JP2022505663A - IgM-Fcベース及びIgA-Fcベースの多価結合分子 - Google Patents

IgM-Fcベース及びIgA-Fcベースの多価結合分子 Download PDF

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Abstract

Figure 2022505663000001
本開示は、多量体化IgM定常領域または多量体化IgA定常領域に融合された結合ポリペプチド、例えば、受容体外部ドメイン、リガンド、またはその受容体結合フラグメントなどを含む、IgM由来結合分子及びIgA由来結合分子を提供する。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2018年10月23日に出願された米国仮特許出願第62/749,429号の利益を主張し、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。このASCIIの写しは、2019年10月23日に作成されたものであり、09789-021WO1-Sequence-Listingと名付けられ、190,396バイトのサイズである。
背景
多量体化することができる抗体及び抗体様分子(例えば、IgA抗体及びIgM抗体)は、例えば、免疫腫瘍学及び感染性疾患の分野で、特異性の改善、アビディティーの改善、及び複数の結合標的への結合能を可能にする有望な薬物候補として浮上している。例えば、米国特許第9,951,134号(特許文献1)、米国特許第10,400,038号(特許文献2)、及び米国特許第9,938,347号(特許文献3)、米国特許出願公開第US20190100597A1号(特許文献4)、米国特許出願公開第US20180118814A1号(特許文献5)、米国特許出願公開第US20180118816A1号(特許文献6)、米国特許出願公開第US20190185570A1号(特許文献7)、及び米国特許出願公開第US20180265596A1号(特許文献8)、ならびにPCT公開第WO2018/017888号(特許文献9)、PCT公開第WO2018/017763号(特許文献10)、PCT公開第WO2018/017889号(特許文献11)、PCT公開第WO2018/017761号(特許文献12)、及びPCT公開第WO2019/165340号(特許文献13)を参照されたく、これらの内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
IgGのFc領域は、治療用ポリペプチドのための融合パートナーとして長い間使用されてきた。記載された最初のFc融合タンパク質は、HIVの細胞への侵入を阻止するのに使用するためのCD4-Fc融合体であった(Capon,DJ,et al.,Nature 337:515-531(1989)(非特許文献1))。治療用タンパク質のIgG Fcへの融合は、治療用ポリペプチドを安定化し、その半減期を延長すると共に、IgG特異的エフェクター機能を提供する(Czajkowsky,DM,et al.,EMBO Mol.Med.4:1015-1028(2012)(非特許文献2))。1998年にFDAにより承認された二量体IgG1-fc-ヒトTNF受容体融合体である、エタネルセプトから始まり、今では多種多様なFc融合タンパク質が治療薬として市販されている(例えば、Czajkowsky et al.,Table 1を参照されたい)。しかしながら、IgG融合体は、IgG融合タンパク質が単量体または二量体として発現されることしかできず、一部の状況において有効性が限定されるため、限定的である。実際、TNF受容体Fc融合タンパク質の単量体形態は、TNFα阻害活性が二量体と比較して大幅に低減された(Pepel,K.,et al,J.Exp.Med.174:1483-1489(1991)(非特許文献3))。
多くの報告が、様々な方法により重合された治療用タンパク質-Fc融合体について記載している。1つの報告では、IgG Fc領域を操作してマラリア抗原-IgG融合体の六量体化を容易にしたが、IgG融合部分のエフェクター機能が変化し、この分子は、対応する単量体融合タンパク質とは対照的に、動物を免疫するために使用されたときに免疫原性でなかった(Mekhaiel,DN,et al.,Scientific Reports 1,Doi:10.1038/srep00124(2011)(非特許文献4))。別の研究では、ヒトPD-L1の外部ドメインが野生型ヒトIgM定常領域に融合され、ヒトJ鎖と共にまたはヒトJ鎖なしのいずれかで発現させられ、インビトロフローサイトメトリー及びプレートベースのイムノアッセイにおいて試験されたが、この構築物がPD-1発現細胞においてシグナル伝達を誘導する能力は試験されなかった(Ammann,JU.,et al,Eur。J.Immunol 42:1354-1356(2012)(非特許文献5)。
IgG Fc融合タンパク質の安定性及び血清半減期特性を維持する、アビディティーのより高いFc融合治療薬に対する必要性が残っている。
米国特許第9,951,134号 米国特許第10,400,038号 米国特許第9,938,347号 米国特許出願公開第US20190100597A1号 米国特許出願公開第US20180118814A1号 米国特許出願公開第US20180118816A1号 米国特許出願公開第US20190185570A1号 米国特許出願公開第US20180265596A1号 PCT公開第WO2018/017888号 PCT公開第WO2018/017763号 PCT公開第WO2018/017889号 PCT公開第WO2018/017761号 PCT公開第WO2019/165340号
Capon,DJ,et al.,Nature 337:515-531(1989) Czajkowsky,DM,et al.,EMBO Mol.Med.4:1015-1028(2012) Pepel,K.,et al,J.Exp.Med.174:1483-1489(1991) Mekhaiel,DN,et al.,Scientific Reports 1,Doi:10.1038/srep00124(2011) Ammann,JU.,et al,Eur。J.Immunol 42:1354-1356(2012)
概要
この開示は、2個、5個、もしくは6個の二価結合ユニットまたはそのバリアントもしくはフラグメントを含む、多量体結合分子であって、各結合ユニットが、細胞の表面上に発現している結合パートナーに特異的に結合する結合ポリペプチドまたはそのフラグメントに各々融合された2個のIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、該結合ポリペプチドが、抗体でも抗体の抗原結合フラグメントでもなく、該結合ポリペプチドの該結合パートナーへの結合が、該細胞におけるシグナル伝達を調節する、該多量体結合分子を提供する。ある特定の実施形態において、該結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同じ結合パートナーに結合して、その結合パートナーのシグナル伝達を調節する。その上、ある特定の実施形態において、該結合分子は、該同じ結合パートナーに結合する1個または2個の結合ポリペプチドを有する当量の一価または二価結合分子よりも高い効力で、該細胞におけるシグナル伝達を誘導し得るかまたは阻害し得る。
この開示はさらに、2個、5個、もしくは6個の二価結合ユニットまたはそのバリアントもしくはフラグメントを含む、多量体結合分子であって、各結合ユニットが、結合ポリペプチドに各々融合された2個のIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、該結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個が、リガンドまたはその受容体結合フラグメントを含む結合パートナーに特異的に結合する受容体外部ドメインを含み、該受容体外部ドメインが、抗体でも抗体の抗原結合フラグメントでもなく、該受容体外部ドメインの該リガンドへの結合が、該受容体を発現する細胞におけるシグナル伝達を調節し得る、該多量体結合分子を提供する。ある特定の実施形態において、該受容体外部ドメインのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同じリガンドに結合する。その上、ある特定の実施形態において、該結合分子は、該同じリガンドに結合する1個または2個の受容体外部ドメインを有する当量の単量体または二量体結合分子よりも高い効力で、シグナル伝達を調節し得る。
