JP2022535717A - アンジオポエチン様７（ａｎｇｐｔｌ７）関連疾患の処置 - Google Patents

アンジオポエチン様７（ａｎｇｐｔｌ７）関連疾患の処置 Download PDF

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Abstract

【解決手段】ＡＮＧＰＴＬ７を阻害し、眼に投与されたときに眼圧を低下させるオリゴヌクレオチド組成物が本明細書で提供される。オリゴヌクレオチド組成物はヌクレオシド修飾を含有している。【選択図】図１１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年５月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／８５２，８１３号、および２０１９年８月１日に出願された米国仮特許出願第６２／８８１，９０６号の利益を主張するものであり、これらの出願は参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は配列表を包含しており、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体を引用することで本明細書に組み込まれる。２０２０年５月１５日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、５４４６２－７０９＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔのファイル名であり、３，２９０キロバイトのサイズである。
大規模なヒト遺伝子データは、自然界の実験を活用することで、創薬および医薬開発の成功率を向上させるメカニズムを提供する。
ゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）は、集団試料における遺伝子変異と遺伝形質との関連を検出するための実験デザインである。その目的は、疾病の生物学的理解を深め、この理解に基づく治療を開発することである。ＧＷＡＳは、ジェノタイピングデータおよび／またはシーケンシングデータを利用することができ、多くの場合、ゲノム上に比較的均一に分布している数百万の遺伝子変異を評価することを含んでいる。最も一般的なＧＷＡＳのデザインは症例対照研究であり、症例と対照における変異体頻度を比較することを含んでいる。ある変異体が症例と対照で有意に異なる頻度を有する場合、その変異体は疾患に関連していると言われる。ＧＷＡＳで一般的に報告される関連統計は、統計的有意性の指標であるｐ値、効果量の指標であるオッズ比（ＯＲ）またはβ係数（β）である。研究者はしばしば加法遺伝モデルを仮定して、アレルオッズ比を計算し、これは、あるアレルのコピーが１つ増えるごとに（そのアレルのコピーを持たない場合と比較して）、与えられる疾患のリスクが増加する（または減少する）ことを示すものである。ＧＷＡＳのデザインおよび解釈における追加的かつ重要な概念は連鎖不平衡であり、これはアレルの非ランダムな関連性である。連鎖不平衡が存在する場合、どれが「原因のある」変異体であるのかがわかりにくくなる可能性がある。
変異体の機能的アノテーションおよび／またはウェットラボ実験は、ＧＷＡＳを介して同定された原因遺伝子変異体を特定することができ、多くの場合、これにより疾患原因遺伝子が特定されている。とりわけ、原因遺伝子変異体の機能的効果（例えば、タンパク質機能の喪失または獲得、遺伝子発現の増加または減少）を理解することにより、その変異体を標的遺伝子の治療的調節の代理として使用し、その標的を調節する治療薬の潜在的な治療効果および安全性を洞察することができるようになる。
このような遺伝子と疾患との関連性の特定は、疾患生物学に対する基本的な洞察を提供し、製薬産業にとって新規の治療標的を特定するための不可欠な手段に急速になりつつある。ヒト遺伝学から得られた治療上の洞察を翻訳するためには、患者における疾患生物学が外来的に「プログラム」され、ヒト遺伝学からの観察を再現する必要がある。今日、ヒト遺伝学によって特定された治療標的を新薬に応用するためにもたらされ得る治療モダリティの潜在的な選択肢は、かつてないほど多くなっている。それらは、低分子化合物およびモノクローナル抗体などの十分に確立された治療モダリティ、オリゴヌクレオチドなどの成熟したモダリティ、ならびに遺伝子治療および遺伝子編集などの新しいモダリティを含んでいる。治療モダリティの選択は、標的の位置（例えば、細胞内、細胞外、または分泌物）、関連組織（例えば、肝臓）、および関連適応症を含む複数の因子に依存する。
緑内障は、世界中で７０００万人以上が罹患している異種疾患群であり、網膜神経節細胞の進行性喪失をもたらす視神経損傷を特徴とし、視力の喪失につながる。緑内障の様々な亜型は虹彩角膜角によって分類され、開放隅角緑内障が症例の約７５％を占めている。緑内障の病態生理はまだ十分に解明されていないが、主な原因となる特徴および危険因子は、眼圧（ＩＯＰ）の上昇である。ＩＯＰは、毛様体からの房水分泌と、線維柱帯網とぶどう膜強膜路を介する排水のバランスによって決定される。ＩＯＰを下げることは、緑内障の発症を予防したり、進行を遅らせたりすることが証明されている唯一の戦略であり、その結果、治療は、房水の流出を増加させたり、房水の生成を減少させることによって、ＩＯＰを目標レベルまで下げることに重点が置かれている。プロスタグランジンアナログ、β－アドレナリン遮断薬、α－アドレナリン作動薬、炭酸脱水酵素阻害剤、最近ではＲｈｏキナーゼ阻害薬を含む、いくつかのクラスのＩＰＯ降下薬が使用されている。また、線維柱帯網を介する房水流出を改善するレーザー線維柱帯形成術などの外科的方法も採用されている。緑内障に対する医学的および外科的な治療法が利用可能であるにもかかわらず、緑内障は世界的に不可逆的な失明の主要な原因であり、視力の喪失に関連する重大な病的状態および生活の質の低下のリスクをさらに低減し得る新規の治療戦略に対する必要性が依然として存在する。
１つの態様では、緑内障および高眼圧症の処置に有効なＡＮＧＰＴＬ７の阻害剤またはモジュレーターを含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の阻害剤またはモジュレーターはＲＮＡｉである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉはＳｉＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択された１個以上のセンス鎖とアンチセンス鎖の配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択された配列の逆補体（ｒｅｖｅｒｓｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）を含む配列を含んでいる。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択された配列に少なくとも約８５％、９０％、または９５％の相同性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択された配列に対して少なくとも約８５％、９０％、または９５％の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉはｍｉＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは二本鎖または一本鎖である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の阻害剤は小分子である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の阻害剤はアプタマーである。いくつかの実施形態では、アプタマーはオリゴヌクレオチドアプタマーである。いくつかの実施形態では、アプタマーはペプチドアプタマーである。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の阻害剤は抗体である。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。
別の態様では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）遺伝子産物の阻害または調節のための分子が本明細書で提供され、治療的使用のための、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）などのｄｓＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）剤、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドを含んでいる。さらに、例えば、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子産物が関与する様々な疾患の治療のために、ｄｓＲＮＡ剤、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与することによって、標的遺伝子の発現を阻害する方法も提供される。また、細胞における標的遺伝子の発現を調節する方法も提供され、上記方法は、前記細胞にｄｓＲＮＡ剤またはアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する工程を含む。いくつかの実施形態では、標的遺伝子は、ＡＮＧＰＴＬ７である。
別の態様では、対象の眼の１つ以上の障害を治療する方法が提供され、上記方法は、対象のＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する工程を含み、眼の１つ以上の障害は、緑内障または高眼圧症を含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、対象にＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を標的としている。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を機能喪失変異に編集する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、未成熟終止変異を含む。いくつかの実施形態では、未成熟終止変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７７で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する。いくつかの実施形態では、ミスセンス突然変異は、グルタミンからヒスチジンへの突然変異を含む。いくつかの実施形態では、グルタミンからヒスチジンへの突然変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７５で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象に全身的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象の眼に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、眼内注射によって対象の眼に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、局所用溶液によって対象の眼に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、眼の１つ以上の障害の処置において効果的である。いくつかの実施形態では、眼の１つ以上の障害は緑内障である。いくつかの実施形態では、対象は高眼圧症を患っている。いくつかの実施形態では、対象は、上部および目の１つ以上の障害のために、局所的な眼用プロスタグランジンアナログ、βアドレナリン遮断薬、αアドレナリン作動薬、および炭酸アンヒドラーゼ阻害剤を含む一次処置を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、ＡＮＧＰＴＬ７の遺伝子産物の産生の減少または調節を引き起こす。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、対象における眼圧の減少を引き起こす。
別の態様では、緑内障または高眼圧症の処置に有効なＡＮＧＰＴＬ７を標的とするＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を機能喪失変異に編集する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、未成熟終止変異を含む。いくつかの実施形態では、未成熟終止変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７７で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する。いくつかの実施形態では、ミスセンス突然変異は、グルタミンからヒスチジンへの突然変異を含む。いくつかの実施形態では、グルタミンからヒスチジンへの突然変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７５で生じる。
ＡＮＧＰＴＬ７を阻害または調節するための治療用分子の非限定的な例は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）であり、二本鎖ＲＮＡｉ（ｄｓＲＮＡ）は、遺伝子発現を阻害するために利用され得る。短い二本鎖ＲＮＡは、脊椎動物を含む多くの生物において、遺伝子特異的な転写後サイレンシングを誘導し、遺伝子機能を研究するための新しいツールを提供してきた。ＲＮＡｉは、ＲＮＡに誘導されたサイレンシング複合体（ＲＮＡ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ）（ＲＩＳＣ）、つまり、サイレンシングトリガーに相同なメッセンジャーＲＮＡを破壊する配列特異的な多成分ヌクレアーゼによって媒介される。ＲＩＳＣは二本鎖ＲＮＡのトリガーに由来する短いＲＮＡ（約２１ヌクレオチド）を含有することが知られているが、この活性を担うタンパク質の構成は不明であった。
ＡＮＧＰＴＬ７を阻害または調節するための治療用分子の別の非限定的な例は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。ＤＮＡ－ＲＮＡおよびＲＮＡ－ＲＮＡのハイブリダイゼーションは、ＤＮＡの複製、転写、および翻訳を含む核酸機能の多くの態様にとって重要である。ハイブリダイゼーションは、特定の核酸を検出するか、またはその発現を変化させる様々な技術の中心でもある。アンチセンスヌクレオチドは、例えば、標的ＲＮＡにハイブリダイズすることによって、遺伝子発現を妨害し、それによって、ＲＮＡのスプライシング、転写、翻訳、および複製に干渉する。アンチセンスＤＮＡには、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドが、リボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）による消化のための基質として機能する（ほとんどの細胞タイプに存在する活動）、追加の特徴がある。アンチセンス分子は、オリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）の場合のように、細胞へと送達され得るか、またはＲＮＡ分子として内因性遺伝子から発現され得る。
ＡＮＧＰＴＬ７を阻害または調節するための治療用分子の別の非限定的な例は、スプライススイッチングアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＳＯｓ）である。これらは短い、合成的な、アンチセンスの、修飾された核酸であり、ｍＲＮＡ前駆体とハイブリダイズし、スプライシング機構の成分とｍＲＮＡ前駆体との間で起こるＲＮＡ－ＲＮＡ塩基対形成またはタンパク質－ＲＮＡ結合相互作用を阻害することによって、転写産物の正常なスプライシングレパートリーを破壊する。ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングは、大多数のタンパク質コード遺伝子の適切な発現に必要であり、したがって、このプロセスを標的とすることは、遺伝子からのタンパク質産生を操作する手段を提供する。例えば、ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを利用して、スプライス部位の下流のリーディングフレームを変え、機能が損なわれた切断されたタンパク質を作り出すことも可能である。
スプライススイッチングアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体－ＳＳＯ複合体を分解するためにＲＮａｓｅＨを勧誘せず、厳密に立体的にブロックする点で、ｍＲＮＡ切断アンチセンスオリゴヌクレオチドとは異なる。これは、ＲＮａｓｅＨによって認識される必要なＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド領域がない、完全またはほぼ完全な２’－修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用によって達成される。スプライシングを修飾するための他のタイプの修飾されたオリゴヌクレオチドは、ホスホルアミダイトモルホリノス（ＰＭＯ）である。ＰＭＯは、天然の核酸に見られるフラノース環の代わりにモルホリン環を持ち、負に帯電したホスホジエステル骨格の代わりに中性のホスホロジアミデート骨格を持つ。
いくつかの実施形態では、本開示は、天然転写産物の任意の領域を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用することによって、天然転写産物の作用を阻害または調節するための方法を提供する。本明細書では、天然転写産物の阻害または調節が、ｓｉＲＮＡ、リボザイム、および小分子によって達成され得ることも企図されている。例示的な実施形態では、天然転写産物は、ＡＮＧＰＴＬ７をコードする。
１つの実施形態は、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法を提供し、上記方法は、５－３０ヌクレオチド長のアンチセンスオリゴヌクレオチドに、前記細胞または組織を接触させる工程であって、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８６のヌクレオチド１－６３３３内の５－３０の連続するヌクレオチド、およびその任意の変異体、アレル、ホモログ、突然変異体、誘導体、断片、ならびに相補的配列を含むポリヌクレオチドの逆補体と少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む。
１つの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの天然配列、例えば、配列番号１１０８５で記載されるヌクレオチド、およびその任意の変異体、アレル、ホモログ、突然変異体、誘導体、断片、ならびに相補的配列を標的とする。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む。
１つの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの天然配列、例えば、配列番号１１０８６で記載されるヌクレオチド、およびその任意の変異体、アレル、ホモログ、突然変異体、誘導体、断片、ならびに相補的配列を標的とする。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む。
１つの実施形態では、組成物は、センスＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドに結合する１個以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾または置換されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾された結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、メトキシエチル、フルオロ－または炭素、メチレンまたは他のロックド核酸（ＬＮＡ）の分子を含む、修飾された塩基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、α－Ｌ－ＬＮＡを含む、ロックド核酸分子である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、局所適用によって、吸入によって、鼻腔内で、皮下で、筋肉内で、静脈内で、眼内で、または腹腔内で患者に投与される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、医薬組成物中で投与される。処置レジメンは、アンチセンス化合物を少なくとも１回患者に投与することを含むが、この処置は、一定期間にわたる複数回投与を含めるように変更され得る。処置は、１個以上の他のタイプの治療と組み合わされ得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リポソーム中にカプセル化されるか、または担体分子（例えば、コレステロール、ＴＡＴペプチド）に結合される。
１つの態様では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤が本明細書で提供され、ここで、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、１７～３０ヌクレオチド対の長さを有する。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖は、それぞれ１７～３０ヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１～４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、センス鎖の逆補体と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖の配列は配列番号１１０８９を含み、アンチセンス鎖の配列は配列番号１１０９０を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－０－アルキル、２’－０－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－フルオロ、および２’－デオキシからなる群から選択された１個以上のヌクレオチド修飾を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、２’－ＯＣＨ３または２’－Ｆのいずれかで修飾されている。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、少なくとも１つのリガンドをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２’－０－メチルヌクレオチド、２’－デオキシフルオロヌクレオチド、２’－０－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－０－ＮＭＡ）ヌクレオチド、２’－０－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－０－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオチド、２’－０－アミノプロピル（２’－０－ＡＰ）ヌクレオチド、および２’－ａｒａ－Ｆからなる群から選択された１個以上のヌクレオチド修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、少なくとも１つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を含んでいる。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡのアンチセンス鎖の５’－末端の１位置のヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、Ｕ、およびｄＴからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡの５’－末端の１位置における塩基対は、ＡＵ塩基対である。
１つの態様では、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤が本明細書で提供され、ここで、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、鎖の各々は１４～３０ヌクレオチドを有し、センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の少なくとも２つのモチーフを含み、前記センス鎖モチーフのうちの第１のモチーフがセンス鎖の切断部位に生じ、前記センス鎖モチーフのうちの第２のモチーフが、第１のセンス鎖モチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れたセンス鎖の異なる領域に生じ、ここで、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも２つのモチーフを含み、前記アンチセンス鎖モチーフの第１のモチーフは、アンチセンス鎖の切断部位またはその近くに生じ、前記アンチセンス鎖モチーフの第２のモチーフは、第１のアンチセンス鎖モチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れた、アンチセンス鎖の異なる領域に生じ、ここで、第１のアンチセンス鎖モチーフにおける修飾は、第２のアンチセンス鎖モチーフにおける修飾とは異なる。いくつかの実施形態では、第１のセンス鎖モチーフに生じるヌクレオチドの少なくとも１つは、第１のアンチセンス鎖モチーフのヌクレオチドの１つと塩基対を形成する。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、１７～３０ヌクレオチド塩基対を有する。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、１７～１９ヌクレオチド塩基対を有する。いくつかの実施形態では、各鎖は１７－２３ヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、センス鎖および／またはアンチセンス鎖のヌクレオチド上の修飾は、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－０－アルキル、２’－０－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、センス鎖および／またはアンチセンス鎖のヌクレオチド上の修飾は、２’－ＯＣＨ３または２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖の３’末端に結合したリガンドをさらに含む。
１つの態様では、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤が本明細書で提供され、ここで、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、鎖の各々は１４～３０ヌクレオチドを有し、センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、前記モチーフの１つはセンス鎖の切断部位またはその近くで生じ；アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの２’－０－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、前記モチーフの１つはアンチセンス鎖の切断部位またはその近くに生じる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１～４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、センス鎖の逆補体と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、前記少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８５のヌクレオチド１－２２２４内の５－３０の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドの逆補体と少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドと少なくとも５０％の配列同一性を有し；それによって、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のアンチセンスオリゴヌクレオチドの領域を標的とする少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、それによって、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、それによって、インビボまたはインビトロで、患者の細胞または組織におけるＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％同一の配列を含んでいる。いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的としないか、またはＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドに関して、インビボまたはインビトロで増加する。いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的としないか、またはＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドに関して、インビボまたはインビトロで減少する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のアンチセンス配列を標的とする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのコードおよび／または非コード核酸配列を含む核酸配列を標的とする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの重複および／または非重複配列を標的とする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾を含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾は、少なくとも１つの修飾された糖部分、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド、およびそれらの組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾は、２’－０－メトキシエチル修飾された糖部分、２’－メトキシ修飾された糖部分、２’－０－アルキル修飾された糖部分、二環式糖部分、およびこれらの組み合わせから選択された少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾は、ホスホロチオエート、２’－オメトキシエチル（ＭＯＥ）、２’－フルオロ、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、カルボキシメチルエステル、およびこれらの組み合わせから選択された少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、アラビノ－核酸（ＦＡＮＡ）、そのアナログ、誘導体、および組み合わせから選択された少なくとも１つの修飾されたヌクレオチドを含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、哺乳動物細胞におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）遺伝子の機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つの短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）オリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、前記少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドが、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスポリヌクレオチドに特異的であり、前記少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドが、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンス核酸分子の少なくとも約５つの連続する核酸の相補的配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し；それによって、インビボまたはインビトロで、哺乳動物細胞におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現を調節する、工程を含む。いくつかの実施形態では、前記オリゴヌクレオチドが、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンス核酸分子に相補的な少なくとも約５個の連続する核酸の配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し；いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
１つの態様では、インビボまたはインビトロで、哺乳動物細胞におけるアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現を調節する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記細胞または組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのセンス鎖および／または天然のアンチセンス鎖の非コード配列および／またはコード配列に特異的であり、前記少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８５１～２２２４として示される少なくとも１つの核酸配列またはその補体と少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボまたはインビトロで、哺乳動物細胞または組織におけるアンジオポエチン様７（ＡＧＮＰＴＬ７）の機能および／または発現を調節する、工程を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％同一の配列を含む。
１つの態様では、少なくとも１つの修飾を含む合成的な修飾されたオリゴヌクレオチドが本明細書で提供され、ここで、少なくとも１つの修飾は、少なくとも１つの修飾された糖部分；少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合；少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド、およびそれらの組み合わせから選択され；前記オリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドと比較して、インビボまたはインビトロで、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドとハイブリダイズして、ＡＮＧＰＴＬ７の機能および／または発現を調節するアンチセンス化合物である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの修飾は、ホスホロチオエート、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、カルボキシメチルエステル、およびこれらの組み合わせからなる群から選択されるヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の骨格を含む。いくつかの実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチドを含み、前記修飾されたヌクレオチドは、ペプチド核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）、およびそれらのアナログ、誘導体、ならびに組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の修飾を含み、前記修飾は、ホスホロチオエート、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、カルボキシメチルエステル、およびこれらの組み合わせから選択される修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の修飾を含み、前記修飾は、ペプチド核酸、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、およびそれらのアナログ、誘導体、ならびに組み合わせから選択された修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’－Ｏ－メトキシエチル修飾された糖部分、２’－メトキシ修飾された糖部分、２’－Ｏ－アルキル修飾された糖部分、二環式糖部分、およびこれらの組み合わせから選択された少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の修飾を含み、前記修飾は、２’－０－メトキシエチル修飾された糖部分、２’－メトキシ修飾された糖部分、２’－０－アルキル修飾された糖部分、二環式糖部分、およびこれらの組み合わせから選択された修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも約５～３０ヌクレオチド長であり、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖にハイブリダイズし、前記オリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンスのコードおよび／または非コード核酸配列の少なくとも約５個の連続する核酸の相補的配列に対して少なくとも約２０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンスのコードおよび／または非コード核酸配列の少なくとも約５個の連続する核酸の相補的配列に対して少なくとも約８０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、対照オリゴヌクレオチドと比較して、インビボまたはインビトロで、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）とハイブリダイズし、上記ＡＮＧＰＴＬ７の発現および／または機能を調節する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７として示される配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７に少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む。
１つの態様では、１個以上のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに特異的な１個以上のオリゴヌクレオチドを含む組成物が本明細書で提供され、前記１個以上のオリゴヌクレオチドは、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドのアンチセンス配列、相補的配列、アレル、ホモログ、アイソフォーム、変異体、誘導体、突然変異体、断片、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１個以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７として規定されるヌクレオチド配列と比較して、少なくとも約４０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７として規定されるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、１個以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、１個以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、１個以上のオリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾または置換を含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ペプチド核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）分子、およびそれらの組み合わせから選択される。
１つの態様では、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはその少なくとも１つのコードされた生成物と関連する疾患を予防または処置する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のアンチセンス配列に結合し、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの発現を調節する少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドの治療上有効量を、それを必要としている対象に投与する工程を含み；それによって、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはその少なくとも１つのコードされた生成物に関連する疾患を予防または処置する。
１つの態様では、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはその少なくとも１つのコードされた生成物と関連する疾患を予防または処置する方法が本明細書で提供され、上記方法は、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のセンス配列に結合し、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの発現を調節する少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドの治療上有効量を、それを必要としている対象に投与する工程を含み；それによって、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはその少なくとも１つのコードされた生成物に関連する疾患を予防または処置する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに関連する疾患は、ＡＮＧＰＴＬ７の機能および／または発現の異常に関連する疾患または障害、視神経損傷に関連する疾患または障害、眼圧に関連する疾患または障害、網膜変性疾患または障害、炎症性眼疾患または障害、アレルギー性眼疾患または障害、関節の変性または炎症に関連する疾患または障害、脂質代謝異常に関連する疾患または障害、癌、アルツハイマー病、痴呆、脳卒中、および脳虚血から選択される。いくつかの実施形態では、視神経損傷に関連する疾患または障害は、原発開放隅角緑内障、原発閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、落屑緑内障（ｅｘｆｏｌｉａｔｉｏｎ ｇｌａｕｃｏｍａ）、若年緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体起因性（ｐｈａｃｏｇｅｎｉｃ）緑内障、眼内出血に続発する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬物誘発性緑内障、毒性緑内障、絶対緑内障、高眼圧症、またはこれらの組み合わせに関連する。いくつかの実施形態では、関節の変性または炎症に関連する疾患または障害は、変形性関節症、骨関節炎、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、類表皮癌、乳癌、またはこれらの組み合わせから選択される。
１つの態様では、インビボ投与のための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを特定および選択する方法が本明細書で提供され、上記方法は：ＡＮＧＰＴＬ７またはＡＮＧＰＴＬ７に対してアンチセンスであるポリヌクレオチドに対して相補的である少なくとも５個の連続するヌクレオチドを含む少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを同定する工程と；アンチセンスオリゴヌクレオチドと、ＡＮＧＰＴＬ７、またはＡＮＧＰＴＬ７にアンチセンスであるポリヌクレオチドとのハイブリッドの熱融点を、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で測定する工程と；得られた情報に基づいて、インビボ投与のための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを選択する工程とを含む。
１つの態様では、ＡＮＧＰＴＬ７によって媒介される疾患または疾病を処置する方法が本明細書で提供され、上記方法は、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含むオリゴヌクレオチドを、それを必要としている対照に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、標的はＡＮＧＰＴＬ７である。いくつかの実施形態では、上記疾患または疾病は、緑内障（原発開放隅角緑内障、原発閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、落屑緑内障（ｅｘｆｏｌｉａｔｉｏｎ ｇｌａｕｃｏｍａ）、若年緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体起因性（ｐｈａｃｏｇｅｎｉｃ）緑内障、眼内出血に続発する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬物誘発性緑内障、毒性緑内障、および絶対緑内障）、高眼圧症、視神経症、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはｄｓＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８７と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
１つの態様では、対象の目の１つ以上の障害を処置する方法が本明細書で提供され、上記方法は、対象のＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する工程を含み、眼の１つ以上の障害は、緑内障または高眼圧症を含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、対象にＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を標的としている。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を機能喪失変異に編集する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、未成熟終止変異を含む。いくつかの実施形態では、未成熟終止変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７７で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する。いくつかの実施形態では、ミスセンス突然変異は、グルタミンからヒスチジンへの突然変異を含む。いくつかの実施形態では、グルタミンからヒスチジンへの突然変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７５で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象に全身的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、対象の眼に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、眼の１つ以上の障害の処置において効果的である。いくつかの実施形態では、眼の１つ以上の障害は緑内障である。いくつかの実施形態では、対象は高眼圧症を患っている。いくつかの実施形態では、対象の高眼圧症からの画像化は、視神経損傷を実証する。いくつかの実施形態では、対象は、眼の１つ以上の障害のために、局所的な眼用プロスタグランジンアナログ、βアドレナリン遮断薬、αアドレナリン作動薬、および炭酸アンヒドラーゼ阻害剤を含む一次処置を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、対象におけるＡＮＧＰＴＬ７の遺伝子産物の産生の減少または調節を引き起こす。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、対象における眼圧の減少を引き起こす。
１つの態様では、緑内障または高眼圧症の処置に有効なＡＮＧＰＴＬ７を標的とするＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を含む組成物が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を機能喪失変異に編集する。いくつかの実施形態では、機能喪失変異は、未成熟終止変異を含む。いくつかの実施形態では、未成熟終止変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７７で生じる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９は、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する。いくつかの実施形態では、ミスセンス突然変異は、グルタミンからヒスチジンへの突然変異を含む。いくつかの実施形態では、グルタミンからヒスチジンへの突然変異は、ヒトタンパク質配列番号付けのアミノ酸位置１７５で生じる。
いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）を標的とし、有効量で対象に投与されると眼圧を低下させるオリゴヌクレオチドを含む組成物が本明細書に開示され、オリゴヌクレオチドは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、投与の前と比較して、眼圧は約１０％以上、減少する。いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）を標的とし、細胞に投与されるとＡＮＧＰＴＬ７の発現を減少させるオリゴヌクレオチドを含む組成物が本明細書において開示され、オリゴヌクレオチドは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値と比較して、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を減少させる。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＬＴ７測定値は、組成物が細胞に投与される前に測定される。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも１０％減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも２０％減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも３０％減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも４０％減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも５０％減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７測定値に対して、ＡＮＧＰＬＴ７の発現を少なくとも２５％～７５％減少させる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値はＡＮＧＰＬＴ７タンパク質測定値である。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値はＡＮＧＰＬＴ７ ｍＲＮＡ測定値である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＬＴ７の発現はＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ発現を含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＬＴ７の発現はＡＮＧＰＴＬ７タンパク質発現を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、ＳＮＰを保有しないヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ標的部位に結合し、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は１％以上である（位置２－１８）。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖はそれぞれ、ヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一ではないシード領域を含んでいる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合は、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、またはカルボキシメチルエステル、あるいはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２～６個の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾されたヌクレオシドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＬＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、２’，４’拘束エチル、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ、または２’－デオキシ、２’Ｏメチルヌクレオシド、２’－デオキシフルオロヌクレオシド、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシド、２’ａｒａ－Ｆ、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾されたヌクレオシドは、２’フルオロ修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、１個以上の修飾されたヌクレオシドは、２’Ｏメチル修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１５－２３の修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合された脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミリスチル、パルミチルステアリル、またはα－トコフェロール、あるいはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロールを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合したアルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドを含んでいる。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、アミノ安息香酸由来ＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＲＧＤペプチドと、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合した脂質とを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、修飾パターン１Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８１）、修飾パターン２Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８２）、修飾パターン３Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８３）、修飾パターン４Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８４）、または、修飾パターン５Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号：１１３８５）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、修飾パターン１ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８６）、修飾パターン２ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎＮｆＮｆｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８７）、
修飾パターン３ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８８）、または、修飾パターン４ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖またはアンチセンス鎖は、少なくとも２つのヌクレオシドの３’オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は無菌である。いくつかの実施形態は、薬学的に許容可能な担体を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は、水、緩衝液、または生理食塩水を含む。
いくつかの実施形態では、対象における眼の障害を処置する方法が本明細書で開示され、上記方法は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドを含む組成物を、対象に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、眼の障害は緑内障を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、組成物を対象に投与する前に、対象から得られたベースライン眼圧測定値と比べて、対象の目の眼圧を低下させる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、修飾パターン１Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８１）、修飾パターン２Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８２）、修飾パターン３Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８３）、修飾パターン４Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８４）、または、修飾パターン５Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、修飾パターン１ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８６）、修飾パターン２ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎＮｆＮｆｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８７）、修飾パターン３ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８８）、または、修飾パターン４ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、
１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合されたコレステロール部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合された脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミリスチル、パルミチルステアリル、またはα－トコフェロール、あるいはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロールを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合したアルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドを含んでいる。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、アミノ安息香酸由来ＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態に従って使用される空のプラスミド構築物（図１Ａ）、ＧＦＰタグ付きプラスミド構築物（図１Ｂ）、代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ前駆体コード構築物（図１Ｃ）、および代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ＣＤＳコード構築物（図１Ｄ）を示している。 いくつかの実施形態に従って使用される空のプラスミド構築物（図１Ａ）、ＧＦＰタグ付きプラスミド構築物（図１Ｂ）、代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ前駆体コード構築物（図１Ｃ）、および代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ＣＤＳコード構築物（図１Ｄ）を示している。 いくつかの実施形態に従って使用される空のプラスミド構築物（図１Ａ）、ＧＦＰタグ付きプラスミド構築物（図１Ｂ）、代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ前駆体コード構築物（図１Ｃ）、および代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ＣＤＳコード構築物（図１Ｄ）を示している。 いくつかの実施形態に従って使用される空のプラスミド構築物（図１Ａ）、ＧＦＰタグ付きプラスミド構築物（図１Ｂ）、代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ前駆体コード構築物（図１Ｃ）、および代表的なＡＮＧＰＴＬ７ ＣＤＳコード構築物（図１Ｄ）を示している。 ｐｃＤＮＡ３．１（＋）ＧＦＰベクターでトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞の蛍光顕微鏡画像を示す。 ＷＴおよびＱ１７５Ｈ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ発現を測定したｑＰＣＲの結果を示す。 ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの発現を測定したｑＰＣＲの結果を示す。 ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７のウエスタンブロットの画像を含む。 ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７タンパク質発現を測定したＥＬＩＳＡアッセイの結果を含む。 ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞における（ＥＬＩＳＡによって測定される）分泌タンパク質対細胞内タンパク質の比を示す。 ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ＣＤＳ発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７のウエスタンブロットの画像を含む。 タンパク質コードおよび非コードＡＮＧＰＴＬ７転写産物ならびにＱ１７５Ｈミスセンス変異体の相対的位置を示す。 ＷＴおよびＱ１７５Ｈ ｍＲＮＡ前駆体発現構築物でトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞からの転写産物に特異的なＰＣＲ産物を有するアガロースゲルを示す。 デキサメタゾン誘導ＨＴＭ細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７およびＭＹＯＣの発現を示す。 デキサメタゾンで誘導される初代ＨＴＭ細胞からの転写産物に特異的なＰＣＲ産物を有するアガロースゲルを示す。
緑内障は、世界における不可逆性失明の主要な原因であり、４０歳を超える個人における全世界の有病率はおよそ１～２％である。緑内障にはいくつかの亜型があるが、２つの亜型：原発性開放隅角緑内障（ＰＯＡＧ）と原発性閉塞隅角緑内障（ＰＡＣＧ）が支配的である。ＰＯＡＧは米国における緑内障の約９０％を占め、これらの症例の大部分は高眼圧症（ＯＨＴ）を背景に発症する。一部の集団（アジア人の集団）では、緑内障の大部分は眼圧が正常な状況下で生じる（正常眼圧緑内障、ＮＴＧ）。
緑内障は一般に、従来の流出経路を通る房水の流出の阻害を特徴とする。従来の流出経路は、角膜の基部にある線維柱帯網（ＴＭ）およびシュレム管で構成されている。また、ぶどう膜強膜排水を含み、前眼部からの房水流出の一部を担う従来にない流出経路もある。ＴＭ／シュレム管（従来の経路）が閉塞すると、房水の流出が制限され、前房の圧力が上昇し、これが後房の圧力の上昇および視神経の変性ならびに損傷に変換される。
緑内障の処置は、眼圧（ＩＯＰ）を目標レベル（一般にＩＯＰの２０～５０％低下）まで低下させることを目的とする。正常なＩＯＰにもかかわらず、ＮＴＧの処置もＩＯＰを下げることを中心に行われる。プロスタグランジンアナログ（通常、一次治療）、β－アドレナリン遮断薬、α－アドレナリン作動薬、および炭酸脱水酵素阻害薬を含む、複数のクラスのＩＰＯ降下薬が使用される。これらの薬物は効果がないことが多く、外科的方法（線維柱帯形成術／線維柱帯切開術）が採用される。しかしながら、線維柱帯形成術／線維柱帯切開術の有益な効果は時間とともに減少し、年間約１０％の失敗率がある。
アンジオポエチン様タンパク質（ＡＮＧＰＴＬ）は、アンジオポエチンと構造的および機能的な類似性を有する８つのタンパク質ファミリーであり、ホモオリゴマー化を媒介するＮ末端のコイルドコイルドドメインと、Ｃ末端のフィブリノーゲンドメインで構成されている。ＡＮＧＰＴＬは肝臓、血管系、および造血系に広く発現し、炎症、脂質代謝、血管新生、および細胞外マトリックス（ＥＣＭ）形成に重要な役割を担っている。
ＡＮＧＰＴＬ７は、もともとヒト角膜ｃＤＮＡライブラリーで発見され、角膜由来の転写産物６（ｃｏｒｎｅａ－ｄｅｒｉｖｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ６）（ＣＤＴ６）と命名された。免疫組織化学は、眼の複数の組織でＡＮＧＰＴＬ７の染色を明らかにする。ＡＮＧＰＴＬ７は緑内障患者の房水中で過剰発現しており、ＴＧＦβおよびデキサメタゾン曝露などの緑内障性条件によってアップレギュレートされる。しかしながら、眼の健康および疾患におけるＡＮＧＰＴＬ７の分子機能は十分に解明されていない。
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを記載することを目的としており、本発明を限定することを意図していない。本明細書で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が他に明白に示していない限り、複数形を同様に含むことが意図されている。さらに、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有する（ｗｉｔｈ）」という用語またはその変形が、詳細な記載および／または請求項のいずれかで使用される程度まで、そのような用語は、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」に類似した方法で含まれるように意図されている。
「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語は、当業者によって決定されるような特定の値の許容可能な誤差範囲内であることを意味し、これは、その値がどのように測定または決定されるか、つまり、測定システムの制限に部分的に依存している。例えば、「約」とは、当該技術分野での実践につき１または１を超える標準偏差を意味し得る。場合によっては、「約」とは所定の値の最大で２０％、最大で１０％、最大で５％、および最大で１％の範囲内を意味し得る。場合によっては、特に生物系または生物学的プロセスに関して、この用語は、ある値の１桁以内、例えば、５倍以内、または２倍以内を意味し得る。特定の値が本出願と請求項に記載されている場合、特段の定めのない限り、特定の値の許容可能な誤差範囲内を意味する「約」との用語が仮定されなければならない。
本明細書で使用されるように、「ｍＲＮＡ」という用語は、標的遺伝子の現在知られているｍＲＮＡ転写産物、および解明され得る任意のさらなる転写産物を意味する。
いくつかの実施形態では、「ｄｓＲＮＡ」、「ｓｉＲＮＡ」、および「ｓｉＲＮＡ剤」は、標的ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡ、例えば、タンパク質をコードする遺伝子の転写産物のサイレンシングを媒介することができる薬剤として互換的に使用されている。場合によっては、標的ＲＮＡはＡＮＧＰＴＬ７である。そのようなｍＲＮＡは、本明細書では、サイレンシングされるｍＲＮＡとも呼ばれることがある。そのような遺伝子は標的遺伝子とも呼ばれる。場合によっては、サイレンシングされるＲＮＡは、内因性遺伝子または病原体遺伝子である。加えて、ｍＲＮＡ以外のＲＮＡ、例えば、ｔＲＮＡ、およびウイルスＲＮＡも、標的とすることができる。
いくつかの実施形態では、「ＲＮＡｉを媒介する」という表現は、配列特異的な方法で、標的ＲＮＡをサイレンシングする能力を指す。理論に束縛されることを望まないが、サイレンシングは、ＲＮＡｉ機構またはプロセス、およびガイドＲＮＡ、例えば、ｓｉＲＮＡ剤を使用すると考えられている。
いくつかの実施形態では、「特異的にハイブリダイズ可能」および「相補的」は、本明細書に記載される化合物と標的ＲＮＡ分子との間で安定かつ特異的な結合が生じるような十分な程度の相補性を示すために使用される用語である。
特異的な結合は、特異的な結合が望まれる条件下、すなわち、アッセイまたは治療処置の場合、あるいは、インビトロアッセイの場合には生理的条件下で、もしくは、インビトロアッセイの場合にはアッセイが行われる条件下で、非標的配列に対するオリゴマー化合物の非特異的な結合を避けるために十分な程度の相補性を必要とすることがある。非標的配列は、少なくとも５ヌクレオチドだけ異なることがある。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、ｄｓＲＮＡ剤が標的ｍＲＮＡによってコードされるタンパク質の生成を抑えるように、標的ＲＮＡ、例えば、標的ｍＲＮＡに「十分に相補的」である。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は標的ＲＮＡに対して「正確な相補的」であり、例えば、標的ＲＮＡとｄｓＲＮＡ二重鎖剤はアニールして、正確な相補性の領域においてワトソン－クリック塩基対のみで作られたハイブリッドを形成する。「十分に相補的な」標的ＲＮＡは、標的ＲＮＡと正確に相補的である（例えば、少なくとも１０ヌクレオチドの）内部領域を含むことができる。さらに、いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、１ヌクレオチドの違いを特異的に識別する。この場合、１ヌクレオチド差（例えば、７ヌクレオチド以内）の領域で正確な相補性が見られる場合に、ｄｓＲＮＡ剤はＲＮＡｉのみを媒介する。
いくつかの実施形態では、「オリゴヌクレオチド」という用語は、例えば、１００、２００、３００、または４００ヌクレオチド未満の長さの核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を指す。
いくつかの実施形態では、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」または「アンチセンス化合物」は、別のＲＮＡまたはＤＮＡ（標的ＲＮＡ、ＤＮＡ）に結合するＲＮＡまたはＤＮＡの分子を意味する。例えば、それがＲＮＡオリゴヌクレオチドであると、それはＲＮＡ－ＲＮＡ相互作用によって別のＲＮＡ標的に結合し、標的ＲＮＡの活性を変化させる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定のポリヌクレオチドの発現および／または機能をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることができる。定義として、治療上、診断上、または他の見解から有用な、任意の異種のＲＮＡまたはＤＮＡの分子を含むことが意図される。そのような分子は、例えば、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ分子、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）、マイクロＲＮＡ、デコイＲＮＡ分子、ｓｉＲＮＡ、酵素ＲＮＡ、治療編集（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｅｄｉｔｉｎｇ）ＲＮＡ、およびアゴニストならびにアンタゴニストＲＮＡ、アンチセンスオリゴマー化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー（ａｌｔｅｒｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｅｒｓ）、プライマー、プローブ、および標的核酸の少なくとも一部分にハイブリダイズする他のオリゴマー化合物を含む。そのため、これらの化合物は、一本鎖か、二本鎖、部分的に一本鎖、または円形のオリゴマー化合物の形態で導入され得る。
いくつかの実施形態では、「オリゴヌクレオチド」という用語は、リボ核酸（ＲＮＡ）またはデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）のオリゴマーまたはポリマー、またはそれらの模倣物を指す。「オリゴヌクレオチド」という用語はさらに、デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシド、それらの置換されたおよびアルファ－アノマーの形態、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオエート、メチルホスホナートなどを含む、天然のおよび／または修飾されたモノマーまたは連鎖の線形または円形のオリゴマーを含む。オリゴヌクレオチドは、ワトソンクリック型の塩基対合、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型の塩基対合などの、標準パターンのモノマー間の相互作用によって標的ポリヌクレオチドに特異的に結合することができる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、様々な領域で構成された「キメラ」である。「キメラ」オリゴヌクレオチドは、２個以上の化学的領域、例えば、ＤＮＡ領域、ＲＮＡ領域、ＰＮＡ領域などを含む。各化学的領域は、少なくとも１つのモノマー単位、すなわち、オリゴヌクレオチド化合物の場合にはヌクレオチドから構成される。これらのオリゴヌクレオチドは典型的に、少なくとも１つの領域を含み、オリゴヌクレオチドは１個以上の所望の特性を示すために修飾される。オリゴヌクレオチドの所望の特性は、限定されないが、例えば、ヌクレアーゼ分解に対する抵抗性の増加、細胞取込の増加、および／または標的核酸に対する結合親和性の増加を含む。それゆえ、オリゴヌクレオチドの異なる領域は、異なる特性を有し得る。キメラオリゴヌクレオチドは、２個以上のオリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ）、および／またはオリゴヌクレオチドアナログの混合した構造として形成され得る。
オリゴヌクレオチドは、「レジスター（ｒｅｇｉｓｔｅｒ）」において、すなわち、モノマーが天然ＤＮＡでのように連続的に連結されるか、またはスペーサーによって連結されるときに、連結され得る領域を含み得るか、上記領域で構成され得る。スペーサーは、領域間の共有結合の「架橋（ｂｒｉｄｇｅ）」を構成し、場合によっては、約１００の炭素原子を超過しない長さを有するように意図されている。スペーサーは、例えば、正または負の電荷を有する、異なる官能性を保持し、脂肪親和性である、特有の核酸結合性を保持し得（介入物、グルーブバインダー（ｇｒｏｏｖｅ ｂｉｎｄｅｒｓ）、毒素、蛍光体など）、例えば、アルファ－ヘリックスを誘発するアラニン含有ペプチドのような特有の二次構造を引き起こす。
いくつかの実施形態では、「ＡＮＧＰＴＬ７」および「アンジオポエチン様７」は、ＡＮＧＰＴＬ７転写物（ＮＭ＿０２１１４６；配列番号：１１０８５）のすべてのファミリーメンバー、突然変異体、アレル、断片、種、コード配列および非コード配列、センスおよびアンチセンスのポリヌクレオチド鎖などを包含している。いくつかの実施形態では、「ＡＮＧＰＴＬ７」および「アンジオポエチン様７」は、本出願において互換的に使用される。
本明細書で使用されるように、「～に特異的なオリゴヌクレオチド」または「～を標的とするオリゴヌクレオチド」は、（ｉ）標的遺伝子の一部分との安定した複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ）を形成することができる、または（ｉｉ）標的遺伝子のｍＲＮＡ転写産物の一部分との安定した二重鎖（ｄｕｐｌｅｘ）を形成することができる配列を有するオリゴヌクレオチドを指す。複合体および二重鎖の安定性は、理論計算および／またはインビトロアッセイによって決定され得る。
いくつかの実施形態では、「標的核酸」という用語は、ＤＮＡ、そのようなＤＮＡから転写されたＲＮＡ（ｍＲＮＡ前駆体およびｍＲＮＡを含む）、およびそのようなＲＮＡに由来するｃＤＮＡ、コード配列、非コード配列、センスまたはアンチセンスのポリヌクレオチドを包含する。オリゴマー化合物のその標的核酸との特異的なハイブリダイゼーションは、核酸の正常機能に干渉する。標的核酸に特異的にハイブリダイズする化合物による標的核酸の機能のこの調節は、一般に「アンチセンス」と呼ばれる。調節されるＤＮＡの機能は、例えば、複製および転写を含む。調節されるＲＮＡの機能は、例えば、タンパク質翻訳の部位へのＲＮＡの転位、ＲＮＡからのタンパク質の翻訳、１個以上のｍＲＮＡの種をもたらすＲＮＡのスプライシング、およびＲＮＡに関係し得るまたはそれによって促進され得る触媒活性などの、すべての生体機能を含む。標的核酸機能に対するそのような干渉の全体的な効果は、コードされた産物またはオリゴヌクレオチドの発現の調節である。
ＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」は、それらの「標的」核酸配列に対して配列－特異的な相同性を有している二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子によって媒介される。ある実施形態では、メディエーター（ｍｅｄｉａｔｏｒｓ）は、５－２５のヌクレオチド「低分子干渉」ＲＮＡ二重鎖（ｓｉＲＮＡｓ）である。ｓｉＲＮＡは、Ｄｉｃｅｒとして知られるＲＮａｓｅ酵素によるｄｓＲＮＡの処理に由来する。ｓｉＲＮＡ二重鎖の産物は、ＲＩＳＣ（ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体）と称された多タンパク質ｓｉＲＮＡ複合体へと動員される。その後、任意の特定の理論に縛られることなく、ＲＩＳＣは、標的核酸（適切にはｍＲＮＡ）に誘導されると考えられ、ここで、ｓｉＲＮＡ二重鎖は、触媒的方法で切断を媒介するために配列特異的な方法で相互に作用する。低分子干渉ＲＮＡは合成および使用することができる。本明細書の方法に使用される低分子干渉ＲＮＡは、約１～約５０のヌクレオチド（ｎｔ）を適切に含む。非限定的な実施形態の例では、ｓｉＲＮＡは、約５～約４０ｎｔ、約５～約３０ｎｔ、約１０～約３０ｎｔ、約１５～約２５ｎｔ、または約２０～２５のヌクレオチドを含むことができる。
いくつかの実施形態では、適切なオリゴヌクレオチドの選択は、核酸配列を自動的に配列し、同一性または相同性の領域を示すコンピュータープログラムの使用により促進される。そのようなプログラムは、例えば、ＧｅｎＢａｎｋなどのデータベースの検索によって、またはＰＣＲ産物の配列によって得られた核酸配列を比較するために使用される。様々な種からの核酸配列の比較は、種間の適切な程度の同一性を示す核酸配列の選択を可能にする。配列されていない遺伝子の場合には、標的種および他の種における遺伝子間の同一性の程度の決定を可能にするために、サザンブロットが実施される。様々な程度のストリンジェンシーでサザンブロットを行うことによって、当該技術分野に周知のように、同一性のおよその測定を得ることが可能である。これらの手順によって、制御される対象における標的核酸配列に対する高い相補性および他の種おける対応する核酸配列に対する低い相補性を示すオリゴヌクレオチドの選択が可能となる。当業者は、遺伝子の適切な領域を選択することにかなりの許容範囲があることを理解するであろう。
いくつかの実施形態では、「酵素的ＲＮＡ」は、酵素活性を有するＲＮＡ分子を意味する。酵素核酸（リボザイム）は、標的ＲＮＡに対する第１結合によって作用する。そのような結合は、標的ＲＮＡを切断するように作用する分子の酵素部分に近接して保持される酵素核酸の標的結合部分を介して生じる。したがって、酵素核酸は、塩基対合を介して標的ＲＮＡを最初に認識して、その後結合し、いったん正確な部位に結合されると、標的ＲＮＡを酵素学的に切断するように作用する。
いくつかの実施形態では、「デコイＲＮＡ」は、リガンドに対する天然結合領域を模倣するＲＮＡ分子を意味する。したがって、デコイＲＮＡは、特異的なリガンドの結合のために天然結合標的と競合する。例えば、ＨＩＶトランス活性化反応（ＴＡＲ）ＲＮＡの過剰発現が、「デコイ」として作用することができ、ＨＩＶｔａｔタンパク質を効率的に結合し、それによって、ＨＩＶ ＲＮＡにてコードされたＴＡＲ配列に結合することを防ぐ。これは、具体的な例であるという意味である。当業者は、これが一例にすぎず、当該技術分野で一般に知られている技術を使用して、複数の実施形態が容易に生み出され得ることを認識する。
いくつかの実施形態では、「モノマー」は、典型的には、少数のモノマー単位（例えば、約３－４）からおよそ数百のモノマー単位までのサイズに及ぶオリゴヌクレオチドを形成するための、リン酸ジエステル結合またはそのアナログによって連結されたモノマーを示す。リン酸ジエステル結合のアナログは、以下により詳細に記載されるように、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホロセレノアート、ホスホロアミダートなどを含む。
いくつかの実施形態では、「ヌクレオチド」は、非自然発生ヌクレオチドと同様に、自然発生ヌクレオチドも包含する。「非自然発生」と以前に考えられた様々なヌクレオチドが、その後、自然界で発見されたことは、当業者に明らかであるはずである。したがって、「ヌクレオチド」は、既知のプリンおよびピリミジンの複素環含有分子だけでなく、その複素環式アナログおよび互変異性体も含む。他のタイプのヌクレオチドの例示的な例は、アデニン、グアニン、チミン、シトシン、ウラシル、プリン、キサンチン、＾アミノプリン、８－オキソ－Ｎ６－メチルアデニン、７－デアザキサンチン、７－デアザグアニン、Ｎ４，Ｎ４－エタノシトシン、Ｎ６，Ｎ６－エタノ－２，６－ジアミノプリン、５－メチルシトシン、５－（Ｃ３－Ｃ６）－アルキニルシトシン、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、シュードイソシトシン、２－ヒドロキシ－５－メミル－４－トリアゾロピリジン、イソシトシン、イソグアニン、イノシン、およびＢｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ（米国特許第５，４３２，２７２号）に記載される非自然発生ヌクレオチドを含む分子である。「ヌクレオチド」という用語は、あらゆるすべてのこれらの例に加えて、それらのアナログおよび互変異性体を包含するように意図される。特に関心のあるヌクレオチドは、アデニン、グアニン、チミン、シトシン、およびウラシルを含むものであり、これらは、ヒトにおける治療上および診断上の適用に関連する自然発生のヌクレオチドと考えられている。ヌクレオチドは、そのアナログと同様に、天然の２’－デオキシおよび２’－ヒドロキシル糖を含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチドに関する「アナログ」は、修飾された塩基部分および／または修飾された糖部分を有する合成ヌクレオチドを含む。そのようなアナログは、結合性、例えば、二重または三重の安定性、特異性などを増強するように設計された合成ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、「ハイブリダイゼーション」は、オリゴマー化合物の少なくとも実質的に相補的な鎖の対合を意味する。対合の１つの機構は、オリゴマー化合物の鎖の相補的なヌクレオシドまたはヌクレオチド塩基（ヌクレオチド）間の、ワトソンクリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーンの水素結合であり得る、水素結合を含む。例えば、アデニンおよびチミンは、水素結合の形成によって対になる相補的なヌクレオチドである。ハイブリダイゼーションは、様々な環境下で生じ得る。
いくつかの実施形態では、標的核酸に対する化合物の結合が、標的核酸の正常機能に干渉して、機能および／または活性の調節を引き起こすときに、および、特異的な結合が望ましい条件下、すなわち、インビボアッセイまたは治療上の処置の場合の生理学的条件下、およびアッセイがインビトロアッセイの場合に行われる条件下で、非標的核酸配列に対するアンチセンス化合物の非特異的な結合を回避するための十分な程度の相補性が存在するときに、アンチセンス化合物は「特異的にハイブリダイズ可能」である。
いくつかの実施形態では、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」または「ストリンジェントな条件」は、ある化合物が、最小数の他の配列にではなく、その標的配列にハイブリダイズする条件を指す。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、異なる環境下で異なり、オリゴマー化合物が標的配列にハイブリダイズする「ストリンジェントな条件」は、オリゴマー化合物の性質および組成、ならびにそれらが調査されているアッセイによって決定される。場合によっては、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、Ｎａ＋またはＫ＋（すなわち、低いイオン強度）などの無機カチオンを有する低濃度（＜０．１５Ｍ）の塩、約２０℃～５２℃よりも高く、かつ、オリゴマー化合物／標的配列複合体のＴｍよりも下の温度、ならびに、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド、ジメチルスルホキシド、または界面活性剤のドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）などの変性剤の存在を含む。例えば、ハイブリダイゼーション率は、各１％のホルムアミドに対して１．１％減少する。高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の一例は、３０分間６０℃での０．１Ｘ塩化ナトリウム－クエン酸ナトリウム緩衝剤（ＳＳＣ）／０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳである。
いくつかの実施形態では、「相補的な（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）は、１つまたは２つのオリゴマー鎖上の２つのヌクレオチド間の正確な対合のための能力を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置での核酸塩基が、標的核酸の特定の位置で核酸塩基との水素結合が可能である場合（前記標的核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはオリゴヌクレオチド分子である）、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、相補的な位置であると考えられてもよい。オリゴマー化合物、およびさらなるＤＮＡ、ＲＮＡ、またはオリゴヌクレオチド分子は、各分子中の十分な数の相補的な位置が、互いに水素結合することができるヌクレオチドによって占められるときに、互いに相補的である。したがって、「特異的にハイブリダイズ可能な」および「相補的な」は、安定したおよび特異的な結合が、オリゴマー化合物と標的核酸との間で生じるような、十分な数のヌクレオチドに対する十分な程度の正確な対合または相補性を示すために使用され得る用語である。
オリゴマー化合物の配列は、特異的にハイブリダイズ可能となるその標的核酸の配列に対して１００％相補的である必要がない。その上、オリゴヌクレオチドは、１個以上のセグメント上でハイブリダイズし得、その結果、介在または隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象（例えば、ループ構造、ミスマッチ、またはヘアピンの構造）には関与しない。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるオリゴマー化合物は、標的とされる標的核酸配列内の標的領域に対して、少なくとも約７０％、または少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９９％の配列相補性を含む。例えば、アンチセンス化合物の２０のヌクレオチドのうち１８が標的領域に対して相補的であり、それ故、特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を示すことになる。この例では、残りの非相補的ヌクレオチドは、相補的ヌクレオチドがクラスター化されることもあれば、相補的ヌクレオチドが点在することもあり、互いにまたは相補的ヌクレオチドに隣接している必要はない。そのため、標的核酸との完全な相補性を有する２つの領域によって挟まれた４つの非相補的なヌクレオチドを有する、１８ヌクレオチドの長さのアンチセンス化合物は、標的核酸との７７．８％の完全な相補性を有することになり、それ故、本開示の範囲内になることになる。標的核酸の領域とのアンチセンス化合物のパーセント相補性は、当該技術分野で既知の、ＢＬＡＳＴプログラム（塩基局所配列検索ツール）およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラムを慣例的に使用して決定され得る。パーセントの相同性、配列同一性、または相補性は、例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎのアルゴリズムを使用する、デフォルト設定を使用して、Ｇａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ， Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ， Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）によって決定され得る。
