JP2022553427A - 白血病を処置するための方法および治療への臨床的感度を予測するための白血病幹細胞シグネチャーの使用 - Google Patents

白血病を処置するための方法および治療への臨床的感度を予測するための白血病幹細胞シグネチャーの使用 Download PDF

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Abstract

様々な疾患および障害、例えばがん（例えばリンパ腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、および白血病、例えば急性骨髄性白血病（ＡＭＬ））を有する患者のある特定の化合物への臨床的感度および治療応答の予測およびモニタリングにおいて、ある特定のバイオマーカー、例えば遺伝子セット（例えば白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャー）を使用する方法が本明細書で提供される。また、処置化合物を使用して疾患を処置する方法が本明細書で提供される。

Description

(関連出願の相互参照)
本出願は、その全体が本明細書に参照によって組み込まれる２０１９年１０月２８日に出願された米国特許仮出願第６２／９２７０５２号の利益を主張する。
一部の実施形態では、様々な疾患および障害、例えばがん（例えばリンパ腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、および白血病、例えば急性骨髄性白血病（ＡＭＬ））を有する患者のある特定の化合物への臨床的感度および治療応答の予測およびモニタリングにおいて、ある特定のバイオマーカー、例えば遺伝子セット（例えば白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャー）を使用する方法が本明細書で提供される。また、ある特定の実施形態では、処置化合物を使用して疾患を処置する方法が本明細書で提供される。
がんは、所与の正常組織由来の異常細胞の数の増加、これらの異常細胞による隣接組織の浸潤、または所属リンパ節および遠隔部位への悪性細胞のリンパ性もしくは血行性拡散（転移）によって主に特徴付けられる。一般に、がんは、固形がんおよび血液がんに分けられる。固形がんの例としては、限定はされないが、黒色腫、副腎癌、乳癌、腎細胞がん、膵臓癌、および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）等が挙げられる。
血液がんは、一般に、３つの主要な型：リンパ腫、白血病、および骨髄腫を含む。リンパ腫は、リンパ系で生じるがんを指す。リンパ腫としては、限定はされないが、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、および末梢Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）等が挙げられる。白血病は、造血組織の悪性新生物を指す。急性白血病は、主に未分化細胞集団を含むが、慢性白血病はより成熟した細胞形態を含む。急性白血病は、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）型および急性骨髄芽球性白血病（ＡＭＬ）型に分けられる。慢性白血病は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）または慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）に分けられる。骨髄腫は、骨髄の形質細胞のがんである。骨髄腫は、骨髄の多くの部位で頻繁に生じるため、多発性骨髄腫（ＭＭ）と呼ばれることが多い。
したがって、限定はされないが、リンパ腫（例えばＮＨＬ）、ＭＭ、白血病（例えばＡＭＬ）、および固形がんを含むがんを有する患者を処置するために使用され得る新しい方法、処置および組成物に対する非常に大きな需要。多くの研究が、がんを処置するために安全におよび効果的に使用され得る化合物を提供する目的で実施されている。例えば、本発明者らは、近年、限定はされないが、白血病（例えばＡＭＬ）を含むがんを処置するために有用なある特定の化合物（例えば化合物Ｄ）を同定した。しかしながら、これらの化合物の薬力学的活性を検出、定量、および特徴付ける、効率的、感度がよい、および正確な方法を開発する必要がある。本発明は、これらおよび他の要求を達成する。
化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高い急性骨髄性白血病を有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法が本明細書で提供される。また、化合物によってＡＭＬを有する対象を処置する方法が本明細書で提供される。
一態様では、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高い急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、
ｉ．対象から試料を用意する工程；
ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；
ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；および
ｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
を特徴とし、該化合物が、以下の構造：
Figure 2022553427000002
 を有する２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、
またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
別の態様では、化合物によってＡＭＬを有する対象を処置する方法であって、
（ａ）化合物を含む処置に対して応答性であり得るＡＭＬを有する対象を同定する工程であって、
ｉ．対象から試料を用意する工程；
ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；
ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；および
ｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
を含む工程、ならびに
（ｂ）対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程
を特徴とし、該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、１つまたはそれ以上の遺伝子の発現レベルの加重和として算出される。
ある特定の実施形態では、参照レベルが、集団のＬＳＣシグネチャースコアの中央値である。
ある特定の実施形態では、参照レベルが、所定のＬＳＣシグネチャースコアレベルである。
ある特定の実施形態では、その参照レベルよりも高いＬＳＣシグネチャースコアが、対象が難治性ＡＭＬおよび／または不応性ＡＭＬを有することを示す。
ある特定の実施形態では、１つまたはそれ以上の遺伝子が、
（ａ）ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、ＧＡＴＡ２、ＳＬＣ２５Ａ３７、ＳＧＫ、ＬＯＣ６５２６９４、ＩＴＰＲ３、ＬＯＣ６５４１０３、ＣＸＣＲ４、ＦＣＲＬ３、ＲＢＭ３８、ＬＩＬＲＡ５、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＣＣＤＣ１０９Ｂ、ＩＳＧ２０、ＭＴＳＳ１、ＣＥＣＲ１、ＡＤＡＭ１９、ＦＣＧＲ２Ａ、ＡＩＭ２、ＮＰＬ、ＩＬ１０ＲＡ、ＣＴＳＬ１、ＧＮＬＹ、ＣＫＡＰ４、ＡＤＭ、ＫＬＲＢ１、ＳＬＣ１５Ａ３、ＦＧＲ、ＦＣＲＬＡ、ＩＬ２ＲＢ、ＣＸＣＬ１６、ＳＬＣ４Ａ１、ＧＺＭＨ、ＦＬＪ２２６６２、ＬＯＣ６４７５０６、ＧＩＭＡＰ４、ＪＡＺＦ１、ＣＴＳＨ、ＧＺＭＡ、ＣＨＳＴ１５、ＡＱＰ９、ＣＤ２４７、ＢＣＬ６、ＳＬＣ７Ａ７、Ｅ２Ｆ２、ＬＯＣ６４７４５０、ＧＺＭＢ、ＬＯＣ６５２４９３、ＨＢＭ、ＣＤ１４、ＡＬＡＳ２、ＨＢＢ、ＬＯＣ６４２１１３、ＡＨＳＰ、ＦＣＮ１、ＣＤ４８、ＨＢＡ２、およびＨＢＡ１、または
（ｂ）ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、およびＧＡＴＡ２からなる群から選択される。
ある特定の実施形態では、１つまたはそれ以上の遺伝子が、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６からなる群から選択される。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６の遺伝子発現レベルに基づく。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×ＤＮＭＴＴ３Ｂの重み）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×ＺＢＴＢ４６の重み）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×ＮＹＮＲＩＮの重み）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×ＡＲＨＧＡＰ２２の重み）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×ＬＡＰＴＭ４Ｂの重み）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×ＭＭＲＮ１の重み）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×ＤＰＹＳＬ３の重み）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×ＫＩＡＡ０１２５の重み）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×ＣＤＫ６の重み）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×ＣＰＸＭ１の重み）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×ＳＯＣＳ２の重み）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×ＳＭＩＭ２４の重み）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×ＥＭＰ１の重み）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×ＮＧＦＲＡＰ１の重み）＋（ＣＤ３４の発現レベル×ＣＤ３４の重み）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×ＡＫＲ１Ｃ３の重み）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×ＧＰＲ５６の重み）として算出され；ならびに
ＤＮＭＴＴ３Ｂの重みが０．０８～０．０９の範囲であり、ＺＢＴＢ４６の重みが－０．０３～－０．０４の範囲であり、ＮＹＮＲＩＮの重みが－０．００８～－０．００９の範囲であり、ＡＲＨＧＡＰ２２の重みが－０．０１５～０．０１の範囲であり、ＬＡＰＴＭ４Ｂの重みが－０．００６～０．００５の範囲であり、ＭＭＲＮ１の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＤＰＹＳＬ３の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＫＩＡＡ０１２５の重みが０．０１～０．０２の範囲であり、ＣＤＫ６の重みが－０．０８～－０．０７の範囲であり、ＣＰＸＭ１の重みが－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＳＯＣＳ２の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＳＭＩＭ２４の重みが－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＥＭＰ１の重みが０．０１４～０．０２の範囲であり、ＮＧＦＲＡＰ１の重みが０．０４～０．０５の範囲であり、ＣＤ３４の重みが０．０３～０．０４の範囲であり、ＡＫＲ１Ｃ３の重みが－０．０４～－０．０５の範囲であり、およびＧＰＲ５６の重みが０．０４～０．０５５の範囲である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×０．０８７４）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×－０．０３４７）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×０．００８６５）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×－０．０１３８）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×０．００５８２）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×０．０２５８）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×０．０２８４）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×０．０１９６）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×－０．０７０４）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×－０．０２５８）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×０．０２７１）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×－０．０２２６）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×０．０１４６）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×０．０４６５）＋（ＣＤ３４の発現レベル×０．０３３８）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×－０．０４０２）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×０．０５０１）として算出される。
ある特定の実施形態では、参照レベルが、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、または２である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２の遺伝子発現レベルに基づく。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×ＴＮＦＲＳＦ４の重み）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＴＮＦＲＳＦ４の重みが－１．５～－１の範囲であり、ＳＬＣ４Ａ１の重みが１３～１４の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みが－４～－３の範囲であり、ＡＩＭ２の重みが－３～－４の範囲である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×－１．１３）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される。
ある特定の実施形態では、参照レベルが、－５０～１１５、－４５～１１０、－４０～１０５、－３７～１００、－３０～９５、－２５～９０、－２０～８５、－１５～８０、－１０～７５、－５～７０、０～６５、５～６０、１０～５５、１５～５０、２０～４５、２５～４０、または３０～３５の範囲である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２の遺伝子発現レベルに基づく。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＳＬＣ４Ａ１の重みが１１～１５の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みが－５．５～－１．５の範囲であり、ＡＩＭ２の重みが－５～－１の範囲である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される。
ある特定の実施形態では、参照レベルが、－６５～１１０、－６０～１０５、－５５～１００、－４９～９３、－４５～９０、－４０～８５、－３５～８０、－３０～７５、－２５～７０、－２０～６５、－１５～６０、－１０～５５、－５～５０、０～４５、５～４０、１０～３５、１５～３０、２０～３５、または２５～３０の範囲である。
別の態様では、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いＡＭＬを有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、
ｉ．対象から試料を用意する工程；
ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；
ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合を測定する工程；
ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合が細胞の参照割合と相違する場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
を特徴とし、該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
別の態様では、化合物によってＡＭＬを有する対象を処置する方法であって、
（ａ）化合物を含む処置に対して応答性であり得るＡＭＬを有する対象を同定する工程であって、
ｉ．対象から試料を用意する工程；
ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；
ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合を測定する工程；
ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合が細胞の参照割合と相違する場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
を含む工程、ならびに
（ｂ）対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程
を特徴とし、該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、細胞型の参照割合が、化合物を投与する前の試料中の細胞の型の割合である。
ある特定の実施形態では、細胞型の参照割合が、所定の割合である。
ある特定の実施形態では、原始細胞の割合および／または分化白血病細胞の割合を測定する工程を含む方法。
ある特定の実施形態では、化合物を投与する前のそれらのそれぞれの割合と比較した原始細胞の割合の減少および／または分化白血病細胞の割合の増加が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
ある特定の実施形態では、ＣＤ３４＋、ＣＤ１５＋細胞、ＣＤ１４＋細胞、および／またはＣＤ１１ｂ＋細胞の割合を測定する工程を含む方法。
ある特定の実施形態では、方法は、ＣＤ３４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ３４＋細胞の割合と比較したＣＤ３４＋細胞の割合の減少が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
ある特定の実施形態では、方法は、ＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合と比較したＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合の増加が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
ある特定の実施形態では、ＡＭＬが、不応性または難治性である。
ある特定の実施形態では、ＡＭＬが、ダウノルビシン、シタラビン（ａｒａ－Ｃ）、およびゲムツズマブオゾガマイシンからなる群から選択される１つまたはそれ以上の薬剤を使用する処置に難治性であるか、または化学療法に難治性である。
図１Ａ～１Ｃは、インビトロでの急性骨髄性細胞におけるＧＳＰＴ１の化合物Ｄ媒介性分解を表す。図１Ａは、化合物Ｄと、ＬＳＣ１７スコアが変動する記載のＡＭＬ患者試料との４時間のインビトロインキュベーション後のＡｌｅｘａ ｆｌｏｕｒ ６４７フルオロフォアのＭＦＩによって測定される、ＧＳＰＴ１に結合する抗ＧＳＰＴ－１コンジュゲート抗体を使用するフローサイトメトリー分析によって評価されたＧＳＰＴ１の分解を示す。図１Ｂは、化合物Ｄと、ＬＳＣ１７スコアが変動する記載のＡＭＬ患者試料との２４時間のインビトロインキュベーション後のＡｌｅｘａ ｆｌｏｕｒ ６４７フルオロフォアのＭＦＩによって測定される、ＧＳＰＴ１に結合する抗ＧＳＰＴ－１コンジュゲート抗体を使用するフローサイトメトリー分析によって評価されたＧＳＰＴ１の分解を示す。結果は、ビヒクル対照のパーセンテージ（１．０は１００％に相当する）として表される。図１Ｃは、高および低ＬＳＣ１７スコアを受けているＡＭＬ患者試料について評価された、１００ｎＭの化合物Ｄの２４時間のインキュベーション後のＧＳＰＴ１の分解を示し、結果は、平均の標準誤差を表すエラーバーを有する平均として示されている。ＧＳＰＴ１＝Ｇ１～Ｓ期移行タンパク質１；ＩＤ＝識別；ＬＳＣ１７＝白血病幹細胞１７遺伝子シグネチャー；ＭＦＩ＝蛍光強度中央値；ｎｄ＝決定されていない。 図２Ａ～２Ｃは、インビトロでの原発性急性骨髄性白血病細胞のアポトーシスの化合物Ｄ媒介性誘導を表す。図２Ａは、アポトーシス細胞を決定するための代表的なフローサイトメトリードットプロットを示す（一番上のパネルは、ＦＳＣ／ＳＳＣゲート細胞によって評価されるアポトーシスを示す；下部パネルは、ビヒクル（０ｎＭ）または１００ｎＭの化合物Ｄ処置後のＡｎｎｅｘｉｎＶ染色によって評価されたアポトーシスを示す）。図２Ｂは、化合物Ｄ（０、３、３０または１００ｎＭ）ととものインキュベーション後の９つのＡＭＬ患者試料について評価されたアネキシンＶ＋細胞（アポトーシス）のパーセントを示す。試料は、高および低ＬＳＣ１７スコアによって群化した。図２Ｃは、化合物Ｄ（０、３、３０または１００ｎＭ）ととものインキュベーション後の９つのＡＭＬ患者試料の評価された総細胞数を示す。試料は高および低ＬＳＣ１７スコアによって群化された。データは、平均の標準誤差を表すエラーバーを伴う群平均として示されている。Ｐ値は、ＬＳＣ１７高とＬＳＣ１７低群の間の統計的比較を示す。ＦＳＣ＝前方散乱；ＬＳＣ１７＝白血病幹細胞１７遺伝子シグネチャー；ＳＳＣ＝側方散乱；７ＡＡＤ＝７－アイノアクチノマイシンＤ。
図３は、コロニー形成性白血病前駆細胞の化合物Ｄ媒介性阻害を表す。化合物Ｄ（０、３、３０または１００ｎＭ）ととものインキュベーション後の９つのＡＭＬ患者試料の１００，０００個細胞あたりの、２４時間で形成されたコロニー数を評価し、試料が高および低ＬＳＣ１７スコアによって群化された場合、コロニーを形成した試料におけるコロニー低減は、ビヒクル対照のパーセントとして評価された。結果は、平均の標準誤差を表すエラーバーを伴う群平均として示されている。ＩＤ＝識別；ＬＳＣ１７＝白血病幹細胞１７遺伝子シグネチャー。 図４は、急性骨髄性白血病患者１１０５００および患者９０１９１異種移植片に対する化合物Ｄの効果を表す。種々の用量の化合物Ｄを用いる処置後の、右大腿骨（ＲＦ）から得た、または左大腿骨および脛骨骨髄（ＢＭ）から得た異なるマーカー（ＣＤ３４＋またはＣＤ１５＋）を有するＡＭＬ細胞またはＡＭＬ細胞のパーセンテージがプロットされている。Ｐ値は、同一骨髄供給源のビヒクル対照に対する統計的比較を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；Ｂｉｄ＝１日２回；ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；Ｑｄ＝毎日；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。 図５は、高ＬＳＣ１７シグネチャースコアを有する試料における化合物Ｄに対する応答性および種々の種類の細胞の変化を表す。高ＬＳＣ１７スコアを有する３つのＡＭＬ試料から得たＲＦまたはＢＭにおける、ＡＭＬ細胞のパーセンテージまたはＣＤ３４＋細胞のパーセンテージおよびＡＭＬもしくはＣＤ３４＋細胞の絶対細胞数が示されている。丸の記号は、ビヒクル対照マウスから得たデータを表し、四角の記号は、化合物Ｄ処置マウスを表す。Ｐ値は、化合物Ｄ処置とビヒクル対照の間の統計的比較を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＬＳＣ１７＝白血病幹細胞１７遺伝子シグネチャー；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。 図６は、低ＬＳＣ１７シグネチャースコアを有する試料における化合物Ｄに対する応答性および種々の種類の細胞の変化を表す。低ＬＳＣ１７スコアを有する３つのＡＭＬ試料から得たＲＦまたはＢＭにおける、ＡＭＬ細胞のパーセンテージまたはＣＤ３４＋細胞のパーセンテージおよびＡＭＬもしくはＣＤ３４＋細胞の絶対細胞数が示されている。丸記号は、ビヒクル対照マウスから得たデータを表し、四角記号は、化合物Ｄ処置マウスを表す。Ｐ値は、化合物Ｄ処置とビヒクル対照の間の統計的比較を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＬＳＣ１７＝白血病幹細胞１７遺伝子シグネチャー；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。
図７Ａ～７Ｅは、一次移植されたマウスの化合物Ｄ処置後の二次移植を表す。図７Ａは、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄが投与された一次マウスの骨髄から単離されたＡＭＬ患者試料１１０５９０の細胞を用いて注入された二次マウスの骨髄（ＲＦまたはＢＭ）から得た生着したＡＭＬ細胞のパーセンテージを示す。限界希釈アッセイ（ＬＤＡ）分析（下部パネル）は、ビヒクル（下部パネル）と比較した化合物Ｄ投薬後の白血病幹細胞（ＬＳＣ）の１３．３倍の低減を示す。図７Ｂは、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄが投与された一次マウスの骨髄から単離されたＡＭＬ患者試料１２０８６０の細胞を用いて注入された二次マウスの骨髄（ＲＦまたはＢＭ）から得た生着したＡＭＬ細胞のパーセンテージを示す。限界希釈アッセイ（ＬＤＡ）分析（下部パネル）は、ＬＳＣ頻度の相違がないことを示す。図７Ｃは、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄが投与された一次マウスの骨髄から単離されたＡＭＬ患者試料１００３４８の細胞を用いて注入された二次マウスの骨髄（ＲＦ）から得た生着したＡＭＬ細胞のパーセンテージを示す。図７Ｄは、各患者試料の一次処置されたマウスから得た単離された骨髄におけるＣＤ４５＋細胞のパーセンテージを示す。各二次マウス（マウス細胞枯渇を伴わない）中に注入された総細胞および総ＡＭＬ細胞も示されている。図７Ｅは、ビヒクル処置または化合物Ｄ処置一次異種移植マウス由来のＡＭＬ患者試料１１０１０２（上部）またはＡＭＬ患者試料０５９０（下部）の細胞を受け取っている二次マウスにおけるＡＭＬ移植片のパーセンテージを示し、単一の二次移植マウスを表す各記号が示されている。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＩＤ＝識別；Ｋ＝千；Ｍ＝百万；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。 図８Ａ～８Ｂは、臍帯血異種移植片の代表的なフローサイトメトリー分析を表す。図８Ａは、臍帯血異種移植されたビヒクルから単離された細胞集団の同定のための代表的なゲーティング戦略を示す。図８Ｂは、化合物Ｄ処置マウス骨髄から単離された細胞集団の同定のための代表的なゲーティング戦略を示す。ＣＤ４５＋細胞をゲートし（ＧｌｙＡ－ＣＤ４５＋、左列）、さらにサブゲートして、ＣＤ３８およびＣＤ３４発現（左から２番目の列）またはＣＤ１９およびＣＤ３３発現（中央列）を決定した。ＧｌｙＡ－ＣＤ４５＋およびＧｌｙＡ－ＣＤ４５＋ＣＤ３３＋細胞をサブゲートして、ＣＤ１４およびＣＤ１５の発現を決定する（それぞれ右から２番目および最も右の列）。ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＧｌｙＡ＝グリコホリンＡ；ＲＦ＝右大腿骨（急性骨髄性白血病細胞が注入された）。
図９Ａ～９Ｄは、臍帯血移植片集団に対する化合物Ｄの効果を表す。ＣＢ１およびＣＢ２生着細胞のサブ細胞種の各々のパーセンテージまたは絶対細胞数がプロットされた。図９Ａは、ＣＢ１およびＣＢ２生着細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図９Ｂは、ＣＤ１９＋またはＣＤ３３＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図９Ｃは、ＣＤ４５＋移植片におけるＣＤ１５＋またはＣＤ１４＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図９Ｄは、ＧｌｙＡ＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。丸記号は、ビヒクル対照処置マウスから得たデータを表し、四角記号は、化合物Ｄ処置マウスから得たデータを表す。Ｐ値は、化合物Ｄ処置対対照の統計的比較を示す。ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＣＢ＝臍帯血；ＧｌｙＡ＝グリコホリンＡ；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。 図１０Ａ～１０Ｄは、ＣＤ３４＋およびＣＤ３４＋／ＣＤ３８－原始細胞に対する化合物Ｄの効果を表す。ＣＢ１およびＣＢ２生着細胞のＲＦまたはＢＭの、サブ細胞種の各々から得たパーセンテージまたは絶対細胞数がプロットされた。図１０Ａは、ＣＤ３４＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図１０Ｂは、ＣＤ３４＋／ＣＤ３８－細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図１０Ｃは、ＣＤ３４＋／ＣＤ１９＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。図１０Ｄは、ＣＤ３４＋／ＣＤ３３＋細胞のパーセンテージまたは絶対細胞数を示す。丸記号は、ビヒクル対照処置マウスから得たデータを表し、四角記号は、化合物Ｄ処置マウスから得たデータを表す。Ｐ値は、化合物Ｄ処置対対照の統計的比較を示す。ＢＭ＝骨髄（注入されていない）；ＣＢ＝臍帯血；ＲＦ＝右大腿骨（ＡＭＬ細胞が注入された）。
図１１は、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおける急性骨髄性白血病移植片に対する化合物Ｄの効果を表す。化合物Ｄ（四角）またはビヒクル対照（丸）処置マウスの注入された大腿骨（ＲＦ、一番上のパネル）および注入されていない骨（ＢＭ、下部パネル）におけるヒトＣＤ４５＋／ＣＤ３３＋ＡＭＬ生着がまとめられている。各記号は、各処置マウスにおける生着レベルを示し、バーは、各処置群の中央値を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ｎｓ＝有意ではない；ＲＦ＝右大腿骨（注入された骨）。＊ｐ＜０．０５；＊＊ｐ＜０．０１；＊＊＊ｐ＜０．００１；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 図１２Ａ～１２Ｅは、化合物Ｄ投与によって誘導された表現型プロファイルを表す。図１２Ａは、化合物Ｄまたはビヒクル処置後のＡＭＬ移植片における白血病細胞上の細胞表面マーカーＣＤ１５、ＣＤ１４、ＣＤ３４およびＣＤ３８の代表的なフローサイトメトリー分析を示す。図１２Ｂは、化合物Ｄまたはビヒクル処置後のＡＭＬ移植片における白血病細胞上の細胞表面マーカーＣＤ１５、ＣＤ１４、ＣＤ３４、ＣＤ１１ｂおよびＣＤ３８の代表的なフローサイトメトリー分析を示す。図１２Ｃは、化合物Ｄ（四角）またはビヒクル対照（丸）処置後のＡＭＬ移植片から得たＣＤ３４＋細胞のパーセンテージを示す。図１２Ｄは、化合物Ｄ（四角）またはビヒクル対照（丸）処置後のＡＭＬ移植片から得たＣＤ１５＋細胞のパーセンテージを示す。図１２Ｅは、化合物Ｄ（四角）またはビヒクル対照（丸）処置後のＡＭＬ移植片から得たＣＤ１４＋細胞のパーセンテージを示す。試料は、３つのカテゴリー：ＣＤ３４＋、ＣＤ１５＋およびＣＤ１４＋細胞の増大（一番上のパネル）、減少（中央のパネル）および変化なし（下部パネル）に群化した。各記号は、各処置マウスのＡＭＬ移植片における対応する集団のパーセンテージを示す。各患者番号の後ろの括弧中のパーセンテージは、化合物Ｄ処置による相対的低減であり、薬物に対する各試料の応答性を示す。バーは、平均値を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ｎｓ＝有意ではない；ＲＦ＝右大腿骨（注入された骨）。＊ｐ＜０．０５；＊＊ｐ＜０．０１；＊＊＊ｐ＜０．００１；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。
図１３は、原発性急性骨髄性白血病移植片における化合物Ｄに対する不均一な応答およびＬＳＣ１７スコアに対する相関を表す。急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）移植片に対する化合物Ｄの効果は、ビヒクル対照処置に対するＡＭＬ低減のパーセンテージとして示された。各記号は、各患者試料のＡＭＬ生着中央値の相対低減を表し、長い水平バーは、平均の標準誤差（ＳＥＭ）を示すより短い水平バーを伴う各群の平均値を示す。試料は、全体でまとめられ（中黒丸）、高ＬＳＣ１７（四角）および低ＬＳＣ１７スコア（三角）に群化された。ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ＬＳＣ＝白血病幹細胞；ＲＦ＝右大腿骨（注入された骨）。 図１４Ａ～１４Ｃは、ＬＳＣ４遺伝子シグネチャーおよびＬＳＣ３遺伝子シグネチャーおよび化合物Ｄ処置に対する応答性のその予測性を表す。遺伝子発現プロファイルは、各患者試料の一次細胞からのＲＮＡ－Ｓｅｑによって作成した。図１４Ａは、８９のＬＳＣ関連遺伝子セットから同定された４遺伝子スコア（ＬＳＣ４）を示す。実線の曲線は、実験における薬物による低減％を表し、破線の曲線は、４遺伝子スコアによって予測される低減％を表す。図１４Ｂは、「応答」または「応答なし」のいずれかの閾値中央値による予測の離散化およびスコアと低減％の間の関連（ｒ＝０．８７、ｐ＝０．０２）を示す。実線の曲線は、実験における薬物による低減％を表し、破線の曲線は、４遺伝子スコアによる低減％の予測を表す。図１４Ｃは、約４６のＬＳＣ遺伝子セットの中で同定された３遺伝子スコア（ＬＳＣ３）が、化合物Ｄに対する応答性を予測できることを示し、上記のＬＳＣ４遺伝子シグネチャーに対して極めて類似した結果を有する。実線の曲線は、実験における薬物による低減％を表し、破線の曲線は、３遺伝子スコアによる低減％の予測を表す。
図１５Ａ～１５Ｄは、患者の臨床特徴および化合物Ｄに対する移植片の応答性を表す。図１５Ａは、試料が、新規対続発性／再発のそのプロファイルに基づいて、化合物Ｄに対するその応答について特徴付けられたことを表す。図１５Ｂは、試料が、有害対中間の予後のそのプロファイルに基づいて、化合物Ｄに対するその応答について特徴付けられたことを表す。図１５Ｃは、試料が、細胞遺伝学的に正常対異常の核型のそのプロファイルに基づいて、化合物Ｄに対するその応答について特徴付けられたことを表す。図１５Ｄは、試料が、細胞遺伝学的に正常なＡＭＬにおけるＦｌｔ３－ＩＴＤ対野生型Ｆｌｔ３のそのプロファイルに基づいて、化合物Ｄに対するその応答について特徴付けられたことを表す。各記号は、各患者試料のＡＭＬ生着中央値の相対低減を表し、バーは、中央値を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ＣＮ－ＡＭＬ＝細胞遺伝学的に正常な急性骨髄性白血病；Ｆｌｔ３－ＩＴＤ＝ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３－内部タンデム重複；ＲＦ＝右大腿骨（注入された骨）。 図１６Ａ～１６Ｄは、化合物Ｄが、インビトロでＧＳＰＴ１低減を介して急性骨髄性白血病アポトーシスを誘導することを表す。急性骨髄性白血病細胞を、種々の化合物Ｄ濃度で増殖因子を補給した培地においてインビトロで培養した。図１６Ａは、化合物Ｄに対する２４時間の曝露での、一次白血病細胞におけるＧＳＰＴ１分解を示す。図１６Ｂは、白血病細胞におけるアポトーシスの誘導を示す。図１６Ｃは、化合物Ｄを用いる処置での生細胞の減少を示す。図１６Ｄは、コロニー形成性白血病前駆細胞が化合物Ｄによって低減したことを示す。ＧＳＰＴ１＝Ｇ１～Ｓ期移行タンパク質１。 図１７は、化合物Ｄ処置によるアポトーシスおよび細胞死の誘導を表す。化合物Ｄを用いて処置されたマウスにおけるアポトーシスおよび細胞死を、ヨウ化プロピジウムで細胞を染色することによって評価した。各記号は、ビヒクル（丸）または化合物Ｄ（四角）を用いて処置された個々のマウスにおけるＰＩ＋事象のパーセンテージを示す。バーは、中央値を示す。ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ＰＩ＝ヨウ化プロピジウム；ＲＦ＝右大腿骨（注入された骨）。＊ｐ＜０．０５；＊＊ｐ＜０．０１；＊＊＊ｐ＜０．００１；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 図１８Ａ～１８Ｂは、化合物Ｄ処置が、急性骨髄性白血病移植片においてＧＳＰＴ１を分解することを表す。細胞内フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）を実施して、ＡＭＬを有するマウスへの３用量の化合物Ｄ処置後のＧＳＰＴ１の発現を測定した。図１８Ａは、ビヒクル（丸）および化合物Ｄ（四角）を用いて処置されたマウスの注入されたＲＦ（上のパネル）および注入されていないＢＭ（下のパネル）から回収されたＣＤ３３＋ ＡＭＬ細胞におけるＧＳＰＴ１の平均蛍光強度を示す。各記号は、ビヒクル（丸）または化合物Ｄ（四角）を用いて処置された個々のマウスから得たデータを示し、バーは、中央値を示す。データ点の上の数は、化合物Ｄ処置されたもの対対照の間のＰ値である。図１８Ｂは、化合物Ｄによる相対ＧＳＰＴ１低減を示す。各バーは、ビヒクル対照に対する、化合物Ｄ処置によるＧＳＰＴ１ ＭＦＩ中央値のパーセンテージを示す。各患者番号の後ろの括弧中のパーセンテージは、４週間の化合物Ｄ処置による相対的低減であり、薬物に対する各試料の応答性を示す。ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病；ＢＭ＝骨髄（注入されていない骨）；ＧＳＰＴ１＝Ｇ１～Ｓ期移行タンパク質１；ＭＦＩ＝平均蛍光強度；ＰＩ＝ヨウ化プロピジウム；ＲＦ右大腿骨（注入された骨）。
図１９は、代表的な二次移植限界希釈アッセイ（白血病幹細胞頻度の信頼区間プロット）を表す。実線は、ＬＳＣ頻度の平均推定を示し、点線は、ビヒクル対照（灰色の点）または化合物Ｄ（黒色の点）一次マウスにおけるＬＳＣ頻度推定の下方および上方範囲を示す。各個々の記号は、各細胞用量と関連する非応答の対数割合を示す。ＬＳＣ＝白血病幹細胞；Ｖｅｈ＝ビヒクル。
化合物Ｄを含む、本明細書で提供されるある特定の化合物は、セレブロンＥ３リガーゼモジュレーターである。例えば、化合物Ｄは、翻訳終結因子であるＧ１－Ｓ期移行タンパク質１（ＧＳＰＴ１）の分解を引き起こし、統合されたストレス応答、小胞体ストレス応答（ｕｎｆｏｌｄｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｓｐｏｎｓｅ（ＵＰＲ））活性化、および急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）細胞のアポトーシスをもたらす。化合物Ｄは、再発および不応性ＡＭＬのための臨床開発中である。
導入化学療法に対する不応性および寛解の達成後の再発は、ＡＭＬの治療の主な障害である。標準的な導入化学療法後、患者は、有害、中程度および低リスク分類を広く定義する細胞遺伝学および分子異常に基づく異なる寛解後戦略に割り当てられる。しかしながら、一部の患者は導入療法に応答せず、別のサブセットは有害リスク因子がなくても、やがて再発するであろう。これらの高リスク患者を同定するより優れたバイオマーカー、およびこの群の患者の処置が急務である。
幹細胞性に関連する予測および／または予後予測バイオマーカーを開発するため、Ng et al. (Ng SW et al. Nature. 2016;540(7633): 433-37)は、機能的白血病幹細胞集団を使用して１７個の遺伝子スコア（ＬＳＣ１７スコア）を作成した。ＬＳＣ１７スコアを作成する方法のより詳細な情報は６．１節に記載する。Ng et al.によって示されるように、高ＬＳＣ１７スコアを有する患者は、同種異系幹細胞移植を含む現在の処置で転帰不良であった。
驚くべきことに、６．２節に記載した本研究では、高ＬＳＣ１７スコアを有するＡＭＬ試料は、低ＬＳＣ１７スコアを有する試料と比較して化合物Ｄ処置に対してより感受性であった。さらに、６．３節に記載した研究では、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料の多くは化合物Ｄによく応答し、ＡＭＬは半分より多くのマウスの骨髄で根絶された。
本明細書で提供される予期せぬ観察は、疾患が一次導入療法の文脈でより侵襲性であるＡＭＬ患者、および／または化学療法などの従来の処置に難治性の不応性ＡＭＬを有する患者を処置するために、化合物Ｄが使用され得ることを示す。
さらに、６節に示すように、本開示は、処置化合物（例えば、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、互変異性体、薬学的に許容される塩、溶媒和化合物、同位体置換体、プロドラッグ、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体）への応答性を予測するのに有用な細胞表面マーカーまたはそれらの変更も同定する。
５．１．定義
本明細書で使用される場合、用語「がん」は、限定はされないが、固形がんおよび血液がんを含む。用語「がん」は、限定はされないが、膀胱、骨、血液、脳、乳房、子宮頸部、胸部、結腸、子宮内膜、食道、眼、頭部、腎臓、肝臓、リンパ節、肺、口腔、頸部、卵巣、膵臓、前立腺、直腸、皮膚、胃、精巣、咽頭、および子宮のがんを含む、組織または臓器の疾患を指す。特定のがんとしては、限定はされないが、進行性悪性腫瘍、アミロイドーシス、神経芽細胞腫、髄膜腫、血管周囲細胞腫、多発性脳転移、多形成膠芽腫、神経膠芽腫、脳幹神経膠腫、予後不良悪性脳腫瘍、悪性神経膠腫、続発性悪性神経膠腫、未分化星状細胞腫、退形成乏突起神経膠腫、神経内分泌腫瘍、直腸腺癌、切除不能結腸直腸癌、転移性肝細胞癌、カポジ肉腫、核型（ｋａｒｏｔｙｐｅ）急性骨髄芽球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、皮膚Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫、低悪性度濾胞性リンパ腫、悪性黒色腫、悪性中皮腫、悪性胸水中皮腫症候群、腹膜癌、乳頭状漿液性癌、婦人科肉腫、軟部組織肉腫、強皮症、皮膚血管炎、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、平滑筋肉腫、進行性骨化性繊維形成異常症、ホルモン不応性前立腺がん、切除ハイリスク軟部組織肉腫、切除不能肝細胞癌、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、くすぶり型骨髄腫、無痛無症候性骨髄腫、ファロピウス管がん、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性ステージＩＶ非転移性前立腺がん、ホルモン非感受性前立腺がん、化学療法非感受性前立腺がん、甲状腺乳頭癌、濾胞状甲状腺癌、髄様甲状腺癌、および平滑筋腫が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「血液がん」は、骨髄腫、リンパ腫、および白血病を含む。一実施形態では、骨髄腫は多発性骨髄腫である。一部の実施形態では、白血病は、例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、成人Ｔ細胞白血病、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、毛様細胞性白血病、脊髄形成異常、骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、ヒトリンパ向性ウイルス１型（ＨＴＬＶ－１）白血病、肥満細胞症、またはＢ細胞急性リンパ芽球性白血病である。一部の実施形態では、リンパ腫は、例えば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、Ｂ細胞免疫芽球性リンパ腫、小非切れ込み細胞型リンパ腫、ヒトリンパ向性ウイルス１型（ＨＴＬＶ－１）白血病／リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫、末梢性Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、Ｔ細胞／組織球豊富型大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、形質転換リンパ腫、縦隔（胸腺）原発大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、脾辺縁帯リンパ腫、リヒター形質転換、節性辺縁帯リンパ腫、またはＡＬＫ陽性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。一実施形態では、血液がんは、例えば、ＤＬＢＣＬ、濾胞性リンパ腫、または辺縁帯リンパ腫を含む緩慢性リンパ腫である。
用語「予後リスク」は、がんとの関連で使用される場合、ある特定の処置への応答性、寛解の期間または程度、潜在的生存率、再発の可能性等を含む、がんの起こり得る転帰を指す。患者の予後リスクに影響する因子としては、限定はされないが、人口統計学（例えば、年齢、人種、性別等）、疾患特異性（例えば、がんのステージ）、遺伝学（例えば、リスク遺伝子）、併存症（例えば、がんを伴う他の状態）等が挙げられる。良い「予後リスク」は、患者が、ある特定の処置に対して応答性である可能性が高い、生存する可能性が高い、および／または再発する可能性が低い等を意味する。悪い「予後リスク」は、患者が、ある特定の処置に対して応答性である可能性が低い、生存する可能性が低い、および／または再発する可能性が高い等を意味する。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「処置する（ｔｒｅａｔ）」、「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、および「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、患者が特定のがんを患っている間に生じる、がんの重症度を低減するかまたはがんの進行を阻止するかもしくは遅らせる作用を指す。
用語「感受性（ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ）」または「感受性である（ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ）」は、化合物による処置と関連して使われる場合、処置される腫瘍または疾患の進行の軽減または低減における化合物の有効性の程度を指す相対的な用語である。例えば、用語「感受性の増加」は、化合物と関連して細胞または腫瘍の処置と関連して使用される場合、少なくとも約５％、またはそれ以上の、腫瘍処置の有効性の増加を指す。
本明細書で使用される場合、用語「化合物」および「処置化合物」は交換可能に使用され、以下の５．５節に開示される化合物の非限定的な例を含む。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「治療有効量」の化合物は、がんの処置もしくは管理に治療効果を提供するか、またはがんの存在と関連する１つもしくはそれ以上の症状を遅らせるかもしくは最小限にするのに十分な量である。治療有効量の化合物は、単独、または他の治療と組み合わせた治療剤の量を意味し、がんの処置または管理に治療効果を提供する。用語「治療有効量」は、治療全体を改善する、がんの症状もしくは原因を低減するかもしくは避ける、または別の治療剤の治療有効性を増強する量を包含し得る。その用語はまた、研究者、獣医、医学博士、または臨床医によって想起される生体分子（例えば、タンパク質、酵素、ＲＮＡ、またはＤＮＡ）、細胞、組織、器官系、動物、またはヒトの生物学的または医学的応答を引き出すのに十分な化合物の量を指す。
用語「応答性」または「応答性である」は、処置と関連して使われる場合、処置される疾患、例えばＮＭまたはＡＭＬなどのがんの症状の軽減または減少における処置の有効性の程度を指す。例えば、用語「応答性の増加」は、細胞または対象の処置と関連して使用される場合、当技術分野で公知の任意の方法を使用して測定される場合、参照処置（例えば、同じ細胞もしくは対象の、または異なる細胞もしくは対象の）と比較した、疾患の症状の軽減または減少における有効性の増加を指す。ある特定の実施形態では、有効性の増加は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％である。
がんまたはがん関連疾患の改善は、完全奏功または部分奏功として特徴付けられ得る。「完全奏功」は、先に異常であった任意のＸ線検査、骨髄、および脳脊髄液（ＣＳＦ）または異常なモノクローナルタンパク質測定値の正常化を伴う、臨床的に検出可能な疾患の消失を指す。「部分奏功」は、新たな病変のない、全ての測定可能な腫瘍負荷（すなわち、対象中に存在する悪性細胞の数または腫瘍塊の測定体積または異常なモノクローナルタンパク質の量）の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％の減少を指す。用語「処置」は、完全奏功と部分奏功の両方を意図する。
用語「見込み（ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）」は、一般に、事象の可能性の増加を指す。用語「見込み」は、患者の腫瘍応答の有効性に関して使用される場合、一般に、腫瘍進行または腫瘍細胞増殖の速度が減少するであろう可能性の増加を意図する。用語「見込み」は、患者の腫瘍応答の有効性に関して使用される場合、一般に、指標、例えばｍＲＮＡまたはタンパク質発現の増加も意味することができ、腫瘍の処置の前進の増加を証明し得る。
用語「予測する（ｐｒｅｄｉｃｔ）」は、一般に、前もって決定または言及することを意味する。がん処置の有効性を「予測する」ために使用される場合、例えば、用語「予測する」は、がん処置の転帰の見込みが、処置が開始される前か、または処置期間が実質的に経過する前に、最初に決定され得ることを意味する。
用語「モニター（ｍｏｎｉｔｏｒ）」は、本明細書で使用される場合、一般に、活動の監視、監督、規制、注視、追跡、または見張りを指す。例えば、用語「化合物の有効性をモニターする」は、患者において、または腫瘍細胞培養において、がんの処置における有効性を追跡することを指す。同様に、用語「モニタリング（ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ）」は、患者コンプライアンスと関連して使用される場合、個々に、または臨床試験において、患者が処方されたように試験される薬物を実際に摂取していることを追跡または確認することを指す。モニタリングは、例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質バイオマーカーの発現をフォローすることにより実施され得る。
用語「制御する（ｒｅｇｕｌａｔｅ）」は、本明細書で使用される場合、分子の活性または生物学的機能を調節する、例えば活性または機能を増強するかまたは低下させることを指す。
用語「不応性（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ）」または「難治性（ｒｅｓｉｓｔａｎｔ）」は、集中処置後でさえも、患者が、リンパ系、血液、および／または血液形成組織（例えば骨髄）に残存するがん細胞（例えば、白血病またはリンパ腫細胞）を有する状況を指す。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」は、それらの検出が特定の生物学的状態、例えばがんの存在などを示す物質である。一部の実施形態では、バイオマーカーは、個々に測定され得る。他の実施形態では、いくつかのバイオマーカーは、同時に測定され得る。一部の実施形態では、「バイオマーカー」は、疾患のリスクもしくは進行と、または所与の処置への疾患の感受性と相関し得るｍＲＮＡ発現のレベルの変化を示す。一部の実施形態では、バイオマーカーは、核酸、例えばｍＲＮＡまたはｃＤＮＡである。さらなる実施形態では、「バイオマーカー」は、疾患のリスクもしくは進行、または処置への患者の感受性と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質発現のレベルの変化を示す。一部の実施形態では、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタンパク質、またはその断片であり得る。特定のタンパク質の相対レベルは、当技術分野で公知の方法によって決定され得る。例えば、抗体ベースの方法、例えば免疫ブロット、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、または他の方法が使用され得る。
「遺伝子セット」は、本明細書で使用される場合、当業者によって選択される１つまたはそれ以上の遺伝子を指す。遺伝子は、それらの互いとの関係、ある特定の細胞型、生物学的機能、表現型、または細胞経路等とのそれらの関連、または単に当業者の裁量に基づいて群に分けられ得る。遺伝子セットは、本明細書で使用される場合、わずかに１つの遺伝子のみまたは数百、数千、または数十万もの遺伝子を含み得る。
「シグネチャー」または「遺伝子シグネチャー」は、本明細書で使用される場合、遺伝子の群を指す。一部の実施形態では、遺伝子の群は、特定の細胞型、生物学的機能、表現型、または細胞経路等とのそれらの関連のため、互いに関連する。シグネチャーは、異なる実験データおよび／または統計解析方法に基づき当業者によって定義され得る、すなわち特定のシグネチャーは当業者が選択する基準によって様々な数の遺伝子または異なる特定の遺伝子を含有し得る。遺伝子シグネチャーの例は、ＬＳＣシグネチャーである。
「ＬＳＣ１７」または「ＬＳＣ１７シグネチャー」は、本明細書で使用される場合、以下の１７個の遺伝子：ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６を含む遺伝子シグネチャーを指す。「ＬＳＣ４」または「ＬＳＣ４シグネチャー」は、本明細書で使用される場合、以下の４個の遺伝子：ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２を含む遺伝子シグネチャーを指す。「ＬＳＣ３」または「ＬＳＣ３シグネチャー」は、本明細書で使用される場合、以下の３個の遺伝子：ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２を含む遺伝子シグネチャーを指す。「ＬＳＣ１７スコア」または「ＬＳＣ１７シグネチャースコア」は、本明細書で使用される場合、以下の１７個の遺伝子：ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６を含むＬＳＣ１７シグネチャーの発現レベルに基づいて算出されるスコアを指す。同様に、「ＬＳＣ４スコア」または「ＬＳＣ４シグネチャースコア」は、本明細書で使用される場合、上記のＬＳＣ４シグネチャーの発現レベルに基づき算出されるスコアである。「ＬＳＣ３スコア」または「ＬＳＣ３シグネチャースコア」は、本明細書で使用される場合、上記のＬＳＣ３シグネチャーの発現レベルに基づいて算出したスコアである。
用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、本明細書で交換可能に使用される場合、ペプチド結合によって連結した、シリアルアレイの３つまたはそれ以上のアミノ酸のポリマーを指す。用語「ポリペプチド」は、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質アナログ、オリゴペプチド等を含む。用語「ポリペプチド」は、本明細書で使用される場合、ペプチドも指し得る。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来であってもよく、または合成であってもよい。ポリペプチドは生体試料から精製され得る。ポリペプチド、タンパク質、またはペプチドは、修飾ポリペプチド、タンパク質、およびペプチド、例えばグリコポリペプチド、糖タンパク質、またはグリコペプチド；またはリポポリペプチド、リポタンパク質、またはリポペプチドも包含する。
用語「発現された（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ）」または「発現（ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」は、本明細書で使用される場合、遺伝子の２つの核酸鎖の１つの領域と少なくとも部分的に相補性であるＲＮＡ核酸分子を得る、遺伝子からの転写を指す。用語「発現された（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ）」または「発現（ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」は、本明細書で使用される場合、タンパク質、ポリペプチド、またはそれらの部分を得る、ＲＮＡ分子からの翻訳も指す。
用語「発現レベル」は、バイオマーカー分子または遺伝子セットの量、蓄積、または速度を指す。発現レベルは、例えば、遺伝子によってコードされるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の合成の量もしくは速度、遺伝子によってコードされるポリペプチドもしくはタンパク質の合成の量もしくは速度、または細胞もしくは生体液に蓄積した生体分子の合成の量もしくは速度によって表すことができる。用語「発現レベル」は、定常状態または非定常状態条件下で決定された、試料中の分子の絶対量または分子の相対量を指す。
「上方制御」されるｍＲＮＡは、一般に、所与の処置もしくは状態、またはある特定の患者群で増加される。「下方制御」されるｍＲＮＡは、一般に、所与の処置もしくは状態に応答する、またはある特定の患者群での、ｍＲＮＡの発現のレベルの減少を指す。一部の状況では、ｍＲＮＡレベルは、所与の処置または状態で変化しないままであり得る。患者試料からのｍＲＮＡは、薬物によって処置された場合、未処置対照と比較して、「上方制御」され得る。この上方制御は、例えば、比較対照ｍＲＮＡレベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％、またはそれ以上の増加であり得る。あるいは、ｍＲＮＡは、ある特定の化合物または他の薬剤の投与に応答して「下方制御」されるか、または低レベルで発現され得る。下方制御されたｍＲＮＡは、例えば、比較対照ｍＲＮＡレベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％、またはそれ以下のレベルで存在し得る。
同様に、患者試料からのポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルは、薬物によって処置された場合、未処置対照と比較して、増加され得る。この増加は、比較対照タンパク質レベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％、またはそれ以上であり得る。あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、ある特定の化合物または他の薬剤の投与に応答して減少され得る。この減少は、例えば、比較対照タンパク質レベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％、またはそれ以下のレベルで存在し得る。
用語「決定する（ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ）」、「測定する（ｍｅａｓｕｒｉｎｇ）」、「評価する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」および「アッセイする（ａｓｓａｙｉｎｇ）」は、本明細書で使用される場合、一般に、測定の任意の形態を指し、エレメントが存在するかどうか決定することを含む。これらの用語は、量的および／または質的決定を含む。評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）は、相対または絶対であり得る。「の存在の評価（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｏｆ）」は、存在するものの量を決定すること、ならびにそれが存在するかまたは不在かを決定することを含み得る。
用語「核酸」および「ポリヌクレオチド」は、本明細書で交換可能に使用され、ヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、または２つの天然に存在する核酸と類似する配列特異的な方法で天然に存在する核酸とハイブリダイズすることができる、例えばワトソン－クリック型の塩基対相互作用に参加することができる、合成によって産生された化合物から構成される任意の長さのポリマーを記載する。ポリヌクレオチド配列の文脈で、本明細書で使用される場合、用語「塩基（複数）」（または「塩基」）は、「ヌクレオチド（複数）」（または「ヌクレオチド」）、すなわちポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。用語「ヌクレオシド」および「ヌクレオチド」は、公知のプリン塩基およびピリミジン塩基だけでなく、修飾された他のヘテロ環塩基も含有するこれらの部分を含むことを意図する。そのような修飾は、メチル化プリンまたはピリミジン、アシル化プリンまたはピリミジン、アルキル化リボースまたは他のヘテロ環を含む。さらに、用語「ヌクレオシド」および「ヌクレオチド」は、従来のリボースまたはデオキシリボース糖だけでなく、他の糖も含有するこれらの部分を含む。修飾されたヌクレオシドまたはヌクレオチドは、糖部分への修飾も含み、例えば、１つまたはそれ以上のヒドロキシル基がハロゲン原子または脂肪族基によって置き換えられるか、またはエーテル、アミン等として機能化される。「アナログ」は、模倣物として、誘導体として、類似の構造を有するとして、またはその他の類似の用語として文献に認められる構造特徴を有する分子を指し、例えば非天然のヌクレオチドを組み込むポリヌクレオチド、ヌクレオチド模倣物、例えば２’－修飾ヌクレオシド、ペプチド核酸、オリゴマーのヌクレオシドホスホネート、および保護基または連結部分などの置換基を付加された任意のポリヌクレオチドを含む。
