JP2023137354A - 高受胎性を判定するための検査方法、プローブ、プライマー - Google Patents

Abstract

【課題】高受胎性を判定できるＤＮＡ変異を検出するＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法、プローブ、プライマーを提供することを課題とする。【解決手段】ウシの染色体における特定の連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーをＤＮＡ変異マーカーとして、高受胎性の判定を行う。ＤＮＡ変異マーカーを検出するためのプローブ及びプライマーを提供する。本発明のＤＮＡ変異マーカーは、高受胎性の判定ができる指標であり、ゲノムＤＮＡ等を用いて該当のＤＮＡ変異を調べることにより、正確かつ簡易に高受胎性が判定できる。【選択図】図３Ａ

Description

本発明は、高受胎性を判定するためのＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法、それに用いるプローブ及びプライマーに関する。

動物において、簡易な方法で繁殖能力を予測できることは、労力やコストの面から極めて有用である。特に、家畜では、効率的に受胎させて産子を得ることが望まれ、雄の受胎性が保証された精液を供給することが望まれる。受胎は、精子と卵子が受精し、受精卵が子宮内膜に着床して妊娠が成立することであるが、雄の受胎性とは、受胎に関して精子等の雄側に起因する能力をいう。例えば、ウシ、ブタ、ヒツジ等では、優秀な雄の凍結精液を配布して人工授精することにより、乳量や肉質といった経済形質の改良がなされているため、その優秀な雄の受胎性に問題がないことが要求される。

一方、例えばウシの繁殖において日本国では人工授精の普及率がほぼ１００％であるが、その受胎率は、１９８９年の初回授精の受胎率が乳用種で６２．４％、肉用種で６７．５％であったところ、２０１６年では初回授精の受胎率が乳用種で４５．９％、肉用種で５６．１％と低下している（非特許文献１）。受胎率が低下傾向にある現状において、雄の高受胎性が保証された精液を供給することは、生産効率の観点からも益々有用である。

これまで受胎性を含む繁殖能力に影響を与えるゲノム領域や遺伝子に関して研究がなされてきた。例えば、ウシでは繁殖能力に関連する複数のゲノム領域や遺伝子が特定され、遺伝的不良形質に関連する領域が報告されている（非特許文献２）。また、雄側の要因として、胚性致死等に関連する複数のゲノム領域や遺伝子が特定されている（非特許文献３）。さらに雄側の顕著な低受胎性に関連するゲノム領域も特定されている（特許文献１）。

特開２０２０－１４１５８１号公報

一般社団法人家畜改良事業団、平成３０年受胎調査成績（２０２１年） Ａｎｉｍ Ｒｅｐｒｏｄ Ｓｃｉ． Ｓｅｐ， １４１（１－２）， １－１９， ２０１３ Ａｎｉｍａｌ， Ｊｕｎ １２（ｓ１）， ｓ１７２－ｓ１８３， ２０１８

しかしながら、受胎性を含めた繁殖能力は一般的に遺伝率が低く、集団内で共通して大きな効果を有するゲノム領域や遺伝子の特定は困難であった。また、これまで胚性致死や顕著な低受胎といった遺伝的不良形質に関する特定は報告されたが、受胎性を高める観点から、雄側の個体の高受胎性に着目して、ゲノム領域や遺伝子を指標として利用して改良はされてこなかった。

本発明は、斯かる問題点に鑑みてなされたものであり、上記問題点を解決する高受胎性を判定するためのＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法、それに用いるプローブ及びプライマーを提供することを課題とする。

本発明者らは、複数の種雄牛個体の受胎性を検討したところ、高受胎性を有する個体が確認され、この高受胎の形質が遺伝することを想定した。そこで、受胎率の判明している種雄牛のゲノムＤＮＡを用いて、次世代シーケンシング等を用いた解析を行った結果、高受胎性の雄個体に共通する特定のゲノム領域が存在することを突き止めた。この一又は複数のゲノム領域を指標として利用することで、高受胎性の判定を行うことができると考え、高受胎性を判定するためのＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法、それに用いるプローブ及びプライマーの発明に至った。

したがって、本発明は、以下に掲げる構成である。
本発明の受胎性の判定方法は、ウシ染色体における配列番号２と配列番号２０に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーを受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ２番染色体のｇ．５００２６４００Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００３４８３０Ｔ＞Ａ、ｇ．５００４０７８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４２９１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００４３３１７ｄｅｌＡ、ｇ．５００４５０２３Ａ＞Ｇ、ｇ．５００４９４３６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５００４９５０７Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４９９７６Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５００５７Ｇ＞Ａ、ｇ．５００５０１６６Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５１９２０Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５２０５２＿５００５２０５３ｉｎｓＡ、ｇ．５００５２０６６＿５００５２０６７ｉｎｓＴ、ｇ．５００５２２３５Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５５５８２Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００７２４１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００８４３７１Ａ＞Ｇ、ｇ．５１３５９５７３Ｔ＞Ｃのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の欠失部位を含む；配列番号７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号１０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号１１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号１２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号１３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号１４に記載の塩基配列の一部であり、１０１＿１０２位の挿入部位を含み、かつ該挿入の塩基がＡ；配列番号１５に記載の塩基配列の一部であり、１０１＿１０２位の挿入部位を含み、かつ該挿入の塩基がＴ；配列番号１６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号１７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号１８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号１９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号２０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；のいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、ウシ染色体における配列番号７１と配列番号７２に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーであって、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ２３番染色体のｇ．１３７６０７９Ａ＞Ｇ、ｇ．１４６０１５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１４７１７８５Ａ＞Ｇ、ｇ．１７８１３５７Ｇ＞Ａ、ｇ．１８６９５２０Ｇ＞Ａ、ｇ．２９４７４１８Ｇ＞Ｔ、ｇ．３０２８４９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３０５０３０３Ｃ＞Ｔ、ｇ．３１３６９２４Ａ＞Ｇ、ｇ．３１７４２４３Ｇ＞Ａ、ｇ．３３０５８９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３４１４５８９Ｇ＞Ａ、ｇ．３４１７３４２Ｔ＞Ｇ、ｇ．３４１９４２９Ｃ＞Ａ、ｇ．［３４２５７５１Ｇ＞Ａ；３４２５７５１Ｇ＞Ｔ］、ｇ．３７６４６４８Ｔ＞Ｇ、ｇ．３９６４９１５Ｇ＞Ａ、ｇ．３９８７４２３ｄｅｌＣ、ｇ．４５０９４２６Ａ＞Ｃ、ｇ．４５１０４７０Ｃ＞Ｔ、ｇ．４５１８６９６Ｔ＞Ｃ、ｇ．４５２７０８４Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４３８２８２Ａ＞Ｇ、ｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４７５４１９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８９８０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４９０２１４＿５４９０２１５ｉｎｓＴＴＡ、ｇ．５５２３８９４Ｃ＞Ｔ、ｇ．５５３９３９６Ａ＞Ｃ、ｇ．５５３９４７９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５５３９４９７Ｇ＞Ａ、ｇ．５５３９６２０Ｇ＞Ｔ、ｇ．５５４１３６５Ｃ＞Ｔ、ｇ．［５５４４５１６ｄｅｌＡ；５５４４５１６＿５５４４５１７ｉｎｓＡ］、ｇ．６０７６４８８Ａ＞Ｃ、ｇ．６２２２８５９Ｃ＞Ｔ、ｇ．６２８５２９３Ａ＞Ｇ、ｇ．６３６２５６６Ａ＞Ｃ、ｇ．６３７３１２１Ｇ＞Ｔ、ｇ．６３７７８８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２１７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２２８８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２２９０２１＿７２２９０２４ｄｅｌＡＧＡＣ、ｇ．７２４７６２０Ｔ＞Ａ、ｇ．７９９８８０８Ａ＞Ｇ、ｇ．８００２１１７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８００４４２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８００４４９５Ａ＞Ｇ、ｇ．８０２６１４７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０３１４９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８０４５６３８Ｇ＞Ａ、ｇ．８０４９０９３Ｃ＞Ａ、ｇ．８０７１２１７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０９８００７Ｇ＞Ａ、ｇ．８１０８５００Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１２０３２８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１３２８５２＿８１３２８５３ｉｎｓＣ、ｇ．８１３３３６５Ｇ＞Ｃ、ｇ．８１４４６４２Ｇ＞Ａ、ｇ．８１４４９３６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１４５８９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５２４４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７８３５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７９１１Ｃ＞Ａ、ｇ．８１５７９８１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１７４８２９Ｇ＞Ａ、ｇ．８１７６３４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８３０４３Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８４３２８Ｃ＞Ｇ、ｇ．８８９５７０８Ｔ＞Ａ、ｇ．８９９０３２８Ｇ＞Ａ、ｇ．９０１７９９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．９０２６１４４Ａ＞Ｃ、ｇ．９１１０７７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２５５９２０Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２７７０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．９２８４４７３Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４０３４２７Ｔ＞Ｇ、ｇ．９４０８３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ｇ．９４４０４５１Ｃ＞Ａ、ｇ．９４４４４７８Ｇ＞Ａ、ｇ．９４５５００２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６０２８０＿９４６０２８１ｉｎｓＧＴ、ｇ．９４６１６７６Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６１７００Ｇ＞Ａ、ｇ．９４７６６９３Ａ＞Ｔ、ｇ．９４７７１９６Ｇ＞Ａのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号３２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号３３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号３４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号３５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号３６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号３７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号３８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号３９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号４０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；のいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ１番染色体のｇ．９９９９２６５１ＡＴ［９］；［１０］；［１３］；［１４］；［１５］；［２１］、ウシ５番染色体のｇ．７７０９５４０４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７８１８７１７４Ｃ＞Ｔ、ウシ６番染色体のｇ．２０９９３０４５Ｇ＞Ｃ、ｇ．２０９９３２１５Ｇ＞Ａ、ウシ７番染色体のｇ．５７０２６７３Ａ＞Ｇ、ｇ．５７１２２２９Ｃ＞Ｔ、ウシ１０番染色体のｇ．９５９２０６５２Ｇ＞Ａ、ウシ１５番染色体のｇ．５７９５０７６９Ａ［１］；［４］；［５］、ウシ１６番染色体のｇ．５９３１０１９０Ｇ＞Ｃ、ウシ１７番染色体のｇ．４７２９９４００Ｔ＞Ｃ、ウシ１９番染色体のｇ．９７２０６９３ＧＧＣ［１］；［４］、ウシ２３番染色体のｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２１０７２１Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ｇ．２７４８５４８７Ａ＞Ｔのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の挿入（繰返し）部位を含み、かつ該挿入（繰返し）の塩基がＡＴ；配列番号２１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号２２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号２３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号２４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号２５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号２６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号２７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号２８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の挿入（繰返し）部位を含み、かつ該挿入（繰返し）の塩基がＡ；配列番号２９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号３０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号３１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の挿入（繰返し）部位を含み、かつ該挿入（繰返し）の塩基がＧＧＣ；配列番号４１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号６５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号６６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号６７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号６８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；のいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーが、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であることを特徴とする。
本発明の受胎性の判定方法は、前記変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であれば高受胎と判定することを特徴とする。
本発明の受胎性の判定方法は、ウシ染色体における配列番号７３と配列番号７４に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーを受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ５番染色体のｇ．７７０３０８１９Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３１４８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３４１８８Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０３４５０４Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３６０６１Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３８８０３Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０４７３６０Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６２４１Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６３１３Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０６６９２２Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０７２０４５Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４４５４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４８３５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１７７３２７Ｇ＞Ａ、ｇ．７７１８０１５４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１９６８２４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０３６４４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０６０２８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７２１９８４６Ｇ＞Ｃのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号４２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号４３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号４４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号４５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号４６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号４７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号４８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号４９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号５０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号５３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号５５に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５６に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号５７に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号５８に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号５９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；のいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ７番染色体のｇ．２３０９０１２Ａ＞Ｇ、ｇ．６０４０８０７＿６０４０８０８ｄｅｌＴＴ、ｇ．６０４９７６２Ｃ＞Ｔ、ウシ８番染色体のｇ．９４４９０５６８Ｔ＞Ｃ、ウシ１２番染色体のｇ．５６７４８１３６Ｇ＞Ａ、ウシ２７番染色体のｇ．８６１１４２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８８２３８６４Ｇ＞Ａのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号６０に記載の塩基配列の一部であり、１０１＿１０２位の欠失部位を含む；配列番号６１に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；配列番号６２に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＣ；配列番号６３に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号６４に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＡ；配列番号６９に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＧ；配列番号７０に記載の塩基配列の一部であり、１０１位の置換部位を含み、かつ該置換の塩基がＴ；のいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーが、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であることを特徴とする。
本発明の受胎性の判定方法は、前記変異ホモ接合型であれば高受胎と判定することを特徴とする。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーは、配列番号１～７０に記載のいずれかの変異マーカーである。
本発明の受胎性の判定方法は、前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定する塩基決定工程と、決定された塩基から受胎性を判定する受胎性判定工程を備える。
本発明のプローブは、前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、一又は複数の変異マーカーのいずれかの近傍の領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプローブは、配列番号１～７０に記載のいずれかの領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプローブは、前記一又は複数の変異マーカーのいずれかの変異を含む領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプローブは、配列番号１～７０に記載のいずれかの変異を含む領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプライマーは、前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、一又は複数の変異マーカーのいずれかの近傍の領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプライマーは、配列番号１～７０で示す変異マーカーのいずれかの近傍の領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いる。
本発明のプライマーは、配列番号１～７０に記載のいずれかの変異を含む領域を複製できるプライマーであって、受胎性の判定に用いる。
本発明のプライマーは、配列番号７５～８４のいずれかに記載の塩基配列を含み、受胎性の判定に用いる。
本発明の一対のプライマーは、前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、前記一又は複数の変異マーカーのいずれかの変異を含む領域を増幅し、受胎性の判定に用いる。
本発明の一対のプライマーは、配列番号１～７０に記載のいずれかの変異を含む領域を増幅し、受胎性の判定に用いる。
本発明の一対のプライマーは、配列番号１～７０に記載のいずれかの変異を挟む領域にハイブリダイズする塩基配列であり、受胎性の判定に用いる。
本発明の一対のプライマーは、配列番号１０の変異を含む領域を増幅するための配列番号７５及び７６に記載の塩基配列、配列番号２０の変異を含む領域を増幅するための配列番号７７及び７８に記載の塩基配列、配列番号３４の変異を含む領域を増幅するための配列番号７９及び８０に記載の塩基配列、配列番号３７の変異を含む領域を増幅するための配列番号８１及び８２に記載の塩基配列、若しくは配列番号５５の変異を含む領域を増幅するための配列番号８３及び８４に記載の塩基配列、のいずれかを含み、受胎性の判定に用いる。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、高受胎性の判定ができる指標であり、ゲノムＤＮＡ等を用いて該当のＤＮＡ変異を調べることにより、正確かつ簡易に高受胎性が判定できる。高受胎性の雄個体を選抜することにより、近年問題となっているフィールド受胎率低下の課題を解決できる。高受胎性を有する雄個体を繁殖に用いることにより、飼養管理費や人工授精費等のコストを大幅に削減できる。また、経済形質も備わった高受胎性を有する雄個体の選抜により、経済動物の改良に資することができる。

図１は、顕性モデルで高受胎性を説明できる１４８１個のゲノムＤＮＡ変異について、ウシ染色体の位置順に並べた－ｌｏｇ（ｐ値）を示す。 図２は、潜性モデルで高受胎性を説明できる６２１個のゲノムＤＮＡ変異について、ウシ染色体の位置順に並べた－ｌｏｇ（ｐ値）を示す。 図３Ａは、ウシ２番染色体のｇ．５１３５９５７３Ｔ＞Ｃ（配列番号２０）の各遺伝子型における種雄牛の初回受胎率を示す箱ひげ図である。 図３Ｂは、ウシ２番染色体の１９個のゲノムＤＮＡ変異について、変異ホモ接合型及びヘテロ接合型の個体と、リファレンスホモ接合型の個体との初回受胎率の平均±標準偏差を示す。 図３Ｃは、１９個のゲノムＤＮＡ変異をウシ２番染色体の位置順に並べ、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型の変異がある場合は黒塗で示す。黒塗が連続している場合は、連鎖していることを示す。 図４Ａは、ウシ２３番染色体のｇ．３４１４５８９Ｇ＞Ａ（配列番号３７）の各遺伝子型における種雄牛の初回受胎率を示す箱ひげ図である。 図４Ｂは、ウシ２３番染色体の８９個のゲノムＤＮＡ変異について、変異ホモ接合型及びヘテロ接合型の個体と、リファレンスホモ接合型の個体との初回受胎率の平均±標準偏差を示す。 図４Ｃは、８９個のゲノムＤＮＡ変異をウシ２３番染色体の位置順に並べ、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型の変異がある場合は黒塗で示す。黒塗が連続している場合は、連鎖していることを示す。 図５Ａは、ウシ５番染色体のｇ．７７１８０１５４Ｔ＞Ｃ（配列番号５５）の各遺伝子型における種雄牛の初回受胎率を示す箱ひげ図である。 図５Ｂは、ウシ５番染色体の１９個のゲノムＤＮＡ変異について、変異ホモ接合型の個体と、ヘテロ接合型及びリファレンスホモ接合型との個体の初回受胎率の平均±標準偏差を示す。 図５Ｃは、１９個のゲノムＤＮＡ変異をウシ５番染色体の位置順に並べ、変異ホモ接合型の変異がある場合は黒塗で示す。黒塗が連続している場合は、連鎖していることを示す。 図６Ａは、配列番号２０、３４、５５のいずれかのマーカーにより、高受胎と判定された場合（ｙ）、判定されない場合（ｎ）の初回受胎率を示す箱ひげ図である。 図６Ｂは、配列番号１０、２０、２９、３４、３７のいずれかのマーカーにより、高受胎と判定された場合（ｙ）、判定されない場合（ｎ）の初回受胎率を示す箱ひげ図である。

以下、本発明に関する高受胎性を判定するためのＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法、それに用いるプローブ及びプライマーの実施の形態について説明する。本発明は、下記実施の形態に限るものでなく、発明の範囲を逸脱しない限りにおいてその構成を適宜変更できる。

実施の形態１．高受胎を判定するＤＮＡ変異マーカー
本発明のＤＮＡ変異マーカーは、動物の高受胎性を判定する指標となるＤＮＡ変異マーカーである。ＤＮＡの塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）の４種類であるが、ＤＮＡ変異によってＤＮＡを構成する塩基配列に変化が生じる。ＤＮＡ変異の例として、１塩基が置換された一塩基多型（ＳＮＰ，Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）、１個以上の塩基の挿入（Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ）や欠失（Ｄｅｌｅｔｉｏｎ）、さらに重複（Ｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎ）、転座（Ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ）、逆位（Ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ）、縦列反復（Ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔ）といった構造多型（ＳＶ，Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ、ＳＶ）等が挙げられる。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、ウシゲノムから特定した高受胎性の判定に用いるＤＮＡ変異である。本明細書中で引用するウシゲノムの染色体及び位置情報は、ウシゲノムアセンブリＡＲＳ－ＵＣＤ１．２（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ａｓｓｅｍｂｌｙ／ＧＣＦ＿００２２６３７９５．１／、２０１８年４月１１日）を用いる。ＤＮＡ変異マーカーは、ウシゲノムアセンブリＡＲＳ－ＵＣＤ１．２の持つリファレンス型とは異なる型であり、接合型としてはホモ変異接合型及びヘテロ接合型がある。

