JP2022513367A - Kras腫瘍遺伝子の活性化を阻害するためのフラバグリン誘導体 - Google Patents

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Abstract

本発明は、KRAS腫瘍遺伝子の活性化の阻害剤に関し、これは、KRAS活性化を阻害するためにプロヒビチンを標的にする能力を有するフラバグリン誘導体である。本発明によるフラバグリン誘導体は、一般式(I)JPEG2022513367000012.jpg60161(式中、R1は、-HO、-COO、-C(NH)O、-CO(NH)N-(CH3)2、-CO(NH)(NH2)であり、R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH3)2であり、R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、R6は、-H、-HO、-Fであり、R7は、-H、-HOであり、R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、R9は、-O-CH3、-O-(CH2)2-NH-CH3である)を有する。本発明はさらに、1つまたは複数の前記フラバグリン誘導体を含む医薬組成物およびKRAS活性化を阻害するための方法における使用に関する。

Description

本発明は、KRAS腫瘍遺伝子の活性化の新規な阻害剤に関し、これは、KRAS腫瘍遺伝子の活性化を特異的および効果的に阻害するためにプロヒビチンを標的にする能力を有するフラバグリン誘導体である。本発明はさらに、1つまたは複数の前記フラバグリン誘導体を含む医薬組成物ならびにin vitroとex vivoの両方でKRAS活性化を阻害するための方法におけるそれらの使用に関する。本発明はさらに、RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患、特にKRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害の予防または治療における前記フラバグリン誘導体の使用に関する。
RASタンパク質は、原形質膜と会合し、GDPまたはGTPのいずれかと結合できる、密接に関連した単量体球状タンパク質群を表す。結合したGDPを含有するRASは、「不活性」状態を表すが、GDPの代わりのGTPとRASとの結合は、「活性」状態を表すので、タンパク質が下流標的の他のタンパク質と相互作用することができる。RASタンパク質は、種々のエフェクタータンパク質による細胞の外から核への細胞外シグナルの伝達を制御する分子スイッチとして機能する小GTPアーゼと考えることができる(Downward,J. Targeting RAS signalling pathways in cancer therapy. Nat Rev.Cancer 3、11~22頁(2003))。3つのRASイソ型(KRAS、HRASおよびNRAS)があり、それらの活性化サイクルは、GDPまたはGTPの結合によって調節されており、同様にGAPまたはGEFによって制御されている(Rajalingam,K.、Schreck,R.、Rapp,U.R.&Albert,S. Ras oncogenes and their downstream targets. Biochim.Biophys.Acta 1773、1177~1195頁(2007))。それらのGTP結合型形態では、それらは、それらのエフェクタータンパク質と結合し、種々の基本的な細胞プロセスを制御する複数のシグナル伝達経路の引き金となる。ヒト癌のほぼ30%が、RAS腫瘍遺伝子に機能獲得突然変異を有しており、3つのイソ型の中で、KRAS(85%)は、最も頻繁に変異した腫瘍遺伝子の1つであり、それにNRAS(11%)およびHRAS(4%)が続く(COSMICデータベース)。多くの研究は、いくつかの癌で「発癌性ドライバー」としてのRASの役割を示している(Hobbs,G.A.、Der,C.J.&Rossman,K.L. RAS isoforms and mutations in cancer at a glance. J Cell Sci 129、1287~1292頁、doi:10.1242/jcs.182873(2016))。通常、RASの変異は、GAP媒介GTP加水分解に欠陥を生じさせ、したがって、GTP結合活性状態のRASの蓄積をもたらす。RASイソ型における変異のほとんどは、3つのホットスポット残基(G12、G13およびQ61)に影響を及ぼし、最近の研究から、これらの変異の生物学的結果は同一ではないことが明らかになった(Miller,M.S.&Miller,L.D. RAS Mutations and Oncogenesis:Not all RAS Mutations are Created Equally. Front Genet 2、100、doi:10.3389/fgene.2011.00100(2011))。