用語「相補性」は、ポリヌクレオチドの配列に基づくポリヌクレオチド間の特異的結合を指す。本明細書で使用される場合、第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドは、それらがストリンジェントな状態下でのハイブリダイゼーションアッセイで互いに結合する場合、例えばハイブリダイゼーションアッセイで、それらが所与のまたは検出可能なレベルのシグナルを産生する場合、相補性である。ポリヌクレオチドの部分は、それらが、ミスマッチ、挿入、または欠失した配列の小さい領域（例えば約３塩基より少ない）が存在し得るが従来の塩基対形成規則に従う、例えばＡはＴ（またはＵ）と対形成し、ＧはＣと対形成する場合、互いに相補性である。
用語「単離した」および「精製した」は、物質が、それが属する試料のかなりの部分、すなわち典型的にはその天然または非単離状態で見出される物質の部分より多くを含むように、物質（例えばｍＲＮＡ、ＤＮＡ、またはタンパク質）の単離を指す。典型的には、試料のかなりの部分が、例えば試料の１％より多く、２％より多く、５％より多く、１０％より多く、２０％より多く、５０％より多く、またはそれ以上、通常最大約９０％～１００％を含む。例えば、単離したｍＲＮＡの試料は、典型的には、少なくとも約１％の全ｍＲＮＡを含み得る。ポリヌクレオチドを精製する技術は、当技術分野で周知であり、例えばゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、流動選別、および密度による沈降を含む。
本明細書で使用される場合、用語「結合（ｂｏｕｎｄ）」は、直接または間接付着を示す。化学構造の文脈では、「結合」（または「結合した（ｂｏｎｄｅｄ）」）は、２つの分子を直接結合するかまたは２つの分子を間接的に（例えば、連結基または分子の任意の他の介在部分を介して）結合する化学結合の存在を指し得る。化学結合は、共有結合、イオン結合、配位化合物、水素結合、ファンデルワールス相互作用、または疎水性スタッキングであってもよく、または複数の型の化学結合の特徴を示し得る。ある特定の例では、「結合」は、付着が直接である実施形態、および付着が間接である実施形態を含む。
用語「試料」は、本明細書で使用される場合、典型的には、必ずではないが、液体形態で、１つまたはそれ以上の目的の成分を含有する材料または材料の混合物に関する。
「生体試料」は、本明細書で使用される場合、インビボまたはインサイチュで得られた、到達した、または回収された生体組織または体液起源の試料を含む、生物対象から得た試料を指す。生体試料は、前がん状態の細胞もしくはがん細胞または前がん状態の組織もしくはがん組織を含有する生物対象の領域からの試料も含む。そのような試料は、限定はされないが、哺乳動物から単離された臓器、組織、および細胞であり得る。例示的な生体試料としては、限定はされないが、細胞溶離液、細胞、組織、臓器、オルガネラ、生体液、血液試料、尿試料、皮膚試料等が挙げられる。好ましい生体試料としては、限定はされないが、全血、部分的に精製された血液、ＰＢＭＣ、組織生検（腫瘍生検を含む）、循環する腫瘍細胞等が挙げられる。
用語「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」は、本明細書で使用される場合、一般に、少量の核酸、ＲＮＡおよび／またはＤＮＡが、例えば米国特許第４６８３１９５号に記載されるように増幅される手順を指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計できるように、目的の領域の末端または先からの配列情報を入手する必要があり、これらのプライマーは増幅される鋳型の反対の鎖の配列と同一であるかまたは類似しているであろう。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と一致し得る。ＰＣＲは、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特定のＤＮＡ配列、および全細胞ＲＮＡから転写したｃＤＮＡ、バクテリオファージ、またはプラスミド配列等を増幅するために使用され得る。一般に、Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1987, 51:263-273; PCR Technology (Stockton Press, NY, Erlich, ed., 1989)を参照されたい。
「互変異性体」は、本明細書で使用される場合、互いに平衡である化合物の異性型形態を指す。異性型形態の濃度は、化合物が見出される環境により、例えば化合物が固形物であるか有機もしくは水溶液であるかによって異なり得る。例えば、水溶液、ピラゾールは、互いに互変異性体と呼ばれる以下の異性型形態を示し得る：
Figure 2022553427000003
本明細書で使用される場合、特に指定しない限り、用語「薬学的に許容される塩」は、用語が指す化合物の無毒の酸および塩基付加塩を包含する。許容される無毒の酸付加塩は、当技術分野で公知の有機および無機酸由来のものを含み、例えば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボン酸（ｅｍｂｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、エナント酸等を含む。本質的に酸性である化合物は、様々な薬学的に許容される塩基と塩を形成することができる。そのような酸性化合物の薬学的に許容される塩基付加塩を調製するために使用され得る塩基は、無毒の塩基付加塩、すなわち、薬理学的に許容されるカチオンを含有する塩、例えば、限定はされないが、アルカリ金属またはアルカリ土類金属の塩（特にカルシウム、マグネシウム、ナトリウム、またはカリウムの塩）を形成する塩基である。好適な有機塩基としては、限定はされないが、Ｎ，Ｎ－ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（ｍｅｇｌｕｍａｉｎｅ）（Ｎ－メチルグルカミン）、リシン、およびプロカインが挙げられる。
本明細書で使用される場合、特に指定しない限り、用語「溶媒和化合物」は、本明細書で提供される化合物またはその塩を意味し、非共有結合の分子間力によって結合された溶媒和化合物の化学量論量または非化学量論量をさらに含む。溶媒和化合物が水である場合、溶媒和化合物は水和物である。
本明細書で使用される場合、特に指定しない限り、用語「共結晶」は、結晶格子に１つより多くの化合物を含有する結晶形態を意味する。共結晶は、非イオン性相互作用を介して結晶格子中で互いに結合した２つまたはそれ以上の不揮発性化合物の結晶分子複合体を含む。本明細書で使用される場合、共結晶は、医薬共結晶を含み、結晶分子複合体が治療化合物および１つまたはそれ以上のさらなる不揮発性化合物（複数可）を含有する（本明細書では、カウンター分子（複数可）と呼ばれる）。医薬共結晶中のカウンター分子は、典型的には無毒の薬学的に許容される分子、例えば、食品添加物、防腐剤、医薬賦形剤、または他の医薬品有効成分（ＡＰＩ）である。一部の実施形態では、医薬共結晶は、ＡＰＩの化学構造的完全性を損なわずに、薬物製品のある特定の物理化学的特性（例えば、可溶性、溶解速度、生物学的利用能、および／または安定性）を増強する。例えば、Jones et al., MRS Bulletin 2006, 31,875-879；Trask, Mol. Pharmaceutics 2007, 4(3):301-309；Schultheiss & Newman, Crystal Growth & Design 2009, 9(6):2950-2967；Shan & Zaworotko, Drug Discovery Today 2008, 13(9/10):440-446；およびVishweshwar et al., J. Pharm. Sci. 2006, 95(3):499-516を参照されたい。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「立体異性体」は、本発明の全ての鏡像異性的／立体異性的に純粋なおよび鏡像異性的／立体異性的に富化された化合物を包含する。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「立体異性的に純粋な」は、化合物の１つの立体異性体を含み、その化合物の他の立体異性体を実質的に含まない組成物を意味する。例えば、１つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に純粋な組成物は、化合物の反対の鏡像異性体を実質的に含まないであろう。２つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に純粋な組成物は、化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まないであろう。典型的な立体異性的に純粋な化合物は、約８０重量％を超える化合物の１つの立体異性体と、約２０重量％より少ない化合物の他の立体異性体を含み、より好ましくは、約９０重量％を超える化合物の１つの立体異性体と、約１０重量％より少ない化合物の他の立体異性体を含み、さらにより好ましくは、約９５重量％を超える化合物の１つの立体異性体と、約５重量％より少ない化合物の他の立体異性体を含み、最も好ましくは、約９７重量％を超える化合物の１つの立体異性体と、約３重量％より少ない化合物の他の立体異性体を含む。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「立体異性的に富化された」は、約６０重量％を超える化合物の１つの立体異性体、好ましくは約７０重量％を超える、より好ましくは約８０重量％を超える化合物の１つの立体異性体を含む組成物を意味する。本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「鏡像異性的に純粋な」は、１つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に純粋な組成物を意味する。同様に、用語「立体異性的に富化された」は、１つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に富化された組成物を意味する。
本明細書で使用される場合、特に指定のない限り、用語「プロドラッグ」は、生体状態下（インビトロまたはインビボ）で加水分解、酸化、またはそれ以外の反応を起こして化合物を提供することができる化合物の誘導体を意味する。プロドラッグの例としては、限定はされないが、生加水分解性アミド、生加水分解性エステル、生加水分解性カルバメート、生加水分解性カーボネート、生加水分解性ウレイド、および生加水分解性ホスフェートアナログなどの生加水分解性部分を含む、本明細書に記載される化合物（例えば化合物１）の誘導体が挙げられる。
化合物が、１つまたはそれ以上の原子において、不自然な比率の原子同位体を含有し得ることも注意すべきである。例えば、化合物は、例えばトリチウム（３Ｈ）、ヨウ素１２５（１２５Ｉ）、硫黄３５（３５Ｓ）、または炭素１４（１４Ｃ）などの放射性同位体で放射標識されてもよく、または重水素（２Ｈ）、炭素１３（１３Ｃ）、または窒素１５（１５Ｎ）などで同位体濃縮されてもよい。本明細書で使用される場合、「同位体置換体」は、同位体濃縮された化合物である。用語「同位体濃縮された」は、その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する原子を指す。また、「同位体濃縮された」は、その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する少なくとも１つの原子を含有する化合物も指し得る。用語「同位体組成」は、所与の原子についての各同位体の存在量を指す。放射性標識された化合物および同位体濃縮された化合物は、治療剤、例えばがんおよび炎症治療剤、研究試薬、例えば結合アッセイ試薬、および診断剤、例えばインビボ造影剤として有用である。本明細書に記載される化合物の全ての同位体変形形態は、放射性であるかどうかに関わらず、本明細書で提供される実施形態の範囲内に包含されることが意図される。一部の実施形態では、化合物の同位体置換体が提供され、例えば、同位体置換体は、重水素、炭素１３、または窒素１５で濃縮された化合物である。一部の実施形態では、本明細書で提供される同位体置換体は、重水素で濃縮された化合物である。一部の実施形態では、本明細書で提供される同位体置換体は、重水素で濃縮された化合物であり、重水素化はキラル中心で起こる。一部の実施形態では、本明細書で提供される化合物の同位体置換体が本明細書で提供され、重水素化はキラル中心で起こる。一部の実施形態では、化合物Ｄの同位体置換体が本明細書で提供され、重水素化はキラル中心で起こる。
用語「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、当業者によって決定された特定の値の許容される誤差を意味し、部分的に、その値がどのように測定または決定されるかによる。ある特定の実施形態では、用語「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、１、２、３、または４標準偏差以内を意味する。ある特定の実施形態では、用語「約」または「およそ」は、所与の値または範囲の５０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、または０．０５％以内を意味する。
図示された構造とその構造に与えられた名称との間に矛盾がある場合、図示された構造に重きが置かれることに注意すべきである。さらに、構造または構造の一部の立体化学が、例えば太線または波線で示されていない場合、構造または構造の一部は、その全ての立体異性体を包含すると解釈される。
本明細書で提供される実施形態の実施には、特に指定のない限り、当業者の技術範囲内である、分子生物学、微生物学、および免疫学の従来技術が用いられるであろう。そのような技術は、文献において十分に説明されている。参照するのに特に適した文献の例には、以下：Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed. 2014)；Glover, ed., DNA Cloning, Volumes I and II (2nd ed. 1995)；Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology (Academic Press, London)；Scopes, Protein Purification: Principles and Practice (Springer Verlag, N.Y., 3rd ed. 1993)；およびWeir & Blackwell, eds., Handbook of Experimental Immunology, Volumes I-IV (5th ed. 1996)が挙げられる。
５．２．遺伝子セット、バイオマーカーおよびそれらの使用方法
５．２．１ 遺伝子セット
本明細書で提供される方法は、部分的に、所与の処置、例えば化合物Ｄなどの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、互変異性体、薬学的に許容される塩、溶媒和化合物、同位体置換体、プロドラッグ、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体に応答性である、がん（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病などの血液がん）を有する対象で観察されるある特定の遺伝子セット（または遺伝子シグネチャー）の発現レベルの検出可能な増加の発見に基づき、遺伝子セットの発現レベルは処置への対象の応答性を予測するために使用され得る。一部の実施形態では、化合物は、５．５節で本明細書に記載する。一実施形態では、化合物は化合物Ｄである。
ある特定の実施形態では、遺伝子セットは、ある特定の細胞型、生物学的機能、表現型、または細胞経路等とのそれらの関連によって関係する複数の遺伝子を含む遺伝子シグネチャーである。例えば、特定の一実施形態では、遺伝子シグネチャー内の遺伝子は、幹細胞または幹細胞のサブグループ（例えばＬＳＣ）とのそれらの関連によって関係する。
一部の実施形態では、遺伝子シグネチャーは、ある特定の細胞型、生物学的機能、または細胞経路等とのそれらの関連によって関係する遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。他の実施形態では、シグネチャーは、関連する遺伝子の群から選択される２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、または全ての遺伝子を含む。
一態様では、本明細書で提供される化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いがんを有する対象を同定するか、またはがんを有するかまたは有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、ｉ．対象から試料を用意する工程；ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；およびｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程を含み、処置化合物が、化合物Ｄまたはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
一部の実施形態では、化合物によってがんを有する対象を処置する方法であって、本明細書で提供される（例えば上記の）方法を使用して化合物を含む処置に対して応答性であり得るがんを有する対象を同定する工程、および対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、がんは血液がんである。一実施形態では、血液がんはリンパ腫である。別の実施形態では、血液がんは白血病である。さらに別の実施形態では、血液がんはＭＭである。特定の実施形態では、白血病はＡＬＬである。別の特定の実施形態では、白血病はＡＭＬである。さらに別の特定の実施形態では、白血病はＣＬＬである。さらに別の実施形態では、白血病はＣＭＬである。
一部の実施形態では、ＡＭＬは再発する。ある特定の実施形態では、ＡＭＬは不応性である。他の実施形態では、ＡＭＬは従来の治療に難治性である。
特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いＡＭＬを有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、ｉ．対象から試料を用意する工程；ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；およびｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程を含み、処置化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、処置化合物に対して応答性である可能性が高いがんを有する対象を同定する方法である。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、がんを有するかまたは有する疑いがある対象の、処置化合物への応答性を予測する方法である。他の実施形態では、本明細書で提供される方法は、処置化合物によりがんを処置する方法である。さらに他の実施形態では、がんは、ＬＳＣシグネチャーのレベルの増加（またはより高いＬＳＣシグネチャースコア）によって特徴付けられる。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーである。一実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加（またはより高いＬＳＣシグネチャースコア）によって特徴付けられるがんを処置する方法が本明細書で提供される。別の実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加（またはより高いＬＳＣシグネチャースコア）によって特徴付けられる白血病を処置する方法が本明細書で提供される。さらに別の実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加（またはより高いＬＳＣシグネチャースコア）によって特徴付けられるＡＭＬを処置する方法が本明細書で提供される。
本明細書で提供される方法のある特定の実施形態では、参照レベル（ＬＳＣシグネチャースコアの参照レベル）は、対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベル（またはＬＳＣシグネチャースコア）である。一部の実施形態では、対照は、がんを有していない健康な対象から得られる。他の実施形態では、対照は、がんを有するが予後リスクが良好である対象から得られる。さらに他の実施形態では、対照は、がんを有し、がんが、本明細書に記載される処置化合物を対象に投与する以外の処置によって改善または治療されている対象から得られる。他の実施形態では、対照は、がんを有するが、処置化合物に応答性ではない対象から得られる。さらに他の実施形態では、対照は、試料と同じ組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。さらに他の実施形態では、対照は、細胞系（例えばＡＭＬ細胞系）である。一実施形態では、参照レベルは、がんを有していない健康な対象から得られる対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルであり、対照は、試料と同じ組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。別の実施形態では、参照レベルは、がんを有するが予後リスクが良好である対象から得られる対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルであり、対照は、試料と同じ組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。さらに別の実施形態では、参照レベルは、がんを有し、がんが、本明細書に記載される処置化合物を対象に投与する以外の処置によって改善または治療されている対象から得られる対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルであり、対照は、試料と同じ組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。さらに別の実施形態では、参照レベルは、がんを有するが、処置化合物に応答性ではない対象から得られる対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルであり、対照は、試料と同じ組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。さらに別の実施形態では、参照レベルは、細胞系である対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルである。さらに別の実施形態では、参照レベルは、がんと同じ細胞源（例えば白血球、芽細胞等）由来である対照細胞系におけるＬＳＣシグネチャーのレベルである。一実施形態では、参照レベルは、がん細胞系である対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルである。別の実施形態では、参照レベルは、ＡＭＬ細胞系である対照におけるＬＳＣシグネチャーのレベルである。さらに別の実施形態では、参照レベル（またはＬＳＣシグネチャーの参照スコア）は、集団から得られたＬＳＣシグネチャースコアに基づいて決定される。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーの参照スコアは前もって決定されている。
一部の実施形態では、対象は、本明細書で提供される方法の前に前処置を受ける。ある特定の実施形態では、前処置は、本明細書で提供される方法と同じ処置化合物を対象に投与する以外の処置である。他の実施形態では、前処置は、本明細書で提供される方法と同じ処置化合物を対象に投与することである。一実施形態では、前処置は、本明細書で提供される方法と同じ投与レジメンによる同じ処置化合物を含む。別の実施形態では、前処置は、本明細書で提供される方法と比較して異なる投与レジメン（例えば処置化合物の異なる量および／または投与頻度）による同じ処置化合物を含む。対象が本明細書で提供される方法の前に前処置を受ける一部の実施形態では、対照は前処置の前に同じ対象から得られる。特定の実施形態では、対照は、試料と同じ前処置の前の組織または細胞源（例えば血液またはある特定の血液細胞）由来である。一部の実施形態では、前処置は、ダウノルビシン、シタラビン（ａｒａ－Ｃ）、およびゲムツズマブオゾガマイシンからなる群から選択される１つまたはそれ以上の薬剤であるか、または化学療法に難治性である。
ある特定の実施形態では、遺伝子セットは、ある特定の細胞型（例えば幹細胞）と関連する遺伝子シグネチャーを含む。一部の実施形態では、遺伝子セットは、ある特定の生物学的機能（例えばタンパク質代謝）に関連する遺伝子シグネチャーを含む。他の実施形態では、遺伝子セットは、ある特定の細胞経路（例えばＵＰＲ経路）に関連する遺伝子シグネチャーを含む。一実施形態では、遺伝子セットは、白血病幹細胞（ＬＳＣ）に関連する遺伝子シグネチャーを含む。別の実施形態では、遺伝子セットはＬＳＣ遺伝子シグネチャーを含む。
一部の実施形態では、ＬＳＣ遺伝子シグネチャーは、ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、ＧＡＴＡ２、ＳＬＣ２５Ａ３７、ＳＧＫ、ＬＯＣ６５２６９４、ＩＴＰＲ３、ＬＯＣ６５４１０３、ＣＸＣＲ４、ＦＣＲＬ３、ＲＢＭ３８、ＬＩＬＲＡ５、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＣＣＤＣ１０９Ｂ、ＩＳＧ２０、ＭＴＳＳ１、ＣＥＣＲ１、ＡＤＡＭ１９、ＦＣＧＲ２Ａ、ＡＩＭ２、ＮＰＬ、ＩＬ１０ＲＡ、ＣＴＳＬ１、ＧＮＬＹ、ＣＫＡＰ４、ＡＤＭ、ＫＬＲＢ１、ＳＬＣ１５Ａ３、ＦＧＲ、ＦＣＲＬＡ、ＩＬ２ＲＢ、ＣＸＣＬ１６、ＳＬＣ４Ａ１、ＧＺＭＨ、ＦＬＪ２２６６２、ＬＯＣ６４７５０６、ＧＩＭＡＰ４、ＪＡＺＦ１、ＣＴＳＨ、ＧＺＭＡ、ＣＨＳＴ１５、ＡＱＰ９、ＣＤ２４７、ＢＣＬ６、ＳＬＣ７Ａ７、Ｅ２Ｆ２、ＬＯＣ６４７４５０、ＧＺＭＢ、ＬＯＣ６５２４９３、ＨＢＭ、ＣＤ１４、ＡＬＡＳ２、ＨＢＢ、ＬＯＣ６４２１１３、ＡＨＳＰ、ＦＣＮ１、ＣＤ４８、ＨＢＡ２、およびＨＢＡ１からなる群から選択される１つまたはそれ以上の遺伝子を含む。
他の実施形態では、ＬＳＣ遺伝子シグネチャーは、ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、およびＧＡＴＡ２からなる群から選択される１つまたはそれ以上の遺伝子を含む。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。
Figure 2022553427000004
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＫＲ１Ｃ３を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＲＨＧＡＰ２２を含む。別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＣＤ３４を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＣＤＫ６を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＣＰＸＭ１を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＤＮＭＴ３Ｂを含む。別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＤＰＹＳＬ３を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＥＭＰ１を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＧＰＲ５６を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＫＩＡＡ０１２５を含む。別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＬＡＰＴＭ４Ｂを含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＭＭＲＮ１を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＮＧＦＲＡＰ１を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＮＹＮＲＩＮを含む。別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＭＩＭ２４を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＯＣＳ２を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＺＢＴＢ４６を含む。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される２個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される３個の遺伝子を含む。他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される４個の遺伝子を含む。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される５個の遺伝子を含む。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される６個の遺伝子を含む。ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される７個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される８個の遺伝子を含む。他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される９個の遺伝子を含む。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される１０個の遺伝子を含む。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される１２個の遺伝子を含む。ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される１４個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される１６個の遺伝子を含む。他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、表１から選択される１７個全ての遺伝子を含み、「ＬＳＣ１７」または「ＬＳＣ１７シグネチャー」と呼ばれる。
一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコア（ＬＳＣ１７スコア）は、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×ＤＮＭＴＴ３Ｂの重み）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×ＺＢＴＢ４６の重み）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×ＮＹＮＲＩＮの重み）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×ＡＲＨＧＡＰ２２の重み）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×ＬＡＰＴＭ４Ｂの重み）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×ＭＭＲＮ１の重み）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×ＤＰＹＳＬ３の重み）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×ＫＩＡＡ０１２５の重み）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×ＣＤＫ６の重み）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×ＣＰＸＭ１の重み）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×ＳＯＣＳ２の重み）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×ＳＭＩＭ２４の重み）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×ＥＭＰ１の重み）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×ＮＧＦＲＡＰ１の重み）＋（ＣＤ３４の発現レベル×ＣＤ３４の重み）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×ＡＫＲ１Ｃ３の重み）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×ＧＰＲ５６の重み）として算出され；ならびにＤＮＭＴＴ３Ｂの重みは０．０６～０．１の範囲であり、ＺＢＴＢ４６の重みは－０．０５～－０．０１の範囲であり、ＮＹＮＲＩＮの重みは－０．０１～０．０３の範囲であり、ＡＲＨＧＡＰ２２の重みは－０．０３～０．０１の範囲であり、ＬＡＰＴＭ４Ｂの重みは－０．０１５～０．０２５の範囲であり、ＭＭＲＮ１の重みは０．００５～０．０４５の範囲であり、ＤＰＹＳＬ３の重みは０．０１～０．０５の範囲であり、ＫＩＡＡ０１２５の重みは０．００９～０．０３９の範囲であり、ＣＤＫ６の重みは－０．０９～－０．０５の範囲であり、ＣＰＸＭ１の重みは－０．０４５～－０．００５の範囲であり、ＳＯＣＳ２の重みは０．００７～０．０４７の範囲であり、ＳＭＩＭ２４の重みは－０．０４３～－０．００３の範囲であり、ＥＭＰ１の重みは０．０１～０．０３５の範囲であり、ＮＧＦＲＡＰ１の重みは０．０２５～０．０６５の範囲であり、ＣＤ３４の重みは０．０１～０．０５の範囲であり、ＡＫＲ１Ｃ３の重みは－０．０６～－０．０２の範囲であり、およびＧＰＲ５６の重みは０．０３～０．０７の範囲である。
一部の実施形態では、ＤＮＭＴＴ３Ｂの重みは０．０８～０．０９の範囲であり、ＺＢＴＢ４６の重みは－０．０３～－０．０４の範囲であり、ＮＹＮＲＩＮの重みは－０．００８～－０．００９の範囲であり、ＡＲＨＧＡＰ２２の重みは－０．０１５～０．０１の範囲であり、ＬＡＰＴＭ４Ｂの重みは－０．００６～０．００５の範囲であり、ＭＭＲＮ１の重みは０．０２～０．０３の範囲であり、ＤＰＹＳＬ３の重みは０．０２～０．０３の範囲であり、ＫＩＡＡ０１２５の重みは０．０１～０．０２の範囲であり、ＣＤＫ６の重みは－０．０８～－０．０７の範囲であり、ＣＰＸＭ１の重みは－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＳＯＣＳ２の重みは０．０２～０．０３の範囲であり、ＳＭＩＭ２４の重みは－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＥＭＰ１の重みは０．０１４～０．０２の範囲であり、ＮＧＦＲＡＰ１の重みは０．０４～０．０５の範囲であり、ＣＤ３４の重みは０．０３～０．０４の範囲であり、ＡＫＲ１Ｃ３の重みは－０．０４～－０．０５の範囲であり、およびＧＰＲ５６の重みは０．０４～０．０５５の範囲である。
一部の実施形態では、ＤＮＭＴ３Ｂの重みは約０．０８７４であり、ＺＢＴＢ４６の重みは約－０．０３４７であり、ＮＹＮＲＩＮの重みは約０．００８６５であり、ＡＲＨＧＡＰ２２の重みは約－０．０１３８であり、ＬＡＰＴＭ４Ｂの重みは約０．００５８２であり、ＭＭＲＮ１の重みは約０．０２５８であり、ＤＰＹＳＬ３の重みは約０．０２８４であり、ＫＩＡＡ０１２５の重みは約０．０１９６であり、ＣＤＫ６の重みは約－０．０７０４であり、ＣＰＸＭ１の重みは約－０．０２５８であり、ＳＯＣＳ２の重みは約０．０２７１であり、ＳＭＩＭ２４の重みは約－０．０２２６であり、ＥＭＰ１の重みは約０．０１４６であり、ＮＧＦＲＡＰ１の重みは約０．０４６５であり、ＣＤ３４の重みは約０．０３３８であり、ＡＫＲ１Ｃ３の重みは約－０．０４０２であり、ＧＰＲ５６の重みは約０．０５０１である。
特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコア（ＬＳＣ１７スコア）は、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×０．０８７４）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×－０．０３４７）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×０．００８６５）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×－０．０１３８）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×０．００５８２）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×０．０２５８）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×０．０２８４）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×０．０１９６）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×－０．０７０４）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×－０．０２５８）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×０．０２７１）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×－０．０２２６）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×０．０１４６）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×０．０４６５）＋（ＣＤ３４の発現レベル×０．０３３８）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×－０．０４０２）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×０．０５０１）として算出される。
一部の実施形態では、参照レベルは、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、または２である。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＴＮＦＲＳＦ４を含む。一実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＬＣ４Ａ１を含む。別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＬＣ７Ａ７を含む。さらに別の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＩＭ２を含む。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２から選択される２個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２から選択される３個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２からなり、ＬＳＣ４またはＬＳＣ４シグネチャーと呼ばれる。
一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコア（ＬＳＣ４シグネチャースコア）は、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×ＴＮＦＲＳＦ４の重み）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＴＮＦＲＳＦ４の重みは－２～－１の範囲であり、ＳＬＣ４Ａ１の重みは１１～１５の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは－５．５～－１．５の範囲であり、ＡＩＭ２の重みは－５～－１の範囲である。
一部の実施形態では、ＴＮＦＲＳＦ４の重みは－１．５～－１の範囲であり、ＳＬＣ４Ａ１の重みは１３～１４の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは－４～－３の範囲であり、ＡＩＭ２の重みは－３～－４の範囲である。
一部の実施形態では、ＴＮＦＲＳＦ４の重みは約－１．１３であり、ＳＬＣ４Ａ１の重みは約１３．５９であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは約－３．５７であり、ＡＩＭ２の重みは約－３．０４ある。
特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアは、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×－１．１３）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２から選択される２個の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２からなり、ＬＳＣ３またはＬＳＣ３シグネチャーと呼ばれる。
一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコア（ＬＳＣ３シグネチャースコア）は、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＳＬＣ４Ａ１の重みは１１～１５の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは－５．５～－１．５の範囲であり、ＡＩＭ２の重みは－５～－１の範囲である。
一部の実施形態では、ＳＬＣ４Ａ１の重みは１３～１４の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは－４～－３の範囲であり、ＡＩＭ２の重みは－３～－４の範囲である。
一部の実施形態では、ＳＬＣ４Ａ１の重みは約１３．５９であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みは約－３．５７であり、ＡＩＭ２の重みは約－３．０４ある。
特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアは、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される。
一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、試料中のＬＳＣシグネチャースコアが、ＬＳＣシグネチャーの参照スコアより約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、または約１００倍高い場合、患者が、本明細書で提供される化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを決定する工程を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアは、ＬＳＣ１７シグネチャースコアである。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアは、ＬＳＣ４シグネチャースコアである。他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャースコアは、ＬＳＣ３シグネチャースコアである。
５．２．２ 細胞表面マーカー
以下の６節に示すように、本化合物（例えば化合物Ｄ）による処置は、ある特定の細胞表面マーカーを有する細胞のある特定の型の低減または増加を誘導する。例えば、原始細胞の割合および／または分化白血病細胞の割合は、化合物Ｄによる処置によって変わる。したがって、別の態様では、細胞のある特定の型もしくは関連する細胞表面マーカーの低減または増加に基づき、処置化合物（例えば、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、互変異性体、薬学的に許容される塩、溶媒和化合物、同位体置換体、プロドラッグ、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体）に対する応答性を予測する方法が本明細書で提供される。
一部の実施形態では、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いがんを有する対象を同定するか、またはがんを有するかまたは有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、ｉ．対象から試料を用意する工程；ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合を測定する工程；ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合が細胞の参照割合と相違する場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
を含み、該処置化合物が、以下の構造：
Figure 2022553427000005
 を有する２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
一部の実施形態では、方法は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程をさらに含む。
一部の実施形態では、細胞型の参照割合は、化合物を投与する前の試料中の細胞の型の割合である。他の実施形態では、細胞型の参照割合は、所定の割合である。さらに他の実施形態では、細胞型の参照割合は、化合物による処置に対して応答性ではない対象から得られた試料中の細胞の型の割合である。
一部の実施形態では、方法は、原始細胞の割合および／または分化白血病細胞の割合を測定する工程を含む。一部の実施形態では、化合物を投与する前の割合と比較した原始細胞の割合の減少は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。他の実施形態では、化合物を投与する前の割合と比較した分化白血病細胞の割合の増加は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
一部の実施形態では、方法は、試料に化合物を投与する前および後に、ＣＤ３４＋、ＣＤ１５＋細胞、ＣＤ１４＋細胞、および／またはＣＤ１１ｂ＋細胞の割合を測定する工程および比較する工程を含む。
一部の実施形態では、方法は、ＣＤ３４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ３４＋細胞の割合と比較したＣＤ３４＋細胞の割合の減少が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
他の実施形態では、方法は、ＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合と比較したＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合の増加は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
他の実施形態では、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いがんを有する対象を同定するか、またはがんを有するかまたは有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、ｉ．対象から試料を用意する工程；ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞表面マーカーのレベルを測定する工程；ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞表面マーカーのレベルが参照レベルと違う場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程を含み、処置化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法が本明細書で提供される。
一部の実施形態では、１つまたはそれ以上の細胞表面マーカーは、ＣＤ３４、ＣＤ１５、ＣＤ１４、およびＣＤ１１ｂからなる群から選択される。
一部の実施形態では、方法は、化合物（例えば化合物Ｄ）の投与前および投与後のＣＤ３４のレベルを測定する工程を含み、化合物の投与後のＣＤ３４のレベルの減少は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
他の実施形態では、方法は、化合物（例えば化合物Ｄ）の投与前および投与後のＣＤ１５および／またはＣＤ１４のレベルを測定する工程を含み、化合物の投与後のＣＤ１５および／またはＣＤ１４のレベルの増加は、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す。
ある特定の細胞表面マーカーを有する細胞型の割合を決定する方法、および試料中の細胞表面マーカーのレベルを決定する方法は、当技術分野で公知である。例示的な方法は、以下の６節に示す。
一部の実施形態では、増加は、参照と比較した、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上の増加を意味する。一部の実施形態では、減少は、参照と比較した、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上の減少を意味する。
ある特定の実施形態では、がんは、血液がんである。一実施形態では、血液がんは、リンパ腫である。別の実施形態では、血液がんは、白血病である。さらに別の実施形態では、血液がんは、ＭＭである。特定の実施形態では、白血病は、ＡＬＬである。別の特定の実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。さらに別の特定の実施形態では、白血病は、ＣＬＬである。さらに別の実施形態では、白血病は、ＣＭＬである。
一部の実施形態では、ＡＭＬは、再発する。ある特定の実施形態では、ＡＭＬは、不応性である。他の実施形態では、ＡＭＬは、従来の治療に難治性である。
特定の実施形態では、上記の方法を使用して、本明細書で提供される化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いＡＭＬを有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法が本明細書で提供される。
５．２．３ 選択的処置
本明細書で提供される様々な方法（上記のものを含む）の一部の実施形態では、本明細書で提供される化合物は、化合物に対して応答性である可能性が高いと決定された患者に投与される。そのため、一態様では、本明細書に記載される方法（上記のものを含む）に基づいて化合物に対して応答性である可能性が高いと決定された患者に化合物を投与する工程を含む、選択的処置方法が本明細書で提供される。
別の特定の実施形態では、化合物は、化合物Ｄまたはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である。
本明細書で提供される様々な方法の一部の実施形態では、処置化合物は、処置化合物に対して応答性である可能性が高い患者に投与される。また、以前にがんを処置されたが、標準治療に対して応答性ではない、ならびに以前に処置されていない患者を処置する方法が本明細書で提供される。本発明はまた、患者の年齢に関わらず患者を処置する方法も包含するが、一部の疾患または障害はある特定の年齢群に多く見られる。本発明は、さらに、問題の疾患または状態を処置しようとして外科手術を受けた患者、ならびに受けていない患者を処置する方法を包含する。がんを有する患者は、異質の臨床症状および様々な臨床転帰を示すため、患者に与えられる処置は、彼らの診断に応じて異なり得る。腕のいい臨床医は、がんを有する個々の患者を処置するために有効に使用され得る、特定の二次薬剤、外科手術型、および非薬物ベースの標準治療の型を、過度の実験をせずに、容易に決定することができるであろう。
投薬（ｄｏｓｉｎｇ）および投与（ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される治療有効量または予防有効量の化合物。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．００５～約２０ｍｇ、１日あたり約０．０５～２０ｍｇ、約０．０１～約１０ｍｇ、１日あたり約０．０１～約７ｍｇ、１日あたり約０．０１～約５ｍｇ、１日あたり約０．０１～約３ｍｇ、１日あたり約０．０５～約１０ｍｇ、１日あたり約０．０５～約７ｍｇ、１日あたり約０．０５～約５ｍｇ、１日あたり約０．０５～約３ｍｇ、１日あたり約０．１～約１５ｍｇ、１日あたり約０．１～約１０ｍｇ、１日あたり約０．１～約７ｍｇ、１日あたり約０．１～約５ｍｇ、１日あたり約０．１～約３ｍｇ、１日あたり約０．５～約１０ｍｇ、１日あたり約０．０５～約５ｍｇ、１日あたり約０．５～約３ｍｇ、１日あたり約０．５～約２ｍｇ、１日あたり約０．３～約１０ｍｇ、１日あたり約０．３～約８．５ｍｇ、１日あたり約０．３～約８．１ｍｇ、１日あたり約０．６～約１０ｍｇまたは１日あたり約０．６～約５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．００５～約２０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０５～２０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０１～約１０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０１～約７ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０１～約５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０１～約３ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０５～約１０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０５～約７ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０５～約５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．０５～約３ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．１～約１５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．１～約１０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．１～約７ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．１～約５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．１～約３ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．５～約１０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．５～約５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．５～約３ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．５～約２ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．３～約１０ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．３～約８．５ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．３～約８．１ｍｇである。一実施形態では、治療有効量または予防有効量の化合物Ｄは、１日あたり約０．６～約１０ｍｇ、または１日あたり約０．６～約５ｍｇである。
ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．１、約０．２、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、または約１０ｍｇである。一部のそのような実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．５、約０．６、約０．７５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、または約７ｍｇである。一部のそのような実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．６、約１．２、約１．８、約２．４、または約３．６ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．１ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．２ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約０．５ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約１ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約２ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約３ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約４ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約５ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約６ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約７ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約８ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約９ｍｇである。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、１日あたり約１０ｍｇである。
一実施形態では、本明細書に記載される状態での、化合物Ｄの推奨される１日用量範囲は、１日あたり約０．０１ｍｇ～約２０ｍｇの範囲内であり、好ましくは単一の１日１回用量、または１日のうちに分割用量で与えられる。一実施形態では、本明細書に記載される状態での、化合物Ｄの推奨される１日用量範囲は、１日あたり約０．０１ｍｇ～約１５ｍｇの範囲内であり、好ましくは単一の１日１回用量、または１日のうちに分割用量で与えられる。一実施形態では、本明細書に記載される状態での、化合物Ｄの推奨される１日用量範囲は、１日あたり約０．０１ｍｇ～約１２ｍｇの範囲内であり、好ましくは単一の１日１回用量、または１日のうちに分割用量で与えられる。一部の実施形態では、投与量は、１日あたり約０．１ｍｇ～約１０ｍｇの範囲である。他の実施形態では、投与量は、１日あたり約０．５～約５ｍｇの範囲である。１日あたりの特定の用量としては、１日あたり０．１、０．２、０．５、０．６、１、１．２、１．５、１．８、２、２．４、２．５、３、３．５、３．６、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．２、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．４、１４．５または１５ｍｇが挙げられる。他の実施形態では、投与量は、１日あたり約０．５～約５ｍｇの範囲である。１日あたりの特定の用量としては、１日あたり０．１、０．２、０．５、０．６、１、１．２、１．５、１．８、２、２．４、２．５、３、３．５、３．６、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５または１０ｍｇが挙げられる。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり０．１ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり０．２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり０．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり０．６ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１．２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１．８ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり２．４ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり２．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり３ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり３．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり３．６ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり４ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり４．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり５．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり６ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり６．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり７ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり７．２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり７．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり８ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり８．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり９ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり９．５ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１０ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１０ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１２ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１４．４ｍｇである。一実施形態では、１日あたりの用量は、１日あたり１５ｍｇである。
