KR20220106976A - 백혈병을 치료하는 방법, 및 요법에 대한 임상 민감도를 예측하기 위한 백혈병 줄기 세포 시그니처의 용도 - Google Patents

백혈병을 치료하는 방법, 및 요법에 대한 임상 민감도를 예측하기 위한 백혈병 줄기 세포 시그니처의 용도 Download PDF

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카일 제임스 맥베스
다니엘 웨스턴 피어스
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진홍 판
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Abstract

다양한 질환 및 장애, 예컨대 암 (예를 들어, 림프종, 다발성 골수종 (MM), 및 백혈병, 예컨대 급성 골수성 백혈병 (AML))을 갖는 환자에서 특정 화합물에 대한 임상 민감도 및 치료 반응을 예측하고 모니터링하는데 있어서, 특정 바이오마커, 예컨대 유전자 세트 (예를 들어, 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처)를 사용하는 방법이 본원에 제공된다. 또한, 특정 실시양태에서, 치료 화합물을 사용하여 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다.

Description

백혈병을 치료하는 방법, 및 요법에 대한 임상 민감도를 예측하기 위한 백혈병 줄기 세포 시그니처의 용도
관련 출원에 대한 상호-참조
본 출원은 2019년 10월 28일에 출원된 미국 특허 가출원 62/927,052를 우선권 주장하며, 이 특허 가출원은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
1. 분야
일부 실시양태에서, 다양한 질환 및 장애, 예컨대 암 (예를 들어, 림프종, 다발성 골수종 (MM), 및 백혈병, 예컨대 급성 골수성 백혈병 (AML))을 갖는 환자에서 특정 화합물에 대한 임상 민감도 및 치료 반응을 예측하고 모니터링하는데 있어서, 특정 바이오마커, 예컨대 유전자 세트 (예를 들어, 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처)를 사용하는 방법이 본원에 제공된다. 또한, 특정 실시양태에서, 치료 화합물을 사용하여 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
2. 배경
암은 주로 주어진 정상 조직으로부터 유래된 비정상 세포의 수의 증가, 이들 비정상 세포에 의한 인접 조직의 침범, 또는 국소 림프절 및 먼 부위로의 악성 세포의 림프 또는 혈액-매개 확산 (전이)을 특징으로 한다. 일반적으로, 암은 고형암 및 혈액암으로 나뉜다. 고형암의 예는 흑색종, 부신 암종, 유방 암종, 신세포암, 췌장 암종, 및 소세포 폐 암종 (SCLC) 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
혈액암은 일반적으로 3가지 주요 유형을 포함한다: 림프종, 백혈병, 및 골수종. 림프종은 림프계에서 비롯되는 암을 지칭한다. 림프종은 호지킨 림프종, 비호지킨 림프종 (NHL), 미만성 거대 B-세포 림프종 (DLBCL), 및 말초 T- 세포 림프종 (PTCL) 등을 포함하나, 그에 제한되지는 않는다. 백혈병은 혈액-형성 조직의 악성 신생물을 지칭한다. 급성 백혈병은 주로 미분화 세포 집단을 수반하며, 한편 만성 백혈병은 더 성숙한 세포 형태를 수반한다. 급성 백혈병은 급성 림프모구성 백혈병 (ALL) 및 급성 골수모구성 백혈병 (AML) 유형으로 나뉜다. 만성 백혈병은 만성 림프구성 백혈병 (CLL) 또는 만성 골수구성 백혈병 (CML)으로 나뉜다. 골수종은 골수에 있는 형질 세포의 암이다. 골수종은 골수의 많은 부위에서 빈번히 발생하기 때문에, 이는 다발성 골수종 (MM)으로 종종 칭해진다.
따라서 림프종 (예를 들어, NHL), MM, 백혈병 (예를 들어, AML), 및 고형암을 포함하나 이에 제한되지는 않는 암을 가진 환자를 치료하는데 사용될 수 있는 신규한 방법, 치료제 및 조성물에 대한 엄청난 수요가 있다. 암을 치료하는데 안전하고 효과적으로 사용될 수 있는 화합물을 제공하기 위한 목적으로 다수의 연구가 수행되었다. 예를 들어, 우리는 최근에 백혈병 (예를 들어, AML)을 포함하나 이에 제한되지는 않는 암을 치료하는데 유용한 특정 화합물 (예를 들어, 화합물 D)을 확인하였다. 그러나, 이들 화합물의 약력학적 활성을 검출, 정량화, 및 특징화하기 위한 효율적이고 민감성이며 정확한 방법을 개발할 필요가 있다. 본 발명은 이들 및 기타 요구를 충족시킨다.
3. 발명의 개요
화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 급성 골수성 백혈병을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법이 본원에 제공된다. 또한, AML을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
한 측면에서, 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 급성 골수성 백혈병 (AML)을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, 하기를 포함하며:
i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것;
iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및
iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것,
여기서 화합물은 하기 구조식을 갖는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드 (화합물 D):
Figure pct00001
또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
방법이 본원에 제공된다.
또 다른 측면에서, AML을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법으로서, 하기 단계를 포함하며:
(a) 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 수 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하는 단계로서, 하기를 포함하는 단계:
i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것;
iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및
iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것, 및
(b) 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 단계,
여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
방법이 제공된다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 1개 이상의 유전자의 발현 수준의 가중치 합계로서 계산된다.
특정 실시양태에서, 참조 수준은 집단에서의 중앙값 LSC 시그니처 점수이다.
특정 실시양태에서, 참조 수준은 미리 결정된 LSC 시그니처 점수 수준이다.
특정 실시양태에서, 그의 참조 수준보다 높은 LSC 시그니처 점수는 대상체가 내성 및/또는 불응성 AML을 가짐을 시사한다.
특정 실시양태에서, 1개 이상의 유전자는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다:
(a) CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, GATA2, SLC25A37, SGK, LOC652694, ITPR3, LOC654103, CXCR4, FCRL3, RBM38, LILRA5, IL18RAP, CCDC109B, ISG20, MTSS1, CECR1, ADAM19, FCGR2A, AIM2, NPL, IL10RA, CTSL1, GNLY, CKAP4, ADM, KLRB1, SLC15A3, FGR, FCRLA, IL2RB, CXCL16, SLC4A1, GZMH, FLJ22662, LOC647506, GIMAP4, JAZF1, CTSH, GZMA, CHST15, AQP9, CD247, BCL6, SLC7A7, E2F2, LOC647450, GZMB, LOC652493, HBM, CD14, ALAS2, HBB, LOC642113, AHSP, FCN1, CD48, HBA2, 및 HBA1, 또는
(b) CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, 및 GATA2.
특정 실시양태에서, 1개 이상의 유전자는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46의 유전자 발현 수준을 기준으로 한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산되며: (DNMT3B의 발현 수준 × DNMTT3B의 가중치) + (ZBTB46의 발현 수준 × ZBTB46의 가중치) + (NYNRIN의 발현 수준 × NYNRIN의 가중치) + (ARHGAP22의 발현 수준 × ARHGAP22의 가중치) + (LAPTM4B의 발현 수준 × LAPTM4B의 가중치) + (MMRN1의 발현 수준 × MMRN1의 가중치) + (DPYSL3의 발현 수준 × DPYSL3의 가중치) + (KIAA0125의 발현 수준 × KIAA0125의 가중치) + (CDK6의 발현 수준 × CDK6의 가중치) + (CPXM1의 발현 수준 × CPXM1의 가중치) + (SOCS2의 발현 수준 × SOCS2의 가중치) + (SMIM24의 발현 수준 × SMIM24의 가중치) + (EMP1의 발현 수준 × EMP1의 가중치) + (NGFRAP1의 발현 수준 × NGFRAP1의 가중치) + (CD34의 발현 수준 × CD34의 가중치) + (AKR1C3의 발현 수준 × AKR1C3의 가중치) + (GPR56의 발현 수준 × GPR56의 가중치); DNMTT3B의 가중치는 0.08 내지 0.09의 범위이고, ZBTB46의 가중치는 - 0.03 내지 - 0.04의 범위이고, NYNRIN의 가중치는 - 0.008 내지 0.009의 범위이고, ARHGAP22의 가중치는 -0.015 내지 0.01의 범위이고, LAPTM4B의 가중치는 -0.006 내지 0.005의 범위이고, MMRN1의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, DPYSL3의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, KIAA0125의 가중치는 0.01 내지 0.02의 범위이고, CDK6의 가중치는 - 0.08 내지 - 0.07의 범위이고, CPXM1의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, SOCS2의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, SMIM24의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, EMP1의 가중치는 0.014 내지 0.02의 범위이고, NGFRAP1의 가중치는 0.04 내지 0.05의 범위이고, CD34의 가중치는 0.03 내지 0.04의 범위이고, AKR1C3의 가중치는 - 0.04 내지 - 0.05의 범위이고, GPR56의 가중치는 0.04 내지 0.055의 범위이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산된다: (DNMT3B의 발현 수준 × 0.0874) + (ZBTB46의 발현 수준 × - 0.0347) + (NYNRIN의 발현 수준 × 0.00865) + (ARHGAP22의 발현 수준 × - 0.0138) + (LAPTM4B의 발현 수준 × 0.00582) + (MMRN1의 발현 수준 × 0.0258) + (DPYSL3의 발현 수준 × 0.0284) + (KIAA0125의 발현 수준 × 0.0196) + (CDK6의 발현 수준 × - 0.0704) + (CPXM1의 발현 수준 × - 0.0258) + (SOCS2의 발현 수준 × 0.0271) + (SMIM24의 발현 수준 × - 0.0226) + (EMP1의 발현 수준 × 0.0146) + (NGFRAP1의 발현 수준 × 0.0465) + (CD34의 발현 수준 × 0.0338) + (AKR1C3의 발현 수준 × - 0.0402) + (GPR56의 발현 수준 × 0.0501).
특정 실시양태에서, 참조 수준은 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 또는 2이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2의 유전자 발현 수준을 기준으로 한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산되며: (TNFRSF4의 발현 수준 × TNFRSF4의 가중치) + (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); TNFRSF4의 가중치는 - 1.5 내지 -1의 범위이고, SLC4A1의 가중치는 13내지 14의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 4 내지 -3의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 3 내지 -4의 범위이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산된다: (TNFRSF4의 발현 수준 × - 1.13) + (SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
특정 실시양태에서, 참조 수준은 - 50 내지 115, - 45 내지 110, - 40 내지 105, - 37 내지 100, - 30 내지 95, - 25 내지 90, - 20 내지 85, - 15 내지 80, - 10 내지 75, - 5 내지 70, 0 내지 65, 5 내지 60, 10 내지 55, 15 내지 50, 20 내지 45, 25 내지 40, 또는 30 내지 35의 범위이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2의 유전자 발현 수준을 기준으로 한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산되며: (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); SLC4A1의 가중치는 11 내지 15의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 5.5 내지 - 1.5의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 5 내지 - 1의 범위이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산된다:
(SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
특정 실시양태에서, 참조 수준은 - 65 내지 110, - 60 내지 105, - 55 내지 100, - 49 내지 93, - 45 내지 90, - 40 내지 85, - 35 내지 80, - 30 내지 75, - 25 내지 70, - 20 내지 65, - 15 내지 60, - 10 내지 55, - 5 내지 50, 0 내지 45, 5 내지 40, 10 내지 35, 15 내지 30, 20 내지 35, 또는 25 내지 30의 범위이다.
또 다른 측면에서, 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, 하기를 포함하며:
i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것;
iii. 1종 이상의 유형의 세포의 비율을 측정하는 것;
iv. 1종 이상의 유형의 세포의 비율이 세포의 참조 비율과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것,
여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
방법이 본원에 제공된다.
또 다른 측면에서, AML을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법으로서, 하기 단계를 포함하며:
(a) 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 수 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하는 단계로서, 하기를 포함하는 단계:
i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것;
iii. 1종 이상의 유형의 세포의 비율을 측정하는 것;
iv. 1종 이상의 유형의 세포의 비율이 세포의 참조 비율과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것, 및
(b) 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 단계,
여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
방법이 본원에 제공된다.
특정 실시양태에서, 한 유형의 세포의 참조 비율은 화합물을 투여하기 전 샘플에서의 한 유형의 세포의 비율이다.
특정 실시양태에서, 한 유형의 세포의 참조 비율은 미리 결정된 비율이다.
특정 실시양태에서, 방법은 원시 세포의 비율 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율을 측정하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 화합물을 투여하기 전 그의 각각의 비율과 비교하여 원시 세포의 비율의 감소 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
특정 실시양태에서, 방법은 CD34+, CD15+ 세포, CD14+ 세포, 및/또는 CD11b+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 방법은 CD34+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 상기 화합물을 투여하기 전 CD34+ 세포의 비율과 비교하여 CD34+ 세포의 비율의 감소는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
특정 실시양태에서, 방법은 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 상기 화합물을 투여하기 전 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율과 비교하여 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
특정 실시양태에서, AML은 불응성 또는 내성이다.
특정 실시양태에서, AML은 다우노루비신, 시타라빈 (ara-C), 및 겜투주맙 오조가마이신으로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 작용제를 사용한 치료에 내성이거나, 또는 화학요법에 내성이다.
4. 도면의 간단한 설명
도 1a-1c는 시험관내 급성 골수성 세포에서 GSPT1의 화합물 D-매개 분해를 도시한다. 도 1a는 4시간 동안 다양한 LSC17 점수의 표시된 AML 환자 샘플과 함께 화합물 D의 시험관내 인큐베이션 후, 알렉사(Alexa) 플루오르 647 형광단의 MFI에 의해 측정된, GSPT1에 대한 항-GSPT-1 접합된 항체 결합을 사용하는 유동 세포측정 분석에 의해 사정된 바와 같은 GSPT1의 분해를 나타낸다. 도 1b는 24시간 동안 다양한 LSC17 점수의 표시된 AML 환자 샘플과 함께 화합물 D의 시험관내 인큐베이션 후, 알렉사 플루오르 647 형광단의 MFI에 의해 측정된, GSPT1에 대한 항-GSPT-1 접합된 항체 결합을 사용하는 유동 세포측정 분석에 의해 사정된 바와 같은 GSPT1의 분해를 나타낸다. 결과는 비히클 대조군의 백분율로 표시된다 (1.0은 100%에 상당함). 도 1c는 높고 낮은 LSC17 점수를 받은 AML 환자 샘플에 대해 사정된 바와 같이 24시간 동안 100 nM 화합물 D 인큐베이션 후 GSPT1의 분해를 나타내며, 결과는 평균의 표준 오차를 나타내는 오차 막대와 함께 평균으로 표시된다. GSPT1 = G1기에서 S기로의 전이 단백질 1이며; ID = 식별; LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 시그니처; MFI = 중앙 형광 강도; nd = 결정되지 않음.
도 2a-2c는 시험관내에서 원발성 급성 골수성 백혈병 모세포의 아폽토시스의 화합물 D-매개 유도를 도시한다. 도 2a는 세포사멸 세포를 결정하기 위한 대표적인 유동 세포측정 도트 플롯을 나타낸다 (상단 패널은 FSC/SSC 개폐 세포에 의해 사정된 바와 같은 아폽토시스를 나타내고, 하단 패널은 비히클 (0 nM) 또는 100 nM 화합물 D 처리 후 아넥신V 염색에 의해 사정된 바와 같은 세포사멸을 나타냄). 도 2b는 화합물 D (0, 3, 30, 또는 100 nM)와 함께 인큐베이션한 후 9명의 AML 환자 샘플에 대해 사정된 아넥신 V+ 세포 (아폽토시스)의 백분율을 나타낸다. 샘플은 높은 LSC17 점수와 낮은 LSC17 점수에 의해 그룹핑되었다. 도 2c는 화합물 D (0, 3, 30, 또는 100 nM)와 함께 인큐베이션한 후 9개의 AML 환자 샘플에 대해 사정된 총 세포 수를 나타낸다. 샘플은 높은 LSC17 점수와 낮은 LSC17 점수로 그룹핑되었다. 데이터는 평균의 표준 오차를 나타내는 오차 막대와 함께 군 평균으로 표시된다. P 값은 LSC17 높은 군과 LSC17 낮은 군 간의 통계적 비교를 나타낸다. FSC = 전방 산란; LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 시그니처; SSC = 측방 산란; 7AAD = 7-아미노악티노마이신 D.
도 3은 콜로니 형성 백혈병 전구체의 화합물 D-매개 억제를 도시한다. 화합물 D (0, 3, 30 또는 100 nM)와 함께 인큐베이션한 후 9개의 AML 환자 샘플에 대해 24시간에 형성된 콜로니 수를 100,000개 세포당 사정하였으며 샘플이 높은 LSC17 점수와 낮은 LSC17 점수로 그룹핑된 경우 콜로니를 형성한 샘플에서 콜로니 감소를 비히클 대조군의 퍼센트로 사정하였다. 결과는 평균의 표준 오차를 나타내는 오차 막대와 함께 군 평균으로 표시된다. ID = 식별; LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 시그니처.
도 4는 급성 골수성 백혈병 환자 110500 및 환자 90191 이종이식편에 대한 화합물 D의 효과를 도시한다. 상이한 용량의 화합물 D로 처리한 후 우측 대퇴골 (RF) 또는 좌측 대퇴골 + 경골 골수 (BM)로부터 상이한 마커 (CD34+ 또는 CD15+)를 가진 AML 세포 또는 AML 세포의 백분율이 플롯팅된다. P 값은 동일한 골수 공급원의 비히클 대조군에 대한 통계적 비교를 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; 입찰가 = 1일 2회; BM = 골수 (주사되지 않음); Qd = 매일; RF = 우측 대퇴골 (AML-세포 주사됨).
도 5는 높은 LSC17 시그니처 점수를 가진 샘플에서 화합물 D에 대한 반응도 및 상이한 유형의 세포 변화를 도시한다. AML 세포의 백분율 또는 CD34+ 세포의 백분율, 및 높은 LSC17 점수를 가진 3개의 AML 샘플로부터 RF 또는 BM의 AML 또는 CD34+ 세포에 대한 절대 세포 수가 표시된다. 원 기호는 비히클 대조군 마우스로부터의 데이터를 나타내고 정사각형 기호는 화합물 D-처리된 마우스를 나타낸다. P-값은 화합물 D-처리와 비히클 대조군 사이의 통계적 비교를 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않음); LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 시그니처; RF = 우측 대퇴골 (AML-세포 주사됨).
도 6은 낮은 LSC17 시그니처 점수를 가진 샘플에서 화합물 D에 대한 반응도 및 상이한 유형의 세포 변화를 도시한다. AML 세포의 백분율 또는 CD34+ 세포의 백분율, 및 낮은 LSC17 점수를 가진 3개의 AML 샘플로부터 RF 또는 BM의 AML 또는 CD34+ 세포에 대한 절대 세포 수가 표시된다. 원 기호는 비히클 대조군 마우스로부터의 데이터를 나타내고 정사각형 기호는 화합물 D-처리된 마우스를 나타낸다. P-값은 화합물 D-처리와 비히클 대조군 사이의 통계적 비교를 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않음); LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 시그니처; RF = 우측 대퇴골 (AML-세포 주사됨).
도 7a-7e는 1차 이식된 마우스의 화합물 D 처리 후 2차 이식을 도시한다. 도 7a는 2.5 mg/kg 화합물 D-투여된 1차 마우스의 골수로부터 단리된 AML 환자 샘플 110590의 세포가 주사된 2차 마우스의 골수 (RF 또는 BM)로부터 생착된 AML 세포의 백분율을 나타낸다. 제한 희석 검정 (LDA) 분석 (하단 패널)은 비히클 (하단 패널)과 비교하여 화합물 D 투약 후 백혈병 줄기 세포 (LSC)에서 13.3배 감소를 나타낸다. 도 7b는 2.5 mg/kg 화합물 D-투여된 1차 마우스의 골수로부터 단리된 AML 환자 샘플 120860의 세포가 주사된 2차 마우스의 골수 (RF 또는 BM)로부터 생착된 AML 세포의 백분율을 나타낸다. 제한 희석 검정 (LDA) 분석 (하단 패널)은 LSC 빈도에 어떤 차이도 없음을 나타낸다. 도 7c는 2.5 mg/kg 화합물 D-투여된 1차 마우스의 골수로부터 단리된 AML 환자 샘플 100348의 세포가 주사된 2차 마우스의 골수 (RF)로부터 생착된 AML 세포의 백분율을 나타낸다. 도 7d는 각각의 환자 샘플에 대한 1차-처리된 마우스로부터의 단리된 골수에서 CD45+ 세포의 백분율을 나타낸다. 각각의 2차 마우스에 주사된 총 세포 및 총 AML 세포 (마우스 세포 고갈 없음)가 또한 표시된다. 도 7e는 비히클- 또는 화합물 D-처리된 1차 이종이식 마우스로부터의 AML 환자 샘플 110102 (상단) 또는 AML 환자 샘플 0590 (하단)의 세포를 수용한 2차 마우스에서 AML 이식편의 백분율을 나타내며, 각각의 기호는 단일 2차 이식된 마우스를 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않음); ID = 식별; K = 천; M = 백만; RF = 우측 대퇴골 (AML 세포 주사됨).
도 8a-8b는 제대혈 이종이식편의 대표적인 유동 세포측정 분석을 도시한다. 도 8a는 제대혈-이종이식된 비히클로부터 단리된 세포 집단의 확인을 위한 대표적인 게이팅 전략을 나타낸다. 도 8b는 화합물 D-처리된 마우스 골수로부터 단리된 세포 집단의 확인을 위한 대표적인 게이팅 전략을 나타낸다. CD45+ 세포를 게이팅하고 (GlyA-CD45+, 좌측 열) 추가로 서브게이팅하여 CD38 및 CD34 발현 (좌측으로부터 두 번째 열) 또는 CD19 및 CD33 발현 (중간 열)을 결정하였다. GlyA-CD45+ 및 GlyA-CD45+CD33+ 세포를 서브게이팅하여 CD14 및 CD15의 발현을 결정하였다 (각각 우측 및 맨 우측 열로부터 두 번째). BM = 골수 (주사되지 않음); GlyA = 글리코포린 A; RF = 우측 대퇴골 (급성 골수성 백혈병 세포 주사됨).
도 9a-9d는 제대혈 이식편 집단에 대한 화합물 D의 효과를 도시한다. CB1 및 CB2 생착된 세포에 대해 하위 세포 유형 각각의 백분율 또는 절대 세포 수를 플롯팅하였다. 도 9a는 CB1 및 CB2 생착된 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 9b는 CD19+ 또는 CD33+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 9c는 CD45+ 이식편에서의 CD15+ 또는 CD14+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 9d는 GlyA+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 원 기호는 비히클-대조군 처리된 마우스의 데이터를 나타내고, 정사각형 기호는 화합물 D-처리된 마우스의 데이터를 나타낸다. P 값은 화합물 D-처리된 대 대조군의 통계적 비교를 나타낸다. BM = 골수 (주사되지 않음); CB = 제대혈; GlyA = 글리코포린 A; RF = 우측 대퇴골 (AML 세포-주사됨).
도 10a-10d는 CD34+ 및 CD34+/CD38- 원시 세포에 대한 화합물 D의 효과를 도시한다. CB1 및 CB2 생착된 세포에 대한 RF 또는 BM에 대해 하위 세포 유형 각각의 백분율 또는 절대 세포 수를 플롯팅하였다. 도 10a는 CD34+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 10b는 CD34+/CD38- 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 10c는 CD34+/CD19+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 도 10d는 CD34+/CD33+ 세포의 백분율 또는 절대 세포 수를 나타낸다. 원 기호는 비히클-대조군 처리된 마우스의 데이터를 나타내고, 정사각형 기호는 화합물 D-처리된 마우스의 데이터를 나타낸다. P 값은 화합물 D-처리된 대 대조군의 통계적 비교를 나타낸다. BM = 골수 (주사되지 않음); CB = 제대혈; RF = 우측 대퇴골 (AML 세포-주사됨).
도 11은 NOD/SCID 마우스에서 급성 골수성 백혈병 이식편에 대한 화합물 D의 효과를 도시한다. 화합물 D (정사각형) 또는 비히클 대조군 (원) 처리된 마우스의 주사된 대퇴골 (RF, 상단 패널) 및 주사되지 않은 골 (BM, 하단 패널)에서의 인간 CD45+/CD33+ AML 생착이 요약되어 있다. 각각의 기호는 각각의 처리된 마우스에서의 생착 수준을 나타내고 막대는 각각의 처리군의 중앙값을 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않은 골); ns = 유의하지 않음; RF = 우측 대퇴골 (주사된 골). * p < 0.05; ** p < 0.01; *** p < 0.001; **** p < 0.0001.
도 12a-12e는 화합물 D 투여에 의해 유도된 표현형 프로파일을 도시한다. 도 12a는 화합물 D 또는 비히클 처리 후, AML 이식편에서의 백혈병 세포 상에 세포 표면 마커 CD15, CD14, CD34, 및 CD38의 대표적인 유동 세포측정 분석을 나타낸다. 도 12b는 화합물 D 또는 비히클 처리 후, AML 이식편에서의 백혈병 세포 상에 세포 표면 마커 CD15, CD14, CD34, CD11b 및 CD38의 대표적인 유동 세포측정 분석을 나타낸다. 도 12c는 화합물 D (정사각형) 또는 비히클 대조군 (원) 처리 후 AML 이식편으로부터의 CD34+ 세포의 백분율을 나타낸다. 도 12d는 화합물 D (정사각형) 또는 비히클 대조군 (원) 처리 후 AML 이식편으로부터의 CD15+ 세포의 백분율을 나타낸다. 도 12e는 화합물 D (정사각형) 또는 비히클 대조군 (원) 처리 후 AML 이식편으로부터의 CD14+ 세포의 백분율을 나타낸다. 샘플은 3가지 범주: CD34+, CD15+, 및 CD14+ 세포의 증가 (상단 패널), 감소 (중간 패널) 및 어떤 변화도 없음 (하단 패널)으로 그룹핑되었다. 각각의 기호는 각각 처리된 마우스의 AML 이식편에서의 상응하는 집단의 백분율을 나타낸다. 각각의 환자 번호 뒤 괄호 안의 백분율은 약물에 대한 각각의 샘플의 반응도를 나타내는 화합물 D 처리에 의한 상대적 감소이다. 막대는 평균값을 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않은 골); ns = 유의하지 않음; RF = 우측 대퇴골 (주사된 골). *p < 0.05; **p < 0.01; ***p < 0.001; ****p < 0.0001.
도 13은 원발성 급성 골수성 백혈병 이식편에서의 화합물 D에 대한 이질적인 반응 및 LSC17 점수와의 상관관계를 도시한다. 급성 골수성 백혈병 (AML) 이식편에 대한 화합물 D의 효과는 비히클 대조군 치료에 대한 AML 감소의 백분율로 제시되었다. 각각의 기호는 각각의 환자 샘플에 대한 중앙값 AML 생착의 상대적 감소를 나타내고 긴 가로 막대는 각각의 군의 평균 값을 나타내며 더 짧은 가로 막대는 평균의 표준 오차 (SEM)를 나타낸다. 샘플은 총계 (실선 원)로 요약되었고 높은 LSC17 (정사각형) 및 낮은 LSC17 점수 (삼각형)로 그룹핑되었다. BM = 골수 (주사되지 않은 골); LSC = 백혈병 줄기 세포; RF = 우측 대퇴골 (주사된 골).
도 14a-14c는 LSC4 유전자 시그니처 및 LSC3 유전자 시그니처 및 화합물 D 처리에 대한 반응도에 대한 그의 예측성을 도시한다. 유전자 발현 프로파일은 각각의 환자 샘플의 원발성 세포로부터 RNA-Seq에 의해 생성되었다. 도 14a는 89개의 LSC 연관 유전자 세트 중에서 확인된 4-유전자 점수 (LSC4)를 나타낸다. 실선 곡선은 % 실험에서의 약물에 의한 감소를 나타내고, 파선 곡선은 % 4-유전자 점수에 의해 예측된 감소를 나타낸다. 도 14b는 "반응" 또는 "무반응"에 대한 중앙 임계값 및 점수와 % 감소 사이의 연관성 (r = 0.87, p = 0.02)에 의해 예측을 이산화하는 것을 나타낸다. 실선 곡선은 % 실험에서의 약물에 의한 감소를 나타내고, 파선 곡선은 % 4-유전자 점수에 의한 감소의 예측을 나타낸다. 도 14c는 약 46개의 LSC- 유전자 세트 중에서 확인된 3-유전자 점수 (LSC3)가 화합물 D에 대한 반응도를 예측할 수 있음을 나타내며, 이는 상기 기재된 LSC4 유전자 시그니처와 매우 유사한 결과를 가진다. 실선 곡선은 % 실험에서의 약물에 의한 감소를 나타내고, 파선 곡선은 % 3-유전자 점수에 의한 감소의 예측을 나타낸다.
도 15a-15d는 환자의 임상적 특징 및 화합물 D에 대한 이식편의 반응도를 도시한다. 도 15a는 신생 vs 속발성/재발의 그의 프로파일을 기반으로 하여 화합물 D에 대한 그의 반응에 대해 샘플을 특징화하였다는 것을 도시한다. 도 15b는 불리 vs 중간 예후의 그의 프로파일을 기반으로 하여 화합물 D에 대한 그의 반응에 대해 샘플을 특징화하였다는 것을 도시한다. 도 15c는 세포유전학적 정상 vs 비정상 핵형의 그의 프로파일을 기반으로 하여 화합물 D에 대한 그의 반응에 대해 샘플을 특징화한 것을 도시한다. 도 15d는 세포유전학적 정상 AML에서 Flt3-ITD vs 야생형 Flt3의 그의 프로파일을 기반으로 하여 화합물 D에 대한 샘플의 반응에 대해 샘플을 특징화한 것을 도시한다. 각각의 기호는 각각의 환자 샘플에 대한 AML 생착 중앙값의 상대적 감소를 나타내고 막대는 중앙값을 나타낸다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않은 골); CN-AML = 세포유전학적 정상 급성 골수성 백혈병; Flt3-ITD = fms-유사 티로신 키나제 3-내부 순차 중복; RF = 우측 대퇴골 (주사된 골).
도 16a-16d는 화합물 D가 GSPT1 감소를 통해 시험관내 급성 골수성 백혈병 아폽토시스를 유도함을 도시한다. 급성 골수성 백혈병 세포를 상이한 화합물 D 농도에서, 성장 인자가 보충된 배지에서 시험관내 배양하였다. 도 16a는 화합물 D에 대한 노출 24시간에서 원발성 백혈병 세포에서의 GSPT1 분해를 나타낸다. 도 16b는 백혈병 세포에서 아폽토시스의 유도를 나타낸다. 도 16c는 화합물 D를 사용한 처리 시 살아있는 세포의 감소를 나타낸다. 도 16d는 콜로니-형성 백혈병 전구세포가 화합물 D에 의해 감소되었음을 나타낸다. GSPT1 = G1기에서 S기로의 전이 단백질 1.
도 17은 화합물 D 처리에 의한 아폽토시스 및 세포 사멸의 유도를 도시한다. 화합물 D로 처리된 마우스에서 아폽토시스 및 세포 사멸은 아이오딘화프로피듐으로 세포를 염색함으로써 사정하였다. 각각의 기호는 비히클 (원) 또는 화합물 D (정사각형)로 처리된 개별 마우스에서 PI+ 사건의 백분율을 나타낸다. 막대는 중앙값을 나타낸다. BM = 골수 (주사되지 않은 골); PI = 아이오딘화프로피듐; RF = 우측 대퇴골 (주사된 골). *p < 0.05; **p < 0.01; ***p < 0.001; ****p < 0.0001.
도 18a-18b는 화합물 D 처리가 급성 골수성 백혈병 이식편에서 GSPT1을 분해하는 것을 도시한다. 세포내 유동 세포측정 (FACS)을 수행하여 AML을 보유하는 마우스에 3회 용량의 화합물 D 처리 후 GSPT1의 발현을 측정하였다. 도 18a는 비히클 (원) 및 화합물 D (정사각형)로 처리된 마우스의 주사된 RF (상단 패널) 및 주사되지 않은 BM (하단 패널)으로부터 수확된 CD33+ AML 세포에서 GSPT1의 평균 형광 강도를 나타낸다. 각각의 기호는 비히클 (원) 또는 화합물 D (정사각형)로 처리된 개별 마우스의 데이터를 나타내고 막대는 중앙값을 나타낸다. 데이터 포인트 위의 숫자는 화합물 D 처리됨 vs 대조군 사이의 p 값이다. 도 18b는 화합물 D에 의한 상대적인 GSPT1 감소를 나타낸다. 각각의 막대는 비히클 대조군에 대한 화합물 D 처리에 의한 중앙값 GSPT1 MFI의 백분율을 나타낸다. 각각의 환자 번호 뒤의 괄호 안의 백분율은 약물에 대한 각각의 샘플의 반응도를 나타내는 화합물 D 처리 4주에 의한 상대적 감소이다. AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않은 골); GSPT1 = G1기에서 S기로의 전이 단백질 1; MFI = 평균 형광 강도; PI = 아이오딘화프로피듐; RF 우측 대퇴골 (주사된 골).
도 19는 대표적인 2차 이식 제한 희석 검정 (백혈병 줄기 세포 빈도의 신뢰 구간 플롯팅)을 도시한다. 실선은 LSC 빈도의 평균 추정치를 나타내고 점선은 비히클 대조군 (회색 점선) 또는 화합물 D (흑색 점선) 1차 마우스에서 LSC 빈도 추정치의 하한 및 상한 범위를 나타낸다. 각각의 개별 기호는 각각의 세포 용량과 관련된 무반응의 로그 분율을 나타낸다. LSC = 백혈병 줄기 세포; Veh = 비히클.
5. 발명의 상세한 설명
화합물 D를 포함하여 본원에 제공된 특정 화합물은 세레블론 E3 리가제 조정제이다. 예를 들어, 화합물 D는 번역 종결 인자 G1기에서 S기로의 전이 단백질 1 (GSPT1)의 분해를 초래하고 급성 골수성 백혈병 (AML) 세포에서 통합 스트레스 반응, 폴딩되지 않은 단백질 반응 (UPR) 활성화 및 아폽토시스를 야기한다. 화합물 D는 재발성 및 불응성 AML에 대한 임상 개발 중이다.
유도 화학요법에 대한 불응성 및 관해 달성 후 재발은 AML을 치유하는 주요 장애물이다. 표준 유도 화학요법 후, 환자는 불리한, 중간 및 유리한 위험 범주를 광범위하게 정의하는 세포유전학적 및 분자적 비정상을 기반으로 하여 상이한 사후-관해 전략에 배정된다. 그러나, 일부 환자는 유도 요법에 반응하지 않으며 또 다른 하위집합은 유해한 위험 요소의 결핍에도 불구하고 결국 재발할 것이다. 이들 고위험 환자를 확인하기 위한 더 나은 바이오마커, 및 이러한 환자 군에 대한 치료가 시급히 필요하다.
줄기와 관련된 예측 및/또는 예후 바이오마커를 개발하기 위해 Ng 등 (Ng SW et al. Nature. 2016;540(7633): 433-37)은 기능적 백혈병 줄기 세포 집단 (LSC17 점수)을 사용하여 17-유전자 점수를 생성하였다. LSC17 점수를 생성하는 방법에 대한 보다 많은 세부사항은 섹션 6.1에 기재되어 있다. Ng 등에 의해 나타난 바와 같이, 높은 LSC17 점수를 가진 환자는 동종이계 줄기 세포 이식을 포함한 현재 치료로는 좋지 않은 결과를 가졌다.
놀랍게도 섹션 6.2에 기재된 본 연구에서, 높은 LSC17 점수를 가진 AML 샘플은 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플과 비교하여 화합물 D 처리에 더 민감성이었다. 더욱이, 섹션 6.3에 기재된 연구에서, 높은 LSC17 점수를 가진 대부분의 샘플이 화합물 D에 잘 반응하였으며, 이들 중 절반 초과에서 AML이 마우스 골수에서 근절되었다.
본원에 제공된 예상치 못한 관찰은 화합물 D가 1차 유도 요법의 맥락에서 질환이 보다 공격적인 AML 환자 및/또는 통상적인 치료 예컨대 화학요법에 내성인 불응성 AML을 갖는 환자를 치료하는데 사용될 수 있음을 나타낸다.
더욱이, 섹션 6에 나타낸 바와 같이, 본 개시내용은 또한 화합물 (예를 들어, 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 호변이성질체, 제약상 허용되는 염, 용매화물, 동위원소체, 전구약물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체)에 대한 반응도를 예측하는데 유용한 세포 표면 마커 또는 그의 변화를 확인한다.
5.1. 정의
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "암"은 고형암 및 혈액암을 포함하나, 그에 제한되지는 않는다. 용어 "암"은 방광암, 골암, 혈액암, 뇌암, 유방암, 자궁경부암, 흉부암, 결장암, 자궁내막암, 식도암, 안암, 두부암, 신장암, 간암, 림프절암, 폐암, 구강암, 경부암, 난소암, 췌장암, 전립선암, 직장암, 피부암, 위암, 고환암, 인후암, 및 자궁암을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 조직 또는 기관의 질환을 지칭한다. 구체적 암은 진행형 악성종양, 아밀로이드증, 신경모세포종, 수막종, 혈관주위세포종, 다발성 뇌 전이, 다형성 교모세포종, 교모세포종, 뇌간 신경교종, 좋지 않은 예후 악성 뇌종양, 악성 신경교종, 재발성 악성 신경교종, 역형성 성상세포종, 역형성 희소돌기아교세포종, 신경내분비 종양, 직장 선암종, 절제불가능한 결장직장암, 전이성 간세포 암종, 카포시 육종, 핵형 급성 골수모구성 백혈병, 호지킨 림프종, 비호지킨 림프종, 피부 T-세포 림프종, 피부 B-세포 림프종, 미만성 거대 B-세포 림프종, 경도 여포 림프종, 악성 흑색종, 악성 중피종, 악성 흉막 삼출 중피종 증후군, 복막 암종, 유두 장액 암종, 부인과 육종, 연조직 육종, 피부경화증, 피부 혈관염, 랑게르한스 세포 조직구증, 평활근육종, 진행성 골화성 섬유이형성증, 호르몬 불응성 전립선암, 절제된 고위험 연조직 육종, 절제불가능한 간세포 암종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 무증상 골수종, 무통성 골수종, 자궁관암, 안드로겐 비의존성 전립선암, 안드로겐 의존성 병기 IV 비전이성 전립선암, 호르몬-둔감성 전립선암, 화학요법-둔감성 전립선암, 갑상선 유두상 암종, 갑상선 여포 암종, 갑상선 수질 암종, 및 평활근종을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, "혈액암"은 골수종, 림프종, 및 백혈병을 포함한다. 한 실시양태에서, 골수종은 다발성 골수종이다. 일부 실시양태에서, 백혈병은, 예를 들어, 급성 골수원성 백혈병 (AML), 급성 림프구성 백혈병 (ALL), 성인 T-세포 백혈병, 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 모발상 세포 백혈병, 골수이형성, 골수증식성 장애, 만성 골수원성 백혈병 (CML), 골수이형성 증후군 (MDS), 인간 림프친화성 1형 바이러스 (HTLV-1) 백혈병, 비만세포증, 또는 B-세포 급성 림프모구성 백혈병이다. 일부 실시양태에서, 림프종은, 예를 들어, 미만성 거대 B-세포 림프종 (DLBCL), B-세포 면역모세포 림프종, 소형 비절단 세포 림프종, 인간 림프친화성 1형 바이러스 (HTLV-1) 백혈병/림프종, 성인 T-세포 림프종, 말초 T- 세포 림프종 (PTCL), 피부 T-세포 림프종 (CTCL), 외투막 세포 림프종 (MCL), 호지킨 림프종 (HL), 비호지킨 림프종 (NHL), AIDS-관련 림프종, 여포 림프종, 소 림프구성 림프종, T-세포/조직구 과다 대형 B-세포 림프종, 형질전환된 림프종, 원발성 종격동 (흉선) 대형 B-세포 림프종, 비장 변연부 림프종, 리히터 형질전환, 결정성 변연부 림프종, 또는 ALK-양성 대형 B-세포 림프종이다. 한 실시양태에서, 혈액암은 예를 들어, DLBCL, 여포 림프종, 또는 변연부 림프종을 포함한 무통성 림프종이다.
암과 관련하여 사용될 때 용어 "예후 위험"은 특정 치료에 대한 반응도, 관해 기간 또는 정도, 잠재적 생존율, 재발 가능성 등을 포함한, 암의 가능한 결과를 지칭한다. 환자의 예후 위험에 영향을 미치는 인자는 인구통계학적 (예를 들어, 연령, 인종, 성별 등), 질환-특이적 (예를 들어, 암 병기), 유전적 (예를 들어, 위험 유전자), 동반이환 (예를 들어, 암을 동반하는 다른 병태) 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 양호한 "예후 위험"은 환자가 특정 치료에 반응성일 가능성이 있고, 생존할 가능성이 있고/거나, 재발할 가능성이 없음을 의미한다. 좋지 않은 "예후 위험"은 환자가 특정 치료에 반응성일 가능성이 없고, 생존할 가능성이 없거나, 재발할 가능성이 있음을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 그리고 달리 특정되지 않는 한, 용어 "치료하다", "치료하는", 및 "치료"는 환자가 특정된 암을 앓고 있는 동안 발생하는 작용을 말하며, 이는 암의 중증도를 감소시키거나 암의 진행을 지체시키거나 둔화시키는 것이다.
화합물을 사용한 치료와 관련하여 언급될 때 용어 "민감도" 또는 "민감성"은 종양 또는 치료되는 질환의 진행을 줄이거나 감소시키는 화합물의 유효성 정도를 지칭하는 상대적인 용어이다. 예를 들어, 화합물과 관련하여 세포 또는 종양의 치료와 관련하여 사용될 때 용어 "증가된 민감도"는 종양 치료의 유효성에서 적어도 약 5%, 또는 그 초과의 증가를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "화합물" 및 "치료 화합물"은 상호교환적으로 사용되며 하기 섹션 5.5에 개시된 화합물의 비제한적인 예를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 그리고 달리 특정되지 않는 한, 화합물의 용어 "치료 유효량"은 암의 치료 또는 관리에서 치료적 이점을 제공하거나, 암의 존재와 연관된 하나 이상의 증상을 지연시키거나 최소화하기에 충분한 양이다. 화합물의 치료 유효량은 암의 치료 또는 관리에서 치료적 이점을 제공하는, 단독으로 또는 다른 요법과 조합된 치료제의 양을 의미한다. 용어 "치료 유효량"은 전체 요법을 개선하거나, 암의 증상 또는 원인을 감소시키거나 회피하거나, 또는 또 다른 치료제의 치료 효능을 증진시키는 양을 포함할 수 있다. 상기 용어는 또한 이는 연구원, 수의사, 의사, 또는 임상의가 찾고 있는, 생물학적 분자 (예를 들어, 단백질, 효소, RNA, 또는 DNA), 세포, 조직, 시스템, 동물, 또는 인간의 생물학적 또는 의학적 반응을 도출하기에 충분한 화합물의 양을 지칭한다.
치료와 관련하여 사용될 때 용어 "반응도" 또는 "반응성"은 치료되는 질환, 예를 들어 암, 예컨대 MM 또는 AML의 증상을 경감시키거나 감소시키는데 있어서, 상기 치료의 유효성 정도를 지칭한다. 예를 들어, 세포 또는 대상체의 치료와 관련하여 사용될 때 용어 "증가된 반응도"는 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 측정할 때 참조 치료 (예를 들어, 동일한 세포의 또는 대상체, 또는 상이한 세포 또는 대상체의)와 비교하여 질환의 증상을 줄이거나 감소시키는데 있어서 유효성의 증가를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 유효성의 증가는 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 또는 적어도 약 50%이다.
암 또는 암-관련 질환의 개선은 완전 또는 부분 반응으로서 특징지어질 수 있다. "완전 반응"은 임의의 이전에 비정상 방사선학적 연구, 골수, 및 뇌척수액 (CSF) 또는 비정상 모노클로날 단백질 측정의 정규화로 임상적으로 검출가능한 질환의 부재를 지칭한다. "부분 반응"은 신규 병변의 부재 하에 모든 측정가능한 종양 부담 (즉, 대상체에 존재하는 악성 세포의 수, 또는 측정된 종양 덩어리의 부피 또는 비정상 모노클로날 단백질의 양)은 모든 측정가능한 종양 부담의 적어도 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 또는 약 90% 감소를 지칭한다. 용어 "치료"는 완전한 반응과 부분적인 반응 둘 다를 포함한다.
용어 "가능성"은 일반적으로 사건의 확률의 증가를 지칭한다. 환자 종양 반응의 유효성과 관련하여 사용될 때 용어 "가능성"은 일반적으로 종양 진행 또는 종양 세포 성장 속도가 감소할 증가된 확률을 고려한다. 환자 종양 반응의 유효성과 관련하여 사용될 때 용어 "가능성"은 또한 일반적으로 종양 치료 진행의 증가를 입증할 수 있는 mRNA 또는 단백질 발현과 같은 지표의 증가를 의미할 수 있다.
용어 "예측하다"는 일반적으로 미리 결정하거나 판단하는 것을 의미한다. 예를 들어, 암 치료의 유효성을 "예측"하는데 사용될 때, 용어 "예측하다"는 암 치료 결과의 가능성이 처음에, 치료가 시작되기 전, 또는 치료 기간이 실질적으로 진행되기 전에 결정될 수 있음을 의미할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "모니터링하다"는 일반적으로 활동의 감독, 지휘, 규제, 주시, 추적, 또는 감시를 의미한다. 예를 들어, 용어 "화합물의 유효성을 모니터링하는"는 환자 또는 종양 세포 배양에서 암 치료의 유효성을 추적하는 것을 지칭한다. 유사하게, 용어 개별적으로, 또는 임상 시험에서 환자 순응도와 관련하여 사용될 때, "모니터링"은 환자가 처방된 대로 시험 중인 약물을 실제로 복용하고 있는지 추적하거나 확인하는 것을 지칭한다. 모니터링은, 예를 들어, mRNA 또는 단백질 바이오마커의 발현을 추적함으로써 수행할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "조절하다"는 활성 또는 기능을 증진 또는 감소시키는 것과 같은 분자 또는 생물학적 기능의 활성을 제어하는 것을 지칭한다.
용어 "불응성" 또는 "내성"은 집중 치료 후에도, 환자는 그의 림프계, 혈액, 및/또는 혈액 형성 조직 (예를 들어, 골수)에 잔류 암 세포 (예를 들어, 백혈병 또는 림프종 세포)를 갖는 상황을 지칭한다.
"생물학적 마커" 또는 "바이오마커"는 검출이 특정한 생물학적 상태, 예컨대, 예를 들어, 암의 존재를 나타내는 물질이다. 일부 실시양태에서, 바이오마커는 개별적으로 결정될 수 있다. 다른 실시양태에서, 여러 바이오마커가 동시에 측정될 수 있다. 일부 실시양태에서, "바이오마커"는 질환의 위험 또는 진행, 또는 주어진 치료에 대한 질환의 감수성과 상관관계가 있을 수 있는 mRNA 발현 수준의 변화를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 바이오마커는 핵산, 예컨대 mRNA 또는 cDNA이다. 추가 실시양태에서, "바이오마커"는 질환의 위험 또는 진행, 또는 치료에 대한 환자의 감수성과 상관관계가 있을 수 있는 폴리펩티드 또는 단백질 발현 수준의 변화를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 바이오마커는 폴리펩티드 또는 단백질, 또는 그의 단편일 수 있다. 특이적 단백질의 상대적 수준은 관련 기술분야에 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, 항체-기반 방법, 예컨대 면역블롯, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 또는 기타 방법을 사용할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 "유전자 세트"는, 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 선택되는 1개 이상의 유전자를 지칭한다. 유전자는 서로 간의 그의 관계, 특정 세포 유형과의 그의 연관성, 생물학적 기능, 표현형, 또는 세포 경로 등을 기반으로 하여, 또는 오로지 관련 기술분야의 통상의 기술자의 재량에 따라 분류될 수 있다. 본원에 사용된 바와 같은 유전자 세트는 단지 하나의 유전자 뿐 또는 무려 수백, 수천, 또는 수십만 개의 유전자를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 "시그니처" 또는 "유전자 시그니처"는 유전자의 군을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 유전자의 군은 특정 세포 유형, 생물학적 기능, 표현형, 또는 세포 경로 등과의 그의 연관성 때문에 서로 관련되어 있다. 시그니처는 상이한 실험 데이터 및/또는 통계적 분석 방법을 기반으로 하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 정의될 수 있으며, 즉, 특정한 시그니처는 관련 기술분야의 통상의 기술자가 선택하는 기준에 따라 다양한 수의 유전자 또는 상이한 특이적 유전자를 함유할 수 있다. 유전자 시그니처의 예는 LSC 시그니처이다.
본원에 사용된 바와 같은 "LSC17" 또는 "LSC17 시그니처"는 하기 17개의 유전자를 포함하는 유전자 시그니처를 지칭한다: AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46. 본원에 사용된 바와 같은 "LSC4" 또는 "LSC4 시그니처"는 하기 4개의 유전자를 포함하는 유전자 시그니처를 지칭한다: TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2. 본원에 사용된 바와 같은 "LSC3" 또는 "LSC3 시그니처"는 하기 3개의 유전자를 포함하는 유전자 시그니처를 지칭한다: SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2. 본원에 사용된 바와 같은 "LSC17 점수" 또는 "LSC17 시그니처 점수"는, 하기 17개 유전자를 포함하는 LSC17 시그니처의 발현 수준을 기준으로 하여 계산된 점수를 지칭한다: AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46. 유사하게, 본원에 사용된 바와 같은 "LSC4 점수" 또는 "LSC4 시그니처 점수"는, 상기 기재된 LSC4 시그니처의 발현 수준을 기준으로 하여 계산된 점수이다. 본원에 사용된 바와 같은 "LSC3 점수" 또는 "LSC3 시그니처 점수"는, 상기 기재된 LSC3 시그니처의 발현 수준을 기준으로 하여 계산된 점수이다.
