JP2022515838A - アラキドン酸１５－リポキシゲナーゼ（ａｌｏｘ１５）阻害剤による呼吸器障害の治療 - Google Patents

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Abstract

本開示は、呼吸器障害を有する患者を治療する方法、呼吸器障害を発症するリスクが高い対象を特定する方法、ならびにヒトのアラキドン酸１５－リポキシゲナーゼ（ＡＬＯＸ１５）の変異体核酸分子及び変異体ポリペプチドを検出する方法を提供する。

Description

配列表への参照
本出願は、２０１９年１１月２４日に作成された１８９２３８０２１０２ＳＥＱという名称で６３キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子提出された配列表を含む。この配列表は参照によって本明細書に組み込まれる。
本開示は一般に、アラキドン酸１５－リポキシゲナーゼ（ＡＬＯＸ１５）阻害剤による呼吸器障害を有する患者の治療、呼吸器障害を発症するリスクが高い対象を特定する方法、及びＡＬＯＸ１５の変異体核酸分子及び変異体ポリペプチドを検出する方法に関する。
喘息は、Ｔヘルパ－２型（Ｔｈ２）プロセスによって引き起こされ、インターロイキン（ＩＬ）－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１３を含むサイトカインが介在する空中アレルゲン誘発性の炎症に起因し得る。ＩＬ－１３は、活性化Ｔ細胞、好塩基球、好酸球、及び肥満細胞によって産生される多面発現性Ｔｈ２サイトカインであり、前臨床モデルにおける喘息の病態形成に強く関与している。ヒト喘息患者のサブセットでは、気道でＩＬ－１３のレベルの上昇が検出されている。喘息は気道への好酸球浸潤を特徴とすることが多い一方で、炎症の代替形態によって引き起こされる疾患の他のサブタイプがあるという証拠が増えている。例えば、喘息における気道炎症の細胞成分の研究は、喘息の異なる好酸球及び非好酸球の表現型の証拠を提供している。喘息の生体マーカーの特定及び開発が役立つことになる。
鼻ポリープは、鼻腔または副鼻腔の内壁にある、柔らかく、痛みのない、非癌性の増殖であることが多い。鼻ポリープは喘息、再発性感染症、アレルギー、薬物過敏性、またはいくつかの免疫障害に起因する慢性炎症から生じ得る。鼻ポリープのさらに大きな増殖または群は、鼻腔を塞ぐ可能性があり、恐らく呼吸の問題、嗅覚の喪失、及び頻繁な感染症につながり得る。薬物は鼻ポリープを縮小または排除することができることが多いが、それらを取り除くために手術が必要になることがある。治療が成功した後でも、鼻ポリープは再発することが多い。
アレルギー性鼻炎は通常、鼻、喉、眼、耳、皮膚、及び／または口蓋にて症状を引き起こす。季節性アレルギー性鼻炎（例えば、枯草熱）は、ほとんどの場合、国のさまざまな地域で１年のさまざまな時期に空中で運ばれる花粉によって引き起こされる。通年性アレルギー性鼻炎のようなアレルギー性鼻炎は、乾燥皮膚片、ペット鱗屑上にある尿や唾液、カビ、ダニの産物、及びゴキブリの粒子のような屋内アレルゲンによっても引き起こされ得るが、症状は年間を通して発生することが多い。アレルゲンの引き金に加えて、症状は煙や強い臭気のような刺激物、または空中の温度と湿度の変化からも生じてもよい。
アスピリン増悪呼吸器疾患（ＡＥＲＤ）は、アスピリン／ＮＳＡＩＤに対する呼吸反応と一体となった副鼻腔と鼻粘膜の腫脹、鼻ポリープ、及び喘息を特徴とする。ＡＥＲＤは平均３０歳で発症する後天性疾患である。患者の約５０％は呼吸器ウイルスに続いてＡＥＲＤを発症する。ＡＥＲＤは、重度の喘息や気道のリモデリングを引き起こすことができ、ＣＯＸ１阻害剤に対する呼吸反応の病歴によって診断されることが多い。有病率は、一般的な喘息患者で７．２％（米国では１３０万人）、重度の喘息患者で１４．９％、鼻ポリープ患者で９．７％、慢性副鼻腔炎患者で８．７％と推定されている。しかしながら、鼻ポリープ、喘息、及び慢性副鼻腔炎の患者の約２０～４０％はアスピリン感受性であり、ＣＯＸ１阻害剤への以前の曝露はない。
ＡＬＯＸ１５（１５－ＬＯ及び１５－ＬＯＸとしても知られている）は、遊離の及びエステル化した多価不飽和脂肪酸の立体特異的過酸化を触媒して、一連の生物活性脂質メディエーターを生成する非ヘム鉄含有ジオキシゲナーゼである。さらに、ＡＬＯＸ１５はアラキドン酸を１２－ヒドロペルオキシエイコサテトラエン酸／１２－ＨＰＥＴＥ及び１５－ヒドロペルオキシエイコサテトラエン酸／１５－ＨＰＥＴＥに変換する。ＡＬＯＸ１５はまた、リノール酸を１３－ヒドロペルオキシオクタデカジエン酸に変換する。ＡＬＯＸ１５はまた、（１２Ｓ）－ヒドロペルオキシエイコサテトラエン酸／（１２Ｓ）－ＨＰＥＴＥにも作用してヘポキシリンＡ３を生成してもよい。
本開示は、呼吸器障害を有する患者を治療する方法を提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、患者は鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤを有する。
本開示はまた、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤で患者を治療する方法も提供し、その際、該患者は呼吸器障害に罹患しており、該方法は、患者から生体試料を得ることまたは得たことと；患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生体試料で遺伝子型決定アッセイを実施することまたは実施したこととによって患者がヒトＡＬＯＸ１５をコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することと；患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、患者は呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を標準投与量で投与されることまたは投与され続けること、且つ患者はＡＬＯＸ１５阻害剤を投与されることと；患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、患者は呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を標準投与量と同じまたはそれより少ない量で投与されることまたは投与され続けること、且つ患者はＡＬＯＸ１５阻害剤を投与されることとを含み；その際、ヒトＡＬＯＸ１５をコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は患者が呼吸器障害を発症するリスクは低いことを示す。
本開示はまた呼吸器障害を発症するリスクが高いヒト対象を特定する方法を提供し、その際、該方法は、対象から得られる生体試料にてヒトＡＬＯＸ１５をコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の存在または非存在を決定することまたは決定したことを含み；その際、ヒト対象がＡＬＯＸ１５基準である場合、ヒト対象は呼吸器障害を発症するリスクが高く；ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型であるまたはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてホモ接合型である場合、ヒト対象は呼吸器障害を発症するリスクが低い。
本開示はまた、ヒト対象から得られる試料における核酸分子が、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子；または配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であるかどうかを決定するために試料をアッセイすることを含む、ヒト対象にてＡＬＯＸ１５変異体核酸分子を検出する方法も提供する。
本開示はまた、ヒト対象から得られる試料におけるＡＬＯＸ１５タンパク質が配列番号８に照らして５６０位に対応する位置にてメチオニンを含むかどうかを決定するために試料にてアッセイを行うことを含む、ヒトＡＬＯＸ１５のＴｈｒ５６０Ｍｅｔ変異体ポリペプチドの存在を検出する方法も提供する。
本開示はまた、ヌクレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；またはヌクレオチド配列が配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子を有するヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するための呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤も提供する。
本開示はまた、ヌクレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；またはヌクレオチド配列が配列番号６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子を有するヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するためのＡＬＯＸ１５阻害剤も提供する。
本明細書に組み込まれ、且つ本明細書の一部を構成する添付の図面は本開示のいくつかの特徴を説明している。
ｒｓ３４２１０６５３がＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５０Ｋエクソームにて好酸球の減少と有意に関連していることを示す表である。 ｒｓ３４２１０６５３がＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５００Ｋの遺伝子型決定にて好酸球の減少と有意に関連していることを示す表である。 ｒｓ３４２１０６５３が鼻ポリープ及びアレルギー性鼻炎の可能性の低下と有意に関連し、ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５００Ｋの遺伝子型決定にて医師が喘息と診断したことと関連していることを示す表である。 同上。 ｒｓ３４２１０６５３がＧＨＳ ９０Ｋエクソームにて好酸球の減少と有意に関連していることを示す表である。 ＡＬＯＸ１５がＧＨＳ ９０Ｋエクソームにて鼻ポリープの可能性の低下と関連していることを示す表である。 ＵＫＢ ５００Ｋの遺伝子型決定データにおけるｒｓ３４２１０６５３と好酸球の間の有意な関連についての遺伝子座ズームプロットを示す図である。 ヘテロ接合型及びホモ接合型のｒｓ３４２１０６５３変異体キャリア間で好酸球が減少していることを示すＵＫＢ ５００Ｋの遺伝子型決定データにおける好酸球数の定量的特性分布を示す図である（点線はＡＬＯＸ１５基準対立遺伝子キャリアの平均好酸球数を示す）。 ＵＫＢ ５００Ｋの遺伝子型決定データにおけるｒｓ３４２１０６５３と鼻ポリープの間の有意な関連についての遺伝子座ズームプロットを示す図である。
本開示の態様に関する種々の用語が本明細書及びクレームの全体を通して使用されている。特に指示されない限り、そのような用語には当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。具体的に定義されている他の用語は、本明細書に示されている定義と一致する形で解釈されるものとする。
別段に明示的な定めのない限り、本明細書に示されているいずれの方法または態様も、その工程を特定の順序で行う必要があるものとして解釈するようには意図されていない。したがって、方法クレームが、工程を特定の順序に限定すべきことをクレームまたは説明にて具体的に定めていない場合には、いかなる点においても、順序を定めるようには意図されていない。このことは、工程もしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。
本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という単数形には、複数の参照対象が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「約」という用語は、引用された数値が概算であり、小さな変動が開示された実施形態の実践に有意に影響を及ぼさないことを意味する。数値が使用される場合、文脈によって別段の指示がない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示された実施形態の範囲内に留まることができることを意味する。
本明細書で使用されるとき、「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ（成る）」または「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ（から本質的に成る）」と置き換えてもよい。
本明細書で使用されるとき、核酸分子またはポリペプチドに関して、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドが、例えば、血液及び／または動物組織から離れて、その本来の環境以外の状態にあることを意味する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド、特に動物起源の他の核酸分子またはポリペプチドを実質的に含まない。いくつかの実施形態では、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態、すなわち、９５％を超えて純粋または９９％を超えて純粋であることができる。この文脈で使用される場合、「単離された」という用語は、二量体または代わりにリン酸化もしくは誘導体化された形態のような代わりの物理的形態における同じ核酸分子またはポリペプチドの存在を排除しない。
本明細書で使用するとき、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、且つ一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の一方の鎖はその相補体も指す。
本明細書で使用されるとき、「対象」及び「患者」という用語は相互交換可能に使用される。対象には哺乳動物を含む任意の動物が含まれてもよい。哺乳動物には、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ）、ペット動物（例えば、イヌ、ネコ）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ）、及び非ヒト霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
ヒト対象における鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及びＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症するリスクの低下に関連するＡＬＯＸ１５遺伝子の稀な変異体が本開示に従って特定されている。例えば、ヒトＡＬＯＸ１５基準（配列番号１を参照のこと）の９，９１７位でのシトシンヌクレオチドをチミンに変化させる遺伝子変異（ｒｓ３４２１０６５３）は、そのような変異を有するヒトが鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、ＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症する低いリスクを有してもよいことを示すことが観察されているＡＬＯＸ１５の遺伝子またはタンパク質の変異体は、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及びＡＥＲＤのような呼吸器障害との既知の関連性を有さないと考えられる。要するに、本明細書に記載されている遺伝子分析は驚くべきことに、ＡＬＯＸ１５遺伝子及び、特にＡＬＯＸ１５遺伝子の変異体が、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及びＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症するリスクの低下と関連していることを示している。したがって、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症するリスクが高いＡＬＯＸ１５基準であるヒト対象は、呼吸器障害が予防され、その症状が軽減され、及び／または症状の発症が抑制されるように治療されてもよい。したがって、本開示は、対象におけるそのような変異体の特定を活用して、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症するそのような対象におけるリスクを特定するもしくは層別化するので、または鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症する高いリスクを有する対象を診断するので、リスクのある対象または活動性疾患のある対象がそれに応じて治療されてもよい方法を提供する。
本開示の目的のために、任意の特定のヒトは、３つのＡＬＯＸ１５遺伝子型：ｉ）ＡＬＯＸ１５基準；ｉｉ）ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体のヘテロ接合型；またはｉｉｉ）ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体のホモ接合型のうちの１つを有するものとして分類することができる。ヒトがＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子のコピーを有さない場合、ヒトはＡＬＯＸ１５基準である。ヒトがＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の単一コピーを有する場合、ヒトはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である。ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする任意のＡＬＯＸ１５核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。部分的な機能喪失（または予測される部分的な機能喪失）を有するＡＬＯＸ１５ポリペプチドを有するヒトは、ＡＬＯＸ１５について低形質性である。ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＬＯＸ１５でＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓをコードする任意の核酸分子であることができる。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子はＡＬＯＸ１５でＴｈｒ５６０Ｍｅｔをコードする。ヒトがＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の２つのコピーを有する場合、ヒトはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてホモ接合型である。
ＡＬＯＸ１５基準であると遺伝子型決定されている、または決定されている対象または患者については、そのようなヒト対象または患者は、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症するリスクが高い。ＡＬＯＸ１５基準であるまたはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体のヘテロ接合型であると遺伝子型決定されている、または決定されているヒト対象または患者については、そのようなヒト対象または患者はＡＬＯＸ１５阻害剤で治療することができる。
本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする任意のＡＬＯＸ１５核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。例えば、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＬＯＸ１５でＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓをコードする任意の核酸分子であることができる。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子はＡＬＯＸ１５でＴｈｒ５６０Ｍｅｔをコードする。
本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドは、部分的機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有する任意のＡＬＯＸ１５ポリペプチドであることができる。本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドは、例えば、ＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓを含む本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５ポリペプチドのいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドはＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔである。
本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、呼吸器障害は、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤである。本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、呼吸器障害は鼻ポリープである。本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、呼吸器障害はアレルギー性鼻炎である。本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、呼吸器障害は喘息である。本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、呼吸器障害はＡＥＲＤである。
本開示は、呼吸器障害を有する患者を治療する方法を提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、鼻ポリープを有する患者を治療する方法も提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、アレルギー性鼻炎を有する患者を治療する方法も提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、アレルギー性鼻炎は高好酸球性アレルギー性鼻炎である。
本開示はまた、喘息を有する患者を治療する方法も提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、喘息は、アレルギー性喘息、中等度から重度の喘息、経口コルチコステロイド依存性喘息、好酸球性喘息、または高好酸球性好酸球喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はアレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、経口コルチコステロイド依存性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は高好酸球性好酸球喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息－慢性閉塞性肺疾患重複症候群（ＡＣＯＳ）である。いくつかの実施形態では、ＡＣＯＳは、高好酸球性好酸球ＡＣＯＳである。
本開示はまた、ＡＥＲＤを有する患者を治療する方法も提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。
本開示はまた、アトピーを有する患者を治療する方法も提供し、該方法は患者にＡＬＯＸ１５阻害剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、アトピーは、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはアトピー性皮膚炎である。
いくつかの実施形態では、呼吸器障害は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、慢性気管支炎、肺気腫、アレルギー性肺炎、及び／またはアレルギー性気道疾患である。
いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤はアンチセンス分子を含む。アンチセンス分子の例には、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及びショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。そのようなアンチセンス分子はＡＬＯＸ１５のｍＲＮＡの任意の領域を標的とするように設計することができる。いくつかの実施形態では、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡは、ＡＬＯＸ１５のゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子の範囲内の配列とハイブリッド形成し、対象の細胞にてＡＬＯＸ１５ポリペプチドの発現を低下させる。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は、ＡＬＯＸ１５のゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリッド形成し、対象の細胞にてＡＬＯＸ１５ポリペプチドの発現を低下させるアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は、ＡＬＯＸ１５のゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリッド形成し、対象の細胞にてＡＬＯＸ１５ポリペプチドの発現を低下させるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は、ＡＬＯＸ１５のゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子とハイブリッド形成し、対象の細胞にてＡＬＯＸ１５ポリペプチドの発現を低下させるｓｈＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡは、ａ）ＣＣＧＧＧＡＡＡＣＴＧＧＡＡＧＧＡＣＧＧＧＴＴＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＡＡＣＣＣＧＴＣＣＴＴＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号９）；ｂ）ＣＣＧＧＧＣＴＡＴＣＡＡＡＧＡＣＴＣＴＣＴＡＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＴＡＧＡＧＡＧＴＣＴＴＴＧＡＴＡＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号：１０）；ｃ）ＣＣＧＧＴＧＧＧＡＡＡＴＣＡＴＣＴＡＴＣＧＧＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＴＡＧＡＴＧＡＴＴＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＧ（配列番号１１）；ｄ）ＣＣＧＧＣＣＴＧＧＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＣＣＴＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＡＧＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＴＣＣＡＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１２）；ｅ）ＣＣＧＧＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＡＡＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１３）；ｆ）ＣＣＧＧＧＣＣＧＴＣＧＡＴＡＣＡＴＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＡＣＧＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１４）；ｇ）ＣＣＧＧＴＡＧＡＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＣＧＧＡＴＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＡＴＣＣＧＧＴＴＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１５）；またはｈ）ＣＣＧＧＴＧＧＴＡＣＴＣＴＴＧＧＧＴＧＣＣＴＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＡＧＧＣＡＣＣＣＡＡＧＡＧＴＡＣＣＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１６）を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内の認識配列（複数可）または認識配列に結合するＤＮＡ結合タンパク質にて１以上のニックまたは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤を含む。認識配列は、ＡＬＯＸ１５遺伝子のコード領域内、または遺伝子の発現に影響を及ぼす調節領域内に配置することができる。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意の非タンパク質コード領域に配置することができる。認識配列はＡＬＯＸ１５遺伝子の開始コドンを含む、またはそれに近接させることができる。例えば、認識配列は、開始コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドに配置することができる。別の例として、それぞれが開始コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする２以上のヌクレアーゼ剤を使用することができる。別の例として、１つが開始コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とし、もう１つが終止コドンを含むまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする２つのヌクレアーゼ剤を使用することができ、これらのヌクレアーゼ剤による切断は２つのヌクレアーゼ認識配列間のコード領域の欠失を生じることができる。所望の認識配列にニックまたは二本鎖切断を誘導する任意のヌクレアーゼ剤を本明細書で開示されている方法及び組成物において使用することができる。所望の認識配列に結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質を本明細書で開示されている方法及び組成物において使用することができる。
本明細書で使用するのに好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質には、ジンクフィンガータンパク質またはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）対、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質または転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化された規則的に散在する短いパリンドローム反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）システムが挙げられるが、これらに限定されない。認識配列の長さは異なることができるが、例えば、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＮ対については約３０～約３６ｂｐ、各ＺＦＮについては約１５～約１８ｂｐ、ＴＡＬＥタンパク質またはＴＡＬＥＮについては約３６ｂｐ、及びＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについては約２０ｂｐである認識配列が挙げられる。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを用いて、細胞内のＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子を修飾することができる。本明細書で開示されている方法及び組成物は、ＡＬＯＸ１５核酸分子の部位特異的切断のためにＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化したガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することによってＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を採用することができる。
Ｃａｓタンパク質は一般に、ｇＲＮＡと相互作用することができる少なくとも１つのＲＮＡ認識ドメインまたはＲＮＡ結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質はまた、ヌクレアーゼドメイン（例えば、ＤＮａｓｅまたはＲＮａｓｅドメイン）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインも含むことができる。好適なＣａｓタンパク質には、例えば、野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えば、ＦｎＣｐｆ１）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子にて二本鎖切断を作り出すための完全な切断活性を有することができ、または、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子にて一本鎖切断を作り出すニッカーゼであることができる。Ｃａｓタンパク質の追加の例として、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１またはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓｌ０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにその相同体または改変体が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓタンパク質を、融合タンパク質として異種ポリペプチドに操作可能に連結することもできる。例えば、Ｃａｓタンパク質を、切断ドメイン、エピジェネティック修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写抑制因子ドメインに融合させることができる。Ｃａｓタンパク質は任意の形態で提供することができる。例えば、Ｃａｓタンパク質を、タンパク質、例えば、ｇＲＮＡと複合体化したＣａｓタンパク質の形態で提供することができる。あるいは、Ｃａｓタンパク質を、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸分子、例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡの形態で提供することができる。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質と、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内の１以上のｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成する１以上のｇＲＮＡとに細胞を接触させることによってＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の標的とされた遺伝子組み換えを生成することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は配列番号１の領域内に位置することができる。ｇＲＮＡ認識配列はまた、配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置を含む、またはその位置に近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置することができる。ｇＲＮＡ認識配列は、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の開始コドンまたはＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の終止コドンを含む、またはそれらに近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は開始コドンまたは終止コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置することができる。
ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内のｇＲＮＡ認識配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼが標的とするＤＮＡ配列の直後にある２～６塩基対のＤＮＡ配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列の近くに位置する。標準的なＰＡＭは、配列５’－ＮＧＧ－３’であり、その際、「Ｎ」は任意の核酸塩基であり、その後に２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が続く。ｇＲＮＡは遺伝子編集のためにＣａｓ９をゲノム内のどこにでも輸送することができるが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外の部位では編集を行うことはできない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’はヒト細胞にとって高度に効率的な非標準的なＰＡＭであることができる。一般に、ＰＡＭはｇＲＮＡの標的となるＤＮＡ配列の下流の約２～６ヌクレオチドである。ＰＡＭはｇＲＮＡ認識配列に隣接することができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列にＰＡＭを３’末端で隣接させることができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列にＰＡＭを５’末端で隣接させることができる。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位はＰＡＭ配列の上流または下流における約１～約１０、または約２～約５塩基対または３塩基対であることができる。いくつかの実施形態（例えば、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ由来のＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９を使用する場合）では、非相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＮＧＧ－３’であることができ、その際、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直近の３’側である。したがって、相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＣＣＮ－３’であり、式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直近の５’側である。
ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、Ｃａｓタンパク質をＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内の特定の位置に標的指向化するＲＮＡ分子である。例示的なｇＲＮＡはＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子に結合するまたはそれを切断するようにＣａｓ酵素を誘導するのに有効なｇＲＮＡであり、その際、ｇＲＮＡは９，９１７位に対応する位置を含む、またはそれに近接するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成するＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置から約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置するｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成するように選択することができる。他の例示的なｇＲＮＡｓは、開始コドンまたは終止コドンを含むまたはそれに近接するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内に存在するｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成するＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、開始コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置するｇＲＮＡ認識配列と、または終止コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて位置するｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成するように選択することができる。好適なｇＲＮＡは約１７～約２５ヌクレオチド、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは２０ヌクレオチドを含むことができる。
ヒトＡＬＯＸ１５基準遺伝子内に位置する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号１９～４３として表１に記述されている。
Figure 2022515838000001
Figure 2022515838000002
Ｃａｓタンパク質とｇＲＮＡは複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は標的ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合する標的ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子に存在する核酸配列の内部または外部の部位で核酸分子を切断することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体（ｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成し、Ｃａｓタンパク質と複合体を形成するｇＲＮＡを含む）の形成は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子に存在する核酸配列内またはその近傍（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、または５０以内、またはそれ以上の塩基対以内）において一方または双方の鎖の切断を生じることができる。
そのような方法は、例えば、配列番号１のある領域が破壊される、開始コドンが破壊される、終止コドンが破壊される、またはコード配列が破壊されるもしくは欠失するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子を生じることができる。任意で、細胞を、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の標的ゲノム遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成する１以上の追加のｇＲＮＡとさらに接触させることができる。細胞を１以上の追加のガイドＲＮＡ（例えば、第２のｇＲＮＡ認識配列とハイブリッド形成する第２のｇＲＮＡ）と接触させることによって、Ｃａｓタンパク質による切断は２以上の二本鎖切断または２以上の一本鎖切断を作り出すことができる。
いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は小分子を含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は、６，１１－ジヒドロ［１］ベンゾチオピラノ［４，３－ｂ］インドール（ＰＤ１４６１７６）、２－ブロモフェノール、２，４－ジブロモフェノール、２－（１－チエニル）エチル－３，４－ジヒドロキシベンジリデンシアノアセテート（ＴＥＤＣ）、４，４’－（２，３－ジメチル－１，４－ブタンジイル）ビス－１，２－ベンゼンジオール（ノルジヒドログアヤレチン酸）、またはシンナミル－３，４－ジヒドロキシ－ａ－シアノシンナメート（ＣＤＣ）である。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５阻害剤は２－ブロモフェノール、２，４－ジブロモフェノール、２－（１－チエニル）エチル－３，４－ジヒドロキシベンジリデンシアノアセテート（ＴＥＤＣ）、または４，４’－（２，３－ジメチル－１，４－ブタンジイル）ビス－１，２－ベンゼンジオール（ノルジヒドログアヤレチン酸）である。
いくつかの実施形態では、治療方法はさらに、患者由来の生体試料におけるヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の存在または非存在を検出することを含む。本開示全体を通して使用されるとき、「ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子」は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする任意のＡＬＯＸ１５核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。
本開示はまた、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤で患者を治療する方法も提供し、その際、患者は呼吸器障害を患っている。いくつかの実施形態では、方法は、患者から生体試料を得るまたは得たことと、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生体試料にて遺伝子型決定アッセイを実施するまたは実施したこととによって、患者がヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することを含む。患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、呼吸器障害を治療または抑制する治療剤が標準的な投与量で患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が患者に投与される。患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤が、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が患者に投与される。ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は、患者が呼吸器障害を発症するリスクは低いことを示している。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５基準である。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である。
ＡＬＯＸ１５基準であるまたはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体のヘテロ接合型であると遺伝子型決定されている、または決定されているヒト対象または患者については、そのようなヒト対象または患者は、本明細書に記載されているように、ＡＬＯＸ１５阻害剤で治療することができる。
患者由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の存在または非存在を検出すること、及び／または患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子はヒト対象から得られる細胞内に存在することができる。
いくつかの実施形態では、患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、患者はまた、標準的な投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、患者はまた、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される。
いくつかの実施形態では、治療方法はさらに、患者由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在または非存在を検出することを含む。いくつかの実施形態では、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない場合、患者はまた、標準的な投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、患者はまた、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される。
本開示はまた、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤で患者を治療する方法も提供し、その際、患者は呼吸器障害を患っている。いくつかの実施形態では、方法は、患者から生体試料を得るまたは得たことと、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを決定するために生体試料にてアッセイを行うまたは行ったこととによって、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを決定することを含む。患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない場合、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤が標準的な投与量で患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が患者に投与される。患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤が標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が患者に投与される。ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在は、患者が呼吸器障害を発症するリスクは低いことを示している。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない。
患者由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在または非存在を検出すること、及び／または患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、ポリペプチドはヒト対象から得られる細胞内に存在することができる。
呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の例には、ステロイド性抗炎症剤、非ステロイド性抗炎症剤、抗増殖剤、抗マクロファージ剤、筋弛緩剤、麻薬性鎮痛剤、非麻薬性鎮痛剤、局所麻酔剤、及び他の薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の追加例は、例えば、ＤＵＰＩＸＥＮＴ（登録商標）（デュピルマブ）のようなインターロイキン－４受容体（ＩＬ－４Ｒα）アンタゴニストである。
