JP2023533772A - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザ混合ワクチン - Google Patents

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Abstract

本発明は、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する混合ワクチンに関する。具体的には、本発明は、１つ又は２つ以上のインフルエンザウイルス抗原と、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（コロナウイルスＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）抗原、特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗原とを含む混合ワクチン、並びに前記抗原をコードするポリヌクレオチドを含むワクチン、及びＣＯＶＩＤ－１９（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症）及びインフルエンザ感染症の処置又は予防のためのそのようなワクチンに関する。

Description

本発明は、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する混合ワクチンに関する。具体的には、本発明は、１つ又は２つ以上のインフルエンザウイルス抗原と、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、好ましくは少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（コロナウイルス２０１９－ｎＣｏＶ）スパイクタンパク質抗原とを含む混合ワクチン、並びに前記抗原をコードするポリヌクレオチドを含むワクチン、並びにＣＯＶＩＤ－１９（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症）及びインフルエンザ感染症の処置又は予防のためのそのようなワクチンに関する。
２０２０年６月２９日現在、世界中で１千万人を超える人々がＣＯＶＩＤ－１９（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、severe acute respiratory syndrome coronavirus 2又はコロナウイルス－２０１９－ｎＣｏＶ）によって引き起こされる疾患）に陽性であることが確認された。同日までに、ＣＯＶＩＤ－１９により５０万人を超える死亡が世界的に記録されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した患者の多くは、高温又は発熱、咳、息切れ、疲労、及び個々の嗅覚若しくは味覚の欠損又は変化を含む、軽度から中程度の症状を経験する。一部の患者は、重症疾患へと進行し、急性呼吸促迫症候群（acute respiratory distress syndrome、ＡＲＤＳ）、サイトカインストーム、多臓器不全、敗血症性ショック、及び血餅を伴い得る。加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の検査が陽性である一部の患者は無症状であるか、又は最小限の症状を経験し、検査が行われない限り診断が困難である。現在までの証拠から、これらの無症状患者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス粒子を放出するため（症候性感染症の患者よりも長いことが多い）、やはりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を効率的に拡散し得ることが示されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症と関連する広範な症状、及び無症状患者の存在は、ＣＯＶＩＤ－１９の疫学的特徴の決定をより困難にしている。加えて、少なくとも１つの研究が、無症状及び症候性患者の両方のほとんどが、ＩｇＧレベル及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する中和抗体が早ければ回復期８週で減少することを示している。いくつかの臨床データは、無症状患者のかなりの割合（４０％）、並びに症候性感染症のこれより少ない患者（約１３％）が、回復初期においてＩｇＧが血清陰性であることを実証している（Long et al. Nat. Med. 2020 https://doi.org/10.1038/s41591-020-0965-6）。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンの開発が大きな世界的研究の対象であるが、入手可能な証拠はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対して生じるいずれの免疫も本来短期間的なものである可能性が高いことを示唆している。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及びＣＯＶＩＤ－１９疾患に対する防御免疫を生成及び維持するワクチンで使用され得るＣＯＶＩＤ－１９のワクチンの開発の継続的な必要性がある。さらに、既存の公衆衛生ワクチン接種プログラム及びスケジュールに容易に組み込まれ得る（ワクチン成分抑制に関連する問題を考慮に入れても）ワクチンを提供し、そのようなワクチンを大規模に安価で生産する必要がある。
本発明は、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを提供することにより１つ又は２つ以上の上記の要求に対処する。これらの混合ワクチンは、１つ又は２つ以上のインフルエンザウイルス抗原及び１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、好ましくは、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（コロナウイルス２０１９－ｎＣｏＶ）スパイクタンパク質抗原、又は前記抗原をコードする１つ若しくは２つ以上のポリヌクレオチドを含み、すでに即利用可能な、インフルエンザウイルスについて既存の公衆衛生プログラムを使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫を年に１回ブーストすることを可能にする。
Long et al. Nat. Med. 2020 https://doi.org/10.1038/s41591-020-0965-6
現在までに、開発下及び／又は臨床試験中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の多くのワクチンがあるが、一般的な使用のために利用可能な認可されたワクチンはない。さらに、入手可能な証拠は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫が比較的短期的なものであり得ることを示している。
本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の発現のレベル及び期間の増加を提供するが、天然のスパイクタンパク質の立体構造を保持するポリヌクレオチドを以前に開発した。
本発明者らは、ここで、それらのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むワクチン組成物が、混合ワクチン製品の産生に一般的であるワクチン成分抑制の予想される問題なしに、インフルエンザウイルスワクチンとうまく混合され得ることを実証した。加えて、標準的なインフルエンザワクチンはアジュバントを含有しないが、アジュバントAddavax（登録商標）は、本発明によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／インフルエンザワクチンにうまく組み込まれ得る。インフルエンザのための既存の公衆衛生ワクチンプログラム内で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対する年１回のワクチン接種を可能にすることは、良好な患者のコンプライアンスを達成しながら、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫をブーストする可能性がある。
したがって、本発明は、（ａ）インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）又はその免疫原性フラグメント；及び（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントを含み、抗原がインフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫応答及び防御を誘起することができる、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを提供する。
前記インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、インフルエンザノイラミニダーゼ（ＮＡ）又はその免疫原性フラグメントをさらに含み得る。インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれ得る；（ii）組換えＨＡ若しくはその免疫原性フラグメントであり得る；（iii）ＨＡ若しくはその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であり得る；又は（iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされ得る。インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれ得る；（ii）組換えＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントであり得る；（iii）ＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であり得る；又は（iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされ得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）少なくとも１つの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントであり得る；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質であり得る；（iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）であり得る；（iv）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドであり得る；又は（ｖ）少なくとも１つのＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされ得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンでは、（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及びインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、不活化インフルエンザビリオンに含まれ得る；並びに（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はその免疫原性フラグメントに由来する１つ又は２つ以上の抗原は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質、又は（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）であり得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンでは、（ａ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントは生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれ得る；（ｂ）インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれ得る；及び／又は（ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はその免疫原性フラグメントに由来する１つ又は２つ以上の抗原は生ウイルスベクターに含まれ得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はその免疫原性フラグメントに由来する１つ又は２つ以上の抗原を含む前記生ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター；麻疹ウイルスベクター；おたふく風邪ウイルスベクター；風疹ウイルスベクター；水痘ウイルスベクター；ポリオウイルスベクター；又は黄熱ウイルスベクターであり得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、アジュバントをさらに含み得る。前記アジュバントは、典型的には、細胞性（Ｔｈ１）及び／又は液性（Ｔｈ２）免疫応答、好ましくは両方の刺激因子である。前記アジュバントは、スクアレン水中油型エマルション、アルミニウム塩又はモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）を含み得る。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原は、（ａ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；（ｂ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む融合タンパク質；（ｃ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含むＶＬＰ；（ｄ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド；又は（ｅ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現するウイルスベクター、ＲＮＡワクチン又はＤＮＡプラスミドから選択されてもよく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のフラグメントは、好ましくは配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ、receptor binding domain）を含んでもよいか、又はそれからなってもよい。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含み、（ａ）Ｂ型肝炎表面抗原、又は前記Ｂ型肝炎表面抗原と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；（ｂ）ＨＰＶ１８ Ｌ１タンパク質、又は前記ＨＰＶ１８ Ｌ１タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；（ｃ）Ｅ型肝炎Ｐ２３９タンパク質、又は前記Ｅ型肝炎Ｐ２３９タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；及び／又は（ｅ）ＨＰＶ１６ Ｌ１タンパク質、又は前記ＨＰＶ１６ Ｌ１タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントをさらに含む融合タンパク質であってもよい。前記融合タンパク質は、（ａ）配列番号３、５、６又は８、２６、２７、２９、３０又は３２のいずれか１つと少なくとも９０％の同一性を有する核酸配列を含むか、又はそれからなるポリヌクレオチドによってコードされ得る；及び／又は（ｂ）配列番号９、１０、１１、１２、２８、３１又は３３のいずれか１つと少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含んでもよいか、又はそれからなってもよい。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含むＶＬＰであってもよく、前記ＶＬＰは本発明の融合タンパク質を含むか、又はそれからなる。
インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及びインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ａ）季節性インフルエンザワクチン、特に、季節性３価インフルエンザワクチン又は季節性４価インフルエンザワクチン；（ｂ）１価パンデミックインフルエンザワクチン；又は（ｃ）ユニバーサルインフルエンザワクチンに含まれてもよい。
本発明は、ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置及び／又は予防の方法での使用のための、本明細書に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンも提供する。
本発明は、ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置及び／又は予防での使用のための医薬の製造における、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２又はその免疫原性フラグメントに由来する抗原、並びに、場合により、インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントの使用をさらに提供し、前記医薬は、本明細書に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンである。
本発明は、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対して対象を免役する方法であって、本明細書に記載の治療有効量のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを前記対象に投与するステップを含む方法をさらに提供する。
インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、１０～１４ヶ月の間隔で投与されてもよく、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、約１２ヶ月の間隔で投与されてもよい。
コロナウイルスの構造及び構造タンパク質の機能の概要である。 ウサギ抗ＣｏＶ－Ｓ（１：２５０、中央）及びマウス抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ（１：１０００、右）を用いたＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－ＳのＳＤＳ Ｐａｇｅ（左）及びウェスタンブロット（中央及び右）である。 ２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓタンパク質単独及びこれとインフルエンザワクチンVAXIGRIPとの組合せによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の１４日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ ＩｇＧの力価を示すグラフである。 Ａ：２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の１４日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ ＩｇＧの力価を示すグラフである。Ｂ：２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ又はＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の１４日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ ＩｇＧと抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ ＩｇＧの力価の比較である。 ２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓタンパク質単独及びこれとインフルエンザワクチンVAXIGRIPとの組合せによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の４２日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ ＩｇＧの力価を示すグラフである。 Ａ：２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の４２日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ ＩｇＧの力価を示すグラフである。Ｂ：２つの異なるアジュバント、Alu-280及びAddavaxとともに製剤化したＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ（単独で又はインフルエンザワクチンVAXIGRIPと組み合わせて）又はＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤによって免疫付与したマウス血清について免疫付与の４２日後にＥＬＩＳＡアッセイによって定量した抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＣｏＶ－Ｓ ＩｇＧと抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ ＩｇＧの力価の比較である。
定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術及び科学用語は、本開示が属する分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有するものとする。Singleton, et al., DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY, 20 ED., John Wiley and Sons, New York (1994)、及びHale & Marham, THE HARPER COLLINS DICTIONARY OF BIOLOGY, Harper Perennial, NY (1991)は、本開示で使用される多くの用語の一般的な辞書を当業者に提供する。用語の意味及び範囲は、明確であるべきだが、しかしながら、潜在的曖昧さがある場合には、本明細書に提供される定義が、任意の辞書又は外部の定義よりも優先される。本発明は、本明細書に記載される特定の手法、プロトコール、及び試薬などに限定されるものではなく、したがって、変動し得ることを理解されたい。
本開示は、本明細書に開示の例示的な方法及び物質によって限定されず、本明細書に記載のものと類似若しくは同等な任意の方法及び物質が本開示の実施形態の実施又は試験で使用され得る。本明細書において使用される用語は、特定の実施形態を説明することを目的としたものにすぎず、特許請求の範囲によってのみ定められる本発明の範囲を制限することを意図するものではない。
本開示の実施形態の説明は、網羅的であることも、本開示を開示されている厳密なものに限定することも意図するものではない。本開示の特定の実施形態及びその実施例が例示目的で本明細書に記載されているが、当業者には理解されるように、様々な同等の改変形態が、本開示の範囲内で可能である。例えば、方法ステップ又は機能が所与の順序で提示されているが、代替的な実施形態では、機能が異なる順序で実行されてもよく、又は機能が実質的に同時に実行されてもよい。本明細書に提供される本開示の教示は、適宜他の手順又は方法に適用することができる。本明細書に記載される様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を提供することができる。本開示の態様は、必要に応じて、上記の参照及び適用の組成物、機能、及び概念を利用して、本開示のなおもさらなる実施形態を提供するように、改変されてもよい。さらに、生物学的機能の同等性の考察に起因して、種類及び量に関して生物学的又は化学的作用影響を及ぼすことなく、タンパク質構造に何らかの変更がなされてもよい。これら及び他の変更は、詳細な説明を踏まえて本開示になされ得る。全てのそのような改変形態は、添付の特許請求の範囲内に含まれることが意図される。
数値範囲は、範囲を規定する数の包括である。別途指定されない限り、それぞれ、任意の核酸配列は左から右へ、５’から３’方向で記載され、アミノ酸配列は左から右へ、アミノからカルボキシ方向で記載される。
本明細書に提供される表題は、本開示の様々な態様又は実施形態の限定ではない。
本明細書において使用される場合、動詞とともに使用される「することができる」という用語は、対応する動詞の動作を包含又は意味する。例えば、「相互作用することができる」はまた、相互作用することも意味し、「切断することができる」はまた、切断することも意味し、「結合することができる」はまた、結合することも意味し、「特異的に標的化することができる」はまた、特異的に標的化することも意味する。
用語の他の定義は、明細書全体に見られ得る。例示的な実施形態がより詳細に記載される前に、本開示が記載される特定の実施形態に限定されず、それ自体として多様であり得るものとして理解される。また、本明細書に使用される用語は、本開示の範囲が添付の請求項によってのみ規定されるため、特定の実施形態を記載する目的のためのみであり、限定を意図しないことも理解される。
値の範囲が提供される場合、文脈が明確に別途規定しない限り、下限値の単位の１０分の１まで、その範囲の上限値と下限値の間の、それぞれの間の値も具体的に開示されることが理解される。規定した範囲内の任意の規定した値又は間の値と、その規定した範囲内の任意の他の規定した値又は間の値との間の、それぞれの小範囲が、本開示内に包含される。これらの小範囲の上限値及び下限値は、独立して、範囲に含まれるか除外されてよく、規定した範囲の任意の具体的に除外した限界の下で、小範囲にいずれかの限界が含まれるか、どちらの限界が含まれないか、又は両方の限界が含まれるそれぞれの範囲も本開示内に包含される。規定した範囲が、限界の１つ又は両方を含む場合、含まれる限界のいずれか又は両方を除外する範囲も本開示に含まれる。
本明細書において使用される場合、冠詞「１つ（a）」及び「１つ（an）」は、１つ又は１つより多い（例えば、少なくとも１つ）、冠詞の文法的な目的語を指し得る。さらに、文脈によって別途必要とされない限り、単数形の用語は、複数形を含むものとし、複数形の用語は、単数形を含むものとする。本出願において、「又は」の使用は、別途示されない限り、「及び／又は」を意味する。さらに、「含むこと（including）」という用語、並びに他の形態、例えば、「含む（includes）」及び「含まれる（included）」の使用は、制限するものではない。
「約（about）」は、一般に、測定の性質又は正確さを考慮した場合の、測定した量の誤差の許容可能な程度を意味し得る。誤差の例示的な程度は、所与の値又は値の範囲の２０パーセント（％）以内、典型的には１０％以内、及びより典型的には５％以内である。好ましくは、「約（about）」という用語は、共に使用されている数の数値のプラス又はマイナス（±）５％、好ましくは±４％、±３％、±２％、±１％、±０．５％、±０．１％として本明細書において理解される。
本明細書において使用される場合、「含むこと」又は「含む」という用語は、組成物、方法、及びそのそれぞれの構成要素を指して使用され、これらは、方法又は組成物に必須であるが、必須かどうかにかかわらず、示されていない要素の包含を排除しない。
「からなる」という用語は、本発明のその説明において列挙されていないあらゆる要素を除外した、本明細書に記載される組成物、方法、及びそのそれぞれの構成要素を指す。
本明細書で使用される場合、「から本質的になる」という用語は、所与の発明にそれらの要素が必要とされることを指す。この用語は、本発明の基本的かつ新規な又は機能的な特徴に実質的に影響を及ぼさない要素の存在を許容する。
１つ又は２つ以上の特徴を「含む（comprising）」として本明細書に記載される実施形態は、そのような特徴「からなる（consisting of）」及び／又は「から基本的になる（consisting essentially of）」相当する実施形態の開示としても考えられ得る。
本明細書において使用される場合、「薬学的に許容される」という用語は、動物、より具体的にはヒトでの使用のために、連邦又は州政府の規制当局によって認可されたか、又は米国薬局方、欧州薬局方若しくは他の一般的に認知される薬局方に列挙されたことを意味する。
濃度、量、容積、パーセンテージ及び他の数値は、範囲フォーマットで本明細書に提示され得る。そのような範囲フォーマットが単に利便性及び簡潔さのために使用され、範囲の限定として明確に唱えられる数値だけでなく、各数値及び部分範囲が明確に唱えられるように、その範囲内に包含される全ての個々の数値又は部分範囲も含むように弾力的に解釈されるべきである。
「バリアント」という用語は、タンパク質に関連して使用される場合、アミノ酸（例えば、非天然のアミノ酸）の１つ又は２つ以上のアナログ又は置換される連結を含む、タンパク質のペプチド又はペプチドフラグメントを意味する。
「派生物」という用語は、タンパク質に関連して使用される場合、問題のタンパク質、及びさらなるペプチド配列を含む、タンパク質を意味する。さらなるペプチド配列は、好ましくは、本来のタンパク質の基本的なフォールディング及びしたがって立体構造に干渉しないものとする。２つ又は３つ以上のペプチド（又はフラグメント若しくはバリアント）が、互いに結合されて、派生物を形成し得る。あるいは、ペプチド（又はフラグメント若しくはバリアント）は、無関係の分子（例えば、第２の無関係のペプチド）に結合されてもよい。派生物は、化学的に合成してもよいが、典型的には、組換え核酸方法によって調製される。追加の成分、例えば、脂質、及び／又は多糖、及び／又はポリペプチド成分が、含まれてもよい。
本明細書において使用される場合、「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、隣接する残基のアルファ－アミノ基及びカルボキシル基の間でペプチド結合によって互いに接続された、一連のアミノ酸残基を表して、本明細書において互換可能に使用される。「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、そのサイズ又は機能に関係なく、改変されたアミノ酸（例えば、リン酸化、糖化、グリコシル化など）及びアミノ酸アナログを含む、アミノ酸のポリマーを指す。「タンパク質」及び「ポリペプチド」は、比較的大きなポリペプチドを参照して使用されることが多いが、一方で、「ペプチド」という用語は、小型のポリペプチドを指して使用されることが多く、しかしながら、当該技術分野におけるこれらの用語の使用は、オーバーラップする。「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、遺伝子産物及びそのフラグメントを指す場合、本明細書において互換可能に使用される。したがって、例示的なポリペプチド又はタンパク質は、遺伝子産物、天然に存在するタンパク質、ホモログ、オルソログ、パラログ、フラグメント、並びに前述のものの他の等価物、バリアント、フラグメント、及びアナログを含む。
本発明のタンパク質は、保存又は非保存位置のいずれかに、１つの種に由来するアミノ酸残基が別の種の相当する残基と置換されるバリアントを含み得る。本明細書に開示のタンパク質分子のバリアントが、本発明において産生及び使用され得る。構造／特性－活性相関への多変量データの解析技術の適用における計算化学のリード後［例えば、Wold, et al. Multivariate data analysis in chemistry. Chemometrics-Mathematics and Statistics in Chemistry (Ed.: B. Kowalski)；D. Reidel Publishing Company, Dordrecht, Holland, 1984 (ISBN 90-277-1846-6を参照］、タンパク質の定量的活性－特性相関は、周知の数学的手法、例えば回帰分析、パターン認識及び分類の使用によって導き得る［例えば、Norman et al. Applied Regression Analysis. Wiley-lnterscience; 3rd edition (April 1998) ISBN: 0471170828；Kandel, Abraham et al. Computer-Assisted Reasoning in Cluster Analysis. Prentice Hall PTR, (May 11, 1995), ISBN: 0133418847；Krzanowski, Wojtek. Principles of Multivariate Analysis: A User's Perspective (Oxford Statistical Science Series, No 22 (Paper)). Oxford University Press; (December 2000), ISBN: 0198507089；Witten, Ian H. et al Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques with Java Implementations. Morgan Kaufmann; (October 11, 1999), ISBN:1558605525；Denison David G. T. (Editor) et al Bayesian Methods for Nonlinear Classification and Regression (Wiley Series in Probability and Statistics). John Wiley & Sons; (July 2002), ISBN: 0471490369；Ghose, Arup K. et al. Combinatorial Library Design and Evaluation Principles, Software, Tools, and Applications in Drug Discovery. ISBN: 0-8247-0487-8を参照］。タンパク質の特性は、タンパク質配列、機能的及び三次元構造の経験及び理論モデル（例えば、接触しそうな残基又は算出した物理化学特性の解析）から導くことができ、これらの特性は個々に及び組み合わせて考えられ得る。
