JP2023526228A - 膠芽腫を処置するための方法 - Google Patents

Abstract

本開示の局面は、KDM6B阻害剤を対象に投与する工程を含む、対象において膠芽腫を処置する方法に関する。いくつかの局面では、方法は、免疫療法と組み合わせて行われる。更なる局面は、KDM6B阻害剤および免疫療法を含む組成物に関する。

Description

本願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる2020年5月12日出願の米国特許仮出願第63/023,775号の優先権の恩典を主張する。

I. 発明の分野
本発明は、バイオテクノロジーおよび治療的処置法の分野に関する。

II. 背景
標的療法および免疫療法の使用を通して、過去10年間に、がん療法において素晴らしい進歩がなされた。CTLA-4およびPD-1を含む免疫阻害性リガンド-受容体相互作用を遮断することによって、チェックポイント遮断免疫療法は、Tリンパ球の主要な阻害性シグナルを軽減し、したがって、基礎となるT細胞媒介性の抗腫瘍免疫活性を強化する。しかし、全身的な阻害性シグナルの遍在性の軽減はまた、自己抗原に対して反応するTリンパ球も活性化し、自己寛容の喪失および免疫関連の有害事象をもたらす可能性がある。高度の毒性を発症する患者は、一般的に、処置の一時的または永久的な中断のいずれかを必要とし、その毒性を管理するために、長期間の重い免疫抑制を必要とする場合がある。抗CTLA-4療法および／または抗PD-1療法に対して重度から生命を脅かす毒性を発症する高い頻度、ならびに患者が応答するかどうかに関して予測できないことは、臨床医がこの形態の療法を処方する制限要因になっている。

免疫チェックポイント阻害剤療法に対する患者の応答に関連するいくつかの因子が発見されているが、免疫チェックポイント遮断療法による毒性の予測因子、および免疫チェックポイント遮断療法に対するレスポンダーの予測因子が必要である。1つまたは複数のバイオマーカーに基づいて、患者をチェックポイント遮断療法に応答する可能性が高い患者および可能性が低い患者に層別化することは、患者に、疾患が更に広がる前に最も有効な療法を提供できるため、患者にとってより有効かつ治療的な処置法を提供するであろう。

本開示の局面は、KDM6B阻害剤を対象に投与する工程を含む、対象において膠芽腫を処置する方法に関する。更なる局面は、KDM6B阻害剤および免疫療法を含む組成物に関する。更なる局面は、KDM6B阻害剤を対象に投与する工程を含む、対象において膠芽腫の腫瘍サイズまたは体積を低減させるための方法に関する。本開示の局面はまた、KDM6B阻害剤を細胞に投与する工程を含む、膠芽腫がん細胞を死滅させることにも関する。また、KDM6B阻害剤を対象に投与する工程を含む、膠芽腫を有する対象において全生存期間を増加させるため、再発率を低減させるため、および／または無再発生存期間を増加させるための方法も記載される。

膠芽腫は、原発性膠芽腫または続発性膠芽腫を含み得る。膠芽腫は、多形性膠芽腫および／または脳腫瘍を指し得る。対象は、膠芽腫と診断されたことがある対象であり得る。膠芽腫は、骨髄性浸潤を伴う膠芽腫として更に定義され得る。骨髄性浸潤という用語は、腫瘍微小環境中に骨髄系細胞が存在している膠芽腫を指す。いくつかの局面では、対象は、骨髄性浸潤を有すると判定されたことがある。

いくつかの局面では、KDM6Bが、骨髄系細胞においてエクスビボで阻害される。例えば、骨髄細胞は、対象から、または骨髄ドナー対象から単離され得る。細胞は、マクロファージの増殖を可能にする培地および／または条件において培養され得る。次いで、細胞を、KDM6B阻害剤と接触させることができる。次いで、細胞が、患者に投与され得る。

いくつかの局面では、KDM6Bが、骨髄系細胞において阻害される。方法は、免疫療法の投与を更に含み得る。免疫療法は、KDM6B阻害剤の前に、KDM6B阻害剤の後に、またはKDM6B阻害剤と同時に投与され得る。いくつかの局面では、免疫療法は、KDM6Bの阻害剤の後に投与される。いくつかの局面では、免疫療法は、免疫チェックポイント遮断（ICB）療法を含む。ICB療法は、単剤療法または併用ICB療法であり得る。ICB療法は、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害剤を含み得る。いくつかの局面では、ICB療法は、抗PD-1モノクローナル抗体および／または抗CTLA-4モノクローナル抗体を含む。いくつかの局面では、ICB療法は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ、イピリムマブ、およびトレメリムマブを含む。

いくつかの局面では、対象は、膠芽腫について抗がん剤で以前に処置されたことがある。いくつかの局面では、以前の処置は、免疫療法を含む。いくつかの局面では、対象は、以前の療法に対して非応答性であると判定されたことがある。いくつかの局面では、方法は、少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む。いくつかの局面では、少なくとも1つの追加の抗がん処置は、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である。

いくつかの局面では、膠芽腫は、ステージI、II、III、またはIVの膠芽腫を含む。いくつかの局面では、膠芽腫は、再発性および／または転移性の膠芽腫を含む。KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤などの本開示の治療剤は、経口的に、静脈内に、腹腔内に、気管内に、腫瘍内に、筋肉内に、内視鏡的に、病巣内に、経皮的に、皮下に、局所的に、または直接注射もしくは灌流によって投与され得る。いくつかの局面では、KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤は、静脈内に投与される。いくつかの局面では、KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤は、1回よりも多く投与される。

阻害剤は、低分子化合物であり得る。いくつかの局面では、阻害剤は、GSK J4を含む。阻害剤は、KDM6Bをコードする核酸分子とハイブリダイズする単離された核酸分子であり得る。阻害剤は、KDM6B核酸の転写または翻訳を阻害する核酸阻害剤であり得る。いくつかの局面では、阻害剤は、siRNA、二本鎖RNA、短鎖ヘアピンRNA、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの局面では、阻害剤は、siRNAである。いくつかの局面では、阻害剤は、KDM6Bタンパク質に結合して、KDM6Bの活性を阻害する抗体である。

阻害剤は、全身に投与され得る。いくつかの局面では、阻害剤は、腫瘍内にまたは腫瘍微小環境に投与される。いくつかの局面では、阻害剤は、膠芽腫腫瘍を有する対象に投与される。いくつかの局面では、阻害剤の投与は、腫瘍の体積を有意に低減させる。いくつかの局面では、阻害剤の投与は、対象の生存期間を延長させる。いくつかの局面では、阻害剤の投与は、対象において全生存期間または無再発生存期間を増加させる。

対象は、ヒト、マウス、ブタ、ウシ、ヒツジ、ウサギ、またはラットであり得る。いくつかの局面では、対象は、非ヒト霊長類である。いくつかの局面では、対象は、ヒトまたは哺乳類である。

本願全体を通して、用語「約」は、値が、その値を決定するために使用される装置または方法の誤差の標準偏差を含むことを示すために、細胞および分子生物学の領域におけるその明白かつ通常の意味に従って用いられる。

用語「含む」と共に用いられる場合の単語「1つの（a）」または「1つの（an）」の使用は、「1つ」を意味し得るが、「1つまたは複数」、「少なくとも1つ」、および「1つまたは1つよりも多く」の意味とも一致する。

本明細書において使用するとき、用語「または」および「および／または」は、互いに組み合わせたまたは互いを除いた複数の構成要素を記載するために利用される。例えば、「x、y、および／またはz」は、「x」のみ、「y」のみ、「z」のみ、「x、y、およびz」、「（xおよびy）またはz」、「xまたは（yおよびz）」、または「xまたはyまたはz」を指すことができる。x、y、またはzが、態様から具体的に除外されてもよいことが、具体的に企図される。

単語「含む（comprising）」（ならびに、「含む（comprises）」および「含む（comprises）」などの含む（comprising）の任意の形態）、「有する（having）」（ならびに、「有する（have）」および「有する（has）」などの有する（having）の任意の形態」、「含む（including）」（ならびに、「含む（includes）」および「含む（include）」などの含む（including）の任意の形態、「特徴とする（characterized by）」（ならびに、「特徴とする（characterized as）」などの含む（including）の任意の形態）、または「含有する（containing）」（ならびに、「含有する（contains）」および「含有する（contain）」などの含有する（containing）の任意の形態）は、包括的またはオープンエンドであり、追加の列挙されていない要素または方法工程を除外しない。

組成物およびその使用のための方法は、本明細書全体を通して開示される成分または工程のいずれかを「含む」か、「から本質的になる」か、または「からなる」ことができる。語句「からなる」は、指定されていない任意の要素、工程、または成分を除外する。語句「から本質的になる」は、記載される主題の範囲を、指定される材料または工程、およびその基本的なかつ新規の特徴に重大な影響を与えないものに限定する。用語「含む」の文脈で記載される態様はまた、用語「からなる」または「から本質的になる」の文脈でも実施され得ることが企図される。

治療的、診断的、または生理学的な目的または効果の文脈における任意の方法はまた、記載される治療的、診断的、または生理学的な目的または効果を達成するかまたは実施するための、本明細書において論じられる任意の化合物、組成物、または作用物質「の使用」などの、「使用」クレームの言語で記載されてもよい。

1つまたは複数の配列または組成物の使用は、本明細書において記載される方法のいずれかに基づいて用いられ得る。他の態様が、本願全体を通して論じられる。本開示の一局面に関して論じられる任意の態様は、本開示の他の局面に同様に適用され、その逆もまた同じである。