ステロイド性抗炎症剤の例には、グルココルチコイド及びコルチコステロイド、例えば、２１－アセトキシプレグネノロン、アルクロメタゾン、アルゲストン、アムシノニド、ベクロメタゾン、ベタメタゾン、ブデソニド、クロロプレドニゾン、クロベタゾール、クロコルトロン、クロプレドノール、コルチコステロン、コルチゾン、コルチバゾール、デフラザコート、デソニド、デスオキシメタゾン、デキサメタゾン、ジフロラゾン、ジフルコルトロン、ジフプレドネート、エノキソロン、フルアザコート、フルクロロニド、フルメタゾン、フルニソリド、フルオシノロンアセトニド、フルオシノニド、フルコルチンブチル、フルコルトロン、フルオロメトロン、酢酸フルペロロン、酢酸フルプレドニデン、フルプレドニゾロン、フルランドレノリド、フルチカゾン、ホルモコルタール、ハルシノニド、プロピオン酸ハロベタゾール、ハロメタゾン、酢酸ハロプレドン、ヒドロコルタメート、ヒドロコルチゾン、エタボン酸ロテプレドノール、マジプレドン、メドリゾン、メプレドニゾン、メチルプレドニゾロン、フランカルボン酸モメタゾン、パラメタゾン、プレドニカルベート、プレドニゾロン、プレドニゾロン２５－ジエチルアミノアセテート、プレドニゾロンリン酸ナトリウム、プレドニゾン、プレドニバル、プレドニリデン、リメキソロン、チキソコルトール、トリアムシノロン、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンベネトニド、トリアムシノロンヘキサアセトニドが挙げられるが、それらに限定されない。
非ステロイド性抗炎症剤の例には、例えば、エンフェナム酸、エトフェナム酸塩、フルフェナム酸、イソニキシン、メクロフェナム酸、メファナム酸、ニフルム酸、タルニフルメート、テロフェナム酸塩及びトルフェナム酸のようなアミノアリールカルボン酸誘導体；例えば、アセメタシン、アルクロフェナク、アムフェナク、ブフェキサマク、シンメタシン、クロピラク、ジクロフェナク、エトドラク、フェルビナク、フェンクロフェナク、フェンクロラック、フェンクロジン酸、フェンチアザック、グルカメタシン、イブフェナク、インドメタシン、イソフェゾラク、イソキセパック、イナゾラク、メチアジン酸、オキサメタシン、プログルメタシン、スリンダク、チアラミド、トルメチン、及びゾメピラクのようなアリール酢酸誘導体；例えば、ブマジゾン、ブチブフェン、フェンブフェン、及びキセンブシンのようなアリール酪酸誘導体；例えば、クリダナック、ケトロラク、及びチノリジンのようなアリールカルボン酸；例えば、アルミノプロフェン、ベノキサプロフェン、ブクロキシン酸、カルプロフェン、フェノプロフェン、フルノキサプロフェン、フルルビプロフェン、イブプロフェン、イブプロキサム、インドプロフェン、ケトプロフェン、ロキソプロフェン、ミロプロフェン、ナプロキセン、オキサプロジン、ピケトプロフェン、ピルプロフェン、プラノプロフェン、プロチジン酸、スプロフェン及びチアプロフェン酸のようなアリールプロピオン酸誘導体；例えば、ジフェナミゾール及びエピリゾールのようなピラゾール；例えば、アパゾン、ベンズピペリロン、フェプラゾン、モフェブタゾン、モラゾン、オキシフェンブタゾン、フェニブタゾン、ピペブゾン、プロピフェナゾン、ラミフェナゾン、スクイブゾン、及びチアゾリノブタゾンのようなピラゾロン；例えば、アセトアミノサロール、アスピリン、ベノリラート、ブロモサリゲニン、アセチルサリチル酸カルシウム、ジフルニサル、エテルサレート、フェンドサル、ゲンチシン酸、サリチル酸グリコール、サリチル酸イミダゾール、アセチルサリチル酸リジン、メサラミン、サリチル酸モルホリン、サリチル酸１－ナフチル、オルサラジン、パルサルミド、アセチルサリチル酸フェニル、サリチル酸フェニル、サラセタミド、サリチルアミンｏ－酢酸、サリチル硫酸、サルサレート、及びスルファサラジンのようなサリチル酸及びその誘導体；例えば、ドロキシカム、イソキシカム、ピロキシカム、及びテノキシカムのようなチアジンカルボキサミド；ならびに、例えば、ε－アセトアミドカプロン酸、ｓ－アデノシルメチオニン、３－アミノ－４－ヒドロキシ酪酸、アミセトリン、ベンダザック、ベンジダミン、ブコローム、ジフェンピラミド、ジタゾール、エモルファゾン、グアイアズレン、ナブメトン、ニメスリド、オルゴテイン、オキサセプロール、パラニリン、ペリソキサール、ピフォキシム、プロクアゾン、プロキサゾール、及びテニダップのような他の薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。
抗増殖剤の例には、アントラサイクリン、アルキルスルホネート、微小管動態に影響を与える薬剤、ソマトスタチン類似体のようなＩＧＦ経路を含む種々の増殖因子に影響を与える薬剤、アンギオテンシン変換酵素阻害剤、代謝拮抗剤（例えば、プリン類似体）、細胞毒性剤、細胞増殖抑制剤、細胞増殖作用因子、カスパーゼ活性化因子、プロテアソーム阻害剤、血管新生阻害剤、エチレンイミン、挿入剤、金属配位複合体、ナイトロジェンマスタード、ニトロソウレア、例えば、アルキル化剤、プリン類似体、ピリミジン類似体、ピリミジン生合成の阻害剤のような核酸損傷剤、ビンカアルカロイドが挙げられるが、これらに限定されない。追加の例には、アドリアマイシン、アリトレチノイン（９－シス－レチノイン酸）、アミフォスチン、アンギオペプチン、アンギオスタチン、アラビノシル５－アザシトシン、アラビノシルシトシン、５－アザ－２’－デオキシシチジン、６－アザシチジン、６－アザウリジン、アザリビン、ベキサロテン（４－［１－（５，６，７，８－テトラヒドロ－３，５，５，８，８－ペンタメチル－２－ナフタレニル）エテニル］安息香酸）、ブレオマイシン、ＢＣＮＵ、ＣＣＮＵ、カプトプリル、カペシタビン（５’－デオキシ－５－フルオロ－シチジン）、クロランブシル、コイチシン、シラザプリル、シスプラチン、クラドリビン（塩素化プリンヌクレオシド類似体）、シタラビン、シクロシチジン、シクロホスファミド、ダウノルビシン、３－デアザウリジン、２’－デオキシ－５－フルオロウリジン、５’－デオキシ－５－フルオロウリジン、ドセタキセル、ドキソルビシン、エンドスタチン、エピルビシン、エポチロン、エストラムスチン、エトポシド、エキセメスタン、フルタミド、フルダラビン、リン酸フルダラビン、フルオロシトシン、５－フルオロウラシル、５－フルオロウリジン、５－フルオロ－２’－デオキシウリジン、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、イダルビシン、イリノテカン、ＬＨＲＨアナログ、リシノプリル、メルファラン、メソトレキセート、６－メルカプトプリン、ミトキサントロン、オクレオチド、パクリタキセル、ペントスタチン、Ｎ－ホスホノアセチル－Ｌ－アスパラギン酸、プレドニムスチン、ピラゾフリン、スクアラミン、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、６－チオグアニン、トムデックス、チオテパ、トポテカン、５－トリフルオロメチル－２’－デオキシウリジン、バルビシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、及びビナレルビンが挙げられるが、これらに限定されない。
抗マクロファージ剤の例には、ビスホスホネート及びクロドロネート化合物、例えば、ジクロロメチレンジホスホネート（ＣＬ２ＭＤＰ）が挙げられるが、これらに限定されない。
筋弛緩剤の例には、抗コリン作用薬（例えば、アジフェニン、アルベリン、アムブトノミウム、アミノペントアミド、アミキセトリン、リン酸アムプロトロピン、メチル臭化アニソトロピン、アポアトロピン、アストロピン、ｎ－酸化アトロピン、ベナクチジン、ベナプリジン、ベンゼチミド、ベンジロニウム、メシル酸ベンズトロピン、メチル硫酸ベボニウム、ビペリデン、ブトロピウム、臭化ｎ－ブチルスコポルアンモニウム、ベゼピド、カミロフィン、カラミフェン、クロロベンゾキサミン、クロロフェノキサミン、シメトロピウム、クリジニウム、シクロドリン、シクロニウム、シクリミン、デプトロピン、デキセチミド、硫酸ジブトリン、ジシクロミン、ジエタジン、ジフェメリン、ジヘキシベリン、メチル硫酸ジフェマニル、ｎ－（１，２－ジフェニルエチル）ニコチンアミド、ジピプロバリン、ジポニウム、エメプロニウム、エンドベンジリン、エトプロパジン、エチベンズアトロピン、エチルベンズヒドラミン、エトミドリン、オイカトロピン、フェンピベリニウム、フェントニウム、フルトロピウム、グリコピリレート、ヘテロニウム、メチル硫酸ヘキソシクリウム、ホマトロピン、ヒヨスチアミン、イプラトロピウム、イソプロパミド、レボメペート、メクロキサミン、メペンゾラート、メトカラフェン、メタンテリン、メチキセン、メススコポラミン、オクタミルアミン、オキシブチニン、オキシフェンサイクリミン、オキシフェノニウム、ペンタピペリド、ペンチエナート、フェンカルバミド、フェングルタルイミド、ピペンゾラート、ピペリドラート、ピペリラート、メチル硫酸ポルジン、プリジノール、プリフィニウム、プロシクリジン、プロパンテリン、プロペンゾラート、プロピベリン、プロピロマジン、スコポラミン、Ｎ－酸化スコポラミン、ストラモニウム、スルトロポニウム、チフェナミル、チエモニウム、チメピジウム、チキジウム、ヨウ化トリジヘキセチル、トリヘキシフェニジル塩酸塩、トリメブチン、トロパシン、トロペンジル、トロピカミド、トロスピウム、バレタメート、バミカミド及びキセニトロピウム）；アルクロニウム、アトラクリウム、バクロフェン、ベンゾジアゼピン（例えば、クロザピンまたはジアゼパム）、ボツリナム毒素（ＢＯＴＯＸ）、４－アミノ－３－（４－クロロフェニル）－ブタン酸、カルボロニウム、カリソプロドール、クロルフェネシン、クロルゾキサゾン、シクロベンザプリン、シクランデラート、ダントロレン、臭化デカメトニウム、ジアゼパムヒドララジン、ファザジニウム、ガラミン、グアイフェネシン、ヘキサフルオレニウム、イソキソスプリン、メラドラジン、メフェンシン、メタキサロン、メソカルバモールニリドリン、ヨウ化メトクリン、オルフェナドリン、パンクロニウム、パパベリン、ピリジノール、スチラメート、スクサメトニウム、スクセトニウム、チオコルチコシド、チザニジン、スクサメトニウム、トルペリゾン及びツボクラリン；気管支拡張剤（エフェドリン誘導体、例えば、アルブテロール、バムブテロール、ビトルテロール、カルブテロール、クレンブテロール、クロルプレナリン、ジオキセテドリン、エフェドリン、エピニフリン、エプロジノール、エタフェドリン、エチルノルエピネフリン、フェノテロール、ヘキソプレナリン、イソエタリン、イソプロテレノール、マブテロール、メタプロテレノール、ｎ－メチルエフェドリン、ピルブテロール、プロカテロール、プロトキロール、レプロテロール、リミテロール、サルメテロール、ソテレノール、テルブタリン、及びツロブテロール；四級アンモニウム化合物、例えば、メチル硫酸ベボニウム、臭化クルトロピウム、臭化イプラトロピウム；及び臭化オキシトロピウム；キサンチン誘導体、例えば、アセフィリン、アセフィリンピペラジン、アムブフィリン、アミノフィリン、バミフィリン、テオフィリン酸コリン、ドキソフィリン、ジフィリン、エンプロフィリン、エタミフィリン、エトフィリン、グアニチリン、プロキシフィリン、テオブロミン、１－テオブロミン酢酸、及びテオフィリン；ならびに他の気管支拡張剤、例えば、フェンスピリド、メジバジン、モンテクラスト、メトキシフェナミン、トレトキノール、ザフィルクラスト、及びカテコールアミン類似体、例えば、フォルモテロール）；鎮痙薬（例えば、アリベンドール、アムブセタミド、アミノプロマジン、アポアトロピン、メチル硫酸ベボニウム、ビエタミベリン、ブタベリン、臭化ブトロピウム、臭化ｎ－ブチルスコポルアンモニウム、カロベリン、臭化シメトロピウム、シンナメドリン、クレボプリド、コニイネ臭化水素酸塩、コニイネ塩酸塩、ヨウ化シクロニウム、ジフェメリン、ジイソプロミン、酪酸ジオキサフェチル、臭化ジポニウム、ドロフェニン、臭化エメプロニウム、エタベリン、フェクレミン、フェナラミド、フェノベリン、フェンピプラン、臭化フェンピベリニウム、臭化フェントニウム、フラボキセート、フロプロピオン、グルコン酸、グアイアクタミン、ヒドラミトラジン、ヒメクロモン、レイオピロール、メベバリン、モキサベリン、ナフィベリン、オクタミルアミン、オクタベリン、塩化オキシブチニン、ペンタピペリド、フェナマシド塩酸塩、フロログルシノール、臭化ピナベリウム、ピペリレート、ピポキソラン塩酸塩、プラミベリン、臭化プリフィニウム、プロぺリジン、プロピバン、プロピロマジン、プロザピン、ラセフェミン、ロシベリン、スパスモリトール、ヨウ化スチロニウム、スルトロポニウム、ヨウ化チエモニウム、ヨウ化チキジウム、チロプラミド、トレピブトン、トリクロミル、トリホリウム、トリメブチン、ｎ，ｎ－１トリメチル－３，３－ジフェニル－プロピルアミン、トロペンジル、塩化トロスピウム、及び臭化キセニトロピウム）；ならびに抗コリン作用薬（例えば、アジフェニン、アルベリン、アムブトノミウム、アミノペントアミド、アミキセトリン、リン酸アムプロトロピン、メチル臭化アニソトロピン、アポアトロピン、アトロピン、ｎ－酸化アトロピン、ベナクチジン、ベナプリジン、ベンゼチミド、ベンジロニウム、メシル酸ベンズトロピン、メチル硫酸ベボニウム、ビペリデン、ブトロピウム、臭化ｎ－ブチルスコポルアンモニウム、ブゼピド、カミロフィン、カラミフェン、クロルベンゾキサミン、クロルフェノキサミン、シメトロピウム、クリジニウム、シクロドリン、シクロニウム、シクリミン、デプトロピン、デキセチミド、硫酸ジブトリン、ジシクロミン、ジエタジン、ジフェメリン、ジヘキシベリン、メチル硫酸ジフェマニル、ｎ－（１，２－ジフェニルエチル）ニコチンアミド、ジピプロバリン、ジポニウム、エメプロニウム、エンドベンジリン、エトプロパジン、エチベンズトロピン、エチルベンズヒドラミン、エトミドリン、ユーカトロピン、フェンピベリニウム、フェントニウム、フルトロピウム、グリコピロレート、ヘテロニウム、メチル硫酸ヘキソシクリウム、ホマトロピン、ヒオスシアミン、イプラトロピウム、イソプロパミド、レボメペート、メクロキサミン、メペンゾレート、メトカラフェン、メタンテリン、メチキセン、メトスコポルアミン、オクタミルアミン、オキシブチニン、オキシフェンシクリミン、オキシフェノニウム、ペンタピペリド、ペンチエネート、フェンカルバミド、フェングルタリミド、ピペンゾレート、ピペリドレート、ピペリレート、メチル硫酸ポルジン、ピリジノール、プリフィニウム、プロシクリジン、プロパンテリン、プロペンゾレート、プロピベリン、プロピロマジン、スコポルアミン、ｎ－酸化スコポルアミン、ストラモニウム、スルトロポニウム、チフェナミル、チエモニウム、チメピジウム、チキジウム、ヨウ化トリジヘキセチル、トリヘキシフェニジル塩酸塩、トリメブチン、トロパシン、トロペンジル、トロピカミド、トロスピウム、バレタメート、バミカミド、及びキセニトロピウム）が挙げられるが、これらに限定されない。
麻薬性鎮痛薬の例には、アルフェンタニル、アリルプロジン、アルファプロジン、アニレリジン、ベンジルモルヒネ、ベジトラミド、ブプレノルフィン、ブトルファノール、クロニタゼン、コデイン、メチル臭化コデイン、リン酸コデイン、硫酸コデイン、デソモルヒネ、デキストロモラミド、デゾシン、ジアムプロミド、ジヒドロコデイン、ジヒドロコデイノンエノールアセテート、ジヒドロモルヒネ、ジメノキサドール、ジメフェプタノール、ジメチルチアムブテン、ジオキサフェチルブチレート、ジピパノン、エプタゾシン、エトヘプタジン、エチルメチルチアムブテン、エチルモルヒネ、エトニタゼン、フェンタニル、ヒドロコドン、ヒドロモルホン、ヒドロキシペチジン、イソメサドン、ケトベミドン、レボルファノール、ロフェンタニル、メペリジン、メプタジノール、メタゾシン、メサドン塩酸塩、メトポン、モルヒネ、ミロフィン、ナルブフィン、ナルセイン、ニコモルヒネ、ノルレボルファノール、ノルメサドン、ノルモルヒネ、ノルピパノン、アヘン、オキシコドン、オキシモルホン、パパベレタム、ペンタゾシン、フェナドキソン、フェナゾシン、フェノペリジン、ピミノジン、ピリトラミド、プロヘプタジン、プロメドール、プロペリジン、プロピラム、プロポキシフェン、ルミフェンタニル、スフェンタニル、及びチリジンが挙げられるが、これらに限定されない。
非麻薬性鎮痛薬の例には、アセクロフェナク、アセトアミノフェン、アセトアミノサロール、アセトアニリド、アセチルサリチルサリチル酸、アルクロフェナク、アルミノプロフェン、アロキシピリン、アルミニウムビス（アセチルサリチル酸塩）、アミノクロルテノキサジン、２－アミノ－４－ピコリン、アミノプロピロン、サリチル酸アンモニウム、アムトルメチングアシル、アンチピリン、サリチル酸アンチピリン、アントラフェニン、アパゾン、アスピリン、ベノリレート、ベノキサプロフェン、ベンズピペリロン、ベンジダミン、ベルモプロフェン、ブロフェナク、ｐ－ブロモアセトアニリド、５－ブロモサリチル酸アセテート、ブセチン、ブフェキサマク、ブマジゾン、ブタセチン、アセチルサリチル酸カルシウム、カルバマゼピン、カルビフェン、カルサラーム、クロラランティピリン、クロルテノキサジン（ｅ）、サリチル酸コリン、シンコフェン、シラマドール、クロメタシン、クロプロパミド、クロテタミド、デキソキサドロール、ジフェナミゾール、ジフルニサル、アセチルサリチル酸ジヒドロキシアルミニウム、ジピロセチル、ジピロン、エモルファゾン、エンフェナム酸、エピリゾール、エテルサレート、エテンザミド、エトキサゼン、エトドラク、フェルビナック、フェノプロフェン、フロクタフェニン、フルフェナム酸、フルオレソン、フルピルチン、フルプロクアゾン、フルルビプロフェン、フォスフォサール、ゲンチシン酸、グラフェニン、イブフェナク、サリチル酸イミダゾール、インドメタシン、インドプロフェン、イソフェゾラック、イソラドール、イソニキシン、ケトプロフェン、ケトロラク、ｐ－ラクトフェネチド、レフェタミン、ロキソプロフェン、アセチルサリチル酸リシン、アセチルサリチル酸マグネシウム、メソトリメプラジン、メトフォリン、ミロプロフェン、モラゾン、サリチル酸モルホリン、ナプロキセン、ネフォパム、ニフェナゾン、５’ニトロ－２’プロポキシアセトアニリド、パルサルミド、ペリソキサール、フェナセチン、フェナゾピリジン塩酸塩、フェノコール、フェノピラゾン、アセチルサリチル酸フェニル、サリチル酸フェニル、フェニラミドール、ピペブゾン、ピペリロン、プロジリジン、プロパセタモール、プロピフェナゾン、プロキサゾール、サリチル酸キニン、ラミフェナゾン、メチル硫酸リマゾリウム、サラセタミド、サリチン、サリチルアミド、サリチルアミドｏ－酢酸、サリチル硫酸、サルサルテ、サルベリン、シメトリド、サリチル酸ナトリウム、スルファミピリン、スプロフェン、タルニフルメート、テノキシカム、テロフェナメート、テトラドリン、チノリジン、トルフェナミン酸、トルプロニン、トラマドール、ビミノール、キセンブシン、及びゾメピラクが挙げられるが、これらに限定されない。
局所麻酔薬の例には、アムカイン、アモラノン、塩酸アミロカイン、ベノキシネート、ベンゾカイン、ベトキシカイン、ビフェナミン、ブピバカイン、ブタカイン、ブタベン、ブタニリカイン、ブテタミン、ブトキシカイン、カルチカイン、塩酸クロロプロカイン、コカエチレン、コカイン、シクロメチカイン、塩酸ジブカイン、ジメチソキン、ジメトカイン、塩酸ジペラドン、ジクロニン、エクゴニジン、エクゴニン、塩化エチル、ベータユーカイン、ユープロシン、フェナルコミン、フォモカイン、塩酸ヘキシルカイン、ヒドロキシテトラカイン、イソブチルｐ－アミノベンゾエート、メシル酸ロイシノカイン、レボキサドロール、リドカイン、メピバカイン、メプリルカイン、メタブトキシカイン、塩化メチル、ミルテカイン、ネパイン、オクタカイン、オルソカイン、オキセタザイン、パエトキシカイン、塩酸フェナカイン、フェノール、ピペロカイン、ピリドカイン、ポリドカノール、プラモキシン、プリロカイン、プロカイン、プロパノカイン、プロパラカイン、プロピポカイン、塩酸プロポキシカイン、シュードコカイン、ピロカイン、ロパバカイン、サリチルアルコール、塩酸テトラカイン、トリメカイン、トリメカイン、及びゾラミンが挙げられるが、これらに限定されない。
他の薬剤の例には、アンレキサノクス、アミノフィリン、アゼラスチン、ジプロピオン酸ベクロメタアソン、クロモリン、デキサメタゾン、エフェドリン、フェノテロール、フルトロピウム、ヒドロコルチゾン、イブジラスト、イプラトロピウム、イソプレナリン、ＺＡＪＩＴＥＮ（商標）（ケトチフェン）、例えば、モンテルカスト、ザフィルルカスト及びジレウトンのようなロイコトリエン修飾剤、ＺＥＳＵＲＡＮ（商標）（メキタジン）、ネドクロミル、オルシプレナリン、オキシトミド、オキシトロピウム、プランルカスト水和物、プレドニゾロン、プロカテロール、レピリナスト、サルブタモール、セラトロダスト、クロモグリク酸ナトリウム、トシル酸スプラタスト、テルブタリン、テオフィリン、チアラミド、トラニラスト、トラキサノクス、トリメトキノール、及びツボブテロールが挙げられるが、これらに限定されない。
鼻ポリープの治療に使用するのに好適である呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の例には、ペリオスチンアンタゴニスト、ＰＰ１アンタゴニスト、ＭＥＴアンタゴニスト、ＰＩＰアゴニスト、及びＡＺＧＰ１アゴニストが挙げられるが、これらに限定されない。
ペリオスチンアンタゴニストの例には、ヒトペリオスチンに対するポリクローナル抗体（ＢｉｏＶｅｎｄｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｉｎｃ，Ｍｏｄｒｉｃｅ，Ｃｚｅｃｈ Ｒｅｐｕｂｌｉｃ，カタログ番号：ＲＤ－１８１０４５０５０）及び抗ペリオスチンモノクローナル抗体（Ｔａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ，２００５，２６，９０８－１５を参照のこと）、及びバルサルタンが挙げられるが、これらに限定されない。
ＰＰ１アンタゴニスト（例えば、ＰＰ１ｃアンタゴニスト、ＰＰＰ１Ｒ９Ｂアンタゴニスト、及びＰＰＰ１Ｒ６アンタゴニスト）の例には、ヒトニューラビン２（ＰＰＰ１Ｒ９Ｂとしても知られる）に対するポリクローナル抗体（Ａｂｃａｍ，Ｉｎｃ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．，カタログ番号：ＡＢ１８５６１）、抗ＰＰＰ１Ｒ９Ｂ抗体（Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ，Ｉｎｃ．，Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，Ｃｏ；カタログ番号Ｈ０００８４６８７－Ａ０１）、ＰＰ１に特異的な阻害性ペプチド（例えば、ＭＥＰＤＮＳＰＲＫＩＱＦＴＶＰＬＬＥＰＨＬＤＰＥＡＡＥＱＩＲＲＲＲＰＴＰＡＴＬＶＬＴＳＤＱＳＳＰＥＩＤＥＤＲＩＰＮＳＬＬＫＳＴＬＳＭＳＰＲＱＲＫＫＭＴＲＴＴＰＴＭＫＥＬＱＴＭＶＥＨＨＬＧＱＱＫＱＧＥＥＰＥＧＡＴＥＳＴＧＮＱＥＳＣＰＰＧＩＰＤＴＧＳＡＳＲＰＤＴＰＧＴＡＱＫＳＡＥＳＮＰＫＴＱＥＱＣＧＶＥＰＲＴＥＤＳＳＡＨＭＬＰＬＤＳＱＧＡＳＬＶ）（配列番号１７）のアミノ酸配列を有するペプチド及びＭＡＡＳＴＡＳＨＲＰＩＫＧＩＬＫＮＫＴＳＳＴＳＳＲＶＡＳＡＥＱＰＲＧＳＶＤＥＥＬＳＫＫＳＱＫＷＤＥＭＮＩＬＡＴＹＨＰＡＤＫＤＹＧＬＭＫＩＤＥＰＳＴＰＹＨＳＭＩＧＤＤＤＤＡＹＳＤＴＥＴＴＥＡＭＴＰＤＴＬＡＫＫＬＡＡＡＥＧＳＥＰＫＹＲＩＲＥＱＥＳＳＧＥＥＤＳＤＬＳＰＥＥＲＥＫＫＲＱＦＥＭＫＲＫＬＨＹＮＥＧＬＮＩＫＬＡＲＱＬＩＳＫＤＬＨＤＤＥＥＤＥＥＭＳＥＴＡＤＧＥＳＭＮＴＥＥＳＮＱＧＳＴＰＳＤＱＲＱＮＫＳＱＳＳ（配列番号１８）のアミノ酸配列を有するペプチド）；ならびにドーパミン調節リンタンパク質及びサイクリックＡＭＰ調節リンタンパク質（ＤＡＲＰＰ－３２）（ＥＭＤ Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ，Ｉｎｃ．，Ｇｉｂｂｓｔｏｗｎ、ＮＪ；カタログ番号２５１７５５）；例えば、オカダ酸及びカリクリンＡのようなタンパク質ホスファターゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
ＭＥＴアンタゴニストの例には、ヒトＭＥＴに対するポリクロ－ナル抗体（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，Ｃａｌｉｆ．，カタログ番号：ＳＣ－１０）及び抗ＭＥＴ抗体（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ．，カタログ番号：Ｃ７１１５）；例えば、（３Ｚ）－Ｎ－（３－クロロフェニル）－３－（（３，５－ジメチル－４－（（４－メチルピペラジン－１－イル）カルボニル）－１Ｈ－ピロール－２－イル）メチレン）－Ｎ－メチル－２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド（ＳＵ１１２７４）及び１，３－ジヒドロ－３－（（３，５－ジメチル－１Ｈ－ピロール－２－イル）メチレン）－２Ｈ－インドール－２－オン（ＳＵ５４１６）のようなチロシンキナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
ＰＩＰアゴニストの例には、ＰＩＰタンパク質、組換えＰＩＰタンパク質（Ａｂｎｏｖａ，Ｔａｉｐｅｉ Ｃｉｔｙ，Ｔａｉｗａｎ，カタログ番号：Ｈ００００５３０４－Ｐ０１）、及び例えば、インターロイキン－４やインターロイキン－１３のようなＰＩＰ発現の刺激因子；及びタモキシフェンが挙げられるが、これらに限定されない。
ＡＺＧＰ１アゴニストの例には、ＡＺＧＰ１タンパク質、組換えＡＺＧＰ１タンパク質（Ａｂｎｏｖａ，Ｔａｉｐｅｉ Ｃｉｔｙ，Ｔａｉｗａｎ，カタログ番号：１１００００５６６３－Ｐ０１）；ロシグリタゾン、デキサメタゾン、及び（ＲＲ＋ＳＳ）－（±）－４－（２－（２－（３－クロロフェニル）－２－ヒドロキシエチル）アミノ）プロピル）フェノキシアセテート（ＢＲＬ３７３４４）が挙げられるが、これらに限定されない。
アレルギー性鼻炎の治療に使用するのに好適である呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の例には、コルチコステロイド、Ｈ１アンタゴニスト／抗アレルギー剤、ヒスタミン受容体アンタゴニスト、化学メディエーター放出阻害剤、トロンボキサンＡ２受容体アンタゴニスト、トロンボキサンＡ２合成阻害剤、ロイコトリエンアンタゴニスト、Ｔｈ２サイトカイン阻害剤、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、ＰＤＥ４阻害剤、ＪＡＫ３阻害剤、及びｐ３８キナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
コルチコステロイドの例には、ベクロメタゾンエステル（ＫＯＮＡＺＥ（商標）、ＡＲＵＤＥＳＨＩＮ（商標）、ＲＨＩＮＯＣＯＲＴ（商標）、ＳＡＲＵＫＯＴＯ（商標）（１７－プロピオン酸エステルまたは１７，２１－ジプロピオン酸エステル）、Ｆｕｒｕｎａｚｅ（商標）（プロピオン酸フルチカゾン）、ブデソニド、フルニソリド、モメタゾンエステル（例えば、フロエートエステル）、トリアムシノロンアセトニド、ロフレポニド、及びシクレソニドが挙げられるが、これらに限定されない。