特定の実施形態では、推奨される開始投与量は、１日あたり０．１、０．５、０．６、０．７、１、１．２、１．５、１．８、２、２．４、２．５、３、３．５、３．６、４、４．５、５、５．５、６、６．５または７ｍｇであり得る。別の実施形態では、推奨される開始投与量は、１日あたり０．１、０．５、０．６、１、１．２、１．８、２、２．４、３、３．６、４または５ｍｇであり得る。一実施形態では、用量は、７、８、９、１０、１２、または１５ｍｇ／日に上げられ得る。一実施形態では、用量は、７、８、９または１０ｍｇ／日に上げられ得る。
特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約０．１ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約１ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約３ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約４ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約５ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約６ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約７ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約１０ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約１２ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＡＭＬを含む白血病を有する患者に、約１５ｍｇ／日の量で投与され得る。
特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約０．１ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約１ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約３ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約４ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約５ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約６ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約７ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約１０ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約１２ｍｇ／日の量で投与され得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、ＭＤＳを有する患者に、約１５ｍｇ／日の量で投与され得る。
ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．００１～約２０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約１５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約１０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約９ｍｇ／ｋｇ／日、０．０１～約８ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約７ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約６ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約４ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約３ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約２ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１～約１ｍｇ／ｋｇ／日、または約０．０１～約０．０５ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．００１～約２０ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約１５ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約１０ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約９ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、０．０１～約８ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約７ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約６ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約５ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約４ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約３ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約２ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約１ｍｇ／ｋｇ／日である。ある特定の実施形態では、治療有効量または予防有効量は、約０．０１～約０．０５ｍｇ／ｋｇ／日である。
投与される用量は、ｍｇ／ｋｇ／日以外の単位でも表され得る。例えば、非経口投与の用量は、ｍｇ／ｍ２／日として表され得る。当業者は、所与の対象の身長もしくは体重、または両方に対して、用量をｍｇ／ｋｇ／日からｍｇ／ｍ２／日へと変換する方法を容易に理解するであろう（www.fda.gov/cder/cancer/animalframe.htm参照）。例えば、６５ｋｇのヒトの１ｍｇ／ｋｇ／日の用量は、３８ｍｇ／ｍ２／日とほぼ等しい。
ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの量は、約０．００１～約５００μＭ、約０．００２～約２００μＭ、約０．００５～約１００μＭ、約０．０１～約５０μＭ、約１～約５０μＭ、約０．０２～約２５μＭ、約０．０５～約２０μＭ、約０．１～約２０μＭ、約０．５～約２０μＭ、または約１～約２０μＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの量は、約０．００１～約５００μＭ、約０．００２～約２００μＭ、約０．００５～約１００μＭ、約０．０１～約５０μＭ、約１～約５０μＭ、約０．０２～約２５μＭ、約０．０５～約２０μＭ、約０．１～約２０μＭ、約０．５～約２０μＭ、または約１～約２０μＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。
他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約５～約１００ｎＭ、約５～約５０ｎＭ、約１０～約１００ｎＭ、約１０～約５０ｎＭまたは約５０ｎＭ～約１００ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約５～約１００ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約５～約５０ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約１０～約１００ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約１０～約５０ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。他の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、約５０～約１００ｎＭの範囲の、定常状態での化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。
本明細書で使用される場合、用語「定常状態での血漿濃度」は、本明細書で提供される製剤の投与期間後に到達する濃度である。定常状態に到達すると、固形物形態の血漿濃度の経時曲線に微小ピークおよびトラフ値がある。
ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．００１～約５００μＭ、約０．００２～約２００μＭ、約０．００５～約１００μＭ、約０．０１～約５０μＭ、約１～約５０μＭ、約０．０２～約２５μＭ、約０．０５～約２０μＭ、約０．１～約２０μＭ、約０．５～約２０μＭ、または約１～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．００１～約５００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．００２～約２００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．００５～約１００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．０１～約５０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約１～約５０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．０２～約２５μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．０５～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．１～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約０．５～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分であり、約１～約２０μＭの範囲である。
ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．００１～約５００μＭ、約０．００２～約２００μＭ、約０．００５～約１００μＭ、約０．０１～約５０μＭ、約１～約５０μＭ、約０．０１～約２５μＭ、約０．０１～約２０μＭ、約０．０２～約２０μＭ、約０．０２～約２０μＭ、または約０．０１～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．００１～約５００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．００２～約２００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．００５～約１００μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．０１～約５０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約１～約５０μＭ、約０．０１～約２５μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．０１～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．０２～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．０２～約２０μＭの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の最低血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分であり、約０．０１～約２０μＭの範囲である。
ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分であり、約１００～約１００，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬ、約１，０００～約５０，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬ、約５，０００～約２５，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬ、または約５，０００～約１０，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分であり、約１００～約１００，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分であり、約１，０００～約５０，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分であり、約５，０００～約２５，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬの範囲である。ある特定の実施形態では、投与される化合物Ｄの製剤の量は、化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分であり、約５，０００～約１０，０００ｎｇ＊ｈｒ／ｍＬの範囲である。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法の１つによって処置される患者は、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与前に、抗がん治療によって処置されていない。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法の１つによって処置される患者は、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与前に、抗がん治療によって処置されている。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法の１つによって処置される患者は、抗がん治療に対して薬物難治性を発生している。
本明細書で提供される方法は、患者の年齢に関わらず患者を処置する工程を包含するが、一部の疾患または障害は、ある特定の年齢群に多く見られる。
本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、例えば単回ボーラス注射など、単回用量として、または例えば経時的な連続注入もしくは経時的な分割ボーラス用量など経時的に送達され得る。化合物Ｄの製剤は、例えば、患者が疾患の安定もしくは軽減を経験するまで、または患者が疾患の進行もしくは許容できない毒性を経験するまで、必要であれば繰り返し投与される。例えば、固形腫瘍の疾患の安定は、一般に、測定可能な病変の垂直直径が、最後の測定から２５％またはそれ以上増加していないことを意味する。Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) Guidelines, Journal of the National Cancer Institute 92(3): 205-216 (2000)。疾患の安定またはその欠如は、患者の症状、身体検査、Ｘ線、ＣＡＴ、ＰＥＴ、またはＭＲＩスキャンを使用して画像化した腫瘍の可視化の評価、および他の一般に許容される評価の手段など、当技術分野で公知の方法によって決定される。
本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１日１回（ＱＤ）または、１日２回（ＢＩＤ）、１日３回（ＴＩＤ）、および１日４回（ＱＩＤ）など、複数回の１日用量に分けて投与され得る。さらに、投与は、連続的（すなわち連日毎日または毎日）、間欠的、例えば周期的（すなわち数日、数週間、または数ヶ月の休薬を含む）であり得る。本明細書で使用される場合、用語「毎日」は、治療化合物が、各日１回または１回より多く、例えば一時期、投与されることを意味すると意図される。用語「連続的」は、少なくとも１０日から５２週間の中断されない期間毎日、治療化合物が投与されることを意味すると意図される。用語「間欠的」または「間欠的に」は、本明細書で使用される場合、規則的または不規則間隔で停止および開始することを意味すると意図される。例えば、化合物Ｄの製剤の間欠的投与は、１週間あたり１から６日間投与、周期的な投与（例えば２８日周期の連続１から１０日間毎日投与、次いで２８日周期の残りを投与しない休薬期間；または連続２から８週間毎日投与、次いで最高１週間投与しない休薬期間）、または隔日の投与である。化合物Ｄによる周期的治療は、本明細書の他の箇所で議論する。
一部の実施形態では、投与の頻度は、約１日用量から約毎月用量の範囲である。ある特定の実施形態では、投与は、１日１回、１日２回、１日３回、１日４回、２日に１回、週２回、毎週１回、２週間に１回、３週間に１回、または４週間に１回である。一実施形態では、化合物Ｄは、１日１回投与される。別の実施形態では、化合物Ｄは、１日２回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、１日３回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、１日４回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、２日に１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、週２回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、毎週１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、２週間に１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、３週間に１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄは、４週間に１回投与される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１日から６ヶ月、１週間から３ヶ月、１週間から４週間、１週間から３週間、または１週間から２週間、１日あたり１回投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１週間、２週間、３週間、または４週間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、２日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、３日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、４日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、５日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、６日間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１週間、１日あたり１回投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、１０日間、１日あたり１回投与される。別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、２週間、１日あたり１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、３週間、１日あたり１回投与される。さらに別の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、４週間、１日あたり１回投与される。
併用療法
一実施形態では、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＫＴ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせた、および放射線療法、輸血、または外科手術と組み合わせてもよい化合物Ｄの患者への投与を含む、がんを処置、防止、および／または管理する方法が本明細書で提供される。第２の活性剤の例は、本明細書に開示される。
一実施形態では、１つまたはそれ以上の第２の活性剤と組み合わせた、および放射線療法、輸血、または外科手術と組み合わせてもよい、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の患者への投与を含む、がんを処置、防止、および／または管理する方法が本明細書で提供される。第２の活性剤の例は、本明細書に開示される。
本明細書で使用される場合、用語「と組み合わせて（ｉｎ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）」は、１つより多くの治療（例えば１つまたはそれ以上の予防および／または治療剤）の使用を含む。しかしながら、用語「と組み合わせて」の使用は、疾患または障害を有する患者に治療（例えば予防剤および／または治療剤）が投与される順序を限定しない。例えば、「と組み合わせて」は、混合物としての投与、別々の製剤を使用する同時投与、および任意の順序での連続投与を含み得る。「連続的（ｃｏｎｓｅｃｕｔｉｖｅ）」は、活性剤の投与の間に特定の時間が経過したことを意味する。例えば、「連続的」は、別々の活性剤の投与の間に１０分より長く経過してもよい。期間は、次いで、１０分より長い、３０分より長い、１時間より長い、３時間より長い、６時間より長い、または１２時間より長くてもよい。例えば、第１の治療（例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤などの予防剤または治療剤）は、対象への第２の治療（例えば予防剤または治療剤）の投与前（例えば５分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、４時間、６時間、１２時間、２４時間、４８時間、７２時間、９６時間、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、８週間、または１２週間前）、対象への第２の治療（例えば予防剤または治療剤）の投与と同時に、または対象への第２の治療（例えば予防剤または治療剤）の投与後（例えば５分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、４時間、６時間、１２時間、２４時間、４８時間、７２時間、９６時間、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、８週間、または１２週間後）に投与され得る。３剤併用も、本明細書で検討される。
一実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)、および１つまたはそれ以上の第２の活性剤の患者への投与は、投与の同じまたは異なる経路によって同時にまたは順に起こり得る。一実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)、および１つまたはそれ以上の第２の活性剤の患者への投与は、投与の同じまたは異なる経路によって同時にまたは順に起こり得る。特定の活性剤のために用いられる投与の特定の経路の適性は、活性剤自体（例えば血流に入る前に分解されずに経口投与され得るかどうか）および処置されるがんによるであろう。
化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)の投与の経路は、第２の治療の投与の経路によらない。したがって、一実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)は、静脈内に投与され、第２の治療は、経口、非経口、腹腔内、静脈内、動脈内、経皮、舌下、筋肉注射、直腸、バッカル経由、鼻腔内、リポソーム経由、吸入を介して、膣内、眼内、カテーテルまたはステントによる局所送達を介して、皮下、脂肪組織内（ｉｎｔｒａａｄｉｐｏｓａｌｌｙ）、関節内、くも膜下腔内、または徐放性剤形で投与され得る。一実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)および第２の治療は、ＩＶにより、同じ様式の投与によって投与される。別の実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)は、例えばＩＶにより、１つの様式の投与によって投与されるが、第２の薬剤（抗がん剤）は、例えば経口により、別の様式の投与によって投与される。
一実施形態では、第２の活性剤は、静脈内または皮下に、および約１～約１０００ｍｇ、約５～約５００ｍｇ、約１０～約３５０ｍｇ、または約５０～約２００ｍｇの量で１日１回または２回投与される。第２の活性剤の特定の量は、使用される特定の薬剤、処置および／または管理される疾患の型、疾患の重症度およびステージ、化合物Ｄの量および患者に同時に投与される任意の適宜追加の活性剤によるであろう。
１つまたはそれ以上の第２の活性成分または活性剤は、本明細書で提供される方法および組成物中で化合物Ｄと共に使用され得る。第２の活性剤は、大分子（例えばタンパク質）または小分子（例えば合成無機、有機金属、または有機分子）であり得る。
大分子活性剤の例としては、限定はされないが、造血成長因子、サイトカイン、ならびにモノクローナルおよびポリクローナル抗体、特に、がん抗原に対する治療抗体が挙げられる。典型的な大分子活性剤は、生体分子、例えば天然に存在するかまたは合成もしくは組換えタンパク質である。本明細書で提供される方法および組成物で特に有用であるタンパク質は、インビトロまたはインビボで、造血前駆細胞および免疫賦活細胞（ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ ａｃｔｉｖｅ ｐｏｉｅｔｉｃ ｃｅｌｌ）の生存および／または増殖を刺激するタンパク質を含む。他の有用なタンパク質は、インビトロまたはインビボで、細胞において、コミットされた赤血球前駆体の分裂および分化を刺激する。特定のタンパク質としては、限定はされないが、インターロイキン、例えばＩＬ－２（組換えＩＬ－ＩＩ（「ｒＩＬ２」）およびカナリア痘ＩＬ－２を含む）、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、およびＩＬ－１８；インターフェロン、例えばインターフェロンアルファ－２ａ、インターフェロンアルファ－２ｂ、インターフェロンアルファ－ｎ１、インターフェロンアルファ－ｎ３、インターフェロンベータ－Ｉａ、およびインターフェロンガンマ－Ｉｂ；ＧＭ－ＣＦおよびＧＭ－ＣＳＦ；およびＥＰＯが挙げられる。
ある特定の実施形態では、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＳＣＦまたはＥＰＯは、約１～約７５０ｍｇ／ｍ２／日、約２５～約５００ｍｇ／ｍ２／日、約５０～約２５０ｍｇ／ｍ２／日、または約５０～約２００ｍｇ／ｍ２／日の範囲の量で４または６週サイクルで約５日間皮下に投与される。ある特定の実施形態では、ＧＭ－ＣＳＦは、約６０～約５００ｍｃｇ／ｍ２の量で２時間静脈内に投与されるか、または約５～約１２ｍｃｇ／ｍ２／日で皮下に投与されてもよい。ある特定の実施形態では、Ｇ－ＣＳＦは、最初に約１ｍｃｇ／ｋｇ／日の量で皮下に投与されてもよく、総顆粒球数の上昇によって調整され得る。Ｇ－ＣＳＦの維持用量は、約３００（小さい患者）または４８０ｍｃｇの量で皮下に投与され得る。ある特定の実施形態では、ＥＰＯは、１週間あたり３回、１０，０００ユニットの量で皮下に投与されてもよい。
方法および組成物で使用され得る特定のタンパク質としては、限定はされないが、商標名Ｎｅｕｐｏｇｅｎ（登録商標）（Ａｍｇｅｎ，Ｔｈｏｕｓａｎｄ Ｏａｋｓ，ＣＡ）として米国で販売されているフィルグラスチム；商標名Ｌｅｕｋｉｎｅ（登録商標）（Ｉｍｍｕｎｅｘ，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）として米国で販売されているサルグラモスチム；および商標名Ｅｐｏｇｅｎ（登録商標）（Ａｍｇｅｎ，Ｔｈｏｕｓａｎｄ Ｏａｋｓ，ＣＡ）として米国で販売されている組換えＥＰＯが挙げられる。
組換え形態および突然変異形態のＧＭ－ＣＳＦは、その全てが参照によって本明細書に組み込まれる米国特許第５３９１４８５号；同第５３９３８７０号；および同第５２２９４９６号に記載されるように調製され得る。組換え形態および突然変異形態のＧ－ＣＳＦは、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第４８１０６４３号；同第４９９９２９１号；同第５５２８８２３号；および同第５５８０７５５号に記載されるように調製され得る。
また、未変性、天然に存在する、および組換えタンパク質が、化合物Ｄの製剤を含め、化合物Ｄと組み合わせた使用のために提供される。インビボで、それらが基づくタンパク質の薬理学的活性の少なくとも一部を示す、天然に存在するタンパク質の突然変異体および誘導体（例えば修飾形態）がさらに包含される。突然変異体の例としては、限定はされないが、天然に存在する形態のタンパク質の相当する残基が異なる１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を有するタンパク質が挙げられる。また、用語「突然変異体」には、それらの天然に存在する形態で通常存在する炭水化物部分を欠如するタンパク質（例えば非グリコシル化形態）が包含される。誘導体の例としては、限定はされないが、ペグ化誘導体および融合タンパク質、例えばＩｇＧ１またはＩｇＧ３をタンパク質または目的のタンパク質の活性部分に融合することによって形成されるタンパク質などが挙げられる。例えば、Penichet, M.L. and Morrison, S.L., J. Immunol. Methods 248:91-101 (2001)を参照されたい。
化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)と組み合わせて使用され得る抗体は、モノクローナルおよびポリクローナル抗体を含む。抗体の例としては、限定はされないが、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（商標））、ペルツズマブ（Ｏｍｎｉｔａｒｇ（商標））、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、エドレコロマブ（Ｐａｎｏｒｅｘ（登録商標））、およびＧ２５０が挙げられる。化合物Ｄの製剤は、抗ＴＮＦ－α抗体、および／または抗ＥＧＦＲ抗体、例えばＥｒｂｉｔｕｘ（登録商標）またはパニツムマブと組み合わされ得るか、または組み合わせて使用され得る。
大分子活性剤は、抗がんワクチンの形態で投与され得る。例えば、ＩＬ－２、Ｇ－ＣＳＦ、およびＧＭ－ＣＳＦなどのサイトカインを分泌するかまたは分泌を引き起こすワクチンが、提供される方法および医薬組成物で使用され得る。例えば、Emens, L.A., et al., Curr. Opinion Mol. Ther. 3(1):77-84 (2001)を参照されたい。
小分子である第２の活性剤は、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与と関連する有害効果を緩和するためにも使用され得る。しかしながら、一部の大分子のように、多くは、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)と（例えば前、後、または同時に）投与される場合、相乗効果を提供することができると考えられる。小分子の第２の活性剤の例としては、限定はされないが、抗がん剤、抗生物質、免疫抑制剤、およびステロイドが挙げられる。
ある特定の実施形態では、第２の薬剤は、ＨＳＰ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤である。
本明細書に記載される方法または組成物内で使用される抗がん剤の例としては、限定はされないが、アシビシン；アクラルビシン；塩酸アコダゾール；アクロニン；アドゼレシン；アルデスロイキン；アルトレタミン；アンボマイシン；酢酸アメタントロン；アムサクリン；アナストロゾール；アントラマイシン；アスパラギナーゼ；アスペルリン；アザシチジン；アゼテパ；アゾトマイシン；バチマスタット；ベンゾデパ；ビカルタミド；塩酸ビサントレン；ジメシル酸ビスナフィド；ビゼレシン；硫酸ブレオマイシン；ブレキナールナトリウム；ブロピリミン；ブスルファン；カクチノマイシン；カルステロン；カラセミド；カルベチマー；カルボプラチン；カルムスチン；塩酸カルビシン；カルゼレシン；セデフィンゴール；セレコキシブ（ＣＯＸ－２阻害剤）；クロラムブシル；シロレマイシン；シスプラチン；クラドリビン；クロファラビン；メシル酸クリスナトール；シクロホスファミド；Ａｒａ－Ｃ；ダカルバジン；ダクチノマイシン；塩酸ダウノルビシン；デシタビン；デキソルマプラチン；デザグアニン；メシル酸デザグアニン；ジアジクオン；ドセタキセル；ドキソルビシン；塩酸ドキソルビシン；ドロロキシフェン；クエン酸ドロロキシフェン；プロピオン酸ドロモスタノロン；デュアゾマイシン；エダトレキセート；塩酸エフロルニチン；エルサミトルシン；エンロプラチン；エンプロメート；エピプロピジン；塩酸エピルビシン；エルブロゾール；塩酸エソルビシン；エストラムスチン；リン酸エストラムスチンナトリウム；エタニダゾール；エトポシド；リン酸エトポシド；エトプリン；塩酸ファドロゾール；ファザラビン；フェンレチニド；フロクスウリジン；リン酸フルダラビン；フルオロウラシル；フルロシタビン；フォスキドン；フォストリエシンナトリウム；ゲムシタビン；塩酸ゲムシタビン；ヒドロキシウレア；塩酸イダルビシン；イフォスファミド；イルモフォシン；イプロプラチン；イリノテカン；塩酸イリノテカン；酢酸ランレオチド；レトロゾール；ロイプロリドアセテート；塩酸リアロゾール；ロメトレキソールナトリウム；ロムスチン；塩酸ロソキサントロン；マソプロコール；マイタンシン；塩酸メクロレタミン；酢酸メゲストロール；酢酸メレンゲストロール；メルファラン；メノガリル；メルカプトプリン；メトトレキサート；メトトレキサートナトリウム；メトプリン；メツレデパ；ミチンドミド；マイトカルシン；マイトクロミン；マイトギリン；マイトマルシン；マイトマイシン；マイトスパー；ミトタン；塩酸ミトキサントロン；ミコフェノール酸；ノコダゾール；ノガラマイシン；オマセタキシン；オルマプラチン；オキシスラン；パクリタキセル；ペガスパルガーゼ；ペリオマイシン；ペンタムスチン；硫酸ペプロマイシン；ペルフォスファミド；ピポブロマン；ピポスルファン；塩酸ピロキサントロン；プリカマイシン；プロメスタン；ポルフィマーナトリウム；ポルフィロマイシン；プレドニムスチン；塩酸プロカルバジン；プロマイシン；塩酸プロマイシン；ピラゾフリン；リボプリン；サフィンゴール；塩酸サフィンゴール；セムスチン；シムトラゼン；ソラフェニブ；スパルフォセートナトリウム；スパルソマイシン；塩酸スピロゲルマニウム；スピロムスチン；スピロプラチン；ストレプトニグリン；ストレプトゾシン；スロフェヌル；タリソマイシン；テコガランナトリウム；タキソテール；テガフール；塩酸テロキサントロン；テモポルフィン；テニポシド；テロキシロン；テストラクトン；チアミプリン；チオグアニン；チオテパ；チアゾフリン；チラパザミン；クエン酸トレミフェン；酢酸トレストロン；リン酸トリシリビン；トリメトレキセート；グルクロン酸トリメトレキセート；トリプトレリン；塩酸ツブロゾール；ウラシルマスタード；ウレデパ；バプレオチド；ベルテポルフィン；硫酸ビンブラスチン；硫酸ビンクリスチン；ビンデシン；硫酸ビンデシン；硫酸ビネピジン；硫酸ビングリシネート；硫酸ビンロイロシン；酒石酸ビノレルビン；硫酸ビンロシジン；硫酸ビンゾリジン；ボロゾール；ゼニプラチン；ジノスタチン；および塩酸ゾルビシンが挙げられる。
本明細書の方法内に含まれる他の抗がん薬物としては、限定はされないが、２０－エピ－１，２５ジヒドロキシビタミンＤ３；５－エチニルウラシル；アビラテロン；アクラルビシン；アシルフルベン；アデシペノール；アドゼレシン；アルデスロイキン；ＡＬＬ－ＴＫアンタゴニスト；アルトレタミン；アンバムスチン；アミドックス；アミホスチン；アミノレブリン酸；アムルビシン；アムサクリン；アナグレリド；アナストロゾール；アンドログラホリド；血管新生阻害剤；アンタゴニストＤ；アンタゴニストＧ；アンタレリックス；抗背方化形態形成タンパク質－１；抗アンドロゲン抗前立腺癌剤；抗エストロゲン剤；抗新生物剤；アンチセンスオリゴヌクレオチド；グリシン酸アフィディコリン；アポトーシス遺伝子モジュレーター；アポトーシスレギュレーター；アプリン酸；ａｒａ－ＣＤＰ－ＤＬ－ＰＴＢＡ；アルギンデアミナーゼ；アスラクリン；アタメスタン；アトリムスチン；アキシナスタチン１；アキシナスタチン２；アキシナスタチン３；アザセトロン；アザトキシン；アザチロシン；バッカチンＩＩＩ誘導体；バラノール；バチマスタット；ＢＣＲ／ＡＢＬアンタゴニスト；ベンゾクロリン類；ベンゾイルスタウロスポリン；ベータラクタム誘導体；ベータ－アレチン；ベタクラマイシンＢ；ベツリン酸；ｂＦＧＦ阻害剤；ビカルタミド；ビサントレン；ビスアジリジニルスペルミン；ビスナフィド；ビストラテンＡ；ビゼレシン；ブレフレート；ブロピリミン；ブドチタン；ブチオニンスルホキシミン；カルシポトリオール；カルホスチンＣ；カンプトテシン誘導体；カペシタビン；カルボキサミド－アミノ－トリアゾール；カルボキシアミドトリアゾール；ＣａＲｅｓｔ Ｍ３；ＣＡＲＮ７００；軟骨由来阻害剤；カルゼレシン；カゼインキナーゼ阻害剤（ＩＣＯＳ）；カスタノスペルミン；セクロピンＢ；セトロレリックス；クロリン類（ｃｈｌｏｒｌｎｓ）；クロロキノキサリンスルホンアミド；シカプロスト；シス－ポルフィリン；クラドリビン；クロミフェンアナログ；クロトリマゾール；コリスマイシンＡ；コリスマイシンＢ；コンブレタスタチンＡ４；コンブレタスタチンアナログ；コナゲニン；クラムベシジン８１６；クリスナトール；クリプトフィシン８；クリプトフィシンＡ誘導体；クラシンＡ；シクロペンタアントラキノン類；シクロプラタム；シペマイシン；Ａｒａ－Ｃオクフォスフェート；細胞溶解因子；サイトスタチン；ダクリキシマブ；デシタビン；デヒドロジデムニンＢ；デスロレリン；デキサメタゾン；デキシフォスファミド；デクスラゾキサン；デクスベラパミル；ジアジクオン；ジデムニンＢ；ジドックス；ジエチルノルスペルミン；ジヒドロ－５－アザシチジン；ジヒドロタキソール，９－；ジオキサマイシン；ジフェニルスピロムスチン；ドセタキセル；ドコサノール；ドラセトロン；ドキシフルリジン；ドキソルビシン；ドロロキシフェン；ドロナビノール；デュオカルマイシンＳＡ；エブセレン；エコムスチン；エデルフォシン；エドレコロマブ；エフロルニチン；エレメン；エミテフール；エピルビシン；エプリステリド；エストラムスチンアナログ；エストロゲンアゴニスト；エストロゲンアンタゴニスト；エタニダゾール；リン酸エトポシド；エキセメスタン；ファドロゾール；ファザラビン；フェンレチニド；フィルグラスチム；フィナステリド；フラボピリドール；フレゼラスチン；フルアステロン；フルダラビン；塩酸フルオロダウノルビシン（ｆｌｕｏｒｏｄａｕｎｏｒｕｎｉｃｉｎ）；フォルフェニメックス；フォルメスタン；フォストリエシン；フォテムスチン；ガドリニウムテキサフィリン；硝酸ガリウム；ガロシタビン；ガニレリックス；ゼラチナーゼ阻害剤；ゲムシタビン；グルタチオン阻害剤；ヘプスルファム；ヘレグリン；ヘキサメチレンビスアセトアミド；ヒペリシン；イバンドロン酸；イダルビシン；イドキシフェン；イドラマントン；イルモフォシン；イロマスタット；イマチニブ（例えばＧｌｅｅｖｅｃ（登録商標））；イミキモド；免疫刺激ペプチド；インスリン様増殖因子－１受容体阻害剤；インターフェロンアゴニスト；インターフェロン；インターロイキン；イオベングアン；ヨードドキソルビシン；イポメアノール，４－；イロプラクト；イルソグラジン；イソベンガゾール；イソホモハリコンドリンＢ；イタセトロン；ジャスプラキノリド；カハラリドＦ；三酢酸ラメラリン－Ｎ；ランレオチド；レイナマイシン；レノグラスチム；硫酸レンチナン；レプトルスタチン；レトロゾール；白血病阻害因子；白血球アルファインターフェロン；ロイプロリド＋エストロゲン＋プロゲステロン；ロイプロレリン；レバミゾール；リアロゾール；直鎖状ポリアミンアナログ；親油性二糖類ペプチド；親油性白金化合物；リッソクリナミド７；ロバプラチン；ロンブリシン；ロメトレキソール；ロニダミン；ロソキサントロン；ロキソリビン；ルルトテカン；ルテチウムテキサフィリン；リソフィリン；細胞溶解性ペプチド；マイタンシン；マンノスタチンＡ；マリマスタット；マソプロコール；マスピン；マトリリシン阻害剤；マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤；メノガリル；メルバロン；メテレリン；メチオニナーゼ；メトクロプラミド；ＭＩＦ阻害剤；ミフェプリストン；ミルテフォシン；ミリモスチム；ミトグアゾン；ミトラクトール；マイトマイシンアナログ；ミトナフィド；ミトトキシン線維芽細胞増殖因子－サポリン；ミトキサントロン；モファロテン；モルグラモスチム；Ｅｒｂｉｔｕｘ、ヒト絨毛性ゴナドトロピン；モノホスホリルリピドＡ＋ミオバクテリウム細胞壁ｓｋ；モピダモール；マスタード抗がん剤；ミカペルオキシドＢ；ミコバクテリア細胞壁抽出物；ミリアポロン；Ｎ－アセチルジナリン；Ｎ－置換ベンズアミド；ナファレリン；ナグレスチップ；ナロキソン＋ペンタゾシン；ナパビン；ナフテルピン；ナルトグラスチム；ネダプラチン；ネモルビシン；ネリドロン酸；ニルタミド；ニサマイシン；一酸化窒素モジュレーター；ニトロキシド抗酸化剤；ニトルリン；オブリメルセン（Ｇｅｎａｓｅｎｓｅ（登録商標））；Ｏ６－ベンジルグアニン；オクトレオチド；オキセノン；オリゴヌクレオチド；オナプリストン；オンダンセトロン；オンダンセトロン；オラシン；経口サイトカインインデューサー；オルマプラチン；オサテロン；オキサリプラチン；オキサウノマイシン；パクリタキセル；パクリタキセルアナログ；パクリタキセル誘導体；パラウアミン；パルミトイルリゾキシン；パミドロン酸；パナオキシトリオール；パノミフェン；パラバクチン；パゼリプチン；ペガスパルガーゼ；ペルデシン；ポリ硫酸ペントサンナトリウム；ペントスタチン；ペントロゾール；ペルフルブロン；ペルフォスファミド；ペリリルアルコール；フェナジノマイシン；酢酸フェニル；ホスファターゼ阻害剤；ピシバニール；塩酸ピロカルピン；ピラルビシン；ピリトレキシム；プラセチンＡ；プラセチンＢ；プラスミノーゲンアクチベーター阻害剤；白金錯体；白金化合物；白金－トリアミン錯体；ポルフィマーナトリウム；ポルフィロマイシン；プレドニゾン；プロピルビス－アクリドン；プロスタグランジンＪ２；プロテアソーム阻害剤；プロテインＡ系免疫モジュレーター；プロテインキナーゼＣ阻害剤；プロテインキナーゼＣ阻害剤，微細藻類；プロテインチロシンホスファターゼ阻害剤；プリンヌクレオシドホスホリラーゼ阻害剤；プルプリン類；ピラゾロアクリジン；ピリドキシル化ヘモグロビンポリオキシエチレンコンジュゲート；ｒａｆアンタゴニスト；ラルチトレキセド；ラモセトロン；ｒａｓファルネシルプロテイントランスフェラーゼ阻害剤；ｒａｓ阻害剤；ｒａｓ－ＧＡＰ阻害剤；脱メチル化レテリプチン；エチドロン酸レニウムＲｅ１８６；リゾキシン；リボザイム；ＲＩＩレチナミド；ロヒツキン；ロムルチド；ロキニメックス；ルビギノンＢ１；ルボキシル；サフィンゴール；サイントピン；ＳａｒＣＮＵ；サルコフィトールＡ；サルグラモスチム；Ｓｄｉ１模倣物；セムスチン；老化由来阻害剤１；センスオリゴヌクレオチド；シグナルトランスダクション阻害剤；シゾフィラン；ソブゾキサン；ナトリウムボロカプテート；フェニル酢酸ナトリウム；ソルベロール；ソマトメジン結合タンパク質；ソネルミン；スパルフォス酸；スピカマイシンＤ；スピロムスチン；スプレノペンチン；スポンジスタチン１；スクアラミン；スチピアミド；ストロメリシン阻害剤；スルフィノシン；過活性血管作用性腸ペプチドアンタゴニスト；スラジスタ；スラミン；スワインソニン；タリムスチン；タモキシフェンメチオジド；タウロムスチン；タザロテン；テコガランナトリウム；テガフール；テルラピリリウム；テロメラーゼ阻害剤；テモポルフィン；テニポシド；テトラクロロデカオキシド；テトラゾミン；タリブラスチン；チオコラリン；トロンボポエチン；トロンボポエチン模倣物；チマルファシン；チモポエチン受容体アゴニスト；チモトリナン；甲状腺刺激ホルモン；スズエチルエチオプルプリン；チラパザミン；二塩化チタノセン；トプセンチン；トレミフェン；翻訳阻害剤；トレチノイン；トリアセチルウリジン；トリシリビン；トリメトレキセート；トリプトレリン；トロピセトロン；ツロステリド；チロシンキナーゼ阻害剤；チルホスチン類；ＵＢＣ阻害剤；ウベニメクス；尿生殖洞由来増殖阻害因子；ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト；バプレオチド；バリオリンＢ；ベラレソール；ベラミン；ベルジン類；ベルテポルフィン；ビノレルビン；ビンキサルチン；ビタキシン；ボロゾール；ザノテロン；ゼニプラチン；ジラスコルブ；およびジノスタチンスチマラマーが挙げられる。
ある特定の実施形態では、第２の薬剤は、１つまたはそれ以上のチェックポイント阻害剤から選択される。一実施形態では、１つのチェックポイント阻害剤が、本明細書で提供される方法において化合物Ｄまたは化合物Ｄの製剤と組み合わせて使用される。別の実施形態では、２つのチェックポイント阻害剤が、本明細書で提供される方法と関連して化合物Ｄまたは化合物Ｄの製剤と組み合わせて使用される。さらに別の実施形態では、３つまたはそれ以上のチェックポイント阻害剤が、本明細書で提供される方法と関連して化合物Ｄまたは化合物Ｄの製剤と組み合わせて使用される。
本明細書で使用される場合、用語「免疫チェックポイント阻害剤」または「チェックポイント阻害剤」は、１つまたはそれ以上のチェックポイントタンパク質を完全にまたは部分的に低減、阻害、干渉またはモジュレートする分子を指す。特定の理論に限定されるものではないが、チェックポイントタンパク質は、Ｔ細胞の活性化または機能を制御する。多数のチェックポイントタンパク質が公知であり、例えばＣＴＬＡ－４およびそのリガンドであるＣＤ８０およびＣＤ８６；ならびにＰＤ－１とそのリガンドであるＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２がある（Pardoll, Nature Reviews Cancer, 2012, 12, 252-264）。これらのタンパク質は、Ｔ細胞応答の共刺激相互作用または抑制相互作用に関与すると思われる。免疫チェックポイントタンパク質は、自己寛容ならびに生理学的免疫応答の持続時間および幅を制御および維持すると思われる。免疫チェックポイント阻害剤は、抗体を含むか、または抗体由来である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ－４阻害剤である。一実施形態では、ＣＴＬＡ－４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ－４抗体である。抗ＣＴＬＡ－４抗体の例としては、限定はされないが、全てがその全体を本明細書に組み込まれる米国特許第５８１１０９７号；同第５８１１０９７号；同第５８５５８８７号；同第６０５１２２７号；同第６２０７１５７号；同第６６８２７３６号；同第６９８４７２０号；および同第７６０５２３８号に記載されるものが挙げられる。一実施形態では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、トレメリムマブ（チシリムマブまたはＣＰ－６７５，２０６としても公知）である。別の実施形態では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブ（ＭＤＸ－０１０またはＭＤＸ－１０１としても公知）である。イピリムマブは、ＣＴＬＡ－４に結合する、完全ヒトモノクローナルＩｇＧ抗体である。イピリムマブは、商品名Ｙｅｒｖｏｙ（商標）として市販されている。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤である。ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤の例としては、限定はされないが、全てがその全体を本明細書に組み込まれる米国特許第７４８８８０２号；同第７９４３７４３号；同第８００８４４９号；同第８１６８７５７号；同第８２１７１４９号、ならびにＰＣＴ特許出願公開第ＷＯ２００３０４２４０２号、同第ＷＯ２００８１５６７１２号、同第ＷＯ２０１００８９４１１号、同第ＷＯ２０１００３６９５９号、同第ＷＯ２０１１０６６３４２号、同第ＷＯ２０１１１５９８７７号、同第ＷＯ２０１１０８２４００号、および同第ＷＯ２０１１１６１６９９号に記載されるものが挙げられる。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤である。一実施形態では、ＰＤ－１阻害剤は、抗ＰＤ－１抗体である。一実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－Ａ３１７、ニボルマブ（ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、またはＭＤＸ１１０６としても公知）またはペムブロリズマブ（ＭＫ－３４７５、ＳＣＨ９００４７５、またはラモブロリズマブとしても公知）である。一実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブである。ニボルマブは、ヒトＩｇＧ４抗ＰＤ－１モノクローナル抗体であり、商品名Ｏｐｄｉｖｏ（商標）として市販されている。別の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ペムブロリズマブである。ペムブロリズマブは、ヒト化モノクローナルＩｇＧ４抗体であり、商品名Ｋｅｙｔｒｕｄａ（商標）として市販されている。さらに別の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ヒト化抗体ＣＴ－０１１である。ＣＴ－０１１の単独での投与は、再発時の急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）の処置において応答を示さなかった。さらに別の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、融合タンパク質ＡＭＰ－２２４である。別の実施形態では、ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－Ａ３１７である。ＢＧＢ－Ａ３１７は、Ｆｃ－ガンマ受容体Ｉに結合する能力が特に遺伝子操作されたもので、高親和性および優れた標的特異性でＰＤ－１へのユニークな結合シグネチャーを有するモノクローナル抗体である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１阻害剤である。一実施形態では、ＰＤ－Ｌ１阻害剤は、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）である。別の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＢＭＳ－９３６５５９（ＭＤＸ－１１０５－０１としても公知）である。さらに別の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１阻害剤は、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ、およびＴｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）としても公知）である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ２阻害剤である。一実施形態では、ＰＤ－Ｌ２阻害剤は、抗ＰＤ－Ｌ２抗体である。一実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ２抗体は、ｒＨＩｇＭ１２Ｂ７Ａである。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ－３）阻害剤である。一実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、可溶性Ｉｇ融合タンパク質ＩＭＰ３２１である（Brignone et al., J. Immunol., 2007, 179, 4202-4211）。別の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、ＢＭＳ－９８６０１６である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、Ｂ７阻害剤である。一実施形態では、Ｂ７阻害剤は、Ｂ７－Ｈ３阻害剤またはＢ７－Ｈ４阻害剤である。一実施形態では、Ｂ７－Ｈ３阻害剤は、抗Ｂ７－Ｈ３抗体ＭＧＡ２７１である（Loo et al., Clin. Cancer Res., 2012, 3834）。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＴＩＭ３（Ｔ細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン３）阻害剤である（Fourcade et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2175-86; Sakuishi et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2187-94）。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）アゴニストである。一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＯＸ４０抗体である。一実施形態では、抗ＯＸ４０抗体は、抗ＯＸ－４０である。別の実施形態では、抗ＯＸ４０抗体は、ＭＥＤＩ６４６９である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＧＩＴＲアゴニストである。一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＧＩＴＲ抗体である。一実施形態では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＴＲＸ５１８である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＤ１３７アゴニストである。一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＤ１３７抗体である。一実施形態では、抗ＣＤ１３７抗体は、ウレルマブである。別の実施形態では、抗ＣＤ１３７抗体は、ＰＦ－０５０８２５６６である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＤ４０アゴニストである。一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＤ４０抗体である。一実施形態では、抗ＣＤ４０抗体は、ＣＦ８７０，８９３である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、組換えヒトインターロイキン１５（ｒｈＩＬ－１５）である。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＩＤＯ阻害剤である。一実施形態では、ＩＤＯ阻害剤は、ＩＮＣＢ０２４３６０である。別の実施形態では、ＩＤＯ阻害剤は、インドキシモドである。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される併用療法は、本明細書に記載されるチェックポイント阻害剤の２つまたはそれ以上を含む（同一種類または異なる種類のチェックポイント阻害剤を含む）。さらに、本明細書に記載される併用療法は、本明細書に記載される疾患および当技術分野において認識されている疾患の処置に適切であれば、本明細書に記載される第２の活性剤と組み合わせて使用され得る。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、それらの表面に１つまたはそれ以上のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現する１つまたはそれ以上の免疫細胞（例えば修飾免疫細胞）と組み合わせて使用され得る。一般に、ＣＡＲは、第１のタンパク質（例えば抗原結合タンパク質）からの細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある特定の実施形態では、細胞外ドメインが、標的タンパク質、例えば腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）または腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）に結合すると、シグナルは、免疫細胞を活性化する細胞内シグナル伝達ドメインを介して生成され、例えば標的タンパク質を発現する細胞を標的化し、死滅させる。
細胞外ドメイン：ＣＡＲの細胞外ドメインは、目的の抗原に結合する。ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインは、前記抗原に結合する受容体、または受容体の部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞外ドメインは、抗体またはその抗原結合性部分を含むか、またはそれである。特定の実施形態では、細胞外ドメインは、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ドメインを含むか、またはそれである。一本鎖Ｆｖドメインは、例えば、前記ＶＬおよびＶＨが前記抗原に結合する抗体由来である場合、可動性リンカーによってＶＨに結合されたＶＬを含み得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチドの細胞外ドメインによって認識される抗原は、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）または腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）である。様々な特定の実施形態では、腫瘍関連抗原または腫瘍特異的抗原は、限定はされないが、Ｈｅｒ２、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）、アルファ－フェトプロテイン（ＡＦＰ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、がん抗原－１２５（ＣＡ－１２５）、ＣＡ１９－９、カルレチニン、ＭＵＣ－１、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）、上皮膜タンパク質（ＥＭＡ）、上皮腫瘍抗原（ＥＴＡ）、チロシナーゼ、黒色腫－２４関連抗原（ＭＡＧＥ）、ＣＤ１９、ＣＤ２２、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＣＤ３４、ＣＤ４５、ＣＤ７０、ＣＤ９９、ＣＤ１１７、ＥＧＦＲｖＩＩＩ（上皮増殖因子バリアントＩＩＩ）、メソテリン、ＰＡＰ（前立腺酸性ホスファターゼ）、プロステイン、ＴＡＲＰ（Ｔ細胞受容体ガンマ代替リーディングフレームタンパク質）、Ｔｒｐ－ｐ８、ＳＴＥＡＰＩ（プロステート１の６回膜貫通型上皮性抗原）、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、グリア線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、肉眼的嚢胞性疾患液体タンパク質（ＧＣＤＦＰ－１５）、ＨＭＢ－４５抗原、タンパク質メラン－Ａ（Ｔリンパ球によって認識されるメラノーマ抗原；ＭＡＲＴ－Ｉ）、ｍｙｏ－Ｄ１、筋特異的アクチン（ＭＳＡ）、神経フィラメント、神経特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、胎盤アルカリホスファターゼ、シナプトフィシス（ｓｙｎａｐｔｏｐｈｙｓｉｓ）、チログロブリン、甲状腺転写因子－１、ピルビン酸キナーゼアイソエンザイムタイプＭ２（腫瘍Ｍ２－ＰＫ）の二量体形態、異常なｒａｓタンパク質、または異常なｐ５３タンパク質である。ある特定の他の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインによって認識されるＴＡＡまたはＴＳＡは、インテグリンαｖβ（ＣＤ６１）、ガラクチン、またはＲａｌ－Ｂである。
ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインによって認識されるＴＡＡまたはＴＳＡは、がん／精巣（ＣＴ）抗原、例えばＢＡＧＥ、ＣＡＧＥ、ＣＴＡＧＥ、ＦＡＴＥ、ＧＡＧＥ、ＨＣＡ６６１、ＨＯＭ－ＴＥＳ－８５、ＭＡＧＥＡ、ＭＡＧＥＢ、ＭＡＧＥＣ、ＮＡ８８、ＮＹ－ＥＳ０－１、ＮＹ－ＳＡＲ－３５、ＯＹ－ＴＥＳ－１、ＳＰＡＮＸＢＩ、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ、ＳＹＣＰＩ、またはＴＰＴＥである。
ある特定の他の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインによって認識されるＴＡＡまたはＴＳＡは、炭水化物またはガングリオシド、例えば、ｆｕｃ－ＧＭＩ、ＧＭ２（腫瘍胎児抗原－免疫原性－１；ＯＦＡ－Ｉ－１）；ＧＤ２（ＯＦＡ－Ｉ－２）、ＧＭ３、ＧＤ３などである。
ある特定の他の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインによって認識されるＴＡＡまたはＴＳＡは、アルファ－アクチニン－４、Ｂａｇｅ－１、ＢＣＲ－ＡＢＬ、Ｂｃｒ－Ａｂ１融合タンパク質、ベータ－カテニン、ＣＡ１２５、ＣＡ１５－３（ＣＡ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ１９５、ＣＡ２４２、ＣＡ－５０、ＣＡＭ４３、Ｃａｓｐ－８、ｃｄｃ２７、ｃｄｋ４、ｃｄｋｎ２ａ、ＣＥＡ、ｃｏａ－１、ｄｅｋ－ｃａｎ融合タンパク質、ＥＢＮＡ、ＥＦ２、エプスタインバーウイルス抗原、ＥＴＶ６－ＡＭＬ１融合タンパク質、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａｌｌ、ｈｓｐ７０－２、ＫＩＡＡ０２０５、Ｍａｒｔ２、Ｍｕｍ－１、２および３、ｎｅｏ－ＰＡＰ、ミオシンクラスＩ、ＯＳ－９、ｐｍｌ－ＲＡＲα融合タンパク質、ＰＴＰＲＫ、Ｋ－ｒａｓ、Ｎ－ｒａｓ、トリオースリン酸イソメラーゼ、Ｇａｇｅ３，４，５，６，７、ＧｎＴＶ、Ｈｅｒｖ－Ｋ－ｍｅｌ、Ｌａｇｅ－１、ＮＡ－８８、ＮＹ－Ｅｓｏ－１／Ｌａｇｅ－２、ＳＰ１７、ＳＳＸ－２、ＴＲＰ２－Ｉｎｔ２、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ１７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ－１、ＴＲＰ－２、ＭＡＧＥ－ｌ、ＭＡＧＥ－３、ＲＡＧＥ、ＧＡＧＥ－ｌ、ＧＡＧＥ－２、ｐ１５（５８）、ＲＡＧＥ、ＳＣＰ－１、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ－４０、ＰＲＡＭＥ、ｐ５３、ＨＲａｓ、ＨＥＲ－２／ｎｅｕ、Ｅ２Ａ－ＰＲＬ、Ｈ４－ＲＥＴ、ＩＧＨ－ＩＧＫ、ＭＹＬ－ＲＡＲ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６およびＥ７、ＴＳＰ－１８０、ＭＡＧＥ－４、ＭＡＧＥ－５、ＭＡＧＥ－６、p１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ－３、ｃ－ｍｅｔ、ｎｍ－２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ－７２－４、ＣＡ１９－９、ＣＡ７２－４、ＣＡＭ１７．１、ＮｕＭａ、Ｋ－ｒａｓ、１３－カテニン、Ｍｕｍ－１、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＣＴ７、テロメラーゼ、４３－９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、１３ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＤ６８＼ＫＰ１、Ｃ０－０２９、ＦＧＦ－５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３ （ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ－１７５、Ｍ３４４、ＭＡ－５０、ＭＧ７－Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ＼７０Ｋ、ＮＹ－Ｃ０－１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ－９０、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、またはＴＰＳである。
