KR20210110623A - 아라키도네이트15-리폭시게나제 (alox15) 억제제를 사용하는 호흡기 장애의 치료 - Google Patents

아라키도네이트15-리폭시게나제 (alox15) 억제제를 사용하는 호흡기 장애의 치료 Download PDF

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줄리에 호로윗즈
아리스 바라스
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리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드
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Abstract

본 개시내용은 호흡기 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법, 호흡기 장애 발달 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법, 및 인간 아라키도네이트 15-리폭시게나제 (ALOX15) 변이체 핵산 분자 및 변이체 폴리펩티드를 검출하는 방법을 제공한다.

Description

아라키도네이트15-리폭시게나제 (ALOX15) 억제제를 사용하는 호흡기 장애의 치료
서열 목록에 대한 참조
본 출원은 2019년 11월 24일 생성된, 63 킬로바이트 크기인, 18923802102SEQ로 명명된 텍스트 파일로서 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함한다. 서열 목록은 본원에 참고로 포함된다.
기술분야
본 개시내용은 일반적으로 아라키도네이트 15-리폭시게나제 (ALOX15) 억제제를 사용하는 호흡기 장애를 갖는 환자의 치료, 호흡기 장애 발달의 위험이 증가된 대상체를 식별하는 방법, 및 ALOX15 변이체 핵산 분자 및 변이체 폴리펩티드를 검출하는 방법에 관한 것이다.
천식은 T-헬퍼 2형 (Th2) 과정에 의해 유도되고 인터루킨 (IL)-4, IL-5 및 IL-13을 포함하는 사이토카인에 의해 매개되는 공기 알레르겐-유도 염증으로부터 유발될 수 있다. IL-13은 활성화된 T 세포, 호염기구, 호산구, 및 비만 세포에 의해 생성된 다면발현성 Th2 사이토카인이고, 이는 전임상 모델에서 천식의 병인에 강하게 연루되어 있다. 상승된 수준의 IL-13이 인간 천식 환자의 서브셋의 기도에서 검출되었다. 천식은 종종 기도의 호산구성 침윤을 특징으로 하지만, 다른 형태의 염증에 의해 유발되는 다른 아형의 질환이 있다는 증거가 증가하고 있다. 예를 들어, 천식에서 기도 염증의 세포 구성성분에 대한 연구는 천식의 뚜렷한 호산구성 및 비호산구성 표현형에 대한 증거를 제공한다. 천식에 대한 바이오마커의 확인 및 개발이 도움이 될 것이다.
비용종은 종종 비강 또는 부비동의 내벽에 부드럽고, 통증이 없는 비암성 성장이다. 비용종은 천식, 재발성 감염, 알레르기, 약물 민감성, 또는 일부 면역 장애로 인한 만성 염증으로 인해 유발될 수 있다. 더 큰 성장 또는 그룹의 비용종은 비강을 차단하고 호흡 문제, 후각 상실, 및 빈번한 감염으로 이어질 수 있다. 약제는 종종 비용종을 줄이거나 제거할 수 있지만, 때때로 이를 제거하기 위해 수술이 필요하다. 성공적인 치료 후에도 비용종은 종종 재발한다.
알레르기성 비염은 일반적으로 코, 목, 눈, 귀, 피부 및/또는 입 천장에 증상을 유발한다. 계절성 알레르기성 비염 (예를 들어, 건초열)은 대부분 국가의 다른 지역에서 연중 다른 시기에 공기 중에 운반되는 꽃가루에 의해 발생한다. 다년생 알레르기성 비염과 같은, 알레르기성 비염은 건조한 피부 조각, 애완동물 털에 있는 소변 및 타액, 곰팡이, 먼지 진드기 생성물, 및 바퀴벌레 입자와 같은 실내 알레르기 항원으로 인해 발생할 수 있고, 증상은 연중 내내 종종 발생한다. 알레르겐 유발 요인 외에도, 연기 및 강한 냄새와 같은 자극, 또는 공기의 온도 및 습도 변화로 인해 증상이 또한 유발될 수 있다.
아스피린 악화 호흡기 질환 (AERD)은 아스피린/NSAID에 대한 호흡기 반응과 함께, 부비동 및 비강막의 점막 부종, 비용종 및 천식을 특징으로 한다. AERD는 30세에 평균 발병하는 후천성 질환이다. 환자의 약 50%는 호흡기 바이러스에 이어 AERD가 발생한다. AERD는 중증 천식과 기도 재형성을 유발할 수 있으며, 종종 COX1 억제제에 대한 호흡기 반응의 병력으로 진단된다. 유병률은 일반 천식 환자에서 7.2% (미국 130만), 중증 천식 환자에서 14.9%, 비용종 환자에서 9.7%, 만성 부비동염 환자에서 8.7%로 추정된다. 그러나, 비용종, 천식 및 만성 부비동염 환자의 약 20-40%는 COX1 억제제에 대한 사전 노출없이 아스피린 민감성이다.
ALOX15 (15-LO 및 15-LOX로도 알려짐)는 다양한 생체 활성 지질 매개체를 생성하는 유리 및 에스테르화된 다중불포화 지방산의 입체 특이적 과산화를 촉매 작용하는 비-헴 철-함유 디옥시게나제이다. 또한, ALOX15는 아라키돈산을 12-히드로퍼옥시에이코사테트라엔산/12-HPETE 및 15-히드로퍼옥시에이코사테트라엔산/15-HPETE로 전환한다. ALOX15는 또한, 리놀레산을 13-히드로퍼옥시옥타데카디엔산으로 전환한다. ALOX15는 또한, 헤폭실린 A3을 생산하기 위해 (12S)-히드로퍼옥시에이코사테트라엔산/(12S)-HPETE에 작용할 수 있다.
본 개시내용은 호흡기 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 ALOX15 억제제를 환자에게 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD를 앓고 있다.
본 개시내용은 또한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제로 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 환자는 호흡기 장애를 앓고 있고, 상기 방법은 하기의 단계를 포함한다: 상기 환자가 하기에 의해 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는지를 결정하는 단계: 환자로부터 생물학적 샘플을 얻거나 얻음; 및 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖는지 결정하기 위해 생물학적 샘플에 대해 유전형 분석 검정을 수행하거나 수행함; 그리고 상기 환자가 ALOX15 기준인 경우, 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 환자에게 투여하거나 계속 투여하고, 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 단계; 그리고 상기 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 환자에게 투여하거나 계속 투여하고, 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 단계; 여기서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 호흡기 장애 발병 위험이 감소되었음을 나타낸다.
본 개시내용은 또한 호흡기 장애 발병의 위험이 증가한 인간 대상체를 식별하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하거나 결정하는 단계; 여기서 인간 대상체가 ALOX15 기준인 경우, 인간 대상체는 호흡기 장애 발병의 위험이 증가하고; 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이거나 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합성인 경우 인간 대상체는 호흡기 장애 발병의 위험이 감소한다.
본 개시내용은 또한 샘플 내의 핵산 분자가 하기인지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플을 분석하는 것을 포함하는 인간 대상체에서 ALOX15 변이체 핵산 분자를 검출하는 방법을 제공한다: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 게놈 핵산 분자, 또는 이의 보체; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 mRNA 분자, 또는 이의 보체; 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 cDNA 분자, 또는 이의 보체.
본 개시내용은 또한 샘플 내 ALOX15 단백질이 서열 번호 8에 따른 위치 560에 해당하는 위치에서 메티오닐을 포함하는지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플 분석을 수행하는 단계를 포함하는, 인간 ALOX15 Thr560Met 변이체 폴리펩티드의 존재를 검출하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 하기를 갖는 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다: 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하거나; 또는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함한다.
본 개시내용은 또한 하기를 갖는 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 ALOX15 억제제를 제공한다: 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하거나; 또는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함한다.
본 명세서에 포함되고 그 일부를 구성하는, 첨부 도면은 본 개시내용의 여러 특징을 예시한다.
도 1은 rs34210653이 UK 바이오뱅크 50K 엑솜에서 감소된 호산구와 유의하게 연관됨을 나타내는 표를 보여준다.
도 2는 rs34210653이 UK 바이오뱅크 500K 유전형 분석에서 감소된 호산구와 유의하게 연관됨을 나타내는 표를 보여준다.
도 3은 UK 바이오뱅크 500K 유전형 분석에서 rs34210653이 비용종 및 알레르기성 비염의 감소된 확률과 유의하게 연관되고 의사 진단 천식과 연관됨을 나타내는 표를 보여준다.
도 4는 GHS 90K 엑솜에서 rs34210653이 감소된 호산구와 유의하게 연관됨을 나타내는 표를 보여준다.
도 5는 GHS 90K 엑솜에서 ALOX15가 비용종의 감소된 확률과 연관됨을 나타내는 표를 보여준다.
도 6은 UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 rs34210653과 호산구 사이의 유의한 연관성에 대한 유전자좌 줌 플롯을 보여준다.
도 7은 이형접합 및 동형접합 rs34210653 변이체 운반자 중에서 감소된 호산구를 나타내는 UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 호산구 수에 대한 정량적 형질 분포를 보여준다 (점선은 ALOX15 기준 대립 유전자 운반자에 대한 평균 호산구 수를 나타냄).
도 8은 UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 rs34210653과 비용종 사이의 유의한 연관성에 대한 유전자좌 줌 플롯을 보여준다.
본 개시내용의 양태와 관련된 다양한 용어는 명세서 및 청구 범위 전체에 걸쳐 사용된다. 이러한 용어는 달리 표시되지 않는 한, 당 업계에서 일반적인 의미를 부여받는다. 다른 구체적으로 정의된 용어는 본원에 제공된 정의와 일치하는 방식으로 해석되어야 한다.
달리 명시적으로 언급되지 않는 한, 본원에 제시된 임의의 방법 또는 양태는 그 단계가 특정 순서로 수행될 것을 요구하는 것으로 해석되도록 의도된 것은 아니다. 따라서, 방법 청구항이 청구 범위 또는 설명에서 단계가 특정 순서로 제한되어야 한다고 구체적으로 언급하지 않는 경우, 어떤 측면에서든, 순서가 추론되도록 의도된 것은 아니다. 이것은 단계 또는 운영 흐름의 배열과 관련된 논리 문제, 문법적 구성이나 구두점에서 파생된 일반 의미, 또는 명세서에 기술된 양태의 수 또는 유형을 포함하는, 해석에 대한 임의의 가능한 표현되지 않은 기반을 유지한다.
본원에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 달리 명확하게 지시하지 않는 한 복수 대상을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "약"은 인용된 수치가 근사치이고 작은 변이가 개시된　구현예의　실시에 크게 영향을 미치지 않을 것임을 의미한다. 수치가 사용되는 경우, 문맥에 의해 달리 표시되지 않는 한, 용어 "약"은 수치가 ±10%까지 변할 수 있고 개시된 구현예의 범위 내에 남아있음을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "포함하는"은 원하는 특정 구현예에서 "이루어지는" 또는 "로 본질적으로 이루어지는"으로 대체될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 핵산 분자 또는 폴리펩티드와 관련하여, 용어 "단리된"은 핵산 분자 또는 폴리펩티드가 혈액 및/또는 동물 조직과는 별개인 것과 같이 본래 환경과 다른 상태에 있음을 의미한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자 또는 폴리펩티드는 다른 핵산 분자 또는 다른 폴리펩티드, 특히 동물 기원의 다른 핵산 분자 또는 폴리펩티드가 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 핵산 분자 또는 폴리펩티드는 고도로 정제된 형태, 즉, 95% 초과 순수 또는 99% 초과 순수일 수 있다. 이러한 맥락에서 사용될 때, 용어 "단리된"은 대안적인 물리적 형태, 예를 들어 이량체 또는 대안적으로 인산화되거나 유도체화된 형태의 동일한 핵산 분자 또는 폴리펩티드의 존재를 배제하지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "핵산", "핵산 분자", "핵산 서열", "폴리뉴클레오티드", 또는 "올리고뉴클레오티드"는 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체 형태를 포함할 수 있고, DNA 및/또는 RNA를 포함할 수 있고, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 다중 가닥일 수 있다. 핵산의 한 가닥은 또한 그의 보체를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "대상체" 및 "환자"는 상호 교환적으로 사용된다. 대상체는 포유동물을 포함하는, 임의의 동물을 포함할 수 있다. 포유동물은 농장 동물 (예를 들어, 말, 소, 돼지), 반려 동물 (예를 들어, 개, 고양이), 실험실 동물 (예를 들어, 마우스, 랫트, 토끼), 및 비인간 영장류를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
인간 대상체에서 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및 AERD의 발달 위험 감소와 연관된 ALOX15 유전자의 희귀 변이체는 본 개시내용에 따라 식별되었다. 예를 들어, 인간 ALOX15 기준 (서열 번호 1 참조)의 위치 9,917에서 시토신 뉴클레오티드를 티민으로 변경하는 유전자 변형 (rs34210653)이 이러한 변형을 갖는 인간은 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및 AERD 발달 위험이 감소할 수 있음을 나타내는 것으로 관찰되었다. ALOX15 유전자 또는 단백질의 어떤 변이체에도 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및 AERD와 알려진 연관성이 없다고 믿어진다. 전체적으로, 본원에 기술된 유전적 분석은 놀랍게도 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및 AERD 발달 위험 감소와 연관된 ALOX15 유전자 및, 특히, ALOX15 유전자의 변이체를 나타낸다. 따라서, 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD 발달 위험이 증가한 ALOX15 기준인 인간 대상체는 호흡기 장애를 예방하고, 이의 증상을 감소시키고/거나 증상의 발달을 억제하도록 치료될 수 있다. 따라서, 본 개시내용은 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD 발달 위험을 확인 또는 계층화하거나, 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD 발달 위험이 증가한 대상체를 진단하기 위해 대상체에서 이러한 변이체의 식별을 활용하는 방법을 제공하여, 위험에 처한 대상체 또는 활동성 질환이 있는 대상체가 그에 따라 치료될 수 있다.
본 개시내용의 목적을 위해, 임의의 특정 인간은 세 가지 ALOX15 유전자형 중 하나를 갖는 것으로 분류될 수 있다: i) ALOX15 기준; ii) ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성; 또는 iii) ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합성. 인간이 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 카피를 갖지 않는 경우 인간은 ALOX15 기준이다. 인간이 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 단일 카피를 갖는 경우 인간은 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이다. ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 손실, 완전 기능 손실, 예측된 부분적 기능 손실, 또는 예측된 완전 기능 손실을 갖는 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 임의의 ALOX15 핵산 분자 (예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)이다. 부분적 기능 손실 (또는 예측된 부분적 기능 손실)을 갖는 ALOX15 폴리펩티드를 갖는 인간은 ALOX15에 대해 저형성이다. ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 암호화하는 임의의 핵산 분자일 수 있다. 일부 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met를 암호화한다. 인간이 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 2개의 카피를 갖는 경우 인간은 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합형이다.
ALOX15 기준인 것으로 유전형 분석되거나 결정된 인간 대상체 또는 환자의 경우, 이러한 인간 대상체 또는 환자는 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD 발달의 위험이 높다. ALOX15 기준 또는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 것으로 유전형 분석되거나 결정된 인간 대상체 또는 환자의 경우, 이러한 인간 대상체 또는 환자는 ALOX15 억제제로 치료될 수 있다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 손실, 완전 기능 손실, 예측된 부분적 기능 손실, 또는 예측된 완전 기능 손실을 갖는 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 임의의 ALOX15 핵산 분자 (예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)일 수 있다. 예를 들어, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 암호화하는 임의의 핵산 분자일 수 있다. 일부 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met를 암호화한다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드는 부분적 기능 손실, 완전 기능 손실, 예측된 부분적 기능 손실, 또는 예측된 완전 기능 손실을 갖는 임의의 ALOX15 폴리펩티드일 수 있다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드는 예를 들어, ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 포함하는, 본원에 기술된 ALOX15 폴리펩티드 중 하나일 수 있다. 일부 구현예에서, ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드는 ALOX15 Thr560Met이다.
본원에 기술된 임의의 구현예에서, 호흡기 장애는 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD이다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, 호흡기 장애는 비용종이다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, 호흡기 장애는 알레르기성 비염이다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, 호흡기 장애는 천식이다. 본원에 기술된 임의의 구현예에서, 호흡기 장애는 AERD이다.
본 개시내용은 호흡기 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다.
본 개시내용은 또한 비용종을 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다.
본 개시내용은 또한 알레르기성 비염 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 알레르기성 비염은 고 호산구 알레르기성 비염이다.
본 개시내용은 또한 천식 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 천식은 알레르기성 천식, 중등도 내지 중증 천식, 경구 코르티코스테로이드 의존성 천식, 호산구성 천식, 또는 고 호산구 호산구성 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 알레르기성 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 중등도 내지 중증 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 경구 코르티코스테로이드 의존성 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 호산구성 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 고 호산구 호산구성 천식이다. 일부 구현예에서, 천식은 호산구성 천식-만성 폐쇄성 폐 질환 중첩 증후군 (ACOS)이다. 일부 구현예에서, ACOS는 고 호산구 호산구성 ACOS이다.
본 개시내용은 또한 AERD를 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다.
본 개시내용은 또한 아토피를 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 아토피는 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 아토피성 피부염이다.
일부 구현예에서, 호흡기 장애는 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD), 만성 기관지염, 폐기종, 알레르기성 폐렴, 및/또는 알레르기성 기도 질환이다.
일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 안티센스 분자를 포함한다. 안티센스 분자의 예시는 안티센스 핵산 분자, 소간섭 RNA (siRNA), 및 짧은 헤어핀 RNA (shRNA)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 이러한 안티센스 분자는 ALOX15 mRNA의 임의의 영역을 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 구현예에서, 안티센스 RNA, siRNA, 또는 shRNA는 ALOX15 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자 내의 서열에 혼성화하고 대상체의 세포에서 ALOX15 폴리펩티드의 발현을 감소시킨다. 일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 ALOX15 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 ALOX15 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 안티센스 RNA를 포함한다. 일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 ALOX15 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 ALOX15 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 siRNA를 포함한다. 일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 ALOX15 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 ALOX15 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 shRNA를 포함한다. 일부 구현예에서, shRNA는 하기를 포함한다: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (서열 번호 9); b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (서열 번호 10); c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (서열 번호 11); d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (서열 번호 12); e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (서열 번호 13); f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (서열 번호 14); g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (서열 번호 15); 또는 h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (서열 번호 16).
일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 인식 서열(들)에 하나 이상의 닉 또는 이중 가닥 브레이크를 유도하는 뉴클레아제 제제 또는 ALOX15 게놈 핵산 분자 내의 인식 서열에 결합하는 DNA-결합 단백질을 포함한다. 인식 서열은 ALOX15 유전자의 코딩 영역 내, 또는 유전자의 발현에 영향을 주는 조절 영역 내에 위치할 수 있다. DNA-결합 단백질 또는 뉴클레아제 제제의 인식 서열은 인트론, 엑손, 프로모터, 인핸서, 조절 영역, 또는 임의의 비-단백질 코딩 영역에 위치할 수 있다. 인식 서열은 ALOX15 유전자의 시작 코돈을 포함하거나 이에 근접할 수 있다. 예를 들어, 인식 서열은 시작 코돈으로부터 약 10, 약 20, 약 30, 약 40, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개 뉴클레오티드에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 둘 이상의 뉴클레아제 제제가 사용될 수 있고, 각각은 시작 코돈을 포함하거나 이에 근접한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화한다. 또 다른 예로서, 2개의 뉴클레아제 제제가 사용될 수 있고, 하나는 시작 코돈을 포함하거나 그에 근접한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화하고, 하나는 정지 코돈을 포함하거나 그에 근접한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화하고, 여기서 뉴클레아제 제제에 의한 절단은 2개의 뉴클레아제 인식 서열 사이 코딩 영역의 결실을 유발할 수 있다. 원하는 인식 서열로 닉 또는 이중 가닥 브레이크를 유도하는 임의의 뉴클레아제 제제가 본원에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다. 원하는 인식 서열에 결합하는 임의의 DNA-결합 단백질이 본원에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다.