いくつかの実施形態では、「熱融解（Ｔｈｅｒｍａｌ Ｍｅｌｔｉｎｇ Ｐｏｉｎｔ）」（Ｔｍ）は、標的配列に相補的なオリゴヌクレオチドの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする、定義されたイオン強度、ｐＨ、および核酸濃度下での温度を指す。典型的に、ストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３で少なくとも約０．０１～１．０ＭのＮａイオン濃度（または他の塩）であり、かつ、温度が短いオリゴヌクレオチド（例えば、１０～５０のヌクレオチド）に対して少なくとも約３０℃である条件となる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドなどの不安定化剤を加えることによっても達成され得る。
いくつかの実施形態では、「調節（ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ）」は、遺伝子の発現の増加（刺激）または減少（阻害）のいずれかを意味する。
「変異体（ｖａｒｉａｎｔ）」は、ポリヌクレオチド配列に関連して使用されるときに、野生型遺伝子に関係するポリヌクレオチド配列を包含し得る。この定義は、例えば、「アレル（ａｌｌｅｌｉｃ）」、「スプライス（ｓｐｌｉｃｅ）」、「種（ｓｐｅｃｉｅｓ）」、または「多型」の変異体も含み得る。スプライス変異体は、参照分子に対して有意な同一性を有し得るが、一般に、ｍＲＮＡの処理中のエキソンの選択的スプライシングによって、より多くのまたはより少ないポリヌクレオチドを有することになる。対応するポリペプチドは、追加の機能ドメインを有することもあれば、ドメインを有していないこともある。種変異体は、種によって異なる様々なポリヌクレオチド配列である。特に有用なのは、野生型の遺伝子産物の変異体である。変異体は、核酸配列における少なくとも１つの突然変異から結果的に生じることがあり、および、変化したｍＲＮＡまたはポリペプチドを生じさせることがあり、その構造または機能は変化することもあれば変化しないこともある。任意の与えられた天然または組換えの遺伝子は、対立形質を有していないこともあり、１つ、または多くの対立形質を有することもある。変異体を生じさせる一般的な突然変異変化は、ヌクレオチドの自然な欠失、付加、または置換に一般に起因する。これらのタイプの変化は各々、所定の配列において１回以上、単独でまたは他の変化と組み合わされて生じ得る。
結果として生じるポリペプチドは、一般に、互いに対して有意なアミノ酸同一性を有する。多型変異体は、与えられた種の個体間の特定の遺伝子のポリヌクレオチド配列における変種である。多型変異体は、ポリヌクレオチド配列が１つの塩基によって変化する、「一塩基多型」（ＳＮＰ）または一塩基変異を包含し得る。ＳＮＰの存在は、例えば、ある疾患状態に対する傾向、すなわち、耐性に対する感受性を有する特定の集団を示すことがある。
誘導体ポリヌクレオチドは、化学修飾、例えば、アルキル、アシル、またはアミノの基による水素の置換に供された核酸を含む。誘導体、例えば、誘導体オリゴヌクレオチドは、変化した糖部分または糖間結合などの非自然発生部分を含み得る。これらの中で典型的なものは、ホスホロチオエート、および当該技術分野で知られている他の硫黄含有種である。誘導体核酸は、放射性ヌクレオチド、酵素、蛍光剤、化学発光剤、発色剤、基質、補助因子、阻害剤、磁気微粒子などを含む、標識も含み得る。
いくつかの実施形態では、「誘導体」ポリペプチドまたはペプチドは、例えば、グリコシル化、ペグ化、リン酸化、硫酸化、還元／アルキル化、アシル化、化学結合、または軽度のホルマリン処置によって修飾されているものである。誘導体はさらに、限定されないが、放射性同位体、蛍光、および酵素の標識を含む、検出可能な標識を、直接的または間接的に含むように修飾され得る。
本明細書で使用されるように、「動物」または「患者」という用語は、例えば、ヒト、ヒツジ、オオシカ、シカ、ミュールジカ、ミンク、哺乳動物、サル、ウマ、ウシ、ブタ、ヤギ、イヌ、ネコ、ラット、マウス、トリ、ニワトリ、爬虫類、魚、昆虫、およびクモ類を含むように意図される。
「哺乳動物」は、一般的に治療中の温血哺乳動物（例えば、ヒトおよび家畜動物）を包含する。例は、単にヒトの他に、ネコ科、イヌ科、ウマ科、ウシ科、およびヒト科を含む。
「処置すること（Ｔｒｅａｔｉｎｇ）」または「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、哺乳動物の疾患状態の処置を包含し、（ａ）特に、そのような哺乳動物が、疾患状態にかかりやすいが、それを患っているとまだ診断されていないときに、疾患状態が哺乳動物で生じるのを防ぐこと；（ｂ）疾患状態を阻害すること、例えば、その進行を抑えること；および／または（ｃ）所望のエンドポイントが達成されるまで、疾患状態を軽減すること、例えば、疾患状態の退行を引き起こすことを含む。処置は、疾患の症状の改善（例えば、疼痛または不快感を減少する）を含み、ここで、そのような改善は、その疾患に直接影響を与えることもあれば与えないこともある（例えば、原因、伝達、発現など）。「処置」という用語は、予防、治療、および治癒も包含することを意図されている。この処置を受ける患者は、霊長類、特にヒト、および他の哺乳動物、例えば、ウマ、ウシ、ブタ、ならびにヒツジ；および、家禽およびペット一般を含む、それを必要としているあらゆる動物である。
本明細書で開示されるすべての遺伝子、遺伝子名、および遺伝子産物は、任意の種からのホモログに対応するように意図され、それについて本明細書に開示される組成物および方法が適用可能である。したがって、これらの用語は、限定されないが、ヒトおよびマウスからの遺伝子および遺伝子産物を含む。特定の種からの遺伝子または遺伝子産物が開示されるときに、本開示が、例示目的のみに意図され、それが現われる文脈が明確に示さない限り、限定的なものとして解釈されないことが理解される。したがって、例えば、いくつかの実施形態では、哺乳動物の核酸およびアミノ酸の配列に関連する本明細書で開示される遺伝子は、限定されないが、他の哺乳動物、魚、両生類、爬虫類、および鳥類を含む他の動物からの相同遺伝子および／またはオルソロガス遺伝子、ならびに遺伝子産物を包含するように意図される。いくつかの実施形態では、遺伝子または核酸配列は、ヒトのものである。
いくつかの実施形態では、「ハロ」という用語は、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素の任意のラジカルを指す。いくつかの実施形態では、「アルキル」という用語は、示された数の炭素原子を含む、直鎖または分枝鎖であり得る飽和および不飽和の非芳香族炭化水素鎖（これらは、限定されないが、プロピル、アリル、またはプロパルギルを含む）を指し、これらは随意にＮ、Ｏ、またはＳを挿入されていてもよい。例えば、Ｃｉ－Ｃｉｏは、基がその中に１～１０（包括的）の炭素原子を有していてもよいことを示す。「アルコキシ」という用語は、－Ｏ－アルキルラジカルを示す。いくつかの実施形態では、「アルキレン」という用語は、二価アルキル（すなわち、－Ｒ－）を指す。「アルキレンジオキソ」という用語は、構造－０－Ｒ－０－の二価の種を指し、ここで、Ｒはアルキレンを表す。「アミノアルキル」という用語は、アミノで置換されたアルキルを指す。いくつかの実施形態では、「メルカプト」という用語は、－ＳＨラジカルを指す。「チオアルコキシ」という用語は、－Ｓ－アルキルラジカルを指す。
いくつかの実施形態では、「アリール」という用語は、各環の０、１、２、３、または４個の原子が置換基で置換されていてもよい、６－炭素単環式または１０－二環式の芳香族環系を指す。アリール基の例としては、フェニル、ナフチルなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、「アリールアルキル」という用語、または「アラルキル」という用語は、アリールで置換されたアルキルを指す。いくつかの実施形態では、「アリールアルコキシ」は、アリールで置換されたアルコキシを指す。
いくつかの実施形態では、本明細書で採用される「シクロアルキル」という用語は、３～１２個の炭素、例えば、３～８個の炭素、例えば３～６個の炭素を有する飽和および部分的に不飽和の環状炭化水素基を含み、ここで、シクロアルキル基はさらに随意に置換されていてもよい。シクロアルキル基は、限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、およびシクロオクチルを含む。
いくつかの実施形態では、「ヘテロアリール」という用語は、単環式の場合は１～３個のヘテロ原子を、二環式の場合は１～６個のヘテロ原子を、または三環式の場合は１～９個のヘテロ原子を有する、芳香族の５～８員の単環式、８～１２員の二環式、または１１～１４員の三環式の環系を指し、前記ヘテロ原子はＯ、Ｎ、またはＳから選択され（例えば、単環式、二環式、または三環式の場合、それぞれ炭素原子とＮ、Ｏ、またはＳの１～３、１～６、または１～９個のヘテロ原子）、ここで、各環の０、１、２、３、または４個の原子は、置換基で置換されていてもよい。ヘテロアリール基の例としては、ピリジル、フリルまたはフラニル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、ピリミジニル、チオフェニルまたはチエニル、キノリニル、インドリル、チアゾリルなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、「ヘテロアリールアルキル」という用語または「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリールで置換されたアルキルを指す。いくつかの実施形態では、「ヘテロアリールアルコキシ」は、ヘテロアリールで置換されたアルコキシを指す。
いくつかの実施形態では、「ヘテロシクリル」という用語は、単環式の場合は１～３個のヘテロ原子を、二環式の場合は１～６個のヘテロ原子を、または三環式の場合は１～９個のヘテロ原子を有する、非芳香族の５～８員の単環式、８～１２員の二環式、または１１～１４員の三環式の環系を指し、前記ヘテロ原子はＯ、Ｎ、またはＳから選択され（例えば、単環式、二環式、または三環式の場合、それぞれ炭素原子とＮ、Ｏ、またはＳの１～３、１～６、または１～９個のヘテロ原子）、ここで、各環の０、１、２、または３個の原子は、置換基で置換されていてもよい。ヘテロシクリル基の例としては、トリアゾリル、テトラゾリル、ピペラジニル、ピロリジニル、ジオキサニル、モルホリニル、テトラヒドロフラニルなどを含む。
いくつかの実施形態では、「オキソ」という用語は酸素原子を指し、これは、炭素に結合した場合にはカルボニルを、窒素に結合した場合にはＮ－オキシドを、硫黄に結合した場合にはスルホキシドまたはスルホンを形成する。
いくつかの実施形態では、「アシル」という用語は、アルキルカルボニル、シクロアルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロシクリルカルボニル、またはヘテロアリールカルボニル置換基を指し、そのいずれもがさらに置換基で置換されていてもよい。
いくつかの実施形態では、「置換された」という用語は、所定の構造中の１個以上の水素ラジカルを、限定されないが、以下を含む指定された置換基のラジカルで置換することを意味する：ハロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロシクリル、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、アルキルチオアルキル、アリールチオアルキル、アルキルスルホニル、アルキルスルホニルアルキル、アリールスルホニルアルキル、アルコキシ、アリールオキシ、アラルコキシ、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、アリールアミノカルボニル、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ハロアルキル、アミノ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ、アルキルアミノ、アリールアミノ、アルキルアミノアルキル、アリールアミノアルキル、アミノアルキルアミノ、ヒドロキシ、アルコキシアルキル、カルボキシアルキル、アルコキシカルボニルアルキル、アミノカルボニルアルキル、アシル、アラルコキシカルボニル、カルボン酸、スルホン酸、スルホニル、ホスホン酸、アリール、ヘテロアリール、複素環、および脂肪族。置換基はさらに置換され得ることが理解される。
オリゴヌクレオチド化合物および組成物
いくつかの実施形態は、核酸配列情報に言及する。いくつかの実施形態では、任意のウラシル（Ｕ）は、任意のチミン（Ｔ）と入れ替えてもよく、逆もまた同様である。例えば、１個以上のＵを含む核酸配列を含むｓｉＲＮＡにおいて、いくつかの実施形態では、ＵのいずれかがＴに交換されてもよい。同様に、１個以上のＴを含む核酸配列を含むｓｉＲＮＡにおいて、いくつかの実施形態では、ＴのいずれかがＵに交換されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるｓｉＲＮＡなどのオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡを含み、または、ＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡを含むこともあれば、ＤＮＡからなることもある。
いくつかの実施形態は、修飾された核酸を含む特定の核酸配列に言及する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸を含む核酸配列の修飾されていないバージョンを含む核酸配列を含み、または上記核酸配列からなる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸を含むが、任意の１個以上の追加の修飾または異なる修飾を有する、核酸配列を含み、または、上記核酸配列からなる。
いくつかの実施形態では、限定されないが、ＡＮＧＰＴＬ７に関連するセンスおよび／またはアンチセンスの非コードおよび／またはコード配列を含む、アンギオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の核酸配列を標的とするオリゴヌクレオチド化合物が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、標的核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドのみに限定されず、ＡＮＧＰＴＬ７のアイソフォーム、受容体、ホモログ、非コード領域などのいずれかに及ぶ。
いくつかの実施形態では、第１の核酸を標的とする１個以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤と、第２の核酸標的を標的とする１個以上の追加のアンチセンス化合物とを含む組成物が提供される。例えば、第１の標的は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の特定の配列であってもよく、第２の標的は、別のヌクレオチド配列からの領域であってよい。いくつかの実施形態では、組成物は、同じＡＮＧＰＴＬ７核酸標的の異なる領域に標的化された２個以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ化合物を含んでもよい。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ化合物の多くの例が本明細書に例証され、他のものは、当該技術分野で知られている適切な化合物の中から選択され得る。組み合わせた２以上の化合物は、共にまたは順次、使用され得る。
いくつかの実施形態では、複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤種を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤種は、自然発生標的配列に関して、別の種と重複せずかつ隣接しない配列を有する。いくつかの実施形態では、複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤種は、異なる自然発生標的遺伝子に特異的である。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アレル特異的である。
本開示は、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤の投与および送達のための、方法、組成物、およびキットを提供する。
組成物
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを含む組成物が本明細書で開示されるである。いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドを含んでいる。いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドからなる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、それを必要とする対象における障害を処置する方法において使用される。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される障害を処置する方法において使用するためのオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載されるような障害を処置する方法における、オリゴヌクレオチドを含む組成物の使用に関する。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるｄｓＲＮＡ剤を含むこともあり、または上記ｄｓＲＮＡ剤からなることもある。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡを含むこともあり、または上記ｓｉＲＮＡからなることもある。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むこともあり、または上記アンチセンスオリゴヌクレオチドからなることもある。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とし、および、有効な量で対象に投与されたときに細胞または組織のＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを減少させるオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、細胞はＡＮＧＰＴＬ７である。いくつかの実施形態では、組織はＡＮＧＰＴＬ７組織である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約１０％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２００％以上、約３００％以上、約４００％以上、約５００％以上、約６００％以上、約７００％以上、約８００％以上、約９００％以上、または約１０００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約１０％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡレベルは、投与前と比較して、約２００％以下、約３００％以下、約４００％以下、約５００％以下、約６００％以下、約７００％以下、約８００％以下、約９００％以下、または約１０００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、または前述の２つの割合のいずれかによって定義される範囲だけ、減少する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とし、および、有効な量で対象に投与されたときに循環ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルを減少させるオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、投与前と比較して、約１０％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２００％以上、約３００％以上、約４００％以上、約５００％以上、約６００％以上、約７００％以上、約８００％以上、約９００％以上、または約１０００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、投与前と比較して、約１０％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、投与前と比較して、約２００％以下、約３００％以下、約４００％以下、約５００％以下、約６００％以下、約７００％以下、約８００％以下、約９００％以下、または約１０００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ タンパク質レベルは、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、または前述の２つの割合のいずれかによって定義される範囲だけ、減少する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とし、および、有効な量で対象に投与されたときに緑内障の症状を減少させるオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与前と比較して、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与の前と比較して、約１０％以上減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与前と比較して、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与前と比較して、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与前と比較して、約１０％以下、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、投与前と比較して、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％、あるいは前述の２つの割合のいずれかによって定義される範囲だけ、減少する。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、緑内障または緑内障亜型の発生率である。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、緑内障あるいは緑内障亜型の重症度である。緑内障亜型の例は、非特異的な緑内障、原発性開放隅角緑内障（ＰＯＡＧ）、および原発性閉塞隅角緑内障（ＰＡＣＧ）を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とし、および、有効な量で対象に投与されたときに眼圧を減少させるオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、眼圧は、投与前と比較して、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上、減少する。いくつかの実施形態では、投与の前と比較して、眼圧は約１０％以上減少する。いくつかの実施形態では、眼圧は、投与前と比較して、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上、減少する。いくつかの実施形態では、眼圧は、投与前と比較して、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下、減少する。いくつかの実施形態では、眼圧は、投与前と比較して、約１０％以下、減少する。いくつかの実施形態では、眼圧は、投与前と比較して、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下、減少する。いくつかの実施形態では、眼圧は、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％、あるいは前述の２つの割合のいずれかによって定義される範囲だけ、減少する。
修飾パターン
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシドおよび／または修飾されたヌクレオシド間結合を含み、ならびに／あるいは、（ｉｉ）組成物は薬学的に許容可能な担体を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシドおよび／または修飾されたヌクレオシド間結合を含む修飾を含んでいる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、またはカルボキシメチルエステル、あるいはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシド間結合は、１個以上のホスホロチオエート結合を含む。修飾されたヌクレオシド間結合の利点は、減少した毒性または改善された薬物動態を含み得る。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるｄｓＲＮＡ剤を含むこともあり、または上記ｄｓＲＮＡ剤からなることもある。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡを含むこともあり、または上記ｓｉＲＮＡからなることもある。組成物（例えば、オリゴヌクレオチド組成物）は、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むこともあり、または上記アンチセンスオリゴヌクレオチドからなることもある。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは修飾されたヌクレオシド間結合を含み、オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の修飾されたヌクレオシド間結合、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによっても定義された一連の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１８個以下の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２０個以下の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、３個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、４個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、５個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、６個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、７個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、８個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、９個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１０以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１２個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１３個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１４個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１５個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１６個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１７個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１８個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、１９個以上の修飾されたヌクレオシド間結合、あるいは２０個以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＬＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ、または２’－デオキシ、あるいはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ＬＮＡを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’，４’拘束エチル核酸を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ＨＬＡを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ＣｅＮＡを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－メトキシエチル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－アルキル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－アリル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－フルオロ基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－デオキシ基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシフルオロヌクレオシド、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシド、または２’－ａｒａ－Ｆ、あるいはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－メチルヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－デオキシフルオロヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－ＮＭＡヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’－ａｒａ－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、１つ以上の２’フルオロ修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、２’Ｏ－アルキル修飾されたヌクレオシドを含む。修飾されたヌクレオシドの利点は、減少した毒性または改善された薬物動態を含み得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の修飾されたヌクレオシド、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによっても定義された一連のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１９個以下の修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２１個以下の修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２個以上の修飾されたヌクレオシド、３個以上の修飾されたヌクレオシド、４個以上の修飾されたヌクレオシド、５個以上の修飾されたヌクレオシド、６個以上の修飾されたヌクレオシド、７個以上の修飾されたヌクレオシド、８個以上の修飾されたヌクレオシド、９個以上の修飾されたヌクレオシド、１０個以上の修飾されたヌクレオシド、１１個以上の修飾されたヌクレオシド、１２個以上の修飾されたヌクレオシド、１３個以上の修飾されたヌクレオシド、１４個以上の修飾されたヌクレオシド、１５個以上の修飾されたヌクレオシド、１６個以上の修飾されたヌクレオシド、１７個以上の修飾されたヌクレオシド、１８個以上の修飾されたヌクレオシド、１９個以上の修飾されたヌクレオシド、２０個以上の修飾されたヌクレオシド、または２１個以上の修飾されたヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、疎水性部分は、オリゴヌクレオチド（例えば、ｓｉＲＮＡまたはＡＳＯのセンス鎖および／またはアンチセンス鎖）に結合される。いくつかの実施形態では、疎水性部分はオリゴヌクレオチドの３’末端で結合される。いくつかの実施形態では、疎水性部分はオリゴヌクレオチドの５’末端で結合される。いくつかの実施形態では、疎水性部分はコレステロールを含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合された脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質はオリゴヌクレオチドの３’末端で結合される。いくつかの実施形態では、脂質はオリゴヌクレオチドの５’末端で結合される。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミリスチル、パルミチルステアリル、またはα－トコフェロール、あるいはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、脂質は、コレステロールを含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、アルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端で結合される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、オリゴヌクレオチドの５’末端で結合される。いくつかの実施形態では、組成物はセンス鎖を含み、ＲＧＤペプチドはセンス鎖に結合される（例えば、センス鎖の５’末端に結合し、またはセンス鎖の３’末端に結合している）。いくつかの実施形態では、組成物はアンチセンス鎖を含み、ＲＧＤペプチドはアンチセンス鎖に結合される（例えば、アンチセンス鎖の５’末端に結合し、またはアンチセンス鎖の３’末端に結合している）。いくつかの実施形態では、組成物は、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合したＲＧＤペプチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＲＧＤペプチドと、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合した脂質とを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、アミノ安息香酸由来のＲＧＤを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、アミノ安息香酸由来ＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤペプチドは、そのようなＲＧＤペプチドの倍数を含む。例えば、ＲＧＤペプチドは、２個、３個、または４個のＲＧＤペプチドを含み得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるｄｓＲＮＡ剤を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｄｓＲＮＡ剤、またはｓｉＲＮＡのセンス鎖および／またはアンチセンス鎖における１つ以上のヌクレオチドは、本明細書に記載される修飾または修飾パターンのいずれかに従って修飾される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される修飾または修飾パターンは、コレステロール部分を含む。
ｄｓＲＮＡ剤
いくつかの実施形態では、組成物は二本鎖ＲＮＡｉ（ｄｓＲＮＡ）剤を含む。１つの態様では、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害することができるｄｓＲＮＡ剤が本明細書で提供される。ｄｓＲＮＡ剤はセンス鎖とアンチセンス鎖を含む。場合によっては、センス鎖は、配列番号１～４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。場合によっては、アンチセンス鎖は、センス鎖の逆補体と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。場合によっては、アンチセンス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
場合によっては、ｄｓＲＮＡ剤の各鎖は、１２～３０ヌクレオチドの長さの範囲であり得る。例えば、各鎖は、１４－３０ヌクレオチドの長さ、１７－３０ヌクレオチドの長さ、２５－３０ヌクレオチドの長さ、２７－３０ヌクレオチドの長さ、１７－２３ヌクレオチドの長さ、１７－２１ヌクレオチドの長さ、１７－１９ヌクレオチドの長さ、１９－２５ヌクレオチドの長さ、１９－２３ヌクレオチドの長さ、１９－２１ヌクレオチドの長さ、２１－２５ヌクレオチドの長さ、または２１－２３ヌクレオチドの長さであり得る。
センス鎖とアンチセンス鎖は典型的に二重のｄｓＲＮＡを形成する。ｄｓＲＮＡ剤の二重領域は、１２－３０ヌクレオチド対の長さであり得る。例えば、二重領域は、１４－３０ヌクレオチド対の長さ、１７－３０ヌクレオチド対の長さ、２５－３０ヌクレオチド対の長さ、２７－３０ヌクレオチド対の長さ、１７－２３ヌクレオチド対の長さ、１７－２１ヌクレオチド対の長さ、１７－１９ヌクレオチド対の長さ、１９－２５ヌクレオチド対の長さ、１９－２３ヌクレオチド対の長さ、１９－２１ヌクレオチド対の長さ、２１－２５ヌクレオチド対の長さ、または２１－２３ヌクレオチド対の長さであり得る。別の例では、二重領域は、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、および２７の長さを有する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、鎖の３’－末端、または５’－末端、または両末端に、１つ以上のオーバーハング領域および／またはキャッピング基を含む。場合によっては、オーバーハングは、約１～６ヌクレオチドの長さ、例えば、２～６ヌクレオチドの長さ、１～５ヌクレオチドの長さ、２～５ヌクレオチドの長さ、１～４ヌクレオチドの長さ、２～４ヌクレオチドの長さ、１～３ヌクレオチドの長さ、２～３ヌクレオチドの長さ、または１～２ヌクレオチドの長さである。オーバーハングは、一方の鎖が他方の鎖よりも長い結果であってもよく、または、同じ長さの２本の鎖がずらされている結果であってもよい。オーバーハングは、標的ｍＲＮＡとミスマッチを形成することができ、または標的となっている遺伝子配列と相補的であってもよく、または他の配列であってもよい。第１の鎖と第２の鎖は、例えば、追加の塩基によって連結してヘアピンを形成することができ、または、他の非塩基リンカーによって連結することができる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤を含む組成物が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を阻害または調節することができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、本明細書に記載されるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、センス鎖およびアンチセンス鎖（本明細書に記載されるセンス鎖および／またはアンチセンス鎖など）を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的である。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８６のヌクレオシド配列を有する核酸の一部分に相補的である。いくつかの実施形態では、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。
いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤を含む組成物が本明細書に記載され、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。
いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤を含む組成物が本明細書に記載され、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８６のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有する。
いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾は、オリゴヌクレオチド（例えば、ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスオリゴヌクレオチド）にヌクレアーゼ耐性を付与する。いくつかの実施形態では、修飾パターンは、オリゴヌクレオチド（例えば、ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスオリゴヌクレオチド）にヌクレアーゼ耐性を付与する。例えば、修飾パターン１Ｓ、２Ｓ、３Ｓ、４Ｓ、５Ｓ、１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、４ＡＳ、またはＡＳＯ１は、ヌクレアーゼ耐性を付与し得る。
ｄｓＲＮＡ修飾
ｄｓＲＮＡ剤に関連して本明細書に記載される修飾は、本明細書の他の箇所に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドに適用することができる。ｄｓＲＮＡ剤に関して本明細書に記載される修飾は、本明細書の他の箇所に記載されるｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドに適用することができる。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖および／またはアンチセンス鎖の１つ以上のヌクレオチドが修飾される。いくつかの実施態様では、ｄｓＲＮＡのセンス鎖およびアンチセンス鎖のあらゆるヌクレオチドが修飾される。センス鎖およびアンチセンス鎖の修飾は、それぞれ独立して、少なくとも２つの異なる修飾を含んでいてもよい。場合によっては、センス鎖およびアンチセンス鎖のすべてのヌクレオチドが修飾されているわけではない。場合によっては、センス鎖および／またはアンチセンス鎖のいかなるヌクレオチドも修飾されていない。
場合によっては、センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、モチーフの少なくとも１つは、アンチセンス鎖の切断部位またはその近くで生じる。場合によっては、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。アンチセンス鎖の修飾パターンは、センス鎖の修飾パターンと比較して１ヌクレオチド以上シフトされてもよい。
場合によっては、モチーフの少なくとも１つが鎖の切断部位に生じ、モチーフの少なくとも１つが切断部位のモチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じるとき、センス鎖は、連続する３つのヌクレオチド上に３つの同一の修飾を有する少なくとも２つのモチーフを含む。場合によっては、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、モチーフの少なくとも１つは鎖の切断部位またはその近くに生じ、モチーフの少なくとも１つは切断部位またはその近くのモチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じる。
場合によっては、センス鎖は、連続する３つのヌクレオチド上に３つの同一の修飾を有する少なくとも２つのモチーフを含み、モチーフの少なくとも１つは鎖の切断部位に生じ、モチーフの少なくとも１つは切断部位のモチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じる。場合によっては、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、モチーフの少なくとも１つは鎖の切断部位またはその近くに生じ、モチーフの少なくとも１つは切断部位またはその近くのモチーフから少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じる。場合によっては、センス鎖の切断部位に生じるモチーフの修飾は、アンチセンス鎖の切断部位またはその近くで生じるモチーフの修飾とは異なる。
場合によっては、センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、モチーフの少なくとも１つは鎖の切断部位で生じる。場合によっては、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの２’－０－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。
場合によっては、センス鎖は、連続する３つのヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフを含み、１つ以上の追加のモチーフは、切断部位の３つの２’－Ｆ修飾から少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じる。アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフを含んでいてもよく、１つ以上の追加のモチーフは、３つの２’－０－メチル修飾から少なくとも１ヌクレオチドだけ離れている鎖の別の部分に生じる。場合によっては、２’－Ｆ修飾を有するヌクレオチドの少なくとも１つは、２’－０－メチル修飾を有するヌクレオチドの１つと塩基対を形成することがある。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤がオーバーハングを含む場合、ｄｓＲＮＡ剤のオーバーハング領域のヌクレオチドは、それぞれ独立して、修飾されたまたは修飾されていないヌクレオチドであり得る。修飾の非限定的な例としては、限定されないが、２’－糖修飾、例えば、２－Ｆ ２’－オメチル、チミジン（Ｔ）、２’－０－メトキシエチル－５－メチルウリジン（Ｔｅｏ）、２’－０－メトキシエチルアデノシン（Ａｅｏ）、２’－０－メトキシエチル－５－メチルシチジン（ｍ５Ｃｅｏ）、およびこれらの任意の組み合わせが挙げられる。例えば、ＴＴは、いずれかの鎖上のいずれかの末端に対するオーバーハング配列であり得る。オーバーハングは、標的ｍＲＮＡとミスマッチを形成することができ、または標的となっている遺伝子配列と相補的であってもよく、または他の配列であってもよい。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤がオーバーハングを含む場合、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖、アンチセンス鎖、または両鎖における５’－オーバーハングおよび／または３’－オーバーハングはリン酸化されてもよい。いくつかの実施形態では、オーバーハング領域は、２つのヌクレオチドの間にホスホロチオエートを有する２つのヌクレオチドを含み、ここで、２つのヌクレオチドは、同じでも異なってもよい。いくつかの実施形態では、オーバーハングは、センス鎖、アンチセンス鎖、または両鎖の３’末端に存在する。いくつかの実施形態では、この３’－オーバーハングは、アンチセンス鎖に存在する。いくつかの実施形態では、この３’－オーバーハングは、センス鎖に存在する。
いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、限定されないが、２’ＯＭｅヌクレオチド、２’－デオキシ－２’－フルオロ（２’－Ｆ）ヌクレオチド、２’－デオキシヌクレオチド、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）ヌクレオチド、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、またはこれら組み合わせを含む、１つ以上の修飾されたヌクレオチドを含んでいる。いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、２’ＯＭｅヌクレオチド（例えば、２’ＯＭｅプリンおよび／またはピリミジンヌクレオチド）、例えば、２’ＯＭｅ－グアノシンヌクレオチド、２’ＯＭｅ－ウリジンヌクレオチド、２’ＯＭｅ－アデノシンヌクレオチド、２’ＯＭｅ－シトシンヌクレオチド、またはこれらの組み合わせなどを含んでいる。ある実施態様では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、２’ＯＭｅ－シトシンヌクレオチドを含まない。いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、ヘアピンループ構造を含む。
ある態様では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、対応する修飾されていないｄｓＲＮＡの１０倍以下のＩＣ５０を有する（例えば、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、対応する修飾されていないｄｓＲＮＡ剤のＩＣ５０の１０倍以下のＩＣ５０を有する）。いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、対応する修飾されていないｄｓＲＮＡ剤の３倍以下のＩＣ５０を有する。いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、対応する修飾されていないｄｓＲＮＡ剤の２倍以下のＩＣ５０を有する。用量反応曲線が生成され、修飾されたｄｓＲＮＡ剤および対応する修飾されていないｄｓＲＮＡ剤のＩＣ５０値が、当業者に知られている方法を用いて容易に決定され得ることは、当業者には容易に明らかであろう。
修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、二本鎖領域の片側または両側に１、２、３、４、またはそれ以上のヌクレオチドの３’オーバーハングを有していてもよく、オーバーハングを欠いていてもよい（すなわち、平滑末端を有していてもよい）。いくつかの態様では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、二本鎖領域の各側に２つのヌクレオチドの３’オーバーハングを有する。ある実施態様では、アンチセンス鎖上の３’オーバーハングは、標的配列に対して相補性を有し、センス鎖上の３’オーバーハングは、標的配列の相補鎖に対して相補性を有する。場合によっては、３’オーバーハングは、標的配列またはその相補鎖に対して相補性を有していない。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、２’－デオキシ（２’Ｈ）ヌクレオチドなどの１、２、３、４、またはそれ以上のヌクレオチドを含む。場合によっては、３’オーバーハングは、デオキシチミジン（ｄＴ）ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、ｄｓＲＮＡ剤の二本鎖領域の約１％～約１００％（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％）の修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤の二本鎖領域のヌクレオチドの約３０％未満（例えば、約３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、または５％未満）あるいは約１％～約３０％（例えば、約１％－３０％、５％－３０％、１０％－３０％、１５％－３０％、２０％－３０％、または２５％－３０％）は、修飾されたヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、例えば、二本鎖領域のセンス鎖および／またはアンチセンス鎖において、リン酸骨格修飾を含んでいない。いくつかの実施形態では、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、例えば、二本鎖領域のセンス鎖および／またはアンチセンス鎖において、２’－デオキシヌクレオチドを含んでいない。ある実施態様では、センス鎖および／またはアンチセンス鎖の二本鎖領域の３’末端のヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチドではない。ある実施態様では、センス鎖および／またはアンチセンス鎖における二本鎖領域の３’末端付近（例えば、３’末端から１、２、３、または４ヌクレオチド以内）のヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチドではない。
ｄｓＲＮＡ剤は、二本鎖領域の片側または両側に１、２、３、４、またはそれ以上のヌクレオチドの３’オーバーハングを有していてもよく、オーバーハングを欠いていてもよい（すなわち、平滑末端を有していてもよい）。場合によっては、修飾されたｄｓＲＮＡ剤は、二本鎖領域の各側に２つのヌクレオチドの３’オーバーハングを有する。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、２’－デオキシ（２’Ｈ）ヌクレオチドなどの１、２、３、４、またはそれ以上のヌクレオチドを含む。場合によっては、３’オーバーハングは、デオキシチミジン（ｄＴ）ヌクレオチドを含む。
ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の５’－末端（またはセンス鎖の３’－末端）に位置する、平滑末端も有することがあり、またはその逆も然りである。場合によっては、ｄｓＲＮＡのアンチセンス鎖は、３’－末端にヌクレオチドのオーバーハングを有し、５’－末端は平滑末端化されている。理論的な制約を受けるわけではないが、アンチセンス鎖の５’末端の非対称的な平滑末端とアンチセンス鎖の３’末端のオーバーハングは、ＲＩＳＣプロセスへのガイド鎖のローディングに有利であり得る。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤はさらに、ｄｓＲＮＡ二重鎖の両端に、２つの平滑末端を有することがある。
いくつかの実施形態では、モチーフの一部であるヌクレオチドを含むｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖およびアンチセンス鎖のすべてのヌクレオチドが、修飾されてもよい。各ヌクレオチドは同じまたは異なる修飾で修飾されてもよく、これは非連結リン酸酸素の１つまたは両方の変化、および／または連結リン酸酸素の１つ異常の変化；リボース糖の成分、例えば、リボース糖上の２’ヒドロキシルの変化；リン酸部分の「ｄｅｐｈｏｓｐｈｏ」リンカーとの全面的な置き換え；自然発生塩基の修飾または置き換え；およびリボース－リン酸骨格の置き換えまたは修飾を含み得る。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖のすべてのヌクレオチドよりも少ないヌクレオチドが修飾される。
核酸はサブユニットのポリマーであるため、場合によっては、核酸内で繰り返される位置で、修飾の多く、例えば、塩基の修飾、リン酸部分の修飾、リン酸部分の非連結Ｏの修飾が生じる。場合によっては、修飾は核酸内の対象の位置のすべてで生じるが、他の場合には生じない。例として、修飾は、３’末端または５’末端位置においてのみ発生することがあり、末端領域、例えば、末端ヌクレオチド上の位置においてのみ、または鎖の最後の２、３、４、５、または１０ヌクレオチドにおいてのみ発生することがある。修飾は、二本鎖領域、一本鎖領域、またはその両方で生じることがある。修飾はＲＮＡの二本鎖領域でのみ生じることもあれば、ＲＮＡの一本鎖領域でのみ生じることもある。例えば、非連結Ｏ位置でのホスホロチオエート修飾は、一方または両方の末端でのみ生じてもよく、末端領域、例えば、末端ヌクレオチド上の位置においてのみ、あるいは、鎖の最後の２、３、４、５、または１０ヌクレオチドにおいてのみ生じてもよく、あるいは、２本鎖および１本鎖領域で、特に末端において生じてもよい。５’末端はリン酸化されることがある。
例えば、安定性を高めるために、特定の塩基をオーバーハングに含めること、または修飾されたヌクレオチドあるいはヌクレオチドサロゲートを、一本鎖オーバーハング、例えば、５’または３’オーバーハングに、または両方に含めることが可能であり得る。例えば、プリンヌクレオチドは、オーバーハングに含まれてもよい。いくつかの実施形態では、３’または５’オーバーハング中の塩基のすべてまたは一部が、例えば、本明細書に記載される修飾で修飾されてもよい。修飾は、例えば、当該技術分野で知られている修飾を有するリボース糖の２’位置での修飾の使用、例えば、核酸塩基のリボ糖の代わりに、デオキシリボヌクレオチド、２’－デオキシ－２’－フルオロ（２’－Ｆ）、または２’－０－メチル修飾されたヌクレオチドの使用、ならびにリン酸基での修飾、例えば、ホスホロチオエート修飾を含むことができる。場合によっては、オーバーハングは標的配列と相同である必要はない。
いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖の各残基は独立して、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－メチル、２’－０－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－デオキシ、または２’－フルオロで修飾される。鎖は１つを超える修飾を含むことができる。いくつかの実施形態では、センス鎖とアンチセンス鎖の残基はそれぞれ独立して、２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロで修飾されている。
いくつかの実施形態では、少なくとも２つの様々な修飾はセンス鎖とアンチセンス鎖の上で存在する。これらの２つの修飾は、２’－Ｏ－メチルまたは２’－フルオロ修飾、あるいは他のものであり得る。
いくつかの実施形態では、センス鎖とアンチセンス鎖は各々、２’－０－メチルまたは２’－フルオロから選択された２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、センス鎖とアンチセンス鎖の各残基は、２’－０－メチルヌクレオチド、２’－デオキシフルオロヌクレオチド、２’－０－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－０－ＮＭＡ）ヌクレオチド、２’－０－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－０－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオチド、２’－０－アミノプロピル（２’－０－ＡＰ）ヌクレオチド、または２’－ａｒａ－Ｆヌクレオチドで独立して修飾される。
交互のモチーフに含有される修飾の型は、同じこともあれば異なることもある。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄがそれぞれヌクレオチド上の１種類の修飾を表す場合、交互のパターン、すなわち、１つおきのヌクレオチド上の修飾は同じこともあるが、センス鎖またはアンチセンス鎖のそれぞれは、「ＡＢＡＢＡＢ．．．」、「ＡＣ ＡＣ ＡＣ．．．」、「ＢＤＢＤＢＤ．．．」、または「ＣＤＣＤＣＤ．．．」などの交互のモチーフ内の複数の修飾の可能性から選択され得る。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖上の交互のモチーフの修飾パターンに対してセンス鎖上の交互のモチーフの修飾パターンがシフトしていることを含む。シフトは、センス鎖のヌクレオチドの修飾された基が、アンチセンス鎖のヌクレオチドの異なる修飾された基に対応するようなものであってもよく、逆もまた同様である。例えば、ｄｓＲＮＡ二重鎖においてセンス鎖がアンチセンス鎖と対になっているとき、センス鎖の交互のモチーフは鎖の５’－３’から「ＡＢＡＢＡＢ」で始まってもよく、アンチセンス鎖の交互のモチーフは二重鎖領域内の鎖の３’－５から「ＢＡＢＡＢＡ」で始まってもよい。別の例として、センス鎖の交互のモチーフは、鎖の５’－３’から「ＡＡＢＢＡＡＢＢ」で始まってもよく、アンチセンス鎖の交互のモチーフは、二重鎖領域内の鎖の３’－５から「ＢＢＡＡＢＢＡＡ」で始まってもよく、センス鎖とアンチセンス鎖との間には修飾パターンの完全または部分的なシフトがある。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖上の２’－０－メチル修飾と２’－Ｆ修飾の交互のモチーフのパターンが、アンチセンス鎖上の２’－０－メチル修飾と２’－Ｆ修飾の交互のモチーフのパターンに対して当初シフトし、すなわち、センス鎖上の２’－０－メチル修飾ヌクレオチドは、アンチセンス鎖の２’－Ｆ修飾されたヌクレオチドと塩基対合し、逆もまた然りである。センス鎖の１位置は２’－Ｆ修飾から始まってもよく、アンチセンス鎖の１位置は２’－Ｏ－メチル修飾から始まってもよい。センス鎖および／またはアンチセンス鎖に、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフを導入することにより、センス鎖および／またはアンチセンス鎖に存在する当初の修飾パターンを中断させる。このように、センス鎖および／またはアンチセンス鎖に、３つの連続するヌクレオチド上の１つ以上の同一の修飾のモチーフを導入することによるセンス鎖および／またはアンチセンス鎖の修飾パターンの中断は、標的遺伝子に対する遺伝子サイレンシング活性を増強することができる。
ｄｓＲＮＡ剤は、少なくとも１つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を含んでもよい。ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートのヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖またはアンチセンス鎖の任意のヌクレオチド上、あるいはその両方の鎖の任意の位置で生じてもよい。例えば、ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖および／またはアンチセンス鎖のあらゆるヌクレオチド上で生じてもよく；各ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖またはアンチセンス鎖上で交互に生じてもよく；あるいは、センス鎖またはアンチセンス鎖は、交互のパターンで両方のヌクレオチド間結合修飾を含む。センス鎖上のヌクレオチド間結合修飾の交互のパターンは、アンチセンス鎖と同じこともあれば異なることもあり、センス鎖上のヌクレオチド間結合修飾の交互パターンは、アンチセンス鎖上のヌクレオチド間結合修飾の交互パターンと対してシフトを有することもある。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、オーバーハング領域においてホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含んでいる。例えば、オーバーハング領域は、２つのヌクレオチド間にホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を有する２つのヌクレオチドを含んでいる。ヌクレオチド間結合修飾は、オーバーハングヌクレオチドを、二重鎖領域内の末端の対のヌクレオチドに連結するために行われてもよい。例えば、少なくとも２、３、４、またはすべてのオーバーハングヌクレオチドが、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を介して連結されてもよく、随意に、オーバーハングヌクレオチドと、オーバーハングヌクレオチドの隣にある対のヌクレオチドを連結する追加のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合があってもよい。例えば、末端の３つのヌクレオチドの間に少なくとも２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合があってもよく、この場合、３つのヌクレオチドのうちの２つはオーバーハングヌクレオチドであり、３つ目はオーバーハングヌクレオチドの隣にある対のヌクレオチドである。場合によっては、これらの末端の３つのヌクレオチドは、アンチセンス鎖の３’末端にあってもよい。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された２～１０個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１～１０個のブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記センス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合との任意の組み合わせを含むアンチセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された２つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された３つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された４つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された５つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された６つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、６、７、または８個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された７つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、４、５、または６個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された８つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、約１、２、３、または４個のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離された９つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含み、ここで、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つはオリゴヌクレオチド配列の任意の位置に配置され、前記アンチセンス鎖は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、およびホスホネートヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含むセンス鎖、またはホスホロチオエートあるいはメチルホスホネートあるいはホスホネート結合のいずれかを含むアンチセンス鎖と対合する。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖および／またはアンチセンス鎖の末端位置の１～１０以内の１つ以上のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含む。例えば、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオチドが、センス鎖および／またはアンチセンス鎖の一端または両端でホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を介して連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖および／またはアンチセンス鎖の各々の二重鎖の内部領域の１～１０以内の１つ以上のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含む。例えば、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオチドが、センス鎖の５’末端から数えて二重鎖領域の８～１６位置に、ホスホロチオエートメチルホスホネートヌクレオチド間結合を介して連結されてもよく；ｄｓＲＮＡは随意に、末端位置の１～１０以内に１つ以上のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾をさらに含むことができる。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に１～５個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１～５個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１～５個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に１～５個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）１～５位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１～５位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、１８～２３位置内に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および１８～２３位置内に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２０～２１位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２０位置と２１位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２１位置と２２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２１位置と２２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２２位置と２３位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、（５’－末端から数えて）センス鎖の１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および、２１位置に１個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、ならびに、（５’－末端から数えて）アンチセンス鎖の１位置と２位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を、および２３位置と２３位置に２個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、標的とのミスマッチ、二重鎖内のミスマッチ、またはそれらの組み合わせを含む。ミスマッチは、オーバーハング領域または二重鎖領域で生じ得る。塩基対は、解離または融解を促進する傾向に基づいてランク付けすることができる（例えば、特定の対の会合または解離の自由エネルギーについて、最も簡単なアプローチは、個々の対合に基づいて対を調べることであるが、次の隣接するまたは同様の分析も使用することができる）。場合によっては、解離を促進するという観点で：Ａ：ＵはＧ：Ｃよりも好ましい；Ｇ：ＵはＧ：Ｃよりも好ましい；および、Ｉ：ＣはＧ：Ｃよりも好ましい（Ｉ＝イノシン）。場合によっては、ミスマッチ、例えば、非標準対合または標準以外の対合（ｎｏｎ－ｃａｎｏｎｉｃａｌ ｏｒ ｏｔｈｅｒ ｔｈａｎ ｃａｎｏｎｉｃａｌ ｐａｉｒｉｎｇｓ）（本明細書の他の箇所に記載されている）は、標準（Ａ：Ｔ、Ａ：Ｕ、Ｇ：Ｃ）対合よりも好ましく；および、ユニバーサル塩基を含む対合は、標準対合よりも好ましい。いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、Ａ：Ｕ、Ｇ：Ｕ、Ｉ：Ｃの群から選択され得る、アンチセンス鎖の５’－末端から二重鎖領域内の最初の１、２、３、４、または５塩基対の少なくとも１つ、および、ミスマッチの対、例えば、二重鎖の５’－末端でのアンチセンス鎖の解離を促進するための、非標準対合または標準以外の対合、またはユニバーサル塩基を含む対合を含んでいる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖における５’末端から二重鎖領域内の１位置のヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、Ｕ、およびｄＴからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖の５’－末端から二重鎖領域内の最初の１、２、または３塩基対の少なくとも１つは、ＡＵ塩基対である。例えば、アンチセンス鎖の５’－末端からの二重鎖領域内の最初の塩基対は、ＡＵ塩基対である。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、ｄｓＲＮＡ剤の１つ以上の特性を最適化し得る、１つ以上の炭水化物部分にコンジュゲートされる。場合によっては、炭水化物部分は、ｄｓＲＮＡ剤の修飾されたサブユニットに結合する。例えば、ｄｓＲＮＡ剤の１つ以上のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、別の部分、例えば、炭水化物リガンドが結合している非炭水化物（例えば、環状）担体に置き換えることができる。サブユニットのリボース糖がこのように置換されたリボヌクレオチドサブユニットは、本明細書ではリボース置換修飾サブユニット（ＲＲＭＳ）と呼ばれる。環状担体は、炭素環系であってもよく（すなわち、すべての環原子が炭素原子である）、または複素環系（すなわち、１つ以上の環原子がヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であってもよい）であってもよい。環状担体は単環式環系であってもよく、または、２つ以上の環、例えば、縮合環を含んでいてもよい。環状担体は、完全飽和環系であってもよく、または、１つ以上の二重結合を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、リガンドは、担体を介してｄｓＲＮＡに結合する。場合によっては、担体は、（ｉ）少なくとも１つの「骨格結合点」または２つの「骨格結合点」、および（ｉｉ）少なくとも１つの「繋留結合（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ）点」を含んでいる。場合によっては、「骨格結合点」とは、官能基、例えば、ヒドロキシ１基、あるいは、一般に、骨格、例えば、リボ核酸のホスフェートまたは修飾されたホスフェート、例えば、硫黄含有骨格への担体の取り込みに利用でき、かつそれに適した結合を指す。「繋留結合点（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｐｏｉｎｔ）」（ＴＡＰ）は、いくつかの実施形態では、環状担体の構成環原子、例えば、選択された部分に接続する、炭素原子またはヘテロ原子（骨格結合点を提供する原子とは異なる）を指す。その部分は、例えば、炭水化物、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、および多糖であり得る。随意に、選択された部分は、介在するテザーによって環状担体に接続される。したがって、環状担体は、官能基、例えば、アミノ基を含んでもよく、あるいは、一般に、別の化学的実体、例えば、リガンドの構成環への組み込みまたは繋留に適した結合を提供してもよい。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は担体を介してリガンドにコンジュゲートされ、担体は環状基または非環状基であり得；例えば、環状基は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル、およびデカリンから選択され；例えば、非環状基はセリノール骨格またはジエタノールアミン骨格から選択される。ｄｓＲＮＡ剤は随意に、１つ以上のリガンドにコンジュゲートされていてもよい。リガンドは、３’末端、５’末端、または両末端において、センス鎖、アンチセンス鎖、または両方の鎖に結合可能である。例えば、リガンドはセンス鎖、特にセンス鎖の３’末端にコンジュゲートすることができる。
いくつかの実施形態では、ｄｓＲＮＡは、安定性を促進するために修飾される。本明細書のｄｓＲＮＡなどの合成ｓｉＲＮＡの、急速なヌクレアーゼ分解に対する安定化は、インビボおよび治療用途のための前提条件と見なすことができる。これは、リボザイムおよびアンチセンス分子などの他の核酸薬物のために以前に開発された様々な安定化化学物質を用いて達成することができる。これらは、ＲＮＡ合成中に２’－修飾ヌクレオチドとしてｓｉＲＮＡに容易に導入可能である、２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）および２’－フルオロ（２’－Ｆ）置換などのリボース糖骨格における天然の２’－ＯＨ基に対する化学修飾を含む。場合によっては、天然のｓｉＲＮＡ二重鎖への化学修飾の導入は、ＲＮＡｉ活性に負の影響を与えることがあり、したがって、化学修飾されたｓｉＲＮＡの設計は、強力な遺伝子サイレンシング活性を保持する二重鎖を同定するための確率的スクリーニングアプローチが必要とすることもある。
場合によっては、センス鎖の切断が阻害されると、標的ｍＲＮＡのエンドヌクレアーゼ切断が損なわれる。場合によっては、センス鎖のＡｇｏ２切断部位への２’－０－Ｍｅリボースの取り込みは、ＲＮＡｉを阻害する。場合によっては、ホスホロチオエート修飾に関して、センス鎖の切断は効率的なＲＮＡｉに必要とされることがある。
場合によっては、ｄｓＲＮＡ剤は、例えば、Ａｇｏ２切断部位において２’－Ｆ修飾された残基を含む。修飾はモチーフ特異的であってもなくてもよく、例えば、１つの修飾は、ピリミジン残基が存在する限り、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方の全てのピリミジン上に２’－Ｆ修飾を、選択性なく含む。
場合によっては、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖および／またはアンチセンス鎖上の、例えば、Ａｇｏ２切断部位に、２つの２’－Ｆ修飾された残基を含む。場合によっては、各特定の鎖について、すべてのピリミジンまたはすべてのプリンのいずれかが修飾される。
場合によっては、ｄｓＲＮＡ剤は、ｓｉＲＮＡを安定化するために、２’－ＯＭｅ修飾、または、２’－Ｆ、２’－ＯＭｅ、およびホスホロチオエート修飾の様々な組み合わせを含む。場合によっては、アンチセンス鎖の切断部位の残基は、ｓｉＲＮＡの安定性を高めるために、２’－ＯＭｅで修飾されない。
ｓｉＲＮＡ
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含んでいる。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、本明細書に記載される二本鎖剤を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、センス鎖は１４－３０ヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオシドの長さであり、あるいは、前述の２つの数字のいずれかによって定義される範囲の、センス鎖を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１４～３０ヌクレオシドの長さのアンチセンス鎖を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオシドの長さであり、あるいは、前述の２つの数字のいずれかによって定義される範囲の、アンチセンス鎖を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、鎖はそれぞれ独立して、約１４－３０ヌクレオシドの長さであり、センス鎖およびアンチセンス鎖の少なくとも１つは、配列番号１１０８５などの完全長ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ配列の約１４～３０個の隣接するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含んでいる。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖の少なくとも１つは、配列番号１１０８５の１つの少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の隣接するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含んでいる。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、鎖はそれぞれ独立して、約１４－３０ヌクレオシドの長さであり、センス鎖およびアンチセンス鎖の少なくとも１つは、配列番号１１０８６などの完全長ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ配列の約１４～３０個の隣接するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含んでいる。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖の少なくとも１つは、配列番号１１０８６の１つの少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上の隣接するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含んでいる。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、センス鎖とアンチセンス鎖は、二本鎖ＲＮＡ二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、二本鎖ＲＮＡ二重鎖の最初の塩基対は、ＡＵ塩基対である。
いくつかの実施形態では、センス鎖はさらに３’オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオシド、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによって定義された一連のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、１、２、またはそれ以上のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは２つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖はさらに、５’オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオシド、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによって定義された一連のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは、１、２、またはそれ以上のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは２つのヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖はさらに３’オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオシド、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによって定義された一連のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは、１、２、またはそれ以上のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、３’オーバーハングは２つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖はさらに、５’オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のヌクレオシド、あるいは前述の数のうちのいずれか２つによって定義された一連のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは、１、２、またはそれ以上のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、５’オーバーハングは２つのヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、ｓｉＲＮＡは、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡにおいて１９量体に結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡにおいて、１２量体、１３量体、１４量体、１５量体、１６量体、１７量体、１８量体、１９量体、２０量体、２１量体、２２量体、２３量体、２４量体、または２５量体に結合する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、ｓｉＲＮＡは、非ヒト霊長類ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡにおいて１７量体に結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、非ヒト霊長類ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡにおいて、１２量体、１３量体、１４量体、１５量体、１６量体、１７量体、１８量体、１９量体、２０量体、２１量体、２２量体、２３量体、２４量体、または２５量体に結合する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、ｓｉＲＮＡは、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡまたはその組み合わせにおいて１９量体に結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡにおいて、１２量体、１３量体、１４量体、１５量体、１６量体、１７量体、おおよび１８量体、１９量体、２０量体、２１量体、２２量体、２３量体、２４量体、または２５量体に結合する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび２０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび１０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび３０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび４０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび５０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に３つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび１０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に３つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび２０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に３つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび３０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に３つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび４０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に３つ以下のミスマッチを伴って、ヒトのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよび５０個以下のヒトのオフターゲットに結合する。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、ＳＮＰを保有しないヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ標的部位に結合し、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は１％以上である（位置２－１８）。いくつかの実施形態では、ＭＡＦは、約２％以上、約３％以上、約４％以上、約５％以上、約６％以上、約７％以上、約８％以上、約９％以上、約１０％以上、約１１％以上、約１２％以上、約１３％以上、約１４％以上、約１５％以上、約１６％以上、約１７％以上、約１８％以上、約１９％以上、または約２０％以上である。
いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡに結合する。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、ＳＮＰを保有しないヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ標的部位に結合し、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は１％以上である（位置２－１８）。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖はそれぞれ、ヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一ではないシード領域を含んでいる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一ではないシード領域を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一ではないシード領域を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸配列（例えば、センス鎖配列またはアンチセンス鎖配列）を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖はセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖はアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１～４４１２のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１～４４１２のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１～４４１２のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１～４４１２のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１～４４１２のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１～４４１２のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその核酸配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１～４４１２のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその核酸配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１～４４１２のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるオーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１～２２０６のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１～２２０６のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１～２２０６のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１～２２０６のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１～２２０６のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１～２２０６のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１～２２０６のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１～２２０６のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、本明細書に記載されるオーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は、本明細書に記載される１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つに少なくとも７５％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一である配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つの配列、あるいは、１、２、３、または４つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つの配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、本明細書に記載されるオーバーハングを含む。
いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖を含むか、あるいはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのセンス鎖を含むか、またはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖を含むか、あるいはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのセンス鎖を含むか、またはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖を含むか、あるいはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのセンス鎖を含むか、またはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖を含むか、あるいはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのセンス鎖を含むか、またはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖を含むか、あるいはそのようなセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのセンス鎖を含むか、またはそのようなセンス鎖からなる。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０８９の配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０８９の配列を含むか、またはその配列からなる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２０７～４４１２のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、本明細書に記載されるオーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、本明細書に記載される１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つに少なくとも７５％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つの配列、もしくは、１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つの配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、本明細書に記載されるオーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、本明細書に記載される１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖を含むか、あるいはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＡのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのアンチセンス鎖を含むか、またはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖を含むか、あるいはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＢのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのアンチセンス鎖を含むか、またはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖を含むか、あるいはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＣのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのアンチセンス鎖を含むか、またはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖を含むか、あるいはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＤのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのアンチセンス鎖を含むか、またはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖を含むか、あるいはそのようなアンチセンス鎖からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、ｓｉＲＮＡサブセットＥのｓｉＲＮＡｓのうちのいずれか１つのアンチセンス鎖を含むか、またはそのようなアンチセンス鎖からなる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９０の配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９０の配列を含むか、またはその配列からなる。
ｓｉＲＮＡ修飾パターン
本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド（例えば、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、センス鎖、アンチセンス鎖、ｓｉＲＮＡ剤、またはｄｓＲＮＡ剤）は、限定されないが、修飾パターン１Ｓ－５Ｓ、１ＡＳ－４ＡＳ、またはＡＳＯ１のいずれか一つ以上を含む、本明細書に開示される任意の修飾パターンを含むことができる。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、センス鎖は以下の修飾パターン１Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８１）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、センス鎖は以下の修飾パターン２Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８２）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、センス鎖は以下の修飾パターン３Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８３）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、センス鎖は以下の修飾パターン４Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８４）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は以下の修飾パターン５Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、アンチセンス鎖は以下の修飾パターン１ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８６）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は以下の修飾パターン２ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎＮｆＮｆｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８７）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は以下の修飾パターン３ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８８）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は以下の修飾パターン４ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、センス鎖はパターン１Ｓを含み、アンチセンス鎖はパターン１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖はパターン２Ｓを含み、アンチセンス鎖はパターン１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖はパターン３Ｓを含み、アンチセンス鎖はパターン１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖はパターン４Ｓを含み、アンチセンス鎖はパターン１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖は修飾パターン１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は修飾パターン１Ｓ、２Ｓ、３Ｓ、４Ｓ、または５Ｓを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖またはアンチセンス鎖は修飾パターンＡＳＯ１を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドはセンス鎖とアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡを含み、センス鎖および／またはアンチセンス鎖は、１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾または修飾パターンを有する、核酸配列（例えば、センス鎖配列またはアンチセンス鎖配列）を含む。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１９０３～１１３３２のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、本明細書に記載された核酸配列の修飾されていないバージョンである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、本明細書に記載された核酸配列よりも多くの、または上記の核酸配列とは異なる配列修飾を有する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列番号１１３３３～１１３７６のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列修飾を欠いているか、または様々なあるいは追加の配列修飾を有するが、さもなければ本明細書に記載された配列に類似している。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１３のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１３のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのうちのいずれか１つを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中のｓｉＲＮＡ相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つを含むか、あるいはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照の発現よりも小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照の発現よりも小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つを含むか、あるいはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つを含むか、あるいはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、あるいはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つを含むか、あるいはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５－１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのうちのいずれか１つの修飾されていないバージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表５～１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの核酸配列を有するが、１つ以上の追加の修飾または異なる修飾を有するか、または異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、核酸配列は、配列修飾を欠いているか、または様々なあるいは追加の配列修飾を有するが、さもなければ本明細書に記載された配列に類似している。
いくつかの実施形態では、センス鎖は、１つ以上の修飾または修飾パターンを有するセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１０９３～１１２１２のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、本明細書に記載されたセンス鎖配列の修飾されていないバージョンである。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、本明細書に記載された核酸配列よりも多くの、または上記のセンス鎖配列とは異なる配列修飾を有する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つと少なくとも７５％同一、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つと少なくとも８０％同一、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つと少なくとも８５％同一、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つと少なくとも９０％同一、または配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つと少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つの配列、または１、２、３、あるいは４個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つの配列、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３３３～１１３５４のいずれか１つの配列を含むか、またはそのような配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または様々なあるいは追加の配列修飾を有するが、さもなければ本明細書に記載された配列に類似している。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１３のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列のセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１３のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を含むか、またはそのセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１３のいずれかにおけるｓｉＲＮＡのセンス鎖配列と少なくとも７５％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一の配列を含むか、そのような配列からなる。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列のセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照の発現よりも小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照の発現よりも小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５－１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列の修飾されていないバージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５～１０のいずれかに開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾または異なる修飾を有するか、または異なる修飾パターンを有する、ｓｉＲＮＡを含むか、またはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または様々なあるいは追加の配列修飾を有するが、さもなければ本明細書に記載された配列に類似している。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が１より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現よりも小さい（例えば、０．６７の陰性発現レベルよりも小さい）表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中のｓｉＲＮＡの相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現よりも小さい（例えば、０．６７の陰性発現レベルよりも小さい）表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．５より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１個あるいは２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表中の相対的なＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５より小さい表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、あるいはそのようなセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列の修飾されていないバージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表５に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾または異なる修飾を有するか、または異なる修飾パターンを有する、ｓｉＲＮＡを含むか、またはそのようなｓｉＲＮＡからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または様々なあるいは追加の配列修飾を有するが、さもなければ本明細書に記載された配列に類似している。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ＡＮＧＰＴＬ７をダウンレギュレートするｓｉＲＮＡへ取り込まれる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのセンス鎖配列、あるいは１個または２個のヌクレオシドの置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、または、そのようなものからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、または、そのようなセンス鎖配列からなる。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６において相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つの、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６において相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、１．０６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、またはその１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、１．０６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６において相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６において相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６において相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表において相対ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾あるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７中のｓｉＲＮＡの１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、またはその１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７中のｓｉＲＮＡの１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡ（例えば、ＥＴＤ００２４５、ＥＴＤ００２４７、あるいはＥＴＤ００２５２の配列を有するｓｉＲＮＡ）のいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１０ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１０未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７において１０ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表７で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加のあるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表８に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表８に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表９に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表９に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１０に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１０に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１に開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において２４時間で残りのｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列のセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加のあるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１２で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１２で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１３で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、表１３で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２６９、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２６９のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２７０、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２７０のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５３、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５３のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５６、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５６のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５８、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５８のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７０、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７０のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７７、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７７のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７８、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７８のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３８２、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３８２のセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３７７、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡの配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３７７の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３７８、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡの配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列番号１１３８７の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、センス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖は、１つ以上の修飾または修飾パターンを有するアンチセンス鎖配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つに少なくとも７５％同一、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つに少なくとも８０％同一、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つに少なくとも８５％同一、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つに少なくとも９０％同一、あるいは配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つに少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つの配列、または１つ、２つ、３つ、あるいは４つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つの配列、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有する配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１０９３－１１２１２のいずれか１つの配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、本明細書に記載されるアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンである。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、本明細書に記載されるアンチセンス鎖配列よりも多くの配列修飾、または上記アンチセンス鎖配列とは異なる配列修飾を有している。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つに少なくとも７５％同一、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つに少なくとも８０％同一、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つに少なくとも８５％同一、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つに少なくとも９０％同一、あるいは配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つに少なくとも９５％の同一の配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つの配列、または１つ、２つ、３つ、あるいは４つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するその配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つの配列、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有する配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３３３－１１３５４のいずれか１つの配列を含むか、またはその配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１３のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１３のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１３のいずれかにおけるｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列に少なくとも７５％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、または少なくとも９５％同一の配列を含むか、またはその配列からなる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、表５～１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、表５～１０で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０におけるｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表における陰性対照の発現より下である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照の発現より下である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５～１０のいずれかで開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加のあるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６７の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６７の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５における相対ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表５で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾あるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ＡＮＧＰＴＬ７をダウンレギュレートするｓｉＲＮＡに取り込まれる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、あるいは１１３３２のいずれか１つのアンチセンス鎖配列、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、あるいは１１３３２のいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、１．０６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６中のｓｉＲＮＡの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、１．０６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６における相対ＡＮＧＰＴＬ発現が０．２５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表６で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾あるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７中のｓｉＲＮＡの１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が上記表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、またはその１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７中のｓｉＲＮＡの１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が表中の陰性対照ｓｉＲＮＡの発現より下（例えば、０．６６の相対的発現レベルより下）である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７において１ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が０．５未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡ（例えば、ＥＴＤ００２４５、ＥＴＤ００２４７、あるいはＥＴＤ００２５２の配列を有するｓｉＲＮＡ）のいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７において１０ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１０未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７において１０ｎＭでの相対的ＡＮＧＰＴＬ発現が１未満である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表７で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾あるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表８で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表８で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表９で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表９で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１０で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１０で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において２４時間で残りのｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも５０％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１において２４時間で残っているｓｉＲＮＡのパーセントが少なくとも７５％である、上記表で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列の未修飾バージョンを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１１で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列のアンチセンス鎖配列を有するが、１つ以上の追加の修飾あるいは異なる修飾を有するか、もしくは異なる修飾パターンを有するｓｉＲＮＡを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１２で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１２で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１３で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つ、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、表１３で開示されるｓｉＲＮＡのいずれか１つのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２６９、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２６９のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２７０、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００２７０のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５３、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５３のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５６、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５６のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５８、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５８のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７０、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７０のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７７、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７７のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７８、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は含むか、あるいはｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３７８のアンチセンス鎖配列からなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３８２、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３８２のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００７５２、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、ｓｉＲＮＡ ＥＴＤＥＴＤ００７５２のアンチセンス鎖配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３７９、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するそのｓｉＲＮＡの配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列番号１１３７９の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖配列は、配列修飾を欠いているか、または異なるあるいは追加の配列修飾を有するが、それ以外は本明細書に記載される配列に類似する。
アンチセンス化合物
一態様では、標的核酸、例えば、ＡＮＧＰＴＬ７の活性および／または発現を調節するためのアンチセンス化合物またはオリゴヌクレオチドが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害する。場合によっては、アンチセンス化合物は、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。場合によっては、アンチセンス化合物は、配列番号１１０８７に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能であり、ここで、上記標的核酸への上記化合物の結合は、標的核酸の正常機能に干渉して、例えば、活性の損失を引き起こし、および、特異的結合が所望される条件下でアンチセンス化合物が非標的核酸配列に非特異的に結合するのを回避するために十分な程度の相補性がある。そのような条件には、インビボアッセイまたは治療処置の場合の生理学的条件と、アッセイがインビトロアッセイの場合に行われる条件とが含まれる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、異なる塩基が化合物中のヌクレオチド位置の１つ以上に存在する、変異体を含む。例えば、第１のヌクレオチドがアデニンである場合、この位置でチミジン、グアノシン、シチジン、または他の天然または非天然のヌクレオチドを含む、変異体が生成され得る。これは、アンチセンス化合物の位置のいずれかで行われ得る。その後、これらの化合物は、標的核酸の発現を阻害するそれらの能力を決定するために、本明細書に記載される方法を使用して試験される。
いくつかの実施形態では、アンチセンスの化合物と標的との間の相同性、配列同一性、または相補性は、約５０％～約６０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約６０％～約７０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約７０％～約８０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約８０％～約９０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約９０％、約９２％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、あるいは約１００％である。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、キメラ、置換されたものであろうと、標的ＤＮＡまたはＲＮＡの分子への上記化合物の結合が標的ＤＮＡまたはＲＮＡの正常機能に干渉して、例えば、有用性の損失を引き起こし、および、特異的結合が所望される条件下、すなわち、インビボアッセイまたは治療処置の場合の生理学的条件、およびアッセイが行われる条件下でのインビトロアッセイの場合の生理学的条件下で、アンチセンス化合物が非標的配列に非特異的に結合するのを回避するために十分な程度の相補性がある場合、特異的にハイブリダイズ可能である。
いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の標的化は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現または機能を調節するために、限定することなく、例えば、ＰＣＲ、ハイブリダイゼーションなどを使用して、同定および伸長されるアンチセンス配列、配列番号４４１３－１１０８４として記載される配列の１つ以上など（例えば、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、あるいは１００％の同一性を有するオリゴヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、発現または機能は、ＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドと比較して、ダウンレギュレートする。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオチド、より短いまたはより長いフラグメント、修飾された結合などを含む。修飾された結合またはヌクレオチド間結合の例としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドはリン誘導体を含む。修飾されたオリゴヌクレオチド中の糖または糖アナログの部分に結合することができるリン誘導体（または、修飾されたリン酸基）は、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、アルキルホスフェート、アルカンホスフェート、ホスホロチオエートなどであり得る。
いくつかの実施形態では、オリゴマーのアンチセンス化合物、特に、オリゴヌクレオチドは、標的核酸分子に結合し、標的遺伝子によってコードされた分子の発現および／または機能を調節する。干渉されるＤＮＡの機能としては、例えば、複製および転写が挙げられる。干渉されるＲＮＡの機能は、例えば、タンパク質翻訳の部位へのＲＮＡの転位、ＲＮＡからのタンパク質の翻訳、１つ以上のｍＲＮＡの種をもたらすＲＮＡのスプライシング、およびＲＮＡに関与し得るか、またはＲＮＡによって促進され得る触媒活性などのすべての生体機能を含む。上記機能は、所望される機能に応じて、アップレギュレートまたは阻害され得る。
アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴマー化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、選択的スプライサー（ａｌｔｅｒｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｅｒｓ）、プライマー、プローブ、および標的核酸の少なくとも一部分にハイブリダイズする他のオリゴマー化合物を含む。そのため、これらの化合物は、一本鎖、二本鎖、部分的に一本鎖、または環状のオリゴマー化合物の形態で導入され得る。
特定の核酸分子に対するアンチセンス化合物の標的化は、多段階のプロセスであり得る。そのプロセスは、標的核酸の同定から始まりで、その機能は調節される。この標的核酸は、例えば、細胞遺伝子（遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）であり得、その発現は、特定の障害状態または疾患状態に関連する。いくつかの実施形態では、標的核酸は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）をコードする。
標的化プロセスは、所望される効果、例えば、発現の調節が結果としてもたらされるように、アンチセンスの相互作用が生じるための標的核酸内の少なくとも１つの標的領域、セグメント、または部位の決定を含む場合がある。いくつかの実施形態では、「領域」との用語は、少なくとも１つの同定可能な構造、機能、または特性を有する標的核酸の一部分として定義される。標的核酸の領域内には、セグメントがある。「セグメント」は、標的核酸内のより小さい領域またはサブ部分として定義され得る。「部位」は、標的核酸内の位置として定義され得る。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドはアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の天然アンチセンス配列に結合し、ＡＮＧＰＴＬ７（配列番号１１０８５）の発現および／または機能を調節する。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの１つ以上のセグメントに結合し、ＡＮＧＰＴＬ７の発現および／または機能を調節する。いくつかの実施形態では、セグメントは、ＡＮＧＰＴＬ７のセンスポリヌクレオチドまたはアンチセンスポリヌクレオチドの少なくとも５つの連続するヌクレオチドを含む。
翻訳開始コドンは、典型的に、５’－ＡＵＧ（転写されたｍＲＮＡの分子において、対応するＤＮＡ分子内で５－ＡＴＧ）であるため、翻訳開始コドンは、「ＡＵＧコドン」、「開始コドン」、または「ＡＵＧ開始コドン」とも呼ばれる場合がある。遺伝子の少数は、ＲＮＡ配列５’－ＧＵＧ、５’－ＵＵＧ、または５’－ＣＵＧを有する翻訳開始コドンを有し；５’－ＡＵＡ、５’－ＡＣＧ、および５’－ＣＵＧは、インビボで機能することが示されている。したがって、場合によっては、「翻訳開始コドン」および「開始コドン」との用語は、たとえ、各例における開始因子のアミノ酸が典型的に、（真核生物中の）メチオニンまたは（原核生物中の）ホルミルメチオニンであっても、多くのコドン配列を包含することができる。真核生物および原核生物の遺伝子は、２つ以上の選択的開始コドン（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｓｔａｒｔ ｃｏｄｏｎｓ）を有し得、それらのいずれか１つは、特定の細胞タイプまたは組織において、あるいは特定の一連の条件下で、翻訳開始のために優先的に利用され得る。いくつかの実施形態では、「開始コドン」および「翻訳開始コドン」は、コドンの配列にかかわらず、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡの翻訳を開始するために、インビボで使用されるコドンを指す。場合によっては、遺伝子の翻訳終止コドン（または「停止コドン」）は、３つの配列、すなわち、５’－ＵＡＡ、５’－ＵＡＧ、および５’－ＵＧＡ（対応するＤＮＡ配列は、それぞれ、５’－ＴＡＡ、５’－ＴＡＧ、および５’－ＴＧＡである）の１つを有し得る。
いくつかの実施形態では、「開始コドン領域」および「翻訳開始コドン領域」との用語は、翻訳開始コドンからのいずれかの方向（すなわち、５’または３’）で、約２５～約５０の連続するヌクレオチドを包含するそのようなｍＲＮＡまたは遺伝子の一部分を指す。いくつかの実施形態では、「停止コドン領域」および「翻訳終止コドン領域」との用語は、翻訳終始コドンからのいずれかの方向（すなわち、５’または３’）で、約２５～約５０の連続するヌクレオチドを包含するそのようなｍＲＮＡまたは遺伝子の一部分を指す。結果的に、「開始コドン領域」（または、「翻訳開始コドン領域」）および「停止コドン領域」（または、「翻訳終止コドン領域」）は、本明細書に記載されるアンチセンス化合物により効果的に標的とされ得るすべての領域である。
翻訳開始コドンと翻訳終止コドンとの間の領域を指すオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）または「コード領域」も、効果的に標的とされ得る領域である。いくつかの実施形態では、標的領域は、遺伝子のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の翻訳開始コドンまたは翻訳終止コドンを包含する遺伝子内領域である。
別の標的領域は、翻訳開始コドンから５’方向のｍＲＮＡの部分を指す５’非翻訳領域（５’－ＵＴＲ）を含んでおり、したがって、ｍＲＮＡの５’キャップ部位と翻訳開始コドンとの間のヌクレオチド（または、遺伝子上の対応するヌクレオチド）を含む。さらに別の標的領域は、翻訳終止コドンから３’方向のｍＲＮＡの部分を指す３’非翻訳領域（３’－ＵＴＲ）を含んでおり、したがって、ｍＲＮＡの翻訳終止コドンと３’末端との間のヌクレオチド（または、遺伝子上の対応するヌクレオチド）を含む。ｍＲＮＡの５’キャップ部位は、５－５’トリホスフェート結合を介してｍＲＮＡの最も５’側の残基に連結された、Ｎ７－メチル化されたグアノシン残基を含む。ｍＲＮＡの５’キャップ領域は、５’キャップ構造自体、ならびにキャップ部位に隣接している最初の５０のヌクレオチドを含むと考えられる。別の標的領域は、５’キャップ領域である。
いくつかの真核生物ｍＲＮＡの転写物は直接翻訳されるが、その多くは、翻訳される前に転写物から切除される、「イントロン」として知られる１つ以上の領域を含んでいる。残りの（それゆえ、翻訳された）領域は、「エクソン」として知られ、連続的なｍＲＮＡ配列を形成するために共にスプライスされる。いくつかの実施形態では、スプライス部位、すなわち、イントロン－エクソン接合またはエクソン－イントロン接合を標的とすることは、異常なスプライシングが疾患に関連づけられる状況で、あるいは特定のスプライス産物の過剰生産が疾患に関連づけられる状況で、特に有用である。再編成（ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）または欠失による異常な融合接合（ｆｕｓｉｏｎ ｊｕｎｃｔｉｏｎ）は、標的部位の別の実施形態である。異なる遺伝子源からの２つ（または、それ以上）のｍＲＮＡのスプライシングのプロセスによって生成されたｍＲＮＡ転写物は、「融合転写物」として知られている。イントロンは、例えば、ＤＮＡまたはプレｍＲＮＡに標的化されるアンチセンス化合物を使用して、効果的に標的化され得る。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチドのコード領域および／または非コード領域に結合し、標的分子の発現および／または機能を調節する。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、センスポリヌクレオチドに結合し、標的分子の発現および／または機能を調節する。
代替的なＲＮＡ転写物は、ＤＮＡの同じゲノム領域から産生されてもよい。これらの代替的な転写物は一般に、「変異体」として知られている。より具体的には、「プレｍＲＮＡ変異体」は、同じゲノムＤＮＡから産生された転写物であり、この転写物は、それらの開始位置または停止位置のいずれかで同じゲノムＤＮＡから産生された他の転写物とは異なり、かつイントロン配列とエクソン配列の配列を含んでいる。
スプライシング中の１つ以上のエクソンまたはイントロンの領域、あるいはその一部を切除すると、プレｍＲＮＡ変異体は、より小さな「ｍＲＮＡ変異体」を産生する。結果的に、ｍＲＮＡ変異体は、処理されたプレｍＲＮＡ変異体であり、それぞれの特有のプレｍＲＮＡ変異体は、スプライシングの結果として特有のｍＲＮＡ変異体を常に生成しなければならない。これらのｍＲＮＡ変異体は、「選択的スプライス変異体」としても知られている。プレｍＲＮＡ変異体のスプライシングが生じない場合、プレｍＲＮＡ変異体は、ｍＲＮＡ変異体と同一である。
変異体は、転写を開始または停止するための代替シグナルの使用を介して生成され得る。プレｍＲＮＡおよびｍＲＮＡは、１つを超える開始コドンまたは停止コドンを持つことができる。選択的開始コドンを使用するプレｍＲＮＡまたはｍＲＮＡから生じる変異体は、そのプレｍＲＮＡまたはｍＲＮＡの「選択的開始変異体（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｓｔａｒｔ ｖａｒｉａｎｔｓ）」として知られている。選択的停止コドンを使用するこれらの転写物は、そのプレｍＲＮＡまたはｍＲＮＡの「選択的停止変異体」として知られている。選択的停止変異体の１つの特定の種類は、「ポリＡ変異体」であり、ポリＡ変異体では、生成される複数の転写物が転写機構による「ポリＡ停止シグナル」の１つの代替的選択から結果として生じ、それによって、特有のポリＡ部位で終了する転写物を産生する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される変異体のタイプはまた、標的核酸の実施形態である。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物がハイブリダイズする標的核酸上の位置は、活性アンチセンスの化合物が標的とされる標的領域の少なくとも５－ヌクレオチド長の部分として定義される。
特定の例示的な標的セグメントの特異的配列が本明細書で明記されているが、当業者は、これらが特定の実施形態を例証および記載するように機能することを認識するであろう。さらなる標的セグメントは、本開示に照らして、当業者によって容易に特定可能である。
例示的な標的セグメント内から選択される少なくとも５の連続するヌクレオチドのストレッチを含む、５～１００ヌクレオチド長の標的セグメントは、標的化にも適切であると考えられる。
いくつかの実施形態では、標的セグメントは、標的セグメントの１つの５’－末端からの少なくとも５の連続するヌクレオチドを含むＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列を含むことができる（残りのヌクレオチドは、標的セグメントの末端のすぐ上流で始まり、ＤＮＡまたはＲＮＡが約５～約１００のヌクレオチドを含むまで続く、同じＤＮＡまたはＲＮＡの連続するストレッチである）。場合によっては、標的セグメントは、標的セグメントの１つの３’－末端からの少なくとも５の連続するヌクレオチドを含むＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列によって表される（残りのヌクレオチドは、標的セグメントの３’－末端のすぐ下流で始まり、ＤＮＡまたはＲＮＡが約５～約１００のヌクレオチドを含むまで続く、同じＤＮＡまたはＲＮＡの連続するストレッチである）。
一旦、１つ以上の標的領域、セグメント、または部位が同定されると、所望の効果を得るために、標的に十分に相補的である、すなわち、十分好適におよび十分な特異性でハイブダイズする、アンチセンス化合物が選択される。
アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ化合物、ｓｉＲＮＡ化合物などの一本鎖または二本鎖のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）化合物、および標的核酸の少なくとも一部分にハイブリダイズし、その機能を調節する他のオリゴマー化合物を含む。そのため、それらは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ様、ＲＮＡ様、またはそれらの混合物であり得るか、あるいはこれらの１つ以上の模倣物であり得る。これら化合物は、一本鎖、二本鎖、環状、またはヘアピンオリゴマー化合物であり、内部または末端のバルジ、ミスマッチ、あるいはループなどの構造要素を含み得る。アンチセンス化合物は、慣例的に、線形に調整されるが、連結されるか、あるいは環状および／または分枝になるようにそれ以外の方法で調整される場合がある。アンチセンス化合物は、例えば、全体的にまたは部分的に二本鎖の化合物を形成するようにハイブリダイズされる二本鎖、あるいは、完全なまたは部分的な二本鎖の化合物のハイブリダイゼーションおよび形成を可能にするために十分な自己相補性を有する一本鎖などの構成物を含むことができる。二本鎖は、遊離３’末端または５’末端を残して内部的に連結され得るか、あるいは連続的なヘアピンの構造またはループを形成するように連結され得る。ヘアピンの構造は、一本鎖の特徴の伸張をもたらす５’末端または３’末端のいずれかの上にオーバーハングを含み得る。二本鎖の化合物は、随意に、末端上にオーバーハングを含み得る。さらなる修飾は、末端、選択されたヌクレオチド位置、糖位置の１つに付けられるか、またはヌクレオシド間連結の１つに付けられた、コンジュゲート基（ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｇｒｏｕｐｓ）を含むことができる。場合によっては、二本鎖は、非核酸部分またはリンカー基を介して連結され得る。一本鎖のみから形成される場合、ｄｓＲＮＡは、二重鎖を形成するために二つ折りに畳まれる（ｄｏｕｂｌｅｓ ｂａｃｋ ｏｎ ｉｔｓｅｌｆ）自己相補性のヘアピン型分子の形態をとることができる。したがって、ｄｓＲＮＡは、完全にまたは部分的に二本鎖であり得る。遺伝子発現の特異的な調節は、トランスジェニック細胞株におけるｄｓＲＮＡのヘアピンの安定した表現によって達成され得るが、いくつかの実施形態では、遺伝子の発現または機能はアップレギュレートされる。二本鎖、または、二重鎖を形成するために二つ折りに畳まれた自己相補性のヘアピン型分子の形態をとる一本鎖から形成される場合、二本鎖（あるいは、一本鎖の二重鎖形成領域）は、ワトソンクリックの方法で塩基対合する相補的ＲＮＡ鎖である。
系に導入されると、化合物は、標的核酸の切断または他の修飾をもたらす１つ以上の酵素または構造タンパク質の作用を誘発することができるか、または占有に基づく機構（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ－ｂａｓｅｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ）を介して作用することができる。一般に、（オリゴヌクレオチドを含む）核酸は、「ＤＮＡ様」（すなわち、一般に１つ以上の２’－デオキシ糖を有し、一般にＵ塩基ではなくＴ塩基）、または「ＲＮＡ様」（すなわち、一般に１つ以上の２’－ヒドロキシルまたは２’－修飾された糖を有し、一般にＴ塩基ではなくＵ塩基）として説明される場合がある。核酸ヘリックスは、１つを超える種類の構造、最も一般にはＡ型およびＢ型を採用することができる。一般に、Ｂ型のような構造を有するオリゴヌクレオチドは「ＤＮＡ様」であり、Ａ型のような構造を有するオリゴヌクレオチドは「ＲＮＡ様」であると考えられる。いくつかの（キメラの）実施形態では、アンチセンス化合物は、Ａ型とＢ型の領域の両方を含み得る。
いくつかの実施形態では、所望のオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスの化合物は、アンチセンスＲＮＡ、アンチセンスＤＮＡ、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチド、修飾された連結を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）、短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）；低分子一過的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）；または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）；低分子ＲＮＡ誘導遺伝子活性化（ＲＮＡａ）；低分子活性化ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）、あるいはそれらの組み合わせ、の少なくとも１つを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で特定される「標的セグメント」は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を調節する追加の化合物のためのスクリーニング（ｓｃｒｅｅｎ）において利用され得る。「モジュレーター」は、ＡＮＧＰＴＬ７をコードする核酸分子の発現を減少または増加させる化合物であり、標的セグメントに相補的な少なくとも５－ヌクレオチド部分を含む。スクリーニング方法は、ＡＮＧＰＴＬ７のセンスまたは天然のアンチセンスポリヌクレオチドをコードする核酸分子の標的セグメントを、１つ以上の候補モジュレーターと接触させる工程と、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドをコードする核酸分子の発現を減少または増加させる１つ以上の候補モジュレーターを選択する工程とを含む。一旦、候補モジュレーターが、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドをコードする核酸分子の発現を調節する（例えば、減少または増加させる）ことが可能であることが示されると、モジュレーターは、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの機能に関するさらなる調査研究において利用され得るか、または調査、診断、あるいは治療剤として使用するために利用され得る。
標的セグメントはまた、安定化した二本鎖（二重鎖）オリゴヌクレオチドを形成するために、それぞれの相補的アンチセンス化合物と組み合わされてもよい。
そのような二本鎖オリゴヌクレオチド部分は、標的発現を調整し、アンチセンス機構を介して翻訳ならびにＲＮＡプロセシングを調節する。さらに、二本鎖部分は、化学的修飾にさらされる場合がある。例えば、そのような二本鎖部分は、標的に対する二重鎖のアンチセンス鎖の古典的なハイブリダイゼーションによって標的を阻害し、それによって、標的の酵素分解を引き起こす。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチド（例えば、アクセッション番号ＮＭ＿０２１１４６）、変異体、アレル、アイソフォーム、ホモログ、突然変異体、誘導体、フラグメント、およびそれらに対する相補的配列を標的とする。場合によっては、オリゴヌクレオチドはアンチセンス分子である。
いくつかの実施形態では、標的核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７のみに限定されず、ＡＮＧＰＴＬ７分子にアイソフォーム、受容体、ホモログなどのいずれかにまで及ぶ。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはＡＮＧＰＴＬ７転写産物の核酸配列に相補的であるか、またはＡＮＧＰＴＬ７転写産物の核酸配列に結合し、ＡＮＧＰＴＬ７分子の発現および／または機能を調節する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＡＮＧＰＴＬ７分子の発現および／または機能を調節するために、少なくとも連続する５つのヌクレオチドの配列を含む。
ポリヌクレオチド標的はＡＮＧＰＴＬ７を含み、これには、そのファミリーメンバー、ＡＮＧＰＴＬ７の変異体；ＳＮＰを含むＡＮＧＰＴＬ７の突然変異体；ＡＮＧＰＴＬ７の非コード配列；ＡＮＧＰＴＬ７のアレル；種変異体、フラグメントなどが含まれる。場合によっては、オリゴヌクレオチドはアンチセンス分子である。
いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドを標的とするオリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡ、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）、短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）；マイクロ干渉ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）；低分子一過的ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）；または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）；低分子ＲＮＡ誘導遺伝子活性化（ＲＮＡａ）；あるいは、低分子活性化ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択される１つ以上の配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択される配列の逆補体を含む配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８５％、９０％、または９５％の相同性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ｓｉＲＮＡは、配列番号１－４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８５％、９０％、または９５％の同一性を有する配列を含む。
いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチド、例えば、配列番号１１０８５の標的化は、この標的の発現または機能を調節する。いくつかの実施形態では、発現または機能は、対照と比較してダウンレギュレートされる。
いくつかの実施形態では、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチド、例えば配列番号１１０８６の標的化は、この標的の発現または機能を調節する。いくつかの実施形態では、発現または機能は、対照と比較してダウンレギュレートされる。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物がもたらされる。これらのオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオチド、より短いまたはより長いフラグメント、修飾された結合などを含み得る。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、配列番号４４１３－１１０８４として記載される配列を含む。場合によっては、アンチセンス化合物は、配列番号１１０８７に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は１つ以上のＬＮＡヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は１つ以上のＵＮＡヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は１つ以上のＧＮＡヌクレオチドを含む。
アンチセンス化合物は、約５～約８０ヌクレオチド長（すなわち、約５～約８０の連結したヌクレオシド）のアンチセンス部分を含み得る。これは、アンチセンス化合物のアンチセンスの鎖または部分の長さを指す。言い換えると、一本鎖アンチセンス化合物は５～約８０のヌクレオチドを含み、二本鎖アンチセンス化合物（例えば、ｄｓＲＮＡなど）は、５～約８０ヌクレオチド長のセンスおよびアンチセンスの鎖または部分を含み得る。当業者は、このことが、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０ヌクレオチド長の、あるいはその中の任意の範囲のヌクレオチドのアンチセンス部分と理解されることを認識する。
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、１０～５０ヌクレオチド長のアンチセンス部分を有する。当業者は、このことが、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０ヌクレオチド長、あるいはその中の任意の範囲のヌクレオチドのアンチセンス部分を有するオリゴヌクレオチドを例示することを理解する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは１５ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、アンチセンスまたはオリゴヌクレオチドの化合物は、約１２または１３～３０のヌクレオチド長のアンチセンス部分を有する。当業者は、このことが、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド長、あるいはその中の任意の範囲のヌクレオチドのアンチセンス部分を有するアンチセンス化合物を例示することを認識する。
いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、異なる塩基が化合物中のヌクレオチド位置の１つ以上に存在する、変異体を含む。例えば、第１のヌクレオチドがアデノシンである場合、この位置でチミジン、グアノシン、またはシチジンを含む変異体がもたらされ得る。これは、アンチセンス化合物またはｄｓＲＮＡ化合物の位置の何れかにて行われ得る。その後、これらの化合物は、標的核酸の発現を阻害するそれらの能力を決定するために、本明細書に記載される方法を使用して試験される。
いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、アンチセンス化合物と標的との間で約４０％～約６０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約６０％～約７０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約７０％～約８０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約８０％～約９０％である。いくつかの実施形態では、相同性、配列同一性、または相補性は、約９０％、約９２％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、あるいは約１００％である。
いくつかの実施形態では、例えば、配列番号４４１３－１１０８４に記載される核酸分子などのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の置換あるいは修飾を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）で置換される。場合によっては、アンチセンス化合物は、配列番号１１０８７に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＡＮＧＰＴＬ７に関連するコード配列および／または非コード配列ならびに配列番号１１０８５に記載される配列の核酸分子センスおよび／またはアンチセンスの１つ以上の領域を標的とする。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドは、キメラオリゴヌクレオチドである。「キメラオリゴヌクレオチド」または「キメラ」は、２つ以上の化学的に異なる領域を含むオリゴヌクレオチドであり、その領域の各々は、少なくとも１つのヌクレオチドから作られる。これらオリゴヌクレオチドは典型的に、１つ以上の有益な特性（例えば、ヌクレアーゼ耐性の増加、細胞への取り込みの増加、標的に対する結合親和性の増加など）を与える修飾したヌクレオチドの少なくとも１つの領域と、ＲＮＡ：ＤＮＡまたはＲＮＡ：ＲＮＡのハイブリッドを切断することができる酵素のための基質である領域とを含む。一例として、ＲＮＡａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞のエンドヌクレアーゼである。それゆえ、ＲＮＡａｓｅ Ｈの活性化により、ＲＮＡ標的の切断が結果としてもたらされ、それによって、遺伝子発現のアンチセンスの調節の効率が大幅に増強される。結果的に、キメラオリゴヌクレオチドを使用すると、同じ標的領域にハイブリダイズするホスホロチオエート・デオキシオリゴヌクレオチドと比較して、より短いオリゴヌクレオチドで同等の結果をしばしば得ることができる。ＲＮＡ標的の切断は、ゲル電気泳動によって、必要に応じて、当該技術分野で既知の関連する核酸ハイブリダイゼーション技術によって慣例的に検出され得る。いくつかの実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドは、標的結合親和性を増加するように修飾された少なくとも１つの領域と、通常、ＲＮＡｓｅ Ｈのための基質として作用する領域とを含む。その標的（この場合、ｒａｓをコードする核酸）に対するオリゴヌクレオチド親和性は、オリゴヌクレオチドと標的の対のＴｍを測定することによって慣例的に決定され、上記Ｔｍは、オリゴヌクレオチドと標的が解離する温度であり、解離は分光測光法で検出される。Ｔｍが高いほど、標的に対するオリゴヌクレオチドの親和性が大きくなる。
キメラアンチセンス化合物は、２つ以上のオリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、および／または上述のオリゴヌクレオチドミメティックの複合構造として形成され得る。そのような化合物は、ハイブリッドまたはギャップマーとも呼ばれる場合がある。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは１２～２０ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは１４～３０ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、長さが少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１５、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、あるいは３０ヌクレオシドであるか、または２つの前述の数のいずれかによって定義される範囲にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは１５～２５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは２０ヌクレオシド長である。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８５などの完全長のヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ配列の約１２～３０の連続するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含む、約１２～３０ヌクレオシド長のアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を含み；ここで、（ｉ）オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシドおよび／または修飾されたヌクレオシド間連結を含む修飾を含む、ならびに／あるいは（ｉｉ）組成物は薬学的に許容可能な担体を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８６などの完全長のヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ配列の約１２～３０の連続するヌクレオシドを含むヌクレオシド配列を含む、約１２～３０ヌクレオシド長のＡＳＯを含み；ここで、（ｉ）オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシドおよび／または修飾されたヌクレオシド間連結を含む修飾を含む、ならびに／あるいは（ｉｉ）組成物は薬学的に許容可能な担体を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドはＡＳＯである。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはＡＳＯ配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ配列は、あるいは配列番号４４１３－１１０８４のいずれか１つの配列、または１つ、２つ、３つ、あるいは４つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するその核酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ配列は、配列番号４４１３－１１０８４のいずれか１つの配列、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するその核酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ配列は、配列番号４４１３－１１０８４のいずれか１つの配列を含むか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ配列は、配列番号１１０８７の配列、または１つあるいは２つのヌクレオシド置換、付加、もしくは欠失を有するその核酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ配列は配列番号１１０８７の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、本明細書に記載される１つ以上の修飾または修飾パターンを含む。
アンチセンス化合物の修飾
いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物中の１つ以上のヌクレオチドは修飾されている。アンチセンス化合物に関して本明細書に記載される修飾は、ｄｓＲＮＡ剤またはｓｉＲＮＡに適用可能であり得る。
いくつかの実施形態では、修飾されるオリゴヌクレオチドの領域は、糖の２’位置で修飾された少なくとも１つのヌクレオチド、例えば、２’－Ｏアルキル、２，－０－アルキル－０－、または２’－フルオロ－修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ修飾は、ＲＮＡの３’末端にて、ピリミジン、脱塩基残基（ａｂａｓｉｃ ｒｅｓｉｄｕｅｓ）、または反転した塩基（ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｂａｓｅ）のリボース上に、２’－フルオロ、２’－アミノ、および２’－メチルの修飾を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、所与の標的に対して２’－デオキシオリゴヌクレオチドよりも高いＴｍ（つまり、より高い標的結合親和性）を有する場合がある。そのような親和性の増加の効果は、遺伝子発現のＲＮＡｉオリゴヌクレオチド阻害を大幅に増強することである。ＲＮＡａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞のエンドヌクレアーゼであり；それゆえ、この酵素の活性化により、ＲＮＡ標的の切断が結果としてもたらされ、したがって、ＲＮＡｉ阻害の効率が大幅に増強され得る。ＲＮＡ標的の切断は、ゲル電気泳動によって慣例的に実証され得る。いくつかの実施形態では、キメラオリゴヌクレオチドも、ヌクレアーゼ耐性を増強するように修飾される。細胞は、核酸を分解することができる様々なエキソ－ヌクレアーゼおよびエンド－ヌクレアーゼを含む。多くのヌクレオチドとヌクレオシドの修飾により、それらが組み込まれるオリゴヌクレオチドを、天然のオリゴデオキシヌクレオチドと比べて、ヌクレアーゼ分解への耐性をより持つようにする。ヌクレアーゼ耐性は、通常はゲル電気泳動によって、細胞抽出物または分離されたヌクレアーゼ溶液とオリゴヌクレオチドをインキュベートし、経時的に残る無傷のオリゴヌクレオチドの範囲を測定することによって、慣例的に測定される。ヌクレアーゼ耐性を増強するように修飾されたオリゴヌクレオチドは、未修飾のオリゴヌクレオチドより長期間にわたって無傷で生存する。様々なオリゴヌクレオチド修飾が、ヌクレアーゼ耐性を増強または与えるために実証されてきた。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエート修飾を含む。いくつかの場合では、標的結合親和性を増強するオリゴヌクレオチド修飾は、独立して、ヌクレアーゼ耐性を増強することもできる。
いくつかのオリゴヌクレオチドの特定の例としては、修飾された骨格を含むもの、例えば、ホスホロチオエート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、短鎖アルキル、またはシクロアルキル糖間結合、または短鎖ヘテロ原子、またはヘテロ環式糖間結合が挙げられる。場合によっては、オリゴヌクレオチドはホスホロチオエート骨格を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、ヘテロ原子骨格、具体的には、ＣＨ２－ＮＨ－０－－ＣＨ２、ＣＨ、～Ｎ（ＣＨ３）－０～ＣＨ２［メチレン（メチルイミノ）またはＭＭ骨格として知られている］、ＣＨ２－０～Ｎ（ＣＨ３）～ＣＨ２、ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２、および０～Ｎ（ＣＨ３）～ＣＨ２－－ＣＨ２骨格を含み、ここで、天然のホスホジエステル骨格はＯ－Ｐ－Ｏ－ＣＨ）として表される。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、モルホリノ骨格構造を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド核酸（ＰＮＡ）骨格など、オリゴヌクレオチドのホスホジエステル骨格は、ポリアミド骨格で置換され、ヌクレオチドは、ポリアミド骨格のアザ窒素原子に直接または間接的に結合される。オリゴヌクレオチドは、１つ以上の置換された糖部分も含み得る。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、２’位置に下記の１つを含む：ＯＨ、ＳＨ、ＳＣＨ３、Ｆ、ＯＣＮ、ＯＣＨ３、ＯＣＨ３Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、またはO（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ここで、ｎは１～約１０である）；ＣＩ～ＣＩＯの低級アルキル、アルコキシアルコキシ、置換された低級アルキル、アルカリル、またはアラルキル；ＣＩ；Ｂｒ；ＣＮ；ＣＦ３；ＯＣＦ３；０－アルキル、Ｓ－アルキル、またはＮ－アルキル；０～、Ｓアルケニル、またはＮアルケニル；ＳＯＣＨ３；ＳＯ２ ＣＨ３；ＯＮＯ２；ＮＯ２；Ｎ３；ＮＨ２；ヘテロシクロアルキル；ヘテロシクロアルカリル；アミノアルキルアミノ；ポリアルキルアミノ；置換されたシリル；ＲＮＡ切断基；レポーター基；インターカレータ；オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性を改善するための基；または、オリゴヌクレオチド、および類似の特性を有する他の置換基の薬理学的特性を改善するための基。非限定的な例示的な修飾としては、２’－メトキシエトキシ［２－０－ＣＨ２ ＣＨ２ ＯＣＨ３、（２’－０－（２－メトキシエチル）としても知られる］が挙げられる。他の例示的な修飾としては、２’－メトキシ（２’－０～ＣＨ３）、２’－プロポキシ（２’－ＯＣＨ２ ＣＨ２ＣＨ３）、および２’－フルオロ（２’－Ｆ）が挙げられる。同様の修飾が、オリゴヌクレオチド上の他の位置、特に、３’末端ヌクレオチド上の糖の３’位置、および５’末端ヌクレオチドの５’位置でも行われ得る。オリゴヌクレオチドはまた、ペントフラノシル基の代わりにシクロブチル基などの糖ミメティックを有し得る。
