JP2023510910A - 望ましくない微生物を制御し動物の健康状態を改善するための組成物及び方法 - Google Patents

Abstract

望ましくない微生物、例えば、病原性細菌などを制御するための組成物及び方法を提供する。このような組成物及び方法は、動物用のプロバイオティクスとして使用できる細菌株を含む。そのため、例えば、動物の胃腸管における病原性細菌などの望ましくない微生物を制御するための方法や、動物の健康状態を改善するための方法も提供する。
【選択図】図１

Description

本発明は、病原性細菌の成長を阻害し動物の健康状態を促進するための細菌株の使用に関する。

動物の胃腸管は、飼料、床敷、環境に見出される細菌、ウイルス、及び原虫に常に曝露されている。胃腸管は、物理的、化学的、免疫学的な防御によってこれらの望ましくない微生物に対抗している。この防御には、胃腸に常駐する有益な微生物（例えば、細菌）も含まれる。病原体、ストレス、代謝異常、抗微生物剤の使用、及びその他の原因により、腸内マイクロバイオームのバランスが崩れることがあり、これが消化に影響を及ぼし、動物を疾患によりかかりやすくする可能性がある。健康な腸内マイクロバイオームプロファイルの確立または再確立を支援する有益な細菌を動物に提供することは、健康な動物を維持し、動物のパフォーマンスを最大化する助けとなり得る。

望ましくない微生物を制御するための組成物及び方法を提供する。このような組成物及び方法は、望ましくない微生物（病原性細菌株を含む）を制御する有益な細菌株を含む。このような病原性細菌株には、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．及び／またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの１つ以上の株が含まれる。有益な細菌株は、動物用のプロバイオティクスまたは直接給餌微生物（ＤＦＭ）として使用することができる。有益な細菌株は、疾患がない場合にも、動物の健康状態の促進や、健康な腸内マイクロバイオームの確立または維持に使用することができる。また、本明細書では、動物の健康状態及びパフォーマンスを改善するために、ならびに／または腸内の望ましくない微生物によって引き起こされる疾患を治療もしくは予防するために、有益な細菌株を製剤化し、動物に投与するための方法も提供する。

図１は、１日平均増体量（ＡＤＧ）、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）、及び飼料効率（増体量：飼料量の比（Ｇ：Ｆ）によって定量）を原理証明（ＰＯＰ）動物試験ＰＯＰ１の全体的な成長パフォーマンスの尺度として示すグラフである。＊＊はｐ＜０．００１、＊はｐ＜０．０５０、～はｐ＜０．１を示す。 図２は、１日平均増体量（ＡＤＧ）、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）、及び飼料効率（増体量：飼料量の比（Ｇ：Ｆ）によって定量）を原理証明（ＰＯＰ）動物試験ＰＯＰ２の全体的な成長パフォーマンスの尺度として示すグラフである。＊はｐ＜０．１、＊＊はｐ＜０．０１、＊＊＊はｐ＜０．００１を示す。 図３は、１日平均増体量（ＡＤＧ）、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）、及び飼料効率（増体量：飼料量の比（Ｇ：Ｆ）によって定量）を原理証明（ＰＯＰ）動物試験ＰＯＰ３の全体的な成長パフォーマンスの尺度として示すグラフである。

Ｉ．概要
望ましくない微生物を制御するための組成物及び方法を提供する。本明細書で提供する組成物及び方法は、望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を制御でき、動物の健康状態を促進できる有益な細菌株の使用を含む。

本発明の細菌株及びそのバリアントは、１つ以上の望ましくない微生物を制御する能力、及び／またはある特定のタイプの飼料の消化を改善する能力を保持する。いくつかの実施形態において、本発明の細菌株及びそのバリアントは、有害な、疾患を引き起こす、または病原性を有する細菌を制御する能力を保持する。病原性細菌としては、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．などの病原性株が挙げられる。

望ましくない微生物を「制御する」という用語は、望ましくない微生物またはその集団の成長、摂食、繁殖、及び／または増殖を阻害もしくは低減すること、あるいは望ましくない微生物またはその集団を殺滅する（例えば、罹患もしくは死亡、または増殖の低減／停止を引き起こす）ことのうちの１つ以上を指す。理論に束縛されるものではないが、有益な細菌は、毒性代謝物を分泌するか、または望ましくない微生物に競合し、かつ／もしくは上回って成長すること（「競争排除」）により、望ましくない微生物を制御できると考えられる。制御は、有益な細菌の成長促進によって行われ得る。いくつかの実施形態において、本発明の株及びそのバリアントは、病原性細菌を制御する能力を保持する。さらなる実施形態において、本発明の株及びそのバリアントは、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．、及び／またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．を制御する能力を保持する。いくつかの実施形態において、病原性細菌は、約０．５ｌｏｇ、約１ｌｏｇ、約２ｌｏｇ、約３ｌｏｇ、約４ｌｏｇ、約５ｌｏｇ、またはそれ以上低減し得る。

本発明の有益な細菌株は、望ましくない微生物（病原性細菌を含む）の制御を目的とした製品（例えば、プロバイオティクス）に利用することができる。プロバイオティクスは、国際連合食糧農業機関（ＦＡＯ）及び世界保健機関（ＷＨＯ）により、「妥当な量を投与した場合に宿主に健康上の利益をもたらす生きた微生物」として定義されている。プロバイオティクスには有益な細菌が含まれる。直接給餌微生物（ＤＦＭ）製品は、生きている生存可能な微生物、とりわけ有益な細菌を含み、このような細菌を胃腸管に定着させるために胃腸管に送達して、動物の健康状態及びパフォーマンスを改善するプロバイオティクス製品である。ＤＦＭは、有益な微生物（例えば、有益な細菌）の成長の支持、及び／または望ましくない微生物の制御（例えば、病原性細菌）により、腸内マイクロバイオームにプラス方向の影響を及ぼす。加えて、有益な細菌は腸内を酸性化して、望ましくない微生物の定着に好ましくない環境を作り出すことによって動物の健康を促進することができ、かつ／または特定の飼料成分（例えば、高タンパク家畜飼料である可溶物を含む乾燥蒸留穀物（ＤＤＧＳ））の消化を助けることができる。また、有益な細菌は、宿主動物の免疫系を刺激することも知られている。さらに、有益な細菌は、望ましくない微生物を制御できる抗微生物物質を生成することができる。このような抗微生物物質としては、バクテリオシン、イツリン及びサーファクチンなどのリポペプチド、ならびに酢酸及び乳酸などの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）が挙げられる。

ＩＩ．細菌株
１つ以上の望ましくない微生物を制御し、かつ／または動物の健康状態及びパフォーマンスを改善するために単独でまたは組み合わせて使用することができる、様々な細菌株を提供する。このような細菌株としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントが挙げられる。ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの１つ以上を含む細胞集団を提供し、さらにこれらの株の各々に由来する芽胞の集団、またはこれらの任意の調製物も提供する。したがって、本明細書で提供する様々な細菌株及び／または飼料組成物は、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの１つ以上の細胞集団、芽胞、前芽胞、もしくはこれらの組合せ、またはこれらの上清、発酵産物、濾液、もしくは抽出物を活性成分として含む。

ＡＩＰ０８８２６２は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９２３が割り当てられている。

ＡＩＰ０６８１０４は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９２２が割り当てられている。

ＡＩＰ０１６５９７は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９２１が割り当てられている。

ＡＩＰ００４８１６は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９２０が割り当てられている。

ＡＩＰ０５３８０２は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１９が割り当てられている。

ＡＩＰ００４６３４は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１８が割り当てられている。

ＡＩＰ００６０３５は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１７が割り当てられている。

ＡＩＰ０２９００２は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１６が割り当てられている。

ＡＩＰ０６６４１４は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１５が割り当てられている。

ＡＩＰ０９３０９３は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１４が割り当てられている。

ＡＩＰ０２２５６８は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１３が割り当てられている。

ＡＩＰ０３２００５は、２０２０年１月１７日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９１２が割り当てられている。

ＡＩＰ０１２６５６は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６８が割り当てられている。

ＡＩＰ００２３６４は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６７が割り当てられている。

ＡＩＰ０４４５４３は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６５が割り当てられている。

ＡＩＰ０９０３７７は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６４が割り当てられている。

ＡＩＰ０４８３５２は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６６が割り当てられている。

ＡＩＰ０８９３４３は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６２が割り当てられている。

ＡＩＰ００７３０５は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６１が割り当てられている。

ＡＩＰ０３３１８９は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９５８が割り当てられている。

ＡＩＰ０６３６４１は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６３が割り当てられている。

ＡＩＰ０８７７６０は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９７０が割り当てられている。

ＡＩＰ０９７８７３は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９６０が割り当てられている。

ＡＩＰ０５６３７４は、２０２０年６月２２日に国際寄託機関Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＮＲＲＬ）（１８１５ Ｎｏｒｔｈ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｅｏｒｉａ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ ６１６０４ Ｕ．Ｓ．Ａ．）に寄託され、ＮＲＲＬ番号Ｂ－６７９５９が割り当てられている。

上記で明らかにしている各寄託物は、「特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約」の条項の下で維持される。各寄託は単に当業者の便宜として行われたものであり、寄託が米国特許法１１２条の下で要求されることを認めるものではない。

「単離（された）」という用語は、（１）最初に生成された際に（自然界であるか実験的環境であるかにかかわらず）結合していた構成要素の少なくとも一部から分離され、かつ／または（２）人工的に生成、調製、精製、及び／もしくは製造された、細菌、芽胞、または他の実体もしくは物質を包含する。単離された細菌は、それらが最初に結合していた他の構成要素の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％またはそれ以上から分離されてもよい。

本明細書で使用する場合、物質は、他の構成要素を実質的に含まなければ「純粋」である。「精製する」、「精製すること」、及び「精製された」という用語は、最初に生成もしくは産生されたとき（例えば、自然界か実験環境かにかかわらず）、またはその最初の生成後の任意の期間中に結合していた構成要素の少なくとも一部から分離された細菌、芽胞、または他の材料を指す。細菌もしくは芽胞または細菌集団もしくは芽胞集団は、（例えば、細菌または細菌集団または芽胞を含む材料または環境から）生成時または生成後に単離され、精製された細菌または細菌集団または芽胞が他の材料を最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約９０％以上含む場合も、精製されているとみなすことができる。いくつかの実施形態において、精製された細菌または芽胞及び細菌集団または芽胞集団は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。特定の実施形態において、細菌の培養物は、通常の細菌学的技法によって検出される量の他の細菌種を含まない。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４の実質的に純粋な培養物を含む。また、本発明の組成物は、細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４の実質的に純粋な培養物の後代であって、培養物が、それぞれＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４の生理学的及び形態学的特徴の全てを有する、培養物の後代も提供する。「集団」とは、所与の細菌株の２つ以上の個体（すなわち、１０、１００、１，０００、１０，０００、１ｘ１０^６、１ｘ１０^７、または１ｘ１０^８、またはそれ以上）を含む群または集合が意図されている。少なくとも１つの細菌株の集団または複数の細菌株からの個体の混合集団を含む様々な組成物を本明細書で提供する。特定の実施形態において、細菌株のうちの少なくとも１つの集団（すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントの細胞、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントののうちの１つ以上から形成された芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ）は、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^５ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^５ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^６ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^６ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^７ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^７ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１３ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１４ＣＦＵ／ｍｌ、または約１０^１４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌの濃度を含む。他の実施形態において、本明細書で提供する細菌株、または本明細書で提供するその組合せ、またはその活性バリアントは、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^５ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^６ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^７ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^１３ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^１４ＣＦＵ／ｍｌ、または少なくとも約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌを含むか、またはそれからなる。

「芽胞」とは、少なくとも１つの休眠（適用時）しているが生存可能な細菌種の生殖単位を指す。ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３，及びＡＩＰ０５６３７４（またはこれらのいずれかのバリアント）の各々から芽胞を形成する非限定的な方法を本明細書の他の箇所で開示する。さらに認識されたいのは、本明細書で開示する集団は、栄養細胞と前芽胞（芽胞形成の中間段階にある細胞）との組合せ、前芽胞と芽胞との組合せ、または前芽胞、栄養細胞、及び／もしくは芽胞の組合せを含み得ることである。

本明細書で使用する場合、「～に由来する」とは、特定の供給源から直接単離もしくは取得されること、または代替的に、特定の供給源から単離もしくは取得される物質もしくは生物の識別特性を有することを意味する。「供給源」が生物である場合、「～に由来する」とは、発酵産物として生物自体から、または当該生物の培養もしくは成長に使用した培養ブロス、懸濁液、もしくは培地から、単離または取得できることを意味する。「～に由来する」または「～から得られる」化合物または組成物は、その化合物または組成物が、細胞培養物もしくは全細胞ブロス、または細胞培養物もしくは全細胞ブロスに由来する懸濁液、濾液、上清、画分、もしくは抽出物から単離できるか、またはそれらによって生成できることを意味する。

本明細書で使用する場合、「全ブロス培養物」または「全細胞ブロス」は、細胞及び培地の両方を含む液体培養物を指す。細菌をプレート上で成長させれば、水または他の液体、全培養物中で細胞を採取することができる。「全ブロス培養物」及び「全細胞ブロス」という用語は、互換的に使用される。

本明細書で使用する場合、「上清」とは、ブロス中で成長した細胞、または寒天プレートからの別の液体中で採取した細胞を、遠心分離、濾過、沈殿、または当技術分野で周知されている他の手段によって取り出した際に残存する液体を指す。いくつかの実施形態において、上清は、別の組成物（例えば、水、緩衝液、新鮮培地、及び／または製剤）で希釈することがある。希釈された上清も本発明の上清とみなす。

本明細書で使用する場合、「濾液」とは、膜を通過した全ブロス培養物からの液体を指す。濾液は、全ブロス培養物または上清中の有効な化合物または代謝物の濃度に比べて濃縮された量の有効な化合物または代謝物を含み得る。本明細書で使用する場合、「抽出物」とは、溶媒（例えば、水、洗浄剤、緩衝液、及び／または有機溶媒）によって細胞から取り出し、遠心分離、濾過、または当技術分野で周知されている他の方法によって細胞から分離した液体物質を指す。抽出物は、抽出前の細胞内の有効な化合物または代謝物の濃度に比べて濃縮された量の有効な化合物または代謝物を含み得る。代替的に、濾液または抽出物は、続いて別の組成物（例えば、水、緩衝液、新鮮培地、及び／または製剤）で希釈してもよい。このような希釈された濾液または抽出物も、本発明の濾液及び抽出物とみなす。