본원에 사용하기에 적합한 뉴클레아제 제제 및 DNA-결합 단백질은 징크 핑거 단백질 또는 징크 핑거 뉴클레아제 (ZFN) 쌍, 전사 활성화제 유사 이펙터 (TALE) 단백질 또는 전사 활성화제 유사 이펙터 뉴클레아제 (TALEN), 또는 규칙적인 간격으로 분포하는 짧은 회문구조 반복 (CRISPR)/CRISPR-관련 (Cas) 시스템을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 인식 서열의 길이는 다양할 수 있고, 예를 들어, 징크 핑거 단백질 또는 ZFN 쌍에 대해 약 30-36 bp, 각각의 ZFN에 대해 약 15-18 bp, TALE 단백질 또는 TALEN에 대해 약 36 bp, 및 CRISPR/Cas 가이드 RNA에 대해 약 20 bp인 인식 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, CRISPR/Cas 시스템은 세포 내 ALOX15 게놈 핵산 분자를 변형하기 위해 사용될 수 있다. 본원에 개시된 방법 및 조성물은 ALOX15 핵산 분자의 부위 지향 절단을 위해 CRISPR 복합체 (Cas 단백질과 복합체화된 가이드RNA (gRNA)를 포함)를 활용함으로써 CRISPR-Cas 시스템을 이용할 수 있다.
Cas 단백질은 일반적으로 gRNA와 상호 작용할 수 있는 적어도 하나의 RNA 인식 또는 결합 도메인을 포함한다. Cas 단백질은 또한 뉴클레아제 도메인 (예를 들어, DNase 또는 RNase 도메인), DNA 결합 도메인, 헬리카제 도메인, 단백질-단백질 상호작용 도메인, 이량체화 도메인, 및 다른 도메인을 포함할 수 있다. 적합한 Cas 단백질은 예를 들어, 야생형 Cas9 단백질 및 야생형 Cpf1 단백질 (예를 들어, FnCpf1)을 포함한다. Cas 단백질은 ALOX15 게놈 핵산 분자에서 이중 가닥 브레이크를 생성하는 완전 절단 활성을 가질 수 있거나 ALOX15 게놈 핵산 분자에서 단일 가닥 브레이크를 생성하는 닉카아제일 수 있다. Cas 단백질의 추가 예시는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas5e (CasD), Cas6, Cas6e, Cas6f, Cas7, Cas8a1, Cas8a2, Cas8b, Cas8c, Cas9 (Csn1 또는 Csx12), Cas10, Cas10d, CasF, CasG, CasH, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1 (CasA), Cse2 (CasB), Cse3 (CasE), Cse4 (CasC), Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, 및 Cu1966, 및 이의 동족체 또는 변형된 버전을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. Cas 단백질은 융합 단백질로서 이종 폴리펩티드에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 절단 도메인, 후생적 변형 도메인, 전사 활성화 도메인, 또는 전사 억제자 도메인에 융합될 수 있다. Cas 단백질은 임의의 형태로 제공될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 단백질, 예를 들어 gRNA와 복합체화된 Cas 단백질의 형태로 제공될 수 있다. 대안적으로, Cas 단백질은 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 분자, 예를 들어 RNA 또는 DNA의 형태로 제공될 수 있다.
일부 구현예에서, ALOX15 게놈 핵산 분자의 표적화된 유전적 변형은 세포를 하나의 Cas 단백질 및 ALOX15 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내 하나 이상의 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 하나 이상의 gRNA와 접촉시켜 생성할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 서열 번호 1의 영역 내에 위치할 수 있다. gRNA 인식 서열은 또한, 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치를 포함하거나 그에 근접할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치의 약 1000, 약 500, 약 400, 약 300, 약 200, 약 100, 약 50, 약 45, 약 40, 약 35, 약 30, 약 25, 약 20, 약 15, 약 10, 또는 약 5개 뉴클레오티드로부터 위치할 수 있다. gRNA 인식 서열은 ALOX15 게놈 핵산 분자의 시작 코돈 또는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 중지 코돈을 포함하거나 그에 근접할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 시작 코돈 또는 중지 코돈의 약 10, 약 20, 약 30, 약 40, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개 뉴클레오티드로부터 위치할 수 있다.
ALOX15 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내 gRNA 인식 서열은 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM) 서열 가까이에 위치하고, 이는 Cas9 뉴클레아제에 의해 표적화된 DNA 서열 바로 뒤의 2-6개 염기 쌍 DNA 서열이다. 표준 PAM은 서열 5'-NGG-3'이며 여기서 "N"은 2개의 구아닌 ("G") 핵염기가 이어지는 임의의 핵염기이다. gRNA는 Cas9을 유전자 편집을 위한 게놈에서 어디로든 이동시킬 수 있지만, Cas9이 PAM을 인식하는 부위 이외의 다른 부위에서는 편집이 발생할 수 없다. 게다가, 5'-NGA-3'는 인간 세포에 대해 고효율 비표준 PAM일 수 있다. 일반적으로, PAM은 gRNA에 의해 표적화된 DNA 서열의 약 2-6개 뉴클레오티드 다운스트림이다. PAM은 gRNA 인식 서열 측면에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, gRNA 인식 서열은 PAM에 의해 3' 말단 측면에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, gRNA 인식 서열은 PAM에 의해 5' 말단 측면에 있을 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질의 절단 부위는 PAM 서열의 약 1 내지 약 10, 약 2 내지 약 5 염기 쌍, 또는 3개의 염기 쌍 업스트림 또는 다운스트림일 수 있다. 일부 구현예에서 (예를 들어 S. 피오게네스의 Cas9 또는 밀접하게 연관된 Cas9이 사용되는 경우), 비상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-NGG-3'일 수 있고, 여기서 N은 임의의 DNA 뉴클레오티드이고 표적 DNA의 비상보적 가닥의 gRNA 인식 서열의 바로 3'이다. 이와 같이, 상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-CCN-3'일 수 있고, 여기서 N은 임의의 DNA 뉴클레오티드이고 표적 DNA의 상보적 가닥의 gRNA 인식 서열의 바로 5'이다.
gRNA는 Cas 단백질에 결합하고 ALOX15 게놈 핵산 분자 내 특정 위치로 Cas 단백질을 표적으로 하는 RNA 분자이다. 예시적인 gRNA는 ALOX15 게놈 핵산 분자에 결합하거나 이를 절단하도록 Cas 효소를 지시하는데 효과적인 gRNA이고, 여기서 gRNA는 위치 9,917에 해당하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자 내 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 DNA-표적화 세그먼트를 포함한다. 예를 들어, gRNA는 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치의 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개 뉴클레오티드로부터 위치한 gRNA 인식 서열에 혼성화되도록 선택될 수 있다. 다른 예시적인 gRNA는 시작 코돈 또는 중지 코돈을 포함하거나 이에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자 내에 존재하는 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 DNA-표적화 세그먼트를 포함한다. 예를 들어, gRNA는 시작 코돈의 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개 뉴클레오티드로부터 위치하거나 중지 코돈의 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개 뉴클레오티드로부터 위치하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되도록 선택될 수 있다. 적합한 gRNA는 약 17 내지 약 25개 뉴클레오티드, 약 17 내지 약 23개 뉴클레오티드, 약 18 내지 약 22개 뉴클레오티드, 또는 약 19 내지 약 21개 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, gRNA는 20개 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
인간 ALOX15 기준 유전자 내에 위치한 적합한 gRNA 인식 서열의 예시는 서열 번호 19-43로서 표 1에 제시된다.
표 1: ALOX15 변이(들)에 가까운 가이드 RNA 인식 서열
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Cas 단백질과 gRNA는 복합체를 형성하고, Cas 단백질은 표적 ALOX15 게놈 핵산 분자를 절단한다. Cas 단백질은 gRNA의 DNA-표적화 세그먼트가 결합할 표적 ALOX15 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열 내부 또는 외부의 부위에서 핵산 분자를 절단할 수 있다. 예를 들어, CRISPR 복합체 (gRNA 인식 서열에 혼성화하고 Cas 단백질과 복합체화되는 gRNA를 포함)의 형성은 gRNA의 DNA-표적화 세그먼트가 결합할 표적 ALOX15 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열 또는 근처 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50개, 또는 이상의 염기 쌍 내)에서 하나 또는 두 가닥의 절단을 야기할 수 있다.
이러한 방법은 예를 들어, 서열 번호 1의 영역이 파괴되거나, 시작 코돈이 파괴되거나, 중지 코돈이 파괴되거나, 서열이 파괴되거나 결실되는 ALOX15 게놈 핵산 분자를 야기할 수 있다. 선택적으로, 세포는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내 추가 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 하나 이상의 추가 gRNA와 추가로 접촉될 수 있다. 세포를 하나 이상의 추가 gRNA (예를 들어, 제2 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 제2 gRNA)와 접촉시킴으로써, Cas 단백질에 의한 절단은 둘 이상의 이중 가닥 브레이크 또는 둘 이상의 단일 가닥 브레이크를 생성할 수 있다.
일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 소분자를 포함한다. 일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 6,11-디히드로[1]벤조티오피라노[4,3-b]인돌 (PD146176), 2-브로모페놀, 2,4-디브로모페놀, 2-(1-티에닐)에틸-3,4-디히드록시벤딜리데네시아노아세테이트 (TEDC), 4,4'-(2,3-디메틸-1,4-부타디에닐)비스-1,2-벤젠디올 (노르디히드로구아이아레트산), 또는 신나밀-3,4-디히드록시-a-시아노신나메이트 (CDC)이다. 일부 구현예에서, ALOX15 억제제는 2-브로모페놀, 2,4-디브로모페놀, 2-(1-티에닐)에틸-3,4-디히드록시벤딜리데네시아노아세테이트 (TEDC), 또는 4,4'-(2,3-디메틸-1,4-부타디에닐)비스-1,2-벤젠디올 (노르디히드로구아이아레트산)이다.
일부 구현예에서, 치료 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 것을 추가로 포함한다. 본 개시내용 전반에 걸쳐 사용된 바와 같이, "ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자"는 부분적 기능 손실, 완전 기능 손실, 예측된 부분적 기능 손실, 또는 예측된 완전 기능 손실을 갖는 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 임의의 ALOX15 핵산 분자 (예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)이다.
본 개시내용은 또한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 사용하여 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 여기서 환자는 호흡기 장애를 앓고 있다. 일부 구현예에서, 방법은 환자로부터 생물학적 샘플을 얻거나 얻었고, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖는지 결정하기 위해 생물학적 샘플에 대한 유전형 분석 분석을 수행하거나 수행하여 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 환자가 갖는지 결정하는 것을 포함한다. 환자가 ALOX15 기준인 경우, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제는 표준 투여량으로 환자에게 투여되거나 계속 투여되고, ALOX15 억제제가 환자에게 투여된다. 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제는 환자 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 환자에게 투여되거나 계속 투여되고, ALOX15 억제제가 환자에게 투여된다. 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 환자가 호흡기 장애 발달 위험이 감소하였음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 기준이다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이다.
ALOX15 기준이거나 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 것으로 유전자형 분석되거나 결정된 인간 대상체 또는 환자의 경우, 본원에 기술된 바와 같이, 이러한 인간 대상체 또는 환자는 ALOX15 억제제로 치료될 수 있다.
환자로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 것 및/또는 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는지 결정하는 것은 본원에 기술된 방법 중 하나에 의해 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 시험관 내에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 이들 구현예 중 하나에서, 핵산 분자는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 구현예에서, 환자가 ALOX15 기준인 경우, 환자는 또한 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는다. 일부 구현예에서, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 환자는 또한 표준 투여량과 동일하거나 낮은 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는다.
일부 구현예에서, 치료 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드의 존재 또는 부재를 검출하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖지 않는 경우, 환자는 또한 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는다. 일부 구현예에서, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는 경우, 환자는 또한 표준 투여량과 동일하거나 낮은 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는다.
본 개시내용은 또한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 사용하여 환자를 치료하는 방법을 제공하고, 여기서 환자는 호흡기 장애를 앓고 있다. 일부 구현예에서, 방법은 환자로부터 생물학적 샘플을 얻거나 얻었고, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는지 결정하기 위해 생물학적 샘플에 대한 분석을 수행하거나 수행하여 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는지 검출하는 것을 포함한다. 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖지 않는 경우, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제는 환자에게 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고, ALOX15 억제제가 환자에게 투여된다. 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는 경우, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제는 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 환자에게 투여되거나 계속 투여되고, ALOX15 억제제가 환자에게 투여된다. ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드의 존재는 환자가 호흡기 장애 발달의 위험이 감소하였음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖지 않는다.
환자로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드의 존재 또는 부재를 검출하는 것 및/또는 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖는지 결정하는 것은 본원에 기술된 방법 중 하나에 의해 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 시험관 내에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 이들 구현예 중 하나에서, 폴리펩티드는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 예시는 하기를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다: 스테로이드성 항염증제, 비-스테로이드성 항염증제, 항증식제, 항대식세포제, 근육 이완제, 마약성 진통제, 비-마약성 진통제, 국소 마취제, 및 기타 제제. 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 추가 예시는 인터루킨-4 수용체 (IL-4Rα) 길항제 예를 들어, DUPIXENT®(두필루맙)이다.
