CN117043182A - 经修饰的抗病毒结合剂 - Google Patents

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CN117043182A CN202180072518.4A CN202180072518A CN117043182A CN 117043182 A CN117043182 A CN 117043182A CN 202180072518 A CN202180072518 A CN 202180072518A CN 117043182 A CN117043182 A CN 117043182A
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R·C·马利根
M·J·沃勒斯
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Abstract

本文提供了通过向有需要的受试者递送结合剂来治疗病毒感染例如冠状病毒感染的方法，其中所述结合剂包含(i)至少一个结合病毒表面上表达的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域表现出(a)与Fc激活受体的结合减少或(b)与Fc抑制性受体的结合增加。所述结合剂可以作为多核苷酸(例如，mRNA)或蛋白质递送，并且可以包含在用于递送的媒介物诸如病毒或非病毒载体中。本公开还涉及多核苷酸、蛋白质和媒介物(例如，病毒和非病毒载体)以及它们的组合物，包括在所述方法中使用的多核苷酸、蛋白质和媒介物以及它们的组合物。

Description

经修饰的抗病毒结合剂
相关申请的交叉引用
本申请要求2020年8月28日提交的标题为“经修饰的抗病毒结合剂(ModifiedAnti-viral Binding Agents)”的美国临时申请63/072,042、2020年11月24日提交的标题为“经抗病毒结合剂(Modified Anti-viral Binding Agents)”的美国临时申请63/117,864和2021年5月7日提交的标题为“经饰的抗病毒结合剂(Modified Anti-viral BindingAgents)”的美国临时申请63/186,019的优先权，这些申请的内容出于所有目的通过引用全部结合于此。
通过引用并入序列表
本申请连同序列表一起以电子格式提交。序列表以标题为18615_2004040_SEQLISTING的文件形式提供，所述文件创建于2021年8月27日，大小为277,137字节。电子格式的序列表中的信息以引用方式整体并入。
技术领域
本发明涉及通过向有需要的受试者递送结合剂来治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的方法，其中所述结合剂包含(i)至少一个结合病毒表面上表达的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域表现出(a)与Fc激活受体的结合减少或(b)与Fc抑制性受体的结合增加。结合剂可以作为多核苷酸(例如，mRNA)或蛋白质递送，并且可以包含在用于递送的媒介物诸如病毒或非病毒载体中。本公开还涉及多核苷酸、蛋白质和媒介物(例如，病毒和非病毒载体)以及它们的组合物，包括在所述方法中使用的多核苷酸、蛋白质和媒介物以及它们的组合物。
背景技术
冠状病毒(CoV)是一组系统发育多样的包膜病毒，其编码最大的正链RNA基因组并在大多数哺乳动物中有效复制。人CoV感染通常导致轻度至重度上呼吸道和下呼吸道疾病。严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)在2002-2003年出现，引起急性呼吸窘迫综合征(ARDS)，总死亡率为10％，并且老年人死亡率高达50％。中东呼吸综合征。冠状病毒(MERS-CoV)于2012年4月在中东出现，表现为严重肺炎、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)和急性肾衰竭。最近，冠状病毒株的SARS-CoV-2已作为人的感染性毒株出现。
用于治疗或预防冠状病毒感染(包括SARS-CoV-2感染)的疗法有限。许多正在研究的药物最初是为其他病原体设计的，并且迅速重新用于当前的COVID-19试验，包括瑞德西韦(remdesivir)、羟氯喹(hydroxychloroquine)和法匹拉韦(favipiravir)。在一些方面，没有足够的证据表明任何现有的抗病毒药物可以有效地治疗冠状病毒感染。仍然需要用于治疗病毒感染(包括冠状病毒感染，包括与SARS-CoV-2相关的那些)的改进疗法。
发明内容
本文提供了用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的结合剂、多核苷酸、载体以及它们的递送方法。本文还提供了用于调节免疫复合物功能(诸如抑制激活免疫复合物和促进抑制性免疫复合物功能)的结合剂、多核苷酸、载体以及它们的递送方法。在一些方面，所述方法还包括治疗病毒感染。
本文提供了一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中所述结合剂能够中和所述病毒并且与未经修饰的Fc结构域相比表现出降低的促炎活性。本文还提供了一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)与IgG1 Fc结构域相比具有降低的促炎活性的Fc结构域，其中所述结合剂能够中和所述病毒。
在任何提供的实施方案中的一些中，Fc结构域是IgG2或IgG4 Fc结构域。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc表现出与Fc激活受体的结合减少。在任何提供的实施方案中的一些中，与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc表现出与Fc抑制性受体的结合增加。
本文还提供了结合剂，其包含(i)至少一个结合表面暴露的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与至少一个Fc激活受体家族成员的结合减少。在任何提供的实施方案中的一些中，Fc激活受体是Fcγ受体I(FcγRI)、Fcγ受体IIA(FcγRIIA)或Fcγ受体III(FcγRIII)。
在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂能够形成与由包含至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的促炎活性的免疫复合物。
在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Ser228Pro、Glu233Pro、Leu234Ala、Leu234Glu、Leu235Ala、Leu235Glu、Leu235Phe、Gly236Arg、Gly237Ala、Pro238Ser、Asp265Ala、His268Ala、His268Gln、Ser288Pro、Asn297Ala、Asn297Gly、Asn297Gln、Val309Leu、Gly318Ala、Leu328Arg、Pro329Gly、Ala330Ser和Pro331Ser，或者前述任一者的组合。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu235Glu取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser288Pro取代和基于EU编号的Leu235Glu取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代和基于EU编号的Pro329Gly取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro331Ser取代、基于EU编号的Leu234Glu取代和基于EU编号的Leu235Phe取代。
在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asp265Ala取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Ala取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly318Ala取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Pro取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly236Arg取代、基于EU编号的Leu328Arg取代和基于EU编号的Pro329Gly取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的His268Gln取代、基于EU编号的Val309Leu取代和基于EU编号的Ala330Ser取代和/或基于EU编号的Pro331Ser取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代、基于EU编号的Gly237Ala取代、基于EU编号的Pro238Ser取代、基于EU编号的His268Ala取代、基于EU编号的Ala330Ser取代和基于EU编号的Pro331Ser取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asn297Ala取代、基于EU编号的Asn297Gly取代或基于EU编号的Asn297Gln取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser228Pro取代、基于EU编号的Phe234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代。
本文还提供了一种结合剂，其包含(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与抑制性Fc受体的结合增加。
在任何提供的实施方案中的一些中，抑制性Fc受体是FcγRIIB，任选地其中FcRIIB是FcγRIIB1或FcγRIIB2。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂能够形成与由包含至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有增加的抗炎活性的免疫复合物。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂能够形成与由包含至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的炎性活性的免疫复合物。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Phe241Ala、Ser267Glu、His268Phe、Leu328Phe、Ser324Thr、Pro238Asp、Leu328Glu、Ser239Asp、Ile332Glu、Gly236Ala，或者前述任一者的组合。
在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的His268Phe取代，以及基于EU编号的Ser324Thr取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的Leu328Phe取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro238Asp取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu328Glu取代。
在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代，以及基于EU编号的Gly236Ala取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的H268D取代。
在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的P271G取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代和基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代和基于EU编号的P271G取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
在任何提供的实施方案中的一些中，所述经修饰的Fc结构域与野生型Fc结构域相比包含一个或多个氨基酸取代。在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域是野生型IgG1。在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO 1中所示的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 1表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。
在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域是野生型IgG2。在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO 2中所示的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 2表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。
在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域是野生型IgG4。在任何提供的实施方案中的一些中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO 3中所示的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 3表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 1-3中的任一个表现出少85％序列同一性的氨基酸序列。
在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域和经修饰的Fc结构域直接连接。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域和经修饰的Fc结构域通过接头间接连接。在任何提供的实施方案中的一些中，接头是肽接头。在任何提供的实施方案中的一些中，肽接头是(GmS)n(SEQ ID NO:4)，其中m和n各自为1至4之间的整数，包括端点值。
在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是至少两个结合结构域。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域结合病毒蛋白的至少两个不同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域直接连接。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域通过接头间接连接。在任何提供的实施方案中的一些中，接头是肽接头。在任何提供的实施方案中的一些中，肽接头是(GmS)n(SEQ IDNO:4)，其中m和n各自为1至4之间的整数，包括端点值。
在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是病毒受体。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是RNA病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是正粘病毒，任选地其中所述病毒是流感病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是副粘病毒(paramyxovirus)。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是呼吸道合胞病毒(RSV)。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是麻疹病毒(Measles morbillivirus)(MeV)。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是冠状病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是严重急性呼吸综合征(SARS)CoV-2。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是SARS CoV-2的变体。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是感兴趣的SARS CoV-2变体(VoI)、关注的变体(Variant of Concern；VoC)和/或有严重后果的变体(Variant of HighConsequence；VoHC)。在任何提供的实施方案中的一些中，SARS CoV-2变体选自包括以下的组：α(即B.1.1.7)、β(即B.1.351、B.1.351.2、B.1.351.3)、δ(即B.1.617.2、AY.1、AY.2、AY.3)和γ(即P.1、P.1.1、P.1.2)。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是SARS CoV-1。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是中东呼吸综合征病毒(MERS-V)。
在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂是二聚体。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂能够中和病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂减少或防止病毒附着至宿主细胞。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域包含特异性结合病毒蛋白的抗体的抗原结合片段。
在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域特异性结合SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，抗原结合片段包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)。在任何提供的实施方案中的一些中，抗原结合片段选自Fab片段、F(ab’)2片段、Fab’片段、Fv片段。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域特异性结合SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是选自STI-1499、STI-4398、REGN10933、REGN10987、R EGN-COV2和JS016的抗体的抗原结合片段。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是选自是选自以下的抗体的抗原结合片段：STI-1499、STI-4398、STI-2020、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2、JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、T B181-28、TB181-36、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、B RII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22d(、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-13576-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1或D70678-5521-S2。
在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是单结构域抗体(sdAb)。在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是选自TB201-1、TB202-3、TB202-63的单结构域抗体。
在任何提供的实施方案中的一些中，至少一个结合结构域是抗体模拟物，任选地选自经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、adnectins或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
本文提供了一种颗粒，其包含(i)如权利要求1至88中任一项所述的结合剂和(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是纯化的病毒蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是重组病毒蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是SARS冠状病毒1(SARS CoV-1)的S糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是SARS冠状病毒2(SARS CoV-2)的S糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是SARSCoV-2变体的S糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是感兴趣的SARS CoV-2变体(VoI)、关注的变体(VoC)和/或有严重后果的变体(VoHC)的S糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒蛋白是选自包括以下的组的SARS CoV-2变体的S糖蛋白：α(即B.1.1.7)、β(即B.1.351、B.1.351.2、B.1.351.3)、δ(即B.1.617.2、AY.1、AY.2、AY.3)和γ(即P.1、P.1.1、P.1.2)。
本文提供了一种核酸分子，其编码本文提供的任何结合剂。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂的至少一个结合结构域包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中核酸包含编码VH链和经修饰的Fc的第一序列和编码VL链的第二序列，并且其中第一序列和第二序列被多顺反子元件分开。在任何提供的实施方案中的一些中，多顺反子元件包含编码核糖体跳跃元件的序列，所述核糖体跳跃元件选自T2A、P2A、E2A或F2A或内部核糖体进入位点(IRES)。在任何提供的实施方案中的一些中，第一序列和第二序列可操作地连接到同一启动子。在任何提供的实施方案中的一些中，核酸分子是mRNA。
本文提供了一种细胞，诸如包含所提供核酸中的任一种的细胞。
本文还提供一种载体，诸如包含本文提供的核酸分子中的任一种的载体。在任何提供的实施方案中的一些中，载体是病毒载体或病毒样颗粒。在任何提供的实施方案中的一些中，载体源自腺病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒载体源自腺相关病毒(AAV)。在任何提供的实施方案中的一些中，AAV属于血清型1、2、5、6、8或9。在任何提供的实施方案中的一些中，AAV属于血清型8。在任何提供的实施方案中的一些中，AAV属于血清型6。在任何提供的实施方案中的一些中，AAV属于血清型6.2。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒载体源自慢病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，慢病毒是人免疫缺陷病毒-1(HIV-1)。
在任何提供的实施方案中的一些中，病毒载体或病毒样颗粒包含融合剂(fusogen)。在任何提供的实施方案中的一些中，载体是脂质颗粒，其中脂质颗粒包含(i)包围内腔的脂质双层，和(ii)融合剂，其中所述融合剂包埋在脂质双层中。在任何提供的实施方案中的一些中，脂质双层源自用于产生病毒或病毒样颗粒的宿主细胞膜。在任何提供的实施方案中的一些中，脂质双层源自用于产生病毒样颗粒的宿主细胞膜，其中所述病毒样颗粒是复制缺陷型的。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是选自I类病毒膜融合蛋白、II类病毒膜蛋白、II类病毒膜融合蛋白、病毒膜糖蛋白或病毒包膜蛋白的病毒融合剂。
在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是水疱性口炎病毒包膜糖蛋白(VSV-G)。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是狒狒内源性病毒(BaEV)包膜糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是合胞体蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂来自冠状病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒1(SARS CoV-1)刺突糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒2(SARS CoV-2)刺突糖蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是α冠状病毒CD13蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂包含来自副粘病毒的F蛋白分子或其生物活性部分和/或来自副粘病毒的糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分。在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂源自来自副粘病毒的F蛋白分子或其生物活性部分和/或来自副粘病毒的糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分。在任何提供的实施方案中的一些中，副粘病毒是亨尼帕病毒(henipavirus)。在任何提供的实施方案中的一些中，副粘病毒是尼帕病毒(Nipah virus)。在任何提供的实施方案中的一些中，副粘病毒是亨德拉病毒(Hendravirus)。
在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂是包含结合靶细胞上的分子的靶向部分的再靶向融合剂。在任何提供的实施方案中的一些中，靶向部分是经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、单结构域抗体(sdAb)、单链可变片段(scFv)或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
在任何提供的实施方案中的一些中，靶细胞已知或怀疑被冠状病毒感染。在任何提供的实施方案中的一些中，靶向部分结合冠状病毒的受体。在任何提供的实施方案中的一些中，靶向部分结合血管紧张素转化酶2(ACE2)。在任何提供的实施方案中的一些中，靶细胞是B淋巴细胞。在任何提供的实施方案中的一些中，靶向部分结合人CD20。
在任何提供的实施方案中的一些中，融合剂被修饰以降低其天然结合向性。在任何提供的实施方案中的一些中，G蛋白或其生物活性部分是突变体NiV-G蛋白，其表现出与肝配蛋白(Ephrin)B2或肝配蛋白B3的结合减少。
在任何提供的实施方案中的一些中，突变体NiV-G蛋白包含一个或多个氨基酸取代，所述氨基酸取代对应于选自由参考SEQ ID NO:5中所示的编号的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代。在任何提供的实施方案中的一些中，突变体NiV-G蛋白具有SEQ ID NO:34中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:34具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，突变体NiV-G蛋白具有SEQ ID NO:35中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:35具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白是其生物活性部分，其在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:19)的C末端或其附近具有20个氨基酸截短。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白具有SEQ ID NO:32中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:32具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白是其生物活性部分，其在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:37)的C末端或其附近具有22个氨基酸截短。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白具有SEQ ID NO:36中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:36具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白具有SEQ IDNO:38中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:38具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白包含N-连接糖基化位点上的点突变。在任何提供的实施方案中的一些中，NiV-F蛋白是其生物活性部分，其包含：i)在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:36)的C末端或其附近的20个氨基酸截短；和ii)N-连接糖基化位点上的点突变。
本文提供了一种产生结合剂的方法，所述方法包括在细胞中表达结合剂的条件下，将如权利要求93至98中任一项所述的核酸分子或如权利要求99至144中任一项所述的载体引入宿主细胞中。在任何提供的实施方案中的一些中，方法还包括从细胞中分离或纯化结合剂。
本文还提供了一种形成免疫复合物的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用所提供的任一者的一种或多种结合剂，其中在受试者中形成包含所施用的一种或多种结合剂的免疫复合物。
在任何提供的实施方案中的一些中，免疫复合物还包含至少一种针对暴露于病毒表面的病毒蛋白的内源性抗体。在任何提供的实施方案中的一些中，一种或多种结合剂和至少一种内源性抗体结合相同的病毒蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，一种或多种结合剂和至少一种内源性剂结合病毒蛋白的相同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，一种或多种结合剂和至少一种内源性剂结合病毒蛋白的不同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，一种或多种结合剂和至少一种内源性剂结合病毒蛋白的重叠表位。
本文提供了一种组合物，其包含免疫复合物，所述免疫复合物包含：(i)所提供结合剂中的任一种和(ii)由结合剂的至少一个结合结构域结合的表面暴露的病毒蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，免疫复合物包含两种或更多种结合剂。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域结合病毒蛋白的不同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，免疫复合物还包含任选地来自一种和/或多种内源性抗体的内源性结合结构域。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合病毒蛋白的相同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合病毒蛋白的不同表位。在任何提供的实施方案中的一些中，至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合病毒蛋白的重叠表位。
本文提供了一种药物组合物，其包含所提供结合剂中的任一种、所提供核酸中的任一种、所提供细胞、所提供载体和/或所提供颗粒中的任一种。
本文还提供了一种药物组合物，其包含(i)如权利要求1至88中任一项所述的结合剂和(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，药物组合物包含药学上可接受的赋形剂。在任何提供的实施方案中的一些中，药物组合物是无菌的。
本文提供了一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用治疗有效量的所提供结合剂中的任一种、所提供颗粒中的任一种、所提供核酸中的任一种、所提供细胞中的任一种或所提供载体中的任一种。
本文提供了一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用治疗有效量的所提供药物组合物中的任一种。
本文还提供了一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用(i)治疗有效量的所提供药物组合物中的任一种，(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
在任何提供的实施方案中的一些中，炎症包括肺中的淋巴细胞积聚、肺中的淋巴细胞增殖、外周血淋巴细胞减少、促炎性细胞因子产生或前述任一者的组合。在任何提供的实施方案中的一些中，促炎性细胞因子选自由以下组成的组：MCP-1、IL-8、IL-1β、IFN-γ、IP-10、IL-4、IL-10、IL-2、IL-7、GCSF、MIP-1A和TNF-α。
在任何提供的实施方案中的一些中，同时施用药物组合物和重组病毒蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，依序施用药物组合物和重组病毒蛋白，任选地其中首先施用重组病毒蛋白。在任何提供的实施方案中的一些中，依序施用药物组合物和重组病毒蛋白，任选其中首先施用药物组合物。
本文提供了一种促进抑制性免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的所提供药物组合物中的任一种。
本文还提供了一种促进抑制性免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的所提供结合剂中的任一种、所提供颗粒中的任一种、所提供核酸中的任一种、所提供细胞中的任一种、所提供载体中的任一种。
在任何提供的实施方案中的一些中，抑制性免疫复合物功能包括减少的抗原摄取、减少的抗原呈递、减少的细胞激活、减少的抗体分泌、抗炎细胞因子的产生或前述任一者的组合。
本文提供了一种降低激活免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的所提供药物组合物中的任一种。
本文还提供了一种降低激活免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的所提供结合剂中的任一种、所提供颗粒中的任一种、所提供核酸中的任一种、所提供细胞中的任一种、所提供载体中的任一种。
在任何提供的实施方案中的一些中，激活免疫复合物功能包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性增强(ADE)、炎性介质的释放、前细胞因子的产生、吞噬作用或前述任一者的组合。
在任何提供的实施方案中的一些中，方法还包括治疗受试者的病毒感染。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒感染是由具有被结合剂的至少一个结合结构域识别的表面暴露的病毒蛋白的病毒引起的感染。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒是RNA病毒。在任何提供的实施方案中的一些中，病毒选自SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、MERS、RSV、流感病毒和麻疹病毒。
本文还提供了本文提供的结合剂、颗粒、核酸、细胞、载体或药物组合物中的任一种，其用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法中。本文还提供了本文提供的结合剂、颗粒、核酸、细胞、载体或药物组合物中的任一种在制造用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的药物中的用途。在任何上述实施方案中的一些中，减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法还包括使用能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
官能化含氟化合物(例如芳基氟化物)常常被用作医药剂。在一些实施方案中，这些产品具有有利的药理学特性，例如理想的代谢稳定性。
本文提供了本文提供的结合剂、颗粒、核酸、细胞、载体或药物组合物中的任一种，其用于促进抑制剂免疫复合物功能的方法中。本文还提供了本文提供的结合剂、颗粒、核酸、细胞、载体或药物组合物中的任一种在制备用于降低激活免疫复合物功能的药物中的用途。
具体实施方式
本文提供了含有至少一个结合结构域的结合剂，所述结合结构域结合病毒表面蛋白并中和病毒，其中所述结合剂不表现促炎活性。至少一个结合结构域可以包括至少一种结合病毒表面蛋白并中和病毒的抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，结合剂不含通过与激活Fc受体(FcR)结合而表现效应子活性的Fc结构域。在一些实施方案中，结合剂含有至少一个结合结构域，例如抗体的抗原结合片段，和与IgG1 Fc结构域相比促炎活性降低的Fc结构域。在一些实施方案中，结合剂含有至少一个结合结构域，例如抗体的抗原结合片段，和经修饰的Fc结构域，其与未经修饰的Fc结构域相比、诸如与野生型IgG1 Fc结构域相比表现出降低的促炎活性。还提供了结合剂作为用于治疗病毒感染的治疗剂的组合物、方法和用途。
在一些实施方案中，结合剂是抗体模拟物，或是含有针对病毒表面蛋白的抗原结合结构域(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))的全长抗体，其中抗体的Fc部分是野生型IgG2或野生型IgG4。在一些情况下，结合剂基于含有参考抗体的抗原结合结构域(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))的参考抗体，但是其中参考抗体的IgG1 Fc被野生型IgG2或野生型IgG4的Fc替换。在一些实施方案中，结合剂是含有针对病毒表面蛋白的抗原结合结构域(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))的全长抗体，其中与参考抗体的Fc相比，抗体的Fc部分被修饰。在一些实施方案中，Fc结构域被一个或多个氨基酸取代修饰，以减少与Fc激活受体的结合。在一些实施方案中，Fc结构域被一个或多个氨基酸取代修饰，以增加与Fc抑制性受体的结合。
在一些实施方案中，结合剂含有(i)至少一个结合结构域，例如抗体的抗原结合片段(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))；和(ii)Fc结构域，其与野生型Fc结构域(诸如野生型IgG1 Fc结构域)相比，表现出与Fc激活受体的结合减少。在一些实施方案中，Fc结构域是含有一个或多个氨基酸取代的经修饰的Fc结构域，以减少与Fc激活受体的结合。在一些实施方案中，所提供结合剂减少促炎性免疫复合物形成或效应子功能。
在一些实施方案中，结合剂含有(i)至少一个结合结构域，例如抗体的抗原结合片段(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))，和(ii)Fc结构域，其与野生型Fc结构域(诸如野生型IgG1 Fc结构域)相比，表现出与Fc抑制性受体的结合增加。在一些实施方案中，Fc结构域是含有一个或多个氨基酸取代的经修饰的Fc结构域，以增加与Fc抑制剂受体的结合。在一些实施方案中，所提供结合剂促进抗炎抑制性免疫复合物的形成。
本文还提供了含有所提供结合剂中的任一种和能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白的颗粒(下文也称为颗粒)。
本文提供了治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染(诸如冠状病毒感染)的受试者施用所提供结合剂中的任一种。本文还提供了治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染(诸如冠状病毒感染)的受试者施用所提供颗粒剂中的任一种。在一些实施方案中，结合剂作为多核苷酸施用。在一些实施方案中，结合剂作为蛋白质施用。在一些实施方案中，作为蛋白质复合物施用的蛋白质，其中结合剂作为颗粒与病毒蛋白一起提供。多核苷酸或蛋白质也可以含于用于递送的媒介物中，诸如病毒或非病毒载体。在特定实施方案中，所提供方法用于治疗病毒感染。例如，所提供实施方案包括用于治疗诸如由SARS-CoV-2引起或导致的冠状病毒感染的方法和用途。
在一些方面，病毒性疾病(诸如由SARS CoV-2感染引起的COVID-19)的病理学是由炎性反应介导的。上皮和内皮细胞中病毒复制的早期发作可导致细胞损伤和细胞凋亡。感染也可能导致某些淋巴细胞(包括巨噬细胞)的细胞焦亡。在一些方面，促炎性细胞因子的释放加上血管渗漏导致病理性炎症。
在一些方面，病毒性疾病(诸如由SARS CoV-2感染引起的COVID-19)的后遗症是由炎性反应介导的。抗病毒中和抗体可促进某些病毒感染急性期后出现的严重肺损伤。例如，抗SARS CoV-2刺突糖蛋白抗体可通过肺中淋巴细胞(包括巨噬细胞)的积聚来促进肺部炎症，这又可刺激局部MCP-1和IL-8促炎性细胞因子产生(Liu等人,JCI Insight.4(4):2019)
在一些方面，由抗病毒中和抗体引发的炎性反应是通过抗原-抗体复合物与淋巴细胞(例如，单核细胞、巨噬细胞、B细胞等)上存在的Fc家族受体(FcR)的结合来介导的。抗病毒中和抗体也可能通过补体组分的固定或替代地通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性增强(ADE)促进病毒性疾病的病理。ADE促进抗体-抗原复合物的摄取和呈递，从而传播免疫应答，并且还通过与FcR的相互作用来介导(Fu等人,Viro Sin(35):266-271,2020)。
免疫复合物(IC)是通过多种抗原与抗体的结合而形成的。抗原与抗体的比率可以决定IC形状和整体大小。在一些方面，由于对单一抗体的低亲和力，IC在通过FcR结合和信号传导方面更有效。暴露于病毒或使用与病毒或病毒组分结合的抗体治疗剂(诸如IVIG或单克隆抗体)可导致IC的产生。IC反过来可以通过免疫细胞上特定类型的Fc受体将信号递送给免疫细胞或感染细胞本身。根据抗体的特定Fc的特性，可能发生多种生产性和非生产性免疫应答。具体而言，IC可导致免疫效应子功能，诸如补体固定，其可杀死受感染细胞，和/或诱导与IC接触的细胞表达病理性促炎分子(Monsalvo等人,Nat Med17(2):195-199,2011)
因此，患者的治疗将可能受益于特异性控制IC和免疫细胞和/或病毒感染的靶标之间的相互作用的结果的能力。仍然需要用于治疗病毒感染(包括冠状病毒感染，包括与SARS-CoV-2相关的那些)的改进疗法
在某些实施方案中，与野生型Fc结构域相比，结合剂或颗粒能够实现与Fc激活受体的免疫复合物形成减少。在某些实施方案中，与野生型Fc结构域相比，结合剂或颗粒能够实现与Fc抑制性受体免疫复合物形成增加。预期所提供的结合剂因此可调节免疫复合物形成，以减少或避免结合结构域(例如抗体或抗原结合片段)与病毒表面蛋白结合时的促炎活性。
Fcγ受体是可结合抗体分子的Fcγ部分的蛋白质免疫球蛋白基因超家族的成员。此家族成员通过Fcγ受体的α链上的识别结构域识别一种或多种同种型抗体。Fcγ受体由其对免疫球蛋白亚型的特异性来定义。
Fcγ受体家族成员是具有与免疫球蛋白相关结构域的C2集相关的胞外结构域、单一跨膜结构域和可变长度胞质结构域的完整的膜糖蛋白。存在三种已知的FcγR：FcγRI(也称为CD64)、FcγRII(CD32)和FcγRIII(CD16)。虽然三种受体由不同的基因编码，但认为其序列同源性是基因复制事件的证据。
各种淋巴细胞可以具有多个Fcγ受体以结合不同同种型的抗体，并且抗体同种型在一些方面决定了哪些淋巴细胞参与给定的反应(Ravetch等人,Science,290:84-89,2000；Ravetch等人,Annu.Rev.Immunol.19:275-90,2001)。表1A总结了各种Fcγ受体、表达其的细胞以及它们的同种型特异性。
在一些方面，Fc激活受体是Fcγ受体I(FcγRI)、Fcγ受体IIA(FcγRIIA)或Fcγ受体III(FcγRIII)。FcγR介导的激活和阻遏效应子功能都是在接合后通过FcγR传递的。受体的胞质信号传导结构域内的两个不同结构域(免疫受体酪氨酸激活基序(ITAM)或免疫受体酪氨酸抑制基序(ITIM))允许通过将不同的胞质酶募集到这些结构上而产生相反的免疫应答。含ITAM的FcγR复合物包括FcγRI、FcγRIIA，并且FcγRIIIA被包括在内，而含ITIM的复合物仅包括FcγRIIB。
例如，嗜中性粒细胞表达FcγRIIA激活受体。Fc通过免疫复合物或特异性抗体交联FcγRIIA群聚起作用，以聚集促进ITAM磷酸化的局部受体相关激酶。ITAM磷酸化作为其他细胞激酶(诸如Syk激酶)的停靠位点。Syk激酶的激活引起充当促炎介质的下游底物(例如，包括PI3K)的激活。
在一些方面，抑制性Fc受体是FcγRIIB，诸如FcγRIIB1或FcγRIIB2。FcγRII是40KDa的完整膜糖蛋白。这种受体在其免疫球蛋白结合链中仅具有两个免疫球蛋白样区域，并且因此对IgG的亲和力比FcγRI低得多。FcγRII主要结合复合IgG，因为其对单体Ig的亲和力较低(106M-1)。这种受体是表达最广泛的FcγR，存在于单核细胞、巨噬细胞、B细胞、NK细胞、嗜中性粒细胞、肥大细胞以及血小板等上。有三种人FcγRII基因(FcγRII-A、FcγRII-B和FcγRII-C)，其都与免疫复合物中的IgG结合。然而，FcγRII-A和FcγRII-B的胞质结构域内的明显差异产生了对受体结合的两种功能不同的反应。基本区别在于，A亚型启动细胞内信号传导，从而引起细胞激活(例如，吞噬作用和呼吸爆发)，而B亚型通过ITAM基序启动抑制信号，例如抑制B细胞激活。当与激活的FcγR结合时，FcγRIIB中的ITIM被磷酸化并吸引肌醇多磷酸5′-磷酸酶(SHIP)的SH2结构域，这导致磷酸肌醇信使(含ITAM的FcγR介导的酪氨酸激酶)被释放。这抑制了进一步B细胞激活所需的细胞内Ca++的流入。
各种Fc受体和其特征总结于表1A中。
在提供的实施方案中，至少一个结合结构域，例如抗体的抗原结合片段(例如，含有可变重链(VH)和可变轻链(VL))与病毒表面蛋白的结合中和了病毒。可以通过多种机制通过本文公开的任何结合剂的结合结构域(例如，抗体的抗原结合片段)中和病毒，每种机制导致病毒感染性的总体降低。在提供的实施方案的方面中，结合剂或颗粒减少或防止病毒附着至宿主细胞。结合于细胞外病毒表面的结合剂可以通过(i)病毒附着蛋白的空间位阻，(ii)病毒衣壳的稳定，或(iii)通过刺激表面暴露的结构蛋白的其他结构变化来防止附着。结合于细胞外病毒表面的结合剂也可通过物理封闭或蛋白质干扰内吞或脱壳所需的相互作用来中和病毒(Rhorer等人,Vaccine,27(7):1101-1110,2009)。所提供的实施方案涉及用于将结合剂或颗粒递送至受试者的方法。结合剂或颗粒可以作为蛋白质或核酸剂递送。在一些实施方案中，向受试者施用结合剂或颗粒蛋白(或多肽)，诸如重组蛋白。在一些实施方案中，向受试者施用编码结合剂或颗粒的核酸。在一特定实施方案中，用于将结合剂或颗粒递送至受试者的剂(例如蛋白质或编码多核苷酸)可以含于可被工程化以含有结合剂或颗粒或其编码核酸的任何媒介物(例如病毒和非病毒载体)中。
在一些实施方案中，根据所提供的实施方案，病毒表面蛋白存在于病毒表面上，以中和或阻断病毒的感染性。在一些实施方案中，病毒包含DNA基因组。在一些实施方案中，病毒包含RNA基因组。在一些实施方案中，病毒基因组是单链核酸种类。在一些实施方案中，病毒基因组是双链核酸种类。在一些实施方案中，病毒是七种巴尔的摩分类法(Baltimoreclassification)中的任一种的成员。由David Balti more开发和提出的巴尔的摩分类法基于病毒的基因组结构和复制策略将病毒分成主要的组。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩I组病毒的复制。在一些方面，I组病毒包含双链DNA基因组，诸如属于疱疹病毒科(Herpesviridae)(例如，单纯疱疹病毒1型)、腺病毒科(Adenoviridae)(例如，人腺病毒)和乳头瘤病毒科(Papovavirida e)的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩II组病毒的复制。在一些方面，II组病毒包含单链DNA基因组，诸如属于细小病毒科(Parvoviridae)的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩III组病毒的复制。在一些方面，III组病毒包含双链RN A基因组，诸如属于呼肠孤病毒科(Reoviridae)和双核糖核酸病毒科(B irnaviridae)的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩IV组病毒的复制。在一些方面，IV组病毒包含正义的单链RNA基因组，诸如属于冠状病毒科(Coronaviridae)、黄病毒科(Flavivirdae)(例如，登革热病毒(Dengue virus)、西尼罗病毒(West Nile virus)和丙型肝炎病毒)、披膜病毒科(Togaviridae)(例如，基孔肯雅病毒(Chikungu nya virus))和小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩V组病毒的复制。在一些方面，V组病毒包含负义的单链RNA基因组，诸如属于正粘病毒科(Orthomy xoviridae)(例如，流感病毒)、副粘病毒科(Paramyxoviridae)、丝状病毒科(Filoviridae)和弹状病毒科(Rhabdoviridae)的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔地摩VI组病毒的复制，诸如逆转录病毒(例如，慢病毒，如HIV-1病毒和HIV-2病毒)。在一些方面，VII组病毒包含需要RNA中间体的双链RNA基因组，诸如副逆转录病毒(例如，乙型肝炎)。在一些实施方案中，病毒属于巴尔的摩IV组。在一些实施方案中，病毒是冠状病毒科的成员。在一些实施方案中，病毒是冠状病毒。
目前没有FDA批准的针对SARS-CoV-1、SARS-CoV-2或MERS的治疗。2021年8月，FDA批准首个针对SARS-CoV-2的疫苗用于12岁以上的人群。虽然目前在美国其他疫苗是在紧急使用授权(EUA)下施用的，但是对于提供预防和治疗冠状病毒感染的方法仍有巨大的未满足需求。目前没有针对SARS CoV-1或MERS的疫苗，也没有针对12岁以下儿童的SARS CoV-2疫苗。
本文还提供了本文提供的多核苷酸和媒介物的方法和用途，诸如在治疗方法中。还提供了多核苷酸、含有媒介物和多核苷酸的组合物以及用于使用和施用颗粒的试剂盒。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用整体并入，其程度如同每篇单独的出版物单独地通过引用并入一样。如果本文阐述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中阐述的定义相反或在其他方面不一致，则本文阐述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文所使用的章节标题仅用于组织目的，而不应被解释为限制所描述的主题。
I.具有降低的炎性活性的结合剂
所提供的结合剂或颗粒含有至少一个结合结构域，例如抗原结合片段，和Fc结构域。所提供的结合剂或颗粒的特征描述于以下小节中。本文还提供了编码任何所提供的结合剂的多核苷酸(核酸分子)。根据所提供的实施方案和方法，可向受试者施用多肽结合剂、颗粒或编码结合剂的多核苷酸以用于治疗或减少受试者的病毒感染。
在一些实施方案中，所提供的结合剂或颗粒包含与IgG1 Fc结构域相比促炎活性降低的Fc结构域。在一些实施方案中，所提供的结合剂或颗粒包含经修饰的Fc结构域，诸如对Fc激活受体的亲和力降低或对抑制性Fc受体的亲和力增加的那些结合剂或颗粒，表现出抗炎或降低的促炎活性。在一些实施方案中，所提供的结合剂或颗粒能够中和病毒。所提供的结合剂或颗粒可以调节免疫细胞活性，诸如细胞增殖、分化、激活或存活中的一种或多种。在一些情况下，所提供的结合剂可另外调节免疫复合物(IC)功能。在一些实施方案中，激活免疫复合物功能被降低、减少或减弱。在一些实施方案中，抑制性免疫复合物功能更强、增加或增强。
人Fc受体包括两个或更多个Ig样结构域，其能够结合IgG Fc结构域的CH区域，包括其中所述Fc结构域存在于IC内。信号转导主要通过细胞内酪氨酸激活基序(ITAM)的特异性磷酸化来传播。激活Fc受体FcγRI、FcγRIIA和FcγRIII以可被src激酶磷酸化的ITAM序列为特征。这种激酶活性导致次级信使的最终下游产生，并且反过来可以改变基因表达。相反，在抑制性Fc受体(诸如FcγRIIB1或FcγRIIB2)的胞内结构域上发现的ITIM序列的磷酸化引起抑制性磷酸酶的激活(Junker等人,Front.Immunol(11):1393,2020)。
所提供的结合剂的功能可以使用多种方法来检测，以评估所提供的结合剂与如上所述的同源结合配偶体结合的能力。例如，可针对FcγRI、FcγRIIA和/或FcγRIII测试包含对Fc激活受体亲和力降低的经修饰的Fc结构域的结合剂。在结合剂包含对Fc抑制性受体的亲和力增加的经修饰的Fc结构域的情况下，可评估本文提供的结合剂与同源结合配偶体FcRIIB(诸如FcγRIIB1或FcγRIIB2)的结合。已知用于评估结合亲和力和/或确定结合分子(例如，结合剂或颗粒)是否特异性结合特定结合配偶体的多种测定。本领域技术人员能够诸如通过使用本领域公知的多种结合测定中的任何一种来确定结合分子(例如，结合配偶体的结合剂或颗粒，例如FcγR家族成员)的结合亲和力。各种结合测定是已知的，包括但不限于例如ELISA KD、KinExA、流式细胞术和/或表面等离子体共振装置，包括本文所述的那些。这些方法包括但不限于涉及或流式细胞术的方法。例如，在一些实施方案中，/>仪器可用于使用表面等离子体共振(SPR)分析来确定两种蛋白质之间的复合物的结合动力学和常数(参见例如，Scatchard等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.51:660,1949；Wilson,Science 295:2103,2002；Wolff等人,Cancer Res.53:2560,1993；和美国专利第5,283,173号、第5,468,614号或等效物)。SPR测量当分子与表面结合或解离时传感器表面处的分子浓度的变化。SPR信号的变化与靠近表面的质量浓度的变化成正比，从而允许测量两个分子之间的结合动力学。当缓冲液通过芯片时，可以通过监测折射率随时间的变化来确定复合物的解离常数。用于测量一种蛋白质与另一种蛋白质的结合的其他合适的测定包括例如免疫测定，诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA)，或通过荧光、UV吸收、圆二色性或核磁共振(NMR)监测蛋白质的光谱或光学特性的变化来确定结合。其他示例性测定包括但不限于蛋白质印迹(Western blot)、ELISA、分析超速离心、光谱学、流式细胞术、测序和用于检测表达的多核苷酸或蛋白质结合的其他方法。
所提供的结合剂或颗粒也可以在多种测定中的任一种中进行评估，以评估免疫细胞活性的调节。一种这样的测定是细胞增殖测定。在存在或不存在测试化合物(例如，结合剂)的情况下培养细胞，并且通过例如测量滴定的胸苷的掺入或通过基于3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-2,5-二苯基四唑鎓溴化物(MTT)的代谢分解的比色测定来检测细胞增殖(Mosman,J.Immunol.Meth.65:55-63,1983)。替代测定形式使用进一步工程化的细胞来表达报道基因。报道基因与对受体连接途径有反应的启动子元件相连，并且测定检测报道基因的转录的激活。本领域已知许多易于在细胞提取物中测定的报道基因，例如大肠杆菌lacZ、氯霉素乙酰转移酶(CAT)和血清反应元件(SRE)(参见例如，Shaw等人,Cell 56:563-72,1989)。示例性的报道基因是荧光素酶基因(de Wet等人,Mol.Cell.Biol.7:725,1987)。使用本领域已知的方法通过发光检测荧光素酶基因的表达(例如，Baumgartner等人,J.Biol.Chem.269:29094-101,1994；Schenborn和Goiffin,Promega Notes 41:11,1993)。荧光素酶活性测定试剂盒可从例如Promega Corp.,Madison,Wis购得。
所提供的结合剂或颗粒可以通过抑制可溶性刺激剂对细胞的刺激的能力来表征，例如Gross等人在国际公开第WO 2000/40716号中所描述的B淋巴细胞。简而言之，诸如使用CD19磁珠分离从外周血单核细胞中分离人B细胞(例如，Miltenyi Biotec Auburn,CA)。纯化的B细胞可以在刺激条件下孵育，并且进一步在存在滴定浓度的结合剂的情况下孵育。B细胞可以用增殖染料标记或可以用1μCi 3H-胸苷标记以测量增殖。B细胞的数量可以随时间确定。使用特异性可溶性刺激剂用其他免疫细胞类型进行类似的测定，并且在本领域中是已知的也可以制备在转录因子的可操作控制下表达报道基因的报道细胞系，诸如B细胞中的NF-κB、NFAT-1和AP-1。这些细胞与可溶性刺激性配体的孵育通过这些构建体中的报道基因进行信号传导。可以评估所提供的结合剂调节这种信号传导的效果。某些免疫细胞也可以基于分泌组图谱进行激活评估。例如，可以通过离心、柱亲和色谱、蛋白质印迹等来测量激活的B细胞产生抗体的能力。
还可以通过细胞因子产生来评估免疫细胞激活。FcγR家族受体存在于许多免疫细胞类型中，每种人受体的示例性细胞分布示于表1A中。通过任何激活Fc受体FcγRI、FcγRIIA和/或FcγRIII启动信号传导引起促炎信号的产生，包括细胞因子分泌。Fc结构域与激活Fc受体例如在树突状细胞(DCs)上的相互作用引起IL-1β、IL-6、IL-23和TNFα的显著增加。相反，抑制性Fc受体FcRIIB(诸如FcγRIIB1或FcγRIIB2)的接合引起促炎性细胞因子(诸如上所述的那些)的产生减少，以及抗炎细胞因子(诸如IL-10)的产生和分泌增加。本领域已知许多定量细胞因子的方法，例如通过细胞培养上清液的特异性ELISA。
所提供的结合剂或颗粒也可以通过调节免疫细胞(例如抗原呈递细胞(APC)，诸如巨噬细胞和DC)的抗原摄取和呈递的能力来表征。APC表面上的激活Fc受体的接合引起ITAM依赖性网格蛋白介导的用于蛋白水解加工和最终在细胞表面的呈递的结合靶(例如，任何所提供的结合剂、免疫复合物)的内化。也已经表明，包含对激活受体具有亲和力的Fc结构域的IC优先穿梭远离再循环的内体，有利于溶酶体并最终装载到MHC II分子中(Regnault等人,J Exp Med(189)371-380,1999)。抗原一旦呈递在细胞表面，就能够被T细胞识别，从而使免疫应答永久化。相反，Fc抑制性受体的接合不刺激网格蛋白包被的小窝形成，因为抑制性受体的胞内结构域缺乏必需的ITAM残基。
在下文的小节中，描述了所提供的结合剂的示例性结构域和序列。
A.结合结构域
在一些实施方案中，至少一个结合结构域来自特异性结合病毒表面蛋白的抗体或抗体的抗原结合片段。在一些实施方案中，至少一个结合结构域包含特异性结合病毒表面蛋白的抗体的抗原结合片段。病毒表面蛋白可以是暴露在病毒表面的蛋白。在一些实施方案中，根据所提供的实施方案，病毒表面蛋白存在于病毒表面，并且是中和或阻断病毒的感染性的靶标。在特定实施方案中，至少一个结合结构域表现出针对病毒的中和活性，所述病毒在其表面上暴露了病毒表面蛋白。
在一些实施方案中，病毒表面蛋白暴露于病毒表面，所述病毒是七种巴尔的摩分类中的任一种的成员。在一些实施方案中，病毒包含DNA基因组。在一些实施方案中，病毒包含RNA基因组。在一些实施方案中，病毒基因组是单链核酸种类。在一些实施方案中，病毒基因组是双链核酸种类。在一些实施方案中，病毒是七种巴尔的摩分类法中的任一种的成员。由David Baltimore开发和提出的巴尔的摩分类法基于病毒的基因组结构和复制策略将病毒分成主要的组。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩I组病毒的复制。在一些方面，I组病毒包含双链DNA基因组，诸如属于疱疹病毒科(例如，单纯疱疹病毒1型)、腺病毒科(例如，人腺病毒)和乳头瘤病毒科的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩II组病毒的复制。在一些方面，II组病毒包含单链DNA基因组，诸如属于细小病毒科的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩III组病毒的复制。在一些方面，III组病毒包含双链RNA基因组，诸如属于呼肠孤病毒科和双核糖核酸病毒科的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩IV组病毒的复制。在一些方面，IV组病毒包含正义的单链RNA基因组，诸如属于冠状病毒科、黄病毒科(例如，登革热病毒、西尼罗病毒和丙型肝炎病毒)、披膜病毒科(例如，基孔肯雅病毒)和小核糖核酸病毒科的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔的摩V组病毒的复制。在一些方面，V组病毒包含负义的单链RNA基因组，诸如属于正粘病毒科(例如，流感病毒)、副粘病毒科、丝状病毒科和弹状病毒科的病毒。在一些实施方案中，结合剂或颗粒抑制巴尔地摩VI组病毒的复制，诸如逆转录病毒(例如，慢病毒，如HIV-1病毒和HIV-2病毒)。在一些方面，VII组病毒包含需要RNA中间体的双链RNA基因组，诸如副逆转录病毒(例如，乙型肝炎)。在一些实施方案中，病毒属于巴尔的摩IV组。在一些实施方案中，病毒是冠状病毒科的成员。在一些实施方案中，病毒是冠状病毒。
在一些方面，暴露在病毒表面的病毒表面蛋白可以是包含受体结合结构域(RBD)的任何蛋白，所述受体结合结构域介导与可被病毒感染的靶宿主细胞上的同源受体的结合。在一些实施方案中，任何病毒生命周期的第一步是与靶宿主细胞接触和附着，这可由结构蛋白或病毒膜蛋白通过表面暴露受体结合结构域(RBD)介导。靶向RBD或破坏其功能的抗体或其他结合结构域属于被称为中和的抗体的类别，因为其的结合封闭了病毒-宿主受体相互作用并因此“中和”了进入宿主细胞的能力。在一些方面，病毒表面蛋白是病毒膜融合蛋白。在一些方面，病毒表面蛋白是结构蛋白，诸如衣壳蛋白。
在一些方面，RBD位于表面暴露的病毒膜融合糖蛋白中。基于结构，病毒融合糖蛋白被表征为三种类别，因为大多数包膜病毒利用相同的膜融合途径。I类病毒膜融合蛋白远离膜突出，并且以主要结构包含α螺旋卷曲螺旋为特征。在一些方面，I类蛋白包括流感病毒血凝素(HA)和副粘病毒的融合(F)蛋白。病毒体表面的天然I类蛋白是融合前和融合后的三聚体，每个单体在融合前都需要蛋白水解加工。所得C末端片段锚定在病毒膜上，而融合肽位于或靠近N末端。直到最近，II类病毒膜融合蛋白仅限于黄病毒的E蛋白和甲病毒的E1，但现在包括来自布尼亚病毒科(Bunyaviridae)和披膜病毒科的蛋白。这些II类蛋白不表现为刺突，相反其的取向主要平行于膜。三个球状结构域中的每一个的主要二级结构主要是B折叠片，在两个单体中的每一个的界面处，融合环在结构域II的内部。如同I类蛋白，II类病毒膜融合蛋白需要蛋白水解切割才能融合。III类病毒膜融合蛋白包含α螺旋和β折叠片，并且共享I类和II类的特征。这个类别的实例包括VSV(VSV-G)的三聚体融合糖蛋白G和HSV-1和爱泼斯坦-巴尔病毒(Epstein-Barr Virus)的B蛋白以及杆状病毒gp64融合剂，然而融合前和融合后的晶体结构仅对VSV-G是已知的(Verdaguer等人,IUCrJ(1)6:492-504,2014)。
在一些方面，RBD位于表面暴露的病毒刺突蛋白或S蛋白内。在一些方面，结合结构域特异性结合SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。
SARS-CoV刺突(S)蛋白由两个亚基组成；S1亚基含有与宿主细胞受体血管紧张素转换酶2接合的受体结合结构域，并且S2亚基介导病毒与宿主细胞膜之间的融合。在SARS-CoV感染期间，S蛋白在诱导中和抗体和T细胞反应以及保护性免疫中起关键作用。天然S蛋白是I类病毒融合糖蛋白，其在功能性同源三聚体中在细胞的表面上表达。预测的S蛋白由位于N末端的信号肽(氨基酸1-12)、胞外结构域(氨基酸13-1,195)、跨膜结构域(氨基酸1,196-1,215)和胞内结构域(氨基酸1,216-1,255)组成。
位于S1亚基中且跨越氨基酸318-510的片段被认为是与血管紧张素转换酶2(ACE-2)受体相互作用所需的最小受体结合结构域(RBD)。在RBD与ACE-2受体的相互作用期间，RBD为受体肽酶的N末端提供了凹面，氨基酸445-460锚定了RBD核心的整个受体结合环(Du等人,Nat Rev Microbiol.7(3):226-236,2009)。
使用关于RBD和灭活的SARS-CoV的信息以及对来自康复患者的恢复期血清的研究，已经产生了许多对SARS CoV-2S蛋白具有特异性的抗体以及它们的结合结构域。在一些方面，观察到这些S特异性抗体阻断S蛋白与ACE2受体的相互作用，从而中和人的感染。所选择的示例性SARS CoV-2抗体示于表1B中。在一些实施方案中，结合结构域包含表1B中所示的抗体的可变重链(VH)和可变轻链(VL)。在一些实施方案中，与1B表中描述的抗体相比，结合剂被修饰，使得结合剂是含有本文所述的Fc结构域的抗体。在一些实施方案中，Fc结构域表现出与IgG1 Fc结构域相比降低的促炎活性。在一些实施方案中，与野生型Fc结构域(诸如野生型IgG1 Fc结构域)相比，Fc结构域(诸如经修饰的Fc结构域)与至少一种Fc激活受体家族成员的结合降低。在一些实施方案中，这种经修饰的抗体表现出中和病毒的活性，并且表现出与Fc激活受体的结合减少。在一些实施方案中，与野生型Fc结构域相比，Fc结构域(诸如经修饰的Fc结构域)表现出与Fc抑制性受体的结合增加。在一些实施方案中，这种经修饰的抗体表现出中和病毒的活性，并且表现出与Fc抑制性受体的结合增加。
在一些实施方案中，结合结构域是VHH抗体或纳米抗体，其结合病毒蛋白，例如SARS-CoV2 S蛋白。在一些方面，结合结构域是仅结合病毒蛋白(例如SARS-CoV2 S蛋白)的重链的抗原结合片段。在一些实施方案中，结合结构域是人源化美洲驼VHH，其结合病毒蛋白，例如SARS-COV2刺突蛋白(参见例如，Dong等人,Emerg Microbes Infect.9(1):1034-1036,2020)。所选择的示例性SARS CoV-2VHH抗体也示于表1B中。在一些实施方案中，结合剂含有VHH的结合结构域，并且还含有本文所述的Fc结构域。在一些实施方案中，Fc结构域表现出与IgG1 Fc结构域相比降低的促炎活性。在一些实施方案中，与野生型Fc结构域(诸如野生型IgG1 Fc结构域)相比，Fc结构域(诸如经修饰的Fc结构域)与至少一种Fc激活受体家族成员的结合降低。在一些实施方案中，这种结合剂表现出中和病毒的活性，并且表现出与Fc激活受体的结合减少。在一些实施方案中，与野生型Fc结构域相比，Fc结构域(诸如经修饰的Fc结构域)表现出与Fc抑制性受体的结合增加。在一些实施方案中，这种结合剂表现出中和病毒的活性，并且表现出与Fc抑制性受体的结合增加。
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在一些实施方案中，根据所提供的实施方案的结合结构域是特异性结合病毒表面蛋白的抗体的抗原结合结构域，诸如所述的任一种。术语“抗原结合结构域”指抗体的部分，其包含特异性结合并互补于部分或全部抗原的区域。抗原结合结构域可由例如一个或多个抗体可变结构域(也称为抗体可变区)提供。特别地，抗原结合结构域包含抗体轻链可变区(VL)和抗体重链可变区(VH)。通常是抗原结合结构域。
在一些实施方案中，结合结构域是特异性结合SARS CoV-2的抗体的抗原结合结构域。在一些实施方案中，结合结构域是抗体的抗原结合结构域，其特异性结合SARS CoV-2的变体，诸如感兴趣的变体(VoI)、关注的变体(VoC)和/或有严重后果的变体(VoHC)。在一些实施方案中，SARS CoV-2变体选自包括以下的组：α(即B.1.1.7)、β(即B.1.351、B.1.351.2、B.1.351.3)、δ(即B.1.617.2、AY.1、AY.2、AY.3)和γ(即P.1、P.1.1、P.1.2)。
在一些实施方案中，结合结构域是选自以下的抗体的抗原结合结构域：STI-1499、STI-4398、REGN10933、REGN10987、REGN-CO V2,JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、TB201-1、TB202-3、TB202-63、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22D9、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2。在一些实施方案中，结合结构域含有选自以下的抗体的重链和轻链互补决定区(CDR)：ST I-1499、STI-4398、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2,JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、TB201-1、TB202-3、TB202-63、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22D9、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2。在一些实施方案中，结合结构域含有选自以下的抗体的可变重(VH)和可变轻(VL)区：STI-1499、STI-4398、STI-2020、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2、JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、TB201-1、TB202-3、TB202-63、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22D9、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2。在一些实施方案中，结合结构域是选自以下的抗体的抗原结合片段：STI-1499、STI-4398、STI-2020、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2、JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、TB201-1、TB202-3、TB 202-63、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SC TA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22D9、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2，其中抗原结合片段结合SARS CoV2。
术语“抗体”在本文中以最广泛的意义使用，并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和功能性(抗原结合)抗体片段，包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab’)2片段、Fab’片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、能够特异性结合抗原的重链可变(VH)区、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))和单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv、纳米抗体)片段。术语包括遗传工程化和/或其他修饰形式的免疫球蛋白，诸如胞内抗体、肽抗体、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异源缀合抗体、多特异性(例如双特异性或三特异性)抗体、双抗体、三抗体和四抗体、串联双scFv、串联三scFv。除非另有说明，术语“抗体”应理解为包括其功能性抗体片段，在本文中也称为“抗原结合片段”术语还包括完整或全长抗体，包括任何类别或亚类的抗体，包括IgG及其亚类IgM、IgE、IgA和IgD。
术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义，在本领域中已知是指抗体可变区内的非连续氨基酸序列，其赋予抗原特异性和/或结合亲和力。一般来说，每个重链可变区中存在三个CDR(CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)，并且每个轻链可变区中存在三个CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3)。“框架区”和“FR”是本领域已知的，指重链和轻链可变区的非CDR部分。一般来说，每个全长重链可变区中存在四个FR(FR-H1、FR-H2、FR-H3和FR-H4)，并且每个全长轻链可变区中存在四个FR(FR-L1、FR-L2、FR-L3和FR-L4)。
给定CDR或FR的精确氨基酸序列边界可以使用许多熟知方案中的任一种来容易地确定，包括Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(“Kabat”编号方案)；Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948(“Chothia”编号方案)；MacCallum等人,J.Mol.Biol.262:732-745(1996),“Antibody-antigen interactions:Contactanalysis and binding site topography,”J.Mol.Biol.262,732-745.”(“Contact”编号方案)；Lefranc MP等人,“IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cellreceptor variabledomains and Ig superfamily V-like domains,”Dev Comp Immunol,2003年1月；27(1):55-77(“IMGT”编号方案)；Honegger A和Plückthun A,“Yet anothernumbering scheme for immunoglobulin variabledomains:an automatic modeling andanalysis tool,”J Mol Biol,2001年6月8日；309(3):657-70,(“Aho”编号方案e)；和Martin等人,“Modeling antibody hypervariable loops:a combined algorithm,”PNAS,1989,86(23):9268-9272,(“AbM”编号方案)描述的那些。
给定CDR或FR的边界可以取决于用于鉴定的方案而变化。例如，Kabat方案是基于结构比对，而Chothia方案是基于结构信息。Kabat和Chothia方案两者的编号是基于最常见的抗体区序列长度，其中插入通过插入字母表示，例如“30a”，并且缺失出现在一些抗体中。这两种方案将某些插入和缺失(“插入缺失(indel)”)置于不同的位置，导致不同的编号。Contact方案是基于复杂晶体结构的分析，并且在许多方面类似于Chothia编号方案。AbM方案是基于由Oxford Molecular的AbM抗体建模软件使用的介于Kabat和Chothia定义之间的折衷。
下文表2列出了分别由Kabat、Chothia、AbM和Contact方案鉴定的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3的示例性位置边界。对于CDR-H1，使用Kabat和Chothia编号方案列出残基编号。FR位于CDR之间，例如，FR-L1位于CDR-L1之前，FR-L2位于CDR-L1与CDR-L2之间，FR-L3位于CDR-L2与CDR-L3之间，等等。注意，因为所示的Kabat编号方案在H35A和H35B处放置插入，当使用所示的Kabat编号惯例编号时，Chothia CDR-H1环的末端在H32与H34之间变化，这取决于环的长度。
表2.根据各种编号方案的CDR边界。
1-Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD
2-Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948
因此，除非另有说明，否则给定抗体或其区域(诸如其可变区)的“CDR”或“互补决定区”或单个特定的CDR(例如，CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)应理解为包括由任何上述方案或其他已知方案定义的(或特定的)互补决定区。例如，当陈述特定CDR(例如，CDR-H3)含有给定VH或VL区氨基酸序列中的相应CDR的氨基酸序列时，应理解这种CDR在可变区内具有相应CDR的序列(例如，CDR-H3)，如由任何前述方案所定义，诸如由Kabat、Chothia、AbM或Contact方法或其他已知方案定义的CDR。在一些实施方案中，CDR由Kabat编号定义。
术语“可变区”或“可变结构域”是指参与抗体与抗原结合的抗体重链或轻链的结构域。天然抗体的重链和轻链可变区(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，其中每个结构域包含四个保守框架区(FR)和三个CDR。(参见例如，Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007)。单个VH或VL结构域足以赋予抗原结合特异性。
在所提供的结合结构域中，存在作为抗体片段的抗原结合结构域。“抗体片段”或“抗原结合片段”是指完整抗体以外的分子，其包含结合完整抗体所结合的抗原的完整抗体的一部分。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；重链可变(VH)区、单链抗体分子(诸如scFv)和仅包含VH区的单结构域抗体；和由抗体片段形成的多特异性抗体。在一些实施方案中，抗体是或包含抗体片段，所述抗体片段包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)区域。在特定实施方案中，抗体是包含重链可变区(VH)和/或轻链可变区(VL)的单链抗体片段。例如，单链可变片段(scFv)含有重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，通常通过肽接头接合。