本明細書中で受胎率は、ある雌にある雄の精液を初めて用いた場合の初回受胎率を用いる。例えば、黒毛和種種雄牛の平成４年～令和２年に調整交配を行った９９０頭の初回受胎率は、平均が５５．８％、標準偏差（σ）が１０．８％である。ここで高受胎とは、初回受胎率が平均値以上であって、例えば６０％以上、６５％以上、７０％以上といった実測値で示すこともできるし、平均値に対して標準偏差が＋０．５σ以上、＋１σ以上、＋１．５σ以上、＋２σ以上といった統計的な値で示すこともできる。

（１）ＤＮＡ変異マーカーが存在するウシゲノム領域
本発明のＤＮＡ変異マーカーは、高受胎の種雄牛の多くにＤＮＡ変異を有するが、そうでない雄牛にＤＮＡ変異がない領域である。遺伝形式として、顕性（優性）モデルは変異ホモ接合型又はヘテロ接合型が高受胎性を説明でき、潜性（劣性）モデルは変異ホモ接合型が高受胎性を説明できる。ウシゲノム領域は各々の形式に分けて下記に示す。領域は、前後のＤＮＡ変異の間隔が染色体上で２００万塩基対未満である場合は、連続する領域を「～」で示す。このような近接する領域では、連鎖不平衡ブロックが生じていて、ＤＮＡ変異マーカーとして同様の指標となり得る。

本発明の顕性モデルのＤＮＡ変異マーカーは、下記のウシ染色体の範囲に１４８１個存在する。ウシ１番染色体は、位置６７６６６４、２９７７２８２８、３８７５６４７２～３８８１２６００、６６５２９７１５～６６５２９７９２、７４２０９７３８～７４６３９２９１、９９９９２６５０である。ウシ２番染色体は、位置３２０８８８５、１１５１５３５８～１２１１５２７１、１４６９７０００、５００２６４００～５１３５９５７３、９９３７９６５５～９９９１２４８６、１０７２３５１２５～１０７３３４６２９、１２３５７０７６６～１２４４６９６６５である。ウシ３番染色体は、位置５３６４２０６、５３８１９８４６～５８４６５７３８、１１８６９６４３４である。ウシ４番染色体は、位置１１２７６７１０７～１１３２６１６９６、１１８２７８６２６である。ウシ５番染色体は、位置７５０５４２～３４３７０４０、４５９８８４５３、７２４８６８０３、７６０４２２００～７８１８７１７４、８２８４７４０２～８６２８３４８６、８９８１５９２１、９０３７８７８９～９４５６５２２８、９７０１５１２３～９７０３７９４９、１００４５９０８２～１００４６３２８７、１１７０９３４７５～１１７１３８７８３である。ウシ６番染色体は、位置１８９２０１３７、２０９７５４５９～２０９９３２１５、５３８６７２５７～５３８６７７８６、１１６００５７９０～１１６００５８２２である。ウシ７番染色体は、位置３１３９７００～７５３４１３０、７７５５５５２１～７８１７４２６１、１０３２５２５６５～１０４０８９３８１である。ウシ８番染色体は、位置３２３７３７８１～３３９４１４２４である。ウシ９番染色体は、位置８８６３８７２６である。ウシ１０番染色体は、位置２５２２６２４６、４５９３９４８４、９５７００９４３～９５９２０６５２、９８２２４５３５～９８２８５６０９である。ウシ１１番染色体は、位置３９７８６８１、１２０１７５２０～１２０９３１８７、２２８９７１９３～２２９０５４５３、３９５５６４９３～３９５５６５０８、４７２１９２０３、５８２９６１９９～５８３８９２６２である。ウシ１２番染色体は、位置１４３２７８～１１１３５２７、８２１７８２４０～８５４５３０３１である。ウシ１４番染色体は、位置３６３６９４～３５２２５４７、１３４５１２９０～１４００５９７２である。ウシ１５番染色体は、位置５７９５０７６８、８４１０１４５７～８４４１８４８３である。ウシ１６番染色体は、位置９４７２３７８～１１２４５００１、３２１８４８５９、５２２６９４５３、５９３１０１９０である。ウシ１７番染色体は、位置１８６５１～７３５６８、２３３８３１０～３５３３９３５、６５６１５９３～８３００４７８、１０９３２６１０～１２９７３４４８、１６４３６３５４、２３２５５５２８～２３４４７６９９、２７４７９５１８～２７８６６８７３、３７２５４８４６、４７２９９４００～４７６２６１３２、５０１１８８２８、５６６４７１５８～５６６５９９０５、６０８８６６７８である。ウシ１８番染色体は、位置２６５０４９２１、４９５２５３６４、６１３５６０３２～６１３９５５５１である。ウシ１９番染色体は、位置４８５３２７０、９７２０６９２、３２６６６９８０～３３７２６０３５、５７０８７２２３である。ウシ２０番染色体は、位置１１７６３８、２７１５８６５～４８８６７７３、４３８４６３８０、６０７２８０１６～６０７３９０９８である。ウシ２１番染色体は、位置１２７９０７５２、２４７３３３１８である。ウシ２２番染色体は、位置１４７８１３８４～１４７８１４０３、１８８４８０５５、２４４６６１８７、５７９１６９１９である。ウシ２３番染色体は、位置１１０８４８５～９５００９５７、２１６３２４１６、２６７２１７４８～２９２７４２６６、３１５９９７２５、３８１５０４１６～３８１５０４３５である。ウシ２５番染色体は、位置４１２１６２２１～４１２４５９７８である。ウシ２６番染色体は、位置２６９１５７７～８０９７６８１、３９６７５７４６、４４７１５２４０～４４７１５２７３である。ウシ２８番染色体は、位置１９００９９２６、３７２３５６７５～３８８８８９６１である。ウシ２９番染色体は、位置５４８９３６８、２３２８３９３０～２３４４４３３２、２６３００２５０～２６４１０９２７、３８８７７４４６～３８９９７９１８、４８２６３７３７～４８３９３６９５である。ウシＸ染色体は、位置１０００１１９８５～１０１７７０６１６である。

本発明の顕性モデルのＤＮＡ変異マーカーは、統計的処理により信頼性が高い領域であることが好ましく、下記のウシ染色体の範囲に存在する。ウシ１番染色体は、位置９９９９２６５０である。ウシ２番染色体は、位置５００２６４００～５１３５９５７３である。ウシ３番染色体は、位置５３８１９８４６～５８４６５７３８、１１８６９６４３４である。ウシ４番染色体は、位置１１２７６７１０７～１１３２６１６９６である。ウシ５番染色体は、位置７６０４２２００～７８１８７１７４である。ウシ６番染色体は、位置２０９７５４５９～２０９９３２１５、１１６００５７９０～１１６００５８２２である。ウシ７番染色体は、位置３１３９７００～７５３４１３０である。ウシ１０番染色体は、位置９５７００９４３～９５９２０６５２である。ウシ１４番染色体は、位置１３４５１２９０～１４００５９７２である。ウシ１５番染色体は、位置５７９５０７６８である。ウシ１６番染色体は、位置５９３１０１９０である。ウシ１７番染色体は、位置１８６５１～７３５６８、１０９３２６１０～１２９７３４４８、２３２５５５２８～２３４４７６９９、２７４７９５１８～２７８６６８７３、４７２９９４００～４７６２６１３２、５０１１８８２８である。ウシ１８番染色体は、位置６１３５６０３２～６１３９５５５１である。ウシ１９番染色体は、位置９７２０６９２である。ウシ２０番染色体は、位置１１７６３８、４３８４６３８０である。ウシ２２番染色体は、位置１４７８１３８４～１４７８１４０３である。ウシ２３番染色体は、位置１１０８４８５～９５００９５７、２６７２１７４８～２９２７４２６６である。ウシＸ染色体は、位置１０００１１９８５～１０１７７０６１６である。

本発明の潜性モデルのＤＮＡ変異マーカーは、下記のウシ染色体の範囲に６２１個存在する。ウシ１番染色体は、位置１０９８７３８０２～１１４００８２６６、１１８３７０４１７～１１８３７０７３６、１２６７６１６５１、１２９５６７１４３、１５１１９７６８３～１５１３７２６６１である。ウシ２番染色体は、位置１３３３８７８～１３４５８２７、９５２７６４１０～９５２９０１７４、１２２６４６３７３～１２２６５８６３９である。ウシ４番染色体は、位置２７０３９９３９、８７６０７４３６～８７６１１７６３である。ウシ５番染色体は、位置５２５０６３７１～５２５０６３７２、６９６２８９１８～６９６９１２６５、７６０８７８７２～７８３４１７７８、８６５６５０５９～８６７３８５８５、１０４９０００７７、１１７２５７０６６～１１７２５７１４０、１１９４０３８６５～１１９４０５４８１である。ウシ６番染色体は、位置５３０９８９８９～５３１９４２５５、９１０６００２４～９１１０１１２０である。ウシ７番染色体は、位置２２８６８１０～２３２２００３、６０４０８０６～６０４９７６２、４６２８５４３０、５６１３４４８０、８７８６１４５１～８７８６１９３７、１０１２８３０５２～１０１３５９３０３である。ウシ８番染色体は、位置１８７５６７８３～１８７９８６４７、８７５１９１６２～８７５１９１９９、９４４７２４０４～９４５１９２８１である。ウシ９番染色体は、位置６３４４３５００、８７０３６２２７～８８６４１０３９、９１１８０９１９～９１３４７３８６、９８００２４９５、１０２４１７０２７である。ウシ１０番染色体は、位置６３２８９６～６５５６６４、９７３６８５４７である。ウシ１１番染色体は、位置４７１６４８７７～４７１６５４６８、５２８６３９１８、５８３８９２６２、１０１０９２４０７である。ウシ１２番染色体は、位置５６７４８１３６～５６８５０５１１、６３５９８５２０～６４３４８３８８である。ウシ１４番染色体は、位置１４６６１５３５～１４６７７９６７、１８８０８１４９～１８８０８２３１、４９００４１１０～４９００４１３３である。ウシ１５番染色体は、位置５１４３４８２、１２５８０８３２、７１６３６０９８である。ウシ１６番染色体は、位置３６６１０６６５、５１６９１６４６～５２１８３５８３、５４８３０９６１～５４８８１４１８、６５６２４９１９、７８３４５１８６～７８４１７６３３、８０９１６６９０である。ウシ１７番染色体は、位置１８６５１～１９６３３、１８０１４３３７～２０５３６１７１、２４４９２１００～３１１２０９３２、３５２８０６６２～３７５５０８１８、４０５２６１２４～４０５６３８６０である。ウシ１８番染色体は、位置３４１７２６４４である。ウシ１９番染色体は、位置２００７２９９６～２０２５１３１５、３６００３０３１、５０４１５１３６である。ウシ２０番染色体は、位置４２９９９４６６である。ウシ２１番染色体は、位置４１５７４０～４４２２９０、１０２４９３５９である。ウシ２２番染色体は、位置２５３２８０１６、２９９８８０８０である。ウシ２４番染色体は、位置３０１４５６２２～３０１４５６４６である。ウシ２５番染色体は、位置８７４９４９、１０１５６３８１～１０１５６４２５、１７１４６０２０～１７２０５９４７である。ウシ２６番染色体は、位置５６２４１２４、５１８１８６８４である。ウシ２７番染色体は、位置２３５３１５４、８５８５５５３～８６１１４２９、１２６９８５９３、２３７２５６２５、３８８２３８６４である。ウシ２８番染色体は、位置２１５２５７７５、２４３９９９６０である。ウシ２９番染色体は、位置３５９７６０３８～３５９７６０３９である。ウシＸ番染色体は、位置１３５５６３４３８～１３５５９２０５１、１３７７４７２０６である。

本発明の潜性モデルのＤＮＡ変異マーカーは、統計的処理により信頼性が高い領域であることが好ましく、下記のウシ染色体の範囲に存在する。ウシ５番染色体は、位置５２５０６３７１～５２５０６３７２、７６０８７８７２～７８３４１７７８、１１９４０３８６５～１１９４０５４８１である。ウシ７番染色体は、位置６０４０８０６～６０４９７６２である。ウシ８番染色体は、位置９４４７２４０４～９４５１９２８１である。ウシ１２番染色体は、位置５６７４８１３６～５６８５０５１１である。ウシ１７番染色体は、位置１８６５１～１９６３３、２４４９２１００～３１１２０９３２である。ウシ２７番染色体は、位置２３５３１５４、３８８２３８６４である。ウシ２８番染色体は、位置２４３９９９６０である。