스테로이드성 항염증제의 예시는 글루코코르티코이드 및 코르티코스테로이드 예를 들어, 21-아세톡시프레그네놀론, 알클로메타손, 알제스톤, 아미시노니드, 베클로메타손, 베타메타손, 부데소니드, 클로로프레드니손, 클로베타솔, 클로베타손, 클로코르톨론, 클로프레드놀, 코르티코스테론, 코르티손, 코르티바졸, 데플라자코트, 데소니드, 데속시메타손, 덱사메타손, 디플로라손, 디플루코르톨론, 디플루프레드네이트, 에녹솔론, 플루자코트, 플루클로로니드, 플루메타손, 플루니솔리드, 플루오시놀론 아세토니드, 플루오시노니드, 플루오코르틴 부틸, 플루오코르톨론, 플루오로메타톨론, 플루페롤론 아세테이트, 플루프레드니덴 아세테이트, 플루프레드니솔론, 플루란드레놀리드, 플루티카손, 프로모코르탈, 할시노니드, 할로베타솔 프리오피오네이트, 할로메타손, 할로프레돈 아세테이트, 히드로코르타메이트, 히드로코르티손, 로테프레드놀 에타보네이트, 마지프레돈, 메드리손, 메프레드니손, 메틸올프레드니솔론, 모메타손 푸로에이트, 파라메타손, 프레드니카르베이트, 프레드니솔론, 프레드니솔론 25-디에틸아미노아세테이트, 프레드니손 나트륨 포스페이트, 프레드니손, 프레드니발, 프레드닐리덴, 리멕솔론, 틱소코르탈, 트리암시놀론, 트리암시놀론 아세토니드, 트리암시놀론 베네토니드, 및 트리암시놀론 헥사세토니드를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
비-스테로이드성 항염증제의 예시는 아미노아릴카르복실산 유도체 예를 들어, 엔펜남산, 에토페나메이트, 플루페남산, 이소니신, 메클로페남산, 메페남산, 니플루민산, 탈니플루메이트, 테로페나메이트, 및 톨페남산; 아릴아세트산 유도체 예를 들어, 아세메타신, 아클로페낙, 암페낙, 부페사막, 신메타신, 클로피락, 디클로페낙, 에토돌락, 펠비낙, 펜클로페낙, 펜클로락, 펜클로즈산, 펜티아작, 글루카메타신, 이부페낙, 인도메타신, 이소페졸락, 이소세팍, 로나졸락, 메티아진산, 옥사메타신, 프로글루메타신, 술린닥, 티아라미드, 톨메틴, 및 조메피락; 아릴부티르산 유도체 예를 들어, 부마디존, 부티부펜, 펜부펜, 및 젠부신; 아릴카르복실산 예를 들어, 클리다낙, 케토롤락, 및 티노리딘; 아릴프로피온산 유도체 예를 들어, 알미노프로펜, 베녹사프로펜, 부클로실산, 카르프로펜, 페노프로펜, 플루녹사프로펜, 플루르비프로펜, 이부프로펜, 이부프록삼, 인도프로펜, 케토프로펜, 록소프로펜, 미로프로펜, 나프록센, 옥사프로진, 피케토프로펜, 피르프로펜, 프라노프로펜, 프로티진산, 수프로펜, 및 티아프로펜산; 피라졸 예를 들어, 디페나미졸 및 에피리졸; 피라졸론 예를 들어, 아파존, 벤즈피페릴론, 페프라존, 모페부타존, 모라존, 옥시펜부타존, 페니부타존, 피페부존, 프로피페나존, 라미페나존, 숙실부존, 및 티아졸리노부타존; 살리실산 및 그 유도체 예를 들어, 아세트아미노살롤, 아스피린, 베노릴레이트, 브로모살리게닌, 칼슘 아세틸살리실레이트, 디플루니살, 에터살레이트, 펜도살, 겐티신산, 글리콜 살리실레이트, 이미다졸 살리실레이트, 리신 아세틸살리실레이트, 메살라민, 모르폴린 살리실레이트, 1-나프틸 살리실레이트, 옥살라진, 파르살미드, 페닐 아세틸살리실레이트, 페닐 살리실레이트, 살라세타미드, 살리실아민 o-아세트산, 살리실황산, 살살레이트, 및 설파살라진; 티아진카르복사미드 예를 들어, 드록시캄, 이소시캄, 피록시캄, 및 테녹시캄; 및 다른 제제 예를 들어, ε-아세트아미도카프로익산, s-아데노실메티오닌, 3-아미노-4-히드록시부티르산, 아믹세트린, 벤다작, 벤지다민, 부콜롬, 디펜피라미드, 디타졸, 에모르파존, 구아이아쥴렌, 나부메톤, 니메술리드, 오르고테인, 옥사세프롤, 파라닐린, 페리속살, 피프록심, 프로콰존, 프록사졸, 및 테니답을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
항증식제의 예시는 안트라사이클린, 알킬 술포네이트, 미세관 역학에 영향을 미치는 제제, 소마토스타틴 유사체와 같은 IGF 경로 제제를 포함하는 다양한 성장 인자에 영향을 미치는 제제, 안지오텐신 전환 효소 억제제, 항대사물질 (예를 들어, 퓨린 유사체), 세포 독성제, 세포정지제, 세포 증식 영향제, 카스파제 활성화제, 프로테아좀 억제제, 혈관 신생 억제제, 에틸렌이민, 삽입제, 금속 배위 복합체, 질소 머스타드, 니트로소우레아, 알킬화제, 퓨린 유사체, 피리미딘 유사체, 피리미딘 생합성 억제제와 같은 핵산 손상제, 빈카 알칼로이드를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 추가 예시는 아드리아마이신, 알리트레티노인 (9-시스-레티노산), 아미포스틴, 안지오펩틴, 안지오스타틴, 아라비노실 5-아자시토신, 아라비노실 시토신, 5-아자-2'-데옥시시티딘, 6-아자시티딘, 6-아자우리딘, 아자리빈, 벡사로텐 (4-[1-(5,6,7,8-테트라히드로-3,5,5,8,8-펜타메틸-2-나프탈레닐)에테닐]벤조산), 블레오마이신, BCNU, CCNU, 캡토프릴, 카페시타빈 (5'-데옥시-5-플루오로-시티딘), 클로람부실, 콜히친, 실라자프릴, 시스플라틴, 클라드리빈 (염소화 퓨린 뉴클레오시드 유사체), 시타라빈, 시클로시티딘, 시클로포스파미드, 다우노루비신, 3-데아자우리딘, 2'-데옥시-5-플루오로우리딘, 5'-데옥시-5-플루오로우리딘, 도세탁셀, 독소루비신, 엔도스타틴, 에피루비신, 에포틸론, 에스트라무스틴, 에토포시드, 엑세메스탄, 플루타미드, 플루다라빈, 플루다라빈 포스페이트, 플루오로시토신, 5-플루오로우라실, 5-플루오로우리딘, 5-플루오로-2'-데옥시우리딘, 젬시타빈, 히드록시우레아, 이다루비신, 이리노테칸, LHRH 유사체, 리시노프릴, 멜팔란, 메토트렉세이트, 6-머캅토퓨린, 미톡산트론, 옥트레오티드, 파클리탁셀, 펜토스타틴, N-포스포노아세틸-L-아스파르트산, 프레드니무스틴, 피라조푸린, 스쿠알라민, 스트렙토조신, 타목시펜, 테모졸로미드, 테니포시드, 6-티오구아닌, 토무덱스, 티오테파, 토포테칸, 5-트리플루오로메틸-2'-데옥시우리딘, 발루비신, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 및 비나렐빈을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
항대식세포제의 예시는 비스포스포네이트 및 클로드로네이트 화합물 예를 들어, 디클로로메틸렌 디포스포네이트 (CL2MDP)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
근육 이완제의 예시는 항콜린제 (예를 들어, 아디페닌, 알베린, 앰부토노미움, 아미노펜타미드, 아믹세트린, 암프로트로핀 포스페이트, 아니소트로핀 메틸브로마이드, 아포아트로핀, 아트로핀, 아트로핀 n-옥사이드, 베낙티진, 베나프리진, 벤제티미드, 벤질로니움, 벤즈트로핀 메실레이트, 베보늄 메틸 설페이트, 비페리덴, 부트로피움, n-부틸스코폴암모늄 브로마이드, 부제피드, 카밀로핀, 카라미펜, 클로르벤족사민, 클로르페녹사민, 시메트로피움, 클리디늄, 시클로드린, 시클로늄, 시크리민, 뎁트로핀, 덱세티미드, 디부톨린 설페이트, 디시클로민, 디에타진, 디페메린, 디헥시베린, 디페마닐 메딜설페이트, n-(1,2-디페닐에틸)니코틴아미드, 디피프로베린, 디포늄, 에메프로늄, 엔도벤질린, 에토프로파진, 에티벤즈트로핀, 에티벤즈히드라민, 에토미돌린, 유카트로핀, 펜피베리늄, 펜토늄, 플루트로피움, 글라이코피롤레이트, 헤테로늄, 헥소시클리움 메틸 설페이트, 호마트로핀, 히오시아민, 이프라트로피움, 이소프로파미드, 레보메페이트, 메클록사민, 메펜졸레이트, 메트카르파펜, 메탄텔린, 메틱센, 메스스코폴라민, 옥타밀라민, 옥시부티닌, 옥시펜시클리민, 옥시페노늄, 펜타피페리드, 펜티에네이트, 펜카르바미드, 펜글루타리미드, 피펜졸레이트, 피페리돌레이트, 피페릴레이트, 폴딘 메티설페이트, 프리디놀, 프리피늄, 프로시클리딘, 프로판텔린, 프로펜졸레이트, 프로피베린, 프로피로마진, 스코폴라민, 스코폴라민 n-옥사이드, 스트라모늄, 술트로포늄, 티페나밀, 티에모늄, 티메피디움, 티퀴지움, 트리디헥세틸 요오드화물, 트리헥시페니딜 염산염, 트리메부틴, 트로파신, 트로펜질, 트로피카미드, 트로스피움, 발레타메이트, 바미카미드, 및 제니트로피움); 알쿠로늄, 아트라큐륨, 바클로펜, 벤조디아제핀 (예를 들어, 클로자핀 또는 디아제팜), 보툴리늄 독소 (BOTOX), 4-아미노-3-(4-클로로페일)-부탄산, 카보로늄, 카리소프로돌, 클로르페네신, 클로르족사존, 시클로벤자프린, 시클란델레이트, 단트롤렌, 데카메토늄 브로마이드, 다이아제팜 히드랄라진, 파자디늄, 갈라민, 구아이페네신, 헥사플루오레늄, 이속수프린, 메라드라진, 메페신, 메탁살론, 메토카르바몰 니릴리드린, 메토쿠린 요오드화물, 오르페나드린, 판쿠로늄, 파파베린, 프리디놀, 스티라메이트, 수사메토늄, 수세토늄, 티오콜치코시드, 티자니딘, 수사메토늄, 토콜페리손, 및 튜보쿠라린; 기관지확장제 (에페드린 유도체 예를 들어, 알부테롤, 밤부테롤, 비톨테롤, 카르부테롤, 클렌부테롤, 클로르프레날린, 디옥세테드린, 에페드린, 에피니프린, 에프로지놀, 에타페드린, 에틸노르에피네프린, 페노테롤, 헥소프레날린, 이소에타린, 이소프로테레놀, 마부테롤, 메타프로테레놀, n-메틸에페드린, 피르부테롤, 프로카테롤, 프로토킬롤, 레프로테롤, 리미테롤, 살메테롤, 소테레놀, 테르부탈린, 및 툴로부테롤; 사차 암모늄 화합물 예를 들어, 베보늄 메틸 설페이트, 클루트로피움 브로마이드, 이프라트로피움 브로마이드; 및 옥시트로피움 브로마이드; 크산틴 유도체 예를 들어, 아세필린, 아세필린 피페라진, 암부필린, 아미노필린, 바미필린, 콜린 테오필리네이트, 독소필린, 다이필린, 엔프로필린, 에타미필린, 에토필린, 구아이틸린, 프록시필린, 테오브로민, 1-테오브로민아세트산, 및 테오필린; 및 다른 기관지 확장제 예를 들어, 펜스피리드, 메디바진, 몬테루카스트, 메톡시페나임, 트레토퀴놀, 자피르쿨라스트, 및 포르모테롤 과 같은 카테콜아민 유사체); 항경련제 (예를 들어, 알리벤돌, 암부세타미드, 아미노프로마진, 아포아트로핀, 베보늄 메틸 설페이트, 비에타미베린, 부타베린, 부트로피움 브로마이드, n-부틸스코폴암모늄 브로마이드, 카로보베린, 시메트로피움 브로마이드, 신나메드린, 클로보프리드, 코닌 히드로브로마이드, 코닌 염산염, 시클로늄 요오드화물, 디페메린, 디이소프로민, 디옥사페틸 부티레이트, 디포늄 브로마이드, 드로페닌, 에메프로늄 브로마이드, 에타베린, 페클레민, 페나라미드, 페노베린, 펜피프란, 펜피베리늄 브로마이드, 펜토늄 브로마이드, 플라복세이트, 플로프로피온, 글루콘산, 구아이악타민, 히드라미트라진, 히메크로몬, 레이오피롤, 메베베린, 목사베린, 나피베린, 옥타밀라민, 옥타베린, 옥시부티닌 염화물, 펜타피페리드, 페나마시드 염산염, 플로로글루시놀, 피나베리움 브로마이드, 피페릴레이트, 피폭솔란 염산염, 프라미베린, 프리피늄 브로마이드, 프로페리딘, 프로피반, 프로피로마진, 프로자핀, 라세페민, 로시베린, 스파스몰리톨, 스틸로늄 요오드화물, 술트로포늄, 티에모늄 요오드화물, 티퀴지움 브로마이드, 티로프라미드, 트레피부톤, 트리트로밀, 트리폴리움, 트리메부틴, n,n-1트리메틸-3,3-디페닐-프로필아민, 트로펜질, 트로스피움 염화물, 및 제니트로피움 브로마이드); 및 항콜린제 (예를 들어, 아디페닌, 알베린, 앰부토노미움, 아미노펜타미드, 아믹세트린, 암프로트로핀 포스페이트, 아니소트로핀 메틸브로마이드, 아포아트로핀, 아트로핀, 아트로핀 n-옥사이드, 베낙티진, 베나프리진, 벤제티미드, 벤질로니움, 벤즈트로핀 메실레이트, 베보늄 메틸 설페이트, 비페리덴, 부트로피움, n-부틸스코폴암모늄 브로마이드, 부제피드, 카밀로핀, 카라미펜, 클로르벤족사민, 클로르페녹사민, 시메트로피움, 클리디늄, 시클로드린, 시클로늄, 시크리민, 뎁트로핀, 덱세티미드, 디부톨린 설페이트, 디시클로민, 디에타진, 디페메린, 디헥시베린, 디페마닐 메딜설페이트, n-(1,2-디페닐에틸)니코틴아미드, 디피프로베린, 디포늄, 에메프로늄, 엔도벤질린, 에토프로파진, 에티벤즈트로핀, 에티벤즈히드라민, 에토미돌린, 유카트로핀, 펜피베리늄, 펜토늄, 플루트로피움, 글라이코피롤레이트, 헤테로늄, 헥소시클리움 메틸 설페이트, 호마트로핀, 히오시아민, 이프라트로피움, 이소프로파미드, 레보메페이트, 메클록사민, 메펜졸레이트, 메트카르파펜, 메탄텔린, 메틱센, 메스스코폴라민, 옥타밀라민, 옥시부티닌, 옥시펜시클리민, 옥시페노늄, 펜타피페리드, 펜티에네이트, 펜카르바미드, 펜글루타리미드, 피펜졸레이트, 피페리돌레이트, 피페릴레이트, 폴딘 메티설페이트, 프리디놀, 프리피늄, 프로시클리딘, 프로판텔린, 프로펜졸레이트, 프로피베린, 프로피로마진, 스코폴라민, 스코폴라민 n-옥사이드, 스트라모늄, 술트로포늄, 티페나밀, 티에모늄, 티메피디움, 티퀴지움, 트리디헥세틸 요오드화물, 트리헥시페니딜 염산염, 트리메부틴, 트로파신, 트로펜질, 트로피카미드, 트로스피움, 발레타메이트, 바미카미드, 및 제니트로피움)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
마약성 진통제의 예시는 알펜타닐, 알릴프로딘, 알파프로딘, 아닐레리딘, 벤질모르핀, 베지트라미드, 부프레노르핀, 부토르파놀, 클로니타젠, 코데인, 코데인 메틸 브로마이드, 코데인 포스페이트, 코데인 설페이트, 데소모르핀, 덱스트로모라미드, 데조신, 디암프로미드, 디히드로코데인, 디히드로코데이논 에놀 아세테이트, 디히드로모르핀, 디메녹사돌, 디메펩타놀, 디메틸티암부텐, 디옥사페틸 부티레이트, 디피파논, 엡타조신, 에토헵타진, 에틸메틸티암부텐, 에틸모르핀, 에토니타젠, 펜타닐, 히드로코돈, 히드로모르폰, 히드록시페티딘, 이소메타돈, 케토베미돈, 레보르판올, 로펜타닐, 메페리딘, 멥타지놀, 메타조신, 메타돈 염산염, 메토폰, 모르핀, 미로핀, 날부핀, 나르세인, 니코모르핀, 노르레보르판올, 노르메타돈, 노르모르핀, 노르피파논, 아편, 옥시코돈, 옥시모르폰, 파파베레툼, 펜타조신, 페나독손, 페나조신, 페오페리딘, 피미노딘, 피리트라미드, 프로헵타진, 프로메돌, 프로페리딘, 프로피람, 프로폭시펜, 루미펜타닐, 수펜타닐, 및 틸리딘을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
비-마약성 진통제의 예시는 아세클로페낙, 아세트아미노펜, 아세트아미노살롤, 아세트아날리드, 아세틸살리실살리실산, 아클로페낙, 알미노프로펜, 알록시프린, 알루미늄 비스(아세틸살리실레이트), 아미노클로르데녹사진, 2-아미노-4-피콜린, 아미노프로필론, 아미노피린, 암모늄 살리실레이트, 암톨메틴 구아실, 안티피린, 안티피린 살리실레이트, 안트라페닌, 아파존, 아스피린, 베노릴레이트, 베녹사프로펜, 벤즈피페릴론, 벤지다민, 베르모프로펜, 브로페낙, p-브로모아세트아날리드, 5-브로모살리실산 아세테이트, 부세틴, 부페사막, 부마디존, 부타세틴, 칼슘 아세틸살리실레이트, 카르바마제핀, 카르비펜, 카르살람, 클로랄안티피린, 클로르테녹사진(e), 콜린살리실레이트, 신코펜, 시라마돌, 클로메타신, 크로프로파미드, 크로테타미드, 덱소사드롤, 디페나미졸, 디플루니살, 디히드록시알루미늄 아세틸살리실레이트, 디피로세틸, 디피론, 에모르파존, 엔펜남산, 에피리졸, 에테르살레이트, 에텐자미드, 에톡사젠, 에토돌락, 펠비낙, 페노프로펜, 플록타페닌, 플루페남산, 플루로레존, 플루피리틴, 플루프로콰존, 플루르비프로펜, 포스포살, 겐티신산, 글라페닌, 이부페낙, 이미다졸 살리실레이트, 인도메타신, 인도프로펜, 이소페졸락, 이소라돌, 이소니신, 케토프로펜, 케토롤락, p-락토페네티드, 레파타민, 록소프로펜, 리신 아세틸살리실레이트, 마그네슘 아세틸살리실레이트, 메토프리메프라진, 메토폴린, 미로프로펜, 모라존, 모르폴린 살리실레이트, 나프록센, 네포팜, 니페나존, 5'니트로-2'프로폭시아세트아날리드, 파르살미드, 페리속살, 페나세틴, 페나조피리딘 염산염, 페노콜, 페노피라존, 페닐 아세틸살리실레이트, 페닐 살리실레이트, 페니라미돌, 피페부존, 피페릴론, 프로딜리딘, 프로파세타몰, 프로피페나존, 프록사졸, 퀴닌 살리실레이트, 라미페나존, 리마졸리움 메틸설페이트, 살라세타미드, 살리신, 살리실아미드, 살리실아미드 o-아세트산, 살리실황산, 살살레이트, 살베린, 시메트리드, 나트륨 살리실레이트, 설파미피린, 수프로펜, 탈니플루메이트, 테노시캄, 테로페나메이트, 테트라드린, 티노리딘, 톨페남산, 톨프로닌, 트라마돌, 비미놀, 젠부신, 및 조메피락을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
국소 마취제의 예시는 아무카인, 아몰라논, 아밀로카인 염산염, 베녹시네이트, 벤조카인, 베톡시카인, 비페나민, 부피바카인, 부타카인, 부타벤, 부타닐리카인, 부테타민, 부톡시카인, 카르티카인, 클로로프로카인 염산염, 코카에틸렌, 코카인, 시클로메티카인, 디부카인 염산염, 디메티소퀸, 디메토카인, 디페라돈 염산염, 디클로닌, 엑고니딘, 엑고닌, 염화 에틸, 베타-유카인, 유프로신, 페나콜민, 포모카인, 헥실카인 염산염, 히드록시테트라카인, 이소부틸 p-아미노벤조에이트, 류시노카인 메실레이트, 레복사드롤, 리도카인, 메피바카인, 메프릴카인, 메타부톡시카인, 메틸 염산염, 미르테카인, 나에파인, 옥타카인, 오르토카인, 옥세타자인, 파레콕시카인, 페나카인 염산염, 페놀, 피페로카인, 피리도카인, 폴리도카놀, 프라목신, 피릴로카인, 프로카인, 프로파노카인, 프로파라카인, 프로피포카인, 프로폭시카인 염산염, 수도코카인, 피로카인, 로파바카인, 살리실 알코올, 테트라카인 염산염, 톨리카인, 트리메카인, 및 졸라민을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
기타 제제의 예시는 아믈레자녹스, 아미노필린, 아젤라스틴, 베클로메타손 디프로피오네이트, 크로몰린, 덱사메타손, 에페드린, 페노테롤, 플루트로피움, 히드로코르티손, 이부딜라스트, 이프라트로피움, 이소프레날린, ZAJITEN™(케토디펜), 류코트리엔 개질제 예를 들어 몬테루카스트, 자피르루카스트 및 질루톤, ZESURAN™(메퀴타진), 네도크로밀, 오르시프레날린, 옥시토미드, 옥시트로피움, 프란루카스트 수화물, 프레드니솔론, 프로카테롤, 레피리나스트, 살부타몰, 세라트로다스트, 나트륨 크로모글리케이트, 수플라타스트 토실레이트, 테르부탈린, 테르페나딘, 테오필린, 티아라미드, 트라닐라스트, 트라자녹스, 트리메토퀴놀, 및 튜보부테롤을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
비용종을 치료하는데 사용하기에 적합한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 예시는 하기를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다: 페리오스틴 길항제, PP1 길항제, MET 길항제, PIP 작용제, 및 AZGP1 작용제.
