JP2022521997A - 全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製における環状rnaの使用 - Google Patents

全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製における環状rnaの使用 Download PDF

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Abstract

本発明では、全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNAの促進物質の使用を提供する。【選択図】 図1

Description

本開示は、バイオ医薬の分野に属し、全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製における環状RNA(circRNA)の使用に特に関する。
全身性エリテマトーデス(SLE)は、典型的な多臓器性多組織性自己免疫疾患であり、複雑及び多様な臨床及び免疫学的症状、例えば、免疫学的寛容、リンパ球機能の制御不全及びリンパ球アポトーシスの障害、補体欠損症及び免疫複合体クリアランス機能障害、並びにサイトカイン分泌の制御不全を有し、免疫系全体の障害をほとんど包含する。臨床的には、SLEは、多臓器、例えば、腎臓、神経及び精神系、並びに血液系の障害として主に現れる。重要臓器が侵される前のSLE患者における早期診断は、SLEを予防及び治療し、患者の生活の質を高め、患者の生産性を向上させるのに非常に意義がある。しかし、生物学的診断のための現存するマーカーは、臓器の障害後に生じる、主に生物化学的及び免疫学的変化であり、SLE患者における臓器障害の早期診断において使用することができない。
現在のところ、SLEの原因及び病因は、いまだ完全には理解されておらず、種々の因子、例えば、家族性の遺伝、性ホルモンによる撹乱及び環境因子に起因すると考えられている。したがって、特定の治療手段がいまだに欠乏しており、SLEの予防及び治療を増強することが基本的に不可能となっている。
先行技術における問題を解決するために、本開示の目的は、SLEにおけるcircRNAの発現、及びSLEの生物学的機能に対するこの制御作用を試験し、SLEの診断及び治療におけるcircRNAの発現産物の使用を提供することである。
上記の目的及び関連する他の目的を達成するために、本開示では、以下の技術的解決法を採用する。
本開示の第1の態様では、SLEを治療するための医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質の使用を提供する。
本開示の第2の態様では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効量対象に投与することによりSLEを治療するための方法を提供する。
本開示の第3の態様では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効用量含む、SLEを治療するための医薬を提供する。
本開示の第4の態様では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効用量と、SLEを治療するための少なくとも1つの追加の医薬とを含む、SLEを治療するための医薬の組合せを提供する。
本開示の第5の態様では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効量対象に投与し、SLEを治療するための追加の医薬を有効量対象に投与し、及び/又はSLEを治療するための他の手段を対象に適用することにより、SLEを治療するための方法を提供する。
本開示の第6の態様では、
(1)circRNAの経路を制御して環状RNAのレベルを増強する作用、及び
(2)circRNAのレベルを細胞において直接上昇させる作用
からなる群から選択される1つ又は複数の作用を有する医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質の使用を提供する。
本開示の第7の態様では、SLEを治療するための医薬の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質の使用を提供する。
本開示の第8の態様では、全身性エリテマトーデスを検出するための物質の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの使用を提供する。
本開示の第9の態様では、SLEを検出するためのキットの調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質の使用を提供する。
本開示の第10の態様では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための少なくとも1つの物質を含む、SLEを検出するためのキットを提供する。
先行技術と比較して、本開示は、以下の有益な作用を有する。
本開示によれば、1対の特定のプライマーは、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの発現を検出するように設計した。次いで、SLEを有する患者における16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの発現が検出され、この結果により、発現レベルの有意な低下が示された。したがって、circRNAは、SLEの診断マーカーとして使用することができる。加えて、本開示では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの遺伝子の細胞機能をin vitroで試験し、この場合、circRNAの遺伝子配列をpZW1ベクターに挿入して、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの高発現のための発現ベクターを構築した。空のベクターをトランスフェクトした対照と比較して、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの遺伝子が高発現したSLE患者由来の末梢血単核細胞(PBMC)は、ホスホリラーゼキナーゼ(PKR)のリン酸化レベルの有意な下方制御、並びにSLE患者のPBMC及び免疫T細胞におけるサイトカインIFNベータ及びSLEの診断遺伝子の発現の下方制御を示した。16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの遺伝子及びこの発現産物が、SLEを治療するための医薬の調製において使用可能であることが示された。まとめると、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの遺伝子は、SLEをより正確及び迅速に診断するSLEの診断マーカーとして機能し得る。circRNAの遺伝子発現産物は、SLEの治療のための医薬を調製するための分子として機能し、SLEを治療するための新たな方法を提供し得る。
染色体上のcircPOLR2Aの位置マップを例示する。 特異的検出プライマーを用いて検出した、SLE患者におけるcircPOLR2Aの発現を例示する。 circRNAであるcircPOLR2Aによって得た受信者動作特性(ROC)曲線を例示する。 circPOLR2A及び特殊な2重鎖構造を有する同一型のcircRNA26種、並びに特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の2次構造図を例示する。 circPOLR2A及び特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の高発現後のPKR及びPKRの下流遺伝子のリン酸化レベルを例示する。 circPOLR2Aの高発現後に検出した、SLE患者のPBMC及び免疫T細胞における、PKRのリン酸化レベル、並びにサイトカインIFNベータ並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現の下方制御を例示する。 circPOLR2AをヒトHeLa細胞へ導入後のサイトカインIFNベータ、TNFα及びIL6の発現を例示する。 in vitroでのPKRリン酸化活性実験系を用いたcircPOLR2Aのインキュベーション後のin vitroでのPKRリン酸化活性のレベルにおける変化を例示する。
本開示の特定の実施形態をさらに記載する前に、本開示の保護範囲は、以下の特定の実施形態に制限されないことが理解されるべきである。また、本開示の例において使用する用語は、特定の実施形態について記載することを意図し、本開示の保護範囲を制限することを意味しないことが理解されるべきである。特定の条件により特定しない以下の例における実験方法は、従来の条件又は製造者により推奨される条件に従って一般に行う。
数値範囲を例において示す場合、本開示において他に特定しない限り、各数値範囲の2つのエンドポイント及び2つのエンドポイント間の任意の値が選択され得ることが理解されるべきである。他に定義しない限り、本開示において使用するすべての技術的及び化学的用語は、当業者により一般に理解されるものと同一の意味を有する。例において使用する特定の方法、設備、及び材料に加えて、本開示の例において記載するものと等価又は類似の任意の方法、設備、及び材料を使用して、従来の知識及び本開示の記載に従って当業者により本開示を実行することができる。
他に特定しない限り、本開示において開示する実験方法、検出方法、及び調製方法のすべてでは、分子生物学、生物化学、クロマチンの構造及び分析、分析化学、細胞培養、組換えDNA技術、並びに関連する分野における従来の技術を採用する。
circRNAは、最近発見された非コードRNA分子である。伝統的直鎖状RNAとは異なって、circRNAは、5’キャップ及び3’ポリ(A)尾部を有しない共有結合したループ構造を有することが見出されている。最近の研究では、circRNAは、種々の生体細胞において広範に存在するバックスプライシングにより主に形成され、非常に高い構造安定性、エキソヌクレアーゼによる分解の難しさ、組織特異性、並びにこの発現の時間的及び空間的特異性等により特徴づけられることが示されている。このような特性により、circRNAが、疾患の診断及び治療のための方法の開発及び適用において広範な可能性を有することとなっている。
本開示の例では、SLEを治療するための医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質の使用を提供する。不完全2重鎖構造は、完全相補性塩基対形成、及び不対塩基により形成されるバルジ又は内部ループの両方が存在する、RNAにより形成されるステムループ2重鎖構造として定義される。不完全2重鎖構造の長さは、相補性塩基対の数により算出する。バルジ又は内部ループが存在し、バルジ又は内部ループを形成する不対塩基の数が4以下である場合、多重の不完全2重鎖構造ではなく単一の不完全2重鎖構造であると、さらに考えられる。
本明細書において使用する場合、特殊な2重鎖構造を有するcircRNA及び16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、同一の物質を指す。
本開示の例において使用する16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、circARID1B、circCAMSAP1、circCCNB1、circCNN2、circDHX34、circEPHB4、circEZH2、circFCHO2、circFGFR1、circFKBP8、circKIAA0368、circMBOAT2、circPIP5K1C、circPOLR2A、circPPP1CB、circPROSC、circPTK2、circPVT1、circRELL1、circSDHAF2、circSLC22A23、circSNHG4、circTBCD、circTMEM181、circUIMC1及びcircVAPBからなる群から選択される任意の1つ又は複数である。