アミノ酸は、本明細書では、アミノ酸の名称、３文字略語又は１文字略語を使用して称される。本明細書において使用される場合、「タンパク質」という用語は、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドを含む。本明細書において使用される場合、「アミノ酸配列」という用語は、「ポリペプチド」という用語及び／又は「タンパク質」という用語と同義である。いくつかの例において、「アミノ酸配列」という用語は、「ペプチド」という用語と同義である。「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、本明細書において互換可能に使用される。本開示及び請求項において、アミノ酸残基の従来の１文字及び３文字表記が使用され得る。アミノ酸の３文字表記は、生物化学の命名法に関するＩＵＰＡＣＩＵＢ共同委員会（ＪＣＢＮ、Joint Commission on Biochemical Nomenclature）に従って規定される。ポリペプチドは、遺伝コードの縮重により、１つより多くのヌクレオチド配列によってコードされ得ることも理解される。
非保存位置のアミノ酸残基は、保存又は非保存残基によって置換され得る。具体的には、保存アミノ酸置換が企図される。「保存アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基によって置き換えられるものである。塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、又はヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸又はグルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、又はシステイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、又はトリプトファン）、ベータ分岐側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、又はヒスチジン）を含む、類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当技術分野で定義される。したがって、ポリペプチド中のアミノ酸が、同じ側鎖ファミリーに由来する別のアミノ酸と置き換えられる場合、アミノ酸置換は保存的であると考えられる。本発明の抗体の保存的に改変されたバリアントの包括は、バリアントの他の形態、例えば多型バリアント、種間ホモログ、及びアレルを除外しない。
「非保存的アミノ酸置換」は、（ｉ）陽性側鎖を有する残基（例えば、Ａｒｇ、Ｈｉｓ又はＬｙｓ）が、陰性残基（例えば、Ｇｌｕ又はＡｓｐ）に、又はそれらにより置換される、（ii）親水性残基（例えば、Ｓｅｒ又はＴｈｒ）が、疎水性残基（例えば、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ又はＶａｌ）に、又はそれらにより置換される、（iii）システイン又はプロリンが、任意の他の残基に、又はそれらにより置換される、又は（iv）大きい疎水性又は芳香族側鎖を有する残基（例えば、Ｖａｌ、Ｈｉｓ、Ｉｌｅ又はＴｒｐ）が、小さい側鎖を有するもの（例えば、Ａｌａ又はＳｅｒ）又は側鎖のない（例えば、Ｇｌｙ）を有するものに、又はそれらにより置換されるものを含む。
本明細書におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質への言及は、そのフラグメント及びバリアントを包含する。
本明細書において使用される場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の文脈において、「フラグメント」という用語は、全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の１つ又は２つ以上のドメイン又は部分ドメインを含み得るタンパク質の一部を指す。本発明に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質フラグメントは、典型的には、本明細書に記載の免疫原性フラグメントであり得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のフラグメントは、典型的に、長さが２００個を上回るアミノ酸長である。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質フラグメントは、長さが少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個、少なくとも１１００個、又はそれ以上のアミノ酸残基長を含み得るか、それらからなり得る。本発明のフラグメントは、典型的には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有する（そのため免疫原性フラグメントと称される）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質フラグメントは、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ、N-terminal domain）；（iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＣ末端ドメイン（ＣＴＤ、C-terminal domain）、例えばＣＴＤ１及び／又はＣＴＤ２、これらのＣＴＤはサブドメイン（ＳＤ、subdomain）としても公知であり、ＣＴＤ１はＳＤ１としても公知であり、ＣＴＤ２はＳＤ２としても公知である；及び／又は（iv）融合ペプチド（ＦＰ、fusion peptide）；及び／又は（ｖ）ＦＰＰＲドメイン；又はこれらの任意の組合せを含み得るか、これらからなり得る。具体的には、本発明に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のフラグメントは、ＲＢＤドメインを含み得るか、又はそれからなり得る。非限定的な例として、本発明によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のフラグメントはＲＢＤドメインからなり得るか、又はＮＴＤドメインと組み合わせてＲＢＤドメインを含み得る。
バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、天然のスパイクタンパク質の１つ又は２つ以上の構造エピトープ、並びに中和抗体の産生及び／又は免疫防御応答を誘起する能力を保持する。本発明のバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ポリヌクレオチドは、そのようなスパイクタンパク質をコードする。例として、バリアントは、参照配列（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又は本発明のタンパク質、特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質を規定する本明細書に提示する任意の配列番号）と少なくとも８０％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、及び最も好ましくは少なくとも９７％又は少なくとも９９％のアミノ酸配列相同性を有し得る。したがって、バリアントは、ポリヌクレオチド（例えば非天然核酸）の１つ又は２つ以上のアナログ、又は置換された結合を含み得る。また、例として、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質と関連して使用される場合、フラグメントという用語は、参照ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質の少なくとも１０個、好ましくは少なくとも１５個、より好ましくは少なくとも２０個の核酸残基を有するポリヌクレオチドを意味する。フラグメントという用語は、上記のバリアントにも関する。したがって、例として、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質のフラグメントは、少なくとも１０個、２０個又は３０個の核酸を有する核酸配列を含んでもよく、ポリヌクレオチド配列は、参照ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリヌクレオチド及び／又はタンパク質配列の（連続する）核酸の相当する核酸配列と少なくとも８０％の配列相同性を有する。フラグメント及びバリアントのこれらの定義は、本発明の他のポリヌクレオチドにも適用される。ペプチド配列の文脈において、フラグメントという用語は、参照タンパク質の少なくとも１０個、好ましくは、少なくとも１５個、より好ましくは、少なくとも２０個のアミノ酸残基を有するペプチドを意味する。フラグメントという用語はまた、上述のバリアントにも関する。したがって、例として、フラグメントは、少なくとも１０個、２０個、又は３０個のアミノ酸を有するアミノ酸配列を含み得、ここで、アミノ酸配列は、参照配列の（連続した）アミノ酸の対応するアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％の配列相同性を有する。
好ましくは、バリアントは、保存的置換バリアントである。「バリアント」は、本明細書において言及される場合、天然又は参照ポリペプチドに対して実質的に相同であるが、１つ又は複数の欠失、挿入、又は置換に起因して、天然又は参照ポリペプチドのものとは異なるアミノ酸配列を有する、ポリペプチドである。ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列は、天然又は参照ＤＮＡ配列と比較したときに、ヌクレオチドの１つ又は２つ以上の付加、欠失、又は置換を含むが、参照タンパク質と比べて関連する生物学的活性を、例えば、野生型参照タンパク質の少なくとも５０％保持する、そのバリアントタンパク質又はフラグメントをコードする配列を包含する。アミノ酸配列に関して、当業者であれば、コードされる配列内のアミノ酸のうち、単一のアミノ酸又はわずかなパーセンテージ（すなわち、５％以下、例えば、４％以下、又は３％以下、又は１％以下）を変化させる、核酸、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質配列に対する個々の置換、欠失、又は付加は、変更が、あるアミノ酸と、化学的に類似するアミノ酸との置換をもたらす、「保存的に改変されたバリアント」であることを認識するであろう。いくつかの変更は、関連する活性を改善する可能性があり、その結果、保存的かどうかに関係なく、バリアントは、野生型の１００％を上回る活性、例えば、１１０％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、５００％、１０００％、又はそれ以上を有することが、企図される。
本明細書に記載されるポリペプチドは、少なくとも１つのペプチド結合の置き換えを含み得る。単一のペプチド結合又は複数のペプチド結合、例えば、２つの結合、３つの結合、４つの結合、５つの結合、又は６つ若しくは７つ以上の結合、又は全てのペプチド結合が、置き換えられ得る。本明細書に記載される単離されたペプチドは、１種類のペプチド結合置き換え、又は複数種類のペプチド結合置き換え、例えば、２種類、３種類、４種類、５種類、若しくは６種類以上の種類のペプチド結合置き換えを含み得る。ペプチド結合置き換えの非限定的な例としては、尿素、チオ尿素、カルバメート、スルホニル尿素、トリフルオロエチルアミン、オルト－（アミノアルキル）－フェニル酢酸、パラ－（アミノアルキル）－フェニル酢酸、メタ－（アミノアルキル）－フェニル酢酸、チオアミド、テトラゾール、ボロン酸エステル、オレフィン基、及びこれらの誘導体が挙げられる。
本明細書に記載されるポリペプチドは、生存生物によって産生されるポリペプチド及び／又はタンパク質において一般に見出される天然に存在するアミノ酸、例えば、Ａｌａ（Ａ）、Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｍｅｔ（Ｍ）、Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ｔｙｒ（Ｙ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｇｌｎ（Ｑ）、Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｕ（Ｅ）、Ｌｙｓ（Ｋ）、Ａｒｇ（Ｒ）、及びＨｉｓ（Ｈ）を含み得る。本明細書に記載されるポリペプチドは、代替的なアミノ酸を含んでもよい。代替的なアミノ酸の非限定的な例としては、Ｄアミノ酸、ベータ－アミノ酸、ホモシステイン、ホスホセリン、ホスホスレオニン、ホスホチロシン、ヒドロキシプロリン、ガンマ－カルボキシグルタメート；馬尿酸、オクタヒドロインドール－２－カルボン酸、スタチン、１，２，３，４，－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸、ペニシラミン（３－メルカプト－Ｄ－バリン）、オルニチン、シトルリン、アルファ－メチル－アラニン、パラ－ベンゾイルフェニルアラニン、パラアミノフェニルアラニン、ｐ－フルオロフェニルアラニン、フェニルグリシン、プロパルギルグリシン、サルコシン、及びｔｅｒｔ－ブチルグリシン）、ジアミノ酪酸、７－ヒドロキシ－テトラヒドロイソキノリンカルボン酸、ナフチルアラニン、ビフェニルアラニン、シクロヘキシルアラニン、アミノ－イソ酪酸、ノルバリン、ノルロイシン、ｔｅｒｔ－ロイシン、テトラヒドロイソキノリンカルボン酸、ピペコリン酸、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、シクロヘキシルグリシン、デヒドロロイシン、２，２－ジエチルグリシン、ｌ－アミノ－１－シクロペンタンカルボン酸、ｌ－アミノ－１－シクロヘキサンカルボン酸、アミノ－安息香酸、アミノ－ナフトエ酸、ガンマ－アミノ酪酸、ジフルオロフェニルアラニン、ニペコ酸、アルファアミノ酪酸、チエニル－アラニン、ｔ－ブチルグリシン、トリフルオロバリン；ヘキサフルオロロイシン、フッ素化アナログ；アジド改変アミノ酸；アルキン改変アミノ酸；シアノ改変アミノ酸、並びにこれらの誘導体が挙げられる。
ポリペプチドは、例えば、ある部分の、ペプチドを含むアミノ酸の１つ又は２つ以上への付加によって、改変され得る。本明細書に記載されるポリペプチドは、１つ又は２つ以上の部分分子、例えば、ペプチド１つ当たり１つ若しくは２つ以上の部分分子、ペプチド１つ当たり２つ若しくは３つ以上の部分分子、ペプチド１つ当たり５つ若しくは６つ以上の部分分子、ペプチド１つ当たり１０個若しくは１１個以上の部分分子、又はペプチド１つ当たりそれ以上の部分分子を含み得る。本明細書に記載されるポリペプチドは、１つ多くの種類の改変及び／又は部分、例えば、１種類の改変、２種類の改変、３種類の改変、又はそれ以上の種類の改変を含み得る。改変及び／又は部分の非限定的な例としては、ＰＥＧ化、グリコシル化、ＨＥＳ化、ＥＬＰ化、脂質付加、アセチル化、アミド化、末端キャップ改変、シアノ基、リン酸化、アルブミン、及び環化が挙げられる。
元のアミノ酸配列の変更は、当業者に公知のいくつかの技法のうちのいずれかによって達成することができる。アミノ酸置換は、例えば、特定の位置において、変更しようとするアミノ酸をコードするヌクレオチド配列におけるコドン変更を含む、元の配列のフラグメントへのライゲーションを可能にする制限部位が隣接する、オリゴヌクレオチドを合成することによって導入することができる。ライゲーションの後に、結果として得られる再構成された配列は、所望されるアミノ酸の挿入、置換、又は欠失を有するアナログをコードする。あるいは、オリゴヌクレオチドに指向される部位特異的変異生成手順を利用して、必要とされる置換、欠失、又は挿入に応じて特定のコドンが変化している、変化したヌクレオチド配列を得ることができる。そのような変化を行うための技法としては、Walder et al. (Gene 42:133, 1986)；Bauer et al. (Gene 37:73, 1985)；Craik (BioTechniques, January 1985, 12-19)；Smith et al. (Genetic Engineering: Principles and Methods, Plenum Press, 1981)、並びに米国特許第４，５１８，５８４号及び同第４，７３７，４６２号によって開示されているものが挙げられ、これらは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書に記載されるポリペプチドは、化学的に合成され得、変異は、化学的合成プロセスの一部として組み込むことができる。
本明細書において使用される場合、「ポリヌクレオチド」、「核酸」、及び「核酸配列」という用語は、リボ核酸、デオキシリボ核酸、又はそれらのアナログの単位を組み込む、任意の分子、好ましくは、ポリマー分子を指す。核酸は、一本鎖又は二本鎖のいずれかであり得る。一本鎖核酸は、変性した二本鎖ＤＮＡの一方の核酸鎖であってもよい。あるいは、いずれの二本鎖ＤＮＡにも由来しない、一本鎖核酸であってもよい。一態様において、核酸は、ＤＮＡであり得る。別の態様において、核酸は、ＲＮＡであり得る。好適な核酸分子は、ゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡを含むＤＮＡである。他の好適な核酸分子は、ｍＲＮＡを含むＲＮＡである。
典型的な抗体は、少なくとも２つの「軽鎖」（light chain、ＬＣ）及び２つの「重鎖」（heavy chain、ＨＣ）を含む。そのような抗体の軽鎖及び重鎖は、いくつかのドメインからなるポリペプチドである。それぞれの重鎖は、重鎖可変領域（本明細書において、「ＶＨ」と略される）及び重鎖定常領域（本明細書において、「ＣＨ」と略される）を含む。重鎖定常領域は、重鎖定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３（抗体クラスＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＧ）を含み、重鎖定常ドメインＣＨ４（抗体クラスＩｇＥ及びＩｇＭ）を含んでもよい。それぞれの軽鎖は、軽鎖可変ドメイン（本明細書において、「ＶＬ」と略される）及び軽鎖定常ドメイン（「ＣＬ」として本明細書で省略される）を含む。可変領域ＶＨ及びＶＬは、フレームワーク領域（framework region、ＦＲ）と称される、より保存性の高い領域が点在した、相補性決定領域（complementarity determining region、ＣＤＲ）と称される超可変性の領域にさらに分割することができる。それぞれのＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲから構成され、これらはアミノ末端からカルボキシ末端に以下の順で配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の「定常ドメイン」は、標的への抗体の結合に直接関与しないが、様々なエフェクター機能を示す。抗体とその標的抗原又はエピトープの間の結合は、相補性決定領域（ＣＤＲ）によって媒介される。ＣＤＲは、高配列可変性の領域であり、抗体重鎖及び軽鎖の可変領域内に位置し、それらは抗原結合部位を形成する。ＣＤＲは、抗原特異性の主な決定要因である。典型的には、抗体重鎖及び軽鎖はそれぞれ、非連続的に配置される３つのＣＤＲを含む。抗体重鎖及び軽鎖ＣＤＲ３領域は、本発明による抗体の結合特異性／親和性に特に重要な役割を果たし、したがって、本発明のさらなる態様を提供する。したがって、本明細書において使用される場合、「抗原結合フラグメント」という用語は、１つ、２つ又は３つの軽鎖ＣＤＲ、及び／又は１つ、２つ又は３つの重鎖ＣＤＲを含む抗原結合ポリペプチドの任意の天然に存在する又は人工的に構築された構造を含み、ポリペプチドは抗原に結合することができる。
ＣＤＲの配列は、当技術分野で公知の任意の番号付けシステム、例えば、Kabatシステム（Kabat, E. A., et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)；Chothiaシステム（Chothia &, Lesk, "Canonical Structures for the Hypervariable Regions of Immunoglobulins," J. Mol. Biol. 196, 901-917 (1987))；又はＩＭＧＴシステム（Lefranc et al., "IMGT Unique Numbering for Immunoglobulin and Cell Receptor Variable Domains and Ig superfamily V-like domains," Dev. Comp. Immunol. 27, 55-77 (2003)）を参照して特定され得る。
本発明で議論される重鎖定常領域アミノ酸位置については、番号付けは、Edelman, G.M., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 63 (1969) 78-85)に初めて記載された、ＥＵインデックスによる。EdelmanのＥＵ番号付は、Kabat et al. (1991)（上記）にも記載される。したがって、重鎖の文脈における、「Kabatに記載されるＥＵインデックス」、「ＥＵインデックス」、「KabatのＥＵインデックス」又は「ＥＵ番号付け」という用語は、Kabat et al. (1991)に記載されるEdelman et al.のヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体に基づく残基番号付けシステムを指す。軽鎖定常領域アミノ酸配列に使用される番号付けシステムが、同様にKabat et al. (1991)（上記）に記載される。したがって、本明細書において使用される場合、「Kabatにより番号付けられた」は、Kabat et al. (1991)（上記）に記載のKabat番号付けシステムを指す。
「減少」、「低減された」、「低減」、又は「阻害する」という用語は、全て、統計学的に有意な量での減少を意味して本明細書において使用される。「低減させる」、「低減」、又は「減少させる」、又は「阻害する」という用語は、典型的に、参照レベル（例えば、所与の処置の不在）と比較して、少なくとも１０％の減少を意味し、例えば、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又はそれ以上の減少を含み得る。本明細書において使用される場合、「低減」又は「阻害」は、参照レベルと比較した完全な阻害又は低減を包含しない。「完全な阻害」とは、参照レベルと比較して、１００％の阻害である。減少は、好ましくは、所与の障害を有さない個体の正常範囲内として許容されるレベルまでの低下であり得る。
「増加した」、「増加させる」、「増強させる」、又は「活性化する」という用語は、全て、本明細書において、統計学的に有意な量の増加を意味する。「増加した」、「増加させる」、「増強させる」、又は「活性化する」という用語は、参照レベルと比較して、少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベルと比較して、少なくとも約２０％、若しくは少なくとも約３０％、若しくは少なくとも約４０％、若しくは少なくとも約５０％、若しくは少なくとも約６０％、若しくは少なくとも約７０％、若しくは少なくとも約８０％、若しくは少なくとも約９０％、若しくは最大１００％以下の増加、又は１０～１００％の任意の増加、又は参照レベルと比較して、少なくとも約２倍、若しくは少なくとも約３倍、若しくは少なくとも約４倍、若しくは少なくとも約５倍、若しくは少なくとも約１０倍の増加、又は２倍～１０倍若しくはそれ以上の任意の増加を意味し得る。マーカー又は症状の文脈において、「増加」は、そのようなレベルにおける統計学的に有意な増加である。
本明細書において使用される場合、「対象」は、ヒト又は動物を意味する。通常、動物は、脊椎動物、例えば、霊長類、げっ歯類、家畜動物、又は競技動物である。霊長類としては、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、及びマカク、例えば、アカゲザルが挙げられる。げっ歯類としては、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギ、及びハムスターが挙げられる。家畜動物及び競技動物としては、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコ種、例えば、イエネコ、イヌ種、例えば、イヌ、キツネ、オオカミ、鳥種、例えば、ニワトリ、エミュー、オーストリッチ、及び魚類、例えば、マス、ナマズ、及びサケが挙げられる。好ましくは、対象は、哺乳動物、例えば、霊長類、例えば、ヒトである。「個体」、「患者」、及び「対象」という用語は、本明細書において互換可能に使用される。
好ましくは、対象は、哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、又はウシであり得るが、これらの例に限定されない。好ましくは、対象はヒトである。対象は、雄性であっても雌性であってもよく、成体であっても若齢であってもよい。
対象は、処置を必要とする状態又はそのような状態と関連する１つ若しくは２つ以上の併発症を罹患しているか又はそれを有するとこれまでに診断又は特定されているものであり得、本明細書において定義される状態又は前記状態と関連する１つ若しくは２つ以上の併発症の処置をすでに受けていてもよい。あるいは、対象はまた、本明細書において定義される状態又は前記状態と関連する１つ若しくは２つ以上の併発症を有するとしてこれまでに診断されていなかったものであってもよい。例えば、対象は、ある状態又は前記状態と関連する１つ若しくは２つ以上の併発症に関して１つ又は２つ以上の危険因子を呈するものであってもよく、又は危険因子を呈さないものであってもよい。
特定の状態に対する処置を「必要とする対象」は、その状態を有するか、その状態を有すると診断されているか、又はその状態を発症する危険性にある、対象であり得る。
本明細書における特定の分子のレベルへの言及は、分子の実際量、例えば、分子の質量、モル量、濃度又はモル濃度を包含する。例えば、本発明の文脈において、特定の分子のレベルへの言及は、分子の濃度を指し得る。
分子のレベルは、任意の適切な生理学的コンパートメントで決定され得る。好ましい生理学的コンパートメントは、血漿、血液及び／又は血清を含む。分子のレベルは、患者からの任意の適切な試料、例えば血漿試料、血液試料、血清試料、組織試料、気管支肺胞洗浄液（bronchial-alveolar lavage、ＢＡＬ）試料、及び／又はＣＳＦ試料から決定され得る。試験され得る試料の他の非限定的な例は、組織又は体液試料、尿及び生検試料である。したがって、非限定的な例として、本発明は、患者の血漿及び／又はＢＡＬの分子のレベル（例えば濃度）を参照し得る。本発明の結合メンバーによる分子／バイオマーカー前処置のレベルは、「ベースライン」と互換可能に称され得る。
本発明のワクチンによる処置後の分子のレベルは、ワクチンによって前処置した患者における分子のレベルと比較され得る。分子のレベルは、直接又は間接的に測定されてもよく、任意の適切な技術を使用して決定されてもよい。好適な標準技術、例えばウェスタンブロッティング及び酵素結合免疫吸着検定法（enzyme-linked immunosorbent assay、ＥＬＩＳＡ）は、当技術分野で公知である。
本明細書において使用される場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び２０１９－ｎＣｏＶという用語は、互換可能に使用され、疾患ＣＯＶＩＤ－１９を引き起こすウイルス病原体を指す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症への言及は、疾患ＣＯＶＩＤ－１９を指す。ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（又はＣＯＶＩＤ－１９に対するワクチン）という用語も、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン（又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するワクチン）という用語と同義である。
本明細書において使用される場合、「ワクチン」という用語は、免疫応答を誘導する組成物を指すために使用される。例えば、組成物は、それが投与される患者において免疫応答を誘導し得る。
生弱毒化ワクチンは、宿主細胞において感染及び複製することができるウイルス粒子全体又はビリオンを含むが、何らかの方法で改変され、疾患を引き起こさない。
生ベクターワクチンは、典型的には非病原性ウイルスであり、それに対する免疫応答が上昇するウイルスに由来する１つ又は２つ以上の抗原を発現するように改変された生ウイルスベクターを含む。典型的には、１つ又は２つ以上の抗原は、患者が野生型ウイルスに暴露された場合（すなわち、疾患に感染する）、又は生弱毒化若しくは不活化ワクチンによってワクチン接種された場合に、それに対して免疫応答が生成される鍵となる抗原である。抗原は、タンパク質抗原若しくはそのフラグメント、又は多糖抗原若しくはそのフラグメントであり得る。抗原は、組換えによるか、又はコンジュゲート若しくは融合タンパク質として発現され得る。
不活化ワクチンは、死滅又は不活化（例えば、熱又は化学処置により）されたウイルス粒子全体又はビリオンを含む。不活化ビリオンは、宿主細胞において感染又は複製することができず、疾患を引き起こさない。
サブユニットワクチンは、それに対して免疫応答が上昇するウイルスの１つ又は２つ以上の成分を含む。典型的には、１つ又は２つ以上の成分は、患者が野生型ウイルスに暴露された場合（すなわち、疾患に感染する）、又は生弱毒化若しくは不活化ワクチンによってワクチン接種された場合に、それに対して免疫応答が生成される鍵となる抗原である。成分は、タンパク質抗原若しくはそのフラグメント、又は多糖抗原若しくはそのフラグメントであり得る。成分は、組換えによるか、又はコンジュゲート若しくは融合タンパク質として発現され得る。
本明細書において考察される刊行物は、本出願の出願日よりも以前のそれらの開示のために提供されているにすぎない。そのような刊行物が本明細書に添付される特許請求の範囲に対する先行技術を構成することを認めるにものとして解釈されるものは、本明細書には存在しない。
混合ワクチン
混合ワクチン組成物を生成することを試みる場合、一般的な問題は、成分抑制として公知の現象である（抗原組成としても公知）。成分抑制は、典型的には異なる病原体に由来する２つ又は３つ以上のワクチン又はワクチン抗原が同時に投与され、１つ又は２つ以上のワクチン又はワクチン抗原によって誘起される免疫応答が、ワクチン又はワクチン抗原が別々に投与される場合に誘起される免疫応答と比較して妨げられる状況を記述する。免疫応答は、いくつかの方式で妨げられ得る。例えば、１つ又は２つ以上のワクチン又はワクチン抗原によって誘起される免疫応答は、ワクチン又はワクチン抗原が別々に投与される場合に誘起される免疫応答と比較して減少され得る。セロコンバージョン及び／又は血清陽性も、ワクチン又はワクチン抗原が別々に投与される場合のセロコンバージョン及び／又は血清陽性と比較して減少され得る。成分抑制の現象は、細菌病原体に対するワクチン（例えば、百日咳－ジフテリア－破傷風（ＤＴａＰ、pertussis-diphtheria-tetanus）ワクチン及びｂ型インフルエンザ（Ｈｉｂ、Haemophilus influenza b）ワクチン）に関して及びウイルス病原体に対するワクチン（例えば、黄熱病ワクチン及び麻疹－おたふく風邪－風疹（ＭＭＲ、measles-mumps-rubella）ワクチンについて観察された。成分抑制は、ワクチン抗原が同じ組成物中で投与される場合、及び既存の有効なワクチン組成物が同時に投与される場合でさえも観察される。成分抑制のリスクは、混合ワクチンが臨床的に有効であるか若しくはそうでないか、又は２つの別々のワクチン組成物が一緒に投与され得るかどうかさえも予測することができないことを意味する。成分抑制のリスクは、免疫学の分野の共通理解であり、ワクチンスケジュールの検討に含まれ、成分抑制のアセスメントは医薬規制機関による要件である。
本発明者らは、インフルエンザ抗原及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原の両方を含むワクチンを投与し、インフルエンザ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の両方に対する良好な免疫原性を達成することが可能であること、すなわちインフルエンザ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の文脈において、成分抑制が生じないことを初めて実証した。
したがって、本発明は、（ａ）インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）又はその免疫原性フラグメント；及び（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントを含み、抗原が、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫応答及び防御を誘起することができる（本明細書に記載される）、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン（combined influenza-COVID-19 vaccine）（インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン（combination influenza-COVID-19 vaccine）としても互換可能に称される）を提供する。典型的には、前記インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、インフルエンザノイラミニダーゼ（ＮＡ）又はその免疫原性フラグメントをさらに含む。
