KR20190135000A - Aav 벡터를 기반으로 하는 인플루엔자 백신 - Google Patents
Aav 벡터를 기반으로 하는 인플루엔자 백신 Download PDFInfo
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Abstract
AAV 반전 말단 반복부 서열 및 4개의 상이한 면역글로불린 영역 (a), (b), (c) 및 (d)를 암호화하는 적어도 하나의 핵산 서열을 포함하는 벡터 게놈을 내부에 패키징한 AAV 캡시드를 갖는, 비복제 재조합 아데노-연관 바이러스(rAAV). 상기 rAAV-발현된 면역글로불린은 인플루엔자 A 및 인플루엔자 B에 대한 수동 면역화를 제공하는 데 유용하다. 또한 본 명세서에는 rAAV를 함유하는 조성물이 기술된다. 환자에게 인플루엔자에 대해서 백신 접종하는 방법이 제공된다.
Description
인플루엔자 감염은 미국에서 사망률의 17번째로 선두적인 원인이며, 이는 매년 대략 49,000건의 사망이며, 전세계적으로 거의 500,000건의 사망의 유의미적 비율을 차지한다. 백신이 인플루엔자로부터 인간을 보호하는 데 항상 효과적인 것은 아니다. 추가로, 새로운 인플루엔자 유행병(pandemic)의 출현은 상당한 인명 손실 및 전세계적인 경제 붕괴를 초래할 수 있는 위협이다. 물새(aquatic bird)에서 인플루엔자 A 바이러스의 광범위한 저장은 1997년에 고 병원성 조류 인플루엔자 H5N1 및 2013년에 인간 집단에서 H7N9의 출현에 의해서 예시되는 바와 같이 계속적인 유행병 위협을 나타낸다(J. Liu et al., Highly pathogenic H5N1 influenza virus infection in migratory birds. Science 309, 1206 (2005); H. Chen et al., Avian flu: H5N1 virus outbreak in migratory waterfowl. Nature 436, 191-192 (2005); 및 R. Gao et al., Human infection with a novel avian-origin influenza A (H7N9) virus. N. Engl. J. Med. 368, 1888-1897 (2013)). 연간 인플루엔자 전염병의 경제적 부담은 대략 8억 7천만 달러 정도인 것으로 예측된다. 이러한 비용의 절반 초과는 거의 1백만명의 환자에 대해서 요구되는 병원 치료를 포괄하는데, 이들 중 70%는 고령 환자(65세 초과)이다.
아데노-연관 바이러스(adeno-associated virus: AAV)는 비봉합된 20면체의 단일 가닥 DNA 바이러스이고 직경이 20 내지 26nm이다. 1980년대 초기에 유전자 전달 벡터로서의 야생형 AAV의 첫 번째 유전자 조작 이래로, 재조합 AAV는 만성 질환을 위한 유전자 요법에서 효과적이고 안전한 임상 응용을 위한 유망한 유전자 전달 비히클이 되었다. AAV 혈청형 2(AAV2)는 유전자 전달 응용을 위해서 벡터화된 첫 번째 AAV이다. 낮은 형질도입 효율, 중화 항체(NAb)의 높은 혈청학적 유병률(seroprevalence) 및 잠재적으로 파괴적인 캡시드에 대한 T-세포 반응을 비롯하여, AAV2 벡터의 몇몇 제한이 출현하였다.
인플루엔자에 대한 항체의 전달을 위한 이상적인 AAV 캡시드는 인간에서 낮은 혈청학적 유병률을 갖거나, 높고 안정적인 트랜스젠 발현을 부여할 수 있거나, 중추 신경계 또는 생식선에 최소한으로 생체분포될 수 있거나, 선호되는 면역학적 프로파일을 가질 수 있을 것이다. 이러한 선택된 캡시드는 높은 수율로 제조하기에 용이해야 하고, 임상 안정성의 이력을 가져야 한다. 선택을 위해서 고려하기 위한 AAV 캡시드는 유전자 요법 임상 시험에서 시험된 AAV 캡시드: AAV1, 2, 6, 8, 9 및 rh10을 포함한다. 이전 연구는, AAV9가 기도를 효과적으로 표적으로 하고, 이미 존재하는 AAV9-특이적 NAb의 설정으로 효과적으로 재투여될 수 있다는 것을 입증하였다(Limberis and Wilson, 2006, Proc Natl Acad Sci USA, 103, 35, 12993-12998 (2006)). 보다 최근에, 본 발명자들은, FI6 항체를 발현하는 AAV9 벡터가 마우스 및 페럿 둘 다를 H1N1 및 H5N1 인플루엔자 균주의 다양한 임상적 단리물로의 치명적인 공기 기반 시험감염에 대해서 보호하였다는 것을 입증하였다(Limberis, et al, Sci Transl Med. 2013 May 29;5(187):187ra72).
향상된 성능 프로파일을 갖는 적합한 대안적인 인플루엔자 백신이 여전이 요구된다.
도 1A는 AAV9(서열번호 17), AAVhu31(서열번호 34, 정렬에서 hu.31이라고 표지됨) 및 AAVhu32(서열번호 35, 정렬에서 hu.32라고 표지됨)와 함께, AAVhu68(서열번호 16, 정렬에서 hu.68.VP1이라고 표지됨)의 vp1 캡시드 단백질의 아미노산 서열을 보여주는 정렬을 제공한 도면. AAV9, AAVhu31 및 AAVhu32와 비교할 때, 2개의 돌연변이(A67E 및 A157V)가 AAVhu68에서 중요한 것으로 발견되었으며, 도 1A에서 원으로 나타낸다.
도 1B 내지 도 1D는 AAV9(서열번호 36), AAVhu31(서열번호 37, 정렬에서 hu.31이라고 표지됨) 및 AAVhu32(서열번호 38, 정렬에서 hu.32라고 표지됨)와 함께, AAVhu68(서열번호 18, 정렬에서 hu.68.VP1이라고 표지됨)의 vp1 캡시드를 암호화하는 핵산 서열을 보여주는 정렬을 제공한 도면.
도 2A 및 도 2B는 마우스 적응형 인플루엔자 A(PR8)로의 치명적인 시험감염에 대한 hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 및 AAVhu68 벡터의 방어 효능의 평가결과를 나타낸 도면. 도 2A에서, 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게, CB7 프로모터의 전사 제어(즉, AAV.CB7.hJAb 등) 하에서, 109 게놈 카피(GC)의, hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 또는 AAVhu68 벡터(AAV1.hJAb, 사각형; AAV9.hJAb, 원; AAVhu68.hJAB, 바른 삼각형; 및 미경험, 역 삼각형)를 비강내로 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스 체중을 기초로 계산하였다. 도 2B에서, 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 플롯으로 도시할 때 체중이 30%를 초과하게 감소하거나 괴로워하는 것으로 보일 때 마우스를 안락사시켰다.
도 3A 및 도 3B는 마우스 적응형 인플루엔자 (B/Lee/40)로의 치명적인 시험감염에 대한 hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 및 AAVhu68 벡터의 방어 효능의 평가결과를 나타낸 도면. 도 3A는 비강내로, 109GC의, hJAb를 발현하는 AAV 벡터(AAV1.hJAb, 사각형; AAV9.hJAb, 원형; AAVhu68.hJAb, 바른 삼각형; 및 미경험, 역 삼각형)가 제공되고, 7일 후(여기서 0일이라고 지칭됨)에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염되고, 매일 체중 측정된 6주령의 암컷 BALB/c 마우스의 결과를 나타낸 도면. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스 체중을 기초로 계산하였다. 도 3B는 카플란-마이어 플롯으로 도시된 바와 같은 체중이 30%를 초과하게 감소하거나 괴로워하는 것으로 보일 때 마우스를 안락사시킨 결과를 나타낸 도면.
도 4는 기관지 폐포 세척액(bronchoalveolar lavage fluid: BALF) 중의 hJAb의 AAVhu68-매개된 발현의 프로파일을 제공한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 비강내로(IN) hJAb를 발현하는 AAVhu68 벡터를 109GC 내지 1011GC의 용량으로 제공하였다. 마우스를 7일 후에 희생시키고, 단백질 A ELISA에 의해서 hJAb의 농도를 결정하기 위해서 BALF를 수거하였다.
도 5A 및 도 5B는 인플루엔자 A(PR8)에 대한 효과적인 예방을 위한 AAVhu68.CB7.JAb210a의 MED의 결정을 나타낸 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 3×108GC 내지 1010GC 범위의 용량의 AAVhu68.CB7. JAb210a 벡터를 IN으로 제공하고, 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하고, 도 5A에 플로팅한다. 도 5B는 생존 백분율의 그래프. 모든 마우스는 벡터 용량에 관계없이 시험감염에 대해서 생존하였다.
도 6A 및 도 6B는 인플루엔자 B(B/Lee/40)에 대한 효과적인 예방을 위한 AAVhu68.CB7.JAb210a의 MED의 결정을 나타낸 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 3×108GC 내지 1010GC 범위의 용량의 AAVhu68.CB7. JAb210a 벡터를 IN으로 제공하고, 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하고, 도 6A에 플로팅한다. 도 6B는 생존 백분율의 그래프. 모든 마우스는 벡터 용량에 관계없이 시험감염에 대해서 생존하였다.
도 7A 내지 도 7C는 인플루엔자 A(PR8)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 신속한 개시를 나타낸 도면. 도 7A는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하고, 벡터-처리된 마우스의 군을 1일, 2일, 3일 또는 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시키는 것을 보여주는 타임라인을 제공한 도면. 도 7B는 벡터 투여 후 다양한 시간 지점에서 시험감염된 동물에 대한 체중 변화 백분율(%)를 나타낸 선 그래프. X 축 상에 데이터 지점으로 나타낸 바와 같이, 시험감염된 동물을 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하였다. 도 7C은 PR8 시험감염 후 생존 백분율의 그래프. 이 데이터는, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터가 제공된 모든 마우스가 벡터 투여와 5LD50의 PR8로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계 없이 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸다.
도 8A 내지 도 8D는 인플루엔자 B(B/Lee/40)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 신속한 개시를 나타낸 도면. 도 8A는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 109 내지 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하고, 마우스의 군을 1일, 2일, 3일 또는 7일 후에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염시키고, 체중을 매일 잰 것을 보여주는 타임라인을 제공한 도면. 도 8B는 109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 마우스에 대해서, 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산된 체중 손실 백분율을 나타낸 도면. 도 8C는 모든 마우스가 벡터 투여와 B/Lee/40로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계없이 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸 도면. 도 8D는 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 마우스에 대해서, 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산된 체중 손실 백분율을 나타낸 도면. 모든 마우스는 벡터 투여와 B/Lee/40로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계없이 시험감염 시에 생존하였다.
도 9A 내지 도 9F는, PR8로의 치명적인 시험감염에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 효과에 대한 혈청-순환 AAVhu68 중화 항체(NAb)의 영향을 나타낸 도면. 다양한 수준의 이미 존재하는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb를 갖는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스의 군에게, IN으로 109GC(도 9A), 3×109GC(도 9B) 및 1010GC(도 9C 내지 도 9F)의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를, AAVhu68.CB.LacZ 벡터에 대한 초기 노출 대략 30일 후(AAVhu68에 대해서 NAb를 유도하기 위해서 제공됨)에 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
도 10A 내지 도 10C는, PR8로의 치명적인 시험감염(90일)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 효과에 대한 혈청-순환 AAVhu68 NAb의 영향을 나타낸 도면. 다양한 수준의 이미 존재하는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb를 갖는 암컷 BALB/c 마우스의 군에게, IN으로 109GC(도 10A), 3×109GC(도 10B) 또는 1010GC(도 10C)의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를, AAVhu68.CB.LacZ 벡터에 대한 초기 노출 대략 90일 후(AAVhu68에 대해서 NAb를 유도하기 위해서 제공됨)에 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
도 11은 마우스에서 hJAb를 발현하는 AAVhu68 벡터의 생체분포 프로파일을 도시한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 IN으로 1011GC(고) 내지 109GC(저) 범위의 용량의 AAVhu68.CB7.hJAb 벡터를 제공하고, 7일 후에 부검하였다. 조직(폐, 간, 비장, 심장 및 뇌)을 생체분포 분석법을 위해서 수거하였다. 점선은 검정 배경을 나타낸다. 각각의 조직에 대해서, 좌측에서 우측으로의 5개의 막대는 각각 1011GC, 3×1010GC, 1010GC, 3×109GC 및 109GC로 처리된 마우스로부터 수집된 데이터를 나타낸다. 고용량의 AAVhu68 벡터(도 11 및 도 12)를 사용하는 경우, AAVhu68 벡터 게놈은 폐 이외의 조직에서 검출되었다.
도 12A 및 12B는 마우스에서 JAb210a를 발현하는 AAVhu68 벡터의 생체분포 프로파일을 제공한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 IN으로 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를 고용량, 1011GC로 제공하였다. 30일 후에 마우스를 부검하였다. 조직(폐, 비장, 기관, 신장, 간, 심장, 뇌, 난소 및 눈)을 생체분포 분석을 위해서 수거하였다. 점선은 검정 배경을 나타낸다. 도 12A는 2배체 세포당 GC로서의 데이터를 나타낸 반면, 도 12B는 ㎍ DNA당 GC로서의 데이터를 나타낸다. 고용량의 AAVhu68 벡터(도 11 및 도 12)를 사용하는 경우, AAVhu68 게놈은 폐 이외의 조직에서 검출되었다. 도 12A는 벡터 게놈 침착 대부분이 폐에서, 그 다음 비장에서 발생되었음을 보여주는 도면. 매우 낮은 수준의 AAVhu68 벡터 게놈이 신장, 간 및 심장에 존재하였다(도 12A). 추가로, 뇌, 난소 또는 눈에서의 AAVhu68 게놈의 수준은 배경과 너무 유사하여 데이터의 정확한 해석이 허용되지 않았다(도 12A). 도 12B에서, 폐 및 비장(좌측)의 경우, GC/㎍ DNA로 도시된 스케일은 100 내지 106이며, 이에 반해서 기관, 신장, 간, 심장, 뇌, 난소, 눈 및 시신경에 대해서 제공된 스케일은 100 내지104이다.
도 13A 및 도 13B는, 늙은 마우스(9 내지 18개월령)에서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 방어 프로파일을 나타낸 도면. BALB/c 마우스에게 109GC 또는 3×109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하였고, 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시켰다. 도 13A는 벡터 투여 7일 후에 시험감염된 늙은 마우스에 대한 체중 변화 백분율(%)를 나타낸 선 그래프. X 축 상에 데이터 지점으로 나타낸 바와 같이, 마우스를 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 인플루엔자 시험감염일의 체중을 기초로 계산하였다. 도 13B는 PR8 시험감염 후 생존 백분율의 그래프. 이러한 데이터는, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 모든 마우스가 5LD50의 PR8로의 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸다. 미경험 마우스를 8일에 안락사시켰다.
도 14A 내지 도 14C는 인플루엔자 바이러스로 시험감염된 마우스에서 AAV-발현된 MD3606의 예방 효능을 나타낸 도면. 비강내로 제시된 용량의 AAV9.MD3606 벡터[게놈 카피(GC)로서 표현]로 처리되고, 7일 후에 치명적인 용량(5LD50)의 마우스-적응형 H1N1(A/푸에르토리코/8/34-MA)(도 14A), 마우스-적응형 H3N2(A/홍콩/1/68-MA)(도 14B) 또는 마우스-적응형 B(B/Lee/40-MA) 바이러스(도 14C)로 시험감염된 BALB/c 마우스의 생존 곡선(상단) 및 체중 손실(하단).
도 15는 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터 게놈의 개략적인 표현.
도 16은 실시예 16에 기술된 바와 같은 벡터 게놈 플라스미드의 계략적인 표현.
도 17A 및 도 17B는 AAV 트랜스 플라스미드의 개략적인 표현. 도 17A는 AAV2/hu68 트랜스 패키징 플라스미드 pAAV2/hu68의 선형 표현을 제공한다. 도 17B에서, pAAV2/hu68(p0065) 내의 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 대체하여 pAAV2/hu68.KanR(p0068)을 제공하였다.
도 18A 및 도 18B는 아데노바이러스 헬퍼 플라스미드의 개략적인 표현. 도 18A는 중간체 pAd△F1 및 pAd△F5를 통한 모체 플라스미드 pBHG10으로부터의 헬퍼 플라스미드 pAd△F6의 유도를 제공한다. 도 18B에서, pAd△F6 내의 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 대체하여 pAd△F6(Kan)을 제공하였다. 퀴아젠 제노믹스 서비스즈(Qiagen Genomic Services)에 의해서 수행되는 DNA 플라스미드 서열결정에 의해서 이러한 3종의 아데노바이러스 유전자의 식별을 확인하였다. DNA 분석은, 3종의 아데노바이러스 타입 5 유전자 영역과 100% 상동성을 보여주었다(젠은행 수탁 번호 AF369965).
도 19A 내지 도 19B는 실시예 16에 기술된 바와 같은 제조 공정 흐름도를 제공한 도면.
도 20은 인플루엔자 A로의 시험감염에 대한 Rag KO 마우스의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG-매개된 예방을 나타낸 도면. Rag KO 마우스에게 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG(원으로 나타냄)를 제공하고, 마우스를 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 8일까지의 점진적인 체중 손실로 인해서 미경험 마우스(역삼각형)를 안락사시켰다.
도 21A 내지 21B는 인플루엔자로의 제2 시험감염에 대한 Rag KO 마우스의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG-매개된 예방을 나타낸 도면. 5LDL50 PR8로의 시험감염에서 생존한 벡터 처리된 Rag KO 마우스를 5LD50의 B/Lee/40으로 재시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 8일까지의 점진적인 체중 손실로 인해서 미경험 마우스(삼각형)를 안락사시켰다. 양성 대조군 마우스(원)는 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터가 제공된 마우스였고, 이것을 7일 후에 5LD50의 B/Lee/40으로 시험감염시켰고; 모든 마우스는 시험감염 시에 생존하였다. 인플루엔자 A에 사전 노출된 이후에 B/Lee/40 시험감염에 적용된 벡터 처리된 마우스를 사각형으로 도시한다(PR8, 도 20).
도 22는 마카크에서 레서스 알파 태아단백질(rhAFP)을 발현하는 AAV9 벡터의 생체분포 프로파일을 제공한 도면. 동물에게 직접 액체 점적 주입(instillation)(원)으로서 또는 MAD Nasal(상표명)(청색 원)을 통해서 2×1013GC의 총 용량의 AAV9.CB7.rhAFP를 제공하였고, 99일 이후에 부검하였다. 조직을 생체분포 분석법을 위해서 수거하였다. 검정 배경은 25 게놈 카피/500ng 조직 DNA였다.
도 1B 내지 도 1D는 AAV9(서열번호 36), AAVhu31(서열번호 37, 정렬에서 hu.31이라고 표지됨) 및 AAVhu32(서열번호 38, 정렬에서 hu.32라고 표지됨)와 함께, AAVhu68(서열번호 18, 정렬에서 hu.68.VP1이라고 표지됨)의 vp1 캡시드를 암호화하는 핵산 서열을 보여주는 정렬을 제공한 도면.
도 2A 및 도 2B는 마우스 적응형 인플루엔자 A(PR8)로의 치명적인 시험감염에 대한 hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 및 AAVhu68 벡터의 방어 효능의 평가결과를 나타낸 도면. 도 2A에서, 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게, CB7 프로모터의 전사 제어(즉, AAV.CB7.hJAb 등) 하에서, 109 게놈 카피(GC)의, hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 또는 AAVhu68 벡터(AAV1.hJAb, 사각형; AAV9.hJAb, 원; AAVhu68.hJAB, 바른 삼각형; 및 미경험, 역 삼각형)를 비강내로 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스 체중을 기초로 계산하였다. 도 2B에서, 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 플롯으로 도시할 때 체중이 30%를 초과하게 감소하거나 괴로워하는 것으로 보일 때 마우스를 안락사시켰다.
도 3A 및 도 3B는 마우스 적응형 인플루엔자 (B/Lee/40)로의 치명적인 시험감염에 대한 hJAb를 발현하는 AAV1, AAV9 및 AAVhu68 벡터의 방어 효능의 평가결과를 나타낸 도면. 도 3A는 비강내로, 109GC의, hJAb를 발현하는 AAV 벡터(AAV1.hJAb, 사각형; AAV9.hJAb, 원형; AAVhu68.hJAb, 바른 삼각형; 및 미경험, 역 삼각형)가 제공되고, 7일 후(여기서 0일이라고 지칭됨)에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염되고, 매일 체중 측정된 6주령의 암컷 BALB/c 마우스의 결과를 나타낸 도면. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스 체중을 기초로 계산하였다. 도 3B는 카플란-마이어 플롯으로 도시된 바와 같은 체중이 30%를 초과하게 감소하거나 괴로워하는 것으로 보일 때 마우스를 안락사시킨 결과를 나타낸 도면.
도 4는 기관지 폐포 세척액(bronchoalveolar lavage fluid: BALF) 중의 hJAb의 AAVhu68-매개된 발현의 프로파일을 제공한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 비강내로(IN) hJAb를 발현하는 AAVhu68 벡터를 109GC 내지 1011GC의 용량으로 제공하였다. 마우스를 7일 후에 희생시키고, 단백질 A ELISA에 의해서 hJAb의 농도를 결정하기 위해서 BALF를 수거하였다.
도 5A 및 도 5B는 인플루엔자 A(PR8)에 대한 효과적인 예방을 위한 AAVhu68.CB7.JAb210a의 MED의 결정을 나타낸 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 3×108GC 내지 1010GC 범위의 용량의 AAVhu68.CB7. JAb210a 벡터를 IN으로 제공하고, 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하고, 도 5A에 플로팅한다. 도 5B는 생존 백분율의 그래프. 모든 마우스는 벡터 용량에 관계없이 시험감염에 대해서 생존하였다.
도 6A 및 도 6B는 인플루엔자 B(B/Lee/40)에 대한 효과적인 예방을 위한 AAVhu68.CB7.JAb210a의 MED의 결정을 나타낸 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 3×108GC 내지 1010GC 범위의 용량의 AAVhu68.CB7. JAb210a 벡터를 IN으로 제공하고, 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하고, 도 6A에 플로팅한다. 도 6B는 생존 백분율의 그래프. 모든 마우스는 벡터 용량에 관계없이 시험감염에 대해서 생존하였다.
도 7A 내지 도 7C는 인플루엔자 A(PR8)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 신속한 개시를 나타낸 도면. 도 7A는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하고, 벡터-처리된 마우스의 군을 1일, 2일, 3일 또는 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시키는 것을 보여주는 타임라인을 제공한 도면. 도 7B는 벡터 투여 후 다양한 시간 지점에서 시험감염된 동물에 대한 체중 변화 백분율(%)를 나타낸 선 그래프. X 축 상에 데이터 지점으로 나타낸 바와 같이, 시험감염된 동물을 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산하였다. 도 7C은 PR8 시험감염 후 생존 백분율의 그래프. 이 데이터는, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터가 제공된 모든 마우스가 벡터 투여와 5LD50의 PR8로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계 없이 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸다.
도 8A 내지 도 8D는 인플루엔자 B(B/Lee/40)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 신속한 개시를 나타낸 도면. 도 8A는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 109 내지 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하고, 마우스의 군을 1일, 2일, 3일 또는 7일 후에 5LD50의 B/Lee/40로 시험감염시키고, 체중을 매일 잰 것을 보여주는 타임라인을 제공한 도면. 도 8B는 109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 마우스에 대해서, 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산된 체중 손실 백분율을 나타낸 도면. 도 8C는 모든 마우스가 벡터 투여와 B/Lee/40로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계없이 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸 도면. 도 8D는 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 마우스에 대해서, 시험감염일의 마우스의 체중을 기초로 계산된 체중 손실 백분율을 나타낸 도면. 모든 마우스는 벡터 투여와 B/Lee/40로의 시험감염 사이의 시간 간격에 관계없이 시험감염 시에 생존하였다.
도 9A 내지 도 9F는, PR8로의 치명적인 시험감염에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 효과에 대한 혈청-순환 AAVhu68 중화 항체(NAb)의 영향을 나타낸 도면. 다양한 수준의 이미 존재하는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb를 갖는 6주령의 암컷 BALB/c 마우스의 군에게, IN으로 109GC(도 9A), 3×109GC(도 9B) 및 1010GC(도 9C 내지 도 9F)의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를, AAVhu68.CB.LacZ 벡터에 대한 초기 노출 대략 30일 후(AAVhu68에 대해서 NAb를 유도하기 위해서 제공됨)에 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
도 10A 내지 도 10C는, PR8로의 치명적인 시험감염(90일)에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 예방의 효과에 대한 혈청-순환 AAVhu68 NAb의 영향을 나타낸 도면. 다양한 수준의 이미 존재하는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb를 갖는 암컷 BALB/c 마우스의 군에게, IN으로 109GC(도 10A), 3×109GC(도 10B) 또는 1010GC(도 10C)의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를, AAVhu68.CB.LacZ 벡터에 대한 초기 노출 대략 90일 후(AAVhu68에 대해서 NAb를 유도하기 위해서 제공됨)에 제공하였다. 마우스를 7일 후(여기서 0일이라고 나타냄)에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
도 11은 마우스에서 hJAb를 발현하는 AAVhu68 벡터의 생체분포 프로파일을 도시한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 IN으로 1011GC(고) 내지 109GC(저) 범위의 용량의 AAVhu68.CB7.hJAb 벡터를 제공하고, 7일 후에 부검하였다. 조직(폐, 간, 비장, 심장 및 뇌)을 생체분포 분석법을 위해서 수거하였다. 점선은 검정 배경을 나타낸다. 각각의 조직에 대해서, 좌측에서 우측으로의 5개의 막대는 각각 1011GC, 3×1010GC, 1010GC, 3×109GC 및 109GC로 처리된 마우스로부터 수집된 데이터를 나타낸다. 고용량의 AAVhu68 벡터(도 11 및 도 12)를 사용하는 경우, AAVhu68 벡터 게놈은 폐 이외의 조직에서 검출되었다.
도 12A 및 12B는 마우스에서 JAb210a를 발현하는 AAVhu68 벡터의 생체분포 프로파일을 제공한 도면. 6주령의 암컷 BALB/c 마우스에게 IN으로 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를 고용량, 1011GC로 제공하였다. 30일 후에 마우스를 부검하였다. 조직(폐, 비장, 기관, 신장, 간, 심장, 뇌, 난소 및 눈)을 생체분포 분석을 위해서 수거하였다. 점선은 검정 배경을 나타낸다. 도 12A는 2배체 세포당 GC로서의 데이터를 나타낸 반면, 도 12B는 ㎍ DNA당 GC로서의 데이터를 나타낸다. 고용량의 AAVhu68 벡터(도 11 및 도 12)를 사용하는 경우, AAVhu68 게놈은 폐 이외의 조직에서 검출되었다. 도 12A는 벡터 게놈 침착 대부분이 폐에서, 그 다음 비장에서 발생되었음을 보여주는 도면. 매우 낮은 수준의 AAVhu68 벡터 게놈이 신장, 간 및 심장에 존재하였다(도 12A). 추가로, 뇌, 난소 또는 눈에서의 AAVhu68 게놈의 수준은 배경과 너무 유사하여 데이터의 정확한 해석이 허용되지 않았다(도 12A). 도 12B에서, 폐 및 비장(좌측)의 경우, GC/㎍ DNA로 도시된 스케일은 100 내지 106이며, 이에 반해서 기관, 신장, 간, 심장, 뇌, 난소, 눈 및 시신경에 대해서 제공된 스케일은 100 내지104이다.
도 13A 및 도 13B는, 늙은 마우스(9 내지 18개월령)에서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 방어 프로파일을 나타낸 도면. BALB/c 마우스에게 109GC 또는 3×109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 제공하였고, 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시켰다. 도 13A는 벡터 투여 7일 후에 시험감염된 늙은 마우스에 대한 체중 변화 백분율(%)를 나타낸 선 그래프. X 축 상에 데이터 지점으로 나타낸 바와 같이, 마우스를 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 인플루엔자 시험감염일의 체중을 기초로 계산하였다. 도 13B는 PR8 시험감염 후 생존 백분율의 그래프. 이러한 데이터는, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a가 제공된 모든 마우스가 5LD50의 PR8로의 시험감염 시에 생존하였음을 나타낸다. 미경험 마우스를 8일에 안락사시켰다.
도 14A 내지 도 14C는 인플루엔자 바이러스로 시험감염된 마우스에서 AAV-발현된 MD3606의 예방 효능을 나타낸 도면. 비강내로 제시된 용량의 AAV9.MD3606 벡터[게놈 카피(GC)로서 표현]로 처리되고, 7일 후에 치명적인 용량(5LD50)의 마우스-적응형 H1N1(A/푸에르토리코/8/34-MA)(도 14A), 마우스-적응형 H3N2(A/홍콩/1/68-MA)(도 14B) 또는 마우스-적응형 B(B/Lee/40-MA) 바이러스(도 14C)로 시험감염된 BALB/c 마우스의 생존 곡선(상단) 및 체중 손실(하단).
도 15는 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터 게놈의 개략적인 표현.
도 16은 실시예 16에 기술된 바와 같은 벡터 게놈 플라스미드의 계략적인 표현.
도 17A 및 도 17B는 AAV 트랜스 플라스미드의 개략적인 표현. 도 17A는 AAV2/hu68 트랜스 패키징 플라스미드 pAAV2/hu68의 선형 표현을 제공한다. 도 17B에서, pAAV2/hu68(p0065) 내의 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 대체하여 pAAV2/hu68.KanR(p0068)을 제공하였다.
도 18A 및 도 18B는 아데노바이러스 헬퍼 플라스미드의 개략적인 표현. 도 18A는 중간체 pAd△F1 및 pAd△F5를 통한 모체 플라스미드 pBHG10으로부터의 헬퍼 플라스미드 pAd△F6의 유도를 제공한다. 도 18B에서, pAd△F6 내의 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 대체하여 pAd△F6(Kan)을 제공하였다. 퀴아젠 제노믹스 서비스즈(Qiagen Genomic Services)에 의해서 수행되는 DNA 플라스미드 서열결정에 의해서 이러한 3종의 아데노바이러스 유전자의 식별을 확인하였다. DNA 분석은, 3종의 아데노바이러스 타입 5 유전자 영역과 100% 상동성을 보여주었다(젠은행 수탁 번호 AF369965).
도 19A 내지 도 19B는 실시예 16에 기술된 바와 같은 제조 공정 흐름도를 제공한 도면.
도 20은 인플루엔자 A로의 시험감염에 대한 Rag KO 마우스의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG-매개된 예방을 나타낸 도면. Rag KO 마우스에게 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG(원으로 나타냄)를 제공하고, 마우스를 7일 후에 5LD50의 PR8로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 8일까지의 점진적인 체중 손실로 인해서 미경험 마우스(역삼각형)를 안락사시켰다.
도 21A 내지 21B는 인플루엔자로의 제2 시험감염에 대한 Rag KO 마우스의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG-매개된 예방을 나타낸 도면. 5LDL50 PR8로의 시험감염에서 생존한 벡터 처리된 Rag KO 마우스를 5LD50의 B/Lee/40으로 재시험감염시키고, 매일 체중을 재었다. 8일까지의 점진적인 체중 손실로 인해서 미경험 마우스(삼각형)를 안락사시켰다. 양성 대조군 마우스(원)는 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터가 제공된 마우스였고, 이것을 7일 후에 5LD50의 B/Lee/40으로 시험감염시켰고; 모든 마우스는 시험감염 시에 생존하였다. 인플루엔자 A에 사전 노출된 이후에 B/Lee/40 시험감염에 적용된 벡터 처리된 마우스를 사각형으로 도시한다(PR8, 도 20).
도 22는 마카크에서 레서스 알파 태아단백질(rhAFP)을 발현하는 AAV9 벡터의 생체분포 프로파일을 제공한 도면. 동물에게 직접 액체 점적 주입(instillation)(원)으로서 또는 MAD Nasal(상표명)(청색 원)을 통해서 2×1013GC의 총 용량의 AAV9.CB7.rhAFP를 제공하였고, 99일 이후에 부검하였다. 조직을 생체분포 분석법을 위해서 수거하였다. 검정 배경은 25 게놈 카피/500ng 조직 DNA였다.
발명의 요약
항-인플루엔자 작제물을 암호화하는 비복제(non-replicating) 재조합 아데노-연관 바이러스(recombinant adeno-associated associated virus)(rAAV)가 제공된다. 상기 rAAV는 AAV 캡시드 내에 패키징된 벡터 게놈을 갖는다. 본 명세서에 제공된 조성물은 rAAV로부터 발현된 하기 항-인플루엔자 면역글로불린 영역의 조합물을 위한 벡터 게놈 암호 서열을 포함한다. 제1 면역글로불린 영역은 하기 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는다:
. 특정 실시형태에서, 서열번호 1 대신에, 서열번호 30의 aa 24 내지 aa 147로서 제시되는, I110M 돌연변이를 갖는 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 대안적인 면역글로불린 영역이 사용을 위해 선택될 수 있다. 제2 면역글로불린 영역은 하기 서열번호 2의 아미노산 서열을 갖는다:
특정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 하나 초과의 면역글로불린 영역은 Fc 영역을 추가로 포함하는 융합 작제물 내에 존재하고, 여기서 4개의 면역글로불린 영역 및 Fc 영역을 연결하는 연결 서열이 선택적으로 존재한다.
특정 실시형태에서, 벡터 게놈은 서열번호 26, 서열번호 21, 서열번호 20, 서열번호 19; 서열번호 15, 서열번호 14, 서열번호 13, 서열번호 5, 서열번호 31 및 서열번호 32로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함한다. 특정 실시형태에서, 담체, 희석제 또는 부형제 및 적어도 본 명세서에 기술된 바와 같은 비복제 rAAV의 스톡을 포함하는 조성물이 제공된다. 조성물은 비강내 또는 근육내 또는 정맥내 투여를 위해서 제형화될 수 있다.
특정 실시형태에서, 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 면역화시키는 방법이 제공되며, 이것은 본 명세서에 기술된 바와 같은 rAAV.JAb, rAAV.hJAb 또는 rAAV.JAb210a를 포함하는 유효량의 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 조성물은 약 109GC 내지 약 7×1013GC의 용량의 rAAV.JAb, rAAV.hJAb 또는 rAAV.JAb210a를 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드가 선택된다. 다른 실시형태에서, 선택적으로 희석제 및 투여에 대한 지시서와 함께, 본 명세서에 기술된 바와 같은 rAAV.JAb, rAAV.hJAb 또는 rAAV.JAb210a를 포함하는 조성물 및 용기를 포함하는 제품이 제공된다.
상기 실시형태의 현재 바람직한 버전에서, rAAV는 AAVhu68 캡시드를 갖는다. 또 다른 실시형태에서, rAAV는 AAV9 캡시드를 갖는다. 추가의 또 다른 실시형태에서, rAAV는 AAV1 캡시드를 갖는다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 rAAV.JAb 및 이를 함유하는 조성물은 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 백신 접종 또는 면역화시키기에 유용하다.
특정 실시형태에서, rAAV.JAb 또는 이를 함유하는 조성물은 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 백신 접종 또는 면역화시키기 위해서 제공된다.
본 발명의 이러한 이점 및 다른 이점은 하기 본 발명의 상세한 설명으로부터 자명할 것이다.
발명의 상세한 설명
생체내에서 항-인플루엔자 항체 작제물을 발현하고, 인플루엔자 A 및/또는 인플루엔자 B 감염으로의 감염에 대해서 수동 면역을 제공하기에 유용한 재조합 벡터가 본 명세서에 의해서 제공된다. 특정 실시형태에서, 벡터는 본 명세서에서 AAVhu68이라고 지칭되는 신규 클레이드 F 캡시드를 갖는 복제-결함 재조합 아데노-연관 바이러스(rAAV)이다.
특정 실시형태에서, rAAV-발현된 항체(Ab) 작제물은 인플루엔자 A 및/또는 B 바이러스에 대해서 중화 활성을 나타낸다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 Ab 작제물은, 인플루엔자 A 또는 B 바이러스에 의한 숙주 세포의 감염을, Ab 작제물의 부재 하에서의 인플루엔자 바이러스에 의한 숙주 세포의 감염에 비해서, 적어도 99%, 적어도 95%, 적어도 90%, 적어도 85%, 적어도 80%, 적어도 75%, 적어도 70%, 적어도 60%, 적어도 50%, 적어도 45%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 35%, 적어도 30%, 적어도 25%, 적어도 20% 또는 적어도 10%만큼 예방한다. 항체 매개된 중화 활성도는 예를 들어, 본 명세서에 기술된 바와 같이 측정될 수 있다. 중화 활성도를 측정하는 대안적인 검정은 예를 들어, 문헌[WHO Manual on Animal Influenza Diagnosis and Surveillance, Geneva: World Health Organisation, 2005, version 2002.5]에 기술되어 있다. 전형적으로, 본 발명에 따른 결합 분자는 시험관내 바이러스 중화 검정(virus neutralization assay: VNA)으로 측정되는 경우 1000nM 이하, 바람직하게는 100nM 이하의 중화 활성도, 보다 바람직하게는 10nM 이하, 보다 더 바람직하게는 1nM 이하의 중화 활성도를 갖는다.
특정 바람직한 실시형태에서, 복제-결함 아데노-연관 벡터가 인플루엔자 A 균주 및 인플루엔자 B 균주에 대해서 면역을 제공하도록 설계된 4개의 항-인플루엔자 면역글로불린 도메인 각각을 발현하는, 조성물이 제공된다. 특정 실시형태에서, 면역글로불린 도메인 중 4개 모두는 단일 rAAV 벡터 스톡으로부터 발현된다. 이러한 실시형태에서, 단일 rAAV 벡터 스톡은 모노시스트론(monocistronic) 발현 카세트 또는 바이시스트론(bicistronic) 발현 카세트를 함유할 수 있다. 다른 실시형태에서, 면역글로불린 도메인은 하나 초과의 rAAV 벡터 스톡으로부터 발현된다. 이러한 실시형태에서, rAAV는 모노시스트론 또는 바이시스트론 발현 카세트를 가질 수 있다.
일 실시형태에서, rAAV 벡터 스톡은 벡터 게놈을 함유하는데, 여기서 본 명세서에 기술된 바와 같은 면역글로불린 도메인 중 1개, 2개, 3개 또는 4개는 융합 단백질로서 발현된다. 이러한 융합 단백질은 면역글로불린 Fc 영역 및/또는 힌지 영역을 포함할 수 있는데, 여기서 선택적으로 4개의 면역글로불린 영역 중 2개 이상을 연결하는 연결 서열이 존재한다. 선택적으로, 연결 서열은 면역글로불린 도메인과 Fc 영역 및/또는 힌지 영역 사이에 존재할 수 있다. 연결 서열은 도메인 또는 영역 중 2개, 3개 또는 4개를 분리시키는 데 사용될, 제1 도메인(영역)의 C-말단 및 제2 도메인(영역)의 N-말단에 바로 인접할 수 있다. 약 1 내지 20개 아미노산 길이의 임의의 적합한 서열이 선택될 수 있지만, 그것은 바람직하게는 3 내지 18개 아미노산, 또는 약 5 내지 약 12개 아미노산 길이이다. 다수의 연결 서열이 단일의 암호화된 단백질 서열에 존재할 수 있고, 이것은 독립적으로 선택될 수 있다. 일 실시형태에서, 적어도 하나의 연결 서열은 GGGGSGGGGS(서열번호 7)이다.
특정 실시형태에서, 발현된 면역글로불린 또는 면역글로불린 융합 단백질은 숙주 세포 내에서 발현된 단백질을 안내하는 신호 펩타이드를 함유한다. 선택적으로, 신호 펩타이드는 면역글로불린에 대해서 외인성인 공급물로부터 유래될 수 있다. 하기 예는 인간 인터류킨-2 신호 펩타이드의 사용을 예시한다. 그러나, 또 다른 적합한 신호 펩타이드, 예를 들어, 인간 또는 바이러스가 선택될 수 있다. 일 실시형태에서, 신호 펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 6으로 재생된다.
특정 실시형태에서, 면역글로불린 영역 중 2개는 제1 Fc에 연결되어 제1 쇄를 형성하고, 나머지 2개의 면역글로불린 영역은 제2 Fc에 연결되어 제2 쇄를 형성한다. 이러한 발현 카세트 작제물은 전형적으로 2개의 쇄에 대한 암호 서열 사이에 F2A 또는 IRES를 함유할 것이다.
특정 실시형태에서, 면역글로불린 영역 중 4개는 단일 오픈 리딩 프레임 내의 Fc 영역에 연결된다. 일 실시형태에서, 융합 작제물은 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함한다.
본 명세서에 제공된 4개의 면역글로불린 도메인 중 이들 및 다른 구성은 하기 도메인의 설명에 비추어 당업자에게 자명할 것이다.
항체 "Fc 영역"은 세포 표면 수용체(Fc 수용체)와 상호작용하는 항체의 영역인 결정성 단편을 지칭한다. 일 실시형태에서, Fc 영역은 인간 IgG1 Fc이다. 일 실시형태에서, Fc 영역은 인간 IgG2 Fc이다. 일 실시형태에서, Fc 영역은 인간 IgG4 Fc이다. 일 실시형태에서, Fc 영역은 조작된 Fc 단편이다(각각 본 명세서에 참고로 포함된 문헌[Lobner, Elisabeth, et al. "Engineered IgG1-Fc-one fragment to bind them all." Immunological reviews 270.1 (2016): 113-131; Saxena, Abhishek, and Donghui Wu. "Advances in therapeutic Fc engineering?modulation of IgG-Associated effector functions and serum half-life." Frontiers in immunology 7 (2016); Irani, Vashti, et al. "Molecular properties of human IgG subclasses and their implications for designing therapeutic monoclonal antibodies against infectious diseases." Molecular immunology 67.2 (2015): 171-182; Rath, Timo, et al. "Fc-fusion proteins and FcRn: structural insights for longer-lasting and more effective therapeutics." Critical reviews in biotechnology 35.2 (2015): 235-254; 및 Invivogen, IgG-Fc Engineering For Therapeutic Use, www.invivogen.com/docs/Insight200605.pdf, April 2006] 참고.) 추가 실시형태에서, Fc 영역은 서열번호 11에 제시된 아미노산 서열을 갖는다. 특정 실시형태에서, Fc 영역은 표적 문제에서 항체-의존성 세포 세포독성(ADCC)을 유도할 수 있다. 특정 실시형태에서, Fc 영역은 보체 의존성 세포독성(CDC)을 유도할 수 있다.
항체 "힌지 영역"은 IgG 및 IgA 면역글로불린 부류의 중쇄의 가요성 아미노산 부분이며, 이것은 다이설파이드 결합에 의해서 이러한 2개의 쇄를 연결한다. 일 실시형태에서, 힌지는 서열번호 8의 아미노산 서열을 갖는다.
"면역글로불린 분자"는 함께 공유 결합되고, 항원과 특이적으로 조합될 수 있는 면역글로불린 중쇄 및 면역글로불린 경쇄의 면역학적 활성 부분을 함유하는 단백질이다. 면역글로불린 분자는 임의의 유형(예를 들어, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 및 IgY), 부류(예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2) 또는 하위부류를 갖는다. 용어 "항체" 및 "면역글로불린"은 본 명세서에서 상호 교환 가능하게 사용될 수 있다.
"면역글로불린 중쇄"는 면역글로불린의 항원 결합 도메인의 적어도 일부 및 면역글로불린 중쇄의 가변 영역의 적어도 일부 또는 면역글로불린 중쇄의 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 폴리펩타이드이다. 따라서, 면역글로불린 유래된 중쇄는 다수의 면역글로불린 유전자 상과와 아미노산 서열 상동성이 상당한 영역을 갖는다. 예를 들어, Fab 단편 내의 중쇄는 면역글로불린-유래된 중쇄이다.
"면역글로불린 경쇄"는 면역글로불린의 항원 결합 도메인의 적어도 일부 및 면역글로불린 경쇄의 가변 영역의 적어도 일부 또는 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 폴리펩타이드이다. 따라서, 면역글로불린 유래된 경쇄는 다수의 면역글로불린 유전자 상과의 구성원과 아미노산 상동성의 상당한 영역을 갖는다.
"면역접착제(immunoadhesin)"는 결합 단백질, 통상적으로 수용체, 리간드, 항체 scFv 또는 단편 또는 세포-접착 분자의 기능성 도메인과, 통상적으로 힌지 영역 및 FC 영역을 비롯한 면역글로불린 불변 도메인을 조합하는 키메라 항체-유사 분자이다.
"단편 항원-결합(Fab) 단편"은 항원에 결합하는 항체 상의 영역이다. 그것은 중쇄 및 경쇄 각각의 하나의 불변 도메인 및 하나의 가변 도메인으로 구성된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이 단일-도메인 항체(sdAb)는 독립적으로 다른 V 영역 또는 도메인의 항원 또는 에피토프에 특이적으로 결합하는 단일 단량체 가변 항체 도메인으로 이루어진 결합 분자이다. 단일 도메인 항체(sdAb)는 관련 기술 분야에 공지되어 있고, 통상적으로 자연 발생 "중쇄 단독" 항체, 즉, 경쇄가 없는 중쇄 항체로부터 유래된다. 이러한 중쇄 단독 항체는 낙타과 종으로부터, 예를 들어, 낙타, 라마, 단봉 낙타 또는 알파카에서 획득될 수 있다(낙타 항체라고도 지칭됨). 상기 중쇄 단독 항체로부터 유래된 가변 영역은 일반적으로 VHH 도메인 또는 sdAb라고 공지되어 있다. sdAb는 또한 본 명세서에서 사용되는 바와 같이 2개의 중쇄 및 2개의 경쇄를 포함하는 종래의 면역글로불린으로부터 단리된 단일 가변 도메인(VL 또는 VH)을 지칭한다. 이러한 면역글로불린은 다른 비-낙타 공급원으로부터의 인간화된 서열 또는 영역을 함유할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이 용어 "멀티-도메인 항체"는 직접 또는 연결 서열에 의해서 서로에 연결된, 적어도 2개의 인간화된 VHH 항체를 포함하는 결합 분자를 지칭한다.
본 명세서에 사용되는 용어 "NAb 역가"는 표적화된 에피토프(예를 들어, AAV)의 생리학적 효과를 중화시키는 중화 항체(예를 들어, 항-AAV NAb)가 얼마나 생성되는지의 측정치이다. 항-AAV NAb 역가는 예를 들어, 본 명세서에 참고로 포함된 문헌[Calcedo, R., et al., Worldwide Epidemiology of Neutralizing Antibodies to Adeno-Associated Viruses. Journal of Infectious Diseases, 2009. 199 (3): p. 381-390]에 기술된 바와 같이 측정될 수 있다.
약어 "sc"는 자가-상보성을 지칭한다. "자가-상보성 AAV"는 재조합 AAV 핵산 서열에 의해서 보유된 암호 영역이 분자내 이중 가닥 DNA 주형을 형성하도록 설계된 작제물을 지칭한다. 감염 시, 제2 가닥의 세포 매개된 합성을 기다리지 않고, scAAV의 2개의 상보성 절반부는 회합하여 즉각적인 복제 및 전사 준비가 된 하나의 이중 가닥 DNA(dsDNA)를 형성할 것이다(예를 들어, 문헌[DM McCarty et al, "Self-complementary recombinant adeno-associated virus (scAAV) vectors promote efficient transduction independently of DNA synthesis", Gene Therapy, (August 2001), Vol 8, Number 16, Pages 1248-1254] 참고). 자가-상보성 AAV는 예를 들어, 각각 전문이 참고로 본 명세서에 포함된 미국 특허 제6,596,535호; 제7,125,717호; 및 제7,456,683호에 기술되어 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "작동 가능하게 연결된"은 관심 유전자와 인접한 발현 제어 서열 및 트랜스로 또는 관심 유전자를 제어하도록 하는 거리에서 작용하는 발현 제어 서열 둘 다를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "상이한 특이성"은, 언급된 면역글로불린 작제물(예를 들어, 전장 항체, 중쇄, 또는 특이적 표적에 결합할 수 있는 다른 작제물)이 상이한 표적 부위에 결합한다는 것을 지칭한다. 이것은 동일한 항원 상의 상이한 표적, 동일한 병원체 상의 상이한 균주(예를 들어, 상이한 바이러스 균주) 또는 상이한 항원을 지칭할 수 있다.
"동일한 특이성"은 병원체(예를 들어, 인플루엔자 바이러스)의 다수의 균주 또는 바이러스 또는 다른 병원체의 단일 균주 또는 균주의 하위세트 상에 존재할 수 있는 특이적 표적 부위에 결합하는 면역글로불린의 능력을 지칭한다. 적합하게는, 이러한 특이성은, 비표적 부위에 대한 유의미하거나 측정 가능한 결합이 존재하지 않도록 한다.
용어 "이종성(이종)"은 단백질 또는 핵산과 관련하여 사용되는 경우 단백질 또는 핵산이 본래 서로와 동일한 관계로 발견되지 않는 2개 이상의 서열 또는 하위서열을 포함하는 것을 나타낸다. 예를 들어, 새로운 기능성 핵산을 제조하도록 배열된 관련되지 않은 유전자로부터의 2개 이상의 서열을 갖는 핵산은 전형적으로 재조합 방식으로 생산된다. 예를 들어, 일 실시형태에서, 핵산은 상이한 유전자로부터 암호 서열의 발현을 지시하도록 배열된 하나의 유전자로부터의 프로모터를 갖는다. 따라서, 암호 서열과 관련하여, 프로모터는 이종성이다. 용어 "이종 경쇄"는 중쇄의 특이성과 상이한 표적 특이성을 갖는 항체로부터의 가변 도메인 및/또는 불변 도메인을 함유하는 경쇄이다.
"복제-결함 바이러스" 또는 "바이러스 벡터"는 관심 유전자를 함유하는 발현 카세트가 바이러스 캡시드 또는 엔벨로프(envelope) 내에 패키징된 합성 또는 인공 바이러스 입자를 지칭하고, 여기서 바이러스 캡시드 또는 엔벨로프 내에 또한 패키징된 임의의 바이러스 게놈 서열은 복제-결함이고; 즉, 이들은 자손 비리온을 생성할 수 없지만 표적 세포를 감염시키는 능력을 보유한다. 일 실시형태에서, 바이러스 벡터의 게놈은 복제에 필요한 효소를 암호화하는 유전자를 포함하지 않지만(게놈은 "거트리스(gutless)"(인공 게놈의 증폭 및 패키징에 필요한 신호에 의해서 측접된 관심 트랜스젠 만을 함유함)이도록 조작될 수 있음), 이들 유전자는 생산 동안 공급될 수 있다. 따라서, 그것은 유전자 요법에서 사용하기에 안전한 것으로 여겨지는데, 그 이유는 복제에 필요한 바이러스 효소의 존재 하에서를 제외하고는 자손 비리온에 의한 복제 및 감염이 일어날 수 없기 때문이다.
"재조합 AAV" 또는 "rAAV"는 2개의 요소, AAV 캡시드 및 AAV 캡시드 내에 패키징된 적어도 비-AAV 암호 서열을 함유하는 벡터 게놈을 함유하는 DNAse-내성 바이러스 입자이다. 특정 실시형태에서, 캡시드는 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질로 구성된 약 60개의 단백질을 함유하는데, 이것은 자가 조립되어 캡시드를 형성한다. 달리 명시되지 않는 한, "재조합 AAV" 또는 "rAAV"는 구 "rAAV 벡터"와 상호 교환 가능하게 사용될 수 있다. rAAV는 "복제-결함 바이러스" 또는 "바이러스 벡터"인데, 그 이유는 그것이 임의의 기능성 AAV rep 유전자 또는 기능성 AAV cap 유전자가 결핍되어 있고, 자손을 생성할 수 없기 때문이다. 특정 실시형태에서, 유일한 AAV 서열은, ITR 사이에 위치된 유전자 및 조절 서열이 AAV 캡시드 내에 패키징되는 것을 가능하게 하기 위해서 벡터 게놈의 극단 5' 및 3' 단부에 전형적으로 위치된, AAV 반전 말단 반복부 서열(ITR)이다.
용어 "뉴클레아제-내성"은, AAV 캡시드가 트랜스젠을 숙주 세포에 전달하도록 설계된 발현 카세트 주변에서 조립되고, 생산 공정으로부터 존재할 수 있는 오염된 핵산을 제거하도록 설계된 뉴클레아제 인큐베이션 단계 동안 분해(소화)로부터 이들 게놈 서열을 보호하는 것을 나타낸다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "벡터 게놈"은 바이러스 입자를 형성하는 rAAV 캡시드 내부에 패키징된 핵산 서열을 지칭한다. 이러한 핵산 서열은 AAV 반전 말단 반복부 서열(ITR)을 함유한다. 본 명세서의 예에서, 벡터 게놈은 최소 5' 내지 3', AAV 5' ITR, 암호 서열(들), 및 AAV 3' ITR을 함유한다. 캡시드와 상이한 공급원 AAV인 AAV2로부터의 또는 전장 ITR이 아닌 ITR이 선택될 수 있다. 특정 실시형태에서, ITR은 생산 동안 rep 기능을 제공하는 AAV 또는 트랜스상보성(transcomplementing) AAV와 동일한 AAV 공급원으로부터 유래된다. 추가로, 다른 ITR이 사용될 수 있다. 추가로, 벡터 게놈은 유전자 산물의 발현을 지시하는 조절 서열을 함유한다. 벡터 게놈의 적합한 성분은 본 명세서에 보다 상세하게 논의된다.
특정 실시형태에서, rAAV의 제조에 사용되는 비-바이러스 유전 요소는 벡터(예를 들어, 생산 벡터)로서 지칭될 것이다. 특정 실시형태에서, 이러한 벡터는 플라스미드이지만, 다른 적합한 유전 요소가 고려된다. 이러한 생산 플라스미드는 rAAV 생산 동안 발현되는 서열, 예를 들어, rAAV에 패키징되지 않은 rAAV의 생산에 필요한 AAV 캡시드 또는 rep 단백질을 암호화할 수 있다. 대안적으로, 이러한 생산 플라스미드는 rAAV에 패키징된 벡터 게놈을 운반할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "발현 카세트"는 암호 서열, 프로모터를 포함하는 핵산 분자를 지칭하고, 이를 위한 다른 조절 서열을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 벡터 게놈은 2종 이상의 발현 카세트를 함유할 수 있다. 다른 실시형태에서, 용어 "트랜스젠"은 "발현 카세트"와 상호 교환 가능하게 사용될 수 있다.
본 발명과 관련하여 용어 "번역"은 리보솜에서의 과정에 관한 것이며, 여기서 mRNA 가닥은 아미노산 서열의 조립을 제어하여 단백질 또는 펩타이드를 생성시킨다.
인플루엔자 A 바이러스와 관련하여 용어 "인플루엔자 바이러스 아형"은 혈구응집소(H)와 뉴라미니다제(N) 바이러스 표면 단백질의 다양한 조합물을 특징으로 하는 인플루엔자 A 바이러스 균주를 지칭한다. 인플루엔자 A 바이러스 아형은 이의 H 수에 의해서, 예를 들어 "H1 또는 H3 아형의 HA를 포함하는 인플루엔자 바이러스", 또는 "H1 인플루엔자 바이러스" "H3 인플루엔자 바이러스" 등에 의해서 또는 H 수와 N 수의 조합, 예를 들어 "인플루엔자 바이러스 아형 "H3N2" 또는 "H5N1" 등에 의해서 지칭될 수 있다. 용어 인플루엔자 바이러스 "아형"은 구체적으로 이러한 아형 내의 모든 개별 인플루엔자 바이러스 "균주"를 구체적으로 포함하는데, 이것은 통상적으로 돌연변이로부터 생성되고, 상이한 병원성 프로파일을 나타내고, 자연 단리물뿐만 아니라 인간이 제조한 돌연변이 또는 재조합체(reassortant) 등을 포함한다. 이러한 균주는 또한 바이러스 아형의 다양한 "단리물"이라고 지칭될 수 있다. 따라서, 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "균주" 및 "단리물"은 상호 교환 가능하게 사용될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "인플루엔자" 또는 "인플루엔자 바이러스 질환"은 인플루엔자 A 또는 B 바이러스에 의한 세포 또는 대상체의 감염으로부터 초래하는 병리학적 병태를 지칭한다. 구체적인 실시형태에서, 이 용어는 인플루엔자 A 또는 B 바이러스에 의해서 유발되는 호흡기 질환을 지칭한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "인플루엔자 바이러스 감염"은 세포 또는 대상체에서의 인플루엔자 바이러스의 증식 및/또는 존재에 의한 침입을 의미한다.
