JP2022548085A - がんを治療するためのTGF-β siRNA及びPDL1 siRNAの共送達 - Google Patents

がんを治療するためのTGF-β siRNA及びPDL1 siRNAの共送達 Download PDF

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Abstract

抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子を含有する組成物が提供される。がんを治療するためにこれらの組成物を使用する方法も提供される。抗TGF-β siRNA分子は、抗TGF-β1 siRNA分子を含有し得る。一方又は両方の分子は、長さ19塩基対~25塩基対のオリゴヌクレオチドを含んでいてもよく、一方又は両方は、それらの安定性を上昇させるために化学修飾されていてもよい。【選択図】図1

Description

関連出願への相互参照
本出願は、米国特許法第119条(e)の下で2020年9月12日出願の米国仮特許出願第62/899,535号の優先権を主張するものであり、その全内容は、参照により本明細書中に組み込まれる。
技術分野
抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子の組成物が、がんを治療するために組成物を使用するための方法と共に提供される。
がんの増殖及び進行は、生物体の免疫系の抑制を伴う。悪性細胞は、種々の機構を通して免疫監視を回避する。
増殖している腫瘍の存在下においては、腫瘍部位の周辺に、腫瘍増殖に対する炎症性応答によって誘導される、TGF-βレベルの上方制御がしばしば生じる。増加したTGF-βは、腫瘍近くの組織及び腫瘍それ自体へのT細胞の浸透に対する障壁として作用する(Taurielloら、Nature 554:538~543(2018);Mariathasanら、Nature 554:544~548(2018)を参照のこと)。結果として、T細胞は、抗原によって予備刺激して、腫瘍細胞を認識させそれらを死滅させることができない。
腫瘍細胞はまた、抗腫瘍免疫応答を抑制する免疫チェックポイント経路を活性化させる。このような経路の一例は、PD-L1/PD1軸である。PD1受容体は、T細胞の表面上に存在し、PD-L1タンパク質は、多くの腫瘍細胞の表面上に存在する。PD1によるPD-L1の結合は、腫瘍細胞を分解し、それを死滅させる酵素(グランザイムB及びその他)を放出するためのT細胞の活性化を防止する。これらの酵素による腫瘍細胞の消化によって、腫瘍に対するT細胞媒介性免疫を促進し得る他のいくつかの腫瘍抗原が放出される。
免疫チェックポイント阻害剤は、チェックポイント経路において標的をブロックする。(Darvinら、Experimental & Molecular Medicine 50:165(2018)を参照のこと)。例えば、PDL1又はPD1のいずれかに結合し、PDL1とPD1との間の結合をブロックする抗体は、いくつかの腫瘍学的適応症、例えばホジキンリンパ腫及びメラノーマにおいて、がんを有する患者における転帰の改善が示されている。しかしながら、このような抗体の肝臓がんにおいて効果を有する能力は非常に低くなっている。
RNA干渉(RNAi)は、相同性配列を含有する任意の遺伝子をノックダウン又はサイレンシングする方法を提供する配列特異的なRNA分解プロセスである。天然に存在するRNAiにおいて、二本鎖RNA(dsRNA)は、RNase III/ヘリカーゼタンパク質であるDicerによって、3’末端に2ntのオーバーハングを有する19~27ヌクレオチド(nt)のdsRNAである低分子干渉RNA(siRNA)分子に切断される。その後、siRNAは、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)と呼ばれる多成分リボヌクレアーゼに取り込まれる。siRNAの一本の鎖はRISCと結合したままであり、RISCにおいてガイド因子であるss-siRNAに配列相補性を有する同族RNAの方へ複合体をガイドする。このsiRNA配向エンドヌクレアーゼが、RNAを消化し、標的RNAのトランケーション及び不活性化がもたらされる。近年の研究により、哺乳動物細胞においてRNAi効果を示す化学合成された21~27nt siRNAの有用性が明らかになり、(末端又は中央における)siRNAハイブリダイゼーションの熱力学的安定性が、分子の機能を決定するのに中心的な役割を果たすことが示されている。
重要なことに、現在では、遺伝子のmRNA配列を標的とする可能性がある、多数の可能な候補siRNA配列の中で、どれが実際に有効なRNAi活性を示すかを高い信頼性で予測することが可能ではない。その代わり、個々に特異的な候補siRNAポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド配列を生成し、哺乳動物細胞培養物において試験して、標的遺伝子の発現への意図する干渉が生じているかどうかを決定しなければならない。
TGF βに対するsiRNA分子及びPDL1に対するsiRNA分子を含有する、siRNA分子の組合せが、これらの組合せを使用して、がん細胞によるヒト又は他の哺乳動物における免疫抑制を低減させる方法と共に提供される。
抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子を含有する組成物が提供される。抗TGF-β siRNA分子は、抗TGF-β1 siRNA分子を含有し得る。一方又は両方の分子が、長さ19塩基対~25塩基対のオリゴヌクレオチドを含んでいてもよく、一方又は両方が、それらの安定性を上昇させるために化学修飾されていてもよい。
抗TGF-β1 siRNA分子は、約0.1nMと10nMとの間のIC50値を有してもよく、及び/又は、表1において特定されるsiRNA分子から選択されてもよい。抗TGF-β1 siRNA分子は、25merの平滑末端末端(blunt-end-ended)分子を含んでいてもよい。抗TGF-β1 siRNA分子は、表1において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であってもよく、残りの位置において少なくとも90%又は95%同一であってもよい。