单结构域抗体(sdAb)是包含抗体的全部或部分重链可变区或全部或部分轻链可变区的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。在某些实施方案中，单结构域抗体是骆驼抗体，例如骆驼、美洲驼或羊驼抗体。在某些实施方案中，单结构域抗体是人源化骆驼抗体，例如人源化骆驼、人源化美洲驼或人源化羊驼抗体。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及重组宿主细胞的产生。在一些实施方案中，抗体是重组产生的片段。这种片段可以包括非天然存在的排列，诸如具有两个或更多个由合成接头(例如，肽接头)接合的抗体区域或链的排列，和/或不能通过天然存在的完整抗体的酶消化产生的排列。在一些方面，抗体片段是scFv。
在所提供的抗体中存在单克隆抗体，包括单克隆抗体片段。如本文所用，术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群体中获得的抗体，即包含所述群体的单个抗体是相同的，除了含有天然存在的突变或在单克隆抗体制剂生产期间产生的可能变体，这种变体通常以少量存在。与通常包括针对不同表位的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂的每种单克隆抗体针对抗原上的单个表位。所述术语不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。单克隆抗体可以通过多种技术制备，包括但不限于从杂交瘤产生、重组DNA方法、噬菌体展示和其他抗体展示方法。
在特定实施方案中，结合结构域是抗体的抗原结合片段，其含有抗体的可变重链(VH)和可变轻链(VL)。在一些实施方案中，结合剂是双链分子，其中VH链和VL链通过二硫键连接。在一些实施方案中，结合剂是单链分子，其中VH链和VL链通过接头(诸如肽接头)连接。在一些实施方案中，结合结构域是抗体的Fab片段。在一些方面，Fab由抗体的重链和轻链中的每一个的一个恒定结构域和一个可变结构域构成。在一些实施方案中，抗原结合片段选自Fab片段、F(ab’)2片段、Fab’片段、Fv片段或scFv。F(ab′)2片段抗体缺少完整IgG抗体的大部分Fc区，而留下了传统Fab片段中不存在的一小部分铰链区。F(ab’)2片段具有两个通过二硫键连接在一起的抗原结合F(ab)部分，其中分子量为约110kDa。单链可变片段(scFv)是重组分子，其中编码抗原结合结构域的轻链和重链免疫球蛋白的可变区被工程化为单一多肽。在一些方面，VH和VL序列通过柔性接头序列接合。
在一些实施方案中，结合结构域是单结构域抗体，诸如VHH抗体，包括源自骆驼或美洲驼的那些抗体。
在一些方面，结合结构域是抗体模拟物，诸如选自经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、adnectins或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
B.Fc结构域
本文提供的结合剂包括至少一个与Fc结构域接合(例如，直接连接或通过接头间接连接)的结合结构域。在一些实施方案中，Fc被修饰。在提供的实施方案中，与野生型IgG1Fc相比，结合剂的Fc结构域不表现促炎活性或表现降低的促炎活性。
免疫球蛋白分子(也称为Fc多肽)的Fc(片段可结晶)区或结构域很大程度上对应于免疫球蛋白重链的恒定区，并且负责各种功能，包括抗体的效应子功能。Fc结构域含有免疫球蛋白分子的部分或全部铰链结构域加上CH2和CH3结构域。Fc结构域可以形成由一个或多个二硫键接合的多肽链的多聚体。在一些实施方案中，结合剂是含有轻链和重链的双链抗原结合片段，例如是Fab，并且Fc结构域与结合结构域的重链接合，从而形成含有两条重链和两条轻链的分子。在一些实施方案中，结合剂是含有轻链和重链的单链抗原结合片段，例如是scFv，并且Fc结构域与单链抗原结合片段的N末端或C末端接合，从而形成含有两个单链抗原结合片段的二聚体分子。
在一些实施方案中，所提供的结合剂的Fc结构域不是野生型IgG1 Fc。在一些实施方案中，所提供的结合剂的Fc结构域不是包含SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的Fc结构域。
在一些实施方案中，结合剂含有Fc结构域，与野生型IgG1 Fc相比，诸如与SEQ IDNO:1中所示的Fc结构域相比，所述Fc结构域表现出与Fc激活受体的结合减少。在一些实施方案中，所提供的结合剂的Fc结构域是IgG2 Fc结构域(例如，SEQ ID NO:2中所示)。在一些实施方案中，所提供的结合剂的Fc结构域是IgG4 Fc结构域(例如，SEQ ID NO:3中所示)。在一些实施方案中，结合剂含有Fc，例如与野生型Fc结构域相比，诸如与IgG1、IgG2或IgG4 Fc结构域相比，含有一个或多个氨基酸取代的经修饰的Fc结构域，其中经修饰的Fc结构域与野生型Fc相比表现出与激活Fc受体的结合减少。在一些实施方案中，结合剂包含Fc，例如相对于野生型Fc结构域，对Fc激活受体具有降低的结合亲和力的经修饰的Fc结构域。在一些实施方案中，相对于野生型IgG1 Fc，结合剂的Fc(例如，经修饰的Fc)对Fc激活受体具有降低的结合亲和力。在一些实施方案中，降低的结合亲和力是针对Fcγ受体I(FcγRI)、Fcγ受体IIA(FcγRIIA)和/或Fcγ受体III(FcγRIII)Fc结构域。在一些实施方案中，相对于野生型Fc结构域对照，诸如野生型IgG1 Fc，结合亲和力的降低减少至少约5％，诸如至少约10％、15％、20％、25％、35％或50％。在一些实施方案中，相对于野生型Fc结构域，诸如野生型IgG1，结合亲和力的降低超过1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍或50倍。
在一些实施方案中，结合剂含有Fc，例如与野生型Fc相比，表现出与Fc抑制性受体的结合增加的经修饰的Fc。在一些实施方案中，结合剂含有Fc，诸如与野生型Fc结构域相比，诸如与IgG1、IgG2或IgG4 Fc结构域相比，含有一个或多个氨基酸取代的经修饰的Fc结构域，其中经修饰的Fc结构域与野生型Fc相比表现出与抑制性Fc受体的结合增加。在一些实施方案中，野生型Fc结构域是野生型IgG1 Fc。在一些实施方案中，相对于野生型Fc结构域，包含Fc(例如，经修饰的Fc结构域)的结合剂对Fc抑制性受体具有增加的结合亲和力。在一些实施方案中，相对于野生型Fc结构域，Fc(例如，经修饰的Fc结构域)对FcγRIIB(例如，FcγRIIB1或FcγRIIB2)具有增加的结合亲和力。在一些实施方案中，包含对Fc抑制性受体具有增加或更大结合亲和力的Fc(例如，经修饰的Fc结构域)的结合剂相对于野生型Fc结构域对照将具有至少约5％的结合亲和力增加，诸如至少约10％、15％、20％、25％、35％或50％。在一些实施方案中，相对于野生型Fc结构域，结合亲和力的增加超过1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍或50倍。
在一些实施方案中，野生型Fc结构域是人Fc。在一些实施方案中，野生型Fc结构域是哺乳动物或人IgG1、IgG2或IgG4 Fc区。
在一些实施方案中，野生型Fc结构域源自IgG1，诸如人IgG1。在一些实施方案中，野生型Fc结构域是SEQ ID NO:1中所示的IgG1Fc。在一些实施方案中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:1表现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，野生型Fc结构域源自IgG2，诸如人IgG2。在一些实施方案中，野生型Fc结构域是SEQ ID NO:2中所示的IgG2Fc t。在一些实施方案中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:2表现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，野生型Fc结构域源自IgG4，诸如人IgG4。在一些实施方案中，野生型Fc结构域是SEQ ID NO:3中所示的IgG4Fc t。在一些实施方案中，野生型Fc结构域包含SEQ ID NO:3中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:3表现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多序列同一性的氨基酸序列。
在任何提供的实施方案中的一些中，Fc(例如，经修饰的Fc序列)具有野生型Fc序列的序列，诸如上文所述的任何序列(例如，野生型IgG1、IgG2或IgG4的Fc区)，但另外含有一个或多个氨基酸取代。减少与激活FcR的结合或增加与抑制性Fc受体的结合的任何氨基酸取代都是预期的。对Fc区中的氨基酸取代的提及是通过EU编号系统，除非参照特定的SEQID NO描述。EU编号是已知的，并且是根据最近更新的IMGT科学图表(theinternational ImMuno GeneTics information/>www.imgt.org/IMGTScientificChart/N umbering/Hu_IGHGnber.html(创建：2001年5月17日，最后更新：2013年1月10日))和在Kabat,E.A.等人Sequences of Proteins of I mmunologicalinterest第5版USDepartment of Health and Human Services,NIH出版物第91-3242号(1991)中报道的EU索引。
在一些实施方案中，Fc(例如，经修饰的Fc结构域)具有多达1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个氨基酸取代。在一些实施方案中，含有一个或多个氨基酸取代的Fc(例如，经修饰的Fc)与野生型Fc结构域，诸如与SEQ ID NO:1、2或3的氨基酸序列具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，含有一个或多个氨基酸取代的Fc(例如，经修饰的Fc结构域)与SEQ ID NO:1的氨基酸序列具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，含有一个或多个氨基酸取代的Fc(例如，经修饰的Fc)与SEQ ID NO:2的氨基酸序列具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，含有一个或多个氨基酸取代的Fc(例如，经修饰的Fc结构域)与SEQ ID NO:3的氨基酸序列具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。
在一些实施方案中，包含Fc(例如，经修饰的Fc结构域)的结合剂对FcγR家族成员中的一个或任一个具有不同于野生型Fc序列的结合亲和力，如通过例如固相ELISA免疫测定、流式细胞术或Biacore测定所确定。
Fc结构域中的示例性修饰(诸如氨基酸取代)描述于以下小节中。
1.对激活Fc结构域的修饰
在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个修饰，诸如一个或多个氨基酸取代，以改变其一个或多个正常功能。一般来说，除了抗原结合能力(这是免疫球蛋白的主要功能)之外，Fc区还通过Fc与激活Fc受体的结合负责效应子功能，诸如Fc依赖性细胞因子释放和抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。例如，通过FcγR进行的信号传导激活免疫细胞分泌各种促炎性细胞因子，诸如IFN-γ、单核细胞趋化蛋白-1、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)、GM-CSF或IL-8。此外，Fc区中存在的FcRn序列通过与体内FcRn受体缀合而增加体内半衰期来发挥调节血清中的IgG水平的作用。在一些实施方案中，这些功能可以在Fc中减少或改变，以便与所提供的结合剂一起使用。
在一些实施方案中，可以将一个或多个氨基酸取代引入Fc区中，从而产生经修饰的Fc结构域。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域具有降低的效应子功能。存在可改变效应子功能的许多Fc序列改变或突变的实例。例如，WO 00/42072、WO2006019447、WO2012125850、WO2015/107026、US2016/0017041和Shields等人J Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)描述了与FcR结合增强或减弱的示例性Fc变体。这些出版物的内容特别通过引用并入本文。
在一些实施方案中，所提供的结合剂包含表现出减少的效应子功能的Fc区，这使其成为某些效应子功能(诸如ADCC或Fc依赖性细胞因子释放)不必要或有害的应用的理想候选物。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定来证实ADCC活性或Fc依赖性细胞因子释放的减少/耗尽。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定，以确保结合剂缺乏FcγR结合，但保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞(NK细胞)仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页的表2总结了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例描述于美国专利第5,500,362号(参见例如，Hellstrom,I.等人Proc.Nat'l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等人,Proc.Nat'l Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利第5,821,337号(参见Bruggemann,M.等人,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。可替代地，可以采用非放射性测定方法(参见例如，用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.Mountain View,Calif；和CytoTox 96TM非放射性细胞毒性测定(Promega,Madison,Wis.)。对于此类测定有用的效应细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。可替代地或另外，可以在体内，例如在动物模型中评估感兴趣分子的ADCC活性，诸如Clynes等人Proc.Nat'l Acad.Sci.USA95:652-656(1998)中所公开。FcRn结合和体内清除/半衰期测定也可以使用本领域已知的方法进行(参见例如，Petkova,S.B.等人,Int'l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应子功能的结合剂包括通过EU编号具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一个或多个取代的那些结合剂(美国专利第6,737,056号)。这种Fc突变体包括通过EU编号在第265、269、270、297和327位的氨基酸的两个或更多个处具有取代的Fc突变体，包括残基265和297被取代为丙氨酸的所谓“DANA”Fc突变体(美国专利第7,332,581号)。
在一些方面，野生型Fc被一个或多个氨基酸取代修饰，以降低效应子活性或使Fc对Fc效应子功能呈惰性。示例性的无效应子或惰性突变包括本文所述的那些。在一些实施方案中，结合剂的Fc区具有这样的Fc区，其中与天然Fc区相比，第233、234、235、236、237、238、239、265、268、270、288、297、298、309、318、328、330、325、328、329、330和331位(由EU编号指示)处的氨基酸中的任一个或多个被不同的氨基酸取代。
Fc区的这种改变不限于上述改变，并且包括例如Current Opini on inBiotechnology(2009)20(6),685-691中所述的改变，诸如去糖基化链(N297A和N297Q)、IgG1-N297G、IgG1-L234A/L235A、Ig G1-L234A/L235E/G237A、IgG1-A325A/A330S/P331S、IgG1-C226S/C229S、IgG1-C226S/C229S/E233P/L234V/L235A、IgG1-E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、IgG1-L234F/L235E/P331S、IgG1-S267E/L328F、IgG2-V234A/G237A、IgG2-H268Q/V309L/A330S/A331S、Ig G4-L235A/G237A/E318A和IgG4-L236E；WO 2008/092117中所述的改变，诸如G236R/L328R、L235G/G236R、N325A/L328R和N325L L328R；第233、234、235和237位(由EU编号指示)处的氨基酸插入；和WO 2000/042072中所述的位点处的改变。描述了与FcR结合增强或减弱的某些Fc变体。(参见例如，美国专利第6,737,056号；WO 2004/056312、WO2006019447和Shields等人,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
具有增加的半衰期和改善的与新生Fc受体(FcRn)结合的抗体是本领域已知的。FcRn描述于US2005/0014934A1(Hinton等人)或WO2015107026中。这些抗体包含其中具有一个或多个取代的Fc区，所述取代改善了Fc区与FcRn的结合。这种Fc变体包括通过EU编号在Fc区残基中的一个或多个处具有取代的那些：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如，Fc区残基434的取代(美国专利第7,371,826号)。
在一些实施方案中，Fc是含有Ser228Pro突变的IgG4，所述突变已显示降低对FcγR1亲和力的亲和力(参见例如，Saunders等人,Front Immunol.(10)；1296,2019)。在一些实施方案中，Fc是含有Leu235Glu突变的IgG4。在一些实施方案中，Fc是含有Ser228Pro突变和Leu235Glu突变(Ser288Pro/Leu235Glu)的IgG4。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser228Pro取代、基于EU编号的Phe234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代(Ser228Pro/Phe234Ala/Leu235Ala)。
在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含经修饰的IgG1结构域，其包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Glu233Pro、Leu234Ala、Leu234Glu、Leu235Ala、Leu235Phe、Gly236Arg、Gly237Ala、Pro238Ser、Asp265Ala、His268Ala、His268Gln、Ser288Pro、Asn297Ala、Asn297Gly、Asn297Gln、Val309Leu、Gly318Ala、Leu328Arg、Pro329Gly、Ala330Ser和Pro331Ser，或者前述任一者的组合。
在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代(Leu234A/Leu235A)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代和基于EU编号的Pro329Gly取代(Leu234Ala/Leu235Ala/Pro329Gly)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro331Ser取代、基于EU编号的Leu234Glu取代和基于EU编号的Leu235Phe取代(Pro331Ser/Leu234Glu/Leu235Phe)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asp265Ala取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Ala取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly318Ala取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Pro取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly236Arg取代、基于EU编号的Leu328Arg取代和基于EU编号的Pro329Gly取代(Gly236Arg/Leu328Arg/Pro329Gly)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代、基于EU编号的Gly237Ala取代、基于EU编号的Pro238Ser取代、基于EU编号的His268Ala取代、基于EU编号的Ala330Ser取代和基于EU编号的Pro331Ser取代(Leu234Ala/Leu235Ala/Gly237Ala/Pro238Ser/His268Ala/Ala330Ser/Pro331Ser)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asn297Ala取代、基于EU编号的Asn297Gly取代或基于EU编号的Asn297Gln取代。
2.对抑制Fc结构域的修饰
在一些实施方案中，Fc区含有一个或多个修饰，诸如一个或多个氨基酸取代，以改变其一个或多个正常功能。在一些方面，除了抗原结合能力(如上文章节1.B.1节所述，这是免疫球蛋白的主要功能)之外，Fc区还通过Fc与激活Fc受体的结合负责效应子功能，诸如Fc依赖性细胞因子释放和抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。可替代地，Fc区也可通过抑制性Fc受体(诸如抑制性Fc受体(FcγRIIB))的接合参与效应子功能。
在一些实施方案中，提供了包含变体Fc区的结合剂，所述变体Fc区包含一个或多个氨基酸取代，其改善了与抑制性Fc受体(FcγRIIB)的结合。
在一些方面，野生型Fc被一个或多个氨基酸取代修饰，以增加对Fc抑制性受体的亲和力并减少促炎信号传导。
在一些方面，野生型Fc被一个或多个氨基酸取代修饰，以增加对Fc抑制性受体的亲和力和/或显示增加的聚糖唾液酸化。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含经修饰的IgG1结构域，其包含氨基酸取代Phe241Ala。在一些方面，包含氨基酸取代Phe241Ala的经修饰的IgG1结构域增加了聚糖唾液酸化，使得观察到Fc CH2结构域的构象柔性增加。在一些方面，氨基酸取代Phe241Ala增加了对Fc抑制性受体的亲和力和/或刺激抑制性Fc受体的表达(Ahmed等人,Jr Mol Biol(426)18:3166-3179,2014)。在一些方面，氨基酸取代Phe241Ala增加了对Fc抑制性受体的亲和力并减少了促炎信号传导。
示例性的无效应子或惰性突变包括本文所述的那些。在一些实施方案中，结合剂的Fc区具有这样的Fc区，其中与天然Fc区相比，第233、236、237、239、267、268、270、271、330和332位(由EU编号指示)处的氨基酸中的任一个或多个被不同的氨基酸取代。
Fc区的这种改变不限于上述改变。描述了与抑制性FcR的结合改善的某些Fc变体。(参见例如，Mimoto等人,Protein Engineering,(26):10 589–598,2013；Saunders等人,Front Immunol.(10)；1296,2019)。
在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含经修饰的IgG1结构域，其包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Glu233Asp、Gly237Asp、Ser267Glu、His268Phe、His268Asp、Pro271Glu、Pro271Gly、Ala330Arg、Leu328Phe、Ser324Thr、Pro238Asp、Leu328Glu、Ser239Asp、Ile332Glu、Gly236Ala，或者前述任一者的组合。
在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的His268Phe取代，以及基于EU编号的Ser324Thr取代(Ser267Glu/His268Phe/Ser324Thr)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的Leu328Phe取代(Ser267Glu/Leu328Phe)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro238Asp取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu328Glu取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代(Ser239Asp/Ile332Glu)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代，以及基于EU编号的Gly236Ala取代(Ser239Asp/Ile332Glu/Gly236Ala)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Asp取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Asp取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的His268Asp取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro271Glu取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ala330Arg取代。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Asp取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(Glu233Asp/Ala330Arg)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Asp取代、基于EU编号的Pro271Gly取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(Glu233Asp/Pro271Gly/Ala330Arg)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Asp取代、基于EU编号的His268Asp取代和基于EU编号的Pro271Gly取代(Gly237Asp/His268Asp/Pro271Gly)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Asp取代、基于EU编号的Pro271Gly取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(Gly237Asp/Pro271Gly/Ala330Arg)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Asp取代、基于EU编号的His268Asp取代、基于EU编号的Pro271Gly取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(Glu233Asp/His268Asp/Pro271Gly/Ala330Arg)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Asp取代、基于EU编号的His268Asp取代、基于EU编号的Pro271Gly取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(Gly237Asp/His268Asp/Pro271Gly/Ala330Arg)。在一些实施方案中，经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Asp取代、基于EU编号的Gly237Asp取代、基于EU编号的His268Asp取代、基于EU编号的Pro271Glu取代和基于EU编号的Ala330Arg取代(E233D/Gly237Asp/His268Asp/Pro271Glu/Ala330Arg)。
C.接头
章节I.A中公开的一个或多个结合结构域和章节I.B中公开的一个或多个Fc(例如，经修饰的Fc)之间的连接可以直接或间接连接，即结合结构域肽和Fc结构域直接邻接，或其可以通过复合物的额外组分(例如间隔区或接头)连接。
直接连接可以通过酰胺桥实现，诸如在待连接的组分具有反应性氨基或羧基时。更具体地说，如果待连接的组分是肽、多肽或蛋白质，那么连接可以通过肽键进行。这种肽键可以使用化学合成形成，所述化学合成涉及连接两种组分(一种组分的N末端和另一种组分的C末端)，或可以通过两种组分的完整肽序列的蛋白质合成直接形成，其中两种(蛋白质或肽)组分优选在一个步骤中合成。这种蛋白质合成方法包括(例如但不限于)液相肽合成方法或固体肽合成方法，例如根据Merrifield的固体肽合成方法、t-Boc固相肽合成、Fmoc固相肽合成、BOP(苯并三唑-1-基-氧基-三-(二甲基氨基)-六氟磷酸鏻)基固相肽合成等。可替代地，酯或醚键也是可能的。
此外，特别地，如果待连接的组分是肽、多肽或蛋白质，那么连接可以通过侧链例如通过二硫键发生。通过侧链的连接基于侧链氨基、硫醇或羟基，例如通过酰胺或酯或醚键。肽主链与另一组分的肽侧链的连接也可以通过异肽键进行。异肽键是不存在于蛋白质主链上的酰胺键。在一个肽或蛋白质的羧基末端与另一个(靶)肽或蛋白质上的赖氨酸残基的氨基之间形成键。
本文公开的结合颗粒可以包含间隔基或接头，其是非免疫学部分。颗粒。其他功能性的实例(特别是关于融合蛋白中的接头)例如可以见于Chen X.等人,2013:FusionProtein Linkers:Property,Design and Functionality.Adv Drug Deliv Rev.65(10):1357-1369，其中也公开了例如体内可切割的接头。此外，Chen X.等人,2013:FusionProtein Linkers:Property,Design and Functionality.Adv Drug Deliv Rev.65(10):1357-1369也公开了各种接头，例如柔性接头和刚性接头，以及接头设计工具和数据库，其根据所提供的实施方案或根据所提供的实施方案设计待使用的接头是有用的。
在一些实施方案中，Fc(例如，经修饰的Fc)通过肽接头间接连接到结合结构域。在一些实施方案中，肽接头为多达65个氨基酸的长度。在一些实施方案中，肽接头包含从或从约2至65个氨基酸、2至60个氨基酸、2至56个氨基酸、2至52个氨基酸、2至48个氨基酸、2至44个氨基酸、2至40个氨基酸、2至36个氨基酸、2至32个氨基酸、2至28个氨基酸、2至24个氨基酸、2至20个氨基酸、2至18个氨基酸、2至14个氨基酸、2至12个氨基酸、2至10个氨基酸、2至8个氨基酸、2至6个氨基酸、6至65个氨基酸、6至60个氨基酸、6至56个氨基酸、6至52个氨基酸、6至48个氨基酸、6至44个氨基酸、6至40个氨基酸、6至36个氨基酸、6至32个氨基酸、6至28个氨基酸、6至24个氨基酸、6至20个氨基酸、6至18个氨基酸、6至14个氨基酸、6至12个氨基酸、6至10个氨基酸、6至8个氨基酸、8至65个氨基酸、8至60个氨基酸、8至56个氨基酸、8至52个氨基酸、8至48个氨基酸、8至44个氨基酸、8至40个氨基酸、8至36个氨基酸、8至32个氨基酸、8至28个氨基酸、8至24个氨基酸、8至20个氨基酸、8至18个氨基酸、8至14个氨基酸、8至12个氨基酸、8至10个氨基酸、10至65个氨基酸、10至60个氨基酸、10至56个氨基酸、10至52个氨基酸、10至48个氨基酸、10至44个氨基酸、10至40个氨基酸、10至36个氨基酸、10至32个氨基酸、10至28个氨基酸、10至24个氨基酸、10至20个氨基酸、10至18个氨基酸、10至14个氨基酸、10至12个氨基酸、12至65个氨基酸、12至60个氨基酸、12至56个氨基酸、12至52个氨基酸、12至48个氨基酸、12至44个氨基酸、12至40个氨基酸、12至36个氨基酸、12至32个氨基酸、12至28个氨基酸、12至24个氨基酸、12至20个氨基酸、12至18个氨基酸、12至14个氨基酸、14至65个氨基酸、14至60个氨基酸、14至56个氨基酸、14至52个氨基酸、14至48个氨基酸、14至44个氨基酸、14至40个氨基酸、14至36个氨基酸、14至32个氨基酸、14至28个氨基酸、14至24个氨基酸、14至20个氨基酸、14至18个氨基酸、18至65个氨基酸、18至60个氨基酸、18至56个氨基酸、18至52个氨基酸、18至48个氨基酸、18至44个氨基酸、18至40个氨基酸、18至36个氨基酸、18至32个氨基酸、18至28个氨基酸、18至24个氨基酸、18至20个氨基酸、20至65个氨基酸、20至60个氨基酸、20至56个氨基酸、20至52个氨基酸、20至48个氨基酸、20至44个氨基酸、20至40个氨基酸、20至36个氨基酸、20至32个氨基酸、20至28个氨基酸、20至26个氨基酸、20至24个氨基酸、24至65个氨基酸、24至60个氨基酸、24至56个氨基酸、24至52个氨基酸、24至48个氨基酸、24至44个氨基酸、24至40个氨基酸、24至36个氨基酸、24至32个氨基酸、24至30个氨基酸、24至28个氨基酸、28至65个氨基酸、28至60个氨基酸、28至56个氨基酸、28至52个氨基酸、28至48个氨基酸、28至44个氨基酸、28至40个氨基酸、28至36个氨基酸、28至34个氨基酸、28至32个氨基酸、32至65个氨基酸、32至60个氨基酸、32至56个氨基酸、32至52个氨基酸、32至48个氨基酸、32至44个氨基酸、32至40个氨基酸、32至38个氨基酸、32至36个氨基酸、36至65个氨基酸、36至60个氨基酸、36至56个氨基酸、36至52个氨基酸、36至48个氨基酸、36至44个氨基酸、36至40个氨基酸、40至65个氨基酸、40至60个氨基酸、40至56个氨基酸、40至52个氨基酸、40至48个氨基酸、40至44个氨基酸、44至65个氨基酸、44至60个氨基酸、44至56个氨基酸、44至52个氨基酸、44至48个氨基酸、48至65个氨基酸、48至60个氨基酸、48至56个氨基酸、48至52个氨基酸、50至65个氨基酸、50至60个氨基酸、50至56个氨基酸、50至52个氨基酸、54至65个氨基酸、54至60个氨基酸、54至56个氨基酸、58至65个氨基酸、58至60个氨基酸、或60至65个氨基酸。在一些实施方案中，肽接头是长度为3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个、42个、43个、44个、45个、46个、47个、48个、49个、50个、51个、52个、53个、54个、55个、56个、57个、58个、59个、60个、61个、62个、63个、64个或65个氨基酸的多肽。
在特定的实施方案中，接头是柔性肽接头。在一些此类实施方案中，接头为1-20个氨基酸，诸如主要由甘氨酸构成的1-20个氨基酸。在一些实施方案中，接头为1-20个氨基酸，诸如主要由甘氨酸和丝氨酸构成的1-20个氨基酸。在一些实施方案中，接头是含有氨基酸甘氨酸和丝氨酸的柔性肽接头，称为GS-接头。在一些实施方案中，肽接头包括序列GS、GGS、GGGGS、GGGGGS或其组合。在一些实施方案中，多肽接头具有序列(GmS)n(SEQ ID NO:4)，其中m和n各自为1至4。
在特定实施方案中，接头是人抗体铰链结构域，例如人IgG1铰链结构域、人IgG2铰链结构域、人IgG3铰链结构域或人IgG4铰链结构域。
D.包含结合剂的颗粒
在一些实施方案中，如章节I中所述的任何所提供的结合剂可以被格式化或提供为颗粒，其中病毒蛋白能够被颗粒的至少一个结合结构域结合。在一些实施方案中，病毒蛋白被颗粒的至少一个结合结构域结合。
在一些方面，所提供的颗粒可以相互作用，其中来自独立颗粒的结合结构域结合抗原，诸如多种抗原，以形成多蛋白复合物，例如免疫复合物(IC)。IC(也称为抗原-抗体复合物)由多个抗原与抗体或其抗原结合片段的结合形成，其中IC可以在随后的免疫应答中作为单一单位发挥作用。IC在体内可能参与补体沉积、调理作用、吞噬作用和/或肽加工(Monsalvo等人,Nat Med(17)2:195-199,2011)。在一些方面，IC具有免疫调节功能。在一些方面，IC可与组织病理学相关，诸如作为呼吸道病毒感染的结果，包括作为冠状病毒感染的结果的肺部IC沉积(Fu等人,Viro Sin(35):266-271,2020)。
在一些方面，IC的形成受到几个因素的影响。抗原与结合结构域的比率(诸如任何提供的颗粒的至少一个结合结构域与病毒蛋白之间的比率)以及Fc结构域对Fc受体的亲和力可以决定IC的大小和形状。在一些方面，IC的稳定性依赖于Fc结构域(例如，所提供颗粒的经修饰的Fc结构域)与Fc家族受体之间的结合。在一些方面，IC效应子功能随着IC大小而增强，即本文提供的参与性颗粒或其参与性结合结构域的数量增加。IC的化学计量使得抗原过量，诸如病毒蛋白过量，或结合剂过量，如本文提供的任何颗粒过量，有利于形成较小的IC，其中可以接合较少的Fc受体。在一些方面，FcR交联依赖于构象，其中本文提供的颗粒或其结合结构域的高滴度产生更少的小IC。
在一些实施方案中，颗粒可以被格式化以提供抗原与结合结构域的最佳比率。在最佳比率下，以更高的体积产生稳定的IC，以接合越来越多的Fc家族受体。确定抗原与结合结构域的最佳比率(诸如任何提供的结合结构域与病毒蛋白的比率)的方法是本领域已知的。抗原与抗原结合结构域的比率(Ag:BD)可以随表位而变化，并且包括1:1、1:5、1:10、1:20、1:100、1:500、5:1、10:1、20:1、100:1、500:1。这些方法包括确定结合剂的实验效价、随后Fc家族受体接合的体外功能研究和体内功能研究、剂量反应曲线的生成、X射线晶体学和质谱法。
在一些实施方案中，颗粒包含能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白。在一些实施方案中，病毒蛋白是病毒的表面蛋白，诸如本文所述的任何一种。在一些实施方案中，病毒蛋白是分离的或纯化的病毒蛋白。在一些实施方案中，病毒蛋白是重组或合成蛋白质。
在一些实施方案中，病毒蛋白是SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。在一些方面，成熟S蛋白首先作为单一前体多肽合成，也称为S(0)，诸如SEQ ID NO.43或45中所示。在蛋白水解加工时，S多肽产生两个亚基：S1，诸如SEQ IN NO:43的氨基酸13-685中所示，和S2，诸如SEQID NO.43的氨基酸686-1273或816-1273中所示。S1亚基主要参与受体-病毒相互作用，因为其包含表面暴露的RBD。在一些方面，病毒受体相互作用由宿主细胞表面上RBD对血管紧张素转化酶2(ACE2)受体的亲和力介导。在一些方面，针对SARS冠状病毒开发的抗体对RBD具有亲和力。在RBD和受体相互作用时，S2亚基经历构象变化，其暴露促进病毒与宿主膜之间的膜融合的内部疏水融合环。
在一些方面，病毒蛋白是重组S蛋白。在一些方面，重组蛋白是S多肽前体S(0)，诸如SEQ ID NO.43中所示。在一些方面，重组蛋白是S1亚基，诸如SEQ IN NO:43的氨基酸13-685中所示。在一些方面，重组蛋白是RBD。在一些方面，RBD是S蛋白的第331至524位或SEQID NO.43。
在一些方面，病毒蛋白是SARS病毒变体的S(刺突)糖蛋白。在一些方面，与SEQ IDNO.43或45中所示的野生型序列相比，病毒蛋白具有一个或多个突变。在一些方面，一个或多个突变选自包括D614G(也称为“Doug”)、N501Y(也称为“Nelly”)、P681H(也称为“Pooh”)和/或E484K(也称为“Eeek”)的组。在一些方面，病毒蛋白是属于选自包括B.1.1.7、B.1.351和/或B.1.1.248的组的谱系的SARS病毒变体的S糖蛋白在一些方面，病毒蛋白是分类为501Y.V1、501.V2、N501Y.V2和/或P1的SARS病毒变体的S糖蛋白。
在一些方面，病毒蛋白是SARS CoV-2变体的S糖蛋白。示例性SARS CoV-2变体在上面的表3中示出。在一些方面，病毒蛋白是感兴趣的SARS CoV-2变体(VoI)、关注的变体(VoC)和/或有严重后果的变体(VoHC)的S糖蛋白。在一些方面，SARS CoV-2变体选自包括以下的组：α(即B.1.1.7)、β(即B.1.351、B.1.351.2、B.1.351.3)、δ(即B.1.617.2、AY.1、AY.2、AY.3)和γ(即P.1、P.1.1、P.1.2)。在一些方面，SARS CoV-2变体(即，VoI、VoC或VoHC中的任一种)的病毒S蛋白与SEQ ID NO.43或45中所示的野生型S序列相比具有一个或多个突变。
II.用于递送结合剂的媒介物和方法
本文提供了含有所提供的结合剂多肽的媒介物。本文还提供了编码结合剂的多核苷酸。在一些实施方案中，将结合剂或颗粒引入受试者的细胞中。还提供了将任何所提供的结合剂或颗粒或编码结合剂的多核苷酸递送至被病毒(诸如冠状病毒)感染的细胞中的方法。在一些实施方案中，多核苷酸可以作为裸核酸(例如，mRNA或DNA)施用，或可以在用于递送至受试者的媒介物或赋形剂中递送。在一些实施方案中，结合剂多肽可以作为重组或纯化的分子施用，或可以在用于递送至受试者的媒介物或赋形剂中递送。在一些实施方案中，颗粒多肽作为复合物施用，含有至少一种结合剂和由结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白。
在一些实施方案中，编码结合剂的多核苷酸含于媒介物诸如病毒颗粒、病毒样颗粒或非病毒颗粒中，以用于将多核苷酸递送至受试者。
在一些实施方案中，多核苷酸作为裸核酸递送。在一些实施方案中，多核苷酸作为mRNA施用。在一些实施方案中，多核苷酸作为DNA(例如质粒)施用。
可将编码本发明的结合剂的多核苷酸递送至裸细胞。如本文所用，“裸”是指递送不含促进内化的剂的结合剂。例如，递送至细胞的多核苷酸可以不含修饰。可以使用本领域已知的和本文描述的施用途径将裸露的多核苷酸递送至细胞。
在一些方面，mRNA可以作为包装的颗粒(例如，囊封在递送媒介物中)或未包装的(即，裸的)来递送。在一些方面，mRNA可以在宿主细胞内转录。1990年首次研究了外源mRNA递送，其中Wolff及其同事在注射编码报道基因的mRNA后观察到小鼠中的蛋白质表达(Wolff等人,Science(247)1465,1990)。在一些方面，一旦外源mRNA被转移到胞质溶胶中，宿主细胞机制就能产生成熟的多肽。在一些实施方案中，多肽可以进行翻译后修饰。在一些方面，由外源mRNA递送产生的蛋白质被正常生理过程降解。在一些实施方案中，mRNA递送降低了代谢物毒性的风险(Pardi等人,Nat Rev Drug Discov(17)4,2018)。
根据所提供的实施方案，作为mRNA施用的多核苷酸可以具有加帽区。加帽区可以包含单个帽或形成帽的一系列核苷酸。在这个实施方案中，加帽区的长度可以是1至10个，例如2-9个、3-8个、4-7个、1-5个、5-10个，或至少2个，或10个或更少的核苷酸。在一些实施方案中，帽不存在。
基因的野生型非翻译区(UTR)被转录但不被翻译。在mRNA中，5′UTR在转录起始位点处开始并延续到起始密码子，但不包括起始密码子；然而，3’UTR紧接着终止密码子开始并持续到转录终止信号。越来越多的证据表明UTR在核酸分子的稳定性和翻译方面起着调节作用。UTR的调节特征可以整合到本发明的多核苷酸中，以增强分子的稳定性。在一些方面，mRNA的体内半衰期可通过对3’多聚腺苷尾的修饰来调节。还可以整合特异性特征，以确保转录物的受控下调，以防其被错误引导至不期望的器官位点。
在一些实施方案中，编码结合剂的多核苷酸可操作地连接至启动子以控制表达。在一些实施方案中，启动子元件调节转录起始的频率。启动子可以是与基因或多核苷酸序列天然相关的启动子，可以通过分离位于编码区段和/或外显子上游的5’非编码序列获得。这种启动子可以被称为“内源的”。可替代地，通过将编码多核苷酸区段置于重组或异源启动子的控制下将获得某些优点，所述重组或异源启动子是指在其天然环境中通常不与多核苷酸序列相关的启动子。这种启动子可以包括其他基因的启动子，和从任何其他原核、病毒或真核细胞分离的启动子或增强子，以及非“天然存在”的启动子或增强子，即含有不同转录调节区的不同元件，和/或改变表达的突变。除了合成产生启动子和增强子的核酸序列之外，还可以使用重组克隆和/或核酸扩增技术(包括PCR)结合本文公开的组合物来产生序列(美国专利第4,683,202号和第5,928,906号)。
在一些实施方案中，合适的启动子是立即早期巨细胞病毒(CMV)启动子序列或缩短的巨细胞病毒立即早期(CMVie)启动子(Ostedgaard等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA2005,102,2952–2957)。在一些实施方案中，启动子序列是能够驱动与其可操作地连接的任何多核苷酸序列高水平表达的强组成型启动子序列。在一些实施方案中，合适的启动子是延伸生长因子-la(EF-l a)。在一些实施方案中，也可以使用其他组成型启动子序列，包括但不限于猿猴病毒40(SV40)早期启动子、易沉默脾病灶形成病毒(SFFV)启动子、易沉默脾病灶形成病毒(SFFV)启动子、小鼠乳腺肿瘤病毒(MMTV)、人免疫缺陷病毒(HIV)长末端重复(LTR)启动子、MoMuLV启动子、禽白血病病毒启动子、CAG启动子(Halbert等人,Hum.Gene Ther.2007,18,344–354)、爱泼斯坦-巴尔病毒立即早期启动子、劳斯肉瘤病毒启动子、F5tg83启动子(Yan等人,2015,Hum.Gene Ther.,26:334-346)以及人基因启动子，诸如但不限于肌动蛋白启动子、肌球蛋白启动子、血红蛋白启动子和肌酸激酶启动子，以及杂合启动子，诸如具有人巨细胞病毒(CMV)增强子和延伸因子1a启动子(hCEF)的杂合启动子。
在一些实施方案中，启动子是组成型启动子。在一些方面，组成型启动子可以是允许在多种细胞和组织类型中表达的普遍存在的启动子。在一些实施方案中，启动子是人泛素C(UbC)启动子、人延伸因子1α(EF1α)启动子、SV40启动子、巨细胞病毒(CMV)启动子或PGK-1启动子。
在一些实施方案中，可以修饰任何提供的编码结合剂的多核苷酸，以去除CpG基序和/或优化用于在特定物种(诸如人、犬、猫、马、羊、牛等物种)中的翻译中的密码子。在一些实施方案中，多核苷酸针对人密码子使用进行优化(即，人密码子优化的)。在一些实施方案中，修饰多核苷酸以去除CpG基序。在其他实施方案中，修饰所提供的多核苷酸以去除CpG基序并进行密码子优化，诸如人密码子优化。密码子优化和CpG基序检测和修饰的方法是熟知的。通常，多核苷酸优化增强转基因表达，增加转基因稳定性并保留所编码多肽的氨基酸序列。
在提供的实施方案中，用于治疗病毒感染(例如，冠状病毒感染)的方法包括向受试者递送结合剂或颗粒蛋白。在一些实施方案中，蛋白质可以作为重组或纯化的蛋白质施用。在一些实施方案中，蛋白质可以在用于递送至受试者的媒介物或赋形剂中递送。在提供的实施方案中，结合剂或颗粒蛋白可以具有如上所述的任何结合剂多肽的氨基酸序列。
在一些实施方案中，使用重组DNA技术产生蛋白质。在一些实施方案中，核酸分子是适合在所选择的宿主细胞中表达的表达载体。在一些实施方案中，蛋白质可以通过基因合成方法产生。
在一些实施方案中，编码结合剂的核酸可以含于表达载体中。提供了包含编码本文所述的结合剂或多肽的核酸的载体。这样的载体包括但不限于DNA载体、噬菌体载体、病毒载体、逆转录病毒载体等。在一些实施方案中，选择针对在所需细胞类型(诸如CHO或CHO衍生的细胞，或NSO细胞)中表达多肽而优化的载体。例如，示例性的这种载体描述于例如Running Deer等人,Biotechnol.Prog.20:880-889(2004)中。
特别地，编码结合剂的DNA载体可用于促进结合剂的表达和重组生产。可以将DNA序列插入合适的表达载体，即含有转录和翻译插入的蛋白质编码序列的必要元件的载体。多种宿主-载体系统可用于表达蛋白质编码序列。这些包括被病毒(例如，痘苗病毒、腺病毒等)感染的哺乳动物细胞系统；被病毒(例如，杆状病毒)感染的昆虫细胞系统；微生物，诸如含有酵母载体的酵母，或用噬菌体DNA、质粒DNA或粘粒DNA转化的细菌。根据所用的宿主-载体系统，可以使用许多合适的转录和翻译元件中的任一种。产生结合剂多肽的方法可包括在引起多肽表达的条件下培养细胞，其中细胞包含编码本文所述的结合剂的核酸分子，和/或包含这些核酸序列的载体。在一些实施方案中，结合剂可在原核细胞中表达，诸如细菌细胞；或真核细胞，如真菌细胞(诸如酵母)、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞。在任何提供的实施方案中的一些中，结合剂作为递送至受试者(诸如已知或可能感染病毒(例如，冠状病毒)的受试者)中的细胞的药剂施用。在一些实施方案中，结合剂或颗粒含于媒介物中，诸如病毒颗粒、病毒样颗粒或非病毒颗粒，以用于将蛋白质递送至受试者。用于递送的示例性媒介物描述于章节II中。
在一些实施方案中，媒介物是病毒载体或源自病毒载体。在其他实施方案中，媒介物是非病毒载体，诸如细胞颗粒、脂质体、纳米颗粒或其他合成颗粒。
使用聚合物、表面活性剂和/或赋形剂的非病毒载体和方法已被用于将多核苷酸和多肽引入细胞中，包括与靶向部分缀合、与细胞穿透肽缀合、用脂质衍生和掺入脂质体、脂质纳米颗粒和阳离子脂质体中。大多数非病毒载体由与脂质或聚阳离子复合的质粒DNA组成。已经报道了具有在体外和体内将质粒DNA递送至细胞的能力的许多不同脂质(Gao等人,Gene Therapy 2:710-722(1995))。
在特定实施方案中，多核苷酸或多肽被囊封在脂质颗粒的内腔中，其中脂质颗粒含有脂质双层、被脂质双层包围的内腔。在一些实施方案中，脂质颗粒可以是病毒颗粒、病毒样颗粒、纳米颗粒、小泡、外来体、树枝状聚合物、慢病毒、病毒载体、去核细胞、微泡、膜小泡、胞外膜小泡、质膜小泡、巨质膜小泡、凋亡小体、有丝分裂颗粒、核细胞、溶酶体、另一种膜封闭小泡或慢病毒载体、基于病毒的颗粒、病毒样颗粒(VLP)或细胞衍生颗粒。
在一些实施方案中，脂质双层包括衍生脂质双层的宿主细胞的膜组分，例如磷脂、膜蛋白等。在一些实施方案中，脂质双层包括胞质溶胶，所述胞质溶胶包括在衍生媒介物的细胞中发现的组分，例如溶质、蛋白质、核酸等，但不是细胞的所有组分，例如缺少细胞核。在一些实施方案中，脂质双层被认为是外来体样的。脂质双层的大小可以变化，并且在一些情形中具有从30至300nm(诸如从30至150nm以及包括从40至100nm)范围内的直径。
在一些实施方案中，脂质双层是病毒包膜。在一些实施方案中，病毒包膜获自宿主细胞。在一些实施方案中，病毒包膜由来自源细胞质膜的病毒衣壳获得。在一些实施方案中，脂质双层获自除宿主细胞的质膜之外的膜。在一些实施方案中，病毒包膜脂质双层包埋有病毒蛋白，包括病毒糖蛋白。
在其他方面，所述脂质双层包括合成脂质复合物。在一些实施方案中，合成脂质复合物是脂质体。在一些实施方案中，脂质双层是以磷脂双层膜和内部水性介质为特征的囊状结构。在一些实施方案中，脂质双层具有由水性介质分开的多个脂质层。在一些实施方案中，当磷脂悬浮于过量的水溶液中时，脂质双层自发形成。在一些实例中，脂质组分在形成封闭结构之前经历自身重排，并且在脂质双层之间截留水和溶解的溶质。
在一些实施方案中，脂质颗粒包含几种不同类型的脂质。在一些实施方案中，脂质是两亲性脂质。在一些实施方案中，两亲性脂质是磷脂。在一些实施方案中，磷脂包括磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺、磷脂酰肌醇和磷脂酰丝氨酸。在一些实施方案中，脂质包括磷脂诸如磷酸胆碱和磷酸肌醇。在一些实施方案中，脂质包括DMPC、DOPC和DSPC。
A.病毒载体
本文提供了含有结合剂或颗粒的媒介物，诸如章节I中描述的任何多核苷酸或多肽，其源自病毒，诸如病毒颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒包括那些源自逆转录病毒或慢病毒的颗粒。在一些实施方案中，病毒颗粒的两亲性脂质双层是或包含病毒包膜。在一些实施方案中，病毒颗粒的两亲性脂质双层是或包含源自受感染宿主细胞的脂质。
将外源性剂导入宿主细胞的生物学方法包括使用DNA和RNA载体。DNA和RNA载体也可用于容纳和递送多核苷酸和多肽。病毒载体(尤其是逆转录病毒载体)已经成为将基因插入哺乳动物(例如人细胞)的最广泛使用的方法。其他病毒载体可以源自慢病毒、痘病毒、单纯疱疹病毒I、腺病毒和腺相关病毒等。参见例如美国专利第5,350,674号和第5,585,362号。用于产生包含载体和/或外源酸的细胞的方法是本领域众所周知的。参见例如，Sambrook等人,2001,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,Cold Spring HarborLaboratory,New York。
在一些实施方案中，多核苷酸和多肽包含在病毒载体中。在一些实施方案中，本文提供的多核苷酸或多肽(例如，结合剂或颗粒)使用重组病毒颗粒(诸如(例如)源自腺病毒和腺相关病毒(AAV)的载体)施用于宿主细胞。
在一些实施方案中，AAV载体属于血清型1、2、6、8或9。在一些实施方案中，AAV载体属于血清型6.2。
在一些实施方案中，AAV载体包括衣壳，所述衣壳是AAV2(aa1-128)与AAV5(aa129-725)之间的嵌合体，具有一个点突变(A581T)(AAV2.5T，Excoffon等人Proc Natl AcadSci.106(10):3875-70,2009)。
AAV是单链DNA细小病毒，其能够在感染的潜伏期进行宿主基因组整合。例如，血清型2的AAV在很大程度上是人和灵长类群体特有的，并且经常位点特异性地整合到人染色体19q13.3中。
在一些方面，AAV病毒被认为是一种依赖性病毒，因为其需要腺病毒或疱疹病毒的辅助功能才能复制。在不存在这些辅助病毒的情况下，已经观察到AAV将其基因组整合到宿主细胞染色体中。然而，这些病毒体不能将感染传播给新细胞。
在一些实施方案中，用于产生AAV衍生的媒介物的合适宿主细胞包括微生物、酵母细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞。在一些实施方案中，术语宿主细胞包括已被转染的原始细胞的子代。因此，如上所述，如本文所用，“宿主细胞”或“生产细胞”通常指用本文所述的载体媒介物转染的细胞。例如，来自稳定的人细胞系293(ATCC保藏号CRL1573)的细胞是本领域技术人员熟悉的AAV载体的生产细胞(producer cell)。293细胞系是已经用腺病毒5型DNA片段转化的人胚胎肾细胞系(Graham等人,J.Gen.Virol.,36:59(1977))，并且表达腺病毒E1a和E1b基因(Aiello等人,Virol.,94:460(1979))。293细胞系易于转染，并且因此提供了特别有用的产生AAV病毒体的系统。
必须使含有本文提供的AAV媒介物的上述生产细胞能够提供AAV辅助功能。在一些实施方案中，生产细胞允许AAV载体复制并囊装多核苷酸序列，诸如那些编码如章节I、II和III中提供的结合剂或颗粒的多核苷酸序列。在一些实施方案中，生产细胞产生AAV病毒体。AAV辅助功能通常是AAV衍生的编码序列，其可以被表达以提供AAV基因产物，所述产物反过来具有生产性AAV复制的功能。在一些实施方案中，AAV辅助功能用于补充AAV载体中缺少的必要的AAV功能。在一些实施方案中，AAV辅助功能包括至少一个主要AAV ORF。在一些实施方案中，辅助功能至少包括rep编码区或其功能同源物。在一些实施方案中，辅助功能至少包括cap编码区或其功能同源物。
在一些实施方案中，在转染AAV载体之前或同时，通过用AAV辅助构建体的混合物转染宿主细胞，将AAV辅助功能引入宿主细胞中。在一些实施方案中，AAV辅助构建体用于提供AAV rep和/或cap基因的瞬时表达。在一些实施方案中，AAV辅助构建体缺乏AAV包装序列，并且既不能复制也不能包装自身。
在一些实施方案中，AAV基因组可以与异源病毒交叉包装。例如，将rAAV2基因组跨属包装到人博卡病毒1型(HBoV1)衣壳(rAAV2/HBoV1杂合载体)中，产生对气道上皮高度嗜性的杂合载体(Yan等人,2013,Mol.Ther.,21:2181-94)。
在一些实施方案中，病毒颗粒是慢病毒。在一些实施方案中，慢病毒载体颗粒是人免疫缺陷病毒-1(HIV-1)。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体具有长末端重复序列(LTR)，例如源自莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)、骨髓增生性肉瘤病毒(MPSV)、鼠胚胎干细胞病毒(MESV)、鼠干细胞病毒(MSCV)、脾病灶形成病毒(SFFV)或腺相关病毒(AAV)的逆转录病毒载体。大多数逆转录病毒载体源自鼠逆转录病毒。在一些实施方案中，逆转录病毒包括源自任何鸟类或哺乳动物细胞来源的逆转录病毒。逆转录病毒通常是双嗜性的，意味着其能够感染几种物种(包括人)的宿主细胞。在一个实施方案中，待表达的基因取代了逆转录病毒gag、pol和/或env序列。已经描述了许多说明性的逆转录病毒系统(例如，美国专利第5,219,740号；第6,207,453号；第5,219,740号)。
慢病毒转导的方法是已知的。示例性的方法描述于例如Wang等人,J.Immunother.35(9):689-701,2012；Cooper等人,Blood.101:1637–1644,2003；Verhoeyen等人,Methods Mol Biol.506:97-114,2009；和Cavalieri等人,Blood.102(2):497-505,2003中。
许多临床前研究已经在动物模型和临床试验中证明了基于病毒载体的基因递送的治疗和预防功效。在一些方面，能够复制的病毒和病毒衍生的载体随着时间推移提供一致的基因表达。在一些方面，具有复制能力的病毒可导致不期望的免疫原性、毒性和细胞死亡。在一些实施方案中，能够插入的载体对于多种细胞的转导是有效的。然而，在一些方面，其会带来插入诱变的风险。整合缺陷型载体可以持续游离，但也可以保持标准整合载体的转导效率。因此，在一些实施方案中，载体颗粒是复制缺陷型的。在一些实施方案中，载体颗粒是整合缺陷型的。使载体插入或复制缺陷的各种方法是本领域已知的。已经用许多其他病毒(包括腺相关病毒(AAV)、脊髓灰质炎病毒和仙台病毒(Sendai virus))产生各种复制缺陷型疫苗载体。
B.病毒样颗粒
本文还提供了含有结合剂或颗粒的病毒样颗粒(VLP)，诸如本文提供的任何多核苷酸或多肽。VLP包括源自逆转录病毒或慢病毒的那些。虽然VLP模仿天然病毒体结构，但其缺乏在宿主细胞内独立复制所必需的病毒基因组信息。因此，在一些方面，VLP是非感染性的。在一些实施方案中，两亲性脂质的VLP双层是或包含病毒包膜。在一些实施方案中，两亲性脂质的靶向脂质颗粒的双层是或包含源自细胞的脂质。VLP通常包含至少一种类型的来自病毒的结构蛋白。在大多数情况下，此蛋白质将形成蛋白质衣壳(例如，包含慢病毒、腺病毒或副粘病毒结构蛋白的VLP)。在一些情况下，衣壳也将被包裹在脂质双层中，脂质双层来源于已释放出组装的VLP的细胞(例如，包含人免疫缺陷病毒结构蛋白(诸如GAG)的VLP)。在一些实施方案中，VLP还包含靶向部分作为脂质双层内的包膜蛋白。
在一些实施方案中，VLP包含由病毒蛋白自组装成衣壳形成的超分子复合物。在一些实施方案中，VLP源自病毒衣壳。在一些实施方案中，VLP源自病毒核衣壳。在一些实施方案中，VLP是核衣壳衍生的，并保留了包装核酸的特性。在一些实施方案中，VLP仅包含病毒结构糖蛋白。在一些实施方案中，VLP不含有病毒基因组。
本文提供了源自病毒的VLP，诸如源自逆转录病毒或慢病毒的VLP。在一些实施方案中，病毒颗粒源自副粘病毒。因此，在一些实施方案中，病毒样颗粒源自尼帕病毒、亨德拉病毒或风疹病毒(Rubeola virus)。
C.非病毒载体
在一些实施方案中，本文提供的多核苷酸或多肽不包含在病毒或病毒衍生的载体中。本文提供了包含结合剂或颗粒的非病毒载体，诸如本文所述的任何多核苷酸或多肽。在一些实施方案中，结合剂或颗粒肽或编码多核苷酸包含在非病毒载体或递送媒介物中。在一些实施方案中，结合剂或颗粒编码多核苷酸包含在非病毒载体或递送媒介物中。
在提供的非病毒载体中有脂质颗粒。在一些实施方案中，脂质颗粒包含天然衍生的两亲性脂质双层。在一些实施方案中，双层可以由一种或多种相同或不同类型的脂质构成。在一些实施方案中，脂质包括磷脂诸如磷酸胆碱和磷酸肌醇。在一些实施方案中，脂质包括DMPC、DOPC和DSPC。在一些实施方案中，本文提供的多核苷酸或多肽包含在非病毒载体中，诸如脂质颗粒。
纳米颗粒是固体球形结构，大小约为100nm，并且可由天然或合成聚合物制成。在一些方面，纳米颗粒显示出靶向特定组织或细胞、保护靶基因免受核酸酶降解、改善DNA稳定性和增加转化效率或安全性的能力。在一些实施方案中，非病毒载体是纳米颗粒。在一些实施方案中，纳米颗粒是可生物降解的聚合物、四脚量子点、四脚制品、多脚发光纳米颗粒、四脚纳米晶体、可生物降解的纳米颗粒、脂质体、纳米载体或树枝状聚合物中的任一种中的一种或多种。
阳离子脂质是两亲性分子，其具有通过稳定或可降解的键连接的阳离子头基和疏水尾基。Felgner及其同事在1987年首次证明了阳离子脂质用于DNA递送的用途(Felgner等人PNAS(84)21:7413-7417,1987)。自那时以来，许多阳离子脂质已被合成并被评估用于核酸递送，包括例如GL67A。因此，在一些实施方案中，非病毒载体是脂质复合物。在一些实施方案中，非病毒载体是质粒。在一些实施方案中，非病毒载体是裸核酸。
在一些实施方案中，载体是mRNA。mRNA的非病毒递送可使用注射裸核酸、多复合体、脂复合体或脂质体囊封的mRNA、基因枪的生物射弹递送、微粒载体介导的递送和电穿孔来获得。
在一些方面，mRNA分子的基本组分至少包括编码区、5’UTR、3’UTR、5’帽和poly-A尾。在一些实施方案中，第一侧翼区和第二侧翼区的长度独立地在15-1,000个核苷酸的范围内(例如，大于30个、40个、45个、50个、55个、60个、70个、80个、90个、100个、120个、140个、160个、180个、200个、250个、300个、350个、400个、450个、500个、600个、700个、800个和900核苷酸或至少30个、40个、45个、50个、55个、60个、70个、80个、90个、100个、120个、140个、160个、180个、200个、250个、300个、350个、400个、450个、500个、600个、700个、800个、900个和1,000个核苷酸)。在一些实施方案中，拖尾序列的长度范围从不存在到500个核苷酸(例如，至少60个、70个、80个、90个、120个、140个、160个、180个、200个、250个、300个、350个、400个、450个或500个核苷酸)。当拖尾区是聚A尾时，长度可以聚A结合蛋白结合的单位或函数来确定。在一些实施方案中，聚A尾足够长以结合聚A结合蛋白的至少4个单体。聚A结合蛋白单体结合大约38个核苷酸的片段。因此，已经观察到约80个核苷酸和160个核苷酸的聚A尾是有功能的。
mRNA的5’帽结构参与核输出，从而增加了mRNA的稳定性。在一些方面，5’帽与mRNA帽结合蛋白(CBP)结合，后者又与聚腺苷酸结合蛋白结合以形成成熟的环状mRNA种类。在一些方面，帽进一步有助于mRNA剪接期间5’近端内含子的去除。内源性mRNA分子可以是5’端加帽的，在末端鸟苷帽残基与mRNA分子的5’末端转录有义核苷酸之间产生5'-ppp-5'-三磷酸连接。此5’-鸟苷酸帽然后可以被甲基化以产生N7-甲基-鸟苷酸残基。mRNA的5’端的末端和/或前端转录核苷酸的核糖也可以是2’-0-甲基化的。通过水解和切割鸟苷酸帽结构的5’-脱帽可以靶向核酸分子，诸如mRNA分子，以用于降解。
在一些实施方案中，对本文提供的多核苷酸(诸如编码结合剂的mRNA载体)的修饰可产生防止脱帽的不可水解帽结构并因此增加mRNA半衰期。因为帽结构水解需要切割5’-ppp-5’磷酸二酯键，在一些方面，在加帽反应期间可以使用经修饰的核苷酸。例如，来自NewEngland Biolabs(Ipswich,MA)的牛痘加帽酶可以根据制造商的说明与α-硫代鸟苷核苷酸一起使用，以在5'-ppp-5'帽中产生硫代磷酸酯键。
在一些实施方案中，可以使用另外的经修饰的鸟苷核苷酸，诸如a-甲基-膦酸酯和硒代-磷酸酯核苷酸。在一些方面，另外的修饰包括糖环的2’-羟基上的mRNA(如上所述)的5’末端和/或5’前端核苷酸的核糖的2’-O-甲基化。多种不同的5’帽结构可用于产生核酸分子(诸如mRNA分子)的5’帽。
帽类似物(也称为合成帽类似物、化学帽、化学帽类似物或结构或功能帽类似物)在其化学结构上不同于天然(即内源性、野生型或生理性)5’-帽，同时保留帽功能。在一些方面，帽类似物可以是化学(即非酶促)或酶促合成的和/或连接到核酸分子。
在一些实施方案中，加帽区可以包含单个帽或形成帽的一系列核苷酸。在这个实施方案中，加帽区的长度可以是1至10个，例如2-9个、3-8个、4-7个、1-5个、5-10个，或至少2个，或10个或更少的核苷酸。在一些实施方案中，帽不存在。
在一些方面，本文提供的多核苷酸(诸如非病毒mRNA载体)包含部分或基本上不可翻译的多核苷酸序列区域，例如具有非编码区。这种分子通常不被翻译，但是可以通过一种或多种与一种或多种翻译机器组分(诸如核糖体蛋白或转移R A(tR A))的结合或螯合而对蛋白质生产产生影响，从而有效地降低细胞中的蛋白质表达或调节细胞中的一种或多种途径或级联，进而改变蛋白质水平。在一些方面，本文提供的多核苷酸含有非编码区。在一些实施方案中，非编码区编码一种或多种长非编码RNA(IncRNA或lincRNA)或其部分、小核仁RNA(sno-RNA)、微小RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)或Piwi-相互作用RNA(piRNA)。
在一些实施方案中，3’非翻译区富含AU元件(ARE)的修饰用于调节多核苷酸的稳定性。当工程化特定的多核苷酸，诸如那些编码结合剂或颗粒的多核苷酸时，可以引入一个或多个ARE拷贝以使本文提供的多核苷酸不太稳定。在一些方面，降低多核苷酸的稳定性降低了同源蛋白的表达。在一些方面，ARE可以被鉴定和去除或突变以增加细胞内稳定性，并且因此增加所得蛋白质的翻译和生产。可以使用本文提供的多核苷酸在相关细胞系中进行转染实验，并且可以在转染后的不同时间点分析蛋白质产量。例如，可以用不同的ARE工程化分子并通过使用针对相关蛋白质的ELISA试剂盒并测定转染后6小时、12小时、24小时、48小时和7天产生的蛋白质来转染细胞。
在一些实施方案中，除了起始和/或终止密码子之外，本文提供的多核苷酸还可包含一个或多个信号和/或限制序列。
在一些方面，与用于递送核酸的病毒载体相比，非病毒核酸转移或递送媒介物毒性更小、抗原性更低、更容易制备且更便宜。某些递送媒介物(诸如阳离子脂质或聚合物递送媒介物)也可以在核酸转移期间有助于防止内源性RNA酶。
D.产生脂质颗粒的方法
本文提供了包含结合剂或颗粒的脂质颗粒，诸如本文所述的任何多核苷酸或多肽。在一些实施方案中，脂质颗粒可以是病毒颗粒、病毒样颗粒、纳米颗粒、小泡、外来体、树枝状聚合物、慢病毒、病毒载体、去核细胞、微泡、膜小泡、胞外膜小泡、质膜小泡、巨质膜小泡、凋亡小体、有丝分裂颗粒、核细胞、溶酶体、另一种膜封闭小泡或慢病毒载体、基于病毒的颗粒、病毒样颗粒(VLP)或细胞衍生颗粒。
在一些实施方案中，脂质颗粒可以在包括细菌、哺乳动物细胞系、昆虫细胞系、酵母和植物细胞在内的多细胞培养系统中产生。
在一些实施方案中，脂质颗粒的组装通过核心蛋白与病毒基因组内独特的衣壳化序列(例如，具有茎环结构的UTR)的结合而启动。在一些实施方案中，核心与所述衣壳化序列的相互作用促进寡聚化。
在一些实施方案中，媒介物是靶向脂质颗粒，其包含缺乏病毒RNA的序列，在一些方面，这可能是从序列中去除或消除病毒RNA的结果。在一些实施方案中，这可以通过使用gag上的内源性包装信号结合位点来实现。在一些实施方案中，内源性包装信号结合位点是在pol上。在一些实施方案中，本文提供的多核苷酸(诸如编码任何提供的结合剂的多核苷酸)将含有同源包装信号。在一些实施方案中，位于本文提供的待递送的多核苷酸上的异源结合结构域(其与gag异源)以及位于gag或pol上的同源结合位点可用于确保本文提供的待递送的多核苷酸的包装。在一些实施方案中，载体颗粒可用于递送本文提供的多核苷酸或多肽，在这种情况下，不需要功能性整合酶和/或逆转录酶。
1.转移载体
在一些实施方案中，载体颗粒包含核酸分子(例如，转移质粒)，所述核酸分子包含病毒衍生的核酸元件，所述核酸元件通常促进核酸分子的转移或整合到细胞的基因组中或整合到介导核酸转移的病毒颗粒中。在一些方面，载体颗粒通常包括各种病毒组分，有时除核酸外还包括宿主细胞组分。在一些实施方案中，载体包含例如能够将核酸转移到细胞中或转移到转移的核酸(例如，作为裸mRNA)的病毒或病毒颗粒。在一些实施方案中，病毒载体和转移质粒包含主要源自病毒的结构和/或功能遗传元件。逆转录病毒载体可包含病毒载体或质粒，其含有主要源自逆转录病毒的结构和功能遗传元件或其部分。慢病毒载体可包含含有结构和功能遗传元件或其部分的病毒载体或质粒，包括主要源自慢病毒的LTR。
在实施方案中，慢病毒载体(例如慢病毒表达载体)可包含慢病毒转移质粒(例如作为裸DNA)或感染性慢病毒颗粒。关于诸如克隆位点、启动子、调控元件、异源核酸等元件，应理解这些元件的序列可以在慢病毒颗粒中以RNA形式存在，并且可以在DNA质粒中以DNA形式存在。
在一些实施方案中，在本文所述的载体中，与对应的野生型病毒相比，可能不存在有助于复制或为复制所必需的一个或多个蛋白质编码区的至少一部分。在一些实施方案中，病毒载体是复制缺陷的。在一些实施方案中，载体能够转导靶非分裂宿主细胞和/或将其基因组整合到宿主基因组中。
在一些实施方案中，野生型逆转录病毒基因组的结构通常包含5'长末端重复序列(LTR)和3'LTR，在它们之间或在它们内定位有使得基因组能够被包装的包装信号、引物结合位点、使得能够整合到宿主细胞基因组中的整合位点、以及编码促进病毒颗粒组装的包装组分的gag、pol和env基因。更复杂的逆转录病毒具有附加的特征，诸如HIV中的rev和RRE序列，其使得整合的原病毒的RNA转录物能够从感染靶细胞的细胞核有效输出到细胞质。在原病毒中，病毒基因在两个末端侧接称为长末端重复序列(LTR)的区域。在一些实施方案中，LTR参与原病毒整合和转录。在一些实施方案中，LTR充当增强子-启动子序列并且可以控制病毒基因的表达。在一些实施方案中，逆转录病毒RNA的衣壳化通过位于病毒基因组5'末端的psi序列发生。
在一些实施方案中，LTR是可以分成称为U3、R和U5的三个元件的相似序列。U3源自对RNA的3'末端独特的序列。R源自在RNA两个末端重复的序列，并且U5源自对RNA的5'末端独特的序列。这三种元件的尺寸在不同的逆转录病毒中可以有相当大的变化。
在一些实施方案中，对于病毒基因组，转录起始位点通常在一个LTR中的U3与R之间的边界处，而聚(A)添加(终止)位点在另一个LTR中的R与U5之间的边界处。U3含有原病毒的大部分转录控制元件，其包括对细胞和在一些情况下病毒转录激活因子蛋白作出应答的启动子和多个增强子序列。在一些实施方案中，逆转录病毒包含编码参与调节基因表达的蛋白质的以下基因中的任何一种或多种：tat、rev、tax和rex。
在一些实施方案中，结构基因包括gag、pol和env，gag编码病毒的内部结构蛋白。在一些实施方案中，Gag蛋白被蛋白水解加工为成熟蛋白MA(基质)、CA(衣壳)和NC(核衣壳)。在一些实施方案中，pol基因编码逆转录酶(RT)，其含有介导基因组复制的DNA聚合酶、相关的RNA酶H和整合酶(IN)。在一些实施方案中，env基因编码病毒体的表面(SU)糖蛋白和跨膜(TM)蛋白，它们形成与细胞受体蛋白特异性地相互作用的复合物。在一些实施方案中，相互作用通过病毒膜与细胞膜的融合促进感染。
在一些实施方案中，复制缺陷逆转录病毒载体基因组gag、pol和env可以不存在或没有功能。在一些实施方案中，RNA两个末端的R区通常是重复序列。在一些实施方案中，U5和U3分别代表RNA基因组的5'和3'末端的独特序列。
在一些实施方案中，逆转录病毒还可以含有编码除gag、pol和env之外的蛋白质的附加基因。附加基因的实例包括(在HIV中)vif、vpr、vpx、vpu、tat、rev和nef中的一种或多种。EIAV具有(尤其)附加基因S2。在一些实施方案中，由附加基因编码的蛋白质具有多种功能，其中一些可以是由细胞蛋白质提供的功能的复制。例如，在EIAV中，tat充当病毒LTR的转录激活因子(Derse和Newbold 1993Virology 194:530-6；Maury等人1994Virology 200:632-42)。其与称为TAR的稳定的茎环RNA二级结构结合。Rev通过rev反应元件(RRE)调节和协调病毒基因的表达(Martarano等人1994J.Virol.68:3102-11)。
在一些实施方案中，除蛋白酶、逆转录酶和整合酶之外，非灵长类慢病毒还含有编码脱氧尿苷三磷酸酶(dUTP酶)的第四pol基因产物。在一些实施方案中，这在这些慢病毒感染某些不分裂或缓慢分裂的细胞类型的能力中起作用。
在实施方案中，重组慢病毒载体(RLV)是具有足够的逆转录病毒遗传信息以允许在包装组分的存在下将RNA基因组包装成能够感染靶细胞的病毒颗粒的载体。在一些实施方案中，靶细胞的感染可包括逆转录和整合到靶细胞基因组中。在一些实施方案中，RLV通常携带将由载体递送至靶细胞的非病毒编码序列。在一些实施方案中，RLV不能独立复制以在靶细胞内产生感染性逆转录病毒颗粒。在一些实施方案中，RLV缺乏功能性gag-pol和/或env基因和/或参与复制的其他基因。在一些实施方案中，载体可以被配置为分裂内含子载体，例如，如PCT专利申请WO 99/15683中所述，所述专利申请通过引用整体并入本文。
在一些实施方案中，慢病毒载体包含最小的病毒基因组，例如，病毒载体已被操纵以除去非必需元件并保留必需元件，从而提供感染、转导和递送感兴趣的核苷酸序列至靶宿主细胞所需的功能，例如，如WO 98/17815中所述，所述专利通过引用整体并入本文。
在一些实施方案中，最小慢病毒基因组可包含例如(5')R-U5-一个或多个第一核苷酸序列-U3-R(3')。在一些实施方案中，用于在源细胞内产生慢病毒基因组的质粒载体还可包括可操作地连接到慢病毒基因组以指导基因组在源细胞中转录的转录调节控制序列。在一些实施方案中，调节序列可包含与转录的逆转录病毒序列相关的天然序列，例如5'U3区，或者它们可包含异源启动子，诸如另一种病毒启动子，例如CMV启动子。在一些实施方案中，慢病毒基因组包含附加序列以促进有效的病毒产生。在一些实施方案中，在HIV的情况下，可包括rev和RRE序列。在一些实施方案中，可替代地或组合地，可以使用密码子优化，例如，编码外源性剂的基因可以是密码子优化的，例如，如WO 01/79518中所述，所述专利通过引用整体并入本文。在一些实施方案中，也可以使用执行与rev/RRE系统相似或相同功能的替代序列。在一些实施方案中，在Mason Pfizer猴病毒中发现了rev/RRE系统的功能类似物。在一些实施方案中，这被称为CTE并且包含在基因组中的据信与感染细胞中的因子相互作用的RRE型序列。细胞因子可以被认为是rev类似物。在一些实施方案中，CTE可以用作rev/RRE系统的替代物。在一些实施方案中，HTLV-I的Rex蛋白质可以在功能上替代HIV-I的Rev蛋白质。Rev和Rex具有与IRE-BP相似的效应。
在一些实施方案中，逆转录病毒核酸(例如慢病毒核酸，例如灵长类或非灵长类慢病毒核酸)(1)包含缺失的gag基因，其中gag中的缺失除去了gag编码序列的约核苷酸350或354下游的一个或多个核苷酸；(2)在所述逆转录病毒核酸中不存在一个或多个辅助基因；(3)缺乏tat基因但包含位于5'LTR的末端与gag的ATG之间的前导序列；和(4)(1)、(2)和(3)的组合。在一个实施方案中，慢病毒载体包含所有特征(1)和(2)和(3)。在WO 99/32646中更详细地描述了这种策略，所述专利通过引用整体并入本文。
在一些实施方案中，灵长类慢病毒最小系统不需要HIV/SIV附加基因vif、vpr、vpx、vpu、tat、rev和nef用于载体产生或用于转导分裂和非分裂细胞。在一些实施方案中，EIAV最小载体系统不需要S2用于载体产生或用于转导分裂和非分裂细胞。
在一些实施方案中，附加基因的缺失可以允许产生没有与慢病毒(例如HIV)感染中的疾病相关的基因的载体。在一些实施方案中，tat与疾病相关。在一些实施方案中，附加基因的缺失允许载体包装更多的异源DNA。在一些实施方案中，可以省略功能未知的基因，诸如S2，从而降低引起不希望的效应的风险。最小慢病毒载体的实例公开于WO 99/32646和WO 98/17815中。
在一些实施方案中，逆转录病毒核酸至少缺乏tat和S2(如果其是EIAV载体系统)，也可能缺乏vif、vpr、vpx、vpu和nef。在一些实施方案中，逆转录病毒核酸还缺乏rev、RRE或两者。
在一些实施方案中，逆转录病毒核酸包含vpx。Vpx多肽结合并诱导SAMHD1限制因子的降解，所述SAMHD1限制因子降解细胞质中的游离dNTP。在一些实施方案中，游离dNTP在细胞质中的浓度随着Vpx降解SAMHD1而增加并且逆转录活性增加，因此促进逆转录病毒基因组的逆转录和整合到靶细胞基因组中。
在一些实施方案中，不同的细胞在它们对特定密码子的使用方面不同。在一些实施方案中，此密码子偏倚对应于细胞类型中特定tRNA的相对丰度的偏倚。在一些实施方案中，通过改变序列中的密码子以使它们适合与对应tRNA的相对丰度相匹配，其可能增加表达。在一些实施方案中，有可能通过故意选择已知对应tRNA在特定细胞类型中罕见的密码子来降低表达。在一些实施方案中，附加程度的翻译控制是可用的。密码子优化的另外描述见于例如WO 99/41397中，其通过引用整体并入本文。
在一些实施方案中，病毒(包括HIV和其他慢病毒)使用大量罕见密码子，并且通过将这些改变为对应于常用的哺乳动物密码子，可以实现包装组分在哺乳动物生产细胞中的增加的表达。
在一些实施方案中，密码子优化具有许多其他优点。在一些实施方案中，由于它们序列的改变，编码包装组分的核苷酸序列可以从它们中减少或清除RNA不稳定性序列(INS)。同时，保留包装组分的氨基酸序列编码序列，使得由所述序列编码的病毒组分保留相同或至少足够相似，使得包装组分的功能不受损害。在一些实施方案中，密码子优化还克服了输出的Rev/RRE要求，使得优化的序列为Rev非依赖性的。在一些实施方案中，密码子优化还减少了载体系统内不同构建体之间的同源重组(例如在gag-pol和env开放阅读框中重叠的区域之间)。在一些实施方案中，密码子优化导致病毒滴度增加和/或安全性提高。
在一些实施方案中，只有与INS有关的密码子被密码子优化。在其他实施方案中，除了包含gag-pol移码位点的序列外，所述序列全部是密码子优化的。
gag-pol基因包含编码gag-pol蛋白的两个重叠阅读框。两种蛋白质的表达取决于翻译期间的移码。由于翻译期间核糖体“滑动”而发生这种移码。这种滑动被认为至少部分是由核糖体-停滞RNA二级结构引起的。这种二级结构存在于gag-pol基因中的移码位点的下游。对于HIV，重叠区从gag起点(其中核苷酸1是gag ATG的A)下游的核苷酸1222延伸到gag的末尾(nt 1503)。因此，跨越移码位点的281bp片段和两个阅读框的重叠区优选不是密码子优化的。在一些实施方案中，保留此片段将能够更有效地表达gag-pol蛋白。对于EIAV，重叠的起点位于nt 1262(其中核苷酸1是gag ATG的A)。重叠的末尾位于nt 1461。为了确保移码位点和gag-pol重叠被保留，可以保留从nt1156到1465的野生型序列。
在一些实施方案中，例如为了适应方便的限制性位点，可以从最佳密码子使用中进行衍生，并且可以将保守氨基酸改变引入gag-pol蛋白中。
在一些实施方案中，密码子优化是基于哺乳动物系统中具有较差密码子使用的密码子。可以改变第三个碱基，有时也可以改变第二和第三个碱基。
在一些实施方案中，由于遗传密码的简并性，可以理解，技术人员可以获得许多gag-pol序列。此外，描述了许多逆转录病毒变体，它们可以用作产生密码子优化的gag-pol序列的起点。慢病毒基因组可以是相当可变的。例如，存在许多仍有功能的HIV-I的准种类。这也是EIAV的情况。这些变体可以用于增强转导过程的特定部分。HIV-I变体的实例可以在os Alamos国家实验室维护的HIV数据库中找到。EIAV克隆的细节可以在国家卫生研究院(National Institutes of Health)维护的NCBI数据库中找到。
在一些实施方案中，密码子优化的gag-pol序列的策略可以用于任何逆转录病毒，例如EIAV、FIV、BIV、CAEV、VMR、SIV、HIV-I和HIV-2。此外，此方法可以用于增加来自HTLV-I、HTLV-2、HFV、HSRV和人内源性逆转录病毒(HERV)、MLV和其他逆转录病毒的基因的表达。