本明細書の一態様に関して論じられる任意の限定が、本明細書の任意の他の態様にも適用され得ることが具体的に意図される。更に、本発明の任意の組成物は、本発明の任意の方法で用いることができ、そして、本発明の任意の方法を用いて、本発明の任意の組成物を生成または利用することができる。実施例に記載される態様の局面は、異なる実施例の他の箇所または本願の他の箇所、例えば、発明の概要、態様の詳細な説明、特許請求の範囲、および図面のレジェンドの説明において論じられる態様の状況で実施することができる態様でもある。

本発明の他の目的、特徴、及び利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかし、発明の趣旨及び範囲内の様々な変更及び改変がこの詳細な説明から当業者に明らかになるので、詳細な説明及び具体例は、発明の特定の態様を示すものの、例示のためだけに与えられることを理解すべきである。

以下の図面は、本明細書の一部を構成し、そして、本発明の特定の局面を更に示すために含まれる。これら図面のうちの1つまたは複数を、本明細書において提示される特定の態様の詳細な説明と組み合わせて参照することにより、本発明をより深く理解することができる。

KDM6Bの骨髄系特異的な枯渇が、腫瘍体積を低減させ、GBM腫瘍担持マウスの生存を改善することを示す。 KDM6Bの骨髄系特異的な枯渇が、GBM腫瘍担持マウスにおいて免疫微小環境を変化させることを示す。 KDM6Bの骨髄系特異的な枯渇が、GBM腫瘍担持マウスにおいて免疫微小環境を変化させることを示す。 KDM6Bの薬理学的阻害が、腫瘍成長を減弱させ、GBM腫瘍担持マウスの生存を改善することを示す。 実施例1に記載される実験の詳細を示す概略図である。 図6A～Bは、KDM6Bの骨髄系特異的な枯渇が、骨髄系細胞の抗原性を増加させることを示す。 図6Aの説明を参照のこと。 KDM6Bの薬理学的阻害が、骨髄系細胞の抗原性を増加させることを示す。 LysM^creKDM6B^fl/flマウスの免疫表現型解析を示す。2本のバーの各セットは、左側にWT、および右側にLysM^creKDM6B^fl/flマウスを示す。

発明の詳細な説明
I. KDM6B阻害剤
KDM6B阻害剤とは、KDM6B活性に対して100μMまたはそれ以下の濃度、例えば、少なくとも200、100、80、50、40、20、10、5、1μM、100、10、1 nM、もしくはそれ以下の濃度（またはここから導出可能な任意の範囲もしくは値）、または多くとも200、100、80、50、40、20、10、5、1μM、100、10、1 nM、もしくはそれ以下の濃度（またはここから導出可能な任意の範囲もしくは値）、または約200、100、80、50、40、20、10、5、1μM、100、10、1 nM、もしくはそれ以下の濃度（またはここから導出可能な任意の範囲もしくは値）のIC50を有する化合物もしくは作用物質のクラスの任意のメンバー、またはKDM6Bの発現を阻害する任意の化合物もしくは作用物質を指し得る。KDM6Bの活性または機能の例には、細胞におけるNa+/H+レベル、細胞内pH、培地中へのイオンの分泌、アポトーシス、細胞増殖、細胞周期、細胞死、または細胞生存率の制御が含まれ得るが、これらに限定されるわけではない。特定の局面では、制御は、対照のレベルまたはサンプルと比較した増加または減少であることができる。更なる局面では、細胞内pHの算出、培養培地への酸負荷試験、KDM6Bの結晶解析、電子顕微鏡などの機能アッセイが用いられ得る。追加的な局面では、MTTアッセイ、コロニー形成アッセイ、浸潤アッセイ、アポトーシスアッセイ、または細胞周期解析が、KDM6B阻害剤を試験するために用いられ得る。

A. KDM6B阻害性核酸
阻害性核酸、または当技術分野において公知のKDM6Bの遺伝子発現を阻害する任意の方法が、特定の局面において企図される。阻害性核酸の例には、siRNA（低分子干渉RNA）、短鎖ヘアピンRNA（shRNA）、二本鎖RNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、およびそれらをコードする核酸が含まれるが、これらに限定されるわけではない。阻害性核酸は、細胞において遺伝子の転写を阻害し得るか、または遺伝子転写物の翻訳を阻止し得る。阻害性核酸は、16～1000ヌクレオチド長、特定の局面では、18～100ヌクレオチド長であってもよい。核酸は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、40、50、60、70、80、90、もしくはここから導出可能な任意の範囲、または多くとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、40、50、60、70、80、90、もしくはここから導出可能な任意の範囲のヌクレオチドを有し得る。

本明細書において使用するとき、「単離された」とは、ヒトの介入を通して天然の状態から変更されたかまたは取り出されたことを意味する。例えば、生きている動物に天然で存在するsiRNAは、「単離され」ていないが、合成siRNA、またはその天然の状態の共存物質から部分的にもしくは完全に分離されたsiRNAは、「単離され」ている。単離されたsiRNAは、実質的に精製された形態で存在することができるか、または、例えば、siRNAがその中に送達されている細胞などの非天然の環境に存在することができる。

阻害性核酸は、当技術分野において周知である。例えば、siRNAおよび二本鎖RNAは、米国特許第6,506,559号および第6,573,099号に、ならびに米国特許出願公開第2003/0051263号、第2003/0055020号、第2004/0265839号、第2002/0168707号、第2003/0159161号、および第2004/0064842号に記載されており、それらの全ては、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。

特に、阻害性核酸は、KDM6Bの発現を、少なくとも10％、20％、30％、または40％、より詳しくは少なくとも50％、60％、または70％、および最も詳しくは少なくとも75％、80％、90％、95％、もしくはそれ以上、または前述の間の任意の範囲もしくは値で減少させることができ得る。

更なる局面では、KDM6B阻害剤である合成核酸が存在する。阻害剤は、17～25ヌクレオチド長であってもよく、成熟KDM6B mRNAの5'から3'への配列に対して少なくとも90％相補的である、5'から3'への配列を含む。特定の局面では、阻害剤分子は、17、18、19、20、21、22、23、24、もしくは25ヌクレオチド長、またはこの中の任意の導出可能な範囲である。更に、阻害剤分子は、成熟KDM6B mRNA、特に、成熟した天然に存在するmRNAの5'から3'への配列に対して、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9、もしくは100％相補的、またはこの中の任意の導出可能な範囲であるか、または、少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9、もしくは100％相補的、またはこの中の任意の導出可能な範囲である、（5'から3'への）配列を有する。いくつかの態様では、核酸は、KDM6B遺伝子の5'非翻訳領域または3'非翻訳領域に対して相補的である。当業者は、成熟mRNAの配列に対して相補的であるプローブ配列の一部分を、mRNA阻害剤のための配列として用いることができる。更に、プローブ配列のその部分は、成熟mRNAの配列に対して依然として90％相補的であるように変更することができる。

いくつかの局面では、阻害剤核酸は、例えば遺伝子編集を通して、細胞のゲノムを変更する核酸であり得る。例えば、対象またはドナー対象由来の細胞を、DNAを改変するためのCRISPR/Cas9またはジンクフィンガーなどの技法の使用を通して細胞中のKDM6Bのゲノム配列を変更するように、遺伝子編集に供してもよい。次いで、遺伝子の発現を低減させるかまたは排除する、変更されたKDM6Bの遺伝子配列を有する細胞を、患者に投与してもよい。

B. KDM6B阻害性抗体
特定の局面では、KDM6Bタンパク質の少なくとも一部分に結合して、ヒストン脱メチル化におけるKDM6B活性を阻害する抗体またはその断片；疾患の処置におけるその関連した使用が、局面において企図される。

いくつかの局面では、抗KDM6B抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である。いくつかの局面では、抗体は、キメラ抗体、親和性成熟抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体である。いくつかの局面では、抗体は、抗体断片である。いくつかの局面では、抗体は、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、またはscFvである。一局面では、抗体は、キメラ抗体、例えば、異種の非ヒト、ヒト、またはヒト化配列（例えば、フレームワークおよび／または定常ドメイン配列）に移植された非ヒトドナー由来の抗原結合配列を含む抗体である。一局面では、非ヒトドナーは、マウスである。一局面では、抗原結合配列は、合成であり、例えば、変異誘発（例えば、ファージディスプレイスクリーニングなど）によって得られる。一局面では、キメラ抗体は、マウスV領域およびヒトC領域を有する。一局面では、マウス軽鎖V領域は、ヒトκ軽鎖またはヒトIgG1 C領域に融合している。

抗体断片の例には、非限定的に以下が含まれる：（i）VL、VH、CL、およびCH1ドメインからなるFab断片；（ii）VHおよびCH1ドメインからなる「Fd」断片；（iii）単一抗体のVLおよびVHドメインからなる「Fv」断片；（iv）VHドメインからなる「dAb」断片；（v）単離されたCDR領域；（vi）2つの連結されたFab断片を含む二価断片である、F(ab')2断片；（vii）VHドメインとVLドメインとが、2つのドメインが会合して結合ドメインを形成することを可能にするペプチドリンカーによって連結されている、一本鎖Fv分子（「scFv」）；（viii）二重特異性一本鎖Fv二量体（米国特許第5,091,513号を参照されたい）；ならびに（ix）遺伝子融合によって構築された多価または多重特異性断片である、ダイアボディ（米国特許出願公開第2005/0214860号）。Fv、scFv、またはダイアボディ分子は、VHドメインとVLドメインとを連結するジスルフィド架橋の組み込みによって安定化され得る。CH3ドメインに連結されたscFvを含むミニボディ（minibody）もまた、作製され得る（Hu et al, 1996）。