본 명세서에 기술된 벡터는 신규 항-인플루엔자 항체 작제물을 발현하는데, 이것은 수동 면역을 제공하고, 그것이 투여 이후에 인간 집단에서 인플루엔자 A 및/또는 인플루엔자 B 감염의 하나 이상의 균주로의 감염에 대해서 보호하고/하거나 인플루엔자 감염과 연관된 증상을 감소시키면 치료 효과적이다. 이러한 증상은 비제한적으로 열(오한), 기침, 인후통, 콧물 또는 코막힘, 근육 또는 신체 통증, 두통, 피로(피곤) 및 2차 박테리아 감염의 위험, 예컨대, 기관지염 및 폐렴을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 상호 교환 가능하게 사용되는 "면역글로불린 작제물(들)", "항체 작제물(들)" 또는 "aAb 작제물(들)"은 표적 부위에 결합할 수 있는 작제물을 지칭한다. 일 실시형태에서, 표적 부위는 항원의 에피토프 또는 병원체의 부위이다. 추가 실시형태에서, 표적 부위는 인플루엔자 바이러스의 에피토프이다. 일 실시형태에서, Ab 작제물은 비제한적으로, 면역글로불린 분자, 면역접착제, 단일-도메인 항체, 멀티-도메인 항체, 전장 항체, 면역글로불린 중쇄 및 면역글로불린 경쇄로부터 선택된다.
용어 "발현"은 본 명세서에서 이의 가장 넓은 의미로 사용되고, RNA 또는 RNA 및 단백질의 생산을 포함한다. RNA와 관련하여, 용어 "발현" 또는 "번역"은 특히 펩타이드 또는 단백질의 생산에 관한 것이다. 발현은 일시적일 수 있거나 안정적일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "유효량"은 인플루엔자 감염을 감소시키거나 예방하기에 충분한 항-인플루엔자 항체의 양을 전달하여, 표적 세포에서 발현되는 rAAV 조성물의 양을 지칭한다. 유효량은 인간 환자가 아닌, 동물 모델을 기반으로 결정될 수 있다. 적합한 뮤린(murine) 모델의 예가 본 명세서에 기술되어 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "표적 조직"은 본 명세서에 기술된 바와 같은 실시형태, 요법 또는 조성물이 표적으로 하는 조직, 기관 또는 세포 유형을 지칭한다. 일 실시형태에서, 표적 조직은 호흡 기관 또는 호흡 조직이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 폐이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 코이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 비인두이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 호흡 상피이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 비강 기도 상피이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 코 세포이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 비인두 세포이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은, 섬모 코 상피 세포, 원주 상피 세포, 술잔 세포(이것은 섬모 상피 세포로 구성된 비강의 표면 상의 점막을 분비함) 및 비인두의 표면을 라이닝하는 층화 편평 코 상피 세포일 수 있는 코 상피 세포이다. 대안적인 또는 추가적인 실시형태에서, 표적 조직은 폐 상피 세포이다. 추가의 다른 실시형태에서, 표적 조직은 근육, 예를 들어, 골격근이다.
상기에 기술된 바와 같이, 용어 "약"은 수치값을 수식하도록 사용되는 경우 달리 명시되지 않는 한 ±10%의 변동을 의미한다.
본 명세서 및 청구범위 전체에서 사용되는 바와 같이, 용어 "포함한다" 및 "함유한다" 및 특히 "포함하다", "포함하는", 함유하다" 및 "함유하는"을 비롯한 이의 변형은 다른 성분, 요소, 정수, 단계 등을 포함한다. 용어 "이루어진다" 또는 "이루어진"은 다른 성분, 요소, 정수, 단계 등을 배제한다.
단수 표현은 하나 이상을 지칭하는 것을 주목해야 하며, 예를 들어, "인핸서"는 하나 이상의 인핸서(들)를 표현하는 것으로 이해된다. 이와 같이, 단수 표현, "하나 이상" 및 "적어도 하나"는 본 명세서에서 상호 교환 가능하게 사용된다.
본 발명의 설명과 관련하여, 본 명세서에 기술된 조성물 각각은 또 다른 실시형태에서, 본 발명의 방법에 유용하도록 의도된다. 또한, 방법에서 유용한 것으로 기술된 조성물 각각은 또 다른 실시형태에서, 본 발명의 실시형태 자체이도록 의도된다.
본 명세서에서 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서서 사용된 기술 용어 및 과학 용어는 본 발명이 속한 당업자에 의해서 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖고, 당업자에게 본 출원에서 사용되는 용어 중 다수에 대한 일반적인 지침을 제공하는 공개된 문헌을 참고로 한다.
I. 항-인플루엔자 항체 트랜스젠
본 명세서에 기술된 조성물은 1종 이상의 융합 단백질로서 선택적으로 발현되는, 4개의 항-면역글로불린 영역을 발현하도록 설계된다. "제1", "제2", "제3" 및 "제4"에 대한 하기 언급은 어느 영역이 언급되는지를 명확하게 하기 위해서 사용된다는 것이 이해될 것이다. 그러나, 이것은, 이들이 벡터 게놈(들)으로부터 발현되는 순서 또는 이들이 융합 단백질에서 보이는 순서에 제한되지 않는다. 따라서, 융합 단백질은 제1 영역 또는 제2 영역의 상류 또는 하류에 위치된 "제3" 영역을 함유할 수 있고/있거나 "제1" 영역은 "제2", "제3" 또는 "제4" 영역의 하류에 위치될 수 있다.
특정 실시형태에서, 하기 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 제1 면역글로불린 영역이 선택된다:
. 특정 실시형태에서, 일부 변형이 이러한 아미노산 서열에서 허용되고, 즉, 이러한 서열과 약 95% 내지 약 99% 동일한 서열이 본 발명에 포함된다. 즉, 서열번호 1의 1, 2, 3, 4, 5개 또는 6개 아미노산이 변형될 수 있다. 일 실시형태에서, 대안적인 제1 면역글로불린 영역은 서열번호 30의 aa 24 내지 aa 147로서 제시되는, I110M 돌연변이를 갖는 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 영역을 지칭한다. 특정 실시형태에서, 이러한 아미노산 서열은 보존적 변화이다. 그러나, 비보전적 잔기가 선택될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "보존적 변화"는 아미노산을, 유사한 생화학적 특성(예를 들어, 전하, 소수성 및 크기)을 갖는 또 다른 아미노산으로 변화시키는 것을 지칭한다.
특정 실시형태에서, 제2 면역글로불린 영역은 하기 서열번호 2의 아미노산 서열을 갖는다:
. 특정 실시형태에서, 일부 변형이 이러한 아미노산 서열에서 허용되고, 즉, 이러한 서열과 약 95% 내지 약 99% 동일한 서열이 본 발명에 포함된다. 즉, 서열번호 2의 1, 2, 3, 4, 5개 또는 6개 아미노산이 변형될 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 아미노산 서열은 보존적 변화이다.
제3 면역글로불린 영역은 하기 서열번호 3의 아미노산 서열을 갖는다:
. 특정 실시형태에서, 일부 변형이 이러한 아미노산 서열에서 허용되고, 즉, 이러한 서열과 약 95% 내지 약 99% 동일한 서열이 본 발명에 포함된다. 즉, 서열번호 3의 1, 2, 3, 4, 5개 또는 6개 아미노산이 변형될 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 아미노산 서열은 보존적 변화이다.
제4 면역글로불린 영역은 하기 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는다:
. 특정 실시형태에서, 일부 변형이 이러한 아미노산 서열에서 허용되고, 즉, 이러한 서열과 약 95% 내지 약 99% 동일한 서열이 본 발명에 포함된다. 즉, 서열번호 4의 1, 2, 3, 4, 5개 또는 6개 아미노산이 변형될 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 아미노산 서열은 보존적 변화이다.
추가로 본 발명에 기술된 면역글로불린 영역 및 다른 단백질, 펩타이드 및 단편을 암호화하는 핵산 서열은 본 발명의 범주 내이다. 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 영역에 대한 적합한 암호 서열의 예가 예를 들어, 서열번호 5의 nt 2052 내지 2423, 서열번호 13의 nt 1840 내지 2211, 서열번호 14의 nt 2052 내지 2423, 서열번호 15의 nt 2052 내지 2423, 서열번호 19의 nt 1840 내지 2111, 서열번호 20의 nt 1210 내지 1581, 서열번호 21의 nt 55 내지 486 및 서열번호 32의 nt 70 내지 441에 제공된다.
서열번호 2의 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 영역에 대한 적합한 암호 서열의 예가 예를 들어, 서열번호 5의 nt 2454 내지 2822, 서열번호 13의 nt 2242 내지 2160, 서열번호 14의 nt 2454 내지 2822, 서열번호 15의 nt 2454 내지 2822, 서열번호 19의 nt 2242 내지 2610, 서열번호 20의 nt 1612 내지 1980, 서열번호 21의 nt 517 내지 885, 및 서열번호 32의 nt 472 내지 840에 제공된다.
서열번호 3의 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 영역에 대한 적합한 암호 서열의 예가 예를 들어, 서열번호 5의 nt 2853 내지 3239, 서열번호 13의 nt 2641 내지 3027, 서열번호 14의 nt 2853 내지 3239, 서열번호 15의 nt 2853 내지 3239, 서열번호 19의 nt 3448 내지 3834, 서열번호 20의 nt 2803 내지 3189, 서열번호 21의 nt 916 내지 1302 및 서열번호 32의 nt 871 내지 1257에 제공된다.
서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 영역에 대한 적합한 암호 서열의 예가 예를 들어, 서열번호 5의 nt 3270 내지 3617, 서열번호 13의 nt 3058 내지 3405, 서열번호 14의 nt 3270 내지 3617, 서열번호 15의 nt 3270 내지 3617, 서열번호 19의 nt 3865 내지 4212, 서열번호 20의 nt 3220 내지 3567, 서열번호 21의 nt 1333 내지 1680 및 서열번호 32의 nt 1288 내지 1635에 제공된다.
핵산은 뉴클레오타이드의 중합체 형태를 지칭하고, RNA, mRNA, cDNA, 게놈 DNA 및 합성 형태 및 상기의 혼합된 중합체를 포함한다. 뉴클레오타이드는 리보뉴클레오타이드, 데옥시뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드의 두 유형의 변형된 형태를 지칭한다. 이 용어는 또한 DNA의 단일 가닥 형태 및 이중 가닥 형태를 포함한다. 당업자는, 이러한 핵산 분자의 기능성 변이체가 또한 본 발명의 부분이도록 의도된다는 것을 인지할 것이다. 기능성 변이체는, 표준 유전자 암호를 사용하여 직접 번역되어, 모체 핵산 분자로부터 번역되는 것과 동일한 아미노산 서열을 제공할 수 있는 핵산 서열이다. 바람직한 실시형태에서, 면역글로불린 도메인, 융합 단백질 및 다른 작제물을 암호화하는 핵산 분자가 본 발명에 포함되고, 발현 카세트 및 벡터 게놈을 생성시키는 데 유용하다. 이러한 서열은 효모 세포 또는 포유동물 세포, 예컨대, 인간 세포에서의 발현에 대해서 코돈-최적화될 수 있다. 코돈-최적화 방법은 공지되어 있고, 이미 기술되어 있다(예를 들어, 국제 특허 제WO 96/09378호). 서열은, 야생형 서열과 비교할 때 적어도 하나의 바람직하지 않은 코돈이 보다 바람직한 코돈에 의해서 대체된 경우 코돈-최적화된다고 간주된다. 본 명세서에서, 바람직하지 않은 코돈은 동일한 아미노산을 암호화하는 또 다른 코돈보다 유기체에서 덜 빈번하게 사용되는 코돈이고, 보다 바람직한 코돈은 바람직하지 않은 코돈보다 유기체에서 더 빈번하게 사용되는 코돈이다. 특정 유기체에 대한 코돈 사용 빈도는 코돈 빈도 표, 예컨대, www.kazusa.jp/codon에서 찾아볼 수 있다. 바람직하게는 하나 초과의 바람직하지 않은 코돈, 바람직하게는 바람직하지 않은 코돈의 대부분 또는 전부는 보다 바람직한 코돈에 의해서 대체된다. 바람직하게는 유기체에서 가장 빈번하게 사용되는 코돈이 코돈-최적화된 서열에서 사용된다. 바람직한 코돈에 의한 대체는 일반적으로는 보다 높은 발현으로 이어진다. 당업자는 또한 다수의 상이한 핵산 분자가 유전 암호의 축퇴의 결과로서 동일한 폴리펩타이드를 암호화할 수 있다는 것을 이해할 것이다. 당업자는 또한 일상적인 기술을 사용하여 핵산 분자에 의해서 암호화된 아미노산에 영향을 미치지 않는 뉴클레오타이드 치환을 만들어서 폴리펩타이드가 발현될 임의의 특정 숙주 유기체의 코돈 사용을 반영할 수 있다는 것을 이해할 것이다. 따라서, 달리 명시되지 않는 한, "아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열"은 서로의 축중 버전이고, 동일한 아미노산을 암호화하는 모든 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 핵산 서열은 일상적인 분자 생물학 기술을 사용하여 클로닝될 수 있거나, DNA 합성 및/또는 분자 클로닝 분야에서 사업하는 서비스 회사(예를 들어, 젠아트사(GeneArt), 젠스크립트사(GenScript), 라이프 테크놀로지스사(Life Technologies), 유로핀즈사(Eurofins))에 의해서 일상적인 절차를 사용하여 수행될 수 있는 DNA 합성에 의해서 신규로 생성될 수 있다.
일 실시형태에서, rAAV 벡터 스톡은 벡터 게놈을 함유하는데, 여기서 면역글로불린 도메인 중 1개, 2개, 3개 또는 4개는 융합 단백질로서 발현된다.
특정 실시형태에서, 면역글로불린 도메인은 화학적 링키지에 의해서 연결될 수 있거나, 또는 직접 또는 짧은 폴리펩타이드 링커에 의해서 함께 연결될 수 있다. 이러한 링커 서열은 자연 발생 서열 또는 비자연 발생 서열일 수 있다. 링커 서열은 바람직하게는 생성된 항체 작제물에 충분한 가요성을 제공하고, 동시에 단백질가수분해 절단에 대한 내성을 제공한다.
선택적으로, 동종 이량체 및 이종 이량체의 생성을 위해서, 면역글로불린 암호 서열은 함께 클로닝되거나 또는 전장 유전자는 직접 합성될 수 있고(젠스크립트사), 발현 벡터 내에 결찰될 수 있다. 이량체 작제물에서 제1 면역글로불린 영역의 C-말단은 제2 면역글로불린 영역의 말단에 연결될 수 있다. 상이한 길이(10, 15, 35 및 57개 아미노산)의 링커 서열은 아미노산 글리신(G) 및 세린(S)으로 이루어진다. 연결 서열은 도메인 또는 영역 중 2개, 3개 또는 4개를 분리시키는 데 사용될, 제1 도메인(영역)의 C-말단 및 제2 도메인(영역)의 N-말단에 바로 인접할 수 있다. 약 1 내지 60개 아미노산 길이의 임의의 적합한 서열이 선택될 수 있지만, 그것은 바람직하게는 3 내지 35개 아미노산, 또는 약 5 내지 약 15개 아미노산 길이이다. 다수의 연결 서열이 단일의 암호화된 단백질 서열에 존재할 수 있고, 이것은 독립적으로 선택될 수 있다.
적합한 링커의 예는 하기를 포함한다:
서열번호 7: GGGGS GGGGS;
서열번호 23: GGGGS GGGGS GGGGS;
서열번호 24: GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS
서열번호 25: GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS GGGGS.
적합한 링커 암호 서열의 예는 예를 들어, 서열번호 13의 nt 2212 내지 2241, nt 2611 내지 nt 2640, nt 3028 내지 3057, nt 3406 내지 3435; 서열번호 19의 nt 2212 내지 2241, nt 2611 내지 2640, nt 3835 내지 3864, 및 nt 4213 내지 4242; 서열번호 20의 nt 1582 내지 1611, nt 3190 내지 3219; 서열번호 21의 nt 487 내지 516, nt 886 내지 915, nt 1303 내지 1332; 및 서열번호 32의 nt 442 내지 471, nt 841 내지 870, nt 1258 내지 1287에 제공된다.
특정 실시형태에서, 단백질은 Fc 테일을 추가로 포함한다. 따라서, 특정 실시형태에서, 상기에 기술된 바와 같은 면역글로불린 결합 도메인은 항체, 바람직하게는 인간 항체의 Fc 단편, 예컨대, 인간 IgG 항체, 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 또는 IgG4의 Fc 단편에 연결된다. 도메인은 직접 또는 링커를 사용하여 Fc 단편에 유전적으로 융합될 수 있다. 특정 실시형태에서, 결합 분자는 1 내지 100개 아미노산, 바람직하게는 1 내지 60개 아미노산, 또는 10 내지 60개 아미노산을 포함하는 연결 서열에 의해서 Fc 단편에 연결된다. 링커의 예는 비제한적으로 상기에 열거된 연결 서열을 포함한다. 특정 실시형태에서, 면역글로불린 도메인은 Fc 단편의 C-말단에 유전적으로 융합된다. 추가 실시형태에서, 면역글로불린 도메인 또는 융합 단백질은 Fc 단편의 N-말단 및 C-말단 둘 다에 융합된다(예를 들어, 본 명세서에 참고로 포함된 미국 특허 제WO 2016/124768호 참고). 일 실시형태에서, Fc 단편은 서열번호 30의 aa 551 내지 aa 772에 제시된 아미노산 서열을 갖는다. 일 실시형태에서, Fc 단편을 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 10이다.
특정 실시형태에서, 벡터 게놈은 서열번호 1, 2, 3 및 4의 아미노산 서열을 갖는 항-인플루엔자 융합 작제물을 암호화한다. 이러한 작제물의 일례가 서열번호 12에 제공된다. 또 다른 예는 서열번호 27이다. 이러한 예들 둘 다에서, 하나의 리더 서열이 5' 면역글로불린 암호 영역의 바로 상류에서 벡터 게놈 내에서 조작된다. 그러나, 특정 실시형태에서, 벡터 게놈은 면역글로불린 암호 영역의 상류에 각각 위치된 하나 초과의 리더 서열을 함유할 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 융합 단백질은 적어도 하나의 면역글로불린 힌지 영역 및 Fc 영역[예를 들어, 서열번호 12]을 추가로 포함한다. 추가로, 이들 융합 단백질 각각은 다수의 링커 서열을 함유한다. 다른 실시형태에서, Fc 영역은 힌지 영역 없이 융합 단백질에 포함될 수 있다. 일 실시형태에서, 벡터 게놈은 서열번호 31이다.
특정 실시형태에서, 항-인플루엔자 A 및 B 활성을 갖는 단일의 항체-유사 단백질(멀티-도메인 항체 또는 mdAb 또는 MDAb라고 지칭됨)이 본 명세서에 제공되며, 여기서 단백질은 본 명세서에 기술된 바와 같은 하나 이상의 면역글로불린 도메인 및 하나 이상의 링커를 포함하는 융합 단백질이다. 특정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 MDAb의 발현을 위한 조성물이 본 명세서에 제공된다.
용어 "실질적인 상동성" 또는 "실질적인 유사성"은 핵산 또는 이의 단편에 대해서 지칭되는 경우, 또 다른 핵산(또는 이의 상보적 가닥)과 적절한 뉴클레오타이드 삽입 또는 결실을 갖도록 최적 상태로 정렬될 때, 정렬된 서열에 적어도 약 95 내지 99%의 뉴클레오타이드 서열 동일성이 존재한다는 것을 나타낸다. 바람직하게는, 상동성은 전장 서열, 또는 이의 오픈 리딩 프레임, 또는 길이가 적어도 15개의 뉴클레오타이드인 또 다른 적합한 단편에 걸친 것이다. 적합한 단편의 예가 본 명세서에 기술되어 있다.
핵산 서열과 관련하여 용어 "서열 동일성", "백분율 서열 동일성", 또는 "동일한 백분율"은 최대 관련성을 위해서 정렬되는 경우 동일한 2개의 서열에서의 잔기를 지칭한다. 서열 동일성 비교의 길이는 게놈의 전장, 유전자 암호 서열의 전장, 또는 적어도 약 500 내지 5000개의 뉴클레오타이드의 단편에 대한 것일 수 있으며, 이것이 바람직하다. 그러나, 예를 들어, 적어도 약 9개의 뉴클레오타이드, 통상적으로 적어도 약 20 내지 24개의 뉴클레오타이드, 적어도 약 28 내지 32개의 뉴클레오타이드, 적어도 약 36 또는 그 초과의 뉴클레오타이드의 더 작은 단편 간의 동일성이 또한 바람직할 수 있다. 유사하게, "백분율 서열 동일성"은 단백질의 전장 또는 이의 단편에 걸쳐서, 아미노산 서열에 대해서 쉽게 결정될 수 있다. 적합하게는, 단편은 적어도 약 8개의 아미노산 길이일 수 있고, 최대 약 700개의 아미노산이다. 적합한 단편의 예가 본 명세서에 기술되어 있다.
용어 "실질적인 상동성" 또는 "실질적인 유사성"은 아미노산 또는 이의 단편에 대해서 지칭되는 경우, 또 다른 아미노산(또는 이의 상보적 가닥)과 적절한 아미노산 삽입 또는 결실을 갖도록 최적 상태로 정렬될 때, 정렬된 서열에 적어도 약 95 내지 99 %의 아미노산 서열 동일성이 존재한다는 것을 나타낸다. 바람직하게는, 상동성은 전장 서열, 또는 이의 단백질, 예를 들어, 면역글로불린 영역 또는 도메인, AAV cap 단백질, 또는 적어도 8개 아미노산, 또는 보다 바람직하게는 적어도 15개 아미노산 길이인 이의 단편에 걸친 것이다. 적합한 단편의 예가 본 명세서에 기술되어 있다.
용어 "고도로 보존된"은 적어도 80% 동일성, 바람직하게는 적어도 90% 동일성, 더 바람직하게는, 97% 초과의 동일성을 의미한다. 동일성은 당업자에게 공지된 알고리즘 및 컴퓨터 프로그램에 따라서 당업자에게 의해서 쉽게 결정된다.
일반적으로, 2개의 상이한 아데노-연관 바이러스 간의 "동일성", "상동성", 또는 "유사성"을 지칭하는 경우, "동일성", "상동성" 또는 "유사성"은 "정렬된" 서열을 참고로 결정된다. "정렬된" 서열 또는 "정렬"은 보통 참조 서열과 비교할 때 누락되거나 추가된 염기 또는 아미노산에 대한 수정을 함유하는 다수의 핵산 서열 또는 단백질(아미노산) 서열을 지칭한다. 정렬은 다양한 공공 또는 상업적으로 입수 가능한 다중 서열 정렬 프로그램 중 임의의 것을 사용하여 수행된다. 그러한 프로그램의 예는 "Clustal Omega" "Clustal W", "CAP Sequence Assembly", "MAP", 및 "MEME"를 포함하며, 이들은 인터넷 상의 웹 서버를 통해 접근 가능하다. 그러한 프로그램의 다른 공급원은 당업자에게 공지되어 있다. 대안적으로, 벡터 NTI가 또한 사용된다. 또한 상기에 기술된 프로그램에 함유된 것을 포함하여, 뉴클레오타이드 서열 동일성을 측정하기 위해 사용될 수 있는 다수의 알고리즘이 관련 기술 분야에 공지되어 있다. 다른 예로서, 폴리뉴클레오타이드 서열은 GCG 버전 6.1의 프로그램인 Fasta(상표명)를 사용하여 비교될 수 있다. Fasta(상표명)는 의문의 서열과 검색 서열 사이의 최상의 중복 영역의 정렬 및 백분율 서열 동일성을 제공한다. 예를 들어, 핵산 서열 사이의 백분율 서열 동일성은GCG 버전 6.1(본 명세서에 참고로 포함됨)에서 제공되는 바와 같이 디폴트 파라미터(6의 워드 크기 및 득점 매트릭스에 대한 NOPAM 인자)와 함께 Fasta(상표명)를 사용하여 결정될 수 있다. 다수의 서열 정렬 프로그램, 예를 들어, "Clustal Omega" "Clustal X", "MAP", "PIMA", "MSA", "BLOCKMAKER", "MEME", 및 "Match-Box" 프로그램이 또한 아미노산 서열에 대해서 사용 가능하다. 일반적으로, 이 프로그램 중 임의의 것이 디폴트 설정에서 사용되지만, 당업자는 필요에 따라 이러한 설정을 변경시킬 수 있다. 대안적으로, 당업자는 적어도 참조된 알고리즘 및 프로그램에 의해 제공되는 것과 같은 동일성 또는 정렬의 수준을 제공하는 또 다른 알고리즘 또는 컴퓨터 프로그램을 이용할 수 있다(예를 들어, 문헌[J. D. Thomson et al, Nucl. Acids. Res., "A 종합적인 comparison of multiple sequence alignments", 27(13):2682-2690 (1999)] 참고).
본 명세서에 기술된 바와 같이, 핵산 서열은 임의의 적합한 벡터 내에서 조작될 수 있다. 용어 "벡터"는 제2 핵산 분자가 숙주 세포(여기서 이것은 복제되고, 일부 경우에 발현될 것임) 내로의 도입을 위해서 삽입될 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 즉, 벡터는 그것이 연결된 핵산 분자를 수송할 수 있다. 클로닝 벡터뿐만 아니라 발현 벡터는 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "벡터"에 의해서 고려된다. 특정 벡터는, 그것이 도입되는 숙주에서 자율적으로 복제할 수 있다(예를 들어, 박테리아 복제 기점을 갖는 벡터는 박테리아에서 복제할 수 있다). 다른 벡터는 숙주 세포 내로의 도입 시에 숙주의 게놈에 통합될 수 있어서, 숙주 게놈과 함께 복제된다. 본 발명에 따른 벡터는 당업자에게 널리 공지된 방법에 의해서 용이하게 제조될 수 있다.
II. 클레이드 F AAVhu68
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "클레이드"은 그것이 AAV의 군과 관련되는 경우, AAV vp1 아미노산 서열의 정렬을 기초로, (적어도 1000개의 복제부의) 적어도 75%의 부트스트랩 값 및 0.05 이하의 프아송 보정 거리 측정치(Poisson correction distance measurement)에 의한 이웃-연결 알고리즘(Neighbor-Joining algorithm)을 사용하여 결정되는 바와 같이 서로에 계통 발생적으로 관련된 AAV의 군을 지칭한다. 이웃-연결 알고리즘은 문헌에 기술되어 있다(예를 들어, 문헌[M. Nei and S. Kumar, Molecular Evolution and Phylogenetics (Oxford University Press, New York (2000)] 참고). 이러한 알고리즘을 구현하는 데 사용될 수 있는 컴퓨터 프로그램이 입수 가능하다. 예를 들어, MEGA v2.1 프로그램은 변형된 Nei-Gojobori 방법을 구현한다. 이러한 기술 및 컴퓨터 프로그램, 및 AAV vp1 캡시드 단백질의 서열을 사용하여, 당업자는 선택된 AAV가 본 명세서에 식별된 클레이드 중 하나에 또는 또 다른 클레이드에 포함되는지, 또는 이러한 클레이드에 포함되지 않는지를 쉽게 결정할 수 있다(예를 들어, 문헌[G Gao, et al, J Virol, 2004 Jun; 78(12): 6381-6388] 참고(이것은 클레이드 A, B, C, D, E 및 F를 식별하고, 신규 AAV의 핵산 서열, 젠은행 수탁 번호 AY530553 내지 AY530629를 제공함), 또한 국제 특허 제WO2005/033321호 참고).
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "AAV9 캡시드"는 다수의 AAV9 vp 단백질로 구성된 자가 조립된 AAV 캡시드이다. AAV9 vp 단백질은 전형적으로 서열번호 17의 vp1 아미노산 서열(젠은행 수탁: AAS99264)을 암호화하는, 서열번호 36의 핵산 서열 또는 이와 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 99% 동일한 서열에 의해서 암호화된 대안적인 스플라이스 변이체로서 발현된다. 이러한 스플라이스 변이체는 서열번호 17의 상이한 길이의 단백질을 생성한다. 특정 실시형태에서, "AAV9 캡시드"는 AAS99264와 99% 동일하거나 또는 서열번호 17과 99% 동일한 아미노산 서열을 갖는 AAV를 포함한다(또한 미국 특허 제US7906111호 및 국제 특허 제WO2005/033321호 참고). 본 명세서에서 사용되는 바와 같이 "AAV9 변이체"는 예를 들어, 국제 특허 제WO2016/049230호, 미국 특허 제US 8,927,514호, 제US 2015/0344911호, 및 제US 8,734,809호에 기술된 것을 포함한다.
rAAVhu68은 AAVhu68 캡시드 및 벡터 게놈으로 구성된다. AAVhu68 캡시드는 vp1의 이종 집단, vp2의 이종 집단, 및 vp3 단백질의 이종 집단의 조립체이다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이 vp 캡시드 단백질을 지칭하는 데 사용되는 경우, 용어 "이종" 또는 이의 임의의 문법적 변형은 예를 들어, 상이한 변형된 아미노산 서열을 갖는 vp1, vp2 또는 vp3 단량체(단백질)를 갖는 동일하지 않은 요소로 이루어진 집단을 지칭한다. 서열번호 16은 AAVhu68 vp1 단백질의 암호화된 아미노산 서열을 제공한다(또한 미국 가특허 출원 제62/614,002호, 제62/591,002호 및 제62/464,748호 참고, 이들 각각은 발명의 명칭이 "Novel Adeno-Associated Virus (AAV) Clade F Vector and Uses Therefor"이며, 이들은 본 명세서에 전문이 참고로 포함됨).
AAVhu68 캡시드는 서열번호 16에서 예측된 아미노산 잔기로부터 변형을 갖는 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질 내의 하위집단을 함유한다. 이러한 하위집단은, 최소한, 특정 탈아마이드화된(deamidated) 아스파라긴(N 또는 Asn) 잔기를 포함한다. 예를 들어, 특정 하위집단은 서열번호 16에서 아스파라긴-글리신 쌍 내에 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개의 고도로 탈아마이드화된 아스파라긴(N) 위치를 포함하고, 선택적으로 다른 탈아마이드화된 아미노산을 추가로 포함하며, 여기서 탈아마이드화는 아미노산 변화 및 다른 선택적인 변형을 초래한다. 서열번호 39는 변형된 AAVhu68 캡시드의 아미노산 서열을 제공하며, 이것은 탈아마이드화되거나 달리 변형될 수 있는 잔기 위치를 설명한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, vp 단백질의 "하위집단"은 달리 명시되지 않는 한, 공통적으로 적어도 하나의 정의된 특징을 갖고, 적어도 하나의 군 구성원 내지 참조군의 모든 구성원보다 적은 수의 군 구성원으로 이루어진 vp 단백질의 군을 지칭한다. 예를 들어, vp1 단백질의 "하위집단"은 달리 명시되지 않는 한, 적어도 하나(1)의 vp1 단백질이고, 조립된 AAV 캡시드 내의 모든 vp1 단백질보다 더 적다. vp3 단백질의 "하위집단"은 달리 명시되지 않는 한, 하나(1)의 vp3 단백질 내지 조립된 AAV 캡시드 내의 모든 vp3 단백질보다 더 적은 수일 수 있다. 예를 들어, vp1 단백질은 vp 단백질의 하위집단일 수 있고; vp2 단백질은 vp 단백질의 별개의 하위집단일 수 있고, vp3은 조립된 AAV 캡시드 내의 vp 단백질의 더 추가의 하위집단이다. 또다른 예에서, vp1, vp2 및 vp3 단백질은 예를 들어, 아스파라긴 - 글리신 쌍에서, 상이한 변형, 예를 들어, 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개의 고도로 탈아마이드화된 아스파라긴을 갖는 하위집단을 함유할 수 있다.
달리 명시되지 않는 한, 고도로 탈아마이드화된은 참조 아미노산 위치에서 예측된 아미노산 서열과 비교할 때, 참조된 아미노산 위치에서 적어도 45%의 탈아마이드화된, 적어도 50%의 탈아마이드화된, 적어도 60%의 탈아마이드화된, 적어도 65%의 탈아마이드화된, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 97%, 99%, 최대 약 100%의 탈아마이드화된 것을 지칭한다(예를 들어, 서열번호 16의 아미노산 57에서 아스파라긴의 적어도 80%가 총 vp1 단백질을 기준으로 탈아마이드화될 수 있거나 또는 서열번호 16의 아미노산 409에서 아스파라긴의 10%가 총 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질을 기준으로 탈아마이드화될 수 있다). 이러한 백분율은 2D-젤, 질량 분석법 기술, 또는 다른 적합한 기술을 사용하여 결정될 수 있다.
이론에 얽매이고자 함은 아니지만, AAVhu68 캡시드 내의 vp 단백질에서의 적어도 고도로 탈아마이드화된 잔기의 탈아마이드화는 본래 주로 비효소적이라고 여겨지는데, 이는 선택된 아스파라긴, 더 적은 정도로는, 글루타민 잔기를 탈아마이드화시키는 캡시드 단백질 내의 작용기에 의해서 유발된다. 대부분의 탈아마이드화 vp1 단백질의 효율적인 캡시드 조립은, 이러한 사건이 캡시드 조립 이후에 일어나거나 개별 단량체(vp1, vp2 또는 vp3)에서의 탈아마이드화는 구조적으로 양호하게 용인되고, 조립 동역학에 크게 영향을 미치지 않음을 나타낸다. 일반적으로, 세포 유입 이전에 내부에 위치될 것이라고 간주되는 VP1-고유한(VP1-u) 영역(약 aa 1 내지 137)에서의 대규모의 탈아마이드화는, VP 탈아마이드화가 캡시드 조립 이전에 일어날 수 있음을 시사한다.
이론에 얽매이고자 함은 아니지만, N의 탈아마이드화는, 이의 C-말단 잔기의 골격 질소 원자가 Asn의 측쇄 아마이드기 탄소 원자에 대한 친핵성 공격을 수행함으로써 일어날 수 있다. 중간체 폐환(ring-closed) 석신이미드 잔기가 형성되는 것으로 여겨진다. 이어서 석신이미드 잔기는 신속한 가수분해가 수행되어 최종 산물 아스파트산(Asp) 또는 아이소 아스파트산(IsoAsp)이 생성된다. 따라서, 특정 실시형태에서, 아스파라긴(N 또는 Asn)의 탈아마이드화는 Asp 또는 IsoAsp를 생성하고, 이것은 하기에 설명되는 바와 같이, 예를 들어 석신이미드 중간체를 통해서 상호 전환될 수 있다.
본 명세서에 제공된 바와 같이, 서열번호 16의 각각의 탈아마이드화된 N은 독립적으로 아스파트산(Asp), 아이소아스파트산(isoAsp), 아스파테이트 및/또는 Asp와 isoAsp의 상호전환 블렌드 또는 이들의 조합물일 수 있다. α-와 아이소아스파트산의 임의의 적합한 비가 존재할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시형태에서, 비는 10:1 내지 1:10의 아스파트산 대 아이소아스파트산, 약 50:50의 아스파트산 대 아이소아스파트산, 또는 약 1:3의 아스파트산 대 아이소아스파트산, 또는 또 다른 선택된 비일 수 있다.
특정 실시형태에서, 서열번호 16 내의 하나 이상의 글루타민(Q)은 글루탐산(Glu), 즉, α-글루탐산, γ-글루탐산(Glu), 또는 α-글루탐산과 γ-글루탐산의 블렌드로 탈아마이드화되며, 이것은 일반적인 글루타린이미드 중간체를 통해서 상호전환될 수 있다. α-글루탐산과 γ-글루탐산의 임의의 적합한 비가 존재할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시형태에서, 비는 10:1 내지 1:10의 α 대 γ, 약 50:50의 α: γ, 또는 약 1:3의 α:γ, 또는 또 다른 선택된 비일 수 있다.
따라서, rAAVhu68은 최소한, 적어도 하나의 고도로 탈아마이드화된 아스파라긴을 포함하는 적어도 하나의 하위집단을 포함하는, 탈아마이드화된 아미노산을 갖는 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 rAAVhu68 캡시드 내의 하위집단을 포함한다. 또한, 다른 변형은 특히 선택된 아스파트산(D 또는 Asp) 잔기 위치에서 이성질체화를 포함할 수 있다. 추가의 다른 실시형태에서, 변형은 Asp 위치에서의 아마이드화를 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 적어도 4 내지 적어도 약 25개의 탈아마이드화된 아미노산 잔기 위치를 갖는 vp1, vp2 및 vp3의 하위집단을 함유하며, 서열번호 16의 암호화된 아미노산 서열과 비교할 때 이의 적어도 1 내지 10%는 탈아마이드화된다. 이들 대부분은 N 잔기일 수 있다. 그러나, Q 잔기가 또한 탈아마이드화될 수 있다.
특정 실시형태에서, AAV68 캡시드는 하기 중 하나 이상을 추가로 특징으로 한다. AAV hu68 캡시드 단백질은 하기를 포함한다: 서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 AAVhu68 vp1 단백질, 서열번호 18로부터 생산된 vp1 단백질 또는 서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp1 단백질; 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 AAVhu68 vp2 단백질, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp2 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp2 단백질, 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된AAVhu68 vp3, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp3 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp3 단백질.
추가로 또는 대안적으로, vp1 단백질의 이종 집단, 선택적으로 157번 위치에서 발린을 포함하는 vp2 단백질의 이종 집단 및 vp3 단백질의 이종 집단을 포함하는 AAV 캡시드가 제공되며, 여기서 적어도 vp1 단백질 및 vp2 단백질의 하위집단은 서열번호 16의 vp1 캡시드의 넘버링을 기준으로 157번 위치에서 발린을 포함하고, 선택적으로 57번 위치에서 글루타민을 추가로 포함한다. 추가로 또는 대안적으로, 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp1 단백질의 이종 집단, 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp2 단백질의 이종 집단 및 서열번호 16의 적어도 아미노산 203 내지 736을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp3 단백질의 이종 집단을 포함하는 AAVhu68 캡시드가 제공되며, 여기서 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질은 아미노산 변형을 갖는 하위집단을 함유한다.
AAVhu68 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질은 전형적으로 서열번호 16의 전장 vp1 아미노산 서열(아미노산 1 내지 736)을 암호화하는 동일한 핵산 서열에 의해서 암호화된 대안적인 스플라이스 변이체로서 발현된다. 선택적으로 vp1-암호 서열은 단독으로 사용되어 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질을 발현한다. 대안적으로, 이러한 서열은 vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 137) 및/또는 vp2-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 202)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp3 아미노산 서열(약 aa 203 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 약 nt 607 내지 약 nt 2211), 또는 서열번호 16의 aa 203 내지 736을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99%(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%) 동일한 서열을 암호화하는 핵산 서열 중 하나 이상과 함께 공동 발현될 수 있다. 추가로, 또는 대안적으로, vp1-암호 및/또는 vp2-암호 서열은 vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 137)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp2 아미노산 서열(약 aa 138 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 nt 412 내지 nt 2211), 또는 서열번호 16의 aa 138 내지 736을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99%(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%) 동일한 서열을 암호화하는 핵산 서열과 함께 공동 발현될 수 있다.
본 명세서에 기술된 바와 같이, rAAVhu68은 서열번호 16의 vp1 아미노산 서열을 암호화하는 AAVhu68 핵산, 및 선택적으로 예를 들어, vp1 및/또는 vp2-고유 영역이 없는 vp 3 단백질을 암호화하는 추가 핵산 서열로부터 캡시드를 발현하는 생산 시스템에서 생산된 rAAVhu68 캡시드이다. 단일 핵산 서열 vp1을 사용한 제조로부터 유래된 rAAVhu68은 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질의 이종 집단을 생산한다. 보다 특별하게는, AAVhu68 캡시드는 서열번호 16에서 예측된 아미노산 잔기로부터 변형을 갖는 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질 내의 하위집단을 함유한다. 이러한 하위집단은, 최소한, 탈아마이드화된 아스파라긴(N 또는 Asn) 잔기를 포함한다. 예를 들어, 아스파라긴-글리신 쌍 내의 아스파라긴은 고도로 탈아마이드화된다.
일 실시형태에서, AAVhu68 vp1 핵산 서열은 서열번호 18의 서열, 또는 이와 상보성인 가닥, 예를 들어, 상응하는 mRNA 또는 tRNA를 갖는다. 특정 실시형태에서, vp2 단백질 및/또는 vp3 단백질은 추가로 또는 대안적으로 예를 들어, 선택된 발현 시스템에서 vp 단백질의 비를 변경하기 위해서, vp1과 상이한 핵산 서열로부터 발현될 수 있다. 특정 실시형태에서, vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 137) 및/또는 vp2-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 202)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp3 아미노산 서열(약 aa 203 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 약 nt 607 내지 약 nt 2211)을 암호화하는 핵산 서열이 또한 제공된다. 특정 실시형태에서, vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 137)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp2 아미노산 서열(약 aa 138 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 nt 412 내지 2211)을 암호화하는 핵산 서열이 또한 제공된다.
그러나, 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 다른 핵산 서열이 rAAVhu68 캡시드를 제조하는 데 사용하기 위해서 선택될 수 있다. 특정 실시형태에서, 핵산 서열은 서열번호 18의 핵산 서열 또는 서열번호 16을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 99.% 동일한, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 99% 동일한 서열을 갖는다. 특정 실시형태에서, 핵산 서열은 서열번호 18의 핵산 서열 또는 서열번호 16의 vp2 캡시드 단백질(약 aa 138 내지 736)을 암호화하는 서열번호 18의 약 nt 412 내지 약 nt 2211과 적어도 70% 내지 99%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 99% 동일한 서열을 갖는다. 특정 실시형태에서, 핵산 서열은 서열번호 18의 약 nt 607 내지 약 nt 2211의 핵산 서열 또는 서열번호 16의 vp3 캡시드 단백질(약 aa 203 내지 736)을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 99.%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 99% 동일한 서열을 갖는다.
DNA(게놈 또는 cDNA), 또는 RNA(예를 들어, mRNA)를 비롯한, 이러한 AAVhu68 캡시드를 암호화하는 핵산 서열을 설계하는 것은 관련 기술 분야의 기술에 포함된다. 특정 실시형태에서, AAVhu68 vp1 캡시드 단백질을 암호화하는 핵산 서열이 서열번호 18에 제공된다(또한 도 1B 내지 도 1D 참고). 다른 실시형태에서, 서열번호 18과 70% 내지 99.9%의 동일성의 핵산 서열은 AAVhu68 캡시드 단백질을 발현하도록 선택될 수 있다. 특정 다른 실시형태에서, 핵산 서열은 서열번호 18과 적어도 약 75% 동일하거나, 적어도 80% 동일하거나, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97% 동일하거나, 또는 적어도 99% 내지 99.9% 동일하다. 이러한 핵산 서열은 다양한 방법에 의해서 설계될 수 있는 선택된 시스템(즉, 세포 유형)에서? 발현에 대해서 코돈-최적화될 수 있다. 이러한 최적화는 입수 가능한 온라인(예를 들어, 젠아트사) 방법, 공개된 방법 또는 코돈 최적화 서비스를 제공하는 회사, 예를 들어, DNA2.0(미국 캘리포니아주 멘로 파크 소재)을 사용하여 수행될 수 있다. 한 코돈 최적화 방법은 예를 들어, 본 명세서에 참고로 전문이 포함된 미국 국제 특허 공개 제WO 2015/012924호에 기술되어 있다(또한, 예를 들어, 미국 특허 공개 제2014/0032186호 및 미국 특허 공개 제2006/0136184호 참고). 적합하게는, 이러한 산물에 대한 오픈 리딩 프레임(ORF)의 전체 길이는 변형된다. 그러나, 일부 실시형태에서, ORF의 단편이 변경될 수 있다. 이러한 방법 중 하나를 사용함으로써, 임의의 주어진 폴리펩타이드 서열에 빈도를 적용할 수 있고, 폴리펩타이드를 암호화하는 코돈-최적화된 암호 영역의 핵산 단편을 생산할 수 있다. 코돈에 대한 실제 변화를 수행하기 위해서 또는 본 명세서에 기술된 바와 같은 코돈-최적화된 암호 영역을 합성하기 위해서 다수의 선택이 사용 가능하다. 이러한 변형 또는 합성은 당업자에게 널리 공지된 표준 및 일상적인 분자 생물학 조작을 사용하여 수행될 수 있다. 한 접근법에서, 각각 80 내지 90개 뉴클레오타이드 길이의 일련의 상보성 올리고뉴클레오타이드 쌍 및 목적하는 서열의 길이의 스패닝은 표준 방법에 의해서 합성된다. 이러한 올리고뉴클레오타이드 쌍은, 어닐링 시, 이것이 응집성(cohesive) 단부를 함유하는, 80 내지 90개의 염기 쌍의 이중 가닥 단편을 형성하도록 합성되고, 예를 들어, 쌍 내의 각각의 올리고뉴클레오타이드는 쌍 내의 다른 올리고뉴클레오타이드와 상보성인 영역을 넘어서서 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 그 초과의 염기를 연장하도록 합성된다. 올리고뉴클레오타이드의 각각의 쌍의 단일 가닥 단부는 올리고뉴클레오타이드의 또 다른 쌍의 단일 가닥 단부와 어닐링하도록 설계된다. 올리고뉴클레오타이드 쌍은 어닐링되는 것이 허용되며, 이어서 이러한 이중 가닥 단편 중 대략 5 내지 6개는 응집성 단일 가닥 단부를 통해서 함께 어닐링되는 것이 허용되고, 이어서 이것은 함께 결찰되고, 표준 박테리아 클로닝 벡터, 예를 들어, 인비트로젠사(Invitrogen Corporation)(미국 캘리포니아주 칼스배드 소재)로부터 입수 가능한 TOPO(등록상표) 벡터 내에 클로닝된다. 이어서 작제물은 표준 방법에 의해서 서열결정된다. 함께 결찰된 80 내지 90개의 염기 쌍 단편의 5 내지 6개의 단편, 즉, 약 500개의 염기 쌍의 단편으로 이루어진 이러한 작제물 중 몇몇이 제조되어, 전체 목적하는 서열이 일련의 플라스미드 작제물에서 표현된다. 이어서, 이러한 플라스미드의 삽입물은 적절한 제한 효소로 절단되고, 함께 결찰되어 최종 작제물을 형성한다. 이어서, 최종 작제물은 표준 박테리아 클로닝 벡터 내에 클로닝되고, 서열결정된다. 추가 방법은 당업자에게 즉시 자명할 것이다. 또한, 유전자 합성법은 상업적으로 쉽게 입수 가능하다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 vp1, vp2 및 vp3 단백질에서 N-G 쌍 내의 아스파라긴(N)은 고도로 탈아마이드화된다. 특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 고도로 탈아마이드화된 AAVhu68 캡시드 단백질 내에 적어도 4개의 아스파라긴(N) 위치를 갖는 AAV vp1, vp2 및/또는 vp3 캡시드 단백질의 하위집단을 함유한다. 특정 실시형태에서, N-N 쌍(N-N-N 삼중 제외) 중 약 20 내지 50%는 탈아마이드화를 나타낸다. 특정 실시형태에서, 제1 N은 탈아마이드화된다. 특정 실시형태에서, 제2 N은 탈아마이드화된다. 특정 실시형태에서, 탈아마이드화는 약 15% 내지 약 25%의 탈아마이드화이다. 서열번호 16의 위치 259의 Q에서의 탈아마이드화는 AAVhu68 단백질의 AAVhu68 vp1, vp2 및 vp3 캡시드 단백질의 약 8% 내지 약 42%이다.
특정 실시형태에서, rAAVhu68 캡시드는 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질의 D297에서의 아마이드화를 추가로 특징으로 한다. 특정 실시형태에서, 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, AAVhu68 캡시드에서 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 위치 297에서 D의 약 70% 내지 약 75%는 아마이드화된다.
특정 실시형태에서, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 Asp는 D-Asp로 이성질체화된다. 이러한 이성질체는 일반적으로 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 잔기 위치 97, 107, 384 중 하나 이상에서 Asp의 약 1% 미만의 양으로 존재한다.
특정 실시형태에서, rAAVhu68은 하기 표에 언급된 위치에서 2개, 3개, 4개 또는 그 초과의 탈아마이드화된 잔기의 조합물을 포함하는 하위집단을 갖는 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질을 갖는 AAVhu68 캡시드를 갖는다. rAAV에서의 탈아마이드화는 2D 젤 전기영동법, 및/또는 질량 분석법, 및/또는 단백질 모델링 기술을 사용하여 결정될 수 있다. 온라인 크로마토그래피는 Acclaim PepMap 칼럼 및 NanoFlex 소스를 갖는 Q Exactive HF(써모 피셔 사이언티픽사(Thermo Fisher Scientific))에 커플링된 Thermo UltiMate 3000 RSLC 시스템(써모 피셔 사이언티픽사)을 사용하여 수행될 수 있다. MS 데이터는 조사 스캔(200 내지 2000m/z)으로부터의 가장 풍부한 서열결정전(not-yet-sequenced) 전구체 이온을 동력학적으로 선택하는 Q Exactive HF에 대한 데이터 의존적인 탑-20 방법을 사용하여 획득된다. 서열결정은 예측된 자동 이득 제어로 결정된 1e5 이온의 목표 값을 사용한 고 에너지 충돌 분열 단편화를 통해서 수행되고, 전구체의 단리는 4m/z의 창으로 수행되었다. 조사 스캔은 m/z 200에서 120,000의 분해능으로 획득되었다. HCD 스펙트럼에 대한 분해능은 50ms의 최대 이온 주입 및 30의 정규화된 충돌 에너지를 사용하여 m/z200에서 30,000으로 설정될 수 있다. S-렌즈 RF 수준은 50에서 설정되어, 소화로부터 펩타이드에 의해서 점유된 m/z 영역의 최적의 전달을 제공할 수 있다. 전구체 이온은 단편화 선택으로부터 단일, 비배정, 또는 6 및 더 높은 전하 상태로 제외될 수 있다. BioPharma Finder 1.0 소프트웨어(써모 피셔 사이언티픽사)가 획득된 데이터의 분석을 위해서 사용될 수 있다. 펩타이드 맵핑을 위해서, 고정된 변형으로서 설정된 카바마이도메틸화; 및 가변 변형으로서 설정된 산화, 탈아마이드화, 및 포스포릴화, 10-ppm 질량 정확도, 높은 프로테아제 특이성 및 MS/MS 스펙트럼에 대한 0.8의 신뢰 수준을 갖는 단기식 단백질 FASTA 데이터베이스를 사용하여 탐색을 수행한다. 적합한 프로테아제의 예는 예를 들어, 트립신 또는 키모트립신을 포함할 수 있다. 탈아마이드화된 펩타이드의 질량 분석법적 식별은 비교적 간단한데, 그 이유는 탈아마이드화가 무손상 분자 +0.984Da의 질량(-OH와 -NH2기 간의 질량 차이)에 추가되기 때문이다. 특정 펩타이드의 백분율 탈아마이드화는 탈아마이드화된 펩타이드의 질량 면적을, 탈아마이드화된 펩타이드와 네이티브 펩타이드의 면적의 합으로 나눔으로써 결정된다. 가능한 탈아마이드화 부위의 수를 고려하여, 상이한 부위에서 탈아마이드화된 동중 원소종(isobaric species)이 단일 피크에서 동시에 이동할 수 있다. 결론적으로, 다수의 잠재적인 탈아마이드화 부위를 갖는 펩타이드로부터 기원한 단편 이온을 사용하여 탈아마이드화의 다수의 부위를 위치시키거나 구별할 수 있다. 이러한 경우에, 관찰된 동위원소 패턴 내의 상대 강도를 사용하여 상이한 탈아마이드화된 펩타이드 이성질체의 상대 풍부도를 구체적으로 결정할 수 있다. 이러한 방법은, 모든 이성질체 종에 대한 단편화 효율성이 동일하고, 탈아마이드화 부위에 의존적이라고 가정한다. 이러한 예시적인 방법에 대한 다수의 변경이 사용될 수 있음이 당업자에 의해서 이해될 것이다. 예를 들어, 적합한 질량 분석기는, 예를 들어, 사극자 비행 시간 질량 분석기(quadrupole time of flight mass spectrometer: QTOF), 예컨대, Waters Xevo 또는 Agilent 6530 또는 오비트랩 장비(orbitrap instrument), 예컨대, Orbitrap 융합 또는 Orbitrap Velos(써모 피셔사(Thermo Fisher))를 포함할 수 있다. 적합하게는 액체 크로마토그래피 시스템은 예를 들어, Waters 또는 Agilent 시스템으로부터의 Acquity UPLC 시스템(1100 또는 1200 시리즈)을 포함한다. 적합한 데이터 분석 소프트웨어는 예를 들어, MassLynx(워터스사(Waters)), Pinpoint 및 Pepfinder(써모 피셔 사이언티픽사), Mascot(매트릭스 사이언스사(Matrix Science)), Peaks DB(바이오인포매틱스 솔루션즈(Bioinformatics Solutions))를 포함할 수 있다. 추가의 다른 기술은 예를 들어, 문헌[X. Jin et al, Hu Gene Therapy Methods, Vol. 28, No. 5, pp. 255-267, published online June 16, 2017]에 기술될 수 있다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 N 잔기의 적어도 45%가 서열번호 16의 아미노산 서열의 넘버링을 기준으로 위치 N57, N329, N452, 및/또는 N512 중 적어도 하나에서 탈아마이드화된 캡시드 단백질을 갖는 것을 특징으로 한다. 특정 실시형태에서, 이러한 N-G 위치(즉, 서열번호 16의 아미노산 서열의 넘버링을 기준으로, N57, N329, N452, 및/또는 N512) 중 하나 이상에서 N 잔기의 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 90%가 탈아마이드화된다. 이들 또는 다른 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 추가로 N 잔기의 약 1% 내지 약 20%가 서열번호 16의 아미노산 서열의 넘버링을 기준으로, 위치: N94, N253, N270, N304, N409, N477, 및/또는 Q599 중 하나 이상에서 탈아마이드화를 갖는 단백질의 집단을 갖는 것을 특징으로 한다. 특정 실시형태에서, AAVhu68은 적어도 서열번호 16의 아미노산 서열의 넘버링을 기준으로, 위치 N35, N57, N66, N94, N113, N252, N253, Q259, N270, N303, N304, N305, N319, N328, N329, N336, N409, N410, N452, N477, N515, N598, Q599, N628, N651, N663, N709, N735 또는 이들의 조합물 중 하나 이상에서 탈이미드화된 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서, 캡시드 단백질은 하나 이상의 아마이드화된 아미노산을 가질 수 있다.
추가의 다른 변형이 관찰되며, 이들 중 대부분은 하나의 아미노산을 상이한 아미노산기로 전환시키지 않는다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및 vp3에서 적어도 하나의 Lys은 아세틸화된다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 Asp는 D-Asp로 이성질체화된다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 S(Ser, 세린)는 포스포릴화된다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 T(Thr, 트레오닌)는 포스포릴화된다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 W(trp, 트립토판)는 산화된다. 선택적으로, 캡시드의 vp1, vp2 및/또는 vp3에서 적어도 하나의 M(Met, 메티오닌)은 산화된다. 특정 실시형태에서, 캡시드 단백질은 하나 이상의 포스포릴화를 갖는다. 예를 들어, 특정 vp1 캡시드 단백질은 위치 149에서 포스포릴화될 수 있다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp1 단백질의 이종 집단(여기서 vp1 단백질은 위치 67에서 글루탐산(Glu) 및/또는 위치 157에서 발린(Val)을 포함함); 선택적으로 위치 157에서 발린(Val)을 포함하는 vp2 단백질의 이종 집단; 및 vp3 단백질의 이종 집단을 포함한다. AAVhu68 캡시드는 적어도 하나의 하위집단을 함유하는데, 여기서 서열번호 16의 아미노산 서열의 잔기 넘버링을 기준으로, vp1 단백질의 위치 57에 위치된 아스파라긴-글리신 쌍 내의 아스파라긴(N)의 적어도 65% 및 vp1, v2 및 vp3 단백질의 위치 329, 452 및/또는 512에서 아스파라긴-글리신 쌍 내의 아스파라긴(N)의 적어도 70%는 탈아마이드화되고, 여기서 탈아마이드화는 아미노산 변화를 초래한다. 본 명세서에 보다 상세하게 논의된 바와 같이, 탈아마이드화된 아스파라긴은 아스파트산, 아이소아스파트산, 상호전환 아스파트산/아이소아스파트산 쌍, 또는 이들의 조합물로 탈아마이드화될 수 있다. 특정 실시형태에서, rAAVhu68은 하기 중 하나를 추가로 특징으로 한다: (a) vp2 단백질 각각은 독립적으로 적어도 서열번호 16의 vp2 단백질을 암호화하는 핵산 서열의 산물임; (b) vp3 단백질 각각은 독립적으로 적어도 서열번호 16의 vp3 단백질을 암호화하는 핵산 서열의 산물임; (c) vp1 단백질을 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 18, 또는 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99%(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%) 동일한 서열임. 선택적으로 그 서열은 단독으로 사용되어 vp1, vp2 및 vp3 단백질을 발현한다. 대안적으로, 이러한 서열은 vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 137) 및/또는 vp2-고유 영역(약 aa 1 내지 약 aa 202)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp3 아미노산 서열(약 aa 203 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 약 nt 607 내지 약 nt 2211), 또는 서열번호 16의 aa 203 내지 736을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99%(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%) 동일한 서열을 암호화하는 핵산 서열 중 하나 이상과 함께 공동 발현될 수 있다. 추가로, 또는 대안적으로, vp1-암호 및/또는 vp2-암호 서열은 vp1-고유 영역(약 aa 1 내지 약 137)이 없는 서열번호 16의 AAVhu68 vp2 아미노산 서열(약 aa 138 내지 736), 또는 이와 상보성인 가닥, 상응하는 mRNA 또는 tRNA(서열번호 18의 nt 412 내지 nt 2211), 또는 서열번호 16의 aa 138 내지 736을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99%(예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%) 동일한 서열을 암호화하는 핵산 서열과 함께 공동 발현될 수 있다.
