JP2023528477A - ポリデオキシヌクレオチド合成のための改変された鋳型非依存的酵素 - Google Patents
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Abstract
本発明は、鋳型を使用せずに、除去可能な3’-O-遮断部分を含むヌクレオチドを核酸イニシエータに結合させることができる、改変された末端ヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)等のポリメラーゼを同定するための方法を含む。本発明は、同定されたポリメラーゼ、および所定のオリゴヌクレオチド配列のde novo合成のためにこのポリメラーゼを使用する方法をさらに含む。 本発明の方法は、選択されたヌクレオチドの制御された付加のために、3’-O-遮断ヌクレオチドアナログおよびエビアルカリホスファターゼ(SAP)を使用した核酸合成を含む。
Description
関連出願
本出願は、その内容が参照により本明細書に組み込まれる、2020年6月3日に出願された米国特許出願第16/891,449号に対する優先権およびその利益を主張する。
本出願は、その内容が参照により本明細書に組み込まれる、2020年6月3日に出願された米国特許出願第16/891,449号に対する優先権およびその利益を主張する。
発明の分野
本発明は、鋳型の使用を伴わない、所望の配列を有するポリヌクレオチドのde novo合成のための改変された酵素に関する。そのようなものとして、本発明は、研究、遺伝子操作および遺伝子療法のための、変動する配列および変動する長さのポリヌクレオチドのライブラリーを作製する能力を提供する。
本発明は、鋳型の使用を伴わない、所望の配列を有するポリヌクレオチドのde novo合成のための改変された酵素に関する。そのようなものとして、本発明は、研究、遺伝子操作および遺伝子療法のための、変動する配列および変動する長さのポリヌクレオチドのライブラリーを作製する能力を提供する。
背景
大部分のde novo核酸配列は、30年よりも前に開発された固相ホスホルアミダイト技法を使用して合成される。この技法は、天然(または非天然)核酸塩基に対応するホスホルアミダイト試薬から築かれた配列の逐次の脱保護および合成が関与する。しかし、200塩基対(bp)を超える長さの核酸は、高い比率の切断および副反応を経験するという点において、ホスホルアミダイト核酸合成は、長さが限定されている。その上、ホスホルアミダイト合成は、毒性副産物を産生し、この廃棄物の処分は、核酸合成機の利用能を限定し、契約オリゴ産生のコストを増加させる(オリゴヌクレオチド合成の年間需要は、アセトニトリル、トリクロロ酢酸、トルエン、テトラヒドロフランおよびピリジンを含む、300,000ガロンを超える有害な化学廃棄物の原因となることが推定される。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、LeProust et al., Nucleic Acids Res., vol. 38(8), p.2522-2540, (2010)を参照されたい)。よって、オリゴヌクレオチド合成のためのより効率的でかつ対費用効果の高い方法の必要がある。
大部分のde novo核酸配列は、30年よりも前に開発された固相ホスホルアミダイト技法を使用して合成される。この技法は、天然(または非天然)核酸塩基に対応するホスホルアミダイト試薬から築かれた配列の逐次の脱保護および合成が関与する。しかし、200塩基対(bp)を超える長さの核酸は、高い比率の切断および副反応を経験するという点において、ホスホルアミダイト核酸合成は、長さが限定されている。その上、ホスホルアミダイト合成は、毒性副産物を産生し、この廃棄物の処分は、核酸合成機の利用能を限定し、契約オリゴ産生のコストを増加させる(オリゴヌクレオチド合成の年間需要は、アセトニトリル、トリクロロ酢酸、トルエン、テトラヒドロフランおよびピリジンを含む、300,000ガロンを超える有害な化学廃棄物の原因となることが推定される。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、LeProust et al., Nucleic Acids Res., vol. 38(8), p.2522-2540, (2010)を参照されたい)。よって、オリゴヌクレオチド合成のためのより効率的でかつ対費用効果の高い方法の必要がある。
LeProustら、Nucleic Acids Res.(2010)38(8)2522~2540
概要
本発明は、鋳型の非存在下でオリゴヌクレオチドのde novo合成のために使用することができる、改変された末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)酵素を開示する。
コンピュータによるガイダンスおよび飽和変異誘発の組合せと、機能的な変異体を同定するためのその後のスクリーニングにより、鋳型非依存的ポリメラーゼを創出するための方法も開示される。ネイティブTdT酵素は、非効率的であるか、または鋳型非依存的合成スキームにおいて使用される異なる遮断ヌクレオチドアナログを取り込むことが完全に不可能である。本発明は、特に、3’-O遮断基を有する遮断ヌクレオチドアナログに対して酵素の機能性を拡大する様々なTdT改変を提供する。特に、本発明の改変されたTdTは、3’-O-リン酸遮断ヌクレオチドアナログを取り込むために使用することができるが、野生型TdTはそれを行うことができない可能性がある。
本発明は、鋳型の非存在下でオリゴヌクレオチドのde novo合成のために使用することができる、改変された末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)酵素を開示する。
コンピュータによるガイダンスおよび飽和変異誘発の組合せと、機能的な変異体を同定するためのその後のスクリーニングにより、鋳型非依存的ポリメラーゼを創出するための方法も開示される。ネイティブTdT酵素は、非効率的であるか、または鋳型非依存的合成スキームにおいて使用される異なる遮断ヌクレオチドアナログを取り込むことが完全に不可能である。本発明は、特に、3’-O遮断基を有する遮断ヌクレオチドアナログに対して酵素の機能性を拡大する様々なTdT改変を提供する。特に、本発明の改変されたTdTは、3’-O-リン酸遮断ヌクレオチドアナログを取り込むために使用することができるが、野生型TdTはそれを行うことができない可能性がある。
本発明の方法は、選択されたヌクレオチドの制御された付加のために、3’-O-遮断ヌクレオチドアナログおよびエビアルカリホスファターゼ(SAP)を使用した核酸合成を含む。
本発明の酵素および方法を使用して、より速くかつより安く、de novoポリヌクレオチドを合成することが可能となるであろう。そのようなものとして、本発明は、カスタム核酸を合成する全体的なコストを劇的に低下させる。特に、本方法を使用して、改変された3’ヒドロキシル遮断ヌクレオチドを使用した段階的様式でカスタムオリゴを合成することができる、鋳型非依存的トランスフェラーゼを創出することができる。末端基が原因で、合成は、新たな塩基のそれぞれの付加により休止し、その際、末端基は切断され、天然に存在するヌクレオチドと本質的に同一である(すなわち、さらなるヌクレオチド取込みのための基質として酵素によって認識される)ポリヌクレオチドを残す。
酵素は、水相の鋳型非依存的オリゴヌクレオチド合成を可能にするであろうことから、本発明の方法および酵素は、合成生物学における重要な一歩前進を表す。斯かる方法は、より長いポリヌクレオチドの産生を可能にしつつ、オリゴヌクレオチド合成の際に産生される化学廃棄物を大幅に低下させるであろうという点において、先行技術を上回る改善を表す。さらに、本方法は、化学的プロセスを生物学的プロセスに置き換えるため、コストは低下され、自動合成系の複雑さも低下されるであろう。ある実施形態では、単純な5試薬送達系を使用して、段階的様式でオリゴヌクレオチドを築くことができ、未使用の試薬をリサイクルすることができるであろう。
発明の説明
本発明は、核酸アナログと共に使用することができる改変された酵素を提供することにより、DNA等のポリヌクレオチドの合成を容易にする。開示されている方法を使用して、de novoオリゴデオキシヌクレオチドの酵素により媒介された合成を可能にし、これにより、遺伝子合成のための慣用的なアセンブリーにおけるその使用を可能にする、改変された鋳型非依存的末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)が得られる。本発明の酵素は、固体支持体において所定の配列のポリヌクレオチドを合成する、水性に基づく酵素媒介方法に役立つ。
本発明は、核酸アナログと共に使用することができる改変された酵素を提供することにより、DNA等のポリヌクレオチドの合成を容易にする。開示されている方法を使用して、de novoオリゴデオキシヌクレオチドの酵素により媒介された合成を可能にし、これにより、遺伝子合成のための慣用的なアセンブリーにおけるその使用を可能にする、改変された鋳型非依存的末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)が得られる。本発明の酵素は、固体支持体において所定の配列のポリヌクレオチドを合成する、水性に基づく酵素媒介方法に役立つ。
本発明の改変された酵素は、3’-O-遮断dNTPアナログが、ステップ・バイ・ステップの方法において使用されて、開始核酸を使用者が定義した配列へと伸長させることを可能にするであろう(図2を参照)。さらに、各ヌクレオチド伸長ステップの後に、反応物を、固体支持体から回収およびリサイクルして、本来の試薬リザーバーに戻すことができる。このステップが完了したら、3’-O-遮断基が除去され、サイクルを新たに始めることができるであろう。n回のサイクルの伸長-回収-遮断解除-洗浄の終了時に、全長の一本鎖ポリデオキシヌクレオチドが、固体支持体から切断され、その後の使用のために単離されるであろう。種々の3’-O-遮断デオキシヌクレオチドを使用することができるが、特異的な3’-O-遮断基の選択が、1)TdTによる基質利用を最大化するための最小の可能なバルク、および2)最も短い期間での最も穏和なかつ好ましくは水性条件による遮断基の除去によって指示される。