본원에서 상호교환적으로 사용된 바와 같은 용어 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 펩티드 결합을 통해 연결된, 직렬 어레이의 3개 이상의 아미노산의 중합체를 지칭한다. 용어 "폴리펩티드"는 단백질, 단백질 단편, 단백질 유사체, 올리고펩티드 등을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같은 용어 "폴리펩티드"는 또한 펩티드를 지칭할 수 있다. 폴리펩티드를 구성하는 아미노산은 자연적으로 유래된 것일 수 있거나 합성된 것일 수 있다. 폴리펩티드는 생물학적 샘플로부터 정제될 수 있다. 폴리펩티드, 단백질, 또는 펩티드는 또한 변형된 폴리펩티드, 단백질, 및 펩티드, 예를 들어, 글리코폴리펩티드, 당단백질, 또는 글리코펩티드를 포함하고; 또는 리포폴리펩티드, 리포단백질, 또는 리포펩티드를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "발현된" 또는 "발현"은 유전자의 2개의 핵산 가닥 중 하나의 영역에 적어도 부분적으로 상보적인 RNA 핵산 분자를 제공하기 위한 유전자로부터의 전사를 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같은 용어 "발현된" 또는 "발현"은 또한 단백질, 폴리펩티드, 또는 그의 일부를 제공하기 위한 RNA 분자로부터의 번역을 지칭한다.
용어 "발현 수준"은 바이오마커 분자 또는 유전자 세트의 양, 축적, 또는 비율을 지칭한다. 발현 수준은, 예를 들어, 유전자에 의해 코딩되는 메신저 RNA (mRNA)의 합성의 양 또는 합성 속도, 유전자에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 단백질의 합성의 양 또는 합성 속도, 또는 세포 또는 생물학적 유체에 축적된 생물학적 분자의 합성의 양 또는 합성 속도로 나타낼 수 있다. 용어 "발현 수준"은 항정 상태 또는 비-항정 상태 조건 하에 결정된, 샘플 내 분자의 절대적인 양 또는 분자의 상대적인 양을 지칭한다.
"상향조절되는" mRNA는 일반적으로 주어진 치료 또는 병태에 따라, 또는 특정한 환자 군에서 증가된다. "하향조절되는" mRNA는 일반적으로 주어진 치료 또는 병태, 또는 특정한 환자 군에 대한 반응으로 mRNA의 발현 수준의 감소를 지칭한다. 일부 상황에서, mRNA 수준은 주어진 치료 또는 조건에 따라 변화되지 않은 상태로 남을 수 있다. 환자 샘플로부터의 mRNA는 비처리 대조군과 비교하여, 약물로 치료할 때 "상향조절"될 수 있다. 이러한 상향조절은, 예를 들어, 비교 대조군 mRNA 수준의 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 100%, 약 200%, 약 300%, 약 500%, 약 1,000%, 약 5,000%, 또는 그 초과의 증가일 수 있다. 대안적으로, mRNA는 특정 화합물 또는 다른 작용제의 투여에 반응하여, "하향조절"되거나, 더 낮은 수준으로 발현될 수 있다. 하향조절된 mRNA는, 예를 들어, 비교 대조군 mRNA 수준의 약 99%, 약 95%, 약 90%, 약 80%, 약 70%, 약 60%, 약 50%, 약 40%, 약 30%, 약 20%, 약 10%, 약 1%, 또는 그 미만의 수준으로 존재할 수 있다.
유사하게, 환자 샘플로부터의 폴리펩티드 또는 단백질 바이오마커의 수준은 치료되지 않은 대조군과 비교하여 약물로 치료될 때 증가될 수 있다. 이러한 증가는 비교 대조군 단백질 수준의 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 100%, 약 200%, 약 300%, 약 500%, 약 1,000%, 약 5,000%, 또는 그 초과일 수 있다. 대안적으로, 단백질 바이오마커의 수준은 특정 화합물 또는 다른 작용제의 투여에 반응하여 감소될 수 있다. 이러한 감소는, 예를 들어, 비교 대조군 단백질 수준의 약 99%, 약 95%, 약 90%, 약 80%, 약 70%, 약 60%, 약 50%, 약 40%, 약 30%, 약 20%, 약 10%, 약 1%, 또는 그 미만의 수준으로 존재할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "결정하는", "측정하는", "평가하는", "사정하는" 및 "검정하는"은 일반적으로 임의의 측정 형태를 지칭하고, 요소가 존재하는지 여부를 결정하는 것을 포함한다. 이들 용어는 정량적 및/또는 정성적 결정을 포함한다. 사정하는 것은 상대적이거나 절대적일 수 있다. "의 존재를 사정하는 것"은 존재하는 것의 양을 결정하는 것, 뿐만 아니라 그것이 존재하는지 여부를 결정하는 것을 포함할 수 있다.
용어 "핵산" 및 "폴리뉴클레오티드"는 예를 들어, 왓슨-크릭(Watson-Crick) 염기 쌍형성 상호작용에 참여할 수 있는 2개의 자연 발생 핵산과 유사한 특이적 방식으로 자연 발생 핵산과 혼성화할 수 있는 뉴클레오티드, 예를 들어, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드, 또는 합성적으로 생성된 화합물로 구성된 임의의 길이의 중합체를 기재하기 위해 본원에서 상호교환가능하게 사용된다. 폴리뉴클레오티드 서열의 맥락에서 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "염기들" (또는 "염기")는 "뉴클레오티드들" (또는 "뉴클레오티드"), 즉 폴리뉴클레오티드의 단량체 서브유닛과 동의어이다. 용어 "뉴클레오시드" 및 "뉴클레오티드"는 공지된 퓨린 및 피리미딘 염기, 뿐만 아니라 변형된 다른 헤테로시클릭 염기도 함유하는 모이어티를 포함하는 것으로 의도된다. 이러한 변형은 메틸화된 퓨린 또는 피리미딘, 아실화된 퓨린 또는 피리미딘, 알킬화된 리보스 또는 기타 헤테로사이클을 포함한다. 게다가, 용어 "뉴클레오시드" 및 "뉴클레오티드"는 통상적인 리보스 및 데옥시리보스 당 뿐만 아니라 다른 당도 함유하는 그러한 모이어티를 포함한다. 변형된 뉴클레오시드 또는 뉴클레오티드는 또한, 예를 들어, 하나 이상의 히드록실 기가 할로겐 원자 또는 지방족 기로 대체되거나, 에테르, 아민 등으로 관능화되는 당 모이어티에 대한 변형을 포함한다. "유사체"는 문헌에서 모방체, 유도체, 유사한 구조를 갖는 것으로 인식되는 구조적 특색을 갖는 분자, 또는 기타 유사한 용어를 지칭하며, 예를 들어, 비천연 뉴클레오티드를 혼입한 폴리뉴클레오티드, 뉴클레오티드 모방체, 예를 들어 2'-변형된 뉴클레오시드, 펩티드 핵산, 올리고머 뉴클레오시드 포스포네이트, 및 보호기 또는 연결 모이어티와 같은 치환기를 추가한 임의의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "상보적"은 폴리뉴클레오티드의 서열을 기반으로 하는 폴리뉴클레오티드 간의 특이적 결합을 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같이, 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 폴리뉴클레오티드는 이들이 엄격한 조건 하에 혼성화 검정에서 서로 결합하는 경우, 예를 들어, 이들이 혼성화 검정에서 주어진 또는 검출가능한 수준의 신호를 생성하는 경우 상보적이다. 폴리뉴클레오티드의 일부는 미스매치, 삽입, 또는 결실된 서열의 작은 영역 (예를 들어, 약 3개 미만의 염기)이 존재할 수 있긴 하지만, 이들이 기존의 염기-쌍형성 규칙, 예를 들어 A는 T (또는 U)와 쌍을 형성하고 G는 C와 쌍을 형성하는 경우 서로 상보적이다.
용어 "단리된" 및 "정제된"은 물질이 존재하는 샘플의 실질적인 부분, 즉 전형적으로 그의 자연 상태 또는 단리되지 않은 상태에서 발견되는 물질의 부분보다 더 큰 부분을 포함하도록 물질 (예컨대 mRNA, DNA, 또는 단백질)의 단리를 지칭한다. 전형적으로, 샘플의 실질적인 부분은, 예를 들어, 1% 초과, 2% 초과, 5% 초과, 10% 초과, 20% 초과, 50% 초과, 또는 그 초과, 대개 최대 약 90%-100%의 샘플을 포함할 수 있다. 예를 들어, 단리된 mRNA의 샘플은 전형적으로 적어도 약 1% 총 mRNA를 포함할 수 있다. 폴리뉴클레오티드를 정제하는 기술은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있으며, 예를 들어, 겔 전기영동, 이온-교환 크로마토그래피, 친화도 크로마토그래피, 유동 분리, 및 밀도에 따른 침강을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "결합된"은 직접 또는 간접 부착을 나타낸다. 화학 구조의 맥락에서, "결합된" (또는 "접합된")은 두 부분을 직접 연결하거나 두 모이어티를 간접적으로 연결하는 (예를 들어, 연결 기 또는 분자의 다른 개재 부분을 통해) 화학 결합의 존재를 지칭한다. 화학 결합은 공유 결합, 이온 결합, 배위 착물, 수소 결합, 반데르발스 상호작용, 또는 소수성 적층일 수 있거나, 여러 유형의 화학 결합의 특징을 나타낼 수 있다. 특정 경우에, "결합된"은 부착이 직접적인 실시양태 및 부착이 간접적인 실시양태를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플"은, 전형적으로, 반드시 그런 것은 아니지만, 유체 형태로, 하나 이상의 관심 구성요소를 함유하는, 물질이거나 물질의 혼합물에 관한 것이다.
본원에 사용된 바와 같은 "생물학적 샘플"은 생체내 또는 계내에서 수득, 도달, 또는 수집된 생물학적 조직 또는 유체 기원의 샘플을 포함한, 생물학적 대상체로부터 수득한 샘플을 지칭한다. 생물학적 샘플은 또한 전암성 또는 암 세포 또는 조직을 함유하는 생물학적 대상체의 영역으로부터의 샘플을 포함한다. 이러한 샘플은 포유동물로부터 단리된 기관, 조직, 및 세포일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 예시적인 생물학적 샘플은 세포 용해물, 세포, 조직, 기관, 소기관, 생물학적 유체, 혈액 샘플, 소변 샘플, 피부 샘플 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 바람직한 생물학적 샘플은 전혈, 부분적으로 정제된 혈액, PBMC, 조직 생검(종양 생검 포함), 순환하는 종양 세포 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "PCR"은 일반적으로, 예를 들어, 미국 특허 4,683,195에 기재된 바와 같이 소량의 핵산, RNA 및/또는 DNA가 증폭되는 절차를 지칭한다. 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있도록 관심 영역의 말단으로부터 또는 그 너머의 서열 정보를 이용할 수 있어야 하며; 이들 프라이머는 증폭될 주형의 반대 가닥과 서열이 동일하거나 유사할 것이다. 두 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 물질의 말단과 일치할 수 있다. PCR은 특이적 RNA 서열, 총 게놈 DNA로부터의 특이적 DNA 서열, 및 총 세포 RNA, 박테리오파지, 또는 플라스미드 서열 등으로부터 전사된 cDNA를 증폭하는데 사용할 수 있다. 일반적으로 문헌 [Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1987, 51:263-273; PCR Technology (Stockton Press, NY, Erlich, ed., 1989)]을 참조한다.
본원에 사용된 바와 같은 "호변이성질체"는 서로 평형을 이루는 화합물의 이성질체 형태를 지칭한다. 이성질체 형태의 농도는 화합물이 발견되는 환경에 따라 달라지며, 예를 들어 화합물이 고체인지 또는 유기 또는 수성 용액인지에 따라 상이할 수 있다. 예를 들어, 수성 용액 중에서, 피라졸은 하기 이성질체 형태를 나타낼 수 있으며, 이는 서로의 호변이성질체로 칭해진다:
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본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "제약상 허용되는 염"은 용어가 지칭하는 화합물의 무독성 산 및 염기 부가 염을 포함한다. 허용되는 무독성 산 부가염은, 예를 들어, 염산, 브로민화수소산, 인산, 황산, 메탄술폰산, 아세트산, 타르타르산, 락트산, 숙신산, 시트르산, 말산, 말레산, 소르브산, 아코니트산, 살리실산, 프탈산, 에볼산, 에난산 등으로부터 유래된 것들을 포함한다. 본질적으로 산성인 화합물은 다양한 제약상 허용되는 염기와 염을 형성할 수 있다. 이러한 산성 화합물의 제약상 허용되는 염기 부가염을 제조하는데 사용할 수 있는 염기는 무독성 염기 부가염, 즉, 약리학상 허용되는 양이온을 함유하는 염 예컨대, 그러나 이에 제한되지는 않는 알칼리 금속 또는 알칼리 토금속 염 (특히 칼슘, 마그네슘, 나트륨, 또는 칼륨 염)을 형성하는 것들이다. 적합한 유기 염기는 N,N-디벤질에틸렌디아민, 클로로프로카인, 콜린, 디에탄올아민, 에틸렌디아민, 메글루메인 (N-메틸글루카민), 리신, 및 프로카인을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "용매화물"은 비공유 분자간 힘에 의해 결합된 화학량론적 또는 비화학량론적 양의 용매를 추가로 포함하는 본원에 제공된 화합물 또는 그의 염을 의미한다. 용매가 물인 경우, 용매화물은 수화물이다.
본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "공결정"은 결정 격자에 하나 초과의 화합물을 함유하는 결정질 형태를 의미한다. 공결정은 비이온 상호작용을 통해 결정 격자에서 함께 결합된 둘 이상의 비휘발성 화합물의 결정질 분자 복합체를 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 공결정은 제약 공결정을 포함하며, 여기서 결정질 분자 복합체는 치료 화합물 및 1종 이상의 추가의 비휘발성 화합물(들) (본원에서 반대-분자(들)로 지칭됨)을 함유한다. 제약 공결정의 반대-분자는 전헝적으로 무독성 제약상 허용되는 분자, 예컨대, 예를 들어, 식품 첨가물, 방부제, 제약 부형제, 또는 기타 활성 제약 성분 (API)이다. 일부 실시양태에서, 제약 공결정은 API의 화학적 구조적 무결성을 손상시키지 않으면서 약물 제품의 특정 물리화학적 특성 (예를 들어, 용해도, 용해 속도, 생체이용률, 및/또는 안정성)을 증진시킨다. 예를 들어, 문헌 [Jones et al., MRS Bulletin 2006, 31,875-879; Trask, Mol. Pharmaceutics 2007, 4(3):301-309; Schultheiss & Newman, Crystal Growth & Design 2009, 9(6):2950-2967; Shan & Zaworotko, Drug Discovery Today 2008, 13(9/10):440-446]; 및 [Vishweshwar et al., J. Pharm. Sci. 2006, 95(3):499-516]을 참조한다.
본원에 사용된 바와 같이, 그리고 달리 특정되지 않는 한, 용어 "입체이성질체"는 본 발명의 모든 거울상이성질체적으로/입체이성질체적으로 순수하고 거울상이성질체적으로/입체이성질체적으로 농축된 화합물을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "입체이성질체적으로 순수한"은 화합물의 하나의 입체이성질체를 포함하고 그 화합물의 다른 입체이성질체가 실질적으로 없는 조성물을 의미한다. 예를 들어, 하나의 키랄 중심을 갖는 화합물의 입체이성질체적으로 순수한 조성물은 화합물의 반대 거울상이성질체가 실질적으로 없을 것이다. 2개의 키랄 중심을 갖는 화합물의 입체이성질체적으로 순수한 조성물은 화합물의 다른 부분입체이성질체가 실질적으로 없을 것이다. 전형적인 입체이성질체적으로 순수한 화합물은 약 80 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체 및 약 20 중량% 미만의 화합물의 다른 입체이성질체, 보다 바람직하게는 약 90 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체 및 10 중량% 미만의 화합물의 다른 입체이성질체, 훨씬 보다 바람직하게는 약 95 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체 및 약 5 중량% 미만의 화합물의 다른 입체이성질체, 및 가장 바람직하게는 약 97 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체 및 약 3 중량% 미만의 화합물의 다른 입체이성질체를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "입체이성질체적으로 농축된"은 약 60 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체, 바람직하게는 약 70 중량% 초과, 보다 바람직하게는 약 80 중량% 초과의 화합물의 하나의 입체이성질체를 포함하는 조성물을 의미한다. 본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "거울상이성질체적으로 순수한"은 하나의 키랄 중심을 갖는 화합물의 입체이성질체적으로 순수한 조성물을 의미한다. 유사하게, 용어 "입체이성체질적으로 농축된"은 하나의 키랄 중심을 갖는 화합물의 입체이성체적으로 농축된 조성물을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이 그리고 달리 지시되지 않는 한, 용어 "전구약물"은 가수분해, 산화, 또는 달리 생물학적 조건 (시험관내 또는 생체내) 하에 반응하여 화합물을 제공할 수 있는 화합물의 유도체를 의미한다. 전구약물의 예는 생가수분해성 모이어티 예컨대 생가수분해성 아미드, 생가수분해성 에스테르, 생가수분해성 카르바메이트, 생가수분해성 카르보네이트, 생가수분해성 우레이드, 및 생가수분해성 포스페이트 유사체를 포함하는 본원에 기재된 화합물 (예를 들어, 화합물 1)의 유도체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다,
또한, 화합물은 하나 이상의 원자에서 부자연스러운 비율의 원자 동위원소를 함유할 수 있음을 주목하여야 한다. 예를 들어, 화합물은 방사성 동위원소, 예컨대 예를 들어 삼중수소 (3H), 아이오딘-125 (125I), 황-35 (35S), 또는 탄소-14 (14C)로 방사성 표지될 수 있거나, 예컨대 중수소 (2H), 탄소-13 (13C), 또는 질소-15 (15N)로 동위원소적으로 농축될 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, "동위원소체"는 동위원소적으로 농축된 화합물이다. 용어 "동위원소적으로 농축된"은 그 원자의 천연 동위원소 조성이 아닌 동위원소 조성을 갖는 원자를 지칭한다. "동위원소적으로 농축된"은 또한 그 원자의 천연 동위원소 조성이 아닌 동위원소 조성을 갖는 적어도 하나의 원자를 함유하는 화합물을 지칭할 수 있다. 용어 "동위원소 조성"은 주어진 원자에 존재하는 각각의 동위원소의 양을 지칭한다. 방사성표지된 및 동위원소적으로 농축된 화합물은 치료제, 예를 들어 암 및 염증 치료제, 연구 시약, 예를 들어, 결합 검정 시약, 및 진단제, 예를 들어 생체내 영상화제로서 유용하다. 방사성이든 아니든, 본원에 기재된 바와 같은 화합물의 모든 동위원소 변형은 본원에 제공된 실시양태의 범위 내에 포함되는 것으로 의도된다. 일부 실시양태에서, 화합물의 동위원소체가 제공되며, 예를 들어 동위원소체는 중수소, 탄소-13, 또는 질소-15 농축된 화합물이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 동위원소체는 중수소 농축된 화합물이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 동위원소체는 중수소 농축된 화합물이며, 여기서 중수소화는 키랄 중심에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물의 동위원소체가 제공되며, 여기서 중수소화는 키랄 중심에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 화합물 D의 동위원소체가 본원에 제공되며, 여기서 중수소화는 키랄 중심에서 발생한다.
용어 "약" 또는 "대략"은 값이 어떻게 측정되거나 결정되는지에 따라 부분적으로 달라지는, 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 결정된 바와 같은 특정한 값에 대한 허용되는 오차를 의미한다. 특정 실시양태에서, 용어 "약" 또는 "대략"은 1, 2, 3, 또는 4 표준 편차 이내를 의미한다. 특정 실시양태에서, 용어 "약" 또는 "대략"은 주어진 값 또는 범위의 50%, 20%, 15%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 또는 0.05% 이내를 의미한다.
도시된 구조와 그 구조에 제공된 명칭 사이에 불일치가 있는 경우, 도시된 구조에 더 많은 가중치가 부여된다는 점을 주목하여야 한다. 게다가, 구조 또는 구조의 일부의 입체화학이, 예를 들어, 굵은 선 또는 파선으로 표시되지 않은 경우, 구조 또는 구조의 일부는 그의 모든 입체이성질체를 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
본원에 제공된 실시양태의 실시는 달리 지시되지 않는 한, 관련 기술분야의 통상의 기술자의 기술 내에 있는, 분자 생물학, 미생물학, 및 면역학의 통상적인 기술을 이용할 것이다. 이러한 기술은 문헌에 완전히 설명되어 있다. 참고에 특히 적합한 텍스트의 예는 하기를 포함한다: [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed. 2014); Glover, ed., DNA Cloning, Volumes I and II (2nd ed. 1995); Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology (Academic Press, London); Scopes, Protein Purification: Principles and Practice (Springer Verlag, N.Y., 3rd ed. 1993)]; 및 [Weir & Blackwell, eds., Handbook of Experimental Immunology, Volumes I-IV (5th ed. 1996)].
5.2. 유전자 세트, 바이오마커 및 그의 사용 방법
5.2.1 유전자 세트
본원에 제공된 방법은, 부분적으로, 특정 유전자 세트 (또는 유전자 시그니처)의 발현 수준의 검출가능한 증가가 주어진 치료, 예를 들어, 화합물, 예컨대 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 호변이성질체, 제약상 허용되는 염, 용매화물, 동위원소체, 전구약물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체에 반응성인 암 (예를 들어, 혈액암 예컨대 림프종, MM, 또는 백혈병)을 가진 대상체에서 관찰되며 상기 유전자 세트의 발현 수준이 상기 치료에 대한 상기 대상체의 반응도를 예측하는데 사용될 수 있다는 된다는 발견을 기반으로 한다. 일부 실시양태에서, 화합물은 섹션 5.5에서 본원에 기재된 바와 같다. 한 실시양태에서, 화합물은 화합물 D이다.
특정 실시양태에서, 유전자 세트는 특정 세포 유형, 생물학적 기능, 표현형, 또는 세포 경로 등과의 그의 연관성에 의해 관련된 복수개의 유전자를 포함하는 유전자 시그니처이다. 예를 들어, 한 구체적 실시양태에서, 유전자 시그니처 내의 유전자는 줄기 세포 또는 줄기 세포의 하위군 (예를 들어, LSC)과의 그의 연관성에 의해 관련된다.
일부 실시양태에서, 유전자 시그니처는 특정 세포 유형, 생물학적 기능, 또는 세포 경로 등과의 그의 연관성에 의해 관련된 유전자의 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다. 다른 실시양태에서, 시그니처는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50개, 또는 관련된 유전자의 군으로부터 선택된 모든 유전자를 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 암을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 암을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것; ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것; iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및 iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것을 포함하며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 암을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법으로서, 본원에 제공된 (예를 들어, 상기 기재된) 방법을 사용하여 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 수 있는 암을 갖는 대상체를 확인하는 것, 및 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 것을 포함하는, 암을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
특정 실시양태에서, 암은 혈액암이다. 한 실시양태에서, 혈액암은 림프종이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 백혈병이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 MM이다. 구체적 실시양태에서, 백혈병은 ALL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 AML이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CLL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CML이다.
일부 실시양태에서, AML은 재발성이다. 특정 실시양태에서, AML은 불응성이다. 다른 실시양태에서, AML은 통상적인 요법에 내성이다.
구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것; ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것; iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및 iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것을 포함하며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인 방법이 본원에 제공된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 치료 화합물에 반응성일 가능성이 있는 암을 갖는 대상체를 확인하는 방법이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 치료 화합물에 대해 암을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법이다. 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 암을 치료 화합물로 치료하는 방법이다. 또 다른 실시양태에서, 암은 LSC 시그니처의 증가된 수준 (또는 더 높은 LSC 시그니처 점수)을 특징으로 한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 본원에 기재된 LSC 시그니처이다. 한 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준 (또는 더 높은 LSC 시그니처 점수)을 특징으로 하는 암을 치료 화합물로 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준 (또는 더 높은 LSC 시그니처 점수)을 특징으로 하는 백혈병을 치료 화합물로 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준 (또는 더 높은 LSC 시그니처 점수)을 특징으로 하는 AML을 치료 화합물로 치료하는 방법이 본원에 제공된다.
본원에 제공된 방법의 특정 실시양태에서, 참조 수준 (LSC 시그니처 점수의 참조 수준)은 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준 (또는 LSC 시그니처 점수)이다. 일부 실시양태에서, 대조군은 암을 갖지 않은 건강한 대상체로부터 수득된다. 다른 실시양태에서, 대조군은 암을 가지나 양호한 예후 위험을 가진 대상체로부터 수득된다. 또 다른 실시양태에서, 대조군은 암을 갖는 대상체로부터 수득되고 암은 대상체에게 본원에 기재된 치료 화합물을 투여하는 것 이외의 치료에 의해 개선되거나 치유되었다. 다른 실시양태에서, 대조군은 암을 가지나 치료 화합물에 반응성이지 않은 대상체로부터 수득된다. 또 다른 실시양태에서, 대조군은 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 또 다른 실시양태에서, 대조군은 세포주 (예를 들어, AML 세포주)이다. 한 실시양태에서, 참조 수준은 암을 갖지 않은 건강한 대상체로부터 수득된 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이며, 대조군은 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 또 다른 실시양태에서, 참조 수준은 암을 가지나 양호한 예후 위험을 가진 대상체로부터 수득된 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이며, 대조군은 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 또 다른 실시양태에서, 참조 수준은 암을 갖는 대상체로로부터 수득된 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이며, 암은 대상체에게 본원에 기재된 치료 화합물을 투여하는 것 이외의 치료에 의해 개선되거나 치유되었으며, 대조군은 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 참조 수준은 암을 가지나 치료 화합물에 반응성이지 않은 대상체로부터 수득된 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이며, 대조군은 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 또 다른 실시양태에서, 참조 수준은 세포주인 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 참조 수준은 암과 동일한 세포 공급원 (예를 들어, 백혈구, 모세포 등)으로부터 유래된 대조군 세포주에서의 LSC 시그니처의 수준이다. 한 실시양태에서, 참조 수준은 암 세포주인 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이다. 또 다른 실시양태에서, 참조 수준은 AML 세포주인 대조군에서의 LSC 시그니처의 수준이다. 또 다른 실시양태에서, 참조 수준 (또는 LSC 시그니처의 참조 점수)은 집단으로부터 수득된 LSC 시그니처 점수를 기준으로 하여 결정된다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처의 참조 점수는 미리 결정된다.
일부 실시양태에서, 대상체는 본원에 제공된 방법 전에 선행 치료를 받았다. 특정 실시양태에서, 선행 치료는 대상체에게 본원에 제공된 방법과 동일한 치료 화합물을 투여하는 것 이외의 치료이다. 다른 실시양태에서, 선행 치료는 대상체에게 본원에 제공된 방법과 동일한 치료 화합물을 투여하는 것이다. 한 실시양태에서, 선행 치료는 본원에 제공된 방법과 동일한 투여 요법을 가진 동일한 치료 화합물을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 선행 치료는 본원에 제공된 방법과 비교하여 상이한 투여 요법 (예를 들어, 치료 화합물의 상이한 양 및/또는 투여 빈도)을 가진 동일한 치료 화합물을 포함한다. 대상체가 본원에 제공된 방법 전에 선행 치료를 받은 일부 실시양태에서, 대조군은 선행 치료 전에 동일한 대상체로부터 수득된다. 구체적 실시양태에서, 대조군은 선행 치료 전에 샘플과 동일한 조직 또는 세포 공급원 (예를 들어, 혈액 또는 특정 혈액 세포)으로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 선행 치료는 다우노루비신, 시타라빈 (ara-C), 및 겜투주맙 오조가마이신으로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 작용제이거나, 화학요법에 내성이다.
특정 실시양태에서, 유전자 세트는 특정 세포 유형 (예를 들어, 줄기 세포)과 관련된 유전자 시그니처를 포함한다. 일부 실시양태에서, 유전자 세트는 특정 생물학적 기능 (예를 들어, 단백질 대사)와 관련된 유전자 시그니처를 포함한다. 다른 실시양태에서, 유전자 세트는 특정 세포 경로 (예를 들어, UPR 경로)와 관련된 유전자 시그니처를 포함한다. 한 실시양태에서, 유전자 세트는 백혈병 줄기 세포 (LSC)와 관련된 유전자 시그니처를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 유전자 세트는 LSC 유전자 시그니처를 포함한다.
일부 실시양태에서, LSC 유전자 시그니처는 CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, GATA2, SLC25A37, SGK, LOC652694, ITPR3, LOC654103, CXCR4, FCRL3, RBM38, LILRA5, IL18RAP, CCDC109B, ISG20, MTSS1, CECR1, ADAM19, FCGR2A, AIM2, NPL, IL10RA, CTSL1, GNLY, CKAP4, ADM, KLRB1, SLC15A3, FGR, FCRLA, IL2RB, CXCL16, SLC4A1, GZMH, FLJ22662, LOC647506, GIMAP4, JAZF1, CTSH, GZMA, CHST15, AQP9, CD247, BCL6, SLC7A7, E2F2, LOC647450, GZMB, LOC652493, HBM, CD14, ALAS2, HBB, LOC642113, AHSP, FCN1, CD48, HBA2, 및 HBA1로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다.
다른 실시양태에서, LSC 유전자 시그니처는 CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, 및 GATA2로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다.
표 1: LSC17 시그니처
Figure pct00003
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 AKR1C3을 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 ARHGAP22를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 CD34를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 CDK6을 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, LSC 시그니처는 CPXM1을 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 DNMT3B를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 DPYSL3을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 EMP1을 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, LSC 시그니처는 GPR56을 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 KIAA0125를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는LAPTM4B를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 MMRN1을 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, LSC 시그니처는 NGFRAP1을 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 NYNRIN을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 SMIM24를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 SOCS2를 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, LSC 시그니처는 ZBTB46을 포함한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 2개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 3개의 유전자를 포함한다. 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 4개의 유전자를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 5개의 유전자를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 6개의 유전자를 포함한다. 특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 7개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 8개의 유전자를 포함한다. 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 9개의 유전자를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 10개의 유전자를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 12개의 유전자를 포함한다. 특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 14개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 16개의 유전자를 포함한다. 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 표 1로부터 선택된 모든 17개의 유전자를 포함하며, 이는 "LSC17" 또는 "LSC17 시그니처"로 칭해진다.
일부 실시양태에서, LSC 시그니처 점수 (LSC17 점수)는 다음과 같이 계산되며: (DNMT3B의 발현 수준 × DNMTT3B의 가중치) + (ZBTB46의 발현 수준 × ZBTB46의 가중치) + (NYNRIN의 발현 수준 × NYNRIN의 가중치) + (ARHGAP22의 발현 수준 × ARHGAP22의 가중치) + (LAPTM4B의 발현 수준 × LAPTM4B의 가중치) + (MMRN1의 발현 수준 × MMRN1의 가중치) + (DPYSL3의 발현 수준 × DPYSL3의 가중치) + (KIAA0125의 발현 수준 × KIAA0125의 가중치) + (CDK6의 발현 수준 × CDK6의 가중치) + (CPXM1의 발현 수준 × CPXM1의 가중치) + (SOCS2의 발현 수준 × SOCS2의 가중치) + (SMIM24의 발현 수준 × SMIM24의 가중치) + (EMP1의 발현 수준 × EMP1의 가중치) + (NGFRAP1의 발현 수준 × NGFRAP1의 가중치) + (CD34의 발현 수준 × CD34의 가중치) + (AKR1C3의 발현 수준 × AKR1C3의 가중치) + (GPR56의 발현 수준 × GPR56의 가중치); DNMTT3B의 가중치는 0.06 내지 0.1의 범위이고, ZBTB46의 가중치는 - 0.05 내지 - 0.01의 범위이고, NYNRIN의 가중치는 - 0.01 내지 0.03의 범위이고, ARHGAP22의 가중치는 -0.03 내지 0.01의 범위이고, LAPTM4B의 가중치는 -0.015 내지 0.025의 범위이고, MMRN1의 가중치는 0.005 내지 0.045의 범위이고, DPYSL3의 가중치는 0.01 내지 0.05의 범위이고, KIAA0125의 가중치는 0.009 내지 0.039의 범위이고, CDK6의 가중치는 - 0.09 내지 - 0.05의 범위이고, CPXM1의 가중치는 - 0.045 내지 - 0.005의 범위이고, SOCS2의 가중치는 0.007 내지 0.047의 범위이고, SMIM24의 가중치는 - 0.043 내지 - 0.003의 범위이고, EMP1의 가중치는 0.01 내지 0.035의 범위이고, NGFRAP1의 가중치는 0.025 내지 0.065의 범위이고, CD34의 가중치는 0.01 내지 0.05의 범위이고, AKR1C3의 가중치는 - 0.06 내지 - 0.02의 범위이고, GPR56의 가중치는 0.03 내지 0.07의 범위이다.
일부 실시양태에서, DNMTT3B의 가중치는 0.08 내지 0.09의 범위이고, ZBTB46의 가중치는 - 0.03 내지 - 0.04의 범위이고, NYNRIN의 가중치는 - 0.008 내지 0.009의 범위이고, ARHGAP22의 가중치는 -0.015 내지 0.01의 범위이고, LAPTM4B의 가중치는 -0.006 내지 0.005의 범위이고, MMRN1의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, DPYSL3의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, KIAA0125의 가중치는 0.01 내지 0.02의 범위이고, CDK6의 가중치는 - 0.08 내지 - 0.07의 범위이고, CPXM1의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, SOCS2의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, SMIM24의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, EMP1의 가중치는 0.014 내지 0.02의 범위이고, NGFRAP1의 가중치는 0.04 내지 0.05의 범위이고, CD34의 가중치는 0.03 내지 0.04의 범위이고, AKR1C3의 가중치는 - 0.04 내지 - 0.05의 범위이고, GPR56의 가중치는 0.04 내지 0.055의 범위이다.
일부 실시양태에서, DNMT3B에 대한 가중치는 약 0.0874이고, ZBTB46의 가중치는 약 - 0.0347이고, NYNRIN의 가중치는 약 0.00865이고, ARHGAP22의 가중치는 약 - 0.0138이고, LAPTM4B의 가중치는 약 0.00582이고, MMRN1의 가중치는 약 0.0258이고, DPYSL3의 가중치는 약 0.0284이고, KIAA0125의 가중치는 약 0.0196이고, CDK6의 가중치는 약 - 0.0704이고, CPXM1의 가중치는 약 - 0.0258이고, SOCS2의 가중치는 약 0.0271이고, SMIM24의 가중치는 약 - 0.0226이고, EMP1의 가중치는 약 0.0146이고, NGFRAP1의 가중치는 약 0.0465이고, CD34의 가중치는 약 0.0338이고, AKR1C3의 가중치는 약 - 0.0402이고, GPR56의 가중치는 약 0.0501이다.
구체적 실시양태에서, LSC 시그니처 점수 (LSC17 점수)는 다음과 같이 계산된다: (DNMT3B의 발현 수준 × 0.0874) + (ZBTB46의 발현 수준 × - 0.0347) + (NYNRIN의 발현 수준 × 0.00865) + (ARHGAP22의 발현 수준 × - 0.0138) + (LAPTM4B의 발현 수준 × 0.00582) + (MMRN1의 발현 수준 × 0.0258) + (DPYSL3의 발현 수준 × 0.0284) + (KIAA0125의 발현 수준 × 0.0196) + (CDK6의 발현 수준 × - 0.0704) + (CPXM1의 발현 수준 × - 0.0258) + (SOCS2의 발현 수준 × 0.0271) + (SMIM24의 발현 수준 × - 0.0226) + (EMP1의 발현 수준 × 0.0146) + (NGFRAP1의 발현 수준 × 0.0465) + (CD34의 발현 수준 × 0.0338) + (AKR1C3의 발현 수준 × - 0.0402) + (GPR56의 발현 수준 × 0.0501).
일부 실시양태에서, 참조 수준은 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 또는 2이다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 TNFRSF4를 포함한다. 한 실시양태에서, LSC 시그니처는 SLC4A1을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 SLC7A7을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 AIM2를 포함한다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로부터 선택된 적어도 2개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로부터 선택된 적어도 3개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로 이루어지며, 이는 LSC4 또는 LSC4 시그니처로 칭해진다.
일부 실시양태에서, LSC 시그니처 점수 (LSC4 시그니처 점수)는 다음과 같이 계산되며: (TNFRSF4의 발현 수준 × TNFRSF4의 가중치) + (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); 여기서 TNFRSF4의 가중치는 - 2 내지 -1의 범위이고, SLC4A1의 가중치는 11 내지 15의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 5.5 내지 - 1.5의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 5 내지 - 1의 범위이다.
일부 실시양태에서, TNFRSF4의 가중치는 - 1.5 내지 -1의 범위이고, SLC4A1의 가중치는 13내지 14의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 4 내지 -3의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 3 내지 -4의 범위이다.
일부 실시양태에서, TNFRSF4의 가중치는 약 - 1.13이고, SLC4A1의 가중치는 약 13.59이고, SLC7A7의 가중치는 약 - 3.57이고, AIM2의 가중치는 약 - 3.04이다.
구체적 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산된다: (TNFRSF4의 발현 수준 × - 1.13) + (SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다. 특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로부터 선택된 2개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2로 이루어지며, 여기서 LSC3 또는 LSC3 시그니처로 칭해진다.
일부 실시양태에서, LSC 시그니처 점수 (LSC3 시그니처 점수)는 다음과 같이 계산되며: (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); 여기서 SLC4A1의 가중치는 11 내지 15의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 5.5 내지 - 1.5의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 5 내지 - 1의 범위이다.
일부 실시양태에서, SLC4A1의 가중치는 13내지 14의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 4 내지 -3의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 3 내지 -4의 범위이다.
일부 실시양태에서, SLC4A1의 가중치는 약 13.59이고, SLC7A7의 가중치는 약 - 3.57이고, AIM2의 가중치는 약 - 3.04이다.
구체적 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 다음과 같이 계산된다: (SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 샘플에서의 LSC 시그니처 점수가 LSC 시그니처의 참조 점수보다 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 100%, 약 2배, 약 5배, 약 10배, 약 20배, 약 50배, 또는 약 100배 더 높은 경우 환자가 본원에 제공된 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 LSC17 시그니처 점수이다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 LSC4 시그니처 점수이다. 다른 실시양태에서, LSC 시그니처 점수는 LSC3 시그니처 점수이다.
5.2.2 세포 표면 마커
하기 섹션 6에 나타낸 바와 같이, 본 화합물 (예를 들어, 화합물 D)을 사용한 치료는 특정 세포 마커를 가진 특정 유형의 세포의 감소 또는 증가를 유도한다. 예를 들어, 원시 세포의 비율 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율은 화합물 D를 사용한 처리 시 변화한다. 따라서, 또 다른 측면에서, 특정 유형의 세포 또는 연관된 세포 표면 마커의 감소 또는 증가를 기반으로 하는 치료 화합물 (예를 들어, 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 호변이성질체, 제약상 허용되는 염, 용매화물, 동위원소체, 전구약물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체)에 대한 반응도를 예측하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 암을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 암을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것; ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것; iii. 1종 이상의 유형의 세포의 비율을 측정하는 것; iv. 1종 이상의 유형의 세포의 비율이 세포의 참조 비율과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것을 포함하며, 여기서 치료 화합물은 하기 구조를 갖는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드 (화합물 D):
Figure pct00004
또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 방법은 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 한 유형의 세포의 참조 비율은 화합물을 투여하기 전 샘플에서의 한 유형의 세포의 비율이다. 다른 실시양태에서, 한 유형의 세포의 참조 비율은 미리 결정된 비율이다. 또 다른 실시양태에서, 한 유형의 세포의 참조 비율은 화합물을 사용한 치료에 반응성이지 않은 대상체로부터 수득한 샘플에서의 한 유형의 세포의 비율이다.
일부 실시양태에서, 방법은 원시 세포의 비율 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율을 측정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 화합물을 투여하기 전의 비율과 비교하여 원시 세포의 비율의 감소는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다. 다른 실시양태에서, 상기 화합물을 투여하기 전의 비율과 비교하여 분화된 백혈병 세포의 비율의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 방법은 화합물을 샘플에 투여하기 전후에 CD34+, CD15+ 세포, CD14+ 세포, 및/또는 CD11b+ 세포의 비율을 측정하고 비교하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CD34+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 화합물을 투여하기 전의 CD34+ 세포의 비율과 비교하여 CD34+ 세포의 비율의 감소는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
다른 실시양태에서, 방법은 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 화합물을 투여하기 전의 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율과 비교하여 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
다른 실시양태에서, 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 암을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 암을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것; ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것; iii. 1종 이상의 세포 표면 마커의 수준을 측정하는 것; iv. 1종 이상의 세포 표면 마커의 수준이 참조 수준과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것을 포함하며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인 방법이 본원에 제공된다.
일부 실시양태에서, 1종 이상의 세포 표면 마커는 CD34, CD15, CD14, 및 CD11b로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 화합물 (예를 들어, 화합물 D)의 투여 전후에 CD34의 수준을 측정하는 것을 포함하고, 화합물의 투여 후 CD34의 수준의 감소는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
다른 실시양태에서, 방법은 화합물 (예를 들어, 화합물 D)의 투여 전후에 CD15 및/또는 CD14의 수준을 측정하는 것을 포함하고, 화합물의 투여 후 CD15 및/또는 CD14의 수준의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타낸다.
특정 세포 표면 마커로 세포 유형의 비율을 결정하는 방법 및 샘플에서 세포 표면 마커의 수준을 결정하는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 예시적인 방법은 하기 섹션 6에 설명되어 있다.
일부 실시양태에서, 증가는 참조와 비교하여 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 초과의 증가를 의미한다. 일부 실시양태에서, 감소는 참조와 비교하여 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 그 초과의 감소를 의미한다.
특정 실시양태에서, 암은 혈액암이다. 한 실시양태에서, 혈액암은 림프종이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 백혈병이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 MM이다. 구체적 실시양태에서, 백혈병은 ALL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 AML이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CLL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CML이다.
일부 실시양태에서, AML은 재발성이다. 특정 실시양태에서, AML은 불응성이다. 다른 실시양태에서, AML은 통상적인 요법에 내성이다.
구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하거나, 상기 기재된 방법을 사용하는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법이 본원에 제공된다.
5.2.3 선택적 치료
본원에 제공된 다양한 방법 (상기 기재된 것들을 포함)의 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물은 상기 화합물에 반응성일 가능성이 있는 것으로 결정된 환자에게 투여된다. 따라서, 한 측면에서, 화합물을 본원에 기재된 방법 (상기 기재된 것들을 포함)을 기반으로 하여 상기 화합물에 반응성일 가능성이 있는 것으로 결정된 환자에게 화합물을 투여하는 것을 포함하는 선택적 치료 방법이 본원에 제공된다.
또 다른 특정한 실시양태에서, 화합물은 화합물 D 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체이다.
본원에 제공된 다양한 방법의 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 다양한 방법의 일부 실시양태에서, 치료 화합물은 치료 화합물에 반응성일 가능성이 있는 환자에게 투여된다. 또한, 이전에 암 치료를 받았으나 표준 요법에 비-반응성인 환자, 뿐만 아니라 이전에 치료를 받은 적이 없는 환자를 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 본 발명은 또한 일부 질환 또는 장애가 특정 연령 군에서 더 일반적이긴 하지만, 환자의 연령에 관계없이 환자를 치료하는 방법을 포함한다. 본 발명은 추가로 문제의 질환 또는 병태를 치료하기 위한 시도로 수술을 받은 환자, 뿐만 아니라 그렇지 않은 환자를 치료하는 방법을 포함한다. 암을 가진 환자는 이질적인 임상 징후 및 다양한 임상 결과를 가지고 있기 때문에, 환자에게 제공되는 치료는 그/그녀의 예후에 따라 달라질 수 있다. 숙련된 임상의는 과도한 실험 없이 암을 가진 개별 환자를 치료하는데 효과적으로 사용할 수 있는, 구체적 2차 작용제, 수술 유형, 및 비약물 기반 표준 요법의 유형을 쉽게 결정할 수 있을 것이다.
투약 및 투여
특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 본원에 제공된 화합물. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D은 하루에 약 0.005 내지 약 20 mg, 하루에 약 0.05 내지 20 mg, 하루에 약 0.01 내지 약 10 mg, 하루에 약 0.01 내지 약 7 mg, 하루에 약 0.01 내지 약 5 mg, 하루에 약 0.01 내지 약 3 mg, 하루에 약 0.05 내지 약 10 mg, 하루에 약 0.05 내지 약 7 mg, 하루에 약 0.05 내지 약 5 mg, 하루에 약 0.05 내지 약 3 mg, 하루에 약 0.1 내지 약 15 mg, 하루에 약 0.1 내지 약 10 mg, 하루에 약 0.1 내지 약 7 mg, 하루에 약 0.1 내지 약 5 mg, 하루에 약 0.1 내지 약 3 mg, 하루에 약 0.5 내지 약 10 mg, 하루에 약 0.05 내지 약 5 mg, 하루에 약 0.5 내지 약 3 mg, 하루에 약 0.5 내지 약 2 mg, 하루에 약 0.3 내지 약 10 mg, 하루에 약 0.3 내지 약 8.5 mg, 하루에 약 0.3 내지 약 8.1 mg, 하루에 약 0.6 내지 약 10 mg 또는 하루에 약 0.6 내지 약 5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.005 내지 약 20 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는, 하루에 약 0.05 내지 20 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.01 내지 약 10 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.01 내지 약 7 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.01 내지 약 5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.01 내지 약 3 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.05 내지 약 10 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.05 내지 약 7 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.05 내지 약 5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.05 내지 약 3 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.1 내지 약 15 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.1 내지 약 10 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.1 내지 약 7 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.1 내지 약 5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.1 내지 약 3 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.5 내지 약 10 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.5 내지 약 5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.5 내지 약 3 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.5 내지 약 2 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.3 내지 약 10 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에약 0.3 내지 약 8.5 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.3 내지 약 8.1 mg이다. 한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량의 화합물 D는 하루에 약 0.6 내지 약 10 mg 또는 하루에 약 0.6 내지 약 5 mg이다.
특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.1, 약 0.2, 약 0.5, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 또는 약 10 mg이다. 일부 이러한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.5, 약 0.6, 약 0.75, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6 또는 약 7 mg이다. 일부 이러한 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.6, 약 1.2, 약 1.8, 약 2.4, 또는 약 3.6 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.1 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.2 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 0.5 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 1 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 2 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예 방 유효량은 하루에 약 3 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 4 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 5 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 6 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 7 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 8 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 9 mg이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 하루에 약 10 mg이다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 권장 1일 용량 범위는, 본원에 기재된 병태의 경우 하루에 약 0.01 mg 내지 약 20 mg의 범위 내에 있으며, 바람직하게는 1일 1회 단일 용량으로서 또는 하루에 걸쳐 분할 용량으로 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 권장 1일 용량 범위는, 본원에 기재된 병태의 경우 하루에 약 0.01 mg 내지 약 15 mg의 범위 내에 있으며, 바람직하게는 1일 1회 단일 용량으로서 또는 하루에 걸쳐 분할 용량으로 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 권장 1일 용량 범위는, 본원에 기재된 병태의 경우 하루에 약 0.01 mg 내지 약 12 mg의 범위 내에 있으며, 바람직하게는 1일 1회 단일 용량으로서 또는 하루에 걸쳐 분할 용량으로 제공된다. 일부 실시양태에서, 투여량은 하루에 약 0.1 mg 내지 약 10 mg의 범위이다. 다른 실시양태에서, 투여량은 하루에 약 0.5 내지 약 5 mg의 범위이다. 하루에 구체적 용량은 하루에 0.1, 0.2, 0.5, 0.6, 1, 1.2, 1.5, 1.8, 2, 2.4, 2.5, 3, 3.5, 3.6, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5, 7, 7.2, 7.5, 8, 8.5, 9, 9.5, 10, 10.5, 11, 11.5, 12, 12.5, 13, 13.5, 14, 14.4, 14.5 또는 15 mg을 포함한다. 다른 실시양태에서, 투여량은 하루에 약 0.5 내지 약 5 mg의 범위이다. 구체적 용량은 하루에 0.1, 0.2, 0.5, 0.6, 1, 1.2, 1.5, 1.8, 2, 2.4, 2.5, 3, 3.5, 3.6, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5, 7, 7.5, 8, 8.5, 9, 9.5 또는 10 mg을 포함한다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 0.1 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 0.2 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 0.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 0.6 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 1 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 1.2 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 1.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 1.8 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 2 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 2.4 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 2.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 3 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 3.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 3.6 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 4 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 4.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 5.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 6 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 6.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 7 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 7.2 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 7.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 8 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 8.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 9 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 9.5 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 10 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 12 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 10 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 12 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 14.4 mg이다. 한 실시양태에서, 용량은 하루에 15 mg이다.