本開示の例において使用する、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、circARID1B促進物質、circCAMSAP1促進物質、circCCNB1促進物質、circCNN2促進物質、circDHX34促進物質、circEPHB4促進物質、circEZH2促進物質、circFCHO2促進物質、circFGFR1促進物質、circFKBP8促進物質、circKIAA0368促進物質、circMBOAT2促進物質、circPIP5K1C促進物質、circPOLR2A促進物質、circPPP1CB促進物質、circPROSC促進物質、circPTK2促進物質、circPVT1促進物質、circRELL1促進物質、circSDHAF2促進物質、circSLC22A23促進物質、circSNHG4促進物質、circTBCD促進物質、circTMEM181促進物質、circUIMC1促進物質、及びcircVAPB促進物質からなる群から選択される任意の1つ又は複数である。
circRNAの詳細な情報を以下に記載する。
circARID1B(データベースID:HSA_CIRCpedia_54093)。このゲノム位置は、chr6:157,357,968~157,406,039である。対応する直鎖状遺伝子は、ARID1B(chr6:157,256,600~157,473,538)となる。環化配列は、286塩基を有する。ARID1B遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circCAMSAP1(データベースID:HSA_CIRCpedia_63397)。このゲノム位置は、chr9:13,8773,478~138,774,924である。対応する直鎖状遺伝子は、CAMSAP1(chr9:138,700,333~138,799,005)となる。環化配列は、425塩基を有する。CAMSAP1遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circCCNB1(データベースID:HSA_CIRCpedia_52305)。このゲノム位置は、chr5:68,470,703~68,471,364である。対応する直鎖状遺伝子は、CCNB1(chr5:68,462,837~68,474,070)となる。環化配列は、378塩基を有する。CCNB1遺伝子の第6及び第7のエキソンを含む。
circCNN2(データベースID:HSA_CIRCpedia_24560)。このゲノム位置は、chr19:1,032,390~1,032,695である。対応する直鎖状遺伝子は、CNN2(chr19:1,026,274~1,039,067)となる。環化配列は、205塩基を有する。CNN2遺伝子の第3及び第4のエキソンを含む。
circDHX34(データベースID:HSA_CIRCpedia_26297)。このゲノム位置は、chr19:47,865,732~47,865,950である。対応する直鎖状遺伝子は、DHX34(chr19:47,852,538~47,885,961)となる。環化配列は、218塩基を有する。DHX34遺伝子の第6のエキソンを含む。
circEPHB4(データベースID:HSA_CIRCpedia_56001)。このゲノム位置は、chr7:100,410,368~100,410,830である。対応する直鎖状遺伝子は、EPHB4(chr7:100,400,187~100,423,148)となる。環化配列は、362塩基を有する。EPHB4遺伝子の第10及び第11のエキソンを含む。
circEZH2(データベースID:HSA_CIRCpedia_57174)。このゲノム位置は、chr7:148,543,561~148,544,397である。対応する直鎖状遺伝子は、EZH2(chr7:148,504,464~148,581,441)となる。環化配列は、253塩基を有する。EZH2遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circFCHO2(データベースID:HSA_CIRCpedia_52515)。このゲノム位置は、chr5:72,370,568~72,373,320である。対応する直鎖状遺伝子は、FCHO2(chr5:72,251,808~72,386,348)となる。環化配列は、268塩基を有する。FCHO2遺伝子の第19及び第20のエキソンを含む。
circFGFR1(データベースID:HSA_CIRCpedia_60993)。このゲノム位置は、chr8:38,314,873~38,315,052である。対応する直鎖状遺伝子は、FGFR1(chr8:38,268,656~38,325,363)となる。環化配列は、179塩基を有する。FGFR1遺伝子の第2のエキソンを含む。
circFKBP8(データベースID:HSA_CIRCpedia_25189)。このゲノム位置は、chr19:18,650,180~18,650,530である。対応する直鎖状遺伝子は、FKBP8(chr19:18,642,561~18,654,387)となる。環化配列は、259塩基を有する。FKBP8遺伝子の第3及び第4のエキソンを含む。
circKIAA0368(データベースID:HSA_CIRCpedia_62244)。このゲノム位置は、chr9:114,148,656~114,154,104である。対応する直鎖状遺伝子は、KIAA0368(chr9:114,122,972~114,246,637)となる。環化配列は、435塩基を有する。KIAA0368遺伝子の第28、第29、第30及び第31のエキソンを含む。
circMBOAT2(データベースID:HSA_CIRCpedia_42589)。このゲノム位置は、chr2:9,083,315~9,098,771である。対応する直鎖状遺伝子は、MBOAT2(chr2:8,992,820~9,143,942)となる。環化配列は、224塩基を有する。MBOAT2遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circPIP5K1C(データベースID:HSA_CIRCpedia_25726)。このゲノム位置は、chr19:3,660,963~3,661,999である。対応する直鎖状遺伝子は、PIP5K1C(chr19:3,630,179~3,700,477)となる。環化配列は、249塩基を有する。PIP5K1C遺伝子の第4及び第5のエキソンを含む。
circPOLR2A(データベースID:HSA_CIRCpedia_22419)。このゲノム位置は、chr17:7,402,357~7,402,810である。対応する直鎖状遺伝子は、POLR2A(chr17:7,387,685~7,417,933)となる。環化配列は、336塩基を有する。POLR2A遺伝子の第9及び第10のエキソンを含む。
circPPP1CB(データベースID:HSA_CIRCpedia_40659)。このゲノム位置は、chr2:29,006,772~29,011,675である。対応する直鎖状遺伝子は、PPP1CB(chr2:28,974,612~29,025,806)となる。環化配列は、224塩基を有する。PPP1CB遺伝子の第5及び第6のエキソンを含む。
circPROSC(データベースID:HSA_CIRCpedia_60919)。このゲノム位置は、chr8:37,623,043~37,623,873である。対応する直鎖状遺伝子は、PROSC(chr8:37,620,101~37,637,286)となる。環化配列は、220塩基を有する。PROSC遺伝子の第2、第3及び第4のエキソンを含む。
circPTK2(データベースID:HSA_CIRCpedia_60281)。このゲノム位置は、chr8:141,889,569~141,900,868である。対応する直鎖状遺伝子は、PTK2(chr8:141,667,999~142,011,332)となる。環化配列は、394塩基を有する。PTK2遺伝子の第3及び第4のエキソンを含む。
circPVT1(データベースID:HSA_CIRCpedia_60029)。このゲノム位置は、chr8:128,902,834~128,903,244である。対応する直鎖状遺伝子は、PVT1(chr8:128,806,779~129,113,499)となる。環化配列は、410塩基を有する。PVT1遺伝子の第2のエキソンを含む。
circRELL1(データベースID:HSA_CIRCpedia_48457)。このゲノム位置は、chr4:37,633,006~37,640,126である。対応する直鎖状遺伝子は、RELL1(chr4:37,592,422~37,687,998)となる。環化配列は、434塩基を有する。RELL1遺伝子の第4、第5及び第6のエキソンを含む。
circSDHAF2(データベースID:HSA_CIRCpedia_4841)。このゲノム位置は、chr11:61,205,096~61,205,585である。対応する直鎖状遺伝子は、SDHAF2(chr11:61,205,096~61,205,585)となる。環化配列は、334塩基を有する。SDHAF2遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circSLC22A23(データベースID:HSA_CIRCpedia_54791)。このゲノム位置は、chr6:3,410,421~3,416,089である。対応する直鎖状遺伝子は、SLC22A23(chr6:3,269,196~3,457,256)となる。環化配列は、259塩基を有する。SLC22A23遺伝子の第2及び第3のエキソンを含む。
circSNHG4(データベースID:HSA_CIRCpedia_50464)。このゲノム位置は、chr5:138,614,015~138,614,818である。対応する直鎖状遺伝子は、SNHG4(chr5:138,609,441~138,618,873)となる。環化配列は、161塩基を有する。SNHG4遺伝子の第3及び第4のエキソンを含む。
circTBCD(データベースID:HSA_CIRCpedia_22969)。このゲノム位置は、chr17:80,858,526~80,869,665である。対応する直鎖状遺伝子は、TBCD(chr17:80,709,940~80,881,609)となる。環化配列は、389塩基を有する。TBCD遺伝子の第17、第18、第19、第20、第21及び第22のエキソンを含む。
circTMEM181(データベースID:HSA_CIRCpedia_54188)。このゲノム位置は、chr6:159,004,985~159,010,814である。対応する直鎖状遺伝子は、TMEM181(chr6:158,957,468~159,049,522)となる。環化配列は、324塩基を有する。TMEM181遺伝子の第3、第4及び第5のエキソンを含む。
circUIMC1(データベースID:HSA_CIRCpedia_51249)。このゲノム位置は、chr5:176,370,335~176,385,155である。対応する直鎖状遺伝子は、UIMC1(chr5:176,332,006~176,433,409)となる。環化配列は、397塩基を有する。UIMC1遺伝子の第7、第8、第9及び第10のエキソンを含む。
circVAPB(データベースID:HSA_CIRCpedia_34824)。このゲノム位置は、chr20:57,014,000~57,016,139である。対応する直鎖状遺伝子は、VAPB(chr20:56,964,175~57,026,156)となる。環化配列は、258塩基を有する。VAPB遺伝子の第4及び第5のエキソンを含む。
実施形態では、SLEを治療するための医薬は、