本明細書において記載される場合、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント；又はこれらの任意の組合せに対して、成分抑制と関連しないか、又は最小限の成分抑制を有する。好ましくは、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；及び（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントのそれぞれに対して、成分抑制と関連しないか、又は最小限の成分抑制を有する。
本明細書において使用される場合、「成分抑制と関連しない」という用語は、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンの一部として投与された（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント；又はそれらの任意の組合せへの免疫応答が、（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；及び／又は（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが別々に投与される場合に達成されるのと基本的に同じ免疫応答を誘起することを意味する。
本明細書において使用される場合、「最小限の成分抑制を有する」という用語は、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンの一部として投与された（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント；又はその任意の組合せへの免疫応答が、（ｉ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント；及び／又は（iii）場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが別々に投与される場合に達成されるものの少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の免疫応答を誘起することを意味する。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンの別の利点は、患者のコンプライアンスが上昇し得ることである。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、患者が、インフルエンザ感染症及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の両方に免疫を提供するであろう単一のワクチン投与を受けることを可能にする。必要なワクチン接種の回数及び必要な来診の回数の減少は、ワクチン接種及び患者のコンプライアンスを上昇させるであろう。加えて、多くの国が、十分に確立された公衆衛生手順及び毎年のインフルエンザワクチン接種プログラムのスケジュールを有する。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンは、これらの既存のプログラム及び手順を使用する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対する同等の大規模なワクチン接種を可能にし、新しい公衆衛生プログラム又は基盤を必要としないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対する大規模なワクチン接種も促進するであろう。加えて、いくつかの証拠が、ＣＯＶＩＤ－１９感染症及び拡大と気象及び季節性の関連の可能性を示唆している。したがって、本発明は、本明細書において記載されるＣＯＶＩＤ－１９に対する規則的（例えば季節性又は毎年）なワクチン接種を可能にする可能性を有し、したがって、季節性感染及び拡大を軽減する。さらに、これは、既存の公衆衛生プログラム及び手順、特にすでに季節性インフルエンザワクチン接種について即利用可能なものを使用するＣＯＶＩＤ－１９ワクチン接種を促進することによって達成され得る可能性がある。
インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及び場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、それぞれ通常の技術を使用して当業者によって容易に選択され得る。インフルエンザＨＡ（又はその免疫原性フラグメント）及びインフルエンザＮＡ（又はその免疫原性フラグメント）の非限定的な例が本明細書に記載される。
１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原又はその免疫原性フラグメントは、通常の技術を使用して当業者によって容易に選択され得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（又はその免疫原性フラグメント）の非限定的な例が本明細書に記載される。典型的には、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原は、本明細書に記載される少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む。
インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及び／又は場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、既存のインフルエンザワクチン組成物に含まれ得る。前記インフルエンザワクチン組成物は、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（例えば少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント、又は既存のＣＯＶＩＤ－１９ワクチンと混合され、本発明によるインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを産生し得る。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、既存のＣＯＶＩＤ－１９ワクチン組成物に含まれ得る。前記ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン組成物は、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及び／又は場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント、又は既存のインフルエンザワクチンと混合され、本発明によるインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを産生し得る。典型的には、生（弱毒化又はベクター化）ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンが使用される場合、生（弱毒化又はベクター化）インフルエンザワクチンが使用される。典型的には、不活化又はサブユニットＣＯＶＩＤ－１９ワクチンが使用される場合、不活化又はサブユニットインフルエンザワクチンが使用される。好ましくは、サブユニット（本明細書に記載の融合タンパク質及びＶＬＰを含む）ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン又は成分が使用され、不活化インフルエンザワクチンが使用される。
したがって、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれるインフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれ得る；（ii）組換えＨＡ又はその免疫原性フラグメントであり得る；（iii）ＨＡ又はその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であり得るか；又は（iv）ＲＮＡ又はＤＮＡワクチンによってコードされ得る。インフルエンザＨＡ、その免疫原性フラグメント、及びＨＡを含むインフルエンザワクチンの非限定的な例が本明細書に記載される。
（場合により）本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれるインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれ得る；（ii）組換えＮＡ又はその免疫原性フラグメントであり得る；（iii）ＮＡ又はその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であり得るか；又は（iv）ＲＮＡ又はＤＮＡワクチンによってコードされ得る。インフルエンザＮＡ、その免疫原性フラグメント、及びＮＡを含むインフルエンザワクチンの非限定的な例が本明細書に記載される。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントは、好ましくは、（ｉ）少なくとも１つの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントである；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質である；（iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）である；（iv）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドであるか；又は（ｖ）ＲＮＡ又はＤＮＡワクチンによってコードされる。そのようなＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、及びその免疫原性フラグメント、並びにＣＯＶＩＤ－１９ワクチンの非限定的な例が本明細書に記載される。
ＨＡ、（場合により）ＮＡ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原が、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫応答及び防御を誘起することができる限り、（ｉ）インフルエンザＨＡ、その免疫原性フラグメント、及びＨＡを含むインフルエンザワクチン；（ii）１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、及びその免疫原性フラグメント、並びにＣＯＶＩＤ－１９ワクチン；並びに場合により（iii）インフルエンザＮＡ、その免疫原性フラグメント、及びＮＡを含むインフルエンザワクチンの任意の混合が、本発明によるインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに使用され得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分は、生（弱毒化又はベクター化）インフルエンザワクチン、不活化インフルエンザワクチン又はサブユニットインフルエンザワクチンを含み得る。
生弱毒化インフルエンザワクチンの非限定的な例としては：季節性、例えば季節性４価（quadrivalent）（４価（4-valent））インフルエンザワクチンが挙げられる。特定の非限定的な例として、季節性４価インフルエンザワクチン（例えば２０１９－２０２０季）は、弱毒化Ａ Ｈ１Ｎ１型インフルエンザウイルス、弱毒化Ａ Ｈ３Ｎ２型インフルエンザウイルス及び２つのＢ型インフルエンザウイルス（Ｂ／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／０６／２０１７－様（Ｖｉｃｔｏｒｉａ系統）ウイルス及びＢ／Ｐｈｕｋｅｔ／３０７３／２０１３－様ウイルス（Ｙａｍａｇａｔａ系統））を含み得る。
不活化インフルエンザワクチンの非限定的な例としては：季節性インフルエンザワクチン、例えば季節性３価（trivalent）（３価（3-valent））インフルエンザワクチン及び季節性４価（quadrivalent）（４価（4-valent））インフルエンザワクチンが挙げられる。特定の非限定的な例として、季節性３価インフルエンザワクチン（例えば２０１９－２０２０季）は、弱毒化Ａ Ｈ１Ｎ１型ウイルス、弱毒化Ａ Ｈ３Ｎ２型ウイルス及びＢ型インフルエンザウイルス（Ｂ／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／０６／２０１７－様（Ｖｉｃｔｏｒｉａ系統））を含み得る。さらなる特定の非限定的な例として、季節性４価インフルエンザワクチン（例えば２０１９－２０２０季）は、弱毒化Ａ Ｈ１Ｎ１型ウイルス、弱毒化Ａ Ｈ３Ｎ２型ウイルス及び２つのＢ型インフルエンザウイルス（Ｂ／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／０６／２０１７－様（Ｖｉｃｔｏｒｉａ系統）ウイルス及びＢ／Ｐｈｕｋｅｔ／３０７３／２０１３－様ウイルス（Ｙａｍａｇａｔａ系統））を含み得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンで使用され得るインフルエンザワクチンの他の例は、１価パンデミックインフルエンザワクチン（ＥＭＡによって事前承認された現在のパンデミックインフルエンザワクチンは、生弱毒化又は不活化ワクチンを含む）及びユニバーサルインフルエンザワクチン（開発中の例は、プライミングＤＮＡワクチン及び生ベクター化ワクチンを含むサブユニットワクチン及び２段階ワクチンを含む）を含む。
好ましくは、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分は、生弱毒化又は不活化インフルエンザワクチンである。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は、生（弱毒化又はベクター化）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン、不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン又はサブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含み得る。
好ましくは、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはそのフラグメント、又は融合タンパク質又は前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはそのフラグメントを含むＶＬＰを含むサブユニットワクチンである。
特に好ましいのは、インフルエンザ成分が生弱毒化又は不活化インフルエンザワクチンであり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはそのフラグメント、又は融合タンパク質又は前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはそのフラグメントを含むＶＬＰを含むサブユニットワクチンである、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンである。
典型的には、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分が生（弱毒化又はベクター化）インフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は生（弱毒化又はベクター化）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含む。
典型的には、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分が不活化インフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含む。あるいは、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分が不活化インフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分はサブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含むか、又は逆もまた同様である。
典型的には、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分がサブユニットインフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分はサブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含む。あるいは、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分がサブユニットインフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含むか、又は逆もまた同様である。
典型的には、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのインフルエンザ成分が核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ、好ましくはＤＮＡ）インフルエンザワクチンを含む場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ、好ましくはＤＮＡ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを含む。
本発明は、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及びインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが不活化インフルエンザビリオンに含まれ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントが（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）；又は不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオンである、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを提供する。
本発明は、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及び場合によりインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントがサブユニットワクチンに含まれ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントが（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）；又は不活化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオンである、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを提供する。
本発明は、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントが生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれ；インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれ；及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントが生ウイルスベクター（すなわち生ベクター化ワクチン）に含まれる、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを提供する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントを含む生ウイルスベクターは、ワクチンのために臨床的に使用される任意のウイルスベクターであり得る。非限定的な例としては、アデノウイルスベクター、麻疹ウイルスベクター、おたふく風邪ウイルスベクター、風疹ウイルスベクター、水痘ウイルスベクター、ポリオウイルスベクター及び黄熱病ウイルスベクターが挙げられる。
コロナウイルス抗原
コロナウイルス（ＣｏＶ）は、全てのＲＮＡウイルスの中で最も大きなゲノムを有し、典型的には２７～３２ｋｂの範囲に及ぶ。ＣｏＶゲノムは、少なくとも４つの主要な構造タンパク質：スパイク（Ｓ）、膜（Ｍ）、エンベロープ（Ｅ）、ヌクレオキャプシド（Ｎ）タンパク質、並びに複製プロセスを補助し、細胞への進入を促進する他の補助タンパク質をコードする。図１は、コロナウイルスの構造及び構造タンパク質の機能を要約する。簡単に述べると、ＣｏＶゲノムは、ヌクレオキャプシドによって形成されるらせん状のキャプシドの中に封入され、さらに、エンベロープによって包囲されている。ウイルスエンベロープと関連して、以下の少なくとも３つの構造タンパク質が存在する：ウイルスのアセンブリに関与する膜タンパク質及びエンベロープタンパク質、並びに宿主細胞へのウイルスの進入を媒介するスパイクタンパク質。一部のコロナウイルスはまた、エンベロープ会合ヘマグルチニン－エステラーゼタンパク質（hemagglutinin-esterase、ＨＥ）もコードする。スパイクタンパク質は、ウイルス表面から大きな突起を形成し、これによって、コロナウイルスは王冠を有する外観となり、「コロナウイルス」という名称はそれに由来する。ウイルス進入を媒介するのみならず、スパイクタンパク質は、ウイルス宿主範囲及び組織向性の極めて重要な決定因子であり、宿主免疫応答の主要な誘導因子である。
２０１９－ｎＣｏＶ（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が正式名称である）は、コロナウイルス疾患２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）の原因物質であり、ヒト間で伝染する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、動物起源であると考えられており、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ（７９．５％）及びコウモリコロナウイルス（９６％）との遺伝的類似性を考慮すると、コウモリが起源である可能性が高い。ＣｏＶに関連する本明細書における任意の開示はまた、直接的にかつ制限することなく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に適用される。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対する免疫応答及び／又は防御を誘起することができる任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（複数可）であり得る。好ましくは、前記もう１つの抗原は、（ｉ）少なくとも１つの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントである；（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質である；（iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）である；（iv）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドであるか、又は（ｖ）少なくとも１つのＲＮＡ又はＤＮＡワクチンによってコードされる。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又はそれ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原を含み得る。非限定的な例として、それぞれのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原は、異なるスパイクタンパク質抗原、例えば野生型スパイクタンパク質抗原及び／又は本明細書に記載のバリアントスパイクタンパク質の１つであり得る。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれ得るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原の他の非限定的な例としては、２０１９－ＣｏＶキャプシド、膜タンパク質又はエンベロープタンパク質に由来するそのような抗原が挙げられる。１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原のそれぞれは、独立して（ｉ）組換え抗原又はその免疫原性フラグメント；（ii）融合タンパク質又はその免疫原性フラグメント；（iii）前記抗原又はその免疫原性フラグメントを含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）；又は（iv）前記抗原又はその免疫原性フラグメントをコードするポリヌクレオチドの形態で提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗原を含む組換え、融合タンパク質、ＶＬＰ、ポリヌクレオチド及びベクターと関連する本明細書の開示は、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれ得る他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に等しく適用可能である。
スパイクタンパク質
ＣｏＶスパイクタンパク質は、３つのドメインを有する：（ｉ）大きなエクトドメイン、（ii）膜貫通ドメイン（ウイルスエンベロープを１回で通過する）、及び（iii）短い細胞内尾部。エクトドメインは、３つの受容体結合サブユニット（３×Ｓ１）及び３つの膜融合サブユニット（３×Ｓ２）でできている三量体ストークとからなる。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質はホモ三量体である。ウイルス進入の際、Ｓ１は、ウイルスの結合のための宿主細胞表面上の受容体に結合し、Ｓ２は、宿主及びウイルスの膜を融合させ、ウイルスゲノムを宿主細胞に進入させる。受容体結合及び膜融合は、コロナウイルス感染サイクルにおける初期ステップであり、極めて重要なステップである。異なるＣｏＶによって標的とされる受容体には大きな違いがある。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の構造は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Cai et al.（Science (2020) 369:1586-1592)）に記載される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のそれぞれのＳ１サブユニットは、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、２つのＣ末端ドメイン（ＣＴＤ）を含む。宿主細胞膜との融合の前に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＳ１サブユニットはＳ２サブユニットを保護する。ＡＣＥ２に結合すると、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は「ジャックナイフ」様式でリフォールドし、長中心のコイルドコイルを形成し、最終的に膜融合及び宿主細胞へのウイルス侵入をもたらす。
本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及びその免疫原性フラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２／ＣＯＶＩＤ－１９感染症に対するワクチンのための抗原として治療可能性（予防可能性を含む）を有することを以前に示した。
したがって、本明細書に記載される場合、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含有されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原は、好ましくは１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントである。典型的には、前記１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号１と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、若しくはそれ以上の同一性、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを有する。好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質は、配列番号１と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の同一性、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを有する。より好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質は、配列番号１と少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の同一性、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来の１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質は、配列番号１、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含み得るか、又はそれからなり得る（本明細書において免疫原性フラグメントとも称される）。
本発明によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、典型的に、その受容体に対して、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質と同じ結合親和性を保持する。本発明の文脈において、これは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体に対して、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のものの少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、又はそれ以上の結合親和性を有することを意味し得る。好ましくは、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対して、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のものの少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％又はそれ以上の結合親和性を有する。
いくつかの実施形態において、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、２０１９－ｎＣｏＶスパイクタンパク質受容体に対して、全長タンパク質のものを上回る結合親和性を有する。例えば、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のものの少なくとも１００％、少なくとも１１０％、少なくとも１２０％、又は少なくとも１５０％、又はそれ以上の結合親和性を有し得る。
他の実施形態において、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体に対して、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のものよりも低い結合親和性を有し得る。例えば、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のものの８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、又はそれよりも低い、結合親和性を有し得る。
本発明のポリヌクレオチドによって発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントの、その受容体に対する結合親和性は、解離定数（Ｋｄ）で定量化することができる。Ｋｄは、任意の適切な技法を使用して決定され得るが、表面プラズモン共鳴（surface plasmon resonance、ＳＰＲ）が、一般には本発明の文脈において好ましい。
１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、典型的に、長さが２００個を上回るアミノ酸である。本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質フラグメントは、長さが少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、少なくとも１０００個、少なくとも１１００個、又はそれ以上のアミノ酸残基を含み得るか、又はそれからなり得る。本発明のフラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有する（そのため、免疫原性フラグメントと称される）。