モノクローナル抗体は、全ての抗体産生細胞が単一のBリンパ球細胞株に由来するため、あらゆる抗体分子が同じエピトープを認識する単一種の抗体である。ハイブリドーマ技術は、KDM6B抗原で事前に免疫化したマウス由来の単一のBリンパ球と、不死の骨髄腫細胞（通常はマウス骨髄腫）との融合を含む。この技術は、同じ抗原またはエピトープ特異性を有する構造的に同一の抗体（モノクローナル抗体）の無限の量が生成され得るように、単一の抗体産生細胞を不定数の世代にわたって増殖させる方法を提供する。しかし、治療的応用において、ハイブリドーマ技術の目標は、非ヒト（例えば、マウス）ハイブリドーマ細胞株によって作製されたモノクローナル抗体の投与に起因し得る、ヒトにおける免疫反応を低減させることである。

モノクローナル抗体の軽鎖および重鎖の定常ドメインを、外来抗体の可変領域をそのままにして、ヒト起源の相似のドメインで置き換える方法が、開発されてきている。あるいは、「完全ヒト」モノクローナル抗体が、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックのマウスにおいて生成される。げっ歯類アミノ酸配列およびヒトアミノ酸配列の両方を有する抗体可変ドメインを組換えで構築することによって、モノクローナル抗体の可変ドメインをよりヒトの形態に変換する方法もまた、開発されてきている。「ヒト化」モノクローナル抗体においては、超可変CDRのみが、マウスモノクローナル抗体に由来し、フレームワーク領域は、ヒトアミノ酸配列に由来する。げっ歯類に特徴的である抗体中のアミノ酸配列を、ヒト抗体の対応する位置で見出されるアミノ酸配列で置き換えることによって、治療的使用中の有害な免疫反応の可能性が低減すると考えられる。抗体を産生するハイブリドーマまたは他の細胞はまた、ハイブリドーマによって産生される抗体の結合特異性を変更する場合があり、または変更しない場合がある、遺伝子変異または他の変化に供されてもよい。

モノクローナル抗体および他の抗体、ならびに元の抗体の抗原またはエピトープ特異性を保持する他の抗体またはキメラ分子を生成する組換えDNA技術を用いて、操作された抗体を作成することが可能であり、すなわち、分子は結合ドメインを有する。このような技法は、抗体の免疫グロブリン可変領域またはCDRをコードするDNAを、異なる抗体のフレームワーク領域、定常領域、または定常領域＋フレームワーク領域のための遺伝物質に導入することを含み得る。例えば、この参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第5,091,513号および第6,881,557号を参照されたい。

本明細書において記載されるような公知の手段によって、KDM6Bタンパク質、そのそれぞれのエピトープのうちの1つもしくは複数に特異的であるポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体、結合断片および結合ドメインおよびCDR（前述のいずれかの操作された形態を含む）、または前述のいずれかのコンジュゲートが、このような抗原またはエピトープが、天然源から単離されようと、または天然化合物の合成誘導体もしくはバリアントであろうと、作成され得る。

抗体は、鳥類および哺乳類を含む、任意の動物源から生成され得る。特に、抗体は、ヒツジ、ネズミ（例えば、マウスおよびラット）、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマ、またはニワトリであり得る。加えて、より新しい技術によって、ヒトコンビナトリアル抗体ライブラリからのヒト抗体の開発およびスクリーニングが可能である。例えば、この参照により本明細書に組み入れられる米国特許第6,946,546号に記載されているように、バクテリオファージ抗体発現技術は、特異的抗体が動物免疫化の非存在下で生成されることを可能にする。これらの技法は、Marks (1992)；Stemmer (1994)；Gram et al. (1992)；Barbas et al. (1994)；およびSchier et al. (1996)に更に記載されている。

様々な動物種においてポリクローナル抗体を生成するため、ならびにヒト化、キメラ、および完全ヒトを含む様々なタイプのモノクローナル抗体を生成するための方法は、当技術分野において周知である。これらの抗体を生成するための方法もまた、周知である。例えば、以下の米国特許および特許公開は、このような方法の有効にする説明を提供し、参照により本明細書に組み入れられる：米国特許出願公開第2004/0126828号および第2002/0172677号；ならびに米国特許第3,817,837号；第3,850,752号；第3,939,350号；第3,996,345号；第4,196,265号；第4,275,149号；第4,277,437号；第4,366,241号；第4,469,797号；第4,472,509号；第4,606,855号；第4,703,003号；第4,742,159号；第4,767,720号；第4,816,567号；第4,867,973号；第4,938,948号；第4,946,778号；第5,021,236号；第5,164,296号；第5,196,066号；第5,223,409号；第5,403,484号；第5,420,253号；第5,565,332号；第5,571,698号；第5,627,052号；第5,656,434号；第5,770,376号；第5,789,208号；第5,821,337号；第5,844,091号；第5,858,657号；第5,861,155号；第5,871,907号；第5,969,108号；第6,054,297号；第6,165,464号；第6,365,157号；第6,406,867号；第6,709,659号；第6,709,873号；第6,753,407号；第6,814,965号；第6,849,259号；第6,861,572号；第6,875,434号；および第6,891,024号。本明細書においておよびそこにおいて引用された全ての特許、特許公開、および他の刊行物は、これによって、参照により本願に組み入れられる。

KDM6Bに対する抗体は、抗体の動物種、モノクローナル細胞株、または他の供給源にかかわらず、KDM6Bの効果を中和するかまたは打ち消す能力を有することが十分に期待される。特定の動物種は、抗体の「Fc」部分を通した補体系の活性化によりアレルギー応答を引き起こす可能性がより高い場合があるため、治療用抗体を作製するにはあまり好ましくない場合がある。しかし、全抗体は、「Fc」（補体結合）断片、および結合ドメインまたはCDRを有する結合断片に、酵素的に消化され得る。Fc部分の除去は、抗原結合断片が望ましくない免疫学的応答を惹起する可能性が低減させ、したがって、Fcを有しない抗体は、予防的処置または治療的処置に特に有用であり得る。上記のように、抗体はまた、他の種において生成されたかまたは他の種由来の配列を有する抗体を動物に投与することに起因する、有害な免疫学的結果を低減させるかまたは排除するために、キメラ、部分的にまたは完全にヒトであるように構築され得る。

C. KDM6B阻害性低分子
本明細書において使用するとき、「低分子」とは、従来の有機化学法を介して（例えば、実験室において）合成されるか、または天然に見出されるかのいずれかである有機化合物を指す。典型的には、低分子は、いくつかの炭素-炭素結合を含有し、かつ約1500グラム／モル未満の分子量を有することを特徴とする。特定の局面では、低分子は、約1000グラム／モル未満である。特定の局面では、低分子は、約550グラム／モル未満である。特定の局面では、低分子は、約200～約550グラム／モルである。特定の局面では、低分子は、ペプチド（例えば、ペプチジル結合によって連結された2個以上のアミノ酸を含む化合物）を除外する。特定の局面では、低分子は、核酸を除外する。

例えば、KDM6B阻害性の低分子は、KDM6Bの機能または活性を阻害すると決定されている任意の低分子であり得る。このような低分子は、インビトロまたはインビボの機能アッセイに基づいて決定され得る。

I. 免疫療法
いくつかの局面では、方法は、がん免疫療法の投与を含む。がん免疫療法（時には、IOと略されるイムノオンコロジーと呼ばれる）は、がんを処置するための免疫系の使用である。免疫療法は、能動的、受動的、またはハイブリッド（能動的および受動的）に分類することができる。これらのアプローチは、がん細胞が、多くの場合、腫瘍関連抗原（TAA）として知られる、免疫系によって検出され得る分子をその表面上に有し；それらは多くの場合、タンパク質または他の巨大分子（例えば、炭水化物）である、という事実を活用する。能動的免疫療法は、TAAを標的とすることによって、腫瘍細胞を攻撃するように免疫系を方向付ける。受動的免疫療法は、既存の抗腫瘍応答を増強し、モノクローナル抗体、リンパ球、およびサイトカインの使用を含む。免疫療法は、当技術分野において公知であり、いくつかを以下に記載する。

A. 免疫チェックポイント遮断療法
本開示の局面は、免疫チェックポイント遮断療法の投与を含んでもよく、これを、以下に更に記載する。

1. PD-1、PDL1、およびPDL2の阻害物質
PD-1は、T細胞が感染症または腫瘍に遭遇する腫瘍微小環境で作用することができる。活性化したT細胞は、PD-1をアップレギュレートし、そして、末梢組織でそれを発現し続ける。IFN-ガンマなどのサイトカインは、上皮細胞および腫瘍細胞におけるPDL1の発現を誘導する。PDL2は、マクロファージおよび樹状細胞上で発現される。PD-1の主な役割は、末梢におけるエフェクタT細胞の活性を制限し、そして、免疫応答中の組織への過剰の損傷を防ぐことである。開示の阻害物質は、PD-1および／またはPDL1の活性のうちの1つまたは複数の機能を遮断することができる。

「PD-1」の別名は、CD279およびSLEB2を含む。「PDL1」の別名は、B7-H1、B7-4、CD274、およびB7-Hを含む。「PDL2」の別名は、B7-DC、Btdc、およびCD273を含む。いくつかの局面では、PD-1、PDL1、およびPDL2は、ヒトのPD-1、PDL1、およびPDL2である。