구체적 실시양태에서, 권장 시작 투여량은 하루에 0.1, 0.5, 0.6, 0.7, 1, 1.2, 1.5, 1.8, 2, 2.4, 2.5, 3, 3.5, 3.6, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5 또는 7 mg일 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 권장 시작 투여량은 하루에 0.1, 0.5, 0.6, 1, 1.2, 1.8, 2, 2.4, 3, 3.6, 4, 또는 5 mg일 수 있다. 한 실시양태에서, 용량은 7, 8, 9 10, 12, 또는 15 mg/일로 증량될 수 있다. 한 실시양태에서, 용량은 7, 8, 9 또는 10 mg/일로 증량될 수 있다.
구체적 실시양태에서, 화합물 D는 약 0.1 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 1 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 3 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 4 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 5 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 6 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 7 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 10 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 12 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 15 mg/일의 양으로 AML을 포함한 백혈병을 가진 환자에게 투여될 수 있다.
구체적 실시양태에서, 화합물 D는 약 0.1 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 1 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 3 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 화합물 D는 약 4 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 5 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 6 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 7 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 10 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 12 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 약 15 mg/일의 양으로 MDS를 가진 환자에게 투여될 수 있다.
특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.001 내지 약 20 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 15 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 10 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 9 mg/kg/일, 0.01 내지 약 8 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 7 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 6 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 5 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 4 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 3 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 2 mg/kg/일, 약 0.01 내지 약 1 mg/kg/일, 또는 약 0.01 내지 약 0.05 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.001 내지 약 20 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 15 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 10 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 9 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 0.01 내지 약 8 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 7 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 6 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 5 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 4 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 3 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 2 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 1 mg/kg/일이다. 특정 실시양태에서, 치료 또는 예방 유효량은 약 0.01 내지 약 0.05 mg/kg/일이다.
투여된 용량은 또한 mg/kg/일 이외의 단위로 표현될 수 있다. 예를 들어, 비경구 투여의 용량은 mg/m2/일로서 표시될 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 용량을 mg/kg/일에서 mg/m2/일로 변환하여 대상체의 키 또는 체중 또는 둘 다를 제공하는 방법을 쉽게 알 것이다 ([www.fda.gov/cder/cancer/animalframe.htm] 참조). 예를 들어, 65 kg 인간의 경우 1 mg/kg/일의 용량은 대략 38 mg/m2/일과 같다.
특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM, 약 0.002 내지 약 200 μM, 약 0.005 내지 약 100 μM, 약 0.01 내지 약 50 μM, 약 1 내지 약 50 μM, 약 0.02 내지 약 25 μM, 약 0.05 내지 약 20 μM, 약 0.1 내지 약 20 μM, 약 0.5 내지 약 20 μM, 또는 약 1 내지 약 20 μM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM, 약 0.002 내지 약 200 μM, 약 0.005 내지 약 100 μM, 약 0.01 내지 약 50 μM, 약 1 내지 약 50 μM, 약 0.02 내지 약 25 μM, 약 0.05 내지 약 20 μM, 약 0.1 내지 약 20 μM, 약 0.5 내지 약 20 μM, 또는 약 1 내지 약 20 μM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다.
다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 5 내지 약 100 nM, 약 5 내지 약 50 nM, 약 10 내지 약 100 nM, 약 10 내지 약 50 nM 또는 약 50 내지 약 100 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 5 내지 약 100 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 5 내지 약 50 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 10 내지 약 100 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 10 내지 약 50 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다. 다른 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 50 내지 약 100 nM의 범위의, 항정 상태에서 상기 화합물의 혈장 농도를 제공하기에 충분하다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "항정 상태에서의 혈장 농도"는 본원에 제공된 제제의 투여 기간 후에 도달된 농도이다. 일단 항정 상태에 도달하면, 고체 형태의 혈장 농도의 시간 종속 곡선 상에 작은 피크 및 트로프가 있다.
특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM, 약 0.002 내지 약 200 μM, 약 0.005 내지 약 100 μM, 약 0.01 내지 약 50 μM, 약 1 내지 약 50 μM, 약 0.02 내지 약 25 μM, 약 0.05 내지 약 20 μM, 약 0.1 내지 약 20 μM, 약 0.5 내지 약 20 μM, 또는 약 1 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.002 내지 약 200 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.005 내지 약 100 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.01 내지 약 50 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 1 내지 약 50 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.02 내지 약 25 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.05 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.1 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.5 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 1 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최대 혈장 농도 (피크 농도)를 제공하기에 충분하다.
특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM, 약 0.002 내지 약 200 μM, 약 0.005 내지 약 100 μM, 약 0.01 내지 약 50 μM, 약 1 내지 약 50 μM, 약 0.01 내지 약 25 μM, 약 0.01 내지 약 20 μM, 약 0.02 내지 약 20 μM, 약 0.02 내지 약 20 μM, 또는 약 0.01 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.001 내지 약 500 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.002 내지 약 200 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.005 내지 약 100 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.01 내지 약 50 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 1 내지 약 50 μM, 약 0.01 내지 약 25 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.01 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.02 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.02 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 0.01 내지 약 20 μM의 범위의, 상기 화합물의 최소 혈장 농도 (트로프 농도)를 제공하기에 충분하다.
특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 100 내지 약 100,000 ng*hr/mL, 약 1,000 내지 약 50,000 ng*hr/mL, 약 5,000 내지 약 25,000 ng*hr/mL, 또는 약 5,000 내지 약 10,000 ng*hr/mL의 범위의, 상기 화합물의 곡선하 면적 (AUC)을 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 100 내지 약 100,000 ng*hr/mL의 범위의, 상기 화합물의 곡선하 면적 (AUC)을 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 1,000 내지 약 50,000 ng*hr/mL의 범위의, 상기 화합물의 곡선하 면적 (AUC)을 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 5,000 내지 약 25,000 ng*hr/mL의 범위의, 상기 화합물의 곡선하 면적 (AUC)을 제공하기에 충분하다. 특정 실시양태에서, 투여되는 화합물 D의 제제의 양은 약 5,000 내지 약 10,000 ng*hr/mL의 범위의, 상기 화합물의 곡선하 면적 (AUC)을 제공하기에 충분하다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법 중 하나로 치료될 환자는 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여 전에 항암 요법으로 치료받은 적이 없다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법 중 하나로 치료될 환자는 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여 전에 항암 요법으로 치료받았다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법 중 하나로 치료될 환자는 항암 요법에 대한 약물 내성이 발생하였다.
본원에 제공된 방법은 일부 질환 또는 장애가 특정 연령 군에서 더 일반적이긴 하지만, 환자의 연령에 관계없이 환자를 치료하는 방법을 포함한다.
본원에 제공된 화합물 D의 제제는 단일 용량 예컨대, 예를 들어, 단일 볼루스 주사, 또는 시간 경과에 따른, 예컨대, 예를 들어, 시간 경과에 따른 연속 주입 또는 시간 경과에 따른 분할 볼루스 투여로 전달될 수 있다. 화합물 D의 제제는 필요한 경우, 예를 들어 환자가 안정적인 질환 또는 퇴행을 경험할 때까지, 또는 환자가 질환 진행 또는 허용할 수 없는 독성을 경험할 때까지 반복적으로 투여될 수 있다. 예를 들어, 고형 종양에 대한 안정적인 질환은 일반적으로 측정가능한 병변의 수직 직경이 마지막 측정에서 25% 이상 증가하지 않았음을 의미한다 (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) Guidelines, Journal of the National Cancer Institute 92(3): 205-216 (2000)). 안정적인 질환 또는 그의 결핍은 환자 증상의 평가, 신체 검사, X선, CAT, PET, 또는 MRI 스캔을 사용하여 영상화된 종양의 시각화 및 기타 통상적으로 허용되는 평가 양식과 같은 관련 기술분야에 공지된 방법에 의해 결정된다.
본원에 제공된 화합물 D의 제제는 1일 1회 (QD) 투여되거나, 다중 1일 용량 예컨대 1일 2회 (BID), 1일 3회 (TID), 및 1일 4회 (QID)로 분할될 수 있다. 게다가, 투여는 연속적 (즉, 연속적인 날 동안 매일 또는 매일), 예를 들어 주기로 (즉, 약물 없이 쉬는 일, 주 또는 개월을 포함) 간헐적일 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "매일"은 치료 화합물이, 예를 들어, 일정 기간 동안 매일 1회 또는 1회 초과 투여됨을 의미하는 것으로 의도된다. 용어 "연속적인"은 치료 화합물이 적어도 10일 내지 52주의 중단되지 않은 기간 동안 매일 투여됨을 의미하는 것으로 의도된다. 본원에 사용된 바와 같은 용어 "간헐적인" 또는 "간헐적으로"는 규칙적 또는 불규칙적 간격으로 중단 및 시작하는 것을 의미하도록 의도된다. 예를 들어, 화합물 D의 제제의 간헐적 투여는 주당 1 내지 6일 동안 투여, 주기로 투여 (예를 들어, 28일 주기 중 연속 1일에서 10일 동안 매일 투여한 다음에, 28일 주기의 나머지 기간 동안 투여하지 않는 휴약기; 또는 연속 2주 내지 8주 동안 매일 투여한 다음에, 최대 1주 동안 투여하지 않는 휴약기), 또는 격일 투여이다. 화합물 D를 사용한 순환 요법은 본원에 다른 곳에서 논의된다.
일부 실시양태에서, 투여 빈도는 약 1일 용량 내지 약 1개월 용량의 범위이다. 특정 실시양태에서, 투여는 1일 1회, 1일 2회, 1일 3회, 1일 4회, 격일로 1회, 1주 2회, 매주 1회, 2주마다 1회, 3주마다 1회, 또는 4주마다 1회이다. 한 실시양태에서, 화합물 D는 1일 1회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D는 1일 2회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 1일 3회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 1일 4회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 격일로 1회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 1주 2회 투여된다.
또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 매주 1회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 2주마다 1회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 3주마다 1회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D는 4주마다 1회 투여된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 1일 내지 6개월, 1주 내지 3개월, 1주 내지 4주, 1주 내지 3주, 또는 1주 내지 2주 하루에 1회 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 1주, 2주, 3주, 또는 4주 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 1일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 2일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 3일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 4일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 5일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 6일 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 1주 동안 하루에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 최대 10일 동안 하루에 1회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 2주 동안 하루에 1회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 3주 동안 하루에 1회 투여된다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 4주 동안 하루에 1회 투여된다.
조합 요법
한 실시양태에서, 환자에게 화합물 D를 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여, 그리고 임의로 방사선 요법, 수혈, 또는 수술과 조합하여 투여하는 것을 포함하는, 암을 치료, 예방, 및/또는 관리하는 방법이 본원에 제공된다. 제2 활성제의 예가 본원에 개시되어 있다.
한 실시양태에서, 환자에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 1종 이상의 제2 활성제와 조합하여, 그리고 임의로 방사선 요법, 수혈, 또는 수술과 조합하여 투여하는 것을 포함하는, 암을 치료, 예방, 및/또는 관리하는 방법이 본원에 제공된다. 제2 활성제의 예가 본원에 개시되어 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "조합하여"는 하나 초과의 요법 (예를 들어, 하나 이상의 예방제 및/또는 치료제)의 사용을 포함한다. 그러나, 용어 "조합하여"의 사용은 요법 (예를 들어, 예방제 및/또는 치료제)이 질환 또는 장애를 가진 환자에게 투여되는 순서를 제한하지 않는다. 예를 들어, "조합하여"는 혼합물로서의 투여, 별도의 제제를 사용한 동시 투여, 및 임의의 순서로의 연속 투여를 포함할 수 있다. "연속적인"은 활성제의 투여 사이에 구체적 시간이 경과하였음을 의미한다. 예를 들어, "연속적인"은 개별 활성제의 투여 사이에 10분 초과가 경과하였음을 의미한다. 기간은 이어서 10분 초과, 30분 초과, 1시간 초과, 3시간 초과, 6시간 초과 또는 12시간 초과일 수 있다. 예를 들어, 제1 요법 (예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제와 같은 예방제 또는 치료제)은 제2 요법 (예를 들어, 예방제 또는 치료제)의 투여 전에 (예를 들어, 5분, 15분, 30분, 45분, 1시간, 2시간, 4시간, 6시간, 12시간, 24시간, 48시간, 72시간, 96시간, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 8주, 또는 12주 전), 그와 공동으로, 또는 그 후에 (예를 들어, 5분, 15분, 30분, 45분, 1시간, 2시간, 4시간, 6시간, 12시간, 24시간, 48시간, 72시간, 96시간, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 8주, 또는 12주 후) 대상체에 투여될 수 있다. 삼중 요법이 또한 본원에서 고려된다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D, 및 1종 이상의 제2 활성제를 환자에게 투여하는 것은 동일하거나 상이한 투여 경로에 의해 동시에 또는 순차적으로 발생할 수 있다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D, 및 1종 이상의 제2 활성제를 환자에게 투여하는 것은 동일하거나 상이한 투여 경로에 의해 동시에 또는 순차적으로 발생할 수 있다. 특정한 활성제에 이용되는 특정한 투여 경로의 적합성은 활성제 자체 (예를 들어, 상기 활성제가 혈류에 진입하기 전에 분해되지 않고 경구 투여될 수 있는지 여부) 및 치료되는 암에 따라 달라질 것이다.
본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D의 투여 경로는 제2 요법의 투여 경로와 무관하다. 따라서, 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D는 정맥내 투여되고, 제2 요법은 경구, 비경구, 복강내, 정맥내, 동맥내, 경피, 설하, 근육내, 직장, 경협측, 비강내, 리포솜내로, 흡입을 통해, 질, 안내, 카테터 또는 스텐트에 의한 국소 전달, 피하, 지방질내, 관절내, 척추강내, 또는 서방성 투여 형태로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D, 및 제2 요법은 동일한 투여 방식에 의해, IV에 의해 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함하는 화합물 D는 하나의 투여 방식, 예를 들어 IV에 의해 투여되며, 한편 제2 작용제 (항암제)는, 또 다른 투여 방식에 의해, 예를 들어, 경구로 투여된다.
한 실시양태에서, 제2 활성제는 정맥내 또는 피하로 및 1일 1회 또는 2회 약 1 내지 약 1000 mg, 약 5 내지 약 500 mg, 약 10 내지 약 350 mg, 또는 약 50 내지 약 200 mg의 양으로 투여된다. 제2 활성제의 구체적 양은 사용된 구체적 작용제, 치료 및/또는 관리되는 질환의 유형, 질환의 중증도 및 병기, 및 화합물 D 및 환자에게 공동으로 투여되는 임의의 추가 활성제의 양에 따라 달라질 것이다.
1종 이상의 제2 활성 성분 또는 작용제는 본원에 제공된 방법 및 조성물에서 화합물 D와 함께 사용될 수 있다. 두 번째 활성제는 대분자 (예를 들어, 단백질) 또는 소분자 (예를 들어, 합성 무기, 유기금속, 또는 유기 분자)일 수 있다.
대분자 활성제의 예는 조혈 성장 인자, 시토카인, 및 모노클로날 및 폴리클로날 항체, 특히 암 항원에 대한 치료 항체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 전형적인 대분자 활성제는 생물학적 분자, 예컨대 자연 발생 또는 합성 또는 재조합 단백질이다. 본원에 제공된 방법 및 조성물에서 특히 유용한 단백질은 시험관내 또는 생체내에서 조혈 전구체 세포 및 면역 활성 형성 세포의 생존 및/또는 증식을 자극하는 단백질을 포함한다. 다른 유용한 단백질은 시험관내 또는 생체내 세포에서 수임 적혈구계 전구세포의 분열 및 분화를 자극한다. 특정한 단백질은, 인터류킨, 예컨대 IL-2 (재조합 IL-II ("rIL2") 및 카나리폭스 IL-2 포함), IL-10, IL-12, 및 IL-18; 인터페론, 예컨대 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 인터페론 알파-n1, 인터페론 알파-n3, 인터페론 베타-I a, 및 인터페론 감마-I b; GM-CF 및 GM-CSF; 및 EPO를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
특정 실시양태에서, GM-CSF, G-CSF, SCF 또는 EPO는 약 1 내지 약 750 mg/m2/일, 약 25 내지 약 500 mg/m2/일, 약 50 내지 약 250 mg/m2/일, 또는 약 50 내지 약 200 mg/m2/일 범위의 양으로 4주 또는 6주 주기로 약 5일 동안 피하 투여된다. 특정 실시양태에서, GM-CSF는 약 60 내지 약 500 mcg/m2의 양으로 2시간에 걸쳐 정맥내로 또는 약 5 내지 약 12 mcg/m2/일의 양으로 피하 투여될 수 있다. 특정 실시양태에서, G-CSF는 초기에 약 1 mcg/kg/일의 양으로 피하 투여될 수 있고 총 과립구 수의 상승에 따라 조정될 수 있다. G-CSF의 유지 용량은 약 300 (작은 환자의 경우) 또는 480 mcg의 양으로 피하 투여될 수 있다. 특정 실시양태에서, EPO는 주당 3회 10,000 유닛의 양으로 피하 투여될 수 있다.
방법 및 조성물에서 사용될 수 있는 특정한 단백질은 미국에서 상표명 뉴포겐(Neupogen)® (암젠(Amgen), 캘리포니아주 사우전드 오크스)으로 판매되는 필그라스팀; 미국에서 상표명 류킨(Leukine)® (이뮤넥스(Immunex), 워싱턴주 시애틀)으로 판매되는 사그라모스팀; 및 미국에서 상표명 에포겐(Epogen)® (암젠, 캘리포니아주 사우전드 오크스)으로 판매되는 재조합 EPO를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
GM-CSF의 재조합 및 돌연변이된 형태는 미국 특허 번호 5,391,485; 5,393,870; 및 5,229,496에 기재된 바와 같이 제조될 수 있으며, 이들 특허 모두는 본원에 참조로 포함된다. G-CSF의 재조합 및 돌연변이된 형태는 미국 특허 번호 4,810,643; 4,999,291; 5,528,823; 및 5,580,755에 기재된 바와 같이 제조될 수 있으며, 이들 특허 전문이 본원에 참조로 포함된다.
또한, 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D와 조합하여 사용하기 위해 또한 고유, 자연 발생, 및 재조합 단백질이 제공된다. 생체내에서 이들이 기반으로 하는 단백질의 약리학적 활성의 적어도 일부를 나타내는 자연 발생 단백질의 돌연변이체 및 유도체 (예를 들어, 변형된 형태)가 추가로 포함된다. 돌연변이체의 예는 단백질의 자연 발생 형태에서 상응하는 잔기와 상이한 하나 이상의 아미노산 잔기를 갖는 단백질을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 또한, 용어 "돌연변이체"는 그의 자연 발생 형태 (예를 들어, 글리코실화되지 않은 형태)로 정상적으로 존재하는 탄수화물 모이어티가 결핍된 단백질을 포함한다. 유도체의 예는 페길화된 유도체 및 융합 단백질, 예컨대 IgG1 또는 IgG3을 단백질 또는 관심 단백질의 활성 부분에 융합시킴으로써 형성된 단백질을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 예를 들어, 문헌 [Penichet, M.L. and Morrison, S.L., J. Immunol. Methods 248:91-101 (2001)]을 참조한다.
본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D와 조합하여 사용될 수 있는 항체는 모노클로날 및 폴리클로날 항체를 포함한다. 항체의 예는 트라스투주맙 (헤르셉틴(Herceptin)®), 리툭시맙 (리툭산(Rituxan)®), 베바시주맙 (아바스틴(Avastin)™), 퍼투주맙 (옴니타르그(Omnitarg)™), 토시투모맙 (벡사르(Bexxar)®), 에드레콜로맙 (파노렉스(Panorex)®), 및 G250을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 화합물 D의 제제는 또한 항-TNF-α 항체, 및/또는 항-EGFR 항체, 예컨대, 예를 들어, 에르비툭스(Erbitux)® 또는 파니투무맙과 조합될 수 있거나, 조합하여 사용될 수 있다.
대분자 활성제는 항암 백신의 형태로 투여될 수 있다. 예를 들어, 시토카인 예컨대 IL-2, G-CSF, 및 GM-CSF을 분비하거나, 그의 분비를 야기하는 백신이 제공된 방법 및 제약 조성물에서 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Emens, L.A., et al., Curr. Opinion Mol. Ther. 3(1):77-84 (2001)]을 참조한다.
소분자인 제2 활성제는 또한 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여와 연관된 유해 효과를 완화하기 위해 사용될 수 있다. 그러나, 일부 대분자와 같이, 다수는 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D와 함께 (예를 들어, 전, 후, 또는 동시에) 투여될 때 상승 효과를 제공할 수 있는 것으로 믿어진다. 소분자 제2 활성제의 예는 항암제, 항생제, 면역억제제, 및 스테로이드를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
특정 실시양태에서, 제2 작용제는 HSP 억제제, 프로테아좀 억제제, FLT3 억제제 또는 mTOR 억제제이다. 일부 실시양태에서, mTOR 억제제는 mTOR 키나제 억제제이다.
본원에 기재된 방법 또는 조성물 내에서 사용되는 항암제의 예는 다음을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다: 아시비신; 아클라루비신; 아코다졸 히드로클로라이드; 아크로닌; 아도젤레신; 알데스류킨; 알트레타민; 암모마이신; 아메탄트론 아세테이트; 암사크린; 아나스트로졸; 안트라마이신; 아스파라기나제; 아스펄린; 아자시티딘; 아제테파; 아조토마이신; 바티마스타트; 벤조데파; 비칼루타미드; 비산트렌 히드로클로라이드; 비스타피드 디메실레이트; 비젤레신; 블레오마이신 술페이트; 브레퀴나르 소듐; 브로피리민; 부술판; 칵티노마이신; 칼로스테론; 카라세미드; 카베티머; 카르보플라틴; 카르무스틴; 카루비신 히드로클로라이드; 카르젤레신; 세데핑골; 셀레콕시브 (COX-2 억제제); 클로람부실; 시롤레마이신; 시스플라틴; 클라드리빈; 클로파라빈; 크리스나톨 메실레이트; 시클로포스파미드; Ara-C; 다카르바진; 닥티노마이신; 다우노루비신 히드로클로라이드; 데시타빈; 덱소르마플라틴; 데자구아닌; 데자구아닌 메실레이트; 디아지쿠온; 도세탁셀; 독소루비신; 독소루비신 히드로클로라이드; 드롤록시펜; 드롤록시펜 시트레이트; 드로모스타놀론 프로피오네이트; 두아조마이신; 에다트렉세이트; 에플로르니틴 히드로클로라이드; 엘사미트루신; 엔로플라틴; 엔프로메이트; 에피프로피딘; 에피루비신 히드로클로라이드; 에르불로졸; 에소루비신 히드로클로라이드; 에스트라무스틴; 에스트라무스틴 포스페이트 소듐; 에타니다졸; 에토포시드; 에토포시드 포스페이트; 에토프린; 파드로졸 히드로클로라이드; 파자라빈; 펜레티니드; 플록수리딘; 플루다라빈 포스페이트; 플루오로우라실; 플루오로시타빈; 포스키돈; 포스트리에신 소듐; 겜시타빈; 겜시타빈 히드로클로라이드; 히드록시우레아; 이다루비신 히드로클로라이드; 이포스파미드; 일모포신; 이프로플라틴; 이리노테칸; 이리노테칸 히드로클로라이드; 란레오티드 아세테이트; 레트로졸; 류프롤리드 아세테이트; 리아로졸 히드로클로라이드; 로메트렉솔 소듐; 로무스틴; 로속산트론 히드로클로라이드; 마소프로콜; 메이탄신; 메클로레타민 히드로클로라이드; 메게스트롤 아세테이트; 멜렌게스트롤 아세테이트; 멜팔란; 메노가릴; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 메토트렉세이트 소듐; 메토프린; 메투레데파; 미틴도미드; 미토카르신; 미토크로민; 미토길린; 미토말신; 미토마이신; 미토스퍼; 미토탄; 미톡산트론 히드로클로라이드; 미코페놀산; 노코다졸; 노갈라마이신; 오마세탁신; 오르마플라틴; 옥시수란; 파클리탁셀; 페가스파르가제; 펠리오마이신; 펜타무스틴; 페플로마이신 술페이트; 퍼포스파미드; 피포브로만; 피포술판; 피록산트론 히드로클로라이드; 플리카마이신; 플로메스탄; 포르피머 소듐; 포르피로마이신; 프레드니무스틴; 프로카르바진 히드로클로라이드; 퓨로마이신; 퓨로마이신 히드로클로라이드; 피라조푸린; 리보프린; 사핑골; 사핑골 히드로클로라이드; 세무스틴; 심트라젠; 소라페닙; 스파르포세이트 소듐; 스파소마이신; 스피로게르마늄 히드로클로라이드; 스피로무스틴; 스피로플라틴; 스트렙토니그린; 스트렙토조신; 술로페누르; 탈리소마이신; 테코갈란 소듐; 탁소테레; 테가푸르; 텔록산트론 히드로클로라이드; 테모포르핀; 테니포시드; 테록시론; 테스토락톤; 티아미프린; 티오구아닌; 티오테파; 티아조푸린; 티라파자민; 토레미펜 시트레이트; 트레스톨론 아세테이트; 트리시리빈 포스페이트; 트리메트렉세이트; 트리메트렉세이트 글루쿠로네이트; 트립토렐린; 튜불로졸 히드로클로라이드; 우라실 머스타드; 우레데파; 바프레티드; 베르테포르핀; 빈블라스틴 술페이트; 빈크리스틴 술페이트; 빈데신; 빈데신 술페이트; 비네피딘 술페이트; 빈글리시네이트 술페이트; 빈류로신술페이트; 비노렐빈 타르트레이트; 빈로시딘 술페이트; 빈졸리딘 술페이트; 보로졸; 제니플라틴; 지노스타틴; 및 조루비신 히드로클로라이드.
본원의 방법에 포함될 기타 항암제는 다음을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다: 20-에피-1,25 디히드록시비타민 D3; 5-에티닐우라실; 아비라테론; 아클라루비신; 아실풀벤; 아데시페놀; 아도젤레신; 알데스류킨; ALL-TK 길항제; 알트레타민; 암바무스틴; 아미독스; 아미포스틴; 아미노레불린산; 암루비신; 암사크린; 아나그렐리드; 아나스트로졸; 안드로그라폴리드; 혈관신생 억제제; 길항제 D; 길항제 G; 안타렐릭스; 항-등쪽화결정 형태발생 단백질-1; 항안드로겐, 전립선 암종; 항에스트로겐; 항네오플라스톤; 안티센스 올리고뉴클레오티드; 아피디콜린 글리시네이트; 아폽토시스 유전자 조정제; 아폽토시스 조절제; 아퓨린산; ara-CDP-DL-PTBA; 아르기닌 데아미나제; 아술라크린; 아타메스탄; 트리무스틴; 악시나스타틴 1; 악시나스타틴 2; 악시나스타틴 3; 아자세트론; 아자톡신; 아자티로신; 바카틴 III 유도체; 발라놀; 바티마스타트; BCR/ABL 길항제; 벤조클로린; 벤조일스타우로스포린; 베타 락탐 유도체; 베타-알레틴; 베타클라마이신 B; 베툴린산; bFGF 억제제; 비칼루타미드; 비산트렌; 비스아지리디닐스페르민; 비스타피드; 비스트라텐 A; 비젤레신; 브레플레이트; 브로피리민; 부도티탄; 부티오닌 술폭시민; 칼시포트리올; 칼포스틴 C; 캠프토테신 유도체; 카페시타빈; 카르복스아미드-아미노-트리아졸; 카르복시아미도트리아졸; CaRest M3; CARN 700; 연골 유래 억제제; 카르젤레신; 카제인 키나제 억제제 (ICOS); 카스타노스페르민; 세크로핀 B; 세트로렐릭스; 클로를린; 클로로퀴녹살린 술폰아미드; 시카프로스트; 시스-포르피린; 클라드리빈; 클로미펜 유사체; 클로트리마졸; 콜리스마이신 A; 콜리스마이신 B; 콤브레타스타틴 A4; 콤브레타스타틴 유사체; 코나게닌; 크람베시딘 816; 크리스나톨; 크립토피신 8; 크립토피신 A 유도체; 큐라신 A; 시클로펜탄트라퀴논; 시클로플라탐; 시페마이신; Ara-C 옥포페이트; 세포용해 인자; 시토스타틴; 다클리시맙; 데시타빈; 데히드로디뎀닌 B; 데슬로렐린; 덱사메타손; 덱시포스파미드; 덱스라족산; 덱스베라파밀; 디아지쿠온; 디뎀닌 B; 디독스; 디에틸노르스페르민; 디히드로-5-아자시티딘; 디히드로탁솔, 9-; 디옥사마이신; 디페닐 스피로무스틴; 도세탁셀; 도코사놀; 돌라세트론; 독시플루리딘; 독소루비신; 드롤록시펜; 드로나비놀; 두오카르마이신 SA; 엡셀렌; 에코무스틴; 에델포신; 에드레콜로맙; 에플로르니틴; 엘레멘; 에미테푸르; 에피루비신; 에프리스테리드; 에스트라무스틴 유사체; 에스트로겐 효능제; 에스트로겐 길항제; 에타니다졸; 에토포시드 포스페이트; 엑세메스탄; 파드로졸; 파자라빈; 펜레티니드; 필그라스팀; 피나스테리드; 플라보피리돌; 플레젤라스틴; 플루스테론; 플루다라빈; 플루오로다우노루니신 히드로클로라이드; 포르페니멕스; 포르메스탄; 포스트리에신; 포테무스틴; 가돌리늄 텍사피린; 질산갈륨; 갈로시타빈; 가니렐릭스; 젤라티나제 억제제; 겜시타빈; 글루타티온 억제제; 헵술팜; 헤레굴린; 헥사메틸렌 비스아세트아미드; 히페리신; 이반드론산; 이다루비신; 이독시펜; 이드라만톤; 일모포신; 일로마스타트; 이마티닙 (예를 들어, 글리벡(Gleevec)®); 이미퀴모드; 면역자극 펩티드; 인슐린-유사 성장 인자-1 수용체 억제제; 인터페론 효능제; 인터페론; 인터류킨; 아이오벤구안; 아이오도독소루비신; 이포메아놀, 4-; 이로플랙트; 이르소글라딘; 이소벤가졸; 이소호모할리콘드린 B; 이타세트론; 자스플라키놀리드; 카할랄리드 F; 라멜라린-N 트리아세테이트; 란레오티드; 레이나마이신; 레노그라스팀; 렌티난 술페이트; 렙톨스타틴; 레트로졸; 백혈병 억제 인자; 백혈구 알파 인터페론; 류프롤리드+에스트로겐+프로게스테론; 류프로렐린; 레바미솔; 리아로졸; 선형 폴리아민 유사체; 친유성 디사카라이드 펩티드; 친유성 백금 화합물; 리소클린아미드 7; 로바플라틴; 롬브리신; 로메트렉솔; 로니다민; 로속산트론; 록소리빈; 루르토테칸; 루테튬 텍사피린; 리소필린; 용해성 펩티드; 마이탄신; 만노스타틴 A; 마리마스타트; 마조프로콜; 마스핀; 마트릴리신 억제제; 매트릭스 메탈로프로테이나제 억제제; 메노가릴; 메르바론; 메테렐린; 메티오니나제; 메토클로프라미드; MIF 억제제; 미페프리스톤; 밀테포신; 미리모스팀; 미토구아존; 미톨락톨; 미토마이신 유사체; 미토나피드; 미토톡신 섬유모세포 성장 인자-사포린; 미톡산트론; 모파로텐; 몰그라모스팀; 에르비툭스, 인간 융모막 성선 자극 호르몬; 모노포스포릴 지질 A+미오박테리움 세포벽 sk; 모피다몰; 머스타드 항암제; 미카퍼옥사이드 B; 마이코박테리아 세포벽 추출물; 미리아포론; N-아세틸디날린; N-치환된 벤즈아미드; 나파렐린; 나그레스팁; 날록손+펜타조신; 나파빈; 나프테르핀; 나르토그라스팀; 네다플라틴; 네모루비신; 네리드론산; 닐루타미드; 니사마이신; 산화질소 조정제; 니트록시드 항산화제; 니트룰린; 오블리메르센 (게나센스(Genasense)®); O6-벤질구아닌; 옥트레오티드; 오키세논; 올리고뉴클레오티드; 오나프리스톤; 온단세트론; 온단세트론; 오라신; 경구 시토카인 유도제; 오르마플라틴; 오스테론; 옥살리플라틴; 옥사우노마이신; 파클리탁셀; 파클리탁셀 유사체; 파클리탁셀 유도체; 팔라우아민; 팔미토일리족신; 파미드론산; 파낙시트리올; 파노미펜; 파라박틴; 파젤립틴; 페가스파르가제; 펠데신; 펜토산 폴리술페이트 소듐; 펜토스타틴; 펜트로졸; 퍼플루브론; 퍼포스파미드; 페릴릴 알콜; 페나지노마이신; 페닐아세테이트; 포스파타제 억제제; 피시바닐; 필로카르핀 히드로클로라이드; 피라루비신; 피리트렉심; 플라세틴 A; 플라세틴 B; 플라스미노겐 활성화제 억제제; 백금 착물; 백금 화합물; 백금-트리아민 착물; 포르피머 소듐; 포르피로마이신; 프레드니손; 프로필 비스-아크리돈; 프로스타글란딘 J2; 프로테아좀 억제제; 단백질 A-기반 면역 조정제; 단백질 키나제 C 억제제; 단백질 키나제 C 억제제, 미세조류; 단백질 티로신 포스파타제 억제제; 퓨린 뉴클레오시드 포스포릴라제 억제제; 푸르푸린; 피라졸로아크리딘; 피리독실화 헤모글로빈 폴리옥시에틸렌 접합체; raf 길항제; 랄티트렉시드; 라모세트론; ras 파르네실 단백질 트랜스퍼라제 억제제; ras 억제제; ras-GAP 억제제; 탈메틸화된 레텔립틴; 레늄 Re 186 에티드로네이트; 리족신; 리보자임; RII 레티나미드; 로히투킨; 로무르티드; 로퀴니멕스; 루비기논 B1; 루복실; 사핑골; 세인토핀; SarCNU; 사르코피톨 A; 사르그라모스팀; Sdi 1 모방체; 세무스틴; 노쇠 유래된 억제제 1; 센스 올리고뉴클레오티드; 신호 전달 억제제; 시조피란; 소부족산; 소듐 보로캡테이트; 소듐 페닐아세테이트; 솔베롤; 소마토메딘 결합 단백질; 소네르민; 스파르포스산; 스피카마이신 D; 스피로무스틴; 스플레노펜틴; 스폰지스타틴 1; 스쿠알라민; 스티피아미드; 스트로멜리신 억제제; 술피노신; 초활성 혈관활성 장 펩티드 길항제; 수라디스타; 수라민; 스와인소닌; 탈리무스틴; 타목시펜 메티오디드; 타우로무스틴; 타자로텐; 테코갈란 소듐; 테가푸르; 텔루라피릴륨; 텔로머라제 억제제; 테모포르핀; 테니포시드; 테트라클로로데카옥시드; 테트라조민; 탈리블라스틴; 티오코랄린; 트롬보포이에틴; 트롬보포이에틴 모방체; 티말파신; 티모포이에틴 수용체 효능제; 티모트리난; 갑상선 자극 호르몬; 틴 에틸 에티오푸르푸린; 티라파자민; 티타노센 비클로라이드; 탑센틴; 토레미펜; 번역 억제제; 트레티노인; 트리아세틸우리딘; 트리시리빈; 트리메트렉세이트; 트립토렐린; 트로피세트론; 투로스테리드; 티로신 키나제 억제제; 티르포스틴; UBC 억제제; 우베니멕스; 비뇨생식동-유래 성장 억제 인자; 유로키나제 수용체 길항제; 바프레오티드; 바리올린 B; 벨라레졸; 베라민; 베르딘; 베르테포르핀; 비노렐빈; 빈살틴; 비탁신; 보로졸; 자노테론; 제니플라틴; 질라스코브; 및 지노스타틴 스티말라머.
특정 실시양태에서, 제2 작용제는 1종 이상의 체크포인트 억제제로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 1종의 체크포인트 억제제는 본원에 제공된 방법에서 화합물 D 또는 화합물 D의 제제와 조합하여 사용된다. 또 다른 실시양태에서, 2종의 체크포인트 억제제가 본원에 제공된 방법과 관련하여 화합물 D 또는 화합물 D의 제제와 조합하여 사용된다. 또 다른 실시양태에서, 3종 이상의 체크포인트 억제제가 본원에 제공된 방법과 조합하여 화합물 D 또는 화합물 D의 제제와 조합되어 사용된다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "면역 체크포인트 억제제" 또는 "체크포인트 억제제"는 1종 이상의 체크포인트 단백질을 전체적으로 또는 부분적으로 감소, 억제, 간섭 또는 조정하는 분자를 지칭한다. 특정한 이론에 의해 제한됨이 없이, 체크포인트 단백질은 T-세포 활성화 또는 기능을 조절한다. 수많은 체크포인트 단백질, 예컨대 CTLA-4 및 그의 리간드 CD80 및 CD86; PD-1과 그의 리간드 PD-L1 및 PD-L2가 공지되어 있다 (Pardoll, Nature Reviews Cancer, 2012, 12, 252-264). 이들 단백질은 T-세포 반응의 공동-자극 또는 억제 상호작용을 담당하는 것으로 보인다. 면역 체크포인트 단백질은 자기-관용 및 생리적 면역 반응의 지속기간 및 진폭을 조절하고 유지하는 것으로 보인다. 면역 체크포인트 억제제는 항체를 포함하거나 항체로부터 유래된다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 CTLA-4 억제제이다. 한 실시양태에서, CTLA-4 억제제는 항-CTLA-4 항체이다. 항-CTLA-4 항체의 예는 미국 특허 번호: 5,811,097; 5,811,097; 5,855,887; 6,051,227; 6,207,157; 6,682,736; 6,984,720; 및 7,605,238에 기재된 것들을 포함하나, 이에 제한되지는 않으며, 이들 특허 모두는 그의 전문이 본원에 포함된다. 한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 트레멜리무맙 (티실리무맙 또는 CP-675,206으로도 공지됨)이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 (MDX-010 또는 MDX-101로도 공지됨)이다. 이필리무맙은 CTLA-4에 결합하는 완전한 인간 모노클로날 IgG 항체이다. 이필리무맙은 상표명 여보이(Yervoy)™로 판매된다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 PD-1/PD-L1 억제제이다. PD-l/PD-L1 억제제의 예는 미국 특허 번호 7,488,802; 7,943,743; 8,008,449; 8,168,757; 8,217,149, 및 PCT 특허출원 공개번호 WO2003042402, WO2008156712, WO2010089411, WO2010036959, WO2011066342, WO2011159877, WO2011082400, 및 WO2011161699에 기재된 것들을 포함하나, 이에 제한되지는 않으며, 상기 문헌 모두는 그의 전문이 본원에 포함된다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제이다. 한 실시양태에서, PD-1 억제제는 항-PD-1 항체이다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 BGB-A317, 니볼루맙 (ONO-4538, BMS-936558, 또는 MDX1106으로도 공지됨) 또는 펨브롤리주맙 (MK-3475, SCH 900475, 또는 람브롤리주맙으로도 공지됨)이다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙이다. 니볼루맙은 인간 IgG4 항-PD-1 모노클로날 항체이며, 상표명 옵디보(Opdivo)™로 판매된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 펨브롤리주맙이다. 펨브롤리주맙은 인간화 모노클로날 IgG4 항체이며 상표명 케이트루다(Keytruda)™로 판매된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 인간화 항체인 CT-011이다. 단독 투여된 CT-011은 재발 시 급성 골수성 백혈병 (AML) 치료에서 반응을 나타내지 못하였다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 융합 단백질인 AMP-224이다. 또 다른 실시양태에서, PD-1 항체는 BGB-A317이다. BGB-A317은 모노클로날 항체이며 여기서 Fc 감마 수용체 I에 결합하는 능력이 특이적으로 조작되며, PD-1에 고유한 결합 시그니처를 높은 친화도 및 탁월한 표적 특이성과 함께 갖는다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 PD-L1 억제제이다. 한 실시양태에서, PD-L1 억제제는 항-PD-L1 항체이다. 한 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 MEDI4736 (두르발루맙)이다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 BMS-936559 (MDX-1105-01로도 공지됨)이다. 또 다른 실시양태에서, PD-L1 억제제는 아테졸리주맙 (MPDL3280A, 및 테센트릭(Tecentriq)®으로도 공지됨)이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 PD-L2 억제제이다. 한 실시양태에서, PD-L2 억제제는 항-PD-L2 항체이다. 한 실시양태에서, 항-PD-L2 항체는 rHIgM12B7A이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 림프구 활성화 유전자-3 (LAG-3) 억제제이다. 한 실시양태에서, LAG-3 억제제는 가용성 Ig 융합 단백질인 IMP321이다 (Brignone et al., J. Immunol., 2007, 179, 4202-4211). 또 다른 실시양태에서, LAG-3 억제제는 BMS-986016이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 B7 억제제이다. 한 실시양태에서, B7 억제제는 B7-H3 억제제 또는 B7-H4 억제제이다. 한 실시양태에서, B7-H3 억제제는 MGA271, 항-B7-H3 항체이다 (Loo et al., Clin. Cancer Res., 2012, 3834).
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 TIM3 (T-세포 면역글로불린 도메인 및 뮤신 도메인 3) 억제제이다 (Fourcade et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2175-86; Sakuishi et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2187-94).
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 OX40 (CD134) 효능제이다. 한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 항-OX40 항체이다. 한 실시양태에서, 항-OX40 항체는 항-OX-40이다. 또 다른 실시양태에서, 항-OX40 항체는 MEDI6469이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 GITR 효능제이다. 한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 항-GITR 항체이다. 한 실시양태에서, 항-GITR 항체는 TRX518이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 CD137 효능제이다. 한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 항-CD137 항체이다. 한 실시양태에서, 항-CD137 항체는 우렐루맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD137 항체는 PF-05082566이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 CD40 효능제이다. 한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 항-CD40 항체이다. 한 실시양태에서, 항-CD40 항체는 CF-870,893이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 재조합 인간 인터류킨-15 (rhIL-15)이다.
한 실시양태에서, 체크포인트 억제제는 IDO 억제제이다. 한 실시양태에서, IDO 억제제는INCB024360이다. 또 다른 실시양태에서, IDO 억제제는 인독시모드이다.
특정 실시양태에서, 본원에 기재된 조합 요법은 본원에 기재된 체크포인트 억제제 (동일하거나 상이한 부류의 체크포인트 억제제 포함) 중 2종 이상을 포함한다. 게다가, 본원에 기재된 조합 요법은 본원에 기재되고 관련 기술분야에서 이해되는 질환을 치료하는데 적절한 경우 본원에 기재된 바와 같은 제2 활성제와 조합하여 사용될 수 있다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 그의 표면 (예를 들어, 변형된 면역 세포) 상에 하나 이상의 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 하나 이상의 면역 세포와 조합하여 사용될 수 있다. 일반적으로, CAR은 제1 단백질 (예를 들어, 항원-결합 단백질)로부터의 세포외 도메인, 막횡단 도메인, 및 세포내 신호전달 도메인을 포함한다. 특정 실시양태에서, 일단 세포외 도메인이 표적 단백질 예컨대 종양-연관 항원 (TAA) 또는 종양-특이적 항원 (TSA)에 결합하면, 예를 들어, 표적 단백질을 발현하는 세포를 표적으로 하고 사멸시키기 위해, 면역 세포를 활성화시키는 세포내 신호전달 도메인을 통해 신호가 생성된다.
세포외 도메인: CAR의 세포외 도메인은 관심 항원에 결합한다. 특정 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인은 상기 항원에 결합하는 수용체, 또는 수용체의 일부를 포함한다. 특정 실시양태에서, 세포외 도메인은 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함하거나, 항체 또는 그의 항원-결합 부분이다. 구체적 실시양태에서, 세포외 도메인은 단일 쇄 Fv (scFv) 도메인을 포함하거나, 단일 쇄 Fv (scFv) 도메인이다. 단일-쇄 Fv 도메인은, 예를 들어, 가요성 링커에 의해 VH에 연결된 VL을 포함할 수 있으며, 여기서 상기 VL 및 VH는 상기 항원에 결합하는 항체로부터 유래된것이다.
특정 실시양태에서, 본원에 기재된 폴리펩티드의 세포외 도메인에 의해 인식되는 항원은 종양-연관 항원 (TAA) 또는 종양-특이적 항원 (TSA)이다. 다양한 구체적 실시양태에서, 종양-연관 항원 또는 종양-특이적 항원은, 제한 없이, Her2, 전립선 줄기 세포 항원 (PSCA), 알파-태아단백 (AFP), 암종배아 항원 (CEA), 암 항원-125 (CA-125), CA19-9, 칼레티닌, MUC-1, B 세포 성숙화 항원 (BCMA), 상피막 단백질 (EMA), 상피 종양 항원 (ETA), 티로시나제, 흑색종-24 연관 항원 (MAGE), CD19, CD22, CD27, CD30, CD34, CD45, CD70, CD99, CD117, EGFRvIII (표피 성장 인자 변이체 III), 메조텔린, PAP (전립선 산 포스파타제), 프로스테인, TARP (T 세포 수용체 감마 대체 판독 프레임 단백질), Trp-p8, STEAPI (전립선 1의 6-관통 상피 항원), 크로모그라닌, 시토케라틴, 데스민, 신경교 섬유질 산성 단백질 (GFAP), 총 낭성 질환 유체 단백질 (GCDFP-15), HMB-45 항원, 단백질 멜란-A (T 림프구에 의해 인식되는 흑색종 항원; MART-I), myo-D1, 근육-특이적 액틴 (MSA), 신경필라멘트, 뉴런-특이적 에놀라제 (NSE), 태반 알칼리성 포스파타제, 시냅토피시스, 티로글로불린, 갑상선 전사 인자-1, 피루베이트 키나제 동종효소 유형 M2의 이량체 형태 (종양 M2-PK), 비정상 ras 단백질, 또는 비정상 p53 단백질이다. 특정 다른 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인에 의해 인식되는 TAA 또는 TSA는 인테그린 αvβ3 (CD61), 갈락틴, 또는 Ral-B이다.
특정 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인에 의해 인식되는 TAA 또는 TSA는 암/고환 (CT) 항원, 예를 들어, BAGE, CAGE, CTAGE, FATE, GAGE, HCA661, HOM-TES-85, MAGEA, MAGEB, MAGEC, NA88, NY-ES0-1, NY-SAR-35, OY-TES-1, SPANXBI, SPA17, SSX, SYCPI, 또는 TPTE이다.
특정 다른 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인에 의해 인식되는 TAA 또는 TSA는 탄수화물 또는 강글리오시드, 예를 들어 fuc-GMI, GM2 (종양태아 항원-면역원-1; OFA-I-1); GD2 (OFA-I-2), GM3, GD3 등이다.
특정 다른 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인에 의해 인식되는 TAA 또는 TSA는 알파-액티닌-4, Bage-l, BCR-ABL, Bcr-Abl 융합 단백질, 베타-카테닌, CA 125, CA 15-3 (CA 27.29\BCAA), CA 195, CA 242, CA-50, CAM43, Casp-8, cdc27, cdk4, cdkn2a, CEA, coa-l, dek-can 융합 단백질, EBNA, EF2, 엡스타인 바르 바이러스 항원, ETV6-AML1 융합 단백질, HLA-A2, HLA-All, hsp70-2, KIAA0205, Mart2, Mum-1, 2, 및 3, neo-PAP, 미오신 클래스 I, OS-9, pml-RARα 융합 단백질, PTPRK, K-ras, N-ras, 트리오세포스페이트 이소머라제, Gage 3,4,5,6,7, GnTV, Herv-K-mel, Lage-1, NA-88, NY-Eso-1/Lage-2, SP17, SSX-2, TRP2-Int2, gp100 (Pmel17), 티로시나제, TRP-1, TRP-2, MAGE-l, MAGE-3, RAGE, GAGE-l, GAGE-2, p15(58), RAGE, SCP-1, Hom/Mel-40, PRAME, p53, HRas, HER-2/neu, E2A-PRL, H4-RET, IGH-IGK, MYL-RAR, 인간 유두종바이러스 (HPV) 항원 E6 및 E7, TSP-180, MAGE-4, MAGE-5, MAGE-6, p185erbB2, p180erbB-3, c-met, nm-23H1, PSA, TAG-72-4, CA 19-9, CA 72-4, CAM 17.1, NuMa, K-ras, 13-카테닌, Mum-1, p16, TAGE, PSMA, CT7, 텔로머라제, 43-9F, 5T4, 791Tgp72, 13HCG, BCA225, BTAA, CD68\KP1, C0-029, FGF-5, G250, Ga733 (EpCAM), HTgp-175, M344, MA-50, MG7-Ag, MOV18, NB\70K, NY-C0-1, RCAS1, SDCCAG16, TA-90, TAAL6, TAG72, TLP, 또는 TPS이다.
다양한 구체적 실시양태에서, 종양-연관 항원 또는 종양-특이적 항원은 문헌 [S. Anguille et al., Leukemia (2012), 26, 2186-2196]에 기재된 바와 같은 AML-연관 종양 항원이다.
다른 종양-연관 및 종양-특이적 항원이 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있다.
키메라 항원 수용체를 구축하는데 유용한, TSA 및 TAA에 결합하는 수용체, 항체, 및 scFv는 이들을 코딩하는 뉴클레오티드 서열과 마찬가지로 관련 기술분야에 공지되어 있다.