本発明によると、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、天然（野生型）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に存在する１つ又は２つ以上の立体構造エピトープを維持する。そのため、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、免疫防御作用を生じることができる。典型的には、前記免疫防御作用は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントの１つ又は２つ以上の立体構造エピトープに特異的に結合する中和抗体（neutralising antibody、ｎＡｂ）の産生を含む。ＣｏＶスパイクタンパク質の立体構造エピトープは、ＣｏＶスパイクタンパク質の三次構造において見出される特定の三次元構造を有する。前記１つ又は２つ以上の立体構造エピトープは、典型的には、スパイクタンパク質のエクトドメイン内にある。好ましくは、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に存在する立体構造エピトープの全てを保持する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の免疫原性フラグメントは、ＲＢＤ、ＮＴＤ、ＣＴＤ１、ＣＤＴ２、ＦＰ、及び／又はＦＰＰＲ、又はこれらの任意の組合せを含み得るか、又はこれらからなり得る。好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含むか、又はそれからなる。このＲＢＤは、宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の結合を担い、したがって、宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２粒子の進入を促進する。ＲＢＤは、配列番号１のアミノ酸残基３１９～５２９に対応し、本明細書に記載される場合、配列番号１５と称される。ＲＢＤは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスのゲノム（Genbank受託番号ＭＮ９０８９４７、そのバージョン３（ＭＮ９０８９４７．３）が、２０２０年１月１７日に寄託されている）における９５５～１５９７位に対応する塩基によってコードされる。したがって、本明細書に記載される場合、本発明は、配列番号１５と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤに関する。好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、配列番号１５と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤを含むか、又はそれからなる。より好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、配列番号１５と少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤを含むか、又はそれからなる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤは、配列番号１５を含み得るか、又はそれからなり得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、ＤＮＡプラスミド、ＲＮＡワクチン、ウイルス様粒子（Virus-like particle、ＶＬＰ）、融合タンパク質、抗体、組成物及び医薬組成物、製剤、並びに治療適応症に関して）に関連する本明細書におけるありとあらゆる開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤに同等かつ無条件に適用される。
ＣｏＶは、大型でエンベロープ型の一本鎖ポジティブセンスＲＮＡウイルスである。ＲＮＡウイルスの変異率は、ＤＮＡウイルスよりも高く、生存のためのより効率的な適応プロセスが示唆される。したがって、インフルエンザウイルスで観察されるのと類似の抗原ドリフトが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の特性となるか、又はパンデミックが静まった後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が風土病となるかもしれない危険性がある。実際に、現在までの研究で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内における変異、特に、Ｇ４７６Ｓ及びＶ４８３Ａ／Ｇ、並びにＳ１／Ｓ２部位の近傍における高頻度のＤ６１４Ｇ変異（Saha et al., ChemRxivTMhttp://doi.org/10.26434/chemrxiv.12320567.v1）がすでに特定されており、これは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオンによる細胞進入を増強させ得、さらには宿主細胞向性を拡げ得ることが、根拠によって示唆される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質において報告されている他の変異としては、Ｓ９４３（特に、Ｓ９４３Ｐ）、Ｌ５（特に、Ｌ５Ｆ）、Ｌ８（特に、Ｌ８Ｆ）、Ｖ３６７（特に、Ｖ３６７Ｆ）、Ｈ４９（特に、Ｈ４９Ｙ）、Ｙ１４５（特に、Ｙ１４５Ｈ／ｄｅｌ）、Ｑ２３９（特に、Ｑ２３９Ｋ）、Ａ８３１（特に、Ａ８３１Ｖ）、Ｄ８３９（特に、Ｄ８３９Ｙ／Ｎ／Ｅ）、及びＰ１２６３（特に、Ｐ１２６３Ｌ）、又はこれらの任意の組合せが挙げられる（Korber et al., BioRxivTMhttps://doi.org/10.1101/2020.04.29.069054）。
したがって、本発明は、有利なことに、変異したスパイクタンパク質が生じた場合にそれを有する株に対する免疫の増強をもたらすように必要に応じてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン抗原を改変することを可能にする。非限定的な例として、本発明による任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、（ｉ）Ｄ６１４、（ii）Ｖ４８３、（iii）Ｇ４７６、（iv）Ｋ４１７、（ｖ）Ｅ４８４、（vi）Ｎ５０１、（vii）Ａ５７０、及び（viii）Ｐ６８１、又は（ｉ）～（viii）の（任意の２つ、任意の３つ、任意の４つ、任意の５つ、任意の６つ、任意の７つ、又は８つ全てを含む）任意の組合せの位置で（特に、置換によって）改変され得る。代替的に、又は追加として、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、アミノ酸残基６９、７０、及び／又は１４４のうちの１つ又は２つ以上における欠失を含む、欠失変異を含んでもよい。本明細書に記載される場合、変異／改変の位置は、典型的には、本発明の配列番号１におけるアミノ酸の番号付けに対応する。
Ｄ６１４位における改変、特に、Ｄ６１４Ｇ置換が、好ましい。具体的には、本発明による任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、以下の置換（ｉ）Ｇ４７６Ｓ、（ii）Ｖ４８３Ａ／Ｇ、（iii）Ｄ６１４Ｇ、（iv）Ｋ４１７Ｎ／Ｔ、（ｖ）Ｅ４８４Ｋ、（vi）Ｎ５０１Ｙ、（ vii）Ａ５７０Ｄ、及び（viii）Ｐ６８１Ｈ、又は（ｉ）～（viii）の（任意の２つ、任意の３つ、任意の４つ、任意の５つ、任意の６つ、任意の７つ、又は８つ全てを含む）任意の組合せを含み得る。
本発明はまた、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントにも関する。具体的には、本発明は、Ｂ．１．１．７株（２０１／５０１Ｙ．Ｖ１としても知られており、英国において最初に検出され、現在はアルファバリアントとして知られている）、Ｂ．１．３５１株（２０Ｈ／５０１．Ｖ２としても知られており、南アフリカにおいて最初に検出され、現在はベータバリアントとして知られている）、Ｐ１株（２０Ｊ／５０１Ｙ．Ｖ３としても知られており、日本及びブラジルで最初に検出され、現在はガンマバリアントとして知られている）、Ｂ１．４２７及びＢ１．４２９株（カリフォルニアで最初に検出され、現在はイプシロンバリアントとして知られている）、及び／又はＢ１．６１７．２株（インドで最初に検出され、現在はデルタバリアントとして知られている）に由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントに関連し得る。ＣＤＣ（SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (cdc.gov)）によると、アルファバリアントは、以下の変異：６９欠失、７０欠失、１４４欠失、（Ｅ４８４Ｋ＊）、（Ｓ４９４Ｐ＊）、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、及び（Ｋ１１９１Ｎ＊）を含むことが見出されている。アルファバリアントの鍵となる変異は、残基６９／７０欠失、及び１４４Ｙ、並びにＮ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、及びＰ６８１Ｈ置換を含む。ＣＤＣ（SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (cdc.gov)）によると、ベータバリアントは、以下の変異：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１欠失、２４２欠失、２４３欠失、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖを含むことが見出されている。ベータバリアントの鍵となる変異は、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＤ６１４Ｇ置換を含む。ＣＤＣ（SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (cdc.gov)）によると、ガンマバリアントは、以下の変異：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉを含むことが見出されている。ガンマバリアントの鍵となる変異は、Ｅ４８４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ／Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、及びＤ６１４Ｇを含む。ＣＤＣ（SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (cdc.gov)）によると、デルタバリアントは、以下の変異：Ｔ１９Ｒ、（Ｇ１４２Ｄ＊）、１５６欠失、１５７欠失、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、及びＤ９５０Ｎを含むことが見出されている。デルタバリアントの鍵となる変異は、Ｌ４５２Ｒ、Ｅ４８４Ｑ、及びＴ４７８Ｋを含む。ＣＤＣ（SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (cdc.gov)）によると、イプシロンバリアントは、以下の変異：Ｓ１３Ｉ、Ｗ１５２Ｃ、Ｌ４５２Ｒ、Ｄ６１４Ｇを含むことが見出されている。イプシロンバリアントの鍵となる変異は、Ｌ４５２Ｒである。
混合ワクチン、ポリヌクレオチド、スパイクタンパク質及びそのフラグメント、ＶＬＰ、融合タンパク質、並びにＤＮＡ／ＲＮＡワクチンに関連する本明細書における全ての開示は、別途明示されない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の異なるバリアント及び株に同等に適用される。
安全に繰り返し投与され得るワクチン組成物の開発は、したがって、（本明細書に記載される、及び病院で観察されるように）経時的に失われる防御免疫の問題に対処するために免疫応答のブーストを可能にするだけでなく、有利なことに、変異したスパイクタンパク質が生じた場合にそれを有する株に対する免疫の増強をもたらすように必要に応じてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン抗原を改変することを可能にする。非限定的な例として、本発明による１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原として使用される任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、（ｉ）４１７；（ii）４５２；（iii）４７８；（iv）４８４；（ｖ）２０１；（vi）５７０；（vii）６１４；及び／又は（viii）６８１；又はこれらの任意の組合せの位置で（特に、置換によって）改変され得る。さらに非限定的な例として、本発明による１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原として使用される任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、（ｉ）Ｄ６１４、（ii）Ｖ４８３、（iii）Ｇ４７６、（iv）Ｇ４７６及びＶ４８３、（ｖ）Ｇ４７６及びＤ６１４、（vi）Ｖ４８３及びＤ６１４、又は（vii）Ｇ４７６、Ｖ４８３及びＤ６１４の位置で（特に、置換によって）改変され得る。Ｄ６１４位における改変、特に、Ｄ６１４Ｇ置換が、好ましくてもよい。Ｌ４５２位における改変、特に、Ｌ４５２Ｒ置換が、好ましくてもよい。具体的には、本発明による１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原として使用される任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントは、以下の置換（ｉ）Ｇ４７６Ｓ、（ii）Ｖ４８３Ａ／Ｇ、（iii）Ｄ６１４Ｇ、（iv）Ｇ４７６Ｓ及びＶ４８３Ａ／Ｇ、（ｖ）Ｇ４７６Ｓ及びＤ６１４Ｇ、（vi）Ｖ４８３Ａ／Ｇ及びＤ６１４Ｇ、（vii）Ｇ４７６Ｓ、Ｖ４８３Ａ／Ｇ及びＤ６１４Ｇ、（viii）Ｌ４５２Ｒ及びＥ４８４Ｑ、並びに場合によりＴ４７８Ｋ；又は（ix）Ｌ４５２Ｒを含み得る。複数のバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（本明細書において記載される形態のいずれかで、特に融合タンパク質又はＶＬＰとして）は、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンに含まれ得る。
ポリヌクレオチド
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントは、１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドワクチンによってコード又は発現され（「コードする」及び「発現する」という用語は、本明細書において互換可能に使用される）、抗原（複数可）又はその免疫原性フラグメント（複数可）を産生し得る。ポリヌクレオチドという用語は、ＤＮＡ及びＲＮＡ配列の両方を包含する。本明細書において、「核酸」、「核酸分子」、及び「ポリヌクレオチド」という用語は、互換可能に使用される。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原（例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチンによってコード又は発現され得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンにおいて１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号１と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現し得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号１と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現する。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号１と少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現する。前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号１を含むか、又はそれからなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現し得る。複数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）は、ポリヌクレオチドによってか、又は複数のポリヌクレオチド若しくはそれらの組合せによって発現され得る。非限定的な例としては、前記１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）は、単一のポリヌクレオチドによって発現され得るか、又は前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）のそれぞれは、別々のポリヌクレオチドによって発現され得る。
典型的には、前記ポリヌクレオチドは、配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチド、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント、又は本明細書において記載されるその任意のバリアントを含む。例えば、ポリヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤをコードし得、好ましくは、前記ＲＢＤは、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する。ＲＢＤをコードする例示的なポリヌクレオチドは、配列番号１３及び配列番号１４のコドン最適化された配列に示されている。したがって、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３と少なくとも９８％、少なくとも９９％又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３の核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
本発明はまた、上述のように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するバリアントスパイクタンパク質、又は前記バリアントスパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントをコードする、ポリヌクレオチドも包含する。前記バリアントスパイクタンパク質は、典型的に、配列番号１と少なくとも９０％の同一性、又はそのフラグメント、例えば配列番号１５のＲＢＤを有する。
１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントをコードする１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、患者における発現のために最適化され得る。本明細書において使用される「最適化された」という用語は、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントの発現のための最適化に関し、患者内でのポリヌクレオチドからの１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の発現のレベル及び／若しくは期間を増加させるか、又はそれ以外ではＤＮＡ若しくはＲＮＡワクチンから、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはそのフラグメントを発現させるときに利点を提供する、ポリヌクレオチドに対するコドン最適化及び／又は他の改変の両方（核酸配列及び他の改変の両方に関する）を含む。本発明者らは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＵＫ特許出願第２００２１６６．３号に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及びフラグメントをコードする最適化ポリヌクレオチドを以前に記載した。
したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメント、特に、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含む１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）によってコードされ得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含む。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含む。前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つの核酸配列を含み得る。加えて、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、若しくは３２のうちのいずれか、又は本明細書に記載されるそれらの任意のバリアントにおいて特定される、５’クローニング部位、３’クローニング部位、又は５’及び３’クローニング部位が、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）において欠失していてもよい。したがって、１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つを含み得るが、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれかにおいて特定される５’クローニング部位、３’クローニング部位、又は５’及び３’クローニング部位が欠如している。あるいは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、１３、１４、２６、２７、２９、３０、若しくは３２のうちのいずれか、又は本明細書に記載されるその任意のバリアントにおいて特定される５’クローニング部位、３’クローニング部位、又は５’及び３’クローニング部位は、独立して、別の適切なクローニング部位と置き換えられてもよい。好適な代替的クローニング部位は、当該技術分野において周知である。
本発明は、特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤを含むか、又はこれからなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原又は免疫原性フラグメントに関する。したがって、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３に対して、又は配列番号１４のコドン最適化された配列に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３に対して、又は配列番号１４のコドン最適化された配列に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３に対して、又は配列番号１４のコドン最適化された配列に対して、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１３の核酸配列、又は配列番号１４のコドン最適化された配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
本発明による１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、典型的に、（ａ）天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に存在する立体構造エピトープを保持する、及び／又は（ｂ）前記核酸が患者に投与されると、スパイクタンパク質若しくはそのフラグメントに特異的な中和抗体の産生をもたらす、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、又はその免疫原性フラグメントをコードする。
１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、典型的に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又はその免疫原性フラグメント、特に、本明細書に記載の（ＶＬＰ又は融合タンパク質の形態に含まれる）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する。
本発明による１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントの発現を促進するように、発現コンストラクトに含まれ得る。典型的には、そのような発現コンストラクトにおいて、前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、好適なプロモーター（複数可）に作動可能に連結されている。前記１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、好適なターミネーター配列（複数可）に作動可能に連結されていてもよい。１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドは、プロモーター（複数可）及びターミネーター（複数可）の両方に連結されていてもよい。好適なプロモーター及びターミネーター配列は、当該技術分野において周知である。
１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡワクチン）は、例えば少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントの分泌を補助するための、リーダー配列（複数可）をさらに含む、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントをコードし得る。当該技術分野において公知の従来的なリーダー配列を含む、任意の好適なリーダー配列が、使用され得る。好適なリーダー配列としては、ウイルス及びＤＮＡに基づくワクチンにおいて、並びにタンパク質ワクチンで、哺乳動物細胞からの分泌を補助するために慣例的に使用されているヒト組織プラスミノーゲン活性化因子リーダー配列（tissue plasminogen activator leader sequence，ｔＰＡ）が挙げられる。
少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、さらに、例えば、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントの組換え産生及び／又は精製を補助するための、Ｎ末端又はＣ末端タグを含んでもよい。当該技術分野において公知の従来的なタグを含む、任意のＮ末端又はＣ末端タグが、使用され得る。好適なタグ配列としては、異種発現系、例えば、昆虫細胞、哺乳動物細胞、細菌、又は酵母からの精製を補助するために当該技術分野において広く使用されている、Ｃ末端ヘキサ－ヒスチジンタグ及び「Ｃタグ」（Ｃ末端における４つのアミノ酸ＥＰＥＡ）が挙げられる。他の実施形態において、本発明の少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、精製タグの使用を必要とすることなく、異種発現系から精製される。
本発明の少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、本明細書に定義されるリーダー配列及び／又はタグを含み得る。
ウイルスベクター、ＤＮＡプラスミド、及びＲＮＡワクチン
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンによってコードされるか発現され得る。本明細書で使用される用語「ベクター」は、ウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンを指す。
前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、本明細書に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つの抗原をコードする１つ又は２つ以上のポリヌクレオチドを含み得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、本明細書に記載される少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントをコードする。多数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）が、単一のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンによって、又は多数のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンによって、又はその組合せによって、発現され得る。非限定的な例として、前記１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）は、単一のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンによって発現され、あるいは前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）のそれぞれは、個別のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンによって発現され得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、配列番号１と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現し得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、配列番号１と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現する。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、配列番号１と少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現する。前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、配列番号１を含むか又はそれからなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現し得る。いくつかの好ましい実施形態において、本発明のベクターによって発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントは、本明細書に定義されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤであり、好ましくは、前記ＲＢＤは配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する。
典型的には、前記１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント、又は本明細書に記載されるその任意のバリアントを発現する。好ましいフラグメントは、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有するＲＢＤである。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、シグナルペプチドをさらに含む本明細書に定義される少なくとも１つのスパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現し得る。典型的には、前記シグナルペプチドは、目的の宿主細胞、例えば処置すべき患者の細胞からの少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメントの分泌を指令する。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、１つ又は２つ以上の追加の抗原又はそのフラグメントをさらに発現し得る。スパイクタンパク質又はそのフラグメント及び１つ又は２つ以上の追加の抗原又はそのフラグメントは、融合タンパク質として発現され得る。あるいは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はそのフラグメント及び１つ又は２つ以上の追加の抗原又はそのフラグメントを発現する別個のベクターを、使用してもよい。そのような事例において、前記別個のベクターは、好ましくは同時に、組み合わせて使用され得る。１つ又は２つ以上の追加の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する同じ抗原又は異なる抗原、又はそのフラグメントであり得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上の追加の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する異なる抗原、例えば、２０１９－ＣｏＶキャプシド、膜タンパク質又はエンベロープタンパク質に由来する抗原である。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチンは、本明細書に定義されるいずれか１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド又は発現コンストラクト、又はそれらの任意の組合せを含み得る。