オリゴヌクレオチドは、核酸塩基（しばしば「塩基」と呼ばれる）の修飾または置換を含んでもよい。本明細書で使用される場合、「未修飾の」または「天然の」ヌクレオチドには、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ｍｙｍｉｎｅ（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、およびウラシル（Ｕ）が含まれる。修飾されたヌクレオチドには、天然の核酸においてのみまれにまたは一時的に見出されるヌクレオチド、例えば、ヒポキサンチン、６－メチルアデニン、５－Ｍｅ ピリミジン 、特に、５－メチルシトシン（５－メチル－２’デオキシシトシンとも呼ばれ、しばしば５－Ｍｅ－Ｃと呼ばれる）、５－ヒドロキシメチルシトシン（ＨＭＣ）、グリコシルＨＭＣ、およびゲントビオシル（ｇｅｎｔｏｂｉｏｓｙｌ）ＨＭＣ、ならびに、合成ヌクレオチド、例えば、２－アミノアデニン、２－（メチルアミノ）アデニン、２－（イミダゾリルアルキル）アデニン、２－（アミノアルキルアミノ）アデニンまたは他のヘテロ置換されたアルキルアデニン、２－チオウラシル、２－ｔｍｏｔｈｖｍｉｎｅ、５－ブロモウラシル、５－ヒドロキシメチルウラシル、８－アザグアニン、７－デアザグアニン、Ｎ６（６－アミノヘキシル）アデニン、および２，６－ジアミノプリンが含まれる。「ユニバーサル」塩基、例えば、イノシンが含まれていてもよい。５－Ｍｅ－Ｃ置換は、核酸の二重鎖安定性を０．６～１．２℃増加させ、適切な塩基置換である。
オリゴヌクレオチドの別の修飾は、オリゴヌクレオチドの活性または細胞の取り込みを増強する１つ以上の部分またはコンジュゲートをオリゴヌクレオチドに化学的に連結することを含む。そのような部分としては、限定されないが、コレステロール部分、コレステリル部分、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシルの残基、ポリアミンまたはポリエチレングリコールの鎖、あるいはアダマンタン酢酸などの、脂質部分が挙げられる。例えば、親油性部分を含むオリゴヌクレオチド、およびそのようなオリゴヌクレオチドを調製するための方法は、例えば、米国特許第５，１３８，０４５号、第５，２１８，１０５号、および第５，４５９，２５５号において既知である。
所与のオリゴヌクレオチドにおける全ての位置を均一に修飾する必要はなく、実際、前述の修飾の１より多くは、単一のオリゴヌクレオチドに組み込まれ得るか、さらにはオリゴヌクレオチド内の単一のヌクレオシド内に組み込まれ得る。オリゴヌクレオチドは、キメラオリゴヌクレオチド、例えば、上に定義されるようなキメラオリゴヌクレオチドであってもよい。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド（ａｂａｓｉｃ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ）、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、脂質、またはポリヒドロカーボンの化合物を含む部分とコンジュゲートする。当業者は、これらの分子が、糖、塩基、またはリン酸基上の様々な位置に核酸分子を含む任意のヌクレオチドの１つ以上に連結され得ることを認識する。
オリゴヌクレオチドは、固相合成の周知の技術によって、都合よく、慣例的に作られ得る。そのような合成のための装置は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓを含む様々な売手によって販売されている。そのような合成のための他の手段も利用され得る；オリゴヌクレオチドの実際の合成は、十分に当業者の手腕内である。ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体などの他のオリゴヌクレオチドを調製するために、同様の技術を使用することも周知である。コレステロール修飾されたオリゴヌクレオチドなどの、蛍光標識されたか、ビオチン化されたか、他の修飾されたオリゴヌクレオチドを合成するために、同様の技術、ならびに商業上利用可能な修飾されたａｍｉｄｉｔｃｓおよびコントロールドポアグラス（ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ－ｐｏｒｅ ｇｌａｓｓ）（ＣＰＧ）生成物（ビオチン、フルオレセイン、アクリジン、またはソラレンで修飾されたアミダイトおよび／またはＣＰＧ（Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｓｔｅｒｌｉｎｇ ＶＡから入手可能）など）を使用することも周知である。
いくつかの実施形態では、作用の効力、特異性、および持続時間を増強し、ＭＯＥ、ＡＮＡ、ＦＡＮ Ａ、ＰＳなどの現在の化学から構成されたオリゴヌクレオチドの投与経路を広げるために、ＬＮＡモノマーなどの修飾を使用する。このことは、本オリゴヌクレオチド中のモノマーの一部をＬＮＡモノマーで置換することによって達成され得る。ＬＮＡ修飾オリゴヌクレオチドは、親化合物に類似する大きさを有しるか、または親化合物よりも大きいか、または小さくてもよい。場合によっては、そのようなＬＮＡ修飾オリゴヌクレオチドが、約７０％未満、約６０％未満、または約５０％未満のＬＮＡモノマーを含み、それらの大きさが約５～２５の間のヌクレオチド、または約１２～２０の間のヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド骨格は、限定されないが、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル（ａｎｉｉｎｏａｌｋｙｌｐｈｏｓｐｈｏｔｒｉｅｓｔｅｒｓ）、３’アルキレンホスホネートとキラルホスホネートを含むメチルおよび他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデートとアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、および標準の３－５’連鎖、これらの２’－５’の連結アナログ、および逆転した極性を有するものを有するボラノホスフェートを含み、ここで、隣接したヌクレオシドユニットの対は、３’－５’～５’－３’、あるいは２’－５’～５’－２’に連結される。様々な塩、混合塩、および遊離酸形態も含まれる。
いくつかの実施形態では、リン原子を含まない修飾されたオリゴヌクレオチド骨格は、短鎖アルキルまたはシクロアルキルヌクレオシド間結合、混合ヘテロ原子およびアルキルまたはシクロアルキルのヌクレオシド間結合、あるいは１以上の短鎖ヘテロ原子またはヘテロ環式ヌクレオシド間結合によって形成される、骨格を有する。これらは、モルノリノ結合（ヌクレオシドの糖部分から部分的に形成される）；シロキサン骨格；スルフィド、スルホキシド、およびスルホンの骨格；ホルムアセチル（ｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）およびチオホルムアセチル（ｔｈｉｏｆｏｒｍａｃｅｔｙｌ）の骨格；メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチルの骨格；アルケン含有骨格；スルファメート骨格；メチレンイミノとメチレンヒドラジノの骨格；スルホネートとスルホンアミドの骨格；アミド骨格；ならびに、混合したＮ、Ｏ、Ｓ、およびＣＨ２の構成要素部分を有する他のものを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド単位の糖とヌクレオシド間結合（つまり、骨格）の両方は、新規な基で置き換えられるが、塩基単位は、標的核酸でのハイブリダイゼーションのために維持される。１つのそのようなオリゴマー化合物は、優れたハイブリダイゼーション特性を有するオリゴヌクレオチドミメティックであり、ペプチド核酸（ＰＮＡ）と称される。ＰＮＡ化合物において、オリゴヌクレオチドの糖－骨格は、アミド含有骨格、特に、アミノエチルグリシン骨格と置き換えられる。核酸塩基は保持され、骨格のアミド部分のアザ窒素原子に直接または間接的に結合される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ヘテロ原子骨格、例えば、－ＣＨ２－ＮＨ－０－ＣＨ２－、－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－０－ＣＨ２－（メチレン（ｍｅｍｙｌｉｍｉｎｏ）またはＭＭＩ骨格として知られる）、－ＣＨ２－０－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２－、ＣＨ２Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２－、および－０－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２－ＣＨ２－を含み、ここで、天然のホスホジエステル骨格は－０－Ｐ－０－ＣＨ２－０と表される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはモルホリノ骨格構造を含む。
修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の置換された糖部分も含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’位置に、ＯＨ；Ｆ；０～、Ｓアルキル、またはＮアルキル；０－アルケニル、Ｓ－アルケニル、またはＮ－アルケニル；０－アルキニル、Ｓ－アルキニル、またはＮ－アルキニル；あるいは、Ｏアルキル－Ｏ－アルキルの１つを含み、ここで、アルキル、アルケニル、およびアルキニルは、置換または非置換のＣ～ＣＯアルキル、あるいはＣ２～ＣＯアルケニルおよびアルキニルであってもよい。非限定的な例は、Ｏ（ＣＨ２）ｎ ＯｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎ、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎ０ＮＨ２、およびＯ（ＣＨ２ｎ０Ｎ（ＣＨ２）ｎＣＨ３）２であり、ここで、ｎとｍは１～約１０であり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’位置に、Ｃ～ＣＯ、（低級アルキル、置換された低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリル、またはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、ＣＩ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、０ＣＦ３、ＳＯＣＨ３、Ｓ０２ＣＨ３、ＯＮ０２、Ｎ０２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ（ａｍｍｏａｌｋｙｌａｍｉｎｏ）、ポリアルキルアミノ、置換されたシリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレータ、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を向上させるための基、あるいはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善するための基、および同様の特性を有する他の置換基の１つを含む。例示的な修飾としては、２’－メトキシエトキシ（２’－０－ＣＨ２ＣＨ２０ＣＨ３、２’－０－（２－メトキシエチル）または２’－ＭＯＥとしても知られる）、つまり、アルコキシアルコキシ基が挙げられる。他の例示的な修飾としては、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、つまり、以下の本明細書の実施例に記載される、２－ＤＭＡＯＥとしても知られるＯ（ＣＨ２）２０Ｎ（ＣＨ３）２基、および２’－ジメミルアミノエトキシエトキシ（当該技術分野で２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチルまたは２’－ＤＭＡＥＯＥとしても知られる）、つまり、２’－０－ＣＨ２－０－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ２）２が挙げられる。
他の例示的な修飾としては、２－メトキシ（２－０ ＣＨ３）、２’－アミノプロポキシ（２’－０ ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ２）、および２－フルオロ（２’－Ｆ）が挙げられる。類似の修飾も、オリゴヌクレオチド上の他の位置、特に、３’末端ヌクレオチド上または２’－５’の連結されたオリゴヌクレオチド中の糖の３’位置、および５’末端ヌクレオチドの５’位置にて行われ得る。オリゴヌクレオチドはまた、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブト１部分などの糖ミメティックを有し得る。
オリゴヌクレオチドはまた、核酸塩基（しばしば、当該技術分野で単に「塩基」と称される）の修飾または置換を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「未修飾の」または「天然の」ヌクレオチドは、プリン塩基アデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基ｍｙｍｉｎｅ（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、およびウラシル（Ｕ）を含む。修飾されたヌクレオチドは、他の合成および天然のヌクレオチド、例えば、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－メチルおよびアデニンとグアニンの他のアルキル誘導体、２－プロピルおよびアデニンとグアニンの他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミンおよび２－チオシトシン、５－ハロウラシルおよびシトシン、５－プロピニルウラシルおよびシトシン、６－アゾウラシル、シトシンおよびチミン、５－ウラシル（擬似ウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、および他の８－置換アデニンおよびグアニン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチルおよび他の５－置換ウラシルおよびシトシン、７－メチルグアニンおよび７－メチルアデニン、８－アザグアニンおよび８－アザアデニン、７－デアザグアニン（ｄｅａｚａｇｎａｎｉｎｅ）および７－デアザアデニン、ならびに３－デアザグアニンおよび３－デアザアデニンなどを含む。
あるヌクレオチドは、オリゴマー化合物の結合親和性を増大させるのに特に有用である場合がある。場合によっては、これらは、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、および／または５－プロピニルシトシンを含む、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン（ａｚａｐｙｒｉｒｎｉｄｉｎｅｓ）およびＮ－２、Ｎ－６および０－６の置換プリンを含む。５－メチルシトシン置換は、より具体的には、２’－Ｏメトキシエチル糖修飾と組み合わせた場合に、核酸の二重鎖安定性を０．６～１．２℃増加させる。
オリゴヌクレオチドの別の修飾は、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞の取り込みを増強し得る１つ以上の部分またはコンジュゲートを、オリゴヌクレオチドに化学的に連結することを含む。そのような部分は、限定されないが、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシルの残基）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチルアンモニウム １，２－ジ－０－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンあるいはヘキシルアミノ－カルボニル－ｔ オキシコレステリン部分を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは修飾パターンＡＳＯ１：５’－ｎｓｎｓｎｓｎｓｎｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｄＮｓｎｓｎｓｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８０）を含み、ここで、「ｄＮ」は任意のデオキシリボヌクレオチドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチルあるいは２’Ｏ－メトキシエチル－修飾されたヌクレオシドであり、および「ｓ」はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは修飾パターン１Ｓ、２Ｓ、３Ｓ、４Ｓ、５Ｓ、１ＡＳ、２ＡＳ、３ＡＳ、または４ＡＳを含む。
リガンド
種々様々な実体は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドにカップリングされ得る。いくつかの実施形態では、実体は、例えば、介在するテザーを介して共有結合的に（直接あるいは間接的に）カップリングされるリガンドである。いくつかの実施形態では、リガンドはｄｓＲＮＡ剤にカップリングされる。いくつかの実施形態では、リガンドはアンチセンス化合物にカップリングされる。
いくつかの実施形態では、リガンドは、それが取り込まれる分子の分布、標的化、または寿命を変化させる。いくつかの実施形態では、リガンドは、例えば、そのようなリガンドがない種と比較して、選択された標的（例えば、分子、細胞または細胞型、コンパートメント、受容体、例えば、細胞または臓器のコンパートメント、組織、臓器、または身体の領域）への増強された親和性をもたらす。選択された標的への増強された親和性をもたらすリガンドは、標的化リガンドとも呼ばれる。これらの部分またはコンジュゲートは、一級または二級のヒドロキシル基などの官能基に共有結合されるコンジュゲート基を含み得る。コンジュゲート基は、インターカレータ、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、オリゴマーの薬力学的特性を増強する基、およびオリゴマーの薬物動態特性を増強する基を含む。典型的なコンジュゲート基には、コレステロール、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ｒｈｃ≪Ｊａｍｉｎｅ、クマリン、および色素が含まれる。薬物動態特性を増強する基は、取り込みを向上させ、分解への耐性を増強し、および／または標的核酸での配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する基を含む。薬物動態特性を増強する基は、本明細書に記載される化合物の取り込み、分布、代謝、または排出を向上させる基を含む。コンジュゲート基としては、限定されないが、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル－５－トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシルの残基、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチルアンモニウム１，２－ジ－０－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈホスホネート、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンあるいはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロールン部分が挙げられる。オリゴヌクレオチドはまた、活性薬物物質、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾルヒアジアジド（ｂｅｎｚｏｌｈｉａｄｉａｚｉｄｅ）、クロロサイアザイド、ジアゼピン、インドメタシン（ｉｎｄｏｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、糖尿病用薬、抗菌薬、または抗生物質にコンジュゲートされ得る。
一部のリガンドは、エンドソーム溶解性の特性を有する場合がある。エンドソーム溶解性リガンドは、エンドソームの溶解、および／または、細胞のエンドソームから細胞質までの組成物あるいはその成分の輸送を促進する。エンドソーム溶解性リガンドは、ｐＨ依存性の膜活性および膜融合性を示す、ポリアニオンのペプチドまたはペプチド模倣薬であってもよい。いくつかの実施形態では、エンドソーム溶解性リガンドは、エンドソームのｐＨでその活性なコンフォメーションをとる。「活性な」コンフォメーションは、エンドソーム溶解性リガンドがエンドソームの溶解、および／または、細胞のエンドソームから細胞質までの組成物あるいはその成分の輸送を促進する、高次構造である。例示的なエンドソーム溶解性リガンドとしては、ＧＡＬＡペプチド、ＥＡＬＡペプチド、およびそれらの誘導体が挙げられる。いくつかの実施形態では、エンドソーム溶解性成分は、ｐＨの変化に応答して、電荷またはプロトン化の変化を受ける化学基（例えば、アミノ酸）を含んでいてもよい。エンドソーム溶解性成分は、直線状または分岐状であってもよい。リガンドは、輸送、ハイブリダイゼーション、特異性の特性を改善することができ、結果として生じる天然あるいは修飾されたオリゴリボヌクレオチド、あるいは、本明細書に記載される単量体および／または天然あるいは修飾されたリボヌクレオチドの任意の組み合わせを含むポリマー分子のヌクレアーゼ耐性も改善することができる。
リガンドは一般に、治療用修飾因子（例えば、取り込みの増強のための）；診断化合物あるいはレポーター基（例えば、分布のモニタリングのための）；架橋剤；およびヌクレアーゼ耐性与える部分を含む。一般的な例としては、脂質、ステロイド、ビタミン、糖、タンパク質、ペプチド、ポリアミン、およびペプチド模倣体が挙げられる。
リガンドは、タンパク質（例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、またはグロブリン）などの、自然発生物質；炭水化物（例えば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、イヌリン、シクロデキストリン、またはヒアルロン酸）；または、脂質を含み得る。リガンドはまた、合成ポリマー、例えば、合成ポリアミノ酸、オリゴヌクレオチド（例えば、アプタマー）などの、組換え分子または合成分子であってもよい。ポリアミノ酸の例としては、ポリリシン（ＰＬＬ）、ポリＬ－アスパラギン酸、ポリＬ－グルタミン酸、スチレンマレイン酸無水コポリマー、ポリ（Ｌ－ラクチド－ｃｏ－グリコリエド（ｇｌｙｃｏｌｉｅｄ）コポリマー、ジビニルエーテル－無水マレイン酸コポリマー、Ｎ－（２－ヒドロキシプロピル）メタクリルアミドコポリマー（ＨＭＰＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリウレタン、ポリ（２－エチルアクリル酸（ｅｔｈｙｌａｃｒｙｌｌｉｃ ａｃｉｄ）、Ｎ－イソプロピルアクリルアミドポリマー、またはポリホスファジンが挙げられる。ポリアミンの例としては、ポリエチレンイミン、ポリリシン（ＰＬＬ）、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、シュードペプチド－ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの四級塩、またはαヘリカルペプチドが挙げられる。
リガンドはまた、標的化基、例えば、細胞または組織を標的とする薬剤、例えば、レクチン、糖タンパク質、脂質、またはタンパク質、例えば、腎臓細胞などの指定された細胞型に結合する抗体を含む。標的化基は、チロトロピン、メメラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、サーファクタントタンパク質Ａ、ムチン炭水化物、多価ラクトース、多価ガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン、Ｎ－アセチル－グルコサミン多価マンノース（ｇｕｌｕｃｏｓａｍｉｎｅ ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ ｍａｎｎｏｓｅ）、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸（ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ ｐｏｌｙａｍｉｎｏａｃｉｄｓ）、多価ガラクトース、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタメート、ポリアスパルタート、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、葉酸、ビタミンＢ１２、ビオチン、アルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチド、ＲＧＤペプチド模倣剤、またはアプタマーであり得る。
リガンドのさらなる例としては、色素、挿入剤（例えば、アクリジン）、架橋剤（例えば、プソラレン（ｐｓｏｒａｌｅｎｅ）、マイトマイシンＣ）、ポルフィリン（ＴＰＰＣ４、テキサフィリン（ｔｅｘａｐｈｙｒｉｎ）、サフィリン（Ｓａｐｐｈｙｒｉｎ））、多環芳香族炭化水素（例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン）、人工エンドヌクレアーゼあるいはキレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、親油性分子（ｌｉｐｏｐｈｉｌｉｃ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）、例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－０（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル（ｇｅｒａｎｙｌｏｘｙｈｅｘｙｌ）基、ヘキサデシルグリセロール（ｈｅｘａｄｅｃｙｌｇｌｙｃｅｒｏｌ）、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、０３－（オレオイル）リトコール酸、０３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、あるいはフェノキサジン）およびペプチドコンジュゲート（例えば、アンテナペディアペプチド、Ｔａｔペプチド）、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、ＰＥＧ（例えば、ＰＥＧ－４０Ｋ）、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリアミノ、アルキル、置換されたアルキル、放射標識されたマーカー、酵素、ハプテン（例えば、ビオチン）、輸送／吸収促進物質（例えば、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸）、合成リボヌクレアーゼ（例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスタ、アクリジン－イミダゾールコンジュゲート、テトラアザマクロサイクル（ｔｅｔｒａａｚａｍａｃｒｏｃｙｃｌｅｓ）のＥｕ３＋複合体）、ジニトロフェニル、ＨＲＰ、またはＡＰが挙げられる。
リガンドは、タンパク質、例えば、糖タンパク質、またはペプチド、例えば、コリガンド（ｃｏ－ｌｉｇａｎｄ）への特異的な親和性を有する分子、または抗体、例えば、癌細胞、内皮細胞、あるいは骨細胞などの指定された細胞型に結合する抗体であってもよい。リガンドには、ホルモンとホルモン受容体とが含まれ得る。リガンドには、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補助因子、多価ラクトース、多価ガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン、Ｎ－アセチル－グルコサミン多価マンノース、多価フコース、またはアプタマーなどの非ペプチド種も含まれ得る。リガンドは、例えば、リポ多糖、ｐ３８ ＭＡＰキナーゼのアクチベーター、またはＮＦ－ＫＢのアクチベーターであってもよい。
リガンドは、細胞の細胞骨格の破壊することによって、例えば、細胞の微小管、微小線維、および／または中間径フィラメントを破壊することによって、例えば、細胞へのｓｉＲＮＡ剤の取り込みを増大させることができる物質、例えば、薬物であり得る。薬物は、例えば、分類群、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャプラキノリド（ｊａｐｌａｋｉｎｏｌｉｄｅ）、ラトランクリンＡ、ファロイジン、スウィンホリド（ｓｗｉｎｈｏｌｉｄｅ）Ａ、インダノシン（ｉｎｄａｎｏｃｉｎｅ）、またはミオセルビン（ｍｙｏｓｅｒｖｉｎ）であり得る。
例えば、リガンドは、炎症反応の活性化によって、細胞へのオリゴヌクレオチドの取り込みを増加させることができる。そのような効果を有する例示的なリガンドとしては、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、インターロイキン－１β、またはγインターフェロンが挙げられる。
他の態様では、リガンドは、標的細胞、例えば、増殖細胞によって取り込まれる部分、例えば、ビタミンである。これらは、例えば、悪性型または非悪性型（例えば、癌細胞）の望まれない細胞増殖を特徴とする障害を処置するのに特に有用である。例示的なビタミンは、ビタミンＡ、Ｅ、およびＫを含む。他の例示的なビタミンは、ビタミンＢ、例えば、葉酸、Ｂ１２、リボフラビン、ビオチン、ピリドキサール、または癌細胞によって取り込まれる他のビタミンあるいは栄養素を含む。ＨＡＳ、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、および高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）も含まれる。他の態様では、リガンドは、細胞透過剤、例えば、ヘリカル細胞の透過剤である。場合によっては、薬剤は両親媒性である。例示的な薬剤は、ｔａｔまたはアンテナペディア（ａｎｔｅｎｎｏｐｅｄｉａ）などのペプチドである。薬剤がペプチドである場合、そのペプチドは、ペプチジル模倣物（ｐｅｐｔｉｄｙｌｍｉｍｅｔｉｃ）、逆転異性体（ｉｎｖｅｒｔｏｍｅｒｓ）、非ペプチドあるいはシュードペプチド結合、およびＤ－アミノ酸の使用を含んで、修飾され得る。ヘリックス物質（ｈｅｌｉｃａｌ ａｇｅｎｔ）は、親油性相および疎油性（ｌｉｐｏｐｈｏｂｉｃ）相を有し得るαヘリックス物質であってもよい。
リガンドは、ペプチドまたはペプチド模倣薬であってもよい。ペプチド模倣薬（本明細書ではオリゴペプチド模倣物（ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃ）とも呼ばれる）は、天然のペプチドと類似する定義された三次元構造へとフォールディングすることができる分子である。ペプチドまたはペプチド模倣薬部分は、約３～５０アミノ酸長、例えば、約３、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０アミノ酸長であってもよい。ペプチドまたはペプチド模倣薬は、例えば、細胞透過ペプチド、カチオン性ペプチド、両親媒性ペプチド、または疎水性ペプチド（例えば、主にチロシン、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、あるいはＰｈｅからなる）であってもよい。ペプチド部分は、デンドリマーペプチド、拘束ペプチド、または架橋ペプチドであってもよい。場合によっては、ペプチド部分は、疎水性の膜転座配列（ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）（ＭＴＳ）を含むことができる。例示的な疎水性ＭＴＳ含有ペプチドは、ヒト線維芽細胞成長因子４に由来し、かつアミノ酸配列ＡＡＶＡＬＬＰＡＶＬＬＡＬＬＡＰ（配列番号１１３９０）を含むＲＦＧＦであり、疎水性ＭＴＳを含むＲＦＧＦアナログ（例えば、アミノ酸配列ＡＡＬＬＰＶＬＬＡＡＰ（配列番号１１３９１）はまた、標的化部分であり得る。ペプチド部分は、ペプチド、オリゴヌクレオチド、およびタンパク質を含む大きな極性分子を、細胞膜を横切って運ぶことができる「送達」ペプチドであり得る。例えば、ＨＩＶ Ｔａｔタンパク質（ＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＰＰＱ、配列番号１１３９２）およびショウジョウバエのアンテナペディアタンパク質（Ａｎｔｅｎｎａｐｅｄｉａ ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫ、配列番号１１３９３）からの配列は、送達ペプチドとして機能することができる。ペプチドまたはペプチド模倣薬は、ファージディスプレイライブラリあるいは１－ビーズ－１－化合物（ｏｎｅ－ｂｅａｄ－ｏｎｅ－ｃｏｍｐｏｕｎｄ）（ＯＢＯＣ）コンビナトリアルライブラリから同定されたペプチドなどのＤＮＡのランダム配列によってコードされ得る。場合によっては、取り込まれたモノマー単位を介してアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡ剤に係留されたペプチドまたはペプチド模倣薬は、アルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）－ペプチド、あるいはＲＧＤ模倣物などの細胞標的化ペプチドである。ペプチド部分は、約３つのアミノ酸長～約４０のアミノ酸長の範囲であり得る。安定性あるいは直接的なコンフォメーション特性を増大させるなどのために、ペプチド部分は構造的な修飾を有する場合がある。以下に述べられる構造的な修飾のいずれかが利用され得る。ＲＧＤペプチド部分は、内皮系腫瘍細胞または乳癌腫瘍細胞などの腫瘍細胞を標的とするために使用され得る。ＲＧＤペプチドは、肺、腎臓、脾臓、または肝臓を含む様々な他の組織の腫瘍へのｓｉＲＮＡ剤の標的化を促進することができる。場合によっては、ＲＧＤペプチドは、腎臓へのｓｉＲＮＡ剤の標的化を促進する。ＲＧＤペプチドは、眼の様々な細胞型へのｓｉＲＮＡ剤の標的化を促進するために使用されてもよい。ａｖｂ３インテグリンペアなどのＲＧＤ結合インテグリンは、マウス前眼部の線維柱帯網、強膜、および毛様体で発現される。ＲＧＤペプチドは、直線状または環状であってもよく、修飾されていてもよい（例えば、特定の組織への標的化を促進するようにグリコシル化またはメチル化されていてもよい）。例えば、グリコシル化されたＲＧＤペプチドは、ｙＢ３を発現する腫瘍細胞にｓｉＲＮＡ剤を送達することができる。増殖細胞中で濃縮されたマーカーを標的とするペプチドが使用されてもよい。例えば、ペプチドとペプチド模倣薬とを含むＲＧＤは、癌細胞、特に、インテグリンを示す細胞を標的とすることができる。したがって、ＲＧＤペプチド、ＲＧＤを含有する環状ペプチド、Ｄ－アミノ酸を含むＲＧＤペプチド、ならびに合成ＲＧＤ模倣物が使用され得る。ＲＧＤに加えて、インテグリンリガンドを標的とする他の部分が使用され得る。通常、そのようなリガンドは、増殖細胞と血管新生を制御するために使用することができる。ＰＥＣＡＭ－１、ＶＥＧＦ、または他の癌遺伝子、例えば、本明細書に記載される癌遺伝子を標的とするこのタイプのリガンドの例示的なコンジュゲート。細胞結合リガンドは、結合親和性を増大させるために複数のリガンド（多価）で構成されてもよい。例えば、１つを超えるインテグリン結合リガンドは、組み合わせられてもよい。インテグリンに結合する構造を限定することなく、環状ペプチドＲＧＤリガンドの一例は、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｘａａ）であり、ここで、Ｘａａは、コンジュゲーションに適している側鎖を有するアミノ酸である。Ｘの自然発生の例としては、チオールがコンジュゲーションに使用されるシステイン、アミンがコンジュゲーションに使用されるリジンが挙げられる。加えて、非天然アミノ酸は、コンジュゲーションのためのアルキン、アジド、マレイミドなどの、他の官能基を有していてもよい。
Figure 2022535717000002
非環状ペプチド模倣薬の一例は、アミノ安息香酸誘導体であり、ここで、Ｘはコンジュゲーションの部位である。
Figure 2022535717000003
いくつかの実施形態は、３’末端または５’末端のいずれかで結合されるＲＧＤリガンドを含む。いくつかの実施形態は、３’末端および５’末端で結合されるＲＧＤリガンドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤリガンドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アルキニル）、アミノ安息香酸ベースのＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＲＧＤリガンドは、２つ、３つ、または４つのＲＧＤリガンドからなる。いくつかの実施形態では、ＲＧＤはセンス鎖上に配置される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤは、センス鎖の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤは、センス鎖の３’末端に配置される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤはアンチセンス鎖上に配置される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤリガンドは、アンチセンス鎖の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、ＲＧＤリガンドは、アンチセンス鎖の３’末端に配置される。
いくつかの実施形態では、「細胞透過ペプチド」は、細胞、例えば、細菌細胞または真菌細胞などの微生物細胞、あるいはヒト細胞などの哺乳動物細胞を透過することができる。微生物細胞を透過するペプチドは、例えば、ヘリカル直線状ペプチド（例えば、ＬＬ－３７あるいはＣｅｒｏｐｉｎ ＰＩ）、ジスルフィド結合含有ペプチド（例えば、αディフェンシン、βディフェンシン、あるいはバクテネシン（ｂａｃｔｅｎｅｃｉｎ））、または、１つあるいは２つの支配的アミノ酸（例えば、ＰＲ－３９あるいはインドリシジン）しか含まないペプチドであってもよい。細胞透過ペプチドは、さらに核移行シグナル（ＮＬＳ）を含む場合がある。例えば、細胞透過ペプチドは、ＨＩＶ－１ ｇｐ４１の融合ペプチドドメインおよびＳＶ４０ラージＴ抗原のＮＬＳに由来する、ＭＰＧなどの二部分両親媒性ペプチド（ｂｉｐａｒｔｉｔｅ ａｍｐｈｉｐａｔｈｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ）であってもよい。
いくつかの実施形態では、標的化ペプチドは両親媒性ヘリカルペプチドであってもよい。例示的な両親媒性αヘリカルペプチドとしては、限定されないが、セクロピン、リコトキシン、パラダキシン、ブフォリン、ＣＰＦ、ボンビニン様ペプチド（ｂｏｍｂｉｎｉｎ－ｌｉｋｅ ｐｅｐｔｉｄｅ）（ＢＬＰ）、カテリシジン、セラトトキシン、Ｓ． ｃｌａｖａペプチド、メクラウナギ腸管の抗菌ペプチド（ｈａｇｆｉｓｈ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｐｅｐｔｉｄｅｓ）（ＨＦＩＡＰ）、マガイニン、ブレビニン－２、デルマセプチン、メリチン、プレウロシジン、Ｈ２Ａペプチド、Ｘｅｎｏｐｕｓペプチド、エスクレンチニス（ｅｓｃｕｌｅｎｔｉｎｉｓ）－１、およびカエリン（ｃａｅｒｉｎｓ）が挙げられる。ヘリックス安定性の完全性を維持するための多くの因子が考えられ得る。例えば、最大数のヘリックス安定化残基が利用され（例えば、ｌｅｕ、ａｌａ、またはｌｙｓ）、最小数のヘリックス不安定化残基が利用される（例えば、プロリンまたは環状モノマー単位）。キャッピング残基が考慮に入れられ（例えば、Ｇｌｙは例示的なＮキャッピング残基である）、および／またはＣ末端アミド化は、余分なＨ結合を提供してヘリックスを安定化するために使用され得る。ｉ±３だけまたはｉ±４位置だけ離れている、反対の電荷を有する残基間で塩橋を形成することで、安定性をもたらすことができる。例えば、リジン、アルギニン、ホモ－アルギニン、オルニチン、またはヒスチジンなどのカチオン性残基は、アニオン性残基グルタミン酸塩またはアスパラギン酸塩と塩橋を形成することができる。
ペプチドとペプチド模倣薬のリガンドは、自然発生のペプチドもしくは修飾されたペプチド、例えば、ＤあるいはＬペプチド；α、β、あるいはγペプチド；Ｎ－メチルペプチド；アザペプチド（ａｚａｐｅｐｔｉｄｅｓ）；１つ以上のアミドを有するペプチド、つまり、結合が１つ以上の尿素、チオ尿素、カルバメート、あるいはスルホニル尿素結合で置き換えられたペプチド；または、環状ペプチドを有するものを含む。
標的化リガンドは、特定の受容体を標的とすることができる任意のリガンドであってもよい。例は、葉酸、ＧａｌＮＡｃ、ガラクトース、マンノース、マンノース－６Ｐ、糖のクラスタ、例えば、ＧａｌＮＡｃクラスタ、マンノースクラスタ、ガラクトースクラスタ、またはアプタマーである。クラスタは、２つ以上の糖単位の組み合わせである。標的化リガンドには、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、ＰＳＭＡ、エンドセリン、ＧＣＰＩＩ、ソマトスタチン、ＬＤＬおよびＨＤＬリガンドも含まれる。リガンドはまた、核酸、例えば、アプタマーに基づく場合がある。アプタマーは、未修飾であり得るか、または本明細書で開示される修飾の任意の組み合わせを有し得る。
エンドソーム放出剤は、イミダゾール、ポリあるいはオリゴイミダゾール、ＰＥＩ、ペプチド、融合性ペプチド、ポリカルボキシレート、ポリカチオン、マスキングされたオリゴあるいはポリカチオンもしくはアニオン、アセタール、ポリアセタール、ケタール／ポリケチアル（ｐｏｌｙｋｅｔｙａｌｓ）、オルトエステル、マスキングされたまたはマスキングされていないカチオン電荷あるいはアニオン電荷を有するポリマー、マスキングされたまたはマスキングされていないカチオン電荷あるいはアニオン電荷を有するデンドリマーを含む。
ＰＫモジュレーターは薬物動態モジュレーターを表す。ＰＫモジュレーター、親油性物質（ｌｉｐｏｐｈｉｌｅｓ）、胆汁酸、ステロイド、リン脂質アナログ、ペプチド、タンパク質結合剤、ＰＥＧ、ビタミンなどを含む。例示的なＰＫモジュレーターとしては、限定されないが、コレステロール、脂肪酸、コール酸、リトコール酸、ジアルキルグリセリド、ジアシルグリセリド、リン脂質、スフィンゴ脂質、ナプロキセン、イブプロフェン、ビタミンＥ、ビオチンなどが挙げられる。多くのホスホロチオエート結合を含むオリゴヌクレオチドは血清タンパク質に結合することも知られており、したがって、短いオリゴヌクレオチド、例えば、骨格中に複数のホスホロチオエート結合を含む約５つの塩基、１０の塩基、１５の塩基、あるいは２０の塩基のオリゴヌクレオチドも、リガンド（例えば、ＰＫ調節リガンド）として適している。
加えて、血清成分（例えば、血清タンパク質）を結合するアプタマーも、ＰＫ調節リガンドとして適している。
２つ以上のリガンドが存在する場合、リガンドはすべて同じ特性を有することができるか、リガンドはすべて異なる特性を有するか、または、一部のリガンドは同じ特性を有するが、他のリガンドは異なる特性を有する。例えば、リガンドは、標的化特性を有し得るか、エンドソーム溶解性活性を有し得るか、または、ＰＫ調節特性を有し得る。いくつかの実施形態では、リガンドはすべて異なる特性を有する。
リガンドは、様々な場所、例えば、３’－末端、５’－末端、および／または内部位置で、オリゴヌクレオチドにカップリングすることができる。いくつかの実施形態では、リガンドは、介在するテザー、例えば、本明細書に記載される担体を介してオリゴヌクレオチドに結合する。モノマーが成長している鎖へと取り込まれる場合、リガンドあるいは係留されたリガンドは、前記モノマー上で存在することができる。いくつかの実施形態では、「前駆体」モノマーが成長している鎖へと取り込まれた後、リガンドは、前記「前駆体」モノマーへのカップリングによって取り込まれる場合がある。例えば、アミノ終端のテザーを有する（つまり、会合するリガンドを持たない）モノマー、例えば、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＮＨ２は、例えば、成長しているオリゴヌクレオチド鎖へと取り込まれてもよい。後の操作では（つまり、鎖への前駆体モノマーの取り込みの後）、求電子性基、例えば、ペンタフルオロフェニルエステルまたはアルデヒド基を有するリガンドは、リガンドの求電子性基を前駆体モノマーのテザーの末端の求核基とカップリングすることによって、前駆体モノマーにその後結合することができる。別の例では、クリック化学反応に参加するのに適切な化学基を有するモノマーは取り込まれる場合がある（例えば、アジドまたはアルキン終端テザー／リンカー）。後の操作では（つまり、鎖への前駆体モノマーの取り込みの後）、相補的な化学基を有するリガンド、例えば、アルキンまたはアジドは、アルキンとアジドをともにカップリンすることによって、前駆体モノマーに結合することができる。
二本鎖オリゴヌクレオチドの場合、リガンドは片方あるいは両方の鎖に結合することができる。いくつかの実施形態では、二本鎖ｓｉＲＮＡ剤は、センス鎖にコンジュゲートしたリガンドを含む。いくつかの実施形態では、二本鎖ｓｉＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖にコンジュゲートしたリガンドを含む。
いくつかの実施形態では、リガンドは、核酸分子の核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合にコンジュゲートすることができる。プリン核酸塩基あるいはその誘導体へのコンジュゲーションは、環内および環外の原子を含む任意の位置で起こり得る。いくつかの実施形態では、プリン核酸塩基の２位置、６位置、７位置、あるいは８位置は、コンジュゲート部分に結合する。ピリミジン核酸塩基あるいはその誘導体へのコンジュゲーションも、任意の位置で起こり得る。いくつかの実施形態では、ピリミジン核酸塩基の２位置、５位置、および６位置は、コンジュゲート部分で置換され得る。ヌクレオシドの糖部分へのコンジュゲーションはまた、任意の炭素原子で起こり得る。コンジュゲート部分に結合することができる糖部分の例示的な炭素原子は、２’、３’、および５’の炭素原子を含む。Γ位置は、脱塩基残基中などで、コンジュゲート部分に結合することができる。ヌクレオシド間結合はさらに、コンジュゲート体部分を有する場合がある。リン含有結合（例えば、リン酸ジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオテート、ホスホロアミデートなど）の場合、コンジュゲート部分は、リン原子に直接結合することができるか、または、リン原子に結合したＯ原子、Ｎ原子、あるいはＳ原子に結合することができる。アミンまたはアミド含有ヌクレオシド間結合（例えば、ＰＮＡ）の場合、コンジュゲート部分は、アミンまたはアミドの窒素原子に結合することができるか、あるいは隣接した炭素原子に結合することができる。
任意の適切なリガンドは典型的に、炭水化物（例えば、単糖（ＧａｌＮＡｃなど）、二糖、三糖、四糖、多糖）であるが、ＲＮＡ干渉の分野で任意の適切なリガンドが使用されてもよい。リガンドを核酸にコンジュゲートするリンカーは、上に述べられるものを含む。例えば、リガンドは、二価または三価の分枝リンカーによって結合された１つ以上のＧａｌＮＡｃ（Ｎ－アセチルグルコサミン）誘導体であってもよい。
切断可能な連結基
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド化合物を含むオリゴヌクレオチド化合物または組成物は、切断可能な連結基を含む。場合によっては、二本鎖ＲＮＡ剤は、切断可能な連結基を含むか、または切断可能な連結基に接続される。場合によっては、アンチセンス化合物は、切断可能な連結基を含むか、または切断可能な連結基に接続される。
いくつかの実施形態では、切断可能な連結基は、細胞の外で十分に安定しているが、標的細胞内に入ると切断されて、リンカーが共に保持している２つの部分が解放される。いくつかの実施形態では、切断可能な連結基は、対象の血液中または第２の標準的条件下（例えば、血液あるいは血清で見られる状態を模倣するか、表すように選択され得る）よりも、標的細胞中または第１の標準的な条件下（例えば、細胞内状態を模倣するか、表すように選択され得る）で少なくとも１０倍以上、あるいは少なくとも１００倍速く切断される。
切断可能な連結基は、切断剤、例えば、ｐＨ、酸化還元電位、または分解剤の存在の影響を受けやすい。通常、切断剤は、血清または血液中よりも細胞の内部でより多く存在するか、あるいはより高いレベルまたは活性で見られる。
そのような分解剤の例としては、特定の基質に対して選択されるか、または基質特異性を有していない酸化還元剤、酸化的または還元的な酵素、あるいは、細胞中に存在し、還元によって酸化還元の切断可能な連結基を分解することができる還元剤（メルカプタンなど）；エステラーゼ；酸性環境、例えば、５以下のｐＨをもたらす環境を作り出すことができるエンドソームまたは薬剤；一般酸として作用することによって酸切断可能な連結基を加水分解または分解することができる酵素、ペプチダーゼ（基質特異的であり得る）、またはホスファターゼが挙げられる。
ジスルフィド結合などの切断可能な連鎖基はｐＨの影響を受けやすい場合がある。ヒト血清のｐＨは７．４であるが、平均の細胞内ｐＨはわずかに低く、約７．１～７．３の範囲である。エンドソームは、５．５～６．０の範囲でより酸性ｐＨを有しており、リソソームは約５．０でより酸性ｐＨを有している。一部のリンカーは、特定のｐＨで切断され、それによって、リガンドから細胞の内部へと、あるいは細胞の所望のコンパートメントへとカチオン脂質を放出する、切断可能な連結基を有する。
リンカーは、特定の酵素によって切断可能である、切断可能な連結基を含み得る。リンカーへ取り込まれた切断可能な連結基の種類は、標的とされた細胞に依存し得る。例えば、肝臓を標的とするリガンドは、エステル基を含むリンカーによってカチオン性脂質に連結することができる。肝細胞はエステラーゼが豊富であり、したがって、リンカーはエステラーゼが豊富ではない細胞型よりも、肝細胞においてより効率的に切断される。エステラーゼにおいて豊富な他の細胞型は、肺、腎皮質、および精巣の細胞を含む。
肝細胞および滑膜細胞などのペプチダーゼにおいて豊富な細胞型を標的とする場合、ペプチド結合を含むリンカーが使用され得る。一般的に、候補切断可能な連結基の適合性は、分解剤（または、条件）が候補連結基を切断する能力を試験することによって評価することができる。血液中の切断に抵抗する能力について、または、他の非標的組織に接触しているときの切断に抵抗する能力について、候補となる切断可能な連結基をさらに試験することも望ましい。したがって、第１の条件と第２の条件の間の切断に対する相対的な感度を決定することができ、ここで、第１の条件は、標的細胞の切断を示すように選択され、第２の条件は、他の組織あるいは体液（例えば、血液、血清）中の切断を示すように選択される。その評価は、無細胞系中で、細胞中で、細胞培養中で、臓器あるいは組織培養中で、または動物全体において行なうことができる。無細胞条件あるいは培養条件における事前評価を作成し、動物全体におけるさらなる評価によって確認することは有用であり得る。いくつかの実施形態では、有用な候補化合物は、血液または血清（あるいは、細胞外条件を模倣するように選択されたインビトロの条件下）と比較して、細胞中（あるいは、細胞内の条件を模倣するように選択されたインビトロの条件下）で、少なくとも２、４、１０、または１００倍速く切断される。
酸化還元の切断可能な連結基
１つのクラスの切断可能な連結基は、還元または酸化時に切断される酸化還元の切断可能な連結基である。還元的に切断可能な連結基の一例は、ジスルフィド連結基（－Ｓ－Ｓ－）である。候補となる切断可能な連結基が適切な「還元的に切断可能な連結基」であるかどうか、または、例えば、特定のオリゴヌクレオチドおよび特定の標的化剤との使用に適しているかどうかを決定するために、本明細書に記載される方法を調べることができる。例えば、候補は、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）とのインキュベーションによって、または、細胞（例えば、標的細胞）中で観察される切断の速度を模倣する、当技術分野で知られている試薬を使用する他の還元剤によって評価することができる。候補は、血液または血清の条件を模倣するように選択された条件下でも評価することができる。いくつかの実施形態では、候補化合物は、血液中で最大１０％切断される。いくつかの実施形態では、有用な候補化合物は、血液（あるいは、細胞外の条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下）と比較して、細胞中（あるいは、細胞内の条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下）で、少なくとも２、４、１０、または１００倍速く分解される。候補化合物の切断の速度は、細胞内媒体を模倣するように選択された条件下で、標準的な酵素反応速度論アッセイを使用して決定され、細胞外媒体を模倣するように選択された条件と比較され得る。
ホスフェートベースの切断可能な連結基
ホスフェートベースの切断可能な連結基は、分解する薬剤あるいはホスフェート基を分解または加水分解する薬剤によって切断される。細胞中のホスフェート基を切断する薬剤の例は、細胞中のホスファターゼなどの酵素である。ホスフェートベースの連結基の例は、－０－Ｐ（０）（ＯＲｋ）－０－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－０－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＳＲｋ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（ＯＲｋ）－０－、－０－Ｐ（０）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（０）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－０－、－０－Ｐ（０）（Ｒｋ）－０－、－０－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（Ｒｋ）－０－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（Ｒｋ）－Ｓ－、－０－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｓ－である。いくつかの実施形態は、－０－Ｐ（０）（ＯＨ）－０－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－０－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（ＯＨ）－０－、－０－Ｐ（０）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（０）（ＯＨ）－Ｓ－、－０－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－０－、－Ｏ－Ρ（０）（Η）－０－、－０Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（Ｈ）－０－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－０－、－Ｓ－Ｐ（０）（Ｈ）－Ｓ－、－０－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｓ－である。例示的な実施形態は、－０－Ｐ（０）（ＯＨ）－０－である。これらの候補は、上に記載されるものと類似する方法を使用して評価され得る。
酸切断可能な連結基
酸切断可能な連結基は、酸性の条件下で切断される連結基である。いくつかの実施形態では、酸切断可能な基は、ｐＨが約６．５以下（例えば、約６．０、５．５、５．０、あるいはそれより下）の酸性環境で切断されるか、または、一般酸として作用することができる酵素などの薬剤によって切断される。細胞では、エンドソームおよびリソソームなどの特定の低いｐＨの細胞小器官は、酸切断な連結基のための切断環境を提供することができる。酸切断可能な連結基の例としては、限定されないが、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸のエステルが挙げられる。酸切断可能な基は、一般式－Ｃ＝ＮＮ－Ｃ（０）０、あるいは－ＯＣ（Ｏ）を有し得る。例示的な実施形態は、エステル（アルコキシ）の酸素に結合された炭素がアリール基である場合、ジメチルペンチルまたはｔ－ブチルなどの置換されたアルキル基あるいは三級アルキルである。これらの候補は、上に記載されるものと類似する方法を使用して評価され得る。
エステルベースの連結基
エステルベースの切断可能な連結基は、細胞中のエステラーゼおよびアミダーゼなどの酵素によって切断される。エステルベースの切断可能な連結基の例としては、限定されないが、アルキレン基、アルケニレン基、およびアルキニレン基のエステルが挙げられる。エステルの切断可能な連結基は、一般式－Ｃ（０）０－、または－ＯＣ（Ｏ）－を有する。これらの候補は、上に記載されるものと類似する方法を使用して評価され得る。
ペプチドベースの切断可能な基
ペプチドベースの切断可能な連結基は、細胞中のペプチダーゼおよびプロテアーゼなどの酵素によって切断される。ペプチドベースの切断可能な連結基は、オリゴペプチド（例えば、ジペプチド、トリペプチドなど）およびポリペプチドを産生するためにアミノ酸間で形成されるペプチド結合である。ペプチドベースの切断基は、アミド基（－Ｃ（Ｏ）ＮＨ－）を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレン、またはアルキネレン（ａｌｋｙｎｅｌｅｎｅ）の間で形成され得る。ペプチド結合は、ペプチドおよびタンパク質を産生するためにアミノ酸間で形成される特定のタイプのアミド結合である。ペプチドベースの切断基は一般に、ペプチドおよびタンパク質を産出する、アミノ酸間で形成されるペプチド結合（つまり、アミド結合）に限定されず、アミド官能基全体を含まない。ペプチドベースの切断可能な連結基は、一般式－ＮＨＣＨＲＡＣ（０）ＮＨＣＨＲＢＣ（０）－を有し、ここで、ＲＡおよびＲＢは２つの隣接したアミノ酸のＲ基である。これらの候補は、上に記載されるものと類似する方法を使用して評価され得る。本明細書で使用される場合、「炭水化物」は、酸素原子、窒素原子、あるいは硫黄原子が各炭素原子に結合した、少なくとも６つの炭素原子（直線、分岐、環状であり得る）を有するそれ自体が１つ以上の単糖単位で構成された炭水化物；あるいは、酸素原子、窒素原子、あるいは硫黄原子が各炭素原子に結合した、少なくとも６つの炭素原子（直線、分岐、または環状であり得る）を各々が有する、１つ以上の単糖単位で作られる炭水化物部分をその一部分として有する化合物のいずれかの化合物を指す。代表的な炭水化物には、糖類（約４～９の単糖単位を含む単糖、二糖、三糖、およびオリゴ糖）と、デンプン、グリコゲン、セルロース、および多糖ゴムなどの多糖類とが含まれる。特定の単糖は、Ｃ５および上記（例えば、Ｃ５－Ｃ８）の糖を含み；二糖および三糖は、２つあるいは３つの単糖単位（例えば、Ｃ５－Ｃ８）を有する糖を含む。
ヌクレオチド模倣物
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドは裸のオリゴヌクレオチドである。裸のオリゴヌクレオチドは、核酸と共有結合的にあるいは非共有結合的に会合する薬剤を含まない系として定義される。任意の送達ビヒクルが存在しない場合、オリゴヌクレオチド自体が十分にヌクレアーゼ耐性であり、十分に長く循環し、細胞を標的とすることが必要となる。アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡｉ、および自然免疫刺激物質で使用されるものなどの小さな固体相の合成されたオリゴヌクレオチドの場合、ヌクレオチド模倣物を使用すると、必要な薬物様特性がもたらされる場合がある。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステル基を置き換えるヌクレオチドを含む。リン酸ジエステルの１つの非架橋酸素を硫黄原子で置換すると、ホスホロチオエート（ＰＳ）結合が生成される。ＰＳ結合は、ヌクレオチド中で新規な立体中心を作り出し、および、標準的なアキラルの条件下で合成されると、亜リン酸原子においてＲｐとＳｐのジアステレオマー混合物を作り出す。
オリゴヌクレオチド中のリン酸ジエステル基の置き換えとして同定された他の官能基が存在する。ホスフェートおよびホスホロチオエートと同様に、ホスホロジチオエート（ＰＳ２）およびチオ－ホスホルアミデートなどの負に帯電する様々な官能基が存在する。ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、リン酸トリエステル、およびホスホネートなどの、多くの無電荷のアナログが存在する。無電荷のアナログは、ヌクレアーゼ耐性であるだけでなく、より膜透過性であり得ることが想定されるが、無電荷のオリゴヌクレオチドのサイズおよび親水性は、膜を横切る受動拡散を依然として妨げる。
モルホリノオリゴ（Ｍｏｒｐｈｏｌｉｎｏ ｏｌｉｇｏｓ）（ＰＭＯ）は、加水分解的に安定した無電荷のホスホルジアミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｄｉａｍｉｄａｔｅ）官能基を使用する。
ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、その名前が示唆するように、アミド官能基に基づく。
ＰＳ結合を有するまたは有していない様々なオリゴヌクレオチドの投与のために、浣腸および筋肉内、硝子体内、髄腔内の注射が使用され得る。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、リボースの構造を変更するヌクレオシドアナログを含む。様々なヌクレオチド模倣物が存在し、ここで、リボースまたはデオキシリボースは、標的への親和性を増大させる、および／またはヌクレアーゼ耐性を増大させるように修飾される。場合によっては、リボース環の５つの位置すべてに修飾がある。場合によっては、リボースの２’位置に修飾が行われる。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、１’位置における修飾を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、アミノエチル基を介した水素結合により、グアノシン塩基への増大した親和性を有するように設計されたシチジン模倣物を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、Ｃ－５プロピニルピリミジンを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、２’修飾を含む。リボースの２’位置での水酸基の修飾は、リボース環の構造を模倣するが、一方でＲＮＡの加水分解のために２’ＯＨ基を必要とするリボヌクレアーゼを阻害するために使用されてもよい。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、自然発生の２’－Ｏメチルリボ核酸を含み、ＲＮＡそれ自体への結合親和性を増加させるが、一方でリボヌクレアーゼ耐性を示す場合がある。場合によっては、オリゴヌクレオチドは２’－Ｏメチル基を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、２’－Ｏ－メトキシエチル（ＭＯＥ）修飾を含み、この修飾は、Ｏ－メチルのリボヌクレアーゼ耐性を模倣し、タンパク質－オリゴヌクレオチド相互作用を弱め、ＲＮＡへの親和性を増大させることができる。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡヘリックス中の糖のＣ３’－エンドコンフォメーション特性を採用するヌクレオシドの２’－デオキシ－２’－フルオロ（２’－Ｆ）アナログを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、４’－修飾および５’－修飾を含み、ここで、２’デオキシリボースの４’位置におけるアルコキシ置換基は、リボースのコンフォメーションを模倣する。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、二環式２’－４’－修飾を含む。２’酸素と４’位置との間のブリッジを有する二環式構造の形成によって、炭水化物環を３’エンドコンフォメーションにロックする様々なリボース誘導体がある。もともとの二環式構造は、メチレン結合基を有し、ロックド核酸（ＬＮＡ）と呼ばれる。二環式構造は、その好ましい３’エンドコンフォメーションにリボースを「ロックし」、塩基対合親和性（ｂａｓｅ ｐａｉｒｉｎｇ ａｆｆｉｎｉｔｙ）を増大させる。ＤＮＡ二重鎖へのＬＮＡの取り込みは、融点を１つのＬＮＡ当たり８℃まで上昇させることができる。その後、Ｂｒｉｄｇｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（ＢＮＡ）、Ｅｔｈｙｌ－ｂｒｉｄｇｅ（ＥＮＡ）、拘束エチル（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）（ｃＥｔ）核酸、および標的部位への様々な親和性を有する三環系構造など、様々な二環式ヌクレオチドが開発されてきた。ＬＮＡは、アンタゴミル、スプライス遮断オリゴヌクレオチド、ＲＮＡｉ二重鎖の一方の鎖に取り込まれ得るが；他の３’エンドコンフォメーションのように、ＬＮＡはＲＮＡｓｅ Ｈのための基質ではない。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、非環式の核酸アナログを含む。場合によっては、アナログが代替のリボース環構造を含む。これらには、リボース中の２’炭素と３’炭素との間の結合がないもの、ならびに、３－炭素骨格でのリボース環の置換を含むものが含まれる。非環式の核酸アナログの例としては、アンロックド核酸（ＵＮＡ）とグリコール核酸（ＧＮＡ）が挙げられる。これらのアナログの取り込みにより、ＲＮＡｉ二重鎖の融解温度が下がり、いずれか一方の鎖に取り込むことができる。センス鎖、またはパッセンジャー鎖の５’末端への取り込みにより、ＲＩＳＣへのこの鎖へ取り込みが阻害される。アンチセンス鎖、またはガイド鎖のシード領域への取り込みにより、オフターゲット活性が減少され得る。非環式の核酸アナログは、３’－エキソヌクレアーゼ活性に対するＲＮＡｉ二重鎖の耐性を増大させることができる。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、修飾パターンを含む。ＲＮＡｉ二重鎖については、理論によって制限されることなく、ＲＩＳＣによる認識には、ＲＮＡ様３’－エンドヌクレオチドおよびＲＮＡアナログのいくつかのパターンが必要となる。２’－Ｏ－メチル基が交互になったパターンは、ヌクレアーゼに対する安定性をもたらすことができるが、２’－Ｏ－メチルが交互になったすべての順列が活性なＲＮＡｉ剤ではない。２’－フルオロ基と２’－Ｏ－メチル基が交互になったすべての２’－ヒドロキシ基を除去することで、ヌクレアーゼに耐性を示し、かつＲＮＡｉ中で活性である二重鎖を産生可能であるという事実は、２’－ヒドロキシ基が活性のために絶対に必要なものではないが、ＲＮＡｉ二重鎖中のいくつかの部位がメチル基の付加された立体容積に対して感受性があることを示唆し得る。
コンジュゲートされたオリゴヌクレオチド
オリゴヌクレオチドは、循環を延長し、組織への標的化をもたらし、細胞内送達を促進する、共有結合を介してコンジュゲートされた基を有し得る。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）にコンジュゲートされ、腎クリアランスのための閾値より上に分子量を増大することと、細胞外表面および血清成分との非特異的な相互作用を防ぐこと、の２つのメカニズムによって、クリアランスを防ぐことができる。ＰＥＧは、核酸と非共有結合的に会合する成分への結合によって、核酸送達ビヒクルに取り込まれ得る（例えば、ＰＥＧ化された脂質およびポリマー）。ＰＥＧはまた、核酸循環時間を増加させ、非特異的な相互作用を減少させ、および体内分布を変更するために、直接コンジュゲートされてもよい。場合によっては、標的化は受動的であり、ＰＥＧ ＭＷが増加すると、ヌクレイン酸の効力が損なわれる場合がある。
循環時間を増大させるためにコンジュゲートされ得る別のクラスの分子は、卵白（ａｌｂｕｍｅｎ）およびリポタンパク質などの血清成分と相互作用する＞１２の炭素を有するコレステロールあるいは他の親油性部分などの親油基の結合であり、それによって、肝臓中の循環時間および受動的蓄積を増大させる。場合によっては、広範なＰＳ修飾は、血清成分との会合によって循環時間を増大させ、血清結合には約１０のＰＳ基が必要とされる。
製剤、組成物、および送達
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡは緩衝液中で投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤（ｓｉＲＮＡと呼ばれることもある）の化合物は、対象への投与のために製剤化され得る。製剤化されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡ組成物は、様々な状態を想定することができる。いくつかの例では、組成物は、少なくとも部分的に結晶である、均一に結晶である、および／または無水物である（例えば、８０、５０、３０、２０、あるいは１０％の未満の水）。別の例では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡは、水相である（例えば、水を含む溶液中にある）。
水相または結晶の組成物は、例えば、送達ビヒクル、例えば、リポソーム（特に、水相の場合）、または粒子（例えば、結晶の組成物に適切であり得るような微粒子）に取り込まれ得る。通常、本明細書に記載されるような、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物は、投与の意図された方法と適合するように製剤化される。例えば、特定の実施形態では、組成物は、スプレー乾燥、凍結乾燥、真空乾燥、蒸発、流動層乾燥、またはこれらの技術の組み合わせ；あるいは、脂質を用いた音波粉砕、冷凍乾燥、凝縮、および他の自己組織化の方法のうち少なくとも１つによって調製される。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの調製物は、他の薬剤（例えば、別の治療剤）またはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを安定化させる薬剤（例えば、ｓｉＲＮＡと複合体を形成してｉＲＮＰを形成するタンパク質）と組み合わせて製剤化され得る。さらに他の薬剤は、キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ（例えば、Ｍｇ２＋などの２価カチオンを除去するため）、塩、ＲＮＡｓｅ阻害剤（例えば、ＲＮＡｓｉｎなどの広い特異性のＲＮＡｓｅ阻害剤）を含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの調製物は、別のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物、例えば、第２の遺伝子に関してあるいは同じ遺伝子に関してＲＮＡｉを媒介することができる第２のｓｉＲＮＡを含む。さらに他の調製物は、少なくとも３、５、１０、２０、５０、あるいは１００以上の異なるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡ種を含むことができる。そのようなｓｉＲＮＡは、同様の数の異なる遺伝子に関してＲＮＡｉを媒介することができる。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの調製物は、少なくとも第２の治療剤（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ以外の薬剤）を含む。例えば、ウイルス性疾患（例えば、ＨＩＶ）の処置のためのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物は、既知の抗ウイルス剤（例えば、プロテアーゼ阻害剤あるいは逆転写酵素阻害剤）を含む可能性がある。別の例では、癌の処置のためのｓｉＲＮＡ組成物は、化学療法剤をさらに含む可能性がある。
リポソーム
説明を簡単にするために、このセクション中の製剤、組成物、および方法は、主に、未修飾のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物に関して述べられている。しかし、他のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物（例えば、修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡ）を用いて、これらの製剤、組成物、および方法を実施することができることが理解され得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、またはｓｓｉＲＮＡ化合物（例えば、前駆体、例えば、ｓｓｉＲＮＡ化合物へと処理され得るより大きなｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｉＲＮＡ化合物をコードするＤＮＡ、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｓｉＲＮＡ化合物、もしくはその前駆体）の調製物は、膜状分子集合体、例えば、リポソームまたはミセル中での送達のために製剤化され得る。いくつかの実施形態では、「リポソーム」との用語は、少なくとも１つの二重層（例えば、１つの二重層あるいは複数の二重層）中に配置された両親媒性脂質を有する小胞を指す。リポソームは、親油性材料および水性内部（ａｑｕｅｏｕｓ ｉｎｔｅｒｉｏｒ）から膜を形成する、単層と多層の小胞を含む。水性部分は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物を含む。親油性材料は、水性外部から水性内部を単離し、これは、典型的には、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物を含まないが、いくつかの例では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物を含む場合もある。リポソームは、作用点への有効成分の移送と送達に有用である。リポソーム膜が生体膜に構造上類似するため、リポソームが組織に適用されると、リポソーム二重層は細胞膜の二重層と融合する。リポソームと細胞の統合が進行すると、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを含む内部水性含有物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡが標的ＲＮＡに特異的に結合することができる細胞に送達される。場合によっては、リポソームはまた、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを特定の細胞型に向けるために、特異的に標的化される。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを含むリポソームは、様々な方法によって調製され得る。一実施例では、リポソームの脂質成分は、脂質成分でミセルが作られるように、界面活性剤に溶解される。例えば、脂質成分は、両親媒性のカチオン性脂質または脂質コンジュゲートであり得る。界面活性剤は、高い臨界ミセル濃度を有することができるか、または非イオンであってもよい。例示的な界面活性剤は、コール酸塩、ＣＨＡＰＳ、オクチルグルコシド、デオキシコール酸塩、およびラウロイルサルコシンを含む。その後、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの調製物は、脂質成分を含むミセルに添加される。脂質上のカチオン基は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡと相互作用し、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡのまわりで縮合して、リポソームを形成する。縮合後、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡのリポソーム調製物を生成するために、例えば、透析（ｄｉａｌｙｓｉｓ）によって界面活性剤が取り除かれる。
必要に応じて、縮合を助ける担体化合物は、縮合反応中に、例えば、制御された添加によって添加される。例えば、担体化合物は、核酸以外のポリマー（例えば、スペルミンまたはスペルミジン）であってもよい。ｐＨはまた、縮合に好都合であるように調節され得る。
送達ビヒクルとしての使用に適切なサイズの脂質凝集体を調製するために一般的に使用される技術には、音波粉砕と凍結融解と押出成形が含まれる。一貫して小さく（５０～２００ｎｍ）、比較的均一の凝集体が所望される場合、顕微溶液化が使用されてもよい。これらの方法は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの調製物をリポソームへとパッケージングするために、容易に適応される。
ｐＨ感受性であるか、または負に帯電するリポソームは、核酸分子と複合体を形成するのではなく、核酸分子を捕捉する。核酸分子と脂質の両方が同様に帯電するため、複合体形成ではなく反発が生じる。
しかし、いくつかの核酸分子は、これらのリポソームの水性内部内で捕捉される。ｐＨ感受性のリポソームは、外来性遺伝子の発現が標的細胞中で検出される培養物中の細胞単層に、チミジンキナーゼ遺伝子をコードするＤＮＡを送達するために使用されてもよい。
あるタイプのリポソーム組成物は、自然に由来するホスファチジルコリン以外のリン脂質を含む。中性のリポソーム組成物は、例えば、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）またはジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）から形成され得る。アニオン性リポソーム組成物は一般に、ジミリストイルホスファチジルグリセロールから形成されるが、アニオン性膜融合リポソームは、主に、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）から形成される。別のタイプのリポソーム組成物は、例えば、大豆ＰＣ（ｓｏｙｂｅａｎ ＰＣ）および卵ＰＣ（ｅｇｇ ＰＣ）などのホスファチジルコリン（ＰＣ）から形成される。別のタイプは、リン脂質および／またはホスファチジルコリンおよび／またはコレステロールの混合物から形成される。
いくつかの実施形態では、カチオン性リポソームが使用される。カチオン性リポソームは、細胞膜に縮合することができるという利点を有する。非カチオン性リポソームは、効率的に細胞膜と縮合することはできないが、インビボのマクロファージによって取り込まれ、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡをマクロファージに送達するために使用され得る。
リポソームのさらなる利点は次のものを含む：天然のリン脂質から得られたリポソームは、生体適合性でおよび生分解性である；リポソームは、様々な水および脂質の溶解可能な薬物を取り込むことができる；リポソームは、それらの内部コンパートメント中の被包されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを、代謝および分解から保護することができる。リポソーム製剤の調製でいくつかの考慮すべき点は、脂質の表面電荷、小胞サイズ、およびリポソームの水の量である。
正に帯電する合成カチオン性脂質、Ｎ－［ｌ－（２，３－ジオレイルオキシ）プロピル］－（Ν，Ν，Ν－トリメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）を使用して、核酸と自発的に相互作用する小さなリポソームを形成し、組織培養細胞の細胞膜の負に帯電した脂質と縮合することができる脂質－核酸複合体を形成し、結果として、ｓｉＲＮＡの送達をもたらすことができる。
ＤＯＴＭＡアナログ、１，２－ビス（オレオイルオキシ）－３－（トリメチルアンモニア）プロパン（ＤＯＴＡＰ）は、ＤＮＡの複合体を形成する小胞を形成するために、リン脂質と組み合わせて使用され得る。Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｎ（商標）（Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍｄ）は、非常にアニオン性の核酸を生きている組織培養細胞に送達するために有効な薬剤であり、これは、負に帯電するポリヌクレオチドと自発的に相互作用して複合体を形成する、正に帯電するＤＯＴＭＡリポソームを含む。十分に正に帯電したリポソームが使用される場合、結果として生じる複合体上の正味電荷も正である。このように自発的に調製された正に帯電した複合体は、負に帯電した細胞表面に結合し、細胞膜と縮合し、例えば、官能性の核酸を組織培養細胞内に効率的に送達する。別の市販のカチオン性脂質、１，２－ビス（オレオイルオキシ）－３，３－（トリメチルアンモニア）プロパン（「ＤＯＴＡＰ」）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、Ｉｎｄｉａｎａ）は、オレオイル部分がエーテル結合ではなくエステルによって連結されている点でＤＯＴＭＡとは異なる。
他の報告されたカチオン性脂質化合物は、例えば、２つのタイプの脂質のうち１つにコンジュゲートすることができるカルボキシスペルミン（ｃａｒｂｏｘｙｓｐｅｒｍｉｎｅ）を含む様々な部分にコンジュゲートするものを含み、５－カルボキシスペルミルグリシンジオクタオレオイルアミド（ｃａｒｂｏｘｙｓｐｅｒｍｙｌｇｌｙｃｉｎｅ ｄｉｏｃｔａｏｌｅｏｙｌａｍｉｄｅ）（「ＤＯＧＳ」）（Ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｍ（商標）、Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）およびジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン５－カルボキシスペルミル－アミド（ｄｉｐａｌｍｉｔｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ ５－ｃａｒｂｏｘｙｓｐｅｒｍｙｌ－ａｍｉｄｅ）（「ＤＰＰＥＳ」）などの化合物を含む。
別のカチオン性脂質コンジュゲートは、ＤＯＰＥと組み合わせてリポソームへと製剤化され得るコレステロール（「ＤＣ－Ｃｈｏｉ」）を用いた、脂質の誘導体化を含む。ポリリシンがＤＯＰＥにコンジュゲートすることによって作られたリポポリリジン（Ｌｉｐｏｐｏｌｙｌｙｓｉｎｅ）は、血清の存在下でのトランスフェクションに効果的であり得る。ある細胞株の場合、コンジュゲートしたカチオン性脂質を含むこれらのリポソームは、より低い毒性を示し、かつＤＯＴＭＡ含有組成物よりも効率的なトランスフェクションをもたらすと言われている。他の市販のカチオン性脂質産物は、ＤＭＲＩＥおよびＤＭＲＩＥ－ＨＰ（Ｖｉｃａｌ、Ｌａ Ｊｏ １１ａ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）ならびにリポフェクタミン（ＤＯＳＰＡ）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ， Ｍａｒｙｌａｎｄ）を含む。
リポソーム製剤は、特に局所投与に適している場合があり、他の製剤に対する利点を示し得る。そのような利点としては、投与された薬物の高い体内吸収に関連する副作用の低減、所望の標的での投与された薬物の蓄積の増加、および皮膚内にアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを投与する能力が挙げられる。いくつかの実施では、リポソームは、表皮細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを送達するために、およびさらに、皮膚組織内への（例えば、皮膚への）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの透過をさらに向上させるために使用される。例えば、リポソームは局所的に適用され得る。
いくつかの実施形態では、非イオン性リポソーム系は、例えば、非イオン性界面活性剤およびコレステロールを使用して、皮膚にオリゴヌクレオチドを送達するために使用される。Ｎｏｖａｓｏｍｅ Ｉ（グリセリルジラウレート／コレステロール／ポリオキシエチレン－１０－ステアリルエーテル）とＮｏｖａｓｏｍｅ ＩＩ（グリセリル、ジステアラート／コレステロール／ポリオキシエチレン－１０－ステアリルエーテル）とを含む非イオン性リポソーム製剤は、オリゴヌクレオチドを送達するために使用され得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを含むそのような製剤は、皮膚科の病気を処置するのに有用である。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを含むリポソームは、高度に変形可能に作られ得る。そのような変形能は、リポソームが、リポソームの平均半径より小さい細孔を通って透過すること可能にし得る。例えば、トランスフェルソーム（ｔｒａｎｓｆｅｒｓｏｍｅｓ）は、変形可能なリポソームの一種である。トランスフェルソーム（ｔｒａｎｓｆｅｒｏｓｏｍｅｓ）は、表面エッジ活性剤（ｓｕｒｆａｃｅ ｅｄｇｅ ａｃｔｉｖａｔｏｒｓ）（一般に、界面活性剤）を、標準的なリポソーム組成物に添加するよって作られ得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを含むトランスフェルソームは、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを皮膚内のケラチノサイトに送達するために、感染（ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）によって、例えば、皮下に送達され得る。無傷の哺乳動物の皮膚を通過するためには、脂質小胞は、適切な経皮的な勾配の影響を受けて、それぞれの直径が５０ｎｍ未満である一連の微小細孔を通過しなければならない。加えて、脂質特性により、これらのトランスフェルソーム（ｔｒａｎｓｆｅｒｏｓｏｍｅｓ）は、自己最適化することができ（例えば、皮膚中の細孔の形状に適応）、自己修復することができ、および、断片化することなくそれらの標的に頻繁に到達することができ、しばしば自己負荷が可能である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、界面活性剤を用いて製剤化される。界面活性剤は、エマルジョン（マイクロエマルジョンを含む）およびリポソーム（上記参照）などの製剤における幅広い用途がある。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡは、界面活性剤を含むエマルジョンとして製剤化される。天然と合成の両方の、様々な種類の界面活性剤の特性を分類し、ランク付けする最も一般的な方法は、親水性／脂溶性バランス（ＨＬＢ）の使用による方法である。親水基の性質は、製剤中で使用される様々な界面活性剤を分類するための有用な手段を提供する。
界面活性剤分子がイオン化されない場合、それは非イオン界面活性剤として分類される。非イオン界面活性剤には、医薬品における幅広い用途があり、広範囲のｐＨ値に対して使用可能である。一般に、それらのＨＬＢ値は、それらの構造に応じて２～約１８の範囲である。非イオン界面活性剤は、エチレングリコールエステル、プロピレングリコールエステル、グリセリルエステル、ポリグルセリルエステル、ソルビタンエステル、ショ糖エステル、およびエトキシル化エステルなどの非イオンのエステルを含む。非イオン性アルカノールアミドおよびエーテル、例えば、脂肪族アルコールエトキシレート、プロポキシル化アルコール、およびエトキシル化／プロポキシル化ブロックポリマーも、このクラスに含まれる。ポリオキシエチレン界面活性剤は、非イオン界面活性剤クラスの最も一般的なメンバーである。
界面活性剤分子が負電荷を保有する場合、界面活性剤は、水に溶解または分散されると、アニオン性として分類される。アニオン性界面活性剤は、カルボキシレート、例えば、石鹸、アシルラクチレート、アミノ酸のアシルアミド、硫酸のエステル、例えば、ルキルサルフェートおよびエトキシル化アルキルサルフェート、スルホネート、例えば、アルキルベンゼンスルホネート、アシルイセチオネート、アシルタウレートおよびスルホスクシナート、ならびにホスフェートを含む。アニオン性界面活性剤クラスの中で最も重要なメンバーは、アルキルサルフェートと石鹸である。界面活性剤分子が正電荷を保有する場合、界面活性剤は、水に溶解または分散されると、カチオン性として分類される。カチオン性界面活性剤は、第四級アンモニウム塩およびエトキシル化アミンを含む。第四級アンモニウム塩は、このクラスの最も使用されるメンバーである。
界面活性剤分子が正電荷または負電荷のいずれかを保有する能力を持っている場合、界面活性剤は両性として分類される。両性の界面活性剤は、アクリル酸誘導体、置換されたアルキルアミド、Ｎ－アルキルベタイン、およびホスファチドを含む。
ミセルおよび他の膜性の製剤
説明を簡単にするために、このセクション中のミセルおよび他の製剤、組成物、および方法は、主に、未修飾のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物に関して述べられている。しかし、他のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物（例えば、修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡ）を用いて、これらのミセルおよび他の製剤、組成物、および方法を実施することができることが理解され得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、またはｓｓｉＲＮＡ化合物（例えば、前駆体、例えば、ｓｓｉＲＮＡ化合物へと処理され得るより大きなｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｉＲＮＡ化合物をコードするＤＮＡ、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｓｉＲＮＡ化合物、もしくはその前駆体）の組成物は、ミセル製剤として提供され得る。いくつかの実施形態では、「ミセル」とは、分子の疎水性部分がすべて内部へ方向付けられて、親水性部分は周囲の水相に接したままになるように、両親媒性分子が球状構造中に配置される特定のタイプの分子集合体である。環境が疎水性である場合、反対の構成が存在する。
経皮膜を介した送達に適している混合されたミセル製剤は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの組成物の水溶液、アルカリ金属Ｃｓ～Ｃ２２アルキルサルフェート、およびミセルを形成する化合物を混合することによって調製され得る。例示的なミセルを形成する化合物は、レシチン、ヒアルロン酸、ヒアルロン酸の薬学的に許容可能な塩、グリコール酸、乳酸、カミツレ抽出物、キュウリ抽出物、オレイン酸、リノール酸、リノレン酸、モノオレイン、モノオレエート、モノラウレート、ボラージオイル、月見草油、メントール、トリヒドロキシオキソコラニルグリシンおよびその薬学的に許容可能な塩、グリセリン、ポリグリセリン、リジン、ポリリシン、トリオレイン、ポリオキシエチレンエーテルおよびそのアナログ、ポリドカノールアルキルエーテルおよびそのアナログ、ケノデオキシコール酸塩（ｃｈｅｎｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌａｔｅ）、デオキシコール酸塩、およびその混合物を含む。ミセルを形成する化合物は、アルカリ金属アルキルサルフェートの添加と同時に、またはその添加の後に添加され得る。混合ミセルは、実質的に成分の任意の種類の混合を形成するが、より小さなサイズのミセルをもたらすために勢いよく混合される。