30年間の熱心な努力にもかかわらず、RAS腫瘍遺伝子を直接標的化している薬物は、臨床応用に達していない。3つのRASイソ型は、82~90%の配列同一性を示し、違いのほとんどはC末端のHVR領域に限定されている。HVR領域におけるアミノ酸配列の相違が、これらの3つのRASイソ型によって誘発される生物学的応答の違いに直接寄与するかどうかは、十分に理解されていない。選択的スプライシングによって、2つのKRASイソ型が生成され(KRAS4AおよびKRAS4B)、KRAS4Bは癌で主に発現される。KRAS変異は、膵癌、肺癌および結腸癌で頻繁に確認されるが、NRAS変異は黒色腫でしばしば起こり、HRAS変異は頭頸部癌で顕著である。RASイソ型特異的変異の背後にある根本的なメカニズムとそれらの組織に特異的な役割は、現在明らかではない。さらに、それらの翻訳後修飾および細胞内局在に関して、RASイソ型間で有意差がある(Simanshu,D.K.、Nissley,D.V.&McCormick,F. RAS Proteins and Their Regulators in Human Disease. Cell 170、17~33頁、doi:10.1016/j.cell.2017.06.009(2017))。
KRAS4AおよびKRAS4Bは、原形質膜の脂質ナノクラスター内のリン脂質へのそれらの親和性に関与している多塩基性ストレッチを有する(Zhou,Y.&Hancock,J.F. Ras nanoclusters:Versatile lipid-based signalling platforms. Biochim Biophys Acta 1853、841~849頁、doi:10.1016/j.bbamcr.2014.09.008(2015))。KRAS4Bはまた、内膜へのその局在化を表し得るS181でリン酸化される可能性がある(Prior,I.A.&Hancock,J.F. Ras trafficking, localization and compartmentalized signalling. Semin Cell Dev Biol 23、145~153頁、doi:10.1016/j.semcdb.2011.09.002(2012))。HRASは、2つの残基でパルミトイル化されるが、KRAS4AおよびNRASは、HVR領域における単一残基でパルミトイル化される。これらの修飾は、同様に、下流シグナル伝達を同様に表す原形質膜マイクロドメインへのそれらの分布を決定する。
KRASは、ヒト癌で最も一般的に変異した腫瘍遺伝子であり、膵癌、結腸癌および肺癌で特に高頻度であるため、治療戦略を進化させるための努力がなされてきた。WO 2017/058768 A1は、G12C変異体KRASタンパク質の阻害剤としての活性を有する化合物について記載している。類似の化合物も、US 2014/288045 A1に記載されている。KRAS変異は、純粋な予後に関連しているが、KRAS腫瘍性タンパク質の変異体形態を発現する癌を特異的に治療するのに有効な治療法はない。
最近の研究では、フラバグリンは、天然の抗腫瘍薬であり、プロヒビチン1(PHB1)-CRAF相互作用を直接標的にし、その結果、CRAFが不活性化され、RAS媒介腫瘍形成に必要とされるMAPK経路が遮断されることが明らかになった。キナーゼドメインの構造が類似しているので、小分子キナーゼ阻害剤は、しばしば望ましくない副作用をもたらす。さらに、癌患者は、キナーゼ阻害剤に対する耐性を頻繁に生じる(Lovly CM、Shaw AT. Molecular pathways:resistance to kinase inhibitors and implications for therapeutic strategies. Clin Cancer Res 2014;20:2249~2256頁)。したがって、発癌性キナーゼを不活性化するためにキナーゼドメインまたはタンパク質間相互作用ドメインの外側の発癌性キナーゼを標的にすることは、ヒト癌または他のKRASシグナル伝達関連障害と闘うための魅力的な戦略になる。
ロカグラミドを用いた治療は、KRAS変異型細胞株のRAS活性化を阻害するが、物質は、KRASと密接に関連するイソ型HRASおよびNRASとを区別するのに十分なほど特異的ではない(H Yurugiら、targeting prohibitants with chemical ligands inhibits KRAS-mediated lung tumours、oncogene(2017)、Vol.36:4778~4789頁))。
種々のフラバグリン誘導体は、細胞毒性を示すことも知られている。WO 2010/060891 A1は、ロカグラオール誘導体および抗悪性腫瘍薬の心毒性を予防または制限するためのこれらの誘導体の使用について記載している。
WO 2012/0666002 A1は、フラバグリン誘導体ならびに神経保護剤および/または心保護剤および/または制癌剤としてのそれらの使用について記載している。
WO 2005/113529 A2は、シクロペンタ「b」ベンゾフラン誘導体ならびに医薬品の製造、特に急性または慢性疾患の予防および/または治療のためのそれらの利用について記載している。さらに、フラバグリンは、強力な抗癌剤および細胞保護剤として記載されている(Journal of Medicinal Chemistry、vol.55、no.22、2012年11月26日(2012-11-26)、10064~10073頁;Yurugi Hら、「Targeting prohibitions with chemical ligands inhibits KRAS-mediated lung tumours」(vol.36、4778頁、2019)、Oncogene、vol.36、no.42、2017年10月19日(2017-10-19)、5914頁)。
WO 2017/058768 A1 US 2014/288045 A1 WO 2010/060891 A1 WO 2012/066602 A1 WO 2005/113529 A2