(1)SLE患者由来の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルを低下させる作用と、(2)SLE患者の単核細胞及び免疫T細胞における、サイトカインIFNベータ並びに全身性エリテマトーデスの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現を下方制御する作用と
からなる群から選択される少なくとも1つの作用を有する。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを増強するための物質である。詳細には、(1)circARID1B促進物質は、circARID1Bのレベルを増強するための物質を指し、(2)circCAMSAP1促進物質は、circCAMSAP1のレベルを増強するための物質を指し、(3)circCCNB1促進物質は、circCCNB1のレベルを増強するための物質を指し、(4)circCNN2促進物質は、circCNN2のレベルを増強するための物質を指し、(5)circDHX34促進物質は、circDHX34のレベルを増強するための物質を指し、(6)circEPHB4促進物質は、circEPHB4のレベルを増強するための物質を指し、(7)circEZH2促進物質は、circEZH2のレベルを増強するための物質を指し、(8)circFCHO2促進物質は、circFCHO2のレベルを増強するための物質を指し、(9)circFGFR1促進物質は、circFGFR1のレベルを増強するための物質を指し、(10)circFKBP8促進物質は、circFKBP8のレベルを増強するための物質を指し、(11)circKIAA0368促進物質は、circKIAA0368のレベルを増強するための物質を指し、(12)circMBOAT2促進物質は、circMBOAT2のレベルを増強するための物質を指し、(13)circPIP5K1C促進物質は、circPIP5K1Cのレベルを増強するための物質を指し、(14)circPOLR2A促進物質は、circPOLR2Aのレベルを増強するための物質を指し、(15)circPPP1CB促進物質は、circPPP1CBのレベルを増強するための物質を指し、(16)circPROSC促進物質は、circPROSCのレベルを増強するための物質を指し、(17)circPTK2促進物質は、circPTK2のレベルを増強するための物質を指し、(18)circPVT1促進物質は、circPVT1のレベルを増強するための物質を指し、(19)circRELL1促進物質は、circRELL1のレベルを増強するための物質を指し、(20)circSDHAF2促進物質は、circSDHAF2のレベルを増強するための物質を指し、(21)circSLC22A23促進物質は、circSLC22A23のレベルを増強するための物質を指し、(22)circSNHG4促進物質は、circSNHG4のレベルを増強するための物質を指し、(23)circTBCD促進物質は、circTBCDのレベルを増強するための物質を指し、(24)circTMEM181促進物質は、circTMEM181のレベルを増強するための物質を指し、(25)circUIMC1促進物質は、circUIMC1のレベルを増強するための物質を指し、(26)circVAPB促進物質は、circVAPBのレベルを増強するための物質を指す。
詳細には、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルは、種々の化学的、物理的及び生物学的方法を使用することにより増強することができる。このような方法は、
(1)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの経路を制御して、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを増強する方法、及び
(2)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを細胞において直接上昇させる方法
を含むが、これらに限定されない。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルは、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの高発現により直接上昇させることができる。
詳細には、(1)circARID1Bのレベルは、circARID1Bの高発現により増強することができ、(2)circCAMSAP1のレベルは、circCAMSAP1の高発現により増強することができ、(3)circCCNB1のレベルは、circCCNB1の高発現により増強することができ、(4)circCNN2のレベルは、circCNN2の高発現により増強することができ、(5)circDHX34のレベルは、circDHX34の高発現により増強することができ、(6)circEPHB4のレベルは、circEPHB4の高発現により増強することができ、(7)circEZH2のレベルは、circEZH2の高発現により増強することができ、(8)circFCHO2のレベルは、circFCHO2の高発現により増強することができ、(9)circFGFR1のレベルは、circFGFR1の高発現により増強することができ、(10)circFKBP8のレベルは、circFKBP8の高発現により増強することができ、(11)circKIAA0368のレベルは、circKIAA0368の高発現により増強することができ、(12)circMBOAT2のレベルは、circMBOAT2の高発現により増強することができ、(13)circPIP5K1Cのレベルは、circPIP5K1Cの高発現により増強することができ、(14)circPOLR2Aのレベルは、circPOLR2Aの高発現により増強することができ、(15)circPPP1CBのレベルは、circPPP1CBの高発現により増強することができ、(16)circPROSCのレベルは、circPROSCの高発現により増強することができ、(17)circPTK2のレベルは、circPTK2の高発現により増強することができ、(18)circPVT1のレベルは、circPVT1の高発現により増強することができ、(19)circRELL1のレベルは、circRELL1の高発現により増強することができ、(20)circSDHAF2のレベルは、circSDHAF2の高発現により増強することができ、(21)circSLC22A23のレベルは、circSLC22A23の高発現により増強することができ、(22)circSNHG4のレベルは、circSNHG4の高発現により増強することができ、(23)circTBCDのレベルは、circTBCDの高発現により増強することができ、(24)circTMEM181のレベルは、circTMEM181の高発現により増強することができ、(25)circUIMC1のレベルは、circUIMC1の高発現により増強することができ、(26)circVAPBのレベルは、circVAPBの高発現により増強することができる。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの経路を制御する方法では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのアゴニストを使用することにより16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを増強することができる。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを増強する方法は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを増加させることを指す。好ましくは、増強前のレベルと比較して、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルは、少なくとも10%、好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも50%、より好ましくは70%、最も好ましくは少なくとも90%増強される。
本開示の例では、細胞における16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのレベルを、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの高発現により直接上昇させた後、SLE患者の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルが有意に低下し、SLE患者のPBMC及び免疫T細胞における、サイトカインIFNベータ並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現が下方制御されることを実証した。したがって、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの経路を制御する上述の方法により、SLE患者の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルの有意な低下と、SLE患者のPBMC及び免疫T細胞における、サイトカインIFNベータ並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現の下方制御とを生じ得ることも理解され得る。それ故、このような方法は、SLEを治療するために有用であると考えられる。
SLEを治療するための医薬は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を必然的に含み、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、上記の作用のための活性成分として機能する。
SLEを治療するための医薬では、上記の作用を有する活性成分は単に、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質であってもよく、また、類似の作用を有する他の分子を含んでもよい。
言い換えれば、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、活性成分単独又は活性成分のうちの1つであり得る。
SLEを治療するための医薬は、単一成分からなる薬物又は複合成分からなる薬物であり得る。
SLEを治療するための医薬は、種々の形態、例えば、固体、液体、ゲル、半液体及びエアロゾルであってもよく、詳細には限定されない。
SLEを治療するための医薬の対象は、主に哺乳動物、例えば、げっ歯類及び霊長類等である。
本開示において提供するSLEを治療するための方法は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効量対象に投与するステップを含む。
対象は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、好ましくは、げっ歯類、偶蹄動物、奇蹄動物、ウサギ類、霊長類等からなる群から選択される。霊長類は、好ましくは、サル、類人猿又はヒトである。
対象は、SLEを有する患者又はSLEの予防若しくは緩和が期待される個人であり得る。或いは、対象は、SLEを有する患者又はSLEの予防若しくは緩和が期待される個人から単離したSLE細胞であり得る。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、SLEの治療を受ける前、間又は後に対象に投与することができる。
本開示において提供するSLEを治療するための医薬は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効用量含む。
実施形態では、SLEを治療するための医薬は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効用量、並びに薬学的に許容される担体を含む。