특정 구체적 실시양태에서, 키메라 항원 수용체의 세포외 도메인에 의해 인식되는 항원은 일반적으로 TSA 또는 TAA로 간주되지 않는 항원이나, 이는 그럼에도 불구하고 종양 세포, 또는 종양에 의해 야기된 손상과 연관되어 있다. 특정 실시양태에서, 예를 들어 항원은, 예를 들어, 성장 인자, 시토카인, 또는 인터류킨, 예를 들어, 혈관신생 또는 맥관신생과 연관된 성장 인자이다. 이러한 성장 인자, 시토카인, 또는 인터류킨은, 예를 들어, 혈관 내피 성장 인자 (VEGF), 염기성 섬유모세포 성장 인자 (bFGF), 혈소판-유래 성장 인자 (PDGF), 간세포 성장 인자 (HGF), 인슐린-유사 성장 인자 (IGF), 또는 인터류킨-8 (IL-8)를 포함할 수 있다. 종양은 또한 종양에 국소적인 저산소 환경을 생성할 수 있다. 이와 같이, 다른 구체적 실시양태에서, 항원은 저산소증-연관 인자, 예를 들어, HIF-1α, HIF-1β, HIF-2α, HIF-2β, HIF-3α, 또는 HIF-3β이다. 종양은 또한 정상 조직에 국부적 손상을 야기하여, 손상 연관 분자 패턴 분자 (DAMP, 알람민으로도 공지됨)로 공지된 분자의 방출을 야기할 수 있다. 따라서, 특정 다른 구체적 실시양태에서, 항원은 DAMP, 예를 들어 열 충격 단백질, 염색질-연관 단백질 고이동성 그룹 박스 1 (HMGB 1), S100A8 (MRP8, 칼그래뉼린 A), S100A9 (MRP14, 칼그래뉼린 B), 혈청 아밀로이드 A (SAA)이거나, 데옥시리보핵산, 아데노신 트리포스페이트, 요산, 또는 헤파린 술페이트일 수 있다.
막횡단 도메인: 특정 실시양태에서, CAR의 세포외 도메인은 링커, 스페이서 또는 힌지 폴리펩티드 서열, 예를 들어 CD28로부터의 서열 또는 CTLA4로부터의 서열에 의해 폴리펩티드의 막횡단 도메인에 연결된다. 막횡단 도메인은 임의의 막횡단 단백질의 막횡단 도메인으로부터 수득되거나 유래될 수 있고, 이러한 막횡단 도메인의 모두 또는 일부를 포함할 수 있다. 구체적 실시양태에서, 막횡단 도메인은 예를 들어 CD8, CD16, 시토카인 수용체, 및 인터류킨 수용체, 또는 성장 인자 수용체 등으로부터 수득되거나 유래될 수 있다.
세포내 신호전달 도메인: 특정 실시양태에서, CAR의 세포내 도메인은 T 세포의 표면 상에서 발현되고 상기 T 세포의 활성화 및/또는 증식을 촉발하는 단백질의 세포내 도메인 또는 모티프이거나 이를 포함한다. 이러한 도메인 또는 모티프는 CAR의 세포외 부분에 대한 항원의 결합에 대한 반응으로 T 림프구의 활성화에 필요한 1차 항원-결합 신호를 전달할 수 있다. 전형적으로, 이 도메인 또는 모티프는 ITAM (면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프)을 포함하거나, ITAM이다. CAR에 적합한 ITAM-함유 폴리펩티드는, 예를 들어, 제타 CD3 쇄 (CD3ζ) 또는 그의 ITAM-함유 부분을 포함한다. 구체적 실시양태에서, 세포내 도메인은 CD3ζ 세포내 신호전달 도메인이다. 다른 구체적 실시양태에서, 세포내 도메인은 림프구 수용체 쇄, TCR/CD3 복합체 단백질, Fe 수용체 서브유닛 또는 IL-2 수용체 서브유닛으로부터의 것이다. 특정 실시양태에서, CAR은 예를 들어 폴리펩티드의 세포내 도메인의 일부로서 하나 이상의 공동-자극 도메인 또는 모티프를 추가로 포함한다. 하나 이상의 공동-자극 도메인 또는 모티프는 공동-자극 CD27 폴리펩티드 서열, 공동-자극 CD28 폴리펩티드 서열, 공동-자극 OX40 (CD134) 폴리펩티드 서열, 공동-자극 4-1BB (CD137) 폴리펩티드 서열, 또는 공동-자극 유도성 T-세포 공동자극 (ICOS) 폴리펩티드 서열, 또는 다른 공동자극 도메인 또는 모티프, 또는 그의 임의의 조합 중 하나 이상일 수 있거나, 이를 포함할 수 있다.
CAR은 또한 T 세포 생존 모티프를 포함할 수 있다. T 세포 생존 모티프는 항원에 의한 자극 후 T 림프구의 생존을 용이하게 하는 임의의 폴리펩티드 서열 또는 모티프일 수 있다. 특정 실시양태에서, T 세포 생존 모티프는 CD3, CD28, IL-7 수용체 (IL-7R)의 세포내 신호전달 도메인, IL-12 수용체의 세포내 신호전달 도메인, IL-15 수용체의 세포내 신호전달 도메인, IL-21 수용체의 세포내 신호전달 도메인, 또는 형질전환 성장인자 β (TGFβ) 수용체의 세포내 신호전달 도메인이거나, 이로부터 유래된다.
CAR을 발현하는 변형된 면역 세포는, 예를 들어, T 림프구 (T 세포, 예를 들어, CD4+ T 세포 또는 CD8+ T 세포), 세포독성 림프구 (CTL) 또는 자연 살해 (NK) 세포일 수 있다. 본원에 제공된 조성물 및 방법에서 사용된 T 림프구는 나이브 T 림프구 또는 MHC-제한 T 림프구일 수 있다. 특정 실시양태에서, T 림프구는 종양 침윤 림프구 (TIL)이다. 특정 실시양태에서, T 림프구는 종양 생검으로부터 단리되었거나, 종양 생검으로부터 단리된 T 림프구로부터 확장되었다. 특정 다른 실시양태에서, T 세포는 말초 혈액, 제대혈, 또는 림프로부터 단리된 T 림프구로부터 단리되거나, 이로부터 확장된다. CAR을 발현하는 변형된 면역 세포를 생성하기 위해 사용되는 면역 세포는 관련 기술분야에서 허용되는 일상적인 방법, 예를 들어 혈액 수집 후 성분채집술 및 임의로 항체-매개 세포 단리 또는 분류를 사용하여 단리될 수 있다.
변형된 면역 세포는 바람직하게는 변형된 면역 세포가 투여될 개체에 자가조직이다. 특정 다른 실시양태에서, 변형된 면역 세포는 변형된 면역 세포가 투여될 개체에 대해 동종이계이다. 동종이계 T 림프구 또는 NK 세포를 사용하여 변형된 T 림프구를 제조하는 경우, 개체에서 이식편-대-숙주 질환 (GVHD)의 가능성을 감소시키는 T 림프구 또는 NK 세포를 선택하는 것이 바람직하다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 바이러스-특이적 T 림프구가 변형된 T 림프구의 제조를 위해 선택되고; 이러한 림프구는 결합하는 고유 능력이 크게 감소하여, 임의의 수령자 항원에 의해 활성화될 것으로 예상된다. 특정 실시양태에서, 동종이계 T 림프구의 수령자-매개 거부는 하나 이상의 면역억제제, 예를 들어, 시클로스포린, 타크롤리무스, 시롤리무스, 시클로포스파미드 등을 숙주에 공동-투여함으로써 감소될 수 있다.
T 림프구, 예를 들어, 비변형 T 림프구, 또는 CD3 및 CD28을 발현하거나 CD3ζ 신호전달 도메인 및 CD28 공동자극 도메인을 포함하는 폴리펩티드를 포함하는 T 림프구는 CD3 및 CD28에 대한 항체, 예를 들어, 비드에 부착된 항체를 사용하여 확장될 수 있으며; 예를 들어, 미국 특허 번호 5,948,893; 6,534,055; 6,352,694; 6,692,964; 6,887,466; 및 6,905,681을 참조한다.
변형된 면역 세포, 예를 들어, 변형된 T 림프구는 원하는 경우 실질적으로 모든 변형된 면역 세포의 사멸을 가능하게 하는 "자살 유전자" 또는 "안전 스위치"를 임의로 포함할 수 있다. 예를 들어, 변형된 T 림프구는, 특정 실시양태에서, HSV 티미딘 키나제 유전자 (HSV-TK)를 포함할 수 있으며, 이는 간시클로비르와 접촉 시 변형된 T 림프구의 사멸을 야기한다. 또 다른 실시양태에서, 변형된 T 림프구는 유도성 카스파제, 예를 들어 유도성 카스파제 9 (i카스파제9), 예를 들어 구체적 소분자 약제를 사용하여 이량체화를 허용하는 카스파제 9와 인간 FK506 결합 단백질 사이의 융합 단백질을 포함한다. 문헌 [Straathof et al., Blood 105(11 ):4247-4254 (2005)]을 참조한다.
방법 또는 조성물에서 유용한 구체적 제2 활성제는 리툭시맙, 오블리머센 (게나센스®), 레미케이드, 도세탁셀, 셀레콕시브, 멜팔란, 덱사메타손 (데카드론(Decadron)®), 스테로이드, 겜시타빈, 시스플라티늄, 테모졸로미드, 에토포시드, 에토포시드, 시클로포스파미드, 테모다르, 카르보플라틴, 프로카르바진, 글리아델, 타목시펜, 토포테칸, 메토트렉세이트, 아리사(Arisa)®, 탁솔, 탁소테레, 플루오로우라실, 류코보린, 이리노테칸, 크셀로다, 인터페론 알파, 페길화된 인터페론 알파 (예를 들어, PEG 인트론(INTRON)-A), 카페시타빈, 시스플라틴, 티오테파, 플루다라빈, 카르보플라틴, 리포솜 다우노루비신, Ara-C, 독세탁솔, 파실리탁셀, 빈블라스틴, IL-2, GM-CSF, 다카르바진, 비노렐빈, 졸레드론산, 팔미트로네이트, 바이악신, 부술판, 프레드니손, 비스포스포네이트, 삼산화비소, 빈크리스틴, 독소루비신 (독실(Doxil)®), 파클리탁셀, 간시클로비르, 아드리아마이신, 에스트라무스틴 소듐 포스페이트 (엠시트(Emcyt)®), 술린닥, 및 에토포시드를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 제공된 방법의 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한, 화합물 D와 조합된 제2 활성제의 사용은 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 적절하다고 간주되는 바와 같이, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D의 투여 동안 또는 투여 직후에 변형되거나 지연될 수 있다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D를 단독으로 또는 다른 요법과 조합하여 투여되는 대상체는 적절한 경우 항구토제, 골수 성장 인자, 및 혈소판 수혈을 포함한 지지적 치료를 받을 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D가 투여되는 대상체는 관련 기술분야의 통상의 기술자의 판단에 따라 제2 활성제로서 성장 인자를 투여받을 수 있다. 일부 실시양태에서, 에리트로포이에틴 또는 다르베포에틴 (아라네스프(Aranesp))과 조합된, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 포함한 화합물 D의 투여가 제공된다.
한 측면에서, 화합물 D의 제제를 겜시타빈, 시스플라티늄, 5-플루오로우라실, 미토마이신, 메토트렉세이트, 빈블라스틴, 독소루비신, 카르보플라틴, 티오테파, 파클리탁셀, 도세탁셀, 아테졸리주맙, 아벨루맙, 더발루맙, 케이트루다 (펨브롤리주맙) 및/또는 니볼루맙과 함께 투여하는 것을 포함하는 국소 진행성 또는 전이성 이행 세포 방광암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법이 본원에 제공된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 다음과 같은 제2 활성 성분과 조합하여 투여하는 것을 포함한다: 재발성 또는 진행성 뇌종양 또는 재발성 신경모세포종을 가진 환자에게는 테모졸로미드; 재발성 또는 진행성 CNS 암의 경우 셀레콕시브, 에토포시드 및 시클로포스파미드; 재발성 또는 진행성 수막종, 악성 수막종, 혈관주위세포종, 다발성 뇌 전이, 재발성 뇌종양, 또는 새로 진단된 다형 교모세포종 환자에게는 테모다르; 재발성 교모세포종 환자에게는 이리노테칸; 뇌간 신경교종을 가진 소아 환자에게는 카르보플라틴; 진행성 악성 신경교종을 가진 소아 환자에는 프로카르바진; 예후가 좋지 않은 악성 뇌종양, 새로 진단되거나 재발성 다형 교모세포종을 가진 환자에게는 시클로포스파미드; 고등급 재발성 악성 신경교종의 경우 글리아델(Gliadel)®; 역형성 성상세포종의 경우 테모졸로미드 및 타목시펜; 또는 신경교종, 교모세포종, 역형성 성상세포종 또는 역형성 희소돌기신경교종의 경우 토포테칸.
한 측면에서, 본원에 제공된 전이성 유방암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 메토트렉세이트, 시클로포스파미드, 카페시타빈, 5-플루오로우라실, 탁산, 템시롤리무스, 아브락산(ABRAXANE)® (주사용 현탁액용 파클리탁셀 단백질-결합 입자) (알부민-결합), 라파티닙, 헤르셉틴, 파미드로네이트 디소듐, 에리불린 메실레이트, 에베롤리무스, 겜시타빈, 팔보시클립, 익사베필론, 카드실라, 퍼투주맙, 테오테파, 아나스트로졸, 도세탁셀, 독소루비신 히드로클로라이드, 에피루비신 히드로클로라이드, 토레미펜, 풀베스트란트, 고세렐린 아세테이트, 리보시클립, 메게스트롤 아세테이트, 빈블라스틴, 아로마타제 억제제, 예컨대 레트로졸, 엑세메스탄, 선택적 에스트로겐 조정제, 에스트로겐 수용체 길항제, 안트라시클린, 엠탄신, 및/또는 펙시다르티닙과 함께 전이성 유방암을 가진 환자에게 투여한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 신경내분비 종양을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 에베롤리무스, 아벨루맙, 수니티닙, 넥사바르, 류코보린, 옥살리플라틴, 테모졸로미드, 카페시타빈, 베바시주맙, 독소루비신 (아드리아마이신(Adriamycin)), 플루오로우라실 (아드루실, 5-플루오로우라실), 스트렙토조신 (자노사르(Zanosar)), 다카르바진, 산도스타틴, 란레오티드 및/또는 파시레오티드 중 적어도 1종과 함께 신경내분비 종양을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 전이성 유방암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 메토트렉세이트, 겜시타빈, 시스플라틴, 세툭시맙, 5-플루오로우라실, 블레오마이신, 도세탁셀, 카르보플라틴, 히드록시우레아, 펨브롤리주맙 및/또는 니볼루맙과 함께 재발성 또는 전이성 두경부암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 췌장암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 겜시타빈, 아브락산®, 5-플루오로우라실, 아피니토르, 이리노테칸, 미토마이신 C, 수니티닙, 수니티닙말레이트 및/또는 타르세바와 함께 췌장암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 결장암 또는 직장암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 아리사®, 아바스타틴, 옥살리플라틴, 5-플루오로우라실, 이리노테칸, 카페시타빈, 세툭시맙, 라무시루맙, 파니투무맙, 베바시주맙, 류코보린 칼슘, 론수르프, 레고라페닙, 지브-애플리베르셉트, 탁솔, 및/또는 탁소테레와 함께 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 불응성 결장직장암을 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선하는 방법은 화합물 D의 제제를 카페시타빈 및/또는 베무라페닙과 함께 불응성 결장직장암을 가진 환자, 또는 1차 요법에 실패했거나 결장 또는 직장 선암종에서 좋지 않은 성능을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 결장직장암의 치료, 예방, 관리, 및/또는 개선 방법은 화합물 D의 제제를 플루오로우라실, 류코보린, 및/또는 이리노테칸과 함께 병기 3 및 병기 4를 포함한 결장직장암을 가진 환자에게, 또는 이전에 전이성 결장직장암 치료를 받은 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 불응성 결장직장암을 가진 환자에게 카페시타빈, 크셀로다, 및/또는 이리노테칸과 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 카페시타빈 및 이리노테칸과 함께 불응성 결장직장암을 가진 환자에게 또는 절제불가능 또는 전이성 결장직장암 환자에게 투여된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 인터페론 알파 또는 카페시타빈과 함께 절제불가능 또는 전이성 간세포 암종을 가진 환자에게; 또는 시스플라틴과 티오테파와 함께, 또는 소라페닙 토실레이트와 함께 원발성 또는 전이성 간암을 가진 환자에게 투여한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 독소루비신, 파클리탁셀, 빈블라스틴, 페길화된 인터페론 알파 및/또는 재조합 인터페론 알파-2b와 함께 카포시 육종을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 에나시데닙, 삼산화비소, 플루다라빈, 카르보플라틴, 다우노루비신, 시클로포스파미드, 시타라빈, 독소루비신, 이다루비신, 미톡산트론 히드로클로라이드, 미도스트아우크리린, 티오구아닌, 빈크리스틴, 미도스타우린 및/또는 토포테칸 중 적어도 1종과 함께 불응성 또는 재발성 또는 고위험 급성 골수성 백혈병을 포함한, 급성 골수성 백혈병을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 에나시데닙, 리포솜 다우노루비신, 토포테칸 및/또는 시타라빈 중 적어도 1종과 함께 불리한 핵형 급성 골수모구성 백혈병을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 IDH2 억제제와 함께 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 예시적인 IDH2 억제제는 미국 특허 번호 9,732,062; 9,724,350; 9,738,625; 및 9,579,324; 및 미국 공개 번호 2016-0159771 및 US 2016-0158230 A1에 개시되어 있다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 에나시데닙과 함께 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D 및 IDH2 억제제의 조합은 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에서 분화된 세포 (CD34-/CD38) 및 적혈구모세포를 증가시키며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2 R140Q의 존재를 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D와 IDH2 억제제의 조합은 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에서 전구체 세포 (CD34+/CD38+) 및 HSC를 감소시키며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2 R140Q의 존재를 특징으로 한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 에나시데닙과 함께 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 실시양태에서, IDH2의 돌연변이체 대립유전자는 IDH2 R140Q 또는 R172K이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 에나시데닙과 함께 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 에나시데닙과 함께 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 실시양태에서, IDH2의 돌연변이체 대립유전자는 IDH2 R140Q 또는 R172K이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 6-(6-(트리플루오로메틸)피리딘-2-일)-N2-(2-(트리플루오로메틸)피리딘-4-일)-1,3,5-트리아진-2,4-디아민 (화합물 2)와 함께 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 화합물 2와 함께 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 실시양태에서, IDH2의 돌연변이체 대립유전자는 IDH2 R140Q 또는 R172K이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 2와 함께 화합물 D의 제제를 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 화합물 2와 함께 급성 골수성 백혈병을 갖는 환자에게 투여하는 것을 포함하며, 여기서 급성 골수성 백혈병은 IDH2의 돌연변이체 대립유전자의 존재를 특징으로 한다. 한 실시양태에서, IDH2의 돌연변이체 대립유전자는 IDH2 R140Q 또는 R172K이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 메토트렉세이트, 메클로레타민 히드로클로라이드, 아파티닙 디말레에이트, 페메트렉세드, 베바시주맙, 카르보플라틴, 시스플라틴, 세리티닙, 크리조티닙, 라무시루맙, 펨브롤리주맙, 도세탁셀, 비노렐빈 타르트레이트, 겜시타빈, 아브락산®, 엘로티닙, 게프티닙, 이리노테칸, 에베롤리무스, 알렉티닙, 브리가티닙, 니볼루맙, 오시머티닙, 아테졸리주맙, 네시투무맙과 함께 및/또는 비소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 카르보플라틴 및 리노테칸과 함께 비소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 독세탁솔과 함께 이전에 카르보/에토포시드 및 방사선요법으로 치료받은 비소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 카르보플라틴 및/또는 탁소테르와 함께, 또는 카르보플라틴, 파실리탁셀 및/또는 흉부 방사선요법과 조합하여 비소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 탁소테레와 함께 병기 IIIB 또는 IV 비소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 오블리메르센 (게나센스®), 메토트렉세이트, 메클로레타민 히드로클로라이드, 에토포시드, 토포테칸 및/또는 독소루비신과 함께 소세포 폐암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 베네토클락스, ABT-737 (애보트 래보러토리즈(Abbott Laboratories)) 및/또는 오바토클락스 (GX15-070)와 함께 림프종 및 기타 혈액암을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 제2 활성 성분 예컨대 빈블라스틴 또는 플루다라빈 애드세트리스, 암보클로린, 베세눔, 블레오마이신, 브렌툭시맙 베도틴, 카르무스티넴 클로람부실, 시클로포스파미드, 다카르바진, 독소루비신, 로무스틴, 마툴란, 메클로레타민 히드로클로라이드, 프레드니손, 프로카르바진 히드로클로라이드, 빈크리스틴, 메토트렉세이트, 넬라라빈, 벨리노스타트, 벤다무스틴 HCl, 토시투모맙, 및 아이오딘 131 토시투모맙, 데닐류킨 디프티톡스, 덱사메타손, 프랄라트렉세이트, 프렐릭사포르, 오비누투주맙, 이브리투모맙, 티욱세판, 이브리티닙, 이델라십, 인트론 A, 로미뎁신, 레날리도미드, 리툭시맙 및/또는 보리노스타트를 호지킨 림프종, 비호지킨 림프종, 피부 T-세포 림프종, 피부 B-세포 림프종, 미만성 거대 B-세포 림프종 또는 재발성 또는 불응성 경도 여포 림프종을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 다양한 유형의 림프종을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 탁소테레, 다브라페닙, 임리직, 이필리무맙, 펨브롤리주맙, 니볼루맙, 트라메티닙, 베무라페닙, 탈리모겐 라헤르파렙벡, IL-2, IFN, GM-CSF, 및/또는 다카르바진, 알델스류킨, 코비메티닙, 인트론 A®, 페그인터페론 알파-2b, 및/또는 트라메티닙과 함께 다양한 유형 또는 병기의 흑색종을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 비노렐빈 또는 페메트렉세드 디소듐과 함께 악성 중피종, 또는 흉막 임플란트를 가진 병기 IIIB 비소세포 폐암 또는 악성 흉막 삼출 중피종 증후군을 가진 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 다양한 유형 또는 병기의 다발성 골수종을 가진 환자를 치료하는 방법은 화합물 D의 제제를 덱사메타손, 졸레드론산, 팔미트로네이트, GM-CSF, 바이악신, 빈블라스틴, 멜팔란, 부술판, 시클로포스파미드, IFN, 프레드니손, 비스포스포네이트, 셀레콕시브, 삼산화비소, PEG 인트론-A, 빈크리스틴, 베세넘, 보르테조밉, 카르필조밉, 독소루비신, 파노비노스타트, 레날리도미드, 포말리도미드, 탈리도미드, 모조빌, 카무스틴, 다라투무맙, 엘로투주맙, 익사조밉 시트레이트, 플레릭사포르 또는 그의 조합과 함께 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 키메라 항원 수용체 (CAR) T-세포와 조합하여 다발성 골수종의 다양한 유형 또는 병기를 갖는 환자에게 투여된다. 특정 실시양태에서 조합물 중 CAR T 세포는 B 세포 성숙화 항원 (BCMA)을 표적으로 하고, 보다 구체적인 실시양태에서, CAR T 세포는 bb2121 또는 bb21217이다. 일부 실시양태에서, CAR T 세포는 JCARH125이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 독소루비신 (독실®), 빈크리스틴 및/또는 덱사메타손 (데카드론®)과 조합하여 재발성 또는 불응성 다발성 골수종을 가진 환자에게 투여된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 난소암 예컨대 복막 암종, 유두 장액 암종, 불응성 난소암 또는 재발성 난소암의 다양한 유형 또는 병기를 가진 환자에게 탁솔, 카르보플라틴, 독소루비신, 겜시타빈, 시스플라틴, 크셀로다, 파클리탁셀, 덱사메타손, 아바스틴, 시클로포스파미드, 토포테칸, 올라파립, 티오테파, 멜팔란, 니라파립 토실레이트 일수화물, 루브라카 또는 그의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 다양한 유형 또는 병기의 전립선암을 가진 환자에게 크셀로다, 5 FU/LV, 겜시타빈, 이리노테칸 + 겜시타빈, 시클로포스파미드, 빈크리스틴, 덱사메타손, GM-CSF, 셀레콕시브, 탁소테레, 간시클로비르, 파클리탁셀, 아드리아마이신, 도세탁셀, 에스트라무스틴, 엠시트, 덴데론, 지티카, 비칼루타미드, 카바지탁셀, 데가렐릭스, 엔잘루타미드, 졸라덱스, 류프롤리드 아세테이트, 미톡산트론 히드로클로라이드, 프레드니손, 시풀류셀-T, 라듐 223 디클로라이드, 또는 그의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 다양한 유형 또는 병기의 신세포암을 가진 환자에게, 카페시타빈, IFN, 타목시펜, IL-2, GM-CSF, 셀레브렉스(Celebrex)®, 플루타미드, 고세렐린 아세테이트, 닐루타미드 또는 그의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 다양한 유형 또는 병기의 부인과, 자궁 또는 연조직 육종 암을 가진 환자에게 IFN, 닥티노마이신, 독소루비신, 이마티닙 메실레이트, 파조파닙, 히드로클로라이드, 트라벡테딘, 에리불린 메실레이트, 올라라투맙, COX-2 억제제 예컨대 셀레콕시브 및/또는 술린닥과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 다양한 유형 또는 병기의 고형 종양을 가진 환자에게 셀레콕시브, 에토포시드, 시클로포스파미드, 도세탁셀, 아페시타빈, IFN, 타목시펜, IL-2, GM-CSF, 또는 그의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 피부경화증 또는 피부 혈관염을 가진 환자에게 셀레브렉스, 에토포시드, 시클로포스파미드, 도세탁셀, 아페시타빈, IFN, 타목시펜, IL-2, GM-CSF, 또는 이들의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 MDS를 가진 환자에게 아자시티딘, 시타라빈, 다우노루비신, 데시타빈, 이다루비신, 레날리도미드, 에나시데닙, 또는 그의 조합과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 혈액암을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D의 제제를 혈액암을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 JAK 억제제, FLT3 억제제, mTOR 억제제, 스플라이오솜 억제제, BET 억제제, SMG1 억제제, ERK 억제제, LSD1 억제제, BH3 모방체, 토포이소머라제 억제제, 및 RTK 억제제로부터 선택된 1종 이상의 제2 작용제와 조합하여 투여된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, mTOR 억제제는 에베롤리무스, MLN-0128 및 AZD8055로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, mTOR 억제제는 mTOR 키나제 억제제이다. 특정 실시양태에서, mTOR 키나제 억제제는 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223) 및 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115)으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223)과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115)과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 MLN-0128과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 AZD8055와 조합하여 투여된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, mTOR 억제제는 에베롤리무스, MLN-0128 및 AZD8055로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, mTOR 억제제는 mTOR 키나제 억제제이다. 특정 실시양태에서, mTOR 키나제 억제제는 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223) 및 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115)으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 에베롤리무스는 AML을 가진 환자에게 화합물 D의 투여 전에 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 MLN-0128과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 AZD8055와 조합하여 투여된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 MPN을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 MPN을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여된다. 한 측면에서 JAK 억제제는 JAK1 억제제, JAK2 억제제 및 JAK3 억제제로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 토파시티닙, 모멜로티닙, 필고티닙, 데세르노티닙, 바르시티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 토파시티닙, 모멜로티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 토파시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 모멜로티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 필고티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 데세르노티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 바르시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 룩소리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 페드라티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 NS-018과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 MPN을 가진 환자에게 파크리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, MPN은 IL-3 비의존성이다. 특정 실시양태에서, MPN은 JAK 2 돌연변이, 예를 들어, JAK2V617F 돌연변이를 특징으로 한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 골수섬유증을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 골수섬유증을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여된다. 한 측면에서 JAK 억제제는 JAK1 억제제, JAK2 억제제 및 JAK3 억제제로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 토파시티닙, 모멜로티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 토파시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 모멜로티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 룩소리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 페드라티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 NS-018과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 골수섬유증을 가진 환자에게 파크리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 골수섬유증은 JAK 2 돌연변이, 예를 들어, JAK2V617F 돌연변이를 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 골수섬유증은 원발성 골수섬유중이다. 다른 실시양태에서, 골수섬유증은 속발성 골수섬유증이다. 일부 이러한 실시양태에서, 속발성 골수섬유증은 진성적혈구증가증 후 골수섬유증이다. 다른 실시양태에서, 속발성 골수섬유증은 본태성 혈소판증가증 후 골수섬유증이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여된다. 한 측면에서 JAK 억제제는 JAK1 억제제, JAK2 억제제 및 JAK3 억제제로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 토파시티닙, 모멜로티닙, 필고티닙, 데세르노티닙, 바르시티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 모멜로티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 토파시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 모멜로티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 필고티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 데세르노티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 바르시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 룩소리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 페드라티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 NS-018과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 파크리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, MPN은 JAK 2 돌연변이, 예를 들어, JAK2V617F 돌연변이를 특징으로 한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 JAK 억제제와 조합하여 투여된다. 한 측면에서 JAK 억제제는 JAK1 억제제, JAK2 억제제 및 JAK3 억제제로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 토파시티닙, 모멜로티닙, 필고티닙, 데세르노티닙, 바르시티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, JAK 억제제는 모멜로티닙, 룩소리티닙, 페드라티닙, NS-018 및 파크리티닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 토파시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 모멜로티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 필고티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 데세르노티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 바르시티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 룩소리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 페드라티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 NS-018과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 파크리티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, MPN은 JAK 2 돌연변이, 예를 들어, JAK2V617F 돌연변이를 특징으로 한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 FLT3 키나제 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 FLT3 키나제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, FLT3 키나제 억제제는 퀴자르티닙, 수니티닙, 수니티닙 말레이트, 미도스타우린, 펙시다르티닙, 레스타우르티닙, 탄두티닙, 및 크레놀라닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 퀴자르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 수니티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 미도스타우린과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 펙시다르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 레스타우르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 탄두티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 크레놀라닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 환자는 FLT3-ITD 돌연변이를 보유한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 FLT3 키나제 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 FLT3 키나제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, FLT3 키나제 억제제는 퀴자르티닙, 수니티닙, 수니티닙 말레이트, 미도스타우린, 펙시다르티닙, 레스타우르티닙, 탄두티닙, 퀴자르티닙 및 크레놀라닙으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 퀴자르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 수니티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 미도스타우린과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 펙시다르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 레스타우르티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 탄두티닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 크레놀라닙과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 환자는 FLT3-ITD 돌연변이를 보유한다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 스플라이오솜 억제제과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 스플라이오솜 억제제과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 스플라이오솜 억제제는 플라디에놀리드 B, 6-데옥시플라디에놀리드 D, 또는 H3B-8800이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 SMG1 키나제 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 SMG1 키나제 억제제와 조합하여 투여된다. 한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 SMG1 키나제 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 SMG1 키나제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, SMG1 억제제는 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온, 클로로-N,N-디에틸-5-((4-(2-(4-(3-메틸우레이도)페닐)피리딘-4-일)피리미딘-2-일)아미노)벤젠술폰아미드 (화합물 Ii), 또는 문헌 [A. Gopalsamy et al., Bioorg. Med Chem Lett. 2012, 22:6636-66412]에 개시된 화합물 (예를 들어, 클로로-N,N-디에틸-5-((4-(2-(4-(3-메틸우레이도)페닐)피리딘-4-일)피리미딘-2-일)아미노)벤젠술폰아미드)이다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 BCL2 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 BCL2 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 BCL2 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 또는 나비토클락스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, BCL2 억제제는 베네토클락스이다.
한 실시양태에서, 화합물 D를 투여하는 것을 포함하는, BCL2 억제제를 사용한 치료에 내성인 AML을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D를 투여하는 것을 포함하는 베네토클락스 치료에 대한 내성을 획득한 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D 및 BCL2 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 베네토클락스 치료에 대한 내성을 획득한 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D 및 베네토클락스의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 베네토클락스 치료에 대한 내성을 획득한 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 토포이소머라제 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 백혈병을 가진 환자에게 토포이소머라제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 토포이소머라제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 AML을 가진 환자에게 토포이소머라제 억제제, 예를 들어, 이리노테칸, 토포테칸, 캠프토테신, 라멜라린 D, 에토포시드, 테니포시드, 독소루비신, 다우노루비신, 미톡산트론, 암사크린, 엘립티신, 아우린트리카르복실산, 또는 HU-331과 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 토포이소머라제 억제제는 토포테칸이다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 BET 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 BET 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, BET 억제제는 GSK525762A, OTX015, BMS-986158, TEN-010, CPI-0610, INCB54329, BAY1238097, FT-1101, C90010, ABBV-075, BI 894999, GS-5829, GSK1210151A (I-BET-151), CPI-203, RVX 208, XD46, MS436, PFI-1, RVX2135, ZEN3365, XD14, ARV-771, MZ-1, PLX5117, 4-[2-(시클로프로필메톡시)-5-(메탄술포닐)페닐]-2-메틸이소퀴놀린-1(2H)-온 (화합물 A), EP11313 및 EP11336으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 백혈병을 가진 환자에게 LSD1 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 AML을 가진 환자에게 LSD1 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, LSD1 억제제는 ORY-1001, ORY-2001, INCB-59872, IMG-7289, TAK 418, GSK-2879552, 및 4-[2-(4-아미노-피페리딘-1-일)-5-(3-플루오로-4-메톡시-페닐)-1-메틸-6-옥소-1,6-디히드로피리미딘-4-일]-2-플루오로-벤조니트릴 또는 그의 염 (예를 들어 베실레이트 염, 화합물 B)으로부터 선택된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 백혈병을 가진 환자에게 트립톨리드, 레타스피마이신, 알베스피마이신, 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223), 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115), 라파마이신, MLN-0128, 에베롤리무스, AZD8055, 플라디에놀리드 B, 토포테칸, 티오구아닌, 미톡산트론, 에토포시드, 데시타빈, 다우노루비신, 클로파라빈, 클라드리빈, 6-메르캅토퓨린, 클로로-N,N-디에틸-5-((4-(2-(4-(3-메틸우레이도)페닐)피리딘-4-일)피리미딘-2-일)아미노)벤젠술폰아미드 (화합물 Ii), 페드라티닙, 수니티닙, 펙시다르티닙, 미도스타우린, 레스타우르티닙, 모멜로티닙, 퀴자르티닙, 및 크레놀라닙과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 AML을 가진 환자에게 트립톨리드, 레타스피마이신, 알베스피마이신, 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223), 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115), 라파마이신, MLN-0128, 에베롤리무스, AZD8055, 플라디에놀리드 B, 토포테칸, 티오구아닌, 미톡산트론, 에토포시드, 데시타빈, 다우노루비신, 클로파라빈, 클라드리빈, 6-메르캅토퓨린, 클로로-N,N-디에틸-5-((4-(2-(4-(3-메틸우레이도)페닐)피리딘-4-일)피리미딘-2-일)아미노)벤젠술폰아미드 (화합물 Ii), 페드라티닙, 수니티닙, 펙시다르티닙, 미도스타우린, 레스타우르티닙, 모멜로티닙, 퀴자르티닙, 및 크레놀라닙과 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D를 암을 가진 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여하는 것을 포함하며, 여기서 암은 유방암, 신장암, 췌장암, 위장관암, 폐암, 신경내분비 종양 (NET), 및 신장 세포 암종 (RCC)으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 암을 가진 환자에게 토포이소머라제 억제제와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 암 환자에게 mTOR 억제제와 조합하여 투여되며, 여기서 암은 유방암, 신장암, 췌장암, 위장관암, 폐암, 신경내분비 종양 (NET), 및 신장 세포 암종으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, mTOR 억제제는 에베롤리무스, MLN-0128 및 AZD8055로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, mTOR 억제제는 mTOR 키나제 억제제이다. 특정 실시양태에서, mTOR 키나제 억제제는 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223) 및 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115)으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, mTOR 키나제 억제제는 7-(6-(2-히드록시프로판-2-일)피리딘-3-일)-1-((트랜스)-4-메톡시시클로헥실)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-223)이다. 한 실시양태에서, mTOR 키나제 억제제는 1-에틸-7-(2-메틸-6-(1H-1,2,4-트리아졸-3-일)피리딘-3-일)-3,4-디히드로피라지노[2,3-b]피라진-2(1H)-온 (CC-115)이다. 한 실시양태에서, mTOR 억제제는 에베롤리무스이다. 한 실시양태에서, mTOR 억제제는 템시롤리무스이다. 한 실시양태에서, mTOR 억제제는 MLN-0128이다. 한 실시양태에서, mTOR 억제제는 AZD8055이다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 유방암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 유방암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 신장암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 신장암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 췌장암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 췌장암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 위장관암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 위장관암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 폐암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 폐암 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 신경내분비 종양 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 신경내분비 종양 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 신장 세포 암종 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 신장 세포 암종 환자에게 에베롤리무스와 조합하여 투여된다.
또한, 환자 (예를 들어, 인간)에게 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 제2 항암 약물과 조합하여 투여하는 것을 포함하는, 환자에게 안전하고 효과적으로 투여될 수 있는 항암 약물 또는 작용제의 투여량을 증가시키는 방법이 본원에 포함된다. 이 방법에 의해 이익을 수득할 수 있는 환자는 피부, 피하 조직, 림프절, 뇌, 폐, 간, 골, 장, 결장, 심장, 췌장, 부신, 신장, 전립선, 유방, 결장직장, 또는 그의 조합의 구체적 암을 치료하기 위한 항암 약물과 연관된 유해 효과를 앓을 가능성이 있는 환자들이다. 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여는, 그렇지 않으면 항암 약물의 양을 제한할 그러한 중증도인 유해 효과를 경감시키거나 감소시킨다.
또한, 환자 (예를 들어, 인간)에게 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 제2 항암 약물과 조합하여 투여하는 것을 포함하는, 환자에게 안전하고 효과적으로 투여될 수 있는 항암 약물 또는 작용제의 투여량을 감소시키는 방법이 본원에 포함된다. 이 방법에 의해 이익을 수득할 수 있는 환자는 피부, 피하 조직, 림프절, 뇌, 폐, 간, 골, 장, 결장, 심장, 췌장, 부신, 신장, 전립선, 유방, 결장직장, 또는 그의 조합의 구체적 암을 치료하기 위한 항암 약물과 연관된 유해 효과를 앓을 가능성이 있는 환자들이다. 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여는 항암 약물의 활성을 강화하여, 효능을 유지하면서 항암 약물의 용량을 감소시킬 수 있고, 이는 결국 항암 약물의 양을 제한할 그러한 중증도인 유해 효과를 경감시키거나 감소시킬 수 있다.
한 실시양태에서, 화합물 D는 약 0.1 내지 약 20 mg, 약 1 내지 약 15 mg, 약 1 내지 약 10 mg, 또는 약 1 내지 약 15 mg 범위의 양으로 환자에게 항암 약물의 투여와 연관된 유해 효과의 발생 전, 발생 동안, 또는 발생 후에 매일 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 구체적 작용제 예컨대 헤파린, 아스피린, 쿠마딘, 또는 G-CSF와 조합하여 투여되어 호중구감소증 또는 혈소판감소증과 같으나 이에 제한되지는 않는 항암 약물과 연관된 유해 효과를 피한다.
한 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 바람직하지 않은 혈관신생과 연관되거나 이를 특징으로 하는 질환 및 장애를 가진 환자에게 항암 약물, 항염증제, 항히스타민제, 항생제, 및 스테로이드를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 추가 활성 성분과 조합하여 투여된다.
또 다른 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 수술, 면역요법, 생물학적 요법, 방사선 요법, 또는 현재 암을 치료, 예방 및/또는 관리하는데 사용되는 기타 비약물 기반 요법을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 적어도 하나의 항암 요법과 함께 (예를 들어, 전에, 동안 또는 후에) 투여하는 것을 포함하는, 암을 치료, 예방 및/또는 관리하는 방법이 본원에 포함된다. 본원에 제공된 화합물과 다른 항암 요법의 조합 사용은 특정 환자에서 예기치 않게 효과적인 고유한 치료 요법을 제공할 수 있다. 이론에 제한됨이 없이, 화합물 D는 적어도 하나의 항암 요법과 공동으로 제공될 때 부가적 또는 상승적 효과를 제공할 수 있다고 믿어진다.
본원의 다른 곳에서 논의된 바와 같이, 수술, 화학요법, 방사선 요법, 호르몬 요법, 생물학적 요법 및 면역요법을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 다른 항암 요법과 연관된 유해하거나 바람직하지 않은 효과를 감소, 치료 및/또는 예방하는 방법이 본원에 포함된다. 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제, 및 기타 활성 성분은 환자에게 다른 항암 요법과 연관된 유해 효과의 발생 전에, 발생 동안, 또는 발생 후에 투여될 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D와 함께 칼슘, 칼시트리올, 또는 비타민 D 보충제 중 하나 이상을 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 화합물 D로 치료하기 전에 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 각각의 주기에서 화합물 D의 제1 용량을 투여하기 전에 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 화합물 D로 치료하기 적어도 최대 3일 전에 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 각각의 주기에서 화합물 D의 제1 용량을 투여하기 전에 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 각각의 주기에서 화합물 D의 제1 용량을 투여하기 적어도 최대 3일 전에 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 각각의 주기에서 화합물 D의 제1 용량을 투여하기 전에 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제를 투여하는 것을 포함하며 각각의 주기에서 화합물 D의 마지막 용량을 투여한 후에 계속된다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제의 투여를 각각의 주기에서 화합물 D의 제1 용량을 투여하기 적어도 최대 3일 전에 투여하는 것을 포함하며, 각각의 주기에서 화합물 D의 마지막 용량을 투여한 후 적어도 최대 3일까지 (예를 들어, 화합물 D가 1일 내지 5일차에 투여되는 경우 적어도 최대 8일까지) 계속된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 칼슘, 칼시트리올, 및 비타민 D 보충제의 투여를 각각의 주기의 1일차의 투여하기 적어도 최대 3일 전에 투여하고 각각의 주기에서 화합물 D의 마지막 용량 후 ≥ 3일까지 계속되는 것을 포함한다 (예를 들어, 화합물 D가 1일 내지 5일차에 투여되는 경우 ≥ 8일차, 화합물 D가 1일 내지 3일 및 8일 내지 10일차에 투여되는 경우 ≥ 13일).
특정 실시양태에서, 칼슘 보충제는 분할 용량으로 제공되는 하루에 적어도 1200 mg의 원소 칼슘을 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 칼슘 보충제는 경구 (PO)당 1일 3회 투여되는 500 mg의 용량으로 탄산칼슘으로서 투여된다.
특정 실시양태에서, 칼시트리올 보충제는 0.25 μg 칼시트리올 (PO)을 1일 1회 전달하기 위해 투여된다.
특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 1일 1회 약 500 IU 내지 약 50,000 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 1일 1회 약 1000 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 매주 약 50,000 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 1일 1회 약 1000 IU 비타민 D2 또는 D3을 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 1일 1회 약 500 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 매주 약 50,000 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 매주 약 20,000 IU 비타민 D를 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 1일 1회 약 1000 IU 비타민 D2 또는 D3을 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 매주 약 50,000 IU 비타민 D2 또는 D3을 전달하기 위해 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D 보충제가 매주 약 20,000 IU 비타민 D2 또는 D3을 전달하기 위해 투여된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제 및 독소탁솔은 이전에 카르보/VP 16 및 방사선요법으로 치료받은 비소세포 폐암을 환자에게 투여된다.
이식 요법과 함께 사용
화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 이식편 대 숙주 질환 (GVHD)의 위험을 감소시키는데 사용될 수 있다. 따라서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제를, 이식 요법과 함께 투여하는 것을 포함하는, 암을 치료, 예방 및/또는 관리하는 방법이 본원에 포함된다.
관련 기술분야의 통상의 기술자가 알고 있는 바와 같이, 암의 치료는 종종 질환의 병기 및 메커니즘을 기반으로 한다. 예를 들어, 암의 특정 병기에서 불가피한 백혈병 형질전환이 진행됨에 따라, 말초혈액 줄기세포 이식, 조혈 줄기 세포 제제 또는 골수가 필요할 수 있다. 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제 및 이식 요법의 조합 사용은 고유하고 예상치 못한 상승작용을 제공한다. 특히, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 암을 가진 환자에서 이식 요법과 공동으로 제공될 때 부가적 또는 상승적 효과를 제공할 수 있는 면역조정 활성을 나타낸다.
화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 이식 요법과 조합하여 이식의 침습적 절차와 연련된 합병증 및 GVHD의 위험을 감소시킬 수 있다. 제대혈, 태반혈, 말초 혈액 줄기 세포, 조형 줄기 세포 제제, 또는 골수의 이식 전애, 이식 동안, 또는 이식 후에 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 환자 (예를 들어, 인간)에게 투여하는 것을 포함하는, 암을 치료, 예방 및/또는 관리하는 방법이 본원에 포함된다. 본원에 제공된 방법에 사용하기에 적합한 줄기 세포의 일부 예는 미국 특허 번호 7,498,171에 개시되어 있으며, 이 특허의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
한 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 급성 골수성 백혈병을 가진 환자에게 이식 전에, 이식 동안, 또는 이식 후에 투여된다.
한 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 자가조직 말초 혈액 전구체 세포의 이식 전에, 이식 동안, 또는 이식 후에 다발성 골수종을 가진 환자에게 투여된다.
한 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 자가조직 말초 혈액 전구체 세포의 이식 전에, 이식 동안, 또는 이식 후에 NHL (예를 들어, DLBCL)을 가진 환자에게 투여된다.
순환 요법
특정 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 환자에게 치료되는 암과 무관하게 주기적으로 투여된다. 순환 요법은 일정 기간 동안 활성제를 투여한 후 일정 기간 동안 휴식을 취하고, 이러한 순차적 투여를 반복하는 것을 수반한다. 순환 요법은 하나 이상의 요법에 대한 내성 발달을 감소시키고, 요법 중 하나의 부작용을 피하거나 감소시키고/거나, 치료의 효능을 개선할 수 있다.
특정 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 약 1주 또는 2주의 휴약기와 함께 4주 내지 6주 주기로 단일 또는 분할 용량으로 매일 투여된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 28일 주기의 연속 1일 내지 10일 동안 단일 또는 분할 용량으로 매일 투여된 다음에, 28일 주기의 나머지 기간 동안 투여 없이 휴약기이다. 순환 방법은 추가로 투약 주기의 빈도, 횟수, 및 길이를 증가시킬 수 있게 한다. 따라서, 특정 실시양태에서 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제가 단독으로 투여되는 경우 전형적인 것보다 더 많은 주기 동안 투여하는 것이 본원에 포함된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 제2 활성 성분이 또한 투여되고 있지 않은 환자에서 전형적으로 용량-제한 독성을 야기할 더 많은 주기 동안 투여된다.
한 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 약 0.1 내지 약 20 mg/d의 화합물 D 용량을 투여하기 위해 3 또는 4주 동안 매일 연속적으로 투여된 후 1 또는 2주의 휴약한다.
또 다른 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 정맥내 투여되고 제2 활성 성분은 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여와 함께, 경구 투여되며, 4 내지 6주의 주기 동안, 제2 활성 성분 전 30 내지 60분에 발생한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제와, 제2 활성 성분의 조합은 매 주기마다 약 90분에 걸쳐 정맥내 주입에 의해 투여된다. 특정 실시양태에서, 한 주기는 약 0.1 내지 약 150 mg/일의 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제, 및 약 50 내지 약 200 mg/m2/일의 제2 활성 성분의 3 내지 4주 동안 매일 투여에 이어서 1 또는 2주 휴약한다. 특정 실시양태에서, 조합 치료가 환자에게 투여되는 주기의 수는 약 1 내지 약 24 주기, 약 2 내지 약 16 주기, 또는 약 4 내지 약 3 주기의 범위이다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 순환 요법은 최대 5일의 투여 기간에 이어서 휴약기를 포함하는 치료 주기로 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 투여하는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 5일의 투여 기간에 이어서 휴약기를 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 최대 10일의 투여 기간에 이어서 휴약기를 포함한다. 한 실시양태에서, 휴약기는 약 10일 내지 최대 약 40일이다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 최대 10일의 투여 기간에 이어서 약 10일 내지 최대 약 40일의 휴약기를 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 최대 10일의 투여 기간에 이어서 약 23일 내지 최대 약 37일의 휴약기를 포함한다. 한 실시양태에서, 휴약기는 약 23일 내지 최대 약 37일이다. 한 실시양태에서, 휴약기는 23일이다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 최대 10일의 투여 기간에 이어서 23일의 휴약기를 포함한다. 한 실시양태에서, 휴약기는 37일이다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 최대 10일의 투여 기간에 이어서 37일의 휴약기를 포함한다.
한 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1일 내지 5일차에 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1 내지 10일차에 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여를 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 42일 주기의 1일 내지 5일차에 투여를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 42일 주기의 1일 내지 10일차에 투여하는 것을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 투여를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1 내지 3일차 및 8 내지 10일차에 투여를 포함한다.