在实施方案中，逆转录病毒载体包含包装信号，所述包装信号在仍保留env序列的载体中包含gag的255至360个核苷酸，或在剪接供体突变gag和env缺失的特定组合中包含gag的约40个核苷酸。在一些实施方案中，逆转录病毒载体包括包含一个或多个缺失的gag序列，例如所述gag序列包含可从N末端衍生的约360个核苷酸。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体、辅助细胞、辅助病毒或辅助质粒可包含逆转录病毒结构蛋白和辅助蛋白，例如gag、pol、env、tat、rev、vif、vpr、vpu、vpx或nef蛋白或其他逆转录病毒蛋白。在一些实施方案中，逆转录病毒蛋白源自相同的逆转录病毒。在一些实施方案中，逆转录病毒蛋白源自多于一种逆转录病毒，例如2种、3种、4种或更多种逆转录病毒。
在一些实施方案中，gag和pol编码序列通常在天然慢病毒中被组织为Gag-Pol前体。gag序列编码55-kD Gag前体蛋白，也称为p55。p55在成熟过程期间被病毒编码的蛋白酶(pol基因的产物)切割成四种较小的蛋白质，命名为MA(基质[p17])、CA(衣壳[p24])、NC(核衣壳[p9])和p6。pol前体蛋白被病毒编码的蛋白酶从Gag上切割开，并进一步消化以分离蛋白酶(p10)、RT(p50)、RNA酶H(p15)和整合酶(p31)活性。
在一些实施方案中，慢病毒载体是整合缺陷的。在一些实施方案中，pol是整合酶缺陷的，诸如由于整合酶基因中的突变而编码。例如，pol编码序列可以含有整合酶中的失活突变，诸如通过突变参与催化活性的一个或多个氨基酸，即突变天冬氨酸64、天冬氨酸116和/或谷氨酸152中的一个或多个。在一些实施方案中，整合酶突变是D64V突变。在一些实施方案中，整合酶中的突变允许将病毒RNA包装成慢病毒。在一些实施方案中，整合酶中的突变允许将病毒蛋白包装成慢病毒。在一些实施方案中，整合酶中的突变降低了插入诱变的可能性。在一些实施方案中，整合酶中的突变降低了产生具有复制能力的重组体(RCR)的可能性(Wanisch等人2009.Mol Ther.1798):1316-1332)。在一些实施方案中，天然Gag-Pol序列可以用于辅助载体(例如辅助质粒或辅助病毒)，或者可以进行修饰。这些修饰包括嵌合Gag-Pol，其中Gag和Pol序列获自不同的病毒(例如不同的物种、亚种、病毒株、分化体等)，和/或其中所述序列已被修饰以改善转录和/或翻译和/或减少重组。
在一些实施方案中，逆转录病毒核酸包括编码gag蛋白的150-250个(例如168个)核苷酸部分的多核苷酸，所述多核苷酸(i)包括相对于野生型INS1减少RNA核输出限制的突变INS1抑制序列，(ii)含有导致移码和提前终止的两个核苷酸插入，和/或(iii)不包括gag的INS2、INS3和INS4抑制序列。
在一些实施方案中，本文所述的载体是包含逆转录病毒(例如慢病毒)序列和非慢病毒病毒序列的杂合载体。在一些实施方案中，杂合载体包含用于逆转录、复制、整合和/或包装的逆转录病毒(例如慢病毒)序列。
在一些实施方案中，大部分或全部病毒载体骨架序列源自慢病毒，例如HIV-1。然而，应当理解，可以使用或组合许多不同来源的逆转录病毒和/或慢病毒序列，并且可以容纳某些慢病毒序列中的许多取代和改变而不损害转移载体执行本文所述的功能的能力。Naldini等人,(1996a、1996b和1998)；Zufferey等人,(1997)；Dull等人,1998,美国专利第6,013,516号和第5,994,136号中描述了多种慢病毒载体，其中许多可以适于产生逆转录病毒核酸。
在一些实施方案中，在原病毒的每个末端，通常发现长末端重复序列(LTR)。LTR通常包含位于逆转录病毒核酸末端的结构域，在其天然序列背景下其是正向重复序列并且含有U3、R和U5区。LTR通常促进逆转录病毒基因的表达(例如，基因转录物的促进、起始和聚腺苷酸化)和病毒复制。LTR可包含许多调节信号，包括转录控制元件、聚腺苷酸化信号和用于病毒基因组复制和整合的序列。病毒LTR通常分为三个区域，称为U3、R和U5。U3区通常含有增强子和启动子元件。U5区通常是在引物结合位点与R区之间的序列，并且可以含有聚腺苷酸化序列。R(重复)区可以侧接U3和U5区。LTR通常由U3、R和U5区构成并且可以出现在病毒基因组的5'和3'末端。在一些实施方案中，与5'LTR相邻的是用于逆转录基因组(tRNA引物结合位点)和用于将病毒RNA有效包装成颗粒(Psi位点)的序列。
在一些实施方案中，包装信号可包含位于逆转录病毒基因组内介导病毒RNA插入到病毒衣壳或颗粒中的序列，参见例如Clever等人,1995.J.of Virology,第69卷第4期；第2101-2109页。几种逆转录病毒载体使用最小包装信号(psi[Ψ]序列)用于病毒基因组的衣壳化。
在各种实施方案中，逆转录病毒核酸包含经修饰的5'LTR和/或3'LTR。LTR中的任一个或两个可包含一个或多个修饰，包括但不限于一个或多个缺失、插入或取代。通常对3'LTR进行修饰以通过使病毒成为复制缺陷的(例如不能完全、有效地复制从而不产生感染性病毒体的病毒(例如复制缺陷慢病毒子代))来改善慢病毒或逆转录病毒系统的安全性。
在一些实施方案中，载体是自我失活(SIN)载体，例如复制缺陷载体，例如逆转录病毒或慢病毒载体，其中右(3')LTR增强子-启动子区(称为U3区)已被修饰(例如通过缺失或取代)以防止病毒转录超过第一轮病毒复制。这是因为在病毒复制期间右(3')LTR U3区可以用作左(5')LTR U3区的模板，并且因此不存在U3增强子-启动子会抑制病毒复制。在实施方案中，3'LTR被修饰使得U5区被除去、改变或例如被外源聚(A)序列替换。3'LTR、5'LTR或3'和5'LTR两者可以是经修饰的LTR。
在一些实施方案中，5'LTR的U3区被异源启动子替换以在病毒颗粒产生期间驱动病毒基因组的转录。可以使用的异源启动子的实例包括例如病毒猿猴病毒40(SV40)(例如早期或晚期)、巨细胞病毒(CMV)(例如立即早期)、莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)、劳斯肉瘤病毒(RSV)和单纯疱疹病毒(HSV)(胸苷激酶)启动子。在一些实施方案中，启动子能够以Tat非依赖性方式驱动高水平的转录。在某些实施方案中，异源启动子在控制病毒基因组转录的方式方面具有附加的优点。例如，异源启动子可以是诱导型的，使得只有当存在诱导因子时才发生全部或部分病毒基因组的转录。诱导因子包括但不限于一种或多种化学化合物或培养宿主细胞的生理条件诸如温度或pH。
在一些实施方案中，病毒载体包含TAR(反式激活反应)元件，例如位于慢病毒(例如HIV)LTR的R区中。此元件与慢病毒反式激活因子(tat)遗传元件相互作用以增强病毒复制。然而，例如在其中5'LTR的U3区被异源启动子替换的实施方案中，此元件不是必需的。
在一些实施方案中，R区(例如逆转录病毒LTR内起始于封端基团的起点(即转录的起点)并紧接在多聚A片段的起点之前终止的区域)可以侧接U3和U5区。R区在将新生DNA从基因组的一端转移到另一端的逆转录期间起作用。
在一些实施方案中，逆转录病毒核酸还可包含FLAP元件，例如其序列包括逆转录病毒(例如HIV-1或HIV-2)的中央多嘌呤区和中央终止序列(cPPT和CTS)的核酸。合适的FLAP元件在美国专利第6,682,907号中和在Zennou等人,2000,Cell,101:173中有所描述，所述文献通过引用整体并入本文。在HIV-1逆转录期间，正链DNA在中央多嘌呤区(cPPT)的中央起始和在中央终止序列(CTS)的中央终止可以导致三链DNA结构的形成：HIV-1中央DNA瓣。在一些实施方案中，逆转录病毒或慢病毒载体骨架包含在编码外源性剂的基因上游或下游的一个或多个FLAP元件。例如，在一些实施方案中，转移质粒包括FLAP元件，例如源自或分离自HIV-1的FLAP元件。
在实施方案中，逆转录病毒或慢病毒核酸包含一个或多个输出元件，例如调节将RNA转录物从细胞核转运到细胞质的顺式作用转录后调控元件。RNA输出元件的实例包括但不限于人免疫缺陷病毒(HIV)rev反应元件(RRE)(参见例如Cullen等人,1991.J.Virol.65:1053；以及Cullen等人,1991.Cell 58:423)和乙型肝炎病毒转录后调控元件(HPRE)，所述文献通过引用整体并入本文。通常，将RNA输出元件置于基因的3'UTR内，并且可以作为一个或多个拷贝插入。
在一些实施方案中，通过将转录后调控元件、聚腺苷酸化位点和转录终止信号中的一个或多个(例如，全部)掺入载体中来增加异源序列的表达。多种转录后调控元件可以增加异源核酸表达于蛋白质，例如土拨鼠肝炎病毒转录后调控元件(WPRE；Zufferey等人,1999,J.Virol.,73:2886)；存在于乙型肝炎病毒(HPRE)中的转录后调控元件(Huang等人,Mol.Cell.Biol.,5:3864)；等等(Liu等人,1995,Genes Dev.,9:1766)，所述文献中的每一篇通过引用整体并入本文。在一些实施方案中，本文所述的逆转录病毒核酸包含转录后调控元件诸如WPRE或HPRE。
在一些实施方案中，本文所述的逆转录病毒核酸缺乏或不包含转录后调控元件诸如WPRE或HPRE。
在一些实施方案中，可包括指导异源核酸转录物终止和聚腺苷酸化的元件，例如以增加外源性剂的表达。可以在聚腺苷酸化信号的下游发现转录终止信号。在一些实施方案中，载体包含编码外源性剂的多核苷酸3'的聚腺苷酸化序列。聚A位点可包含指导RNA聚合酶II终止和聚腺苷酸化新生RNA转录物的DNA序列。聚腺苷酸化序列可以通过向编码序列的3'末端添加聚A尾来促进mRNA稳定性，并且因此有助于增加翻译效率。可以用于逆转录病毒核酸中的聚A信号的例示性实例包括AATAAA、ATTAAA、AGTAAA、牛生长激素聚A序列(BGHpA)、兔β珠蛋白聚A序列(rβgpA)或另一种合适的异源或内源聚A序列。
在一些实施方案中，逆转录病毒或慢病毒载体还包含一个或多个绝缘子元件，例如本文所述的绝缘子元件。
在各种实施方案中，载体包含与编码外源性剂的多核苷酸可操作地连接的启动子。载体可以具有一个或多个LTR，其中任一个LTR包含一个或多个修饰，诸如一个或多个核苷酸取代、添加或缺失。载体还可包含一个或多个增加转导效率的辅助元件(例如cPPT/FLAP)、病毒包装(例如Psi(Ψ)包装信号，RRE)和/或增加外源基因表达的其他元件(例如聚(A)序列)，并且可以包含WPRE或HPRE。
在一些实施方案中，慢病毒核酸例如从5'至3'包含以下中的一种或多种(例如全部)：启动子(例如CMV)、R序列(例如包含TAR)、U5序列(例如用于整合)、PBS序列(例如用于逆转录)、DIS序列(例如用于基因组二聚化)、psi包装信号、部分gag序列、RRE序列(例如用于核输出)、cPPT序列(例如用于核输入)、驱动外源性剂表达的启动子、编码外源性剂的基因、WPRE序列(例如，用于有效的转基因表达)、PPT序列(例如，用于逆转录)、R序列(例如，用于聚腺苷酸化和终止)和U5信号(例如，用于整合)。
2.包装载体
大规模载体颗粒生产通常有助于获得所需浓度的载体颗粒。可以通过将转移载体转染到包装细胞系中来产生颗粒，所述包装细胞系包含病毒结构和/或辅助基因，例如gag、pol、env、tat、rev、vif、vpr、vpu、vpx或nef基因或其他逆转录病毒基因。
在一些实施方案中，包装载体是缺乏包装信号的表达载体或病毒载体，并且包含编码一种、两种、三种、四种或更多种病毒结构和/或辅助基因的多核苷酸。通常，包装载体包含在生产细胞中，并且通过转染、转导或感染引入细胞中。可以通过转染、转导或感染将逆转录病毒(例如慢病毒)转移载体引入生产细胞系中，以产生源细胞或细胞系。通过标准方法将包装载体引入人细胞或细胞系，所述标准方法包括例如磷酸钙转染、脂质转染或电穿孔。在一些实施方案中，将包装载体与显性选择标记诸如新霉素、潮霉素、嘌呤霉素、杀稻瘟菌素、博来霉素(zeocin)、胸苷激酶、DHFR、Gln合成酶或ADA一起引入细胞中，随后在适当药物的存在下进行选择并分离克隆。选择标记基因可以例如通过IRES或自切割病毒肽与由包装载体编码的基因物理连接。
在一些实施方案中，生产细胞系包括不含有包装信号但稳定或瞬时表达可以包装病毒颗粒的病毒结构蛋白和复制酶(例如gag、pol和env)的细胞系。可以使用任何合适的细胞系，例如哺乳动物细胞，例如人细胞。可以使用的合适细胞系包括例如CHO细胞、BHK细胞、MDCK细胞、C3H 10T1/2细胞、FLY细胞、Psi-2细胞、BOSC 23细胞、PA317细胞、WEHI细胞、COS细胞、BSC 1细胞、BSC 40细胞、BMT 10细胞、VERO细胞、W138细胞、MRC5细胞、A549细胞、HT1080细胞、293细胞、293T细胞、B-50细胞、3T3细胞、NIH3T3细胞、HepG2细胞、Saos-2细胞、Huh7细胞、HeLa细胞、W163细胞、211细胞和211A细胞。在实施方案中，包装细胞是293细胞、293T细胞或A549细胞。
在一些实施方案中，源细胞系包括能够产生重组逆转录病毒颗粒的细胞系，所述细胞系包含生产细胞系和包含包装信号的转移载体构建体。制备病毒原液的方法由例如Y.Soneoka等人(1995)Nucl.Acids Res.23:628-633和N.R.Landau等人(1992)J.Virol.66:5110-5113描绘，所述文献通过引用并入本文。可以从生产细胞收集感染性病毒颗粒，例如通过细胞裂解或收集细胞培养物的上清液。可以富集或纯化所收集的病毒颗粒。
在一些实施方案中，源细胞包含一种或多种质粒，所述质粒编码可包装病毒颗粒的病毒结构蛋白和复制酶(例如gag、pol和env)。在一些实施方案中，编码gag、pol和env前体中的至少两种的序列在相同质粒上。在一些实施方案中，编码gag、pol和env前体的序列在不同的质粒上。在一些实施方案中，编码gag、pol和env前体的序列具有相同的表达信号，例如启动子。在一些实施方案中，编码gag、pol和env前体的序列具有不同的表达信号，例如不同的启动子。在一些实施方案中，gag、pol和env前体的表达是诱导型的。在一些实施方案中，在相同时间或在不同时间转染编码病毒结构蛋白和复制酶的质粒。在一些实施方案中，在与包装载体相同的时间或不同的时间转染编码病毒结构蛋白和复制酶的质粒。
在一些实施方案中，源细胞系包含一个或多个稳定整合的病毒结构基因。在一些实施方案中，稳定整合的病毒结构基因的表达是诱导型的。
在一些实施方案中，病毒结构基因的表达在转录水平上受到调节。在一些实施方案中，病毒结构基因的表达在翻译水平上受到调节。在一些实施方案中，病毒结构基因的表达在翻译后水平受到调节。
在一些实施方案中，病毒结构基因的表达受四环素(Tet)依赖性系统调节，其中Tet调节的转录阻遏物(Tet-R)结合在启动子中包含的DNA序列并且通过空间位阻抑制转录(Yao等人,1998；Jones等人,2005)。在添加多西环素(dox)后，Tet-R被释放，从而允许转录。多种其他合适的转录调节启动子、转录因子和小分子诱导物适合用于调节病毒结构基因的转录。
在一些实施方案中，将在Tet调节的启动子的控制下并与抗生素抗性盒偶联的第三代慢病毒组分、人免疫缺陷病毒1型(HIV)、Rev、Gag/Pol和包膜分别整合到源细胞基因组中。在一些实施方案中，源细胞仅在基因组中整合了一个拷贝的Rev、Gag/Pol和包膜蛋白中的每一种。
在一些实施方案中，编码外源性剂的核酸(例如，编码外源性剂的逆转录病毒核酸)也被整合到源细胞基因组中。
在一些实施方案中，本文所述的逆转录病毒核酸不能进行逆转录。在实施方案中，这样的核酸能够瞬时表达外源性剂。逆转录病毒或VLP可能包含无效的逆转录酶蛋白，或者可能不包含逆转录酶蛋白。在实施方案中，逆转录病毒核酸包含无效的引物结合位点(PBS)和/或att位点。在实施方案中，一种或多种病毒辅助基因(包括rev、tat、vif、nef、vpr、vpu、vpx和S2或其功能等效物)在逆转录病毒核酸中是无效的或缺失的。在实施方案中，选自S2、rev和tat的一个或多个辅助基因在逆转录病毒核酸中是无效的或缺失的。
E.媒介物靶向和再靶向
在一些实施方案中，媒介物还包含特异性结合靶配体的载体表面靶向部分。本领域技术人员将认识到，本文提供的媒介物含有附着和/或融合糖蛋白，并且能够结合靶细胞并将媒介物内容物递送至靶细胞的细胞质。本领域技术人员还将认识到，这是由于涉及病毒膜直接与靶细胞质膜融合的天然病毒进入机制。
本领域技术人员将进一步认识到，许多病毒(诸如副粘病毒)与唾液酸受体结合，并且因此相应的衍生媒介物一般可将其内容物递送至几乎任何种类的表达唾液酸受体的细胞。其他病毒(诸如尼帕病毒和HIV)与蛋白受体结合，并且因此相应的媒介物具有与每种病毒及其表面蛋白的天然向性相匹配的特异性。
此外，将认识到存在“再靶向”附着蛋白的技术，使其使得媒介物仅与表达感兴趣的标志蛋白的特定细胞或细胞类型相互作用(Msaouel等人,Meths Mol Biol 797:141-162,2012)。因此，媒介物表面糖蛋白可以用其他靶向蛋白补充或替换，包括但不限于抗体以及它们的抗原结合片段、受体配体和受益于本公开内容的本领域技术人员显而易见的其他方法。在一些实施方案中，载体表面靶向部分是多肽。在一些实施方案中，多肽是融合剂。
1.融合剂
在一些实施方案中，所提供的媒介物(例如脂质颗粒，诸如病毒载体或病毒样颗粒)含有一种或多种融合剂。在一些实施方案中，脂质颗粒(例如病毒载体或病毒样颗粒)含有外源或过表达的融合剂。在一些实施方案中，融合剂被置于脂质双层中。在一些实施方案中，融合剂促进脂质颗粒与膜的融合。在一些实施方案中，膜是浆细胞膜。在一些实施方案中，将包含融合剂的脂质颗粒(诸如病毒或非病毒载体)整合到靶细胞的脂质双层膜中。在一些实施方案中，融合剂导致脂质颗粒中的脂质与靶细胞中的脂质之间的混合。在一些实施方案中，融合剂导致在非细胞颗粒内部与靶细胞的胞质溶胶之间形成一个或多个孔。
在一些实施方案中，融合剂是基于蛋白质、基于脂质和基于化学的融合剂。在一些实施方案中，脂质颗粒(例如病毒载体或病毒样颗粒)含有作为蛋白质融合剂的第一融合剂和作为脂质剂或化学融合剂的第二融合剂。在一些实施方案中，融合剂结合靶细胞表面上的融合剂结合配偶体。在一些实施方案中，脂质颗粒是用融合剂假型化的病毒载体或病毒样颗粒。在一些实例中，病毒样颗粒的病毒对其包膜蛋白中的一种或多种进行了修饰，例如包膜蛋白被来自另一种病毒的包膜蛋白取代。在一些实施方案中，逆转录病毒包膜蛋白(例如慢病毒包膜蛋白)用融合剂假型化。
在一些实施方案中，融合剂是蛋白质融合剂，例如哺乳动物蛋白质或哺乳动物蛋白质的同源物(例如，具有50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大同一性)、非哺乳动物蛋白质(诸如病毒蛋白或病毒蛋白的同源物)(例如，具有50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大同一性)、天然蛋白质、天然蛋白质的衍生物、合成蛋白质、其片段、其变体、包含一种或多种融合剂或片段的蛋白融合物以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，融合剂可以包括哺乳动物蛋白。哺乳动物融合剂的实例可包括但不限于SNARE家族蛋白(诸如vSNARE和tSNA RE)、合胞素蛋白(诸如合胞素-1(DOI:10.1128/JVI.76.13.6442–6452.2002)和合胞素-2)、成肌蛋白(Myomaker)(biorxiv.org/content/early/2017/04/02/123158,doi.org/10.1101/123158,doi:10.1096/fj.201600945R,doi:10.1038/nature12343)、myomixer(www.nature.com/nature/journal/v499/n7458/full/nature12343.html,doi:10.1038/nature12343)、myomer ger(science.sciencemag.org/content/early/2017/04/05/science.aam9361,DOI:10.1126/science.aam9361)/FGFRL1(成纤维细胞生长因子受体样1)、Minion(doi.org/10.1101/122697)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAP DH)的同种型(例如，如US 6,099,857A中所公开)、间隙连接蛋白诸如联接蛋白43、联接蛋白40、联接蛋白45、联接蛋白32或联接蛋白37(例如，如US2007/0224176中所公开的)、Hap2、能够诱导异源细胞间合胞体形成的任何蛋白质、具有融合剂特性的任何蛋白质、其同源物，其片段、其变体以及包含一种或多种蛋白质或其片段的蛋白质融合物。在一些实施方案中，融合剂由在人基因组中发现的人内源性逆转录病毒元件(hERV)编码。在US 6,099,857A和US2007/0224176中公开了另外的示例性融合剂，所述专利的全部内容通过引用并入本文。
在一些实施方案中，融合剂可包括非哺乳动物蛋白，例如病毒蛋白。在一些实施方案中，病毒融合剂是I类病毒膜融合蛋白、II类病毒膜融合蛋白、III类病毒膜融合蛋白、病毒膜糖蛋白或其他病毒融合蛋白、或其同源物、其片段、其变体或包含一种或多种蛋白质或其片段的蛋白融合物。
在一些实施方案中，I类病毒膜融合蛋白包括但不限于杆状病毒F蛋白，例如核多角体病毒(NPV)属的F蛋白，例如MNPV甜菜夜蛾(SeMNPV)F蛋白和舞毒蛾MNPV(LdMNPV)以及副粘病毒F蛋白。
在一些实施方案中，II类病毒膜蛋白包括但不限于蜱骨脑炎E(TBEV E)、塞姆利基森林病毒E1/E2。
在一些实施方案中，III类病毒膜融合蛋白包括但不限于弹状病毒G(例如，水疱性口炎病毒(VSV-G)的融合蛋白G)、疱疹病毒糖蛋白B(例如，单纯疱疹病毒1(HSV-1)gB))、爱泼斯坦-巴尔病毒糖蛋白B(EBV gB)、托高土病毒G、杆状病毒gp64(例如，苜蓿银纹夜蛾多个NPV(AcMNPV)gp64)、狒狒内源性逆转录病毒包膜糖蛋白(BaEV)和玻那症病毒(Bornadisease virus，BDV)糖蛋白(BDV G)。
其他病毒融合剂的实例，例如膜糖蛋白和病毒融合蛋白，包括但不限于：病毒合胞体蛋白，例如流感血凝素(HA)或突变体或其融合蛋白；1型人免疫缺陷病毒包膜蛋白(HIV-1ENV)、来自形成淋巴细胞合胞体的HIV结合LFA-1的gp120、HIV gp41、HIV gp160或HIV转录反式激活因子(TAT)；病毒糖蛋白VSV-G、来自弹状病毒科水疱性口炎病毒的病毒糖蛋白；水痘带状疱疹病毒的糖蛋白gB和gH-gL(VZV)；鼠白血病病毒(MLV)-10A1；长臂猿白血病病毒糖蛋白(GaLV)；狂犬病病毒、莫科拉病毒、水疱性口炎病毒和披膜病毒中的G型糖蛋白；鼠肝炎病毒JHM表面投影蛋白；猪呼吸道冠状病毒刺突和膜糖蛋白；禽传染性支气管炎刺突糖蛋白及其前体；牛肠道冠状病毒刺突蛋白；麻疹病毒的F和H、HN或G基因；犬瘟热病毒、新城疫病毒、人副流感病毒3、猿猴病毒41、仙台病毒和人呼吸道合胞病毒；人疱疹病毒1和猴水痘病毒的gH，伴有伴侣蛋白gL；人、牛和猕猴疱疹病毒gB；弗瑞德鼠白血病病毒和梅森-菲舍猴病毒的包膜糖蛋白；腮腺炎病毒血凝素神经氨酸酶和糖蛋白F1和F2；委内瑞拉马脑炎的膜糖蛋白；副粘病毒F蛋白；SIV gp160蛋白；埃博拉病毒G蛋白；或仙台病毒融合蛋白、或其同源物、其片段、其变体以及包含一种或多种蛋白质或其片段的蛋白融合物。
非哺乳动物融合剂包括病毒融合剂、其同源物、其片段以及包含一种或多种蛋白质或其片段的融合蛋白。病毒融合剂包括I类融合剂、II类融合剂、III类融合剂和IV类融合剂。在实施方案中，I类融合剂诸如人免疫缺陷病毒(HIV)gp41，具有特征性融合后构象，具有带有中心卷曲螺旋结构的α-螺旋发夹的特征三聚体。I类病毒融合蛋白包括具有中央融合后六螺旋束的蛋白质。I类病毒融合蛋白包括流感HA、副流感F、HIV Env、埃博拉GP、来自正粘病毒的血凝素、来自副粘病毒的F蛋白(例如麻疹，(Katoh等人BMC Biotechnology2010,10:37))、来自逆转录病毒的ENV蛋白以及丝状病毒和冠状病毒的融合剂。在实施方案中，II类病毒融合剂诸如登革热E糖蛋白，具有形成延长的胞外域的β-折叠的结构特征，所述胞外域重折叠产生发夹三聚体。在实施方案中，II类病毒融合剂缺乏中央卷曲螺旋。II类病毒融合剂可在甲病毒(例如E1蛋白)和黄病毒(例如E糖蛋白)中发现。II类病毒融合剂包括来自塞姆利基森林病毒、辛比斯病毒、风疹病毒和登革热病毒的融合剂。在实施方案中，III类病毒融合剂诸如水疱性口炎病毒G糖蛋白结合了在I类和II类中发现的结构特征。在实施方案中，III类病毒融合剂包含α螺旋(例如，与I类病毒融合剂一样，形成六螺旋束以折叠蛋白质)和在其末端具有两亲融合肽的β折叠，使人想起II类病毒融合剂。III类病毒融合剂可在弹状病毒和疱疹病毒中发现。在实施方案中，IV类病毒融合剂是融合相关性小跨膜(FAST)蛋白(doi:10.1038/sj.emboj.7600767,Nesbitt,Rae L.,"TargetedIntracellular Therapeutic Delivery Using Liposomes Formulated withMultifunctional FAST proteins"(2012)。Electronic Thesis and DissertationRepository.论文388)，其由无包膜呼肠孤病毒编码。在实施方案中，IV类病毒融合剂足够小，以至于它们不形成发夹(doi:10.1146/annurev-cellbio-101512-122422,
doi:10.1016/j.devcel.2007.12.008)。
在US 9,695,446、US2004/0028687、US 6,416,997、US 7,329,807、US2017/0112773、US2009/0202622、WO 2006/027202和US 2004/0009604中公开了另外的示例性融合剂，所有这些文献的全部内容通过引用并入本文。
在一些实施方案中，融合剂是痘病毒科融合剂。
在一些实施方案中，融合剂是副粘病毒融合剂。在一些实施方案中，融合剂可以是副粘病毒科的包膜糖蛋白G、H和/或F蛋白。在一些实施方案中，融合剂含有尼帕病毒蛋白F、麻疹病毒F蛋白、树鼩副粘病毒F蛋白、副粘病毒F蛋白、亨德拉病毒F蛋白、亨尼帕病毒F蛋白、麻疹病毒F蛋白、呼吸道病毒F蛋白、仙台病毒F蛋白、腮腺炎病毒F蛋白或禽腮腺炎病毒F蛋白。在一些实施方案中，脂质颗粒包括含有亨尼帕病毒包膜附着糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分和/或亨尼帕病毒包膜融合糖蛋白F(F蛋白)或其生物活性部分。
在特定实施方案中，融合剂是杆状病毒的糖蛋白GP64、糖蛋白GP64变体E45K/T259A。
在一些实施方案中，融合剂是来自呼吸道副粘病毒的血凝素-神经氨酸酶(HN)和融合(F)蛋白(F/HN)。在一些实施方案中，呼吸道副粘病毒是仙台病毒。仙台病毒的HN和F糖蛋白通过HN蛋白与唾液酸结合，并且通过F蛋白介导细胞融合以进入细胞。在一些实施方案中，F蛋白的序列如SEQ ID.NO 46中所示。在一些实施方案中，F蛋白被截短，并且在SEQID.NO 46的C末端缺乏多达42个连续氨基酸，诸如多达42个、41个、40个、30个、38个、37个、36个、35个、34个、33个、32个、31个、30个、29个、28个、27个、26个、25个、24个、23个、22个、21个、20个、19个、18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个连续氨基酸。
在一些实施方案中，HN蛋白的序列如SEQ ID.NO 47中所示。在一些实施方案中，HN蛋白被修饰，诸如通过对C末端结构域的修饰。在一些实施方案中，HN蛋白的序列如SEQID.NO 48中所示。
在一些实施方案中，融合剂是来自鼠副流感病毒1型的F和/或HN蛋白(参见例如，美国专利第10704061号)。
a.G蛋白
在一些实施方案中，G蛋白是亨尼帕病毒G蛋白或其生物活性部分。在一些实施方案中，亨尼帕病毒G蛋白是亨德拉(HeV)病毒G蛋白、尼帕(NiV)病毒G蛋白(NiV-G)、雪松(CedPV)病毒G蛋白、墨江病毒(Mojiang virus)G蛋白、蝙蝠副粘病毒G蛋白或其生物活性部分。示例性G蛋白的非限制性列表示于表4A中。
附着G蛋白是II型跨膜糖蛋白，其含有N末端胞质尾(例如对应于SEQ ID NO:5的氨基酸1-49)、跨膜结构域(例如对应于SEQ ID NO:5的氨基酸50-70)以及含有细胞外茎(例如对应于SEQ ID NO:5的氨基酸71-187)和球状头(对应于SEQ ID NO:5的氨基酸188-602)的细胞外结构域。N末端胞质结构域在脂质双层的内部内腔中，并且C末端部分是暴露在脂质双层外侧的细胞外结构域。已显示C末端区中的茎的区域(例如，对应于NiV-G的氨基酸159-167)参与与F蛋白的相互作用和F蛋白融合的触发(Liu等人2015J of Virology 89:1838)。在野生型G蛋白中，球状头介导受体与亨尼帕病毒进入受体肝配蛋白B2和肝配蛋白B3的结合，但不是膜融合所必需的(Brandel-Tretheway等人Journal of Virology.2019.93(13)e00577-19)。
在本文的特定实施方案中，G蛋白的向性被修饰。G蛋白与结合配偶体的结合可以触发由相容的F蛋白或其生物活性部分介导的融合。本文所公开的G蛋白序列主要公开为包括翻译起始所必需的N末端甲硫氨酸的表达序列。由于这样的N末端甲硫氨酸通常被共翻译或翻译后切割，所以本文所公开的所有G蛋白序列的成熟蛋白序列也被认为缺乏N末端甲硫氨酸。
G糖蛋白在亨尼帕病毒物种之间高度保守。例如，NiV和HeV病毒的G蛋白共享79％的氨基酸同一性。研究已显示G蛋白与不同物种的F蛋白之间的高度相容性，如通过异型融合激活所证明(Brandel-Tretheway等人Journal of Virology.2019)。如下所述，再靶向脂质颗粒可以含有来自不同物种的异源蛋白质。
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在一些实施方案中，G蛋白具有SEQ ID NO:5-15中的任一个中所示的序列，或是具有与SEQ ID NO:5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15中的任一个至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、至少或约86％、至少或约87％、至少或约88％、至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、至少或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％相同的序列的其功能活性变体或生物活性部分。
在特定实施方案中，G蛋白或功能活性变体或生物活性部分是与亨尼帕病毒F蛋白(例如NiV-F或HeV-F)一起保留融合活性的蛋白。融合活性包括G蛋白与亨尼帕病毒F蛋白结合以促进或帮助两个膜内腔(诸如在其脂质双层中包埋了亨尼帕病毒F和G蛋白的靶向脂质颗粒的内腔)和靶细胞(例如含有被靶向包膜蛋白识别或结合的表面受体或分子的细胞)的细胞质融合的活性。在一些实施方案中，F蛋白和G蛋白来自相同的亨尼帕病毒属物种(例如NiV-G和NiV-F)。在一些实施方案中，F蛋白和G蛋白来自不同的亨尼帕病毒属物种(例如NiV-G和HeV-F)。
在特定的实施方案中，G蛋白具有SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQID NO:14或SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列，或是保留融合活性的其功能活性变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，功能活性变体包含与SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15具有至少或约80％、至少或约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列并保留与亨尼帕病毒F蛋白(例如NiV-F或HeV-F)结合的融合活性。在一些实施方案中，生物活性部分具有与SEQID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ IDNO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15具有至少或约80％、至少或约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列并保留与亨尼帕病毒F蛋白(例如NiV-F或HeV-F)结合的融合活性。
提及保留融合活性包括相应野生型F蛋白(诸如SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15所示)结合水平或程度的为或约10％至为或约150％或更大的活性(与亨尼帕病毒F蛋白结合)，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约10％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约15％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约20％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约25％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约30％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约35％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约40％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约45％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约50％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约55％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约60％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约65％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约70％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约75％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约80％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约85％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约90％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约95％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约100％，诸如相应野生型F蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约120％。
在一些实施方案中，G蛋白是含有一个或多个氨基酸突变(诸如一个或多个氨基酸插入、缺失、取代或截短)的功能活性变体或生物活性部分的突变体G蛋白。在一些实施方案中，本文所述的突变涉及与参考G蛋白序列相比氨基酸的氨基酸插入、缺失、取代或截短。在一些实施方案中，参考G蛋白序列是G蛋白的野生型序列或其生物活性部分。在一些实施方案中，其功能活性变体或生物活性部分是野生型亨德拉(HeV)病毒G蛋白、野生型尼帕(NiV)病毒G蛋白(NiV-G)、野生型雪松(CedPV)病毒G蛋白、野生型墨江病毒G蛋白、野生型蝙蝠副粘病毒G蛋白的突变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，野生型G蛋白具有SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15中的任一个中所示的序列。
在一些实施方案中，G蛋白是突变体G蛋白，其是野生型亨德拉(HeV)病毒G蛋白、野生型尼帕(NiV)病毒G蛋白(NiV-G)、野生型雪松(CedPV)病毒G蛋白、野生型墨江病毒G蛋白、野生型蝙蝠副粘病毒G蛋白的N末端和/或C末端截短片段的生物活性部分。在特定的实施方案中，截短是全部或部分胞质结构域的N末端截短。在一些实施方案中，突变体G蛋白是生物活性部分，其被截短并在野生型G蛋白的N末端或其附近缺乏多达49个连续氨基酸残基，诸如SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15中的任一个中所示的野生型G蛋白。在一些实施方案中，突变体F蛋白被截短，并且在野生型G蛋白的N末端缺乏多达49个连续氨基酸，诸如多达49个、48个、47个、46个、45个、44个、43个、42个、41个、40个、30个、38个、37个、36个、35个、34个、33个、32个、31个、30个、29个、28个、27个、26个、25个、24个、23个、22个、21个、20个、19个、18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个连续氨基酸。
在一些实施方案中，G蛋白是野生型尼帕病毒G(NiV-G)蛋白或亨德拉病毒G蛋白，或是其功能活性变体或生物活性部分。在一些实施方案中，G蛋白是NiV-G蛋白，其具有SEQID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9中所示的序列，或是具有与SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、至少或约86％、至少或约87％、至少或约88％、至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％、至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的其功能变体或生物活性部分。
在一些实施方案中，G蛋白是突变体NiV-G蛋白，其是野生型NiV-G的生物活性部分。在一些实施方案中，生物活性部分是N末端截短的片段。在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白被截短，并且在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达5个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达6个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达7个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达8个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达9个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ IDNO:9)的N末端或附近缺乏多达10个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达11个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:8)的N末端或附近缺乏多达12个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达13个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达14个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达15个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达16个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达17个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达18个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达19个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达20个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达21个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达22个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达23个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达24个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达25个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达26个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达27个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达28个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达29个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达30个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达31个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达32个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达33个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达34个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达35个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达36个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9的N末端或附近缺乏多达37个连续氨基酸残基)，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达38个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达39个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达40个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达41个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQID NO:9)的N末端或附近缺乏多达42个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达43个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达44个连续氨基酸残基，或在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:8或SEQ ID NO:9)的N末端或附近缺乏多达45个连续氨基酸残基。
在一些实施方案中，NiV-G蛋白是不含有胞质结构域的生物活性部分。在一些实施方案中，没有胞质结构域的NiV-G蛋白由SEQ ID NO:39编码。
在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白包含SEQ ID NO:29-39中的任一个中所示的序列，或是具有与SEQ ID NO:29-39具有至少或80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的其功能变体。
在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:30或SEQ ID NO:31)的N末端处或附近具有5个氨基酸截短，诸如SEQ ID NO:32中所示，或与SEQ ID NO:32具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体，或诸如SEQ ID NO:33中所示，或与SEQ ID NO:33具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体，或诸如SEQ ID NO:34中所示，或与SEQ ID NO:34具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体。在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36或SEQ ID NO:37)的N末端处或附近具有10个氨基酸截短，诸如SEQ ID NO:35中所示，或与SEQ ID NO:35具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体，或诸如SEQ ID NO:36中所示，或与SEQ ID NO:36具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体，或诸如SEQ ID NO:37中所示，或与SEQ ID NO:37具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体。
在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:38或SEQID NO:39)的N末端处或附近具有15个氨基酸截短，诸如SEQ ID NO:38中所示，或与SEQ IDNO:38具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体，或诸如SEQID NO:39中所示，或与SEQ ID NO:39具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体。
在一些实施方案中，G蛋白是突变体HeV-G蛋白，其是野生型HeV-G的生物活性部分。在一些实施方案中，生物活性部分是N末端截短的片段。
在一些实施方案中，突变体G蛋白是突变体HeV-G蛋白，其具有SEQ ID NO:40或41中所示的序列，或是具有与SEQ ID NO:40或41具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、为或约85％、至少或约86％、至少或约87％、为或约88％、至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的其功能变体或生物活性部分。
在一些实施方案中，G蛋白是突变体HeV-G蛋白，其是野生型HeV-G的生物活性部分。在一些实施方案中，生物活性部分是N末端截短的片段。在一些实施方案中，突变体HeV-G蛋白被截短，并且在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达5个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达6个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达7个连续氨基酸残基、或在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达8个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达9个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达10个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达11个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达12个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达13个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达14个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达15个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达16个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达17个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达18个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达19个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达20个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达21个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达22个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达23个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达24个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达25个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达26个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达27个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达28个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达29个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达30个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达31个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达32个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达33个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达34个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达35个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达36个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达37个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达38个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达39个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达40个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达41个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达42个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达43个连续氨基酸残基，在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达44个连续氨基酸残基，或在野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端或附近缺乏多达45个连续氨基酸残基。在一些实施方案中，HeV-G蛋白是不含有胞质结构域的生物活性部分。在一些实施方案中，突变体HeV-G蛋白缺乏野生型HeV-G蛋白(SEQ ID NO:40或41)的N末端胞质结构域，诸如SEQ ID NO:68中所示或与具有SEQ ID NO:42具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的其功能变体。
在一些实施方案中，G蛋白或其功能活性变体或生物活性部分结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3。在一些方面，G蛋白具有在SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中的任一个中所示的氨基酸序列，或是能够结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的其功能活性变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，功能活性变体或生物活性部分具有与SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中的任一个具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、为或约86％、至少或约87％、至少或约88％或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列或其功能活性变体或生物活性部分，并且保留与肝配蛋白B2或B3的结合。
在一些实施方案中，功能活性变体或生物活性部分具有与SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中的任一个具有至少约80％、至少约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列或其功能活性变体或生物活性部分，并且保留与肝配蛋白B2或B3的结合。提及保留与肝配蛋白B2或B3的结合包括以下的结合：相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约5％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约10％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约15％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约20％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约25％，诸如SEQ ID NO:44、SEQID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约30％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约35％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约40％，诸如SEQ ID NO:44、SEQID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约45％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQID NO:12或SEQ ID NO:14，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约50％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约55％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约60％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约65％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约70％，诸如SEQ ID NO:44、SEQID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；诸如相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约75％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；诸如相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约80％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ IDNO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；诸如相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约85％，诸如SEQID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；诸如相应野生型G蛋白结合水平或程度的至少或至少约90％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分；或诸如相应野生型蛋白结合水平或程度的至少或至少约95％，诸如SEQ ID NO:44、SEQ IDNO:40或SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:12或SEQ ID NO:14中所示，或其功能活性变体或生物活性部分。在一些实施方案中，G蛋白是NiV-G或其功能活性变体或生物活性部分，并结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3。在一些方面，NiV-G具有SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中任一者所示的氨基酸序列，或者是其能够结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的功能活性变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，功能活性变体或生物活性部分具有与SEQ ID SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44具有至少约80％、至少约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列，并且保留与肝配蛋白B2或B3的结合。示例性生物活性部分包括缺乏全部或部分细胞质结构域(例如1个或多个，诸如1至49个连续的N末端氨基酸残基)的N末端截短的变体。提及保留与肝配蛋白B2或B3的结合包括以下的结合：相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约5％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约10％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约15％，诸如SEQ ID NO:8、SEQID NO:9或SEQ ID NO:44；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约20％，如SEQID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约25％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:4444中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约30％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9 9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约35％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约40％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约45％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约50％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约55％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约60％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约65％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约70％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；诸如相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约75％，诸如SEQ ID NO:8、SEQID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；诸如相应野生型NIV-G结合水平或程度的至少或至少约80％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；诸如相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约85％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示；诸如相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约90％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ IDNO:9或SEQ ID NO:44中所示；或诸如相应野生型NiV-G结合水平或程度的至少或至少约95％，诸如SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:44中所示。
在一些实施方案中，G蛋白或其生物是突变体G蛋白，其表现出对野生型G蛋白的天然结合配偶体的结合减少。在一些实施方案中，突变体G蛋白或其生物活性部分是野生型NiV-G的突变体，并且表现出与天然结合配偶体肝配蛋白B2或肝配蛋白B3中的一者或两者的结合减少。在一些实施方案中，突变体G蛋白或生物活性部分(诸如突变体NiV-G蛋白)表现出与天然结合配偶体的结合减少。在一些实施方案中，与肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的结合减少降低了大于为或约5％、为或约10％、为或约15％、为或约20％、为或约25％、为或约30％、为或约40％、为或约50％、为或约60％、为或约70％、为或约80％、为或约90％、或为或约100％。
在一些实施方案中，本文所述的突变可以改善转导效率。在一些实施方案中，本文所述的突变允许特异性靶向不是肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的其他期望的细胞类型。在一些实施方案中，本文所述的突变导致至少部分不能结合至少一种天然受体，这降低了与肝配蛋白B2或肝配蛋白B3中的至少一种的结合。在一些实施方案中，本文所述的突变干扰天然受体识别。
在一些实施方案中，G蛋白是HeV-G或其功能活性变体或生物活性部分，并结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3。在一些方面，HeV-G具有SEQ ID NO:40或41中任一者所示的氨基酸序列，或者是其能够结合肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的功能活性变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，功能活性变体或生物活性部分具有与SEQ ID NO:40或41具有至少约80％、至少约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列，并且保留与肝配蛋白B2或B3的结合。示例性生物活性部分包括缺乏全部或部分细胞质结构域(例如1个或多个，诸如1至49个连续的N末端氨基酸残基)的N末端截短的变体。提及保留与肝配蛋白B2或B3的结合包括以下的结合：相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约5％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约10％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约15％，诸如SEQ ID NO:66或67中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约20％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约25％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约30％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约35％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约40％，诸如NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约45％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约50％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约55％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约60％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约65％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约70％，诸如SEQ ID NO:18或52中所示；诸如相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约75％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；诸如相应野生型NIV-G结合水平或程度的至少或至少约80％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；诸如相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约85％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；诸如相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约90％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示；或诸如相应野生型HeV-G结合水平或程度的至少或至少约95％，诸如SEQ ID NO:40或41中所示。
在一些实施方案中，G蛋白或其生物是突变体G蛋白，其表现出对野生型G蛋白的天然结合配偶体的结合减少。在一些实施方案中，突变体G蛋白或其生物活性部分是野生型NiV-G的突变体，并且表现出与天然结合配偶体肝配蛋白B2或肝配蛋白B3中的一者或两者的结合减少。在一些实施方案中，突变体G蛋白或生物活性部分(诸如突变体NiV-G蛋白)表现出与天然结合配偶体的结合减少。在一些实施方案中，与肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的结合减少降低了大于为或约5％、为或约10％、为或约15％、为或约20％、为或约25％、为或约30％、为或约40％、为或约50％、为或约60％、为或约70％、为或约80％、为或约90％、或为或约100％。
在一些实施方案中，G蛋白含有在参与与肝配蛋白B2和肝配蛋白B3中的一者或两者相互作用的残基中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，参考SEQ ID NO:38中所示的编号，氨基酸取代对应于突变E501A、W504A、Q530A和E533A。
在一些实施方案中，G蛋白是含有一个或多个选自由参考SEQ ID NO:8中所示的编号的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代的突变体G蛋白。在一些实施方案中，G蛋白是含有一个或多个选自由参考SEQ ID NO:8的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代的突变体G蛋白，并且是其含有N末端截短的生物活性部分。在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白或其生物活性部分被截短，并且在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达5个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏6个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏7个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏8个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏9个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达10个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏11个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏12个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏13个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ IDNO:8)的N末端或其附近缺乏14个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达15个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏16个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏17个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏18个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏19个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达20个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏21个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏22个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏23个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ IDNO:8)的N末端或其附近缺乏24个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达25个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏26个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏27个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏28个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏29个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(EQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达30个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达31个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏32个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏33个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏34个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ IDNO:8)的N末端或其附近缺乏35个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(EQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达36个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(EQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达37个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(EQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达38个连续氨基酸残基，在野生型NiV-G蛋白(SEQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达39个连续氨基酸残基，或在野生型NiV-G蛋白(EQ ID NO:8)的N末端或其附近缺乏多达40个连续氨基酸残基。
在一些实施方案中，突变体NiV-G蛋白具有SEQ ID NO:34或35中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:34或35具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。在特定的实施方案中，G蛋白具有SEQ ID NO:34或35中所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，G蛋白是含有一个或多个选自由参考SEQ ID NO:10中所示的编号的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代的突变体G蛋白。在一些实施方案中，G蛋白是含有一个或多个选自由参考SEQ ID NO:10的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代的突变体G蛋白，并且是含有N末端截短的其生物活性部分。
b.F蛋白
在一些实施方案中，载体表面靶向部分包含具有疏水性融合肽结构域的蛋白质。在一些实施方案中，载体表面靶向部分包含亨尼帕病毒F蛋白分子或其生物活性部分。在一些实施方案中，亨尼帕病毒F蛋白是亨德拉(Hev)病毒F蛋白、尼帕(NiV)病毒F蛋白、雪松(CedPV)病毒F蛋白、墨江病毒F蛋白或蝙蝠副粘病毒F蛋白或其生物活性部分。
表4B提供了F蛋白的非限制性实例。在一些实施方案中，F蛋白分子或其生物活性部分的N末端疏水性融合肽结构域暴露在脂质双层。
亨尼帕病毒的F蛋白被编码为含有信号肽(例如，对应于SEQ ID NO:16的氨基酸残基1-26)的F0前体。在切割信号肽后，成熟的F0(例如，SEQ ID NO:17)被转运到细胞表面，然后被组织蛋白酶L内吞并切割成成熟的融合亚基F1和F2。F1和F2亚基通过二硫键结合并循环回细胞表面。F1亚基包含位于F1亚基的N末端的融合肽结构域，在此其能够插入细胞膜以驱动融合。在一些方面，融合被F蛋白与G蛋白的缔合所阻断，直到G蛋白与靶分子接合，导致其从F解离并暴露融合肽以介导膜融合。
在不同的亨尼帕病毒物种中，F蛋白的序列和活性是高度保守的。例如，NiV和HeV病毒的F蛋白共享89％的氨基酸序列同一性。此外，在一些情况下，亨尼帕病毒F蛋白表现出与来自其他物种的G蛋白的相容性，以触发融合(Brandel-Tretheway等人Journal ofVirology.2019.93(13):e00577-19)。在一些方面或所提供的再靶向脂质颗粒中，F蛋白与G蛋白是异源的，即F和G蛋白或生物活性部分来自不同的亨尼帕病毒物种。例如，F蛋白来自亨德拉病毒，并且G蛋白来自尼帕病毒。在其他方面，F蛋白可以是含有来自不同亨尼帕病毒物种的F蛋白区域的嵌合F蛋白。在一些实施方案中，将F蛋白的氨基酸残基的区域从亨尼帕病毒的一个物种转换为另一个物种可以导致与包含氨基酸插入的物种的G蛋白融合。(Brandel-Tretheway等人Journal of Virology.2019.93(13):e00577-19)。在一些情况下，嵌合F蛋白含有来自一种亨尼帕病毒物种的细胞外结构域和来自不同亨尼帕病毒物种的跨膜和/或细胞质结构域。例如，F蛋白含有亨德拉病毒的细胞外结构域和尼帕病毒的跨膜/细胞质结构域。本文所公开的F蛋白序列主要公开为包括N末端信号序列的表达序列。由于这样的N末端信号序列通常被共翻译或翻译后切割，所以本文所公开的所有F蛋白序列的成熟蛋白序列也被认为缺乏N末端信号序列。
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在一些实施方案中，F蛋白由核苷酸序列编码，所述核苷酸序列编码SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ IDNO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25中的任一个中所示的序列，或者是具有与SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ IDNO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25中的任一个至少或约80％、至少或约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、至少或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％相同的序列的其功能活性变体或生物活性部分。
在特定的实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分保留了与亨尼帕病毒G蛋白(例如章节II.E.1a中所示的G蛋白，例如NiV-G或HeV-G)结合的融合活性。融合活性包括F蛋白与G蛋白结合以促进或帮助两个膜内腔(诸如在其脂质双层中包埋了亨尼帕病毒F和G蛋白的靶向脂质颗粒的内腔)和靶细胞(例如含有被靶向包膜蛋白识别或结合的表面受体或分子的细胞)的细胞质融合的活性。在一些实施方案中，F蛋白和G蛋白来自相同的亨尼帕病毒属物种(例如NiV-G和NiV-F)。在一些实施方案中，F蛋白和G蛋白来自不同的亨尼帕病毒属物种(例如NiV-G和HeV-F)。在特定的实施方案中，F蛋白或功能活性变体或生物活性部分保留了被组织蛋白酶L切割的切割位点(例如，对应于SEQ ID NO:18的氨基酸109-110之间的切割位点)。
在特定实施方案中，F蛋白具有SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列，或是保留融合活性的其功能活性变体或其生物活性部分。在一些实施方案中，功能活性变体包含与SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25具有至少或约80％、至少或约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列并保留与亨尼帕病毒G蛋白(例如NiV-G或HeV-G)结合的融合活性。在一些实施方案中，生物活性部分具有与SEQ ID NO:16、SEQ IDNO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25具有至少或约80％、至少或约85％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。