추가로 또는 대안적으로, rAAVhu68은 적어도 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 N57, N66, N94, N113, N252, N253, Q259, N270, N303, N304, N305, N319, N328, N329, N336, N409, N410, N452, N477, N512, N515, N598, Q599, N628, N651, N663, N709 또는 이들의 조합물 중 하나 이상에서 탈이미드화된 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함하고; (e) rAAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 N66, N94, N113, N252, N253, Q259, N270, N303, N304, N305, N319, N328, N336, N409, N410, N477, N515, N598, Q599, N628, N651, N663, N709, 또한 이들의 조합물 중 하나 이상에서 1% 내지 20%의 탈아마이드화를 포함하는 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함하고; (f) rAAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, vp1 단백질의 위치 57에서의 N의 65% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1의 하위집단을 포함하고; (g) rAAVhu68 캡시드는 vp1 단백질의 위치 57에서의 N의 75% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1의 하위집단을 포함하고; (h) rAAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 329에서의 N의 80% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함하고; (i) rAAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 452에서의 N의 80% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함하고; (j) rAAVhu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 512에서의 N의 80% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함하고; (k) rAAV는 약 1의 vp1 대 약 1 내지 1.5의 vp2 대 3 내지 10의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함하고; (l) rAAV는 약 1의 vp1 대 약 1의 vp2 대 3 내지 9의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함한다.
특정 실시형태에서, AAVhu68은 탈아마이드화를 감소시키기 위해서, 아스파라긴-글리신 쌍에서 글리신을 변화시키도록 변형된다. 다른 실시형태에서, 아스파라긴은 상이한 아미노산, 예를 들어, 더 느린 속도로 아마이드화시키는 글루타민으로; 또는 아마이드기가 결핍된 아미노산으로(예를 들어, 글루타민 및 아스파라긴은 아마이드기를 함유함); 그리고/또는 아민기가 결핍된 아미노산으로(예를 들어, 라이신, 아르기닌 및 히스티딘은 아마이드기를 함유함) 변경된다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 아마이드 또는 아민 측쇄가 결핍된 아미노산은 예를 들어, 글리신, 알라닌, 발린, 류신, 아이소류신, 세린, 트레오닌, 시스틴(cystine), 페닐알라닌, 타이로신 또는 트립토판, 및/또는 프롤린을 지칭한다. 예컨대, 기술된 변형은 암호화된 AAVhu68 아미노산 서열에서 발견되는 아스파라긴-글리신 쌍 중 1개, 2개 또는 3개에 존재할 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 변형은 아스파라긴 - 글리신 쌍 중 4개 모두에서 일어나지는 않는다. 따라서, AAVhu68 및/또는 조작된 AAVhu68 변이체의 탈아마이드화를 감소시키는 방법은 더 낮은 탈아마이드화 속도를 갖는다. 추가로, 또는 대안적으로 하나 이상의 다른 아마이드 아미노산은 AAVhu68의 탈아마이드화를 감소시키기 위해서 비-아마이드 아미노산으로 변화될 수 있다.
이러한 아미노산 변형은 종래의 유전자 조작 기술에 의해서 수행될 수 있다. 예를 들어, 변형된 AAVhu68 vp 코돈을 함유하는 핵산 서열이 생성될 수 있는데, 여기서 서열번호 16(아르기닌-글리신 쌍)에서 위치 58, 330, 453 및/또는 513의 글리신을 암호화하는 코돈 중 1개 내지 3개가 글리신이 아닌 아미노산을 암호화하도록 변형된다. 특정 실시형태에서, 변형된 아르기닌 코돈을 함유하는 핵산 서열은 서열번호 16에서 위치 57, 329, 452 및/또는 512에 위치된 아르기닌-글리신 쌍 중 1개 내지 3개가 조작되어, 변형된 코돈은 아르기닌이 아닌 아미노산을 암호화한다. 각각의 변형된 코돈은 상이한 아미노산을 암호화할 수 있다. 대안적으로, 변경된 코돈 중 하나 이상은 동일한 아미노산을 암호화할 수 있다. 특정 실시형태에서, 이러한 변형된 AAVhu68 핵산 서열은 네이티브 hu68 캡시드보다 더 낮은 탈아마이드화를 갖는 캡시드를 갖는 돌연변이체 rAAVhu68을 생성시키는 데 사용될 수 있다. 이러한 돌연변이체 rAAVhu68은 감소된 면역성을 갖고/갖거나 저장, 특히 현탁액 형태로의 저장에 대한 안정성을 증가시킬 수 있다.
일 실시형태에서, 하기를 포함하는 재조합 아데노-연관 바이러스(rAAV)가 제공된다: (A) 하기 중 하나 이상을 포함하는 AAV68 캡시드: (1) 서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 AAVhu68 vp1 단백질, 서열번호 18로부터 생산된 vp1 단백질 또는 서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp1 단백질; 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 AAVhu68 vp2 단백질, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp2 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp2 단백질, 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 AAVhu68 vp3, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp3 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp3 단백질을 포함하는 AAV hu68; 및/또는 (2) vp1 단백질의 이종 집단, 선택적으로 위치 157에 발린을 포함하는 vp2 단백질의 이종 집단, 및 vp3 단백질의 이종 집단을 포함하는 AAV 캡시드 단백질(여기서 상기 적어도 vp1 단백질 및 vp2 단백질의 하위집단은 서열번호 16의 vp1 캡시드의 넘버링을 기준으로 위치 157에서 발린을 포함하고, 선택적으로 위치 57에서 글루타민을 추가로 포함함); 및/또는 (3) 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp1 단백질의 이종 집단, 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp2 단백질의 이종 집단 및 서열번호 16의 적어도 아미노산 203 내지 736을 암호화하는 핵산 서열의 산물인 vp3 단백질의 이종 집단 (여기서 상기 vp1 단백질, vp2 단백질 및 vp3 단백질은 서열번호 16에서 아스파라긴-글리신 쌍 내에 적어도 2개의 고도로 탈아마이드화된 아스파라긴(N)을 포함하는 아미노산 변형을 갖는 하위 집단을 함유하고, 선택적으로 추가로 다른 탈아마이드화된 아미노산을 포함하는 하위집단을 포함하며, 여기서 탈아마이드화는 아미노산 변화를 초래함); 및 (B) AAVhu68 캡시드 내의 벡터 게놈으로서, 상기 벡터 게놈은 AAV 반전 말단 반복부 서열 및 숙주 세포에서 산물의 발현을 지시하는 서열에 작동 가능하게 연결된 산물을 암호화하는 비-AAV 핵산 서열을 포함하는 핵산 분자를 포함하는, 벡터 게놈. 예를 들어, 4개의 잔기(N57, N329, N452, N512)는 일상적으로 높은 수준의 탈아마이드화를 나타낸다. 추가 잔기(N94, N253, N270, N304, N409, N477 및 Q599)는 또한 다양한 로트에 걸쳐서 최대 약 20%의 탈아마이드화 수준을 나타낸다.
특정 실시형태에서, 탈아마이드화된 아스파라긴은 아스파트산, 아이소아스파트산, 상호전환 아스파트산/아이소아스파트산 쌍, 또는 이들의 조합물로 탈아마이드화된다. 특정 실시형태에서, 탈아마이드화된 글루타민(들)은 (α)-글루탐산, γ-글루탐산, 상호전환 (α)-글루탐산/γ-글루탐산 쌍, 또한 이들의 조합물로 탈아마이드화된다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 하기 중 하나 이상을 갖는 하위집단을 포함한다: (a) 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, vp1 단백질의 위치 57에 위치된 아스파라긴-글리신 쌍 내의 아스파라긴(N)의 적어도 65%는 탈아마이드화됨; (b) 서열번호 16의 아미노산 서열의 잔기 넘버링을 기준으로, vp1, v2 및 vp3 단백질의 위치 329에서 아스파라긴-글리신 쌍에서 N의 적어도 75%는 탈아마이드화됨; (c) 서열번호 16의 아미노산 서열의 잔기 넘버링을 기준으로, vp1, v2 및 vp3 단백질의 위치 452에서 아스파라긴-글리신 쌍에서 N의 적어도 50%는 탈아마이드화됨; 및/또는 (d) 서열번호 16의 아미노산 서열의 잔기 넘버링을 기준으로, vp1, v2 및 vp3 단백질의 위치 512에서 아스파라긴-글리신 쌍에서 N의 적어도 75%는 탈아마이드화됨. 특정 실시형태에서, hu68 캡시드는 질량 분석법을 사용하여 결정되는 경우 vp1 단백질의 위치 57에서의 N의 75% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서 hu68 캡시드는 질량 분석법을 사용하여 결정되는 경우 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 329에서의 N의 75% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서 hu68 캡시드는 질량 분석법을 사용하여 결정되는 경우 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 452에서의 N의 75% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서, hu68 캡시드는 서열번호 16의 넘버링을 기준으로, 위치 512에서의 N의 75% 내지 100%가 탈아마이드화된 vp1 단백질, vp2 단백질, 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서, 단백질을 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 18이거나, 또는 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 80% 내지 적어도 99% 동일한 서열이다. 특정 실시형태에서, 서열은 서열번호 18과 적어도 80% 내지 97% 동일하다. 특정 실시형태에서, rAAVhu68 캡시드는 N57, 329, 452, 512 또한 이들의 조합물 중 하나 이상으로부터 선택된 적어도 4개의 위치에서 적어도 약 50 내지 100%의 탈아마이드화를 포함하는 서열번호 16으로부터의 아미노산 변형을 갖는 적어도 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 추가로 포함한다. 특정 실시형태에서, hu68 캡시드는 위치 N94, N113, N252, N253, Q259, N270, N303, N304, N305, N319, N328, N336, N409, N410, N477, N515, N598, Q599, N628, N651, N663, N709, 또한 이들의 조합물 중 적어도 하나 이상에서 1% 내지 약 40%의 탈아마이드화를 추가로 포함하는 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서, hu68 캡시드는 아세틸화된 라이신, 포스포릴화된 세린 및/또는 트레오닌, 이성질체화된 아스파트산, 산화된 트립토판 및/또는 메티오닌, 또는 아마이드화된 아미노산 중 하나 이상에서의 하나 이상의 변형으로부터 선택된 하나 이상의 변형을 추가로 포함하는 vp1, vp2 및/또는 vp3 단백질의 하위집단을 포함한다. 특정 실시형태에서, rAAVhu68은 약 1의 vp1 대 약 1 내지 1.5의 vp2 대 3 내지 10의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함한다. 특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드는 약 1의 vp1 대 약 1의 vp2 대 3 내지 9의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함한다. 특정 실시형태에서, 벡터 게놈은 AAVhu68이 아닌 AAV 공급원으로부터의 AAV ITR 서열을 포함한다.
특정 실시형태에서, 재조합 아데노-연관 바이러스 hu68(rAAVhu68)의 혼합된 집단을 포함하는 조성물이 제공되며, 여기서 rAAVhu68 각각은 본 명세서에 기술된 바와 같은 rAAVhu68로부터 독립적으로 선택된다. 특정 실시형태에서, 평균 AAVhu68 캡시드는 약 1의 vp1 대 약 1 내지 1.5의 vp2 대 3 내지 10의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함한다. 특정 실시형태에서, 평균 AAVhu68 캡시드는 약 1의 vp1 대 약 1의 vp2 대 3 내지 6의 vp3 단백질의 비의 약 60개의 총 캡시드 단백질을 포함한다. 특정 실시형태에서, 조성물은 정맥내 전달을 위해서 제형화된다. 특정 실시형태에서, 조성물은 비강내 또는 근육내 전달을 위해서 제형화된다. 특정 실시형태에서, 조성물은 적어도 rAAVhu68 벡터 스톡 및 선택적인 담체, 부형제 및/또는 보존제를 포함한다.
재조합 AAVhu68을 생산하는 데 유용한 임의의 적합한 rAAV 생산 시스템이 사용될 수 있다. 예를 들어, 이러한 생산 시스템은 (a) 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 AAVhu68 캡시드 핵산 서열; (b) AAVhu68 캡시드 내에 패키징하기에 적합한 핵산 분자(상기 핵산 분자는 적어도 하나의 AAV 반전 말단 반복부(ITR) 및 숙주 세포에서 산물의 발현을 지시하는 서열에 작동 가능하게 연결된 유전자 산물을 암호화하는 비-AAV 핵산 서열을 포함함); 및 (c) 재조합 AAVhu68 캡시드 내에 핵산 분자를 패키징하는 것을 허용하기 위한 충분한 AAV rep 기능 및 헬퍼 기능을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, (a)의 핵산 서열은 적어도 서열번호 18, 또는 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 내지 적어도 99% 동일한 서열을 포함한다. 특정 실시형태에서, 시스템은 서열번호 16의 약 aa 203 내지 약 아미노산 736의 AAVhu68 vp3을 암호화하는 서열번호 18의 약 nt 607 내지 약 nt 2211의 핵산 서열을 선택적으로 추가로 포함한다. 특정 실시형태에서, 시스템은 인간 배아 신장 293 세포 또는 바쿨로바이러스 시스템을 포함한다.
특정 실시형태에서, AAVhu68 캡시드의 탈아마이드화를 감소시키는 방법이 제공된다. 이 방법은 변형된 AAVhu68 vp 코돈을 함유하는 핵산 서열로부터 AAVhu68 캡시드를 생산하는 단계를 포함하며, 핵산 서열은 서열번호 16에서 위치 58, 330, 453 및/또는 513에 위치된 아르기닌-글리신 쌍 중 1 내지 3개에서 독립적으로 변형된 글리신 코돈을 포함하여, 변형된 코돈은 글리신이 아닌 아미노산을 암호화한다. 특정 실시형태에서, 이 방법은 변형된 AAVhu68 vp 코돈을 함유하는 핵산 서열로부터 AAVhu68 캡시드를 생산하는 단계를 포함하며, 핵산 서열은 서열번호 16에서 위치 57, 329, 452 및/또는 512에 위치된 아르기닌-글리신 쌍 중 1 내지 3개에서 독립적으로 변형된 아르기닌 코돈을 포함하여, 변형된 코돈은 아르기닌이 아닌 아미노산을 암호화한다. 특정 실시형태에서, 각각의 변형된 코돈은 상이한 아미노산을 암호화한다. 특정 실시형태에서, 2개 이상의 변형된 코돈은 동일한 아미노산을 암호화한다. 특정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 아르기닌 - 글리신 쌍에서 돌연변이를 함유하여, 글리신은 알라닌 또는 세린으로 변화된다. 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 1개, 2개 또는 3개의 돌연변이체를 함유할 수 있고, 여기서 참조 AAVhu68은 본래 4개의 NG 쌍을 함유한다. 특정 실시형태에서, 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 NG 쌍 내에 단일 돌연변이를 함유한다. 특정 실시형태에서, 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 2개의 상이한 NG 쌍 내에 돌연변이를 함유한다. 특정 실시형태에서, 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 AAVhu68 캡시드에서 구조적으로 분리된 위치에 위치된 2개의 상이한 NG 쌍이다. 특정 실시형태에서, 돌연변이는 VP1-고유 영역에 존재하지 않는다. 특정 실시형태에서, 돌연변이 중 하나는 VP1-고유 영역에 존재한다. 선택적으로, 돌연변이체 AAVhu68 캡시드는 NG 쌍 내에 어떠한 변형도 함유하지 않지만, NG 쌍의 위부에 위치된 하나 이상의 아스파라긴 또는 글루타민에서 탈아마이드화를 최소화 또는 제거하기 위해서 돌연변이를 함유한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "암호화된 아미노산 서열"은 아미노산으로 번역될 지칭된 핵산 서열의 공지된 DNA 코돈의 번역을 기준으로 예측된 아미노산을 지칭한다. 하기 표는 단일 문자 암호(SLC) 및 3 문자 암호(3LC) 둘 다를 나타낸, DNA 코돈 및 20개의 일반적인 아미노산을 나타낸다.
캡시드, 이를 위한 암호 서열을 생성하는 방법 및 rAAV 바이러스 벡터의 생산 방법이 기술되어 있다(예를 들어, 문헌[Gao, et al, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (10), 6081-6086 (2003)] 및 미국 특허 제US 2013/0045186A1호 참고).
상기에 나타낸 바와 같이, AAVhu68 서열 및 단백질은 rAAV의 생산에 유용하다. 하기 실시예는 AAVhu68 또는 AAV9 벡터를 갖는 rAAV 벡터의 생산을 기술한다. 그러나, 다른 실시형태에서, 또 다른 AAV 캡시드가 선택된다. 조직 특이성은 캡시드 유형에 의해서 결정된다. 예를 들어, AAVhu68을 갖는 바이러스 벡터는 코 상피 세포에 형질도입하기에 유용한 것으로서 하기 실시예에 설명되어 있다. AAVhu68의 서열은 본 명세서에 기술되어 있다. 추가로, AAV9 캡시드 및 AAV9로부터 유래된 키메라 캡시드를 갖는 벡터의 생성 방법이 기술되어 있다(예를 들어, 본 명세서에 참고로 포함된 미국 특허 제US 7,906,111호 참고). 코 세포 또는 또 다른 적합한 표적(예를 들어, 근육 또는 폐)에 형질도입하는 다른 AAV 혈청형이 예를 들어, AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV6.2, AAV7, AAV8, AAV9, rh10, AAVrh64R1, AAVrh64R2, rh8(예를 들어, 참고, 미국 공개 특허 출원 제2007-0036760-A1호; 미국 공개 특허 출원 제2009-0197338-A1호; 및 유럽 특허 제EP 1310571호)을 비롯한, AAV 바이러스 벡터(DNase 내성 바이러스 입자)의 캡시드를 위한 공급원으로서 선택될 수 있다. 또한, 국제 특허 제WO 2003/042397호(AAV7 및 다른 유인원 AAV), 미국 특허 제7790449호 및 미국 특허 제7282199호(AAV8), 국제 특허 제WO 2005/033321호(AAV9), 및 제WO 2006/110689호 또는 아직 발견되지 않은 것을 참고하거나, 또는 그것을 기반으로 하는 재조합 AAV가 AAV 캡시드를 위한 공급원으로서 사용될 수 있다. 이러한 문헌은 또한 AAV를 생성하기 위해서 선택될 수 있는 다른 AAV를 기술하며, 참고로 포함된다. 일부 실시형태에서, 바이러스 벡터에서 사용하기 위한 AAV 캡시드(cap)는 상기에 언급된 AAV cap 또는 이의 암호화 핵산 중 하나의 돌연변이유발에 의해서(즉, 삽입, 결실 또는 치환에 의해서) 생성될 수 있다. 일부 실시형태에서, AAV 캡시드는 상기에 언급된 AAV 캡시드 단백질 중 2개 또는 3개 또는 4개 또는 그 초과로부터의 도메인을 포함하는 키메라이다. 일부 실시형태에서, AAV 캡시드는 2개 또는 3개의 상이한 AAV 또는 재조합 AAV로부터의 Vp1, Vp2 및 Vp3 단량체의 모자이크이다. 일부 실시형태에서, rAAV 조성물은 상기에 언급된 cap 중 하나 초과를 포함한다.
III. 발현 카세트 및 벡터
AAV 캡시드 내에 패키징되고, 숙주 세포에 전달되는 게놈 서열은 전형적으로, 최소한, 트랜스젠 및 이의 조절 서열 및 AAV 반전 말단 반복부(ITR)로 구성된다. 단일-가닥 AAV 및 자가 상보성(sc) AAV 둘 다가 rAAV에 포함된다. 트랜스젠은 벡터 서열에 이종인 핵산 암호 서열인데, 이것은 관심대상 폴리펩타이드, 단백질, 기능성 RNA 분자(예를 들어, miRNA, miRNA 저해제) 또는 다른 유전자를 암호화한다. 핵산 암호 서열은 표적 조직의 세포에서 트랜스젠 전사, 번역 및/또는 발현을 허용하는 방식으로 조절 성분에 작동 가능하게 연결된다.
벡터의 AAV 서열은 전형적으로 시스-작용 5' 및 3' 반전 말단 반복부 서열을 포함한다(예를 들어, 문헌[B. J. Carter, in "Handbook of Parvoviruses", ed., P. Tijsser, CRC Press, pp. 155 168 (1990)] 참고). ITR 서열은 약 145bp 길이이다. 바람직하게는, ITR을 암호화하는 실질적으로 전체 서열이 이러한 분자에서 사용되지만, 이러한 서열의 어느 정도의 약간의 변형이 허용 가능하다. 이러한 ITR 서열을 개질하는 능력은 당업자의 기술 이내이다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al, "Molecular Cloning. A Laboratory Manual", 2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York (1989); 및 K. Fisher et al., J. Virol., 70:520 532 (1996)] 참고). 본 발명에 사용되는 이러한 분자의 예는, 선택된 트랜스젠 서열 및 연관된 조절 요소가 5' 및 3' AAV ITR 서열"에 의해서 측접된 트랜스젠을 함유하는 시스-작용" 플라스미드이다. 일 실시형태에서, ITR은 캡시드를 공급하는 것과 상이한 AAV로부터 유래된다. 일 실시형태에서, ITR 서열은 AAV2로부터 유래된다. D-서열 및 말단 분해능 부위(terminal resolution site: trs)가 결실된 ΔITR이라 지칭되는 5' ITR의 짧아진 버전이 기술되어 있다. 다른 실시형태에서, 전장 AAV 5' 및 3' ITR이 사용된다. 그러나, 다른 AAV 공급원으로부터의 ITR이 선택될 수 있다. ITR의 공급원이 AAV2로부터 유래되고, AAV 캡시드가 또 다른 AAV 공급원으로부터 유래된 경우, 생성된 벡터는 위형이라 지칭될 수 있다. 그러나, 이들 요소의 다른 구성이 적합할 수 있다.
재조합 AAV 벡터에 대해서 상기에 식별된 주요 요소에 더하여, 벡터는 또한 본 발명에 의해서 생산된 바이러스에 의해서 감염되거나 또는 플라스미드로 형질주입된 세포에서 전사, 번역 및/또는 발현을 허용하는 방식으로 트랜스젠에 작동 가능하게 연결되는 것이 필요한 종래의 제어 요소를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "작동 가능하게 연결된" 서열은 관심 유전자와 인접한 발현 제어 서열 및 트랜스로 또는 관심 유전자를 제어하도록 하는 거리에서 작용하는 발현 제어 서열 둘 다를 포함한다.
조절 제어 요소는 전형적으로 발현 제어 서열의 일부로서, 예를 들어, 선택된 5' ITR 서열과 암호 서열 사이에 위치한 프로모터 서열을 함유한다. 구성 프로모터, 조절 가능한 프로모터[예를 들어, 국제 특허 제WO 2011/126808호 및 제WO 2013/04943호 참고], 조직 특이적 프로모터, 또는 생리학적 신호에 반응성인 프로모터가 본 명세서에 기술된 벡터에 사용되고 활용될 수 있다.
치료 산물의 발현을 제어하기에 적합한 구성 프로모터의 예는 닭 β-액틴 (CB) 프로모터, CB7 프로모터, 인간 사이토메갈로바이러스(CMV) 프로모터, 유비퀴틴 C 프로모터(UbC), 시미안 바이러스 40(SV40)의 초기 및 후기 프로모터, U6 프로모터, 메탈로티오네인 프로모터, EFlα 프로모터, 유비퀴틴 프로모터, 하이포잔틴 포스포리보실 트랜스퍼라제(HPRT) 프로모터, 다이하이드로폴레이트 리덕타제(DHFR) 프로모터(Scharfmann et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:4626-4630 (1991), 아데노신 데아미나제 프로모터, 포스포글리세롤 카이나제(PGK) 프로모터, 피루베이트 카이나제 프로모터 포스포글리세롤 뮤타제 프로모터, β-액틴 프로모터(Lai et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 10006-10010 (1989)), 몰로니 백혈병 바이러스 및 다른 레트로바이러스의 긴 말단 반복부(LTR), 단순 포진 바이러스의 티미딘 카이나제 프로모터 및 관련 기술 분야에 공지된 다른 구성 프로모터를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 본 발명에서 사용하기에 적합한 조직- 또는 세포-특이적 프로모터의 예는 엔도텔린-I(ET-I) 및 Flt-I(이들은 내피 세포에 특이적임), FoxJ1(섬모 세포를 표적으로 함)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
치료 산물의 발현을 제어하기에 적합한 유도 프로모터는 외인성 작용제(예를 들아, 약제) 또는 생리학적 신호에 반응성인 프로모터를 포함한다. 이러한 반응 요소는 문헌[Mayo et al. (1982, Cell 29:99-108); Brinster et al. (1982, Nature 296:39-42) 및 Searle et al. (1985, Mol. Cell. Biol. 5:1480-1489)]에 기술된 바와 같은 금속 이온 반응 요소인 HIF-Iα 및 β에 결합하는 저산소증 반응 요소(HRE); 또는 문헌[Nouer et al. (in: Heat Shock Response, ed. Nouer, L., CRC, Boca Raton, Fla., ppI67-220, 1991)]에 기술된 바와 같은 열 쇼크 반응 요소를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
일 실시형태에서, 중화 항체 작제물의 발현은 중화 항체 작제물, 예를 들어, 약제를 암호화하는 유전자의 전사 또는, 약제 또는 대안적인 실시형태에서 생리학적 신호에 의해서 활성화되는 전사보다 엄격한 제어를 제공하는 조절성 프로모터에 의해서 제어된다. 누설되지 않고, 엄격하게 제어될 수 있는 프로모터 시스템이 바람직하다.
본 발명에서 사용될 수 있는 리간드-의존성 전사 인자 복합체인 조절성 프로모터의 예는 비제한적으로 각각의 리간드에 의해서 활성화되는 핵 수용체 상과의 구성원(예를 들어, 글루코코티코이드, 에스트로겐, 프로게스틴, 레티노이드, 에크디손 및 이들의 유사체 및 모방체) 및 테트라사이클린에 의해서 활성화되는 rTTA를 포함한다. 본 발명의 일 양상에서, 유전자 스위치는 EcR-기반 유전자 스위치이다. 이러한 시스템의 예는 비제한적으로 미국 특허 제6,258,603호, 제7,045,315호, 미국 공개 특허 출원 제2006/0014711호, 제2007/0161086호 및 국제 공개 출원 제WO 01/70816호에 기술된 시스템을 포함한다. 키메라 액디손 수용체 시스템의 예는 미국 특허 제7,091,038호, 미국 공개 특허 출원 제2002/0110861호, 제2004/0033600호, 제2004/0096942호, 제2005/0266457호 및 제2006/0100416호 및 국제 공개 출원 제WO 01/70816호, 제WO 02/066612호, 제WO 02/066613호, 제WO 02/066614호, 제WO 02/066615호, 제WO 02/29075호 및 제WO 2005/108617에 기술되어 있고, 이들 각각은 전문이 참고로 포함된다. 비스테로이드성 액디손 효능제-조절 시스템의 예는 RheoSwitch(등록상표) 포유동물 유도 발현 시스템(뉴 잉글랜드 바이오랩스사(New England Biolabs), 미국 매사추세츠주 입스위치 소재)이다.
추가의 다른 프로모터 시스템은 테트라사이클린(tet) 반응 요소(예컨대, 문헌[Gossen & Bujard (1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:5547-551)]에 기술됨); 또는 예컨대 문헌[Lee et al. (1981, Nature 294:228-232); Hynes et al. (1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:2038-2042); Klock et al. (1987, Nature 329:734-736); 및 Israel & Kaufman (1989, Nucl. Acids Res. 17:2589-2604)]에 기술된 호르몬 반응 요소를 포함하지만 이들로 제한되지 않는 반응 요소를 포함할 수 있다. 이러한 프로모터를 사용함으로써, 중화 항체 작제물의 발현은 예를 들어, Tet-온/오프 시스템에 의해서 제어될 수 있다(Gossen et al., 1995, Science 268:1766-9; Gossen et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 89(12):5547-51); the TetR-KRAB system (Urrutia R., 2003, Genome Biol., 4(10):231; Deuschle U et al., 1995, Mol Cell Biol. (4):1907-14); the mifepristone (RU486) regulatable system (Geneswitch; Wang Y et al., 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 91(17):8180-4; Schillinger et al., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A.102(39):13789-94); 및 the humanized tamoxifen-dep regulatable system (Roscilli et al., 2002, Mol. Ther. 6(5):653-63).
본 발명의 또 다른 양상에서, 유전자 스위치는 FK506 결합 단백질(FKBP)과 FKBP 라파마이신 연관 단백질(FRAP)의 이량체화를 기반으로 하고, 라파마이신 또는 이의 비-면역억제성 유사체를 통해서 조절된다. 이러한 시스템의 예는 비제한적으로 ARGENT(상표명) 전사 기술(애리어드 파마슈티컬즈사(ARIAD Pharmaceuticals), 미국 매사추세츠주 캠브리지 소재) 및 미국 특허 제6,015,709호, 제6,117,680호, 제6,479,653호, 제6,187,757호 및 제6,649,595호, 미국 공개 제2002/0173474호, 미국 공개 제200910100535호, 미국 특허 제5,834,266호, 미국 특허 제7,109,317호, 미국 특허 제7,485,441호, 미국 특허 제5,830,462호, 미국 특허 제5,869,337호, 미국 특허 제5,871,753호, 미국 특허 제6,011,018호, 미국 특허 제6,043,082호, 미국 특허 제6,046,047호, 미국 특허 제6,063,625호, 미국 특허 제6,140,120호, 미국 특허 제6,165,787호, 미국 특허 제6,972,193호, 미국 특허 제6,326,166호, 미국 특허 제7,008,780호, 미국 특허 제6,133,456호, 미국 특허 제6,150,527호, 미국 특허 제6,506,379호, 미국 특허 제6,258,823호, 미국 특허 제6,693,189호, 미국 특허 제6,127,521호, 미국 특허 제6,150,137호, 미국 특허 제6,464,974호, 미국 특허 제6,509,152호, 미국 특허 제6,015,709호, 미국 특허 제6,117,680호, 미국 특허 제6,479,653호, 미국 특허 제6,187,757호, 미국 특허 제6,649,595호, 미국 특허 제6,984,635호, 미국 특허 제7,067,526호, 미국 특허 제7,196,192호, 미국 특허 제6,476,200호, 미국 특허 제6,492,106호, 국제 특허 제WO 94/18347호, 제WO 96/20951호, 제WO 96/06097호, 제WO 97/31898호, 제WO 96/41865호, 제WO 98/02441호, 제WO 95/33052호, 제WO 99110508호, 제WO 99110510호, 제WO 99/36553호, 제WO 99/41258호, 제WO 01114387호에 기술된 시스템, ARGENT(상표명) 조절 전사 레트로 레트로바이러스 키트, 버전 2.0(9109102), 및 ARGENT(상표명) 조절 전사 플라스미드 키트, 버전 2.0(9109/02)을 포함하며, 이들 각각은 이들의 전문이 본 명세서에 참고로 포함된다. 애리어드 시스템은 라파마이신 및 "라파로그(rapalog)"라고 지칭되는 이의 유사체에 의해서 유도되도록 설계된다. 적합한 라파마이신의 예는 ARGENT(상표명) 시스템의 설명과 관련하여 상기에 열거된 문헌에 제공된다. 일 실시형태에서, 분자는 라파마이신[예를 들어, Rapamune(상표명)으로 화이자사(Pfizer)에 의해서 판매됨]이다. 또 다른 실시형태에서, AP21967[애리어드사]이라고 공지된 라파로그가 사용된다. 본 발명에서 사용될 수 있는 이러한 이량체화 분자의 예는 라파마이신, FK506, FK1012(FK506의 동종이량체), 내인성 FKBP 및/또는 FRAP에 대한 친화성을 감소시키거나 제거하는 "bump"를 추가하기 위해서 자연 산물의 화학적 변형에 의해서 쉽게 제조되는 라파마이신 유사체("라파로그")를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 라파로그는 예컨대, AP26113(애리어드사), AP1510(Amara, J.F., et al., 1997, Proc Natl Acad Sci USA, 94(20): 10618-23) AP22660, AP22594, AP21370, AP22594, AP23054, AP1855, AP1856, AP1701, AP1861, AP1692 및 AP1889(내인성 FKBP와의 상호작용을 최소화하는 설계된 'bump'를 가짐)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 추가의 다른 라파로그, 예를 들어, AP23573[머크사(Merck)]가 선택될 수 있다.
다른 적합한 인핸서는 목적하는 표적 조직 적응증에 적절한 것을 포함한다. 일 실시형태에서, 발현 카세트는 1종 이상의 발현 인핸서를 포함한다. 일 실시형태에서, 발현 카세트는 2종 이상의 발현 인핸서를 함유한다. 이러한 인핸서는 서로 동일하거나 상이할 수 있다. 예를 들어, 인핸서는 CMV 극 초기 인핸서를 포함할 수 있다. 이 인핸서는 서로 인접해서 위치되는 2개의 복제물에 존재할 수 있다. 대안적으로, 인핸서의 이중 카피는 하나 이상의 서열에 의해서 분리될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 발현 카세트는 추가로 인트론, 예를 들어, 닭 베타-액틴 인트론을 함유한다. 다른 적합한 인트론은 관련 기술 분야에 공지된 것을 포함하고, 예를 들어, 예컨대, 국제 특허 제WO 2011/126808호에 기술되어 있다. 적합한 폴리A 서열의 예는, 예를 들어, 토끼 결합 글로불린(rBG), SV40, SV50, 소 성장 호르몬(bGH), 인간 성장 호르몬, 및 합성 폴리A를 포함한다. 선택적으로, 하나 이상의 서열이 mRNA를 안정화시키기 위해서 선택될 수 있다. 그러한 서열의 예는 변형된 WPRE 서열인데, 그것은 폴리A 서열의 상류에서 그리고 암호 서열의 하류에서 조작될 수 있다(예를 들어, 문헌[MA Zanta-Boussif, et al, Gene Therapy (2009) 16: 605-619] 참고).
AAV 바이러스 벡터는 다수의 트랜스젠을 포함할 수 있다. 특정 상황에서, 상이한 트랜스젠을 사용하여 단백질의 각각의 소단위(예를 들어, 면역글로불린 도메인, 면역글로불린 중쇄, 면역글로불린 경쇄)를 암호화할 수 있다. 일 실시형태에서, 세포는 상이한 소단위 각각을 함유하는 바이러스로 감염/형질주입된 후 멀티-소단위 단백질을 생산한다. 또 다른 실시형태에서, 단백질의 상이한 소단위는 동일한 트랜스젠에 의해서 암호화될 수 있다. 이러한 경우에, 단일 트랜스젠은 소단위 각각을 암호화하는 DNA를 포함하고, 각각의 소단위에 대한 DNA는 내부 리보자임 유입 부위(internal ribozyme entry site: IRES) 또는 자가 절단 펩타이드(예를 들어, 2A)에 의해서 분리된다. IRES는, 소단위 각각을 암호화하는 DNA의 크기가 작은 경우, 예를 들어, 소단위를 암호화하는 DNA의 총 크기 및 IRES의 소단위가 5킬로베이스 미만인 경우에 바람직하다. IRES에 대한 대안으로서, DNA는 번역 후 사건에서 자가 절단하는 2A 펩타이드를 암호화하는 서열에 의해서 분리될 수 있다(예를 들어, 문헌[ML Donnelly, et al, (Jan 1997) J. Gen. Virol., 78(Pt 1):13-21; S. Furler, S et al, (June 2001) Gene Ther., 8(11):864-873; H. Klump, et al., (May 2001) Gene Ther., 8(10):811-817] 참고). 이러한 2A 펩타이드는 IRES보다 상당히 더 작아서, 공간이 제한 인자인 경우에 사용하기에 적절하다. 보다 자주는, 트랜스젠이 크거나, 다수의 소단위로 이루어지거나, 2개의 트랜스젠이 함께 전달되는 경우, 목적하는 트랜스젠(들) 또는 소단위를 보유하는 rAAV는 공동 투여되어 그것이 생체 내에서 콘카타머화되는 것을 가능하게 하여 단일 벡터 게놈을 형성한다. 이러한 실시형태에서, 제1 AAV는 단일 트랜스젠을 발현하는 발현 카세트를 보유할 수 있고, 제2 AAV는 숙주 세포에서의 공동 발현을 위해서 상이한 트랜스젠을 발현하는 발현 카세트를 보유할 수 있다. 그러나, 선택된 트랜스젠은 임의의 생물학적 활성 산물 또는 다른 산물, 예를 들어, 연구에 바람직한 산물을 암호화할 수 있다.
발현 카세트에 대해서 상기에 식별된 요소에 더하여, 벡터는 또한 본 발명에 의해서 생산된 바이러스에 의해서 감염되거나 또는 플라스미드 벡터가 형질주입된 세포에서 암호화된 산물(예를 들어, 중화 항체 또는 이의 부분)의 전사, 번역 및/또는 발현을 허용하는 방식으로 암호 서열에 작동 가능하게 연결되는 종래의 제어 요소를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "작동 가능하게 연결된" 서열은 관심 유전자와 인접한 발현 제어 서열 및 트랜스로 또는 관심 유전자를 제어하도록 하는 거리에서 작용하는 발현 제어 서열 둘 다를 포함한다.
발현 제어 서열은 적절한 인핸서; 전사 인자; 전사 종결자; 프로모터; 효율적인 RNA 처리 신호, 예컨대, 스플라이싱 및 폴리아데닐화(폴리A) 신호; 세포질의 mRNA를 안정화시키는 서열, 예를 들어 우드처크 간염 바이러스(Woodchuck Hepatitis Virus: WHP) 전사후 조절 요소(WPRE); 번역 효율을 향상시키는 서열(즉 코작 공통 서열); 단백질 안정성을 향상시키는 서열; 및 필요에 따라, 암호화된 산물의 분비를 향상시키는 서열을 포함한다.
일 실시형태에서, 조절 서열은 총 rAAV 벡터 게놈이 약 2.0 내지 약 5.5킬로베이스 크기이도록 선택된다. 일 실시형태에서, rAAV 벡터 게놈은 네이티브 AAV 게놈의 크기와 비슷한 것이 바람직하다. 따라서, 일 실시형태에서, 조절 서열은 총 rAAV 벡터 게놈이 약 4.7kb 크기이다. 또 다른 실시형태에서, 총 rAAV 벡터 게놈은 약 5.2kb 미만의 크기이다. 벡터 게놈의 크기는 프로모터, 인핸서, 인트론, 폴리 A 등을 비롯한, 조절 서열의 크기를 기초로 조작될 수 있다(본 명세서에 참고로 포함된 문헌[Wu et al, Mol Ther, Jan 2010 18(1):80-6] 참고).
따라서, 일 실시형태에서, 인트론이 벡터 내에 포함된다. 적합한 인트론은 닭 베타-액틴 인트론, 인간 베타 글로빈 IVS2(Kelly et al, Nucleic Acids Research, 43(9):4721-32 (2015)); 프로메가 키메라 인트론(Almond, B. and Schenborn, E. T. A Comparison of pCI-neo Vector and pcDNA4/HisMax Vector); 및 hFIX 인트론을 포함한다. 본 명세서에서 적합한 다양한 인트론은 관련 기술 분야에 공지되어 있고, 이것은 본 명세서에 참고로 포함된 bpg.utoledo.edu/~afedorov/lab/eid.html에서 발견되는 것을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다(또한 본 명세서에 참고로 포함된 문헌[Shepelev V., Fedorov A. Advances in the Exon-Intron Database. Briefings in Bioinformatics 2006, 7: 178-185] 참고).
몇몇 상이한 바이러스 게놈이 본 명세서에 기술된 연구에서 생성되었다. 그러나, 당업자는 다른 조절 서열을 비롯한 다른 게놈 구성이 프로모터, 인핸서 및 다른 암호 서열에 대해서 치환될 수 있고, 선택될 수 있음을 이해할 것이다. 본 명세서에 기술된 면역글로불린 도메인 및/또는 융합 단백질을 암호화하는 발현 카세트 및 벡터 게놈의 예는 예를 들어, 서열번호 5; 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 및 서열번호 31에 제공된다. 적합하게는, 이들 예시적인 벡터 게놈은 프로모터(예를 들어, 닭 베타-액틴, UBC 또는 TBG), 인트론(예를 들어, SV40 인트론 또는 키메라 인트론), 5' UTR 서열번호(예를 들어, c-myc), 코작 서열, 폴리 A(예를 들어, SV40, 소 성장 호르몬 또는 토끼 글로빈)를 비롯한, 벡터 요소를 포함한다. 특정 실시형태에서, IRES 또는 푸린(furin), 푸린/F2A 또는 둘 다가 발현 카세트에 포함된다. 다른 벡터 요소가 선택될 수 있음이 이해될 것이다.
IV. rAAV 벡터 생산
AAV 바이러스 벡터(예를 들어, 재조합(r) AAV)를 생산하는 데 사용하기 위해서, 발현 카세트는 패키징 숙주 세포에 전달되는, 임의의 적합한 벡터, 예를 들어, 플라스미드 상에 보유될 수 있다. 본 발명에 유용한 플라스미드는, 그것이 시험관내에서 특히 원핵 세포, 곤충 세포, 포유동물 세포에서 복제 및 패키징되기에 적합하도록 조작될 수 있다. 적합한 형질주입 기술 및 숙주 세포의 패키징 기술은 공지되어 있고/있거나 당업자에 의해서 쉽게 설계될 수 있다.
AAV-기반 벡터(예를 들어, AAV9 또는 또 다른 AAV 캡시드 가짐)의 제조 방법은 공지되어 있다(예를 들어, 본 명세서에 참고로 포함된 미국 공개 특허 출원 제2007/0036760호(2007년 2월15일) 참고). 본 발명은 AAV9 또는 다른 클레이드 F AAV 아미노산 서열의 사용에 제한되지 않지만, 예를 들어, 화학 합성법, 다른 합성 기술 또는 다른 방법을 비롯한 관련 기술 분야에 공지된 다른 방법에 의해서 생성된 말단 β-갈락토스 결합을 함유하는 펩타이드 및/또는 단백질을 포함한다. 본 명세서에 제공된 AAV 캡시드 중 임의의 것의 서열은 다양한 기술을 사용하여 쉽게 생성될 수 있다. 적합한 생산 기술은 당업자에게 널리 공지되어 있다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Habor Press (Cold Spring Habor, NY] 참고). 대안적으로, 펩타이드는 또한 널리 공지된 고체상 펩타이드 합성 방법에 의해서 합성될 수 있다(Merrifield, (1962) J. Am. Chem. Soc., 85:2149; Stewart and Young, Solid Phase Peptide Synthesis (Freeman, San Francisco, 1969) pp. 27-62). 이러한 방법은 예를 들어, AAV 캡시드를 암호화하는 핵산 서열; 기능성 rep 유전자; 최소한, AAV 반전 말단 반복부(ITR) 및 이식유전자로 구성된 꼬마유전자; 및 꼬마 유전자의 AAV 캡시드 단백질 내로의 패키징을 허용하기에 충분한 헬퍼 기능을 함유하는 숙주 세포를 배양하는 것을 포함한다. 이들 및 다른 적합한 생산 방법은 당업자의 지식 범위 내이고, 본 발명의 제한이 아니다.
AAV 캡시드에서 AAV 꼬마유전자를 패키징하기 위해서 숙주 세포에서 배양될 필요가 있는 성분은 숙주 세포에 트랜스로 제공될 수 있다. 대안적으로, 필요한 성분(예를 들어, 꼬마유전자, rep 서열, cap 서열, 및/또는 헬퍼 기능) 중 임의의 하나 이상은, 당업자에게 공지된 방법을 사용하여 필요한 성분 중 하나 이상을 함유하도록 조작된 안정적인 숙주 세포에 의해서 제공될 수 있다. 가장 적합하게는, 이러한 안정적인 숙주 세포는 유도 프로모터의 제어 하에서 필요한 성분(들)을 함유할 것이다. 그러나, 필요한 성분(들)은 구성 프로모터의 제어 하에 존재할 수 있다. 적합한 유도 프로모터 및 구성 프로모터의 예는 본 명세서에서, 트랜스젠의 사용에 적합한 조절 요소의 논의에서 제공된다. 추가의 또 다른 대안에서, 선택된 안정적인 숙주 세포는 구성 프로모터의 제어 하의 선택된 성분(들) 및 하나 이상의 유도 프로모터의 제어 하의 다른 선택된 성분(들)을 함유할 수 있다. 예를 들어, 293개 세포(이것은 구성 프로모터의 제어 하의 E1 헬퍼 기능을 함유함)로부터 유래되지만, 유도 프로모터의 제어 하의 rep 및/또는 cap 단백질을 함유하는 안정적인 숙주 세포가 생성될 수 있다. 추가의 다른 안정적인 숙주 세포는 당업자에 의해서 생성될 수 있다.
이러한 rAAV는 치료 목적을 위한 그리고 방어 면역의 유도를 비롯한, 면역화를 위한 유전자 전달에 특히 양호하게 적합하다. 추가로, 본 발명의 조성물은 또한 시험관내에서 목적하는 유전자 산물의 생산을 위해서 사용될 수 있다. 시험관내 생산을 위해서, 목적하는 산물(예를 들어, 단백질)은 목적하는 산물을 암호화하는 분자를 함유하는 rAAV로 숙주 세포를 형질주입하고, 세포 배양물을 발현을 허용하는 조건 하에서 배양한 후에 목적하는 배양물로부터 수득될 수 있다. 발현된 산물은 이어서 필요한 경우 정제 및 단리될 수 있다. 형질주입, 세포 배양, 정제 및 단리에 적합한 기술은 관련 기술 분야에 공지되어 있다. 벡터로서 사용하기에 적합한 AAV를 생성 및 단리시키는 방법은 관련 기술 분야에 공지되어 있다(일반적으로, 예를 들어, 문헌[Grieger & Samulski, 2005, "Adeno-associated virus as a gene therapy vector: Vector development, production and clinical applications, " Adv. Biochem. Engin/Biotechnol. 99: 119-145; Buning et al., 2008, "Recent developments in adeno-associated virus vector technology," J. Gene Med. 10:717-733] 및 하기에 인용된 문헌 참고(이들 각각은 이들의 전문이 본 명세서에 참고로 포함됨)). 트랜스젠을 비리온 내에 패키징하기 위해서, ITR은 발현 카세트를 함유하는 핵산 분자와 동일한 작제물 내에서 시스일 필요가 있는 유일한 AAV 성분이다. cap 및 rep 유전자는 트랜스로 공급될 수 있다.
일 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 발현 카세트는, 상부에 보유된 면역글로불린 작제물 서열을 바이러스 벡터의 생산을 위한 패키징 숙주 세포 내로 전달하는 유전 요소(예를 들어, 셔틀 플라스미드) 내에서 조작된다. 일 실시형태에서, 선택된 유전 요소는 형질주입, 전기침공법, 리포좀 전달, 막 융합 기법, 고속 DNA-코팅된 펠릿, 바이러스 감염 및 원형질 융합을 비롯한, 임의의 적합한 방법에 의해서 AAV 패키징 세포에 전달될 수 있다. 안정적인 AAV 패키징 세포가 또한 제조될 수 있다. 대안적으로, 발현 카세트는 AAV가 아닌 바이러스 벡터를 생성하기 위해서 또는 시험관내에서 항체의 혼합물의 생산을 위해서 사용될 수 있다. 그러한 작제물을 제조하기 위해 사용되는 방법은 핵산 조작 분야의 당업자에게 공지되어 있고, 이것은 유전자 조작, 재조합 조작 및 합성 기술을 포함한다(예를 들어, 문헌[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, ed. Green and Sambrook, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (2012)] 참고).
용어 "AAV 중간체" 또는 "AAV 벡터 중간체"는 내부에 패키징된 목적하는 게놈 서열이 결여된 조립된 rAAV 캡시드를 지칭한다. 이들은 또한 "중공" 캡시드라 지칭될 수 있다. 이러한 캡시드는 발현 카세트의 어떠한 검출 가능한 게놈 서열도 함유할 수 없거나, 또는 유전자 산물의 발현을 달성하기에 불충분한 단지 부분적으로 패키징된 게놈 서열을 함유할 수 있다. 이들 중공 캡시드는 관심 유전자를 숙주 세포에 전달하기에 비기능성이다.
본 명세서에 기술된 재조합 AAV는 공지된 기술을 사용하여 생성될 수 있다(예를 들어, 국제 특허 제WO 2003/042397호; 제WO 2005/033321호, 제WO 2006/110689호; 미국 특허 제US 7588772 B2호 참고). 이러한 방법은 AAV 캡시드를 암호화하는 핵산 서열; 기능성 rep 유전자; 최소한, AAV 반전 말단 반복부(ITR) 및 이식유전자로 구성된 발현 카세트; 및 발현 카세트의 AAV 캡시드 단백질 내로의 패키징을 허용하기에 충분한 헬퍼 기능을 함유하는 숙주 세포를 배양하는 것을 포함한다. 캡시드, 이를 위한 암호 서열을 생성하는 방법 및 rAAV 바이러스 벡터의 생산 방법이 기술되어 있다(예를 들어, 문헌[Gao, et al, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (10), 6081-6086 (2003)] 및 미국 특허 제US 2013/0045186A1호 참고).
일 실시형태에서, 재조합 AAVhu68을 생산하는 데 유용한 생산 세포 배양물이 제공된다. 이러한 세포 배양물은 숙주 세포에서 AAVhu68 캡시드를 발현하는 핵산; AAVhu68 캡시드, 예를 들어, AAV ITR 및 숙주 세포에서 산물의 발현을 지시하는 서열에 작동 가능하게 연결된 유전자 산물을 암호화하는 비-AAV 핵산 서열을 함유하는 벡터 게놈 내에 패키징하기에 적합한 핵산 분자; 및 재조합 AAVhu68 캡시드 내에 핵산 분자를 패키징하는 것을 허용하기 위한 충분한 AAV rep 기능 및 아데노바이러스 헬퍼 기능을 함유한다. 일 실시형태에서, 세포 배양물은 포유동물 세포(예를 들어, 특히 인간 배아 신장 293 세포) 또는 곤충 세포(예를 들어, 바쿨로바이러스)로 구성된다. 선택적으로, rep 기능은 hu68가 아닌 AAV에 의해서 제공된다. 특정 실시형태에서, rep 기능의 적어도 부분은 AAVhu68로부터 유래된다. 선택적으로, rep 및 cap 서열은 세포 배양물에서 동일한 유전 요소 상에 존재한다. rep 서열과 cap 유전자 사이에 스페이서가 존재할 수 있다. 선택적으로, 스페이서는 atgacttaaaccaggt(서열번호 33)이다. 이러한 AAVhu68 또는 돌연변이체 AAV 캡시드 서열 중 임의의 것은 숙주 세포에서 발현을 지시하는 외인성 조절 제어 서열의 제어 하에 존재할 수 있다.
일 실시형태에서, 세포는 적합한 세포 배양물(예를 들어, HEK 293 세포)에서 제조된다. 본 명세서에 기술된 유전자 요법 벡터를 제조하는 방법은 관련 기술 분야에 널리 공지된 방법, 예컨대, 유전자 요법 벡터의 생산을 위해서 사용되는 플라스미드 DNA의 생성, 벡터의 생성, 및 벡터의 정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전자 요법 벡터는 AAV 벡터이고, 생성된 플라스미드는 AAV 게놈 및 관심 유전자를 암호화하는 AAV 시스-플라스미드, AAV rep 및 cap 유전자를 함유하는 AAV 트랜스-플라스미드, 및 아데노바이러스 헬퍼 플라스미드이다. 벡터 생성 공정은 방법 단계, 예컨대, 세포 배양의 개시, 세포의 계대, 세포의 시딩, 세포의 플라스미드 DNA로의 형질주입, 혈청 무함유 배지로의 형질주입 후 배지 교환, 및 벡터-함유 세포 및 배양 배지의 수거를 포함할 수 있다. 수거된 벡터-함유 세포 및 배양 배지를 본 명세서에서 조 세포 수거물이라 지칭한다. 또 다른 시스템에서, 유전자 요법 벡터는 곤충 세포 내부로 바큘로바이러스-기반 벡터로의 감염에 의해 도입된다. 이러한 생산 시스템에 대한 리뷰에 대해서는, 일반적으로 예를 들어, 문헌[Zhang et al., 2009, "Adenovirus-adeno-associated virus hybrid for large-scale recombinant adeno-associated virus production," Human Gene Therapy 20:922-929](전문이 본 명세서에 참고로 포함됨)를 참고하기 바란다. 이러한 및 다른 AAV 생산 시스템의 제조 및 사용 방법은 하기 미국 특허에 기술되어 있으며, 이들 각각의 내용은 전문이 본 명세서에 참고로 포함된다: 5,139,941; 5,741,683; 6,057,152; 6,204,059; 6,268,213; 6,491,907; 6,660,514; 6,951,753; 7,094,604; 7,172,893; 7,201,898; 7,229,823; 및 7,439,065.
이후에 조질의 세포 수거물은 이후에 벡터 수거물의 농축, 벡터 수거물의 투석여과, 벡터 수거물의 미세유동화, 뉴클레아제 벡터 수거물의 분해, 미세유동화된 중간체의 여과, 크로마토그래피에 의한 조질의 정제, 초원심분리에 의한 조질의 정제, 접선 유동 여과에 의한 완충액 교환 및/또는 벌크 벡터를 제조하기 위한 제형 및 여과와 같은 방법 단계들이 실시될 수 있다.
고 염 농도에서, 그 다음 음이온 교환 수지 크로마토그래피에 의한 2-단계 친화도 크로마토그래피 정제를 사용하여 벡터 약물 제품을 정제하고, 중공 캡시드를 제거한다. 이러한 방법은 각각 본 명세서에 참고로 포함된 국제 특허 출원 제PCT/US2016/065970호(출원일 2016년 12월 9일) 및 이의 우선권 문헌, 미국 특허 출원 제62/322,071호(출원일 2016년 4월 13일), 및 제62/226,357호(출원일 2015년 12월 11일, 발명의 명칭 "Scalable Purification Method for AAV9")에 보다 상세하게 기술되어 있다. AAV8에 대한 정제 방법, 국제 특허 출원 제PCT/US2016/065976호(출원일 2016년 12월 9일) 및 이의 우선권 문헌 미국 특허 출원 제62/322,098호(출원일 2016년 4월 13일) 및 제62/266,341호(출원일 2015년 12월 11일) 및 rh10에 대한 정제 방법, 국제 특허 출원 제PCT/US16/66013호(출원일 2016년 12월 9일) 및 이의 우선권 문헌, 미국 특허 출원 제62/322,055호(출원일 2016년 4월 13일) 및 제62/266,347호(발명의 명칭 "Scalable Purification Method for AAVrh10", 또한 출원일 2015년 12월 11일), 및 AAV1에 대한 정제 방법, 국제 특허 출원 제PCT/US2016/065974호(출원일 2016년 12월 9일), 및 이의 우선권 문헌 미국 특허 출원 제62/322,083호(출원일 2016년 4월 13일) 및 제62/26,351호("Scalable Purification Method for AAV1", 출원일 2015년 12월 11일)은 모두 본 명세서에 참고로 포함된다.
중공 입자 및 전입자 함량을 계산하기 위해서, 선택된 샘플에 대한 VP3 밴드 체적(예를 들어, 본 명세서 실시예에서, 아이오딕산올 구배-정제된 제제이고, 여기서 GC의 수 = 입자의 수)을 적재된 GC 입자에 대해서 플로팅한다. 생성된 일차 방정식(y = mx+c)을 사용하여 시험품 피크의 밴드 체적 내의 입자의 수를 계산한다. 이어서, 적재된 20㎕당 입자의 수(pt)에 50을 곱하여 입자(pt)/㎖를 제공한다. Pt/㎖를 GC/㎖로 나누어 게놈 카피에 대한 입자의 비(pt/GC)를 제공한다. Pt/㎖-GC/㎖은 중공 pt/㎖을 제공한다. 중공 pt/㎖를 pt/㎖로 나누고 100을 곱하여 중공 입자의 백분율을 제공한다.
