JP2023539742A - Ｐｃｓｋ９調節物質及びｌｄｌｒ調節物質による敗血症の治療 - Google Patents

Ｐｃｓｋ９調節物質及びｌｄｌｒ調節物質による敗血症の治療 Download PDF

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Abstract

本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを有する対象を治療する方法、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する対象を同定する方法、ならびにプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）のバリアント核酸分子及びバリアントポリペプチドを検出する方法を提供する。

Description

配列表への参照
本出願は、２０２１年８月２４日に生成された１８９２３８０５３０２ＳＥＱと命名された３４０キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子提出された配列リストを含む。配列リストは、参照することによって本明細書に援用される。
本開示は概して、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストによる、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）を有する対象の治療、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する対象を同定する方法、ならびにＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲのバリアント核酸分子及びバリアントポリペプチドを検出する方法に関する。
敗血症は、臓器不全及び死亡を導き得る感染に対する全身性炎症反応である。敗血症の年間発生率は４８００万超の症例があり、世界中で死亡のうちの約２０％を占める（非特許文献１）。細菌細胞壁構成要素（グラム陰性菌及びグラム陽性菌についてそれぞれリポポリサッカライド（ＬＰＳ）及びリポテイコ酸（ＬＴＡ）が挙げられる）は、敗血症及び敗血症性ショックの重要なメディエーターである。健康な個体において、ＬＰＳ／ＬＴＡは、リポタンパク質粒子（ＬＤＬ及びＨＤＬが挙げられる）の中へ取り込まれ、血中循環からの病原体毒素の隔離の一次ステップとして肝細胞においてＬＤＬ受容体（ＬＤＬＲ）を介して血漿から取り除かれる。概して、敗血症は、２つ以上の全身性炎症反応尺度に加えて、既知の感染または疑わしい感染があるものである。重症敗血症は、急性臓器機能不全を伴う敗血症である。敗血症の徴候に加えて、臓器機能不全の徴候（呼吸困難（肺に関する問題）、低または無尿排出量（腎臓）、異常な肝臓試験（肝臓）、及び精神状態の変化（脳）等）がある場合に、敗血症は重症敗血症へ進行し得る。ほぼすべて重症敗血症の患者は、集中治療室（ＩＣＵ）における治療を要求する。敗血症性ショックは最も重篤なレベルであり、対象の血圧が危険レベルまで低下する場合に診断される。
全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）は、有害ストレッサー（２・３の例を挙げると、感染、外傷、手術、急性炎症、虚血もしくは再潅流、または悪性腫瘍）に対して、損傷の内因性または外因性の原因を局限し、次いで排除するための身体の亢進した防御反応である。それは、対象における広範囲の自律神経、内分泌、血液、及び免疫学的な変更の直接的なメディエーターである急性期反応物質の放出を伴う。調節不全のサイトカインストームは、可逆性または不可逆性の末端臓器の機能不全及び死亡を導く大規模な炎症カスケードを引き起こす能力を有する。
敗血症の間に、全身性低血圧、微小循環の灌流の妨害、及び炎症性免疫反応によって引き起こされる直接的な組織毒性が起こり、臓器不全に寄与し得る。２つ以上の重要な臓器系の不全は多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）と称され、高い罹病率及び死亡率と関連する非常に危機的な病態に似ている。重要なことには、敗血症の間に効率的にＭＯＤＳの発症を予防するための具体的な治療戦略は、存在しない。
プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型は、ＬＤＬＲを結合し、細胞表面へのＬＤＬＲのリサイクルを防止する酵素（ＰＣＳＫ９によってコードされる）である。外因性のＰＣＳＫ９タンパク質の添加が、細胞の中へＬＰＳ／ＬＴＡ取り込みをインビトロで低減したことが観察された（非特許文献２、３、４）。
Ｒｕｄｄ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，２０２０，３９５，２００－２０１１ Ｂｏｙｄ，Ｉｎｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１６ Ｇｒｉｎ，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．，２０１８ Ｌｅｕｎｇ，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．，２０１９
本開示は、敗血症または重症敗血症を有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストをそれを必要とする対象へ投与することを含む、方法を提供する。
本開示は、ＳＩＲＳを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストをそれを必要とする対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、敗血症性ショックを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストをそれを必要とする対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、ＭＯＤＳを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストをそれを必要とする対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤により対象を治療し、対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを患っている方法であって、対象が、ｉ）ＰＣＳＬ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子；を有するかどうかを、対象から生物学的サンプルを得るかまたは当該サンプルを得ておくこと；ならびに生物学的サンプルについての配列分析を遂行するかまたは当該分析を遂行しておいて、対象が、ｉ）ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定すること、によって、決定するステップと；対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与するステップと；対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与するステップと；対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与するステップと；対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与するステップと；対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質を対象へ投与するステップと；対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与するステップと；対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてホモ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与するステップと；ＰＣＳＬ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方を有する遺伝子型の存在が、対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有することを指摘するステップと、を含む、方法も提供する。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクを有する対象を同定する方法であって、対象から得られた生物学的サンプル中のＰＣＳＬ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子の存在または非存在を決定するかまたは決定しておき；対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、対象は敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有し；対象が、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体である及び／またはＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体である場合に、対象は敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有することを含む、方法も提供する。
本開示は、対象におけるＰＣＳＫ９バリアント核酸分子を検出する方法であって、対象から得られたサンプルをアッセイして、サンプル中の核酸分子が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子、またはその相補物；配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいはｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物であるかどうかを決定することを含む、方法も提供する。
本開示は、対象におけるＬＤＬＲバリアント核酸分子を検出する方法であって、対象から得られたサンプルをアッセイして、サンプル中の核酸分子が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子、またはその相補物であるかどうかを決定することを含む、方法も提供する。
本開示は、ＰＣＳＫ９ Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象から得られたサンプルでアッセイを遂行して、サンプル中のＰＣＳＫ９タンパク質が、配列番号４２に記載の位置４６に対応する位置でロイシンを含むかどうかを決定することを含む、方法も提供する。
本開示は、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物を有する対象における、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）の治療における使用のための、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も提供する。
本開示は、ａ）ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｍＲＮＡ分子、あるいはＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｃＤＮＡ分子について参照物である対象；あるいはｂ）ｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子についてヘテロ接合体である対象；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物である対象；あるいはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物である対象における、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）の治療における使用のための、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストも提供する。
援用され、本明細書の一部を構成する添付の図は、本開示の複数の特色を例証する。
本特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含有する。カラー図面（複数可）を含めた本特許または特許出願公開のコピーは、請求及び必要な料金の支払いに応じて官庁によって提供されるだろう。
重症敗血症のすべての試験されたコホートにわたる、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ｒ４６Ｌのメタ分析及び２８日間の死亡率の要約データを示す。 遺伝子型群に基づく、ＬＤＬレベルの遺伝的に予測される低減及び敗血症死亡率を示す（以下通りに計算した：Ｎ＿Ａｌｔ＿対立遺伝子＿ｒｓ１１５９１１４７×ＬＤＬ＿重み付け＿ｒｓ１１５９１１４７＋Ｎ＿Ａｌｔ＿対立遺伝子＿ｒｓ６５１１７２０×ＬＤＬ＿重み付け＿ｒｓ６５１１７２０；ＳＮＰ重み付けを、ＬＤＬ生スケール（ｍｇ／ｄＬ）で測定したレベルによりＵＫＢ５００Ｋにおける線形回帰（共変量：年齢及び性別）を使用して併用で推定し；重み付けは、ＰＣＳＫ９バリアントについて－１１．７及びＬＤＬＲバリアントについて－５．９であった）。 遺伝子型群に基づく、ＬＤＬレベルの遺伝的に予測される低減及び敗血症死亡率を示す（以下通りに計算した：Ｎ＿Ａｌｔ＿対立遺伝子＿ｒｓ１１５９１１４７×ＬＤＬ＿重み付け＿ｒｓ１１５９１１４７＋Ｎ＿Ａｌｔ＿対立遺伝子＿ｒｓ６５１１７２０×ＬＤＬ＿重み付け＿ｒｓ６５１１７２０；ＳＮＰ重み付けを、ＬＤＬ生スケール（ｍｇ／ｄＬ）で測定したレベルによりＵＫＢ５００Ｋにおける線形回帰（共変量：年齢及び性別）を使用して併用で推定し；重み付けは、ＰＣＳＫ９バリアントについて－１１．７及びＬＤＬＲバリアントについて－５．９であった）。 １０ｍｇ／ｄＬの群に基づく、ＬＤＬレベルにおける遺伝的に予測される低減及び敗血症死亡率を示す。 １０ｍｇ／ｄＬの群に基づく、ＬＤＬレベルにおける遺伝的に予測される低減及び敗血症死亡率を示す。
本開示の態様に関連する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲を通して使用される。かかる用語は、別段指摘されない限り、当技術分野における通常の意味を与えられるものとする。他の具体的に定義される用語は、本明細書において提供される定義と合致した様式で解釈されるものとする。
別段明確に述べられない限り、本明細書において説明される任意の方法または態様は、そのステップが特定の順序で遂行されることを要求するものとして解釈されるようには一切意図されない。したがって、方法クレームが、ステップが特定の順序に限定されるべきことを、特許請求の範囲または記載中で具体的に述べない場合には、いかなる点でも、順序が暗示されることは一切意図されない。これは、解釈のためのあらゆる可能性のある不明確な基準（ステップもしくは動作フローのアレンジに関する論理の問題、文法構成もしくは句読点に由来する平明な意味、または本明細書中に記載される態様の数もしくは型が挙げられる）についても当てはまる。
本明細書において使用される時、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別段文脈による明瞭な定めがない限り、複数の指示物を包含する。
本明細書において使用される時、「約」という用語は、列挙された数値が近似値であり、小さな変動が、開示される実施形態の実践に有意に影響しないだろうことを意味する。数値が使用される場合に、別段文脈によって指摘されない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示される実施形態の範囲内にとどまり得ることを意味する。
本明細書において使用される時、「含むこと」という用語は、特定の実施形態において、所望に応じて、「～からなること」または「～から本質的になること」と置き換えられ得る。
本明細書において使用される時、核酸分子またはポリペプチドに関して、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドが、その本来の環境以外の条件に（血液及び／または動物組織から離れて等）あることを意味する。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド（特に他の核酸分子、動物起源のポリペプチド）が実質的に無い。いくつかの実施形態において、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態（すなわち９５％超で純粋、または９９％超で純粋）であり得る。この文脈中で使用される場合に、「単離された」という用語は、代替の物理的形態（二量体、または代替的にリン酸化形態もしくは誘導体化形態等）の同じ核酸分子またはポリペプチドの存在を除外しない。
本明細書において使用される時、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含み、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含み、一本鎖、二本鎖、または多重鎖であり得る。核酸の一方の鎖は、その相補物も指す。
本明細書において使用される時、「対象」という用語は、哺乳動物を含む任意の動物を包含する。哺乳動物としては、家畜（例えばウマ、ウシ、ブタ等）、愛玩動物（例えばイヌ、ネコ等）、実験用動物（例えばマウス、ラット、ウサギ等）、及び非ヒト霊長動物（例えば類人猿及びサル等）が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、対象は、医師のケア下の患者である。
対象における敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少と関連するＰＣＳＫ９遺伝子及びＬＤＬＲ遺伝子中の稀なバリアントは、本開示に従って同定された。例えば、ヒトＰＣＳＫ９参照物（配列番号１を参照）の位置４２７のグアニンヌクレオチドをチミンへ変化させる遺伝的変異及び／またはヒトＬＤＬＲ参照物（配列番号３を参照）の位置２，２６９のグアニンヌクレオチドをチミンへ変化させる遺伝的変異は、かかる変異を有するヒトが、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有し得ることを指摘することが観察される。ＰＣＳＫ９遺伝子及びＬＤＬＲ遺伝子のかかるバリアントは、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳと公知の関連性を有していないと考えられている。まとめると、意外にも、本明細書において記載される遺伝子分析から、ＰＣＳＫ９遺伝子及びＬＤＬＲ遺伝子、ならびに特にＰＣＳＫ９遺伝子及びＬＤＬＲ遺伝子中のバリアントが、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少と関連することが指摘される。したがって、ＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物である対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加があり、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳが予防されるように、その症状が低減されるように、及び／または症状の発症が抑制されるように、当該対象は治療され得る。したがって、本開示は、対象におけるかかるバリアントの同定を活用して、かかる対象における敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクを同定または層別化するか、あるいは対象を、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有すると診断し、その結果、リスクがある対象または活動性疾患の対象がそれに応じて治療され得る方法を提供する。
本開示の目的のために、任意の特定の対象は、以下のＰＣＳＫ９遺伝子型及びＬＤＬＲ遺伝子型：ｉ）ＰＣＳＫ９参照物及びＬＤＬＲ参照物；ｉｉ）ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体及びＬＤＬＲ参照物；ｉｉｉ）ＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体及びＰＣＳＫ９参照物；またはｉｉｉ）ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体のうちの任意の１つを有するとして分類され得る。対象がＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子のコピーを有していない場合に、対象はＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物である。対象が単一コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有する場合に、対象はＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である。本明細書において使用される時、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するポリペプチドをコードする本明細書において記載される遺伝的変動を有する、任意のＰＣＳＫ９核酸分子及び／または任意のＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）である。部分的機能喪失（または予測される部分的機能喪失）を有するＰＣＳＫ９ポリペプチドを有する対象は、ＰＣＳＫ９についてハイポモルフである。ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子は、ＰＣＳＫ９ Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドをコードする任意の核酸分子であり得る。対象が２コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有する場合に、対象はＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である。
ＰＣＳＫ９参照物及びＬＤＬＲ参照物であると遺伝子型決定されるかまたは決定される対象について、かかる対象は、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する。ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体であると遺伝子型決定されるかまたは決定される対象について、かかる対象は、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬを低減する薬剤（ＬＤＬＲアゴニスト等）により治療され得る。
本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／または、ＬＤＬＲバリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するポリペプチドをコードする、任意のＰＣＳＫ９核酸分子及び／または任意のＬＤＬＲ核酸分子（例えばゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）であり得る。例えば、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子は、ＰＣＳＫ９ Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドをコードする任意の核酸分子であり得る。
本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドは、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有する任意のＰＣＳＫ９ポリペプチドであり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドは、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９ポリペプチドのうちの任意のもの（例えばＰＣＳＫ９ Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドを包含する）であり得る。
本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳであり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、敗血症であり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、重症敗血症であり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、ＳＩＲＳであり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、敗血症性ショックであり得る。本明細書において記載される実施形態のうちの任意のものにおいて、対象は、ＭＯＤＳであり得る。
敗血症の症状としては、発熱、下痢、血圧の減少、血管漏出、及び／または様々な臓器中の播種性血液凝固が挙げられるがこれらに限定されない。根底にある機能不全としては、動脈性低血圧症、代謝性アシドーシス、全身血管抵抗の減少、頻呼吸、臓器機能不全、及び敗血症が挙げられるがこれらに限定されない。
ＳＩＲＳの症状は、以下の病態：１）体温＞３８℃または＜３６℃；２）心拍度数＞９０拍／分間；３）呼吸頻度＞２０呼吸／分間またはＰａＣＯ２＜３２ｍｍＨｇ；及び４）白血球数＞１２，０００／μｌもしくは＜４０００／μｌ、または杆状核好中球の比＞１０％のうちの任意の２つ以上が挙げられるがこれらに限定されない。
敗血症性ショックの症状としては、敗血症を有する対象における危険レベルまでの血圧の減少が挙げられるがこれらに限定されない。
ＭＯＤＳの症状としては、２つ以上の重要な臓器系の不全が挙げられるがこれらに限定されない。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与することを含む、方法を提供する。