（２）ウシゲノム特異的な領域にあるＤＮＡ変異マーカー
本発明のＤＮＡ変異マーカーは、一又は複数の組合せにより、高受胎種雄牛を判定できる。このような場合、ウシゲノム中に同様の塩基配列を有する領域が単一であり、特異的な領域における変異であることが望ましい。このようなＤＮＡ変異マーカーの例を下記に示す。以下の各変異の記述は、Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ ２０１６； ３７： ５６４-５６９．及びｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｇｖｓ．ｏｒｇ／ｍｕｔｎｏｍｅｎ／ｅｘａｍｐｌｅｓＤＮＡ．ｈｔｍｌの方法に従って示す。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、顕性モデルとして、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型が高受胎を説明できる場合として、以下に挙げるものである。ウシ１番染色体では、ｇ．２９７７２８２８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７５６４７２Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７５８０１１Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７５８５２７Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７５９１２６Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７５９１３６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７５９１６１Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７５９５５４Ｔ＞Ｇ、ｇ．３８７５９７３８Ｇ＞Ｔ、ｇ．３８７６０１８０Ｃ＞Ａ、ｇ．３８７６０２０４Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７６０２２２Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７６１１３６Ｃ＞Ｇ、ｇ．３８７６２５０９Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７６２５１１Ｇ＞Ｔ、ｇ．３８７６２５３１Ｔ＞Ａ、ｇ．３８７６２５６２Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７６６１７８Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７６７９１１Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７６７９２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７６８６１５Ａ＞Ｔ、ｇ．３８７７０３７５Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７７０３７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７７２６１６Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７７７７１８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７７７７６４Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７７７７７６Ｃ＞Ａ、ｇ．３８７７７８０８Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７７８５９２Ｃ＞Ａ、ｇ．３８７７８６４０＿３８７７８６４１ｉｎｓＡ、ｇ．３８７７９５４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７７９５５０Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７７９５６５Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７７９６６６Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８００２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７８０１１０Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７８０１４０Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８０１６８Ｔ＞Ａ、ｇ．３８７８０１８９Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８０１９５Ｔ＞Ｇ、ｇ．３８７８０４９９Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７８１１４０Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８１２０３Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８１３４１Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８１３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８１３８０Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８１３９１Ａ＞Ｔ、ｇ．３８７８１３９７Ｔ＞Ａ、ｇ．３８７８１４０６Ａ＞Ｃ、ｇ．３８７８１４２４Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７８１４３８Ｔ＞Ｇ、ｇ．３８７８１４５７Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７８１５３０＿３８７８１５３１ｉｎｓＴＡ、ｇ．３８７８１５５１Ａ＞Ｇ、ｇ．３８７８１６３０Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８１６７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８１７１５Ｔ＞Ｇ、ｇ．３８７８２３０６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８２９５４Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８２９６３Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８３０００Ｇ＞Ａ、ｇ．３８７８３０１３Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７８３０２２Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７９２６４０Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８７９３９１５Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８７９６４２９Ｔ＞Ｇ、ｇ．３８８０１０２０Ａ＞Ｇ、ｇ．３８８０２１６６Ａ＞Ｇ、ｇ．３８８０５００８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８８０９５６５Ｇ＞Ａ、ｇ．７４３８２９１９Ｔ＞Ｃ、ｇ．７４３８２９２２＿７４３８２９２３ｉｎｓＧＴＣＣＴＧＧＴＧＣＡＧＧＴＡＡＡＡ、ｇ．７４３９０２９５Ｃ＞Ｇ、ｇ．７４５６１２１６Ｃ＞Ｔ、ｇ．７４６２９１３９Ｔ＞Ａ、ｇ．７４６３９２９１Ａ＞Ｇ、ｇ．９９９９２６５１ＡＴ［９］；［１０］；［１３］；［１４］；［１５］；［２１］がある。ウシ２番染色体では、ｇ．［１２１１５２７１Ｃ＞Ｔ；１２１１５２７１Ｃ＞Ｇ］、ｇ．５００２６４００Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００３４８３０Ｔ＞Ａ、ｇ．５００４０７８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４２９１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００４３３１７ｄｅｌＡ、ｇ．５００４５０２３Ａ＞Ｇ、ｇ．５００４９４３６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５００４９５０７Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４９９７６Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５００５７Ｇ＞Ａ、ｇ．５００５０１６６Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５１９２０Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５２０５２＿５００５２０５３ｉｎｓＡ、ｇ．５００５２０６６＿５００５２０６７ｉｎｓＴ、ｇ．５００５２２３５Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５５５８２Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００７２４１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００８４３７１Ａ＞Ｇ、ｇ．５１３５９５７３Ｔ＞Ｃ、ｇ．９９９１２４８６Ｔ＞Ｇ、ｇ．１０７２３５１２６ｄｅｌＧ、ｇ．１０７２３８１１３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１０７２７２０４０Ｇ＞Ａ、ｇ．１０７３３４６２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．［１２４４６９６６６＿１２４４６９６６７ｄｅｌＴＴ；１２４４６９６６７ｄｅｌＴ］がある。ウシ３番染色体では、ｇ．５３６４２０６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５５９３９０２７Ｇ＞Ｔ、ｇ．５６２７２４０８Ｇ＞Ａ、ｇ．５６２７２４１１Ｔ＞Ｃ、ｇ．５６３７３８２９Ｇ＞Ｔ、ｇ．５６４５６３１１Ｔ＞Ａ、ｇ．５７８５００４８＿５７８５００４９ｉｎｓＡＡＡＧＧＡＡＡＡＴＧＣＡＡＡＡＧＧＡＡＡＡＡＴ、ｇ．５７８５００５１＿５７８５００５２ｉｎｓＡＡＡＡＡＡ、ｇ．５７８５００５２＿５７８５００５３ｉｎｓＧＧＣＡＡＡＡＡＡ、ｇ．５７８５００５４＿５７８５００５５ｉｎｓＧＣＡＡＡＡＡＧＧＴＴＣＣＡＡＡＧＧＣＡＡＡＧＣＡＡＡＡＧＣＡＡＡＡ、ｇ．５８０８０３０４Ｇ＞Ａがある。ウシ５番染色体では、ｇ．７５０５４２Ｇ＞Ａ、ｇ．１８７９３１０Ｔ＞Ｃ、ｇ．２２００９０９Ｔ＞Ｃ、ｇ．［３１０４４５２＿３ｉｎｓＧＣＴ；３１０４４５２＿３ｉｎｓＧＧＣＴ］、ｇ．７６２２１２７５Ａ＞Ｔ、ｇ．７６２５１８２９Ｔ＞Ｃ、ｇ．７６２７２４３８Ａ＞Ｇ、ｇ．７６２８６１７６Ｔ＞Ｃ、ｇ．７６４０５８７３Ａ＞Ｇ、ｇ．７６４１８６９２Ｇ＞Ａ、ｇ．７６４５９０７９Ａ＞Ｃ、ｇ．７６５０４５９６Ｔ＞Ｇ、ｇ．７６６０８５９２Ｃ＞Ａ、ｇ．７６６１３０６５Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３９００５Ｇ＞Ｔ、ｇ．７７０６９９９７＿７７０６９９９８ｉｎｓＣＴＧＴＡＣＴＡＡＡＣＴＧＧＴＡＴＴＡＡＴ、ｇ．７７０８３７８１Ａ＞Ｃ、ｇ．７７０９５４０４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１４４６０８Ｇ＞Ａ、ｇ．７７６１５３３１Ｃ＞Ａ、ｇ．７７７８１１０４Ｃ＞Ｔ、ｇ．７８１８７１７４Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８４７４０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２２９８９３３Ｇ＞Ａ、ｇ．９２３２５２２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２３３７５２４Ｇ＞Ｃ、ｇ．９２３４３６９２Ｃ＞Ａ、ｇ．９２３４９８６６Ｔ＞Ｇ、ｇ．９２３６８１２１Ｇ＞Ａ、ｇ．９２３７８３９３Ａ＞Ｇ、ｇ．９２３７９６０４Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２３８７６３９Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２４９６０７３Ａ＞Ｇ、ｇ．１００４５９０８２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１７０９３４７５Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１７１３８７８３Ｃ＞Ｔがある。ウシ６番染色体では、ｇ．１８９２０１３７Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０９９３０４５Ｇ＞Ｃ、ｇ．２０９９３２１５Ｇ＞Ａがある。ウシ７番染色体では、ｇ．３１３９７００Ｔ＞Ｇ、ｇ．３７５２００５Ｔ＞Ｇ、ｇ．４３７３０２８Ｃ＞Ｇ、ｇ．４４０６４０１Ｇ＞Ａ、ｇ．５７０２６７３Ａ＞Ｇ、ｇ．５７１２２２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５７４６６５６Ｔ＞Ａ、ｇ．５７６２０１８Ｃ＞Ｔ、ｇ．５７７１８２９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５７７４１６５Ｇ＞Ｔ、ｇ．５７７４９７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５７７５１７１Ｇ＞Ｔ、ｇ．５７７５１８４Ｇ＞Ａ、ｇ．５７７５３４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．７５３４１３０Ｇ＞Ａ、ｇ．７７５５５５２１Ａ＞Ｇ、ｇ．１０３９９４１８５Ｇ＞Ｃがある。ウシ８番染色体では、ｇ．３２３７３７８１Ｃ＞Ｔがある。ウシ１０番染色体では、ｇ．９５７００９４４Ｔ［３］；［４］、ｇ．９５９２０６５２Ｇ＞Ａ、ｇ．９８２８３４２４Ｃ＞Ｇ、ｇ．９８２８５６０９Ａ＞Ｔがある。ウシ１１番染色体では、ｇ．３９７８６８１Ｃ＞Ａ、ｇ．１２０１７５２０Ｇ＞Ａ、ｇ．１２０７４０５９Ｃ＞Ａ、ｇ．１２０７４１３２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２０８５４７４Ａ＞Ｇ、ｇ．１２０９１７０５Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２０９１７２７＿１２０９１７２９ｄｅｌＡＧＴ、ｇ．１２０９２５７７Ａ＞Ｇ、ｇ．１２０９３０６０Ｔ＞Ｇ、ｇ．１２０９３１８７＿１２０９３１８８ｉｎｓＡＧＡＡＧＡＧＡＡＧ、ｇ．２２９００７０２Ｃ＞Ｇ、ｇ．２２９０１９４０Ａ＞Ｇがある。ウシ１２番染色体では、ｇ．１７９８９９Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１１３５２８ｄｅｌＴ、ｇ．８２２３７８６６ｄｅｌＣ、ｇ．８２２４２２０４Ｇ＞Ｔ、ｇ．８２２５４０８０Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３６３６６５Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３６８７１１Ｃ＞Ａ、ｇ．８２３６８７８０Ｃ＞Ｇ、ｇ．８２３６８８８５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２３７５６７７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２３７５７９４Ｃ＞Ｇ、ｇ．８２３７７７８９Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３７８９８０Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３８３６４０Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３８３６４６Ｃ＞Ａ、ｇ．８２３８４０３９Ａ＞Ｔ、ｇ．８２３８４１６２ｄｅｌＴ、ｇ．８２３８４２９１Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３８４３３１Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２３８４８１７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２３８５４４１Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３８６０７１Ｃ＞Ａ、ｇ．８２３８６５６６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２３８６５９９Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３８７５４０Ｃ＞Ａ、ｇ．８２３９２８０３Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３９４０９２Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２３９４８６４Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３９５８６１Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３９５８９１Ｇ＞Ａ、ｇ．８２３９６４６７Ａ＞Ｇ、ｇ．８２３９６７５１Ｇ＞Ａ、ｇ．８２４０２８４８Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２４０２９６０＿８２４０２９６１ｉｎｓＴＴＴＴＴ、ｇ．８２４０２９６２＿８２４０２９６３ｉｎｓＧＣ、ｇ．８２４０２９６４＿８２４０２９６５ｉｎｓＧＴＴＴＴＧＧＧＧ、ｇ．８２４０２９６７＿８２４０２９６８ｉｎｓＡＡＣ、ｇ．８２４１１６５６Ｔ＞Ａ、ｇ．８２４４３５５９Ｃ＞Ａ、ｇ．８２４５０５２８Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５１５２６８Ａ＞Ｇ、ｇ．［８２５１９７９９Ｔ＞Ｃ；８２５１９７９９Ｔ＞Ａ］、ｇ．８２５１９８０８Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５２０７６７Ｔ＞Ａ、ｇ．８２５２４２０６＿８２５２４２０７ｉｎｓＣＣＡ、ｇ．８２５４６２３７Ｔ＞Ｇ、ｇ．８２５５２０５５Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２５５９９５３Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５６４９３２Ｔ＞Ｇ、ｇ．８２５６７７１６Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５６７８３５Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５７０８６８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２５７４０５７Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５７４９１５Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５７５７２６Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５７５７４４Ａ＞Ｃ、ｇ．８２５７８４６５Ｔ＞Ｇ、ｇ．８２５８１７４８Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９０７３０Ｇ＞Ｃ、ｇ．８２５９０７６９Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５９０８２０Ａ＞Ｔ、ｇ．８２５９０９８５Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５９１１９６Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５９１６７４Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９１６７６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２５９１７３９Ｇ＞Ａ、ｇ．８２５９１９９６Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９１９９８Ａ＞Ｃ、ｇ．８２５９２００７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２５９２０１７Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９２１１０Ｔ＞Ｃ、ｇ．８２５９２１５０Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９２２１３Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９２２２０＿８２５９２２２１ｉｎｓＧＣＣＧ、ｇ．８２５９２５５４Ａ＞Ｇ、ｇ．８２５９３１８６Ｇ＞Ａ、ｇ．８３０５９９５０Ｇ＞Ｃ、ｇ．８３９０６４８０Ａ＞Ｇ、ｇ．８３９０６４９４Ｇ＞Ａ、ｇ．８５３３９３７１Ｇ＞Ａ、ｇ．８５３４４０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．８５３５２６１４Ｃ＞Ｔ、ｇ．８５３５３７３５Ａ＞Ｇ、ｇ．８５３５６９５５Ａ＞Ｇ、ｇ．８５３６５００６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８５４２３１４１Ａ＞Ｇ、ｇ．８５４５３０３１Ｃ＞Ｔがある。ウシ１４番染色体では、ｇ．３６３６９４Ｇ＞Ａ、ｇ．４４５９３２Ｇ＞Ａ、ｇ．４８２４５７Ｔ＞Ａ、ｇ．４８３０６２Ｇ＞Ｃ、ｇ．６０４７４３＿６０４７５４ｄｅｌＧＧＧＧＴＧＣＣＴＴＧＴ、ｇ．６１２２９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．６４４３２５Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０７０８２３Ｃ＞Ｇ、ｇ．２０７１０９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０７１１３８Ｇ＞Ｃ、ｇ．２０７２００２Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０７２４６１Ａ＞Ｇ、ｇ．２０７２７３５Ａ＞Ｃ、ｇ．２０７４６６２Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０７５４７８Ｃ＞Ａ、ｇ．２０７６８４９Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０７７４７４＿２０７７４９３ｄｅｌＴＣＡＣＴＧＡＧＣＧＴＣＣＡＣＧＴＧＣＡ、ｇ．２０７７６７４Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８０３４４Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８０５３６Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８０５５６Ｇ＞Ａ、ｇ．２０８２５５１Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８２６９９Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８２７７４＿２０８２７７５ｉｎｓＡ、ｇ．２０８２９２２Ｃ＞Ａ、ｇ．２０８２９５０Ｃ＞Ｇ、ｇ．２０８２９６１Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８３０２０＿２０８３０２１ｉｎｓＧ、ｇ．２０８３２７７Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８３３８５Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８３４７８Ｃ＞Ｇ、ｇ．２０８３５０２＿２０８３５０３ｉｎｓＧＧＧＧＣＣＡＣ、ｇ．２０８３５４７Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８４１００＿２０８４１５１ｄｅｌＣＣＡＧＧＧＴＣＡＧＣＣＴＧＣＣＧＣＣＣＣＴＧＧＧＡＧＣＴＧＧＧＣＣＧＧＣＣＣＴＣＣＣＣＣＴＧＧＧＣＣＴ、ｇ．２０８４３３６Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８４３４４Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８４３７１Ｇ＞Ｔ、ｇ．２０８４３７３Ｔ＞Ｇ、ｇ．２０８４３９９Ｃ＞Ａ、ｇ．２０８４５９７Ｔ＞Ｃ、
ｇ．２０８４６５９Ｃ＞Ｇ、ｇ．２０８４６７６Ｇ＞Ａ、ｇ．２０８４６９５Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８４７２１Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８４７７５Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８４９３７Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８４９７９Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８４９８２Ｇ＞Ｔ、ｇ．２０８５０１５Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８５０１８ｄｅｌＣ、ｇ．２０８５０５４Ｇ＞Ａ、ｇ．２０８５０６７Ｇ＞Ａ、ｇ．２０８５２７６Ｔ＞Ｇ、ｇ．２０８５４１５Ｃ＞Ｔ、ｇ．２０８５５０４Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８５６５７Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８５７１０Ｇ＞Ｃ、ｇ．２０８６７２９Ｃ＞Ａ、ｇ．２０８６９７４Ｇ＞Ａ、ｇ．２０８７１０８Ａ＞Ｇ、ｇ．２０８７４７８Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０８７４７９Ｇ＞Ａ、ｇ．２１３０７３９Ｔ＞Ｃ、ｇ．２１３８４９９Ｔ＞Ｃ、ｇ．３４８７５３４Ｇ＞Ａ、ｇ．３５２２５４７Ｔ＞Ａ、ｇ．１３８１７２４９Ｇ＞Ｃ、ｇ．１３８２２２９２Ｃ＞Ｔがある。ウシ１５番染色体では、ｇ．５７９５０７６９Ａ［１］；［４］；［５］、ｇ．［８４１０１４５８ｄｅｌＴ： ８４１０１４５８＿８４１０１４５９ｉｎｓＴ］、ｇ．８４４１８４８３＿８４４１８４８４ｉｎｓＡがある。ウシ１６番染色体では、ｇ．１１１８０７０１Ｇ＞Ａ、ｇ．１１１８１５３５Ｇ＞Ａ、ｇ．１１１８２２１４Ａ＞Ｇ、ｇ．１１１８２２３７Ｇ＞Ａ、ｇ．１１１８２２５７Ａ＞Ｔ、ｇ．１１１８２２５９＿１１１８２２６０ｄｅｌＡＧ、ｇ．１１１８２３２５Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１１８２５１５Ｇ＞Ａ、ｇ．１１１８４０５２Ｃ＞Ｔ、ｇ．１１１８５３９１Ｇ＞Ｔ、ｇ．１１１８５４８８Ｃ＞Ｇ、ｇ．１１１８５５０７Ｃ＞Ｔ、ｇ．１１２１３６６３Ｔ＞Ｇ、ｇ．１１２１８９５２Ｇ＞Ｃ、ｇ．１１２１９３２２Ｃ＞Ａ、ｇ．１１２１９５１４＿１１２１９５１５ＣＡＡＴ、ｇ．１１２１９５５５Ａ＞Ｔ、ｇ．１１２１９７３１Ａ＞Ｔ、ｇ．１１２１９７９１Ａ＞Ｔ、ｇ．１１２１９７９２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１２２０５７０Ａ＞Ｔ、ｇ．１１２２０８１８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１２２０８４６Ａ＞Ｇ、ｇ．１１２２１５００Ｔ＞Ａ、ｇ．１１２２２３７８＿１１２２２３７９ｉｎｓＧ、ｇ．１１２２２５４２＿１１２２２５４３ｉｎｓＡＣＣＣＡＡＴＡＡＴ、ｇ．１１２２３２７７Ｇ＞Ａ、ｇ．１１２２４３７１Ｃ＞Ｔ、ｇ．１１２４００５７＿１１２４００５９ｄｅｌＡＡＧ、ｇ．１１２４３５９３ｄｅｌＡ、ｇ．５２２６９４５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．５９３１０１９０Ｇ＞Ｃがある。ウシ１７番染色体では、ｇ．２３３８３１１＿２３３８３１４ｄｅｌＣＣＣＣ、ｇ．２３４７２４７Ａ＞Ｇ、ｇ．２３６０４６３Ｔ＞Ｃ、ｇ．２３８５０８６Ｔ＞Ｃ、ｇ．２３８５０８７Ｇ＞Ａ、ｇ．２３８５８７３Ｔ＞Ｇ、ｇ．２４０６５４０Ｃ＞Ｔ、ｇ．２４１２４４５Ｇ＞Ａ、ｇ．２４１６６９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．２４２２６７１Ｇ＞Ａ、ｇ．２４２３４４７Ｃ＞Ｔ、ｇ．２４２３９４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．２４２６２０１ｄｅｌＴ、ｇ．２４２６２１６Ｔ＞Ｃ、ｇ．２４２６２１９Ｇ＞Ｔ、ｇ．２４３００１７Ｔ＞Ａ、ｇ．２９６９９９７Ｇ＞Ａ、ｇ．２９７０６１３Ａ＞Ｇ、ｇ．２９８１２０９Ｃ＞Ａ、ｇ．２９９５３１５Ｇ＞Ａ、ｇ．２９９６１４５Ｃ＞Ｇ、ｇ．３５０１８９４Ｃ＞Ｔ、ｇ．３５３１２４８Ｃ＞Ａ、ｇ．３５３１９５３Ｇ＞Ａ、ｇ．３５３２４４９ｄｅｌＴ、ｇ．３５３３１０９Ｇ＞Ａ、ｇ．６７７１４８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２７６３５０Ｔ＞Ｇ、ｇ．８２７６７１４Ｇ＞Ｃ、ｇ．［８２７９６９９Ｃ＞Ｔ；８２７９６９９Ｃ＞Ａ］、ｇ．８２８０１９２Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８０２０５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８０８３１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８０８８７Ｇ＞Ａ、ｇ．