いくつかの局面では、PD-1阻害物質は、PD-1のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PD-1のリガンド結合パートナーは、PDL1および／またはPDL2である。別の局面では、PDL1阻害物質は、PDL1のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PDL1の結合パートナーは、PD-1および／またはB7-1である。別の局面では、PDL2阻害物質は、PDL2のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の局面では、PDL2の結合パートナーは、PD-1である。阻害物質は、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであってよい。例示的な抗体は、全て参照により本明細書に組み入れられる米国特許第8,735,553号、同第8,354,509号、および同第8,008,449号に記載されている。本明細書において提供される方法および組成物で使用するための他のPD-1阻害物質は、全て参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第2014/0294898号、同第2014/022021号、および同第2011/0008369号に記載されているものなど、当該技術分野において公知である。

いくつかの局面では、PD-1阻害物質は、抗PD-1抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの局面では、抗PD-1抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびピディリズマブからなる群より選択される。いくつかの局面では、PD-1阻害物質は、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のFc領域）に融合しているPDL1またはPDL2の細胞外またはPD-1結合の部分を含むイムノアドヘシンである。いくつかの局面では、PDL1阻害物質は、AMP-224を含む。MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558、およびOPDIVO（登録商標）としても知られているニボルマブは、国際公開公報第2006/121168号に記載されている抗PD-1抗体である。MK-3475、Merck 3475、ランブロリズマブ、KEYTRUDA（登録商標）、およびSCH-900475としても知られているペンブロリズマブは、国際公開公報第2009/114335号に記載されている抗PD-1抗体である。CT-011、hBAT、またはhBAT-1としても知られているピディリズマブは、国際公開公報第2009/101611号に記載されている抗PD-1抗体である。B7-DCIgとしても知られているAMP-224は、国際公開公報第2010/027827号および同第2011/066342号に記載されているPDL2-Fc融合可溶性受容体である。追加のPD-1阻害物質は、AMP-514としても知られているMEDI0680、およびREGN2810を含む。

いくつかの局面では、ICB療法は、MEDI4736としても知られているデュルバルマブ、MPDL3280Aとしても知られているアテゾリズマブ、MSB00010118Cとしても知られているアベルマブ、MDX-1105、BMS-936559、またはこれらの組み合わせなどのPDL1阻害物質を含む。特定の局面では、ICB療法は、rHIgM12B7などのPDL2阻害作質を含む。

いくつかの局面では、阻害物質は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブの重鎖および軽鎖のCDRまたはVRを含む。したがって、一局面では、阻害物質は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブのVH領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインと、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、またはピディリズマブのVL領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインとを含む。別の局面では、抗体は、上述の抗体と同じPD-1、PDL1、またはPDL2におけるエピトープへの結合について競合するおよび／または該エピトープに結合する。別の局面では、抗体は、上述の抗体と少なくとも約70、75、80、85、90、95、97、または99％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の可変領域アミノ酸配列の同一性を有する。

2. CTLA-4、B7-1、およびB7-2
本明細書において提供される方法で標的とすることができる別の免疫チェックポイントは、CD152としても知られている細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4（CTLA-4）である。ヒトCTLA-4の完全なcDNA配列は、Genbankアクセッション番号L15006を有する。CTLA-4は、T細胞の表面上にみられ、そして、抗原提示細胞の表面上のB7-1（CD80）またはB7-2（CD86）と結合したときに「オフ」のスイッチとして作用する。CTLA4は、ヘルパーT細胞の表面上で発現し、そして、阻害性シグナルをT細胞に伝達する免疫グロブリンスーパーファミリーの一員である。CTLA4は、T細胞共刺激性タンパク質であるCD28と類似しており、そして、両分子は抗原提示細胞上のB7-1およびB7-2に結合する。CTLA-4は、阻害性シグナルをT細胞に伝達するが、一方、CD28は、共刺激性シグナルを伝達する。細胞内CTLA-4は制御性T細胞にもみられ、そして、その機能にとって重要であり得る。T細胞受容体およびCD28を通してT細胞が活性化されると、B7分子についての阻害性受容体であるCTLA-4の発現が増加する。開示の阻害物質は、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の活性のうちの1つまたは複数の機能を遮断することができる。いくつかの局面では、阻害物質は、CTLA-4とB7-1との相互作用を遮断する。いくつかの局面では、阻害物質は、CTLA-4とB7-2との相互作用を遮断する。

いくつかの局面では、ICB療法は、抗CTLA-4抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドを含む。

本方法で使用するのに好適な抗ヒトCTLA-4抗体（またはそれに由来するVHおよび／もしくはVLのドメイン）は、当技術分野において周知の方法を用いて作製することができる。あるいは、当技術分野において認識されている抗CTLA-4抗体を使用してもよい。例えば、米国特許第8,119,129号、国際公開公報第01/14424号、同第98/42752号；同第00/37504号（CP675,206、トレメリムマブとしても知られている；以前はチシリマブ）、米国特許第6,207,156号；Hurwitz et al., 1998；に開示されている抗CTLA-4抗体を本明細書において開示される方法で使用することができる。前述の各刊行物の教示は、参照により本明細書に組み入れられる。また、これら当技術分野において認められている抗体のいずれかとCTLA-4への結合について競合する抗体を使用することもできる。例えば、ヒト化CTLA-4抗体は、全て参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2001/014424号、同第2000/037504号、および米国特許第8,017,114号に記載されている。

開示の方法および組成物においてICB療法として有用な更なる抗CTLA-4抗体は、イピリムマブ（10D1、MDX- 010、MDX- 101、およびYervoy（登録商標）としても知られている）またはその抗原結合断片およびバリアントである（例えば、国際公開公報第0 1/14424号を参照）。

いくつかの局面では、阻害物質は、トレメリムマブまたはイピリムマブの重鎖および軽鎖のCDRまたはVRを含む。したがって、一局面では、阻害物質は、トレメリムマブまたはイピリムマブのVH領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインと、トレメリムマブまたはイピリムマブのVL領域のCDR1、CDR2、およびCDR3のドメインとを含む。別の局面では、抗体は、上述の抗体と同じPD-1、B7-1、またはB7-2におけるエピトープへの結合について競合するおよび／または該エピトープに結合する。別の局面では、抗体は、上述の抗体と少なくとも約70、75、80、85、90、95、97、または99％（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の可変領域アミノ酸配列の同一性を有する。

B. 共刺激性分子の阻害
いくつかの局面では、免疫療法は、共刺激性分子の阻害物質を含む。いくつかの局面では、阻害物質は、B7-1（CD80）、B7-2（CD86）、CD28、ICOS、OX40（TNFRSF4）、4-1BB（CD137；TNFRSF9）、CD40L（CD40LG）、GITR（TNFRSF18）、およびこれらの組み合わせの阻害物質を含む。阻害物質は、阻害性抗体、ポリペプチド、化合物、および核酸を含む。

C. 樹状細胞療法
樹状細胞療法は、樹状細胞に腫瘍抗原をリンパ球に提示させて、リンパ球を活性化し、リンパ球を刺激して抗原を提示する他の細胞を殺傷させることによって、抗腫瘍応答を引き起こす。樹状細胞は、哺乳類の免疫系における抗原提示細胞（APC）である。がん処置において、樹状細胞は、がん抗原のターゲティングを支援する。樹状細胞に基づく細胞性がん療法の一例は、シプロイセル-Tである。

樹状細胞が腫瘍抗原を提示するように誘導する1つの方法は、自己腫瘍溶解物または短いペプチド（がん細胞におけるタンパク質抗原に対応するタンパク質の小片）をワクチン接種することによる。これらペプチドは、免疫および抗腫瘍の応答を高めるために、アジュバント（高度に免疫原性の物質）と組み合わせて与えられることが多い。他のアジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）などの、樹状細胞を誘引および／または活性化するタンパク質または他の化学物質を含む。

また、腫瘍細胞にGM-CSFを発現させることによって樹状細胞をインビボで活性化させることもできる。これは、腫瘍細胞を遺伝的に操作してGM-CSFを生成させることによって、またはGM-CSFを発現する腫瘍溶解性ウイルスを腫瘍細胞に感染させることによって実現することができる。

別のストラテジは、患者の血液から樹状細胞を取り出し、そして、体外で活性化させることである。樹状細胞は、単一の腫瘍特異的ペプチド／タンパク質であってもよく、腫瘍細胞溶解物（分解された腫瘍細胞の溶液）であってもよい、腫瘍抗原の存在下で活性化される。これら細胞を（任意のアジュバントと共に）注入し、そして、免疫応答を引き起こす。

樹状細胞療法は、樹状細胞の表面上の受容体に結合する抗体を使用することを含む。抗原を抗体に加えてもよく、そして、抗原は、樹状細胞の成熟を誘導して、腫瘍に対する免疫を提供することができる。TLR3、TLR7、TLR8、またはCD40などの樹状細胞受容体が抗体の標的として使用されている。

D. CAR-T細胞療法
キメラ抗原受容体（CAR、キメラ免疫受容体、キメラT細胞受容体、または人工T細胞受容体としても知られている）は、がん細胞を標的とするために新たな特異性を免疫細胞と組み合わせた遺伝子操作受容体である。典型的には、これら受容体は、モノクローナル抗体の特異性をT細胞に移植する。受容体は、異なる起源からの部分を融合させたものであるので、キメラと呼ばれる。CAR-T細胞療法とは、このような形質転換された細胞をがん療法のために使用する処置を指す。

