JP2023141560A - 乳房炎発症リスクの判定に用いるdnaマーカー及びそれを用いた乳房炎リスクの判定方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は以下を包含する。
当該生体サンプル中に含まれるゲノムDNAにおける乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程であって、乳房炎リスク判定DNAマーカーは、配列番号1に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号2の塩基配列と配列番号8の塩基配列により挟みこまれた領域に座位する、配列番号2~8からなる群から選ばれる1つの塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異のうち、少なくとも1つの塩基変異である工程と、
乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型に基づいて被検動物の乳房炎リスクを判定する工程とを含む、乳房炎リスク判定方法。
本発明に係る乳房炎リスク判定DNAマーカーは、乳房炎の発症リスクの判定に利用できる、ゲノム上の所定の位置における塩基変異である。ここで、乳房炎リスク判定DNAマーカーとなる塩基変異は、単一塩基変異(Single Nucleotide Variant, SNV)を意味する。単一塩基変異(SNV)は、ゲノム塩基配列上の一塩基の違い(置換変異)を意味し、ある集団内での当該置換変異の頻度が1%以上である一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)を含む意味である。
乳房炎リスク判定DNAマーカーは、ウシにおけるリファレンスゲノムを基準として特定することができる。ウシのリファレンスゲノムは、ARS-UCD1.2(ヘレフォード種、2018年4月11日版、https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_002263795.1/)を利用することができる。以下の説明においては、ウシにおけるリファレンスゲノムの塩基配列に基づいて乳房炎リスク判定DNAマーカーについて説明するが、本発明に係る乳房炎リスク判定DNAマーカーは、ウシに限定されず、ヒトを含むあらゆる動物において特定することができる。すなわち、検査対象の動物におけるゲノム塩基配列(例えば、リファレンスゲノムの塩基配列)が公知である場合には、検査対象の動物のゲノム塩基配列に基づいて当該動物における乳房炎リスク判定DNAマーカーを特定することができる。
本発明に係る乳房炎リスク判定方法は、被検動物から生体サンプルを採取する工程と、生体サンプル中に含まれるゲノムDNAにおける乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程と、乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型に基づいて被検動物の乳房炎リスクを判定する工程とを含む。
上述した乳房炎リスク判定DNAマーカーを利用した乳房炎リスク判定方法は、ヒトを含む哺乳動物を対象とすることもできるし、ヒトを除く哺乳動物(非ヒト哺乳動物)を対象とすることもできる。非ヒト哺乳動物は、ウシ、水牛、山羊、羊、豚、馬、ヤク、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、ウサギ、イヌ、ネコ及びサルを例示することができるが、これら個体を利用した交配の結果得られた動物個体を判定対象とすることもできる。
実施例1では、乳房炎リスクの判定を行うための指標となる乳房炎リスク判定DNAマーカーを選定した。本実施例では、全ゲノムシーケンシングを用いて、症例対照研究(Case control study)により行った。供試牛は、臨床型乳房炎に罹患歴の無い搾乳牛(無縁区)、臨床型乳房炎を再発する搾乳牛(再発区)をそれぞれ25頭ずつ用いた。無縁区は、泌乳期610日以内に乳房炎に罹患しなかった牛とした。再発区は、泌乳期305日以内に3回以上臨床型乳房炎に罹患した牛とした。なお、罹患した分房は、牛によって異なった。供試牛の詳細を表1に示した。無縁区と再発区の間で、産次、前産搾乳日数、前産乾乳日数に有意差は無いが、305日体細胞数平均は再発区の方が有意に高かった。
実施例2では、実施例1に記載した乳房炎リスクの判定を行うための指標となる乳房炎リスク判定DNAマーカー候補のなかから、SNVの乳房炎リスク判定DNAマーカーを選定した。供試牛は、実施例1と同様に、臨床型乳房炎に罹患歴の無い搾乳牛(無縁区)、臨床型乳房炎を再発する搾乳牛(再発区)をそれぞれ25頭ずつ用いた。
実施例3では、実施例1及び2にて同定した乳房炎リスク判定DNAマーカーの一部を利用して乳房炎リスクの判定を行う検査方法を実施した。一例として、PCR増幅産物のサンガーシーケンシングを用いて、乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を決定する形態を説明する。供試牛は、実施例1と同様に、臨床型乳房炎に罹患歴の無い搾乳牛(無縁区)、臨床型乳房炎を再発する搾乳牛(再発区)をそれぞれ25頭ずつ用いた。
本実施例では、以下の9種類の乳房炎リスク判定DNAマーカーについて調べた。
Claims (9)
- 被検動物から生体サンプルを採取する工程と、
当該生体サンプル中に含まれるゲノムDNAにおける乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程であって、乳房炎リスク判定DNAマーカーは、配列番号1に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号2の塩基配列と配列番号8の塩基配列により挟みこまれた領域に座位する、配列番号2~8からなる群から選ばれる1つの塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異のうち、少なくとも1つの塩基変異である工程と、
乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型に基づいて被検動物の乳房炎リスクを判定する工程とを含む、乳房炎リスク判定方法。 - 上記乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型が、ヘテロ型又はマイナーアレルのホモ型である場合、上記被検動物の乳房炎リスクが高いと判定することを特徴とする請求項1記載の乳房炎リスク判定方法。
- 上記配列番号1の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがCであり、上記配列番号2の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがGであり、上記配列番号3の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがGでありマイナーアレルがTであり、上記配列番号4の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがGであり、上記配列番号5の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがGであり、上記配列番号6の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがTであり、上記配列番号7の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがCでありマイナーアレルがAであり、上記配列番号8の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがGでありマイナーアレルがAであり、上記配列番号9の塩基配列における101番目の塩基変異は、メジャーアレルがAでありマイナーアレルがGであることを特徴とする請求項1記載の乳房炎リスク判定方法。
- 乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程では、配列番号1に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と、配列番号2に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と、配列番号7に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と、配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異とについて遺伝子型を同定することを特徴とする請求項1記載の乳房炎リスク判定方法。
- 乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程では、配列番号1に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異との組み合わせ、配列番号7に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異との組み合わせ、配列番号2に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異と配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異との組み合わせについて遺伝子型を同定することを特徴とする請求項1記載の乳房炎リスク判定方法。
- 上記乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程では、上記被検動物由来のゲノムDNAを鋳型とした核酸増幅法により上記乳房炎リスク判定DNAマーカーを含む核酸断片を増幅することを特徴とする請求項1記載の乳房炎リスク判定方法。
- 上記乳房炎リスク判定DNAマーカーの遺伝子型を同定する工程では、上記核酸断片の塩基配列を決定し、遺伝子型を同定することを特徴とする請求項6記載の乳房炎リスク判定方法。
- 配列番号1に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号2の塩基配列と配列番号8の塩基配列により挟みこまれた領域に座位する、配列番号2~8からなる群から選ばれる1つの塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異;配列番号9に示す塩基配列における101番目の塩基変異又は当該塩基変異に連鎖する塩基変異のうち、少なくとも1つの塩基変異からなる乳房炎リスク判定DNAマーカーを含む核酸断片を増幅するプライマーセット。
- 配列番号10に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号11に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号12に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号13に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号14に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号15に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号16に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号17に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号18に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号19に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号20に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号21に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号22に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号23に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号24に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号25に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせ、配列番号26に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと配列番号27に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの組み合わせのうち少なくとも1つの組み合わせであることを特徴とする請求項8記載のプライマーセット。
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