本開示によって提供される結合多量体結合分子のうちのある特定のものにおいて、各結合ユニットは、各々IgA Cα3ドメイン及びIgAテールピース(tailpiece)ドメインを含む、2個のIgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、該多量体結合分子は、J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをさらに含む。ある特定の実施形態において、各IgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、該IgA Cα3ドメイン及び該IgAテールピースドメインのN末端側に位置するIgA Cα2ドメインをさらに含む。例えば、該多量体結合分子の重鎖定常領域は、配列番号:24のアミノ酸125~353、または配列番号:25のアミノ酸113~340を含み得る。ある特定の実施形態において、各IgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、該IgA Cα2ドメインのN末端側に位置するIgAヒンジ領域をさらに含む。例えば、該多量体結合分子の重鎖定常領域は、配列番号:24のアミノ酸102~353、または配列番号:25のアミノ酸102~340を含み得る。
本開示によって提供される結合多量体結合分子のうちのある特定のものにおいて、各結合ユニットは、IgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインを各々含む2個のIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、該IgM Cμ4ドメイン及び該IgMテールピースドメインのN末端側に位置するIgM Cμ3ドメインをさらに含む。ある特定の実施形態において、各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、該IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgM Cμ2ドメインをさらに含む。例えば、該多量体結合分子の重鎖定常領域は、アミノ酸配列、配列番号:3を含み得る。他の実施形態において、各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、アミノ酸配列、配列番号:4を含み、これは、該多量体結合分子に、配列番号:3のヒトIgM定常領域の野生型多量体化フラグメントを含む対応する結合分子と比べて低減された補体依存性細胞傷害(CDC)活性を与える。各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、該IgM Cμ4ドメイン及び該IgMテールピースドメインのN末端側に位置するIgM Cμ3ドメインを含む、ある特定の実施形態において、各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントは、該IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgGヒンジ領域またはその機能的バリアントをさらに含む。ある特定の実施形態において、該IgGヒンジ領域は、該Cμ3ドメイン、該Cμ4ドメイン、及び該TPドメインを含む該ヒトIgM定常領域の多量体化フラグメントに融合されたバリアントヒトIgG1ヒンジ領域である。例えば、該多量体化ヒンジ-IgM定常領域フラグメントは、アミノ酸配列、配列番号:6、またはアミノ酸配列、配列番号:7を含み得、このうち後者の配列は、該結合分子に、配列番号:6の多量体化ヒンジ-IgMフラグメントを含む対応する結合分子と比べて低減されたCDC活性を与える、Cμ3領域を含む。
ある特定の実施形態において、この開示によって提供されるIgM-Fcベースの多量体結合分子は、五量体であり、J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをさらに含む。該J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントは、バリアントJ鎖であり、野生型J鎖と比べて、例えば、該多量体結合分子の血清半減期に影響を及ぼし得る、1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を含み得る。例えば、ある特定の実施形態において、該多量体結合分子は、動物に投与される場合、該1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を除いて同一でありかつ同じ動物種に同じ方法で投与される参照多量体結合分子と比べて、増加した血清半減期を示す。ある特定の実施形態において、該J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントは、該野生型ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態において、配列番号:15のY102に対応するアミノ酸は、アラニン(A)、セリン(S)、またはアルギニン(R)で置換される。ある特定の実施形態において、配列番号:15のY102に対応するアミノ酸は、アラニン(A)で置換される。ある特定の実施形態において、該J鎖は、アミノ酸配列、配列番号:16を含むバリアントヒトJ鎖である。ある特定の実施形態において、該J鎖またはその機能的フラグメントは、該ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸N49、アミノ酸S51、またはN49及びS51の両方に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含むが、ただし、配列番号:15の位置S51に対応する単一アミノ酸置換は、トレオニン(T)置換ではない。ある特定の実施形態において、配列番号:15のN49に対応する位置は、アラニン(A)、グリシン(G)、トレオニン(T)、セリン(S)、またはアスパラギン酸(D)で置換される。ある特定の実施形態において、配列番号:15のN49に対応する位置は、アラニン(A)で置換される。ある特定の実施形態において、該J鎖はバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列、配列番号:17を含む。ある特定の実施形態において、配列番号:15のS51に対応する位置は、アラニン(A)またはグリシン(G)で置換される。ある特定の実施形態において、配列番号:15のS51に対応する位置は、アラニン(A)で置換される。ある特定の実施形態において、該J鎖はバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列、配列番号:18を含む。
この開示によって提供される多量体結合分子がJ鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントを含む、ある特定の実施形態において、該J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントは、異種ポリペプチドをさらに含み得、該異種ポリペプチドは、例えば、少なくとも5アミノ酸を含み得るが、ただし25アミノ酸を超え得ないペプチドリンカーを介して、該J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントに直接的または間接的に融合されている。ある特定の実施形態において、該ペプチドリンカーは、
Figure 2022505663000002
からなる。ある特定の実施形態において、該異種ポリペプチドは、該J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのN末端、該J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのC末端に融合され得るか、あるいは同一のまたは同一でない異種ポリペプチドが、該J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのN末端及びC末端の両方に融合され得る。ある特定の実施形態において、該異種ポリペプチドは、該多量体結合分子の吸収、分布、代謝、及び/または排泄(ADME)に影響を与え得る。ある特定の実施形態において、該異種ポリペプチドは、抗原結合ドメイン、例えば、抗体またはその抗原結合フラグメントを含み得、該抗原結合フラグメントは、Fabフラグメント、Fab’フラグメント、F(ab’)2フラグメント、Fdフラグメント、Fvフラグメント、一本鎖Fv(scFv)フラグメント、ジスルフィド結合したFv(sdFv)フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。ある特定の実施形態において、該抗原結合フラグメントは、scFvフラグメントである。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgA-Fcベースの結合分子は、4個の同一の結合ポリペプチドを含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgM-Fcベースの結合分子は、五量体であり得、10個の同一の結合ポリペプチドを含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgM-Fcベースの結合分子は、五量体であり得、12個の同一の結合ポリペプチドを含み得る。