抗PDL1 siRNA分子は、約0.1nMと10nMとの間のIC50値を有してもよく、及び/又は、表2において特定されるsiRNA分子から選択されてもよい。抗PDL1 siRNA分子は、3’末端に2塩基のdTdTオーバーハングを有する19merの分子又は25merの平滑末端分子を含有してもよい。抗PDL1 siRNA分子は、表2において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であってもよく、残りの位置において少なくとも90%又は95%同一であってもよい。
抗TGF-β1 siRNA分子は、5’-r(CCCAAGGGCUACCAUGCCAACUUCU)-3’を含有してもよく、抗PDL1 siRNA分子は、5’-CUAUUUAUUUUGAGUCUGU-3’(PDL1 siRNAセンス鎖配列)を含有してもよい。
また、2つ以上の非同一抗TGF-β1 siRNA分子及び2つ以上の非同一抗PDL1 siRNA分子を含有し、含む組成物も提供される。
組成物は、薬学的に許容される担体をさらに含有し得る。担体は、可溶型送達剤又はナノ粒子形成剤を含有し得、担体は、例えば、食塩水溶液、糖溶液、ポリマー、ペプチド、ポリペプチド、脂質、クリーム、ゲル、ミセル材料、シリカナノ粒子、金属ナノ粒子、プラスミド及びウイルスベクターからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含有し得る。薬学的に許容される担体はまた、グルコース溶液、ポリカチオン性結合剤、カチオン性脂質、カチオン性ミセル、カチオン性ポリペプチド、親水性ポリマーグラフト化ポリマー、非天然カチオン性ポリマー、カチオン性ポリアセタール、親水性ポリマーグラフト化ポリアセタール、リガンド官能化カチオン性ポリマー、リガンド官能化親水性ポリマーグラフト化ポリマー及びリガンド官能化リポソームからなる群から選択され得る。他の実施形態において、担体は、生分解性ヒスチジン-リジンポリマー、生分解性ポリエステル、例えばポリ(乳酸)(PLA)、ポリ(グリコール酸)(PGA)及び乳酸-グリコール酸共重合体(PLGA)、ポリアミドアミン(PAMAM)デンドリマー、カチオン性脂質、例えばDOTAP、DOPE、DC-Chol/DOPE、DOTMA及びDOTMA/DOPE又はPEG化PEIからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含有し得る。薬学的に許容される担体は、ヒスチジン-リジン共重合体(HKP)を含むのが好都合である。
HKPは、構造(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)[式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、K=リジン及びH=ヒスチジンである。]を含有してもよい。担体はまた、分岐状ヒスチジン-リジン共重合体であってもよい。例えば、分岐状ヒスチジン-リジンポリマーは、式(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)[式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、R=KHHHKHHHKHHHHKHHHK又はR=KHHHKHHHNHHHNHHHN、X=C(O)NH2、K=リジン、H=ヒスチジン及びN=アスパラギンである。]を有してもよい。
さらなる実施形態において、薬学的に許容される担体は、スペルミン-脂質コンジュゲート(SLiC)及びコレステロールを含むリポソームを含有し得る。
薬学的に許容される担体は、式K{[(H)(K)]}若しくはK{[(H)(K)]}-C-x-Z、又は式K{[(H)(K)(H)(K)(H)(K)(H)(K)]}若しくはKp{[(H)(K)(H)(K)(H)(K)(H)(K)]}-C-x-Z[式中、Kはリジンであり、Hはヒスチジンであり、Cはシステインであり、xはリンカーであり、Zは哺乳動物細胞標的化リガンドであり、pは0又は1であり、nは1~5の整数であり、mは0~3の整数であり、a、b、c及びdは3又は4のいずれかであり、yは3~10の整数である。]のペプチドを含有してもよい。薬学的に許容される担体は、切断可能な結合を介して架橋したこれらのペプチドの少なくとも2つを含むポリペプチドを含有し得る。
組成物は、ナノ粒子を含有してもよく、ナノ粒子は、例えば直径約40nm~約150nmの間であってもよく、約25mVと約45mVとの間のゼータ電位を有してもよい。
他の実施形態において、抗TGF-β siRNA分子と、PDL1の低分子阻害剤又はPDL1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤のいずれかとを含有する組成物が提供される。抗TGF-β siRNA分子は、上述のような抗TGF-β siRNA分子又は抗TGF-β1 siRNA分子を含有し得る。これらの組成物は、薬学的に許容される担体、例えば上述の担体を含有し得る。
なおさらなる実施形態において、抗PDL1 siRNA分子と、TGF-β若しくはTGF-β1の低分子阻害剤、又はTGF-β若しくはTGF-β1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤のいずれかとを含有する組成物が提供される。抗PDL1 siRNA分子は、上述の抗PDL1 siRNA分子を含有し得る。これらの組成物は、薬学的に許容される担体、例えば上述の担体を含有し得る。
また、哺乳動物において、がん細胞を死滅させるための方法であって、治療的有効量の上述の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法が提供される。
哺乳動物において、がん細胞を含有する腫瘍へのT細胞の浸透を増強するための方法であって、治療的有効量の上述の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法も提供される。
哺乳動物において、T細胞を抗原によって予備刺激して、がん細胞を認識及び死滅させるための方法であって、治療的有効量の上述の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
哺乳動物において、がんに対するT細胞媒介性免疫を促進するための方法であって、治療的有効量の上述の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法も提供される。
これらの方法において、がん細胞の周辺の微小環境におけるTGF-β1のレベルは上昇しており、組成物が、上昇したTGF-β1のレベルを低下させる。
これらの方法のいずれかにおいて、がん細胞の周辺の微小環境におけるTGF-β1のレベルは上昇していてもよく、抗TGF-β1 siRNA分子が、上昇したTGF-β1のレベルを低下させる。