本明細書で使用する場合、「発酵産物」とは、細菌株（すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つ）の発酵からの化合物、物質、または副生成物を指す。発酵産物は、可溶性の場合も不溶性の場合もある。有効な化合物または代謝物は、上清、全細胞ブロス、または細菌株中に存在する発酵産物または化合物であり、これが、１つ以上の望ましくない微生物を制御し、かつ／またはいくつかのタイプの飼料の消化を助けることができる。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、細菌株または一緒に培養された細菌株の組合せに由来する発酵産物、濾液、または抽出物を含み、ここで、組成物は、細菌株の全細胞ブロスまたは上清中の量に比べて、濃縮された有効な化合物または代謝物の量を含み、細菌株は、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つである。他の実施形態において、本発明の組成物は、細菌株に由来する希釈された発酵産物、希釈された濾液、希釈された抽出物、または希釈された上清を含み、ここで、組成物は、細菌株または一緒に培養された細菌株の組合せの全細胞ブロスまたは希釈されていない上清中の量に比べて、希釈された有効化合物または代謝物の量を含み、細菌株は、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つである。希釈された発酵産物、希釈された濾液、希釈された抽出物、または希釈された上清は、有効な化合物または代謝物の有効量を依然として含み得る。

本明細書に記載の組成物及び方法は、細菌株または細菌株の組合せ（すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つ）、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、もしくは／及び芽胞の組合せ）を含むか、またはこれに由来する。方法は、これらの細菌株のうちの少なくとも１つを培養することを含む。いくつかの実施形態において、これらの細菌株の少なくとも１つが培養され、化合物及び／または組成物は、これらの細菌株のうちの少なくとも１つの培養物からこのような化合物及び／または組成物を単離することによって得られる。

本明細書に記載の組成物は、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアントから選択される細菌株の組合せ、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、もしくは／及び芽胞の組合せを含み得るか、またはこれに由来し得る。細菌株の組合せは、本発明の少なくとも２つの細菌株、本発明の少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株を含み得る。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０５３８０２の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０９７８７３の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０１２６５６の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ０５３８０２及びＡＩＰ０８７７６０の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００６０３５及びＡＩＰ０９７８７３の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００６０３５及びＡＩＰ０５３８０２の組合せを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０の細菌株の組合せは、少なくともＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ００４８１６、及びＡＩＰ０５３８０２の組合せを含む。

特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０２２５６８株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ００４８１６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０５３８０２株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ００４６３４株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ００６０３５株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ００４８１６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０５３８０２株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ００４６３４株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ００６０３５株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０５３８０２株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ００４６３４株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ００６０３５株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ００４６３４株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ００６０３５株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ００６０３５株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５株及びＡＩＰ０１２６５６株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１２６５６株及びＡＩＰ０４４５４３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１２６５６株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１２６５６株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１２６５６株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０４４５４３株及びＡＩＰ０３３１８９株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０４４５４３株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０４４５４３株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０３３１８９株及びＡＩＰ０８７７６０株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０３３１８９株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８７７６０株及びＡＩＰ０９７８７３株の組合せを含む。

さらに、特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８８２６２と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０６８１０４と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１６５９７と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４８１６と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５３８０２と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００４６３４と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００６０３５と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２９００２と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０６６４１４と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０９３０９３と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０２２５６８と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０３２００５と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０１２６５６と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００２３６４と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０４４５４３と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０９０３７７と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０４８３５２と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８９３４３と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ００７３０５と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４
８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０３３１８９と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０６３６４１と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０８７７６０と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０９７８７３と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０５６３７４との株の組合せを含む。特定の実施形態において、組成物は、ＡＩＰ０５６３７４と、以下のいずれか１つ以上：ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０との株の組合せを含む。

いくつかの実施形態において、少なくとも１つの細菌株は、当技術分野で知られている方法を用いて栄養培地中で培養される。細菌株は、振とうフラスコ培養によって培養することも、あるいは好適な培地中で細菌細胞の成長を可能にする条件下で実施される実験用または工業用発酵槽での小規模または大規模の発酵（限定されるものではないが、連続、バッチ、フィードバッチ、もしくは固体発酵を含む）によって培養することもできる。培養は、炭素及び窒素源ならびに無機塩を含む好適な栄養培地中で、当技術分野で知られている手順を用いて行うことができる。好適な培地は、市販の供給元から入手可能であり、または当技術分野で周知されている刊行物に従って調製される。

培養後、培養ブロスから化合物、代謝物、及び／または組成物を抽出することができる。抽出物は、クロマトグラフィーによって分画することができる。抽出物は、当技術分野で周知されている方法を用いてさらに精製することができる。抽出物は、当技術分野で周知されている方法を用いて希釈することもできる。

少なくとも細菌株の細胞または細菌株の組合せからの細胞（すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つ、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つまたは組合せに由来する芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ）を含む組成物はさらに、好適な担体及び／もしくは典型的な飼料成分、またはこれらの組合せを含むことができる。好適な担体は、回復性、有効性、もしくは物理的特性を改善するために、かつ／またはパッケージング及び投与を補助するために加えられる挿入製剤成分である。このような担体は、単独で加えることも組み合わせて加えることもできる。担体については、本明細書の他の箇所でさらに説明する。

Ａ．細菌株の活性バリアント
さらに、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３，及びＡＩＰ０５６３７４の活性バリアントを提供する。本明細書で提供する様々な細菌株の活性バリアントとしては、例えば、１つ以上の望ましくない微生物を制御し、かつ／またはいくつかのタイプの飼料の消化を補助する能力を保持するＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４の任意の単離物または変異体が挙げられる。活性バリアントは、挙げられた株の全ての識別特性を有する株を含む。「本発明の株」は、その活性バリアントを含む。

「変異体」という用語は、親株のバリアントを指し、さらに、親株が発現する場合よりも抗微生物活性または消化活性が高い変異体またはバリアントを得るための方法も指す。「親株」とは、変異誘発前の元の株である。このような変異体を得るために、親株は、化学物質（例えば、Ｎ－メチル－Ｎ’－ニトロ－Ｎ－ニトロソグアニジン、エチルメタンスルホン（ＥＭＳ））を用いて、またはガンマ、Ｘ線、もしくはＵＶ照射を用いた照射によって、または当業者に周知されている他の手段によって処理され得る。

いくつかの実施形態において、活性バリアントは、寄託株と比較して、少なくとも１つの遺伝子に少なくとも１つの変異を含む。遺伝子（単数または複数）は、例えば、バイオフィルム形成、運動性、走化性、細胞外分泌、輸送（例えば、ＡＢＣトランスポータータンパク質）、ストレス応答、揮発性、転写（例えば、代替シグマ因子及びグローバル転写調節物質）、腸内定着、動物の腸内で有益な細菌の成長を高める能力、ならびに／あるいは二次代謝（リポペプチド、ポリケチド、高分子ヒドロラーゼ（例えば、プロテアーゼ及び／もしくはカルボヒドラーゼ）、ならびに／または抗生物質を含む抗微生物化合物の合成を含む）において役割を有し得る。二次代謝とは、抗微生物化合物（環状リポペプチド、ポリケチド、イツリン、バクテリオシン（例えば、プランタゾリシン及びアミロサイクリン）、ならびにジペプチド（例えば、バシリジン）を含む）の非リボソーム合成及びリボソーム合成の両方を指す。

本明細書で提供する様々な細菌のさらなる活性バリアントは、例えば、１６ＳリボソームＲＮＡ間の配列同一性関連性を判定する方法、派生した機能的に同一またはほぼ同一の株の群を識別する方法によって同定することができ、これには多座配列タイピング（ＭＬＳＴ）、連鎖状共有遺伝子ツリー、全ゲノムアラインメント（ＷＧＡ）、平均ヌクレオチド同一性、及びＭｉｎＨａｓｈ（Ｍａｓｈ）距離メトリックが含まれる。

１つの態様において、細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４の活性バリアントは、Ｂｉｓｈｏｐ ＭＬＳＴ生物分類法（Ｂｉｓｈｏｐ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＢＭＣ Ｂｉｏｌｏｇｙ ７（１）１７４１－７００７－７－３で定義）を用いることによって本開示の株のいずれかと密接に関連する株を含む。したがって、特定の実施形態において、本明細書で開示する細菌株の活性バリアントは、Ｂｉｓｈｏｐ生物分類法（Ｂｉｓｈｏｐ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＢＭＣ Ｂｉｏｌｏｇｙ ７（１）１７４１－７００７－７－３（その全体が参照により本明細書に援用される））を用いて少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９８．８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％の配列カットオフに収まる細菌株を含む。このような方法によって同定された細菌の活性バリアントは、有効量で動物に投与したときに、少なくとも１つの望ましくない微生物を殺滅もしくは制御する能力、及び／または消化を改善する能力を保持する。

別の態様において、本明細書で開示する細菌株（単数または複数）の活性バリアントは、平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）生物分類法に基づいて本開示の株のいずれかに密接に関連する株を含む。ＡＮＩ（例えば、Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ，Ｋ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．（２００５），ＰＮＡＳ ＵＳＡ １０２（７）：２５６７－７２；及びＲｉｃｈｔｅｒ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ（２００９），ＰＮＡＳ １０６（４５）：１９１２６－３１）ならびにバリアント（例えば、Ｖａｒｇｈｅｓｅ，Ｎ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｊｕｌｙ ６，２０１５）：ｇｋｖ６５７参照）は、ＷＧＡでアラインメントする株のゲノム間で共有される平均ヌクレオチドの要約に基づく。したがって、特定の実施形態において、本明細書で開示する細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４の活性バリアントは、ＡＮＩ生物分類法（Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ，Ｋ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ，（２００５）ＰＮＡＳ ＵＳＡ １０２（７）：２５６７－７２に記載（その全体が参照により本明細書に援用される））を用いて少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９８．８％、９９％、９９．５％、または９９．８％の配列カットオフに収まる細菌株を含む。このような方法によって同定された細菌の活性バリアントは、有効量で動物に投与したときに、少なくとも１つの望ましくない微生物を殺滅もしくは制御する能力、及び／または消化を改善する能力を保持する。

別の態様において、本明細書で開示する単離された細菌株（単数または複数）の活性バリアントは、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記の株のいずれか（例えば、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４）に密接に関連する株（単数または複数）を含む。細菌における関連性を決定するための１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性の使用に関しては、Ｓｔａｃｋｅｂｒａｎｄｔ Ｅ．ｅｔ ａｌ．，“Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ｔｈｅ ａｄ ｈｏｃ ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｆｏｒ ｒｅ－ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ，”ＩｎｔＪ Ｓｙｓｔ ＥｖｏＩ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５２（３）：１０４３－７（２００２）を参照。１つの実施形態において、活性バリアントは、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９５％同一であるか、Ｉ６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９６％同一であるか、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９７％同一であるか、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９８％同一であるか、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９８．５％同一であるか、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９９％同一であるか、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも９９．５％同一であるか、または１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性に基づいて上記のいずれかの株と少なくとも１００％同一である。このような方法によって同定された細菌の活性バリアントは、有効量で動物に投与したときに、少なくとも１つの望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を制御する能力、及び／または消化を改善する能力を保持する。

ＭｉｎＨａｓｈ（Ｍａｓｈ）距離メトリックは、微生物を高解像度で階層的に分類するための閾値を定義する比較方法であり、必要なパラメーター及びステップが少ない（Ｏｎｄｏｖ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７：１３２）。Ｍａｓｈ距離は、２つの配列間の変異率をそれらのＭｉｎＨａｓｈスケッチから直接推定する（Ｏｎｄｏｖ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７：１３２）。Ｍａｓｈ距離は、階層的分類のための平均ヌクレオチド同一性法（ＡＮＩ）に強力に対応する（Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ，Ｋ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．（２００５）ＰＮＡＳ ＵＳＡ １０２（７）：２５６７－７２を参照（その全体が参照により本明細書に援用される）。すなわち、ＡＮＩ ９７％はＭａｓｈ距離０．０３とほぼ等しく、そのため、ＡＮＩの文献内で有用な分類閾値として記載された値は、直接Ｍａｓｈ距離に適用することができる。

本明細書で開示する細菌株（単数または複数）の活性バリアントは、完全なゲノムＤＮＡ配列間のＭｉｎｈａｓｈ（Ｍａｓｈ）距離に基づいてＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４に密接に関連する株を含む。したがって、特定の実施形態において、本明細書で開示する細菌株の活性バリアントは、本開示の株に対し約０．０１５未満以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む。

他の実施形態において、本明細書で開示する細菌株の活性バリアントは、約０．００１、０．００２５、０．００５、０．０１０、０．０１５、０．０２０、０．０２５、または０．０３０未満の距離メトリックを含む。Ｍａｓｈ距離に関連するゲノムは、細菌染色体ＤＮＡ及び細菌プラスミドＤＮＡを共に含む。他の実施形態において、細菌株の活性バリアントは、技術的ばらつきによる非類似度よりも大きく、本開示の株に対するＭａｓｈ距離閾値を超えるゲノムを有する。さらなる実施形態において、細菌株の活性バリアントは、技術的ばらつきによる非類似性よりも大きく、本開示の株に対するＭａｓｈ距離の閾値を超え、約０．０１５未満のＭａｓｈ距離を有するゲノムを有する。他の実施形態において、細菌株の活性バリアントは、技術的ばらつきによる非類似性よりも大きく、本開示の株に対するＭａｓｈ距離の閾値を超え、約０．００１、０．００２５、０．００５、０．０１０、０．０１５、０．０２０、０．０２５、または０．０３０未満のＭａｓｈ距離を有するゲノムを有する。

本明細書で使用する場合、「技術的ばらつきを超える」とは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００ ＤＮＡシークエンシング技術を用いて少なくとも２０Ｘカバレッジで比較対象のゲノムを各々ＤＮＡシークエンシングし、ゲノムが少なくとも９９％完全で、コンタミネーションのエビデンスが２％未満である条件で、ゲノムアセンブリのエラーによって生じる２つの株間のＭａｓｈ距離を超えることを指す。２０Ｘカバレッジは技術的に認知された用語であるが、明快性のために２０Ｘカバレッジの一例を示すと、ゲノムサイズが５メガバイト（ＭＢ）の場合、ゲノムに沿った各位置で平均２０Ｘシーケンシングカバレッジを有するためには、所与のゲノムから１００ＭＢのＤＮＡシーケンシングが必要となる。ゲノム完全性計算に使用するための多くの好適なマーカー遺伝子の集合が存在し、これにはＣａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰＮＡＳ ＵＳＡ １１０（１４）：５５４０－４５、Ｄｕｐｏｎｔ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＩＳＭＵ．Ｊ ６：１６２５－１６２８に見られるセット及びＣｈｅｃｋＭフレームワーク（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２５：１０４３－１０５５）が含まれる（これらの参考文献の各々は、その全体が本明細書に援用される）。コンタミネーションは、典型的には、所与のゲノム配列内に複数のコピーで見出される単一のコピーマーカー遺伝子のパーセンテージとして定義される（例えば、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２５：１０４３－１０５５）。これらの参考文献の各々は、その全体が本明細書に援用される。完全性及びコンタミネーションは、同じマーカー遺伝子の集合を用いて計算される。別段の明記がない限り、完全性及びコンタミネーションアッセイで用いられる集合マーカーのセットは、Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰＮＡＳ ＵＳＡ １１０（１４）：５５４０－４５（その全体が参照により本明細書に援用される）に記載のものである。