１つ又は２つ以上のベクターは、ウイルスベクターであり得る。そのようなウイルスベクターは、アデノウイルス（ヒト血清型、例えば、ＡｄＨｕ５、サル血清型、例えば、ＣｈＡｄ６３、ＣｈＡｄＯＸ１、若しくはＣｈＡｄＯＸ２、又は別の形態のもの）、アデノ随伴ウイルス（adeno-associated virus、ＡＡＶ）、又はポックスウイルス（例えば、改変ワクシニア・アンカラ（modified vaccinia Ankara、ＭＶＡ））、又はアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）であり得る。ＣｈＡｄＯＸ１及びＣｈＡｄＯＸ２は、国際公開第ＷＯ２０１２／１７２２７７号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示されている。ＣｈＡｄＯＸ２は、ＢＡＣ由来及びＥ４改変ＡｄＣ６８系ウイルスベクターである。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のウイルスベクターは、ＡＡＶベクターアデノウイルスである。ウイルスベクターの他の非限定的な例には、麻疹ウイルスベクター、流行性耳下腺炎ウイルスベクター、風疹ウイルスベクター、水痘ウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、及び黄熱病ウイルスベクターが含まれる。
ウイルスベクターは、通常、非複製性であるか、又は複製損傷ベクターであり、これは、ウイルスベクターが、従来的な手段によって、例えば、ＤＮＡ合成及び／又はウイルス力価を測定することによって測定される場合に、正常な細胞（例えば、正常なヒト細胞）においていずれの有意な程度にも複製できないことを意味する。非複製性又は複製損傷ベクターは、天然にそうなっていてもよく（すなわち、それらは自然界からそのようなものとして単離されている）、又は人工的にそうなっていてもよい（例えば、インビトロで繁殖させること若しくは遺伝子操作によって）。一般に、複製損傷ウイルスベクターを増殖させることができる細胞型が、少なくとも１つ存在し、例えば、改変ワクシニア・アンカラ（ＭＶＡ）は、ＣＥＦ細胞において増殖させることができる。非限定的な例として、ベクターは、ヒト又はサルアデノウイルス又はポックスウイルスベクターから選択され得る。
典型的に、１つ又は２つ以上のウイルスベクターは、動物対象において、典型的には、哺乳動物対象、例えば、ヒト又は他の霊長類において、有意な感染を引き起こすことは不可能である。
１つ又は２つ以上のベクターは、ＤＮＡベクター、例えば、ＤＮＡプラスミドであってもよい。１つ又は２つ以上のベクターは、ＲＮＡベクター、例えば、ｍＲＮＡベクター又は自己増幅ＲＮＡベクターであってもよい。本発明の１つ又は２つ以上のＤＮＡ及び／又はＲＮＡベクターは、典型的には真核生物細胞、特に本明細書に記載される任意の宿主細胞型、又は処置しようとする患者において、発現することができる。
典型的に、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡベクターは、ヒト、大腸菌、又は酵母細胞において、発現させることができる。
１つ又は２つ以上のベクターは、ファージベクター、例えば、Hajitou et al., Cell 2006; 125(2) pp. 385-398に記載されるＡＡＶ／ファージハイブリッドベクターであってもよく、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の核酸分子及びベクターは、当該技術分野において公知の任意の好適なプロセスを使用して、作製され得る。したがって、核酸分子は、化学合成技法を使用して、作製され得る。あるいは、本発明の核酸分子及びベクターは、分子生物学技法を使用して作製されてもよい。
本発明のベクターは、インシリコで設計され、次いで、従来的なポリヌクレオチド合成技法によって合成されてもよい。
ウイルス様粒子
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、ウイルス様粒子（virus-like particle、ＶＬＰ）の中に含まれ得る。
ウイルス様粒子（ＶＬＰ）は、ウイルスに似ているが、ウイルス核酸を含まず、したがって、非感染性である、粒子である。それらは、一般に、自己アセンブリしてＶＬＰを形成することができる、１つ又は２つ以上のウイルスキャプシド又はエンベロープタンパク質を含む。ＶＬＰは、広範なウイルスファミリーの構成成分から産生されている（Noad and Roy (2003), Trends in Microbiology, 11:438-444；Grgacic et al., (2006), Methods, 40:60-65）。いくつかのＶＬＰ、例えば、エンゲリックス－Ｂ（Ｂ型肝炎用）、サーバリックス及びガーダシル（ヒトパピローマウイルス用）が、治療用ワクチンとして承認されている。
多数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）は、ＶＬＰ又はその組合せの中に含まれ得る。非限定的な例として、前記１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）が単一のＶＬＰに含まれてよく、又は前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）のそれぞれが個別のＶＬＰに含まれてもよい。
したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、１つ又は２つ以上のＶＬＰの中に含まれ得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号１と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含み得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号１と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、若しくはそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号１と少なくとも９８％、少なくとも９９％、若しくはそれ以上を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む。前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号１を含むか若しくはそれからなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含み得る。いくつかの好ましい実施形態において、本発明のＶＬＰに含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、本明細書に定義されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤであり、好ましくは、前記ＲＢＤは、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する。
典型的には、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント、又は本明細書に記載されるその任意のバリアントを含む。好ましいフラグメントは、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有するＲＢＤである。
当業者であれば、ＶＬＰが、ウイルス構造タンパク質の個別の発現を通じて合成することができ、これが、次いで、ウイルス様構造体に自己アセンブリし得ることを理解するであろう。異なるウイルスに由来する構造キャプシドタンパク質の組合せを使用して、組換えＶＬＰを作成することができる。加えて、抗原又はその免疫原性フラグメントを、ＶＬＰの表面に融合することができる。非限定的な例として、本発明の抗原又はその免疫原性フラグメントは、SpyCatcher-SpyTagシステム（Brune、Biswas、Howarthによって記載される）を使用して、ＶＬＰに連結させてもよい。
前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、１つ又は２つ以上の追加のタンパク質抗原を含み得る。１つ又は２つ以上の追加の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する同じ抗原又は異なる抗原、又はそのフラグメントであり得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上の追加の抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する異なる抗原、例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２キャプシド、膜タンパク質、又はエンベロープタンパク質に由来する抗原である。
前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、本明細書に記載される少なくとも１つの融合タンパク質を含み得る。前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントと、Ｂ型肝炎表面抗原（ＨＢＳＡｇ）、ヒトパピローマウイルス（human papillomavirus、ＨＰＶ）１８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＶ １６ Ｌ１タンパク質、及び／又はＥ型肝炎Ｐ２３９、好ましくは、Ｂ型肝炎表面抗原との融合タンパク質を含み得る。
したがって、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。
本発明のＶＬＰは、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。好ましくは、本発明のＶＬＰは、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。より好ましくは、本発明のＶＬＰは、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。本発明のＶＬＰは、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。
前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、前記ＶＬＰは、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上のＶＬＰは、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれからなる。前記ＶＬＰは、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
本発明のＶＬＰは、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、本発明のＶＬＰは、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、本発明のＶＬＰは、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。本発明のＶＬＰは、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
１つ又は２つ以上のＶＬＰの使用は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントによって誘導される免疫防御応答の有効性を増加させ得る、及び／又は本明細書に定義される免疫防御応答の期間を増加させ得る。
融合タンパク質
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、融合タンパク質の中に含まれ得る。
したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（例えば１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメントは、１つ又は２つ以上の融合タンパク質の中に含まれ得る。
多数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）は、融合タンパク質又はその組合せの中に含まれ得る。非限定的な例として、前記１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）が単一の融合タンパク質の中に含まれてよく、又は前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原（特に１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）のそれぞれが個別の融合タンパク質の中に含まれてもよい。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの中の少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号１と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含み得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号１と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、若しくはそれ以上の同一性を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号１と少なくとも９８％、少なくとも９９％、若しくはそれ以上を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上のスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む。前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号１を含むか若しくはそれからなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含み得る。
典型的には、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも１つのスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント、又は本明細書に記載されるその任意のバリアントを含む。
いくつかの好ましい実施形態において、本発明の融合タンパク質に含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の免疫原性フラグメントは、本明細書に定義されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤであり、好ましくは、前記ＲＢＤは、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する。
本発明の融合タンパク質は、典型的に、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ドメイン又はエレメント、典型的に、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質、ポリペプチド、又はペプチドドメイン又はエレメントも含む。
前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメント、並びにＢ型肝炎表面抗原（Hepatitis B surface antigen、ＨＢＳＡｇ）、ヒトパピローマウイルス（human papilloma virus、ＨＰＶ）１８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＶ １６ Ｌ１タンパク質、及び／又はＥ型肝炎Ｐ２３９の１つ又は２つ以上、好ましくはＢ型肝炎表面抗原を含み得る。
前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号３、５、６、又は８のうちのいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。
本発明の融合タンパク質は、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。好ましくは、本発明の融合タンパク質は、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。より好ましくは、本発明の融合タンパク質は、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有する核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。本発明の融合タンパク質は、配列番号２６、２７、２９、３０、又は３２のうちのいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなるポリヌクレオチドによって、コードされ得る。
前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、配列番号９、１０、１１、又は１２のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
本発明の融合タンパク質は、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。好ましくは、本発明の融合タンパク質は、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。より好ましくは、本発明の融合タンパク質は、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％、少なくとも９９％、又はそれ以上の同一性を有するアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。本発明の融合タンパク質は、配列番号２８、３１、又は３３のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含み得るか、又はそれからなり得る。
前記１つ又は２つ以上の融合タンパク質は、好ましくはＶＬＰの形態をとり得る。理論によって束縛されるものではないが、これは、ＨＰＳＡｇ、ＨＰＶ １８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＢ １６ Ｌ１タンパク質、及びＥ型肝炎Ｐ２３９タンパク質が、組換えで発現された場合に自発的にＶＬＰを形成することが知られており、ＨＰＳＡｇ、ＨＰＶ １８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＢ １６ Ｌ１タンパク質、及び／又はＥ型肝炎Ｐ２３９タンパク質が本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（又はその免疫原性フラグメント）と組み合わされた融合タンパク質の形態で存在する場合にもこの構造が保持されるためである。
本発明の融合タンパク質は、リンカー（本明細書においてリンカーペプチド、スペーサー、又はスペーサーペプチドとも互換可能に称される）を含み得る。リンカーは、本発明の融合タンパク質の２つ又は３つ以上の機能性ドメインを結合させるために使用され得る。典型的には、リンカーが存在する場合、それは、融合タンパク質のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントのドメインを、融合タンパク質の非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ドメインに結合させるために使用される。融合タンパク質におけるリンカーの使用は、当該技術分野において慣例的であり、任意の従来的なリンカータンパク質が、本発明の融合タンパク質において使用され得るが、ただし、結果として得られる融合タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントの所望される機能特性及び非２ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ドメインの所望される機能特性を保持することを条件とする。
リンカーは、最大約３０個のアミノ酸、例えば、約５～３０個のアミノ酸、約５～２５個のアミノ酸、約５～２０個のアミノ酸、約１０～２０個のアミノ酸、約５～１５個のアミノ酸、又は約１０～１５個のアミノ酸の長さの短いペプチドであり得る。いくつかの実施形態において、リンカーは、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、又は約２０個のアミノ酸の長さである。
いくつかの実施形態において、剛性リンカーが、本発明の融合タンパク質において使用され得る。剛性リンカーは、融合タンパク質の異なるドメイン／部分間で固定の距離を保ち、それらの独立した機能を維持する必要がある場合に従来的に使用されている。剛性リンカーはまた、融合タンパク質ドメインの空間的分離が極めて重要である場合にも、融合タンパク質の安定性又は生体活性を保存するために使用され得る。Ａ（ＥＡＡＡＫ）ｎＡ（ｎ＝２～５）（配列番号１６）の配列を有する実証的な剛性リンカーは、α－ヘリックス立体構造を示し、これは、Ｇｌｕ－－Ｌｙｓ＋塩架橋によって安定化される。剛性リンカーの非限定的な例は、核酸配列（配列番号１７）によってコードされ得るＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫ（（ＥＡＡＡＫ）３とも称される、配列番号１８）である。剛性リンカーは、好ましくは、哺乳動物細胞、例えば、ＨＥＫ ２９３細胞における本発明の融合タンパク質の発現のために使用され得る。
いくつかの実施形態において、可動性リンカーが、本発明の融合タンパク質において使用され得る。可動性リンカーは、従来的には、結合されたドメインがある特定の程度の移動又は相互作用を必要とする場合に使用される。可動性リンカーは、通常、小さなアミノ酸残基、例えば、グリシン、スレオニン、アルギニン、セリン、アスパラギン、グルタミン、アラニン、アスパラギン酸、プロリン、グルタミン酸、リジン、ロイシン、及び／又はバリン、特に、グリシン、セリン、アラニン、ロイシン、及び／又はバリンを含むか、又はそれからなる。グリシン、セリン、及び／又はアラニンを含むか又はそれからなる可動性リンカーが、好ましく、グリシン及びセリンが特に好ましい。したがって、最も一般に使用される可動性リンカーは、（Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎ（配列番号１９）の配列を含む、Ｇｌｙ及びＳｅｒ残基のストレッチから主としてなる配列を有する（「ＧＳ」リンカー）。ＧＳリンカーの非限定的な例としては、ＧＳ５又は（ＧＧＧＧＳ）１（配列番号２０）、ＧＳ１０又は（ＧＧＧＧＳ）２（配列番号２１）、ＧＳ１５又は（ＧＧＧＧＳ）３（配列番号２３）、ＧＳ２０又は（ＧＧＧＧＳ）４（配列番号２４）、及びＧＳ２５又は（ＧＧＧＧＳ）５（配列番号２５）が挙げられる。好ましくは、（配列番号２２）によってコードされ得るＧＳ１５が、使用され得る。可動性リンカーは、好ましくは、細菌細胞、例えば、大腸菌細胞における本発明の融合タンパク質の発現のために使用され得る。
任意の適切なリンカー、例えば、本明細書に記載される例示的なリンカーが、本発明の任意の融合タンパク質（任意のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又は免疫原性フラグメントドメインと、任意の非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ドメインとを含む）とともに使用され得る。非限定的な例として、本発明の融合タンパク質は、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤ（配列番号２８）、又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントを含み得るか、又はそれからなり得、これは、（配列番号２６若しくは２７）、又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントによってコードされ得る。さらなる非限定的な例として、本発明の融合タンパク質は、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－全長２０１９－ｎＣｏＶスパイクタンパク質（配列番号３３）、又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントを含み得るか、又はそれからなり得、これは、配列番号３２又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントによってコードされ得る。さらなる非限定的な例として、本発明の融合タンパク質は、ＨＥＶ－ＧＳ１５－ＲＢＤ（配列番号３１）、又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントを含み得るか、又はそれからなり得、これは、（配列番号２９若しくは３０）、又はそれに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントによってコードされ得る。
融合タンパク質は、好ましくは、ＶＬＰの形態をとり得る。理論によって束縛されるものではないが、これは、ＨＢＳＡｇ、ＨＰＶ １８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＢ １６ Ｌ１タンパク質、及びＥ型肝炎Ｐ２３９タンパク質が、組換えで発現された場合に、自発的にＶＬＰの形態をとることが知られており、この構造は、ＨＢＳＡｇ、ＨＰＶ １８ Ｌ１タンパク質、ＨＰＢ １６ Ｌ１タンパク質、及び／又はＥ型肝炎Ｐ２３９タンパク質が、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（又はその免疫原性フラグメント）と組み合わされた融合タンパク質の形態で存在する場合にも保持されるためである。
インフルエンザヘマグルチニン（haemagglutinin、ＨＡ）及びニューラミニダーゼ（neuraminidase、ＮＡ）抗原
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンは、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）又はその免疫原性フラグメントを含む。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンは、インフルエンザニューラミニダーゼ（ＮＡ）又はその免疫原性フラグメントをさらに含んでいてもよい。
ＨＡの免疫原性フラグメントは、それが誘導されたＨＡと共通の抗原交差反応性を有する。同様に、ＮＡの免疫原性フラグメントは、それが誘導されたＮＡと共通の抗原交差反応性を有する。
インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント（及び任意にインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント）は、任意の適切な形態でインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの中に存在していてもよい。
インフルエンザＨＡ若しくはその免疫原性フラグメント、及び／又はインフルエンザＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントは、典型的にはインフルエンザビリオンから調製されることになるが、代替として、これらの抗原はポリヌクレオチド、ウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチン、ＶＬＰ、及び融合タンパク質等の他の形態で提供してもよい。
ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチン、ＶＬＰ、及び融合タンパク質に関する本明細書の一般的な開示は、本明細書に記載されるインフルエンザＨＡ若しくはその免疫原性フラグメント及びインフルエンザＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントにも適用可能である。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２に由来する抗原（例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）の文脈におけるポリヌクレオチド、ウイルスベクター、ＤＮＡベクター（又はＤＮＡプラスミド）、又はＲＮＡワクチン、ＶＬＰ、及び融合タンパク質に関する本明細書のいずれの一般的な開示も、本明細書に記載されるインフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント及びインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントに等しく制限なく適用される。
本明細書に記載されるように、（ａ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれるか、（ii）組換えＨＡ又はその免疫原性フラグメントであるか、（iii）ＨＡ又はその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であるか、又は（iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされ得る。
本明細書に記載されるように、（ａ）インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントは、（ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれるか、（ii）組換えＮＡ又はその免疫原性フラグメントであるか、（iii）ＮＡ又はその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であるか、又は（iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされ得る。
インフルエンザＨＡ若しくはその免疫原性フラグメント、及び／又はインフルエンザＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントは、既存のインフルエンザワクチンの形態をとり得る。インフルエンザＨＡ若しくはその免疫原性フラグメント、及び／又はインフルエンザＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントは、生存している（弱毒化された又はベクター化された）ワクチン、不活化ワクチン、又はサブユニットワクチンの形態をとり得る。不活化インフルエンザワクチンには、不活化全ビリオンワクチンと不活化分割ビリオンワクチンの両方が含まれ、全ビリオン不活化ワクチンが好ましい。分割ビリオンは、ビリオンを界面活性剤（例えばエチルエーテル、ポリソルベート８０、デオキシコレート、トリ－Ｎ－ブチルホスフェート、Triton X-100、Triton N101、セチルトリメチルアンモニウムブロミド、Tergitol NP9等）によって処理し、サブビリオン調製物を産生することによって得られる。インフルエンザウイルスを分割する方法は当該技術分野において周知である。
不活化ワクチンは、任意の適切な手段によって生成できる。インフルエンザビリオンを不活化するための従来の手段には、有効量の以下の薬剤、すなわち界面活性剤、ホルムアルデヒド、ホルマリン、β－プロピオラクトンの１つ若しくは２つ以上、又は紫外光による処理が含まれる。不活化のための追加の化学的手段には、メチレンブルー、ソラーレン、カルボキシフラーレン（Ｃ６０）、又はそれらのいずれかの組合せによる処理が含まれる。ウイルス不活化の他の方法としては、例えば二元のエチルアミン、アセチルエチレンイミン、又はγ線照射が当該技術分野において公知である。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンは、任意の市販入手可能なインフルエンザワクチン、ユニバーサルインフルエンザワクチン、及び／又はパンデミックインフルエンザワクチンを含む任意のインフルエンザワクチンを含むか、これらを使用して産生してよい。
典型的には、ワクチンにおける使用のためのインフルエンザウイルス株は季節によって変化する。現在のインフルエンザ流行期間の間では、ワクチンは典型的には２つのインフルエンザＡ株（Ｈ１Ｎ１及びＨ３Ｎ２）及び１つのインフルエンザＢ株（Ｂ／Colorado／０６／２０１７様（ビクトリアリニエージ）ウイルス）を含み、季節性インフルエンザに対する三価ワクチン（季節性三価インフルエンザワクチン）が典型的である。季節性インフルエンザに対する四価ワクチン（季節性四価インフルエンザワクチン）も一般に使用されている。現在のところ、季節性四価インフルエンザワクチンは、季節性三価インフルエンザワクチンと同じ株に加えて追加のインフルエンザＢ株（Ｂ／Phuket／３０７３／２０１３様ウイルス（ヤマガタリニエージ））を含んでいる。季節性三価及び四価のインフルエンザワクチンを含むいずれの季節性インフルエンザワクチンも、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンに含まれてよく、又はこれを産生するために使用してよい。規制承認された季節性インフルエンザワクチンは、ウェブサイトCenters for Disease Control and Prevention（ＣＤＣ）（ＣＤＣ ２０１９－２０２０リストがhttps://www.cdc.gov/flu/professionals/acip/summary/summary-recommendations.htm#compositionに提供されている）及びEuropean Medicines Agency（ＥＭＡ）で特定されている。
あるいは、パンデミックインフルエンザワクチンを、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンに含ませるか、これを産生するために使用してよい。パンデミックインフルエンザワクチンは、ワクチンのレシピエント及び一般的な人口集団がそれに対して免疫学的にナイーブである株、例えばＨ２、Ｈ５、Ｈ７、又はＨ９サブタイプ株（特にインフルエンザＡウイルスの）であるパンデミックインフルエンザ株に対して生成される。パンデミックインフルエンザウイルス株は非ヒト種において生じることが多く、これがヒトへの種のバリアを越える。可能性のあるパンデミックインフルエンザ株の最近の例としては、遺伝子型４（Ｇ４）のユーラシア鳥類様（Eurasian avian-like、ＥＡ）Ｈ１Ｎ１ブタインフルエンザ株がある。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンは、そのような種を越えるパンデミック株、例えばＧ４ ＥＡ Ｈ１Ｎ１を指向するインフルエンザ成分を含み得る。パンデミックインフルエンザワクチンは一価であってもよく、パンデミック株を添加した三価ワクチンに基づいてもよい。一価のパンデミックインフルエンザワクチンが好ましい。