本開示によって提供される結合多量体結合分子のうちのある特定のものにおいて、各結合ポリペプチドは、リガンドもしくはその受容体結合フラグメント、サイトカインもしくはその受容体結合フラグメント、成長因子もしくはその受容体結合フラグメント、神経伝達物質もしくはその受容体結合フラグメント、ペプチドもしくはタンパク質ホルモンもしくはその受容体結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドもしくはその受容体結合フラグメント、または細胞外マトリックスタンパク質の受容体結合フラグメントである。該リガンドまたはその受容体結合フラグメントには、ケモカイン、補体タンパク質、線維芽細胞成長因子(FGF)ファミリーリガンド、免疫チェックポイントモジュレーターリガンド、上皮成長因子(EGF)、インターフェロン、腫瘍壊死因子スーパーファミリー(TNFSF)リガンド、血管内皮細胞成長因子(VEGF)ファミリーリガンド、形質転換成長因子-βスーパーファミリー(TGFβsf)リガンド、それらの任意の受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。該結合ポリペプチドがTNFSFリガンドまたはその受容体結合フラグメントを含む、ある特定の実施形態において、該TNFSFリガンドには、TRAIL、OX40リガンド、CD40リガンド、グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体リガンド(GITRL)、4-1BBリガンド、それらの任意の受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。該結合ポリペプチドが免疫チェックポイントモジュレーターリガンドタンパク質もしくはその受容体結合フラグメントを含む、ある特定の実施形態において、該免疫チェックポイントモジュレータータンパク質は、CD86もしくはその受容体結合フラグメント、CD80もしくはその受容体結合フラグメント、PD-L1もしくはその受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
例示的な実施形態において、該結合ポリペプチドは、ヒトPD-L1の受容体結合フラグメント、例えば、ヒトPD-L1のVタイプドメインを含む配列番号:8のアミノ酸19~127、またはヒトPD-L1のVタイプドメイン及びC2タイプドメインを含む配列番号:9を含む。例示的な実施形態において、本開示によって提供される多量体結合分子は、アミノ酸配列、配列番号:11または配列番号:13を含むポリペプチドの10個または12個のコピーを含み、アミノ酸配列、配列番号:16を含むバリアントJ鎖をさらに含み得る。この例示的な実施形態による結合分子は、PD-1のアゴニストであり得る。
ある特定の実施形態において、該結合パートナーは、細胞表面受容体タンパク質または免疫チェックポイントモジュレーターであり得る。
該結合ポリペプチドが受容体外部ドメインを含む、ある特定の実施形態において、該結合ポリペプチドには、腫瘍壊死因子スーパーファミリー受容体(TNFrSF)のリガンド結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーター受容体のリガンド結合フラグメント、TGFβ受容体のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。例えば、TNFrSF受容体フラグメントには、デスドメイン含有受容体-4(DR4)のリガンド結合フラグメント、デスドメイン含有受容体-5(DR5)のリガンド結合フラグメント、OX-40のリガンド結合フラグメント、CD40のリガンド結合フラグメント、4-1BBのリガンド結合フラグメント、グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体(GITR)のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。さらなる例として、免疫チェックポイントモジュレーター受容体外部ドメインには、PD-1のリガンド結合フラグメント、CTLA4のリガンド結合フラグメント、LAG3のリガンド結合フラグメント、CD28のリガンド結合フラグメント、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体2(ILDR2)のリガンド結合フラグメント、T細胞免疫グロブリンムチンファミリーメンバー3(TIM-3)のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。さらなる例として、TGFβ受容体には、TGFβR-1のリガンド結合フラグメント、TGFβR-2のリガンド結合フラグメント、TGFβR3のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。
本開示はさらに、本明細書に提供されるような多量体結合分子のサブユニットをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドであって、各サブユニットが、
結合パートナーに特異的に結合する結合ポリペプチドもしくはそのフラグメントまたはリガンドに特異的に結合する受容体外部ドメインに融合された、IgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアント
を含む、該単離されたポリヌクレオチドを提供する。さらに、提供されるポリヌクレオチドを含むベクター、及び提供されるベクターまたはポリヌクレオチドを含む宿主細胞が開示される。ある特定の実施形態において、提供される宿主細胞は、
本開示によって提供されるようなJ鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド
をさらに含み得る。
本開示はさらに、治療の必要がある対象において自己免疫障害、炎症性障害、またはそれらの組み合わせを治療するための方法を提供し、該方法は、有効量の本明細書に提供されるような多量体結合分子を該対象に投与する工程を含み、該多量体結合分子は、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合分子よりも大きい効力を示す。
本開示はさらに、移植レシピエントにおいて移植拒絶反応を防止するための方法を提供し、該方法は、有効量の本明細書に提供されるような多量体結合分子を対象に投与する工程を含み、該多量体結合分子は、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合分子よりも大きい効力を示す。
Aは、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメイン、及びCμ4-tpドメインを含む2個のIgM由来の重鎖フラグメントを各々有する、6個のIgM由来結合ユニットを有する六量体結合分子の原型を示し、該IgM由来の重鎖フラグメントは、リガンドまたは受容体結合ポリペプチドのC末端に融合されている。Bは、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメイン、及びCμ4-tpドメインを含む2個のIgM由来の重鎖フラグメントを各々有する、5個のIgM由来結合ユニットを有する五量体結合分子の原型を示し、該IgM由来の重鎖フラグメントは、結合ポリペプチドのC末端に融合され、該五量体結合分子は、N末端及びC末端に任意選択的な異種ポリペプチド、例えば、scFv抗体結合ドメインの融合をもつ、修飾されたJ鎖をさらに含む。 Cμ2ドメイン、Cμ3ドメイン、及びCμ4-tpドメインを有する2個のIgM由来の重鎖フラグメントを各々有する、5個のIgM由来結合ユニットを有する五量体結合分子の原型を示し、該IgM由来の重鎖フラグメントは、結合ポリペプチドのC末端に融合され、該結合ポリペプチドは、受容体外部ドメインであり、該五量体結合分子は、N末端及びC末端に任意選択的な異種ポリペプチド、例えば、scFv抗体結合ドメインの融合をもつ、修飾されたJ鎖をさらに含む。 A~Cは、実施例1に従って生成されたPD-L1結合分子の構造を示す。A:PD-L1-IgM、B:PD-L1-H-IgM、C:PD-L1-Fc。 種々のPD-L1結合分子がレポーターJurkat T細胞においてPD-1活性を刺激する能力を示すグラフである。
定義
