JP2023057038A - 遺伝子発現量のデータ処理方法、データ処理装置、およびデータ処理プログラム - Google Patents

Abstract

【課題】遺伝子発現量のより適切な補正を実現する。【解決手段】本発明に係るデータ処理方法は、複数の生体から採取した試料自体から標準遺伝子およびマーカーの発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得工程と、上記検量線作成用データを用いて検量線を作成する、検量線作成工程と、上記検量線を用いて、注目生体から採取した注目試料中のマーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正工程と、を含む。【選択図】なし

Description

本発明は遺伝子発現量のデータ処理方法、データ処理装置、およびデータ処理プログラムに関する。

ＤＮＡマイクロアレイ、ＰＣＲまたはシーケンシングによって生体由来の試料の遺伝子発現量を測定する場合には、試料の状態および実験者などの実験条件により、得られるデータに誤差が生じる可能性があることが知られている。そのため、誤差を補正するためのデータ補正方法が考案されている。

このような補正方法として、特許文献１には内部標準遺伝子発現量に対する相対値に変換する方法である内因性補正法が開示されている。

また、非特許文献１には、解析対象とする遺伝子と内部標準遺伝子との増幅効率の違いを考慮して解析対象とする遺伝子の発現量を補正する方法が開示されている。

国際公開ＷＯ２０１６／０４３１７０号

Michael W. Pfaffl，Nucleic Acids Res.，2001, vol.29, No9, e45

しかしながら、特許文献１および非特許文献１のような補正法は、内部標準遺伝子と検出効率とが異なる遺伝子を適切に補正できず、同じ検体を用いた場合であっても得られたデータのばらつきが大きいという問題がある。

また、非特許文献１のような補正法は、解析対象とする遺伝子と内部標準遺伝子との検出効率の違いを算出するために、別途に希釈系列試料を作製して補正のための検量線を取得する、煩雑な作業が必要という問題がある。

本発明は上記の問題点に鑑みてなされたものであり、その目的は、遺伝子発現量のより適切な補正を実現すること、および遺伝子発現量を適切に補正する検量線を簡便に取得する方法を提供することにある。

本発明の態様１に係るデータ処理方法は、複数の生体由来の試料自体を用いて測定した各試料中のマーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得工程と、上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成する、検量線作成工程と、上記検量線を用いて、注目試料から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正工程と、を含むデータ処理方法である。

本発明の態様２に係るデータ処理方法は、態様１において、上記検量線は、上記検量線作成用データに含まれる上記マーカーの発現量を目的変数とし、上記標準遺伝子の発現量を説明変数とした回帰分析により取得される検量線である、データ処理方法である。

本発明の態様３に係るデータ処理方法は、態様２において、上記補正工程において、下記式（１）または（２）によって上記補正後マーカーデータを取得する。
Ｒ＝Ｅ_ｔａｒ×（Ｋ／Ｅ_ｒｅｆ）^a・・・（１）
Ｒ＝Ｌｏｇ_２Ｅ_ｔａｒ＋a（Ｋ－Ｌｏｇ_２Ｅ_ｒｅｆ）・・・（２）
式（１）および（２）中、Ｒは上記補正後マーカーデータであり、
Ｅ_ｔａｒは上記注目試料中の上記マーカーの発現量であり、
Ｋは任意に設定された標準遺伝子発現量の基準値であり、
Ｅ_ｒｅｆは上記注目試料中の上記標準遺伝子の発現量であり、
ａは上記検量線の傾きである。

本発明の態様４に係るデータ処理方法は、態様１～３のいずれかにおいて、上記複数の生体由来の試料および上記注目試料は、同等の処理および条件によって取得されたものである。

本発明の態様５に係るデータ処理方法は、態様１～４のいずれかにおいて、上記マーカーがｍｉＲＮＡまたはｍＲＮＡである。

本発明の態様６に係るデータ処理方法は、態様５において、上記マーカーがｍｉＲＮＡである。

本発明の態様７に係るデータ処理方法は、態様１～６のいずれかにおいて、各遺伝子発現量のデータは、マイクロアレイ、ＰＣＲまたはシーケンシングから得られたデータである。

本発明の態様８に係るデータ処理装置は、マーカーの発現量を処理するデータ処理装置であって、複数の生体から採取した試料自体を用いて測定した各試料中の上記マーカーおよび内部標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得部と、上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成して取得する、検量線取得部と、上記検量線を用いて、注目生体から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正部と、を備えるデータ処理装置である。

本発明の態様９に係るデータ処理プログラムは、態様８のデータ処理装置としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラムであって、上記検量線作成用データ取得部、上記検量線取得部、および上記補正部としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラムである。

本発明の一態様によれば、遺伝子発現量のより適切な補正を実現すること、および遺伝子発現量を適切に補正する検量線を簡便に取得する方法を提供することができる。

本発明の一実施形態に係るデータ処理方法の概略を示すフローチャート図である。 本発明の一実施形態に係るデータ処理装置および端末装置の概略構成を示す機能ブロック図である。 実施例１において作成した内部標準遺伝子発現量とｍｉＲ－６６３ｂの発現量との対応を示す検量線１である。 実施例１において本発明の一実施形態に係るデータ処理方法を用いた結果を示す図である。 検量線法において作成した希釈系列の希釈倍率と希釈系列における内部遺伝子発現量との対応を示す検量線である。 検量線法によって作成した、希釈系列の希釈倍率とｍｉＲ－６６３ｂの発現量との対応を示す検量線である。 検量線法によって注目試料のｍｉＲ－６６３ｂの発現量に対して補正を行った結果を示す図である。 実施例３において作成した内部標準遺伝子発現量（Ｃｔ値）とｍｉＲ－１８ｂの発現量（Ｃｔ値）との対応を示す検量線２である。 実施例４において本発明の一実施形態に係るデータ処理方法を用いた結果を示す図である。