このアプローチによるコスト節約は、既存の産業標準として現在使用されているものよりも低い出発スケール(すなわち、1ナノモル未満)で、より高い収量の最終オリゴヌクレオチド生成物を活用することにより達成されるであろう。アレイに基づくフォーマットへとこの酵素アプローチを将来的に適応させると、高度に並行した合成によって達成可能な長いオリゴヌクレオチドの合成コストの、さらに大幅でより劇的な低下を可能にするであろう。さらに、本発明者らが提唱する酵素合成プロセスは、緩衝液および塩等の水性に基づく化学のみを使用し、よって、既存のホスホルアミダイト方法によって生成される有機廃棄物の環境負荷を大幅に低下させる。
本発明の方法を使用して、末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)を改変することができるが、同様の方法により他の酵素を改変することができる。TdTは、鋳型非依存的重合における一本鎖開始プライマーを使用した3’-伸長活性が可能であるため、成功した出発酵素である可能性がある。しかし、本明細書に記載されている発明よりも前に、鋳型の非存在下で酵素によって一本鎖オリゴヌクレオチドに取り込まれる3’-O-遮断ヌクレオチドの報告は存在しなかった。実際に、ChangおよびBollumが報告した通り、3’-ヒドロキシル基の置換は、利用できるトランスフェラーゼ酵素の完全な不活性をもたらす。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Chang and Bollum, "Molecular Biology of Terminal Transferase, CRC Critical Reviews in Biochemistry, vol. 21 (1), p. 27-52 (1986)を参照されたい。そうであるにもかかわらず、TdTが、天然dNTP(すなわち、3’-O-遮断されていない)とともにかつ鋳型なしで使用される場合、オリゴヌクレオチド伸長は、停止することなく続く。斯かる制御されない取込みは、図1に示す時間依存的ゲル電気泳動画像によって証明される。図1は、異なる時点における、末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)、デオキシアデノシン三リン酸(dATP)および蛍光鎖イニシエータ5’-Cy5-dA10で構成された溶液相重合反応のアガロースゲルを示す(その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Tjong et al. "Amplified on-chip fluorescence detection of DNA hybridization by surface-initiated enzymatic polymerization," Anal. Chem., 2011; 83:5153-5159 (2011)から許可を得て適応)。その上、TdTは、数千個のヌクレオチドの付加をもたらすほぼ定量的な様式でプライマーを伸長することができる一方で、TdTは、効率的な基質として多種多様な改変および置換されたdNTPを受け取る可能性がある。さらに、TdTに関する機構的および構造的情報の実質的なライブラリーは、既に存在する。両者共にそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる、Delarue et al., EMBO J. 2002;21(3):427-39;Gouge et al., J Mol Biol. 2013 Nov 15;425(22):4334-52およびRomain et al., Nucleic Acids Res.2009;37(14):4642-56を参照されたい。
TdTは、デオキシリボース糖環ならびにプリン/ピリミジン核酸塩基に、改変および/または置換を有する基質を使用することができることが公知である。例えば、TdTは、ピリミジンのC5およびプリンのC7に、かさ高い改変を受け取る。これら全ての全体が参照により本明細書に組み込まれる、Sorensen et al., "Enzymatic Ligation of Large Biomolecules to DNA," ACS Nano 2013, 7(9):8098-104;Figeys et al., Anal. Chem. 1994, 66(23):4382-3;Li et al., Cytometry, 1995, 20(2):172-80を参照されたい。一部の実例では、TdTは、非ヌクレオチド三リン酸をさらに受け取ることができる。両者共にそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる、Barone et al., Nucleotides and Nucleic Acids 2001, 20(4-7):1141-5およびAlexandrova et al., Bioconjug Chem., 2007, 18(3):886-93を参照されたい。しかし、先行技術において、TdTが、3’-O-遮断ヌクレオチドを受け取ることができるという証拠はほとんどない。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Knapp et al., Chem. Eur. J., 2011, 17:2903を参照されたい。TdTの活性の欠如は、Knappらの焦点ではなかったが、著者らは、自身の3’-OH改変アナログとTdTを検査したところ、オリゴヌクレオチドへのこの比較的小さい3’-OH改変の取込みが観察されなかったことを報告した。
ネイティブTdTは、非常に効率的な酵素である。TdTは、1000~10,000ヌクレオチドの長さの極度に長いホモポリデオキシヌクレオチドを重合することができることが実証された(これら全ての全体が参照により本明細書に組み込まれる、Hoard et al., J of Biol Chem, 1969 244(19):5363-73;Bollum, The Enzymes, Volume 10, New York: Academic Press; 1974. p. 141-71;Tjong et al., Anal Chem, 2011, 83:5153-59を参照)。全4種のヌクレオチドからなるランダム配列オリゴマーもTdTによって重合されたが、鋳型の非存在下で合成される順序付けられたポリヌクレオチドの報告はない。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Damiani, et al., Nucleic Acids Res, 1982, 10(20):6401-10を参照されたい。TdTによるポリヌクレオチドの支持体結合合成は、その上、金表面における自己集合された単層に共有結合により取り付けられた150bpイニシエータのホモポリマー合成の報告によって支持される。両者共にそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる、Chow et al., J Am Chem Soc 2005; 127:14122-3およびChow and Chilikoti, Langmuir 2007, 23:11712-7を参照されたい。この著者らは、ホモポリマーの取込みに関してdATP>dTTP>>dGTP≒dCTPのTdTによる優先も観察した。さらに最近の報告において、Tjongらは、ガラス表面に固定化されたイニシエータプライマーからの長い(>1Kb)ホモポリマーssDNAのTdT媒介性合成を実証した。
TdTの分布挙動は、1~1.5kbホモポリマーの溶液相合成の時間経過を示す図3によって補強される。無改変(天然)dNTPの各付加後に、酵素は解離し、よって、集団におけるいずれかの鎖のランダムな伸長を可能にする。斯かる系における生成物の長さの分布は、1974年にBollumおよび共同研究者らによって報告された通り、ポアソン分布に従う筈である。TdTが、終結ヌクレオチド種、すなわち、3’-O-位が遮断された種と共に使用された場合、反応は、完了へと進み、生成物の長さの分布をもたらさないが、単一のヌクレオチド付加の本質的に純粋な生成物をもたらす筈である。
そうであるにもかかわらず、上に記載されている通り、3’-O-遮断dNTPによるヌクレオチド合成は、市販のTdTタンパク質では進まない。この事実は、市販の組換えTdTを使用した3’-O-アジドメチルdATPおよび3’-O-アジドメチルdCTPの溶液相取込み動態のモニターに使用されるゲルシフトアッセイを示す、図3によって補強される。図3におけるデータは、どちらの3’-O-改変dNTPアナログも、TdTの基質ではない、すなわち、陽性対照としてのdATPを含有する反応(レーン12から15)と比較して、ポリヌクレオチド伸長が存在しないことを明らかに示す。よって、図3は、市販のTdTが、改変3’-OHを有するdNTPを取り込むことによりオリゴマーを合成することができないことのさらなる証拠を加える。