本開示は、敗血症を有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、ＳＩＲＳを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、敗血症性ショックを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与することを含む、方法も提供する。
本開示は、ＭＯＤＳを有する対象を治療する方法であって、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを対象へ投与することを含む、方法も提供する。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは、阻害性核酸分子を含む。阻害性核酸分子の例としては、アンチセンス核酸分子、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。かかるアンチセンス分子は、ＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子（ｍＲＮＡ分子等）の任意の領域を標的化するようにデザインされ得る。いくつかの実施形態において、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡは、ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲのゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子内の配列へハイブリダイズし、対象における細胞中のＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは、ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲのゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子へハイブリダイズし、対象における細胞中のＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドの発現を減少させるアンチセンス分子を含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは、ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲのゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子へハイブリダイズし、対象における細胞中のＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドの発現を減少させるｓｉＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは、ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲのゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子へハイブリダイズし、対象における細胞中のＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドの発現を減少させるｓｈＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは、認識配列（複数可）での１つまたは複数のニックまたは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤あるいはＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子内の認識配列へ結合するＤＮＡ結合タンパク質を含む。認識配列は、ＰＣＳＫ９遺伝子及び／またはＬＤＬＲ遺伝子のコード領域内あるいは遺伝子の発現に影響を及ぼす調節領域内に所在し得る。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意の非タンパク質コード領域中に所在し得る。認識配列は、ＰＣＳＫ９遺伝子及び／またはＬＤＬＲ遺伝子の開始コドンを含み得るかまたは当該コドンに近接し得る。例えば、認識配列は、開始コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドで所在し得る。別の例として、各々が開始コドンを含むかまたは当該コドンに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化する、２つ以上のヌクレアーゼ剤が使用され得る。別の例として、２つのヌクレアーゼ剤（１つは、開始コドンを含むかまたは当該コドンに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化し、１つは、終止コドンを含むかまたは当該コドンに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化する）が使用され得、ヌクレアーゼ剤による切断は、２つのヌクレアーゼ認識配列の間のコード領域の欠失をもたらし得る。所望される認識配列の中へのニックまたは二本鎖切断を誘導する任意のヌクレアーゼ剤は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。所望される認識配列へ結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。
本明細書における使用に好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質としては、ジンクフィンガータンパク質もしくはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ペア、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質もしくは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化規則的散在型短パリンドローム反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系が挙げられるがこれらに限定されない。認識配列の長さは変動することができ、例えばジンクフィンガータンパク質もしくはＺＦＮペアについての約３０～３６ｂｐ、各々のＺＦＮについての約１５～１８ｂｐ、ＴＡＬＥタンパク質もしくはＴＡＬＥＮについての約３６ｂｐ、及びＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについての約２０ｂｐである認識配列が挙げられる。
いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系が使用されて、細胞内のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子を修飾し得る。本明細書において開示される方法及び組成物は、ＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子の部位指向性切断のために、ＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化されるガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することによって、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を用いることができる。
Ｃａｓタンパク質は、概してｇＲＮＡと相互作用し得る少なくとも１つのＲＮＡ認識または結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼドメイン（例えばＤＮａｓｅドメインまたはＲＮａｓｅドメイン等）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインも含み得る。好適なＣａｓタンパク質としては、例えば野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えばＦｎＣｐｆ１等）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中で二本鎖切断を生成するように完全な切断活性を有し得るか、あるいはＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中で一本鎖切断を生成するニッカーゼであり得る。Ｃａｓタンパク質の追加の例としては、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１またはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにそれらのホモログまたは修飾バージョンが挙げられるがこれらに限定されない。Ｃａｓタンパク質は、融合タンパク質として異種ポリペプチドへ作動可能に連結もされ得る。例えば、Ｃａｓタンパク質は、切断ドメイン、後成的修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写リプレッサードメインへ融合され得る。Ｃａｓタンパク質は、任意の形態で提供され得る。例えば、Ｃａｓタンパク質は、タンパク質の形態（ｇＲＮＡと複合体化されたＣａｓタンパク質等）で提供され得る。代替的に、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸分子の形態（ＲＮＡまたはＤＮＡ等）で提供され得る。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子の標的化された遺伝子修飾は、細胞を、Ｃａｓタンパク質ならびにＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中の標的ゲノム遺伝子座内の１つまたは複数のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズする１つまたは複数のｇＲＮＡと、接触させることによって生成され得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１及び／または配列番号３の領域内に所在し得る。ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置も含み得るかまたは当該位置に近接もし得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在し得る。ｇＲＮＡ認識配列は、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子の開始コドンあるいはＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子の終止コドンを含み得るかまたは当該コドンに近接し得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、開始コドンまたは終止コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドで所在し得る。
ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中の標的ゲノム遺伝子座内のｇＲＮＡ認識配列は、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列（Ｃａｓ９ヌクレアーゼによって標的化されるＤＮＡ配列直後の２～６塩基対ＤＮＡ配列である）の近傍に所在する。カノニカルなＰＡＭは、配列５’－ＮＧＧ－３’（配列中、「Ｎ」は任意の核酸塩基であり、２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が後続する）である。ｇＲＮＡは、遺伝子編集のためにＣａｓ９をゲノム中のどんな場所へも輸送し得るが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外の任意の部位で編集は起こり得ない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’は、ヒト細胞について高度に効率的な非カノニカルなＰＡＭであり得る。概して、ＰＡＭは、ｇＲＮＡによって標的化されるＤＮＡ配列の約２～６ヌクレオチド下流である。ＰＡＭは、ｇＲＮＡ認識配列に隣接し得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、３’端上でＰＡＭが隣接し得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、５’端上でＰＡＭが隣接し得る。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位は、ＰＡＭ配列の約１～約１０、約２～約５塩基対、または３塩基対上流または下流であり得る。いくつかの実施形態において（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓからのＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９が使用された場合等）、非相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＮＧＧ－３’（式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ３’である）であり得る。それゆえ、相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＣＣＮ－３’（式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ５’である）であるだろう。
ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子内の特異的所在位置へＣａｓタンパク質を標的化するＲＮＡ分子である。例示的なｇＲＮＡは、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子に結合するかまたは当該核酸分子を切断するようにＣａｓ酵素を指令するのに有効なｇＲＮＡであり、ｇＲＮＡは、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置を含むかまたは当該位置に近接するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズする、ＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、それが、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドで所在するｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするように選択され得る。他の例示的なｇＲＮＡは、開始コドンまたは終止コドンを含むかまたは当該コドンに近接するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子内に存在するｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズする、ＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、それが、開始コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチドで所在するか、または終止コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチドで所在するｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするように選択され得る。好適なｇＲＮＡは、約１７～約２５ヌクレオチド、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡは、２０ヌクレオチドを含み得る。
ＰＣＳＫ９参照物遺伝子内に所在する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号４３～６８として表１中で示される。ＬＤＬＲ参照物遺伝子内に所在する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号６９～８９として表１中で示される。

Ｃａｓタンパク質及びｇＲＮＡは複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は標的ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／または標的ＬＤＬＲゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合する標的のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中に存在する核酸配列内または当該配列外の部位で核酸分子を切断し得る。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成（ｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズされ、Ｃａｓタンパク質と複合体化されるｇＲＮＡを含む）は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するであろうＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中に存在する核酸配列中または当該配列の近傍（例えば当該配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０またはそれ以上の塩基対内等）で、１つまたは両方の鎖の切断をもたらし得る。
かかる方法は、例えば配列番号１または配列番号３の領域それぞれが破壊されるか、開始コドンが破壊されるか、終止コドンが破壊されるか、またはコーディング配列が破壊もしくは欠失される、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子をもたらし得る。任意選択で、細胞は、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子中の標的ゲノム遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズする１つまたは複数の追加のｇＲＮＡｓと、さらに接触させられ得る。細胞を、１つまたは複数の追加のｇＲＮＡ（例えば第２のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズする第２のｇＲＮＡ等）と、接触させることによって、Ｃａｓタンパク質による切断は、２つ以上の二本鎖切断または２つ以上の一本鎖切断を生成し得る。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、小分子または抗体を含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、アリロクマブもしくはエボロクマブ、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、モノクローナル抗体ＳＡＲ２３６５５３／ＲＥＧＮ７２７もしくはＡＭＧ１４５、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、ルパンペプチド、レスベラトロール、リコピン、もしくはオイゲノール、または任意のそれらの組み合わせである。
いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲアゴニストは、小分子または抗体を含む。いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲアゴニストは、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９阻害物質のうちの１つである。いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲアゴニストは、ルパンペプチド、レスベラトロール、リコピン、スラミン、もしくはピューロマイシン、または任意のそれらの組み合わせである。
いくつかの実施形態において、治療の方法は、対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子の存在または非存在を検出することをさらに含む。本開示の全体を通して使用される時、「ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子」は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする任意のＰＣＳＫ９核酸分子（例えばゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）である。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤により対象を治療する方法も提供する。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症を患っている。いくつかの実施形態において、対象は、ＳＩＲＳを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症性ショックを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、ＭＯＤＳを患っている。いくつかの実施形態において、方法は、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有するかどうかを、対象から生物学的サンプルを得るかまたは当該サンプルを得ておくこと、ならびに生物学的サンプルについての配列分析を遂行するかまたは当該分析を遂行しておいて、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定することによって、決定することを含む。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量で対象へ投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されかまたは継続的に投与され、且つＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質は対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてホモ接合体である場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与される。
ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有することを指摘する。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＬＤＬＲ参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＰＣＳＫ９参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてＰＣＳＫ９ヘテロ接合体またはホモ接合体である。
対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子の存在もしくは非存在を検出すること、及び／または対象がＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書において記載される方法のうちの任意のものによって実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチューで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちの任意のものにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物である場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量で投与される。いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体である場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与される。
いくつかの実施形態において、治療方法は、対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドの存在または非存在を検出することをさらに含む。いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有していない場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量で投与される。いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与される。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤により対象を治療する方法も提供する。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症を患っている。いくつかの実施形態において、対象は、ＳＩＲＳを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、敗血症性ショックを患っている。いくつかの実施形態において、対象は、ＭＯＤＳを患っている。いくつかの実施形態において、方法は、対象がＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを、対象から生物学的サンプルを得るかまたは当該サンプルを得ておくこと、及び生物学的サンプルでアッセイを遂行するかまたは当該アッセイを遂行しておいて、対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを決定することを含む。対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有していない場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量で対象へ投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合に、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で対象へ投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストは対象へ投与される。ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドの存在は、対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有することを指摘する。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有していない。