SLEを治療するための医薬は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を必然的に含み、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、上記の作用のための活性成分である。
SLEを治療するための医薬では、上記の作用を有する活性成分は単に、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質であってもよく、また、類似の作用を有する他の分子を含んでもよい。
言い換えれば、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、活性成分単独又は活性成分のうちの1つであり得る。
SLEを治療するための医薬は、単一成分からなる薬物又は複合成分からなる薬物であり得る。
SLEを治療するための医薬は、種々の形態、例えば、固体、液体、ゲル、半液体及びエアロゾルであってもよく、詳細には限定されない。
SLEを治療するための医薬の対象は、主に哺乳動物、例えば、げっ歯類及び霊長類等である。
本開示において提供するSLEを治療するための医薬の組合せは、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を有効用量と、SLEを治療するための少なくとも1つの追加の医薬とを含む。
併用治療のための医薬の組合せは、次の形態のいずれか1つであり得る。
I)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質、及びSLEを治療するための追加の医薬を、個々の製剤にそれぞれ調製する。製剤の投与形態は、同一又は異なってもよく、この投与経路も、同一又は異なってもよい。
SLEを治療するための追加の医薬が抗体である場合、非経口投与を一般に使用する。SLEを治療するための追加の医薬が化学製剤である場合、投与経路は、胃腸管投与及び非経口投与のように多様化することができる。一般には、各化学製剤のための公知の投与経路が推奨される。
II)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質、並びにSLEを治療するための追加の医薬を、化合物製剤に製剤化する。16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質、並びにSLEを治療するための追加の医薬により製剤化する化合物製剤は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質、並びにSLEを治療するための追加の医薬を、同一の投与経路を介して投与し、同時に投与する場合、適用することができる。
本開示において提供するSLEを治療するための方法は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を対象に投与するステップと、SLEを治療するための追加の医薬を有効量対象に投与し、及び/又はSLEを治療するための他の手段を対象に適用するステップとを含む。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質の有効量、並びにSLEを治療するための少なくとも1つの追加の医薬の有効量は、同時又は連続的に投与することができる。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAが、本開示において第1発見されたSLEの治療標的であることを考慮すれば、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質によって、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質以外のSLEを治療するための追加の医薬との併用薬物治療において相加的な治療作用を少なくとも達成し、これによりSLEの治療作用をさらに増強することができる。
SLEを治療するための追加の医薬は、抗体、化学製剤又は標的医薬を含むが、これらに限定されない。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、胃腸管に又は非経口的に投与することができる。SLEを治療するための追加の医薬は、胃腸管に又は非経口的に投与することができる。
本開示の例では、
(1)SLE患者の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルを低下させる作用と、(2)SLE患者のPBMC及び免疫細胞T細胞における、サイトカインIFNベータ並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現を下方制御する作用と
からなる群から選択される1つ又は複数の作用を有する、医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質のうちの1つ又は複数の使用を提供する。
本開示の例では、SLEを治療するための医薬の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの使用を提供する。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、標的として機能する。詳細には、circARID1B、circCAMSAP1、circCCNB1、circCNN2、circDHX34、circEPHB4、circEZH2、circFCHO2、circFGFR1、circFKBP8、circKIAA0368、circMBOAT2、circPIP5K1C、circPOLR2A、circPPP1CB、circPROSC、circPTK2、circPVT1、circRELL1、circSDHAF2、circSLC22A23、circSNHG4、circTBCD、circTMEM181、circUIMC1及びcircVAPBのうちの1つ又は複数が、標的として機能する。
使用は、詳細には、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを対象として、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質を、SLEを治療するための代替医薬として捜し出す候補物質のスクリーニングを指す。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの促進物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAのための高発現物質であり得る。詳細には、(1)circARID1B促進物質は、circARID1B高発現物質であり、(2)circCAMSAP1促進物質は、circCAMSAP1高発現物質であり、(3)circCCNB1促進物質は、circCCNB1高発現物質であり、(4)circCNN2促進物質は、circCNN2高発現物質であり、(5)circDHX34促進物質は、circDHX34高発現物質であり、(6)circEPHB4促進物質は、circEPHB4高発現物質であり、(7)circEZH2促進物質は、circEZH2高発現物質であり、(8)circFCHO2促進物質は、circFCHO2高発現物質であり、(9)circFGFR1促進物質は、circFGFR1高発現物質であり、(10)circFKBP8促進物質は、circFKBP8高発現物質であり、(11)circKIAA0368促進物質は、circKIAA0368高発現物質であり、(12)circMBOAT2促進物質は、circMBOAT2高発現物質であり、(13)circPIP5K1C促進物質は、circPIP5K1C高発現物質であり、(14)circPOLR2A促進物質は、circPOLR2A高発現物質であり、(15)circPPP1CB促進物質は、circPPP1CB高発現物質であり、(16)circPROSC促進物質は、circPROSC高発現物質であり、(17)circPTK2促進物質は、circPTK2高発現物質であり、(18)circPVT1促進物質は、circPVT1高発現物質であり、(19)circRELL1促進物質は、circRELL1高発現物質であり、(20)circSDHAF2促進物質は、circSDHAF2高発現物質であり、(21)circSLC22A23促進物質は、circSLC22A23高発現物質であり、(22)circSNHG4促進物質は、circSNHG4高発現物質であり、(23)circTBCD促進物質は、circTBCD高発現物質であり、(24)circTMEM181促進物質は、circTMEM181高発現物質であり、(25)circUIMC1促進物質は、circUIMC1高発現物質であり、(26)circVAPB促進物質は、circVAPB高発現物質である。
本開示では、SLEを検出するための物質の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの使用を提供する。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、バイオマーカーとして機能する。
実施形態では、SLEを検出するための物質は、SLEの判定又は診断において使用する。
SLEを検出するための物質は、液体形態を含むが、これに限定されないことに留意することが必要である。
実施形態では、SLEを検出するための物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質から選択される。詳細には、SLEを検出するための物質は、(1)circARID1Bを特異的に認識させるための物質、(2)circCAMSAP1を特異的に認識させるための物質、(3)circCCNB1を特異的に認識させるための物質、(4)circCNN2を特異的に認識させるための物質、(5)circDHX34を特異的に認識させるための物質、(6)circEPHB4を特異的に認識させるための物質、(7)circEZH2を特異的に認識させるための物質、(8)circFCHO2を特異的に認識させるための物質、(9)circFGFR1を特異的に認識させるための物質、(10)circFKBP8を特異的に認識させるための物質、(11)circKIAA0368を特異的に認識させるための物質、(12)circMBOAT2を特異的に認識させるための物質、(13)circPIP5K1Cを特異的に認識させるための物質、(14)circPOLR2Aを特異的に認識させるための物質、(15)circPPP1CBを特異的に認識させるための物質、(16)circPROSCを特異的に認識させるための物質、(17)circPTK2を特異的に認識させるための物質、(18)circPVT1を特異的に認識させるための物質、(19)circRELL1を特異的に認識させるための物質、(20)circSDHAF2を特異的に認識させるための物質、(21)circSLC22A23を特異的に認識させるための物質、(22)circSNHG4を特異的に認識させるための物質、(23)circTBCDを特異的に認識させるための物質、(24)circTMEM181を特異的に認識させるための物質、(25)circUIMC1を特異的に認識させるための物質、及び(26)circVAPBを特異的に認識させるための物質からなる群から選択される1つ又は複数である。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に検出するためのプライマー対である。