適した改変により、種々の異なる3’-O-遮断dNTPアナログが、TdTによるヌクレオチドの制御された付加に適するであろう。改変3’-O-遮断dNTPアナログは、3’-O-アリル、3’-O-アジドメチル、3’-O-NH2、3’-O-CH2N3、3’-O-ONHC(O)H、3’-O-CH2SSCH3および3’-O-CH2CN遮断基を含むがこれらに限定されない。全体的に見て、3’-O-遮断基の選択は、1)動力学的な取り込みに影響を与える可能性がある、TdTによる基質利用を最大化するための最小の可能なかさ、および2)好ましくは水性であり、最も短い期間における、最も穏和な除去条件を有する遮断基によって指示されるであろう。本発明による使用に適した3’-O-遮断基は、これら全ての全体が参照により本明細書に組み込まれる、WO2003/048387;WO2004/018497;WO1996/023807;WO2008/037568;Hutter D, et al. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids, 2010, 29(11): 879-95;およびKnapp et al., Chem. Eur. J., 2011, 17:2903に記載されている。
マウスTdTの活性部位のコンピュータによるモデルを創出して、TdTによる3’-O-遮断dNTPの利用の欠如に関する構造的基盤を理解した。その上、コンピュータモデルは、様々な改変dNTPを活性部位へと「フィット」させることを可能にした。図4は、PDB結晶構造4I29およびAutoDock 4.2(Molecular Graphics Laboratory、Scripps Research Institute、La Jolla、CA)を使用した、マウスTdT(下の配列番号9を参照)による-dATP(青色、赤色、マゼンタ色、オレンジ色で示す)のドッキングを示す。
dATPのホスフェート部分(オレンジ色)は、触媒的金属イオン(緑色)と複合体形成する一方、アルファホスフェートは、結合されたオリゴヌクレオチドの3’-OHによって攻撃されるように位置する。図4に示すモデルは、3’-O-遮断dNTPが存在する場合に触媒的に生産的な複合体の形成に干渉する可能性があるアミノ酸残基の選択を指し示す。Glu180またはMet192等、最も近い残基と相互作用することができる他の残基もまた、改変の標的である。アミノ酸ナンバリングおよび位置は、配列番号9のマウスTdTを参照しつつ提供されるが、参照されるアミノ酸改変は、GGFRRまたはTGSRモチーフを含む同様の配列を有するいかなるTdTにも適用可能である。
AutoDockの予測される結合様式は、3’-OHに対する改変が、2個の残基Arg336およびArg454の間の静電相互作用を変化させるであろうことを示唆する。Arg336は、活性部位における反応中心に近いが、Arg336は、高度に保存されており、初期研究は、GlyまたはAlaによるArg336の置換えが、dNTP活性を10分の1に低下させたことを見出した(Yang B et al. J. Mol. Biol. 1994; 269(16):11859-68)。したがって、改変のためのモチーフの1つは、上の構造モデルにおけるArg336を含むGGFRRモチーフである。
その上、Gly452およびSer453が、シス-ペプチド結合コンフォメーションにおいて存在し(その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Delarue et al., EMBO J., 2002; 21(3):427- 39を参照)、Arg336のグアニジウム基が、このコンフォメーションの安定化を支援すると考えられる。Arg336によってもたらされる安定性は、この位置における置換が、改変されたTdTタンパク質の反応性にマイナスの影響を有する理由を説明することを助けることができる。一部の実例では、336位を改変することにより創出される不安定性は、シス-ペプチド結合コンフォメーションを安定化するためにプロリン残基を使用することにより克服され得る。しかし、Arg336が、例えば、アラニンまたはグリシンに置換される場合、TGSRモチーフ全体(451、452、435、454位)もまた、この変化を補償するように改変される必要がある場合がある。例えば、TGSRモチーフは、TPSRまたはTGPRへと改変され得る。したがって、上の構造モデルにおけるGly452を含むTGSRモチーフが、改変のために標的化された。
他方では、TdTファミリーの配列解析は、454位に収容され得る広範囲のアミノ酸を実証する。この解析は、454位および周囲の残基における構造的柔軟性を示唆する。別の実施形態では、3’-O-遮断基の立体的なかさを収容するためのArg454における置換は、Arg454におけるグリシンまたはアラニンの置換を補償するためのα14領域に対する追加の改変を要求することができる。他の実施形態では、TGSRモチーフの改変の代わりにまたはそれに加えてのいずれかで、Arg336への置換を補償するために、α11領域における他の残基への置換が要求され得る。
Arg336およびArg454に対する改変は、3’-O-改変dNTPの結合相互作用を変化させることができるが、TdTとの3’-O-改変dNTPの改善された立体的相互作用をもたらす置換を探索することが必要となる場合もある。3’-O-遮断dNTPの増加された基質利用を示すコンピュータにより予測された酵素バリアントを検査するために、特異的アミノ酸置換を指定する合成遺伝子を適切なプラスミドベクターにおいて生成し、細胞へと導入した。発現および単離後に、選択された3’-O-遮断dNTPアナログを用いたポリメラーゼ取込みアッセイによって、活性についてタンパク質バリアントをスクリーニングした。図5は、様々な合成により生成されたマウスTdTバリアントのスクリーニングの結果を示す。一部の実施形態では、単一のアミノ酸変化が重要であるが、他の実施形態では、1個および2個のアミノ酸の組合せも、3’-O-遮断dNTPの増加された取込みを産生する。マウスTdTのGly332、Gly333、Gly452、Thr451、Trp450、Ser453およびQ455等の残基との相互作用が重要である。これらの残基のそれぞれは、典型的なdNTPの3’-OHの0.6nm内にある。これらの残基もまた、3’-O-アジドメチルまたは3’-O-アミノオキシ(aminoxy)等の3’-遮断基の余分な立体的なかさを可能にするための置換のための潜在的な標的である。Arg336およびArg454に加えてまたはこれらと組み合わせて、Glu457、Ala510、Asp509、Arg508、Lys199、Ser196、Met192、Glu180またはLeu161等の3’-OHの1.2nm内にある残基は、3’-O-遮断dNTPの基質利用に潜在的に干渉することもでき、よって、置換のための標的である。追加の目的の残基は、Arg461およびAsn474を含む。
ここではTGSRおよびGGFRRモチーフが強調されているが、Thr331、Gly337、Lys338、Gly341またはHis342等の隣接アミノ酸に対する改変もまた、本明細書で考察される3’-O-遮断dNTPの増加された取込みの提供に企図される(単独でまたは組み合わせて)。増加された取込みが可能な様々なin silicoモデル化TdT改変は、下の実施例2に考察されている。
500~510位におけるアミノ酸置換に加えて、3’-O-遮断基への干渉を除去するために残基を欠失させることが必要となる場合がある。このようなアミノ酸は、タンパク質のC末端の近くに配置されており、相対的に構造不定の領域に存在するため、上に記載されている改変の代わりにまたはそれと組み合わせてのいずれかで、単独でまたはまとめて欠失させることができる。ある特定の実施形態では、改変されたTdTへの残基の挿入、例えば、GGFRRもしくはTGSRモチーフまたは隣接領域における残基の挿入は、改変されたTdTによる3’-O-遮断dNTPの取込み速度の増大を可能にすることができる。TdT改変は、GGFRRモチーフのPhe334およびArg335残基の間へのチロシン残基の挿入(またはPhe334およびArg335残基の置換)を含むことができる。
本発明の改変されたTdTは、図5に記載されているTdTを含む。改変されたTdTは、E180L、E180R、E180DまたはE180Kを含むGlu180に対する改変のうち1つまたは複数を含むことができる。Met192に対する企図される改変は、例えば、M192E、M192W、M192KまたはM192Rを含む。Gln455に対する企図される改変は、例えば、Q455Iを含む。Trp450に対する企図される改変は、例えば、W450Hを含む。ARG454に対する企図される改変は、例えば、R454I、R454K、R454AまたはR454Tを含む。Arg461に対する企図される改変は、例えば、R461Vを含み、Asn474に対する改変は、N474Rを含むことができる。様々な実施形態では、例えば、E180D+W450H、E180K+R454A、M192K+E180K、E180K+R454I、E180D+M192E、E180D+M192E+R454TまたはE180K+W450H等、2個またはそれよりも多い改変された残基の組合せを使用することができる。
下に示す通り、大部分のTdTは、GGFRRおよびTGSRモチーフを含む。次の配列において、参照を容易にするために、GGFRRおよびTGSRモチーフは、太字で示されかつ下線を引かれている。ネイティブ仔ウシ胸腺TdTは、適した鋳型非依存的ポリメラーゼを達成するための一次構造の変更のための候補である。しかし、ヒトおよびマウスTdTを含む、種々の他のタンパク質を探索して、3’-O-遮断dNTPアナログとの使用に適した候補を同定することができる。ネイティブ仔ウシTdTに対応するアミノ酸配列は、配列番号1として表1に収載されている一方、核酸配列は、配列番号2として表2に収載されている。一部の実施形態では、3’-O-改変dNTPおよびNTPを用いた配列特異的de novoポリヌクレオチド合成に適応されたその結果生じるタンパク質は、配列番号1と少なくとも85%同一、すなわち、少なくとも90%同一、すなわち、少なくとも93%同一、すなわち、少なくとも95%同一、すなわち、少なくとも97%同一、すなわち、少なくとも98%同一、すなわち、少なくとも99%同一となるであろう。さらに、ウシTdTのアミノ酸配列の一部分をトランケートし、依然として、触媒活性を維持することが可能となる場合がある。
表1.ウシTdTのアミノ酸配列
配列番号1:(520aa)