８２８０９４０Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８２５５６Ｃ＞Ｔ、ｇ．［８２８２６８８ｄｅｌＡ；８２８２６８８＿８２８２６８９ｉｎｓＡ］、ｇ．８２８２７３１Ａ＞Ｇ、ｇ．８２８２８４２Ａ＞Ｇ、ｇ．８２８２８５１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８２８３２１４Ｔ＞Ｇ、ｇ．８２８３２２５Ａ＞Ｃ、ｇ．８２８３５１４Ａ＞Ｇ、ｇ．８２８３６２４Ｇ＞Ｔ、ｇ．８２８３６６６Ｇ＞Ａ、ｇ．８２８３６６７Ａ＞Ｇ、ｇ．８２８４１５０Ｇ＞Ａ、ｇ．８２８４４０６Ｇ＞Ａ、ｇ．８２８５６５０Ｃ＞Ａ、ｇ．８２８５６６９Ｇ＞Ａ、ｇ．８２８６６８６Ｃ＞Ａ、ｇ．８２９１６３９Ｇ＞Ａ、ｇ．１２６８３９７０Ｃ＞Ａ、ｇ．１２６８４０４５Ｔ＞Ａ、ｇ．１２６８４０７４Ａ＞Ｃ、ｇ．１２６８５１６８Ｇ＞Ａ、ｇ．１２６８５１７８Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６８５４０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．１２６８６６７４Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６８６７４５Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２６８７０３０Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６８７０５７Ｃ＞Ｔ、ｇ．１２６８７１７８Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６８７４６８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２６８７８３８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２６８８２３２Ｇ＞Ａ、ｇ．１２６８８２５７＿１２６８８２５８ｉｎｓＡＡＡＧ、ｇ．１２６９０８０３Ａ＞Ｃ、ｇ．１２６９４７４８Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６９５２７７Ａ＞Ｇ、ｇ．１２６９５７２４Ａ＞Ｇ、ｇ．１２９１６２７２Ｔ＞Ａ、ｇ．１２９１６４８３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２９１６４９４Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２９１６５９６Ａ＞Ｇ、ｇ．１２９１６５９８＿１２９１６５９９ｉｎｓＣＣＴＧＣＣ、ｇ．１２９１６５９９＿１２９１６６００ｉｎｓＧ、ｇ．１２９１６６１９Ｔ＞Ｃ、ｇ．１２９１６６９８＿１２９１６７０１ｄｅｌＣＴＧＴ、ｇ．１２９１７３２９Ａ＞Ｃ、ｇ．１６４３６３５５＿１６４３６３５６ｄｅｌＴＡ、ｇ．４７２９９４００Ｔ＞Ｃ、ｇ．５６６４７１５９ｄｅｌＴ、ｇ．５６６５９９０５Ｃ＞Ｔ、ｇ．６０８８６６７８＿６０８８６６７９ｉｎｓＴがある。ウシ１９番染色体では、ｇ．９７２０６９３ＧＧＣ［１］；［４］、ｇ．３２６８４１９６Ｇ＞Ａ、ｇ．３２７０５０４１Ｇ＞Ａ、ｇ．３２７０５０５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．３２７２００００Ｔ＞Ｃ、ｇ．３３１６２６９２Ｃ＞Ｔ、ｇ．３３１６６８７４Ｇ＞Ａ、ｇ．３３１７５７８９Ｇ＞Ａ、ｇ．３３１８１３７９Ｃ＞Ｔ、ｇ．３３１９８４１６Ｇ＞Ａ、ｇ．３３２０６８１１Ｃ＞Ｔ、ｇ．３３２０９０００Ｃ＞Ａ、ｇ．３３２１５０８５Ｇ＞Ａ、ｇ．３３２４９７０６＿３３２４９７０９ｄｅｌＣＡＣＴ、ｇ．３３２８８９７５Ｃ＞Ａ、ｇ．３３７２３３４３Ｔ＞Ｇ、ｇ．３３７２６０３５Ａ＞Ｇがある。ウシ２０番染色体では、ｇ．２７１６５００Ａ＞Ｇ、ｇ．６０７３２２５３＿６０７３２２５４ｉｎｓＴがある。ウシ２１番染色体では、ｇ．［２４７３３３１９＿２４７３３３２０ｄｅｌＣＴ；２４７３３３２０＿２４７３３３２１ｉｎｓＣＴ］がある。ウシ２３番染色体では、ｇ．１３７６０７９Ａ＞Ｇ、ｇ．１４６０１５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１４７１７８５Ａ＞Ｇ、ｇ．１７８１３５７Ｇ＞Ａ、ｇ．１８６９５２０Ｇ＞Ａ、ｇ．２９４７４１８Ｇ＞Ｔ、ｇ．３０２８４９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３０５０３０３Ｃ＞Ｔ、ｇ．３１３６９２４Ａ＞Ｇ、ｇ．３１７４２４３Ｇ＞Ａ、ｇ．３３０５８９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３４１４５８９Ｇ＞Ａ、ｇ．３４１７３４２Ｔ＞Ｇ、ｇ．３４１９４２９Ｃ＞Ａ、ｇ．［３４２５７５１Ｇ＞Ａ；３４２５７５１Ｇ＞Ｔ］、ｇ．３７６４６４８Ｔ＞Ｇ、ｇ．３９６４９１５Ｇ＞Ａ、ｇ．３９８７４２３ｄｅｌＣ、ｇ．４５０９４２６Ａ＞Ｃ、ｇ．４５１０４７０Ｃ＞Ｔ、ｇ．４５１８６９６Ｔ＞Ｃ、ｇ．４５２７０８４Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４３８２８２Ａ＞Ｇ、ｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４７５４１９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８９８０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４９０２１４＿５４９０２１５ｉｎｓＴＴＡ、ｇ．５５２３８９４Ｃ＞Ｔ、ｇ．５５３９３９６Ａ＞Ｃ、ｇ．５５３９４７９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５５３９４９７Ｇ＞Ａ、ｇ．５５３９６２０Ｇ＞Ｔ、ｇ．５５４１３６５Ｃ＞Ｔ、ｇ．［５５４４５１６ｄｅｌＡ；５５４４５１６＿５５４４５１７ｉｎｓＡ］、ｇ．６０７６４８８Ａ＞Ｃ、ｇ．６２２２８５９Ｃ＞Ｔ、ｇ．６２８５２９３Ａ＞Ｇ、ｇ．６３６２５６６Ａ＞Ｃ、ｇ．６３７３１２１Ｇ＞Ｔ、ｇ．６３７７８８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２１７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２２８８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２２９０２１＿７２２９０２４ｄｅｌＡＧＡＣ、ｇ．７２４７６２０Ｔ＞Ａ、ｇ．７９９８８０８Ａ＞Ｇ、ｇ．８００２１１７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８００４４２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８００４４９５Ａ＞Ｇ、ｇ．８０２６１４７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０３１４９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８０４５６３８Ｇ＞Ａ、ｇ．８０４９０９３Ｃ＞Ａ、ｇ．８０７１２１７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０９８００７Ｇ＞Ａ、ｇ．８１０８５００Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１２０３２８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１３２８５２＿８１３２８５３ｉｎｓＣ、ｇ．８１３３３６５Ｇ＞Ｃ、ｇ．８１４４６４２Ｇ＞Ａ、ｇ．８１４４９３６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１４５８９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５２４４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７８３５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７９１１Ｃ＞Ａ、ｇ．８１５７９８１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１７４８２９Ｇ＞Ａ、ｇ．８１７６３４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８３０４３Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８４３２８Ｃ＞Ｇ、ｇ．８８９５７０８Ｔ＞Ａ、ｇ．８９９０３２８Ｇ＞Ａ、ｇ．９０１７９９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．９０２６１４４Ａ＞Ｃ、ｇ．９１１０７７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２５５９２０Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２７７０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．９２８４４７３Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４０３４２７Ｔ＞Ｇ、ｇ．９４０８３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ｇ．９４４０４５１Ｃ＞Ａ、ｇ．９４４４４７８Ｇ＞Ａ、ｇ．９４５５００２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６０２８０＿９４６０２８１ｉｎｓＧＴ、ｇ．９４６１６７６Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６１７００Ｇ＞Ａ、ｇ．９４７６６９３Ａ＞Ｔ、ｇ．９４７７１９６Ｇ＞Ａ、ｇ．２７４８５４８７Ａ＞Ｔ、ｇ．２８９５８２９６Ａ＞Ｇ、ｇ．２８９５８３１７Ｇ＞Ａ、ｇ．［３１５９９７２５Ｇ＞Ａ；３１５９９７２５Ｇ＞Ｃ］がある。ウシ２５番染色体では、ｇ．４１２１６２２１Ｃ＞Ａ、ｇ．４１２４５９７８Ａ＞Ｔがある。ウシ２６番染色体では、ｇ．２６９１５７８ｄｅｌＡ、ｇ．４９２０６７９＿４９２０６８０ｉｎｓＡＴＴＴＴ、ｇ．４９２０６８２＿ｉｎｓ４９２０６８３ＴＣＧＧＡＣＡＴＣＴＣＧＧＡＴＴ、ｇ．４９２４７７４Ｃ＞Ｔ、ｇ．４９２４８３３Ａ＞Ｔ、ｇ．４９２４８３９Ａ＞Ｔ、ｇ．４９２５０８０Ｔ＞Ｇ、ｇ．４９２５８１８Ｇ＞Ｔ、ｇ．４９２８７４４Ｔ＞Ｃ、ｇ．４９２９０２３＿４９２９０２４ｉｎｓＡＧ、ｇ．４９３４９１８＿４９３４９３６ｄｅｌＴＴＡＴＴＴＣＡＣＴＴＧＡＡＡＴＡＡＴ、ｇ．４９３８２７７Ａ＞Ｃ、ｇ．４９４１７１２Ｇ＞Ｃ、ｇ．５０２８０９７＿５０２８０９８ｉｎｓＴ、ｇ．５０２９９５３Ａ＞Ｇ、ｇ．［５０４２３６６Ａ＞Ｃ；５０４２３６６Ａ＞Ｇ］、ｇ．６３２１９０６Ｃ＞Ｔ、ｇ．７０６７２６８Ｔ＞Ｇ、ｇ．７０９５１０２Ｇ＞Ａ、ｇ．７２６４０５２Ｇ＞Ａ、ｇ．７３７０４５４Ｃ＞Ｔ、ｇ．７６６１５２６Ｃ＞Ｔ、ｇ．［７６８１８９１Ｃ＞Ｔ；７６８１８９１Ｃ＞Ｇ］、ｇ．７６９８４９２Ｃ＞Ａ、ｇ．７６９９０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．７６９９６８２Ｃ＞Ｔ、ｇ．３９６７５７４７Ｔ［１］；［７］；［１１］；［１２］、ｇ．４４７１５２４０Ｇ＞Ａ、ｇ．４４７１５２７３Ｔ＞Ｇがある。ウシ２８番染色体では、ｇ．３７２３５６７５Ａ＞Ｇ、ｇ．３７２３８７６０＿３７２３８７６１ｉｎｓＡ、ｇ．３７５６９４３６Ｇ＞Ｃ、ｇ．３８１２８９４７Ｃ＞Ｇ、ｇ．３８１３９４５５Ａ＞Ｃ、ｇ．３８１４０７０２Ａ＞Ｃ、ｇ．３８１４１９０４Ｇ＞Ａ、ｇ．３８１４４９９３Ｇ＞Ａ、ｇ．３８１４７０９１Ｇ＞Ａ、ｇ．３８２１４７８１Ａ＞Ｇ、ｇ．３８５７２２５６Ｃ＞Ａ、ｇ．３８５８０１９４Ｔ＞Ｃ、ｇ．３８８８８９６１Ｔ＞Ｃがある。ウシ２９番染色体では、ｇ．２３２８３９３０Ａ＞Ｇ、ｇ．２３４４４３３２Ｔ＞Ｃ、ｇ．２６３００２５１Ｃ［１］；［３］、ｇ．２６４１０９２７Ｃ＞Ａ、ｇ．４８２６３７３７Ｔ＞Ｃ、がある。ウシＸ染色体では、ｇ．［１０００１１９８６＿１０００１１９８８ｄｅｌＡＡＡ；１０００１１９８７＿１０００１１９８８ｄｅｌＡＡ；１０００１１９８８ｄｅｌＡ；１０００１１９８８＿１０００１１９８９ｉｎｓＡ；１０００１１９８８＿１０００１１９８９ｉｎｓＡＡ］がある。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、潜性モデルとして、変異ホモ接合型により高受胎を説明できる場合として、以下に挙げるものである。ウシ１番染色体では、ｇ．１０９８７３８０２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１０９９７８７３４Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１０１９３２１２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１０１９６４４９Ｇ＞Ａ、ｇ．１１０１９６９０９Ｇ＞Ａ、ｇ．１１０１９７８３０Ａ＞Ｇ、ｇ．１１０３４５７３８Ａ＞Ｇ、ｇ．１１０３８９４６０Ｇ＞Ａ、ｇ．１１１６０６３４３＿１１１６０６３５２ｄｅｌＴＡＴＡＣＡＧＴＡＧＧ、ｇ．１１３４３５２５１Ｇ＞Ｃ、ｇ．１１３４３６３３２Ａ＞Ｃ、ｇ．１１３４３７１００Ａ＞Ｇ、ｇ．１１３９９２４９７Ｇ＞Ａ、ｇ．１１３９９３５９５Ａ＞Ｃ、ｇ．１１４００４３４１Ｃ＞Ａ、ｇ．１１４００４９９４Ａ＞Ｇ、ｇ．１１４００７６０７Ｔ＞Ｃ、ｇ．１１４００７６４０Ｃ＞Ｔ、ｇ．１１４００８２６６Ａ＞Ｔ、ｇ．［１２６７６１６５２ｄｅｌＡ；１２６７６１６５２＿１２６７６１６５３ｉｎｓＡ］、ｇ．１２９５６７１４３Ｇ＞Ａ、ｇ．１５１２４７９４１Ａ＞Ｇ、ｇ．１５１２５８９２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．１５１３１５１７９Ａ＞Ｇ、ｇ．１５１３１７５６６Ｃ＞Ｔ、ｇ．１５１３１７６７８Ｇ＞Ａ、ｇ．１５１３１８４９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．１５１３１８５５５Ａ＞Ｇ、ｇ．１５１３１８６６９Ａ＞Ｔ、ｇ．１５１３２１７４０Ｃ＞Ｇ、ｇ．１５１３７２６６０Ｇ＞Ａ、ｇ．１５１３７２６６１Ｔ＞Ｇがある。ウシ２番染色体では、ｇ．１３３３８７８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１３３４０１５Ｃ＞Ｇ、ｇ．１３３９０１７Ａ＞Ｃ、ｇ．１３４５８２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．９５２７６４１７Ｃ＞Ｇ、ｇ．９５２８５９１５Ｔ＞Ｃ、ｇ．９５２８５９６４Ｔ＞Ｃ、ｇ．９５２８６２９８＿９５２８６３０３ＡＧＧＴＧＣ、ｇ．９５２８６３２３Ｃ＞Ｔ、ｇ．９５２８６３４５Ｃ＞Ｔ、ｇ．９５２８６３４７Ｃ＞Ｔ、ｇ．９５２８６４３２Ａ＞Ｇ、ｇ．９５２８６６２７Ｇ＞Ａ、ｇ．９５２８６８１２Ａ＞Ｇ、ｇ．９５２９０１７４Ｇ＞Ａがある。ウシ４番染色体では、ｇ．２７０３９９３９Ａ＞Ｇ、ｇ．８７６０７４３６＿８７６０７４３７ｉｎｓＣ、ｇ．８７６１１７６３Ａ＞Ｃがある。ウシ５番染色体では、ｇ．６９６２８９１８Ｔ＞Ａ、ｇ．６９６３２６９４Ｔ＞Ｇ、ｇ．６９６７５７０６Ａ＞Ｃ、ｇ．６９６７６３８４＿６９６７６３８５ｄｅｌＴＡ、ｇ．６９６７６８２２Ｃ＞Ｔ、ｇ．７７０３０８１９Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３１４８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３４１８８Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０３４５０４Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３６０６１Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３８８０３Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０４７３６０Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６２４１Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６３１３Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０６６９２２Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０７２０４５Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４４５４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４８３５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１７７３２７Ｇ＞Ａ、ｇ．７７１８０１５４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１９６８２４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０３６４４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０６０２８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７２１９８４６Ｇ＞Ｃ、ｇ．８６５７４９８８Ａ＞Ｇ、ｇ．［８６５７６５３８Ａ＞Ｔ；８６５７６５３８Ａ＞Ｇ］、ｇ．８６７３８５８５Ｃ＞Ａ、ｇ．１０４９０００７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．１１７２５７０６６Ａ＞Ｇ、ｇ．１１７２５７１３３Ｇ＞Ａ、ｇ．１１７２５７１４０Ａ＞Ｇがある。ウシ６番染色体では、ｇ．５３０９８９８９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５３１９３８９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．５３１９４２５５Ａ＞Ｇ、ｇ．［９１０７８０７７ｄｅｌＡ；９１０７８０７７＿９１０７８０７８ｄｅｌｉｎｓＴＴＡＡＧＧＡＴＡＧＡＴＣＡＴＴＴＣＴＡＣＴＴＧＧＧＧＴＡＴＣＧＴＡＡＧ］、ｇ．９１１０１１２０Ａ＞Ｇがある。ウシ７番染色体では、ｇ．２２８６８１１ｄｅｌＧ、ｇ．２２８９１８６Ａ＞Ｇ、ｇ．２３０６０５４Ｔ＞Ｃ、ｇ．２３１５５４５Ｃ＞Ｔ、ｇ．２３１８５８９Ａ＞Ｔ、ｇ．２３１８７２４Ｇ＞Ａ、ｇ．２３２２００３Ｔ＞Ｃ、ｇ．６０４０８０７＿６０４０８０８ｄｅｌＴＴ、ｇ．６０４９７６２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５６１３４４８０Ａ＞Ｇ、ｇ．８７８６１４５１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８７８６１９３７Ｇ＞Ａ、ｇ．１０１２８３０５２Ｔ＞Ｇがある。ウシ８番染色体では、ｇ．１８７５６７８３Ｃ＞Ｇ、ｇ．１８７９２６２７Ｇ＞Ａ、ｇ．１８７９８６４７＿１８７９８６４８ｉｎｓＴ、ｇ．８７５１９１６２Ａ＞Ｇ、ｇ．８７５１９１８９Ｃ＞Ｔ、ｇ．８７５１９１９０＿８７５１９１９１ＴＴＴＴＴＴＴＴＴＣＴＴＴＴＴＴＴ、ｇ．８７５１９１９８ｄｅｌＣ、ｇ．８７５１９１９９＿８７５１９２００ＴＴＴ、ｇ．９４４９０５６８Ｔ＞Ｃ、ｇ．９４４９０７７４＿９４４９０７７５ｉｎｓＧがある。ウシ９番染色体では、ｇ．６３４４３５００Ｃ＞Ｔ、ｇ．８８６４１０３９Ｔ＞Ｇ、ｇ．９１１８０９１９＿９１１８０９２０ｉｎｓＴＴ、ｇ．９１１９９２９７Ａ＞Ｃ、ｇ．９１２１８５４２Ｇ＞Ｔ、ｇ．９１２２８７４７Ｃ＞Ｔ、ｇ．９１２２９３６０Ａ＞Ｇ、ｇ．９１２２９３７５Ａ＞Ｇ、ｇ．９１２２９７０８Ａ＞Ｔ、ｇ．９１２２９７１０Ａ＞Ｇ、ｇ．９１２２９９５１Ｇ＞Ａ、ｇ．９１２３１４７１Ｃ＞Ａ、ｇ．９１２３１４９２Ｔ＞Ｃ、ｇ．９１２３１５３７Ｔ＞Ｃ、ｇ．９１２３１６１０Ａ＞Ｃ、ｇ．９１２３１６８３Ａ＞Ｃ、ｇ．９１２３１７３７Ｃ＞Ｔ、ｇ．９１２３２３６４Ｔ＞Ｇ、ｇ．９１２３２３８１ｄｅｌＡ、ｇ．９１２３２５１８Ｃ＞Ｔ、ｇ．９１２３４０４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．９１２３８５０２Ｔ＞Ｃ、ｇ．９１２３８８６６Ｇ＞Ｔ、ｇ．９１２４６６７０Ａ＞Ｃ、ｇ．９１２４８４１５Ａ＞Ｇ、ｇ．９１２５４９３７Ｇ＞Ａ、ｇ．９１２５５９８５＿９１２５５９８６ｉｎｓＣ、ｇ．９１２５６０９８Ｃ＞Ａ、ｇ．９１２８８７０１Ａ＞Ｇ、ｇ．９１３０９６５３Ａ＞Ｇがある。ウシ１１番染色体では、ｇ．５２８６３９１８Ｃ＞Ｔ、ｇ．１０１０９２４０７Ａ＞Ｇがある。ウシ１２番染色体では、ｇ．５６７４８１３６Ｇ＞Ａ、ｇ．６３５９８５２０Ｇ＞Ａがある。ウシ１４番染色体では、ｇ．１４６７４７６６Ａ＞Ｇ、ｇ．１４６７７９６７Ａ＞Ｔ、ｇ．４９００４１１０Ｔ＞Ａ、ｇ．４９００４１３３Ｔ＞Ａがある。ウシ１５番染色体では、ｇ．［５１４３４８２Ａ＞Ｇ；５１４３４８２Ａ＞Ｔ］、ｇ．１２５８０８３２＿１２５８０８３３ｉｎｓＡがある。ウシ１６番染色体では、ｇ．５１６９６４５９Ｇ＞Ａ、ｇ．５１７０２３４２Ｔ＞Ｃ、ｇ．５１７２１１９３Ｔ＞Ｃ、ｇ．５１７２４５４３Ｃ＞Ａ、ｇ．５１７２５２２７Ｃ＞Ｔ、ｇ．５１７３２８１０Ａ［１］；［３］、ｇ．５１７３２８３１Ａ＞Ｇ、ｇ．５１７３４５３５Ｃ＞Ａ、ｇ．５１７３４６１５Ｃ＞Ｔ、ｇ．５１７３６６８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．５１７３９５２７Ａ＞Ｇ、ｇ．５１７３９６７６Ｇ＞Ｃ、ｇ．５１７４０５３４Ｔ＞Ｇ、ｇ．５２１８１３１１＿５２１８１３１２Ａ、ｇ．５４８３１１４７Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８３１１９８＿５４８３１１９９ｉｎｓＧ、ｇ．５４８３３１４３Ｃ＞Ａ、ｇ．５４８３３２７０Ｇ＞Ｃ、ｇ．５４８３４６５５Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８４３８７８Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８４４０５０Ｇ＞Ｃ、ｇ．５４８４４３４０Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８４４５４３Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４４５８０Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４４６３９Ａ＞Ｔ、ｇ．５４８４４７４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４４８１６Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４４９２１＿５４８４４９２４ｄｅｌＡＴＡＧ、ｇ．５４８４５０３４Ｇ＞Ｃ、ｇ．５４８４５０８３Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４５３５６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４５７４２Ａ＞Ｇ、ｇ．５４８４５８４０Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４５８７６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４５９３２Ｃ＞Ａ、ｇ．５４８４６４１１Ｔ＞Ａ、ｇ．５４８４６６７８Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４８７４１Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４８８３４Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８４８９１０Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８４９０７６Ａ＞Ｇ、ｇ．５４８４９０９３Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４９３１０Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４９８９３Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８４９９０９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８５０３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８５０４９５＿５４８５０４９６ｉｎｓＴ、ｇ．５４８５０６２１Ｃ＞Ｇ、ｇ．５４８５０７０６Ａ＞Ｇ、ｇ．５４８５６６６９Ａ＞Ｇ、ｇ．５４８５９０７１Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８５９１１２Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８８０１０９＿５４８８０１１０Ｇ、ｇ．５４８８１０９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．［５４８８１３３４＿５４８８１３３５ｉｎｓＣＡ；５４８８１３３５＿５４８８１３３７ｄｅｌＴＣＣ］、ｇ．５４８８１３３５Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８８１３３５Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４８８１３８８Ｇ＞Ａ、ｇ．５４８８１４１８Ｇ＞Ｔ、ｇ．６５６２４９１９Ｇ＞Ａ、ｇ．７８３４５１８６＿７８３４５１７Ｔ、ｇ．７８３４５３４７Ｃ＞Ａ、ｇ．７８４１７６３３Ｃ＞Ｇがある。ウシ１７番染色体では、ｇ．１８０１４３３７Ｃ＞Ｇ、ｇ．１８９３２８０４Ａ＞Ｇ、ｇ．１９０９５１５４Ｃ＞Ｔ、ｇ．１９０９５２５９＿１９０９５２６１ｄｅｌＡＡＧ、ｇ．１９０９５５２８Ｇ＞Ａ、ｇ．１９０９５６４７Ｔ＞Ａ、ｇ．１９１００１５５Ｇ＞Ｃ、ｇ．１９１００１７７Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１００１８３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１００２０５Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１００４６３Ｔ＞Ｇ、ｇ．１９１００５４８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１００６０３Ｃ＞Ｔ、ｇ．１９１００６５７Ｃ＞Ｔ、ｇ．１９１００６７１Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１００８５０Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１０１１８７Ｇ＞Ａ、ｇ．１９１０２４２７Ａ＞Ｇ、ｇ．１９１０２４４２Ｔ＞Ｃ、ｇ．１９１０２５８６Ｃ＞Ｔ、ｇ．１９１０２６４０Ｃ＞Ａ、ｇ．１９１０３００１Ａ＞Ｃ、ｇ．１９１０３６６４＿１９１０３６６５ｉｎｓＡＡＴＴＡＧＧＡＴＡＡＡＡＴＴＡＧＧＡＴ、ｇ．１９１０７７３４Ｃ＞Ｔ、ｇ．１９１０８４１１Ａ＞Ｇ、ｇ．１９１０８４３０Ａ＞Ｇ、ｇ．１９１０８４３５Ｇ＞Ａ、ｇ．１９１１００８３Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０５２８００１＿２０５２８００４ＴＴＴＴ、ｇ．２０５２８０１５ｄｅｌＣ、ｇ．２０５２８０７９Ｇ＞Ａ、ｇ．２０５２８０９６Ｇ＞Ｔ、ｇ．２０５２８１５０Ａ＞Ｔ、ｇ．２０５２８１８５Ａ＞Ｇ、ｇ．２０５２８２０２Ｔ＞Ｃ、ｇ．２０５３６１７１Ｇ＞Ａ、ｇ．２４４９２１００Ｇ＞Ｔ、ｇ．２９０３１７０４Ａ＞Ｃ、ｇ．３５２８０６６２Ｇ＞Ａ、ｇ．３５３７１４５３Ｔ＞Ａ、ｇ．３５４３７４７４Ａ＞Ｇ、ｇ．３７２７１４６５Ｃ＞Ｔ、ｇ．３７５４２１３４Ｃ＞Ｔ、ｇ．３７５４３１３９Ｔ＞Ｃ、ｇ．３７５５０８１８Ｃ＞Ｇ、ｇ．４０５２６１２５＿４０５２６１２６ＴＡ、ｇ．４０５３３９３８Ａ＞Ｇ、ｇ．４０５３３９４３Ｇ＞Ａ、ｇ．４０５４９２５８Ｔ＞Ｇ、ｇ．４０５４９２７１Ｇ＞Ｔ、ｇ．４０５６３８６０Ｃ＞Ｔがある。ウシ１９番染色体では、ｇ．［２０２５１３１６ｄｅｌＴ；２０２５１３１６＿２０２５１３１７ｉｎｓＴ］、ｇ．３６００３０３１Ｃ＞Ａがある。ウシ２０番染色体では、ｇ．４２９９９４６６Ｔ＞Ａがある。ウシ２２番染色体では、ｇ．［２９９８８０８０＿２９９８８０８８ｄｅｌＴＧＴＴＴＴＴＴＧ；２９９８８０８１ｄｅｌＧ；２９９８８０８１＿２９９８８０８８ｄｅｌＧＴＴＴＴＴＴＧ］がある。ウシ２５番染色体では、ｇ．１７１４６０２０Ｇ＞Ｃ、ｇ．１７１４７２７６Ｇ＞Ｃ、ｇ．１７１５５１５９Ｇ＞Ａ、ｇ．１７２０５９４７Ａ＞Ｇがある。ウシ２７番染色体では、ｇ．８５８５５５３Ｃ＞Ａ、ｇ．８５８５５５６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８５８９４１３Ｔ＞Ｃ、ｇ．８５８９４３７Ｇ＞Ａ、ｇ．８５８９４６１Ａ＞Ｇ、ｇ．８５９０４００Ｃ＞Ｔ、ｇ．８６１１４２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．２３７２５６２５Ｇ＞Ｃ、ｇ．３８８２３８６４Ｇ＞Ａがある。ウシＸ染色体では、ｇ．１３５５６９０２７Ｇ＞Ｃ、ｇ．１３５５６９０９１Ｃ＞Ｔ、ｇ．１３５５６９１０５Ｇ＞Ｃ、ｇ．１３５５６９２１４Ｔ＞Ａ、ｇ．１３５５７１６５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１３５５７２３３８Ｔ＞Ｃ、ｇ．１３５５７２３９６Ｔ＞Ｃ、ｇ．１３５５７２３９７Ｇ＞Ａ、ｇ．１３５５７５７６８Ａ＞Ｇ、ｇ．１３５５７５７８７Ｔ＞Ａ、ｇ．１３５５９２０５１Ｇ＞Ａがある。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、単一で用いることもできるし、組合せて用いることもできる。組合せて用いる場合は、例えば２個、３個、５個、１０個、２０個、６０個、１００個といった複数のＤＮＡ変異マーカーを用いることができる。複数個のＤＮＡ変異マーカーにおいて、例えば１個でも高受胎性と判定できた場合、複数個で高受胎性と判定できた場合、マーカー全体の３０％とか５０％が高受胎性と判定できた場合に高受胎性であると最終的に判定できる。好ましくは、複数個のＤＮＡ変異マーカーのうち、１個でも高受胎性と判定できた場合に高受胎性と推定する。組合せて用いることにより、より信頼性が高い高受胎性の判定指標となる。