提及保留融合活性包括相应野生型G蛋白(诸如SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQID No:24或SEQ ID NO:25所示)结合水平或程度的为或约10％至为或约150％或更大的活性(与亨尼帕病毒G蛋白结合)，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约10％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约15％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约20％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约25％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约30％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约35％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约40％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约45％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约50％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约55％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约60％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约65％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约70％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约75％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约80％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约85％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约90％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约95％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约100％，诸如相应野生型G蛋白的融合活性水平或程度的至少或至少约120％。
在一些实施方案中，F蛋白是含有一个或多个氨基酸突变(诸如一个或多个氨基酸插入、缺失、取代或截短)的功能活性片段或生物活性部分的突变体F蛋白。在一些实施方案中，本文所述的突变涉及与参考F蛋白序列相比氨基酸的氨基酸插入、缺失、取代或截短。在一些实施方案中，参考F蛋白序列是F蛋白的野生型序列或其生物活性部分。在一些实施方案中，突变体F蛋白或其生物活性部分是野生型亨德拉(Hev)病毒F蛋白、尼帕(NiV)病毒F蛋白、雪松(CedPV)病毒F蛋白、墨江病毒F蛋白或蝙蝠副粘病毒F蛋白的突变体。在一些实施方案中，野生型F蛋白由核苷酸序列编码，所述核苷酸序列编码SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24或SEQ ID NO:25中的任何一个，
在一些实施方案中，突变体F蛋白是野生型F蛋白的生物活性部分，其是N末端和/或C末端截短片段。在一些实施方案中，突变体F蛋白或其野生型F蛋白的生物活性部分包含一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，本文所述的突变可以改善转导效率。在一些实施方案中，本文所述的突变可以增加融合能力。示例性突变包括所描述的任何突变，参见例如Khetawat和Broder 2010Virology Journal7:312；Witting等人2013Gene Therapy 20:997-1005；公开的国际专利申请号WO/2013/148327。
在一些实施方案中，突变体F蛋白是生物活性部分，其被截短并且在野生型F蛋白(例如由编码SEQ ID NO:16-25中任一者所示的F蛋白的核苷酸序列编码的野生型F蛋白)的C末端或其附近缺少多达20个连续氨基酸残基。在一些实施方案中，突变体F蛋白被截短并且在野生型F蛋白的C末端处缺乏多达19个连续氨基酸，诸如多达18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个连续氨基酸。
在一些实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分包含F1亚基或其融合剂部分。在一些实施方案中，F1亚基是F0前体的蛋白水解切割部分。在一些实施方案中，F0前体是非活性的。在一些实施方案中，F0前体的切割形成二硫键连接的F1+F2异二聚体。在一些实施方案中，切割暴露融合肽并产生成熟的F蛋白。在一些实施方案中，切割发生在单个碱性残基处或周围。在一些实施方案中，切割发生在NiV-F蛋白的精氨酸109处。在一些实施方案中，切割发生在亨德拉病毒F蛋白的赖氨酸109处。
在一些实施方案中，F蛋白是野生型尼帕病毒F(NiV-F)蛋白，或者是其功能活性变体或生物活性部分。在一些实施方案中，F0前体由编码SEQ ID NO:36中所示的序列的核苷酸序列编码。编码核酸可以编码具有序列MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVG(SEQ ID NO:26)的信号肽序列。在一些实施方案中，F蛋白具有SEQ ID NO:18中所示的序列。在一些实例中，F蛋白被切割成包含SEQ ID NO:28所示的序列的F1亚基和包含SEQ ID NO:27所示的序列的F2亚基。
在一些实施方案中，F蛋白是NiV-F蛋白，其由编码SEQ ID NO:18中所示的序列的核苷酸序列编码，或是与SEQ ID NO:18具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、为或约86％、至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的其功能活性变体或生物活性部分。在一些实施方案中，NiV-F-蛋白具有SEQ ID NO:11中所示的序列，或是与SEQ ID NO:11具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、为或约86％、至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的其功能活性变体或生物活性部分。在特定实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分保留了被组织蛋白酶L切割的切割位点。
在一些实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分包括具有SEQ IDNO:28中所示的序列或与SEQ ID NO:28具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的F1亚基。
在一些实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分包含具有SEQ IDNO:27中所示的序列或与SEQ ID NO:27具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的F2亚基。
在一些实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分包含具有SEQ IDNO:9中所示的序列或与SEQ ID NO:9具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、为或约86％、至少或约87％、至少或约88％或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的F1亚基。
在一些实施方案中，F蛋白或其功能活性变体或生物活性部分包含具有SEQ IDNO:10中所示的序列或与SEQ ID NO:10具有至少或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、至少或约84％、至少或约85％、为或约86％、至少或约87％、至少或约88％或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列的F2亚基。
在一些实施方案中，F蛋白是突变体NiV-F蛋白，其生物活性部分被截短，并且在野生型NiV-F蛋白(例如，SEQ ID NO:28所示)的C末端或其附近缺乏多达20个连续氨基酸残基。在一些实施方案中，突变体NiV-F蛋白包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，突变体NiV-F蛋白具有与SEQ ID NO:11具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。在一些实施方案中，突变体F蛋白包含具有SEQ ID NO:12中所示的序列的F1蛋白。在一些实施方案中，突变体F蛋白具有与SEQ ID NO:12具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，F蛋白是突变体NiV-F蛋白，其是其生物活性部分，在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:28)的C末端或其附近包含20个氨基酸截短；和N连接的糖基化位点上的点突变。在一些实施方案中，突变体NiV-F蛋白包含SEQ ID NO:13中所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，突变体NiV-F蛋白具有与SEQ ID NO:13具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，F蛋白是突变体NiV-F蛋白，其是其生物活性部分，在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:28)的C末端或其附近包含22个氨基酸截短。在一些实施方案中，NiV-F蛋白由编码SEQ ID NO:14中所示的序列的核苷酸序列编码。在一些实施方案中，NiV-F蛋白由核苷酸序列编码，所述核苷酸序列编码与SEQ ID NO:14具有至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
2.再靶向部分
在一些实施方案中，融合剂是包含载体表面靶向部分的靶向包膜蛋白。在一些实施方案中，载体表面靶向部分结合靶配体。在一些实施方案中，靶配体可以在感兴趣的器官或细胞类型例如肺中表达。在特定实施方案中，融合剂(例如，G蛋白)被突变以减少与融合剂的天然结合配偶体的结合。在一些实施方案中，融合剂是或含有突变体G蛋白或其生物活性部分，其是野生型NiV-G的突变体并表现出与天然结合配偶体肝配蛋白B2或肝配蛋白B3中的一种或两种的结合减少，包括上述任何一种。因此，在一些方面，融合剂可以被再靶向以显示改变的向性。在一些实施方案中，与其中赋予新的或不同的结合活性的野生型表面糖蛋白蛋白的结合相比，所述结合赋予再靶向结合。在特定的实施方案中，与其中赋予新的或不同的结合活性的野生型G蛋白的结合相比，所述结合赋予再靶向结合。
在一些实施方案中，可以通过将靶向部分共价缀合到融合蛋白来再靶向蛋白融合剂。在一些实施方案中，融合剂和靶向部分通过表达包含与靶向部分连接的融合剂的嵌合蛋白来共价缀合。在一些实施方案中，靶标包括显示在靶细胞上的任何肽(例如，受体)。在一些实施方案中，靶标在靶细胞上的表达水平高于非靶细胞。在一些实施方案中，单链可变片段(scFv)可以缀合至融合剂，以将融合活性重定向到展示scFv结合靶标的细胞(doi:10.1038/nbt1060,DOI 10.1182/blood-2012-11-468579,doi:10.1038/nmeth.1514,doi:10.1006/mthe.2002.0550,HUMAN GENE THERAPY 11:817–826,doi:10.1038/nbt942,doi:10.1371/journal.pone.0026381,DOI 10.1186/s12896-015-0142-z)。在一些实施方案中，设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)可以缀合至融合剂，以将融合活性重定向到展示DARPin结合靶标(doi:10.1038/mt.2013.16,doi:10.1038/mt.2010.298,doi:10.4049/jimmunol.1500956)以及不同DARPin的组合(doi:10.1038/mto.2016.3)的细胞。在一些实施方案中，受体配体和抗原可以缀合至融合剂，以将融合活性重定向到展示靶受体的细胞(DOI:10.1089/hgtb.2012.054,DOI:10.1128/JVI.76.7.3558–3563.2002)。在一些实施方案中，靶向蛋白还可包括抗体或其抗原结合片段(例如，Fab、Fab'、F(ab')2、Fv片段、scFv抗体片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、由VH和CH1结构域组成的Fd片段、线性抗体、单结构域抗体诸如sdAb(VL或VH)、纳米抗体或骆驼科动物VHH结构域)、抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架诸如纤连蛋白多肽微抗体、配体、细胞因子、趋化因子或T细胞受体(TCR)。在一些实施方案中，可以通过将靶向部分非共价缀合到融合蛋白或靶向蛋白(例如血凝素蛋白)来再靶向蛋白质融合剂。在一些实施方案中，融合蛋白可以被工程化以结合靶向靶细胞上的抗原的抗体的Fc区，将融合活性重定向到展示抗体靶标的细胞(DOI:10.1128/JVI.75.17.8016–8020.2001,doi:10.1038/nm1192)。在一些实施方案中，改变的和未改变的融合剂可以显示在相同的逆转录病毒载体或VLP上(doi:10.1016/j.bi omaterials.2014.01.051)。
在一些实施方案中，靶向部分包含人源化抗体分子、完整IgA、IgG、IgE或IgM抗体；双特异性或多特异性抗体(例如等)；抗体片段，例如Fab片段、Fab’片段、F(ab’)2片段、Fd’片段、Fd片段和分离的CDR或其集合；单链Fv；多肽-Fc融合物；单结构域抗体(例如鲨鱼单结构域抗体，诸如IgNAR或其片段)；骆驼样抗体；掩蔽的抗体(例如，/>)；小模块免疫药物(“SMIPsTM”)；单链或串联双抗体/>VHH；微型抗体；/>锚蛋白重复蛋白或/>DART；TCR样抗体/>Trans-/> 微量蛋白；/>以及/>
在实施方案中，再靶向融合剂结合靶细胞上的细胞表面标记，例如蛋白质、糖蛋白、受体、细胞表面配体、激动剂、脂质、糖、I类跨膜蛋白、II类跨膜蛋白或III类跨膜蛋白。
在一些实施方案中，载体表面靶向部分是肽。在一些实施方案中，载体表面靶向部分是抗体，诸如单结构域抗体。在一些实施方案中，抗体可以是人的或人源化的。在一些实施方案中，抗体或其部分是天然存在的。在一些实施方案中，抗体或其部分是合成的。
在一些实施方案中，抗体可以从噬菌体展示文库中产生，以对期望的靶配体具有特异性。在一些实施方案中，靶配体在肺中表达，诸如ACE2。在一些实施方案中，噬菌体展示文库产生自用各种抗原免疫的骆驼科动物的VHH库，如以下文献所述：Arbabi等人,FEBSLetters,414,521-526(1997)；Lauwereys等人,EMBO J.,17,3512-3520(1998)；Decanniere等人,Structure,7,361-370(1999)。在一些实施方案中，产生包含未免疫的骆驼科动物的抗体片段的噬菌体展示文库。在一些实施方案中，通过将多样性引入一个或多个支架而合成产生单结构域抗体人单结构域抗体文库。
在一些实施方案中，载体表面靶向部分的C末端连接到G蛋白(例如，融合剂)或其生物活性部分的C末端。在一些实施方案中，载体表面靶向部分的N末端暴露在脂质双层的外表面上。在一些实施方案中，载体表面靶向部分的N末端与靶细胞的细胞表面分子结合。在一些实施方案中，载体表面靶向部分特异性结合靶细胞上存在的细胞表面分子。在一些实施方案中，载体表面靶向部分是蛋白质、聚糖、脂质或低分子量分子。
在一些实施方案中，载体表面靶向部分源自冠状病毒。冠状病毒通常通过刺突-受体相互作用与靶细胞结合，并且通过受体介导的内吞作用或与质膜融合进入细胞。S-受体相互作用是物种特异性的强决定因素，如针对第1组和第2组冠状病毒所证实。第1组冠状病毒(包括人冠状病毒229E(HCoV-229E)、猫冠状病毒(FCoV)和猪冠状病毒(PCoV))的受体已被鉴定为氨肽酶N(APN/CD13)(Delmas等人,1992,Nature 357:417–420；Tresnan等人1996,J.Virol.70:8669–8674；Yeager等人,1992,Nature 357:420–422)。APN/CD13是一种150-160kDa的II型蛋白，其是一种膜肽酶(Look等人,1989,J.Clin.Invest83:1299–1307)。在一些实施方案中，S蛋白结合ACE2。在一些实施方案中，S蛋白结合DPP4。
在一些实施方案中，载体表面靶向部分源自冠状病毒S蛋白。冠状病毒S糖蛋白的实例包括但不限于由以下中的基因组序列编码的那些：gi|31416292|gb|AY278487.3|SARS冠状病毒BJ02、gi|30248028|gb|AY274119.3|SARS冠状病毒TOR2、gi|30698326|gb|AY291451.1|SARS冠状病毒TW1、gi|33115118|gb|AY323977.2|SARS冠状病毒HSR 1、gi|35396382|gb|AY394850.1|SARS冠状病毒WHU、gi|33411459|dbj|AP006561.1|SARS冠状病毒TWY、gi|33411444|dbj|AP006560.1|SARS冠状病毒TWS、gi|33411429|dbj|AP006559.1|SARS冠状病毒TWK、gi|33411414|dbj|AP006558.1|SARS冠状病毒TWJ、gi|33411399|dbj|AP006557.1|SARS冠状病毒TWH、gi|30023963|gb|AY278491.2|SARS冠状病毒HKU-39849、gi|33578015|gb|AY310120.1|SA RS冠状病毒FRA、gi|33518725|gb|AY362699.1|SARS冠状病毒TW C3、gi|33518724|gb|AY362698|SARS冠状病毒TWC2、gi|30027617|gb|AY278741.1|SARS冠状病毒Urbani、gi|31873092|gb|AY321118.1|SARS冠状病毒TWC、gi|33304219|gb|AY351680.1|SARS冠状病毒Z MY 1、gi|31416305|gb|AY278490.3°SARS冠状病毒BJ03、gi|30910859|gb|AY297028.1|SARS冠状病毒ZJ01、gi|30421451|gb|AY282752.1|SARS冠状病毒CUHK-Su10、SARS冠状病毒SZ16、gi|34482137|gb|AY304486.1|SARS冠状病毒SZ3 gi|30027610|gb|AY278554.2|SA RS冠状病毒CUHK-W1、gi|31416306|gb|AY279354.2|SARS冠状病毒BJ04、gi|37576845|gb|AY427439.1|SARS冠状病毒AS、gi|37361915|gb|AY283798.2|SARS冠状病毒Sin2774、gi|31416290|gb|AY278489.2|SARS冠状病毒GD01、gi|30468042|gb|AY283794.1|SARS冠状病毒Sin2500、gi|30468043|gb|AY283795.1|SARS冠状病毒Sin2677、gi|30468044|gb|AY283796.1|SARS冠状病毒Sin2679、gi|30468045|gb|AY283797.1|SARS冠状病毒Sin2748、gi|31982987|gb|AY286320.2|S ARS冠状病毒isolateZJ-HZ01和gi|30275666|gb|AY278488.2|SARS冠状病毒BJ01。
在一些实施方案中，载体表面靶向部分是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒1型(SARS CoV-1)刺突糖蛋白。在一些实施方案中，载体表面靶向部分是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒2型(SARS CoV-2)刺突糖蛋白。在一些实施方案中，载体表面靶向部分是合胞体蛋白，
在一些实施方案中，靶细胞的细胞表面配体是抗原或其部分。在一些实施方案中，载体表面靶向部分或其部分是具有单一单体结构域抗原结合/识别结构域的抗体，其能够选择性地结合特定抗原。在一些实施方案中，单结构域抗体结合存在于靶细胞上的抗原。
示例性细胞包括肺干细胞、细支气管上皮细胞、肺泡上皮细胞、基质细胞、1型和II型肺细胞(也称为肺泡I型和II型上皮细胞)、基底细胞、分泌细胞、棒状细胞(club cell)、克拉拉细胞(clara cell)、纤毛细胞、毛细血管细胞、肺泡巨噬细胞和肺上皮细胞。在一些实施方案中，靶细胞是上皮细胞。在一些实施方案中，配体在宿主细胞(诸如上皮细胞)上表达。在一些实施方案中，配体是ACE2。在一些实施方案中，靶细胞是B淋巴细胞。在一些实施方案中，配体是CD20。
在一些实施方案中，靶细胞是靶组织的细胞。所述靶组织可包括肝、肺、心脏、脾、胰腺、胃肠道、肾、睾丸、卵巢、脑、生殖器官、中枢神经系统、外周神经系统、骨骼肌、内皮、内耳或眼睛。在一些实施方案中，靶组织是肺。
III.药物组合物和制造方法
还提供了含有结合剂、颗粒或编码结合剂的多核苷酸的组合物，包括药物组合物和调配物。还提供了含有任何所提供的媒介物的组合物，诸如病毒样颗粒，其含有结合剂或编码结合剂的多核苷酸，或提供了包括药物组合物和调配物的颗粒。还提供了组合物的使用方法和诸如在冠状病毒感染的治疗中用途。
在一些方面，本公开还提供了包含本文所述的组合物和药学上可接受的载体的药物组合物。药物组合物可以包括用于递送的任何所述多核苷酸或媒介物。
术语“药物调配物”是指以允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式的制剂，并且其不含有对将施用调配物的受试者具有不可接受的毒性的附加组分。
“药学上可接受的载体”是指对受试者无毒的药物调配物中活性成分以外的成分。药学上可接受的载体包括但不限于：缓冲液、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
在一些方面，载体的选择部分由特定细胞和/或施用方法决定。因此，存在多种合适的调配物。例如，药物组合物可以含有防腐剂。合适的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵(benzalkonium chloride)。在一些方面，使用两种或多种防腐剂的混合物。防腐剂或其混合物通常以总组合物重量计约0.0001％至约2％的量存在。载体例如由Remington's Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980)描述。药学上可接受的载体在采用的剂量和浓度下对接受者通常是无毒的，并且包括但不限于：缓冲液，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵(benzethonium chloride)；苯酚、丁基或苄基醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(小于约10个残基)的多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子，诸如钠离子；金属络合物(例如Zn-蛋白质络合物)；和/或非离子型表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。
药物组合物可以制备、包装和/或销售成适于通过口腔肺部，诸如通过吸入施用的调配物。目前可用的递送系统包括加压计量剂量吸入器、喷雾器和干粉吸入器。在一些方面，已经发现用于通过吸入施用的药物应具有受控的颗粒尺寸，以便最大程度地渗透到肺部，优选直径在1微米至10微米的范围内。
调配用于肺部递送的药物组合物可以溶液和/或悬浮液的小滴形式提供活性成分。这种组合物可以制备、包装和/或销售成包含活性成分的水性和/或稀醇溶液和/或悬浮液，诸如无菌的，并且可以使用任何雾化和/或雾化装置方便地施用。这种组合物可还包含一种或多种附加成分，包括但不限于调味剂，诸如糖精钠、挥发油、缓冲剂、表面活性剂和/或防腐剂，诸如羟基苯甲酸甲酯。通过这种施用途径提供的液滴可具有约0.1nm至约200nm的平均直径。
在一些方面，本文提供的多核苷酸、多肽和媒介物可以调配成适于吸入的组合物，包括例如可吸入粉末、含推进剂的气雾剂和不含推进剂的吸入溶液。在某些实施方案中，可吸入粉末通过干粉吸入器(DPI)施用给受试者。在某些实施方案中，含推进剂的气雾剂通过定量吸入器(MDI)施用给受试者。在某些实施方案中，不含推进剂的吸入溶液通过喷雾器施用给受试者。
在一些实施方案中，将含有任何所提供的剂或媒介物(例如，多核苷酸、结合剂或颗粒或用于递送的媒介物)的组合物冷冻干燥，诸如呈干粉的形式。这种调配物可以包含干燥颗粒，所述颗粒包含活性成分并且其直径在约0.5nm至约7nm或约1nm至约6nm的范围内。这种组合物适宜地呈干粉形式，用于使用包括干粉储器的装置和/或使用自推进溶剂/粉末分配容器施用，所述干粉储器中可导入推进剂流以分散粉末，所述自推进溶剂/粉末分配容器诸如包括溶解和/或悬浮在密封容器中的低沸点推进剂中的活性成分的装置。这种粉末包含颗粒，其中至少98重量％的颗粒直径大于0.5nm，并且至少95数量％的颗粒直径小于7nm。可替代地，至少95重量％的颗粒的直径大于1nm，并且至少90数量％的颗粒的直径小于6nm。干粉组合物可以包括固体细粉稀释剂，诸如糖，并且方便地以单位剂量形式提供。
低沸点推进剂通常包括在大气压下沸点低于65℉的液体推进剂。通常推进剂可构成组合物的50％)至99.9％)(w/w)，并且活性成分可构成组合物的0.1％>至20％(w/w)。推进剂可还包含附加成分，诸如液体非离子和/或固体阴离子表面活性剂和/或固体稀释剂(其可具有与包含活性成分的颗粒相同数量级的颗粒尺寸)。
在一些方面，可以将包含本文提供的多核苷酸、多肽和/或媒介物的药物组合物与一定量的至少一种表面活性剂一起制备用于吸入，诸如足以促进吸入颗粒的吸收。为了获得这些可吸收的组合物，任何促进本文公开的任何组合物的吸入的表面活性剂。聚氧乙烯山梨醇酯，诸如聚山梨醇酯80(Tween 80)和聚山梨醇酯20(Tween 20)；丙烯-聚氧乙烯酯，诸如泊洛沙姆188；聚氧乙烯醇，诸如Brij35；聚山梨醇酯表面活性剂与磷脂的混合物，诸如磷脂酰胆碱及衍生物(二棕榈酰基、二油酰基、二肉豆蔻酰基或1-棕榈酰基，2种混合衍生物，诸如油酰基)、二肉豆蔻醇甘油和一系列磷脂甘油的其他成员；溶血磷脂酰胆碱和其衍生物；聚山梨醇酯与胆固醇的溶血卵磷脂A混合物；聚山梨醇酯表面活性剂与脱水山梨醇表面活性剂的混合物(诸如脱水山梨糖醇单油酸酯、二油酸酯、三油酸酯或其他此类物质)；泊洛沙姆表面活性剂；胆汁盐和其衍生物，诸如胆酸钠、脱氧胆酸钠、甘氨脱氧胆酸钠、牛磺胆酸钠等；TNFα抑制剂与胆汁盐和磷脂的混合胶束；Brij表面活性剂(诸如Brij35-PEG923)月桂醇等。)包括在内。待添加的表面活性剂的量为约0.005％至约1.0％(w/v)，优选约0.005％至约0.5％，更优选约0.01％至约0.4％，甚至更优选约0.03％至约0.3％，并且最优选约0.05％至约0.2％。
可通过将所需量的活性化合物(即，包含结合剂或颗粒的多核苷酸、多肽和/或媒介物)掺入合适的溶剂中来制备无菌吸入溶液。然后可以通过过滤对溶液进行灭菌。通常，分散体是通过将活性化合物掺入无菌媒介物中来制备的，所述媒介物含有基本分散介质和上述列举的所需其他成分。可以保持溶液的适当流动性，例如，通过使用涂层(诸如卵磷脂)，通过在分散体的情况下保持所需的颗粒尺寸，以及通过使用表面活性剂。在组合物中加入延迟吸收的剂(诸如单硬脂酸盐和明胶)可以提供可吸入组合物的持续吸收。
本文描述的可用于肺部递送的组合物可用于药物组合物的鼻内递送。另一种适于鼻内施用的组合物是包含活性成分的粗粉末，其平均颗粒为约0.2μιη至500μιη。这种组合物以吸入鼻烟的方式施用，即通过鼻道从靠近鼻子的粉末容器中快速吸入。适用于鼻内施用的组合物可以例如包含少至约0.1％(w/w)和多至100％)(w/w)的活性成分，并且可以包含一种或多种本文所述的附加成分。
药物组合物可以制备、包装和/或销售成适于口腔施用的调配物。这种组合物可例如呈使用常规方法制成的片剂和/或锭剂的形式，并且可以包括例如0.1％至20％(w/w)的活性成分，余量包括口腔可溶解和/或可降解的组合物和一种或多种本文所述的附加成分。可替代地，适于口腔施用的组合物可以包含含有活性成分的粉末和/或气雾化和/或雾化溶液和/或悬浮液。当分散时，这种粉末化的、气雾化的和/或气雾化的调配物可以具有约0.1nm至约200nm范围内的平均颗粒和/或液滴尺寸，并且可以还包含一种或多种本文所述的任何附加成分。
在一些方面，组合物中包括缓冲剂。合适的缓冲剂包括例如柠檬酸、柠檬酸钠、磷酸、磷酸钾和各种其他酸和盐。在一些方面，使用两种或更多种缓冲剂的混合物。缓冲剂或其混合物通常以总组合物重量计约0.001％至约4％的量存在。制备可施用的药物组合物的方法是已知的。示例性方法更详细地描述于例如Remington:The Science and Practiceof Pharmacy,Lippincott Williams&Wilkins；第21版(2005年5月1日)中。
活性成分可以包埋在微胶囊、胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊)或大乳液中。在某些实施方案中，药物组合物被调配成包合复合物，诸如环糊精包合复合物，或调配成脂质体。脂质体可用于将多核苷酸(例如，递送媒介物)靶向特定组织。许多方法可用于制备脂质体，例如Szoka等人,Ann.Rev.Biophys.Bioeng.,9:467(1980)和美国专利4,235,871、4,501,728、4,837,028和5,019,369中描述的那些。
在一些实施方案中，药物组合物含有多核苷酸或用于其递送的媒介物，其量为治疗冠状病毒感染的有效量，诸如治疗有效量或预防有效量。在一些实施方案中，通过对治疗的受试者进行定期评估来监测治疗或预防功效。对于几天或更长时间的重复施用，根据疾患，重复治疗，直到出现所需的疾病症状抑制。然而，其他剂量方案可能是有用的，并且可以被确定。可以通过组合物的单次快速施用、组合物的多次快速施用或组合物的连续输注施用来递送所需剂量。
多核苷酸和/或递送媒介物可以使用标准施用技术、调配物和/或装置来施用。调配物包括用于口服、静脉内、腹膜内、皮下、肺部、透皮、肌内、鼻内、口腔、舌下或栓剂施用的调配物。在一些实施方案中，细胞群是胃肠外施用的。如本文所用，术语“肠胃外”包括静脉内、肌肉内、皮下、直肠、阴道和腹膜内施用。在一些实施方案中，多核苷酸和/或递送媒介物通过雾化施用。在一些实施方案中，多核苷酸和/或递送媒介物通过吸入施用。
在一些实施方案中，用于递送多核苷酸或多肽(诸如编码结合剂或颗粒)的媒介物是病毒载体或病毒样颗粒(例如，章节II)。在一些实施方案中，本文提供的组合物可以基因组拷贝(GC)的剂量单位调配。测定GC的合适方法已有描述，并且包括例如qPCR或数字液滴PCR(ddPCR)，如例如M.Lock等人,Hu Gene Therapy Methods,Hum Gene Ther Methods 25(2):115-25.2014所描述，其通过引用并入本文。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约104至约1010GC单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约109至约1015GC单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约105至约109GC单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约106至约109GC单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约1012至约1014GC单位，包括端点值。在一些实施方案中，施用剂量为1.0×109GC单位、5.0×109GC单位、1.0×1010GC单位、5.0×1010GC单位、1.0×1011GC单位、5.0×1011GC单位、1.0×1012GC单位、5.0×1012GC单位，或1.0×1013GC单位、5.0×1013GC单位、1.0×1014GC单位、5.0×1014GC单位或1.0×1015GC单位。
在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约104至约1010感染单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约109至约1015感染单位，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约105至约109感染单位。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约106至约109感染单位。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约1012至约1014感染单位，包括端点值。在一些实施方案中，施用剂量为1.0×109感染单位、5.0×109感染单位、1.0×1010感染单位、5.0×1010感染单位、1.0×1011感染单位、5.0×1011感染单位、1.0×1012感染单位、5.0×1012感染单位，或1.0×1013感染单位、5.0×1013感染单位、1.0×1014感染单位、5.0×1014感染单位或1.0×1015感染单位。可用于量化感染单位的技术是本领域的常规技术，并且包括病毒颗粒数测定、荧光显微镜和噬斑滴度测定。例如，腺病毒颗粒的数量可以通过测量A260的吸光度来确定。类似地，感染单位也可以通过使用单克隆抗体的载体特异性蛋白质的定量免疫荧光或通过噬斑测定来确定。
在一些实施方案中，计算感染单位的方法包括噬斑测定，其中病毒的滴定在细胞单层上进行，并且在几天至几周后计数噬斑的数量。例如，确定感染滴度，诸如通过噬斑测定，例如评估细胞病变效应(CPE)的测定。在一些实施方案中，通过在覆盖有琼脂糖的单层细胞(诸如HFF细胞)上连续稀释病毒来进行CPE测定。在孵育一段时间以实现细胞病变效应，诸如约3至28天，通常7至10天后，可固定细胞，并且确定显现为噬斑的缺失细胞的病灶。在一些实施方案中，可以使用终点稀释(TCID50)方法确定感染单位，所述方法确定50％细胞培养物被感染时的病毒稀释度，并且因此，通常可以确定一定范围内的滴度，诸如一个对数。
在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约104至约1010噬斑形成单位(pfu)，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约109至约1015pfu，包括端点值。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约105至约109pfu。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约106至约109pfu。在一些实施方案中，病毒载体或病毒样颗粒的施用剂量为约1012至约1014pfu，包括端点值。在一些实施方案中，施用剂量为1.0×109pfu、5.0×109pfu、1.0×1010pfu、5.0×1010pfu、1.0×1011pfu、5.0×1011pfu、1.0×1012pfu、5.0×1012pfu，或1.0×1013pfu、5.0×1013pfu、1.0×1014pfu、5.0×1014pfu或1.0×1015pfu。
在一些实施方案中，用于递送多核苷酸或多肽(诸如编码结合剂或颗粒)的媒介物是腺病毒载体。在一些方面，腺病毒对人的施用剂量可以在每次注射约107至109的范围内，包括端点值。
在一些方面，本文提供的药物组合物中媒介物的施用剂量根据受试者的体重而变化。例如，组合物可以被调配为GC/kg、感染单位/kg、pfu/kg等。在一些方面，获得治疗效果的剂量为或约108GC/kg或为或约1014GC/kg受试者体重，包括端点值。在一些方面，获得治疗效果的剂量为或约108GC/kg受试者体重(GC/kg)。
在一些实施方案中，受试者将接受单次注射。在一些实施方案中，可以每天/每周/每月的间隔重复施用，持续不确定的时间和/或直到已经确定治疗的功效。如本文所述，可以通过评估本文章节V所述的症状和临床参数和/或通过检测所需的反应来确定治疗效果。
所需的多核苷酸、多肽或媒介物的确切量因受试者而异，取决于受试者的物种、年龄、体重和一般状况、所用的特定多核苷酸、多肽或载体、其施用方式等。因此，不可能为本文提供的每种多核苷酸、多核苷酸或载体媒介物指定精确的量。然而，本领域普通技术人员可以仅使用本文给出的教导的常规实验来确定合适的量。
在一些实施方案中，组合物以无菌液体制剂的形式提供，例如等渗水溶液、悬浮液、乳液、分散体或粘性组合物，其在一些方面可以被缓冲至选定的pH。液体制剂通常比凝胶、其他粘性组合物和固体组合物更容易制备。此外，液体组合物更便于施用，尤其是通过注射施用。另一方面，粘性组合物可以在合适的粘度范围内调配，以提供与特定组织更长的接触时间。液体或粘性组合物可以包含载体，其可以是含有例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、多元醇(例如甘油、丙二醇、液体聚乙二醇)以及它们的合适混合物的溶剂或分散介质。
无菌注射溶液可通过将细胞掺入溶剂中来制备，诸如与合适的载体、稀释剂或赋形剂(诸如无菌水、生理盐水、葡萄糖、右旋糖等)混合。组合物也可以冻干。取决于施用途径和所需的制剂，组合物可以含有辅助物质，诸如润湿剂、分散剂或乳化剂(例如甲基纤维素)、pH缓冲剂、胶凝或粘度增强添加剂、防腐剂、调味剂、着色剂等。在一些方面，可以参考标准文本来制备合适的制剂。
可注射剂可以制备成常规形式(液体溶液或悬浮液)，适于在注射前溶解在液体中的悬浮液的固体形式，或乳剂。如本文所用，“肠胃外施用”包括皮内、鼻内、皮下、肌内、腹膜内、静脉内和气管内途径，以及缓释或持续释放系统，使得维持恒定的剂量。
可以添加增强组合物的稳定性和无菌性的各种添加剂，包括抗微生物防腐剂、抗氧化剂、螯合剂和缓冲剂。可通过各种抗细菌剂和抗真菌剂(例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸等)来确保防止微生物作用。可通过使用延迟吸收剂，例如单硬脂酸铝和明胶，使可注射药物形式的吸收延长。
可以制备缓释制剂。缓释制剂的合适实例包括包含抗体的固体疏水性聚合物的半透过性基质，所述基质为成形制品形式，例如膜或微胶囊。
在一些实施方案中，媒介物调配物可以包含防冻剂。如本文所用，术语“防冻剂”是指一种或多种剂，当与给定物质结合时，有助于减少或消除冷冻时对所述物质的损害。在一些实施方案中，将防冻剂与载体媒介物组合，以便在冷冻期间使其稳定。在一些方面，在-20℃和-80℃之间冷冻储存RNA可能有利于多核苷酸的长期(例如36个月)稳定性。在一些实施方案中，RNA种类是mRNA。在一些实施方案中，在媒介物调配物中包含防冻剂以通过冷冻/解冻循环和在冷冻储存条件下稳定多核苷酸。所提供的实施方案的防冻剂可以包括但不限于蔗糖、海藻糖、乳糖、甘油、葡萄糖、棉子糖和/或甘露醇。海藻糖被食品药品监督管理局(Food and Drug Administration)列为一般认为安全的物质(GRAS)并常用于商业药物调配物中。
将用于体内施用的调配物通常是无菌的。例如，通过经由无菌过滤膜过滤来容易地实现灭菌。
IV.使用方法和治疗应用
本文提供了治疗病毒感染(如冠状病毒感染)的方法和用途。在一些实施方案中，根据所提供的实施方案和方法，可以将多肽结合剂或编码结合剂的多核苷酸或所提供的颗粒施用给受试者以用于治疗或减少受试者的病毒感染。所提供的方法和用途是涉及施用含有结合剂的组合物或含有结合剂的媒介物以治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的那些方法和用途。所提供的方法和用途是涉及施用含有本文提供的颗粒的组合物或含有本文提供的颗粒的媒介物以治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的那些方法和用途。所提供的方法和用途是涉及施用含有编码结合剂的多核苷酸的组合物或含有多肽的媒介物或含有多核苷酸的媒介物以治疗病毒感染(诸如冠状病毒感染)的那些方法和用途。在一些实施方案中，疾病或疾患是病毒感染，并且已知、怀疑或预测受试者已经暴露于引起感染的病毒。
在一些实施方案中，病毒属于网巢病毒目(order Nidovirales)。在一些实施方案中，病毒属于科尼多病毒亚目(sub-order Cornidovirineae)。在一些实施方案中，病毒属于冠状病毒科(family Coronaviridae)。在一些实施方案中，病毒属于正冠状病毒亚科(sub-family Orthocoronavirinae)。在一些方面，病毒属于甲型冠状病毒属(generaAlphacoronavirus)。在一些方面，病毒属于乙型冠状病毒属(genera Betacoronavirus)。
在所提供的实施方案中，方法涉及治疗冠状病毒感染。冠状病毒科是相关包膜病毒的一个家族。冠状病毒以螺旋核衣壳和二十面体蛋白质外壳内的正义单链RNA基因组为特征。冠状病毒的基因组可以在26至大约32千个碱基之间变化，这是一些最大的病毒基因组记录。第一批人冠状病毒发现于20世纪60年代，包括B814、229E、IBV和OC43株。最近发现的人冠状病毒包括NL63和HKU1，分别于2003年和2004年鉴定。许多人冠状病毒在人群中传播并引起与普通感冒相关的季节性流行病和/或散发性疾病。
在一些实施方案中，病毒是冠状病毒。在一些实施方案中，冠状病毒属于冠状病毒亚群中的任一种：1a、1b、2a、2b、2c、2d或3。
在一些实施方案中，病毒是亚群1a冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群1a冠状病毒的非限制性实例包括FCov.FIPV.79.1146.VR.2202(基因库登录号NV_007025)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)(基因库登录号NC J302306；基因库登录号Q81 1789.2；基因库登录号DQ81 1786.2；基因库登录号DQ811788.1；基因库登录号DQ811785.1；基因库登录号X52157.1；基因库登录号AJ01 1482.1；基因库登录号KC962433.1；基因库登录号AJ271965.2；基因库登录号JQ693060.1；基因库登录号C609371.1；基因库登录号JQ693060.1；基因库登录号JQ693059.1；基因库登录号JQ693058.1；基因库登录号JQ693057.1；基因库登录号JQ693052.1；基因库登录号JQ693051.1；基因库登录号JQ693050.1)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)(基因库登录号NC_0019 1.1；基因库登录号DQ81 1787)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群1a冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群1b冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群1b冠状病毒的非限制性实例包括BtCoV.lA.AFCD62(基因库登录号NC_010437)、BtCoV.lB.AFCD307(基因库登录号NCJH0436)、BtCov.H U8.AFCD77(基因库登录号NC_010438)、BtCoV.512.2005(基因库登录号DQ648858)、猪流行性腹泻病毒PEDV.CV777(基因库登录号NCJ)034365、基因库登录号DQ355224.1、基因库登录号DQ355223.1、基因库登录号DQ355221.1、基因库登录号JN601062.1、基因库登录号JN601061.1、基因库登录号JN601060.1、基因库登录号J601059.1、基因库登录号JN601058.1、基因库登录号JN601057.1、基因库登录号JN601056.1、基因库登录号JN6OI 055,1、基因库登录号JN601054.1、基因库登录号JN601053.1、基因库登录号JN601052.1、基因库登录号JN400902.1、基因库登录号JN547395.1、基因库登录号FJ687473.1、基因库登录号FJ687472.1、基因库登录号FJ687471.1、基因库登录号FJ687470.1、基因库登录号FJ687469.1、基因库登录号FJ687468.1、基因库登录号FJ687467.1、基因库登录号FJ687466.1、基因库登录号FJ687465.1、基因库登录号FJ687464.1、基因库登录号FJ687463.1、基因库登录号FJ687462,1、基因库登录号FJ68746U、基因库登录号FJ687460.1、基因库登录号FJ687459.1、基因库登录号FJ687458.1、基因库登录号FJ687457.1、基因库登录号FJ687456.1、基因库登录号FJ687455.1、基因库登录号FJ687454.1、基因库登录号FJ687453、基因库登录号FJ687452.1、基因库登录号FJ687451.1、基因库登录号FJ687450.1、基因库登录号FJ687449.1、基因库登录号AF500215.1、基因库登录号KF476061.1、基因库登录号KF476060.1、基因库登录号F476059.1、基因库登录号KF476058.1、基因库登录号KF476057.1、基因库登录号F476056.1、基因库登录号KF476055.1、基因库登录号KF476054.1、基因库登录号KF476053.1、基因库登录号KF476052.1、基因库登录号KF476051.1、基因库登录号KF476050.1、基因库登录号F476049.1、基因库登录号KF476048.1、基因库登录号KF177258.1、基因库登录号KF177257.1、基因库登录号KF177256.1、基因库登录号KF177255.1)、HCoV.229E(基因库登录号NCJ)02645)、HCoV.NL63.Amsterdam.！(基因库登录号NC_005831)、BtCoV.H U2.HK.298.2006(基因库登录号EF203066)、BtCoV.HKU2.HK.33.2006(基因库登录号EF203067)、BtCoV.HKU2.HK.46.2006(基因库登录号EF203065)、BtCoV.HKU2.GD.430.2006(基因库登录号EF203064)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群1b冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群2a冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群2a冠状病毒的非限制性实例包括HCoV.HKUl.CN5(基因库登录号DQ339101)、MHV.A59(基因库登录号NC_001846)、PHEV.VW572(基因库登录号NC_007732)、HCoV.OC43.ATCC.VR.759(基因库登录号NC_005147)、牛肠道冠状病毒(BCoV.ENT)(基因库登录号NC_003045)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群2a冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群2b冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群2b冠状病毒的非限制性实例包括BtSARS.HKlD.l(基因库登录号DQ022305)、BtSARS.HKU3.2(基因库登录号DQ084199)、BtSARS.HKU3.3(基因库登录号DQ084200)、BtSARS.Rml(基因库登录号DQ412043)、BtCoV.279.2005(基因库登录号DQ648857)、Bt SARS.Rfl(基因库登录号DQ412042)、BtCoV.273.2005(基因库登录号DQ648856)、BtSARS.Rp3(基因库登录号DQ071615)、SARS Co V.A022(基因库登录号AY686863)、SARSCoV.CUHK-Wl(基因库登录号AY278554)、SARSCoV.GDOl(基因库登录号AY278489)、SAR SCoV.HC.SZ.61.03(基因库登录号AY515512)、SARSCoV.SZ 16(基因库登录号AY304488)、SARSCoV.Urbani(基因库登录号AY278741)、SARSCoV.civetOlO(基因库登录号AY572035)、SARSCoV.MA.15(基因库登录号DQ497008)、基因库登录号NC045512、SARSCoV_Unknown-UQ-581(基因库登录号MT412243)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群2b冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群2c冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群2c冠状病毒的非限制性实例包括中东呼吸综合征冠状病毒分离株Riyadh_2_2012(基因库登录号KF600652.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-HasaJ 8J 013(基因库登录号F600651.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_17_2013(基因库登录号F600647.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_15_2013(基因库登录号F600645.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_16_2013(基因库登录号KF600644.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_21_2013(基因库登录号KF600634)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_19_2013(基因库登录号KF600632.)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Buraidah_l_2013(基因库登录号KF600630.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Ffafr-Al-Batin_l_2013(基因库登录号F600628.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_12_2013(基因库登录号KF600627.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Bisha_l_2012(基因库登录号KF600620.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Riyadh_3_2013(基因库登录号KF600613.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株RiyadhJ_2012(基因库登录号KF600612.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株AI-Hasa_3_2013(基因库登录号KF 186565.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_l_2013(基因库登录号KF186567.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa_2_2013(基因库登录号F186566.1)、中东呼吸综合征冠状病毒分离株Al-Hasa__4_2013(基因库登录号KF186564.1)、中东呼吸综合征冠状病毒(基因库登录号KF192507.1)、乙型冠状病毒England1-Nl(基因库登录号NC_019843)、MERS-CoV_SA-Nl(基因库登录号KC667074)、中东呼吸综合征冠状病毒的以下分离株(基因库登录号KF600656.1、基因库登录号KF600655.1、基因库登录号KF600654.1、基因库登录号KF600649.1、基因库登录号KF600648.1、基因库登录号KF600646.1、基因库登录号KF600643.1、基因库登录号KF600642.1、基因库登录号KF600640.1、基因库登录号KF600639.1、基因库登录号KF600638.1、基因库登录号KF600637.1、基因库登录号KF600636.1、基因库登录号KF600635.1、基因库登录号KF600631.1、基因库登录号KF600626.1、基因库登录号KF600625.1、基因库登录号KF600624.1、基因库登录号KF600623.1、基因库登录号KF600622.1、基因库登录号KF600621.1、基因库登录号KF600619.1、基因库登录号KF600618.1、基因库登录号KF600616.1、基因库登录号KF600615.1、基因库登录号KF600614.1、基因库登录号KF600641.1、基因库登录号KF600633.1、基因库登录号KF600629.1、基因库登录号KF600617.1)、冠状病毒Neoromicia/PML PHE1/RSA/201 1基因库登录号KC869678.2、蝙蝠冠状病毒Taper/CII_KSA_287/Bisha/Saudi Arabia/基因库登录号KF493885.1、蝙蝠冠状病毒Rhhar/CII_KSAJ)03/Bisha Saudi Arabia/2013基因库登录号KF493888.1、蝙蝠冠状病毒Pikuh/CII^KSA_001/Riyadh/Saudi Arabia/2013基因库登录号KF493887.1、蝙蝠冠状病毒Rhhar/CII KSA_002/Bisha/Saudi Arabia/2013基因库登录号KF493886.1、蝙蝠冠状病毒Rhhar/CIIJiSA_004/Bisha/Saudi Arabia 2013基因库登录号KF493884.1、BtCoV.HKU4.2(基因库登录号EF065506)、BtCoV.HKU4.1(基因库登录号NC_009019)、BtCoV.HKU4.3(基因库登录号EF065507)、BtCoV.HKU4.4(基因库登录号EF065508)、BtCoV133.2005(基因库登录号NCJ)08315)、BtCoV.HKU5.5(基因库登录号EF065512)、BtCoV.HKU5.1(基因库登录号NCJ)09020)、BtCoV.HKU5.2(基因库登录号EF0655 I0)、BtCoV.HKU5.3(基因库登录号EF06551 1)、人乙型冠状病毒2c Jordan-N3/2012(基因库登录号C776174.1)、人乙型冠状病毒2c EMC/2012(基因库登录号JX869059.2)、伏翼属蝙蝠冠状病毒HKU5分离株(GenBank Accession No:KC522089.1、基因库登录号KC522088.1、基因库登录号KC522087.1、基因库登录号C522086.1、基因库登录号KC522085.1、基因库登录号C522084.1,GenBank Accession No:KC522083.1、基因库登录号KC522082.1、基因库登录号KC522081,1,GenBank Accession No:KC522080.1、基因库登录号KC522079.1、基因库登录号KC522078.1、基因库登录号C522077.1、基因库登录号KC522076.1、基因库登录号KC522075.1、基因库登录号KC522104.1、基因库登录号C522104.1、基因库登录号KC522103.1、基因库登录号KC 522102.1、基因库登录号C522101.1、基因库登录号KC522100.1、基因库登录号KC522099.1、基因库登录号C522098.1、基因库登录号KC522097.1、基因库登录号KC522096.1、基因库登录号KC522095.1、基因库登录号KC522094.1、基因库登录号KC522093.1、基因库登录号KC522092.1、基因库登录号KC522091.1、基因库登录号KC522090.1、基因库登录号KC5221 19.1、基因库登录号C522118.1、基因库登录号C5221 17.1、基因库登录号C5221 16.1、基因库登录号C5221 15.1、基因库登录号C5221 14.1、基因库登录号KC5221 13,1、基因库登录号C5221 12.1、基因库登录号KC 522 1 1.1、基因库登录号KC5221 10.1、基因库登录号KC522109.1、基因库登录号KC522108.1、基因库登录号KC522107.1、基因库登录号KC522106.1、基因库登录号KC522105.1)、伏翼属蝙蝠冠状病毒HKU4分离株(基因库登录号KC522048.1、基因库登录号KC522047.1、基因库登录号KC522046,l、基因库登录号KC522045.1、基因库登录号KC522044.1、基因库登录号KC522043.I、基因库登录号KC522042.1、基因库登录号KC522041.1、基因库登录号KC522040.1、基因库登录号KC522039.1、基因库登录号C522038.1、基因库登录号C522037.1、基因库登录号KC522036.1、基因库登录号C522048.1、基因库登录号KC522047.1、基因库登录号KC522046.1、基因库登录号KC522045.1、基因库登录号C522044,l、基因库登录号KC522043.1、基因库登录号KC522042.1、基因库登录号KC522041.1、基因库登录号KC522040,1、基因库登录号KC522039.1、基因库登录号KC522038.1、基因库登录号KC522037.1、基因库登录号KC522036.1、基因库登录号KC52206U、基因库登录号KC522060.1、基因库登录号KC522059.1、基因库登录号KC522058.1、基因库登录号KC522057.1、基因库登录号C522056.1、基因库登录号KC522055,l、基因库登录号C522054.1、基因库登录号KC522053,l、基因库登录号KC522052,l、基因库登录号KC522051.1、基因库登录号KC522050.1、基因库登录号KC522049.1、基因库登录号KC522074.1、基因库登录号KC522073.1、基因库登录号KC522072.1、基因库登录号KC522071.1、基因库登录号C522070.1、基因库登录号KC522069.1、基因库登录号KC522068.1、基因库登录号KC522067.1、基因库登录号KC522066.1、基因库登录号KC522065.1、基因库登录号KC522064,l、基因库登录号C522063.1、基因库登录号KC522062.1)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群2c冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群2d冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群2d冠状病毒的非限制性实例包括BtCoV.HKU9.2(基因库登录号EF065514)、BtCoV.HKU9.1(基因库登录号NCJ)09021)、BtCoV.HkU9.3(基因库登录号EF065515)、BtCoV.HKU9.4(基因库登录号EF065516)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他亚群2d冠状病毒，以及它们的任何组合。
在一些实施方案中，病毒是亚群3冠状病毒。任何提供的实施方案的亚群3冠状病毒的非限制性实例包括IBV.BeaudetteIBV.p65(基因库登录号DQ001339)，以及现在已知的(例如，可在数据库中找到的)或以后鉴定的任何其他3亚群冠状病毒，以及它们的任何组合。
如本领域普通技术人员所熟知的，各个亚群1a、1b、2a、2b、2c、2d和3中的冠状病毒可以任何组合包括在任何提供的实施方案的方法和组合物中。
在一些实施方案中，病毒是亚群2b冠状病毒。在一些实施方案中，病毒是SARSCoV-2。SARS-CoV-2病毒于2020年3月被宣布为全球疫情。这种新的人冠状病毒是一种呼吸道病原体，已知可通过呼吸道飞沫和污染物传播，特别是传播到面部和肺部的粘膜。暴露后的潜伏期可长达14-21天。虽然许多确诊的SARS-CoV-2病毒感染病例会导致无症状表现，但严重疾病也可能导致死亡。相关的SARS-CoV-1病毒被确定为2003年东亚报告的第一次重大SARS爆发的病原体。中东呼吸系统病毒(MERS)于2012年首次被报告为感染人。据认为，SARSCoV-1、SARS CoV-2和MERS中的每一种都是通过蝙蝠和可能的其他家畜(如猪和骆驼)的人畜共患病传播事件的结果。在一些实施方案中，病毒是SARS CoV-1。在一些实施方案中，病毒是MERS。
在一些实施方案中，以有效量施用结合剂、颗粒、用于递送的媒介物或组合物以实现治疗效果，诸如减轻或预防病毒感染或与病毒感染相关的症状的严重程度。用途包括多核苷酸、蛋白质(例如结合剂和颗粒)、用于递送的媒介物或组合物在制备药物中的用途，以便实施这种治疗方法。在一些实施方案中，方法通过向患有或怀疑患有病毒感染或处于暴露于引起病毒感染的病毒的风险中的受试者施用所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂和颗粒)、或用于递送的媒介物、或包含其的组合物来实施，所述病毒感染例如冠状病毒感染，诸如CARS-COV-2病毒感染。在一些实施方案中，方法由此治疗受试者的病毒感染。
因此，所提供的实施方案的目的是提供治疗方法，诸如包含用于递送多核苷酸或多肽(例如结合剂和颗粒)的组合物的方法，以用于治疗感染，诸如冠状病毒感染。
在一些实施方案中，所提供的方法或用途涉及药物组合物的施用，所述施用包括口服、吸入、经皮或肠胃外(包括静脉内、肿瘤内、腹膜内、肌内、腔内和皮下)施用。在一些实施方案中，媒介物颗粒可以单独施用或调配成药物组合物。在一些实施方案中，本文所述的媒介物颗粒或组合物可以施用给受试者，例如哺乳动物，例如人。在一些实施方案中，受试者可能处于特定疾病或疾患(例如冠状病毒感染)的风险下，可能具有特定疾病或病症的症状，或者可能被诊断为或被鉴定为患有特定疾病或疾患。在一些实施方案中，疾病是疾病或病症。在一些实施方案中，疾病是严重急性呼吸综合征(SARS)。
在一些实施方案中，所提供的组合物是口服施用的。口服施用可包括通过吸入施用，诸如产生递送至肺部的气雾剂。在一些实施方案中，可以使用干粉吸入器(DPI)、加压计量剂量吸入器(pMDI)或喷雾器施用组合物。本文所述的调配用于口服使用(诸如通过吸入)的任何所提供的组合物可以根据所提供的方法施用。
气雾剂递送是一种有吸引力的方法，因为其是非侵入性的，并且具有递送高浓度治疗性多核苷酸或多肽的潜力，诸如编码结合剂或颗粒的那些多核苷酸或多肽。已经描述了使用病毒载体、聚合物、表面活性剂或赋形剂将核酸气雾剂递送至肺部。McDonald等人描述了编码囊性纤维化跨膜传导调节蛋白(CFTR)的腺病毒载体向非人灵长类动物的气雾剂递送(McDonald等人,Human Gene Therapy 8:411-422(1997))。Canonico等人描述了通过气雾剂将含有重组人α1-抗胰蛋白酶基因和与阳离子脂质体复合的巨细胞病毒启动子的质粒体内基因转移到兔的肺中(Canonico等人,Am.J.Respir.Cell Mol.Biol,10:24-29(1994))。Stribling等人描述了与阳离子脂质体载体复合的氯霉素乙酰转移酶报道基因的气雾剂递送可以在小鼠肺中产生CAT基因表达(Stribling等人,Proc.Natl Acad.Sci.USA89:11277-11281(1992))。
Massaro等人描述了将与脂蛋白肺表面活性剂复合的小抑制性RNA分子(称为表面活性物质或SAM)通过液体沉积到鼻孔中而递送到小鼠的肺泡中(Massaro等人,Am.J.Physiol.Lung Cell Mol.Physiol.287:L1066-L1070(2004))。Chen等人的美国专利申请第2005/0008617号描述了RNAi诱导剂的递送，包括短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)和与阳离子聚合物、经修饰的阳离子聚合物、脂质和/或适于引入肺部的表面活性剂复合的RNAi诱导载体。Davis等人的美国专利申请第2003/0157030号描述了用于经鼻递送的RNAi构建体(诸如siRNA或产生与聚合物复合的siRNA的核酸)的施用。在所提供的实施方案中可以使用任何这样的方法。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂和颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以单位剂量组合物的形式施用，诸如单位剂量口服、肠胃外、透皮或吸入组合物。在一些实施方案中，组合物通过混合制备，并且适于口服、吸入、透皮或肠胃外施用，并且因此可以呈片剂、胶囊、口服液体制剂、粉末、颗粒、锭剂、可重构粉末、可注射和可输注溶液或悬浮液或栓剂或气雾剂的形式。
在一些方面，“治疗有效时间”是指施用药学有效量的化合物的时间段，所述时间段足以减轻与疾病或病症(诸如SARS冠状病毒感染)相关的一种或多种症状。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂和颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以在检测感染(诸如SARS冠状病毒)的症状之前、同时和/或之后施用。当涉及化合物的施用与症状之间的关系时，术语“伴随”是指在出现与SARS冠状病毒感染相关的症状的同时或期间施用。在一些实施方案中，可以在施用另一种类型的药物或治疗方法之前、同时和/或之后施用本文所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂和颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物。
在一些实施方案中，组合物可以每天数次的频率施用给受试者，或者可以更低的频率施用，诸如一天一次、一周一次、每两周一次、一月一次，或者甚至更低的频率，诸如每几个月一次或甚至一年一次或更少。在一些实施方案中，在非限制性实例中，可以每天、每隔一天、每2天、每3天、每4天或每5天施用每天给药的化合物的量。在一些实施方案中，对于每隔一天施用，可以在星期一开始5mg/天的剂量，在星期三施用第一个随后5mg/天的剂量，在星期五施用第二个随后5mg/天的剂量，依此类推。剂量的频率对技术人员来说是显而易见的，并且取决于许多因素，诸如但不限于所治疗疾病的类型和严重程度、受试者的类型和年龄等。
如本文所用，“受试者”是哺乳动物，诸如人或其他动物，通常是人。在一些实施方案中，施用多核苷酸、用于递送的媒介物和组合物的受试者(例如患者)是哺乳动物，通常是灵长类动物，诸如人。在一些实施方案中，灵长类动物是猴或猿。受试者可以是雄性或雌性，并且可以是任何合适的年龄，包括婴儿、少年、青少年、成年和老年受试者。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变体，诸如“治疗(treat/treating)”)是指完全或部分改善或减轻疾病或疾患或病症，或症状、副作用或结果，或与其相关的表型，诸如与冠状病毒感染相关的表型。理想的治疗效果包括但不限于预防感染的发生或复发、减轻症状、减少感染的任何直接或间接病理后果、预防严重急性呼吸综合征(SARS)、降低疾病进展的速度、改善或减轻疾病状态以及缓解或改善预后。这些术语并不意味着完全治愈疾病或完全消除任何症状或对所有症状或结果的影响。
在一些实施方案中，已知、怀疑或预测受试者已经暴露于SARS CoV-2病毒。在一些实施方案中，受试者患有肺炎，诸如双侧肺炎。在一些实施方案中，受试者具有磨玻璃样影(ground-glass opacity)，诸如可以用胸部计算机断层摄影(CT)扫描成像。
在一些实施方案中，已知、怀疑或预测受试者已经暴露于SARS CoV-2病毒。在一些实施方案中，已知或怀疑受试者患有严重急性呼吸综合征(SARS)。SARS CoV-2具有包含三个不同疾病阶段的分期系统。轻度或早期感染也被称为1期冠状病毒疾病(COVID)。I期COVID可能基本上无症状或出现一般非特异性症状，如不适、咳嗽、发烧等。II期COVID随着肺部疾病和/或肺部炎症的确立而发生。在IIa期，患者没有显示出与病毒性肺炎相关的缺氧(定义为PaO2/FiO2<300mmHg)。IIb期COVID的特征是缺氧，并且通常需要机械通气。在少数患者中观察到III期COVID，并且与死亡率密切相关。在一些方面，III期COVID的特征在于全身性炎症，诸如在“细胞因子风暴”期间观察到的炎症。任何阶段都没有FDA批准的COVID治疗方法。
如本文所用，“延迟疾病的发展”是指推迟、阻碍、减缓、拖延、稳定、抑制和/或延缓疾病(诸如癌症)的发展。这种延迟时间长短不一，取决于疾病史和/或接受治疗的个体。对本领域技术人员来说显而易见的是，充分或显著的延迟实际上可以包括预防，因为个体不会发展成疾病。
如本文所用，“预防”包括对可能易患或暴露于疾病或致病因子但尚未被诊断患有疾病的受试者的疾病的发生或复发提供预防。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、用于递送的媒介物和组合物用于延迟疾病的发展或减缓疾病的进展。
在施用的情况下，“有效量”(例如药物调配物或组合物，包括任何含有所提供的多核苷酸、蛋白质(例如结合剂或颗粒)或用于递送的媒介物)是指在必要的剂量/量和时间段内有效达成所需结果(诸如治疗或预防结果)的量。
“治疗有效量”(例如药物调配物或组合物，包括任何含有所提供的多核苷酸、蛋白质(例如结合剂或颗粒)或用于递送的媒介物)是指在必要的剂量和时间段内有效达成所需治疗结果(诸如用于疾病、疾患或病症的治疗)和/或治疗的药物动力学或药效学效果的量。治疗有效量可以根据诸如受试者的疾病状态、年龄、性别和体重以及施用的多核苷酸等因素而变化。在一些实施方案中，所提供的方法涉及以有效量(例如，治疗有效量)施用所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物。
“预防有效量”是指在必要的剂量和时间段内有效达成所需预防效果的量。典型地但不是必须地，由于预防剂量用于患病前或患病早期的受试者，因此预防有效量将小于治疗有效量。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或降低相对于基线(施用本文在章节I、II和III中提供的任何所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物的第1天)的症状的严重程度。在一些实施方案中，评估受试者的冠状病毒感染的症状，包括以下任何症状：发热、咽喉痛、咳嗽、气短、肌痛。在一些实施方案中，受试者自我评估。在一些实施方案中，将在第5天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第7天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第14天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第21天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第30天评估受试者与基线相比症状何时减轻。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少相对于基线(施用本文在章节I、II和III中任一个中提供的任何多核苷酸、多肽或媒介物的第1天)的症状消退时间。在一些实施方案中，将在第5天评估受试者与基线相比症状何时完全消退。在一些实施方案中，将在第7天评估受试者与基线相比症状何时完全消退。在一些实施方案中，将在第14天评估受试者与基线相比症状何时完全消退。在一些实施方案中，将在第21天评估受试者与基线相比症状何时完全消退。在一些实施方案中，将在第30天评估受试者与基线相比症状何时完全消退。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或增加在第14天7点顺序量表上的改善优势比。在一些方面，优势比代表治疗组之间顺序量表改善的优势。在一些方面，顺序量表是对给定日期的临床状态的评估。所述量表规定如下：1.死亡；2.住院，接受有创机械通气或体外膜肺氧合(ECMO)；3.住院，靠无创通气或高流量输氧设备；4.住院，需要低流量补充氧气；5.住院，不需要补充氧气-需要持续的医疗护理(冠状病毒相关或其他)；6.住院，不需要补充氧气-不再需要持续的医疗护理；7.没有住院。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或防止对ER就诊的需要。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少第一次ER就诊后的重复ER就诊的次数。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少在重症监护病房(ICU)中的天数。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少受试者置于呼吸机(诸如机械呼吸机)上的天数。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少在重症监护病房(ICU)中的天数。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂和颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少受试者施用血管加压药的天数。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少在重症监护病房(ICU)中的天数。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少受试者接受肾替代疗法的天数。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少从冠状病毒感染中恢复所需的天数。在一些方面，将基于以下临床标准判定受试者是否康复：发热、呼吸频率和SPO2的正常化，以及持续至少72小时的咳嗽缓解(在登记时存在相关异常症状)。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少发热消退的天数。
在一些实施方案中，在治疗后至少一个月、两个月、三个月、四个月、五个月或六个月，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少不良事件的数量，如癌症研究所的不良事件通用术语标准(NCI-CTCAE)v5.0所测量。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少咳嗽消退的天数。在一些方面，可根据NCI-CTCAE v5.0对受试者的咳嗽进行分级，如下文表5所示。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，f结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或减少肺炎恶化和/或加重的发生率。在一些方面，基于以下临床标准中的至少一个的存在，受试者将被评定为恶化/加重的肺炎：SPO2≤93％，PaO2/FiO2≤300mmHg，或不吸氧且需要氧疗或更高级呼吸支持的不良RR≥30/min。
在一些方面，将评估受试者的QTc延长。QT间期是通过心电图评估的心脏电特性的量度。在一些方面，QT延长可导致心动过速，诸如尖端扭转型室性心动过速(Torsades dePointes)。在一些方面，大于500ms的校正QT(QTc)赋予心脏事件的高风险。在一些方面，>60ms的基线QTc的增加赋予心脏事件的高风险。在一些方面，成人男性的正常QTc是<430ms。在一些方面，成年女性的正常QTc是<450ms。在一些方面，15岁以下儿童的正常QTc是<440ms。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或降低相对于基线(施用本文在章节I、II和III中任一个中提供的任何多核苷酸、多肽或媒介物的第1天)的症状的严重程度。在一些实施方案中，评估受试者的QTc延长。在一些实施方案中，受试者自我评估。在一些实施方案中，如上所述将在第5天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第7天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第14天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第21天评估受试者与基线相比症状何时减轻。在一些实施方案中，将在第30天评估受试者与基线相比症状何时减轻。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以改善或降低病毒载量。在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以防止病毒学失败，如连续两天病毒载量增加>0.5log，或一天增加>1log所定义。在一些方面，其中病毒载量增加与治疗前病毒测试期间的任何基线趋势不一致。
在一些实施方案中，所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物(例如，章节II中描述的任何物质、包含章节I中描述的多核苷酸和多肽的组合物，和/或包含章节III中描述的媒介物的组合物)介导对靶细胞的作用，并且所述作用持续至少1天、2天、3天、4天、5天、6天或7天、2周、3周或4周或1个月、2个月、3个月、6个月或12个月。在一些实施方案中(例如，其中媒介物颗粒组合物包含外源多肽，诸如编码结合剂或颗粒的多肽)，效果持续少于1天、2天、3天、4天、5天、6天或7天、2周、3周或4周或1个月、2个月、3个月、6个月或12个月。
在一些任何实施方案中，本文所述的所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物被离体递送至细胞或组织，例如人细胞或组织。在一些实施方案中，将组合物递送至处于损伤状态(例如，来自创伤、疾病、缺氧、缺血或其他损伤)的离体组织。在一些实施方案中，将组合物递送至离体移植物(例如用于移植的组织外植体或组织，例如人静脉、肌肉骨骼移植物诸如骨或肌腱、角膜、皮肤、心脏瓣膜、神经；或分离或培养的器官，例如待移植到人中的器官，例如人心脏、肝、肺、肾、胰腺、肠、胸腺、眼睛)。在一些实施方案中，在移植之前、期间和/或之后将组合物递送至组织或器官。
在一些实施方案中，本文所述的所提供的多核苷酸、蛋白质(例如，结合剂或颗粒)、用于递送的媒介物或含有任何上述物质的组合物可以施用给受试者，例如哺乳动物，例如人。在这样的实施方案中，受试者可能处于特定疾病或疾患的风险中，可能具有特定疾病或疾患的症状，或者可能被诊断或鉴定为患有特定疾病或疾患(例如，已知或怀疑患有冠状病毒感染)。在一些实施方案中，疾病或疾患是呼吸综合征，诸如严重急性呼吸综合征(SARS)。
V.定义
除非另外定义，否则本文所使用的所有技术术语、符号和其他技术和科学术语或术语学旨在具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或便于参考，在此定义了具有通常理解的含义的术语，并且在此包含这样的定义不应该被解释为代表与本领域通常理解的实质性差异。除非另有说明，化学和生物化学名称的缩写和符号是根据IUPAC-IUB命名法。除非另有说明，所有数值范围包括定义所述范围的值以及介于中间的所有整数值。