表2.ウシTdTの核酸配列
配列番号2:(1923nt)
表1.ウシTdTのアミノ酸配列
配列番号1:(520aa)
配列番号2:(1923nt)
その上、組換えタンパク質の単離をより容易にするために、親和性カラム(Hitrap、Amersham Pharmacia Biotech、Uppsala、Sweden)と組み合わせて使用される、N末端Hisタグ配列を組換えタンパク質に付加させることが一般的である(その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Boule J-B et al., Molecular Biotechnology, 1998;10:199-208を参照)。あるいは、付加されたHisタグ配列を有する酵素のN末端トランケート形態は、本発明で機能するであろう(例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、US7,494,797を参照)。Hisタグが付いたウシTdTアミノ酸配列を下の表3、5および7に示す一方、Hisタグが付いたウシTdT核酸配列は、下の表4、6および8に示す。Hisタグは、要求に応じて、他の位置において操作することができる。一部の実施形態では、3’-O-改変dNTPおよびNTPを用いた配列特異的de novoポリヌクレオチド合成に適応されたその結果生じるタンパク質は、配列番号3、5または7と少なくとも85%同一、すなわち、少なくとも90%同一、すなわち、少なくとも93%同一、すなわち、少なくとも95%同一、すなわち、少なくとも97%同一、すなわち、少なくとも98%同一、すなわち、少なくとも99%同一となるであろう。
表3.Δ138およびHisタグが付いたウシTdTのアミノ酸配列
配列番号3:(392aa)
表4.Δ138およびHisタグが付いたウシTdTのヌクレオチド配列
配列番号4:(1187nt)
表5:Δ151およびHisタグが付いたウシTdTのアミノ酸配列
配列番号5:(379aa)
表6.Δ151およびHisタグが付いたウシTdTのヌクレオチド配列
配列番号6:(1148nt)
表7.Δ160およびHisタグが付いたウシTdTのアミノ酸配列
配列番号7:(370aa)
表8.Δ160およびHisタグが付いたウシTdTのヌクレオチド配列
配列番号8:(1121nt)
表9.マウスTdTのアミノ酸配列
配列番号9:(510aa)
ある特定の実施形態では、本発明の改変された酵素は、それぞれのネイティブTdT酵素と比べてN末端トランケーションを含むことができる。例えば、好まれる実施形態では、ネイティブ酵素は、上の配列番号9に提供されるマウスTdTとなることができる。改変されたTdTは、それぞれ配列番号10および11に示す通り、ネイティブマウスTdTの147または131位の等価な位置でトランケートされ得る。改変されたTdTは、配列番号10および11に説明される通り、そのN末端に、Hisタグ等のタンパク質タグ配列および追加のリンカーを含むことができる。Hisタグ部分は、配列のそれぞれにおいて下線を引かれており、リンカーは、太字で提示されている。
配列番号10:Hisタグおよびリンカーを有するマウスdel-147
配列番号11:Hisタグおよびリンカーを有するマウスdel-131
表3.Δ138およびHisタグが付いたウシTdTのアミノ酸配列
配列番号3:(392aa)
配列番号4:(1187nt)
配列番号5:(379aa)
配列番号6:(1148nt)
配列番号7:(370aa)
配列番号8:(1121nt)
配列番号9:(510aa)
配列番号10:Hisタグおよびリンカーを有するマウスdel-147
3’-O-遮断または他のヌクレオチドアナログの取込み効率を増加させることができる追加のTdT改変は、下の表10に収載されている。改変は、配列番号9に収載されているマウスTdTを参照しつつ記載されているが、斯かる本発明は、Hisタグおよびリンカーを含むまたは含まない、上の配列番号10および11に開示されているトランケートされた酵素を含むいずれかのTdTにおける等価なアミノ酸に適用される斯かる改変を企図する。様々な実施形態では、企図される改変は、S420~E424アミノ酸の欠失を含む。本発明のアミノ酸置換の様々な組合せは、表10の各行1~175に収載されている。
表10
表10
種々の3’-O-改変dNTPおよびNTPを、de novo合成のために開示されているタンパク質と共に使用することができる。一部の実施形態では、好まれる除去可能な3’-O-遮断基は、3’-O-アミノ、3’-O-アリルまたは3’-O-アジドメチルである。他の実施形態では、除去可能な3’-O-遮断部分は、O-フェノキシアセチル;O-メトキシアセチル;O-アセチル;O-(p-トルエン)-スルホネート;O-ホスフェート;O-ニトレート;O-[4-メトキシ]-テトラヒドロチオピラニル;O-テトラヒドロチオピラニル;O-[5-メチル]-テトラヒドロフラニル;O-[2-メチル,4-メトキシ]-テトラヒドロピラニル;O-[5-メチル]-テトラヒドロピラニル;およびO-テトラヒドロチオフラニル(US8,133,669を参照)からなる群より選択される。他の実施形態では、除去可能な遮断部分は、エステル、エーテル、カルボニトリル、ホスフェート、カーボネート、カルバメート、ヒドロキシルアミン、ボラート、ニトレート、糖、ホスホルアミド、ホスホルアミデート、フェニルスルフェネート(phenylsulfenate)、スルフェート、スルホンおよびアミノ酸(これら全ての全体が参照により本明細書に組み込まれる、Metzker ML et al. Nuc Acids Res. 1994;22(20):4259-67、米国特許第(U.S.P.N.)5,763,594号、同第6,232,465号、同第7,414,116号;および同第7,279,563号を参照)からなる群より選択される。
例示的な3’-O-遮断dNTPアナログの合成
図6は、4種の例示的な3’-O-遮断dNTPアナログ、すなわち、3’-O-アジドメチル-dATP、3’-O-アジドメチル-dCTP、3’-O-アジドメチル-dGTPおよび3’-O-アジドメチル-dTTPを示す。各3’-O-アジドメチルアナログの合成は、下に記載されており、図7~図12に詳述されている。3’-O-遮断dNTPアナログは、Azco Biotech、Oceanside、CA等の専門供給業者から購入することもできる。対応する3’-O-遮断リボヌクレオチドが、カスタムRNAオリゴの創出を可能するための同様の合成方法により形成され得ることを理解されたい。
図6は、4種の例示的な3’-O-遮断dNTPアナログ、すなわち、3’-O-アジドメチル-dATP、3’-O-アジドメチル-dCTP、3’-O-アジドメチル-dGTPおよび3’-O-アジドメチル-dTTPを示す。各3’-O-アジドメチルアナログの合成は、下に記載されており、図7~図12に詳述されている。3’-O-遮断dNTPアナログは、Azco Biotech、Oceanside、CA等の専門供給業者から購入することもできる。対応する3’-O-遮断リボヌクレオチドが、カスタムRNAオリゴの創出を可能するための同様の合成方法により形成され得ることを理解されたい。
3’-O-アジドメチル-dATP:図7を参照すると、DMSO(12ml)、酢酸(5.5ml)および無水酢酸(17.6ml)におけるN6-ベンゾイル-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシアデノシン(3.0g;6.38mmol)[CNH Technologies、Woburn、MA]の溶液を調製した。混合物を室温で48時間撹拌した。およそ100mlの飽和NaHCO3溶液を添加し、水層をCH2Cl2で抽出した。組み合わせた有機抽出物を飽和NaHCO3溶液で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させた。残渣をフラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル、1:1~1:4)によって精製して、N6-ベンゾイル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシアデノシン(化合物1として図7に示す)を白色粉末として回収した(2.4g;71%収率)。400mgのN6-ベンゾイル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシアデノシンを、窒素下で乾燥CH2Cl2(7ml)に溶解して、溶液(0.76mmol)を創出した。次に、シクロヘキセン(400μl)およびSO2Cl2(155μl;1.91mmol、再蒸留)を添加した。反応混合物を0℃で2時間撹拌した。次に、減圧下で、次いで10分間の高真空ポンプ下で溶媒を除去した。その結果生じる残渣を乾燥DMF(5ml)に溶解し、NaN3(400mg;6.6mmol)と室温で3時間反応させた。反応混合物を蒸留水(50ml)中に分散させ、CH2Cl2で抽出した。組み合わせた有機層をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。残渣をMeOH(5ml)に溶解し、NH4F(300mg;8.1mmol)と共に室温で24時間撹拌した。次に、溶媒を減圧下で除去した。反応混合物を減圧下で濃縮し、水およびCH2Cl2の間で分配した。有機層を分離し、Na2SO4上で乾燥させた。濃縮後に、粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)によって精製して、N6-ベンゾイル-3’-O-(アジドメチル)-2’-デオキシアデノシン(化合物2;図7)を白色粉末として産生した(150mg;48%収率)。次に、N6-ベンゾイル-3’-O-(アジドメチル)-2’-デオキシアデノシン(123mg;0.3mmol)およびプロトンスポンジ(75.8mg;0.35mmol)を、真空デシケーター内にてP2O5上で一晩乾燥させ、その後、リン酸トリメチル(600μl)に溶解した。次に、新鮮に蒸留されたPOCl3(40μl;0.35mmol)を0℃で滴下して加え、混合物を0℃で2時間撹拌した。その後、無水DMF(2.33ml)におけるピロリン酸トリブチルアンモニウム(552mg)およびトリブチルアミン(0.55ml;2.31mmol)の混合物を室温で添加し、30分間撹拌した。次に、重炭酸トリエチルアンモニウム(Triethyl ammonium bicarbonate)溶液(TEAB)(0.1M;pH8.0;15ml)を添加し、混合物を1時間室温で撹拌した。その後、濃縮NH4OH(15ml)を添加し、一晩室温で撹拌した。その結果生じる混合物を真空下で濃縮し、残渣を5mlの水で希釈した。次に、粗混合物は、TEAB(pH8.0;0.1~1.0M)の勾配を使用して、4℃でDEAE-セファデックスA-25におけるアニオン交換クロマトグラフィーにより精製した。粗生成物を逆相HPLCにより精製して、後の合成のために使用されるべきヌクレオチドアナログである、3’-O-アジドメチル-dATP(図7、化合物3)を産生した。