「1個の」(「a」または「an」)実体という用語は、1個または複数個のその実体を指す。例えば、「1個の結合分子(a binding molecule)」は、1個または複数個の結合分子を表すように理解される。したがって、「1個の」(「a」または「an」)、「1個または複数個」、及び「少なくとも1個」という用語は、本明細書では互換的に使用することができる。
さらに、本明細書で使用する場合の「及び/または」は、他方を伴うまたは伴わない2個の指定された特徴または構成要素の各々を具体的に開示するものとして解釈するものとする。したがって、「及び/または」という用語は、本明細書で「A及び/またはB」のような表現で使用される場合、「A及びB」、「AまたはB」、「A」(単独)、ならびに「B」(単独)を含むように意図されている。同様に、「及び/または」という用語は、「A、B、及び/またはC」のような表現で使用される場合、以下の実施形態の各々を包含するように意図されている:A、B、及びC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;A及びC;A及びB;B及びC;A(単独);B(単独);ならびにC(単独)。
別途定義されない限り、本明細書で使用する技術用語及び科学用語は、本開示が関連する技術分野の当業者によって一般的に理解されている意味と同じ意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei-Show,2nd ed.,2002,CRC Press、The Dictionary of Cell and Molecular Biology,3rd ed.,1999,Academic Press、及びthe Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology,Revised,2000,Oxford University Pressは、本開示で使用されている用語の多くについての全般的辞書を当業者に提供する。
単位、接頭語、及び記号は、国際単位系(SI)で承認された形態で表される。数値範囲は、その範囲を画定する数字を含む。別途指示されない限り、アミノ酸配列はアミノ(「N」)からカルボキシ(「C」)の向きに左から右に記載される。本明細書に提供される見出しは、本明細書を全体的に参照することによって得ることができる、本開示の種々の実施形態または実施形態の制限ではない。したがって、すぐ後に定義される用語は、明細書全体を参照することによって、より十分に定義される。
本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」という用語は、単数形の「ポリペプチド」ならびに複数形の「ポリペプチド」を包含するように意図されており、アミド結合(ペプチド結合の別名でも知られている)によって直線的に結合した単量体(アミノ酸)から構成される分子を指す。「ポリペプチド」という用語は、2個以上のアミノ酸からなる任意の鎖(単数または複数)を指し、特定の長さの生成物を指すわけではない。したがって、ペプチド、ジペプチド、トリペプチド、オリゴペプチド、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、または2個以上のアミノ酸からなる鎖(単数または複数)を指すために使用される他の用語が、「ポリペプチド」の定義内に含まれ、「ポリペプチド」という用語は、これらの用語のうちのいずれかの代わりに、またはこれらの用語のうちのいずれかと互換的に使用することができる。また、「ポリペプチド」という用語は、ポリペプチドの発現後修飾の産物を指すようにも意図されており、発現後修飾としては、限定されるものではないが、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、及び既知の保護/ブロッキング基による誘導体化、タンパク質切断、または非天然アミノ酸による修飾が挙げられる。ポリペプチドは、生物学的供給源から誘導するか、または組換え技術によって生成することができるが、指定された核酸配列から必ずしも翻訳されるわけではない。ポリペプチドは、化学合成を含む任意の様態で生成することができる。
本明細書に開示されるポリペプチドのサイズは、約3アミノ酸以上、5アミノ酸以上、10アミノ酸以上、20アミノ酸以上、25アミノ酸以上、50アミノ酸以上、75アミノ酸以上、100アミノ酸以上、200アミノ酸以上、500アミノ酸以上、1,000アミノ酸以上、または2,000アミノ酸以上であり得る。ポリペプチドは定義された3次元構造を有し得るが、必ずしもそのような構造を有するわけではない。定義された3次元構造を有するポリペプチドは折り畳まれていると言われ、定義された3次元構造を有するのではなく、多くの異なる立体構造をとり得るポリペプチドは、折り畳まれていないと言われる。本明細書で使用する場合、糖タンパク質という用語は、アミノ酸(例えば、セリンまたはアスパラギン)の酸素含有側鎖または窒素含有側鎖を介してタンパク質に付着されている少なくとも1個の炭水化物部分に結合したタンパク質を指す。
「単離された」ポリペプチドまたはそのフラグメント、バリアント、もしくは誘導体とは、その天然の環境にあるのではないポリペプチドが意図されている。特定の精製レベルは要求されない。例えば、単離されたポリペプチドは、その本来のまたは天然の環境から取り出されていることが可能である。宿主細胞内で発現させた組換え生成ポリペプチド及びタンパク質は、本明細書に開示される場合、単離されているとみなされ、任意の好適な技法によって分離、分画、または部分的もしくは実質的に精製されたネイティブまたは組換えポリペプチドも同様である。
本明細書で使用する場合、「非天然ポリペプチド」という用語またはその任意の文法上の変化形は、「天然」である、あるいは裁判官、または行政機関もしくは司法機関によって「天然」であると判定または解釈され得るポリペプチドの形態を明示的に除外し、ただしこのような形態のみを除外する、条件付き定義である。
本明細書に開示される他のポリペプチドは、前述のポリペプチドのフラグメント、誘導体、類似体、またはバリアント、及びこれらの任意の組み合わせである。本明細書に開示される場合、「フラグメント」、「バリアント」、「誘導体」、及び「類似体」という用語は、対応するネイティブポリペプチドの特性のうちの少なくともいくつか(例えば、結合パートナーに特異的に結合すること)を保持する任意のポリペプチドを含む。ポリペプチドのフラグメントとしては、例えば、タンパク質分解フラグメント、ならびに欠失フラグメントが挙げられる。バリアント、例えばポリペプチドのバリアントには、上述のフラグメントが含まれ、また、アミノ酸の置換、欠失、または挿入による改変アミノ酸配列を有するポリペプチドも含まれる。ある特定の実施形態において、バリアントは非天然であり得る。非天然バリアントは、当該技術分野で既知の変異誘発技法を用いて生成することができる。バリアントポリペプチドは、保存的または非保存的なアミノ酸の置換、欠失、または付加を含み得る。誘導体は、元のポリペプチドには見られない追加の特徴を示すように改変されたポリペプチドである。例としては、融合タンパク質または化学的コンジュゲートが挙げられる。バリアントポリペプチドは、本明細書で「ポリペプチド類似体」とも呼ばれ得る。本明細書で使用する場合、ポリペプチドの「誘導体」は、官能性側鎖の反応によって化学的に誘導体化された1個または複数個のアミノ酸を有する主題ポリペプチドも指すことができる。また、20種の標準的なアミノ酸の1つまたは複数の誘導体を含有するペプチドも「誘導体」として含まれる。例えば、4-ヒドロキシプロリンはプロリンの代用とすることができ、5-ヒドロキシリジンはリジンの代用とすることができ、3-メチルヒスチジンはヒスチジンの代用とすることができ、ホモセリンはセリンの代用とすることができ、オルニチンはリジンの代用とすることができる。
「保存的アミノ酸置換」とは、あるアミノ酸が、類似の側鎖を有する別のアミノ酸で置換される置換である。塩基性側鎖(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、極性無電荷側鎖(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ分岐側鎖(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含めた、類似の側鎖を有するアミノ酸のファミリーが当該技術分野で定義されている。例えば、チロシンのフェニルアラニンへの置換は保存的置換である。ある特定の実施形態において、本開示のポリペプチド及び結合分子の配列における保存的置換は、当該アミノ酸配列を含有するポリペプチドまたは結合分子が、結合分子が結合する結合パートナーに結合するのを抑止しない。結合パートナーへの結合を排除しないヌクレオチド及びアミノ酸の保存的置換を特定する方法は、当該技術分野で周知されている(例えば、Brummell et al.,Biochem.32:1180-1 187(1993)、Kobayashi et al.,Protein Eng.12(10):879-884(1999)、及びBurks et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:.412-417(1997)を参照されたい)。