Downward,J. Targeting RAS signalling pathways in cancer therapy. Nat Rev.Cancer 3、11~22頁(2003) Rajalingam,K.、Schreck,R.、Rapp,U.R.&Albert,S. Ras oncogenes and their downstream targets. Biochim.Biophys.Acta 1773、1177~1195頁(2007) Hobbs,G.A.、Der,C.J.&Rossman,K.L. RAS isoforms and mutations in cancer at a glance. J Cell Sci 129、1287~1292頁、doi:10.1242/jcs.182873(2016) Miller,M.S.&Miller,L.D. RAS Mutations and Oncogenesis:Not all RAS Mutations are Created Equally. Front Genet 2、100、doi:10.3389/fgene.2011.00100(2011) Simanshu,D.K.、Nissley,D.V.&McCormick,F. RAS Proteins and Their Regulators in Human Disease. Cell 170、17~33頁、doi:10.1016/j.cell.2017.06.009(2017 Zhou,Y.&Hancock,J.F. Ras nanoclusters:Versatile lipid-based signalling platforms. Biochim Biophys Acta 1853、841~849頁、doi:10.1016/j.bbamcr.2014.09.008(2015) Prior,I.A.&Hancock,J.F. Ras trafficking, localization and compartmentalized signalling. Semin Cell Dev Biol 23、145~153頁、doi:10.1016/j.semcdb.2011.09.002(2012) Lovly CM、Shaw AT. Molecular pathways:resistance to kinase inhibitors and implications for therapeutic strategies. Clin Cancer Res 2014;20:2249~2256頁) H Yurugiら、targeting prohibitants with chemical ligands inhibits KRAS-mediated lung tumours、oncogene(2017)、Vol.36:4778~4789頁) Journal of Medicinal Chemistry、vol.55、no.22、2012年11月26日(2012-11-26)、10064~10073頁 Yurugi Hら、「Targeting prohibitions with chemical ligands inhibits KRAS-mediated lung tumours」(vol.36、4778頁、2019) Oncogene、vol.36、no.42、2017年10月19日(2017-10-19)、5914頁
したがって、本発明の目的は、特異性の高い、ナノモル濃度で細胞のKRASの活性化を阻害する能力を有する、薬学的に活性な化合物を提供することである。この目的は、請求項1に記載のフラバグリン誘導体によって解決される。本発明の好ましい実施形態は、従属クレームの一部である。
本発明の新規なフラバグリン誘導体は、プロヒビチン経路を阻害することにより、特に細胞におけるEGF誘導RAS-GTP付加(loading)を阻害することにより、RAS腫瘍遺伝子活性化の阻害剤として適格である。発明者らはさらに、本発明のフラバグリン誘導体が、ナノモル濃度で、変異したKRASを保有する細胞のKRASへのGTP付加を損なうことを示す。可能性のある候補物質を特定するために、発明者らは、活性化されたKRAS(EGFおよび変異活性化の両方による)と細胞内のCRAFキナーゼのRas結合ドメイン(RBD)との間の相互作用を直接破壊することにより、RASの活性化を阻害することができるフラバグリン化合物のスクリーニングを実施した。このスクリーニングの1つの結果として、発明者らは、KRASの阻害剤として適格なフラバグリンのいくつかの誘導体を特定した。特定されたフラバグリン化合物は、共通のコア構造に基づいているが、側鎖が異なることによって互いに異なる。
用語「フラバグリン誘導体」は、本発明では、KRASのGTP付加を阻害し、それによってGTPアーゼの不活性化をもたらすフラバグリン群に関する。
本発明のフラバグリン誘導体は、アグライア属の植物から単離した天然フラバグリンからも見つけることができる、シクロペンタベンゾフラン環を含む(Basmadjian,C.、Thuaud,F.、Ribeiro,N.&Desaubry,L. Flavaglines: potent anticancer drugs that target prohibitins and the helicase elF4A. Future Med Chem 5、2185~2197頁、doi:10.4155/fmc.13.177(2013))。したがって、本発明による所望の活性を有するフラバグリン誘導体は、以下の一般式(I)