일반적으로, 패키징된 게놈을 갖는 AAV 벡터 입자 및 중공 캡시드에 대한 검정 방법은 관련 기술 분야에 공지되어 있다(예를 들어, 문헌[Grimm et al., Gene Therapy (1999) 6:1322-1330; 및 Sommer et al., Molec. Ther. (2003) 7:122-128] 참고). 변성 캡시드에 대해서 시험하기 위해서, 방법은 처리된 AAV 스톡을, 3종의 캡시드 단백질, 예를 들어, 완충액 중에 3 내지 8%의 트리스-아세테이트를 함유하는 구배 젤을 분리할 수 있는 임의의 젤로 이루어진, SDS-폴리아크릴아마이드 젤 전기영동법에 적용하는 단계, 이어서, 젤을 샘플 물질이 분리될 때까지 전개시키는 단계, 및 젤을 나일론 또는 나이트로셀룰로스 막, 바람직하게는 나일론 상에 블롯팅하는 단계를 포함한다. 이어서, 항-AAV 캡시드 항체는 변성 캡시드 단백질, 바람직하게는 항-AAV 캡시드 단클론성 항체, 가장 바람직하게는 B1 항-AAV-2 단클론성 항체에 결합하는 1차 항체로서 사용된다(Wobus et al., J. Virol. (2000) 74:9281-9293). 이어서, 2차 항체, 즉, 1차 항체에 결합하고, 1차 항체와의 결합을 검출하기 위한 수단, 보다 바람직하게는 그것에 공유 결합된 검출 분자를 함유하는 항-IgG 항체, 가장 바람직하게는 호스래디쉬 퍼옥시다제에 공유 연결된 양 항-마우스 IgG 항체인 것이 사용된다. 결합을 검출하기 위한 방법을 사용하여 1차 항체와 2차 항체 간의 결합을 반-정량적으로 결정하는데, 바람직하게는 검출 방법은 방사성 동위원소 방출, 전자기 방사선, 또는 표색계 변화, 가장 바람직하게는 화학발광 검출 키트를 검출할 수 있다. 예를 들어, SDS-PAGE의 경우, 칼럼 분획으로부터의 샘플을 취하고, 환원제(예를 들어, DTT)를 함유하는 SDS-PAGE 적재 완충액 중에서 가열할 수 있고, 캡시드 단백질을 프리-캐스트(pre-cast) 구배 폴리아크릴아마이드 젤(예를 들어, 노벡스(Novex)) 상에서 분할시켰다. 제조사의 설명서에 따라서 실버엑스프레스(SilverXpress)(인비트로젠(Invitrogen), 미국 캘리포니아주 소재)를 사용하여 또는 다른 적합한 염색 방법, 즉 SYPRO 루비 또는 쿠마시 염색제를 사용하여 은 염색을 수행할 수 있다. 일 실시형태에서, 칼럼 분획 중의 AAV 벡터 게놈(vg)의 농도를 정량적 실시간 PCR(Q-PCR)에 의해서 측정할 수 있다. 외인성 DNA를 제거하기 위해 샘플은 DNase I(또는 다른 적합한 뉴클레아제)를 이용하여 희석되고 분해된다. 뉴클레아제의 비활성화 후에, 상기 샘플은 추가로 희석되며, 프라이머 사이의 DNA 서열에 특이적인 태크만(TaqMan)(상표명) 형광원 프로브 및 프라이머를 이용하여 증폭시킨다. 정의된 형광 수준에 도달하는 데 필요한 사이클의 수(역치 사이클, Ct)를 어플라이드 바이오시스템즈 프리즘(Applied Biosystems Prism) 7700 서열 검출 시스템 상에서 각각의 샘플에 대해서 측정한다. AAV 벡터에 함유된 것과 동일한 서열을 함유하는 플라스미드 DNA를 사용하여 Q-PCR 반응에서 표준 곡선을 생성시킨다. 샘플로부터 얻은 사이클 역치(Ct) 값을 사용하여 그것을 플라스미드 표준 곡선의 Ct 값에 정규화시킴으로써 벡터 게놈 역가를 결정한다. 디지털 PCR을 기반으로 한 종점 검정을 또한 사용할 수 있다.
추가로, 중공 입자 대 전입자 비를 측정하는 또 다른 예가 또한 관련 기술 분야에 공지되어 있다. 분석 원심분리(AUC)에 의해서 측정된 바와 같은 침강 속도는 응집물, 기타 미량 성분을 검출할 수 있을 뿐만 아니라 이의 상이한 침강 계수를 기반으로 상이한 입자 종의 상대적인 양의 양호한 정량을 제공할 수 있다. 이것은 길이 및 시간의 기본 단위를 기반으로 하는 절대적인 방법이며, 기준으로서 표준 분자가 필요하지 않다. 벡터 샘플을 12㎜ 광 경로 길이를 갖는 2-채널 차콜-에폰 센터피어스(charcoal-epon centerpiece)를 사용하여 세포 내에 적재시킨다. 공급된 희석 완충액을 각각의 세포의 기준 채널 내에 적재한다. 이어서 적재된 세포를 AN-60Ti 분석 회전자에 넣고, 흡광도 및 RI 검출기 둘 다가 구비된 Beckman-Coulter ProteomeLab XL-I 분석용 초원심분리기에 적재한다. 20℃에서의 완전 온도 평형화 후, 회전자에 12,000rpm의 최종 주행 속도를 제공한다. A280 스캔을 약 5.5시간 동안 대략 3분마다 기록한다(각각의 샘플에 대해서 110회의 총 스캔). 원시 데이터를 c(s) 방법을 사용하여 분석하고, 분석 프로그램 SEDFIT에서 구현한다. 생성된 크기 분포를 그래프로 나타내고, 피크를 적분한다. 각각의 피크와 연관된 백분율 값은 모든 피크 하 총 면적의 피크 면적 분율을 나타내고, 280nm에서 생성된 원시 데이터를 기초로 하며; 다수의 랩은 이 값을 사용하여 중공 입자: 전입자 입자 비를 계산한다. 그러나, 중공 입자 및 전입자는 이러한 파장에서 상이한 흡광 계수를 갖기 때문에, 원시 데이터가 이에 따라서 조정될 수 있다. 흡광 계수 조정 전 및 후 둘 다에서 중공 입자 및 전 단량체 피크 값의 비를 사용하여 중공 입자-전입자 비를 결정한다.
일 양상에서, 광역 스펙트럼 세린 프로테아제, 예를 들어, 프로테이나제 K(예컨대, 퀴아젠사(Qiagen)으로부터 상업적으로 입수 가능함)를 사용하는 최적화된 q-PCR 방법을 사용한다. 보다 특별하게는, 최적화된 qPCR 게놈 역가 검정은, DNase I 소화 후에, 샘플을 프로테이나제 K 완충액으로 희석하고, 프로테이나제 K로 처리한 후 열 불활성화시키는 것을 제외하고는, 표준 검정과 유사하다. 적합하게는 샘플을 샘플 크기와 동일한 양의 프로테이나제 K 완충액으로 희석한다. 프로테이나제 K 완충액을 2배수 이상으로 농축시킬 수 있다. 전형적으로, 프로테이나제 K 처리는 약 0.2㎎/㎖이지만, 0.1㎎/㎖ 내지 약 1㎎/㎖ 달라질 수 있다. 처리 단계는 일반적으로 약 55℃에서 약 15분 동안 수행되지만, 더 낮은 온도(예를 들어, 약 37℃ 내지 약 50℃)에서 더 긴 시간 기간(예를 들어, 약 20분 내지 약 30분) 동안, 또는 더 높은 온도(예를 들어, 최대 약 60℃)에서 더 짧은 시간 기간(예를 들어, 약 5 내지 10분) 동안 수행될 수 있다. 유사하게, 열 불활성화는 일반적으로 약 95℃에서 약 15분 동안이지만, 그 온도는 더 낮을 수 있고(예를 들어, 약 70 내지 약 90℃), 그 시간은 연장될 수 있다(예를 들어, 약 20분 내지 약 30분). 이어서, 샘플을 희석(예를 들어, 1000배)하고, 표준 검정에 기술된 바와 같이 태크만 분석법에 적용한다. 정량은 ViroCyt 또는 유세포 분석법을 사용하여 수행될 수 있다.
추가로, 또는 대안적으로, 드로플렛 디지털(Droplet digital) PCR(ddPCR)을 사용할 수 있다. 예를 들어, ddPCR에 의해서 단일-가닥 및 자가-상보성 AAV 벡터 게놈 역가를 결정하는 방법은 기술되어 있다(예를 들어, 문헌[M. Lock et al, Hu Gene Therapy Methods, Hum Gene Ther Methods. 2014 Apr;25(2):115-25. doi: 10.1089/hgtb.2013.131. Epub 2014 Feb 14] 참고).
간략하면, 게놈-결함 AAVhu68 중간체로부터 패키징된 게놈 서열을 갖는 rAAVhu68 입자를 분리하는 방법은 재조합 AAVhu68 바이러스 입자 및 AAVhu68 캡시드 중간체를 포함하는 현탁액을 약 260 및 약 280에서의 자외 흡광도에 대해서 모니터링하면서 고속 성능 액체 크로마토그래피에 적용하는 것을 포함하는데, 여기서 AAVhu68 바이러스 입자 및 AAVhu68 중간체는 pH 10.2에서 평형화된 강한 음이온 교환 수지에 결합되고, 염 구배에 적용된다. RAAVhu68에 대해서 덜 적합하긴 하지만, pH는 약 10.0 내지 10.4 범위일 수 있다. 이러한 방법에서, A260/A280의 비가 변곡점에 도달한 경우 용리된 분획으로부터 AAVhu68 전 캡시드를 분리한다. 일 예에서, 친화도 크로마토그래피 단계에 대해, 투석여과 산물은 AAV2/hu68 혈청형을 효율적으로 포획하는 캡처 셀렉트(Capture Select)(상표명) 포로스(Poros)-AAV2/9 친화도 수지(라이프 테크놀로지즈(Life Technologies))에 적용된다. 이러한 이온 조건 하에서, 상당한 백분율의 잔류하는 세포 DNA 및 단백질이 칼럼을 통해서 유동하면서, AAV 입자가 효율적으로 포획된다.
V. 조성물 및 용도
본 명세서에서는 적어도 1종의 rAAV 스톡(예를 들어, rAAVhu68 스톡) 및 선택적인 담체, 부형제 및/또는 보존제를 함유하는 조성물이 제공된다. rAAV 스톡은 예를 들어, 농도 및 투여 단위의 논의에서 하기에 기술된 양에서와 동일한 복수의 rAAV 벡터를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "AAVhu68.JAb"는 항-인플루엔자 항체(Ab) 도메인을 암호화하는 벡터 게놈을 내부에 패키징한 본 명세서에 기술된 바와 같은 AAVhu68 캡시드를 갖는 rAAV를 지칭한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "AAV9.JAb"는 항-인플루엔자 항체(Ab) 도메인을 암호화하는 벡터 게놈을 내부에 패키징한 본 명세서에 기술된 바와 같은 AAV9 캡시드를 갖는 rAAV를 지칭한다. 특정 실시형태에서, 단일 rAAV 스톡은 선택적으로 하나 이상의 융합 단백질(들)에서, 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 및 서열번호 4의 면역글로불린 영역 중 4개 모두를 암호화한다. 벡터 게놈은 예를 들어, 서열번호 19; 서열번호 15, 서열번호 14, 서열번호 5 및 서열번호 31로 본 명세서에 예시된 것 중 임의의 것, 또는 본 명세서에 기술된 바와 같이 조작된 또 다른 벡터 게놈을 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, 조성물은 적어도 제2의 상이한 rAAV 스톡을 함유할 수 있다. 이러한 제2 벡터 스톡은 상이한 AAV 캡시드 및/또는 상이한 벡터 게놈을 가짐으로써 제1 벡터 스톡과 다를 수 있다. 특정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 조성물은 본 명세서에 기술된 바와 같은 발현 카세트, 또는 또 다른 항-인플루엔자 성분(예를 들어, 항체 작제물, 또 다른 생물학적 분자 약물 및/또는 소분자 약물)을 발현하는 상이한 벡터를 함유할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "담체"는 임의의 및 모든 용매, 분산 매질, 비히클, 코팅제, 희석제, 항박테리아제 및 항진균제, 등장제 및 흡수 지연제, 완충액, 담체 용액, 현탁액, 콜로이드 등을 포함한다. 약제학적 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 작용제의 사용은 관련 기술 분야에 널리 공지되어 있다. 보조 활성 성분이 또한 조성물 중에 혼입될 수 있다. 구 "약제학적으로 허용 가능한"은 숙주에 투여되는 경우 알레르기 또는 유사한 뜻밖의 반응을 생성시키지 않는 분자 엔티티 및 조성물을 지칭한다. 전달 비히클, 예컨대, 리포솜, 나노캡슐, 마이크로입자, 마이크로구체, 지질 입자, 소포체 등이 본 발명의 조성물을 적합한 숙주 세포에 도입하기 위해서 사용될 수 있다. 특히, rAAV 벡터 전달된 트랜스젠이 전달을 위해서 지질 입자, 리포솜, 소포체, 나노구체 또는 나노입자 등에 캡슐화되어 제형화될 수 있다.
일 실시형태에서, 조성물은 대상체에게 전달하기에 적합한 최종 제형을 포함하고, 이것은 예를 들어, 생리학적으로 상용성인 pH 및 염 농도로 완충된 수성 액체 현탁액이다. 선택적으로, 1종 이상의 계면활성제가 제형 중에 존재한다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 대상체에게 투여하기 위해서 희석되는 농축물로서 수송될 수 있다. 다른 실시형태에서, 조성물은 동결건조되고, 투여 시기에 재구성될 수 있다.
적합한 계면활성제, 또는 계면활성제의 조합물은, 비독성인 비이온성 계면활성제로부터 선택될 수 있다. 일 실시형태에서, 1차 하이드록실기로 말단화된 2작용성 블록 공중합체 계면활성제, 예를 들어, 예컨대, 폴록사머 188라고도 공지된 플루로닉(플루로닉)(등록상표) F68[바스프사(BASF)]가 선택되는데, 이것은 중성 pH를 갖고, 8400의 중량 평균 분자량을 갖는다. 다른 계면활성제 및 다른 폴록사머, 즉, 폴리옥시에틸렌(폴리(에틸렌 옥사이드))의 2개의 친수성 쇄가 측접된 폴리옥시프로필렌(폴리(프로필렌 옥사이드))의 중심 소수성 쇄로 구성된 비이온성 트라이블록 공중합체, SOLUTOL HS 15(마크로골(Macrogol)-15 하이드록시스테아레이트), LABRASOL(폴리옥시 카프릴 글리세리드), 폴리옥시 10 올레일 에터, TWEEN(폴리옥시에틸렌 솔비탄 지방산 에스터), 에탄올 및 폴리에틸렌 글리콜이 선택될 수 있다. 일 실시형태에서, 제형은 폴록사머를 함유한다. 이들 공중합체는 통상적으로 글자 "P"(폴록사머에 대해) 다음에 3개의 숫자로 명명되며: 처음 2개의 숫자×100은 폴리옥시프로필렌 코어의 대략의 분자량을 제공하고, 마지막 숫자×10은 폴리옥시에틸렌 함량 백분율을 제공한다. 일 실시형태에서 폴록사머 188이 선택된다. 계면활성제는 현탁액의 최대 약 0.0005 % 내지 약 0.001%의 양으로 존재할 수 있다.
벡터는 과도한 부작용 없이 또는 의학 분야의 당업자에 의해서 결정될 수 있는 의학적으로 허용 가능한 생리학적 효과와 함께 치료적 이익을 제공하기에 충분한 수준의 유전자 전달 및 발현을 제공하기 위해서 세포에 형질주입시키기에 충분한 양으로 투여된다. 종래의 약제학적으로 허용 가능한 투여 경로는, 목적하는 기관(예를 들어, 간(선택적으로 간 동맥을 통해서), 폐, 심장, 눈, 신장)으로의 직접 전달, 경구, 흡입, 비강내, 척추강내, 기관내, 동맥내, 안내, 정맥내, 근육내, 피하, 피내 또는 다른 비경구 투여 경로를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 대안적으로 또는 추가로, 투여 경로는 바람직한 경우 조합될 수 있다.
바이러스 벡터의 투여량은 치료될 병태, 환자의 연령, 체중 및 건강과 같은 인자에 주로 좌우될 것이며, 따라서 환자에 따라서 다양할 수 있다. 예를 들어, 바이러스 벡터의 치료적으로 유효한 인간 투여량은 일반적으로 약 109 내지 약 4×1014GC의 AAV 벡터의 용량을 함유하는 수성 현탁 액체 약 5㎖에 대해서 약 25 내지 약 1000마이크로리터의 범위이다. 투여량은 임의의 부작용에 대한 치료적 이점의 균형을 맞추도록 조절될 것이고, 이러한 투여량은 재조합 벡터에 대해 사용되는 치료적 용도에 따라 다를 수 있다. 트랜스젠의 발현 수준을 모니터링하여 바이러스 벡터, 바람직하게는 꼬마 유전자를 함유하는 AAV 벡터를 생성시키는 투여 빈도를 결정할 수 있다. 선택적으로, 치료 목적을 위해서 기술된 것과 유사한 투여 요법이 본 발명의 조성물을 사용한 면역화를 위해서 사용될 수 있다.
복제-결함 바이러스 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 약 109GC 내지 약 1016GC(약 70kg 체중의 평균 대상체를 치료하는 경우), 바람직하게는 인간 환자의 경우 1012GC 내지 1014GC의 범위 내인 복제-결함 바이러스의 양을 함유하도록 투여 단위로 제형화될 수 있다. 일 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 또는 9×109GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1010, 2×1010, 3×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 또는 9×1010GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1011, 2×1011, 3×1011, 4×1011, 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 또는 9×1011GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 또는 9×1012GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1013, 2×1013, 3×1013, 4×1013, 5×1013, 6×1013, 7×1013, 8×1013, 또는 9×1013GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1014, 2×1014, 3×1014, 4×1014, 5×1014, 6×1014, 7×1014, 8×1014, 또는 9×1014GC를 함유하도록 제형화된다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 적어도 1015, 2×1015, 3×1015, 4×1015, 5×1015, 6×1015, 7×1015, 8×1015, 또는 9×1015GC를 함유하도록 제형화된다. 일 실시형태에서, 인간 적용을 위해서, 용량은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 1010 내지 약 1012GC의 범위일 수 있다. 일 실시형태에서, 인간 적용을 위해서, 용량은 범위 내의 모든 정수 또는 분수 양을 포함하여, 용량당 109 내지 약 7×1013GC의 범위일 수 있다. 일 실시형태에서, 인간 적용을 위해서, 용량은 6.25×1012GC 내지 5.00×1013GC의 범위이다. 추가 실시형태에서, 용량은 약 6.25×1012GC, 약 1.25×1013GC, 약 2.50×1013GC, 또는 약 5.00×1013GC이다. 특정 실시형태에서, 용량은 동일하게 1/2로 분할되거나, 각각의 콧구멍에 투여된다. 특정 실시형태에서, 인간 적용을 위해서 용량은, 각각의 대상체에게 전달되는 총 부피 0.8㎖에 대해서 콧구멍당 0.2㎖의 2개의 분취물로서 투여되는 6.25×1012GC 내지 5.00×1013GC의 범위이다.
이러한 상기 용량은 치료될 면적의 크기, 사용되는 바이러스 역가, 투여 경로 및 목적하는 방법의 효과에 따라서, 범위 내의 모든 수를 포함하여, 약 25 내지 약 1000밀리리터 또는 더 높은 부피의 범위의 다양한 부피의 담체, 부형제 또는 완충 제형으로 투여될 수 있다. 일 실시형태에서, 담체, 부형제 또는 완충액의 부피는 적어도 약 25㎕이다. 일 실시형태에서, 부피는 약 50㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 75㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 100㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 125㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 150㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 175㎕이다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 200㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 225㎕이다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 250㎕이다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 275㎕이다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 300㎕이다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 325㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 350㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 375㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 400㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 450㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 500㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 550㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 600㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 650㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 700㎕이다. 또 다른 실시형태에서, 부피는 약 700 내지 1000㎕이다.
특정 실시형태에서, 재조합 벡터는 각각의 콧구멍에 2개의 스프레이를 사용함으로써 비강내로 투여될 수 있다. 일 실시형태에서, 2개의 스프레이는 각각의 콧구멍, 예를 들어, 왼쪽 콧구멍 스프레이, 오른쪽 콧구멍 스프레이, 그 다음 왼쪽 콧구멍 스프레이, 오른쪽 콧구멍 스프레이로 교대로 투여된다. 특정 실시형태에서, 교대하는 스프레이 사이에 지연이 존재할 수 있다. 예를 들어, 각각의 콧구멍에 약 10 내지 60초, 또는 20 내지 40초 또는 약 30초 내지 수 분 또는 더 긴 시간에 의해서 이격된 다회의 스프레이가 제공될 수 있다. 이러한 스프레이는 각각의 스프레이에서 예를 들어, 약 150㎕ 내지 300㎕, 또는 약 250㎕를 전달하여, 약 200㎕ 내지 약 600㎕, 400㎕ 내지 700㎕, 또는 450㎕ 내지 1000㎕이 투여된 전체 부피를 달성할 수 있다.
특정 실시형태에서, 재조합 AAV 벡터는 투여 후에, 예를 들어, 벡터 투여 1주 내지 4주 또는 약 2주 후에 코 세척 용액 중에서 측정되는 경우 트랜스젠의 발현 산물(예를 들어, 중화 항체 작제물, JAb210a MDAb) 5 내지 20ng/㎖의 농도를 달성하도록 비강내로 투여될 수 있다. 대상체에서 코 세척 용액을 획득하는 방법뿐만 아니라 트랜스젠의 발현 산물의 정량 방법은 통상적이다(예를 들어, 실시예 18 및 실시예 19 참고).
다른 투여 경로, 예를 들어, 정맥내 또는 근육내의 경우, 용량 수준은 비강내 전달에 대한 것보다 더 높을 것이다. 예를 들어, 이러한 현탁액은 최대 약 2.5×1015GC의 용량으로, 약 1㎖ 내지 약 25㎖의 부피 용량일 수 있다.
상기에 기술된 재조합 벡터는 공개된 방법에 따라서 숙주 세포에 전달될 수 있다. 바람직하게는 생리학적으로 상용성인 담체 중에 현탁된 rAAV가 인간 또는 비인간 포유동물 환자에게 투여될 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 조성물은 담체, 희석제, 부형제 및/또는 아주반트를 포함한다. 적합한 담체는 전달 바이러스가 관련될 적응증의 관점에서 당업자에 의해 쉽게 선택될 수 있다. 예를 들어, 하나의 적합한 담체는 염수를 포함하는데, 이것은 다양한 완충 용액(예를 들어, 인산염 완충 염수)으로 제형화될 수 있다. 다른 예시적인 담체는 멸균 염수, 락토스, 수크로스, 인산칼슘, 젤라틴, 덱스트란, 아가, 펙틴, 땅콩 오일, 참기름, 및 물을 포함한다. 완충액/담체는 rAAV가 융합 배관에 점착되는 것을 방지하지만 생체내에서 rAAV 결합 활성도를 방해하지 않는 성분을 포함해야 한다.
선택적으로, 본 발명의 조성물은 rAAV 및 담체(들)에 더하여, 다른 종래의 약제학적 성분, 예를 들어, 보존제, 또는 화학적 안정화제를 함유할 수 있다. 적합한 예시적인 보존제는 클로로부탄올, 칼륨 소르베이트, 소르브산, 이산화황, 프로필 갈레이트, 파라벤, 에틸 바닐린, 글리세린, 페놀 및 파라클로로페놀을 포함한다. 적합한 화학적 안정화제는 젤라틴 및 알부민을 포함한다.
본 발명에 따른 조성물은 상기에서 정의된 것과 같은 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함할 수 있다. 적합하게는, 본 명세서에 기술된 조성물은 약제학적으로 적합한 담체에 현탁된 및/또는 주사, 삼투압 펌프, 척수강내 카테터를 통한 대상체에 대한 전달을 위해, 또는 다른 장치 또는 경로에 의한 전달을 위해 설계된 적합한 부형제와 혼합된 하나 이상의 AAV의 유효량을 포함한다. 일례에서, 조성물은 비강내 투여를 위해서 제형화된다. 또 다른 예에서, 조성물은 근육내 투여를 위해서 제형화된다. 추가의 또 다른 예에서, 조성물은 정맥내 투여를 위해서 제형화된다. 추가의 또 다른 예에서, 조성물은 복강내 투여를 위해서 제형화된다.
일 실시형태에서, 항-병원체 작제물(예를 들어, 중화 항체 작제물)을 암호화하는 바이러스 벡터를 함유하는 조성물은 폐 형질도입을 최소화하기 위해서 비교적 적은 점적 주입 부피로 액체(예를 들어, 아토마이징, 에어로졸, 분말 등)로서 대상체에게 비강내로 전달된다. 일 실시형태에서, 적은 부피 AAV의 전달은 코 상피에 약 70% 초과, 80% 초과, 90% 초과, 약 95% 초과, 또는 약 99% 초과의 형질도입(발현에 의해서 측정되는 경우)을 방해한다. 또 다른 실시형태에서, 바이러스 벡터는 비강내 스프레이 이외의 수단, 예를 들어, 비강내 주사를 통해서 국소적으로 전달될 수 있다.
특정 실시형태에서, 비강내 전달 장치는 약 30마이크론 내지 약 100마이크론 크기의 평균 크기 범위를 갖는 입자의 미스트를 전달하는 스프레이 아토마이저를 제공한다. 특정 실시형태에서, 평균 크기 범위는 약 10마이크론 내지 약 50마이크론이다. 적합한 장치는 문헌에 기술되어 있고, 일부는 상업적으로 입수 가능하다: 예를 들어, LMA MAD NASAL(상표명)(텔레플렉스 메디컬사(Teleflex Medical); 아일랜드 소재); Teleflex VaxINato(상표명)(텔레플렉스 메디컬사; 아일랜드 소재); 커브 테크놀로지스(Kurve Technologies)로부터의 Controlled Particle Dispersion(등록상표)(CPD)(또한 문헌[PG Djupesland, Drug Deliv and Transl. Res (2013) 3: 42-62] 참고). 특정 실시형태에서, 전달의 입자 크기 및 부피는 코 상피 세포를 우선적으로 표적으로 하고, 폐에 대한 표적화를 최소화하기 위해서 제어된다. 다른 실시형태에서, 입자의 미스트는 폐 세포에 대한 전달을 위해서, 약 0.1마이크론 내지 약 20마이크론 이하이다. 이러한 더 작은 입자 크기는 코 상피 내의 보유를 최소화할 수 있다.
임의의 적합한 방법 또는 경로를 사용하여 본 명세서에 기술된 바와 같은 AAV-함유 조성물을 투여할 수 있고, 선택적으로, 본 명세서에 기술된 AAV-매개된 항체과 함께 다른 활성 약물 또는 요법을 공동 투여할 수 있다. 투여 경로는, 예를 들어, 전신, 경구, 정맥내, 복강내, 피하, 또는 근육내 투여를 포함한다.
일 실시형태에서, 동결된 형태의, 본 명세서에 기술된 바와 같은 완충액 용액 중에 rAAV를 함유하는 동결된 조성물이 제공된다. 임의로, 1종 이상의 계면활성제(예를 들어, 플루로닉 F68), 안정화제 또는 보존제가 이러한 조성물 중에 존재한다. 적합하게는, 사용을 위해서, 조성물을 해동하고, 적합한 희석제, 예를 들어, 멸균 염수 또는 완충 염수를 사용하여 목적하는 용량으로 적정한다.
선택적으로, 본 명세서에 기술된 조성물을 인플루엔자 A, 인플루엔자 B 및 인플루엔자 C를 포함하는 다른 인플루엔자 백신을 비롯한, 다른 바이러스 표적에 대한 항-바이러스 의약 및/또는 백신과 조합하여 사용할 수 있다. A형 바이러스는 가장 치명적인 인간 병원체이다. 유행병과 연관된 인플루엔자 A의 혈청형은 1918년에 스페인 독감 및 2009년에 돼지 독감을 초래한 H1N1; 1957년에 아시아 독감을 초래한 H2N2; 1968년에 홍콩 독감을 초래한 H3N2; 2004년에 조류 독감을 초래한 H5N1; H7N7; H1N2; H9N2; H7N2; H7N3; 및 H10N7을 포함한다. 인플루엔자 A에 대한 광범위 중화 항체가 기술되어 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "광범위 중화 항체"는 다수의 아형으로부터의 다수의 균주를 중화시킬 수 있는 중화 항체를 지칭한다. 예를 들어, CR6261[더 스크립스 인스티튜트사(The Scripps Institute)/크루셀사(Crucell)]은 1918 "스페인 독감"(SC1918/H1) 및 2004년에 베트남에서 닭에서 인간으로 이동된 조류 인플루엔자의 H5N1 부류의 바이러스(Viet04/H5)를 포함하는 넓은 범위의 인플루엔자 바이러스에 결합하는 단클론성 항체로서 기술되어 있다. CR6261은 인플루엔자 바이러스의 표면 상의 지배적인 단백질인 혈구응집소의 막-근위 줄기 내의 고도로 보존된 헬릭스 영역을 인식한다. 이 항체는 본 명세서에 참고로 포함된 국제 특허 제WO 2010/130636호에 기술되어 있다. 또 다른 중화 항체, F10[소마사(XOMA Ltd)]은 H1N1 및 H5N1에 대해서 유용하다고 기술되어 있다(Sui, Jianhua, et al. "Structural and functional bases for broad-spectrum neutralization of avian and human influenza A viruses." Nature structural & molecular biology 16.3 (2009): 265-273). 인플루엔자에 대한 다른 항체, 예를 들어, Fab28 및 Fab49가 선택될 수 있다(예를 들어, 참고로 포함된 국제 특허 제WO 2010/140114호 및 제WO 2009/115972호 참고). 추가의 다른 항체, 예컨대, 국제 특허 제WO 2010/010466호, 미국 공개 특허 제US/2011/076265호 및 국제 특허 제WO 2008/156763호에 기술된 것이 쉽게 선택될 수 있다.
예를 들어, 수동 면역화를 위해서, 이들 rAAV를 사용하는 방법은 예를 들어, 국제 특허 제WO 2012/145572호에 기술되어 있다. 다른 전달 방법 및 용도는 당업자에게 자명할 것이다. 예를 들어, 본 명세서에 기술된 바와 같은 요법은 본 명세서에 기술된 조합물 중 하나 이상에 더하여, 생물학적 약물, 소분자 약물, 화학치료제, 면역 향상제, 방사선, 수술 등 중 하나와의 추가 조합물을 포함할 수 있다. 본 명세서에 기술된 바와 같은 생물학적 약물은 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, 효소, 핵산 분자, 벡터(바이러스 벡터 포함) 등을 기반으로 한다.
병용 요법에서, 본 명세서에 기술된 AAV-전달 면역글로불린 작제물은 또 다른 작용제, 예를 들어, 항-바이러스 요법, 항생제뿐만 아니라 이의 임의의 조합물로의 치료 시작 이전에, 시작 동안 또는 시작 이후에, 즉, 요법의 시작 이전과 시작 동안, 시작 이전과 이후, 시작 동안과 시작 이후, 또는 시작 이전, 시작 동안 및 시작 이후에 투여된다. 예를 들어, AAV는 8시간 내지 30일 사이에 투여될 수 있고, 특정 실시형태에서, 그것은 치료 시작 약 12시간, 1일, 약 3일, 약 3 내지 30일 또는 5 내지 12일 전일 수 있다.
실시예
하기 실시예는 본 명세서에 기술된 발명을 단지 예시하고, 이에 대한 제한이 아니다.
본 명세서에 사용된 일부 약어를 하기에 제시한다: AAV, 아데노-연관 바이러스; BALF, 기관지 폐포 세척액; CB7, 사이토메갈로바이러스 인핸서 요소를 갖는 닭 β-액틴 프로모터; cDNA, 상보성 DNA; GC, 게놈 카피; HRP, 호스래디쉬 퍼옥시다제; IN, 비강내; IP, 복강내; ITR, 반전 말단 반복부; kg, 킬로그램; ORF, 오픈 리딩 프레임; 폴리A, 폴리아데닐화; 및 rBG, 토끼 β-글로빈.
계절적 및/또는 유행병믹 인플루엔자 감염의 확립에서 전통적인 인플루엔자 백신에 대한 대안으로서 인플루엔자 A 및 B에 대한 아데노-연관 바이러스(AAV) 벡터-기반 예방 요법을 개발하기 위해서, 기도 상피에서 향상된 성능 프로파일을 갖는 신규 AAV 벡터를 발견하였다. 다양한 인간 및 비인간 영장류 조직으로부터의 내인성 AAV를 검출 및 단리시키기 위해서 설계된 고도로 특별화된 분자 기술을 사용하여, 신규 AAV인 AAVhu68을 인간 조직으로부터 단리시켰다. 이러한 벡터는, 상이한 조직 유형에 걸쳐서 개선된 제조성 및 향상된 형질도입을 포함하는 선호되는 표현형을 나타낸다. AAVhu68을 예시된 후보물질 AAV 벡터 혈청형으로서 사용하여, 인플루엔자 항체 발현 카세트를 최적화하였다. 멀티-도메인 Ab(MDAb)의 발현을 위해서 단일 오픈 리딩 프레임을 암호화하는 단지 하나의 AAV 벡터를 시험하였다.
실시예 1 - 신규 클레이드 F AAV -- AAVhu68
조직 DNA를 하기 변형과 함께 제조사의 지시에 따라서 QIAamp 칼럼(퀴아젠사(Qiagen))을 사용하여 PCR 주형으로서 인간 조직 샘플로부터 추출하였다. Q5 DNA 중합효소(Q5(등록상표) Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix, NEB)를 이의 상당히 높은 충실도 및 강력한 효율을 위해서 선택하여 문헌[Gao, et al [Proc Natl Acad Sci USA, 2002 Sep 3, 99(18): 11854-11859 (Epub 2002 Aug 21)]]에 기술된 바와 같이 샘플에서 잠재적인 AAV의 전장 VP1 유전자를 회수하였고, 변형된 프라이머 세트는 하기와 같다: AV1NS 대신에, 프라이머, prm504, [GCTGCGTCAACTGGACCAATGAGAAC, 서열번호 28]를 사용하였고, 역 프라이머 AV2CAS 대신에, prm505[CGCAGAGACCAAAGTTCAACTGAAACGA, 서열번호 29]를 사용하였다.
PCR 조건을 하기와 같이 변형시켰다:
PCR 프로그램
PCR로부터의 약 3kb의 밴드를 젤로부터 절단하고; DNA를 QIAquick Gel Extraction Kit(퀴아젠사)로 추출하고, Zero Blunt(등록상표) TOPO(등록상표) PCR Cloning Kit(써모 피셔 사이언티픽사) 내에 클로닝하였다. 플라스미드를 서열결정하여 AAV VP1 유전자의 전장을 얻었다. 샘플 대부분의 경우, 적어도 3개의 플라스미드는 완전히 서열결정되었고, 공통 서열은 그 샘플에 대해서 최종 AAV 서열로서 도출되었다.
AAVhu68의 vp1 캡시드 단백질을 암호화하는 획득된 핵산 서열이 서열번호 18에 제공된다(또한 도 1B 내지 도 1D 참고). AAVhu68의 vp1 아미노산 서열이 도 1A 및 서열번호 16에 제공된다. AAV9(서열번호 17), AAVhu31(서열번호 34) 및 AAVhu32(서열번호 35)와 비교할 때, 2개의 돌연변이(A67E 및 A157V)가 AAVhu68에서 중요한 것으로 식별되었다(도 1A에서 원으로 나타냄).
이어서, 패키징 효율, 수율 및 형질도입 특성을 평가하기 위해서 AAV9 VP1 유전자 대신에 AAVhu68의 VP1 유전자를 pAAV2/9 골격에 적재함으로써 pAAV2/hu68 트랜스 플라스미드를 제조하였다. pAAV2/9 플라스미드는 캡시드 유전자에 측접한 AAV2 5' 및 3' ITR을 함유하고, 펜 벡터 코어(Penn Vector Core)[펜실베니아 대학교(University of Pennsylvania), 미국 펜실베니아 필라델피아 소재, pennvectorcore.med.upenn.edu]로부터 입수 가능하다.
실시예 2 - AAVhu68 벡터의 수율
다양한 트랜스젠 카세트, 예컨대, GFP 및 LacZ를 보유하는 AAVhu68 및 AAV9 벡터를 생성시키고, 평가하였다. 벡터 각각을 문헌[Gao et al [Gao, Guang-Ping, et al. "Novel adeno-associated viruses from rhesus monkeys as vectors for human gene therapy." Proceedings of the National Academy of Sciences 99.18 (2002): 11854-11859]에 기술된 바와 같이, 293개 세포에서 삼중 형질주입 기술을 사용하여 생성시켰다.
a. pAAVhu68 트랜스 플라스미드의 생산
vp1 캡시드 단백질을 암호화하는 핵산 서열이 서열번호 18에 제공된다.
패키징 효율, 수율 및 형질도입 특성을 평가하기 위해서 AAV9 VP1 유전자 대신에 AAVhu68의 VP1 유전자를 pAAV2/9 골격에 적재함으로써 pAAV2/hu68 트랜스 플라스미드를 제조하였다. pAAV2/9 플라스미드는 캡시드 유전자에 측접한 AAV2 5' 및 3' ITR을 함유하고, 펜 벡터 코어[펜실베니아 대학교, 미국 펜실베니아 필라델피아 소재, pennvectorcore.med.upenn.edu]로부터 입수 가능하다.
b. AAVhu68 벡터의 수율
293개 세포를 배양시키고, 10%의 우태아 혈청을 함유한 이글스 최소 필수 배지 중에서 5% CO2를 갖는 분위기 하에서 37℃에서 유지시켰다. 벡터 플라스미드를 pAAV2/hu68 또는 pAAV2/9로 대체하여, Gao 등의 문헌[Gao, Guang-Ping, et al. ""Novel adeno-associated viruses from rhesus monkeys as vectors for human gene therapy." Proceedings of the National Academy of Sciences 99.18 (2002): 11854-11859]에 기술된 바와 같이 형질주입 기술을 수행하였다. 형질주입된 세포를 6웰 플레이트에서 추가로 배양하였다. 세포의 총 용해물뿐만 아니라 상청액을 문헌[Gao et al [Gao, Guangping, et al. "Purification of recombinant adeno-associated virus vectors by column chromatography and its performance 생채내." Human gene therapy 11.15 (2000): 2079-2091]에 기술된 바와 같이 폴리A 영역을 표적으로 하는 프로브 및 프라이머를 사용함으로써 태크만(어플라이드 바이오시스템즈사(Applied Biosystems)) 분석을 통한 바이러스 정량을 위해서 수집하였다. 6개의 pAAV2/9 플라스미드 및 6개의 pAAV2/hu68 플라스미드의 수율을, 상청액 역가 및 총 용해물 역가 둘 다와 관련하여, 6웰 플레이트에서 헤드-투-헤드로 비교하였다. 각각의 플라스미드는 개별 박테리아 집락으로부터 유래되었다.
AAVhu68의 수율은 총 용해물과 관련하여 AAV9의 것과 유사한 것을 발견하였다. 그러나, 상청액에서, AAVhu68의 수율은 AAV9의 것보다 상당히 더 높았다. 따라서, AAVhu68은 대규모화 생산과 관련하여 AAV9에 비해서 더 양호한 벡터로서 입증되었는데, 그 이유는 상청액이 제조 규모 확대에 바람직하기 때문이다.
c. 항체 작제물을 갖는 상이한 AAV 캡시드의 비교
한 연구에서, AAVhu68 벡터에 대한 수율 증가가 존재하였다(표 1).
실시예 3 - A/푸에르토리코/8/34(PR8-MTS)로의 코 시험감염에 대해서 방어하기 위한 BALB/c 마우스에 대한 AAVhu68-매개된 비강내 투여
본 연구의 목적은, AAV1.CB7.hJAb, AAV9.CB7.hJAb 및 AAVhu68.CB7.hJAb 벡터의 방어 효능을 평가 및 비교하는 것이었는데, 이들 모두는 마우스에서 비강내(IN)로 투여되는 경우 인플루엔자 A(A/푸에르토리코/8/34)에 대한 예방을 부여하도록 설계되었다. 모든 연구의 경우, 암컷 BALB/c 마우스(6주령)를 잭슨 래보러토리사(미국 마인주 바 하버 소재)로부터 구입하였고, 펜실베니아 대학교의 중개 연구 실험실(Translational Research Laboratories)의 동물 설비에서 유지시켰다. 본 명세서에 기술된 펜실베니아 대학교의 실험 동물 운영 위원회에 의해서 모든 동물 절차를 승인받았다.
마취시킨 마우스를 후방 인시저(dorsal incisors)에 의해서 매달고, 그들에게 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 각각의 AAV 벡터 109 게놈 카피(GC)를 비강내(IN)로 제공하였다. 시험감염 연구를 벡터 투여 7일 후에 수행하였다. 마취시킨 마우스를 후방 인시저에 의해서 매달고, 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 인플루엔자 A/푸에르토리코/8/34(즉, PR8)(5LD50) 51㎕를 IN으로 투여하였다. 마우스를 첫 번째 14일 동안 1일 1회 체중을 재었다. 고통의 징후 또는 30% 이상의 체중 손실을 보이는 임의의 마우스를 안락사시켰다. 생존한 마우스를 시험감염 21일 후에 희생시켰다. 결과를 도 2A 및 도 2B에 나타낸다.
요약하면, 109GC의 AAV1.CB7.hJAb의 IN 전달은, 유의미한 체중 손실(20% 초과)과 함께 PR8 시험감염에 대한 부분적인 방어(40%)를 부여하였다. 이에 반해서, 109GC의 용량에서의 AAV9.CB7.hJAb 및 AAVhu68.CB7.hJAb의 IN 전달은, 10 내지 20%의 체중 손실이 동반된 PR8 시험감염에 대한 80% 방어를 부여하였다.
실시예 4 - B/Lee/40로의 코 시험감염에 대해서 방어하기 위한 BALB/c 마우스에 대한 AAVhu68 벡터 투여
본 연구의 목적은, AAV1.CB7.hJAb, AAV9.CB7.hJAb 및 AAVhu68.CB7.hJAb 벡터의 방어 효능을 평가 및 비교하는 것이었는데, 이들 모두는 마우스에서 In으로 투여되는 경우 인플루엔자 B(B/Lee/40)에 대한 예방을 부여하도록 설계되었다.
마취시킨 마우스를 후방 인시저에 의해서 매달고, 그들에게 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 각각의 AAV 벡터 109GC를 IN으로 제공하였다.
시험감염 연구를 벡터 투여 7일 후에 수행하였다. 마취시킨 마우스를 후방 인시저에 의해서 매달고, 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 인플루엔자 B/Lee/40(5LD50) 51㎕를 IN으로 투여하였다. 마우스를 첫 번째 14일 동안 1일 1회 체중을 재었다. 고통의 징후 또는 30% 이상의 체중 손실을 보이는 임의의 마우스를 안락사시켰다. 생존한 마우스를 시험감염 21일 후에 희생시켰다. 결과를 도 3A 및 도 3B에 나타낸다.
간략하면, 109GC의 AAV1.CB7.hJAb, AAV9.CB7.hJAb 또는 AAVhu68.CB7.hJAb의 IN 전달은, 시험감염의 기간 전체에서 유의미한 체중 손실 없이 B/Lee/40의 IN 시험감염에 대해서 완전한 방어를 부여하였다.
실시예 5 - BALB/c 마우스의 기관지 폐포 세척액(BALF)에서의 hJAb의 AAVhu68-매개된 발현의 발현 프로파일
본 연구의 목적은, 다양한 용량의 AAVhu68.CB7.hJAb를 BALB/c 마우스에게 IN으로 전달한 경우 BALF에서의 hJAb 발현의 수준을 평가하는 것이었다.
마우스에게 IN으로 AAVhu68.CB7.hJAb 벡터를 109GC 내지 1011GC의 범위의 용량으로 전달하였다. 마우스를 7일 후에 부검하고, BALF를 500㎕의 PBS 중에 수집하였다. 단백질 A ELISA를 사용하여 하기와 같이 Ab의 양을 정량하였다. ELISA 플레이트를 단백질 A로 코팅하였다. 밤새 인큐베이션시킨 후, 플레이트를 0.05% Tween-20/PBS로 세척하고, 차단시켰다. BALF 샘플을 PBS 중에 희석시키고, 37℃에서 1시간 동안 플레이트에 첨가하였다. 바이오틴-SP-AffiniPure 염소 항-인간 IgG Fcg-특이적 Ab(잭슨 이뮤노리서치 래보러토리즈사(Jackson ImmunoResearch Laboratories), 미국 펜실베니아주 웨스트 그로브 소재) 및 스트렙타비딘-HRP 접합체(압캄사(Abcam), 미국 매사추세츠주 캠브리지 소재)를 사용하여 결합을 검출하였다. 플레이트를 TMB 기질(시그마 알드리치사(Sigma-Aldrich), 미국 미주리주 세인트 루이스 소재)로 현상시켰다. 결과를 도 4에 나타낸다.
hJAb의 유의미한 발현이 AAVhu68.CB7.hJAb의 IN 전달 7일 후에 마우스의 BALF에서 검출되었다. 예측된 바와 같이, 벡터-처리된 마우스의 BALF에서의 hJAb의 발현은 벡터 용량이 109GC에서 1011GC로 증가됨에 따라서 증가되었다.
실시예 6 - 인플루엔자 A 또는 인플루엔자 B에 대한 방어를 위한 AAVhu68.CB7.JAb210a의 최소 유효 용량(Minimum Effective Dose: MED)의 결정
본 연구의 목적은, 인플루엔자 A 또는 B에 대한 예방에 필요한 AAVhu68.CB7.JAb210a 벡터의 MED를 결정하는 것이었다.
BALB/c 마우스에게 IN으로 AAVhu68.JAb210a 벡터를, 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 3×108GC 내지 1010GC 범위의 용량으로 제공하고, 7일 후(여기서 0일로 나타냄)에 5LD50의 PR8 또는 B/LEE/40로 시험감염시키고, 연구 기간 동안 매일 체중을 재었다(21일). 체중 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
상기에 기술된 바와 같이, 마우스에게 51㎕ 중의 107GC 내지 1011GC의 범위의 용량으로 IN으로 AAVhu68.CB7. JAb210a 벡터를 제공하였다. 시험감염 연구를 벡터 투여 7일 후에 수행하였다. 마우스를 5LD50의 인플루엔자 A(PR8)(도 5A 및 도 5B) 또는 인플루엔자 B(B/Lee/40)(도 6A 및 도 6B)로 IN으로 시험감염시키고, 매일 체중을 재었다.
도 5A 및 도 5B에 나타낸 바와 같이 109GC 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터를 사용하여 동물의 손실 또는 체중 손실 없이, PR8 시험감염에 대한 효과적인 방어가 달성되었다. 도 5A 및 도 5B에 나타낸 바와 같이 3×108GC 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터를 사용하여 유의미한 체중 손실이 동반된 생존이 달성되었다.
도 6A 및 도 6B에 나타낸 바와 같이 109GC 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터를 사용하여 동물의 손실 및 체중 손실 없이, B/Lee/40 시험감염에 대한 효과적인 방어가 달성되었다. 도 6A 및 도 6B에 나타낸 바와 같이 3×108GC 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터를 사용하여 유의미한 체중 손실이 동반된 생존이 달성되었다.
결론적으로, PR8에 대한 방어를 위한 AAVhu68.CB7. JAb210a의 MED는 109GC이다. 추가로, 체중 손실이 동반되지 않고 PR8에 대한 완전한 방어를 부여하는 AAVhu68.CB7. JAb210a의 용량은 3×109GC이다.
B/Lee/40에 대한 방어를 위해서, AAVhu68.CB7. JAb210a의 MED는 3×108GC인데, 이것은 B/Lee/40에 대한 109GC의 MED를 갖는 국제 특허 제WO 2016/200543호(공개일 2016년 12월 15일)에 기술된 바와 같은 AAV9.FI6와 AAV9.CR8033의 혼합물인 병용 요법보다 유의미한 개선이다. 체중 손실이 동반되지 않고 B/Lee/40에 대한 완전한 방어를 부여하는 AAVhu68.CB7. JAb210a의 용량은 109GC이다.
실시예 7 - 생채내에서 개선된 발현을 위한 hJAb의 코돈 최적화
본 연구의 목적은, 기도를 라이닝하는 세포로부터 hJAb의 발현을 개선시키는 것으로 예측되는 코돈 최적화된 방법을 사용하여 기도 상피의 세포로부터 hJAb의 우선적인 발현을 달성함으로써 AAV-매개된 hJAb 발현의 증명된 효능을 추가로 개선시키는 것이었다. 몇몇 상이한 코돈 최적화 방법을 사용하여 생체내에서 기도에서 hJAb의 발현을 개선시켰다. 인플루엔자 시험감염 연구에서의 효력 평가에 더하여, 벡터 생산 효율을 또한 평가하였다. 코돈 최적화는, 모체 AAVhu68.CB7.hJAb와 비교할 때 약 20% 더 높은 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 효율을 초래하였다. 추가로, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를, (a) 인플루엔자 A 또는 B로의 IN 시험감염에 대한 방어를 위한 MED를 확립하기 위해서 설계된 시험감염 연구, (b) AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터에 의해서 부여되는 방어의 개시를 평가하기 위해서 설계된 시험감염 연구 및 (c) 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb의 존재 하에서 효과적으로 재투여되는 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터의 능력을 평가하기 위해서 설계된 시험감염 연구의 일련의 시험감염 연구에서 인플루엔자 A 및 B에 대한 방어에 대해서 평가하였다.
실시예 8 - 인플루엔자 A 또는 B 감염에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a-매개된 방어의 신속한 개시
본 연구의 목적은, 마우스에서 IN 전달 이후에 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터에 의한 인플루엔자 A(PR8) 또는 B(B/Lee/40)에 대한 효과적인 방어의 개시를 결정하는 것이었다.
BALB/c 마우스에게 IN으로 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를, 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 109GC 또는 1010GC로 상기에 기술된 바와 같이 제공하고, 5LD50의 PR8 또는 B/LEE/40 바이러스로 1일, 2일, 3일 또는 7일 후에(도 7A(PR8) 및 도 8A(B/Lee/40)에 각각 시험감염 전 -1, -2, -3 및 -7일로 나타냄) 시험감염시키고, 연구 기간 동안 매일 체중을 재었다. 체중 백분율을 감염일의 체중을 기초로 계산하였다.
도 7B 및 도 7C에 나타낸 바와 같이 1010GC 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터를 사용하여 동물의 손실 없이, PR8 시험감염에 대한 효과적인 방어의 신속한 개시가 달성되었다. B/Lee/40에 대한 방어의 경우, 효과적인 방어의 신속한 개시는 도 8B 및 도 8C에 나타낸 바와 같이 109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a에서 log10 더 낮은 용량으로 달성되었다.
실시예 9 - AAVhu68-특이적 혈청-순환 Ab의 존재 하에서의 AAVhu68.CB7.JAb210a 벡터의 코 투여
본 연구의 목적은, AAVhu68에 대한 혈청-순환 NAb의 존재에도 불구하고 기도 상피의 세포에 효과적으로 형질도입하는 AAVhu68.CB7.JAb210a 벡터의 능력을 결정하는 것이었다. 상기에 기술된 바와 같이, 마우스에게, IN으로 AAVhu68.CB7.nLacZ 벡터(인플루엔자 트랜스젠과 무관하게 발현함)를 51㎕ 중의 109GC 내지 3×1010GC의 범위의 용량으로 제공하였다. 28일 후(항체 반응의 피크 시) 또는 90일(Nab가 안정화되어야 하는 시간)에 혈청을 벡터-처리된(그리고 벡터 처리되지 않은) 마우스 각각으로부터 단리시키고, 혈청 중에서 AAVhu68-특이적 NAb의 역가를 검정하였다. 28일군 및 90일군에서 마우스를 이의 NAb 상태에 따라서 계층화시키고, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터의 투여를 위해서 3개의 군 각각에 분포시켰다(도 9A 내지 도 9F 및 도 10A 내지 도 10C). 군 1에게 109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 투여하였다(도 9A, 28일 또는 도 10A, 90일). 군 2에게 3×109GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 투여하였다(도 9B, 28일 또는 도 10B, 90일). 군 3에게 1010GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 투여하였다(도 9C, 28일 또는 도 10C, 90일).
예측된 바와 같이, AAVhu68.CB.nLacZ 벡터의 IN 전달은 도 9 및 도 10에서 각각의 그래프 우측에 나타난, 혈청 순환 AAVhu68-특이적 NAb의 생성을 초래하였다.
AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb의 존재 하에서 효과적으로 재투여될 수 있다. 이미 존재하는 혈청-순환 AAVhu68-특이적 NAb는 109GC의 벡터의 효과적인 재투여에 영향을 준다. 그러나, 하프 log10에 의한 벡터의 용량을 3 x 109GC로, 또는 전체 log10을 1010GC로 증가시킴으로써, 본 발명자들은 인플루엔자 A 시험감염된 마우스의 생존을 유의미하게 개선시켰다. 1:20 내지 1:1,280의 혈청-순환 AAVhu68 NAb와 함께 IN으로 마우스에게 전달된 1010GC의 용량의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a는 PR8 시험감염에 대한 마우스의 효과적인 방어를 초래한다. AAVhu68 캡시드에 대한 초기 노출과 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 투여 사이의 시간 간격의 증가는, PR8에 대한 개선된 방어에 대한 경향을 초래하였다.
실시예 10 -마우스에서 IN 전달 후 AAVhu68.CB7.hJAb의 생체분포 프로파일
BALB/c 마우스에게 IN으로 AAVhu68.hJAb 벡터를 1011GC(고) 내지 109GC(저)의 범위의 용량으로 제공하고, 7일 후에 부검하였다. 조직(폐, 간, 비장, 심장 및 뇌)을 생체분포 분석법을 위해서 수거하였다. 점선은 검정에서 배경 수준을 나타낸다.
본 연구의 목적은, a) 109GC 내지 1011GC의 범위의 벡터 용량을 IN으로 전달하고, 7일 후에 부검한 AAVhu68.CB7.CI.hJAb 벡터; 및 b) 제안된 MED보다 100배 더 높은(1011GC) 벡터 용량을 IN으로 전달한 후 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 벡터의 생체분포 프로파일을 결정하는 것이었다. 연구를 2부분으로 수행하였다. 부분 A는, 마우스에게 109 내지 1011GC의 범위의 용량으로 IN으로 제공되고, 벡터 전달 7일 후 부검한 AAVhu68.hJAb의 생체분포 프로파일을 평가하였다. 부분 B는, MED보다 100배 더 높은 최고 용량(1011GC)으로 마우스에게 제공된 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 생체분포 프로파일을 평가하였다. 마우스를 벡터 투여 30일 후에 부검하였다.
부분 A 연구에서, 마우스에게 상기에 기술된 바와 같이 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 AAVhu68.CB7.hJAb 109GC 내지 1011GC를 IN으로 제공하였다. 마우스를 7일 후에 부검하고, AAVhu68 생체분포의 분석을 위해서 몇몇 조직을 수집하였다.
부분 B 연구에서, 마우스에게 상기에 기술된 바와 같이 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a 1011GC를 IN으로 제공하였다. 마우스를 30일 후에 부검하고, AAVhu68 생체분포의 분석을 위해서 몇몇 조직을 수집하였다.
예측된 바와 같이, 벡터가 IN으로 전달되는 경우, 대부분의 벡터 게놈은 폐에 침착된다. AAVhu68.CB7.hJAb의 예측된 MED(109GC)에서, 뇌 및 심장에서 AAVhu68 게놈이 검출되지 않았지만(도 11), 비장 및 간에서 검출된 AAVhu68 벡터 게놈의 수준은 배경에 가까웠다(도 11).
벡터 용량이 증가됨에 따라서, 간, 비장, 심장 및 뇌에서 침착되는 벡터 게놈의 양이 용량-의존적 방식으로 증가되었다(도 11).
고용량의 AAVhu68 벡터를 사용하는 경우(도 11, 도 12A 및 도 12B), AAVhu68 게놈이 폐 이외의 조직에서 검출되었다. 도 12A 및 도 12B에 나타난 바와 같이, 대부분의 벡터 게놈 침착은 폐, 그 다음 비장에서 발생하였다. AAVhu68 벡터 게놈의 매우 낮은 수준이 신장, 간 및 심장(도 12A 및 도 12B)에 존재하였다. 추가로, 뇌, 난소 또는 눈에서의 AAVhu68 게놈의 수준은 배경과 너무 유사하여 데이터의 정확한 해석이 허용되지 않았다(도 12A).
AAVhu68.CB7.hJAb의 예측된 MED(109GC)에서, 뇌 및 심장에서 AAVhu68 게놈이 검출되지 않았지만, 비장 및 간에서 검출된 AAVhu68 게놈의 수준은 배경에 가까웠다. 고용량의 AAVhu68 벡터를 사용하는 경우(도 11, 도 12A 및 도 12B), AAVhu68 벡터 게놈이 폐 이외의 조직에서 검출되었다. 도 12A에 나타난 바와 같이, 뇌, 난소 또는 눈에서의 AAVhu68 게놈의 수준은 배경과 너무 유사하여 데이터의 정확한 해석이 허용되지 않았다.
실시예 11
AAVhu68.hJAb 및 AAVhu68.JAb210a 벡터는 다양한 인플루엔자 A 균주 및 B 균주로의 치명적인 시험감염에 대해서 생채내에서 인상적인 예방 프로파일을 나타내었다. 마우스 코에 적용되는 경우, 그것은 저용량으로 투여되는 경우에도 인플루엔자 A 또는 B 균주에 대한 완전한 방어를 부여하였다.
흥미롭게도, 방어적인 낮은 AAV 벡터 용량은 낮은 수준의 혈청-순환 AAV-특이적 중화 항체의 생산을 초래하였다. 본 발명자들은, 이러한 항체가 효과적인 벡터 재투여를 훼손시키지 않았고, 이는 효과적인 보편적인 AAV 예방의 기간 동안 발생할 수 있는 유행병 인플루엔자 균주에 대해서 보호할 필요가 있는 경우 유리하다는 것을 발견하였다.