3’-O-アジドメチル-dTTP:酢酸(4.8ml)および無水酢酸(15.4ml)を、DMSOにおける5’-O-(tertブチルジメチルシリル)チミジン(2.0g;5.6mmol)[CNH Technologies、Woburn、MA]の撹拌溶液に添加した。反応混合物を室温で48時間撹拌した。飽和NaHCO3溶液(100ml)を添加し、水層を酢酸エチル(3×100ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNaHCO3の飽和溶液で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させた。濃縮後に、粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル)によって精製して、3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)チミジン(図8;化合物4)を白色粉末として産生した(1.75g;75%収率)。次に、およそ1グラムの3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)チミジンを窒素下で乾燥CH2Cl2(10ml)に溶解した。この混合物に、シクロヘキセン(1.33ml)およびSO2Cl2(284μl;3.5mmol、再蒸留)を添加した。次に、その結果生じる混合物を0℃で1.5時間撹拌した。次に、減圧下で、次いで10分間の高真空下で溶媒を除去した。残渣を乾燥DMF(5ml)に溶解し、NaN3(926mg;15.4mmol)と室温で3時間反応させた。当該反応混合物を次に、蒸留水(50ml)中に分散させ、CH2Cl2(3×50ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。残渣を、MeOH(5ml)に溶解し、NH4F(600mg;16.2mmol)と室温で24時間反応させた。反応混合物を減圧下で濃縮し、水およびCH2Cl2の間で分配した。次に、有機層を分離し、Na2SO4上で乾燥させた。濃縮後に、残渣をフラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル)によって精製して、3’-O-(アジドメチル)チミジン(図8、化合物5)を白色粉末として産生した(550mg;71%収率)。次に、3’-O-(アジドメチル)チミジンおよびプロトンスポンジ(0.35mmol)を真空デシケーター内にてP2O5上で一晩乾燥させ、その後、リン酸トリメチル(600μl)に溶解した。次に、新鮮に蒸留されたPOCl3(40μl;0.35mmol)を0℃で滴下して加え、混合物を0℃で2時間撹拌した。その後、無水DMF(2.33ml)におけるピロリン酸トリブチルアンモニウム(552mg)およびトリブチルアミン(0.55ml;2.31mmol)の混合物を室温で添加し、30分間撹拌した。次に、重炭酸トリエチルアンモニウム溶液(TEAB)(0.1M;pH8.0;15ml)を添加し、混合物を1時間室温で撹拌した。その後、濃縮NH4OH(15ml)を添加し、一晩室温で撹拌した。その結果生じる混合物を真空下で濃縮し、残渣を5mlの水で希釈した。次に、粗混合物は、TEAB(pH8.0;0.1~1.0M)の勾配を使用して、4℃でDEAE-セファデックスA-25におけるアニオン交換クロマトグラフィーにより精製した。粗生成物を逆相HPLCにより精製して、後の合成のために使用されるべきヌクレオチドアナログである、3’-O-アジドメチル-dTTP(図8、化合物6)を産生した。
3’-O-アジドメチル-dCTP:3.5グラムのN4-ベンゾイル-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシシチジン[CNH Technologies、Woburn、MA]を14.7mlのDMSOに添加して、7.65mmol溶液を産生した。この溶液に、酢酸(6.7ml)および無水酢酸(21.6ml)を添加し、反応混合物を室温で48時間撹拌した。次に、飽和NaHCO3溶液(100ml)を添加し、水層をCH2Cl2(3×100ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNaHCO3の飽和溶液で洗浄し、次いで、Na2SO4上で乾燥させた。濃縮後に、粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン)によって精製して、N4-ベンゾイル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシシチジン(図9;化合物7)を白色粉末として産生した(2.9g;73%収率)。8mlのCH2Cl2に、N4-ベンゾイル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシシチジン(558mg;1.04mmol)を溶解し、次いで、シクロヘキセン(560μl)およびSO2Cl2(220μl;2.7mmol)を添加した。反応混合物を0℃で1時間撹拌した。次に、揮発性物質を減圧により除去した。残っている残渣を乾燥DMF(5ml)に溶解し、NaN3(400mg;6.6mmol)と室温で2時間反応させた。反応混合物を蒸留水(50ml)中に分散させ、CH2Cl2(3×50ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。残渣をMeOH(5ml)に溶解し、NH4F(600mg;16.2mmol)と室温で24時間反応させた。溶媒を減圧下で除去した。その結果生じる残渣を水(50ml)に懸濁し、CH2Cl2(3×50ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル)によって精製して、N4-ベンゾイル-3’-O-(アジドメチル)-2’-デオキシシチジン(図9、化合物8)を白色粉末として産生した(200mg;50%収率)。次に、N4-ベンゾイル-3’-O-(アジドメチル)-2’-デオキシシチジンおよびプロトンスポンジ(0.35mmol)を、真空デシケーター内にてP2O5上で一晩乾燥させ、その後、リン酸トリメチル(600μl)に溶解した。次に、新鮮に蒸留されたPOCl3(40μl;0.35mmol)を0℃で滴下して加え、混合物を0℃で2時間撹拌した。その後、無水DMF(2.33ml)におけるピロリン酸トリブチルアンモニウム(552mg)およびトリブチルアミン(0.55ml;2.31mmol)の混合物を室温で添加し、30分間撹拌した。次に、重炭酸トリエチルアンモニウム溶液(TEAB)(0.1M;pH8.0;15ml)を添加し、混合物を1時間室温で撹拌した。その後、濃縮NH4OH(15ml)を添加し、一晩室温で撹拌した。その結果生じる混合物を真空下で濃縮し、残渣を5mlの水で希釈した。次に、粗混合物は、TEAB(pH8.0;0.1~1.0M)の勾配を使用して、4℃でDEAE-セファデックスA-25におけるアニオン交換クロマトグラフィーにより精製した。粗生成物を逆相HPLCにより精製して、後の合成のために使用されるべきヌクレオチドアナログである、3’-O-アジドメチル-dCTP(図9、化合物9)を産生した。
3’-O-アジドメチル-dGTP:乾燥DMSO(21ml)におけるN2-イソブチリル-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシグアノシン(5g;11.0mmol)[CNH Technologies、Woburn、MA]の撹拌溶液に、酢酸(10ml)および無水酢酸(32ml)を添加した。反応混合物を室温で48時間撹拌した。飽和NaHCO3溶液(100ml)を添加し、水層を酢酸エチル(3×100ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物を飽和NaHCO3溶液で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させた。濃縮後に、粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(CH2Cl2/MeOH)によって精製して、N2-イソブチリル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシグアノシン(図10、化合物10)を白色粉末として産生した(3.9g;69%収率)。1グラムのN2-イソブチリル-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシグアノシンをその後に、ジフェニルカルバモイルクロライド(677mg;2.92mmol)およびDIEA(N,N-ジイソプロピルエチルアミン;SIGMA)(1.02ml;5.9mmol)と共に乾燥ピリジン(22ml;2.0mmol)に添加した。