当該ゲノム間の距離推定値を得るための例示的なステップは以下の通りである。（１）比較のために十分な品質のゲノムを生成しなければならない。十分な品質のゲノムは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００技術を用いて少なくとも２０Ｘゲノムカバレッジに相当する十分なＤＮＡ配列で作成されたゲノムアセンブリとして定義される。特許請求対象の微生物のゲノムと比較するには、ゲノムが９９％以上完全でコンタミネーションが２％未満でなければならない。（２）ゲノムは、Ｏｎｄｏｖ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７：１３２（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））によって示されたＭｉｎｈａｓｈワークフローを用いて比較するものとする。別段の明記がない限り、用いるパラメーターは以下の通り：「スケッチ」サイズ：１０００、ｋ－ｍｅｒ長：２１。（３）２つのゲノム間のＭａｓｈ距離が０．００１、０．００２５、０．００５、０．０１０、０．０１５、０．０２０、０．０２５、または０．０３０未満であることを確認する。上記のパラメーター及び方法を用いて、２つのゲノム間のＭａｓｈ距離が０．０１５の場合、予想される変異率は相同位置当たり０．０１５変異となる。このような方法によって同定された細菌の活性バリアントは、有効量で動物に投与したときに、少なくとも１つの望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を制御する能力、及び／または消化を改善する能力を保持する。

ＩＩＩ．配合物
本明細書で提供する細菌株及び株の組合せ（すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントの細胞、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つに由来する芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、ならびに／または組成物）、あるいはこれらに由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物は、細胞ペースト、湿潤性粉末、湿潤性顆粒、細胞ペレット、粉塵、顆粒、スラリー、乾燥粉末、水性または油ベースの液体生成物、ゲルなどとして製剤化することができる。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、噴霧乾燥製剤、湿潤性顆粒製剤、ペレット状製剤、または安定性製剤として製剤化される。一般的なプロバイオティクス調製物は、溶液及び濃縮物、または再懸濁用の凍結乾燥粉末であり、これらはカプセル、バイアル、またはパウチに封入することができる。このような製剤は、担体及び他の薬剤に加えて、本明細書で提供する細菌（もしくはその組合せ）またはその活性バリアント、及び／あるいはこれらに由来する組成物を含むことになる。製剤は、本明細書の他の箇所で開示されているように、様々な方法で使用することができる。

いくつかの実施形態において、飼料及び／または食品組成物は、本発明の製剤化された細菌株を典型的な動物用飼料及び／または食品成分と組み合わせることによって調製することができる。本発明の製剤化された細菌株は、動物用飼料や医薬組成物の調製に使用することができ、かつ／または飲料及び／もしくは飼育水に加えることができる。他の実施形態において、本発明の組成物は、給餌前に動物の飼料または飲料水に加える飼料添加物である。

本明細書で使用する場合、「動物用飼料」は、当技術分野で知られている任意の動物用飼料ブレンドを含み、これには菜種ミール、綿実ミール、大豆ミール、コーンミール、大麦、小麦、サイレージ、及びヘイレージが含まれる。

本明細書で開示する細菌株及びその活性バリアントは、少なくとも１つの担体（例えば、タンパク質、炭水化物、脂肪、酵素、ビタミン、免疫調節物質、オリゴ糖、乳代用品、ミネラル、アミノ酸、抗コクシジウム剤、酸ベース製品、医薬（例えば、抗生物質）、他のプロバイオティクス、及び／またはプレバイオティクス）を含むように製剤化することができる。一般的な担体としては、セルロース、糖、グルコース、ラクトース、ホエイパウダー、または籾殻が挙げられる。担体は、天然でも非天然でもよく、細菌株と共に天然に見出されるものでも細菌株と共に天然に見出されないものでもよい。担体（単数または複数）は、最終組成物の約３０％（重量、重量／体積、または体積／体積）を構成し得る。いくつかの実施形態において、担体（単数または複数）は、最終組成物の約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９８．５％、約９９．０％、約９９．５％、または約９９．９％（重量、重量／体積、または体積／体積）を構成し得る。

製剤に加えることができるタンパク質を含む構成要素としては、大豆タンパク質、エンドウ豆タンパク質、小麦グルテン、コーングルテン、及びこれらの組合せが挙げられる。炭水化物を含む構成要素としては、マグサ、粗飼料、小麦ミール、ヒマワリミール、大豆ミール、及びこれらの組合せが挙げられる。脂肪を含む構成要素としては、動物及び／または植物由来の油（植物油、例えば、大豆油、菜種油、ヒマワリ種子油、亜麻仁油、パーム油を含む）、魚油、及びこれらの組合せが挙げられる。加えて、タンパク質も脂肪も含む構成要素としては、魚粉、オキアミミール、二枚貝ミール、イカミール、エビ殻、及びこれらの組合せが挙げられる。

本発明の組成物は、以下のものを含んでも、以下のものと共に（同時にも異なる時にも）投与してもよい：飼料の消化を助ける酵素、例えば、アミラーゼ、グルカナーゼ、グルコアミラーゼ、セルラーゼ、キシラナーゼ、アミラーゼ、及び／もしくはペクチナーゼ；免疫調節物質、例えば、抗体、サイトカイン、噴霧乾燥血漿、インターロイキン、及び／もしくはインターフェロン；ならびに／またはオリゴ糖、例えば、フラクトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、イヌリン、オリゴフルクトース強化イヌリン、タガトース、及び／もしくはポリデキストロース。

追加の有益な微生物を本発明の細菌株と組み合わせて製剤化された製品にしてもよい。代替的に、追加の製剤化されたプロバイオティクスを、本発明の製剤化された細菌株または本明細書で開示する細菌株の組合せと合わせるかまたは混合して、動物への投与用に飼料もしくは食品組成物または飲料水に入れてもよい。代替的に、追加のプロバイオティクスを異なる時間に投与してもよい。これらの追加の有益な微生物は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ種、例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｅｖｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎａｑｕｏｓｏｒｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｊａｖｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｔｒｏｐｈｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｆｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｄｉｕｓ、ｏｒ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｇｉｅｎｓｉｓ；Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、例えば、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ；Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種、例えば、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓもしくはＬａｃｔｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ；Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ；Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌａｃｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｔａｔａｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｖａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｄｉｆｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｃｈｎｅｒｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｌｌｏｂｉｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｐｒｏｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｕｇｕｒｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｋｅｆｉｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｅｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｏｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｕｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｓｅｕｄｏｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｒｑｕｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｕｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｋｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖｅｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｈａｒｐｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｏｂｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｉｃｈｏｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｒｉｄｅｓｃｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｙａｍａｎａｓｈｉｅｎｓｉｓ、もしくはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｚｅａｅ；Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ種、例えば、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｌ；Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種、例えば、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ；Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ例えば、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉもしくはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｉｓｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ；またはＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、例えば、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｏｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ、もしくはＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、及び／あるいはこれらの組合せから選択することができる。

本発明の株と合わせるか、混合するか、または製剤化することができる追加の有益な微生物としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＰＢ６（例えば、Ｋｅｍｉｎ製のＣＬＯＳＴＡＴ（登録商標）（ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ－６７３７を有し、米国特許第７，２４７，２９９号に記載されている（その全体が参照により本明細書に援用される）；Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｃ－３１０２（例えば、Ｑｕａｌｉｔｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ製のＣＡＬＳＰＯＲＩＮ（登録商標）、日本のＦｅｒｍｅｎｔａｔｉｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ａｇｅｎｃｙ ｏｆ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙの寄託番号ＦＥＲＭ ＢＰ－１０９６を有し、米国特許第４，９１９，９３６号に記載されている（その全体が参照により本明細書に援用される）；Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ１７２９９（例えば、Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｈａｎｓｅｎ製のＧａｌｌｉＰｒｏ（登録商標））、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭ１７２３６（例えば、ＧａｌｌｉＰｒｏＴｅｃｔ（登録商標））、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭＺ５７４９及びＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭＺ５７５０の混合物（例えば、Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｈａｎｓｅｎ製のＢｉｏＰｌｕｓ（登録商標）ＹＣ）、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ２９７８４（例えば、Ａｄｉｓｓｅｏ／Ｎｏｖｏｚｙｍｅｓ製のＡｌｔｅｒｉｏｎ（登録商標））、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ ｖａｒ．ｔｏｙｏｉ（例えば、Ｒｕｂｉｎｕｍ Ａｎｉｍａｌ Ｈｅａｌｔｈ製のＴｏｙｏｃｅｒｉｎ（登録商標））、Ｂ． ｃｌａｕｓｉｉ ＤＳＭ８７１６、及び Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ（例えば、Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｈａｎｓｅｎ製のＰＯＲＣＢＯＯＳＴ（登録商標））も挙げられる。いくつかの実施形態において、追加の有益な微生物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．の株、例えば、ＭＲＬ１、Ｍ３５、ＬＡ４５、ＬＡ５１、Ｌ４１１、ＮＰＣ７４７、ＮＰＣ７５０、Ｄ３、及び／またはＬ７株とすることができる。いくつかの実施形態において、追加の有益な微生物は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．の株、例えば、ＰＦ２４、Ｐ５、Ｐ６３、Ｐ１、及び／またはＭＲＰ１株とすることができる。いくつかの実施形態において、追加の有益な微生物は、細菌ではない微生物、例えば、Ｓａｃｃｈａｒａｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ ｐｉｎｔｏｌｅｐｅｓｉｉ、及び／またはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅとすることができる。追加の有益な微生物は当技術分野で知られており、例えば、２０１６ ＦＡＯ刊行物「Ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ ｉｎ Ａｎｉｍａｌ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ － Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ，Ｉｍｐａｃｔ，ａｎｄ Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ」（Ｂａｊａｇａｉ ｅｔ ａｌ，Ｅｄ：Ｈａｒｉｎｄｅｒ Ｐ．Ｓ．Ｍａｋｋａｒ，ＦＡＯ Ａｎｉｍａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｐａｐｅｒ Ｎｏ．１７９，Ｒｏｍｅ；その全体が参照により本明細書に援用される）に見出すことができる。

本発明の組成物は、プレバイオティクスも含むことができ、これを本発明の製剤化された細菌株と合わせるかまたは混合して、動物への投与用に飼料もしくは食品組成物または飲料水に入れてもよい。プレバイオティクスとは、腸内の内因性酵素（例えば、動物によって発現する酵素または常在する腸内マイクロバイオームによって発現する酵素）では容易に消化できず、宿主に有益な効果をもたらす選択された腸内微生物群の成長及び活性を選択的に刺激する食品成分である。典型的には、プレバイオティクス化合物の存在によって恩恵を受けるのは、有益な微生物集団である。プレバイオティクスは、有益な微生物が成長するための代謝基質として働くオリゴ糖及び他の低分子からなり得る。一般的なプレバイオティクスとしては、ガラクトオリゴ糖、フラクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルトオリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、ラクチロール、ラクトスクロース、ラクツロース、キシロスクロース、グリコシルスクロース、ピロデキストリン、大豆オリゴ糖、グアーガム、イナゴマメガム、アラビナン、ガラクタン、ペクチン、及びペクチン性多糖が挙げられる。宿主生物の腸管には億の多様な微生物が生息しているが、プレバイオティクス化合物は有益な微生物にのみ利用され、有益な微生物集団の選択的な強化につながる。プレバイオティクス及びプロバイオティクスの両方を含む製剤は、「シンバイオティクス」と呼ばれることがある。

本発明の細菌株または細菌株もしくはそのバリアントの組合せの保存は、凍結、凍結乾燥、及び／または噴霧乾燥のプロセスを含むことができる。いくつかの実施形態において、保存された細菌は、１ｘ１０^３ＣＦＵ／グラム～１ｘ１０^１６ＣＦＵ／グラムの生細胞濃度を含み、限定されるものではないが、これには１０^３ＣＦＵ／グラム、１０^４ＣＦＵ／グラム、１０^５ＣＦＵ／グラム、１０^６ＣＦＵ／グラム、１０^７ＣＦＵ／グラム、１０^８ＣＦＵ／グラム、１０^９ＣＦＵ／グラム、１０^１０ＣＦＵ／グラム、１０^１１ＣＦＵ／グラム、１０^１２ＣＦＵ／グラム、１０^１３ＣＦＵ／グラム、１０^１４ＣＦＵ／グラム、１０^１５ＣＦＵ／グラム、及び１０^１６ＣＦＵ／グラムが含まれる。さらなる実施形態において、生細胞濃度は、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラム、１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^８ＣＦＵ／グラム、または１０^４ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラムとすることができる。

本発明の組成物は、本発明の株またはそのバリアントの細菌培養物を含み保存する保存マトリックスも含む。このようなマトリックスは、生物学的に活性の結合剤、抗酸化剤、ポリオール、炭水化物、及びタンパク質性材料を含んでもよい。このようなマトリックスは、例えば、局所塗布用のゲルまたはクリームであってもよい。

本発明の組成物は、本発明の細菌株、そのバリアント、芽胞もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのマイクロカプセル化、ならびに／あるいはこれに由来する組成物を含む。本発明の細菌株またはそのバリアントはマイクロカプセル化することができ、これにより、凍結及び／または乾燥プロセス中の細胞の生存率が著しく改善される可能性がある。マイクロカプセル化の場合、マイクロカプセルの内側コアは本発明の細菌株（単数または複数）を含み、シェルは支持材料によって保持される。支持材料は、多糖、乳清タンパク質、キトサン、ペクチン、ウシ乳、アルギン酸溶液（例えば、藻類由来のヘテロ多糖）、またはコラーゲンを含むことができる。マイクロカプセルはさらに、凍結保護剤、例えば、グルコース、マルトデキストリン、トレハロース、脱脂粉乳、乳清タンパク質、または大豆粉を含むことができる。

いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は、動物の健康状態及び／またはパフォーマンスを強化するのに有効な量で飼料または飲料水に加えることができる。１つの実施形態において、細菌株は、約１ｘ１０^３ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水～約１ｘ１０^１５ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水の包含率で加えることができる。別の実施形態において、細菌株は、約１ｘ１０^３ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水～約１ｘ１０^９ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水の包含率で加えることができる。また別の実施形態において、細菌株は、約１ｘ１０^４ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水～約１ｘ１０^８ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水の包含率で加えることができる。いくつかの実施形態において、包含率は、約１ｘ１０^３ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^４ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^５ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^６ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^７ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^８ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^９ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^１０ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^１１ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^１２ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^１３ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、約１ｘ１０^１４ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水、または約１ｘ１０^１５ＣＦＵ／グラム飼料またはｍｌ飲料水である。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、動物飼料または飲料水に加える際に、上記の範囲のＣＦＵ数となるように希釈する必要があり得る。

本発明の組成物は、使用する組成物が動物飼料ペレットの一部を形成するように、ペレット化プロセスの前に動物飼料に加えることができる。いくつかの実施形態において、本発明の細菌株またはそのバリアントは、芽胞の形態で、ペレット化プロセスの前に動物飼料の他の構成要素に加えられる。当業者に知られている標準的なペレット化プロセスを使用することができ、これには乾燥飼料または半湿潤飼料の押出処理が含まれる。いくつかの実施形態において、ペレット化プロセスは少なくとも約６５℃の温度を伴う。他の場合には、ペレット化温度は約６５℃～約１２０℃である。さらに他の場合には、ペレット化温度は約８０℃～約１００℃である。他の実施形態において、ペレット化温度は、約６０℃、約６５℃、約７０℃、約７５℃、約８０℃、約８５℃、約９０℃、約９５℃、または約１００℃である。