これらの方法において、がんは、例えば、肝臓がん、結腸がん、膵臓がん又は尿路上皮癌であり得る。肝臓がんは、肝細胞癌、転移性結腸がん又は転移性膵臓がんであり得る。
これらの方法のいずれかにおいて、哺乳動物は、実験動物であってもよく、又は好都合にはヒトである。
これらの方法において、上述の組成物は、がん細胞を含む腫瘍に直接注入されても、独立して又は同時に送達されてもよい。
SK-Hep1細胞において試験した種々のsiRNA配列によるPDL1サイレンシングを示すグラフである。 Hepa1-6肝臓がん細胞におけるPDL1に対するsiRNAへの曝露時間の、PDL1サイレンシングに対する効果を示すグラフである。 SK-Hep1細胞におけるPDL1 siRNAスクリーニングを示すグラフである。
表1は、TGFβ1に対するsiRNAのリストについてのsiRNA配列を示す。
表2は、PDL1に対して試験したsiRNAのリストについてのsiRNA配列を示す。
詳細な説明
抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子を含む組成物が提供される。ヒト及び他の哺乳動物において、がん細胞を死滅させるために組成物を使用する方法もまた提供される。一実施形態において、組成物は、薬学的に許容される担体、例えばヒスチジン-リジン共重合体をさらに含む。抗TGF-β siRNA分子の具体例を表1に示す。抗PDL1 siRNA分子の具体例を表2に示す。
本明細書に記載する、抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子を含む組成物は、ヒト又は他の哺乳動物においてがん細胞を死滅させ、それにより、がんを治療するのに有用である。治療的有効量の組成物が、がんに罹患しているヒト又は他の哺乳動物に投与される。このようながんとしては、肝臓がん、結腸がん及び膵臓がんが挙げられる。
定義
抗TGF-β siRNA又はTGF-β siRNA:哺乳動物細胞におけるTGF-βタンパク質の合成をコードする遺伝子の発現を低下させるか又は防止するsiRNA分子。
抗TGF-β1 siRNA又はTGF-β1 siRNA:哺乳動物細胞におけるTGF-β1タンパク質の合成をコードする遺伝子の発現を低下させるか又は防止するsiRNA分子。
抗-PDL1 siRNA又はPDL1 siRNA:哺乳動物細胞におけるPDL1タンパク質の合成をコードする遺伝子の発現を低下させるか又は防止するsiRNA分子。
siRNA分子:分子が細胞に導入された後に、細胞において遺伝子の発現に干渉する、短い二本鎖ポリヌクレオチドである二重鎖オリゴヌクレオチド。これは例えば、一本鎖標的RNA分子中の相補的なヌクレオチド配列を標的とし、結合する。siRNA分子は化学合成されるか、又は当業者に公知の技術によって他の方法で構築される。このような技術は、米国特許第5,898,031号、同第6,107,094号、同第6,506,559号、同第7,056,704号、米国再発行特許出願第46,873号及び同第9,642,873(B2)号並びに欧州特許第1214945号及び欧州特許第1230375号に記載されており、これらは全て参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。当技術分野の慣例によって、siRNA分子が特定のヌクレオチド配列によって特定される場合、配列は二重鎖分子のセンス鎖を指す。分子を含む1つ又は複数のリボヌクレオチドは、当技術分野において公知の技術によって化学修飾され得る。その個々のヌクレオチドの1つ又は複数のレベルにおいて修飾されることに加えて、オリゴヌクレオチドの骨格が修飾され得る。例えば、siRNAは、当技術分野において周知の方法を使用して、例えば2’-OMe及び/又は2’-F及び/又はホスホロチオエート修飾の使用による、化学修飾によって、ヌクレアーゼ分解に対して安定化されていてもよい。さらなる修飾としては、低分子(例えば糖分子)、アミノ酸、ペプチド、コレステロール及びsiRNA分子上へのコンジュゲーションのための他の巨大分子の使用が挙げられる。
がんは、任意の悪性腫瘍である。
悪性腫瘍は、腫瘍性細胞の集団である。
肝臓がん:肝臓内の任意の原発がん、すなわち肝臓内で開始するがん;又は肝臓内の任意の二次がん、すなわち哺乳動物の身体の別の組織から肝臓に転移するがんである。原発肝臓がんの例は肝細胞癌である。二次肝臓がんの例は結腸がんである。
処置すること/処置:がん細胞の一部又は全てを死滅させること、がんのサイズを低下させること、がんの増殖を阻害すること、又はがんの増殖速度を低下させること。
ヒスチジン-リジン共重合体:ヒスチジン及びリジンアミノ酸からなるペプチド又はポリペプチド。このような共重合体は、米国特許第7,070,807(B2)号、同第7,163,695(B2)号及び同第7,772,201(B2)号に記載されており、その開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
免疫チェックポイント阻害剤:いくつかの種類の免疫系細胞、例えばT細胞及びいくつかのがん細胞によって生成される特定のタンパク質をブロックする低分子薬物又は抗体。これらのチェックポイントタンパク質は、免疫応答の抑制を補助し、T細胞にがん細胞を死滅させないようにすることができる。これらのチェックポイントタンパク質がブロックされる場合、免疫系の「ブレーキ」が開放され、T細胞はよりよくがん細胞を死滅させることができる。T細胞/がん細胞上で見出されるチェックポイントタンパク質の例としては、PD-1/PD-L1が(それぞれ)挙げられる。
抗腫瘍有効性の増強:腫瘍細胞の増殖速度のより大幅な低下、腫瘍細胞の死滅及び/又は腫瘍体積の低下においてより大きい効果をもたらすこと、並びに最終的に腫瘍を有する患者の寿命を延長することによってより良い治療的効果をもたらすことを意味する。このような効果は、最初の処置後であっても腫瘍細胞を認識する能力の上昇の有無にかかわらず、腫瘍細胞それ自体に対する直接的な作用、又はT細胞の活性の増強、又はT細胞の腫瘍細胞へのより良いアクセスがもたらされる、及び/若しくは活性化されて腫瘍に対するより強い免疫応答が促進される機構によって媒介され得る。
T細胞の腫瘍への浸透の増強:多数のT細胞が腫瘍集団中で観察される観察を意味する。典型的には、浸透は周囲組織から離れて腫瘍の中心へと向かう。正常組織から離れた任意の深さにおいて、その深さにおいて観察される具体的なT細胞の数は、未処置の試料と比較して増加する。