벡터의 안전성 프로파일은 현재 IND(이러한 예방 제품의 I상 임상 시험으로의 진행을 지원하는 연구를 가능하게 함)에서 평가 중이다.
실시예 12 - LMA(등록상표) MAD Nasal
(상표명)
비강내 점막 아토마이제이션(MAD Nasal) 장치를 사용하여 마카크 코에 전달된 AAV9.CB7.hJAb의 발현 및 벡터 분포 프로파일의 평가
본 연구는, 레서스 코에 레서스 알파 태아단백질(rhAFP; JAb210a에 대한 대용)을 발현하는 대용 벡터(AAV9)를 전달하기 위해서, 임상 전달 장치인 LMA(등록상표) MAD Nasal(상표명) 비강내 점막 아토마이제이션(MAD Nasal)을 평가하기 위해서 설계되었다. 트랜스젠 산물, rhAFP의 개시 및 피크 발현 수준을 코 세척액에서 평가하고, 벡터 생체분포를 부검 시에 평가하였다.
벡터 투여일에, 동물에게 진정제를 투여하고, 몸무게를 재고, 활력 징후를 기록하였다. 코 세척액(NLF) 수집: 소아과용 폴리 카테터를 콧구멍 중 하나에 넣고, 제자리에 놓은 후, 풍선을 공기로 부풀리고, 저항에 도달할 때까지 카테터를 뒤로 당겼다. 최대 5㎖의 인산염 완충 염수를 단리된 비강 중에 넣고, 머리를 측면으로 기울여서 콧구멍 아래 우측에 위치된 50㎖ 팰콘 튜브(Falcon tube)로 세척액이 유동하게 하였다. 이 과정이 끝난 후, 원위에 위치된 카테터를 해방시키고, 제거하고, 멸균 PBS로 외부를 세정하고, 인접한 콧구멍에 위치시키고, 여기서 절차를 반복하였다. 마카크를 기관내 튜브로 삽관시켜 개방 기도(patent airway)를 유지시키고, 반듯이 누운 자세로 유지시켰다. AAV 벡터의 액체 전달용(동물 RA0065): 소아과용 폴리 카테터를 콧구멍 중 하나에 넣고, 풍선을 공기로 부풀리고, 저항에 도달할 때까지 카테터를 뒤로 당겼다. 1013GC의 용량의 AAV 벡터(1㎖의 부피)를 각각의 콧구멍에 첨가하고, 약 5분 동안 유지시켰다(총 용량 2×1013GC).
MAD nasal을 통한 AAV 벡터의 전달용(동물 RQ9476): AAV 벡터를 MAD nasal을 통해서 콧구멍당 총 0.5㎖로 1013GC로서 전달하였고, 두 콧구멍 모두에 1회 투여하였다(총 용량 2×1013GC).
선택일(7, 21, 35, 50, 81 및 99일)에, 마카크를 활력 징후, 임상 병리학 및 좌우 콧구멍 둘 다로부터 수집된 코 세척액에서의 대용 트랜스젠 산물의 발현에 대해서 모니터링하였다. 부검 시에, 조직을 AAV9 벡터 게놈의 분석을 위해서 수집하였다. MAD nasal과 AAV9 벡터의 조합의 안전성 프로파일에 추가하는 것은 뇌 및 후 신경구(olfactory bulb)에서의 벡터 게놈의 부재였다.
NLF 샘플을 검정함으로써 AAV9 형질주입된 기도 세포로부터의 분비된 AFP를 인간 알파태아단백질 퀀티카인(quantikine) ELISA 키트(알앤디 시스템즈사(R&D Systems, Inc), 미국 미네소타주 미네아폴리스 소재)를 사용하여 검출하였다.
0.5㎖의 총 부피의 2×1013GC의 용량에서 rhAFP를 발현하는 AAV9 벡터를 MAD nasal을 통해서 레서스 마카크의 콧구멍에 전달하는 경우, 본 발명자들은 시간에 따른 NLF에서의 유전자 발현을 검정할 수 있었다. 흥미롭게도, AAV9 벡터 생체분포의 분석 시에, 본 발명자들은 MAD nasal을 통해서 전달된 AAV9 벡터의 최소 전신 전파를 관찰하였고, 대부분의 벡터 게놈은 코 및 기관에서 검출되었다.
수컷 레서스 마카크에게 IN으로 AAV9.CB7.CI.rhAFP.rBG를 제공하였다. 구체적으로, 1마리의 마카크에게 IN으로 MAD Nasal(상표명)을 사용하여 0.34㎖(콧구멍당 0.170㎖의 하나의 분취물로서 제공됨)의 총 부피로 5.45×1012GC의 AAV9.CB7.CI.rhAFP.rBG를 제공하였다(도 22, 사각형). MAD Nasal(상표명)은 IN으로 투여될 수 있는 미세한 미스트로 승인된 의약을 아토마이징시킨다. 대조군 마카크(도 22, 원)의 경우, 벡터를 액체로서 전달하였다(콧구멍당 0.5㎖). 이러한 단기간 연구는, MAD Nasal(상표명)을 사용하여 레서스 마카크 코에 전달되는 경우, AAV9.CB7.CI.rhAFP.rBG의 생체분포 프로파일을 평가하기 위해서 설계되었다. 동물을 99일 후에 부검하였다. AAV9 벡터는 뇌(데이터 나타내지 않음) 및 후 신경구(도 22)에서 검출되는 것으로 주목되었다.
실시예 13 - 레서스 마카크의 코에서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 발현 프로파일의 평가
본 연구는, MAD Nasal(상표명)을 사용하여 레서스 마카크 코에 전달되는 경우, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 발현 프로파일을 평가하기 위해서 설계되었다. 수컷 레서스 마카크에게 MAD Nasal(상표명)을 통해서 콧구멍 간에 동일하게 분할된 0.34㎖의 부피로 2×1013GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a를 투여하였다. MAD Nasal은 IN으로 투여될 수 있는 미세한 미스트로 승인된 의약을 아토마이징시킨다. 매일 생존율 체크를 SOP 7404에 따라서 모든 동물에서 수행하였다. 체중, 체온, 호흡률 및 심박수를 SOP에 따라서 모든 시간 지점에서 모니터링 및 기록한다. 코 브러싱을 7, 14, 21, 28 및 35일에 JAb210a 발현의 분석을 위해서 RT-PCR에 의해서 수집하였다. 35일 데이터의 평가 이후에, 동물을 장기간 추적할 것인지 또는 벡터 생체분포를 위해서 부검할 것인지를 결정하였다. NLF 및 혈액 샘플을 JAb210a 발현의 분석을 위해서 7, 14, 21, 28, 35, 56 및 77일에 수집하였다. JAb210a의 발현을 JAb 210a를 검출하도록 구체적으로 설계된 RT-PCR-기반 검정에 의해서, 77일에 수집된 샘플(코 세포를 긁고, 미세한 브러시를 사용하여 코로부터 수집함)에서 확인하였다.
조직 교차 반응성 연구
치료제로서의 단클론성 Ab의 사용은 정상 인간 및 레서스 마카크 조직에 대한 Ab의 교차반응성의 평가를 요구한다. 조직 교차반응성 연구는, FDA에 의해서 1997년 2월에 공개된 "Points to Consider in the Manufacture and Testing of Monoclonal Ab Products for Human Use" 및 EMA에 의해서 2008년 12월에 공개된 "Guideline on Development, Production, Characterisation and Specifications for Monoclonal Antibodies and Related Products" (EMEA/CHMP/BWP/157653/2007)에 따라서 다양한 정상 인간 및 레서스 조직에 대한 단클론성 Ab의 면역조직화학 또는 세포화학 연구를 포함한다. 본 연구의 목적은, 면역조직화학을 사용하여, 인간 및 레서스 조직의 선택된 패널에서, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 트랜스젠 산물의 잠재적인 반응성을 평가하는 것이다.
실시예 14 - 늙은 마우스에서 인플루엔자 A에 대한 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a의 방어 효능의 평가
본 연구의 목적은, 늙은 마우스의 효과적인 예방에 대한 가능성을 평가하는 것이고, 늙은(9 내지 18개월령) BALB/c 암컷 마우스에서 IN으로 투여되는 경우 인플루엔자 A(A/푸에르토리코/8/34)에 대한 AAVhu68.CB7.JAb210a 벡터의 방어 효능을 평가하는 것이었다. 마취시킨 마우스를 후방 인시저에 의해서 매달고, 그들에게 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 AAV 벡터 109GC 또는 3×109GC를 IN으로 제공하였다. 시험감염 연구를 벡터 투여 7일 후에 수행하였다. 마취시킨 마우스를 후방 인시저에 의해서 매달고, 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 PR8(5LD50) 51㎕를 IN으로 투여하였다. 도 13A에 나타낸 바와 같이 시험감염 후 마우스를 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 인플루엔자 시험감염일의 체중을 기초로 계산하였다. 고통의 징후 또는 30% 이상의 체중 손실을 보이는 임의의 마우스를 안락사시켰다. 생존한 마우스를 시험감염 21일 후에 희생시켰다. 도 13B는 PR8 시험감염 후 생존 백분율의 그래프이다.
요약하면, 109GC 또는 3×109GC의 AAVhu68.CB7.JAb210a의 IN 전달은 PR8 시험감염에 대한 완전한 방어를 부여하였고, 인플루엔자 A(5LD50의 PR8)로의 치명적인 시험감염에 대한 늙은 마우스의 방어를 초래하였다.
실시예 15 - 인플루엔자 혈구응집소에 대한 멀티-도메인 항체에 의한 인플루엔자 감염에 대한 범용 방어
본 명세서에는 인플루엔자 혈구응집소에 대한 다양한 라마 단일-도메인 항체의 패널로부터 생성되고, 인플루엔자 A 및 B 바이러스에 대한 전례없는 폭 및 효력과 관련된 멀티-도메인 항체와 관련된 보고되어 있다. 멀티-도메인 항체는, 재조합 아데노-연관 바이러스 벡터로부터 정맥내로 투여되거나 국지적으로 발현되는 경우 마우스에서 인플루엔자 A 및 B 감염에 대해서 방어한다. 결과는, 다수의 에피토프를 표적으로 하는 멀티-도메인 항체가 향상된 바이러스 교차반응성 및 효력을 나타내고, 아데노-연관 바이러스 전달과 조합하여 사용되는 경우, 인플루엔자 및 다른 고도로 가변적인 병원체로의 감염의 예방을 제공한다는 것을 입증한다.
백신은 인플루엔자 제어 및 예방에 필수이지만, 인플루엔자 백신 접종에 의해서 유도된 대부분의 항체는 혈구응집소(HA) 표면 당단백질의 고도로 가변적인 헤드 영역을 인식한다. 이러한 항체는 주로 균주-특이적이고, 유사한 변이체의 작은 하위세트에 대해서만 방어를 부여한다. 적절한 백신 균주의 매년 선택은 또한 다수의 시험감염을 제공하고, 순환 바이러스와의 불량한 매치는 최적 미만의 백신 효과를 초래할 수 있다(H. Xie et al., H3N2 Mismatch of 2014-15 Northern Hemisphere Influenza Vaccines and Head-to-head Comparison between Human and Ferret Antisera derived Antigenic Maps. Sci. Rep. 5, 15279 (2015)). 추가로, 몇몇 연구는, 인플루엔자 백신의 효능이 인플루엔자-관련 합병증이 발생할 위험이 증가되는 고령에서 상당히 감소된다는 것을 나타낸다(예를 들어, 문헌[H. Chen et al., Avian flu: H5N1 virus outbreak in migratory waterfowl. Nature 436, 191-192 (2005); M. T. Osterholm, N. S. Kelley, A. Sommer, E. A. Belongia, Efficacy and effectiveness of influenza vaccines: a systematic review and meta-analysis. Lancet Infect Dis. 12, 36-44 (2012); 및 W. E. Beyer et al., Cochrane re-arranged: support for policies to vaccinate elderly people against influenza. Vaccine 31, 6030-6033 (2013)] 참고). 인플루엔자 A 및 B 바이러스로부터의 넓은 범위의 HA에 대한 광범위 중화 항체(broadly neutralizing antibody: bnAb)는 양호하게 특징규명되어 있다(예를 들어, 문헌[A. K. Kashyap et al., Combinatorial antibody libraries from survivors of the Turkish H5N1 avian influenza outbreak reveal virus neutralization strategies. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 5986-5991 (2008); M. Throsby et al., Heterosubtypic neutralizing monoclonal antibodies cross-protective against H5N1 and H1N1 recovered from human IgM+ memory B cells. PLoS One 3, e3942 (2008); D. Corti et al., A neutralizing antibody selected from plasma cells that binds to group 1 and group 2 influenza A hemagglutinins. Science 333, 850-856 (2011); C. Dreyfus et al., Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses. Science 337, 1343-1348 (2012); D. C. Ekiert et al., Antibody recognition of a highly conserved influenza virus epitope. Science 324, 246-251 (2009); J. Sui et al., Structural and functional bases for broad-spectrum neutralization of avian and human influenza A viruses. Nat. Struct. Mol. Biol. 16, 265-273 (2009); D. C. Ekiert et al., A highly conserved neutralizing epitope on group 2 influenza A viruses. Science 333, 843-850 (2011); R. H. Friesen et al., A common solution to group 2 influenza virus neutralization. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111, 445-450 (2014); P. S. Lee et al., Heterosubtypic antibody recognition of the influenza virus hemagglutinin receptor binding site enhanced by avidity. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 17040-17045 (2012); 및 A. Forsman et al., Llama antibody fragments with cross-subtype human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)-neutralizing properties and high affinity for HIV-1 gp120. J. Virol. 82, 12069-12081 (2008)] 참고). 이전에, 이러한 bnAb는 고령 및 다른 고위험군에서 예방제로서 제안되었지만, 이러한 사용은 (i) 적어도 2종의 bnAb의 투여를 필요로 하는 인플루엔자 A 바이러스 및 B 바이러스 둘 다에 대한 적절한 교차반응성 및 방어의 부족 및 (ii) 전체 독감 계절 전체에서의 방어를 위한 다회의 고용량 주사에 대한 필요성에 의해서 심각하게 방해된다.
본 명세서에는 항-인플루엔자 A 및 B 활성을 갖는 단일 항체-유사 단백질(멀티-도메인 항체 또는 MDAb 또는 JAb라고 지칭됨)의 점막 발현을 기반으로 하는 인플루엔자 예방에 대한 전략이 제공된다. MDAb 트랜스젠은 MDAb 트랜스젠을 암호화하는 재조합 아데노-연관 바이러스(AAV) 벡터의 비강내 투여 이후에 호흡 상피의 표면에서 발현된다. 이전 연구는, 비인두 점막에서 AAV-매개된 bnAb 발현이 인플루엔자 A 바이러스 감염에 대한 장기간으로 작용하는 방어를 제공할 수 있다는 것을 보여주었다(예를 들어, 문헌[See, e.g., M. P. Limberis et al., Intranasal antibody gene transfer in mice and ferrets elicits broad protection against pandemic influenza. Sci. Transl. Med. 5, 187ra72 (2013); 및 V. S. Adam et al., Adeno-associated virus 9-mediated airway expression of antibody protects old and immunodeficient mice against influenza virus. Clin. Vaccine Immunol. 21, 1528-1533 (2014)] 참고).
A. AAV9-발현된 MD3606의 예방 효능.
AAV-발현된 MD3606(AAV9.MD3606)에 의한 생채내 방어를 평가하기 위해서, 본 발명자들은 마우스-적응형 인플루엔자 H1N1, H3N2 및 B 바이러스로 시험감염된 BALB/c 마우스에서 항-인플루엔자 항체(Ab) 도메인을 암호화하는 인간화된 서열을 암호화하는 재조합 AAV9 벡터의 예방 효능을 평가하였다(도 14A 및 도 14B). AAV9.MD3606h를 인플루엔자 시험감염 7일 전에 4Х107 내지 5Х109게놈 카피(GC) 범위의 벡터 용량으로 비강내로 투여하였다. 5Х109GC 의 투여는 H1N1 바이러스(A/푸에르토리코/8/34-MA)로의 치명적인 시험감염에 대해서 마우스를 완전히 보호하였고, 8마리 마우스 중 7마리는 5배 더 낮은 용량에서 생존하였다. H3N2 바이러스(A/홍콩/1/68-MA)로 시험감염된 마우스는 5Х108GC의 AAV9.MD3606h(시험된 최저 용량)의 비강내 투여에 의해서 완전히 보호되었다. 마지막으로, 인플루엔자 B 바이러스(B/Lee/40-MA)로 시험감염된 마우스는 1Х109GC의 AAV9.MD3606h의 비강내 투여에 의해서 완전히 보호되었다.
AAV9. MD3606h의 비강내 전달은 5×108GC/마우스의 낮은 벡터 용량에서 인플루엔자 A 바이러스 및 B 바이러스에 대한 완전한 방어를 제공하였다. MD3606 자체는 인플루엔자의 노출 후 예방 또는 치료와 같은 장기간 항체 노출을 필요로 하지 않는 적응증을 위해서 개발되었지만, AAV-발현된 MD3606을 사용하여 인플루엔자 감염에 대한 장기간으로 작용하는 방어를 제공할 수 있다. 인간화된 MD3606을 발현하는 단일 AAV 벡터의 1년 1회의 비강내 투여는 전체 독감 계절 전체에서 수동 방어를 제공하기에 충분할 수 있었다. 이러한 예방 접근법은 고령 및 백신 접종이 덜 효과적인 다른 고위험군에 특히 유리할 것이다. 이러한 예방 전략의 안전성 및 효능을 평가한다. 조류 인플루엔자 균주에 대한 MD3606의 전례없는 교차반응성과 함께 방어의 신속한 개시는 또한 인플루엔자 유행병의 개시 시에 즉시 예방적 치료를 제공하여, 표준 난기반 백신 생산보다 상당한 이점을 제공한다.
B. 물질 및 방법 - 마우스에서 AAV9.hJAb의 예방 효능
혼성 사이토메갈로바이러스(CMV) 인핸서 닭 β-액틴 프로모터(CB7)의 제어 하에서 인간화된 JAb인 hJAb를 발현하는 AAV9 벡터를 작제하였고, 이미 기술된 바와 같이 생산하였다(M. P. Limberis et al., Intranasal antibody gene transfer in mice and ferrets elicits broad protection against pandemic influenza. Sci. Transl. Med. 5, 187ra72 (2013)). 잭슨 래보러토리사(미국 마인주 바 하버 소재)로부터 구입한 6주령의 암컷 BALB/c 마우스를 펜실베니아 대학교의 중개 연구 실험실의 동물 설비에서 유지시켰다. 마우스를 PBS 중의 100㎎/kg 케타민/10㎎/kg 자일라진 혼합물의 복강내 주사에 의해서 마취시키고, 뒷다리를 플랫폼 상에 지지시키면서 후방 인시저에 의해서 매달고, 양 콧구멍에 3회의 17㎕ 분취물로서 투여되는 PBS 중의 51㎕의 총 부피로 비강내로 AAV9.hJAb 벡터를 투여하였다. 벡터 투여 1주 후, 처리된 마우스 및 미경험 마우스의 체중을 재고, 상기에 기술된 바와 같이 마취시키고, 시험감염 바이러스(5LD50 A/푸에르토리코/8/34-MA H1N1, 5LD50 A/홍콩/1/68-MA H3N2 또는 5LD50 B/Lee/40-MA)를 상기에 기술된 바와 같이 PBS 중의 51㎕의 총 부피로 비강내로 투여하였다. 마우스를 매일 체중을 재고, 질환의 징후 또는 고통에 대해서 모니터링하였다. 고통의 행동 징후를 나타내거나 초기 체중의 25% 손실을 나타낸 동물을 안락사시켰다. 펜실베니아 대학교의 실험 동물 운영 위원회의 가이드라인에 따라서 실험을 승인받고, 수행하였다.
실시예 16 - AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 생산 및 제조
AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG는 외부 벡터 성분 및 내부 DNA 게놈으로 이루어진다. 외부 벡터 성분은 1:1:18의 비의 3종의 AAV 바이러스 단백질, VP1, VP2, 및 VP3의 60개 카피로 이루어진 혈청형 hu68, T = 1 20면체 캡시드이다. 캡시드는 2개의 AAV 반전 말단 반복부(ITR)에 의해서 측접된 JAb210a 트랜스젠으로 이루어진 단일 가닥 DNA 게놈을 함유한다. 인핸서, 프로모터, 인트론, JAb210a 암호 서열 및 폴리아데닐화(폴리A) 신호는 JAb210a트랜스젠을 포함한다. ITR은 벡터 생산 동안 게놈의 복제 및 패키징에 책임이 있는 유전 요소이고, rAAV를 생성하는 데 필요한 유일한 바이러스 시스 요소이다. JAb210a 암호 서열의 발현은 거대세포바이러스(CMV) 극 초기 인핸서(C4)와 닭 베타 액틴 프로모터 간의 혼성체인, CB7 프로모터에 의해서 지시된다. 이러한 프로모터로부터의 전사는 닭 베타 액틴 인트론(CI)의 존재에 의해서 향상된다. 토끼 베타 글로빈 폴리A 신호는 인간 JAb210a mRNA 전사체의 종결을 매개하기 위해서 포함된다. AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터 게놈의 개략도를 도 15에 나타낸다.
AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG에 대한 제조 공정은 플라스미드 DNA로의 인간 배아 신장(HEK293) 세포의 일시적 형질주입을 포함한다. AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 생산에 사용된 HEK293 마스터 세포 은행(MCB)은 FDA 및 ICH 가이드라인에 기술된 바와 같이 시험 및 정량된다. Bulk Drug Substance(BDS)의 배취를 코닝(Corning) 36-층 HYPERStacks(등록상표) (HS-36)에서 HEK293 세포의 폴리에틸렌이민(PEI)-매개된 삼중 형질주입에 의해서 생산한다. 하류 공정은 가능한 일회용의 폐쇄된 생물가공 시스템(여과, 접선 유동 여과, 및 칼럼 크로마토그래피)을 포함한다. 벡터 정제는 몇몇 독립적인 단계를 포함하고, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG는 최종 제형 완충액(FFB; 200mM, 0.001%(w/v) 플루로닉 F68 및 5% 글리세롤의 총 염 농도를 갖는 PBS) 중에서 제형화된다. BDS 배취를 동결시키고, 그 다음 해동하고, 풀링시키고, 목표 농도로 조정하고, 0.22㎛ 필터를 통해서 멸규 여과시키고, Crystal Zenith(등록상표) 2㎖ 바이알(West Pharmaceutical Services, Inc.(등록상표))에 충전시킨다. 충전 데이터 및 배지 자격은 로트 문서 패키지의 부분으로서 제공된다. 최대 50xHS-36 세포 배양 용기의 GMP 생산 배취 크기를 계획된 다수의 배취에서 사용하고, 필요에 따라서 사용하여 벡터양을 충족시켰다.
(i) 벡터 게놈 플라스미드, (ii) AAV rep2 및 cap hu68 야생형 유전자를 함유하는 pAAVhu68.KanR이라 지칭되는 AAV 헬퍼 플라스미드 및 (iii) pAd△F6(Kan)이라 지칭되는 헬퍼 아데노바이러스 플라스미드로의 인간 HEK293 MCB 세포의 삼중 플라스미드 형질주입에 의해서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 생산한다. pAAVhu68.CB7.JAb210a(p3618) 패키징된 벡터 게놈의 크기는 4718bp이다.
A. AAV 벡터 게놈 플라스미드: pAAV.CB7.JAb210a.rBG(p3618)
AAV 벡터 게놈 플라스미드 pAAV.CB7.CI.JAb210a.rBG(p3618, 도 16)를 작제하였고, 크기는 7976bp이다. 이러한 플라스미드로부터 유래된 벡터 게놈은 JAb210a 발현 카세트에 측접한 AAV2 유래된 ITR을 갖는 단일-가닥 DNA 게놈이다. 트랜스젠 카세트로부터의 발현은 사이토메갈로바이러스(CMV) 극 초기 인핸서(C4)와 닭 베타 액틴 프로모터 간의 혼성체인, CB7 프로모터에 의해서 유래된 반면, 이러한 프로모터로부터의 전사는 닭 베타 액틴 인트론(CI)의 존재에 의해서 향상된다. 발현 카세트를 위한 폴리A 신호는 토끼 베타-글로빈(RBG) 폴리A이다. 다수의 독감 항원을 인식하는 MDAb-유사 폴리펩타이드에 융합된 인간 IgG1 FC 영역을 암호화하는 서열(젠아트사)을 코돈-최적화 및 합성함으로써 플라스미드를 작제하고, 생성된 작제물을 플라스미드 pN469, 즉, CB7, CI 및 rBG 발현 요소를 함유하는 AAV2 ITR-측접 발현 카세트 내에서 클로닝시켜 pAAV.CB7.CI.JAb210a.rBG(p3618)를 제공하였다. 플라스미드의 모든 성분 부분은 퀴아젠 제노믹스 서비스즈에 의한 직접 서열결정에 의해서 검증하고, 퓨어신사(Puresyn)에서 제조 공정의 일부로서 확인한다.
B. 서열 요소의 설명
반전 말단 반복부(ITR): AAV ITR(젠은행 # NC001401)은 두 단부 모두에 대해서 동일하지만, 반대 배향으로 존재하는 서열이다. AAV 및 아데노바이러스 헬퍼 기능이 도중에 제공될 때, AAV2 ITR 서열은 벡터 DNA 복제 기점과 벡터 게놈의 패키징 신호 둘 다로서 작용한다. 이와 같이, ITR 서열은 벡터 게놈 복제 및 패키징에 필요한 유일한 시스 서열을 나타낸다.
CMV 극 초기 인핸서(382 bp, 젠은행 # K03104.1).
닭 β-액틴 프로모터(282bp; 젠은행 # X00182.1) 프로모터, 이것은 높은 수준의 Jab210a 발현을 유도하기 위해서 사용된다.
CB7 프로모터를 선택하여 hJAb의 발현을 지시하였는데, 그 이유는 그것이 높은 수준의 기도-특이적 발현을 생성하기 때문이다. CB7 프로모터에 의해서 지시된 상이한 트랜스젠의 강하고, 기도-특이적인 발현 및 마우스, 페럿, MHP를 비롯한 다양한 종 간의 양호한 번역성이 관찰되었다.
닭 β-액틴 인트론: 닭 β-액틴 유전자(젠은행 # X00182.1)로부터의 973bp 인트론이 벡터 발현 카세트 내에 존재한다. 인트론은 전사되지만, 스플라이싱에 의해서 성숙 mRNA로부터 제거되고, 그것 중 어느 하나의 측면 상에서 서열을 함께 연결시킨다. 발현 카세트 내의 인트론의 존재는 mRNA의 핵으로부터 세포질로의 이송을 가능하게 하여, 번역을 위한 mRNA의 꾸준한 수준의 축적을 향상시킨다고 밝혀져 있다. 이것은 유전자 발현의 증가된 수준을 위해서 의도되는 유전자 벡터에서의 일반적인 특징이다.
암호 서열: 다수의 독감 항원을 인식하는 MDAb-유사 폴리펩타이드에 융합된 인간 IgG1 FC 영역을 코돈 최적화 및 합성하였다. 다양한 독감 항원에 대해서 패닝시킴으로써 본래 가변 도메인을 라마 VHH 라이브러리로부터 식별하였다. 독감-특이적 라마 VHH 쇄를 완전히 인간화시켰다. 인간화된 멀티도메인 폴리펩타이드의 특이성 및 폭을 인간화 공정 이후에 유지시켰다. 멀티-도메인 폴리펩타이드는 가요성 Gly-Ser 링커에 의해서 연결된 4개의 가변 중 IgG 도메인을 함유한다.
폴리아데닐화 신호: 127bp 토끼 β-글로빈 폴리아데닐화 신호(젠은행 # V00882.1)는 항체 mRNA의 효율적인 폴리아데닐화를 위한 시스 서열을 제공한다. 이러한 요소는 전사 종결, 초기 전사물의 3' 단부에서의 특이적 절단 사건 및 폴리아데닐 테일의 부가를 위한 신호로서 기능한다.
C. AAVhu68 헬퍼 플라스미드: pAAV2/hu68.KanR(p0068)
AAV2/hu68 헬퍼 플라스미드 pAAV2/hu68(Lot#: p0065; 7329bp)을 작제하였다. 그것은 AAV 혈청형 hu68로부터의 4종의 야생형 AAV2 rep 단백질 및 3종의 야생형 AAV VP 캡시드 단백질을 암호화하는 AAV 헬퍼 플라스미드이다. 신규 AAV 서열을 인간 심장 조직 DNA 및 지정된 AAV 혈청형 hu68로부터 수득하였다. 키메라 패키징 작제물을 생성하기 위해서, 야생형 AAV2 rep 및 AAV9 cap 유전자를 함유하는, 플라스미드 pAAV2/9(p0061-2)로부터의 AAV2 cap 유전자를 제거하고, AAVhu68 cap 유전자 플라스미드 pAAV2/hu68(p0065)의 단편으로 대체하였다(도 17A). rep 발현을 정상적으로 유도하는 AAV p5 프로모터가 rep의 5' 단부로부터 cap의 3' 단부까지 이 작제물 내에서 이동된다. 이러한 배열은 프로모터와 rep 유전자(즉 플라스미드 골격) 사이에 스페이서를 도입하고, rep의 발현을 하향조절하고, 벡터 생산을 지지하는 능력을 증가시키기 위해서 제공된다. PAAV2/9 내의 플라스미드 골격은 pBluescript KS로부터 유래된다. 플라스미드의 모든 성분 부분을 직접 서열결정에 의해서 검증하였다. 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 교체하여 pAAV2/hu68n.KanR(p0068)을 제공하였다(도 17B). AAVhu68 캡시드유전자의 아이덴티티를 퀴아젠 제노믹스 서비스즈에 의해서 수행되는 DNA 플라스미드 서열결정에 의해서 확인하였다.
D. pAdDeltaF6(Kan) 아데노바이러스 헬퍼 플라스미드
플라스미드 pAdDeltaF6(Kan)를 작제하였고, 15,774bp 크기이다. 플라스미드는 AAV 복제에 중요한 아데노바이러스 게놈의 영역, 즉 E2A, E4, 및 VA RNA(아데노바이러스 E1 기능은 293개 세포에 의해서 제공됨)를 함유하지만, 다른 아데노바이러스 복제 또는 구조적 유전자를 함유하지 않는다. 플라스미드는 복제에 중요한 시스 요소, 예컨대, 아데노바이러스 반전 말단 반복부를 함유하지 않고, 따라서 어떠한 감염성 아데노바이러스도 생성되지 않는다고 예상된다. 그것은 Ad5(pBHG10, pBR322 기반 플라스미드)의 E1, E3 결실된 분자 클론으로부터 유래되었다. 결실을 Ad5 DNA 내에 도입하여 불필요한 아데노바이러스 유전자의 발현을 제거하고, 32Kb 내지 12kb의 아데노바이러스 DNA의 양을 감소시켰다(도 18A). 마지막으로, 암피실린 내성 유전자를 카나마이신 내성 유전자에 의해서 대체하여 pAdeltaF6(Kan)을 제공하였다(도 18B). HEK293 세포 내에 존재하는 E1과 함께 이 플라스미드에 남아있는 E2, E4 및 VAI 아데노바이러스 유전자는 AAV 벡터 생산에 필수적이다.
E. 박테리아 마스터 세포 은행
플라스미드 DNA 증폭을 위해서 사용된 1L의 밤새 박테리아 배양물로부터의 1㎖를 동일 부피의 멸균 50% 글리세롤과 혼합함으로써 박테리아 마스터 세포 은행(BMCB) 글리세롤 스톡을 제조한다. 작제물당 BMCB 글리세롤 스톡의 2개의 0.5-㎖ 분취물을 혼합물로부터 제조하고, Nalgene 저온 바이알 내에 -80℃에서 저장한다. BMCB 글리세롤 스톡을 검증하기 위해서, 증폭된 플라스미드 DNA를 제한 효소 소화, 그 다음 젤 전기영동법, 및 퀴아젠사에서의 생어 서열결정에 의한 전체-플라스미드 서열 분석을 포함하는 구조 분석에 적용한다. 플라스미드 DNA 제조사(퓨어신사)로의 이송을 위해서 박테리아 작업 세포 은행(BWCB) 글리세롤 스톡 분취물을 제조하기 위해서, 3㎖의 배양물을 BMCB 글리세롤 스톡으로부터 접종하고, 밤새 성장시킨다. 1㎖의 밤새 배양물을 사용하여 상기에 기술된 바와 같은 BWCB 글리세롤 스톡 분취물을 제조한다. 새로운 BWCB 글리세롤 스톡 분취물을 밤새 박테리아 배양물의 남아있는 2㎖로부터 추출된 DNA에 대해서 상기에 언급된 구조 분석에 의해서 검증한다. 플라스미드 DNA 제조사에서 제공받자마자, BWCB 글리세롤 스톡을 -80℃에서 프로젝트-특이적 위치에 저장한다. 동결된 BWCB 글리세롤 스톡으로부터 스크래핑함으로써 생산 배양물을 접종시킨다.
F. 플라스미드 DNA 제조
독성/생체분포 연구 및 1/2상 시험을 위한 AAV 벡터의 생산에서 사용하기 위한 모든 플라스미드는 특별한 임상 및 IND-준비 프로그램을 통해서 퓨어신사에 의해서 제조되었다. 퓨어신사는 재조합 바이러스 벡터의 cGMP 제조에서 사용될 슈퍼코일형 플라스미드를 생산하고, 슈퍼코일형 플라스미드가 최종 산물의 생산에서 중간체인 경우 다른 산물을 생산한다. 공정에서 사용되는 모든 성장 배지는 "무-동물"(성분 제품에 대한 각각의 판매자로부터의 분석 증명서 기반)이다. 발효 플라스크, 용기, 막, 수지, 칼럼, 튜빙 및 플라스미드와 접촉하는 임의의 성분으로부터의 공정에서 사용되는 모든 성분은 단일 플라스미드 전용이며, BSE-무함유 인증된다. 공유 성분이 없고, 적절한 경우 일회용을 사용한다. 사용되는 PolyFlo(등록상표) 수지, 칼럼 및 성분은 단일 플라스미드의 제조를 위해서 퓨어신사에 의해서 독점적으로 사용된다. 특정 플라스미드 전용 성분의 사용에 더하여, 플라스미드를 캠페인 기반으로 처리한다. 플라스미드의 발효, 용해 및 정제는 특정 플라스미드의 생산 전용 공간에서 수행한다. 모든 공간을 지정된 플라스미드로 표기하고, 어떠한 다른 플라스미드도 동시에 이 공간에서 처리되지 않는다. 공간 및 장비를 각각의 플라스미드 생산 캠페인 사이에서 세정한다. 각각의 플라스미드에 대한 규격을 표 2에 제공한다. 또한, 생산된 각각의 플라스미드를 재조합 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터의 생산에서 사용하기 전에 완전히 서열결정한다.
G. 인간 배아 신장 293 마스터 세포 은행
인간 배아 신장(HEK) 293 세포는 본래 Frank Graham 및 동료(Graham FL, et al. Characteristics of a human cell line transformed by DNA from human adenovirus type 5. J Gen Virol 1977;36:59-74)에 의해서 HEK 세포를 잘린 아데노바이러스 타입 5 DNA로 형질전환시킴으로써 생성되었다. 세포는 고역가 rAAV 생산에 필요한 E1A 및 E1B 유전자 산물을 발현한다. HEK293 세포는 부착성이고, 고도로 형질주입성이어서, DNA 플라스미드 형질주입 시 rAAV의 고역가를 산출한다.
H. 제조 공정
제조 공정 흐름도를 도 19A 및 도 19B에 도시하고, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터 생산 공정을 나타낸다. 산물의 제조에 도입되는 주요 시약을 다이어그램의 좌측에 나타내고, 공정 내 품질 평가를 다이어그램의 우측에 도시한다. 각각의 생산 및 정제 단계의 설명을 또한 제공한다. 산물 제조는 달리 명시되지 않는 한 유닛 조작의 선형 흐름을 따르고, 일회용의 폐쇄 생물가공 시스템을 사용한다. AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG는 명시된 생산 스위트 내에서 제조되는 유일한 산물이다. 세포 시딩에서 상청액 수집까지의 세포 배양을 비롯한 생산 공정의 모든 단계는 멸균 단회 사용 일회용 튜빙 및 백 어셈블리를 사용하여 무균적으로 수행한다. 세포를 Corning 10층 CellSTACKs(등록상표)(CS-10) 및 HYPERstack(등록상표)36-층(S-36)에서 배양하고, 모든 개방 조작을 ISO 클래스 5 환경에서 클래스 II 생물안전성 캐비넷에서 수행한다. 정제 공정은 가능한 경우 폐쇄 시스템에서 수행하지만; 칼럼 크로마토그래피 조작은 완전히 폐쇄된 시스템으로서 간주되지 않는다. 이러한 위험을 최소화하기 위해서, 단일-사용 일회용 유동 경로가 칼럼 크로마토그래피 제조 스키드 플랫폼의 일부로서 사용된다. 칼럼 크로마토그래피 정제 이후에, 산물을 FFB로 투석여과시킨다. 이어서, BDS를 -60℃ 미만에서 동결시킨다. BDS 배취를 승인된 규격에 대해서 개별적으로 시험 및 검증한 후, 이것을 이의 필 스위트(Fill Suite)에서 해동하고, 필요한 경우 풀링시키고, 최종 제형 완충액을 사용하여 목표 농도로 조정하고, 멸균 여과시키고, 멸균 Daikyo Crystal Zenith(등록상표) 2㎖ 바이알(West Pharmaceutical Services, Inc.(등록상표)) 용기에 충전한다. 멸균 여과에 사용된 필터는 사용 후 필터 무손상에 대해서 시험된다. 충전 이후에, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG는 방출 실시험 및 품질 보증 (QA) 검토를 겪는다. 세포 발현에서부터 최종 충전까지의 전체 생산 공정은 임상 현장에 출시하기 이전에 스탭 및 QA 기술 검토를 거친 실행 배취 기록 문서(Batch Record Document: BRD)에 기록된다.
a. 세포 시딩
자격이 있는 HEK293 세포주를 생산 공정에 사용한다. 작업 세포 은행(WCB)를 완전히 특징규명된 MCB로부터 생산하였다. 벡터 생산을 위해서 사용된 세포 배양은 단일 해동된 WCB 바이알로부터 시작될 것이며, 마스터 배취 기록 문서(Master Batch Record Document: MBR)에 따라서 확장된다. 코닝 T-플라스크 및 CS-10을 사용하여 세포를 5×109 내지 5×1010개 세포까지 확장시키는데, 이것은 BDS 로트당 벡터 생산을 위해서 45 하이퍼스택-36(HS-36)까지 시딩하기에 충분한 세포 덩어리가 생성되도록 한다. 세포를 10% 감마 조사된, US-공급 또는 우태아 혈청(FBS)이 보충된 둘베코 변형 이글 배지(Dulbecco's Modified Eagle Medium: DMEM)로 구성된 배지에서 배양한다. 세포는 앵커리지 의존적이고, 세포 해리는 동물 산물-무함유 세포 해리제인 TrypLE(상표명) Select를 사용하여 달성된다. 세포 시딩을 멸균, 단회-사용 일회용 생물공정 백 및 튜빙 시험기를 사용하여 달성한다. 세포를 37℃(± 2℃), 5%(± 0.5%) CO2 분위기 중에서 유지시킨다.
b. 일시적인 형질주입
성장(DMEM 배지 + 10% FBS) 대략 3일 이후에, HS-36 세포 배양 배지를 신선한 무혈청 DMEM 배지로 대체하고, 최적화된 폴리에틸렌이민(PEI)-기반 형질주입 방법을 사용하여 3종의 생산 플라스미드로 형질주입한다. 생산 공정에 사용된 모든 플라스미드를, 추적성, 문서 제어 및 물질 분리를 보장하기 위한 대조군을 활용하는 CMO 품질 시스템 및 인프라스트럭쳐의 맥락에서 생산한다. 50 HS-36(BDS 배취당)을 형질감염시키기 위해 충분한 플라스미드 DNA 형질감염 복합체를 BSC에서 제조한다. 먼저, 0.1:1:2 비의 시스(벡터 게놈) 플라스미드, 트랜스(캡시드 유전자) 플라스미드 및 헬퍼(Ad) 플라스미드 및 GMP 등급 PEI(PEIPro, 폴리플러스 트랜스펙션 에스에이사(PolyPlus Transfection SA))를 함유하는 DNA/PEI 혼합물을 제조한다. 이러한 플라스미드 비는 소규모 최적화 연구에서 AAV 생산에 최적인 것으로 결정되었다. 잘 혼합한 후, 용액을 실온에서 25분 동안 정치시키고, 이어서 혈청-무함유 배지를 첨가하여 반응을 켄칭하고, 마지막으로 HS-36에 첨가한다. 형질주입 혼합물을 HS-36의 모든 36개층 사이에서 평형화시키고, 세포를 37℃(±2℃)에서 5%(± 0.5%) CO2 분위기에서 5일 동안 인큐베이션시킨다.
c. 세포 배지 수거:
형질주입된 세포 및 배지를 일회용 생물공정 백을 사용하여 유닛으로부터 배지를 무균방식으로 배출함으로써 각각의 HS-36으로부터 수거한다. 배지의 수거 후에, 약 200리터의 체적에 MgCl2를 2mM의 최종 농도로 공급하고(벤조나제에 대한 보조-인자), 벤조나제 뉴클레아제(Cat#: 1.016797.0001, 머크 그룹(Merck Group))를 25단위/㎖의 최종 농도로 첨가한다. 산물(일회용 생물공정 백 내에서)을 37℃에서 2시간 동안 인큐베이터 내에서 인큐베이션시켜 형질주입 절차의 결과로서 수거물 내에 존재하는 잔류하는 세포 및 플라스미드 DNA의 효소 소화에 충분한 시간을 제공한다. 이러한 단계는 최종 벡터 내에 잔류하는 DNA의 양을 최소화하기 위해서 수행된다. 인큐베이션 후에, NaCl을 500mM의 최종 농도로 첨가하여 여과 동안 그리고 하류 접선 유동 여과 동안 산물의 회수를 돕는다.
d. 정화:
세포 및 세포 잔해물을 연동 펌프에 의해서 구동되는 백 세트 및 멸균 폐쇄 튜빙으로서 직렬로 연결된 뎁쓰 필터 캡슐(1.2/0.22㎛)을 사용하여 산물로부터 제거한다. 정화는 하류 필터 및 크로마토그래피 칼럼이 파울링으로부터 보호되는 것을 보장하고, 바이오버든 감소 여과는 필터 트레인의 마지막에, 상류 생산 공정 동안 잠재적으로 도입된 임의의 바이오버든가 하류 정제 전에 제거되는 것을 보장한다. 수거 물질을 사토리우스 사토가드(Sartorius Sartoguard) PES 캡슐 필터 (1.2/0.22㎛)(사토리우스 스테딤 바이오테크사(Sartorius Stedim Biotech Inc.))를 통과시킨다.
e. 대규모 접선 유동 여과
종래의 멸균 폐쇄 생물가공 튜빙, 백 및 막 세트를 사용하여 접선 유동 여과(TFF)에 의해서 정화된 산물의 체적 감소(10-배)를 달성한다. TFF의 원리는 용액을 적합한 공극율(100kDa)의 막에 평행한 압력 하에서 용액을 유동시키는 것이다. 압력차는 막 기공보다 더 큰 분자를 보유하면서 더 작은 크기의 분자가 막을 통해서 그리고 폐 스트림으로 효과적으로 이동하게 한다. 용액을 재순환시킴으로써, 평행한 유동은 막 표면을 스위핑하여 막 기공 파울링을 예방한다. 적절한 막 기공 크기 및 표면적을 선택함으로써, 목적하는 분자를 보유 및 농축시키면서, 액체 샘플은 체적이 급속하게 감소될 수 있다. TFF 응용에서의 투석여과는 새로운 완충액을, 액체가 막을 통해서 폐 스트림으로 통과하는 것과 동일한 속도로 재순환 샘플에 새로운 완충액을 첨가하는 것을 포함한다. 투석여과의 체적의 증가로 인해서, 증가된 양의 작은 분자는 재순환 샘플로부터 제거된다. 이것은 정화된 산물의 가장 온화한 정제를 초래하지만, 또한 후속 친화도 칼럼 크로마토그래피 단계와 상용성인 완충액 교환을 달성한다. 따라서, 농축을 위해서 100kDa, PES 막을 사용하고, 이어서 이것을 20mM 트리스 pH 7.5 및 400mM NaCl로 구성된 완충액의 최소 4배 다이아체적으로 투석여과시킨다. 투석여과된 산물을 밤새 4℃에서 저장하고, 이어서 1.2/0.22㎛ 뎁쓰 필터 캡슐로 추가로 정화하여 임의의 침전된 물질을 제거한다.
f. 친화도 크로마토그래피:
투석여과된 산물을 AAVhu68 혈청형을 효율적으로 포획하는 Poros(상표명) Capture Select(상표명) AAV9 친화도 수지(라이프 테크놀로지스사)에 적용할 것이다. 이러한 이온 조건 하에서, 상당한 백분율의 잔류하는 세포 DNA 및 단백질이 칼럼을 통해서 유동하면서, AAV 입자가 효율적으로 포획된다. 적용 후, 칼럼을 5배 체적의 저염 벤조나제 용액(2500유닛/㎖ 벤조나제, 20mM Tris pH 7.5 및 40mM NaCl, 1.5mM MgCl2)으로 처리하여 임의의 남아있는 숙주 세포 및 플라스미드 핵산을 제거한다. 칼럼을 세척하여 추가적인 공급물 불순물을 제거하고, 그 다음 1/10 체적의 중화 완충액(비스 트리스 프로판, 200mM, pH 10.2) 중에서의 수집에 의해서 즉시 중화된 낮은 pH 단계 용리(400mM NaCl, 20mM 시트르산나트륨; pH 2.5)를 수행한다.
g. 음이온 교환 크로마토그래피:
중공 AAV 입자를 비롯한 공정내 불순물의 추가 감소를 달성하기 위해서, Poros-AAVhu68 용리 풀을 50-배(20mM 비스 트리스 프로판, 0.001% 플루로닉 F68; pH 10.2)로 희석시켜 이온 강도를 감소시키고, CIMultus(상표명) QA 모노리쓰 매트릭스(비아 세퍼레이션즈사(BIA Separations))에 대한 결합을 가능하게 한다. 저염 세척 이후에, 벡터 산물을 60배 칼럼 체적(CV) NaCl 선형 염 구배(10 내지 180mM NaCl)를 사용하여 용리시킨다. 이러한 얕은 염 구배는 벡터 게놈을 함유하는 입자(전입자)로부터 벡터 게놈이 없는 캡시드 입자(중공 입자)를 효과적으로 분리하고, 완전 캡시드가 풍부한 제제를 초래한다. 1/100 체적의 0.1% 플루로닉 F68 및 1/27 체적의 Bis-Tris pH 6.3을 함유하는 멸균 폴리프로필렌 튜브에 분획을 수집하여 각각 튜브 및 고 pH에 대한 노출의 길이에 대한 비-특이적 결합을 최소화한다. 풀링된 완입자 피크 분획을 20mM Bis-Tris 프로판, 0.001% 플루로닉 F68, pH 10.2 중에서 20배로 희석시키고, 제자리에서 세척된 동일한 칼럼에 재적용한다. 10에서 180mM로의 NaCl 염 구배를 재적용하고, 적절한 전입자 피크 분획을 수집한다. 피크 면적을 평가하고, 대략적인 벡터 수율의 결정을 위해서 이전 데이터와 비교한다.
h. BDS를 산출하기 위한 최종 제형 완충액(FFB) 및 바이오버든 감소 여과
200mM, 0.001%(w/v) 플루로닉 F68 및 5% 글리세롤의 총 염 농도를 갖는 PBS를 농축시켜 목적하는 목표에서 BDS 중간체를 산출한다(즉, 4.5 내지 5.5 x 1013GC/㎖). 샘플을 BDS 중간체 시험을 위해서 제거한다. BDS 중간체를 멸균 여과(0.22㎛)시키고, 멸균 폴리프로필렌 튜브에 저장하고, 최종 충전을 위한 방출 시까지 격리 위치에서 -60℃ 이하에서 동결시킨다.
i. 최종 충전
200mM, 0.001%(w/v) 플루로닉 F68 및 5% 글리세롤의 총 염 농도를 갖는 PBS. 이어서 산물을 마지막으로 0.22㎛ 필터를 통해서 여과시키고, 멸균된 Daikyo Crystal Zenith(등록상표) 2㎖ 바이알(West Pharmaceutical Services, Inc.(상표명)) 및 크림프 시일을 갖는 마개에 바이알당 0.5㎖ 이상 내지 1.0㎖ 이하의 충전 부피로 충전시킨다. 바이알을 개별적으로 표지한다. 표지된 바이알을 -60℃ 이하에서 저장한다. 일부 용량은 투여 이전에 FFB 중의 희석이 필요할 것이다. 투여 시기에, 희석은 임상 현장에서 약사에 의해서 수행된다.
j. 생체적합성
투여 수준에서 변동성을 생성시킬 수 있는 문제는, 벡터 저장 및 환자 투여 동안 플라스틱 및 다른 고체 표면에 대한 결합을 통한 AAV 벡터의 손실이다. 이와 관련하여, 임상적으로 적합한 계면활성제 플루로닉 F68을 AAV 벡터의 최종 제형 완충액에 첨가하여, 이러한 유형의 손실을 최소화시키는 것이 예상된다.
실시예 17 - 인플루엔자 A에 대한 면역결핍 마우스의 AAVhu68.JAb210a-매개된 예방
기능성 면역계가 결여된 마우스의 효과적인 예방에 대한 가능성을 평가하였다. 성숙 T 세포 또는 B 세포가 결여된 Rag KO 마우스(rag1tm1Mom, Jax 002216)를 사용하였다. Rag KO 암컷 마우스(6 내지 8주령)에게 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 1010GC를 IN으로 제공하였다. 7일 후에, 마우스를 5LD50의 PR8로 시험감염시켰다. 도 20은 벡터 투여 7일 후에 시험감염된 Rag KO 마우스에 대한 체중 변화 백분율(%)을 나타낸 선 그래프. X 축 상에 나타낸 바와 같이, 마우스를 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 인플루엔자 시험감염의 감염일의 체중을 기초로 계산하였다. 고통의 징후 또는 30% 이상의 체중 손실을 보이는 임의의 마우스를 안락사시켰다. AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG가 제공된 모든 Rag KO 마우스는 PR8 시험감염에서 생존하였다.
이어서, 시험감염에서 생존한 Rag KO 마우스를 인플루엔자 B로의 제2 시험감염에 적용하였다. Rag KO 마우스는 기능성 면역계가 결여되어 있기 때문에, 본 실험은 후속 인플루엔자 시험감염에 대항한 예방의 효능에 대한 이전 감염의 영향을 다루기 위해서 제공되었다. 대조군 Rag KO 마우스에게 17㎕의 3개의 분취물로서 전달되는 51㎕의 총 부피로 PBS 중에 희석된 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 1010GC를 제공하여 이전 감염의 부재 하에서의 인플루엔자 B에 대한 예방의 효능을 확인하였다. 7일 후에 미경험 마우스 및 생존하는 벡터-처리된 마우스(도 20에 이미 나타냄)를 비롯한 마우스의 군을 5LD50의 B/Lee/40으로 시험감염시켰다(도 21A 및 도 21B).
도 21A는 5LD50 B/Lee/40로 시험감염된 Rag KO 마우스에 대한 체중 변화 백분율(%)를 나타낸 선 그래프이다. X 축 상에 나타낸 바와 같이, 마우스를 매일 체중을 재었다. 체중 손실 백분율을 인플루엔자 시험감염의 감염일의 체중을 기초로 계산하였다. 고통의 징후 또는 30% 이상의 체중 손실을 보이는 임의의 마우스를 안락사시켰다. 생존한 마우스 시험감염 42일 후에 희생시켰다. 도 21B는 B/Lee/40 시험감염 후 생존 백분율의 그래프이다. 사전 인플루엔자 감염의 부재 하에서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터가 제공된 마우스는 5LD50의 B/Lee/40로의 시험감염에서 생존하였다. 그러나, PR8 시험감염에 이미 노출된 마우스의 군의 생존에는 영향이 있었다. 본 발명자들은 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터가 제공되고, PR8로 시험감염된 Rag KO 마우스에 대해서 80% 생존율을 관찰하였다.
실시예 18 - AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 독성 및 내약성; 레서스 마카크에서 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 비임상 약리학/독성 및 생체분포 연구
A. 개요
본 비임상 약리학/독성 연구에서, 레서스 마카크에게 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 또는 단지 대조군으로서의 비히클(FFB)의 2회 용량 중 1회의 코 전달을 제공한다. 벡터를 멸균 1xDPBS + 0.001% 플루로닉 F-68 중에 희석시킨다. I상 임상 시험을 위한 임상 벡터 제형은 200mM, 0.001%(w/v) 플루로닉 F68 및 5% 글리세롤의 최종 염 농도를 갖는 PBS이다. 벡터 투여 후, 비인간 영장류(NHP)를 일반적인 관찰을 위해서 매일 모니터링한다. NHP를 종합적인 임상 병리학(감별된 세포 계수치, 임상 화학 및 응집 패널)에 대해서 2주 단위 기준으로 그리고 유전자 전달 벡터에 대한 면역 반응에 대해서 월 단위 기준으로 모니터링한다[AAVhu68 캡시드에 대한 중화 항체(NAb) 및 캡시드 및 트랜스젠 둘 다에 대한 세포독성 T 림프구(CTL) 반응을 IFN-γ ELISPOT 검정에 의해서 평가한다].
벡터 투여 후 28일 및 90일 후 본 연구의 생존 단계가 끝난 후에, 마카크를 부검하여, 포괄적인 조직병리학 검사를 위해서 조직을 수거하였다. DNA 및 RNA를 각각 qPCR 및 RT-PCR에 의한 게놈 카피 및 트랜스젠 발현 분석을 위해서 코, 기관 및 폐의 샘플로부터 추출한다. JAb210a 발현을 또한 코 세척액 및 혈청에서 평가한다. 부검 시에, 림프구를 폐, 비장, 및 골수로부터 수거하여 이들 기관에서 CTL의 존재를 조사한다.
B. 벡터:
시험품, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 실시예 16에 기술된 바와 같이 제조한다. 최종 산물을 FFB 중에 희석시킨다. 벡터를 투여일까지 생산 이후에 -60℃ 미만에서 저장한다. 벡터 제조를 투여일에 수행한다. 제조 및 희석을 검증한다. 희석된 벡터를 최대 6시간 동안 투여 시까지 젖은 얼음 또는 2 내지 8℃에서 유지시킨다. 대조군 동물에게 벡터를 함유하지 않은 비히클 완충액(대조품)을 투여한다. 이것은 본 연구를 위한 비히클 대조군으로서 제공된다. 대조품을 수령 시에 투여일까지 실온에 저장한다. 투여 후, 남은 벡터 제제 및 대조품은 유지시키고, -60℃ 미만으로 재동결시킨다.
AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 벡터를 SOP 7410에 따라서 LMA(등록상표) MAD Nasal(상표명)(MAD Nasal(상표명)) 장치(텔레플렉스사(Teleflex, Inc))를 사용하여 각각의 콧구멍에 비침습식으로 전달한다. MAD Nasal(상표명)은 IN으로 투여될 수 있는 미세한 미스트로 승인된 의약을 아토마이징시킨다. 다른 종, 예컨대, 마우스에서의 유사한 연구를 코 기도를 통한 직접 액체 점적 주입을 사용하여 수행하였다. 그러나, 액체 전달을 통한 마우스의 코 기도에 대한 유전자 발현은, 벡터가 임상 장치인 MAD Nasal(상표명)을 사용하여 전달되는 고등 종의 것과 동일하지 않다. 추가로, NHP에서 특정 독성학적 반응 및 면역 반응은 인간의 것을 유사하게 나타난다.
인간 코의 표면적(0.0181m2)은 레서스 마카크 코의 표면적(0.00616m2)보다 대략 2.94배 더 크다(표 3). 이와 같이 NHP 코로 전달되도록 제안되는 부피는 0.80㎖(벡터가 인간 코에 전달되는 부피) ÷ 2.94 = 0.272㎖이다. 인간에서 사용하기 위한 최고 임상 용량은 5×1013GC으로 제안된다. 레서스 마카크 코의 표면적을 기준으로 이러한 용량을 외삽하는 경우, 레서스 마카크에서 사용하기 위한 유사한 용량은 5×1013GC ÷ 2.94 =1.7×1013GC이다. 마카크 코에 작은 부피를 전달하는 경우 개선된 정확성을 허용하기 위해서, 콧구멍당 68㎕ 대신에 70㎕의 2개의 분취물을 전달하는 증가된 정확성을 허용하기 위해서 부피를 0.28㎖로 증가시키고, 두 콧구멍을 처리한다.