様々な特定の実施形態では、腫瘍関連抗原または腫瘍特異的抗原は、S. Anguille et al, Leukemia (2012), 26, 2186-2196に記載されるように、ＡＭＬ関連腫瘍抗原である。
他の腫瘍関連抗原および腫瘍特異的抗原は、当技術分野で公知である。
ＴＳＡおよびＴＡＡに結合し、キメラ抗原受容体を構築するのに有用である受容体、抗体、およびｓｃＦｖは、当技術分野で公知であり、それらをコードするヌクレオチド配列も同様である。
ある特定の実施形態では、キメラ抗原受容体の細胞外ドメインによって認識される抗原は、一般にＴＳＡであるともＴＡＡであるとも考えられないが、それにも関わらず腫瘍細胞または腫瘍によって引き起こされる損傷と関連する抗原である。ある特定の実施形態では、例えば、抗原は、例えば増殖因子、サイトカイン、またはインターロイキン、例えば血管新生または脈管形成と関連する増殖因子、サイトカイン、またはインターロイキンである。そのような増殖因子、サイトカイン、またはインターロイキンとしては、例えば、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、塩基性線維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、インスリン様増殖因子（ＩＧＦ）、またはインターロイキン－８（ＩＬ－８）が挙げられ得る。腫瘍はまた、腫瘍に対して局所的な低酸素環境を作り出すことができる。そのため、他の特定の実施形態では、抗原は、低酸素関連因子、例えば、ＨＩＦ－１α、ＨＩＦ－１β、ＨＩＦ－２α、ＨＩＦ－２β、ＨＩＦ－３α、またはＨＩＦ－３βである。腫瘍はまた、正常組織に対し局在化した損傷を引き起こし、損傷関連分子パターン分子（ＤＡＭＰ；アラーミンとしても公知）として公知の分子の放出を引き起こすことができる。他のある特定の実施形態では、したがって、抗原はＤＡＭＰ、例えば熱ショックタンパク質、クロマチン結合性タンパク質高移動度グループボックス１（ｃｈｒｏｍａｔｉｎ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｉｇｈ ｍｏｂｉｌｉｔｙ ｇｒｏｕｐ ｂｏｘ １）（ＨＭＧＢ１）、Ｓ１００Ａ８（ＭＲＰ８、カルグラニュリンＡ）、Ｓ１００Ａ９（ＭＲＰ１４、カルグラニュリンＢ）、血清アミロイドＡ（ＳＡＡ）であるか、またはデオキシリボ核酸、アデノシン三リン酸、尿酸、またはヘパリン硫酸であり得る。
膜貫通ドメイン：ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞外ドメインは、リンカー、スペーサー、またはヒンジポリペプチド配列、例えばＣＤ２８由来の配列またはＣＴＬＡ４由来の配列によって、ポリペプチドの膜貫通ドメインに結合される。膜貫通ドメインは、任意の膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインから得られるかまたは由来し得、そのような膜貫通ドメインの全てまたは部分を含み得る。特定の実施形態では、膜貫通ドメインは、例えばＣＤ８、ＣＤ１６、サイトカイン受容体、およびインターロイキン受容体、または増殖因子受容体等から得られるか、または由来し得る。
細胞内シグナル伝達ドメイン：ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞内ドメインは、Ｔ細胞の表面で発現され、前記Ｔ細胞の活性化および／または増殖を誘発する。タンパク質の細胞内ドメインまたはモチーフであるかまたはそれを含む。そのようなドメインまたはモチーフは、ＣＡＲの細胞外部分への抗原の結合に応答して、Ｔリンパ球の活性化に必要である一次抗原結合シグナルを伝達することができる。典型的には、このドメインまたはモチーフは、ＩＴＡＭ（免疫受容体活性化チロシンモチーフ）を含むか、またはそれである。ＣＡＲに好適なＩＴＡＭ含有ポリペプチドとしては、例えば、ゼータＣＤ３鎖（ＣＤ３ζ）またはそのＩＴＡＭ含有部分が挙げられる。特定の実施形態では、細胞内ドメインは、ＣＤ３ζ細胞内シグナル伝達ドメインである。他の特定の実施形態では、細胞内ドメインは、リンパ球受容体鎖、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体タンパク質、Ｆｅ受容体サブユニット、またはＩＬ－２受容体サブユニットに由来する。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、１つまたはそれ以上の共刺激ドメインまたはモチーフを、例えば、ポリペプチドの細胞内ドメインの一部としてさらに含む。１つまたはそれ以上の共刺激ドメインまたはモチーフは、共刺激性ＣＤ２７ポリペプチド配列、共刺激性ＣＤ２８ポリペプチド配列、共刺激性ＯＸ４０（ＣＤ１３４）ポリペプチド配列、共刺激性４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）ポリペプチド配列、または共刺激性誘導性Ｔ細胞共刺激性（ＩＣＯＳ）ポリペプチド配列、または他の共刺激性ドメインもしくはモチーフの１つまたはそれ以上、またはこれらの任意の組合せであるか、またはそれを含むことができる。
ＣＡＲは、Ｔ細胞生存モチーフも含み得る。Ｔ細胞生存モチーフは、抗原による刺激後にＴリンパ球の生存を促進する任意のポリペプチド配列またはモチーフであり得る。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞生存モチーフは、ＣＤ３、ＣＤ２８、ＩＬ－７受容体（ＩＬ－７Ｒ）の細胞内シグナル伝達ドメイン、ＩＬ－１２受容体の細胞内シグナル伝達ドメイン、ＩＬ－１５受容体の細胞内シグナル伝達ドメイン、ＩＬ－２１受容体の細胞内シグナル伝達ドメイン、または形質転換成長因子β（ＴＧＦβ）受容体の細胞内シグナル伝達ドメインであるか、またはそれに由来する。
ＣＡＲを発現する修飾免疫細胞は、例えば、Ｔリンパ球（Ｔ細胞、例えばＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞）、細胞障害性リンパ球（ＣＴＬ）またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞であり得る。本明細書で提供される組成物および方法で使用されるＴリンパ球は、ナイーブＴリンパ球またはＭＨＣ拘束Ｔリンパ球であってもよい。ある特定の実施形態では、Ｔリンパ球は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である。ある特定の実施形態では、Ｔリンパ球は、腫瘍生検から単離されたか、または腫瘍生検から単離されたＴリンパ球から増殖されたものである。ある特定の他の実施形態では、Ｔ細胞は、末梢血、臍帯血、もしくはリンパ液から単離されたか、または末梢血、臍帯血、もしくはリンパ液から単離されたＴリンパ球から増殖されたものである。ＣＡＲを発現する修飾免疫細胞を生成するために使用される免疫細胞は、当技術分野で許容された通常の方法（例えば血液採取後のアフェレーシスおよび適宜、抗体媒介性細胞単離または選別）を使用して単離され得る。
修飾免疫細胞は、好ましくは、修飾免疫細胞が投与される個体にとって自己のものである。ある特定の他の実施形態では、修飾免疫細胞は、修飾免疫細胞が投与される個体にとって同種異系のものである。同種異系Ｔリンパ球またはＮＫ細胞を使用して修飾Ｔリンパ球を調製する場合、個体における移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の可能性を低減するであろうＴリンパ球またはＮＫ細胞を選択することが好ましい。例えば、ある特定の実施形態では、ウイルス特異的Ｔリンパ球が、修飾Ｔリンパ球の調製のために選択され；そのようなリンパ球は、任意のレシピエント抗原に結合し、その結果、抗原によって活性化されるようになる本来の能力が大きく低下していると考えられるであろう。ある特定の実施形態では、レシピエントの媒介による同種異系Ｔリンパ球の拒絶は、宿主への、１つまたはそれ以上の免疫抑制剤、例えばシクロスポリン、タクロリムス、シロリムス、シクロホスファミドなどの共投与によって低減することができる。
Ｔリンパ球、例えば非修飾Ｔリンパ球、またはＣＤ３およびＣＤ２８を発現するか、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインおよびＣＤ２８共刺激ドメインを含むポリペプチドを含むＴリンパ球は、ＣＤ３およびＣＤ２８に対する抗体、例えばビーズに付着した抗体を使用して拡大することができる；例えば、米国特許第５９４８８９３号；同第６５３４０５５号；同第６３５２６９４号；同第６６９２９６４号；同第６８８７４６６号；および同第６９０５６８１号を参照されたい。
修飾免疫細胞、例えば修飾Ｔリンパ球は、必要とされる場合、実質的に全ての修飾免疫細胞の死滅を可能にする「自殺遺伝子」または「安全スイッチ」を含んでもよい。例えば、修飾Ｔリンパ球は、ある特定の実施形態では、ガンシクロビルと接触したときに修飾Ｔリンパ球の死を引き起こす、ＨＳＶチミジンキナーゼ遺伝子（ＨＳＶ－ＴＫ）を含み得る。別の実施形態では、修飾Ｔリンパ球は、誘導性カスパーゼ、例えば誘導性カスパーゼ９（ｉカスパーゼ９）、例えば、カスパーゼ９と特定の低分子医薬を使用した二量体化を可能にするヒトＦＫ５０６結合タンパク質との融合タンパク質を含む。Straathof et al., Blood 105(11):4247-4254 (2005)を参照されたい。
方法または組成物において有用な特定の第２の活性剤としては、限定はされないが、リツキシマブ、オブリメルセン（Ｇｅｎｅｓｅｎｓｅ（登録商標））、レミケード、ドセタキセル、セレコキシブ、メルファラン、デキサメタゾン（Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標））、ステロイド、ゲムシタビン、シスプラチナム、テモゾロミド、エトポシド、シクロホスファミド、テモダール、カルボプラチン、プロカルバジン、ギリアデル、タモキシフェン、トポテカン、メトトレキサート、Ａｒｉｓａ（登録商標）、タキソール、タキソテール、フルオロウラシル、ロイコボリン、イリノテカン、ゼローダ、インターフェロンアルファ、ペグ化インターフェロンアルファ（例えば、ＰＥＧ ＩＮＴＲＯＮ－Ａ）、カペシタビン、シスプラチン、チオテパ、フルダラビン、カルボプラチン、リポソームダウノルビシン、Ａｒａ－Ｃ、ドキセタキソール、パシリタキセル（ｐａｃｉｌｉｔａｘｅｌ）、ビンブラスチン、ＩＬ－２、ＧＭ－ＣＳＦ、ダカルバジン、ビノレルビン、ゾレドロン酸、パルミトロネート（ｐａｌｍｉｔｒｏｎａｔｅ）、ビアキシン、ブスルファン、プレドニゾン、ビスホスホネート、三酸化ヒ素、ビンクリスチン、ドキソルビシン（Ｄｏｘｉｌ（登録商標））、パクリタキセル、ガンシクロビル、アドリアマイシン、エストラムスチンリン酸ナトリウム（Ｅｍｃｙｔ（登録商標））、スリンダク、およびエトポシドが挙げられる。
本明細書で提供される方法のある特定の実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)と組み合わせた第２の活性剤の使用は、当技術分野の医師によって適切であると判断された場合、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)の投与中または直後に変更または遅らせてもよい。ある特定の実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)を単独で、または他の治療と組み合わせて投与される対象は、適切である場合、制吐薬、骨髄増殖因子、および血小板の輸血を含む、支持療法を受けてもよい。一部の実施形態では、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)を投与される対象は、当技術分野の医師の判断に従って第２の活性剤として増殖因子を投与されてもよい。一部の実施形態では、エリスロポエチンまたはダルベポエチン（Ａｒａｎｅｓｐ）と組み合わせた、化合物Ｄ(例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤)の投与が提供される。
一態様では、ゲムシタビン、シスプラチン、５－フルオロウラシル、マイトマイシン、メトトレキサート、ビンブラスチン、ドキソルビシン、カルボプラチン、チオテパ、パクリタキセル、ドセタキセル、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（ペムブロリズマブ）および／またはニボルマブとの化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む、局所進行したまたは転移性の移行上皮性膀胱がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書で提供されるがんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、化合物Ｄの製剤を、以下の通りの第２の活性成分：再発性または進行性の脳腫瘍、または再発性神経芽腫を有する小児患者のためのテモゾロミド；再発性または進行性のＣＮＳがんのためのセレコキシブ、エトポシド、およびシクロホスファミド；再発性または進行性の髄膜腫、悪性髄膜腫、血管周囲細胞腫、多発性脳転移、再発性脳腫瘍、または新たに診断された多形性膠芽腫を有する患者のためのテモダール；再発性膠芽腫を有する患者のためのイリノテカン；脳幹神経膠腫を有する小児患者のためのカルボプラチン；進行性悪性神経膠腫を有する小児患者のためのプロカルバジン；予後不良悪性脳腫瘍、新たに診断されたまたは再発性の多形性膠芽腫を有する患者のためのシクロホスファミド；高悪性度の再発性悪性神経膠腫のためのＧｌｉａｄｅｌ（登録商標）；未分化星状細胞腫のためのテモゾロミドおよびタモキシフェン；または神経膠腫、膠芽腫、未分化星状細胞腫、または退形成乏突起神経膠腫のためのトポテカンと組み合わせて投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される転移性乳がんを、処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、メトトレキサート、シクロホスファミド、カペシタビン、５－フルオロウラシル、タキサン、テムシロリムス、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（注射可能懸濁液用のパクリタキセルタンパク質結合粒子）（アルブミン結合）、ラパチニブ、ハーセプチン、パミドロン酸二ナトリウム、エリブリンメシル酸塩、エベロリムス、ゲムシタビン、パルボシクリブ、イクサベピロン、カドサイラ、ペルツズマブ、チオテパ（ｔｈｅｏｔｅｐａ）、アナストロゾール、ドセタキセル、ドキソルビシン塩酸塩、エピルビシン塩酸塩、トレミフェン、フルベストラント、ゴセレリン酢酸塩、リボシクリブ、酢酸メゲストロール、ビンブラスチン、アロマターゼ阻害剤、例えばレトロゾール、エキセメスタン、選択的エストロゲンモジュレーター、エストロゲン受容体アンタゴニスト、アントラサイクリン、エムタンシン、および／またはペキシダルチニブと共に化合物Ｄの製剤を、転移性乳がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される神経内分泌腫瘍を処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、エベロリムス、アベルマブ、スニチニブ、ネクサバール、ロイコボリン、オキサリプラチン、テモゾロミド、カペシタビン、ベバシズマブ、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、フルオロウラシル（アドルシル、５－フルオロウラシル）、ストレプトゾシン（ザノサー）、ダカルバジン、サンドスタチン、ランレオチド、および／またはパシレオチドの少なくとも１つと共に化合物Ｄの製剤を、神経内分泌腫瘍を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される転移性乳がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、メトトレキサート、ゲムシタビン、シスプラチン、セツキシマブ、５－フルオロウラシル、ブレオマイシン、ドセタキセル、カルボプラチン、ヒドロキシウレア、ペムブロリズマブ、および／またはニボルマブと共に化合物Ｄの製剤を、再発性または転移性頭頸部がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される膵臓がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、ゲムシタビン、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）、５－フルオロウラシル、アフィニトール、イリノテカン、マイトマイシンＣ、スニチニブ、スニチニブリンゴ酸塩、および／またはタルセバと共に化合物Ｄの製剤を、膵臓がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される結腸または直腸がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、ＡＲＩＳＡ（登録商標）、アバスタチン、オキサリプラチン、５－フルオロウラシル、イリノテカン、カペシタビン、セツキシマブ、ラムシルマブ、パニツムマブ、ベバシズマブ、ロイコボリンカルシウム、ロンサーフ、レゴラフェニブ、ｚｉｖ－アフリベルセプト、タキソール、および／またはタキソテールと共に化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される不応性結腸直腸がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、カペシタビンおよび／またはベムラフェニブと共に化合物Ｄの製剤を、不応性結腸直腸がんを有する患者、または一次治療が失敗したか、または結腸または直腸腺癌の結果が悪い患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供する結腸直腸がんを処置、防止、管理、および／または緩和する方法は、フルオロウラシル、ロイコボリン、および／またはイリノテカンと共に化合物Ｄの製剤を、ステージ３およびステージ４を含む、結腸直腸がんを有する患者または転移性結腸直腸がんを以前に処置されている患者に投与する工程を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、カペシタビン、ゼローダ、および／またはイリノテカンと組み合わせて、不応性結腸直腸がんを有する患者に投与される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、不応性結腸直腸がんを有する患者または切除不能か、もしくは転移性の結腸直腸癌を有する患者に、カペシタビンおよびイリノテカンと投与される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、インターフェロンアルファまたはカペシタビンと共に化合物Ｄの製剤を、切除不能か、もしくは転移性の肝細胞癌を有する患者に；またはシスプラチンおよびチオテパと、またはソラフェニブトシル酸塩と共に化合物Ｄの製剤を、原発性または転移性肝臓がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ドキソルビシン、パクリタキセル、ビンブラスチン、ペグ化インターフェロンアルファおよび／または組換えインターフェロンアルファ－２ｂと共に化合物Ｄの製剤を、カポジ肉腫を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブ、三酸化ヒ素、フルダラビン、カルボプラチン、ダウノルビシン、シクロホスファミド、シタラビン、ドキソルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン塩酸塩、チオグアニン、ビンクリスチン、ミドスタウリンおよび／またはトポテカンの少なくとも１つと共に化合物Ｄの製剤を、不応性または再発性または高リスクの急性骨髄性白血病を含む、急性骨髄性白血病を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブ、リポソームダウノルビシン、トポテカンおよび／またはシタラビンの少なくとも１つと共に化合物Ｄの製剤を、好ましくない核型の急性骨髄芽球性白血病を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＩＤＨ２阻害剤と共に化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含み、白血病はＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。例示的なＩＤＨ２阻害剤は、米国特許第９７３２０６２号；同第９７２４３５０号；同第９７３８６２５号；および同第９５７９３２４号；ならびに米国特許出願公開第２０１６－０１５９７７１号および同第２０１６－０１５８２３０Ａ１号に開示される。一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブと共に化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含み、白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、化合物ＤとＩＤＨ２阻害剤の組合せは、急性骨髄性白血病を有する患者において、分化した細胞（ＣＤ３４－／ＣＤ３８）および赤芽球を増加させ、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２ Ｒ１４０Ｑの存在によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、化合物ＤとＩＤＨ２阻害剤の組合せは、急性骨髄性白血病を有する患者において、前駆細胞（ＣＤ３４＋／ＣＤ３８＋）およびＨＳＣを低下させ、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２ Ｒ１４０Ｑの存在によって特徴付けられる。
一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブと共に化合物Ｄを、急性骨髄性白血病を有する患者に投与する工程を含み、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一実施形態では、ＩＤＨ２の変異型アレルは、ＩＤＨ２ Ｒ１４０ＱまたはＲ１７２Ｋである。
一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブと共に化合物Ｄの製剤を、白血病を有する患者に投与する工程を含み、白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一態様では、本明細書で提供される方法は、エナシデニブと共に化合物Ｄの製剤を、急性骨髄性白血病を有する患者に投与する工程を含み、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一実施形態では、ＩＤＨ２の変異型アレルは、ＩＤＨ２ Ｒ１４０ＱまたはＲ１７２Ｋである。
一態様では、本明細書で提供される方法は、６－（６－（トリフルオロメチル）ピリジン－２－イル）－Ｎ２－（２－（トリフルオロメチル）ピリジン－４－イル）－１，３，５－トリアジン－２，４－ジアミン（化合物２）と共に化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含み、白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一態様では、本明細書で提供される方法は、化合物２と共に化合物Ｄを、急性骨髄性白血病を有する患者に投与する工程を含み、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一実施形態では、ＩＤＨ２の変異型アレルは、ＩＤＨ２ Ｒ１４０ＱまたはＲ１７２Ｋである。
一態様では、本明細書で提供される方法は、化合物２と共に化合物Ｄの製剤を、白血病を有する患者に投与する工程を含み、白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一態様では、本明細書で提供される方法は、化合物２と共に化合物Ｄの製剤を、急性骨髄性白血病を有する患者に投与する工程を含み、急性骨髄性白血病は、ＩＤＨ２の変異型アレルの存在によって特徴付けられる。一実施形態では、ＩＤＨ２の変異型アレルは、ＩＤＨ２ Ｒ１４０ＱまたはＲ１７２Ｋである。
一態様では、本明細書で提供される方法は、メトトレキサート、メクロレタミン塩酸塩、アファチニブマレイン酸、ペメトレキセド、ベバシズマブ、カルボプラチン、シスプラチン、セリチニブ、クリゾチニブ、ラムシルマブ、ペムブロリズマブ、ドセタキセル、ビノレルビン酒石酸塩、ゲムシタビン、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）、エルロチニブ、ゲフィチニブ、イリノテカン、エベロリムス、アレクチニブ、ブリガチニブ、ニボルマブ、オシメルチニブ、アテゾリズマブ、ネシツムマブと共に化合物Ｄの製剤を、非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、カルボプラチンおよびイリノテカンと共に化合物Ｄの製剤を、非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ドキセタキソール（ｄｏｘｅｔａｘｏｌ）と共に化合物Ｄの製剤を、以前にカルボ／エトポシドおよび放射線療法によって処置された非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、カルボプラチンおよび／またはタキソテールと共に、またはカルボプラチン、パシリタキセル（ｐａｃｉｌｉｔａｘｅｌ）および／または胸部放射線療法と組み合わせて化合物Ｄの製剤を、非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、タキソテールと共に化合物Ｄの製剤を、ステージＩＩＩＢまたはＩＶの非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、オブリメルセン（Ｇｅｎａｓｅｎｓｅ（登録商標））、メトトレキサート、メクロレタミン塩酸塩、エトポシド、トポテカンおよび／またはドキソルビシンと共に化合物Ｄの製剤を、小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ベネトクラクス、ＡＢＴ－７３７（Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）および／またはオバトクラクス（ＧＸ１５－０７０）と共に化合物Ｄの製剤を、リンパ腫および他の血液がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、第２の活性成分、例えばビンブラスチンまたはフルダラビンアドセトリス、アンボクロリン、ベセナム（ｂｅｃｅｎｕｍ）、ブレオマイシン、ブレンツキシマブベドチン、カルムスチン（ｃａｒｍｕｓｔｉｎｅｍ）クロラムブシル、シクロホスファミド、ダカルバジン、ドキソルビシン、ロムスチン、マチュレーン（ｍａｔｕｌａｎｅ）、メクロレタミン塩酸塩、プレドニゾン、プロカルバジン塩酸塩、ビンクリスチン、メトトレキサート、ネララビン（ｎｅｌａｒａｂｉｎ）、ベリノスタット、ベンダムスチンＨＣｌ、トシツモマブ、およびヨード１３１トシツモマブ、デニロイキンジフチトクス、デキサメタゾン、プララトレキサート、プレリキサホル（ｐｒｅｌｉｘａｆｏｒ）、オビヌツズマブ、イブリツモマブ、チウキセタン（ｔｉｕｘｅｆａｎ）、イブルチニブ（ｉｂｒｉｔｉｎｉｂ）、イデラリシブ（ｉｄｅｌａｓｉｂ）、イントロンＡ、ロミデプシン、レナリドミド、リツキシマブ、および／またはボリノスタットと共に化合物Ｄの製剤を、限定はされないが、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、皮膚Ｂ細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫または再発性もしくは不応性の低悪性度濾胞性リンパ腫を含む、様々な型のリンパ腫を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、タキソテール、ダブラフェニブ、イムリジック、イピリムマブ、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、タリモジーン・ラハーパレプベック、ＩＬ－２、ＩＦＮ、ＧＭ－ＣＳＦ、および／またはダカルバジン、アルデスロイキン、コビメチニブ、ＩｎｔｒｏｎＡ（登録商標）、ペグインターフェロンアルファ－２ｂ、および／またはトラメチニブと共に化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの黒色腫を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ビノレルビンまたはペメトレキセド二ナトリウムと共に化合物Ｄの製剤を、肋膜移植または悪性胸水中皮腫症候群を伴う悪性中皮腫、またはステージＩＩＩＢの非小細胞肺がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される様々な型またはステージの多発性骨髄腫を有する患者を処置する方法は、デキサメタゾン、ゾレドロン酸、パルミトロネート、ＧＭ－ＣＳＦ、バイアキシン、ビンブラスチン、メルファラン、ブスルファン、シクロホスファミド、ＩＦＮ、プレドニゾン、ビスホスホネート、セレコキシブ、三酸化ヒ素、ＰＥＧ ＩＮＴＲＯＮ－Ａ、ビンクリスチン、ベセナム、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ドキソルビシン、パノビノスタット、レナリドミド、ポマリドミド、サリドマイド、モゾビル、カルムスチン、ダラツムマブ、エロツズマブ、イキサゾミブクエン酸エステル、プレリキサホル、またはこれらの組合せと共に、化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞と組み合わせて、様々な型またはステージの多発性骨髄腫を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、組合せ中のＣＡＲ Ｔ細胞は、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）を標的化し、より特定の実施形態では、ＣＡＲ Ｔ細胞は、ｂｂ２１２１またはｂｂ２１２１７である。一部の実施形態では、ＣＡＲ Ｔ細胞は、ＪＣＡＲＨ１２５である。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ドキソルビシン（Ｄｏｘｉｌ（登録商標））、ビンクリスチンおよび／またはデキサメタゾン（Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標））と組み合わせて、再発性または不応性多発性骨髄腫を有する患者に投与される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、タキソール、カルボプラチン、ドキソルビシン、ゲムシタビン、シスプラチン、ゼローダ、パクリタキセル、デキサメタゾン、アバスチン、シクロホスファミド、トポテカン、オラパリブ、チオテパ、メルファラン、ニラパリブトシル酸塩一水和物、ルブラカ（ｒｕｂｒａｃａ）またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの卵巣がん、例えば腹膜癌、漿液性乳頭状癌、不応性卵巣がんまたは再発性卵巣がんを有する患者に投与する工程を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、ゼローダ、５ＦＵ／ＬＶ、ゲムシタビン、イリノテカン＋ゲムシタビン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、デキサメタゾン、ＧＭ－ＣＳＦ、セレコキシブ、タキソテール、ガンシクロビル、パクリタキセル、アドリアマイシン、ドセタキセル、エストラムスチン、Ｅｍｃｙｔ、デンデロン、ザイティガ、ビカルタミド、カバジタキセル、デガレリクス、エンザルタミド、ゾラデックス、ロイプロリド酢酸塩、ミトキサントロン塩酸塩、プレドニゾン、シプロイセル－Ｔ、二塩化ラジウム２２３、またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの前立腺がんを有する患者に投与する工程を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、カペシタビン、ＩＦＮ、タモキシフェン、ＩＬ－２、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）、フルタミド、ゴセレリン酢酸塩、ニルタミド、またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの腎細胞がんを有する患者に投与する工程を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、ＩＦＮ、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、メシル酸イマチニブ、パゾパニブ、塩酸塩、トラベクテジン、エリブリンメシル酸塩、オララツマブ、ＣＯＸ－２阻害剤、例えばセレコキシブ、および／またはスリンダクと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの婦人科がん、子宮がんまたは軟部肉腫を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、セレコキシブ、エトポシド、シクロホスファミド、ドセタキセル、アペシタビン、ＩＦＮ、タモキシフェン、ＩＬ－２、ＧＭ－ＣＳＦ、またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、様々な型またはステージの固形腫瘍を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、セレブレックス、エトポシド、シクロホスファミド、ドセタキセル、アペシタビン、ＩＦＮ、タモキシフェン、ＩＬ－２、ＧＭ－ＣＳＦ、またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、強皮症または皮膚血管炎を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、アザシチジン、シタラビン、ダウノルビシン、デシタビン、イダルビシン、レナリドミド、エナシデニブ、またはこれらの組合せと組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、ＭＤＳを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、化合物Ｄを、血液がんを有する患者に投与する工程を含む。一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、化合物Ｄの製剤を、血液がんを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、スプライソソーム阻害剤、ＢＥＴ阻害剤、ＳＭＧ１阻害剤、ＥＲＫ阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、ＢＨ３模倣物、トポイソメラーゼ阻害剤、およびＲＴＫ阻害剤から選択される１つまたはそれ以上の第２の薬剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、エベロリムス、ＭＬＮ－０１２８およびＡＺＤ８０５５から選択される。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤である。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤は、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）および１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）から選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＬＮ－０１２８と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＺＤ８０５５と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、エベロリムス、ＭＬＮ－０１２８およびＡＺＤ８０５５から選択される。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤である。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤は、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）および１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）から選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オンと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、エベロリムスは、化合物Ｄの投与の前にＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＭＬＮ－０１２８と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＡＺＤ８０５５と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＭＰＮを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。一態様では、ＪＡＫ阻害剤は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤、およびＪＡＫ３阻害剤から選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、トファシチニブ、モメロチニブ、フィルゴチニブ、デセルノチニブ、バルシチニブ（ｂａｒｃｉｔｉｎｉｂ）、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、トファシチニブ、モメロチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、トファシチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、モメロチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フィルゴチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、デセルノチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、バルシチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ルキソリチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フェドラチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＮＳ－０１８と組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、パクリチニブと組み合わせて、ＭＰＮを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＭＰＮは、ＩＬ－３依存性である。ある特定の実施形態では、ＭＰＮは、ＪＡＫ２突然変異、例えばＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異によって特徴付けられる。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、骨髄線維症を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。一態様では、ＪＡＫ阻害剤は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤、およびＪＡＫ３阻害剤から選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、トファシチニブ、モメロチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、トファシチニブと組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、モメロチニブと組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ルキソリチニブと組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フェドラチニブと組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＮＳ－０１８と組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、パクリチニブと組み合わせて、骨髄線維症を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、骨髄線維症は、ＪＡＫ２突然変異、例えばＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異によって特徴付けられる。一部の実施形態では、骨髄線維症は、原発性骨髄線維症である。他の実施形態では、骨髄線維症は、続発性骨髄線維症である。一部のそのような実施形態では、続発性骨髄線維症は、真性赤血球増加症後骨髄線維症である。他の実施形態では、続発性骨髄線維症は、本能性血小板血症後骨髄線維症である。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。一態様では、ＪＡＫ阻害剤は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤、およびＪＡＫ３阻害剤から選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、トファシチニブ、モメロチニブ、フィルゴチニブ、デセルノチニブ、バルシチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、モメロチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、トファシチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、モメロチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フィルゴチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、デセルノチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、バルシチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ルキソリチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フェドラチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＮＳ－０１８と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、パクリチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＭＰＮは、ＪＡＫ２突然変異、例えばＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異によって特徴付けられる。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＪＡＫ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。一態様では、ＪＡＫ阻害剤は、ＪＡＫ１阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤、およびＪＡＫ３阻害剤から選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、トファシチニブ、モメロチニブ、フィルゴチニブ、デセルノチニブ、バルシチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、ＪＡＫ阻害剤は、モメロチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、ＮＳ－０１８およびパクリチニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、トファシチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、モメロチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フィルゴチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、デセルノチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、バルシチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ルキソリチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、フェドラチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＮＳ－０１８と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、パクリチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＭＰＮは、ＪＡＫ２突然変異、例えばＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異によって特徴付けられる。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤は、キザルチニブ、スニチニブ、スニチニブリンゴ酸塩、ミドスタウリン、ペキシダルチニブ、レスタウルチニブ、タンデュチニブ、およびクレノラニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、キザルチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、スニチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ミドスタウリンと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ペキシダルチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、レスタウルチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、タンデュチニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、クレノラニブと組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、患者はＦＬＴ３－ＩＴＤ突然変異を保持する。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＦＬＴ３キナーゼ阻害剤は、キザルチニブ、スニチニブ、スニチニブリンゴ酸塩、ミドスタウリン、ペキシダルチニブ、レスタウルチニブ、タンデュチニブ、キザルチニブおよびクレノラニブから選択される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、キザルチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、スニチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ミドスタウリンと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ペキシダルチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、レスタウルチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、タンデュチニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、クレノラニブと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、患者はＦＬＴ３－ＩＴＤ突然変異を保持する。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、スプライソソーム阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、スプライソソーム阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、スプライソソーム阻害剤は、プラジエノリドＢ、６－デオキシプラジエノリドＤ、またはＨ３Ｂ－８８００である。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＳＭＧ１キナーゼ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＳＭＧ１キナーゼ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。一態様では、本明細書で提供される方法は、ＳＭＧ１キナーゼ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＳＭＧ１キナーゼ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＳＭＧ１阻害剤は、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン、クロロ－Ｎ，Ｎ－ジエチル－５－（（４－（２－（４－（３－メチルウレイド）フェニル）ピリジン－４－イル）ピリミジン－２－イル）アミノ）ベンゼンスルホンアミド（化合物Ｉｉ）、またはA. Gopalsamy et al, Bioorg. Med Chem Lett. 2012, 22:6636-66412に開示される化合物（例えば、クロロ－Ｎ，Ｎ－ジエチル－５－（（４－（２－（４－（３－メチルウレイド）フェニル）ピリジン－４－イル）ピリミジン－２－イル）アミノ）ベンゼンスルホンアミドである。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ＢＣＬ２阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＢＣＬ２阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＢＣＬ２阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ＢＣＬ２阻害剤、例えばベネトクラクスまたはナビトクラクスと組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＢＣＬ２阻害剤は、ベネトクラクスである。
一実施形態では、化合物Ｄを投与する工程を含む、ＢＣＬ２阻害剤による処置に対して難治性であるＡＭＬの処置の方法が本明細書で提供される。一実施形態では、化合物Ｄを投与する工程を含む、ベネトクラクス処置に対して難治性を獲得したＡＭＬの処置の方法が本明細書で提供される。一実施形態では、化合物ＤとＢＣＬ２阻害剤の組合せを投与する工程を含む、ベネトクラクス処置に対して難治性を獲得したＡＭＬの処置の方法が本明細書で提供される。一実施形態では、化合物Ｄとベネトクラクスの組合せを投与する工程を含む、ベネトクラクス処置に対して難治性を獲得したＡＭＬの処置の方法が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、トポイソメラーゼ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、トポイソメラーゼ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、トポイソメラーゼ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、トポイソメラーゼ阻害剤、例えばイリノテカン、トポテカン、カンプトテシン、ラメラリンＤ、エトポシド、テニポシド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ミトキサントロン、アムサクリン、エリプチシン、アウリントリカルボン酸、またはＨＵ－３３１と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、トポイソメラーゼ阻害剤は、トポテカンである。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＢＥＴ阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＢＥＴ阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＢＥＴ阻害剤は、ＧＳＫ５２５７６２Ａ、ＯＴＸ０１５、ＢＭＳ－９８６１５８、ＴＥＮ－０１０、ＣＰＩ－０６１０、ＩＮＣＢ５４３２９、ＢＡＹ１２３８０９７、ＦＴ－１１０１、Ｃ９００１０、ＡＢＢＶ－０７５、ＢＩ ８９４９９９、ＧＳ－５８２９、ＧＳＫ１２１０１５１Ａ（Ｉ－ＢＥＴ－１５１）、ＣＰＩ－２０３、ＲＶＸ ２０８、ＸＤ４６、ＭＳ４３６、ＰＦＩ－１、ＲＶＸ２１３５、ＺＥＮ３３６５、ＸＤ１４、ＡＲＶ－７７１、ＭＺ－１、ＰＬＸ５１１７、４－［２－（シクロプロピルメトキシ）－５－（メタンスルホニル）フェニル］－２－メチルイソキノリン－１（２Ｈ）－オン（化合物Ａ）、ＥＰ１１３１３およびＥＰ１１３３６から選択される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＬＳＤ１阻害剤と組み合わせて、白血病を有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、ＬＳＤ１阻害剤と組み合わせて、ＡＭＬを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、ＬＳＤ１阻害剤は、ＯＲＹ－１００１、ＯＲＹ－２００１、ＩＮＣＢ－５９８７２、ＩＭＧ－７２８９、ＴＡＫ４１８、ＧＳＫ－２８７９５５２、および４－［２－（４－アミノ－ピペリジン－１－イル）－５－（３－フルオロ－４－メトキシ－フェニル）－１－メチル－６－オキソ－１，６－ジヒドロピリミジン－４－イル］－２－フルオロ－ベンゾニトリルまたはその塩（例えばベシル酸塩、化合物Ｂ）から選択される。
一態様では、本明細書で提供される方法は、トリプトリド、レタスピマイシン、アルベスピマイシン、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）、ラパマイシン、ＭＬＮ－０１２８、エベロリムス、ＡＺＤ８０５５、プラジエノリドＢ、トポテカン、チオグアニン、ミトキサントロン、エトポシド、デシタビン、ダウノルビシン、クロファラビン、クラドリビン、６－メルカプトプリン、クロロ－Ｎ，Ｎ－ジエチル－５－（（４－（２－（４－（３－メチルウレイド）フェニル）ピリジン－４－イル）ピリミジン－２－イル）アミノ）ベンゼンスルホンアミド（化合物Ｉｉ）、フェドラチニブ、スニチニブ、ペキシダルチニブ、ミドスタウリン、レスタウルチニブ、モメロチニブ、キザルチニブ、およびクレノラニブと組み合わせて、化合物Ｄを、白血病を有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、トリプトリド、レタスピマイシン、アルベスピマイシン、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）、ラパマイシン、ＭＬＮ－０１２８、エベロリムス、ＡＺＤ８０５５、プラジエノリドＢ、トポテカン、チオグアニン、ミトキサントロン、エトポシド、デシタビン、ダウノルビシン、クロファラビン、クラドリビン、６－メルカプトプリン、クロロ－Ｎ，Ｎ－ジエチル－５－（（４－（２－（４－（３－メチルウレイド）フェニル）ピリジン－４－イル）ピリミジン－２－イル）アミノ）ベンゼンスルホンアミド（化合物Ｉｉ）、フェドラチニブ、スニチニブ、ペキシダルチニブ、ミドスタウリン、レスタウルチニブ、モメロチニブ、キザルチニブ、およびクレノラニブと組み合わせて、化合物Ｄを、ＡＭＬを有する患者に投与する工程を含む。
一態様では、本明細書で提供される方法は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、化合物Ｄを、がんを有する患者に投与する工程を含み、がんは、乳がん、腎臓がん、膵臓がん、胃腸がん、肺がん、神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）、および腎細胞癌（ＲＣＣ）から選択される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、トポイソメラーゼ阻害剤と組み合わせて、がんを有する患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、ｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて、がん患者に投与され、がんは、乳がん、腎臓がん、膵臓がん、胃腸がん、肺がん、神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）、および腎細胞癌から選択される。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、エベロリムス、ＭＬＮ－０１２８およびＡＺＤ８０５５から選択される。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤である。ある特定の実施形態では、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤は、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）および１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）から選択される。一実施形態では、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤は、７－（６－（２－ヒドロキシプロパン－２－イル）ピリジン－３－イル）－１－（（トランス)－４－メトキシシクロヘキシル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－２２３）である。一実施形態では、ｍＴＯＲキナーゼ阻害剤は、１－エチル－７－（２－メチル－６－（１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３－イル）ピリジン－３－イル）－３，４－ジヒドロピラジノ［２，３－ｂ］ピラジン－２（１Ｈ）－オン（ＣＣ－１１５）である。一実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、エベロリムスである。一実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、テムシロリムスである。一実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ＭＬＮ－０１２８である。一実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、ＡＺＤ８０５５である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、乳がん患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、乳がん患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、腎臓がん患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、腎臓がん患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、膵臓がん患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、膵臓がん患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、胃腸がん患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、胃腸がん患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、肺がん患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、肺がん患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、神経内分泌腫瘍患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、神経内分泌腫瘍患者に投与される。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、エベロリムスと組み合わせて、腎細胞癌患者に投与される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、エベロリムスと組み合わせて、腎細胞癌患者に投与される。
また、患者に安全におよび効果的に投与することができる抗がん薬物または抗がん剤の投与量を増加する方法であって、第２の抗がん薬物と組み合わせて、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を、患者（例えばヒト）に投与する工程を含む方法が本明細書に包含される。この方法によって恩恵を受けることができる患者は、皮膚、皮下組織、リンパ節、脳、肺、肝臓、骨、腸、結腸、心臓、膵臓、副腎、腎臓、前立腺、乳房、結腸直腸、またはこれらの組合せの特定のがんを処置するための抗がん薬物と関連する有害効果に苦しむ可能性が高い患者である。化合物Ｄ、例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与は、そうでなければ抗がん薬物の量を制限することになるほど重篤な有害効果を緩和または低減する。