本発明の組成物は、医薬的に許容される担体と組み合わせて医薬として経口投与することもできる。様々な動物に対する最適な投与レベルは、当業者が例えば、組成物の（ｉ）様々な用量で腸内の望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を阻害もしくは低減する能力；（ｉｉ）様々な用量で有益な細菌のレベルを増加もしくは維持する能力；及び／または（ｉｉｉ）様々な用量で動物の健康状態を強化する能力を評価することにより、容易に定量することができる。

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、魚飼料と共に製剤化する場合も、魚飼料と組み合わせて添加する場合もある。他の実施形態において、本発明の組成物は、魚類飼育用水に加えることができる。組成物は、魚類または他の水生動物（例えば、エビ）の健康状態を強化するのに有効な量で加えることができる。いくつかの実施形態におけるこのような有効量は、約１０^３～約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ飼育水、約１０^３～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ飼育水、約１０^３～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ飼育水、または約１０^３～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ飼育水とすることができる。

組成物または製剤中での細菌株、例えば、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントの生存能は、インタクトな膜または破壊された膜を有する細胞に特異的な蛍光色素を利用する落射蛍光アッセイ（例えば、緑色の蛍光を発して細胞がインタクトな膜を有することを示すＳＹＴＯ９核酸染色と、赤色の蛍光を発して生存していない破壊された膜を有する細胞を示すヨウ化プロピジウムとを用いるアッセイ（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ製のＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）Ｂａｃ Ｌｉｇｈｔ（商標）Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ Ｃｏｕｎｔｉｎｇ Ｋｉｔ；及びＩｖａｎｏｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｑｕｉｐｍｅｎｔ ２４：ｓｕｐｌ，５６７－５７０を参照））を用いて定量化することができる。乾燥の後、いくつかの細菌株（例えば、ある特定のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ株）は、細胞が生存可能であるが培養可能ではない（ＶＢＮＣ）代謝的に活性の状態に進むことが知られている（Ｐａｚｏｓ－Ｒｏｊａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１９）ＰＬｏＳ ＯＮＥ １４（７）：ｅ０２１９５５４）。ＶＢＮＣ状態の細胞は、例えば水または根の滲出液で再構成した場合、特定の金属もしくはイオンに曝露すると、または個々のＶＢＮＣ細菌株に特異的な他の再構成法で再構成した場合に、培養能力を保持する。

いくつかの実施形態において、組成物または製剤は、少なくとも約１０^１細胞／グラム～約１０^６細胞／グラム、１０^２細胞／グラム～約１０^５細胞／グラム、１０^２細胞／グラム～約１０^４細胞／グラム、１０^３細胞／グラム～約１０^６細胞／グラム、１０^４細胞／グラム～約１０^８細胞／グラム、少なくとも約１０^５細胞／グラム～約１０^１１細胞／グラム、約１０^７細胞／グラム～約１０^１０細胞／グラム、約１０^７細胞／グラム～約１０^１１細胞／グラム、約１０^６細胞／グラム～約１０^１０細胞／グラム、約１０^６細胞／グラム～約１０^１１細胞／グラム、約１０^１１細胞／グラム～約１０^１２細胞／グラム、約１０^５細胞／グラム～約１０^１０細胞／グラム、約１０^５細胞／グラム～約１０^１２細胞／グラム、約１０^５細胞／グラム～約１０^６細胞／グラム、約１０^６細胞／グラム～約１０^７細胞／グラム、約１０^７細胞／グラム～約１０^８細胞／グラム、約１０^８細胞／グラム～約１０^９細胞／グラム、約１０^９細胞／グラム～約１０^１０細胞／グラム、約１０^１０細胞／グラム～約１０^１１細胞／グラム、または約１０^１１細胞／グラム～約１０^１２細胞／グラムの細胞株または細胞株の組合せの濃度（例えば、生存能によって測定した場合）を含む。いくつかの実施形態において、細菌株の濃度は、少なくとも約１０^２細胞／グラム、少なくとも約１０^３細胞／グラム、少なくとも約１０^４細胞／グラム、少なくとも約１０^５細胞／グラム、少なくとも約１０^６細胞／グラム、少なくとも約１０^７細胞／グラム、少なくとも約１０^８細胞／グラム、少なくとも約１０^９細胞／グラム、少なくとも約１０^１０細胞／グラム、少なくとも約１０^１１細胞／グラム、少なくとも約１０^１２細胞／グラム、または少なくとも約１０^１３細胞／グラムの生存細胞（落射蛍光アッセイで測定した場合）を含む。

液体組成物及び製剤において、本明細書で開示する細菌株または本発明の細菌株の組合せまたはこれらの活性バリアントの量は、少なくとも約１０^１細胞／ｍＬ～約１０^６細胞／ｍＬ、１０^２細胞／ｍＬ～約１０^５細胞／ｍＬ、１０^２細胞／ｍＬ～約１０^４細胞／ｍＬ、１０^３細胞／ｍＬ～約１０^６細胞／ｍＬ、１０^４細胞／ｍＬ～約１０^８細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^３～約１０^９細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^３～約１０^６細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^４～約１０^１１細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^５細胞／ｍＬ～約１０^１１細胞／ｍＬ、約１０^５細胞／ｍＬ～約１０^１０細胞／ｍＬ、約１０^５細胞／ｍＬ～約１０^１２細胞／ｍＬ、約１０^５細胞／ｍＬ～約１０^６細胞／ｍＬ、約１０^６細胞／ｍＬ～約１０^７細胞／ｍＬ、約１０^７細胞／ｍＬ～約１０^８細胞／ｍＬ、約１０^８細胞／ｍＬ～約１０^９細胞／ｍＬ、約１０^９細胞／ｍＬ～約１０^１０細胞／ｍＬ、約１０^１０細胞／ｍＬ～１０^１１細胞／ｍＬ、約１０^１１細胞／ｍＬ～約１０^１２細胞／ｍＬ、または少なくとも約１０^３細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^４細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^５細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^６細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^７細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^８細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^９細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^１０細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^１１細胞／ｍＬ、少なくとも約１０^１２細胞／ｍＬの生存細胞（落射蛍光アッセイで測定した場合）を含む。

さらに他の実施形態において、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントから選択される少なくとも１つの株を含む細菌株または細菌株の組合せを含む組成物または製剤内の代謝物の濃度は、組成物または製剤における細菌株の生存能及び／または活性の代用として測定することができる。当該代謝物は、抗微生物活性のレポーター代謝物として使用することができ、さらに、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの活性バリアントにおいて活性である抗微生物代謝物と共制御することができる。レポーター代謝物の存在は、組成物または製剤内のインタクトな細胞及び細胞濃度の尺度である。いくつかの実施形態において、レポーター代謝物は、リポペプチドまたはペプチド毒素である。さらなる実施形態において、レポーター代謝物は、リケニシン、フェンギシン、プリパスタチン、ボトロマイシンＡ２、バシリジン、スブチリジン、またはマイコスブチリンである。いくつかの実施形態において、レポーター代謝物は細胞内に保持され、分泌されないため、測定にはまず細胞溶解が必要である。次に、レポーター代謝物は、当該分野で知られている任意の分析化学方法を用いて測定することができ、限定されるものではないが、これには組成物または製剤の紫外線検出を備えた高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ－ＵＶ）（例えば、Ｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ａｐｐｌ Ｅｎｖ Ｍｉｃｒｏ ６０（１）７８－８５（その全体が参照により本明細書に援用される）に記載のもの）が含まれる。いくつかの実施形態において、本開示の組成物または製剤は、約５０μｇ／ｇ～２０００μｇ／ｇ、７５μｇ／ｇ～２０００μｇ／ｇ、１００μｇ／ｇ～２０００μｇ／ｇ、２００μｇ／ｇ～１８００μｇ／ｇ、３００μｇ／ｇ～１５００μｇ／ｇ、３００μｇ／ｇ～１３００μｇ／ｇ、４００μｇ／ｇ～１５００μｇ／ｇ、４００μｇ／ｇ～１３００μｇ／ｇ、３００μｇ／ｇ～１０００μｇ／ｇ、４００μｇ／ｇ～１０００μｇ／ｇ、５００μｇ／ｇ～１０００μｇ／ｇ、５００μｇ／ｇ～１３００μｇ／ｇ、６００μｇ／ｇ～１０００μｇ／ｇ、６００μｇ／ｇ～１３００μｇ／ｇ、６００μｇ／ｇ～１５００μｇ／ｇ、または約５０μｇ／ｇ、約７５μｇ／ｇ、約１００μｇ／ｇ、約２００μｇ／ｇ、約３００μｇ／ｇ、約４００μｇ／ｇ、約５００μｇ／ｇ、約６００μｇ／ｇ、約７００μｇ／ｇ、約８００μｇ／ｇ、約９００μｇ／ｇ、約１０００μｇ／ｇ、約１１００μｇ／ｇ、約１２００μｇ／ｇ、約１３００μｇ／ｇ、約１４００μｇ／ｇ、約１５００μｇ／ｇ、約１５００μｇ／ｇ、約１６００μｇ／ｇ、約１７００μｇ／ｇ、約１８００μｇ／ｇ、約１９００μｇ／ｇ、及び約２０００μｇ／ｇを含む（細菌ｇ当たりのレポーター代謝物のμｇとして表現）。

ＩＶ．使用方法
Ａ．望ましくない微生物を制御する方法
いくつかの実施形態において、望ましくない微生物の制御は、望ましくない微生物を、ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの有効量；ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントの組合せのうちのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量；ならびに／あるいはｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントから選択される組合せのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する、上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量、に曝露することによって行うことができる。

望ましくない微生物を「曝露」することは、微生物を本発明の株に直接接触させること、及び／または本発明の株を望ましくない微生物と同じ環境（例えば動物の胃腸管）内に導入することを含む。本発明の株に曝露することにより、当該株を直接接触させずに望ましくない微生物を制御することができる。

「有効量」とは、望ましくない微生物を制御するのに必要な量である。いくつかの実施形態において、細菌株もしくはその活性バリアントまたは細菌株の組合せの有効量は、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１５ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^９ＣＦＵ／グラム、または少なくとも約１０^４ＣＦＵ／グラム～約１０^８ＣＦＵ／グラムを含むか、これらからなり、限定されるものではないが、これには約１０^３ＣＦＵ／グラム、約１０^４ＣＦＵ／グラム、約１０^５ＣＦＵ／グラム、約１０^６ＣＦＵ／グラム、約１０^７ＣＦＵ／グラム、約１０^８ＣＦＵ／グラム、約１０^９ＣＦＵ／グラム、約１０^１０ＣＦＵ／グラム、約１０^１１ＣＦＵ／グラム、約１０^１２ＣＦＵ／グラム、約１０^１３ＣＦＵ／グラム、約１０^１４ＣＦＵ／グラム、及び約１０^１５ＣＦＵ／グラム、または同等の細菌濃度測定値が含まれる。いくつかの実施形態において、細菌株もしくはその活性バリアントまたは細菌株の組合せの有効量は、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、または少なくとも約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌを含むか、またはこれらからなり、限定されるものではないが、これには約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^５ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^６ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^７ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１３ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１４ＣＦＵ／ｍｌ、及び約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ、または同等の細菌濃度測定値が含まれる。いくつかの実施形態において、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つまたはいずれかの組合せからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量は、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１５ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１１ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラム、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^９ＣＦＵ／グラム、または少なくとも約１０^４ＣＦＵ／グラム～約１０^８ＣＦＵ／グラムを含むか、またはこれらからなり、限定されるものではないが、これには約１０^３ＣＦＵ／グラム、約１０^４ＣＦＵ／グラム、約１０^５ＣＦＵ／グラム、約１０^６ＣＦＵ／グラム、約１０^７ＣＦＵ／グラム、約１０^８ＣＦＵ／グラム、約１０^９ＣＦＵ／グラム、約１０^１０ＣＦＵ／グラム、約１０^１１ＣＦＵ／グラム、約１０^１２ＣＦＵ／グラム、約１０^１３ＣＦＵ／グラム、約１０^１４ＣＦＵ／グラム、約１０^１５ＣＦＵ／グラム、または同等の細菌濃度の測定値が含まれる。いくつかの実施形態において、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つまたはいずれかの組合せからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量は、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、少なくとも約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、または少なくとも約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌを含むか、またはこれらからなり、限定されるものではないが、これには約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^５ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^６ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^７ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^８ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^９ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１１ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１３ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１４ＣＦＵ／ｍｌ、約１０^１５ＣＦＵ／ｍｌ、または同等の細菌濃度の測定値が含まれる。特定の実施形態において、有効量は、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントから選択される少なくとも２つの細菌株の合わせた濃度の測定値である。

Ｂ．疾患を治療もしくは予防する、または動物の健康状態を高める方法
当技術分野では、動物の腸内で成長する能力を低下させることによって動物の胃腸管に存在する望ましくない微生物を制御することで、当該微生物によって引き起こされる疾患の発生率が低下することが知られている。加えて、有益な微生物（例えば、有益な細菌）を投与することで、動物における望ましくない微生物の発生を低減できることが周知されている（例えば、米国特許第７，０６３，８３６号参照（参照により本明細書に援用される））。また、外来の細菌、例えばプロバイオティクスを消費することで宿主に有益な効果を引き出し得ることも認識されている。例えば、ヒトの場合、プロバイオティクスを消費することで、潰瘍性大腸炎の成人において抗生物質関連下痢のリスクを低減し、寛解率を高めることが示されている（Ｗｉｌｋｉｎｓ ａｎｄ Ｓｅｑｕｏｉａ，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｆａｍｉｌｙ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ（２０１７），９６（３）：１７０－１７９）。

また、有益な細菌を（例えば、プロバイオティクスとして）動物用飼料に加えると動物の効率及び健康状態を改善できることも十分に確証されている。動物の胃腸管内の健康な微生物集団は、しばしば動物パフォーマンスの強化に関連し、より効率的な消化及び免疫力の改善を反映する。このような改善は、体重増加量：飼料摂取量の比（飼料効率）、１日平均体重増加量、１日平均飼料摂取量、動物内の飼料転換率、及び疾患発生率によって測定することができる（例えば、Ｌｉａｏ ａｎｄ Ｎｙｃｈｏｔｉ，Ａｎｉｍａｌ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ（２０１７），３：３３１－３４３を参照（その全体が本明細書に援用される））。乳牛の場合、改善は泌乳量または乳組成によっても測定することができる（米国特許第５，５２９，７９３号及び同第５，５３４，２７１号（参照により本明細書に援用される））。家畜の生産性の増加は、より多くの、もしくはより高品質の卵、乳、もしくは肉の生産、または離乳した子孫の生産増加によって測定することができる。