한 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1일 내지 21일차에 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제의 투여를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 7일 주기의 1일 내지 5일차에 투여를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 치료 주기는 7일 주기의 1일 내지 7일에 투여를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 치료 주기는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 그 초과의 주기 동안 반복될 수 있다. 특정 경우에, 본원에 기재된 바와 같은 치료 주기는 1 내지 약 24 주기, 약 2 내지 약 16 주기, 또는 약 2 내지 약 4 주기를 포함한다. 특정 경우에, 본원에 기재된 바와 같은 치료 주기는 1 내지 약 4 주기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 주기 1 내지 4는 모두 28일 주기이다. 특정 실시양태에서, 주기 1은 42일 주기이고 주기 2 내지 4는 28일 주기이다. 일부 실시양태에서, 화합물 D, 예를 들어 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 28일 (예를 들어, 약 1년)의 1 내지 13 주기 동안 투여된다. 특정 경우에, 순환 요법이 주기 수에 제한되지 않고 질환이 진행될 때까지 요법이 계속된다. 주기는, 특정 경우에, 본원에 기재된 투여 기간의 지속기간 및/또는 휴약기를 변화시키는 것을 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 치료 주기는 화합물 D를 하루에 1회 투여되는 약 0.3 mg/일, 0.6 mg/일, 1.2 mg/일, 1.8 mg/일, 2.4 mg/일, 3.6 mg/일, 5.4 mg/일, 7.2 mg/일, 8.1 mg/일, 9.0 mg/일, 10.0 mg/일, 10.8 mg/일, 또는 12.2 mg/일의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 화합물 D를 하루에 1회 투여되는 약 0.3 mg/일, 0.6 mg/일, 1.2 mg/일, 1.8 mg/일, 2.4 mg/일, 3.6 mg/일, 5.4 mg/일, 7.2 mg/일, 8.1 mg/일, 9.0 mg/일, 10.0 mg/일, 10.8 mg/일, 12.2 mg/일, 또는 20 mg/일의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 치료 주기는 화합물 D를 하루에 1회 투여되는, 약 0.6 mg/일, 1.2 mg/일, 1.8 mg/일, 2.4 mg/일, 또는 3.6 mg/일의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1일 내지 3일차에 화합물 D를 약 0.6 mg, 1.2 mg, 1.8 mg, 2.4 mg, 또는 3.6 mg의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 11일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 화합물 D를 약 0.6 mg, 1.2 mg, 1.8 mg, 2.4 mg, 또는 3.6 mg의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시양태에서, 치료 주기는 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 화합물 D를 약 0.6 mg, 1.2 mg, 1.8 mg, 2.4 mg, 3.6 mg, 5.4 mg/일, 7.2 mg/일, 8.1 mg/일, 9.0 mg/일, 또는 10.0 mg/일의 투여량으로 투여하는 것을 포함한다.
화합물 D, 예를 들어, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는, 치료 주기의 모든 투여 기간 동안 동일한 양으로 투여될 수 있다. 대안적으로, 한 실시양태에서, 화합물은 투여 기간에 상이한 용량으로 투여된다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 대상체에게 상기 제제를 28일 주기로 적어도 5일 동안 투여하는 것을 포함하는 주기로 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 대상체에게 상기 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 투여하는 것을 포함하는 주기로 투여된다. 한 실시양태에서, 제제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다. 한 실시양태에서, 제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다. 한 실시양태에서, 제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.5 mg 내지 약 10 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물 D의 제제는 대상체에게 상기 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 투여하는 것을 포함하는 주기로 투여된다. 한 실시양태에서, 제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다. 한 실시양태에서, 제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다. 한 실시양태에서, 제제는 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.5 mg 내지 약 10 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여된다.
한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기로 적어도 5일 동안 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.1 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.1 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 AML의 치료 방법이 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기로 적어도 5일 동안 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.1 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.1 mg 내지 약 20 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.1 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 대상체에게 본원에 제공된 화합물 D의 제제를 28일 주기의 1일 내지 5일차 및 15일 내지 19일차에 약 0.5 mg 내지 약 5 mg의 용량으로 화합물 D를 전달하도록 투여하는 것을 포함하는 주기로 상기 제제를 투여함으로써 MDS의 치료 방법이 본원에 제공된다.
5.3. 유전자 세트 또는 바이오마커의 검출 및 정량화 방법
특정 실시양태에서, 생물학적 샘플로부터, 본원에 제공된 유전자 시그니처 또는 바이오마커와 같은 유전자 세트의 RNA (예를 들어, mRNA) 수준을 검출하고 정량화하는 방법이 본원에 제공된다. 유전자 세트의 mRNA 수준을 검출하고 정량화하는 방법은 전사체 프로파일링, 정량적 RT-PCR (qRT-PCR), 리보뉴클레아제 보호 검정, 노던 블롯 등과 같이 mRNA를 검출하거나 정량화할 수 있는 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법을 포함한다.
임의의 적합한 검정 플랫폼을 사용하여 샘플에서 mRNA의 존재를 결정할 수 있다. 예를 들어, 검정은 딥스틱, 막, 칩, 디스크, 테스트 스트립, 필터, 미소구체, 슬라이드, 다중-웰 플레이트, 또는 광섬유의 형태일 수 있다. 검정 시스템은 mRNA에 상응하는 핵산이 부착된 고체 지지체를 가질 수 있다. 고체 지지체는, 예를 들어, 플라스틱, 실리콘, 금속, 수지, 유리, 막, 입자, 침전물, 겔, 중합체, 시트, 구체, 폴리사카라이드, 모세관, 필름, 플레이트, 또는 슬라이드를 포함할 수 있다. 검정 구성요소는 mRNA를 검출하기 위한 키트로 함께 준비되고 포장될 수 있다.
원하는 경우, 핵산을 표지하여 표지된 mRNA의 집단을 제조할 수 있다. 일반적으로, 샘플은 관련 기술분야에 널리 공지된 방법을 사용하여 (예를 들어, DNA 리가제, 말단 전이효소를 사용하거나, RNA 백본을 표지함으로써 등) 표지될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (Wiley & Sons, 3rd ed. 1995); Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, N.Y., 3rd ed. 2001)]을 참조한다. 일부 실시양태에서, 샘플은 형광 표지로 표지된다. 예시적인 형광 염료는 크산텐 염료, 플루오레세인 염료 (예를 들어, 플루오레세인 이소티오시아네이트 (FITC), 6-카르복시플루오레세인 (FAM), 6 카르복시-2',4',7',4,7-헥사클로로플루오레세인 (HEX), 6-카르복시-4',5'-디클로로-2',7'-디메톡시플루오레세인 (JOE)), 로다민 염료 (예를 들어, 로다민 110 (R110), N,N,N',N'-테트라메틸- 6-카르복시로다민 (TAMRA), 6-카르복시-X-로다민 (ROX), 5-카르복시로다민 6G (R6G5 또는 G5), 6-카르복시로다민 6G (R6G6 또는 G6)), 시아닌 염료 (예를 들어, Cy3, Cy5 및 Cy7), 알렉사 염료 (예를 들어, 알렉사-플루오르-555), 쿠마린, 디에틸아미노쿠마린, 움벨리페론, 벤즈이미드 염료 (예를 들어, 훽스트(Hoechst) 33258), 페난트리딘 염료 (예를 들어, 텍사스 레드(Texas Red)), 에티듐 염료, 아크리딘 염료, 카르바졸 염료, 페녹사진 염료, 포르피린 염료, 폴리메틴 염료, BODIPY 염료, 퀴놀린 염료, 피렌, 플루오레세인 클로로트리아지닐, 에오신 염료, 테트라메틸로다민, 리사민, 나프토플루오레세인 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
PCR 방법의 예는 미국 특허 번호 6,927,024에서 찾을 수 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. RT-PCR 방법의 예는 미국 특허 번호 7,122,799에서 찾을 수 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 형광 계내 PCR 방법은 미국 특허 번호 7,186,507에 기재되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, qRT-PCR은 RNA 표적의 검출 및 정량화 둘 다에 사용할 수 있다 (Bustin et al., Clin. Sci. 2005, 109:365-379). qRT-PCR에 의해 수득한 정량적 결과는 일반적으로 정성적 데이터보다 더 많은 정보를 제공한다. 따라서, 일부 실시양태에서, qRT-PCR-기반 검정은 세포-기반 검정 동안 mRNA 수준을 측정하는데 유용할 수 있다. qRT-PCR 방법은 환자 요법을 모니터링하는데 또한 유용하다. qRT-PCR-기반 방법의 예는, 예를 들어, 미국 특허 번호 7,101,663에서 찾을 수 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. qRT-PCR용 기기, 예컨대 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems) 7500이 시약, 예컨대 상업적으로 이용가능하며, 시약, 예컨대 택맨(TaqMan)® 서열 검출 케미스트리(Sequence Detection Chemistry)도 마찬가지이다. 예를 들어 제조업체의 지침서에 따라, 택맨® 유전자 발현 검정(Gene Expression Assay)을 사용할 수 있다. 이들 키트는 인간, 마우스, 및 래트 mRNA 전사체의 빠르고, 신뢰할 만한 검출 및 정량화를 위해 미리 공식화된 유전자 발현 검정이다. 예를 들어 예시적인 qRT-PCR 프로그램은 2분 동안 50℃, 10분 동안 95℃, 15초 동안 95℃의 40 주기, 이어서 1분 동안 60℃이다.
특정한 앰플리콘 축적과 연관된 형광 신호가 임계값 (CT로도 지칭됨)을 가로지르는 주기 수를 결정하기 위해, 데이터는, 예를 들어, 7500 실시간(Real-Time) PCR 시스템 서열 검출 소프트웨어 vs. 비교 CT 상대 정량화 계산 방법을 사용하여 분석할 수 있다. 이 방법을 사용하여, 출력은 발현 수준의 배수-변화로 표현된다. 일부 실시예에서, 임계값 수준은 소프트웨어에 의해 자동으로 결정되도록 선택될 수 있다. 일부 실시양태에서, 임계값 수준은 기준선보다 높으나 증폭 곡선의 지수 성장 영역 내에 있기에 충분히 낮게 설정된다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 유전자 세트, 예컨대 유전자 시그니처 또는 바이오마커의 cDNA 수준을 생물학적 샘플로부터 검출하고 정량화하는 방법이 본원에 제공된다. 특정 실시양태에서, 방법은 샘플로부터 수득된 mRNA로부터 cDNA를 생성하는 것을 추가로 포함한다. 관련 기술분야에 mRNA로부터 cDNA를 생성하는 임의의 공지된 방법이 본원에서 사용될 수 있다. 유전자 세트의 cDNA 수준을 검출하고 정량화하는 방법은 cDNA를 검출하거나 정량화할 수 있는 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법, 예컨대 DNA 마이크로어레이, 고처리량 서열분석, 서던 블롯 등을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 유전자 세트, 예컨대 유전자 시그니처 또는 바이오마커의 단백질 수준을 생물학적 샘플로부터 검출하고 정량화하는 방법이 본원에 제공된다. 유전자 세트의 단백질 수준을 검출하고 정량화하는 방법은 단백질을 검출하거나 정량화할 수 있는 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법, 예컨대 질량 분석법, 면역조직화학, 유동 세포측정, 세포측정 비드 어레이, ELISA, 웨스턴 블롯 등을 포함한다. 직접 ELISA, 간접 ELISA, 및 샌드위치 ELISA를 포함한, 여러 유형의 ELISA가 통상적으로 사용된다.
5.4. 대상체 및 샘플
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 다양한 방법은 대상체 또는 개체 (예를 들어, 환자)으로부터의 샘플 (예를 들어, 생물학적 샘플)을 사용한다. 대상체는 환자, 예컨대, 암 (예를 들어, 림프종, MM, 또는 백혈병)을 가진 환자일 수 있다. 대상체는 포유동물, 예를 들어 인간일 수 있다. 대상체는 남성 또는 여성일 수 있으며, 성인, 어린이, 또는 유아일 수 있다. 샘플은 암 (예를 들어, 림프종, MM 또는 백혈병)의 활성기 동안일 때, 또는 암 (예를 들어, 림프종, MM 또는 백혈병)이 불활성일 때 분석될 수 있다. 특정 실시예에서, 대상체로부터 1개 초과의 샘플을 수득할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 샘플은 대상체로부터의 체액을 포함한다. 체액의 비제한적 예는 혈액 (예를 들어, 전혈), 혈장, 양수, 방수, 담즙, 귀지, 쿠퍼액, 사정전액, 유미, 유미즙, 여성 사정액, 간질액, 림프, 월경, 모유, 점액, 흉막액, 고름, 타액, 피지, 정액, 혈청, 땀, 눈물, 소변, 질 윤활액, 토사물, 물, 대변, 내부 체액 (뇌와 척수를 둘러싼 뇌척수액 포함), 활액, 세포내액 (세포 내부의 액체), 및 유리체액 (안구내액)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 혈액 샘플은 예를 들어 문헌 [Innis et al., eds., PCR Protocols (Academic Press, 1990)]에 기재된 바와 같은 통상적인 기술을 사용하여 수득될 수 있다. 백혈구는 통상적인 기술 또는 상업적으로 이용가능한 키트, 예를 들어, 로세트셉(RosetteSep) 키트 (스테인 셀 테크놀로지즈(Stein Cell Technologies), 캐나다 벤쿠버)를 사용하여 혈액 샘플로부터 단리될 수 있다. 백혈구의 하위-집단, 예를 들어, 단핵 세포, B 세포, T 세포, 단핵구, 과립구, 또는 림프구는 통상적인 기술, 예를 들어 자기 활성화 세포 분류 (MACS) (밀테니 바이오텍(Miltenyi Biotec), 캘리포니아주 오번) 또는 형광 활성화 세포 분류 (FACS) (벡톤 디킨슨(Becton Dickinson), 캘리포니아주 산호세)를 사용하여 추가로 단리될 수 있다.
한 실시양태에서, 혈액 샘플은 약 0.1 mL 내지 약 10.0 mL, 약 0.2 mL 내지 약 7 mL, 약 0.3 mL 내지 약 5 mL, 약 0.4 mL 내지 약 3.5 mL, 또는 약 0.5 mL 내지 약 3 mL이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액 샘플은 약 0.3, 약 0.4, 약 0.5, 약 0.6, 약 0.7, 약 0.8, 약 0.9, 약 1.0, 약 1.5, 약 2.0, 약 2.5, 약 3.0, 약 3.5, 약 4.0, 약 4.5, 약 5.0, 약 6.0, 약 7.0, 약 8.0, 약 9.0, 또는 약 10.0 mL이다.
일부 실시양태에서, 본 방법에서 사용된 샘플은 생검 (예를 들어, 종양 생검)을 포함한다. 생검은 임의의 기관 또는 조직, 예를 들어 피부, 간, 폐, 심장, 결장, 신장, 골수, 치아, 림프절, 모발, 비장, 뇌, 유방, 또는 기타 기관으로부터의 것일 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 임의의 생검 기술, 예를 들어, 개방 생검, 근접 생검, 코어 생검, 절개 생검, 절제 생검, 또는 미세 바늘 흡인 생검을 대상체로부터 샘플을 단리하기 위해 사용할 수 있다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 샘플은 대상체가 질환 또는 장애에 대한 치료를 받기 전에 대상체로부터 수득된다. 또 다른 실시양태에서, 샘플은 대상체가 질환 또는 장애에 대한 치료를 받는 동안 대상체로부터 수득된다. 또 다른 실시양태에서, 샘플은 대상체가 질환 또는 장애에 대한 치료를 받은 후 대상체로부터 수득된다. 다양한 실시양태에서, 치료는 화합물 (예를 들어, 하기 섹션 5.5에서 제공된 화합물)을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다.
5.1. 세포의 유형
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 샘플은 복수개의 세포, 에컨대 암 (예를 들어, 림프종, MM 또는 백혈병)을 포함한다. 이러한 세포는 임의의 유형의 세포, 예를 들어, 줄기 세포, 혈액 세포 (예를 들어, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)), 림프구, B 세포, T 세포, 단핵구, 과립구, 면역 세포, 또는 암 세포를 포함할 수 있다.
B 세포 (B 림프구)는, 예를 들어, 혈장 B 세포, 기억 B 세포, B1 세포, B2 세포, 변연부 B 세포, 및 여포 B 세포를 포함한다. B 세포는 면역글로불린 (항체) 및 B 세포 수용체를 발현할 수 있다.
구체적 세포 집단은 상업적으로 이용가능한 항체 (예를 들어, 퀘스트 다이아그노스틱(Quest Diagnostic) (캘리포니아주 산 후안 카피스트라노) 또는 다코(Dako) (덴마크)의 항체)의 조합을 사용하여 수득할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 세포는 PBMC이다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 샘플은 질환 조직, 예를 들어 암 (예를 들어, 림프종, MM 또는 백혈병)을 가진 개체로부터의 것이다.
특정 실시양태에서, 세포주는 화합물의 효과를 평가하거나, 작용 메커니즘을 연구하거나, 바이오마커의 참조 수준을 설정하기 위한 질환 모델로 사용된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용되는 세포는 암 (예를 들어, AML) 세포주로부터의 것이다. 특정 실시양태에서, 세포는 림프종 세포주로부터의 것이다. 다른 실시양태에서, 세포는 MM 세포주로부터의 것이다. 다른 실시양태에서, 세포는 백혈병 세포주로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 백혈병 세포주는 CLL 세포주이다. 다른 실시양태에서, 백혈병 세포주는 ALL 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, 백혈병 세포주는 CML 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, 백혈병 세포주는 AML 세포주이다. 한 실시양태에서, AML 세포주는 KG-1 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 KG-1a 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 KASUMI-1 세포주이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, AML 세포주는 NB4 세포주. 한 실시양태에서, AML 세포주는 MV-4-11 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 MOLM-13 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 HL-60 세포주이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, AML 세포주는 U-937 세포주이다. 한 실시양태에서, AML 세포주는 OCI-AML2 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 OCI-AML3 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 HNT-34 세포주이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, AML 세포주는 ML-2 세포주이다. 한 실시양태에서, AML 세포주는 AML-193 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 F36-P 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 KASUMI-3 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 MUTZ-8 세포주이다. 한 실시양태에서, AML 세포주는 GDM-1 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 SIG-M5 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 TF-1 세포주이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, AML 세포주는 Nomo-1 세포주이다. 한 실시양태에서, AML 세포주는 UT-7 세포주이다. 또 다른 실시양태에서, AML 세포주는 THP-1 세포주이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 건강한 개체의 세포로부터 유전자 재배열을 검출하는데 유용하다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 세포의 수는 단일 세포 내지 약 109개의 세포의 범위일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법에서 사용된 세포의 수는 약 1 x 104, 약 5 x 104, 약 1 x 105, 약 5 x 105, 약 1 x 106, 약 5 x 106, 약 1 x 107, 약 5 x 107, 약 1 x 108, 약 5 x 108, 또는 약 1 x 109개이다.
대상체로부터 수집된 세포의 수 및 유형은, 예를 들어, 표준 세포 검출 기술 예컨대 유동 세포측정, 세포 분류, 면역세포화학 (예를 들어, 조직 특이적 또는 세포-마커 특이적 항체로 염색), 형광 활성화 세포 분류 (FACS), 자기 활성화 세포 분류 (MACS)을 사용하여 세포 표면 마커의 변화를 측정함으로써, 광 또는 공초점 현미경을 사용하여 세포의 형태를 조사함으로써, 및/또는 PCR과 같은 관련 기술분야에 널리 공지된 기술을 사용하여 유전자 발현의 변화를 측정함으로써 및 유전자 발현 프로파일링에 의해 모니터링할 수 있다. 이들 기술은 1종 이상의 특정한 마커에 대해 양성인 세포를 확인하는데 또한 사용할 수 있다.
특정 실시양태에서, 세포의 하위집합이 본원에 제공된 방법에 사용된다. 세포의 특정한 집단을 분류하고 분리하는 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있으며 세포 크기, 형태, 또는 세포내 또는 세포외 마커를 기반으로 할 수 있다. 이러한 방법은 유동 세포법, 유동 분류, FACS, 비드-기반 분리 예컨대 자기 세포 분류, 크기-기반 분리 (예를 들어, 체, 장애물의 어레이, 또는 필터), 미세유체 장치에서의 분류, 항체-기반 분리, 침강, 친화도 흡착, 친화도 추출, 밀도 구배 원심분리, 레이저 포획 미세해부 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. FACS는 입자의 형광 특성을 기반으로 하여, 세포를 포함한 입자를 분리하는 널리 공지된 방법이다 (Kamarch, Methods Enzymol. 1987, 151:150-165). 개별 입자 중 형광 모이어티의 레이저 여기는 작은 전하를 발생시켜 혼합물로부터 양극 및 음극 입자의 전자기적 분리를 가능하게 한다. 한 실시양태에서, 세포 표면 마커-특이적 항체 또는 리간드는 별개의 형광 표지로 표지된다. 세포는 세포 분류기를 통해 처리되어, 사용된 항체에 결합하는 그의 능력에 따라 세포의 분리를 가능하게 한다. FACS 분류된 입자는 분리 및 클로닝을 용이하게 하기 위해 96-웰 또는 384-웰 플레이트의 개별 웰에 직접 침착될 수 있다.
한 실시양태에서, RNA (예를 들어, mRNA) 또는 단백질은 종양으로부터 정제되고, 유전자 세트의 수준은 mRNA 또는 단백질 발현 분석에 의해 측정된다. 특정 실시양태에서, 유전자 세트의 수준은 전사체 프로파일링, qRT-PCR, 마이크로어레이, 고처리량 서열분석, 또는 관련 기술분야에 공지된 기타 유사한 방법에 의해 측정된다. 다른 실시양태에서, 유전자 세트의 수준은 ELISA, 유동 세포측정, 면역형광법, 또는 관련 기술분야에 공지된 기타 유사한 방법에 의해 측정된다.
5.5. 화합물
본원에 제공된 방법 및 제제에서 사용하기에 적합한 화합물은 하기 구조를 갖는 화합물 D: 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드:
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또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 지칭한다.
화합물 D는 본원에 제공된 실시예에 기재된 방법 또는 미국 특허 9,499,514에 기재된 바와 같이 제조할 수 있으며, 그의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 화합물은 또한 본원의 교시내용을 기반으로 하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백한 다른 방법에 따라 합성될 수 있다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 고체이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 수화물이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 용매화되어 있다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 무수물이다.
특정 실시양태에서, 화합물 D는 무정형이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 결정질이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 2017년 1월 6일에 출원된 미국 공개 번호 2017-0197934에 기재된 결정질 형태이며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
화합물 D의 고체 형태는 2017년 1월 6일에 출원된 미국 공개 번호 2017-0197934의 개시내용에 기재된 방법에 따라 제조할 수 있다. 고체 형태는 또한 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백한 기타 방법에 따라 제조될 수 있다.
한 실시양태에서, 화합물 D는 다형체 형태 A, 형태 B, 형태 C, 형태 D, 형태 E, 또는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 무정형 형태이다. 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 다형체는 본원에 간략하게 기재되어 있다. 특정 실시양태에서, 화합물 D는 미국 공개 번호 2019/0030018에 기재된 바와 같은 다형체 형태를 가지며, 상기 공개의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함되고, 그의 일부는 하기에 보다 상세히 기재되어 있다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 형태 A
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D의 형태 A로부터 제조된다.
한 실시양태에서, 형태 A는 화합물 D의 무수 형태이다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 결정질이다.
특정 실시양태에서, 형태 A는 특정 용매 시스템, 예를 들어, 하기 용매: 실온에서 아세톤 및 이소프로판올과 물의 용매 혼합물 중 1종 이상을 포함하는 용매 시스템으로부터 결정화에 의해 수득된다. 특정 실시양태에서, 형태 A는 에탄올/물 (1:1), 아세톤 또는 아세토니트릴 중 승온, 예를 들어 약 50℃에서 슬러리로부터 중간 고체 형태로 수득된다.
특정 실시양태에서, 형태 A는, 예를 들어, X선 분말 회절 측정에 의해 지시된 바와 같이 실질적으로 결정질이다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 2에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 2에 나타낸 바와 같이 대략 11.5, 15.6, 16.6, 17.2, 18.1, 19.0, 19.6, 21.1, 23.2 또는 24.8도 2θ의 2-세타 각도에서 1개 이상의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 약 15.6, 16.6, 17.2 또는 24.8도 2θ의 2-세타 각도에서 1, 2, 3 또는 4개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 표 A에 제시된 바와 같은 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 표 A에 제시된 바와 같은 1, 2, 또는 3개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다.
표 A
Figure pct00006
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 3에 나타낸 바와 같은 SEM 사진을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 4에 나타낸 바와 같은 대표적인 TGA 서모그램에 상응하는 열중량 측정 (TGA) 서모그래프를 갖는다. 특정 실시양태에서, 어떤 TGA 중량 감소도 형태 A에 대해 관찰되지 않는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태 A는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 5에 나타낸 바와 같이 상응하는 DSC 서모그램을 갖는다. 특정 실시양태에서, 형태 A는 229℃의 개시 온도 및 118J/g의 융해열을 갖는 용융 사건을 포함하는 DSC 플롯팅을 특징으로 한다.
특정 실시양태에서, 형태 A는 동적 증기 수착 분석을 특징으로 한다. 대표적인 동적 증기 수착 (DVS) 등온선 플롯팅은 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 6에 도시되어 있다. 특정 실시양태에서, 상대 습도 ("RH")가 약 0%에서 약 90% RH로 증가되는 경우, 형태 A는 1.5% 미만, 1.2% 미만 또는 약 1.2% w/w의 수분 흡수를 나타낸다. 특정 실시양태에서, 형태 A는 225℃로 설정된 오븐 샘플 프로세서가 장착된 전기량 칼 피셔 (KF) 적정기에서 결정된 바와 같이 0.1% 미만의 물을 포함한다.
특정 실시양태에서, 형태 A에 대한 어떤 유의한 분해 또는 잔류 용매도 1H NMR에 의해 관찰되지 않았다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 7 참조).
특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 압축 시 그의 안정성 프로파일을 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 형태 A는 안정하며, 예를 들어 그의 XRPD 패턴은 약 1분 동안 2000-psi 압력의 적용 시, 더 넓은 회절 피크로 실질적으로 변하지 않고 유지된다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 8 참조).
또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 A는 다른 고체 형태, 예를 들어 무정형 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 A의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
특정 실시양태 화합물 D의 형태 A는 실질적으로 순수하다. 본원의 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 A는, 예를 들어, 형태 B, C, D, E, 및/또는 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태를 포함한 화합물 D를 포함하는 다른 고체 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 형태 A는, 예를 들어, 하기: 형태 B, C, D, E, 및 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태 중 하나 이상을 포함하는 혼합물을 포함한, 화합물 D를 포함하는 고체 형태의 혼합물이다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 형태 B
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D의 무수 형태 B로부터 제조된다.
특정 실시양태에서, 형태 B는 특정 용매 시스템, 예를 들어, 하기 용매: 메탄올/물, DMSO/이소프로판올, DMSO/톨루엔, 및 DMSO/물 중 1종 이상을 포함하는 용매 시스템으로부터 반용매 재결정화에 의해 수득된다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 THF/물 (1:1)로부터 재결정화를 냉각시킴으로써 수득된다.
특정 실시양태에서, 형태 B는, 예를 들어, X선 분말 회절 측정에 의해 지시된 바와 같이 결정질이다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 9에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 9에 나타낸 바와 같이, 대략 15.4, 16.3, 16.7, 17.7, 20.4, 25.6 또는 27.5도 2θ의 2-세타 각도에서 1개 이상의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 대략 16.7, 25.6, 15.4 또는 16.3도 2θ의 2-세타 각도에서 1, 2, 3 또는 4개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 표 B에 기재된 바와 같은 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 표 B에 제시된 바와 같은 1, 2, 또는 3개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다.
표 B
Figure pct00007
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 10에 나타낸 바와 같은 SEM 사진을 갖는다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 11에 도시된 바와 같은 대표적인 TGA 서모그램에 상응하는 열중량 측정 (TGA) 서모그래프를 갖는다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 170℃ 미만에서 어떤 TGA 중량 손실도 나타내지 않는다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 170~230℃에서 0.4%의 TGA 중량 손실을 나타낸다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태 B는 실질적으로 2019/0030018의 도 12에 도시된 바와 상응하는 DSC 서모그램을 갖는다. 특정 실시양태에서 형태 B는 219~224℃에서의 용융/재결정화 사건 및 231℃의 피크 온도를 가진 주요 용융 사건을 포함하는 DSC 플롯을 특징으로 한다.
특정 실시양태에서, 형태 B는 동적 증기 수착 분석을 특징으로 한다. 대표적인 동적 증기 수착 (DVS) 등온선 플롯팅이 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 13에 도시되어 있다. 특정 실시양태에서, 상대 습도 ("RH")가 약 0%에서 약 90% RH로 증가될 때, 형태 B는 약 1.4%w/w의 수분 흡수를 나타낸다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 225℃로 설정된 오븐 샘플 프로세서가 장착된 전기량 칼 피셔 (KF) 적정기에서 결정된 바와 같이 0.1% 미만의 물을 포함한다. 특정 실시양태에서, 형태 B에 대한 어떤 유의한 분해 또는 잔류 용매도 1H NMR에 의해 관찰되지 않았다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 14 참조).
특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 압축 시 그의 안정성 프로파일을 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 안정하며, 예를 들어 그의 XRPD 패턴은 약 1분 동안 2000-psi 압력의 적용 시, 더 넓은 회절 피크로 실질적으로 변하지 않고 유지된다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 15 참조).
또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 B는 다른 고체 형태, 예를 들어 무정형 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 B의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 B는, 예를 들어, A, C, D, E 및/또는 및/또는 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태를 포함한 화합물 D를 포함하는 다른 고체 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 형태 B는 예를 들어, 하기: 형태 A, C, D, E, 및 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태 중 하나 이상을 포함하는 혼합물을 포함하는, 화합물 D를 포함하는 고체 형태의 혼합물이다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 형태 C
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D의 무수 형태 C로부터 제조된다. 특정 실시양태에서, 형태 C는 화합물 D의 결정 형태 중에서 가장 열역학적으로 안정한 탈수화물이다.
특정 실시양태에서, 형태 C는 화합물 D를 특정 용매 시스템, 예를 들어, 연장된 기간 동안 하기 용매: 아세토니트릴/물, 아세톤, 또는 에탄올/물 용매 중 1종 이상을 포함하는 용매 시스템에서 슬러리화함으로써 수득된다.
특정 측면에서, 형태 C는 승온, 예를 들어, 60-80℃ 또는 70-75℃에서 적어도 24시간 동안 아세톤 (30 X vol) 중에서 형태 B (1X wt)를 슬러리화하고, 혼합물을 실온으로 냉각함으로써 수득된다. 한 측면에서, 슬러리화는 50-55-psi의 질소 압력 하에 70-75℃의 온도에서 수행된다. 한 측면에서, 혼합물은 적어도 6시간 이상에 걸쳐 실온으로 냉각된다.
특정 실시양태에서, 형태 C는, 예를 들어, X선 분말 회절 측정에 의해 지시된 바와 같이 결정질이다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 16에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 16에 나타낸 바와 같이, 대략 7.4, 11.5, 15.8, 16.7, 16.9, 17.7, 18.4, 19.2, 19.5, 21.1, 23.4, 24.7 또는 29.9도 2θ의 2-세타 각도에서 1개 이상의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 약 16.7, 16.9, 17.7 또는 24.7도 2θ의 2-세타 각도에서 1, 2, 3 또는 4개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 표 C에 제시된 바와 같은 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 표 C에 기재된 바와 같은 1, 2, 또는 3개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다,
표 C
Figure pct00008
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 17에 나타낸 바와 같은 SEM 사진을 갖는다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 18에 도시된 바와 같은 대표적인 TGA 서모그램에 상응하는 열중량 측정 (TGA) 서모그래프를 갖는다. 특정 실시양태에서, 형태 C는 어떤 TGA 중량 손실도 나타내지 않는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 결정질 형태 C는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 19에 나타낸 바와 상응하는 DSC 서모그램을 갖는다. 특정 실시양태에서, 형태 C는 232℃의 개시 온도 및 126 J/g의 융해열을 가진 용융 사건을 포함하는 DSC 플롯을 특징으로 한다.
특정 실시양태에서, 형태 C는 동적 증기 수착 분석을 특징으로 한다. 대표적인 동적 증기 수착 (DVS) 등온선 플롯팅이 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 20에 도시되어 있다. 특정 실시양태에서, 상대 습도 ("RH")가 약 0%에서 약 90% RH로 증가될 때, 형태 C는 약 0.6%w/w 수분 흡수를 나타낸다. 특정 실시양태에서, 형태 C는 225℃로 설정된 오븐 샘플 프로세서가 장착된 전기량 칼 피셔 (KF) 적정기에서 결정된 바와 같이 0.1% 미만의 물을 포함한다.
특정 실시양태에서, 형태 C는 1H NMR에 의해 어떤 현저한 분해 또는 잔류 용매도 나타내지 않는다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 21 참조).
특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 압축 시 그의 안정성을 프로파일 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 형태 C는 안정하며, 예를 들어 그의 XRPD 패턴은 약 1분 동안 2000-psi 압력의 적용 시, 더 넓은 회절 피크로 실질적으로 변하지 않고 유지된다 (미국 공개 번호 2019/0030018의 도 22 참조).
또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 C는 다른 고체 형태, 예를 들어 무정형 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 C의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 C는, 예를 들어, 형태 A, B, D, E, 및/또는 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태를 포함한 화합물 D를 포함하는 다른 고체 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 형태 C는, 예를 들어, 하기: 형태 A, B, D, E, 및 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태 중 하나 이상을 포함하는 혼합물을 포함한, 화합물 D를 포함하는 고체 형태의 혼합물이다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 형태 D
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D의 형태 D로부터 제조된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 DMSO 용매화물이다.
특정 실시양태에서, 형태 D는 DMSO/메틸 이소부틸 케톤 중에서 형태 B를 가열하고 용액을 냉각시킴으로써 수득된다.
특정 실시양태에서, 형태 D는, 예를 들어, X선 분말 회절 측정에 의해 지시된 바와 같이 결정질이다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 23에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 23에 나타낸 바와 같이 대략 14.1, 14.3, 18.8, 19.1, 23.6 또는 24.0도 2θ의 2-세타 각도에서 1개 이상의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 대략 14.1, 14.3, 18.8 또는 19.1도 2θ의 2-세타 각도에서 1, 2, 3 또는 4개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 표 D에 제시된 바와 같은 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 표 D에 제시된 바와 같은 1, 2, 또는 3개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다.
표 D
Figure pct00009
한 실시양태에서, 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 24에 도시된 바와 같은 대표적인 TGA 서모그램에 상응하는 열중량 측정 (TGA) 서모그래프를 갖는 화합물 D의 결정질 형태가 본원에 제공된다. 특정 실시양태에서, 형태 D는 최대 140℃까지 약 14.1%의 TGA 중량 손실을 나타낸다.
특정 실시양태에서, 형태 D는 기체 크로마토그래피에 의해 측정된 바와 같이 약 14.3 wt%의 DMSO를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 D는 다른 고체 형태, 예를 들어 무정형 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 D의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
특정 실시양태에서 화합물 D의 형태 D는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 D는, 예를 들어, 형태 A, B, C, E, 및/또는 본원에 제공된 바와 같은 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태를 포함한 화합물 D를 포함하는 다른 고체 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 형태 D는, 예를 들어, 하기: 형태 A, B, C, E, 및 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태 중 하나 이상을 포함하는 혼합물을 포함한, 화합물 D를 포함하는 고체 형태의 혼합물이다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 형태 E
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D의 형태 E로부터 제조된다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 DMSO 용매화물이다.
특정 실시양태에서, 형태 E는 실온에서 DMSO/MIBK 또는 DMSO/IPA 또는 DMSO/아니솔의 형태 C로부터 수득된다.
특정 실시양태에서, 형태 E는, 예를 들어, X선 분말 회절 측정에 의해 지시된 바와 같이 결정질이다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 25에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 25에 나타낸 바와 같이, 대략 10.5, 12.5, 16.1, 17.0, 18.5, 21.2, 21.7, 22.6, 22.9, 23.4, 23.8, 24.1, 25.1 또는 26.7도 2θ의 2-세타 각도에서 1개 이상의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 대략 16.1, 17.0, 21.2 또는 22.9도 2θ의 2-세타 각도에서 1, 2, 3 또는 4개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 표 E에 기재된 바와 같은 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 표 E에 제시된 바와 같은 1, 2, 또는 3개의 특징적인 X선 분말 회절 피크를 갖는다.
표 E
Figure pct00010
한 실시양태에서, 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 26에 도시된 바와 같은 대표적인 TGA 서모그램에 상응하는 열중량 측정 (TGA) 서모그래프를 갖는 화합물 D의 결정질 형태가 본원에 제공된다. 특정 실시양태에서, 형태 E는 최대 120℃까지 약 19.4%의 TGA 중량 손실을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 형태 E는 120 내지 220℃에서 24.9%의 추가 중량 손실을 나타낸다.
화합물 D의 형태 E는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 E는 다른 고체 형태, 예를 들어, 무정형 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 실질적으로 순수한 형태 E의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
본원의 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 형태 E는, 예를 들어 형태 A, B, C, D, 및/또는 본원에 제공된 바와 같은 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태를 포함한 화합물 D를 포함하는 다른 고체 형태가 실질적으로 없다. 특정 실시양태에서, 형태 E는, 예를 들어, 하기: 형태 A, B, C, D, 및 화합물 D를 포함하는 무정형 고체 형태 중 하나 이상을 포함하는 혼합물을 포함한, 화합물 D를 포함하는 고체 형태의 혼합물이다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 무정형 형태
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 무정형 화합물 D를 포함한다.
특정 실시양태에서, THF 및 물 중 화합물 D를 가열하고 용액을 냉각시킴으로써 무정형 형태를 제조하는 방법이 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 27에 도시된 바와 같은 조정된 DSC 서모그램을 갖는 화합물 D의 무정형 고체 형태가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 무정형 화합물 D는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 28에 나타낸 바와 같은 X선 분말 회절 패턴을 갖는다.
한 실시양태에서, 무정형 화합물 D는 실질적으로 미국 공개 번호 2019/0030018의 도 29에 나타낸 바와 같은 1H NMR 스펙트럼을 갖는다.
또 다른 실시양태에서, 무정형 화합물 D는 실질적으로 순수하다. 특정 실시양태에서, 실질적으로 순수한 무정형 화합물 D는 다른 고체 형태, 예를 들어 형태 A, 형태 B, 형태 C, 형태 D 또는 형태 E가 실질적으로 없다.
특정 실시양태에서, 실질적으로 순수한 무정형 화합물 D의 순도는 약 95% 이상 순수, 약 96% 이상 순수, 약 97% 이상 순수, 약 98% 이상 순수, 약 98.5% 이상 순수, 약 99% 이상 순수, 약 99.5% 이상 순수, 또는 약 99.8% 이상 순수하다.
2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 동위원소체
또한, 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 동위원소적으로 농축된 유사체 ("동위원소체")가 본원에 제공된다. 약동학 ("PK"), 약력학 ("PD"), 및 독성 프로필을 개선하기 위한 약제의 동위원소 농축 (예를 들어, 중수소화)은 일부 부류의 약물에서 이전에 입증되었다. 예를 들어, 문헌 [Lijinsky et al., Food Cosmet. Toxicol., 20: 393 (1982); Lijinsky et al., J. Nat. Cancer Inst., 69: 1127 (1982); Mangold et al., Mutation Res. 308: 33 (1994); Gordon et al., Drug Metab. Dispos., 15: 589 (1987); Zello et al., Metabolism, 43: 487 (1994); Gately et al., J. Nucl. Med., 27: 388 (1986); Wade D, Chem. Biol. Interact. 117: 191 (1999)]을 참조한다.
임의의 특정한 이론에 의해 제한되지 않고, 약물의 동위원소 농축은, 예를 들어, (1) 원치 않는 대사산물을 감소 또는 제거하고, (2) 모 약물의 반감기를 증가시키고, (3) 원하는 효과를 달성하는데 필요한 용량의 수를 감소시키고, (4) 원하는 효과를 달성하는데 필요한 용량의 양을 감소시키고, (5) 활성 대사산물이 형성된다면, 그 형성을 증가시키고/거나, (6) 구체적 조직에서 유해한 대사산물의 생성을 감소시키고/거나, 조합 요법이 의도적이든 아니든, 조합 요법을 위한 더 효과적인 약물 및/또는 더 안전한 약물을 생성하는데 사용될 수 있다.
그의 동위원소 중 하나로 원자를 대체하는 것은 종종 화학 반응의 반응 속도의 변화를 발생시킬 것이다. 이 현상을 반응속도론적 동위원소 효과 (KIE)로 공지되어 있다. 예를 들어, 화학 반응에서의 속도-결정 단계 (즉, 전이 상태 에너지가 가장 높은 단계)에서 C-H 결합이 파단되면, 그 수소를 중수소로 대체하는 것이 반응 속도의 감소를 야기할 것이고 공정이 둔화될 것이다. 이 현상은 중수소 반응속도론적 동위원소 효과 ("DKIE")로 공지되어 있다라고 한다. (예를 들어, 문헌 [Foster et al., Adv. Drug Res., vol. 14, pp. 1-36 (1985); Kushner et al., Can. J. Physiol. Pharmacol., vol. 77, pp. 79-88 (1999)]을 참조한다).
DKIE의 규모는 C-H 결합이 파단되는 주어진 반응의 속도와 중수소가 수소 대신 대체되는 동일한 반응 사이의 비로 표현될 수 있다. DKIE는 약 1 (동위원소 효과 없음)에서 50 이상과 같은 매우 큰 수의 범위일 수 있으며, 이는 중수소가 수소 대신 대체될 때 반응이 50배 이상 느려질 수 있음을 의미한다. 특정한 이론에 의해 제한됨이 없이, 높은 DKIE 값은 부분적으로 불확실성 원리의 결과인 터널링으로 공지된 현상에 기인할 수 있다. 터널링은 수소 원자의 작은 질량에 기인하며, 필요한 활성화 에너지의 부재 하에 양성자를 수반하는 전이 상태가 때때로 형성될 수 있기 때문에 발생한다. 중수소는 수소보다 질량이 더 크기 때문에, 이는 통계적으로 이 현상을 겪을 확률이 훨씬 낮다.
삼중수소 ("T")는 연구, 융합 원자로, 중성자 발생기 및 방사성 약제에 사용되는, 수소의 방사성 동위원소이다. 삼중수소는 핵에 2개의 중성자를 갖고 원자량이 3에 가까운 수소 원자이다. 이는 환경에서 자연적으로 매우 낮은 농도로 발생하며, 가장 통상적으로 T2O로서 발견된다. 삼중수소는 서서히 붕괴되며 (반감기 = 12.3년) 인간 피부의 외부 층을 관통할 수 없는 저에너지 베타 입자를 방출한다. 내부 노출은 이 동위원소와 연관된 주요 위험요소이지만, 이는 상당한 건강 위험을 초래하려면 다량으로 섭취하여야 한다. 중수소와 비교하여, 더 적은 양의 삼중수소를 이것이 위험한 수준에 도달하기 전에 소비하여야 한다. 수소 대신 삼중수소 ("T")의 대체는 중수소보다 결합이 더 강해지고 수치적으로 더 큰 동위원소 효과를 제공한다.
유사하게, 탄소의 경우 13C 또는 14C, 황의 경우 33S, 34S, 또는 36S, 질소의 경우 15N 및 산소의 경우 17O 또는 18O를 포함하나, 이에 제한되지는 않는 다른 원소대신 동위원소의 대체는 유사한 반응속도론적 동위원소 효과를 제공할 것이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물은 본원에 제공된 화합물의 전구약물 (예를 들어, 화합물 D의 전구약물)이다. 예시적인 화합물은 미국 공개 번호 2017/0197933에 개시된 것들을 포함하며, 그의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
5.6. 제약 조성물
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 화합물은 제약 조성물로 제제화된다. 일부 실시양태에서, 화합물 D는 화합물 D의 안정한 제제로 제공된다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 제제는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 고체 형태를 포함한다. 한 실시양태에서, 화합물 D의 제제는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드의 무정형 형태를 포함한다.
특정 실시양태에서, 제제는 공용매 또는 가공 보조제로서 디메틸술폭시드를 사용하여 제조된다. 특정 실시양태에서, 제제는 공용매 또는 가공 보조제로서 포름산을 사용하여 제조된다. 특정 실시양태에서, 제제는 임의의 공용매 또는 가공 보조제 없이 제조된다.
특정 실시양태에서, 제제는 보조 용매 또는 가공 보조제로서 디메틸술폭시드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 제제는 공용매 또는 가공 보조제로서 포름산을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제제는 어떤 공용매 또는 가공 보조제도 포함하지 않는다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 동결건조된 제제이다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 제약상 허용되는 용액을 생성하기 위해 제약상 허용되는 용매 중에서 수득된 재구성된 제제이다.
제제 Ia
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 92-98%의 양의 히드록시프로필 β-시클로덱스트린 (HPBCD)을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 92-98%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 약 92-98%의 양의 HPBCD, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 약 92-98%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 94-96%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 94-96%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 94-96%의 양의 HPBCD, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 약 94-96%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D를 포함한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.09% 내지 약 0.15 %, 약 0.1% 내지 약 0.13% 또는 약 0.11% 내지 약 0.12%이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.11%, 0.12%, 0.13%, 또는 0.15%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.12%이다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.5 mg 내지 약 2 mg의 양으로 포함하는 제제가 본원에서 제공된다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.5 mg 내지 약 1.5 mg, 약 0.75 mg 내지 약 1.25 mg, 또는 약 0.8 mg 내지 약 1.1 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 한 측면에서 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 0.7, 0.75, 0.76, 0.8, 0.9, 1.0, 1.05 또는 1.2 mg의 양으로 존재한다. 한 측면에서 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 1.05 mg의 양으로 존재한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 시트레이트 완충제를 함유한다. 한 측면에서, 본원에 제공된 제제 중 시트레이트 완충제의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 3% 내지 약 6%이다. 한 측면에서, 본원에 제공된 제제 중 시트레이트 완충제의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 3%, 3.5%, 4%, 4.2%, 4.5% 또는 5%이다. 한 측면에서, 본원에 제공된 제제 중 시트레이트 완충제의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 4.2%이다. 한 측면에서, 본원에 제공된 제제 중 시트레이트 완충제의 양은 20cc 바이알에서 약 37 mg이다.
한 실시양태에서, 시트레이트 완충제는 무수 시트르산 및 무수 시트르산나트륨을 포함한다. 특정 실시양태에서, 무수 시트르산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 1.5% 내지 약 3%, 약 1.75% 내지 약 2.75%, 또는 약 2% 내지 약 2.5%이다. 특정 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 1.5%, 1.75%, 2%, 2.1%, 또는 2.5%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 2%, 2.1%, 2.22% 또는 2.3%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 2.10%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 무수 시트르산을 약 16 mg 내지 약 20 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 한 실시양태에서, 무수 시트르산의 양은 20-cc 바이알에 약 16, 17, 18, 18.2, 18.4, 18.6, 18.8, 19 또는 20 mg이다. 한 실시양태에서, 무수 시트르산의 양은 20-cc 바이알에 약 18.6 mg이다.
특정 실시양태에서, 무수 시트르산나트륨의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 1.5% 내지 약 3%, 약 1.75% 내지 약 2.75%, 또는 약 2% 내지 약 2.5%이다. 특정 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산나트륨의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 1.5%, 1.75%, 2%, 2.1%, 또는 2.5%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산나트륨의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 2%, 2.05%, 2.08% 또는 2.1%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 무수 시트르산나트륨의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 2.08%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 무수 시트르산나트륨을 약 16 mg 내지 약 20 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 한 실시양태에서, 무수 시트르산나트륨의 양은 20-cc 바이알에 약 16, 17, 18, 18.2, 18.4, 18.6, 18.8, 19 또는 20 mg이다. 한 실시양태에서, 한 실시양태에서, 무수 시트르산나트륨의 양은 20-cc 바이알에 약 18.4 mg이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 94 내지 약 97%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 94.5%, 95%, 95.5%, 또는 96%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 95%이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 94 내지 약 97%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 94.5%, 95%, 95.5%, 또는 96%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 95%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 800 내지 900 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면은 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 810 내지 880 mg, 820 내지 860 mg 또는 830 내지 850 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 840 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 800 내지 900 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 810 내지 880 mg, 820 내지 860 mg 또는 830 내지 850 mg의 양으로 포함하는 제제이다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 840 mg의 양으로 포함하는 제제이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 클렙토스(Kleptose)®HPB를 약 840 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
한 실시양태에서, 제제는 디메틸 술폭시드를 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 1.5% 이하의 양으로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 디메틸 술폭시드를 제제의 총 중량을 기준으로 하여 최대 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9% 또는 1%의 양으로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9% 또는 1% 이하의 디메틸 술폭시드를 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 디메틸 술폭시드를 제제의 총 중량을 기준으로 하여 최대 약 0.1 내지 약 1.5%의 양으로 포함한다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 디메틸 술폭시드의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.1 내지 약 1.3%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 디메틸 술폭시드의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9% 또는 1%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 임의의 디메틸 술폭시드를 함유하지 않는다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 디메틸 술폭시드의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.4% 내지 0.8%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 디메틸 술폭시드를 약 4 내지 7 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 디메틸 술폭시드를 약 4.5 내지 6.5 mg, 또는 5 내지 6 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 동결건조되고, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 4 내지 5의 pH를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 제제는 약 4.2 내지 4.4의 pH를 갖는다. 한 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 4, 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5, 4.6, 4.7, 4.8, 4.9 또는 5의 pH를 갖는다.