１つの方法では、ｓｉＲＮＡ組成物と、少なくともアルカリ金属アルキルサルフェートとを含む、第１のミセル組成物が調製される。その後、第１のミセル組成物は、混合ミセルの組成物を形成するために、少なくとも３つのミセルを形成する化合物と混合される。別の方法では、ミセル組成物は、ｓｉＲＮＡ組成物、アルカリ金属アルキルサルフェート、およびミセルを形成する化合物の少なくとも１つを混合し、その後、勢いよく撹拌しながら残りのミセルを形成する化合物を添加することによって調製される。
製剤を安定化させ、細菌増殖を防ぐために、フェノールおよび／またはｍ－クレゾールが混合ミセル組成物に添加されてもよい。場合によっては、フェノールおよび／またはｍ－クレゾールは、ミセルを形成する成分とともに添加されてもよい。混合ミセル組成物の形成後に、グリセリンなどの等張剤も添加されてもよい。
噴霧剤としてのミセル製剤の送達の場合、製剤は、エアロゾルディスペンサーに入れられてもよく、そのディスペンサーは噴霧剤で充填される。圧力下にある噴霧剤は、ディスペンサー内で液体状である。水相と噴霧剤相が１つになる（つまり、１つの相が存在する）ように、成分の比率は調節される。二相が存在する合、例えば、定量弁（ｍｅｔｅｒｅｄ ｖａｌｖｅ）を介して、含有物の一部を分注する前に、ディスペンサーを振る必要がある。医薬品の分注された用量は、細かな噴霧状で定量弁から噴霧される。
噴霧剤は、水素含有クロロフルオロカーボン、水素含有フルオロカーボン、ジメチルエーテル、およびジエチルエーテルを含んでいてもよい。ある実施形態では、ＨＦＡ １３４ａ（１，１，１，２テトラフルオロエタン）が使用されてもよい。
医薬組成物
いくつかの実施形態では、組成物は医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は無菌である。いくつかの実施形態では、組成物は、薬学的に許容可能な担体をさらに含む。
いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は水を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は食塩水を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は、水、緩衝液、または食塩水を含む。いくつかの実施形態では、組成物はリポソームを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な担体は、リポソーム、脂質、ナノ粒子、タンパク質、タンパク質－抗体複合体、ペプチド、セルロース、ナノゲル、またはそれらの組み合わせを含む。
本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドは、医薬組成物中で製剤化されてもよい。オリゴヌクレオチドの特定の濃度は、実験法によって決定され得る。
説明を簡単にするために、このセクション中の粒子、製剤、組成物、および方法は、主に、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物に関して述べられている。しかし、これらの粒子、製剤、組成物、および方法は、修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物を用いて実施され得ることが理解され得る。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、またはｓｓｉＲＮＡ化合物（例えば、前駆体、例えば、ｓｓｉＲＮＡ化合物へと処理され得るより大きなｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｉＲＮＡ化合物をコードするＤＮＡ、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、あるいはｓｓｉＲＮＡ化合物、もしくはその前駆体）の調製物は、粒子、例えば、微粒子内へと組み込まれ得る。微粒子はスプレー乾燥によって生成され得るが、凍結乾燥、蒸発、流動層乾燥、真空乾燥、またはこれらの技術の組み合わせを含む他の方法によって生成されてもよい。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡの薬剤は、医薬用途のために製剤化されてもよい。薬学的に許容可能な組成物は、単独で摂取されるか、あるいは１つ以上の薬学的に許容可能な担体（添加剤）、賦形剤、および／または希釈液と一緒に製剤化される、前述の実施形態のいずれかにおける治療上有効な量のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡの薬剤剤の１つ以上を含む。
医薬組成物は、特に、下記に適合するものを含む固体または液体の形態で投与のために製剤化されてもよい：（１）経口投与、例えば、水薬（水性または非水性の溶液または懸濁液）、錠剤、例えば、頬側、舌下、および体内吸収を対象とするもの、ボーラス、粉末、顆粒剤、舌に塗布するためのペースト）；（２）例えば、無菌の溶液または懸濁液あるいは徐放性の製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内、または硬膜外の注射による、非経口投与；（３）例えば、皮膚に適用されるクリーム、軟膏、または制御放出パッチまたは噴霧剤としての局所適用；（４）例えば、ペッサリー、クリーム、またはフォームとして、膣内または直腸内に；（５）舌下；（６）目；（７）経皮；（８）経鼻的；（９）吸入；または、（１０）気管内。
いくつかの実施形態では、「治療上有効な量」とは、いかなる医学的処置にも適用可能な合理的なベネフィット・リスク比で、動物の細胞の少なくとも亜集団中である程度の所望の治療効果をもたらすのに有効な、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドを含む化合物、材料、または組成物の量である。
いくつかの実施形態では、「薬学的に許容可能な」とは、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、あるいは他の問題もしくは合併症なく、人間と動物の組織との接触使用に適していて、合理的なベネフィット・リスク比と釣り合っている、こうした化合物、材料、組成物、および／または剤形を指すように本明細書では用いられる。
いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」とは、主題の化合物をある臓器あるいは身体のある部分から他の臓器あるいは身体の他の部分に運ぶまたは輸送するのに関与する、液体または固形の充填剤、希釈液、賦形剤、製造補助剤（例えば、潤滑剤、タルクマグネシウム、カルシウム、または、ステアリン酸亜鉛、あるいはテリン酸）、または溶剤封止材料などの、薬学的に許容可能な材料、組成物、またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分に適合可能であり、かつ患者に有害ではないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体として機能することができる物質のいくつかの例としては、以下が挙げられる：（１）ラクトース、グルコース、およびスクロースなどの糖類；（２）トウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプンなどのデンプン；（３）カルボキシルメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、および酢酸セルロースなどのセルロースとその誘導体；（４）トラガント末（ｐｏｗｄｅｒｅｄ ｔｒａｇａｃａｎｔｈ）；（５）麦芽；（６）ゼラチン；（７）マグネシウム状態、ラウリル硫酸ナトリウム、およびタルクなどの潤滑剤；（８）ココアバターおよび座剤用ワックスなどの賦形剤；（９）落花生油、綿実油、ひまわり油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、およびダイズ油などの油；（１０）プロピレングリコールなどのグリコール；（１１）グリセリン、ソルビトール、マンニトール、およびポリエチレングリコールなどのポリオール；（１２）オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル；（１３）寒天；（１４）水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；（１５）アルギン酸；（１６）発熱物質を含まない水；（１７）等張の生理食塩水；（１８）リンゲル液；（１９）エチルアルコール；（２０）ｐＨ緩衝液；（２１）ポリエステル、ポリカーボネート、および／またはポリ酸無水物；（２２）ポリペプチドおよびアミノ酸などの充填剤（ｂｕｌｋｉｎｇ ａｇｅｎｔｓ）、（２３）血清アルブミン、ＨＤＬ、およびＬＤＬなどの血清成分；ならびに、（２２）医薬製剤中で利用される他の非毒性の適合物質。
製剤は、単位投与量、あるいは他の適切な形態で好都合に提示され得る。単一の剤形を生成するために担体物質と組み合わされ得る有効成分の量は、処置されている宿主および投与の特定の形態に応じて変わる。単一の剤形を生成するために担体物質と組み合わされ得る有効成分の量は一般に、治療効果をもたらす化合物の量である。一般に、１００パーセントのうち、この量は、有効成分の約０．１パーセント～約９９パーセント、約５パーセント～約７０パーセント、または約１０パーセント～約３０パーセントの範囲である。
ある実施形態では、製剤は、シクロデキストリン、セルロース、リポソーム、ミセルを形成する薬剤、例えば、胆汁酸、およびポリマー担体、例えば、ポリエステルおよびポリ酸無水物からなる群から選択される賦形剤と；本明細書で開示される化合物とを含む。ある実施形態では、前述の製剤は、本明細書に開示される化合物を経口的に生物学的に利用可能にする。
薬剤の調製物は、他の薬剤（例えば、別の治療剤）またはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡを安定化させる薬剤（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｓｉＲＮＡと複合体を形成して粒子を形成するタンパク質）と組み合わせて製剤化され得る。さらに他の薬剤は、キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ（例えば、Ｍｇ２＋などの２価カチオンを除去するため）、塩、ＲＮＡｓｅ阻害剤（例えば、ＲＮＡｓｉｎなどの広い特異性のＲＮＡｓｅ阻害剤）を含む。
これらの製剤または組成物を調製する方法は、本明細書で開示される化合物を担体、および、随意に１つ以上の副成分と会合させる工程を含む。一般に、製剤は、本明細書で開示される化合物を、液体担体または微粉固体担体、またはその両方と一律にかつ密接に会合させ、その後、必要であれば、生成物を製剤に形作ることによって調製される。
場合によっては、薬物の効果を引き延ばすために、皮下注射または筋肉内注射からの薬物の吸収を遅らせることが望ましい。このことは、水溶解度が乏しい結晶または非晶質の物質の液体懸濁液を使用することによって達成される。その後、薬物の吸収速度は、その溶解速度に依存し、溶解速度は、結晶サイズおよび結晶形態に依存し得る。場合によっては、非経口的に投与された薬物形態の遅れた吸収は、薬物を油のビヒクル（ｏｉｌ ｖｅｈｉｃｌｅ）に溶解または懸濁することによって達成される。
本明細書で開示される化合物は、他の医薬品との類似により、ヒトまたは獣医学で使用される任意の便利な方法での投与のために製剤化され得る。
記載されるオリゴヌクレオチド分子の医薬組成物がさらに提供される。これらの医薬組成物は、上記の化合物の塩、例えば、酸付加塩、例えば、塩酸、臭化水素酸、酢酸、ベンゼンスルフォン酸の塩を含む。これらの医薬製剤または医薬組成物は、薬学的に許容可能な担体または希釈液を含み得る。
いくつかの実施形態では、医薬組成物（例えば、そのオリゴヌクレオチドおよび／または脂質ナノ粒子製剤）は、従来の医薬品賦形剤および／または添加剤をさらに含む。適切な医薬品賦形剤は、防腐剤、香料、安定化剤、抗酸化剤、浸透圧を調節する薬剤、緩衝液、およびｐＨ調整剤を含む。適切な添加剤は、生理学的に生体適合性の緩衝液（例えば、トリメチルアミン塩酸塩）、キレート剤（ｃｈｅｌａｎｔｓ）（例えば、ＤＴＰＡあるいはＤＴＰＡ－ビスアミドなど）、またはカルシウムキレート錯体（例えば、カルシウムＤＴＰＡ、ＣａＮａＤＴＰＡ－ビスアミドなど）の添加、または、随意に、カルシウムあるいはナトリウム塩（例えば、塩化カルシウム、アスコルビン酸カルシウム、グルコン酸カルシウム、あるいは乳酸カルシウム）の添加を含む。加えて、抗酸化剤および懸濁化剤が使用され得る。
いくつかの実施形態では、肺送達で使用するための本明細書で提供されるｓｉＲＮＡおよびＬＮＰの組成物ならびに製剤は、１つ以上の界面活性剤をさらに含む。組成物の取り込みを増強するのに適切な界面活性剤あるいは界面活性剤成分には、とりわけ、合成および天然のならびに完全および切断型の界面活性剤タンパク質Ａ、界面活性剤タンパク質Ｂ、界面活性剤タンパク質Ｃ、界面活性剤タンパク質Ｄ、および界面活性剤タンパク質Ｅ、二飽和ホスファチジルコリン（ジパルミトイル以外）、ジパルミトイルホスファチジルコリン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン；ホスファチジン酸、ユビキノン、リゾホスファチルエタノールアミン、リゾホスファチジルコリン、パルミトイル－リゾホスファチジルコリン、デヒドロエピアンドロステロン、ドリコール、サルファチジン酸、グリセロール－３－ホスフェート、ジヒドロキシアセトンホスフェート、グリセロール、グリセロ－３－ホスホコリン、ジヒドロキシアセトン、パルミテート、シチジン二リン酸（ＣＤＰ）ジアシルグリセロール、ＣＤＰコリン、コリン、コリンホスフェート；ならびに、界面活性剤、オメガ３脂肪酸、ポリエン酸（ｐｏｌｙｅｎｉｃ ａｃｉｄ）、ポリエン酸（ｐｏｌｙｅｎｏｉｃ ａｃｉｄ）、レシチン、パルミチン酸、エチレンまたはプロピレンオキシドの非イオン性ブロックコポリマー、モノマーおよびポリマーのポリオキシプロピレン、モノマーおよびポリマーのポリオキシエチレン、デキストランおよび／またはアルカノイル側鎖を有するポリ（ビニルアミン）、Ｂｒｉｊ ３５、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００、合成界面活性剤ＡＬＥＣ、Ｅｘｏｓｕｒｆ、Ｓｕｒｖａｎ、およびアトバクオンなどが含まれる。これらの界面活性剤は、製剤中の複数の成分界面活性剤の単一もしくは一部として、あるいは本明細書における医薬組成物の核酸成分の５’末端および／または３’末端への共有結合型の付加として使用され得る。
遺伝子治療ベクター
いくつかの実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤あるいはアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、細胞から送達される外来性ＤＮＡ鋳型から、インビボで、細胞中で産生される。例えば、ＤＮＡ鋳型はベクターに挿入され得、遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与、または定位的注入によって対象に送達され得る。遺伝子治療ベクターの医薬調製物は、許容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターであり得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれている徐放性マトリックスを含み得る。ＤＮＡ鋳型は、例えば、２つの転写単位、すなわち、ｄｓＲＮＡ剤のトップ鎖を含む転写産物を産生するものと、ｄｓＲＮＡ剤のボトム鎖を含む転写産物を産生するものとを含むことができる。鋳型が転写される場合、ｄｓＲＮＡ剤が産生され、遺伝子サイレンシングを媒介するｓｉＲＮＡ剤フラグメントへと処理される。
核酸の複合体形成に基づく伝達ビヒクル
いくつかの実施形態では、カチオン性薬剤とオリゴヌクレオチド治療剤との複合体形成は、立体障壁を形成することによって、および、アニオン性電荷の中和によりヌクレアーゼ結合を阻害することによって、ヌクレアーゼがオリゴヌクレオチドを分解することを阻害する。それらの伸長した鎖から核酸のコンパクトな粒子を形成するプロセスは、縮合と呼ばれ、縮合は、多価カチオン種の添加によって達成され得る。複数の正電荷は、ポリカチオン中で互いに共有結合するか、またはカチオン性リポソームの表面などの複合体中で互いに非共有結合的に会合することができる。結果として生じるポリカチオン－ポリアニオン相互作用は、核酸粒子のサイズおよび形状が核酸ならびに縮合するカチオンに応じて変わる、コロイド分散である。一般に、粒子は、２０ｎｍより大きいサイズであり、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの表面電荷を調節する薬剤が存在しない場合、＞２０ｍＶの表面電荷を有する。
ナノ粒子の薬物動態学および体内分布は、それらの大きさと電荷に依存する。静注投与時に、大きな（＞２００ｎｍ）および／または、高度に正に帯電した（表面電荷＞２０ｍＶ）ナノ粒子は、主に、肝臓と脾臓中の内皮組織とマクロファージに分布され、２時間未満の循環の半減期を有する。大きさ（＜１００ｎｍ）および表面電荷（～０ｍＶ）を減少させると、結果として循環時間が増大した。正に帯電したポリプレックスの局所投与により、結果として上皮細胞などの適応部位で細胞との会合がもたらされる。
細胞質送達の戦略
エンドソーム緩衝（つまり、プロトンスポンジ）、滴定可能な両親媒性物質、細胞を透過するペプチド、およびマスキングされた膜溶解性ポリマーを含むオリゴヌクレオチドの細胞質送達を促進する様々な戦略がある。
エンドソーム溶解（ｅｎｄｏｓｏｍｏｌｙｓｉｓ）を促進するエンドソーム緩衝（つまり、プロトンスポンジ）のメカニズムは、エンドソーム／リソソームのコンパートメントを緩衝するポリアミンなどの薬剤の能力に依存する。酸性化に対する耐性は、浸透圧の増加を結果としてもたらし、リソソームコンパートメントの溶解を結果としてもたらすと仮定される。滴定可能な両親媒性物質はポリマー／ペプチドであり、その構造は、酸性ｐＨではそれらが疎水性または膜破壊的であるようにｐＨ依存性である。典型的には、滴定可能な両親媒性物質は、酸性化されると中性および膜破壊的になるカルボン酸を有するポリアニオン系のポリマーまたはペプチドである。細胞を透過するペプチド（ＣＰＰ）は、グアニジニウム基の性質が高いカチオンのペプチドであり、それは明らかな膜溶解を伴わずに細胞に入る。マスキングされた溶解性ポリマーは膜破壊的であり、その膜相互作用は可逆的な共有結合修飾が弱められている。滴定可能な両親媒性物質と同様に、マスキングされたポリマーによるエンドソーム溶解のメカニズムは、両親媒性ポリマーの使用に依存し、両親媒性ポリマーの膜を溶解するその能力は、活性がエンドソーム／リソソームの酸性環境においてのみ官能性であるように制御される。滴定可能な両親媒性物質の場合には、制御のメカニズムは、カルボン酸の可逆的なプロトン化である。マスキングされたポリマーの場合には、膜活性の制御は、ポリマーの膜相互作用を阻害する基の不可逆的切断である。
リポソーム送達系
脂質（リポプレックス）中で捕捉された核酸は、核酸の送達の一般的な媒体である。カチオン性脂質は、核酸と脂質との間に静電複合体を形成する。カチオン性脂質に加えて、典型的に不飽和脂肪酸を含み、かつリポプレックスと細胞膜との間の融合を助けると仮定される中性またはアニオン性のヘルパー脂質と、製剤化中および保存中の凝集ならびにインビボの非特異的相互作用を防ぐＰＥＧ化された脂質と、が存在する。
脂質は水不溶性であり、核酸は有機溶剤不溶性である。製剤が反復可能であり、かつ大きさが比較的均一であるように、制御された様式でこれらの成分を混合するために、エタノールなどの界面活性剤または水混和性有機溶媒が使用される。静電気的に会合された複合体の形成の後、両親媒性の界面活性剤または溶剤は、透析あるいは溶媒交換によって除去される。成分および混合の手順に応じて、１００ｎｍより十分に小さいリポプレックスを製剤化することができる。
リポプレックスのトランスフェクション効率は予測するのが難しく、最適化が経験的なものであるが、インビボのトランスフェクション効率を支援するために特定されているいくつかの設計上の特徴がある：ｐＨ感受性のカチオン性脂質、脂質鎖における不飽和の使用、および循環時間とトランスフェクション効率の平衡を保つためのＰＥＧ脂質の疎水性－親水性バランス。
エンドソーム／リソソーム経路（ｐＨ４～７）の範囲の緩衝液であるカチオン性脂質のアミン基のｐＫａと、トランスフェクション能力との間に相関がある。そのようなｐＫａ値を有する脂質を合成するために、脂質は一般に密集したアミンまたはイミダゾール基を有する。リポプレックス中のこれらの弱塩基性アミン基の効果は、インビボのトランスフェクションを促進するいくつかの魅力的な属性をもたらす：中性ｐＨでの表面電荷の減少と、それによるインビボの非特異的相互作用の減少、エンドソームとリソソームの酸環境中の表面電荷の増加と、それによるこれらのコンパートメント中の細胞膜との静電的相互作用の増加、および、プロトンスポンジメカニズムを介するエンドソーム溶解性の活性をもたらすことができる緩衝基の提供。
リポプレックス中で使用されるカチオンおよびヘルパー脂質において観察された他の一般的モチーフは、それらの構成要素の脂肪酸中での不飽和の不在であり、オレイン酸（１つの二重結合を有する１８の炭素鎖）およびリノール（２つの二重結合を有する１８の炭素）が非常に一般的である。これらの基を取り込むと、膜の流動性が増大し、融合性脂質構造の形成が援助され、および、核酸からのカチオン性脂質の放出が促進される。
ＰＥＧコンジュゲートされた脂質は、非集合性の小さな複合体の形成およびインビボの非特異的相互作用の防止を支援するために、リポプレックスに取り込まれる。ＰＥＧの親水性により、それらの脂質コンジュゲートは、リポプレックスと永久に会合されず、希釈およびインビボの両親媒性の成分との相互作用により複合体から拡散する。このようなリポプレックスの表面からのＰＥＧ保護の損失は、トランスフェクション効率を援助する。一般に、より長い飽和脂肪酸鎖は循環を増大させるが、不飽和およびより短い鎖は循環を減少させる。
一般に実施される腫瘍標的化メカニズムは、Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ Ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ（ＥＰＲ）効果であり、これは、腫瘍組織に関連した漏出性の無秩序な血管系およびリンパ排出の欠如のために、ナノ粒子が正常組織よりも腫瘍組織中ではるかに多く蓄積する場合である。ＥＰＲベースの標的化は、長く循環する粒子を必要とする。
ポリマーベースの送達ビヒクル
リポプレックスと同様に、ポリマーベースのトランスフェクションビヒクル（ポリプレックス）は、より大きな核酸のヌクレアーゼの保護および縮合をもたらす。リポプレックスは、アニオン性核酸との静電複合体を形成するカチオンのポリマーに基づく。ポリカチオンは、純粋に合成されたもの（ポリエチレンイミンなど）、自然発生のもの（ヒストン、プロタミン、スペルミン、およびスペルミジンなど）、または、オルニチン、リジン、およびアルギニンなどのカチオン性アミノ酸に基づく合成ポリマーであってもよい。
ポリカチオンは、ポリアニオン性核酸との静電複合体を形成する。会合の強度は、核酸のサイズおよびポリカチオンのサイズおよび電荷密度に依存する。
ポリプレックスの循環および標的化を改善するべく、ポリプレックスの安定性および表面電荷を改善するための３つの一般的な戦略、すなわち、ポリカチオンの架橋、合成ポリアニオンの添加、ＰＥＧのコンジュゲートがある。
外側の安定化およびケージ化（ｃａｇｉｎｇ）と呼ばれる架橋は、核酸の複合体形成／縮合後の、共有結合のポリアミン－ポリアミン結合の形成である。架橋は、核酸のまわりの結合の３Ｄネットワークを形成する、二機能性のアミン反応性試薬の添加によって遂行され、それによって、ポリプレックスを塩と多価電解質による置換に耐性を示すようになる。ポリプレックスの安定性は、可逆性のメカニズムが核酸の放出を可能にするために導入されない限り、核酸がもはや活性でないような状態である。可逆性を導入するための一般的な方法は、細胞質中で減少して核酸治療剤の放出を可能にすることができる、ジスルフィド含有架橋試薬の使用である。
ポリプレックスの表面電荷を減少させるための一般的な方法は、立体安定化として一般に知られている方法である、ＰＥＧのコンジュゲーションである。結果として生じるＰＥＧ修飾ポリプレックスは、インビボの循環を延長させた。ＰＥＧ修飾は、ポリプレックス形成の前またはその後に、ポリアミンのサイズ鎖に添加され得るか、あるいは、ＰＥＧとポリカチオンのブロックコポリマーとしてポリマーの末端に添加され得る。
架橋とＰＥＧ化は、受動的にあるいは能動的に標的とされ得る全身投与のための減少した表面電荷の安定したポリプレックスを作るためにしばしば組み合わせられる。リポプレックスについて観察されるように、様々な小分子（ＧａｌＮＡｃ、ＲＧＤ、葉酸など）および生物学的な標的化リガンド（トランスフェリンおよび抗体など）は、組織の選択的な標的化のためにＰＥＧ修飾ポリプレックスにコンジュゲートされてもよい。
ポリプレックスのために最も一般的に使用されているポリマー（およびプロトンスポンジメカニズムのオリジネーター（ｏｒｉｇｉｎａｔｏｒ））は、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）である。ＰＥＩのアミン基の高密度は、それに高い電荷密度と、エンドソームのｐＨ範囲全体で緩衝する一連のアミンｐＫａとを与える。ＰＥＩの緩衝能は、弱塩基性のイミダゾール基の添加によって模倣され得る。
オリゴヌクレオチドビヒクル製剤。オリゴヌクレオチドが溶解するか、またはその送達ビヒクルが分散される溶液条件は、その送達において役割を果たすことがある。低浸透圧性の条件および高浸透圧性の条件は、全身的投与および局所投与のための細胞質送達を援助することができる。
投与のための方法および経路
本明細書で開示される実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の蓄積および／または発現は、少なくとも１０％抑制または阻害され得る。本明細書で開示される実施形態では、眼組織の細胞は、結膜、強膜、線維柱帯網（ＴＭ）、または角膜である。ある実施形態では、眼組織は、ヒトＴＭなどのＴＭである。ある実施形態では、対象であるＴＭ細胞は、哺乳動物においてインビボに位置している場合がある。
本明細書で開示される実施形態はまた、患者の緑内障を処置する方法を提供し、上記方法は、眼組織の細胞内のＡＮＧＰＴＬ７の蓄積を抑制するのに十分な量のオリゴヌクレオチドを患者に投与する工程を含み、ここで、ＲＮＡは、ＡＮＧＰＴＬ７をコードするヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であるＲＮＡの第１の鎖と、ＡＮＧＰＴＬ７をコードするヌクレオチド配列に相補的であるリボヌクレオチド配列であるＲＮＡの第２の鎖を有する二本鎖分子であり、ここで、第１および第２のリボヌクレオチド鎖は、互いにハイブリダイズして二本鎖分子を形成する相補鎖であり、ここで、二本鎖分子は、眼組織の細胞内のＡＮＧＰＴＬ７の蓄積を抑制する。ある実施形態では、眼組織の細胞は、結膜、強膜、線維柱帯網（ＴＭ）、または角膜であり得る。ある実施形態では、緑内障は開放隅角緑内障である。ある実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７の発現またはあるＡＮＧＰＴＬ７転写産物は、少なくとも１０％阻害される。
本明細書で開示される実施形態は、細胞中のＡＮＧＰＴＬ７発現を阻害または調節する単離されたＡＮＧＰＴＬ７特異的ＲＮＡを作り、および同定するための方法を提供し、上記方法は、（ａ）ＡＮＧＰＴＬ７をコードするヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であるＲＮＡの第１の鎖と、ＡＮＧＰＴＬ７をコードするヌクレオチド配列に相補的なリボヌクレオチド配列であるＲＮＡの第２の鎖とを有する二本鎖分子であるＲＮＡを生成することであって、ここで、第１および第２のリボヌクレオチド鎖は、互いにハイブリダイズして二本鎖分子を形成する相補鎖であり、および、ここで、二本鎖分子は、眼組織の細胞内のＡＮＧＰＴＬ７の蓄積またはあるＡＮＰＴＬ７転写産物を抑制または調節する、生成すること；ならびに、（ｂ）ＲＮＡが細胞中のＡＮＧＰＴＬ７発現を阻害または調節するかどうか決定するために、ＲＮＡをスクリーニングすること、を含む。ある実施形態では、眼組織の細胞は、結膜、強膜、線維柱帯網（ＴＭ））、または角膜である。ＡＮＧＰＴＬ７転写産物は、少なくとも１０％に阻害または調節され得るか、少なくとも５０％阻害または調節され得るか、あるいは少なくとも８０％阻害または調節され得る。ある実施形態では、ＲＮＡは局所投与で導入される。
ＡＮＧＰＴＬ７活性によって媒介される疾病としては、限定されないが、緑内障（例えば、原発開放隅角緑内障、原発閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、落屑緑内障、若年緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体性緑内障（ｐｈａｃｏｇｅｎｉｃ ｇｌａｕｃｏｍａ）眼内出血に続発する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬剤誘導性緑内障、毒性緑内障、および絶対緑内障を含む）、高眼圧症、肥満症、癌、Ｊａｄａｓｓｏｈｎ脂腺母斑、Ｃ型肝炎感染症、変形性関節症、円錐角膜、線維症、低酸素症、脂質代謝の異常、眼皮膚白皮症、強皮症、多発性筋炎、クローン病、乾癬、または酒さが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７活性によって媒介される疾病は、眼の疾病である。眼の疾病としては、限定されないが、網膜動脈閉塞症、眼瞼疾患、全眼炎、眼トキソプラズマ症、色素線条、遺伝性眼腫瘍（ｇｅｎｅｔｉｃ ｅｙｅ ｔｕｍｏｒ）、球後出血、涙腺腺様嚢胞癌、落屑症候群、咽頭結膜熱、高安動脈炎、ドライアイ症候群、黄斑円孔、網膜静脈閉塞症、翼状片、硝子体疾患、高眼圧症、網膜症、白内障、眼オンコセルカ症、眼腫瘍、乾性角結膜炎、先天性眼振、遺伝子眼疾患、眼窩筋炎、緑内障、視神経炎、混合細胞ブドウ膜黒色腫、ブドウ膜炎、眼結核、加齢黄斑変性、眼乳頭炎、眼瞼腫瘍、眼後嚢破裂（ｏｃｕｌａｒ ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｃａｐｓｕｌａｒ ｒｕｐｔｕｒｅ）、眼出血、眼の怪我、眼球運動疾患、角膜疾患、急性網膜壊死症候群、眼感染症、調節麻痺、小眼球症、前部ぶどう膜炎、網膜ドルーゼン、糖尿病性眼病変、眼の異物、近視の黄斑変性、眼アレルギー、虹彩炎、不等像症、網膜血管炎、眼球クローヌス・ミオクローヌス症候群、眼血管疾患、グレーブス眼症、水晶体疾患、シェーグレン症候群、黄斑変性、またはサイトメガロウイルス網膜炎が挙げられる。
送達経路
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を含む組成物は様々な経路によって対象に送達され得る。典型的な経路としては、静脈内、皮下、局所的、直腸、肛門、膣、鼻、気管内、吸入、肺、眼が挙げられる。
一実施形態では、患者は、ＡＮＧＰＴＬ７の発現を減少させるか、または調節する薬剤を、予防的または治療的に投与される。進歩性のある方法は、眼内圧の上昇を防ぐか、または遅らせることができるか、関連する神経損失（ｎｅｒｖｅ ｌｏｓｓ）を減少させることができるか、網膜の感覚細胞に保護を与えることができる。投与は、任意の眼の経路によるものである。一例は局所適用であり、ＡＮＧＰＴＬ７減少剤が、目薬、クリーム、軟膏、ゲル、膏薬などの製剤で投与される。別の例は眼内注射であり、ＡＮＧＰＴＬ７減少剤は、結膜下に、硝子体内に、眼球後に、晶体嚢を貫くことにより水晶体内に投与される。別の例は、リポソーム、マイクロスフェア、マイクロカプセル、生体適合性のマトリックス、ゲル、ポリマー、ナノ粒子、ナノカプセル剤などの製剤上または製剤中で目用ＡＮＧＰＴＬ７減少剤または調節剤を提供する。別の例は、当業者に知られているように、経強膜的送達のためのデバイス、あるいは、例えば、イオン泳動あるいは別のタイプの放出機序（制御されている、または制御されていない）を使用する他の眼内デバイスなどの、デバイス上またはデバイス中でＡＮＧＰＴＬ７減少剤または調製剤を提供する。当業者に知られているように、別の例は、遺伝子治療と組み合わせてＡＮＧＰＴＬ７減少剤または調節剤を提供する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、投与に適した医薬組成物に取り込まれ得る。そのような組成物は典型的には、アンチセンスオリゴヌクレオチドの１つ以上種またはｄｓＲＮＡ剤と、薬学的に許容可能な担体とを含む。本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容可能な担体」とは、薬剤の投与と適合性のある、ありとあらゆる溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤と抗真菌剤、等張剤と吸収遅延剤などを含むことが意図される。薬学的に活性な物質のためのこうした媒体と薬剤の使用は、当該技術分野では周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物に適合しない場合を除き、組成物におけるそれらの使用が熟考される。補足の活性化合物も組成物に組み込まれ得る。
実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、経口、親、筋肉内、経皮的、静脈内、 動脈内、鼻、膣、舌下、および爪下のために製剤化され得る。さらに、経路としては、限定されないが、耳、頬側、結膜、皮膚、歯、電気浸透、子宮頚内膜、洞内（ｅｎｄｏｓｉｎｕｓｉａｌ）、気管内、腸内、硬膜外、羊膜外、体外、血液透析、浸潤、間質性、腹内、羊水内、動脈内、関節内、胆管内、気管支内、嚢内（ｉｎｔｒａｂｕｒｓａｌ）、心臓内、軟骨内（ｉｎｔｒａｃａｒｔｉｌａｇｅｎｏｕｓ）、仙骨内（ｉｎｔｒａｃａｕｄａｌ）、陰茎海綿体内（ｍｔｒａｃａｖｅｒｎｏｕｓ）、腔内性、大脳内、胸骨内、角膜内、冠内、海綿体内（ｉｎｔｒａｃｏｒｐｏｒｕｓ ｃａｖｅｒｎｏｓｕｍ）、皮内、円板内、管内（ｉｎｔｒａｄｕｃａｔａｌ）、十二指腸内、硬膜内、表皮内、食道外（ｍｔｒａｅｓｏｐｈａｇｅａｌ）、胃内、歯肉内（ｉｎｔｒａｇｉｎｇｉｖａｌ）、回腸内（ｉｎｔｒａｉｌｅａｌ）、病巣内、管腔内（ｉｎｔｒａｌｕｍｉｃａｌ）、リンパ管内、髄内、脳脊髄膜内、眼内、卵巣内、心膜内（ｍｔｒａｐｅｒｉｃａｒｄｉａｌ）、腹腔内、胸膜内、肺内、副鼻腔内（ｉｎｔｒａｓｉｎａｌ）、関節滑液嚢内、腱内（ｉｎｔｒａｔｅｎｄｉｎｏｕｓ）、精巣内、鞘内、胸内、管内、腫瘍内、中耳内、子宮内、血管内、静脈内ボーラス、点滴静脈注射、脳室内、膀胱内、硝子体内、イオン浸透療法、洗浄（ｉｒｒｉｇａｔｉｏｎ）、喉頭、鼻、鼻腔胃、密封療法、眼、中咽頭、経皮的、関節周囲、硬膜上、歯根膜、直腸、人工呼吸器、眼球後、軟組織、蜘蛛膜下、結膜下、皮下、粘膜下、局所的、口腔粘膜、経胎盤、経気管、中耳加圧療法、尿管、または尿道（ｕｒｅｔｈａｌ）が挙げられる。特定の実施形態では、医薬組成物は、眼内投与（例えば、硝子体内または局所的）のために製剤化される。
投与の経路および部位は、標的化を増強するように選択され得る。例えば、筋細胞を標的とするために、対象の筋肉内への筋肉内注射は論理的な選択である。肺細胞は、エアロゾルの形態のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤の投与によって標的化される可能性がある。
局所投与のための例示的な製剤には、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡが、脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート剤、および界面活性剤などの局所送達薬剤と混合されるものが含まれる。例示的な脂質およびリポソームには、中性（例えば、ジオレイル－ホスファチジルＤＯＰＥエタノールアミン（ｅｔｌｉａｎｏｌａｎｉｉｎｅ）、ジミリストイルホスファチジルコリンＤＭＰＣ、ジステアロイルホスファチジルコリン）、陰性（例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールＤＭＰＧ）、およびカチオン性（例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルＤＯＴＡＰおよびジオレイル－ホスファチジルエタノールアミンＤＯＴＭＡ）が含まれる。
局所または他の投与の場合、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡは、リポソーム内に被包され得るか、または、リポソームに対して、特にカチオン性リポソームに複合化され得る。場合によっては、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡは、脂質、特に、カチオン性脂質に複合化され得る。
当業者に知られているように、局所的な製剤は、任意の眼科（ｏｐｈｔｈａｌｍｏｇｉｃａｌ）ビヒクルによって投与され得る。例としては、限定されないが、点眼びん、小袋（ｓａｔｃｈｅｌｓ）、アプリケーターなどが挙げられる。製剤の量および濃度は、希釈液、選択される送達系あるいは送達デバイス、患者の臨床症状、予測される副作用、組成物の化合物の安定性、他の病態の存在と重症度、投与頻度、活性薬剤などに依存する。
経口投与用の組成物および製剤は、水または非水性の培地、カプセル剤、ゲルカプセル剤、小袋、錠剤、またはミニ錠剤（ｒｎｉｎｉｔａｂｌｅｔｓ）中に、粉末剤または果粒剤、微小粒子、ナノ粒子、懸濁液または溶液を含む。増粘剤、芳香剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤（ｄｉｓｐｅｒｓｉｎｇ ａｉｄｓ）、または結合剤が望ましい場合もある。例示的な界面活性剤は、脂肪酸および／またはそのエステルあるいは塩、胆汁酸および／またはその塩を含む。場合によっては、浸透促進剤、例えば、脂肪酸塩は、胆汁酸塩と組み合わせられる。例示的な組み合わせは、ラウリン酸、カプリン酸、およびＵＤＣＡのナトリウム塩である。さらなる浸透促進剤は、ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン－２０－セチルエーテルを含む。オリゴヌクレオチドは、噴霧された乾燥粒子を含む粒状の形態で経口送達されるか、または微小粒子あるいはナノ粒子を形成するために複合化され得る。
肺投与用の組成物および製剤は、緩衝剤、賦形剤、および他の適切な添加剤、例えば、限定されないが、浸透促進剤、担体化合物、および他の薬学的に許容可能な担体または賦形剤なども含み得る無菌の水性溶液を含み得る。
投与量
一態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を対象に（例えば、ヒト対象）に投与する方法が提供される。上記方法は、１４～３０ヌクレオチド（ｎｔ）長、例えば、２１～２３ ｎｔであり、かつ標的ＲＮＡ（例えば、ＡＮＧＰＴＬ７）に相補的であり、随意に、少なくとも３’オーバーハングの１～５ヌクレオチド長である、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤の単位投与量を投与する工程を含む。
局所投与の場合、使用され得る濃度の例としては、限定されないが、１μｇ／ｍＬ未満、１μｇ／ｍＬ～５μｇ／ｍＬ、５μｇ／ｍＬ～１０μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ～５０μｇ／ｍＬ、５０μｇ／ｍＬ～１００μｇ／ｍＬ、１００μｇ／ｍＬ～０．５ｍｇ／ｍＬ、０．５ ｍｇ／ｍＬ～２．５ｍｇ／ｍＬ、１ｍｇ／ｍＬ～５ｍｇ／ｍＬ、５ｍｇ／ｍＬ～１０ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、１５ｍｇ／ｍＬ～３０ｍｇ／ｍＬ、および３０ｍｇ／ｍＬ超が挙げられる。局所投与の場合、使用され得る投与レジメンの例としては、限定されないが、一時間ごと、半日ごと、毎日、毎週、隔週、毎月、四半期ごと、１年に３回、１年に２回、毎年、２年に１回、３年に１回などが挙げられる。投与の間隔は、規則的であり得るか、または変わり得る。一例として、投与は、外科手術前または外科手術後、１週間、数週間、あるいは数か月間にわたって、一時間ごとまたは毎日投与されてもよく、その後、所望の眼内圧の低下が達成されるまで、１年に２回あるいは１年に１回投与されてもよい。別の例として、投与は、外科手術前および／または外科手術後、１週間、数週間、数か月間、あるいは数年間にわたって、所望の眼内圧の低下が達成されるまで、毎日あるいは毎週投与されてもよい。
定義された量は、病気または障害（例えば、標的ＲＮＡに関連した病気または障害）を処置または予防するのに有効な量であり得る。単位投与量は、例えば、注射（例えば、静脈内、皮下、あるいは筋肉内）、吸入投与、または局所適用によって投与され得る。いくつかの実施形態では、投与量は、１０、５、２、１、または０．１ｍｇ／ｋｇ体重未満であり得る。
いくつかの実施形態では、単位投与量は、１日１回より少ない頻繁で投与される（例えば、２、４、８、または３０日毎に１回未満）。いくつかの実施形態では、単位投与量は、頻度で投与されない（例えば、規則的な頻度ではない）。例えば、単位投与量は、単回投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、有効量は、他の従来の治療モダリティを用いて投与される。例えば、眼に影響を及ぼす疾患または障害を処置するのに有用な治療剤。
いくつかの実施形態では、対象に、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤の初回量と１以上の維持量とを投与する。維持量または維持投与量は、初回量と同じあるいは初回量未満（例えば、初回量より半分少ない）であってもよい。維持レジメンは、１日当たり０．０１μｇ～１５ｍｇ／ｋｇ体重（例えば、１日当たり１０、１、０．１、０．０１、０．００１、あるいは０．００００１ｍｇ／ｋｇ体重）の範囲の用量または投与量をで、対象を処置することを含み得る。例えば、維持量は、２、５、１０、または３０日毎に１回以下投与される。さらに、処置レジメンは、特定の疾患の性質、その重症度、および患者の全体的状態に応じて変動する期間にわたって続く場合がある。ある実施形態では、投与量は、１日当たり１回以下、例えば、２４、３６、４８時間、またはそれ以上の時間毎に１回以下、例えば、５または８日毎に１回以下送達される。
処置の後、患者は、状態の変化、および疾患状態の症状の緩和についてモニタリングされ得る。患者が現在の投与量レベルに有意に応答しない場合、化合物の投与量が増やされるか、あるいは、疾患状態の症状の緩和が観察される場合、疾患状態が切除される場合、または望ましくない副作用が観察される場合、用量が減らされることがある。有効量は、特定の状況下で所望されるように、あるいは適切であると考えられるように、一回量または２回以上の用量で投与され得る。反復注入または頻繁な注入を促進することが所望される場合、送達デバイス（例えば、ポンプ、半永久ステント（例えば、静脈内、腹腔内、大槽内、嚢内）、あるいはリザーバーの移植が望ましいことがある。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、多くの方法で、哺乳動物、特に、ヒト以外の霊長類あるいはヒトなどの大型哺乳動物に投与され得る。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤の投与は、非経口、例えば、静脈内（例えば、ボーラス注入として、あるいは拡散性注入として）、皮内、腹腔内、筋肉内、鞘内、脳室内、頭蓋内、皮下、経粘膜内、頬側、舌下、内視鏡的、直腸、経口、膣、局所的、吸入、肺、鼻腔内、尿道、または眼である。投与は、対象によって、または他の人（例えば、医療従事者）によって提供され得る。薬物は、測定された用量で、または計量された用量を送達するディスペンサー中で提供され得る。選択された送達方法は、本明細書の他の場所で述べられる。
方法および用途
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物を対象に投与する方法が本明細書で開示される。いくつかの実施形態は、対象への組成物の投与など、本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態では、投与は注射を含む。
いくつかの実施形態は、対象の障害を処置する方法に関する。いくつかの実施形態は、処置方法における本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態は、障害を有する対象に本明細書に記載される組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与により、対象の障害が処置される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象の障害を処置する。
いくつかの実施形態では、処置は、対象の病気の予防、阻害、または逆転（ｒｅｖｅｒｓｉｏｎ）を含む。いくつかの実施形態は、障害を予防するか、阻害するか、または逆転する方法における、本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態は、対象の障害を予防するか、阻害するか、逆転する方法に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される組成物を、障害を有する対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与により、対象の障害が予防されるか、阻害されるか、または逆転される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象の障害を予防するか、阻害するか、または逆転する。
いくつかの実施形態は、対象の障害を予防する方法に関する。いくつかの実施形態は、障害を予防する方法における、本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される組成物を、障害を有する対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与により、対象の障害が予防される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象の障害を予防する。
いくつかの実施形態は、対象の障害を阻害する方法に関する。いくつかの実施形態は、障害を阻害する方法における、本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される組成物を、障害を有する対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与により、対象の障害が阻害される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象の障害を阻害する。
いくつかの実施形態は、対象の障害を逆転する方法に関する。いくつかの実施形態は、障害を逆転する方法における、本明細書に記載される組成物の使用に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される組成物を、障害を有する対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与により、対象の障害が逆転される。いくつかの実施形態では、組成物は、対象の障害を逆転する。
いくつかの実施形態では、投与は注射を含む。いくつかの実施形態では、投与は眼に対する。いくつかの実施形態では、投与は静脈内投与である。
障害
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態は、対象の障害を処置することを含む。いくつかの実施形態では、障害は、高いＡＮＧＰＴＬ７発現を有する障害であるか、またはその障害を含む。いくつかの実施形態では、障害は眼障害である。いくつかの実施形態では、障害は、高い眼内圧と関連する障害を含む。いくつかの実施形態では、障害は緑内障である。いくつかの実施形態では、緑内障は緑内障サブタイプである。いくつかの実施形態では、緑内障サブタイプは非特異的緑内障である。いくつかの実施形態では、緑内障サブタイプは原発性開放隅角緑内障（ＰＯＡＧ）である。いくつかの実施形態では、緑内障サブタイプは原発性閉塞隅角緑内障（ＰＡＣＧ）である。いくつかの実施形態では、緑内障は緑内障の症状を含む。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は眼内圧測定値を含む。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、緑内障の外科手術の必要性を含む。いくつかの実施形態では、緑内障の症状は、緑内障用薬物の必要性を含む。
対象
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態は、対象の処置を含む。対象の例には、脊椎動物、動物、哺乳動物、イヌ、ネコ、ウシ、げっ歯類、マウス、ラット、霊長類、サル、およびヒトが含まれる。いくつかの実施形態では、対象は脊椎動物である。いくつかの実施形態では、被検体は動物である。いくつかの実施形態では、対象は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象はイヌである。いくつかの実施形態では、対象はネコである。いくつかの実施形態では、対象はウシである。いくつかの実施形態では、対象はマウスである。いくつかの実施形態では、対象はラットである。いくつかの実施形態では、対象は霊長類である。いくつかの実施形態では、対象はサルである。いくつかの実施形態では、対象は、動物、哺乳動物、イヌ、ネコ、ウシ、げっ歯類、マウス、ラット、霊長類、またはサルである。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
ベースライン測定
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態は、対象のベースライン測定値を得ることを含む。例えば、いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、対象を処置する前に対象から得られる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、ベースライン圧力測定値を含む。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、ベースライン眼内圧測定値である。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、緑内障の発生率である。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、緑内障サブタイプの発生率である。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、緑内障の症状の発生率である。
いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、対象から得られた試料に対して、免疫学的アッセイ、比色分析、または蛍光アッセイなどのアッセイを実施することによって得られる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、免疫学的アッセイ、比色分析、または蛍光アッセイによって得られる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値はＰＣＲによって得られる。
いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値である。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルを含む。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料重量当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料体積当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料内の総タンパク質当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースライン循環ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質測定値である。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、免疫学的アッセイ、比色分析、または蛍光アッセイなどアッセイによって得られる。
いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値である。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを含む。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料重量当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料体積当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内の総ｍＲＮＡ当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内の総核酸当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内のハウスキーピング遺伝子のｍＲＮＡレベルなど、別のｍＲＮＡレベルと比較して示される。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイなどのアッセイによって得られる。いくつかの実施形態では、ＰＣＲは定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＲは、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの逆転写を含む。
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態は、対象の試料を得ることを含む。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、対象から得られた試料中で得られる。いくつかの実施形態では、試料は、本明細書に記載される組成物による対象の投与または処置の前に対象から得られる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、対象に組成物を投与する前に、対象から得られた試料中で得られる。いくつかの実施形態では、試料は眼球または眼の組織を含む。
いくつかの実施形態では、試料は流体を含む。いくつかの実施形態では、試料は流体試料である。いくつかの実施形態では、試料は、血液、血漿、または血清の試料である。いくつかの実施形態では、流体は目の流体を含む。いくつかの実施形態では、流体は眼内流体を含む。
いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、非侵襲的に得られる。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は対象から直接得られる。
効果
いくつかの実施形態では、組成物あるいは組成物の投与は、ベースライン測定値に対する、圧力測定、眼内圧測定値、緑内障の発生率、緑内障サブタイプの発生率、または緑内障の症状の発生率などの測定値に影響する。いくつかの実施形態では、その測定値は眼内圧測定値である。
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態は、対象の測定値を得ることを含む。例えば、その測定値は、対象を処置した後に対象から得られ得る。いくつかの実施形態では、その測定値は、組成物が対象に投与された後、対象から得られた、第２の試料（本明細書に記載される流体または組織の試料など）中で得られる。いくつかの実施形態では、その測定値は、障害が治療されたという指標である。
いくつかの実施形態では、その測定値は、本明細書に記載されるようなアッセイによって得られる。例えば、アッセイは、免疫学的アッセイ、比色分析、蛍光アッセイ、またはＰＣＲアッセイを含み得る。
いくつかの実施形態では、その測定値は、組成物の投与の１週間以内、２週間以内、３週間以内、１ヶ月以内、２ヶ月以内、３ヶ月以内、６ヶ月以内、１年以内、２年以内、３年以内、４年以内、または５年以内に得られる。いくつかの実施形態では、その測定値は、組成物の投与の１週間後、２週間後、３週間後、１ヶ月後、２ヶ月後、３ヶ月後、６ヶ月後、１年後、２年後、３年後、４年後、または５年後に得られる。
いくつかの実施形態では、組成物は、ベースライン測定値と比べて測定値を減少させる。いくつかの実施形態では、減少は、対象に組成物を投与した後に対象から得られた第２の組織試料中で測定される。いくつかの実施形態では、減少は、対象に組成物を投与した後に対象において直接測定される。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて、約２．５％以上、約５％以上、約７．５％以上減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて約１０％以上減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて約１０％以下減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、ベースライン測定値と比べて、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下減少する。いくつかの実施形態では、測定値は、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％減少するか、あるいは２つの前述のパーセンテージのいずれかによって定義される範囲だけ減少する。
いくつかの実施形態では、測定値は、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルを含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料重量当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料体積当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルは、試料内の総タンパク質当たりのＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、循環ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値である。いくつかの実施形態では、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、免疫学的アッセイ、比色分析、または蛍光アッセイなどアッセイによって得られる。
いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べてＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値を減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて循環ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルを減少させる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて、組織のＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベル（眼のＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルなど）を減少させる。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質レベルの減少は、対象に組成物を投与した後に対象から得られる第２の試料中で測定される。
いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて、約１０％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定と比べて、約２．５％以下約５％以下、または約７．５％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて約１０％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定値と比べて、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％以下、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の測定は、２．５％、５％、７．５％、１９％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％減少するか、あるいは２つの前述のパーセンテージのいずれかによって定義される範囲だけ減少する。
いくつかの実施形態では、測定値はＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値である。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値は、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを含む。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料重量当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料体積当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内の総ｍＲＮＡ当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内の総核酸当たりのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの質量または割合として示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、試料内のハウスキーピング遺伝子のｍＲＮＡレベルなど、別のｍＲＮＡレベルに対して示される。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値は、ＰＣＲアッセイなどのアッセイによって得られる。いくつかの実施形態では、ＰＣＲはｑＰＣＲを含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＲは、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの逆転写を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値と比べてＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値を減少させる。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値は、対象に組成物を投与した後に対象から得られた第２の試料から得られる。いくつかの実施形態では、組成物は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルと比べてＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを減少させる。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルの減少は、対象に組成物を投与した後に対象から得られた第２の試料から測定される。いくつかの実施形態では、第２の試料は眼の試料である。
いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ測定値と比べて、約２．５％以上、約５％以上、または約７．５％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値と比べて約１０％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値と比べて、約２０％以上、約３０％以上、約４０％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、または約１００％以上減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値と比べて、約２．５％以下、約５％以下、または約７．５％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値と比べて約１０％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、ベースラインＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値と比べて、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、約５０％以下、約６０％）、約７０％以下、約８０％以下、約９０％以下、または約１００％以下減少する。いくつかの実施形態では、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの測定値は、２．５％、５％、７．５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％減少するか、あるいは２つの前述のパーセンテージのいずれかによって定義された範囲だけ減少する。
標的遺伝子の発現を阻害または調節する方法
実施形態は、標的遺伝子の発現を阻害するための方法にも関する。上記方法は、前述の実施形態のいずれかにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を、標的遺伝子の発現を阻害するのに十分な量で投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、標的遺伝子はＡＮＧＰＴＬ７である。別の態様は、細胞の標的遺伝子の発現を調節する方法に関し、上記方法は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を前記細胞に提供する工程を含む。いくつかの実施形態では、標的遺伝子はＡＮＧＰＴＬ７である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は修飾されている。
本開示は、対象の標的遺伝子または遺伝子の転写産物の転写および／または翻訳をダウンレギュレートするまたはサイレンシングすることによって、哺乳動物の疾患または障害を処置するためのインビトロおよびインビボの方法を提供する。いくつかの実施形態では、上記方法は、細胞を本明細書に記載される修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤と接触させることによって、細胞中への標的配列の発現（例えば、ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質レベル）をサイレンシングするアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を導入する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、本明細書に記載される修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡを、哺乳動物に投与することによって、標的配列の発現をサイレンシングするアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤をインビボで送達することを含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡの投与は、例えば、経口、鼻腔内、吸入、静脈内、腹腔内、筋肉内、関節内、病巣内、気管内（ｉｎｔｒａｔｒａｃｈｅａｌ）、気管内（ｅｎｄｏｔｒａｃｈｅａｌ）、皮下、または皮内などの、当技術分野で既知の任意の経路によって行われる。場合によっては、送達は気道投与によって行われる。いくつかの実施形態では、標的配列はＡＮＧＰＴＬ７である。
ある実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、例えば、哺乳動物の細胞内にアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤を送達するために、担体系を含む。担体系の非限定的な例は、核酸脂質粒子、リポソーム、ミセル、ビロソーム、核酸複合体、およびそれらの混合物を含む。ある例では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮ分子は、カチオン性脂質などの脂質と複合体を形成してリポプレックスを形成する。ある例では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、カチオン性ポリマー（例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）などのポリマーと複合体を形成してポリプレックスを形成する。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、シクロデキストリンあるいはそのポリマーと複合体を形成し得る。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡ剤は、核酸脂質粒子中で被包される。
遺伝子または写産物発現のアップレギュレーションあるいは阻害の評価
宿主細胞または生物体への外因性の核酸の移動は、細胞または生物体における核酸の存在を直接検出することによって評価され得る。例えば、外因性の核酸の存在は、サザンブロットによって、または、核酸に関連したヌクレオチド配列を明確に増幅するプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）技術によって検出され得る。外因性の核酸の発現も、遺伝子発現解析を含む従来の方法を使用して測定され得る。例えば、外因性の核酸からもたらされたｍＲＮＡは、ノーザンブロットおよび逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、検出および定量化され得る。
外因性の核酸からのＲＮＡの発現も、酵素活性またはリポータータンパク質活性を測定することによって検出され得る。例えば、アンチセンスまたはｄｓＲＮＡの調節活性は、外因性の核酸がエフェクターＲＮＡをもたらしているという指標としての標的核酸発現の減少または増加として、間接的に測定され得る。配列保存に基づき、プライマーは、標的遺伝子のコード領域を増幅するために設計および使用され得る。初めに、任意のコード領域または非コード領域が使用されてもよいが、各遺伝子から最も高度に発現されたコード領域が、モデル制御遺伝子を構築するために使用されてもよい。各制御遺伝子は、レポーターコード領域とそのポリ（Ａ）シグナルとの間に各コード領域を挿入することによって、組み立てられる。これらのプラスミドは、遺伝子の上流部分にレポーター遺伝子を有するｍＲＮＡと、３’非コード領域中の可能のあるＲＮＡｉ標的とをもたらす。個々のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡの有効性は、レポーター遺伝子の調節によって分析される。レポーター遺伝子は、アセトヒドロキシ酸シンターゼ（ＡＨＡＳ）、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）、ベータガラクトシダーゼ（ＬａｃＺ）、ベータグルクロニダーゼ（ＧＵＳ）、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、ルシフェラーゼ（Ｌａｃ）、ノパリンシンターゼ（ＮＯＳ）、オクトピンシンターゼ（ＯＣＳ）、およびそれらの誘導体を含む。アンピシリン、ブレオマイシン、クロラムフェニコール、ゲンタマイシン、ヒグロマイシン、カナマイシン、リンコマイシン、メトトレキサート、ホスフィノトリシン、ピューロマイシン、およびテトラサイクリンに対する耐性を与える、多数の選択可能なマーカーが利用可能である。レポーター遺伝子の調節を決定する方法は、当該技術分野で周知であり、限定されないが、蛍光測定器方法（例えば、蛍光分光学法、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）、蛍光顕微鏡法）、抗生物質耐性測定を含む。
ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質およびｍＲＮＡ発現は、タンパク質レベルを測定するために、例えば、ＥＬＩＳＡなどの免疫学的アッセイを使用して分析され得る。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡを使用して処置される試料（例えば、インビボまたはインビトロの細胞あるいは組織）におけるＡＮＧＰＴＬ７発現（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質）は、対照試料におけるＡＮＧＰＴＬ７発現と比較して評価される。例えば、タンパク質または核酸の発現は、疑似処理された（ｍｏｃｋ－ｔｒｅａｔｅｄ）試料または未処理試料を使用して比較することができる。場合によっては、対照のアンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、変更された配列または異なる配列を有するもの）で処置される試料との比較は、所望される情報に依存して行われ得る。いくつかの実施形態では、処置した試料ｖｓ未処置の試料におけるＡＮＧＰＴＬ７タンパク質または核酸の発現の差は、処置した試料ｖｓ未処置の試料における異なる核酸（研究者によって適切と考えら得る任意の標準的なもの、例えば、ハウスキーピング遺伝子を含む）の発現の差と比較され得る。
観察された差は、対照との比較に使用するために、例えば、比率または画分の形態で、所望されるように表され得る。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡで処置した試料中のＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡまたはタンパク質のレベルは、未処置の試料または対照の核酸で処置した試料と比べて、約１．２５倍～約１０倍以上増加あるいは減少する。実施形態において、ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡまたはタンパク質のレベルは、少なくとも約１．２５倍、少なくとも約１．３倍、少なくとも約１．４倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約１．６倍、少なくとも約１．７倍、少なくとも約１．８倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９倍、少なくとも約９．５倍、または少なくとも約１０倍以上増加または減少する。
キット、研究試薬、診断、および治療薬
本明細書に記載される化合物は、診断法、治療法、および予防法のために、およびキットの研究試薬および構成要素として利用され得る。さらに、遺伝子発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはｄｓＲＮＡは、特定の遺伝子の機能を解明するか、あるいは生物学的経路の様々なメンバーの機能を識別するために使用され得る。
キットおよび診断での使用、ならびに様々な生物系での使用のために、本明細書に記載される化合物は、単独で、または他の化合物あるいは治療薬と組み合わせて、細胞および組織内で発現される遺伝子の一部または全体の補体の発現パターンを解明するための差別的なおよび／または組み合わせの分析におけるツールとして有用であり得る。
いくつかの実施形態では、「生物系」または「系」との用語は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）遺伝子の産物を発現するか、またはその産物を発現する能力を有するようにされる任意の生物体、細胞、細胞培養物、または組織である。これらには、限定されないが、ヒト、形質転換動物、細胞、細胞培養物、組織、異種移植片、移植片、およびこれらの組み合わせが含まれる。
１つの非限定的な例として、１以上のアンチセンス化合物またはｄｓＲＮＡで処置された細胞または組織内の発現パターンは、アンチセンス化合物またはｄｓＲＮＡで処置されていない対照の細胞または組織と比較され、もたらされるパターンは、例えば、疾病関連性、シグナル経路、細胞局在、発現レベル、大きさ、試験した遺伝子の構造または機能に関連するため、遺伝子発現の差別的なレベルの遺伝子発現について分析される。これら分析は、刺激した細胞または刺激していない細胞に対して、および発現パターンに影響を及ぼす他の化合物の存在下または不在下で行われ得る。
遺伝子発現解析の方法の例としては、ＤＮＡアレイまたはマイクロアレイ、ＳＡＧＥ（遺伝子発現の連続分析）、ＲＥＡＤＳ（消化されたｃＤＮＡの制限酵素増幅）、ＴＯＧＡ（合計の遺伝子発現解析）、タンパク質アレイおよびプロテオミクス、発現配列タグ（ＥＳＴ）シーケンシング、サブトラクティブＲＮＡフィンガープリンティング（ＳｕＲＦ）、サブトラクティブクローニング、ディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＦＩＳＨ（蛍光インサイチューハイブリダイゼーション）技術、および質量分析の方法が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される化合物は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）をコードする核酸にハイブリダイズするため、研究および診断法に有用である。例えば、効果的なＡＮＧＰＴＬ７モジュレーターとなるように本明細書で開示されるそのような効率およびそのような条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、遺伝子増幅または検出に好都合である条件下でそれぞれ効果的なプライマーまたはプローブである。これらプライマーおよびプローブは、ＡＮＧＰＴＬ７をコードする核酸分子の特異的検出を必要とする方法において有用であり、ＡＮＧＰＴＬ７のさらなる試験での検出または使用のための上記核酸分子の増幅において有用である。ＡＮＧＰＴＬ７をコードする核酸とのアンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、プライマーおよびプローブのハイブリダイゼーションは、例えば、酵素とオリゴヌクレオチドのコンジュゲーション、オリゴヌクレオチドの放射標識、あるいは他の適切な検出手段によって検出され得る。試料中のＡＮＧＰＴＬ７のレベルを検出するためのそのような検出手段を使用するキットも、調製され得る。
アンチセンスおよびｓＲＮＡの特異性と感受性も治療用途のために利用される。治療法では、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの発現を調節することによって処置され得る疾患または障害を有すると疑われる動物、例えば、ヒトは、本明細書で開示される投与するオリゴヌクレオチド化合物によって処置される。例えば、１つの非限定的な実施形態では、方法は、治療上効果的な量のＡＮＧＰＴＬ７モジュレーターを、処置を必要とする動物に投与する工程を含む。本明細書で開示されるＡＮＧＰＴＬ７モジュレーターは、ＡＮＧＰＴＬ７の活性を効果的に調節するか、またはＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の発現を調節する。いくつかの実施形態では、動物におけるＡＮＧＰＴＬ７の活性または発現は、対照と比較して、約１０％阻害または調節される。その対照は、ＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドであってもよい。場合によっては、動物におけるＡＮＧＰＴＬ７の活性または発現は、約３０％阻害または調節される。場合によっては、動物におけるＡＮＧＰＴＬ７の活性または発現は、５０％以上阻害または調節される。したがって、オリゴマー化合物は、対照と比較して、アンジオポエチン様（ＡＮＧＰＴＬ７）ｍＲＮＡの発現を、少なくとも１０％、少なくとも５０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％調節することができる。アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現の減少または調節は、血清、血液、脂肪組織、肝臓、あるいは動物の他の体液、組織、または臓器中で測定され得る。場合によっては、分析されている上記体液、組織、または臓器内に含まれる細胞は、ＡＮＧＰＴＬ７ペプチドおよび／またはＡＮＧＰＴＬ７タンパク質自体をコードする核酸分子を含有する。
創薬
本明細書で開示される化合物は、創薬およびターゲットバリデーションの領域にも適用され得る。本明細書で特定される化合物および標的セグメントは、アンジオポエチン７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドと、疾患状態、表現型、または疾病との間に存在する関係を解明する創薬努力において使用され得る。これらの方法は、試料、組織、細胞、または生物体を本明細書で開示される化合物と接触させることと、処置後のある時点でＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの核酸またはタンパク質のレベルおよび／または関連する表現型あるいは化学エンドポイントを測定することと、測定した値を、未処置の試料または本明細書で開示されるさらなる化合物で処置した試料と随意に比較することとを含む、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドを検出または調節する工程を含む。これらの方法はまた、ターゲットバリデーションのプロセスのために未知の遺伝子の機能を決定するために、または特定の疾患、疾病、または表現型の処置あるいは予防の標的として特定の遺伝子産物の有効性を決定するために、他の実験と並行して、または組み合わせて実施され得る。
本開示は以下の例によってさらに例示されるが、これらの例はさらに限定するものとして解釈されるべきでない。本出願全体にわたって引用されるすべての文献、係属中の特許出願、および公開された特許の内容は、参照によって本明細書に明示的に組み込まれる。
実施形態
いくつかの実施形態は、下記の１つ以上を含む：
１．アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤であって、ここで、上記ＲＮＡｉ剤は、センス鎖とアンチセンス鎖と含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含み、それぞれの鎖は１４～３０のヌクレオチドを有する、ＲＮＡｉ剤。
２．上記ｄｓＲＮＡは、１７～３０ヌクレオチド対の長さを有する、実施形態１に記載のＲＮＡｉ剤。
３．上記センス鎖と上記アンチセンス鎖はそれぞれ１７～３０のヌクレオチドを有する、実施形態１または実施形態２に記載のＲＮＡｉ剤。
４．上記センス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態１－３のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
５．上記アンチセンス鎖は、上記センス鎖の逆補体に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態１－４のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
６．上記アンチセンス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または００％同一の配列を含む、実施形態１－５のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
７．上記センス鎖の配列は、配列番号１１０８９を含み、上記アンチセンス鎖の配列は配列番号１１０９０を含む、実施形態１－３のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
８．ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－０－アルキル、２’－０－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－フルオロ、および２’－デオキシからなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド修飾を含む、実施形態１－７のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
９．上記ヌクレオチドは、２’－ＯＣＨ３または２’－Ｆのいずれかで修飾される、実施形態１－８のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１０．少なくとも１つのリガンドをさらに含む、実施形態１－９のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１１．２’－０－メチルヌクレオチド、２’－デオキシフルオロヌクレオチド、２’－０－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－０－ＮＭＡ）ヌクレオチド、２’－０－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－０－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオチド、２’－０－アミノプロピル（２’－０－ＡＰ）ヌクレオチド、および２’－ａｒａ－Ｆからなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド修飾を含む、実施形態１－１０のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１２．少なくとも１つのホスホロチオエートまたはメチルホスホネートヌクレオチド間結合を含む、実施形態１－１１のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１３．ｄｓＲＮＡのアンチセンス鎖の５’－末端の１位置にあるヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、Ｕ、およびｄＴからなる群から選択される、実施形態１－１２のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１４．ｄｓＲＮＡの５’－末端の１位置にある塩基対は、ＡＵ塩基対である、実施形態１－１３のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
１５．ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤であって、ここで、上記ＲＮＡｉ剤は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）含み、鎖の各々は１４～３０のヌクレオチドを有し、ここで上記センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの同一の修飾の少なくとも２つのモチーフを含み、前記センス鎖の第１のモチーフは前記センス鎖中の切断部位で生じ、前記センス鎖の第２のモチーフは、少なくとも１つのヌクレオチドによって上記センス鎖の第１のモチーフから分離されるセンス鎖の異なる部位で生じ；ここで、上記アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上に３つの同一の修正の少なくとも２つのモチーフを含み、前記アンチセンス鎖の第１のモチーフは、前記アンチセンス鎖中の切断部位で、またはその切断部位の近くで生じ、前記アンチセンス鎖の第２のモチーフは、少なくとも１つのヌクレオチドによって上記アンチセンス鎖の第１のモチーフから分離される上記アンチセンス鎖の異なる部位で生じ；ここで、上記アンチセンス鎖の第１のモチーフの修飾は上記アンチセンス鎖の第２のモチーフ中の修飾とは異なる、ＲＮＡｉ剤。
１６．センス鎖の第１のモチーフ中に生じるヌクレオチドの少なくとも１つは、アンチセンス鎖の第１のモチーフ中のヌクレオチドの１つと塩基対を形成する、実施形態１５に記載のＲＮＡｉ剤。
１７．ｄｓＲＮＡは１７～３０のヌクレオチド塩基対を有する、実施形態１５または実施形態１６に記載のＲＮＡｉ剤。
１８．ｄｓＲＮＡは１７～１９のヌクレオチド塩基対を有する、実施形態１７に記載のＲＮＡｉ剤。
１９．各鎖は１７～２３のヌクレオチドを有する、実施形態１５－１８のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
２０．センス鎖および／またはアンチセンス鎖のヌクレオチド上の修飾は、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－０－アルキル、２’－０－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態１５－１９のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
２１．センス鎖および／またはアンチセンス鎖のヌクレオチド上の修飾は、２’－ＯＣＨ３または２’－Ｆである、実施形態１５－２０のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
２２．センス鎖の３’末端に結合されたリガンドをさらに含む、実施形態１５－２１のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
２３．ＡＮＧＰＴＬ７の発現を阻害または調節することができるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤であって、ここで、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含む二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）含み、鎖の各々は１４～３０のヌクレオチドを有し、ここで、センス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、前記モチーフの１つは、センス鎖中の切断部位で、またはその切断部位の近くで生じ；およびここで、アンチセンス鎖は、３つの連続するヌクレオチド上の３つの２’－０－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、前記モチーフの１つは、アンチセンス鎖中の切断部位で、またはその切断部位の近くで生じる、ＲＮＡｉ剤。
２４．センス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される配列に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態２３に記載のＲＮＡｉ剤。
２５．アンチセンス鎖は、センス鎖の逆補体に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態２３または実施形態２４のＲＮＡｉ剤。
２６．アンチセンス鎖は、配列番号１－４４１２から選択される少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態２３－２５のいずれかに記載のＲＮＡｉ剤。
２７．インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、前記細胞もしくは組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、前記少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８５のヌクレオチド１～２２２４内の５～３０の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドの逆補体に対して、少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