本明細書では、本明細書で提供する少なくとも１つの細菌株、本明細書で提供する細菌株の組合せ、もしくはこれらの活性バリアント、及び／またはこれらに由来する組成物の有効量を動物に提供することにより、動物の健康状態及び／またはパフォーマンスを改善するための方法を提供する。本発明の組成物は、動物の胃腸管内の健康な微生物集団を改善または確立することにより、動物の健康状態を高めることができる。この改善は、成長率の増加、平均体重増加量の増加、飼料摂取量の上昇、飼料転換率の改善、飼料転換効率の上昇、及び栄養消化率の改善によって定量することができ、これらは全て当業者によって測定することができる（例えば、Ｌｉａｏ ａｎｄ Ｎｙａｃｈｏｔｉ（１９９７），Ａｎｉｍａｌ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ ３：３３１－３４３及び当該文献内で引用されている参考文献を参照）。いくつかの実施形態において、「動物の健康状態の改善」という用語は、疾患に罹った動物の生理学的状態の改善を指す。いくつかの実施形態において、動物の健康状態（例えば。成長率、平均体重増加量、飼料摂取量、飼料転換率、飼料転換効率、栄養消化率）は、無処置対照動物に比べて少なくとも約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約１００％、またはそれ以上改善することができる。

また、本明細書では、望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を制御するための方法であって、動物に、本明細書で提供する少なくとも１つの細菌株もしくはこれらの活性バリアント、及び／またはこれらに由来する組成物の有効量を提供することを含み、細菌株及び／またはそれから得られる組成物が望ましくない微生物（例えば、病原性細菌）を制御する、方法も提供する。病原性細菌としては、限定されるものではないが、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、ならびにＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．が挙げられる。したがって、本明細書で提供する細菌株または本明細書で提供する細菌株の組合せの有効量の投与は、無処置対照動物に比べて、病原性細菌株の総数または成長率を少なくとも約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約１００％、または約１０～２０％、約２０～３０％、約１０～５０％、約３０～４０％、約４０～５０％、約５０～６０％、約６０～７０％、約７０～８０％、約８０～９０％、約９０～９９％、約２５～５０％、約５０～７５％、約７５～９９％、もしくはそれ以上低減することができる。

また、本明細書では、病原性細菌に対する感受性を低下する方法、及び／または耐性を高める方法であって、病原性細菌に感染した動物に、本明細書で提供する少なくとも１つの細菌株もしくはその活性バリアント、及び／またはこれらに由来する組成物の有効量を提供することを含み、細菌株及び／またはそれから得られる組成物が病原性細菌を制御する、方法も提供する。本明細書では、病原性細菌による感染を治療または予防する方法であって、病原性細菌に感染しているか、または病原性細菌からの感染を発症するリスクがある動物に、本明細書で提供する少なくとも１つの細菌株もしくはその活性バリアントの有効量、及び／またはこれらに由来する組成物を提供することを含み、細菌株もしくは細菌株の組合せ及び／またはこれらから得られる組成物が、感染を引き起こす病原性細菌を制御する、方法を提供する。ある特定の実施形態において、本明細書で提供する細菌株（単数または複数）またはその活性バリアントは、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの細胞、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、あるいはＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つの上清、発酵産物、濾液、または抽出物を含み得る。

本明細書で提供する細菌株もしくは細菌株の組合せ、またはこれらの活性バリアントで処置した動物は、病原性細菌の存在下で、疾患の重症度の低下または発症の低減を統計的に有意な量で示すことができる。疾患または損傷の重症度の低下または発症の低減は、無処置対照動物に比べると、約１０％～約２０％、約２０％～約３０％、約３０％～約４０％、約４０％～約５０％、約５０％～約６０％、約６０％～約７０％、約７０％～約８０％、約８０％～約９０％、または約９０％～１００％の低減であり得る。他の事例では、本明細書で提供する細菌株またはその活性バリアントで処置した動物は、無処置対照動物に比べると、病原性細菌の存在下で、少なくとも約１０％、約１１％、約１２％約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、もしくは約１００％、または約１０～２０％、約２０～３０％、約１０～５０％、約３０～４０％、約４０～５０％、約５０～６０％、約６０～７０％、約７０～８０％、約８０～９０％、約９０～９９％、約２５～５０％、約５０～７５％、約７５～９９％の疾患の重症度の低下または発症の低減を示すことができる。動物の疾患の重症度を評価するための方法は知られており、限定されるものではないが、これには下痢発生率（例えば、哺乳類家畜における離乳後の下痢の割合）、死亡率（例えば、哺乳類家畜における離乳前後の死亡率）、体重減少、成長率低下、乳生産量減少、炎症、妊娠の喪失、皮膚病変、咳、くしゃみ、下痢、体温上昇、またはこれらの組合せを含む疾患の任意の症状の低減が含まれる。

特定の実施形態において、本明細書で提供する細菌株、その活性バリアント、及び／またはこれらに由来する組成物は、病原性細菌または他の望ましくない微生物から生じる疾患または疾患症状を統計的に有意な量で（例えば、少なくとも約１０％～少なくとも約２０％、少なくとも約２０％～約５０％、少なくとも約１０％～約６０％、少なくとも約３０％～約７０％、少なくとも約４０％～約８０％、または少なくとも約５０％～約９０％、またはそれ以上を含む）低減する。したがって、本発明の方法は、病原性細菌を含む望ましくない微生物によって引き起こされる疾患または疾患症状から動物を保護するために利用することができる。

「治療する」もしくは「治療すること」という用語またはその派生語は、状態の進行を実質的に抑制、減速、もしくは反転すること、状態の症状を実質的に寛解すること、または病原性細菌によってもたらされる症状または状態の出現を実質的に予防することを含む。特定の実施形態において、状態を治療することは、状態の少なくとも１つの症状の重症度を低下すること、またはその発症を遅らせることを含む。

特定の実施形態において、望ましくない微生物から動物を「制御する」及び「保護する」とは、望ましくない微生物の成長、発芽、生殖、及び／もしくは増殖を阻害もしくは低減すること、及び／または望ましくない微生物の発生及び／もしくは活性を殺滅、除去、破壊、もしくは他の方法で減弱することのうちの１つ以上を指す。そのため、本明細書で提供する細菌株、そのバリアント、及び／またはこれらに由来する組成物で処置した動物は、望ましくない微生物の存在下で、疾患の重症度の低下または発症の低減を統計的に有意な量で示すことができる。代替的に、本明細書で提供する細菌株、そのバリアント、及び／またはこれらに由来する組成物で処置した動物は、動物の健康の徴候の増加を示すことができる。健康の徴候には動物パフォーマンスの改善が含まれ、これは、増体量：飼料摂取量の比（飼料効率）、１日平均体重増加量、１日平均飼料摂取量、動物内の飼料転換率、疾患発生率によって測定することができる。健康の徴候には、動物の集団内での死亡率の低下も含まれる。

「予防する」という用語及びそのバリエーションは、予め病原性微生物の感染、成長、または増殖に対抗することを意味する。いくつかの実施形態において、組成物は、病原性細菌への曝露前に適用される。「阻害する」という用語及びこの用語の全てのバリエーションは、病原性微生物（例えば、病原性細菌）による感染、成長、及び／または増殖の制限または禁止を包含するように意図されている。

「遅らせる」、「遅延させる」、及びこれらの全てのバリエーションは、病原性微生物による感染、成長、及び／または増殖の進行を減速することを包含するように意図されている。「発症を遅らせる」という表現は、ある期間、病原性微生物の感染、成長、及び／または増殖の進行を予防または減速して、当該病原性微生物の感染、成長、及び／もしくは増殖が発症に関する限り進行しない、または本発明に従う処置がない場合よりも遅れて出現するものとして解釈する。

「寛解する」及び「寛解」という用語は、本明細書で提供する組成物及び方法によってもたらされる処置を受けた動物の状態の改善に関する。

また、本発明の株もしくはそのバリアントまたはこれらに由来する組成物の投与は、病原性微生物の成長を阻害し、かつ／または有益な微生物の成長を増加もしくは維持することによって抗生物質の治療量の投与前、投与中、または投与後の腸内微生物のバランスを回復または維持するのに使用することができる。いくつかの実施形態において、「治療量」とは、動物の疾患状態を寛解または反転するのに十分な量を指す。

本発明の組成物は、当技術分野で周知された多数の方法で動物に投与することができる。最も典型的には、本発明の組成物は、飼料添加物またはプロバイオティクスとして、動物に経口的に提供する。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、組成物が動物飼料配合の一部であるようにペレット化プロセスの前に動物飼料に加えるか、または組成物を別個に、ただし動物に提供する前に飼料に加えるようにペレット化プロセスの後に動物飼料に加える。他の実施形態において、本発明の組成物は、動物に提供する飲料水に加える。

他の実施形態において、本発明の組成物は、経口投与以外の手段によって動物に提供する。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、注射として動物に投与する。他の実施形態において、本発明の組成物は、局所的適用として動物に投与する。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、水生動物の場合のように、飼育水に加えて、動物が水生環境内で本発明の組成物に曝露されるようにしてもよい。

本発明の組成物及び方法は、哺乳類（ヒトを含む）などの脊椎動物、爬虫類、鳥類、ならびに魚類及び甲殻類を含む水生動物を含む任意の動物に提供及び／または投与することができる。本発明の組成物で治療され得る動物には、家畜、コンパニオン動物、及びスポーツ、娯楽、または業務に使用する動物が含まれる。これには、ウマ、イヌ、ネコ、鳥類、爬虫類を含むエキゾチックペット、及び動物園の動物が含まれる。動物には単胃動物（例えば、ウマ、ヒト、ブタ、及び鳥類）が含まれる。鳥類には、家禽類（例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ、さらにダチョウ、エミュー）ならびに狩猟鳥類（例えば、ウズラ、イワシャコ、キジ、ライチョウ、コーニッシュヘン、及びヤマウズラ）が含まれる。ニワトリとは、ブロイラー及び卵を産むニワトリを指す。動物には、多胃動物（反芻動物とも呼ばれる）、例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ラクダ、リャマ、アルパカ、バイソン、バッファロー、シカ、ヌー、及びレイヨウが含まれる。いくつかの実施形態において、動物は前反芻動物（出生から約１２週齢までの範囲の反芻動物、例えば仔ウシ）である。本発明の組成物は、離乳期の若い動物（例えば、前反芻動物または離乳子ブタ）にミルクリプレイサーと共に投与することができる。ミルクリプレイサーとは、前反芻動物または離乳期動物の授乳期中の初乳を置き換えることが意図された配合飼料を指す。水生動物には、サケ、マス、ナマズ、ティラピア、カレイ、または観賞魚などの魚類、及びエビ、カニ、またはロブスターなどの甲殻類が含まれる。

本発明の非限定的な実施形態には以下のものが含まれる。
１．組成物であって、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株またはその活性バリアントのうちの少なくとも１つ；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれかからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物
を含み、
組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。

２．組成物が、ＡＩＰ００４８１６もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ０５３８０２もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ００６０３５もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

３．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ０９７８７３もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含み、活性バリアントが約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態２に記載の組成物。

４．組成物が、ＡＩＰ００４８１６またはその活性バリアント、及びＡＩＰ０１２６５６またはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

５．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ００４８１６もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ０５３８０２もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

６．組成物が、ＡＩＰ００６０３５もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ０２２５６８もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含み、活性バリアントが約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態５に記載の組成物。

７．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ０５３８０２もしくはその活性バリアント、及び／またはＡＩＰ００６０３５もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

８．組成物が、ＡＩＰ０８７７６０もしくはその活性バリアントの細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含み、活性バリアントが約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態７に記載の組成物。

９．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの活性バリアントのいずれかから選択される少なくとも２つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

１０．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの活性バリアントのいずれかから選択される少なくとも３つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

１１．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの活性バリアントのいずれかから選択される少なくとも４つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

１２．組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの活性バリアントのいずれかから選択される少なくとも５つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含み、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含む、実施形態１に記載の組成物。

１３．細菌株、芽胞、前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、またはこれらの活性バリアントが、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌで存在する、実施形態１～１２のいずれか１項に記載の組成物。

１４．細菌株、芽胞、前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、またはこれらの活性バリアントが、約１０^４ＣＦＵ／グラム～約１０^８ＣＦＵ／グラムまたは約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌで存在する、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。

１５．組成物が、細胞ペースト、湿潤性粉末、噴霧乾燥製剤、湿潤性顆粒製剤、ペレット状製剤、または安定性製剤を含む、実施形態１～１４のいずれかに記載の組成物。

１６．組成物が、担体、タンパク質、炭水化物、脂肪、その他のプロバイオティクス、プレバイオティクス、酵素、ビタミン、免疫調節物質、乳代用物、ミネラル、アミノ酸、抗コクシジウム剤、酸ベース製品、及び医薬のうちの少なくとも１つ以上をさらに含む、実施形態１～１５のいずれかに記載の組成物。

１７．組成物が、少なくとも１つの追加の細菌株を含む、実施形態１～１６のいずれかに記載の組成物。

１８．追加の細菌株が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐｐ．、及びＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．からなる群より選択される、実施形態１７に記載の組成物。

１９．追加の細菌株が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｅｖｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｊａｖｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｔｒｏｐｈｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎａｑｕｏｓｏｒｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｆｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｄｉｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｇｉｅｎｓｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌａｃｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｔａｔａｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｖａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｄｉｆｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｃｈｎｅｒｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｌｌｏｂｉｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｐｒｏｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｕｇｕｒｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｋｅｆｉｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｅｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｏｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｕｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｓｅｕｄｏｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｒｑｕｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｕｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｋｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖｅｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｈａｒｐｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｏｂｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｉｃｈｏｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｒｉｄｅｓｃｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｙａｍａｎａｓｈｉｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｚｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｉｓｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｏｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｌ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ，及びＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉからなる群より選択される、実施形態１７に記載の組成物。

２０．組成物が、細菌株Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＰＢ６、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｃ－３１０２、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ １７２９９、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭ １７２３６、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭＺ ５７４９、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭＺ ５７５０、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ ２９７８４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つをさらに含む、実施形態１７に記載の組成物。

２１．望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、実施形態１～２０のいずれかに記載の組成物。

２２．病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、実施形態２１に記載の組成物。

２３．噴霧乾燥製剤を含む組成物であって、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物
を含み、
組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。

２４．湿潤性粉末（ｐｏｗｅｒ）を含む組成物であって、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株またはその活性バリアントのうちの少なくとも１つ；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれかからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物
を含み、
組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。

２５．単離された生物学的に純粋な細菌株の培養物であって、
（ａ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株またはその活性バリアント；あるいは
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ
を含み、
培養物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の増殖を制御する、培養物。

２６．望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、実施形態２５に記載の単離された生物学的に純粋な培養物。

２７．病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株である、実施形態２６に記載の単離された生物学的に純粋な培養物。

２８．細菌培養物であって、
（ａ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアント；あるいは
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ
を含み、
少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、細菌培養物。

２９．望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、実施形態２８に記載の細菌培養物。

３０．病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、実施形態２９に記載の細菌培養物。

３１．少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する方法であって、少なくとも１つの望ましくない微生物を、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量
に曝露することによって制御を行い、
有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する、方法。