Ｈ１アンタゴニスト／抗アレルギー剤（抗ヒスタミン剤）の例には、例えば、ピペロキサム、エチレンジアミン（例えば、メピラミン（ピリラミン）、アンタゾリン）、エタノールアミン（例えば、ジフェンヒドラミン、カルビノキサミン、ドキシルアミン、クレマスチン、及びジメンヒドリネート）、アルキルアミン（例えば、フェニラミン、クロレナミン（クロルフェニラミン）、デキストロースシクロアルキルナフトイルメチルＮａ Ｍｉｎ、ブロムフェニラミン、及びトリプロリジン）、ピペラジン（例えば、シクリジン、ヒドロキシジン、及びメクリジン）、及び三環系薬剤（例えば、プロメタジン、アリメマジン（トリメプラジン）、シプロヘプタジン、及びアザタジン）のような第１世代のＨ１抗ヒスタミン剤；例えば、全身薬（例えば、アクリバスチン、アステミゾール、セチリジン、ロラタジン、ミゾラスチン、及びテルフェナジン）、及び局所薬（例えば、アゼラスチン、レボカバスチン、及びオロパタジン（オロパタジン））のような第２世代の抗ヒスタミン剤；ならびに例えば、（レボセチリジン、デスロラタジン（デスロラタジン）、及びＡＬＬＥＧＲＡ（登録商標）（フェキソフェナジン）のような第３世代の抗ヒスタミン剤が挙げられるが、これらに限定されない。
ヒスタミン受容体アンタゴニストの例には、ＺＡＪＩＴＥＮ（商標）（ケトチフェン）、ＺＥＳＵＲＡＮ（商標）（メキタジン）、ＡＬＬＥＧＲＡ（登録商標）（フェキソフェナジン）、ＥＢＡＳＵＴＥＲＵ（商標）（エバスチン）、ＴＡＬＩＯＮ（商標）（ベポタスチン）、ＡＬＬＥＬＯＣＫ（商標）（オロパタジン）、及びＣＬＡＲＩＴＩＮ（登録商標）（ロラタジン）が挙げられるが、これらに限定されない。
化学メディエーター放出阻害剤の例にはＩＮＴＡＬ（商標）（クロモグリク酸塩）及びＲＩＺＡＢＥＮ（商標）（トラニラスト）が挙げられるが、これらに限定されない。
トロンボキサンＡ２受容体アンタゴニストの例には、ＢＲＯＮＩＣＡ（商標）（セラトロダスト）及びＢＡＩＮＡＳＵ（商標）（ラマトロバン）が挙げられるが、これらに限定されない。
トロンボキサンＡ２合成阻害剤の例には、ＤＯＭＥＮＡＮ（商標）（オザグレル）が挙げられるが、これらに限定されない。
ロイコトリエンアンタゴニストの例にはＳＩＮＧＵＬＡＩＲ（登録商標）及びＫＩＰＲＥＳ（商標）（モンテルカスト）及びＯＮＯＮ（商標）（プランルカスト）が挙げられるが、これらに限定されない。
Ｔｈ２サイトカイン阻害剤の例には、ＩＰＤ（商標）（スプラタスト）が挙げられるが、これらに限定されない。
ＴＮＦαアンタゴニストの例にはＥＮＢＲＥＬ（登録商標）（エタネルセプト）、ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）（インフリキシマブ）、及びＨＵＭＩＲＡ（登録商標）（アダリムマブ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ＰＤＥ４阻害剤の例には、ロリプラム、ピクラミラスト、ＣＤＰ－８４０、アリフロ、ペントキシフィリン、デンブフィリン、テオフィリン、置換８－アリールキノリンホスホジエステラーゼ－４阻害剤（米国特許第６，７４０，６６６号を参照）、アルキン－アリールホスホジエステラーゼ－４阻害剤（米国特許第６，７４３，８０２号を参照）、１－アリール－１，８－ナフチリジン－４－オンホスホジエステラーゼ阻害剤（米国特許第６，６７７，３５１号及び同第６，５４１，４８０号を参照）、ヒドロキシインドール（米国特許第ＲＥ３８，６２４号、６，６１３，７９４号及び６，６０２，８９０号を参照）、フタラジン誘導体（米国特許第６，５８９，９５１号を参照）、三環系フタラジン誘導体（米国特許第６，５２５，０５５号を参照）、ベンザジン誘導体（米国特許第６，３５８，９７３号を参照）、テトラヒドロフラニルオキシ置換基を持つベンズアミド（米国特許第６，３０３，７８９号を参照）、ジアゼピノインドロン（米国特許第６，２３９，１３０号を参照）、１－オキソ－１－３－置換フェニル－１，４－ジヒドロ－１，８－ナフチリジン－３－カルボキサミドホスホジエステラーゼ－４阻害剤（米国特許出願公開第２００６／００５８３１６号を参照）、Ｎ－置換ジアリールアミン（米国特許出願公開第２００５－０２２２２０７号を参照）、アリン－アリールホスホジエステラーゼ－４阻害剤（米国特許出願公開第２００５－００７０５６９号を参照）、及びナフチリジン誘導体（米国特許出願公開番号２００４－０２５４２１２を参照）が挙げられるが、これらに限定されない。
ＪＡＫ３阻害剤の例には、タクロリムス、ＣＰ－６９０５５０、ＷＨＩ－Ｐ１３１、ＷＨＩＰ－９７、ＷＨＩＰ－１５４、ＡＧ４９０、ＰＳ－６０８５０４、及びＰＮＵ１５６８０４が挙げられるが、これらに限定されない。追加の例には、２－（１Ｈ－ベンズイミダゾール－１－イル）－９－［１（Ｒ）－（３－ピリジル）エチル］－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－８－オン；２－（１Ｈ－ベンズイミダゾール－１－イル）－９－［４－オキソ－１，２，３，４－テトラヒドロナフタレン－１（Ｒ）－イル］－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－８－オン；１－［９－［６－フルオロ－３，４－ジヒドロ－２Ｈ－１－ベンゾピラン－４（Ｒ）－イル］－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－２－イル］－１Ｈ－ベンズイミダゾール－６－カルボニトリル；１－［９－［７－フルオロ－３，４－ジヒドロ－２Ｈ－１－ベンゾピラン－４（Ｒ）－イル］－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－２－イル］－１Ｈ－ベンズイミダゾール－６－カルボニトリル；及び２－（１Ｈ－ベンズイミダゾール－１－イル）－９－［５，８－ジフルオロ－３，４－ジヒドロ－２Ｈ－１－ベンゾピラン－４（Ｒ）－イル］－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－８－オン）が挙げられるが、これらに限定されない。
ｐ３８キナーゼ阻害剤の例には、３（５）－ヘテロアリール置換ピラゾールが挙げられるが、これらに限定されない（米国特許第５，９３２，４２５号を参照）。追加のｐ３８キナーゼ阻害剤には、１－（５－ｔｅｒｔ－ブチル－２－ｐ－トリル－２Ｈ－ピラゾール－３－イル）－３－［４－（２－モルホリン－４－イル－エトキシ）ナフタレン－１－イル］尿素（ＢＩＲＢ７９６）；ＳＢ２０２１９０；ＳＢ２０３５８０；ＶＸ－７４５；及びＶＸ－７０２が挙げられるが、これらに限定されない。
ＡＥＲＤの治療に使用するのに好適である呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の例には、高用量アスピリン療法、Ｐ２Ｙ１２阻害剤、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト、トロンボキサン受容体アンタゴニスト、及び５－リポキシゲナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
Ｐ２Ｙ１２阻害剤の例には、ＰＬＡＶＩＸ（商標）（クロピドグレル）、カングレロール、チカグレロール、ＴＩＣＬＩＤ（商標）（チクロピジン）、ＥＦＦＩＥＮＴ（商標）（プラスグレル）、及びエリノグレル（ＰＲＴ０６０１２８及びＰＲＴ１２８）が挙げられるが、これらに限定されない。
ロイコトリエン受容体アンタゴニストの例には、ＳＩＮＧＵＬＡＩＲ（商標）（モンテルカスト）及びＡＣＣＯＬＡＴＥ（商標）（ザフィルルカスト）が挙げられるが、これらに限定されない。
トロンボキサン受容体アンタゴニストの例には、ＨＥＰＡＴＯＲＥＮ（商標）（イレトロバン）、ＳＥＲＡＴＲＯＤＡＳＴ（商標）（ＡＡ－２４１４）、Ｓ１８８８６（テルトロバン）、ＰＴＡ２、１３－ＡＰＡ、ＧＲ－３２１９１、ＢＭ－１３１７７（スロトロバン）、ＳＱ－２９，５４８、ＳＱ－２８，６６８、ＯＮＯ－３７０８、Ｂａｙ Ｕ３４０５、ＥＰ－０４５、ＢＭＳ－１８０，２９１、Ｓ－１４５、Ｉ－ＢＯＰ（［１Ｓ－［１アルファ，２アルファ（Ｚ），３ベータ（１Ｅ，３Ｓ＊），４アルファ］］－７－［３－［３－ヒドロキシ－４－（４－ヨードフェノキシ）－１－ブテニル］－７－オキサビ－シクロ［２．２．１］ヘプト－２－イル］５－ヘプテン酸）、Ｕ４６６１９（９，１１－ジデオキシ－９アルファ１１アルファ－メタノエポキシ－プロスタ－５Ｚ，１３Ｅ－ジエン－１－オイック酸）、ＰＢＴ－３［１０（Ｓ）－ヒドロキシ－１１，１２－シクロプロピル－エイコサ－５Ｚ，８Ｚ，１４Ｚ－トリエン酸メチルエステル］、ヘポキシリンシクロプロパン、ＢＭ－５３１（Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチル－Ｎ’－［（２－シクロヘキシルアミノ－５－ニトロベンゼン）スルホニル］尿素）、ＥＶ－０７７、Ｌ０６５５、及びＩＣＩ１９２，６０５が挙げられるが、これらに限定されない。
５－リポキシゲナーゼ阻害剤の例には、ＡＳＴＥＬＩＮ（商標）及びＡＳＴＥＬＰＲＯ（商標）（アゼラスチン）、ジエチルカルバマジン、ノルジヒドログアヤレチン酸、及びＺＹＦＬＯ（商標）（ジロートン）が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の用量は、ＡＬＯＸ１５基準である（標準投与量を受け入れてもよい）患者またはヒト対象と比べてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である（すなわち、標準投与量よりも少ない）患者またはヒト対象については、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％減らすことができる。いくつかの実施形態では、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％減らすことができる。加えて、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である患者またはヒト対象における呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤の用量は、ＡＬＯＸ１５基準である患者またはヒト対象と比べてさらに少ない頻度で投与することができる。
呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤及び／またはＡＬＯＸ１５阻害剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週後、２週後、３週後、１ヵ月後、５週後、６週後、７週後、８週後、２ヵ月後、または３ヵ月後に繰り返すことができる。反復投与は同じ用量または異なる用量であることができる。投与は１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上繰り返すことができる。例えば、特定の投薬計画によれば、患者は、例えば、６ヵ月、１年、またはそれ以上のような長期間にわたって治療を受けることができる。
呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤及び／またはＡＬＯＸ１５阻害剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、くも膜下腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内を含むが、これらに限定されない任意の好適な経路によって発生することができる。投与用の医薬組成物は、望ましくは無菌であり、実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位剤形（すなわち、単回投与の用量）で提供することができる。医薬組成物は、１以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は選択した投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤が製剤の他の成分と適合し、そのレシピエントにとって実質的に有害ではないことを意味する。
本明細書で使用されるとき「治療する」、「治療すること」、及び「治療」及び「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果のような所望の生物学的応答を引き出すことを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、呼吸器障害の減少／軽減、呼吸器障害の重症度の減少／軽減（例えば、呼吸器障害の発症の減少または抑制）、症状及び呼吸器障害関連の影響の減少／軽減、症状の発症及び呼吸器障害関連の影響の遅延、呼吸器障害関連の影響の症状の重症度の軽減、急性エピソードの重症度の軽減、症状及び呼吸器障害関連の影響の数の軽減、症状及び呼吸器障害関連の影響の潜伏期間の短縮、症状及び呼吸器障害関連の影響の改善、二次症状の軽減、二次感染の軽減、呼吸器障害の再発の防止、再発エピソードの数または頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期間の増加、持続的な進行までの時間の増加、寛解の促進、寛解の誘導、寛解の増強、回復の加速、または代替治療剤の有効性の増加もしくは耐性の減少、及び／または罹患した宿主動物の生存期間の増加のうちの１以上を含む。予防効果は、治療プロトコールの投与に続く呼吸器障害の発症／進行の完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延（例えば、完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延）、及び罹患した宿主動物の生存時間の増加を含んでもよい。呼吸器障害の治療には、臨床段階または臨床症状のいずれかで何らかの形態の呼吸器障害を有するとすでに診断された患者の治療、呼吸器障害の症状または徴候の発症または進展または増悪または悪化の遅延、及び／または呼吸器障害の重症度の予防及び／または軽減が包含される。
本開示はまた、呼吸器障害を発症するリスクが高いヒト対象を特定する方法も提供する。いくつかの実施形態では、方法は対象から得られた生体試料にて、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子及び／またはｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含む。ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子を欠いている（すなわち、ヒト対象が遺伝子型決定でＡＬＯＸ１５基準として分類される）場合、ヒト対象は呼吸器障害を発症する高いリスクを有する。ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有する（すなわち、ヒト対象が、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である、またはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてホモ接合型である）場合、対象は呼吸器障害を発症する低いリスクを有する。
ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の単一のコピーを有することは、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子のコピーを有さないことよりも、呼吸障害を発症することからヒト対象をさらに保護する。特定の理論または作用機序に限定されることを意図しないで、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の単一コピー（すなわち、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型）は呼吸器障害を発症することからヒト対象を保護すると考えられており、且つ、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の２コピー（すなわち、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてホモ接合型）を有することは、単一のコピーを持つヒト対象と比べて呼吸器障害を発症することからヒト対象をさらに保護してもよいとも考えられている。したがって、いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の単一コピーは呼吸器障害を発症することからヒト対象完全に保護しなくてもよいが、代わりに、部分的または不完全に保護してもよい。特定の理論に束縛されることを望まないで、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸の単一コピーを有するヒト対象に依然として存在する呼吸器障害の発症に関与する追加の因子または分子が存在してもよいので、呼吸器障害の発症からの完全ではない保護を生じる。
ヒト対象が患者由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定すること、及び／または患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかによって実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は試験管内で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は原位置で実施することができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は生体内で実施することができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子はヒト対象から得られる細胞内に存在することができる。
いくつかの実施形態では、ヒト対象が呼吸器障害を発症する高いリスクを有すると特定されると、ヒト対象はさらに、本明細書に記載されているように、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤及び／またはＡＬＯＸ１５阻害剤で治療される。例えば、ヒト対象がＡＬＯＸ１５基準であり、したがって呼吸器障害を発症するリスクが高い場合、ヒト対象はＡＬＯＸ１５阻害剤を投与される。いくつかの実施形態では、そのような患者はまた、呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される。いくつかの実施形態では、患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、患者は標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与され、且つＡＬＯＸ１５阻害剤も投与される。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５基準である。いくつかの実施形態では、患者はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である。
本開示はまた、ヒト対象由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子、及び／またはヒト対象由来の生体試料にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子、及び／またはヒト対象由来の生体試料にてｍＲＮＡから作り出されるＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子の存在または非存在を検出する方法も提供する。集団内の遺伝子配列、及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型のような多型のせいで異なり得ることが理解される。ＡＬＯＸ１５の変異体ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子、及びＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子について本明細書で提供される配列は例示的な配列にすぎない。ＡＬＯＸ１５の変異体ゲノム核酸分子、変異体ｍＲＮＡ分子、及び変異体ｃＤＮＡ分子について他の配列も可能である。
生体試料は、対象の任意の細胞、組織、または生体液に由来することができる。この試料は、例えば、骨髄試料、腫瘍生検、細針吸引物、または例えば、血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿のような体液の試料のような任意の臨床的に関連する組織を含んでもよい。場合によっては、試料は口腔スワブを含む。本明細書で開示されている方法において使用する試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用する組織、細胞、または抽出物に基づいて異なるであろう。生体試料は採用されるアッセイに応じて異なる処理を行うことができる。例えば、ＡＬＯＸ１５変異体核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについて試料を単離するまたは濃縮するように設計した予備処理を採用することができる。この目的では、種々の技術を使用してもよい。ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡのレベルを検出する場合、さまざまな技術を使用して生体試料のｍＲＮＡを濃縮することができる。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定の変異体ゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために種々の方法を使用することができる。
いくつかの実施形態では、ヒト対象にてヒトＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を検出することは、生体試料におけるＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子、及び／または、生体試料におけるＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子、及び／または生体試料におけるｍＲＮＡ分子から作り出されるＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子が、機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こす、または機能喪失（部分的なまたは完全な）引き起こすと予測される１以上の変異を含むかどうかを決定するためにヒト対象から得られる生体試料をアッセイするまたは遺伝子型決定することを含む。
いくつかの実施形態では、ヒト対象にてＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡから作り出されるｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を検出する方法は、ヒト対象から得られる生体試料にてアッセイを実施することを含む。アッセイは、生体試料における核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むかどうかを決定する。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミン（ゲノム核酸分子について）；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシル（ｍＲＮＡ分子について）；または、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミン（ｍＲＮＡ分子から得られるｃＤＮＡ分子について）を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミン、またはその相補体を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシル、またはその相補体を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミン、またはその相補体を含む。