上記のウシゲノム領域は、複数の高受胎個体に共通してＤＮＡ変異が確認された領域である。この領域は、（１）で示したように、複数のＤＮＡ変異マーカーの間にランダムでない相関があって、連鎖不平衡が保たれている連鎖不平衡ブロックに存在する場合もある。この連鎖不平衡ブロックの範囲にあるＤＮＡ変異であって、高受胎性を判定できるＤＮＡ変異マーカーであれば適宜用いることができる。また、高受胎性を示す少なくとも１個体にのみ表れる遺伝子型であればＤＮＡ変異マーカーとして利用できる。これらのＤＮＡ変異マーカーは、次世代シーケンスを用いた全ゲノム解析から特定した高受胎個体に共通するＤＮＡ変異から絞り込まれたため、集団内への影響が大きいことが想定され、効率的に高受胎個体を判定することができるＤＮＡ変異マーカーである。これらの一又は複数のＤＮＡ変異によって、受胎性に関連する遺伝子調節等に影響がもたらされ、高受胎の表現型を示すと考えられる。例えば、ＤＮＡ変異がプロモーター領域やイントロン領域に生じれば遺伝子の発現量が変化し、エクソン領域に生じればアミノ酸の種類が置き換わり表現型が変化することがある。

（３）ウシゲノム特異的な領域にある好ましいＤＮＡ変異マーカー
本発明のＤＮＡ変異マーカーとして、全ゲノム中において特異性が高く統計的に信頼性も高いマーカーを配列番号１～６４に、アミノ酸の非同義置換が生じている可能性が高いマーカーを配列番号３１、６５～７０に示す（表１）。配列番号１～７０に記載の塩基配列は、配列番号１～７０に記載のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するためのプローブやプライマーの作成に用いることができる。
配列番号１～７０は、該当の塩基配列の変異部位に加えて、上流及び下流の１００塩基程度を示す。表１の先頭行の「配列番号」は、配列表の配列番号と同一である。「変異」は、ウシゲノムリファレンスに対する変異の様式を示し、塩基の「置換」、「挿入」、「欠失」のいずれかを示す。「位置」は、配列番号における変異が生じた部位である。変異が置換であれば、置換された塩基の位置を示す。変異が挿入であれば、挿入された前後の塩基の位置を示す。変異が欠失であれば、欠失された塩基の位置を示す。該当する塩基が複数ある場合は、「＿」を用いて範囲を示す。欠失及び置換は、配列表において該当する配列をｎで示している。

「染色体」及び「位置・変異情報」は、ＤＮＡ変異マーカーを特定するウシゲノム（ＡＲＳ－ＵＣＤ１．２）上の染色体番号及び該当の染色体上の位置を示す。置換は、例えば配列番号２であれば、ウシ２番染色体のｇ．５００２６４００Ｔ＞Ｃと表記し、ｇ．はゲノム、５００２６４００はウシ２番染色体上の位置、Ｔ＞ＣのＴはリファレンスの塩基、Ｃは変異の塩基で、＞はＴからＣに変化したことを示す。挿入は、例えば配列番号１４であれば、ウシ２番染色体のｇ．５００５２０５２＿５００５２０５３ｉｎｓＡと表記し、ｉｎｓＴはＴが５００５２０５２と５００５２０５３の間に付加されたことを示す。挿入（繰返し）は、例えば配列番号１であれば、ウシ１番染色体のｇ．９９９９２６５１ＡＴ［９］；［１０］；［１３］；［１４］；［１５］；［２１］と表記し、９９９９２６５１のＡＴが角括弧内の回数繰り返されたことを示す。「；」は、複数の変異が存在することを示す。欠失は、例えば配列番号６であれば、ウシ２番染色体のｇ．５００４３３１７ｄｅｌＡと表記し、ｄｅｌＡは５００４３３１７のリファレンスの塩基Ａが削除されたことを示す。

「アノテーション（効果）」は、変異の効果であり、「ｍｉｓｓｅｎｓｅ＿ｖａｒｉａｎｔ」は蛋白質のアミノ酸配列が変化する、「ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ＿ｖａｒｉａｎｔ」は蛋白質のアミノ酸配列がフレームシフトを起こす、「ｉｎｔｒｏｎ＿ｖａｒｉａｎｔ」は蛋白質のアミノ酸配列を指定しない領域にある、「ｕｐｓｔｒｅａｍ＿ｇｅｎｅ＿ｖａｒｉａｎｔ」と「ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ＿ｇｅｎｅ＿ｖａｒｉａｎｔ」はそれぞれ遺伝子の上流と下流５０００塩基以内の領域に遺伝子が存在する、「ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ＿ｒｅｇｉｏｎ」は遺伝子間の領域であることを各々示す。
「アノテーション（遺伝子）」は、ＤＮＡ変異マーカーの最も近傍に存在する遺伝子であり、それぞれの遺伝子が高受胎性に影響を与える可能性がある。さらに、アミノ酸の非同義置換が生じる場合は、「位置・変異情報」に追記し、例えば配列番号６５であれば、ｐ．Ｈｉｓ８３３Ａｒｇと表記し、ＦＡＭ８３Ｂ蛋白質の８３３番目のアミノ酸がヒスチジンからアルギニンに置換することを示す。また、アミノ酸のフレームシフトが生じる場合は、例えば配列番号３１であれば、ｐ．Ｇｌｕ９３ｆｓと表記し、ＰＰＭ１Ｅ蛋白質の９３番目のアミノ酸であるグルタミン酸がフレームシフトを起こすことを示す。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、遺伝子発現によって作られた蛋白質に何らかの影響をもたらす領域であってもよい。例えば、ＤＮＡ変異マーカーの下流にある遺伝子の発現を変動させる領域であってもよい。また、遺伝子発現によって作られた蛋白質のアミノ酸等の変異が生じている領域であってもよい。アミノ酸置換によって蛋白質の活性に有害な影響が生じて高受胎性になるＤＮＡ変異マーカーであれば、より有効な変異マーカーといえる。例えば、上記の配列番号３１、６５～７０は、アミノ酸の置換が起こった例である。

本発明のＤＮＡ変異マーカーによる雄の受胎性の判定により、顕性モデルでは変異ホモ接合型及びヘテロ接合型であれば、高受胎性が見込まれるとして選抜対象とする。例えば、配列番号２０のＤＮＡ変異マーカーは、ＣＣ型又はＣＴ型であれば高受胎性が見込まれ選抜対象とし、ＴＴ型であれば選抜しないといったことができる。また、潜性モデルでは変異ホモ接合型であれば、高受胎性が見込まれるとして選抜対象とする。例えば、配列番号５５のＤＮＡ変異マーカーは、ＣＣ型であれば高受胎性が見込まれ選抜対象とし、ＣＴ型又はＴＴ型であれば選抜しないといったことができる。

本発明のＤＮＡ変異マーカーを構成する塩基配列の数は、変異の部位を含めば適宜選択できる。例えば、変異マーカーの部位を挟むような形であってもよく、変異の箇所の上流又は下流といった片側のみの配列でもよい。変異マーカーを特定するための塩基の数は、増加すればするほど特異的な配列となる。理論上はＤＮＡの塩基の組合せは、ＡＴＧＣ塩基４種類の塩基総数乗通りとなり、塩基配列が５個のＤＮＡだと約千通り、１０個だと約１００万通り、１５個だと約１０億通り、２０個だと約１兆通りの組合せがある。例えば、ウシゲノムは約２７億個の塩基から構成されるため、ＤＮＡ変異マーカーの部位を含み１５塩基程度、より好ましくは２０塩基以上、さらに好ましくは４０塩基以上の塩基数があれば、理論上は特異的な配列を検出できる。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、ＤＮＡの塩基が水素結合によって、ＡとＴが相補的に結合し、ＧとＣが相補的に結合するため、相補的な配列でも同様に用いることができる。例えば、配列番号２０であれば、Ｔがリファレンスの塩基でＣが変異の塩基であるから、その相補的な配列のＤＮＡ変異マーカーであれば、Ａがリファレンスの塩基でＧが変異の塩基となる。この場合、体細胞２倍体では、２個のアレルにおいてＧＧ型が変異ホモ接合型、ＧＡ型が変異ヘテロ接合型、ＡＡ型が正常ホモ接合型となる。このような配列番号２０と相補的な配列によるＤＮＡ変異マーカーによれば、ＧＧ型の変異ホモ接合型又はＧＡ型のヘテロ接合型が検出された場合は、高受胎という判定になる。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、配列表から特定される塩基配列を完全に限定するものではなく、ＤＮＡ変異となる変異マーカーの部位の塩基配列を決定できれば、１００％一致する必要はない。例えば個体によっては、変異マーカーの周辺に変異が生じている場合があり、変異マーカーの部位周辺の塩基配列は一致しない場合がある。相同性は、概ね７０％以上が好ましく、さらに好ましくは９０％、さらに好ましくは９５％以上の塩基配列が一致する配列であれば、ＤＮＡ変異マーカーとして利用が可能である。

本発明のＤＮＡ変異マーカーは、ウシの染色体を用いて配列を特定しているが、ホモログ、パラログ、オルソログといった相同性の高い配列として特定できれば、染色体上の位置を問わない。また、対象はウシ以外の動物種であってもよい。例えば、ウシ２番染色体の位置５００２６４００～５１３５９５７３の領域は、ヒトであれば２番染色体に、マウスであれば２番染色体に相当する領域がある。また、ウシ２３番染色体の位置１１０８４８５～９５００９５７の領域は、ヒトであれば６番染色体に、マウスであれば１、９、１７番染色体に相当する領域がある。また、ウシ５番染色体の位置７６０８７８７２～７８３４１７７８の領域は、ヒトであれば１６番染色体に、マウスであれば１５、１６、６番染色体に相当する領域がある。この場合、ＤＮＡ変異マーカーは、ウシのゲノム配列から特定しているため、他動物種では多少変異マーカーの部位周辺の配列が異なることも想定される。

また、例えば、配列番号１０の１０１位を含む配列について、公開データベース（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉ？ＰＡＧＥ＿ＴＹＰＥ＝ＢｌａｓｔＳｅａｒｃｈ）を用いて、ゲノム配列のエントリ［ＲｅｆＳｅｑ Ｇｅｎｏｍｅ Ｄａｔａｂａｓｅ］に対してＭｏｒｅ ｄｉｓｓｉｍｉｌａｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ （ｄｉｓｃｏｎｔｉｇｕｏｕｓ ｍｅｇａｂｌａｓｔ）の条件で相同性検索を行ったところ、例えばコブウシ（Ｂｏｓ ｉｎｄｉｃｕｓ）では２番染色体の位置５２２５６３１３（Ｂｏｓ ｉｎｄｉｃｕｓ ｉｓｏｌａｔｅ ＱＵＩＬ７３０８ ｂｒｅｅｄ Ｎｅｌｏｒｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２， Ｂｏｓ＿ｉｎｄｉｃｕｓ＿１．０）に相同性９９．５％の配列が、スイギュウ（Ｂｕｂａｌｕｓ ｂｕｂａｌｉｓ）では２番染色体の位置１０２１６７８６８（Ｂｕｂａｌｕｓ ｂｕｂａｌｉｓ ｉｓｏｌａｔｅ １６００１５１１８５０７ ｂｒｅｅｄ Ｍｕｒｒａｈ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２， ＮＤＤＢ＿ＳＨ＿１）に相同性９７．５％の配列が、ロバ（Ｅｑｕｕｓ ａｓｉｎｕｓ）では４番染色体の位置６２，８３７，１７２（Ｅｑｕｕｓ ａｓｉｎｕｓ ｂｒｅｅｄ Ｄｅｚｈｏｕ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ４， ＡＳＭ１６０７７３２ｖ２）に相同性８３．３％の配列が、ブタ（Ｓｕｓ ｓｃｒｏｆａ）では１５番染色体の５，６９３，４５５（Ｓｕｓ ｓｃｒｏｆａ ｉｓｏｌａｔｅ ＴＪ Ｔａｂａｓｃｏ ｂｒｅｅｄ Ｄｕｒｏｃ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ １５， Ｓｓｃｒｏｆａ１１．１）に相同性７９．６％の配列が、ヒト（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ）では２番染色体の位置１４６，２８２，４５４（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２， ＧＲＣｈ３８．ｐ１３ Ｐｒｉｍａｒｙ Ａｓｓｅｍｂｌｙ）に相同性７９．７％の配列が、マウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）では２番染色体の位置４６，９４８，８３３（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ｓｔｒａｉｎ Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２， ＧＲＣｍ３９）に相同性８０．７％の配列が各々ヒットするため、配列番号１０の配列は様々な動物種で保存されていることが確認でき、様々な動物種において高受胎性に関わる指標となる可能性もある。

実施の形態２．ＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法
本発明のＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法は、動物の受胎性を判定するための指標となる実施の形態１に記載のＤＮＡ変異マーカーを用いた検査方法であり、標的となるＤＮＡ等に対して、一又は複数のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する塩基決定工程と、決定された塩基から受胎性を判定する受胎性判定工程からなる。

（ｉ）塩基決定工程
塩基決定工程は、動物の検査試料から抽出されたＤＮＡ等を用いて、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列の決定を行う工程である。

動物は、標的となるＤＮＡ変異を検出できれば、任意の動物を用いることができる。例えば、ヒトを含む哺乳動物、家畜動物、愛玩動物、動物園・水族館動物、実験動物、魚類等が挙げられる。家畜動物は、ウシ、ブタ、ヤギ、ウマ、ヒツジ等が挙げられる。愛玩動物は、イヌ、ネコ、ウサギ等が挙げられる。動物園・水族館動物は、パンダ、イルカ、ウツボ等が挙げられる。実験動物は、マウス、ハムスター、ラット、ウニ、ヒトデ等が挙げられる。受胎性を判定する動物は、より好ましくは家畜動物であり、さらに好ましくはウシである。