対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドの存在もしくは非存在を検出すること、及び／または対象がＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを決定することは、本明細書において記載される方法のうちの任意のものによっても実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチューで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちの任意のものにおいて、ポリペプチドは、対象から得られた細胞内に存在し得る。
敗血症、重症敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤及び治療法の例は、影響を受けた臓器（複数可）、病態の重症度、診断の時期、根底にある原因（複数可）（例えば感染、外傷等）に依存し得る。早期治療としては、抗生物質及び経静脈輸液、そして高流量酸素が挙げられる。治療としては、赤血球、血管収縮物質（例えば低血圧症の敗血症性ショックの症例においてノルエピネフリン）、及びいくつかの症例においてステロイドを投与することも挙げられ得る。外科的介入は、感染源の制御（例えば膿瘍からの膿のドレナージ）に使用され得る。さらなる敗血症管理としては、影響を受けた臓器及び系を同定するために臓器機能をモニタリングすることが挙げられる。追加療法は、次いで影響を受けた臓器を特異的に標的化するために実装され得る。ＭＯＤＳをもたらす特に重症敗血症の事例において、治療法は、通常多くは支持療法（すなわち血行動態の保護）及び呼吸に限定される。加えて、複数のクラスの治療物質が臨床中の敗血症管理において使用され、とりわけ、組み換え活性化プロテインＣ、ＴＬＲ４アンタゴニスト、Ｃ５ａアンタゴニスト、Ｃ１阻害物質、エンドトキシン除去デバイス、カスパーゼ阻害剤、エストロゲン受容体－β、及びスタチンが挙げられる（Ｓｈｕｋｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，２０１４，１７１，５０１１－５０３１中で概説される）。
いくつかの実施形態において、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤の用量は、ＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物である対象（標準的な投薬量を受け得る）に比較して、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である対象について、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％低減され得る（すなわち標準投薬量未満）。いくつかの実施形態において、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤の用量は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％低減され得る。加えて、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である対象における敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤の用量は、ＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物である対象に比較して、より少ない頻度で投与され得る。
敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤、及び／またはＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストの投与は、例えば１日、２日、３日、５日、１週間、２週間、３週間、１か月、５週間、６週間、７週間、８週間、２か月、または３か月後に反復され得る。反復投与は、同じ用量または異なる用量であり得る。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上反復され得る。例えば、ある特定の投薬レジメンに従って、対象は、長期間（例えば６か月、１年、またはそれ以上等）にわたる治療法を受け得る。
敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤、及び／またはＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストの投与は、任意の好適な経路によって起こり得、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所用、鼻腔内、または筋肉内が挙げられるがこれらに限定されない。投与のための医薬組成物は、望ましくは滅菌済みで実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位投薬形態（すなわち単回投与のための投薬量）で提供され得る。医薬組成物は、１つまたは複数の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈物質、賦形剤、または補助物を使用して調合され得る。製剤化は、選ばれた投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈物質、賦形剤、または補助物が、製剤の他の成分と適合性があり、且つそれらのレシピエントに実質的に有害でないことを意味する。
「治療する」、「治療すること」、及び「治療」ならびに「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、本明細書において使用される時、所望される生物学的応答（それぞれ治療効果及び予防効果等）を惹起することを指す。いくつかの実施形態において、治療効果は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳ（すなわち病態）の減少／低減、敗血症、ＳＩＲＳ及び敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの重症度の減少／低減（例えば敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症の低減または阻害等）、症状及び病態関連の影響の減少／低減、症状及び病態関連の影響の開始の遅延、病態関連の影響の症状の重症度の低減、急性エピソードの重症度の低減、症状及び病態関連の影響の数の低減、症状及び病態関連の影響の潜伏期の低減、症状及び病態関連の影響の寛解、二次的症状の低減、二次感染の低減、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの再発の予防、再発エピソードの数または頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期の増加、持続的進行までの時間の増加、軽快の促進、軽快の誘導、軽快の増大、迅速な回復、または代替治療法の有効性の増加もしくは代替治療法への耐性の減少及び／または薬剤もしくは薬剤を構成する組成物の投与後の影響を受けた宿主動物の生存時間の増加のうちの１つまたは複数を含む。予防効果は、治療的プロトコルの投与後の、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症／進行の完全または部分的な回避／阻害または遅延（例えば完全または部分的回避／阻害または遅延等）、ならびに影響を受けた宿主動物の生存時間の増加を含み得る。敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの治療は、任意の臨床ステージまたは所見で任意の形態の敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを有すると既に診断された対象の治療、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの症状または徴候の開始または発達または増悪または悪化の遅延、及び／または敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの重症度の予防及び／または低減を網羅する。
本明細書において使用される時、「それを必要とする」という語句は、特定の方法、予防、または治療についての必要性を有するとして、「個体」、「対象」、または「患者」が同定されたことを意味する。いくつかの実施形態において、同定は、任意の手段による診断であり得る。本明細書において記載される方法、予防、及び治療のうちの任意のものにおいて、「個体」、「対象」、または「患者」は、それを必要とし得る。
本開示は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する対象を同定する方法も提供する。いくつかの実施形態において、方法は、敗血症を発症するリスクの増加を有する対象を同定する。いくつかの実施形態において、方法は、ＳＩＲＳを発症するリスクの増加を有する対象を同定する。いくつかの実施形態において、方法は、敗血症性ショックを発症するリスクの増加を有する対象を同定する。いくつかの実施形態において、方法は、ＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する対象を同定する。いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られた生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子等）の存在または非存在を決定するかまたは決定しておくことを含む。対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子を欠如する場合に（すなわち対象は、ＰＣＳＫ９参照物及びＬＤＬＲ参照物としての遺伝子型によって分類される）、そのとき、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する。対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有する場合に（すなわち対象は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体である）、そのとき、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有する。
単一コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有することは、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子のコピーを有していないことよりも、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症から対象をより保護する。任意の特定の理論または作用機序に限定することを意図するものではないが、単一コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子（すなわちＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体）は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症から対象を保護すると考えられ、２コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子（すなわちＰＣＳＫ９バリアントの予測される機能喪失及び／またはＬＤＬＲバリアントの予測される機能喪失についてホモ接合体）を有することは、単一コピーの対象と比べて、敗血症。ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症から対象をより保護し得るとも考えられる。したがって、いくつかの実施形態において、単一コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子は、完全に保護的ではあり得ないが、その代りに、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症からの対象を部分的または不完全に保護し得る。任意の特定の理論によって束縛されることを所望するものではないが、単一コピーのＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有する対象において依然として存在する、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症に関与する追加の因子または分子があり得、したがって、敗血症、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの発症からの完全ではない保護をもたらす。
対象が対象からの生物学的サンプル中でＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有するかどうかを決定すること、及び／または対象がＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書において記載される方法のうちの任意のものによって実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチューで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちの任意のものにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。
いくつかの実施形態において、対象が敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有すると同定される場合に、対象は、本明細書において記載されるように、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤、及び／またはＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストによりさらに治療される。例えば、対象が、ＰＣＳＫ９参照物である及び／またはＬＤＬＲ参照物であり、したがって敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する場合に、対象は、ＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを投与される。いくつかの実施形態において、かかる対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も投与される。いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与され、且つまたＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを投与される。
いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＬＤＬＲ参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＰＣＳＫ９参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体またはホモ接合体であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてＰＣＳＫ９ヘテロ接合体またはホモ接合体である。
本開示は、対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、及び／または対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子、及び／または対象からの生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生されたＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子の存在または非存在を検出する方法も提供する。集団内の遺伝子配列及びかかる遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、多型（一塩基多型等）に起因して変動し得ることが理解される。ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子、ならびにＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子について本明細書において提供される配列は、単に例示的な配列である。ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、ならびにバリアントｃＤＮＡ分子についての他の配列も可能である。
生物学的サンプルは、対象からの任意の細胞、組織、または生物学的液体に由来し得る。生物学的サンプルは、骨髄サンプル、腫瘍生検、微細針吸引物、または体液（血液、歯肉溝浸出液、血漿、血清、リンパ液、腹水、嚢胞液、または尿等）のサンプル等の任意の臨床的に意義のある組織を含み得る。いくつかの事例において、サンプルは、口腔スワブを含む。本明細書において開示される方法において使用される生物学的サンプルは、アッセイフォーマット、検出方法の性質、及びサンプルとして使用される組織、細胞、または抽出物に基づいて変動し得る。用いられているアッセイに依存して、生物学的サンプルは異なってプロセシングされ得る。例えば、任意のＰＣＳＫ９及び／または任意のＬＤＬＲバリアント核酸分子を検出する場合に、生物学的サンプルをゲノムＤＮＡについて単離またはエンリッチするようにデザインされた予備的プロセッシングが用いられ得る。様々な技法が、この目的のために使用され得る。任意のＰＣＳＫ９及び／または任意のＬＤＬＲバリアントｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合に、異なる技法が使用されて、ｍＲＮＡ分子含有生物学的サンプルをエンリッチし得る。ｍＲＮＡ分子の存在もしくはレベルまたは特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出する様々な方法が使用され得る。
いくつかの実施形態において、対象中のＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子を検出することは、対象から得られた生物学的サンプルをアッセイまたは遺伝子型決定をして、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９のゲノム核酸分子及び／またはＤＬＲのゲノム核酸分子、及び／または生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子、及び／または生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生されたＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子が、機能喪失（部分的または完全な）を引き起こすか、または機能喪失（部分的または完全な）を引き起こすと予測される１つまたは複数バリエーションを含むかどうかを決定することを含む。
いくつかの実施形態において、対象におけるＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子（例えばゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子等）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生物学的サンプルでアッセイを遂行することを含む。アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むかどうかを決定する。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ヌクレオチド配列は、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン（ゲノム核酸分子について）；配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル（ｍＲＮＡ分子について）；または配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン（ｍＲＮＡ分子から得られたｃＤＮＡ分子について）を含む。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ゲノムヌクレオチド配列は、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡヌクレオチド配列は、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡヌクレオチド配列は、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲヌクレオチド配列は、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む（ゲノム核酸分子について）。いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲゲノムヌクレオチド配列は、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、細胞または細胞溶解物を含む。かかる方法は、例えばＰＣＳＫ９のゲノム核酸分子もしくはｍＲＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲのゲノム核酸分子を含む生物学的サンプルを対象から得ること、ならびにｍＲＮＡであるならば、任意選択でｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することをさらに含み得る。かかるアッセイは、例えば特定のＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子のこれらの位置の同一性を決定することを含み得る。いくつかの実施形態において、方法は、インビトロの方法である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子、あるいはｍＲＮＡ分子から産生されたＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、シーケンスされる一部分は、本明細書において記載される１つまたは複数のバリエーションを含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ｉ）生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、もしくはその相補物を含む、シーケンスされる一部分；ｉｉ）生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む、シーケンスされる一部分；及び／またはｉｉｉ）生物学的サンプル中のｍＲＮＡから産生されたＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む、シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含む。