いくつかの実施形態では、生体試料には細胞または細胞溶解物が含まれる。そのような方法はさらに、例えば、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子を含む生体試料を対象から取得すること、及びｍＲＮＡであれば、任意でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含むことができる。そのようなアッセイは、例えば、特定のＡＬＯＸ１５核酸分子のこれらの位置の同一性を決定することを含むことができる。いくつかの実施形態では、方法は試験管内の方法である。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料にてＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子、またはＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、その際、配列決定された部分は、機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こす、または機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こすと予測される１以上の変異を含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、配列決定された部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置またはその補体を含む、生体試料にてＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定すること；配列決定された部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含む、生体試料にてＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定すること；及び／または、配列決定された部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含む、生体試料にてｍＲＮＡから生成されたＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。生体試料におけるＡＬＯＸ１５核酸分子の配列決定された部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミン、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含む場合、生体試料におけるＡＬＯＸ１５核酸分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子である。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料にてＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、その際、配列決定された部分は配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置またはその相補体を含む。生体試料にてＡＬＯＸ１５核酸分子の配列決定された部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含む場合、生体試料におけるＡＬＯＸ１５核酸分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子である。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料にてＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡのヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、その際、配列決定された部分は配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含む。生体試料にてＡＬＯＸ１５核酸分子の配列決定された部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含む場合、生体試料におけるＡＬＯＸ１５核酸分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子である。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料にてＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、その際、配列決定された部分は配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含む。生体試料にてＡＬＯＸ１５核酸分子の配列決定された部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含む場合、生体試料におけるＡＬＯＸ１５核酸分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失変異型核酸分子である。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）ＡＬＯＸ１５：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接するゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに生体試料を接触させることと；ｂ）ＡＬＯＸ１５；配列番号２に照らして９，９１７位に対応するゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号６に照らして１，６９３位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミン；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシル；及び／または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接するＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応するＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むかどうかを決定することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接するＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーと生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号６に照らして１６９３位に対応するＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む。
いくつかの実施形態では、アッセイは核酸分子全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡから得られるＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡのみが分析される。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）増した部分が：ｉ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を；ｉｉ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を；及び／またはｉｉｉ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする核酸分子のうちの少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）変異特異的なプローブがｉ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を；ｉｉ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を；及び／またはｉｉｉ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む増幅した核酸分子の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、変異特異的なプローブを含む支持体に標識した核酸分子を接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）増幅した部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）変異特異的なプローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む増幅した核酸分子の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、変異特異的なプローブを含む支持体に標識した核酸分子を接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）増幅した部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）変異特異的なプローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む増幅した核酸分子の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、変異特異的なプローブを含む支持体に標識した核酸分子を接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは：ａ）増幅した部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）変異特異的なプローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む増幅した核酸分子の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、変異特異的なプローブを含む支持体に標識した核酸分子を接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、ｍＲＮＡであり、決定工程はさらに、増幅工程の前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその補体；及び／または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む変異特異的プローブに生体試料における核酸分子を接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む変異特異的プローブに生体試料における核酸分子を接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、変異特異的プローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその補体を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む変異特異的プローブに生体試料における核酸分子を接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。
いくつかの実施形態では、決定工程、検出工程、または遺伝子型決定アッセイは、変異特異的プローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその補体を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む変異特異的プローブに生体試料における核酸分子を接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。
変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して核酸配列におけるＳＮＰのような突然変異を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在する場合はＤＮＡポリメラーゼが伸長しないので、変異特異的プライマーを使用することができる。
いくつかの実施形態では、試料における核酸分子はｍＲＮＡであり、増幅工程の前にｍＲＮＡはｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、核酸分子はヒト対象から得られる細胞内に存在する。
いくつかの実施形態では、アッセイは、ストリンジェントな条件下でＡＬＯＸ１５の変異体ゲノム配列、変異体ｍＲＮＡ配列、または変異体ｃＤＮＡ配列と特異的にハイブリッド形成し、対応するＡＬＯＸ１５基準配列とはハイブリッド形成しない変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブのようなプライマーまたはプローブに生体試料を接触させることと、ハイブリッド形成が生じたかどうかを決定することとを含む。
いくつかの実施形態では、アッセイはＲＮＡの配列決定（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイは、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）によってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することも含む。
いくつかの実施形態では、方法は、標的核酸配列に結合し、ＡＬＯＸ１５の変異体ゲノムＤＮＡ核酸分子、変異体ｍＲＮＡ分子、または変異体ｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出する及び／または特定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリッド形成の条件または反応条件は、この結果を達成するように作業者が決定することができる。ヌクレオチド長は、本明細書に記載されているまたは例示されている任意のアッセイを含む、最適な検出方法にて使用するのに十分である任意の長さであってもよい。そのようなプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリッド形成条件下で標的ヌクレオチド配列と特異的にハイブリッド形成することができる。標的ヌクレオチド配列とは異なり、且つ標的ヌクレオチド配列を特異的に検出する及び／または特定する能力を保持するプローブが従来の方法によって設計されてもよいが、プローブ及びプライマーは標的ヌクレオチド配列内の連続ヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有してもよい。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有することができる。
いくつかの実施形態では、生体試料内のＡＬＯＸ１５核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはその相補体が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミン（ゲノム核酸分子）、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むかどうかを決定するために、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置でのチミン、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置でのウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置でのチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置でのチミン、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置でのウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置でのチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を用いる増幅法に生体試料を供し、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置でのチミン、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置でのウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置でのチミンをコードする位置にてＳＮＰの存在を示すアンプリコンを作り出すことができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは長さで、プライマー対に１ヌクレオチド塩基対を加えた長さの組み合わせからＤＮＡ増幅プロトコールによって作り出すことが可能なアンプリコンの長さまでに及んでもよい。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までに及ぶことができる。任意で、プライマー対は、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置のチミン、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置のウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置のチミンを含む位置と、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置のチミン、または配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置のウラシル、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置のチミンを含む位置の各側での少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のヌクレオチドとを含む領域に隣接する。
同様のアンプリコンを、ｍＲＮＡ配列及び／またはｃＤＮＡ配列から生成することができる。ＰＣＲプライマー対は、既知の配列から導出することができ、これは、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）におけるＰＣＲプライマー分析ツールのようなその目的のために意図されたコンピュータープログラムを使用して導出することができる。さらに、既知のガイドラインを用いて、配列を目視で精査し、プライマーを手動で特定することができる。
核酸配列決定技術の説明に役立つ実例には、連鎖停止剤（Ｓａｎｇｅｒ）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法には、精製ＤＮＡ、増幅ＤＮＡ及び固定細胞標本に対する標識プライマーまたは標識プローブの使用を含めて、配列決定以外の核酸ハイブリッド形成法（蛍光原位置ハイブリッド形成（ＦＩＳＨ））が含まれる。いくつかの方法では、検出の前にまたは検出と同時に標的核酸分子を増幅してもよい。核酸増幅技術の説明に役立つ実例には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換型増幅法（ＳＤＡ）、及び核酸配列に基づく増幅法（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法には、リガーゼ連鎖反応、鎖置換型増幅法、及び好熱ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ハイブリッド形成技術では、プローブまたはプライマーがその標的と特異的にハイブリッド形成するように、ストリンジェントな条件を採用することができる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他の非標的配列よりも検出可能に高い程度で、例えば、バックグランドの１０倍を超えてを含めてバックグランドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍またはそれ以上高い程度でその標的配列とハイブリッド形成するであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも２倍ハイブリッド形成するであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも３倍ハイブリッド形成する。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも４倍ハイブリッド形成するであろう。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列とバックグラウンドの１０倍を超えてハイブリッド形成する。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況では異なるであろう。
ＤＮＡのハイブリッド形成を促進する適当なストリンジェントな条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、その後の５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は公知である、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見いだすことができる。通常、ハイブリッド形成及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．５Ｍ未満のＮａ＋イオン、通常、約０．０１～１．０ＭのＮａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）では少なくとも約６０℃である条件であろう。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドのような不安定化剤の添加により達成されてもよい。任意で、洗浄緩衝液は約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリッド形成の持続期間は一般に約２４時間未満、ふつう約４～約１２時間である。洗浄の持続期間は少なくとも平衡に達するのに十分な長さの時間であろう。
本開示はまた、対象におけるＡＬＯＸ１５ポリペプチドが、ポリペプチドに機能喪失（部分的なまたは完全な）または予測される機能喪失（部分的なまたは完全な）を持たせる１以上の変異を含有するかどうかを決定するためにヒト対象から得られる試料にてアッセイを実施することを含む、ヒトＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドの存在を検出する方法も提供する。ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドは、本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５変異体ポリペプチドのいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、方法はＡＬＯＸ１５でのＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓの存在を検出する。いくつかの実施形態では、方法はＡＬＯＸ１５でのＴｈｒ５６０Ｍｅｔの存在を検出する。
いくつかの実施形態では、方法は、ヒト対象から得られる試料におけるＡＬＯＸ１５ポリペプチドが配列番号８に照らして５６０位に対応する位置にてメチオニンを含むかどうかを決定するために試料にてアッセイを実施することを含む。
いくつかの実施形態では、検出工程は、配列番号８または配列番号７に照らして５６０位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部を配列決定することを含む。
いくつかの実施形態では、検出工程は、配列番号８または配列番号７に照らして５６０位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出する免疫アッセイを含む。
いくつかの実施形態では、ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有さない場合、ヒト対象は、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症する高いリスクを有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、ヒト対象は、鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、喘息、及び／またはＡＥＲＤのような呼吸器障害を発症する低いリスクを有する。
本開示はまた、ＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子、及び／またはＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子（例えば、本明細書で開示されているゲノム変異体核酸分子、ｍＲＮＡ変異体分子、及びｃＤＮＡ変異体のいずれか）とハイブリッド形成する単離された核酸分子も提供する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号２に照らして９，９１７位、配列番号４に照らして１，６９３位、または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置を含むＡＬＯＸ１５核酸分子の一部とハイブリッド形成する。
いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、または少なくとも約５０００のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１８のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１０～約３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１８～約３０のヌクレオチドをから成る、またはそれ含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも１５のヌクレオチド～少なくとも約３５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、ストリンジェントな条件下でＡＬＯＸ１５変異体核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子）とハイブリッド形成する。そのような核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブ、プライマー、変異特異的プローブ、または変異特異的プライマーとして使用することができ、プライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡを含むが、これらに限定されず、それらのそれぞれが本明細書の他の場所でさらに詳細に記載されており、本明細書に記載されている方法のいずれかで使用することができる。
いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、ＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子及び／またはＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続ヌクレオチドとハイブリッド形成する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチド、または約１５～約３５のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～約３５のヌクレオチドから成る、またはそれを含む。