특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 250-290 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 260-280 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제를 포함하는 용기가 본원에 제공된다. 한 측면에서, 용기는 유리 바이알이다. 한 측면에서, 용기는 20-cc 유리 바이알이다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D 및 본원에 기재된 바와 같은 완충제 및 벌킹제를 포함하는 제약상 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 7 mg 이하의 디메틸 술폭시드를 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 6 mg 이하의 디메틸 술폭시드를 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 5 mg 이하의 디메틸 술폭시드를 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 4 mg 이하의 디메틸 술폭시드를 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 3 mg 내지 약 7 mg, 약 4 mg 내지 약 6 mg, 약 4 mg 내지 약 5 mg 또는 약 5 mg 내지 약 6 mg의 디메틸 술폭시드를 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 4, 4.5, 5, 5.3, 5.5, 5.7, 6 또는 6.5 mg의 디메틸 술폭시드를 포함한다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 92-98%의 양의 HPBCD로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 92-98%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린으로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 약 92-98%의 양의 HPBCD, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 약 92-98%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 1% 이하의 디메틸 술폭시드로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 본원에 기재된 바와 같은 완충제 및 벌킹제를 포함하는 제약상 허용되는 담체 또는 부형제, 및 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg의 디메틸 술폭시드를 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 완충제 및 벌킹제는 본원에 기재된 바와 같은 양으로 존재할 수 있다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 본원에 기재된 바와 같은 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드를 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 3.8 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 본원에 기재된 바와 같은 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드로 본질적으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 3.8 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 본원에 기재된 바와 같은 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 3.8 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 92-98%의 양의 HPBCD, 및 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.2%의 양의 화합물 D, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 3%-6%의 양의 시트레이트 완충제, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 92-98%의 양의 HPBCD, 및 희석제로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드 및 약 3.8 mL 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드 및 약 3.8 mL 희석제로 본질적으로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1.05 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 18.6 mg 무수 시트르산, 18.4 mg 무수 시트르산나트륨, 840 mg HPBCD, 및 잔류 용매로서 약 5 mg 내지 약 6 mg 디메틸 술폭시드 및 약 3.8 mL 희석제로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
제제 Ib
한 실시양태에서, 약 0.01-0.15%의 양의 화합물 D, 약 99.1-99.99%의 양의 히드록시프로필 β-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01-0.15%의 양의 화합물 D, 약 99.1- 99.99%의 양의 히드록시프로필 β-시클로덱스트린, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.1-99.9%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D, 약 99.1-99.9%의 양의 HPBCD, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.75-99.9%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에서 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D, 약 99.75-99.9%의 양의 HPBCD, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D, 약 99.75-99.9%의 양의 HPBCD, 및 약 0.2% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D 및 약 99.8-99.9%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 99.8-99.9%의 양의 HPBCD, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 99.8-99.9%의 양의 HPBCD, 및 약 0.12% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.12%의 양의 화합물 D 및 약 99.88%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.1-99.9%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D, 약 99.1-99.9%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05-0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.75-99.9%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D 및 약 99.8-99.9%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08-0.15%의 양의 화합물 D, 약 99.8-99.9%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.12%의 양의 화합물 D 및 약 99.88%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.08 내지 약 0.15%의 양으로 화합물 D를 포함한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.09% 내지 약 0.15%, 약 0.1% 내지 약 0.13% 또는 약 0.11% 내지 약 0.12%이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.11%, 0.12%, 0.13%, 또는 0.15%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.12%이다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.5 mg 내지 약 2 mg의 양으로 포함하는 제제가 본원에서 제공된다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.5 mg 내지 약 1.5 mg, 약 0.75 mg 내지 약 1.25 mg, 또는 약 0.8 mg 내지 약 1.1 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 한 측면에서 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 0.7, 0.75, 0.76, 0.8, 0.9, 1.0, 1.05 또는 1.2 mg의 양으로 존재한다. 한 측면에서 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양으로 존재한다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 97% 내지 약 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 98% 내지 약 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.1%, 99.3%, 99.5%, 99.7% 또는 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.5%이다. 또 다른 측면은 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 750-850 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면은 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 790 내지 840 mg, 780 내지 830 mg 또는 790 내지 810 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 800 mg의 양으로 포함하는 제제이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 클렙토스 HPB를 약 800 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 97 내지 약 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 98 내지 약 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.1%, 99.3%, 99.5%, 99.7% 또는 99.9%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.5%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 750 내지 850 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 790 내지 840 mg, 780 내지 830 mg 또는 790 내지 810 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린을 약 800 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 클렙토스 HPB를 약 800 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.5% 이하의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 최대 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4% 또는 0.5%의 양으로 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4% 또는 0.5% 이하의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 약 0.5%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 약 0.1%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4% 또는 0.5%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 어떤 포름산도 함유하지 않는다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05% 내지 0.09%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 약 1 mg 이하의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 최대 약 0.2, 0 5, 0.7, 0.9 mg 또는 1 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 약 0.3-0.9 mg, 또는 0.4 내지 0.8 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양의 화합물 D 및 약 800 mg의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에서 제공된다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양의 화합물 D, 약 800 mg의 양의 HPBCD 및 약 0.9 mg의 양의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
제제 Ic
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01 내지 0.08%의 양의 화합물 D 및 약 99.40 내지 99.99%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01 내지 0.08%의 양의 화합물 D, 약 99.40 내지 99.99%의 양의 HPBCD, 및 약 0.5% 이하의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.03 내지 0.06%의 양의 화합물 D 및 약 99.60 내지 99.99%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01 내지 약 0.08%의 화합물 D, 약 99.40% 내지 약 99.99%의 히드록시프로필 β-시클로덱스트린, 및 약 0.1 내지 약 0.3%의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D를 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.02 내지 약 0.06%의 양으로 포함한다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.03% 내지 약 0.06 %, 또는 약 0.04% 내지 약 0.06%이다. 특정 실시양태에서, 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.03%, 0.04%, 0.05% 또는 0.06%이다. 한 실시양태에서, 제제 중 화합물 D의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%이다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.75 mg 내지 약 1.5 mg의 양으로 포함하는 제제가 본원에 제공된다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 화합물 D를 약 0.75 mg 내지 약 1.25 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 한 측면에서, 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 0.75, 0.8, 0.9, 1.0, 1.05 또는 1.2 mg의 양으로 존재한다. 한 측면에서 화합물 D는 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양으로 존재한다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.40 내지 약 99.99%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 HPBCD의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.5, 99.6, 99.7, 99.8, 99.9, 99.95, 또는 99.99%이다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 1800-1900 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 1850 내지 1900 mg의 양으로포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 HPBCD를 약 1875 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.5% 이하의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 최대 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4% 또는 0.5%의 양으로 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4% 또는 0.5% 이하의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 약 0.3%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 약 0.25%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05%, 0.07%, 0.09%, 0.1%, 0.2%, 또는 0.3%이다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 어떤 포름산도 함유하지 않는다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제 중 포름산의 양은 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.11% 내지 0.3%이다.
또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 약 4 mg 이하의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 최대 약 1, 1.8, 2, 2.1, 2.5, 3, 3.5, 3.8, 3.9, 4, 4.5, 4.9 mg 또는 5 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다. 또 다른 측면에서 20-cc 바이알에 포름산을 약 1 내지 1.8 mg, 2.1- 내지 3.8 mg, 또는 3.9 내지 4.9 mg의 양으로 포함하는 제제가 있다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양의 화합물 D, 및 약 1875 mg의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에서 제공된다.
또 다른 측면에서, 20-cc 바이알에 약 1 mg의 양의 화합물 D, 약 1875 mg의 양의 HPBCD 및 약 2.1 내지 3.8 mg의 양의 포름산을 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
공용매가 없는 제제
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.15 내지 0.5%의 양의 화합물 D, 약 15% 내지 약 35%의 양의 시트르산 완충제, 및 약 92% 내지 약 98%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 시트레이트 완충제는 무수 시트르산 및 무수 시트르산나트륨을 포함한다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.25 내지 0.30%의 양의 화합물 D, 약 30 내지 32%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 67 내지 69%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.30- 내지 0.33%의 양의 화합물 D, 약 17 내지 18%의 양의 시트레이트 완충제, 및 약 80 내지 85%의 양의 HPBCD를 포함하는 제제가 본원에서 제공된다.
예시적인 제제
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.75 내지 99.95%의 양의 HPBCD로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.75 내지 99.99%의 양의 HPBCD로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 제제의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D 및 약 99.75 내지 99.95%의 양의 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린으로 본질적으로 이루어진 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 및 약 0.6 mg 포름산을 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 및 약 0.6 mg 포름산으로 본질적으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 및 약 0.6 mg 포름산으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 0.6 mg 포름산을 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 0.6 mg 포름산으로 본질적으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg 술포부틸 에테르-베타-시클로덱스트린, 및 약 0.6 mg 포름산으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 4.5 mL 주사용 멸균수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 1875 mg HPBCD, 및 약 2.1-3.8 mg 포름산을 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 12.5 ml 주사용 생리식염수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 1875 mg HPBCD, 및 약 2.1 내지 3.8 mg 포름산으로 본질적으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 12.5 ml 주사용 생리식염수로 재구성된다.
한 측면에서 본원에 기재된 바와 같은 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 1875 mg HPBCD, 및 약 2.1 내지 3.8 mg 포름산으로 이루어진 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 20-cc 바이알 내의 제제는 12.5 ml 주사용 생리식염수로 재구성된다. 한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 99.1 내지 99.9%의 양의 HPBCD, 및 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.75 내지 99.95%의 양의 HPBCD, 및 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.05 내지 0.25%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.75-99.95%의 양의 HPBCD, 및 희석제로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 약 0.6 mg 포름산 및 약 4.5 mL 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 약 0.6 mg 포름산 및 약 4.5 mL 희석제로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01- 내지 0.08%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.50 내지 99.99%의 양의 HPBCD, 및 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01 내지 0.08%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.50 내지 99.99%의 양의 HPBCD, 및 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 실시양태에서, 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 0.01 내지 0.08%의 양의 화합물 D, 및 고형물의 총 중량을 기준으로 하여 약 99.50 내지 99.99%의 양의 HPBCD, 및 희석제로 본질적으로 이루어지는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 약 0.6 mg 포름산 및 약 4.5 mL 희석제를 포함하는 수성 제제가 본원에 제공된다.
한 측면에서 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 800 mg HPBCD, 약 0.6 mg 포름산 및 약 4.5 mL 희석제로 이루어진 수성 제제가 본원에 제공된다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 동결건조되고, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 2.5 내지 4의 pH를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 2.5 내지 3.5의 pH를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 3.0 내지 3.6의 pH를 갖는다. 한 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 2.5, 3, 3.2, 3.4, 3.6, 3.8 또는 4의 pH를 갖는다. 한 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 2.5, 2.8, 3, 3.2, 3.4, 3.6, 3.8 또는 4의 pH를 갖는다.
특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 260-290 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 280 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 260 내지 370 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 360 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 350 내지 450 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 재구성 시 동결건조된 제제는 약 416 mOsm의 오스몰랄농도를 갖는다.
특정 실시양태에서, 동결건조된 제제는 절반 생리 식염수 (주사용 0.45% 염화나트륨 멸균 용액)로 재구성되고 재구성 시 약 280 내지 320 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 동결건조된 제제는 절반 생리 식염수 (주사용 0.45% 염화나트륨 멸균 용액)로 재구성되고, 재구성 시 3.0 내지 3.2의 pH 및 약 280 내지 320 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 특정 실시양태에서, 동결건조된 제제는 4.5 mL의 절반 생리식염수 (주사용 0.45% 염화나트륨 멸균 용액)로 재구성되고, 재구성 시 3.0 내지 3.2의 pH 및 약 280 내지 320 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 30분 정맥내 투여를 위해 주입 백에서 생리 식염수 (주사용 0.9% 염화나트륨 멸균 용액)로 50 mL의 부피로 희석된다.
특정 실시양태에서, 동결건조된 제제는 생리 식염수로 재구성되고 재구성 시 약 440 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 약 310 내지 380 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는 투약 용액을 수득하기 위해 생리 식염수로 50 mL의 부피로 희석된다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 약 310 내지 355 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는 투약 용액을 수득하기 위해 생리 식염수로 50 mL의 부피로 희석된다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 약 317 내지 371 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는 투약 용액을 수득하기 위해 생리 식염수로 50 mL의 부피로 희석된다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 약 317 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는 투약 용액을 수득하기 위해 생리 식염수로 50 mL의 부피로 희석된다. 한 실시양태에서, 필요한 용량의 재구성된 용액은 약 371 mOsm/kg의 오스몰랄농도를 갖는 투약 용액을 수득하기 위해 생리 식염수로 50 mL의 부피로 희석된다. 한 실시양태에서, 투약 용액의 오스몰랄농도는 352 mOsm/kg 이하이다. 한 실시양태에서, 4.8 mg 화합물 D의 용량을 갖는 투약 용액의 오스몰랄농도는 352 mOsm/kg이다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 제제를 포함하는 용기가 본원에 제공된다. 한 측면에서, 용기는 유리 바이알이다. 한 측면에서, 용기는 20-cc 유리 바이알이다.
한 측면에서 1 mg 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드를 제공하는 양의 화합물 D, 및 본원에 기재된 바와 같은 벌킹제를 포함하는 20-cc 바이알 내의 제제가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 5 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 4 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 3 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 2 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 1.5 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 1 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 0.8 mg 이하의 포름산을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 0.4 mg 내지 약 1.5 mg, 약 0.5 mg 내지 약 1 mg, 또는 약 0.5 mg 내지 약 0.9 mg의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 잔류 용매로서 약 0.4 mg, 약 0.6 mg, 약 0.8 mg, 약 1 mg 또는 약 1.5 mg의 포름산을 포함한다. 한 실시양태에서, 제제는 약 1.0 mg/mg의 화합물 D 내지 약 1.8 mg/mg의 화합물 D, 약 2.1 mg/mg의 화합물 D 내지 약 3.8 mg/mg의 화합물 D, 또는 약 3.9 mg/mg의 화합물 D 내지 약 4.9 mg/mg의 화합물 D의 양으로 잔류 용매로서 포름산을 포함한다.
본원에 제공된 화합물 D의 제제는 이를 필요로 하는 환자에게 본원에 기재된 방법을 포함하나 이에 제한되지 않는, 화합물 D를 전달하기 위한 표준 치료 방법을 사용하여 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 본원에 제공된 제제는 제약상 허용되는 용매에서 재구성되어 제약상 허용되는 용액을 생성하며, 여기서 용액은 (예컨대 정맥내 주사에 의해) 환자에게 투여된다.
한 측면에서, 동결건조된 본원에 제공된 제제 및 동결건조된 제제는 투여 전에 적절한 농도로 적합한 희석제를 사용하여 재구성하기에 적합하다. 한 실시양태에서, 동결건조된 제제는 실온에서 안정하다. 한 실시양태에서, 동결건조된 제제는 실온에서 최대 약 24개월 동안 안정하다. 한 실시양태에서, 동결건조된 제제는 실온에서 최대 약 24개월, 최대 약 18개월, 최대 약 12개월, 최대 약 6개월, 최대 약 3개월 또는 최대 약 1개월 동안 안정하다. 한 실시양태에서, 동결건조된 제제는 최대 약 12개월, 최대 약 6개월 또는 최대 약 3개월 동안 40℃/75% RH의 가속 조건 하에 저장 시 안정하다.
본원에 제공된 동결건조된 제제는 임의의 제약상 허용되는 희석제를 사용하여 환자에 대한 비경구 투여를 위해 재구성될 수 있다. 이러한 희석제는 주사용 멸균수 (SWFI), 수중 덱스트로스 5% (D5W) 또는 공용매 시스템을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 주사에 적합한 용액이 제조되도록 동결건조된 제제를 재구성하기 위해 임의의 양의 희석제가 사용될 수 있다. 따라서 희석제의 양은 동결건조된 제제를 용해시키기에 충분하여야 한다. 한 실시양태에서, 1 내지 5 mL 또는 1 내지 4 mL의 희석제를 사용하여 약 0.05 내지 0.3 mg/mL 또는 약 0.15 내지 0.25 mg/mL의 화합물 D의 최종 농도를 산출하도록 동결건조된 제제를 재구성한다. 특정 실시양태에서, 재구성된 용액 중 화합물 D의 최종 농도는 약 0.25 mg/mL이다. 특정 실시양태에서, 재구성된 용액 중 화합물 D의 최종 농도는 약 0.20 mg/mL이다. 특정 실시양태에서, 재구성 희석제의 부피는 3 ml 내지 5 ml로 변하여 0.15 내지 0.3 mg/mL의 최종 농도를 산출한다. 특정 실시양태에서, 필요한 용량에 따라, 재구성을 위해 다중 바이알을 사용할 수 있다.
동결건조된 제제의 재구성된 용액은 최대 약 24시간, 약 12시간 또는 약 8시간 이내에 저장 및 사용할 수 있다. 한 실시양태에서, 재구성된 수성 용액은 재구성 시 실온에서 약 1 내지 24시간, 2 내지 20시간, 2 내지 15시간, 2 내지 10시간 안정하다. 한 실시양태에서, 재구성된 수성 용액은 재구성 시 실온에서 최대 약 20, 15, 12, 10, 8, 6, 4 또는 2시간 동안 안정하다. 일부 실시양태에서, 용액은 제조 후 8시간 이내에 사용된다. 일부 실시양태에서, 용액은 제조 5시간 이내에 사용된다. 일부 실시양태에서, 용액은 제조 1시간 이내에 사용된다.
제제의 제조 방법
본원에 제공된 제제는 관련 기술분야에 공지되고 본원에 기재된 바와 같은 방법 중 임의의 것에 의해 제조될 수 있으나, 모든 방법은 활성 성분을 1종 이상의 필수 성분을 구성하는, 제약상 허용되는 부형제 (예컨대 벌킹제 및/또는 완충제)와 회합시키는 단계를 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D, 벌킹제 및 시트레이트 완충제를 물 및 디메틸 술폭시드 (DMSO)에 용해시켜 용액을 수득하고, 임의로 용액을 동결건조함으로써 제조된다.
한 실시양태에서, 제제의 제조 방법은, HPBCD를 시트레이트 완충제에 용해시켜 완충제를 수득하고, 화합물 D를 DMSO에 용해시켜 예비혼합물을 수득하고, 예비혼합물을 완충제에 첨가하여 용액을 수득하며; 임의로 용액을 동결건조시켜 동결건조된 제제를 생성하는 것을 포함한다.
한 실시양태에서, 공정은 클렙토스 HPB를 20 mM, pH 4 내지 4.5 시트레이트 완충제에 용해시켜 완충제를 수득하고, 화합물 D를 DMSO에 용해시켜 활성 예비혼합물을 수득하고, 예비혼합물을 완충제에 첨가하여 혼합물을 수득하고, 물을 혼합물에 첨가하여 벌크 용액을 수득하고, 벌크 용액을 하나 이상의 0.45 μm 및 0.22 μm 필터로 여과하여 여과된 용액을 수득하고, 여과된 용액을 바이알에 채우고, 용액을 동결건조시키는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 용액은 1개의 0.45 μm 및 2개의 0.22 μm 필터를 통해 여과한다. 한 실시양태에서, 공정은 클렙토스 HPB를 20 mM, pH 4.3 시트레이트 완충제에 용해시켜 완충제 용액을 수득하고, 화합물 D를 DMSO에 용해시켜 활성 예비혼합물을 수득하고, 예비혼합물을 완충제 용액에 첨가하여 혼합물을 수득하고, 물을 혼합물에 첨가하여 벌크 용액을 수득하고, 벌크 용액을 1개의 0.45 μm 필터 및 2개의 0.22 μm 필터를 통해 여과하여 여과된 용액을 수득하고, 여과된 용액을 20-cc 유리 바이알에 채우고, 임의로 용액을 동결건조시키는 것을 포함한다. 한 실시양태에서, 바이알은 동결건조 후에 질소 하에 밀봉된다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D를 포름산에 용해시켜 예비혼합물을 수득하고, HPBCD를 물에 용해시켜 용액을 수득하고, 예비혼합물을 용액에 첨가하여 약물 용액을 수득하고; 임의로 약물 용액을 동결건조시켜 동결건조된 제제를 생성하는 것을 포함한다.
한 측면에서, 본원에 제공된 제제는 화합물 D를 포름산에 용해시켜 활성 예비혼합물을 수득하고, 클렙토스 HPB를 물에 용해시켜 클렙토스 용액을 수득하고, 예비혼합물을 클렙토스 용액에 첨가하여 혼합물을 수득하고, 물을 혼합물에 첨가하여 벌크 용액을 수득하고, 벌크 용액을 1개 이상의 0.45 μm 및 0.22 μm 필터로 여과하여 여과된 용액을 수득하고, 여과된 용액을 바이알에 채우고, 용액을 동결건조시킴으로써 제조된다. 한 실시양태에서, 용액은 1개의 0.45 μm 필터 및 2개의 0.22 μm 필터를 통해 여과된다. 한 실시양태에서, 공정은 화합물 D를 포름산에 용해시켜 활성 예비혼합물을 수득하고, 클렙토스 HPB를 물에 용해시켜 클렙토스 용액을 수득하고, 예비혼합물을 클렙토스 용액에 첨가하여 혼합물을 수득하고, 물을 혼합물에 첨가하여 벌크를 수득하고, 0.45 μm 필터 1개 및 2개의 0.22 μm 필터로 벌크 용액을 여과하여 여과된 용액을 수득하고, 여과된 용액을 20-cc 유리 바이알에 채우고, 용액을 동결건조시킨다. 한 실시양태에서, 바이알은 동결건조 후에 질소 하에 밀봉된다.
한 측면에서, 동결건조 공정은 3개 스테이지: 동결, 1차 건조, 및 2차 건조를 포함한다. 액상 제제는 동결 스테이지를 통한 완전 응고, 1차 건조를 통한 얼음과 용매의 승화, 2차 건조를 통한 잔류 수분 및 용매의 탈착을 거쳐 동결건조된 분말 형태로 형질전환된다. 1차 건조 및 2차 건조에서 선반 온도와 챔버 압력을 제어하여 원하는 품질의 완제 의약품을 수득할 수 있다. 공정의 한 측면에서, 케이크 외관 및 구조는 육안 검사로 특징지어졌다.
5.7. 키트
한 측면에서, 치료 화합물로 처리된 샘플에서 유전자 시그니처 (예를 들어, LSC 시그니처)의 수준을 결정하기 위한 수단을 포함하는, 치료 화합물에 반응성일 가능성이 있는 암을 갖는 대상체를 확인하기 위한 키트이며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D를 포함하는 상기 섹션 5.5에 기재된 화합물인 것인 키트가 본원에 제공된다.
또 다른 측면에서, 치료 화합물로 처리된 샘플에서 유전자 시그니처 (예를 들어, LSC 시그니처)의 수준을 결정하기 위한 수단을 포함하는, 암을 치료하기 위한 키트이며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D를 포함한 상기 섹션 5.5에 기재된 화합물인 것인 키트가 본원에 제공된다.
또 다른 측면에서, 치료 화합물로 처리된 샘플에서 유전자 시그니처 (예를 들어, LSC 시그니처)의 수준을 결정하기 위한 수단을 포함하는, 대상체에서 암을 치료하는데 있어서 치료 화합물의 효능을 모니터링하기 위한 키트이며, 여기서 치료 화합물은 화합물 D를 포함한 상기 섹션 5.5에 기재된 화합물인 것인 키트가 본원에 제공된다.
본원에 제공된 다양한 키트의 특정 실시양태에서, 치료 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 호변이성질체, 제약상 허용되는 염, 용매화물, 동위원소체, 전구약물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체이다.
특정 실시양태에서, 암은 혈액암이다. 한 실시양태에서, 혈액암은 림프종이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 백혈병이다. 또 다른 실시양태에서, 혈액암은 MM이다. 구체적 실시양태에서, 백혈병은 ALL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 AML이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CLL이다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 백혈병은 CML이다. 일부 실시양태에서, AML은 재발성이다. 특정 실시양태에서, AML은 불응성이다. 다른 실시양태에서, AML은 통상적인 요법에 내성이다.
또 다른 실시양태에서, 암은 LSC 시그니처의 증가된 수준을 특징으로 한다 . 또 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 본원에 기재된 LSC 시그니처이다. 한 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준을 특징으로 하는 암을 치료 화합물로 치료하기 위한 키트가 본원에 제공된다. 한 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준을 특징으로 하는 백혈병을 치료 화합물로 치료하기 위한 키트가 본원에 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 기재된 LSC 시그니처의 증가된 수준을 특징으로 하는 AML을 치료 화합물로 치료하기 위한 키트가 본원에 제공된다.
특정 실시양태에서, LSC 시그니처는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46으로 이루어진 군으로부터 선택된 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 16개, 또는 모든 유전자를 포함한다. 구체적 실시양태에서, LSC 시그니처는 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46을 포함하는, LSC17 시그니처이다. 일부 실시양태에서, LSC 시그니처는 본원에 제공된 LSC4 또는 LSC4 시그니처, 즉 하기 4개의 유전자: TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2를 포함하는 유전자 시그니처이다. 다른 실시양태에서, LSC 시그니처는 본원에 제공된 LSC3 또는 LSC3 시그니처, 즉, 하기 3개의 유전자: SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2를 포함하는 유전자 시그니처이다.
특정 실시양태에서, 샘플에서의 LSC 시그니처의 수준은 LSC 시그니처의 참조 수준보다 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 100%, 약 2배, 약 5배, 약 10배, 약 20배, 약 50배, 또는 약 100배 더 높다.
본원에 제공된 다양한 키트의 특정 실시양태에서, 샘플은 종양 생검, 결절 생검, 또는 골수, 비장, 간, 뇌 또는 유방으로부터의 생검으로부터 수득된다.
특정 실시양태에서, 유전자 시그니처의 1개 이상의 유전자의 mRNA 수준을 검출하기 위한 키트가 본원에 제공된다. 특정 실시양태에서, 키트는 유전자 시그니처의 1개 이상의 유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 1종 이상의 프로브를 포함한다. 특정 실시양태에서, 키트는 세척 용액을 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 키트는 혼성화 검정, mRNA 단리 또는 정제 수단, 검출 수단, 뿐만 아니라 양성 및 음성 대조군을 수행하기 위한 시약을 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 키트는 키트를 사용하기 위한 지침서를 추가로 포함한다. 키트는 가정용 사용, 임상적 사용, 또는 연구용 사용에 맞춤화할 수 있다.
특정 실시양태에서, 유전자 시그니처의 1개 이상의 유전자의 단백질 수준을 검출하기 위한 키트가 본원에 제공된다. 특정 실시양태에서, 키트는 단백질 바이오마커를 인식하는 항체로 코팅된 딥스틱, 세척 용액, 검정, 단백질 단리 또는 정제 수단, 검출 수단, 뿐만 아니라 양성 및 음성 대조군을 수행하기 위한 시약을 포함한다. 특정 실시양태에서, 키트는 키트를 사용하기 위한 지침서를 추가로 포함한다. 키트는 가정용 사용, 임상적 사용, 또는 연구용 사용에 맞춤화할 수 있다.
이러한 키트는 예를 들어 딥스틱, 막, 칩, 디스크, 테스트 스트립, 필터, 미소구체, 슬라이드, 다중-웰 플레이트, 또는 광섬유를 이용할 수 있다. 키트의 고체 지지체는, 예를 들어, 플라스틱, 실리콘, 금속, 수지, 유리, 막, 입자, 침전물, 겔, 중합체, 시트, 구체, 폴리사카라이드, 모세관, 필름, 플레이트, 또는 슬라이드일 수 있다. 생물학적 샘플은, 예를 들어, 세포 배양물, 세포주, 조직, 기관, 소기관, 생물학적 유체, 혈액 샘플, 소변 샘플, 또는 피부 샘플일 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 고체 지지체, 지지체에 부착된 핵산 (여기서 핵산은 mRNA의 적어도 20, 50, 100, 200, 350개, 또는 그 초과의 염기에 상보적임), 및 생물학적 샘플에서 mRNA의 발현을 검출하는 수단을 포함한다.
구체적 실시양태에서, 제약 또는 검정 키트는 용기에 화합물 또는 그의 제약 조성물을 포함하고, 하나 이상의 용기에 RNA를 단리하기 위한 구성요소를 추가로 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 제약 또는 검정 키트는 용기에 화합물 또는 제약 조성물을 포함하고, 하나 이상의 용기에 RT-PCR, qRT-PCR, 딥 서열분석, 또는 마이크로어레이를 수행하기 위한 구성요소를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 키트는 qRT-PCR, 마이크로어레이, 유동 세포측정, 또는 면역형광에 의해 바이오마커의 발현을 검출하기 위한 수단을 이용한다. 다른 실시양태에서, 바이오마커의 발현은 ELISA-기반 방법론 또는 관련 기술분야에 공지된 기타 유사한 방법에 의해 측정된다.
또 다른 구체적 실시양태에서, 제약 또는 검정 키트는 용기에 화합물 또는 그의 제약 조성물을 포함하고, 하나 이상의 용기에 단백질을 단리하기 위한 구성요소를 추가로 포함한다. 또 다른 구체적 실시양태에서, 제약 또는 검정 키트는 용기에 화합물 또는 제약 조성물을 포함하고, 하나 이상의 용기에 유동 세포측정 또는 ELISA를 수행하기 위한 구성요소를 추가로 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에 제공된 유전자 시스너처의 1개 이상의 유전자 산물 또는 유전자 시그니처의 하위집합 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5개, 또는 그 초과의 유전자)의 풍부도를 측정하는데 필요한 물질을 공급하는 유전자 시그니처의 수준을 결정하기 위한 키트가 본원에 제공된다. 이러한 키트는 RNA 또는 단백질을 측정하는데 필요한 물질 및 시약을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 마이크로어레이를 포함하며, 여기서 마이크로어레이는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 1개 이상의 유전자 산물 또는 유전자 시그니처의 하위집합, 또는 그의 임의의 조합에 혼성화하는 올리고뉴클레오티드 및/또는 DNA 및/또는 RNA 단편으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 유전자 시그니처 또는 유전자 시그니처의 하위집합의 RNA 산물 또는 상기 RNA 산물의 cDNA 카피, 또는 이들 둘 다의 PCR을 위한 프라이머를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 PCR용 프라이머 및 qPCR용 프로브를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 다중 프라이머 및 다중 프로브를 포함할 수 있으며, 여기서 프로브 중 일부는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 다중 유전자 산물 또는 유전자 시그니처의 하위집합을 동시에 측정할 수 있도록 상이한 형광단을 갖는다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 RNA로부터 cDNA를 생성하기 위한 물질 및 시약을 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 또는 유전자 시그니처의 하위집합의 단백질 산물에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 이러한 키트는 생물학적 샘플로부터 RNA 및/또는 단백질을 단리하기 위한 물질 및 시약을 추가로 포함할 수 있다. 게다가, 이러한 키트는 생물학적 샘플에서 분리된 RNA로부터 cDNA를 합성하기 위한 물질 및 시약을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 키트는 환자가 화합물에 임상적으로 민감성인지 여부를 예측하기 위해 컴퓨터 판독가능 매체에 내장된 컴퓨터 프로그램 제품을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 키트는 지침서와 함께 컴퓨터 판독가능 매체에 내장된 컴퓨터 프로그램 제품을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 이러한 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 또는 유전자 시그니처의 하위집합의 1종 이상의 핵산 산물의 발현을 측정한다. 이 실시양태에 따르면, 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 또는 유전자 시그니처의 하위집합의 특정한 핵산 산물의 발현을 측정하는데 필요한 물질 및 시약을 포함할 수 있다. 예를 들어, 마이크로어레이 또는 RT-PCR 키트는 구체적 병태를 위해 제조될 수 있으며 환자의 혈액암이 화합물에 임상적으로 민감성인지 여부를 예측하기 위해, 본원에 제공된 유전자 시그니처 또는 유전자 시그니처의 하위집합의 구체적 RNA 전사 산물의 수준을 측정하는데 필요한 그러한 시약 및 물질만을 함유할 수 있다. 대안적으로, 일부 실시양태에서, 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 이외의 유전자의 특정한 핵산 산물의 발현을 측정하는데 필요한 물질 및 시약을 포함할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 이외의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질에 더하여, 본원에 제공된 유전자 시그니처의 유전자 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,15, 16, 17, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50개, 또는 그 초과의 발현 수준을 측정하는데 필요한 물질 및 시약을 포함한다. 다른 실시양태에서, 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과의 유전자, 및 본원에 제공된 유전자 시그니처에 있지 않은 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450개, 또는 그 초과의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질을 함유한다. 특정 실시양태에서, 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 유전자 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과, 및 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25-1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 또는 500-1000개의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질을 함유한다.
핵산 마이크로어레이 키트의 경우, 키트는 일반적으로 고체 지지체 표면에 부착된 프로브를 포함한다. 하나의 이러한 실시양태에서, 프로브는 올리고뉴클레오티드 또는 길이가 150개 뉴클레오티드 내지 800개 뉴클레오티드 범위의 프로브를 포함하는 더 긴 프로브일 수 있다. 프로브는 검출가능한 표지로 표지될 수 있다. 구체적 실시양태에서, 프로브는 본원에 제공된 바이오마커의 유전자 산물 중 1종 이상에 대해 특이적이다. 마이크로어레이 키트는 검정을 수행하기 위한 지침서 및 검정을 수행하여 생성된 데이터를 해석하고 분석하는 방법을 포함할 수 있다. 구체적 실시양태에서, 키트는 환자의 혈액암이 화합물에 임상적으로 민감성인지 여부를 예측하기 위한 지침서를 포함한다. 키트는 또한 프로브가 표적 핵산 서열에 혼성화할 때 생성된 신호를 검출하는데 필요한 혼성화 시약 및/또는 시약을 포함할 수 있다. 일반적으로, 마이크로어레이 키트의 물질 및 시약은 하나 이상의 용기에 들어 있다. 키트의 각각의 구성요소는 일반적으로 자체적으로 적합한 용기에 들어 있다.
특정 실시양태에서, 핵산 마이크로어레이 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처 이외의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질에 더하여, 본원에 제공된 유전자 시그니처의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50개, 또는 그 초과의 유전자, 또는 그의 조합의 발현 수준을 측정하는데 필요한 물질 및 시약을 포함한다. 다른 실시양태에서, 핵산 마이크로어레이 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과의 유전자, 또는 그의 임의의 조합, 및 본원에 제공된 유전자 시그니처가 아닌 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450개, 또는 그 초과의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질을 함유한다. 또 다른 실시양태에서, 핵산 마이크로어레이 키트는 본원에 제공된 유전자 시그니처의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50개, 또는 그 초과의 유전자, 또는 그의 임의의 조합, 및 본원에 제공된 유전자 시그니처가 아닌 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25-1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000, 또는 500-1000개의 유전자의 발현 수준을 측정하는데 필요한 시약 및 물질을 함유한다.
정량적 PCR의 경우, 키트는 일반적으로 특정한 핵산 서열에 특이적인 미리 선택된 프라이머를 포함한다. 정량적 PCR 키트는 또한 핵산 증폭에 적합한 효소 (예를 들어, 폴리머라제 예컨대 Taq 폴리머라제), 데옥시뉴클레오티드, 및 증폭 반응에 필요한 완충제를 포함할 수 있다. 정량적 PCR 키트는 또한 병태와 연관되거나 병태의 지표가 되는 핵산 서열에 특이적인 프로브를 포함할 수 있다. 프로브는 형광단으로 표지되거나 표지되지 않을 수 있다. 프로브는 켄칭제 분자로 표지되거나 표지되지 않을 수 있다. 일부 실시양태에서, 정량적 PCR 키트는 또한 역전사 반응에 필요한 데옥시뉴클레오티드 및 완충제와 함께 역전사를 위한 효소 (예를 들어, 역전사효소 예컨대 AMV, MMLV 등) 및 프라이머를 포함한, 역전사 RNA에 적합한 구성요소를 포함한다. 정량적 PCR 키트의 각각의 구성요소는 일반적으로 자체적으로 적합한 용기에 들어 있다. 따라서, 이들 키트는 일반적으로 각각의 개별 시약, 효소, 프라이머 및 프로브에 적합한 별개의 용기를 포함한다. 추가로, 정량적 PCR 키트는 반응을 수행하기 위한 지침서 및 반응을 수행하여 생성된 데이터를 해석하고 분석하는 방법을 포함할 수 있다. 구체적 실시양태에서, 키트는 환자의 혈액암이 화합물에 임상적으로 민감성인지 여부를 예측하기 위한 지침서를 함유한다.
항체-기반 키트의 경우, 키트는, 예를 들어: (1) 관심 펩티드, 폴리펩티드 또는 단백질에 결합하는 제1 항체 (고체 지지체에 부착되거나 부착되지 않을 수 있음); 및, 임의로, (2) 제1 항체 또는 펩티드, 폴리펩티드, 또는 단백질에 결합하고, 검출가능한 표지 (예를 들어, 형광 표지, 방사성 동위원소 또는 효소)에 접합되는 제2의, 상이한 항체를 포함할 수 있다. 구체적 실시양태에서, 관심 펩티드, 폴리펩티드, 또는 단백질은 병태(예를 들어, 질환)와 연관되거나 병태의 지표가 된다. 항체-기반 키트는 또한 면역침전을 수행하기 위한 비드를 포함할 수 있다. 항체-기반 키트의 각각의 구성요소는 일반적으로 자체적으로 적합한 용기에 들어 있다. 따라서, 이들 키트는 일반적으로 각각의 항체 및 시약에 적합한 별개의 용기를 포함한다. 추가로, 항체-기반 키트는 검정을 수행하기 위한 지침서 및 검정을 수행하여 생성된 데이터를 해석하고 분석하는 방법을 포함할 수 있다. 구체적 실시양태에서, 키트는 환자의 혈액암이 화합물에 임상적으로 민감성인지 여부를 예측하기 위한 지침서를 함유한다.
한 실시양태에서, 본원에 제공된 키트는 본원에 제공된 화합물, 또는 그의 제약상 허용되는 염, 용매화물, 입체이성질체, 동위원소체, 전구약물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체를 포함한다. 키트는 본원에 개시된 것들을 포함하나 이에 제한되지 않는 추가 활성제를 추가로 포함할 수 있다.
본원에 제공된 키트는 활성 성분을 투여하는데 사용되는 장치를 추가로 포함할 수 있다. 이러한 장치의 예는 주사기, 드립백, 패치, 및 흡입기를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
키트는 이식을 위한 세포 또는 혈액, 뿐만 아니라 1종 이상의 활성 성분을 투여하는데 사용할 수 있는 제약상 허용되는 비히클을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, 활성 성분이 비경구 투여를 위해 재구성되어야 하는 고체 형태로 제공되는 경우, 키트는 활성 성분이 용해되어 비경구 투여에 적합한, 미립자 무함유 멸균 용액을 형성할 수 있는 적합한 비히클의 밀봉된 용기를 포함할 수 있다. 제약상 허용되는 비히클의 예는 주사용수 USP; 수성 비히클 (예컨대, 염화나트륨 주사액, 링거 주사액, 덱스트로스, 덱스트로스 및 염화나트륨 주사액, 및 락테이티드 링거 주사액 등이나, 이에 제한되지는 않음); 수혼화성 비히클 (예컨대, 에틸 알콜, 폴리에틸렌 글리콜, 및 폴리프로필렌 글리콜이나, 이에 제한되지는 않음); 및 비수성 비히클 (예컨대, 옥수수 오일, 목화씨 오일, 땅콩 오일, 참깨 오일, 에틸 올레에이트, 이소프로필 미리스테이트, 및 벤질 벤조에이트를 포함하나, 이에 제한되지는 않음)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 제공된 방법 및 키트의 특정 실시양태에서, 고체상 지지체는 단백질을 정제하거나, 샘플을 표지하거나, 고체상 검정을 수행하는데 사용된다. 본원에 개시된 방법을 수행하기에 적합한 고체상의 예는 비드, 입자, 콜로이드, 단일 표면, 튜브, 다중-웰 플레이트, 미세역가 플레이트, 슬라이드, 막, 겔, 및 전극을 포함한다. 고체상이 미립자 물질 (예를 들어, 비드)인 경우, 한 실시양태에서, 이는 고체상 지지체의 병렬 처리를 허용하기 위해 다중-웰 플레이트의 웰에 분포된다.
1종 이상의 시약, 예컨대, 제한 없이, 핵산 프라이머, 고체 지지체 등과 관련하여, 상기에 열거된 실시양태의 임의의 조합이, 또한 본원에 제공된 다양한 방법 및/또는 키트 중 임의의 것과 관련하여 고려된다는 점을 주목하여야 한다.
본 발명의 특정 실시양태는 하기 비제한적 실시예에 의해 설명된다.
6. 실시예
하기 실시예는 달리 상세히 기재된 경우를 제외하고, 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있고 일상적인 표준 기술을 사용하여 수행된다. 실시예는 단지 설명을 위한 것이다.
6.1. 백혈병 줄기 세포 시그니처 점수
6.1.1. LSC17 점수
기능적 백혈병 줄기 세포 집단을 사용한 17개 유전자 점수 (LSC17 점수)는 이전에 Ng 등 (Ng SW et al. Nature. 2016;540(7633): 433-37)에 의해 보고되었으며, 이는 LSC17 점수가 AML에서 위험 및 결과의 신속한 결정에 대해 매우 예후적임을 나타냈다. 보다 구체적으로, 높은 LSC17 점수는 초기 요법 내성과 연관이 있다. 높은 LSC17 점수를 가진 환자는 동종이계 줄기 세포 이식을 포함한 현재 치료로는 좋지 않은 결과를 가졌다. 따라서, LSC17 점수는 Ng 등에 따라 표준 요법으로부터 혜택을 받지 않는 AML 환자를 확인하는 도구를 임상의에게 제공하였다. 하기 실시예에 기재된 바와 같이, 본 개시내용은 이 LSC17 점수와 화합물 D 처리에 대한 반응도 사이의 특정 상관관계에 대한 놀라운 발견을 부분적으로 기반으로 한다.
LSC 17 점수의 생성 및 설명은 하기 단락에 더 상세히 제공된다.
78명의 AML 환자로부터 수득한 83개의 세포 샘플을 CD34 및 CD38의 발현을 기반으로 한 분획으로 분류하였다. 각각의 분율의 LSC 활성은 NOD.Prkdc scid .Il2rg null (NSG) 마우스로의 이종이식에 의해 사정하였다. 기능적으로 정의된 138개의 LSC+ 및 89개의 LSC- 분획 각각은 유전자 발현 (GE) 분석에 적용되었다. LSC+ 및 LSC- 분획의 GE 프로파일을 비교함으로써, 차등적으로 발현된 유전자 목록을 수득하였다; 104개의 유전자는 ≥ 2배의 발현 수준 차이를 나타냈다 (P < 0.01). LSC+ 참조 프로파일은 LSC+ 분획에서 이들 104개 유전자의 평균 발현 수준으로 정의되었다.
광범위한 AML 환자 하위유형에 걸친 임상 결과와 관련된 줄기세포능의 핵심 전사 구성요소를 추출하기 위해, 495명의 환자의 대규모 데이터 세트로부터 정보를 얻었으며 (진 익스프레션 옴니버스(Gene Expression Omnibus) (GEO) 수탁 GSE6891 (Verhaak, R. G. et al. Haematologica 94, 131-134 (2009)), 104개의 DE LSC 유전자 중 89개를 포획하였다. 89개의 LSC 유전자 중에서, 43개의 유전자가 LSC+ 분획에서 더 많이 발현되었다.
통계 회귀 알고리즘을 최소 절대 수축 및 선택 연산자 (LASSO)를 기반으로 하여 적용하여 (Friedman, J., et al. J. Stat. Softw. 33, 1-22 (2010); Simon, N., et al. Stat. Softw. 39, 1-13 (2011)), 89개 LSC 유전자의 전체 목록 또는 LSC+ 분획에서 더 많이 발현되는 43개 유전자의 하위집합을 사용하여, 이 훈련 코호트에서 GE를 환자 생존과 관련시켰다.
후자 하위집합의 분석은 최적의 17-유전자 시그니처 (LSC17 점수)를 산출하였으며, 이는 표 2 및 하기 알고리즘에 나타낸 바와 같이 17개 유전자의 발현의 가중 합계로서 각각의 환자에 대해 계산될 수 있다:
LSC17 시그니처 점수 = (DNMT3B × 0.0874) + (ZBTB46 × - 0.0347) + (NYNRIN × 0.00865) + (ARHGAP22 × - 0.0138) + (LAPTM4B × 0.00582) + (MMRN1 × 0.0258) + (DPYSL3 × 0.0284) + (KIAA0125 × 0.0196) + (CDK6 × - 0.0704) + (CPXM1 × - 0.0258) + (SOCS2 × 0.0271) + (SMIM24 × - 0.0226) + (EMP1 × 0.0146) + (NGFRAP1 × 0.0465) + (CD34 × 0.0338) + (AKR1C3 × - 0.0402) + (GPR56 × 0.0501).
훈련 코호트에서 중앙값-초과 및 -미만 점수가 각각 불리한 및 유리한 세포유전학적 위험과 연관되었으므로, 중앙 임계값을 사용하여 점수를 높은 군 및 낮은 군으로 이산화하였다.
표 2: LSC17 점수에서의 LSC 시그니처 유전자 및 상응하는 가중치
Figure pct00011
LSC17 점수를 계산하기 위해, 백혈병 세포는 환자의 말초 혈액으로부터 수집할 수 있다. RNA-Seq는 유전자 발현 프로파일을 특징화하기 위해 환자 세포 상에서 수행할 수 있다. RNA-Seq와 병행하여, 환자 샘플로부터 추출한 RNA를 나노스트링(NanoString) 분석에서 평가하여 LSC17 점수를 결정할 수 있다. 특정 실시양태에서, 중앙 임계값보다 높은 LSC17 점수를 가진 환자 샘플은 높은 LSC17 점수의 군으로 분류되며, 중앙 임계값보다 낮은 LSC17 점수를 가진 환자 샘플은 낮은 LSC17 점수의 군으로 분류된다.
6.2. 다양한 백혈병 줄기 세포 시그니처 점수를 가진 원발성 급성 골수성 백혈병 샘플에 대한 화합물 D의 효능
다음은 i) 시험관내 및 생체내 방법을 사용하여 1차 환자-유래 AML 샘플로부터의 전임상 모델에 대한 화합물 D의 효능 및 작용 메커니즘을 사정하고; ii) 화합물 D 효능과 LSC17 점수 상관관계를 평가하고; 및 iii) 2차 생착 모델을 통해 백혈병 줄기 세포 (LSC) 대 정상 조혈 줄기 세포 (HSC)에 대한 차등 효과를 평가하는데 사용될 수 있는 검정의 예이다.
6.2.1. 물질 및 방법
6.2.1.1. 시험 동물
이 연구에서 사용된 NOD/SCID 마우스는 투약 시작 시 20 그램의 평균 체중을 가진 10주령 암컷이었다.
6.2.1.2. 세포주/세포 배양
모든 샘플을 효능 연구에 사용하기 전에 NOD/SCID 마우스에서 생착 능력에 대해 시험하였다.
AML 세포의 시험관내 분석에 사용된 물질은 15% BIT가 보충된 X-VIVO 10 배지, 및 100 ng/mL의 줄기 세포 인자, 20 ng/mL의 인터류킨 (IL)-6, 20 ng/mL의 과립구 콜로니-자극 인자 (G-CSF), 20 ng/mL의 IL-3, 100 ng/mL의 fms-유사 티로신 키나제 (Flt 3) 리간드 (각각 미국 소재 암젠에 의해 제공됨), 20 ng/mL의 과립구-단핵구 콜로니-자극 인자 (GM-CSF; 알앤디 시스템즈(R&D Systems), 미국) 및 50 ng/mL의 트롬보포이에틴 (기린 브루어리(Kirin Brewery), 일본)을 포함한 성장 인자를 포함하였다.
AML-콜로니 형성 단위 (CFU) 검정을 위해, 0.9% 메틸셀룰로스 반고체 배양물을 사용하였으며, 이는 15% 태아 송아지 혈청 (FCS), 15% 미리 시험된 인간 혈장, 50 μM β 메르캅토에탄올, 및 시토카인을 100 ng/mL 줄기 세포 인자, 100 ng/mL Flt-3 리간드, 20 ng/mL IL-6, 20 ng/mL GM-CSF, 20 ng/mL IL-3, 및 3 U/mL의 에리트로포이에틴 (암젠, 미국)의 농도로 함유하였다.
6.2.1.3. 검정 물질 및 시약
아넥신 V-PE 아폽토시스 검출 키트 (BD 파밍겐(BD Pharmingen), BD 바이오사이언스(BD Bioscience), 미국)를 사용하여 아폽토시스를 사정하였다.
하기 마우스 항-인간 항체를 사용하여 AML의 이종이식 모델 (달리 언급되지 않는 한, 모두 BD 바이오사이언스, 미국으로부터): 마우스 항-인간 CD45-APC, CD33-PC5.5 (베크만 쿨터(Beckman Coulter), 미국), CD19-V450, CD14-PE, CD15-FITC, CD34 APC-Cy7 및 CD38 PE Cy7에서 화합물 D의 효능을 사정하였다. 프로피듐 아이오다이드 (BD, 미국)는 분석에서 죽은 세포를 확인하는데 사용하였다.
6.2.2. 실험 연구 설계
이 연구에서, 백혈병 세포는 프린세스 마가레트 백혈병 은행(Princess Margaret Leukemia Bank)에서 환자의 말초 혈액으로부터 수집되었고 피콜 구배 원심분리에 적용되어 생존가능한 동결보존을 위한 단핵 세포를 수득하였다. 모든 샘플을 연구에 사용하기 전에 NOD/SCID 마우스에서 생착 능력에 대해 시험하였다. 급성 골수성 백혈병 세포를 단기간 시험관내 현탁 배양 (4시간 및 24시간)에 사용하여 GSPT1 분해 및 아폽토시스에 대한 화합물 D의 효과를 사정하고, AML-CFU 검정을 사용하여 콜로니 형성 전구체에 대한 화합물 D의 효과를 사정하고, NOD/SCID 마우스로의 이종이식편 이식을 사용하여 AML에 대한 화합물 D의 생체내 효과를 사정하였다. 투약 완료 시, 모든 동물을 마지막 화합물 D 용량 다음날 예정대로 안락사시키고, 생착을 평가하기 위해 인간 특이적 항체를 사용한 유동 세포측정 분석을 위해 주사된 우측 대퇴골 및 주사되지 않은 좌측 대퇴골로부터 골수를 수집하였다. 화합물 D가 자가-재생 능력을 가진 백혈병 줄기 세포를 표적으로 하였는지 여부를 조사하기 위해 제한 희석 검정 (LDA)으로 2차 이식을 또한 수행하였다.