また、患者に安全におよび効果的に投与することができる抗がん薬物または抗がん剤の投与量を減少させる方法であって、第２の抗がん薬物と組み合わせて、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を、患者（例えばヒト）に投与する工程を含む方法が本明細書に包含される。この方法によって恩恵を受けることができる患者は、皮膚、皮下組織、リンパ節、脳、肺、肝臓、骨、腸、結腸、心臓、膵臓、副腎、腎臓、前立腺、乳房、結腸直腸、またはこれらの組合せの特定のがんを処置するための抗がん薬物と関連する有害効果に苦しむ可能性が高い患者である。化合物Ｄ、例えば、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与は、抗がん薬物の活性を増強し、有効性を維持しながら、抗がん薬物の用量の低減を可能にし、次いで抗がん薬物の量を制限することになるほど重篤な有害効果を緩和または低減することができる。
一実施形態では、化合物Ｄは、患者への抗がん薬物の投与と関連する有害効果の発生の前、その間、またはその後に、約０．１～約２０ｍｇ、約１～約１５ｍｇ、約１～約１０ｍｇ、または約１～約１５ｍｇの範囲の量で、毎日投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、限定はされないが、好中球減少もしくは血小板減少などの、抗がん薬物と関連する有害効果を避けるため、ヘパリン、アスピリン、クマジン、またはＧ－ＣＳＦなどの特定の薬剤と組み合わせて投与される。
一実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、限定はされないが、抗がん薬物、抗炎症剤、抗ヒスタミン剤、抗生剤、およびステロイドを含むさらなる活性成分と組み合わせて、望ましくない血管新生と関連するか、またはそれを特徴とする疾患および障害を有する患者に投与される。
別の実施形態では、がんを処置、防止、および／または管理する方法であって、限定はされないが、外科手術、免疫療法、生物学的療法、放射線療法、またはがんを処置、防止、および／または管理するために現在使用される他の非薬物ベースの療法を含む少なくとも１つの抗がん治療と併せて（例えば、その前に、その間に、またはその後に）、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む方法が本明細書に包含される。本明細書で提供される化合物と他の抗がん治療の併用は、ある特定の患者において予想外に有効なユニークな処置レジメンを提供し得る。理論に限定されるものではないが、化合物Ｄは、少なくとも１つの抗がん治療と同時に与えられる場合、相加的または相乗的な効果をもたらす場合があると考えられる。
本明細書の他の箇所で考察されるように、限定はされないが、外科手術、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、生物学的療法および免疫療法を含む他の抗がん治療と関連する有害効果または望ましくない効果を低減、処置、および／または防止する方法が本明細書に包含される。化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤、および他の活性成分は、他の抗がん治療と関連する有害効果の発生の前、その間、またはその後に患者に投与することができる。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、化合物Ｄと共に、カルシウム、カルシトリオール、またはビタミンＤ補給の１つまたはそれ以上の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、化合物Ｄによる処置の前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルにおいて、第１用量の化合物Ｄの投与の前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、化合物Ｄによる処置の少なくとも３日前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルにおいて、第１用量の化合物Ｄの投与の前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルにおいて、第１用量の化合物Ｄの投与の少なくとも３日前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルにおいて、第１用量の化合物Ｄの投与の前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含み、各サイクルにおいて、最終用量の化合物Ｄの投与後まで続く。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルにおいて、第１用量の化合物Ｄの投与の少なくとも３日前に、カルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含み、各サイクルにおいて、最終用量の化合物Ｄの投与の少なくとも３日後まで続く（例えば、化合物Ｄが１～５日目に投与される場合、少なくとも８日目まで）。一実施形態では、本明細書で提供される方法は、各サイクルの１日目の投与の少なくとも３日前にカルシウム、カルシトリオール、およびビタミンＤ補給の投与を含み、各サイクルにおいて、最終用量の化合物Ｄの３日以上後まで続く（例えば、化合物Ｄが１～５日目に投与される場合、８日目以上、化合物Ｄが１～３日目および８～１０日目に投与される場合、１３日目以上）。
ある特定の実施形態では、カルシウム補給は、分割用量で与えられる１日あたり少なくとも１２００ｍｇのカルシウム元素を送達するために投与される。ある特定の実施形態では、カルシウム補給は、経口的（ＰＯ）に、１日３回投与される５００ｍｇの用量で炭酸カルシウムとして投与される。
ある特定の実施形態では、カルシトリオール補給は、１日１回、０．２５μｇのカルシトリオールを送達する（ＰＯ）ために投与される。
ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、１日１回、約５００ＩＵから約５０，０００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、１日１回、約１０００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、毎週、約５０，０００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、１日１回、約１０００ＩＵのビタミンＤ２またはＤ３を送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、１日１回、約５００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、毎週、約５０，０００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、毎週、約２０，０００ＩＵのビタミンＤを送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、１日１回、約１０００ＩＵのビタミンＤ２またはＤ３を送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、毎週、約５０，０００ＩＵのビタミンＤ２またはＤ３を送達するために投与される。ある特定の実施形態では、ビタミンＤ補給は、毎週、約２０，０００ＩＵのビタミンＤ２またはＤ３を送達するために投与される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤およびドキセタキソールは、以前にカルボ／ＶＰ１６および放射線療法によって処置された非小細胞肺がんを有する患者に投与される。
移植治療との使用
化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）のリスクを低減するために使用され得る。したがって、がんを処置、防止および／または管理する方法であって、移植治療と併せて、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む方法が本明細書に包含される。
当業者は、がんの処置が、疾患のステージおよびメカニズムに基づくことが多いことを知っている。例えば、がんのある特定のステージで避けられない白血病性形質転換が発生した場合、末梢血幹細胞、造血幹細胞調製物または骨髄の移植が必要となり得る。化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤と移植治療の併用は、ユニークで、予測できない相乗効果を提供する。特に、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、がんを有する患者において、移植治療と同時に与えられる場合、相加および相乗効果を提供し得る、免疫調節活性を示す。
化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、移植の侵襲的方法およびＧＶＨＤのリスクと関連する合併症を低減する移植治療と組み合わせて機能し得る。がんを処置、防止、および／または管理する方法であって、臍帯血、胎盤血、末梢血幹細胞、造血幹細胞調製物、または骨髄の移植の前、その間、またはその後に、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を、患者（例えばヒト）に投与する工程を含む方法が本明細書に包含される。本明細書で提供される方法での使用に好適な幹細胞の一部の例は、米国特許第７４９８１７１号に開示され、その開示は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、移植の前、その間、またはその後に、急性骨髄性白血病を有する患者に投与される。
一実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、自己末梢血前駆細胞の移植の前、その間、またはその後に、多発性骨髄腫を有する患者に投与される。
一実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、自己末梢血前駆細胞の移植の前、その間、またはその後に、ＮＨＬ（例えばＤＬＢＣＬ）を有する患者に投与される。
サイクリング療法
ある特定の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、処置されるがんによらず、患者に周期的に投与される。サイクリング療法は、一定期間の活性剤の投与と、その後の一定期間の休薬、およびこの一連の投与を繰り返すことを含む。サイクリング療法は、１つまたはそれ以上の療法に対する難治性の発生を低減し、療法のうちの１つの副作用を回避または低減し、および／または処置の有効性を改善することができる。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、約１週間または２週間の休薬期間を含む、４～６週間サイクルで、単回または分割用量で毎日投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、２８日サイクルの、１～１０日間連続して、単回または分割用量で毎日投与され、次いで２８日周期の残りを投与しない休薬期間とする。サイクリング方法は、投与サイクルの頻度、数、および長さの増加をさらに可能にする。したがって、ある特定の実施形態では、単独で投与される場合に典型的であるよりも長いサイクルでの、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与が本明細書に包含される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、第２の活性成分も投与されていない患者において、典型的には用量制限毒性を生じる、より多くのサイクル数で投与される。
一実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、毎日および３から４週間連続して投与され、約０．１～約２０ｍｇ／ｄの用量の化合物Ｄを投与し、続いて１または２週間休止する。
別の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、静脈内に投与され、第２の活性成分は、４～６週間のサイクルの間に、第２の活性成分の３０～６０分前の、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与と共に経口で投与される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤と第２の活性成分の組合せは、サイクルごとに約９０分にわたって静脈内注入によって投与される。ある特定の実施形態では、１サイクルは、３～４週間毎日、約０．１～約１５０ｍｇ／日の化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤、および約５０～約２００ｍｇ／ｍ２／日の第２の活性成分の投与、次いで１または２週間の休薬を含む。ある特定の実施形態では、組合せ処置が患者に投与されるサイクル数は、約１～約２４サイクル、約２～約１６サイクル、または約４～約３サイクルの範囲である。
一実施形態では、本明細書で提供されるサイクリング療法は、５日間までの投与期間、続いて休薬期間を含む処置サイクルで、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を投与する工程を含む。一実施形態では、処置サイクルは、５日間の投与期間、続いて休薬期間を含む。一実施形態では、処置サイクルは、１０日間までの投与期間、続いて休薬期間を含む。一実施形態では、休薬期間は約１０日間から約４０日間までである。一実施形態では、処置サイクルは、１０日間までの投与期間、続いて約１０日間から約４０日間までの休薬期間を含む。一実施形態では、処置サイクルは、１０日間までの投与期間、続いて約２３日間から約３７日間までの休薬期間を含む。一実施形態では、休薬期間は約２３日間から約３７日間までである。一実施形態では、休薬期間は２３日間である。一実施形態では、処置サイクルは、１０日間までの投与期間、続いて２３日間の休薬期間を含む。一実施形態では、休薬期間は３７日間である。一実施形態では、処置サイクルは、１０日間までの投与期間、続いて３７日間の休薬期間を含む。
一実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～５日目に、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～１０日目に、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与を含む。一実施形態では、処置サイクルは、４２日サイクルの１～５日目に、投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、４２日サイクルの１～１０日目に、投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～５日目に、および１５～１９日目に、投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～３日目に、および８～１０日目に投与を含む。
一実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～２１日目に、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤の投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、７日サイクルの１～５日目に、投与を含む。別の実施形態では、処置サイクルは、７日サイクルの１～７日目に投与を含む。
本明細書に記載される任意の処置サイクルは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上のサイクルを繰り返され得る。ある特定の例では、本明細書に記載される処置サイクルは、１～約２４サイクル、約２～約１６サイクル、または約２～約４サイクルを含む。ある特定の例では、本明細書に記載される処置サイクルは、１～約４サイクルを含む。ある特定の実施形態では、サイクル１～４は、全て２８日サイクルである。ある特定の実施形態では、サイクル１は４２日サイクルであり、サイクル２～４は２８日サイクルである。一部の実施形態では、化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、２８日間の１～１３サイクル投与される（例えば約１年）。ある特定の例では、サイクリング療法は、サイクル数に限定されず、療法は、疾患進行まで続けられる。サイクルは、ある特定の例では、多様な本明細書に記載される投与期間および／または休薬期間を含むことができる。
一実施形態では、処置サイクルは、１日あたり１回投与される、約０．３ｍｇ／日、０．６ｍｇ／日、１．２ｍｇ／日、１．８ｍｇ／日、２．４ｍｇ／日、３．６ｍｇ／日、５．４ｍｇ／日、７．２ｍｇ／日、８．１ｍｇ／日、９．０ｍｇ／日、１０．０ｍｇ／日、１０．８ｍｇ／日、または１２．２ｍｇ／日の投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。一実施形態では、処置サイクルは、１日あたり１回投与される、約０．３ｍｇ／日、０．６ｍｇ／日、１．２ｍｇ／日、１．８ｍｇ／日、２．４ｍｇ／日、３．６ｍｇ／日、５．４ｍｇ／日、７．２ｍｇ／日、８．１ｍｇ／日、９．０ｍｇ／日、１０．０ｍｇ／日、１０．８ｍｇ／日、１２．２ｍｇ／日、または２０ｍｇ／日の投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。一実施形態では、処置サイクルは、１日あたり１回投与される、約０．６ｍｇ／日、１．２ｍｇ／日、１．８ｍｇ／日、２．４ｍｇ／日、または３．６ｍｇ／日の投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。一部のそのような実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～３日目に、約０．６ｍｇ、１．２ｍｇ、１．８ｍｇ、２．４ｍｇ、または３．６ｍｇの投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。他の実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．６ｍｇ、１．２ｍｇ、１．８ｍｇ、２．４ｍｇ、または３．６ｍｇの投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。他の実施形態では、処置サイクルは、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．６ｍｇ、１．２ｍｇ、１．８ｍｇ、２．４ｍｇ、３．６ｍｇ、５．４ｍｇ／日、７．２ｍｇ／日、８．１ｍｇ／日、９．０ｍｇ／日、または１０．０ｍｇ／日の投与量で化合物Ｄを投与する工程を含む。
化合物Ｄ、例えば本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、処置サイクル中の全ての投与期間、同じ量で投与され得る。あるいは、一実施形態では、化合物は、投与期間中、異なる用量で投与される。
一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、サイクル中に対象に投与され、サイクルは、２８日サイクルで少なくとも５日間製剤を投与する工程を含む。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、サイクル中の対象に投与され、サイクルは、２８日サイクルの１～５日目に製剤を投与する工程を含む。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目に、約０．５ｍｇ～約１０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。一実施形態では、本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、サイクル中に対象に投与され、サイクルは、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に製剤を投与する工程を含む。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。一実施形態では、製剤は、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．５ｍｇ～約１０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために投与される。
一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルで少なくとも５日間、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．１ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。別の実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．１ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＡＭＬを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。
一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの少なくとも５日間、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．１ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。別の実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．１ｍｇ～約２０ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．１ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、サイクル中に本明細書で提供される化合物Ｄの製剤を対象に投与することにより、ＭＤＳを処置する方法であって、サイクルが、２８日サイクルの１～５日目および１５～１９日目に、約０．５ｍｇ～約５ｍｇの用量で化合物Ｄを送達するために製剤を投与する工程を含む方法が本明細書で提供される。
５．３．遺伝子セットまたはバイオマーカーを検出および定量する方法
ある特定の実施形態では、生体試料からの、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたはバイオマーカーなどの遺伝子セットのＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）レベルを検出および定量する方法が本明細書で提供される。遺伝子セットのｍＲＮＡレベルを検出および定量する方法は、ｍＲＮＡを検出または定量することができる当技術分野で公知の任意の方法、例えばトランスクリプトームプロファイリング、定量的ＲＴ－ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）、リボヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロット等を含む。
任意の好適なアッセイプラットフォームを使用して、試料中のｍＲＮＡの存在を決定することができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルター、ミクロスフェア、スライド、マルチウェルプレート、または光ファイバーの形態であってもよい。アッセイシステムは、ｍＲＮＡに対応する核酸が付着された固形物支持体を有してもよい。固形物支持体は、例えば、プラスチック、ケイ素、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈降物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖類、キャピラリー、フィルム、プレート、またはスライドを含んでもよい。アッセイ構成要素は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして一緒に調製およびパッケージされ得る。
所望であれば、核酸は標識され、標識されたｍＲＮＡの集団を作製することができる。一般に、試料は、当技術分野で周知の方法を使用して標識され得る（例えばＤＮＡリガーゼ、末端転移酵素を使用して、またはＲＮＡ骨格を標識すること等により）。例えば、Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (Wiley & Sons, 3rd ed. 1995)；Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, N.Y., 3rd ed. 2001)を参照されたい。一部の実施形態では、試料は、蛍光標識によって標識される。例示的な蛍光色素としては、限定はされないが、キサンテン色素、フルオレセイン色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６－カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６カルボキシ－２’，４’，７’，４，７－ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６－カルボキシ－４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥ））、ローダミン色素（例えば、ローダミン１１０（Ｒ１１０）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチル－６－カルボキシローダミン（ＴＡＭＰＡ）、６－カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、５－カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６－カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６））、シアニン色素（例えばＣｙ３、Ｃｙ５およびＣｙ７）、Ａｌｅｘａ色素（例えばＡｌｅｘａ－フルオロ－５５５）、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素（例えばヘキスト３３２５８）、フェナントリジン色素（例えばテキサスレッド）、エチジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポリフィリン色素、ポリメチン色素、ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、エオシン色素、テトラメチルローダミン、リサミン、ナプトフルオレセイン等が挙げられる。
ＰＣＲ法の例は、米国特許第６９２７０２４号に見出すことができ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。ＲＴ－ＰＣＲ法の例は、米国特許第７１２２７９９号に見出すことができ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。蛍光インサイチュＰＣＲの方法は、米国特許第７１８６５０７号に記載され、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、ｑＲＴ－ＰＣＲは、ＲＮＡ標的の検出と定量の両方に使用することができる（Bustin et al., Clin. Sci. 2005, 109:365-379）。ｑＲＴ－ＰＣＲによって得られる定量的な結果は、一般に、定性的なデータよりも情報的価値が高い。したがって、一部の実施形態では、ｑＲＴ－ＰＣＲに基づくアッセイは、細胞に基づくアッセイ中にｍＲＮＡレベルを測定するために有用であり得る。ｑＲＴ－ＰＣＲ法はまた、患者の治療をモニターするためにも有用である。ｑＲＴ－ＰＣＲに基づく方法の例は、例えば、米国特許第７１０１６６３号に見出すことができ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００などのｑＲＴ－ＰＣＲの装置が市販され、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙなどの試薬も同様である。例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙは、製造業者の使用説明書に従って使用することができる。これらのキットは、迅速で、信頼性のある、ヒト、マウス、およびラットのｍＲＮＡ転写物の検出ならびに定量のための、あらかじめ作製された遺伝子発現アッセイである。代表的なｑＲＴ－ＰＣＲプログラムは、例えば、５０℃で２分間、９５℃で１０分間、９５℃で１５秒次いで６０℃で１分間を４０サイクルである。
特定の増幅産物の蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値を超える際のサイクル数（ＣＴと呼ばれる）を決定するため、例えば、比較ＣＴ相対的定量計算法（ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ＣＴ ｒｅｌａｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ）を使用した、７５００Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎソフトウェアｖｓ．を使用して、データを解析することができる。この方法を使用して、出力は発現レベルの倍数変化として表される。一部の実施形態では、閾値レベルは、ソフトウェアによって自動的に決定されるように選択することができる。一部の実施形態では、閾値レベルは、ベースラインを超えるが、増幅曲線の指数増殖領域内に入るように十分に低く設定される。
一部の実施形態では、生体試料からの、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたはバイオマーカーなどの遺伝子セットのｃＤＮＡレベルを検出および定量する方法が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、方法は、試料から得られたｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成する工程をさらに含む。当技術分野のｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成する任意の公知の方法が、本明細書で使用され得る。遺伝子セットのｃＤＮＡレベルを検出および定量する方法は、ｃＤＮＡを検出または定量することができる当技術分野で公知の任意の方法、例えばＤＮＡマイクロアレイ、ハイスループットシークエンシング、サザンブロット等を含む。
一部の実施形態では、生体試料からの、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたはバイオマーカーなどの遺伝子セットのタンパク質レベルを検出および定量する方法が本明細書で提供される。遺伝子セットのタンパク質レベルを検出および定量する方法は、タンパク質を検出または定量することができる当技術分野で公知の任意の方法、例えばマススペクトロメトリー、免疫組織化学的分析、フローサイトメトリー、サイトメトリービーズアレイ、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット等を含む。直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ、およびサンドウィッチＥＬＩＳＡを含む、いくつかの型のＥＬＩＳＡが一般に使用される。
５．４．対象および試料
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される様々な方法が、対象または個体（例えば患者）からの試料（例えば生体試料）を使用する。対象は、患者、例えばがん（例えばリンパ腫、ＭＭ、または白血病）を有する患者であり得る。対象は、哺乳動物、例えばヒトであり得る。対象は、男性であっても女性であってもよく、成人、小児、または幼児であってもよい。試料は、がん（例えばリンパ腫、ＭＭ、または白血病）の活動期中の時点で、またはがん（例えばリンパ腫、ＭＭ、または白血病）が不活動である場合に解析され得る。ある特定の実施形態では、対象からの１つより多くの試料を得ることができる。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される試料は、対象からの体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液（例えば全血）、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、カウパー腺液、尿道球腺液、乳糜、粥状液、女性射精液、間質液、リンパ液、月経分泌液、母乳、粘液、胸膜液、膿、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣粘滑液、嘔吐物、水、便、体内液（脳および脊髄周辺の脳脊髄液を含む）、滑液、細胞内液（細胞内の液体）、およびガラス体液（眼球内の液体）が挙げられる。一部の実施形態では、試料は、血液試料である。血液試料は、例えばInnis et al, eds., PCR Protocols (Academic Press, 1990)に記載されるように、従来技術を使用して得ることができる。白血球は、従来技術または市販のキット、例えばＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐキット（Ｓｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ，Ｃａｎａｄａ）を使用して、血液試料から分離することができる。白血球のサブ集団、例えば単核細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、またはリンパ球は、従来技術、例えば磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ，Ａｕｂｕｒｎ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を使用してさらに単離することができる。
一実施形態では、血液試料は、約０．１ｍＬ～約１０．０ｍＬ、約０．２ｍＬ～約７ｍＬ、約０．３ｍＬ～約５ｍＬ、約０．４ｍＬ～約３．５ｍＬ、または約０．５ｍＬ～約３ｍＬである。別の実施形態では、血液試料は、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、約１．０、約１．５、約２．０、約２．５、約３．０、約３．５、約４．０、約４．５、約５．０、約６．０、約７．０、約８．０、約９．０、または約１０．０ｍＬである。
一部の実施形態では、本方法で使用される試料は、生検（例えば腫瘍生検）を含む。生検は、いずれの臓器または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、胸、または他の臓器由来であってもよい。当業者に公知の任意の生検技術、例えば、切開生検、非切開生検、コア針生検、切除生検、摘出生検、または穿刺吸引生検が、対象から試料を単離するために使用され得る。
一実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される試料は、対象が疾患または障害の処置を受ける前に、対象から得られる。別の実施形態では、試料は、対象が疾患または障害の処置を受けている間に、対象から得られる。別の実施形態では、試料は、対象が疾患または障害の処置を受けた後に、対象から得られる。様々な実施形態では、処置は、化合物（例えば以下の５．５節で提供される化合物）を対象に投与する工程を含む。
５．１．細胞の型
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される試料は、複数の細胞、例えばがん（例えばリンパ腫、ＭＭ、または白血病）細胞を含む。そのような細胞は、任意の型の細胞、例えば幹細胞、血液細胞（例えば末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ））、リンパ球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、またはがん細胞を含み得る。
Ｂ細胞（Ｂリンパ球）は、例えば、プラズマＢ細胞、メモリーＢ細胞、Ｂ１細胞、Ｂ２細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および濾胞性Ｂ細胞を含む。Ｂ細胞は、免疫グロブリン（抗体）およびＢ細胞受容体を発現することができる。
特定の細胞集団は、市販の抗体の組合せ（例えばＱｕｅｓｔ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ（Ｓａｎ Ｊｕａｎ Ｃａｐｉｓｔｒａｎｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）またはＤａｋｏ（Ｄｅｎｍａｒｋ）からの抗体）を使用して得ることができる。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法での細胞は、ＰＢＭＣである。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される試料は、疾患組織由来、例えばがん（例えばリンパ腫、ＭＭ、または白血病）を有する個体由来である。
ある特定の実施形態では、細胞系は、化合物の効果を評価する、作用のメカニズムを研究する、またはバイオマーカーの参照レベルを確立する等のための疾患モデルとして使用される。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される細胞は、がん（例えばＡＭＬ）細胞系由来である。ある特定の実施形態では、細胞は、リンパ腫細胞系由来である。他の実施形態では、細胞は、ＭＭ細胞系由来である。他の実施形態では、細胞は、白血病細胞系由来である。一部の実施形態では、白血病細胞系は、ＣＬＬ細胞系である。他の実施形態では、白血病細胞系は、ＡＬＬ細胞系である。さらに他の実施形態では、白血病細胞系は、ＣＭＬ細胞系である。さらに他の実施形態では、白血病細胞系は、ＡＭＬ細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＫＧ－１細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＫＧ－１ａ細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＫＡＳＵＭＩ－１細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＮＢ４細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＭＶ－４－１１細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＭＯＬＭ－１３細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＨＬ－６０細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、Ｕ－９３７細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＯＣＩ－ＡＭＬ２細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＯＣＩ－ＡＭＬ３細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＨＮＴ－３４細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＭＬ－２細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＡＭＬ－１９３細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、Ｆ３６－Ｐ細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＫＡＳＵＭＩ－３細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＭＵＴＺ－８細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＧＤＭ－１細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＳＩＧ－Ｍ５細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＴＦ－１細胞系である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、Ｎｏｍｏ－１細胞系である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＵＴ－７細胞系である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞系は、ＴＨＰ－１細胞系である。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、健康な個体由来の細胞において遺伝子再構成を検出するために有用である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される細胞の数は、単一細胞から約１０９個の細胞の範囲であり得る。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法で使用される細胞の数は、約１×１０４個、約５×１０４個、約１×１０５個、約５×１０５個、約１×１０６個、約５×１０６個、約１×１０７個、約５×１０７個、約１×１０８個、約５×１０８個、または約１×１０９個である。
対象から回収される細胞の数および型は、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学（例えば、組織特異的または細胞マーカー特異的抗体による染色）、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）などの標準的な細胞検出技法を使用して、細胞表面マーカーの変化を測定することによって、光学顕微鏡または共焦点顕微鏡を使用して細胞の形態学を調べることによって、ならびに／またはＰＣＲおよび遺伝子発現プロファイリングなどの本技術分野で周知の技術を使用して遺伝子発現の変化を測定することによって、モニターすることができる。これらの技術は、１つまたはそれ以上の特定のマーカーに陽性である細胞を同定するためにも使用することができる。
ある特定の実施形態では、細胞のサブセットは、本明細書で提供される方法で使用される。細胞の特定の集団を選別および単離する方法は、当技術分野で周知であり、細胞のサイズ、形態学、細胞内もしくは細胞外マーカーに基づき得る。そのような方法としては、限定はされないが、フローサイトメトリー、流動選別、ＦＡＣＳ、磁気細胞選別などのビーズに基づく分離、大きさに基づく分離（例えば、篩、障害物のアレイ、またはフィルター）、微小流体デバイス中での選別、抗体に基づく分離、沈降、アフィニティー吸着、アフィニティー抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション等が挙げられる。ＦＡＣＳは、細胞を含む粒子を、粒子の蛍光特性に基づいて分離するための周知の方法である（Kamarch, Methods Enzymol. 1987, 151:150-165）。個々の粒子中の蛍光性部分のレーザー励起によってわずかな電荷が生じ、正および負の粒子を混合物から電磁的に分離することが可能になる。一実施形態では、細胞表面マーカー特異的な抗体またはリガンドが別個の蛍光標識によって標識される。細胞は、細胞選別装置によって処理され、細胞の使用する抗体に結合する能力に基づいて細胞を分離することが可能となる。ＦＡＣＳによって選別された粒子は、直接９６ウェルまたは３８４ウェルプレートの個々のウェル中へと配置され、分離およびクローニングが容易になる。
一実施形態では、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）またはタンパク質は腫瘍から精製され、遺伝子セットのレベルがｍＲＮＡまたはタンパク質発現解析によって測定される。ある特定の実施形態では、遺伝子セットのレベルは、トランスクリプトームプロファイリング、ｑＲＴ－ＰＣＲ、マイクロアレイ、ハイスループットシークエンシング、または当技術分野で公知の他の類似の方法によって測定される。他の実施形態では、遺伝子セットのレベルは、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、または当技術分野で公知の他の類似の方法によって測定される。
５．５．化合物
本明細書で提供される方法および製剤での使用に好適な化合物は、構造：
Figure 2022553427000006
 を有する化合物Ｄ：２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドまたはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを指す。
化合物Ｄは、本明細書で提供される実施例に記載される方法に従って、またはその開示がその全体を参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第９４９９５１４号に記載されるように調製され得る。化合物は、本明細書の教示に基づいて、当業者に明らかな他の方法に従っても合成され得る。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、固形物である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、水和物である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、溶媒和化合物である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、無水物である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、非晶質である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、結晶体である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる、２０１７年１月６日に出願された米国特許出願公開第２０１７－０１９７９３４号に記載される結晶体形態である。
固形物形態の化合物Ｄは、２０１７年１月６日に出願された米国特許出願公開第２０１７－０１９７９３４号の開示に記載された方法に従って調製され得る。固形物形態は、当業者には明らかな他の方法に従っても調製され得る。
一実施形態では、化合物Ｄは、多形性形態Ａ、形態Ｂ、形態Ｃ、形態Ｄ、形態Ｅまたは２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの非晶質形態である。２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの多形性は、本明細書に簡単に記載される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄは、その開示がその全体を参照によって本明細書に組み込まれる、およびその一部が以下により詳細に記載される、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８に記載されるように、多形性形態を有する。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの形態Ａ
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、化合物Ｄの形態Ａから調製される。
一実施形態では、形態Ａは、化合物Ｄの無水形態である。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、結晶体である。
ある特定の実施形態では、形態Ａは、ある特定の溶媒系、例えば、以下の溶媒：室温でアセトンおよびイソプロパノールと水の溶媒混合物の１つまたはそれ以上を含む溶媒系からの結晶により得られる。ある特定の実施形態では、形態Ａは、エタノール／水（１：１）、アセトンまたはアセトニトリル中、例えば約５０℃の高温で、スラリーから中間固形物形態として得られる。
ある特定の実施形態では、形態Ａは、例えば、粉末Ｘ線回析測定法によって示されるように、実質的に結晶体である。一実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２に示されるように、およそ１１．５、１５．６、１６．６、１７．２、１８．１、１９．０、１９．６、２１．１、２３．２または２４．８°２θの２θ角で、１つまたはそれ以上の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、およそ１５．６、１６．６、１７．２または２４．８°２θの２θ角で１、２、３または４個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、表Ａに記載する１、２、３、４、５、６または７個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、表Ａに記載する１、２、または３個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。
Figure 2022553427000007
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図３に示されるＳＥＭ図を有する。
一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図４に示される代表的なＴＧＡサーモグラムに実質的に相当する熱重量測定（ＴＧＡ）サーモグラフを有する。ある特定の実施形態では、形態Ａは、ＴＧＡ重量減少が観察されない。
一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態Ａは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図５に示されるように実質的に相当するＤＳＣサーモグラムを有する。ある特定の実施形態では、形態Ａは、２２９℃の開始温度および１１８Ｊ／ｇの融解熱による融解事象を含むＤＳＣプロットによって特徴付けられる。
ある特定の実施形態では、形態Ａは、動的水蒸気吸着測定によって特徴付けられる。代表的な動的水蒸気吸着（ＤＶＳ）等温線は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図６に示される。ある特定の実施形態では、相対湿度（「ＲＨ」）が、約０％～約９０％ＲＨに増加する場合、形態Ａは、１．５％ｗ／ｗより少ない、１．２％ｗ／ｗより少ない、または約１．２％ｗ／ｗの吸湿量を示す。ある特定の実施形態では、形態Ａは、２２５℃に設定したオーブン試料プロセッサーを備えたカールフィッシャー（ＫＦ）電量滴定装置で決定されたように、０．１％より少ない水を含む。
ある特定の実施形態では、１Ｈ ＮＭＲによって、形態Ａの著しい分解または残存溶媒は観察されなかった（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図７参照）。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、圧縮時のその安定性プロファイルによって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、形態Ａは安定であり、例えばそのＸＲＰＤパターンは、約１分間の２０００ｐｓｉの圧力の適用時に、幅広い回析ピークで実質的に未変化のままである（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図８参照）。
さらに別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ａは、他の固形物形態、例えば非晶質形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ａの純度は、純度約９５％以上、純度約９６％以上、純度約９７％以上、純度約９８％以上、純度約９８．５％以上、純度約９９％以上、純度約９９．５％以上、または純度約９９．８％以上である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、実質的に純粋である。本明細書における、ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ａは、例えば形態Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅを含む、化合物Ｄを含む他の固形物形態、および／または化合物Ｄを含む非晶質固形物形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、形態Ａは、例えば、以下の形態Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅの１つまたはそれ以上を含む混合物を含む化合物Ｄを含む固形物形態の混合物、および化合物Ｄを含む非晶質固形物形態である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの形態Ｂ
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、化合物Ｄの無水形態Ｂから調製される。
ある特定の実施形態では、形態Ｂは、ある特定の溶媒系、例えば、以下の溶媒：メタノール／水、ＤＭＳＯ／イソプロパノール、ＤＭＳＯ／トルエン、およびＤＭＳＯ／水の１つまたはそれ以上を含む溶媒系からの貧溶媒再結晶により得られる。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、ＴＨＦ／水（１：１）から冷却再結晶によって得られる。
ある特定の実施形態では、形態Ｂは、例えば、粉末Ｘ線回析測定法によって示されるように、結晶体である。一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図９に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図９に示されるように、およそ１５．４、１６．３、１６．７、１７．７、２０．４、２５．６または２７．５°２θの２θ角で１つまたはそれ以上の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、およそ１６．７、２５．６、１５．４または１６．３°２θの２θ角で１、２、３または４個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、表Ｂに記載する１、２、３、４、５、６または７個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、表Ｂに記載する１、２、または３個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。
Figure 2022553427000008
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１０に示されるＳＥＭ図を有する。一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１１に示される代表的なＴＧＡサーモグラムに実質的に相当する熱重量測定（ＴＧＡ）サーモグラフを有する。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、１７０℃以下でＴＧＡ重量減少を示さない。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、１７０～２３０℃の間で０．４％のＴＧＡ重量減少を示す。
一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態Ｂは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１２に示されるように実質的に相当するＤＳＣサーモグラムを有する。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、２１９～２２４℃での融解／再結晶事象および２３１℃のピーク温度での主な融解事象を含むＤＳＣプロットによって特徴付けられる。
ある特定の実施形態では、形態Ｂは、動的水蒸気吸着測定によって特徴付けられる。代表的な動的水蒸気吸着（ＤＶＳ）等温線は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１３に示される。ある特定の実施形態では、相対湿度（「ＲＨ」）が、約０％～約９０％ＲＨに増加する場合、形態Ｂは、約１．４％ｗ／ｗの吸湿量を示す。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、２２５℃に設定したオーブン試料プロセッサーを備えたカールフィッシャー（ＫＦ）電量滴定装置で決定されたように、０．１％より少ない水を含む。
ある特定の実施形態では、１Ｈ ＮＭＲによって、形態Ｂの著しい分解または残存溶媒は示されない（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１４参照）。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、圧縮時のその安定性プロファイルによって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、形態Ｂは安定であり、例えばそのＸＲＰＤパターンは、約１分間の２０００ｐｓｉの圧力の適用時に、幅広い回析ピークで実質的に未変化のままである（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１５参照）。
さらに別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｂは、他の固形物形態、例えば非晶質形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｂの純度は、純度約９５％以上、純度約９６％以上、純度約９７％以上、純度約９８％以上、純度約９８．５％以上、純度約９９％以上、純度約９９．５％以上、または純度約９９．８％以上である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｂは、例えば形態Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅを含む、化合物Ｄを含む他の固形物形態、および／または化合物Ｄを含む非晶質固形物形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、形態Ｂは、例えば、以下の形態Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅの１つまたはそれ以上を含む混合物を含む化合物Ｄを含む固形物形態の混合物、および化合物Ｄを含む非晶質固形物形態である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの形態Ｃ
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、化合物Ｄの無水形態Ｃから調製される。ある特定の実施形態では、形態Ｃは、化合物Ｄの結晶形態のなかで最も熱力学的に安定な無水物である。
ある特定の実施形態では、形態Ｃは、長時間、ある特定の溶媒系、例えば、以下の溶媒：アセトニトリル／水、アセトン、またはエタノール／水の１つまたはそれ以上を含む溶媒系におけるスラリー化合物Ｄにより得られる。
ある特定の態様では、形態Ｃは、少なくとも２４時間、例えば６０～８０℃または７０～７５℃の高温で、アセトン（３０×ｖｏｌ）中で形態Ｂ（１×ｗｔ）をスラリー化し、混合物を室温に冷却することにより得られる。一態様では、スラリー化は、５０～５５ｐｓｉの窒素圧下、７０～７５℃の温度で行われる。一態様では、混合物は、少なくとも６時間にわたり室温に冷却される。
ある特定の態様では、形態Ｃは、例えば、粉末Ｘ線回析測定法によって示されるように、結晶体である。一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１６に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１６に示されるように、およそ７．４、１１．５、１５．８、１６．７、１６．９、１７．７、１８．４、１９．２、１９．５、２１．１、２３．４、２４．７、または２９．９°２θの２θ角で１つまたはそれ以上の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、およそ１６．７、１６．９、１７．７または２４．７°２θの２θ角で１、２、３または４個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、表Ｃに記載する１、２、３、４、５、６または７個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、表Ｃに記載する１、２、または３個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。
Figure 2022553427000009
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１７に示されるＳＥＭ図を有する。一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１８に示される代表的なＴＧＡサーモグラムに実質的に相当する熱重量測定（ＴＧＡ）サーモグラフを有する。ある特定の実施形態では、形態Ｃは、ＴＧＡ重量減少を示さない。
一実施形態では、化合物Ｄの結晶形態Ｃは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図１９に示されるように実質的に相当するＤＳＣサーモグラムを有する。ある特定の実施形態では、形態Ｃは、２３２℃の開始温度および１２６Ｊ／ｇの融解熱による融解事象を含むＤＳＣプロットによって特徴付けられる。
ある特定の実施形態では、形態Ｃは、動的水蒸気吸着測定によって特徴付けられる。代表的な動的水蒸気吸着（ＤＶＳ）等温線は、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２０に示される。ある特定の実施形態では、相対湿度（「ＲＨ」）が、約０％～約９０％ＲＨに増加する場合、形態Ｃは、約０．６％ｗ／ｗの吸湿量を示す。ある特定の実施形態では、形態Ｃは、２２５℃に設定したオーブン試料プロセッサーを備えたカールフィッシャー（ＫＦ）電量滴定装置で決定されたように、０．１％より少ない水を含む。
ある特定の実施形態では、１Ｈ ＮＭＲによって、形態Ｃの著しい分解または残存溶媒は示されない（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２１参照）。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、圧縮時のその安定性プロファイルによって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、形態Ｃは安定であり、例えばそのＸＲＰＤパターンは、約１分間の２０００ｐｓｉの圧力の適用時に、幅広い回析ピークで実質的に未変化のままである（米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２２参照）。