ユニバーサルインフルエンザワクチンを、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンに含ませるか、これを産生するために使用してよい。開発中のユニバーサルインフルエンザワクチンの例には、サブユニットワクチン及びプライミングＤＮＡワクチンと生存しているベクター化されたワクチンを含む２段階ワクチンが含まれる。
季節及びワクチンに含まれるＨＡ及び／又はＮＡの性質に応じて、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンのインフルエンザ成分はインフルエンザＡウイルスのヘマグルチニンサブタイプＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、又はＨ１６の１つ又は２つ以上に対して防御し得る。本発明は、インフルエンザＡウイルスのＮＡサブタイプＮ１、Ｎ２、Ｎ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ６、Ｎ７、Ｎ８、又はＮ９の１つ又は２つ以上に対して防御し得る。
本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンのインフルエンザ成分は、インフルエンザＡウイルス及び／又はインフルエンザＢウイルスを含む１つ又は２つ以上（例えば１、２、３、４、又はそれ以上）のインフルエンザ株に由来するＨＡ及び／又はＮＡ（又はそれらの免疫原性フラグメント）を含み得る。
インフルエンザのＨＡ及び／若しくはＮＡ又はインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンのインフルエンザ成分を形成するインフルエンザワクチンの供給源として使用するウイルスは、卵又は細胞培養で増殖させることができる。インフルエンザウイルスの増殖のための現在の標準的な方法は、特定病原体フリー（specific pathogen free、ＳＰＦ）の胚含有鶏卵を使用しており、ウイルスは卵の内容物（尿膜腔液）から精製される。しかし最近では、ウイルスは動物細胞の培養で増殖されており、速度及び患者のアレルギーの理由から、この増殖法の方が好ましい。卵に基づくウイルス増殖を使用する場合には、１つ又は２つ以上のアミノ酸をウイルスとともに卵の尿膜腔液に導入してよい。細胞培養を使用する場合には、ウイルス増殖の基質は典型的には哺乳動物起源の細胞株ということになる。適切な哺乳動物細胞の起源には、それだけに限定されないが、ハムスター、ウシ、霊長類（ヒト及びサルを含む）、及びイヌの細胞が含まれる。腎細胞、線維芽細胞、網膜細胞、肺細胞等の種々の細胞型を使用してよい。適切な細胞株には、それだけに限定されないが、ＭＤＣＫ；ＣＨＯ；２９３Ｔ；ＢＨＫ；Ｖｅｒｏ；ＭＲＣ－５；ＰＥＲ．Ｃ６；ＷＩ－３８等が含まれる。インフルエンザウイルスを増殖させるための好ましい哺乳動物細胞株にはMadin Darbyイヌ腎に由来するＭＤＣＫ細胞が含まれ、これは例えばAmerican Type Cell Culture（ＡＴＣＣ）コレクションからＣＣＬ－３４として入手可能である。ＭＤＣＫ細胞株の派生物も使用してよい。
ウイルスが哺乳動物細胞株で増殖した場合には、組成物は有利には卵タンパク質（例えばオボアルブミン及びオボムコイド）及びニワトリＤＮＡを含まず、したがってアレルギー性が低減される。
組成物及び治療適応症
本明細書に記載されるように、本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、を含むワクチン組成物がインフルエンザウイルスワクチンと成功裡に組み合わされて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とインフルエンザの両方に対する強固な抗体応答を生成することを実証した。すなわち、本発明は驚くべきことに、組合せワクチン製品の生産では一般的なワクチン成分抑制の予想される問題を全く伴わずに、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを産生することができることを実証した。
したがって、本発明は、本明細書に記載されるインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを提供する。本発明は、（ｉ）インフルエンザＨＡ抗原又はその免疫原性フラグメント、（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（特に少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント、及び任意に（iii）インフルエンザＮＡ抗原又はその免疫原性フラグメントを含む組成物を提供し、前記組成物はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）及びインフルエンザ（特にインフルエンザＨＡ及び任意にＮＡ）に対する免疫応答を誘起することができる。本発明は、そのような組成物のワクチンとしての使用も提供する。
本発明は、（ｉ）インフルエンザＨＡ抗原又はその免疫原性フラグメント、（iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原（特に少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）又はその免疫原性フラグメント、及び任意に（iii）インフルエンザＮＡ抗原又はその免疫原性フラグメントを含むワクチン組成物もまた提供する。ワクチン組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、担体、噴射剤、塩、及び／又は添加剤を含んでもよい。
本明細書に記載されるように、ワクチン組成物は、本発明によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも２つの異なる抗原若しくはその免疫原性フラグメント及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する少なくとも２つの異なる抗原若しくは免疫原性フラグメントをコードする少なくとも２つの異なるポリヌクレオチド分子を含んでよい。非限定的な例として、ワクチン組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードするポリヌクレオチド及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２膜タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含んでよい。
本明細書に記載されるように、ワクチン組成物は、本発明によるインフルエンザに由来する少なくとも２つの異なる抗原若しくはその免疫原性フラグメント及び／又はインフルエンザに由来する少なくとも２つの異なる抗原又は免疫原性フラグメントをコードする少なくとも２つの異なるポリヌクレオチド分子を含んでよい。典型的には、ワクチン組成物は、インフルエンザＨＡ抗原又はその免疫原性フラグメント及び任意にインフルエンザＮＡ抗原又はその免疫原性フラグメントを含む。本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンのインフルエンザ成分は典型的には全体の又は分割されたインフルエンザビリオンを含む、生存している（弱毒化された又はベクター化された）又は不活化されたインフルエンザワクチンによって提供されるので、他のインフルエンザ抗原も含まれ得る。
本発明は、（上述の通り）本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物を使用して患者における免疫応答を刺激又は誘起する方法も提供する。本発明のワクチン及び組成物は、典型的にはインフルエンザとＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫応答及び／又は防御を刺激又は誘起する。
対象における免疫応答を刺激又は誘起する前記方法は、（上述の通り）本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物を対象に投与するステップを含み得る。
治療的使用及び方法の文脈において、「対象」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザに対する免疫防御応答の刺激又は誘導から利益を得るであろう任意の動物対象である。典型的な動物種は、哺乳動物、例えば、霊長類、例えば、ヒトである。
すなわち、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症（ＣＯＶＩＤ－１９）及びインフルエンザ感染症を処置又は予防する方法を提供する。前記方法は、典型的には本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物のそれを必要とする対象への投与を含む。
本発明はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の予防又は処置における使用のための本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物を提供する。
本発明はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及びインフルエンザ感染症の予防又は処置のための医薬の製造のための、（ｉ）１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを発現する１つ又は２つ以上のポリヌクレオチド、発現コンストラクト、ウイルスベクター、ＤＮＡプラスミド、若しくはＲＮＡワクチン、又は１つ又は２つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメント、１つ又は２つ以上の本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン組成物、並びに（ii）好ましくは本明細書に記載されるインフルエンザワクチンの中に含まれるインフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント（及び任意にインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメント）の使用を提供する。
本明細書において使用される場合、「処置」又は「処置すること」という用語は、治療的又は防止的／予防的措置を含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及びインフルエンザ感染症の感染後の治療及び緩和を含む。用語「治療」及び「治療の」は、予防的治療を含む。
本明細書において使用される場合、「予防すること」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザによる感染症の開始を予防すること、及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザによる感染症の重症度若しくは強度を低減させることを含む。「予防すること」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザ感染による感染症に対する防御免疫を誘導又は提供することを含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザ感染による感染症に対する免疫は、任意の適切な技法を使用して定量化することができ、その例は、当該技術分野において公知である。
本発明の好ましい組成物は、有効性についてのＣＰＭＰ基準の１つ、２つ、又は３つを満たす。成人（１８～６０歳）においては、これらの基準は、（１）セロプロテクション７０％以上、（２）セロコンバージョン４０％以上、及び／又は（３）ＧＭＴの増加２．５倍以上である。高齢者（６０歳超）においては、これらの基準は、（１）セロプロテクション６０％以上、（２）セロコンバージョン３０％以上、及び／又は（３）ＧＭＴの増加２倍以上である。
これらの基準は、少なくとも５０名の患者を用いたオープンラベル試験に基づいている。
本明細書に定義される本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び又はインフルエンザによる感染症を処置又は予防するために、すでにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び／又はインフルエンザ感染による感染症と関連する状態又は症状を有している対象（典型的に、哺乳動物対象、例えば、ヒト又は他の霊長類）に投与され得る。例えば、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２若しくはインフルエンザと接触したことが疑われ得るか、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２若しくはインフルエンザと接触したことが判明しているが、依然として曝露の症状を示していない。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症をすでに有しているか、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症と関連する症状を示している対象（例えば、哺乳動物、例えば、ヒト又は他の霊長類）に投与されると、本明細書に定義される本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物は、１つ若しくは２つ以上の症状を治癒、遅延、その重症度を低減、若しくは軽減させること、並びに／又は対象の生存期間をそのような処置の非存在下において予測されるものを上回って延長させることができる。
あるいは、本明細書に定義される本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン又は組成物は、最終的にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び／又はインフルエンザに感染する可能性のある対象（例えば、哺乳動物、例えば、ヒト又は他の霊長類）に、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザの１つ若しくは２つ以上の症状を予防、治癒、遅延、その重症度を低減、若しくは軽減させるため、又は対象の生存期間をそのような処置の非存在下において予測されるものを上回って延長させるため、又は対象がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症を伝播させるのを防止するのを補助するために投与され得る。
本発明の処置及び予防的治療は、様々な異なる年齢の異なる対象に適用可能である。ヒトに関して、治療は、小児（例えば、乳児、５歳未満の子供、それより年上の子供、又はティーンエージャー）、並びに成人に適用可能である。他の動物対象（例えば、哺乳動物、例えば、霊長類）に関して、治療は、未成熟対象及び成熟／成体対象に適用可能である。本明細書において使用される場合、「予防すること」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／若しくはインフルエンザ感染症の開始を予防すること、並びに／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／若しくはインフルエンザ感染症の重症度若しくは強度を低減させることを含む。「予防すること」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症に対する防御免疫を誘導又は提供することを含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症に対する免疫は、任意の適切な技法を使用して定量化することができ、その例は、当該技術分野において公知である。
本明細書において使用される場合、「ワクチン」は、動物対象、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト又は他の霊長類）に投与されると、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症に対する防御免疫応答を刺激する、製剤である。免疫応答は、体液性及び／又は細胞媒介型の免疫応答であり得る。本発明のワクチンは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び／又はインフルエンザ感染症の作用から対象を防御するために使用され得る。
本明細書に記載されるように、現在までに利用可能な証拠は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の後の免疫は比較的短命であり得ることを示している。したがって、本発明は、ＣＯＶＩＤ－１９／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン、特に本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの規則的な反復投与によってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に対する免疫を増強する手段を提供する。この反復投与は、季節性インフルエンザのワクチン接種のための既存の公衆衛生プログラム／スケジュールを使用するか、これと一体化してよい。
したがって、本発明は、ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置及び／又は予防における使用のための本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを提供し、組合せワクチンは、約６ヶ月、約７ヶ月、約８ヶ月、約９ヶ月、約１０ヶ月、約１１ヶ月、約１２ヶ月、約１３ヶ月、約１４ヶ月、又は約１５ヶ月の間隔での投与のためである。好ましくは、組合せワクチンは、約１１ヶ月、約１２ヶ月、約１３ヶ月、最も好ましくは約１２ヶ月の間隔での投与のためである。本発明はまた、治療有効量の本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンをこれらの同じ間隔で前記対象に投与するステップを含む、インフルエンザとＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫を対象に付与する方法を提供する。本発明はまた、ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置及び／又は予防における使用のための医薬の製造における、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原又はその免疫原性フラグメント、及び任意にインフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントの使用を提供し、前記医薬は、これらの同じ間隔での投与のためである。
組合せワクチンは、本明細書に記載される間隔で、少なくとも２回、少なくとも５回、少なくとも１０回、少なくとも１５回、少なくとも２０回、又はそれ以上、投与してよい。
組合せワクチンは、本明細書に記載される間隔で、少なくとも２年、少なくとも５年、少なくとも１０年、又はそれ以上の期間、患者の寿命まで投与してよい。
医薬組成物及び製剤
「ワクチン」という用語は、本明細書において、「治療用／予防用組成物」、「製剤」、又は「医薬」と互換可能に使用される。
本発明のワクチン（上記に定義される）は、薬学的に許容される担体と組み合わせることができるか、又はそれに加えて投与することができる。代替として、又は追加として、本発明のワクチンは、さらに、塩、賦形剤、希釈剤、アジュバント、免疫調節剤、及び／又は抗微生物化合物のうちの１つ又は２つ以上と組み合わせることができる。
薬学的に許容される塩としては、無機酸、例えば、塩酸若しくはリン酸など、又は有機酸、例えば、酢酸、シュウ酸、酒石酸、マレイン酸などを用いて形成される、酸付加塩が挙げられる。遊離カルボキシル基を用いて形成される塩はまた、無機塩基、例えば、水酸化ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、又は第二鉄など、及びイソプロピルアミン、トリメチルアミン、２－エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基に由来し得る。
免疫原性組成物、治療用製剤、医薬、及び予防用製剤（例えば、ワクチン）の投与は、一般に、従来的な経路、例えば、静脈内、皮下、腹腔内、又は粘膜（特に鼻腔）経路によるものである。投与は、非経口注射、例えば、皮下、皮内、又は筋肉内注射によるものであってもよい。
したがって、本発明の免疫原性組成物、治療用製剤、医薬、及び予防用製剤（例えば、ワクチン）は、典型的に、液体溶液又は懸濁液のいずれかとして、注射用として調製される。注射の前に液体中の溶液又は懸濁液にするのに好適な固体形態が、代替として調製されてもよい。調製物はまた、乳化させてもよく、又はペプチドをリポソーム若しくはマイクロカプセルに封入してもよい。
活性免疫原性成分（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、そのフラグメント、前記スパイクタンパク質をコードする核酸、発現ベクター、ウイルスベクター、ＤＮＡプラスミド、ＲＮＡワクチン、融合タンパク質、及びワクチン組成物、並びに本明細書に記載されるインフルエンザＨＡ及び／又はＮＡ抗原又はインフルエンザワクチン）は、薬学的に許容可能であり活性成分と適合性のある担体、希釈剤、賦形剤、又は類似物と混合されることが多い。好適な賦形剤は、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、及びこれらの組合せである。加えて、所望される場合、ワクチンは、微量の補助物質、例えば、湿潤剤若しくは乳化剤、ｐＨ緩衝剤、及び／又はワクチンの有効性を増強させるアジュバントを含有してもよい。
一般に、担体、希釈剤、賦形剤、又は類似物は、薬学的に許容される担体である。薬学的に許容される担体の非限定的な例としては、水、生理食塩水、及びリン酸緩衝食塩水が挙げられる。いくつかの実施形態において、しかしながら、組成物は、凍結乾燥形態であり、その場合、これには、安定化剤、例えば、ＢＳＡが含まれ得る。いくつかの実施形態において、長期保管を促進するために、組成物を保存剤、例えば、チオメルサール又はアジ化ナトリウムとともに製剤化することが望ましい場合がある。
緩衝剤の例としては、コハク酸ナトリウム（ｐＨ６．５）並びにリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ、ｐＨ６．５及び７．５）が挙げられるが、これらに限定されない。
他の投与形態に好適である追加の製剤としては、坐剤、及び一部の事例では、経口製剤、又はエアロゾルとしての分配に好適な製剤が挙げられる。坐剤については、従来的な結合剤及び担体としては、例えば、ポリアルキレングリコール又はトリグリセリドを挙げることができ、そのような坐剤は、０．５％～１０％、好ましくは、１％～２％の範囲の活性成分を含有する混合物から形成され得る。
経口製剤には、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどといった通常利用される賦形剤が含まれる。これらの組成物は、溶液、懸濁液、錠剤、丸剤、カプセル、持続放出製剤、又は粉末の形態をとる。
アジュバント
従来のインフルエンザワクチンはアジュバントを含まないが、本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンは、アジュバントをさらに含んでよい。前記アジュバントは、細胞性（Ｔｈ１）及び／又は体液性（Ｔｈ２）免疫応答の刺激剤であり得る。
有効であり得る追加のアジュバントの例としては、フロイント完全アジュバント（complete Freunds adjuvant、ＣＦＡ）、フロイント不完全アジュバント（Incomplete Freunds adjuvant、ＩＦＡ）、サポニン、サポニンの精製抽出画分、例えば、Quil A、サポニンの派生物、例えば、ＱＳ－２１、サポニンに基づく脂質粒子、例えば、ＩＳＣＯＭ／ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、大腸菌熱不安定性毒素（labile toxin、ＬＴ）ミュータント、例えば、ＬＴＫ６３及び／又はＬＴＫ７２、水酸化アルミニウム、Ｎ－アセチル－ムラミル－Ｌ－スレオニル－Ｄ－イソグルタミン（ｔｈｒ－ＭＤＰ）、Ｎ－アセチル－ノル－ムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン（ＣＧＰ １１６３７、ノル－ＭＤＰと称される）、Ｎ－アセチルムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミニル－Ｌ－アラニン－２－（１’－２’－ジパルミトイル－ｓｎ－グリセロ－３－ヒドロキシホスホリルオキシ）－エチルアミン（ＣＧＰ １９８３５Ａ、ＭＴＰ－ＰＥと称される）、並びに細菌から抽出された３つの成分、モノホスホリルリピドＡ、トレハロースジミコレート及び細胞壁骨格（ＭＰＬ＋ＴＤＭ＋ＣＷＳ）を２％スクアレン／Tween ８０エマルション中に含むＲＩＢＩ、Novartis社によって開発されたＭＦ５９製剤、並びにGSK Biologicals社（Rixensart, Belgium）によって開発されたＡＳ０２、ＡＳ０１、ＡＳ０３、及びＡＳ０４アジュバント製剤が挙げられるが、これらに限定されない。典型的には本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの中に存在するアジュバントは、スクアレン水中油型エマルション、アルミニウム塩、及びモノホスホリルリピドＡ（monophosphoryl Lipid A、ＭＰＬ）から選択され得る。特に好ましいアジュバントには、Addavax（登録商標）、５％スクアレン（ＭＦ５９）、ＭＰＬ、及び水酸化アルミニウムとリン酸アルミニウムのゲルが含まれる。
キット
本発明は、任意に使用説明書とともに本発明のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを含むキットを提供する。いずれのアジュバントも組合せワクチンとは別にキットの中に含まれてもよく、組合せワクチンと組み合わせてもよい。キット内の組合せワクチンは即時使用可能（例えばアジュバントを含めて）であってよく、送達の時点でその場で調製する（例えばアジュバントを組み込む）ために準備済みであってもよい。このその場での処置によってアジュバントと抗原を使用時まで個別に保つことが可能になり、これは水中油型エマルションアジュバントを使用する場合に特に有用である。
本発明はまた、組合せワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分と組合せワクチンのインフルエンザ成分とを含む部品のキットを提供する。２つの成分は、キットの中で個別であってよい。いずれのアジュバントもキットの中に個別に含まれていてよく、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分又はインフルエンザ成分と組み合わせてもよい。そのような場合には、患者への投与の前に成分を混合してよく、成分を個別のままにして実質的に同じ時に又は同時に患者に投与してもよい。
本発明はまた、組合せワクチンのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分及びアジュバント、好ましくはスクアレン水中油型エマルション、アルミニウム塩若しくはＭＰＬ、より好ましくはAddavax（登録商標）、ＭＦ５９、ＭＰＬ、又は水酸化アルミニウムとリン酸アルミニウムのゲルを含む部品のキットを提供する。部品のキットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分及びアジュバントと既存のインフルエンザワクチン（その例は本明細書に記載している）とを組み合わせること及びインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを単一単位として投与すること又は混合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びアジュバントをインフルエンザワクチンと実質的に同じ時に又は同時に患者に投与することに関する使用説明書を含んでもよい。
キット中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分及び／又はインフルエンザ成分は、即時使用可能であってよく、送達の時点でその場で調製するために準備済みであってもよい。このその場での処置によってアジュバントとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分及び／又はインフルエンザ成分を使用時まで個別に保つことが可能になり、これは水中油型エマルションアジュバントを使用する場合に特に有用である。
ワクチンをその場で調製する場合には、その成分はキット内で物理的に互いに分離されており、この分離は種々の方法で達成することができる。例えば、２つの成分は分離された２つの容器、例えばバイアルに入っていてよい。次いで２つのバイアルの内容物は、例えば１つのバイアルの内容物を取り出してそれを他のバイアルに加えるか、両方のバイアルの内容物を個別に取り出してそれを第３の容器中で混合することによって、混合することができる。非限定的な例として、キット成分の１つはシリンジ内にあり、他はバイアル等の容器内にある。シリンジは、（例えば針とともに）その内容物を混合のために第２の容器に挿入するために使用することができ、混合物をシリンジの中に吸入することができる。混合されたシリンジの内容物は、典型的には新たな無菌の針を通して患者に投与することができる。１つの成分をシリンジの中に包装することによって、患者への投与のために別のシリンジを使用する必要がなくなる。さらなる非限定的な例として、ワクチンの２つの成分は、同じシリンジ、例えばデュアルチャンバーシリンジの中に一緒にしかし個別に保持される。シリンジを作動させると（例えば患者への投与の間に）、２つのチャンバーの内容物が混合される。この配置により、使用時における個別の混合ステップの必要性が避けられる。
ワクチンをその場で調製する場合（組合せワクチンをアジュバントと混合すること、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分とインフルエンザ成分とを任意にアジュバントと混合することによって）、その成分は一般に水性形態になる。一部の配置では、成分（典型的にはアジュバント成分よりむしろ組合せワクチン又は前記ワクチン中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２成分及び／若しくはインフルエンザ成分）は乾燥形態（例えば凍結乾燥形態）にあり、他の成分の１つ又は２つ以上は水性形態にある。成分は、乾燥成分を再活性化し、投与のための水性組成物を患者に与えるために、混合することができる。
配列相同性
限定されないが、グローバル方法、ローカル方法、及びハイブリッド方法、例えば、セグメントアプローチ方法などを含む、様々な配列アライメント方法のうちのいずれかを使用して、同一性パーセントを判定することができる。同一性パーセントを判定するプロトコールは、当業者の範囲内の慣例的な手順である。グローバル方法は、配列を、分子の開始部から末端へアライメントし、個々の残基ペアのスコアを合計し、ギャップペナルティを付与することによって、最良のアライメントを判定する。非限定的な方法としては、例えば、CLUSTAL W、例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position-Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22(22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照；並びに反復改良法、例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264(4) J. Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照、が挙げられる。ローカル方法は、入力配列の全てによって共有されている１つ又は２つ以上の保存されたモチーフを特定することによって、配列をアライメントする。非限定的な方法としては、例えば、マッチボックス、例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8(5) CABIOS 501 -509 (1992)を参照；Gibbsサンプリング、例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262(5131) Science 208-214 (1993)を参照；Align-M、例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M - A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20(9) Bioinformatics: 1428-1435 (2004)を参照、が挙げられる。
したがって、配列同一性パーセントは、従来的な方法によって判定される。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-19, 1992を参照されたい。簡単に述べると、ギャップ開始ペナルティ１０、ギャップ伸長ペナルティ１、及び以下に示されるHenikoff and Henikoff（同書）の「ｂｌｏｓｕｍ ６２」スコア付けマトリックス（アミノ酸は、標準的な一文字コードで示されている）を使用して、２つのアミノ酸配列を、アライメントスコアを最適化するようにアライメントする。
配列同一性を判定するためのアライメントスコア