本発明の一実施形態について説明する。本実施形態におけるデータ処理方法は、複数の生体から採取した試料中のマーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する検量線作成用データ取得工程と、上記検量線作成用データを用いて検量線を取得する検量線作成工程と、上記検量線を用いて注目生体から採取した注目試料のマーカーの発現量の補正を行う補正工程と、を含むデータ処理方法である。

〔用語〕
本明細書において、「マーカー」とは、任意の方法でその存在量が測定できる生体分子であれば特に制限はない。例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびタンパク質等が挙げられる。これらの中でもＲＮＡが好適に用いられ、ノンコーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）がより好適に用いられる。ｎｃＲＮＡは、２０塩基長から２００塩基長程度の小分子ｎｃＲＮＡと全長が数百塩基長から数十万塩基長の長鎖ｎｃＲＮＡとに大別される。ｎｃＲＮＡとしては、転移ＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、核内低分子ＲＮＡ、核小体低分子ＲＮＡ、シグナル認識複合体ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、長鎖ノンコーディングＲＮＡ、環状ＲＮＡ、およびｍＲＮＡの非翻訳領域等が挙げられる。マーカーは細胞および組織等に由来するものであってもよい。たとえば、マーカーはその存在または存在量が特定の疾患との間で関係性のある生体分子、すなわち疾患マーカーであってもよい。疾患は、疾患マーカーの存在が知られている疾患であれば特に制限されず、癌、認知症、高血圧、心臓疾患、脳疾患、肝炎、感染症、およびアレルギー等が挙げられる。

本明細書において、「標準遺伝子」とは、生体において発現量の変動が少ない、または変動の態様が既知である遺伝子のことを指す。標準遺伝子は１種類であっても、複数の遺伝子の平均値であってもよい。「内部標準遺伝子」とは、これらの遺伝子の内、内因性の遺伝子のことを指す。内部標準遺伝子には、特に制限はなく、マーカーとなる生体分子の種類によって、適宜好ましいものを選択してもよい。たとえば、ｍＲＮＡおよびｍｉＲＮＡをマーカーとする場合、内部標準遺伝子として、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、Ｂ２Ｍ、ＧＵＳ、ＨＰＲＴ、ＴＢＰ、ｒＲＮＡ、ＲＮＵ４４、ＲＮＵ４８、Ｕ６ ｓｎＲＮＡ、ｍｉＲ－６０８５、ｍｉＲ－１２２７－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－３ｐ、ｍｉＲ－２８６１、ｍｉＲ－４４６３、ｍｉＲ－４５０８、ｍｉＲ－６０９０、ｍｉＲ－６７７５－５ｐ、ｍｉＲ－６８０３－５ｐ、およびｍｉＲ－５７８７等が挙げられる。特に、ｍｉＲＮＡをマーカーとする場合、内部標準遺伝子としては、ｍｉＲ－６０８５、ｍｉＲ－１２２７－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－３ｐ、ｍｉＲ－２８６１、ｍｉＲ－４４６３、ｍｉＲ－４５０８、ｍｉＲ－６０９０、ｍｉＲ－６７７５－５ｐ、ｍｉＲ－６８０３－５ｐ、およびｍｉＲ－５７８７の少なくとも１つが特に好適に用いられる。

本明細書において、「生体」とは、ヒトおよびチンパンジーを含む霊長類、イヌおよびネコ等の愛玩動物、ウシ、ウマ、ヒツジおよびヤギ等の家畜動物、マウスおよびラット等の齧歯類、ならびに動物園で飼育される動物等の哺乳動物を意味する。好ましい生体は、ヒトである。「注目生体」とは、本発明を用いて解析される対象となる生体のことを指す。たとえば、疾患または状態を診断される対象であってもよい。「複数の生体」として用いられる生体は、注目生体と同一種の個体であればよく、少なくとも解析対象のマーカーの発現が変動する要因の影響を受けていない個体である。複数の生体の数は特に制限はなく、２例以上であればよく、１０例以上であることが好ましく、５０例以上であることがより好ましく、多ければ多いほど、後述する補正工程における補正の精度が上がるため好ましい。

本明細書において、「試料自体」とは、濃縮または希釈等の試料に対する処理を行わないで、遺伝子発現量測定に供される試料を指す。ここで、「試料に対する処理」には遺伝子発現量測定に供するときに必要な試薬の添加等は含まれない。すなわち、試料自体を希釈して希釈系列とした試料は「試料自体」には含まれないが、試料自体を遺伝子発現量測定に供する目的で必要な試薬を添加したことにより、必要な試薬の添加前と比べ希釈された状態となっている試料は試料自体に含まれる。遺伝子発現量測定に供する目的で試料自体を希釈する際には、測定手法、使用機器および使用キット等によって異なり得るが、最終的に測定に供する試料と任意の試薬との混合溶液を１００％（ｖ／ｖ）としたときに、試料自体の割合は例えば１％（ｖ／ｖ）以上、２％（ｖ／ｖ）以上または３％（ｖ／ｖ）以上であり得る。また、当該混合溶液を１００％（ｖ／ｖ）としたときに、試料自体の割合は例えば１０％（ｖ／ｖ）以下または５％（ｖ／ｖ）以下であり得る。特に言及しない限りは、単に「試料」としていても、「試料自体」を指す。本明細書において、「注目試料」とは、注目生体から得られた試料自体のことを指す。なお、試料自体ではなく、試料自体を処理して得られた試料については「処理した試料」等と称し、例えば、試料を希釈して得られた試料は「希釈試料」と称する。試料は、マーカーの発現量の測定に使用可能なものであれば特に制限はなく、例えば、体液、組織、および細胞等であってもよい。体液であれば、一例として、血液、血清、血漿、髄液、尿、唾液、涙、組織液またはリンパ液が挙げられ、これらの中でも、血液、血清および血漿が好適に用いられる。