詳細には、(1)circARID1Bを特異的に認識させるための物質は、circARID1Bを特異的に検出するためのプライマー対であり、(2)circCAMSAP1を特異的に認識させるための物質は、circCAMSAP1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(3)circCCNB1を特異的に認識させるための物質は、circCCNB1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(4)circCNN2を特異的に認識させるための物質は、circCNN2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(5)circDHX34を特異的に認識させるための物質は、circDHX34を特異的に検出するためのプライマー対であり、(6)circEPHB4を特異的に認識させるための物質は、circEPHB4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(7)circEZH2を特異的に認識させるための物質は、circEZH2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(8)circFCHO2を特異的に認識させるための物質は、circFCHO2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(9)circFGFR1を特異的に認識させるための物質は、circFGFR1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(10)circFKBP8を特異的に認識させるための物質は、circFKBP8を特異的に検出するためのプライマー対であり、(11)circKIAA0368を特異的に認識させるための物質は、circKIAA0368を特異的に検出するためのプライマー対であり、(12)circMBOAT2を特異的に認識させるための物質は、circMBOAT2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(13)circPIP5K1Cを特異的に認識させるための物質は、circPIP5K1Cを特異的に検出するためのプライマー対であり、(14)circPOLR2Aを特異的に認識させるための物質は、circPOLR2Aを特異的に検出するためのプライマー対であり、(15)circPPP1CBを特異的に認識させるための物質は、circPPP1CBを特異的に検出するためのプライマー対であり、(16)circPROSCを特異的に認識させるための物質は、circPROSCを特異的に検出するためのプライマー対であり、(17)circPTK2を特異的に認識させるための物質は、circPTK2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(18)circPVT1を特異的に認識させるための物質は、circPVT1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(19)circRELL1を特異的に認識させるための物質は、circRELL1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(20)circSDHAF2を特異的に認識させるための物質は、circSDHAF2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(21)circSLC22A23を特異的に認識させるための物質は、circSLC22A23を特異的に検出するためのプライマー対であり、(22)circSNHG4を特異的に認識させるための物質は、circSNHG4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(23)circTBCDを特異的に認識させるための物質は、circTBCDを特異的に検出するためのプライマー対であり、(24)circTMEM181を特異的に認識させるための物質は、circTMEM181を特異的に検出するためのプライマー対であり、(25)circUIMC1を特異的に認識させるための物質は、circUIMC1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(26)circVAPBを特異的に認識させるための物質は、circVAPBを特異的に検出するためのプライマー対である。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの、SLE患者のPBMCにおける発現が、正常対象における発現よりも有意に減少することが試験において第1に見出される。
本開示では、SLEを検出するためのキットの調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質の使用を提供する。
詳細には、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、(1)circARID1Bを特異的に認識させるための物質、(2)circCAMSAP1を特異的に認識させるための物質、(3)circCCNB1を特異的に認識させるための物質、(4)circCNN2を特異的に認識させるための物質、(5)circDHX34を特異的に認識させるための物質、(6)circEPHB4を特異的に認識させるための物質、(7)circEZH2を特異的に認識させるための物質、(8)circFCHO2を特異的に認識させるための物質、(9)circFGFR1を特異的に認識させるための物質、(10)circFKBP8を特異的に認識させるための物質、(11)circKIAA0368を特異的に認識させるための物質、(12)circMBOAT2を特異的に認識させるための物質、(13)circPIP5K1Cを特異的に認識させるための物質、(14)circPOLR2Aを特異的に認識させるための物質、(15)circPPP1CBを特異的に認識させるための物質、(16)circPROSCを特異的に認識させるための物質、(17)circPTK2を特異的に認識させるための物質、(18)circPVT1を特異的に認識させるための物質、(19)circRELL1を特異的に認識させるための物質、(20)circSDHAF2を特異的に認識させるための物質、(21)circSLC22A23を特異的に認識させるための物質、(22)circSNHG4を特異的に認識させるための物質、(23)circTBCDを特異的に認識させるための物質、(24)circTMEM181を特異的に認識させるための物質、(25)circUIMC1を特異的に認識させるための物質、及び(26)circVAPBを特異的に認識させるための物質からなる群から選択される。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、バイオマーカーとして機能する。
実施形態では、SLEを検出するためのキットは、SLEの判定又は診断において使用する。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、液体形態を含むが、これに限定されないことに留意することが必要である。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に検出するためのプライマー対である。詳細には、(1)circARID1Bを特異的に認識させるための物質は、circARID1Bを特異的に検出するためのプライマー対であり、(2)circCAMSAP1を特異的に認識させるための物質は、circCAMSAP1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(3)circCCNB1を特異的に認識させるための物質は、circCCNB1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(4)circCNN2を特異的に認識させるための物質は、circCNN2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(5)circDHX34を特異的に認識させるための物質は、circDHX34を特異的に検出するためのプライマー対であり、(6)circEPHB4を特異的に認識させるための物質は、circEPHB4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(7)circEZH2を特異的に認識させるための物質は、circEZH2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(8)circFCHO2を特異的に認識させるための物質は、circFCHO2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(9)circFGFR1を特異的に認識させるための物質は、circFGFR1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(10)circFKBP8を特異的に認識させるための物質は、circFKBP8を特異的に検出するためのプライマー対であり、(11)circKIAA0368を特異的に認識させるための物質は、circKIAA0368を特異的に検出するためのプライマー対であり、(12)circMBOAT2を特異的に認識させるための物質は、circMBOAT2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(13)circPIP5K1Cを特異的に認識させるための物質は、circPIP5K1Cを特異的に検出するためのプライマー対であり、(14)circPOLR2Aを特異的に認識させるための物質は、circPOLR2Aを特異的に検出するためのプライマー対であり、(15)circPPP1CBを特異的に認識させるための物質は、circPPP1CBを特異的に検出するためのプライマー対であり、(16)circPROSCを特異的に認識させるための物質は、circPROSCを特異的に検出するためのプライマー対であり、(17)circPTK2を特異的に認識させるための物質は、circPTK2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(18)circPVT1を特異的に認識させるための物質は、circPVT1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(19)circRELL1を特異的に認識させるための物質は、circRELL1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(20)circSDHAF2を特異的に認識させるための物質は、circSDHAF2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(21)circSLC22A23を特異的に認識させるための物質は、circSLC22A23を特異的に検出するためのプライマー対であり、(22)circSNHG4を特異的に認識させるための物質は、circSNHG4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(23)circTBCDを特異的に認識させるための物質は、circTBCDを特異的に検出するためのプライマー対であり、(24)circTMEM181を特異的に認識させるための物質は、circTMEM181を特異的に検出するためのプライマー対であり、(25)circUIMC1を特異的に認識させるための物質は、circUIMC1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(26)circVAPBを特異的に認識させるための物質は、circVAPBを特異的に検出するためのプライマー対である。
本開示では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質を含む、SLEを検出するためのキットを提供する。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAは、バイオマーカーとして機能する。