6.2.3. 실험 절차
6.2.3.1. 화합물 D 및 아폽토시스 검정에 의한 G1기에서 S기로의 전이 단백질 1 (GSPT1)로의 시험관내 분해
시험 물품 스톡 용액 및 희석액의 제조: 화합물 D를 무수 DMSO에서 준비하여 1 M 스톡 용액을 제조한 다음에, 3, 30 및 100 nM의 최종 농도로 추가로 희석하였다.
세포 배양: AML 세포의 시험관내 검정에 사용된 물질은 15% BIT가 보충된 X-VIVO 10 배지, 및 100 ng/mL의 줄기 세포 인자, 20 ng/mL의 IL-6, 20 ng/mL의 G-CSF, 20 ng/mL의 IL-3, 100 ng/mL의 Flt 3 리간드 (각각 미국 소재 암젠에 의해 제공됨), 20 ng/mL of GM-CSF (알앤디 시스템즈, 미국), 및 50 ng/mL의 트롬보포이에틴 (기린 브루어리, 일본)을 포함한 성장 인자를 포함하였다.
검정 절차: DMSO 또는 화합물 D를 사용한 시험관내 배양 4시간 및 24시간 후, GSPT1 발현 및 아폽토시스를 위해 세포를 수확하였다. GSPT1의 수준을 중앙 형광 강도 (MFI)를 사용하여 유동 세포측정에 의해 분석하였고 DMSO 대조군에 대해 정규화하였다. 아폽토시스를 또한 유동 세포측정에 의해 분석하였고 절단된 카스파제 3/7에 대해 양성인 세포의 백분율로 측정하였다.
6.2.3.2. 급성 골수성 백혈병 - 콜로니 형성 단위 검정
시험 물품 스톡 용액 및 희석액의 제조: 화합물 D를 하기에 기재된 바와 같이 제조하였다.
세포 배양: 급성 골수성 백혈병 세포를 15% FCS, 15% 미리 시험된 인간 혈장, 50 μM β-메르캅토에탄올, 및 시토카인을 100 ng/mL 줄기 세포 인자, 100 ng/mL Flt-3 리간드, 20 ng/mL IL-6, 20 ng/mL GM-CSF, 20 ng/mL IL-3 및 3 U/mL의 에리트로포이에틴 (암젠, 미국)의 농도로 함유하는 0.9% 메틸셀룰로스에 플레이팅하였다. 급성 골수성 백혈병 세포를 현탁액 및 CFU 검정 동안 DMSO 또는 화합물 D (하기에 기재된 바와 같이 제조됨)와 함께 배양하였다.
검정 절차: AML 배양물을 37℃에서 12 내지 14일 동안 DMSO 또는 화합물 D와 함께 인큐베이션한 후, 플레이트에 AML-CFU의 존재에 대한 점수를 배정하였다 (CFU는 > 50개 세포로 정의됨).
6.2.3.3. 이종이식 검정
투약을 위한 시험 물품의 제조: 생체내 화합물 D 투약을 위해, 화합물 D를 하기 프로토콜에 따라 각각의 용량 직전에 제제화하였다.
제제: 5% NMP/45% 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 400/50% 식염수; NMP - 카탈로그 번호 69118 (신규 번호 M79603-1L), 플루카(Fluka); PEG400 - 카탈로그 번호 81172-1L, 플루카; 식염수 - 0.9% 염화나트륨.
제법: 유리 바이알에서 원하는 양의 화합물의 중량을 잰다. NMP를 첨가하고 볼텍싱한다. 반드시 전체 화합물이 젖도록 한다. PEG400을 첨가하고 미립자가 없는 투명한 용액이 될 때까지 볼텍싱한다. 식염수를 서서히 첨가하고 일회용 팁을 가진 휴대용 균질기로 약 1분 동안 철저히 혼합한다. 화합물이 시간이 지남에 따라 제제에서 안정하지 않으므로 즉시 사용한다.
화합물 투여: 화합물 D를 복강내 경로를 통해 투여한다. 비히클 및 화합물 D를 1일 2회 (BID) 투약을 위해 2.5 mL/kg의 부피로 투여한다 (1일 1회 [QD] 투약을 시험하는 경우, 5 mL/kg의 용량 부피를 사용). 용량 사이에 3시간 간격을 두고 1일 2회 프로토콜을 권장한다. 화합물이 시간이 지남에 따라 제제에서 안정하지 않으므로 각각의 투여에 대해 신선하게 보충한다. 5 mg/kg BID의 용량 수준을 초과하지 않으며, 그 이유는 이것이 임상적으로 관련이 없을 가능성이 있는 최대 농도 Cmax를 발생할 것이기 때문이다.
대퇴골내 이식: 이식 하루 전에, NOD/SCID 마우스를 준치사량으로 방사선조사 (275 cGy)한 후 항-CD122 항체 (200 μg/마우스)를 주사하여 잔류 숙주 자연 살해 (NK) 세포를 고갈시킴으로써 미리 컨디셔닝하였다. 이식 당일에, 생존가능하게 동결된 AML 벌크 세포 (섹션 6.2.1.2 참조)를 해동하고, 계수하고, 30 μL 포스페이트 완충 식염수의 총 부피에서 5×106개 세포/마우스의 용량으로 미리 컨디셔닝된 마우스에 대퇴골내 이식하였다.
치료 및 검정 절차: AML 이식 후 21일차에, 마우스를 무작위로 그룹핑하고 2.5 mg/kg의 화합물 D 또는 비히클 (5% N-메틸-2-피롤리돈 [NMP]/45% 폴리에틸렌 글리콜 [PEG] 400/50% 식염수)로, 4주 동안 50 μL의 용량 부피로 1일 2회 복강내 투여하였다. 모든 동물은 예정된 종료 시 (마지막 처리 1일 후) 안락사시켰고 골수를 우측 대퇴골 (주사된 골수) 및 좌측 대퇴골 및 좌측 및 우측 경골 (주사되지 않은 골수)로부터 수집하였다. 주사되거나 주사되지 않은 골수로부터 단리된 세포는 AML 생착을 사정하기 위해 유동 세포측정에 의해 분석하였고, 미래의 2차 생착 분석을 위해 생존가능하게 동결시켰다.
주사 및 주사되지 않은 골수로부터 수확된 세포를 섹션 6.2.1.3에 나타낸 바와 같이 마우스 항-인간 항체로 염색하였다. 염색 후, 세척된 세포를 LSRII 유동 세포측정기 (BD, 미국)에서 시행하였으며 각각의 샘플에 대해 10,000 내지 20,000개의 사건을 수집하였다. 수집된 데이터를 플로우조(FlowJo) 소프트웨어 (트리스타(TreeStar), 미국)에 의해 분석하여 인간 CD45+CD33+ 세포의 백분율에 의해 결정된 바와 같은 상이한 조직에서 AML 생착 수준을 사정하였다.
정상 제대혈 실험을 정상 제대혈로부터 단리된 CD34+ 세포를 사용한 것을 제외하고 상기에서와 같이 기재된 것과 유사하게 수행하였다. CB1 및 CB2라고 칭해지는 CB 생착 각각에 대해 충분한 세포를 생성하기 위해 2 또는 3명의 정상 공여자를 함께 뽑았다.
2차 이종이식 제한 희석 검정: 화합물 D가 백혈병 진행, 요법-내성, 및 재발에 기여하는 것으로 간주되는 자기-재생 능력을 가진 백혈병 줄기 세포를 표적으로 하는지 여부를 결정하기 위해, LDA를 사용하여 2차 이식을 수행하였다. 제한 희석 검정은 1차 마우스의 총 백혈병 이식편에서의 LSC의 알려지지 않은 빈도를 정의하도록 설계되었다. 2차 이식에서 LDA의 분석은 화합물 D가 1차 마우스에서 자기-재생 능력을 가진 LSC를 표적으로 하는지 여부를 정량적으로 결정할 수 있게 할 것이다. 이를 위해, 다중 세포 용량을 2차 이식에 사용하여 양성 반응 (높은 세포 용량에서 생착된 마우스) 및 음성 반응 (가장 낮은 세포 용량에서 생착되지 않은 마우스)을 둘 다 달성하였다. 각각의 처리군 (1백만, 500,000, 50,000 및 2000개 세포/마우스)에 대해 4가지 상이한 AML 세포 용량을, 세포 용량당 5마리 마우스, 각각의 AML 이식편 샘플에 대해 총 40마리 마우스로 사용하였다. 공격적인 것으로 간주된 임의의 샘플의 경우, LDA는 더 낮은 세포 용량으로 수행되었다. LSC의 빈도는 워터 앤드 엘리자 홀 인스티투트(Walter and Eliza Hall Institute) (WEHI) 생물정보학 극한 제한 희석 분석 (ELDA) 소프트웨어 (bioinf.wehi.edu.au)를 사용하여 분석하였다.
2차 이식을 위해 NOD/SCID 마우스를 준치사량으로 방사선조사하고 (275 cGy) 항-CD122 항체 (200 μg/마우스)로 미리 처리하여 잔류 숙주 자연 살해 세포를 고갈시켰다. 이식 당일에, 비히클- 또는 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 수확한 생존가능하게 동결된 세포를 해동하고, 계수하고, 마우스-세포를 고갈시킨 후 (마우스 세포 고갈 키트(Mouse Cell Depletion Kit), 밀테니 바이오텍, 미국), 상기 기재된 제한 용량으로 미리 처리된 2차 마우스에 대퇴골내 이식하였다. LDA가 없는 2차 이식의 경우, 해동된 세포는 이식 전에 마우스 세포가 고갈되지 않았다. 2차 이식 후 12주에, 마우스를 안락사시키고, 골수를 수집하여 분석하였다.
6.2.3.4. 데이터 분석
주사된 대퇴골 및 주사되지 않은 대퇴골 및 경골에서 AML 세포의 생착을 유동 세포측정에 의해 분석하였다. 그래프 및 통계 분석은 그래프패드 프리즘(GraphPad Prism) 소프트웨어로 생성시켰다. 통계적 유의성은 일원분산 분석 (ANOVA)에 이어서 터키(Tukey)의 다중 비교 사후 검정을 사용하여 사정하였다.
6.2.4. 급성 골수성 백혈병 세포에서 시험관내 GSPT1 분해에 대한 화합물 D의 효과
10개의 원발성 AML 환자 샘플을 시험관내에서 시험하여 원발성 AML 세포가 화합물 D에 민감성인지 그리고 화합물 D에 대한 민감도가 AML 샘플 간에 다양한지 여부를 조사하였다. 화합물 D가 GSPT1 분해를 통해 세포 생존력을 억제하기 때문에 AML 세포에서 GSPT1의 수준을 먼저 조사하였다. 화합물 D는 대조군과 비교하여, 24시간에 낮은 수준으로 남아 있는 GSPT1 수준으로 처리 후 4시간 만에 GSPT1 수준을 감소시켰다 (도 1a-1b). GSPT1 수준의 감소에 대한 화합물 D의 효과는 농도 의존적이었다. 그러나, 심지어 가장 높은 화합물 D 농도 (100 nM)에서도, GSPT1 분해 수준은 AML 샘플 간에 다양하였다. 화합물 D로 시험관내 처리된 AML 샘플을 상기 기재된 LSC17 점수를 기반으로 하여 그룹핑하였다. 놀랍게도, 결과는 높은 LSC17 점수를 가진 샘플이 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플과 비교하여 유의하게 더 높은 GSPT1 분해를 가짐을 나타냈다 (도 1c).
아폽토시스를 통한 백혈병 세포 성장의 화합물 D 억제를 유동 세포측정에 의해 평가하였다. 급성 골수성 백혈병 세포를 화합물 D와 함께 24시간 동안 배양하였다. 3개의 개별 샘플로부터의 아폽토시스의 대표적인 유동 세포측정 분석은 도 2a에 나타냈다. 4시간째에는 모든 샘플에서 아폽토시스가 관찰되지 않았지만, 24시간째에는 농도-의존적 방식으로 시험한 10개 샘플 중 3개에서 화합물 D에 의한 아폽토시스 유도가 관찰되었다 (도 2b). GSPT1 분해 데이터와 일치하여, 화합물 D는 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플과 비교하여 높은 LSC17 점수를 가진 샘플에서 더 높은 수준에서 아폽토시스를 유도하였다 (도 2b). 또한, 아폽토시스와 일치하여, 세포 카운트는 농도가 증가함에 따라 화합물 D가 대부분의 샘플에 대해 세포 수를 감소시키는 것으로 나타났다 (도 2c). 더 높은 LSC17 점수를 가진 샘플로부터의 세포는 더 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플보다 대조군과 비교하여 세포 수에서 더 큰 감소를 가졌다 (도 2c).
원발성 백혈병 세포가 화합물 D에 또한 민감성인지 여부를 결정하기 위해 콜로니-형성 검정을 또한 수행하였다. 시험된 10개 샘플 중에서, 7개 샘플이 콜로니를 형성하였고 7개 샘플 모두 증가된 화합물 D 농도와 함께 감소된 콜로니 형성을 가졌다 (도 3). 7개 샘플 중, 3개는 높은 LSC17 점수를 가졌고 다른 3개 샘플은 낮은 LSC17 점수를 가졌다. 화합물 D는 낮은 LSC17 샘플을 가진 샘플보다 높은 LSC17 점수를 가진 샘플의 콜로니 형성을 감소시켰다 (도 3).
종합해서, 이들 데이터는 화합물 D가 백혈병 모세포 및 콜로니 형성 원발성 세포에 대해 억제 효과를 갖는다는 것을 나타낸다. GSPT1 분해 정도, 아폽토시스 유도 수준, 모세포 수의 감소, 및 콜로니 형성 능력에 의해 사정된 바와 같이, 높은 LSC17 점수를 가진 샘플은 낮은 점수를 가진 샘플보다 화합물 D에 더 반응성이었다.
6.2.5. 급성 골수성 백혈병 세포에 대한 효과의 사정을 위한 화합물 D의 용량을 결정하기 위한 생체내 연구
NOD/SCID 마우스에서 원발성 AML 이식편을 표적으로 하는데 사용될 수 있는 잠재적 투여량을 결정하기 위해 파일럿 연구를 먼저 수행하였다. 2개의 AML 환자 샘플 (AML 110500 및 AML 90191)을 총 4개의 상이한 용량/일정 군에 대해 1.25 또는 2.5 mg/kg 화합물 D로 1일 1회 (QD) 또는 1일 2회 (BID) 복강내 시험하였다 (도 4). 준치사량 방사선조사 및 항-CD122 항체로 미리 처리한 후, NOD/SCID 마우스에 이전에 환자로부터 수집하고 생존가능하게 동결시킨 AML 세포를 대퇴골내 이식하였다. 21일차에 이식 후 2주 동안 마우스에 화합물 D를 투여하였다. 도 4 (상단 좌측 패널)에 나타낸 바와 같이, 화합물 D는 비히클 대조군과 비교하여 용량-의존적 방식으로 환자 샘플 AML 110500 세포의 AML 이식편을 감소시켰다. 주사된 우측 대퇴골 (RF) 및 주사되지 않은 골수 (BM) 둘 다에서 급성 골수성 림프종 이식편은 2.5 mg/kg QD 및 BID 화합물 D에서 유의하게 감소되었으며, AML 이식편은 2.5 mg/kg BID에서 가장 많이 감소하였다. CD34+에 대해 양성인 원시 백혈병 세포는 또한 2.5 mg/kg BID 화합물 D를 받은 마우스에서 RF 및 BM 둘 다에서 화합물 D에 의해 가장 많이 감소되었다 (도 4, 좌측 중앙). 골수성 세포 마커 CD15에 양성인 세포의 백분율은 또한 2.5 mg/kg BID 화합물 D-투여된 마우스의 RF 및 BM 둘 다에서 상승되었다 (도 4, 좌측 하단). 참고로, 환자 샘플 AML 90191로부터의 이식된 세포는 화합물 D에 의해 크게 영향을 받지 않았다 (도 4, 우측 패널). 이 파일럿 연구를 기반으로 하여, 화합물 D는 생체내 실험의 나머지의 경우 2.5 mg/kg BID로 투여되었다.
6.2.6. 이종이식된 마우스에서 급성 골수성 백혈병 이식편에 대한 화합물 D의 효능
6개의 AML 샘플이 LSC17 점수를 기반으로 하여 생체내 연구를 위해 선택되었으며, 각각 높은 점수와 낮은 점수를 가진 3개의 샘플을 가진다. 임상적 특징 및 기타 정보는 연구에 사용된 샘플에 대해 표 3에 요약되어 있다. LSC17 데이터가 없는 두 개의 추가 샘플이 검정의 하위집합에 포함되었다.
표 3: 생체내 실험을 위한 급성 골수성 백혈병 환자 샘플의 특징화
Figure pct00012
Figure pct00013
ATF4 = 전사 인자 4 활성화; MDS = 골수이형성 증후군; chemo = 화학요법; del = 삭제; Dx = 진단; FLT3-ITD = FMS-관련 티로신 키나제 3-내부 순차 중복 돌연변이; FLT3-TKD = FMS-관련 티로신 키나제 3-티로신 키나제 도메인 돌연변이; inv = 반전됨: LSC = 백혈병 줄기 세포; MLL-AF9 = 혼합 계통 백혈병 - 9번 염색체로부터 급성 림프계 백혈병 융합 유전자; MLL-ENL = 혼합 계통 백혈병-1119 백혈병; MRC = 의학 연구 위원회 (MRC) 세포유전학적 분류 시스템; nd = 데이터 없음; NE = 평가되지 않음; NPM = 뉴클레오포스민; rads = 방사선 요법; t = 전좌; "-" = 이용가능한 데이터 없음.
a 생착 수준은 스크리닝 실험으로부터 개별 마우스에 대한 생착 백분율을 열거한다. 샘플 590의 경우, 2가지 세포 용량 수준에서 생착을 사정하였다.
2개의 샘플 중 하나가 2주 동안 2.5 mg/kg BID로 화합물 D 투약에 반응한 파일럿 데이터 (도 4)를 기반으로 하여, 투약의 지속기간을 4주로 연장하여 마우스가 더 긴 화합물 D 투약을 용인할 수 있는지를 결정하였다. 3개의 상이한 AML 샘플로 이식된 마우스를 치료 동안 임상 병태에 대해 면밀히 모니터링하였다. 화합물 D-처리된 마우스는 1, 2, 또는 3주의 화합물 D 처리 후 비히클-처리된 마우스와 비교할 때 아프지 않았고 체중도 감소하지 않았다 (표 4). 단 한 마리의 화합물 D-처리된 마우스가 치료 마지막 날에 마비된 것으로 발견되었고 예정된 희생 전에 다음날 아침에 죽은 채로 발견되었다. 이 마우스에 환자 샘플 120860의 AML 세포를 이식했는데, 이는 화합물 D (도 6)에 잘 반응하지 않았고 죽기 전에 마비를 고려해 볼 때 높은 백혈병 부담 및 극심한 침윤으로 죽었을 가능성이 있다.
표 4: 화합물 D 투약 후 인간 급성 골수성 백혈병 이종이식 마우스의 체중
Figure pct00014
Avg = 평균 (평균치).
화합물 D 효능에 대해 생체내 시험된 6개의 AML 샘플 중에서, AML 환자 90668로부터의 세포는 화합물 D 처리 (21일차)가 시작되기 전에 이식된 마우스 (마우스당 5백만 세포)의 마비를 야기하였다. 화합물 D 처리는 이들 마우스를 마비 또는 사망으로부터 구하지 못하였다. 따라서, AML 환자 90668의 경우, 더 적은 수의 세포를 이식하여 실험을 반복하였다. 심지어 10배 적은 AML 세포가 이식되었음에도 (마우스당 500,000개 세포) 이식 후 약 4주 마우스가 여전히 마비되었다. 21일차부터 화합물 D를 투약하는 것은 AML 환자 90668이 생착된 이들 마우스에서 생존을 개선하지 않았는데, 아마도 이 샘플은 급속한 마비에 의해 그리고 백혈병 세포-침법 비대 비장에 의해 입증된 바와 같이, 높은 생착 수준으로 NOD/SCID 마우스에서 매우 공격적이었고, 다른 기관으로 빠르게 침투했기 때문이다.
시험된 다른 5개의 AML 샘플에 대해, 마우스의 생착은 화합물 D의 효능을 사정하기에 충분하였다. 화합물 D는 5개의 AML 샘플 중 4개에 상당한 효과를 가졌다. 4개의 반응자 샘플 중 3개는 LSC17 시그니처에 대해 높은 점수를 받았다. 급성 골수성 백혈병 세포는 인간 CD45+ 백혈병 이식편의 퍼센트 및 RF 및 BM에서 백혈병 세포의 절대 수 둘 다에 의해 사정된 화합물 D 투여 후 검출불가능한 수준으로 완전히 근절되었다 (도 5, 좌측). 화합물 D가 3명의 환자 샘플 모두의 AML 이식편을 완전히 근절했기 때문에, 화합물 D-처리된 마우스에서 CD34+ 원시 세포의 백분율은 신뢰할 수 없었다 (비특이적 및 자가형광 사건). 원시 CD34+ 세포의 절대 수는 또한 화합물 D-처리된 마우스에서 또한 매우 낮고 검출불가능한 수준이었다 (도 5, 우측).
환자 샘플 AML 120860 및 AML 100348은 낮은 LSC17 점수를 가졌다. 화합물 D는 주사된 대퇴골에서 환자 120860로부터의 AML 세포 수를 감소시키지 않았다. AML 세포의 수는 비히클 대조군과 비교하여 주사되지 않은 BM에서 유의하게 감소되었으나, 효과는 LSC17 높은 이식편의 감소와 비교하여 제한되었다 (도 6, 상단 패널 참조). 이 샘플의 백혈병 이식편에서의 CD34+ 원시 세포의 퍼센트 및 수는 또한 화합물 D에 의해 감소되지 않았다. 샘플 AML 100348은 RF 및 BM 둘 다에서 인간 CD45+ 백혈병 이식편의 감소에 의해 결정된 화합물 D 처리에 대해 유의한 반응을 가졌으나 (도 6, 하단 패널), 화합물 D-처리된 마우스에는 일부 수준의 잔류 모세포 및 CD34+ 원시 백혈병 세포가 존재하였다. 이들 결과는 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플이 높은 LSC17 점수를 갖는 샘플보다 화합물 D에 덜 반응할 수 있음을 나타낸다.
6.2.7. 2차 이식에서 백혈병 줄기 세포 생착에 대한 화합물 D의 효과
화합물 D가 자기-재생을 가진 AML 백혈병 줄기 세포를 표적화했는지 여부를 결정하기 위해, 2.5 mg/kg 화합물 D BID 또는 비히클이 투여된 마우스의 RF 및 BM으로부터 수확된 세포를 2차 마우스에 이식하기 위해 조합하였다. 마우스 세포의 고갈 후, 생착된 마우스의 화합물 D 투약 후 잔류 AML 세포를 가진 샘플에서 LSC의 빈도를 결정하기 위해 LDA를 수행하였다. 환자 샘플 AML 90191 및 110500의 경우, 2.5 mg/kg 화합물 D BID가 투여된 마우스로부터의 세포 상에서 LDA를 수행하였다. 이식 후 대략 12주에 마우스를 희생시켰을 때, 화합물 D 1차-처리된 마우스로부터 단리된 AML 90191 세포로 이식된 2차 마우스는 어떤 AML 생착도 갖지 않았으며, 이는 1차-처리된 마우스로부터 단리된 샘플에 어떤 잔류 LSC도 존재하지 않았음을 나타낸다. 그러나, 1차-투여된 마우스로부터 단리된 AML 110500 세포는 2차 마우스에 성공적으로 생착되었다 (도 7a). 화합물 D-처리된 마우스로부터의 세포로 이식된 2차 마우스는 비히클-처리된 세포를 받은 2차 마우스와 비교하여 훨씬 더 낮은 백혈병 이식편을 가졌다. LDA 분석에 의해 화합물 D-처리된 1차 마우스에서 LSC 빈도의 13배 초과 감소가 관찰되었다 (도 7a). 낮은 LSC17 점수를 가지며 1차 마우스에서 화합물 D에 대한 어떤 반응도 나타내지 않은 샘플인 환자 샘플 AML 120860이 이식된 마우스로부터의 세포가, 또한 제한 희석 검정 (LDA)에서 2차 마우스를 성공적으로 재집단화하였다. 심지어 가장 낮은 세포 용량 (마우스당 20,000 AML 세포)에서도 비히클- 또는 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터의 세포가 이식된 모든 마우스가 생착되었다 (도 7b). 백혈병 줄기 세포 빈도는 주사되지 않은 BM로부터의 데이터를 사용하여 계산되었다. 비히클- 및 화합물 D-처리된 1차 마우스에서 LSC 빈도 (주사되지 않은 BM의 데이터를 사용하여 계산됨)에는 어떤 차이도 없었으며, 이는 무반응자로서, 환자 샘플 AML 120860의 LSC가 화합물 D에 의해 표적화되지 않았음을 나타낸다(도 7b). 또 다른 LSC17-낮은 샘플인 AML 100348은 1차 처리된 마우스에서 화합물 D에 대해 유의한 반응을 가졌다 (도 6). 1차 마우스로부터 수확한 환자 샘플 AML 100348로부터의 세포를 마우스당 7500에서 200,000으로 2차 마우스에 주사했을 때, 심지어 비히클 마우스로부터 수확한 세포를 사용하더라도, 이식된 마우스 중 어느 것도 생착되지 않았다 (도 7c). 2차 마우스는 비히클-처리된 마우스로부터 마우스당 1백만 세포를 주사할 때만 재집단화되었으며, 이는 LDA를 위해 이식된 세포 수가 너무 적음을 나타낸다. 높은 LSC17 점수를 가진 나머지 3개 AML 샘플 (AML 0590, 110102 및 110770)에 대해서는 제한 희석 검정을 수행하지 않았는데, 그 이유는 이들 환자 샘플에 대한 화합물 D의 높은 효능으로 인해 백혈병 세포가 마우스 RF 및 BM에서 거의 검출불가능하였기 때문이다. 따라서, 각각의 환자 샘플에 대해, 각각의 처리군의 마우스 세포 고갈이 없는 조합된 BM 세포를 처리군당 5마리의 마우스로 동등하게 분할하였다. 1차 마우스에서 인간 CD45+ 백혈병 세포의 백분율 및 총 수 뿐만 아니라 각각의 조건에 대해 마우스당 이식된 AML 세포의 수도 도 7d에 요약하였다. 비히클 또는 화합물 D-투여된 1차 마우스로부터의 AML110770 세포로 이식된 2차 마우스는 재집단화되지 않았다. 이는 아마도 1) 2차 마우스에 너무 적은 수의 인간 백혈병 세포가 이식되었고 (비히클 대조군의 경우 1백만2천1만 세포 및 화합물 D 처리의 경우 마우스당 4만 세포), 2) 이식된 숙주 마우스 세포는 그러한 환자 샘플에 대해 마우스 세포 고갈이 수행되지 않았기 때문에 인간 백혈병 세포와 경쟁하였기 때문일 수 있다.
대조적으로, AML 0590 또는 AML 110102 비히클 대조군 세포로 이식된 2차 마우스는 AML 110770과 비교하여 더 많은 AML 세포 생착을 가졌다 (도 7d-7e). 그러나, 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 수확된 세포는 2차 마우스를 재집단화하지 않았으며, 이는 화합물 D-처리된 마우스에서의 잔류 백혈병 세포가 자기-재생 능력을 가진 충분한 LSC로 농축되지 않았음을 나타낸다. 이들 결과는 화합물 D가 AML 0590 및 AML 110102 둘 다의 LSC를 또한 표적화했음을 시사한다.
6.2.8. 정상 제대혈-유래 인간 이식편에 대한 화합물 D의 효과
정상 조혈 세포에 대한 화합물 D 독성을 CB 샘플을 사용하여 조사하였다. 마우스에 2개의 상이한 CB 샘플 (CB1 및 CB2)을 이식하고 2.5 mg/kg 화합물 D 또는 비히클 대조군 BID를 복강내 투여하였다. 비히클- 및 화합물 D-처리군으로부터의 대표적인 마우스로부터의 유동 세포측정 분석은 각각 도 8a 및 도 8b에 나타냈다. 정량적 요약은 도 9에 나타냈다.
도 9a에 나타낸 바와 같이, 화합물 D는 두 샘플 모두의 CB 생착을 유의하게 감소시켰지만, CB 세포는 대부분의 화합물 D-처리된 마우스에서 생착된 채로 남아 있었다. 따라서, 화합물 D는 AML 반응자에 대한 효과와 비교하여, 구체적으로 화합물 D 투약 후 완전히 근절된 높은 LSC17 점수를 가진 샘플과 비교하여, 정상적인 CB 이식편에 대해 덜한 억제 효과를 가졌다.
CB 이식편에서 화합물 D에 의해 가장 영향을 받는 세포 집단을 조사하였다. 화합물 D 처리는 인간 이식편의 유의한 감소를 야기했지만, 이식편의 5% 내지 10%가 처리 후에 남아 있었다 (도 9a). 이것은 민감성 AML 샘플에서 이식편의 거의 완전한 제거와 대조된다 (도 5). 대개 면역-결핍 NOD/SCID 마우스에서 발달된 주요 세포 집단인 CD19+ 림프구의 수는 화합물 D에 의해 유의하게 감소되었다 (도 9b, 상단 패널). 대조적으로, CD33+ 골수성 세포의 비율은 화합물 D 투약 후에 증가하였다. CD33+ 세포의 절대 수는 총 CB 이식편의 총 수가 극적으로 감소되었다는 점을 고려해 볼 때 증가된 빈도를 반영하지 않았다 (도 9b). CD15+ 및 CD14+ 분화된 세포에 대해 유사한 결과가 관찰되었다 (도 9c). 화합물 D는 CB1-생착된 마우스에서 글리코포린 A (GlyA)+CD45-적혈구계 세포를 감소시키지 않았으나 CB2-생착된 마우스에서 GlyA+CD45- 적혈구계 세포의 유의하지 않은 감소를 야기하였다 (도 9d).
CB 이식편의 원시 조혈 세포 (CD34+)를 또한 분석하였다. AML 반응자에 대한 결과와 대조적으로, 화합물 D는, 화합물 D 처리에 의한 총 CB 이식편의 극적인 감소로 인해, CD34+ 세포의 백분율을 감소시키지 않았으며 한편 CD34+ 세포의 절대 수는 유의하게 감소되었다 (도 10a). CD34+ 세포와 유사하게, 정상 조혈 줄기 세포가 농축된 집단인 CD34+CD38- 원발성 세포의 백분율은 화합물 D에 의해 특이적으로 표적화되지 않았다 (도 10b). CD34+ 집단에서, CD34+CD19+ 원시 림프계 세포만이 화합물 D에 의해 유의하게 감소되었다 (도 10c). CD34+CD33+ 원시 골수성 세포는 화합물 D에 의해 표적화되지 않았으며 (도 10d), 이는 화합물 D가 CD34+CD19+ 원시 림프계 세포를 특이적으로 표적화하고 림프구의 감소를 발생시켰음을 나타낸다.
6.2.9. 결론
화합물 D는 GSPT1의 분해를 통해 시험관내에서 원발성 AML 환자 샘플의 용량-의존적 아폽토시스를 유도하였다. 화합물 D는 시험관내에서 콜로니-형성 AML 전구세포를 감소시켰다. 전반적으로, 화합물 D는 상이한 원발성 AML 샘플로 이식된 NOD/SCID 마우스에 의해 잘 용인되었다. 처리 4주 동안, 체중 감소를 포함한 질환의 어떤 임상 징후도 없었다. 전체 처리 일정이 완료된 7개의 AML 샘플 (2주 처리 지속기간의 파일럿에서 사용된 2개의 AML 샘플 포함) 중, 5개의 샘플은 인간 AML의 마우스 이종이식편 모델에서 화합물 D에 대한 반응자였다. 2개의 샘플은 화합물 D에 반응성이지 않았으며, 이는 AML 샘플 간에 화합물 D에 대한 다양한 민감도를 나타낸다. 이들 데이터는 LSC17 점수와 화합물 D에 대한 민감도 사이의 대부분 직접적인 관계를 나타냈다. 높은 LSC17 점수를 가진 급성 골수성 백혈병 샘플은 낮은 LSC17 점수를 가진 샘플과 비교하여 화합물 D 처리에 더 민감성이었다. 이것은 GSPT1 분해 수준, 아폽토시스 유도에 따른 세포 성장 억제, 콜로니-형성 전구체의 감소, 및 AML 이식편의 생체내 근절을 포함한 다수의 파라미터에 의해 결정되었다. 2차 이식은 반응자의 백혈병 이식편에 있는 LSC가 또한 표적이 되지 않았음을 나타냈다. LSC17 유전자 시그니처 및 무반응자에 대해 낮은 점수를 받은 샘플 AML 120860으로부터의 LSC는 표적이 되지 않았다. 자기-재생 능력을 가진 LSC에 대한 화합물 D의 효과를 확증하기 위해 더 많은 환자 샘플로 연속 이식을 수행할 수 있다. 화합물 D는 또한 마우스에서 정상 제대혈 조혈 이식편을 감소시켰으나, AML 반응자와 비교하여 보다 적은 정도였다. CB 이식편에서의 CD19+ 림프계 전구체와 림프구가 주로 표적이 되었다. 대조적으로, CB 이식편에서의 다른 유형의 인간 세포는 화합물 D에 훨씬 덜 민감성이었다.
시험관내 및 생체내 치료 둘 다로부터 생성된 데이터는 화합물 D가 GSPT1 분해를 통해 원발성 AML 세포 성장을 억제한다는 것을 분명히 나타냈다. AML 샘플 중에 화합물 D에 대한 다양한 민감도가 있었다. 결과는 높은 LSC17 점수를 가진 샘플이 낮은 LSC 점수를 가진 샘플보다 화합물 D 독성에 더 민감성임을 나타낸다. 논의된 바와 같이, LSC17 점수는 이전에 매우 예후적이며 AML의 초기 요법 내성을 정확하게 예측하며, 즉, 높은 LSC17 점수를 가진 환자는 동종이계 줄기 세포 이식을 포함한 현재 치료로 좋지 않은 결과를 가진다는 것으로 밝혀졌다 (Ng SW et al. Nature. 2016;540(7633): 433-37). 따라서, 높은 LSC17 점수를 가진 샘플이 화합물 D에 더 민감성이라는 본 연구결과는 화합물 D가 현재 화학요법에 내성인 불응성 AML을 표적으로 할 수 있음을 나타낸다. 더욱이, 화합물 D가 AML 반응자보다 정상 조혈 이식편에 미치는 영향이 더 적다는 관찰은 높은 LSC17 점수를 가진 AML 환자에서 화합물 D 효능을 뒷받침한다.
6.3. 화합물 D에 대한 급성 골수성 백혈병의 반응도 및 화합물 D의 효능에 대한 잠재적 예측 바이오마커의 발견
다음은 i) 더 많은 수의 AML 샘플에 대한 실험을 수행하여 화합물 D에 대한 AML의 효능 및 내성의 비를 결정하고; ii) AML 환자 샘플에 대한 RNA Seq 분석을 통해 화합물 D에 대한 AML 반응/내성을 예측할 수 있는 잠재적 바이오마커를 확인하는데 사용될 수 있는 검정의 예이다.
6.3.1. 물질 및 방법
시험 동물, 세포주/세포 배양, 및 검정 물질 및 시약에 대한 세부사항은 섹션 6.2.1에 제공되어 있다.
6.3.2. 실험 절차
6.3.2.1. RNA-Seq
리보핵산 (RNA)을 원발성 백혈병 세포로부터 추출하고, 바이오분석기를 사용하여 정량화 및 적성화하고, RNA-Seq에 대해 시행하였다. 섹션 6.1에 기재된 연구에서 화합물 D의 효과에 대해 시험된 2개의 샘플 (110500 및 90191)을 포함한, AML로 진단된 총 33명의 환자를 RNA-Seq 분석에 사용하였다.
6.3.2.2. LSC17 점수를 위한 나노 스트링
RNA-Seq에 대해 추출된 리보핵산을 또한 LSC17 점수를 결정하기 위해 나노 스트링 분석을 위해 보내졌다. 요소 화학 검정을 사용하여 나노스트링에 대한 각각의 샘플에 대해 5 μL의 150 ng RNA로 분석을 수행하였다. 공지된 LSC17 높은 점수와 낮은 점수를 가진 20개의 샘플을 대조군으로서 역할을 하기 위해 나노스트링 분석을 위해 제출하였다.
6.3.2.3. 스톡 용액의 제조 및 화합물 D의 희석
동물에게 투약하기 위한 화합물 D의 용액을 제조하기 위해 뒤따르는 절차는 섹션 6.2.3.3에 기재되어 있다.
시험관내 실험을 위한 스톡 용액 및 희석액은 다음과 같이 제조하였다: 화합물 D를 먼저 무수 디메틸 술폭시드 (DMSO)에 용해시켜 1M 농도에 도달한 다음에, 세포 배양을 위한 완성된 배지에서 상이한 농도 (10 mM, 10 μM, 1 μM)로 연속적으로 추가 희석하였다. 시험관내 배양을 위한 화합물 D의 최종 농도는 3 nM, 30 nM, 및 100 nM이었다.
6.3.2.4. AML에 대한 생체내 화합물 D 효능
면역-결핍 NOD/SCID 마우스를 AML 이식 전날 준치사량으로 방사선조사하고 (225cGy) 항-CD122 항체로 처리하여 잔류 마우스 NK 세포를 근절하였다. 각각의 환자로부터 원발성 AML 세포를 마우스당 세포 용량 5x106개로 마우스 우측 대퇴골에 대퇴골내 주사하였으며, 샘플당 10마리의 마우스가 이식되었다. 화합물 D 및 비히클 처리를 이식 후 21일차에 시작하였다. 화합물 D를 4주 동안 3시간 간격으로 1일 2회 2.5 mg/kg으로 복강내 (IP) 투여하였다. 각각의 처리 전에, 화합물 D를 용액에 새로 용해시켰다. 비히클은 화합물 D 화합물이 없는 동일한 용액이었고 화합물 D 처리와 동일한 치료 일정으로 동일한 부피 (50 μL/마우스)로 대조군-처리된 마우스에 제공하였다. 각각의 환자 샘플에 대해, 각각의 처리군은 5마리의 마우스를 가졌다.
처리가 완료된 후, 주사된 우측 대퇴골 (RF) 및 주사되지 않은 골수 (BM, 좌측 대퇴골, 2개의 경골 포함) 둘 다로부터 세포를 수확하고, AML의 생착 수준을 사정하기 위해 인간 항체로 염색하였다. 염색에 사용된 항체는 다음을 포함하였다: 마우스 항-인간 CD45-APC, CD15-FITC, CD34-APC7, CD38-PC7 (BD 바이오사이언시즈, 미국), CD14-PE, CD33-PC5 (베크만 쿨터, 미국), CD19-V450, CD19-AF700, CD11b-APC7, CD34-BV421 (BD 바이오사이언시즈, 미국), 및 아이오딘화프로피듐 (PI; 인비트로겐(Invitrogen), 미국).
6.3.2.5. GSPT1 발현, 아폽토시스, 및 원발성 백혈병 세포의 콜로니 성장에 대한 화합물 D의 효과에 대한 시험관내 검정
생존가능하게 동결된 원발성 백혈병 세포를 해동하고 다수의 인간 성장 인자가 보충된, 이소코브(Iscove) 변형 둘베코 배지 플러스 15% BIT 혈청 대체물 (스템 셀 테크놀로지(Stem Cell Technology), 캐나다)에서 현탁 배양물에 플레이팅하였다. 화합물 D를 표시된 농도로 배양물에 첨가하였다.
GSPT1 발현을 위해, 세포내 유동 세포측정 (FACS)을 알렉사 플루오르 647과 접합된 GSPT1로 세포를 염색함으로써 배양 중 24시간에 수행하였다. 아폽토시스를 위해, 세포를 배양 중 24시간에 수확하고 아넥신 V-PE 및 7-아미노악티노마이신 D (7AAD) (BD 바이오사이언시즈, 미국)로 염색하였다.
화합물 D, 또는 대조군을 위한 DMSO의 존재 하에, 성장 인자가 보충된 반고체 배양에서 콜로니 검정을 수행하였다. 콜로니를 14일차에 계수하였다.
6.3.2.6. 이종이식편 AML 모델에서 GSPT1 발현에 대한 화합물 D의 생체내 효과
AML 세포로 이식 4주 후, 마우스를 2.5 mg/kg의 화합물 D로 1일 2회 총 3회 용량으로 처리하였다. 마지막 처리 4시간 후, 각각의 마우스의 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM 둘 다로부터 세포를 수확하고 CD45-FITC (BD 바이오사이언시즈, 미국)로 염색하고, 고정 및 투과시켰다. 이어서 세포를 세포내 FACS에 대해 GSPT1-알렉사 플루오르 647로 염색하여 생착된 백혈병 세포에서 GSPT1의 발현을 검출하였다.
6.3.2.7. 데이터 분석
주사된 대퇴골 및 주사되지 않은 대퇴골에서 AML 세포의 생착을 유동 세포측정에 의해 분석하였다. 그래프 및 통계 분석은 그래프패드 프리즘 소프트웨어로 생성시켰다. 통계적 유의성은 일원분산 분석 (ANOVA)에 이어서 터키의 다중 비교 사후 검정을 사용하여 사정하였다.
6.3.3. 화합물 D에 대한 급성 골수성 백혈병 샘플의 이질적인 반응
임상적 특징을 가진 총 31명의 환자 샘플 (표 5)을 이종이식편 검정으로 시험하여 마우스에서 AML에 대한 화합물 D의 효능을 결정하였다. 백혈병 생착은 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM에서 CD45+CD33+ 집단의 백분율에 의해 사정하였다. 일부 샘플은 BM (120347, 130311, 5786, 및 141104)에서 매우 낮거나 검출불가능한 백혈병 세포로 낮은 수준에서 마우스 RF만 재집단화하였다. 환자 90156은 분석 당시 마우스 RF 또는 BM을 재집단화하지 않았다. 다른 AML 샘플은 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM 둘 다에 생착되었다 (도 11). 생착된 샘플의 대다수 (28개 중 24개)는 화합물 D에 대한 이전 파일럿 연구와 일치하여 화합물 D에 대해 유의하고 극적인 반응을 가졌다. 화합물 D는 이들 반응성 샘플에서 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM 둘 다에서 AML 부담을 감소시켰으며 한편 BM에서의 백혈병 세포는 화합물 D에 대해 더 극심한 반응을 가졌다 (도 11). 일부 샘플은 덜 반응했고 수개의 샘플은 화합물 D에 내성이 있었는데, 이는 화합물 D가 AML에 대해 강력하지만, 반응도가 AML 샘플 간에 다양하였음을 나타낸다.
표 5: 급성 골수성 백혈병을 가진 31명의 환자로부터의 샘플의 분자 특징화
Figure pct00015
Figure pct00016
AML = 급성 골수성 백혈병; Dx = 진단; Flt3-ITD = fms 유사 티로신 키나제 3-내부 순차 중복; Flt3-TKD = fms 관련 티로신 키나제 3-티로신 키나제 도메인; ID = 식별; LPD = 림프증식성 장애; MDS = 골수이형성 증후군; MPN = 골수증식성 신생물; MRC = 골수이형성-관련 변화; NHL = 비호지킨 림프종; NPM1 = 뉴클레오포스민 1.
6.3.4. 화합물 D는 원시 급성 골수성 백혈병 세포의 분화를 유도한다
화합물 D가 마우스에서 AML에 대해 극적인 효과를 갖는다는 관찰과 함께, 화합물 D가 원시 백혈병 세포를 표적으로 하고 분화를 유도하는지 여부에 대한 질문은 AML 세포가 환자에서 분화 및 성숙화 차단을 가진 미성숙 모세포이기 때문에 다음으로 조사되었다. 초점을 맞춘 샘플은 화합물 D 처리 후 마우스에서 여전히 분명한 잔류 백혈병 세포를 갖는 샘플이었다. 도 12a에 나타낸 바와 같이, 3개의 대표적인 샘플은 화합물 D 처리 후 골수성 분화 마커 CD15의 분명한 증가된 발현을 가졌다. 화합물 D는 또한 환자 120287의 이식편에서 단핵구 세포 마커 CD14의 발현을 유도하였다. 환자 샘플 120093이 이식된 마우스로부터 수확된 세포의 대다수는 CD15 발현이 결핍된 CD34+ 원시 세포였다. 화합물 D 처리는 CD15 발현을 유도하고, 병행하여, CD34+ 세포 집단을 감소시켰는데, 이는 이 샘플에서 화합물 D가 CD34+ 원시 세포를 표적화하고 분화했음을 나타낸다. 화합물 D는 또한 CD14+ 또는 CD11b+ 세포의 감소와 함께 환자 샘플 100348 및 130826의 이식편에서 CD34+ 세포를 감소시켰다 (도 12b). 그러한 2개의 샘플과 달리, 화합물 D는 나머지 이식편에 더 많은 잔류 CD34+ 원시 세포와 함께 100474의 CD14+ 세포만을 제거하였다. CD11b는 또한 골수성 분화 마커이며 또 다른 골수성 분화 마커 CD15의 증가된 발현과 병행하여 환자 150250 이식된 세포에서 증가되었다. 그러나, 화합물 D는 환자 130826의 CD34+ 세포의 감소와 함께 CD11b+ 백혈병 세포를 감소시켰다 (도 12b). CD15, CD14 및 CD34 양성 집단의 변화는 도 12c-12e에 요약되어 있으며 화합물 D 처리 후 3가지 상이한 패턴이 명백하다: AML 이식편에서 집단의 증가, 감소, 또는 변화 없음. CD34+ 원시 세포의 감소 및 CD15+ 및/또는 CD14+ 세포의 증가를 가진 샘플은 화합물 D에 잘 반응하는 샘플 (예컨대 환자 샘플 110555, 110500, 및 120093)이다. 화합물 D에 반응하지 않거나 제대로 반응하지 않은 샘플은 CD34+ 원시 세포에서 변화가 없거나 심지어 증가했으며, 한편 화합물 D에 대한 일부 반응성 샘플은 또한 그의 이식편에서 CD34+ 세포를 증가시켰다. 골수성 분화 마커인 CD15 및 CD14의 발현 증가는 화합물 D에 내성이 있거나 반응성이 좋지 않은 샘플에서는 관찰되지 않았다. 현재 연구는 화합물 D는 총 AML 이식편을 극적으로 제거하여 원시 및 분화 백혈병 세포 둘 다의 절대 수가 유의하게 감소되었고, 화합물 D는 원시 백혈병 세포를 표적으로 하고 적어도 일부 샘플에서 골수성 분화를 발생시켰다. 화합물 D가 자기-재생 능력을 가진 LSC를 표적으로 하는지 여부를 결정하기 위해 2차 이식을 수행할 수 있다.
6.3.5. 급성 골수성 백혈병을 치료하기 위한 화합물에 대한 반응에 대한 바이오마커의 확인
6.3.5.1. 화합물 D 반응도 및 나노 스트링에 의한 점수와의 관계
급성 골수성 백혈병은 표현형 및 유전적으로 이질적인 악성 혈액학적 질환의 군이며, 임상 유도 요법에 대한 그의 반응도는 환자마다 다르다. 어떤 종류의 환자가 화합물 D에 더 잘 반응하고 화합물 D가 임상 요법에 내성이 있는 샘플에 영향을 미치는지 여부를 결정하기 위해, RNA-Seq를 환자 세포 상에서 수행하여 연구에서 사용된 샘플의 유전자 발현 프로필을 특징화하였다. RNA-Seq와 병행하여, 환자 샘플로부터 추출한 RNA는 상기 기재된 LSC17 점수를 결정하기 위해 나노스트링 분석을 위해 보내졌다. 총 33개의 AML 샘플 (현재 SRA 수정안에서 사용된 31개 샘플 및 이전 파일럿 SRA 연구로부터의 2개 샘플 포함)이 나노스트링 분석을 위해 제출되었다. LSC17 점수에 대해 이전에 결정된 20개의 샘플을 대조군으로 병행하여 시행하였다. 분석된 33개의 AML 샘플 중, 6개만이 낮은 LSC17 점수를 가졌으며 (표 6 참조), 이는 아마도 연구를 가능하게 하는데 필요한 기준: 이종이식편의 높은 생착 능력을 가진 샘플의 사용 및 많은 수의 바이오뱅크 바이알을 갖는 것으로 인한 것일 수 있다. 이러한 샘플은 전형적으로 결과가 좋지 않은 공격적인 질환으로부터의 것으로 특징화되므로 높은 LSC17 점수를 갖는다.
표 6: 급성 골수성 백혈병 샘플 - LSC17 점수를 위한 나노스트링
Figure pct00017
Figure pct00018
ID = 식별; LSC = 백혈병 줄기 세포; RNA = 리보핵산.
a 일부 샘플 (120347, 130311, 5786, 및 141104)은 BM (주사되지 않은 골수)에서 매우 낮거나 검출불가능한 백혈병 세포로 낮은 수준에서 마우스 RF (주사된 우측 대퇴골)만을 재집단화하였다. 환자 90156은 분석 당시 마우스 RF 또는 BM을 재집단화하지 않았다.
b 섹션 6.1에 기재된 바와 같이 파일럿 SRA 연구에서 연구된 샘플.