TGF-βの低分子阻害剤:典型的には、1000ダルトン未満の分子量を有する、TGF-βに結合する、及び/又は他の方法で、最も可能性が高くは、TGF-βのその受容体のいずれかへの結合を阻害することによって、又はTGF-βの標的受容体への結合によって誘導される下流の酵素活性若しくはシグナル伝達を阻害することによって、その機能の阻害をもたらすことができる化学化合物。このような阻害剤は当技術分野において公知である。例えば、Huynhら、Biomolecules 9:743(2019)を参照のこと。
TGF-β1の低分子阻害剤:典型的には、1000ダルトン未満の分子量を有する、TGF-β1に結合する、及び/又は他の方法で、最も可能性が高くは、TGF-β1のその受容体への結合を阻害することによって、又はTGFβ1のその標的受容体への結合によって誘導される下流の酵素活性若しくはシグナル伝達を阻害することによって、その機能の阻害をもたらすことができる化学化合物。
TGF-βのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤:哺乳動物細胞内のTGF-βの発現を低下させることができるオリゴヌクレオチド(典型的には11~27塩基)の一本鎖。
TGF-β1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤:哺乳動物細胞内のTGF-β1の発現を低下させることができるオリゴヌクレオチド(典型的には11~27塩基)の一本鎖。
PDL1の低分子阻害剤:典型的には、1000ダルトン未満の分子量を有する、PDL1に結合する、及び/又は他の方法で、最も可能性が高くは、PDL1のT細胞上のその受容体(PD1)への結合を阻害することによって、又はPDL1のその標的受容体(PD1)への結合によって誘導される下流の酵素活性若しくはシグナル伝達を阻害することによって、その機能の阻害をもたらすことができる化学化合物。
PDL1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤:哺乳動物細胞内のPDL1の発現を低下させることができるオリゴヌクレオチド(典型的には11~27塩基)の一本鎖。
担体組成物
組成物は、薬学的に許容される担体を含有するのが好都合である。適切な担体は当技術分野で公知であり、可溶型送達剤又はナノ粒子形成剤を含有し得る。担体は例えば、1つ又は複数の成分、例えば、食塩水溶液、糖溶液、ポリマー、ペプチド、ポリペプチド、脂質、クリーム、ゲル、ミセル材料、シリカナノ粒子、金属ナノ粒子、プラスミド又はウイルスベクターを含有し得る。薬学的に許容される担体はまた、例えば、グルコース溶液、ポリカチオン性結合剤、カチオン性脂質、カチオン性ミセル、カチオン性ポリペプチド、親水性ポリマーグラフト化ポリマー、非天然カチオン性ポリマー、カチオン性ポリアセタール、親水性ポリマーグラフト化ポリアセタール、リガンド官能化カチオン性ポリマー、リガンド官能化-親水性ポリマーグラフト化ポリマー、又はリガンド官能化リポソームでもあり得る。他の実施形態において、担体は、生分解性ヒスチジン-リジンポリマー、生分解性ポリエステル、例えばポリ(乳酸)(PLA)、ポリ(グリコール酸)(PGA)、及び乳酸-グリコール酸共重合体(PLGA)、ポリアミドアミン(PAMAM)デンドリマー、カチオン性脂質、例えばDOTAP、DOPE、DC-Chol/DOPE、DOTMA、及びDOTMA/DOPE、又はPEG化PEIからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含有し得る。
薬学的に許容される担体は、ヒスチジン-リジン共重合体(HKP)を含有するのが好都合である。HKPは、構造(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)][式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、K=リジン、及びH=ヒスチジンである。]を含有してもよい。担体はまた、分岐状ヒスチジン-リジン共重合体であってもよい。例えば、分岐状ヒスチジン-リジンポリマーは、式(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)[式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、R=KHHHKHHHKHHHHKHHHK、又はR=KHHHKHHHNHHHNHHHN、X=C(O)NH2、K=リジン、H=ヒスチジン、及びN=アスパラギンである。]を有してもよい。
薬学的に許容される担体はまた、例えば、スペルミン-脂質コンジュゲート(SLiC)及びコレステロールを含むリポソームを含有し得る。
代替的に、又は加えて、薬学的に許容される担体は、例えば、式K{[(H)(K)]}若しくはK{[(H)(K)]}-C-x-Z、又は式K{[(H)(K)(H)(K)(H)(K)(H)(K)]}若しくはKp{[(H)(K)(H)(K)(H)(K)(H)(K)]}-C-x-Z][式中、Kはリジンであり、Hはヒスチジンであり、Cはシステインであり、xはリンカーであり、Zは哺乳動物細胞標的化リガンドであり、pは0又は1であり、nは1~5の整数であり、mは0~3の整数であり、a、b、c及びdは3又は4のいずれかであり、yは3~10の整数である。]を有するペプチドを含有してもよい。薬学的に許容される担体は、切断可能な結合を介して架橋したこれらのペプチドの少なくとも2つを含むポリペプチドを含有し得る。
組成物は、ナノ粒子を含有してもよく、ナノ粒子は、例えば直径約40nmと約150nmとの間であってもよく、約25mVと約45mVとの間のゼータ電位を有してもよい。このようなナノ粒子のサイズ及びゼータ電位を測定するための方法は当技術分野において公知である。
以下の実施例は、本発明の特定の態様を例示するものであり、本発明の範囲を限定するものと解されるべきではない。
TGF-βを標的とする1つのsiRNA及びPDL1(腫瘍細胞上に存在)を標的とする1つのsiRNAの2つのsiRNAのナノ粒子送達される組合せが提供される。この方法において、腫瘍部位及びその周辺の細胞による材料の取り込みによって、TGF-β(T細胞の浸透を防止している)の低下がもたらされ、PD-L1は腫瘍細胞表面上においてサイレンシングされ、免疫チェックポイントの損失及びそれによるT細胞による腫瘍細胞の死滅がもたらされる。
TGF-β1をサイレンシングするために使用され得る多数のsiRNA配列を特定した。例としては以下が挙げられる:
表1:抗TGF-β1 siRNA配列