如本文所用，冠词“一个/一种(a/an)”是指所述冠词的语法对象中的一个/一种或多于一个/多于一种(即，至少一个/至少一种)。例如，“一个要素”意指一个要素或多于一个要素。
如本文所用，术语“约”将为本领域普通技术人员所理解，并且将在其使用的上下文中在一定程度上变化。如本文所用，“约”当指可测量的值诸如量、短暂的持续时间等时，意指涵盖与指定值相差±20％或±10％、更优选±5％、甚至更优选±1％、以及还更优选±0.1％的变化，因为此类变化适于执行所公开的方法。
如本文所用，“脂质颗粒”是指包含围绕内腔或空腔的两亲性脂质双层的任何生物或合成颗粒。典型地，脂质颗粒不含有核。脂质颗粒的实例包括固体颗粒诸如纳米颗粒、病毒衍生的颗粒或细胞衍生的颗粒。此类脂质颗粒包括但不限于病毒颗粒(例如慢病毒颗粒)、病毒样颗粒、病毒载体(例如慢病毒载体)外来体、去核细胞、各种囊泡(诸如微泡、膜囊泡、细胞外膜囊泡、质膜囊泡、巨质膜囊泡)、凋亡小体、有丝分裂颗粒(mitoparticle)、核红细胞(pyrenocyte)或溶酶体。
如本文所用，“生物活性部分”(诸如关于蛋白质诸如G蛋白或F蛋白)是指表现出或保留全长蛋白质的活性或特性的蛋白质部分。例如，当各自包埋在脂质双层中时，F蛋白的生物活性部分保留与G蛋白结合的融合活性。例如，当各自包埋在脂质双层中时，G蛋白的生物活性部分保留与F蛋白结合的融合活性。保留的活性包括全长或野生型F蛋白或G蛋白的活性的10％-150％或更多。F蛋白和G蛋白的生物活性部分的实例包括胞质结构域的截短，例如多达1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、20,25个、30个、35个或更多个连续氨基酸的截短，参见例如Khetawat和Broder 2010VirologyJournal 7:312；Witting等人2013Gene Therapy 20:997-1005；公布的国际专利申请号WO/2013/148327。
如本文所用，“逆转录病毒核酸”是指含有单独或与辅助细胞、辅助病毒或辅助质粒组合包装到逆转录病毒或逆转录病毒载体中的至少最小序列要求的核酸。在一些实施方案中，逆转录病毒核酸还包含或编码外源性剂、阳性靶细胞特异性调控元件、非靶细胞特异性调控元件或阴性TCSRE。在一些实施方案中，逆转录病毒核酸包含5’LTR(例如，促进整合)、U3(例如，激活病毒基因组RNA转录)、R(例如，Tat结合区)、U5、3’LTR(例如，促进整合)、包装位点(例如，psi())、RRE(例如，结合Rev并促进核输出)中的一种或多种(例如，全部)。逆转录病毒核酸可包含RNA(例如，当为病毒体的一部分时)或DNA(例如，当被引入源细胞中时或在受体细胞中逆转录之后)。在一些实施方案中，使用包含gag、pol和env中的一种或多种(例如，全部)的辅助细胞、辅助病毒或辅助质粒来包装逆转录病毒核酸。
如本文所用，“靶细胞”是指期望靶向脂质颗粒递送外源性剂的类型的细胞。在实施方案中，靶细胞是特定组织类型或种类的细胞，例如免疫效应细胞，例如T细胞。在一些实施方案中，靶细胞是患病细胞，例如癌细胞。
如本文所用，“非靶细胞”是指不期望靶向脂质颗粒递送外源性剂的类型的细胞。在一些实施方案中，非靶细胞是特定组织类型或种类的细胞。在一些实施方案中，非靶细胞是非患病细胞，例如非癌细胞。
如本文所用，术语“特异性结合”靶分子(诸如抗原)是指结合分子，诸如抗体或其抗原结合片段，与替代分子相比，与特定靶分子更频繁、更迅速、持续时间更长和/或亲和力更大地反应或结合。结合分子(诸如抗体或其抗原结合片段)在其以比其与其他分子结合更大的亲和力、亲合力、更容易和/或更长的持续时间时“特异性结合”靶分子。应当理解，特异性结合第一靶标的结合分子(诸如抗体或其抗原结合片段)可以特异性结合或不结合第二靶标。因此，“特异性结合”不一定需要(尽管其可包括)排他性结合。
如本文所用，与结合剂相关的术语“中和(neutralizing)”或“中和(neutralization)”或其语法变体是指含有结合结构域(例如抗体或其抗原结合片段)的那些，所述结合结构域阻断或降低病毒的至少一种活性，所述病毒在其表面上暴露了结合结构域(例如抗体或其抗原结合片段)特异性结合的病毒表面蛋白。例如，中和可以通过抑制病毒附着或粘附到靶细胞表面来实现，例如通过直接结合或靠近负责病毒附着或粘附的位点的结合结构域(例如抗体或其抗原结合片段)来实现。中和活性包括抑制病毒复制的活性。中和活性可以在体外和/或体内测量。
如本文所用，关于肽、多肽或抗体序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”和“同源性”被定义为在比对序列并引入缺口(如果需要)以实现最大序列同一性百分比并且不将任何保守取代视为序列同一性的一部分之后，候选序列中与特定肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。用于确定氨基酸序列同一性百分比的目的的比对可以以本领域技术内的各种方式(例如使用公众可获得的计算机软件诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或MEGALIGNTM(DNASTAR)软件)来实现。本领域技术人员可以确定用于测量比对的适当参数，包括在被比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。
氨基酸取代可包括但不限于多肽中的一个氨基酸用另一种氨基酸替换。可以将氨基酸取代引入感兴趣的抗体中，并且筛选产物的期望活性，例如保留/改善的结合。非保守取代将需要将这些类别之一的成员交换成另一类别。
关于蛋白质的位置的术语“对应于”，诸如叙述核苷酸或氨基酸位置“对应于”所公开的序列(诸如序列表中所示的)中的核苷酸或氨基酸位置，是指基于结构序列比对或使用标准比对算法(诸如GAP算法)与所公开的序列比对后鉴定的核苷酸或氨基酸位置。例如，相似序列(例如片段或物种变体)的对应残基可以通过结构比对方法与参考序列比对来确定。通过比对序列，本领域技术人员可以鉴定对应的残基，例如，使用保守的和相同的氨基酸残基作为指导。
如本文所用，术语“分离的”是指已与通常在自然界中发现或产生的至少一些组分分离的分子。例如，当多肽与产生它的细胞的至少一些组分分离时，所述多肽被称为“分离的”。当多肽在表达后由细胞分泌的情况下，从产生所述多肽的细胞中物理地分离含有所述多肽的上清液被认为是“分离”所述多肽。类似地，当多核苷酸不是其通常在自然界中发现的较大多核苷酸(例如在DNA多核苷酸的情况下为基因组DNA或线粒体DNA)的一部分时或与产生所述多核苷酸的细胞的至少一些组分分离(例如在RNA多核苷酸的情况下)时，将所述多核苷酸称为“分离的”。因此，在宿主细胞内的载体中包含的DNA多核苷酸可以被称为“分离的”。
如本文所用，术语“有效量”意指足以显著且正面地改变待治疗的症状和/或疾患(例如，提供正面临床反应)的药物组合物的量。用于药物组合物的活性成分的有效量将随所治疗的具体疾患、疾患的严重程度、治疗的持续时间、并行疗法的性质、所使用的具体活性成分、所使用的具体药学上可接受的赋形剂和/或载体和主治医师知识和专业知识内的类似因素而变化。
如本文所用，涉及靶向脂质颗粒的“外源性剂”是指既不被相应的野生型病毒包含也不被其编码的药剂。在一些实施方案中，外源性剂不是天然存在的，诸如具有相对于天然存在的蛋白质改变(例如，通过插入、缺失或取代)的序列的蛋白质或核酸。在一些实施方案中，外源性剂不天然存在于源细胞中。在一些实施方案中，外源性剂天然存在于源细胞中，但对于病毒而言是外源的。在一些实施方案中，外源性剂不天然存在于受体细胞中。在一些实施方案中，外源性剂天然存在于受体细胞中，但不以期望的水平或在期望时间存在。在一些实施方案中，外源性剂包含RNA或蛋白质。
如本文所用，“可操作地连接”或“可操作地缔合”包括指至少两个序列的功能性连接。例如，可操作地连接包括启动子与第二序列之间的连接，其中启动子序列启动并介导对应于第二序列的DNA序列的转录。可操作地缔合包括诱导或阻抑元件与启动子之间的连接，其中诱导或阻抑元件作为启动子的转录激活因子。
如本文所用，“启动子”是指当与基因编码序列可操作地连接时驱动基因转录的顺式调节DNA序列。启动子可包含转录因子结合位点。在一些实施方案中，启动子与基因远端的一个或多个增强子协同工作。
如本文所用，“媒介物”是指用于将基因或蛋白质递送至细胞以促进其被细胞识别或摄取的生物载体。递送媒介物的实例包括但不限于脂质和非脂质颗粒，诸如病毒或病毒样颗粒、脂质体、微粒、纳米颗粒、纳米凝胶、树枝状聚合物或树枝状体。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或化合物(包括细胞)的任何混合物。其可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性、非水性或它们的任何组合。
如本文所用，术语“药学上可接受的”是指不消除化合物的生物活性或特性并且相对无毒的材料(诸如载体或稀释剂)，即，所述材料可以施用于个体而不引起不期望的生物效应或以有害方式与包含其的组合物的任何组分相互作用。
如本文所用，术语“药物组合物”是指任何提供的实施方案的至少一种化合物与其他化学组分的混合物，所述化学组分例如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂。药物组合物有助于将化合物施用于生物体。本领域中存在多种施用化合物的技术，包括但不限于静脉内、口服、气雾剂、肠胃外、眼部、肺部和局部施用。
如本文所用的“疾病”或“病症”是指需要和/或期望治疗的疾患。
如本文所用，术语“治疗(treat、treating或treatment)”是指改善疾病或病症，例如减缓或阻止或减少疾病或病症的发展或减少其至少一种临床症状。出于本公开的目的，改善疾病或病症可包括获得有益或期望的临床结果，所述有益或期望的临床结果包括但不限于以下中的任何一项或多项：减轻一种或多种症状、减小疾病程度、预防或延迟疾病的扩散(例如，转移，例如，转移至肺部或淋巴结)、预防或延迟疾病的复发、延迟或减慢疾病进展、改善疾病状态、抑制疾病或疾病进展、抑制或减慢疾病或其进展、阻止其发展、和缓解(无论是部分还是全部)。
术语“个体”和“受试者”在本文中可互换使用，是指动物；例如哺乳动物。术语患者包括人和兽医受试者。在一些实施方案中，提供了治疗哺乳动物的方法，所述哺乳动物包括但不限于人、啮齿动物、猿、猫科动物、犬类、马科动物、牛、猪、绵羊、山羊、哺乳动物实验室动物、哺乳动物农场动物、哺乳动物运动动物和哺乳动物宠物。受试者可以是雄性或雌性，并且可以是任何合适的年龄，包括婴儿、少年、青少年、成年和老年受试者。在一些实例中，“个体”或“受试者”是指需要治疗疾病或病症的个体或受试者。在一些实施方案中，接受治疗的受试者可以是患者，表明所述受试者已经被鉴定为患有与治疗有关的病症或有足够风险患上所述病症的事实。在特定实施方案中，受试者是人，诸如人患者。
VI.示例性实施方案
所提供的实施方案包括：
1.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中所述结合剂能够中和所述病毒并且与未经修饰的Fc结构域相比表现出降低的促炎活性。
2.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)与IgG1 Fc结构域相比具有降低的促炎活性的Fc结构域，其中所述结合剂能够中和所述病毒。
3.如实施方案2所述的结合剂，其中所述Fc结构域是IgG2或IgG4 Fc结构域。
4.如实施方案1所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc表现出与Fc激活受体的结合减少。
5.如实施方案1所述的结合剂，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc表现出与Fc抑制性受体的结合增加。
6.一种结合剂，其包含(i)至少一个结合表面暴露的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与至少一个Fc激活受体家族成员的结合减少。
7.如实施方案4或实施方案6所述的结合剂，其中所述Fc激活受体是Fcγ受体I(FcγRI)、Fcγ受体IIA(FcγRIIA)或Fcγ受体III(FcγRIII)。
8.如实施方案1至7中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的促炎活性的免疫复合物。
9.如实施方案1、4或6至8中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Ser228Pro、Glu233Pro、Leu234Ala、Leu234Glu、Leu235Ala、Leu235Glu、Leu235Phe、Gly236Arg、Gly237Ala、Pro238Ser、Asp265Ala、His268Ala、His268Gln、Ser288Pro、Asn297Ala、Asn297Gly、Asn297Gln、Val309Leu、Gly318Ala、Leu328Arg、Pro329Gly、Ala330Ser和Pro331Ser，或者前述任一者的组合。
10.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu235Glu取代。
11.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代。
12.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser288Pro取代和基于EU编号的Leu235Glu取代。
13.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代和基于EU编号的Pro329Gly取代。
14.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro331Ser取代、基于EU编号的Leu234Glu取代和基于EU编号的Leu235Phe取代。
15.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asp265Ala取代。
16.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Ala取代。
17.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly318Ala取代。
18.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Pro取代。
19.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly236Arg取代、基于EU编号的Leu328Arg取代和基于EU编号的Pro329Gly取代。
20.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的His268Gln取代、基于EU编号的Val309Leu取代和基于EU编号的Ala330Ser取代，和/或基于EU编号的Pro331Ser取代。
21.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代、基于EU编号的Gly237Ala取代、基于EU编号的Pro238Ser取代、基于EU编号的His268Ala取代、基于EU编号的Ala330Ser取代和基于EU编号的Pro331Ser取代。
22.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asn297Ala取代、基于EU编号的Asn297Gly取代或基于EU编号的Asn297Gln取代。
23.如实施方案1至9中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser228Pro取代、基于EU编号的Phe234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代。
24.一种结合剂，其包含(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与抑制性Fc受体的结合增加。
25.如实施方案5或24所述的结合剂，其中所述抑制性Fc受体是FcγRIIB，任选地其中所述FcRIIB是FcγRIIB1或FcγRIIB2。
26.如实施方案1、2、5或24至25中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有增加的抗炎活性的免疫复合物。
27.如实施方案1、2、5或24至25中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的炎性活性的免疫复合物。
28.如实施方案1、5或24至27中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Phe241Ala、Ser267Glu、His268Phe、Leu328Phe、Ser324Thr、Pro238Asp、Leu328Glu、Ser239Asp、Ile332Glu、Gly236Ala，或者前述任一者的组合。
29.如实施方案1、5或24至28中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的His268Phe取代，以及基于EU编号的Ser324Thr取代。
30.如实施方案1、5或24至29中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的Leu328Phe取代。
31.如实施方案1、5或24至30中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro238Asp取代。
32.如实施方案1、5或24至31中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu328Glu取代。
33.如实施方案1、5或24至32中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代。
34.如实施方案1、5或24至33中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代，以及基于EU编号的Gly236Ala取代。
35.如实施方案1、5或24至34中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代。
36.如实施方案1、5或24至35中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代。
37.如实施方案1、5或24至36中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代。
38.如实施方案1、5或24至37中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的H268D取代。
39.如实施方案1、5或24至38中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的P271G取代。
40.如实施方案1、5或24至39中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的A330R取代。
41.如实施方案1、5或24至40中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代和基于EU编号的A330R取代。
42.如实施方案1、5或24至41中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
43.如实施方案1、5或24至42中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代和基于EU编号的P271G取代。
44.如实施方案1、5或24至43中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
45.如实施方案1、5或24至44中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
46.如实施方案1、5或24至45中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
47.如实施方案1、5或24至46中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
48.如实施方案1至47中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域与野生型Fc结构域相比包含一个或多个氨基酸取代。
49.如实施方案1至48中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域是野生型IgG1。
50.如实施方案1至49中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域包含SEQID NO 1中所示的氨基酸序列。
51.如实施方案1至49中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 1表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。
52.如实施方案1至49中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域是野生型IgG2。
53.如实施方案1至49中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域包含SEQID NO 2中所示的氨基酸序列。
54.如实施方案1至49中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 2表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。
55.如实施方案1至48中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域是野生型IgG4。
56.如实施方案1至48中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域包含SEQID NO 3中所示的氨基酸序列。
57.如实施方案1至48中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 3表现出至少85％、至少90％、至少92％、至少95％、至少97％序列同一性的氨基酸序列。
58.如实施方案1至48中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含与SEQ ID NO 1-3中的任一个表现出至少85％序列同一性的氨基酸序列。
59.如实施方案1至58中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域和经修饰的Fc结构域直接连接。
60.如实施方案1至58中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域和经修饰的Fc结构域通过接头间接连接。
61.如实施方案60所述的结合剂，其中所述接头是肽接头。
62.如实施方案60至61所述的结合剂，其中所述肽接头是(GmS)n(SEQ ID NO:4)，其中m和n各自是1至4之间的整数，包括端点值。
63.如实施方案1至62中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是至少两个结合结构域。
64.如实施方案63所述的结合剂，其中所述至少两个结合结构域结合所述病毒蛋白的至少两个不同表位。
65.如实施方案1至64中任一项所述的结合剂，其中所述至少两个结合结构域直接连接。
66.如实施方案1至64中任一项所述的结合剂，其中所述至少两个结合结构域通过接头间接连接。
67.如实施方案66所述的结合剂，其中所述接头是肽接头。
68.如实施方案66或实施方案67所述的结合剂，其中所述肽接头是(GmS)n(SEQ IDNO:4)，其中m和n各自是1至4之间的整数，包括端点值。
69.如实施方案1至68中任一项所述的结合剂，其中所述病毒蛋白是病毒受体。
70.如实施方案1至69中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是RNA病毒。
71.如实施方案1至70中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是正粘病毒，任选地其中所述病毒是流感病毒。
72.如实施方案1至70中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是副粘病毒。
73.如实施方案72所述的结合剂，其中所述病毒是呼吸道合胞病毒(RSV)。
74.如实施方案72所述的结合剂，其中所述病毒是麻疹病毒(MeV)。
75.如实施方案1至70中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是冠状病毒。
76.如实施方案75所述的结合剂，其中所述病毒是严重急性呼吸综合征(SARS)CoV-2。
77.如实施方案76所述的结合剂，其中所述病毒是SARS CoV-1。
78.如实施方案77所述的结合剂，其中所述病毒是中东呼吸综合征病毒(MERS-V)。
79.如实施方案1至78中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂是二聚体。
80.如实施方案1至79中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够中和所述病毒。
81.如实施方案1至80中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂减少或防止病毒附着至宿主细胞。
82.如实施方案1至81中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域包含特异性结合所述病毒蛋白的抗体的抗原结合片段。
83.如实施方案82所述的结合剂，其中所述抗原结合片段包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)。
84.如实施方案82或实施方案83所述的结合剂，其中所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab’)2片段、Fab’片段、Fv片段。
85.如实施方案1至84中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域特异性结合SARS病毒的S(刺突)糖蛋白。
86.如实施方案1至85中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是选自以下的抗体的抗原结合片段：STI-1499、STI-4398、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2、JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、BGB-DXP593、T Y027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22d(、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-13576-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2。
87.如实施方案1至82中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是单结构域抗体(sdAb)，任选地其中所述至少一个结合结构域是TB201-1、TB202-3、TB202-63。
88.如实施方案1至82中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是抗体模拟物，任选地选自经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、adnectins或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
89.一种颗粒，其包含：(i)如实施方案1至88中任一项所述的结合剂和(ii)能够由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白。
90.如实施方案89所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是纯化的病毒蛋白。
91.如实施方案89所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是重组病毒蛋白。
92.如实施方案89至91中任一项所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是SARS病毒的S(刺突)糖蛋白
93.一种核酸分子，其编码如实施方案1至88中任一项所述的结合剂。
94.如实施方案93所述的核酸分子，其中所述结合剂的至少一个结合结构域包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)，其中所述核酸包含编码所述VH链和经修饰的Fc的第一序列和编码所述VL链的第二序列，并且其中所述第一序列和所述第二序列被多顺反子元件分开。
95.如实施方案94所述的核酸，其中所述多顺反子元件包含编码核糖体跳跃元件的序列，所述核糖体跳跃元件选自T2A、P2A、E2A或F2A或内部核糖体进入位点(IRES)。
96.如实施方案94或实施方案95所述的核酸，其中所述第一序列和所述第二序列可操作地连接到同一启动子。
97.如实施方案93至96中任一项所述的核酸分子，其中所述核酸分子是mRNA。
98.一种细胞，其包含如实施方案93至96中任一项所述的核酸。
99.一种载体，其包含如实施方案93至98中任一项所述的核酸分子。
100.如实施方案99所述的载体，其中所述载体是病毒载体或病毒样颗粒。
101.如实施方案99所述的载体，其中所述载体源自腺病毒。
102.如实施方案99所述的载体，其中所述病毒载体源自腺相关病毒(AAV)。
103.如实施方案102所述的载体，其中所述AAV属于血清型1、2、5、6、8或9。
104.如实施方案102或实施方案103所述的载体，其中所述AAV属于血清型8。
105.如实施方案102或实施方案103所述的载体，其中所述AAV属于血清型6。
106.如实施方案105所述的载体，其中所述AAV属于血清型6.2。
107.如实施方案99所述的载体，其中所述病毒载体源自慢病毒。
108.如实施方案107所述的载体，其中所述慢病毒是人免疫缺陷病毒-1(HIV-1)。
109.如实施方案99至108中任一项所述的载体，其中所述病毒载体或病毒样颗粒包含融合剂。
110.如实施方案99至109中任一项所述的载体，其中所述载体是脂质颗粒，其中所述脂质颗粒包含(i)包围内腔的脂质双层，和(ii)融合剂，其中所述融合剂包埋在所述脂质双层中。
111.如实施方案110所述的载体，其中所述脂质双层源自用于产生病毒或病毒样颗粒的宿主细胞膜。
112.如实施方案110或实施方案111所述的载体，其中所述脂质双层源自用于产生病毒样颗粒的宿主细胞膜，其中所述病毒样颗粒是复制缺陷型的。
113.如实施方案110至112中任一项所述的载体，其中所述融合剂是选自I类病毒膜融合蛋白、II类病毒膜蛋白、II类病毒膜融合蛋白、病毒膜糖蛋白或病毒包膜蛋白的病毒融合剂。
114.如实施方案110至113中任一项所述的载体，其中所述融合剂是水疱性口炎病毒包膜糖蛋白(VSV-G)。
115.如实施方案110至113中任一项所述的载体，其中所述融合剂是狒狒内源性病毒(BaEV)包膜糖蛋白。
116.如实施方案110至113中任一项的实施方案中任一项所述的载体，其中所述融合剂是合胞体蛋白。
117.如实施方案110至113中任一项所述的载体，其中所述融合剂来自冠状病毒。
118.如实施方案110至113和117中任一项的实施方案中任一项所述的载体，其中所述融合剂是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒1(SARS CoV-1)刺突糖蛋白。
119.如实施方案110至113和117中任一项的实施方案中任一项所述的载体，其中所述融合剂是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒2(SARS CoV-2)刺突糖蛋白。
120.如实施方案110至113、118和119中任一项的实施方案中任一项所述的载体，其中所述融合剂是α冠状病毒CD13蛋白。
121.如实施方案110至112中任一项所述的载体，其中所述融合剂包含来自副粘病毒的F蛋白分子或其生物活性部分和/或来自副粘病毒的糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分。
122.如实施方案110至112中任一项所述的载体，其中所述融合剂源自来自副粘病毒的F蛋白分子或其生物活性部分和/或来自副粘病毒的糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分。
123.如实施方案121或实施方案122所述的载体，其中所述副粘病毒是亨尼帕病毒。
124.如实施方案121至123中任一项所述的载体，其中所述副粘病毒是尼帕病毒。
125.如实施方案121至124中任一项所述的载体，其中所述副粘病毒是亨德拉病毒。
126.如实施方案110至125中任一项所述的载体，其中所述融合剂是包含结合靶细胞上的分子的靶向部分的再靶向融合剂。
127.如实施方案126所述的载体，其中所述靶向部分是经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、单结构域抗体(sdAb)、单链可变片段(scFv)或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
128.如实施方案126或实施方案127所述的载体，其中所述靶细胞已知或怀疑被冠状病毒感染。
129.如实施方案126至128中任一项所述的载体，其中靶向部分结合冠状病毒的受体。
130.如实施方案126至129中任一项所述的载体，其中所述靶向部分结合血管紧张素转化酶2(ACE2)。
131.如实施方案126或实施方案127所述的载体，其中所述靶细胞是B淋巴细胞。
132.如实施方案131中任一项所述的载体，其中所述靶向部分结合人CD20。
133.如实施方案121至132中任一项所述的载体，其中所述融合剂被修饰以降低其天然结合向性。
134.如实施方案121至133中任一项所述的载体，其中所述G蛋白或其生物活性部分是突变体NiV-G蛋白，其表现出与肝配蛋白B2或肝配蛋白B3的结合减少。
135.如实施方案134所述的载体，其中所述突变体NiV-G蛋白包含一个或多个氨基酸取代，所述一个或多个氨基酸取代对应于选自由参考SEQ ID NO:5中所示的编号的E501A、W504A、Q530A和E533A组成的组的氨基酸取代。
136.如实施方案134或135中任一项所述的载体，其中所述突变体NiV-G蛋白具有SEQ ID NO:34中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:34具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。
137.如实施方案134至136中任一项所述的载体，其中所述突变体NiV-G蛋白具有SEQ ID NO:35中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:35具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。
138.如实施方案121至133中任一项所述的载体，其中所述NiV-F蛋白是其生物活性部分，其在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:19)的C末端或其附近具有20个氨基酸截短。
139.如实施方案138所述的载体，其中所述NiV-F蛋白具有SEQ ID NO:32中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:32具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的氨基酸序列。
140.如实施方案121至133中任一项所述的载体，其中所述NiV-F蛋白是其生物活性部分，其在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:37)的C末端或其附近具有22个氨基酸截短。
141.如实施方案140所述的载体，其中所述NiV-F蛋白具有SEQ ID NO:36中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:36具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
142.如实施方案140或实施方案141所述的载体，其中所述NiV-F蛋白具有SEQ IDNO:38中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:38具有为或约80％、至少或约81％、至少或约82％、至少或约83％、为或约84％、至少或约85％、至少或约86％、或至少或约87％、至少或约88％、或至少或约89％、至少或约90％、至少或约91％、至少或约92％、至少或约93％、至少或约94％、至少或约95％、为或约96％、至少或约97％、至少或约98％或至少或约99％序列同一性的序列。
143.如实施方案121至142中任一项所述的载体，其中所述NiV-F蛋白包含N-连接糖基化位点上的点突变。
144.如实施方案121至140和143中任一项所述的载体，其中所述NiV-F蛋白是其生物活性部分，其包含：
i)在野生型NiV-F蛋白(SEQ ID NO:36)的C末端或其附近的20个氨基酸截短；和
ii)N-连接糖基化位点上的点突变。
145.一种产生结合剂的方法，其包括在细胞中表达所述结合剂的条件下，将如实施方案93至98中任一项所述的核酸分子或如实施方案99至144中任一项所述的载体引入宿主细胞中。
146.如实施方案145所述的方法，其还包括从所述细胞中分离或纯化所述结合剂。
147.一种形成免疫复合物的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用如实施方案1至88中任一项所述的一种或多种结合剂，其中在所述受试者中形成包含所施用的一种或多种结合剂的免疫复合物。
148.如实施方案147所述的方法，其中所述免疫复合物还包含至少一种针对暴露于所述病毒表面的病毒蛋白的内源性抗体。
149.如实施方案147或148中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和所述至少一种内源性抗体结合相同的病毒蛋白。
150.如实施方案147至149中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和至少一种内源性剂结合所述病毒蛋白的相同表位。
151.如实施方案147至150中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和所述至少一种内源性剂结合所述病毒蛋白的不同表位。
152.如实施方案147至151中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和所述至少一种内源性剂结合所述病毒蛋白的重叠表位。
153.一种组合物，其包含免疫复合物，所述免疫复合物包含：(i)如实施方案1至88中任一项所述的结合剂，和(ii)由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的表面暴露的病毒蛋白。
154.如实施方案153所述的组合物，其中所述免疫复合物包含两种或更多种结合剂。
155.如实施方案153至154所述的组合物，其中所述至少两个结合结构域结合所述病毒蛋白的不同表位。
156.如实施方案153至155所述的组合物，其中所述免疫复合物还包含任选地来自一种和/或多种内源性抗体的内源性结合结构域。
157.如实施方案153至156中任一项所述的组合物，其中所述至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合所述病毒蛋白的相同表位。
158.如实施方案153至156所述的组合物，其中所述至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合病毒蛋白的不同表位。
159.如实施方案153至156所述的组合物，其中所述至少两个结合结构域和内源性结合结构域结合病毒蛋白的重叠表位。
160.一种药物组合物，其包含如实施方案1至23中任一项所述的结合剂、如实施方案93至97中任一项所述的核酸、如实施方案98所述的细胞和/或如实施方案99至144中任一项所述的载体。
161.一种药物组合物，其包含如实施方案23至88中任一项所述的结合剂、如实施方案93至97中任一项所述的核酸、如实施方案98所述的细胞和/或如实施方案99至144中任一项所述的载体。
162.一种药物组合物，其包含如实施方案89至92中任一项所述的颗粒。
163.一种药物组合物，其包含如实施方案98所述的细胞。
164.一种药物组合物，包含：(i)如实施方案1至88中任一项所述的结合剂和(ii)能够由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
165.如实施方案153至164中任一项所述的药物组合物，其包含药学上可接受的赋形剂。
166.如实施方案153至165中任一项所述的药物组合物，其是无菌的。
167.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用治疗有效量的如实施方案1至88中任一项所述的结合剂、如实施方案89至92中任一项所述的颗粒、如实施方案93至97中任一项所述的核酸、如实施方案98所述的细胞或如实施方案99至144中任一项所述的载体。
168.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向所述受试者向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用治疗有效量的如实施方案160至166中任一项所述的药物组合物。
169.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用(i)治疗有效量的如实施方案160所述的药物组合物，(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
170.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用(i)治疗有效量的如实施方案161所述的药物组合物，(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
171.如实施方案167至170中任一项所述的方法，其中所述炎症包括肺中的淋巴细胞积聚、肺中的淋巴细胞增殖、外周血淋巴细胞减少、促炎性细胞因子产生或前述任一者的组合。
172.如实施方案171所述的方法，其中所述促炎性细胞因子选自由以下组成的组：MCP-1、IL-8、IL-1β、IFN-γ、IP-10、IL-4、IL-10、IL-2、IL-7、GCSF、MIP-1A和TNF-α。
173.如实施方案169或170中任一项所述的方法，其中同时施用所述药物组合物和所述重组病毒蛋白。
174.如实施方案169或170中任一项所述的方法，其中依序施用所述药物组合物和所述重组病毒蛋白，任选地其中首先施用所述重组病毒蛋白。
175.如实施方案169或170中任一项所述的方法，其中依序施用所述药物组合物和所述重组病毒蛋白，任选地其中首先施用所述药物组合物。
176.一种促进抑制性免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如实施方案160、162至166中任一项所述的药物组合物。
177.一种促进抑制性免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如实施方案24至88中任一项所述的结合剂、如实施方案89至92中任一项所述的颗粒、如实施方案93至97中任一项所述的核酸、如实施方案98所述的细胞、如实施方案99至144中任一项所述的载体。
178.如实施方案176至177中任一项所述的方法，其中抑制性免疫复合物功能包括减少的抗原摄取、减少的抗原呈递、减少的细胞激活、减少的抗体分泌、抗炎细胞因子的产生或前述任一者的组合。
179.一种降低激活免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如实施方案161至166中任一项所述的药物组合物。
180.一种降低激活免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如实施方案1至21中任一项所述的结合剂、如实施方案89至92中任一项所述的颗粒、如实施方案93至97中任一项所述的核酸、如实施方案98所述的细胞、如实施方案99至144中任一项所述的载体。
181.如实施方案179至180中任一项所述的方法，其中激活免疫复合物功能包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性增强(ADE)、炎性介质的释放、前细胞因子的产生、吞噬作用或前述任一者的组合。
182.如实施方案167至181中任一项所述的方法，其中所述方法还包括治疗受试者的病毒感染。
183.如实施方案182所述的方法，其中所述病毒感染是由具有被结合剂的至少一个结合结构域识别的表面暴露的病毒蛋白的病毒引起的感染。
184.如实施方案183中任一项任一项所述的方法，其中所述病毒是RNA病毒。
185.如实施方案183或184中任一项所述的方法，其中所述病毒选自SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、MERS、RSV、流感病毒和麻疹病毒。
VII.实施例
以下实施例仅用于说明目的，并且不旨在限制本发明的范围。
通过吸入向感染SARS-CoV-2的患者施用在具有人巨细胞病毒(CMV)增强子和延伸因子1a启动子(hCEF)的杂合启动子控制下的表达结合剂的AAV2.5T载体(Excoffon等人,2009,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,106:3865-70)，所述结合剂由以下组成：(i)人源化美洲驼抗SARS-COV2刺突蛋白，(ii)人IgG1铰链结构域，和(iii)具有P238D、E233D、G237D、H268D、P271G和A330R取代的人IgG1 Fc结构域(V12；Mimoto等人,Protein Eng Des Sel.26(10):589-598,2013)。AAV载体驱动通过受感染细胞表达结合剂。
在治疗后的28天通过以下对患者进行炎症评估：(i)肺功能测试，诸如脉搏血氧测定法或呼出一氧化氮测试，(ii)原位肺成像，诸如CT、MRI或X射线，(iii)非原位肺成像，诸如来自活组织检查，(iv)血清细胞因子浓度测定，和(v)身体检查，诸如通过听诊器。施用治疗的患者显示出改善的结果。
在治疗后28天评估患者的总存活率，并且评估次要结果(i)住院时间，(ii)ICU住院时间，(iii)呼吸机使用的持续时间，(iv)升压药使用的持续时间，(v)肾脏替代治疗的持续时间，(vi)通过病毒学失败测量的病毒动力学(定义为连续两天病毒载量增加>0.5log，或一天增加>1log，与治疗前病毒检测期间病毒载量上升的任何基线趋势不一致)，以及(vii)在治疗后至少六个月内，通过CTCAE v.5.0测量的不良事件的数量。施用治疗的患者显示出改善的结果。
本发明的范围并不局限于具体公开的实施方案，这些实施方案是为了举例说明本发明的各个方面而提供的。根据本文的描述和教导，对所描述的组合物和方法的各种修改将变得显而易见。可以在不脱离本公开的真实范围和精神的情况下实践此类变化，并且此类变化旨在落入本公开的范围内。
VIII.序列
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
/>
序列表
<110> 萨那生物科技公司
<120> 经修饰的抗病毒结合剂
<130> 18615-20040.40
<140> 尚未分配
<141> 同时随同提交
<150> 63/072,042
<151> 2020-08-28
<150> 63/117,864
<151> 2020-11-24
<150> 63/186,019
<151> 2021-05-07
<160> 96
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 232
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> WT IgG1
<400> 1
Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala
1 5 10 15
Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
20 25 30
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
35 40 45
Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val
50 55 60
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
65 70 75 80
Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
85 90 95
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala
100 105 110
Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
115 120 125
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr
130 135 140
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
145 150 155 160
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
165 170 175
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
180 185 190
Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe
195 200 205
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
210 215 220
Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
225 230
<210> 2
<211> 235
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> WT IgG2 Fc
<400> 2
Thr Lys Val Asp Lys Thr Val Glu Arg Lys Cys Cys Val Glu Cys Pro
1 5 10 15
Pro Cys Pro Ala Pro Pro Val Ala Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro
20 25 30
Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr
35 40 45
Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn
50 55 60
Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg
65 70 75 80
Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Phe Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val
85 90 95
Val His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser
100 105 110
Asn Lys Gly Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Thr Lys
115 120 125
Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu
130 135 140
Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe
145 150 155 160
Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu
165 170 175
Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Met Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe
180 185 190
Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly
195 200 205
Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr
210 215 220
Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
225 230 235
<210> 3
<211> 229
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> WT IgG4
<400> 3
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Ser Cys Pro Ala Pro Glu Phe
1 5 10 15
Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr
20 25 30
Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val
35 40 45
Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val
50 55 60
Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser
65 70 75 80
Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu
85 90 95
Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser
100 105 110
Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro
115 120 125
Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln
130 135 140
Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala
145 150 155 160
Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr
165 170 175
Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser
195 200 205
Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser
210 215 220
Leu Ser Leu Gly Lys
225
<210> 4
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> GS接头
<220>
<221> 重复
<222> (1)...(6)
<223> 1至4次
<220>
<221> 变体
<222> 2, 3, 4, 5
<223> Gly或不存在
<220>
<223> Xaa是Gly
<400> 4
Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Ser
1 5
<210> 5
<211> 602
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
<400> 5
Met Gly Pro Ala Glu Asn Lys Lys Val Arg Phe Glu Asn Thr Thr Ser
1 5 10 15
Asp Lys Gly Lys Ile Pro Ser Lys Val Ile Lys Ser Tyr Tyr Gly Thr
20 25 30
Met Asp Ile Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu
35 40 45
Ser Ala Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile
50 55 60
Val Met Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn
65 70 75 80
Gln Ala Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys
85 90 95
Gly Leu Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu
100 105 110
Ile Asp Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu
115 120 125
Gly Ser Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn
130 135 140
Glu Lys Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn
145 150 155 160
Ile Ser Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr
165 170 175
Glu Gly Val Ser Asn Leu Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln
180 185 190
Lys Thr Ser Asn Gln Ile Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu
195 200 205
Pro Val Val Gly Gln Ser Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala
210 215 220
Met Asp Glu Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser
225 230 235 240
Cys Ser Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val
245 250 255
Leu Asp Arg Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp
260 265 270
Thr Pro Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn
275 280 285
Asn Glu Phe Tyr Tyr Val Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro
290 295 300
Ile Leu Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu
305 310 315 320
Ala Val Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu
325 330 335
Ala Leu Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr
340 345 350
Gly Pro Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val
355 360 365
Gly Phe Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro
370 375 380
Ile Thr Lys Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met
385 390 395 400
Gly Ile Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys
405 410 415
Tyr Asn Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile
420 425 430
Ser Asp Gln Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser
435 440 445
Leu Gly Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met
450 455 460
Ile Lys Phe Gly Asp Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp
465 470 475 480
Arg Asn Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg
485 490 495
Phe Asn Thr Cys Pro Glu Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala
500 505 510
Phe Leu Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp
515 520 525
Ser Asn Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn
530 535 540
Glu Ile Leu Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln
545 550 555 560
Lys Thr Ile Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile
565 570 575
Ser Leu Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys
580 585 590
Leu Phe Ala Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys
595 600
<210> 6
<211> 604
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒G蛋白
<400> 6
Met Met Ala Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Asn Asn Asn Leu Ser Gly
1 5 10 15
Lys Ile Lys Asp Gln Gly Lys Val Ile Lys Asn Tyr Tyr Gly Thr Met
20 25 30
Asp Ile Lys Lys Ile Asn Asp Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Gly
35 40 45
Ala Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Ile Ile Ile Val
50 55 60
Met Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Thr Thr Asp Asn Gln
65 70 75 80
Ala Leu Ile Lys Glu Ser Leu Gln Ser Val Gln Gln Gln Ile Lys Ala
85 90 95
Leu Thr Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile
100 105 110
Asp Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly
115 120 125
Ser Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ser Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Asp
130 135 140
Lys Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile
145 150 155 160
Ser Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Ile Ser Gln
165 170 175
Gly Val Ser Asp Leu Val Gly Leu Pro Asn Gln Ile Cys Leu Gln Lys
180 185 190
Thr Thr Ser Thr Ile Leu Lys Pro Arg Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro
195 200 205
Ile Asn Thr Arg Glu Gly Val Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Val
210 215 220
Asp Asn Gly Phe Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Lys Ile Gly Ser Cys
225 230 235 240
Thr Arg Gly Ile Ala Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu
245 250 255
Asp Arg Gly Asp Lys Val Pro Ser Met Phe Met Thr Asn Val Trp Thr
260 265 270
Pro Pro Asn Pro Ser Thr Ile His His Cys Ser Ser Thr Tyr His Glu
275 280 285
Asp Phe Tyr Tyr Thr Leu Cys Ala Val Ser His Val Gly Asp Pro Ile
290 295 300
Leu Asn Ser Thr Ser Trp Thr Glu Ser Leu Ser Leu Ile Arg Leu Ala
305 310 315 320
Val Arg Pro Lys Ser Asp Ser Gly Asp Tyr Asn Gln Lys Tyr Ile Ala
325 330 335
Ile Thr Lys Val Glu Arg Gly Lys Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly
340 345 350
Pro Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly
355 360 365
Phe Leu Pro Arg Thr Glu Phe Gln Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile
370 375 380
Ile His Cys Lys Tyr Ser Lys Ala Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly
385 390 395 400
Val Asn Ser Lys Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr
405 410 415
Asn Leu Ser Leu Gly Gly Asp Ile Ile Leu Gln Phe Ile Glu Ile Ala
420 425 430
Asp Asn Arg Leu Thr Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asn Ser Leu
435 440 445
Gly Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Tyr Ser Trp Asp Thr Met Ile
450 455 460
Lys Leu Gly Asp Val Asp Thr Val Asp Pro Leu Arg Val Gln Trp Arg
465 470 475 480
Asn Asn Ser Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe
485 490 495
Asn Val Cys Pro Glu Val Cys Trp Glu Gly Thr Tyr Asn Asp Ala Phe
500 505 510
Leu Ile Asp Arg Leu Asn Trp Val Ser Ala Gly Val Tyr Leu Asn Ser
515 520 525
Asn Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe Ala Val Phe Lys Asp Asn Glu
530 535 540
Ile Leu Tyr Gln Val Pro Leu Ala Glu Asp Asp Thr Asn Ala Gln Lys
545 550 555 560
Thr Ile Thr Asp Cys Phe Leu Leu Glu Asn Val Ile Trp Cys Ile Ser
565 570 575
Leu Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Ser Val Ile Arg Pro Lys Leu
580 585 590
Phe Ala Val Lys Ile Pro Ala Gln Cys Ser Glu Ser
595 600
<210> 7
<211> 603
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒G蛋白，无Met
<400> 7
Met Ala Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Asn Asn Asn Leu Ser Gly Lys
1 5 10 15
Ile Lys Asp Gln Gly Lys Val Ile Lys Asn Tyr Tyr Gly Thr Met Asp
20 25 30
Ile Lys Lys Ile Asn Asp Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Gly Ala
35 40 45
Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Ile Ile Ile Val Met
50 55 60
Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Thr Thr Asp Asn Gln Ala
65 70 75 80
Leu Ile Lys Glu Ser Leu Gln Ser Val Gln Gln Gln Ile Lys Ala Leu
85 90 95
Thr Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp
100 105 110
Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser
115 120 125
Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ser Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Asp Lys
130 135 140
Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser
145 150 155 160
Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Ile Ser Gln Gly
165 170 175
Val Ser Asp Leu Val Gly Leu Pro Asn Gln Ile Cys Leu Gln Lys Thr
180 185 190
Thr Ser Thr Ile Leu Lys Pro Arg Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Ile
195 200 205
Asn Thr Arg Glu Gly Val Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Val Asp
210 215 220
Asn Gly Phe Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Lys Ile Gly Ser Cys Thr
225 230 235 240
Arg Gly Ile Ala Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp
245 250 255
Arg Gly Asp Lys Val Pro Ser Met Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro
260 265 270
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Arg Pro Lys Ser Asp Ser Gly Asp Tyr Asn Gln Lys Tyr Ile Ala Ile
325 330 335
Thr Lys Val Glu Arg Gly Lys Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro
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Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe
355 360 365
Leu Pro Arg Thr Glu Phe Gln Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Ile
370 375 380
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Asn Ser Lys Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn
405 410 415
Leu Ser Leu Gly Gly Asp Ile Ile Leu Gln Phe Ile Glu Ile Ala Asp
420 425 430
Asn Arg Leu Thr Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asn Ser Leu Gly
435 440 445
Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Tyr Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys
450 455 460
Leu Gly Asp Val Asp Thr Val Asp Pro Leu Arg Val Gln Trp Arg Asn
465 470 475 480
Asn Ser Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn
485 490 495
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500 505 510
Ile Asp Arg Leu Asn Trp Val Ser Ala Gly Val Tyr Leu Asn Ser Asn
515 520 525
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530 535 540
Leu Tyr Gln Val Pro Leu Ala Glu Asp Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr
545 550 555 560
Ile Thr Asp Cys Phe Leu Leu Glu Asn Val Ile Trp Cys Ile Ser Leu
565 570 575
Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Ser Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe
580 585 590
Ala Val Lys Ile Pro Ala Gln Cys Ser Glu Ser
595 600
<210> 8
<211> 602
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒G蛋白
<400> 8
Met Pro Ala Glu Asn Lys Lys Val Arg Phe Glu Asn Thr Thr Ser Asp
1 5 10 15
Lys Gly Lys Ile Pro Ser Lys Val Ile Lys Ser Tyr Tyr Gly Thr Met
20 25 30
Asp Ile Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser
35 40 45
Ala Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val
50 55 60
Met Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln
65 70 75 80
Ala Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly
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Leu Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile
100 105 110
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115 120 125
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195 200 205
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210 215 220
Asp Glu Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys
225 230 235 240
Ser Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu
245 250 255
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260 265 270
Pro Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn
275 280 285
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290 295 300
Leu Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala
305 310 315 320
Val Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala
325 330 335
Leu Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly
340 345 350
Pro Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly
355 360 365
Phe Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile
370 375 380
Thr Lys Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly
385 390 395 400
Ile Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr
405 410 415
Asn Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser
420 425 430
Asp Gln Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu
435 440 445
Gly Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile
450 455 460
Lys Phe Gly Asp Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg
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Asn Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe
485 490 495
Asn Thr Cys Pro Glu Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe
500 505 510
Leu Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser
515 520 525
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<210> 9
<211> 601
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒G蛋白(无Met)
<400> 9
Pro Ala Glu Asn Lys Lys Val Arg Phe Glu Asn Thr Thr Ser Asp Lys
1 5 10 15
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Ile Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala
35 40 45
Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met
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Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala
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Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu
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Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp
100 105 110
Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser
115 120 125
Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys
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Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser
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Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp
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Arg Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro
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Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu
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Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val
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Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu
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Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro
340 345 350
Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe
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Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr
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Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn
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450 455 460
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465 470 475 480
Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn
485 490 495
Thr Cys Pro Glu Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu
500 505 510
Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn
515 520 525
Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile
530 535 540
Leu Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr
545 550 555 560
Ile Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu
565 570 575
Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe
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Ala Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys Thr
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<210> 10
<211> 622
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 雪松病毒G蛋白
<400> 10
Met Leu Ser Gln Leu Gln Lys Asn Tyr Leu Asp Asn Ser Asn Gln Gln
1 5 10 15
Gly Asp Lys Met Asn Asn Pro Asp Lys Lys Leu Ser Val Asn Phe Asn
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Pro Leu Glu Leu Asp Lys Gly Gln Lys Asp Leu Asn Lys Ser Tyr Tyr
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Ile Thr Ile Ile Asn Ile Ile Thr Ile Ser Ile Val Ile Thr Arg Leu
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Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Leu Thr Asn Met Ile Asn Thr Glu Ile
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Thr Pro Arg Ile Gly Ile Leu Val Thr Ala Thr Ser Val Thr Leu Ser
130 135 140
Ser Ser Ile Asn Tyr Val Gly Thr Lys Thr Asn Gln Leu Val Asn Glu
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Leu Lys Asp Tyr Ile Thr Lys Ser Cys Gly Phe Lys Val Pro Glu Leu
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Gln Ile Asp Tyr Val Ile Pro Val Gln Gln Asp Arg Ser Ile Cys Met
225 230 235 240
Asn Asn Pro Leu Leu Asp Ile Ser Asp Gly Phe Phe Thr Tyr Ile His
245 250 255
Tyr Glu Gly Ile Asn Ser Cys Lys Lys Ser Asp Ser Phe Lys Val Leu
260 265 270
Leu Ser His Gly Glu Ile Val Asp Arg Gly Asp Tyr Arg Pro Ser Leu
275 280 285
Tyr Leu Leu Ser Ser His Tyr His Pro Tyr Ser Met Gln Val Ile Asn
290 295 300
Cys Val Pro Val Thr Cys Asn Gln Ser Ser Phe Val Phe Cys His Ile
305 310 315 320
Ser Asn Asn Thr Lys Thr Leu Asp Asn Ser Asp Tyr Ser Ser Asp Glu
325 330 335
Tyr Tyr Ile Thr Tyr Phe Asn Gly Ile Asp Arg Pro Lys Thr Lys Lys
340 345 350
Ile Pro Ile Asn Asn Met Thr Ala Asp Asn Arg Tyr Ile His Phe Thr
355 360 365
Phe Ser Gly Gly Gly Gly Val Cys Leu Gly Glu Glu Phe Ile Ile Pro
370 375 380
Val Thr Thr Val Ile Asn Thr Asp Val Phe Thr His Asp Tyr Cys Glu
385 390 395 400
Ser Phe Asn Cys Ser Val Gln Thr Gly Lys Ser Leu Lys Glu Ile Cys
405 410 415
Ser Glu Ser Leu Arg Ser Pro Thr Asn Ser Ser Arg Tyr Asn Leu Asn
420 425 430
Gly Ile Met Ile Ile Ser Gln Asn Asn Met Thr Asp Phe Lys Ile Gln
435 440 445
Leu Asn Gly Ile Thr Tyr Asn Lys Leu Ser Phe Gly Ser Pro Gly Arg
450 455 460
Leu Ser Lys Thr Leu Gly Gln Val Leu Tyr Tyr Gln Ser Ser Met Ser
465 470 475 480
Trp Asp Thr Tyr Leu Lys Ala Gly Phe Val Glu Lys Trp Lys Pro Phe
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Tyr Asn Asp Ile Ala Pro Leu Asp Leu Gly Lys Asp Met Tyr Val Ser
530 535 540
Val Ile Leu Asp Ser Asp Gln Leu Ala Glu Asn Pro Glu Ile Thr Val
545 550 555 560
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565 570 575
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580 585 590
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<210> 11
<211> 621
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 雪松病毒G蛋白(无Met)
<400> 11
Leu Ser Gln Leu Gln Lys Asn Tyr Leu Asp Asn Ser Asn Gln Gln Gly
1 5 10 15
Asp Lys Met Asn Asn Pro Asp Lys Lys Leu Ser Val Asn Phe Asn Pro
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Leu Glu Leu Asp Lys Gly Gln Lys Asp Leu Asn Lys Ser Tyr Tyr Val
35 40 45
Lys Asn Lys Asn Tyr Asn Val Ser Asn Leu Leu Asn Glu Ser Leu His
50 55 60
Asp Ile Lys Phe Cys Ile Tyr Cys Ile Phe Ser Leu Leu Ile Ile Ile
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Thr Ile Ile Asn Ile Ile Thr Ile Ser Ile Val Ile Thr Arg Leu Lys
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100 105 110
Gln Asp Ser Leu Ser Ser Leu Thr Asn Met Ile Asn Thr Glu Ile Thr
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Pro Arg Ile Gly Ile Leu Val Thr Ala Thr Ser Val Thr Leu Ser Ser
130 135 140
Ser Ile Asn Tyr Val Gly Thr Lys Thr Asn Gln Leu Val Asn Glu Leu
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Lys Asp Tyr Ile Thr Lys Ser Cys Gly Phe Lys Val Pro Glu Leu Lys
165 170 175
Leu His Glu Cys Asn Ile Ser Cys Ala Asp Pro Lys Ile Ser Lys Ser
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Ala Met Tyr Ser Thr Asn Ala Tyr Ala Glu Leu Ala Gly Pro Pro Lys
195 200 205
Ile Phe Cys Lys Ser Val Ser Lys Asp Pro Asp Phe Arg Leu Lys Gln
210 215 220
Ile Asp Tyr Val Ile Pro Val Gln Gln Asp Arg Ser Ile Cys Met Asn
225 230 235 240
Asn Pro Leu Leu Asp Ile Ser Asp Gly Phe Phe Thr Tyr Ile His Tyr
245 250 255
Glu Gly Ile Asn Ser Cys Lys Lys Ser Asp Ser Phe Lys Val Leu Leu
260 265 270
Ser His Gly Glu Ile Val Asp Arg Gly Asp Tyr Arg Pro Ser Leu Tyr
275 280 285
Leu Leu Ser Ser His Tyr His Pro Tyr Ser Met Gln Val Ile Asn Cys
290 295 300
Val Pro Val Thr Cys Asn Gln Ser Ser Phe Val Phe Cys His Ile Ser
305 310 315 320
Asn Asn Thr Lys Thr Leu Asp Asn Ser Asp Tyr Ser Ser Asp Glu Tyr
325 330 335
Tyr Ile Thr Tyr Phe Asn Gly Ile Asp Arg Pro Lys Thr Lys Lys Ile
340 345 350
Pro Ile Asn Asn Met Thr Ala Asp Asn Arg Tyr Ile His Phe Thr Phe
355 360 365
Ser Gly Gly Gly Gly Val Cys Leu Gly Glu Glu Phe Ile Ile Pro Val
370 375 380
Thr Thr Val Ile Asn Thr Asp Val Phe Thr His Asp Tyr Cys Glu Ser
385 390 395 400
Phe Asn Cys Ser Val Gln Thr Gly Lys Ser Leu Lys Glu Ile Cys Ser
405 410 415
Glu Ser Leu Arg Ser Pro Thr Asn Ser Ser Arg Tyr Asn Leu Asn Gly
420 425 430
Ile Met Ile Ile Ser Gln Asn Asn Met Thr Asp Phe Lys Ile Gln Leu
435 440 445
Asn Gly Ile Thr Tyr Asn Lys Leu Ser Phe Gly Ser Pro Gly Arg Leu
450 455 460
Ser Lys Thr Leu Gly Gln Val Leu Tyr Tyr Gln Ser Ser Met Ser Trp
465 470 475 480
Asp Thr Tyr Leu Lys Ala Gly Phe Val Glu Lys Trp Lys Pro Phe Thr
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500 505 510
Cys Pro Arg Tyr His Lys Cys Pro Glu Ile Cys Tyr Gly Gly Thr Tyr
515 520 525
Asn Asp Ile Ala Pro Leu Asp Leu Gly Lys Asp Met Tyr Val Ser Val
530 535 540
Ile Leu Asp Ser Asp Gln Leu Ala Glu Asn Pro Glu Ile Thr Val Phe
545 550 555 560
Asn Ser Thr Thr Ile Leu Tyr Lys Glu Arg Val Ser Lys Asp Glu Leu
565 570 575
Asn Thr Arg Ser Thr Thr Thr Ser Cys Phe Leu Phe Leu Asp Glu Pro
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Arg Pro Glu Ile Tyr Ser Tyr Lys Ile Pro Lys Tyr Cys
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<210> 12
<211> 632
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 蝙蝠副粘病毒G蛋白
<400> 12
Met Pro Gln Lys Thr Val Glu Phe Ile Asn Met Asn Ser Pro Leu Glu
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Lys Cys Glu Phe Lys Thr Pro Thr Leu Val Leu Asn Asp Cys Arg Ile
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Leu Ala Thr Asn Leu Val Ala His Gly Pro Ser Pro Cys Arg Asn Phe
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Arg Thr Ala Leu Asp Glu Arg Cys Ile Leu Asn Pro Arg Leu Thr Ile
225 230 235 240
Ser Ser Thr Lys Phe Ala Tyr Val His Ser Glu Tyr Asp Lys Asn Cys
245 250 255
Thr Arg Gly Phe Lys Tyr Tyr Glu Leu Met Thr Phe Gly Glu Ile Leu
260 265 270
Glu Gly Pro Glu Lys Glu Pro Arg Met Phe Ser Arg Ser Phe Tyr Ser
275 280 285
Pro Thr Asn Ala Val Asn Tyr His Ser Cys Thr Pro Ile Val Thr Val
290 295 300
Asn Glu Gly Tyr Phe Leu Cys Leu Glu Cys Thr Ser Ser Asp Pro Leu
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Tyr Lys Ala Asn Leu Ser Asn Ser Thr Phe His Leu Val Ile Leu Arg
325 330 335
His Asn Lys Asp Glu Lys Ile Val Ser Met Pro Ser Phe Asn Leu Ser
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His Gln Val Val Asn Cys Leu Ile Arg Ile Arg Asn Ala Gln Arg Asp
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435 440 445
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485 490 495
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Met Phe Asn Asn Glu Ile Trp Cys Ile Ala Ala Leu Glu Ile Thr Arg
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595 600 605
Thr Asp Cys Arg Thr Pro Tyr Pro His Thr Gly Lys Met Thr Arg Val
610 615 620
Pro Leu Arg Ser Thr Tyr Asn Tyr
625 630
<210> 13
<211> 631
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 蝙蝠副粘病毒G蛋白(无Met)
<400> 13
Pro Gln Lys Thr Val Glu Phe Ile Asn Met Asn Ser Pro Leu Glu Arg
1 5 10 15
Gly Val Ser Thr Leu Ser Asp Lys Lys Thr Leu Asn Gln Ser Lys Ile
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Thr Asn Lys Ile Gln Arg Glu Ile Ile Pro Arg Ile Thr Leu Ile Asp
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Thr Ala Thr Thr Ile Thr Ile Pro Ser Ala Ile Thr Tyr Ile Leu Ala
130 135 140
Thr Leu Thr Thr Arg Ile Ser Glu Leu Leu Pro Ser Ile Asn Gln Lys
145 150 155 160
Cys Glu Phe Lys Thr Pro Thr Leu Val Leu Asn Asp Cys Arg Ile Asn
165 170 175
Cys Thr Pro Pro Leu Asn Pro Ser Asp Gly Val Lys Met Ser Ser Leu
180 185 190
Ala Thr Asn Leu Val Ala His Gly Pro Ser Pro Cys Arg Asn Phe Ser
195 200 205
Ser Val Pro Thr Ile Tyr Tyr Tyr Arg Ile Pro Gly Leu Tyr Asn Arg
210 215 220
Thr Ala Leu Asp Glu Arg Cys Ile Leu Asn Pro Arg Leu Thr Ile Ser
225 230 235 240
Ser Thr Lys Phe Ala Tyr Val His Ser Glu Tyr Asp Lys Asn Cys Thr
245 250 255
Arg Gly Phe Lys Tyr Tyr Glu Leu Met Thr Phe Gly Glu Ile Leu Glu
260 265 270
Gly Pro Glu Lys Glu Pro Arg Met Phe Ser Arg Ser Phe Tyr Ser Pro
275 280 285
Thr Asn Ala Val Asn Tyr His Ser Cys Thr Pro Ile Val Thr Val Asn
290 295 300
Glu Gly Tyr Phe Leu Cys Leu Glu Cys Thr Ser Ser Asp Pro Leu Tyr
305 310 315 320
Lys Ala Asn Leu Ser Asn Ser Thr Phe His Leu Val Ile Leu Arg His
325 330 335
Asn Lys Asp Glu Lys Ile Val Ser Met Pro Ser Phe Asn Leu Ser Thr
340 345 350
Asp Gln Glu Tyr Val Gln Ile Ile Pro Ala Glu Gly Gly Gly Thr Ala
355 360 365
Glu Ser Gly Asn Leu Tyr Phe Pro Cys Ile Gly Arg Leu Leu His Lys
370 375 380
Arg Val Thr His Pro Leu Cys Lys Lys Ser Asn Cys Ser Arg Thr Asp
385 390 395 400
Asp Glu Ser Cys Leu Lys Ser Tyr Tyr Asn Gln Gly Ser Pro Gln His
405 410 415
Gln Val Val Asn Cys Leu Ile Arg Ile Arg Asn Ala Gln Arg Asp Asn
420 425 430
Pro Thr Trp Asp Val Ile Thr Val Asp Leu Thr Asn Thr Tyr Pro Gly
435 440 445
Ser Arg Ser Arg Ile Phe Gly Ser Phe Ser Lys Pro Met Leu Tyr Gln
450 455 460
Ser Ser Val Ser Trp His Thr Leu Leu Gln Val Ala Glu Ile Thr Asp
465 470 475 480
Leu Asp Lys Tyr Gln Leu Asp Trp Leu Asp Thr Pro Tyr Ile Ser Arg
485 490 495
Pro Gly Gly Ser Glu Cys Pro Phe Gly Asn Tyr Cys Pro Thr Val Cys
500 505 510
Trp Glu Gly Thr Tyr Asn Asp Val Tyr Ser Leu Thr Pro Asn Asn Asp
515 520 525
Leu Phe Val Thr Val Tyr Leu Lys Ser Glu Gln Val Ala Glu Asn Pro
530 535 540
Tyr Phe Ala Ile Phe Ser Arg Asp Gln Ile Leu Lys Glu Phe Pro Leu
545 550 555 560
Asp Ala Trp Ile Ser Ser Ala Arg Thr Thr Thr Ile Ser Cys Phe Met
565 570 575
Phe Asn Asn Glu Ile Trp Cys Ile Ala Ala Leu Glu Ile Thr Arg Leu
580 585 590
Asn Asp Asp Ile Ile Arg Pro Ile Tyr Tyr Ser Phe Trp Leu Pro Thr
595 600 605
Asp Cys Arg Thr Pro Tyr Pro His Thr Gly Lys Met Thr Arg Val Pro
610 615 620
Leu Arg Ser Thr Tyr Asn Tyr
625 630
<210> 14
<211> 625
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 蝙蝠副粘病毒G蛋白(无Met)
墨江病毒，潼关1 G蛋白
<400> 14
Met Ala Thr Asn Arg Asp Asn Thr Ile Thr Ser Ala Glu Val Ser Gln
1 5 10 15
Glu Asp Lys Val Lys Lys Tyr Tyr Gly Val Glu Thr Ala Glu Lys Val
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Ala Asp Ser Ile Ser Gly Asn Lys Val Phe Ile Leu Met Asn Thr Leu
35 40 45
Leu Ile Leu Thr Gly Ala Ile Ile Thr Ile Thr Leu Asn Ile Thr Asn
50 55 60
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65 70 75 80
Asp Val Asn Ala Lys Leu Glu Met Phe Val Asn Leu Asp Gln Leu Val
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100 105 110
Val Ser Ile Pro Gly Gln Ile Ser Asn Leu Gln Thr Lys Phe Leu Gln
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Lys Tyr Val Tyr Leu Glu Glu Ser Ile Thr Lys Gln Cys Thr Cys Asn
130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
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180 185 190
Asp His Phe Thr Met Glu Pro Gly Ala Asn Phe Tyr Thr Val Pro Asn
195 200 205
Leu Gly Pro Ala Ser Ser Asn Ser Asp Glu Cys Tyr Thr Asn Pro Ser
210 215 220
Phe Ser Ile Gly Ser Ser Ile Tyr Met Phe Ser Gln Glu Ile Arg Lys
225 230 235 240
Thr Asp Cys Thr Ala Gly Glu Ile Leu Ser Ile Gln Ile Val Leu Gly
245 250 255
Arg Ile Val Asp Lys Gly Gln Gln Gly Pro Gln Ala Ser Pro Leu Leu
260 265 270
Val Trp Ala Val Pro Asn Pro Lys Ile Ile Asn Ser Cys Ala Val Ala
275 280 285
Ala Gly Asp Glu Met Gly Trp Val Leu Cys Ser Val Thr Leu Thr Ala
290 295 300
Ala Ser Gly Glu Pro Ile Pro His Met Phe Asp Gly Phe Trp Leu Tyr
305 310 315 320
Lys Leu Glu Pro Asp Thr Glu Val Val Ser Tyr Arg Ile Thr Gly Tyr
325 330 335
Ala Tyr Leu Leu Asp Lys Gln Tyr Asp Ser Val Phe Ile Gly Lys Gly
340 345 350
Gly Gly Ile Gln Lys Gly Asn Asp Leu Tyr Phe Gln Met Tyr Gly Leu
355 360 365
Ser Arg Asn Arg Gln Ser Phe Lys Ala Leu Cys Glu His Gly Ser Cys
370 375 380
Leu Gly Thr Gly Gly Gly Gly Tyr Gln Val Leu Cys Asp Arg Ala Val
385 390 395 400
Met Ser Phe Gly Ser Glu Glu Ser Leu Ile Thr Asn Ala Tyr Leu Lys
405 410 415
Val Asn Asp Leu Ala Ser Gly Lys Pro Val Ile Ile Gly Gln Thr Phe
420 425 430
Pro Pro Ser Asp Ser Tyr Lys Gly Ser Asn Gly Arg Met Tyr Thr Ile
435 440 445
Gly Asp Lys Tyr Gly Leu Tyr Leu Ala Pro Ser Ser Trp Asn Arg Tyr
450 455 460
Leu Arg Phe Gly Ile Thr Pro Asp Ile Ser Val Arg Ser Thr Thr Trp
465 470 475 480
Leu Lys Ser Gln Asp Pro Ile Met Lys Ile Leu Ser Thr Cys Thr Asn
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Ile Thr Pro Asn Asn Gly Gly Thr Lys Asn Phe Val Ala Val Arg Asp
530 535 540
Ser Asp Gly His Ile Ala Ser Ile Asp Ile Leu Gln Asn Tyr Tyr Ser
545 550 555 560
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Tyr
625
<210> 15
<211> 624
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 墨江病毒，潼关1 G蛋白(无Met)
<400> 15
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1 5 10 15
Asp Lys Val Lys Lys Tyr Tyr Gly Val Glu Thr Ala Glu Lys Val Ala
20 25 30
Asp Ser Ile Ser Gly Asn Lys Val Phe Ile Leu Met Asn Thr Leu Leu
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
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165 170 175
Lys Pro Ile Glu Tyr Pro Lys Pro Asp Gly Cys Asn Arg Thr Gly Asp
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195 200 205
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Ser Ile Gly Ser Ser Ile Tyr Met Phe Ser Gln Glu Ile Arg Lys Thr
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Asp Cys Thr Ala Gly Glu Ile Leu Ser Ile Gln Ile Val Leu Gly Arg
245 250 255
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275 280 285
Gly Asp Glu Met Gly Trp Val Leu Cys Ser Val Thr Leu Thr Ala Ala
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Ser Gly Glu Pro Ile Pro His Met Phe Asp Gly Phe Trp Leu Tyr Lys
305 310 315 320
Leu Glu Pro Asp Thr Glu Val Val Ser Tyr Arg Ile Thr Gly Tyr Ala
325 330 335
Tyr Leu Leu Asp Lys Gln Tyr Asp Ser Val Phe Ile Gly Lys Gly Gly
340 345 350
Gly Ile Gln Lys Gly Asn Asp Leu Tyr Phe Gln Met Tyr Gly Leu Ser
355 360 365
Arg Asn Arg Gln Ser Phe Lys Ala Leu Cys Glu His Gly Ser Cys Leu
370 375 380
Gly Thr Gly Gly Gly Gly Tyr Gln Val Leu Cys Asp Arg Ala Val Met
385 390 395 400
Ser Phe Gly Ser Glu Glu Ser Leu Ile Thr Asn Ala Tyr Leu Lys Val
405 410 415
Asn Asp Leu Ala Ser Gly Lys Pro Val Ile Ile Gly Gln Thr Phe Pro
420 425 430
Pro Ser Asp Ser Tyr Lys Gly Ser Asn Gly Arg Met Tyr Thr Ile Gly
435 440 445
Asp Lys Tyr Gly Leu Tyr Leu Ala Pro Ser Ser Trp Asn Arg Tyr Leu
450 455 460
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485 490 495
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500 505 510
Ile Phe Pro Leu Ser Glu Asp Ser Glu Tyr Tyr Thr Tyr Ile Gly Ile
515 520 525
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530 535 540
Asp Gly His Ile Ala Ser Ile Asp Ile Leu Gln Asn Tyr Tyr Ser Ile
545 550 555 560
Thr Ser Ala Thr Ile Ser Cys Phe Met Tyr Lys Asp Glu Ile Trp Cys
565 570 575
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580 585 590
Tyr Ala His Ser Tyr Lys Ile Arg Gln Met Cys Tyr Asn Met Lys Ser
595 600 605
Ala Thr Val Thr Val Gly Asn Ala Lys Asn Ile Thr Ile Arg Arg Tyr
610 615 620
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<211> 546
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒F蛋白
<400> 16
Met Ala Thr Gln Glu Val Arg Leu Lys Cys Leu Leu Cys Gly Ile Ile
1 5 10 15
Val Leu Val Leu Ser Leu Glu Gly Leu Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
20 25 30
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Ile Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
35 40 45
Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val Ile Lys Met Ile Pro Asn
50 55 60
Val Ser Asn Val Ser Lys Cys Thr Gly Thr Val Met Glu Asn Tyr Lys
65 70 75 80
Ser Arg Leu Thr Gly Ile Leu Ser Pro Ile Lys Gly Ala Ile Glu Leu
85 90 95
Tyr Asn Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly Asp Val Lys Leu Ala Gly
100 105 110
Val Val Met Ala Gly Ile Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
130 135 140
Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
145 150 155 160
Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Gln Ile Ser Cys
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Lys Gln Thr Glu Leu Ala Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys Tyr Leu Ser
195 200 205
Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro Val Ser Asn
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Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
225 230 235 240
Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Ala Gly Gln Ile Val Tyr Val Asp Leu Ser
260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
Gln Gln Ala Tyr Val Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe Asn Asn Asp
290 295 300
Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Val Leu Ile Arg Asn
305 310 315 320
Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Val Lys Tyr Cys Leu Ile Thr Lys Lys
325 330 335
Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr Ala Ser Val
340 345 350
Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Asp Lys Cys Pro Arg Glu Leu Val
355 360 365
Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Gly Gly Val Leu Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr Gly Arg Ala
385 390 395 400
Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp Asn Thr Thr
405 410 415
Cys Thr Thr Val Val Leu Gly Asn Ile Ile Ile Ser Leu Gly Lys Tyr
420 425 430
Leu Gly Ser Ile Asn Tyr Asn Ser Glu Ser Ile Ala Val Gly Pro Pro
435 440 445
Val Tyr Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser Ser Met Asn
450 455 460
Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala Gln Lys Ile
465 470 475 480
Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ala Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
500 505 510
Ile Ser Phe Val Ile Val Glu Lys Lys Arg Gly Asn Tyr Ser Arg Leu
515 520 525
Asp Asp Arg Gln Val Arg Pro Val Ser Asn Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile
530 535 540
Gly Thr
545
<210> 17
<211> 520
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒F蛋白，无信号序列
<400> 17
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Ile
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
20 25 30
Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Val Ser Lys Cys Thr Gly Thr
35 40 45
Val Met Glu Asn Tyr Lys Ser Arg Leu Thr Gly Ile Leu Ser Pro Ile
50 55 60
Lys Gly Ala Ile Glu Leu Tyr Asn Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly
65 70 75 80
Asp Val Lys Leu Ala Gly Val Val Met Ala Gly Ile Ala Ile Gly Ile
85 90 95
Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met
100 105 110
Lys Asn Ala Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr
115 120 125
Asn Glu Ala Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr
130 135 140
Val Leu Thr Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr
145 150 155 160
Ile Asp Gln Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ala Leu Asp Leu Ala
165 170 175
Leu Ser Lys Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu
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Gln Asp Pro Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala
195 200 205
Phe Gly Gly Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr
210 215 220
Glu Asp Phe Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Ala Gly Gln Ile
225 230 235 240
Val Tyr Val Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe
245 250 255
Pro Ile Leu Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Val Gln Glu Leu Leu Pro
260 265 270
Val Ser Phe Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn
275 280 285
Phe Val Leu Ile Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Val Lys Tyr
290 295 300
Cys Leu Ile Thr Lys Lys Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Pro Met Thr Ala Ser Val Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Asp Lys
325 330 335
Cys Pro Arg Glu Leu Val Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu
340 345 350
Ser Gly Gly Val Leu Phe Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys
355 360 365
Gln Thr Thr Gly Arg Ala Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu
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Met Ile Asp Asn Thr Thr Cys Thr Thr Val Val Leu Gly Asn Ile Ile
385 390 395 400
Ile Ser Leu Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Ile Asn Tyr Asn Ser Glu Ser
405 410 415
Ile Ala Val Gly Pro Pro Val Tyr Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser
420 425 430
Gln Ile Ser Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile
435 440 445
Lys Glu Ala Gln Lys Ile Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser
450 455 460
Met Leu Ser Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ala Leu Cys
465 470 475 480
Ile Gly Leu Ile Thr Phe Ile Ser Phe Val Ile Val Glu Lys Lys Arg
485 490 495
Gly Asn Tyr Ser Arg Leu Asp Asp Arg Gln Val Arg Pro Val Ser Asn
500 505 510
Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile Gly Thr
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<211> 546
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒F蛋白
<400> 18
Met Val Val Ile Leu Asp Lys Arg Cys Tyr Cys Asn Leu Leu Ile Leu
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Ile Leu Met Ile Ser Glu Cys Ser Val Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
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Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
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100 105 110
Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
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Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
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Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
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Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
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Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
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260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
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355 360 365
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Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
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515 520 525
Glu Asp Arg Arg Val Arg Pro Thr Ser Ser Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile
530 535 540
Gly Thr
545
<210> 19
<211> 520
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒F蛋白，无信号序列
<400> 19
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
20 25 30
Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser
35 40 45
Val Met Glu Asn Tyr Lys Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile
50 55 60
Lys Gly Ala Leu Glu Ile Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly
65 70 75 80
Asp Val Arg Leu Ala Gly Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile
85 90 95
Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met
100 105 110
Lys Asn Ala Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr
115 120 125
Asn Glu Ala Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr
130 135 140
Val Leu Thr Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr
145 150 155 160
Ile Asp Lys Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala
165 170 175
Leu Ser Lys Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu
180 185 190
Gln Asp Pro Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala
195 200 205
Phe Gly Gly Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr
210 215 220
Glu Asp Phe Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile
225 230 235 240
Ile Tyr Val Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe
245 250 255
Pro Ile Leu Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro
260 265 270
Val Ser Phe Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn
275 280 285
Phe Ile Leu Val Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe
290 295 300
Cys Leu Ile Thr Lys Arg Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr
305 310 315 320
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370 375 380
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Ile Ala Ile Gly Pro Pro Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser
420 425 430
Gln Ile Ser Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile
435 440 445
Lys Glu Ala Gln Arg Leu Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser
450 455 460
Met Leu Ser Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys
465 470 475 480
Ile Gly Leu Ile Thr Phe Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg
485 490 495
Asn Thr Tyr Ser Arg Leu Glu Asp Arg Arg Val Arg Pro Thr Ser Ser
500 505 510
Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile Gly Thr
515 520
<210> 20
<211> 557
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 雪松病毒F蛋白
<400> 20
Met Ser Asn Lys Arg Thr Thr Val Leu Ile Ile Ile Ser Tyr Thr Leu
1 5 10 15
Phe Tyr Leu Asn Asn Ala Ala Ile Val Gly Phe Asp Phe Asp Lys Leu
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Asn Lys Ile Gly Val Val Gln Gly Arg Val Leu Asn Tyr Lys Ile Lys
35 40 45
Gly Asp Pro Met Thr Lys Asp Leu Val Leu Lys Phe Ile Pro Asn Ile
50 55 60
Val Asn Ile Thr Glu Cys Val Arg Glu Pro Leu Ser Arg Tyr Asn Glu
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Thr Val Arg Arg Leu Leu Leu Pro Ile His Asn Met Leu Gly Leu Tyr
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130 135 140
Lys Leu Thr Asp Ser Ile Met Lys Thr Gln Asp Ser Ile Asp Lys Leu
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Tyr Met Ser Asn Ile Asp Val Ala Thr Cys Tyr Met Thr Lys Ala Ser
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Ile Ile Ile Ser Val Leu Ser Phe Ile Ile Leu Leu Ile Ile Ile Val
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<211> 551
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 雪松病毒F蛋白，无信号序列
<400> 21
Thr Val Leu Ile Ile Ile Ser Tyr Thr Leu Phe Tyr Leu Asn Asn Ala
1 5 10 15
Ala Ile Val Gly Phe Asp Phe Asp Lys Leu Asn Lys Ile Gly Val Val
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115 120 125
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Ser Leu Leu Phe Asp Gly Asn Tyr Asp Ile Met Met Ser Glu Leu Gly
225 230 235 240
Tyr Thr Pro Gln Asp Phe Leu Asp Leu Ile Glu Ser Lys Ser Ile Thr
245 250 255
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260 265 270
Thr Tyr Leu Pro Thr Leu Ile Glu Val Pro Asp Ala Gln Ile Tyr Glu
275 280 285
Phe Asn Lys Ile Thr Met Ser Ser Asn Gly Gly Glu Tyr Leu Ser Thr
290 295 300
Ile Pro Asn Phe Ile Leu Ile Arg Gly Asn Tyr Met Ser Asn Ile Asp
305 310 315 320
Val Ala Thr Cys Tyr Met Thr Lys Ala Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp
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435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
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485 490 495
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Asn Asp Tyr Lys Arg Glu Arg Ile Asn Gly Lys Ala Ser Lys Ser Asn
530 535 540
Asn Ile Tyr Tyr Val Gly Asp
545 550
<210> 22
<211> 545
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 墨江病毒，潼关1 F蛋白
<400> 22
Met Ala Leu Asn Lys Asn Met Phe Ser Ser Leu Phe Leu Gly Tyr Leu
1 5 10 15
Leu Val Tyr Ala Thr Thr Val Gln Ser Ser Ile His Tyr Asp Ser Leu
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Leu Leu Lys Ile Met Gly Tyr Thr Ser Gly Asp Leu Tyr Glu Ile Leu
245 250 255
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Gly Tyr Ile Ala Leu Glu Ile Glu Phe Pro Asn Leu Thr Leu Val Pro
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Tyr Ile Phe Met Ile Leu Ile Ala Ile Val Ser Val Ile Ala Leu Val
500 505 510
Leu Ser Ile Lys Leu Thr Val Lys Gly Asn Val Val Arg Gln Gln Phe
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Thr Tyr Thr Gln His Val Pro Ser Met Glu Asn Ile Asn Tyr Val Ser
530 535 540
His
545
<210> 23
<211> 519
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 墨江病毒，潼关1 F蛋白，无信号序列
<400> 23
Ile His Tyr Asp Ser Leu Ser Lys Val Gly Val Ile Lys Gly Leu Thr
1 5 10 15
Tyr Asn Tyr Lys Ile Lys Gly Ser Pro Ser Thr Lys Leu Met Val Val
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Asn Gln Leu Ser Cys Asp Thr Ile Gly Leu Ser Val Gly Ile Arg Leu
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195 200 205
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210 215 220
Asp Leu Tyr Glu Ile Leu His Ser Glu Leu Ile Arg Gly Asn Ile Ile
225 230 235 240
Asp Val Asp Val Asp Ala Gly Tyr Ile Ala Leu Glu Ile Glu Phe Pro
245 250 255
Asn Leu Thr Leu Val Pro Asn Ala Val Val Gln Glu Leu Met Pro Ile
260 265 270
Ser Tyr Asn Ile Asp Gly Asp Glu Trp Val Thr Leu Val Pro Arg Phe
275 280 285
Val Leu Thr Arg Thr Thr Leu Leu Ser Asn Ile Asp Thr Ser Arg Cys
290 295 300
Thr Ile Thr Asp Ser Ser Val Ile Cys Asp Asn Asp Tyr Ala Leu Pro
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Leu Asp Asn Lys Arg Cys Ser Val Tyr Gln Val Gly Asp Val Leu Ile
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Ser Val Gly Ser Tyr Leu Gly Asp Gly Glu Tyr Asn Ala Asp Asn Val
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Leu Ala Gly Ile Asn Gln Thr Leu Gln Glu Ala Glu Asp Tyr Ile Glu
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450 455 460
Gly Ser Met Val Val Leu Tyr Ile Phe Met Ile Leu Ile Ala Ile Val
465 470 475 480
Ser Val Ile Ala Leu Val Leu Ser Ile Lys Leu Thr Val Lys Gly Asn
485 490 495
Val Val Arg Gln Gln Phe Thr Tyr Thr Gln His Val Pro Ser Met Glu
500 505 510
Asn Ile Asn Tyr Val Ser His
515
<210> 24
<211> 662
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 蝙蝠副粘病毒F蛋白
<400> 24
Met Lys Lys Lys Thr Asp Asn Pro Thr Ile Ser Lys Arg Gly His Asn
1 5 10 15
His Ser Arg Gly Ile Lys Ser Arg Ala Leu Leu Arg Glu Thr Asp Asn
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50 55 60
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Leu Ile Leu Lys Thr Gln Met Ser Glu Gly Ala Ile His Tyr Glu Thr
115 120 125
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Ile Lys Gly Ile Thr Arg Glu Tyr Lys Val
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195 200 205
Val Ile Ile Ala Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ile
210 215 220
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225 230 235 240
Asn Leu Leu Lys Asp Ser Ile Ser Ala Thr Asn Asn Ala Val Ala Glu
245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
Ser Gln Ile Lys Thr Ala Leu Asp Ile Ser Leu Ser Gln Tyr Tyr Ser
290 295 300
Glu Ile Leu Thr Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asn Pro Val Thr Thr
305 310 315 320
Ser Met Ser Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ser Phe Gly Gly Asn Ile Asp
325 330 335
Leu Leu Leu Asn Leu Leu Gly Tyr Thr Ala Asn Asp Leu Leu Asp Leu
340 345 350
Leu Glu Ser Lys Ser Ile Thr Gly Gln Ile Thr Tyr Ile Asn Leu Glu
355 360 365
His Tyr Phe Met Val Ile Arg Val Tyr Tyr Pro Ile Met Thr Thr Ile
370 375 380
Ser Asn Ala Tyr Val Gln Glu Leu Ile Lys Ile Ser Phe Asn Val Asp
385 390 395 400
Gly Ser Glu Trp Val Ser Leu Val Pro Ser Tyr Ile Leu Ile Arg Asn
405 410 415
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420 425 430
Ser Val Ile Cys Arg His Asp Phe Ala Met Pro Met Ser Tyr Thr Leu
435 440 445
Lys Glu Cys Leu Thr Gly Asp Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Ala Val
450 455 460
Val Thr Ser Tyr Val Pro Arg Phe Ala Ile Ser Gly Gly Val Ile Tyr
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485 490 495
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Leu Gly Ser Gln Glu Tyr Asn Thr Met His Val Ser Val Gly Asn Pro
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Ile Asp Arg Asp Arg Asp
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<210> 25
<211> 640
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 蝙蝠副粘病毒F蛋白，无信号序列
<400> 25
Ser Arg Ala Leu Leu Arg Glu Thr Asp Asn Tyr Ser Asn Gly Leu Ile
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130 135 140
Cys Thr Asn Ile Ser Met Glu Asn Tyr Lys Glu Gln Leu Asp Lys Ile
145 150 155 160
Leu Ile Pro Ile Asn Asn Ile Ile Glu Leu Tyr Ala Asn Ser Thr Lys
165 170 175
Ser Ala Pro Gly Asn Ala Arg Phe Ala Gly Val Ile Ile Ala Gly Val
180 185 190
Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Ile Ala Leu
195 200 205
His Glu Ala Arg Gln Asn Ala Glu Arg Ile Asn Leu Leu Lys Asp Ser
210 215 220
Ile Ser Ala Thr Asn Asn Ala Val Ala Glu Leu Gln Glu Ala Thr Gly
225 230 235 240