C. 동물
7마리의 수컷 및 7마리의 암컷 레서스 마카크(3 내지 6연령, 3 내지 10kg)를 본 연구에서 사용하고, AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG의 2개의 상이한 용량을 조사한다. NHP의 하나의 군(군 1)에게 0.28㎖의 총 부피(70㎕의 4개의 분취물로서 제공됨)로 1.7×1013GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 제공하는데, 이것은 인간 코의 표면적을 기준으로 외삽되는 경우(표 3), 임상 시험의 최고 벡터 용량을 나타낸다. NHP의 다른 군(군 2)에게, 0.56㎖(0.07㎖의 8개의 분취물로서 제공됨)의 총 부피로 제공되는, 4.25×1013GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 제공한다. NHP 코의 표면적을 기준으로 외삽되는 경우, 이 용량은 임상 시험의 최고 벡터 용량보다 2.5배 더 높다.
벡터를 MAD nasal을 사용하여 IN으로 투여한다. 벡터를 왼쪽 콧구멍 및 오른쪽 콧구멍 둘 다에 제공되는 0.07㎖ 분취물로서 전달하고; 콧구멍당 2개의 분취물을 1.7×1013GC 용량의 경우 5분에 걸쳐서 전달하고, 콧구멍당 4개의 분취물을 4.25×1013GC 용량의 경우 5분에 걸쳐서 전달한다. 코 통로를 통한 IN 경로를 사용을 위해서 선택하였는데, 그 이유는 그것이 질환 표적의 임상 지점인 코를 표적으로 하기에 가장 효율적인 경로이기 때문이다.
각각의 성별의 NHP를 온라인 프로그램 Research Randomizer (www.randomizer.org/form.htm)에 의해서 3개의 코호트 중 하나에 무작위로 배정한다. 혈액을 벡터 투여 전에 적어도 3개의 시간 지점으로부터 수집하고, 감별된 세포 계수치 및 임상 화학을 위해서 안테크(Antech) GLP로 보냈다. NAB 역가를 연구 개시 전에 적어도 2회 결정하고, PBMC를 단리시켜 벡터 캡시드 및 트랜스젠에 대한 세포 면역 반응의 기준선 수준을 제공한다. 모든 기준선 평가는 연구 개시 전에 1개월 내에 수행된다.
연구 공간은 복도와 관련하여 양의(positive) 공기유동의 조건 하에서 유지된다. 공간에 필터를 통과시킨 100% 신선한 공기를 최소 시간당 10회 공기 변화로 독립적으로 공급한다. 동물 보유 공간을 30 내지 70% 습도 범위를 갖는 64 내지 79℉(18 내지 26℃)의 온도 범위에서 유지시킨다. 온도, 습도, 공기 변화를 SOP 8026에 따라서 Edstrom Watchdog System에 의해서 모니터링한다.
동물을 독립적으로 각각 4.3 내지 6.0제곱피트의 바닥 면적 및 30 내지 32인치의 높이를 갖는 스테인리스강 케이지 내에서 ABSL-2 조건 하에 가둔다. 모든 케이지 크기 및 하우징 조건은 실험 동물의 케어 및 사용에 대한 가이드라인(Guide for the Care and Use of Laboratory Animals) 및 SOP 7707 및 7710에 따른다. 하우징 공간 및 케이지를 항상 잠그고, 권한을 부여받은 개인 만 접근하게 한다. 동물을 개별적으로 IACUC 승인된 면제 하에서 하우징하여 벡터 투여 전에 혈청전환(AAV 벡터 캡시드-특이적 NAB의 발생)을 예방한다. 동물을 SOP 7709에 따라서 벡터 투여 후 2주로부터 짝을 이루어 가둘 수 있다. 동물의 행동적, 정서적 및 사회적 요구는 SOP 7701에 따른 인간 및 동족 상호작용(즉, 청각 및 시각 자극), 음식 보상 및 매니풀란다(manipulanda)를 통해서 제공된다. 매니풀란다를 소독하고, 2주마다 교체한다. 설비 출입은 열쇠 및 배지 접근(badge access)을 통해서 제어된다. 12시간 광: 12시간 암의 자동으로 제어되는 광 사이클을 유지시키고, 빌딩 자동화 시스템에 의해서 제어하고, Edstrom Watchdog System에 의해서 모니터링한다. 암 기간은 1900시간(± 30분)에서 시작된다. 케이지를 매일 청소하고, SOPs 7710 및 7711에 따라서 2주마다 교체 및 소독한다. 케이지 및 랙을 2주 1회 그리고 필요한 경우 자주 케이지 세척 장비를 사용하여 소독하여, 오염, 부스러기, 쓰레기, 배설물 또는 질환 위험물의 과도한 축적을 예방한다. 동물에게 SOP 7710에 따라서, 피엠아이 피즈사(PMI Feeds Inc.)(미국 미조리주 브렌트우드 소재)에 의한 인증된 영장류 식이(Certified Primate Diet) 5048을 자유식으로 공급한다. 사료 공급원에 의해서 분석을 일상적으로 수행한다. 물을 자동 급수 시스템을 통해서 자유식으로 제공한다. 물 공급은 필라델피아시로부터 급수되고, 역 삼투압을 통해서 여과된다. 가공수는 가능한 화학 오염물에 대해서 1년에 2회 분석되고(란캐스터 래보러토리즈사(Lancaster Laboratories), 미국 펜실베니아주 랑카스터 소재), 박테리아 오염에 대해서 분기별로 분석된다(큐씨 래보러토리즈사(QC Laboratories), 미국 펜실베니아주 사우샘프톤 소재). 연구 과정 전체에서 각각의 연구 동물의 케이지에 인증된 영양강화(enrichment) 장치가 추가된다. 오염물에 대한 분석은 제조사에 의해서 수행되고, 분석 데이터는 입수 가능하다. 과일, 채소, 견과류 및 곡류와 같은 식품 영양강화가 매일 제공된다. 매니풀란다, 예컨대, 콩(kong), 거울, 퍼즐 공급기 및 건포도 공이 매일 제공된다. 동물에게 또한 1일 기준으로 인간 상호작용과 함께 시각 강화를 제공한다. 마카크를 SOP 7408에 따라서 마취시킨다.
마카크를 SOP 7408에 따라서 마취시킨다. 벡터를 하기와 같이 0.28㎖ 내지 0.56㎖의 부피 범위로 코에 투여한다. AAV 벡터를 MAD nasal을 사용하여 전달한다. 벡터를 각각의 콧구멍에 0.07㎖ 분취물로서 전달한다. 1.7×1013GC 용량의 경우, 각각의 콧구멍에 2개의 분취물을 5분에 걸쳐서 전달한다. 4.25×1013GC 용량의 경우, 각각의 콧구멍에 4개의 분취물을 5분에 걸쳐서 전달한다. 벡터 투여 후, 동물을 일반적인 관찰을 위해서 매일 모니터링한다. 모든 관찰은 SOP 7404에 따라서 기록한다.
일반적인 외관, 독성 징후, 고통, 행동 변화에 대해서 매일 육안으로 관찰함으로써 동물을 모니터링한다. 모든 동물을, 채혈을 위해서 마취된 각각의 시간에 물리적으로 조사한다. 부검 시에, 동물을 전체 이상에 대해서 조사한다.
D. 연구 스케줄
벡터를 MAD nasal(상표명)을 사용하여 IN으로 투여한다. 벡터를 왼쪽 콧구멍 및 오른쪽 콧구멍 둘 다에 제공되는 70㎕ 분취물로서 전달하고; 콧구멍당 2개의 분취물을 1.7×1013GC 용량의 경우 5분에 걸쳐서 전달하고, 콧구멍당 4개의 분취물을 4.25×1013GC 용량의 경우 5분에 걸쳐서 전달한다. 1.7×1013GC 및 4.25×1013GC의 용량을 본 연구를 위해서 선택하였다. 임상 시험의 대상체에 투여되는 최고 용량은 MAD Nasal(상표명)을 사용하여 0.20㎖ 분취물로 제공되는 0.80㎖의 PBS 중의 5×1013GC이다. 군 1(1.7×1013GC) 및 군 2(4.25×1013GC)에 대해서 선택된 용량은 각각 임상 시험을 위해서 계획된 최고 용량, 5×1013 GC 및 임상 시험을 위해서 계획된 최고 용량보다 2.5배 더 높은 용량을 반영한다.
각각의 벡터 처리군은, 수컷과 암컷 레서스 마카크의 혼합인 6마리의 동물을 포함한다. 대조군은 2마리의 동물을 포함하고, 28일에 희생된다. AAVhu68과 유사하게 닮은 혈청형인 AAV9의 발현 프로파일을 평가하기 위해서 설계된 레서스 마카크의 코 기도에서 연구를 수행하였다. 레서스 AFP(rhAFP)를 비롯한 몇몇 트랜스젠을 사용하여, AAV가 코에 직접 적용되는 경우 NHP의 코 세척액에서의 발현 동력학의 타임라인을 확립하였다. 트랜스젠 발현은 벡터 전달 14일 후에 검출되었고, 14 내지 28일에 피크에 도달되었다. 이어서, 트랜스젠 발현은 안정화되었고, 56 내지 84일에 약해지기 시작하였다. 본 명세서에 기술된 본 연구에 대해서 선택된 시간 지점은 유전자 발현의 피크(28일) 및 벡터 발현의 피크(90일)를 찾기 위해서 선택되었다. 이러한 시간 지점은 초기 시간(28일) 및 유전자 발현 감소(90일)로서의 장기간에 벡터 안전성 및 독성에 관한 중요한 정보의 수집을 허용한다.
0연구일에, 마카크에게 MAD Nasal(상표명)을 사용하여, 0.28㎖(70㎕의 4개의 분취물)의 총 부피로 1.7×1013GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG 또는 0.56㎖(70㎕의 8개의 분취물)의 총 부피로 4.25 x 1013GC의 AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 코 내에 투여한다.
SOP에 따라서, 모든 동물에 대해서 매일 생존 체크를 수행한다. 체중, 체온, 호흡률 및 심박수를 SOP에 따라서 모든 시간 지점에서 모니터링 및 기록한다. SOPs 7408 및 7411에 따라서 NHP를 마취시키고, 혈액을 수집한다. 수집된 혈액을 CBC, 임상 화학 및 응고 패널 조사를 위해서 사용한다. 임상 병리학, 임상 화학 및 응고 패널을 안테크 GLP에 의해서 수행한다. 동물의 혈액 화학 및 혈액 프로파일의 변화를 분석한다. 화학, 감별된 온혈구 계수치(CBC) 및 혈소판 계수치를 제시된 시간 지점에서 동물로부터의 샘플 상에서 평가한다. 동물을 SOP 7408에 따라서 마취시킨다. 소아과용 폴리 카테터를 콧구멍 중 하나에 넣고, 제자리에 놓은 후, 풍선을 공기로 부풀리고, 저항에 도달할 때까지 카테터를 뒤로 당길 수 있다. 마카크의 머리/몸을 각각의 측면으로 기울이고, 이어서 (콧구멍 당) 최대 5㎖의 PBS를 사용하여 비강을 플러싱하고; 유체를 각각의 콧구멍 오른쪽 아래에 위치된 팰콘 튜브에 소적으로서 수집한다. 이러한 과정이 끝난 후, 카테터를 제거 및 폐기하고, 인접한 콧구멍에 대해서 절차를 반복한다. 혈청을 분리시키고, 표지된 마이크로원심분리 튜브 내에 분취한다. 체액 면역 반응을 SOP에 따라서, NAB 검정을 사용하여 제시된 시간 지점으로부터의 혈청 상에서 조사한다. PBMC를 SOP 6003에 따라서, 단리시키고, 저온보존한다. AAVhu68 및 JAb210a에 대한 T 세포 반응을 SOP 6002에 따라서 IFN-γ ELISPOT에 의해서 분석하고, 여기서 양성 반응 기준은 55 초과의 스팟 형성 단위(spot forming unit: SFU)/106개 세포 및 중위 음성 대조군 값(자극 없음) x3이다. 혈청 NAB 검정을 SOP 6002에 따라서, SOP, IFN-γ ELISPOT에 따라서 수행하고, AAV 벡터 쉐딩을 SOP에 따라서 태크만 qPCR에 의해서 수행한다. 소변 및 대변 샘플을 SOP 7428에 따라서 제시된 시간 지점에 수집하고, 드라이 아이스 상에서 동결시키고, -60℃ 이하에서 저장한다. DNA를 추출하고, 샘플을 기반으로 필요할 수 있는 프로토콜에 대한 변형을 제외하고는 SOP 3001에 따라서 태크만 qPCR 반응을 수행하였다.
예정된 부검 시간 지점(벡터 투여 28일 및 90일 후)에서, NHP를 SOP 7422 및 7600에 따라서 안락사시킨다. SOP 7422에 따라서, 심장박동 및 호흡에 의해서 사망을 확인한다. 동물을 부검하고, 조직을 SOP 7600에 따라서 전체 병리학을 위해서 수거한다. 조직을 또한 생체분포를 위해서 수거하고, -60℃ 이하에서 저장한다.
생체분포 및 이력을 위해서 수집되는 조직은 심혈관계: 심장, 대동맥(흉부 및 복부); 소화 계통: 간(미상엽, 좌엽, 중엽 및 우엽), 담낭, 식도, 위, 십이지장, 공장, 회장, 맹장, 결장, 췌장; 내분비계: 뇌하수체, 갑상선 좌엽 및 우엽, 부갑상선, 부신(좌 및 우); 조혈계: 비장, 흉선, 림프절(서혜부, 좌 및 우), 림프절(장간막), 림프절(액와, 좌 및 우), 골수(늑골), 파이어판(Peyer's patches)(장의 부분에서 수집됨); 근골격계: 골격근(사두근); 호흡계: 부비동, 사상판, 비중격, 인두, 후두, 기관, 폐(4개의 엽); 신경계: 뇌(대뇌([전두 및 후두] 엽 포함), 중뇌, 시신경(좌 및 우), 시교차, 소뇌, 연수/뇌교, 눈(좌 및 우, 변형된 데이비드슨 고정액 중에서 수집됨); 척수(경추, 흉추, 요추), 좌골 신경(좌 및 우); 생식계(수컷): 고환(좌 및 우, 변형된 데이비드슨 고정액 중에서 수집됨), 부고환(좌 및 우), 전립선; 생식계(암컷): 난소(좌 및 우), 자궁, 유선(좌 및 우); 비뇨기계: 신장(좌 및 우), 방광; 및 기타: 가슴 타투(Chest tattoo), 피부, 전체 관찰(조직병리학이 적절하지 않은 경우 부검물(예를 들어, 채액, 물질 공기, 누락된 해부학 부분)은 수집되지 않음)를 포함한다.
모든 조직을 10% NBF 또는 변형된 데이비드슨 고정액 중에서 고정시키고, SOP 4003, 4004, 4006 및 4007에 따라서 가공한다. 부검 동안 관찰된 임의의 전체 병변을 수집하고, 10% NBF 중에 보존한다. 조직 처리, 조직병리학 평가, T-세포 반응 및 RNA 제조는 각각의 SOP에 따라서 수행한다. 조직병리학 슬라이드를 평가한다.
부검 시에, 각각 SOP 6004, 6005 및 6006에 따라서, 폐, 간, 비장 및 골수를 수집하고, 각각의 조직으로부터 림프구를 단리시킨다. AAVhu68 및 JAb210a에 대한 T 세포 반응을 SOP 6002에 따라서 IFN-γ ELISPOT에 의해서 분석하고, 여기서 양성 반응 기준은 55 초과의 스팟 형성 단위(spot forming unit: SFU)/106개 세포 및 중위 음성 대조군 값(자극 없음) x3이었다. 부검 시 조직을 생체분포를 위해서 수집하고, 드라이아이스 상에서 동결시키고, 60℃ 이하에서 저장한다. 요구되는 경우, DNA를 조직으로부터 추출하고, SOP 3001에 따라서 태크만 qPCR 반응을 수행한다. 추가로, 부검 시 조직을 RNA 발현을 위해서 수집하고, 드라이아이스 상에서 동결시키고, 60℃ 이하에서 저장한다. 총 RNA로 처리된 DNase를 100㎎의 코로부터 단리시키고, 기관 및 폐의 다양한 엽의 몇몇 면적으로부터 단리시킨다. RNA를 분광광도법에 의해서 정량하고, 분취물을 무작위 프라이머를 사용하여 cDNA로 역전사시킨다. 벡터-유래된 메시지를 함유하는 cDNA를 벡터 특이적 서열, 트랜스젠에 걸친 영역 및 폴리 A 신호를 검출하는 qPCR에 의해서 정량한다.
혈액 화학 값에 대한 통계학적 분석을 수행한다. 벡터 투여 전 연구 동물에 대해서 수집된 모든 값의 평균을 취하고(최소 2개의 기준선), 표준 편차(SD)를 계산함으로써 야생형 레서스 마카크에 대한 정상 값의 범위를 생성시킨다. 범위는 평균 ± SD로 제공된다. 평균의 두 SD를 벗어난 값은 극단값인 것으로 간주된다.
하기 임상 화학 파라미터를 결정한다: 알부민, 알칼린 포스파타제(ALP), 알라닌 아미노트랜스퍼라제(ALT), 아스파테이트 아미노트랜스퍼라제(AST), 아밀라제, 빌리루빈(직접), 빌리루빈(총), 칼슘, 클로라이드, 콜레스테롤, 크레아틴 포스포카이나제(CPK), 크레아티닌, 감마 글루탐일 트랜스퍼라제(GGT), 글루코스, 락테이트 데하이드로게나제(LD), 리파제, 마그네슘, 인 칼륨, 나트륨, 트라이글리세리드, 총 단백질 및 우레아 질소.
CBC 및 혈소판 계수를 위한 혈액을 수집하고, 안테크 GLP로 밤새 수송할 때까지 2 내지 8℃에서 저장한다. 하기 혈액학적 파라미터를 결정한다: 온혈구 계수치, 평균 혈소판 용적(안정적인 8시간), 적혈구 계수치, 적혈구 분포 폭, 해모글로빈, 해마토크리트(Haematocrit), 평균 적혈구 용적(Mean Corpuscular Volume: MCV), 평균 미립자 헤모글로빈(Mean Corpuscular Haemoglobin: MCH), 평균 미립자 헤모글로빈 농도(MCHC), 혈소판 계수치, 백혈구 계수치, 백혈구 감별 및 RBC 형태학.
실시예 19 - 임상 개발 - 항-독감 항체의 전달을 위한 AAV 벡터의 안전성 및 내약성
A. 개요
후속 2상 효능 평가를 위한 AAV2/hu68-발현된 트랜스젠의 적절한 용량을 결정하기 위해서 1상 임상 시험을 진행한다. 임상 개발은, JAB210a MDAb를 전달하는 AAV2/hu68 벡터의 단일 투여를 평가하고, 최적의 용량에서 안전성 평가를 위해서 확장시키는 1상 용량 증가 시험으로 시작된다. 벡터가 초기 1상 시험에서 허용 가능한 안전성 및 PK 프로파일을 가지면, 후속 2상 개발은 제어된 인플루엔자 시험감염 모델에서 안전성, PK 및 예비 효능에 대한 벡터의 평가를 포함할 수 있다. 고령 집단(65세 이상)이 본 임상 제품 개발 계획을 위한 목표 집단이다. 이러한 벡터는 2가지 잠재적인 역할, 즉, 유행병에 대한 대책 및 전통적인 계절 백신에 대한 대안을 갖는 것으로 예상된다. 유행병 대책으로서의 이의 사용은 인플루엔자 유행병의 발생 동안 비축 또는 제조 캠페인과 관련이 있을 수 있다. 1상 시험은 자격을 갖춘 CRO에서 2상 효능 시험(즉, 시험감염 연구)으로 확장이 가능한 미국에서 시작된다. 안전성 및 예비 효능이 건강한 지원자에서 입증되면, 확장된 집단군에서의 후속 시험이 추가 개발을 위해서 고려된다.
단, 1상 시험이 허용 가능한 안전성(전체 6개월 안정성 데이터 및 필요한 전임상 안전성 데이터 포함), 약동학(PK) 및 초기 면역학(예를 들어, 인플루엔자 중화 활성, 트랜스젠 발현의 수준 및 기간, 캡시드 및 트랜스젠에 대한 면역 반응) 프로파일을 입증한 경우에만, 2상 시험이 수행된다. 용량은 1상 시험으로부터 선택되고, 제어된 인플루엔자 시험감염 모델에서 시험된다. 2상 시험의 목적은, 예비 효능을 평가하고, 벡터의 효능 용량을 확립하기 위한 것이다.
벡터를 실시예 16에 기술된 바와 같이 제조한다. 벡터를 200mM, 0.001%(w/v) 플루로닉 F68 및 5% 글리세롤(최종 제형 완충액(Final Formulation Buffer), FFB)의 총 염 농도로 인산염 완충 염수(PBS)를 함유하는 용액으로서 제형화한다. AAVhu68.CB7.CI.JAb210a.rBG를 4회 용량 수준으로 FFB 중에 희석시킨 후 비강내로 투여한다. 초기 용량 수준은 전임상 효능 데이터를 기초로 선택되었고, 전임상 안전성 평가를 기초로 개선되며, 최고 용량은 AAV 벡터 입자 응집 없이 달성될 수 있는 농도에 의해서 제한된다. 6.25×1012게놈 카피(GC) 내지 5×1013GC의 용량 범위를, 각각의 대상체에게 0.8㎖로 전달되는 총 부피에 대해서, 텔레플렉스 메디컬사 (MAD300)에 의해서 상업적으로 승인된 LMA 비강내 점막 아토마이제이션 장치(IMAD)(MAD Nasal(상표명))를 통해서 콧구멍당 0.2㎖의 2개의 분취물로서 투여하였다. 목적은, 벡터 투여 2주 후에 코 세척 용액에서 측정될 경우 5 내지 20ng/㎖의 농도의 JAb210a MDAb를 달성하는 것일 것이다. 4종의 용량 코호트(6.25×1012GC, 1.25×1013GC, 2.5×1013GC 또는 5×1013GC) 중 하나에서의 벡터의 단일 용량을 0일에 투여한다. 각각의 투여 요법에서 대상체를 180(±2)연구일에 걸쳐서 안전성 및 면역원성 파라미터에 대해서 모니터링한다.
B. 목적
일차 목적은 CBC, 화학, 소변 검사, 코에 국한된 국소 면역 반응 및 임상 소견을 기초로 하는 이상 반응의 발생에 의해서 평가된 노령 대상체에서의 벡터의 안전성 및 내약성이다. 이상 반응을 2007년 9월 FDA에 의해서 공개된 "Toxicity Grading Scale for Healthy Adult and Adolescent Volunteers Enrolled in Preventative Vaccine Clinical Trials"의 개정판에 따라서 등급화한다.
이차 목적은 코 세척액 및 혈청에서, 예를 들어, 항-이디오타입 ELISA 및 항-HA ELISA - 기반 검정에서 인플루엔자 중화 활성도의 수준 및 기간을 평가하고; 코 세척액 및 혈청에서 JAb210a MDAb 발현의 수준 및 기간을 평가하고; 트랜스젠 및 캡시드에 대한 중화 항체의 수준을 평가하고; 코, 인두, 소변 및 직장 및 혈액 샘플에서 백터의 IFNγ ELISPOT 검정 및 쉐딩에 의해서 측정되는 바와 같은 트랜스젠, JAb210a MDAb 및 캡시드에 대한 세포 반응의 수준을 평가하는 것이다.
C. 연구 설계
예비 안전성 및 내약성을 평가하기 위해서, 건강한 지원자에서 벡터의 약동학을 이해하기 위해서, 그리고 추가 개발을 위한 용량 수준을 선택하기 위해서, 전임상 데이터를 기초로 하는 용량 수준으로 개방 표지, 용량-증가 시험을 수행한다. 본 연구는 최대 5개의 코호트를 등록하고, 코호트당 4명의 대상체가 존재한다. 대상체를 치료 4 내지 12주 전에 스크리닝하고, 6개월 동안 추적한다.
건강한 지원자를 IN으로 벡터로 처리한다. 연구 목적은 안전성 및 내약성을 평가하고, 벡터의 약동학을 이해하고, 미래 개발을 위한 최적의 용량을 선택하는 것이다.
개방 표지 시험은, 용량 증가 이전에 각각의 용량군의 공식 안전성 평가와 함께 단일 상승 벡터 용량을 사용한다. 코호트당 4명의 대상체를 갖는 4개의 코호트, 및 비강 세척액에서 5 내지 20ng/㎖의 MDAb를 생성하는 것으로서 정의되는 최적의 용량의 경우 8명으로의 조정 확장.
a. 투여
각각의 지원자에게, 승인된 MAD Nasal(상표명)을 사용하여 각각의 콧구멍 내에 콧구멍당 0.2㎖를 2회로 순차적으로 적용하여 벡터의 하나의 0.8㎖ 용량을 IN으로 제공한다. 최대 24명의 지원자가 5개의 코호트에 등록된다. 코호트 1 내지 4에게 증가하는 용량 수준의 벡터를 제공하고, 최종 코호트(코호트 5)는 최적의 용량 수준(코호트 1 내지 4에서 안전성 및 약동학 파리미터에 의해서 정의됨)에서 8명의 지원자로 확장된다.
벡터를 MAD nasal(상표명)을 사용하여 0일에 투여한다.
코호트 1: 용량 6.25×1012GC;
코호트 2: 용량 1.25×1013GC;
코호트 3: 용량 2.50×1013GC;
코호트 4: 용량 5.00×1013GC;
코호트 5: 최적 용량 수준에서의 확장 코호트.
코호트 내의 대상체의 투여 사이에 1주의 관찰이 필요하다. 다음 용량으로 증가시키기 이전에 안전성 데이터를 평가하기 위해서 코호트 사이에 총 4주를 사용한다.
벡터 투여 전날 밤 연구 입원 유닛에 대상체를 입원시킨다. 아침에, 공복 혈액을 취하고, 그 다음 대상체에게 IN으로 투여한다. 활력 징후를 첫 번째 24시간 동안 빈번하게 모니터링한다. 혈액, 코 세척액, 소변 및 직장 스왑을 안전성 시험을 위해서 1, 3, 7, 14 및 28일 및 2, 4 및 6개월(연구 종료를 나타냄)에 수집한다. 샘플을 안전성 실험실, 벡터의 쉐딩의 검출, 트랜스젠 발현의 평가 및 트랜스젠 및 벡터 캡시드의 면역원성을 위해서 사용한다.
연구 기간은 벡터 투여 후 6개월(180일)이다.
중단 규칙은 용량-제한 독성의 발생을 기반으로 한다. 용량-제한 독성은 코호트 내에서 임의의 하나의 치료 관련 4등급 또는 임의의 2개의 3등급 치료 관련 이상 반응의 발생으로서 정의된다. 용량-증가, 코호트 확장 또는 중단과 관련한 임의의 결정 이전에 모든 이상 반응을 주의 깊게 검토한다.
b. 목표 집단, 포함/제외 기준
진단 및 주요 포함 기준은, 19 이상 내지 30kg/m2 이하의 체질량 지수 및 50 이상 내지 100kg 이하의 체중을 갖는 65세 이상의 건강한 남성 또는 여성 대상체이다. 임신 가능성이 있는 여성은, 연구 시작 전에 혈청 임신 검사에서 음성이고, 효과적인 피임 방법(호르몬, IUD)을 사용한 경우 등록 자격이 있다.
포함 기준은 하기와 같다: 65세 이상의 남성 또는 여성 대상체; 참여에 대한 서면 동의서를 제공할 수 있음; 병력, 신체 검사, 활력 징후 및 기준선에서의 임상 안전성 실험 조사에 의해서 결정되는 바와 같은 건강; 비습관성 흡연자(습관성 흡연자는 주 단위로 4개 이상의 담배 또는 기타 담배 제품을 피우는 사람임) 및 참여 동안 담배 제품을 사용하지 않기로 동의한 흡연자; 및 폐경 후 또는 피임 수술 후 적어도 1년 중 하나를 충족시키는 여성.
제외 기준은 다음과 같다: 계절성 고초열 또는 계절성 알레르기 비염 또는 반복성 알레르기 비염 또는 만성 또는 코 또는 부비강 병태의 유의미한 이력; 벡터의 투여 최대 1년 전에 치료를 요하는 천식의 이력; 비중격 만곡증 및 비용종, 만성 부비동염, 천식 또는 COPD를 비롯한 비정상적인 코 구조를 갖는 대상체; 비강내 스테로이드의 현재 사용; 조사관에 의해서 평가될 때 유의미한 제어되지 않는 의학적 또는 정신의학적 병(급성 또는 만성)의 존재(이것은 새로운 의료 또는 수술 치료 기관, 또는 스크리닝 3개월 이내 및 시험감염 전 0일에 재확인되는 제어되지 않는 증상 또는 약물 독성에 대한 유의미한 용량 변경을 포함하지만 이들로 제한되지 않음); HIV-1 또는 HIV-2, 또는 HBsAg 또는 HCV 항체에 대한 양성 혈청학; 3년 이내에 암, 또는 암을 위한 치료(기저 세포 암종 또는 편평 세포 암종 제외, 이것은 허용됨); 진성 당뇨병을 포함하지만 이것으로 제한되지 않는 손상된 면역 반응과 연관될 수 있는 면역억제 또는 임의의 의학적 병태의 존재; 이전 3개월 기간 동안, 면역계에 악영향을 미칠 수 있는 임의의 의약 또는 기타 치료, 예컨대, 알레르기 주사, 면역 글로불린, 인터페론, 면역조절제, 세포독성 약물 또는 거의 대부분의 기관 독성과 빈번하게 연관되는 기타 약물, 또는 전신 코티코스테로이드(경구 또는 주사용)(국소 코티코스테로이드는 허용될 것임)가 현재 제공됨(또는 제공 이력); 연구 전 1년 동안 약물 또는 화학물질 남용의 이력; 벡터를 투여하기 전 30일 이내에 또는 현재 임의의 연구 제품 또는 등록되지 않은 약물의 수령 또는 현재 임의의 연구 약물 시험에 등록됨 또는 후속 연구 기간 내에 이러한 연구에 등록되려는 의도; 연구 기간 동안 벡터 투여 또는 계획된 투여 6개월 전에 혈액 또는 혈액 제품 수령; 열이 동반되거나 동반되지 않은 중등도 또는 중증 병의 존재로서 정의되는, 벡터 투여 전 72시간 이내의 급성 질환(병력 및 신체 검사를 통해서 연구자에 의해서 결정됨) 또는 경구로 38℃ 초과의 열의 존재; 임산부 및/또는 수유부; 1:80 초과의 혈청 순환 중화 항체 대 AAV2/hu68; 및 연구자의 견해로 일차 연구 목적 및 평가를 방해할 수 있는 임의의 조건.
c. 용량 수준 결정
초기 용량 수준은 전임상 효능 데이터를 기초로 선택되었고, 전임상 안전성 평가를 기초로 개선되며, 최고 용량은 AAV의 응집 특성에 의해서 제한된다. 6.25×1012 내지 5×1013GC/용량의 용량 범위를 MAD Nasal(상표명)을 통해서 콧구멍당 2×0.2㎖로 투여하였다. 목적은, 벡터 투여 2주 후에 코 세척액에서 5 내지 20ng/㎖의 JAb210a MDAb를 목표로 할 것이다. 이러한 용량은 전체 체질량에 대해 조정되는 경우 원숭이, 마우스 및 페럿에 제공된 것보다 상당히 더 낮다. 임상 시험을 위해서 벡터 또는 벡터와 구조가 유사한 AAV 벡터의 버전의 임의의 용량에서 이들 종에서 수행된 임의의 비임상 연구에서 어떠한 실질적인 독성도 관찰되지 않았다.
d. 투여량 투여 및 기간
각각의 용량군에게 MAD Nasal(상표명)을 통해서 각각의 콧구멍당 0.4㎖의 벡터를 제공한다. 대상체는 하나씩 투여된다. 동일한 용량군 내의 치료 간격은 비임상 연구에 의해서 결정될 것이다(예를 들어, 1주). 하나의 코호트 내의 모든 대상체가 14연구일에 합격하면, 예비 안전성 데이터를 검토한다. 어떠한 안전성 문제도 식별되지 않으면, 다음 용량으로의 용량 증가를 시작한다. 코호트 4의 완결 및 최고 용량에 대한 예비 안전성이 입증된 후, 제5 및 최종 코호트를, 최대 내약 용량(Maximally Tolerated Dose)인 최적 용량 또는 투여될 수 있는 최고 용량에서 총 8명의 대상체(즉, 4명의 추가 대상체)에 대한 확대를 위해서 등록한다. 대상체의 최대 수는 24명이다.
e. 제안된 임상 연구 기간
사전 동의/HIPAA, 인구통계학적 평가/병력 및 포함/제외 스크리닝은 -12 내지 -4주에 방문 0(스크린) 동안 수행된다.
병력 및 안전성 실험(포함: 종합적인 대사 패널[나트륨, 칼륨, 클로라이드, 이산화탄소, 글루코스, 혈중 요소 질소, 락테이트 데하이드로게나제, 크레아티닌, 크레아티닌 포스포카이나제, 칼슘, 총 단백질, 알부민, AST, ALT, 알칼리성 포스파타제, 및 총 빌리루빈]; CBC[적혈구 계수치, 헤모글로빈, 헤마토크리트, 혈소판 계수치, 적혈구 분포 폭, 평균 적혈구 용적, 평균 미립자 헤모글로빈 및 평균 미립자 헤모글로빈 농도]; 소변 검사[소변 색상, 탁도, pH, 글루코스, 빌리루빈, 케톤, 혈액, 단백질, WBC]; 응고[PT, INR, PTT]; 혈청학(HIVAb, HBsAg, HepCAb, RPR))을 -12 내지 -4주에 방문 0(스크린), -4 내지 -1주에 방문 1(스크린), 0일에 방문 2, 7일에 방문 3, 14일에 방문 4, 28일에 방문 5, 2개월에 방문 6, 4개월에 방문 7 및 6개월에 방문 8을 비롯한, 방문일에 체크한다.
소변 임신 시험(임신 가능성이 있는 여성 만), 피임 카운셀링, 심전도(각각의 방문으로부터의 QT 및 QTC의 변화는 가장 최신 FDA 지침을 기초로 분석됨) 및 폐 기능 시험(폐활량 측정법(폐활량, 강제 폐활량, 0.5, 1, 2 및 3초의 시간 간격에서의 강제 호기량(forced expiratory volume: FEV), 최대 호기 유량 25 내지 75% (FEF 25-27) 및 최대 의식 환기량(maximal voluntary ventilation: MVV)), 신체 검사(체중, 키(방문 1에만 측정됨), BMI), 흉부 x선(스크리닝 3개월 이내에 수행되고, 정상인 것으로 밝혀지고, 대상체가 진행중인 폐 징후 또는 증상이 없다고 밝혀진 경우 흉부 x선은 반복될 필요가 없음), 바이탈(주입일 동안의 활력 징후: 주입 전, 15(± 5), 30(± 5)분 및 투여 후 1(± 10분), 3(± 10분) 및 6시간(± 10분). 혈압, 심박수, 체온, 호흡, 연구 혈액(캡시드 및 트랜스젠에 대한 T 세포 반응), 연구 코 세척액(세포-기반 중화 검정에 의한 Ab 수준), 연구 혈청(NAB 대 캡시드 및 트랜스젠, Ab 수준), 최대 코 호기 유량(이동식 흡기 유량계를 사용하여 수행됨)이 포함된다. 호기 후, 작은 마스크가 부착된 유량계를 수평으로 고정하여 코 주변에 기밀 시일(air-tight seal)을 형성한다. 이어서, 대상체에게 강제로 빠르게 들이마시도록 지시한다(약 1초 동안). 유량은 각각의 시험이 완결된 후 교정된 눈금 상의 커서의 위치로 표시되고, SNOT-22 설문지(0(증상 없음)에서 5(가장 나쁨)까지의 증상을 매기는 다양한 건강 및 삶의 질 질문을 묻는 22점 설문지. 점수는 선택된 모든 숫자의 합이다(최대 110). 환자는 또한 그들에게 가장 중요한 문제/관심을 최대 5개 표시하도록 허용된다.)를 -4 내지 -1주에 방문 1(스크린), 0일에 방문 2, 7일에 방문 3, 14일에 방문 4, 28일에 방문 5, 2개월에 방문 6, 4개월에 방문 7 및 6개월에 방문 8에 평가한다.
벡터 투여 및 24시간 체류를 위한 입원은 0일에 방문 2에 수행된다.
이상 반응을 0일에 방문 2, 7일에 방문 3, 14일에 방문 4, 28일에 방문 5, 2개월에 방문 6, 4개월에 방문 7 및 6개월에 방문 8에 모니터링한다.
0일에 방문 2, 7일에 방문 3, 14일에 방문 4 및 28일에 방문 5에 국소 및 전신 반응원성(reactogenicity) 평가를 수행한다.
f. 관찰 및 측정 방법
일차 목적은, 이상 반응의 발생 및 실험실 파라미터 및 활력 징후의 기준선으로부터 그리고 치료 후 6개월까지의 변화에 의해서 정의되는 바와 같은 벡터 용액의 단일 증가 용량의 안전성 및 내약성이다. 안전성 평가는 또한 벡터 용액 투여 후 14일의 급성 기간 동안의 코 점막 및 폐에서의 반응원성 평가를 포함한다.
이차 목적은, 코 세척액 중의 트랜스젠의 농도, 혈청 농도, 최대 농도, 청소율, 제거 반감기를 비롯한 PK의 평가; 및 IP(AAV2/hu68 캡시드, JAb210a MDAb)의 모든 성분에 대한 항체 결합 및 T-세포 반응의 측정에 의한 단일 증가 용량의 면역원성의 평가이다.
평가는 혈액 화학(간 기능 시험[LFT], 크레아티닌), 혈액학(감별 온혈구 계수치[CBC], 혈소판), 프로트롬빈 시간/부분 트롬보플라스틴 시간(PT/PTT), 크레아티닌 포스포카이나제(CPK), 트로포닌을 포함하고, 소변 검사는 벡터 용액 투여 이후에 급성/아급성 기간 동안 보다 빈번하게 모니터링하면서 시험 기간 전체에서 평가된다. 트랜스젠 발현을 모니터링하기 위해서 그리고 트랜스젠 및 AAV2/hu68 캡시드에 대한 항체 및 세포 반응을 평가하기 위해서 혈청, 코 세척액 및 PBMC 샘플링을 시험 전체에서 수행한다. 소변 인간 융모성 고나도트로핀(human chorionic gonadotropin: HCG) 시험을 벡터 용액 투여 이전에 모든 여성 지원자에 대해서 수행한다.
이상 반응(AE) 및 심각한 이상 반응(SAE)을 연구 기간(즉, 6개월) 동안 수집한다.
약동학(PK)을 시험 기간 전체에서 일상적으로 평가하여 JAb210a MDAb의 발현의 동력학을 결정한다. 코 세척액 및 혈청을 규칙적인 간격으로 샘플링하고, 검정을 사용한 질량 분광학 및 ELISA에 의해서 Ab 수준을 결정한다.
질량분석법, 항-이디오타입 검정, 트랜스젠 발현(ELISA), 벡터 쉐딩의 평가를 종래의 방법에 따라서 개발하였다.
g. 벡터 용액의 투여
벡터 용액의 투여는 각각의 콧구멍에 2회의 순차적인 0.2㎖ 용량(즉, 총 0.8㎖의 벡터 용액)으로 일어난다. 벡터 용액을 텔레플렉스 메디컬사(Teleflex.com)에 의해서 제조된 상업적으로 승인된 장치를 사용하여 투여한다. 장치는 LMA MAD Nasal(상표명)(비강내 점막 아토마이제이션 장치)이라 불린다. 코 점막에 IP를 전달하기 위한 장치의 최상의 사용 방법에 대한 상세사항은 회사의 절차 가이드에 제공된다. 기본적으로, 대상체를 누워있는 자세로 배치하고, 장치의 끝을 각각의 코 경로의 오리피스에 (하나씩) 배치하고, 그 후 주사기를 통한 아토마이저를 통해서 유체를 밀어냄으로써 백터 용액이 전달된다.
h. 연구 설계 및 샘플 크기 결정
용량-증가 방법이 기반으로 하는 주 평가항목(primary endpoint)은 안전성이다. 안전성 모니터링은 임상 관찰 및 실험 시험의 결과 둘 다를 포함하고, 2007년 9월 FDA에 의해서 공개된 Toxicity Grading Scale for Healthy Adult and Adolescent Volunteers Enrolled in Preventative Vaccine Clinical Trials의 개정판에 따라서 등급매겨진다. 유일한 수정 사항은 안내 문헌에서 주사 부위에 관련된 소견에 초점을 맞춘 임상 이상의 평가와 관련된다. 근위 및 원위 호흡기계에서의 임상 소견에 관련된 기준을 확립한다.
최대 내약 용량(MTD)은, 대상체가 2명의 대상체에서 임의의 치료 관련된 3등급 또는 하나의 치료 관련된 4등급 사례로서 정의되는, 용량-제한 독성(DLT)을 나타내는 용량 미만의 용량으로서 정의된다. MTD는 제안된 용량 범위 내에서 도달될 수 없다고 인식된다. 이러한 경우에 사용되는 최고 용량은 미래 시험을 위해서 제안되는 용량이다. 최소 8명의 대상체가 MTD에서 치료되고, MTD가 도달되지 않는 사례에서는 최고 용량으로 치료된다. 따라서, 8명의 대상체가 제안된 용량에서 치료되는 것을 보장하기 위해서 4명의 대상체를 추가하는 것이 필요할 수 있다.
설계는, 임의의 수준에서 용량-제한 독성(DLT)의 사례에서는 수준당 8명의 환자로 확장되고, 제안된 용량에서 4명의 추가 환자로 확장시켜 최적의 용량 및 그 수준에서의 독성률을 양호하게 특징규명하는, 용량 수준당 4명의 환자를 갖는 표준 "4+4" I상 용량-증가 시험이다. 용량 코호트 내의 환자 사이에 최소 7일 및 코호트 사이에 최소 2주를 사용하여 잠재적인 단기간 독성의 적절한 평가를 보장한다. MTD가 도달되었는지의 여부 및/또는 다음 용량으로 증가시킬지의 여부를 결정하기 위해서 사용되는 관찰 기간이 코호트 내의 최종 대상체 이후에 최소 14일을 비롯하여 코호트로부터의 데이터의 전체이지만, 대상체는 투여 후 6개월 동안 관찰된다.
코호트에서 0/4 대상체가 3등급 또는 4등급 독성을 경험하면, 용량을 증가시키고, 그 다음 4명의 대상체를 그 다음의 더 높은 용량으로 치료하고; 1/4 대상체가 치료 관련 3등급 독성을 경함하면, 4명의 추가 대상체를 동일한 용량으로 치료한다. 추가 대상체 중 누구도 치료 관련 3등급 또는 4등급 독성(총 1/8)을 경험하지 않으면, 용량을 증가시키고, 그 다음 4명의 대상체를 그 다음 더 높은 용량으로 치료한다. 추가 대상체 중 어느 누가 3등급 또는 4등급 독성(총 1/8 초과)을 경험하면, 추가 4명의 대상체를 더 낮은 용량 코호트에 등록하고, 깨끗하면 MTD로 간주하고; 임의의 대상체가 치료 관련 4등급 독성을 경험하면, 이 용량에 추가의 대상체를 등록하지 않고, 추가의 4명의 대상체를 MTD를 확립하기 위해서 4등급 독성이 일어난 용량보다 낮은 용량이 제공된 코호트에 등록한다.
i. 안전성 및 이상 반응
대상체 또는 다른 사람에게 위험을 수반하는 예기치 않은 문제는 하기 기준을 모두 충족하는 임의의 사건, 경험 또는 결과로 정의된다: 특성, 중증도 또는 빈도에서의 미예측성(즉, 연구 관련 문서, 예컨대, IRB-승인된 프로토콜 또는 동의 양식, 연구자 브로셔 등에 설명되어 있지 않음); 연구 참여와의 관련성 또는 관련될 가능성(즉, 관련될 가능성이 있음은, 그 사건을 경험하거나, 또는 결과가 연구에 관련된 절차에 의해서 야기되었을 수 있는 타당한 가능성이 존재함을 의미함); 및 연구가 대상체 또는 다른 사람들에게 더 큰 피해 위험(물리적, 정신적, 경제적 또는 사회적 피해)을 입힐 것임을 시사.
이상 반응(AE)은 연구 과정 동안 발달되거나 악화되는 임의의 증상, 징후, 병증 또는 경험이다. 병발성 병증 또는 손상은 이상 반응으로서 간주되어야 한다. 진단 절차의 비정상적인 결과는, 이상이 연구 취소를 초래하고; 심각한 이상 반응과 연관되고; 임상 징후 또는 증상과 연관되고; 추가 치료 또는 추가 진단 시험으로 이어지고; 임상적 중요성을 갖는 것으로 연구자에 의해서 간주되는 경우 이상 반응인 것으로 간주된다.
이상 반응은 심각함 또는 심각하지 않음으로 분류된다. 심각한 이상 반응은 치명적이고, 생명을 위협하고, 입원을 요구하거나 연장시키거나, 지속적이거나 중대한 장애 또는 무능력 또는 선천성 기형 또는 선천적 결함, 중요한 의학적 사례를 초래하는 임의의 AE이다.
중요한 의학적 사례는 즉각적으로 생명을 위협할 수는 없지만 주요 임상적 중요성을 명확하게 갖는 것이다. 이것은 대상체를 위태롭게 할 수 있고, 상기에 언급된 다른 심각한 결과 중 하나를 예방하기 위한 중재가 필요할 수 있다. 예를 들어, 약물 과다복용 또는 남용, 입원을 초래하지 않은 발작, 응급실에서의 기관지경련의 집중 치료는 전형적으로 심각한 것으로 간주될 것이다.
심각함의 기준 중 어떤 것도 충족시키지 않은 모든 이상 반응은 심각하지 않은 이상 반응으로서 간주되어야 한다.
이미 존재하는 병태는 연구 시작 시에 존재하는 것이다. 이미 존재하는 병태는, 병태의 빈도, 강도 또는 특징이 연구 기간 동안 악화되는 경우 이상 반응으로서 기록되어야 한다.
스크리닝 시, 임의의 임상적으로 유의미한 이상은 이미 존재하는 병태로서 기록되어야 한다. 연구 마지막에, 이상 반응의 정의를 충족시키는 임의의 새로운 임상적으로 유의미한 소견/비정상은 이상 반응으로서 기록 및 문서화되어야 한다.
모든 해결되지 않은 이상 반응은, 그 사례가 해결될 때까지, 대상체가 추적 관찰에서 상실될 때까지, 이상 반응이 달리 설명될 때까지 연구자에 의해서 추적된다. 마지막 예정된 방문에서, 연구자는 각각의 대상체에게 대상체, 또는 대상체의 의사가 본 연구의 참여와 합리적으로 관련될 수 있다고 여기는 임의의 후속 사례(들)를 보고하도록 지시해야 한다. 연구자는, 대상체가 본 연구와 합리적으로 관련될 수 있는 연구 참여를 중단하거나 종료한 후 임의의 시기에 발생한 임의의 사망 또는 이상 반응을 스폰서에게 통지해야 한다. 또한 연구자가 본 연구에 참여된 대상체의 후속으로 인지된 자손에서 암 또는 기형아의 발생을 인식하게 되면 스폰서에게 또한 통지해야 한다.
하기 중 하나가 충족되면 임상 실험실 이상이 이상 반응으로서 문서화된다: 실험실 이상은 이상을 확인하기 위한 반복 시험에 의해서 달리 반박되지 않고; 이상은 질환 및/또는 기관 독성을 시사하고; 이상은 능동적인 관리; 예를 들어, 용량 변화, 약물 중단, 보다 빈번한 추적 평가, 추가 진단 조사 등을 필요로 하는 정도이다.
입원 또는 장기 입원을 초래하는 임의의 이상 반응은 달리 구체적으로 지시되지 않는 한 심각한 이상 반응으로서 문서화 및 보고된다. 수술에 대한 책임이 있는 임의의 병태는, 그 병태가 이상 반응에 대한 기준을 충족시키면 이상 반응으로서 문서화된다. 병태, 입원, 장기 입원, 수술 중 어느 것도 하기 상황에서 이상 반응으로서 보고되지 않는다: 이미 존재하는 병태에 대한 진단 또는 선택된 수술 절차를 위한 입원 또는 장기 입원. 수술의 목적이 선택적이거나 진단적이고, 결과가 특별한 일이 없으면 수술은 이상 반응의 결과로서 보고되지 않아야 하고; 연구를 위한 효능 측정을 위해서 입원 또는 장기 입원이 필요하였다.
연구자는, AE가 하기 설명에 따라서 CRF의 적절한 페이지 상에 문서화되는 것을 보장할 책임이 있다: 경증: 일상적인 활동의 제한이 없거나 약간의 불편함과 연관됨; 중등도: 일상적인 활동의 제한 또는 중대한 불편과 연관됨; 중증: 일상적인 활동 수행의 무능력 및 연구 약물에 대한 매우 뚜렷한 불편함과 연관됨.
연구 약물에 대한 AE의 관계는 하기 정의에 따라서 연구자에 의해서 결정된다:
개연성: 의심되는 연구 추적자에 대한 알려진 또는 예상된 반응 패턴을 따르는 벡터 용액의 투여로부터 합리적인 시간적 순서를 따르고; 대상체/환자의 임상 상태의 알려진 특징에 의해서 합리적으로 설명될 수 없는 반응;
가능성: 의심되는 연구 추적자에게 알려진 또는 예상된 반응 패턴을 따르지만; 다수의 다른 인자에 의해서 쉽게 생성될 수 있는 연구 추적자의 투여로부터 합리적인 시간적 순서를 따르는 반응;
가능성 낮음: 연구 추적자의 투여로부터 합리적인 시간적 순서를 따르지 않는 반응, 그러나, 벡터 용액으로부터의 인과관계는 제외될 수 없음;
무관함: 병인학이 연구 추적자와 관련이 없음을 나타내기에 충분한 데이터가 존재하는 반응.
대상체에 대한 위험을 최소화하기 위해서, 대상체는 각각 4 내지 8명의 별개의 코호트에서 연구에 등록된다. 코호트 내의 모든 대상체에게 벡터 용액을 투여한 후, 코호트 내의 마지막 대상체가 적어도 2주의 추적 관찰이 완결되고, 일차 안전성 평가가 전체 코호트에 대해서 수행되고, 조사될 때까지 다른 코호트 내의 대상체의 투여는 발생하지 않는다. 코호트의 구성원 간의 투여는 1주 이상으로 떨어진 간격에서 일어난다. 본 연구에서, 용량-제한 독성(DLT)은 코호트 내의 2개의 3등급 독성 및 4등급 사례로서 정의되고, 여기서 이들은 치료 관련되는 것으로 여겨진다. 상기에 기술된 바와 같이, 3등급 치료 관련 독성을 경험한 코호트 내의 하나의 대상체는 코호트 내의 최대 8명의 대상체에 대한 용량에서 4명의 추가 대상체의 투여를 촉발한다. 그 용량에서 치료 관련 3등급 독성을 갖는 제2 대상체는 용량 감소를 촉발하며, 필요한 경우 총 8명의 대상체가 치료되는 것을 보장하기 위해서 더 낮은 용량으로 4명의 추가 대상체를 치료하고; 이러한 더 낮은 용량에서 2개의 3등급 이하의 독성이 존재하고 4등급 독성이 존재하지 않으면, 그것은 MTD로 간주된다. 임의의 치료 관련 4등급 독성은 그 용량에서 발생이 중단되고, MTD를 확립하는 것을 돕기 위해서 더 낮은 용량에서 추가로 4명의 대상체의 발생을 촉발시킨다. 임의의 심각한 이상 반응은 즉시 보고되고, 연구 치료와의 관계에 대해서 평가된다. SAE가 치료 관련된다고 간주되면, 그것은 연구를 위한 중단 기준으로서 제공된다.
j. 통계학적 분석
그래프 방법을 비롯한 다양한 기술 통계학을 사용하여 효능 종점을 요약한다. 평균, 표준 편차, 중위값 및 범위는 측정된 연속 변수에 대해서 계산된다. 신뢰 구간은 적절한 경우 요약 통계학에 대해서 생성된다. 실제 p 값이 보고되어 있더라도 α= 0.05의 양측 유의 수준(타입 I 오류)을 사용하여 가설 시험을 수행한다. 측정된 연속 변수의 경우, 2개의 군 비교(예컨대, 용량 코호트 간)는 일반적으로 윌콕슨 순위 합계 검정(Wilcoxon rank-sum test)을 사용하고; 윌콕슨 부호 순위 검정(Wilcoxon signed-rank test)은 폐 기능 파라미터에서의 기준선으로부터의 변화와 같은 대응 데이터에 대해서 사용된다. 카테고리 변수는 피셔 정확 검정(Fisher's exact test)을 사용하여 군 간에서 그리고 맥네마 검정(McNemar's test)을 사용하여 환자 내에서 비교된다.
본 명세서에 열거된 모든 특허, 특허 공개 및 다른 간행물뿐만 아니라 "17-7987PCT_ST25.txt"라는 파일명의 서열 목록 및 2018년 1월 17일자로 출원된 우선권 출원인 미국 가특허 출원 제62/618,443호, 2017년 9월 20일자로 출원된 출원 제62/560,834호, 2017년 5월 10일자로 출원된 출원 제62/504,293호 및 2017년 2월 2월자로 출원된 출원 제62/464,753호는 본 명세서에 참고로 포함된다. 본 발명이 특히 바람직한 실시형태를 참고로 기술되어 있지만, 본 발명의 사상을 벗어나지 않으면서 변형이 행해질 수 있음이 인식될 것이다. 이러한 변형은 첨부된 청구범위의 범주 내에 포함되도록 의도된다.
(서열 목록 프리 텍스트)
하기 정보는 번호 식별인자<223> 하의 서열 함유 프리 텍스트를 제공한다.