３２．望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、実施形態３１に記載の方法。

３３．病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、実施形態３２に記載の方法。

３４．少なくとも１つの望ましくない微生物によって引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、少なくとも１つの望ましくない微生物を、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量
に曝露することを含み、
有効量が、望ましくない微生物によって引き起こされる疾患を治療または予防する、方法。

３５．望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、実施形態３４に記載の方法。

３６．病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株である、実施形態３５に記載の方法。

３７．動物の胃腸管内の少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する方法であって、当該方法が、動物に、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量
を含む組成物を投与することを含み、
有効量が、動物の胃腸管内の少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する、方法。

３８．望ましくない微生物によって引き起こされる動物の疾患を治療または予防する方法であって、望ましくない微生物に感染しているか、または望ましくない微生物の感染を発生するリスクがある動物に、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントであって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、細菌株またはその活性バリアントのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、活性バリアントが、約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含み、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量
の有効量を含む組成物を投与することを含み、
有効量が、望ましくない微生物によって引き起こされる疾患を治療または予防する、方法。

３９．動物が脊椎動物である、実施形態３７または３８に記載の方法。

４０．脊椎動物が哺乳類である、実施形態３９に記載の方法。

４１．哺乳類が、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、シカ、またはヒトである、実施形態４０に記載の方法。

４２．脊椎動物が鳥類または爬虫類である、実施形態３９に記載の方法。

４３．鳥類が、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ、ダチョウ、エミュー、ウズラ、イワシャコ、キジ、ライチョウ、コーニッシュヘン、またはヤマウズラである、実施形態４２に記載の方法。

４４．爬虫類がトカゲまたはヘビである、実施形態４２に記載の方法。

４５．動物が水生動物である、実施形態３９に記載の方法。

４６．水生動物が、サケ、マス、ヒラメ、ナマズ、ティラピア、観賞魚、エビ、カニ、またはロブスターである、実施形態４５に記載の方法。

４７．治療が、望ましくない微生物によって引き起こされる疾患の少なくとも１つの症状を低減する、実施形態３８～４６のいずれか１つに記載の方法。

４８．症状が、体重減少、成長率低下、死亡、乳生産量減少、炎症、妊娠喪失、皮膚病変、咳、くしゃみ、下痢、体温上昇、またはこれらの組合せを含む、実施形態４７に記載の方法。

４９．動物の健康状態を改善する方法であって、動物に、
（ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
（ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
（ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、または約０．０１５以内のＭａｓｈ距離のゲノムを有する細菌株を含むこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物の有効量
を含む組成物を投与することを含み、
有効量が、動物の健康状態を改善する、方法。

５０．動物の健康状態の改善が、組成物の有効量が供給されなかった対照動物または対照動物群と比較したときの成長率の増加、平均体重増加量の増加、飼料摂取量の上昇、飼料転換率の改善、飼料転換効率の上昇、及び／または栄養消化率の改善によって定量される、実施形態４９に記載の方法。

５１．動物が脊椎動物である、実施形態４９または５０に記載の方法。

５２．脊椎動物が哺乳類である、実施形態５１に記載の方法。

５３．哺乳類が、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、シカ、またはヒトである、実施形態５２に記載の方法。

５４．脊椎動物が鳥類または爬虫類である、実施形態５１に記載の方法。

５５．鳥類が、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ、ダチョウ、エミュー、ウズラ、イワシャコ、キジ、ライチョウ、コーニッシュヘン、またはヤマウズラである、実施形態５３に記載の方法。

５６．爬虫類がトカゲまたはヘビである、実施形態５５に記載の方法。

５７．前記動物が水生動物である、実施形態４９または５０に記載の方法。

５８．水生動物が、サケ、マス、ヒラメ、ナマズ、ティラピア、観賞魚、エビ、カニ、またはロブスターである、実施形態５７に記載の方法。

以下の実施例は、限定としてではなく、例として提供するものである。

実施例１：細菌株の選択
本発明の細菌株は、ゲノムのプロファイリング、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａに対する拮抗活性、さらに病原性Ｅ．ｃｏｌｉのスペクトルに対する拮抗活性、細菌の酸及び熱耐性、酸性化、乳酸生産、ならびに選択した培地で成長及び芽胞形成する能力を含む複数の基準に基づいて選択した。これらの基準の大部分を満たすには、後述の実施例で述べるように、細菌株を経験的に評価する必要があった。分類学またはゲノムプロファイリングのいずれに基づいても、所与の株が経験的アッセイでどの程度パフォーマンスを発揮するかを予測することはできなかった。最初に経験的に評価した１，５００以上の細菌株のうち、２４株が望ましい特性の組合せを有すると判定された。これらの２４株を以下の表１で明らかにし、以下の実施例でその特性評価を行う。

実施例２：細菌株のバイオインフォマティクス解析
８０，０００超の細菌株のゲノムをバイオインフォマティクス解析によってプロファイリングした。ＮＣＢＩで入手可能なＡＭＲ Ｆｉｎｄｅｒ Ｐｌｕｓツールに基づくバイオインフォマティクス解析により、抗微生物耐性（ＡＭＲ）に関連する遺伝子を同定した。伝達性のＡＭＲ遺伝子を含む株（ＡＭＲ遺伝子はプラスミドやトランスポゾンに存在した）はいずれも、以降の検討対象に選択しなかった。バイオインフォマティクス解析ではさらに、望ましいゲノム特徴（例えば、リケニシン、フェンギシン、またはバシリジンをコードする生合成遺伝子クラスター）が存在することも明らかになった。他の望ましいゲノム属性としては、短鎖脂肪酸（微生物叢によって生産され、腸の健康に寄与）の生合成生産をコードする遺伝子、炭水化物活性酵素をコードする遺伝子、芽胞生産能力をコードする遺伝子、ならびにフィターゼ、キシラナーゼ、リパーゼ、アミラーゼ、及び／またはβ－グルカナーゼをコードする遺伝子が挙げられ、これらは全て飼料転換に役立ち得るものである。

実施例３：望ましくない微生物に対し拮抗活性を有する細菌株
バイオインフォマティクススクリーニングの結果に基づいて約１，５００の細菌株を選択し、望ましくない微生物に対する拮抗作用を経験的にアッセイした。バイオインフォマティクス解析では、拮抗作用アッセイにおける任意の所与の株のパフォーマンスを予測することはできない。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ及びＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａの病原性株に対する拮抗活性を、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒ他（１９６６）の寒天拡散アッセイに基づく方法を用いて定量した。２つの拮抗作用アッセイを実施した。第１に、目的細菌株のＥ．ｃｏｌｉ株ＭＧ１６５５（ＡＴＣＣ寄託番号７００９２６）及びＳ．ｅｎｔｅｒｉｃａ株ＬＴ２（ＡＴＣＣ寄託番号１９５８５）に対する拮抗活性をアッセイした。第１の拮抗作用アッセイは、目的細菌株が複数属の病原性細菌に対し拮抗性であるかを示すものであった。第２の拮抗作用アッセイは、Ｅ．ｃｏｌｉ株ＭＧ１６５５及びブタに病原性を有することが知られている他のＥ．ｃｏｌｉ株に対し実施した。この第２のアッセイは、目的細菌株が多様な範囲の病原性Ｅ．ｃｏｌｉ株に対し拮抗性であるかを示すものであった。

簡潔に説明すると、病原性株をＡＮＳＩフットプリントプレートの１％ミュラー・ヒントン寒天培地に埋め込んだ。培地には、ｐＨ低下を報告するための０．２％のブロモクレゾールパープルも含めた。細菌株は個々に少なくとも３ｍｍ間隔で培地上にスポッティングし、３９℃で４８時間インキュベートした。各細菌株の活性を、コロニーサイズ、コロニー形態、溶解ゾーン形成、阻害ゾーン形成、及びｐＨ低下を含む因子に基づいてスコア化した。コロニーサイズは、埋め込んだ病原体株を含む寒天培地上で成長する各株のコロニー表面積として定義する。溶解ゾーンとは、溶解した病原性細胞を含む透明化ゾーンを、阻害ゾーンとは病原体細胞を全く含まない透明化ゾーンをそれぞれ指す。試験コロニーの周囲が黄色くなるのは、ｐＨの低下を示す。本発明の細菌株の結果を表２及び表３に示す。活性は、定性的に「あり」または「なし」と示す。Ｅ．ｃｏｌｉ株ＭＧ１６５５及びＳ．ｅｎｔｅｒｉｃａ株ＬＴ２を示す。病原性Ｅ．ｃｏｌｉ株は「ＩＰ株」「２Ｐ株」などと示す。

実施例４：酸及び熱耐性アッセイ
細菌株を、８００μｌ非緩衝ミュラー・ヒントンブロス（ｕＭＨＢ）が入った９６ウェルプレートのウェルに接種し、３０℃で穏やかに撹拌しながら少なくとも４８時間培養した。各株を単一の９６ウェルプレートに２回提示した。芽胞形成を誘導するため、９６ウェルプレートを４℃で４８時間以上置いた。

各芽胞形成株培養物のサンプルを新鮮な９６ウェルプレート（「熱プレート」）に移し、８０℃で２０分間インキュベートした。プレートを冷却した後、各熱処理サンプルの半量を強酸ＨＣｌ存在下の９６ウェルプレート（「酸プレート」）に移した。

室温でインキュベートした後、サンプルをＮａＯＨで中和し、希釈－消去（ｄｉｌｕｔｉｏｎ ｔｏ ｅｘｔｉｎｃｔｉｏｎ）法を使用して、３９℃で４８時間経っても生存可能でロバストな成長が可能な培養物を同定した。次に、散乱光（ＡＵ）の読取り値を測定して各サンプルの成長を定量し、陰性対照と比較した。上記のアッセイを各株ごとに３回繰り返した。本開示の株は全て、３９℃で４８時間経った後も一貫して旺盛またはロバストな成長を示し、酸及び熱に対する耐性を有するものとみなした。

実施例５：酸性化及び乳酸生産
ＢｉｏＬｅｃｔｏｒ（登録商標）Ｐｒｏ（ｍ２ｐ－ｌａｂｓ，Ｉｎｃ．Ｈａｕｐｐａｕｇｅ，ＮＹ）を使用して、目的細菌株が２４時間にわたり成長する際の酸生産量を定量した。細菌株を、大規模な発酵培養物中での成長に適した選択培地中で培養し、ＢｉｏＬｅｃｔｏｒ（登録商標）で２４時間の成長を評価し、その間の培地のｐＨをメーカーのプロコトルに従って測定した。２４時間の間に培地のｐＨが低下した場合、とりわけｐＨが５．０～６．０の範囲に達した場合、株が培地を酸性化したものとみなした。

Ｙｅｌｌｏｗ Ｓｐｒｉｎｇｓ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ（ＹＳＩ）２９００（ＹＳＩ；Ｙｅｌｌｏｗ Ｓｐｒｉｎｇｓ，Ｏｈｉｏ）を用いて目的細菌株の乳酸生産量を定量し、乳酸濃度（ｇ／Ｌ）をメーカーのプロトコルに従って測定した。

実施例６：培養方法
目的細菌株を、実施例５に記載のものと同様の液体培地中で培養した。以下の表は、インキュベート時間、達成された細菌濃度、及び芽胞形成のパーセンテージを要約したものである。細菌の濃度を、最大（ｍａｘ）散乱光読取り値を測定し、その値を光学密度（ＯＤ６００）と相関させることによって定量した。これを２つの生物学的反復試験群に対し実施し、平均値を決定した。芽胞形成のパーセンテージは、２つの生物学的反復試験群の芽胞形成パーセンテージを平均することによって決定した。

実施例７：Ｂａｃｉｌｌｕｓ拮抗作用アッセイ
本発明のいくつかの実施形態において、本明細書で開示する株は、複数の株を含む組合せとして、組成物中に存在することも方法で使用することもできる。本発明の選択した株を評価し、一緒に培養することが、個々に培養する場合に比べて個々の成長速度に影響を及ぼすかを判定した。これを判定するために、実施例３に記載したものと同様の拮抗作用アッセイを実施した。これらの拮抗作用アッセイにおいては、本開示の株の液体培養物をアッセイ培地に埋め込み、選択した株をその埋め込まれた寒天上に並べる。阻害ゾーンを０～３スケールでスコア化した。アッセイを３回実施し、阻害ゾーンを平均化した。これを以下の表５に示す。全てのアッセイした株の阻害ゾーンに基づいて平均拮抗作用スコアを計算し、１を基準に正規化した。このとき、阻害ゾーンが最も高スコアであったＡＩＰ０３３１８９株の値は１となり、阻害ゾーンにおいてゼロであったＡＩＰ００６０３５株の値は０となる。ＡＩＰ００４６３４株、ＡＩＰ０８７７６０株、及びＡＩＰ０３３１８９株の平均拮抗作用スコアが最も高く、このことから、これらの３株は、一緒に培養すると他の株の成長に影響を及ぼす可能性があることが示唆される。ＡＩＰ００４８１６株、ＡＩＰ０５３８０２株、及びＡＩＰ００６０３５株は平均拮抗作用スコアが最も低く、このことから、これらの３株は、一緒に、及び／または本明細書で開示する他の株の多くと共に培養すると、十分に成長する可能性があることが示される。

実施例８：組合せのコロニー拮抗作用アッセイ
本発明の選択した株のペアワイズ組合せをアッセイして、病原性Ｅ．ｃｏｌｉ及びＳ．ｅｎｔｅｒｉｃａに対する組み合わされた拮抗効果を定量した。この組合せ拮抗作用アッセイは、実施例３に記載のアッセイと同様に、病原性Ｅ．ｃｏｌｉまたはＳ．ｅｎｔｅｒｉｃａを寒天に埋め込んで行った。これらの拮抗作用アッセイにおいては、２つの選択した株の各々を個別に培養し、寒天表面にスポッティングする直前に混合した。実施例３に記載のＥ．ｃｏｌｉの３つの株及びＳ．ｅｎｔｅｒｉｃａのＬＴ２株に対し、株の各ペアワイズ組合せ及び各株ごとの対照を評価した。各組合せコロニー及び対照単一コロニーを阻害ゾーンのサイズ及び透明度によって評価した。また、各組合せコロニーのサイズも記録した。組合せコロニーの阻害ゾーンの透明サイズを、単独で組み合わせた株のサイズと比較し、コールを行って組合せコロニーのパフォーマンスが個別の株よりも優れているか、同じか、劣っているかを判定した。このとき、単独で組み合わせた株の値は１．００とした。結果を以下の表６に示す。以下のペアワイズ組合せでは、各株単独よりも大きな透明サイズが示された：ＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０５３８０２；ＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０９７８７３；ＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０１２６５６；ＡＩＰ０５３８０２及びＡＩＰ０８７７６０；ＡＩＰ００６０３５及びＡＩＰ０９７８７３。ＡＩＰ０８８２６２を含む組合せコロニーは、阻害ゾーンが見えないほど大きく成長する傾向がある点において異例であった。