ウシは、Ｂｏｓ属の動物であり、例えば、Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ種の家畜牛、Ｂｏｓ ｊａｖａｎｉｃｕｓ種のバンテン、Ｂｏｓ ｉｎｄｉｃｕｓ種のコブウシ、Ｂｏｓ ｓａｕｖｅｌｉ種のコープレイ、Ｂｏｓ ｍｕｔｕｓ種のヤクなどが含まれる。Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ種は、例えば黒毛和種、褐毛和種、無角和種、日本短角種、アバディーン・アンガス種、ショートホーン種、ヘレフォード種、シャロレー種、シンメンタール種、リムーザン種、ホルスタイン種、ジャージー種、ガンジー種、ブラウン・スイス種、エアシャー種、デンマーク赤牛、黄牛、草原紅牛、朝鮮牛、ブラーマン種、ヒンドゥー種、カンペンセン種等があげられる。また、日本の野生化牛である口之島牛、見島牛、見蘭牛等も含む。好ましくは黒毛和種である。

本発明の検査方法は、雄の受胎性を判定するが、検査自体は雄のみならず、雌、両性具有、雌雄同体等も含めて適用できる。例えば、雌の染色体構成でありながら、雄の能力を有するような雄化した雌にも適用できる。また、高受胎性は本発明のＤＮＡ変異マーカーが、顕性モデルであれば変異ホモ接合型及びヘテロ接合型が該当し、潜性モデルであれば変異ホモ接合型が該当するため、将来の子が雄の場合にそのような個体を作出するため、交配を予定している雌雄双方のＤＮＡ変異を調べることによって、将来的に子の遺伝子型が、顕性モデルであれば変異ホモ接合型及びヘテロ接合型が該当し、潜性モデルであれば変異ホモ接合型にするための参考にすることができる。

検査試料は、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を特定できるＤＮＡ等の核酸配列が含まれていればよい。検査資料は、１個体毎だけでなく、複数個体をプールして用いることもできる。また、マルチプレックス法のように、異なる配列のインデックスを付加する等により１個体毎にＤＮＡ等の特定を行い、同時に多個体の塩基配列を決定することもできる。

ＤＮＡ等の核酸配列は、ＤＮＡやＲＮＡ等の核酸やそれらの修飾体を含むモノマーであるヌクレオチドが多数接続したポリヌクレオチドからなる。ポリヌクレオチドは、約２０塩基対程度のオリゴヌクレオチドも含む。ポリヌクレオチドは、プリン塩基又はピリミジン塩基やそれらの修飾塩基からなる塩基を含む。例えば、ゲノムＤＮＡ、相補的なＤＮＡ、ＤＮＡから転写されたｍＲＮＡ、ｍＲＮＡから合成したｃＤＮＡ、合成ＤＮＡ、ＰＣＲによって一部領域を増幅したＤＮＡ等があげられる。なお、ＤＮＡの塩基は上記の通り、ＡＧＴＣの４種類であるが、ＲＮＡの塩基はＴがウラシル（Ｕ）に置き換わる。また、ＤＮＡやＲＮＡ等の核酸は、１本鎖、２本鎖、又は３本鎖以上の任意の数の鎖であってもよく、ＤＮＡとＲＮＡのハイブリッド型、ＤＮＡとＲＮＡのキメラ型等の形でもよい。また、ＤＮＡやＲＮＡ等の核酸は、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列の決定ができればよく、インデックス配列等の付加、アミノ化、ビオチン化、リン酸化等による修飾、蛍光色素、ハプテン、アフィニティタグ等によって標識されているものも含まれる。

検査試料は、検査対象となる動物個体由来のＤＮＡ等を用いる。好ましくは、動物個体の細胞から抽出する。例えば毛根、皮膚、唾液、鼻汁、血液、肉、精巣や卵巣等の臓器、精液、精子、卵子、受精卵等が挙げられる。細胞は、幹細胞、精巣幹細胞、ｉＰＳ細胞、培養細胞といった形で、人工的に培養をして、継代や増殖させたものも用いることができる。検査試料は、ポリヌクレオチドが取得できればよく、冷蔵、凍結、凍結乾燥等していてもよい。

検査試料を取得する方法は、毛根、皮膚、唾液、鼻汁であれば直接個体から採取する方法、血液であれば採血による方法、肉や臓器であればと体から採取する方法、精巣由来の精子であれば精巣を採取し精子を吸い出す方法等、精巣上体由来の精子であれば精巣上体を採取し精子を吸い出す若しくは掻き出す方法等、射出精液由来の精子であれば雌体内への射精後に回収する方法や電気刺激や人工腟を用いて採取する方法、受精卵であれば一部の細胞を切り取る方法、幹細胞、精巣幹細胞、ｉＰＳ細胞、培養細胞であれば細胞培養を行って回収する方法等が挙げられる。取得した精子は、取得直後の精漿に浮遊した状態でも、水溶液等でさらに希釈又は洗浄されていてもよい。

ＤＮＡ等の抽出は、本発明のＤＮＡ変異マーカーを検出するためのポリヌクレオチドを回収できれば、任意の方法であってもよい。例えば、フェノール、クロロホルムを用いた方法、ヨウ化ナトリウムを用いた方法が挙げられる。また、ダイレクトＰＣＲのように、ＤＮＡの抽出操作を行うことなく細胞から直接ＤＮＡ等を用いることもできる。

塩基配列決定は、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列が決定できれば、適宜手法を選択することができる。ＤＮＡ配列を決定する手法は、例えば、サンガーシーケンスを用いた個別又は複数のポリヌクレオチドシーケンス、ＳＮＰタイピングチップ等を用いたマイクロアレイ法、次世代シーケンシングを用いた全ゲノム解析やエクソーム解析又は標的領域の濃縮によるターゲットリシーケンス、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ、ＰＣＲ－ＳＳＣＰ、ＴａｑｍａｎＰＣＲ、ＳＮａＰ Ｓｈｏｔ、Ｉｎｖａｄｅｒ法、質量分析法等が挙げられる。

サンガーシーケンスは、ＤＮＡポリメラーゼを用いて末端が特定の塩基に対応するＤＮＡ断片を合成する手法で、４種類の蛍光色素で標識したジデオキシヌクレオチドを伸長反応に使用するダイターミネーター法がある。例えば、ＤＮＡ変異マーカーの部位を含む塩基配列をＰＣＲによって増幅させた検査試料のＤＮＡ等に対して、特異的に結合する一種類のプライマーからの伸長反応でランダムに取り込まれたダイターミネーターの蛍光色素の種類とＤＮＡ断片の長さをキャピラリー電気泳動装置で検出して、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する。

マイクロアレイ法は、基板上に複数の鋳型ＤＮＡの部分配列を高密度に配置して固定したポリヌクレオチド断片とハイブリダイゼーションして、結合部位を蛍光や電流により検出する。例えば、ＤＮＡマイクロアレイであれば、ＤＮＡ変異マーカーを検出するＤＮＡプローブを基板に固定化し、それらに相補性のある標識化した検査試料のＤＮＡ等をハイブリダイズさせて、ＤＮＡ変異マーカーを含む塩基配列を決定する。この方法は、複数のＤＮＡ変異マーカーを検出するのに有効である。例えば、イルミナ株式会社が提供するＩｎｆｉｎｉｕｍ ＸＴ又はｉＳｅｌｅｃｔ ＨＤ ＢｅａｄＣｈｉｐを用いてＤＮＡ変異マーカーを検出するＳＮＰタイピングチップを作製し、ＤＮＡ等が含まれる溶液をこれらのＳＮＰタイピングチップと反応させて、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する。例えば、ウシ２番染色体の位置５００２６４００～５１３５９５７３の領域や他動物種の相当する領域に限定してＤＮＡタイピングを行うカスタムＳＮＰタイピングチップを用いて、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定し、受胎性に問題がある個体を判定する。

また、一部の正常個体で判定に矛盾があっても、他の高受胎個体の多くに共通する複数のＳＮＰ型を用いることにより、高受胎性に特異的な連鎖不平衡ブロックを特定することができるため、これらのＳＮＰ型をＤＮＡ変異マーカーとして用いることで、受胎性に問題がある個体の推定ができる。

次世代シーケンシングは、並列処理を行うことで高スループットが実現されたポリヌクレオチドシーケンスである。並列処理は、カスタムアダプター配列を利用して増幅又はライゲーションしたライブラリを基板上の鋳型ＤＮＡに固定化し、ヌクレオチド合成過程を顕微鏡等で観察して実現する。シグナルの取得やヌクレオチド合成方法は、ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社が提供するパイロシーケンシング、イルミナ株式会社が提供する合成シーケンシング、サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社が提供するライゲーションを用いたシーケンシングや半導体シーケンシング、ナノポアオックスフォード・ナノポアテクノロジーズが提供するナノポアを用いたシーケンシング等により、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する。

全ゲノム解析は、ゲノムを解析する上で包括的な手法で、１塩基ごとにゲノム全体で捉えることができる。エクソーム解析は、ゲノムの蛋白質コーティング領域等を標的とする手法で、例えばヒトゲノムでは遺伝子コードの２％未満に相当し既知の疾患関連の変異約８５％を含むとされ、全ゲノム解析に対するコスト効率の良い手法である。ターゲットリシーケンスは、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を、特殊プローブやプライマーを利用し、キャプチャーして濃縮後にシーケンス解析行う。これらは複数のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するのに有効である。

リアルタイムＰＣＲは、ＰＣＲによる増幅を経時的に測定することで、増幅率に基づいて鋳型ＤＮＡの定量を行う。例えば、本発明のＤＮＡ変異マーカーを含むＤＮＡ等の領域を増幅するプライマーセットと、これらのＤＮＡ変異マーカーに対応する２種類の遺伝子型の蛍光プローブを用いて、ＤＮＡ変異マーカーの塩基配列を決定する。蛍光強度により、変異ホモ接合型、ヘテロ接合型、正常ホモ接合型に分けてＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を識別して検出できる。

ＰＣＲ－ＲＦＬＰは、制限酵素断片長多型により変異を検出するものであり、ＰＣＲでポリヌクレオチドを増幅し、制限酵素によって切断されたポリヌクレオチド断片の長さが、ゲノムＤＮＡ変異に起因して個体間で異なることを検出して、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する。

（ｉｉ）受胎性判定工程
受胎性判定工程は、塩基決定工程で決定された塩基配列から、受胎性の判定を行う工程である。

受胎性の判定は、具体的なＤＮＡ変異マーカーによる高受胎性の判定は実施の形態１にも記載したが、決定されたＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列によって行う。顕性モデルであれば、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型が高受胎型、リファレンスホモ接合型が非高受胎型と判定する。潜性モデルであれば、変異ホモ接合型が高受胎型、ヘテロ接合型又はリファレンスホモ接合型が非高受胎型と判定する。そして、雄であれば高受胎型であれば選抜対象とし、非高受胎型であれば選抜対象としないといったことができる。雌であれば変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であって、子が高受胎型になる可能性があれば、繁殖対象とすることができる。

判定に用いるＤＮＡ変異マーカーの数は、１個であっても複数個の組合せであってもよい。例えば１個のＤＮＡ変異マーカーを用いる場合、配列番号２０は顕性モデルなので１０１位がＣＣ型又はＣＴ型である場合に高受胎型と判断できる。また、配列番号５５は潜性モデルなので１０１位がＣＣ型である場合に高受胎型と判断できる。３個のＤＮＡ変異マーカーを用いる場合、例えば配列番号２０の１０１位、配列番号３４の１０１位、配列番号５５の１０１位の組合せを選択でき、それぞれＣＣ型又はＣＴ型、ＴＴ型又はＴＧ型、ＣＣ型のいずれかである個体は、高受胎型と判断できる。複数個のＤＮＡ変異マーカーのうち、２個以上が高受胎型と判定出来る場合は、結果の信頼性がより高まる。また、複数のＤＮＡ変異マーカーのうち数個の塩基配列が決定できなかったとしても、他に特定できたＤＮＡマーカーから高受胎性を判定することは可能である。このことから、複数のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定して、高受胎性の判定を行うことにより、効果的かつ信頼性の高い検査方法となる。

実施の形態３．ＤＮＡ変異マーカーを用いた検査用のプローブ、プライマー
本発明の検査キットは、動物の検査試料から抽出されたＤＮＡ等を用いて、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列の決定を行うのに必要な試薬である。例えば、サンガーシーケンシングであれば、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を含むＤＮＡ領域をＰＣＲで増幅するために用いる特異的なＤＮＡ等のプライマーである。また、ＤＮＡマイクロアレイであれば、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を検出するために用いる特異的なＤＮＡ等のプローブである。また、ターゲットリシーケンスであれば、ＤＮＡ変異マーカーの部位を含む領域を濃縮するために用いる特異的なＤＮＡ等のプローブや特異的なＤＮＡ等のプライマーである。ＰＣＲ－ＲＦＬＰであれば、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を検出するために用いる特異的な制限酵素である。

本発明のプローブは、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、鋳型となる検査試料のＤＮＡ等のいずれかの領域にハイブリダイズするものである。プローブは、ＤＮＡ変異マーカーの部位を含む形でハイブリダイズするのが好ましいが、ＤＮＡ変異マーカーの近傍の領域までハイブリダイズできる形であってもよく、変異の箇所の上流又は下流といった片側のみの塩基配列でもよい。ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために適宜選択できる。例えば、配列番号２０の１０１位で示すＤＮＡ変異マーカーの塩基配列を決定するプローブであれば、配列番号２０の１～２０１位、５０～１５１位、５０～１００位、１０１～２０１位を含む塩基配列が挙げられる。また、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定できれば、１～２０１位のさらに上流又は下流の塩基配列を含んでもよい。また、プローブが、ＤＮＡ変異マーカーの近辺の塩基までハイブリダイズできる形であって鋳型となる検査試料のＤＮＡ等のＤＮＡ変異マーカーの部位を含まない場合、マーカーの近辺の塩基までハイブリダイズした後、鋳型となる検査試料から相補的なＤＮＡを合成して、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基を決定できる。例えば、イルミナ株式会社が提供するＩｎｆｉｎｉｕｍアッセイのように、ＤＮＡ変異マーカーの部位の直前までの配列の５０塩基のオリゴプローブに、検査試料ＤＮＡをハイブリダイズさせ、次に酵素を用いて１塩基伸長反応を行い、蛍光標識されたヌクレオチドを取り込み、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定する。

本発明のプライマーは、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、鋳型となる検査試料のＤＮＡ等のいずれかの領域にハイブリダイズするものである。いずれかのＤＮＡ変異マーカーの部位を含む領域を増幅するために、一対のプライマーを用いる。プライマーは、ＤＮＡ変異マーカーの部位を挟むような形で設計するのが好ましいが、変異の箇所の近傍の領域であれば上流又は下流といった片側のみの塩基配列のみの設計でもよい。ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために適宜選択できる。例えば、配列番号１０の１０１位で示すＤＮＡ変異マーカーの塩基配列を決定するプライマーであれば、配列番号１０の２０～４０位、７５～１００位、９０～１１０位を含む塩基配列が挙げられる。また、ＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列を決定できれば、１～２０１位のさらに上流又は下流の塩基配列を含んでもよい。好ましくは、変異マーカーの部位を含む連続する核酸領域を増幅させるため、変異マーカーの箇所の上流及び下流に設計する。例えば、配列番号１０の１０～３０位及び１４０～１６０位が挙げられる。変異の箇所の上流又は下流といった片側のみのプライマーは、例えば、ＰＣＲ産物を精製して、シーケンス反応を行う場合に用いる。

プローブやプライマーの塩基配列は、本発明のＤＮＡ変異マーカーと同様に、配列表から特定される塩基配列から完全に限定するものではなく、ＤＮＡ変異となる変異マーカーの部位の塩基配列を決定できれば、１００％一致する必要はない。相同性は、概ね７０％以上が好ましく、さらに好ましくは９０％、さらに好ましくは９５％以上の塩基配列が一致する配列であれば利用が可能である。また、プローブやプライマーは、本発明のＤＮＡ変異マーカーの部位の塩基配列の決定ができればよく、インデックス配列等の付加、アミノ化、ビオチン化、リン酸化等による修飾、蛍光色素、ハプテン、アフィニティタグ等によって標識されているものも含まれる。

以下に実施例を挙げて、本発明のＤＮＡ変異マーカー、並びにそれを用いた検査方法及び検査キットを具体的に説明する。本発明は以下の実施例に限定されるものではなく、本発明の技術分野において通常の変更を行うことができる。

実施例１．次世代シーケンス解析による高受胎種雄牛に係るゲノムＤＮＡ変異の特定（顕性モデル）
黒毛和種種雄牛１２５頭について、調整交配時の初回受胎率（平均５３．７％、標準偏差２０．０％）および次世代シーケンシングによる全ゲノム解析を行った。ウシゲノムＤＮＡは、凍結精液からヨウ化ナトリウムを用いた方法で抽出した。次世代シーケンサによる配列解析は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ ６０００を用いて、リード長１５０ｂｐ、ペアエンドシーケンスを行った。１検体あたり標的領域を全ゲノム解析で平均ｘ３０程度のデプスでカバーするように行った。次世代シーケンサから得られた配列データは、ＦａｓｔＱＣを用いてクオリティチェックをおこなった。各配列データをヘレフォード種の参照ゲノム配列（ＡＲＳ－ＵＣＤ１．２）を用いて、マッピングを行った。変異検出はＧＡＴＫ（Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｔｏｏｌｋｉｔ）のＨａｐｌｏｔｙｐｅＣａｌｌｅｒを用いて行い、ＶａｒｉａｎｔＦｉｌｔｅｒａｔｉｏｎを用いて変異のクオリティ情報を付与した。解析結果は、ＩＧＶ（Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｖｉｅｗｅｒ）を用いて可視化した。ＤＮＡ変異解析は、受胎率７０％以上の高受胎種雄牛２８頭に変異を有するが、５０％以下の低受胎種雄牛４１頭に変異がないＤＮＡ変異を抽出した。顕性モデルで高受胎性を説明できる変異を絞り込み、受胎率７０％以上の種雄牛３０％以上（２８頭中９頭以上）に共通する変異を絞り込んだ。