페리오스틴 길항제의 예시는 인간 페리오스틴에 대한 다클론 항체 (BioVendor Laboratory Medicine, Inc, Modrice, 체코 공화국, Cat. No.: RD-181045050) 및 항-페리오스틴 단일클론 항체 (Tai et al., Carcinogenesis, 2005, 26, 908-15 참조), 및 발사르탄을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
PP1 길항제 (예를 들어, PP1c 길항제, PPP1R9B 길항제, 및 PPP1R6 길항제)의 예시는 인간　뉴라빈 2에 대한 다클론 항체 (PPP1R9B로도 알려짐) (Abcam, Inc, Cambridge, Mass., Cat. No.: AB18561), 항-PPP1R9B 항체 (Novus Biological, Inc., Littleton, Co; Cat. No. H00084687-A01), PP1에 특이적인 억제 펩티드 (예를 들어, MEPDNSPRKIQFTVPLLEPHLDPEAAEQIRRRRPTPATLVLTSDQSSPEIDEDRIPNSLLKSTLSMSPRQRKKMTRTTPTMKELQTMVEHHLGQQKQGEEPEGATESTGNQESCPPGIPDTGSASRPDTPGTAQKSAESNPKTQEQCGVEPRTEDSSAHMLPLDSQGASLV의 아미노산 서열을 갖는 펩티드) (서열 번호 17) 및 MAASTASHRPIKGILKNKTSSTSSRVASAEQPRGSVDEELSKKSQKWDEMNILATYHPADKDYGLMKIDEPSTPYHSMIGDDDDAYSDTETTEAMTPDTLAKKLAAAEGSEPKYRIREQESSGEEDSDLSPEEREKKRQFEMKRKLHYNEGLNIKLARQLISKDLHDDEEDEEMSETADGESMNTEESNQGSTPSDQRQNKSQSS의 아미노산 서열을 갖는 펩티드 (서열 번호 18)); 및 도파민- 및 시클릭 AMP-조절 인단백질 (DARPP-32) (EMD Calbiochem, Inc., Gibbstown, N.J.; Cat. No. 251755); 단백질 포스파타제 억제제 예를 들어, 오카다산 및 칼리쿨린 A를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
MET 길항제의 예시는 인간 MET에 대한 다클론항체 (Santa Cruz Biotechnology, Inc, Santa Cruz, Calif., Cat. No.: SC-10) 및 항-MET 항체 (Sigma-Aldrich, St. Louis, Mo., Cat. No.: C7115); 티로신 키나제 억제제 예를 들어, (3Z)-N-(3-클로로페닐)-3-((3,5-디메틸-4-((4-메틸피페라진-1-일)카르보닐)-1H-피롤-2-일)메틸렌)-N-메틸-2-옥소-2,3-디히드로-1H-인돌-5-술폰아미드 (SU11274) 및 1,3-디히드로-3-((3,5-디메틸-1H-피롤-2-일)메틸렌)-2H-인돌-2-온 (SU5416)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
PIP 작용제의 예시는 PIP 단백질, 재조합 PIP 단백질 (Abnova, Taipei City, 대만, Cat. No.: H00005304-P01), 및 PIP 발현 자극제 예를 들어, 인터루킨-4 및 인터루킨-13; 및 타목시펜을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
AZGP1 작용제의 예시는 AZGP1 단백질, 재조합 AZGP1 단백질 (Abnova, Taipei City, 대만, Cat. No.: 1100000563-P01); 로시글리타존, 덱사메타손, 및 (RR+SS)-(±)-4-(2-(2-(3-클로로페닐)-2-히드록시에틸)아미노)프로필)페녹시아세테이트 (BRL 37344)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
알레르기성 비염을 치료하는데 적합한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 예시는 하기를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다: 코르티코스테로이드, H1 길항제/항알레르기성 제제, 히스타민 수용체 길항제, 화학 매개체 방출 억제제, 트롬복산 A2 수용체 길항제, 트롬복산 A2 합성 억제제, 류코트리엔 길항제, Th2 사이토카인 억제제, TNF 알파 길항제, PDE4 억제제, JAK3 억제제, 및 p38 키나제 억제제.
코르티코스테로이드의 예시는 베클로메타손 에스테르 (KONAZE™, ARUDESHIN™, RHINOCORT™, SARUKOTO™ (17-프로피오네이트 에스테르 또는 17,21-디프로피오네이트 에스테르), Furunaze™(플루티카손 프로피오네이트), 부데소니드, 플루니솔리드, 모메타손 에스테르 (예를 들어, 푸로에이트 에스테르), 트리암시놀론 아세토니드, 로플레포니드, 및 시클레소니드를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
H1 길항제/항알레르기성제 (항히스타민)의 예시는 1세대 H1 항히스타민 예를 들어, 피페록삼, 에틸렌디아민 (예를 들어, 메피라민 (피릴아민), 안타졸린), 에탄올아민 (예를 들어, 디펜히드라민, 카비녹사민, 독실아민, 클레마스틴, 및 디멘히드리네이트), 알킬아민 (예를 들어, 페니라민, 쿠로레나민 (클로르페니라민), 덱스트로스 시클로알킬 나프토일메틸나민, 브롬페니라민, 및 트리프로리딘), 피페라진 (예를 들어 시클리진, 히드록시진, 및 메클리진), 및 트리시클릭 (예를 들어, 프로메타진, 알리메마진 (트리메프라진), 사이프로헵타딘, 및 아자타딘); 2세대 항히스타민 예를 들어, 전신성 약물 (예를 들어, 아크리바스틴, 아스테미졸, 세티리진, 로라타딘, 미졸라스틴, 및 테르페나딘), 및 국소 약물 (예를 들어, 아젤라스틴, 레보카바스틴, 및 올로파타딘 (올로파티딘); 및 3세대 항히스타민 예를 들어, (레보세티리진, 데스로라타딘 (데슬로라티딘) 및 ALLEGRA®(펙소페나딘)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
히스타민 수용체 길항제의 예시는 ZAJITEN™(케토디펜), ZESURAN™(메퀴타진), ALLEGRA®(펙소페나딘), EBASUTERU™(에바스틴), TALION™(베포타스틴), ALLELOCK™(올로파타딘), 및 CLARITIN® (로라타딘)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
화학적 매개체 방출 억제제의 예시는 INTAL™ (클로모글리케이트) 및 RIZABEN™ (트라닐라스트)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
트롬복산 A2 수용체 길항제의 예시는 BRONICA™ (세라트로다스트) 및 BAINASU™ (라마트로반)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
트롬복산 A2 합성 억제제의 예시는 DOMENAN™ (오자그렐)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
류코트리엔 길항제의 예시는 SINGULAIR® 및 KIPRES™ (몬테루카스트) 및 ONON™ (프란루카스트)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
Th2 사이토카인 억제제의 예시는 IPD™ (수플라타스트)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
TNF 알파 길항제의 예시는 ENBREL® (에타너셉트), REMICADE® (인플릭시맙), 및 HUMIRA® (아달리무맙)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
PDE4 억제제의 예시는 롤리프람, 피클라밀라스트, CDP-840, 아리플로, 펜톡시필린, 덴부필린, 테오필린, 치환된 8-아릴퀴놀린 포르포디에스테라제-4 억제제 (미국 특허 번호 6,740,666 참조), 알킨-아릴포르포디에스테라제-4 억제제 (미국 특허 번호 6,743,802 참조), 1-아릴-1,8-나프티리딘-4-온 포르포디에스테라제 억제제 (미국 특허 번호 6,677,351 및 6,541,480 참조), 히드록시인돌 (미국 특허 번호 RE38,624, 6,613,794 및 6,602,890 참조), 프탈라진 유도체 (미국 특허 번호 6,589,951 참조), 트리시클릭 프탈라진 유도체 (미국 특허 번호 6,525,055 참조), 벤자진 유도체 (미국 특허 번호 6,358,973 참조), 테트라히드로푸라닐옥시 치환체가 있는 벤즈아미드 (미국 특허 번호 6,303,789 참조), 디아제피노인돌론 (미국 특허 번호 6,239,130 참조), 1-옥소-1-3-치환된 페닐-1,4-디히드로-1,8-나프티리딘-3-카르복사미드 포르포디에스테라제-4 억제제 (미국 특허 출원 공개 번호 2006/0058316 참조), N-치환된 디아릴아민 (미국 특허 출원 공개 번호 2005-0222207 참조), 알린-아릴 포르포디에스테라제-4 억제제 (미국 특허 출원 공개 번호 2005-0070569 참조), 및 나프티리딘 유도체 (미국 특허 출원 공개 번호 2004-0254212 참조)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
JAK3 억제제의 예시는 타크롤리무스, CP-690550, WHI-P131, WHIP-97, WHIP-154, AG490, PS-608504, 및 PNU156804를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 추가 예시는 2-(1H-벤지미다졸-1-일)-9-[1(R)-(3-피리딜)에틸]-8,9-디히드로-7H-푸린-8-온; 2-(1H-벤지미다졸-1-일)-9-[4-옥소-1,2,3,4-테트라히드로나프탈렌-1(R)-일]-8,9-디히드로-7H-푸린-8-온; 1-[9-[6-플루오로-3,4-디히드로-2H-1-벤조피란-4(R)-일]-8-옥소-8,9-디히드로-7H-푸린-2-일]-1H-벤지미다졸-6-카르보니트릴; 1-[9-[7-플루오로-3,4-디히드로-2H-1-벤조피란-4(R)-일]-8-옥소-8,9-디히드로-7H-푸린-2-일]-1H-벤지미다졸-6-카르보니트릴; 및 2-(1H-벤지미다졸-1-일)-9-[5,8-디플루오로-3,4-디히드로-2H-1-벤조피란-4(R)-일]-8,9-디히드로-7H-푸린-8-온)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
p38 키나제 억제제의 예시는 3(5)-헤테롤아릴 치환된 피라졸 (미국 특허 번호 5,932,425 참조)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 추가 p38 키나제 억제제는 1-(5-tert-부틸-2-p-톨릴-2H-피라졸-3-일)-3-[4-(2-모르폴린-4-일-에톡시)나프타렌-1-일]우레아 (BIRB 796); SB202190; SB203580; VX-745; 및 VX-702를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
AERD를 치료하는데 사용하기에 적합한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 예시는 하기를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다: 고용량 아스피린 요법, P2Y12 억제제, 류코트리엔 수용체 길항제, 트롬복산 수용체 길항제, 및 5-리폭시게나제 억제제.
P2Y12 억제제의 예시는 PLAVIX™ (클로피도그렐), 칸그레롤, 티가그레롤, TICLID™ (티클로피딘), EFFIENT™ (프라수그렐), 및 엘리노그렐 (PRT060128 및 PRT128)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
류코트리엔 수용체 길항제의 예시는 SINGULAIR™ (몬테루카스트) 및 ACCOLATE™ (자필루카스트)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
트롬복산 수용체 길항제의 예시는 HEPATOREN™ (이레트로반), SERATRODAST™ (AA-2414), S18886 (테루트로반), PTA2, 13-APA, GR-32191, BM-13177 (술로트로반), SQ-29,548, SQ-28,668, ONO-3708, Bay U3405, EP-045, BMS-180,291, S-145, I-BOP ([1S-[1알파,2알파(Z),3베타(1E,3S*),4알파]]-7-[3-[3-히드록시-4-(4-이오도페녹시)-1-부테닐]-7-옥사바이-시클로[2.2.1]헵트-2-일]5-헵텐산), U46619 (9,11-디데옥시-9알파11알파-메타노에폭시-프로스타-5Z,13E-디에-1-온산), PBT-3 [10(S)-히드록시-11,12-시클로프로필-에이코사-5Z,8Z,14Z-트리엔산 메틸 에스테르],헤폭실린 시클로프로판, BM-531 (N-tert-부틸-N'-[(2-시클로헥실아미노-5-니트로벤젠)술포닐]우레아), EV-077, L0655, 및 ICI 192,605를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
5-리폭시게나제 억제제의 예시는 ASTELIN™ 및 ASTELPRO™ (아젤라스틴), 디에틸카르바마진, 노르디히드로구아이아레트산, 및 ZYFLO™ (질루톤)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 구현예에서, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 투여량은 ALOX15 기준인 환자 또는 인간 대상체 (표준 투여량을 받을 수 있는 사람)에 비해 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 환자 또는 인간 대상체에 대해 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 또는 약 90% 감소될 (즉, 표준 투여량보다 낮을) 수 있다. 일부 구현예에서, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 투여량은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 또는 약 50% 감소될 수 있다. 게다가, ALOX15 기준인 환자 또는 인간 대상체에 비해 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 환자 또는 인간 대상체에서 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제의 투여량은 덜 빈번하게 투여될 수 있다.
호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 ALOX15 억제제의 투여는 예를 들어, 1일, 2일, 3일, 5일, 1주, 2주, 3주, 1개월, 5주, 6주, 7주, 8주, 2개월, 또는 3개월 후 반복될 수 있다. 반복 투여는 동일한 용량 또는 상이한 용량일 수 있다. 투여는 1회, 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 10회 또는 그 이상 반복될 수 있다. 예를 들어, 특정 투여 요법에 따른 환자는 예를 들어, 6개월, 1년, 또는 이상과 같은 연장된 기간 동안 치료법을 받을 수 있다.
호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 ALOX15 억제제의 투여는 비경구, 정맥 내, 경구, 피하, 동맥 내, 두개 내, 경막 내, 복강 내, 국소, 비강 내, 또는 근육 내를 포함하지만, 이에 한정되지 않는 임의의 적합한 경로로 발생할 수 있다. 투여용 약학 조성물은 바람직하게는 무균이고 실질적으로 등장성이며 GMP 조건하에서 제조된다. 약학 조성물은 단위 투여 형태 (즉, 단일 투여를 위한 투여량)으로 제공될 수 있다. 약학 조성물은 하나 이상의 생리학적 및 약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제를 사용하여 제형화될 수 있다. 제형은 선택한 투여 경로에 따라 다르다. 용어 "약학적으로 허용 가능한"은 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제가 제형의 다른 성분과 호환성이고 이의 수용자에게 실질적으로 해롭지 않음을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "치료하다", "치료하는" 및 "치료" 및 "예방하다", "예방하는" 및 "예방"은 각각, 치료 및 예방 효과와 같은 원하는 생물학적 반응을 유도하는 것을 지칭한다. 일부 구현예에서, 치료 효과는 제제 또는 제제를 포함하는 조성물의 투여 후 호흡기 장애의 하락/감소, 호흡기 장애의 심각도의 하락/감소 (예를 들어, 호흡기 장애의 발달의 감소 또는 억제), 증상 및 호흡기 장애 관련 효과의 하락/감소, 증상 및 호흡기 장애 관련 효과의 발생 지연, 호흡기 장애 관련 효과의 증상의 심각도의 감소, 급성 에피소드의 심각도 감소, 증상 및 호흡기 장애 관련 효과의 수 감소, 증상 및 호흡기 장애 관련 효과의 잠복기 감소, 증상 및 호흡기 장애 관련 효과의 개선, 이차 증상 감소, 이차 감염 감소, 호흡기 장애 재발 예방, 재발 에피소드의 수 또는 빈도 하락, 증상이 있는 에피소드 사이의 잠복기 증가, 지속적인 진행에 대한 시간 증가, 관해 촉진, 관해 유도, 관해 증대, 회복 가속화, 또는 대체 치료제의 효능 증가 또는 내성 하락, 및/또는 영향을 받은 숙주 동물의 증가된 생존 시간 중 하나 이상을 포함한다. 예방 효과는 치료 프로토콜의 투여 후, 완전 또는 부분적 회피/억제 또는 호흡기 장애 발달/진행의 지연 (예를 들어, 완전 또는 부분적 회피/억제 또는 지연), 영향을 받은 숙주 동물의 증가된 생존 시간을 포함할 수 있다. 호흡기 장애의 치료는 임의의 임상 단계 또는 발현에서 임의의 형태의 호흡기 장애를 갖는 것으로 이미 진단받은 환자의 치료, 호흡기 장애의 증상 또는 징후의 발병 또는 발전 또는 가중 또는 악화의 지연, 및/또는 호흡기 장애의 심각도를 예방하고/거나 감소시키는 것을 포함한다.
본 개시내용은 또한 호흡기 장애 발달 위험이 증가된 인간 대상체를 식별하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자 (예를 들어 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자)의 존재 또는 부재를 결정하거나 결정하는 것을 포함한다. 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자가 결여되면 (즉, 인간 대상체는 ALOX15 기준으로서 유전자형으로 분류됨), 인간 대상체는 호흡기 장애 발달 위험이 증가한다. 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 가지면 (즉, 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이거나 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합성임), 인간 대상체는 호흡기 장애 발달 위험이 감소한다.
단일 카피의 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 것은 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 카피를 갖지 않는 것에 비해 호흡기 장애 발달로부터 인간 대상체를 더 보호한다. 특정 이론 또는 작용 메커니즘으로 제한하려는 의도 없이, 단일 카피의 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자 (즉, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성)는 호흡기 장애 발달로부터 인간 대상체를 보호하는 것으로 생각되고, 또한 두 카피의 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 것 (즉, ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합성)은 단일 카피를 갖는 인간 대상체에 비해 호흡기 장애 발달로부터 인간 대상체를 더 보호할 수 있는 것으로 생각된다. 따라서, 일부 구현예에서, 단일 카피의 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 완전히 보호할 수 없지만, 대신에, 호흡기 장애 발달로부터 인간 대상체를 부분적으로 또는 불완전하게 보호할 수 있다. 특정 이론에　얽매이고 싶지는 않지만, 단일 카피의 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 인간 대상체에 여전히 존재하는 호흡기 장애의 발달에 연관된 추가 인자 또는 분자가 있을 수 있고, 따라서 호흡기 장애의 발달로부터 완전한 보호 수준에 미치지 않는다.
인간 대상체가 환자로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는지를 결정하는 것 및/또는 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는지를 결정하는 것은 본원에 기술된 방법 중 하나에 의해 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 시험관 내에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 이들 구현예 중 하나에서, 핵산 분자는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 구현예에서, 인간 대상체가 호흡기 장애 발달 위험이 증가한 것으로 확인되는 경우, 인간 대상체는 본원에 기술된 바와 같이, 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 ALOX15 억제제로 추가로 치료된다. 예를 들어, 인간 대상체가 ALOX15 기준이므로, 호흡기 장애 발달 위험이 증가하는 경우, 인간 대상체는 ALOX15 억제제가 투여된다. 일부 구현예에서, 이러한 환자는 또한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제가 투여된다. 일부 구현예에서, 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 환자는 표준 투여량과 동일하거나 낮은 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제가 투여되고, 또한 ALOX15 억제제가 투여된다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 기준이다. 일부 구현예에서, 환자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이다.
본 개시내용은 또한 인간 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 게놈 핵산 분자, 및/또는 인간 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 mRNA 분자, 및/또는 인간 대상체로부터의 생물학적 샘플의 mRNA 분자로부터 생산된 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 cDNA 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다. 집단 내의 유전자 서열 및 이러한 유전자에 의해 암호화되는 mRNA 분자는 단일 뉴클레오티드 다형성과 같은 다형성으로 인해 달라질 수 있음이 이해된다. ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, ALOX15 변이체 mRNA 분자, 및 ALOX15 변이체 cDNA 분자에 대해 본원에서 제공되는 서열은 단지 예시적인 서열이다. ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, 변이체 mRNA 분자, 및 변이체 cDNA 분자에 대한 다른 서열이 또한 가능하다.
생물학적 샘플은 대상체의 모든 세포, 조직 또는 생물학적 유체에서 유래될 수 있다. 샘플은 골수 샘플, 종양 생검, 미세 바늘 흡인물과 같은 임상적으로 관련된 조직, 또는 혈액, 치은 크레비스 유체, 혈장, 혈청, 림프, 복수액, 낭포액, 또는 소변과 같은 체액 샘플을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 샘플은 협측 면봉을 포함한다. 본원에 개시된 방법에 사용되는 샘플은 분석 형식, 검출 방법의 특성 및 샘플로 사용되는 조직, 세포 또는 추출물에 따라 달라질 것이다. 생물학적 샘플은 사용되는 분석에 따라 다르게 처리될 수 있다. 예를 들어, 임의의 ALOX15 변이체 핵산 분자를 검출할 때, 게놈 DNA에 대한 샘플을 단리하거나 농축하도록 설계된 예비 처리를 사용할 수 있다. 이를 위해 다양한 기술이 사용될 수 있다. 임의의 ALOX15 변이체 mRNA의 수준을 검출할 때, 상이한 기술이 mRNA로 생물학적 샘플을 농축하는데 사용될 수 있다. mRNA의 존재 또는 수준 또는 특정 변이체 게놈 DNA 유전자좌의 존재를 검출하기 위한 다양한 방법이 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 인간 대상체에서 인간 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 검출하는 것은 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자, 및/또는 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자, 및/또는 생물학적 샘플에서 mRNA 분자로부터 생성된 ALOX15 cDNA 분자가 기능 상실 (부분 또는 완전)을 유발하거나 기능 상실 (부분 또는 완전)을 유발하는 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함하는지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하거나 유전형 분석하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 인간 대상체에서 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자 (예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 mRNA 분자로부터 생산된 cDNA 분자)의 존재 또는 부재를 검출하는 방법은 인간 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에 대한 분석을 수행하는 것을 포함한다. 분석은 생물학적 샘플의 핵산 분자가 특정 뉴클레오티드 서열을 포함하는지 여부를 결정한다.