hmTF-25-1:センス 5’-r(GGAUCCACGAGCCCAAGGGCUACCA)-3’
アンチセンス 5’-r(UGGUAGCCCUUGGGCUCGUGGAUCC)-3’

hmTF-25-2:センス 5’-r(CCCAAGGGCUACCAUGCCAACUUCU)-3’
アンチセンス 5’-r(AGAAGUUGGCAUGGUAGCCCUUGGG)-3’

hmTF-25-3:センス 5’-r(GAGCCCAAGGGCUACCAUGCCAACU)-3’
アンチセンス 5’-r(AGUUGGCAUGGUAGCCCUUGGGCUC)-3’

hmTF25-4:センス, 5’-r(GAUCCACGAGCCCAAGGGCUACCAU)-3’
アンチセンス, 5’-r(AUGGUAGCCCUUGGGCUCGUGGAUC)-3’

hmTF25-5:センス, 5’-r(CACGAGCCCAAGGGCUACCAUGCCA)-3’
アンチセンス, 5’-r(UGGCAUGGUAGCCCUUGGGCUCGUG)-3’

hmTF25-6:センス, 5’-r(GAGGUCACCCGCGUGCUAAUGGUGG)-3’
アンチセンス, 5’-r(CCACCAUUAGCACGCGGGUGACCUC)-3’

hmTF25-7:センス, 5’-r(GUACAACAGCACCCGCGACCGGGUG)-3’
アンチセンス, 5’-r(CACCCGGUCGCGGGUGCUGUUGUAC)-3’

hmTF25-8:センス, 5’-r(GUGGAUCCACGAGCCCAAGGGCUAC)-3’
アンチセンス, 5’-r(GUAGCCCUUGGGCUCGUGGAUCCAC)-3’
PDL1をサイレンシングするために使用され得る多数のsiRNA配列が特定されたが、培養中の細胞の標的遺伝子のサイレンシングの力価に基づいて以下の配列を選択した:
表2-抗PDL1 siRNA配列

1) センス 5’-GGAUCCAGUCACCUCUGAACAUGAA-3’
アンチセンス 5’ - UUCAUGUUCAGAGGUGACUGGAUCC - 3’

2) センス 5’ - GGUGUUGGAUUUGTAAGGCACUUUA-3’
アンチセンス 5’ - UAAAGUGCCUUACAAAUCCAACACC-3’

3) センス 5’ - GGAUUUGUAAGGCACUUUAUCCCUU-3’
アンチセンス 5’ -AAGGGAUAAAGUGCCUUACAAAUCC-3’

4) センス 5’-GGUGCACUGAGUCAAUCUAGUCCUA-3’
アンチセンス 5’-UAGGACUAGAUUGACUCAGUGCACC-3’

5) センス 5’ -CCUCCUUGUGGUGUUGGAUUUGTAA-3’
アンチセンス 5’- UUACAAAUCCAACACCACAAGGAGG-3’

6) センス 5’- CCUCAUUCGUUGUGCUUGAACCCUU-3’
アンチセンス 5’ -UUUCAUUUGGAGGAUGUGCCAGAGG-3’

7) センス 5’-CCTCATTCGTTGTGCTTGAACCCTT-3’
アンチセンス 5’- AAGGGUUCAAGCACAACGAAUGAGG-3’

8) センス 5’-CCUUUGUCUCAUGUUUCAUCGUAA-3’
アンチセンス 5’-CCUUUUGUCUCAUGUUUCAUCGUAA-3’

9) センス 5’-GCACUGACAUUCAUCUUCCGUUUAA-3’
アンチセンス 5’-UUAAACGGAAGAUGAAUGUCAGUGC-3’

10) センス 5’- CCAAGGACCUAUAUGUGGUAGAGUA-3’
アンチセンス 5’- UACUCUACCACAUAUAGGUCCUUGG-3’

11) センス 5’-CUAUUUAUUUUGAGUCUGU dTdT-3’
アンチセンス 5’-ACAGACUCAAAAUAAAUAG dTdT-3’