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Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Ile Ser Ile Phe Asp Ile Tyr
20 25 30
Ala Met Asp Trp Tyr Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gln Arg Glu Leu Val
35 40 45
Ala Val Ser Phe Arg Asp Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys His
85 90 95
Val Ser Leu Tyr Arg Asp Pro Leu Gly Val Ala Gly Gly Ile Gly Val
100 105 110
Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 2
<211> 123
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Amino acid sequence of the second immunoglobulin region
<400> 2
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Arg Thr Tyr Ala Met Gly
20 25 30
Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Phe Val Ala Ala Ile
35 40 45
Asn Ala Leu Gly Thr Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg
50 55 60
Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met
65 70 75 80
Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Ala Gln
85 90 95
Gly Gln Trp Arg Ala Ala Pro Val Ala Val Ala Ala Glu Tyr Glu Phe
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 3
<211> 129
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Amino acid sequence of the third immunoglobulin region
<400> 3
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Glu Asn Lys
20 25 30
Ala Ile Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Gly Val
35 40 45
Leu Cys Ile Ser Lys Ser Gly Ser Trp Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Thr Thr Ala Gly Gly Gly Leu Cys Trp Asp Gly Thr Thr Phe
100 105 110
Ser Arg Leu Ala Ser Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
115 120 125
Ser
<210> 4
<211> 116
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Amino acid sequence of the fourth immunoglobulin region
<400> 4
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Ser
20 25 30
Trp Met Tyr Trp Leu Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Asn Thr Asp Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Lys Asp Trp Gly Gly Pro Glu Pro Thr Arg Gly Gln Gly Thr Leu Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser
115
<210> 5
<211> 4718
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> J210a Vector Genome with CB7 promoter and rBG polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (1)..(130)
<223> 5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (198)..(579)
<223> CMV IE promoter
<220>
<221> enhancer
<222> (279)..(538)
<223> C4 enhancer
<220>
<221> promoter
<222> (582)..(862)
<223> chicken b-actin (CB) promoter
<220>
<221> TATA_signal
<222> (836)..(839)
<220>
<221> Intron
<222> (956)..(1928)
<223> chicken beta-actin intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1938)..(1985)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1986)..(1991)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1992)..(2051)
<223> hmIL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (2052)..(2423)
<223> The first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_feature
<222> (2424)..(2453)
<223> L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (2454)..(2822)
<223> The second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_feature
<222> (2823)..(2852)
<223> L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (2853)..(3239)
<223> The third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_feature
<222> (3240)..(3269)
<223> L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3270)..(3617)
<223> The fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_feature
<222> (3618)..(3632)
<223> hinge
<220>
<221> misc_feature
<222> (3633)..(4298)
<223> Fc
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4374)..(4500)
<223> rabbit globin polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (4589)..(4718)
<223> 3' ITR
<400> 5
ctgcgcgctc gctcgctcac tgaggccgcc cgggcaaagc ccgggcgtcg ggcgaccttt 60
ggtcgcccgg cctcagtgag cgagcgagcg cgcagagagg gagtggccaa ctccatcact 120
aggggttcct tgtagttaat gattaacccg ccatgctact tatctaccag ggtaatgggg 180
atcctctaga actatagcta gtcgacattg attattgact agttattaat agtaatcaat 240
tacggggtca ttagttcata gcccatatat ggagttccgc gttacataac ttacggtaaa 300
tggcccgcct ggctgaccgc ccaacgaccc ccgcccattg acgtcaataa tgacgtatgt 360
tcccatagta acgccaatag ggactttcca ttgacgtcaa tgggtggagt atttacggta 420
aactgcccac ttggcagtac atcaagtgta tcatatgcca agtacgcccc ctattgacgt 480
caatgacggt aaatggcccg cctggcatta tgcccagtac atgaccttat gggactttcc 540
tacttggcag tacatctacg tattagtcat cgctattacc atggtcgagg tgagccccac 600
gttctgcttc actctcccca tctccccccc ctccccaccc ccaattttgt atttatttat 660
tttttaatta ttttgtgcag cgatgggggc gggggggggg ggggggcgcg cgccaggcgg 720
ggcggggcgg ggcgaggggc ggggcggggc gaggcggaga ggtgcggcgg cagccaatca 780
gagcggcgcg ctccgaaagt ttccttttat ggcgaggcgg cggcggcggc ggccctataa 840
aaagcgaagc gcgcggcggg cgggagtcgc tgcgcgctgc cttcgccccg tgccccgctc 900
cgccgccgcc tcgcgccgcc cgccccggct ctgactgacc gcgttactcc cacaggtgag 960
cgggcgggac ggcccttctc ctccgggctg taattagcgc ttggtttaat gacggcttgt 1020
ttcttttctg tggctgcgtg aaagccttga ggggctccgg gagggccctt tgtgcggggg 1080
gagcggctcg gggggtgcgt gcgtgtgtgt gtgcgtgggg agcgccgcgt gcggctccgc 1140
gctgcccggc ggctgtgagc gctgcgggcg cggcgcgggg ctttgtgcgc tccgcagtgt 1200
gcgcgagggg agcgcggccg ggggcggtgc cccgcggtgc ggggggggct gcgaggggaa 1260
caaaggctgc gtgcggggtg tgtgcgtggg ggggtgagca gggggtgtgg gcgcgtcggt 1320
cgggctgcaa ccccccctgc acccccctcc ccgagttgct gagcacggcc cggcttcggg 1380
tgcggggctc cgtacggggc gtggcgcggg gctcgccgtg ccgggcgggg ggtggcggca 1440
ggtgggggtg ccgggcgggg cggggccgcc tcgggccggg gagggctcgg gggaggggcg 1500
cggcggcccc cggagcgccg gcggctgtcg aggcgcggcg agccgcagcc attgcctttt 1560
atggtaatcg tgcgagaggg cgcagggact tcctttgtcc caaatctgtg cggagccgaa 1620
atctgggagg cgccgccgca ccccctctag cgggcgcggg gcgaagcggt gcggcgccgg 1680
caggaaggaa atgggcgggg agggccttcg tgcgtcgccg cgccgccgtc cccttctccc 1740
tctccagcct cggggctgtc cgcgggggga cggctgcctt cgggggggac ggggcagggc 1800
ggggttcggc ttctggcgtg tgaccggcgg ctctagagcc tctgctaacc atgttcatgc 1860
cttcttcttt ttcctacagc tcctgggcaa cgtgctggtt attgtgctgt ctcatcattt 1920
tggcaaagaa ttcgctaggg cactttgcac tggaacttac aacacccgag caaggacgcg 1980
actctgccac catgtaccga atgcagctgc tgagctgtat cgcactgagc ctggcactgg 2040
tgaccaacag ccaggtgcag ctggtggaga gcggaggagg agtggtgcag ccaggaggaa 2100
gcctgcgact gagctgtgca gcaagcatca gcatcttcga catctacgca atggactggt 2160
accgacaggc accaggaaag cagcgagagc tggtggcagt gagcttccga gacggaagca 2220
cctactacgc agacagcgtg aagggacgat tcaccatcag ccgagacaac agcaagaaca 2280
ccctgtacct gcagatgaac agcctgcgag cagaggacac cgcagtgtac tactgtcatg 2340
tgagcctgta ccgggaccca ctgggagtgg caggaggaat cggagtgtac tggggacagg 2400
gaaccctggt gaccgtgagc agcggaggag gaggaagcgg aggaggagga agcgaagtgc 2460
agctgctgga aagcggcggc ggcctggtgc agcccggcgg cagcctgcgg ctgagctgtg 2520
ctgctagcgg ccggacctac gctatgggct ggtttcggca ggctcccggc aaggaacggg 2580
aatttgtggc tgctattaac gctctgggca cccggaccta ttatgctgac agcgtgaagg 2640
gccggtttac cattagccgg gacaacagca agaacaccct gtatctgcag atgaacagcc 2700
tgcgggctga agacaccgct gtgtattatt gtaccgctca gggccagtgg cgggctgctc 2760
ccgtggctgt ggctgctgaa tacgaatttt ggggccaggg caccctggtg accgtgagca 2820
gcggaggagg aggatctgga ggaggaggat ctgaggtgca gctgctggag agcggaggag 2880
gactggtgca gccaggagga agcctgcggc tgagctgcgc cgccagcgga ttcaccctgg 2940
agaacaaggc catcggctgg ttccggcagg ccccaggaaa ggagcgggag ggagtgctgt 3000
gcatcagcaa gagcggaagc tggacctact acgccgatag cgtgaaggga cggttcacca 3060
tcagccggga taacagcaag aacaccgtgt acctgcagat gaacagcctg cggccagagg 3120
ataccgccgt gtactactgc gccaccacca ccgccggagg aggactgtgc tgggacggaa 3180
ccaccttcag ccggctggcc agcagctggg gacagggaac cctggtgacc gtgagcagcg 3240
gaggaggagg atccggagga ggaggatccg aggtgcagct ggtggagtca ggaggaggac 3300
tggtgcagcc cggaggatca ctgagactgt cctgcgctgc ttcaggattc accttctcaa 3360
cctcctggat gtattggctg agacaggctc ccggaaaagg actggagtgg gtgtcagtga 3420
tcaacaccga cggaggaacc tattatgctg attcagtgaa aggaagattc accatctcaa 3480
gagataactc aaaaaacacc ctgtatctgc agatgaactc actgagagct gaggataccg 3540
ctgtgtatta ttgcgctaaa gattggggag gacccgagcc caccagagga cagggaaccc 3600
tggtgaccgt gtcatcagac aagacccata cctgtccacc ttgtccagca ccagagctgc 3660
tgggaggacc aagcgtgttc ctgttcccac caaagccaaa ggacaccctg atgatcagcc 3720
gaaccccaga ggtgacctgt gtggtggtgg acgtgagcca tgaggaccca gaggtgaagt 3780
tcaactggta cgtggacgga gtggaggtgc ataacgcaaa gaccaagcca cgagaggagc 3840
agtacaacag cacctaccga gtggtgagcg tgctgaccgt gctgcatcag gactggctga 3900
acggaaagga gtacaagtgt aaggtgagca acaaggcact gccagcacca atcgagaaga 3960
ccatcagcaa ggcaaaggga cagccacgag agccacaggt gtacaccctg ccaccaagcc 4020
gagacgagct gaccaagaac caggtgagcc tgacctgtct ggtgaaggga ttctacccaa 4080
gcgacatcgc agtggagtgg gagagcaacg gacagccaga gaacaactac aagaccaccc 4140
caccagtgct ggacagcgac ggaagcttct tcctgtacag caagctgacc gtggacaaga 4200
gccggtggca gcagggaaac gtgttcagct gtagcgtgat gcacgaggca ctgcataacc 4260
attacaccca gaagagcctg agcctgagcc caggaaagtg ataaagcggc cgcggtacct 4320
ctagagtcga cccgggcggc ctcgaggacg gggtgaacta cgcctgagga tccgatcttt 4380
ttccctctgc caaaaattat ggggacatca tgaagcccct tgagcatctg acttctggct 4440
aataaaggaa atttattttc attgcaatag tgtgttggaa ttttttgtgt ctctcactcg 4500
gaagcaattc gttgatctga atttcgacca cccataatac ccattaccct ggtagataag 4560
tagcatggcg ggttaatcat taactacaag gaacccctag tgatggagtt ggccactccc 4620
tctctgcgcg ctcgctcgct cactgaggcc gggcgaccaa aggtcgcccg acgcccgggc 4680
tttgcccggg cggcctcagt gagcgagcga gcgcgcag 4718
<210> 6
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Amino acid sequence of human IL2 (hmIL2) leader
<400> 6
Met Tyr Arg Met Gln Leu Leu Ser Cys Ile Ala Leu Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
Val Thr Asn Ser
20
<210> 7
<211> 10
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Amino acid sequence of linker 1 (L1)
<400> 7
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
1 5 10
<210> 8
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> hinge
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(15)
<223> hinge
<400> 8
gac aag acc cat acc 15
Asp Lys Thr His Thr
1 5
<210> 9
<211> 5
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 9
Asp Lys Thr His Thr
1 5
<210> 10
<211> 666
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Fc
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(666)
<400> 10
tgt cca cct tgt cca gca cca gag ctg ctg gga gga cca agc gtg ttc 48
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
ctg ttc cca cca aag cca aag gac acc ctg atg atc agc cga acc cca 96
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
gag gtg acc tgt gtg gtg gtg gac gtg agc cat gag gac cca gag gtg 144
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
aag ttc aac tgg tac gtg gac gga gtg gag gtg cat aac gca aag acc 192
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
aag cca cga gag gag cag tac aac agc acc tac cga gtg gtg agc gtg 240
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
ctg acc gtg ctg cat cag gac tgg ctg aac gga aag gag tac aag tgt 288
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
aag gtg agc aac aag gca ctg cca gca cca atc gag aag acc atc agc 336
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
aag gca aag gga cag cca cga gag cca cag gtg tac acc ctg cca cca 384
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
agc cga gac gag ctg acc aag aac cag gtg agc ctg acc tgt ctg gtg 432
Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val
130 135 140
aag gga ttc tac cca agc gac atc gca gtg gag tgg gag agc aac gga 480
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
cag cca gag aac aac tac aag acc acc cca cca gtg ctg gac agc gac 528
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
gga agc ttc ttc ctg tac agc aag ctg acc gtg gac aag agc cgg tgg 576
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
cag cag gga aac gtg ttc agc tgt agc gtg atg cac gag gca ctg cat 624
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His
195 200 205
aac cat tac acc cag aag agc ctg agc ctg agc cca gga aag 666
Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 11
<211> 222
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 11
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val
130 135 140
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His
195 200 205
Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 12
<211> 746
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> humanized FM1W3
<400> 12
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Trp Gln Pro Gly Gly Ser
1 5 10 15
Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Ile Ser Ile Phe Asp Ile Tyr Ala
20 25 30
Met Asp Trp Tyr Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gln Arg Glu Leu Val Ala
35 40 45
Val Ser Phe Arg Asp Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly
50 55 60
Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln
65 70 75 80
Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys His Val
85 90 95
Ser Leu Tyr Arg Asp Pro Leu Gly Val Ala Gly Gly Ile Gly Val Tyr
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
115 120 125
Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu
130 135 140
Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Arg
145 150 155 160
Thr Tyr Ala Met Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu
165 170 175
Phe Val Ala Ala Ile Asn Ala Leu Gly Thr Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp
180 185 190
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr
195 200 205
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr
210 215 220
Tyr Cys Thr Ala Gln Gly Gln Trp Arg Ala Ala Pro Val Ala Val Ala
225 230 235 240
Ala Glu Tyr Glu Phe Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
245 250 255
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Leu Glu
260 265 270
Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys
275 280 285
Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Glu Asn Lys Ala Ile Gly Trp Phe Arg
290 295 300
Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Gly Val Leu Cys Ile Ser Lys Ser
305 310 315 320
Gly Ser Trp Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile
325 330 335
Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu
340 345 350
Arg Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Thr Thr Thr Ala Gly
355 360 365
Gly Gly Leu Cys Trp Asp Gly Thr Thr Phe Ser Arg Leu Ala Ser Ser
370 375 380
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser
385 390 395 400
Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu
405 410 415
Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe
420 425 430
Thr Phe Ser Thr Ser Trp Met Tyr Trp Leu Arg Gln Ala Pro Gly Lys
435 440 445
Gly Leu Glu Trp Val Ser Val Ile Asn Thr Asp Gly Gly Thr Tyr Tyr
450 455 460
Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys
465 470 475 480
Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala
485 490 495
Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Trp Gly Gly Pro Glu Pro Thr Arg Gly
500 505 510
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Asp Lys Thr His Thr Cys Pro
515 520 525
Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe
530 535 540
Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val
545 550 555 560
Thr Cys Val Trp Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn
565 570 575
Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg
580 585 590
Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Trp Ser Val Leu Thr Val Leu
595 600 605
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
610 615 620
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
625 630 635 640
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu
645 650 655
Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
660 665 670
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
675 680 685
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
690 695 700
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
705 710 715 720
Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr
725 730 735
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
740 745
<210> 13
<211> 4544
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> humanized sdAb multimer J310a
<220>
<221> repeat_region
<222> (17)..(146)
<223> 5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (207)..(1433)
<223> UbC
<220>
<221> Intron
<222> (1527)..(1659)
<223> Promega chimeric intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1726)..(1773)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1774)..(1779)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1780)..(1839)
<223> hmIL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (1840)..(2211)
<223> The first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2212)..(2241)
<223> L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (2242)..(2610)
<223> The second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2611)..(2640)
<223> L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (2641)..(3027)
<223> The third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3028)..(3057)
<223> L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3058)..(3405)
<223> The fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3406)..(3435)
<223> L4
<220>
<221> misc_feature
<222> (3436)..(4101)
<223> Fc
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4119)..(4350)
<223> SV40 late polyA signal
<220>
<221> repeat_region
<222> (4415)..(4544)
<223> 3' ITR
<400> 13
taaggcctta attaggctgc gcgctcgctc gctcactgag gccgcccggg caaagcccgg 60
gcgtcgggcg acctttggtc gcccggcctc agtgagcgag cgagcgcgca gagagggagt 120
ggccaactcc atcactaggg gttccttgta gttaatgatt aacccgccat gctacttatc 180
tacgtagcca tgctctagga agatctggcc tccgcgccgg gttttggcgc ctcccgcggg 240
cgcccccctc ctcacggcga gcgctgccac gtcagacgaa gggcgcagga gcgtcctgat 300
ccttccgccc ggacgctcag gacagcggcc cgctgctcat aagactcggc cttagaaccc 360
cagtatcagc agaaggacat tttaggacgg gacttgggtg actctagggc actggttttc 420
tttccagaga gcggaacagg cgaggaaaag tagtcccttc tcggcgattc tgcggaggga 480
tctccgtggg gcggtgaacg ccgatgatta tataaggacg cgccgggtgt ggcacagcta 540
gttccgtcgc agccgggatt tgggtcgcgg ttcttgtttg tggatcgctg tgatcgtcac 600
ttggtgagta gcgggctgct gggctggccg gggctttcgt ggccgccggg ccgctcggtg 660
ggacggaagc gtgtggagag accgccaagg gctgtagtct gggtccgcga gcaaggttgc 720
cctgaactgg gggttggggg gagcgcagca aaatggcggc tgttcccgag tcttgaatgg 780
aagacgcttg tgaggcgggc tgtgaggtcg ttgaaacaag gtggggggca tggtgggcgg 840
caagaaccca aggtcttgag gccttcgcta atgcgggaaa gctcttattc gggtgagatg 900
ggctggggca ccatctgggg accctgacgt gaagtttgtc actgactgga gaactcggtt 960
tgtcgtctgt tgcgggggcg gcagttatgc ggtgccgttg ggcagtgcac ccgtaccttt 1020
gggagcgcgc gccctcgtcg tgtcgtgacg tcacccgttc tgttggctta taatgcaggg 1080
tggggccacc tgccggtagg tgtgcggtag gcttttctcc gtcgcaggac gcagggttcg 1140
ggcctagggt aggctctcct gaatcgacag gcgccggacc tctggtgagg ggagggataa 1200
gtgaggcgtc agtttctttg gtcggtttta tgtacctatc ttcttaagta gctgaagctc 1260
cggttttgaa ctatgcgctc ggggttggcg agtgtgtttt gtgaagtttt ttaggcacct 1320
tttgaaatgt aatcatttgg gtcaatatgt aattttcagt gttagactag taaattgtcc 1380
gctaaattct ggccgttttt ggcttttttg ttagacgaag ctttattgcg gtagtttatc 1440
acagttaaat tgctaacgca gtcagtgctt ctgacacaac agtctcgaac ttaagctgca 1500
gaagttggtc gtgaggcact gggcaggtaa gtatcaaggt tacaagacag gtttaaggag 1560
accaatagaa actgggcttg tcgagacaga gaagactctt gcgtttctga taggcaccta 1620
ttggtcttac tgacatccac tttgcctttc tctccacagg tgtccactcc cagttcaatt 1680
acagctctta aggctagagt acttaatacg actcactata ggctagggca ctttgcactg 1740
gaacttacaa cacccgagca aggacgcgac tctgccacca tgtaccgaat gcagctgctg 1800
agctgtatcg cactgagcct ggcactggtg accaacagcc aggtgcagct ggtggagagc 1860
ggaggaggag tggtgcagcc aggaggaagc ctgcgactga gctgtgcagc aagcatcagc 1920
atcttcgaca tctacgcaat ggactggtac cgacaggcac caggaaagca gcgagagctg 1980
gtggcagtga gcttccgaga cggaagcacc tactacgcag acagcgtgaa gggacgattc 2040
accatcagcc gagacaacag caagaacacc ctgtacctgc agatgaacag cctgcgagca 2100
gaggacaccg cagtgtacta ctgtcatgtg agcctgtacc gggacccact gggagtggca 2160
ggaggaatcg gagtgtactg gggacaggga accctggtga ccgtgagcag cggaggagga 2220
ggaagcggag gaggaggaag cgaagtgcag ctgctggaaa gcggcggcgg cctggtgcag 2280
cccggcggca gcctgcggct gagctgtgct gctagcggcc ggacctacgc tatgggctgg 2340
tttcggcagg ctcccggcaa ggaacgggaa tttgtggctg ctattaacgc tctgggcacc 2400
cggacctatt atgctgacag cgtgaagggc cggtttacca ttagccggga caacagcaag 2460
aacaccctgt atctgcagat gaacagcctg cgggctgaag acaccgctgt gtattattgt 2520
accgctcagg gccagtggcg ggctgctccc gtggctgtgg ctgctgaata cgaattttgg 2580
ggccagggca ccctggtgac cgtgagcagc ggaggaggag gatctggagg aggaggatct 2640
gaggtgcagc tgctggagag cggaggagga ctggtgcagc caggaggaag cctgcggctg 2700
agctgcgccg ccagcggatt caccctggag aacaaggcca tcggctggtt ccggcaggcc 2760
ccaggaaagg agcgggaggg agtgctgtgc atcagcaaga gcggaagctg gacctactac 2820
gccgatagcg tgaagggacg gttcaccatc agccgggata acagcaagaa caccgtgtac 2880
ctgcagatga acagcctgcg gccagaggat accgccgtgt actactgcgc caccaccacc 2940
gccggaggag gactgtgctg ggacggaacc accttcagcc ggctggccag cagctgggga 3000
cagggaaccc tggtgaccgt gagcagcgga ggaggaggat ccggaggagg aggatccgag 3060
gtgcagctgg tggagtcagg aggaggactg gtgcagcccg gaggatcact gagactgtcc 3120
tgcgctgctt caggattcac cttctcaacc tcctggatgt attggctgag acaggctccc 3180
ggaaaaggac tggagtgggt gtcagtgatc aacaccgacg gaggaaccta ttatgctgat 3240
tcagtgaaag gaagattcac catctcaaga gataactcaa aaaacaccct gtatctgcag 3300
atgaactcac tgagagctga ggataccgct gtgtattatt gcgctaaaga ttggggagga 3360
cccgagccca ccagaggaca gggaaccctg gtgaccgtgt catcaggagg aggaggatca 3420
ggaggaggag gatcctgtcc accttgtcca gcaccagagc tgctgggagg accaagcgtg 3480
ttcctgttcc caccaaagcc aaaggacacc ctgatgatca gccgaacccc agaggtgacc 3540
tgtgtggtgg tggacgtgag ccatgaggac ccagaggtga agttcaactg gtacgtggac 3600
ggagtggagg tgcataacgc aaagaccaag ccacgagagg agcagtacaa cagcacctac 3660
cgagtggtga gcgtgctgac cgtgctgcat caggactggc tgaacggaaa ggagtacaag 3720
tgtaaggtga gcaacaaggc actgccagca ccaatcgaga agaccatcag caaggcaaag 3780
ggacagccac gagagccaca ggtgtacacc ctgccaccaa gccgagacga gctgaccaag 3840
aaccaggtga gcctgacctg tctggtgaag ggattctacc caagcgacat cgcagtggag 3900
tgggagagca acggacagcc agagaacaac tacaagacca ccccaccagt gctggacagc 3960
gacggaagct tcttcctgta cagcaagctg accgtggaca agagccggtg gcagcaggga 4020
aacgtgttca gctgtagcgt gatgcacgag gcactgcata accattacac ccagaagagc 4080
ctgagcctga gcccaggaaa gtgataaagc ggccgcttcg agcagacatg ataagataca 4140
ttgatgagtt tggacaaacc acaactagaa tgcagtgaaa aaaatgcttt atttgtgaaa 4200
tttgtgatgc tattgcttta tttgtaacca ttataagctg caataaacaa gttaacaaca 4260
acaattgcat tcattttatg tttcaggttc agggggagat gtgggaggtt ttttaaagca 4320
agtaaaacct ctacaaatgt ggtaaaatcg ataaggatct tcctagagca tggctacgta 4380
gataagtagc atggcgggtt aatcattaac tacaaggaac ccctagtgat ggagttggcc 4440
actccctctc tgcgcgctcg ctcgctcact gaggccgggc gaccaaaggt cgcccgacgc 4500
ccgggctttg cccgggcggc ctcagtgagc gagcgagcgc gcag 4544
<210> 14
<211> 4733
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CB7_J310a
<220>
<221> repeat_region
<222> (1)..(130)
<223> 5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (198)..(579)
<223> CMV IE promoter
<220>
<221> promoter
<222> (582)..(862)
<223> CB promoter
<220>
<221> TATA_signal
<222> (836)..(839)
<223> TATA
<220>
<221> Intron
<222> (956)..(1928)
<223> chicken beta-actin intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1938)..(1985)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1986)..(1991)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1992)..(2051)
<223> hmIL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (2052)..(2423)
<223> The first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2424)..(2453)
<223> L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (2454)..(2822)
<223> The second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2823)..(2852)
<223> L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (2853)..(3239)
<223> The third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3240)..(3269)
<223> L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3270)..(3617)
<223> The fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3618)..(3647)
<223> L4
<220>
<221> misc_feature
<222> (3648)..(4313)
<223> Fc
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4389)..(4515)
<223> rabbit globin polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (4604)..(4733)
<223> 3' ITR
<400> 14
ctgcgcgctc gctcgctcac tgaggccgcc cgggcaaagc ccgggcgtcg ggcgaccttt 60
ggtcgcccgg cctcagtgag cgagcgagcg cgcagagagg gagtggccaa ctccatcact 120
aggggttcct tgtagttaat gattaacccg ccatgctact tatctaccag ggtaatgggg 180
atcctctaga actatagcta gtcgacattg attattgact agttattaat agtaatcaat 240
tacggggtca ttagttcata gcccatatat ggagttccgc gttacataac ttacggtaaa 300
tggcccgcct ggctgaccgc ccaacgaccc ccgcccattg acgtcaataa tgacgtatgt 360
tcccatagta acgccaatag ggactttcca ttgacgtcaa tgggtggagt atttacggta 420
aactgcccac ttggcagtac atcaagtgta tcatatgcca agtacgcccc ctattgacgt 480
caatgacggt aaatggcccg cctggcatta tgcccagtac atgaccttat gggactttcc 540
tacttggcag tacatctacg tattagtcat cgctattacc atggtcgagg tgagccccac 600
gttctgcttc actctcccca tctccccccc ctccccaccc ccaattttgt atttatttat 660
tttttaatta ttttgtgcag cgatgggggc gggggggggg ggggggcgcg cgccaggcgg 720
ggcggggcgg ggcgaggggc ggggcggggc gaggcggaga ggtgcggcgg cagccaatca 780
gagcggcgcg ctccgaaagt ttccttttat ggcgaggcgg cggcggcggc ggccctataa 840
aaagcgaagc gcgcggcggg cgggagtcgc tgcgcgctgc cttcgccccg tgccccgctc 900
cgccgccgcc tcgcgccgcc cgccccggct ctgactgacc gcgttactcc cacaggtgag 960
cgggcgggac ggcccttctc ctccgggctg taattagcgc ttggtttaat gacggcttgt 1020
ttcttttctg tggctgcgtg aaagccttga ggggctccgg gagggccctt tgtgcggggg 1080
gagcggctcg gggggtgcgt gcgtgtgtgt gtgcgtgggg agcgccgcgt gcggctccgc 1140
gctgcccggc ggctgtgagc gctgcgggcg cggcgcgggg ctttgtgcgc tccgcagtgt 1200
gcgcgagggg agcgcggccg ggggcggtgc cccgcggtgc ggggggggct gcgaggggaa 1260
caaaggctgc gtgcggggtg tgtgcgtggg ggggtgagca gggggtgtgg gcgcgtcggt 1320
cgggctgcaa ccccccctgc acccccctcc ccgagttgct gagcacggcc cggcttcggg 1380
tgcggggctc cgtacggggc gtggcgcggg gctcgccgtg ccgggcgggg ggtggcggca 1440
ggtgggggtg ccgggcgggg cggggccgcc tcgggccggg gagggctcgg gggaggggcg 1500
cggcggcccc cggagcgccg gcggctgtcg aggcgcggcg agccgcagcc attgcctttt 1560
atggtaatcg tgcgagaggg cgcagggact tcctttgtcc caaatctgtg cggagccgaa 1620
atctgggagg cgccgccgca ccccctctag cgggcgcggg gcgaagcggt gcggcgccgg 1680
caggaaggaa atgggcgggg agggccttcg tgcgtcgccg cgccgccgtc cccttctccc 1740
tctccagcct cggggctgtc cgcgggggga cggctgcctt cgggggggac ggggcagggc 1800
ggggttcggc ttctggcgtg tgaccggcgg ctctagagcc tctgctaacc atgttcatgc 1860
cttcttcttt ttcctacagc tcctgggcaa cgtgctggtt attgtgctgt ctcatcattt 1920
tggcaaagaa ttcgctaggg cactttgcac tggaacttac aacacccgag caaggacgcg 1980
actctgccac catgtaccga atgcagctgc tgagctgtat cgcactgagc ctggcactgg 2040
tgaccaacag ccaggtgcag ctggtggaga gcggaggagg agtggtgcag ccaggaggaa 2100
gcctgcgact gagctgtgca gcaagcatca gcatcttcga catctacgca atggactggt 2160
accgacaggc accaggaaag cagcgagagc tggtggcagt gagcttccga gacggaagca 2220
cctactacgc agacagcgtg aagggacgat tcaccatcag ccgagacaac agcaagaaca 2280
ccctgtacct gcagatgaac agcctgcgag cagaggacac cgcagtgtac tactgtcatg 2340
tgagcctgta ccgggaccca ctgggagtgg caggaggaat cggagtgtac tggggacagg 2400
gaaccctggt gaccgtgagc agcggaggag gaggaagcgg aggaggagga agcgaagtgc 2460
agctgctgga aagcggcggc ggcctggtgc agcccggcgg cagcctgcgg ctgagctgtg 2520
ctgctagcgg ccggacctac gctatgggct ggtttcggca ggctcccggc aaggaacggg 2580
aatttgtggc tgctattaac gctctgggca cccggaccta ttatgctgac agcgtgaagg 2640
gccggtttac cattagccgg gacaacagca agaacaccct gtatctgcag atgaacagcc 2700
tgcgggctga agacaccgct gtgtattatt gtaccgctca gggccagtgg cgggctgctc 2760
ccgtggctgt ggctgctgaa tacgaatttt ggggccaggg caccctggtg accgtgagca 2820
gcggaggagg aggatctgga ggaggaggat ctgaggtgca gctgctggag agcggaggag 2880
gactggtgca gccaggagga agcctgcggc tgagctgcgc cgccagcgga ttcaccctgg 2940
agaacaaggc catcggctgg ttccggcagg ccccaggaaa ggagcgggag ggagtgctgt 3000
gcatcagcaa gagcggaagc tggacctact acgccgatag cgtgaaggga cggttcacca 3060
tcagccggga taacagcaag aacaccgtgt acctgcagat gaacagcctg cggccagagg 3120
ataccgccgt gtactactgc gccaccacca ccgccggagg aggactgtgc tgggacggaa 3180
ccaccttcag ccggctggcc agcagctggg gacagggaac cctggtgacc gtgagcagcg 3240
gaggaggagg atccggagga ggaggatccg aggtgcagct ggtggagtca ggaggaggac 3300
tggtgcagcc cggaggatca ctgagactgt cctgcgctgc ttcaggattc accttctcaa 3360
cctcctggat gtattggctg agacaggctc ccggaaaagg actggagtgg gtgtcagtga 3420
tcaacaccga cggaggaacc tattatgctg attcagtgaa aggaagattc accatctcaa 3480
gagataactc aaaaaacacc ctgtatctgc agatgaactc actgagagct gaggataccg 3540
ctgtgtatta ttgcgctaaa gattggggag gacccgagcc caccagagga cagggaaccc 3600
tggtgaccgt gtcatcagga ggaggaggat caggaggagg aggatcctgt ccaccttgtc 3660
cagcaccaga gctgctggga ggaccaagcg tgttcctgtt cccaccaaag ccaaaggaca 3720
ccctgatgat cagccgaacc ccagaggtga cctgtgtggt ggtggacgtg agccatgagg 3780
acccagaggt gaagttcaac tggtacgtgg acggagtgga ggtgcataac gcaaagacca 3840
agccacgaga ggagcagtac aacagcacct accgagtggt gagcgtgctg accgtgctgc 3900
atcaggactg gctgaacgga aaggagtaca agtgtaaggt gagcaacaag gcactgccag 3960
caccaatcga gaagaccatc agcaaggcaa agggacagcc acgagagcca caggtgtaca 4020
ccctgccacc aagccgagac gagctgacca agaaccaggt gagcctgacc tgtctggtga 4080
agggattcta cccaagcgac atcgcagtgg agtgggagag caacggacag ccagagaaca 4140
actacaagac caccccacca gtgctggaca gcgacggaag cttcttcctg tacagcaagc 4200
tgaccgtgga caagagccgg tggcagcagg gaaacgtgtt cagctgtagc gtgatgcacg 4260
aggcactgca taaccattac acccagaaga gcctgagcct gagcccagga aagtgataaa 4320
gcggccgcgg tacctctaga gtcgacccgg gcggcctcga ggacggggtg aactacgcct 4380
gaggatccga tctttttccc tctgccaaaa attatgggga catcatgaag ccccttgagc 4440
atctgacttc tggctaataa aggaaattta ttttcattgc aatagtgtgt tggaattttt 4500
tgtgtctctc actcggaagc aattcgttga tctgaatttc gaccacccat aatacccatt 4560
accctggtag ataagtagca tggcgggtta atcattaact acaaggaacc cctagtgatg 4620
gagttggcca ctccctctct gcgcgctcgc tcgctcactg aggccgggcg accaaaggtc 4680
gcccgacgcc cgggctttgc ccgggcggcc tcagtgagcg agcgagcgcg cag 4733
<210> 15
<211> 4718
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CB7 J2201
<220>
<221> repeat_region
<222> (1)..(130)
<223> 5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (198)..(579)
<223> CMV IE promoter
<220>
<221> promoter
<222> (582)..(862)
<223> CB promoter
<220>
<221> TATA_signal
<222> (836)..(839)
<220>
<221> Intron
<222> (956)..(1928)
<223> chicken beta-acin intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1938)..(1985)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1986)..(1991)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1992)..(2051)
<223> hmIL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (2052)..(2423)
<223> The first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2424)..(2453)
<223> L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (2454)..(2822)
<223> The second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2823)..(2852)
<223> L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (2853)..(3239)
<223> The third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3240)..(3269)
<223> L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3270)..(3617)
<223> The fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
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<221> misc_feature
<222> (3633)..(4298)
<223> Fc
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4374)..(4500)
<223> Rabbit globin poly A
<220>
<221> repeat_region
<222> (4589)..(4718)
<223> 3' ITR
<400> 15
ctgcgcgctc gctcgctcac tgaggccgcc cgggcaaagc ccgggcgtcg ggcgaccttt 60
ggtcgcccgg cctcagtgag cgagcgagcg cgcagagagg gagtggccaa ctccatcact 120
aggggttcct tgtagttaat gattaacccg ccatgctact tatctaccag ggtaatgggg 180
atcctctaga actatagcta gtcgacattg attattgact agttattaat agtaatcaat 240
tacggggtca ttagttcata gcccatatat ggagttccgc gttacataac ttacggtaaa 300
tggcccgcct ggctgaccgc ccaacgaccc ccgcccattg acgtcaataa tgacgtatgt 360
tcccatagta acgccaatag ggactttcca ttgacgtcaa tgggtggagt atttacggta 420
aactgcccac ttggcagtac atcaagtgta tcatatgcca agtacgcccc ctattgacgt 480
caatgacggt aaatggcccg cctggcatta tgcccagtac atgaccttat gggactttcc 540
tacttggcag tacatctacg tattagtcat cgctattacc atggtcgagg tgagccccac 600
gttctgcttc actctcccca tctccccccc ctccccaccc ccaattttgt atttatttat 660
tttttaatta ttttgtgcag cgatgggggc gggggggggg ggggggcgcg cgccaggcgg 720
ggcggggcgg ggcgaggggc ggggcggggc gaggcggaga ggtgcggcgg cagccaatca 780
gagcggcgcg ctccgaaagt ttccttttat ggcgaggcgg cggcggcggc ggccctataa 840
aaagcgaagc gcgcggcggg cgggagtcgc tgcgcgctgc cttcgccccg tgccccgctc 900
cgccgccgcc tcgcgccgcc cgccccggct ctgactgacc gcgttactcc cacaggtgag 960
cgggcgggac ggcccttctc ctccgggctg taattagcgc ttggtttaat gacggcttgt 1020
ttcttttctg tggctgcgtg aaagccttga ggggctccgg gagggccctt tgtgcggggg 1080
gagcggctcg gggggtgcgt gcgtgtgtgt gtgcgtgggg agcgccgcgt gcggctccgc 1140
gctgcccggc ggctgtgagc gctgcgggcg cggcgcgggg ctttgtgcgc tccgcagtgt 1200
gcgcgagggg agcgcggccg ggggcggtgc cccgcggtgc ggggggggct gcgaggggaa 1260
caaaggctgc gtgcggggtg tgtgcgtggg ggggtgagca gggggtgtgg gcgcgtcggt 1320
cgggctgcaa ccccccctgc acccccctcc ccgagttgct gagcacggcc cggcttcggg 1380
tgcggggctc cgtacggggc gtggcgcggg gctcgccgtg ccgggcgggg ggtggcggca 1440
ggtgggggtg ccgggcgggg cggggccgcc tcgggccggg gagggctcgg gggaggggcg 1500
cggcggcccc cggagcgccg gcggctgtcg aggcgcggcg agccgcagcc attgcctttt 1560
atggtaatcg tgcgagaggg cgcagggact tcctttgtcc caaatctgtg cggagccgaa 1620
atctgggagg cgccgccgca ccccctctag cgggcgcggg gcgaagcggt gcggcgccgg 1680
caggaaggaa atgggcgggg agggccttcg tgcgtcgccg cgccgccgtc cccttctccc 1740
tctccagcct cggggctgtc cgcgggggga cggctgcctt cgggggggac ggggcagggc 1800
ggggttcggc ttctggcgtg tgaccggcgg ctctagagcc tctgctaacc atgttcatgc 1860
cttcttcttt ttcctacagc tcctgggcaa cgtgctggtt attgtgctgt ctcatcattt 1920
tggcaaagaa ttcgctaggg cactttgcac tggaacttac aacacccgag caaggacgcg 1980
actctgccac catgtaccgg atgcagctgc tgagctgcat cgccctgagc ctggccctgg 2040
tgaccaacag ccaggtgcag ctggtggaga gcggaggagg agtggtgcag ccaggaggaa 2100
gcctgcggct gagctgcgcc gccagcatca gcatcttcga tatctacgcc atggattggt 2160
accggcaggc cccaggaaag cagcgggagc tggtggccgt gagcttccgg gacggaagca 2220
cctactacgc cgatagcgtg aagggacggt tcaccatcag ccgggataac agcaagaaca 2280
ccctgtacct gcagatgaac agcctgcggg ccgaggatac cgccgtgtac tactgccacg 2340
tgagcctgta ccgggatcca ctgggagtgg ccggaggaat cggagtgtac tggggacagg 2400
gaaccctggt gaccgtgagc agcggaggag gaggaagcgg aggaggagga agcgaggtgc 2460
agctgctgga gagcggagga ggactggtgc agccaggagg aagcctgcga ctgagctgtg 2520
cagcaagcgg acgaacctac gcaatgggct ggttccgaca ggcaccagga aaggagcgag 2580
agttcgtggc agcaatcaac gcactgggaa cccgaaccta ctacgcagac agcgtgaagg 2640
gacgattcac catcagccga gacaacagca agaacaccct gtacctgcag atgaacagcc 2700
tgcgagcaga ggacaccgca gtgtactact gtaccgcaca gggacagtgg cgagcagcac 2760
cagtggcagt ggcagcagag tacgagttct ggggacaggg aaccctggtg accgtgagca 2820
gcggaggagg aggatctgga ggaggaggat ctgaagtgca gctgctggaa agcggcggcg 2880
gcctggtgca gcccggcggc agcctgcggc tgagctgtgc tgctagcggc tttaccctgg 2940
aaaacaaggc tattggctgg tttcggcagg ctcccggcaa ggaacgggaa ggcgtgctgt 3000
gtattagcaa gagcggcagc tggacctatt atgctgacag cgtgaagggc cggtttacca 3060
ttagccggga caacagcaag aacaccgtgt atctgcagat gaacagcctg cggcccgaag 3120
acaccgctgt gtattattgt gctaccacca ccgctggcgg cggcctgtgt tgggacggca 3180
ccacctttag ccggctggct agcagctggg gccagggcac cctggtgacc gtgagcagcg 3240
gaggaggagg atccggagga ggaggatccg aggtgcagct ggtggagtca ggaggaggac 3300
tggtgcagcc cggaggatca ctgagactgt cctgcgctgc ttcaggattc accttctcaa 3360
cctcctggat gtattggctg agacaggctc ccggaaaagg actggagtgg gtgtcagtga 3420
tcaacaccga cggaggaacc tattatgctg attcagtgaa aggaagattc accatctcaa 3480
gagataactc aaaaaacacc ctgtatctgc agatgaactc actgagagct gaggataccg 3540
ctgtgtatta ttgcgctaaa gattggggag gacccgagcc caccagagga cagggaaccc 3600
tggtgaccgt gtcatcagat aagacccaca cttgcccacc ttgcccagcc ccagagctgc 3660
tgggaggacc aagcgtgttc ctgttcccac caaagccaaa ggataccctg atgatcagcc 3720
ggaccccaga ggtgacctgc gtggtggtgg atgtgagcca cgaggatcca gaggtgaagt 3780
tcaactggta cgtggacgga gtggaggtgc acaacgccaa gaccaagcca cgggaggagc 3840
agtacaacag cacctaccgg gtggtgagcg tgctgaccgt gctgcaccag gattggctga 3900
acggaaagga gtacaagtgc aaggtgagca acaaggccct gccagcccca atcgagaaga 3960
ccatcagcaa ggccaaggga cagccacggg agccacaggt gtacaccctg ccaccaagcc 4020
gggatgagct gaccaagaac caggtgagcc tgacctgcct ggtgaaggga ttctacccaa 4080
gcgatatcgc cgtggagtgg gagagcaacg gacagccaga gaacaactac aagaccaccc 4140
caccagtgct ggatagcgac ggaagcttct tcctgtacag caagctgacc gtggataaga 4200
gccggtggca gcagggaaac gtgttcagct gcagcgtgat gcacgaggcc ctgcacaacc 4260
actacaccca gaagagcctg agcctgagcc caggaaagtg ataaagcggc cgcggtacct 4320
ctagagtcga cccgggcggc ctcgaggacg gggtgaacta cgcctgagga tccgatcttt 4380
ttccctctgc caaaaattat ggggacatca tgaagcccct tgagcatctg acttctggct 4440
aataaaggaa atttattttc attgcaatag tgtgttggaa ttttttgtgt ctctcactcg 4500
gaagcaattc gttgatctga atttcgacca cccataatac ccattaccct ggtagataag 4560
tagcatggcg ggttaatcat taactacaag gaacccctag tgatggagtt ggccactccc 4620
tctctgcgcg ctcgctcgct cactgaggcc gggcgaccaa aggtcgcccg acgcccgggc 4680
tttgcccggg cggcctcagt gagcgagcga gcgcgcag 4718
<210> 16
<211> 736
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AAV hu68 vp1
<400> 16
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro
20 25 30
Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro
115 120 125
Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg
130 135 140
Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Val Gly Ile Gly
145 150 155 160
Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr
165 170 175
Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro
180 185 190
Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly
195 200 205
Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser
210 215 220
Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile
225 230 235 240
Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu
245 250 255
Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn
260 265 270
Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg
275 280 285
Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn
290 295 300
Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile
305 310 315 320
Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn
325 330 335
Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu
340 345 350
Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro
355 360 365
Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp
370 375 380
Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe
385 390 395 400
Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu
405 410 415
Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu
420 425 430
Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser
435 440 445
Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser
450 455 460
Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro
465 470 475 480
Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn
485 490 495
Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn
500 505 510
Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys
515 520 525
Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly
530 535 540
Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile
545 550 555 560
Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser
565 570 575
Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln
580 585 590
Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln
595 600 605
Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His
610 615 620
Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met
625 630 635 640
Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala
645 650 655
Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr
660 665 670
Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln
675 680 685
Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn
690 695 700
Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val
705 710 715 720
Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu
725 730 735
<210> 17
<211> 736
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> human adeno-associated virus 9 vp1
<400> 17
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro
20 25 30
Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro
115 120 125
Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg
130 135 140
Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly
145 150 155 160
Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr
165 170 175
Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro
180 185 190
Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly
195 200 205
Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser
210 215 220
Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile
225 230 235 240
Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu
245 250 255
Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn
260 265 270
Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg
275 280 285
Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn
290 295 300
Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile
305 310 315 320
Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn
325 330 335
Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu
340 345 350
Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro
355 360 365
Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp
370 375 380
Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe
385 390 395 400
Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu
405 410 415
Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu
420 425 430
Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser
435 440 445
Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser
450 455 460
Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro
465 470 475 480
Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn
485 490 495
Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn
500 505 510
Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys
515 520 525
Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly
530 535 540
Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile
545 550 555 560
Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser
565 570 575
Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln
580 585 590
Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln
595 600 605
Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His
610 615 620
Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met
625 630 635 640
Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala
645 650 655
Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr
660 665 670
Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln
675 680 685
Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn
690 695 700
Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val
705 710 715 720
Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu
725 730 735
<210> 18
<211> 2211
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AAVhu68 vp1 coding sequence
<400> 18
atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca acctcagtga aggcattcgc 60
gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac 120
aacgctcggg gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac 180
aagggggagc cggtcaacga agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac 240
cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc 300
caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag 360
gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct 420
ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgt gggtattggc 480
aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag 540
tcagtccccg accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct 600
cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga 660
gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc 720
accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc 780
tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc 840
tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcaaaga 900
ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt 960
caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgctaataa ccttaccagc 1020
acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac 1080
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acgcttaatg atggaagcca agccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc 1200
ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta 1260
cctttccata gcagctatgc tcacagccaa agcctggacc gactcatgaa tccactcatc 1320
gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg 1380
ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct 1440
ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa 1500
tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct 1560
ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct 1620
ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata 1680
accaacgaag aagaaattaa aactaccaac ccagtagcaa cggagtccta tggacaagtg 1740
gccacaaacc accagagtgc ccaagcacag gcgcagaccg gctgggttca aaaccaagga 1800
atacttccgg gtatggtttg gcaggacaga gatgtgtacc tgcaaggacc catttgggcc 1860
aaaattcctc acacggacgg caactttcac ccttctccgc tgatgggagg gtttggaatg 1920
aagcacccgc ctcctcagat cctcatcaaa aacacacctg tacctgcgga tcctccaacg 1980
gctttcaaca aggacaagct gaactctttc atcacccagt attctactgg ccaagtcagc 2040
gtggagattg agtgggagct gcagaaggaa aacagcaagc gctggaaccc ggagatccag 2100
tacacttcca actattacaa gtctaataat gttgaatttg ctgttaatac tgaaggtgtt 2160
tattctgaac cccgccccat tggcaccaga tacctgactc gtaatctgta a 2211
<210> 19
<211> 5351
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Vector genome encoding four immunolobobulin domains with UbC
promoter and SV40 polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (17)..(146)
<223> AAV2-5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (207)..(1433)
<223> UbC promoter, including UB fow priming site
<220>
<221> Intron
<222> (1527)..(1659)
<223> chimeric intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1726)..(1773)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1774)..(1779)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1780)..(1839)
<223> hm IL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (1840)..(2111)
<223> coding region for the first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2212)..(2241)
<223> linker L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (2242)..(2610)
<223> coding sequence for the second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (2611)..(2640)
<223> linker L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (2641)..(3303)
<223> Fc1
<220>
<221> misc_binding
<222> (3304)..(3315)
<223> furin
<220>
<221> misc_binding
<222> (3316)..(3387)
<223> 2A
<220>
<221> misc_feature
<222> (3388)..(3447)
<223> hm1 IL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (3448)..(3834)
<223> coding sequence for the third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3835)..(3864)
<223> linker sequence L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3865)..(4212)
<223> coding sequence for the fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (4213)..(4242)
<223> linker L4
<220>
<221> misc_feature
<222> (4243)..(4908)
<223> Fc2
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4926)..(5157)
<223> SV40 late polyA signal
<220>
<221> repeat_region
<222> (5222)..(5351)
<223> AAV2 - 3' ITR
<400> 19
taaggcctta attaggctgc gcgctcgctc gctcactgag gccgcccggg caaagcccgg 60
gcgtcgggcg acctttggtc gcccggcctc agtgagcgag cgagcgcgca gagagggagt 120
ggccaactcc atcactaggg gttccttgta gttaatgatt aacccgccat gctacttatc 180
tacgtagcca tgctctagga agatctggcc tccgcgccgg gttttggcgc ctcccgcggg 240
cgcccccctc ctcacggcga gcgctgccac gtcagacgaa gggcgcagga gcgtcctgat 300
ccttccgccc ggacgctcag gacagcggcc cgctgctcat aagactcggc cttagaaccc 360
cagtatcagc agaaggacat tttaggacgg gacttgggtg actctagggc actggttttc 420
tttccagaga gcggaacagg cgaggaaaag tagtcccttc tcggcgattc tgcggaggga 480
tctccgtggg gcggtgaacg ccgatgatta tataaggacg cgccgggtgt ggcacagcta 540
gttccgtcgc agccgggatt tgggtcgcgg ttcttgtttg tggatcgctg tgatcgtcac 600
ttggtgagta gcgggctgct gggctggccg gggctttcgt ggccgccggg ccgctcggtg 660
ggacggaagc gtgtggagag accgccaagg gctgtagtct gggtccgcga gcaaggttgc 720
cctgaactgg gggttggggg gagcgcagca aaatggcggc tgttcccgag tcttgaatgg 780
aagacgcttg tgaggcgggc tgtgaggtcg ttgaaacaag gtggggggca tggtgggcgg 840
caagaaccca aggtcttgag gccttcgcta atgcgggaaa gctcttattc gggtgagatg 900
ggctggggca ccatctgggg accctgacgt gaagtttgtc actgactgga gaactcggtt 960
tgtcgtctgt tgcgggggcg gcagttatgc ggtgccgttg ggcagtgcac ccgtaccttt 1020
gggagcgcgc gccctcgtcg tgtcgtgacg tcacccgttc tgttggctta taatgcaggg 1080
tggggccacc tgccggtagg tgtgcggtag gcttttctcc gtcgcaggac gcagggttcg 1140
ggcctagggt aggctctcct gaatcgacag gcgccggacc tctggtgagg ggagggataa 1200
gtgaggcgtc agtttctttg gtcggtttta tgtacctatc ttcttaagta gctgaagctc 1260
cggttttgaa ctatgcgctc ggggttggcg agtgtgtttt gtgaagtttt ttaggcacct 1320
tttgaaatgt aatcatttgg gtcaatatgt aattttcagt gttagactag taaattgtcc 1380
gctaaattct ggccgttttt ggcttttttg ttagacgaag ctttattgcg gtagtttatc 1440
acagttaaat tgctaacgca gtcagtgctt ctgacacaac agtctcgaac ttaagctgca 1500
gaagttggtc gtgaggcact gggcaggtaa gtatcaaggt tacaagacag gtttaaggag 1560
accaatagaa actgggcttg tcgagacaga gaagactctt gcgtttctga taggcaccta 1620
ttggtcttac tgacatccac tttgcctttc tctccacagg tgtccactcc cagttcaatt 1680
acagctctta aggctagagt acttaatacg actcactata ggctagggca ctttgcactg 1740
gaacttacaa cacccgagca aggacgcgac tctgccacca tgtaccggat gcagctgctg 1800
agctgcatcg ccctgagcct ggccctggtg accaacagcc aggtgcagct ggtggagagc 1860
ggaggaggag tggtgcagcc aggaggaagc ctgcggctga gctgcgccgc cagcatcagc 1920
atcttcgata tctacgccat ggattggtac cggcaggccc caggaaagca gcgggagctg 1980
gtggccgtga gcttccggga cggaagcacc tactacgccg atagcgtgaa gggacggttc 2040
accatcagcc gggataacag caagaacacc ctgtacctgc agatgaacag cctgcgggcc 2100
gaggataccg ccgtgtacta ctgccacgtg agcctgtacc gggatccact gggagtggcc 2160
ggaggaatcg gagtgtactg gggacaggga accctggtga ccgtgagcag cggaggagga 2220
ggaagcggag gaggaggaag cgaggtgcag ctgctggaga gcggaggagg actggtgcag 2280
ccaggaggaa gcctgcgact gagctgtgca gcaagcggac gaacctacgc aatgggctgg 2340
ttccgacagg caccaggaaa ggagcgagag ttcgtggcag caatcaacgc actgggaacc 2400
cgaacctact acgcagacag cgtgaaggga cgattcacca tcagccgaga caacagcaag 2460
aacaccctgt acctgcagat gaacagcctg cgagcagagg acaccgcagt gtactactgt 2520
accgcacagg gacagtggcg agcagcacca gtggcagtgg cagcagagta cgagttctgg 2580
ggacagggaa ccctggtgac cgtgagcagc ggaggaggag gatctggagg aggaggatct 2640
tgtccacctt gtccagcacc agagctgctg ggaggaccaa gcgtgttcct gttcccacca 2700
aagccaaagg acaccctgat gatcagccga accccagagg tgacctgtgt ggtggtggac 2760
gtgagccatg aggacccaga ggtgaagttc aactggtacg tggacggagt ggaggtgcat 2820
aacgcaaaga ccaagccacg agaggagcag tacaacagca cctaccgagt ggtgagcgtg 2880
ctgaccgtgc tgcatcagga ctggctgaac ggaaaggagt acaagtgtaa ggtgagcaac 2940
aaggcactgc cagcaccaat cgagaagacc atcagcaagg caaagggaca gccacgagag 3000
ccacaggtgt acaccctgcc accaagccga gacgagctga ccaagaacca ggtgagcctg 3060
acctgtctgg tgaagggatt ctacccaagc gacatcgcag tggagtggga gagcaacgga 3120
cagccagaga acaactacaa gaccacccca ccagtgctgg acagcgacgg aagcttcttc 3180
ctgtacagca agctgaccgt ggacaagagc cggtggcagc agggaaacgt gttcagctgt 3240
agcgtgatgc acgaggcact gcataaccat tacacccaga agagcctgag cctgagccca 3300
ggacggaagc ggcgggcccc agtgaagcag accctgaact tcgatctgct gaagctggcc 3360
ggagacgtgg agagcaaccc aggaccaatg taccggatgc agctgctgct gctgatcgcc 3420
ctgagcctgg ccctggtgac caacagcgaa gtgcagctgc tggaaagcgg cggcggcctg 3480
gtgcagcccg gcggcagcct gcggctgagc tgtgctgcta gcggctttac cctggaaaac 3540
aaggctattg gctggtttcg gcaggctccc ggcaaggaac gggaaggcgt gctgtgtatt 3600
agcaagagcg gcagctggac ctattatgct gacagcgtga agggccggtt taccattagc 3660
cgggacaaca gcaagaacac cgtgtatctg cagatgaaca gcctgcggcc cgaagacacc 3720
gctgtgtatt attgtgctac caccaccgct ggcggcggcc tgtgttggga cggcaccacc 3780
tttagccggc tggctagcag ctggggccag ggcaccctgg tgaccgtgag cagcggagga 3840
ggaggatccg gaggaggagg atccgaggtg cagctggtgg agtcaggagg aggactggtg 3900
cagcccggag gatcactgag actgtcctgc gctgcttcag gattcacctt ctcaacctcc 3960
tggatgtatt ggctgagaca ggctcccgga aaaggactgg agtgggtgtc agtgatcaac 4020
accgacggag gaacctatta tgctgattca gtgaaaggaa gattcaccat ctcaagagat 4080
aactcaaaaa acaccctgta tctgcagatg aactcactga gagctgagga taccgctgtg 4140
tattattgcg ctaaagattg gggaggaccc gagcccacca gaggacaggg aaccctggtg 4200
accgtgtcat caggaggagg aggatcagga ggaggaggat cctgcccacc ttgcccagcc 4260
ccagagctgc tgggaggacc aagcgtgttc ctgttcccac caaagccaaa ggataccctg 4320
atgatcagcc ggaccccaga ggtgacctgc gtggtggtgg atgtgagcca cgaggatcca 4380
gaggtgaagt tcaactggta cgtggacgga gtggaggtgc acaacgccaa gaccaagcca 4440
cgggaggagc agtacaacag cacctaccgg gtggtgagcg tgctgaccgt gctgcaccag 4500
gattggctga acggaaagga gtacaagtgc aaggtgagca acaaggccct gccagcccca 4560
atcgagaaga ccatcagcaa ggccaaggga cagccacggg agccacaggt gtacaccctg 4620
ccaccaagcc gggatgagct gaccaagaac caggtgagcc tgacctgcct ggtgaaggga 4680
ttctacccaa gcgatatcgc cgtggagtgg gagagcaacg gacagccaga gaacaactac 4740
aagaccaccc caccagtgct ggatagcgac ggaagcttct tcctgtacag caagctgacc 4800
gtggataaga gccggtggca gcagggaaac gtgttcagct gcagcgtgat gcacgaggcc 4860
ctgcacaacc actacaccca gaagagcctg agcctgagcc caggaaagtg ataaagcggc 4920
cgcttcgagc agacatgata agatacattg atgagtttgg acaaaccaca actagaatgc 4980
agtgaaaaaa atgctttatt tgtgaaattt gtgatgctat tgctttattt gtaaccatta 5040
taagctgcaa taaacaagtt aacaacaaca attgcattca ttttatgttt caggttcagg 5100
gggagatgtg ggaggttttt taaagcaagt aaaacctcta caaatgtggt aaaatcgata 5160
aggatcttcc tagagcatgg ctacgtagat aagtagcatg gcgggttaat cattaactac 5220
aaggaacccc tagtgatgga gttggccact ccctctctgc gcgctcgctc gctcactgag 5280
gccgggcgac caaaggtcgc ccgacgcccg ggctttgccc gggcggcctc agtgagcgag 5340
cgagcgcgca g 5351
<210> 20
<211> 4808
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> vector genome with TBG promoter, BGH polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (1)..(130)
<223> AAV2 - 5' ITR
<220>
<221> promoter
<222> (205)..(913)
<223> thyroxine binding globlulin (TBG) promoter
<220>
<221> TATA_signal
<222> (875)..(878)
<220>
<221> Intron
<222> (939)..(1071)
<223> SV40 misc intron
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1096)..(1143)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (1144)..(1149)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (1150)..(1209)
<223> hmIL2 linker
<220>
<221> misc_feature
<222> (1210)..(1581)
<223> coding sequence for the first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (1582)..(1611)
<223> linker L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (1612)..(1980)
<223> coding sequence for the second immunogloblulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (1981)..(1995)
<223> hinge
<220>
<221> misc_feature
<222> (1996)..(2658)
<223> Fc1
<220>
<221> misc_binding
<222> (2659)..(2670)
<223> furin
<220>
<221> misc_binding
<222> (2671)..(2742)
<223> 2A
<220>
<221> misc_feature
<222> (2743)..(2802)
<223> hm IL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (2803)..(3189)
<223> coding sequence for the third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3190)..(3219)
<223> linker sequence L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (3220)..(3567)
<223> coding sequence for the fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (3568)..(3582)
<223> hinge
<220>
<221> misc_feature
<222> (3583)..(4248)
<223> Fc2
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4377)..(4591)
<223> bovine growth hormone (BGH) polyA
<220>
<221> repeat_region
<222> (4679)..(4808)
<223> AAV2 - 3'ITR
<400> 20
ctgcgcgctc gctcgctcac tgaggccgcc cgggcaaagc ccgggcgtcg ggcgaccttt 60
ggtcgcccgg cctcagtgag cgagcgagcg cgcagagagg gagtggccaa ctccatcact 120
aggggttcct tgtagttaat gattaacccg ccatgctact tatctacgta gccatgctct 180
aggaagatcg gaattcgccc ttaagctagc aggttaattt ttaaaaagca gtcaaaagtc 240
caagtggccc ttggcagcat ttactctctc tgtttgctct ggttaataat ctcaggagca 300
caaacattcc agatccaggt taatttttaa aaagcagtca aaagtccaag tggcccttgg 360
cagcatttac tctctctgtt tgctctggtt aataatctca ggagcacaaa cattccagat 420
ccggcgcgcc agggctggaa gctacctttg acatcatttc ctctgcgaat gcatgtataa 480
tttctacaga acctattaga aaggatcacc cagcctctgc ttttgtacaa ctttccctta 540
aaaaactgcc aattccactg ctgtttggcc caatagtgag aactttttcc tgctgcctct 600
tggtgctttt gcctatggcc cctattctgc ctgctgaaga cactcttgcc agcatggact 660
taaacccctc cagctctgac aatcctcttt ctcttttgtt ttacatgaag ggtctggcag 720
ccaaagcaat cactcaaagt tcaaacctta tcattttttg ctttgttcct cttggccttg 780
gttttgtaca tcagctttga aaataccatc ccagggttaa tgctggggtt aatttataac 840
taagagtgct ctagttttgc aatacaggac atgctataaa aatggaaaga tgttgctttc 900
tgagagactg cagaagttgg tcgtgaggca ctgggcaggt aagtatcaag gttacaagac 960
aggtttaagg agaccaatag aaactgggct tgtcgagaca gagaagactc ttgcgtttct 1020
gataggcacc tattggtctt actgacatcc actttgcctt tctctccaca ggtgtccagg 1080
cggccaattc gtctagggca ctttgcactg gaacttacaa cacccgagca aggacgcgac 1140
tctgccacca tgtatcggat gcagctgctg agctgtattg ctctgagcct ggctctggtg 1200
accaacagcc aggtgcagct ggtggaaagc ggcggcggcg tggtgcagcc cggcggcagc 1260
ctgcggctga gctgtgctgc tagcattagc atttttgaca tttacgctat ggactggtat 1320
cggcaggctc ccggcaagca gcgggaactg gtggctgtga gctttcggga cggcagcacc 1380
tattatgctg acagcgtgaa gggccggttt accattagcc gggacaacag caagaacacc 1440
ctgtatctgc agatgaacag cctgcgggct gaagacaccg ctgtgtatta ttgtcatgtg 1500
agcctgtatc gggaccccct gggcgtggct ggcggcattg gcgtgtattg gggccagggc 1560
accctggtga ccgtgagcag cggaggagga ggaagcggag gaggaggaag cgaggtgcag 1620
ctgctggaga gcggaggagg actggtgcag ccaggaggaa gcctgcgact gagctgtgca 1680
gcaagcggac gaacctacgc aatgggctgg ttccgacagg caccaggaaa ggagcgagag 1740
ttcgtggcag caatcaacgc actgggaacc cgaacctact acgcagacag cgtgaaggga 1800
cgattcacca tcagccgaga caacagcaag aacaccctgt acctgcagat gaacagcctg 1860
cgagcagagg acaccgcagt gtactactgt accgcacagg gacagtggcg agcagcacca 1920