生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のシーケンスされる一部分が、それぞれ、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む場合に；あるいは生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のシーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含む場合に；あるいは生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のシーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む場合に；そのとき、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、シーケンスされる一部分は、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子のシーケンスされる一部分が、それぞれ、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む場合に、そのとき、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、シーケンスされる一部分は、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子のシーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含む場合に、そのとき、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生されたＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、シーケンスされる一部分は、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子のシーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む場合に、そのとき、生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置に近接するＬＤＬＲゲノム核酸分子；配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分へハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号２に記載の位置４２７に対応するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応するＬＤＬＲゲノム核酸分子；配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応するＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応するＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル；及び／またはｉｉｉ）に対応する位置でチミン配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７を含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）生物学的サンプルを、それぞれ、配列番号２に記載の位置４２７、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分へハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；ｂ）少なくとも、それぞれ、配列番号２に記載の位置４２７、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応するＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応するＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）生物学的サンプルを、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置に近接するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第１のプライマー、及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に近接するＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第２のプライマーと、接触させることと；ｂ）少なくとも配列番号２に記載の位置４２７に対応するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を介して第１のプライマーを伸長させること；及び少なくとも配列番号４に記載の位置２，２６９に対応するＬＤＬＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を介して第２のプライマーを伸長させることと；ｃ）第１のプライマーの伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むかどうかを決定すること；及び第２のプライマーの伸長産物が配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、アッセイは、核酸分子全体をシーケンスすることを含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子のみが分析される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡ分子から得られたＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子のみが分析される。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）ｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドをコードするゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分；ｉｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分；またはｉｉｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分、を増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）ＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分を増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分を増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ａ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、増幅される一部分を増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、核酸分子はｍＲＮＡであり、決定ステップは、増幅ステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することをさらに含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む増幅されたｍＲＮＡ分子；及び／またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅されたｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブと、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、それぞれ、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物、または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅されたＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブと、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブと、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、変異特異的プローブと、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のゲノム核酸分子を、第１の検出可能な標識を含む第１の変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、第１の変異特異的プローブと、接触させること；及び生物学的サンプル中の核酸分子を、第２の検出可能な標識を含む第２の変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、第２の変異特異的プローブと、接触させることと；第１の検出可能な標識及び第２の検出可能な標識を検出することと、を含む。
変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応技法を使用して、突然変異（核酸配列中のＳＮＰ等）を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在する場合にＤＮＡポリメラーゼは伸長させないので、変異特異的プライマーが使用され得る。
いくつかの実施形態において、サンプル中の核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される。いくつかの実施形態において、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。
いくつかの実施形態において、アッセイは、生物学的サンプルを、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、もしくはバリアントｃＤＮＡ配列、及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム配列へストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズし且つ対応するＰＣＳＫ９参照物配列及び／またはＬＤＬＲ参照物配列へ特異的にハイブリダイズしないプライマーまたはプローブ（変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブ等）と、接触させることと、ハイブリダイゼーションが起こったかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、アッセイは、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態において、アッセイは、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）等によってｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することも含む。
いくつかの実施形態において、方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、もしくはバリアントｃＤＮＡ分子、及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または同定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。操作者はハイブリダイゼーション条件または反応条件を決定して、この結果を達成することができる。ヌクレオチド長は、本明細書において記載または例示される任意のアッセイを含めた選択した検出方法における使用のために十分な任意の長さであり得る。かかるプローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列へ高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズし得る。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続したヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、標的ヌクレオチド配列とは異なり且つ標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または同定する能力を保持するプローブは、従来の方法によってデザインされ得る。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有し得る。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプル内のＰＣＳＫ９核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、もしくはその相補物、及び／またはＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子）、もしくはその相補物が、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン（ゲノム核酸分子）、ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル（ｍＲＮＡ分子）、またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを決定するために、生物学的サンプルに、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でのチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でのチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でのウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でのウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのウラシル；またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でのチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でのチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマー；及びｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でのチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でのチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でのウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でのウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのウラシル；またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でのチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でのチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマー；を含むプライマーペアを使用して、増幅方法を行って、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル；またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンをコードする位置でのＳＮＰの存在を表すアンプリコンを産生することができる。いくつかの実施形態において、アンプリコンは、プライマーペアに加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコルによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマーペアは、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル；またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む位置；及びｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル；またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む位置の各々の側での少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または以上のヌクレオチドを含む領域に隣接する。
類似のアンプリコンは、ｍＲＮＡ配列及び／またはｃＤＮＡ配列から生成され得る。ＰＣＲプライマーペアは、例えばその目的のために意図されるコンピュータープログラム（Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０中のＰＣＲプライマー分析ツール（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．、Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）；ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）；及びＰｒｉｍｅｒ３（バージョン０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ、１９９１、Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｓｓ．）等）の使用によって、公知の配列から導き出され得る。追加で、配列は視覚的にスキャンされ、プライマーは既知のガイドラインを使用して手動で同定され得る。
核酸をシーケンスする技法の例示的な例としては、チェーンターミネーター（サンガー）シーケンシング及びダイターミネーターシーケンシングが挙げられるがこれらに限定されない。他の方法は、精製されたＤＮＡ、増幅されたＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））に対する、標識されたプライマーまたはプローブを使用することを含む、シーケンシング以外の核酸ハイブリダイゼーション法を包含する。いくつかの方法において、標的核酸分子は、検出の前にまたは検出と同時に増幅され得る。核酸増幅技法の例示的な例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。他の方法としては、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅、及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。
ハイブリダイゼーション技法において、プローブまたはプライマーがその標的へ特異的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件が用いられ得る。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他の非標的配列よりも検出可能に高い程度（バックグラウンドよりも少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上等、バックグラウンドよりも１０倍が挙げられる）で、その標的配列へハイブリダイズするだろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、少なくとも２倍の、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度で、その標的ヌクレオチド配列へハイブリダイズするだろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、少なくとも３倍の、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度で、その標的ヌクレオチド配列へハイブリダイズするだろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、少なくとも４倍の、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度で、その標的ヌクレオチド配列へハイブリダイズするだろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、バックグランドの１０倍を超える、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度で、その標的ヌクレオチド配列へハイブリダイズするだろう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、異なる状況において異なるだろう。
ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件（例えば約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、続いて５０℃での２×ＳＳＣの洗浄）は、公知であるか、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６中で見出され得る。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３で約１．５Ｍ未満のＮａ＋イオン、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド等）について少なくとも約３０℃及びより長プローブ（例えば５０ヌクレオチド超等）について少なくとも約６０℃である条件であるだろう。ストリンジェントな条件は、不安定化剤（ホルムアミド等）の添加によっても達成され得る。任意選択で、洗浄バッファーは、約０．１％～約１％のＳＤＳを含み得る。ハイブリダイゼーションの継続時間は、概して約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄時間の継続期間は、少なくとも平衡に達するのに十分な時間の長さだろう。
本開示は、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象から得られた生物学的サンプル上でアッセイを遂行して、対象におけるＰＣＳＫ９ポリペプチドが、ポリペプチドに機能喪失（部分的または完全な）または予測される機能喪失（部分的または完全な）を有することを引き起こす１つまたは複数のバリエーションを含有するかどうかを決定することを含む、方法も提供する。ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドは、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９バリアントポリペプチドのうちの任意のものであり得る。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＣＳＫ９Ａｒｇ４６Ｌｅｕバリアントポリペプチドの存在を検出する。
いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られたサンプルでアッセイを遂行して、サンプル中のＰＣＳＫ９ポリペプチドが、配列番号４２に記載の位置４６に対応する位置でロイシンを含むかどうかを決定することを含む。
いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号４２または配列番号３５に記載の位置４６に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分をシーケンスすることを含む。
いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号４２または配列番号３５に記載の位置４６に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するための免疫アッセイを含む。
いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有していない場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有する。いくつかの実施形態において、対象が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合に、対象は、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有する。
本開示は、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子及び／またはＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子（本明細書において開示されるゲノムバリアント核酸分子、ｍＲＮＡバリアント分子、及びｃＤＮＡバリアント分子のうちの任意のもの等）へハイブリダイズする、単離された核酸分子も提供する。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７、もしくは配列番号４に記載の位置２，２６９；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７、またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置を含むＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子の一部分へハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、かかる単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００年、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、または少なくとも約５０００ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、かかる単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、少なくとも約１８ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１０～３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１８～３０ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチド～少なくとも約３５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。
いくつかの実施形態において、かかる単離された核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子等）及び／またはＬＤＬＲバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子等）へストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。かかる核酸分子は、例えば本明細書において記載または例証されるようなプローブ、プライマー、変異特異的プローブ、または変異特異的プライマーとして使用され得、プライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡが限定されずに挙げられ、その各々は本明細書の他の箇所でより詳細に記載され、本明細書において記載される方法のうちの任意のものにおいて使用され得る。
いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子に少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である、核酸分子の少なくとも約１５の連続したヌクレオチドへハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～約１００ヌクレオチド、または約１５～約３５ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～１００ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～３５ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。
いくつかの実施形態において、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ＰＣＳＫ９ポリペプチド及び／またはＬＤＬＲポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、一部分は、ｉ）配列番号１７に記載の位置２４７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、もしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物；あるいはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態において、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ｉ）配列番号２に記載の位置４２６～４２８に対応する位置、もしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１７に記載の位置４２７～４２９に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１６～２１８に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３６～１３８に対応する位置、もしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３２に記載の位置４２７～４２９に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１６～２１８に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３６～１３８に対応する位置、もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書において記載されるプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを包含する）は、本明細書において開示される核酸分子のうちの任意のもの、またはその相補物へ特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態において、プローブ及びプライマーは、で本明細書において開示される核酸分子のうちの任意のものへストリンジェントな条件下特異的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、プライマー（変異特異的プライマーを包含する）は、第二世代シーケンスまたはハイスループットシーケンシングにおいて使用され得る。いくつかの実例において、プライマー（変異特異的プライマーを包含する）は、修飾され得る。特に、プライマーは、例えば超並列シグネチャシークエンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、及び４５４ピロシーケンシングの異なるステップで使用される、様々な修飾を含み得る。修飾プライマーはプロセスの複数のステップで使用され得、クローニングステップにおけるビオチン化プライマー、ならびにビーズローディングステップ及び検出ステップで使用される蛍光標識プライマーが挙げられる。ポロニーシーケンシングは、概して、ＤＮＡ鋳型の各々の分子が約１３５ｂｐの長さであるペアエンドタグライブラリーを使用して遂行される。ビオチン化プライマーは、ビーズローディングステップ及びエマルションＰＣＲで使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは、検出ステップで使用される。アダプターは、ストレプトアビジンコートビーズの上へのＤＮＡライブラリの固定化のために、５’－ビオチンタグを含有し得る。
本明細書において記載されるプローブ及びプライマーが使用されて、本明細書において開示されるＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子のうちの任意のもの、及び／またはＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子のうちの任意のもの内のヌクレオチドバリエーションを検出し得る。本明細書において記載されるプライマーが使用されて、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子のうちの任意のもの、または本明細書において記載されるＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子のうちの任意のもの、あるいはそれらの任意の断片を増幅し得る。
本開示は、上で記載されるプライマーのうちの任意のものを含むペアのプライマーも提供する。例えば、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子中の配列番号１に記載の位置４２７に対応する位置でグアニン（チミンではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９参照物ゲノム核酸分子の存在を指摘するだろう。これとは逆に、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子中の配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン（グアニンではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子の存在を指摘するだろう。いくつかの実施形態において、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でのチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端であり得る。加えて、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子中の配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのグアニン（ウラシルではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９参照物ｍＲＮＡ分子の存在を指摘するだろう。これとは逆に、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子中の配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのウラシル（グアニンではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子の存在を指摘するだろう。いくつかの実施形態において、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端であり得る。加えて、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子中の配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのグアニン（チミンではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９参照物ｃＤＮＡ分子の存在を指摘するだろう。これとは逆に、プライマーの３’－端のうちの１つが、特定のＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子中の配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのチミン（グアニンではなく）へハイブリダイズするならば、そのとき、増幅された断片の存在は、ＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子の存在を指摘するだろう。いくつかの実施形態において、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でのチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でのチミン、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端であり得る。
本開示の文脈における「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば変異特異的プローブまたは変異特異的プライマー等）が、ＰＣＳＫ９参照物ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲ参照物ゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９参照物ｍＲＮＡ分子、及び／または、ＰＣＳＫ９参照物ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列へハイブリダイズしないことを意味する。
いくつかの実施形態において、プローブ（例えば変異特異的プローブ等）は、標識を含む。いくつかの実施形態において、標識は、蛍光標識、放射性同位体標識、またはビオチンである。
本開示は、本明細書において開示されるプローブのうちの任意の１つまたは複数が結合される基質を含む支持体も提供する。固体支持体は、分子（本明細書において開示されるプローブのうちの任意のもの等）が会合され得る固相基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ、グリッド、または他の編制されたパターンでカップリングされた固体支持体である。固体状態の基質のための形態は、マイクロタイターディッシュ（標準的な９６ウェルタイプ等）である。いくつかの実施形態において、通常１ウェルあたり１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスが用いられ得る。
本開示は、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる分子複合体も提供する。本開示は、本明細書において記載されるＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる分子複合体も提供する。いくつかの実施形態において、分子複合体中のＰＣＳＫ９核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、もしくはその相補物、及び／またはＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子）、もしくはその相補物は、一本鎖である。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子は、本明細書において記載されるゲノム核酸分子のうちの任意のものである。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸分子は、本明細書において記載されるｍＲＮＡ分子のうちの任意のものである。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸分子は、本明細書において記載されるｃＤＮＡ分子のうちの任意のものである。いくつかの実施形態において、分子複合体は、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プライマーのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、本明細書において記載されるＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プライマーのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プローブのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、本明細書において記載されるＬＤＬＲ核酸分子（ゲノム核酸分子）のうちの任意のもの、またはその相補物、及び本明細書において記載される変異特異的プローブのうちの任意のものを含むかまたはそれらからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子へハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなり、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でのチミン、またはその相補物へハイブリダイズされる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、ＬＤＬＲポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子へハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなり、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でのチミン、またはその相補物へハイブリダイズされる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号２に記載の位置４２６～４２８に対応する位置でのＣＴＴコドンへハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号２を含むゲノム核酸分子を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号４を含むゲノム核酸分子を含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子へハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなり、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でのウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でのウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でのウラシル、もしくはその相補物へハイブリダイズされる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号１７に記載の位置４２７～４２９、配列番号１８に記載の位置２１６～２１８、または配列番号１９に記載の位置１３６～１３８に対応する位置でのＣＵＵコドンへハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号１７を含むＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号１８を含むｍＲＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号１９を含むｍＲＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子へハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなり、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブは、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でのチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でのチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でのチミン、もしくはその相補物へハイブリダイズされる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号３２に記載の位置４２７～４２９、配列番号３３に記載の位置２１６～２１８、または配列番号３４に記載の位置１３６～１３８に対応する位置でのＣＴＴコドンへハイブリダイズされる変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブを含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号３２を含むＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号３３を含むｃＤＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態において、分子複合体は、配列番号３４を含むＤＮＡ分子を含むかまたはそれからなる。
いくつかの実施形態において、分子複合体は、標識を含む変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーを含む。いくつかの実施形態において、標識は、蛍光標識、放射性同位体標識、またはビオチンである。いくつかの実施形態において、分子複合体は、非ヒトポリメラーゼをさらに含む。
ＰＣＳＫ９参照物ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号１で示される。配列番号１を参照して、位置４２７はグアニンである。
ＰＣＳＫ９のバリアントゲノム核酸分子は存在し、その場合、位置４２７でのグアニンはチミンにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号２で示される。
ＬＤＬＲ参照物ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号３で示される。配列番号３を参照して、位置２，２６９はグアニンである。
ＬＤＬＲのバリアントゲノム核酸分子は存在し、その場合、位置２，２６９でのグアニンはチミンにより置き換えられる。このＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号４で示される。
第１のＰＣＳＫ９参照物ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号５で示される。配列番号５を参照して、位置４２８はグアニンである。第２のＰＣＳＫ９参照物ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号６で示される。配列番号６を参照して、位置２１７はグアニンである。第３のＰＣＳＫ９参照物ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号７で示される。配列番号７を参照して、位置１３７はグアニンである。
第１のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は存在し、その場合、位置４２８（配列番号５を参照して）でのグアニンはウラシルにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１７で示される。第１のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は、配列番号１７に記載の位置４２７～４２９でＣＵＵコドンを含む。
第２のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は存在し、その場合、位置２１７（配列番号６を参照して）でのグアニンはウラシルにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８で示される。第２のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は、配列番号１８に記載の位置２１６～２１８でＣＵＵコドンを含む。
第３のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は存在し、その場合、位置１３７（配列番号７を参照して）でのグアニンはウラシルにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１９で示される。第３のＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子は、配列番号１９に記載の位置１３６～１３８でＣＵＵコドンを含む。
第１のＰＣＳＫ９参照物ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２０で示される。配列番号２０を参照して、位置４２８はグアニンである。第２のＰＣＳＫ９参照物ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２１で示される。配列番号２１を参照して、位置２１７はグアニンである。第３のＰＣＳＫ９参照物ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２２で示される。配列番号２２を参照して、位置１３７はグアニンである。
第１のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は存在し、その場合、位置４２８（配列番号２０を参照して）でのグアニンはチミンにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３２で示される。第１のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は、配列番号３２に記載の位置４２７～４２９でＣＴＴコドンを含む。
第２のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は存在し、その場合、位置２１７（配列番号２１を参照して）でのグアニンはチミンにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３３で示される。第２のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は、配列番号３３に記載の位置２１６～２１８でＣＴＴコドンを含む。
第３のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は存在し、その場合、位置１３７（配列番号２２を参照して）でのグアニンはチミンにより置き換えられる。このＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３４で示される。第３のＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子は、配列番号３４に記載の位置１３６～１３８でＣＴＴコドンを含む。
ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生物体からのものであり得る。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒトのもの、または別の生物体（非ヒト哺乳動物、齧歯動物、マウス、またはラット等）からのオルソログであり得る。集団内の遺伝子配列は多型（一塩基多型等）に起因して変動し得ることが理解される。本明細書において提供される例は、例示的な配列のみである。他の配列も可能である。
開示される核酸分子と相互作用し得る機能的ポリヌクレオチドも本明細書において提供される。機能的ポリヌクレオチドの例としては、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重らせん形成分子、及び外部ガイド配列が挙げられるがこれらに限定されない。機能的ポリヌクレオチドは、標的分子によって保持される特異的活性のエフェクター、阻害物質、調節物質、及び刺激物質として作用し得るか、または機能的ポリヌクレオチドは他の分子に非依存的なデノボ活性を保持し得る。
本明細書において開示される単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含み得る。単離された核酸分子は、異種核酸配列（ベクター中で等）または異種標識へ連結または融合もされ得る。例えば、本明細書において開示される単離された核酸分子は、単離された核酸分子及び異種核酸配列を含むベクター内にあり得るか、または単離された核酸分子及び異種核酸配列を含む外来性ドナー配列としてあり得る。単離された核酸分子は、異種標識へ連結または融合もされ得る。標識は、直接検出可能（例えばフルオロフォア等）、または間接検出可能（例えばハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャー等）であり得る。かかる標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検出可能であり得る。かかる標識としては、例えば放射性同位体標識、色素、染料、クロモゲン、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識は、例えば化学発光物質；金属含有物質；または酵素（その場合、酵素依存性の二次的シグナルの生成が起こる）でもあり得る。「標識」という用語は、コンジュゲートされた分子を続いて基質と一緒に添加して使用して、検出可能なシグナルを生成するように、コンジュゲートされた分子へ選択的に結合し得る、「タグ」またはハプテンも指し得る。例えば、ビオチンをタグとして使用して、ホースラディシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンのコンジュゲートと一緒にタグへ結合させ、比色基質（例えばテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）等）または蛍光発生基質を使用して、ＨＲＰの存在の検出を調査することができる。精製を容易にするタグとして使用され得る例示的な標識としては、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるがこれらに限定されない。多数の標識としては、例えば粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素、及びそれらの比色基質、蛍光発生基質、及び化学発光基質、ならびに他の標識が挙げられる。