높고 낮은 LSC17 점수의 분류를 위한 참조 값은 표 7에 제시되어 있다.
표 7: 나노스트링 분류를 위한 참조 값
Figure pct00019
hi = 높은 점수; ID = 식별; lo = 낮은 점수.
도 12에 나타낸 바와 같이, 3개의 하위군으로 그룹핑할 수 있는 샘플 간에 이질적인 반응이 있었다 (도 13). 비히클-처리된 RF 및 BM 조직에서 10% 미만으로 마우스에 생착된 샘플은 효능 분석에 대해 너무 낮은 것으로 간주되어 제외되었다. 17개의 샘플은 대부분의 백혈병 세포가 근절됨에 따라 그의 RF에서 화합물 D에 대해 극적인 반응을 가졌으며, 14개의 샘플은 그의 BM에서 유사한 반응을 나타냈다 (> 80% 감소, 군 1). 또 다른 10개 샘플은 괜찮은 반응을 가졌으나 그의 RF에서는 군 1보다 적었으며, BM에서는 6개 샘플에 대해 유사한 반응을 가졌다 (50 내지 75% 감소, 군 2). 나머지 9개 샘플은 RF에서 25% 미만 감소로 좋지 않은 반응을 가졌다. 9개 샘플 중 4개는 주사된 RF에서 화합물 D에 전혀 반응하지 않았고, 6개 샘플 중 3개는 BM에서 어떤 AML 감소도 없었다 (군 3). 다음으로 화합물 D의 효능은 높은 LSC17 점수와 낮은 LSC17 점수의 분류를 기반으로 하여 분석하여 이들이 화합물 D에 대한 AML 샘플의 반응도와 연관되었는지 여부를 살폈다. 낮은 LSC17 점수를 가진 한 샘플은 주사된 우측 대퇴골에서 화합물 D에 반응성이지 않았으며 주사되지 않은 골수에서 25% 미만의 감소를 가졌지만, 낮은 LSC17 점수를 가진 다른 7개 샘플은 화합물 D에 매우 잘 반응하였다 (50% 초과 감소, 도 13). RF에서의 9명의 무반응자 중 8명은 높은 LSC17 점수를 가졌으며, 그러한 8명의 무반응 샘플 중 5개 샘플은 또한 BM에서 좋지 않은 반응을 나타냈다. 흥미롭게도, 임상 화학요법에 대한 내성으로 더 좋지 않은 예후를 가져야 하는 높은 LSC17 점수를 가진 샘플의 대다수는 50% 초과의 백혈병 감소로 화합물 D에 잘 반응하였다. 샘플의 대다수가 80% 초과의 백혈병 감소 (RF에서 13개 및 BM에서 17개, 도 13)와 함께 매우 인상적인 반응을 가졌으며, 이는 화합물 D가 높은 LSC17 점수를 가진 대부분의 샘플로부터의 AML 세포에 대해 매우 강력함을 나타낸다.
6.3.5.2. 화합물 D에 대한 AML 반응을 예측하기 위한 유전자 발현 바이오마커
다음으로 RNA-Seq로부터 생성된 환자 샘플의 유전자 발현 프로필을 분석하여 화합물 D에 대한 AML 반응을 예측할 수 있는 바이오마커를 찾았다. 26개의 샘플이 분석에 적격하였다. LSC17 점수 및 평균 LSC+ 및 LSC- 유전자 발현 프로파일과의 상관관계는 아마도 현재 연구에 사용된 대부분의 샘플이 화합물 D에 의한 높은 LSC 점수 및 높은 AML 감소 백분율을 가졌기 때문에 AML 감소 백분율과 유의하게 연관되지 않았다. 따라서 낮은 LSC 점수를 가진 샘플 수를 증가시키면 유의한 추세를 검출할 기회가 크게 높아질 것이다.
다음으로, 시그니처 유전자의 선택을 안내하기 위한 반응으로서 AML 감소의 백분율을 사용함으로써 화합물 D에 대한 반응을 예측할 수 있는 최적화된 하위-점수를 구하였다. 샘플의 75 퍼센트 (n = 20)는 훈련용으로 사용되었고 나머지 25% 샘플 (n = 6)은 시험용으로 사용되었다. LSC17 및 43개의 LSC+ 유전자 (섹션 6.1 참조)가 훈련 및 시험을 위해 선택되었을 때, 높은 정확도로 반응을 예측하는 어떤 시그니처도 발견되지 않았다.
그러나, 중간 정도의 정확도로 AML의 퍼센트 감소를 예측할 수 있는 89개의 LSC 유전자 (섹션 6.1 참조) 중에서 4-유전자 점수가 확인되었다 (도 14 패널 A, r = 0.77, p = 0.10). "반응" 또는 "무반응" (무반응에 대한 컷-오프는 25% 감소임)에 대해 이 연구에서 사용된 모든 샘플로부터의 점수 중앙값에 의해 예측을 이산화하는 것이 또한 점수와 % 감소 (도 14 패널 B, r = 0.87, p = 0.02) 사이의 연관성을 나타냈다. 4개의 시그니처 유전자와 그의 표준화된 가중치는 표 8과 하기 알고리즘에 나타냈다:
4-유전자 점수 (LSC4 시그니처 점수) = (TNFRSF4 × - 1.13) + (SLC4A1 × 13.59) + (SLC7A7 × - 3.57) + (AIM2 × - 3.04).
양의 가중치는 연관된 유전자의 더 높은 발현이 실험에서의 퍼센트 감소를 증가시킬 것임을 시사하며, 한편 음의 가중치는 연관된 유전자의 더 높은 발현이 퍼센트 감소를 감소시킬 것임을 시사한다. TNFRSF4는 LSC+ 샘플에서 높게 발현되고 단백질은 진단 샘플과 비교하여 재발에서 유의하게 더 높게 발현되며, 여기서 종종 더 높은 LSC 빈도가 재발에서 관찰되는 경우이다. 나머지 3개의 시그니처 유전자는 LSC- 샘플에서 더 높게 발현된다.
표 8: 4-유전자 점수에서의 LSC 시그니처 유전자 및 상응하는 가중치
Figure pct00020
LSC = 백혈병 줄기 세포.
4개의 유전자 중 3개가 LSC- 샘플에서 더 높게 발현되었기 때문에, 다음으로 LSC- 데이터를 예측 하위-점수에 대해 분석하였다. 46개의 LSC- 유전자에 대한 시그니처 훈련은 AML 감소를 예측하는 3-유전자 점수 (하기 참조)를 발생시켰으며, 앞서 언급한 4-유전자 점수와 비교할 때 매우 유사한 결과를 나타냈다.
실제로, 3-유전자 하위-점수를 포함하는 3개 유전자는 4-유전자 하위-점수: SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2 (도 14 패널 C)의 3 LSC-유전자였으며, 이는 LSC- 샘플이 화합물 D에 더 잘 반응할 수 있음을 나타낸다. 3-유전자 점수는 다음과 같다:
3-유전자 점수 (LSC3 시그니처 점수) = (SLC4A1 × 13.59) + (SLC7A7 × - 3.57) + (AIM2 × - 3.04).
요약하면, 4-유전자 점수 및 3-유전자 점수는 화합물 D에 대한 반응과 잘 상관관계가 있다.
6.3.5.3. 화합물 D 반응과 관련된 샘플의 임상적 특징화
임의의 임상 프로파일이 화합물 D 반응과 관련되어 있는지 여부를 결정하기 위해 샘플의 임상적 특징을 조사하였다. 속발성 및 재발성 AML 환자로부터 수집된 세포는 RF 및 BM 둘 다에서 신생 AML 환자로부터의 세포와 유사한 화합물 D 반응을 가졌다 (도 15a). 불리한 예후를 가진 환자는 마우스에서 AML 이식편 감소의 중앙값 백분율을 기준으로 하여, 중간 예후를 가진 샘플보다 훨씬 더 나은 반응을 가졌지만 차이는 유의하지 않았다 (도 15b). 대개 불리한 예후를 갖는 비정상 핵형을 가진 환자는 또한 정상 핵형을 가진 샘플보다 더 나은 반응을 가졌다 (도 15c). Flt3-ITD를 가진 세포유전학적 정상 AML 샘플은 대개 더 나은 예후를 갖는 야생형 FLt3을 가진 샘플과 비교하여, 주사된 RF에서 화합물 D에 대해 약간 더 적은 반응을 가졌으나 BM에서 유사한 반응을 가졌다 (도 15d). 여기에서 분석된 환자 샘플의 수는 제한적이긴 하지만, 비정상 세포유전학 및 불리한 예후를 가진 재발성 또는 속발성 AML의 샘플은 중간 예후를 가진 신생 진단된 AML 샘플과 유사한 수준으로 화합물 D에 반응성이다.
6.3.6. GSPT1은 생체내 화합물 D에 의해 표적화되고 분해되었다
AML에 대한 화합물 D의 효과에 기본적인 메커니즘은 화합물 D가 E3 유비퀴틴 리가제 복합체의 세레블론에 GSPT1을 동원함으로써 번역 종결자 GSPT1을 분해한다는 것이다. 생체내 화합물 D 처리가 마우스의 AML 세포에서 GSPT1을 감소시켰는지 여부 및 GSPT1 분해가 AML 이식편 감소에 책임이 있는지 여부를 다음으로 조사하였다. GSPT1이 생체내 치료에 사용되기 전에 화합물 D에 의해 AML 세포에서 감소될 수 있는지 여부를 결정하기 위해 일부 샘플을 시험관내 시험하였다. 이전에 수행된 파일럿 실험과 유사하게, 화합물 D에 대한 AML 세포의 노출은 GSPT1 발현을 감소시켰다 (도 16a). 증가된 아폽토시스는 살아있는 세포의 감소 (도 16c)와 함께 24시간 내에 관찰되었다 (도 16b). 콜로니-형성 검정은 화합물 D가 콜로니 형성 백혈병 전구체를 억제함을 나타냈고 (도 16d), 이는 화합물 D가 백혈병 세포에서 GSPT1을 분해하고 아폽토시스 유도를 통해 백혈병 세포 및 백혈병 전구체 둘 다의 증식을 억제한다는 것을 나타낸다.
다음으로 화합물 D가 또한 이종이식편에서 아폽토시스를 유도하는지 여부를 다음에 조사하였다. 4주 화합물 D 처리 후, 수확된 세포를 아폽토시스 및 죽은 백혈병 세포를 검출하기 위해 아이오딘화프로피듐 (PI)으로 염색하였다. PI+ 사건의 수는 마우스 골수에서 유의하게 증가되었으며, 이는 화합물 D 투여가 아폽토시스 및 세포 사멸의 유도를 발생시켰다 (도 17). GSPT1이 생체내 화합물 D 투여에 의해 또한 분해될 수 있는지 여부를 결정하기 위해, 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM 둘 다에서 GSPT1의 수준을 사정하기 위해 세포내 유동 세포측정을 위해 3회 용량의 화합물 D 처리 후 백혈병 세포를 수확하였다. GSPT1의 수준은 시험된 17개 샘플의 대다수에서 RF 또는 BM, 또는 RF 및 BM 둘 다에서 감소된 것으로 밝혀졌다 (도 18a). 화합물 D는 주사되지 않은 BM에서보다 주사된 RF에서 GSPT1을 더 극심하게 분해하는 것으로 보인다. 더 많은 샘플은 RF에서보다 주사되지 않은 BM에서 더 적은 GSPT1 감소를 가졌다. 아마도 이것은 이들 부위 간의 틈새 또는 혈액 공급의 차이를 반영하며; 대퇴골내 (IF) 주사는 세포 주사 전에 대퇴골강을 넓혀 제거하는 것을 수반한다. 화합물 D에 의한 GSPT1 감소 수준은 샘플 사이에 다양했고, 화합물 D에 대한 백혈병 세포의 반응도와 상관관계가 없었다 (도 18b). 화합물 D에 잘 반응한 일부 샘플은 RF 및 BM 둘 다에서 분명한 GSPT1 감소를 가졌지만 (예를 들어 Pt120287 및 110555), 다른 화합물 D 반응자는 극적인 GSPT1 감소를 나타내지 않았다 (예컨대 Pt130607 및 150250). 일부 샘플에서 GSPT1의 감소는 RF와 BM 사이에 상이하였으며, 예를 들어, Pt 130826과 150238은 RF와 BM에서 반대 GSPT1 반응을 가졌다. 짧은 화합물 D 처리 후 GSPT1 감소의 복잡한 관찰은 AML 샘플 간의 이질적인 반응 때문일 수 있다. 각각 AML 샘플에 대한 생체내 GSPT1 감소를 정확하게 포착하기 위해 화합물 D 처리의 상이한 지속기간을 수행하여야 한다. 그럼에도 불구하고, 결과는 대부분의 샘플에서, GSPT1이 시험관내 및 마우스에서 화합물 D에 의해 분해될 수 있음을 나타냈다. 그러나, GSPT1 분해가 화합물 D에 대한 AML 반응을 예측하는 바이오마커가 될 수 있는지 여부를 결론짓기 위해서는 더 많은 샘플을 시험하여야 한다.
6.3.7. 결론
31개의 AML 샘플에 대한 연구는 세레블론 조정제 화합물 D가 불리한 예후 및 높은 LSC17 점수를 가진 샘플을 포함한, 전임상 마우스 모델에서 AML에 대해 매우 강력함을 나타냈다. 화합물 D에 대한 AML 반응을 예측한 LSC-연관 유전자의 하위-점수가 발견되었다.
높은 LSC17 점수를 가진 환자는 대개 결과적인 더 좋지 않은 예후를 가진 표준 백혈병 화학요법에 내성이 있다. 현재 연구에서 관찰은, 예컨대 LSC17 스코링 방법을 사용하는 것으로부터 이러한 환자가 신속하게 확인되는 경우 1차 유도 요법의 맥락에서 질환이 더 공격적인 AML 환자를 위한 새로운 치료제로서 화합물 D가 임상 시험에 적용가능할 수 있다. RNA-Seq로부터의 LSC-연관 유전자의 추가 분석은 화합물 D에 대한 백혈병 반응도를 예측할 수 있는 4-유전자 세트 점수를 생성하였다. 4개 유전자 중 3개는 4-유전자 점수와 유사한 예측 기능을 가진 LSC- 유전자이다.
화합물 D에 의한 아폽토시스 및 세포 사멸의 유도에 더하여, 마우스에서 화합물 D 처리 후 AML 세포의 표현형에 대한 FACS 분석은 화합물 D가 또한 골수성 분화 마커 CD15, CD14, CD11b를 포함한 일부 반응 샘플에서 세포 표면 마커를 변화시켰음을 나타냈으며, 이는 치료된 환자 샘플의 적어도 일부가 백혈병 분화의 유도와 함께 화합물 D에 반응했음을 시사한다. 병행하여, AML 이식편에서의 CD34+ 원시 세포의 비율이 또한 화합물 D 처리에 의해 감소되었다. 섹션 6.4에 기재된 제한 희석 검정 (LDA)을 사용한 2차 이식 실험은 화합물 D가 또한 연속 이식에서 AML을 재현할 수 있는 기능적 LSC가 표적으로 하는지 여부를 나타낼 수 있다.
종합해서, AML에 대한 세레블론 조정제 화합물 D의 효과에 대한 연구를 통해, 화합물 D는 인간 AML에 대한 전임상 마우스 모델에서 AML에 대한 강력한 억제 효과를 갖는 것으로 나타났다. 이들 관찰은 더 좋지 않은 예후 및 내화학성을 가진 환자를 치료하기 위한 향후 임상 시험에서 화합물 D에 대한 중요한 의미를 제공하며 결과는 화합물 D가 AML 재발의 가능성을 감소시킬 수 있음을 시사한다.
6.4. 2차 이식 제한 희석 검정으로 급성 골수성 백혈병 줄기 세포에 대한 화합물 D의 효과 조사
6.4.1. 물질 및 방법
6.4.1.1. 시험 동물
이 연구에서 사용된 NOD/SCID 마우스는 치료 시작 시 20 그램의 평균 체중을 가진 10주령 암컷이었다.
6.4.1.2. 세포주/세포
이들 연구에서 사용된 모든 환자 샘플은 프린세스 마가레트 백혈병 은행에 의한 사전 동의 하에 수집되었고, 피콜 구배 원심분리에 적용되어 생존가능한 동결보존을 위한 단핵 세포를 수득하였다. 모든 샘플을 연구에 사용하기 전에 NOD/SCID 마우스에서 생착 능력에 대해 시험하였다. 최종 화합물 D 처리 다음날, 비히클 또는 화합물 D로 처리된 마우스를 희생시켰다. 마우스에서 AML 이식편에 대한 화합물 D 효능을 사정하기 위한 FACS 분석을 위해 분취된 우측 대퇴골 (RF; AML 세포 주사됨) 및 주사되지 않은 골수 (BM: 좌측 대퇴골에 더하여 좌측 및 우측 경골)로부터 세포를 별도로 수확하였다. 각각의 처리군의 동일한 조직 (RF 또는 BM)으로부터의 나머지 세포를 조합하고 향후 2차 이식을 위해 생존가능하게 동결시켰다. 2차 이식을 위해, 동결된 세포를 조심스럽게 해동하고, 여과하여 죽은 세포를 제거한 다음에, 인간 백혈병 세포를 마우스 세포 고갈 공정 (마우스 세포 고갈 키트, 카탈로그 번호 130 104-694, 밀테니 바이오텍)을 통해 정제하였다. 정제된 세포를 계수하고, LDA용으로 희석하고, 방사선조사된 속발성 암컷 NOD/SCID 마우스에 대퇴골내 주사하였다.
6.4.1.3. 검정 물질 및 시약
NOD/SCID 이종이식편에 생착된 인간 AML 세포는 인간 CD45 (dim 수준) 및 CD33의 세포 표면 마커 발현을 통해 확인되었다. 하기 항-인간 항체의 조합을 사용하여 2차 이종이식편에서 인간 AML 세포를 검출하였다: CD45-알로피시아닌 (APC; 카탈로그 번호 340943, BD, 미국), CD33-피코에리트린-시아닌 5 (PE-Cy5; 카탈로그 번호 PN IM2647U, 베크만 쿨터, 미국), CD19-V450 (카탈로그 번호 560353, BD 바이오사이언시즈, 미국), CD14-PE (카탈로그 번호 PN IM0650U, 베크만 쿨터, 미국), CD15-플루오레세인 이소티오시아네이트 (FITC; 카탈로그 번호 347423, BD, 미국), CD34-APC-Cy7 (카탈로그 번호 624072, BD 바이오사이언시즈, 미국), 및 CD38-PE-Cy7 (카탈로그 번호 335790, BD, 미국).
6.4.2. 실험 연구 설계
화합물 D가 처리된 1차 마우스에서 자기-재생 능력을 가진 LSC를 표적으로 하는지 여부를 조사하기 위해 LDA를 포함한 이 연구에서 2차 이식을 수행하였다.
6.4.3. 실험 절차
6.4.3.1. 2차 이종이식편 제한 희석 검정
제한 희석 검정: 제한 희석 검정을 사용하여 1차 마우스의 총 백혈병 이식편에서의 백혈병 줄기 세포의 빈도를 정의하였다. 따라서, 2차 이식에서 LDA의 분석은 화합물 D가 1차 마우스에서 자기-재생 능력을 가진 백혈병 줄기 세포를 표적으로 하는지 여부를 정량적으로 결정할 수 있게 할 것이다. 이를 위해, 다중 세포 용량을 2차 이식에 사용하여 양성 반응 (높은 세포 용량에서 생착된 마우스) 및 음성 반응 (가장 낮은 세포 용량에서 생착되지 않은 마우스)을 둘 다 달성하였다. 각각의 처리군 (1백만, 500,000, 50,000 및 2000개 세포/마우스)에 대해 4가지 상이한 AML 세포 용량을, 세포 용량당 5마리 마우스, 각각의 백혈병 이식편 샘플에 대해 총 40마리 마우스로 사용하였다. 공격적인 것으로 간주된 임의의 샘플의 경우, LDA는 더 낮은 세포 용량으로 수행되었다. LSC의 빈도는 워터 앤드 엘리자 홀 인스티투트 (WEHI) 생물정보학 극한 제한 희석 분석 (ELDA) 소프트웨어 (bioinf.wehi.edu.au)를 사용하여 분석하였다.
대퇴골내 이식: 이식 하루 전, NOD/SCID 마우스를 준치사량으로 방사선조사하고 (275 cGy) 항-CD122 항체 (200 μg/마우스)로 미리 처리하여 잔류 숙주 자연 살해 세포를 고갈시켰다. 이식 당일에, 조합된 비히클- 또는 화합물 D-처리된 (2.5 mg/kg 14일 동안 1일 2회 복강내, 섹션 6.1) 1차 마우스로부터 수확된 생존가능하게 동결된 세포를 해동하고, 계수하고, 마우스 세포를 고갈시키고, 30 μl의 총 부피로 제한 용량으로 미리 처리된 2차 마우스에 대퇴골내 이식하였다. 낮은 인간 AML 생착 (< 25%)을 가진 화합물 D-처리된 샘플의 경우, RF 및 BM 둘 다로부터의 세포를 조합하고 높은 인간 AML 세포 순도를 보장하기 위해 2 라운드의 마우스 고갈을 수행하였다. 순도가 90% 초과를 나타낸 마우스 세포 고갈 후 LSRII 유동 세포측정기 (BD, 미국) 상에서 유동 세포측정 검정을 수행하였다. 화합물 D에 잘 반응하지 않은 샘플/백혈병 이식편의 경우 (예를 들어, 수는 감소되었음), 더 높은 백혈병 집단을 고려해 볼 때 RF 또는 BM로부터의 세포만을 사용하여 LDA를 수행하였다. 밀테니 바이오텍 (마우스 세포 고갈 키트, 카탈로그 번호 130-104-694, 밀테니 바이오텍, 독일)에서 제공한 지침서에 따라 마우스 세포 고갈을 수행하였다.
치료 및 검정 절차: 2차 이식 후 10 내지 12주에, 마우스를 안락사시키고 주사된 (RF) 및 주사되지 않은 골수 (BM) 둘 다를 수집하여 부유된 골수 세포에 대해 플러싱하였다. 주사된 골수와 주사되지 않은 골수의 AML의 생착을 인간-특이적 항체를 사용하여 유동 세포측정에 의해 분석하였다. 수확된 세포를 각각의 처리군의 주사 및 주사되지 않은 골수로부터 풀링하고 향후 분석을 위해 생존가능하게 동결시켰다.
주사된 우측 대퇴골 및 주사되지 않은 대퇴골로부터 수확된 세포를 상기 기재된 바와 같이 마우스 항-인간 항체로 염색하였다. 염색 후, 세척된 세포를 LSRII 유동 세포측정기 (BD, 미국) 상에서 시행하였다. 각각의 샘플에 대해 총 10,000 내지 20,000개의 사건이 수집되었다. 수집된 데이터를 플로우조 소프트웨어에 의해 분석하여 인간 CD45+CD33+ 세포의 백분율에 의해 결정된 바와 같은 상이한 조직에서 AML 생착 수준을 사정하였다. LSC의 빈도는 WEHI 생물정보학 ELDA 소프트웨어(bioinf.wehi.edu.au)를 사용하여 비히클과 화합물 D 처리군 사이에서 분석되고 비교되었다.
6.4.3.2. 데이터 분석
주사된 대퇴골 및 주사되지 않은 대퇴골에서 AML의 생착을 유동 세포측정에 의해 분석하였다. 그래프패드 프리즘 소프트웨어를 사용하여 그래프를 생성하고 통계 분석을 수행하였다. 통계적 유의성은 일원 분산 분석 (ANOVA)에 이어서 터키의 다중 비교 사후 검정을 사용하여 사정하였다.
6.4.4. 백혈병 줄기 세포를 포함한 이종이식편에서의 급성 골수성 백혈병 모세포의 근절에 대한 화합물 D의 효과
모든 샘플은 상기 기재된 17-유전자 점수를 기반으로 그룹핑되었다. 주사된 RF 및 주사되지 않은 BM 둘 다에서, 샘플의 대다수는 높은 LSC17 점수를 가진 샘플을 포함하여, 화합물 D에 대한 반응자 또는 부분-반응자로 간주되었다 (35개 샘플 중 29개). 높은 LSC17 점수를 갖는 AML 샘플은 전형적으로 더 좋지 않은 예후를 가진 표준 화학요법에 대해 낮은 반응자이기 때문에, 이 데이터는 화합물 D가 좋지 않은 예후를 가진 백혈병을 표적으로 할 수 있고 이들 환자가 불응성 및 재발성 백혈병 환자의 치료를 위한 임상 시험의 좋은 후보가 될 수 있음을 시사하였다.
정지 LSC가 화합물 D에 내성이 있는지를 결정하기 위해, 높은 반응자의 AML 세포의 2차 이식을 수행하였다. 높은 반응자는 백혈병 세포가 화합물 D 처리 후 1차 마우스 골수에서 거의 검출불가능한 샘플로서 확인되었다. 희귀 정지 LSC가 화합물 D 투약 후 잔류 백혈병 세포에서 유지되는 경우, 그러한 정지 LSC는 활성이 되어 연속 이식을 받은 후 2차 마우스를 재집단화할 수 있다. 화합물 D 처리에 의해 근절된 AML 모세포를 갖는 4개의 LSC17 높은 샘플을 5마리의 2차 마우스에 비히클 또는 화합물 D로 처리된 5마리의 1차 마우스로부터 수집된 총 조합 골수 세포를 주사함으로써 2차 이식을 위해 선택하였다 (표 9 참조). 이 방식으로 하나의 1차 마우스로부터 수집된 세포를 임의의 세포 용량 희석 또는 임의의 잔류 세포 손실 없이 하나의 2차 마우스에 주사하였다. AML 환자 130311 및 130826로부터의 세포가 이식된 1차 마우스로부터 수확된 세포는 2차 마우스 (비히클 및 화합물 D-처리된 1차 마우스 둘 다로부터) 중 어느 것도 증식/재집단화하지 않았다. 비히클-처리된 1차 마우스로부터 수확한 AML 환자 150238의 세포는 5마리의 2차 마우스 중 하나만 재집단화하였다. 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 수확된 AML 환자 150238로부터의 세포는 어떤 2차 마우스도 재집단화하지 않았고, 비히클-처리된 1차 마우스로부터 수확된 이 환자로부터의 세포는 5마리의 마우스 중 하나만 재집단화하였다. 비히클-처리된 1차 마우스로부터 수확된 AML 환자 110625로부터의 세포가 5마리의 이식된 2차 마우스 모두를 재집단화하였지만, 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 수확된 세포는 1마리의 2차 마우스의 골수를 재집단화하였다. 추가로, 화합물 D-처리된 마우스로부터의 백혈병 세포는 이식된 2차 마우스의 골수에서 발견되지 않았으며, 이는 화합물 D 반응자의 이 샘플링에서 자기-재생 능력을 가진 LSC가 화합물 D에 의해 표적화되었음을 나타낸다.
표 9: 비히클 및 화합물 D 처리된 1차 이종이식된 마우스로부터의 급성 골수성 백혈병 세포의 2차 이식
Figure pct00021
AML = 급성 골수성 백혈병; BM = 골수 (주사되지 않음); ID = 식별; hi = high; LDA = 제한 희석 검정; LSC = 백혈병 줄기 세포; LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 점수; No. = 수; RF = 우측 대퇴골 (주사됨); Veh = 비히클.
a 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 AML 세포 주사 후 LSC 생착을 가진 1마리의 2차 마우스에서, LSC는 RF (AML 세포 주사됨)가 아닌 주사되지 않은 골수에서만 검출되었다.
급성 골수성 백혈병 세포를 반응자로서 확인된 비히클 또는 화합물 D-처리된 주사된 1차 마우스 (RF 및 BM 둘 다로부터)로부터 단리하고 LDA를 수행하지 않고 2차 마우스에 주사하였다. 주사된 우측 대퇴골의 총 골수 세포 중 1% 초과의 CD45+CD33+ 인간 백혈병 세포를 가진 마우스는 AML LSC에 의해 생착된 것으로 간주된다.
6.4.5. 반응 샘플에서 화합물 D에 의한 백혈병 줄기 세포 제거를 입증하기 위해 수행된 제한 희석 검정
화합물 D가 1차 마우스에서 LSC의 빈도를 감소시켰는지 여부를 결정하기 위해, 잔류 인간 AML 세포를 가진 샘플에 대해 제한 희석 검정을 사용한 연속 이식을 수행하였다. 마우스 골수 세포는 인간 백혈병 세포를 정제하기 위해 수확된 1차 마우스 주사된 우측 대퇴골 및 주사되지 않은 골수로부터 먼저 고갈되었다. 정제된 인간 백혈병 세포를 비히클- 및 화합물 D-처리군에 대해 동일한 세포 수로 2차 NOD/SCID 마우스에 대퇴골내 이식하였다. 각각의 환자 샘플의 각각의 처리군에 대해, 2차 LDA 검정을 위해 적어도 4개의 상이한 세포 용량을 사용하였다. 2차 마우스에는 화합물 D가 투여되지 않았다. 2차 마우스는 이식 후 약 12주에 희생되어 각각의 세포 용량에서 AML의 생착 수준을 사정하였다. 주사된 우측 대퇴골의 총 골수 세포 중 1% 초과의 CD45+CD33+ 인간 백혈병 세포를 갖는 마우스는 AML LSC에 의해 생착된 것으로 간주되었다. LSC의 빈도는 WEHI 생물정보학 ELDA 소프트웨어 (bioinf.wehi.edu.au)를 사용하여 비히클과 화합물 D 처리군 사이에서 분석하고 비교하였다. 대표적인 2차 이식 LDA를 표 10, 표 11, 및 도 19에 나타내어 ELDA 소프트웨어로 LDA를 분석한 방법을 상세히 설명한다. 비히클 또는 화합물 D-처리된 1차 마우스로부터 수확된 AML 환자 130578의 세포를 표시된 세포 용량으로 2차 마우스에 이식하였다 (표 10). 각각의 처리군에 대한 각각의 세포 용량에서 이식 및 생착된 마우스의 수를 요약하고 (표 10 참조) LSC 빈도 계산을 위해 ELDA 소프트웨어에 입력하였다.
표 10: 대표적인 2차 이식 제한 희석 검정: 주사 및 생착 결과
Figure pct00022
No. = 수.
1차 비히클 또는 화합물 D 처리된 마우스로부터 단리된 급성 골수성 백혈병 환자 130578로부터의 연속 희석된 급성 골수성 백혈병 세포의 2차 마우스로의 이식 및 생착을 나타냈다.
군 평균 LSC 빈도에 대한 신뢰 구간을 표 11에, 비히클-처리된 1차 마우스에서 14,536개 세포에서 1개 LSC 및 화합물 D-처리된 1차 마우스에서 136,136개 세포에서 1개 LSC로 추정된 LSC; 비히클과 비교하여 화합물 D 처리 후 LSC 빈도의 9.4배 유의한 감소 (p = 6.2 x 10-5)와 함께 나타냈다. 도 19에 나타낸 대표적인 신뢰 구간 플롯팅에서, 적색 선은 비히클 대조군에서 추정된 군 평균 LSC 빈도를 나타내고 실선은 화합물 D-처리된 1차 마우스에서 추정된 군 평균 LSC 빈도를 나타낸다. 이들 데이터는 AML 환자 130578에서 자기-재생 능력을 가진 LSC가 비히클 대조군과 비교하여 화합물 D에 의해 유의하게 제거되었음을 나타낸다.
표 11: 대표적인 2차 이식 제한 희석 검정: 1차 마우스로부터 단리된 백혈병 줄기 세포 빈도의 신뢰 구간
Figure pct00023
*** = 비히클 대조군에 대한 p < 0.001.
화합물 D- 또는 비히클-처리된 마우스로부터의 급성 골수성 백혈병 환자 130578로부터의 백혈병 줄기 세포 (LSC)의 신뢰 구간의 하한 및 상한으로 추정된 빈도를 워터 앤드 엘리자 홀 인스티투트 극한 제한 희석 분석 소프트웨어 (bioinf.wehi.edu.au로부터 이용가능함)를 사용하여 계산하였으며 1 LSC/총 세포 (예를 들어, 화합물 D의 경우 추정치는 136,136개 세포마다 1 LSC임).
16명의 AML 환자 샘플 (첫 번째 파일럿 연구 [110500, 120846, 100348, 및 09191; 섹션 6.1에서 LDA를 수행한 4개의 샘플 포함)로부터의 2차 이식 LDA의 결과를 표 12에 요약하였다. 3개의 샘플은 하나의 반응자 (120791)와 두 개의 무반응자 (90191 및 140171)를 포함하여 2차 마우스를 재집단화할 수 없었다. 다른 13개 샘플은 1차 마우스에서 화합물 D에 반응성인 8개 샘플, 화합물 D에 부분적으로 반응성인 2개 샘플, 및 3개의 무반응자를 포함하여, 2차 마우스를 재집단화할 수 있었다. 6개의 샘플은 1차 마우스에서 2.1배 내지 13.3배의 감소 수준에서, 화합물 D 투약 후 감소된 LSC 빈도를 가졌다. 반응자 AML 환자 130926의 LDA는 화합물 D가 LSC 빈도를 감소시키지 않았음을 나타냈고, 아마도 개시 세포 용량이 너무 낮았기 때문일 것이다. 화합물 D가 1차 이종이식된 마우스에서 대부분의 AML 세포를 제거했기 때문에 이 환자에 대한 LDA의 최고 세포 용량은 마우스당 단지 200,000개 세포이었고, 각각의 처리군의 단지 한 마리의 마우스가 이 세포 용량에서 재집단화되었다. 다른 반응자와 대조적으로, AML 환자 110484 및 130695로부터 수득한 샘플은 1차 마우스에서 화합물 D 처리 후 LSC 빈도가 증가하였다 (각각 1.6배 및 12.6배 증가). 3명의 무반응자의 경우, AML 환자 120858은 공격적인 샘플이었고 모든 마우스를 2000개 세포/마우스 (최저 LDA 용량)로 잘 재집단화하였으며, 따라서 2000개 세포 미만의 용량을 이식하여 비히클- 및 화합물 D-처리된 마우스에서 LSC 빈도를 결정하기 위해 이식해야 할 것이다. 화합물 D는 다른 2개의 무반응 샘플에서 LSC의 빈도를 감소시키지 않았다 (AML 환자 120860 및 120846로부터의 샘플에 대해 각각 1.3배 및 1.8배 증가).
표 12: 2차 이식을 위한 제한 희석 검정을 위한 모든 샘플의 요약
Figure pct00024
BM = 골수 (주사되지 않음); ID = 식별; LSC = 백혈병 줄기 세포; LSC17 = 백혈병 줄기 세포 17-유전자 점수; NA = 해당 없음; NC = 계산되지 않음; ND = 결정되지 않음; NR = 무반응자; PR = 부분 반응자; R = 반응자; RF = 우측 대퇴골 (주사됨); Veh = 비히클. *** = p < 0.001.
a 처리군 둘 다의의 가장 낮은 세포 용량으로 이식된 모든 마우스는 생착되었으므로, LSC 빈도의 배수 변화는 적용할 수 없었다.
b 음수 부호는 배수 변화 증가를 나타낸다.
급성 골수성 백혈병 세포를 비히클- 또는 화합물 D-처리된 급성 골수성 백혈병 (AML)-세포 주사된 1차 마우스로부터 단리하고, 비히클 대조군과 비교하여 AML 세포의 감소를 기반으로 하여 화합물 D에 대한 LSC17 점수 (LSC17 hi ≥ 0.50) 및 생체내 반응도에 대해 사정하였다. 환자 샘플은 비히클에 비해 화합물 D 처리 후 RF 또는 BM에서 AML 세포의 퍼세트 감소를 기반으로 하여 분류하였다 (R = > 60%; PR = 30% - 60%; NR = < 30%). 세포 (RF, BM 또는 둘 다)를 LDA에 희석하고 워터 앤드 엘리자 홀 인스티투트 제한 희석 분석 소프트웨어 (bioinf.wehi.edu.au)를 사용하여 LSC 빈도를 결정하고 2차 마우스에 주입하고 1 LSC/총 세포로 나타냈다. 화합물 D에 의한 빈도의 배수 변화는 비히클 대조군에 대해 결정되었고 일원분산 분석에 의해 평가되었다. P-값은 화합물 D-처리된 대 대조군의 LSC 빈도 변화의 비교를 나타낸다.
6.4.6. 결론
인간 AML을 보유하는 NOD/SCID 마우스에서 화합물 D 처리 후, 화합물 D가 LSC를 표적화할 수 있는지 여부를 결정하기 위해 LDA로 2차 이식을 수행하였다. 반응성 백혈병 샘플의 대다수는 다양한 빈도 감소 (10개의 샘플 중 6개)와 함께 화합물 D에 의해 표적화된 LSC를 가졌다. LSC의 빈도는 1명의 반응자에서 감소되지 않았고 화합물 D 처리에 대한 반응자 중 2명에서 증가되었다. 화합물 D는 2차 마우스에 재집단화된 3명의 무반응자에서 LSC 빈도를 감소시키지 않았다. 전반적으로, 이들 결과는 화합물 D가 인간 AML의 마우스 모델에서 반응자의 백혈병 모세포를 표적으로 할 뿐만 아니라, 자기-재생 능력을 갖는 LSC도 감소시킨다는 것을 나타낸다. 화합물 D가 모든 AML 샘플에서 LSC를 표적으로 하지 않았다는 관찰은 화합물 D에 대한 AML의 LSC의 내성 및 반응 이질성을 반영한다.
전술한 내용으로부터, 비록 구체적 실시예가 예시의 목적으로 본원에 기재되었긴 하지만, 본원에 제공된 것의 정신 및 범위를 벗어나지 않고 다양한 변형이 이루어질 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 상기에 언급한 모든 참고문헌은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

Claims (31)

  1. 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 급성 골수성 백혈병 (AML)을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, 하기를 포함하며:
    i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
    ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것;
    iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및
    iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것,
    여기서 화합물은 하기 구조를 갖는 2-(4-클로로페닐)-N-((2-(2,6-디옥소피페리딘-3-일)-1-옥소이소인돌린-5-일)메틸)-2,2-디플루오로아세트아미드 (화합물 D):
    Figure pct00025

    또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
    방법.
  2. AML을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법으로서, 하기 단계를 포함하며:
    (a) 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 수 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하는 단계로서, 하기를 포함하는 단계:
    i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
    ii. 샘플에서 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 것;
    iii. 1개 이상의 유전자의 유전자 발현 수준을 기준으로 하여 샘플에 대한 백혈병 줄기 세포 (LSC) 시그니처 점수를 계산하는 것; 및
    iv. LSC 시그니처 점수의 수준이 그의 참조 수준보다 높을 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것, 및
    (b) 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 단계,
    여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
    방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 1개 이상의 유전자의 발현 수준의 가중치 합계로서 계산되는 것인 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 수준이 집단에서의 중앙값 LSC 시그니처 점수인 방법.
  5. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 수준이 미리 결정된 LSC 시그니처 점수 수준인 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 그의 참조 수준보다 높은 LSC 시그니처 점수가 대상체가 내성 및/또는 불응성 AML을 가짐을 시사하는 것인 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 1개 이상의 유전자가 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법:
    (a) CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, GATA2, SLC25A37, SGK, LOC652694, ITPR3, LOC654103, CXCR4, FCRL3, RBM38, LILRA5, IL18RAP, CCDC109B, ISG20, MTSS1, CECR1, ADAM19, FCGR2A, AIM2, NPL, IL10RA, CTSL1, GNLY, CKAP4, ADM, KLRB1, SLC15A3, FGR, FCRLA, IL2RB, CXCL16, SLC4A1, GZMH, FLJ22662, LOC647506, GIMAP4, JAZF1, CTSH, GZMA, CHST15, AQP9, CD247, BCL6, SLC7A7, E2F2, LOC647450, GZMB, LOC652493, HBM, CD14, ALAS2, HBB, LOC642113, AHSP, FCN1, CD48, HBA2, 및 HBA1, 또는
    (b) CD34, SPINK2, LAPTM48, HOXA5, GUCY1A3, SHANK3, ANGPT1, ARHGAP22, LOC284422, MYCN, MAMDC2, PRSSL1, KIAA0125, GPSM1, HOXA9, MMRN1, FSCN1, DNMT38, HOXA6, AIF1L, SOCS2, CDK6, FAM69B, NGFRAP1, C3orf54, CPXM1, TNFRSF4, ZBTB46, DPYSL3, NYNRIN, COL24A1, FAM30A, C10orf140, SPNS2, GPR56, AKR1C3, FLT3, TFPI, KCNK17, EPDR1, C1orf150, BIVM, H2AFY2, VWF, EMP1, RAGE, ATP8B4, 및 GATA2.
  8. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 1개 이상의 유전자가 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  9. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 AKR1C3, ARHGAP22, CD34, CDK6, CPXM1, DNMT3B, DPYSL3, EMP1, GPR56, KIAA0125, LAPTM4B, MMRN1, NGFRAP1, NYNRIN, SMIM24, SOCS2, 및 ZBTB46의 유전자 발현 수준을 기준으로 하는 것인 방법.
  10. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되며: (DNMT3B의 발현 수준 × DNMTT3B의 가중치) + (ZBTB46의 발현 수준 × ZBTB46의 가중치) + (NYNRIN의 발현 수준 × NYNRIN의 가중치) + (ARHGAP22의 발현 수준 × ARHGAP22의 가중치) + (LAPTM4B의 발현 수준 × LAPTM4B의 가중치) + (MMRN1의 발현 수준 × MMRN1의 가중치) + (DPYSL3의 발현 수준 × DPYSL3의 가중치) + (KIAA0125의 발현 수준 × KIAA0125의 가중치) + (CDK6의 발현 수준 × CDK6의 가중치) + (CPXM1의 발현 수준 × CPXM1의 가중치) + (SOCS2의 발현 수준 × SOCS2의 가중치) + (SMIM24의 발현 수준 × SMIM24의 가중치) + (EMP1의 발현 수준 × EMP1의 가중치) + (NGFRAP1의 발현 수준 × NGFRAP1의 가중치) + (CD34의 발현 수준 × CD34의 가중치) + (AKR1C3의 발현 수준 × AKR1C3의 가중치) + (GPR56의 발현 수준 × GPR56의 가중치);
    여기서 DNMTT3B의 가중치는 0.08 내지 0.09의 범위이고, ZBTB46의 가중치는 - 0.03 내지 - 0.04의 범위이고, NYNRIN의 가중치는 - 0.008 내지 0.009의 범위이고, ARHGAP22의 가중치는 -0.015 내지 0.01의 범위이고, LAPTM4B의 가중치는 -0.006 내지 0.005의 범위이고, MMRN1의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, DPYSL3의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, KIAA0125의 가중치는 0.01 내지 0.02의 범위이고, CDK6의 가중치는 - 0.08 내지 - 0.07의 범위이고, CPXM1의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, SOCS2의 가중치는 0.02 내지 0.03의 범위이고, SMIM24의 가중치는 - 0.02 내지 - 0.03의 범위이고, EMP1의 가중치는 0.014 내지 0.02의 범위이고, NGFRAP1의 가중치는 0.04 내지 0.05의 범위이고, CD34의 가중치는 0.03 내지 0.04의 범위이고, AKR1C3의 가중치는 - 0.04 내지 - 0.05의 범위이고, GPR56의 가중치는 0.04 내지 0.055의 범위인
    방법.
  11. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되는 것인 방법: (DNMT3B의 발현 수준 × 0.0874) + (ZBTB46의 발현 수준 × - 0.0347) + (NYNRIN의 발현 수준 × 0.00865) + (ARHGAP22의 발현 수준 × - 0.0138) + (LAPTM4B의 발현 수준 × 0.00582) + (MMRN1의 발현 수준 × 0.0258) + (DPYSL3의 발현 수준 × 0.0284) + (KIAA0125의 발현 수준 × 0.0196) + (CDK6의 발현 수준 × - 0.0704) + (CPXM1의 발현 수준 × - 0.0258) + (SOCS2의 발현 수준 × 0.0271) + (SMIM24의 발현 수준 × - 0.0226) + (EMP1의 발현 수준 × 0.0146) + (NGFRAP1의 발현 수준 × 0.0465) + (CD34의 발현 수준 × 0.0338) + (AKR1C3의 발현 수준 × - 0.0402) + (GPR56의 발현 수준 × 0.0501).
  12. 제11항에 있어서, 참조 수준이 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 또는 2인 방법.
  13. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 TNFRSF4, SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2의 유전자 발현 수준을 기준으로 하는 것인 방법.
  14. 제13항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되며: (TNFRSF4의 발현 수준 × TNFRSF4의 가중치) + (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); 여기서 TNFRSF4의 가중치는 - 1.5 내지 -1의 범위이고, SLC4A1의 가중치는 13내지 14의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 4 내지 -3의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 3 내지 -4의 범위인 방법.
  15. 제13항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되는 것인 방법: (TNFRSF4의 발현 수준 × - 1.13) + (SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
  16. 제15항에 있어서, 참조 수준이 - 50 내지 115, - 45 내지 110, - 40 내지 105, - 37 내지 100, - 30 내지 95, - 25 내지 90, - 20 내지 85, - 15 내지 80, - 10 내지 75, - 5 내지 70, 0 내지 65, 5 내지 60, 10 내지 55, 15 내지 50, 20 내지 45, 25 내지 40, 또는 30 내지 35의 범위인 방법.
  17. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 SLC4A1, SLC7A7, 및 AIM2의 유전자 발현 수준을 기준으로 하는 것인 방법.
  18. 제17항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되며: (SLC4A1의 발현 수준 × SLC4A1의 가중치) + (SLC7A7의 발현 수준 × SLC7A7의 가중치) + (AIM2의 발현 수준 × AIM2의 가중치); 여기서 SLC4A1의 가중치는 11 내지 15의 범위이고, SLC7A7의 가중치는 - 5.5 내지 - 1.5의 범위이고, AIM2의 가중치는 - 5 내지 - 1의 범위인 방법.
  19. 제17항에 있어서, LSC 시그니처 점수가 다음과 같이 계산되는 것인 방법: (SLC4A1의 발현 수준 × 13.59) + (SLC7A7의 발현 수준 × - 3.57) + (AIM2의 발현 수준 × - 3.04).
  20. 제19항에 있어서, 참조 수준이 - 65 내지 110, - 60 내지 105, - 55 내지 100, - 49 내지 93, - 45 내지 90, - 40 내지 85, - 35 내지 80, - 30 내지 75, - 25 내지 70, - 20 내지 65, - 15 내지 60, - 10 내지 55, - 5 내지 50, 0 내지 45, 5 내지 40, 10 내지 35, 15 내지 30, 20 내지 35, 또는 25 내지 30의 범위인 방법.
  21. 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하거나 또는 화합물을 포함하는 치료에 대해 AML을 갖거나 또는 그를 갖는 것으로 의심되는 대상체의 반응도를 예측하는 방법으로서, 하기를 포함하며:
    i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
    ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것;
    iii. 1종 이상의 유형의 세포의 비율을 측정하는 것;
    iv. 1종 이상의 유형의 세포의 비율이 세포의 참조 비율과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것,
    여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
    방법.
  22. AML을 갖는 대상체를 화합물로 치료하는 방법으로서, 하기 단계를 포함하며:
    (a) 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 수 있는 AML을 갖는 대상체를 확인하는 단계로서, 하기를 포함하는 단계:
    i. 대상체로부터 샘플을 제공하는 것;
    ii. 화합물을 샘플에 투여하는 것;
    iii. 1종 이상의 유형의 세포의 비율을 측정하는 것;
    iv. 1종 이상의 유형의 세포의 비율이 세포의 참조 비율과 구별되는 경우 대상체를 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인하는 것, 및
    (b) 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있는 것으로서 확인되는 경우 대상체에게 치료 유효량의 화합물을 투여하는 단계,
    여기서 화합물은 화합물 D, 또는 그의 입체이성질체 또는 입체이성질체의 혼합물, 동위원소체, 제약상 허용되는 염, 호변이성질체, 용매화물, 수화물, 공결정, 클라트레이트, 또는 다형체인
    방법.
  23. 제21항 또는 제22항에 있어서, 한 유형의 세포의 참조 비율이 화합물을 투여하기 전 샘플에서의 한 유형의 세포의 비율인 방법.
  24. 제21항 또는 제22항에 있어서, 한 유형의 세포의 참조 비율이 미리 결정된 비율인 방법.
  25. 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 원시 세포의 비율 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하는 방법.
  26. 제25항에 있어서, 화합물을 투여하기 전 그의 각각의 비율과 비교하여 원시 세포의 비율의 감소 및/또는 분화된 백혈병 세포의 비율의 증가가 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타내는 것인 방법.
  27. 제21항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, CD34+, CD15+ 세포, CD14+ 세포, 및/또는 CD11b+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하는 방법.
  28. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, CD34+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 화합물을 투여하기 전 CD34+ 세포의 비율과 비교하여 CD34+ 세포의 비율의 감소는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타내는 것인 방법.
  29. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 화합물을 투여하기 전 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율과 비교하여 CD15+ 세포 및/또는 CD14+ 세포의 비율의 증가는 대상체가 화합물을 포함하는 치료에 반응성일 가능성이 있음을 나타내는 것인 방법.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, AML이 불응성 또는 내성인 방법.
  31. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, AML이 다우노루비신, 시타라빈 (ara-C), 및 겜투주맙 오조가마이신으로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 작용제를 사용한 치료에 내성이거나, 또는 화학요법에 내성인 방법.
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