反応混合物を窒素雰囲気下で、室温で3時間撹拌した。溶媒を高真空下で除去した。粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン)によって精製して、黄色がかった粉末として見えたN2-イソブチリル-O6-(ジフェニルカルバモイル)-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシグアノシン(図10、化合物11)を産生した(1.09g;80%収率)。次に、N2-イソブチリル-O6-(ジフェニルカルバモイル)-3’-O-(メチルチオメチル)-5’-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2’-デオキシグアノシンを乾燥CH2Cl2(1.1mmol)に溶解し、窒素雰囲気下で、0℃で1.5時間撹拌した。溶媒を減圧下で、次いで10分間の高真空下で除去した。その結果生じる残渣を乾燥DMF(5ml)に溶解し、NaN3(600mg;10mmol)と室温で3時間反応させた。次に、反応混合物を蒸留水(50ml)中に分散させ、CH2Cl2(3×50ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。結果としての残渣をMeOH(5ml)に溶解し、NH4F(500mg;13.5mmol)と室温で24時間反応させた。溶媒を減圧下で除去した。残渣を水(50ml)に懸濁し、CH2Cl2(3×50ml)で抽出した。組み合わせた有機抽出物をNa2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮した。粗生成物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル)によって精製して、N2-イソブチリル-O6-(ジフェニルカルバモイル)-3’-O-アジドメチル-2’-デオキシグアノシン(図10、化合物12)を白色粉末として産生した(230mg;36%収率)。最後に、N2-イソブチリル-O6-(ジフェニルカルバモイル)-3’-O-アジドメチル-2’-デオキシグアノシンおよびプロトンスポンジ(0.35mmol)を、真空デシケーター内にてP2O5上で一晩乾燥させ、その後、リン酸トリメチル(600μl)に溶解した。次に、新鮮に蒸留されたPOCl3(40μl;0.35mmol)を0℃で滴下して加え、混合物を0℃で2時間撹拌した。その後、無水DMF(2.33ml)におけるピロリン酸トリブチルアンモニウム(552mg)およびトリブチルアミン(0.55ml;2.31mmol)の混合物を室温で添加し、30分間撹拌した。次に、重炭酸トリエチルアンモニウム溶液(TEAB)(0.1M;pH8.0;15ml)を添加し、混合物を1時間室温で撹拌した。その後、濃縮NH4OH(15ml)を添加し、一晩室温で撹拌した。その結果生じる混合物を真空下で濃縮し、残渣を5mlの水で希釈した。次に、粗混合物は、TEAB(pH8.0;0.1~1.0M)の勾配を使用して、4℃でDEAE-セファデックスA-25におけるアニオン交換クロマトグラフィーにより精製した。粗生成物を逆相HPLCにより精製して、後の合成のために使用されるべきヌクレオチドアナログである、3’-O-アジドメチル-dGTP(図10、化合物13)を産生した。
図2に関して記載されている通り、3’-O-遮断dNTPまたは3’-O-遮断rNTPが付加されたら、追加のdNTPまたはrNTPを付加することができるように、遮断基を除去することが必要となるであろう。一部の実施形態では、3’-O-遮断基は、上昇された温度での中性水溶液におけるパラジウム触媒、pH2とするための塩酸、メルカプトエタノール等の還元剤により、またはトリス-(2-カルボキシエチル)ホスフィンの添加によって除去することができる。例えば、これら全ての全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第6,664,079号;Meng, et al. J. Org. Chem., 2006, 71(81):3248-52;Bi et al., J. Amer. Chem. Soc. 2006; 2542-2543、米国特許第7,279,563号および米国特許第7,414,116号を参照されたい。他の実施形態では、3’-置換基は、UV照射によって除去することができる(例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、WO92/10587を参照)。大部分の3’-O-遮断基は、酸化的、還元的または加水分解的化学反応によって除去される。一部の実施形態では、3’-O-NO2基は、<5分間にわたる室温における硫化アンモニウムの40%w/v溶液によってオリゴヌクレオチドから除去される。一部の実施形態では、3’-O-CH2CN基は、70℃における0.5M KOHによる処理によってオリゴヌクレオチドから除去される。一部の実施形態では、3’-O-遮断基の除去は、化学的切断を含まないが、アルカリホスファターゼ等の切断酵素を使用する。
好まれる実施形態では、酵素反応は、3’-遮断基の除去のために使用される。エビアルカリホスファターゼ(SAP)を、ある特定の実施形態では使用することができる。SAPは、文献で報告される最も速い酵素速度の1つを有し、広範囲の基質利用を有する。
3’-O-メトキシメチル-dTTP:5’-O-ベンゾイルチミジン(173mg、0.5mmol、1当量)を、周囲温度においてアルゴン下で10mLのジクロロメタンに溶解した。ジ-イソプロピルエチルアミン(128mg、1mmol、2当量)を添加し、続いて、メトキシメチルブロマイド(124mg、1mmol、2当量)を添加した。混合物を周囲温度で18時間撹拌した。混合物を10mLジクロロメタンで希釈し、これを20mLの5%HCl水溶液およびブラインで逐次的に洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、蒸発させた。5’-O-ベンゾイル-3’-O-メトキシメチルチミジン(50mg、0.13mmol)を5mLの濃縮水酸化アンモニウムに周囲温度で溶解した。混合物を周囲温度で一晩撹拌した。混合物を希釈し、10mLポーションのジクロロメタンで3回抽出した。組み合わせた抽出物をブラインで洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、蒸発させた。3’-O-メトキシメチルチミジン(23mg、0.08mmol)をピリジン(1.5mL×3)と同時蒸発させ、高真空下で一晩乾燥させた。ヌクレオシドを、Ar下で1.5mLのリン酸トリメチルおよび0.6mL乾燥ピリジンの混合物に溶解した。氷浴中で混合物を冷却した。10uLのPOCl3の第1のアリコートを滴下して加えた。5分後に、10uLの第2のアリコートを添加した。さらに30分間混合物を撹拌した。Ar下でバイアルにおいて氷浴中で、乾燥DMF(1.25mL)におけるTBAリン酸塩の溶液を冷却した。これを反応混合物に滴下して10秒間にわたり添加した。直ちに、予め秤量された固体プロトンスポンジ(21mg、1.25当量)を固体として1ポーションで添加した。この添加後、混合物を25分間撹拌し、5mLの冷TEAB緩衝液でクエンチした。氷浴中で混合物を10分間撹拌し、次いで、FPLC分離のために小さいRBフラスコに移した。最終分離は、0.1mMギ酸を含有する水/アセトニトリル勾配を使用した逆相HPLCによって達成された。
3’-O-メチルチオメチル-dCTP:25mLのメタノールにおけるデオキシシチジン(1g、4.4mmol)の懸濁物に、N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール(1.75mL、13.2mmol)を添加した。混合物を一晩周囲温度で撹拌した。反応混合物を蒸発させ、残渣を、溶離剤としてDCM/メタノール勾配を使用したフラッシュクロマトグラフィーによって精製した。N6-ホルムアミジノ(Formamidino)-5’-O-ベンゾイルデオキシ-3’-O-メチルチオメチルデオキシシチジン(250mg、0.41mmol)を、10mLのメタノールおよび10mL濃縮水酸化アンモニウム水に溶解した。混合物を周囲温度で18時間撹拌し、次いで、減圧下で蒸発させた。残渣をカラムクロマトグラフィー(DCM/メタノール 98:2~90:10)によって精製して、170mg(93%)の所望のヌクレオシドをやや黄色い固体として得た。25mLバイアルにおける3’-O-メチルチオメチルデオキシ(dexoxy)シチジン(25.0mg、0.09mmol)を、無水ピリジン(3×1mL)と同時蒸発させ、週末にわたって乾燥させた。リン酸トリメチル(0.7mL)を添加して、ヌクレオシドを溶解させ、氷浴中で0℃に冷却した。塩化ホスホリル(28μL、0.3mmol)をゆっくり添加し(12μL、5分後に8μL、30分後に8μL)、反応物を2時間0℃で撹拌した。ピロリン酸水素ジ(テトラブチルアンモニウム)を無水DMF(1mL)に溶解し、この混合物を0℃に冷却し、反応混合物に添加した。プロトンスポンジ(9.2mg、0.04mmol)を添加し、反応物を0℃で2時間撹拌した。反応混合物に、1M重炭酸トリエチルアンモニウム緩衝液(TEAB)(2mL)を添加し、混合物を1時間撹拌した。次に、混合物を丸底フラスコに移し、50mL×3のmiliQ水を添加し、混合物を濃縮乾固した。残渣をmiliQ水(11mL)に溶解し、室温でAKTA FPLCにロードした。三リン酸塩(F48-F52)を含有する画分を減圧下40℃で蒸発させ、次いで、残渣を凍結乾燥した。三リン酸塩を乾燥させて、所望の三リン酸塩(12mg、16.5%)を得た。
(実施例1)
タンパク質改変