Gly Ile Val Asn Val Ile Thr Gly Met Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn
245 250 255
Leu Val Pro Gln Ile Asp Lys Leu Gln Cys Ser Gln Ile Lys Thr Ala
260 265 270
Leu Asp Ile Ser Leu Ser Gln Tyr Tyr Ser Glu Ile Leu Thr Val Phe
275 280 285
Gly Pro Asn Leu Gln Asn Pro Val Thr Thr Ser Met Ser Ile Gln Ala
290 295 300
Ile Ser Gln Ser Phe Gly Gly Asn Ile Asp Leu Leu Leu Asn Leu Leu
305 310 315 320
Gly Tyr Thr Ala Asn Asp Leu Leu Asp Leu Leu Glu Ser Lys Ser Ile
325 330 335
Thr Gly Gln Ile Thr Tyr Ile Asn Leu Glu His Tyr Phe Met Val Ile
340 345 350
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355 360 365
Glu Leu Ile Lys Ile Ser Phe Asn Val Asp Gly Ser Glu Trp Val Ser
370 375 380
Leu Val Pro Ser Tyr Ile Leu Ile Arg Asn Ser Tyr Leu Ser Asn Ile
385 390 395 400
Asp Ile Ser Glu Cys Leu Ile Thr Lys Asn Ser Val Ile Cys Arg His
405 410 415
Asp Phe Ala Met Pro Met Ser Tyr Thr Leu Lys Glu Cys Leu Thr Gly
420 425 430
Asp Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Ala Val Val Thr Ser Tyr Val Pro
435 440 445
Arg Phe Ala Ile Ser Gly Gly Val Ile Tyr Ala Asn Cys Leu Ser Thr
450 455 460
Thr Cys Gln Cys Tyr Gln Thr Gly Lys Val Ile Ala Gln Asp Gly Ser
465 470 475 480
Gln Thr Leu Met Met Ile Asp Asn Gln Thr Cys Ser Ile Val Arg Ile
485 490 495
Glu Glu Ile Leu Ile Ser Thr Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Gln Glu Tyr
500 505 510
Asn Thr Met His Val Ser Val Gly Asn Pro Val Phe Thr Asp Lys Leu
515 520 525
Asp Ile Thr Ser Gln Ile Ser Asn Ile Asn Gln Ser Ile Glu Gln Ser
530 535 540
Lys Phe Tyr Leu Asp Lys Ser Lys Ala Ile Leu Asp Lys Ile Asn Leu
545 550 555 560
Asn Leu Ile Gly Ser Val Pro Ile Ser Ile Leu Phe Ile Ile Ala Ile
565 570 575
Leu Ser Leu Ile Leu Ser Ile Ile Thr Phe Val Ile Val Met Ile Ile
580 585 590
Val Arg Arg Tyr Asn Lys Tyr Thr Pro Leu Ile Asn Ser Asp Pro Ser
595 600 605
Ser Arg Arg Ser Thr Ile Gln Asp Val Tyr Ile Ile Pro Asn Pro Gly
610 615 620
Glu His Ser Ile Arg Ser Ala Ala Arg Ser Ile Asp Arg Asp Arg Asp
625 630 635 640
<210> 26
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 信号序列
<400> 26
Met Val Val Ile Leu Asp Lys Arg Cys Tyr Cys Asn Leu Leu Ile Leu
1 5 10 15
Ile Leu Met Ile Ser Glu Cys Ser Val Gly
20 25
<210> 27
<211> 83
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒NiV F F2 (aa 27-109)
<400> 27
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
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Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser
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Asp Val Arg
<210> 28
<211> 437
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒NiV F F1 (aa 110-546)
<400> 28
Leu Ala Gly Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala
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Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala
35 40 45
Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr
50 55 60
Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Lys
65 70 75 80
Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys
85 90 95
Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro
100 105 110
Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly
115 120 125
Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe
130 135 140
Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile Ile Tyr Val
145 150 155 160
Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu
165 170 175
Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe
180 185 190
Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Ile Leu
195 200 205
Val Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe Cys Leu Ile
210 215 220
Thr Lys Arg Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr
225 230 235 240
Asn Asn Met Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys Cys Pro Arg
245 250 255
Glu Leu Val Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Asn Gly
260 265 270
Val Leu Phe Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr
275 280 285
Gly Arg Ala Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp
290 295 300
Asn Thr Thr Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile Ile Ser Leu
305 310 315 320
Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly Ile Ala Ile
325 330 335
Gly Pro Pro Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser
340 345 350
Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala
355 360 365
Gln Arg Leu Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser
370 375 380
Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys Ile Gly Leu
385 390 395 400
Ile Thr Phe Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg Asn Thr Tyr
405 410 415
Ser Arg Leu Glu Asp Arg Arg Val Arg Pro Thr Ser Ser Gly Asp Leu
420 425 430
Tyr Tyr Ile Gly Thr
435
<210> 29
<211> 597
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
截短5
<400> 29
Met Lys Val Arg Phe Glu Asn Thr Thr Ser Asp Lys Gly Lys Ile Pro
1 5 10 15
Ser Lys Val Ile Lys Ser Tyr Tyr Gly Thr Met Asp Ile Lys Lys Ile
20 25 30
Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala Phe Asn Thr Val
35 40 45
Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met Asn Ile Met Ile
50 55 60
Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala Val Ile Lys Asp
65 70 75 80
Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu Ala Asp Lys Ile
85 90 95
Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp Thr Ser Ser Thr
100 105 110
Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser Lys Ile Ser Gln
115 120 125
Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys Cys Lys Phe Thr
130 135 140
Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser Cys Pro Asn Pro
145 150 155 160
Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly Val Ser Asn Leu
165 170 175
Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr Ser Asn Gln Ile
180 185 190
Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val Val Gly Gln Ser
195 200 205
Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp Glu Gly Tyr Phe
210 215 220
Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser Arg Gly Val Ser
225 230 235 240
Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp Arg Gly Asp Glu
245 250 255
Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro Pro Asn Pro Asn
260 265 270
Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu Phe Tyr Tyr Val
275 280 285
Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val Lys Pro Lys Ser
305 310 315 320
Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu Arg Ser Ile Glu
325 330 335
Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro Ser Gly Ile Lys
340 345 350
Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe Leu Val Arg Thr
355 360 365
Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr Lys Cys Gln Tyr
370 375 380
Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile Arg Pro Asn Ser
385 390 395 400
His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn Leu Ser Asp Gly
405 410 415
Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp Gln Arg Leu Ser
420 425 430
Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly Gln Pro Val Phe
435 440 445
Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys Phe Gly Asp Val
450 455 460
Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn Asn Thr Val Ile
465 470 475 480
Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn Thr Cys Pro Glu
485 490 495
Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu Ile Asp Arg Ile
500 505 510
Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn Gln Thr Ala Glu
515 520 525
Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile Leu Tyr Arg Ala
530 535 540
Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr Ile Thr Asn Cys
545 550 555 560
Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu Val Glu Ile Tyr
565 570 575
Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe Ala Val Lys Ile
580 585 590
Pro Glu Gln Cys Thr
595
<210> 30
<211> 582
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
截短20
<400> 30
Met Ser Lys Val Ile Lys Ser Tyr Tyr Gly Thr Met Asp Ile Lys Lys
1 5 10 15
Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala Phe Asn Thr
20 25 30
Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met Asn Ile Met
35 40 45
Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala Val Ile Lys
50 55 60
Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu Ala Asp Lys
65 70 75 80
Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp Thr Ser Ser
85 90 95
Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser Lys Ile Ser
100 105 110
Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys Cys Lys Phe
115 120 125
Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser Cys Pro Asn
130 135 140
Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly Val Ser Asn
145 150 155 160
Leu Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr Ser Asn Gln
165 170 175
Ile Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val Val Gly Gln
180 185 190
Ser Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp Glu Gly Tyr
195 200 205
Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser Arg Gly Val
210 215 220
Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp Arg Gly Asp
225 230 235 240
Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro Pro Asn Pro
245 250 255
Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu Phe Tyr Tyr
260 265 270
Val Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu Asn Ser Thr
275 280 285
Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val Lys Pro Lys
290 295 300
Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu Arg Ser Ile
305 310 315 320
Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro Ser Gly Ile
325 330 335
Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe Leu Val Arg
340 345 350
Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr Lys Cys Gln
355 360 365
Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile Arg Pro Asn
370 375 380
Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn Leu Ser Asp
385 390 395 400
Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp Gln Arg Leu
405 410 415
Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly Gln Pro Val
420 425 430
Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys Phe Gly Asp
435 440 445
Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn Asn Thr Val
450 455 460
Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn Thr Cys Pro
465 470 475 480
Glu Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu Ile Asp Arg
485 490 495
Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn Gln Thr Ala
500 505 510
Glu Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile Leu Tyr Arg
515 520 525
Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr Ile Thr Asn
530 535 540
Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu Val Glu Ile
545 550 555 560
Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe Ala Val Lys
565 570 575
Ile Pro Glu Gln Cys Thr
580
<210> 31
<211> 577
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
截短25
<400> 31
Met Ser Tyr Tyr Gly Thr Met Asp Ile Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu
1 5 10 15
Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu
20 25 30
Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr
35 40 45
Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly
50 55 60
Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile
65 70 75 80
Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro
85 90 95
Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser
100 105 110
Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu
115 120 125
Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg
130 135 140
Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly Val Ser Asn Leu Val Gly Leu Pro
145 150 155 160
Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr Ser Asn Gln Ile Leu Lys Pro Lys
165 170 175
Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val Val Gly Gln Ser Gly Thr Cys Ile
180 185 190
Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp Glu Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His
195 200 205
Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile
210 215 220
Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp Arg Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu
225 230 235 240
Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His
245 250 255
Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu Phe Tyr Tyr Val Leu Cys Ala Val
260 265 270
Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser
275 280 285
Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly
290 295 300
Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr
305 310 315 320
Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr
325 330 335
Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr
340 345 350
Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr Lys Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu
355 360 365
Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu
370 375 380
Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys
385 390 395 400
Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp Gln Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro
405 410 415
Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser
420 425 430
Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys Phe Gly Asp Val Leu Thr Val Asn
435 440 445
Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly
450 455 460
Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn Thr Cys Pro Glu Ile Cys Trp Glu
465 470 475 480
Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser
485 490 495
Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe
500 505 510
Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile Leu Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser
515 520 525
Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr Ile Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys
530 535 540
Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp
545 550 555 560
Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe Ala Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys
565 570 575
Thr
<210> 32
<211> 498
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> N-连接糖基化位点上的尼帕病毒NiV-F F0 T234截短(aa 525-544)和突变
<400> 32
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
20 25 30
Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser
35 40 45
Val Met Glu Asn Tyr Lys Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile
50 55 60
Lys Gly Ala Leu Glu Ile Tyr Lys Asn Gln Thr His Asp Leu Val Gly
65 70 75 80
Asp Val Arg Leu Ala Gly Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile
85 90 95
Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met
100 105 110
Lys Asn Ala Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr
115 120 125
Asn Glu Ala Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr
130 135 140
Val Leu Thr Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr
145 150 155 160
Ile Asp Lys Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala
165 170 175
Leu Ser Lys Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu
180 185 190
Gln Asp Pro Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala
195 200 205
Phe Gly Gly Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr
210 215 220
Glu Asp Phe Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile
225 230 235 240
Ile Tyr Val Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe
245 250 255
Pro Ile Leu Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro
260 265 270
Val Ser Phe Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn
275 280 285
Phe Ile Leu Val Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe
290 295 300
Cys Leu Ile Thr Lys Arg Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Pro Met Thr Asn Asn Met Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys
325 330 335
Cys Pro Arg Glu Leu Val Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu
340 345 350
Ser Asn Gly Val Leu Phe Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys
355 360 365
Gln Thr Thr Gly Arg Ala Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu
370 375 380
Met Ile Asp Asn Thr Thr Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile
385 390 395 400
Ile Ser Leu Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly
405 410 415
Ile Ala Ile Gly Pro Pro Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser
420 425 430
Gln Ile Ser Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile
435 440 445
Lys Glu Ala Gln Arg Leu Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser
450 455 460
Met Leu Ser Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys
465 470 475 480
Ile Gly Leu Ile Thr Phe Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg
485 490 495
Asn Thr
<210> 33
<211> 524
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在胞质尾截短的NiV融合糖蛋白(FcΔ22) (具有信号序列)
<400> 33
Met Val Val Ile Leu Asp Lys Arg Cys Tyr Cys Asn Leu Leu Ile Leu
1 5 10 15
Ile Leu Met Ile Ser Glu Cys Ser Val Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
20 25 30
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
35 40 45
Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val Ile Lys Met Ile Pro Asn
50 55 60
Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser Val Met Glu Asn Tyr Lys
65 70 75 80
Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile Lys Gly Ala Leu Glu Ile
85 90 95
Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly Asp Val Arg Leu Ala Gly
100 105 110
Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
130 135 140
Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
145 150 155 160
Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Lys Ile Ser Cys
180 185 190
Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys Tyr Leu Ser
195 200 205
Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro Val Ser Asn
210 215 220
Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
225 230 235 240
Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile Ile Tyr Val Asp Leu Ser
260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe Asn Asn Asp
290 295 300
Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Ile Leu Val Arg Asn
305 310 315 320
Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe Cys Leu Ile Thr Lys Arg
325 330 335
Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr Asn Asn Met
340 345 350
Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Leu Val
355 360 365
Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Asn Gly Val Leu Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr Gly Arg Ala
385 390 395 400
Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp Asn Thr Thr
405 410 415
Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile Ile Ser Leu Gly Lys Tyr
420 425 430
Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly Ile Ala Ile Gly Pro Pro
435 440 445
Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser Ser Met Asn
450 455 460
Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala Gln Arg Leu
465 470 475 480
Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
500 505 510
Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg Asn Thr
515 520
<210> 34
<211> 569
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
截短的和突变的(E501 A、W504A、Q530A、E533A) NiV G蛋白(Gc 34)
<400> 34
Met Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala
1 5 10 15
Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met
20 25 30
Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala
35 40 45
Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu
50 55 60
Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp
65 70 75 80
Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser
85 90 95
Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys
100 105 110
Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser
115 120 125
Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly
130 135 140
Val Ser Asn Leu Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr
145 150 155 160
Ser Asn Gln Ile Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val
165 170 175
Val Gly Gln Ser Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp
180 185 190
Glu Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser
195 200 205
Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp
210 215 220
Arg Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro
225 230 235 240
Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu
245 250 255
Phe Tyr Tyr Val Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu
260 265 270
Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val
275 280 285
Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu
290 295 300
Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro
305 310 315 320
Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe
325 330 335
Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr
340 345 350
Lys Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile
355 360 365
Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn
370 375 380
Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp
385 390 395 400
Gln Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly
405 410 415
Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys
420 425 430
Phe Gly Asp Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn
435 440 445
Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn
450 455 460
Thr Cys Pro Ala Ile Cys Ala Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu
465 470 475 480
Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn
485 490 495
Ala Thr Ala Ala Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile
500 505 510
Leu Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr
515 520 525
Ile Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu
530 535 540
Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe
545 550 555 560
Ala Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys Thr
565
<210> 35
<211> 568
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NiVG蛋白附着糖蛋白
截短的和突变的(E501 A、W504A、Q530A、E533A) NiV G蛋白(Gc 34)，没有N末端甲硫氨酸
<400> 35
Lys Lys Ile Asn Glu Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Ser Ala Phe
1 5 10 15
Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met Asn
20 25 30
Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala Val
35 40 45
Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu Ala
50 55 60
Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp Thr
65 70 75 80
Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser Lys
85 90 95
Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys Cys
100 105 110
Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser Cys
115 120 125
Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly Val
130 135 140
Ser Asn Leu Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr Ser
145 150 155 160
Asn Gln Ile Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val Val
165 170 175
Gly Gln Ser Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp Glu
180 185 190
Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser Arg
195 200 205
Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp Arg
210 215 220
Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro Pro
225 230 235 240
Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu Phe
245 250 255
Tyr Tyr Val Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu Asn
260 265 270
Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val Lys
275 280 285
Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu Arg
290 295 300
Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro Ser
305 310 315 320
Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe Leu
325 330 335
Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr Lys
340 345 350
Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile Arg
355 360 365
Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn Leu
370 375 380
Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp Gln
385 390 395 400
Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly Gln
405 410 415
Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys Phe
420 425 430
Gly Asp Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn Asn
435 440 445
Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn Thr
450 455 460
Cys Pro Ala Ile Cys Ala Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu Ile
465 470 475 480
Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn Ala
485 490 495
Thr Ala Ala Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile Leu
500 505 510
Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr Ile
515 520 525
Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu Val
530 535 540
Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe Ala
545 550 555 560
Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys Thr
565
<210> 36
<211> 524
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在胞质尾截短的NiV融合糖蛋白(FcΔ22) (具有信号序列)
<400> 36
Met Val Val Ile Leu Asp Lys Arg Cys Tyr Cys Asn Leu Leu Ile Leu
1 5 10 15
Ile Leu Met Ile Ser Glu Cys Ser Val Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
20 25 30
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
35 40 45
Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val Ile Lys Met Ile Pro Asn
50 55 60
Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser Val Met Glu Asn Tyr Lys
65 70 75 80
Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile Lys Gly Ala Leu Glu Ile
85 90 95
Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly Asp Val Arg Leu Ala Gly
100 105 110
Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
130 135 140
Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
145 150 155 160
Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Lys Ile Ser Cys
180 185 190
Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys Tyr Leu Ser
195 200 205
Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro Val Ser Asn
210 215 220
Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
225 230 235 240
Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile Ile Tyr Val Asp Leu Ser
260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe Asn Asn Asp
290 295 300
Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Ile Leu Val Arg Asn
305 310 315 320
Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe Cys Leu Ile Thr Lys Arg
325 330 335
Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr Asn Asn Met
340 345 350
Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Leu Val
355 360 365
Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Asn Gly Val Leu Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr Gly Arg Ala
385 390 395 400
Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp Asn Thr Thr
405 410 415
Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile Ile Ser Leu Gly Lys Tyr
420 425 430
Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly Ile Ala Ile Gly Pro Pro
435 440 445
Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser Ser Met Asn
450 455 460
Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala Gln Arg Leu
465 470 475 480
Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
500 505 510
Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg Asn Thr
515 520
<210> 37
<211> 500
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 尼帕病毒NiV-F F0 T234截短(aa 525-546)
<400> 37
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
20 25 30
Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser
35 40 45
Val Met Glu Asn Tyr Lys Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile
50 55 60
Lys Gly Ala Leu Glu Ile Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly
65 70 75 80
Asp Val Arg Leu Ala Gly Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile
85 90 95
Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met
100 105 110
Lys Asn Ala Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr
115 120 125
Asn Glu Ala Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr
130 135 140
Val Leu Thr Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr
145 150 155 160
Ile Asp Lys Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala
165 170 175
Leu Ser Lys Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu
180 185 190
Gln Asp Pro Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala
195 200 205
Phe Gly Gly Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr
210 215 220
Glu Asp Phe Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile
225 230 235 240
Ile Tyr Val Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe
245 250 255
Pro Ile Leu Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro
260 265 270
Val Ser Phe Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn
275 280 285
Phe Ile Leu Val Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe
290 295 300
Cys Leu Ile Thr Lys Arg Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Pro Met Thr Asn Asn Met Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys
325 330 335
Cys Pro Arg Glu Leu Val Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu
340 345 350
Ser Asn Gly Val Leu Phe Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys
355 360 365
Gln Thr Thr Gly Arg Ala Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu
370 375 380
Met Ile Asp Asn Thr Thr Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile
385 390 395 400
Ile Ser Leu Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly
405 410 415
Ile Ala Ile Gly Pro Pro Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser
420 425 430
Gln Ile Ser Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile
435 440 445
Lys Glu Ala Gln Arg Leu Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser
450 455 460
Met Leu Ser Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys
465 470 475 480
Ile Gly Leu Ile Thr Phe Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg
485 490 495
Asn Thr Gly Thr
500
<210> 38
<211> 498
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 在胞质尾截短的成熟NiV融合糖蛋白(FcΔ22)
<400> 38
Ile Leu His Tyr Glu Lys Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val
1 5 10 15
Thr Arg Lys Tyr Lys Ile Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val
20 25 30
Ile Lys Met Ile Pro Asn Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser
35 40 45
Val Met Glu Asn Tyr Lys Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile
50 55 60
Lys Gly Ala Leu Glu Ile Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly
65 70 75 80
Asp Val Arg Leu Ala Gly Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile
85 90 95
Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met
100 105 110
Lys Asn Ala Asp Asn Ile Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr
115 120 125
Asn Glu Ala Val Val Lys Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr
130 135 140
Val Leu Thr Ala Leu Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr
145 150 155 160
Ile Asp Lys Ile Ser Cys Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala
165 170 175
Leu Ser Lys Tyr Leu Ser Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu
180 185 190
Gln Asp Pro Val Ser Asn Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala
195 200 205
Phe Gly Gly Asn Tyr Glu Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr
210 215 220
Glu Asp Phe Asp Asp Leu Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile
225 230 235 240
Ile Tyr Val Asp Leu Ser Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe
245 250 255
Pro Ile Leu Thr Glu Ile Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro
260 265 270
Val Ser Phe Asn Asn Asp Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn
275 280 285
Phe Ile Leu Val Arg Asn Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe
290 295 300
Cys Leu Ile Thr Lys Arg Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Pro Met Thr Asn Asn Met Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys
325 330 335
Cys Pro Arg Glu Leu Val Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu
340 345 350
Ser Asn Gly Val Leu Phe Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys
355 360 365
Gln Thr Thr Gly Arg Ala Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu
370 375 380
Met Ile Asp Asn Thr Thr Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile
385 390 395 400
Ile Ser Leu Gly Lys Tyr Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly
405 410 415
Ile Ala Ile Gly Pro Pro Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser
420 425 430
Gln Ile Ser Ser Met Asn Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile
435 440 445
Lys Glu Ala Gln Arg Leu Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser
450 455 460
Met Leu Ser Met Ile Ile Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys
465 470 475 480
Ile Gly Leu Ile Thr Phe Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg
485 490 495
Asn Thr
<210> 39
<211> 552
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> NivG蛋白附着糖蛋白
无胞质尾
<400> 39
Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Val Ile Ile Val Met
1 5 10 15
Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Ser Thr Asp Asn Gln Ala
20 25 30
Val Ile Lys Asp Ala Leu Gln Gly Ile Gln Gln Gln Ile Lys Gly Leu
35 40 45
Ala Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp
50 55 60
Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser
65 70 75 80
Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ala Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Glu Lys
85 90 95
Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser
100 105 110
Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Gln Thr Glu Gly
115 120 125
Val Ser Asn Leu Val Gly Leu Pro Asn Asn Ile Cys Leu Gln Lys Thr
130 135 140
Ser Asn Gln Ile Leu Lys Pro Lys Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Val
145 150 155 160
Val Gly Gln Ser Gly Thr Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Met Asp
165 170 175
Glu Gly Tyr Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Arg Ile Gly Ser Cys Ser
180 185 190
Arg Gly Val Ser Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp
195 200 205
Arg Gly Asp Glu Val Pro Ser Leu Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro
210 215 220
Pro Asn Pro Asn Thr Val Tyr His Cys Ser Ala Val Tyr Asn Asn Glu
225 230 235 240
Phe Tyr Tyr Val Leu Cys Ala Val Ser Thr Val Gly Asp Pro Ile Leu
245 250 255
Asn Ser Thr Tyr Trp Ser Gly Ser Leu Met Met Thr Arg Leu Ala Val
260 265 270
Lys Pro Lys Ser Asn Gly Gly Gly Tyr Asn Gln His Gln Leu Ala Leu
275 280 285
Arg Ser Ile Glu Lys Gly Arg Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro
290 295 300
Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe
305 310 315 320
Leu Val Arg Thr Glu Phe Lys Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Thr
325 330 335
Lys Cys Gln Tyr Ser Lys Pro Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Ile
340 345 350
Arg Pro Asn Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn
355 360 365
Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro Lys Val Val Phe Ile Glu Ile Ser Asp
370 375 380
Gln Arg Leu Ser Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asp Ser Leu Gly
385 390 395 400
Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Phe Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys
405 410 415
Phe Gly Asp Val Leu Thr Val Asn Pro Leu Val Val Asn Trp Arg Asn
420 425 430
Asn Thr Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn
435 440 445
Thr Cys Pro Glu Ile Cys Trp Glu Gly Val Tyr Asn Asp Ala Phe Leu
450 455 460
Ile Asp Arg Ile Asn Trp Ile Ser Ala Gly Val Phe Leu Asp Ser Asn
465 470 475 480
Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe Thr Val Phe Lys Asp Asn Glu Ile
485 490 495
Leu Tyr Arg Ala Gln Leu Ala Ser Glu Asp Thr Asn Ala Gln Lys Thr
500 505 510
Ile Thr Asn Cys Phe Leu Leu Lys Asn Lys Ile Trp Cys Ile Ser Leu
515 520 525
Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys Leu Phe
530 535 540
Ala Val Lys Ile Pro Glu Gln Cys
545 550
<210> 40
<211> 604
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒G蛋白
<400> 40
Met Met Ala Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Asn Asn Asn Leu Ser Gly
1 5 10 15
Lys Ile Lys Asp Gln Gly Lys Val Ile Lys Asn Tyr Tyr Gly Thr Met
20 25 30
Asp Ile Lys Lys Ile Asn Asp Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Gly
35 40 45
Ala Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Ile Ile Ile Val
50 55 60
Met Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Thr Thr Asp Asn Gln
65 70 75 80
Ala Leu Ile Lys Glu Ser Leu Gln Ser Val Gln Gln Gln Ile Lys Ala
85 90 95
Leu Thr Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile
100 105 110