CAR-T細胞の設計の基本原理は、抗原結合機能とT細胞活性化機能とを兼ね備えた遺伝子組み換え受容体を必要とする。CAR-T細胞の一般的前提は、がん細胞上にみられるマーカーを標的とするT細胞を人工的に作製することである。科学者たちは、ヒトからT細胞を取り出し、遺伝的に変化させ、そして、がん細胞を攻撃させるために患者に戻すことができる。T細胞がCAR-T細胞になるように遺伝子操作されると、「生きた薬（living drug）」として機能する。CAR-T細胞は、細胞外リガンド認識ドメインと、後にT細胞を活性化させる細胞内シグナル分子との間を連結させる。細胞外リガンド認識ドメインは、通常、一本鎖可変断片（scFv）である。CAR-T細胞療法の安全性の重要な局面は、いかにして正常な細胞ではなく、がん性腫瘍細胞だけを確実に標的にするかということである。CAR-T細胞の特異性は、標的となる分子の選択によって決定される。

例示的なCAR-T療法は、チサゲンレクロイセル（Kymriah）およびアキシカブタゲンシロロイセル（Yescarta）を含む。いくつかの局面では、CAR-T療法は、CD19を標的とする。

E. サイトカイン療法
サイトカインは、腫瘍内に存在する細胞の多くの種類によって生成されるタンパク質である。サイトカインは、免疫応答を調節することができる。腫瘍は多くの場合、腫瘍を成長させおよび免疫応答を低減するために、サイトカインを使用する。これら免疫調節効果により、免疫応答を引き起こすための薬物としてサイトカインを使用することが可能になる。2つの一般的に使用されるサイトカインは、インターフェロンおよびインターロイキンである。

インターフェロンは、免疫系によって生成される。インターフェロンは、通常抗ウイルス応答に関与しているが、がんに対する用途も有する。インターフェロンは、タイプI（IFNαおよびIFNβ）、タイプII（IFNγ）、およびタイプIII（IFNλ）の3つのグループに含まれる。

インターロイキンは、数々の免疫系効果を有する。IL-2が、例示的なインターロイキンサイトカイン療法である。

F. 養子T細胞療法
養子T細胞療法は、T細胞、マクロファージ、または骨髄系細胞などの細胞の移入（養子細胞移入）による受動免疫の一種である。T細胞は、血液および組織にみられ、通常、外来病原体をみつけたときに活性化する。具体的には、T細胞は、その表面抗原上に外来タンパク質の一部をディスプレイしている細胞にT細胞の表面受容体が遭遇したときに、活性化する。それらは、感染細胞であってもよく、抗原提示細胞（APC）であってもよい。T細胞は、正常組織および腫瘍組織にみられ、腫瘍組織では、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）として知られている。T細胞は、腫瘍抗原を提示する樹状細胞などのAPCの存在によって活性化される。これら細胞は腫瘍を攻撃することができるが、腫瘍内の環境は高度に免疫抑制されているので、免疫が介在する腫瘍死が阻止される。

腫瘍を標的とする免疫細胞を生成および入手する複数の方法が開発されている。腫瘍抗原に特異的なT細胞は、腫瘍サンプルから取り出したり（TIL）、血液から濾過したりすることができる。その後の活性化および培養はエクスビボで行われ、結果物が再注入される。活性化は、遺伝子治療を通して、またはT細胞を腫瘍抗原に曝露することによって、行うことができる。

あるがん処置は、本明細書において記載されるがん処置のいずれかを除外し得ることが企図される。更に、本開示の局面は、本明細書において記載される療法について以前に処置されたことがある、本明細書において記載される療法について現在処置されている、または本明細書において記載される療法について処置されたことがない患者を含む。いくつかの局面では、患者は、本明細書において記載される療法に対して抵抗性であると判定されたことがある患者である。いくつかの局面では、患者は、本明細書において記載される療法に対して感受性であると判定されたことがある患者である。

II. 追加の療法
本開示の現在の方法および組成物は、当技術分野において公知のおよび／または本明細書において記載される1つまたは複数の追加の療法を含み得る。いくつかの局面では、追加の療法は、追加のがん処置を含む。いくつかの局面では、対象は、本明細書において提供される追加の療法で処置されたことがある対象である。いくつかの局面では、対象は、追加の療法に対して抵抗性であると判定されたことがある。このような処置の例は、本明細書において記載されており、例えば、本明細書において記載される免疫療法、または以下に記載される追加の療法タイプである。

A. 腫瘍溶解性ウイルス
いくつかの局面では、追加の療法は、腫瘍溶解性ウイルスを含む。腫瘍溶解性ウイルスは、がん細胞に優先的に感染し、そして、死滅させるウイルスである。感染したがん細胞が腫瘍溶解によって破壊されると、がん細胞は、新たな感染性ウイルス粒子、すなわちビリオンを放出して、残りの腫瘍の破壊を助ける。腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍細胞を直接破壊するだけでなく、長期的な免疫療法のために宿主の抗腫瘍免疫応答を刺激すると考えられる。

B. 多糖類
いくつかの局面では、追加の療法は、多糖類を含む。キノコ類、主に多糖類でみられる特定の化合物は、免疫系をアップレギュレートすることができ、そして、抗がん特性を有し得る。例えば、レンチナンなどのベータグルカンは、マクロファージ、NK細胞、T細胞、および免疫系サイトカインを刺激することが実験室試験で示されており、そして、免疫学的アジュバントとして臨床試験において調べられている。

C. ネオアンチゲン
いくつかの局面では、追加の療法は、ネオアンチゲンの投与を含む。多くの腫瘍は、変異を発現する。これら変異により、T細胞免疫療法において使用するための新たな標的とすることが可能な抗原（ネオアンチゲン）が生じる可能性がある。がん病巣におけるCD8+T細胞の存在は、RNAシーケンシングデータを用いて同定したとき、変異負荷の高い腫瘍でより高い。ナチュラルキラー細胞およびT細胞の細胞溶解活性に関連する転写物のレベルは、多くのヒト腫瘍において変異荷重と正の相関がある。

D. 化学療法
いくつかの局面では、追加の療法は、化学療法を含む。化学療法剤の好適なクラスは、（a）アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン、シロホスファミド、イホスファミド、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミンおよびメチルメラミン（例えば、ヘキサメチルメラミン、チオテパ）、アルキルスルホナート（例えば、ブスルファン）、ニトロソウレア（例えば、カルムスチン、ロムスチン、クロロゾシン、ストレプトゾシン）、ならびにトリアジン（例えば、ダカルバジン）、（b）代謝拮抗物質、例えば葉酸類似体（例えば、メトトレキサート）、ピリミジン類似体（例えば、5-フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、アザウリジン）、ならびにプリン類似体および関連材料（例えば、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、ペントスタチン）、（c）天然物、例えば、ビンカアルカロイド（例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン）、エピポドフィロトキシン（例えば、エトポシド、テニポシド）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン、およびマイトキサントロン）、酵素（例えば、L-アスパラギナーゼ）、および生物学的応答調節剤（例えば、インターフェロン-α）、ならびに（d）種々の剤、例えば、白金配位錯体（例えば、シスプラチン、カルボプラチン）、置換尿素（例えば、ヒドロキシウレア）、メチルヒジアジン誘導体（例えば、プロカルバジン）、および副腎皮質抑制物質（例えば、タキソールおよびミトタン）を含む。いくつかの局面では、シスプラチンは、特に好適な化学療法剤である。

シスプラチンは、例えば、転移性の精巣もしくは卵巣の癌、進行膀胱がん、頭頸部がん、子宮頸がん、肺がん、または他の腫瘍などのがんを処置するために広く使用されている。シスプラチンは、経口では吸収されないので、例えば、静脈内、皮下、腫瘍内、または腹腔内の注射などの他の経路を介して送達しなければならない。シスプラチンは、単独でまたは他の剤と組み合わせて使用することができ、特定の局面では、3週間毎に5日間にわたって約15mg/m²～約20mg/m²を合計3コース行うことを含む、臨床用途で使用される効果的な用量が企図される。いくつかの局面では、処置用ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに機能的に連結されたEgr-1プロモータを含む構築物と共に細胞および／または対象に送達されるシスプラチンの量は、シスプラチンを単独で使用したときに送達される量よりも少ない。

他の好適な化学療法剤は、微小管阻害作用物質、例えば、パクリタキセル（「タキソール」）および塩酸ドキソルビシン（「ドキソルビシン」）を含む。アデノウイルスベクターを介して送達されるEgr-1プロモータ／TNFα構築物とドキソルビシンとの組み合わせは、化学療法および／またはTNF-αに対する抵抗性を克服するのに有効であると判断されており、これは、構築物およびドキソルビシンの併用処置が、ドキソルビシンおよびTNF-αの両方に対する抵抗性を克服することを示唆している。

ドキソルビシンは吸収率が低いので、静脈内投与が好ましい。特定の局面では、成人に適切な静脈内用量は、約21日間隔で約60mg/m²～約75mg/m²、または約3週間～約4週間の間隔で繰り返す2もしくは3連続日のそれぞれに約25mg/m²～約30mg/m²、または週1回約20mg/m²を含む。前化学療法もしくは新生物骨髄浸潤によって引き起こされる前骨髄抑制が存在する場合、またはこの薬物を他の骨髄造血抑制薬と併用する場合、高齢患者では最低用量を使用しなければならない。