さらに別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｃは、他の固形物形態、例えば非晶質形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｃの純度は、純度約９５％以上、純度約９６％以上、純度約９７％以上、純度約９８％以上、純度約９８．５％以上、純度約９９％以上、純度約９９．５％以上、または純度約９９．８％以上である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｃは、例えば形態Ａ、Ｂ、Ｄ、Ｅを含む、化合物Ｄを含む他の固形物形態、および／または化合物Ｄを含む非晶質固形物形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、形態Ｃは、例えば、以下の形態Ａ、Ｂ、Ｄ、Ｅの１つまたはそれ以上を含む混合物を含む、化合物Ｄを含む固形物形態の混合物、および化合物Ｄを含む非晶質固形物形態である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの形態Ｄ
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、化合物Ｄの形態Ｄから調製される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、ＤＭＳＯ溶媒和化合物である。
ある特定の実施形態では、形態Ｄは、ＤＭＳＯ／メチルイソブチルケトン中の形態Ｂを加熱し、溶液を冷却することにより得られる。
ある特定の態様では、形態Ｄは、例えば、粉末Ｘ線回析測定法によって示されるように、結晶体である。一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２３に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２３に示されるように、およそ１４．１、１４．３、１８．８、１９．１、２３．６または２４．０°２θの２θ角で１つまたはそれ以上の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、およそ１４．１、１４．３、１８．８または１９．１°２θの２θ角で１、２、３または４個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、表Ｄに記載する１、２、３、４、５、６または７個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、表Ｄに記載する１、２、または３個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。
Figure 2022553427000010
一実施形態では、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２４に示される代表的なＴＧＡサーモグラムに実質的に相当する熱重量測定（ＴＧＡ）サーモグラフを有する化合物Ｄの結晶形態が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、形態Ｄは、１４０℃までに約１４．１％のＴＧＡ重量減少を示す。
ある特定の実施形態では、形態Ｄは、ガスクロマトグラフィーによって測定された、約１４．３ｗｔ％のＤＭＳＯを含む。
さらに別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｄは、他の固形物形態、例えば非晶質形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｄの純度は、純度約９５％以上、純度約９６％以上、純度約９７％以上、純度約９８％以上、純度約９８．５％以上、純度約９９％以上、純度約９９．５％以上、または純度約９９．８％以上である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｄは、例えば形態Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅを含む、化合物Ｄを含む他の固形物形態、および／または本明細書で提供される化合物Ｄを含む非晶質固形物形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、形態Ｄは、例えば、以下の形態Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅの１つまたはそれ以上を含む混合物を含む化合物Ｄを含む固形物形態の混合物、および化合物Ｄを含む非晶質固形物形態である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの形態Ｅ
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、化合物Ｄの形態Ｅから調製される。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、ＤＭＳＯ溶媒和化合物である。
ある特定の実施形態では、形態Ｅは、室温で、ＤＭＳＯ／ＭＩＢＫまたはＤＭＳＯ／ＩＰＡまたはＤＭＳＯ／アニソール中の形態Ｃから得られる。
ある特定の実施形態では、形態Ｅは、例えば、粉末Ｘ線回析測定法によって示されるように、結晶体である。一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２５に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２５に示されるように、およそ１０．５、１２．５、１６．１、１７．０、１８．５、２１．２、２１．７、２２．６、２２．９、２３．４、２３．８、２４．１、２５．１または２６．７°２θの２θ角で１つまたはそれ以上の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、およそ１６．１、１７．０、２１．２または２２．９°２θの２θ角で１、２、３または４個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、表Ｅに記載する１、２、３、４、５、６または７個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。別の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、表Ｅに記載する１、２、または３個の特徴的な粉末Ｘ線回析ピークを有する。
Figure 2022553427000011
一実施形態では、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２６に示される代表的なＴＧＡサーモグラムに実質的に相当する熱重量測定（ＴＧＡ）サーモグラフを有する化合物Ｄの結晶形態が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、形態Ｅは、１２０℃までに約１９．４％のＴＧＡ重量減少を示す。ある特定の実施形態では、形態Ｅは、１２０℃と２２０℃の間で２４．９％のさらなる重量減少を示す。
一実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｅは、他の固形物形態、例えば非晶質形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な化合物Ｄの形態Ｅの純度は、純度約９５％以上、純度約９６％以上、純度約９７％以上、純度約９８％以上、純度約９８．５％以上、純度約９９％以上、純度約９９．５％以上、または純度約９９．８％以上である。
ある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、実質的に純粋である。本明細書におけるある特定の実施形態では、化合物Ｄの形態Ｅは、例えば形態Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄを含む、化合物Ｄを含む他の固形物形態、および／または化合物Ｄを含む非晶質固形物形態を実質的に含まない。ある特定の実施形態では、形態Ｅは、例えば、以下の形態Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄの１つまたはそれ以上を含む混合物を含む化合物Ｄを含む固形物形態の混合物、および化合物Ｄを含む非晶質固形物形態である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの非晶質形態
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、非晶質化合物Ｄを含む。
ある特定の実施形態では、ＴＨＦおよび水中で、化合物Ｄを加熱し、溶液を冷却することによって非晶質形態を作製する方法が本明細書で提供される。
一実施形態では、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２７に示されるように、モジュレートしたＤＳＣサーモグラムを有する化合物Ｄの非晶質固形物形態が本明細書で提供される。
一実施形態では、非晶質化合物Ｄは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２８に示されるような、粉末Ｘ線回析パターンを有する。
一実施形態では、非晶質化合物Ｄは、実質的に、米国特許出願公開第２０１９／００３００１８号の図２９に示されるような、１Ｈ ＮＭＲスペクトルを有する。
さらに別の実施形態では、非晶質化合物Ｄは、実質的に純粋である。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な非晶質化合物Ｄは、他の固形物形態、例えば形態Ａ、形態Ｂ、形態Ｃ、形態Ｄまたは形態Ｅを実質的に含まない。ある特定の実施形態では、実質的に純粋な非晶質化合物Ｄの純度は、純度約９５％以上、純度９６％以上、純度９７％以上、純度９８％以上、純度９８．５％以上、純度９９％以上、純度９９．５％以上、または純度９９．８％以上である。
２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの同位体置換体
また、本明細書で提供される２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドの同位体濃縮アナログ（「同位体置換体」）が本明細書で提供される。薬物動態（「ＰＫ」）、薬力学（「ＰＤ」）、および毒性プロファイルを改善する医薬品の同位体濃縮（例えば、重水素化）は、いくつかのクラスの薬物で以前に実証されている。例えば、Lijinsky et. al., Food Cosmet. Toxicol., 20: 393 (1982)；Lijinsky et. al., J. Nat. Cancer Inst., 69: 1127 (1982)；Mangold et. al., Mutation Res. 308: 33 (1994)；Gordon et. al., Drug Metab. Dispos., 15: 589 (1987)；Zello et. al., Metabolism, 43: 487 (1994)；Gately et. al., J. Nucl. Med., 27: 388 (1986)；Wade D, Chem. Biol. Interact. 117: 191 (1999)を参照されたい。
特定の理論に限定されるものではないが、薬物の同位体濃縮を使用して、例えば、（１）不必要な代謝物を低減または除去する、（２）親薬物の半減期を増加する、（３）所望の効果を達成するために必要とされる投与数を減少させる、（４）所望の効果を達成するために必要な投薬１回分の用量を減らす、（５）いずれかが形成される場合、活性代謝物の形成を増加させる、および／または（６）特定の組織における有害な代謝物の産生を減少させ、および／または併用療法が意図されるかに関わらず、併用療法のためのより有効な薬物および／またはより安全な薬物を作製することができる。
その同位体の１つの原子の置換は、化学反応の反応速度に変化をもたらすことが多い。この現象は、動的同位体効果（「ＫＩＥ」）として公知である。例えば、化学反応の律速段階（すなわち最大遷移状態エネルギーを有する段階）中にＣ－Ｈ結合が破壊される場合、その水素の重水素による置換は、反応速度の低下をもたらし、プロセスは遅くなるであろう。この現象は、重水素速度論的同位体効果（「ＤＫＩＥ」）として公知である。（例えば、Foster et al., Adv. Drug Res., vol. 14, pp. 1-36 (1985)；Kushner et al., Can. J. Physiol. Pharmacol., vol. 77, pp. 79-88 (1999)参照）。
ＤＫＩＥの強さは、Ｃ－Ｈ結合が破壊される所与の反応の速度と、重水素により水素が置換されている同じ反応の速度の間の比として表され得る。ＤＫＩＥは、約１（同位体効果なし）から非常に大きな数、例えば５０またはそれ以上までの範囲であり得、重水素により水素が置換される場合、反応が５０倍またはそれ以上遅くなり得ることを意味する。特定の理論に限定されるものではないが、高いＤＫＩＥ値は、一部は、不確定理論の結果である、トンネル効果として公知の現象により得る。トンネル効果は、水素原子の質量が小さいことに起因し、陽子が関与する遷移状態が、必要な活性化エネルギーの非存在下で形成することがあるために生じる。重水素が水素よりも質量が大きいため、統計的に、この現象が起こる可能性はずっと低い。
トリチウム（「Ｔ」）は、水素の放射性同位体であり、研究、融合炉、中性子発生装置および放射性医薬品で使用される。トリチウムは、原子核に２個の中性子を有する水素原子であり、３に近い原子量を有する。環境中には非常に低濃度で自然に発生し、最も一般的には、Ｔ２Ｏとして見出される。トリチウムはゆっくりと崩壊し（半減期＝１２．３年）、ヒトの皮膚の外層に浸透することができない低エネルギーベータ粒子を放出する。内部被曝が、この同位体と関連する主な危険であるが、著しい健康リスクを示すには大量に摂取されなければならない。重水素と比較して、危険なレベルに達する前に、より少量のトリチウムが消費されなければならない。水素のトリチウム（「Ｔ」）による置換は、重水素よりも強い結合をもたらし、数の上ではより大きな同位体効果を与える。
同様に、限定はされないが、炭素の１３Ｃまたは１４Ｃ、硫黄の３３Ｓ、３４Ｓまたは３６Ｓ、窒素の１５Ｎ、および酸素の１７Ｏまたは１８Ｏを含む、他の元素の同位体による置換は、類似の動的同位体効果を提供するであろう。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される化合物は、本明細書で提供される化合物のプロドラッグ（例えば化合物Ｄのプロドラッグ）である。例示的な化合物としては、その開示がその全体を参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１７／０１９７９３３号に開示されるものを含む。
５．６．医薬組成物
一部の実施形態では、本明細書で提供される化合物は、医薬組成物中に製剤化される。一部の実施形態では、化合物Ｄは、化合物Ｄの安定な製剤中で提供される。一実施形態では、化合物Ｄの製剤は、２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）２，２－ジフルオロアセトアミドの固形物形態を含む。一実施形態では、化合物Ｄの製剤は、２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）２，２－ジフルオロアセトアミドの非晶質形態を含む。
ある特定の実施形態では、製剤は、共溶媒または加工助剤としてジメチルスルホキシドによって調製される。ある特定の実施形態では、製剤は、共溶媒または加工助剤としてギ酸によって調製される。ある特定の実施形態では、製剤は、いずれの共溶媒または加工助剤もなしで調製される。
ある特定の実施形態では、製剤は、共溶媒または加工助剤としてジメチルスルホキシドを含む。ある特定の実施形態では、製剤は、共溶媒または加工助剤としてギ酸を含む。ある特定の実施形態では、製剤は、いずれの共溶媒または加工助剤も含まない。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、凍結乾燥製剤である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、薬学的に許容される溶媒中で得られる復元製剤であり、薬学的に許容される溶液を産生する。
製剤Ｉａ
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９２～９８％の量のヒドロキシプロピルβ－シクロデキストリン（ＨＰＢＣＤ）を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９２～９８％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９２～９８％の量のＨＰＢＣＤ、および約１％以下のジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９２～９８％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約１％以下のジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９４～９６％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９４～９６％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９４～９６％の量のＨＰＢＣＤ、および約１％以下のジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９４～９６％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約１％以下のジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、製剤の総重量に対し、約０．０８％～約０．１５％の量の化合物Ｄを含む。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０９％～約０．１５％、約０．１％～約０．１３％、または約０．１１％～約０．１２％である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１１％、０．１２％、０．１３％、または０．１５％である。一実施形態では、製剤中の化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．１２％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．５ｍｇ～約２ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。さらに別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．５ｍｇ～約１．５ｍｇ、約０．７５ｍｇ～約１．２５ｍｇ、または約０．８ｍｇ～約１．１ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約０．７、０．７５、０．７６、０．８、０．９、１．０、１．０５または１．２ｍｇの量で存在する。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約１．０５ｍｇの量で存在する。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、クエン酸バッファーを含む。一態様では、本明細書で提供される製剤中のクエン酸バッファーの量は、製剤の総重量に対し、約３％～約６％である。一態様では、本明細書で提供される製剤中のクエン酸バッファーの量は、製剤の総重量に対し、約３％、３．５％、４％、４．２％、４．５％または５％である。一態様では、本明細書で提供される製剤中のクエン酸バッファーの量は、製剤の総重量に対し、約４．２％である。一態様では、本明細書で提供される製剤中のクエン酸バッファーの量は、２０ｃｃバイアル中に、約３７ｍｇである。
一実施形態では、クエン酸バッファーは、無水クエン酸および無水クエン酸ナトリウムを含む。ある特定の実施形態では、無水クエン酸の量は、製剤の総重量に対し、約１．５％～約３％、約１．７５％～約２．７５％、または約２％～約２．５％である。ある特定の実施形態では、製剤中の無水クエン酸の量は、製剤の総重量に対し、約１．５％、１．７５％、２％、２．１％、または２．５％である。一実施形態では、製剤中の無水クエン酸の量は、製剤の総重量に対し、約２％、２．１％、２．２２％または２．３％である。一実施形態では、製剤中の無水クエン酸の量は、製剤の総重量に対し、約２．１０％である。
さらに別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１６ｍｇ～約２０ｍｇの量の無水クエン酸を含む製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、無水クエン酸の量は、２０ｃｃバイアル中に、約１６、１７、１８、１８．２、１８．４、１８．６、１８．８、１９または２０ｍｇである。一実施形態では、無水クエン酸の量は、２０ｃｃバイアル中に、約１８．６ｍｇである。
ある特定の実施形態では、無水クエン酸ナトリウムの量は、製剤の総重量に対し、約１．５％～約３％、約１．７５％～約２．７５％、または約２％～約２．５％である。ある特定の実施形態では、製剤中の無水クエン酸ナトリウムの量は、製剤の総重量に対し、約１．５％、１．７５％、２％、２．１％、または２．５％である。一実施形態では、製剤中の無水クエン酸ナトリウムの量は、製剤の総重量に対し、約２％、２．０５％、２．０８％または２．１％である。一実施形態では、製剤中の無水クエン酸ナトリウムの量は、製剤の総重量に対し、約２．０８％である。
さらに別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１６ｍｇ～約２０ｍｇの量の無水クエン酸ナトリウムを含む製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、無水クエン酸ナトリウムの量は、２０ｃｃバイアル中に、約１６、１７、１８、１８．２、１８．４、１８．６、１８．８、１９または２０ｍｇである。一実施形態では、無水クエン酸ナトリウムの量は、２０ｃｃバイアル中に、約１８．４ｍｇである。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９４～約９７％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９４．５％、９５％、９５．５％、または９６％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９５％である。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９４～約９７％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９４．５％、９５％、９５．５％、または９６％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９５％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００～９００ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８１０～８８０ｍｇ、８２０～８６０ｍｇ、または８３０～８５０ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８４０ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００～９００ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８１０～８８０ｍｇ、８２０～８６０ｍｇ、または８３０～８５０ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８４０ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８４０ｍｇの量のＫｌｅｐｔｏｓｅ（登録商標）ＨＰＢを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約１．５％以下の量のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、最高０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％または１％の量のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％または１％以下のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、最高約０．１～約１．５％の量のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のジメチルスルホキシドの量は、製剤の総重量に対し、約０．１～約１．３％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のジメチルスルホキシドの量は、製剤の総重量に対し、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％または１％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤は、ジメチルスルホキシドを一切含有しない。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のジメチルスルホキシドの量は、製剤の総重量に対し、約０．４％～０．８％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約４～７ｍｇの量の、ジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約４．５～６．５ｍｇ、または５～６ｍｇの量のジメチルスルホキシドを含む製剤が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、凍結乾燥され、復元時の凍結乾燥製剤は約４～５のｐＨを有する。ある特定の実施形態では、復元時の製剤は、約４．２～４．４のｐＨを有する。一実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９または５のｐＨを有する。
ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２５０～２９０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２６０～２８０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤を含む容器が本明細書で提供される。一態様では、容器は、ガラスバイアルである。一態様では、容器は、２０ｃｃガラスバイアルである。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄおよび薬学的に許容される担体または本明細書に記載される充填剤を含む賦形剤を含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約７ｍｇ以下のジメチルスルホキシドをさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約６ｍｇ以下のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約５ｍｇ以下のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約４ｍｇ以下のジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約３ｍｇ～約７ｍｇ、約４ｍｇ～約６ｍｇ、約４ｍｇ～約５ｍｇ、または約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシドを含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約４、４．５、５、５．３、５．５、５．７、６または６．５ｍｇのジメチルスルホキシドを含む。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９２～９８％の量のＨＰＢＣＤから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、および約９２～９８％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９２～９８％の量のＨＰＢＣＤ、および約１％以下のジメチルスルホキシドから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、約９２～９８％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約１％以下のジメチルスルホキシドから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、薬学的に許容される担体または本明細書に記載されるバッファーおよび充填剤を含む賦形剤、ならびに残留溶媒として約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシドを含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。バッファーおよび充填剤は、本明細書に記載される量で存在し得る。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および本明細書に記載される残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシドを含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に３．８ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および本明細書に記載される残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシドから本質的になる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に３．８ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および本明細書に記載される残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシドからなる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に３．８ｍＬの滅菌水によって復元される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、固形物の総重量に対し、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、固形物の総重量に対し、約９２～９８％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０５～０．２％の量の化合物Ｄ、固形物の総重量に対し、約３％～６％の量のクエン酸バッファー、固形物の総重量に対し、約９２～９８％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤から本質的になる水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシド、および約３．８ｍＬの希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシド、および約３．８ｍＬの希釈剤から本質的になる水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１．０５ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８．６ｍｇの無水クエン酸、１８．４ｍｇの無水クエン酸ナトリウム、８４０ｍｇのＨＰＢＣＤ、および残留溶媒としての約５ｍｇ～約６ｍｇのジメチルスルホキシド、および約３．８ｍＬの希釈剤からなる水性製剤が本明細書で提供される。
製剤Ｉｂ
一実施形態では、約０．０１～０．１５％の量の化合物Ｄ、約９９．１～９９．９９％の量のヒドロキシプロピルβ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０１～０．１５％の量の化合物Ｄ、約９９．１％～９９．９９％の量のヒドロキシプロピルβ－シクロデキストリン、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．１～９９．９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、約９９．１～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．７５～９９．９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、約９９．７５～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、約９９．７５～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．２％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、および約９９．８～９９．９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約９９．８～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約９９．８～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．１２％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．１２％の量の化合物Ｄ、および約９９．８８％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．１～９９．９％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、約９９．１～９９．９％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．７５～９９．９％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、および約９９．８～９９．９％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０８～０．１５％の量の化合物Ｄ、約９９．８～９９．９％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．１２％の量の化合物Ｄ、および約９９．８８％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、製剤の総重量に対し、約０．０８％～約０．１５％の量の化合物Ｄを含む。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０９％～約０．１５％、約０．１％～約０．１３％、または約０．１１％～約０．１２％である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１１％、０．１２％、０．１３％、または０．１５％である。一実施形態では、製剤中の化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．１２％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．５ｍｇ～約２ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。さらに別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．５ｍｇ～約１．５ｍｇ、約０．７５ｍｇ～約１．２５ｍｇ、または約０．８ｍｇ～約１．１ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約０．７、０．７５、０．７６、０．８、０．９、１．０、１．０５または１．２ｍｇの量で存在する。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量で存在する。
一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９７％～約９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９８％～約９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９９．１％、９９．３％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９９．５％である。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約７５０～８５０ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約７９０～８４０ｍｇ、７８０～８３０ｍｇまたは７９０～８１０ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００ｍｇの量のＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９７～約９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９８～約９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９９．１％、９９．３％、９９．５％、９９．７％または９９．９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンの量は、製剤の総重量に対し、約９９．５％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約７５０～８５０ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約７９０～８４０ｍｇ、７８０～８３０ｍｇまたは７９０～８１０ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００ｍｇの量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約８００ｍｇの量のＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約０．５％以下のギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、最高約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％または０．５％の量のギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％または０．５％以下のギ酸を含む。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５～約０．５％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５～約０．１％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％または０．５％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤は、ギ酸を一切含有しない。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％～０．０９％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇ以下の量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、最高約０．２、０ ５、０．７、０．９ｍｇまたは１ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．３～０．９ｍｇ、または０．４～０．８ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量の化合物Ｄおよび約８００ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量の化合物Ｄ、約８００ｍｇの量のＨＰＢＣＤ、および約０．９ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
製剤Ｉｃ
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０１～０．０８％の量の化合物Ｄ、および約９９．４０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０１～０．０８％の量の化合物Ｄ、約９９．４０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤ、および約０．５％以下のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０３～０．０６％の量の化合物Ｄ、および約９９．６０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０１～約０．０８％の化合物Ｄ、約９９．４０～約９９．９９％のヒドロキシプロピルβ－シクロデキストリン、および約０．１～約０．３％のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、製剤の総重量に対し、約０．０２～約０．０６％の量の化合物Ｄを含む。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０３％～約０．０６％、または約０．０４％～約０．０６％である。ある特定の実施形態では、化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０３％、０．０４％、０．０５％、または０．０６％である。一実施形態では、製剤中の化合物Ｄの量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．７５ｍｇ～約１．５ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。さらに別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約０．７５ｍｇ～約１．２５ｍｇの量の化合物Ｄを含む製剤が本明細書で提供される。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約０．７５、０．８、０．９、１．０、１．０５、または１．２ｍｇの量で存在する。一態様では、化合物Ｄは、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量で存在する。
一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９９．４０～約９９．９９％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のＨＰＢＣＤの量は、製剤の総重量に対し、約９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、９９．９５、または９９．９９％である。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１８００～１９００ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１８５０～１９００ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１８７５ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約０．５％以下のギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、最高約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％または０．５％の量のギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％または０．５％以下のギ酸を含む。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５～約０．３％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５～約０．２５％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．０５％、０．０７％、０．０９％、０．１％、０．２％、または０．３％である。一実施形態では、本明細書で提供される製剤は、ギ酸を一切含有しない。一実施形態では、本明細書で提供される製剤中のギ酸の量は、製剤の総重量に対し、約０．１１％～０．３％である。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約４ｍｇ以下の量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、最高約１、１．８、２、２．１、２．５、３、３．５、３．８、３．９、４、４．５、４．９ｍｇまたは５ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１～１．８ｍｇ、２．１～３．８ｍｇ、または３．９～４．９ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量の化合物Ｄ、および約１８７５ｍｇの量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
別の態様では、２０ｃｃバイアル中に、約１ｍｇの量の化合物Ｄ、約１８７５ｍｇの量のＨＰＢＣＤ、および約２．１～３．８ｍｇの量のギ酸を含む製剤が本明細書で提供される。
共溶媒を含まない製剤
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．１５～０．５％の量の化合物Ｄ、約１５％～約３５％の量のクエン酸バッファー、および約９２％～約９８％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、クエン酸バッファーは、無水クエン酸および無水クエン酸ナトリウムを含む。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．２５～０．３０％の量の化合物Ｄ、約３０％～３２％の量のクエン酸バッファー、および約６７％～６９％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．３０～０．３３％の量の化合物Ｄ、約１７％～１８％の量のクエン酸バッファー、および約８０～８５％の量のＨＰＢＣＤを含む製剤が本明細書で提供される。
例示的な製剤
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．７５～９９．９５％の量のＨＰＢＣＤから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．７５～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、製剤の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、および約９９．７５～９９．９５％の量のスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリンから本質的になる製剤が本明細書で提供される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約０．６ｍｇのギ酸を含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約０．６ｍｇのギ酸から本質的になる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約０．６ｍｇのギ酸からなる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約０．６ｍｇのギ酸を含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約０．６ｍｇのギ酸から本質的になる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのスルホブチルエーテル－ベータ－シクロデキストリン、および約０．６ｍｇのギ酸からなる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に４．５ｍＬの滅菌水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８７５ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約２．１～３．８ｍｇのギ酸を含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に１２．５ｍＬの生理食塩水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８７５ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約２．１～３．８ｍｇのギ酸から本質的になる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に１２．５ｍＬの生理食塩水によって復元される。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、１８７５ｍｇのＨＰＢＣＤ、および約２．１～３．８ｍｇのギ酸からなる、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、２０ｃｃバイアル中の製剤は、注射用に１２．５ｍＬの生理食塩水によって復元される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、固形物の総重量に対し、約９９．１～９９．９％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、固形物の総重量に対し、約９９．７５～９９．９５％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０５～０．２５％の量の化合物Ｄ、固形物の総重量に対し、約９９．７５～９９．９５％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤から本質的になる水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、約０．６ｍｇのギ酸および約４．５ｍＬの希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、約０．６ｍｇのギ酸および約４．５ｍＬの希釈剤からなる水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０１～０．０８％の量の化合物Ｄ、および固形物の総重量に対し、約９９．５０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０１～０．０８％の量の化合物Ｄ、および固形物の総重量に対し、約９９．５０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一実施形態では、固形物の総重量に対し、約０．０１～０．０８％の量の化合物Ｄ、および固形物の総重量に対し、約９９．５０～９９．９９％の量のＨＰＢＣＤ、および希釈剤から本質的になる水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、約０．６ｍｇのギ酸および約４．５ｍＬの希釈剤を含む水性製剤が本明細書で提供される。
一態様では、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄ、８００ｍｇのＨＰＢＣＤ、約０．６ｍｇのギ酸および約４．５ｍＬの希釈剤からなる水性製剤が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、凍結乾燥され、復元時の凍結乾燥製剤は約２．５～４のｐＨを有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２．５～３．５のｐＨを有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約３．０～３．６のｐＨを有する。一実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２．５、３、３．２、３．４、３．６、３．８または４のｐＨを有する。一実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２．５、２．８、３、３．２、３．４、３．６、３．８または４のｐＨを有する。
ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２６０～２９０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２８０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約２６０～３７０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約３６０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約３５０～４５０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、復元時の凍結乾燥製剤は、約４１６ｍＯｓｍのオスモル濃度を有する。
ある特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、半生理食塩水（注射用の０．４５％の塩化ナトリウム滅菌溶液）によって復元され、復元時に約２８０～３２０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、半生理食塩水（注射用の０．４５％の塩化ナトリウム滅菌溶液）によって復元され、復元時に３．０～３．２のｐＨおよび約２８０～３２０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。ある特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、４．５ｍＬの半生理食塩水（注射用の０．４５％の塩化ナトリウム滅菌溶液）によって復元され、復元時に３．０～３．２のｐＨおよび約２８０～３２０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、３０分間の静脈内投与用に５０ｍＬの容量まで注入バッグ内で生理食塩水（注射用の０．９％の塩化ナトリウム滅菌溶液）によって希釈される。
ある特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、生理食塩水によって復元され、復元時に約４４０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、５０ｍＬの容量まで生理食塩水によって希釈され、約３１０～３８０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する投与溶液を得る。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、５０ｍＬの容量まで生理食塩水によって希釈され、約３１０～３５５ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する投与溶液を得る。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、５０ｍＬの容量まで生理食塩水によって希釈され、約３１７～３７１ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する投与溶液を得る。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、５０ｍＬの容量まで生理食塩水によって希釈され、約３１７ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する投与溶液を得る。一実施形態では、必要とされる用量の復元溶液は、５０ｍＬの容量まで生理食塩水によって希釈され、約３７１ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有する投与溶液を得る。一実施形態では、投与溶液のオスモル濃度は、３５２ｍＯｓｍ／ｋｇ以下である。一実施形態では、４．８ｍｇの化合物Ｄの用量を有する投与溶液のオスモル濃度は、３５２ｍＯｓｍ／ｋｇである。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される製剤を含む容器が本明細書で提供される。一態様では、容器は、ガラスバイアルである。一態様では、容器は、２０ｃｃガラスバイアルである。
一態様では、本明細書に記載される、１ｍｇの２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミドを提供する量の化合物Ｄおよび充填剤を含む、２０ｃｃバイアル中の製剤が本明細書で提供される。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約５ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約４ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約３ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約２ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約１．５ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約１ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約０．８ｍｇ以下のギ酸をさらに含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約０．４ｍｇ～約１．５ｍｇ、約０．５ｍｇ～約１ｍｇ、または約０．５ｍｇ～約０．９ｍｇのギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、残留溶媒として、約０．４ｍｇ、約０．６ｍｇ、約０．８ｍｇ、約１ｍｇまたは約１．５ｍｇのギ酸を含む。一実施形態では、製剤は、約１．０ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄ～約１．８ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄ、約２．１ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄ～約３．８ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄ、または約３．９ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄ～約４．９ｍｇ／ｍｇの化合物Ｄの量で、残存溶媒としてギ酸を含む。
本明細書で提供される化合物Ｄの製剤は、限定はされないが、本明細書に記載される方法を含む、化合物Ｄを送達するための標準的な治療方法を使用して、それを必要とする患者に投与され得る。一実施形態では、本明細書で提供される製剤は、薬学的に許容される溶媒中で復元され、薬学的に許容される溶液を産生し、溶液が患者に（例えば静脈注射によって）投与される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は凍結乾燥され、凍結乾燥製剤は、投与の前に適切な濃度への、好適な希釈剤による復元に好適である。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、室温で安定である。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、最高約２４ヶ月間、室温で安定である。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、最高約２４ヶ月間、最高約１８ヶ月間、最高約１２ヶ月間、最高約６ヶ月間、最高約３ヶ月間または最高約１ヶ月間室温で安定である。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、最高約１２ヶ月間、最高約６ヶ月間または最高約３ヶ月間、４０℃／７５％ＲＨの加速条件下での保存時に安定である。
本明細書で提供される凍結乾燥製剤は、任意の薬学的に許容される希釈剤を使用して、患者への非経口投与のために復元され得る。そのような希釈剤としては、限定はされないが、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、水中デキストロース５％（Ｄ５Ｗ）、または共溶媒系が挙げられる。任意の量の希釈剤は、注射用の好適な溶液が調製されるように、凍結乾燥製剤を復元するために使用され得る。したがって、希釈剤の量は、凍結乾燥製剤を溶解するのに十分でなければならない。一実施形態では、１～５ｍＬまたは１～４ｍＬの希釈剤が使用され、凍結乾燥製剤を復元し、最終濃度約０．０５～０．３ｍｇ／ｍＬまたは約０．１５～０．２５ｍｇ／ｍＬの化合物Ｄを産生する。ある特定の実施形態では、復元溶液中の化合物Ｄの最終濃度は、約０．２５ｍｇ／ｍＬである。ある特定の実施形態では、復元溶液中の化合物Ｄの最終濃度は、約０．２０ｍｇ／ｍＬである。ある特定の実施形態では、復元希釈剤の容量は、３ｍｌと５ｍｌの間で変動し、最終濃度０．１５～０．３ｍｇ／ｍＬを産生する。ある特定の実施形態では、必要とされる用量により、複数のバイアルが復元のために使用され得る。
凍結乾燥製剤の復元溶液は、最高約２４時間、約１２時間または約８時間以内に保存および使用され得る。一実施形態では、復元水性溶液は、復元時に、約１～２４、２～２０、２～１５、２～１０時間、室温で安定である。一実施形態では、復元水溶液は、復元時に、最高約２０、１５、１２、１０、８、６、４または２時間室温で安定である。一部の実施形態では、溶液は、調製の８時間以内に使用される。一部の実施形態では、溶液は、調製の５時間以内に使用される。一部の実施形態では、溶液は、調製の１時間以内に使用される。
製剤を作製する方法
本明細書で提供される製剤は、当技術分野で公知のおよび本明細書に記載される任意の方法によって調製され得るが、全ての方法は、活性成分を薬学的に許容される賦形剤と合わせる工程を含み、それは、１つまたはそれ以上の必要な成分（例えば充填剤および／またはバッファー）を構成する。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、水およびジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）中に化合物Ｄ、充填剤、およびクエン酸バッファーを溶解して、溶液を得る、および適宜溶液を凍結乾燥する工程によって調製される。