「ポリヌクレオチド」という用語は、単数形の核酸ならびに複数形の核酸を包含するように意図されており、単離された核酸分子または構築物、例えば、メッセンジャーRNA(mRNA)、cDNA、またはプラスミドDNA(pDNA)を指す。ポリヌクレオチドは、従来的なホスホジエステル結合または従来的でない結合(例えば、ペプチド核酸(PNA)に見られるようなアミド結合)を含み得る。「核酸」または「核酸配列」という用語は、ポリヌクレオチドに存在する任意の1個または複数個の核酸セグメント、例えば、DNAまたはRNAフラグメントを指す。
「単離された」核酸またはポリヌクレオチドとは、その本来の環境から分離されている任意の形態の核酸またはポリヌクレオチドが意図されている。例えば、ゲル精製されたポリヌクレオチド、またはベクターに含有されるポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドは、「単離された」とみなされよう。また、クローニングのための制限部位を有するように操作されたポリヌクレオチドセグメント(例えば、PCR産物)も、「単離された」とみなされる。単離されたポリヌクレオチドのさらなる例としては、異種宿主細胞中で維持された組換えポリヌクレオチド、または緩衝液もしくは食塩水などの非ネイティブ溶液中にある(部分的もしくは実質的に)精製されたポリヌクレオチドが挙げられる。単離されたRNA分子としては、その転写物が自然界で見られるものではない、ポリヌクレオチドのインビボまたはインビトロRNA転写物が挙げられる。単離されたポリヌクレオチドまたは核酸は、合成により生成されたそのような分子をさらに含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、プロモーター、リボソーム結合部位、または転写ターミネーターなどの調節エレメントであり得るか、またはそれを含み得る。
本明細書で使用する場合、「非天然ポリヌクレオチド」という用語またはその任意の文法上の変化形は、「天然」である、あるいは裁判官、または行政機関もしくは司法機関によって「天然」であると判定または解釈され得る核酸またはポリヌクレオチドの形態を明示的に除外し、ただしこのような形態のみを除外する、条件付き定義である。
本明細書で使用する場合、「コード領域」は、アミノ酸に翻訳されるコドンからなる核酸の部分である。「ストップコドン」(TAG、TGA、またはTAA)はアミノ酸に翻訳されないものの、コード領域の一部とみなすことができる。ただし、任意の隣接する配列、例えば、プロモーター、リボソーム結合部位、転写ターミネーター、イントロンなどは、コード領域の一部ではない。2個以上のコード領域が、(例えば、単一のベクター上の)単一のポリヌクレオチド構築物内に、または(例えば、別々の(異なる)ベクター上の)別々のポリヌクレオチド構築物内に存在し得る。さらに、任意のベクターが単一のコード領域を含有する場合もあれば、2個以上のコード領域を含む場合もある。加えて、ベクター、ポリヌクレオチド、または核酸は、別のコード領域に融合されたまたは融合されていない異種コード領域を含み得る。異種コード領域としては、限定されるものではないが、分泌シグナルペプチドまたは異種機能的ドメインのような、特化したエレメントまたはモチーフをコードする領域が挙げられる。
ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドまたは核酸はDNAである。DNAの場合、ポリペプチドをコードする核酸を含むポリヌクレオチドは、通常、プロモーター及び/または、1個もしくは複数個のコード領域と作動可能に連結された他の転写もしくは翻訳制御エレメントを含み得る。作動可能な連結とは、遺伝子産物の発現が調節配列(複数可)の影響下または制御下に置かれるような方式で、遺伝子産物(例えば、ポリペプチド)のためのコード領域が1個または複数個の調節配列と連結されている場合のことである。2個のDNAフラグメント(例えば、ポリペプチドコード領域及びそれと連結されたプロモーター)は、プロモーター機能の誘導が所望の遺伝子産物をコードするmRNAの転写をもたらす場合、かつ、当該2個のDNAフラグメント間の結合の性質が、発現調節配列が遺伝子産物の発現を指示する能力を妨害しない、またはDNAテンプレートが転写される能力を妨害しない場合、「作動可能に連結され」ている。したがって、プロモーター領域が、ポリペプチドをコードする核酸と作動可能に連結されているとされるのは、当該プロモーターが当該核酸の転写に影響を及ぼすことができた場合である。プロモーターは、所定の細胞におけるDNAの実質的な転写を指示する細胞特異的プロモーターであり得る。プロモーター以外の他の転写制御エレメント、例えばエンハンサー、オペレーター、リプレッサー、及び転写終結シグナルが、細胞特異的転写を指示するためにポリヌクレオチドと作動可能に連結されている可能性がある。
様々な転写制御領域が当業者に知られている。このような領域としては、限定されるものではないが、脊椎動物細胞内で機能する転写制御領域、例えば、限定されるものではないが、サイトメガロウイルス(最初期プロモーター、イントロンAと連携)、シミアンウイルス40(初期プロモーター)、及びレトロウイルス(例えば、ラウス肉腫ウイルス)由来のプロモーター及びエンハンサーセグメントが挙げられる。他の転写制御領域としては、アクチン、ヒートショックタンパク質、ウシ成長ホルモン、及びウサギβ-グロビンなどの脊椎動物遺伝子に由来するもの、ならびに真核細胞内で遺伝子発現を制御可能な他の配列が挙げられる。追加の好適な転写制御領域としては、組織特異的プロモーター及びエンハンサー、ならびにリンホカイン誘導性プロモーター(例えば、インターフェロンまたはインターロイキンによって誘導可能なプロモーター)が挙げられる。
同様に、様々な翻訳制御エレメントが当業者に知られている。このようなエレメントとしては、リボソーム結合部位、翻訳開始及び終止コドン、ならびにピコルナウイルスに由来するエレメント(特に、内部リボソーム進入部位またはIRES(CITE配列とも呼ばれる))が挙げられるが、これらに限定されない。
他の実施形態において、ポリヌクレオチドは、RNA、例えば、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA、またはリボソームRNAの形態のRNAであり得る。
ポリヌクレオチド及び核酸コード領域は、本明細書に開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの分泌を指示する分泌またはシグナルペプチドをコードする追加のコード領域と連結され得る。シグナル仮説によれば、哺乳類細胞によって分泌されるタンパク質は、シグナルペプチドまたは分泌リーダー配列を有し、これは、粗面小胞体を通した伸長中のタンパク質鎖の搬出が開始されると成熟タンパク質から切断される。当業者は、脊椎動物細胞によって分泌されるポリペプチドが、ポリペプチドのN末端に融合されたシグナルペプチドを有し得、このシグナルペプチドが完成したまたは「完全長」ポリペプチドから切断されて、ポリペプチドの分泌または「成熟」形態をもたらすことを認識している。ある特定の実施形態において、ネイティブシグナルペプチド、例えば、免疫グロブリン重鎖または軽鎖シグナルペプチド、または、配列に作動可能に連結されているポリペプチドの分泌を指示する能力を保持するその配列の機能的誘導体が使用される。代替的に、異種哺乳類シグナルペプチドまたはその機能的誘導体を使用することができる。例えば、野生型リーダー配列は、ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子(TPA)またはマウスβ-グルクロニダーゼのリーダー配列で置換することができる。
本明細書では、ある特定の結合分子、またはその結合パートナー結合フラグメント、バリアント、もしくは誘導体が開示される。本明細書で使用する場合、「結合分子」という用語は、その最も広義において、1個の「結合パートナー」標的もしくは分子決定基、または2個以上の「結合パートナー」標的もしくは分子決定基に特異的に結合する、1個の「結合ポリペプチド」、または2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、もしくは12個の「結合ポリペプチド」を含む分子を指す。本明細書にさらに記載されるように、結合分子は、本明細書に記載されるような1個または複数個の「結合ポリペプチド」またはそのフラグメントを含み得る。結合分子の非限定的な例は、抗体、または抗原特異的結合を保持するそのフラグメントである。ただし、本開示のある特定の実施形態によれば、該結合分子の1個または複数個の「結合ポリペプチド」は、抗体でも、抗体に由来する抗原結合ドメインでもない。つまり、該結合ポリペプチドは、抗体分子の抗原結合ドメイン、例えば、VH及び/またはVLを含まない。