Figure 2022513367000002
(I)
(式中、
R1は、-HO、-COO、-C(NH)O、-CO(NH)N-(CH32、-CO(NH)(NH2)であり、
R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
R6は、-H、-HO、-Fであり、
R7は、-H、-HOであり、
R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
に基づいている。
最も驚くべきことに、特定のフラバグリンのセットだけが、非常に低いナノモル濃度で、KRASを特異的に阻害することができる。これは、本発明の化合物が、RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患の治療において、効果的な治療薬であると認定する。本発明のフラバグリン誘導体は、動物モデルを使用して示されているように、KRAS活性化を効率的に阻害し、in vitroおよびin vivoでの腫瘍細胞の発癌性増殖を防止する。
ロカグラミド以外の本発明による最も強力なKRAS阻害剤は、以下の構造
Figure 2022513367000003
の1つを含むFL3、FL10、FL13、FL15、FL19、FL23、FL32、FL37、FL40、FL42、またはIMD-26260のいずれか1つである。
本発明のフラバグリン誘導体は、KRASのナノ・クラスタリングを効率的に阻害し、それによってエフェクタータンパク質活性化を防ぐ。これらの効果は、プロヒビチンの減少によって再現され、KRAS活性化の調節におけるプロヒビチンの直接的な役割を示唆している。さらにより具体的には、本発明の化合物は、特定のKRAS変異体とCRAF-RBD、特に少なくとも1つまたは複数のKRAS G12V、G12C、G12D、G13C、G13D、G13S、Q61H、Q61R、Q61K変異を有する変異したKRAS遺伝子との相互作用を阻害する。驚くべきことに、ナノ分子濃度は、本発明のフラバグリン化合物が、変異したKRASに対する所望の阻害効果を誘発するのに十分である。ナノ・ビットアッセイおよび反応速度論実験の実施によって明らかになったように、KRAS活性化は、25nMのIC50において効果的に阻害される。
別の態様では、本発明は、in vitroまたはex vivoで細胞内のKRAS活性化を阻害するための特定されたフラバグリン誘導体の使用に関する。好ましい実施形態では、本発明の化合物は、KRASを特異的に標的にすることによって細胞集団の増殖を特異的に阻害する方法で使用することができる。本発明の好ましい変形形態では、KRAS4AまたはKRAS4Bは、特異的に阻害されるが、HRASまたはNRASナノクラスタリングは阻害されない。方法は、細胞集団と本発明のフラバグリン誘導体とを接触させるステップを含む。好ましくは、細胞集団の増殖の阻害が、細胞集団の細胞生存率の低下として測定される。好ましくは、方法は、in vitroまたはex vivo方法である。
本発明はまた、RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患の予防または治療における使用のための、一般式(I)
Figure 2022513367000004
(式中、
R1は、-HO、-COO、-C(NH)O、-CO(NH)N-(CH32、-CO(NH)(NH2)であり、
R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
R6は、-H、-HO、-Fであり、
R7は、-H、-HOであり、
R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
を有するフラバグリン誘導体である化合物、および薬学的に許容されるビヒクル、希釈剤、アジュバントまたは賦形剤を含む、医薬組成物に関する。好ましくは、疾患は、KRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害である。
好ましい実施形態では、医薬組成物は、フラバグリン誘導体を含み、それは以下の化学構造
Figure 2022513367000005
を有するFL3、FL10、FL13、FL15、FL19、FL23、FL32、FL37、FL40、FL42、またはIMD-26260である。
好ましい実施形態では、薬学的に許容されるビヒクル、希釈剤、アジュバントまたは賦形剤は当業者に公知であり、ヒトまたは家畜での使用に許容されている、任意の担体、希釈剤、防腐剤、染料/着色剤、調味料、界面活性剤、分散剤、懸濁化剤、安定剤、等張剤、溶媒、または乳化剤であってよい。
本発明による「医薬組成物」は、本発明の1種または複数の化合物と、生物学的に活性な化合物を哺乳動物、例えばヒトまたは動物に送達するために当技術分野で一般に受け入れられている培地との配合物を意味する。
用語「ex vivo」は、本発明の範疇において、ヒトまたは動物の体外で行われる事象を意味する。