일부 구현예에서, 뉴클레오티드 서열은 하기를 포함한다: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민 (게놈 핵산 분자의 경우); 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실 (mRNA 분자의 경우); 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민 (mRNA 분자로부터 얻은 cDNA 분자의 경우). 일부 구현예에서, 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함한다. 일부 구현예에서, 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함한다.
일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 세포 또는 세포 용해물을 포함한다. 이러한 방법은 예를 들어, ALOX15 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자를 포함하는 대상체로부터 생물학적 샘플을 얻는 것, 그리고 mRNA인 경우, 선택적으로 mRNA를 cDNA로 역전사하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 이러한 분석은 예를 들어 특정 ALOX15 핵산 분자의 이들 위치의 동일성을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은 시험관 내 방법이다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자, ALOX15 mRNA 분자, 또는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 여기서 서열 분석된 일부는 기능 손실 (부분 또는 완전)을 유발하거나 기능 손실 (부분 또는 완전)을 유발할 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고: 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고/거나; 생물학적 샘플에서 mRNA로부터 생성된 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함한다. 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함한다. 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함한다. 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 여기서 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함한다. 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 생물학적 샘플을 하기의 ALOX15의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 게놈 핵산 분자; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 mRNA 분자; 및/또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 cDNA 분자; b) 적어도 하기의 ALOX15의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 게놈 핵산 분자; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 mRNA 분자; 및/또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 cDNA 분자; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 하기를 포함하는 여부를 결정하는 단계: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실; 및/또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지 여부를 결정하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는지 연부를 결정하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
일부 구현예에서, 검정은 전체 핵산 분자를 서열 분석하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ALOX15 게놈 핵산 분자만 분석된다. 일부 구현예에서, ALOX15 mRNA만 분석된다. 일부 구현예에서, ALOX15 mRNA로부터 얻은 ALOX15 cDNA만 분석된다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 여기서 증폭된 부분은 하기를 포함하고: i) 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; ii) 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체; 및/또는 iii) 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 하기를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 대해 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고: i) 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; ii) 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체; 및/또는 iii) 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 증폭된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 여기서 증폭된 부분은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 여기서 증폭된 부분은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 핵산 분자는 mRNA이고 결정 단계는 증폭 단계 전 mRNA를 cDNA로 역전사하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 하기를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체; 및/또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 결정 단계, 검출 단계, 또는 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함한다: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계, 여기서 변형 특이적 프로브는 엄격한 조건하에 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 대해 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
변형 특이적 중합효소 연쇄 반응 기술은 핵산 서열에서 SNP와 같은 돌연변이를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 주형과의 불일치가 존재할 때 DNA 중합효소가 연장하지 않을 수 있기 때문에 변형 특이적 프라이머가 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 샘플에서 핵산 분자는 mRNA이고 mRNA는 증폭 단계 전 cDNA로 역전사된다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재한다.
일부 구현예에서, 검정은 생물학적 샘플을 엄격한 조건하에 ALOX15 변이체 게놈 서열, 변이체 mRNA 서열, 또는 변이체 cDNA 서열에 특이적으로 혼성화하고 해당하는 ALOX15 기준 서열에는 혼성화하지 않는, 프라이머 또는 프로브, 예를 들어 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 것, 및 혼성화 발생 여부를 결정하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 검정은 RNA 서열 분석 (RNA-Seq)을 포함한다. 일부 구현예에서, 검정은 또한, 예를 들어 역전사효소 중합효소 연쇄 반응 (RT-PCR)에 의해, mRNA를 cDNA로 역전사하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 표적 뉴클레오티드 서열에 결합하고 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, 변이체 mRNA 분자, 또는 변이체 cDNA 분자를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 검출하고/거나 식별하기에 충분한 뉴클레오티드 길이의 프로브 및 프라이머를 활용한다. 혼성화 조건 또는 반응 조건은 이러한 결과를 얻기 위해 조작자에 의해 결정될 수 있다. 뉴클레오티드 길이는 본원에 기술되거나 예시된 임의의 분석을 포함하는, 선택된 검출 방법에 사용하기에 충분한 임의의 길이일 수 있다. 이러한 프로브 및 프라이머는 매우 엄격한 혼성화 조건하에서 표적 뉴클레오티드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있다. 표적 뉴클레오티드 서열과 다르고 표적 뉴클레오티드 서열을 특이적으로 검출하고/거나 식별하는 능력을 보유하는 프로브가 기존 방법으로 설계될 수 있지만, 프로브 및 프라이머는 표적 뉴클레오티드 서열 내에서 연속 뉴클레오티드의 완전 뉴클레오티드 서열 동일성을 가질 수 있다. 프로브 및 프라이머는 표적 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열과의 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 100%의 서열 동일성 또는 상보성을 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 생물학적 샘플 내 ALOX15 핵산 분자 (게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자), 또는 이의 보체가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민 (게놈 핵산 분자), 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실 (mRNA 분자), 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민 (cDNA 분자)을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는지를 결정하기 위해, 생물학적 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 암호화하는 위치에서 SNP의 존재를 표시하는 앰플리콘을 생성하는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민에 인접한 5' 측면 서열로부터 유래된 제1 프라이머, 및 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민에 인접한 3' 측면 서열로부터 유래된 제2 프라이머를 포함하는 프라이머 쌍을 사용하는 증폭 방법을 적용할 수 있다. 일부 구현예에서 앰플리콘은 프라이머 쌍 더하기 하나의 뉴클레오티드 염기 쌍의 조합된 길이 내지 DNA 증폭 프로토콜에 의해 생산 가능한 임의의 길이의 앰플리콘 길이 범위일 수 있다. 이러한 거리는 하나의 뉴클레오티드 염기 쌍에서 증폭 반응의 한계까지, 또는 약 2만 개 뉴클레오티드 염기 쌍 범위일 수 있다. 선택적으로, 프라이머 쌍은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 위치를 포함하는 영역, 및 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 위치의 각 측면 상에 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 그 이상의 뉴클레오티드 측면에 있다.
유사한 앰플리콘이 mRNA 및/또는 cDNA 서열로부터 생성될 수 있다. PCR 프라이머 쌍은, 예를 들어, Vector NTI 버전 10 (Informax Inc., Bethesda Md.); PrimerSelect (DNASTAR Inc., Madison, Wis.); 및 Primer3 (Version 0.4.0.COPYRGT., 1991, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, Mass.)의 PCR 프라이머 분석 도구와 같은, 목적을 위해 의도된 컴퓨터 프로그램을 사용하여, 알려진 서열로부터 유래될 수 있다. 또한, 서열을 시각적으로 스캔하고 알려진 지침을 사용하여 프라이머를 수동으로 식별할 수 있다.
핵산 서열 분석 기술의 예시적인 예는 사슬 종결자 (Sanger) 서열 분석 및 염료 종결자 서열 분석을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 다른 방법은 정제된 DNA, 증폭된 DNA, 및 고정된 세포 제제 (형광 제자리에서 혼성화 (FISH))에 대한 표지된 프라이머 또는 프로브를 사용하는 것을 포함하는, 서열 분석 이외의 핵산 혼성화 방법을 포함한다. 일부 방법에서, 표적 핵산 분자는 검출 전에 또는 검출과 동시에 증폭될 수 있다. 핵산 증폭 기술의 예시적인 예는 중합효소 연쇄 반응 (PCR), 리가아제 연쇄 반응 (LCR), 가닥 치환 증폭 (SDA), 및 핵산 서열 기반 증폭 (NASBA)을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 다른 방법은 리가아제 연쇄 반응, 가닥 치환 증폭, 및 고온성 SDA (tSDA)를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
혼성화 기술에서, 프로브 또는 프라이머가 그 표적에 특이적으로 혼성화하도록 엄격한 조건을 사용할 수 있다. 일부 구현예에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 비-표적 서열보다 예를 들어, 배경에 대해 10배 초과를 포함하여, 배경에 적어도 2배, 적어도 3배, 적어도 4배, 또는 그 이상 검출 가능하게 더 큰 정도로 그의 표적 서열에 혼성화할 것이다. 일부 구현예에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 뉴클레오티드 서열보다 적어도 2배 검출 가능하게 더 큰 정도로 그 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 구현예에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 뉴클레오티드 서열보다 적어도 3배 검출 가능하게 더 큰 정도로 그 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 구현예에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 뉴클레오티드 서열보다 적어도 4배 검출 가능하게 더 큰 정도로 그 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 구현예에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 뉴클레오티드 서열보다 배경에 대해 10배 초과로 검출 가능하게 더 큰 정도로 그 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 엄격한 조건은 서열-의존적이며 상이한 환경에 따라 다를 것이다.
DNA 혼성화를 촉진하는 적절한 엄격한 조건, 예를 들어, 약 45℃에서 6X 염화 나트륨/시트르산 나트륨 (SSC)에 이어, 50℃에서 2X SSC 세척이 알려져 있거나 Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6에서 찾을 수 있다. 일반적으로, 혼성화 및 검출을 위한 엄격한 조건은 염 농도가 pH 7.0 내지 8.3에서 약 1.5 M 미만 Na+ 이온, 일반적으로 약 0.01 내지 1.0 M Na+ 이온 농도 (또는 다른 염)이고 온도는 짧은 프로브 (예를 들어, 10 내지 50개 뉴클레오티드)에 대해 적어도 약 30℃ 및 긴 프로브 (예를 들어, 50개 초과 뉴클레오티드)에 대해 적어도 약 60℃일 것이다. 엄격한 조건은 또한 포름아미드와 같은 불안정화제를 첨가하여 달성할 수 있다. 선택적으로, 세척 완충액은 약 0.1% 내지 약 1% SDS를 포함할 것이다. 혼성화 지속 시간은 일반적으로 약 24시간 미만, 일반적으로 약 4 내지 약 12시간이다. 세척 지속 시간은 평형에 도달하기에 적어도 충분한 시간일 것이다.
본 개시내용은 또한 대상체에서 ALOX15 폴리펩티드가 기능 손실 (부분 또는 완전) 또는 예측된 기능 손실 (부분 또는 완전)을 갖는 폴리펩티드를 유발하는 하나 이상의 변이를 함유하는지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플에 분석을 수행하는 것을 포함하는 인간 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드의 존재를 검출하는 방법을 제공한다. ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드는 본원에 기술된 ALOX15 변이체 폴리펩티드 중 하나일 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs의 존재를 검출한다. 일부 구현예에서, 방법은 ALOX15 Thr560Met의 존재를 검출한다.
일부 구현예에서, 방법은 샘플에서 ALOX15 폴리펩티드가 서열 번호 8에 따른 위치 560에 해당하는 위치에서 메티오닌을 포함하는지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플에 대한 분석을 수행하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 검출 단계는 서열 번호 8 또는 서열 번호 7에 따른 위치 560에 해당하는 위치를 포함하는 폴리펩티드의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 검출 단계는 서열 번호 8 또는 서열 번호 7에 따른 위치 560에 해당하는 위치를 포함하는 폴리펩티드의 존재를 검출하기 위한 면역분석을 포함한다.
일부 구현예에서, 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 갖지 않으면, 인간 대상체는 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD 발달 위험이 증가한다. 일부 구현예에서, 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 폴리펩티드를 가지면, 인간 대상체는 호흡기 장애, 예를 들어 비용종, 알레르기성 비염, 천식, 및/또는 AERD, 및/또는 아토피 발달 위험이 감소한다.
본 개시내용은 또한 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, ALOX15 변이체 mRNA 분자, 및/또는 ALOX15 변이체 cDNA 분자 (예를 들어 본원에 개시된 임의의 게놈 변이체 핵산 분자, mRNA 변이체 분자, 및 cDNA 변이체 분자)에 혼성화하는 단리된 핵산 분자를 제공한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917, 서열 번호 4에 따른 위치 1,693, 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치를 포함하는 ALOX15 핵산 분자의 일부에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5, 적어도 약 8, 적어도 약 10, 적어도 약 11, 적어도 약 12, 적어도 약 13, 적어도 약 14, 적어도 약 15, 적어도 약 16, 적어도 약 17, 적어도 약 18, 적어도 약 19, 적어도 약 20, 적어도 약 21, 적어도 약 22, 적어도 약 23, 적어도 약 24, 적어도 약 25, 적어도 약 30, 적어도 약 35, 적어도 약 40, 적어도 약 45, 적어도 약 50, 적어도 약 55, 적어도 약 60, 적어도 약 65, 적어도 약 70, 적어도 약 75, 적어도 약 80, 적어도 약 85, 적어도 약 90, 적어도 약 95, 적어도 약 100, 적어도 약 200, 적어도 약 300, 적어도 약 400, 적어도 약 500, 적어도 약 600, 적어도 약 700, 적어도 약 800, 적어도 약 900, 적어도 약 1000, 적어도 약 2000, 적어도 약 3000, 적어도 약 4000, 또는 적어도 약 5000개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5, 적어도 약 8, 적어도 약 10, 적어도 약 11, 적어도 약 12, 적어도 약 13, 적어도 약 14, 적어도 약 15, 적어도 약 16, 적어도 약 17, 적어도 약 18, 적어도 약 19, 적어도 약 20, 적어도 약 21, 적어도 약 22, 적어도 약 23, 적어도 약 24, 또는 적어도 약 25개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 18개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자 약 10 내지 약 35개, 약 10 내지 약 30개, 약 10 내지 약 25개, 약 12 내지 약 30개, 약 12 내지 약 28개, 약 12 내지 약 24개, 약 15 내지 약 30개, 약 15 내지 약 25개, 약 18 내지 약 30개, 약 18 내지 약 25개, 약 18 내지 약 24개, 또는 약 18 내지 약 22개 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 약 18 내지 약 30개 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개 뉴클레오티드 내지 적어도 약 35개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 엄격한 조건하에 ALOX15 변이체 핵산 분자 (예를 들어 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자)에 혼성화한다. 이러한 핵산 분자는 예를 들어, 본원에서 기술되거나 예시된 바와 같이 프로브, 프라이머, 변형 특이적 프로브, 또는 변형 특이적 프라이머로서 사용될 수 있고 프라이머, 프로브, 안티센스 RNA, shRNA, 및 siRNA를 제한 없이 포함하고, 이들 각각은 본원의 다른 곳에서 더 상세하게 기술되고, 본원에 기술된 임의의 방법에서 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, ALOX15 변이체 mRNA 분자, 및/또는 ALOX15 변이체 cDNA 분자에 대해 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 100% 동일한 핵산 분자의 적어도 약 15개 인접 뉴클레오티드에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 100개 뉴클레오티드, 또는 약 15 내지 약 35개 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 100개 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 35개 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 단리된 변형 특이적 프로브 또는 변형 특이적 프라이머는 적어도 약 15개 뉴클레오티드를 포함하고, 여기서 변형 특이적 프로브 또는 변형 특이적 프라이머는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열의 일부에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 여기서 일부는 다음에 해당하는 위치를 포함한다: 서열 번호 2에 따른 위치 9,917, 또는 이의 보체; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693, 또는 이의 보체; 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693, 또는 이의 보체. 일부 구현예에서, 변형 특이적 프로브 또는 변형 특이적 프라이머는 다음에 해당하는 위치를 포함하는 뉴클레오티드 서열의 일부에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다: 서열 번호 2에 따른 위치 9,916 내지 9,918, 또는 이의 보체; 서열 번호 4에 따른 위치 1,692 내지 1,694, 또는 이의 보체; 및/또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,692 내지 1,694, 또는 이의 보체.
일부 구현예에서, 변형 특이적 프로브 및 변형 특이적 프라이머는 DNA를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형 특이적 프로브 및 변형 특이적 프라이머는 RNA를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 프로브 및 프라이머 (변형 특이적 프로브 및 변형 특이적 프라이머를 포함)는 임의의 본원에 개시된 핵산 분자, 또는 이의 보체에 특이적으로 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 프로브 및 프라이머는 엄격한 조건하에 임의의 본원에 개시된 핵산 분자에 특이적으로 혼성화한다.
일부 구현예에서, 변형 특이적 프라이머를 포함하는, 프라이머는 2세대 서열 분석 또는 고속 처리 서열 분석에 사용될 수 있다. 일부 경우에, 변형 특이적 프라이머를 포함하는, 프라이머는 변형될 수 있다. 특히, 프라이머는 예를 들어, 대규모 병렬 시그니처 서열 분석 (MPSS), 폴로니 서열 분석, 및 454 파이로서열 분석의 상이한 단계에서 사용되는 다양한 변형을 포함할 수 있다. 변형된 프라이머는 클로닝 단계에서 비오틴화 프라이머 및 비드 로딩 단계 및 검출 단계에서 사용되는 형광 표지된 프라이머를 비롯하여, 공정의 여러 단계에서 사용될 수 있다. 폴로니 서열 분석은 일반적으로 DNA 주형의 각 분자가 약 135 bp 길이인 쌍 끝 태그 라이브러리를 사용하여 수행된다. 비오틴화 프라이머는 비드 로딩 단계 및 에멀전 PCR에서 사용된다. 형광 표지된 퇴화 노나머 올리고뉴클레오티드 검출 단계에서 사용된다. 어댑터는 DNA 라이브러리를 스트렙타비딘 코팅 비드에 고정하기 위해 5'-비오틴 태그를 함유할 수 있다.
본원에 기술된 프로브 및 프라이머는 본원에 개시된 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, ALOX15 변이체 mRNA 분자, 및/또는 ALOX15 변이체 cDNA 분자 중 하나 내의 뉴클레오티드 변이를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 본원에 기술된 프라이머는 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자, ALOX15 변이체 mRNA 분자, 또는 ALOX15 변이체 cDNA 분자, 또는 이의 단편을 증폭하기 위해 사용될 수 있다.
본 개시내용은 또한 상기 기술된 임의의 프라이머를 포함하는 프라이머 쌍을 제공한다. 예를 들어, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 특정 ALOX15 핵산 분자에서 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 (티민보다) 시토신에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 기준 게놈 핵산 분자의 존재를 나타낼 것이다. 반대로, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 특정 ALOX15 핵산 분자에서 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 (시토신보다) 티민에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자의 존재를 나타낼 것이다. 일부 구현예에서, 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민에 상보적인 프라이머의 뉴클레오티드는 프라이머의 3' 말단에 있을 수 있다. 게다가, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 특정 ALOX15 핵산 분자에서 서열 번호 3에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 (우라실보다) 시토신에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 기준 mRNA 분자의 존재를 나타낼 것이다. 반대로, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 서열 번호 4에 따른 특정 ALOX15 mRNA 분자에서 위치 1,693에 해당하는 위치에서 (시토신보다) 우라실에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 변이체 mRNA 분자의 존재를 나타낼 것이다. 일부 구현예에서, 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실에 상보적인 프라이머의 뉴클레오티드는 프라이머의 3' 말단에 있을 수 있다. 게다가, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 특정 ALOX15 핵산 분자에서 서열 번호 5에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 (티민보다) 시토신에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 기준 cDNA 분자의 존재를 나타낼 것이다. 반대로, 프라이머' 3'-말단 중 하나가 특정 ALOX15 cDNA 분자에서 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 (시토신보다) 티민에 혼성화하면, 증폭된 단편의 존재는 ALOX15 변이체 cDNA 분자의 존재를 나타낼 것이다. 일부 구현예에서, 서열 번호 6 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민에 상보적인 프라이머의 뉴클레오티드는 프라이머의 3' 말단에 있을 수 있다.