同一性パーセントは、したがって、


として計算される。
実質的に相同なポリペプチドは、１つ又は２つ以上のアミノ酸置換、欠失、又は付加を有するとして特徴付けられる。これらの変更は、好ましくは、保存的アミノ酸置換（以下を参照されたい）である軽微な性質のもの、及びポリペプチドのフォールディング又は活性に有意に影響を及ぼさない他の置換；典型的には１個～約３０個のアミノ酸の小さな欠失、及び小さなアミノ又はカルボキシル末端の伸長、例えば、アミノ末端メチオニン残基、最大約２０～２５個の残基の小さなリンカーペプチド、又は親和性タグである。


保存的アミノ酸置換
２０個の標準的なアミノ酸に加えて、非標準的なアミノ酸（例えば、４－ヒドロキシプロリン、６－Ｎ－メチルリジン、２－アミノイソ酪酸、イソバリン、及びａ－メチルセリン）が、本発明のポリペプチドのアミノ酸残基と置換されてもよい。限定数の非保存的アミノ酸、遺伝子コードによってコードされないアミノ酸、及び非天然のアミノ酸が、本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原中のポリペプチドアミノ酸残基と置換されてもよい。本発明のポリペプチドはまた、天然に存在しないアミノ酸残基を含み得る。
天然に存在しないアミノ酸としては、限定することなく、トランス－３－メチルプロリン、２，４－メタノ－プロリン、シス－４－ヒドロキシプロリン、トランス－４－ヒドロキシ－プロリン、Ｎ－メチルグリシン、アロスレオニン、メチル－スレオニン、ヒドロキシ－エチルシステイン、ヒドロキシエチルホモ－システイン、ニトログルタミン、ホモグルタミン、ピペコリン酸、ｔｅｒｔ－ロイシン、ノルバリン、２－アザフェニルアラニン、３－アザフェニル－アラニン、４－アザフェニル－アラニン、及び４－フルオロフェニルアラニンが挙げられる。天然に存在しないアミノ酸残基をタンパク質に組み込むためのくつかの方法が、当該技術分野において公知である。例えば、ナンセンス変異が、化学的にアミノアシル化されたサプレッサーｔＲＮＡを使用して抑制される、インビトロ系を利用することができる。アミノ酸を合成し、ｔＲＮＡをアミノアシル化するための方法は、当該技術分野において公知である。ナンセンス変異を含むプラスミドの転写及び翻訳は、大腸菌Ｓ３０抽出物並びに市販入手可能な酵素及び他の試薬を含む、無細胞系において実施される。タンパク質は、クロマトグラフィーによって精製される。例えば、Robertson et al., J. Am. Chem. Soc. 113:2722, 1991；Ellman et al., Methods Enzymol. 202:301, 1991；Chung et al., Science 259:806-9, 1993；及びChung et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 10145-9, 1993)を参照されたい。第２の方法において、翻訳は、アフリカツメガエル卵母細胞において、変異させたｍＲＮＡ及び化学的にアミノアシル化したサプレッサーｔＲＮＡのマイクロインジェクションによって実施される（Turcatti et al., J. Biol. Chem. 271:19991-8, 1996）。第３の方法では、大腸菌細胞を、置き換えようとする天然のアミノ酸（例えば、フェニルアラニン）の非存在下、及び所望される天然に存在しないアミノ酸（例えば、２－アザフェニルアラニン、３－アザフェニルアラニン、４－アザフェニルアラニン、又は４－フルオロフェニルアラニン）の存在下において、培養する。天然に存在しないアミノ酸は、その天然の対応物の代わりに、ポリペプチドに組み込まれる。Koide et al., Biochem. 33:7470-6, 1994を参照されたい。天然に存在するアミノ酸残基は、インビトロでの化学的改変によって、天然に存在しない種に変換され得る。化学的改変は、置換の範囲をさらに拡大するために、部位指向性変異生成と組み合わせることができる（Wynn and Richards, Protein Sci. 2:395-403, 1993）。
限定数の非保存的アミノ酸、遺伝子コードによってコードされないアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、及び非天然のアミノ酸が、本発明のポリペプチドのアミノ酸残基と置換され得る。
本発明のポリペプチドにおける必須アミノ酸は、部位指向性変異生成又はアラニンスキャニング変異生成など、当該技術分野において公知の手順に従って特定することができる（Cunningham and Wells, Science 244: 1081-5, 1989）。生物学的相互作用の部位はまた、推定上の接触部位のアミノ酸の変異と併せて、核磁気共鳴、結晶学、電子回折、又は光親和性標識などの技法によって判定される構造の物理的分析によって、判定することができる。例えば、de Vos et al., Science 255:306-12, 1992；Smith et al., J. Mol. Biol. 224:899-904, 1992；Wlodaver et al., FEBS Lett. 309:59-64, 1992を参照されたい。必須アミノ酸の同一性はまた、本発明のポリペプチドの関連する構成成分（例えば、転位又はプロテアーゼ成分）との相同性の分析からも推測することができる。
公知の変異生成及びスクリーニング方法、例えば、Reidhaar-Olson and Sauer (Science 241 :53-7, 1988)又はBowie and Sauer (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2152-6, 1989)によって開示されているものを使用して、複数のアミノ酸置換を行い、試験することができる。簡単に述べると、これらの著者は、ポリペプチド内の２つ又は３つ以上の位置を同時にランダム化し、機能的ポリペプチドを選択し、次いで、変異生成したポリペプチドをスクリーニングして、それぞれの位置における許容可能な置換の範囲を判定するための方法を開示している。使用することができる他の方法としては、ファージディスプレイ（例えば、Lowman et al., Biochem. 30: 10832-7, 1991、Ladnerらの米国特許第５，２２３，４０９号、HuseのＷＩＰＯ国際公開第９２／０６２０４号）、及び領域指向性変異生成（Derbyshire et al., Gene 46:145, 1986、Ner et al., DNA 7:127, 1988）が挙げられる。
以下の実施例により、本発明を例証する。
［実施例］
三価の市販インフルエンザワクチン（Addavaxアジュバント付加）単独及びＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＨＥＫ細胞中で産生、ＲＢＤ－ＨＢｓコンジュゲート化及びAddavaxアジュバント付加）単独と、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン（Addavaxアジュバント付加）の免疫原性の比較
３種のワクチン製剤を調製した。
１．市販のインフルエンザワクチン３μｇ／ｍｌ（スプリット型）、Addavaxアジュバント付加（２０μｌ／ｍｌ）
２．ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＨＥＫ細胞中で産生、ＲＢＤ－ＨＢｓコンジュゲート化）３μｇ／ｍｌ、Addavaxアジュバント付加（２０μｌ／ｍｌ）
３．インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチン（各成分３μｇ／ｍｌ）Addavaxアジュバント付加（２０μｌ
５匹のＢａｌｂ／ｃマウスの３群に、それぞれ０．５ｍｌの上記ワクチンを接種した（０日目）。０日目及び１４日目にマウスから血清試料を採取した。
抗体力価を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＣＯＶＩＤ－１９抗原）の受容体結合ドメイン（receptor binding domain、ＲＢＤ）、並びにインフルエンザウイルスのＨ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、及びＢ抗原に対してＥＬＩＳＡによって測定した。インフルエンザ抗原に対する抗体力価を表１に示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対する抗体力価を表２に示す。全てのワクチンは、強力な抗体応答を誘発した。アジュバントを含むインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの使用により、インフルエンザとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の両方に対する強力な抗体応答を誘発することができ、成分抑制の証拠はなかった。
市販のインフルエンザワクチン（Vaxigrip）単独及びＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＨＢＳＡｇにコンジュゲートした完全サイズのスパイクタンパク質）単独とインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンの免疫原性の比較
ＨＢＳＡｇと全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の融合タンパク質（（ＥＡＡＡＫ）３リンカーを有する）を、ＨＥＫ細胞中で組換えによって発現させた。組換え発現は独立した２つの実験によって行い、実験１では５クローン、実験２では４クローンからの培地をプールし、図２に示すように融合タンパク質の発現について評価した。
５クローン（実験１）からのプールした培地をＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）ＨＢＳＡｇと指定した。４クローン（実験２）からのプールした培地をＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）ＨＢＳＡｇと指定した。
両方の融合タンパク質プールの全タンパク質含量をＢｒａｄｆｏｒｄアッセイによって決定し、全体積１００ｍｌで１ｍｇ／ｍｌに調整した。
Ｂａｌｂ／ｃマウスに、単独で又はVaxigripインフルエンザワクチンと組み合わせて、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）ＨＢＳＡｇ又はＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）ＨＢＳＡｇで免疫付与を行った。以下の表３に示すように、ＣＯＶＩＤ－１９／インフルエンザ／組合せワクチンを、アジュバントなしで、Alu-280アジュバント又はAdda-Vaxアジュバントとともに、投与した。
ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）又はＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）による免疫付与を、５０μｇ／用量（体積１００μｌ）を使用して行った。インフルエンザワクチンによる免疫付与は、１．５μｇ／用量（体積５０μｌ）を使用して行った。いずれかのアジュバントを使用した場合には、１：１ｖ／ｖのワクチン：アジュバントの体積比を使用した（アジュバント＋１ワクチンについて全量１００μｌ、又はアジュバント＋２ワクチンについて全量１５０μｌ）。マウスに０日目に免疫付与し、７日、１４日、及び２８日目に追加免疫付与を行った。血清試料は１４日目、及び４２日目の犠牲死の後に得た。免疫付与したマウスの脾臓も、犠牲死後の検査のために単離した。
抗体力価は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＣＯＶＩＤ－１９抗原）の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に対するＥＬＩＳＡによって測定した。以下の図３に示すように、全ての実験群（群１、３～９、及び１１）において、ＰＢＳ対照群（群１０）又はインフルエンザワクチン単独（群２）と比較して、観察可能な力価の抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ ＩｇＧがプライミング免疫付与の１４日後に存在していた。意義あることに、いずれのＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ融合タンパク質をインフルエンザワクチンとともに投与した場合も認識可能な成分抑制は観察されず、ＣＯＶＩＤ－１９／インフルエンザ組合せワクチンの臨床的有用性の可能性が支持された。図３がまた示すように、アジュバント、特にAdda-Vaxの使用により、特にＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）、及びＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）とVaxigripとの組合せについて、ＩｇＧの産生がさらに増大した。
ＥＬＩＳＡを使用して定量した抗ＣＯＶＩＤスパイクタンパク質ＩｇＧの力価（単独で又はVaxigripと組み合わせた）を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のみを含む同様の融合タンパク質であるＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓに対して産生されたＩｇＧと比較した。ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ単独についてのデータを図４Ａに示し、図４ＢでＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）と比較する。高い力価は、ＲＢＤ融合体を使用して得られた（図４Ｂ）。プライミング免疫付与の４２日後に抗体力価を再び測定した。再び、１４日目に、全ての実験群（群１、３～９、及び１１）において、ＰＢＳ対照群（群１０）又はインフルエンザワクチン単独（群２）と比較して、観察可能な力価の抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ ＩｇＧがプライミング免疫付与の１４日後に存在していた。意義あることに、いずれのＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ融合タンパク質をインフルエンザワクチンとともに投与した場合も認識可能な成分抑制は観察されず、ＣＯＶＩＤ－１９／インフルエンザ組合せワクチンの臨床的有用性の可能性が支持された。まさに、群３（ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）及びVaxigripで免疫付与）の抗ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ ＩｇＧの力価は、群１（ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）単独で免疫付与）より大きかった。