顕性モデルでは、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型が高受胎を説明できるゲノムＤＮＡ変異として１４８１個特定した。ウシ染色体における範囲は、実施の形態１に記載した。ｐ値は、変異ホモ接合型及びヘテロ接合型の個体に対して、リファレンスホモ接合型の個体を比較して、ｔ検定により算出した（図１）。これらの全てのゲノムＤＮＡ変異において、ｐ＜０．０５で有意差が確認されたが、特にｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）として以下の範囲が特定された。ウシ１番染色体では、位置９９９９２６５０があった。ウシ２番染色体では、位置５００２６４００～５１３５９５７３があった。ウシ３番染色体では、位置５３８１９８４６～５８４６５７３８、１１８６９６４３４があった。ウシ４番染色体では、位置１１２７６７１０７～１１３２６１６９６があった。ウシ５番染色体では、位置７６０４２２００～７８１８７１７４があった。ウシ６番染色体では、位置２０９７５４５９～２０９９３２１５、１１６００５７９０～１１６００５８２２があった。ウシ７番染色体では、位置３１３９７００～７５３４１３０があった。ウシ１０番染色体では、位置９５７００９４３～９５９２０６５２があった。ウシ１４番染色体では、位置１３４５１２９０～１４００５９７２があった。ウシ１５番染色体では、位置５７９５０７６８があった。ウシ１６番染色体では、位置５９３１０１９０があった。ウシ１７番染色体では、位置１８６５１～７３５６８、１０９３２６１０～１２９７３４４８、２３２５５５２８～２３４４７６９９、２７４７９５１８～２７８６６８７３、４７２９９４００～４７６２６１３２、５０１１８８２８があった。ウシ１８番染色体では、位置６１３５６０３２～６１３９５５５１があった。ウシ１９番染色体では、位置９７２０６９２があった。ウシ２０番染色体では、位置１１７６３８、４３８４６３８０があった。ウシ２２番染色体では、位置１４７８１３８４～１４７８１４０３があった。ウシ２３番染色体では、位置１１０８４８５～９５００９５７、２６７２１７４８～２９２７４２６６があった。ウシＸ染色体では、位置１０００１１９８５～１０１７７０６１６があった。

この顕性モデルによる高受胎性のＤＮＡ変異マーカーとして、特にｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）でかつ、特異的な領域であるマーカーは配列番号１～４１及び表１に示した。特に、ボンフェローニの補正により、ｐ＜０．０５をウシゲノム全塩基配列２，７１５，８５３，７９２で割った値であるｐ＜１．８４×１０＾－１１を有意水準とした場合において、ウシ２番染色体の位置５００２６４００～５１３５９５７３の範囲に有意な領域が存在した。この領域に存在するウシゲノム特異的なＤＮＡ変異マーカーは、配列番号２～２０があり、特に高受胎性を判定できるＤＮＡ変異マーカーとなり得た。

実施例２．次世代シーケンス解析による高受胎種雄牛に係るゲノムＤＮＡ変異の特定（潜性モデル）
ＤＮＡ変異の抽出までの過程は実施例１に記載した通りである。潜性モデルで高受胎性を説明できる変異を絞り込み、受胎率７０％以上の種雄牛３０％以上（２８頭中９頭以上）に共通する変異を絞り込んだ。

潜性モデルでは、変異ホモ接合型が高受胎を説明できるゲノムＤＮＡ変異として６２１個特定した。ウシ染色体における範囲は、実施の形態１に記載した。ｐ値は、変異ホモ接合型の個体に対して、ヘテロ接合型及びリファレンスホモ接合型の個体を比較して、ｔ検定により算出した（図２）。これらの全てのゲノムＤＮＡ変異において、ｐ＜０．０５で有意差が確認された。

特にｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）として以下の範囲が特定された。ウシ５番染色体では、位置５２５０６３７１～５２５０６３７２、７６０８７８７２～７８３４１７７８、１１９４０３８６５～１１９４０５４８１に７５領域があった。ウシ７番染色体では、位置６０４０８０６～６０４９７６２があった。ウシ８番染色体では、位置９４４７２４０４～９４５１９２８１があった。ウシ１２番染色体では、位置５６７４８１３６～５６８５０５１１があった。ウシ１７番染色体では、位置１８６５１～１９６３３、２４４９２１００～３１１２０９３２があった。ウシ２７番染色体では、位置２３５３１５４、３８８２３８６４があった。ウシ２８番染色体では、位置２４３９９９６０があった。この潜性モデルによる高受胎性のＤＮＡ変異マーカーとして、特にｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）でかつ、特異的な領域であるマーカーは配列番号４２～６４及び表１に示した。

実施例３．ウシ２番染色体の位置５００２６４００～５１３５９５７３のＤＮＡ変異マーカー
実施例１においてｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）の範囲として特定されたウシ２番染色体の位置５００２６４００（配列番号２の１０１位）～５１３５９５７３（配列番号２０の１０１位）には、高受胎性を判定することができる５８個のＤＮＡ変異マーカーが特定された。そのうちウシゲノム中に特異的な領域が１９個特定され、ウシ２番染色体のｇ．５００２６４００Ｔ＞Ｃ（配列番号２の１０１位の置換）、ｇ．５００３４８３０Ｔ＞Ａ（配列番号３の１０１位の置換）、ｇ．５００４０７８５Ｔ＞Ｃ（配列番号４の１０１位の置換）、ｇ．５００４２９１８Ｃ＞Ａ（配列番号５の１０１位の置換）、ｇ．５００４３３１７ｄｅｌＡ（配列番号６の１０１位の欠損）、ｇ．５００４５０２３Ａ＞Ｇ（配列番号７の１０１位の置換）、ｇ．５００４９４３６Ｃ＞Ｔ（配列番号８の１０１位の置換）、ｇ．５００４９５０７Ｔ＞Ｃ（配列番号９の１０１位の置換）、ｇ．５００４９９７６Ａ＞Ｃ（配列番号１０の１０１位の置換）、ｇ．５００５００５７Ｇ＞Ａ（配列番号１１の１０１位の置換）、ｇ．５００５０１６６Ａ＞Ｇ（配列番号１２の１０１位の置換）、ｇ．５００５１９２０Ａ＞Ｃ（配列番号１３の１０１位の置換）、ｇ．５００５２０５２＿５００５２０５３ｉｎｓＡ（配列番号１４の１０１＿１０２位の挿入）、ｇ．５００５２０６６＿５００５２２６７ｉｎｓＴ（配列番号１５の１０１＿１０２位の挿入）、ｇ．５００５２２３５Ａ＞Ｇ（配列番号１６の１０１位の置換）、ｇ．５００５５５８２Ｔ＞Ｃ（配列番号１７の１０１位の置換）、ｇ．５００７２４１８Ｃ＞Ａ（配列番号１８の１０１位の置換）、ｇ．５００８４３７１Ａ＞Ｇ（配列番号１９の１０１位の置換）、ｇ．５１３５９５７３Ｔ＞Ｃ（配列番号２０の１０１位の置換）があった。例えば、配列番号２０のＤＮＡ変異マーカーであれば、変異ホモ接合型（ＣＣ型）とヘテロ接合型（ＣＴ型）の個体の受胎率が高く、それに対してリファレンスホモ接合型（ＴＴ型）の個体の受胎率が低かった（図３Ａ）。同様に１９個のＤＮＡ変異マーカーでは、変異ホモ接合型及びヘテロ接合型の個体は、リファレンスホモ接合型の個体に対して、有意に高い受胎率であった（図３Ｂ）。これらのＤＮＡ変異マーカーは、同一個体で重複して存在する場合が多く、染色体上に連鎖不平衡が生じている範囲にあると考えられた（図３Ｃ）。これらの領域に存在するＤＮＡ変異マーカーは、単一又は複数の組合せで用いることにより、高受胎性種雄牛の推定を行うことができる。

種雄牛の精子から抽出したゲノムＤＮＡを用いて、Ｑｕａｎｔｉｔｅｃｔ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲ ｍａｓｔｅｒ ｍｉｘ（ＱＩＡＧＥＮ）によりＰＣＲを行った。例えば、配列番号１０の変異を含む領域を増幅するため、配列番号７５（ウシ２番染色体の位置５００４９９１７～５００４９９３８）のフォワードプライマー及び配列番号７６（ウシ２番染色体の５００５００２２～５００５００００）のリバースプライマーを用いて増幅したところ、理論通り１０６ｂｐｓの単一のバンドが検出された。また、配列番号２０の変異を含む領域を増幅するため、配列番号７７（ウシ２番染色体の位置５１３５９５０１～５１３５９５２１）のフォワードプライマー及び配列番号７８（ウシ２番染色体の位置５１３５９６０５～５１３５９５８５）のリバースプライマーを用いて増幅したところ、理論通り１０５ｂｐｓの単一のバンドが検出された。このことから、これらの領域は特異的であり、高受胎性を判定するＤＮＡ変異マーカーとして信頼性が高かった。

実施例４．ウシ２３番染色体の位置１１０８４８５～９５００９５７のＤＮＡ変異マーカー
実施例１においてｐ値が低い領域の範囲として特定されたウシ２３番染色体の位置１１０８４８５（配列番号７１の１０１位）～９５００９５７（配列番号７２の１０１位）には１７５個のＤＮＡ変異マーカーが特定された。そのうちウシゲノム中に特異的な領域が８９個特定され、ウシ２３番染色体のｇ．１３７６０７９Ａ＞Ｇ（配列番号３２の１０１位の置換）、ｇ．１４６０１５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１４７１７８５Ａ＞Ｇ、ｇ．１７８１３５７Ｇ＞Ａ、ｇ．１８６９５２０Ｇ＞Ａ（配列番号３３の１０１位の置換）、ｇ．２９４７４１８Ｇ＞Ｔ（配列番号３４の１０１位の置換）、ｇ．３０２８４９８Ｃ＞Ｔ（配列番号３５の１０１位の置換）、ｇ．３０５０３０３Ｃ＞Ｔ、ｇ．３１３６９２４Ａ＞Ｇ（配列番号３６の１０１位の置換）、ｇ．３１７４２４３Ｇ＞Ａ、ｇ．３３０５８９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３４１４５８９Ｇ＞Ａ（配列番号３７の１０１位の置換）、ｇ．３４１７３４２Ｔ＞Ｇ（配列番号３８の１０１位の置換）、ｇ．３４１９４２９Ｃ＞Ａ（配列番号３９の１０１位の置換）、ｇ．［３４２５７５１Ｇ＞Ａ；３４２５７５１Ｇ＞Ｔ］、ｇ．３７６４６４８Ｔ＞Ｇ、ｇ．３９６４９１５Ｇ＞Ａ、ｇ．３９８７４２３ｄｅｌＣ、ｇ．４５０９４２６Ａ＞Ｃ、ｇ．４５１０４７０Ｃ＞Ｔ、ｇ．４５１８６９６Ｔ＞Ｃ、ｇ．４５２７０８４Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４３８２８２Ａ＞Ｇ、ｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ（配列番号６５の１０１位の置換）、ｇ．５４７５４１９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８９８０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４９０２１４＿５４９０２１５ｉｎｓＴＴＡ、ｇ．５５２３８９４Ｃ＞Ｔ、ｇ．５５３９３９６Ａ＞Ｃ、ｇ．５５３９４７９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５５３９４９７Ｇ＞Ａ、ｇ．５５３９６２０Ｇ＞Ｔ、ｇ．５５４１３６５Ｃ＞Ｔ、ｇ．［５５４４５１６ｄｅｌＡ；５５４４５１６＿５５４４５１７ｉｎｓＡ］、ｇ．６０７６４８８Ａ＞Ｃ、ｇ．６２２２８５９Ｃ＞Ｔ（配列番号４０の１０１位の置換）、ｇ．６２８５２９３Ａ＞Ｇ、ｇ．６３６２５６６Ａ＞Ｃ、ｇ．６３７３１２１Ｇ＞Ｔ、ｇ．６３７７８８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２１７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２２８８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２２９０２１＿７２２９０２４ｄｅｌＡＧＡＣ、ｇ．７２４７６２０Ｔ＞Ａ、ｇ．７９９８８０８Ａ＞Ｇ、ｇ．８００２１１７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８００４４２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８００４４９５Ａ＞Ｇ、ｇ．８０２６１４７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０３１４９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８０４５６３８Ｇ＞Ａ、ｇ．８０４９０９３Ｃ＞Ａ、ｇ．８０７１２１７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０９８００７Ｇ＞Ａ、ｇ．８１０８５００Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１２０３２８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１３２８５２＿８１３２８５３ｉｎｓＣ、ｇ．８１３３３６５Ｇ＞Ｃ、ｇ．８１４４６４２Ｇ＞Ａ、ｇ．８１４４９３６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１４５８９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５２４４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７８３５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７９１１Ｃ＞Ａ、ｇ．８１５７９８１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１７４８２９Ｇ＞Ａ、ｇ．８１７６３４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８３０４３Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８４３２８Ｃ＞Ｇ、ｇ．８８９５７０８Ｔ＞Ａ、ｇ．８９９０３２８Ｇ＞Ａ、ｇ．９０１７９９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．９０２６１４４Ａ＞Ｃ、ｇ．９１１０７７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２５５９２０Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２７７０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．９２８４４７３Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４０３４２７Ｔ＞Ｇ、ｇ．９４０８３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ（配列番号６７の１０１位の置換）、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ（配列番号６８の１０１位の置換）、ｇ．９４４０４５１Ｃ＞Ａ、ｇ．９４４４４７８Ｇ＞Ａ、ｇ．９４５５００２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６０２８０＿９４６０２８１ｉｎｓＧＴ、ｇ．９４６１６７６Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６１７００Ｇ＞Ａ、ｇ．９４７６６９３Ａ＞Ｔ、ｇ．９４７７１９６Ｇ＞Ａがあった。例えば、配列番号３７のＤＮＡ変異マーカーであれば、変異ホモ接合型（ＡＡ型）とヘテロ接合型（ＡＧ型）の個体の受胎率が高く、それに対してリファレンスホモ接合型（ＧＧ型）の個体の受胎率が低かった（図４Ａ）。同様にこれらの８９個のＤＮＡ変異マーカーでは、変異ホモ接合型及びヘテロ接合型の個体は、リファレンスホモ接合型の個体に対して、有意に高い受胎率であった（図４Ｂ）。これらのＤＮＡ変異マーカーは、同一個体で重複して存在する場合が多く、染色体上に連鎖不平衡が生じている範囲にあると考えられた（図４Ｃ）。これらの領域に存在するＤＮＡ変異マーカーは、単一又は複数の組合せで用いることにより、高受胎性種雄牛の推定を行うことができる。

種雄牛の精子から抽出したゲノムＤＮＡを用いて、Ｑｕａｎｔｉｔｅｃｔ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲ ｍａｓｔｅｒ ｍｉｘ（ＱＩＡＧＥＮ）によりＰＣＲを行った。例えば、配列番号３４の変異を含む領域を増幅するため、配列番号７９（ウシ２３番染色体の位置２９４７３７１～２９４７３９２）のフォワードプライマー及び配列番号８０（ウシ２３番染色体の２９４７４５６～２９４７４３６）のリバースプライマーを用いて増幅したところ、理論通り８６ｂｐｓの単一のバンドが検出された。また、配列番号３７の変異を含む領域を増幅するため、配列番号８１（ウシ２３番染色体の位置３４１４５４０～３４１４５６１）のフォワードプライマー及び配列番号８２（ウシ２３番染色体の位置３４１４６４５～３４１４６２３）のリバースプライマーを用いて増幅したところ、理論通り１０６ｂｐｓの単一のバンドが検出された。このことから、これらの領域は特異的であり、高受胎性を判定するＤＮＡ変異マーカーとして信頼性が高かった。

実施例５．ウシ５番染色体の位置７６０８７８７２～７８３４１７７８のＤＮＡ変異マーカー
実施例２においてｐ値が低い領域（ｐ＜１０＾－７）の範囲として特定されたウシ５番染色体の位置７６０８７８７２（配列番号７３の１０１位）～７８３４１７７８（配列番号７４の１０１位）には、５３個のＤＮＡ変異マーカーが特定された。そのうちウシゲノム中に特異的な領域が１９個特定され、ウシ５番染色体のｇ．７７０３０８１９Ａ＞Ｇ（配列番号４２の１０１位の置換）、ｇ．７７０３１４８５Ｔ＞Ｃ（配列番号４３の１０１位の置換）、ｇ．７７０３４１８８Ｇ＞Ａ（配列番号４４の１０１位の置換）、ｇ．７７０３４５０４Ａ＞Ｇ（配列番号４５の１０１位の置換）、ｇ．７７０３６０６１Ｔ＞Ｃ（配列番号４６の１０１位の置換）、ｇ．７７０３８８０３Ａ＞Ｇ（配列番号４７の１０１位の置換）、ｇ．７７０４７３６０Ａ＞Ｇ（配列番号４８の１０１位の置換）、ｇ．７７０５６２４１Ａ＞Ｇ（配列番号４９の１０１位の置換）、ｇ．７７０５６３１３Ｔ＞Ｃ（配列番号５０の１０１位の置換）、ｇ．７７０６６９２２Ｔ＞Ｃ（配列番号５１の１０１位の置換）、ｇ．７７０７２０４５Ｇ＞Ａ（配列番号５２の１０１位の置換）、ｇ．７７０７４４５４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４８３５Ｔ＞Ｃ（配列番号５３の１０１位の置換）、ｇ．７７１７７３２７Ｇ＞Ａ（配列番号５４の１０１位の置換）、ｇ．７７１８０１５４Ｔ＞Ｃ（配列番号５５の１０１位の置換）、ｇ．７７１９６８２４Ｇ＞Ａ（配列番号５６の１０１位の置換）、ｇ．７７２０３６４４Ｇ＞Ａ（配列番号５７の１０１位の置換）、ｇ．７７２０６０２８Ｔ＞Ｃ（配列番号５８の１０１位の置換）、ｇ．７７２１９８４６Ｇ＞Ｃ（配列番号５９の１０１位の置換）があった。例えば、配列番号５５のＤＮＡ変異マーカーであれば、変異ホモ接合型（ＣＣ型）の個体の受胎率が高く、それに対してヘテロ接合型（ＣＴ型）及びリファレンスホモ接合型（ＴＴ型）の個体の受胎率が低かった（図５Ａ）。同様にこれらの１９個のＤＮＡ変異マーカーでは、変異ホモ接合型の個体は、ヘテロ接合型及びリファレンスホモ接合型の個体に対して、有意に高い受胎率であった（図５Ｂ）。これらのＤＮＡ変異マーカーは、同一個体で重複して存在する場合が多く、染色体上に連鎖不平衡が生じている範囲にあると考えられた（図５Ｃ）。これらの領域に存在するＤＮＡ変異マーカーは、単一又は複数の組合せで用いることにより、高受胎性種雄牛の推定を行うことができる。

種雄牛の精子から抽出したゲノムＤＮＡを用いて、Ｑｕａｎｔｉｔｅｃｔ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲ ｍａｓｔｅｒ ｍｉｘ（ＱＩＡＧＥＮ）によりＰＣＲを行った。例えば、配列番号５５の変異を含む領域を増幅するため、配列番号８３（ウシ５番染色体の位置７７１８００７９～７７１８０１０３）のフォワードプライマー及び配列番号８４（ウシ５番染色体の７７１８０２３７～７７１８０２１５）のリバースプライマーを用いて増幅したところ、理論通り１５９ｂｐｓの単一のバンドが検出された。このことから、これらの領域は特異的であり、高受胎性を判定するＤＮＡ変異マーカーとして信頼性が高かった。

実施例６．ゲノムＤＮＡ変異が影響する遺伝子及びアミノ酸有害変異の推定
実施例１及び２で特定された各々ＤＮＡ変異マーカーに対して、ＤＮＡ変異のアノテーションは、ウシゲノムのアノテーション情報（２０１９／１２／１８ １８：５８、ｈｔｔｐｓ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ａｌｌ／ＧＣＦ／００２／２６３／７９５／ＧＣＦ＿００２２６３７９５．１＿ＡＲＳ－ＵＣＤ１．２／ＧＣＦ＿００２２６３７９５．１＿ＡＲＳ－ＵＣＤ１．２＿ｇｅｎｏｍｉｃ．ｇｆｆ．ｇｚ）を用いて、ＳｎｐＥｆｆ（ｈｔｔｐ：／／ｓｎｐｅｆｆ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ／ｄｏｗｎｌｏａｄ＿ｄｏｎａｔｅ．ｈｔｍｌ）により、該当の塩基配列に、遺伝子名やコーディング情報、翻訳後の蛋白質に与えるインパクト等の変異情報を付与した。