본 개시내용의 맥락에서 "특이적으로 혼성화한다"는 프로브 또는 프라이머 (예를 들어, 변형 특이적 프로브 또는 변형 특이적 프라이머)는 ALOX15 기준 게놈 핵산 분자, ALOX15 기준 mRNA 분자, 및/또는 ALOX15 기준 cDNA 분자를 암호화하는 핵산 서열에 혼성화 하지 않음을 의미한다.
일부 구현예에서, 프로브 (예를 들어, 변형 특이적 프로브)는 표지를 포함한다. 일부 구현예에서, 표지는 형광 표지, 방사성 표지 또는 비오틴이다.
본 개시내용은 또한 본원에 개시된 프로브 중 하나 이상이 부착된 기질을 포함하는 지지체를 제공한다. 고체 지지체는 분자, 예를 들어 본원에 개시된 프로브 중 하나가 결합될 수 있는 고체 상태 기질 또는 지지체이다. 고체 지지체의 형태는 어레이이다. 또 다른 형태의 고체 지지체는 어레이 검출기이다. 어레이 검출기는 여러 개의 다른 프로브가 어레이, 그리드 또는 다른 조직화된 패턴으로 결합된 고체 지지대이다. 고체 상태 기질의 형태는 표준 96 웰 유형과 같은 미세역가 접시이다. 일부 구현예에서, 일반적으로 웰당 하나의 어레이를 함유하는 멀티웰 유리 슬라이드가 사용될 수 있다.
본 개시내용은 또한 본원에 기술된 임의의 ALOX15 핵산 분자 (게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자), 또는 이의 보체, 및 본원에 기술된 임의의 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어진 분자 복합체를 제공한다. 일부 구현예에서, 분자 복합체에서 ALOX15 핵산 분자 (게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자), 또는 이의 보체는 단일 가닥이다. 일부 구현예에서, ALOX15 핵산 분자는 본원에 기술된 임의의 게놈 핵산 분자이다. 일부 구현예에서, ALOX15 핵산 분자는 본원에 기술된 임의의 mRNA 분자이다. 일부 구현예에서, ALOX15 핵산 분자는 본원에 기술된 임의의 cDNA 분자이다. 일부 구현예에서, 분자 복합체는 본원에 기술된 임의의 ALOX15 핵산 분자 (게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자), 또는 이의 보체, 및 본원에 기술된 임의의 변형 특이적 프라이머를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 분자 복합체는 본원에 기술된 임의의 ALOX15 핵산 분자 (게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자), 또는 이의 보체, 및 본원에 기술된 임의의 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 게놈 핵산 분자에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어지고, 여기서 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체에 혼성화된다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 2에 따른 위치 9,916 내지 9,918에 해당하는 위치에서 ATG 코돈에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 2를 포함하는 게놈 핵산 분자를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 mRNA 분자에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어지고, 여기서 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체에 혼성화된다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 4에 따른 위치 1,692 내지 1,694에 해당하는 위치에서 AUG 코돈에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 4를 포함하는 mRNA 분자를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 cDNA 분자에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어지고, 여기서 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체에 혼성화된다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 6에 따른 위치 1,692 내지 1,694에 해당하는 위치에서 ATG 코돈에 혼성화된 변형 특이적 프라이머 또는 변형 특이적 프로브를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 서열 번호 6을 포함하는 cDNA 분자를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 분자 복합체는 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브 또는 변형 특이적 프라이머를 포함한다. 일부 구현예에서, 표지는 형광 표지, 방사성 표지 또는 비오틴이다. 일부 구현예에서, 분자 복합체는 비-인간 중합효소를 추가로 포함한다.
ALOX15 기준 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 1에 제시되어 있다. 서열 번호 1을 참조하면, 위치 9,917은 시토신이다.
ALOX15의 변이체 게놈 핵산 분자가 존재하고, 여기서 위치 9,917의 시토신이 티민으로 대체된다. 이 ALOX15 변이체 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 제시되어 있다.
ALOX15 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 3에 제시되어 있다. 서열 번호 3을 참조하면, 위치 1,693은 시토신이다.
ALOX15의 변이체 mRNA 분자가 존재하고, 여기서 위치 1,693의 시토신이 우라실로 대체된다. 이 ALOX15 변이체 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 제시되어 있다.
ALOX15 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 5에 제시되어 있다. 서열 번호 5를 참조하면, 위치 1,693 은 시토신이다.
ALOX15의 변이체 cDNA 분자가 존재하고, 여기서 위치 1,693의 시토신이 티민으로 대체된다. 이 ALOX15 변이체 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 제시되어 있다.
또한, 개시된 핵산 분자와 상호작용할 수 있는 기능적 폴리뉴클레오티드가 본원에 제공된다. 기능적 폴리뉴클레오티드의 예시는 안티센스 분자, 압타머, 리보자임, 삼중체 형성 분자, 및 외부 가이드 서열을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 기능적 폴리뉴클레오티드는 표적 분자가 보유하는 특정 활성의　효과기, 억제제, 조절제　및 자극제로 작용할 수 있거나, 기능적 폴리뉴클레오티드는 임의의 다른 분자와 관계없는 새로운 활성을 보유할 수 있다.
본원에 개시된 단리된 핵산 분자는 RNA, DNA, 또는 RNA 및 DNA 둘 다를 포함할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 예를 들어 벡터, 또는 이종성 표지에서 이종성 핵산 서열에 연결되거나 융합될 수 있다. 예를 들어, 본원에 개시된 단리된 핵산 분자는 벡터 내에 또는 단리된 핵산 분자 및 이종성 핵산 서열을 포함하는 외인성 공여자 서열로서 존재할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 이종성 표지에 연결되거나 융합될 수 있다. 표지는 직접 검출 가능하거나 (예를 들어, 형광단) 간접 검출 가능하다 (예를 들어, 합텐　, 효소, 또는 형광단 소광제). 이러한 표지는 분광학, 광화학, 생화학, 면역화학 또는 화학적 수단으로 검출 가능할 수 있다. 이러한 표지는 예를 들어, 방사성표지, 안료, 염료, 발색체, 스핀 표지, 및 형광 표지를 포함한다. 표지는 또한 예를 들어, 화학 발광 물질; 금속 함유 물질; 또는 신호의 효소 의존 2차 생성이 발생하는 효소일 수 있다. 용어 "표지"는 또한 접합된 분자에 선택적으로 결합할 수　있는 "태그" 또는 합텐으로 지칭될 수 있어 접합된 분자가 기질과 함께 후속적으로 첨가될 때 검출 가능한 신호를 생성하는데 사용된다. 예를 들어, 비오틴은 태그에 결합하기 위해 호스래디쉬 과산화물 (HRP)의 아비딘 또는 스트렙타비딘 접합체와 함께 태그로서 사용되고, HRP의 존재를 검출하기 위해 열량계 기질 (예를 들어, 테트라메틸벤지딘 (TMB)) 또는 형광성 기질을 사용하여 검사할 수 있다. 정제를 용이하게 하기 위해 태그로 사용될 수 있는 예시적인 표지는 myc, HA, FLAG 또는 3XFLAG, 6XHis 또는 폴리히스티딘, 글루타티온-S-트랜스퍼라제 (GST), 말토오스 결합 단백질, 에피토프 태그, 또는 면역글로불린의 Fc 부분을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 수많은 표지는 예를 들어, 입자, 형광단, 합텐, 효소 및 이들의 열량계, 형광성 및 화학 발광 기질 및 다른 표지를 포함한다.
개시된 핵산 분자는 예를 들어, 뉴클레오티드 또는 비-천연 또는 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 뉴클레오티드 유사체 또는 뉴클레오티드 치환체를 포함할 수 있다. 이러한 뉴클레오티드는 변형된 염기, 당, 또는 포스페이트 기를 함유하거나, 그 구조에 비-천연 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드를 포함한다. 비-천연 뉴클레오티드의 예시는 디데옥시뉴클레오티드, 비오틴화, 아민화, 탈아미노화, 알킬화, 벤질화, 및 형광단-표지된 뉴클레오티드를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
본원에 개시된 핵산 분자는 또한 하나 이상의 뉴클레오티드 유사체 또는 치환을 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 유사체는 염기, 당, 또는 포스페이트 모이어티에 대해 변형을 함유하는 뉴클레오티드이다. 염기 모이어티에 대한 변형은 A, C, G, 및 T/U, 뿐만 아니라 예를 들어, 슈도우리딘, 우라실-5-일, 하이포크산틴-9-일 (I), 및 2-아미노아데닌-9-일과 같은 상이한 퓨린 또는 피리미딘 염기의 천연 및 합성 변형을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 변형된 염은 5-메틸시토신 (5-me-C), 5-히드록시메틸 시토신, 크산틴, 하이포크산틴, 2-아미노아데닌, 아데닌 및 구아닌의 6-메틸 및 다른 알킬 유도체, 아데닌 및 구아닌의 2-프로필 및 다른 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-할로우라실 및 시토신, 5-프로피닐 우라실 및 시토신, 6-아조 우라실, 시토신 및 티민, 5-우라실 (슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-히드록실 및 다른 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-할로 (예를 들어, 5-브로모), 5-트리플루오로메틸 및 다른 5-치환된 우라실 및 시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 8-아자구아닌, 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 및 3-데아자아데닌을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
뉴클레오티드 유사체는 또한 당 모이어티의 변형을 포함할 수 있다. 당 모이어티에 대한 변형은 리보스 및 데옥시 리보스의 천연 변형뿐만 아니라 합성 변형을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 당 변형은 2' 위치에서 하기 변형을 포함하지만, 이에 한정되지 않고: OH; F; O-, S-, 또는 N-알킬; O-, S-, 또는 N-알케닐; O-, S- 또는 N-알키닐; 또는 O-알킬-O-알킬, 여기서 알킬, 알케닐, 및 알키닐은 치환된 또는 비치환된 C1- 10알킬 또는 C2- 10알케닐, 및 C2- 10알키닐일 수 있다. 예시적인 2' 당 변형은 또한 n 및 m은 1 내지 약 10인, -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)n-ONH2, 및 -O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 2' 위치에서의 다른 변형은 C1- 10알킬, 치환된 저급 알킬, 알카릴, 아랄킬, O-알카릴 또는 O-아랄킬, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, 헤테로시클로알킬, 헤테로시클로알카릴, 아미노알킬아미노, 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, RNA 절단기, 리포터 그룹, 삽입제, 올리고뉴클레오티드의 약동학적 특성을 개선하기 위한 그룹, 또는 올리고뉴클레오티드의 약력학적 특성을 개선하기 위한 그룹, 및 유사한 특성을 갖는 다른 치환기를 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 유사한 변형이 또한 당의 다른 위치, 특히 3' 말단 뉴클레오티드 상 당의 3' 위치 또는 2'-5' 연결된 올리고뉴클레오티드에서 및 5' 말단 뉴클레오티드의 5' 위치에서 이루어질 수 있다. 변형된 당은 또한 가교 고리 산소에서 변형, 예를 들어 CH2 및 S를 함유하는 것을 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 당 유사체는 또한 펜토푸라노실　당　대신에　시클로부틸　모이어티와 같은, 당 모방체를 가질 수 있다.
뉴클레오티드 유사체는 또한 포스페이트 모이어티에서 변형될 수 있다. 변형된 포스페이트 모이어티는 2개의 뉴클레오티드 사이 연결이 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포로트리에스테르, 아미노알킬포스포로트리에스테르, 3'-알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는, 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포로아미데이트 및 아미노알킬포스포로아미데이트를 포함하는 포스포로아미데이트, 티오노포스포로아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포로트리에스테르, 및 보라노포스페이트를 함유하도록 변형된 것을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 2개의 뉴클레오티드 사이 이들 포스페이트 또는 변형된 포스페이트 연결은 3'-5' 연결 또는 2'-5' 연결을 통할 수 있고, 연결은 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'와 같은 반전된 극성을 포함할 수 있다. 다양한 염, 혼합 염, 및 유리 산 형태가 또한 포함된다. 뉴클레오티드 치환체는 또한 펩티드 핵산 (PNA)을 포함한다.
핵산 분자 내의 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드 내의 아미노산 서열의 특정 스트레치 간의 동일성 백분율 (또는 상보성 백분율)은 통상적으로 BLAST 프로그램 (기본 국소 정렬 검색 도구) 및 PowerBLAST 프로그램 (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656)을 사용하거나 기본 설정을 사용하여, 스미스 및 워터맨의 알고리즘 (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489)을 사용하는, Gap 프로그램 (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.)을 사용하여 결정될 수 있다. 본원에서, 서열 동일성 백분율에 대한 언급이 있는 경우, 높은 백분율의 서열 동일성이 낮은 것보다 바람직하다.
본 개시내용은 또한 본원에 개시된 단리된 핵산 분자, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자 중 하나 이상을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 조성물은 약학 조성물이다. 일부 구현예에서, 조성물은 담체 및/또는 부형제를 포함한다. 담체의 예시는 폴리(락트산) (PLA) 미세구, 폴리(D,L-락트-코글리콜산) (PLGA) 미세구, 리포솜, 미셀, 역 미셀, 지질 코클레이트, 및 지질 미세소관을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 담체는 PBS, HBSS 등과 같은 완충염 용액을 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열 또는 위치의 넘버링의 맥락에서 사용될 때 구절 "에 해당하는" 또는 이의 문법적 변형은 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열이 참조 서열 (예를 들어, 서열 번호 1, 서열 번호 3, 또는 서열 번호 5)과 비교될 때 특정 참조 서열의 넘버링을 지칭한다. 다시 말해서, 특정 중합체의 잔기 (예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산) 번호 또는 잔기 (예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산) 위치는 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열 내 잔기의 실제 숫자적 위치라기보다는 참조 서열에 대하여 지정된다. 예를 들어, 특정 뉴클레오티드 서열은 2개의 서열 사이 잔기 일치를 최적하기 위해 갭을 도입함으로써 참조 서열에 정렬될 수 있다. 이러한 경우, 갭이 존재하지만, 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열에서 잔기의 넘버링은 그것이 정렬된 참조 서열과 대하여 이루어진다.
예를 들어, 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하고, 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열이 서열 번호 2의 서열에 대해 정렬되면, ALOX15 서열은 서열 번호 2의 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민 잔기를 가짐을 의미한다. 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하고, 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 mRNA 분자 및 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하고, 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 cDNA 분자에 대해 동일하게 적용된다. 다시 말해서, 이들 구절은 게놈 핵산 분자가 서열 번호 2의 위치 9,917에서 티민 잔기에 상동성인 티민 잔기를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 (또는 mRNA 분자가 서열 번호 4의 위치 1,693에서 우라실 잔기에 상동성인 우라실 잔기를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖거나, cDNA 분자가 서열 번호 6의 위치 1,693에서 티민 잔기에 상동성인 티민 잔기를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는) ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자를 지칭한다. 여기서, 이러한 서열은 또한 게놈 핵산 분자를 참조하면 "C9,917T 변경을 갖는 ALOX15 서열" 또는 "C9,917T 변이를 갖는 ALOX15 서열" (또는 mRNA 분자를 참조하면 "C1,693U 변경을 갖는 ALOX15 서열" 또는 "C1,693U 변이를 갖는 ALOX15 서열" 및 cDNA 분자를 참조하면 "C1,693T 변경을 갖는 ALOX15 서열" 또는 "C1,693T 변이를 갖는 ALOX15 서열")로서 지칭된다.
본원에 기술된 바와 같이, 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자 내의 위치는 예를 들어, 특정 ALOX15 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열과 서열 번호 2의 뉴클레오티드 서열 사이의 서열 정렬을 수행함으로써 확인될 수 있다. 예를 들어, 서열 번호 2의 위치 9,917에 해당하는 뉴클레오티드 위치를 확인하기 위해 서열 정렬을 수행하는데 사용될 수 있는 다양한 계산 알고리즘이 존재한다. 예를 들어, NCBI BLAST 알고리즘 (Altschul et al., Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389-3402) 또는 CLUSTALW 소프트웨어 (Sievers and Higgins, Methods Mol. Biol., 2014, 1079, 105-116)를 사용하여 서열 정렬이 수행될 수 있다. 그러나, 서열은 또한 수동으로 정렬될 수 있다.
ALOX15 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 7에 제시되어 있다. 서열 번호 7을 참조하면, ALOX15 기준 폴리펩티드는 662개 아미노산 길이이다. 서열 번호 7을 참조하면, 위치 560은 트레오닌이다.
ALOX15 변이체 폴리펩티드가 존재하고 (Thr560Met 또는 T560M), 이의 아미노산 서열이 서열 번호 8에 제시되어 있다. 서열 번호 8을 참조하면, ALOX15 변이체 폴리펩티드는 662개 아미노산 길이이다. 서열 번호 8을 참조하면, 위치 560은 메티오닌이다.
첨부된 서열 목록에 열거된 뉴클레오티드 및 아미노산 서열은 뉴클레오티드 염기에 대한 표준 문자 약어, 및 아미노산에 대한 세 글자 코드를 사용하여 나타낸다. 뉴클레오티드 서열은 서열의 5' 말단에서 시작하여 3' 말단으로 앞으로 (즉, 각 라인의 왼쪽에서 오른쪽으로) 진행하는 표준 관례를 따른다. 각 뉴클레오티드 서열의 한 가닥만을 나타내지만, 상보적 가닥은 표시된 가닥에 대한 참조에 의해 포함되는 것으로 이해된다. 아미노산 서열은 서열의 아미노 말단에서 시작하여 카르복시 말단까지 앞으로 (즉, 각 라인의 왼쪽에서 오른쪽으로) 진행하는 표준 관례를 따른다.
본 개시내용은 또한 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 (또는 호흡기 장애를 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한) 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 제공하고, 여기서 인간 대상체는 본원에 기술된 임의의 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자를 갖는다. 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제는 본원에 기술된 임의의 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제일 수 있다.
일부 구현예에서, 인간 대상체는 하기를 포함한다: 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 또는 서열 번호 8에 따른 위치 560에 해당하는 위치에서 메티오닌을 포함하는 ALOX15 폴리펩티드.
본 개시내용은 또한 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 (또는 호흡기 장애를 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한) ALOX15 억제제를 제공하고, 여기서 인간 대상체는 본원에 기술된 임의의 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자를 갖는다. ALOX15 억제제는 본원에 기술된 임의의 ALOX15 억제제일 수 있다.
일부 구현예에서, 인간 대상체는 하기를 포함한다: 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하고; 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 여기서 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; 또는 서열 번호 8에 따른 위치 560에 해당하는 위치에서 메티오닌을 포함하는 ALOX15 폴리펩티드. ALOX15 억제제는 본원에 기술된 임의의 ALOX15 억제제일 수 있다.