12) センス 5’-UGAAAGUCAAUGCCCCAUA dTdT-3’
アンチセンス 5’-UAUGGGGCAUUGACUUUCA dTdT-3’

13) センス 5’-GAAAGUCAAUGCCCCAUAC dTdT-3’
アンチセンス 5’-GUAUGGGGCAUUGACUUUC dTdT-3’

14) センス 5’-CAAAAUCAACCAAAGAAUU dTdT-3’
アンチセンス5’-AAUUCUUUGGUUGAUUUUG dTdT-3’

15) センス 5’-GCAAUUCUUUUAUUCAAAAdTdT-3’
アンチセンス 5’-UUUUGAAUAAAAGAAUUGCdTdT-3’
ヒト肝臓腺癌SK-Hep1細胞を10% FBSを補充したATCC-製剤化Eagle’s Minimum Essential Medium(カタログ番号30-2003)中で培養した。トランスフェクションの前日に、細胞を12ウェルプレートに、1x10細胞/ウェルの密度で播種した。siRNAsは、Lipofectamine RNAiMAXトランスフェクション試薬(ThermoFisher Sci.、カタログ番号13778075)を製造者のプロトコールにしたがって使用して細胞にトランスフェクトした。トランスフェクション複合混合物を50nMのsiRNA濃度で細胞に添加した。
トランスフェクションの48時間後、総RNAをQIAGEN RNeasy Plus Mini Kit(カタログ番号74134)を使用して単離した。cDNAを、Maxima First Strand cDNA Synthesis Kit for RT- qPCR(ThermoFisher Sci.、カタログ番号K1641)を使用して合成し、PDL1 mRNAのレベルを、TaqMan Universal PCR master mix(ThermoFisher Sci.、カタログ番号4304437)を用いたqPCRによって評価した。
ヒトPDL1についてのプライマー及びプローブの配列は以下の通りであった:
5’-GGAGATTAGATCCTGAGGAAAACCA-3’(フォワード)、
5’-AACGGAAGATGAATGTCAGTGCTA-3’(リバース)、及び
PDL1 FAMプローブ - AGATGGCTCCCAGAATTACCAAGTGAGTCC。
ヒトGAPDHについてのプライマー及びプローブの配列は:
5’-ACATCGCTCAGACACCATG-3’(フォワード)、
5’-TGTAGTTGAGGTCAATGAAGGG-3’(リバース)
及びGAPDH FAMプローブの場合は - AAGGTCGGAGTCAACGGATTTGGTCであった。
qRT-PCRは、QuantStudio3(ThermoFisher)を使用して行った。増幅条件は、50℃で5分間、95℃で20秒間に設定し、95℃で15秒間及び60℃で1分間の40サイクルを含んでいた。標的遺伝子のRNAレベルは、2-ΔΔCt法にしたがって決定した。GAPDH遺伝子を試料基準化のために使用した。PDL1発現を非サイレンシングsiRNAで処置した細胞と比較した。
特定した配列のうち、表2の配列11は、PDL1遺伝子のマウス及びヒトバージョンの両方と同一性を有し、遺伝子サイレンシングにおいて約1nMのIC50を示す。配列8、9及び10)は、PDL1のヒト配列に対して独占的であり、ヒト遺伝子のサイレンシングにおいては非常に高い力価(<=1nM)を有するが、マウスPDL1配列に対しては同一性が全くない(及び結果としてマウス配列に対する活性を有さない)。配列14は、マウス及びヒトのPDL1配列間で95%の同一性を示す。結果として、これらの配列はいずれもヒト由来のがんにおいてPDL1をサイレンシングするために使用され得る。
マウス及びヒトのPDL1に対して同一性を有するPDL1配列を選択した。この配列は平滑末端の19mer又は安定性のために末端にdTdTを付加した21merであり得る。この配列によって、in vivoの腫瘍増殖の停止における産物の有効性を評価するために、同系(マウス)同所性HCCモデルを使用することが可能になる。この配列の、PDL1をサイレンシングする能力は、Hepa1-6(マウスHCC)細胞において、24時間で約1nMのIC50であることが示された。この配列の利点は、有効性及び毒性試験に必要な、マウスモデルとヒトモデルの間の移動の際に配列を変更する必要がないことである。
in vitro試験
上述の2つのsiRNAは、分岐状ポリペプチド-ヒスチジンリジン共重合体(HKP)を用いて、HKPを2つのsiRNAの等モルの混合物と、3:1の比率で、各siRNA濃度が最終的に0.5mgs/mlになるように急速に混合することによって製剤化した。この材料を次いで凍結乾燥させて、粉末を形成した。粉末をD5W(水中グルコース5%)に再溶解し、80μlの注入体積が40μgを保持しているようにした(濃度は0.5mg/mlであった)。各バイアルを周囲室温まで上昇させた。スズの蓋カバーを70%エタノールによって洗浄した。使い捨てシリンジを使用して、注射用5%グルコース溶液(又は注射用蒸留水)を、凍結乾燥させた粉末を含有する各バイアルに添加した。5~10秒間短時間ボルテックスにかけた後、材料をベンチに室温で10分間静置し、次いで薬物を使用前は氷上に保持し、その時点において所望の濃度に希釈した。
参照文献
追加参照文献:2019年5月23日出願のPCT出願第PCT/US2019/033829号、Compositions and Methods of Controllable Co-Coupling Polypeptide Nanoparticle Delivery System for Nucleic Acid Therapeutics、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
交付済み特許及び公開された特許出願を含む本明細書中で特定する全ての出版物並びにurlアドレス又は寄託番号によって特定される全てのデータベースエントリは、参照によってその全体が本明細書中に組み込まれる。
本発明は、その特定の実施形態に関連して記載されており、多くの詳細が例示目的のために記載されているが、本発明がさらなる実施形態の影響を受けやすいこと、並びに本明細書に記載する特定の詳細は、本発明の基本原理から逸脱することなく変更され得ることは当業者には明らかであろう。