実施形態では、SLEを検出するためのキットは、SLEの判定又は診断において使用する。
16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、液体形態を含むが、これに限定されないことに留意することが必要である。
実施形態では、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に認識させるための物質は、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAを特異的に検出するためのプライマー対である。詳細には、(1)circARID1Bを特異的に認識させるための物質は、circARID1Bを特異的に検出するためのプライマー対であり、(2)circCAMSAP1を特異的に認識させるための物質は、circCAMSAP1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(3)circCCNB1を特異的に認識させるための物質は、circCCNB1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(4)circCNN2を特異的に認識させるための物質は、circCNN2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(5)circDHX34を特異的に認識させるための物質は、circDHX34を特異的に検出するためのプライマー対であり、(6)circEPHB4を特異的に認識させるための物質は、circEPHB4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(7)circEZH2を特異的に認識させるための物質は、circEZH2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(8)circFCHO2を特異的に認識させるための物質は、circFCHO2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(9)circFGFR1を特異的に認識させるための物質は、circFGFR1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(10)circFKBP8を特異的に認識させるための物質は、circFKBP8を特異的に検出するためのプライマー対であり、(11)circKIAA0368を特異的に認識させるための物質は、circKIAA0368を特異的に検出するためのプライマー対であり、(12)circMBOAT2を特異的に認識させるための物質は、circMBOAT2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(13)circPIP5K1Cを特異的に認識させるための物質は、circPIP5K1Cを特異的に検出するためのプライマー対であり、(14)circPOLR2Aを特異的に認識させるための物質は、circPOLR2Aを特異的に検出するためのプライマー対であり、(15)circPPP1CBを特異的に認識させるための物質は、circPPP1CBを特異的に検出するためのプライマー対であり、(16)circPROSCを特異的に認識させるための物質は、circPROSCを特異的に検出するためのプライマー対であり、(17)circPTK2を特異的に認識させるための物質は、circPTK2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(18)circPVT1を特異的に認識させるための物質は、circPVT1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(19)circRELL1を特異的に認識させるための物質は、circRELL1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(20)circSDHAF2を特異的に認識させるための物質は、circSDHAF2を特異的に検出するためのプライマー対であり、(21)circSLC22A23を特異的に認識させるための物質は、circSLC22A23を特異的に検出するためのプライマー対であり、(22)circSNHG4を特異的に認識させるための物質は、circSNHG4を特異的に検出するためのプライマー対であり、(23)circTBCDを特異的に認識させるための物質は、circTBCDを特異的に検出するためのプライマー対であり、(24)circTMEM181を特異的に認識させるための物質は、circTMEM181を特異的に検出するためのプライマー対であり、(25)circUIMC1を特異的に認識させるための物質は、circUIMC1を特異的に検出するためのプライマー対であり、(26)circVAPBを特異的に認識させるための物質は、circVAPBを特異的に検出するためのプライマー対である。
出願人の研究結果によれば、モデル細胞、すなわち、ヒトHeLa細胞における、上記の16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの高発現により、プロテインキナーゼPKR及びこの下流経路の関連するプロテインキナーゼのリン酸化活性を阻害することができる。しかし、特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の高発現では、PKR及びこの下流経路の関連するプロテインキナーゼのリン酸化活性を阻害することができない。これにより、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの上記の遺伝子及びこの発現産物が、自然免疫に関与するPKRタンパク質及びこの下流経路の関連するプロテインキナーゼのリン酸化活性を自己免疫疾患において制御する新たな道を開き得ることが明らかとなる。
出願人の研究結果によれば、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの上記の遺伝子の発現は、SLE患者のPBMCにおいて有意に下方制御される。初代細胞又は免疫細胞T細胞における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの高発現により、プロテインキナーゼPKRのリン酸化活性、並びにサイトカインIFNベータ及びSLEの診断遺伝子の発現を阻害することができる。これにより、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有するcircRNAの遺伝子及びこの発現産物が、SLEを診断及び治療する新たな道を開き得ることが明らかとなる。
特殊構造を有するcircRNAの特性及び作用は、circPOLR2Aを例にとることにより、以下に説明される。
実施例1 染色体上のcircPOLR2Aの位置マップ
染色体上のcircPOLR2Aの位置は、図1に示す通りであった。この配列は、circexplorer database(http://yanglab.github.io/CIRCexplorer/)から得た。circPOLR2Aの遺伝子配列は、配列番号1に示した。SLEのcircRNA分子マーカーを検出するための物質は、上流プライマー:aatcggcctgtcatgggtat(配列番号2)及び下流プライマー:aaagtctgcattgtacggagt(配列番号3)を含む1対の特異的プライマーであった。プライマー対は、このようなcircRNAの環状化部位を試験及び分析することにより設計した。プライマーは、ShanghaiBiosuneCo.,LTD.社により合成された。
実施例2 特異的検出プライマーの使用によるSLE患者におけるcircPOLR2A発現の検出
ステップ1:PBMCを正常な個人及びSLE患者から得た。
末梢血試料を、ShanghaiRenjiHospitalにおいて正常な個人32人及びSLE患者32人から採取した。単離したPBMCは、密度勾配遠心分離法を使用した後に検出することにより得た。
ステップ2:RNA抽出
培養培地を初めに除去した。細胞をPBSで2回洗浄し、液体を吸引により除去した。細胞を氷上に置き、Trizol剤を加えた(1mlを10cmの培養皿に加え、0.5mlを6cmの培養皿に加え、0.2mlを6ウェルプレートの各ウェルに加えた)。液体が粘稠性になるにつれて、細胞は分離し、液体が透明となるまで完全に破壊された。細胞溶解物をDEPCで処理したEPチューブ内にピペットで移し、0.2倍量のクロロホルムをここに加えた。EPチューブを15秒間振盪し、数回反転させ、室温で2~3分間静置しておいた。12000gによる4℃で15分間の遠心分離後、液体は、底層(赤色のフェノールクロロホルム相)、中層(ピンクの会合相)及び上層(すべてのRNAをここに含む無色の液体相)に分離した。中層が吸引されないことを確認しながら、上清を新たなEPチューブに注意深く移し、等量のイソプロパノールをここに加えた。EPチューブを数回反転させ、室温で10分間静置しておいた。12000gによる4℃で15分間の遠心分離後、上清を除去すると、少量の乳白色沈殿物、すなわち、RNAがEPチューブの底に残留した。沈殿物を75%のDEPC-エタノール1mlで2回洗浄した。上清を吸引により除去した後、10分間風乾した。DEPC処理水20~30μlを沈殿物に加え、よく混合してRNAを溶解した。濃度は、次のように測定した:A260/280は1.8~2.0の範囲、A260/230は約2.0及びA260は0.1~1の範囲。試料を-80℃で保存した。
ステップ3:cDNAを逆転写により得た。
(1)RNAをDNaseで処理した。反応系を以下に示した。
RNA 1~5μg
DEPC処理水
RQ1DNase10×反応緩衝液 1μl
RQ1RNase不含DNase 1U/μgRNA
37℃で30分間の反応後に停止緩衝液1μlを加えた後、65℃で10分間反応させた。
(2)ランダムプライマー0.5μgを加えた各反応系を72℃で5分間反応させ、次いで、2分間氷上に置いた。
(3)逆転写の反応系を以下に示した。
5×逆転写緩衝液 5μl
dNTP(10mM) 1.25μl
RNase阻害剤 0.5μl
MML-V逆転写酵素 1μl
DEPC処理水 5.25μl
反応系を37℃で60分間反応させ、72℃で10分間反応させた。
ステップ4:蛍光定量Q-PCR
リアルタイム定量PCR反応をBiorad社のリアルタイムPCR装置において完了させた。反応系を以下に示した。
2×SYBR GreenTaqミックス 10μl
プライマー(F+R) 1μl
鋳型 1μl
ddHO 8μl
反応条件は、以下の通りであった。
Figure 2022521997000002
データは、2-ΔΔCT法に従って分析した(KennethJ.Livak,ThomasD.Schmittgen.Method,25,2001:402~408)。
図2に示すように、circRNAであるcircPOLR2Aの、SLE患者のPBMCにおける発現は、正常な個人における発現よりも有意に減少した。独立的試料によるt検定を行い、この場合、circRNAであるcircPOLR2AのP値は0.05よりも低く、有意差を実証した。図3に示すように、受信者動作特性(ROC)曲線をcircRNAであるcircPOLR2Aによりプロットし、この場合、曲線下面積(AUC)は0.89を超え、このcircRNAがマーカーとして、PBMC試料の使用によるSLEの同定において非常に高い診断感度及び診断特異性を有したことを示した。
実施例3 circPOLR2A、特殊な2重鎖構造を有する同一型のcircRNA26種、及び特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の2次構造の模式図
ステップ1:ヒト由来モデル研究細胞、すなわちPA-1卵巣がん細胞株を得た。
ステップ2:RNAを標識及び抽出した。