상기 또는 하기에 인용된 모든 특허 문서, 웹사이트, 기타 간행물, 수탁 번호 등은 각 개별 항목이 구체적으로 그리고 개별적으로 참고로 통합된 것으로 표시된 것과 동일한 정도로 모든 목적을 위해 그 전문이 참고로 포함된다. 상이한 버전의 서열이 상이한 시간의 수탁 번호와 연관이 된 경우, 본 출원의 유효 출원일에 수탁 번호와 연관된 버전을 의미한다. 유효 출원일은 해당되는 경우 수탁 번호를 참조하는 우선 출원의 실제 출원일 또는 출원일의 더 빠른 날짜를 의미한다. 마찬가지로, 상이한 버전의 간행물, 웹사이트 등이 상이한 시기에 출판되는 경우, 달리 명시되지 않는 한 출원의 유효 출원일에 가장 최근에 출판된 버전을 의미한다. 본 개시내용의 임의의 특징, 단계, 요소, 구현예 또는 양태는 특별히 달리 지시되지 않는 한 임의의 다른 특징, 단계, 요소, 구현예 또는 양태와 조합하여 사용될 수 있다. 본 개시내용이 명확성과　이해를 위해 예시 및 실시예로서 일부 상세하게 기술되었지만,　특정 변경 및 수정이 첨부된 청구 범위 내에서 실시될 수 있음이 명백할 것이다.
하기 실시예는 구현예를 보다 상세히 기술하기 위해 제공된다. 이들은 청구된 구현예를 제한하는 것이 아니라, 예시하기 위해 의도된다. 하기 실시예는 본원에 기술된 화합물, 조성물, 물품, 장치 및/또는 방법이 어떻게 제조되고 평가되는지에 대한 개시 및 설명을 당업자에게 제공하고, 순전히 예시적인 것으로 의도되고 청구 범위를 제한하려는 의도가 아니다. 숫자 (예를 들어, 양, 온도 등)와 관련하여 정확성을 보장하기 위해 노력했지만, 일부 오류 및 편차가 고려될 수 있다. 달리 표시되지 않는 한, 부분은 중량부이고, 온도는 ℃ 또는 주변 온도이고, 압력은 대기 또는 그 근처이다.
실시예
실시예 1: 엑솜 서열 시퀀싱 분석
Regeneron Genetics Center의 엑솜 서열 시퀀싱 및 분석은 rs34210653이 UK 바이오뱅크 50K 엑솜 데이터 (도 1 참조) 및 UK 바이오뱅크 500K 유전형 분석 데이터 (도 2 참조)에서 감소된 순환 혈액 호산구와 유의하게 연관되고 또한 GHS 90K 엑솜 데이터에서 감소된 순환 혈액 호산구와 연관됨을 확인하였다 (도 4 참조). 분석은 또한, rs34210653이 UK 바이오뱅크 500K 유전형 분석 데이터에서 비용종, 알레르기성 비염, 및 천식 확률 감소 (도 3 참조) 및 GHS 90K 엑솜에서 비용종 확률 감소 (도 5 참조)와 유의하게 연관됨을 확인하였다. UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 rs34210653과 호산구 사이의 유의한 연관성에 대한 유전자좌 줌 플롯 (도 6 참조). 이형접합 및 동형접합 rs34210653 변이체 운반자 중에서 감소된 호산구를 나타내는 UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 호산구 수에 대한 정량적 특성 분포 (점선은 야생형 대립 유전자 운반자에 대한 평균 호산구 수를 나타냄) (도 7 참조). UKB 500K 유전형 분석 데이터에서 rs34210653과 비용종 사이의 유의한 연관성에 대한 유전자좌 줌 플롯 (도 8 참조).
본원에 기술된 것들에 더하여 기술된 주제의 다양한 변경이 전술한 설명으로부터 당업자에게 명백할 것이다. 이러한 변경은 또한 첨부된 청구항의 범위 내에 포함되도록 의도된다. 본 출원에서 인용된 각각의 참고 문헌 (저널 기사, 미국 및 비-미국 특허, 특허 출원 공보, 국제 특허 출원 공보, 유전자 은행 수탁 번호 등을 포함하지만 이에 한정되지 않음)은 그 전문이 모든 목적을 위해 본원에 참고로 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> Regeneron Pharmaceuticals, Inc. <120> Treatment Of Respiratory Disorders With Arachidonate 15-Lipoxygenase (ALOX15) Inhibitors <130> 189238.02102 (3145) (10524WO01) <150> 62/785,899 <151> 2018-12-28 <160> 43 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 11017 <212> DNA <213> homo sapien <400> 1 ctgcgtgttt tcggtccaaa tccttttctt tttctccctc ccgtcaagat agtggtttcc 60 actccctgct ctcgccagga caccgccttt tggactgggg ctgaattctg ccccttgaag 120 ctctgctcct tggagctggg ggccccagcg gtaggcggag ttgattggag acctgccacc 180 cacattccga ccccaagcga cctccgagag ggcggggtct caggctgggt tatttagctc 240 gtccaccctt ctccaccaga aggagcgaaa catctttgag caagatgggt ctctaccgca 300 tccgcgtgtc cactggggcc tcgctctatg ccggttccaa caaccaggtg cagctgtggc 360 tggtcggcca gcacggggag gcggcgctcg ggaagcgact gtggcccgca cggggcaagg 420 tgagctcccc agagccgggc ggggtgggct gcgcccctgg ctccgagtca gtcaaatacc 480 ggggaggaca tgcgcccccg ttggcctctg gccgattctc tttgccaagg gcccgcgcat 540 tgggctcaaa gcgcgcggag gccacggggg tggggggctt tagggcagtc ggtggcacac 600 agtaagcgct caataaatgt tgccgctacc cgatctcctt ggaattgagg gcatgctcct 660 gtgcgcccct cattgcacaa agctcccttg tctggaaact cagcagtcac tggagccgcc 720 gtcggtcctc tcgctttctc tattttaaaa accgtttcaa ccgctagcgc tgttggatct 780 ctacctttca ggctttatca cctggggtgg agtgggtggt gagagggaag ggatggggag 840 tcaagacagg agaacgctct cgatttcccg acccacctcc cgtcatatct catgtcacat 900 ctaccgggtg ttctacccgg tcctgttaac tttttttctt ccgcgaaagc ccaaattccc 960 atcactgctc tagctctctc ccagatcccc aaatccggat gtctgtctca gggaacgtca 1020 aagcaacatg cccggatgag gtcctcccct ctccccacct cccagccctc tcctcctgcc 1080 tcccccggtg tcacccgcgc ctccttcctc tcttcacctc cctctaaaca agaatccggc 1140 gcagtcagtt ctagaccctg agcatctccc gcgtccctgc ccaatatccg tcccgccccc 1200 gaccgcccgc gtcctcttga acctgcggag ccctgctccc cgcactccac gcccttgctc 1260 cgagcttccg agaaagcggg gcaaagggag ccaggaagag agaaaatgcg cacggagcag 1320 gtggccccgc gactccatgg tgaggggacg gggcacggaa ggtggaaagg cgcgctccct 1380 cctccctttt ttcctcccta tggtgggcag ttggtgacac acagtaaagg ctcaataaat 1440 gttcccgcta ctcgatctcc ttggaattaa ggggatgctc ctgagcgccc ctcattccac 1500 acagctctgg tgcctggaaa ctgcggtcgc cggagcggtc gtcggtcctc ccggtttctc 1560 tattttaaaa gccatttcaa acctccagcg gcctcgccac ctctgctgca gaccttccaa 1620 gcccttctga agccggaatg atttctccct aattcactcc ccctgcttaa cacattcgaa 1680 cggctcccgc ttgttctcgg gaccaaatcc aaagcccctg gcgccacctt cgagagcctc 1740 cggacctgct gaccccccac acctgggctc tgagctccag ctccaagatg ctgctcgccc 1800 tcccttcccc gccgctctct ttctgcgcgc ctttcccctg ccttcccttt ctgtcactct 1860 ccctggctga gccctctccg cctccaggtc tccgggaagg ttgtccccag gccggtgggg 1920 cccctgcagg tcctcagcct cgggcggggt ggggtggggg gtcgcacagc gggaattgcc 1980 accagcgcgt ccgggctcca cagcgcgctc gtccagggcg cggcagcgct cagcccagcg 2040 cttggcacag tcagtgacca cagggaggag aaagtgaagg caggagcgca ccttcccacc 2100 tgccgtcccc gtcccctcag aaccgagtcc tggggccacc tgctcggcgc ggtccctctc 2160 tctctggctc agtccccgca ccccgatacg tctcctcctc tcagaggctc cgaggaaggg 2220 cgtgggcgct ggagggagca gggctcagcc gggtgcccct cccgccaggc cccaccgggg 2280 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tgggacctta ctcctctttc cttccttcct cctttcctat 2220 cttccttcct ctctctcttc ctctttcttc attcagatct atatggcaaa tagccacaat 2280 tatataaatc atttcaagac tagaataggg ggatataata catattactc cacacctttt 2340 atgaatcaaa tatgattttt ttgttgttgt taagacagag tctcactttg acacccaggc 2400 tggagtgcag tggtgccatc accacggctc actgcagcct cagcgtcctg ggctcaaatg 2460 atcctcccac ctcagcctcc tgagtagctg ggactacagg ctcatgccat catgcccagc 2520 taatattttt ttattttcgt ggagacgggg cctcactatg ttgcctaggc tggaaatagg 2580 attttgaacc caaattgagt ttaacaataa taaaaagttg ttttacgcta aagatggaaa 2640 agaactagga ctgaactatt ttaaataaaa tattggcaaa agaaaaaaaa aaaaaaaaaa 2700 aaaaaaa 2707 <210> 7 <211> 662 <212> PRT <213> homo sapien <400> 7 Met Gly Leu Tyr Arg Ile Arg Val Ser Thr Gly Ala Ser Leu Tyr Ala 1 5 10 15 Gly Ser Asn Asn Gln Val Gln Leu Trp Leu Val Gly Gln His Gly Glu 20 25 30 Ala Ala Leu Gly Lys Arg Leu Trp Pro Ala Arg Gly Lys Glu Thr Glu 35 40 45 Leu Lys Val Glu Val Pro Glu Tyr Leu Gly Pro Leu Leu Phe Val Lys 50 55 60 Leu Arg Lys Arg His Leu Leu Lys Asp Asp Ala Trp Phe Cys Asn Trp 65 70 75 80 Ile Ser Val Gln Gly Pro Gly Ala Gly Asp Glu Val Arg Phe Pro Cys 85 90 95 Tyr Arg Trp Val Glu Gly Asn Gly Val Leu Ser Leu Pro Glu Gly Thr 100 105 110 Gly Arg Thr Val Gly Glu Asp Pro Gln Gly Leu Phe Gln Lys His Arg 115 120 125 Glu Glu Glu Leu Glu Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Arg Trp Gly Asn Trp 130 135 140 Lys Asp Gly Leu Ile Leu Asn Met Ala Gly Ala Lys Leu Tyr Asp Leu 145 150 155 160 Pro Val Asp Glu Arg Phe Leu Glu Asp Lys Arg Val Asp Phe Glu Val 165 170 175 Ser Leu Ala Lys Gly Leu Ala Asp Leu Ala Ile Lys Asp Ser Leu Asn 180 185 190 Val Leu Thr Cys Trp Lys Asp Leu Asp Asp Phe Asn Arg Ile Phe Trp 195 200 205 Cys Gly Gln Ser Lys Leu Ala Glu Arg Val Arg Asp Ser Trp Lys Glu 210 215 220 Asp Ala Leu Phe Gly Tyr Gln Phe Leu Asn Gly Ala Asn Pro Val Val 225 230 235 240 Leu Arg Arg Ser Ala His Leu Pro Ala Arg Leu Val Phe Pro Pro Gly 245 250 255 Met Glu Glu Leu Gln Ala Gln Leu Glu Lys Glu Leu Glu Gly Gly Thr 260 265 270 Leu Phe Glu Ala Asp Phe Ser Leu Leu Asp Gly Ile Lys Ala Asn Val 275 280 285 Ile Leu Cys Ser Gln Gln His Leu Ala Ala Pro Leu Val Met Leu Lys 290 295 300 Leu Gln Pro Asp Gly Lys Leu Leu Pro Met Val Ile Gln Leu Gln Leu 305 310 315 320 Pro Arg Thr Gly Ser Pro Pro Pro Pro Leu Phe Leu Pro Thr Asp Pro 325 330 335 Pro Met Ala Trp Leu Leu Ala Lys Cys Trp Val Arg Ser Ser Asp Phe 340 345 350 Gln Leu His Glu Leu Gln Ser His Leu Leu Arg Gly His Leu Met Ala 355 360 365 Glu Val Ile Val Val Ala Thr Met Arg Cys Leu Pro Ser Ile His Pro 370 375 380 Ile Phe Lys Leu Ile Ile Pro His Leu Arg Tyr Thr Leu Glu Ile Asn 385 390 395 400 Val Arg Ala Arg Thr Gly Leu Val Ser Asp Met Gly Ile Phe Asp Gln 405 410 415 Ile Met Ser Thr Gly Gly Gly Gly His Val Gln Leu Leu Lys Gln Ala 420 425 430 Gly Ala Phe Leu Thr Tyr Ser Ser Phe Cys Pro Pro Asp Asp Leu Ala 435 440 445 Asp Arg Gly Leu Leu Gly Val Lys Ser Ser Phe Tyr Ala Gln Asp Ala 450 455 460 Leu Arg Leu Trp Glu Ile Ile Tyr Arg Tyr Val Glu Gly Ile Val Ser 465 470 475 480 Leu His Tyr Lys Thr Asp Val Ala Val Lys Asp Asp Pro Glu Leu Gln 485 490 495 Thr Trp Cys Arg Glu Ile Thr Glu Ile Gly Leu Gln Gly Ala Gln Asp 500 505 510 Arg Gly Phe Pro Val Ser Leu Gln Ala Arg Asp Gln Val Cys His Phe 515 520 525 Val Thr Met Cys Ile Phe Thr Cys Thr Gly Gln His Ala Ser Val His 530 535 540 Leu Gly Gln Leu Asp Trp Tyr Ser Trp Val Pro Asn Ala Pro Cys Thr 545 550 555 560 Met Arg Leu Pro Pro Pro Thr Thr Lys Asp Ala Thr Leu Glu Thr Val 565 570 575 Met Ala Thr Leu Pro Asn Phe His Gln Ala Ser Leu Gln Met Ser Ile 580 585 590 Thr Trp Gln Leu Gly Arg Arg Gln Pro Val Met Val Ala Val Gly Gln 595 600 605 His Glu Glu Glu Tyr Phe Ser Gly Pro Glu Pro Lys Ala Val Leu Lys 610 615 620 Lys Phe Arg Glu Glu Leu Ala Ala Leu Asp Lys Glu Ile Glu Ile Arg 625 630 635 640 Asn Ala Lys Leu Asp Met Pro Tyr Glu Tyr Leu Arg Pro Ser Val Val 645 650 655 Glu Asn Ser Val Ala Ile 660 <210> 8 <211> 662 <212> PRT <213> homo sapien <400> 8 Met Gly Leu Tyr Arg Ile Arg Val Ser Thr Gly Ala Ser Leu Tyr Ala 1 5 10 15 Gly Ser Asn Asn Gln Val Gln Leu Trp Leu Val Gly Gln His Gly Glu 20 25 30 Ala Ala Leu Gly Lys Arg Leu Trp Pro Ala Arg Gly Lys Glu Thr Glu 35 40 45 Leu Lys Val Glu Val Pro Glu Tyr Leu Gly Pro Leu Leu Phe Val Lys 50 55 60 Leu Arg Lys Arg His Leu Leu Lys Asp Asp Ala Trp Phe Cys Asn Trp 65 70 75 80 Ile Ser Val Gln Gly Pro Gly Ala Gly Asp Glu Val Arg Phe Pro Cys 85 90 95 Tyr Arg Trp Val Glu Gly Asn Gly Val Leu Ser Leu Pro Glu Gly Thr 100 105 110 Gly Arg Thr Val Gly Glu Asp Pro Gln Gly Leu Phe Gln Lys His Arg 115 120 125 Glu Glu Glu Leu Glu Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Arg Trp Gly Asn Trp 130 135 140 Lys Asp Gly Leu Ile Leu Asn Met Ala Gly Ala Lys Leu Tyr Asp Leu 145 150 155 160 Pro Val Asp Glu Arg Phe Leu Glu Asp Lys Arg Val Asp Phe Glu Val 165 170 175 Ser Leu Ala Lys Gly Leu Ala Asp Leu Ala Ile Lys Asp Ser Leu Asn 180 185 190 Val Leu Thr Cys Trp Lys Asp Leu Asp Asp Phe Asn Arg Ile Phe Trp 195 200 205 Cys Gly Gln Ser Lys Leu Ala Glu Arg Val Arg Asp Ser Trp Lys Glu 210 215 220 Asp Ala Leu Phe Gly Tyr Gln Phe Leu Asn Gly Ala Asn Pro Val Val 225 230 235 240 Leu Arg Arg Ser Ala His Leu Pro Ala Arg Leu Val Phe Pro Pro Gly 245 250 255 Met Glu Glu Leu Gln Ala Gln Leu Glu Lys Glu Leu Glu Gly Gly Thr 260 265 270 Leu Phe Glu Ala Asp Phe Ser Leu Leu Asp Gly Ile Lys Ala Asn Val 275 280 285 Ile Leu Cys Ser Gln Gln His Leu Ala Ala Pro Leu Val Met Leu Lys 290 295 300 Leu Gln Pro Asp Gly Lys Leu Leu Pro Met Val Ile Gln Leu Gln Leu 305 310 315 320 Pro Arg Thr Gly Ser Pro Pro Pro Pro Leu Phe Leu Pro Thr Asp Pro 325 330 335 Pro Met Ala Trp Leu Leu Ala Lys Cys Trp Val Arg Ser Ser Asp Phe 340 345 350 Gln Leu His Glu Leu Gln Ser His Leu Leu Arg Gly His Leu Met Ala 355 360 365 Glu Val Ile Val Val Ala Thr Met Arg Cys Leu Pro Ser Ile His Pro 370 375 380 Ile Phe Lys Leu Ile Ile Pro His Leu Arg Tyr Thr Leu Glu Ile Asn 385 390 395 400 Val Arg Ala Arg Thr Gly Leu Val Ser Asp Met Gly Ile Phe Asp Gln 405 410 415 Ile Met Ser Thr Gly Gly Gly Gly His Val Gln Leu Leu Lys Gln Ala 420 425 430 Gly Ala Phe Leu Thr Tyr Ser Ser Phe Cys Pro Pro Asp Asp Leu Ala 435 440 445 Asp Arg Gly Leu Leu Gly Val Lys Ser Ser Phe Tyr Ala Gln Asp Ala 450 455 460 Leu Arg Leu Trp Glu Ile Ile Tyr Arg Tyr Val Glu Gly Ile Val Ser 465 470 475 480 Leu His Tyr Lys Thr Asp Val Ala Val Lys Asp Asp Pro Glu Leu Gln 485 490 495 Thr Trp Cys Arg Glu Ile Thr Glu Ile Gly Leu Gln Gly Ala Gln Asp 500 505 510 Arg Gly Phe Pro Val Ser Leu Gln Ala Arg Asp Gln Val Cys His Phe 515 520 525 Val Thr Met Cys Ile Phe Thr Cys Thr Gly Gln His Ala Ser Val His 530 535 540 Leu Gly Gln Leu Asp Trp Tyr Ser Trp Val Pro Asn Ala Pro Cys Met 545 550 555 560 Met Arg Leu Pro Pro Pro Thr Thr Lys Asp Ala Thr Leu Glu Thr Val 565 570 575 Met Ala Thr Leu Pro Asn Phe His Gln Ala Ser Leu Gln Met Ser Ile 580 585 590 Thr Trp Gln Leu Gly Arg Arg Gln Pro Val Met Val Ala Val Gly Gln 595 600 605 His Glu Glu Glu Tyr Phe Ser Gly Pro Glu Pro Lys Ala Val Leu Lys 610 615 620 Lys Phe Arg Glu Glu Leu Ala Ala Leu Asp Lys Glu Ile Glu Ile Arg 625 630 635 640 Asn Ala Lys Leu Asp Met Pro Tyr Glu Tyr Leu Arg Pro Ser Val Val 645 650 655 Glu Asn Ser Val Ala Ile 660 <210> 9 <211> 59 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 9 ccgggaaact ggaaggacgg gttaactcga gttaacccgt ccttccagtt tcttttttg 59 <210> 10 <211> 58 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 10 ccgggctatc aaagactctc taaatctcga gatttagaga gtctttgata gctttttg 58 <210> 11 <211> 58 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 11 ccggtgggaa atcatctatc ggtatctcga gataccgata gatgatttcc catttttg 58 <210> 12 <211> 58 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 12 ccggcctgga aggaagatgc cttatctcga gataaggcat cttccttcca ggtttttg 58 <210> 13 <211> 58 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 13 ccggccagtt tcttaatggc gccaactcga gttggcgcca ttaagaaact ggtttttg 58 <210> 14 <211> 58 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 14 ccgggccgtc gatacatcct atcttctcga gaagatagga tgtatcgacg gctttttg 58 <210> 15 <211> 59 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 15 ccggtagatg acttcaaccg gatttctcga gaaatccggt tgaagtcatc tattttttg 59 <210> 16 <211> 59 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 shRNA <400> 16 ccggtggtac tcttgggtgc ctaatctcga gattaggcac ccaagagtac cattttttg 59 <210> 17 <211> 170 <212> PRT <213> artificial sequence <220> <223> PP1 inhibitory peptide <400> 17 Met Glu Pro Asp Asn Ser Pro Arg Lys Ile Gln Phe Thr Val Pro Leu 1 5 10 15 Leu Glu Pro His Leu Asp Pro Glu Ala Ala Glu Gln Ile Arg Arg Arg 20 25 30 Arg Pro Thr Pro Ala Thr Leu Val Leu Thr Ser Asp Gln Ser Ser Pro 35 40 45 Glu Ile Asp Glu Asp Arg Ile Pro Asn Ser Leu Leu Lys Ser Thr Leu 50 55 60 Ser Met Ser Pro Arg Gln Arg Lys Lys Met Thr Arg Thr Thr Pro Thr 65 70 75 80 Met Lys Glu Leu Gln Thr Met Val His His Leu Gly Gln Gln Lys Gln 85 90 95 Gly Glu Glu Pro Glu Gly Ala Thr Glu Ser Thr Gly Asn Gln Glu Ser 100 105 110 Cys Pro Pro Gly Ile Pro Asp Thr Gly Ser Ala Ser Arg Pro Asp Thr 115 120 125 Pro Gly Thr Ala Gln Lys Ser Ala Glu Ser Asn Pro Lys Thr Gln Glu 130 135 140 Gln Cys Gly Val Glu Pro Arg Thr Glu Asp Ser Ser Ala His Met Leu 145 150 155 160 Pro Leu Asp Ser Gln Gly Ala Ser Leu Val 165 170 <210> 18 <211> 205 <212> PRT <213> artificial sequence <220> <223> PP1 inhibitory peptide <400> 18 Met Ala Ala Ser Thr Ala Ser His Arg Pro Ile Lys Gly Ile Leu Lys 1 5 10 15 Asn Lys Thr Ser Ser Thr Ser Ser Arg Val Ala Ser Ala Glu Gln Pro 20 25 30 Arg Gly Ser Val Asp Glu Glu Leu Ser Lys Lys Ser Gln Lys Trp Asp 35 40 45 Glu Met Asn Ile Leu Ala Thr Tyr His Pro Ala Asp Lys Asp Tyr Gly 50 55 60 Leu Met Lys Ile Asp Glu Pro Ser Thr Pro Tyr His Ser Met Ile Gly 65 70 75 80 Asp Asp Asp Asp Ala Tyr Ser Asp Thr Glu Thr Thr Glu Ala Met Thr 85 90 95 Pro Asp Thr Leu Ala Lys Lys Leu Ala Ala Ala Glu Gly Ser Glu Pro 100 105 110 Lys Tyr Arg Ile Arg Glu Gln Glu Ser Ser Gly Glu Glu Asp Ser Asp 115 120 125 Leu Ser Pro Glu Glu Arg Glu Lys Lys Arg Gln Phe Glu Met Lys Arg 130 135 140 Lys Leu His Tyr Asn Glu Gly Leu Asn Ile Lys Leu Ala Arg Gln Leu 145 150 155 160 Ile Ser Lys Asp Leu His Asp Asp Glu Glu Asp Glu Glu Met Ser Glu 165 170 175 Thr Ala Asp Gly Glu Ser Met Asn Thr Glu Glu Ser Asn Gln Gly Ser 180 185 190 Thr Pro Ser Asp Gln Arg Gln Asn Lys Ser Gln Ser Ser 195 200 205 <210> 19 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 19 taccaagcac gcgagccccg tgg 23 <210> 20 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 20 gaccacgggg ctcgcgtgct tgg 23 <210> 21 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 21 acggggctcg cgtgcttggt agg 23 <210> 22 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 22 gcatccttgg tggttggcgg ggg 23 <210> 23 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 23 cgggggcagc cgcatcgtgc agg 23 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 24 ttagctggac tggtactctt ggg 23 <210> 25 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 25 gggggcagcc gcatcgtgca ggg 23 <210> 26 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 26 cttagctgga ctggtactct tgg 23 <210> 27 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 27 tgcatccttg gtggttggcg ggg 23 <210> 28 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 28 caagagtacc agtccagcta agg 23 <210> 29 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 29 gatgtccatc acttggcagc tgg 23 <210> 30 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 30 gtaccagtcc agctaaggaa ggg 23 <210> 31 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 31 ttgcatcctt ggtggttggc ggg 23 <210> 32 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 32 ctgtgtgcag gtggaccacg ggg 23 <210> 33 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 33 tctgtgtgca ggtggaccac ggg 23 <210> 34 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 34 tgcttggtag gcactgactc tgg 23 <210> 35 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 35 agtaccagtc cagctaagga agg 23 <210> 36 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 36 ctgcccttcc ttagctggac tgg 23 <210> 37 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 37 gacactgccc aacttccacc agg 23 <210> 38 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 38 agagaagcct ggtggaagtt ggg 23 <210> 39 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 39 gatccctgcc cttccttagc tgg 23 <210> 40 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 40 gtctgtgtgc aggtggacca cgg 23 <210> 41 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 41 cagtccagct aaggaagggc agg 23 <210> 42 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 42 gctgccaagt gatggacatc tgg 23 <210> 43 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> ALOX15 gRNA recognition sequence <400> 43 tctgcccagc tgccaagtga tgg 23