本発明が示すとおり、本発明のフラバグリン誘導体を用いた治療は、細胞におけるKRAS GTP付加を直接阻害し、これは化合物を、RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患、特にKRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害の予防または治療における使用のための生物学的および薬学的に有効な薬剤として適したものにする。このような疾患は、新生物増殖性疾患、癌、RAS病または頭蓋顔面症候群のいずれかであってよい。特に、変異したKRASまたは他のRASイソ型が役割を果たす任意の癌は、本発明の化合物の適切な標的であり、好ましくは結腸直腸癌、肺癌、血液癌、MYH関連ポリポーシス、膀胱癌、黒色腫、急性骨髄性白血病(AML)、または膵癌などの癌である。RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患の好ましい標的は、変異したKRAS遺伝子、特にG12V、G12C、G12D、G13C、G13D、G13S、Q61H、Q61R、Q61K変異を有するようなものである。しかしながら、KRAS阻害に敏感な他のKRAS変異体、特にCRAF-RBDまたは他のRasエフェクタータンパク質との相互作用がフラバグリン誘導体によって阻害されるKRAS変異体も、本発明によって包含される。
本発明は、以下の実施例によってより詳細に説明される。
以下の実験は、本発明のフラバグリン誘導体のin vitroおよびin vivo効果を示す。
以下では、発明者らは、本発明のフラバグリン誘導体を用いた原形質膜関連プロヒビチンの標的化が、KRASのGTP付加を阻害し、GTPアーゼ活性の不活性化をもたらすことを示す。
ロカグラミドがHeLa細胞のEGFに応答してRAS活性化を防ぐかどうかを試験するための対照実験を示す。HeLa細胞をRocで1時間処理してからEGF刺激を行った。左パネルは、EGF非刺激状態からのブロットを示し、右パネルは、EGF刺激状態を示す。GTP付加Rasを、RAF RBDドメインおよびRap GDS RAドメインについてプルダウンアッセイによって検出した(下から2つのパネル)。CRAF-RBDおよびRal-GDS-RAドメインを使用するクリプトプルダウンアッセイを行った。EGFに応答したRASの活性化は、200nM濃度のロカグラミドで細胞を前処理することによって阻害された。次いで、KRASの活性化を定量化するために、KRASおよびCRAF-RBDを使用するナノ・ビットアッセイを確立した。 KRASの不活性な変異体であるKRAS S17Nは、CRAF-RBDとの相互作用に失敗し、使用したアッセイの感度と頑健性(robustness)を確認したことを示す。KRAS GTP付加のためのナノ・ビットアッセイを、Hela細胞で行った。KRAS変異体発現プラスミドを、Hela細胞にトランスフェクトし、細胞をナノ・ビットアッセイに使用した。それぞれのKRAS変異体について、DMSO処理細胞からの値を1とし、化合物の阻害倍率(fold inhibition)を図に示す。棒は、3つの独立した実験から、平均値±SEMを表す。 KRAS活性アッセイで試験して、それらの化合物のうちのどれが(変異した)KRAS活性化を阻害できるかを調べた、ロカグラミドを含む異なるフラバグリン誘導体を示す。化合物は、側鎖が互いに異なる。可能性のある候補を、KRASの阻害を決定したナノ・ビットアッセイによって特定した。 試験した全ての化合物がKRASの不活性化をもたらすわけではないが、フラバグリンのサブセット、特にFL3、FL10、FL13、FL15、FL19、FL23、FL32、FL37、FL40、FL42、またはIMD-26260、同様にロカグラミドがもたらすことを示す。FL1、FL6、FL26、FL30のようないくつかの候補は、特徴的なシクロペンタベンゾフラン環の存在にもかかわらずKRAS活性化の阻害に失敗し、それらの側鎖の構造部分がKRAS阻害能力に寄与することを示唆している。野生型KRASがEGFで活性化されたとき、類似の結果が得られた。ナノ・ビットシステムを使用して、化合物の効果を評価した。KRAS WTトランスフェクト細胞の場合、細胞を無血清培地中100nM化合物で4時間処理し、続いてEGF刺激(100ng/ml)を30分間行った。KRAS G12Vトランスフェクト細胞の場合、細胞を100nM化合物で4時間処理した。処理または刺激後、使用説明書に従ってナノ・ビットアッセイを行った。データは、ルミネセンスの相対値の結果を示し、DMSO処理細胞からの値を1とした。棒は、平均値±SEM(n=4)を表す。 原形質膜におけるFRET-FLIM分析RASナノクラスター(KRAS、HRASおよびNRAS)を示す。本発明のフラバグリン誘導体は、K-RasG12V、H-RasG12VおよびN-RasG12Vナノ・クラスタリング-FRETが示すとおり、原形質膜におけるKRASナノクラスター形成を特異的に阻害する。HEK-293 EBNA細胞は、ドナー蛍光体の寿命のために、pmGFPタグ付きK-RasG12VまたはH-RasG12VまたはN-RasG12V(1μg)を用いてトランスフェクトした。FRET対を発現する細胞の場合、細胞は、pmGFP-KRasG12V(0.5μg)およびpmCherry-KRasG12V(1.5μg)、またはpmGFP-H-RasG12V(0.5μg)およびpmCherry-H-RasG12V(1.5μg)、またはpmGFP-N-RasG12V(0.5μg)およびpmCherry-N-RasG12V(1.5μg)を用いて同時トランスフェクトした。トランスフェクションの24時間後、細胞を、0.1%DMSO対照または25nMもしくは50nMのロカグラミドで処理した。処理の24時間後、細胞を4%PFAで固定した。棒の数は、分析した細胞の数を示す。Tukey比較で補完した1元配置分散分析(有意;****P<0.0001;ns、有意差なし)を使用して、対照と処理試料の統計的に有意な差を調べた。棒は、3つの独立した生物学的実験から、平均値±SEMを表す。 KRAS変異型細胞株(Calu-1、ASPC-1およびHCT-116)のRAS活性化に対するフラバグリン誘導体のナノモル濃度(100nm)の影響を示す。RASの活性化を、上記のクリプトプルダウンアッセイによってモニターした。CRAFおよびMEK1の活性化は、免疫ブロット分析によってチェックした。 MTTアッセイによって試験した腫瘍細胞株の生存率に対する3つのフラバグリン誘導体の影響を示す。データを、3つの独立した実験から示す(n=3)。 本発明のフラバグリン誘導体の影響を明らかにする、軟寒天内コロニー形成アッセイを示す。3つの独立した実験からのデータを示す(n=3)。
