、ＡＺＤ８８９５、ＡＺＤ１０６１、ＨＬＸ７０、１５Ｇ１１、１８Ｆ４、１Ｅ５、１Ｇ３、２１Ｃ３、２２ｄ（、２３Ｄ１１、２６Ｅ２、２９Ｆ７、３Ｂ３、３Ｆ２、Ｄ５９０４７－１１９５５、Ｄ７０６７８－１２６３７－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１２７９９－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５３１－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１３５７６－Ｓ１、Ｄ７０６７８－１４００４－Ｓ２、Ｄ７０６７８－１４０２７－Ｓ２、Ｄ７０６７８－２１５５－Ｓ１、Ｄ７０６７８－２７４３－Ｓ１、及びＤ７０６７８－５５２１－Ｓ２の中から選択される抗体の抗原結合断片である、請求項１～２８及び３２～３５のいずれかに記載の結合剤。
  37. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）である、請求項１～２８、３２及び３３のいずれかに記載の結合剤。
  38. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、ＴＢ２０１－１、ＴＢ２０２－３、ＴＢ２０２－６３である、請求項１～２８、３２、３３及び３７のいずれかに記載の結合剤。
  39. 前記少なくとも１つの結合ドメインが、抗体模倣物であり、場合により、デザインドアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、アドネクチン、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場から選択される、請求項１～２８、３２及び３３のいずれかに記載の結合剤。
  40. （ｉ）請求項１～３９のいずれかに記載の結合剤と、
    （ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能なウイルスタンパク質と
    を含む、粒子。
  41. 前記ウイルスタンパク質が、精製されたウイルスタンパク質である、請求項４０に記載の粒子。
  42. 前記ウイルスタンパク質が、組換えウイルスタンパク質である、請求項４０または請求項４１に記載の粒子。
  43. 前記ウイルスタンパク質が、コロナウイルスのＳ（スパイク）糖タンパク質である、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子。
  44. 請求項１～３９のいずれかに記載の結合剤をコードする、核酸分子。
  45. ｍＲＮＡである、請求項４４に記載の核酸分子。
  46. 請求項４４または請求項４５に記載の核酸を含む、細胞。
  47. 請求項４４または請求項４５に記載の核酸分子を含む、ベクター。
  48. ウイルスベクターまたはウイルス様粒子である、請求項４７に記載のベクター。
  49. アデノウイルスに由来する、請求項４７または請求項４８に記載のベクター。
  50. 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来する、請求項４９に記載のベクター。
  51. 前記ＡＡＶが、血清型１、２、５、６、８または９のものである、請求項５０に記載のベクター。
  52. 前記ウイルスベクターが、レンチウイルスに由来する、請求項４７または請求項４８に記載のベクター。
  53. フソゲンを含む、請求項４７～５２のいずれかに記載のベクター。
  54. 前記フソゲンが、クラスＩウイルス膜融合タンパク質、クラスＩＩウイルス膜タンパク質、クラスＩＩウイルス膜融合タンパク質、ウイルス膜糖タンパク質、またはウイルスエンベロープタンパク質から選択されるウイルスフソゲンである、請求項５３に記載のベクター。
  55. 前記フソゲンが、水疱性口内炎ウイルスエンベロープ糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）、ヒヒ内在性ウイルス（ＢａＥＶ）エンベロープ糖タンパク質、シンシチンであるか、コロナウイルス由来のフソゲンであるか、またはパラミクソウイルスに由来する、請求項５３または請求項５４に記載のベクター。
  56. 前記フソゲンが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス１（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）スパイク糖タンパク質、または重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス２（ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２）スパイク糖タンパク質であり、場合により、前記フソゲンが、アルファコロナウイルスＣＤ１３タンパク質である、請求項５４に記載のベクター。
  57. パラミクソウイルスに由来する前記フソゲンが、Ｆタンパク質分子もしくはその生物学的に活性な部分及び／または糖タンパク質Ｇ（Ｇタンパク質）もしくはその生物学的に活性な部分を含む、請求項５６に記載のベクター。
  58. 前記フソゲンが、標的細胞上の分子に結合するターゲティング部分を含む再標的指向型フソゲンである、請求項５３～５７のいずれか１項に記載のベクター。
  59. 前記ターゲティング部分が、デザインアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、または抗原結合フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）足場である、請求項５８に記載のベクター。
  60. 前記標的細胞が、コロナウイルスに感染していることが知られているまたは疑われる、請求項５８または請求項５９に記載のベクター。
  61. ターゲティング部分が、コロナウイルスの受容体と結合する、請求項５９～６０のいずれかに記載のベクター。
  62. 前記ターゲティング部分が、アンギオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）と結合する、請求項５８～６１のいずれかに記載のベクター。
  63. 前記標的細胞がＢリンパ球である、請求項５８または請求項５９に記載のベクター。
  64. 前記ターゲティング部分が、ヒトＣＤ２０に結合する、請求項６３のいずれかに記載のベクター。
  65. 結合剤を生成する方法であって、宿主細胞において前記結合剤を発現させる条件下で、請求項４４もしくは請求項４５に記載の核酸分子または請求項４７～６４のいずれかに記載のベクターを前記細胞に導入することを含み、場合により、前記結合剤を前記細胞から単離または精製することをさらに含む、前記方法。
  66. ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、請求項１～３９のいずれかに記載の１つ以上の結合剤を投与することを含む、免疫複合体を形成する方法であって、前記投与された１つ以上の結合剤を含む免疫複合体が前記対象において形成される、前記方法。
  67. 前記免疫複合体が、前記ウイルスの表面に露出したウイルスタンパク質に対する少なくとも１つの内因性抗体をさらに含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性抗体が、同じウイルスタンパク質と結合する、請求項６６または６７のいずれかに記載の方法。