いくつかの実施形態では、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、その際、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部と相補性であるヌクレオチド配列を含み、該一部は配列番号２に照らして９，９１７位もしくはその相補体；配列番号４に照らして１，６９３位もしくはその相補体；または配列番号６に照らして１，６９３位もしくはその相補体に対応する位置を含む。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは：配列番号２に照らして９，９１６位～９，９１８位もしくはその相補体；配列番号４に照らして１，６９２位～１，６９４位もしくはその相補体；及び／または配列番号６に照らして１，６９２位～１，６９４位もしくはその相補体に対応する位置を含むヌクレオチド配列の一部と相補性であるヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーはＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーはＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかまたはその相補体と特異的にハイブリッド形成するヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーはストリンジェントな条件下にて本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリッド形成する。
いくつかの実施形態では、プライマーは変異特異的プライマーを含めて、第２世代配列決定またはハイスループット配列決定において使用することができる。時には、プライマーは変異特異的プライマーを含めて、修飾することができる。特に、プライマーは、例えば、大規模並行シグネチャー配列決定（Ｍａｓｓｉｖｅ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＭＰＳＳ）、Ｐｏｌｏｎｙ配列決定、及び４５４パイロ配列決定のさまざまな工程において使用される種々の修飾を含むことができる。修飾されたプライマーは、クローニング工程におけるビオチン化プライマー、ならびにビーズ負荷工程及び検出工程にて使用される蛍光標識プライマーを含めて、プロセスのうちのいくつかの工程で使用することができる。Ｐｏｌｏｎｙ配列決定は一般的に、ＤＮＡ鋳型の各分子が長さ約１３５ｂｐであるペアエンドタグライブラリを使用して行われる。ビオチン化プライマーはビーズ負荷工程及びエマルジョンＰＣＲにおいて使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは検出工程で使用される。アダプターは、ストレプトアビジン被覆ビーズにＤＮＡライブラリを不動化するための５’－ビオチンタグを含有することができる。
本明細書に記載されているプローブ及びプライマーを使用して、本明細書で開示されているＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子、及び／またはＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子のいずれかの範囲内でヌクレオチド変異を検出することができる。本明細書に記載されているプライマーを使用して、ＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子、またはＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子、またはそれらの断片を増幅することができる。
本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＡＬＯＸ１５核酸分子における配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在は、ＡＬＯＸ１５基準のゲノム核酸分子の存在を示すことになる。逆に、例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＡＬＯＸ１５核酸分子にて配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在はＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子の存在を示す。いくつかの実施形態では、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置でのチミンに相補性のプライマーのヌクレオチドはプライマーの３’末端にあることができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが特定のＡＬＯＸ１５核酸分子にて配列番号３に照らして１，６９３位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在はＡＬＯＸ１５基準のｍＲＮＡ分子の存在を示す。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子にて配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在はＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子の存在を示す。いくつかの実施形態では、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置でのウラシルに相補性のプライマーのヌクレオチドはプライマーの３’末端にあることができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが特定のＡＬＯＸ１５核酸分子にて配列番号５に照らして１，６９３位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在はＡＬＯＸ１５基準のｃＤＮＡ分子の存在を示す。逆に、プライマーの３’末端の１つが特定のＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子にて配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリッド形成する場合、増幅された断片の存在はＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子の存在を示す。いくつかの実施形態では、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置でのチミンと相補性のプライマーのヌクレオチドはプライマーの３’末端にあることができる。
本開示の文脈において、「特異的にハイブリッド形成する」とは、プローブまたはプライマー（例えば、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマー）が、ＡＬＯＸ１５基準のゲノム核酸分子、ＡＬＯＸ１５基準のｍＲＮＡ分子、及び／またはＡＬＯＸ１５基準のｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列とハイブリッド形成しないことを意味する。
いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、変異特異的プローブ）は標識を含む。いくつかの実施形態では、標識は蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。
本開示はまた、本明細書で開示されているプローブのいずれか１以上が結合している基材を含む支持体も提供する。固体支持体は、本明細書で開示されているプローブのいずれかのような分子が会合することができる固体状態の基材または支持体である。固体支持体の形態はアレイである。固体支持体の別の形態はアレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ状、グリッド状または他の組織化されたパターンで結合している固体支持体である。固体状態の基材の形態は標準的な９６ウェル型のようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、ふつう１ウェル当たりに１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスを用いることができる。
本開示はまた、本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のいずれか、またはその相補体と、本明細書に記載されている変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブのいずれかとを含む、またはそれらから成る分子複合体も提供する。いくつかの実施形態では、分子複合体におけるＡＬＯＸ１５核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはそれらの相補体は一本鎖である。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５核酸分子は本明細書に記載されているゲノム核酸分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５核酸分子は本明細書に記載されているｍＲＮＡ分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＡＬＯＸ１５核酸分子は本明細書に記載されているｃＤＮＡ分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のいずれか、またはその相補体と、本明細書に記載されている変異特異的プライマーのいずれかとを含む、またはそれらから成る。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のいずれか、またはその相補体と、本明細書に記載されている変異特異的プローブのいずれかとを含む、またはそれらから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子とハイブリッド形成した変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含む、またはそれから成り、その際、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体とハイブリッド形成する。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、配列番号２に照らして９，９１６位～９，９１８位に対応する位置にてＡＴＧコドンとハイブリッド形成している変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含む、またはそれらから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は配列番号２を含むゲノム核酸分子を含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子とハイブリッド形成した変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含み、またはそれから成り、その際、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体とハイブリッド形成する。
いくつかの実施形態では、分子複合体は配列番号４に照らして１，６９２位～１，６９４位に対応する位置にてＡＵＧコドンとハイブリッド形成している変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は配列番号４を含むｍＲＮＡ分子を含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子とハイブリッド形成した変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含み、またはそれから成り、その際、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体とハイブリッド形成する。
いくつかの実施形態では、分子複合体は配列番号６に照らして１，６９２位～１，６９４位に対応する位置にてＡＴＧコドンとハイブリッド形成している変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含む、またはそれらから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は配列番号６を含むｃＤＮＡ分子を含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、分子複合体は標識を含む変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーを含む。いくつかの実施形態では、標識は蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。いくつかの実施形態では、分子複合体はさらに非ヒトポリメラーゼを含む。
ＡＬＯＸ１５基準のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は配列番号１に記述されている。配列番号１を参照して、９，９１７位はシトシンである。
ＡＬＯＸ１５の変異体ゲノム核酸分子が存在し、その際、９，９１７位のシトシンがチミンで置換されている。このＡＬＯＸ１５変異体ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は配列番号２に記述されている。
ＡＬＯＸ１５基準のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号３に記述されている。配列番号３を参照して、１，６９３位はシトシンである。
ＡＬＯＸ１５の変異体ｍＲＮＡ分子が存在し、その際、１，６９３位のシトシンがウラシルで置換されている。このＡＬＯＸ１５変異体ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号４に記述されている。
ＡＬＯＸ１５基準のｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号５に記述されている。配列番号５を参照して、１，６９３位はシトシンである。
ＡＬＯＸ１５の変異体ｃＤＮＡ分子が存在し、その際、１，６９３位のシトシンがチミンで置換されている。このＡＬＯＸ１５変異体ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は配列番号６に記述されている。
本明細書では提供されるのはまた、開示されている核酸分子と相互作用することができる機能性ポリヌクレオチドである。機能性ポリヌクレオチドの例には、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、及び外部ガイド配列が挙げられるが、これらに限定されない。機能性ポリヌクレオチドは標的分子が持つ特定の活性のエフェクター、阻害剤、モジュレーター、及び刺激剤として作用することができ、または機能性ポリヌクレオチドはいかなる他の分子とも無関係なデノボ活性を持つことができる。
本明細書で開示されている単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡの双方を含むことができる。単離された核酸分子を、例えばベクターにおける異種核酸配列、または異種標識に連結させる、または融合させることもできる。例えば、本明細書で開示されている単離された核酸分子は、単離された核酸分子と異種核酸配列とを含むベクター内に、またはそれらを含む外来性ドナー配列として存在してもよい。単離された核酸分子を異種標識に連結させる、または融合させることもできる。標識は、直接検出可能（例えば、蛍光色素分子）であることができる、または間接的に検出可能（例えば、ハプテン、酵素、または蛍光色素分子消光剤）であることができる。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検出可能であることができる。そのような標識には、例えば、放射性標識、顔料、染料、色原体、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識はまた、例えば、化学発光物質；金属含有物質；または酵素であることもでき、その際、シグナルの酵素依存性の二次生成が発生する。「標識」という用語はまた、結合分子が、続いて基質とともに添加されると、検出可能なシグナルを生成するために使用されるように結合分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指すこともできる。例えば、ビオチンは、タグに結合するための西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジン結合体またはストレプトアビジン結合体と一緒にタグとして使用し、熱量測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））または蛍光発生物質を使用して調べてＨＲＰの存在を検出することができる。精製を促進するためのタグとして使用することができる例示的な標識には、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧまたは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓまたはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識には、例えば、粒子、蛍光色素分子、ハプテン、酵素ならびにそれらの比色性、蛍光性及び化学発光性の基質、ならびに他の標識が挙げられる。
開示されている核酸分子は、例えば、ヌクレオチド、または、例えば、ヌクレオチド類似体もしくはヌクレオチド置換体のような非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチドを含むことができる。そのようなヌクレオチドには、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造内に非天然部分を組み込んでいるヌクレオチドが含まれる。非天然ヌクレオチドの例には、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及び蛍光色素分子標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で開示されている核酸分子は、１以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖、またはリン酸の部分のいずれかに対する修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分に対する修飾には、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、ならびに、例えばシュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イルのようなさまざまなプリン塩基またはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾された塩基には、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及び５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン及び６－アゾチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換のアデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモ）、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換のウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられるが、これらに限定されない。
ヌクレオチド類似体は糖部分の修飾を含むこともできる。糖部分に対する修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然修飾、ならびに合成修飾が挙げられるが、これらに限定されない。糖修飾には、２’位における次の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、またはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、またはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－またはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルが挙げられるが、これらに限定されず、その際、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは置換または非置換のＣ１～１０アルキルまたはＣ２～１０アルケニル、及びＣ２～１０アルキニルであってもよい。例示的な２’糖修飾には、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎ－ＯＮＨ２、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎ及びｍは１～約１０である）も挙げられるが、これらに限定されない。２’位における他の修飾には、Ｃ１～１０アルキル、置換された低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリルまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善するための基、及び同様の特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。同様の修飾を、糖における他の位置で、特に３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’結合オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチドの５’位で行ってもよい。修飾された糖は、ＣＨ２及びＳのような架橋環酸素での修飾を含有するものも含むことができる。ヌクレオチド糖類似体はペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分のような糖模放体を有することもできる。
ヌクレオチド類似体はリン酸部分にて修飾することもできる。修飾されたリン酸部分には、２つのヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルホスホネートならびに３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含む他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート及びアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートを含有するように修飾することができるものが挙げられるが、これらに限定されない。
２つのヌクレオチド間のこうしたリン酸結合または修飾リン酸結合は、３’－５’結合または２’－５’結合を介することができ、結合は３’－５’から５’－３’または２’－５’から５’－２’のような逆極性を含有することができる。種々の塩、混合塩、及び遊離酸の形態も含まれる。ヌクレオチド置換体にはペプチド核酸（ＰＮＡ）も含まれる。
核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の区間の間での同一性パーセント（％）（または相補性パーセント）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本配列比較検索ツール）とＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０、Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を用いて、または、ＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するデフォルト設定を用いたＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）を用いて日常的に決定することができる。本明細書において、配列同一性パーセントに言及している場合、配列同一性パーセントは低いよりも高い方が好ましい。
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちの１以上を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態では、組成物は医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は担体及び／または賦形剤を含む。担体の例には、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）ミクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－ｃｏ－グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ミクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート、及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限定されない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳなどのような緩衝化塩溶液を含んでもよい。
本明細書で使用されるとき、「に対応する」という表現またはその文法的変形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列もしくは位置の番号付けの文脈で使用される場合、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列を所定の参照配列（例えば、配列番号１、配列番号３または配列番号５）と比べたときの指定された参照配列の番号付けを指す。言い換えれば、特定のポリマーの残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の番号または残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の位置は、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列の範囲内でのその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準として指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、ギャップを導入して、２つの配列間の残基の一致を最適化することによって参照配列に対して並べることができる。これらの場合では、ギャップは存在するが、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列における残基の番号付けはそれが並べられている参照配列を基準にして行われる。