２８．インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、前記細胞もしくは組織を、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに対してアンチセンスオリゴヌクレオチドに対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
２９．インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のアンチセンスオリゴヌクレオチドの部位を標的とする少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、前記細胞あるいは組織と接触させる工程であって、それによって、インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
３０．インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、前記細胞あるいは組織と接触させる工程であって、それによって、インビボあるいはインビトロで、患者の細胞もしくは組織中のＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドの機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
３１．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは配列番号１１０８７を含む、実施形態２７－２９のいずれか１つに記載の方法。
３２．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む、実施形態３０に記載の方法。
３３．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％同一の配列を含む、実施形態２７－２９のいずれか１つに記載の方法。
３４．アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的としないか、またはＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドと比べて、インビボあるいはインビトロで増大する、実施形態２７－３３のいずれかに記載の方法。
３５．アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的としないか、またはＡＮＧＰＴＬ７に特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドと比べて、インビボあるいはインビトロで減少する、実施形態２７－３３のいずれかに記載の方法。
３６．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然のアンチセンス配列を標的とする、実施形態２７－３５のいずれかに記載の方法。
３７．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのコードおよび／または非コードの核酸配列を含む核酸配列を標的とする、実施形態２７－３６のいずれかに記載の方法。
３８．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの重複配列および／または非重複配列を標的とする、実施形態２７－３７のいずれかに記載の方法。
３９．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは１つ以上の修飾を含む、実施形態２７－３８のいずれかに記載の方法。
４０．１つ以上の修飾は、少なくとも１つの修飾された糖部分、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド、またはこれらの組み合わせから選択される、実施形態３９に記載の方法。
４１．１つ以上の修飾は、２’－０－メトキシエチル修飾糖部分、２’－メトキシ修飾糖部分、２’－０－アルキル修飾糖部部分、二環式の糖部分、またはそれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの修飾された糖部分を含む、実施形態３９に記載の方法。
４２．１つ以上の修飾は、ホスホロチオエート、２’－Ｏメトキシエチル（ＭＯＥ）、２’－フルオロ、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオアート、ホスホロアミデート、カルバメート、カーボネート、ホスフェートトリエステル、アセトアミデート（ａｃｅｔａｍｉｄａｔｅ）、カルボキシメチルエステル、およびそれらの組み合わせから選択される、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、実施形態３９に記載の方法。
４３．１つ以上の修飾は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、アラビノ核酸（ＦＡＮＡ）、アナログ、誘導体、およびそれらの組み合わせから選択される、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチドを含む、実施形態３９に記載の方法。
４４．インビボあるいはインビトロで、哺乳動物の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）遺伝子の機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つの短干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）オリゴヌクレオチドを、前記細胞もしくは組織と接触させる工程であって、前記少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスポリヌクレオチドに特異的であり、ここで、前記少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンス核酸分子および／またはセンス核酸分子の少なくとも約５つの連続する核酸の相補的配列に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボあるいはインビトロで、哺乳動物の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
４５．前記オリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンス核酸分子および／またはセンス核酸分子に相補的である少なくとも約５つの連続する核酸の配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態４４に記載の方法。
４６．少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列を含む、実施形態４４または実施形態４５に記載の方法。
４７．少なくとも１つのｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドは、配列番号１－４４１２から選択される配列に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態４４または実施形態４５に記載の方法。
４８．インビボあるいはインビトロで、哺乳動物の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）遺伝子の機能および／または発現を調節する方法であって、上記方法は、約５～３０ヌクレオチド長の少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、前記細胞もしくは組織と接触させる工程であって、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのセンス鎖および／または天然のアンチセンス鎖の非コード配列および／またはコード配列に特異的であり、ここで、前記少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１０８５の１～２２２４として記載される少なくとも１つの核酸配列あるいはその補体に対して少なくとも５０％の配列同一性を有し、それによって、インビボあるいはインビトロで、哺乳動物の細胞もしくは組織中のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の機能および／または発現を調節する、工程を含む、方法。
４９．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４から選択される配列を含む、実施形態４８に記載の方法。
５０．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号４４１３－１１０８４に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％同一の配列を含む、実施形態４８に記載の方法。
５１．少なくとも１つの修飾された糖部分、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド、およびそれらの組合せから選択される少なくとも１つの修飾を含む、修飾された合成オリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドは、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズしない対照オリゴヌクレオチドと比較して、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドにハイブリダイズし、ならびにその機能および／または発現を調節するアンチセンス化合物である、修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５２．少なくとも１つの修飾は、ホスホロチオエート、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホラミデート、カルバメート、カーボネート、ホスフェートトリエステル（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｔｒｉｅｓｔｅｒ）、カルボキシメチルエステル、およびそれらの組合せからなる群から選択されるヌクレオチド間結合を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５３．少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、実施形態５２に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５４．ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のバックボーンを含む、実施形態５２に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５５．ペプチド核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびにそれらのアナログ、誘導体、および組合せから選択される少なくとも１つの修飾されたヌクレオチドを含む、実施形態５２に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５６．ホスホロチオエート、アルキルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホラミデート、カルバメート、カーボネート、ホスフェートトリエステル、カルボキシメチルエステル、およびそれらの組合せから選択される修飾されたヌクレオチドを含む複数の修飾を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５７．ペプチド核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびにそれらのアナログ、誘導体、および組合せから選択される修飾されたヌクレオチドを含む複数の修飾を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５８．２’－Ｏ－メトキシエチルで修飾された糖部分、２’－メトキシで修飾された糖部分、２－Ｏ－アルキルで修飾された糖部分、二環式糖部分、およびそれらの組合せから選択される少なくとも１つの修飾された糖部分を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
５９．２’－Ｏ－メトキシエチルで修飾された糖部分、２－メトキシで修飾された糖部分、２’－Ｏ－アルキルで修飾された糖部分、二環式糖部分、およびそれらの組合せから選択される修飾された糖部分を含む複数の修飾を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６０．長さが少なくとも約５～３０のヌクレオチドであり、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖にハイブリダイズし、ならびにアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンスのコーディングおよび／またはノンコーディング核酸配列の少なくとも約５つの連続核酸の相補的配列に対して少なくとも約２０％の配列同一性を有している、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６１．アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドのアンチセンスおよび／またはセンスのコーディングおよび／またはノンコーディング核酸配列の少なくとも約５つの連続核酸の相補的配列に対して少なくとも約８０％の配列同一性を有している、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６２．対照オリゴヌクレオチドと比較して、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドにハイブリダイズし、かつその発現および／または機能を調節する、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６３．配列番号１１０８７として記述される配列を含む、実施形態５１に記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６４．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドが配列番号４４１３～１１０８４を含む、実施形態５１から６３のいずれか１つに記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６５．少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、配列番号４４１３～１１０８４に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、または９５％同一の配列を含む、実施形態５１から６３のいずれか１つに記載の修飾された合成オリゴヌクレオチド。
６６．１つ以上のアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに特異的な１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記１つ以上のオリゴヌクレオチドが、ＡＮＧＰＴＬ７ポリヌクレオチドのアンチセンス配列、相補的配列、アレル、ホモログ、アイソフォーム、変異体、誘導体、突然変異体、またはフラグメント、あるいはこれらの組合せを含む、組成物。
６７．前記１つ以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１１０８７として記述されるヌクレオチド配列と比較して少なくとも約４０％の配列同一性を有している、実施形態６６に記載の組成物。
６８．前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１１０８７として記述されるヌクレオチド配列を含む、実施形態６６または６７に記載の組成物。
６９．前記１つ以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１～４４１２から選択される配列を含む、実施形態６６に記載の組成物。
７０．前記１つ以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態６６に記載の組成物。
７１．前記１つ以上のオリゴヌクレオチドが１つ以上の修飾または置換を含む、実施形態６６から７０のいずれか１つに記載の組成物。
７２．前記１つ以上の修飾は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ペプチド核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）分子、およびこれらの組合せから選択される、実施形態７１に記載の組成物。
７３．少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはそのコードされた少なくとも１つの生成物に関連する疾患を予防あるいは処置する方法であって、該方法は、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然アンチセンス配列に結合し、かつ前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの発現を調節する少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、治療上有効な用量で必要とする対象に投与する工程であって、これにより、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはそのコードされた少なくとも１つの生成物に関連する疾患を予防あるいは処置する工程を含む方法。
７４．少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはそのコードされた少なくとも１つの生成物に関連する疾患を予防あるいは処置する方法であって、該方法は、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの天然センス配列に結合し、かつ前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドの発現を調節する少なくとも１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドを、治療上有効な用量で必要とする対象に投与する工程であって、これにより、前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドおよび／またはそのコードされた少なくとも１つの生成物に関連する疾患を予防あるいは処置する工程を含む方法。
７５．前記少なくとも１つのアンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）ポリヌクレオチドに関連する疾患は、ＡＮＧＰＴＬ７の異常な機能および／または発現に関連する疾患または障害、視神経損傷に関連する疾患または障害、眼内圧に関連する疾患または障害、退行性網膜疾患または障害、炎症性眼疾患または障害、アレルギー性眼疾患または障害、関節の変性または炎症に関連する疾患または障害、異常な脂質代謝に関連する疾患または障害、癌、アルツハイマー病、痴呆症、脳卒中、および脳虚血から選択される、実施形態７３または７４に記載の方法。
７６．前記視神経損傷に関連する疾患または障害は、原発性開放隅角緑内障、原発性閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、剥離性緑内障、若年性緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体性緑内障、眼内出血に付随する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬剤性緑内障、毒性緑内障、絶対緑内障、高眼圧症、またはこれらの組合せを含む、実施形態７５に記載の方法。
７７．前記関節の変性または炎症に関連する疾患または障害は、変形性関節症、骨関節炎、またはこれらの組合せを含む、実施形態７５に記載の方法。
７８．前記癌は、肺癌、類表皮癌、乳癌、またはこれらの組合せから選択される、実施形態７５に記載の方法。
７９．ｉｎ ｖｉｖｏでの投与のために少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを同定および選択する方法であって、ＡＮＧＰＴＬ７に対して相補的、またはＡＮＧＰＴＬ７に対しアンチセンスであるポリヌクレオチドに対して相補的である少なくとも５つの連続ヌクレオチドを含む少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを同定する工程と、厳密なハイブリダイゼーション条件下で、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびＡＮＧＰＴＬ７またはＡＮＧＰＴＬ７に対しアンチセンスであるポリヌクレオチドのハイブリッドの熱融点を測定する工程と、得られた情報に基づきｉｎ ｖｉｖｏ投与のために少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを選択する工程とを含む方法。
８０．ＡＮＧＰＴＬ７により媒介される疾患または疾病を処置する方法であって、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含むオリゴヌクレオチドを、必要とする対象に投与する工程を含む方法。
８１．前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～４４１２から選択される配列を含む、実施形態８０に記載の方法。
８２．標的はＡＮＧＰＴＬ７である、実施形態８０または８１に記載の方法。
８３．前記疾患または疾病は、緑内障（原発性開放隅角緑内障、原発性閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、剥離性緑内障、若年性緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体性緑内障、眼内出血に付随する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬剤性緑内障、毒性緑内障、および絶対緑内障を含む）、高眼圧症、視神経症、またはこれらの組合せを含む、実施形態８０から８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．前記オリゴヌクレオチドがｄｓＲＮＡを含む、実施形態８０から８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態８４に記載の方法。
８６．前記オリゴヌクレオチドが、配列番号４４１３～１１０８４と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態８０から８３のいずれか１つに記載の方法。
８７．必要とする対象における１つ以上の眼障害を処置する方法であって、該対象のＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する工程を含み、前記１つ以上の眼障害は、緑内障または高眼圧症を含む、方法。
８８．前記ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集は、ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を前記対象に投与することを含む、実施形態８７に記載の方法。
８９．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を標的とする、実施形態８８に記載の方法。
９０．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、機能突然変異の損失に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する、実施形態８８に記載の方法。
９１．前記機能突然変異の損失が未成熟終止突然変異を含む、実施形態９０に記載の方法。
９２．前記未成熟終止突然変異が、ヒトタンパク質配列のナンバリングに従いアミノ酸位置１７７に生じる、実施形態９１に記載の方法。
９３．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する、実施形態８８に記載の方法。
９４．前記ミスセンス突然変異が、グルタミン－ヒスチジン突然変異を含む、実施形態９３に記載の方法。
９５．前記グルタミン－ヒスチジン突然変異が、ヒトタンパク質配列のナンバリングに従いアミノ酸位置１７５に生じる、実施形態９４に記載の方法。
９６．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、前記対象に全身送達される、実施形態８８に記載の方法。
９７．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、前記対象に局所送達される、実施形態８８に記載の方法。
９８．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、前記対象の眼に局所送達される、実施形態８８に記載の方法。
９９．前記ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集が、前記１つ以上の眼障害を処置するのに有効である、実施形態８８に記載の方法。
１００．前記１つ以上の眼障害が緑内障である、実施形態９９に記載の方法。
１０１．前記対象は高眼圧症を有している、実施形態９９に記載の方法。
１０２．前記対象の高眼圧症からの画像化は、視神経損傷を実証する、実施形態１０１に記載の方法。
１０３．前記対象は、局所眼用プロスタグランジンアナログ、β－アドレナリン遮断薬、アルファ受容体アゴニスト、および炭酸脱水酵素阻害薬で構成される、前記１つ以上の眼障害に対する第一選択処置を受けている、実施形態８７に記載の方法。
１０４．前記ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集が、前記対象におけるＡＮＧＰＴＬ７の遺伝子産物の産生の減少または調節を引き起こす、実施形態８７に記載の方法。
１０５．前記ＡＮＧＰＴＬ７遺伝子の編集が、対象の眼内圧の低下を引き起こす、実施形態８７に記載の方法。
１０６．緑内障または高眼圧症を処置するのに有効なＡＮＧＰＴＬ７を標的とするＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９を含む組成物。
１０７．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、機能突然変異の損失に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する、実施形態１０６に記載の組成物。
１０８．前記機能突然変異の損失が未成熟終止突然変異を含む、実施形態１０７に記載の組成物。
１０９．前記未成熟終止突然変異が、ヒトタンパク質配列のナンバリングに従いアミノ酸位置１７７に生じる、実施形態１０８に記載の組成物。
１１０．前記ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９が、ミスセンス突然変異に対してＡＮＧＰＴＬ７遺伝子を編集する、実施形態１０６に記載の組成物。
１１１．前記ミスセンス突然変異が、グルタミン－ヒスチジン突然変異を含む、実施形態１１０に記載の組成物。
１１２．前記グルタミン－ヒスチジン突然変異が、ヒトタンパク質配列のナンバリングに従いアミノ酸位置１７５に生じる、実施形態１１１に記載の組成物。
１１３．センス鎖およびアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡ分子であって、配列番号１１０８６を標的とし、患者の眼に有効量で導入したときに眼内圧を低下させるｓｉＲＮＡ分子と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
１１４．前記ｓｉＲＮＡ分子が、患者の目における処置前の眼内圧値と比較して眼内圧を少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％低下させる、実施形態１１３に記載の医薬組成物。
１１５．眼への局所投与のために製剤化される、実施形態１１３に記載の医薬組成物。
１１６．前記ｓｉＲＮＡの長さが、１７～３０のヌクレオチド対である、実施形態１１３から１１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１１７．前記センス鎖と前記アンチセンス鎖がそれぞれ、１７～３０のヌクレオチドを有している、実施形態１１３から１１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１１８．前記センス鎖と前記アンチセンス鎖がそれぞれ、２１のヌクレオチドを有している、実施形態１１３から１１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１１９．前記センス鎖が、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１３から１１７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２０．前記アンチセンス鎖が、前記センス鎖の逆補体に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態１１３から１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２１．前記アンチセンス鎖が、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態１１３から１１９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２２．前記センス鎖の配列が配列番号１１０８９を含み、前記アンチセンス鎖の配列が配列番号１１０９０を含む、実施形態１１３から１１６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２３．修飾されたヌクレオシド間結合を含む、実施形態１１３から１２１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２４．前記修飾されたヌクレオシド間結合が、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホラミデート、カルバメート、カーボネート、ホスフェートトリエステル、アセトアミデート、またはカルボキシメチルエステル、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態１２３に記載の医薬組成物。
１２５．前記修飾されたヌクレオシド間結合が、１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２４に記載の医薬組成物。
１２６．前記１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２のホスホロチオエート結合である、実施形態１２５に記載の医薬組成物。
１２７．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２５に記載の医薬組成物。
１２８．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のホスホロチオエート結合である、実施形態１２７に記載の医薬組成物。
１２９．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、または５のホスホロチオエート結合である、実施形態１２８に記載の医薬組成物。
１３０．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約４のホスホロチオエート結合である、実施形態１２９に記載の医薬組成物。
１３１．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１のヌクレオシドと第２のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２７から１３０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３２．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２のヌクレオシドと第３のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２７から１３１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３３．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１９のヌクレオシドと第２０のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２７から１３２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３４．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２０のヌクレオシドと第２１のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１２７から１３３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３５．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態に記載の医薬組成物。
１３６．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のホスホロチオエート結合である、実施形態１３５に記載の医薬組成物。
１３７．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、または５のホスホロチオエート結合である、実施形態１３６に記載の医薬組成物。
１３８．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約４のホスホロチオエート結合である、実施形態１３７に記載の医薬組成物。
１３９．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドと第２のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１３５から１３８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４０．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドと第３のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１３５から１３９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４１．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１９のヌクレオシドと第２０のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１３５から１４０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４２．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２０のヌクレオシドと第２１のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態１３５から１４１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４３．修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１１３から１４２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４４．前記修飾されたヌクレオシドが、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＬＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ、または２’－デオキシ、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態１４３に記載の医薬組成物。
１４５．前記修飾されたヌクレオシドが、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシフルオロヌクレオシド、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏアミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシド、または２’－ａｒａ－Ｆ、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態１４４に記載の医薬組成物。
１４６．前記修飾されたヌクレオシドが、１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４４に記載の医薬組成物。
１４７．前記１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４６に記載の医薬組成物。
１４８．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４６に記載の医薬組成物。
１４９．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４８に記載の医薬組成物。
１５０．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４９に記載の医薬組成物。
１５１．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約４の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４９に記載の医薬組成物。
１５２．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約３の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４９に記載の医薬組成物。
１５３．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５４．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５５．前記センス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５６．前記センス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５７．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５８．前記センス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５９．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６０．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６１．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１６０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６２．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１６１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６３．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１６２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６４．前記センス鎖の第５、第７、および第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１６３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６５．パターンｆＮ－Ｚ１－ｆＮ－Ｚ２－ｆＮを含み、ここで、ｆＮは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ１およびＺ２は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１４８から１６４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６６．前記ｆＮ－Ｚ１－ｆＮ－Ｚ２－ｆＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の５～９のヌクレオシドに相当する、実施形態１６５に記載の医薬組成物。
１６７．前記センス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４８から１６６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１６８．少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１６７に記載の医薬組成物。
１６９．少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１６８に記載の医薬組成物。
１７０．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４５から１６９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１７１．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７０に記載の医薬組成物。
１７２．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約８の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
１７３．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約６の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
１７４．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約５の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
１７５．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約４の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７１に記載の医薬組成物。
１７６．前記アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１７５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１７７．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１７６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１７８．前記アンチセンス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１７７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１７９．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１７８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８０．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１７９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８１．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８２．前記アンチセンス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８３．前記アンチセンス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８４．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８５．前記アンチセンス鎖の第２および第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８６．前記アンチセンス鎖の第２、第６、第１４、および第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１７０から１８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８７．パターンＺ３－ｆＮ－Ｚ４－ｆＮを含み、ここで、ｆＮは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ３およびＺ４は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１７０から１８６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１８８．前記Ｚ３－ｆＮ－Ｚ４－ｆＮが、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の１３～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態１８７に記載の医薬組成物。
１８９．前記修飾されたヌクレオシドが、２’Ｏ－アルキルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１４３から１８８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１９０．前記２’－Ｏ－アルキルで修飾されたヌクレオシドは、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１８９に記載の医薬組成物。
１９１．前記１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９０に記載の医薬組成物。
１９２．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１８９から１９１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１９３．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２に記載の医薬組成物。
１９４．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１０の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９３に記載の医薬組成物。
１９５．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１７の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９３に記載の医薬組成物。
１９６．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１８の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９３に記載の医薬組成物。
１９７．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から１９６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１９８．前記センス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から１９７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１９９．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から１９８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２００．前記センス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から１９９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０１．前記センス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２００のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０２．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０３．前記センス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０４．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０５．前記センス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０６．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０７．前記センス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０８．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２０９．前記センス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１０．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２０９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１１．前記センス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２１０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１２．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２１１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１３．前記センス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２１２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１４．前記センス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２１３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１５．前記センス鎖の第２、第４、第６、第１０、第１２、第１４、第１６、第１８、第２０、および第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２１４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１６．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６を含み、ここで、ｍＮは２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ５およびＺ６は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２から２１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２１７．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の４～７のヌクレオシドに相当する、実施形態２１６に記載の医薬組成物。
２１８．Ｚ５が、２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２１６または２１７に記載の医薬組成物。
２１９．Ｚ５が、２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２１６または２１７に記載の医薬組成物。
２２０．Ｚ６が、２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２１６から２１９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２２１．Ｚ６が、２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２１６から２１９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２２２．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮを含み、ここで、ｍＮは２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ５およびＺ６は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２から２２１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２２３．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の２～６のヌクレオシドに相当する、実施形態２２２に記載の医薬組成物。
２２４．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１４のヌクレオシドに相当する、実施形態２２２に記載の医薬組成物。
２２５．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態２２２に記載の医薬組成物。
２２６．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１４～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態２２２に記載の医薬組成物。
２２７．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１６～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態２２２に記載の医薬組成物。
２２８．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮを含み、ここでＺ７は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２から２２７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２２９．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態２２８に記載の医薬組成物。
２３０．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態２２８に記載の医薬組成物。
２３１．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１４～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態２２８に記載の医薬組成物。
２３２．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮを含み、ここでＺ８は２’Ｏメチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２から２３１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２３３．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態２３２に記載の医薬組成物。
２３４．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態２３２に記載の医薬組成物。
２３５．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮ－Ｚ９－ｍＮを含み、ここでＺ９は２’Ｏメチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態１９２から２３４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２３６．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮ－Ｚ９－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態２３５に記載の医薬組成物。
２３７．前記センス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１９２から２３６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２３８．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２３９．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４０．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４１．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４２．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４３．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、８つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４４．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、９つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４５．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１０の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４６．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１１の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４７．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１２の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２３７に記載の医薬組成物。
２４８．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１８９から２４７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２４９．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２４８に記載の医薬組成物。
２５０．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１３の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２４９に記載の医薬組成物。
２５１．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１５の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２４９に記載の医薬組成物。
２５２．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１７の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２４９に記載の医薬組成物。
２５３．前記アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５４．前記アンチセンス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５５．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５６．前記アンチセンス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５７．前記アンチセンス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５８．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２５９．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６０．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６１．前記アンチセンス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６２．前記アンチセンス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６３．前記アンチセンス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６４．前記アンチセンス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６５．前記アンチセンス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６６．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６７．前記アンチセンス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６８．前記アンチセンス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２６９．前記アンチセンス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２７０．前記アンチセンス鎖の第１、第３、第５、第７、第１１、第１２、第１３、第１５、第１７、第１９、第２０、および第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２６９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２７１．前記アンチセンス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２４９から２７０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２７２．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２７１に記載の医薬組成物。
２７３．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２７１に記載の医薬組成物。
２７４．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２７１に記載の医薬組成物。
２７５．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２７１に記載の医薬組成物。
２７６．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態２７１に記載の医薬組成物。
２７７．前記アンチセンス鎖が、少なくとも２つの連続する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む第１の配列と、少なくとも２つの連続する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む第２の鎖とを含む、実施形態２４８から２７６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２７８．前記第１の配列が、少なくとも３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、少なくとも３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２７９．前記第１の配列が、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８０．前記第１の配列が、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８１．前記第１の配列が、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８２．前記第１の配列が、少なくとも４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８３．前記第１の配列が、少なくとも５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８４．前記第１の配列が、少なくとも６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８５．前記第１の配列が、少なくとも７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２７７に記載の医薬組成物。
２８６．前記第２の配列が、少なくとも４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２８２から２８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２８７．前記第２の配列が、少なくとも５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２８２から２８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２８８．前記第２の配列が、少なくとも６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２８２から２８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２８９．前記第２の配列が、少なくとも７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態２８２から２８５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９０．前記センス鎖がリボースを含む、実施形態１１３から２８９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９１．前記センス鎖が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のリボースを含む、実施形態２９０に記載の医薬組成物。
２９２．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０または２９１に記載の医薬組成物。
２９３．前記センス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９４．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９５．前記センス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９６．前記センス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９７．前記センス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９８．前記センス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
２９９．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３００．前記センス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から２９９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０１．前記センス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３００のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０２．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０３．前記センス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０４．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０５．前記センス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０６．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０７．前記センス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０８．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３０９．前記センス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１０．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３０９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１１．前記センス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３１０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１２．前記センス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３１１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１３．前記アンチセンス鎖がリボースを含む、実施形態１１３から３１２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１４．前記アンチセンス鎖が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のリボースを含む、実施形態３１３に記載の医薬組成物。
３１５．前記アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３または３１４に記載の医薬組成物。
３１６．前記アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３１５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１７．前記アンチセンス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３１６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１８．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３１７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３１９．前記アンチセンス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２０．前記アンチセンス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３１９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２１．前記アンチセンス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２２．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２３．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２４．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態２９０から３２３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２５．前記アンチセンス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２６．前記アンチセンス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２７．前記アンチセンス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２８．前記アンチセンス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３２９．前記アンチセンス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３０．前記アンチセンス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３２９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３１．前記アンチセンス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３３０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３２．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３３１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３３．前記アンチセンス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３３２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３４．前記アンチセンス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３３３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３５．前記アンチセンス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態３１３から３３４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３６．３’または５’いずれかの終端に結合された脂質をさらに含む、実施形態１１３から３３５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３７．前記脂質が、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル（ｌｉｔｈｏｃｈｏｌｏｙｌ）、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミスリチル、パルミチルステアリル、α－トコフェロール、またはこれらの組合せを含む、実施形態３３６に記載の医薬組成物。
３３８．前記脂質が、センス鎖上に第１の脂質と、アンチセンス鎖上に第２の脂質とを含む、実施形態３３６から３３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３３９．前記脂質がセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態３３６から３３８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３４０．前記脂質が、センス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態３３９に記載の医薬組成物。
３４１．前記脂質が、センス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態３３９に記載の医薬組成物。
３４２．前記脂質がアンチセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態３３６から３４１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３４３．前記脂質が、アンチセンス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態３４２に記載の医薬組成物。
３４４．前記脂質が、アンチセンス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態３４２に記載の医薬組成物。
３４５．前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、二本鎖ＲＮＡ二重鎖を形成する、実施形態１１３から３４４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３４６．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約１４～約３０のヌクレオシドを含む、実施形態３４５に記載の医薬組成物。
３４７．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約１７～約３０のヌクレオシドを含む、実施形態３４６に記載の医薬組成物。
３４８．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約２１のヌクレオシドを含む、実施形態３４７に記載の医薬組成物。
３４９．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、少なくとも１つの塩基対を含む、実施形態３４５から３４８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５０．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖の第１の塩基対が、ＡＵ塩基対である、実施形態３４９に記載の医薬組成物。
３５１．前記センス鎖が、パターン１Ｓ：５’ ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８１）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５２．前記センス鎖が、パターン２Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８２）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５３．前記センス鎖が、パターン３Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８３）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５４．前記センス鎖が、パターン４Ｓ：５’ ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－Ｎ－Ｌｉｐｉｄ ３’（配列番号１１３８４）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートであり、Ｎは１つ以上のヌクレオシドを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５５．前記１つ以上のヌクレオシドが３つのヌクレオシドである、実施形態３５４に記載の医薬組成物。
３５６．前記１つ以上のヌクレオシドの各々が、独立してリボースまたはデオキシリボースを含む、実施形態３５４または３５５に記載の医薬組成物。
３５７．前記センス鎖が、パターン５Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－Ｎ－Ｌｉｐｉｄ ３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートであり、Ｎは１つ以上のヌクレオシドを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３５８．前記１つ以上のヌクレオシドが３つのヌクレオシドである、実施形態３５７に記載の医薬組成物。
３５９．前記１つ以上のヌクレオシドの各々が、独立してリボースまたはデオキシリボースを含む、実施形態３５７または３５８に記載の医薬組成物。
３６０．前記アンチセンス鎖が、パターン１ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８６）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６１．前記アンチセンス鎖が、パターン２ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８７）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６２．前記アンチセンス鎖が、パターン３ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８８）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６３．前記アンチセンス鎖が、パターン４ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態１１３から３５９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６４．前記センス鎖がパターン１Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン１ＡＳを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６５．前記センス鎖がパターン２Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン２ＡＳを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６６．前記センス鎖がパターン３Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン３ＡＳを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６７．前記センス鎖がパターン４Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン４ＡＳを含む、実施形態１１３から３５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３６８．眼疾患または障害を処置する方法であって、必要とする患者の眼に、ＡＮＧＰＴＬ７をコードするｍＲＮＡの一部を標的とする低分子干渉核酸分子（ｓｉＲＮＡ）を投与する工程を含み、ここで、ｓｉＲＮＡは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸領域を含み、前記ｓｉＲＮＡの二本鎖核酸領域と、ｓｉＲＮＡにより標的とされるＡＮＧＰＴＬ７をコードするｍＲＮＡの一部との間には９０％超の配列同一性または９０％超の配列相補性が存在する、方法。
３６９．前記眼疾患または障害は、眼内圧の上昇を特徴とする、実施形態３６８に記載の方法。
３７０．前記ｓｉＲＮＡが、前記患者の眼のＩＯＰを低下させるのに有効な量で患者の眼に投与される、実施形態３６８または３６９に記載の方法。
３７１．前記ｓｉＲＮＡ分子が、患者の目における処置前の眼内圧値と比較して眼内圧を少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％低下させる、実施形態３７０に記載の医薬組成物。
３７２．前記ｓｉＲＮＡが、眼への局所投与のために製剤化される、実施形態３６８から３７１のいずれか１つに記載の方法。
３７３．前記眼疾患又は障害が緑内障を含む、実施形態３６８から３７２のいずれか１つに記載の方法。
３７４．前記緑内障が、原発性開放隅角緑内障、原発性閉塞隅角緑内障、正常眼圧緑内障、色素性緑内障、剥離性緑内障、若年性緑内障、先天性緑内障、炎症性緑内障、水晶体性緑内障、眼内出血に付随する緑内障、外傷性緑内障、血管新生緑内障、薬剤性緑内障、毒性緑内障、および絶対緑内障を含む視神経損傷からなる群から選択される、実施形態３７３に記載の方法。
３７５．前記眼疾患または障害が、視神経損傷に関連する疾患または障害、眼内圧に関連する疾患または障害、退行性網膜疾患または障害、炎症性眼疾患または障害、アレルギー性眼疾患または障害からなる群から選択される、実施形態３７４に記載の方法。
３７６．前記ｓｉＲＮＡの長さが、１７～３０のヌクレオチド対である、実施形態３６８から３７５のいずれか１つに記載の方法。
３７７．前記センス鎖と前記アンチセンス鎖がそれぞれ、１７～３０のヌクレオチドを有している、実施形態３６８から３７６のいずれか１つに記載の方法。
３７８．前記センス鎖が、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態３６８から３７７のいずれか１つに記載の方法。
３７９．前記アンチセンス鎖が、前記センス鎖の逆補体に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一の配列を含む、実施形態３６８から３７８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３８０．前記アンチセンス鎖が、配列番号１～４４１２から選択される配列に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％同一である配列を含む、実施形態３６８から３７９のいずれか１つに記載の方法。
３８１．前記センス鎖の配列が配列番号１１０８９を含み、前記アンチセンス鎖の配列が配列番号１１０９０を含む、実施形態３６８から３８０のいずれか１つに記載の方法。
３８２．修飾されたヌクレオシド間結合を含む、実施形態３６８から３８１のいずれか１つに記載の方法。
３８３．前記修飾されたヌクレオシド間結合が、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホラミデート、カルバメート、カーボネート、ホスフェートトリエステル、アセトアミデート、またはカルボキシメチルエステル、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態３８２に記載の方法。
３８４．前記修飾されたヌクレオシド間結合が、１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８３に記載の方法。
３８５．前記１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２のホスホロチオエート結合である、実施形態３８４に記載の方法。
３８６．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８４または３８５に記載の方法。
３８７．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のホスホロチオエート結合である、実施形態３８６に記載の方法。
３８８．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、または５のホスホロチオエート結合である、実施形態３８７に記載の方法。
３８９．前記センス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約４のホスホロチオエート結合である、実施形態３８８に記載の方法。
３９０．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１のヌクレオシドと第２のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８２から３８９のいずれか１つに記載の方法。
３９１．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２のヌクレオシドと第３のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８２から３９０のいずれか１つに記載の方法。
３９２．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１９のヌクレオシドと第２０のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８２から３９１のいずれか１つに記載の方法。
３９３．前記センス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２０のヌクレオシドと第２１のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８２から３９２のいずれか１つに記載の方法。
３９４．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が１つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態３８４から３９３のいずれか１つに記載の方法。
３９５．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のホスホロチオエート結合である、実施形態３９４に記載の方法。