本明細書で使用する場合、「結合ポリペプチド」という用語は、IgMもしくはIgA定常領域またはその多量体化フラグメントのN末端側に位置し、結合パートナー、例えば、細胞の表面上に発現している受容体に特異的に結合するのに十分である結合分子の領域、あるいは、該結合ポリペプチドが受容体外部ドメインを含む場合には、リガンド結合パートナーに特異的に結合するのに十分である部分を指す。例えば、受容体PD-1に特異的に結合するPD-L1などのリガンド、またはその受容体結合フラグメントは、本明細書で定義されるような「結合ポリペプチド」であるが、一方で、PD-1は、PD-L1結合ポリペプチドが結合する、細胞上に発現している「結合パートナー」としてPD-L1に対して定義される。
本明細書で使用する場合の「免疫グロブリン」という用語は、免疫グロブリン分子であるか、または免疫グロブリン分子に由来するポリペプチドを指し、本明細書に提供されるような結合分子の部分を含む。この開示は、抗体の典型的な抗体抗原結合ドメインを含まないが、本明細書に提供される結合分子が二量体、五量体、または六量体へと容易に多量体化することを可能にするある特定の免疫グロブリン定常領域ドメインは含むという点で、慣習的な「抗体」ではない、結合分子を提供する。脊椎動物系における基本的な免疫グロブリン構造は、比較的よく理解されている。(例えば、Harlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988を参照されたい)。
以下でより詳細に論じられるように、「免疫グロブリン」という用語は、生化学的に識別することができるポリペプチドの種々の広範なクラスを含む。免疫グロブリンポリペプチドのあるサブセットのみが、多量体化する能力を有する。当業者であれば、重鎖が、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロン(γ、μ、α、δ、ε)に分類され、それらの間にいくつかのサブクラス(例えば、γ1~γ4またはα1~α2)が存在することを理解しよう。この鎖の性質が、抗体の「アイソタイプ」をそれぞれIgG、IgM、IgA、IgG、またはIgEとして決定する。免疫グロブリンのサブクラス(サブタイプ)、例えば、IgG、IgG、IgG、IgG、IgA、IgAは、特徴がよく解明されており、機能的な特殊化を与えることが知られている。これらの免疫グロブリンの各々の修飾バージョンは、本開示を考慮すれば当業者に容易に認識可能であり、したがって、本開示の範囲内である。ある特定の実施形態において、この開示は、修飾されたヒトIgM定常領域を提供する。
軽鎖は、カッパまたはラムダ(κ、λ)のいずれかとして分類され、本明細書に提供される結合分子においては任意選択的または不必要なものである。各重鎖クラスは、カッパ軽鎖またはラムダ軽鎖のいずれかと結合し得る。一般に、軽鎖(存在する場合)及び重鎖は互いに共有結合しており、免疫グロブリンが発現されるとき、2本の重鎖の「テール」部分は、共有結合性のジスルフィド結合または非共有結合によって互いに結合している。重鎖において、アミノ酸配列は、Y配置の分岐した端部のN末端から各鎖の底部のC末端まで続く。本明細書に提供されるような多量体結合分子の基本的なサブユニット構造、例えば、各々結合ポリペプチドのC末端に融合された2本のIgM重鎖は、ジスルフィド結合を介して共有結合性で連結されて「Y」構造を形成する、2個の重鎖サブユニット(本明細書で「結合ユニット」とも呼ばれる)を含む。
「結合ユニット」という用語は、本明細書で、標準的な「H2L2」免疫グロブリン構造、すなわち、2本の重鎖またはそのフラグメント(これは2本の軽鎖またはそのフラグメントをさらに含み得る)に対応する、標準的な免疫グロブリン構造、例えば、抗体様分子、及び抗体由来の分子、その結合パートナー結合フラグメント、またはその多量体化フラグメントに対応する、結合分子の部分を指して使用される。ある特定の実施形態において、例えば、結合分子がIgG免疫グロブリンである場合、「結合分子」及び「結合ユニット」という用語は、同等である。他の実施形態において、例えば、結合分子が多量体、例えば、二量体IgA免疫グロブリン由来分子、五量体IgM免疫グロブリン由来分子、または六量体IgM免疫グロブリン由来分子である場合、該結合分子は、2個の、4個、または5個の「結合ユニット」を含む。結合ユニットは、完全長の免疫グロブリン重鎖を含む必要はないが、本明細書に提供される多量体結合分子において、各結合ユニットは、多量体化を可能にするのに十分なIgAまたはIgM免疫グロブリン定常領域の部分(「多量体化フラグメント」)を含むことになる。この開示に提供されるある特定のIgM由来結合分子は、五量体または六量体であり、IgM定常領域、例えば、修飾されたヒトIgM定常領域、または「その多量体化フラグメント」、すなわち、IgM定常領域の少なくともCμ4領域及びテールピース領域を含む、5個または6個の二価結合ユニットを含む。本明細書で使用する場合、2個以上の結合ユニット、例えば、2個、5個、もしくは6個の結合ユニットを含む結合分子は、「多量体」と呼ばれる。
本明細書で使用する場合の「J鎖」という用語は、本明細書に配列番号:15として提供される成熟ヒトJ鎖のアミノ酸配列を含めた、任意の動物種のネイティブ配列IgMまたはIgA抗体のJ鎖、その任意の機能的フラグメント、その誘導体、及び/またはそのバリアントを指す。種々のJ鎖バリアント及び修飾されたJ鎖誘導体が本明細書に開示される。当業者であれば、「機能的フラグメント」または「機能的バリアント」が、IgM重鎖定常領域と会合して、五量体IgM由来結合分子もしくは二量体IgA結合分子を形成し得る、及び/または重合体Ig受容体(PIgR)などの細胞上のある特定の免疫グロブリン受容体と会合し得る、フラグメント及びバリアントを含むことを認識しよう。
「バリアントJ鎖」という用語は、本明細書で、ポリペプチドの物理的特性または生理的特性を改変するアミノ酸置換、欠失、または挿入を含むJ鎖を指して使用される。例えば、J鎖のグリコシル化パターンを改変する、またはバリアントJ鎖を含むIgM結合分子の血清半減期を増加させる、ある特定のバリアントJ鎖のアミノ酸配列が本明細書に提供される。例示的なバリアントJ鎖が、例えば、PCT公開第WO2019/169314号に提供され、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
「修飾されたJ鎖」という用語は、本明細書で、ネイティブ配列に導入される異種部分、例えば、異種ポリペプチド、例えば、外来性結合ドメインを含む、J鎖ポリペプチドを指して使用される。導入は、異種ポリペプチドもしくは他の部分の直接的もしくは間接的融合を含む手段、またはペプチドもしくは化学リンカーを介した付着による手段を含む、任意の手段によって達成することができる。「修飾されたヒトJ鎖」という用語は、限定されるものではないが、異種部分、例えば、異種ポリペプチド、例えば、外来性結合ドメインの付加によって修飾された、配列番号:15のアミノ酸配列のネイティブ配列成熟ヒトJ鎖またはその機能的フラグメントを包含する。ある特定の実施形態において、異種部分は、IgMの五量体への効率的な重合、及びそのような重合体の標的への結合を妨害しない。例示的な修飾されたJ鎖は、例えば、米国特許第9,951,134号及び同第10,400,038号、米国特許出願公開第US-2019-0185570号及び同第US-2018-0265596号に見出すことができ、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用する場合、「IgM由来結合分子」という用語は、総称的に、ネイティブIgM抗体、IgM様抗体、ならびに、抗体抗原結合ドメインまたはそのサブユニットの代わりに非抗体結合ドメイン及び/または機能的ドメインを含む他のIgM由来結合分子、ならびにそれらの任意のフラグメント、例えば、多量体化フラグメント、バリアント、または誘導体を指す。
本明細書で使用する場合、「IgM様結合分子」という用語は、一般に、六量体を形成するかまたはJ鎖と会合して五量体を形成する能力を依然として保持する、バリアント抗体由来結合分子を指す。IgM様結合分子または他のIgM由来結合分子は、典型的には、IgM定常領域の少なくともCμ4-tpドメインを含むが、同じ種由来または異なる種由来の他の抗体アイソタイプ、例えば、IgGからの重鎖定常領域ドメインを含み得る。IgM様結合分子または他のIgM由来結合分子は、同様に、IgM様抗体が六量体及び/または五量体を形成可能である限り、1個または複数個の定常領域ドメインが欠失しているフラグメントであることができる。故に、IgM様結合分子または他のIgM由来結合分子は、例えば、ハイブリッドIgM/IgG抗体であり得るか、またはIgM由来結合分子の「多量体化フラグメント」であり得る。