ナイトロジェンマスタードは、開示の方法において有用な別の好適な化学療法剤である。ナイトロジェンマスタードは、メクロレタミン（HN₂）、シクロホスファミド、および／またはイホスファミド、メルファラン（L-サルコリシン）、およびクロラムブシルを含み得るが、これらに限定されるわけではない。シクロホスファミド（CYTOXAN（登録商標）は、Mead Johnsonから入手可能であり、そして、NEOSTAR（登録商標）は、Adriaから入手可能であり）、別の好適な化学療法剤である。成人に好適な経口用量は、例えば、約1mg/kg/日～約5mg/kg/日を含み、静脈内用量は、例えば、最初に約2日～約5日の期間にわたって分割用量で約40mg/kg～約50mg/kg、または約7日～約10日毎に約10mg/kg～約15mg/kg、または週2回約3mg/kg～約5mg/kg、または約1.5mg/kg/日～約3mg/kg/日を含む。消化器への悪影響があるので、静脈内経路が好ましい。また、薬物は、筋肉内に、浸潤によって、または体腔内に投与されることもある。

追加の好適な化学療法剤は、シタラビン（シトシンアラビノシド）、5-フルオロウラシル（フルオロウラシル；5-FU）、およびフロクスウリジン（フルオロデオキシウリジン；FudR）などのピリミジン類似体を含む。5-FUは、約7.5～約1000mg/m2のいかなる投与量で対象に投与してもよい。更に、5-FUの投与スケジュールは、様々な期間、例えば6週間以下であってもよく、または本開示が関連する技術分野の当業者によって決定される通りであってもよい。

別の好適な化学療法剤であるゲムシタビン二リン酸（GEMZAR（登録商標）、Eli Lilly & Co.、「ゲムシタビン」）は、進行および転移性の膵臓がんの処置に推奨されているので、これらがんについては本開示でも同様に有用であろう。

患者に送達される化学療法剤の量は変動し得る。好適な一局面では、構築物と共に化学療法を施す場合、化学療法剤は、宿主におけるがんを抑止または退縮させるのに有効な量で投与され得る。他の局面では、化学療法剤は、化学療法剤の化学療法的に有効な用量よりも2～10,000倍少ないいかなる量で投与されてもよい。例えば、化学療法剤は、化学療法剤の有効用量よりも約20倍少ない、約500倍少ない、または更には約5000倍少ない量で投与され得る。開示の化学療法薬は、構築物と組み合わせた所望の処置活性について、また、有効な投与量を決定するためにインビボで試験することができる。例えば、ヒトで試験する前に、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなどを含むがこれらに限定されるわけではない好適な動物モデル系で、このような化合物を試験することができる。また、実施例に記載されているように、インビトロ試験を使用して、好適な組み合わせおよび投与量を決定することができる。

E. 放射線療法
いくつかの局面では、追加の療法または前療法は、電離放射線などの放射線を含む。本明細書において使用するとき、「電離放射線」は、イオン化（電子の獲得または損失）を起こすのに十分なエネルギーを有するまたは十分なエネルギーを、核相互作用を介して生み出すことができる粒子または光子を含む放射線を意味する。例示的かつ好ましい電離放射線は、X線である。標的の組織または細胞にX線を照射するための手段は、当技術分野において周知である。

いくつかの局面では、電離放射線の量は、20グレイ（Gy）超であり、そして、1回で施される。いくつかの局面では、電離放射線の量は、18Gyであり、3回で施される。いくつかの局面では、電離放射線の量は、少なくとも2、4、6、8、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、18、19、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、もしくは40Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも2、4、6、8、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、18、19、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、もしくは40Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に2、4、6、8、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、18、19、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、もしくは40Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。いくつかの局面では、電離放射線は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。1回超施されるとき、約1、4、8、12、もしくは24時間、または1、2、3、4、5、6、7、もしくは8日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、もしくは16週間あけて、またはこの中の任意の導出可能な範囲で施してよい。

いくつかの局面では、IRの量は、IRの総線量として提示されてもよく、これは、その後、分割線量で施される。例えば、いくつかの局面では、総線量は50Gyであり、5Gyずつ10回の分割線量で施される。いくつかの局面では、総線量は50～90Gyであり、2～3Gyずつ20～60回の分割線量で施される。いくつかの局面では、IRの総線量は、少なくとも20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、125、130、135、140、もしくは150（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、125、130、135、140、もしくは150（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または約20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、125、130、135、140、もしくは150（またはこの中の任意の導出可能な範囲）である。いくつかの局面では、総線量は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、15、20、25、30、35、40、45、もしくは50Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、15、20、25、30、35、40、45、もしくは50Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、15、20、25、30、35、40、45、もしくは50Gy（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の分割線量で施される。いくつかの局面では、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。いくつかの局面では、1日あたり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12回（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の分割線量で施される。いくつかの局面では、1週間あたり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、もしくは30回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、もしくは30回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）、または正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、もしくは30回の分割線量（またはこの中の任意の導出可能な範囲）で施される。

F. 手術
がんを有するヒトのうちのおよそ60％が何らかの種類の手術を受けるが、その中には予防、診断、または病期分類、根治、および緩和のための手術が含まれる。根治手術は、がん組織の全部または一部を物理的に除去、摘出、および／または破壊する切除を含み、そして、本局面の処置、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法、および／または代替療法などの他の療法と併用することができる。腫瘍切除とは、腫瘍の少なくとも一部を物理的に除去することを指す。腫瘍切除に加えて、手術による処置は、レーザー手術、凍結手術、電気手術、および顕微鏡制御下手術（モース氏手術）を含む。

がんの細胞、組織、または腫瘍の一部または全部を摘出すると、体内に空洞が形成されることがある。処置は、灌流、直接注射、または追加の抗がん療法を領域に局所的に適用することによって達成される。このような処置は、例えば、1、2、3、4、5、6、もしくは7日毎、または1、2、3、4、および5週間毎、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月毎に繰り返してよい。これら療法も同様に様々な投与量であってよい。

G. 他の剤
処置の処置有効性を改善するために、他の剤を本局面の特定の局面と組み合わせて使用してもよいことが企図される。これら追加の剤は、細胞表面受容体およびGAPジャンクションのアップレギュレーションに影響を与える剤、細胞分裂阻害および分化剤、細胞接着の阻害剤、アポトーシス誘導物質に対する過剰増殖性細胞の感受性を高める剤、または他の生物学的剤を含む。GAPジャンクションの数を増やすことによって細胞間シグナルを増加させると、隣接する過剰増殖性細胞集団に対する抗過剰増殖効果が高まるであろう。他の局面では、処置の抗過剰増殖有効性を改善するために、細胞分裂阻害または分化剤を本局面の特定の局面と組み合わせて使用してもよい。細胞接着の阻害剤は、本局面の有効性を改善することが企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（FAK）阻害剤およびロバスタチンである。更に、処置有効性を改善するために、抗体c225などのアポトーシスに対する過剰増殖性細胞の感受性を高める他の剤を、本局面の特定の局面と組み合わせて使用してもよいことが企図される。

III. がんのモニタリング
特定の局面では、本開示の方法は、対象由来の生物学的サンプルにおける上記のバイオマーカー発現、例えば発現レベルおよび／またはCD73陽性マクロファージの存在に基づいて、患者が、再発のリスクが高いかまたは予後不良であると判定される場合には、増加した頻度で、1つまたは複数の他のがんの診断またはスクリーニング検査と組み合わされ得る。

いくつかの局面では、本開示の方法は、1つまたは複数のモニタリング試験を更に含む。モニタリングプロトコルは、当技術分野において公知の任意の方法を含み得る。特に、モニタリングは、サンプルを入手すること、および診断のためにサンプルを試験することを含む。例えば、モニタリングは、内視鏡検査、生検、超音波内視鏡検査、X線、バリウム嚥下、Ctスキャン、MRI、PETスキャン、腹腔鏡検査、またはバイオマーカー検査を含み得る。いくつかの局面では、モニタリング試験は、放射線画像法を含む。本開示の方法において有用である放射線画像法の例には、肝臓超音波、コンピュータ断層撮影（CT）腹部スキャン、肝臓磁気共鳴画像法（MRI）、身体CTスキャン、および身体MRIが含まれる。

IV. 治療用組成物の投与
本明細書において提供される療法は、第1のがん療法および第2のがん療法などの、治療剤の組み合わせの投与を含み得る。いくつかの局面では、第1のがん療法は、KDM6B阻害剤を含み、第2のがん療法は、免疫療法を含む。いくつかの局面では、第2のがん療法は、ICB療法を含む。療法は、当技術分野において公知の任意の好適な方法で施され得る。例えば、第1のがん処置および第2のがん処置は、逐次（異なる時間に）または同時に（同じ時間に）施され得る。いくつかの局面では、第1のがん処置および第2のがん処置は、別々の組成物において施される。いくつかの局面では、第1のがん処置および第2のがん処置は、同じ組成物中である。

本開示の局面は、治療用組成物を含む組成物および方法に関する。異なる療法は、1つの組成物において、または1つよりも多い組成物、例えば2つの組成物、3つの組成物、もしくは4つの組成物において施され得る。剤の様々な組み合わせが、使用され得る。

本開示の治療剤は、同じ投与経路によって、または異なる投与経路によって投与され得る。いくつかの局面では、がん療法は、静脈内に、筋肉内に、皮下に、局所に、経口的に、経皮的に、腹腔内に、眼窩内に、移植によって、吸入によって、髄腔内に、心室内に、または鼻腔内に投与される。いくつかの局面では、抗生物質は、静脈内に、筋肉内に、皮下に、局所に、経口的に、経皮的に、腹腔内に、眼窩内に、移植によって、吸入によって、髄腔内に、心室内に、または鼻腔内に投与される。適切な投与量は、処置されるべき疾患のタイプ、疾患の重症度および経過、個体の臨床状態、個体の臨床歴および処置に対する応答、ならびに主治医の裁量に基づいて決定され得る。