gtggcagtgg cagcagagta cgagttctgg ggacagggaa ccctggtgac cgtgagcagc 1980
gacaagaccc atacctgtcc accttgtcca gcaccagagc tgctgggagg accaagcgtg 2040
ttcctgttcc caccaaagcc aaaggacacc ctgatgatca gccgaacccc agaggtgacc 2100
tgtgtggtgg tggacgtgag ccatgaggac ccagaggtga agttcaactg gtacgtggac 2160
ggagtggagg tgcataacgc aaagaccaag ccacgagagg agcagtacaa cagcacctac 2220
cgagtggtga gcgtgctgac cgtgctgcat caggactggc tgaacggaaa ggagtacaag 2280
tgtaaggtga gcaacaaggc actgccagca ccaatcgaga agaccatcag caaggcaaag 2340
ggacagccac gagagccaca ggtgtacacc ctgccaccaa gccgagacga gctgaccaag 2400
aaccaggtga gcctgacctg tctggtgaag ggattctacc caagcgacat cgcagtggag 2460
tgggagagca acggacagcc agagaacaac tacaagacca ccccaccagt gctggacagc 2520
gacggaagct tctttctgta cagcaagctg accgtggaca agagccggtg gcagcaggga 2580
aacgtgttca gctgtagcgt gatgcacgag gcactgcata accattacac ccagaagagc 2640
ctgagcctga gcccaggacg gaagcggcgg gctcccgtga agcagaccct gaactttgac 2700
ctgctgaagc tggctggcga cgtggaaagc aaccccggcc ccatgtatcg gatgcagctg 2760
ctgctgctga ttgctctgag cctggctctg gtgaccaaca gcgaggtgca gctgctggag 2820
agcggaggag gactggtgca gccaggagga agcctgcggc tgagctgcgc cgccagcgga 2880
ttcaccctgg agaacaaggc catcggctgg ttccggcagg ccccaggaaa ggagcgggag 2940
ggagtgctgt gcatcagcaa gagcggaagc tggacctact acgccgatag cgtgaaggga 3000
cggttcacca tcagccggga taacagcaag aacaccgtgt acctgcagat gaacagcctg 3060
cggccagagg ataccgccgt gtactactgc gccaccacca ccgccggagg aggactgtgc 3120
tgggacggaa ccaccttcag ccggctggcc agcagctggg gacagggaac cctggtgacc 3180
gtgagcagcg gaggaggagg atccggagga ggaggatccg aggtgcagct ggtggagtca 3240
ggaggaggac tggtgcagcc cggaggatca ctgagactgt cctgcgctgc ttcaggattc 3300
accttctcaa cctcctggat gtattggctg agacaggctc ccggaaaagg actggagtgg 3360
gtgtcagtga tcaacaccga cggaggaacc tattatgctg attcagtgaa aggaagattc 3420
accatctcaa gagataactc aaaaaacacc ctgtatctgc agatgaactc actgagagct 3480
gaggataccg ctgtgtatta ttgcgctaaa gattggggag gacccgagcc caccagagga 3540
cagggaaccc tggtgaccgt gtcatcagac aagacccata cctgtccccc ctgtcccgct 3600
cccgaactgc tgggcggccc cagcgtgttt ctgtttcccc ccaagcccaa ggacaccctg 3660
atgattagcc ggacccccga agtgacctgt gtggtggtgg acgtgagcca tgaagacccc 3720
gaagtgaagt ttaactggta cgtggacggc gtggaagtgc ataacgctaa gaccaagccc 3780
cgggaagaac agtataacag cacctatcgg gtggtgagcg tgctgaccgt gctgcatcag 3840
gactggctga acggcaagga atataagtgt aaggtgagca acaaggctct gcccgctccc 3900
attgaaaaga ccattagcaa ggctaagggc cagccccggg aaccccaggt gtataccctg 3960
ccccccagcc gggacgaact gaccaagaac caggtgagcc tgacctgtct ggtgaagggc 4020
ttttatccca gcgacattgc tgtggagtgg gaaagcaacg gccagcccga aaacaactat 4080
aagaccaccc cccccgtgct ggacagcgac ggcagctttt ttctgtatag caagctgacc 4140
gtggacaaga gccggtggca gcagggcaac gtgtttagct gtagcgtgat gcacgaagct 4200
ctgcataacc attataccca gaagagcctg agcctgagcc ccggcaagtg ataaagcggc 4260
cgcagcttat ggggattggt ggcgacgact cctggagccc gtcagtatcg gcggaattcc 4320
agctgagcgc cggtcgctac cattaccagt tggtctggtg tcaaaaataa ggatctgcct 4380
cgactgtgcc ttctagttgc cagccatctg ttgtttgccc ctcccccgtg ccttccttga 4440
ccctggaagg tgccactccc actgtccttt cctaataaaa tgaggaaatt gcatcgcatt 4500
gtctgagtag gtgtcattct attctggggg gtggggtggg gcaggacagc aagggggagg 4560
attgggaaga caatagcagg catgctgggg actcgagtta agggcgaatt cccgataagg 4620
atcttcctag agcatggcta cgtagataag tagcatggcg ggttaatcat taactacaag 4680
gaacccctag tgatggagtt ggccactccc tctctgcgcg ctcgctcgct cactgaggcc 4740
gggcgaccaa aggtcgcccg acgcccgggc tttgcccggg cggcctcagt gagcgagcga 4800
gcgcgcag 4808
<210> 21
<211> 2361
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> J211 coding sequence for fusion protein
<220>
<221> 5'UTR
<222> (1)..(48)
<223> c-myc 5'UTR
<220>
<221> misc_feature
<222> (49)..(54)
<223> kozak
<220>
<221> misc_feature
<222> (55)..(114)
<223> hmIL2 leader
<220>
<221> misc_feature
<222> (115)..(486)
<223> coding sequence for the first immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (487)..(516)
<223> linker sequence L1
<220>
<221> misc_feature
<222> (517)..(885)
<223> coding sequence for the second immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (886)..(915)
<223> leader sequence L2
<220>
<221> misc_feature
<222> (916)..(1302)
<223> coding sequence for the third immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (1303)..(1332)
<223> linker sequence L3
<220>
<221> misc_feature
<222> (1333)..(1680)
<223> coding sequence for the fourth immunoglobulin region
<220>
<221> misc_binding
<222> (1681)..(1695)
<223> hinge
<220>
<221> misc_feature
<222> (1696)..(2361)
<223> Fc
<400> 21
gggcactttg cactggaact tacaacaccc gagcaaggac gcgactctgc caccatgtat 60
cggatgcagc tgctgagctg tattgctctg agcctggctc tggtgaccaa cagccaggtg 120
cagctggtgg aaagcggcgg cggcgtggtg cagcccggcg gcagcctgcg gctgagctgt 180
gctgctagca ttagcatttt tgacatttac gctatggact ggtatcggca ggctcccggc 240
aagcagcggg aactggtggc tgtgagcttt cgggacggca gcacctatta tgctgacagc 300
gtgaagggcc ggtttaccat tagccgggac aacagcaaga acaccctgta tctgcagatg 360
aacagcctgc gggctgaaga caccgctgtg tattattgtc atgtgagcct gtatcgggac 420
cccctgggcg tggctggcgg cattggcgtg tattggggcc agggcaccct ggtgaccgtg 480
agcagcggag gaggaggaag cggaggagga ggaagcgagg tgcagctgct ggagagcgga 540
ggaggactgg tgcagccagg aggaagcctg cgactgagct gtgcagcaag cggacgaacc 600
tacgcaatgg gctggttccg acaggcacca ggaaaggagc gagagttcgt ggcagcaatc 660
aacgcactgg gaacccgaac ctactacgca gacagcgtga agggacgatt caccatcagc 720
cgagacaaca gcaagaacac cctgtacctg cagatgaaca gcctgcgagc agaggacacc 780
gcagtgtact actgtaccgc acagggacag tggcgagcag caccagtggc agtggcagca 840
gagtacgagt tctggggaca gggaaccctg gtgaccgtga gcagcggagg aggaggatct 900
ggaggaggag gatctgaggt gcagctgctg gagagcggag gaggactggt gcagccagga 960
ggaagcctgc ggctgagctg cgccgccagc ggattcaccc tggagaacaa ggccatcggc 1020
tggttccggc aggccccagg aaaggagcgg gagggagtgc tgtgcatcag caagagcgga 1080
agctggacct actacgccga tagcgtgaag ggacggttca ccatcagccg ggataacagc 1140
aagaacaccg tgtacctgca gatgaacagc ctgcggccag aggataccgc cgtgtactac 1200
tgcgccacca ccaccgccgg aggaggactg tgctgggacg gaaccacctt cagccggctg 1260
gccagcagct ggggacaggg aaccctggtg accgtgagca gcggaggagg aggatccgga 1320
ggaggaggat ccgaggtgca gctggtggag tcaggaggag gactggtgca gcccggagga 1380
tcactgagac tgtcctgcgc tgcttcagga ttcaccttct caacctcctg gatgtattgg 1440
ctgagacagg ctcccggaaa aggactggag tgggtgtcag tgatcaacac cgacggagga 1500
acctattatg ctgattcagt gaaaggaaga ttcaccatct caagagataa ctcaaaaaac 1560
accctgtatc tgcagatgaa ctcactgaga gctgaggata ccgctgtgta ttattgcgct 1620
aaagattggg gaggacccga gcccaccaga ggacagggaa ccctggtgac cgtgtcatca 1680
gacaagaccc atacctgtcc cccctgtccc gctcccgaac tgctgggcgg ccccagcgtg 1740
tttctgtttc cccccaagcc caaggacacc ctgatgatta gccggacccc cgaagtgacc 1800
tgtgtggtgg tggacgtgag ccatgaagac cccgaagtga agtttaactg gtacgtggac 1860
ggcgtggaag tgcataacgc taagaccaag ccccgggaag aacagtataa cagcacctat 1920
cgggtggtga gcgtgctgac cgtgctgcat caggactggc tgaacggcaa ggaatataag 1980
tgtaaggtga gcaacaaggc tctgcccgct cccattgaaa agaccattag caaggctaag 2040
ggccagcccc gggaacccca ggtgtatacc ctgcccccca gccgggacga actgaccaag 2100
aaccaggtga gcctgacctg tctggtgaag ggcttttatc ccagcgacat tgctgtggag 2160
tgggaaagca acggccagcc cgaaaacaac tataagacca ccccccccgt gctggacagc 2220
gacggcagct tttttctgta tagcaagctg accgtggaca agagccggtg gcagcagggc 2280
aacgtgttta gctgtagcgt gatgcacgaa gctctgcata accattatac ccagaagagc 2340
ctgagcctga gccccggcaa g 2361
<210> 22
<211> 38
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Linker
<400> 22
Ala Ala Ala Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
1 5 10 15
Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
20 25 30
Ser Gly Gly Gly Gly Ser
35
<210> 23
<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Linker
<400> 23
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
1 5 10 15
<210> 24
<211> 35
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Linker
<400> 24
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly
20 25 30
Gly Gly Ser
35
<210> 25
<211> 57
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Linker
<400> 25
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
20 25 30
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
35 40 45
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
50 55
<210> 26
<211> 2307
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> J210a coding sequence
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(2307)
<400> 26
atg tac cga atg cag ctg ctg agc tgt atc gca ctg agc ctg gca ctg 48
Met Tyr Arg Met Gln Leu Leu Ser Cys Ile Ala Leu Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
gtg acc aac agc cag gtg cag ctg gtg gag agc gga gga gga gtg gtg 96
Val Thr Asn Ser Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val
20 25 30
cag cca gga gga agc ctg cga ctg agc tgt gca gca agc atc agc atc 144
Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Ile Ser Ile
35 40 45
ttc gac atc tac gca atg gac tgg tac cga cag gca cca gga aag cag 192
Phe Asp Ile Tyr Ala Met Asp Trp Tyr Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gln
50 55 60
cga gag ctg gtg gca gtg agc ttc cga gac gga agc acc tac tac gca 240
Arg Glu Leu Val Ala Val Ser Phe Arg Asp Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala
65 70 75 80
gac agc gtg aag gga cga ttc acc atc agc cga gac aac agc aag aac 288
Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn
85 90 95
acc ctg tac ctg cag atg aac agc ctg cga gca gag gac acc gca gtg 336
Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val
100 105 110
tac tac tgt cat gtg agc ctg tac cgg gac cca ctg gga gtg gca gga 384
Tyr Tyr Cys His Val Ser Leu Tyr Arg Asp Pro Leu Gly Val Ala Gly
115 120 125
gga atc gga gtg tac tgg gga cag gga acc ctg gtg acc gtg agc agc 432
Gly Ile Gly Val Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
130 135 140
gga gga gga gga agc gga gga gga gga agc gaa gtg cag ctg ctg gaa 480
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Leu Glu
145 150 155 160
agc ggc ggc ggc ctg gtg cag ccc ggc ggc agc ctg cgg ctg agc tgt 528
Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys
165 170 175
gct gct agc ggc cgg acc tac gct atg ggc tgg ttt cgg cag gct ccc 576
Ala Ala Ser Gly Arg Thr Tyr Ala Met Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro
180 185 190
ggc aag gaa cgg gaa ttt gtg gct gct att aac gct ctg ggc acc cgg 624
Gly Lys Glu Arg Glu Phe Val Ala Ala Ile Asn Ala Leu Gly Thr Arg
195 200 205
acc tat tat gct gac agc gtg aag ggc cgg ttt acc att agc cgg gac 672
Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp
210 215 220
aac agc aag aac acc ctg tat ctg cag atg aac agc ctg cgg gct gaa 720
Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu
225 230 235 240
gac acc gct gtg tat tat tgt acc gct cag ggc cag tgg cgg gct gct 768
Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Ala Gln Gly Gln Trp Arg Ala Ala
245 250 255
ccc gtg gct gtg gct gct gaa tac gaa ttt tgg ggc cag ggc acc ctg 816
Pro Val Ala Val Ala Ala Glu Tyr Glu Phe Trp Gly Gln Gly Thr Leu
260 265 270
gtg acc gtg agc agc gga gga gga gga tct gga gga gga gga tct gag 864
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu
275 280 285
gtg cag ctg ctg gag agc gga gga gga ctg gtg cag cca gga gga agc 912
Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser
290 295 300
ctg cgg ctg agc tgc gcc gcc agc gga ttc acc ctg gag aac aag gcc 960
Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Glu Asn Lys Ala
305 310 315 320
atc ggc tgg ttc cgg cag gcc cca gga aag gag cgg gag gga gtg ctg 1008
Ile Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Gly Val Leu
325 330 335
tgc atc agc aag agc gga agc tgg acc tac tac gcc gat agc gtg aag 1056
Cys Ile Ser Lys Ser Gly Ser Trp Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
340 345 350
gga cgg ttc acc atc agc cgg gat aac agc aag aac acc gtg tac ctg 1104
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Tyr Leu
355 360 365
cag atg aac agc ctg cgg cca gag gat acc gcc gtg tac tac tgc gcc 1152
Gln Met Asn Ser Leu Arg Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
370 375 380
acc acc acc gcc gga gga gga ctg tgc tgg gac gga acc acc ttc agc 1200
Thr Thr Thr Ala Gly Gly Gly Leu Cys Trp Asp Gly Thr Thr Phe Ser
385 390 395 400
cgg ctg gcc agc agc tgg gga cag gga acc ctg gtg acc gtg agc agc 1248
Arg Leu Ala Ser Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
405 410 415
gga gga gga gga tcc gga gga gga gga tcc gag gtg cag ctg gtg gag 1296
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Val Glu
420 425 430
tca gga gga gga ctg gtg cag ccc gga gga tca ctg aga ctg tcc tgc 1344
Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys
435 440 445
gct gct tca gga ttc acc ttc tca acc tcc tgg atg tat tgg ctg aga 1392
Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Ser Trp Met Tyr Trp Leu Arg
450 455 460
cag gct ccc gga aaa gga ctg gag tgg gtg tca gtg atc aac acc gac 1440
Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Val Ile Asn Thr Asp
465 470 475 480
gga gga acc tat tat gct gat tca gtg aaa gga aga ttc acc atc tca 1488
Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser
485 490 495
aga gat aac tca aaa aac acc ctg tat ctg cag atg aac tca ctg aga 1536
Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg
500 505 510
gct gag gat acc gct gtg tat tat tgc gct aaa gat tgg gga gga ccc 1584
Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Trp Gly Gly Pro
515 520 525
gag ccc acc aga gga cag gga acc ctg gtg acc gtg tca tca gac aag 1632
Glu Pro Thr Arg Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Asp Lys
530 535 540
acc cat acc tgt cca cct tgt cca gca cca gag ctg ctg gga gga cca 1680
Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro
545 550 555 560
agc gtg ttc ctg ttc cca cca aag cca aag gac acc ctg atg atc agc 1728
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser
565 570 575
cga acc cca gag gtg acc tgt gtg gtg gtg gac gtg agc cat gag gac 1776
Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp
580 585 590
cca gag gtg aag ttc aac tgg tac gtg gac gga gtg gag gtg cat aac 1824
Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn
595 600 605
gca aag acc aag cca cga gag gag cag tac aac agc acc tac cga gtg 1872
Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val
610 615 620
gtg agc gtg ctg acc gtg ctg cat cag gac tgg ctg aac gga aag gag 1920
Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu
625 630 635 640
tac aag tgt aag gtg agc aac aag gca ctg cca gca cca atc gag aag 1968
Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
645 650 655
acc atc agc aag gca aag gga cag cca cga gag cca cag gtg tac acc 2016
Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr
660 665 670
ctg cca cca agc cga gac gag ctg acc aag aac cag gtg agc ctg acc 2064
Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr
675 680 685
tgt ctg gtg aag gga ttc tac cca agc gac atc gca gtg gag tgg gag 2112
Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu
690 695 700
agc aac gga cag cca gag aac aac tac aag acc acc cca cca gtg ctg 2160
Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu
705 710 715 720
gac agc gac gga agc ttc ttc ctg tac agc aag ctg acc gtg gac aag 2208
Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys
725 730 735
agc cgg tgg cag cag gga aac gtg ttc agc tgt agc gtg atg cac gag 2256
Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu
740 745 750
gca ctg cat aac cat tac acc cag aag agc ctg agc ctg agc cca gga 2304
Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
755 760 765
aag 2307
Lys
<210> 27
<211> 769
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 27
Met Tyr Arg Met Gln Leu Leu Ser Cys Ile Ala Leu Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
Val Thr Asn Ser Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val
20 25 30
Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Ile Ser Ile
35 40 45
Phe Asp Ile Tyr Ala Met Asp Trp Tyr Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gln
50 55 60
Arg Glu Leu Val Ala Val Ser Phe Arg Asp Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala
65 70 75 80
Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn
85 90 95
Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val
100 105 110
Tyr Tyr Cys His Val Ser Leu Tyr Arg Asp Pro Leu Gly Val Ala Gly
115 120 125
Gly Ile Gly Val Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
130 135 140
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Leu Glu
145 150 155 160
Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys
165 170 175
Ala Ala Ser Gly Arg Thr Tyr Ala Met Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro
180 185 190
Gly Lys Glu Arg Glu Phe Val Ala Ala Ile Asn Ala Leu Gly Thr Arg
195 200 205
Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp
210 215 220
Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu
225 230 235 240
Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Ala Gln Gly Gln Trp Arg Ala Ala
245 250 255
Pro Val Ala Val Ala Ala Glu Tyr Glu Phe Trp Gly Gln Gly Thr Leu
260 265 270
Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu
275 280 285
Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser
290 295 300
Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Glu Asn Lys Ala
305 310 315 320
Ile Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Gly Val Leu
325 330 335
Cys Ile Ser Lys Ser Gly Ser Trp Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
340 345 350
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Tyr Leu
355 360 365
Gln Met Asn Ser Leu Arg Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
370 375 380
Thr Thr Thr Ala Gly Gly Gly Leu Cys Trp Asp Gly Thr Thr Phe Ser
385 390 395 400
Arg Leu Ala Ser Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
405 410 415
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln Leu Val Glu
420 425 430
Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys
435 440 445
Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Ser Trp Met Tyr Trp Leu Arg
450 455 460
Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Val Ile Asn Thr Asp
465 470 475 480
Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser
485 490 495
Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg
500 505 510
Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Trp Gly Gly Pro
515 520 525
Glu Pro Thr Arg Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Asp Lys
530 535 540
Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro
545 550 555 560
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser
565 570 575
Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp
580 585 590
Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn
595 600 605
Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val
610 615 620
Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu
625 630 635 640
Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
645 650 655
Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr
660 665 670
Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr
675 680 685
Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu
690 695 700
Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu
705 710 715 720
Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys
725 730 735
Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu
740 745 750
Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
755 760 765
Lys
<210> 28
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer prm504
<400> 28
gctgcgycaa ctggaccaat gagaac 26
<210> 29
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer prm505
<400> 29
cgcagagacc aaagttcaac tgaaacga 28
<210> 30
<211> 772
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> amino acid sequence of MD3606
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (24)..(147)
<223> The first immunoglobulin region with I110M
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (158)..(280)
<223> The second immunoglobulin region
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (291)..(419)
<223> The third immunoglobulin region
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (430)..(485)
<223> The fourth immunoglobulin region
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (551)..(772)
<223> Fc
<400> 30
Glu Phe Ala Thr Met Ala Trp Val Trp Thr Leu Leu Phe Leu Met Ala
1 5 10 15
Ala Ala Gln Ser Ile Gln Ala Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly
20 25 30
Gly Val Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser
35 40 45
Ile Ser Ile Phe Asp Ile Tyr Ala Met Asp Trp Tyr Arg Gln Ala Pro
50 55 60
Gly Lys Gln Arg Glu Leu Val Ala Val Ser Phe Arg Asp Gly Ser Thr
65 70 75 80
Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn
85 90 95
Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp
100 105 110
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys His Val Ser Leu Tyr Arg Asp Pro Leu Gly
115 120 125
Val Ala Gly Gly Met Gly Val Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
130 135 140
Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln
145 150 155 160
Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg
165 170 175
Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Arg Thr Tyr Ala Met Gly Trp Phe Arg
180 185 190
Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu Phe Val Ala Ala Ile Asn Ala Leu
195 200 205
Gly Thr Arg Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile
210 215 220
Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu
225 230 235 240
Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Thr Ala Gln Gly Gln Trp
245 250 255
Arg Ala Ala Pro Val Ala Val Ala Ala Glu Tyr Glu Phe Trp Gly Gln
260 265 270
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly
275 280 285
Gly Ser Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro
290 295 300
Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Leu Glu
305 310 315 320
Asn Lys Ala Ile Gly Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Lys Glu Arg Glu
325 330 335
Gly Val Leu Cys Ile Ser Lys Ser Gly Ser Trp Thr Tyr Tyr Ala Asp
340 345 350
Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr
355 360 365
Val Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Pro Glu Asp Thr Ala Val Tyr
370 375 380
Tyr Cys Ala Thr Thr Thr Ala Gly Gly Gly Leu Cys Trp Asp Gly Thr
385 390 395 400
Thr Phe Ser Arg Leu Ala Ser Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr
405 410 415
Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Gln
420 425 430
Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg
435 440 445
Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Ser Trp Met Tyr
450 455 460
Trp Leu Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Val Ile
465 470 475 480
Asn Thr Asp Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe
485 490 495
Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn
500 505 510
Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Trp
515 520 525
Gly Gly Pro Glu Pro Thr Arg Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
530 535 540
Ser Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu
545 550 555 560
Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu
565 570 575
Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser
580 585 590
His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu
595 600 605
Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr
610 615 620
Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn
625 630 635 640
Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro
645 650 655
Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln
660 665 670
Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val
675 680 685
Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val
690 695 700
Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro
705 710 715 720
Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr
725 730 735
Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val
740 745 750
Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu
755 760 765
Ser Pro Gly Lys
770
<210> 31
<211> 4690
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AAV vector genome AAV.CB7.hJAB Fc
<220>
<221> repeat_region
<222> (1)..(130)
<223> 5' IRT
<220>
<221> promoter
<222> (198)..(579)
<223> CMV IE promoter
<220>
<221> enhancer
<222> (279)..(538)
<223> C4 enhancer with 2 mismatches
<220>
<221> promoter
<222> (582)..(862)
<223> CB promoter
<220>
<221> TATA_signal
<222> (836)..(839)
<223> TATA
<220>
<221> Intron
<222> (956)..(1928)
<223> chicken beta-actin intron
<220>
<221> misc_feature
<222> (1941)..(4259)
<223> coding sequence for MD3606
<220>
<221> polyA_signal
<222> (4346)..(4472)
<223> Rabbit globin poly A
<220>
<221> repeat_region
<222> (4561)..(4690)
<223> 3' ITR
<400> 31
ctgcgcgctc gctcgctcac tgaggccgcc cgggcaaagc ccgggcgtcg ggcgaccttt 60
ggtcgcccgg cctcagtgag cgagcgagcg cgcagagagg gagtggccaa ctccatcact 120
aggggttcct tgtagttaat gattaacccg ccatgctact tatctaccag ggtaatgggg 180
atcctctaga actatagcta gtcgacattg attattgact agttattaat agtaatcaat 240
tacggggtca ttagttcata gcccatatat ggagttccgc gttacataac ttacggtaaa 300
tggcccgcct ggctgaccgc ccaacgaccc ccgcccattg acgtcaataa tgacgtatgt 360
tcccatagta acgccaatag ggactttcca ttgacgtcaa tgggtggagt atttacggta 420
aactgcccac ttggcagtac atcaagtgta tcatatgcca agtacgcccc ctattgacgt 480
caatgacggt aaatggcccg cctggcatta tgcccagtac atgaccttat gggactttcc 540
tacttggcag tacatctacg tattagtcat cgctattacc atggtcgagg tgagccccac 600
gttctgcttc actctcccca tctccccccc ctccccaccc ccaattttgt atttatttat 660
tttttaatta ttttgtgcag cgatgggggc gggggggggg ggggggcgcg cgccaggcgg 720
ggcggggcgg ggcgaggggc ggggcggggc gaggcggaga ggtgcggcgg cagccaatca 780
gagcggcgcg ctccgaaagt ttccttttat ggcgaggcgg cggcggcggc ggccctataa 840
aaagcgaagc gcgcggcggg cgggagtcgc tgcgcgctgc cttcgccccg tgccccgctc 900
cgccgccgcc tcgcgccgcc cgccccggct ctgactgacc gcgttactcc cacaggtgag 960
cgggcgggac ggcccttctc ctccgggctg taattagcgc ttggtttaat gacggcttgt 1020
ttcttttctg tggctgcgtg aaagccttga ggggctccgg gagggccctt tgtgcggggg 1080
gagcggctcg gggggtgcgt gcgtgtgtgt gtgcgtgggg agcgccgcgt gcggctccgc 1140
gctgcccggc ggctgtgagc gctgcgggcg cggcgcgggg ctttgtgcgc tccgcagtgt 1200
gcgcgagggg agcgcggccg ggggcggtgc cccgcggtgc ggggggggct gcgaggggaa 1260
caaaggctgc gtgcggggtg tgtgcgtggg ggggtgagca gggggtgtgg gcgcgtcggt 1320
cgggctgcaa ccccccctgc acccccctcc ccgagttgct gagcacggcc cggcttcggg 1380
tgcggggctc cgtacggggc gtggcgcggg gctcgccgtg ccgggcgggg ggtggcggca 1440
ggtgggggtg ccgggcgggg cggggccgcc tcgggccggg gagggctcgg gggaggggcg 1500
cggcggcccc cggagcgccg gcggctgtcg aggcgcggcg agccgcagcc attgcctttt 1560
atggtaatcg tgcgagaggg cgcagggact tcctttgtcc caaatctgtg cggagccgaa 1620
atctgggagg cgccgccgca ccccctctag cgggcgcggg gcgaagcggt gcggcgccgg 1680
caggaaggaa atgggcgggg agggccttcg tgcgtcgccg cgccgccgtc cccttctccc 1740
tctccagcct cggggctgtc cgcgggggga cggctgcctt cgggggggac ggggcagggc 1800
ggggttcggc ttctggcgtg tgaccggcgg ctctagagcc tctgctaacc atgttcatgc 1860
cttcttcttt ttcctacagc tcctgggcaa cgtgctggtt attgtgctgt ctcatcattt 1920
tggcaaagaa ttcgctagat gaattcgcca ccatggcttg ggtgtggacc ttgctattcc 1980
tgatggcagc tgcccaaagt atacaggccc aggtgcagct ggtggagagc ggcggcggcg 2040
tggtgcagcc cggcggcagc ctgcgcctga gctgcgccgc cagcatcagc atcttcgaca 2100
tctacgccat ggactggtac cgccaggccc ccggcaagca gcgcgagctg gtggccgtga 2160
gcttccgcga cggcagcacc tactacgccg acagcgtgaa gggccgcttc accatcagcc 2220
gcgacaacag caagaacacc ctgtacctgc agatgaacag cctgcgcgcc gaggacaccg 2280
ccgtgtacta ctgccacgtg agcctgtacc gcgaccccct gggcgtggcc ggcggcatgg 2340
gcgtgtactg gggccagggc accctggtga ccgtgagcag cggcggcggc ggcagcggcg 2400
gcggcggcag cgaggtgcag ctgctggaga gcggcggcgg cctggtgcag cccggcggca 2460
gcctgcgcct gagctgcgcc gccagcggcc gcacctacgc catgggctgg ttccgccagg 2520
cccccggcaa ggagcgcgag ttcgtggccg ccatcaacgc cctgggcacc cgcacctact 2580
acgccgacag cgtgaagggc cgcttcacca tcagccgcga caacagcaag aacaccctgt 2640
acctgcagat gaacagcctg cgcgccgagg acaccgccgt gtactactgc accgcccagg 2700
gccagtggcg cgccgccccc gtggccgtgg ccgccgagta cgagttctgg ggccagggca 2760
ccctggtgac cgtgagcagc ggcggcggcg gcagcggcgg cggcggcagc gaggtgcagc 2820
tgctggagag cggcggcggc ctggtgcagc ccggcggcag cctgcgcctg agctgcgccg 2880
ccagcggctt caccctggag aacaaggcca tcggctggtt ccgccaggcc cccggcaagg 2940
agcgcgaggg cgtgctgtgc atcagcaaga gcggcagctg gacctactac gccgacagcg 3000
tgaagggccg cttcaccatc agccgcgaca acagcaagaa caccgtgtac ctgcagatga 3060
acagcctgcg ccccgaggac accgccgtgt actactgcgc caccaccacc gccggcggcg 3120
gcctgtgctg ggacggcacc accttcagcc gcctggccag cagctggggc cagggcaccc 3180
tggtgaccgt gagcagcggc ggcggcggca gcggcggcgg cggcagcgag gtgcagctgg 3240
tggagagcgg cggcggcctg gtgcagcccg gcggcagcct gcgcctgagc tgcgccgcca 3300
gcggcttcac cttcagcacc agctggatgt actggctgcg ccaggccccc ggcaagggcc 3360
tggagtgggt gagcgtgatc aacaccgacg gcggcaccta ctacgccgac agcgtgaagg 3420
gccgcttcac catcagccgc gacaacagca agaacaccct gtacctgcag atgaacagcc 3480
tgcgcgccga ggacaccgcc gtgtactact gcgccaagga ctggggcggc cccgagccca 3540
cccgcggcca gggcaccctg gtgaccgtga gcagcgacaa aactcacaca tgcccaccgt 3600
gcccagcacc tgaactcctg gggggaccgt cagtcttcct cttcccccca aaacccaagg 3660
acaccctcat gatctcccgg acccctgagg tcacatgcgt ggtggtggac gtgagccacg 3720
aagaccctga ggtcaagttc aactggtacg tggacggcgt ggaggtgcat aatgccaaga 3780
caaagccgcg ggaggagcag tacaacagca cgtaccgggt ggtcagcgtc ctcaccgtcc 3840
tgcaccagga ctggctgaat ggcaaggagt acaagtgcaa ggtctccaac aaagccctcc 3900
cagcccccat cgagaaaacc atctccaaag ccaaagggca gccccgagaa ccacaggtgt 3960
acaccctgcc cccatcccgg gatgagctga ccaagaacca ggtcagcctg acctgcctgg 4020
tcaaaggctt ctatcccagc gacatcgccg tggagtggga gagcaatggg cagccggaga 4080
acaactacaa gaccacgcct cccgtgctgg actccgacgg ctccttcttc ctctacagca 4140
agctcaccgt ggacaagagc aggtggcagc aggggaacgt cttctcatgc tccgtgatgc 4200
atgaggctct gcacaaccac tacacgcaga agagcctctc cctgtctccg ggtaaatgag 4260
aattcatcgg atcccgggcc cgtcgactgc agaggcctgc atgcaagctt ggctcgagga 4320
cggggtgaac tacgcctgag gatccgatct ttttccctct gccaaaaatt atggggacat 4380
catgaagccc cttgagcatc tgacttctgg ctaataaagg aaatttattt tcattgcaat 4440
agtgtgttgg aattttttgt gtctctcact cggaagcaat tcgttgatct gaatttcgac 4500
cacccataat acccattacc ctggtagata agtagcatgg cgggttaatc attaactaca 4560
aggaacccct agtgatggag ttggccactc cctctctgcg cgctcgctcg ctcactgagg 4620
ccgggcgacc aaaggtcgcc cgacgcccgg gctttgcccg ggcggcctca gtgagcgagc 4680
gagcgcgcag 4690
<210> 32
<211> 2319
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> coding sequence of MD3606
<400> 32
gaattcgcca ccatggcttg ggtgtggacc ttgctattcc tgatggcagc tgcccaaagt 60
atacaggccc aggtgcagct ggtggagagc ggcggcggcg tggtgcagcc cggcggcagc 120
ctgcgcctga gctgcgccgc cagcatcagc atcttcgaca tctacgccat ggactggtac 180
cgccaggccc ccggcaagca gcgcgagctg gtggccgtga gcttccgcga cggcagcacc 240
tactacgccg acagcgtgaa gggccgcttc accatcagcc gcgacaacag caagaacacc 300
ctgtacctgc agatgaacag cctgcgcgcc gaggacaccg ccgtgtacta ctgccacgtg 360
agcctgtacc gcgaccccct gggcgtggcc ggcggcatgg gcgtgtactg gggccagggc 420
accctggtga ccgtgagcag cggcggcggc ggcagcggcg gcggcggcag cgaggtgcag 480
ctgctggaga gcggcggcgg cctggtgcag cccggcggca gcctgcgcct gagctgcgcc 540
gccagcggcc gcacctacgc catgggctgg ttccgccagg cccccggcaa ggagcgcgag 600
ttcgtggccg ccatcaacgc cctgggcacc cgcacctact acgccgacag cgtgaagggc 660
cgcttcacca tcagccgcga caacagcaag aacaccctgt acctgcagat gaacagcctg 720
cgcgccgagg acaccgccgt gtactactgc accgcccagg gccagtggcg cgccgccccc 780
gtggccgtgg ccgccgagta cgagttctgg ggccagggca ccctggtgac cgtgagcagc 840
ggcggcggcg gcagcggcgg cggcggcagc gaggtgcagc tgctggagag cggcggcggc 900
ctggtgcagc ccggcggcag cctgcgcctg agctgcgccg ccagcggctt caccctggag 960
aacaaggcca tcggctggtt ccgccaggcc cccggcaagg agcgcgaggg cgtgctgtgc 1020
atcagcaaga gcggcagctg gacctactac gccgacagcg tgaagggccg cttcaccatc 1080
agccgcgaca acagcaagaa caccgtgtac ctgcagatga acagcctgcg ccccgaggac 1140
accgccgtgt actactgcgc caccaccacc gccggcggcg gcctgtgctg ggacggcacc 1200
accttcagcc gcctggccag cagctggggc cagggcaccc tggtgaccgt gagcagcggc 1260
ggcggcggca gcggcggcgg cggcagcgag gtgcagctgg tggagagcgg cggcggcctg 1320
gtgcagcccg gcggcagcct gcgcctgagc tgcgccgcca gcggcttcac cttcagcacc 1380
agctggatgt actggctgcg ccaggccccc ggcaagggcc tggagtgggt gagcgtgatc 1440
aacaccgacg gcggcaccta ctacgccgac agcgtgaagg gccgcttcac catcagccgc 1500
gacaacagca agaacaccct gtacctgcag atgaacagcc tgcgcgccga ggacaccgcc 1560
gtgtactact gcgccaagga ctggggcggc cccgagccca cccgcggcca gggcaccctg 1620
gtgaccgtga gcagcgacaa aactcacaca tgcccaccgt gcccagcacc tgaactcctg 1680
gggggaccgt cagtcttcct cttcccccca aaacccaagg acaccctcat gatctcccgg 1740
acccctgagg tcacatgcgt ggtggtggac gtgagccacg aagaccctga ggtcaagttc 1800
aactggtacg tggacggcgt ggaggtgcat aatgccaaga caaagccgcg ggaggagcag 1860
tacaacagca cgtaccgggt ggtcagcgtc ctcaccgtcc tgcaccagga ctggctgaat 1920
ggcaaggagt acaagtgcaa ggtctccaac aaagccctcc cagcccccat cgagaaaacc 1980
atctccaaag ccaaagggca gccccgagaa ccacaggtgt acaccctgcc cccatcccgg 2040
gatgagctga ccaagaacca ggtcagcctg acctgcctgg tcaaaggctt ctatcccagc 2100
gacatcgccg tggagtggga gagcaatggg cagccggaga acaactacaa gaccacgcct 2160
cccgtgctgg actccgacgg ctccttcttc ctctacagca agctcaccgt ggacaagagc 2220
aggtggcagc aggggaacgt cttctcatgc tccgtgatgc atgaggctct gcacaaccac 2280
tacacgcaga agagcctctc cctgtctccg ggtaaatga 2319
<210> 33
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Spacer
<400> 33
atgacttaaa ccaggt 16
<210> 34
<211> 736
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> human AAVhu31 vp1
<400> 34
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Gln Trp Trp Lys Leu Lys Pro Gly Pro Pro Pro Pro
20 25 30
Lys Pro Ala Glu Arg His Lys Asp Asp Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro
115 120 125
Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg
130 135 140
Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly
145 150 155 160
Lys Ser Gly Ser Gln Pro Ala Lys Lys Lys Leu Asn Phe Gly Gln Thr
165 170 175
Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro
180 185 190
Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly
195 200 205
Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser
210 215 220
Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile
225 230 235 240
Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu
245 250 255
Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn
260 265 270
Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg
275 280 285
Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn
290 295 300
Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile
305 310 315 320
Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn
325 330 335
Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu
340 345 350
Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro
355 360 365
Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp
370 375 380
Gly Gly Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe
385 390 395 400
Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu
405 410 415
Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu
420 425 430
Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser
435 440 445
Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser
450 455 460
Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro
465 470 475 480
Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn
485 490 495
Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn
500 505 510
Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys
515 520 525
Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly
530 535 540
Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile
545 550 555 560
Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser
565 570 575
Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln
580 585 590
Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln
595 600 605
Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His
610 615 620
Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met
625 630 635 640
Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala
645 650 655
Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr
660 665 670
Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln
675 680 685
Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn
690 695 700
Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Ser Thr Glu Gly Val
705 710 715 720
Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu
725 730 735
<210> 35
<211> 736
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> human AAVhu32 vp1
<400> 35
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Gln Trp Trp Lys Leu Lys Pro Gly Pro Pro Pro Pro
20 25 30
Lys Pro Ala Glu Arg His Lys Asp Asp Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro
115 120 125
Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg
130 135 140
Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly
145 150 155 160
Lys Ser Gly Ser Gln Pro Ala Lys Lys Lys Leu Asn Phe Gly Gln Thr
165 170 175
Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro
180 185 190
Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly
195 200 205
Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser
210 215 220
Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile
225 230 235 240
Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu
245 250 255
Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn
260 265 270
Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg
275 280 285
Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn
290 295 300
Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile
305 310 315 320
Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn
325 330 335
Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu
340 345 350
Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro
355 360 365
Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp
370 375 380
Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe
385 390 395 400
Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu
405 410 415
Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu
420 425 430
Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser
435 440 445
Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser
450 455 460
Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro
465 470 475 480
Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn
485 490 495
Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn
500 505 510
Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys
515 520 525
Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly
530 535 540
Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile
545 550 555 560
Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser
565 570 575
Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln
580 585 590
Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln
595 600 605
Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His
610 615 620
Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met
625 630 635 640
Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala
645 650 655
Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr
660 665 670
Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln
675 680 685
Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn
690 695 700
Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val
705 710 715 720
Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu
725 730 735
<210> 36
<211> 2211
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AAV9 capsid vp1 coding sequence
<400> 36
atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc 60
gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac 120
aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac 180
aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac 240
cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc 300
caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag 360
gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct 420
ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc 480
aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag 540
tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct 600
cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga 660
gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc 720
accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc 780
tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc 840
tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga 900
ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt 960
caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc 1020
acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac 1080
gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg 1140
acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc 1200
ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta 1260
cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc 1320
gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg 1380
ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct 1440
ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa 1500
tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct 1560
ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct 1620
ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata 1680
accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg 1740
gccacaaacc accagagtgc ccaagcacag gcgcagaccg gctgggttca aaaccaagga 1800
atacttccgg gtatggtttg gcaggacaga gatgtgtacc tgcaaggacc catttgggcc 1860
aaaattcctc acacggacgg caactttcac ccttctccgc tgatgggagg gtttggaatg 1920
aagcacccgc ctcctcagat cctcatcaaa aacacacctg tacctgcgga tcctccaacg 1980
gccttcaaca aggacaagct gaactctttc atcacccagt attctactgg ccaagtcagc 2040
gtggagatcg agtgggagct gcagaaggaa aacagcaagc gctggaaccc ggagatccag 2100
tacacttcca actattacaa gtctaataat gttgaatttg ctgttaatac tgaaggtgta 2160
tatagtgaac cccgccccat tggcaccaga tacctgactc gtaatctgta a 2211
<210> 37
<211> 2211
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<220>
<223> AAVhu31 coding sequence
<400> 37
atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc 60
gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac 120
aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac 180
aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac 240
cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc 300
caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag 360
gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct 420
ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc 480
aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag 540
tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct 600
cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga 660
gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc 720
accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc 780
tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc 840
tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga 900
ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt 960
caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc 1020
acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac 1080
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acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc 1200
ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta 1260
cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc 1320
gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg 1380
ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct 1440
ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa 1500
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ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct 1620
ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata 1680
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tacacttcca actattacaa gtctaataat gttgaatttg ctgttaatac tgaaggtgta 2160
tatagtgaac cccgccccat tggcaccaga tacctgactc gtaatctgta a 2211
<210> 38
<211> 2211
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<220>
<223> AAVhu32 VP1 coding sequence
<400> 38
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cagtggtgga agctcaaacc tggcccacca ccaccaaagc ccgcagagcg gcataaggac 120
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gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct 420
ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc 480
aaatcgggtt cacagcccgc taaaaagaaa ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag 540
tcagtccccg accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct 600
cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga 660
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accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc 780
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tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga 900
ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt 960
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acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac 1080
gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg 1140
acgcttaatg atgggagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc 1200
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<210> 39
<211> 736
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> modified hu68vp1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (23)..(23)
<223> Xaa may be W (Trp, tryptophan), or oxidated W.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (35)..(35)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (57)..(57)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (66)..(66)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (94)..(94)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (97)..(97)
<223> Xaa may be D (asp, aspartic acid), or isomerized D.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (107)..(107)
<223> Xaa may be D (asp, aspartic acid), or isomerized D.
<220>
<221> misc_feature
<222> (113)..(113)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (149)..(149)
<223> Xaa may be S (Ser, serine), or Phosphorilated S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (149)..(149)
<223> Xaa may be S (Ser, serine), or Phosphorylated S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (247)..(247)
<223> Xaa may be W (Trp, tryptophan), or oxidated W (e.g., kynurenine).
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (253)..(253)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (259)..(259)
<223> Xaa represents Q, or Q deamidated to glutamic acid
(alpha-glutamic acid), gamma-glutamic acid (Glu), or a blend of
alpha- and gamma-glutamic acid
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (270)..(270)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (297)..(297)
<223> Xaa represents D (Asp, aspartic acid) or amindated D to N (Asn,
asparagine)
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (304)..(304)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (306)..(306)
<223> Xaa may be W (Trp, tryptophan), or oxidated W (e.g., kynurenine).
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (314)..(314)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (319)..(319)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (329)..(329)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (332)..(332)
<223> Xaa may be K (lys, lysine), or acetylated K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (336)..(336)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (384)..(384)
<223> Xaa may be D (asp, aspartic acid), or isomerized D.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (404)..(404)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (409)..(409)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (436)..(436)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (452)..(452)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (477)..(477)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (499)..(499)
<223> Xaa may be S (Ser, serine), or Phosphorylated S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (512)..(512)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (515)..(515)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (518)..(518)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (524)..(524)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (559)..(559)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (569)..(569)
<223> Xaa may be T (Thr, threonine), or Phosphorylated T
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (586)..(586)
<223> Xaa may be S (Ser, serine), or Phosphorylated S
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (599)..(599)
<223> Xaa represents Q, or Q deamidated to glutamic acid
(alpha-glutamic acid), gamma-glutamic acid (Glu), or a blend of
alpha- and gamma-glutamic acid
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (605)..(605)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (619)..(619)
<223> Xaa may be W (Trp, tryptophan), or oxidated W (e.g., kynurenine).
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (628)..(628)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (640)..(640)
<223> Xaa may be M (Met, Methionine), or oxidated M.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (651)..(651)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (663)..(663)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (666)..(666)
<223> Xaa may be K (lys, lysine), or acetylated K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (689)..(689)
<223> Xaa may be K (lys, lysine), or acetylated K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (693)..(693)
<223> Xaa may be K (lys, lysine), or acetylated K
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (695)..(695)
<223> Xaa may be W (Trp, tryptophan), or oxidated W.
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (709)..(709)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (735)..(735)
<223> Xaa may be Asn, or deamidated to Asp, isoAsp, or Asp/isoAsp
<400> 39
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Glu Trp Xaa Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro
20 25 30
Lys Ala Xaa Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Xaa Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Xaa Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Xaa His Ala
85 90 95
Xaa Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Xaa Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Xaa Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro
115 120 125
Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg
130 135 140
Pro Val Glu Gln Xaa Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Val Gly Ile Gly
145 150 155 160
Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr
165 170 175
Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro
180 185 190
Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly
195 200 205
Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser
210 215 220
Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile
225 230 235 240
Thr Thr Ser Thr Arg Thr Xaa Ala Leu Pro Thr Tyr Xaa Asn His Leu
245 250 255
Tyr Lys Xaa Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Xaa Asp Asn
260 265 270
Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg
275 280 285
Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Xaa Trp Gln Arg Leu Ile Asn Xaa
290 295 300
Asn Xaa Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Xaa Phe Lys Leu Phe Xaa Ile
305 310 315 320
Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Xaa Gly Val Xaa Thr Ile Ala Xaa
325 330 335
Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu
340 345 350
Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro
355 360 365
Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Xaa
370 375 380
Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe
385 390 395 400
Pro Ser Gln Xaa Leu Arg Thr Gly Xaa Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu
405 410 415
Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu
420 425 430
Asp Arg Leu Xaa Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser
435 440 445
Lys Thr Ile Xaa Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser
450 455 460
Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Xaa Tyr Ile Pro
465 470 475 480
Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn
485 490 495
Asn Asn Xaa Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Xaa
500 505 510
Gly Arg Xaa Ser Leu Xaa Asn Pro Gly Pro Ala Xaa Ala Ser His Lys
515 520 525
Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly
530 535 540
Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Xaa Ile
545 550 555 560
Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Xaa Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser
565 570 575
Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Xaa Ala Gln Ala Gln Ala Gln
580 585 590
Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Xaa Val Trp Gln
595 600 605
Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Xaa Ala Lys Ile Pro His
610 615 620
Thr Asp Gly Xaa Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Xaa
625 630 635 640
Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Xaa Thr Pro Val Pro Ala
645 650 655
Asp Pro Pro Thr Ala Phe Xaa Lys Asp Xaa Leu Asn Ser Phe Ile Thr
660 665 670
Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln
675 680 685
Xaa Glu Asn Ser Xaa Arg Xaa Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn
690 695 700
Tyr Tyr Lys Ser Xaa Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val
705 710 715 720
Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Xaa Leu
725 730 735
Claims (29)
- 비복제(non-replicating) 재조합 아데노-연관 바이러스(recombinant adeno-associated associated virus)(rAAV)로서, AAV 반전 말단 반복부 서열(inverted terminal repeat sequence) 및 면역글로불린 영역 (a), (b), (c) 및 (d)를 암호화하는 적어도 하나의 핵산 서열을 포함하는 벡터 게놈을 내부에 패키징한 AAV 캡시드를 갖되, 면역글로불린 영역 (a), (b), (c) 및 (d) 각각은 상기 rAAV로부터 발현되고,
(a)는 서열번호 1:
의 아미노산 서열을 갖는 제1 면역글로불린 영역이고;
(b)는 서열번호 2:
의 아미노산 서열을 갖는 제2 면역글로불린 영역이며;
(c)는 서열번호 3:
의 아미노산 서열을 갖는 제3 면역글로불린 영역이고; 그리고
(d)는 서열번호 4:
의 아미노산 서열을 갖는 제4 면역글로불린 영역인, 비복제 rAAV. - 제1항에 있어서, 상기 제1, 제2, 제3 및/또는 제4 면역글로불린 영역은 Fc 영역을 더 포함하는 융합 작제물 내에 존재하되, 상기 4개의 면역글로불린 영역 및 상기 Fc 영역을 연결하는 연결 서열이 선택적으로 존재하는, 비복제 rAAV.
- 제2항에 있어서, 상기 융합 작제물은 상기 면역글로불린 영역 중 2개 이상 사이에 위치된 연결 서열을 더 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제2항 또는 제3항에 있어서, 각각의 연결 서열은 독립적으로 선택되는, 비복제 rAAV.
- 제2항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 연결 서열은 GGGGSGGGGS(서열번호 7)인, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 상기 제1 면역글로불린의 아미노 말단에서 상기 면역글로불린에 대해서 외인성인 공급원으로부터의 신호 펩타이드를 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제6항에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 인간 인터류킨-2 신호 펩타이드인, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 모노시스트론 발현 카세트(monocistronic expression cassette)를 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 바이시스트론 발현 카세트(bicistronic expression cassette)를 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제9항에 있어서, 상기 면역글로불린 영역 중 2개는 제1 Fc에 연결되어 제1 쇄를 형성하고, 나머지 2개의 면역글로불린 영역은 제2 Fc에 연결되어 제2 쇄를 형성하는, 비복제 rAAV.
- 제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 IRES 또는 F2A 서열을 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 5' UTR를 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제12항에 있어서, 상기 5' UTR은 인간 c-myc 5' UTR의 단편인, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 단일 가닥 AAV 5' 반전 말단 반복부 및 AAV 3' 반전 말단 반복부를 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 서열번호 27, 서열번호 12 또는 서열번호 30의 아미노산 서열을 갖는 항-플루엔자 융합 작제물을 암호화하는, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 벡터 게놈은 서열번호 21, 서열번호 19; 서열번호 15, 서열번호 14, 서열번호 5, 서열번호 26, 서열번호 20, 서열번호 13, 서열번호 31 및 서열번호 32로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 rAAV는 AAVhu68 캡시드를 갖되, 상기 AAVhu68 캡시드는,
서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 vp1 단백질, 서열번호 18로부터 생산된 vp1 단백질 또는 서열번호 16의 1 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp1 단백질로부터 선택된 AAVhu68 vp1 단백질의 이종 집단,
서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 vp2 단백질, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp2 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 138 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 412 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp2 단백질로부터 선택된 AAVhu68 vp2 단백질의 이종 집단,
서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 서열로부터의 발현에 의해서 생산된 vp3, 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211을 포함하는 서열로부터 생산된 vp3 단백질 또는 서열번호 16의 적어도 약 아미노산 203 내지 736의 예측된 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18의 적어도 뉴클레오타이드 607 내지 2211과 적어도 70% 동일한 핵산 서열로부터 생산된 vp3 단백질로부터 선택된 AAVhu68 vp3 단백질의 이종 집단
을 포함하는, 비복제 rAAV. - 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단백질을 암호화하는 상기 핵산 서열은 서열번호 18이거나, 또는 서열번호 16의 아미노산 서열을 암호화하는 서열번호 18과 적어도 80% 내지 적어도 99% 동일한 서열인, 비복제 rAAV.
- 제17항 또는 제18항에 있어서, 상기 서열은 서열번호 18과 적어도 80% 내지 97% 동일한, 비복제 rAAV.
- 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 AAV는 AAV9 캡시드를 갖되, 상기 AAV9 캡시드는 서열번호 17의 아미노산 서열 또는 서열번호 36에 의해서 암호화된 아미노산 서열을 갖는 vp1 캡시드 단백질을 포함하는, 비복제 rAAV.
- 담체, 희석제 또는 부형제 및 적어도 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 따른 비복제 rAAV의 스톡을 포함하는, 조성물.
- 제21항에 있어서, 상기 조성물은 비강내 투여를 위해서 제형화되는, 조성물.
- 제22항에 있어서, 상기 조성물은 근육내 또는 정맥내 투여를 위해서 제형화되는, 조성물.
- 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 백신 접종 또는 면역화시키는 데 유용한, 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 따른 비복제 rAAV 또는 제21항 내지 제23항 중 어느 한 항에 따른 조성물.
- 제24항에 있어서, 환자에게 비강내로 약 109 내지 약 7x1013GC의 rAAV를 투여하기 위해서 개작된, 비복제 rAAV 또는 조성물.
- 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 보호하기 위한, 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 따른 rAAV 또는 제21항 내지 제25항 중 어느 한 항에 따른 조성물의 용도.
- 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 면역화시키는 방법으로서, 유효량의 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 따른 rAAV 또는 제21항 내지 제25항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 면역화시키는 방법.
- 제27항에 있어서, 상기 환자에게는 약 109 내지 약 7x1013GC의 rAAV의 양의 용량이 비강내로 투여되는, 인간 환자를 인플루엔자에 대해서 면역화시키는 방법.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 따른 rAAV, 선택적인 희석제, 및 투여에 대한 지시서를 포함하는 용기를 포함하는, 제품.
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