実施例９：亜鉛、銅、及びタイロシンの適合性
本発明の選択した株と一般的な飼料添加物（すなわち亜鉛（ＺｎＳＯ_４）、銅（ＣｕＳＣＥ）、タイロシン、及びこれら３つの混合物）との相対的な適合性を定量した。各化合物の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を、各株を化合物の勾配濃度で成長させることによって定量した。３つ全ての混合物（ＺｎＣｕＴｙ）についても同様の実験を実施した。この実験は独立して３回実施した。各ＭＩＣの幾何平均を以下の表７に百万分率で示す。ＺｎＣｕＴｙ混合物は、亜鉛の濃度として報告する。値が高いほど、アッセイした株の成長を防ぐためにより高濃度の化合物が必要であったことを示す。

実施例１０：授乳期ブタの給餌試験
ブタ給餌試験を行い、本明細書に記載の細菌株、すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含む直接給餌微生物（ＤＦＭ）飼料添加物が授乳期ブタの体重増加量、飼料摂取量、及び飼料効率に及ぼす影響について評価する。例えば、米国特許第１０，３５７，０４６号（その全体が参照により本明細書に援用される）を参照。出発体重が１３．９±２．３ポンドの雌雄混合ブタ（ＰＩＣ３３７／Ｃ２９）のペンを、体重別に、体重に基づく反復試験群に分類し、２３～２６頭の雌雄混合ブタ／ペン（６．７平方フィート／ブタ飼養密度）の１２の反復試験群を作成する。各ペンは、３スペースの乾燥試料用給餌器及び２つの給水ニップルを備える。次に、ペンに無作為に食餌処置を割り付け、直ちに試験を開始する。ペンは実験期間終了まで食餌処置を継続する。飼料は、ＮＲＣ（１９８８）の要件を満たすかそれを上回るように配合する。ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、またはこれらの組合せを含むＤＦＭを含む食餌については、株（単数または複数）を７．３×１０^７ＣＦＵ／ｋｇ飼料で飼料に加え、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）に基づきおよそ１×１０^８ＣＦＵ／頭／日で供給する。

試験は、離乳期から離乳後６週間まで実施する。ペンの総重量を、実験の割付時に、及び実験期間中に一定間隔で記録する。期間中の飼料摂取量をペン重量期間と対応させる。各ペンのペン重量、供給した飼料、給餌器内飼料を使用して、ＡＤＧ、ＡＤＦＩ、及びＦ／Ｇ比を計算する。全ての罹患率及び死亡率を、主な健康上の問題と共に記録する。

各実験は個別に統計解析する。ＳＡＳ（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，Ｎ．Ｃ．）の単変量手順を用いて、全てのメトリックについて初期データ解析を実施して、分布の正規性及び外れ値（標準偏差の総平均からの差が±３超）を決定する。体重ならびに累積成長率、飼料摂取量、及び飼料量／増体量比を、ＳＡＳのＭｉｘｅｄ手順を用いたランダム化完全ブロック設計に従い、主効果を食餌とし、ランダム効果を反復試験として解析した。連続的な体重、成長率、飼料摂取量、及び飼料／増体量比も同様に解析し、週または期間を反復測定値として含める。罹患率、死亡率、及び他の健康関連測定基準は、ＳＡＳのＮＰａｒｌｗａｙ手順を用いたノンパラメトリックデータとして解析する。

実施例１１：育成－仕上期（ｇｒｏｗｅｒ－ｆｉｎｉｓｈｅｒ）ブタの給餌試験
ブタ給餌試験を行い、本明細書に記載の細菌株、すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭ飼料添加物が育成－仕上期ブタの体重増加量、飼料摂取量、及び飼料効率に及ぼす影響について評価する。例えば、米国特許第９，０８９，１５１号（その全体が参照により本明細書に援用される）を参照。およそ１８０頭のブタ（ＥＢ Ｕｌｔｒａ種雄と交配したＭｏｎｓａｎｔｏ Ｃｈｏｉｃｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ＧＰＫ ３５雌）を、初期体重別に３つの体重ブロックにブロック化し、授乳期間完了時に５頭／ペンの群に分ける。ブタを離乳－仕上施設に移動し、ブタ５頭／ペンを単穴給餌器及び離乳～仕上期用カップ給水器を備えた完全スラット化ペン（１．５２ｍ／３．０５ｍ）に収容する。初期の最低周囲室温をおよそ７８°Ｆで維持する。

仕上期の間は、最低気温をさらに７０°Ｆまで下げ、飼料及び水を試験中自由に利用できるようにする。

各ブロック内の各ペン（１８ペン／処置）に２つの食餌処置のうち１つを割り付け、フェーズ１（５０～９０ポンド）、フェーズ２（９０～１３０ポンド）、フェーズ３（１３０～１８０ポンド）、フェーズ４（１８０～２３０ポンド）、及びフェーズ５（２３０ポンドから約２７０ポンドで市場へ）の間投与する。２つの食餌処置は、５つのフェーズの育成－仕上期ブタ試験において、本明細書に記載の細菌株を含むＤＦＭなしの基礎対照食と、本明細書に記載の細菌株を含むＤＦＭを含む基礎食とからなる。食餌は、ＮＲＣ（１９８８）の要件を満たすかそれを上回るように配合し、主にコーン、大豆ミール、及びＤＤＧＳからなり、それぞれ食餌の４７％、１８．６％、及び３０％で含まれる。ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭを含む食餌については、株（単数または複数）を７．３／１０^７ＣＦＵ／ｋｇ飼料で食餌に加え、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）に基づきおよそ１×１０^８ＣＦＵ／頭／日で供給する。収集するデータは、５つの育成－仕上フェーズの各々における１日平均増体量、１日平均飼料摂取量、及び単位増体量あたりの必要飼料量とする。ブタは、小屋全体のブタの平均体重がおよそ２７０ポンドに達したら試験から除外する。

パフォーマンスデータは、ペンを実験単位とし、ブロックは初期体重に基づくランダム化完全ブロック設計として解析する。分散分析は、ＳＡＳのＧＬＭ手順を用いて実施する。

実施例１２：ブロイラーニワトリの給餌試験
ブロイラーニワトリ給餌試験を行い、本明細書に記載の細菌株、すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭ飼料添加物がブロイラーニワトリの体重増加量、カロリー効率、及び生存に及ぼす影響について評価する。例えば、米国公報第２０１７／００７９３０８号（その全体が参照により本明細書に援用される）を参照。およそ２１００羽の孵化した雄のヒナ（Ｃｏｂｂ５００遺伝子）を７週齢まで評価した。この調査では、合計６０のペン（６×６フィート、３５平方フィート／ペン（給餌器スペース用に１平方フィート差し引く）を利用し、各ペン当たり３５羽の群サイズとした。ペンは、総給餌器スペース５０インチ（１．７インチ／１羽）の乾燥チューブ給餌器（飼料容量３０ポンド）及びニップル給水器５個／ペン（７羽／ニップル）を備えた。生後１日目のヒナの体重に基づいて鳥をペンに割り付けた。全ての反復試験ペンの初期ペン重量は、最大３０グラムの範囲を有する。次にペンを反復試験群内からの食餌処置にランダムに割り付け、直ちに試験を開始した。ペンは実験終了まで食餌処置を継続した。

食餌処置は、本明細書に記載の細菌株を含むＤＦＭなしの基礎対照食餌と、本明細書に記載の細菌株を含むＤＦＭを含む基礎食餌とからなる。基礎対照食餌は、イエローデントコーン、大豆ミール、コーン低油分ＤＤＧＳ、ブタ肉骨粉（Ｐｒｏｄｕｃｅｒｓ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ，Ｂｒｙａｎ，Ｔｅｘ．）、及び鶏脂肪（Ｇｒｉｆｆｉｎ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ）を含む。全ての食餌を、ＳＩＤ Ｆｙｓ（％、ＮＲＣ、１９９４）ならびに他の必須ＡＡ、利用可能なＰ及びＣａが適切になるように配合した。ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭを含む食餌については、株（単数または複数）を飼料に７．３×１０^８ＣＦＵ／ｇ飼料で加える。コーンを減らしてＤＦＭ試験材料を最終的な食餌に補充した。食餌構成要素を水平型ミキサーで混合した。各食餌を、３０秒間のコンディショニング後、１８５°Ｆでペレット化した。１～２週目の食餌をペレット化後に粉砕した。開始段階ではＤＦＭ製剤のペレット安定性を定量した。サンプルを以下のように入手し、分析用に送付した：開始時に２ポンドのマッシュサンプルを得、各ＤＦＭ含有処置について各ペレット化実行の過程の間にペレット状飼料の５つのサンプル（各サンプル当たり１ポンド）を得た。ペレット化飼料のサンプルを、各ペレット化実行において短期間馴化した後に収集し、各２．０ポンドのサンプルから１．０ポンドを合わせて、各処置のプールサンプルを形成した。ペレット化飼料サンプルを室温に冷却してから出荷用に密封した。マッシュ及びペレット状両方の飼料サンプルを分析用に送付した。各飼料を実験飼料製造の各時点で栄養分析及びマイコトキシン分析用にサンプリングし、最終実験食餌をサンプリングした。

本明細書に記載の細菌株を含むＤＦＭ飼料添加物の効果を定量するため、開始時にペンの総重量を定量する。孵化後２、４、６、及び７週目にペン重量、飼料消失量、カロリー効率（ｋｃａｌ／増加ポンド）を定量する。飼料量／増体量の比は、以下の式：総消費飼料量／（ペン重量増加量＋死亡重量）によって死亡率に対し調整した。罹患率及び死亡率も定量した。

屠殺体パフォーマンスについては、屠殺体、脂肪パッド、及び胸肉の収量を定量するために、各反復試験ペンのサブセットを処理した。収量定量のため、各反復試験ペン当たり６羽のブロイラーをランダムに選択した。成長及び屠殺体データを、ランダム化完全ブロック設計、反復因子としての生重量（ペン別）、及び１０の反復試験を用いて解析した。

統計的手順を以下のように行った。解析の前に、全てのデータに外れ値がないかをチェックした。そのメトリックの総平均から３標準偏差超の差がある観察結果はいずれもデータセットから削除した。累積体重、成長、屠殺体、及び経済的パフォーマンスを、６つの処置及び１０の反復試験を伴うＲＣＢＤとして解析した。罹患率、死亡率、及び他の健康関連メトリックはノンパラメトリックデータとして解析した。データを一元配置ＡＮＯＶＡに供し、フィッシャーのＦＳＤを用いて分離した。

実施例１３：仔ウシへの給餌試験
ウシ給餌試験を行い、本明細書に記載の細菌株、すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭ飼料添加物がウシの体重増加量、病原性微生物の存在に及ぼす影響について評価する。例えば、米国特許第８，５４０，９８１号（その全体が参照により本明細書に援用される）を参照。試験は１２０ストールの機械換気式仔ウシ生産施設で行い、１２０頭のセールバーン出身ホルスタイン種仔ウシを処置群及び対照群にランダムかつ均等に配置する。給餌試験の開始時に個々の体重計重量を測定し、偶数ストールの全ての仔ウシに１グラム（１×１０^９ＣＦＵ）の本明細書に記載の細菌株、すなわちＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを、朝の授乳及びその後の各給餌の際に投与し、合計用量２×１０^９ＣＦＵ／動物／日とする。１頭おきに仔ウシに試験を行う設計にすることで、仔ウシの配置、換気、または飼育者の給餌実施のばらつきが排除される。全ての仔ウシに、配置時に直ちにミルクリプレイサーを与え始める（直接給餌微生物なし）。仔ウシに、給餌ごとに６．４オンス（３ポンド溶液）の２０：２０全調合乳（Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｌｆ Ｍｉｌｋ ２０：２０ ｎｏｎ－ｍｅｄｉｃａｔｅｄ ｍｉｌｋ ｒｅｐｌａｃｅｒ；１０オンスの給餌率でＢｉｏＭｏｓ３．４グラム／日）を与え始める。給餌率は１０日の期間にわたり毎日およそ０．５オンス増やし、給餌当たり１０オンス（５ポンド溶液）のミルクリプレイサーまで増やす。１０オンスの給餌率を５３日目まで継続し、このとき給餌率を１日１回に減らす。仔ウシを５５日目に完全に離乳させる。ミルクリプレイサーは熱湯と混合し、毎日午前５時３０分頃及び午後５時頃に与える。飼育者に６０グラムの直接給餌微生物が入った個別のホイルの熱密封パウチを提供する。これは、１０億ＣＦＵ／ｇ担体を含む水溶性製剤であり、ベーカーズシュガー、デキストロース、及び／またはベイリス（ｂａｙｌｉｔｈ）を含み得る。ＤＦＭ飼料添加物を加えること以外では、ＤＦＭ投与群及び対照群の乳溶液は試験期間を通じて同一である。

仔ウシには、配置時に、対応するストール番号が付された耳タグを個別に付ける。糞便スワブを採取するために２０組（４０頭）の仔ウシを選択する。試験の６日目、８日目（伝染性下痢症のピーク）、及び１５日目に４０頭全ての仔ウシからスワブを採取する。部屋全体で均等になるように仔ウシの組を選択する。各組の１頭は処置用仔ウシ、１頭は対照用の仔ウシである。スワブをスクリーニングし、病原性生物Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓＡ、Ｂ、Ｃ、及びＤ型、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．、ならびに／またはＥ．ｃｏｌｉの病原性株の存在の有無をマルチプレックスＰＣＲ解析を用いて定量する。同じ４０頭の仔ウシから、試験６日目に血清分離チューブを用いて血液サンプルを採取する。サンプルは、仔ウシの免疫学で評価されている業界の専門家が総タンパク質について分析する。全ての仔ウシの体重を試験開始時、２１日目、及び５２日目に定量する。全ての処置、給餌拒否、死亡損失を記録する。

実施例１４：乳牛の給餌試験
乳牛給餌試験を行い、本明細書に記載の細菌株、すなわち、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを含むＤＦＭ飼料添加物がウシの健康状態、乳生産量、及び繁殖パラメーターに及ぼす影響について評価する。例えば、米国公報第２０１５／０２１６９１６号（その全体が参照により本明細書に援用される）を参照。本試験は、６００～８００頭のサイズ範囲の乳牛群を対象に行う。

ウシ群全体に対し、Ｄａｉｒｙ Ｃｏｍｐ ３０５（Ｖａｌｌｅｙ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｔｕｌａｒｅ，Ｃａｌｉｆ．）を用いて乳生産量、生殖、及び健康状態測定基準をモニターする。ＤＦＭ飼料添加前の３か月間をベースラインとする。次に、ウシ群全体に対し、ウシに毎日ＤＦＭ飼料添加物を投与する間の１０か月間、乳生産量、乳成分、健康、繁殖能力をモニターし、週ごとの個別のウシの乳生産量、月ごとのＤＨＩＡ乳成分、及び月ごとの健康イベントを測定する。

Ｂａｃｉｌｌｕｓ補充期間の間、ウシに、標準的なコーンサイレージ及びアルファルファ乾草ベースの総合混合配給量内で７．３５×１０^９ＣＦＵ／頭／日の生きたＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４、もしくはこれらのいずれかの活性バリアント、またはこれらの組合せを提供するように、毎日１５グラムのＢａｃｉｌｌｕｓ製品を投与する。生殖測定基準は、連続する年の６か月の期間中に評価し、その間にＤＦＭ飼料添加物投与前をＤＦＭ飼料添加物補充後と比較して、季節変動を制御する。