Asp Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly
115 120 125
Ser Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ser Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Asp
130 135 140
Lys Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile
145 150 155 160
Ser Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Ile Ser Gln
165 170 175
Gly Val Ser Asp Leu Val Gly Leu Pro Asn Gln Ile Cys Leu Gln Lys
180 185 190
Thr Thr Ser Thr Ile Leu Lys Pro Arg Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro
195 200 205
Ile Asn Thr Arg Glu Gly Val Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Val
210 215 220
Asp Asn Gly Phe Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Lys Ile Gly Ser Cys
225 230 235 240
Thr Arg Gly Ile Ala Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu
245 250 255
Asp Arg Gly Asp Lys Val Pro Ser Met Phe Met Thr Asn Val Trp Thr
260 265 270
Pro Pro Asn Pro Ser Thr Ile His His Cys Ser Ser Thr Tyr His Glu
275 280 285
Asp Phe Tyr Tyr Thr Leu Cys Ala Val Ser His Val Gly Asp Pro Ile
290 295 300
Leu Asn Ser Thr Ser Trp Thr Glu Ser Leu Ser Leu Ile Arg Leu Ala
305 310 315 320
Val Arg Pro Lys Ser Asp Ser Gly Asp Tyr Asn Gln Lys Tyr Ile Ala
325 330 335
Ile Thr Lys Val Glu Arg Gly Lys Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly
340 345 350
Pro Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly
355 360 365
Phe Leu Pro Arg Thr Glu Phe Gln Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile
370 375 380
Ile His Cys Lys Tyr Ser Lys Ala Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly
385 390 395 400
Val Asn Ser Lys Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr
405 410 415
Asn Leu Ser Leu Gly Gly Asp Ile Ile Leu Gln Phe Ile Glu Ile Ala
420 425 430
Asp Asn Arg Leu Thr Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asn Ser Leu
435 440 445
Gly Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Tyr Ser Trp Asp Thr Met Ile
450 455 460
Lys Leu Gly Asp Val Asp Thr Val Asp Pro Leu Arg Val Gln Trp Arg
465 470 475 480
Asn Asn Ser Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe
485 490 495
Asn Val Cys Pro Glu Val Cys Trp Glu Gly Thr Tyr Asn Asp Ala Phe
500 505 510
Leu Ile Asp Arg Leu Asn Trp Val Ser Ala Gly Val Tyr Leu Asn Ser
515 520 525
Asn Gln Thr Ala Glu Asn Pro Val Phe Ala Val Phe Lys Asp Asn Glu
530 535 540
Ile Leu Tyr Gln Val Pro Leu Ala Glu Asp Asp Thr Asn Ala Gln Lys
545 550 555 560
Thr Ile Thr Asp Cys Phe Leu Leu Glu Asn Val Ile Trp Cys Ile Ser
565 570 575
Leu Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Ser Val Ile Arg Pro Lys Leu
580 585 590
Phe Ala Val Lys Ile Pro Ala Gln Cys Ser Glu Ser
595 600
<210> 41
<211> 603
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 亨德拉病毒G蛋白，没有N末端甲硫氨酸
<400> 41
Met Ala Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Asn Asn Asn Leu Ser Gly Lys
1 5 10 15
Ile Lys Asp Gln Gly Lys Val Ile Lys Asn Tyr Tyr Gly Thr Met Asp
20 25 30
Ile Lys Lys Ile Asn Asp Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Gly Ala
35 40 45
Phe Asn Thr Val Ile Ala Leu Leu Gly Ser Ile Ile Ile Ile Val Met
50 55 60
Asn Ile Met Ile Ile Gln Asn Tyr Thr Arg Thr Thr Asp Asn Gln Ala
65 70 75 80
Leu Ile Lys Glu Ser Leu Gln Ser Val Gln Gln Gln Ile Lys Ala Leu
85 90 95
Thr Asp Lys Ile Gly Thr Glu Ile Gly Pro Lys Val Ser Leu Ile Asp
100 105 110
Thr Ser Ser Thr Ile Thr Ile Pro Ala Asn Ile Gly Leu Leu Gly Ser
115 120 125
Lys Ile Ser Gln Ser Thr Ser Ser Ile Asn Glu Asn Val Asn Asp Lys
130 135 140
Cys Lys Phe Thr Leu Pro Pro Leu Lys Ile His Glu Cys Asn Ile Ser
145 150 155 160
Cys Pro Asn Pro Leu Pro Phe Arg Glu Tyr Arg Pro Ile Ser Gln Gly
165 170 175
Val Ser Asp Leu Val Gly Leu Pro Asn Gln Ile Cys Leu Gln Lys Thr
180 185 190
Thr Ser Thr Ile Leu Lys Pro Arg Leu Ile Ser Tyr Thr Leu Pro Ile
195 200 205
Asn Thr Arg Glu Gly Val Cys Ile Thr Asp Pro Leu Leu Ala Val Asp
210 215 220
Asn Gly Phe Phe Ala Tyr Ser His Leu Glu Lys Ile Gly Ser Cys Thr
225 230 235 240
Arg Gly Ile Ala Lys Gln Arg Ile Ile Gly Val Gly Glu Val Leu Asp
245 250 255
Arg Gly Asp Lys Val Pro Ser Met Phe Met Thr Asn Val Trp Thr Pro
260 265 270
Pro Asn Pro Ser Thr Ile His His Cys Ser Ser Thr Tyr His Glu Asp
275 280 285
Phe Tyr Tyr Thr Leu Cys Ala Val Ser His Val Gly Asp Pro Ile Leu
290 295 300
Asn Ser Thr Ser Trp Thr Glu Ser Leu Ser Leu Ile Arg Leu Ala Val
305 310 315 320
Arg Pro Lys Ser Asp Ser Gly Asp Tyr Asn Gln Lys Tyr Ile Ala Ile
325 330 335
Thr Lys Val Glu Arg Gly Lys Tyr Asp Lys Val Met Pro Tyr Gly Pro
340 345 350
Ser Gly Ile Lys Gln Gly Asp Thr Leu Tyr Phe Pro Ala Val Gly Phe
355 360 365
Leu Pro Arg Thr Glu Phe Gln Tyr Asn Asp Ser Asn Cys Pro Ile Ile
370 375 380
His Cys Lys Tyr Ser Lys Ala Glu Asn Cys Arg Leu Ser Met Gly Val
385 390 395 400
Asn Ser Lys Ser His Tyr Ile Leu Arg Ser Gly Leu Leu Lys Tyr Asn
405 410 415
Leu Ser Leu Gly Gly Asp Ile Ile Leu Gln Phe Ile Glu Ile Ala Asp
420 425 430
Asn Arg Leu Thr Ile Gly Ser Pro Ser Lys Ile Tyr Asn Ser Leu Gly
435 440 445
Gln Pro Val Phe Tyr Gln Ala Ser Tyr Ser Trp Asp Thr Met Ile Lys
450 455 460
Leu Gly Asp Val Asp Thr Val Asp Pro Leu Arg Val Gln Trp Arg Asn
465 470 475 480
Asn Ser Val Ile Ser Arg Pro Gly Gln Ser Gln Cys Pro Arg Phe Asn
485 490 495
Val Cys Pro Glu Val Cys Trp Glu Gly Thr Tyr Asn Asp Ala Phe Leu
500 505 510
Ile Asp Arg Leu Asn Trp Val Ser Ala Gly Val Tyr Leu Asn Ser Asn
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 亨德拉病毒G蛋白，无胞质尾
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<212> PRT
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Ser Leu Val Glu Ile Tyr Asp Thr Gly Asp Asn Val Ile Arg Pro Lys
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595 600
<210> 45
<211> 1261
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SARS CoV 2 S(0)，P0DTC2
<400> 45
Ser Gln Cys Val Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr
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Thr Asn Ser Phe Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg
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Leu Gly Val Tyr Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
Cys Thr Leu Lys Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser
290 295 300
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385 390 395 400
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405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly
450 455 460
Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu
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645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
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690 695 700
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Lys Thr Ser Val Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu
725 730 735
Cys Ser Asn Leu Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn
740 745 750
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770 775 780
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785 790 795 800
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 仙台F蛋白
<400> 46
Gln Ile Pro Arg Asp Arg Leu Ser Asn Ile Gly Val Ile Val Asp Glu
1 5 10 15
Gly Lys Ser Leu Lys Ile Ala Gly Ser His Glu Ser Arg Tyr Ile Val
20 25 30
Leu Ser Leu Val Pro Gly Val Asp Phe Glu Asn Gly Cys Gly Thr Ala
35 40 45
Gln Val Ile Gln Tyr Lys Ser Leu Leu Asn Arg Leu Leu Ile Pro Leu
50 55 60
Arg Asp Ala Leu Asp Leu Gln Glu Ala Leu Ile Thr Val Thr Asn Asp
65 70 75 80
Thr Thr Gln Asn Ala Gly Ala Pro Gln Ser Arg Phe Phe Gly Ala Val
85 90 95
Ile Gly Thr Ile Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala
100 105 110
Gly Ile Ala Leu Ala Glu Ala Arg Glu Ala Lys Arg Asp Ile Ala Leu
115 120 125
Ile Lys Glu Ser Met Thr Lys Thr His Lys Ser Ile Glu Leu Leu Gln
130 135 140
Asn Ala Val Gly Glu Gln Ile Leu Ala Leu Lys Thr Leu Gln Asp Phe
145 150 155 160
Val Asn Asp Glu Ile Lys Pro Ala Ile Ser Glu Leu Gly Cys Glu Thr
165 170 175
Ala Ala Leu Arg Leu Gly Ile Lys Leu Thr Gln His Tyr Ser Glu Leu
180 185 190
Leu Thr Ala Phe Gly Ser Asn Phe Gly Thr Ile Gly Glu Lys Ser Leu
195 200 205
Thr Leu Gln Ala Leu Ser Ser Leu Tyr Ser Ala Asn Ile Thr Glu Ile
210 215 220
Met Thr Thr Ile Lys Thr Gly Gln Ser Asn Ile Tyr Asp Val Ile Tyr
225 230 235 240
Thr Glu Gln Ile Lys Gly Thr Val Ile Asp Val Asp Leu Glu Arg Tyr
245 250 255
Met Val Thr Leu Ser Val Lys Ile Pro Ile Leu Ser Glu Val Pro Gly
260 265 270
Val Leu Ile His Lys Ala Ser Ser Ile Ser Tyr Asn Ile Asp Gly Glu
275 280 285
Glu Trp Tyr Val Thr Val Pro Ser His Ile Leu Ser Arg Ala Ser Phe
290 295 300
Leu Gly Gly Ala Asp Ile Thr Asp Cys Val Glu Ser Arg Leu Thr Tyr
305 310 315 320
Ile Cys Pro Arg Asp Pro Ala Gln Leu Ile Pro Asp Ser Gln Gln Lys
325 330 335
Cys Ile Leu Gly Asp Thr Thr Arg Cys Pro Val Thr Lys Val Val Asp
340 345 350
Ser Leu Ile Pro Lys Phe Ala Phe Val Asn Gly Gly Val Val Ala Asn
355 360 365
Cys Ile Ala Ser Thr Cys Thr Cys Gly Thr Gly Arg Arg Pro Ile Ser
370 375 380
Gln Asp Arg Ser Lys Gly Val Val Phe Leu Thr His Asp Asn Cys Gly
385 390 395 400
Leu Ile Gly Val Asn Gly Val Glu Leu Tyr Ala Asn Arg Arg Gly His
405 410 415
Asp Ala Thr Trp Gly Val Gln Asn Leu Thr Val Gly Pro Ala Ile Ala
420 425 430
Ile Arg Pro Ile Asp Ile Ser Leu Asn Leu Ala Asp Ala Thr Asn Phe
435 440 445
Leu Gln Asp Ser Lys Ala Glu Leu Glu Lys Ala Arg Lys Ile Leu Ser
450 455 460
Glu Val Gly Arg Trp Tyr Asn Ser Arg Glu Thr Val Ile Thr Ile Ile
465 470 475 480
Val Val Met Val Val Ile Leu Val Val Ile Ile Val Ile Ile Ile Val
485 490 495
Leu Tyr Arg Leu Arg Arg Ser Met Leu Met Gly Asn Pro Asp Asp Arg
500 505 510
Ile Pro Arg Asp Thr Tyr Thr Leu Glu Pro Lys Ile Arg His Met Tyr
515 520 525
Thr Asn Gly Gly Phe Asp Ala Met Ala Glu Lys Arg
530 535 540
<210> 47
<211> 575
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 仙台HN蛋白
<400> 47
Met Asp Gly Asp Arg Gly Lys Arg Asp Ser Tyr Trp Ser Thr Ser Pro
1 5 10 15
Ser Gly Ser Thr Thr Lys Pro Ala Ser Gly Trp Glu Arg Ser Ser Lys
20 25 30
Ala Asp Thr Trp Leu Leu Ile Leu Ser Phe Thr Gln Trp Ala Leu Ser
35 40 45
Ile Ala Thr Val Ile Ile Cys Ile Ile Ile Ser Ala Arg Gln Gly Tyr
50 55 60
Ser Met Lys Glu Tyr Ser Met Thr Val Glu Ala Leu Asn Met Ser Ser
65 70 75 80
Arg Glu Val Lys Glu Ser Leu Thr Ser Leu Ile Arg Gln Glu Val Ile
85 90 95
Ala Arg Ala Val Asn Ile Gln Ser Ser Val Gln Thr Gly Ile Pro Val
100 105 110
Leu Leu Asn Lys Asn Ser Arg Asp Val Ile Gln Met Ile Asp Lys Ser
115 120 125
Cys Ser Arg Gln Glu Leu Thr Gln His Cys Glu Ser Thr Ile Ala Val
130 135 140
His His Ala Asp Gly Ile Ala Pro Leu Glu Pro His Ser Phe Trp Arg
145 150 155 160
Cys Pro Val Gly Glu Pro Tyr Leu Ser Ser Asp Pro Glu Ile Ser Leu
165 170 175
Leu Pro Gly Pro Ser Leu Leu Ser Gly Ser Thr Thr Ile Ser Gly Cys
180 185 190
Val Arg Leu Pro Ser Leu Ser Ile Gly Glu Ala Ile Tyr Ala Tyr Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Ile Thr Gln Gly Cys Ala Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln
210 215 220
Val Leu Gln Leu Gly Tyr Ile Ser Leu Asn Ser Asp Met Phe Pro Asp
225 230 235 240
Leu Asn Pro Val Val Ser His Thr Tyr Asp Ile Asn Asp Asn Arg Lys
245 250 255
Ser Cys Ser Val Val Ala Thr Gly Thr Arg Gly Tyr Gln Leu Cys Ser
260 265 270
Met Pro Thr Val Asp Glu Arg Thr Asp Tyr Ser Ser Asp Gly Ile Glu
275 280 285
Asp Leu Val Leu Asp Val Leu Asp Leu Lys Gly Arg Thr Lys Ser His
290 295 300
Arg Tyr Arg Asn Ser Glu Val Asp Leu Asp His Pro Phe Ser Ala Leu
305 310 315 320
Tyr Pro Ser Val Gly Asn Gly Ile Ala Thr Glu Gly Ser Leu Ile Phe
325 330 335
Leu Gly Tyr Gly Gly Leu Thr Thr Pro Leu Gln Gly Asp Thr Lys Cys
340 345 350
Arg Thr Gln Gly Cys Gln Gln Val Ser Gln Asp Thr Cys Asn Glu Ala
355 360 365
Leu Lys Ile Thr Trp Leu Gly Gly Lys Gln Val Val Ser Val Ile Ile
370 375 380
Gln Val Asn Asp Tyr Leu Ser Glu Arg Pro Lys Ile Arg Val Thr Thr
385 390 395 400
Ile Pro Ile Thr Gln Asn Tyr Leu Gly Ala Glu Gly Arg Leu Leu Lys
405 410 415
Leu Gly Asp Arg Val Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Ser Gly Trp His Ser
420 425 430
Gln Leu Gln Ile Gly Val Leu Asp Val Ser His Pro Leu Thr Ile Asn
435 440 445
Trp Thr Pro His Glu Ala Leu Ser Arg Pro Gly Asn Lys Glu Cys Asn
450 455 460
Trp Tyr Asn Lys Cys Pro Lys Glu Cys Ile Ser Gly Val Tyr Thr Asp
465 470 475 480
Ala Tyr Pro Leu Ser Pro Asp Ala Ala Asn Val Ala Thr Val Thr Leu
485 490 495
Tyr Ala Asn Thr Ser Arg Val Asn Pro Thr Ile Met Tyr Ser Asn Thr
500 505 510
Thr Asn Ile Ile Asn Met Leu Arg Ile Lys Asp Val Gln Leu Glu Ala
515 520 525
Ala Tyr Thr Thr Thr Ser Cys Ile Thr His Phe Gly Lys Gly Tyr Cys
530 535 540
Phe His Ile Ile Glu Ile Asn Gln Lys Ser Leu Asn Thr Leu Gln Pro
545 550 555 560
Met Leu Phe Lys Thr Ser Ile Pro Lys Leu Cys Lys Ala Glu Ser
565 570 575
<210> 48
<211> 618
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 仙台HN蛋白(经修饰的CTD)
<400> 48
Met Trp Ser Glu Leu Lys Ile Arg Ser Asn Asp Gly Gly Glu Gly Pro
1 5 10 15
Glu Asp Ala Asn Asp Pro Arg Gly Lys Gly Val Gln His Ile His Ile
20 25 30
Gln Pro Ser Leu Pro Val Gly Gln Arg Val Arg Met Asp Gly Asp Arg
35 40 45
Gly Lys Arg Asp Ser Tyr Trp Ser Thr Ser Pro Ser Gly Ser Thr Thr
50 55 60
Lys Pro Ala Ser Gly Trp Glu Arg Ser Ser Lys Ala Asp Thr Trp Leu
65 70 75 80
Leu Ile Leu Ser Phe Thr Gln Trp Ala Leu Ser Ile Ala Thr Val Ile
85 90 95
Ile Cys Ile Ile Ile Ser Ala Arg Gln Gly Tyr Ser Met Lys Glu Tyr
100 105 110
Ser Met Thr Val Glu Ala Leu Asn Met Ser Ser Arg Glu Val Lys Glu
115 120 125
Ser Leu Thr Ser Leu Ile Arg Gln Glu Val Ile Ala Arg Ala Val Asn
130 135 140
Ile Gln Ser Ser Val Gln Thr Gly Ile Pro Val Leu Leu Asn Lys Asn
145 150 155 160
Ser Arg Asp Val Ile Gln Met Ile Asp Lys Ser Cys Ser Arg Gln Glu
165 170 175
Leu Thr Gln His Cys Glu Ser Thr Ile Ala Val His His Ala Asp Gly
180 185 190
Ile Ala Pro Leu Glu Pro His Ser Phe Trp Arg Cys Pro Val Gly Glu
195 200 205
Pro Tyr Leu Ser Ser Asp Pro Glu Ile Ser Leu Leu Pro Gly Pro Ser
210 215 220
Leu Leu Ser Gly Ser Thr Thr Ile Ser Gly Cys Val Arg Leu Pro Ser
225 230 235 240
Leu Ser Ile Gly Glu Ala Ile Tyr Ala Tyr Ser Ser Asn Leu Ile Thr
245 250 255
Gln Gly Cys Ala Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln Val Leu Gln Leu Gly
260 265 270
Tyr Ile Ser Leu Asn Ser Asp Met Phe Pro Asp Leu Asn Pro Val Val
275 280 285
Ser His Thr Tyr Asp Ile Asn Asp Asn Arg Lys Ser Cys Ser Val Val
290 295 300
Ala Thr Gly Thr Arg Gly Tyr Gln Leu Cys Ser Met Pro Thr Val Asp
305 310 315 320
Glu Arg Thr Asp Tyr Ser Ser Asp Gly Ile Glu Asp Leu Val Leu Asp
325 330 335
Val Leu Asp Leu Lys Gly Arg Thr Lys Ser His Arg Tyr Arg Asn Ser
340 345 350
Glu Val Asp Leu Asp His Pro Phe Ser Ala Leu Tyr Pro Ser Val Gly
355 360 365
Asn Gly Ile Ala Thr Glu Gly Ser Leu Ile Phe Leu Gly Tyr Gly Gly
370 375 380
Leu Thr Thr Pro Leu Gln Gly Asp Thr Lys Cys Arg Thr Gln Gly Cys
385 390 395 400
Gln Gln Val Ser Gln Asp Thr Cys Asn Glu Ala Leu Lys Ile Thr Trp
405 410 415
Leu Gly Gly Lys Gln Val Val Ser Val Ile Ile Gln Val Asn Asp Tyr
420 425 430
Leu Ser Glu Arg Pro Lys Ile Arg Val Thr Thr Ile Pro Ile Thr Gln
435 440 445
Asn Tyr Leu Gly Ala Glu Gly Arg Leu Leu Lys Leu Gly Asp Arg Val
450 455 460
Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Ser Gly Trp His Ser Gln Leu Gln Ile Gly
465 470 475 480
Val Leu Asp Val Ser His Pro Leu Thr Ile Asn Trp Thr Pro His Glu
485 490 495
Ala Leu Ser Arg Pro Gly Asn Lys Glu Cys Asn Trp Tyr Asn Lys Cys
500 505 510
Pro Lys Glu Cys Ile Ser Gly Val Tyr Thr Asp Ala Tyr Pro Leu Ser
515 520 525
Pro Asp Ala Ala Asn Val Ala Thr Val Thr Leu Tyr Ala Asn Thr Ser
530 535 540
Arg Val Asn Pro Thr Ile Met Tyr Ser Asn Thr Thr Asn Ile Ile Asn
545 550 555 560
Met Leu Arg Ile Lys Asp Val Gln Leu Glu Ala Ala Tyr Thr Thr Thr
565 570 575
Ser Cys Ile Thr His Phe Gly Lys Gly Tyr Cys Phe His Ile Ile Glu
580 585 590
Ile Asn Gln Lys Ser Leu Asn Thr Leu Gln Pro Met Leu Phe Lys Thr
595 600 605
Ser Ile Pro Lys Leu Cys Lys Ala Glu Ser
610 615
<210> 49
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> REGN10933 Fab轻链
<400> 49
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Ser Gln Asp Ile Thr Asn Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Asn Leu Glu Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Gly Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Asn Leu Pro Leu
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 50
<211> 226
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> REGN10933 Fab重链
<400> 50
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Ile Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Thr Tyr Ser Gly Ser Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Ser Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Gly Thr Thr Met Val Pro Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp
210 215 220
Lys Thr
225
<210> 51
<211> 216
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> REGN10987 Fab轻链
<400> 51
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr
20 25 30
Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu
35 40 45
Met Ile Tyr Asp Val Ser Lys Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu
65 70 75 80
Gln Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Asn Ser Leu Thr Ser Ile
85 90 95
Ser Thr Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gln
100 105 110
Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu
115 120 125
Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr
130 135 140
Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro Val Lys
145 150 155 160
Ala Gly Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr
165 170 175
Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His
180 185 190
Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys
195 200 205
Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser
210 215
<210> 52
<211> 225
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> REGN10987 Fab重链
<400> 52
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr
20 25 30
Ala Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Gly Ser Asp Tyr Gly Asp Tyr Leu Leu Val Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp
210 215 220
Lys
225
<210> 53
<211> 217
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> JS016轻链
<400> 53
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Arg Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Pro
85 90 95
Glu Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val
100 105 110
Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys
115 120 125
Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg
130 135 140
Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn
145 150 155 160
Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser
165 170 175
Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys
180 185 190
Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr
195 200 205
Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys Ser
210 215
<210> 54
<211> 233
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> JS016重链
<400> 54
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Val Ser Ser Asn
20 25 30
Tyr Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Val Ile Tyr Ser Gly Gly Ser Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Met Asn Thr Leu Phe Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Val Leu Pro Met Tyr Gly Asp Tyr Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe
115 120 125
Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu
130 135 140
Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp
145 150 155 160
Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu
165 170 175
Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser
180 185 190
Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro
195 200 205
Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys
210 215 220
Thr His Thr His His His His His His
225 230
<210> 55
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 15G11 VDJ
<400> 55
Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Val
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Lys Gln Ser His Ala Lys Ser Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Val Ile Ser Thr Tyr Tyr Gly Asp Ala Ser Tyr Asn Gln Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Lys Ala Thr Met Thr Val Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ala Arg Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Ile Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Trp Ala Asn Trp Gly Tyr Tyr Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 56
<211> 109
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 15G11 VJ
<400> 56
Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Ser Ala Leu Thr Thr Ser Pro Gly Glu
1 5 10 15
Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser
20 25 30
Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Glu Lys Pro Asp His Leu Phe Thr Gly
35 40 45
Leu Ile Gly Gly Thr Asn Asn Arg Ala Pro Gly Val Pro Ala Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Leu Ile Gly Asp Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala
65 70 75 80
Gln Thr Glu Asp Glu Ala Ile Tyr Phe Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn
85 90 95
His Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105
<210> 57
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 18F4 VDJ
<400> 57
Gln Val Gln Leu Lys Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln
1 5 10 15
Ser Leu Ser Ile Thr Cys Thr Val Ser Gly Phe Ser Leu Thr Ser Tyr
20 25 30
Ala Ile Ser Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Leu
35 40 45
Gly Val Ile Trp Thr Gly Gly Gly Thr Asn Tyr Asn Ser Ala Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Leu Ser Ile Ser Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu
65 70 75 80
Lys Met Asn Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Arg Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Lys Asp Tyr Tyr Gly Ser Ser Arg Asn Ala Met Asp Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 58
<211> 109
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 18F4 VJ
<400> 58
Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Ser Ala Leu Thr Thr Ser Pro Gly Glu
1 5 10 15
Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser
20 25 30
Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Glu Lys Pro Asp His Leu Phe Thr Gly
35 40 45
Leu Ile Gly Gly Thr Asn Asn Arg Ala Pro Gly Val Pro Ala Arg Phe
50 55 60
Ser Gly Ser Leu Ile Gly Asp Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala
65 70 75 80
Gln Thr Glu Asp Glu Ala Ile Tyr Phe Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn
85 90 95
His Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105
<210> 59
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 1E5 VDJ
<400> 59
Gln Val Gln Leu Gln Gln Pro Gly Ala Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Trp Ile Thr Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Asp Ile Tyr Pro Gly Ser Gly Ser Thr Asn Tyr Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Ser Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Thr Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ser Thr Val Val Ala Thr Asp Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
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Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
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100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
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20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Gly Ala Ile Ser Arg Ala Thr Gly Val Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Ser
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Glu Asp Phe Ala Val Tyr His Cys Gln Gln Tyr Asn Asn Trp Leu Pro
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Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
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Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Tyr Ala
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Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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Gly Arg Ile Lys Thr Lys Ser Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ser
50 55 60
Pro Val Lys Gly Lys Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Gln Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
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Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Ser Gln Asp Ile Arg Asn Tyr
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Leu Asn Trp Tyr His Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Tyr Asp Ala Ser Asn Leu Glu Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
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Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Ser Gln Asp Ile Arg Asn Tyr
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Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
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Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Tyr
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Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Leu Gly
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Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Tyr Ala
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Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105

Claims (94)

1.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中所述经修饰的Fc结构域与野生型Fc结构域相比包含一个或多个氨基酸取代，其中所述结合剂能够中和所述病毒，并且与未经修饰的Fc结构域相比表现出与降低的促炎活性。
2.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于所述病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)与野生型IgG1 Fc结构域相比具有降低的促炎活性的Fc结构域，其中所述结合剂能够中和所述病毒。
3.如权利要求2所述的结合剂，其中所述Fc结构域是IgG2或IgG4 Fc结构域。
4.如权利要求1或权利要求2所述的结合剂，其中所述Fc结构域是与野生型IgG1 Fc结构域相比被一个或多个氨基酸取代修饰的经修饰的Fc结构域。
5.如权利要求1或权利要求4所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域表现出与Fc激活受体的结合减少。
6.如权利要求1或权利要求4所述的结合剂，其中与野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域表现出与Fc抑制性受体的结合增加。
7.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合表面暴露的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中所述经修饰的Fc结构域与野生型Fc结构域相比包含一个或多个氨基酸取代，并且其中与所述野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与至少一个Fc激活受体家族成员的结合减少。
8.如权利要求5或权利要求7所述的结合剂，其中所述Fc激活受体是Fcγ受体I(FcγRI)、Fcγ受体IIA(FcγRIIA)或Fcγ受体III(FcγRIII)。
9.如权利要求1至5、7和8中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的促炎活性的免疫复合物。
10.如权利要求1至9中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域是野生型IgG1。
11.如权利要求1、4、5和7至10中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Ser228Pro、Glu233Pro、Leu234Ala、Leu234Glu、Leu235Ala、Leu235Glu、Leu235Phe、Gly236Arg、Gly237Ala、Pro238Ser、Asp265Ala、His268Ala、His268Gln、Ser288Pro、Asn297Ala、Asn297Gly、Asn297Gln、Val309Leu、Gly318Ala、Leu328Arg、Pro329Gly、Ala330Ser和Pro331Ser，或者前述任一者的组合。
12.如权利要求1至4、5、7至9和11中任一项所述的结合剂，其中：
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu235Glu取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代；和基于EU编号的Leu235Ala取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser288Pro取代和基于EU编号的Leu235Glu取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代和基于EU编号的Pro329Gly取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro331Ser取代、基于EU编号的Leu234Glu取代和基于EU编号的Leu235Phe取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asp265Ala取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly237Ala取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly318Ala取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Glu233Pro取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Gly236Arg取代、基于EU编号的Leu328Arg取代和基于EU编号的Pro329Gly取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的His268Gln取代、基于EU编号的Val309Leu取代和基于EU编号的Ala330Ser取代，和/或基于EU编号的Pro331Ser取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu234Ala取代、基于EU编号的Leu235Ala取代、基于EU编号的Gly237Ala取代、基于EU编号的Pro238Ser取代、基于EU编号的His268Ala取代、基于EU编号的Ala330Ser取代和基于EU编号的Pro331Ser取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Asn297Ala取代、基于EU编号的Asn297Gly取代或基于EU编号的Asn297Gln取代；或者
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser228Pro取代、基于EU编号的Phe234Ala取代和基于EU编号的Leu235Ala取代。
13.一种结合剂，其包含：(i)至少一个结合暴露于所述病毒表面的病毒蛋白的结合结构域，和(ii)经修饰的Fc结构域，其中所述经修饰的Fc结构域与野生型Fc结构域相比包含一个或多个氨基酸取代，并且其中与所述野生型Fc结构域相比，所述经修饰的Fc结构域与抑制性Fc受体的结合增加。
14.如权利要求6或13所述的结合剂，其中所述抑制性Fc受体是FcγRIIB，任选地其中所述FcRIIB是FcγRIIB1或FcγRIIB2。
15.如权利要求1、2、4、6、13和14中任一项所述的结合剂，其中：
所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有增加的抗炎活性的免疫复合物；或者
所述结合剂能够形成与由包含所述至少一个结合结构域和野生型Fc结构域的结合剂形成的免疫复合物相比具有降低的炎性活性的免疫复合物。
16.如权利要求1、2、4、6和13至15中任一项所述的结合剂，其中所述野生型Fc结构域是野生型IgG1。
17.如权利要求1、4、6或13至16中任一项所述的结合剂，其中所述经修饰的Fc结构域包含选自以下的各自基于EU编号的氨基酸取代：Phe241Ala、Ser267Glu、His268Phe、Leu328Phe、Ser324Thr、Pro238Asp、Leu328Glu、Ser239Asp、Ile332Glu、Gly236Ala，或者前述任一者的组合。
18.如权利要求1、4、6或13至17中任一项所述的结合剂，其中：
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的His268Phe取代，以及基于EU编号的Ser324Thr取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代和基于EU编号的Leu328Phe取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Pro238Asp取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Leu328Glu取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser239Asp取代和基于EU编号的Ile332Glu取代，以及基于EU编号的Gly236Ala取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的Ser267Glu取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的H268D取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的P271G取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代和基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代和基于EU编号的P271G取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代；
所述经修饰的Fc结构域包含基于EU编号的E233D取代、基于EU编号的G237D取代、基于EU编号的H268D取代、基于EU编号的P271G取代和基于EU编号的A330R取代。
19.如权利要求1至18中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域和经修饰的Fc结构域通过接头间接连接，任选地其中所述接头是肽接头。
20.如权利要求19所述的结合剂，其中所述肽接头为(GmS)n(SEQ ID NO:4)，其中m和n各自为1至4之间的整数，包括端点值。
21.如权利要求1至20中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是至少两个结合结构域。
22.如权利要求21所述的结合剂，其中所述至少两个结合结构域中的每一个结合所述病毒蛋白的不同表位。
23.如权利要求1至22中任一项所述的结合剂，其中所述病毒蛋白是病毒受体。
24.如权利要求1至23中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是RNA病毒。
25.如权利要求1至24中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是冠状病毒。
26.如权利要求25所述的结合剂，其中所述病毒是严重急性呼吸综合征(SARS)CoV-2。
27.如权利要求25所述的结合剂，其中所述病毒是SARS CoV-1。
28.如权利要求25所述的结合剂，其中所述病毒是中东呼吸综合征病毒(MERS-V)。
29.如权利要求1至24中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是正粘病毒，任选地其中所述病毒是流感病毒。
30.如权利要求1至24中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是副粘病毒。
31.如权利要求30所述的结合剂，其中所述病毒是呼吸道合胞病毒(RSV)或是麻疹病毒(MeV)。
32.如权利要求1至31中任一项所述的结合剂，其中所述结合剂能够中和所述病毒和/或所述结合剂减少或防止病毒附着至宿主细胞。
33.如权利要求1至28和32中任一项所述的结合剂，其中所述病毒是冠状病毒，并且所述至少一个结合结构域特异性结合所述冠状病毒的S(刺突)糖蛋白。
34.如权利要求1至33中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域包含特异性结合所述病毒蛋白的抗体的抗原结合片段，任选地其中所述抗原结合片段包含可变重链(VH)和可变轻链(VL)。
35.如权利要求34所述的结合剂，其中所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab’)2片段、Fab’片段、Fv片段。
36.如权利要求1至28和32至35中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是选自以下的抗体的抗原结合片段：STI-1499、STI-4398、REGN10933、REGN10987、REGN-COV2、JS016、LY-CoV555、LY-3819253、TB181-8、TB181-28、TB181-36、BGB-DXP593、TY027、CT-P59、BRII-196、BRII-198、SCTA01、MW33、AZD8895、AZD1061、HLX70、15G11、18F4、1E5、1G3、21C3、22d(、23D11、26E2、29F7、3B3、3F2、D59047-11955、D70678-12637-S1、D70678-12799-S1、D70678-13531-S1、D70678-13576-S1、D70678-14004-S2、D70678-14027-S2、D70678-2155-S1、D70678-2743-S1和D70678-5521-S2。
37.如权利要求1至28、32和33中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是单结构域抗体(sdAb)。
38.如权利要求1至28、32、33和37中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是TB201-1、TB202-3、TB202-63。
39.如权利要求1至28、32和33中任一项所述的结合剂，其中所述至少一个结合结构域是抗体模拟物，任选地选自经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、adnectins或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
40.一种颗粒，其包含：(i)如权利要求1至39中任一项所述的结合剂和(ii)能够由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的病毒蛋白。
41.如权利要求40所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是纯化的病毒蛋白。
42.如权利要求40或权利要求41所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是重组病毒蛋白。
43.如权利要求40至42中任一项所述的颗粒，其中所述病毒蛋白是冠状病毒的S(刺突)糖蛋白。
44.一种核酸分子，其编码如权利要求1至39中任一项所述的结合剂。
45.如权利要求44所述的核酸分子，其中所述核酸分子是mRNA。
46.一种细胞，其包含如权利要求44或权利要求45所述的核酸。
47.一种载体，其包含如权利要求44或权利要求45所述的核酸分子。
48.如权利要求47所述的载体，其中所述载体是病毒载体或病毒样颗粒。
49.如权利要求47或权利要求48所述的载体，其中所述载体源自腺病毒。
50.如权利要求49所述的载体，其中所述病毒载体源自腺相关病毒(AAV)。
51.如权利要求50所述的载体，其中所述AAV属于血清型1、2、5、6、8或9。
52.如权利要求47或权利要求48所述的载体，其中所述病毒载体源自慢病毒。
53.如权利要求47至52中任一项所述的载体，其中所述载体包含融合剂。
54.如权利要求53所述的载体，其中所述融合剂是选自I类病毒膜融合蛋白、II类病毒膜蛋白、II类病毒膜融合蛋白、病毒膜糖蛋白或病毒包膜蛋白的病毒融合剂。
55.如权利要求53或权利要求54所述的载体，其中所述融合剂是水疱性口炎病毒包膜糖蛋白(VSV-G)、狒狒内源性病毒(BaEV)包膜糖蛋白合胞体蛋白，是来自冠状病毒的融合剂或源自副粘病毒。
56.如权利要求54所述的载体，其中所述融合剂是严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒1(SARS CoV-1)刺突糖蛋白，或严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒2(SARS CoV-2)刺突糖蛋白，任选地其中所述融合剂是α冠状病毒CD13蛋白。
57.如权利要求56所述的载体，其中源自副粘病毒的融合剂包含F蛋白分子或其生物活性部分和/或糖蛋白G(G蛋白)或其生物活性部分。
58.如权利要求53至57中任一项所述的载体，其中所述融合剂是包含结合靶细胞上的分子的靶向部分的再靶向融合剂。
59.如权利要求58所述的载体，其中所述靶向部分是经设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)、单结构域抗体(sdAb)、单链可变片段(scFv)或抗原结合纤连蛋白III型(Fn3)支架。
60.如权利要求58或权利要求59所述的载体，其中所述靶细胞已知或怀疑被冠状病毒感染。
61.如权利要求59至60中任一项所述的载体，其中靶向部分结合冠状病毒的受体。
62.如权利要求58至61中任一项所述的载体，其中所述靶向部分结合血管紧张素转化酶2(ACE2)。
63.如权利要求58或权利要求59所述的载体，其中所述靶细胞是B淋巴细胞。
64.如权利要求63中任一项所述的载体，其中所述靶向部分结合人CD20。
65.一种产生结合剂的方法，其包括在细胞中表达所述结合剂的条件下，将如权利要求44或权利要求45所述的核酸分子或如权利要求47至64中任一项所述的载体引入宿主细胞中，任选地还包括从细胞中分离或纯化所述结合剂。
66.一种形成免疫复合物的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用如权利要求1至39中任一项所述的一种或多种结合剂，其中在所述受试者中形成包含所施用的一种或多种结合剂的免疫复合物。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述免疫复合物还包含至少一种针对暴露于所述病毒表面的病毒蛋白的内源性抗体。
68.如权利要求66或67中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和所述至少一种内源性抗体结合相同的病毒蛋白。
69.如权利要求66至68中任一项所述的方法，其中所述一种或多种结合剂和至少一种内源性剂结合所述病毒蛋白的相同表位，结合所述病毒蛋白的不同表位，或结合所述病毒蛋白的重叠表位。
70.一种组合物，其包含免疫复合物，所述免疫复合物包含：(i)如权利要求1至39中任一项所述的结合剂和(ii)由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的表面暴露的病毒蛋白。
71.如权利要求70所述的组合物，其中所述免疫复合物包含两种或更多种结合剂。
72.如权利要求71所述的组合物，其中所述至少两个结合结构域结合所述病毒蛋白的不同表位或结合所述病毒蛋白的相同表位。
73.如权利要求70至72所述的组合物，其中所述免疫复合物还包含任选地来自一种和/或多种内源性抗体的内源性结合结构域，并且其中所述至少一个结合结构域和内源性结合结构域结合所述病毒蛋白的不同表位或结合所述病毒蛋白的重叠表位。
74.一种药物组合物，其包含如权利要求1至39中任一项所述的结合剂、如权利要求44或权利要求45所述的核酸，或如权利要求40至43中任一项所述的颗粒、如权利要求46所述的细胞，或如权利要求47至64中任一项所述的载体。
75.一种药物组合物，其包含：(i)如权利要求1至39中任一项所述的结合剂和(ii)能够由所述结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
76.如权利要求74和权利要求75所述的药物组合物，其包含药学上可接受的赋形剂。
77.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用治疗有效量的如权利要求1至39中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76所述的药物组合物或如权利要求46至73中任一项所述的载体。
78.一种减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法，所述方法包括向已知或怀疑患有病毒感染的受试者施用：(i)治疗有效量的如权利要求74至76所述的药物组合物；和(ii)能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白。
79.如权利要求77或权利要求78所述的方法，其中所述炎症包括肺中的淋巴细胞积聚、肺中的淋巴细胞增殖、外周血淋巴细胞减少、促炎性细胞因子产生或前述任一者的组合，任选地其中所述促炎性细胞因子选自由以下组成的组：MCP-1、IL-8、IL-1β、IFN-γ、IP-10、IL-4、IL-10、IL-2、IL-7、GCSF、MIP-1A和TNF-α。
80.如权利要求78所述的方法，其中同时施用所述药物组合物和重组病毒蛋白；或其中依序施用所述药物组合物和重组病毒蛋白，任选地其中首先施用所述重组病毒蛋白或其中首先施用所述药物组合物。
81.一种促进抑制性免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如权利要求13至39中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76中任一项所述的药物组合物、如权利要求46至73中任一项所述的载体。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述抑制性免疫复合物功能包括减少的抗原摄取、减少的抗原呈递、减少的细胞激活、减少的抗体分泌、抗炎细胞因子的产生或前述任一者的组合。
83.一种降低激活免疫复合物功能的方法，其包括施用治疗有效量的如权利要求1至12中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或如权利要求46至73中任一项所述的载体。
84.如权利要求83所述的方法，其中激活免疫复合物功能包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性增强(ADE)、炎性介质的释放、前细胞因子的产生、吞噬作用或前述任一者的组合。
85.如权利要求77至84中任一项所述的方法，其中所述方法还包括治疗受试者的病毒感染。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述病毒感染是由具有由所述结合剂的至少一个结合结构域识别的表面暴露的病毒蛋白的病毒引起的感染，任选地其中所述病毒是RNA病毒，任选地其中所述RNA病毒选自SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、MERS、RSV、流感病毒和麻疹病毒。
87.权利要求1至39中任一项所述的结合剂、权利要求40至42中任一项所述的颗粒、权利要求43或权利要求44所述的核酸、权利要求45所述的细胞、权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或权利要求46至73中任一项所述的载体在制造用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的药物中的用途。
88.权利要求74至76所述的药物组合物和能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白在制造用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的药物中的用途。
89.权利要求1至39中任一项所述的结合剂、权利要求40至42中任一项所述的颗粒、权利要求43或权利要求44所述的核酸、权利要求45所述的细胞、权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或权利要求46至73中任一项所述的载体在制造用于促进抑制剂免疫复合物功能的药物中的用途。
90.权利要求1至39中任一项所述的结合剂、权利要求40至42中任一项所述的颗粒、权利要求43或权利要求44所述的核酸、权利要求45所述的细胞、权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或权利要求46至73中任一项所述的载体在制造用于降低激活免疫复合物功能的药物中的用途。
91.如权利要求1至39中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或如权利要求46至73中任一项所述的载体，其用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症的方法中。
92.如权利要求74至76所述的药物组合物和能够由结合剂的至少一个结合结构域结合的重组病毒蛋白，其用于减轻受试者中响应于病毒感染的炎症。
93.如权利要求1至39中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或如权利要求46至73中任一项所述的载体，其用于促进抑制剂免疫复合物功能的方法中。
94.如权利要求1至39中任一项所述的结合剂、如权利要求40至42中任一项所述的颗粒、如权利要求43或权利要求44所述的核酸、如权利要求45所述的细胞、如权利要求74至76中任一项所述的药物组合物或如权利要求46至73中任一项所述的载体，其于降低激活免疫复合物功能的方法中。
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