例えば、ヌクレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列が配列番号２の配列に対して並べられれば、ＡＬＯＸ１５の配列が配列番号２の９，９１７位に対応する位置にてチミン残基を有することを意味する。同様のことが、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子にも当てはまり、その際、ヌクレオチド配列は配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含み、且つヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子にも当てはまり、その際、ヌクレオチド配列は配列番号６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンを含む。言い換えれば、これらの表現はＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする核酸分子を指し、その際、ゲノム核酸分子は配列番号２の９，９１７位でのチミン残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する（または、ｍＲＮＡ分子は配列番号４の１，６９３位でのウラシル残基に相同であるウラシル残基を含むヌクレオチド配列を有し、またはｃＤＮＡ分子は配列番号６の１，６９３位でのチミンの残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する）。本明細書において、そのような配列はまた、ゲノム核酸分子に言及して「Ｃ９，９１７Ｔ変異を持つＡＬＯＸ１５配列」もしくは「Ｃ９，９１７Ｔ変化を持つＡＬＯＸ１５配列」（またはｍＲＮＡ分子に言及して「Ｃ１，６９３Ｕ変異を持つＡＬＯＸ１５配列」もしくは「Ｃ１，６９３Ｕ変化を持つＡＬＯＸ１５配列」、及びｃＤＮＡ分子に言及して「Ｃ１，６９３Ｔ変異を持つＡＬＯＸ１５配列」もしくは「Ｃ１，６９３Ｔ変化を持つＡＬＯＸ１５配列」）とも呼ばれる。
本明細書に記載されているように、配列番号２に照らして９，９１７位に対応するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内の位置は、例えば、特定のＡＬＯＸ１５核酸分子のヌクレオチド配列と配列番号２のヌクレオチド配列との間で配列比較を行うことによって特定することができる。例えば、配列番号２の９，９１７位に対応するヌクレオチドの位置を特定するために配列比較を行うのに使用することができる種々のコンピューターアルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）を使用することによって配列比較を実施してもよい。しかしながら、配列を手動で並べることもできる。
ＡＬＯＸ１５基準のポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号７に記述されている。配列番号７を参照して、ＡＬＯＸ１５基準のポリペプチドは６６２アミノ酸の長さである。配列番号７を参照して、５６０位はスレオニンである。
ＡＬＯＸ１５変異体ポリペプチド（Ｔｈｒ５６０ＭｅｔまたはＴ５６０Ｍ）が存在し、そのアミノ酸配列は配列番号８に記述されている。配列番号８を参照して、ＡＬＯＸ１５変異体ポリペプチドは６６２アミノ酸の長さである。配列番号８を参照して、５６０位はメチオニンである。
添付の配列表に列挙されているヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準的な略記及びアミノ酸の３文字表記を用いて示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端での開始から３’末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的な慣例に従う。各ヌクレオチド配列の片方の鎖のみが示されているが、示されている鎖の参照によって相補鎖が含まれるものと理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端での開始からカルボキシ末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的な慣例に従う。
本発明はまた、ヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するための（または呼吸器障害を治療するための薬物の調製における使用のための）呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤も提供し、その際、ヒト対象は本明細書に記載されているヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のいずれかを有する。呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤は、本明細書に記載されている呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤のいずれかであることができる。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、クレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；ヌクレオチド配列が配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子；または配列番号８に照らして５６０位に相当する位置にてメチオニンを含むＡＬＯＸ１５ポリペプチドを含む。
本開示はまた、ヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するための（または呼吸器障害を治療するための薬物の調製における使用のための）ＡＬＯＸ１阻害剤も提供し、その際、ヒト対象は本明細書に記載されているヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のいずれかを有する。ＡＬＯＸ１５阻害剤は、本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５阻害剤のいずれかであることができる。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、クレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；ヌクレオチド配列が配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子；または配列番号８に照らして５６０位に相当する位置にてメチオニンを含むＡＬＯＸ１５ポリペプチドを含む。ＡＬＯＸ１５阻害剤は本明細書に記載されているＡＬＯＸ１５阻害剤のいずれかであることができる。
上記または下記で引用されている特許文書、ウェブサイト、他の刊行物、受入番号などはすべて、あたかも個々の項目をそのように参照によって組み込むことを具体的に且つ個別に指示されたかのようにと同じ程度に、あらゆる目的のためにその全体が参照によって組み込まれる。配列のさまざまなバージョンがさまざまな時での受入番号に関連付けられているのであれば、本出願の有効出願日での受入番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、その受入番号について言及している実際の出願日または優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、異なるバージョンの刊行物、ウェブサイトなどが異なる時間に公開されている場合、特に指示されない限り、出願の有効出願日において最後に公開されたバージョンを意味するものとする。本開示のいずれの特徴、工程、要素、実施形態、または態様も、特に指示されない限り、任意の他の特徴、工程、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。明瞭性及び理解を目的として本開示を説明及び実例として多少詳細に説明してきたが、特定の変更及び改変が添付のクレームの範囲内で実施されてもよいことは明らかであろう。
以下の実施例は、実施形態をさらに詳細に説明するために提供されている。これらは、特許請求する実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図していない。以下の実施例は、本明細書に記載されている化合物、組成物、物品、装置及び／または方法がどのように作製され、且つ評価されるかについての開示及び説明を当業者に提供し、単に例示的なものであるように意図されており、任意のクレームの範囲を限定するようには意図されていない。数（例えば、量、温度など）については、精度を確保するように努めてきたが、ある程度の誤差及び偏差が説明されてもよい。特に指示されない限り、部は重量部であり、温度は℃または周囲温度であり、圧力は大気圧またはほぼ大気圧である。
実施例１：エクソーム配列決定分析
Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｅｎｔｅｒでのエクソームの配列決定及び分析によって、ｒｓ３４２１０６５３はＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５０Ｋエクソームデータ（図１を参照）及びＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５００Ｋ遺伝子型決定データ（図２を参照）における循環血液の好酸球の減少と有意に関連し、ＧＨＳ ９０Ｋエクソームデータ（図４を参照）における循環血液の好酸球の減少とも関連することが確認された。分析では、ｒｓ３４２１０６５３がＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ５００Ｋ遺伝子型決定データにおける鼻ポリープ、アレルギー性鼻炎、及び喘息の可能性の低下（図３を参照）ならびにＧＨＳ ９０Ｋエクソームにおける鼻ポリープの可能性の低下（図５を参照）と有意に関連していることも確認された。ＵＫＢ ５００Ｋ遺伝子型決定データにおけるｒｓ３４２１０６５３と好酸球の間の有意な関連についての遺伝子座ズームプロット。ヘテロ接合型及びホモ接合型のｒｓ３４２１０６５３変異体キャリアの間で好酸球が減少していることを示すＵＫＢ ５００Ｋ遺伝子型決定データにおける好酸球数の定量的形質分布（点線は野生型対立遺伝子キャリアの平均好酸球数を示す）（図７を参照）。ＵＫＢ ５００Ｋ遺伝子型決定データにおけるｒｓ３４２１０６５３と鼻ポリープの間の有意な関連についての遺伝子座ズームプロット（図８を参照）。
本明細書に記載されているものに加えて、記載されている主題の種々の修正は前述の説明から当業者には明らかとなるであろう。そのような修正は添付のクレームの範囲内に入るようにも意図されている。本出願で引用されている各参考文献（雑誌記事、米国及び米国以外の特許、特許出願刊行物、国際特許出願刊行物、遺伝子バンク受入番号などを含むが、これらに限定されない）は、その全体が且つすべての目的のために参照によって本明細書に組み込まれる。

Claims (116)

  1. 鼻ポリープを有する患者を治療する方法であって、前記方法がアラキドン酸１５－リポキシゲナーゼ（ＡＬＯＸ１５）阻害剤を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  2. アレルギー性鼻炎を有する患者を治療する方法であって、前記方法がＡＬＯＸ１５阻害剤を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  3. 喘息を有する患者を治療する方法であって、前記方法がＡＬＯＸ１５阻害剤を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  4. アスピリン増悪呼吸器疾患（ＡＥＲＤ）を有する患者を治療する方法であって、前記方法がＡＬＯＸ１５阻害剤を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  5. 前記ＡＬＯＸ１５阻害剤が、ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡとハイブリッド形成するアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 前記ｓｈＲＮＡが：ａ）ＣＣＧＧＧＡＡＡＣＴＧＧＡＡＧＧＡＣＧＧＧＴＴＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＡＡＣＣＣＧＴＣＣＴＴＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号９）；ｂ）ＣＣＧＧＧＣＴＡＴＣＡＡＡＧＡＣＴＣＴＣＴＡＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＴＡＧＡＧＡＧＴＣＴＴＴＧＡＴＡＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１０）；ｃ）ＣＣＧＧＴＧＧＧＡＡＡＴＣＡＴＣＴＡＴＣＧＧＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＴＡＧＡＴＧＡＴＴＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＧ（配列番号１１）；ｄ）ＣＣＧＧＣＣＴＧＧＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＣＣＴＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＡＧＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＴＣＣＡＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１２）；ｅ）ＣＣＧＧＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＡＡＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１３）；ｆ）ＣＣＧＧＧＣＣＧＴＣＧＡＴＡＣＡＴＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＡＣＧＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１４）；ｇ）ＣＣＧＧＴＡＧＡＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＣＧＧＡＴＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＡＴＣＣＧＧＴＴＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１５）；またはｈ）ＣＣＧＧＴＧＧＴＡＣＴＣＴＴＧＧＧＴＧＣＣＴＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＡＧＧＣＡＣＣＣＡＡＧＡＧＴＡＣＣＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１６）を含む、請求項５に記載の方法。
  7. 前記ＡＬＯＸ１５阻害剤が、Ｃａｓタンパク質とＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリッド形成するｇＲＮＡとを含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項７に記載の方法。
  9. 前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置を含む、またはそれに近接する、請求項７または８に記載の方法。
  10. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置する、請求項７または請求項８に記載の方法。
  11. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が前記ｇＲＮＡ認識配列の下流の約２～約６ヌクレオチドである、請求項７または８に記載の方法。
  12. 前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項７～１１のいずれか１項に記載の方法。
  13. 前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１９～４３のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項７～１１のいずれか１項に記載の方法。
  14. さらに、前記患者由来の生体試料にてヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予想される機能喪失型変異体核酸分子の存在または非存在を検出することを含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
  15. 前記患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、前記患者はまた、標準的な投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤も投与される、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、前記患者はまた、標準的な投与量と同じまたはそれより少ない投与量で呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を投与される、請求項１４に記載の方法。
  17. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓをコードする核酸分子である、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の方法。
  18. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子が、ＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔをコードする核酸分子である、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の方法。
  19. 前記ＡＬＯＸ１５で予想される機能喪失型変異体核酸分子が：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；またはｃＤＮＡ分子が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成される前記ｃＤＮＡ分子である、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の方法。
  20. 前記検出工程が試験管内で実施される、請求項１４～１９のいずれか１項に記載の方法。
  21. 前記検出工程が前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子である、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  22. 前記検出工程が前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子である、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  23. 前記検出工程が前記生体試料におけるｍＲＮＡ分子から前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子はＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡである、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記検出工程が：ａ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接するＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記検出工程が：ａ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接するＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応するＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むかどうかを決定することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記検出工程が：ａ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  27. 前記検出工程が前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項２１～２６のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記検出工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記検出工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  30. 前記検出工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記試料における前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記増幅工程の前に前記ｍＲＮＡがｃＤＮＡに逆転写される、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法。
  35. 呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤で患者を治療する方法であって、前記患者は呼吸器障害を患っており、前記方法が
    前記患者から生体試料を入手する、または入手したことと
    前記患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために前記生体試料にて遺伝子型決定アッセイを実施する、または実施したこととによって前記患者がヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することと；
    前記患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、呼吸器障害を治療または抑制する前記治療剤が標準的な投与量で前記患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が前記患者に投与されることと；
    前記患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、呼吸器障害を治療するまたは抑制する前記治療剤が標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で前記患者に投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤が前記患者に投与されることとを含み；
    その際、前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は前記患者が呼吸器障害を発症する低いリスクを有することを示す、前記方法。
  36. 前記患者がＡＬＯＸ１５基準である場合、前記患者は呼吸器障害を治療するまたは抑制する前記治療剤を標準的な投与量で投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤を投与される、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記患者がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型である場合、前記患者は呼吸器障害を治療するまたは抑制する前記治療剤を標準的な投与量と同じまたはそれより少ない量で投与され、または投与され続け、且つＡＬＯＸ１５阻害剤を投与される、請求項３５に記載の方法。
  38. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓをコードする核酸分子である、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の方法。
  39. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子がＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔをコードする核酸分子である、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の方法。
  40. 前記ＡＬＯＸ１５で予想される機能喪失型変異体核酸分子が：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子である、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の方法。