「価数」、「二価」、「多価」という用語及び文法上の同等物は、本明細書に提供されるような所与の結合分子または結合ユニットにおける結合ポリペプチドドメインの数を指す。そのため、所与の結合分子、例えば、IgM由来結合分子またはそのフラグメントを参照しての「二価」、「四価」、及び「六価」という用語は、それぞれ2個の結合ポリペプチド、4個の結合ポリペプチド、及び6個の結合ポリペプチドの存在を表す。各結合ユニットが二価である典型的なIgM由来結合分子において、結合分子自体は10または12の価数を有することができる。二価または多価結合分子は、単一特異的である(すなわち、結合ポリペプチドの全てが同じである)場合もあれば、二重特異的または多重特異的である(例えば、2個以上の結合ポリペプチドが異なる場合、例えば、同じ結合パートナー上の異なるエピトープに結合するか、または全く異なる結合パートナーに結合する)場合もある。
本明細書で使用する場合の「エピトープ」という用語は、本明細書で定義されるような結合ポリペプチドに特異的に結合することが可能な、結合パートナー上の任意の分子決定基を含む。ある特定の実施形態において、エピトープは、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル、またはスルホニルなどの分子の化学的に活性な表面グルーピングを含むことができ、ある特定の実施形態においては、3次元構造特性、及びまたは特定の電荷特性を有することができる。
「結合パートナー」という用語は、最も広義において、本明細書に提供されるような結合ポリペプチドの標的であるように使用され、本明細書に提供されるような結合分子が結合し得る物質を含む。結合パートナーは、例えば、ポリペプチド、核酸、炭水化物、脂質、または他の分子であり得る。ある特定の実施形態において、結合パートナーは、細胞の表面上に発現しているかまたは存在する受容体または他の部分である。他の実施形態において、結合ポリペプチドが受容体外部ドメインである場合、結合パートナーは、可溶性もしくは細胞結合性リガンド、またはその受容体結合フラグメントであり得る。その上、「結合パートナー」は、例えば、本明細書に提供されるような結合分子または結合ポリペプチドが結合し得るエピトープを含む細胞、臓器、または生物、例えば、動物、植物、微生物、もしくはウイルスであり得る。
免疫グロブリンの軽鎖及び重鎖はいずれも、構造的及び機能的に相同な領域または「ドメイン」に分類される。例えば、IgM重鎖の定常領域ドメイン(例えば、CH1もしくはCμ1、CH2もしくはCμ2、CH3もしくはCμ3、CH4もしくはCμ4、またはテールピース)は、分泌、経胎盤移動(transplacental mobility)、Fc受容体結合、補体結合、多量体化する能力などといった生物学的特性を与える。慣例により、定常領域ドメインの付番は、定常領域ドメインが典型的な免疫グロブリンのアミノ末端からより遠位になるにつれて増加する。
ヒトIgM定常ドメインに対するKabat付番体系は、Kabat,et.al.“Tabulation and Analysis of Amino acid and nucleic acid Sequences of Precursors,V-Regions,C-Regions,J-Chain,T-Cell Receptors for Antigen,T-Cell Surface Antigens,β-2 Microglobulins,Major Histocompatibility Antigens,Thy-1,Complement,C-Reactive Protein,Thymopoietin,Integrins,Post-gamma Globulin,α-2 Macroglobulins,and Other Related Proteins,” U.S.Dept.of Health and Human Services(1991)に見出すことができる。IgM定常領域は、連続的に(すなわち、アミノ酸1番が定常領域の第1のアミノ酸から開始する)、またはKabat付番方式を用いることによって付番され得る。ヒトIgM定常領域の2つのアレルの連続的な付番(本明細書で配列番号:1(アレルIGHM03)及び配列番号:60(アレルIGHM04)として提示される)と、Kabat体系による付番との比較が下記に記載される。IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントを含む、本明細書に提供される各配列において、任意のアレルをアレルIGHM03の代用とすることができ、これは、例えば、配列番号:2~4、及び11に提示される。下線付きのアミノ酸残基は、Kabat体系においては考慮されない(下記の二重下線付きの「X」は、セリン(S)(配列番号:1)またはグリシン(G)(配列番号:60)であり得る)。
IgM重鎖についての連続的(配列番号:1または配列番号:60)/KABAT付番検索表
Figure 2022505663000003
「特異的に結合する」とは、一般に、本明細書に提供されるような結合分子が結合ポリペプチドを介して結合パートナー上のエピトープに結合すること、及びその結合が当該結合ポリペプチドと当該結合パートナーとの間の何らかの相補性を必要とすることを意味する。この定義によれば、結合分子がその結合ポリペプチドを介し、ランダムな無関係の結合パートナーに結合するよりも容易にある結合パートナーに結合する場合、結合分子はその結合パートナーに対し「特異的に結合する」と言われる。「特異性」という用語は、本明細書では、ある特定の結合分子がある特定の結合パートナーに結合する相対的親和性を称するために使用される。例えば、結合分子「A」は、所与の結合パートナーに対して結合分子「B」よりも高い特異性を有するとみなされる場合があるか、または結合分子「A」は、関連する結合パートナー「D」に対するよりも高い特異性で結合パートナー「C」に結合すると言われる場合がある。
本明細書に提供されるような結合分子は、トリ及び哺乳動物を含む任意の動物起源に由来し得る。結合分子は、ヒト、マウス、ロバ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ラマ、ウマ、またはニワトリの結合分子であり得る。
本明細書で使用する場合、「重鎖サブユニット」という用語は、免疫グロブリン重鎖に由来するアミノ酸配列を含み、重鎖サブユニットを含む本明細書に提供されるような結合分子は、結果として生じる結合分子が多量体化することができる限り、CH1ドメイン、ヒンジ(例えば、上部、中部、及び/または下部ヒンジ領域)ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、CH4ドメイン、テールピース、またはそのバリアントもしくはフラグメントのうちの少なくとも1個を含み得る。例えば、結合分子、またはそのフラグメント、例えば、多量体化フラグメント、バリアント、もしくは誘導体は、限定されるものではないが、CH1ドメイン;CH1ドメイン、ヒンジ、及びCH2ドメイン;CH1ドメイン及びCH3ドメイン;CH1ドメイン、ヒンジ、及びCH3ドメイン;またはCH1ドメイン、ヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインを含み得る。ある特定の実施形態において、結合分子またはそのフラグメント、例えば、多量体化フラグメント、バリアント、もしくは誘導体は、CH3ドメイン及びCH4ドメイン;またはCH3ドメイン、CH4ドメイン、及びJ鎖を含み得る。さらに、結合分子は、ある特定の定常領域部分、例えば、CH2ドメインの全部または一部が欠如している可能性がある。当業者には、これらのドメイン(例えば、重鎖サブユニット)が、元の免疫グロブリン分子とはアミノ酸配列が異なるように修飾され得ることが理解されよう。本開示の実施形態によれば、本明細書に提供されるようなIgM抗体、IgM様抗体、または他のIgM由来結合分子は、IgM抗体、IgM様抗体、または他のIgM由来結合分子が多量体、例えば、六量体または五量体を形成することを可能にするのに十分なIgM重鎖定常領域の部分を含む。本明細書で使用する場合、そのようなフラグメントは、「多量体化フラグメント」を含む。
本明細書で使用する場合、「軽鎖サブユニット」という用語は、免疫グロブリン軽鎖に由来するアミノ酸配列を含む。軽鎖サブユニットは、CL(例えば、CκまたはCλ)ドメインを含む。
本明細書に提供されるような結合分子は、それらが認識するかまたは特異的に結合する結合パートナー(複数可)の観点から説明または指定され得る。結合パートナーは、単一のエピトープまたは少なくとも2個のエピトープを含むことができ、結合パートナーのサイズ、立体構造、及びタイプに応じて、任意の数のエピトープを含み得る。