本明細書において、「検量線作成用データ」とは、複数の生体から採取した試料自体を用いて測定した各試料中のマーカーおよび内部標準遺伝子の各発現量のデータを含むデータを指す。ここで、同一の試料から得られたマーカーおよび内部標準遺伝子の発現量は、同一の試料から得られたという情報と共に検量線作成用データとして記憶される。検量線作成用データに含まれる発現量のデータを得る際の条件、処理および測定方法等は特に制限はないが、各試料の間で同一であることが好ましい。特定の一つのマーカーを測定して得られた結果に限らず、複数のマーカーを測定して得られた、各マーカーに対応した複数の測定結果または数値データを含むものでもよい。複数のマーカーの測定結果は、各マーカーを同時に測定した結果であってもよいし、独立に測定を行った結果であってもよい。複数のマーカーを用いる場合、その数は限定されず、例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、３０以上または４０以上であり得る。検量線作成用データおよびマーカーデータを得るための測定手段としては、生体分子および必要なデータに応じて適宜選択することができる。測定手段の一例としては、電気化学的検出を含む各種ＤＮＡマイクロアレイ、ｑＲＴ－ＰＣＲを含む各種ＰＣＲ、次世代シーケンシングを含む各種シーケンシング、蛍光分子バーコードをもつ配列特異的なプローブを用いた遺伝子発現解析法（ｎＣｏｕｎｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ）（登録商標）、ＮＡＳＢＡ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ－Ｂａｓｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ａｎｄ Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｐｒｉｍｅｒ－ｉｎｉｔｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）法（等温遺伝子増幅法）、ＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（登録商標）法、およびＥＬＩＳＡ等が挙げられる。次世代シーケンシングは、第２世代のシーケンシング又は第３世代のシーケンシングであってもよい。第２世代のシーケンシングの例としては、パイロシーケンシング法、合成シーケンシング法、ライゲーションシーケンシング法、及びイオン半導体シーケンシング法が挙げられる。第３世代のシーケンシングの例としては、１分子シーケンサー又はナノポアシークエンサーを用いるシーケンシング法が挙げられる。なかでも、複数のマーカーを同時に測定でき、複数のマーカーを用いることで精度の高いデータ処理を行える観点から、マイクロアレイを用いること、または、データ取得時間の短縮及び定量性の観点から各種ＰＣＲを用いることが好ましい。測定結果を数値データへ変換する場合、変換方法は、測定結果と数値データとの間に相関関係がみられるものであれば、特に制限されない。

本明細書において、「検量線」とは、複数の生体由来の各試料における標準遺伝子の発現量とマーカーの発現量とを対応させることによって作成される検量線を指す。１つの検量線作成用データから同時に作成される検量線の数は限定されず、例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、３０以上または４０以上であり得る。また、「検量線を用いる」とは、作成した検量線の任意のデータを用いることを指し、例えば検量線の傾きを用いることを指す。

本明細書において、「補正後マーカーデータ」とは、補正工程によって注目試料のマーカーの発現量を補正して得られたデータのことを指す。

〔データ処理方法〕
本実施形態におけるデータ処理方法は、図１に示す通り、複数の生体由来の試料から採取した試料自体を用いて測定した各試料中の上記マーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得工程Ｓ１と、上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成する、検量線作成工程Ｓ２と、上記検量線を用いて、注目生体から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する補正工程Ｓ３と、を含むデータ処理方法である。このようなデータ処理方法は、例えば従来公知の補正法の一つである検量線法と比較して、遺伝子発現量の補正を行うための検量線を簡便に作成することができるため、好適である。また、このようなデータ処理方法は、同時に多数の検量線を簡便に作成できるため、特に大規模なデータを扱う場合に有効である。さらに、このようなデータ処理方法は、マーカーの発現量の誤差を適正に補正することができ、得られたデータのばらつきを低減させることができる。このため、このようなデータ処理方法は、例えば遺伝子発現データを用いた疾患判別、任意の薬剤の薬効評価、および有用遺伝子の探索等において、任意のマーカーの発現量を評価する際に有用である。

（検量線作成用データ取得工程Ｓ１）
検量線作成用データ取得工程Ｓ１は、任意の方法によって測定された各遺伝子発現量を検量線作成用データとして取得する工程である。検量線作成用データは、その取得方法に制限はなく、複数の生体から新たに検量線作成用データを作成する場合に限らず、既に作成済みの検量線作成用データを準備するものであってもよい。例えば、複数の生体を対象とした任意の遺伝子発現解析によって網羅的に得られた複数の遺伝子の発現量に関するデータの内、マーカーおよび内部標準遺伝子として適切な遺伝子を選択して、検量線作成用データとして取得する工程であってもよい。このとき、検量線作成用データには、新たに解析した生体由来のデータのみならず、既に解析された生体由来のデータも含まれてもよい。

（検量線作成工程Ｓ２）
検量線作成工程Ｓ２は、検量線作成用データから任意の解析によって検量線を作成して、取得する工程である。検量線作成工程Ｓ２は、後述する補正工程Ｓ３においてマーカーの発現量を適切に補正できるものであれば、特に制限はない。典型的には、本実施形態に係るデータ処理方法において、上記検量線は、上記検量線作成用データに含まれる上記マーカーの発現量を目的変数とし、上記標準遺伝子の発現量を説明変数とした回帰分析により取得される係数であってもよい。回帰分析は典型的には線形回帰分析であり、単回帰分析および重回帰分析の何れでもよく、好適には単回帰分析である。なお、回帰式の利用は、得られた回帰式そのものを利用する場合に限らず、回帰式を作成することにより得られる係数などの数値を利用する場合が挙げられる。