データは、本発明のフラバグリン誘導体がKRASナノクラスターの形成を破壊するが、HRASまたはNRASナノクラスターを破壊しないことを例示する。したがって、本発明の化合物は、おそらく原形質膜内の脂質のプロヒビチン依存性分離に影響を与えることにより、KRAS阻害に特異的である。
データはまた、癌細胞の増殖が、MTTおよび軟寒天アッセイを使用することにより、in vitroで阻害できることを例示する。本発明のフラバグリン誘導体は、IC50が低ナノ分子範囲(6~20nM)の、KRAS変異を有する、HCT-116、ASPC-1およびCalu-1細胞の増殖を阻止するのに効果的である。
これらの研究は、自発性マウスモデルを使用することにより、in vivo動物モデルに拡張された。KRAS G12D-駆動NSCLCマウスモデルを使用した。KRAS G12Dの発現は、約2か月間のドキシサイクリン処理によって誘導され、それに続いて2,5mg/kgで本発明のフラバグリン誘導体を用いてマウスの処理を6週間行った。フラバグリン誘導体処理は、肺結節の数の大幅な減少をもたらし、in vivoにおけるKRAS G12D-由来のNSCLCの増殖および維持がうまく阻害されたことを示唆している(データは示さず)。
データは、in vitro細胞培養モデルならびに自発性マウスモデルの両方において、ナノモル濃度でKRASを特異的に阻害する自然な抗腫瘍薬を明らかにする。したがって、本発明の化合物は、RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患、特に新生物増殖性疾患、癌、RAS病または頭蓋顔面症候群に適している。変異したKRASを特徴とする悪性癌疾患は、結腸直腸癌、肺癌、血液癌、MYH関連ポリポーシス、膀胱癌、黒色腫、急性骨髄性白血病(AML)、または膵癌である。
材料および方法
細胞
482T1細胞は、Tyler Jackの研究室からの厚意による贈与であり、DMEM(10%熱不活性化FBS)で培養した。Calu-1細胞は、Sigma-Aldrichから入手し、McCoyの5A培地(10%熱不活性化FBS)で培養した。HeLa(DSMZ)およびHCT-116(Ulf Rappからの贈与)は、Eurofin genomicsによって認証されており、DMEM(10%熱不活性化FBS)で培養した。ASPC-1細胞は、DSMZから購入し、RPMI-1640(10%熱不活性化FBS)で培養した。HeLa細胞は、ロカグラミドまたはフラバグリンを含んだ無血清培地中で4時間飢餓状態にさせ、EGF(100ng/ml)で30分間刺激した。KRAS変異保有細胞は、完全増殖培地中で24時間Rocを用いて処理した。
DNA/siRNAトランスフェクション
HeLa細胞を、PBS中0.05%トリプシン/0.02%EDTAと一緒に回収し、6ウェルまたは12ウェル細胞培養プレート内に、完全DMEM中細胞5×104個の濃度(6ウェルプレートに2mlおよび12ウェルプレートに1ml)で播種した。播種から1日後、DNAまたはsiRNAを種々のトランスフェクション試薬(後述)と混合し、1~2日間ウェルに加えた。培地を無血清DMEMと交換し、フラバグリン(100nM)と一緒に37℃で4時間インキュベートした。細胞を飢餓状態にさせた後、細胞をEGF(100ng/ml)で30分刺激した。次いで細胞を溶解させ、後述のRAF-RBDビーズを用いて活性化させたRASを細胞から捕捉した。HCT-116細胞を、PBS中0.05%トリプシン/0.02%EDTAと一緒に回収し、細胞5×104個/mlの濃度、6ウェルプレート中2mlで、6ウェル細胞培養皿内に播種した。1日後、siRNAトランスフェクション試薬をウェルに加え、細胞をさらに2日間培養した。細胞をPBSで洗浄し、活性Rasプルダウンアッセイに使用した。
DNAトランスフェクション試薬
Figure 2022513367000006
siRNAトランスフェクション試薬
PHB1:5’-CCCAGAAAUCACUGUGAAA-3,5’-UUUCACAGUGAUUUCUGGG.CRAF:5’-GGAUGUUGAUGGUAGUACATT-3’,5’-UGUACUACCAUCAACAUCCAC-3’
Figure 2022513367000007
活性Rasプルダウンアッセイ
刺激または処理後、活性Rasプルダウンアッセイ緩衝液(25mM Tris-HCl pH7.2、150mM NaCl、5mM MgCl2、1%NP-40、5%グリセリンとプロテアーゼ阻害剤カクテル)を各ウェルに加え、氷上で30分間インキュベートした。細胞を3秒間超音波処理し、細胞溶解物を4℃、13000rpmで15分間遠心分離した。タンパク質濃度を660nmタンパク質アッセイ試薬(Thermoscientific)によって調整し、全細胞溶解物対照のために溶解物の20%を捕集した。10μlのCRAF-RBDタンパク質コートアガロースビーズを残りの溶解物に加え、4℃で60分間回転させた。インキュベーション後、ビーズを結合緩衝液で2回洗浄し、50μlのSDS-PAGE試料緩衝液(125mM Tris-HCI pH6.8、4%SDS、10%グリセリン、BPB)を加えた。