開示される核酸分子は、例えばヌクレオチド、または非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチド（ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド代替物等）を含み得る。かかるヌクレオチドとしては、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造中に非天然部分を取り込むヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及びフルオロフォア標識されたヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書において開示される核酸分子は、１つまたは複数のヌクレオチド類似体または置換体も含み得る。ヌクレオチド類似体は、塩基部分、糖部分、またはリン酸部分のいずれかへの修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分への修飾としては、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、そして異なるプリン塩基またはピリミジン塩基（例えばシュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イル等）が挙げられるがこれらに限定されない。修飾塩基としては、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及び５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、及び６－アゾチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、及び他の８－置換のアデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば５－ブロモ等）、５－トリフルオロメチル、及び他の５－置換のウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、ならびに３－デアザアデニンが挙げられるがこれらに限定されない。
ヌクレオチド類似体は、糖部分の修飾も含み得る。糖部分への修飾としては、リボース及びデオキシリボースの天然修飾そして合成修飾が挙げられるがこれらに限定されない。糖修飾としては、２’位での以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキル（式中、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは、置換または非置換のＣ１－１０アルキルまたはＣ２－１０アルケニル、及びＣ２－１０アルキニルであり得る）が挙げられるがこれらに限定されない。例示的な２’糖修飾としては、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎ－ＯＮＨ２、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎ及びｍは、独立して１～約１０である）も挙げられるがこれらに限定されない。２’位での他の修飾としては、Ｃ１－１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリールまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性の改善のための基、またはオリゴヌクレオチドの薬物動力学的特性の改善のための基、及び類似する特性を有する他の置換基が挙げられるがこれらに限定されない。類似する修飾は、糖上の他の位置、特に３’末端ヌクレオチド上または２’－５’結合オリゴヌクレオチド中の糖の３’位置、及び５’末端ヌクレオチドの５’位でも行われ得る。修飾された糖としては、架橋環酸素（ＣＨ２及びＳ等）で修飾を含有するものも挙げられ得る。ヌクレオチド糖類似体は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣体（シクロブチル部分等）も有し得る。
ヌクレオチド類似体は、リン酸部分でも修飾され得る。修飾されたリン酸部分としては、２つのヌクレオチド間のリンケージが、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルホスホネート及び他のアルキルホスホネート（３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを包含する）、ホスフィネート、ホスホロアミデート（３’－アミノホスホロアミデート及びアミノアルキルホスホロアミデートを包含する）、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートを含有するように修飾され得るものが挙げられるがこれらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸リンケージまたは修飾されたリン酸リンケージは、３’－５’リンケージまたは２’－５’リンケージを介することができ、リンケージは逆向きの極性（３’－５’から５’－３’へまたは２’－５’から５’－２’へ等）を含有し得る。様々な塩、混合塩、及び遊離酸形態も含まれる。ヌクレオチド代替物としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）も挙げられる。
本開示は、本明細書において開示される核酸分子のうちの任意の１つまたは複数を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態において、ベクターは、本明細書において開示される核酸分子のうちの任意の１つまたは複数、及び異種核酸を含む。ベクターは、核酸分子を輸送することが可能なウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態において、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡ等）である。いくつかの実施形態において、ベクターは、追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノムの中へライゲーションされ得る、ウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス（カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス等）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン－バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、及び当技術分野において公知の他の発現ベクターが挙げられるがこれらに限定されない。
哺乳動物宿主細胞発現のために所望される調節配列としては、例えば哺乳動物細胞における高レベルのポリペプチド発現を指令するウイルスエレメント、例えばレトロウイルスＬＴＲ、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えばＣＭＶプロモーター／エンハンサー等）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（例えばＳＶ４０プロモーター／エンハンサー等）、アデノウイルス（例えばアデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ）等）、ポリオーマに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、ならびに強力な哺乳動物プロモーター（ネイティブな免疫グロブリンプロモーター及びアクチンプロモーター等）が挙げられ得る。細菌細胞または真菌細胞（例えば酵母細胞等）中でポリペプチドを発現させる方法も周知である。プロモーターは、例えば構成的活性化プロモーター、コンディショナルプロモーター、誘導可能プロモーター、時間的に制限されるプロモーター（例えば発生的に調節されるプロモーター等）、または空間的に制限されるプロモーター（例えば細胞特異的または組織特異的プロモーター等）であり得る。
核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定ストレッチ間のパーセント同一性（またはパーセント相補性）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本的なローカルアラインメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を使用して、またはＳｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するデフォルト設定を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｕｎｉｘのためのバージョン８、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ、Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）を使用することによって、ルーチンに決定され得る。本明細書において、パーセント配列同一性が参照されるならば、高いパーセンテージの配列同一性は低いものよりも好ましい。
本開示は、本明細書において開示される単離された核酸分子、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちの任意の１つまたは複数を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、医薬組成物である。いくつかの実施形態において、組成物は、担体及び／または賦形剤を含む。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－グリコール酸コポリマー）（ＰＬＧＡ）マイクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート、及び脂質微小管が挙げられるがこれらに限定されない。担体は、緩衝塩溶解、ＰＢＳ、ＨＢＳＳ等を含み得る。
本明細書において使用される時、「に対応するという語句」またはそれらの文法的な変化形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列もしくは位置のナンバリングの文脈において使用される場合に、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列が参照配列（例えば配列番号１（ゲノムＰＣＳＫ９）、配列番号５、配列番号６、または配列番号７（ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ）、または配列番号２０、配列番号２１、または配列番号２２（ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ）等）に比較される際の規定された参照配列のナンバリングを指す。換言すれば、特定のポリマーの残基（例えばヌクレオチドまたはアミノ酸等）の番号または残基（例えばヌクレオチドまたはアミノ酸等）の位置は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列内の残基の実際の数の位置によってではなく、参照配列に関して指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、ギャップを導入して２つの配列間の残基の一致を最適化することによって参照配列へアライメントさせることができる。これらの事例において、ギャップは存在するが、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列中で残基のナンバリングは、それがアライメントされた参照配列に関して行われる。
例えば、核酸分子がＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチド配列が配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むということは、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列が配列番号２の配列へアライメントされるならば、ＰＣＳＫ９配列は配列番号２の位置４２７に対応する位置でチミン残基を有することを意味する。同じことが、ｍＲＮＡ分子がＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチド配列が配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むということ、及びｃＤＮＡ分子がＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチド配列が配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むということについても適用される。換言すれば、これらの語句は、ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする核酸分子を指し、ゲノム核酸分子は、配列番号２の位置４２７でのチミン残基に相同なチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する（またはｍＲＮＡ分子は、配列番号１７の位置４２８でのウラシル残基に相同なウラシル残基を含むヌクレオチド配列を有するか、もしくはｃＤＮＡ分子は、配列番号３２の位置４２８でのチミン残基に相同なチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する）。
本明細書において記載されるように、それぞれ配列番号２に記載の位置４２７または配列番号４に記載の位置２，２６９に対応するＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子内の位置は、例えば特定のＰＣＳＫ９核酸分子及び／またはＬＤＬＲ核酸分子のヌクレオチド配列と配列番号２または配列番号４のヌクレオチド配列との間の配列アラインメントの遂行によってそれぞれ同定され得る。配列アラインメントを遂行するために使用されて、例えば配列番号２中で位置４２７または配列番号４中で位置２，２６９に対応するヌクレオチド位置を同定し得る、様々な計算アルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）の使用によって、配列アラインメントが遂行され得る。しかしながら、配列は、手動でアライメントさせることもできる。
ＰＣＳＫ９参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３５で示される。配列番号３５を参照して、ＰＣＳＫ９参照物ポリペプチドは、６９２アミノ酸の長さである。配列番号３５を参照して、位置４６はアルギニンである。
ＰＣＳＫ９バリアントポリペプチドは存在し（Ａｒｇ４６ＬｅｕまたはＲ４６Ｌ）、そのアミノ酸配列は配列番号４２で示される。配列番号４２を参照して、ＰＣＳＫ９バリアントポリペプチドも、６９２アミノ酸の長さである。配列番号４２を参照して、位置４６はロイシンである。
第１のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３６で示される。配列番号３６を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、８６０アミノ酸の長さである。第２のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３７で示される。配列番号３７を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、６８２アミノ酸の長さである。第３のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３８で示される。配列番号３８を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、６９２アミノ酸の長さである。第４のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３９で示される。配列番号３９を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、８１９アミノ酸の長さである。第５のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４０で示される。配列番号４０を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、８５８アミノ酸の長さである。第６のＬＤＬＲ参照物ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４１で示される。配列番号４１を参照して、ＬＤＬＲ参照物ポリペプチドは、７３９アミノ酸の長さである。
添付の配列表中でリストされるヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、標準的な文字略称をヌクレオチド塩基について使用し、３文字コードをアミノ酸について使用して示される。ヌクレオチド配列は、配列の５’端で開始し、３’端へ前向きに進行する（すなわち各々の行で左から右へ）という標準的な慣例に従う。各々のヌクレオチド配列の１つの鎖のみが示されるが、提示された鎖に対する任意の参照によって、相補的鎖が包含されることが理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端で開始し、カルボキシ末端へ前向きに進行する（すなわち各々の行で左から右へ）という標準的な慣例に従う。
本開示は、対象における敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの治療における使用のための（あるいは敗血症、ＳＩＲＳ及び敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳの治療のための医薬品の調製における使用のための）、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も提供し、対象は、本明細書において記載されるＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちの任意のものを有する、及び／または本明細書において記載されるＬＤＬＲゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちの任意のものを有する。敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤は、本明細書において記載される敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤のうちの任意のものであり得る。いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；及び／またはＬＤＬＲ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；ｉｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいはｉｉｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物を含む。
本開示は、対象における敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）の治療における使用のためのＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストも提供する。いくつかの実施形態において、対象は、ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｍＲＮＡ分子、あるいはＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｃＤＮＡ分子について参照物である。いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物についてヘテロ接合体である。
いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡである。いくつかの実施形態において、ＰＣＳＫ９阻害物質は、Ｃａｓタンパク質及びＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするｇＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に記載の位置４２７を含むかまたは当該位置に近接する。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に記載の位置４２７に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する。いくつかの実施形態において、ＰＡＭ配列は、ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号４３～６８のうちの任意の１つに記載のヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲアゴニストは、ＬＤＬＲ ｍＲＮＡ分子へハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡである。いくつかの実施形態において、ＬＤＬＲアゴニストは、Ｃａｓタンパク質及びＬＤＬＲゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするｇＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号３に記載の位置２，２６９を含むかまたは当該位置に近接する。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する。いくつかの実施形態において、ＰＡＭ配列は、ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号６９～８９のうちの任意の１つに記載のヌクレオチド配列を含む。
上または下で引用されるすべての特許文書、ウェブサイト、他の出版物、アクセッション番号、及び同種のものは、あたかも各々の個別の項目が、参照によってそのように援用されることが具体的且つ個別に示されたかのように、同じ程度までそれらの全体がすべての目的のために参照によって援用される。異なるバージョンの配列が、異なる時点でのアクセッション番号と関連しているならば、本出願の有効出願日でのアクセッション番号と関連したバージョンが意図される。有効出願日とは、実際の出願日または優先権出願の出願日のうちの早いほうを意味し、該当するならばアクセッション番号が参照される。同様に、出版、ウェブサイト、または同種のものの異なるバージョンが異なる時点で出版されるならば、別段指摘されない限り、本出願の有効出願日での最新の出版バージョンが意味される。本開示の任意の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様は、別段具体的に指摘されない限り、他の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用され得る。本開示は、明瞭性及び理解の目的のために、例証及び実施例によってある程度詳細に記載されてきたが、ある特定の変化及び修飾が添付の特許請求の範囲内で実践され得ることは明らかであろう。
以下の実施例は、実施形態をより詳細に記載するために提供される。これらは、請求される実施形態を例証することを意図しており、限定することを意図しない。以下の実施例は、本明細書において記載される化合物、組成物、品物、デバイス及び／または方法が、どのように作製及び評価されるかについての開示及び記載を当業者を提供するものであり、純粋に例示的であることが意図され、任意の特許請求の範囲を限定することは意図されない。数値（例えば量、温度等）に関して正確性を確実にする取り組みがなされているが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。別段の指摘のない限り、部は重量部であり、温度は℃であるかまたは周囲温度であり、圧力は大気圧または大気圧の近傍である。
「実施例」
実施例１：ＰＣＳＫ９及び敗血症死亡率についてのヒト遺伝学
ＰＣＳＫ９及び／またはＬＤＬＲにおける機能喪失が敗血症生存の改善と関連するかどうかを査定するために、ＰＣＳＫ９における機能喪失と重症敗血症（ＩＣＤ１０コードによって定義されるように）に起因する２８日間の死亡率との間の関連性を、ＧＨＳコホート及びＵＫＢコホートからの特定の遺伝的データを使用して調査した。加えて、要約データを収集し、重症敗血症（感染及び急性臓器不全についての疑い／確認がＩＣＤ１０コードによって臨床的に定義されたかまたは定義された）に起因する２８日間の死亡率のメタ分析を、９つのコホート（合計で３，２２８例の死亡した重症敗血症の症例、及び１０，７３２例の生存した敗血症の症例を含む）にわたって遂行した。メタ分析中に含まれていた要約データを持つコホートは、ＧＨＳ、Ｇｅｎ－Ｓｅｐ、Ｖａｎｄｅｒｂｉｌｔ、ＳＰＨ、ＶＡＳＳＴ、ＵＫＢ、ＮＴＮＵ、Ｅｓｔｏｎｉａ、及びＣｏｐｅｎｈａｇｅｎを包含していた（図１を参照）。