生産量及び成分データをＳＡＳのＭＩＸＥＤ手順によって解析し、乳日数（ＤＩＭ）を共変量として用いて、処置の固定効果及び処置＊月＊年の相互作用を調べる。健康及び生殖の測定基準をＳＡＳのＧＬＩＭＭＩＸ手順によって評価する。平均値間の有意性をｐ＜０．０５で定義し、ｐ＜０．１の場合に傾向を指摘する。

実施例１５：Ｂａｃｉｌｌｕｓ株のｉｎ ｖｉｖｏ評価
本明細書に記載のＢａｃｉｌｌｕｓ株をｉｎ ｖｉｖｏで評価するための３つの原理証明（ＰＯＰ）動物試験：ＰＯＰ１、ＰＯＰ２、及びＰＯＰ３を行った。ＰＯＰ１、ＰＯＰ２、及びＰＯＰ３試験で評価した１５のＢａｃｉｌｌｕｓ株は、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０４４５４３であった。各実験は、７つの処置からなった。これらの処置には、個別に試験した５つのＢａｃｉｌｌｕｓ株、無処置陰性対照、ならびに従来の抗微生物性飼料添加物（酸化亜鉛、硫酸銅、及びタイロシン）を投与した陽性対照が含まれた。ＰＯＰ１試験では、各処置に８つのペンを割り当て、各ペン当たり５頭のブタを飼養した。ＰＯＰ２及びＰＯＰ３試験では、各処置に７つのペンを割り当て、各ペン当たり５頭のブタを飼養した。

地元の群れから、Ｅ．ｃｏｌｉ関連の離乳後下痢の既往がある生後およそ２１日の離乳子ブタを調達した。ブタをランダムに処置群に割り付け、各処置群内で性別が均衡するようにした。ブタに、第１期（試験０～７日目）、第２期（試験７～２１日目）、第３期（試験２１～４２日目）の３つの食餌期でマッシュ飼料を給餌した。

試験品は、各株を振とうフラスコ内で成長させ、芽胞形成を誘導し、濃縮し、粉砕した籾殻担体に噴霧することによって調製した。芽胞を、飼料に混合して１０^５コロニー形成単位（ＣＦＵ）／飼料グラムの最終濃度とした。

成長パフォーマンスをブタ個体別及びペン別に測定した。主要なパフォーマンス測定基準は、１日平均増加量（ＡＤＧ）、１日平均飼料摂取量（ＡＤＦＩ）、及び増体量：飼料量の比（Ｇ：Ｆ）によって測定した飼料効率とした。個々のＡＤＦＩを、Ｌｅｅ他（Ａｓｉａｎ－Ａｕｓｔｒａｌａｓ Ｊ Ａｎｉｍ Ｓｃｉ．２０１６；２９（１２）：１７５６－１７６０）の手順に従って計算した。ＰＯＰ１、ＰＯＰ２、及びＰＯＰ３試験で測定した成長パフォーマンスをそれぞれ図１、図２、及び図３に示す。成長パフォーマンスの概要を以下の表８に示す。

離乳後の下痢曝露のレベルを糞便中のＥ．ｃｏｌｉ ＣＦＵ数によって評価した。処置がパフォーマンス変数に及ぼす効果を、各処置群と陰性対照群との間の両側ｔ検定を用いて評価した。ウィルコクソン順位和検定を使用して各処置群及び陰性対照群のＥ．ｃｏｌｉ ＣＦＵ数を比較し、０．１未満のＰ値を統計的に有意とみなした。次に、成長パフォーマンス及びＥ．ｃｏｌｉ ＣＦＵ数に基づいて株の有効性をランク付けした。ＰＯＰ１、ＰＯＰ２、及びＰＯＰ３試験から定量した株の有効性の概要を以下の表９に示す。

Claims (58)

1. 組成物であって、
   （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４であって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラム、または約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株のうちの少なくとも１つ；
   （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４のいずれかからの芽胞、または前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
   （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、ＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物、を含み、
   前記組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。
2. 前記組成物が、ＡＩＰ００４８１６及び／またはＡＩＰ０５３８０２及び／またはＡＩＰ００６０３５の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の組成物。
3. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２及び／またはＡＩＰ０９７８７３の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項２に記載の組成物。
4. 前記組成物が、ＡＩＰ００４８１６及びＡＩＰ０１２６５６の細胞、芽胞、または前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の組成物。
5. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、及び／またはＡＩＰ００４８１６、及び／またはＡＩＰ０５３８０２の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の組成物。
6. 前記組成物が、ＡＩＰ００６０３５及び／またはＡＩＰ０２２５６８の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項５に記載の組成物。
7. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、及び／またはＡＩＰ０５３８０２、及び／またはＡＩＰ００６０３５の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の組成物。
8. 前記組成物が、ＡＩＰ０８７７６０の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項７に記載の組成物。
9. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４のいずれかから選択される少なくとも２つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含む、請求項１に記載の組成物。
10. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４のいずれかから選択される少なくとも３つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含む、請求項１に記載の組成物。
11. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４のいずれかから選択される少なくとも４つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含む、請求項１に記載の組成物。
12. 前記組成物が、ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、及びＡＩＰ０５６３７４のいずれかから選択される少なくとも５つの細菌株の細胞、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの組合せを含む、請求項１に記載の組成物。
13. 前記細菌株、芽胞、前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せが、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１０ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１０ＣＦＵ／ｍｌで存在する、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物。
14. 前記細菌株、芽胞、前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せが、約１０^４ＣＦＵ／グラム～約１０^８ＣＦＵ／グラムまたは約１０^４ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^８ＣＦＵ／ｍｌで存在する、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
15. 前記組成物が、細胞ペースト、湿潤性粉末、噴霧乾燥製剤、湿潤性顆粒製剤、ペレット状製剤、または安定性製剤を含む、請求項１～１４のいずれかに記載の組成物。
16. 前記組成物が、担体、タンパク質、炭水化物、脂肪、その他のプロバイオティクス、プレバイオティクス、酵素、ビタミン、免疫調節物質、乳代用物、ミネラル、アミノ酸、抗コクシジウム剤、酸ベース製品、及び医薬のうちの少なくとも１つ以上をさらに含む、請求項１～１５のいずれかに記載の組成物。
17. 前記組成物が、少なくとも１つの追加の細菌株を含む、請求項１～１６のいずれかに記載の組成物。
18. 前記追加の細菌株が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐｐ．、及びＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．からなる群より選択される、請求項１７に記載の組成物。
19. 前記追加の細菌株が、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｅｖｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｊａｖｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｔｒｏｐｈｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎａｑｕｏｓｏｒｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｆｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｄｉｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｕｒｉｇｉｅｎｓｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌａｃｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｔａｔａｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｖａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｄｉｆｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｃｈｎｅｒｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｌｌｏｂｉｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏｐｒｏｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｕｇｕｒｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｋｅｆｉｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍａｌｅｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｏｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｉｎｕｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｕｒｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｓｅｕｄｏｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｏｒｑｕｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｕｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｋｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖｅｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｈａｒｐｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｏｂｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｒｉｃｈｏｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｒｉｄｅｓｃｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｘｙｌｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｙａｍａｎａｓｈｉｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｚｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｉｓｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｏｅｎｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｓｔｒａｌｉｅｎｓｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｌ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｒｙａｎｔｉｉ，及びＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉからなる群より選択される、請求項１７に記載の組成物。
20. 前記組成物が、細菌株Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＰＢ６、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｃ－３１０２、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ １７２９９、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭ １７２３６、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ＤＳＭＺ ５７４９、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭＺ ５７５０、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＤＳＭ ２９７８４、またはこれらのいずれかの活性バリアントのうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項１７に記載の組成物。
21. 前記望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、請求項１～２０のいずれかに記載の組成物。
22. 前記病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、請求項２１に記載の組成物。
23. 噴霧乾燥製剤を含む組成物であって、
    細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つ；及び／あるいは
    ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；
    細胞株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵産物、濾液、または抽出物を含み、
    前記組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。
24. 湿潤性粉末（ｐｏｗｅｒ）を含む組成物であって、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４であって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラム、または約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株のうちの少なくとも１つ；
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のいずれかからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つ；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物、を含み、
    前記組成物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、組成物。
25. 単離された生物学的に純粋な細菌株の培養物であって、
    （ａ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４であって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、細菌株；あるいは
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のいずれかからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せであって、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌで存在する、芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、を含み、
    前記培養物の有効量が、少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、培養物。
26. 前記望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、請求項２５に記載の単離された生物学的に純粋な培養物。
27. 前記病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株である、請求項２６に記載の単離された生物学的に純粋な培養物。
28. 細菌培養物であって、
    （ａ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、もしくはＡＩＰ０５６３７４；または
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちのいずれか１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せ、から成長し、
    （ｃ）少なくとも１つの望ましくない微生物の成長を制御する、細菌培養物。
29. 前記望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、請求項２８に記載の細菌培養物。
30. 前記病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、請求項２９に記載の細菌培養物。
31. 少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する方法であって、前記少なくとも１つの望ましくない微生物を、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、またはＡＩＰ０３２００５のうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物の有効量、に曝露することによって前記制御を行い、
    前記有効量が、前記少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する、方法。
32. 前記望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、請求項３１に記載の方法。
33. 前記病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株を含む、請求項３２に記載の方法。
34. 少なくとも１つの望ましくない微生物によって引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、前記少なくとも１つの望ましくない微生物を、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物の有効量、に曝露することを含み、
    前記有効量が、前記望ましくない微生物によって引き起こされる前記疾患を治療または予防する、方法。
35. 前記望ましくない微生物が、少なくとも１つの病原性細菌を含む、請求項３４に記載の方法。
36. 前記病原性細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ及びＣ．ｄｉｆｉｃｉｌｅ）、Ｂｕｒｋｅｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｂ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ、Ｓ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｒｉｕｍ、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｌ．ｍｏｎｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｌ．ｓｅｅｌｉｇｅｒｉ、及びＬ．ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ及びＥ．ｂｏｎｇｌｏｒｉ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ ｓｐｐ．、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ ｓｐｐ．、及びＶｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．からなる群より選択される株である、請求項３５に記載の方法。
37. 動物の胃腸管内の少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する方法であって、前記方法が、前記動物に、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物の有効量、を含む組成物を投与することを含み、
    前記有効量が、前記動物の胃腸管内の前記少なくとも１つの望ましくない微生物を制御する、方法。
38. 望ましくない微生物によって引き起こされる動物の疾患を治療または予防する方法であって、前記望ましくない微生物に感染しているか、または前記望ましくない微生物の感染を発生するリスクがある動物に、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つであって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、細菌株；ならびに／あるいは
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つであって、有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物、の前記有効量を含む組成物を投与することを含み、
    前記有効量が、前記望ましくない微生物によって引き起こされる前記疾患を治療または予防する、方法。
39. 前記動物が脊椎動物である、請求項３７または３８に記載の方法。
40. 前記脊椎動物が哺乳類である、請求項３９に記載の方法。
41. 前記哺乳類が、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、シカ、またはヒトである、請求項４０に記載の方法。
42. 前記脊椎動物が鳥類または爬虫類である、請求項３９に記載の方法。
43. 前記鳥類が、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ、ダチョウ、エミュー、ウズラ、イワシャコ、キジ、ライチョウ、コーニッシュヘン、またはヤマウズラである、請求項４２に記載の方法。
44. 前記爬虫類がトカゲまたはヘビである、請求項４２に記載の方法。
45. 前記動物が水生動物である、請求項３９に記載の方法。
46. 前記水生動物が、サケ、マス、ヒラメ、ナマズ、ティラピア、観賞魚、エビ、カニ、またはロブスターである、請求項４５に記載の方法。
47. 前記治療が、前記望ましくない微生物によって引き起こされる疾患の少なくとも１つの症状を低減する、請求項３８～４６のいずれか１項に記載の方法。
48. 前記症状が、体重減少、成長率低下、死亡、乳生産量減少、炎症、妊娠喪失、皮膚病変、咳、くしゃみ、下痢、体温上昇、またはこれらの組合せを含む、請求項４７に記載の方法。
49. 動物の健康状態を改善する方法であって、前記動物に、
    （ａ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；
    （ｂ）ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のいずれかからの芽胞、もしくは前芽胞、または細胞、前芽胞、及び／もしくは芽胞の組合せのうちの少なくとも１つの有効量であって、前記有効量が、約１０^３ＣＦＵ／グラム～約１０^１２ＣＦＵ／グラムまたは約１０^３ＣＦＵ／ｍｌ～約１０^１２ＣＦＵ／ｍｌを含む、有効量；ならびに／あるいは
    （ｃ）細菌株ＡＩＰ０８８２６２、ＡＩＰ０６８１０４、ＡＩＰ０１６５９７、ＡＩＰ００４８１６、ＡＩＰ０５３８０２、ＡＩＰ００４６３４、ＡＩＰ００６０３５、ＡＩＰ０２９００２、ＡＩＰ０６６４１４、ＡＩＰ０９３０９３、ＡＩＰ０２２５６８、ＡＩＰ０３２００５、ＡＩＰ０１２６５６、ＡＩＰ００２３６４、ＡＩＰ０４４５４３、ＡＩＰ０９０３７７、ＡＩＰ０４８３５２、ＡＩＰ０８９３４３、ＡＩＰ００７３０５、ＡＩＰ０３３１８９、ＡＩＰ０６３６４１、ＡＩＰ０８７７６０、ＡＩＰ０９７８７３、またはＡＩＰ０５６３７４のうちの少なくとも１つの全細胞培養物に由来する上清、発酵物、濾液または抽出物の有効量、を含む組成物を投与することを含み、
    前記有効量が、前記動物の健康状態を改善する、方法。
50. 前記動物の健康状態の改善が、前記組成物の有効量が供給されなかった対照動物または対照動物群と比較したときの成長率の増加、平均体重増加量の増加、飼料摂取量の上昇、飼料転換率の改善、飼料転換効率の上昇、及び／または栄養消化率の改善によって定量される、請求項４９に記載の方法。
51. 前記動物が脊椎動物である、請求項４９または５０に記載の方法。
52. 前記脊椎動物が哺乳類である、請求項５１に記載の方法。
53. 前記哺乳類が、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、シカ、またはヒトである、請求項５２に記載の方法。
54. 前記脊椎動物が鳥類または爬虫類である、請求項５１に記載の方法。
55. 前記鳥類が、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ、ダチョウ、エミュー、ウズラ、イワシャコ、キジ、ライチョウ、コーニッシュヘン、またはヤマウズラである、請求項５３に記載の方法。
56. 前記爬虫類がトカゲまたはヘビである、請求項５５に記載の方法。
57. 前記動物が水生動物である、請求項４９または５０に記載の方法。
58. 前記水生動物が、サケ、マス、ヒラメ、ナマズ、ティラピア、観賞魚、エビ、カニ、またはロブスターである、請求項５７に記載の方法。

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