３９６．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約１、２、３、４、または５のホスホロチオエート結合である、実施形態３９５に記載の方法。
３９７．前記アンチセンス鎖の１つ以上のホスホロチオエート結合が、約４のホスホロチオエート結合である、実施形態３９６に記載の方法。
３９８．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドと第２のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３９４から３９７のいずれか１つに記載の方法。
３９９．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドと第３のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３９４から３９８のいずれか１つに記載の方法。
４００．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第１９のヌクレオシドと第２０のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３９４から３９９のいずれか１つに記載の方法。
４０１．前記アンチセンス鎖が、５’～３’の方向で、センス鎖の第２０のヌクレオシドと第２１のヌクレオシドとの間にホスホロチオエート結合を含む、実施形態３９４から４００のいずれか１つに記載の方法。
４０２．修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態３６８から４０１のいずれか１つに記載の方法。
４０３．前記修飾されたヌクレオシドが、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＬＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ、または２’－デオキシ、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態４０２に記載の方法。
４０４．前記修飾されたヌクレオシドが、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシフルオロヌクレオシド、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏアミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシド、または２’－ａｒａ－Ｆ、あるいはこれらの組合せを含む、実施形態４０３に記載の方法。
４０５．前記修飾されたヌクレオシドが、１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０３に記載の方法。
４０６．前記１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０５に記載の方法。
４０７．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が、１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０６に記載の方法。
４０８．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０７に記載の方法。
４０９．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０８に記載の方法。
４１０．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約４の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０８に記載の方法。
４１１．前記センス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約３の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０８に記載の方法。
４１２．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１１のいずれか１つに記載の方法。
４１３．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１２のいずれか１つに記載の方法。
４１４．前記センス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１３のいずれか１つに記載の方法。
４１５．前記センス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１４のいずれか１つに記載の方法。
４１６．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１５のいずれか１つに記載の方法。
４１７．前記センス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１６のいずれか１つに記載の方法。
４１８．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１７のいずれか１つに記載の方法。
４１９．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１８のいずれか１つに記載の方法。
４２０．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４１９のいずれか１つに記載の方法。
４２１．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４２０のいずれか１つに記載の方法。
４２２．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４２１のいずれか１つに記載の方法。
４２３．前記センス鎖の第５、第７、および第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４２２のいずれか１つに記載の方法。
４２４．パターンｆＮ－Ｚ１－ｆＮ－Ｚ２－ｆＮを含み、ここで、ｆＮは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ１およびＺ２は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４０７から４２３のいずれか１つに記載の方法。
４２５．前記ｆＮ－Ｚ１－ｆＮ－Ｚ２－ｆＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の５～９のヌクレオシドに相当する、実施形態４２４に記載の方法。
４２６．前記センス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０７から４２５のいずれか１つに記載の方法。
４２７．少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４２６に記載の方法。
４２８．少なくとも２つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４２６に記載の方法。
４２９．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０５から４２８のいずれか１つに記載の方法。
４３０．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４２９に記載の方法。
４３１．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約８の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４３０に記載の方法。
４３２．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約６の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４３０に記載の方法。
４３３．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約５の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４３０に記載の方法。
４３４．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドが、約４の２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４３０に記載の方法。
４３５．前記アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３４のいずれか１つに記載の方法。
４３６．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３５のいずれか１つに記載の方法。
４３７．前記アンチセンス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３６のいずれか１つに記載の方法。
４３８．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３７のいずれか１つに記載の方法。
４３９．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３８のいずれか１つに記載の方法。
４４０．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４３９のいずれか１つに記載の方法。
４４１．前記アンチセンス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４４０のいずれか１つに記載の方法。
４４２．前記アンチセンス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４４１のいずれか１つに記載の方法。
４４３．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４４２のいずれか１つに記載の方法。
４４４．前記アンチセンス鎖の第２および第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４４３のいずれか１つに記載の方法。
４４５．前記アンチセンス鎖の第２、第６、第１４、および第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’フルオロで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４２９から４４４のいずれか１つに記載の方法。
４４６．パターンＺ３－ｆＮ－Ｚ４－ｆＮを含み、ここで、ｆＮは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ３およびＺ４は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４２９から４４５のいずれか１つに記載の方法。
４４７．前記Ｚ３－ｆＮ－Ｚ４－ｆＮが、５’～３’の方向で、アンチセンス鎖の１３～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態４４６に記載の方法。
４４８．前記修飾されたヌクレオシドが、２’Ｏ－アルキルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４０４から４４７のいずれか１つに記載の方法。
４４９．前記２’－Ｏ－アルキルで修飾されたヌクレオシドは、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４８に記載の方法。
４５０．前記１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、または４２の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９に記載の方法。
４５１．前記ｓｉＲＮＡのセンス鎖が、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４８から４５０のいずれか１つに記載の方法。
４５２．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４５１に記載の方法。
４５３．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１０の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４５２に記載の方法。
４５４．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１７の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４５２に記載の方法。
４５５．前記センス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１８の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４５２に記載の方法。
４５６．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４５５のいずれか１つに記載の方法。
４５７．前記センス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４５６のいずれか１つに記載の方法。
４５８．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４５７のいずれか１つに記載の方法。
４５９．前記センス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４５８のいずれか１つに記載の方法。
４６０．前記センス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４５９のいずれか１つに記載の方法。
４６１．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６０のいずれか１つに記載の方法。
４６２．前記センス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６１のいずれか１つに記載の方法。
４６３．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６２のいずれか１つに記載の方法。
４６４．前記センス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６３のいずれか１つに記載の方法。
４６５．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６４のいずれか１つに記載の方法。
４６６．前記センス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６５のいずれか１つに記載の方法。
４６７．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６６のいずれか１つに記載の方法。
４６８．前記センス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６７のいずれか１つに記載の方法。
４６９．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６８のいずれか１つに記載の方法。
４７０．前記センス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４６９のいずれか１つに記載の方法。
４７１．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４７０のいずれか１つに記載の方法。
４７２．前記センス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４７１のいずれか１つに記載の方法。
４７３．前記センス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４７２のいずれか１つに記載の方法。
４７４．前記センス鎖の第２、第４、第６、第１０、第１２、第１４、第１６、第１８、第２０、および第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４７３のいずれか１つに記載の方法。
４７５．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６を含み、ここで、ｍＮは２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ５およびＺ６は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９から４７４のいずれか１つに記載の方法。
４７６．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の４～７のヌクレオシドに相当する、実施形態４７５に記載の方法。
４７７．Ｚ５が、２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４７５または４７６に記載の方法。
４７８．Ｚ５が、２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４７５または４７６に記載の方法。
４７９．Ｚ６が、２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４７５から４７８のいずれか１つに記載の方法。
４８０．Ｚ６が、２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４７５から４７８のいずれか１つに記載の方法。
４８１．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮを含み、ここで、ｍＮは２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、Ｚ５およびＺ６は、独立して２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９から４８０のいずれか１つに記載の方法。
４８２．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の２～６のヌクレオシドに相当する、実施形態４８１に記載の方法。
４８３．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１４のヌクレオシドに相当する、実施形態４８１に記載の方法。
４８４．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態４８１に記載の方法。
４８５．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１４～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態４８１に記載の方法。
４８６．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１６～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態４８１に記載の方法。
４８７．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮを含み、ここでＺ７は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９から４８６のいずれか１つに記載の方法。
４８８．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１６のヌクレオシドに相当する、実施形態４８７に記載の方法。
４８９．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態４８８に記載の方法。
４９０．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１４～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態４８８に記載の方法。
４９１．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮを含み、ここでＺ８は２’Ｏメチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９から４９０のいずれか１つに記載の方法。
４９２．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～１８のヌクレオシドに相当する、実施形態４９１に記載の方法。
４９３．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１２～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態４９１に記載の方法。
４９４．パターンｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮ－Ｚ９－ｍＮを含み、ここでＺ９は２’Ｏメチルで修飾されたヌクレオシドまたは２’フルオロで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４４９から４９３のいずれか１つに記載の方法。
４９５．ｍＮ－Ｚ５－ｍＮ－Ｚ６－ｍＮ－Ｚ７－ｍＮ－Ｚ８－ｍＮ－Ｚ９－ｍＮが、５’～３’の方向で、センス鎖の１０～２０のヌクレオシドに相当する、実施形態４９４に記載の方法。
４９６．前記センス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から４９５のいずれか１つに記載の方法。
４９７．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
４９８．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
４９９．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５００．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０１．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０２．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、８つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０３．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、９つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０４．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１０の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０５．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１１の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０６．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、１２の隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態４９６に記載の方法。
５０７．前記ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖が、１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態４４９から５０６のいずれか１つに記載の方法。
５０８．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５０７に記載の方法。
５０９．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１３の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５０８に記載の方法。
５１０．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１５の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５０８に記載の方法。
５１１．前記アンチセンス鎖の１つ以上の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、約１７の２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５０８に記載の方法。
５１２．前記アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１１のいずれか１つに記載の方法。
５１３．前記アンチセンス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１２のいずれか１つに記載の方法。
５１４．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１３のいずれか１つに記載の方法。
５１５．前記アンチセンス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１４のいずれか１つに記載の方法。
５１６．前記アンチセンス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１５のいずれか１つに記載の方法。
５１７．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１６のいずれか１つに記載の方法。
５１８．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１７のいずれか１つに記載の方法。
５１９．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１８のいずれか１つに記載の方法。
５２０．前記アンチセンス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５１９のいずれか１つに記載の方法。
５２１．前記アンチセンス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２０のいずれか１つに記載の方法。
５２２．前記アンチセンス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２１のいずれか１つに記載の方法。
５２３．前記アンチセンス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２２のいずれか１つに記載の方法。
５２４．前記アンチセンス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２３のいずれか１つに記載の方法。
５２５．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２４のいずれか１つに記載の方法。
５２６．前記アンチセンス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２５のいずれか１つに記載の方法。
５２７．前記アンチセンス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２６のいずれか１つに記載の方法。
５２８．前記アンチセンス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２７のいずれか１つに記載の方法。
５２９．前記アンチセンス鎖の第１、第３、第５、第７、第１１、第１２、第１３、第１５、第１７、第１９、第２０、および第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向に２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２８のいずれか１つに記載の方法。
５３０．前記アンチセンス鎖が、少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５０７から５２９のいずれか１つに記載の方法。
５３１．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５３０に記載の方法。
５３２．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５３０に記載の方法。
５３３．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５３０に記載の方法。
５３４．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５３０に記載の方法。
５３５．少なくとも２つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドが、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドである、実施形態５３０に記載の方法。
５３６．前記アンチセンス鎖が、少なくとも２つの連続する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む第１の配列と、少なくとも２つの連続する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む第２の鎖とを含む、実施形態５０７から５３５のいずれか１つに記載の方法。
５３７．前記第１の配列が、少なくとも３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、少なくとも３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５３８．前記第１の配列が、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、３つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５３９．前記第１の配列が、４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４０．前記第１の配列が、７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含み、前記第２の配列が、５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４１．前記第１の配列が、少なくとも４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４２．前記第１の配列が、少なくとも５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４３．前記第１の配列が、少なくとも６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４４．前記第１の配列が、少なくとも７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５３６に記載の方法。
５４５．前記第２の配列が、少なくとも４つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５４１から５４４のいずれか１つに記載の方法。
５４６．前記第２の配列が、少なくとも５つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５４１から５４４のいずれか１つに記載の方法。
５４７．前記第２の配列が、少なくとも６つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５４１から５４４のいずれか１つに記載の方法。
５４８．前記第２の配列が、少なくとも７つの隣接する２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５１１から５４４のいずれか１つに記載の方法。
５４９．前記センス鎖がリボースを含む、実施形態３６８から５４８のいずれか１つに記載の方法。
５５０．前記センス鎖が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のリボースを含む、実施形態５４９に記載の方法。
５５１．前記センス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９または５５０に記載の方法。
５５２．前記センス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５１のいずれか１つに記載の方法。
５５３．前記センス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５２のいずれか１つに記載の方法。
５５４．前記センス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５３のいずれか１つに記載の方法。
５５５．前記センス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５４のいずれか１つに記載の方法。
５５６．前記センス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５５のいずれか１つに記載の方法。
５５７．前記センス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５６のいずれか１つに記載の方法。
５５８．前記センス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５７のいずれか１つに記載の方法。
５５９．前記センス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５８のいずれか１つに記載の方法。
５６０．前記センス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５５９のいずれか１つに記載の方法。
５６１．前記センス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６０のいずれか１つに記載の方法。
５６２．前記センス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６１のいずれか１つに記載の方法。
５６３．前記センス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６２のいずれか１つに記載の方法。
５６４．前記センス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６３のいずれか１つに記載の方法。
５６５．前記センス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６４のいずれか１つに記載の方法。
５６６．前記センス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６５のいずれか１つに記載の方法。
５６７．前記センス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６６のいずれか１つに記載の方法。
５６８．前記センス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６７のいずれか１つに記載の方法。
５６９．前記センス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６８のいずれか１つに記載の方法。
５７０．前記センス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５６９のいずれか１つに記載の方法。
５７１．前記センス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５４９から５７０のいずれか１つに記載の方法。
５７２．前記アンチセンス鎖がリボースを含む、実施形態３６８から５７１のいずれか１つに記載の方法。
５７３．前記アンチセンス鎖が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１のリボースを含む、実施形態５７２に記載の方法。
５７４．前記アンチセンス鎖の第１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２または５７３に記載の方法。
５７５．前記アンチセンス鎖の第２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７４のいずれか１つに記載の方法。
５７６．前記アンチセンス鎖の第３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７５のいずれか１つに記載の方法。
５７７．前記アンチセンス鎖の第４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７６のいずれか１つに記載の方法。
５７８．前記アンチセンス鎖の第５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７７のいずれか１つに記載の方法。
５７９．前記アンチセンス鎖の第６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７８のいずれか１つに記載の方法。
５８０．前記アンチセンス鎖の第７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５７９のいずれか１つに記載の方法。
５８１．前記アンチセンス鎖の第８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８０のいずれか１つに記載の方法。
５８２．前記アンチセンス鎖の第９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８１のいずれか１つに記載の方法。
５８３．前記アンチセンス鎖の第１０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８２のいずれか１つに記載の方法。
５８４．前記アンチセンス鎖の第１１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８３のいずれか１つに記載の方法。
５８５．前記アンチセンス鎖の第１２のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８４のいずれか１つに記載の方法。
５８６．前記アンチセンス鎖の第１３のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８５のいずれか１つに記載の方法。
５８７．前記アンチセンス鎖の第１４のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８６のいずれか１つに記載の方法。
５８８．前記アンチセンス鎖の第１５のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８７のいずれか１つに記載の方法。
５８９．前記アンチセンス鎖の第１６のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８８のいずれか１つに記載の方法。
５９０．前記アンチセンス鎖の第１７のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５８９のいずれか１つに記載の方法。
５９１．前記アンチセンス鎖の第１８のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５９０のいずれか１つに記載の方法。
５９２．前記アンチセンス鎖の第１９のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５９１のいずれか１つに記載の方法。
５９３．前記アンチセンス鎖の第２０のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５９２のいずれか１つに記載の方法。
５９４．前記アンチセンス鎖の第２１のヌクレオシドが、５’～３’の方向にリボースを含む、実施形態５７２から５９３のいずれか１つに記載の方法。
５９５．３’または５’いずれかの終端に結合された脂質をさらに含む、実施形態３６８から５９４のいずれか１つに記載の方法。
５９６．前記脂質が、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミスリチル、パルミチルステアリル、α－トコフェロール、またはこれらの組合せを含む、実施形態５９５に記載の方法。
５９７．前記脂質が、センス鎖上に第１の脂質と、アンチセンス鎖上に第２の脂質とを含む、実施形態５９５または５９６に記載の方法。
５９８．前記脂質がセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態５９５から５９７のいずれか１つに記載の方法。
５９９．前記脂質が、センス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態５９８に記載の方法。
６００．前記脂質が、センス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態５９８に記載の方法。
６０１．前記脂質がアンチセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態５９５から６００のいずれか１つに記載の方法。
６０２．前記脂質が、アンチセンス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態６０１に記載の方法。
６０３．前記脂質が、アンチセンス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態６０１に記載の方法。
６０４．３’終端および／または５’終端に結合されたアルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）リガンドをさらに含む、実施形態３６８から５９４のいずれか１つに記載の方法。
６０５．３’終端または５’終端のいずれかに結合されたＲＧＤリガンドをさらに含む、実施形態３６８から６０３のいずれか１つに記載の方法。
６０６．前記ＲＧＤリガンドが、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アルキニル）、アミノ安息香酸系ＲＧＤ、またはこれらの組合せを含む、実施形態６０４または６０５に記載の方法。
６０７．前記ＲＧＤリガンドが、２、３、または４つのＲＧＤリガンドで構成される、実施形態６０４または６０５に記載の方法。
６０８．前記ＲＧＤがセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態６０４から６０７のいずれか１つに記載の方法。
６０９．前記ＲＧＤが、センス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態６０８に記載の方法。
６１０．前記ＲＧＤが、センス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態６０８に記載の方法。
６１１．前記ＲＧＤがアンチセンス鎖の上に位置決めされる、実施形態６０４から６０７のいずれか１つに記載の方法。
６１２．前記ＲＧＤリガンドが、アンチセンス鎖の５’末端に位置決めされる、実施形態６１１に記載の方法。
６１３．前記ＲＧＤリガンドが、アンチセンス鎖の３’末端に位置決めされる、実施形態６１１に記載の方法。
６１４．前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、二本鎖ＲＮＡ二重鎖を形成する、実施形態３６８から６１３のいずれか１つに記載の方法。
６１５．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約１４～約３０のヌクレオシドを含む、実施形態６１４に記載の方法。
６１６．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約１７～約３０のヌクレオシドを含む、実施形態６１４に記載の方法。
６１７．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、約２１のヌクレオシドを含む、実施形態６１４に記載の方法。
６１８．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖が、少なくとも１つの塩基対を含む、実施形態６１４から６１７のいずれか１つに記載の方法。
６１９．前記二本鎖ＲＮＡ二重鎖の第１の塩基対が、ＡＵ塩基対である、実施形態６１８に記載の方法。
６２０．前記センス鎖が、パターン１Ｓ：５’ ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８１）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６１４のいずれか１つに記載の方法。
６２１．前記センス鎖が、パターン２Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８２）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６１４のいずれか１つに記載の方法。
６２２．前記センス鎖が、パターン３Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８３）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６１４のいずれか１つに記載の方法。
６２３．前記センス鎖が、パターン４Ｓ：５’ ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－Ｎ－Ｌｉｐｉｄ ３’（配列番号１１３８４）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートであり、Ｎは１つ以上のヌクレオシドを含む、実施形態３６８から６１４のいずれか１つに記載の方法。
６２４．前記１つ以上のヌクレオシドが３つのヌクレオシドである、実施形態６２３に記載の方法。
６２５．前記１つ以上のヌクレオシドの各々が、独立してリボースまたはデオキシリボースを含む、実施形態６２３または６２４に記載の方法。
６２６．前記センス鎖が、パターン５Ｓ：５’ ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ－Ｎ－Ｌｉｐｉｄ ３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートであり、Ｎは１つ以上のヌクレオシドを含む、実施形態３６８から６１９のいずれか１つに記載の方法。
６２７．前記１つ以上のヌクレオシドが３つのヌクレオシドである、実施形態６２６に記載の方法。
６２８．前記１つ以上のヌクレオシドの各々が、独立してリボースまたはデオキシリボースを含む、実施形態６２６または６２７に記載の方法。
６２９．前記アンチセンス鎖が、パターン１ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８６）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６２８のいずれか１つに記載の方法。
６３０．前記アンチセンス鎖が、パターン２ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８７）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６２８のいずれか１つに記載の方法。
６３１．前記アンチセンス鎖が、パターン３ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８８）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６２８のいずれか１つに記載の方法。
６３２．前記アンチセンス鎖が、パターン４ＡＳ：５’ ｍＮ ｓ ｆＮ ｓ ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｆＮ－ｍＮ－ｍＮ－ｍＮ ｓ ｍＮ ｓ ｍＮ ３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで「ｆＮ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシドであり、「ｍＮ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシドであり、「－」はリン酸ジエステルであり、「ｓ」はホスホロチオエートである、実施形態３６８から６２８のいずれか１つに記載の方法。
６３３．前記センス鎖がパターン１Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン１ＡＳを含む、実施形態３６８から６１９のいずれか１つに記載の方法。
６３４．前記センス鎖がパターン２Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン２ＡＳを含む、実施形態３６８から６１９のいずれか１つに記載の方法。
６３５．前記センス鎖がパターン３Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン３ＡＳを含む、実施形態３６８から６１９のいずれか１つに記載の方法。
６３６．前記センス鎖がパターン４Ｓを含み、前記アンチセンス鎖がパターン４ＡＳを含む、実施形態３６８から６１９のいずれか１つに記載の方法。
以下の非限定的な実施例は、選択された実施形態を例示する役割を果たす。示される構成部分の要素における比率と代替物の変形は、当業者に明白であるとともに、本明細書で提供する実施形態の範囲内にあることが理解されよう。
ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質変化変異体（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａｌｔｅｒｉｎｇ Ｖａｒｉａｎｔｓ）とＩＯＰおよび緑内障との関連性
出願人は、非特異的緑内障、原発性開放隅角緑内障（ＰＯＡＧ）、原発性閉塞隅角緑内障（ＰＡＣＧ）、緑内障手術、緑内障薬物使用、および眼内圧（ＩＯＰ）を含む緑内障および緑内障関連表現型との関連性について、ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋからの最大３５０，０００の個体において約３０，０００，０００のインピュート変異体（ｉｍｐｕｔｅｄ ｖａｒｉａｎｔｓ）を評価した（表１を参照）。ＩＯＰ上昇は、緑内障の主要な因果特徴かつ危険因子である。
Figure 2022535717000004
ＡＮＧＰＴＬ７内の稀なミスセンス変異体（ｒｓ２８９９１００９、マイナーアレル頻度～０．００７３）と緑内障および関連形質との間に、関連性を観察した（表２を参照）。この変異体のメジャーアレル（ｃｈｒ１－１１２５３６８４－Ｇ、ｈｇ１９）はグルタミンをコードし、マイナーアレル（ｃｈｒ１－１１２５３６８４－Ｔ、ｈｇ１９）は完全長ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質（Ｇｌｎ１７５Ｈｉｓ、Ｑ１７５Ｈ）のアミノ酸位置１７５にてヒスチジンをコードする。この変異体のマイナーアレルの保因者における緑内障リスクは、非保因者のほぼ半分であった（ｐ＝４ｘ１０＾－５、ＯＲ＝０．６１）。ＩＣＤにより定められたＰＯＡＧ（ｐ＝０．０４、ＯＲ＝０．０．４４）およびＰＡＣＧ（ｐ＝０．０８、ＯＲ＝０．４２）のサブタイプは、同様の保護を示した。緑内障薬物使用（ｐ＝０．０４、ＯＲ＝０．６６）および緑内障手術（ｐ＝０．０３、ＯＲ＝０．５０）のオッズも低下し、ＩＯＰが低下した関連性を観察した（ｐ＝２ｘ１０＾－１３、ベータ＝－０．２１）。
Figure 2022535717000005
次に、ＡＮＧＰＴＬ７におけるすべてのタンパク質変化変異体を利用した遺伝子負担試験を行った。遺伝子負荷試験を使用し、あまりにも稀なため個々に試験を行うことができない機能分類により遺伝子中の稀な変異体を凝集する。アレイ遺伝子型の補完は大幅に改善され、全ゲノムシーケンシング試験で観察したハプロタイプからなる大規模な参照データセットが利用可能となったが、非常に稀な変異体の補完は依然として困難であり、不正確なおそれがある。このため、ＡＮＧＰＴＬ７におけるすべての直接遺伝子型タンパク質変化変異体を用いた負担試験を行い、その結果、Ｑ１７５Ｈミスセンス変異体（ＭＡＦ＝０．００７３、ｒｓ２８９９１００９）、Ｒ１４０Ｈミスセンス変異体（ＭＡＦ＝０．００２４、ｒｓ２８９９１００２）、Ｇ１３６Ｒミスセンス変異体（ＭＡＦ＝０．０００５、ｒｓ２０００５８０７４）、およびＲ１７７Ｔｅｒストップゲイン変異体（ＭＡＦ＝０．０００４、ｒｓ１４３４３５０７２）を含めた。予測したＡＮＧＰＴＬ７タンパク質変化変異体を保因する個体のＩＯＰは、非保因者と比較して大幅に低下した（ｐ＝１．０１Ｅ－１７、ベータ＝－０．２０）（表３）。負荷の結果を、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ変異体により導いた。Ｇ１３６Ｒ変異体はＩＯＰと関連していなかった（表３）。
Figure 2022535717000006
Ｑ１７５ＨおよびＲ１４０Ｈとの保護上の（すなわちＩＯＰ低下）関連性は、予測した機能変異体Ｒ１７７Ｔｅｒの損失と方向的に一致していた。要するに、３つすべての変異体のマイナーアレルは、ＩＯＰの低下と関連していた。推論によれば、これらのデータは、ＡＮＧＰＴＬ７の機能損失（ＬＯＦ）が抗眼圧症および緑内障の発症を防ぐことを示している。したがって、場合により、ＡＮＧＰＴＬ７の治療上の阻害または調節は、これら疾患に対して有効な遺伝的に情報に基づく処置方法の可能性がある。
ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の分泌低下をもたらすＡＮＧＰＴＬ７における保護（すなわちＩＯＰ低下）変異体
野生型、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒタンパク質をコードするｐｒｅ－ｍＲＮＡまたはタンパク質コーディング配列（ＣＤＳ）発現構築物を生成した（図１）。ＡＮＧＰＴＬ７のタンパク質コーディング転写産物（ＥＮＳＴ０００００３７６８１９）のｐｒｅ－ｍＲＮＡまたはＣＤＳを、ＣＭＶプロモータにより誘導されるｐｃＤＮＡ３．１（＋）ベクターへとクローニングした。ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物は、エクソン、イントロン、ならびに５’および３’ＵＴＲを包含し、一方でＣＤＳ構築物はエクソンのみを包含していたことに留意されたい。ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物を利用する目的は、この利用により代替的にスプライシングされた転写物の評価を可能にすることである。空のベクターおよびＧＦＰタグを付けたベクターを対照として使用した。Ｑ１７５Ｈ（ｒｓ２８９９１００９）発現構築物では、Ｔアレルは、ＤＮＡ配列位置ｃｈｒ１：１１２５３６８４（ヒトゲノムビルド３７）においてＧアレルを置換する。これにより、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質にＧｌｎ１７５Ｈｉｓアミノ酸置換を作成する。Ｒ１４０Ｈ（ｒｓ２８９９１００２）発現構築物では、Ａアレルは、ＤＮＡ位置ｃｈｒ１：１１２５２３６９（ヒトゲノムビルド３７）においてＧアレルを置換する。Ｒ１７７Ｔｅｒ（ｒｓ１４３４３５０７２）発現構築物では、Ｔアレルは、ＤＮＡ配列位置ｃｈｒ１：１１２５３６８８（ヒトゲノムビルド３７）においてＣアレルを置換する。これによりＡｒｇ１７７Ｔｅｒ未成熟終止コドンを作製する。
ＧＦＰタグ付およびＡＮＧＰＴＬ７ ＷＴおよびＱ１７５Ｈ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物を使用して、ＨＥＫ２９３細胞のトランスフェクションを最適化した。簡単に説明すると、ＨＥＫ２９３細胞を、９６ウェルプレート中の完全増殖培地に１０，０００細胞／ウェルで蒔き、４８時間増殖させた後、培地を変えた。次いで、細胞を、５０ｎｇまたは１００ｎｇのプラスミドＤＮＡ、および０．１５ｕｌ／ウェルまたは０．３０ｕｌ／ウェルのＴｒａｎｓＩＴ－２０２０あるいは０．２０ｕｌ／ウェルまたは０．４０ｕｌ／ウェルのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ試薬でトランスフェクトした。細胞を６０時間インキュベートし、次いでＧＦＰ蛍光を画像化するか（図１０を参照）、またはＡＮＧＰＴＬ７発現の評価に使用されるＣｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔ試薬およびｑＰＣＲを用いて採取した（図２を参照）。ＧＦＰベクタートランスフェクションでは、ＴｒａｎｓＩＴ－２０２０試薬により高いトランスフェクション効率を認め、ｑＰＣＲアッセイでは、野生型およびＱ１７５Ｈ構築物がともにＡＮＧＰＴＬ７を産生することを認めた。
並行して、ｍＲＮＡおよびタンパク質発現レベルに対するＱ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ ＩＯＰ低下変異体の効果を評価するために、野生型および変異体構築物を一過性にトランスフェクトし、ＨＥＫ２９３細胞に発現させた。空のベクターでトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ発現はごく僅かであったが、プラスミド構築物からの発現は安定しており、野生型細胞と変異体（Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＲ１７７Ｔｅｒ）でトランスフェクトされた細胞との間で同等であった（図４）。
トランスフェクトした細胞からの細胞溶解物および培地を分析し、細胞内および分泌されたＡＮＧＰＴＬ７タンパク質をウェスタンブロットにより評価した（図５）。空のベクターでトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞では、ＡＮＧＰＴＬ７はウェスタンブロットにより検出できなかった。Ｑ１７５Ｈ構築物でトランスフェクトした細胞では、ＡＮＧＰＴＬ７は培地において著しく減少し、細胞溶解物は増加し、このことは分泌障害を示している。野生型と同等のｍＲＮＡレベルにかかわらず、Ｒ１７７Ｔｅｒ構築物をトランスフェクトした細胞からの溶解物または培地にはタンパク質を検出せず、このことは、ナンセンス変異依存分解ではなくタンパク質レベルでの分解を示している。ウェスタンブロットにより、分泌または細胞内タンパク質の存在量の点で、野生型とＲ１４０Ｈとの間に明らかな差はなかった。
量的ＥＬＩＳＡアッセイを使用してウェスタンブロットの結果を検証した（図６）。細胞溶解物中のＱ１７５Ｈタンパク質の存在量は、野生型タンパク質中のものと比較して６．８倍であり、一方で野生型タンパク質の存在量は培地において３．３倍であった。この結果、野生型およびＱ１７５Ｈミスセンスタンパク質を比較したとき、培地中のタンパク質と溶解物との比が大きく歪んでいた（約２２：１の比）（図７）。この差は中程度であったが、Ｒ１４０Ｈタンパク質は、野生型よりも低い分泌比を示した。タンパク質は、Ｒ１７７Ｔｅｒ構築物によりトランスフェクトした細胞に対する培地および細胞溶解物両方の検出のＥＬＩＳＡ下限を下回っており、ウェスタンブロットの結果と一致していた。
ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物ではなくＣＤＳ構築物を用いて同様の実験を行い、その結果は、ウェスタンブロットが示すようにｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物の結果と同等であった（図８）。
このため、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の実験的評価は、ＩＯＰを低下して眼高圧症および緑内障を防ぐと観察されるＡＮＧＰＴＬの遺伝的変異体が、細胞内および／または細胞外ＡＮＧＰＴＬ７の減少をもたらすことを示し、これにより、これら疾患の処置に対するＡＮＧＰＴＬ７の阻害または調節の有用性を認めた。
予測したノンコーディングＡＮＧＰＴＬ７転写産物の検証
ＡＮＧＰＴＬ７は、データベースで注釈付けた２つのＲＮＡ転写物として、基準タンパク質コーディング転写産物（ＥＮＳＴ０００００３７６８１９）およびノンコーディング転写産物（ＥＮＳＴ０００００４７６９３４）を有している（図９）。タンパク質コーディング転写産物は、３４６ａａタンパク質をコードする５つのエクソンで構成されている。ノンコーディング転写産物は、３つのノンコーディングエクソンで構成されており、その１番目はタンパク質コーディング転写産物の第３のエクソン内で開始する。ノンコーディング転写産物は、Ｅｎｓｅｍｂｌデータベースにおけるサポートが弱い、十分に注釈付けされていない転写産物である。注目すべきことに、ｒｓ２８９９１００９（Ｑ１７５Ｈ）変異体は、ノンコーディング転写物の第１のヌクレオチド位置にある。このことは、出願人が発見した分泌障害に加えて、ノンコーディング転写産物の生成においてこの変異体が関与する可能性、および別の起こり得る機構を示し、これにより、Ｑ１７５Ｈミスセンス変異体または他の変異体は機能性タンパク質の損失をもたらす場合がある。
多くのＰＣＲプライマーをデザインし、非量的ＰＣＲアッセイにおいて、野生型およびＱ１７５Ｈ変異体ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物によりトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞から、タンパク質コーディングおよびノンコーディングＡＮＧＰＴＬ７転写産物を検出した。これらｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物は、このような転写物が存在する場合、代替的にスプライシングした転写物の生成を可能にする。簡単に説明すると、ＨＥＫ２９３細胞を野生型５０ｎｇまたはＱ１７５Ｈ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物５０ｎｇによりトランスフェクトした。これらトランスフェクトした細胞からｃＤＮＡを調製し、後に生成物がアガロースゲル上で実行される３２サイクルのＰＣＲ反応において鋳型材料として使用した。様々なＰＣＲプライマーの組合せから予想したアンプリコン長を表４に示す。ＷＴ転写産物と代替的にスプライシングしたＡＮＧＰＴＬ７転写産物の両方を、トランスフェクトしたＨＥＫ－２９３細胞中のＷＴ構築物およびＱ１７５Ｈ ＡＮＧＰＴＬ７ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ構築物の両方から産生した（図１０）。これら転写物の相対的存在量は、このＰＣＲアッセイから求めることができないことに留意されたい。
Figure 2022535717000007
次に、初代小柱網（ＨＴＭ）細胞を、２４ウェルプレート中の完全ＨＴＭ増殖培地において２５，０００細胞／ウェルで蒔き、一晩かけて増殖させた細胞をデキサメタゾンまたはビヒクル（１００％ＥｔＯＨ）で５日間処理し、次いでｃＤＮＡを、Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔキットにより採取し、ＡＮＧＰＴＬ７およびＭＹＯＣに対するプローブを用いてｑＰＣＲにより分析した（図１１）。ＡＮＧＰＴＬ７およびＭＹＯＣの強力な誘導を観察した。次に、デキサメタゾン誘導型ｐＨＴＭ細胞からのｃＤＮＡを、上記で使用したプライマーのサブセットを用いる転写特異的ＰＣＲ反応において鋳型として使用した（表４）。ＰＣＲ生成物は、タンパク質コーディング転写産物がデキサメタゾン誘導型ｐＨＴＭ細胞に存在すること、および、ノンコーディング転写産物形態または代替的にスプライシングした転写産物形態も存在する可能性が高い（しかし検出限界付近にある）ことを、本アッセイを用いて示している（図１２を参照）。
このため、ｐＨＴＭ細胞における天然転写産物の評価のほか、ＨＥＫ２９３細胞においてトランスフェクトしたｐｒｅ－ｍＲＮＡプラスミド構築物から生じる転写産物の評価により、推定ＡＮＧＰＬＴ７ノンコーディング転写産物の存在と一致する代替的にスプライシングしたＡＮＧＰＴＬ７転写産物の存在を認め、疾患リスク調節の起こり得る機構を示している。
ＣＲＩＳＰＲノックインを使用した、ＡＮＧＰＴＬ７におけるタンパク質変化変異体が変更転写産物および／またはタンパク質の存在量を変化させることの判定
不死化ヒト小柱網細胞（ｉＨＴＭ）におけるｒｓ２８９９１００９（Ｑ１７５Ｈ）、ｒｓ２８９９１００２（Ｒ１４０Ｈ）、およびｒｓ１４３４３５０７２（Ｒ１７７Ｔｅｒ）変異体に対し、ＡＮＧＰＴＬ７ ＣＲＩＳＰＲノックインを作製する。ｒｓ２８９９１００９ノックインの作製では、Ｔアレルは、位置ｃｈｒ１：１１２５３６８４（ヒトゲノムビルド３７）においてＧアレルを置換する。これにより、ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質にＧｌｎ１７５Ｈｉｓアミノ酸置換を作成する。ｒｓ２８９９１００２ノックインの作製では、Ａアレルは、位置ｃｈｒ１：１１２５２３６９（ヒトゲノムビルド３７）においてＧアレルを置換する。Ｒｓ２８９９１００９ノックインの作製では、Ｔアレルは、位置ｃｈｒ１：１１２５３６８４（ヒトゲノムビルド３７）においてＧアレルを置換する。これによりＡｒｇ１７７Ｔｅｒ未成熟終止コドンを作製する。
ノックインおよび野生型ｉＨＴＭ細胞を使用し、ＡＮＧＰＴＬ７中のタンパク質変化変異体が、分泌欠陥、またはコーディングおよび／またはノンコーディング転写産物の存在量の変化、またはタンパク質存在量の変化をもたらし、その結果機能性ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の損失が生じたことを実証する。ノックインおよび野生型ｉＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。市販のバイアルに絶対エタノールを添加し、０．１ｍＭの最終濃度を得ることによりＤＥＸ（Ｓｉｇｍａ）ストック溶液を調製し、これを４℃で維持した。０．１μＭのＤＥＸストック溶液をＩＭＥＭ培地中で１０００倍（１００ｎＭの最終濃度）に希釈してから使用した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、細胞をＣｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔ試薬により採取する。
ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７９００ＨＴ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、ｑＰＣＲを行う。ＰＣＲによる増幅は、製造業者のプロトコル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）に従い行う。ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質コーディング（ＥＮＳＴ０００００３７６８１９）およびノンコーディング（ＥＮＳＴ０００００４７６９３４）転写物のプライマーとプローブを使用し、ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＡｒｇ１７７ＴｅｒノックインｉＨＴＭ細胞から生じるタンパク質コーディングおよびノンコーディング転写産物の相対存在量を定量化する。
細胞外マトリクスおよび緑内障関連遺伝子の遺伝子発現も、同じｑＰＣＲシステムを用いて同じ実験から評価する。これら遺伝子は、ミオシリン（ＭＹＯＣ）、Ｉ型およびＶ型コラーゲン（ＣＯＬ１Ａ１およびＣＯＬ５Ａ１）、ベルシカン（ＶＣＡＮ）、ならびにフィブロネクチン（ＦＮ１）を含んでいる。ヒト小柱網細胞が埋め込まれている細胞外マトリクスの組成と品質は、房水流出および緑内障疾患の病理に直接関連する。
さらにノーザンブロットも行い、ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＡｒｇ１７７ＴｅｒノックインｉＨＴＭ細胞から生じるタンパク質コーディングおよびノンコーディング転写産物の相対存在量を定量する。ノックインおよび野生型ｉＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、タンパク質コーディングおよびノンコーディングＡＮＧＰＴＬ７転写産物の両方を捉えるプローブを用いたノーザンブロットのために、総ＲＮＡを抽出する。
さらにウェスタンブロットも行い、ＷＴ、Ｑ１７５Ｈ、Ｒ１４０Ｈ、およびＡｒｇ１７７ＴｅｒノックインｉＨＴＭ細胞から生じるＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の相対存在量を定量する。ノックインおよび野生型ｉＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、細胞をトリプシン化し、ＲＩＰＡ緩衝液を用いて細胞溶解物を調製する。細胞溶解物および細胞培養上清を使用し、ＡＮＧＰＴＬ７抗体（Ａｂｃａｍ）およびＧＡＰＤＨ抗体（Ａｂｃａｍ）を負荷対照として用いたウェスタンブロットを行う。溶解物および上清のウェスタンブロットを使用し、ミスセンス変異体がＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の存在量またはＡＮＧＰＴＬ７タンパク質分泌を調節するかどうかを求める。
遺伝子型が把握されたヒト細胞を使用した、ＡＮＧＰＴＬ７におけるタンパク質変化変異体が変更転写産物および／またはタンパク質の存在量を変化させることの判定
ｒｓ２８９９１００９（Ｑ１７５Ｈ）、ｒｓ２８９９１００２（Ｒ１４０Ｈ）、およびｒｓ１４３４３５０７２（Ｒ１７７Ｔｅｒ）のマイナーアレルのヘテロ接合またはホモ接合保因者と知られるドナーから、ヒトＥＢＶ形質転換リンパ芽球様細胞株（ＬＣＬ）を獲得する。各ドナー由来の細胞のサブセットを、誘導多能性幹細胞へと形質転換し、さらに初代ヒト小柱網細胞（ｐＨＴＭ）に分化させる。
変異体保因者のＬＣＬおよびｐＨＴＭ細胞を非保因者のものと比較し、これを使用して、ＡＮＧＰＴＬ７中のタンパク質変化変異体が、分泌欠陥、またはコーディングおよび／またはノンコーディング転写産物の存在量の変化、またはタンパク質存在量の変化をもたらし、その結果機能性ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の損失が生じたことを実証する。ＬＣＬおよびｐＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。市販のバイアルに絶対エタノールを添加し、０．１ｍＭの最終濃度を得ることによりＤＥＸ（Ｓｉｇｍａ）ストック溶液を調製し、これを４℃で維持した。０．１μＭのＤＥＸストック溶液をＩＭＥＭ培地中で１０００倍（１００ｎＭの最終濃度）に希釈してから使用した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、細胞をＣｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔ試薬により採取する。
ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７９００ＨＴ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、ｑＰＣＲを行う。ＰＣＲによる増幅は、製造業者のプロトコル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）に従い行う。ＡＮＧＰＴＬ７タンパク質コーディング（ＥＮＳＴ０００００３７６８１９）およびノンコーディング（ＥＮＳＴ０００００４７６９３４）転写産物のプライマーおよびプローブを使用して、ドナーから得たＬＣＬおよびｐＨＴＭ細胞中のタンパク質コーディングおよびノンコーディング転写産物の相対存在量を定量する。
細胞外マトリクスおよび緑内障関連遺伝子の遺伝子発現も、同じｑＰＣＲシステムを用いて同じ実験から評価する。これら遺伝子は、ミオシリン（ＭＹＯＣ）、Ｉ型およびＶ型コラーゲン（ＣＯＬ１Ａ１およびＣＯＬ５Ａ１）、ベルシカン（ＶＣＡＮ）、ならびにフィブロネクチン（ＦＮ１）を含んでいる。ヒト小柱網細胞が埋め込まれている細胞外マトリクスの組成と品質は、房水流出および緑内障疾患の病理に直接関連する。
さらにノーザンブロットも行い、ＬＣＬおよびｐＨＴＭドナー由来細胞中のタンパク質コーディングおよびノンコーディング転写産物の相対存在量を定量する。ＬＣＬおよびｐＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、タンパク質コーディングおよびノンコーディングＡＮＧＰＴＬ７転写産物の両方を捉えるプローブを用いたノーザンブロットのために、総ＲＮＡを抽出する。
さらにウェスタンブロットも行い、ＬＣＬおよびｐＨＴＭドナー由来細胞に生じるＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の相対存在量を定量する。ＬＣＬおよびｐＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において十分な増殖を認めるまで連続的に継代する。細胞を２４ウェルプレートに蒔き、未処置のまま放置するか、ＤＥＸにより処置した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。処置の７２時間後、細胞をトリプシン化し、ＲＩＰＡ緩衝液を用いて細胞溶解物を調製する。細胞溶解物および細胞培養上清を使用し、ＡＮＧＰＴＬ７抗体（Ａｂｃａｍ）およびＧＡＰＤＨ抗体（Ａｂｃａｍ）を負荷対照として用いたウェスタンブロットを行う。溶解物および上清のウェスタンブロットを使用し、ミスセンス変異体がＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の存在量またはＡＮＧＰＴＬ７タンパク質分泌を調節するかどうかを求める。
ＲＮＡ合成および二重アニーリング
１．オリゴヌクレオチド合成：
すべてのオリゴヌクレオチドを、ＡＫＴＡ ｏｌｉｇｏｐｉｌｏｔ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒまたはＡＢＩ３９４ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ上で合成する。市販の調節多孔性ガラス固形支持体（ｄＴ－ＣＰＧ、５００Ａ、Ｐｒｉｍｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、ならびに標準保護基を備えたＲＮＡホスホラミダイト、５’－０－ジメトキシトリチルＮ６－ベンゾイル－２’－ｔ－ブチルジメチルシリル－アデノシン－３’－Ο－Ν，Ν’－ジイソプロピル－２－シアノエチルホスホラミダイト、５’－０－ジメトキシトリチル－Ｎ４－アセチル－２’－ｔ－ブチルジメチルシリル－シチジン－３’－０－Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピル－２－シアノエチルホスホラミダイト、５’－０－ジメトキシトリチル－Ｎ２～イソブチリル－２’－ｔ－ブチルジメチルシリル－グアノシン－３’－Ｏ－Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピル－２－シアノエチルホスホラミダイト、および５’－０－ジメトキシトリチル－２’－ｔ－ブチルジメチルシリル－ウリジン－３’－０－Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピル－２－シアノエチルホスホラミダイト（Ｐｉｅｒｃｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、他に指定のない限りオリゴヌクレオチド合成に使用する。２’－Ｆホスホラミダイト、５’－Ｏ－ジメトキシトリチル－Ｎ４－アセチル－２’－フルロ－シチジン－３’－Ｏ－Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピル－２－シアノエチル－ホスホラミダイト、および５’－Ｏ－ジメトキシトリチル－２’－フルロ－ウリジン－３’－Ｏ－Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピル－２－シアノエチル－ホスホラミダイトを、Ｐｒｏｍｅｇａから購入する。すべてのホスホラミダイトを、０．２Ｍの濃度で１０％ＴＨＦ／ＡＮＣ（ｖ／ｖ）に使用されるグアノシンを除き、０．２Ｍの濃度でアセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）に使用する。カップリング／リサイクル時間は１６分とする。活性化物質は５－エチルチオテトラゾール（０．７５Ｍ、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ）であり、ＰＯ－酸化ヨウ素／水／ピリジンのために使用し、ＰＳ－酸化ＰＡＤＳ（２％＞）を２，６－ルチジン／ＡＣＮ（１：１ｖ／ｖ）に使用する。
２．脱保護－１（核酸塩基脱保護）
合成の完了後、支持体を１００ｍＬガラスボトル（ＶＷＲ）に移す。オリゴヌクレオチドを支持体から切断し、エタノールアンモニアの混合物８０ｍＬ［アンモニア：エタノール（３：１）］の混合物により、５５℃で６．５時間かけて塩基およびリン酸基を同時に脱保護する。ボトルを氷の上で簡単に冷まし、次いでエタノールアンモニア混合物を濾過して新たな２５０ｍＬボトルに移した。ＣＰＧを、エタノール／水の２×４０ｍＬ部分（１：１ｖ／ｖ）により洗浄する。次いで、混合物の体積をｒｏｔｏ－ｖａｐにより約３０ｍＬに減少させる。次いで、混合物をドライアイスの上で冷凍し、真空下、ｓｐｅｅｄ ｖａｃの上で乾燥させる。
３．脱保護－ＩＩ（２’ＴＢＤＭＳ基の除去）
乾燥した残渣を、２６ｍＬのトリエチルアミン、トリエチルアミン三フッ化物（ＴＥＡ．３ＨＦ）、またはピリジン－ＨＦおよびＤＭＳＯ（３：４：６）に再懸濁し、６０℃で９０分間加熱して、２’位置にてｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）基を除去する。次いで、反応物を２０ｍＭ酢酸ナトリウム５０ｍＬで急冷し、ｐＨを６．５に調整し、精製を行うまで冷凍庫に保管する。
４．解析
精製前に高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によりオリゴヌクレオチドを解析する。緩衝液およびカラムの選択は、配列および／またはコンジュゲートされたリガンドの性質に依存する。
５．ＨＰＬＣ精製
リガンドをコンジュゲートしたオリゴヌクレオチドを、逆相分取ＨＰＬＣで精製する。非コンジュゲートオリゴヌクレオチドは、屋内で包装したＴＳＫゲルカラム上で陰イオン交換ＨＰＬＣにより精製する。緩衝液は、１０％ＣＨ３ＣＮ中の２０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ８．５）（緩衝液Ａ）および１０％ＣＨ３ＣＮ、１Ｍ ＮａＢｒ中の２０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ８．５）（緩衝液Ｂ）である。完全長オリゴヌクレオチドを含有する画分を集め、脱塩し、凍結乾燥する。約０．１５ＯＤの脱塩オリゴヌクレオチドを水中で希釈して１５０μｌとし、次いで、ＣＧＥおよびＬＣ／ＭＳ解析のために特注のバイアルにおいてピペッティングを行う。
化合物は最終的にＬＣ－ＥＳＭＳおよびＣＧＥにより解析する。
６．ｓｉＲＮＡの調製
ｓｉＲＮＡの調製のために、等モル量のセンス鎖およびアンチセンス鎖を、ｌｘＰＢＳ中、９５℃で５分間加熱し、室温までゆっくり冷ます。
二重鎖の完全性をＨＰＬＣ解析により認める。
治療用ｓｉＲＮＡを同定してＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡの発現を調節するための配列の選択
バイオインフォマティック解析に基づきスクリーニングセットを定めた。治療用ｓｉＲＮＡ分子は、ヒトＡＮＧＰＴＬ７のほか、少なくとも１つの毒性学関連種、この場合、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）であるアカゲザルおよびカニクイザルのＡＮＧＰＴＬ７配列を標的とする必要がある。スクリーニングセットのデザインを行うのに重要なドライバ（ｄｒｉｖｅｒｓ）は、関連種のトランスクリプトームに対するｓｉＲＮＡの特異性のほか、種間の交差反応性を予測した。ヒト、アカゲザル、カニクイザル、マウス、ラット、およびイヌにおいて予測した特異性は、センス（Ｓ）鎖およびアンチセンス（ＡＳ）鎖に対して求めた。これらには、ｓｉＲＮＡ鎖の完全または部分相補性による他の転写産物の意図せぬダウンレギュレーションの可能性（位置２～１８内の最大４つの不一致）のほか、不一致の数と位置を考慮する「特異性スコア」を割り付けた。こうして、各ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖およびセンス鎖に予測される最も可能性の高いオフターゲットを同定することができる。加えて、起こり得るオフターゲット数は、特異性スコアにおける付加的な特異性因子として使用する。予測したオフターゲットの特異性が高く数が少ないｓｉＲＮＡを同定することが好ましい。
ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡに対する配列特異性が高いｓｉＲＮＡ配列を選択することに加えて、シード領域内のｓｉＲＮＡ配列を、既知のｍｉＲＮＡのシード領域との類似性について解析した。ｓｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ分子の３’－ＵＴＲ内での相補配列との塩基対形成を介してｍｉＲＮＡのような形で機能することができる。相補性は一般的に、ｍｉＲＮＡ（シード領域）の位置２～７に５’－塩基を包含する。機能的ｍｉＲＮＡ結合部位を介して作用するｓｉＲＮＡを回避するために、天然ｍｉＲＮＡシード領域を含有するｓｉＲＮＡ鎖を回避する。ヒト、マウス、ラット、アカゲザル、イヌ、ウサギ、およびブタのｍｉＲＮＡにおいて同定したシード領域は、「保存された」と称する。「特異性スコア」とｍｉＲＮＡ種子解析との組合せにより、「特異性カテゴリ」を得る。これをカテゴリ１～４に分ける。カテゴリ１では特異性が最高であり、４では特異性が最低である。ｓｉＲＮＡの各鎖を特異性カテゴリに割り付ける。
種の交差反応性を、ヒト、カニクイザル、アカゲザル、マウス、ラット、イヌ、およびウサギを対象に評価した。この解析は、交差反応性を対象に１９の塩基と１７の塩基（位置１および１９は考慮しない）を使用した標準ｓｉＲＮＡデザインに基づくものであった。完全一致のほか、単一の不一致の解析も含めた。
ＳＮＰを含有する個体において非機能的であり得るｓｉＲＮＡを同定するために、ＳＮＰが把握される領域を標的とするｓｉＲＮＡを同定するためのヒト一塩基多型（ＳＮＰ）データベース（ＮＣＢＩ－ＤＢ－ＳＮＰ）の解析も行った。この解析では、標的配列内のＳＮＰの位置のほか、症例データにおけるマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）に関する情報を得た。
最初の関連するＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ配列の解析により、特異性要件を満たすと同時にすべての関連種においてＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡを標的とする数個の配列を同定することが可能であることを明らかにした。このため、治療用ｓｉＲＮＡに対する独立したスクリーニングサブセットをデザインすることを決定した。これらのサブセット中のｓｉＲＮＡはすべて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ活性の判定のためにヒト細胞培養系が選択されたときにヒトＡＮＧＰＴＬ７配列を認識する。このため、これらサブセット中のｓｉＲＮＡはすべて、治療環境においてヒトＡＮＧＰＴＬ７を標的とするために使用することができる。
特異性または種の交差反応性を考慮せずにヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ（ＮＭ＿０２１１４６．４）から導くことが可能な１９ｍｅｒ配列の数は、２，２０６（センス鎖配列番号１～２２０６）である。このセットは、起こり得るすべてのＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡ配列を包含することになる。
標的特異性のための配列、種の交差反応性、ｍｉＲＮＡシード領域配列、および上述のようなＳＮＰを優先付けることにより、ｓｉＲＮＡサブセットＡを得る。このサブセットは、２０７個のｓｉＲＮＡで構成され、センス鎖配列番号７、３９、４２、９２、９３、９４、９５、９８、９９、１０３、１１２、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２０、１２４、１２５、１２７、２０６、２０７、２２７、２５７、２７１、２７２、４８０、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９７、４９８、４９９、５０１、５７９、５８３、５８４、５８７、５８８、５９２、５９３、５９４、５９６、５９８、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６２９、６３０、６３４、６３６、６３７、６４２、６４５、６４６、６４９、６５２、６５７、６５８、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、７５１、７５６、８０４、８１３、８１７、８１９、８４５、８４６、８４９、８５２、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７８、８７９、８８１、９０５、９０６、９０７、９０８、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２３、９４３、９４４、９４８、９５２、９５３、９５８、９６０、９７４、９７６、９７７、９７９、９８２、９８３、９８４、９８５、９８６、９８８、９８９、９９０、９９１、９９２、９９３、９９７、１０００、１００１、１００２、１００３、１００４、１００９、１０１１、１０１６、１０２０、１０２１、１０８５、１０８６、１０８７、１０８８、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３１、１１３２、１１３３、１１３４、１１３８、１１４０、１１９７、１１９８、１１９９、１２０１、１２０２、１２６０、１２６２、１２６３、１２６４、１４２４、１４２５、１４２７、１４２９、１４３０、１４３４、１４３５、１４３６、１４３８、１４６０、１４６３、１５２４、１５２５、１５２７、１５２８、１５３０、１５３２、１５３３、１５３７、１５３８、１５３９、１５４１、１６３９、１６４０、１６５４、１６９１、１６９２、１６９３、１６９４、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９５、１７９６、１７９７、１７９８、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０８９、２０９１、２０９５、２０９９、および２１９２を備えている。
ｓｉＲＮＡサブセットＡ中のｓｉＲＮＡには、以下の特徴がある：
１．交差反応性：ヒトＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡでは１９ｍｅｒ、ＮＨＰ ＡＮＧＰＴＬ７では１７ｍｅｒ／１９ｍｅｒ。
２．特異性カテゴリ：ヒトおよびＮＨＰの場合：－ＡＳ２以上、ＳＳ３以上
ｍｉＲＮＡシード：ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は、ヒト、マウス、およびラットに保存されておらず、４を超える種には存在しない
３．オフターゲット頻度：アンチセンス鎖により２つの不一致と一致する２０以下のヒトオフターゲット
４．ＳＮＰ：ｓｉＲＮＡ標的部位は、ＭＡＦが１％以上のＳＮＰを保有していない（ｐｏｓ．２～１８）
より厳密な特異性を求めてｓｉＲＮＡサブセットＡ中のｓｉＲＮＡ配列をさらに選択し、ｓｉＲＮＡサブセットＢを得ることができる。ＳｉＲＮＡサブセットＢは、１７３個のｓｉＲＮＡで構成され、センス鎖配列番号７、３９、９２、９３、９４、９５、９８、９９、１１２、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２０、１２４、１２５、１２７、２０７、２５７、２７１、２７２、４８７、４８８、４８９、４９０、４９１、４９２、４９３、４９７、４９８、４９９、５０１、５７９、５８３、５８７、５８８、５９３、５９４、５９６、５９８、６００、６０１、６０２、６０３、６０４、６０５、６０６、６２９、６３０、６３４、６３６、６３７、６４２、６４５、６４６、６４９、６５２、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、８０４、８１３、８１７、８４５、８４９、８５２、８７１、８７２、８７３、８７４、８７５、８７６、８７８、８７９、８８１、９０５、９０６、９０７、９０８、９１５、９１６、９１７、９１８、９１９、９２０、９２３、９４４、９５２、９５３、９５８、９６０、９７４、９７６、９７７、９７９、９８２、９８４、９８５、９８９、９９０、９９１、９９２、９９３、９９７、１０００、１００１、１００２、１００３、１００４、１００９、１０１６、１０２１、１０８５、１０８６、１０８７、１０８８、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３１、１１３２、１１３３、１１３４、１１３８、１１４０、１１９７、１１９８、１１９９、１２０１、１２０２、１２６２、１２６３、１４２４、１４２５、１４２７、１４２９、１４３０、１４３４、１４３５、１４３６、１４６０、１４６３、１５２４、１５２５、１５２７、１５２８、１５３０、１５３２、１５３３、１５３７、１５３８、１５３９、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９５、１７９６、１７９７、１７９８、１９６８、２０９１、および２０９５を備えている。
ｓｉＲＮＡサブセットＢ中のｓｉＲＮＡには、以下の特徴がある：
１．交差反応性：ヒトＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡでは１９ｍｅｒ、ＮＨＰ ＡＮＧＰＴＬ７では１７ｍｅｒ／１９ｍｅｒ。
２．特異性カテゴリ：ヒトおよびＮＨＰの場合：－ＡＳ２以上、ＳＳ３以上
ｍｉＲＮＡシード：ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は、ヒト、マウス、およびラットに保存されておらず、４を超える種には存在しない
３．オフターゲット頻度：アンチセンス鎖により２つの不一致と一致する１５以下のヒトオフターゲット
４．ＳＮＰ：ｓｉＲＮＡ標的部位は、ＭＡＦが１％以上のＳＮＰを保有していない（ｐｏｓ．２～１８）