Claims (116)

  1. 비용종을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 환자에게 아라키도네이트 15-리폭시게나제 (ALOX15) 억제제를 투여하는 것을 포함하는 방법.
  2. 알레르기성 비염 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함하는 방법.
  3. 천식 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함하는 방법.
  4. 아스피린-악화 호흡기 질환 (AERD)을 갖는 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 것을 포함하는 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 억제제는 ALOX15 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 소간섭 RNA (siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA (shRNA)를 포함하는 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 shRNA는 하기를 포함하는 방법: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (서열 번호 9); b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (서열 번호 10); c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (서열 번호 11); d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (서열 번호 12); e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (서열 번호 13); f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (서열 번호 14); g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (서열 번호 15); 또는 h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (서열 번호 16).
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 억제제는 Cas 단백질 및 ALOX15 게놈 핵산 분자 내 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 가이드 RNA (gRNA)를 포함하는 방법.
  8. 제7항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 방법.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 것인 방법.
  10. 제7항 또는 제8항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치의 약 1000, 약 500, 약 400, 약 300, 약 200, 약 100, 약 50, 약 45, 약 40, 약 35, 약 30, 약 25, 약 20, 약 15, 약 10, 또는 약 5개 뉴클레오티드로부터 위치하는 방법.
  11. 제7항 또는 제8항에 있어서, 상기 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM) 서열은 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 약 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 방법.
  12. 제7항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개 뉴클레오티드를 포함하는 방법.
  13. 제7항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 19-43 중 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 방법.
  14. 제1항 내지 제13항에 있어서, 환자로부터의 생물학적 샘플에서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  15. 제14항에 있어서, 상기 환자가 ALOX15 기준인 경우, 상기 환자는 또한 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는 방법.
  16. 제14항에 있어서, 상기 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 환자는 또한 표준 투여량과 동일하거나 낮은 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받는 방법.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  18. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  19. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자; 또는 cDNA 분자는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는, mRNA 분자로부터 생산된 cDNA 분자인 방법.
  20. 제14항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 시험관 내에서 수행되는 방법.
  21. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 게놈 핵산 분자인 방법.
  22. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 mRNA 분자인 방법.
  23. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 생물학적 샘플에서 mRNA 분자로부터 생산된 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면; 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 cDNA 분자인 방법.
  24. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  25. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는지를 결정하는 단계.
  26. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  27. 제21항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 전체 핵산 분자를 서열 분석하는 것을 포함하는 방법.
  28. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 상기 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 상기 변형은 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  29. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서 상기 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  30. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  31. 제30항에 있어서, 상기 샘플에서 핵산 분자는 mRNA이고 상기 mRNA는 증폭 단계 전 cDNA로 역전사되는 방법.
  32. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 상기 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 서열 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  33. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  34. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  35. 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 사용하여 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 환자는 호흡기 장애를 앓고 있고, 상기 방법은 하기 단계를 포함하고:
    하기에 의해 환자가 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는지를 결정하는 단계:
    환자로부터 생물학적 샘플을 얻거나 얻음; 및
    환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖는지 결정하기 위해 생물학적 샘플에 대해 유전형 분석 검정을 수행하거나 수행함; 및
    상기 환자가 ALOX15 기준인 경우, 환자에게 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여하거나 계속 투여하고, 그리고 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 단계; 그리고
    상기 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성인 경우, 환자에게 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여하거나 계속 투여하고, 그리고 환자에게 ALOX15 억제제를 투여하는 단계;
    상기 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 환자가 호흡기 장애 발달 위험이 감소함을 나타내는 방법.
  36. 제35항에 있어서, 상기 환자가 ALOX15 기준이고, 상기 환자는 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량으로 투여받거나 계속 투여받고, 그리고 ALOX15 억제제를 투여받는 방법.
  37. 제35항에 있어서, 상기 환자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이고, 환자는 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 투여받거나 계속 투여받고, 그리고 ALOX15 억제제를 투여받는 방법.
  38. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  39. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  40. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자; 또는 cDNA 분자가 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는, mRNA 분자로부터 생산된 cDNA 분자인 방법.
  41. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 게놈 핵산 분자인 방법.
  42. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 mRNA 분자인 방법.
  43. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 cDNA 분자인 방법.
  44. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  45. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는지를 결정하는 단계.
  46. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  47. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 전체 핵산 분자를 서열 분석하는 것을 포함하는 방법.
  48. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 상기 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  49. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 상기 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  50. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계, 상기 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하고; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  51. 제50항에 있어서, 상기 샘플에서 핵산 분자는 mRNA이고 상기 mRNA는 증폭 단계 전 cDNA로 역전사되는 방법.
  52. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  53. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  54. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전형 분석 검정은 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  55. 제35항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산 분자는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재하는 방법.
  56. 제35항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 억제제는 ALOX15 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 소간섭 RNA (siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA (shRNA)를 포함하는 방법.
  57. 제56항에 있어서, 상기 shRNA는 하기를 포함하는 방법: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (서열 번호 9); b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (서열 번호 10); c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (서열 번호 11); d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (서열 번호 12); e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (서열 번호 13); f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (서열 번호 14); g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (서열 번호 15); 또는 h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (서열 번호 16).
  58. 제35항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 억제제는 Cas 단백질 및 ALOX15 게놈 핵산 분자 내에 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 가이드 RNA (gRNA)를 포함하는 방법.
  59. 제58항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 방법.
  60. 제58항 또는 제59항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 방법.
  61. 제58항 또는 제59항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치의 약 1000, 약 500, 약 400, 약 300, 약 200, 약 100, 약 50, 약 45, 약 40, 약 35, 약 30, 약 25, 약 20, 약 15, 약 10, 또는 약 5개 뉴클레오티드로부터 위치하는 방법.
  62. 제58항 또는 제59항에 있어서, 상기 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM) 서열은 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 방법.
  63. 제58항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개 뉴클레오티드를 포함하는 방법.
  64. 제58항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 19-43 중 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 방법.
  65. 호흡기 장애 발달 위험이 증가한 인간 대상체를 식별하는 방법으로서, 상기 방법은,
    상기 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하거나 결정하는 단계를 포함하며,
    여기서:
    상기 인간 대상체가 ALOX15 기준이면, 인간 대상체는 호흡기 장애 발달 위험이 증가하고; 그리고
    상기 인간 대상체가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이거나 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 동형접합성이면, 인간 대상체는 호흡기 장애 발달 위험이 감소되는 것인 방법.
  66. 제65항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg, 또는 Leu106fs를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  67. 제65항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 ALOX15 Thr560Met를 암호화하는 핵산 분자인 방법.
  68. 제65항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 또는 cDNA 분자는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는, mRNA 분자로부터 생산된 cDNA 분자인 방법.
  69. 제65항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 시험관 내에서 수행되는 방법.
  70. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 게놈 핵산 분자는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 게놈 핵산 분자인 방법.
  71. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 mRNA 분자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 mRNA 분자인 방법.
  72. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 단계는 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치, 또는 이의 보체를 포함하고; 상기 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자의 서열 분석된 일부가 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하면, 생물학적 샘플에서 ALOX15 cDNA 분자가 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체 cDNA 분자인 방법.
  73. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  74. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는지를 결정하는 단계.
  75. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 생물학적 샘플을 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  76. 제70항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 전체 핵산 분자를 서열 분석하는 것을 포함하는 방법.
  77. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  78. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  79. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  80. 제79항에 있어서, 상기 샘플에서 핵산 분자는 mRNA이고 상기 mRNA는 증폭 단계 전 cDNA로 역전사되는 방법.
  81. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  82. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  83. 제65항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 하기 단계를 포함하는 방법: 생물학적 샘플에서 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  84. 제65항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 인간 대상체는 ALOX15 기준이고, 인간 대상체는 표준 투여량으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받고, 그리고 ALOX15 억제제를 투여받는 방법.
  85. 제65항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 인간 대상체는 ALOX15 예측된 기능 손실 변이체에 대해 이형접합성이고, 인간 대상체는 표준 투여량과 동일하거나 낮은 양으로 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제를 투여받고, 그리고 ALOX15 억제제를 투여받는 방법.
  86. 인간 대상체에서 인간 ALOX15 변이체 핵산 분자를 검출하는 방법으로서, 샘플에서 핵산 분자가 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 게놈 핵산 분자; 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 mRNA 분자; 또는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 cDNA 분자인지 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플을 분석하는 것을 포함하는 방법.
  87. 제86항에 있어서, 상기 방법은 시험관 내 방법인 방법.
  88. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 핵산 분자의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 방법.
  89. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 핵산 분자의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 방법.
  90. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 핵산 분자의 적어도 일부를 서열 분석하는 것을 포함하고, 상기 서열 분석된 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 방법.
  91. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 샘플을 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 ALOX15 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  92. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 샘플을 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실을 포함하는지를 결정하는 단계.
  93. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 샘플을 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에 근접한 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 ALOX15 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치까지 프라이머를 연장하는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민을 포함하는지를 결정하는 단계.
  94. 제88항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 분석은 전체 핵산 분자를 서열 분석하는 것을 포함하는 방법.
  95. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  96. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  97. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: a) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭하는 단계로서, 상기 일부는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변형 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  98. 제97항에 있어서, 상기 샘플에서 핵산 분자는 mRNA이고 mRNA는 증폭 단계 전 cDNA로 역전사되는 방법.
  99. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  100. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  101. 제86항 또는 제87항에 있어서, 상기 분석은 하기 단계를 포함하는 방법: 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변형 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변형 특이적 프로브는 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 엄격한 조건하에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 단계; 그리고 검출 가능한 표지를 검출하는 단계.
  102. 제86항 내지 제101항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산 분자는 인간 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재하는 방법.
  103. 인간 ALOX15 Thr560Met 변이체 폴리펩티드의 존재를 검출하는 방법으로서, 샘플에서 ALOX15 단백질이 서열 번호 8에 따른 위치 560에 해당하는 위치에서 메티오닌을 포함하는지를 결정하기 위해 인간 대상체로부터 얻은 샘플에 대한 분석을 수행하는 것을 포함하는 방법.
  104. 제103항에 있어서, 상기 분석은 폴리펩티드를 서열 분석하는 것을 포함하는 방법.
  105. 제103항에 있어서, 상기 분석은 면역 분석인 방법.
  106. 하기를 갖는 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 호흡기 장애를 치료하거나 억제하는 치료제로서: i) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; ii) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하거나; 또는 iii) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 치료제.
  107. 하기를 갖는 인간 대상체에서 호흡기 장애의 치료에 사용하기 위한 ALOX15 억제제로서: i) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하고; ii) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 mRNA 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 우라실, 또는 이의 보체를 포함하거나; 또는 iii) 인간 ALOX15 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 cDNA 분자, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 따른 위치 1,693에 해당하는 위치에서 티민, 또는 이의 보체를 포함하는, 치료제.
  108. 제107항에 있어서, ALOX15 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 소간섭 RNA (siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA (shRNA)인 ALOX15 억제제.
  109. 제108항에 있어서, 상기 shRNA는 하기를 포함하는 ALOX15 억제제: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (서열 번호 9); b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (서열 번호 10); c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (서열 번호 11); d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (서열 번호 12); e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (서열 번호 13); f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (서열 번호 14); g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (서열 번호 15); 또는 h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (서열 번호 16).
  110. 제107항에 있어서, Cas 단백질 및 ALOX15 게놈 핵산 분자 내 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 가이드 RNA (gRNA)를 포함하는 ALOX15 억제제.
  111. 제110항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 ALOX15 억제제.
  112. 제110항 또는 제111항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917을 포함하거나 이에 근접한 것인 ALOX15 억제제.
  113. 제110항 또는 제111항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 9,917에 해당하는 위치의 약 1000, 약 500, 약 400, 약 300, 약 200, 약 100, 약 50, 약 45, 약 40, 약 35, 약 30, 약 25, 약 20, 약 15, 약 10, 또는 약 5개 뉴클레오티드로부터 위치하는 ALOX15 억제제.
  114. 제110항 또는 제111항에 있어서, 상기 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM) 서열은 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 약 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 ALOX15 억제제.
  115. 제110항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개 뉴클레오티드를 포함하는 ALOX15 억제제.
  116. 제110항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 19-43 중 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 ALOX15 억제제.
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