顕性モデルにおいて、本発明の配列番号１～４１のＤＮＡ変異マーカーの近傍に存在する遺伝子は以下があり、それぞれの遺伝子に影響を与える可能性があった。具体的には、ウシ１番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４８２９、ＥＮＳＢＴＡＧ０００００００１７５３、ＧＢＥ１－Ｕ４、ＮＳＵＮ３、Ｍｅｔａｚｏａ＿ＳＲＰがある。ウシ２番染色体に含まれる遺伝子は、ＩＴＰＲＩＤ２、Ｕ６、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４１０８、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４１０８、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４９５３４、ＥＲＢＢ４、ＤＮＡＪＢ２、ＰＴＰＲＮ、ｂｔａ－ｍｉｒ－１５３－１、ＲＥＳＰ１８、ＤＮＰＥＰ、ＲＥＳＰ１８、ＤＥＳがある。ウシ３番染色体に含まれる遺伝子は、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３８６２５、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００２４２７２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３８２３３、ＺＮＨＩＴ６がある。ウシ５番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５２６６１、ＦＧＦＲ１ＯＰ２、５Ｓ＿ｒＲＮＡ、ＬＭＯ３、ＰＴＰＲＯ、ｂｔａ－ｍｉｒ－２２８５ｄｍ、がある。ウシ６番染色体に含まれる遺伝子は、ＣＸＸＣ４、Ｕ６がある。ウシ１０番染色体に含まれる遺伝子は、ＣＩＡＯ２Ａ、ＤＡＰＫ２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４９９５０、Ｙ＿ＲＮＡがある。ウシ１２番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５２１５３、ＥＦＮＢ２、ＡＲＧＬＵ１、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４８３２２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４８３２２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５２１１７、ｂｔａ－ｍｉｒ－２３０１ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３９３３４、ＦＡＭ１５５ＡＡＮＫＲＤ１０、ＡＲＨＧＥＦ７がある。ウシ１４番染色体に含まれる遺伝子は、ＡＲＨＧＡＰ３９、ＧＰＴ、ＰＰＰ１Ｒ１６Ａ、ＫＩＦＣ２、ＣＹＨＲ１ＳＣＲＴ１、ＤＧＡＴ１、ＨＳＦ１、ＳＣＸ、ＢＯＰ１がある。ウシ１５番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５３４４６、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５１８２６、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５０２２４、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５３０９９がある。ウシ１６番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３８２３８、ＳＥＣ１６Ｂがある。ウシ１７番染色体に含まれる遺伝子は、ＣＨＲ＿ＳＴＡＲＴ、ＴＭＥＭ１９２、ＤＣＬＫ２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４９２４２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３３９６７、Ｕ６、Ｕ１、７ＳＫ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００２０５３２、ＴＭＥＭ１３２Ｂがある。ウシ１８番染色体に含まれる遺伝子は、ｂｔａ－ｍｉｒ－１１９７７、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５１８５６、がある。ウシ１９番染色体に含まれる遺伝子は、ＰＰＭ１Ｅがある。ウシ２０番染色体に含まれる遺伝子は、５Ｓ＿ｒＲＮＡ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４７３３３、Ｕ６、ＦＧＦ１８がある。ウシ２１番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４９４３９がある。ウシ２２番染色体に含まれる遺伝子は、ＳＬＣ６Ａ６、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５１９６６がある。ウシ２３番染色体に含まれる遺伝子は、ＫＨＤＲＢＳ２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４４１２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４４１２、ＰＲＩＭ２、ＲＡＢ２３、ＺＮＦ４５１、ＢＡＧ２、ｂｔａ－ｍｉｒ－２２８５ｊ－２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５１０８２、ＥＮＳＢＴＡＧ０００００００７０７５、ＳＦＴＡ２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５５０９２、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００３１８３５がある。ウシ２６番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５２７７４、ＺＷＩＮＴ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５３６２５、ＰＣＤＨ１５、ＰＲＫＧ１がある。ウシ２９番染色体に含まれる遺伝子は、ＬＤＨＡ、ＳＡＡ３、ＨＰＳ５、ＥＮＳＢＴＡＧ０００００００４２１２、ＤＨＣＲ７がある。

潜性モデルにおいて、本発明の配列番号４２～６４のＤＮＡ変異マーカーの近傍に存在する遺伝子は以下があり、それぞれの遺伝子に影響を与える可能性があった。具体的には、ウシ１番染色体に含まれる遺伝子は、ＲＢＰ１、ＲＢＰ２、がある。ウシ５番染色体に含まれる遺伝子は、ＣＫＡＰ４、ＮＵＡＫ１、ＵＳＰ１８、ＡＬＧ１０、ＰＫＰ２、ＹＡＲＳ２、ＤＮＭ１Ｌ、ＳＯＸ５、ＴＴＬＬ８がある。ウシ７番染色体に含まれる遺伝子は、ＺＮＦ３５４Ｃ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５５３０１がある。ウシ９番染色体に含まれる遺伝子は、ＳＮＯＲＤ２２、Ｕ６、ＬＲＰ１１、ＵＬＢＰ２１、ＣＮＫＳＲ３、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００２０７２３、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００４９８７２、ＳＣＡＦ８がある。ウシ１１番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５０３２９、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５０３２９、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５４１５４、Ｕ６、Ｍｅｔａｚｏａ＿ＳＲＰがある。ウシ１４番染色体に含まれる遺伝子は、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５１２２１がある。ウシ１７番染色体に含まれる遺伝子は、ＰＣＤＨ１８、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００２３８９５がある。

特に、アミノ酸置換によって蛋白質の活性に影響が生じるＤＮＡ変異マーカーであれば、より有効な変異マーカーとなる。このようなＤＮＡ変異マーカーとして、顕性モデルでは、ウシ１９番染色体では、ｇ．９７２０６９３ＧＧＣ［１］；［４］、ＰＰＭ１Ｅ、ｐ．Ｇｌｕ９３ｆｓ（配列番号３１の１０１位の挿入（繰返し））が特定された。ウシ２３番染色体では、ｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ＦＡＭ８３Ｂ、ｐ．Ｈｉｓ８３３Ａｒｇ（配列番号６５の１０１位の置換）、ｇ．７２１０７２１Ｃ＞Ｔ、Ｈ２Ｂ、ｐ．Ｓｅｒ５６Ｌｅｕ（配列番号６６の１０１位の置換）、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ＦＡＮＣＥ、ｐ．Ｃｙｓ１６１Ｔｙｒ（配列番号６７の１０１位の置換）、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５３６３６、ｐ．Ｇｌｎ４Ｇｌｕ（配列番号６８の１０１位の置換）が特定された。潜性モデルにおいて、ウシ７番染色体では、ｇ．２３０９０１２Ａ＞Ｇ、ＥＮＳＢＴＡＧ００００００５５３０１、ｐ．Ａｓｎ３１４Ｓｅｒ（配列番号６９の１０１位の置換）が特定された。ウシ２７番染色体では、ｇ．８６１１４２９Ｃ＞Ｔ、ＮＥＩＬ３、ｐ．Ｐｒｏ３４８Ｌｅｕ（配列番号７０の１０１位の置換）が特定された。

実施例７．複数のＤＮＡ変異マーカーによる高受胎性の推定
実施例１～６で特定されたＤＮＡ変異マーカーは、組合せて複数で用いることもできる。複数で用いることにより、より信頼性の高い高受胎性の推定ができる。例えば、配列番号１～７０で示したように、より信頼性の高い高受胎性を判定できるＤＮＡ変異マーカーを組合せて用いることで、高精度の高受胎種雄牛の判別が可能となった。

図６Ａに示すように、配列番号２０、３４、５５を組合せた場合、いずれかのマーカーのうち一つでも高受胎となる変異型として特定されれば高受胎であると判定（ｙ）し、そうでなければ高受胎でないと判定（ｎ）した。ｙと判定された個体の受胎率の平均±標準偏差は、７０．４±８．９％であったのに対して、ｎと判定された個体は４６．４±１９．１％であった（ｔ検定、ｐ＜０．０１）。

図６Ｂに示すように、配列番号１０、２０、２９、３４、３７を組合せた場合、いずれかのマーカーのうち一つでも高受胎となる変異型として特定されれば高受胎であると判定（ｙ）し、そうでなければ高受胎でないと判定（ｎ）した。ｙと判定された個体の受胎率の平均±標準偏差は、７１．５±８．８％であったのに対して、ｎと判定された個体は４６．５±１９．１％であった（ｔ検定、ｐ＜０．０１）。

本発明の受胎性を判定できるＤＮＡ変異マーカーを用いて検査を行い、高受胎性が判明した場合は、その個体を優先的に育種改良に用いることにより、集団の受胎率を上げることができる。これにより、飼養管理費や人工授精費等のコストを大幅削減できる。また、両親の型を調べることにより、交配させる雌雄を選択することができる。また、雌雄双方をランダムに調べることにより、遺伝子型頻度を調べることができ、どの程度集団に広まっているか推定でき、今後の繁殖性を加味した雄個体の作出、育種改良集団の形成ができる。

Claims (18)

1. ウシ染色体における配列番号２と配列番号２０に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーを受胎性の判定に用いる受胎性の判定方法。
2. 前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ２番染色体のｇ．５００２６４００Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００３４８３０Ｔ＞Ａ、ｇ．５００４０７８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４２９１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００４３３１７ｄｅｌＡ、ｇ．５００４５０２３Ａ＞Ｇ、ｇ．５００４９４３６Ｃ＞Ｔ、ｇ．５００４９５０７Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００４９９７６Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５００５７Ｇ＞Ａ、ｇ．５００５０１６６Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５１９２０Ａ＞Ｃ、ｇ．５００５２０５２＿５００５２０５３ｉｎｓＡ、ｇ．５００５２０６６＿５００５２０６７ｉｎｓＴ、ｇ．５００５２２３５Ａ＞Ｇ、ｇ．５００５５５８２Ｔ＞Ｃ、ｇ．５００７２４１８Ｃ＞Ａ、ｇ．５００８４３７１Ａ＞Ｇ、ｇ．５１３５９５７３Ｔ＞Ｃのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる請求項１に記載の受胎性の判定方法。
3. ウシ染色体における配列番号７１と配列番号７２に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーを受胎性の判定に用いる請求項１又は２に記載の受胎性の判定方法。
4. 前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ２３番染色体のｇ．１３７６０７９Ａ＞Ｇ、ｇ．１４６０１５３Ｔ＞Ｃ、ｇ．１４７１７８５Ａ＞Ｇ、ｇ．１７８１３５７Ｇ＞Ａ、ｇ．１８６９５２０Ｇ＞Ａ、ｇ．２９４７４１８Ｇ＞Ｔ、ｇ．３０２８４９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．３０５０３０３Ｃ＞Ｔ、ｇ．３１３６９２４Ａ＞Ｇ、ｇ．３１７４２４３Ｇ＞Ａ、ｇ．３３０５８９６Ｃ＞Ｔ、ｇ．３４１４５８９Ｇ＞Ａ、ｇ．３４１７３４２Ｔ＞Ｇ、ｇ．３４１９４２９Ｃ＞Ａ、ｇ．［３４２５７５１Ｇ＞Ａ；３４２５７５１Ｇ＞Ｔ］、ｇ．３７６４６４８Ｔ＞Ｇ、ｇ．３９６４９１５Ｇ＞Ａ、ｇ．３９８７４２３ｄｅｌＣ、ｇ．４５０９４２６Ａ＞Ｃ、ｇ．４５１０４７０Ｃ＞Ｔ、ｇ．４５１８６９６Ｔ＞Ｃ、ｇ．４５２７０８４Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４３８２８２Ａ＞Ｇ、ｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５４７５４１９Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４８９８０２Ｃ＞Ｔ、ｇ．５４９０２１４＿５４９０２１５ｉｎｓＴＴＡ、ｇ．５５２３８９４Ｃ＞Ｔ、ｇ．５５３９３９６Ａ＞Ｃ、ｇ．５５３９４７９Ｔ＞Ｃ、ｇ．５５３９４９７Ｇ＞Ａ、ｇ．５５３９６２０Ｇ＞Ｔ、ｇ．５５４１３６５Ｃ＞Ｔ、ｇ．［５５４４５１６ｄｅｌＡ；５５４４５１６＿５５４４５１７ｉｎｓＡ］、ｇ．６０７６４８８Ａ＞Ｃ、ｇ．６２２２８５９Ｃ＞Ｔ、ｇ．６２８５２９３Ａ＞Ｇ、ｇ．６３６２５６６Ａ＞Ｃ、ｇ．６３７３１２１Ｇ＞Ｔ、ｇ．６３７７８８８Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２１７７Ｃ＞Ｔ、ｇ．６３８２２８８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２２９０２１＿７２２９０２４ｄｅｌＡＧＡＣ、ｇ．７２４７６２０Ｔ＞Ａ、ｇ．７９９８８０８Ａ＞Ｇ、ｇ．８００２１１７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８００４４２７Ｔ＞Ｃ、ｇ．８００４４９５Ａ＞Ｇ、ｇ．８０２６１４７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０３１４９７Ｃ＞Ｔ、ｇ．８０４５６３８Ｇ＞Ａ、ｇ．８０４９０９３Ｃ＞Ａ、ｇ．８０７１２１７Ｇ＞Ａ、ｇ．８０９８００７Ｇ＞Ａ、ｇ．８１０８５００Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１２０３２８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１３２８５２＿８１３２８５３ｉｎｓＣ、ｇ．８１３３３６５Ｇ＞Ｃ、ｇ．８１４４６４２Ｇ＞Ａ、ｇ．８１４４９３６Ｔ＞Ｃ、ｇ．８１４５８９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５２４４６Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７８３５Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１５７９１１Ｃ＞Ａ、ｇ．８１５７９８１Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１７４８２９Ｇ＞Ａ、ｇ．８１７６３４２Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８３０４３Ｃ＞Ｔ、ｇ．８１８４３２８Ｃ＞Ｇ、ｇ．８８９５７０８Ｔ＞Ａ、ｇ．８９９０３２８Ｇ＞Ａ、ｇ．９０１７９９８Ｃ＞Ｔ、ｇ．９０２６１４４Ａ＞Ｃ、ｇ．９１１０７７２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２５５９２０Ｃ＞Ｔ、ｇ．９２７７０６８Ｇ＞Ａ、ｇ．９２８４４７３Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４０３４２７Ｔ＞Ｇ、ｇ．９４０８３５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ｇ．９４４０４５１Ｃ＞Ａ、ｇ．９４４４４７８Ｇ＞Ａ、ｇ．９４５５００２Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６０２８０＿９４６０２８１ｉｎｓＧＴ、ｇ．９４６１６７６Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４６１７００Ｇ＞Ａ、ｇ．９４７６６９３Ａ＞Ｔ、ｇ．９４７７１９６Ｇ＞Ａのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる請求項３に記載の受胎性の判定方法。
5. 前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ１番染色体のｇ．９９９９２６５１ＡＴ［９］；［１０］；［１３］；［１４］；［１５］；［２１］、ウシ５番染色体のｇ．７７０９５４０４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７８１８７１７４Ｃ＞Ｔ、ウシ６番染色体のｇ．２０９９３０４５Ｇ＞Ｃ、ｇ．２０９９３２１５Ｇ＞Ａ、ウシ７番染色体のｇ．５７０２６７３Ａ＞Ｇ、ｇ．５７１２２２９Ｃ＞Ｔ、ウシ１０番染色体のｇ．９５９２０６５２Ｇ＞Ａ、ウシ１５番染色体のｇ．５７９５０７６９Ａ［１］；［４］；［５］、ウシ１６番染色体のｇ．５９３１０１９０Ｇ＞Ｃ、ウシ１７番染色体のｇ．４７２９９４００Ｔ＞Ｃ、ウシ１９番染色体のｇ．９７２０６９３ＧＧＣ［１］；［４］、ウシ２３番染色体のｇ．５４５７６５９Ｔ＞Ｃ、ｇ．７２１０７２１Ｃ＞Ｔ、ｇ．９４１７８５６Ｇ＞Ａ、ｇ．９４４００７３Ｃ＞Ｇ、ｇ．２７４８５４８７Ａ＞Ｔのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる請求項１～４のいずれか一項に記載の受胎性の判定方法。
6. 前記一又は複数の変異マーカーが、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であることを特徴とする請求項１～５のいずれか一項に記載の受胎性の判定方法。
7. 前記変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であれば高受胎と判定することを特徴とする請求項６に記載の受胎性の判定方法。
8. ウシ染色体における配列番号７３と配列番号７４に示す塩基配列により挟まれる連続する核酸領域に含まれる、一又は複数の変異マーカーを受胎性の判定に用いる請求項１～７のいずれか一項に記載の受胎性の判定方法。
9. 前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ５番染色体のｇ．７７０３０８１９Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３１４８５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３４１８８Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０３４５０４Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０３６０６１Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０３８８０３Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０４７３６０Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６２４１Ａ＞Ｇ、ｇ．７７０５６３１３Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０６６９２２Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７０７２０４５Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４４５４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７０７４８３５Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１７７３２７Ｇ＞Ａ、ｇ．７７１８０１５４Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７１９６８２４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０３６４４Ｇ＞Ａ、ｇ．７７２０６０２８Ｔ＞Ｃ、ｇ．７７２１９８４６Ｇ＞Ｃのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる請求項８に記載の受胎性の判定方法。
10. 前記一又は複数の変異マーカーは、ウシ７番染色体のｇ．２３０９０１２Ａ＞Ｇ、ｇ．６０４０８０７＿６０４０８０８ｄｅｌＴＴ、ｇ．６０４９７６２Ｃ＞Ｔ、ウシ８番染色体のｇ．９４４９０５６８Ｔ＞Ｃ、ウシ１２番染色体のｇ．５６７４８１３６Ｇ＞Ａ、ウシ２７番染色体のｇ．８６１１４２９Ｃ＞Ｔ、ｇ．３８８２３８６４Ｇ＞Ａのいずれかの変異によって特定され、受胎性の判定に用いる請求項１～９のいずれか一項に記載の受胎性の判定方法。
11. 前記一又は複数の変異マーカーが、変異ホモ接合型又はヘテロ接合型であることを特徴とする請求項８～１０のいずれか一項に記載の受胎性の判定方法。
12. 前記変異ホモ接合型であれば高受胎と判定することを特徴とする請求項１１に記載の受胎性の判定方法。
13. 前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定する塩基決定工程と、決定された塩基から受胎性を判定する受胎性判定工程を備える、請求項１～１２のいずれか一項に記載の牛の受胎性の判定方法。
14. 請求項１～１３のいずれか一項に記載の前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、一又は複数の変異マーカーのいずれかの近傍の領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いるためのプローブ。
15. 配列番号１～７０に記載のいずれかの領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いるための請求項１４に記載のプローブ。
16. 請求項１～１３のいずれか一項に記載の前記一又は複数の変異マーカーの部位の塩基配列を決定するために、前記一又は複数の変異マーカーのいずれかの近傍の領域にハイブリダイズし、受胎性の判定に用いるためのプライマー。
17. 配列番号１～７０に記載のいずれかの変異を含む領域を複製できるプライマーであって、受胎性の判定に用いるための請求項１６に記載のプライマー。
18. 配列番号７５～８４のいずれかに記載の塩基配列を含み、受胎性の判定に用いるための請求項１６又は１７に記載のプライマー。

Images