Claims (63)

  1. 抗TGF-β siRNA分子及び抗PDL1 siRNA分子を含む組成物。
  2. 抗TGF-β siRNA分子が、抗TGF-β1 siRNA分子を含む、請求項1に記載の組成物。
  3. 一方又は両方の分子が、長さ19塩基対~25塩基対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1又は請求項2に記載の組成物。
  4. siRNA分子の一方又は両方が、それらの安定性を上昇させるために化学修飾されている、請求項1から3のいずれか一項に記載の組成物。
  5. 抗TGF-β1 siRNA分子が、約0.1nMと10nMとの間のIC50値を有する、請求項2から4のいずれか一項に記載の組成物。
  6. 抗TGF-β1 siRNA分子が、表1において特定されるsiRNA分子から選択される、請求項2に記載の組成物。
  7. 抗TGF-β1 siRNA分子が、25merの平滑末端分子を含む、請求項2に記載の組成物。
  8. 抗TGF-β1 siRNA分子が、表1において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であり、残りの位置において少なくとも90%同一である、請求項2に記載の組成物。
  9. 抗TGF-β1 siRNA分子が、表1において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であり、残りの位置において少なくとも95%同一である、請求項2に記載の組成物。
  10. 抗PDL1 siRNA分子が、約0.1nMと10nMとの間のIC50値を有する、請求項2から4のいずれか一項に記載の組成物。
  11. 抗PDL1 1 siRNA分子が、表2において特定されるsiRNA分子から選択される、請求項1又は請求項2に記載の組成物。
  12. 抗PDL1 siRNA分子が、3’末端に2塩基のdTdTオーバーハングを有する19merの分子又は25merの平滑末端分子を含む、請求項1又は請求項2に記載の組成物。
  13. 抗PDL1 siRNA分子が、表2において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であり、残りの位置において少なくとも90%同一である、請求項1又は請求項2に記載の組成物。
  14. 抗PDL1 siRNA分子が、表2において特定されるsiRNA分子の最初の7つの位置の6つにおいて同一であり、残りの位置において少なくとも95%同一である、請求項1又は請求項2に記載の組成物。
  15. 抗TGF-β1 siRNA分子が5’-r(CCCAAGGGCUACCAUGCCAACUUCU)-3’を含み、抗PDL1 siRNA分子が5’-CUAUUUAUUUUGAGUCUGU-3’(PDL1 siRNAセンス鎖配列)を含む、請求項2に記載の組成物。
  16. 2つ以上の非同一抗TGF-β1 siRNA分子及び2つ以上の非同一抗PDL1 siRNA分子を含む組成物。
  17. 薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項1から16のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 薬学的に許容される担体が、可溶型送達剤又はナノ粒子形成剤を含む、請求項17に記載の組成物。
  19. 薬学的に許容される担体が、食塩水溶液、糖溶液、ポリマー、ペプチド、ポリペプチド、脂質、クリーム、ゲル、ミセル材料、シリカナノ粒子、金属ナノ粒子、プラスミド及びウイルスベクターからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含む、請求項17に記載の組成物。
  20. 薬学的に許容される担体が、グルコース溶液、ポリカチオン性結合剤、カチオン性脂質、カチオン性ミセル、カチオン性ポリペプチド、親水性ポリマーグラフト化ポリマー、非天然カチオン性ポリマー、カチオン性ポリアセタール、親水性ポリマーグラフト化ポリアセタール、リガンド官能化カチオン性ポリマー、リガンド官能化-親水性ポリマーグラフト化ポリマー及びリガンド官能化リポソームからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含む、請求項17に記載の組成物。
  21. 薬学的に許容される担体が、生分解性ヒスチジン-リジンポリマー、生分解性ポリエステル、例えばポリ(乳酸)(PLA)、ポリ(グリコール酸)(PGA)及び乳酸-グリコール酸共重合体(PLGA)、ポリアミドアミン(PAMAM)デンドリマー、カチオン性脂質、例えば、DOTAP、DOPE、DC-Chol/DOPE、DOTMA、及びDOTMA/DOPE又はPEG化PEIからなる群から選択される1つ又は複数の成分を含む、請求項17に記載の組成物。
  22. 薬学的に許容される担体が、ヒスチジン-リジン共重合体(HKP)を含む、請求項17に記載の組成物。
  23. HKPが、構造(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)[式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、K=リジン及びH=ヒスチジンである。]を含む、請求項22に記載の組成物。
  24. 薬学的に許容される担体が、分岐状ヒスチジン-リジン共重合体を含む、請求項17に記載の組成物。
  25. 分岐状ヒスチジン-リジンポリマーが、式(R)K(R)-K(R)-(R)K(X)[式中、R=KHHHKHHHKHHHKHHHK、R=KHHHKHHHKHHHHKHHHK又はR=KHHHKHHHNHHHNHHHN、X=C(O)NH、K=リジン、H=ヒスチジン及びN=アスパラギンである。]を有する、請求項24に記載の組成物。
  26. 薬学的に許容される担体が、スペルミン-脂質コンジュゲート(SLiC)及びコレステロールを含むリポソームを含む、請求項17に記載の組成物。
  27. 薬学的に許容される担体が、式Kp{[(H)(K)]}y若しくはKp{[(H)(K)]}y-C-x-Z、又は式Kp{[(H)a(K)m(H)b(K)m(H)c(K)m(H)d(K)m]}y若しくはKp{[(H)a(K)m(H)b(K)m(H)(K)(H)(K)]}y-C-x-Z[式中、Kはリジンであり、Hはヒスチジンであり、Cはシステインであり、xはリンカーであり、Zは哺乳動物細胞標的化リガンドであり、pは0又は1であり、nは1~5の整数であり、mは0~3の整数であり、a、b、c及びdは3又は4のいずれかであり、yは3~10の整数である。]を有するペプチドを含む、請求項17に記載の組成物。