処置は、は様々な「単位用量」を含み得る。単位用量は、所定の量の処置組成物を含有すると定義される。投与される量、ならびに具体的な経路および製剤は、臨床分野における当業者の判断の技能の範囲内である。単位用量は、単回注射として投与する必要はなく、一定期間にわたる連続注入を含み得る。いくつかの局面では、単位用量は、単回投与可能な用量を含む。

投与される量は、処置の回数および単位用量の両方に従って、所望の処置効果に依存する。有効用量は、特定の効果を達成するために必要な量を指すと理解される。特定の局面における実施では、10mg/kg～200mg/kgの範囲の用量が、これら作用物質の保護能力に影響を与え得ることが企図される。したがって、用量は、約0.1、0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、および200、300、400、500、1000のμg/kg、mg/kg、μg/日、もしくはmg/日、またはこの中の任意の導出可能な範囲の用量を含むことが企図される。更に、このような用量は、1日の間、および／または複数の日、週、もしくは月に、複数回投与することができる。

特定の局面では、薬学的組成物の有効用量は、約1μM～150μMの血中レベルを提供することができるものである。別の局面では、有効用量は、約4μM～100μM；または約1μM～100μM；または約1μM～50μM；または約1μM～40μM；または約1μM～30μM；または約1μM～20μM；または約1μM～10μM；または約10μM～150μM；または約10μM～100μM；または約10μM～50μM；または約25μM～150μM；または約25μM～100μM；または約25μM～50μM；または約50μM～150μM；または約50μM～100μM（またはこの中の任意の導出可能な範囲）の血中レベルを提供する。他の局面では、用量は、処置剤を対象に投与した結果として剤の以下の血中レベルを提供することができる：約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100μM、もしくはこの中の任意の導出可能な範囲、少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100μM、もしくはこの中の任意の導出可能な範囲、または多くとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100μM、もしくはこの中の任意の導出可能な範囲。特定の局面では、対象に投与された処置剤は、体内で代謝されて代謝処置剤になるが、その場合、血中レベルがその剤の量を指すことができる。あるいは、処置剤が対象によって代謝されない範囲では、本明細書において論じられる血中レベルは、未代謝処置剤を指す場合もある。

また、処置組成物の正確な量は、実施者の判断に依存し、かつ、各個体に特有である。用量に影響を与える要因は、患者の身体的および臨床的な状態、投与経路、意図する処置目的（症状の緩和対治癒）、ならびに特定の処置物質または対象が受けている可能性のある他の療法の効力、安定性、および毒性を含む。

当業者であれば、μg/kgまたはmg/kg（体重）の投与量単位を比較可能な濃度単位のμg/mLまたはmM（血中レベル）、例えば4μM～100μMに変換し、表すことができることを理解し、そして、気付くであろう。また、取り込みが種および器官／組織依存性であることも理解される。取り込みおよび濃度測定値に関して適用可能な換算係数および生理学的仮説は周知であり、それによって、当業者は、ある濃度測定値を別の濃度測定値に変換し、そして、本明細書において記載されている用量、有効性、および結果に関して合理的な比較を行い、そして、結論を出すことができるようになる。

V. 処置の方法
治療用組成物の投与を通して、対象においてがんを処置するかまたはその進行を遅らせるための方法が、本明細書において提供される。

いくつかの局面では、療法は、処置の停止後に、個体において持続的な応答を結果としてもたらす。本明細書において記載される方法は、がんの処置のために腫瘍免疫原性を増加させるなど、免疫原性の増強が望ましい状態の処置における用途を見出し得る。

いくつかの局面では、個体は、1つまたは複数の抗がん療法に対して抵抗性である（抵抗性であることが実証されている）がんを有する。いくつかの局面では、抗がん療法に対する抵抗性は、がんの再発または難治性がんを含む。再発とは、処置後の、元の部位または新しい部位における、がんの再出現を指し得る。いくつかの局面では、抗がん療法に対する抵抗性は、抗がん療法での処置中のがんの進行を含む。いくつかの局面では、がんは、早期または後期である。

本開示の方法のいくつかの局面では、がんは、低レベルのT細胞浸潤を有する。いくつかの局面では、がんは、検出可能なT細胞浸潤物を有しない。いくつかの局面では、がんは、非免疫原性がん（例えば、非免疫原性大腸がんおよび／または卵巣がん）である。理論に拘束されることなく、併用処置は、組み合わせの投与前と比べて、T細胞（例えば、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、メモリーT細胞）のプライミング、活性化、増殖、および／または浸潤を増加させ得る。がんは、固形腫瘍、転移性がん、または非転移性がんであり得る。

方法は、適切ながん「管理レジメン」の決定、投与、または選択、およびその転帰を予測することを含み得る。本明細書において使用するとき、語句「管理レジメン」は、それを必要とする対象（例えば、がんと診断された対象）に提供される検査、スクリーニング、診断、監視、ケア、ならびに処置（処置の投与量、スケジュール、および／または期間など）のタイプを指定する管理計画を指す。

用語「処置」または「処置する」は、以下を含む、哺乳類における疾患の任意の処置を意味する：（i）疾患を予防すること、すなわち、疾患の誘導前に保護組成物を投与することによって疾患の臨床症状を発症させないこと、（ii）疾患を抑制すること、すなわち、誘導事象の後であるが疾患の臨床的な出現もしくは再出現の前に保護組成物を投与することによって疾患の臨床症状を発症させないこと；（iii）疾患を阻害すること、すなわち、最初の出現後に保護組成物を投与することによって臨床症状の発現を抑止すること、および／または（iv）疾患を軽減すること、すなわち、最初の出現後に保護組成物を投与することによって臨床症状を後退させること。いくつかの局面では、処置は、疾患の予防を除外する場合もある。

特定の局面では、特定の腸内マイクロバイオームの組成を有すると判定された患者におけるがんまたはがん転移を検出するために、更なるがんもしくは転移の検査もしくはスクリーニング、または造影コンピュータ断層撮影法（CT）、陽電子放射断層撮影法-CT（PET-CT）、および磁気共鳴画像法（MRI）などの更なる診断を実施してもよい。

VI. キット
本発明の特定の局面はまた、本発明の組成物または本発明の方法を実施するための組成物を含有するキットにも関する。いくつかの局面では、キットは、細胞表面マーカーの発現レベルおよび／または有無を評価するために用いることができる。特定の局面では、キットは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、100、500、1,000個、またはそれ以上のプローブ、プライマーもしくはプライマーセット、合成分子、検出剤、抗体、または阻害剤、またはこの中の任意の導出可能な値もしくは範囲および組み合わせを含有するか、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、100、500、1,000個、またはそれ以上のプローブ、プライマーもしくはプライマーセット、合成分子、検出剤、抗体、または阻害剤、またはこの中の任意の導出可能な値もしくは範囲および組み合わせを含有するか、または、多くとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、100、500、1,000個、またはそれ以上のプローブ、プライマーもしくはプライマーセット、合成分子、検出剤、抗体、または阻害剤、またはこの中の任意の導出可能な値もしくは範囲および組み合わせを含有する。いくつかの局面では、細胞におけるバイオマーカーの発現レベルおよび／または細胞表面発現を評価するためのキットが存在する。

キットは、チューブ、瓶、バイアル、シリンジ、または他の好適な容器手段などの容器において個別にパッケージングされ得るかまたは配置され得る、構成要素を含み得る。

個々の構成要素はまた、濃縮された量で、キットにおいて提供されてもよく；いくつかの局面では、構成要素は、それが他の構成要素と共に溶液中にあるのと同じ濃度で個別に提供される。構成要素の濃度は、1倍、2倍、5倍、10倍、もしくは20倍、またはそれ以上として提供されてもよい。

予後判定または診断の用途のために本開示のプローブ、合成核酸、非合成核酸、および／または阻害剤を使用するためのキットが、本開示の一部として含まれる。バイオマーカーの非コード配列およびバイオマーカーのコード配列を含み得る、バイオマーカーの全部または一部と同一であるかまたはそれに対して相補的である核酸プライマー／プライマーセットおよびプローブを含む、本明細書において同定される任意のバイオマーカーに対応する任意のこのような分子が、具体的に企図される。

特定の局面では、陰性対照および／または陽性対照の核酸、プローブ、および阻害剤が、いくつかのキットの局面に含まれる。加えて、キットは、バイオマーカー発現レベルについて陰性対照または陽性対照であるサンプルを含み得る。

本明細書において記載される任意の方法または組成物を、本明細書において記載される任意の他の方法または組成物に関して実施できること、および異なる局面が組み合わされ得ることが企図される。最初に出願された請求項は、任意の出願された請求項または出願された請求項の組み合わせに多重に従属する請求項を網羅することが企図される。

本開示の局面は、好適な容器手段中に、2つ以上のプローブまたは検出剤を含み、該プローブまたは検出剤が、本明細書において同定される1つまたは複数のマーカーを検出する、サンプルのバイオマーカー発現プロファイルを評価することによる病理学的サンプルの解析のためのキットを含む。

VII. 実施例
本発明の好ましい局面を実証するために、以下の実施例が含まれる。以下の実施例に開示される技術は、本発明の実施においてうまく機能することが本発明者によって見出された技術を表し、したがって、その実施のための好ましいモードを構成すると考えることができることを、当業者は理解すべきである。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、開示されている特定の局面に多くの変更を加え、そして、それでもなお同様のまたは類似の結果を得ることができることを理解するはずである。