培養培地を初めに除去した。細胞をPBSで2回洗浄し、SHAPE反応標識化合物NAIを標識RNAに加えた。10分間の標識後、液体を吸引により除去した。細胞を氷上に置き、Trizol剤を加えた(1mlを10cmの培養皿に加え、0.5mlを6cmの培養皿に加え、0.2mlを6ウェルプレートの各ウェルに加えた)。液体が粘稠性になるにつれて、細胞は分離し、液体が透明となるまで完全に破壊された。細胞溶解物をDEPCで処理したEPチューブ内にピペットで移し、0.2倍量のクロロホルムをここに加えた。EPチューブを15秒間振盪し、数回反転させ、室温で2~3分間静置しておいた。12000gによる4℃で15分間の遠心分離後、液体は、底層(赤色のフェノールクロロホルム相)、中層(ピンクの会合相)及び上層(すべてのRNAをここに含む無色の液体相)に分離した。中層が吸引されないことを確認しながら、上清を新たなEPチューブに注意深く移し、等量のイソプロパノールをここに加えた。EPチューブを数回反転させ、室温で10分間静置しておいた。12000gによる4℃で15分間の遠心分離後、上清を除去すると、少量の乳白色沈殿物、すなわち、RNAがEPチューブの底に残留した。沈殿物を75%のDEPC-エタノール1mlで2回洗浄した。上清を吸引により除去した後、10分間風乾した。DEPC処理水20~30μlを沈殿物に加え、よく混合してRNAを溶解した。濃度は、次のように測定した:A260/280は1.8~2.0の範囲、A260/230は約2.0及びA260は0.1~1の範囲。試料を-80℃で保存した。
ステップ3:cDNAを逆転写により得た。
(1)RNAをDNaseで処理した。反応系を以下に示した。
RNA 1~5μg
DEPC処理水
RQ1DNase10×反応緩衝液 1μl
RQ1RNase不含DNase 1U/μgRNA
37℃で30分間の反応後に停止緩衝液1μlを加えた後、65℃で10分間反応させた。
(2)特異的プライマー0.5μgを加えた各反応系を72℃で5分間反応させ、次いで、2分間氷上に置いた。
(3)逆転写の反応系を以下に示した。
5×逆転写緩衝液 5μl
dNTP(10mM) 1.25μl
RNase阻害剤 0.5μl
MML-V逆転写酵素 1μl
DEPC処理水 5.25μl
反応系を37℃で60分間反応させ、42℃で180分間反応させた。逆転写産物をハイスループットシーケンシングRNA-seq分析に供し、対応するRNAの2次構造を同定した。circRNA27種の2次構造マップをプロットした。図4は、特殊な2重鎖構造を有するcircRNA26種、及び特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の1種を例示する。
実施例4:pZW1-circPOLR2Aベクターの構築(Zhang et al.,Cell,2014)
circPOLR2Aのループ領域を、PCR法を使用することにより得た。直鎖状完全配列を、多重クローニング部位を介してpZW1ベクターに挿入した。Sangerシーケンシングにより、配列を挿入しない空のpZW1ベクターを陰性対照として用いて、組換えプラスミドを同定した。構築したpZW1-circPOLR2Aベクターは、配列番号4の配列を有し、これは、詳細には、以下の通りであった。
Figure 2022521997000003

Figure 2022521997000004

Figure 2022521997000005

Figure 2022521997000006

Figure 2022521997000007

Figure 2022521997000008
実施例5 circPOLR2A及び特殊な2重鎖構造を有しないcircRNAであるcircSMARCA5の高発現後のPKR及びPKRの下流遺伝子のリン酸化レベルの検出
実施例4において調製したpZW1-circPOLR2A及びpZW1-circSMARCA5発現ベクターを、Lipo2000トランスフェクション法によりヒトHeLa細胞に導入して、circPOLR2A及びcircSMARCA5を高発現させた。12~14時間後、2重鎖ウイルスRNAの模倣体である刺激化合物ポリ(I:C)を加え、対応する時点で細胞を採取して、ウエスタンブロット検出及びQ-PCR検出を行った。
図5に示すように、circPOLR2Aの高発現後、HeLa細胞におけるPKRリン酸化レベル及びPKRの下流遺伝子のリン酸化レベルは、刺激化合物[ポリ(I:C)](2重鎖ウイルスRNAの模倣体)を加えて自然免疫を刺激した場合に有意に低下した。circSMARCA5の高発現後、HeLa細胞におけるPKRリン酸化レベル及びPKRの下流遺伝子のリン酸化レベルでは、刺激化合物[ポリ(I:C)](2重鎖ウイルスRNAの模倣体)を加えて自然免疫を刺激した場合に有意な変化は示されなかった。
circPOLR2A及び同一型のcircRNA25種はすべて、このような特殊な2重鎖構造を有した。上記の実験結果により、circPOLR2A並びに特殊な2重鎖構造を有する同一型のcircRNA25種の遺伝子及びこの発現産物の高発現を使用して、自然免疫経路に関与するPKRタンパク質のリン酸化レベル及びPKRの下流遺伝子のリン酸化レベルを制御することができることが十分に示された。
実施例6 circPOLR2Aの高発現後のPKRのリン酸化レベルと、サイトカインIFNベータ並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現の検出
SLE患者のPBMCを、密度勾配遠心分離法を使用することにより単離した。実施例4において調製したpZW1-circPOLR2Aを、エレクトロポレーションによるトランスフェクション法を使用することにより初代細胞に導入して、circPOLR2Aを高発現させた。12~14時間後、細胞を採取して、ウエスタンブロット検出及びQ-PCR検出を行った。
図6に示すように、circPOLR2Aの高発現後、SLE患者の単核細胞のPKRリン酸化レベルは、直鎖状POLR2Aのみが高発現した場合と比較して有意に低下した。サイトカインIFNベータの発現、並びにSLEの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現は、下方制御された。これにより、circPOLR2Aを標的として機能させることが可能であり、circPOLR2A並びに特殊な2重鎖構造を有する同一型のcircRNA26種の遺伝子及びこの発現産物の高発現を使用してSLEを治療可能であることが十分に示された。
前述は、本開示の単なる好ましい例であり、いかなる形態及び本質においても本開示を制限することは意図しない。いくつかの改良及び付加が、本開示の方法から逸脱することなく当業者により行われることがあり、このような改良及び付加がまた、本開示の保護範囲内に存在するものと解釈されるべきであることが、留意されるべきである。上に開示する技術内容に対して、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく当業者により行われる変更、修飾及び変化の等価な変形形態は、本開示の等価な例であるものとし、上記の例に対して、本開示の技術的本質に従って行われる等価な変形形態のいかなる変更、修飾及び変化も、本開示の保護範囲内に存在するものとする。
実施例7 in vitroで精製したcircPOLR2AによるヒトHeLa細胞のトランスフェクション後のサイトカインIFNベータ、TNFα及びIL6の発現の検出
circRNAをin vitroでのRNA転写実験及びin vitroでのT4RNAリガーゼ環状化により良好に調製し、PAGE精製法を使用することによりin vitroで精製して、高純度のcircPOLR2Aを得た。in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aを、リポソームトランスフェクション法を使用してヒトHeLa細胞に導入した。1時間又は6時間のトランスフェクション後、細胞を採取し、Q-PCRを実施してサイトカインIFNベータ、TNFα及びIL6の発現を検出した。
図7に示すように、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aを、リポソームトランスフェクション法を使用することによりヒトHeLa細胞にトランスフェクトした後、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aにより、サイトカインIFNベータ、TNFα及びIL6の発現の増加は、2重鎖RNA基質ポリ(I:C)、無精製RNA及び直鎖状POLR2Aによるトランスフェクションと比較して生じなかった。これにより、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aによって、免疫応答が誘導されないことが十分に示された。上記の実験結果により、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aを標的として機能させることが可能であり、これは、生物において不要な免疫応答を誘導しないことが示された。
実施例8 circPOLR2Aのin vitroでの精製後のPKRリン酸化活性のレベル及びPKRタンパク質に対するin vitroで精製したcircPOLR2Aの制御作用の検出
circRNAをin vitroでのRNA転写実験及びin vitroでのT4RNAリガーゼ環状化により良好に調製し、PAGE精製法を使用することによりin vitroで精製して、高純度のcircPOLR2Aを得た。PKRタンパク質は、Hisタグを用いたin vitroでの精製法を使用することにより良好に調製した。in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aを、in vitroでのPKRリン酸化活性の実験系を用いて、in vitroでのPKRリン酸化活性実験によりインキュベートした。37℃で30分間の反応後、細胞を採取し、同位体32Pオートラジオグラフィーに供してPKRリン酸化活性のレベルを検出した。
図8に示すように、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2Aをin vitroでのPKRリン酸化活性の実験系を用いてインキュベートした後、circPOLR2Aにより、in vitroでのPKRリン酸化活性のレベルの有意な低下が、in vitroで調製及び精製した直鎖状POLR2Aと比較して生じ得る。これにより、circPOLR2Aを標的として機能させることが可能であり、in vitroで調製及び精製したcircPOLR2A、特殊な2重鎖構造を有する同一型のcircRNA26種の遺伝子、並びにこの発現産物を使用してSLEを治療可能であることが十分に示された。
前述は、本開示の単なる好ましい例であり、いかなる形態及び本質においても本開示を制限することは意図しない。いくつかの改良及び付加が、本開示の方法から逸脱することなく当業者により行われることがあり、このような改良及び付加がまた、本開示の保護範囲内に存在するものと解釈されるべきであることが、留意されるべきである。上に開示する技術内容に対して、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく当業者により行われる変更、修飾及び変化の等価な変形形態は、本開示の等価な例であるものとし、上記の例に対して、本開示の技術的本質に従って行われる等価な変形形態のいかなる変更、修飾及び変化も、本開示の保護範囲内に存在するものとする。

Claims (14)

  1. 全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質の使用。
  2. 次の特性:
    1)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAが、circARID1B、circCAMSAP1、circCCNB1、circCNN2、circDHX34、circEPHB4、circEZH2、circFCHO2、circFGFR1、circFKBP8、circKIAA0368、circMBOAT2、circPIP5K1C、circPOLR2A、circPPP1CB、circPROSC、circPTK2、circPVT1、circRELL1、circSDHAF2、circSLC22A23、circSNHG4、circTBCD、circTMEM181、circUIMC1及びcircVAPBから選択される1つ又は複数である特性、並びに
    2)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質が、circARID1B促進物質、circCAMSAP1促進物質、circCCNB1促進物質、circCNN2促進物質、circDHX34促進物質、circEPHB4促進物質、circEZH2促進物質、circFCHO2促進物質、circFGFR1促進物質、circFKBP8促進物質、circKIAA0368促進物質、circMBOAT2促進物質、circPIP5K1C促進物質、circPOLR2A促進物質、circPPP1CB促進物質、circPROSC促進物質、circPTK2促進物質、circPVT1促進物質、circRELL1促進物質、circSDHAF2促進物質、circSLC22A23促進物質、circSNHG4促進物質、circTBCD促進物質、circTMEM181促進物質、circUIMC1促進物質、及びcircVAPB促進物質から選択される1つ又は複数である特性
    のうちの1つ又は複数をさらに含むことを特徴とする、請求項1に記載の使用。
  3. 全身性エリテマトーデスを治療するための前記医薬が、次の作用:(1)全身性エリテマトーデスを有する患者の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルを低下させる作用と、(2)全身性エリテマトーデスを有する患者の単核細胞及び免疫細胞T細胞における、サイトカインIFNベータ並びに全身性エリテマトーデスの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現を下方制御する作用と、のうちの少なくとも1つを有することを特徴とする、請求項1に記載の使用。
  4. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質が、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAのレベルを上昇させるための物質を指すことを特徴とする、請求項1に記載の使用。
  5. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAのレベルが、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAを高発現させることにより上昇することを特徴とする、請求項4に記載の使用。
  6. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質が、全身性エリテマトーデスを治療するための前記医薬の活性成分単独又は活性成分のうちの1つであることを特徴とする、請求項1に記載の使用。
  7. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質を有効用量含む、全身性エリテマトーデスを治療するための医薬。
  8. 次の特性:
    1)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAが、circARID1B、circCAMSAP1、circCCNB1、circCNN2、circDHX34、circEPHB4、circEZH2、circFCHO2、circFGFR1、circFKBP8、circKIAA0368、circMBOAT2、circPIP5K1C、circPOLR2A、circPPP1CB、circPROSC、circPTK2、circPVT1、circRELL1、circSDHAF2、circSLC22A23、circSNHG4、circTBCD、circTMEM181、circUIMC1及びcircVAPBから選択される1つ又は複数である特性、並びに
    2)16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質が、circARID1B促進物質、circCAMSAP1促進物質、circCCNB1促進物質、circCNN2促進物質、circDHX34促進物質、circEPHB4促進物質、circEZH2促進物質、circFCHO2促進物質、circFGFR1促進物質、circFKBP8促進物質、circKIAA0368促進物質、circMBOAT2促進物質、circPIP5K1C促進物質、circPOLR2A促進物質、circPPP1CB促進物質、circPROSC促進物質、circPTK2促進物質、circPVT1促進物質、circRELL1促進物質、circSDHAF2促進物質、circSLC22A23促進物質、circSNHG4促進物質、circTBCD促進物質、circTMEM181促進物質、circUIMC1促進物質、及びcircVAPB促進物質から選択される1つ又は複数である特性
    のうちの1つ又は複数をさらに含むことを特徴とする、請求項7に記載の全身性エリテマトーデスを治療するための医薬。
  9. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質を有効用量と、全身性エリテマトーデスを治療するための少なくとも1つの追加の医薬とを含む、全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の組合せ。
  10. 次の作用:(1)全身性エリテマトーデスを有する患者の単核細胞におけるPKRリン酸化レベルを低下させる作用と、(2)全身性エリテマトーデスを有する患者の単核細胞(PBMC)及び免疫細胞T細胞における、サイトカインIFNベータ並びに全身性エリテマトーデスの診断遺伝子MX-1、LY-6E及びIFIT3の発現を下方制御する作用と、のうちの1つ又は複数を有する医薬の調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNA及び/又は16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する前記環状RNAの促進物質の使用。
  11. 全身性エリテマトーデスを治療するための医薬の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNAの使用。
  12. 全身性エリテマトーデスを検出するための物質の調製又はスクリーニングにおける、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNAの使用。
  13. 全身性エリテマトーデスを検出するためのキットの調製における、16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNAを特異的に認識させるための物質の使用。
  14. 16bp~33bpの長さの不完全2重鎖構造を有する環状RNAを特異的に認識させるための物質を少なくとも含む、全身性エリテマトーデスを検出するためのキット。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3724208A4 (en) 2017-12-15 2021-09-01 Flagship Pioneering Innovations VI, LLC COMPOSITIONS WITH CIRCULAR POLYRIBONUCLEOTIDES AND USES THEREOF
CN111118012B (zh) * 2020-02-11 2022-09-06 昆明医科大学 一种抑制hsa_circ_0051680表达的siRNA及其应用
CN112831554B (zh) * 2020-11-17 2022-08-09 温州医科大学 一种SLE相关的环状RNA hsa_circ_0025843及其应用
CN113337607B (zh) * 2021-06-28 2022-11-22 东莞市寮步医院 一种用于检测或疗效评价肝癌的分子标志物及应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108441555A (zh) * 2018-05-31 2018-08-24 南昌大学第附属医院 三条环状rna在系统性红斑狼疮生物标志物中的应用
CN109055529A (zh) * 2018-08-24 2018-12-21 中国人民解放军陆军军医大学 circPTPN22及其作为系统性红斑狼疮标志物的应用

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1341644A (zh) * 2000-09-07 2002-03-27 上海博德基因开发有限公司 一种新的多肽——人核内非均-核蛋白32.01和编码这种多肽的多核苷酸
CN101376910B (zh) * 2007-08-27 2012-01-11 中国科学院上海生命科学研究院 微小rna基因在系统性红斑狼疮疾病诊断和治疗中的作用
CA2939860A1 (en) * 2014-03-14 2015-10-08 Andes Biotechnologies S.A. Pharmaceutical compositions comprising rna and use for treating cancer
CN105986014B (zh) * 2015-02-02 2019-11-19 眭维国 系统性红斑狼疮3’端非翻译区长度差异基因及分析方法和应用
CN107385013B (zh) * 2016-05-17 2020-10-30 戴勇 系统性红斑狼疮环状rna的处理方法
CN106834514A (zh) * 2017-03-22 2017-06-13 魏敏杰 一种可直接对微小核糖核酸(microRNA)进行半定量的探针
CN110643694B (zh) * 2018-06-27 2022-11-22 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 环形RNA circPOLR2A在系统性红斑狼疮检测标志物及制备治疗药物中的应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108441555A (zh) * 2018-05-31 2018-08-24 南昌大学第附属医院 三条环状rna在系统性红斑狼疮生物标志物中的应用
CN109055529A (zh) * 2018-08-24 2018-12-21 中国人民解放军陆军军医大学 circPTPN22及其作为系统性红斑狼疮标志物的应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LI, H., ET AL., CLINICA CHIMICA ACTA, vol. 480, JPN6023027985, 2018, pages 17 - 25, ISSN: 0005104956 *
LI, L.J., ET AL., IMMUNOLOGY, vol. 155, no. 1, JPN6023027986, 2018, pages 137 - 149, ISSN: 0005104957 *
WANG, X., ET AL., ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY, vol. Vol. 20,No. 1,Article:118, JPN6023027984, 2018, pages 1 - 10, ISSN: 0005104955 *

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