マウス(mur)TdTバリアントは、380aa合成遺伝子に由来した。この骨格は、WTマウスTdTのトランケートバージョンであり、ET配列の触媒コアを表す。化学合成されたTdT構築物を、N末端6×ヒスチジンタグおよびエンテロキナーゼ切断部位を特色とするpRSET A細菌発現ベクターにクローニングした(ThermoFisher Scientific GeneArt Gene Synthesis)。合成TdTプラスミドは、100ug/mlカルベニシリンを含有するLB寒天プレートで平板培養されたDH5アルファ細胞(Biopioneer)において維持した。発現のため、pRSETA-マウスTdTプラスミドを、氷上で20分間プラスミドおよび細胞をインキュベートし、続いて42℃における30秒間の熱ショック、続いてSOC培地の添加および振盪しつつ37℃で30~60分間のインキュベーションを行うことにより、BL21(DE3)pLysS細胞(Thermo-Fisher)へと形質転換した。細胞へのSOC培地の添加後に、全体積(典型的には60ul)を、100ug/mLカルベニシリンおよび34ug/mLクロラムフェニコールを含有するLB寒天プレートで平板培養した。
タンパク質改変
マウス(mur)TdTバリアントは、380aa合成遺伝子に由来した。この骨格は、WTマウスTdTのトランケートバージョンであり、ET配列の触媒コアを表す。化学合成されたTdT構築物を、N末端6×ヒスチジンタグおよびエンテロキナーゼ切断部位を特色とするpRSET A細菌発現ベクターにクローニングした(ThermoFisher Scientific GeneArt Gene Synthesis)。合成TdTプラスミドは、100ug/mlカルベニシリンを含有するLB寒天プレートで平板培養されたDH5アルファ細胞(Biopioneer)において維持した。発現のため、pRSETA-マウスTdTプラスミドを、氷上で20分間プラスミドおよび細胞をインキュベートし、続いて42℃における30秒間の熱ショック、続いてSOC培地の添加および振盪しつつ37℃で30~60分間のインキュベーションを行うことにより、BL21(DE3)pLysS細胞(Thermo-Fisher)へと形質転換した。細胞へのSOC培地の添加後に、全体積(典型的には60ul)を、100ug/mLカルベニシリンおよび34ug/mLクロラムフェニコールを含有するLB寒天プレートで平板培養した。
10mL培養物(24ウェルプレート、Corning)由来の細胞を遠心分離(3000×g、15分間)によって収集し、次いで、リゾチーム、プロテアーゼ阻害剤および100mM NaClを含有するB-PER溶解緩衝液(Thermo-Fisher)に溶解した。ペレットをTBS緩衝液に1×60分間浸漬し、精製のために上清を採取した。上清を、24ウェルプレートにおいて30分間、50uL Ni-NTAビーズ(GE Life Sciences)スラリーに結合させた。次に、ビーズスラリーを3×50mM Tris-HCl、pH8、500mM NaCl(500uL)で洗浄し、続いて、4×50mM Tris-HCl、pH8、500mM NaCl、50mMイミダゾール(200uL)で洗浄した。次に、50mM Tris-HCl、pH8、500mM NaCl、300mMイミダゾール(50uL)、次いで50mM Tris-HCl、pH8、500mM NaCl、300mMイミダゾール(130uL)、最後に50mM Tris-HCl、pH8、500mM NaCl、1Mイミダゾール(50uL)で処理することにより、タンパク質を回収した。
2.5ul試料を採集し、8%NuPageゲル(Thermo-Fisher)において200Vで50分間変性条件にて泳動することにより、回収された画分を解析した。ゲルは、クーマシーブルーで染色した。溶出されたタンパク質を、7.5MWCO脱塩カラム(Thermo-Fisher)を使用して緩衝液交換し、-80℃で貯蔵した(貯蔵緩衝液=20mM Tris-HCl、pH6.8、50mM NaOAc;0.01%Triton X-100および10%グリセロール)。
活性スクリーニング:
異なる3’-O-遮断dNTPアナログおよびビオチン化オリゴヌクレオチドを使用したdNTPポリメラーゼ伸長反応により、TdT活性スクリーニングを行った:
5BiosG/TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTTTT(ChemGenes Corporation)配列番号12
異なる3’-O-遮断dNTPアナログおよびビオチン化オリゴヌクレオチドを使用したdNTPポリメラーゼ伸長反応により、TdT活性スクリーニングを行った:
5BiosG/TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTTTT(ChemGenes Corporation)配列番号12
反応は典型的に、96ウェルプレートにおいて設定した。次の構成成分の最終濃度を有するマスターミックスを作製することにより、反応を行った:最終体積10ulとなるよう、0.2U PPase(Thermo-Fisher)、10pmolのオリゴヌクレオチド、75uM dNTP(下を参照)、1×TdT反応緩衝液(Thermo-Fisher製の5×)。異なるウェルに規定の体積(典型的に2ul)のTdTバリアントを添加し、37℃で5分間反応ミックスをインキュベートすることにより、反応を開始した。60分間の時点において、10ulアリコートを取り出し、5ulの250mM EDTAに添加することにより、反応を終結した。
検査したdNTP:
3’-O-アジドメチル-dTTP 上述を参照
3’-O-アジドメチル-dATP 上述を参照
3’-O-アジドメチル-dGTP 上述を参照
3’-O-MOM-dTTP 上述を参照
3’-O-MTM-dCTP 上述を参照
3’-アミノオキシ-dTTP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-アミノオキシ-dATP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-アミノオキシ-dGTP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-O-メチル-dATP TriLink BioTechnologies LLC
3’-O-メチル-dGTP TriLink BioTechnologies LLC
3’-O-メチル-dCTP TriLink BioTechnologies LLC
検査したdNTP:
3’-O-アジドメチル-dTTP 上述を参照
3’-O-アジドメチル-dATP 上述を参照
3’-O-アジドメチル-dGTP 上述を参照
3’-O-MOM-dTTP 上述を参照
3’-O-MTM-dCTP 上述を参照
3’-アミノオキシ-dTTP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-アミノオキシ-dATP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-アミノオキシ-dGTP Firebird BioMolecular Sciences LLC
3’-O-メチル-dATP TriLink BioTechnologies LLC
3’-O-メチル-dGTP TriLink BioTechnologies LLC
3’-O-メチル-dCTP TriLink BioTechnologies LLC
クエンチされた反応ミックスにおけるビオチン化オリゴを、ストレプトアビジンビーズ(0.77um、Spherotech)に結合させた。次に、ビーズをフィルタープレート(Pall Corporation)に移し、水で数回洗浄した。プレートを切断緩衝液(メタノールにおける10%ジイソプロピル-アミン)と50℃で30分間インキュベートし、続いて、水に溶出することにより、固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断した。溶出された試料を乾燥させ、オリゴヌクレオチドサイジング標準(出発42merオリゴヌクレオチドよりもおよそ15~20塩基小さいまたは大きい、2種のオリゴヌクレオチド(ChemGenes Corporation))を含有する30μlの水に溶解した。次に、キャピラリーゲル電気泳動(Oligo Pro II、Advanced Analytical Technologies Inc.)によって、伸長効率に関してオリゴヌクレオチドを解析した。
(実施例2)
in silicoモデル化
上に考察されているGGFRRおよびTGSRモチーフならびに隣接アミノ酸に対するいくつかのアミノ酸改変をin silicoでモデル化して、上に記載されている3’-O-遮断dNTPアナログの増加された取込みが可能な改変を決定した。単一、二重および三重アミノ酸置換ならびにアミノ酸挿入をモデル化した。下の表11は、増加された取込みを誘発することが見出された改変を示す。マウスTdTを参照しつつアミノ酸位置を提示するが、いかなるTdTの保存された配列にも適用可能である。表11の行は、GGFRRモチーフにおけるまたはそれに隣接する1つまたは複数のアミノ酸に対する塩基改変を表す。列は、TGSRモチーフにおけるおよびそれに隣接するもの等、他のアミノ酸に対する改変の追加の組合せを含む。
表11.
in silicoモデル化
上に考察されているGGFRRおよびTGSRモチーフならびに隣接アミノ酸に対するいくつかのアミノ酸改変をin silicoでモデル化して、上に記載されている3’-O-遮断dNTPアナログの増加された取込みが可能な改変を決定した。単一、二重および三重アミノ酸置換ならびにアミノ酸挿入をモデル化した。下の表11は、増加された取込みを誘発することが見出された改変を示す。マウスTdTを参照しつつアミノ酸位置を提示するが、いかなるTdTの保存された配列にも適用可能である。表11の行は、GGFRRモチーフにおけるまたはそれに隣接する1つまたは複数のアミノ酸に対する塩基改変を表す。列は、TGSRモチーフにおけるおよびそれに隣接するもの等、他のアミノ酸に対する改変の追加の組合せを含む。
表11.