実施例1：KDM6B阻害での膠芽腫の処置
免疫チェックポイント遮断（ICB）療法で処置されたがん患者のサブセットは、有意なかつ永続的な抗腫瘍応答を示す。しかし、応答は、異なる腫瘍タイプにわたって変わる。腫瘍微小環境は、ICTに対する応答を規定する上で重要な役割を果たす。本発明者らのグループからの最近の解析は、5つの異なる腫瘍タイプの腫瘍微小環境を評価した。本発明者らは、各腫瘍タイプが、独特な腫瘍微小環境を有することを指摘した（PMID: 31873309）。免疫チェックポイント療法感受性の腫瘍タイプは、より高いTリンパ球の浸潤を有するが、膠芽腫（GBM）などの免疫チェックポイント抵抗性の腫瘍タイプは、微小環境中にほとんどT細胞を有せず、大部分が免疫抑制性骨髄系細胞によって浸潤されている。特に、免疫抑制性骨髄系細胞は、抗PD-1療法での処置後でさえも、GBM腫瘍微小環境中に残存する（PMID: 31873309）。したがって、本発明者らは、骨髄系細胞を標的とすることが、ICB療法の有効性を増加させるために重要であると仮定した。

骨髄系細胞は、高度に可塑性の細胞の群であり、骨髄系の可塑性は、エピジェネティックに制御される。ヒストンメチルトランスフェラーゼであるEZH2は、H3K27のトリメチル化によりサイトカイン応答の負の制御因子であるSOCS3を抑制することによって、マクロファージを活性化する（PMID: 29626115）。したがって、マウスモデルにおけるEZH2を欠いたマクロファージは、自己免疫脳症を減弱させた。他方、H3K27meのデメチラーゼであるKDM6Bもまた、SOCS3遺伝子座に結合することができる（PMID: 20729857）。KDM6Bは、M2極性化において重要であることが示されている。これらに基づいて、本発明者らは、KDM6Bの骨髄系特異的な枯渇が、GBMの状況において骨髄系細胞の機能的表現型を変化させることができるかどうか、およびそれがGBMにおける抗腫瘍免疫応答に正の影響を与えることができるかどうかを試験した。

この仮説を試験するために、本発明者らは、LysM^cre（Jackson Laboratory, 004781）マウスとKDm6B^fl/fl（Jackson Laboratory, 029615）とを交配させて、LysM^creKDm6B^fl/flマウスを作製した。本発明者らは、マウスGBM細胞株（GL261）をLysM^creKDm6B^fl/flマウス中に接種した（図5）。本発明者らは、骨髄系細胞におけるKDM6Bの欠失が、腫瘍負荷を有意に低減させ、GBM腫瘍担持マウスの生存を改善することを示した（図1）。腫瘍微小環境の解析により、KDM6Bの不在は、I型およびII型のIFN応答ならびに抗原提示経路の増加を伴い、マクロファージの表現型を変化させ得ることが実証された（図2および図3）。次に、KDM6Bの薬理学的阻害（GSK-J4、カタログ番号SML0701）は、マクロファージ表現型の変化を再現することができ、腫瘍成長の減弱および生存の改善を結果としてもたらした（図4）。まとめると、このデータは、エピジェネティック修飾の骨髄系細胞が、腫瘍成長を減弱させることができ、GBMにおいてICTを許容する環境を提供し得ることを示した。前臨床データは、免疫チェックポイント療法と組み合わせて、臨床でKDM6B阻害剤を試験する強い根拠を提供する。

本願の付録は、更なる説明的な態様を提供し、本開示の方法および組成物を更に例示する。

本明細書において開示され、そして、請求される方法は全て、本開示に照らして、過度の実験を行うことなく作製および実行することができる。本発明の組成物および方法を好ましい態様の観点から説明してきたが、本発明の概念、趣旨、および範囲から逸脱することなく、本明細書において記載される方法および方法の工程または工程の順序に変更を適用できることは、当業者には明らかであろう。より具体的には、化学的および生理学的に関連する特定の剤を本明細書において記載される剤の代わりに使用しても、同様または類似の結果が得られることは明らかであろう。当業者に明らかなこのような類似の置換および変更は全て、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の趣旨、範囲、および概念の範囲内にあるとみなされる。

Claims (43)

1. KDM6B阻害剤を対象に投与する工程を含む、対象において膠芽腫を処置する方法。
2. 前記膠芽腫が、原発性膠芽腫または続発性膠芽腫を含む、請求項1記載の方法。
3. 対象が、膠芽腫と診断されたことがある、請求項1または2記載の方法。
4. 前記膠芽腫が、骨髄性浸潤を伴う膠芽腫と更に定義される、請求項1～3のいずれか一項記載の方法。
5. KDM6Bが、骨髄系細胞において阻害される、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
6. KDM6Bが、骨髄系細胞においてエクスビボで阻害される、請求項5記載の方法。
7. 前記骨髄系細胞が、対象由来または骨髄ドナー由来の骨髄細胞から単離される、請求項6記載の方法。
8. 免疫療法の投与を更に含む、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
9. 前記免疫療法が、KDM6B阻害剤の前に、KDM6B阻害剤の後に、またはKDM6B阻害剤と同時に投与される、請求項8記載の方法。
10. 前記免疫療法が、免疫チェックポイント遮断（ICB）療法を含む、請求項1～9のいずれか一項記載の方法。
11. 前記ICB療法が、単剤療法または併用ICB療法を含む、請求項10記載の方法。
12. 前記ICB療法が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害剤を含む、請求項10または11記載の方法。
13. 前記ICB療法が、抗PD-1モノクローナル抗体および／または抗CTLA-4モノクローナル抗体を含む、請求項10～12のいずれか一項記載の方法。
14. 前記ICB療法が、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ、イピリムマブ、およびトレメリムマブのうちの1つまたは複数を含む、請求項13記載の方法。
15. 対象が、膠芽腫について抗がん剤で以前に処置されたことがある、請求項1～2のいずれか一項記載の方法。
16. 以前の処置が、免疫療法を含む、請求項15記載の方法。
17. 対象が、以前の療法に対して非応答性であると判定されたことがある、請求項16記載の方法。
18. 少なくとも1つの追加の抗がん処置を施す工程を更に含む、請求項1～17のいずれか一項記載の方法。
19. 少なくとも1つの追加の抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、寒冷療法、または生物学的療法である、請求項18記載の方法。
20. 前記膠芽腫が、ステージI、II、III、またはIVの膠芽腫を含む、請求項1～19のいずれか一項記載の方法。
21. 前記膠芽腫が、再発性および／または転移性の膠芽腫を含む、請求項1～20のいずれか一項記載の方法。
22. KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤が、経口的に、静脈内に、腹腔内に、気管内に、腫瘍内に、筋肉内に、内視鏡的に、病巣内に、経皮的に、皮下に、局所的に、または直接注射もしくは灌流によって投与される、請求項1～22のいずれか一項記載の方法。
23. KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤が、静脈内に投与される、請求項1～22のいずれか一項記載の方法。
24. KDM6B阻害剤、免疫療法、および／または追加の抗がん剤が、1回よりも多く投与される、請求項1～23のいずれか一項記載の方法。
25. 前記阻害剤が、低分子化合物である、請求項1～24のいずれか一項記載の方法。
26. 前記阻害剤が、GSK J4を含む、請求項25記載の方法。
27. 前記阻害剤が、KDM6Bをコードする核酸分子とハイブリダイズする単離された核酸分子である、請求項1～24のいずれか一項記載の方法。
28. 前記阻害剤が、siRNA、二本鎖RNA、短鎖ヘアピンRNA、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項27記載の方法。
29. 前記阻害剤が、siRNAである、請求項3記載の方法。
30. 前記阻害剤が、KDM6Bタンパク質に結合して、KDM6Bの活性を阻害する抗体である、請求項1～24のいずれか一項記載の方法。
31. KDM6B阻害剤および免疫療法を含む、組成物。
32. 前記免疫療法が、免疫チェックポイント遮断（ICB）療法を含む、請求項31記載の組成物。
33. 前記ICB療法が、単剤療法または併用ICB療法を含む、請求項32記載の組成物。
34. 前記ICB療法が、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA-4、B7-1、および／またはB7-2の阻害剤を含む、請求項32または33記載の組成物。
35. 前記ICB療法が、抗PD-1モノクローナル抗体および／または抗CTLA-4モノクローナル抗体を含む、請求項32～34のいずれか一項記載の組成物。
36. 前記ICB療法が、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ、イピリムマブ、およびトレメリムマブのうちの1つまたは複数を含む、請求項35記載の組成物。
37. 前記阻害剤が、低分子化合物である、請求項31～36のいずれか一項記載の組成物。
38. 前記阻害剤が、GSK J4を含む、請求項37記載の組成物。
39. 前記阻害剤が、KDM6Bをコードする核酸分子とハイブリダイズする単離された核酸分子である、請求項31～36のいずれか一項記載の組成物。
40. 前記阻害剤が、siRNA、二本鎖RNA、短鎖ヘアピンRNA、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項39記載の組成物。
41. 前記阻害剤が、KDM6Bタンパク質に結合して、KDM6Bの活性を阻害する抗体である、請求項31～36のいずれか一項記載の組成物。
42. KDM6B阻害剤をICB療法と組み合わせて対象に投与する工程を含む、対象において膠芽腫を処置する方法。
43. 前記KDM6B阻害剤が、GSK-J4を含む、請求項42記載の方法。

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