一実施形態では、製剤を調製する方法は、クエン酸バッファー中にＨＰＢＣＤを溶解してバッファー溶液を得る工程、ＤＭＳＯ中に化合物Ｄを溶解してプレミックスを得る工程、バッファー溶液にプレミックスを添加して溶液を得る工程、および適宜溶液を凍結乾燥して凍結乾燥製剤を産生する工程を含む。
一実施形態では、方法は、２０ｍＭ、ｐＨ４～４．５のクエン酸バッファー中にＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを溶解してバッファー溶液を得る工程、ＤＭＳＯ中に化合物Ｄを溶解して有効なプレミックスを得る工程、プレミックスをバッファー溶液に添加して混合物を得る工程、水を混合物に添加してバルク溶液を得る工程、バルク溶液を１つまたはそれ以上の０．４５μｍフィルターおよび０．２２μｍフィルターを通して濾過して濾過溶液を得る工程、濾過溶液をバイアルに充填する工程、および溶液を凍結乾燥する工程を含む。一実施形態では、溶液は、１つの０．４５μｍフィルターおよび２つの０．２２μｍフィルターを通して濾過される。一実施形態では、方法は、２０ｍＭ、ｐＨ４．３のクエン酸バッファー中にＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを溶解してバッファー溶液を得る工程、ＤＭＳＯ中に化合物Ｄを溶解して有効なプレミックスを得る工程、プレミックスをバッファー溶液に添加して混合物を得る工程、水を混合物に添加してバルク溶液を得る工程、バルク溶液を１つの０．４５μｍフィルターおよび２つの０．２２μｍフィルターを通して濾過して濾過溶液を得る工程、濾過溶液を２０ｃｃガラスバイアルに充填する工程、および適宜溶液を凍結乾燥する工程を含む。一実施形態では、バイアルは、凍結乾燥後に窒素下で密封される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、ギ酸中に化合物Ｄを溶解してプレミックスを得る工程、水中にＨＰＢＣＤを溶解して溶液を得る工程、溶液にプレミックスを添加して薬物溶液を得る工程、および適宜薬物溶液を凍結乾燥して凍結乾燥製剤を産生する工程によって調製される。
一態様では、本明細書で提供される製剤は、ギ酸中に化合物Ｄを溶解して有効なプレミックスを得る工程、水中にＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを溶解してＫｌｅｐｔｏｓｅ溶液を得る工程、Ｋｌｅｐｔｏｓｅ溶液にプレミックスを添加して混合物を得る工程、混合物に水を添加してバルク溶液を得る工程、バルク溶液を１つまたはそれ以上の０．４５μｍフィルターおよび０．２２μｍフィルターに通して濾過して濾過溶液を得る工程、濾過溶液をバイアルに充填する工程、および溶液を凍結乾燥する工程によって調製される。一実施形態では、溶液は、１つの０．４５μｍフィルターおよび２つの０．２２μｍフィルターを通して濾過される。一実施形態では、方法は、ギ酸中に化合物Ｄを溶解して有効なプレミックスを得る工程、水中にＫｌｅｐｔｏｓｅ ＨＰＢを溶解してＫｌｅｐｔｏｓｅ溶液を得る工程、Ｋｌｅｐｔｏｓｅ溶液にプレミックスを添加して混合物を得る工程、混合物に水を添加してバルク溶液を得る工程、バルク溶液を１つの０．４５μｍフィルターおよび２つの０．２２μｍフィルターに通して濾過して濾過溶液を得る工程、濾過溶液を２０ｃｃガラスバイアルに充填する工程、および溶液を凍結乾燥する工程を含む。一実施形態では、バイアルは、凍結乾燥後に窒素下で密封される。
一態様では、凍結乾燥方法は、３つのステージ：凍結、一次乾燥、および二次乾燥を含む。液体製剤は、凍結ステージによる完全凝固、一次乾燥による氷および溶媒の昇華、および二次乾燥による残留湿気および溶媒の脱離を通して、凍結乾燥粉末形態へと変換される。一次乾燥および二次乾燥の棚温度およびチャンバー圧が調節され、所望の品質の最終薬物製品を得る。方法の一態様では、固まりの出現および構造が目視検査によって特徴付けられた。
５．７．キット
一態様では、処置化合物に対して応答性である可能性が高いがんを有する対象を同定するためのキットであって、処置化合物によって処置された試料中の遺伝子シグネチャー（例えばＬＳＣシグネチャー）のレベルを決定するための手段を含み、処置化合物が、化合物Ｄを含む、上記の節５．５に記載される化合物である、キットが本明細書で提供される。
別の態様では、がんを処置するためのキットであって、処置化合物によって処置された試料中の遺伝子シグネチャー（例えばＬＳＣシグネチャー）のレベルを決定するための手段を含み、処置化合物が、化合物Ｄを含む、上記の節５．５に記載される化合物である、キットが本明細書で提供される。
さらに別の態様では、対象でのがんの処置における処置化合物の有効性をモニターするためのキットであって、処置化合物によって処置された試料中の遺伝子シグネチャー（例えばＬＳＣシグネチャー）のレベルを決定するための手段を含み、処置化合物が、化合物Ｄを含む、上記の節５．５に記載される化合物である、キットが本明細書で提供される。
本明細書で提供される様々なキットのある特定の実施形態では、処置化合物は、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、互変異性体、薬学的に許容される塩、溶媒和化合物、同位体置換体、プロドラッグ、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である。
ある特定の実施形態では、がんは、血液がんである。一実施形態では、血液がんは、リンパ腫である。別の実施形態では、血液がんは、白血病である。さらに別の実施形態では、血液がんは、ＭＭである。ある特定の実施形態では、白血病は、ＡＬＬである。別の特定の実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。さらに別の特定の実施形態では、白血病は、ＣＬＬである。さらに別の実施形態では、白血病は、ＣＭＬである。一部の実施形態では、ＡＭＬは、再発される。ある特定の実施形態では、ＡＭＬは、不応性である。他の実施形態では、ＡＭＬは、従来の治療に難治性である。
さらに他の実施形態では、がんは、ＬＳＣシグネチャーのレベルの増加によって特徴付けられる。さらに他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーである。一実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加によって特徴付けられる、がんを処置するためのキットが本明細書で提供される。一実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加によって特徴付けられる、白血病を処置するためのキットが本明細書で提供される。別の実施形態では、処置化合物による本明細書に記載されるＬＳＣシグネチャーのレベルの増加によって特徴付けられるＡＭＬを処置するためのキットが本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６からなる群から選択される２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１４個、１６個、または全ての遺伝子を含む。特定の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６を含む、ＬＳＣ１７シグネチャーである。一部の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、本明細書で提供されるＬＳＣ４またはＬＳＣ４シグネチャー、すなわち、以下の４個の遺伝子：ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２を含む遺伝子シグネチャーである。他の実施形態では、ＬＳＣシグネチャーは、本明細書で提供されるＬＳＣ３またはＬＳＣ３シグネチャー、すなわち、以下の３個の遺伝子：ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２を含む遺伝子シグネチャーである。
ある特定の実施形態では、試料中のＬＳＣシグネチャーのレベルは、ＬＳＣシグネチャーの参照レベルよりも、約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、または約１００倍高い。
本明細書で提供される様々なキットのある特定の実施形態では、試料は、腫瘍生検、結節生検、または骨髄、脾臓、肝臓、脳、または乳房からの生検から得られる。
ある特定の実施形態では、遺伝子シグネチャーの１つまたはそれ以上の遺伝子のｍＲＮＡレベルを検出するためのキットが本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、キットは、遺伝子シグネチャーの１つまたはそれ以上の遺伝子のｍＲＮＡに特異的に結合する１つまたはそれ以上のプローブを含む。ある特定の実施形態では、キットは、洗浄溶液をさらに含む。ある特定の実施形態では、キットは、ハイブリダイゼーションアッセイ、ｍＲＮＡ単離または精製手段、検出手段、ならびに陽性対照および陰性対照を実施するための試薬をさらに含む。ある特定の実施形態では、キットは、キットを使用するための使用説明書をさらに含む。キットは、在宅での使用、臨床使用、または研究使用のために合わせることができる。
ある特定の実施形態では、遺伝子シグネチャーの１つまたはそれ以上の遺伝子のタンパク質レベルを検出するためのキットが本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体によってコートされたディップスティック、洗浄溶液、アッセイを実施するための試薬、タンパク質単離または精製手段、検出手段、ならびに陽性対照および陰性対照を含む。ある特定の実施形態では、キットは、キットを使用するための使用説明書をさらに含む。キットは、在宅での使用、臨床使用、または研究使用のために合わせることができる。
そのようなキットは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルター、ミクロスフェア、スライド、マルチウェルプレート、または光ファイバーを用いることができる。キットの固形物支持体は、例えば、プラスチック、ケイ素、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈降物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖類、キャピラリー、フィルム、プレート、またはスライドであってもよい。生体試料は、例えば、細胞培養、細胞系、組織、臓器、オルガネラ、生体液、血液試料、尿試料、または皮膚試料であってもよい。
別の実施形態では、キットは、固形物支持体、ｍＲＮＡの少なくとも２０、５０、１００、２００、３５０、またはそれ以上の塩基と相補的である、支持体に付着した核酸、および生体試料におけるｍＲＮＡの発現を検出するための手段を含む。
特定の実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器中に、化合物またはその医薬組成物を含み、１つまたはそれ以上の容器中に、ＲＮＡを単離する構成要素をさらに含む。別の特定の実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器中に、化合物または医薬組成物を含み、１つまたはそれ以上の容器中に、ＲＴ－ＰＣＲ、ｑＲＴ－ＰＣＲ、ディープシークエンシング、またはマイクロアレイを実施するための構成要素をさらに含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるキットは、ｑＲＴ－ＰＣＲ、マイクロアレイ、フローサイトメトリー、または免疫蛍光法によって、バイオマーカーの発現を検出するための手段を用いる。他の実施形態では、バイオマーカーの発現は、ＥＬＩＳＡベースの方法論または当技術分野で公知の他の類似の方法によって測定される。
別の特定の実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器中に、化合物またはその医薬組成物を含み、１つまたはそれ以上の容器中に、タンパク質を単離する構成要素をさらに含む。別の特定の実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器中に、化合物または医薬組成物を含み、１つまたはそれ以上の容器中に、フローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを実施するための構成要素をさらに含む。
別の態様では、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセット（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、またはそれ以上の遺伝子）の１つまたはそれ以上の遺伝子産物の存在量を測定するために必要な材料を供給する遺伝子シグネチャーのレベルを決定するためのキットが本明細書で提供される。そのようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を測定するために必要とされる材料および試薬を含み得る。一部の実施形態では、そのようなキットは、マイクロアレイを含み、マイクロアレイは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの１つまたはそれ以上の遺伝子産物、またはそれらの任意の組合せにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドおよび／またはＤＮＡおよび／またはＲＮＡ断片を含む。一部の実施形態では、そのようなキットは、遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの、ＲＮＡ産物またはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーのいずれか、または両方のＰＣＲのためのプライマーを含み得る。一部の実施形態では、そのようなキットは、ＰＣＲのためのプライマーおよびｑＰＣＲのためのプローブを含み得る。一部の実施形態では、そのようなキットは、複数のプライマーおよび複数のプローブを含んでもよく、プローブの一部は、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの複数の遺伝子産物を同時に測定することを可能にするために異なるフルオロフォアを有する。一部の実施形態では、そのようなキットはＲＮＡからｃＤＮＡを作製するための材料および試薬をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、そのようなキットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットのタンパク質産物に特異的な抗体を含んでもよい。そのようなキットは、生体試料からＲＮＡおよび／またはタンパク質を単離するための材料および試薬をさらに含んでもよい。さらに、そのようなキットは、生体試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための材料および試薬を含んでもよい。一部の実施形態では、そのようなキットは、患者が化合物に対して臨床的に感受性であるかどうか予測するためのコンピューター読み取り可能媒体に埋め込まれたコンピュータープログラム製品を含んでもよい。一部の実施形態では、キットは、使用説明書と共に、コンピューター読み取り可能媒体に埋め込まれたコンピュータープログラム製品を含んでもよい。
一部の実施形態では、そのようなキットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの１つまたはそれ以上の核酸産物の発現を測定する。この実施形態に従って、キットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの特定の核酸産物の発現を測定するために必要である材料および試薬を含んでもよい。例えば、マイクロアレイまたはＲＴ－ＰＣＲキットは、特定の条件のために産生され、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーまたは遺伝子シグネチャーのサブセットの特定のＲＮＡ転写産物のレベルを測定するために必要な試薬および材料のみを含有し、患者の血液がんが化合物に対して臨床的に感受性であるかどうか予測することができる。あるいは、一部の実施形態では、キットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャー以外の遺伝子の特定の核酸産物の発現を測定するために必要な材料および試薬を含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、キットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャー以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料、さらに本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な材料および試薬を含む。他の実施形態では、キットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、またはそれ以上の遺伝子、および本明細書で提供される遺伝子シグネチャーにはない１個、２個、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、３００、３５０、４００、４５０、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料を含有する。ある特定の実施形態では、キットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの少なくとも１個、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれ以上の遺伝子、および本明細書で提供される遺伝子シグネチャーにはない１～１０個、１～１００個、１～１５０個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、１～５００個、１～１０００個、２５～１００個、２５～２００個、２５～３００個、２５～４００個、２５～５００個、２５～１０００個、１００～１５０個、１００～２００個、１００～３００個、１００～４００個、１００～５００個、１００～１０００個または５００～１０００個の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料を含有する。
核酸マイクロアレイキットに関して、キットは、一般に、固形物支持体表面に付着したプローブを含む。そのような一実施形態では、プローブは、オリゴヌクレオチドまたは１５０ヌクレオチド～８００ヌクレオチド長の範囲のプローブを含む長いプローブのいずれかであり得る。プローブは、検出可能な標識で標識されてもよい。特定の実施形態では、プローブは、本明細書で提供されるバイオマーカーの１つまたはそれ以上の遺伝子産物に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイを実施するための使用説明書およびアッセイの実施から生じるデータを解釈および解析するための方法を含んでもよい。特定の実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性であるかどうか予測するための使用説明書を含む。キットは、ハイブリダイゼーション試薬および／またはプローブが標的核酸配列にハイブリダイズすると産生されるシグナルを検出するために必要な試薬も含んでもよい。一般に、マイクロアレイキットのための材料および試薬は、１つまたはそれ以上の容器内である。キットの各構成要素は、一般に、それ自体の好適な容器内である。
ある特定の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーのもの以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料、さらに本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、またはそれ以上の遺伝子、またはこれらの組合せの発現レベルを測定するために必要な材料および試薬を含む。他の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、またはそれ以上の遺伝子、またはこれらの任意の組合せ、および本明細書で提供される遺伝子シグネチャーではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料を含有する。別の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本明細書で提供される遺伝子シグネチャーの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、またはそれ以上の遺伝子、またはこれらの任意の組合せ、および本明細書で提供される遺伝子シグネチャーではない１～１０個、１～１００個、１～１５０個、１～２００個、１～３００個、１～４００個、１～５００個、１～１０００個、２５～１００個、２５～２００個、２５～３００個、２５～４００個、２５～５００個、２５～１０００個、１００～１５０個、１００～２００個、１００～３００個、１００～４００個、１００～５００個、１００～１０００個、または５００～１０００個の遺伝子の発現レベルを測定するために必要な試薬および材料を含有する。
定量的ＰＣＲに関して、キットは、一般に、特定の核酸配列に特異的な前もって選択したプライマーを含む。定量的ＰＣＲキットは、核酸を増幅するために好適な酵素（例えば、Ｔａｑポリメラーゼなどのポリメラーゼ）、デオキシヌクレオチド、および増幅反応に必要なバッファーも含んでもよい。定量的ＰＣＲキットは、状態と関連するか、または状態を示唆する核酸配列に特異的なプローブも含んでもよい。プローブは、フルオロフォアによって標識されてもされなくてもよい。プローブは、クエンチャー分子によって標識されてもされなくてもよい。一部の実施形態では、定量的ＰＣＲキットは、酵素（例えばＡＭＶ、ＭＭＬＶ等の逆転写酵素）およびデオキシヌクレオチドに沿った逆転写のためのプライマー、ならびに逆転写反応に必要なバッファーを含む、ＲＮＡの逆転写に好適な構成要素も含んでもよい。定量的ＰＣＲキットの各構成要素は、一般に、それ自体の好適な容器内である。したがって、これらのキットは、一般に、各個々の試薬、酵素、プライマーおよびプローブに好適な別々の容器を含む。さらに、定量的ＰＣＲキットは、反応を実施するための使用説明書および反応の実施から生じるデータを解釈および解析するための方法を含んでもよい。特定の実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性であるかどうか予測するための使用説明書を含む。
抗体ベースのキットに関して、キットは、例えば：（１）目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に結合する一次抗体（固形物支持体に付着していてもしていなくてもよい）、および適宜（２）一次抗体またはペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質のいずれかに結合し、検出可能な標識（例えば蛍光標識、放射性同位体、または酵素）にコンジュゲートされる、異なる二次抗体を含み得る。特定の実施形態では、目的のペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質は、状態（例えば疾患）と関連するか、または状態（例えば疾患）を示唆する。抗体ベースのキットは、免疫沈降を実行するためのビーズも含んでもよい。抗体ベースのキットの各構成要素は、一般に、それ自体の好適な容器内である。したがって、これらのキットは、一般に、各抗体および試薬に好適な別々の容器を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイを実施するための使用説明書およびアッセイの実施から生じるデータを解釈および解析するための方法を含んでもよい。特定の実施形態では、キットは、患者の血液がんが、化合物に対して臨床的に感受性であるかどうか予測するための使用説明書を含有する。
一実施形態では、本明細書で提供されるキットは、本明細書で提供される化合物、またはその薬学的に許容される塩、溶媒和化合物、立体異性体、同位体置換体、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接対、または多形態を含む。キットは、限定はされないが、本明細書に開示されるものを含む、追加の活性剤をさらに含んでもよい。
本明細書で提供されるキットは、活性成分を投与するために使用される装置をさらに含んでもよい。そのような装置の例としては、限定はされないが、シリンジ、ドリップバッグ、パッチ、および吸入器が挙げられる。
キットは、移植のための細胞または血液、ならびに１つまたはそれ以上の活性成分を投与するために使用され得る薬学的に許容されるビヒクルをさらに含んでもよい。例えば、活性成分が非経口投与用に復元されなければならない固形物形態で提供される場合、キットは、活性成分が溶解され、非経口投与に好適である微粒子を含まない滅菌溶液を形成することができる好適なビヒクルの密封容器を含むことができる。薬学的に許容されるビヒクルの例としては、限定はされないが、注射ＵＳＰ用の水；水性ビヒクル（例えば、限定はされないが、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、デキストロース注射液、デキストロースおよび塩化ナトリウム注射液、および乳酸加リンゲル液）；水混和性ビヒクル（例えば、限定はされないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコール）；および非水溶性ビヒクル（例えば、限定はされないが、トウモロコシ油、綿実油、ピーナツ油、ごま油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、および安息香酸ベンジル）が挙げられる。
本明細書で提供される方法およびキットのある特定の実施形態では、固相支持体は、タンパク質を精製する、試料を標識する、または固相アッセイを実施するために使用される。本明細書に開示される方法を実行するために好適な固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、管、マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル、および電極が挙げられる。固相が微粒子材料（例えばビーズ）である場合、一実施形態では、それは、マルチウェルプレートのウェルに分配され、固相支持体の平行処理を可能にする。
上記に列挙した実施形態の任意の組合せが、例えば、１つまたはそれ以上の試薬、例えば、限定はされないが、核酸プライマー、固形物支持体等に関して、本明細書で提供される様々な方法および／またはキットのいずれかと関連しても考えられることに注意されたい。
本発明のある特定の実施形態は、以下の非限定的な例によって例証される。
以下の実施例は、別に詳細に記載されるものを除いて、当業者に周知であり、日常的である標準技術を使用して実施される。実施例は、単に例示であると意図される。
６．１．白血病幹細胞シグネチャースコア
６．１．１．ＬＳＣ１７スコア
機能的白血病幹細胞集団を使用する１７遺伝子スコア（ＬＳＣ１７スコア）は、Ng et al.（Ng SW et al. Nature. 2016;540(7633): 433-37）によってこれまでに報告され、これは、ＬＳＣ１７スコアが、ＡＭＬにおけるリスクおよび転帰の迅速な決定について高度に予後予測的であると示した。より詳しくは、高ＬＳＣ１７スコアは、初期療法抵抗性と関連していた。高ＬＳＣ１７スコアを有する患者は、同種異系幹細胞移植を含む現在の処置では転帰不良であった。したがって、ＬＳＣ１７スコアは、臨床医にNg et alによる標準療法から恩恵を受けないＡＭＬ患者を同定するツールを提供した。以下の実施例に記載されるように、本開示は、幾分かは、このＬＳＣ１７スコアと化合物Ｄ処置に対する応答性の間の特定の相関という驚くべき知見に基づく。
ＬＳＣ１７スコアの作成および説明は、以下の段落においてより詳細に提供される。
７８人のＡＭＬ患者から得られた８３の細胞試料を、ＣＤ３４およびＣＤ３８の発現に基づいて画分に選別した。各画分におけるＬＳＣ活性を、ＮＯＤ．Ｐｒｋｄｃｓｃｉｄ．Ｉｌ２ｒｇｎｕｌｌ（ＮＳＧ）マウスへの異種移植によって評価した。機能的に定義された１３８のＬＳＣ＋および８９のＬＳＣ－画分の各々を、遺伝子発現（ＧＥ）分析に供した。ＬＳＣ＋およびＬＳＣ－画分のＧＥプロファイルを比較することによって、差次的に発現される遺伝子のリストを得た；１０４の遺伝子が、≧２倍の発現レベルの相違を示した（Ｐ＜０．０１）。ＬＳＣ＋参照プロファイルは、ＬＳＣ＋画分におけるこれら１０４の遺伝子の平均発現レベルとして定義した。
広範囲のＡＭＬ患者サブタイプにわたる臨床転帰と関連する幹細胞性のコア転写成分を抽出するために、４９５人の患者の大きなデータセットを調べ（Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｏｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）受託ＧＳＥ６８９１（Verhaak, R. G. et al. Haematologica 94, 131-134 (2009)）、これでは、１０４のＤＥ ＬＳＣ遺伝子のうち８９が捕らえられた。８９のＬＳＣ遺伝子の中で、ＬＳＣ＋画分において４３の遺伝子がより高度に発現された。
最小絶対収縮および選択演算子（ＬＡＳＳＯ）に基づいて統計的回帰アルゴリズムを適用して（Friedman, J., et al. J. Stat. Softw. 33, 1-22 (2010); Simon, N., et al. Stat. Softw. 39, 1-13 (2011)）、８９のＬＳＣ遺伝子の完全リストまたはＬＳＣ＋画分においてより高度に発現された４３遺伝子のサブセットのいずれかを使用して、このトレーニングコホートにおいてＧＥを患者生存と関連付けた。
後者のサブセットの分析によって、最適な１７遺伝子シグネチャー（ＬＳＣ１７スコア）が得られ、これは、表２および以下のアルゴリズムにおいて示される１７遺伝子の発現の重み合計として各患者について算出できた：ＬＳＣ１７シグネチャースコア＝（ＤＮＭＴ３Ｂ×０．０８７４）＋（ＺＢＴＢ４６×－０．０３４７）＋（ＮＹＮＲＩＮ×０．００８６５）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２×－０．０１３８）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂ×０．００５８２）＋（ＭＭＲＮ１×０．０２５８）＋（ＤＰＹＳＬ３×０．０２８４）＋（ＫＩＡＡ０１２５×０．０１９６）＋（ＣＤＫ６×－０．０７０４）＋（ＣＰＸＭ１×－０．０２５８）＋（ＳＯＣＳ２×０．０２７１）＋（ＳＭＩＭ２４×－０．０２２６）＋（ＥＭＰ１×０．０１４６）＋（ＮＧＦＲＡＰ１×０．０４６５）＋（ＣＤ３４×０．０３３８）＋（ＡＫＲ１Ｃ３×－０．０４０２）＋（ＧＰＲ５６×０．０５０１）
トレーニングコホートにおける中央値を超える、および下回るスコアは、それぞれ有害なおよび好都合な細胞遺伝学的リスクと関連していたので、閾値中央値を使用して、スコアを高および低群に離散化した。
Figure 2022553427000012
ＬＳＣ１７スコアを算出するために、患者の末梢血から白血病細胞を集めることができる。ＲＮＡ－Ｓｅｑを患者細胞で実施して、遺伝子発現プロファイルを特徴付けることができる。ＲＮＡ－Ｓｅｑと並行して、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ分析において患者試料から抽出されたＲＮＡを評価して、ＬＳＣ１７スコアを決定できる。ある特定の実施形態では、閾値中央値よりも高かったＬＳＣ１７スコアを有する患者試料は、高ＬＳＣ１７スコアの群に分類されるのに対して、閾値中央値よりも低いＬＳＣ１７スコアを有する患者試料は、低ＬＳＣ１７スコアの群に分類される。
６．２．変動する白血病幹細胞シグネチャースコアを有する原発性急性骨髄性白血病試料に対する化合物Ｄの有効性
以下は、
ｉ）インビトロおよびインビボ法を使用して一次患者由来ＡＭＬ試料に由来する前臨床モデルで化合物Ｄの有効性および作用機序を評価する、
ｉｉ）化合物Ｄ有効性とのＬＳＣ１７スコア相関を評価する、および
ｉｉｉ）二次生着モデルによって白血病幹細胞（ＬＳＣ）対正常造血幹細胞（ＨＳＣ）に対する差次的効果を評価する
ために使用できるアッセイの例である。
６．２．１．材料および方法
６．２．１．１．試験動物
この研究において使用したＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスは、投薬の開始時に２０グラムの平均体重を有する１０週齢の雌であった。
６．２．１．２．細胞系／細胞培養
全ての試料を、有効性研究において使用する前にＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおいて生着能力について試験した。
ＡＭＬ細胞のインビトロアッセイのために使用される材料は、１５％ ＢＩＴならびに１００ｎｇ／ｍＬの幹細胞因子、２０ｎｇ／ｍＬのインターロイキン（ＩＬ）－６、２０ｎｇ／ｍＬの顆粒細胞コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－３、１００ｎｇ／ｍＬのｆｍｓ様チロシンキナーゼ（Ｆｌｔ ３）リガンド（各々、Ａｍｇｅｎ、米国によって提供される）、２０ｎｇ／ｍＬの顆粒細胞－単球コロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、米国）および５０ｎｇ／ｍＬのトロンボポエチン（Ｋｉｒｉｎ Ｂｒｅｗｅｒｙ、日本）を含む増殖因子を補給したＸ－ＶＩＶＯ １０培地を含んでいた。
ＡＭＬ－コロニー形成単位（ＣＦＵ）アッセイのために、１５％ウシ胎児血清（ＦＣＳ）、１５％の予備試験したヒト血漿、５０μＭのβメルカプトエタノールならびに１００ｎｇ／ｍＬの幹細胞因子、１００ｎｇ／ｍＬのＦｌｔ－３リガンド、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－６、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ－ＣＳＦ、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－３および３Ｕ／ｍＬのエリスロポエチン（Ａｍｇｅｎ、米国）の濃度のサイトカインを含有する０．９％メチルセルロース半固体培養を使用した。
６．２．１．３．アッセイ材料および試薬
アネキシンＶ－ＰＥアポトーシス検出キット（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、米国）を使用して、アポトーシスを評価した。
以下のマウス抗ヒト抗体を使用して、ＡＭＬの異種移植モデル（特に断りのない限り全てＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国製）において化合物Ｄの有効性を評価した：マウス抗ヒトＣＤ４５－ＡＰＣ、ＣＤ３３－ＰＣ５．５（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、米国）、ＣＤ１９－Ｖ４５０、ＣＤ１４－ＰＥ、ＣＤ１５－ＦＩＴＣ、ＣＤ３４ ＡＰＣ－Ｃｙ７およびＣＤ３８ ＰＥ Ｃｙ７。分析において、ヨウ化プロピジウム（ＢＤ、米国）を使用して、死細胞を同定した。
６．２．２．実験研究デザイン
この研究では、Ｐｒｉｎｃｅｓｓ Ｍａｒｇａｒｅｔ Ｌｅｕｋｅｍｉａ Ｂａｎｋで患者の末梢血から白血病細胞を集め、フィコール勾配遠心分離に供して、生存可能な凍結保存のために単核細胞を得た。全ての試料は、研究において使用する前にＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおける生着能力について試験した。ＧＳＰＴ１分解およびアポトーシスに対する化合物Ｄの効果を評価するための短期間インビトロ懸濁培養（４および２４時間）のために、コロニー形成性前駆細胞に対する化合物Ｄの効果を評価するためのＡＭＬ－ＣＦＵアッセイのために、およびＡＭＬに対する化合物Ｄのインビボ効果を評価するためのＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスへの異種移植片移植のために、急性骨髄性白血病細胞を使用した。投薬を完了すると、全ての動物を、最後の化合物Ｄ用量の翌日に予定したとおりに安楽死させ、ヒト特異的抗体を使用するフローサイトメトリー分析のために、注入された右大腿骨および注入されていない左大腿骨から骨髄を採取して、生着を評価した。二次移植も実施し、限界希釈アッセイ（ＬＤＡ）を用いて、化合物Ｄが自己再生能を有する白血病幹細胞を標的としたか否かを調べた。
６．２．３．試験手順
６．２．３．１．化合物ＤおよびアポトーシスアッセイによるＧ１～Ｓ期移行タンパク質１（ＧＳＰＴ１）のインビトロ分解
試験物質保存溶液および希釈物の調製：化合物Ｄを無水ＤＭＳＯで調製して、１Ｍ保存溶液を作製し、次いで、３、３０および１００ｎＭの最終濃度にさらに希釈した。
細胞培養：ＡＭＬ細胞のインビトロアッセイのために使用される材料は、１５％ ＢＩＴならびに１００ｎｇ／ｍＬの幹細胞因子、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－６、２０ｎｇ／ｍＬのＧ－ＣＳＦ、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－３、１００ｎｇ／ｍＬのＦｌｔ ３リガンド（各々、Ａｍｇｅｎ、米国によって提供される）、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ－ＣＳＦ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、米国）および５０ｎｇ／ｍＬのトロンボポエチン（Ｋｉｒｉｎ Ｂｒｅｗｅｒｙ、日本）を含む増殖因子を補給したＸ－ＶＩＶＯ １０培地を含んでいた。
アッセイ手順：ＤＭＳＯまたは化合物Ｄと共に４および２４時間のインビトロ培養後、細胞をＧＳＰＴ１発現およびアポトーシスのために回収した。ＧＳＰＴ１のレベルを、蛍光強度中央値（ＭＦＩ）を使用するフローサイトメトリーによって分析し、ＤＭＳＯ対照に対して正規化した。アポトーシスもまた、フローサイトメトリーによって分析し、切断されたカスパーゼ３／７について陽性であった細胞のパーセンテージとして測定した。
６．２．３．２．急性骨髄性白血病－コロニー形成単位アッセイ
試験物質保存溶液および希釈物の調製：化合物Ｄを以下に記載されるとおりに調製した。
細胞培養：急性骨髄性白血病細胞を、１５％ ＦＣＳ、１５％の予備試験したヒト血漿、５０μＭのβ－メルカプトエタノール、ならびに１００ｎｇ／ｍＬの幹細胞因子、１００ｎｇ／ｍＬのＦｌｔ－３リガンド、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－６、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ－ＣＳＦ、２０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－３および３Ｕ／ｍＬのエリスロポエチン（Ａｍｇｅｎ、米国）の濃度のサイトカインを含有する０．９％メチルセルロース中でプレーティングした。急性骨髄性白血病細胞を、懸濁およびＣＦＵアッセイの間、ＤＭＳＯまたは化合物Ｄ（以下に記載されるとおりに調製された）と共に培養した。
アッセイ手順：ＡＭＬ培養物を、ＤＭＳＯまたは化合物Ｄと共に１２～１４日間３７℃でインキュベートした後、プレートに、ＡＭＬ－ＣＦＵの存在についてのスコアを割り当てた（＞５０細胞として定義されたＣＦＵ）。
６．２．３．３．異種移植アッセイ
投薬のための試験物質の調製：インビボ化合物Ｄ投薬のために、化合物Ｄを、以下のプロトコールに従って各用量の直前に製剤化した。
製剤化：５％ ＮＭＰ／４５％ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）４００／５０％生理食塩水；ＮＭＰ－カタログ番号６９１１８（新規番号Ｍ７９６０３－１Ｌ）、Ｆｌｕｋａ；ＰＥＧ４００－カタログ番号８１１７２－１Ｌ、Ｆｌｕｋａ；生理食塩水－０．９％塩化ナトリウム。
調製：所望の量の化合物をガラスバイアル中に秤量する。ＮＭＰを添加し、ボルテックス処理する。全化合物が湿潤していることを確認する。ＰＥＧ４００を添加し、微粒子を含まない透明な溶液までボルテックス処理する。生理食塩水をゆっくりと添加し、ディスポーザブルチップを備えたハンドヘルドホモジナイザーを用いて約１分間完全に混合する。化合物は、経時的に製剤中で安定ではないので直ちに使用する。
化合物投与：化合物Ｄは、腹腔内経路によって投薬される。ビヒクルおよび化合物Ｄは、１日に２回（ＢＩＤ）の投薬のために２．５ｍＬ／ｋｇの容量で投薬される。（１日に１回［ＱＤ］の投薬を試験する場合には、５ｍＬ／ｋｇの投与容量を使用する）。用量間で３時間離れた１日に２回のプロトコールを推奨する。化合物は経時的に製剤中で安定ではないので、投与毎に新たに調製すること。最大濃度Ｃｍａｘが臨床的に適切でないと考えられるため、５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤの用量レベルを超えるべきではない。
大腿内移植：移植の１日前に、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスを、亜致死的照射（２７５ｃＧｙ）と、それに続く抗ＣＤ１２２抗体（２００μｇ／マウス）を用いる注入によってプレコンディショニングして、残存する宿主ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を枯渇させた。移植の当日に、生存可能に凍結されたＡＭＬバルク細胞（節６．２．１．２を参照されたい）を解凍し、計数し、３０μＬのリン酸緩衝食塩水の総容量中、５×１０６個細胞／マウスの用量でプレコンディショニングしたマウス中に大腿内に移植した。
処置およびアッセイ手順：ＡＭＬ移植後２１日目に、マウスを無作為に群化し、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄまたはビヒクル（５％ Ｎ－メチル－２－ピロリドン［ＮＭＰ］／４５％ポリエチレングリコール［ＰＥＧ］４００／５０％生理食塩水）のいずれかを用い、５０μＬの投与容量で腹膜内に１日２回、４週間投薬した。全ての動物を、予定された終了で安楽死させ（最後の処置の１日後）、骨髄を右大腿骨（注入された骨髄）および左大腿骨ならびに左および右脛骨（注入されていない骨髄）から採取した。注入されたまたは注入されていない骨髄から単離された細胞を、フローサイトメトリーによって分析して、ＡＭＬ生着を評価し、将来の二次生着分析のために生存可能に凍結した。
注入されたまたは注入されていない骨髄から回収された細胞を、節６．２．１．３において示されたとおりにマウス抗ヒト抗体を用いて染色した。染色後、洗浄された細胞をＬＳＲＩＩフローサイトメーター（ＢＤ、米国）で流し、各試料について１０，０００～２０，０００事象を収集した。収集されたデータをＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ、米国）によって分析して、ヒトＣＤ４５＋ＣＤ３３＋細胞のパーセンテージによって決定された、種々の組織におけるＡＭＬ生着レベルを評価した。
正常臍帯血実験を、上記のように記載されたものと同様であるが、正常臍帯血から単離されたＣＤ３４＋細胞を使用して実施した。２人または３人の正常ドナーをまとめて、ＣＢ１およびＣＢ２と呼ばれるＣＢ生着の各々について十分な細胞を生成した。
二次異種移植限界希釈アッセイ：化合物Ｄが、白血病進行、療法抵抗性および再発の一因となると考えられる、自己再生能を有する白血病幹細胞を標的としたか否かを決定するために、ＬＤＡを使用して二次移植を実施した。一次マウスの総白血病移植片におけるＬＳＣの未知頻度を定義するように限界希釈アッセイを設計する。二次移植におけるＬＤＡ分析は、一次マウスにおいて化合物Ｄが自己再生能を有するＬＳＣを標的とするか否かの定量的決定を可能にする。このために、二次移植のために複数の細胞用量を使用して、陽性応答（高細胞用量で生着されたマウス）および陰性応答（最低細胞用量で生着されていないマウス）の両方を達成した。各処置群のための４つの異なるＡＭＬ細胞用量（１００万、５００，０００、５０，０００および２０００個細胞／マウス）を使用し、細胞用量あたり５匹のマウス、各ＡＭＬ移植片試料に対して合計４０匹のマウスを用いた。侵襲性と考えられた任意の試料については、より低い細胞用量を用いてＬＤＡを実施した。ＬＳＣの頻度は、Ｗａｌｔｅｒ ａｎｄ Ｅｌｉｚａ Ｈａｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＷＥＨＩ）バイオインフォマティクス極限希釈分析（ＥＬＤＡ）ソフトウェア（ｂｉｏｉｎｆ．ｗｅｈｉ．ｅｄｕ．ａｕ）を使用して分析した。
二次移植のために、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスに亜致死的に照射し（２７５ｃＧｙ）、抗ＣＤ１２２抗体（２００μｇ／マウス）を用いて前処置して、残存する宿主ナチュラルキラー細胞を枯渇させた。移植の当日に、ビヒクル処置または化合物Ｄ処置された一次マウスから回収された生存可能に凍結された細胞を解凍し、計数し、マウス細胞を枯渇させ（マウス細胞枯渇キット、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、米国）、上記の制限用量で前処置した二次マウス中に大腿内移植した。ＬＤＡを用いない二次移植のために、解凍した細胞は、移植の前にマウス細胞を枯渇しなかった。二次移植の１２週間後、マウスを安楽死させ、骨髄を採取し、分析した。
６．２．３．４．データ分析
注入された大腿骨および注入されていない大腿骨ならびに脛骨におけるＡＭＬ細胞の生着を、フローサイトメトリーによって分析した。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを用いてグラフおよび統計分析を作成した。統計的有意性は、一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）と、次いでテューキーの多重比較事後検定を使用して評価された。
６．２．４．急性骨髄性白血病細胞におけるインビトロＧＳＰＴ１分解に対する化合物Ｄの効果
１０の一次ＡＭＬ患者試料をインビトロで試験して、一次ＡＭＬ細胞が化合物Ｄに対して感受性であるか否かおよび化合物Ｄに対する感度が、ＡＭＬ試料の間で変わるか否かを調べた。化合物ＤはＧＳＰＴ１分解によって細胞生存力を阻害するので、ＡＭＬ細胞におけるＧＳＰＴ１のレベルをまず調べた。化合物Ｄは、対照と比較して早くも処置後４時間にはＧＳＰＴ１レベルを低減し、ＧＳＰＴ１レベルは、２４時間でも低いままであった（図１Ａ～１Ｂ）。ＧＳＰＴ１レベルの低減に対する化合物Ｄの効果は、濃度依存性であった。しかし、最高化合物Ｄ濃度（１００ｎＭ）であっても、ＧＳＰＴ１分解のレベルはＡＭＬ試料の間で変動した。化合物Ｄを用いてインビトロで処置されたＡＭＬ試料を、上記のＬＳＣ１７スコアに基づいて群化した。驚くべきことに、結果は、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料が、低ＬＳＣ１７スコアを有する試料と比較して有意に高いＧＳＰＴ１分解を有していたことを示す（図１Ｃ）。
アポトーシスによる白血病細胞成長の化合物Ｄ阻害を、フローサイトメトリーによって評価した。急性骨髄性白血病細胞を、化合物Ｄと共に２４時間培養した。３つの別個の試料からのアポトーシスの代表的なフローサイトメトリー分析が、図２Ａに示されている。アポトーシスは、４時間では全ての試料について観察されなかったが、２４時間では、試験された１０の試料のうち３つにおいて化合物Ｄによるアポトーシスの誘導が、濃度依存的に観察された（図２Ｂ）。ＧＳＰＴ１分解データと一致して、化合物Ｄは、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料において、低ＬＳＣ１７スコアを有する試料と比較してより高いレベルでアポトーシスを誘導した（図２Ｂ）。また、アポトーシスと一致して、細胞計数は、ほとんどの試料について、化合物Ｄは、濃度が増大するにつれて、細胞数を低減したということを示した（図２Ｃ）。より高いＬＳＣ１７スコアを有する試料から得た細胞は、より低いＬＳＣ１７スコアを有する試料よりも、対照と比較して細胞数のより大きな低減を有していた（図２Ｃ）。
コロニー形成性アッセイも実施して、一次白血病細胞がまた化合物Ｄに対して感受性であったか否かを決定した。試験した１０試料の中で。７つの試料がコロニーを形成し、７つの試料全てが、化合物Ｄ濃度が増大した場合にコロニー形成を低減した（図３）。７つの試料のうち、３つは、高ＬＳＣ１７スコアを有し、３つの他の試料は、低ＬＳＣ１７スコアを有していた。化合物Ｄは、低ＬＳＣ１７試料を有する試料よりも高ＬＳＣ１７スコアを有する試料のコロニー形成を多く低減した（図３）。
まとめると、これらのデータは、化合物Ｄは、白血病芽細胞およびコロニー形成性一次細胞に対して阻害効果を有することを示す。ＧＳＰＴ１分解の程度、アポトーシス誘導のレベル、芽細胞数およびコロニー形成能の低減によって評価されるように、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料は、低スコアを有する試料よりも化合物Ｄに対してより応答性であった。
６．２．５．急性骨髄性白血病細胞に対する効果の評価のための化合物Ｄの用量を決定するためのインビボ研究
ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおいて一次ＡＭＬ移植片を標的とするために使用できる潜在的投与量を決定するために、パイロット研究をまず実施した。２つのＡＭＬ患者試料（ＡＭＬ１１０５００およびＡＭＬ９０１９１）を、合計４つの異なる用量／スケジュール群について１．２５または２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄで、１日１回（ＱＤ）または１日２回（ＢＩＤ）腹膜内に試験した（図４）。亜致死的照射および抗ＣＤ１２２抗体を用いる前処置後、患者から事前に採取され、生存可能に凍結されたＡＭＬ細胞を用いてＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスに大腿内移植した。マウスに、２１日目に出発して移植後２週間化合物Ｄを投薬した。図４（上部左パネル）に示されるように、化合物Ｄは、患者試料ＡＭＬ１１０５００細胞のＡＭＬ移植片を、ビヒクル対照に対して用量依存的に低減した。２．５ｍｇ／ｋｇ ＱＤおよびＢＩＤの化合物Ｄで、注入された右大腿骨（ＲＦ）および注入されていない骨髄（ＢＭ）両方において急性骨髄性リンパ腫移植片は有意に減少し、ＡＭＬ移植片における最高低減は、２．５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤでであった。ＣＤ３４＋について陽性の原始白血病細胞も、２．５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤの化合物Ｄを受け取っているマウスにおけるＲＦおよびＢＭの両方において化合物Ｄによって最も減少した（図４、中央左）。２．５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤの化合物Ｄが投薬されたマウスのＲＦおよびＢＭの両方において、骨髄性細胞マーカーＣＤ１５で陽性の細胞のパーセンテージも上昇した（図４、下部左）。注目すべきことに、患者試料ＡＭＬ９０１９１からの移植された細胞は、化合物Ｄによって大きく影響を受けなかった（図４、右パネル）。このパイロット研究に基づいて、化合物Ｄを、残りのインビボ実験のために２．５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤで投薬した。
６．２．６．異種移植マウスにおける急性骨髄性白血病移植片に対する化合物Ｄの有効性
ＬＳＣ１７スコアに基づくインビボ研究のために６つのＡＭＬ試料を選択し、これは高および低スコアの各３つの試料を含んでいる。臨床特徴および他の情報を、研究のために使用された試料について、表３にまとめた。アッセイのサブセット中に、ＬＳＣ１７データが無い２つの追加の試料を含む。
Figure 2022553427000013
Figure 2022553427000014
２つの試料のうち１つが、２．５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤで２週間の化合物Ｄ投薬に応答したパイロットデータ（図４）に基づいて、投薬の期間を４週間に延長して、マウスがより長い化合物Ｄ投薬に対して耐容できるか否かを決定した。処置期間、３つの異なるＡＭＬ試料を移植されたマウスを臨床状態について密接にモニタリングした。化合物Ｄ処置マウスは、病気ではなく、化合物Ｄ処置の１、２または３週間後にビヒクル処置マウスと比較した場合に体重の減少は無かった（表４）。化合物Ｄ処置マウスの内の１匹のみが、処置の最後の日に麻痺したと見出され、予定された屠殺の前の翌朝に死亡と見出された。このマウスは、患者試料１２０８６０由来のＡＭＬ細胞を移植され、これは化合物Ｄに対して十分に応答せず（図６）、死亡の前に麻痺したことを考慮すると、高白血病負荷および重篤な浸潤により死亡した可能性が高い。
Figure 2022553427000015
化合物Ｄの有効性についてインビボで試験した６つのＡＭＬ試料の中で、ＡＭＬ患者９０６６８由来の細胞は、化合物Ｄ処置（２１日目）が開始される前に、移植されたマウス（マウスあたり５００万個細胞）の麻痺を引き起こした。化合物Ｄ処置は、これらのマウスを麻痺または死亡から救えなかった。したがって、ＡＭＬ患者９０６６８について、移植する細胞を減らして実験を反復した。マウスは、１０倍少ないＡＭＬ細胞を移植した（マウスあたり５００，０００個細胞）場合でさえ、移植後４目頃に麻痺した。２１日目から化合物Ｄを投薬しても、ＡＭＬ患者９０６６８を移植されたこれらのマウスにおける生存を改善しなかったのは、おそらく、急速に麻痺したこと、および白血病細胞の侵入による拡大した脾臓によって証明されるように、この試料が、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおいて極めて侵襲性であり、高い生着レベルを持ち、他の臓器に急速に浸潤したためである。
試験された他の５つのＡＭＬ試料について、マウスの生着は、化合物Ｄの有効性を評価するために十分であった。化合物Ｄは、５つのＡＭＬ試料のうち４つに対して有意な効果を有していた。４つのレスポンダー試料のうち３つは、ＬＳＣ１７シグネチャーについて高スコアであった。急性骨髄性白血病細胞は、化合物Ｄ投与後、ＲＦおよびＢＭにおけるヒトＣＤ４５＋白血病移植片のパーセントおよび白血病細胞の絶対数の両方によって評価され、検出不能レベルにまで完全に根絶された（図５、左）。化合物Ｄは、３つの患者試料全てのＡＭＬ移植片を完全に根絶したので、化合物Ｄ処置マウスにおけるＣＤ３４＋原始細胞のパーセンテージは、信頼できるものではなかった（非特異的および自己蛍光事象）。原始ＣＤ３４＋細胞の絶対数もまた、化合物Ｄ処置マウスにおいて極めて低く、検出不能なレベルであった（図５、右）。
患者試料ＡＭＬ１２０８６０およびＡＭＬ１００３４８は、低ＬＳＣ１７スコアを有していた。化合物Ｄは、注入された大腿において患者１２０８６０由来のＡＭＬ細胞数を低減しなかった。ＡＭＬ細胞数は、ビヒクル対照と比較して注入されていないＢＭでは有意に低減されたが、効果はＬＳＣ１７高移植片の低減と比較して限定的であった（図６、一番上のパネルを参照されたい）。この試料の白血病移植片におけるＣＤ３４＋原始細胞のパーセントおよび数もまた、化合物Ｄによって低減されなかった。試料ＡＭＬ１００３４８は、ＲＦおよびＢＭ両方におけるヒトＣＤ４５＋白血病移植片の低減によって決定される、化合物Ｄ処置に対する有意な応答を有していたが（図６、下部パネル）、化合物Ｄ処置マウスにおいていくらかのレベルの残存する芽細胞およびＣＤ３４＋原始白血病細胞が存在した。これらの結果は、低ＬＳＣ１７スコアを有する試料は、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料よりも、化合物Ｄに対してあまり応答しない場合があるということを示す。
６．２．７．二次移植における白血病幹細胞生着に対する化合物Ｄの効果
化合物Ｄが自己再生を有するＡＭＬ白血病幹細胞を標的としたか否かを決定するために、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄ ＢＩＤまたはビヒクルを投薬されたマウスのＲＦおよびＢＭから回収された細胞を、二次マウスへの移植のために合わせた。マウス細胞の枯渇後、ＬＤＡを実施して、生着されたマウスの化合物Ｄ投薬後の残存するＡＭＬ細胞を有する試料におけるＬＳＣの頻度を決定した。患者試料ＡＭＬ９０１９１および１１０５００については、ＬＤＡを、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄ ＢＩＤで投薬したマウスから得た細胞で実施した。マウスが移植後およそ１２週後に屠殺された場合には、化合物Ｄによって一次処置されたマウスから単離されたＡＭＬ９０１９0１細胞を移植された二次マウスは、ＡＭＬ生着を有さなかったが、これは、一次処置されたマウスから単離された試料中に残存するＬＳＣが存在しないことを示す。しかし、一次投薬されたマウスから単離されたＡＭＬ１１０５００細胞は、二次マウス中に十分に生着した（図７Ａ）。化合物Ｄ処置マウスから得た細胞を移植された二次マウスは、ビヒクル処置細胞を受け取った二次マウスと比較して、かなり少ない白血病移植片を有していた。ＬＤＡ分析から、化合物Ｄによって処置された一次マウスにおいて、ＬＳＣ頻度の１３倍を超える減少が観察された（図７Ａ）。低ＬＳＣ１７スコアを有する患者試料ＡＭＬ１２０８６０を移植されたマウスから得た細胞は、一次マウスにおいて化合物Ｄに対して応答を示さず、また、限界希釈アッセイ（ＬＤＡ）で二次マウスに成功裏に再定着した。最低細胞用量（マウスあたり２０，０００個のＡＭＬ細胞）でさえ、ビヒクル処置または化合物Ｄ処置一次マウスから得た細胞を移植された全てのマウスが生着された（図７Ｂ）。白血病幹細胞頻度は、注入されていないＢＭから得たデータを使用して算出した。ビヒクル処置および化合物Ｄ処置一次マウスにおいてＬＳＣ頻度の相違はなかった（注入されていないＢＭから得たデータを使用して算出された）が、これは、ノンレスポンダーとして、患者試料ＡＭＬ１２０８６０のＬＳＣは、化合物Ｄによって標的とされなかったということを示す（図７Ｂ）。別のＬＳＣ１７低試料、ＡＭＬ１００３４８は、一次処置されたマウスにおいて化合物Ｄに対して有意な応答を有していた（図６）。一次マウスから回収された患者試料ＡＭＬ１００３４８から得た細胞、マウスあたり７５００～２００，０００個が、二次マウス中に注入される場合には、ビヒクルマウスから回収された細胞を用いた場合でさえ、移植されたマウスのうち生着されたものはなかった（図７Ｃ）。二次マウスでは、ビヒクル処置マウスからマウスあたり１００万個細胞が注入されている場合にのみ再定着が生じたが、これは、ＬＤＡから移植された細胞数が少なすぎたことを示す。高ＬＳＣ１７スコアを有していた残りの３つのＡＭＬ試料（ＡＭＬ０５９０、１１０１０２および１１０７７０）では、限界希釈アッセイを実施しなかったが、これは、これらの患者試料に対する化合物Ｄの高い有効性のためにマウスＲＦおよびＢＭにおいて白血病細胞がほとんど検出不可能であったためである。したがって、各患者試料について、各処置群のマウス細胞枯渇を伴わない合わせたＢＭ細胞を、処置群あたり５つのマウスに同等に分けた。一次マウスにおけるヒトＣＤ４５＋白血病細胞のパーセンテージおよび総数ならびに各条件のマウス当たりの移植されたＡＭＬ細胞数が、図７Ｄにまとめられている。ビヒクルまたは化合物Ｄを投薬された一次マウスのいずれかから得たＡＭＬ１１０７７０細胞を移植された二次マウスでは、再定着が生じなかった。これは、１）二次マウスが、少なすぎるヒト白血病細胞（ビヒクル対照について１２１万個細胞および化合物Ｄ処置されたもののマウスあたり４万個細胞）を移植された、および２）それらの患者試料に対してマウス細胞枯渇が実施されなかったので、移植された宿主マウス細胞がヒト白血病細胞と競合したためである可能性が高い。
対照的に、ＡＭＬ０５９０またはＡＭＬ１１０１０２ビヒクル対照細胞のいずれかを移植された二次マウスは、ＡＭＬ１１０７７０と比較して、より多くのＡＭＬ細胞生着を有していた（図７Ｄ～７Ｅ）。しかし、化合物Ｄ処置された一次マウスから回収された細胞は、二次マウスに再定着せず、これは、化合物Ｄ処置マウスにおいて残存する白血病細胞が、自己再生能を有する十分なＬＳＣで濃縮されなかったということを示す。これらの結果は、化合物Ｄはまた、ＡＭＬ０５９０およびＡＭＬ１１０１０２両方のＬＳＣを標的としたということを示唆する。
６．２．８．正常臍帯血由来ヒト移植片に対する化合物Ｄの効果
ＣＢ試料を使用して正常造血細胞に対する化合物Ｄの毒性を調べた。マウスに２種の異なるＣＢ試料（ＣＢ１およびＣＢ２）を移植し、２．５ｍｇ／ｋｇの化合物Ｄまたはビヒクル対照ＢＩＤを腹膜内に投薬した。ビヒクル処置および化合物Ｄ処置群からの代表的なマウスからのフローサイトメトリー分析が、それぞれ図８Ａおよび図８Ｂに示されている。定量的概要が図９に示されている。
図９Ａに示されるように、化合物Ｄは、両試料のＣＢ生着を有意に低減したが、化合物Ｄ処置マウスのほとんどにおいて、ＣＢ細胞は生着したままであった。したがって、化合物Ｄは、ＡＭＬレスポンダーに対するその効果と比較して、具体的には、化合物Ｄ投薬後完全に根絶された高ＬＳＣ１７スコアを有する試料と比較して、正常ＣＢ移植片に対して少ない阻害効果を有していた。
ＣＢ移植片において化合物Ｄによって最も影響を受けた細胞集団を調べた。化合物Ｄ処置は、ヒト移植片の有意な低減を引き起こしたが、移植片の５％～１０％は、処置後に残っていた（図９Ａ）。これは、感受性のＡＭＬ試料における移植片のほぼ完全な排出とは対照的である（図５）。免疫不全ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおいて、普通、主な細胞集団であるＣＤ１９＋リンパ球数は、化合物Ｄによって有意に減少した（図９Ｂ、一番上のパネル）。対照的に、化合物Ｄ投薬後にＣＤ３３＋骨髄性細胞の割合が増加した。総ＣＢ移植片の総数が著しく減少したことを考えると、ＣＤ３３＋細胞の絶対数は頻度の増加を反映しなかった（図９Ｂ）。ＣＤ１５＋およびＣＤ１４＋分化細胞（図９Ｃ）について、同様の結果が観察された。化合物Ｄは、ＣＢ１が生着したマウスにおいてグリコホリンＡ（ＧｌｙＡ）＋ＣＤ４５－赤血球細胞を減少しなかったが、ＣＢ２が生着したマウスにおいてＧｌｙＡ＋ＣＤ４５－赤血球細胞の有意な減少を引き起こした（図９Ｄ）。
ＣＢ移植片において原始造血細胞（ＣＤ３４＋）も分析した。ＡＭＬレスポンダーを用いた結果とは対照的に、化合物Ｄは、ＣＤ３４＋細胞のパーセンテージを減少しなかったが、ＣＤ３４＋細胞の絶対数は、化合物Ｄ処置を用いた場合の総ＣＢ移植片の著しい減少のために有意に低減された（図１０Ａ）。ＣＤ３４＋細胞と同様に、ＣＤ３４＋ＣＤ３８－一次細胞、正常造血幹細胞から濃縮された集団のパーセンテージは、化合物Ｄによって特異的に標的とされなかった（図１０Ｂ）。ＣＤ３４＋集団では、化合物Ｄによって、ＣＤ３４＋ＣＤ１９＋原始リンパ球系細胞のみが有意に減少した（図１０Ｃ）。ＣＤ３４＋ＣＤ３３＋原始骨髄性細胞は、化合物Ｄによって標的とされなかったが（図１０Ｄ）、これは、化合物ＤがＣＤ３４＋ＣＤ１９＋原始リンパ球系細胞を特異的に標的とし、リンパ球の減少をもたらしたことを示す。
６．２．９．結論