  28. 薬学的に許容される担体が、切断可能な結合を介して架橋した請求項27に記載のペプチドの少なくとも2つを含むポリペプチドを含む、請求項27に記載の組成物。
  29. 組成物がナノ粒子を含む、請求項20から28のいずれか一項に記載の組成物。
  30. ナノ粒子が、直径約40nmと約150nmとの間であり、約25mVと約45mVとの間のゼータ電位を有する、請求項29に記載の組成物。
  31. 哺乳動物において、がん細胞を死滅させるための方法であって、治療的有効量の請求項1から30のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  32. 哺乳動物において、がん細胞を含む腫瘍へのT細胞の浸透を増強するための方法であって、治療的有効量の請求項1から30のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  33. 哺乳動物において、T細胞を抗原によって予備刺激して、がん細胞を認識及び死滅させるための方法であって、治療的有効量の請求項1から30のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  34. 哺乳動物において、がんに対するT細胞媒介性免疫を促進するための方法であって、治療的有効量の請求項1から30のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  35. がん細胞の周辺の微小環境におけるTGF-β1のレベルが上昇している、請求項31から34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 抗TGF-β1 siRNA分子が、上昇したTGF-β1のレベルを低下させる、請求項35に記載の方法。
  37. がんが、肝臓がん、結腸がん、膵臓がん及び尿路上皮癌からなる群から選択される、請求項31から36のいずれか一項に記載の方法。
  38. 肝臓がんが、肝細胞癌、転移性結腸がん又は転移性膵臓がんを含む、請求項37に記載の方法。
  39. 哺乳動物が実験動物である、請求項31から38のいずれか一項に記載の方法。
  40. 哺乳動物がヒトである、請求項31から38のいずれか一項に記載の方法。
  41. 組成物が、がん細胞を含む腫瘍に直接注入される、請求項31から40のいずれか一項に記載の方法。
  42. 組成物が、がん細胞に独立して送達される、請求項31から41のいずれか一項に記載の方法。
  43. 組成物が、がん細胞に同時に送達される、請求項31から41のいずれか一項に記載の方法。
  44. 抗TGF-β siRNA分子と、PDL1の低分子阻害剤又はPDL1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤のいずれかとを含む組成物。
  45. 抗TGF-β siRNA分子が、請求項2から9のいずれか一項に記載の抗TGF-β siRNA分子又は抗TGF-β1 siRNA分子を含む、請求項44に記載の組成物。
  46. 抗PDL1 siRNA分子と、TGF-βの低分子阻害剤又はTGF-βのアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤のいずれかとを含む組成物。
  47. 抗PDL1 siRNA分子と、TGF-β1の低分子阻害剤又はTGF-β1のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤のいずれかとを含む組成物。
  48. 抗PDL1 siRNA分子が、請求項10から15のいずれか一項に記載の抗PDL1 siRNA分子を含む、請求項46又は請求項47に記載の組成物。
  49. 薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項44から48のいずれか一項に記載の組成物。
  50. 薬学的に許容される担体が、請求項18から28のいずれか一項において特定される薬学的に許容される担体のいずれか1つを含む、請求項49に記載の組成物。
  51. 哺乳動物において、がん細胞を死滅させるための方法であって、治療的有効量の請求項44から50のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  52. 哺乳動物において、がん細胞を含む腫瘍へのT細胞の浸透を増強するための方法であって、治療的有効量の請求項44から50のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  53. 哺乳動物において、T細胞を抗原によって予備刺激して、がん細胞を認識及び死滅させるための方法であって、治療的有効量の請求項44から50のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  54. 哺乳動物において、がんに対するT細胞媒介性免疫を促進するための方法であって、治療的有効量の請求項44から50のいずれか一項に記載の組成物を哺乳動物に投与することを含む方法。
  55. がん細胞の周辺の微小環境におけるTGF-β1のレベルが上昇している、請求項51から54のいずれか一項に記載の方法。
  56. 組成物が、上昇したTGF-β1のレベルを低下させる、請求項55に記載の方法。
  57. がんが、肝臓がん、結腸がん、膵臓がん及び尿路上皮癌からなる群から選択される、請求項51から56のいずれか一項に記載の方法。
  58. 肝臓がんが、肝細胞癌、転移性結腸がん又は転移性膵臓がんを含む、請求項57に記載の方法。
  59. 哺乳動物が実験動物である、請求項51から58のいずれか一項に記載の方法。
  60. 哺乳動物がヒトである、請求項51から58のいずれか一項に記載の方法。
  61. 組成物が、がん細胞を含む腫瘍に直接注入される、請求項51から60のいずれか一項に記載の方法。
  62. 組成物が、がん細胞に独立して送達される、請求項51から61のいずれか一項に記載の方法。
  63. 組成物が、がん細胞に同時に送達される、請求項51から61のいずれか一項に記載の方法。
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