  41. 前記遺伝子型決定アッセイが前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  42. 前記遺伝子型決定アッセイが前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  43. 前記遺伝子型決定アッセイが前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍｃＤＮＡ分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  44. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  45. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むかどうかを決定することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  46. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  47. 前記遺伝子型決定アッセイが前記酸分子全体を配列決定することを含む、請求項４１～４６のいずれか１項に記載の方法。
  48. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  49. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記遺伝子型決定アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記試料における前記核酸分子が、ｍＲＮＡであり、前記増幅工程の前に前記ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記遺伝子型決定アッセイが、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  53. 前記遺伝子型決定アッセイが、変異特異的プローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記遺伝子型決定アッセイが、変異特異的プローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記核酸分子が、前記ヒト対象から得られる細胞内に存在する、請求項３５～５４のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記ＡＬＯＸ１５阻害剤が、ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡとハイブリッド形成するアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項３５～５５のいずれか１項に記載の方法。
  57. 前記ｓｈＲＮＡが：ａ）ＣＣＧＧＧＡＡＡＣＴＧＧＡＡＧＧＡＣＧＧＧＴＴＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＡＡＣＣＣＧＴＣＣＴＴＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号９）；ｂ）ＣＣＧＧＧＣＴＡＴＣＡＡＡＧＡＣＴＣＴＣＴＡＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＴＡＧＡＧＡＧＴＣＴＴＴＧＡＴＡＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１０）；ｃ）ＣＣＧＧＴＧＧＧＡＡＡＴＣＡＴＣＴＡＴＣＧＧＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＴＡＧＡＴＧＡＴＴＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＧ（配列番号１１）；ｄ）ＣＣＧＧＣＣＴＧＧＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＣＣＴＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＡＧＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＴＣＣＡＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１２）；ｅ）ＣＣＧＧＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＡＡＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１３）；ｆ）ＣＣＧＧＧＣＣＧＴＣＧＡＴＡＣＡＴＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＡＣＧＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１４）；ｇ）ＣＣＧＧＴＡＧＡＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＣＧＧＡＴＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＡＴＣＣＧＧＴＴＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１５）；またはｈ）ＣＣＧＧＴＧＧＴＡＣＴＣＴＴＧＧＧＴＧＣＣＴＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＡＧＧＣＡＣＣＣＡＡＧＡＧＴＡＣＣＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１６）を含む、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記ＡＬＯＸ１５阻害剤が、Ｃａｓタンパク質と、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリッド形成するｇＲＮＡとを含む、請求項３５～５５のいずれか１項に記載の方法。
  59. 前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置を含む、またはそれに近接する、請求項５８または５９に記載の方法。
  61. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置する、請求項５８または請求項５９に記載の方法。
  62. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の下流の約２～６ヌクレオチドである、請求項５８または５９に記載の方法。
  63. 前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項５８～６２のいずれか１項に記載の方法。
  64. 前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１９～４３のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項５８～６３のいずれか１項に記載の方法。
  65. 呼吸器障害を発症する高いリスクを有するヒト対象を特定する方法であって、前記方法が、
    前記対象から得られる生体試料にてヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードするＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含み；
    その際、
    前記ヒト対象がＡＬＯＸ１５基準である場合、前記ヒト対象は呼吸器障害を発症する高いリスクを有し；且つ
    前記ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合である、またはＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてホモ接合である場合、前記ヒト対象は呼吸器障害を発症する低いリスクを有する、前記方法。
  66. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子が、ＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔ、Ｔｙｒ１３９Ｃｙｓ、Ｌｅｕ６５１ｆｓ、Ｐｒｏ５６５Ｌｅｕ、Ａｓｎ６５８Ｌｙｓ、Ｇｌｙ２８３Ａｒｇ、Ｖａｌ４７４Ａｌａ、Ｇｌｙ４２２Ａｒｇ、またはＬｅｕ１０６ｆｓをコードする核酸分子である、請求項６５に記載の方法。
  67. 前記ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体核酸分子がＡＬＯＸ１５にてＴｈｒ５６０Ｍｅｔをコードする核酸分子である、請求項６５に記載の方法。
  68. 前記ＡＬＯＸ１５で予想される機能喪失型変異体核酸分子が：配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子である、請求項６５～６７のいずれか１項に記載の方法。
  69. 前記決定工程が試験管内で実施される、請求項６５～６８のいずれか１項に記載の方法。
  70. 前記決定工程が、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子である、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  71. 前記決定工程が、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子である、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  72. 前記決定工程が、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置またはその相補体を含み；その際、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含む場合、前記生体試料における前記ＡＬＯＸ１５ｍｃＤＮＡ分子は、ＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  73. 前記決定工程が：ａ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  74. 前記決定工程が：ａ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むかどうかを決定することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記決定工程が：ａ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記生体試料を接触させることと；ｂ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記決定工程が、前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項７０～７５のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記決定工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記決定工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記決定工程が：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記試料における前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記増幅工程の前に前記ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する、請求項７９に記載の方法。
  81. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  82. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  83. 前記検出工程が、変異特異的プローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記ヌクレオチド配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記生体試料における前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項６５～６９のいずれか１項に記載の方法。
  84. 前記ヒト対象がＡＬＯＸ１５基準であると、前記ヒト対象は呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を標準的な投与量で投与され、且つＡＬＯＸ１５阻害剤を投与される、請求項６５～８３のいずれか１項に記載の方法。
  85. 前記ヒト対象がＡＬＯＸ１５で予測される機能喪失型変異体についてヘテロ接合型であると、前記ヒト対象は呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤を標準投与量と同じまたはそれより少ない量で投与され、且つＡＬＯＸ１５阻害剤を投与される、請求項６５～８３のいずれか１項に記載の方法。
  86. ヒト対象にてヒトＡＬＯＸ１５変異体核酸分子を検出する方法であって、前記ヒト対象から得られる試料における核酸分子が、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子；配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子；または配列番６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含むヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子であるかどうかを決定するために前記試料をアッセイすることを含む、前記方法。
  87. 前記方法が試験管内の方法である、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記アッセイが前記核酸分子の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、請求項８６または請求項８７に記載の方法。
  89. 前記アッセイが前記核酸分子の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む、請求項８６または請求項８７に記載の方法。
  90. 前記アッセイが前記核酸分子の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定部分が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、請求項８６または請求項８７に記載の方法。
  91. 前記アッセイが：ａ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記試料を接触させることと；ｂ）配列番号２に照らして９，９１７位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  92. 前記アッセイが：ａ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記試料を接触させることと；ｂ）配列番号４に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルを含むかどうかを決定することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  93. 前記アッセイが：ａ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置に近接する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリッド形成するプライマーに前記試料を接触させることと；ｂ）配列番号６に照らして１，６９３位に対応する前記ＡＬＯＸ１５ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンを含むかどうかを決定することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  94. 前記アッセイが前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項８８～９３のいずれか１項に記載の方法。
  95. 前記アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  96. 前記アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  97. 前記アッセイが：ａ）前記ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅し、前記一部が配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含むことと；ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）変異特異的プローブが、配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体に前記標識した核酸分子を接触させることと、ｄ）前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  98. 前記試料における前記核酸分子が、ｍＲＮＡであり、前記増幅工程の前に前記ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する、請求項９７に記載の方法。
  99. 前記アッセイが、変異特異的プローブが配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  100. 前記アッセイが、変異特異的プローブが配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  101. 前記アッセイが、変異特異的プローブが配列番号６に照らして１，６９３位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む前記増幅した核酸分子の前記核酸配列とストリンジェント条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む、検出可能な標識を含む前記変異特異的プローブに前記核酸分子を接触させることと、前記検出可能な標識を検出することとを含む、請求項８６または８７に記載の方法。
  102. 前記核酸分子が前記ヒト対象から得られる細胞内に存在する、請求項８６～１０１のいずれか１項に記載の方法。
  103. ヒトＡＬＯＸ１５のＴｈｒ５６０Ｍｅｔ変異体ポリペプチドの存在を検出する方法であって、ヒト対象から得られる試料におけるＡＬＯＸ１５タンパク質が配列番号８に照らして５６０位に対応する位置にてメチオニンを含むかどうかを決定するために前記試料にてアッセイを行うことを含む、前記方法。
  104. 前記アッセイが前記ポリペプチドの配列決定を行うことを含む、請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記アッセイが免疫アッセイである、請求項１０３に記載の方法。
  106. 呼吸器障害を治療するまたは抑制する治療剤であって、ｉ）ヌクレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ｉｉ）ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；またはｉｉｉ）ヌクレオチド配列が配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンもしくはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子を有するヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するための、前記治療剤。
  107. 呼吸器障害の治療に使用するためのＡＬＯＸ１５阻害剤であって、ｉ）ヌクレオチド配列が配列番号２に照らして９，９１７位に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ｉｉ）ヌクレオチド配列が配列番号４に照らして１，６９３位に対応する位置にてウラシルまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；またはｉｉｉ）ヌクレオチド配列が配列番６に照らして１，６９３に対応する位置にてチミンまたはその相補体を含む、ヒトＡＬＯＸ１５ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子を有するヒト対象にて呼吸器障害の治療に使用するための、前記ＡＬＯＸ１５阻害剤。
  108. ＡＬＯＸ１５ｍＲＮＡとハイブリッド形成するアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、またはショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１０７に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  109. 前記ｓｈＲＮＡが：ａ）ＣＣＧＧＧＡＡＡＣＴＧＧＡＡＧＧＡＣＧＧＧＴＴＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＡＡＣＣＣＧＴＣＣＴＴＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号９）；ｂ）ＣＣＧＧＧＣＴＡＴＣＡＡＡＧＡＣＴＣＴＣＴＡＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＴＡＧＡＧＡＧＴＣＴＴＴＧＡＴＡＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１０）；ｃ）ＣＣＧＧＴＧＧＧＡＡＡＴＣＡＴＣＴＡＴＣＧＧＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＣＣＧＡＴＡＧＡＴＧＡＴＴＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＧ（配列番号１１）；ｄ）ＣＣＧＧＣＣＴＧＧＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＣＣＴＴＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＡＡＧＧＣＡＴＣＴＴＣＣＴＴＣＣＡＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１２）；ｅ）ＣＣＧＧＣＣＡＧＴＴＴＣＴＴＡＡＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＴＣＧＡＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＴＴＴＴＴＧ（配列番号１３）；ｆ）ＣＣＧＧＧＣＣＧＴＣＧＡＴＡＣＡＴＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＡＣＧＧＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１４）；ｇ）ＣＣＧＧＴＡＧＡＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＣＧＧＡＴＴＴＣＴＣＧＡＧＡＡＡＴＣＣＧＧＴＴＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１５）；またはｈ）ＣＣＧＧＴＧＧＴＡＣＴＣＴＴＧＧＧＴＧＣＣＴＡＡＴＣＴＣＧＡＧＡＴＴＡＧＧＣＡＣＣＣＡＡＧＡＧＴＡＣＣＡＴＴＴＴＴＴＧ（配列番号１６）を含む、請求項１０８に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  110. Ｃａｓタンパク質と、ＡＬＯＸ１５ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリッド形成するｇＲＮＡとを含む、請求項１０７に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  111. 前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項１１０に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  112. 前記ｇＲＮＡ認識配列が配列番号１に照らして９，９１７位を含む、またはそれに近接する、請求項１１０または１１１に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  113. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に照らして９，９１７位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置する、請求項１１０または１１１に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  114. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の下流の約２～約６ヌクレオチドである、請求項１１０または１１１に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  115. 前記ｇＲＮＡが約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項１１０～１１４のいずれか１項に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
  116. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１９～４３のいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項１１０～１１４のいずれか１項に記載のＡＬＯＸ１５阻害剤。
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