図５がまた示すように、アジュバント、特にAdda-Vaxの使用により、特にＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）単独について、又はVaxigripとの組合せで、ＩｇＧの産生がさらに増大した。
ＥＬＩＳＡを使用して定量した抗ＣＯＶＩＤスパイクタンパク質ＩｇＧの力価（単独で又はVaxigripと組み合わせた）を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のみを含む同様の融合タンパク質であるＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓに対して産生されたＩｇＧと比較した。４２日目におけるＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ単独についてのデータを図５Ａに示し、図５ＢでＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０２－０１（５ｘ）及びＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）と比較する。最高の力価はＲＢＤ融合体を使用して得られた（図５Ｂ）が、高い力価はAdda-Vaxとともに製剤化した場合のVaxigripと組み合わせたＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ Ｄ８－ＳＡ０１－０１－０１（４ｘ）で維持された。
これらの実験により、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質融合体を含むワクチン組成物をインフルエンザウイルスワクチンと成功裡に組み合わせることができ、組合せワクチン製品の生産では一般的なワクチン成分抑制の予想される問題がないことが実証された。したがって、前記組合せワクチンを使用する中和アッセイを計画した。
市販のインフルエンザワクチン（Vaxigrip）単独及びＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＨＢＳＡｇにコンジュゲートした完全サイズのスパイクタンパク質）単独とインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９組合せワクチンを比較する中和アッセイ
それぞれの抗体に対する中和抗体を生成する本発明のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２融合タンパク質、インフルエンザワクチン、及びＣＯＶＩＤ－１９－インフルエンザ組合せワクチンの能力は、細胞変性効果に基づくミクロ中和アッセイ（micro-neutralisation assays based on cytopathic effect、ＭＮ－ＣＰＥ）を使用して試験することができる。
５匹のＢａｌｂ／ｃマウスの群に、それぞれ０．５ｍｌの上記ワクチンを接種した（０日目）。０日目、１４日目、及び４２日目にマウスから血清試料を採取した。
１．市販のインフルエンザワクチン（例えばVaxigrip）
２．Ｃｏｖｉｄ－１９ワクチン（例えばＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓ）
３．インフルエンザ－Ｃｏｖｉｄ－１９組合せワクチン
これらはアジュバント（例えばAddavax）あり又はなしで繰り返すことができる。
Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞を９６ウェルプレートに播種し、サブコンフルエンシーに達するように培養する。
標準的なタイトレーションアッセイを使用してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の力価を計算し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１０倍の段階希釈（ｌｏｇ１０）を調製する。あるいは、３．１６倍の段階希釈（０．５Ｌｏｇ１０）を行うことができる。
段階希釈したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、９６ウェルプレート中のコンフルエントなＶｅｒｏ細胞に添加する。プレートの１つのカラムを細胞対照としてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で処理しないでおく。さらに、既知のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的中和抗体を含む試料を陽性対照として使用し、ヒト又は動物の欠失した試料（例えばヒト血清マイナスＩｇＡ／ＩｇＭ／ＩｇＧ）を陰性対照として使用することができる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を添加した後、プレートを３７°Ｃ、５％ＣＯ２中で３日間、インキュベートする（インキュベーション期間はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の株及びバリアントに応じて変動し得る）。インキュベーションの後、倒立顕微鏡下にプレートを観察し、ウェルをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陽性（すなわちＣＰＥが観察される）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について陰性（すなわち細胞は生存しており、ＣＰＥがない）とスコア付けする。
５０％組織培養感染用量（50% tissue culture infectious dose、ＴＣＩＤ５０）が計算されれば、ＭＮ－ＣＰＥアッセイを行うことができる。
ＭＮ－ＣＰＥのために、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞を培養し、前のように９６ウェルプレートに播種する。ワクチン接種したマウスからの血清試料を５６±１℃で３０分±１０分、熱処理する。処置したマウスからの血清試料を最初に１：１０で段階希釈し、次いでプレートの列にわたって２倍段階希釈を行う。所望のウイルス力価（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について１プレート、インフルエンザについて１プレート）をプレートの各ウェルに添加し、その後にプレートを３７±１℃、５±１％ＣＯ２で１時間、インキュベートする。次いでウイルス－血清混合物を前培養したサブコンフルエントなＶｅｒｏ Ｅ６細胞に添加し、プレートを３７±１℃、５±１％ＣＯ２で３日間、インキュベートする（インキュベーション期間はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の株及びバリアントに応じて変動し得る）。
ミクロ中和力価（microneutralisation titre、ＭＮｔ）は、細胞の少なくとも５０％をＣＰＥから防御する最大の試料希釈倍率の逆数である。中和が観察されない場合には、ＭＮｔは１０未満と仮定され、これは検出の下限未満である。
ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓで処置したマウスに由来する血清は、Ｖｅｒｏ細胞においてＣＰＥの効果的な中和及び阻害を実証している。同様に、インフルエンザワクチンで処置したマウスは、インフルエンザに対する中和活性を有する血清を産生する。ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－Ｃｏｖ－Ｓとインフルエンザワクチンの組合せでマウスを処置した場合には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とインフルエンザの両方に対する中和が達成され、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とインフルエンザの組合せワクチンを使用した場合に成分抑制がないことを実証している。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤフラグメントワクチンとインフルエンザワクチンの組合せを使用して実験を繰り返す。再び、成分抑制は観察されない。
配列情報
配列番号１ － ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のアミノ酸配列
スパイクタンパク質のＲＤＢドメイン（残基３１９～５２９）が、下線で示されている。

配列番号２ － 大腸菌における発現のために最適化されており、SacI及びNotI単一クローニング部位を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列。

５’ SacI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
ＡＴＧ開始コドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号２の核酸配列は、翻訳されて、配列番号１の天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質が生じる。
配列番号３ － 大腸菌における発現のために最適化されており、SacI及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＥＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸。



５’ SacI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
ＨＥＶ（ｐ２３９フラグメント）配列が、大文字で示されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする配列が、小文字で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
配列番号４ － コマガタエラ・パストリスにおける発現のために最適化されており、BstB1及びNotI単一クローニング部位を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列。

５’ BstBI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
５’ SacIの直後に、ＡＣＧコドンがある（コーディング配列が、ＡＣＧの直後にあるＡＴＧ開始コドンとインフレームになるようにするために必要である）。これらの２つのコドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号４の核酸配列は、翻訳されて、配列番号１の天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質が生じる。
配列番号５ － Ｋ．パストリスにおける発現のために最適化されており、BstB1及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＰＶ１８Ｌ１／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸。
５’ BstBI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
ＨＰＶ１８Ｌ１配列が、小文字で示されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする配列が、大文字で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
５’ BstBIの直後に、ＡＣＧコドンがある（コーディング配列が、ＡＣＧの直後にあるＡＴＧ開始コドンとインフレームになるようにするために必要である）。これらの２つのコドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号６ － Ｋ．パストリスにおける発現のために最適化されており、BstB1及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＰＶ１６Ｌ１／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸。
５’ BstBI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
ＨＰＶ１６Ｌ１配列が、小文字で示されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする配列が、大文字で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
５’ BstBIの直後に、ＡＣＧコドンがある（コーディング配列が、ＡＣＧの直後にあるＡＴＧ開始コドンとインフレームになるようにするために必要である）。これらの２つのコドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号７ － ヒト（２９３Ｆ）における発現のために最適化されており、NheI及びNotI単一クローニング部位を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列。

５’ NheI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
５’ NheIの直後に、ＧＡＣコドンがある（コーディング配列が、ＧＡＣの直後にあるＡＴＧ開始コドンとインフレームになるようにするために必要である）。これらの２つのコドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号７の核酸配列は、翻訳されて、配列番号１の天然のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質が生じる。
配列番号８ － ヒト（２９３Ｆ）における発現のために最適化されており、NheI及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＢＳＡｇ／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸。
５’ NheI単一クローニング部位が、一本線の下線で示されている。
ＨＳＢＡｇ配列が、小文字で示されている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする配列が、大文字で示されている。
３’ NotI単一クローニング部位が、破線の下線で示されている。
５’ NheIの直後に、ＧＡＣコドンがある（コーディング配列が、ＧＡＣの直後にあるＡＴＧ開始コドンとインフレームになるようにするために必要である）。これらの２つのコドンが、太字の斜体で示されている。
配列番号９ － 配列番号３に対応するアミノ酸配列
（大腸菌における発現のために最適化されており、SacI及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＥＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質。）
配列番号１０ － 配列番号５に対応するアミノ酸配列
（Ｋ．パストリスにおける発現のために最適化されており、BstB1及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＰＶ１８Ｌ１／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質。）
配列番号１１ － 配列番号６に対応するアミノ酸配列
（Ｋ．パストリスにおける発現のために最適化されており、BstB1及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＰＶ１６Ｌ１／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質。）
配列番号１２ － 配列番号８に対応するアミノ酸配列
（ヒト（２９３Ｆ）における発現のために最適化されており、NheI及びNotI単一クローニング部位を含む、融合タンパク質ＨＢＳＡｇ／ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質。）
配列番号１３ － ＲＢＤ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列
開始ＡＴＧ（太字）の前にＫＯＺＡＣ配列が追加されている（ｇｃｃ ａｃｃ、下線）。
NotIの前に分泌型形態ｔｇａ ｔａａが追加されており（二重下線）、このｔｇａ ｔａａ配列は、タンパク質合成を妨害する「２停止コドン」モチーフであり、細胞外培地への分泌を促進する（以下に記載されるように、他の配列にも含まれる）。
固有の制限部位が、それぞれ、５’末端のNheI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
配列番号１４ － ２９３Ｆ（ＨＥＫ）細胞における発現のためにヒトコドン最適化されている、ＲＢＤ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列。
開始ＡＴＧ（太字）の前にＫＯＺＡＣ配列が追加されている（ｇｃｃ ａｃｃ、下線）。
NotIの前に、分泌型形態のｔｇａ ｔａａが付加されている（二重下線）。
固有の制限部位が、それぞれ、５’末端のNheI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
配列番号１５ － 配列番号１３及び１４に対応するＲＢＤ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のアミノ酸配列

配列番号１６ － 剛性ＥＡＡＡＫリンカーのコンセンサスアミノ酸配列
Ａ（ＥＡＡＡＫ）ｎＡ（ｎ＝２～５）

配列番号１７ － 剛性（ＥＡＡＡＫ）３リンカーの核酸配列
配列番号１８ － 剛性（ＥＡＡＡＫ）３リンカーのアミノ酸配列

EAAAKEAAAKEAAAK
配列番号１９ － 可動性ＧＳｎリンカーのコンセンサスアミノ酸配列
（Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎ（ｎ＝１～６）
配列番号２０ － 可動性ＧＳ５（（ＧＧＧＧＳ）１）リンカーのアミノ酸配列
GGGGS
配列番号２１ － 可動性ＧＳ１０（（ＧＧＧＧＳ）２）リンカーのアミノ酸配列
GGGGSGGGGS
配列番号２２ － 可動性ＧＳ１５（（ＧＧＧＧＳ）３）リンカーの核酸配列
GGT GGT GGT GGT AGC GGT GGT GGC GGT TCA GGT GGC GGT GGT TCA
配列番号２３ － 可動性ＧＳ１５（（ＧＧＧＧＳ）３）リンカーのアミノ酸配列
GGGGSGGGGSGGGGS
配列番号２４ － 可動性ＧＳ２０（（ＧＧＧＧＳ）４）リンカーのアミノ酸配列
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
配列番号２５ － 可動性ＧＳ２５（（ＧＧＧＧＳ）５）リンカーのアミノ酸配列
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

配列番号２６ － ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤの核酸配列
開始ＡＴＧ（太字）の前にＫＯＺＡＣ配列が追加されている（ｇｃｃ ａｃｃ、下線）。
NotIの前に、分泌型形態のｔｇａ ｔａａが付加されている（二重下線）
固有の制限部位が、それぞれ、５’末端のNheI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
太字及び点線の下線で示される配列は、（ＥＡＡＡＫ）３リンカーに対応する。
配列番号２７ － ２９３ｆ（ＨＥＫ）細胞における発現のためにヒトコドン最適化されている、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤの核酸配列
開始ＡＴＧ（太字）の前にＫＯＺＡＣ配列が追加されている（ｇｃｃ ａｃｃ、下線）。
NotIの前に、分泌型形態のｔｇａ ｔａａが付加されている（二重下線）
固有の制限部位が、それぞれ、５’末端のNheI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
太字及び点線の下線で示される配列は、（ＥＡＡＡＫ）３リンカーに対応する。
配列番号２８ － 配列番号２６及び２７に対応する、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－ＲＢＤのアミノ酸配列
（ＥＡＡＡＫ）３リンカーが、下線で示されている。
配列番号２９ － ＨＥＶ－ＧＳ１５－ＲＢＤの核酸配列
開始ＡＴＧ（太字）。
固有制限部位が、それぞれ、５’末端のSacI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
NotIの前に、分泌型形態のｔｇａ ｔａａが付加されている（二重下線）
太字及び点線の下線で示される配列は、ＧＳ１５リンカーに対応する。
配列番号３０ － 大腸菌における発現のために最適化されたＨＥＶ－ＧＳ１５－ＲＢＤの核酸配列
開始ＡＴＧ（太字）。
NotIの前に、分泌型形態のｔｇａ ｔａａが付加されている（二重下線）。
固有制限部位が、それぞれ、５’末端のSacI及び３’末端NotIに付加されている（破線の下線）。
太字及び点線の下線で示される配列は、ＧＳ１５リンカーに対応する。
配列番号３１ － 配列番号２９及び３０に対応する、ＨＥＶ－ＧＳ１５－ＲＢＤのアミノ酸配列
ＧＳ１５リンカーが、下線で示されている。
配列番号３２ － ２９３ｆ（ＨＥＫ）細胞における発現のためにヒトコドン最適化されている、ＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ）３－全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の核酸配列

開始ＡＴＧ（太字）の前にＫＯＺＡＣ配列が追加されている（ｇｃｃ ａｃｃ、下線）。
太字及び点線の下線で示される配列は、（ＥＡＡＡＫ）３リンカーに対応する。
配列番号３３ － 配列番号３２に対応するＨＢＳＡｇ－（ＥＡＡＡＫ） ３－全長２０１９－ｎＣｏＶスパイクタンパク質のアミノ酸配列
（ＥＡＡＡＫ）３リンカーは、下線で示されている。

Claims (18)

  1. （ａ）インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）又はその免疫原性フラグメント；及び
    （ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ若しくは２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメント
    を含む、インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンであって、前記抗原が、インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫応答及び防御を誘起することができる、前記インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  2. インフルエンザノイラミニダーゼ（ＮＡ）又はその免疫原性フラグメントをさらに含む、請求項１に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  3. （ａ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントが：
    （ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれる；
    （ii）組換えＨＡ若しくはその免疫原性フラグメントである；
    （iii）ＨＡ若しくはその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質である；又は
    （iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされる；及び／あるいは
    （ｂ）インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが：
    （ｉ）不活化インフルエンザビリオンに含まれる；
    （ii）組換えＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントである；
    （iii）ＮＡ若しくはその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質である；又は
    （iv）ＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされる；及び／あるいは
    （ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントが：
    （ｉ）少なくとも１つの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントである；
    （ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む、少なくとも１つの融合タンパク質である；
    （iii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む、少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）である；
    （iv）組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドである；又は
    （ｖ）少なくとも１つのＲＮＡ若しくはＤＮＡワクチンによってコードされる；
    請求項１又は２に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  4. インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントと、インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントとが、不活化インフルエンザビリオンに含まれ、かつ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントが、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つの融合タンパク質、又は（ii）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質若しくはその免疫原性フラグメントを含む少なくとも１つのウイルス様粒子（ＶＬＰ）である、請求項１～３のいずれかに記載のインフルエンザＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  5. （ａ）インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントが、生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれる；
    （ｂ）インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントが、生弱毒化インフルエンザビリオンに含まれる；及び／又は
    （ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントが、生ウイルスベクターに含まれる、
    請求項１又は２に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  6. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ若しくは２つ以上の抗原又はその免疫原性フラグメントを含む生ウイルスベクターが、
    （ａ）アデノウイルスベクター；
    （ｂ）麻疹ウイルスベクター；
    （ｃ）おたふく風邪ウイルスベクター；
    （ｄ）風疹ウイルスベクター；
    （ｅ）水痘ウイルスベクター；
    （ｆ）ポリオウイルスベクター；又は
    （ｇ）黄熱病ウイルスベクター
    である、請求項５に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  7. アジュバントをさらに含む、請求項１～６のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  8. アジュバントが、細胞性（Ｔｈ１）及び／又は液性（Ｔｈ２）免疫応答の刺激因子である、請求項７に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  9. アジュバントが、スクアレン水中油型エマルション、アルミニウム塩、又はモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）を含む、請求項１～８のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  10. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原が、
    （ａ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；
    （ｂ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含む融合タンパク質；
    （ｃ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを含むＶＬＰ；
    （ｄ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド；あるいは
    （ｅ）配列番号１と少なくとも９０％の同一性を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来するスパイクタンパク質、又は前記スパイクタンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメントを発現するウイルスベクター、ＲＮＡワクチン、若しくはＤＮＡプラスミド；
    から選択され、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の前記フラグメントが、好ましくは配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含んでもよいか、又はそれからなってもよい、請求項１～９のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  11. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含む融合タンパク質であり、
    （ａ）Ｂ型肝炎表面抗原、又は前記Ｂ型肝炎表面抗原と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；
    （ｂ）ＨＰＶ１８ Ｌ１タンパク質、又は前記ＨＰＶ１８ Ｌ１タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；
    （ｃ）Ｅ型肝炎Ｐ２３９タンパク質、又は前記Ｅ型肝炎Ｐ２３９タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；及び／あるいは
    （ｄ）ＨＰＶ１６ Ｌ１タンパク質、又は前記ＨＰＶ Ｌ１タンパク質と共通の抗原交差反応性を有するそのフラグメント；
    をさらに含む、請求項１～１０のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  12. （ａ）融合タンパク質が、配列番号３、５、６、８、２６、２７、２９、３０又は３２のいずれか１つと少なくとも９０％の同一性を有する核酸配列を含むか、又はそれからなるポリヌクレオチドによってコードされる；及び／あるいは
    （ｂ）融合タンパク質が、配列番号９、１０、１１、１２、２８、３１又は３３のいずれか１つと少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれからなる；
    請求項１１に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  13. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する１つ又は２つ以上の抗原が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその免疫原性フラグメントを含むＶＬＰであり、前記ＶＬＰが請求項１１又は１２に定義されるように融合タンパク質を含むか、又はそれからなる、請求項１～１２のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  14. インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメントと、インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントとが、
    （ａ）季節性インフルエンザワクチン、特に、季節性３価インフルエンザワクチン又は季節性４価インフルエンザワクチン；
    （ｂ）１価パンデミックインフルエンザワクチン；あるいは
    （ｃ）ユニバーサルインフルエンザワクチン；
    に含まれる、請求項１～１３のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  15. ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置並びに／又は予防の方法での使用のための、請求項１～１４のいずれかに記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン。
  16. ＣＯＶＩＤ－１９及びインフルエンザの処置及び／又は予防における使用のための医薬の製造における、インフルエンザＨＡ又はその免疫原性フラグメント；及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する抗原又はその免疫原性フラグメント、並びに任意で、インフルエンザＮＡ又はその免疫原性フラグメントの使用であって、前記医薬が、請求項１～１４のいずれかに定義されるインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンである、前記使用。
  17. インフルエンザ及びＣＯＶＩＤ－１９の両方に対する免疫を対象に付与する方法であって、請求項１～１４のいずれかに定義される治療有効量のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンを前記対象に投与するステップを含む、前記方法。
  18. インフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチンが、１０～１４ヶ月の間隔で投与され、任意で約１２ヶ月の間隔で投与される、請求項１５に記載のインフルエンザ－ＣＯＶＩＤ－１９混合ワクチン、請求項１６に記載の使用、又は請求項１７に記載の方法。
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