メタ分析では、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ａｒｇ４６Ｌｅｕ（ｒｓ１１５９１１４７、ＡＡＦ ０．０１２）に注目したが、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ａｒｇ４６Ｌｅｕは、ＬＤＬの低下（ＵＫＢにおいて：参照物保因者：１３８．２３ｍｇ／ｄＬ、ヘテロ接合体保因者：１２６．８ｍｇ／ｄＬ、ホモ接合体保因者：１０３．８ｍｇ／ｄＬ（Ｃｏｈｅｎ，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，２００５）；ＵＫＢにおいてｐ値＝４．９Ｅ－３２４）、及び冠動脈疾患のオッズの有意な低減（ＵＫＢ：オッズ比＝０．７９、ｐ＝６．４Ｅ－１４）に対する高い効果を有することに関して機能喪失として作用する、十分に特徴づけられたミスセンス変異体である。さらに、ＧＨＳにおいて、ＬＤＬの低下（対立遺伝子あたり－５．９ｍｇ／ｄＬ（ｐ＝３．９Ｅ－３２４））及びＣＡＤのオッズの有意な低減（オッズ比＝０．９０、ｐ＝６．２Ｅ－１３）に対する有意な効果を持つＬＤＬＲイントロン性バリアント（ｒｓ６５１１７２０、ＡＡＦ ０．１２）も試験した。ＰＣＳＫ９ ｐ．Ａｒｇ４６Ｌｅｕと重症敗血症に起因する２８日間の死亡率との間の関連性についてのメタ分析の結果は、オッズ比＝０．８３（０．６５、１．０６）及びｐ＝０．１３を示し、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ａｒｇ４６Ｌｅｕが重症敗血症に起因する死亡のオッズの低減と関連することと合致していた。
さらに、２８日間の敗血症死亡率に対するＰＣＳＫ９及びＬＤＬＲの喪失の組み合わせ効果を分析した。この分析から、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ａｒｇ４６Ｌｅｕ及びＬＤＬＲ ｒｓ６５１１７２０の両方の保因者についての敗血症死亡率の組み合わせ効果は、オッズ比＝０．３３（０．０８、１．３２）及びｐ＝０．１２（図２及び図３を参照）であることが見出され、敗血症に起因する死亡のオッズの低減と合致していた。反復分析における類似の組み合わせ効果は、Ｅｓｔｏｎｉａ及びＨＵＮＴで観察された。要約して言えば、ＰＣＳＫ９ ｐ．Ｒ４６Ｌと重症敗血症に起因する死亡率の低減との間の関連性が観察された。
記載される主題、そして本明細書において記載されるものの様々な修飾は、前述の記載から当業者に明らかだろう。かかる修飾も添付の特許請求の範囲内に入ることが意図される。本出願において引用される各々の参照文献（ジャーナル論文、米国特許及び非米国特許、特許出願公開、国際特許出願公開、ジーンバンクアクセッション番号、ならびに同種のものが挙げられるがこれらに限定されない）は、その全体を参照することによって及びすべての目的のために本明細書に援用される。

Claims (130)

  1. 敗血症を有する対象を治療する方法であって、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストをそれを必要とする前記対象へ投与することを含む、前記方法。
  2. 前記敗血症が、重症敗血症である、請求項１に記載の方法。
  3. 全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を有する対象を治療する方法であって、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストをそれを必要とする前記対象へ投与することを含む、前記方法。
  4. 敗血症性ショックを有する対象を治療する方法であって、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストをそれを必要とする前記対象へ投与することを含む、前記方法。
  5. 多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）を有する対象を治療する方法であって、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニストをそれを必要とする前記対象へ投与することを含む、前記方法。
  6. 前記ＰＣＳＫ９阻害物質が、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
  7. 前記ＬＤＬＲアゴニストが、ＬＤＬＲ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記ＰＣＳＫ９阻害物質が、Ｃａｓタンパク質及びＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
  9. 前記ＬＤＬＲアゴニストが、Ｃａｓタンパク質及びＬＤＬＲゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするｇＲＮＡを含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項８または請求項９に記載の方法。
  11. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置を含むかまたは前記位置に近接する、請求項８～１０のいずれか１項に記載の方法。
  12. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７または配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する、請求項８～１１のいずれか１項に記載の方法。
  13. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項８～１２のいずれか１項に記載の方法。
  14. 前記ｇＲＮＡが、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項８～１３のいずれか１項に記載の方法。
  15. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号４３～６８のうちの任意の１つまたは配列番号６９～８９のうちの任意の１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項８～１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. 前記対象からの生物学的サンプル中のＰＣＳＫ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子の存在もしくは非存在を検出すること；及び／または
    前記対象からの生物学的サンプル中の予測される機能喪失ＬＤＬＲポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子の存在もしくは非存在を検出すること、
    をさらに含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質を前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及びＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてホモ接合体である場合に、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤も標準的な投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与される、
    請求項１６に記載の方法。
  18. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドをコードする核酸分子である、請求項１６または請求項１７に記載の方法。
  19. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、
    配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
    配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または
    ｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、
    である、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子である、請求項１８に記載の方法。
  21. 前記検出ステップが、インビトロで実行される、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。
  22. 前記検出ステップが、ｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分；及びｉｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子が、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子であり；
    前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子が、ＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子である、
    請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  23. 前記検出ステップが、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、前記シーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子である、
    請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記検出ステップが、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分をシーケンスすることを含み、前記シーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含み；
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡから産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子である、
    請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記検出ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第１のプライマー、及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に近接する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第２のプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第１のプライマーを伸長させること；及び少なくとも配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第２のプライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記第１のプライマーの前記伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定すること；及び前記第２のプライマーの前記伸長産物が配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記検出ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含むかどうかを決定することと；
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  27. 前記検出ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと；
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記検出ステップが、核酸分子の全体をシーケンスすることを含む、請求項２２～２７のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記検出ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅すること；及び前記ＬＤＬＲポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  30. 前記検出ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記検出ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  32. 前記サンプル中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、ｉ）第１の検出可能な標識を含む第１の変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブ；及びｉｉ）第２の検出可能な標識を含む第２の変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記第１の検出可能な標識及び前記第２の検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  35. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  36. 敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤により対象を治療し、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを有する方法であって、
    前記対象が、ｉ）ＰＣＳＬ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子；を有するかどうかを、
    前記対象から生物学的サンプルを得るかまたは前記サンプルを得ておくこと；ならびに
    前記生物学的サンプルについての配列分析を遂行するかまたは前記分析を遂行しておいて、前記対象が、ｉ）前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子；及び／またはｉｉ）前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子；を含む遺伝子型を有するかどうかを決定すること、
    によって、決定するステップと；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質を前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与するステップと；
    前記対象が、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤も標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するステップと；
    前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方を有する遺伝子型の存在が、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有することを指摘するステップと、
    を含む、前記方法。
  37. 前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを投与される、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを投与される、請求項３６に記載の方法。
  39. 前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを投与される、請求項３６に記載の方法。
  40. 前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つＬＤＬＲアゴニストが投与される、請求項３６に記載の方法。
  41. 前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つＰＣＳＫ９阻害物質が投与される、請求項３６に記載の方法。
  42. 前記対象が、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体であり、前記対象が、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する前記治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で投与されるかまたは継続的に投与され、且つ前記ＰＣＳＫ９阻害物質及び／または前記ＬＤＬＲアゴニストを投与される、請求項３６に記載の方法。
  43. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、前記Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドをコードする核酸分子である、請求項３６～４２のいずれか１項に記載の方法。
  44. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、
    配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
    配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または
    ｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、
    である、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子である、請求項３６～４４のいずれか１項に記載の方法。
  46. 前記配列分析が、ｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分；及びｉｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子が、ＰＣＳＫ９の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子であり；
    前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子が、ＬＤＬＲの予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子である、
    請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  47. 前記配列分析が、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって配列番号１７に記載の位置４２８、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７、もしくはその相補物に対応する位置を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子である、
    請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  48. 前記配列分析が、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡから産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子である、
    請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  49. 前記配列分析が、
    ａ）前記生物学的サンプルを、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第１のプライマー、及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に近接する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第２のプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第１のプライマーを伸長させること；及び少なくとも配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第２のプライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記第１のプライマーの前記伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定すること；及び前記第２のプライマーの前記伸長産物が配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記配列分析が、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記配列分析が、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  52. 前記配列分析が、核酸分子の全体をシーケンスすることを含む、請求項４６～５１のいずれか１項に記載の方法。
  53. 前記配列分析が、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅すること；及び前記ＬＤＬＲポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記配列分析が、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記配列分析が、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記サンプル中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記配列分析が、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、第１の検出可能な標識を含む第１の変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記第１の変異特異的プローブ；及びｉｉ）第２の検出可能な標識を含む第２の変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記第２の変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記第１の検出可能な標識及び前記第２の検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  58. 前記配列分析が、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  59. 前記配列分析が、
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  60. 前記核酸分子が、前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項３６～４５のいずれか１項に記載の方法。
  61. 前記ＰＣＳＫ９阻害物質が、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含み、前記ＬＤＬＲアゴニストが、ＬＤＬＲ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡを含む、請求項３６～６０のいずれか１項に記載の方法。
  62. 前記ＰＣＳＫ９阻害物質が、Ｃａｓタンパク質及びＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含み、前記ＬＤＬＲアゴニストが、Ｃａｓタンパク質及びＬＤＬＲゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするｇＲＮＡを含む、請求項３６～６０のいずれか１項に記載の方法。
  63. 前記Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記ＰＣＳＫ９ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７に対応する位置を含むかまたは前記位置に近接し、前記ＬＤＬＲ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置を含むかまたは前記位置に近接する、請求項６２または請求項６３に記載の方法。
  65. 前記ＰＣＳＫ９ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在し、前記ＬＤＬＲ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する、請求項６２または請求項６３に記載の方法。
  66. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～６ヌクレオチド下流である、請求項６２または請求項６３に記載の方法。
  67. 前記ｇＲＮＡが、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項６２～６６のいずれか１項に記載の方法。
  68. 前記ＰＣＳＫ９ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号４３～６８のいずれか１項に記載のヌクレオチド配列を含む、請求項６２～６７のいずれか１項に記載の方法。
  69. 前記ＬＤＬＲ ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号６９～８９のいずれか１項に記載のヌクレオチド配列を含む、請求項６２～６７のいずれか１項に記載の方法。
  70. 敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクを有する対象を同定する方法であって、
    前記対象から得られた生物学的サンプル中のＰＣＳＬ９の予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び／またはＬＤＬＲの予測される機能喪失ポリペプチドをコードするＬＤＬＲバリアント核酸分子の存在または非存在を決定するかまたは決定しておき；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、前記対象は敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの増加を有し；前記対象が、ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体である及び／またはＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体もしくはホモ接合体である場合に、前記対象は敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを発症するリスクの減少を有すること、