（補正工程Ｓ３）
補正工程Ｓ３は、検量線を用いた所定の計算により、注目試料のマーカーの発現量を補正する工程である。補正は検量線を用いたものであり、かつ適切な補正ができるものであれば、特に制限はない。例えば、本実施形態に係るデータ処理方法は、補正工程Ｓ３において、検量線の傾きを用いてマーカー発現量を補正してもよい。具体的には、下記式（１）によって上記補正後マーカーデータＲを取得してもよい。
Ｒ＝Ｅ_ｔａｒ×（Ｋ／Ｅ_ｒｅｆ）^a・・・（１）
式（１）中、Ｒは上記補正後マーカーデータであり、
Ｅ_ｔａｒは上記注目試料中の上記マーカーの発現量であり、
Ｋは任意に設定された内部標準遺伝子発現量の基準値であり、
Ｅ_ｒｅｆは上記注目試料中の上記内部標準遺伝子の発現量であり、
ａは上記検量線の傾きである。

また、補正工程Ｓ３において、上記式（１）のＥ_ｔａｒおよびＥ_ｒｅｆの値を底が２の対数値に変換して、下記式（２）によって上記補正後マーカーデータＲ’を取得してもよい。
Ｒ’＝Ｌｏｇ_２Ｅ_ｔａｒ＋a（Ｋ－Ｌｏｇ_２Ｅ_ｒｅｆ）・・・（２）
式（２）中、Ｅ_ｔａｒ、Ｅ_ｒｅｆおよびＫは式（１）と同様の数値である。

マーカー発現量Ｅ_ｔａｒおよび内部標準遺伝子発現量Ｅ_ｒｅｆは注目試料中の遺伝子発現量を任意の方法で測定した結果得られた発現量であってもよい。典型的には、検量線作成用データを得る際に使用した測定方法によって測定された注目試料中の遺伝子発現量である。Ｋは任意に設定された、内部標準遺伝子発現量の基準値である。具体的には、Ｋは複数の試料中の内部標準遺伝子発現量の平均値を算出することによって設定され得る。ａは検量線作成工程で得られた検量線である。

（判別工程）
また、図示しないが、本実施形態のデータ処理方法において、補正後マーカーデータに基づき、上記注目生体のマーカーの発現量の高低を判別する判別工程を含んでもよい。たとえば、マーカーの発現量について閾値を設定し、閾値と比較して、マーカーの発現量が閾値よりも高いか、またが閾値よりも低いか、を判別してもよい。本実施形態においては補正が適切に行われているため、判別工程においても発現量に関して精度の高い判定が行うことができる。

（データの取得）
本実施形態に係るデータ処理方法において、複数の試料および注目試料中のマーカーおよび標準遺伝子の発現量は、試料自体に対して遺伝子発現量の測定のために必要な試薬の添加以外による希釈を行わずに、測定に供される。すなわち、本実施形態に係るデータ処理方法では希釈系列は作製されず、試料自体が遺伝子発現量の測定のために用いられる。

上述の補正によれば、複数の試料および注目試料の処理および条件が異なる場合であっても処理および条件の差によるマーカーの発現量の差を補正することが可能である。一方、本実施形態のデータ処理方法において、複数の試料および注目試料は、同等の処理および条件によって取得されたものであってもよい。試料ごとの取得時の処理および条件を合わせることにより、マーカーの発現量に対してより正確な判定をすることができる。「同等の処理および条件」とは、試料の取得から発現量の測定時までに生じた処理および条件を同一のものとすることを指し、特にマーカーの発現量の測定値に影響を与えうる要因を同一のものとすることを指す。例えば、試料の取得方法および保存方法を同一にすることを指す。一例として、試料の取得に用いた機材およびキット、生体の状態、保存時の温度および時間、保存に用いた機材、ならびに試料の調製方法などを同一にすることを指すが、実際に同一にする処理および条件は、マーカーの発現量の測定への影響の程度を当業者が考慮して、適宜に決定してもよい。

本実施形態に係るデータ処理方法において、マーカーは任意の方法で測定可能な生体分子であれば、特に制限はない。たとえばマーカーはｍｉＲＮＡまたはｍＲＮＡであってもよい。特に、マーカーはｍｉＲＮＡであってもよい。

本実施形態に係るデータ処理方法において、各遺伝子発現量のデータを得る方法は特に限定されない。たとえば、各遺伝子発現量のデータは、マイクロアレイ、ＰＣＲまたはシーケンシングから得られたデータであってもよい。

本実施形態に係るデータ処理方法において、試料および注目試料には、生体および注目生体の一部から採取された任意の試料を用いてもよい。たとえば、試料および注目試料は、体液試料であってもよい。体液試料は採取が容易なため、好ましく遺伝子発現解析に用いることができる。

本実施形態に係るデータ処理方法の実行主体は、特に制限はない。たとえば、１または複数の情報処理装置を実行主体としてもよい。

〔データ処理方法〕
本実施形態に係るデータ処理方法は、複数の生体由来の試料自体を用いて測定した各試料中のマーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得工程と、検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を取得する、検量線作成工程と、検量線を用いて、注目試料から採取した注目試料中の上記遺伝子の発現量の補正を行って補正後データを取得する、補正工程と、を含むデータ処理方法である。当該データ処理方法によれば、遺伝子の発現量の評価を行う際に好適な補正を行うことができる。

〔データ処理装置〕
本実施形態に係るデータ処理装置は、マーカーの発現量を処理するデータ処理装置であって、複数の生体から採取した試料自体を用いて測定した各試料中の上記マーカーおよび内部標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得部と、上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成して取得する、検量線取得部と、上記検量線を用いて、注目生体から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正部と、を備えるデータ処理装置である。