(実施例3)
ホスフェート遮断基を有するdNTPの取込み
DNAおよびDNAを含むヌクレオチドは、ヌクレオチド内のホスフェート基が原因で、高度に負に荷電している。参照により本明細書に組み込まれる、Lipfert J, Doniach S, Das R, Herschlag D. Understanding Nucleic Acid-Ion Interactions, Annu Rev Biochem. 2014; 83: 813-841を参照されたい。3’-PO4-dNTPは、3’位における追加のホスフェート基が原因で、天然ヌクレオチドと比べてさらにより大きい負電荷を有する。増加された負電荷は、改変ヌクレオチドを取り込むTdTの能力に影響を与えることができる。ある特定の実施形態では、本発明の操作されたTdT酵素は、改変されたTdTにおける正電荷で負電荷を中和することにより、3’-リン酸-dNTPの効率的な取込みのために改変され得る。
ホスフェート遮断基を有するdNTPの取込み
DNAおよびDNAを含むヌクレオチドは、ヌクレオチド内のホスフェート基が原因で、高度に負に荷電している。参照により本明細書に組み込まれる、Lipfert J, Doniach S, Das R, Herschlag D. Understanding Nucleic Acid-Ion Interactions, Annu Rev Biochem. 2014; 83: 813-841を参照されたい。3’-PO4-dNTPは、3’位における追加のホスフェート基が原因で、天然ヌクレオチドと比べてさらにより大きい負電荷を有する。増加された負電荷は、改変ヌクレオチドを取り込むTdTの能力に影響を与えることができる。ある特定の実施形態では、本発明の操作されたTdT酵素は、改変されたTdTにおける正電荷で負電荷を中和することにより、3’-リン酸-dNTPの効率的な取込みのために改変され得る。
Rosetta proteinソフトウェアsuite3内の側鎖原子当たりの隣接原子の平均数(Average number of Neighboring Atoms Per Sidechain Atom)(AvNAPSA)アルゴリズムを使用して、TdTの酵素活性部位におけるおよびその周囲の正電荷を増加させるであろう変異を同定した。表面_原子_カットオフと命名される、AvNAPSAアルゴリズムの鍵となるパラメーターを増加させることにより、TdTの活性部位における配列位置を標的化した。溶媒曝露した極性残基を荷電残基に変異させることにより、タンパク質の表面電荷を操作し、溶媒曝露の量は、隣接する非自己原子の数によって決定される。それぞれの内容が参照により本明細書に組み込まれる、Miklos AE, et al., Structure-Based Design of Supercharged, Highly Thermoresistant Antibodies, Chemistry & Biology, Volume 19, Issue 4, 20 April 2012, Pages 449-455;Kaufmann KW, et al., Practically useful: what the Rosetta protein modeling suite can do for you, Biochemistry. 2010 Apr 13; 49(14):2987-98を参照されたい。表面_原子_カットオフ項を増加させることは、AvNAPSAが、酵素活性部位内の位置等、より多い数の隣接する原子を有する配列位置を考慮することを可能にする。3’-リン酸-dNTPのより効率的な取込みに潜在的に有用であると、AvNAPSAを使用してTdTにおいて同定された位置の概要を表12に示す。
表12:ホスフェート-遮断dNTPの取込みのためのTdT改変
表12:ホスフェート-遮断dNTPの取込みのためのTdT改変
図13~図16は、3’-PO4-dNTPに関して野生型よりも優れた、改変されたTdTのヌクレオチド取込みを説明する。図13、パネルAは、化学合成されたオリゴヌクレオチド(IDT)(21-mer;5’-FAM-TAATAATAATAATAATTTTTT-PO4-3’)のCGE解析である一方、パネルBは、3’-PO4基を有する1個のヌクレオチドの付加が、匹敵する20-mer(IDT)(5’-FAM-TAATAATAATAATAATTTTT)よりも速い電気泳動移動度を引き起こすことを示す。図14は、エビアルカリホスファターゼ(SAP)(NEB#P0757)が、1pmolのオリゴヌクレオチド当たり1.23×10-3U/ulの濃度で1分間またはそれ未満で3’-PO4基を定量的に除去することを実証するCGE解析である。この図は、0U/ul(パネルA)から1.0×10-1U/ul(パネルG)へと、増加する量のSAPの滴定系列を示す。図15、パネルBは、パネルAに示す出発材料オリゴヌクレオチドと変化がないことによって証明される通り、500uM 3’-PO4-dTTP(MyChem LLC)の存在下であっても、ポリメラーゼが伸長を媒介しなかったことを実証する、マウスWT TdT反応混合物のCGE解析である。3’-PO4-dTTPの基質利用の欠如のさらなる証拠は、オリゴヌクレオチド出発材料の反応性の欠如によって実証される通り(パネルA)、図15のパネルCに示される。図16は、図13に示す結果に基づき予想される通り、より速い電気泳動移動度を有する新たなオリゴヌクレオチド種の出現(丸で囲まれた新たなピーク)を実証するパネルBに示される通り、バリアントTdT酵素(E180K+M192K+L381K+R454K+N474R)による3’-PO4-dTTPの部分的取込みのCGE解析である。バリアントTdTによる3’-PO4の取込みのさらなる証拠は、SAPによる処理による3’-PO4の伸長後除去、およびパネルDに示すポリ-dTサイズラダーから予想される通り、オリゴヌクレオチド出発材料よりも遅い電気泳動移動速度を有する新たなオリゴヌクレオチド種の出現(パネルC - 丸で囲まれた新たなピーク)、およびパネルCにおける矢印によって指し示される通り、パネルBにおいて形成される種の消失によって実証される。別の実施形態では、3’-PO4-dTTPの増加された取込みは、バリアント酵素(E180K+M192K+R454K+R461V+N474R)によって実証される。
参照による組込み
特許、特許出願、特許公開、雑誌、書籍、論文、ウェブコンテンツ等、他の文書に対する参照および引用が、本開示全体にわたり為されている。あらゆる斯かる文書は、あらゆる目的のため、それらの全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。
特許、特許出願、特許公開、雑誌、書籍、論文、ウェブコンテンツ等、他の文書に対する参照および引用が、本開示全体にわたり為されている。あらゆる斯かる文書は、あらゆる目的のため、それらの全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。
均等物
本発明およびその多くのさらなる実施形態の様々な改変は、本明細書に示され記載されているものに加えて、本明細書に引用されている科学および特許文献の参照を含む本文書の全内容から、当業者には明らかとなるであろう。本明細書における主題は、その様々な実施形態およびその均等物における本発明の実施に適応され得る重要な情報、例証およびガイダンスを含有する。
本発明およびその多くのさらなる実施形態の様々な改変は、本明細書に示され記載されているものに加えて、本明細書に引用されている科学および特許文献の参照を含む本文書の全内容から、当業者には明らかとなるであろう。本明細書における主題は、その様々な実施形態およびその均等物における本発明の実施に適応され得る重要な情報、例証およびガイダンスを含有する。
Claims (27)
- E33K、E180L、E180K、M192E、M192K、M192W、W303H、L381K、L381Q、L381R、L381V、W450H、R454I、R454T、R454K、E457K、R461V、R461Q、R461V、N474RおよびN474Kからなる群より選択される変異を含む改変された末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)であって、核酸鋳型の非存在下で、アナログの3’-酸素に除去可能な遮断部分を含むヌクレオチドアナログを、核酸イニシエータの3’-OHに付加することができる、改変されたTdT。
- 変異E457Kを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、M192W、L381RおよびW450Hを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異L381QおよびW450Hを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180L、M193E、L381K、R461QおよびN457Kを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、L381Q、W450HおよびR461Vを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異L381QおよびW450Hを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180L、M192E、L381K、R461QおよびN457Kを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、M192E、L381K、R454TおよびN47Kを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、M192K、L381K、R454TおよびN457Rを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、M192K、L381K、R454KおよびN457Kを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異M192E、L381V、R454IおよびR461Vを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180KおよびL381Rを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記変異E180K、M192K、L381K、R454KおよびN474Rを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- ネイティブTdTと比較して増加された速度で、前記除去可能な3’-O-遮断部分を含む前記ヌクレオチドアナログを、前記核酸イニシエータの前記3’-OHに付加することができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- ネイティブTdTと比べてN末端トランケーションを含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- N末端t-131マウスTdTおよびN末端に取り付けられたタンパク質タグ配列を含む、請求項15に記載の改変されたTdT。
- N末端t-147マウスTdTおよびN末端に取り付けられたタンパク質タグ配列を含む、請求項15に記載の改変されたTdT。
- 除去可能な3’-O-遮断部分により改変されたアデニン、シトシン、グアニンおよびチミンデオキシリボヌクレオチドを付加することができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記ヌクレオチドが、2’-デオキシリボヌクレオチドである、請求項18に記載の改変されたTdT。
- 除去可能な3’-O-遮断部分により改変されたアデニン、シトシン、グアニンおよびウラシルリボヌクレオチドを付加することができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記除去可能な3’-O-遮断部分が、CH2N3、NH2、ONHC(O)H、アリル、CH2SSCH3、フェノキシアセチル、メトキシアセチル、アセチル、(p-トルエン)スルホネート、ホスフェート、ニトレート、[4-メトキシ]-テトラヒドロチオピラニル、テトラヒドロチオピラニル、[5-メチル]-テトラヒドロフラニル、[2-メチル,4-メトキシ]-テトラヒドロピラニル、[5-メチル]-テトラヒドロピラニル;およびO-テトラヒドロチオフラニルからなる群より選択される3’-O-遮断基を含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 前記改変されたTdTが、3’-O-遮断ヌクレオチド5’-三リン酸を取り込むことができ、前記除去可能な遮断部分が、エステル、エーテル、カルボニトリル、ホスフェート、カーボネート、カルバメート、ヒドロキシルアミン、ボラート、ニトレート、糖、ホスホルアミド、ホスホルアミデート、フェニルスルフェネート、スルフェート、スルホンおよびアミノ酸から選択される基を含む、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 約30℃~約80℃の反応温度で改変ヌクレオチドを取り込むことができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 1000μMまたはそれ未満の濃度で改変ヌクレオチドを取り込むことができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 100μMまたはそれ未満の濃度で改変ヌクレオチドを取り込むことができる、請求項1に記載の改変されたTdT。
- 除去可能な3’-O-リン酸を含むヌクレオチドアナログを、核酸イニシエータの前記3’-OHに付加することができる、請求項14に記載の改変されたTdT。
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