SDS-PAGEおよびウェスタンブロット法
試料を14%SDS-PAGEに載せ、続いてウェスタンブロット法を行った。移した後、膜を、室温で1時間、3%BSA/TBST(20mM Tris-HCI、pH7.5、150mM NaCl、0.05% Tween-20)でブロックした。膜を、1%BSA/TBSTで希釈した一次抗体とインキュベートし、4℃で終夜インキュベートした。終夜のインキュベーション後、膜をTBSTで洗浄し(5分×5)、TBST中でHRP標識二次抗体と室温で1時間インキュベートした。二次抗体処理後、膜を洗浄し、化学ルミネセンス基質(Millipore)およびChemidoctouch(Bio-Rad)でシグナルを可視化した。
顕微鏡分析
トランスフェクションの1日後、細胞を回収し、カバースリップ(18mm×18mm)に播種し、24時間培養した。培地を無血清DMEMに交換し、化合物(100nM)と一緒に37℃で4時間インキュベートした。飢餓状態後、細胞をEGF(100ng/ml)で30分間刺激した。スライドを、室温で15分間Riti HistoFixで固定し、続いてPBS中0.1%TritonX-100を用いた透過化処理を3分間行い、スライドを0.5%BSA/PBSで室温で1時間ブロックした。カバースリップを、0.5%BSA/PBS中の一次抗体(1/500、抗FLAG M2抗体、Sigma)と一緒に室温で2時間インキュベートした。続いてこれを、0.5%BSA/PBS中のHoechst(5μg/ml)を含むCy3標識抗マウスIgGと一緒に室温で1時間インキュベートした。カバースリップをPBSで洗浄し(5回)、Mowiol/DABCO溶液でガラススライドに装着した。
ナノ・ビットアッセイ
N末端LgBitおよびC末端smBit構築物は、Promegaから購入し、KRAS(全長)は、Xho IおよびBgl IIでLgBitにクローン化し、CRAF-RBD(1~149)は、EcoRIおよびBgl IIでSmBitにクローン化した。構築物は、HeLa細胞にトランスフェクトし、トランスフェクションの1日後に細胞を回収し、96ウェル白色プレートに播種した。細胞を96ウェルプレートで1日間培養し、次いで培地を、化合物を含む無血清DMEMと0~4時間交換した。前処理後、KRAS WT-トランスフェクト細胞をEGFで30分間刺激した。Nano Gloアッセイを、製造業者の使用説明書に従って、EGF刺激KRAS WTトランスフェクト細胞またはKRAS G12V-トランスフェクト細胞について行った。Tecan infinite(Tecan)を使用してルミネセンスを測定した。
MTTアッセイ
HCT-116、Calu-1およびASPC-1細胞を、細胞5×104個/mlの濃度、96ウェル細胞培養プレート中50μlで、96ウェルプレートに播種し、1日間培養した。50μlの化合物含有増殖培地をウェルに加え、プレートを48時間培養した。10μlのMTT溶液をウェルに加え、2~3時間インキュベートした。MTTとのインキュベーション後、可溶化緩衝液を加え、終夜インキュベートした。プレートリーダー(TECAN)を用いて、O.D.570nmでMTTを測定した。
軟寒天コロニー形成アッセイ
1.5%アガロース溶液を、2X増殖培地(100nMロカグラミドを含むまたは含まない20%FBS)と混合し、6ウェルプレート中に1.5mlの0.75%アガロース/1×増殖培地と入れ、少なくとも10分間室温でインキュベートしてアガロースを凝固させた。HCT-116およびASPC-1細胞を、2X増殖培地(100nMロカグラミドを含むまたは含まない20%FBS)で希釈し、0.9%アガロース溶液と混合した。1×増殖培地中の0.45%アガロース中の1.5mlの細胞懸濁液を、下部のアガロース層に加えた。軟寒天中に播種した細胞は、2~4週間培養し、続いてクリスタルバイオレット溶液で染色した。画像をChemiDoc Touch(Bio-Rad)装置で撮影し、コロニー数をimage Jソフトウェアによってカウントした。
自発性マウスモデル
自発性モデルはDr.Bockampによって作製され、厚意により贈与された。Dr.Jeffrey A.Whitstettによって作製されたSP-C/rtTA(SP-C)マウスは、Tet-op-K-Ras4bG12D(K-RasG12D)マウス16(Fisher、Wellenら 2001)と交配させた。導入遺伝子活性化のために、マウスにDOXを含有する餌を与えた。DOX食餌を調製するために、3gのDOXを3l ddH2Oに溶解させた。次いで、900mlのDOX溶液(600mg/ml)を2kgの餌ペレットに加えた。浸漬させたペレットを37℃で2日間インキュベートし、給餌には乾燥食餌を使用した。腫瘍の成長のために、治療の前にマウスにdox食餌を2か月間給餌し、ロカグラミド(2.5mg/kg)を6週間腹腔内に投与した。
(式中、
R1は、-OH、-O-CH=O、-NH-CH=O、-NH-(C=O)-N(CH 3 2 、-NH-(C=O)-NH 2 であり、
R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
R6は、-H、-HO、-Fであり、
R7は、-H、-HOであり、