化合物Ｄは、ＧＳＰＴ１の分解によるインビトロでの一次ＡＭＬ患者試料の用量依存性アポトーシスを誘導した。化合物Ｄは、インビトロでコロニー形成性ＡＭＬ前駆細胞を減少させた。全体的に、化合物Ｄは、種々の一次ＡＭＬ試料を移植されたＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスによって十分に耐容された。４週間の処置の間、体重減少を含む病気の臨床的徴候はなかった。全処置スケジュールが完了した７つのＡＭＬ試料（２週間の処置期間を有するパイロットにおいて使用された２つのＡＭＬ試料を含む）の中で、５つの試料が、ヒトＡＭＬのマウス異種移植モデルにおいて化合物Ｄに対してレスポンダーであった。２つの試料は、化合物Ｄに対して応答しなかったが、これは、ＡＭＬ試料の間の化合物Ｄに対する種々の感受性を示す。これらのデータは、ＬＳＣ１７スコアと化合物Ｄに対する感受性の間のほぼ直接的な関係を示した。高ＬＳＣ１７スコアを有する急性骨髄性白血病試料は、低ＬＳＣ１７スコアを有する試料と比較して化合物Ｄ処置に対してより感受性であった。これは、ＧＳＰＴ１分解のレベル、アポトーシスの誘導を用いる細胞成長阻害、コロニー形成性前駆細胞の減少およびインビボでのＡＭＬ移植片の根絶を含む複数のパラメータによって決定された。二次移植は、レスポンダーの白血病移植片におけるＬＳＣもまた標的とされたことを示した。ＬＳＣ１７遺伝子シグネチャーについて低いスコアが付けられた、ノンレスポンダーである、試料ＡＭＬ１２０８６０から得たＬＳＣｓは、標的とされなかった。自己再生能を有するＬＳＣに対する化合物Ｄの効果を実証するために、より多くの患者試料を用いて逐次移植を実施できる。化合物Ｄはまた、マウスにおいて正常臍帯血造血移植片を減少させたが、ＡＭＬレスポンダーと比較してより少ない程度までであった。ＣＢ移植片におけるＣＤ１９＋リンパ球系前駆細胞およびリンパ球が主に標的とされた。対照的に、ＣＢ移植片における他の型のヒト細胞は、化合物Ｄに対してはるかに感受性が低かった。
インビトロおよびインビボ処置両方から作成されたデータは、化合物Ｄが、ＧＳＰＴ１分解によって一次ＡＭＬ細胞成長を阻害したことを明確に示した。ＡＭＬ試料の間に化合物Ｄに対する種々の感受性があった。結果は、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料が、低ＬＳＣスコアを有する試料よりも、化合物Ｄ毒性に対してより感受性であることを示した。論じられたように、ＬＳＣ１７スコアは、高度に予後予測的であると以前に見出され、ＡＭＬの初期療法抵抗性を正確に断定する、すなわち、高ＬＳＣ１７スコアを有する患者は、同種異系幹細胞移植を含む現在の処置では転帰不良を有する（Ｎｇ ＳＷ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ． ２０１６；５４０（７６３３）：４３３－３７）。したがって、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料は、化合物Ｄに対してより感受性であるという本知見は、化合物Ｄが現在の化学療法に対して抵抗性の不応性ＡＭＬを標的とし得ることを示す。さらに、化合物Ｄは、正常造血移植片に対して、ＡＭＬレスポンダーよりも小さい効果しかなかったという観察結果は、高ＬＳＣ１７スコアを有するＡＭＬ患者における化合物Ｄ有効性を支持する。
６．３．化合物Ｄに対する急性骨髄性白血病の応答性および化合物Ｄの有効性の潜在的な予測バイオマーカーの発見
以下は、
ｉ）多数のＡＭＬ試料で実験を実施することによって、化合物Ｄに対するＡＭＬの有効性および抵抗性の比を決定する、
ｉｉ）ＡＭＬ患者試料でのＲＮＡ Ｓｅｑ分析によって化合物Ｄに対するＡＭＬ応答／抵抗性を予測できる潜在的バイオマーカーを同定するために使用できるアッセイの例である。
６．３．１．材料および方法
試験動物、細胞系／細胞培養物ならびにアッセイ材料および試薬に関する詳細は、節６．２．１に提供されている。
６．３．２．試験手順
６．３．２．１． ＲＮＡ－Ｓｅｑ
リボ核酸（ＲＮＡ）を、一次白血病細胞から抽出し、バイオアナライザーを使用して定量化および定性し、ＲＮＡ－Ｓｅｑのために実行した。節６．１において記載される研究において化合物Ｄの効果について試験された２つの試料（１１０５００および９０１９１）を含む、ＡＭＬを有すると診断された合計３３人の患者を、ＲＮＡ－Ｓｅｑ分析のために使用した。
６．３．２．２．ＬＳＣ１７スコアのためのＮａｎｏ Ｓｔｒｉｎｇ
ＲＮＡ－Ｓｅｑのために抽出されたリボ核酸はまた、ＬＳＣ１７スコアを決定するためにＮａｎｏ Ｓｔｒｉｎｇ分析のために送られた。分析は、元素化学アッセイを使用してＮａｎｏＳｔｒｉｎｇの各試料について５μＬ中の１５０ｎｇのＲＮＡを用いて実施した。既知のＬＳＣ１７高および低スコアを有する２０の試料が、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ分析に供され、対照として提供された。
６．３．２．３．化合物Ｄの保存溶液および希釈物の調製
動物に投薬するための化合物Ｄの溶液の調製のために従う手順は、節６．２．３．３に記載されている。
インビトロ実験のための保存溶液および希釈物を、以下のとおりに調製した：化合物Ｄを、無水ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）にまず溶解して、１Ｍ濃度を達成し、次いで、細胞培養のための完全培地で種々の濃度（１０ｍＭ、１０μＭ、１μＭ）にさらに段階希釈した。インビトロ培養のための化合物Ｄの最終濃度は、３ｎＭ、３０ｎＭおよび１００ｎＭとした。
６．３．２．４． ＡＭＬに対するインビボ化合物Ｄ有効性
ＡＭＬ移植の前日に、免疫不全ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスに、亜致死的照射（２２５ｃＧｙ）し、抗ＣＤ１２２抗体を用いて処置して、残存するマウスＮＫ細胞を根絶した。各患者から得た一次ＡＭＬ細胞を、マウスあたり５×１０６個の細胞用量でマウス右大腿骨中に大腿内注入し、試料あたり、１０匹のマウスに移植した。化合物Ｄおよびビヒクル処置を、移植後２１日目に開始した。化合物Ｄを、２．５ｍｇ／ｋｇで腹膜内に（ＩＰ）、３時間離れて１日２回、４週間投与した。各処置の前に、化合物Ｄを溶液に新たに溶解した。ビヒクルは、化合物Ｄの化合物を含まない同一溶液とし、化合物Ｄ処置と同一の容量（５０μＬ／マウス）で、同一の治療スケジュールを用いて対照処置マウスに与えた。各患者試料について、各処置群は、５匹のマウスであった。
処置が終了した後、注入された右大腿骨（ＲＦ）および注入されていない骨髄（ＢＭ、左大腿骨、２つの脛骨を含む）の両方から細胞を回収し、ヒト抗体を用いて染色して、ＡＭＬの生着レベルを評価した。染色のために使用された抗体には：マウス抗ヒトＣＤ４５－ＡＰＣ、ＣＤ１５－ＦＩＴＣ、ＣＤ３４－ＡＰＣ７、ＣＤ３８－ＰＣ７ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）、ＣＤ１４－ＰＥ、ＣＤ３３－ＰＣ５（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、米国）、ＣＤ１９－Ｖ４５０、ＣＤ１９－ＡＦ７００、ＣＤ１１ｂ－ＡＰＣ７、ＣＤ３４－ＢＶ４２１（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）およびヨウ化プロピジウム（ＰＩ；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、米国）が含まれていた。
６．３．２．５．一次白血病細胞のＧＳＰＴ１発現、アポトーシスおよびコロニー成長に対する化合物Ｄの効果のインビトロアッセイ
生存可能に凍結された一次白血病細胞を解凍し、複数のヒト増殖因子を補給したイスコフ改変ダルベッコ培地および１５％ ＢＩＴ血清代替物（Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カナダ）中の懸濁培養でプレーティングした。示された濃度で培養物に化合物Ｄを添加した。
ＧＳＰＴ１発現のために、細胞を、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６４７とコンジュゲートしているＧＳＰＴ１を用いて染色することによって、細胞内フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）を、培養２４時間で実施した。アポトーシスのために、細胞を培養２４時間で回収し、アネキシン Ｖ－ＰＥおよび７－アミノアクチノマイシンＤ（７ＡＡＤ）（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）を用いて染色した。
化合物Ｄまたは対照のためにＤＭＳＯの存在下で、増殖因子を補給した半固体培養で、コロニーアッセイを実施した。１４日目にコロニーを計数した。
６．３．２．６．異種移植ＡＭＬモデルにおけるＧＳＰＴ１発現に対する化合物Ｄのインビボ効果
ＡＭＬ細胞を用いる移植の４週間後、マウスを、２．５ｍｇ／ｋｇ、１日２回、合計３用量の間、化合物Ｄを用いて処置した。最後の処置の４時間後、各マウスの注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭ両方から細胞を回収し、ＣＤ４５－ＦＩＴＣ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）を用いて染色し、固定化し、透過処理した。次いで、細胞を、細胞内ＦＡＣＳのために ＧＳＰＴ１－Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６４７を用いて染色して、生着した白血病細胞におけるＧＳＰＴ１の発現を検出した。
６．３．２．７．データ分析
注入された大腿骨および注入されていない大腿骨におけるＡＭＬ細胞の生着を、フローサイトメトリーによって分析した。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを用いてグラフおよび統計分析を作成した。統計的有意性は、一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）と、それに続くテューキーの多重比較事後検定を使用して評価された。
６．３．３．化合物Ｄに対する急性骨髄性白血病試料の不均一な応答
臨床特徴を有する合計３１の患者試料（表５）を、異種移植アッセイにおいて試験して、マウスにおけるＡＭＬに対する化合物Ｄの有効性を決定した。白血病生着を、注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭにおけるＣＤ４５＋ＣＤ３３＋集団のパーセントによって評価した。いくつかの試料は、低レベルでマウスＲＦのみに再定着し、ＢＭでは極めて低いまたは検出不可能な白血病細胞を有していた（１２０３４７、１３０３１１、５７８６および１４１１０４）。患者９０１５６は、分析の時点でマウスＲＦまたはＢＭのいずれにも再定着しなかった。他のＡＭＬ試料は、注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭの両方に生着した（図１１）。生着した試料の大部分（２８のうち２４）は、化合物Ｄに対して有意な、著しい応答を有しており、化合物Ｄのこれまでのパイロット研究と一致する。化合物Ｄは、それらの応答性試料において注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭの両方においてＡＭＬ負荷を低減し、一方で、ＢＭ中の白血病細胞は、化合物Ｄに対してより顕著な応答を有していた（図１１）。一部の試料は、あまり応答せず、２、３の試料は、化合物Ｄに対して抵抗性であり、これは、化合物ＤはＡＭＬに対して強力であったが、応答性はＡＭＬ試料の間で変わったことを示す。
Figure 2022553427000016
Figure 2022553427000017
６．３．４．化合物Ｄは原始急性骨髄性白血病細胞の分化を誘導する
化合物ＤはマウスにおいてＡＭＬに対して著しい効果を有するという観察結果を有し、ＡＭＬ細胞は、患者において分化および成熟の遮断を伴う未熟芽細胞であるので、化合物Ｄが原始白血病細胞を標的とし、分化を誘導するか否かという問題を次に調べた。焦点があてられた試料は、化合物Ｄ処置後にマウスにおいて明らかな残存する白血病細胞を依然として有していた試料とした。図１２Ａに示されるように、３つの代表的な試料は、化合物Ｄ処置後に骨髄性分化マーカーＣＤ１５の発現の明確な増大を有していた。化合物Ｄはまた、患者１２０２８７の移植片において単球性細胞マーカーＣＤ１４の発現を誘導した。患者試料１２００９３を移植されたマウスから回収された細胞の大部分は、ＣＤ１５発現を欠くＣＤ３４＋原始細胞であった。化合物Ｄ処置は、ＣＤ１５発現を誘導し、並行して、ＣＤ３４＋細胞集団を低減し、これは、この試料では、化合物ＤがＣＤ３４＋原始細胞を標的とし、分化させたことを示す。化合物Ｄはまた、患者試料１００３４８および１３０８２６の移植片においてＣＤ３４＋細胞を低減し、ＣＤ１４＋またはＣＤ１１ｂ＋細胞を低減した（図１２Ｂ）。それら２つの試料とは異なり、化合物Ｄは、１００４７４のＣＤ１４＋細胞のみを排除し、残りの移植片においてより多くの残存するＣＤ３４＋原始細胞を有する。ＣＤ１１ｂはまた、骨髄性分化マーカーであり、別の骨髄性分化マーカーＣＤ１５の発現の増加と並行して、患者１５０２５０移植細胞で増加した。しかし、化合物Ｄは、患者１３０８２６のＣＤ３４＋細胞の低減と共に、ＣＤ１１ｂ＋白血病細胞を減少させた（図１２Ｂ）。ＣＤ１５、ＣＤ１４およびＣＤ３４陽性集団の変化は、図１２Ｃ～１２Ｅにおいてまとめられており、化合物Ｄ処置後の３つの異なるパターンが明らかである：ＡＭＬ移植片における集団の増加、減少または変化なし。ＣＤ３４＋原始細胞が低減し、ＣＤ１５＋および／またはＣＤ１４＋細胞が増加した試料は、化合物Ｄに対して十分に応答する試料である（例えば、患者試料１１０５５５、１１０５００および１２００９３）。化合物Ｄに対して応答しなかった、または不十分にしか応答しなかった試料は、ＣＤ３４＋原始細胞において変化がなかった、またはさらに増加さえし、一方で、一部の化合物Ｄに対して応答性の試料もまた、その移植片においてＣＤ３４＋細胞が増加していた。骨髄性分化マーカーＣＤ１５およびＣＤ１４の発現の増加は、化合物Ｄに対して抵抗性であった、または不十分にしか応答性ではなかった試料では観察されなかった。これらの研究は、化合物Ｄが総ＡＭＬ移植片を著しく排除し、したがって、原始および分化白血病細胞両方の絶対数は有意に減少したが、化合物Ｄは、原始白血病細胞を標的とし、少なくとも一部の試料において骨髄性分化をもたらしたということを示す。化合物Ｄが自己再生能を有するＬＳＣを標的とするか否かを決定するために、二次移植を実施できる。
６．３．５．急性骨髄性白血病を処置するための化合物に対する応答のバイオマーカーの同定
６．３．５．１．化合物Ｄ応答性およびＮａｎｏ Ｓｔｒｉｎｇによるスコアとの関連
急性骨髄性白血病は、表現型および遺伝的に不均一な悪性血液疾患の群であり、臨床導入療法に対するその応答性は、患者間で変わる。どの種類の患者が化合物Ｄに対して良好に応答するか、および化合物Ｄが臨床療法に対して抵抗性である試料に対する効果を有するか否かを決定するために、患者細胞でＲＮＡ－Ｓｅｑを次に実施して、研究に使用された試料の遺伝子発現プロファイルを特徴付けた。ＲＮＡ－Ｓｅｑと並行して、患者試料から抽出されたＲＮＡはまた、上記のＬＳＣ１７スコアを決定するためにＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ分析のために送られた。合計３３のＡＭＬ試料（現在のＳＲＡ Ａｍｅｎｄｍｅｎｔにおいて使用された３１の試料および以前のパイロットＳＲＡ研究からの２つの試料を含む）をＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ分析に供した。そのＬＳＣ１７スコアについて以前に決定された２０の試料を、対照として並行して実行した。恐らく、研究を可能にするために必要な基準を有していたサンプルの使用のために、分析された３３のＡＭＬ試料のうち、６つのみが低ＬＳＣ１７スコアを有していた（表６を参照されたい）：異種移植片における高い生着能および多数のバイオバンキングのバイアルを有する。このような試料は、通常、転帰不良の侵襲性疾患から得られるため、高ＬＳＣ１７スコアを有することを特徴とする。
Figure 2022553427000018
Figure 2022553427000019
高および低ＬＳＣ１７スコアの分類のための参照値が、表７に示されている。
Figure 2022553427000020
図１２に示されるように、３つの亜群に群化できる、試料の間に不均一な応答があった（図１３）。ビヒクル処置ＲＦおよびＢＭ組織において１０％未満のマウスに生着した試料を、有効性分析には低すぎると考え、排除した。白血病細胞のほとんどが根絶したので、１７の試料は、そのＲＦにおいて化合物Ｄに対して著しい応答を有しており、１４の試料はそのＢＭにおいて同様の応答を示した（＞８０％の低減、群１）。別の１０の試料は、適切な応答を有していたが、そのＲＦにおいて群１未満であり、６試料についてＢＭにおいて同様の応答を有していた（５０～７５％の低減、群２）。残りの９試料は不十分な応答を有しており、ＲＦにおいて２５％未満の低減であった。９試料のうち４つは、注入されたＲＦにおいて化合物Ｄに対して全く応答せず、６試料のうち３つは、ＢＭにおいてＡＭＬ低減がなかった（群３）。化合物Ｄの有効性を、それらが化合物Ｄに対するＡＭＬ試料の応答性と関連しているか否かを確かめるために、高および低ＬＳＣ１７スコアの分類に基づいて次に分析した。低ＬＳＣ１７スコアを有する１つの試料は、注入された右大腿骨において化合物Ｄに対して応答性ではなく、注入されていない骨髄において２５％未満の低減を有していたが、低ＬＳＣ１７スコアを有する他の７つの試料は、化合物Ｄに対して極めて十分に応答した（５０％を超える低減、図１３）。ＲＦにおいて９つのノンレスポンダーのうち８つは、高ＬＳＣ１７スコアを有しており、８つの非応答性試料のうち５つの試料も、ＢＭにおいて不十分な応答を有していた。興味深いことに、臨床化学療法に対して抵抗性を有するより高い予後不良を示すはずである、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料の大部分は、化合物Ｄに対して十分に応答し、５０％を超える白血病低減を有していた。多数の試料が、極めて顕著な応答を示しており、８０％を超える白血病低減を示しており（ＲＦにおいて１３およびＢＭにおいて１７、図１３）、これは、化合物Ｄが、高ＬＳＣ１７スコアを有するほとんどの試料から得たＡＭＬ細胞に対して極めて強力であることを示す。
６．３．５．２．化合物Ｄに対するＡＭＬ応答を予測するための遺伝子発現バイオマーカー
ＲＮＡ－Ｓｅｑから作成された患者試料の遺伝子発現プロファイルを次に分析して、化合物Ｄに対するＡＭＬ応答を予測できるバイオマーカーを見出した。２６の試料が分析にとって適格であった。ＬＳＣ１７スコアならびに平均ＬＳＣ＋およびＬＳＣ－遺伝子発現プロファイルとの相関は、恐らくは、この研究において使用された試料のほとんどが高ＬＳＣスコアおよび化合物Ｄによる高パーセンテージのＡＭＬ低減を有していたために、ＡＭＬ低減のパーセンテージと有意に関連していなかった。したがって、低ＬＳＣスコアを有する試料の数が増加すれば、有意な傾向を検出する機会が大幅に増加するであろう。
次いで、シグネチャー遺伝子の選択を導くための応答として、ＡＭＬ低減のパーセンテージを使用することによって、化合物Ｄに対する応答を予測できる最適化されたサブスコアを探した。試料の７５パーセント（ｎ＝２０）をトレーニングとして使用し、試料の残りの２５％（ｎ＝６）を試験のために使用した。トレーニングおよび試験のためにＬＳＣ１７および４３のＬＳＣ＋遺伝子（節６．１を参照されたい）を選択した場合には、高い精度で応答を予測するシグネチャーは見出されなかった。
しかし、中程度の正確性でＡＭＬの低減パーセントを予測できる８９のＬＳＣ遺伝子から、４遺伝子スコアを同定した（節６．１を参照されたい）（図１４パネルＡ、ｒ＝０．７７、ｐ＝０．１０）。この研究に使用された全ての試料のスコアの中央値による予測を、「応答」または「応答なし」のいずれか（応答なしのカットオフは、２５％低減である）に離散化することによってもまた、スコアと低減％の間の関連が示された（図１４パネルＢ、ｒ＝０．８７、ｐ＝０．０２）。４つのシグネチャー遺伝子およびその標準化された重みが、表８および以下のアルゴリズムに示されている：
４遺伝子スコア（ＬＳＣ４シグネチャースコア）＝（ＴＮＦＲＳＦ４×－１．１３）＋（ＳＬＣ４Ａ１×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７×－３．５７）＋（ＡＩＭ２×－３．０４）。
正の重みは、関連遺伝子のより高い発現が、実験における低減パーセントを増大することを示唆し、負の重みは、関連遺伝子のより高い発現が、低減パーセントを減少させることを示唆する。ＴＮＦＲＳＦ４は、ＬＳＣ＋試料において高度に発現され、タンパク質は、診断試料と比較して再発において有意に高く発現され、再発においてより高いＬＳＣ頻度が観察されることが多い。残りの３つのシグネチャー遺伝子は、ＬＳＣ－試料においてより高く発現される。
Figure 2022553427000021
４遺伝子のうち３つがＬＳＣ－試料においてより高く発現したので、ＬＳＣ－データを予測サブスコアについて次に分析した。４６のＬＳＣ－遺伝子でのシグネチャートレーニングは、ＡＭＬ低減を予測する３遺伝子スコア（以下を参照されたい）をもたらし、上記の４遺伝子スコアと比較した場合に極めて類似した結果を有していた。実際、３遺伝子サブスコアを構成する３つの遺伝子は、４遺伝子サブスコア中の３つのＬＳＣ－遺伝子であり：ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７およびＡＩＭ２（図１４、パネルＣ）、これは、ＬＳＣ－試料が、化合物Ｄに対してより良好に応答し得ることを示す。３遺伝子スコアは以下のとおりである：
３遺伝子スコア（ＬＳＣ３シグネチャースコア）＝（ＳＬＣ４Ａ１×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７×－３．５７）＋（ＡＩＭ２×－３．０４）。
要するに、４遺伝子スコアおよび３遺伝子スコアは、化合物Ｄに対する応答と十分に相関する。
６．３．５．３．化合物Ｄ応答に関連する試料の臨床特徴付け
試料の臨床特徴を調べて、任意の臨床プロファイルが化合物Ｄ応答と関連するか否かを決定した。二次および再発ＡＭＬ患者から採取した細胞は、ＲＦおよびＢＭの両方において新規ＡＭＬ患者由来の細胞と同様の化合物Ｄ応答を有していた（図１５Ａ）。マウスにおけるＡＭＬ移植片の低減のパーセンテージ中央値に基づいて、有害予後を有する患者は、中間の予後を有する試料よりも、いっそう良好な応答を有しており、相違は有意ではなかった（図１５Ｂ）。普通、有害予後を有する異常な核型を有する患者も、正常核型を有する試料よりも良好な応答を有していた（図１５Ｃ）。Ｆｌｔ３－ＩＴＤを有する細胞遺伝学的に正常なＡＭＬ試料は、普通、より良好な予後を有する野生型ＦＬｔ３を有する試料と比較して、注入されたＲＦにおいて化合物Ｄに対してわずかに少ない応答を有していたが、ＢＭにおいては同様の応答を有していた（図１５Ｄ）。ここで分析された患者試料数は制限されるが、異常な細胞遺伝学および有害な予後を有する再発または二次ＡＭＬの試料は、中間の予後を有する新規診断されたＡＭＬの試料と同様のレベルで、化合物Ｄに対して応答性である。
６．３．６．ＧＳＰＴ１は、インビボで化合物Ｄによって標的とされ、分解される
ＡＭＬに対する化合物Ｄの効果の根底にある機序は、化合物Ｄが、ＧＳＰＴ１をＥ３ユビキチンリガーゼ複合体中のセレブロンに動員することによって、翻訳ターミネーターＧＳＰＴ１を分解するというものである。次いでインビボで化合物Ｄ処置が、マウスにおけるＡＭＬ細胞においてＧＳＰＴ１を低減したか否かおよびＧＳＰＴ１分解がＡＭＬ移植片低減の原因となったか否かを調べた。ＧＳＰＴ１が、インビボ処置のために使用される前に化合物ＤによってＡＭＬ細胞において低減され得るか否かを決定するために、いくつかの試料をインビトロで試験した。以前に行われたパイロット実験と同様に、化合物Ｄに対するＡＭＬ細胞の曝露は、ＧＳＰＴ１発現を減少させた（図１６Ａ）。２４時間でアポトーシスの増加が観察され（図１６Ｂ）、生細胞の低減を伴った（図１６Ｃ）。コロニー形成性アッセイによって、化合物Ｄがコロニー形成性白血病前駆細胞を阻害した（図１６Ｄ）ことが示され、これは、化合物Ｄが、白血病細胞においてＧＳＰＴ１を分解し、アポトーシスの誘導によって白血病細胞および白血病前駆細胞の両方の増殖を阻害することを示す。
次に、化合物Ｄが、異種移植片においてアポトーシスを誘導したか否かも調べた。化合物Ｄ処置の４週間後、アポトーシスおよび死滅した白血病細胞を検出するために、回収した細胞を、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）で染色した。マウス骨髄においてＰＩ＋事象の数は、有意に増加し、これは、化合物Ｄ投与が、アポトーシスおよび細胞死の誘導をもたらしたことを示す（図１７）。ＧＳＰＴ１がまた、インビボで化合物Ｄ投与によって分解され得るか否かを決定するために、注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭの両方においてＧＳＰＴ１のレベルを評価するための細胞内フローサイトメトリーのために、３用量の化合物Ｄ処置後に白血病細胞を回収した。ＧＳＰＴ１のレベルは、試験した１７試料の大部分においてＲＦもしくはＢＭにおいて、またはＲＦおよびＢＭの両方において減少したと見出された（図１８Ａ）。化合物ＤはＧＳＰＴ１を、注入されていないＢＭよりも注入されたＲＦにおいてより深刻に分解したようである。より多くの試料が、ＲＦにおいてよりも注入されていないＢＭにおいて、より少ないＧＳＰＴ１低減を有していた。恐らく、これは、これらの部位間の微小環境または血液供給の相違を反映する；大腿内（ＩＦ）注入は、細胞注入の前に大腿骨腔をリーミングすることを含む。化合物ＤによるＧＳＰＴ１低減のレベルは、試料の間で変わり、化合物Ｄに対する白血病細胞の応答性と相関しなかった図１８Ｂ）。化合物Ｄに十分に応答したいくつかの試料は、ＲＦおよびＢＭ両方において明確なＧＳＰＴ１低減を有していたが（例えば、Ｐｔ１２０２８７および１１０５５５）、他の化合物Ｄレスポンダーは、著しいＧＳＰＴ１低減を示さなかった（Ｐｔ１３０６０７および１５０２５０のような）。いくつかの試料では、ＧＳＰＴ１の低減は、ＲＦとＢＭの間で異なっており、例えば、Ｐｔ１３０８２６および１５０２３８は、ＲＦおよびＢＭにおいて反対のＧＳＰＴ１応答を有していた。短期化合物Ｄ処置後のＧＳＰＴ１低減の複雑な観察結果は、ＡＭＬ試料間の不均一な応答によるものであり得る。各ＡＭＬ試料のインビボＧＳＰＴ１低減を正確にとらえるために、種々の期間の化合物Ｄ処置が実施されるべきである。それにも関わらず、結果は、試料のほとんどについて、ＧＳＰＴ１は、インビトロで、およびマウスにおいて化合物Ｄによって分解され得るということを示した。しかし、ＧＳＰＴ１分解が、化合物Ｄに対するＡＭＬ応答を予測するバイオマーカーであり得るか否かを結論付けるためには、より多くの試料を試験する必要がある。
６．３．７．結論
３１のＡＭＬ試料を用いる研究は、有害予後および高ＬＳＣ１７スコアを有する試料を含む前臨床マウスモデルにおいてセレブロンモジュレーター化合物Ｄが、ＡＭＬに対して極めて強力であることを示した。予測されたＡＭＬが化合物Ｄに応答するＬＳＣ関連遺伝子におけるサブスコアが見出された。
高ＬＳＣ１７スコアを有する患者は、普通、標準的な白血病化学療法に対して抵抗性であり、より高い予後不良が得られる。ＬＳＣ１７スコアリング法を使用することなどによって、このような患者が迅速に同定される場合には、この研究における観察結果は、化合物Ｄが、一次導入療法の文脈でその疾患がより侵襲性であるＡＭＬ患者の新しい治療剤として臨床試験に適用可能であり得ることを示す。ＲＮＡ－Ｓｅｑから得たＬＳＣ関連遺伝子のさらなる分析によって、化合物Ｄに対する白血病応答性を予測し得る４遺伝子セットスコアが生成された。４つの遺伝子のうち３つは、４遺伝子スコアと同様の予測機能を有するＬＳＣ－遺伝子である。
化合物Ｄによるアポトーシスおよび細胞死の誘導に加えて、マウスにおける化合物Ｄ処置後のＡＭＬ細胞の表現型のＦＡＣＳ解析によって、化合物Ｄはまた、骨髄性分化マーカーＣＤ１５、ＣＤ１４、ＣＤ１１ｂを含む、いくつかの応答性試料における細胞表面マーカーを変化させたことが示され、これは、処置された患者試料の少なくとも一部が、化合物Ｄに対して応答し、白血病分化の誘導を伴ったことを示唆する。並行して、化合物Ｄ処置によって、ＡＭＬ移植片におけるＣＤ３４＋原始細胞の割合も低減した。節６．４に記載された限界希釈アッセイ（ＬＤＡ）を用いる二次移植実験は、化合物Ｄがまた、連続移植においてＡＭＬを再現可能な機能的ＬＳＣを標的とするか否かを示すことができる。
まとめると、ＡＭＬに対するセレブロンモジュレーター化合物Ｄの効果に関する研究によって、化合物Ｄが、ヒトＡＭＬの前臨床マウスモデルにおいてＡＭＬに対して強力な阻害効果を有すると示されている。これらの観察結果は、より高い予後不良および化学療法抵抗性を有する患者を処置するための将来の臨床試験における化合物Ｄに重要な意味を提供し、結果は、化合物Ｄは、ＡＭＬ再発の可能性でさえ低減し得るということを示唆する。
６．４．二次移植限界希釈アッセイを用いる急性骨髄性白血病幹細胞に対する化合物Ｄの効果の調査
６．４．１．材料および方法
６．４．１．１．試験動物
この研究において使用したＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスは、処置の開始時に２０グラムの平均体重を有する１０週齢の雌のマウスであった。
６．４．１．２．細胞系／細胞
これらの研究において使用した全ての患者試料は、Ｐｒｉｎｃｅｓｓ Ｍａｒｇａｒｅｔ Ｌｅｋｅｍｉａ Ｂａｎｋによってインフォームドコンセントと共に集められ、フィコール勾配遠心分離に供され、生存可能な凍結保存のために単核細胞を得た。全ての試料は、研究において使用する前にＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおける生着能力について試験した。最後の化合物Ｄ処置の翌日、ビヒクルまたは化合物Ｄのいずれかで処置されたマウスを屠殺した。細胞を、右大腿骨（ＲＦ；ＡＭＬ細胞が注入された）および注入されていない骨髄（ＢＭ：左大腿骨ならびに左および右脛骨）から別個に回収し、ＦＡＣＳ解析のためにアリコートとし、マウスにおけるＡＭＬ移植片に対する化合物Ｄ有効性を評価した。各処置群の同一組織（ＲＦまたはＢＭ）から得た残りの細胞を合わせ、さらなる二次移植のために生存可能に凍結した。二次移植のために、凍結された細胞を注意深く解凍し、濾過して死滅細胞を除去し、次いで、ヒト白血病細胞を、マウス細胞枯渇プロセス（マウス細胞枯渇キット、カタログ番号１３０－１０４－６９４、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）によって精製した。精製された細胞を計数し、ＬＤＡのために希釈し、照射された二次雌ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウス中に大腿内注入した。
６．４．１．３．アッセイ材料および試薬
ＮＯＤ／ＳＣＩＤ異種移植片に生着されたヒトＡＭＬ細胞を、ヒトＣＤ４５（かすかなレベル）およびＣＤ３３の細胞表面マーカー発現によって同定した。以下の抗ヒト抗体の組合せを使用して、二次異種移植片においてヒトＡＭＬ細胞を検出した：ＣＤ４５－アロフィシアニン（ａｌｌｏｐｈｙｃｙａｎｉｎ）（ＡＰＣ；カタログ番号３４０９４３、ＢＤ、米国）、ＣＤ３３－フィコエリトリン－シアニン５（ＰＥ－Ｃｙ５；カタログ番号ＰＮ ＩＭ２６４７Ｕ、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、米国）、ＣＤ１９－Ｖ４５０（カタログ番号５６０３５３、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）、ＣＤ１４－ＰＥ（カタログ番号ＰＮ ＩＭ０６５０Ｕ、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、米国）、ＣＤ１５－フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ；カタログ番号３４７４２３、ＢＤ、米国）、ＣＤ３４－ＡＰＣ－Ｃｙ７（カタログ番号６２４０７２、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国）およびＣＤ３８－ＰＥ－Ｃｙ７（カタログ番号３３５７９０、ＢＤ、米国）。
６．４．２．実験研究デザイン
ＬＤＡを含むこの研究において二次移植を実施して、処置された一次マウスにおいて化合物Ｄが自己再生能を有するＬＳＣを標的としたか否かを調べた。
６．４．３．試験手順
６．４．３．１．二次異種移植限界希釈アッセイ
限界希釈アッセイ：限界希釈アッセイを使用して、一次マウスの総白血病移植片において白血病幹細胞の頻度を定義した。したがって、二次移植におけるＬＤＡの分析によって、化合物Ｄが一次マウスにおいて自己再生能を有する白血病幹細胞を標的とするか否かの定量的決定が可能となる。このために、二次移植のために複数の細胞用量を使用して、陽性応答（高細胞用量で生着されたマウス）および陰性応答（最低細胞用量で生着されていないマウス）の両方を達成した。各処置群のための４つの異なるＡＭＬ細胞用量（１００万、５００，０００、５０，０００および２０００個細胞／マウス）を使用し、各白血病移植片試料のために細胞用量あたり５匹のマウス、合計４０匹のマウスを用いた。侵襲性と考えられた任意の試料については、より低い細胞用量を用いてＬＤＡを実施した。ＬＳＣの頻度は、Ｗａｌｔｅｒ ａｎｄ Ｅｌｉｚａ Ｈａｌｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＷＥＨＩ）バイオインフォマティクス極限希釈分析（ＥＬＤＡ）ソフトウェア（ｂｉｏｉｎｆ．ｗｅｈｉ．ｅｄｕ．ａｕ）を使用して分析した。
大腿内移植：移植の１日前に、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスに亜致死的に照射し（２７５ｃＧｙ）、抗ＣＤ１２２抗体（２００μｇ／マウス）を用いて前処置して、残存する宿主ナチュラルキラー細胞を枯渇させた。移植の当日に、合わされたビヒクル処置または化合物Ｄ処置された（２．５ｍｇ／ｋｇ、腹膜内に１日２回、１４日間、節６．１）一次マウスから回収された生存可能に凍結された細胞を解凍し、計数し、マウス細胞を枯渇させ、３０μｌの総容量中の制限用量で前処置された二次マウス中に大腿内移植した。低ヒトＡＭＬ生着（＜２５％）を有する化合物Ｄ処置試料のために、ＲＦおよびＢＭ両方に由来する細胞を合わせ、２ラウンドのマウス枯渇を実施して、高ヒトＡＭＬ細胞純度を確実にした。９０％を超える純度を示したマウス細胞枯渇に従って、ＬＳＲＩＩフローサイトメーター（ＢＤ、米国）でフローサイトメトリーアッセイを実施した。化合物Ｄに対して十分に応答しなかった（例えば、数が低減された）試料／白血病移植片のために、より高い白血病集団を考慮してＲＦまたはＢＭいずれかに由来する細胞のみを使用してＬＤＡを実施した。マウス細胞枯渇は、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃによって提供される機器（マウス細胞枯渇キット、カタログ番号１３０－１０４－６９４、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、ドイツ）に従って実施した。
処置およびアッセイ手順：二次移植の１０～１２週後に、マウスを安楽死させ、注入した骨髄（ＲＦ）および注入していない骨髄（ＢＭ）の両方を採取し、懸濁骨髄細胞についてフラッシュした。ヒト特異的抗体を使用するフローサイトメトリーによって、注入された骨髄または注入されていない骨髄のＡＭＬの生着を分析した。各処置群の注入された骨髄または注入されていない骨髄から回収した細胞をプールし、将来の分析のために生存可能に凍結した。
注入された右大腿骨および注入されていない大腿骨から採取した細胞を、上記のようにマウス抗ヒト抗体を用いて染色した。染色後、洗浄された細胞をＬＳＲＩＩフローサイトメーター（ＢＤ、米国）で流した。各試料について合計１０，０００～２０，０００事象を収集した。収集されたデータをＦｌｏｗＪｏソフトウェアによって分析して、ヒトＣＤ４５＋ＣＤ３３＋細胞のパーセンテージによって決定された、種々の組織におけるＡＭＬ生着レベルを評価した。ＷＥＨＩバイオインフォマティクスＥＬＤＡソフトウェア（ｂｉｏｉｎｆ．ｗｅｈｉ．ｅｄｕ．ａｕ）を使用して、ビヒクル処置および化合物Ｄ処置群の間でＬＳＣの頻度を分析し、比較した。
６．４．３．２．データ分析
注入された大腿骨および注入されていない大腿骨におけるＡＭＬの生着を、フローサイトメトリーによって分析した。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを用いてグラフを作成し、統計的分析を実施した。統計的有意性は、一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）と、それに続くテューキーの多重比較事後検定を使用して評価された。
６．４．４．白血病幹細胞を含む異種移植片における急性骨髄性白血病芽細胞の根絶に対する化合物Ｄの効果
上記の１７遺伝子スコアに基づいて全ての試料を群化した。注入されたＲＦおよび注入されていないＢＭ両方において、高ＬＳＣ１７スコアを有する試料を含んでいる試料の大部分は、化合物Ｄに対してレスポンダーまたは部分レスポンダーと考えられた（３５試料のうち２９）。高ＬＳＣ１７スコアを有するＡＭＬ試料は、通常、より高い予後不良を有する標準的な化学療法に対して低レスポンダーであるので、このデータは、化合物Ｄは、予後不良の白血病を標的とし、これらの患者は、不応性および再発性の白血病患者の処置のための臨床試験の良好な候補になり得るということを示唆した。
静止状態ＬＳＣが、化合物Ｄに対して抵抗性であるか否かを決定するために、高レスポンダーのＡＭＬ細胞の二次移植を実施した。高レスポンダーは、白血病細胞が、化合物Ｄ処置後に一次マウス骨髄においてほとんど検出不可能である試料として同定した。化合物Ｄ投薬後に稀な静止状態ＬＳＣが、残存する白血病細胞において維持される場合には、それらの静止状態ＬＳＣは、活性となり、連続移植を受けた後二次マウスに再定着し得る。ビヒクルまたは化合物Ｄのいずれかを用いて処置された５匹の一次マウスから採取された合わされた総骨髄細胞を、５匹の二次マウス中に注入することによって、ＡＭＬ芽細胞が化合物Ｄ処置によって根絶された４つのＬＳＣ１７高試料を二次移植用として選択した（表９を参照されたい）。このようにして、１匹の一次マウスから採取した細胞を、任意の細胞量の希釈を行わず、任意の残存細胞を失うことなく１匹の二次マウス中に注入することができた。ＡＭＬ患者１３０３１１および１３０８２６に由来する細胞を移植された一次マウスから回収された細胞は、増殖しなかった／二次マウスのいずれにも再定着しなかった（ビヒクルおよび化合物Ｄ処置一次マウス両方から）。ビヒクル処置一次マウスから回収されたＡＭＬ患者１５０２３８由来の細胞は、５匹の二次マウスのうち１匹のみに再定着した。化合物Ｄ処置一次マウスから回収されたＡＭＬ患者１５０２３８に由来する細胞は、いずれの二次マウスにも再定着せず、ビヒクル処置一次マウスから回収されたこの患者に由来する細胞は、５匹のマウスのうち１匹のみに再定着した。ビヒクル処置一次マウスから回収されたＡＭＬ患者１１０６２５に由来する細胞は、５匹の移植された二次マウス全てに再定着したが、化合物Ｄ処置一次マウスから回収された細胞は、１匹の二次マウスの骨髄に再定着した。さらに、化合物Ｄ処置マウスから得た白血病細胞は、移植された二次マウスの骨髄には見出されず、これは、化合物Ｄレスポンダーのこのサンプリングにおいて、自己再生能を有するＬＳＣが、化合物Ｄの標的となったことを示す。

Figure 2022553427000022
６．４．５． 応答性試料における化合物Ｄによる白血病幹細胞の排除を実証するために実施される限界希釈アッセイ
ヒトＡＭＬ細胞が残存する試料で、限界希釈アッセイを伴う連続移植を実施して、化合物Ｄが一次マウスにおいてＬＳＣの頻度を減少させたか否かを決定する。回収された一次マウスの注入された右大腿骨および注入されていない骨髄からマウス骨髄細胞をまず枯渇させて、ヒト白血病細胞を精製した。精製されたヒト白血病細胞を、ビヒクル処置および化合物Ｄ処置群について同一細胞数で二次ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウス中に大腿内移植した。各患者試料の各処置群について、二次ＬＤＡアッセイのために少なくとも４つの異なる細胞用量を使用した。二次マウスは化合物Ｄを投薬されなかった。二次マウスを移植後約１２週間で屠殺して、各細胞用量でＡＭＬの生着レベルを評価した。注入された右大腿骨において総骨髄細胞の１％を超えるＣＤ４５＋ＣＤ３３＋ヒト白血病細胞を有していたマウスが、ＡＭＬ ＬＳＣによって生着されたと考えられる。ＷＥＨＩバイオインフォマティクスＥＬＤＡソフトウェア（ｂｉｏｉｎｆ．ｗｅｈｉ．ｅｄｕ．ａｕ）を使用して、ビヒクル処置および化合物Ｄ処置群の間でＬＳＣの頻度を分析して、比較した。代表的な二次移植ＬＤＡは、ＬＤＡがＥＬＤＡソフトウェアを用いて分析される方法を詳述するために表１０、表１１および図１９に示されている。ビヒクル処置または化合物Ｄ処置一次マウスから回収されたＡＭＬ患者１３０５７８の細胞を、示された細胞用量で二次マウス中に移植した（表１０）。各処置群について各細胞用量で移植され、生着されたマウスの数をまとめ（表１０を参照されたい）、ＬＳＣ頻度の算出のためにＥＬＤＡソフトウェアに入れた。
Figure 2022553427000023
 一次ビヒクル処置または化合物Ｄ処置マウスから単離された急性骨髄性白血病患者１３０５７８由来の段階希釈された急性骨髄性白血病細胞の、二次マウスへの移植および生着が示されている。
群平均ＬＳＣ頻度の信頼区間が、表１１に示されており、ＬＳＣ頻度は、ビヒクル処置一次マウスにおける１４，５３６個細胞中の１個のＬＳＣであり、および化合物Ｄ処置一次マウスにおける１３６，１３６個細胞中の１個のＬＳＣであると推定される；ビヒクルと比較した化合物Ｄ処置後のＬＳＣ頻度の９．４倍有意な減少（ｐ＝６．２×１０－５）。図１９に示される代表的な信頼区間プロットでは、赤色線は、ビヒクル対照における推定群平均ＬＳＣ頻度を表し、実線は、化合物Ｄ処置一次マウスにおける推定群平均ＬＳＣ頻度を表す。これらのデータは、ＡＭＬ患者１３０５７８において自己再生能を有するＬＳＣが、ビヒクル対照と比較して化合物Ｄによって有意に排除されたことを示す。
Figure 2022553427000024
１６のＡＭＬ患者試料（第１のパイロット研究において実施されたＬＤＡを有していた４つの試料［１１０５００、１２０８４６、１００３４８および０９１９１を含む；節６．１）からの二次移植ＬＤＡの結果が、表１２にまとめられている。１つのレスポンダー（１２０７９１）および２つのノンレスポンダー（９０１９１および１４０１７１）を含む３つの試料が、二次マウスに再定着できなかった。一次マウスにおいて化合物Ｄに対して応答性であった８つの試料、化合物Ｄに対して部分応答性であった２つの試料および３つのノンレスポンダーを含む他の１３試料は、二次マウスに再定着できた。６つの試料は、一次マウスにおいて２．１倍～１３．３倍の低減レベルで化合物Ｄ投薬後にＬＳＣ頻度を低減した。レスポンダーＡＭＬ患者１３０９２６のＬＤＡは、恐らくは、開始細胞用量が少なすぎたために、化合物ＤがＬＳＣ頻度を低減しなかったことを示した。この患者のＬＤＡの最高細胞用量は、化合物Ｄが一次異種移植マウスにおいてＡＭＬ細胞のほとんどを排除したために、マウスあたりわずか２００，０００個細胞であり、この細胞用量で、各処置群から１匹のマウスのみで再定着が生じた。他のレスポンダーとは対照的に、ＡＭＬ患者１１０４８４および１３０６９５から得られた試料は、一次マウスにおいて化合物Ｄ処置後にＬＳＣ頻度が増加した（それぞれ１．６倍および１２．６倍の増加）。３つのノンレスポンダーについて、ＡＭＬ患者１２０８５８は、侵襲性試料であり、２０００個細胞／マウス（最低ＬＤＡ用量）で十分に全てのマウスに再定着し、そのため、ビヒクル処置および化合物Ｄ処置マウスにおいてＬＳＣ頻度を決定するためには、２０００個細胞未満の用量が移植される必要があろう。化合物Ｄは、他の２つの非応答性試料においてＬＳＣの頻度を減少させなかった（それぞれＡＭＬ患者１２０８６０および１２０８４６から得た試料について１．３倍および１．８倍の増加）。
Figure 2022553427000025
６．４．６．結論
ヒトＡＭＬを有するＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおける化合物Ｄ処置後、ＬＤＡを用いて二次移植を実施して、化合物ＤがＬＳＣを標的とできるか否かを決定した。応答性白血病試料の大部分は、化合物Ｄによって標的とされるＬＳＣを有しており、頻度の変動する低減（１０試料のうち６）を有していた。ＬＳＣの頻度は、化合物Ｄ処置に対する、１つのレスポンダーにおいて低減されず、２つのレスポンダーにおいて増加した。化合物Ｄは、二次マウスに再定着した３つのノンレスポンダーにおいてＬＳＣ頻度を低減しなかった。全体的に、これらの結果は、化合物Ｄは、ヒトＡＭＬのマウスモデルにおいてレスポンダーの白血病芽細胞を標的とするだけでなく、自己再生能を有するＬＳＣも低減したということを示す。化合物Ｄは、全てのＡＭＬ試料においてＬＳＣを標的としなかったという観察結果は、化合物Ｄに対するＡＭＬにおけるＬＳＣの抵抗性および応答不均一性を反映する。
前述のことから、例示の目的で特定の実施形態が本明細書に記載されているが、本明細書で提供されるものの趣旨および範囲から逸脱することなく、様々な改変を行うことができることが理解されよう。上記で参照されている全ての参考文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

Claims (31)

  1. 化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高い急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、
    ｉ．対象から試料を用意する工程；
    ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；
    ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；および
    ｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
    を含み、該化合物が、以下の構造：
    Figure 2022553427000026
     を有する２－（４－クロロフェニル）－Ｎ－（（２－（２，６－ジオキソピペリジン－３－イル）－１－オキソイソインドリン－５－イル）メチル）－２，２－ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、
    またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法。
  2. 化合物によってＡＭＬを有する対象を処置する方法であって、
    （ａ）化合物を含む処置に対して応答性であり得るＡＭＬを有する対象を同定する工程であって、
    ｉ．対象から試料を用意する工程；
    ｉｉ．試料中の１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルを測定する工程；
    ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、試料の白血病幹細胞（ＬＳＣ）シグネチャースコアを算出する工程；および
    ｉｖ．ＬＳＣシグネチャースコアのレベルがその参照レベルよりも高い場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
    を含む工程、ならびに
    （ｂ）対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程
    を特徴とし、
    該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法。
  3. ＬＳＣシグネチャースコアが、１つまたはそれ以上の遺伝子の発現レベルの加重和として算出される、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 参照レベルが、集団のＬＳＣシグネチャースコアの中央値である、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 参照レベルが、所定のＬＳＣシグネチャースコアレベルである、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  6. ＬＳＣシグネチャースコアの参照レベルよりも高いＬＳＣシグネチャースコアが、対象が難治性ＡＭＬおよび／または不応性ＡＭＬを有することを示す、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
  7. １つまたはそれ以上の遺伝子が、
    （ａ）ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、ＧＡＴＡ２、ＳＬＣ２５Ａ３７、ＳＧＫ、ＬＯＣ６５２６９４、ＩＴＰＲ３、ＬＯＣ６５４１０３、ＣＸＣＲ４、ＦＣＲＬ３、ＲＢＭ３８、ＬＩＬＲＡ５、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＣＣＤＣ１０９Ｂ、ＩＳＧ２０、ＭＴＳＳ１、ＣＥＣＲ１、ＡＤＡＭ１９、ＦＣＧＲ２Ａ、ＡＩＭ２、ＮＰＬ、ＩＬ１０ＲＡ、ＣＴＳＬ１、ＧＮＬＹ、ＣＫＡＰ４、ＡＤＭ、ＫＬＲＢ１、ＳＬＣ１５Ａ３、ＦＧＲ、ＦＣＲＬＡ、ＩＬ２ＲＢ、ＣＸＣＬ１６、ＳＬＣ４Ａ１、ＧＺＭＨ、ＦＬＪ２２６６２、ＬＯＣ６４７５０６、ＧＩＭＡＰ４、ＪＡＺＦ１、ＣＴＳＨ、ＧＺＭＡ、ＣＨＳＴ１５、ＡＱＰ９、ＣＤ２４７、ＢＣＬ６、ＳＬＣ７Ａ７、Ｅ２Ｆ２、ＬＯＣ６４７４５０、ＧＺＭＢ、ＬＯＣ６５２４９３、ＨＢＭ、ＣＤ１４、ＡＬＡＳ２、ＨＢＢ、ＬＯＣ６４２１１３、ＡＨＳＰ、ＦＣＮ１、ＣＤ４８、ＨＢＡ２、およびＨＢＡ１、または
    （ｂ）ＣＤ３４、ＳＰＩＮＫ２、ＬＡＰＴＭ４８、ＨＯＸＡ５、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＳＨＡＮＫ３、ＡＮＧＰＴ１、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＬＯＣ２８４４２２、ＭＹＣＮ、ＭＡＭＤＣ２、ＰＲＳＳＬ１、ＫＩＡＡ０１２５、ＧＰＳＭ１、ＨＯＸＡ９、ＭＭＲＮ１、ＦＳＣＮ１、ＤＮＭＴ３８、ＨＯＸＡ６、ＡＩＦ１Ｌ、ＳＯＣＳ２、ＣＤＫ６、ＦＡＭ６９Ｂ、ＮＧＦＲＡＰ１、Ｃ３ｏｒｆ５４、ＣＰＸＭ１、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＢＴＢ４６、ＤＰＹＳＬ３、ＮＹＮＲＩＮ、ＣＯＬ２４Ａ１、ＦＡＭ３０Ａ、Ｃ１０ｏｒｆ１４０、ＳＰＮＳ２、ＧＰＲ５６、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＬＴ３、ＴＦＰＩ、ＫＣＮＫ１７、ＥＰＤＲ１、Ｃ１ｏｒｆ１５０、ＢＩＶＭ、Ｈ２ＡＦＹ２、ＶＷＦ、ＥＭＰ１、ＲＡＧＥ、ＡＴＰ８Ｂ４、およびＧＡＴＡ２からなる群から選択される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. １つまたはそれ以上の遺伝子が、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６からなる群から選択される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  9. ＬＳＣシグネチャースコアが、ＡＫＲ１Ｃ３、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＣＤ３４、ＣＤＫ６、ＣＰＸＭ１、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＰＹＳＬ３、ＥＭＰ１、ＧＰＲ５６、ＫＩＡＡ０１２５、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＭＭＲＮ１、ＮＧＦＲＡＰ１、ＮＹＮＲＩＮ、ＳＭＩＭ２４、ＳＯＣＳ２、およびＺＢＴＢ４６の遺伝子発現レベルに基づく、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  10. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×ＤＮＭＴＴ３Ｂの重み）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×ＺＢＴＢ４６の重み）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×ＮＹＮＲＩＮの重み）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×ＡＲＨＧＡＰ２２の重み）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×ＬＡＰＴＭ４Ｂの重み）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×ＭＭＲＮ１の重み）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×ＤＰＹＳＬ３の重み）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×ＫＩＡＡ０１２５の重み）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×ＣＤＫ６の重み）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×ＣＰＸＭ１の重み）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×ＳＯＣＳ２の重み）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×ＳＭＩＭ２４の重み）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×ＥＭＰ１の重み）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×ＮＧＦＲＡＰ１の重み）＋（ＣＤ３４の発現レベル×ＣＤ３４の重み）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×ＡＫＲ１Ｃ３の重み）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×ＧＰＲ５６の重み）として算出され；ならびに
    ＤＮＭＴＴ３Ｂの重みが０．０８～０．０９の範囲であり、ＺＢＴＢ４６の重みが－０．０３～－０．０４の範囲であり、ＮＹＮＲＩＮの重みが－０．００８～－０．００９の範囲であり、ＡＲＨＧＡＰ２２の重みが－０．０１５～０．０１の範囲であり、ＬＡＰＴＭ４Ｂの重みが－０．００６～０．００５の範囲であり、ＭＭＲＮ１の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＤＰＹＳＬ３の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＫＩＡＡ０１２５の重みが０．０１～０．０２の範囲であり、ＣＤＫ６の重みが－０．０８～－０．０７の範囲であり、ＣＰＸＭ１の重みが－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＳＯＣＳ２の重みが０．０２～０．０３の範囲であり、ＳＭＩＭ２４の重みが－０．０２～－０．０３の範囲であり、ＥＭＰ１の重みが０．０１４～０．０２の範囲であり、ＮＧＦＲＡＰ１の重みが０．０４～０．０５の範囲であり、ＣＤ３４の重みが０．０３～０．０４の範囲であり、ＡＫＲ１Ｃ３の重みが－０．０４～－０．０５の範囲であり、およびＧＰＲ５６の重みが０．０４～０．０５５の範囲である、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  11. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＤＮＭＴ３Ｂの発現レベル×０．０８７４）＋（ＺＢＴＢ４６の発現レベル×－０．０３４７）＋（ＮＹＮＲＩＮの発現レベル×０．００８６５）＋（ＡＲＨＧＡＰ２２の発現レベル×－０．０１３８）＋（ＬＡＰＴＭ４Ｂの発現レベル×０．００５８２）＋（ＭＭＲＮ１の発現レベル×０．０２５８）＋（ＤＰＹＳＬ３の発現レベル×０．０２８４）＋（ＫＩＡＡ０１２５の発現レベル×０．０１９６）＋（ＣＤＫ６の発現レベル×－０．０７０４）＋（ＣＰＸＭ１の発現レベル×－０．０２５８）＋（ＳＯＣＳ２の発現レベル×０．０２７１）＋（ＳＭＩＭ２４の発現レベル×－０．０２２６）＋（ＥＭＰ１の発現レベル×０．０１４６）＋（ＮＧＦＲＡＰ１の発現レベル×０．０４６５）＋（ＣＤ３４の発現レベル×０．０３３８）＋（ＡＫＲ１Ｃ３の発現レベル×－０．０４０２）＋（ＧＰＲ５６の発現レベル×０．０５０１）として算出される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  12. 参照レベルが、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、または２である、請求項１１に記載の方法。
  13. ＬＳＣシグネチャースコアが、ＴＮＦＲＳＦ４、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２の遺伝子発現レベルに基づく、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  14. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×ＴＮＦＲＳＦ４の重み）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＴＮＦＲＳＦ４の重みが－１．５～－１の範囲であり、ＳＬＣ４Ａ１の重みが１３～１４の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みが－４～－３の範囲であり、ＡＩＭ２の重みが－３～－４の範囲である、請求項１３に記載の方法。
  15. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＴＮＦＲＳＦ４の発現レベル×－１．１３）＋（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される、請求項１３に記載の方法。
  16. 参照レベルが、－５０～１１５、－４５～１１０、－４０～１０５、－３７～１００、－３０～９５、－２５～９０、－２０～８５、－１５～８０、－１０～７５、－５～７０、０～６５、５～６０、１０～５５、１５～５０、２０～４５、２５～４０、または３０～３５の範囲である、請求項１５に記載の方法。
  17. ＬＳＣシグネチャースコアが、ＳＬＣ４Ａ１、ＳＬＣ７Ａ７、およびＡＩＭ２の遺伝子発現レベルに基づく、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  18. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×ＳＬＣ４Ａ１の重み）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×ＳＬＣ７Ａ７の重み）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×ＡＩＭ２の重み）として算出され、ＳＬＣ４Ａ１の重みが１１～１５の範囲であり、ＳＬＣ７Ａ７の重みが－５．５～－１．５の範囲であり、ＡＩＭ２の重みが－５～－１の範囲である、請求項１７に記載の方法。
  19. ＬＳＣシグネチャースコアが、以下：（ＳＬＣ４Ａ１の発現レベル×１３．５９）＋（ＳＬＣ７Ａ７の発現レベル×－３．５７）＋（ＡＩＭ２の発現レベル×－３．０４）として算出される、請求項１７に記載の方法。
  20. 参照レベルが、－６５～１１０、－６０～１０５、－５５～１００、－４９～９３、－４５～９０、－４０～８５、－３５～８０、－３０～７５、－２５～７０、－２０～６５、－１５～６０、－１０～５５、－５～５０、０～４５、５～４０、１０～３５、１５～３０、２０～３５、または２５～３０の範囲である、請求項１９に記載の方法。
  21. 化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いＡＭＬを有する対象を同定するか、またはＡＭＬを有する対象またはＡＭＬを有する疑いがある対象の、化合物を含む処置への応答性を予測する方法であって、
    ｉ．対象から試料を用意する工程；
    ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；
    ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合を測定する工程；
    ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合が細胞の参照割合と相違する場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
    を特徴とし、該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法。
  22. 化合物によってＡＭＬを有する対象を処置する方法であって、
    （ａ）化合物を含む処置に対して応答性であり得るＡＭＬを有する対象を同定する工程であって、
    ｉ．対象から試料を用意する工程；
    ｉｉ．試料に化合物を投与する工程；
    ｉｉｉ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合を測定する工程；および
    ｉｖ．１つまたはそれ以上の細胞型の割合が細胞の参照割合と相違する場合、化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして対象を同定する工程
    を含む工程、ならびに
    （ｂ）対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いとして同定される場合、治療有効量の化合物を対象に投与する工程
    を特徴とし、
    該化合物が、化合物Ｄ、またはその立体異性体もしくは立体異性体の混合物、同位体置換体、薬学的に許容される塩、互変異性体、溶媒和化合物、水和物、共結晶、クラスレート、または多形体である、方法。
  23. 細胞型の参照割合が、化合物を投与する前の試料中の細胞型の割合である、請求項２１または請求項２２に記載の方法。
  24. 細胞型の参照割合が、所定の割合である、請求項２１または請求項２２に記載の方法。
  25. 原始細胞の割合および／または分化白血病細胞の割合を測定する工程を含む、請求項２１～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 化合物を投与する前のそれらのそれぞれの割合と比較した、原始細胞の割合の減少および／または分化白血病細胞の割合の増加が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す、請求項２５に記載の方法。
  27. ＣＤ３４＋、ＣＤ１５＋細胞、ＣＤ１４＋細胞、および／またはＣＤ１１ｂ＋細胞の割合を測定する工程を含む、請求項２１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. ＣＤ３４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ３４＋細胞の割合と比較した、ＣＤ３４＋細胞の割合の減少が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. ＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合を測定する工程を含み、化合物を投与する前のＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合と比較した、ＣＤ１５＋細胞および／またはＣＤ１４＋細胞の割合の増加が、対象が化合物を含む処置に対して応答性である可能性が高いことを示す、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
  30. ＡＭＬが、不応性または難治性である、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. ＡＭＬが、ダウノルビシン、シタラビン（ａｒａ－Ｃ）、およびゲムツズマブオゾガマイシンからなる群から選択される１つまたはそれ以上の薬剤を使用する処置に難治性であるか、または化学療法に難治性である、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
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