すなわち、本実施形態に係るデータ処理装置は図１に示す各工程を実行する部材を含むデータ処理装置である。検量線作成用データ取得工程Ｓ１は検量線作成用データ取得部において実行され、検量線作成工程Ｓ２は検量線取得部において実行され、補正工程Ｓ３は補正部において実行される。

また、本実施形態に係るデータ処理装置は、検量線作成用データ取得部と、検量線取得部と、補正部と、に加えて、補正後マーカーデータに基づき、注目生体におけるマーカーの発現量の高低を判別する判別部を備えていてもよい。

図２に基づいて、本実施形態に係るデータ処理装置の１つの具体例について説明する。図２は、本実施形態に係るデータ処理装置および端末装置の概略構成を示す機能ブロック図である。図２に示されるように、データ処理装置１００は、表示部および入力デバイス等を備えた端末装置２００と通信する構成である。ただし、データ処理装置１００は本実施形態の構成に限定されず、例えば、データ処理装置１００は、端末装置２００と通信せずに、自ら表示部および入力デバイス等を備えていてもよい。

データ処理装置１００は、制御部１１０、記憶部１５０および通信部１６０を備えている。制御部１１０は、取得部１２０、補正部１３０および判別部１４０を備えている。また、取得部１２０は、検量線作成用データ取得部１２１および検量線取得部１２２を備えている。

制御部１１０は、データ処理装置１００を統括的に制御するものである。

記憶部１５０は、データ処理装置１００の処理に必要なデータを記憶する記憶装置である。また、記憶部１５０は、検量線作成用データ１５１および検量線１５２を記憶する。なお、記憶部１５０は、データ処理装置１００の外部装置であってもよい。例えば、記憶部１５０は、データ処理装置１００と通信可能に接続されたサーバ等の記憶装置であってもよい。また、検量線作成用データ１５１および検量線１５２は同一または異なる記憶部１５０に記憶されてもよい。

検量線作成用データ取得部１２１は、複数の生体から採取した試料自体を用いて測定した各試料中の上記マーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する。検量線作成用データ取得部１２１によって取得された検量線作成用データは記憶部１５０によって記憶される。検量線取得部１２２は、検量線作成用データ１５１から検量線１５２を算出して取得する。取得された検量線１５２は記憶部１５０に記憶される。

補正部１３０は、記憶部１５０に記憶された検量線１５２を用いて、注目生体から採取した注目試料中のマーカーの発現量の補正を行い、補正後マーカーデータを算出する。

判別部１４０は、補正部１３０により算出された補正後マーカーデータを用いて、注目生体におけるマーカーの発現量の高低を判別する。具体的には、補正後マーカーデータが示す数値が、予め指定された閾値を超えていれば、判別部１４０は判別対象となった試料においてマーカーの発現量が高いと判別する。一方、閾値以下であれば当該試料において、マーカーの発現量が低いと判別する。そして、判別部１４０はその結果を端末装置２００に送信する。予め指定された閾値は段階的に複数設けられてもよい。また、データ処理装置１００に判別部１４０を設ける構成でなくてもよい。この場合、補正部１３０により算出された補正後マーカーデータをそのまま端末装置２００に送信し、ユーザが、所定の基準に基づき試料におけるマーカーの発現量の高低を判別するものであってもよい。

通信部１６０は、補正部１３０で得られた補正後マーカーデータまたは判別部で得られた判別結果をデータ処理装置１００とは異なる端末等に出力する。通信部１６０は有線または無線でデータを通信する。例えば図２に示す通り、通信部１６０は端末装置２００にデータを出力する。

なお、本実施形態では、制御部１１０に補正部１３０を備えているデータ処理装置１００について説明している。しかしながら、データ処理装置１００に補正部１３０を設ける構成でなくてもよい。すなわち、データ処理装置１００とは独立に存在する、検量線作成用データ取得部１２１および検量線取得部１２２を備えた取得部１２０と、補正部１３０とを少なくとも含む装置により、上述の検量線１５２を構築するものであってもよい。当該装置がデータ処理装置１００とは独立に存在する場合には、データ処理装置１００は、記憶媒体に記憶された検量線１５２を読み込むことで、検量線１５２が利用可能となる。または、データ処理装置１００は、有線または無線のネットワークを介して他の装置から検量線１５２を受信することで、データ処理装置１００において検量線１５２が利用可能となる。

端末装置２００は、通信部２１０、制御部２２０、入力デバイス２３０および表示部２４０を備えている。通信部２１０は、データ処理装置１００との間で、有線または無線でデータの送受信を行う通信インターフェースである。制御部２２０は、端末装置２００を統括的に制御する。表示部２４０は、画像、文字等を表示可能なディスプレイである。入力デバイス２３０は、ユーザの入力を受け付けるものであり、例えばタッチパネル、マウスおよびキーボード等によって実現される。入力デバイス２３０がタッチパネルの場合、表示部２４０に当該タッチパネルが設けられる。ユーザは、端末装置２００を介して、データ処理装置１００の機能を利用することができる。

図２に示すデータ処理装置１００は、上述の本実施形態に係るデータ処理方法の実施に適した装置である。

〔ソフトウェアによる実現例〕
本実施形態に係るデータ処理プログラムは、データ処理装置１００としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラムであって、上記検量線作成用データ取得部および上記補正部としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラムである。データ処理装置１００の各制御ブロック（特に制御部１１０、取得部１２０、補正部１３０および判別部１４０）は、集積回路（ＩＣチップ）等に形成された論理回路（ハードウェア）によって実現してもよいし、ソフトウェアによって実現してもよい。