既知のヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一であるシード領域がＡＳ鎖に存在しないことを求めるために、ｓｉＲＮＡサブセットＢ中のｓｉＲＮＡ配列をさらに選択し、ｓｉＲＮＡサブセットＣを得ることができる。ＳｉＲＮＡサブセットＣは、１２０個のｓｉＲＮＡで構成され、センス鎖配列番号７、３９、９２、９４、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２０、１２７、２０７、２５７、２７１、２７２、４８８、４８９、４９０、４９８、４９９、５０１、５７９、５８７、５８８、５９３、５９４、５９６、６００、６０１、６０５、６０６、６２９、６３０、６３６、６４２、６４５、６４６、７３９、７４０、７４１、７４２、７４３、８１３、８４５、８４９、８７１、８７２、８７３、８７８、８７９、８８１、９０５、９０６、９０７、９０８、９１６、９１７、９１８、９１９、９５２、９５８、９７６、９７９、９８２、９８４、９８９、９９０、９９１、９９２、９９３、１０００、１００２、１００３、１００４、１００９、１０１６、１０８７、１０８８、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３１、１１３２、１１３３、１１３４、１１９８、１１９９、１２０１、１２０２、１２６２、１４２４、１４２７、１４３４、１４３５、１４６３、１５２４、１５２５、１５２７、１５２８、１５３０、１５３２、１５３３、１５３７、１５３８、１５４１、１６３９、１６９１、１６９２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１７９８、１９６８、２０９１、および２０９５を備えている。
ｓｉＲＮＡサブセットＣ中のｓｉＲＮＡには、以下の特徴がある：
１．交差反応性：ヒトＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡでは１９ｍｅｒ、ＮＨＰ ＡＮＧＰＴＬ７では１７ｍｅｒ／１９ｍｅｒ。
２．特異性カテゴリ：ヒトおよびＮＨＰの場合：－ＡＳ２以上、ＳＳ３以上
ｍｉＲＮＡシード：ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は、ヒト、マウス、およびラットに保存されておらず、４を超える種には存在しない。ＡＳ鎖：－シード領域は既知のヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一でない
３．オフターゲット頻度：アンチセンス鎖により２つの不一致と一致する１５以下のヒトオフターゲット
４．ＳＮＰ：ｓｉＲＮＡ標的部位は、ＭＡＦが１％以上のＳＮＰを保有していない（ｐｏｓ．２～１８）
既知のヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一であるシード領域がＡＳまたはＳ鎖に存在しないことを求めるために、ｓｉＲＮＡサブセットＣ中のｓｉＲＮＡ配列をさらに選択し、ｓｉＲＮＡサブセットＤを得ることができる。ＳｉＲＮＡサブセットＤは、９０個のｓｉＲＮＡで構成され、センス鎖配列番号９２、１１３、１１５、１１９、１２０、１２７、４８８、４９０、４９９、５７９、５８７、５８８、５９２、５９３、５９４、６００、６０１、６０５、６０６、６３０、６４２、６５７、６５８、７４０、７４２、７４３、８１３、８４６、８７１、８７２、８７８、８８１、９０５、９０７、９１６、９１７、９１８、９１９、９４３、９４８、９５８、９７９、９８２、９８３、９８４、９８９、９９０、９９１、９９２、１０００、１００２、１００３、１００４、１０１６、１０２０、１０８７、１０８８、１０９７、１１０５、１１０７、１１３１、１１３２、１１３３、１１３４、１１９９、１２０２、１２６０、１２６２、１２６４、１４２７、１４３５、１４３８、１４６３、１５２４、１５２５、１５２７、１５２８、１５３２、１５３８、１５４１、１６３９、１６９２、１７６２、１７６５、１７９４、１７９７、１９６８、２０３０、２０９５、および２１９２を備えている。
ｓｉＲＮＡサブセットＤ中のｓｉＲＮＡには、以下の特徴がある：
１．交差反応性：ヒトＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡでは１９ｍｅｒ、ＮＨＰ ＡＮＧＰＴＬ７では１７ｍｅｒ／１９ｍｅｒ。
２．特異性カテゴリ：ヒトおよびＮＨＰの場合：－ＡＳ２以上、ＳＳ３以上
ｍｉＲＮＡシード：ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は、ヒト、マウス、およびラットに保存されておらず、４を超える種には存在しない。ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は既知のヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一でない
３．オフターゲット頻度：アンチセンス鎖により２つの不一致と一致する２０以下のヒトオフターゲット
４．ＳＮＰ：ｓｉＲＮＡ標的部位は、ＭＡＦが１％以上のＳＮＰを保有していない（ｐｏｓ．２～１８）
より厳密な特異性を求めて、ｓｉＲＮＡサブセットＤ中のｓｉＲＮＡ配列をさらに選択し、ｓｉＲＮＡサブセットＥを得ることができる。ＳｉＲＮＡサブセットＥは、９０個のｓｉＲＮＡで構成され、センス鎖配列番号９２、１１３、１１５、１１９、１２０、１２７、４８８、４９０、４９９、５７９、５８７、５８８、５９３、５９４、６００、６０１、６０５、６０６、６３０、６４２、７４０、７４２、７４３、８１３、８７１、８７２、８７８、８８１、９０５、９０７、９１６、９１７、９１８、９１９、９５８、９７９、９８２、９８４、９８９、９９０、９９１、９９２、１０００、１００２、１００３、１００４、１０１６、１０８７、１０８８、１０９７、１１０５、１１０７、１１３１、１１３２、１１３３、１１３４、１１９９、１２０２、１２６２、１４２７、１４３５、１４６３、１５２４、１５２５、１５２７、１５２８、１５３２、１５３８、１５４１、１６３９、１６９２、１７６５、１７９４、１７９７、１９６８、および２０９５を備えている。
ｓｉＲＮＡサブセットＤ中のｓｉＲＮＡには、以下の特徴がある：
１．交差反応性：ヒトＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡでは１９ｍｅｒ、ＮＨＰ ＡＮＧＰＴＬ７では１７ｍｅｒ／１９ｍｅｒ。
２．特異性カテゴリ：ヒトおよびＮＨＰの場合：－ＡＳ２以上、ＳＳ３以上
ｍｉＲＮＡシード：ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は、ヒト、マウス、およびラットに保存されておらず、４を超える種には存在しない。ＡＳ＋ＳＳ鎖：－シード領域は既知のヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一でない
３．オフターゲット頻度：アンチセンス鎖により２つの不一致と一致する１５以下のヒトオフターゲット
４．ＳＮＰ：ｓｉＲＮＡ標的部位は、ＭＡＦが１％以上のＳＮＰを保有していない（ｐｏｓ．２～１８）
デキサメタゾン（ＤＥＸ）の存在下および非存在下での初代ヒト小柱網細胞（ｐＨＴＭ）におけるＡＮＧＰＴＬ７発現の、ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）媒介型の調節
この実験では、初代ヒト小柱網細胞を対象にＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡまたはＡＳＯ阻害を行い、ＡＮＧＰＴＬ７のノックダウンの有効性、ならびにミオシリン（ＭＹＯＣ）、Ｉ型およびＶ型コラーゲン（ＣＯＬ１Ａ１およびＣＯＬ５Ａ１）、ベルシカン（ＶＣＡＮ）、およびフィブロネクチン（ＦＮ１）を含む細胞外マトリクスおよび緑内障関連遺伝子に対するノックダウンの効果を評価する。ヒト小柱網細胞が埋め込まれている細胞外マトリクスの組成と品質は、房水流出および緑内障疾患の病理に直接関連する。
初代ＨＴＭ細胞を集密度まで増殖させ、次いで、１０％ＦＢＳを補足した完全ＩＭＥＭ培地中において継代４になるまで連続的に継代する。次いで、非標的化対照またはＡＮＧＰＴＬ７標的化ｓｉＲＮＡを用いて、細胞を２４ウェルプレート中でトランスフェクトする。ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＡＣＡＡＣＵＧＣＵＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０８９）、アンチセンス鎖５’ ＧＵＣＵＧＵＧＣＡＧＣＡＧＵＵＧＵＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９０）を有する。非標的化対照ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＵＧＵＡＣＡＧＣＡＵＧＣＧＧＡＧＡＵＵ ３’（配列番号１１０９１）、アンチセンス鎖５’ ＵＣＵＣＣＧＣＡＵＧＣＵＧＵＡＣＡＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９２）を有する。並行して、非標的化対照ＡＳＯまたはＡＮＧＰＴＬ７ ＡＳＯを用いて、細胞を２４ウェルプレート中でトランスフェクトする。ＡＮＧＰＴＬ７ ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＴｓｍＧｓｍＴｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｄＧｓｄＴｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｍＣｓｍＣｓｍＴｓｍＴｓｍＴ ３’（配列番号１１０８７）を有する。非標的化対照ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＣｓｍＴｓｍＡｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＧｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＴｓｄＧｓｄＡｓｄＴｓｍＧｓｍＧｓｍＡｓｍＣｓｍＴ ３’（配列番号１１０８８）を有する。簡単に説明すると、製造業者の推奨プロトコルに従いＴｒａｎｓＩＴ ＴＫＯ（Ｍｉｒｕｓ）を使用して、トランスフェクションを行う。ｓｉＲＮＡを受容する各ウェルにおいて、１ｕｌのｓｉＲＮＡ（１０ｕＭストック）、２．５ｕｌのＴｒａｎｓＩＴ－ＴＫＯ、および５０ｕｌのＯｐｔｉＭＥＭを混合し、室温で３０分間インキュベートし、細胞および１ｍＬの完全ＩＭＥＭ培地を包含する各ウェルに滴下する。ＡＳＯを受容する各ウェルにおいて、１ｕｌのＡＳＯ（１ｍＭストック）、２．５ｕｌのＴｒａｎｓＩＴ－ＴＫＯ、および５０ｕｌのＯｐｔｉＭＥＭを混合し、室温で３０分間インキュベートし、細胞および１ｍＬの完全ＩＭＥＭ培地を包含する各ウェルに滴下する。
トランスフェクションの２４時間後、培地を変え、ＨＴＭ細胞を、血清存在下で４８時間、ＤＥＸにより処置する。市販のバイアルに絶対エタノールを添加し、０．１ｍＭの最終濃度を得ることによりＤＥＸ（Ｓｉｇｍａ）ストック溶液を調製し、これを４℃で維持した。０．１μＭのＤＥＸストック溶液をＩＭＥＭ培地中で１０００倍（１００ｎＭの最終濃度）に希釈してから使用した。平行ウェルには、同じ条件下で薬物ビヒクルを含有するＩＭＥＭ培地を置く。各処置の終わりに、細胞をＰＢＳで２回洗浄し、グアニジンチオシアネート緩衝液３５０μｌにより溶解し、ＲＮＡ抽出のために処理する。
Ｆｉｒｓｔ－Ｓｔｒａｎｄ ＩＩＩ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔを使用し、全ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する。選択した遺伝子（ＡＮＧＰＴＬ７、ＭＹＯＣ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＶＣＡＮ、ＦＮ１、およびＰＰＩＡ）の蛍光標識したＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセットを使用したリアルタイムＴａｑＭａｎ ＰＣＲにより、正規化ｃＤＮＡ定量を行う。ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ上で行われるＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｎｏ Ａｍｐｅｒａｓｅ ＵＮＧを使用して、アリコート２０μｌにおいて反応を行い、７５００ Ｓｙｓｔｅｍソフトウェアにより解析する。処置済の試料と未処理の試料との間の相対定量（ＲＱ）値を、式２－ΔΔＣＴにより算出する。式中、ＣＴは閾値でのサイクル（自動測定）であり、ΔＣＴは、分析した遺伝子のＣＴから内因性対照（ＰＰＩＡ）のＣＴを差し引いたものであり、ΔΔＣＴは、処置済の試料中の正規化され分析された遺伝子のΔＣＴから未処置の試料（標準物質）中の同遺伝子のＣＴを差し引いたものである。
デキサメタゾン誘導型眼高圧症／緑内障のマウスモデルにおけるＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡ媒介型調節
この実験では、緑内障のグルココルチコイド誘導型マウスモデルを使用し、ＩＯＰに対するＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡ阻害の効果を評価する。デキサメタゾン－２１－アセテート（Ｄｅｘ－Ａｃ）製剤の眼周囲結膜円蓋（ＣＦ）注射を毎週受けるＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスでは、ヒト患者における緑内障性疾患と同様に、従来の房水流出能の低下と相関してＩＯＰが比較的迅速かつ有意に上昇する。
３つの送達経路を、ＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡ阻害について評価する。これらは、（１）前房内注射、（２）硝子体内注射、および（３）点眼剤で投与される局所送達を含む。
成体（６～８か月齢）Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈ Ａｒｂｏｒ，ＭＥ）から入手する。使用前に、１２時間の明－暗サイクルを伴う特定の病原体のない条件（温度２０～２６℃）下、環境的に管理された空間にマウスを２週間維持する。水と食糧は自由に摂ることができる。動物ケアの指針に従い、すべての動物を使用する。
マウスを９つの群に分ける。すべての処置を両眼に適用する。群Ａ（ｎ＝４）は未処置群である。群Ｂ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃの眼周囲注射を毎週行った（全４回の治療）群である。群Ｃ（ｎ＝４）は、ビヒクルで処置した群である。群Ｄ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ｓｉＲＮＡを前房内注射により前眼房に投与した群である。群Ｅ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ｓｉＲＮＡを前房内注射により前眼房に投与した群である。群Ｆ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ｓｉＲＮＡを硝子体内注射により後眼房に投与した群である。群Ｇ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ｓｉＲＮＡを硝子体内注射により後眼房に投与した群である。群Ｈ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ｓｉＲＮＡを点眼剤により局所投与した群である。群Ｉ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ｓｉＲＮＡを点眼剤により局所投与した群である。
ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＡＣＡＡＣＵＧＣＵＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０８９）、アンチセンス鎖５’ ＧＵＣＵＧＵＧＣＡＧＣＡＧＵＵＧＵＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９０）を有する。一部の好ましいｓｉＲＮＡ配列は、ＥＴＤ００３４２（センス鎖５’ ＣｆｓａｓＡｆａＧｆｇＵｆＧｆＧｆｃＵｆａＣｆｕＧｆｇＵｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７２、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓａＣｆｃＡｆｇＵｆａＧｆｃｃａＣｆｃＵｆｕＵｆｇｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９２）、ＥＴＤ００３４３（センス鎖５’ ＡｆｓａｓＧｆｇＵｆｇＧｆＣｆＵｆａＣｆｕＧｆｇＵｆａＣｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７３、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｇＵｆａＣｆｃＡｆｇＵｆａｇｃＣｆａＣｆｃＵｆｕｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９３）、ＥＴＤ００３４４（センス鎖５’ ＧｆｓｕｓＧｆｇＣｆｕＡｆＣｆＵｆｇＧｆｕＡｆｃＡｆａＣｆｕＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７４、アンチセンス鎖５’ ｕｓＡｆｓｇＵｆｕＧｆｕＡｆｃＣｆａｇｕＡｆｇＣｆｃＡｆｃｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９４）、ＥＴＤ００３４５（センス鎖５’ ＵｆｓｇｓＧｆｕＡｆｃＡｆＡｆＣｆｕＧｆｃＵｆｇＣｆａＣｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７５、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｇＵｆｇＣｆａＧｆｃＡｆｇｕｕＧｆｕＡｆｃＣｆａｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９５）、またはＥＴＤ００３４６（センス鎖５’ ＧｆｓｕｓＡｆｃＡｆａＣｆＵｆＧｆｃＵｆｇＣｆａＣｆａＧｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７６、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｃＵｆｇＵｆｇＣｆａＧｆｃａｇＵｆｕＧｆｕＡｆｃｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９６）のうちいずれか１つを含む可能性がある。一部の実施形態は、ＥＴＤ００３４２、ＥＴＤ００３４３、ＥＴＤ００３４４、ＥＴＤ００３４５、またはＥＴＤ００３４６のうちいずれか１つを含むが、配列番号１１１７２～１１１７６または１１２９２～１１２９６のいずれかの修飾パターンがなく、または異なる修飾、もしくはこれら配列番号以外の修飾パターンを有している。コレステロールなどの疎水性部分も、ｓｉＲＮＡに結合される場合がある。インテグリンに対するＲＧＤなど、細胞表面上で受容体に結合するリガンドも、ｓｉＲＮＡに結合される場合がある。疎水性基は、細胞の取込みを向上させるために細胞標的リガンドと組み合わせることができる。非標的化対照ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＵＧＵＡＣＡＧＣＡＵＧＣＧＧＡＧＡＵＵ ３’（配列番号１１０９１）、アンチセンス鎖５’ ＵＣＵＣＣＧＣＡＵＧＣＵＧＵＡＣＡＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９２）を有する。
Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクルの眼周囲注射において、Ｈａｍｉｌｔｏｎ ガラスマイクロシリンジ（２５μｌ容積；Ｈａｍｉｌｔｏｎ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｒｅｎｏ，ＮＶ）を備えた３２ゲージ針を使用する。下眼瞼を後退させ、ＣＦを介して針を挿入する。Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクル懸濁液（２０μＬ）を、ＣＦの真下に１０～１５秒間かけて注射する。その後、針を引き抜く。この手順は、各動物の両眼に対して行う（各動物の両眼に、Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクルのいずれかを投与する）。試験終了まで、マウスにＤｅｘ－Ａｃまたはビヒクルを週に１回投与する。
前房内注射において、局所麻酔薬（塩酸テトラカイン０．５％、Ｂａｕｓｃｈ＆Ｌｏｍｂ）を眼に投与する。１０μｇのｓｉＲＮＡまたはスクランブル対照をビヒクルに溶かし、１０μｌマイクロシリンジに取り付けた３６Ｇの面取り針を使用して注射する。ＵｌｔｒａＭｉｃｒｏＰｕｍｐ ＩＩ（Ｗｏｒｌｄ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔのＵＭＰ２およびＵＭＣ４）を使用し、注射容積を正確に制御する。針が辺縁部に入ると、虹彩または水晶体を傷つけないように注意を払う。虹彩または水晶体が傷ついたマウスは、研究から除外する。注射後に針を引き抜くと同時に、コットンチップアプリケータを約１分間適用することで、水性還流（ａｑｕｅｏｕｓ ｒｅｆｌｕｘ）を防ぐ。
硝子体内注射では、ガラスマイクロシリンジ（１０μＬ体積；Ｈａｍｉｌｔｏｎ Ｃｏｍｐａｎｙ）を備えた３３ゲージ針を使用する。眼を突出させ、水晶体または網膜の後部に触れないよう注意しながら、針を約４５度の角度で挿入して赤道強膜に通し、硝子体眼房へ向かわせる。ビヒクル中のｓｉＲＮＡまたはスクランブル対照１０ｕｇを、１分間かけて硝子体に注射する。その後、（混合を促すために）針をさらに３０秒間放置してから、速やかに引き抜く。
本試験期間は３２日間である。オリゴヌクレオチド処置（ｓｉＲＮＡまたはスクランブル対照）は０日目と１４日目に行う。Ｄｅｘ－Ａｃ処置は、週１回で７日目、１４日目、２１日目、２８日目に行う。３２日目に動物を屠殺し、組織を採取する。
あらゆる処置の直前に、ＩＯＰを０日目、１４日目、および２８日目に測定する。各群のマウスに、ケタミン（１００ｍｇ／ｋｇ）およびキシラジン（９ｍｇ／ｋｇ）の腹腔内注射（０．１μｌ）を行い麻酔をかける。一度にマウス１匹に麻酔をし、マウスに触れても反応がなければ即座にＩＯＰを測定する。ＩＯＰを測定するとき、マウスが確実に同程度の量の麻酔を受けているように、あらゆる注意を払う。ＩＯＰの測定には、手持ち式眼圧計（ＴｏｎｏＬａｂ、Ｃｏｌｏｎｉａｌ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｕｐｐｌｙ、Ｆｒａｎｃｏｎｉａ、ＮＨ）を使用する。
３２日目にマウスを屠殺する。各マウスから両眼を採取し、赤道に沿って解剖し、前半球をＲＮＡｌａｔｅｒに置く。全ＲＮＡを均質化組織から抽出し、Ｆｉｒｓｔ－Ｓｔｒａｎｄ ＩＩＩ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔを使用してｃＤＮＡに逆転写する。選択した遺伝子（ＡＮＧＰＴＬ７、ＭＹＯＣ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＶＣＡＮ、ＦＮ１、およびＰＰＩＡ）の蛍光標識したＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセットを使用したリアルタイムＴａｑＭａｎ ＰＣＲにより、正規化ｃＤＮＡ定量を行う。ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ上で行われるＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｎｏ Ａｍｐｅｒａｓｅ ＵＮＧを使用して、アリコート２０μｌにおいて反応を行い、７５００ Ｓｙｓｔｅｍソフトウェアにより解析する。処置済の試料と未処理の試料との間の相対定量（ＲＱ）値を、式２－ΔΔＣＴにより算出する。式中、ＣＴは閾値でのサイクル（自動測定）であり、ΔＣＴは、分析した遺伝子のＣＴから内因性対照（ＰＰＩＡ）のＣＴを差し引いたものであり、ΔΔＣＴは、処置済の試料中の正規化され分析された遺伝子のΔＣＴから未処置の試料（標準物質）中の同遺伝子のＣＴを差し引いたものである。
デキサメタゾン誘導型眼高圧症／緑内障のマウスモデルにおけるＡＮＧＰＴＬ７のアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）媒介型調節
この実験では、緑内障のグルココルチコイド誘導型マウスモデルを使用し、ＩＯＰに対するＡＮＧＰＴＬ７のＡＳＯ阻害の効果を評価する。デキサメタゾン－２１－アセテート（Ｄｅｘ－Ａｃ）製剤の眼周囲結膜円蓋（ＣＦ）注射を毎週受けるＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスでは、ヒト患者における緑内障性疾患と同様に、従来の房水流出能の低下と相関してＩＯＰが比較的迅速かつ有意に上昇する。
３つの送達経路を、ＡＮＧＰＴＬ７のＡＳＯ阻害について評価する。これらは、（１）前房内注射、（２）硝子体内注射、および（３）点眼剤で投与される局所送達を含む。
成体（６～８か月齢）Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈ Ａｒｂｏｒ，ＭＥ）から入手する。使用前に、１２時間の明－暗サイクルを伴う特定の病原体のない条件（温度２０～２６℃）下、環境的に管理された空間にマウスを２週間維持する。水と食糧は自由に摂ることができる。動物ケアの指針に従い、すべての動物を使用する。
マウスを９つの群に分ける。すべての処置を両眼に適用する。群Ａ（ｎ＝４）は未処置群である。群Ｂ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃの眼周囲注射を毎週行った（全４回の治療）群である。群Ｃ（ｎ＝４）は、ビヒクルで処置した群である。群Ｄ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ＡＳＯを前房内注射により前眼房に投与した群である。群Ｅ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ＡＳＯを前房内注射により前眼房に投与した群である。群Ｆ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ＡＳＯを硝子体内注射により後眼房に投与した群である。群Ｇ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ＡＳＯを硝子体内注射により後眼房に投与した群である。群Ｈ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－ＡｃおよびＡＮＧＰＴＬ７標的化ＡＳＯを点眼剤により局所投与した群である。群Ｉ（ｎ＝４）は、Ｄｅｘ－Ａｃおよび非標的化対照ＡＳＯを点眼剤により局所投与した群である。
ＡＮＧＰＴＬ７ ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＴｓｍＧｓｍＴｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｄＧｓｄＴｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｍＣｓｍＣｓｍＴｓｍＴｓｍＴ ３’（配列番号１１０８７）を有する。非標的化対照ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＣｓｍＴｓｍＡｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＧｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＴｓｄＧｓｄＡｓｄＴｓｍＧｓｍＧｓｍＡｓｍＣｓｍＴ ３’（配列番号１１０８８）を有する。コレステロールなどの疎水性部分も、ＡＳＯに結合される場合がある。インテグリンに対するＲＧＤなど、細胞表面上で受容体に結合するリガンドも、ＡＳＯに結合される場合がある。疎水性基は、細胞の取込みを向上させるために細胞標的リガンドと組み合わせることができる。
Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクルの眼周囲注射において、Ｈａｍｉｌｔｏｎ ガラスマイクロシリンジ（２５μｌ容積；Ｈａｍｉｌｔｏｎ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｒｅｎｏ，ＮＶ）を備えた３２ゲージ針を使用する。下眼瞼を後退させ、ＣＦを介して針を挿入する。Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクル懸濁液（２０μＬ）を、ＣＦの真下に１０～１５秒間かけて注射する。その後、針を引き抜く。この手順は、各動物の両眼に対して行う（各動物の両眼に、Ｄｅｘ－ＡＣまたはビヒクルのいずれかを投与する）。試験終了まで、マウスにＤｅｘ－Ａｃまたはビヒクルを週に１回投与する。
前房内注射において、局所麻酔薬（塩酸テトラカイン０．５％、Ｂａｕｓｃｈ＆Ｌｏｍｂ）を眼に投与する。１０μｇのＡＳＯまたはスクランブル対照をビヒクルに溶かし、１０μｌマイクロシリンジに取り付けた３６Ｇの面取り針を使用して注射する。ＵｌｔｒａＭｉｃｒｏＰｕｍｐ ＩＩ（Ｗｏｒｌｄ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔのＵＭＰ２およびＵＭＣ４）を使用し、注射容積を正確に制御する。針が辺縁部に入ると、虹彩または水晶体を傷つけないように注意を払う。虹彩または水晶体が傷ついたマウスは、研究から除外する。注射後に針を引き抜くと同時に、コットンチップアプリケータを約１分間適用することで、水性還流を防ぐ。
硝子体内注射では、ガラスマイクロシリンジ（１０μＬ体積；Ｈａｍｉｌｔｏｎ Ｃｏｍｐａｎｙ）を備えた３３ゲージ針を使用する。眼を突出させ、水晶体または網膜の後部に触れないよう注意しながら、針を約４５度の角度で挿入して赤道強膜に通し、硝子体眼房へ向かわせる。ビヒクル中のＡＳＯまたはスクランブル対照１０ｕｇを、１分間かけて硝子体に注射する。その後、（混合を促すために）針をさらに３０秒間放置してから、速やかに引き抜く。
本試験期間は３２日間である。オリゴヌクレオチド処置（ＡＳＯまたはスクランブル対照）は０日目と１４日目に行う。Ｄｅｘ－Ａｃ処置は、週１回で７日目、１４日目、２１日目、２８日目に行う。３２日目に動物を屠殺し、組織を採取する。
あらゆる処置の直前に、ＩＯＰを０日目、１４日目、および２８日目に測定する。各群のマウスに、ケタミン（１００ｍｇ／ｋｇ）およびキシラジン（９ｍｇ／ｋｇ）の腹腔内注射（０．１μｌ）を行い麻酔をかける。一度にマウス１匹に麻酔をし、マウスに触れても反応がなければ即座にＩＯＰを測定する。ＩＯＰを測定するとき、マウスが確実に同程度の量の麻酔を受けているように、あらゆる注意を払う。ＩＯＰの測定には、手持ち式眼圧計（ＴｏｎｏＬａｂ、Ｃｏｌｏｎｉａｌ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｕｐｐｌｙ、Ｆｒａｎｃｏｎｉａ、ＮＨ）を使用する。
３２日目にマウスを屠殺する。各マウスから両眼を採取し、赤道に沿って解剖し、前半球をＲＮＡｌａｔｅｒに置く。全ＲＮＡを均質化組織から抽出し、Ｆｉｒｓｔ－Ｓｔｒａｎｄ ＩＩＩ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔを使用してｃＤＮＡに逆転写する。選択した遺伝子（ＡＮＧＰＴＬ７、ＭＹＯＣ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＶＣＡＮ、ＦＮ１、およびＰＰＩＡ）の蛍光標識したＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセットを使用したリアルタイムＴａｑＭａｎ ＰＣＲにより、正規化ｃＤＮＡ定量を行う。ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ上で行われるＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｎｏ Ａｍｐｅｒａｓｅ ＵＮＧを使用して、アリコート２０μｌにおいて反応を行い、７５００ Ｓｙｓｔｅｍソフトウェアにより解析する。処置済の試料と未処理の試料との間の相対定量（ＲＱ）値を、式２－ΔΔＣＴにより算出する。式中、ＣＴは閾値でのサイクル（自動測定）であり、ΔＣＴは、分析した遺伝子のＣＴから内因性対照（ＰＰＩＡ）のＣＴを差し引いたものであり、ΔΔＣＴは、処置済の試料中の正規化され分析された遺伝子のΔＣＴから未処置の試料（標準物質）中の同遺伝子のＣＴを差し引いたものである。
自発性緑内障のマウスモデルにおけるＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡまたはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）媒介型調節
この実験では、緑内障のＤＢＡ／２Ｊマウスモデルを使用し、ＩＯＰに対するＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡまたはＡＳＯ阻害の効果を評価する。ＤＢＡ／Ｊ２マウスは、年齢関連型ＩＯＰ上昇、およびヒト疾患の特徴的な網膜神経損傷を発症する。ＤＢＡ／２Ｊマウスは通常、生後８か月齢でピークＩＯＰ上昇を示す。
近交系ＤＢＡ／２Ｊからの成体マウスを、Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）から入手する。使用前に、１２時間の明－暗サイクルを伴う特定の病原体のない条件（温度２０～２６℃）下、環境的に管理された空間にマウスを２週間維持する。水と食糧は自由に摂ることができる。動物ケアの指針に従い、すべての動物を使用する。
実験は６か月齢のマウスを対照に行う。マウスを６つの群に分ける。群Ａ（ｎ＝４）は未処置の対照群である。群Ｂ（ｎ＝４）は、ＡＮＧＰＴＬ７標的化ｓｉＲＮＡを眼内／前房内注射により前眼房に投与した群である。群Ｃ（ｎ＝４）は、非標的化対照ｓｉＲＮＡを眼内注射により前眼房に投与した群である。群Ｄ（ｎ＝４）は、ＡＮＧＰＴＬ７標的化ＡＳＯを眼内注射により前眼房に投与した群である。群Ｅ（ｎ＝４）は、非標的化対照ＡＳＯを眼内注射により前眼房に投与した群である。群Ｆ（ｎ＝４）は、ビヒクルを投与した群である。
ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＡＣＡＡＣＵＧＣＵＧＣＡＣＡＧＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０８９）、アンチセンス鎖５’ ＧＵＣＵＧＵＧＣＡＧＣＡＧＵＵＧＵＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９０）を有する。非標的化対照ｓｉＲＮＡは、以下の配列：センス鎖５’ ＧＵＵＧＵＡＣＡＧＣＡＵＧＣＧＧＡＧＡＵＵ ３’（配列番号１１０９１）、アンチセンス鎖５’ ＵＣＵＣＣＧＣＡＵＧＣＵＧＵＡＣＡＡＣＵＵ ３’（配列番号１１０９２）を有する。一部の好ましいｓｉＲＮＡ配列は、ＥＴＤ００３４２（センス鎖５’ ＣｆｓａｓＡｆａＧｆｇＵｆＧｆＧｆｃＵｆａＣｆｕＧｆｇＵｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７２、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓａＣｆｃＡｆｇＵｆａＧｆｃｃａＣｆｃＵｆｕＵｆｇｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９２）、ＥＴＤ００３４３（センス鎖５’ ＡｆｓａｓＧｆｇＵｆｇＧｆＣｆＵｆａＣｆｕＧｆｇＵｆａＣｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７３、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｇＵｆａＣｆｃＡｆｇＵｆａｇｃＣｆａＣｆｃＵｆｕｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９３）、ＥＴＤ００３４４（センス鎖５’ ＧｆｓｕｓＧｆｇＣｆｕＡｆＣｆＵｆｇＧｆｕＡｆｃＡｆａＣｆｕＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７４、アンチセンス鎖５’ ｕｓＡｆｓｇＵｆｕＧｆｕＡｆｃＣｆａｇｕＡｆｇＣｆｃＡｆｃｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９４）、ＥＴＤ００３４５（センス鎖５’ ＵｆｓｇｓＧｆｕＡｆｃＡｆＡｆＣｆｕＧｆｃＵｆｇＣｆａＣｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７５、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｇＵｆｇＣｆａＧｆｃＡｆｇｕｕＧｆｕＡｆｃＣｆａｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９５）、またはＥＴＤ００３４６（センス鎖５’ ＧｆｓｕｓＡｆｃＡｆａＣｆＵｆＧｆｃＵｆｇＣｆａＣｆａＧｆａＡｆｓｕｓｕ ３’配列番号１１１７６、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｃＵｆｇＵｆｇＣｆａＧｆｃａｇＵｆｕＧｆｕＡｆｃｓｕｓｕ ３’配列番号１１２９６）のうちいずれか１つを含む可能性がある。一部の実施形態は、ＥＴＤ００３４２、ＥＴＤ００３４３、ＥＴＤ００３４４、ＥＴＤ００３４５、またはＥＴＤ００３４６のうちいずれか１つを含むが、配列番号１１１７２～１１１７６または１１２９２～１１２９６のいずれかの修飾パターンがなく、またはこれら配列番号を超える修飾パターンを有している。コレステロールなどの疎水性部分も、ｓｉＲＮＡに結合される場合がある。インテグリンに対するＲＧＤなど、細胞表面上で受容体に結合するリガンドも、ｓｉＲＮＡに結合される場合がある。疎水性基は、細胞の取込みを向上させるために細胞標的リガンドと組み合わせることができる。
ＡＮＧＰＴＬ７ ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＴｓｍＧｓｍＴｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｄＧｓｄＴｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＣｓｄＡｓｍＣｓｍＣｓｍＴｓｍＴｓｍＴ ３’（配列番号１１０８７）を有する。非標的化対照ＡＳＯは、以下の配列：５’ ｍＴｓｍＣｓｍＴｓｍＡｓｍＡｓｄＣｓｄＣｓｄＧｓｄＡｓｄＧｓｄＣｓｄＴｓｄＧｓｄＡｓｄＴｓｍＧｓｍＧｓｍＡｓｍＣｓｍＴ ３’（配列番号１１０８８）を有する。コレステロールなどの疎水性部分も、ＡＳＯに結合される場合がある。インテグリンに対するＲＧＤなど、細胞表面上で受容体に結合するリガンドも、ＡＳＯに結合される場合がある。疎水性基は、細胞の取込みを向上させるために細胞標的リガンドと組み合わせることができる。
前房内注射において、局所麻酔薬（塩酸テトラカイン０．５％、Ｂａｕｓｃｈ＆Ｌｏｍｂ）を、いずれか望ましい方の眼に投与する。１０μｇのｓｉＲＮＡまたはＡＳＯをビヒクル１μｌに溶かし、１０μｌマイクロシリンジに取り付けた３６Ｇの面取り針を使用して注射する。ＵｌｔｒａＭｉｃｒｏＰｕｍｐ ＩＩ（Ｗｏｒｌｄ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔのＵＭＰ２およびＵＭＣ４）を使用し、注射容積を正確に制御する。針が辺縁部に入ると、虹彩または水晶体を傷つけないように注意を払う。虹彩または水晶体が傷ついたマウスは、研究から除外する。注射後に針を引き抜くと同時に、コットンチップアプリケータを約１分間適用することで、水性還流を防ぐ。
ＩＯＰは、注射の前日、さらに注射の２週間後、４週間後、６週間後、および８週間後に測定する。各群のマウスに、ケタミン（１００ｍｇ／ｋｇ）およびキシラジン（９ｍｇ／ｋｇ）の腹腔内注射（０．１μｌ）を行い麻酔をかける。一度にマウス１匹に麻酔をし、マウスに触れても反応がなければ即座にＩＯＰを測定する。ＩＯＰを測定するとき、マウスが確実に同程度の量の麻酔を受けているように、あらゆる注意を払う。ＩＯＰの測定には、手持ち式眼圧計（ＴｏｎｏＬａｂ、Ｃｏｌｏｎｉａｌ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｕｐｐｌｙ、Ｆｒａｎｃｏｎｉａ、ＮＨ）を使用する。
８週目最後のＩＯＰ測定後、マウスを屠殺する。除去した眼から小柱網組織を手術用顕微鏡下で切り出し、ＲＮＡ抽出のために調製する。Ｆｉｒｓｔ－Ｓｔｒａｎｄ ＩＩＩ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔを使用し、全ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する。選択した遺伝子（ＡＮＧＰＴＬ７、ＭＹＯＣ、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＶＣＡＮ、ＦＮ１、およびＰＰＩＡ）の蛍光標識したＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセットを使用したリアルタイムＴａｑＭａｎ ＰＣＲにより、正規化ｃＤＮＡ定量を行う。ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ上で行われるＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｎｏ Ａｍｐｅｒａｓｅ ＵＮＧを使用して、アリコート２０μｌにおいて反応を行い、７５００ Ｓｙｓｔｅｍソフトウェアにより解析する。処置済の試料と未処理の試料との間の相対定量（ＲＱ）値を、式２－ΔΔＣＴにより算出する。式中、ＣＴは閾値でのサイクル（自動測定）であり、ΔＣＴは、分析した遺伝子のＣＴから内因性対照（ＰＰＩＡ）のＣＴを差し引いたものであり、ΔΔＣＴは、処置済の試料中の正規化され分析された遺伝子のΔＣＴから未処置の試料（標準物質）中の同遺伝子のＣＴを差し引いたものである。
化学的に修飾されたＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡ
ｓｉＲＮＡ標的化ＡＮＧＰＴＬ７を、パターン５’ ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（修飾パターン１Ｓ、配列番号１１３８１）のセンス鎖とパターンｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（修飾パターン１ＡＳ、配列番号１１３８６）のアンチセンス鎖とを用いた化学修飾により合成してもよい。「Ｎ」はあらゆるヌクレオシド（例えば、リボース、デオキシリボース、またはこれらの誘導体）の場合があり、「Ｎｆ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシド、「ｎ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシド、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。加えて、アデノシンはセンス鎖の位置１９に、ウリジンはアンチセンス鎖の位置１に配することができる。これら化学修飾を含み得る一部のｓｉＲＮＡは、配列番号１１０９３～１１３７６のうちいずれかの配列を含む。
ｓｉＲＮＡ標的化ＡＮＧＰＴＬ７はさらに、修飾パターン５’ ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ（配列番号１１３８２）のセンス鎖と修飾パターン５’ ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’ （配列番号１１３８８）のアンチセンス鎖とを用いた化学修飾により合成することができる。「Ｎ」はあらゆるヌクレオシド（例えば、リボース、デオキシリボース、またはこれらの誘導体）の場合があり、「Ｎｆ」は２’フルオロで修飾されたヌクレオシド、「ｎ」は２’Ｏ－メチルで修飾されたヌクレオシド、「ｓ」はホスホロチオエート結合である。加えて、アデノシンはセンス鎖の位置１９に、ウリジンはアンチセンス鎖の位置１に配することができる。
培養中のヒト細胞における活性に対するＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡのスクリーニング
ヒトおよび非ヒト霊長類に対し交差反応性であり、またはｓｉＲＮＡサブセットＣの配列に由来する、化学的に修飾されたＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを、培養中の細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡノックダウン活性について分析した。ＡＲＰＥ－１９（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－２３０２（商標）） 細胞を、９６ウェルの組織培養プレート中の１０％ウシ胎児血清を補足したＤＭＥＭ：Ｆ１２（ＡＴＣＣカタログ番号３０－２００６）において、７，５００細胞／ウェルの細胞密度で蒔いて、空気と５％二酸化炭素で構成される雰囲気下、ウォータージャケット加湿インキュベータにおいて３７℃で一晩インキュベートした。１つのウェルにつき０．３μＬのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘ（Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して、ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを、二重ウェルにおいて１０ｎＭの最終濃度でＡＲＰＥ－１９細胞へと個々にトランスフェクトした。Ｓｉｌｅｎｃｅｒ Ｓｅｌｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ＃１（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号４３９０８４３）を、１０ｎＭの最終濃度で対照としてトランスフェクトした。３７℃で４８時間のインキュベーション後、各ウェルから全ＲＮＡを採取し、製造業者の指示に従いＴａｑｍａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣＴ（商標）キット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号Ａ３５３７４）を使用してｃＤＮＡを調製した。ヒトＡＮＧＰＴＬ７を対象とするＴａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ００２２１７２７＿Ｍ１）を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機械上でリアルタイムｑＰＣＲにより、各ウェルからのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのレベルを三通り測定した。Ｔａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ９９９９９９０４＿Ｍ１）を使用してＰＰＩＡ ｍＲＮＡのレベルを測定し、これを用いて、デルタ－デルタＣｔ法を使用して各ウェルの相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを求めた。未処置のＡＲＰＥ－１９細胞の相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルに対して、全データを正規化した。結果を表５に示す。
Figure 2022535717000008
Figure 2022535717000009
Figure 2022535717000010
上記のようなＡＲＰＥ－１９細胞およびトランスフェクション手順を使用して、ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡのサブセットに対し、１ｎＭ濃度での活性について第２のスクリーンにおいて試験を行った。結果を表６に示す。
Figure 2022535717000011
培養中のマウス細胞における活性に対するＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡのスクリーニング
ヒトおよびげっ歯類種に対して交差反応性であるＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを持つことが、都合の良い場合がある。ヒトおよびマウスＡＮＧＰＴＬ７に対して交差反応性であると予測されるものに由来する化学的に修飾されたＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを、培養中のマウス細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡノックダウン活性について分析した。Ｃ１６６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－２５８１（商標））細胞を、９６ウェルの組織培養プレート中の１０％ウシ胎児血清を補足したＤＭＥＭにおいて、１０，０００細胞／ウェルの細胞密度で蒔いて、空気と５％二酸化炭素で構成される雰囲気下、ウォータージャケット加湿インキュベータにおいて３７℃で一晩インキュベートした。１つのウェルにつき０．３μＬのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘ（Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して、ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを、二重ウェルにおいて１ｎＭと１０ｎＭの最終濃度でＣ１６６細胞へと個々にトランスフェクトした。Ｓｉｌｅｎｃｅｒ Ｓｅｌｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ＃１（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号４３９０８４３）を、１０ｎＭの最終濃度で対照としてトランスフェクトした。３７℃で４８時間のインキュベーション後、各ウェルから全ＲＮＡを採取し、製造業者の指示に従いＴａｑｍａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣＴ（商標）キット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号Ａ３５３７４）を使用してｃＤＮＡを調製した。マウスＡＮＧＰＴＬ７を対象とするＴａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｍｍ００４８０４３１＿ｍ１）を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機械上でリアルタイムｑＰＣＲにより、各ウェルからのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのレベルを三通り測定した。Ｔａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｍｍ０２３４２４３０＿ｇ１）を使用してＰＰＩＡ ｍＲＮＡのレベルを測定し、これを用いて、デルタ－デルタＣｔ法を使用して各ウェルの相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを求めた。未処置のＣ１６６細胞の相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルに対して、全データを正規化した。結果を表７に示す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｓｉＲＮＡなど、ヒトＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドは、ヒト、ＮＨＰ、マウス、ラット、および／またはイヌＡＮＧＰＴＬ７（例えば、ＥＴＤ００３４２～ＥＴＤ００３４６のいずれか１つ、あるいは、異なる配列修飾を持つか配列修飾を持たないこれらの変形）と交差反応性である。
Figure 2022535717000012
ヒトＡＲＰＥ－１９細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡのＩＣ５０の判定
選択したＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡによるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのノックダウンに関するＩＣ５０値を、ＡＲＰＥ－１９細胞を対象に求めた。ＥＴＤ００２６９、ＥＴＤ００２７０、ＥＴＤ００３５３、ＥＴＤ００３５６、ＥＴＤ００３５８、ＥＴＤ００３７０、ＥＴＤ００３７７、ＥＴＤ００３７８、およびＥＴＤ００３８２ ｓｉＲＮＡを、３ｎＭ、１ｎＭ、０．３ｎＭ、０．１ｎＭ、および０．０３ｎＭで個々に分析した。ｓｉＲＮＡのサブセットも０．０１ｎＭで分析した。ＡＲＰＥ－１９（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－２３０２（商標）） 細胞を、９６ウェルの組織培養プレート中の１０％ウシ胎児血清を補足したＤＭＥＭにおいて、７，５００細胞／ウェルの細胞密度で蒔いて、空気と５％二酸化炭素で構成される雰囲気下、ウォータージャケット加湿インキュベータにおいて３７℃で一晩インキュベートした。１つのウェルにつき０．３μＬのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘ（Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して、ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡを、三重ウェルにおいてＡＲＰＥ－１９細胞へと個々にトランスフェクトした。Ｓｉｌｅｎｃｅｒ Ｓｅｌｅｃｔ Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ＃１（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号４３９０８４３）を、０．０３ｎＭと３ｎＭの最終濃度で対照としてトランスフェクトした。３７℃で４８時間のインキュベーション後、各ウェルから全ＲＮＡを採取し、製造業者の指示に従いＴａｑｍａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣＴ（商標）キット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号Ａ３５３７４）を使用してｃＤＮＡを調製した。ヒトＡＮＧＰＴＬ７を対象とするＴａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ００２２１７２７＿Ｍ１）を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機械上でリアルタイムｑＰＣＲにより、各ウェルからのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのレベルを三通り測定した。Ｔａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ９９９９９９０４＿Ｍ１）を使用してＰＰＩＡ ｍＲＮＡのレベルを測定し、これを用いて、デルタ－デルタＣｔ法を使用して各ウェルの相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを求めた。未処置のＡＲＰＥ－１９細胞の相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルに対して、全データを正規化した。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアにおいて［阻害剤］対応答（３つのパラメータ）関数を使用して、曲線適合を達成した。結果を表８、表９、および表１０に示す。
Figure 2022535717000013
Figure 2022535717000014
Figure 2022535717000015
ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡのヌクレアーゼ耐性の程度に関する評価
ヌクレアーゼ消化に対する選択ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡの耐性を、ラット肝臓トリトソーム中でｓｉＲＮＡをインキュベートすることにより評価した。１ｘ分解緩衝液（ｃａｔａｂｏｌｉｃ ｂｕｆｆｅｒ）（Ｘｅｎｏｔｅｃｈ、カタログ番号Ｋ５２００、Ｌｏｔ＃１８－１－０６９８）、０．５ｘラットトリトソーム（Ｘｅｎｏｔｅｃｈ、カタログ番号Ｋ５２００、Ｌｏｔ＃１８－１－０６９８）、０．１Ｕ／μｌブタ腸ヘパリン（Ｚａｇｅｎｏ、カタログ番号Ｈ３１４９－１０ＫＵ）を含有する氷上で調製したカクテルを含むＰＣＲチューブに、各ｓｉＲＮＡ（最終濃度７ｎｇ／μｌ）を入れた。アリコートを除去し、等量の５０ｍＭ ＥＤＴＡを添加し、試料を－８０℃で静置した。この試料を０時間の時点として指定した。反応物の残りをＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｍａｓｔｅｒｃｙｃｌｅｒ Ｇｒａｄｉｅｎｔに配して３７℃でインキュベートした。４時間および２４時間のインキュベーション後、アリコートを反応物から除去し、等量の５０ｍＭ ＥＤＴＡを添加して反応を止め、ゲル電気泳動による解析まで－８０℃で静置した。次いで、試料をすべて氷上で解凍し、６倍のＤＮＡ Ｇｅｌ Ｌｏａｄｉｎｇ Ｄｙｅ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒカタログ番号Ｒ０６１１）を１倍の最終濃度に添加し、各試料２０μｌを、２０％ポリアクリルアミドＴＢＥゲル（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号ＥＣ６３１５５ＢＯＸ）に載せた。電気泳動は、一定の１００Ｖで７５分間、１倍のＴＢＥ（Ｔｒｉｓ／ホウ酸／ＥＤＴＡ）（Ｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号ＦＥＲＢ５ ２）をタンク緩衝液として使用したＸＣｅｌｌ ＳｕｒｅＬｏｃｋ Ｍｉｎｉ－Ｃｅｌｌ Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）中で実施した。室温で１５分間、ＴＢＥ中で１：１０，０００希釈のＳＹＢＲ Ｇｏｌｄ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号Ｓ－１１４９４）によりゲルを振動させながら染色することにより、ｓｉＲＮＡを可視化した。ゲルを１倍のＴＢＥで１５分間洗浄し、次いでＦｏｔｏＰｒｅｐ １ ＵＶトランスイルミネータ（Ｆｏｔｏｄｙｎｅ）に置いた。黄色のゲルフィルタ（Ｎｅｅｗｅｒ）をレンズの上に配置したｉＰｈｏｎｅ（登録商標）６ｓのＭＯＮＯに設定したカメラａｐｐを使用して、ゲルを画像化した。「Ａｎａｌｙｚｅ：Ｇｅｌｓ」機能を使用したＮＩＨ ＩｍａｇｅＪを使用して、帯強度を測定した。残るｓｉＲＮＡの割合は、そのｓｉＲＮＡについて０時間の時点で得た値へと正規化した。結果を表１１に示す。本アッセイを使用することにより、一部のｓｉＲＮＡは、同じ修飾パターンを持つ他のｓｉＲＮＡと比較して、ヌクレアーゼ消化に対する耐性が高く、多くが経時的に無傷で残ることを判定することができた。
Figure 2022535717000016
デキサメタゾンの存在下での初代ヒト小柱網細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７発現のｓｉＲＮＡ媒介型ノックダウン
この実験では、デキサメタゾンにさらした初代ヒト小柱網細胞を、ｓｉＲＮＡ標的化ＡＮＧＰＴＬ７により処置した。初代ＨＴＭ細胞（Ｃｅｌｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ カタログ番号６３４０５ａ）を、ウォータージャケット加湿インキュベータ中、１０％ＦＢＳ（Ｇｅｍｉｎｉ Ｂｉｏ カタログ番号９００－１０８）を添加した高グルコースＤＭＥＭ（Ｃｙｔｉｖａ ｃａｔ＃ＳＨ３０２４３．０１）において、３７℃、空気と５％二酸化炭素で構成される雰囲気下で、集密度まで増殖させた。細胞をトリプシン／ＥＤＴＡ（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌカタログ番号Ｃ－４１０１０）により採取し、２００，０００細胞／ｍｌの細胞密度でＤＭＥＭ＋１０％ＦＢＳにおいて再懸濁し、次いで２４ウェル組織培養プレートに２０，０００細胞／ウェルで蒔いた。細胞が８０％の集密度に達したら、培地を交換し、ウォータージャケット加湿インキュベータ中のＤＭＥＭにおいて２４時間、３７℃、空気と５％二酸化炭素で構成される雰囲気下で、細胞を血清飢餓状態にした。次に、５０μｍで調製したデキサメタゾン５μｌ（Ｓｉｇｍａ カタログ番号Ｄ４９０２－１００ＭＧ）をウェルに加えて最終濃度を５００ｎＭとし、プレートをさらに２４時間インキュベートした。これを０日目に指定した。１日目、培地を、０．５ｍＬ ＤＭＥＭ、１μＭの陰性対照ｓｉＲＮＡ（Ａｃｃｅｌｌ Ｎｏｎ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｉＲＮＡ ＃２， Ｄｈａｒｍａｃｏｎ カタログ番号Ｄ－００１９１０－０２－２０）を含有する０．５ｍＬ ＤＭＥＭ、または１μＭのＥＴＤ００７５２標的化ＡＮＧＰＴＬ７を含有する０．５ｍＬ ＤＭＥＭと交換した。ＡＮＧＰＴＬ７ ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００７５２は、センス鎖の３’末端に結合したＴＥＧ－コレステロール部分を有しており、ＥＴＤ００３５６に由来する。ＥＴＤ００７５２は、以下の配列：センス鎖５’ ＡｆｓｕｓＡｆｕＧｆｕＡｆＣｆＣｆａＡｆｇＧｆａＵｆｇＵｆｕＡｆｓｕｓｕ［Ｃｈｏｌ－ＴＥＧ］ ３’（配列番号１１３７７）、アンチセンス鎖５’ ｕｓＡｆｓａＣｆａＵｆｃＣｆｕＵｆｇｇｕＡｆｃＡｆｕＡｆｕｓｕｓｕ ３’（配列番号１１３０６）を含む。２日目、４日目、および６日目に、５ｕｌの５０ｕＭデキサメタゾンをすべてのウェルに添加した。３日目と５日目に、培地を、適切なウェルにおいて０．５ｍＬの新鮮なＤＭＥＭ、１μＭの陰性対照ｓｉＲＮＡ（Ａｃｃｅｌｌ Ｎｏｎ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｉＲＮＡ ＃２， Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ＃Ｄ－００１９１０－０２－２０）を含有する０．５ｍＬの新鮮なＤＭＥＭ、または１μＭのＥＴＤ００７５２標的化ＡＮＧＰＴＬ７を含有する０．５ｍＬの新鮮なＤＭＥＭと交換した。対照は、ｓｉＲＮＡまたはデキサメソンを投与されなかった細胞も含んでいた。
８日目、培地を集めて、製造業者の指示に従いＥＬＩＳＡ（Ｒａｙｂｉｏ（登録商標）ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ＥＬＩＳＡキット カタログ番号ＥＬＨ－ＡＮＧＰＴＬ７－１）によりＡＮＧＰＴＬ７タンパク質の定量化を行った。細胞から全ＲＮＡを採取し、製造業者の指示に従いＴａｑｍａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣＴ（商標）キット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、カタログ番号Ａ３５３７４）を使用してｃＤＮＡを調製した。ヒトＡＮＧＰＴＬ７を対象とするＴａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ００２２１７２７＿Ｍ１）を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機械上でリアルタイムｑＰＣＲにより、各ウェルにおける細胞からのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのレベルを三通り測定した。Ｔａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ９９９９９９０４＿Ｍ１）を使用してＰＰＩＡ ｍＲＮＡのレベルを測定し、これを用いて、デルタ－デルタＣｔ法を使用して各ウェルにおける細胞から相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを求めた。すべてのデータを、デキサメタゾン単独で処置した細胞における相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルに対して正規化した。結果を表１２に示す。結果から、デキサメタゾンで処置した初代ＨＴＭ細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよびＡＮＧＰＴＬ７タンパク質のレベルは、デキサメタゾンで処置されていない細胞よりもはるかに高かったことを認めた。加えて、デキサメタゾンにさらしてＥＴＤ００７５２で処置した初代ＨＴＭ細胞におけるＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡおよびＡＮＧＰＴＬ７タンパク質のレベルは、ＥＴＤ００７５２で処理されていないか、Ａｃｃｅｌｌ非標的化対照ｓｉＲＮＡ＃２で処置した細胞よりもはるかに低かった。
Figure 2022535717000017
緑内障の３Ｄ ｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおけるＡＮＧＰＴＬ７発現のｓｉＲＮＡ媒介型ノックダウン
ヒトの眼において、恒常性眼圧（ＩＯＰ）は、主にヒト小柱網（ＨＴＭ）を介した房水の形成および排液により維持される。房水の約７０～９０％がこの組織を通って排出されており、ＴＭを介した流出の減少はＩＯＰの上昇を生じさせると考えられている。ＨＴＭの生物学的および生理学的特性を再現するｉｎ ｖｉｔｒｏ ３Ｄ ＨＴＭモデル（３Ｄ－ＨＴＭ（商標））は、契約研究機関であるＧｌａｕｃｏｎｉｘが確立している。緑内障のｉｎ ｖｉｔｒｏモデル系におけるＡＮＧＰＴＬ７のｓｉＲＮＡ媒介型ノックダウンの概念実証を提供するために、３Ｄ－ＨＴＭ（商標）を使用して以下の試験を行った。
初代ドナー小柱網細胞を用いて、１０％ＦＢＳ－ＩＭＥＭ中で３Ｄ－ＨＴＭ（商標）構築物を２週間かけて培養した。一旦、３Ｄ－ＨＴＭ（商標）構築物を用意したら、これらを６．７％ＦＢＳ－ＩＭＥＭに２４時間入れてから処置を行った。処置には次のものを含めた：０日目、培地を、５００ｎＭデキサメタゾンを含有する新鮮な６．７％ＦＢＳ培地と交換した。３日目、培地を、５００ｎＭデキサメタゾンを含有する新鮮な６．７％ＦＢＳ培地と交換した。４日目、培地を、デキサメタゾンを含まない新鮮な６．７％ＦＢＳ培地と交換し、ｓｉＲＮＡによりトランスフェクトした。本試験で使用したｓｉＲＮＡは、ＥＴＤ００１５３、ＥＴＤ００３５３、およびＥＴＤ００３５６であった。ＥＴＤ００１５３は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とせず、陰性対照ｓｉＲＮＡとして機能するｓｉＲＮＡである。ＥＴＤ００１５３は、以下の配列：センス鎖５’ ＵｆｓｇｓＵｆｇＧｆｃＣｆＣｆＧｆｃＡｆｃＧｆｇＧｆｇＣｆａＡｆｓｕｓｕ ３’（配列番号１１３７８）、アンチセンス鎖５’ ｕｓＵｆｓｇＣｆｃＣｆｃＧｆｕＧｆｃｇｇＧｆｃＣｆａＣｆａｓｕｓｕ ３’（配列番号１１３７９）を有している。ＥＴＤ００３５３およびＥＴＤ００３５６は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするｓｉＲＮＡである。ＥＴＤ００３５３は、以下の配列：センス鎖５’ ＣｆｓａｓＵｆｇＧｆａＵｆＣｆＵｆａＣｆｃＵｆａＣｆｕＣｆｃＡｆｓｕｓｕ ３’（配列番号１１１８３）、アンチセンス鎖５’ ｕｓＧｆｓｇＡｆｇＵｆａＧｆｇＵｆａｇａＵｆｃＣｆａＵｆｇｓｕｓｕ ３’（配列番号１１３０３）を有している。ＥＴＤ００３５６は、以下の配列：センス鎖５’ ＡｆｓｕｓＡｆｕＧｆｕＡｆＣｆＣｆａＡｆｇＧｆａＵｆｇＵｆｕＡｆｓｕｓｕ ３’（配列番号１１１８６）、アンチセンス鎖５’ ｕｓＡｆｓａＣｆａＵｆｃＣｆｕＵｆｇｇｕＡｆｃＡｆｕＡｆｕｓｕｓｕ ３’（配列番号１１３０６）を有している。トランスフェクションは、Ｔａｒｇｅｆｅｃｔ－ＲＡＷ（Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＲＡＷ－０ １）を使用して達成した。トランスフェクション複合体を氷の上で調製した。先ず、１００μＭストックの１００ｎＭ ｓｉＲＮＡを、抗生物質を含まない４．５ｇ／Ｌ ＤＭＥＭに添加し、チューブを１２回軽く叩くと混合を達成した。次に、混合物の全体積の１／５０であったｔａｒｇｅｔｆｅｃｔを、希釈したｓｉＲＮＡに添加し、チューブを１２回軽く叩くと混合を達成した。これに、混合物の全体積の１／２５であったｖｉｒｏｆｅｃｔエンハンサ試薬を添加した。チューブを１２回軽く叩くと混合を達成した。次いで、この混合物を３７℃で２５分間インキュベートし、トランスフェクション複合体を形成した。次いで、完全培地（抗生物質を含む１０％ｐＦＢＳ ＤＭＥＭ）を、複合体の２倍の体積でトランスフェクション複合体に添加した。例えば、複合体の体積が０．５ｍＬの場合、完全培地１ｍＬを添加した。次に、複合体２２５μｌと完全培地との混合物を、適切なウェルに添加した。５日目、培地を変更せずにデキサメタゾンを５００ｎＭに添加した。６日目、培地を、デキサメタゾンを含まない６．７％ＦＢＳを含有する新鮮な培地と交換し、ｓｉＲＮＡを受けたウェルを、上記の第１のトランスフェクション用のプロトコルを使用して再びトランスフェクトした。７日目、培地を変更せずにデキサメタゾンを５００ｎＭに添加した。
８日目、ＲＮＡｅａｓｙ Ｐｌｕｓ Ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号７４１３４）を製造業者の説明書に従い使用して、全ＲＮＡを細胞から採取した。Ｍａｘｉｍａ ｆｉｒｓｔ ｓｔｒａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ カタログ番号Ｋ１６４２）を製造業者の指示に従い使用して、ｃＤＮＡを全ＲＮＡ５００ｎｇから調製した。ヒトＡＮＧＰＴＬ７を対象とするＴａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ００２２１７２７＿Ｍ１）を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機械上でリアルタイムｑＰＣＲにより、各ウェルにおける細胞からのＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡのレベルを三通り測定した。Ｔａｑｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ、ａｓｓａｙ＃Ｈｓ９９９９９９０４＿Ｍ１）を使用してＰＰＩＡ ｍＲＮＡのレベルを測定し、これを用いて、デルタ－デルタＣｔ法を使用して各ウェルにおける細胞から相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルを求めた。すべてのデータを、デキサメタゾン単独で処置した細胞における相対ＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルに対して正規化した。結果を表１３に示す。結果から、デキサメタゾンにさらしてｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００３５３またはＥＴＤ００３５６によりトランスフェクトした３Ｄ－ＨＴＭ（商標）細胞のＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡレベルは、ｓｉＲＮＡを受けていないか陰性対照ｓｉＲＮＡ ＥＴＤ００１５３でトランスフェクトした３Ｄ－ＨＴＭ（商標）細胞よりもはるかに低かったことを認めた。
Figure 2022535717000018
配列情報
いくつかの実施形態は、以下の表における非限定的な例から１つ以上の核酸配列を含む：
Figure 2022535717000019

Claims (66)

  1. アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）を標的とし、および、有効な量で対象に投与されたときに眼圧を減少させるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、オリゴヌクレオチドは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０のヌクレオチドを有する、組成物。
  2. 投与の前と比較して、眼圧は約１０％以上減少する、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記ｓｉＲＮＡは、アンチセンス鎖に２つ以下のミスマッチを伴って、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡに結合する、請求項１に記載の組成物。
  4. 前記ｓｉＲＮＡは、ＳＮＰを保有しないヒトＡＮＧＰＴＬ７ ｍＲＮＡ標的部位に結合し、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は１％以上である（位置２－１８）、請求項１に記載の組成物。
  5. 前記センス鎖および前記アンチセンス鎖はそれぞれ、ヒトｍｉＲＮＡのシード領域と同一ではないシード領域を含んでいる、請求項１に記載の組成物。
  6. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  7. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  8. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  9. 前記アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  10. アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  11. 前記アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  12. オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む、請求項１に記載の組成物。
  13. 前記１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合は、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホロアミダート、カルバメート、カーボネート、リン酸トリエステル、アセトアミダート、またはカルボキシメチルエステル、あるいはそれらの組み合わせを含む、請求項１２に記載の組成物。
  14. 前記１個以上の修飾されたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合を含む、請求項１２に記載の組成物。
  15. 前記オリゴヌクレオチドは、２－６個の修飾されたヌクレオシド間結合を含む、請求項１２に記載の組成物。
  16. 前記オリゴヌクレオチドは１個以上の修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１に記載の組成物。
  17. 前記１個以上の修飾されたヌクレオシドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＬＡ）、シクロヘキセン核酸（ＣｅＮＡ）、２’，４’拘束エチル、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ、または２’－デオキシ、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシフルオロヌクレオシド、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）ヌクレオシド、２’－ａｒａ－Ｆ、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１６に記載の組成物。
  18. 前記１個以上の修飾されたヌクレオシドは、２’フルオロ修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１６に記載の組成物。
  19. 前記１個以上の修飾されたヌクレオシドは、２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１６に記載の組成物。
  20. 前記オリゴヌクレオチドは１５～２３個の修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１６に記載の組成物。
  21. 前記オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合された脂質を含む、請求項１に記載の組成物。
  22. 前記脂質は、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミリスチル、パルミチルステアリル、またはα－トコフェロール、あるいはそれらの組み合わせを含む、請求項２１に記載の組成物。
  23. 前記脂質はコレステロールを含む、請求項２１に記載の組成物。
  24. 前記オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合したアルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドを含んでいる、請求項１に記載の組成物。
  25. ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、アミノ安息香酸由来ＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２４に記載の組成物。
  26. 前記オリゴヌクレオチドは、ＲＧＤペプチドと、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合した脂質とを含む、請求項１に記載の組成物。
  27. 前記センス鎖は、修飾パターン１Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８１）、修飾パターン２Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８２）、修飾パターン３Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８３）、修飾パターン４Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８４）、または、修飾パターン５Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む、請求項１に記載の組成物。
  28. 前記アンチセンス鎖は、修飾パターン１ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８６）、修飾パターン２ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎＮｆＮｆｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８７）、修飾パターン３ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８８）、または、修飾パターン４ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である、請求項１に記載の組成物。
  29. 前記センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  30. 前記センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  31. 前記センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  32. 前記センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  33. 前記アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  34. 前記アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  35. 前記アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  36. 前記アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  37. 前記センス鎖または前記アンチセンス鎖は、少なくとも２つのヌクレオシドの３’オーバーハングを含む、請求項１に記載の組成物。
  38. 前記組成物は医薬組成物である、請求項１に記載の組成物。
  39. 前記組成物は無菌である、請求項３８に記載の組成物。
  40. 薬学的に許容可能な担体をさらに含む、請求項３８に記載の組成物。
  41. 薬学的に許容可能な担体は、水、緩衝液、または生理食塩水を含む、請求項４０に記載の組成物。
  42. 対象の眼の障害を処置する方法であって、前記方法は、ＡＮＧＰＴＬ７を標的とするオリゴヌクレオチドを含む組成物を、対象に投与する工程を含み、前記オリゴヌクレオチドは、センス鎖およびアンチセンス鎖を含む低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含み、アンチセンス鎖は、配列番号１１０８５のヌクレオシド配列を有する核酸の一部と相補的であり、各鎖は１４～３０のヌクレオチドを有する、方法。
  43. 眼の障害は緑内障を含む、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記組成物は、組成物を対象に投与する前に、対象から得られたベースライン眼圧測定値と比べて、対象の目の眼圧を低下させる、請求項４２に記載の方法。
  45. 前記組成物は、組成物を対象に投与する前に、対象から得られたベースライン眼圧測定値と比べて、対象の目の眼圧を少なくとも１０％低下させる、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  47. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  48. 前記センス鎖は、配列番号７、９２、９３、９４、１１５、１１７、１１８、１２０、２０６、２０７、２５６、６４５、６４６、６５７、７４０、７４１、７４３、９２３、９４３、９４８、１０２１、１０９２、１０９４、１０９７、１１０５、１１０７、１１３２、１１９８、１２０１、１４２４、１４２５、１４２９、１４３４、１４３６、１４３８、１５３７、１５４１、１６３９、１６５４、１６９１、１６９３、１７６２、１７６４、１７６５、１７９４、１７９６、１７９７、１９６８、１９６９、２０３０、２０８５、２０８７、２０９１、２０９５、２０９９、または２１９２のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  49. 前記アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つに少なくとも８５％同一であるヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  50. 前記アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  51. 前記アンチセンス鎖は、配列番号２２１３、２２９８、２２９９、２３００、２３２１、２３２３、２３２４、２３２６、２４１２、２４１３、２４６２、２８５１、２８５２、２８６３、２９４６、２９４７、２９４９、３１２９、３１４９、３１５４、３２２７、３２９８、３３００、３３０３、３３１１、３３１３、３３３８、３４０４、３４０７、３６３０、３６３１、３６３５、３６４０、３６４２、３６４４、３７４３、３７４７、３８４５、３８６０、３８９７、３８９９、３９６８、３９７０、３９７１、４０００、４００２、４００３、４１７４、４１７５、４２３６、４２９１、４２９３、４２９７、４３０１、４３０５、または４３９８のいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  52. 前記センス鎖は、修飾パターン１Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８１）、修飾パターン２Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８２）、修飾パターン３Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８３）、修飾パターン４Ｓ：５’－ＮｆｓｎｓＮｆｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８４）、または、修飾パターン５Ｓ：５’－ｎｓｎｓｎｎＮｆｎＮｆＮｆＮｆｎｎｎｎｎｎｎｎｎｎｓｎｓｎＮ－Ｌｉｐｉｄ－３’（配列番号１１３８５）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合であり、Ｎはヌクレオシドを含む、請求項４２に記載の方法。
  53. 前記アンチセンス鎖は、修飾パターン１ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｎｎＮｆｎＮｆｎＮｆｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８６）、修飾パターン２ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎＮｆＮｆｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８７）、修飾パターン３ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎｎｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８８）、または、修飾パターン４ＡＳ：５’－ｎｓＮｆｓｎＮｆｎＮｆｎｎｎｎｎｎｎＮｆｎＮｆｎｎｎｓｎｓｎ－３’（配列番号１１３８９）を含み、ここで、「Ｎｆ」は２’フルオロ修飾されたヌクレオシドであり、「ｎ」は２’Ｏ－メチル修飾されたヌクレオシドであり、「ｓ」はホスホロチオエート結合である、請求項４２に記載の方法。
  54. 前記センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  55. 前記センス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  56. 前記センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  57. 前記センス鎖は、配列番号１１０９４、１１０９５、１１０９６、１１０９７、１１０９８、１１０９９、１１１００、１１１０１、１１１０２、１１１０３、１１１０４、１１１０５、１１１０６、１１１０９、１１１１０、１１１１３、１１１１６、１１１１８、１１１１９、１１１２１、１１１２２、１１１２３、１１１２４、１１１２５、１１１２６、１１１２７、１１１２８、１１１２９、１１１３０、１１１３２、１１１３３、１１１３４、１１１３５、１１１３６、１１１３９、１１１４０、１１１４３、１１１４４、１１１４５、１１１４６、１１１４７、１１１４８、１１１４９、１１１５０、１１１５１、１１１５２、１１１５３、１１１５４、１１１５５、１１１５６、１１１５７、１１１５８、１１１５９、１１１６０、１１１６１、１１１６２、１１１６３、１１１６４、１１１６５、１１１６６、１１１６７、１１１６８、１１１６９、１１１７０、１１１７１、１１１７２、１１１７３、１１１７４、１１１７５、１１１７６、１１１７７、１１１７８、１１１８０、１１１８１、１１１８２、１１１８３、１１１８４、１１１８５、１１１８６、１１１８７、１１１８８、１１１８９、１１１９１、１１１９３、１１１９５、１１１９６、１１１９８、１１１９９、１１２００、１１２０１、１１２０３、１１２０４、１１２０５、１１２０７、１１２０８、１１２１０、１１２１１、または１１２１２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  58. 前記アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列に少なくとも８５％同一のヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  59. 前記アンチセンス鎖は、表５－１３のいずれかのｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  60. 前記アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列、あるいは、１つまたは２つのヌクレオシドの置換、付加、または欠失を有するそのアンチセンス鎖配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  61. 前記アンチセンス鎖は、配列番号１１２１４、１１２１５、１１２１６、１１２１７、１１２１８、１１２１９、１１２２０、１１２２１、１１２２２、１１２２３、１１２２４、１１２２５、１１２２６、１１２２９、１１２３０、１１２３３、１１２３６、１１２３８、１１２３９、１１２４１、１１２４２、１１２４３、１１２４４、１１２４５、１１２４６、１１２４７、１１２４８、１１２４９、１１２５０、１１２５２、１１２５３、１１２５４、１１２５５、１１２５６、１１２５９、１１２６０、１１２６３、１１２６４、１１２６５、１１２６６、１１２６７、１１２６８、１１２６９、１１２７０、１１２７１、１１２７２、１１２７３、１１２７４、１１２７５、１１２７６、１１２７７、１１２７８、１１２７９、１１２８０、１１２８１、１１２８２、１１２８３、１１２８４、１１２８５、１１２８６、１１２８７、１１２８８、１１２８９、１１２９０、１１２９１、１１２９２、１１２９３、１１２９４、１１２９５、１１２９６、１１２９７、１１２９８、１１３００、１１３０１、１１３０２、１１３０３、１１３０４、１１３０５、１１３０６、１１３０７、１１３０８、１１３０９、１１３１１、１１３１３、１１３１５、１１３１６、１１３１８、１１３１９、１１３２０、１１３２１、１１３２３、１１３２４、１１３２５、１１３２７、１１３２８、１１３３０、１１３３１、または１１３３２のうちのいずれか１つのヌクレオシド配列を含む、請求項４２に記載の方法。
  62. 前記オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に結合された脂質を含む、請求項４２に記載の方法。
  63. 前記脂質は、コレステロール、ミリストイル、パルミトイル、ステアロイル、リトコロイル、ドコサノイル、ドコサヘキサエノイル、ミリスチル、パルミチルステアリル、またはα－トコフェロール、あるいはそれらの組み合わせを含む、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記脂質はコレステロールを含む、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端で結合したアルギニン－グリシン－アスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドを含んでいる、請求項４２に記載の方法。
  66. ＲＧＤペプチドは、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ）、シクロ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－アジド）、アミノ安息香酸由来ＲＧＤ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項６５に記載の方法。
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