R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
に基づいている。
(式中、
R1は、-OH、-O-CH=O、-NH-CH=O、-NH-(C=O)-N(CH 3 2 、-NH-(C=O)-NH 2 であり、
R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
R6は、-H、-HO、-Fであり、
R7は、-H、-HOであり、
R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
を有するフラバグリン誘導体である化合物、および薬学的に許容されるビヒクル、希釈剤、アジュバントまたは賦形剤を含む、医薬組成物に関する。好ましくは、疾患は、KRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害である。

Claims (14)

  1. KRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害の予防または治療における使用のための、一般式(I)
    Figure 2022513367000008
    (式中、
    R1は、-HO、-COO、-C(NH)O、-CO(NH)N-(CH32、-CO(NH)(NH2)であり、
    R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
    R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
    R6は、-H、-HO、-Fであり、
    R7は、-H、-HOであり、
    R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
    R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
    を有するフラバグリン誘導体である、KRAS腫瘍遺伝子の活性化の阻害剤。
  2. フラバグリン誘導体が、以下の構造:
    Figure 2022513367000009
    を有するFL3、FL10、FL13、FL15、FL19、FL23、FL32、FL37、FL40、FL42、またはIMD-26260である、請求項1に記載のKRAS腫瘍遺伝子の活性化の阻害剤。
  3. RASシグナル伝達に、変異したKRAS遺伝子が関与する、請求項1または請求項2に記載のKRAS腫瘍遺伝子の活性化の阻害剤。
  4. KRAS遺伝子が、G12V、G12C、G12D、G13C、G13D、G13S、Q61H、Q61R、および/またはQ61K変異を含有する、請求項3に記載のKRAS腫瘍遺伝子の活性化の阻害剤。
  5. in vitroまたはex vivoで細胞内のKRAS活性化を阻害するための、請求項1から4のいずれか一項に記載の構造のいずれか1つを含む化合物の使用。
  6. KRASを標的にすることによって細胞集団の増殖を特異的に阻害する方法であって、細胞集団と請求項1から4のいずれか一項に記載の化合物とを接触させるステップを含む、方法。
  7. 細胞集団の増殖の阻害が、細胞集団の細胞生存率の低下として測定される、請求項6に記載の方法。
  8. RASシグナル伝達が病理学的に関与している疾患の予防または治療における使用のための、一般式(I)
    Figure 2022513367000010
    (式中、
    R1は、-HO、-COO、-C(NH)O、-CO(NH)N-(CH32、-CO(NH)(NH2)であり、
    R2は、-H、-COO-CH3、-CO(NH)-CH3、-NO(CH32であり、
    R3、R4、R5は、それぞれ独立に、-H、-OHであり、
    R6は、-H、-HO、-Fであり、
    R7は、-H、-HOであり、
    R8は、-H、-OCH3、-Br、-F、-Clであり、
    R9は、-O-CH3、-O-(CH22-NH-CH3である)
    を有するフラバグリン誘導体である化合物、および薬学的に許容されるビヒクル、希釈剤、アジュバントまたは賦形剤を含む、医薬組成物。
  9. 疾患が、KRAS変異型増殖性障害または遺伝子障害である、請求項8に記載の医薬組成物。
  10. フラバグリン誘導体が、以下の構造
    Figure 2022513367000011
    を有するFL3、FL10、FL13、FL15、FL19、FL23、FL32、FL37、FL40、FL42、またはIMD-26260である、請求項8から9のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  11. 疾患が、新生物増殖性疾患、癌、RAS病または頭蓋顔面症候群である、請求項8に記載の医薬組成物。
  12. 癌が、結腸直腸癌、肺癌、血液癌、MYH関連ポリポーシス、膀胱癌、黒色腫、急性骨髄性白血病(AML)、または膵癌である、請求項11に記載の医薬組成物。
  13. RASシグナル伝達に、変異したKRAS遺伝子が関与する、請求項8に記載の医薬組成物。
  14. 変異したKRAS遺伝子が、G12V、G12C、G12D、G13C、G13D、G13S、Q61H、Q61R、および/またはQ61K変異を含有する、請求項13に記載の医薬組成物。
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