  69. 前記１つ以上の結合剤及び前記少なくとも１つの内因性物質が、前記ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合するか、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合するか、または前記ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する、請求項６６～６８のいずれかに記載の方法。
  70. （ｉ）請求項１～３９のいずれかに記載の結合剤と、
    （ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合する表面露出ウイルスタンパク質と
    を含む免疫複合体を含む、組成物。
  71. 前記免疫複合体が、２つ以上の結合剤を含む、請求項７０に記載の組成物。
  72. 前記少なくとも２つの結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合するか、または前記ウイルスタンパク質の同じエピトープと結合する、請求項７１に記載の組成物。
  73. 前記免疫複合体が、内因性結合ドメインをさらに含み、場合により、1つ及び／または複数の内因性抗体由来の内因性結合ドメインをさらに含み、前記少なくとも１つの結合ドメイン及び前記内因性結合ドメインが、前記ウイルスタンパク質の別個のエピトープと結合するか、または前記ウイルスタンパク質の重複エピトープと結合する、請求項７０～７２に記載の組成物。
  74. 請求項１～３９のいずれかに記載の結合剤、請求項４４もしくは請求項４５に記載の核酸、または請求項４０～４３のいずれかに記載の粒子、請求項４６に記載の細胞、または請求項４７～６４のいずれかに記載のベクターを含む、薬学的組成物。
  75. （ｉ）請求項１～３９のいずれかに記載の結合剤と、
    （ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質と
    を含む、薬学的組成物。
  76. 薬学的に許容される賦形剤を含む、請求項７４及び請求項７５のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
  77. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、前記方法。
  78. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法であって、ウイルス感染を有することが知られているまたは疑われる対象に、（ｉ）請求項７４～７６に記載の薬学的組成物の治療有効量、及び（ｉｉ）前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質を投与することを含む、前記方法。
  79. 前記炎症が、肺におけるリンパ球蓄積、肺におけるリンパ球増殖、末梢血リンパ球減少、炎症誘発性サイトカイン生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含み、場合により、前記炎症誘発性サイトカインが、ＭＣＰ－１、ＩＬ－８、ＩＬ－１β、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＧＣＳＦ、ＭＩＰ－１Ａ、及びＴＮＦ－αからなる群から選択される、請求項７７または請求項７８に記載の方法。
  80. 前記薬学的組成物及び前記組換えウイルスタンパク質が同時に投与されるか、または前記薬学的組成物及び前記組換えウイルスタンパク質が順次投与され、場合により、前記組換えウイルスタンパク質が最初に投与されるか、または前記薬学的組成物が最初に投与される、請求項７８に記載の方法。
  81. 請求項１３～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、阻害性免疫複合体機能を促進する方法。
  82. 阻害性免疫複合体機能が、減弱した抗原取り込み、減弱した抗原提示、減少した細胞活性化、減少した抗体分泌、抗炎症性サイトカインの生成、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む、請求項８１に記載の方法。
  83. 請求項１～１２のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの治療有効量を投与することを含む、活性化免疫複合体機能を減少させる方法。
  84. 活性化免疫複合体機能が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体依存性増強（ＡＤＥ）、炎症性メディエータの放出、プロサイトカインの生成、食作用、または前述のもののいずれかの組み合わせを含む、請求項８３に記載の方法。
  85. 対象におけるウイルス感染の処置をさらに含む、請求項７７～８４のいずれかに記載の方法。
  86. 前記ウイルス感染が、前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインによって認識される表面露出ウイルスタンパク質を含むウイルスによって引き起こされる感染であり、場合により、前記ウイルスがＲＮＡウイルスであり、場合により、前記ＲＮＡウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ、ＲＳＶ、インフルエンザウイルス、及び麻疹ウイルスから選択される、請求項８５に記載の方法。
  87. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させるための医薬の製造における、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの使用。
  88. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させるための医薬の製造における、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、及び前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質の使用。
  89. 阻害剤免疫複合体機能を促進するための医薬の製造における、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの使用。
  90. 活性化免疫複合体機能を減少させるための医薬の製造における、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクターの使用。
  91. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させる方法において使用するための、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクター。
  92. 対象におけるウイルス感染に応答する炎症を減少させるのに使用するための、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、及び前記結合剤の前記少なくとも１つの結合ドメインが結合可能な組換えウイルスタンパク質。
  93. 阻害剤免疫複合体機能を促進する方法において使用するための、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクター。
  94. 活性化免疫複合体機能を減少させる方法において使用するための、請求項１～３９のいずれか１項に記載の結合剤、請求項４０～４２のいずれかに記載の粒子、請求項４３もしくは請求項４４に記載の核酸、請求項４５に記載の細胞、請求項７４～７６に記載の薬学的組成物、または請求項４６～７３のいずれかに記載のベクター。
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