ソフトウェアによってプログラムを実施する場合、データ処理装置１００は、プログラムを実行するためのハードウェアとして、コンピュータを備えている。このコンピュータは例えば少なくとも１つの制御装置（例えばプロセッサ）と少なくとも１つの記憶装置（例えばメモリ）を備えている。この制御装置と記憶装置により上記プログラムを実行することにより、本発明の目的が達成される。上記プロセッサとしては、例えばＣＰＵ（Central Processing Unit）またはＧＰＵ（Graphics Processing Unit）を用いることができる。上記記録媒体としては、「一時的でない有形の媒体」、例えば、ＲＯＭ（Read Only Memory）等の他、テープ、ディスク、カード、半導体メモリ、プログラマブルな論理回路などを用いることができる。また、上記プログラムを展開するＲＡＭ（Random Access Memory）などをさらに備えていてもよい。また、上記プログラムは、該プログラムを伝送可能な任意の伝送媒体（通信ネットワークや放送波等）を介して上記コンピュータに供給されてもよい。なお、本発明の一態様は、上記プログラムが電子的な伝送によって具現化された、搬送波に埋め込まれたデータ信号の形態でも実現され得る。

［実施例１］
＜内部標準遺伝子の発現量とマーカーの発現量との回帰分析＞
（試料の採取）
健康成人５例より、それぞれの尿を採取し、得られた各尿３００μＬを試料とした。

（ｔｏｔａｌ ＲＮＡの抽出）
３Ｄ－Ｇｅｎｅ（登録商標）ＲＮＡ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｒｅａｇｅｎｔ ｆｒｏｍ ｌｉｑｕｉｄ ｓａｍｐｌｅ ｋｉｔ（東レ株式会社（日本））中のＲＮＡ抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従って、各試料からｔｏｔａｌ ＲＮＡを得た。

（ｍｉＲＮＡ発現量の測定）
上記の５例の各試料のそれぞれから得たｔｏｔａｌ ＲＮＡに対して３Ｄ－Ｇｅｎｅ（登録商標）ｍｉＲＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ ｋｉｔ（東レ株式会社）を用いて、同社が定めるプロトコールに基づいてｔｏｔａｌ ＲＮＡ中のｍｉＲＮＡを蛍光標識した。オリゴＤＮＡチップとして、ｍｉＲＢａｓｅ ｒｅｌｅａｓｅ ２１に登録されているｍｉＲＮＡと相補的な配列を有するプローブを搭載した３Ｄ－Ｇｅｎｅ（登録商標）Ｈｕｍａｎ ｍｉＲＮＡ Ｏｌｉｇｏ ｃｈｉｐ（東レ株式会社）を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件でハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。ＤＮＡチップを３Ｄ－Ｇｅｎｅ（登録商標）スキャナー（東レ株式会社）を用いてスキャンし、画像を取得して３Ｄ－Ｇｅｎｅ（登録商標）Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ（東レ株式会社）にて蛍光強度を数値化した。

（測定値の対数化）
数値化された蛍光強度を用いて以下のように検出されたｍｉＲＮＡの発現量を計算した。まず、複数あるネガティブコントロールスポットのシグナル強度の最大順位および最小順位各々５％を除き、その［平均値＋２×標準偏差］を計算し、この値より大きいシグナル強度を示した遺伝子は検出されたとみなした。また、検出された遺伝子のシグナル強度から、最大順位および最小順位各々５％を除いたネガティブコントロールスポットのシグナル強度の平均値を減算し、減算後の値を底が２の対数値に変換して遺伝子発現量とした。

数値化されたｍｉＲＮＡの遺伝子発現量を用いた計算および統計解析は、「エクセル統計（Ｂｅｌｌｃｕｒｖｅ（登録商標） ｆｏｒ Ｅｘｃｅｌ）」（株式会社社会情報サービス）を用いて実施した。

（検量線の取得）
本実施例では、検量線を取得するための回帰分析の一例として線形回帰分析を実施した。線形回帰分析は、マーカーの発現量をｙ（目的変数）、内部標準遺伝子発現量をｘ（説明変数）として実施した。ここで本実施例では、内部標準遺伝子発現量は、ｍｉＲ－２８６１の発現量であり、マーカーは、測定値が取得できた４３３種のｍｉＲＮＡであった。ｍｉＲ－２８６１の発現量は、上記試料５例の平均値が０となるように、各試料のｍｉＲ－２８６１の発現量から１３．５を差し引くことで調整した。例として図３に、各試料の内部標準遺伝子発現量に対するｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量のプロット図および各発現量に基づく回帰分析によって得られた検量線を示す。

図３に示す通り、解析対象のマーカーがｍｉＲ－６６３ｂであったとき、回帰式ｙ＝１．０５ｘ＋７．８７の検量線を取得した。以下、ｍｉＲ－６６３ｂの検量線を検量線１と称する。検量線１より、ｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量の変化係数（検量線の傾き）は１．０５であることが示された。同様にしてｍｉＲ－６６３ｂを含む上記４３３種のマーカーの検量線を取得した。取得した４３３種のマーカーの検量線のそれぞれの変化係数（係数）および切片を表１に示す。

［実施例２］
＜同一サンプルに対する補正効果の検証＞
（測定）
健常成人１例から、実施例１と同様にして尿を採取することを３回繰り返した。すなわち、同一サンプルより３例の検体を得た。得られた３例の注目検体に対し、実施例１と同様にして内部標準遺伝子およびマーカーのｍｉＲＮＡ発現量の測定および測定値の対数化を行った。なお、本実施例においてマーカーとしてｍｉＲ－６６３ｂを用いた。

以下、本実施例において、各遺伝子の「発現量」は対数化した測定値を指す。たとえば、マーカーの発現量をＥ_ｔａｒと示している場合においても、Ｅ_ｔａｒは対数化した測定値を指す。