    を含む、前記方法。
  71. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、前記Ａｒｇ４６Ｌｅｕポリペプチドをコードする核酸分子である、請求項７０に記載の方法。
  72. 前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子が、
    配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
    配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、もしくは配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または
    ｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、もしくは配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、
    である、請求項７０に記載の方法。
  73. 前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子である、請求項７１に記載の方法。
  74. 前記決定ステップが、インビトロで実行される、請求項７０～７３のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記決定ステップが、ｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分；及びｉｉ）前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子が、ＰＣＳＫ９バリアントゲノム核酸分子であり；前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子が、ＬＤＬＲバリアントゲノム核酸分子である、
    請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記決定ステップが、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中の前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｍＲＮＡ分子である、
    請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記決定ステップが、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置、もしくはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含み；
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡから産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記シーケンスされる一部分が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含む場合に、そのとき、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子が、ＰＣＳＫ９バリアントｃＤＮＡ分子である、
    請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記決定ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第１のプライマー、及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に近接する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズする第２のプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第１のプライマーを伸長させること；及び少なくとも配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記第２のプライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記第１のプライマーの前記伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定すること；及び前記第２のプライマーの前記伸長産物が配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記決定ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記決定ステップが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記決定ステップが、核酸分子の全体をシーケンスすることを含む、請求項７５～８０のいずれか１項に記載の方法。
  82. 前記決定ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅すること；及び前記ＬＤＬＲポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、ｉ）配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及びｉｉ）配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  83. 前記決定ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  84. 前記決定ステップが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  85. 前記サンプル中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項８４に記載の方法。
  86. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、第１の検出可能な標識を含む第１の変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記第１の変異特異的プローブと、接触させること；及び前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、第２の検出可能な標識を含む第２の変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記第２の変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記第１の検出可能な標識及び前記第２の検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  87. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  88. 前記検出ステップが、
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
  89. 前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、ＬＤＬＲ参照物である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＬＤＬＲ参照物であり、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、ＰＣＳＫ９参照物であり、前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質を前記対象へ投与し；
    前記対象が、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてヘテロ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ量またはそれ未満の量で前記対象へ投与するかまたは継続的に投与し、且つＰＣＳＫ９阻害物質及び／またはＬＤＬＲアゴニストを前記対象へ投与し；
    前記対象が、前記ＰＣＳＫ９バリアント核酸分子及び前記ＬＤＬＲバリアント核酸分子の両方についてホモ接合体である場合に、そのとき、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤を標準的な投薬量と同じ投薬量またはそれ未満の量で投与する、
    請求項７０～８８のいずれか１項に記載の方法。
  90. 対象におけるプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）バリアント核酸分子を検出する方法であって、前記対象から得られたサンプルをアッセイして、前記サンプル中の核酸分子が、
    配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子、またはその相補物；
    配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいは
    ｍＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物、
    であるかどうかを決定することを含む、前記方法。
  91. 対象における低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）バリアント核酸分子を検出する方法であって、前記対象から得られたサンプルをアッセイして、前記サンプル中の核酸分子が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含むヌクレオチド配列を含むゲノム核酸分子、またはその相補物であるかどうかを決定することを含む、前記方法。
  92. 前記方法が、インビトロの方法である、請求項９０または請求項９１に記載の方法。
  93. 前記アッセイが、前記核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含む、請求項９０に記載の方法。
  94. 前記アッセイが、前記核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含む、請求項９１に記載の方法。
  95. 前記アッセイが、前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含む、請求項９０に記載の方法。
  96. 前記アッセイが、前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む、前記シーケンスされる一部分をシーケンスすることを含む、請求項９１に記載の方法。
  97. 前記アッセイが、
    ａ）前記サンプルを、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分へハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記ＰＳＣＫ９ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  98. 前記アッセイが、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置に近接する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分へハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記ＬＤＬＲゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項９１に記載の方法。
  99. 前記アッセイが、
    ａ）前記サンプルを、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１７に記載の位置４２８、配列番号１８に記載の位置２１７、または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシルを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  100. 前記アッセイが、
    ａ）前記サンプルを、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置に近接する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと、接触させることと；
    ｂ）少なくとも、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記ＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと；
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３２に記載の位置４２８、配列番号３３に記載の位置２１７、または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミンを含むかどうかを決定することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  101. 前記アッセイが、核酸分子の全体をシーケンスすることを含む、請求項９３～１００のいずれか１項に記載の方法。
  102. 前記アッセイが、
    ａ）前記ＰＣＳＫポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  103. 前記アッセイが、
    ａ）前記ＬＤＬＲポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９１に記載の方法。
  104. 前記アッセイが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシル、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  105. 前記アッセイが、
    ａ）前記ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む、前記一部分を増幅することと；
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブを含む支持体と、接触させることと；
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  106. 前記サンプル中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項１０５に記載の方法。
  107. 前記アッセイが、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  108. 前記アッセイが、
    生物学的サンプル中のゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する前記位置でチミン、またはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９１に記載の方法。
  109. 前記アッセイが、
    前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；配列番号１８に記載の位置２１７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物；または配列番号１９に記載の位置１３７に対応する前記位置でウラシル、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  110. 前記アッセイが、
    前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブであって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；配列番号３３に記載の位置２１７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物；または配列番号３４に記載の位置１３７に対応する前記位置でチミン、もしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記変異特異的プローブと、接触させることと；
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項９０に記載の方法。
  111. 前記核酸分子が、前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項９０～１１０のいずれか１項に記載の方法。
  112. プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）Ａｒｇ４６Ｌｅｕバリアントポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象から得られたサンプルでアッセイを遂行して、前記サンプル中のＰＣＳＫ９タンパク質が、配列番号４２に記載の位置４６に対応する位置でロイシンを含むかどうかを決定することを含む、前記方法。
  113. 前記アッセイが、前記ポリペプチドをシーケンスすることを含む、請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記アッセイが、免疫アッセイである、請求項１１２に記載の方法。
  115. プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、もしくはその相補物；
    ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；あるいは
    ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物、
    を有する対象における、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）の治療における使用のための、敗血症、ＳＩＲＳ、敗血症性ショック、及び／またはＭＯＤＳを治療または阻害する治療剤。
  116. ａ）ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子及び／またはＬＤＬＲゲノム核酸分子、ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｍＲＮＡ分子、あるいはＰＣＳＫ９ ｃＤＮＡ分子及び／またはＬＤＬＲ ｃＤＮＡ分子について参照物である対象；あるいは
    ｂ）ｉ）ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号２に記載の位置４２７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；及び／またはｉｉ）ＬＤＬＲポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号４に記載の位置２，２６９に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子についてヘテロ接合体である対象；
    ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１７に記載の位置４２８に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１８に記載の位置２１７に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号１９に記載の位置１３７に対応する位置でウラシルを含む前記ヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、もしくはその相補物である対象；あるいは
    ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３２に記載の位置４２８に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；ＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３３に記載の位置２１７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物；またはＰＣＳＫ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号３４に記載の位置１３７に対応する位置でチミンを含む前記ヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子、もしくはその相補物である対象、
    における、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症性ショック、及び／または多臓器機能不全症候群（ＭＯＤＳ）の治療における使用のための、プロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）阻害物質及び／または低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）アゴニスト。
  117. ＰＣＳＫ９ ｍＲＮＡへハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１１６に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  118. ＰＣＳＫ９ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするＣａｓタンパク質及びガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、請求項１１６に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  119. 前記Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項１１８に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  120. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７を含むかまたは前記位置に近接する、請求項１１８または請求項１１９に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  121. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号１に記載の位置４２７に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する、請求項１２０または請求項１２１に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  122. ＬＤＬＲ ｍＲＮＡ分子へハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡである、請求項１１８に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
  123. ＬＤＬＲゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列へハイブリダイズするＣａｓタンパク質及びｇＲＮＡを含む、請求項１１６に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
  124. 前記Ｃａｓタンパク質が、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項１２３に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
  125. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号３に記載の位置２，２６９を含むかまたは前記位置に近接する、請求項１２３または請求項１２４に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
  126. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号３に記載の位置２，２６９に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチドで所在する、請求項１２３または請求項１２４に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
  127. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項１１８～１２６のいずれか１項に記載のＰＣＳＫ９阻害物質またはＬＤＬＲアゴニスト。
  128. 前記ｇＲＮＡが、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項１１８～１２７のいずれか１項に記載のＰＣＳＫ９阻害物質またはＬＤＬＲアゴニスト。
  129. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号４３～６８のいずれか１項に記載のヌクレオチド配列を含む、請求項１１８～１２１のいずれか１項に記載のＰＣＳＫ９阻害物質。
  130. 前記ｇＲＮＡ認識配列が、配列番号６９～８９のいずれか１項に記載のヌクレオチド配列を含む、請求項１２２～１２６のいずれか１項に記載のＬＤＬＲアゴニスト。
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