（補正）
各検体のｍｉＲ－６６３ｂの発現量を上述の実施形態に基づく補正（以下、「新規補正」という）によって補正した。新規補正としては下記式（Ｉ）による補正を行った。
Ｒ＝Ｅ_ｔａｒ－１．０５×（Ｅ_ｒｅｆ－１３．５）・・・（Ｉ）
式中、Ｒは補正後マーカーデータであり、Ｅ_ｔａｒはマーカーの発現量であり、１３．５は任意に設定された内部標準遺伝子発現量の基準値であり、Ｅ_ｒｅｆは注目検体中の内部標準遺伝子の発現量であり、１．０５は検量線１より得られた検量線の傾きである。

（結果）
同一サンプルより得られた３例の検体間の測定ばらつきを補正前と新規補正後とで比較するため、ＳＤを算出した。補正前および新規補正後のｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量を図４に示す。図４に示す通り、補正前ではｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量のＳＤは、０．２１であった。一方、新規補正後ではｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量のＳＤは、０．１１であった。すなわち、新規補正により同一サンプルの測定ばらつきが低減された。

［比較例１］
＜同一サンプルに対する補正効果の検証＞
（検量線法補正）
健康成人１例より実施例１と同様にして尿を採取し、ｔｏｔａｌ ＲＮＡを抽出し、ＲＮＡ溶液を得た。得られたＲＮＡ溶液より、４倍、２倍、１倍（等倍）、および０．５倍の希釈系列を調製した。各希釈系列を実施例１と同様にしてｍｉＲＮＡ発現量を測定し、測定値を対数化した。

説明変数を対数化した希釈倍率、目的変数を任意のｍｉＲＮＡの遺伝子発現量とし、線形回帰分析を実施して、検量線を取得した。結果を図５および図６に示す。図５に示す通り、目的変数を内部標準遺伝子発現量としたときの検量線はｙ＝０．７５ｘ＋１４．０３であった。なお、内部標準遺伝子発現量は実施例１と同様にｍｉＲ－２８６１の発現量を用いた。図６に示す通り、目的変数をｍｉＲ－６６３ｂとしたときの検量線はｙ＝０．５２ｘ＋７．７９であった。

回帰分析によって得られた各遺伝子の検量線の変数および切片を用いて、実施例２で得た同一サンプル由来の３検体それぞれのｍｉＲ－６６３ｂの発現量を補正した。補正としては、下記式（ＩＩ）の補正を行った。
Ｒａ＝（Ｅ_ｔａｒ－７．７９）／０．５２－（Ｅ_ｒｅｆ－１４．０３）／０．７５・・・（ＩＩ）
式中、Ｒａは補正後マーカーデータであり、Ｅ_ｔａｒはｍｉＲ－６６３ｂの発現量であり、Ｅ_ｒｅｆは注目検体中の内部標準遺伝子の発現量である。

（結果）
同一サンプルより得られた３例の検体間の測定ばらつきを評価するため、ＳＤを算出した。検量線法による補正後のｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量を図７に示す。図７に示す通り、検量線法による補正ではｍｉＲ－６６３ｂの遺伝子発現量のＳＤは、０．２４であった。これは、実施例２に示した新規補正のＳＤと比較して大きかった。以上より、新規補正の方が従来法である検量線法補正よりも、同一サンプル由来の検体間の遺伝子発現量のばらつきを適切に補正可能であることが示された。

［実施例３］
＜内部標準遺伝子の発現量とマーカーの発現量との回帰分析＞
（検体の採取）
健康成人３例より、それぞれの血液を採取し、遠心分離により血漿を取得した。上記の３例のそれぞれから得られた各血漿２００μＬを検体とした。

（ｔｏｔａｌ ＲＮＡの抽出）
ｍｉＲＮｅａｓｙ（登録商標）Ｓｅｒｕｍ／Ｐｌａｓｍａ Ａｄｖａｎｖｅｄ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ）中のＲＮＡ抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従って、各検体からｔｏｔａｌ ＲＮＡを得た。

（ｍｉＲＮＡ発現量の測定）
上記の３例の各検体のそれぞれから得たｔｏｔａｌ ＲＮＡに対してＴａｑＭａｎ（登録商標）ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ，Ｉｎｃ．）を用いて、同社が定めるプロトコールに基づいてｔｏｔａｌ ＲＮＡ中のｍｉＲＮＡを逆転写し、ｃＤＮＡを取得した。得られたｃＤＮＡに対して、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ，Ｉｎｃ．）を用いて、同社が定めるプロトコールに基づいて増幅反応を行った。増幅されたｃＤＮＡに対して、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ ＩＩ，ｎｏ ＵＮＧ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ，Ｉｎｃ．）およびＴａｑＭａｎ（登録商標）Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ａ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ，Ｉｎｃ．）を用い、同社が定めるプロトコールに基づいて、リアルタイムＰＣＲシステム（７９００ＨＴ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．）によるリアルタイムＰＣＲを実施した。リアルタイムＰＣＲ反応終了後、解析ソフトウェアＡＢＩＰＲＩＳＭ ＳＤＳ２．４（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳＣＩＥＮＴＩＦＩＣ，Ｉｎｃ．）を使用してＣｔ値を算出した。

数値化されたｍｉＲＮＡの遺伝子発現量を用いた計算および統計解析は、「エクセル統計（Ｂｅｌｌｃｕｒｖｅ（登録商標） ｆｏｒ Ｅｘｃｅｌ）」（株式会社社会情報サービス）を用いて実施した。

（内部標準遺伝子の発現量とマーカーの発現量との回帰分析）
本実施例では、回帰分析の一例として線形回帰分析を実施した。線形回帰分析は、Ｃｔ値を発現量と見なし、マーカーの発現量（Ｃｔ値）をｙ（目的変数）、内部標準遺伝子の発現量（Ｃｔ値）をｘ（説明変数）として実施した。ここで本実施例では、内部標準遺伝子は、Ｕ６ ｓｎＲＮＡであり、マーカーは測定値が取得できた２０６種のｍｉＲＮＡであった。Ｕ６ ｓｎＲＮＡの発現量は、上記試料３例の平均値が０となるように、各試料のＵ６ ｓｎＲＮＡのＣｔ値から２２．２を差し引くことで調整した。例として図８に、各試料の内部標準遺伝子発現量に対するｍｉＲ－１８ｂの発現量のプロット図および各発現量に基づく回帰分析によって得られた検量線を示す。

図８に示す通り、解析対象のマーカーがｍｉＲ－１８ｂであったとき、回帰式ｙ＝１．１４ｘ＋２９．５５を取得した。以下、ｍｉＲ－１８ｂの検量線を検量線２と称する。検量線２より、ｍｉＲ－１８ｂの遺伝子発現量の変化係数（検量線の傾き）は１．１４であることが示された。同様にしてｍｉＲ－１８ｂを含む上記２０６種のマーカーの検量線を取得した。取得した２０６種のマーカーの検量線のそれぞれの変化係数（係数）および切片を表２に示す。

［実施例４］
＜同一サンプルに対する補正効果の検証＞
（測定）
健常成人１例から、実施例３と同様にして血漿を採取することを３回繰り返した。すなわち、同一サンプルより３例の検体を得た。得られた３例の注目検体に対し、実施例３と同様にして各注目検体の内部標準遺伝子およびマーカーのｍｉＲＮＡのＣｔ値を取得した。なお、本実施例においてマーカーとしてｍｉＲ－１８ｂを用いた。

以下、本実施例において、各遺伝子の「発現量」はＣｔ値を指す。

（補正）
各検体のｍｉＲ－１８ｂの発現量を新規補正によって補正した。新規補正としては下記式（ＩＩＩ）による補正を行った。
Ｒ＝Ｅ_ｔａｒ－１．１４×（Ｅ_ｒｅｆ－２２．２）・・・（ＩＩＩ）
式中、Ｒは補正後マーカーデータであり、Ｅ_ｔａｒはマーカーの発現量であり、２２．２は任意に設定された内部標準遺伝子発現量の基準値であり、Ｅ_ｒｅｆは注目検体中の内部標準遺伝子の発現量であり、１．１４は検量線２より得られた検量線の傾きである。

（結果）
同一サンプルより得られた３例の検体間の測定ばらつきを補正前と新規補正後とで比較するため、ＳＤを算出した。補正前および新規補正後のｍｉＲ－１８ｂの遺伝子発現量を図９に示す。図９に示す通り、補正前ではｍｉＲ－１８ｂの遺伝子発現量のＳＤは、０．６９であった。一方、新規補正後ではｍｉＲ－１８ｂの遺伝子発現量のＳＤは、０．０９であった。すなわち、新規補正により同一サンプルの測定ばらつきが低減された。

本発明は、遺伝子発現の測定に利用することができる。

１００ データ処理装置
１１０ 制御部
１２０ 取得部
１２１ 検量線作成用データ取得部
１２２ 検量線取得部
１３０ 補正部
１４０ 判別部
１５０ 記憶部
１５１ 検量線作成用データ
１５２ 検量線
１６０ 通信部
２００ 端末装置
２１０ 通信部
２２０ 制御部
２３０ 入力デバイス
２４０ 表示部

Claims (9)

1. 複数の生体由来の試料自体を用いて測定した各試料中のマーカーおよび標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得工程と、
   上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成する、検量線作成工程と、
   上記検量線を用いて、注目試料から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正工程と、
   を含むデータ処理方法。
2. 上記検量線は、上記検量線作成用データに含まれる上記マーカーの発現量を目的変数とし、上記標準遺伝子の発現量を説明変数とした回帰分析により取得される検量線である、請求項１に記載のデータ処理方法。
3. 上記補正工程において、下記式（１）または（２）によって上記補正後マーカーデータを取得する、請求項２に記載のデータ処理方法。
   Ｒ＝Ｅ_ｔａｒ×（Ｋ／Ｅ_ｒｅｆ）^a・・・（１）
   Ｒ＝Ｌｏｇ_２Ｅ_ｔａｒ＋a（Ｋ－Ｌｏｇ_２Ｅ_ｒｅｆ）・・・（２）
   式（１）および（２）中、Ｒは上記補正後マーカーデータであり、
   Ｅ_ｔａｒは上記注目試料中の上記マーカーの発現量であり、
   Ｋは任意に設定された標準遺伝子発現量の基準値であり、
   Ｅ_ｒｅｆは上記注目試料中の上記標準遺伝子の発現量であり、
   ａは上記検量線の傾きである。
4. 上記複数の生体由来の試料および上記注目試料は、同等の処理および条件によって取得されたものである、請求項１～３の何れか１項に記載のデータ処理方法。
5. 上記マーカーがｍｉＲＮＡまたはｍＲＮＡである、請求項１～３の何れか１項に記載のデータ処理方法。
6. 上記マーカーがｍｉＲＮＡである、請求項５に記載のデータ処理方法。
7. 各遺伝子発現量のデータは、マイクロアレイ、ＰＣＲまたはシーケンシングから得られたデータである、請求項１～３の何れか１項に記載のデータ処理方法。
8. マーカーの発現量を処理するデータ処理装置であって、
   複数の生体から採取した試料自体を用いて測定した各試料中の上記マーカーおよび内部標準遺伝子の各発現量のデータを含む検量線作成用データを取得する、検量線作成用データ取得部と、
   上記検量線作成用データに含まれる上記各発現量のデータを用いて検量線を作成して取得する、検量線取得部と、
   上記検量線を用いて、注目生体から採取した注目試料中の上記マーカーの発現量の補正を行って補正後マーカーデータを取得する、補正部と、を備えるデータ処理装置。
9. 請求項８に記載のデータ処理装置としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラムであって、上記検量線作成用データ取得部、上記検量線取得部、および上記補正部としてコンピュータを機能させるためのデータ処理プログラム。

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