本明細書で使用する場合、「ジスルフィド結合」という用語は、例えば、ポリペプチドのシステイン残基における、2個の硫黄原子の間に形成された共有結合を含む。アミノ酸システインはチオール基を含み、このチオール基によって第2のチオール基とのジスルフィド結合または架橋が形成され得る。ジスルフィド結合は、「鎖内」(すなわち、単一のポリペプチドまたはポリペプチドサブユニットにおいてシステイン残基に結合する)であり得るか、または「鎖間」(すなわち、2個の別々のポリペプチドサブユニット、例えば、抗体重鎖及び抗体軽鎖、2本の抗体重鎖、またはIgMもしくはIgA抗体重鎖定常領域及びJ鎖を結合する)であり得る。
「多重特異的結合分子」、例えば、「二重特異的結合分子」という用語は、2個以上の異なる結合パートナー、または単一の結合パートナーの異なるエピトープに結合する結合ポリペプチドを有する、本明細書に提供されるような結合分子を指す。
本明細書で使用する場合、「結合した」、「融合された」、もしくは「融合」という用語、または他の文法上の同等物は、互換的に使用することができる。これらの用語は、化学的コンジュゲーションまたは組換え手段を含めた任意の手段により、2つ以上のエレメントまたは構成要素が一緒に連結することを指す。「インフレーム融合」とは、2つ以上のポリヌクレオチドオープンリーディングフレーム(ORF)が連結して、元のORFの翻訳リーディングフレームを維持する様態で、連続的なより長いORFを形成することを指す。したがって、組換え融合タンパク質は、元のORFによってコードされたポリペプチドに対応する2個以上のセグメントを含有する単一のタンパク質である(これらのセグメントは、自然界では通常そのように連結されることはない)。リーディングフレームは、融合されたセグメント全体にわたってこのように連続的に作製されるものの、セグメントは、例えば、インフレームリンカー配列によって、物理的または空間的に分離され得る。
ポリペプチドの文脈において、「線状配列」または「配列」とは、アミノ末端からカルボキシル末端への方向におけるポリペプチド内のアミノ酸の順序であり、配列内で隣り合ったアミノ酸は、ポリペプチドの一次構造内で連続している。ポリペプチドの別の部分に対し「アミノ末端側」または「N末端側」であるポリペプチドの部分は、連続したポリペプチド鎖内で先に現れる部分である。同様に、ポリペプチドの別の部分に対し「カルボキシ末端側」または「C末端側」であるポリペプチドの部分は、連続したポリペプチド鎖内で後に現れる部分である。例えば、本明細書に提供されるような典型的な結合分子において、結合ポリペプチドは、免疫グロブリン定常領域に対し「N末端側」であり、定常領域は、結合ポリペプチドに対し「C末端側」である。
本明細書で使用する場合、「発現」という用語は、遺伝子が生化学物質、例えばポリペプチドをもたらすプロセスを指す。このプロセスは、細胞内における遺伝子の機能的存在の任意の顕在化を含み、これには、限定されるものではないが、遺伝子ノックダウンならびに一過性発現及び安定性発現の両方が含まれる。これには、限定されるものではないが、RNA(例えば、メッセンジャーRNA(mRNA))への遺伝子の転写、及びポリペプチド(複数可)へのこのようなmRNAの翻訳が含まれる。最終的な所望の産物が生化学物質である場合、発現にはその生化学物質及び任意の前駆体の創出が含まれる。遺伝子の発現は「遺伝子産物」をもたらす。本明細書で使用する場合、遺伝子産物は、核酸(例えば、遺伝子の転写によってもたらされるメッセンジャーRNA)、または転写物から翻訳されるポリペプチドのいずれかであり得る。本明細書に記載される遺伝子産物には、転写後修飾(例えば、ポリアデニル化)を伴う核酸、または翻訳後修飾(例えば、メチル化、グリコシル化、脂質の付加、他のタンパク質サブユニットとの会合、タンパク質分解切断など)を伴うポリペプチドがさらに含まれる。
本明細書で使用する場合、「シグナル伝達(signal transduction)」または「細胞シグナル伝達(cell signaling)」という用語は、例えば、細胞の表面上に発現している受容体へのリガンドの結合を介した、細胞の外部から細胞の内部への分子または生化学シグナルの伝達を指す。シグナルは、細胞における1つまたは複数の生化学的事象、例えば、種々のタンパク質キナーゼによるタンパク質リン酸化を介して伝達され得、最終的には、限定されないが、細胞活性化(例えば、サイトカインの産生)、細胞増殖、アポトーシス、または形態形成などの細胞応答をもたらす。例えば、リガンドが細胞の表面上に露出した受容体の部分に接触するとき、細胞における受容体の細胞内部分を通して生化学的カスケードが開始されて、例えば、遺伝子もしくは遺伝子産物の転写もしくは翻訳、タンパク質における翻訳後修飾もしくは立体構造変化、またはタンパク質の移行をもたらす。例えば、Bradshaw,Ralph A.;Dennis,Edward A.,eds.(2010).Handbook of Cell Signaling(2nd ed.).Amsterdam,Netherlands:Academic Pressを参照されたい。
本明細書で使用する場合、シグナル伝達の「調節」は、通常のシグナル伝達に影響を及ぼす、例えば、シグナル伝達を強化する、シグナル伝達が通常は遮断される場所でシグナル伝達を開始する、シグナル伝達を阻害するかもしくは妨げる、またはシグナル伝達が通常は活性である場所でシグナル伝達を遮断する、任意の介入を含み得る。本明細書で使用する場合、シグナル伝達経路の「アゴニスト」は、シグナル伝達が通常は遮断される場所でシグナル伝達を強化するかまたはシグナル伝達を開始し、シグナル伝達の「アンタゴニスト」は、シグナル伝達を阻害するかまたは遮断する。シグナル伝達アゴニストは、典型的には、例えば、ネイティブリガンドが作用するのと同じ程度に細胞の表面上の受容体と相互作用することによって、シグナル伝達経路に直接的に作用する。シグナル伝達のアンタゴニストは、例えば、受容体がそのネイティブリガンドに結合するのを遮断することによって、シグナル伝達経路に直接的に作用し得るか、あるいは、例えば、リガンドに結合し、それによってリガンドがその受容体に結合しないようそらすことによって(例えば、「デコイ受容体」または「受容体外部ドメイン」)、またはシグナル伝達がもはや生じ得ないようにリガンドもしくは受容体結合ドメインをアロステリックに変化させることによって、間接的に作用し得る。
「治療する」もしくは「治療」もしくは「治療すること」、または「緩和する」もしくは「緩和すること」などの用語は、既存の診断された病的状態または障害を、その障害または病的状態を有する対象において治癒する、減速する、その症状を軽減する、及び/またはその進行を停止もしくは減速する治療的措置を指す。「防止する」、「防止」、「回避する」、「阻止」などといった用語は、診断されていない標的とされる病的状態または障害の発症を防止する予防的または防止的措置を指す。故に、「治療を必要とする対象」には、障害であるとすでに診断された対象、障害を有する傾向にある対象、及び障害が防止されるべきである対象が含まれ得る。
「対象」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」とは、診断、予後判定、または療法が所望される任意の対象、特に哺乳類対象またはヒト対象を意味する。哺乳類対象には、ヒト、飼育動物、家畜、及び動物園、スポーツ、または愛玩動物、例えば、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ブタ、ウシ、クマなどが含まれる。
本明細書で使用する場合、「療法が有益であろう対象」及び「治療を必要とする動物」のような表現は、1個または複数個の抗原結合ドメインを含む、本明細書に提供されるような結合分子の投与が有益であろう対象(例えば、哺乳類対象)を含む。このような結合分子(例えば、抗体)は、例えば、疾患の診断手順及び/または疾患の治療もしくは防止のために使用することができる。
本明細書で使用する場合、「血清半減期」または「血漿半減期」という用語は、投与後に薬物(例えば、本明細書に提供されるような多量体結合分子)の血清中または血漿中濃度が50%減少するのにかかる時間(例えば、分、時間、または日単位)を指す。下記の2つの半減期が説明され得る:中央コンパートメント(例えば、静脈内送達の場合は血液)から末梢コンパートメント(例えば、組織または臓器)への薬物の再分布プロセスに起因する血漿中濃度の低下速度である、アルファ半減期、α半減期、またはt1/2α、及び排泄または代謝プロセスに起因する低下速度である、ベータ半減期、β半減期、またはt1/2β。
本明細書で使用する場合、「血漿中薬物濃度-時間曲線下面積」または「AUC」という用語は、ある用量の薬物を投与した後の薬物への実際の身体曝露を反映し、mgh/L単位で表される。この曲線下面積は、0時間(t0)から無限大時間(∞)まで測定され、身体からの薬物の排出速度及び投与された用量に依存する。本明細書で使用する場合、「平均滞留時間」または「MRT」という用語は、薬物が体内に留まる平均的な時間の長さを指す。
多量体結合分子
この開示は、2個以上、例えば、2個、5個、もしくは6個の二価結合ユニットまたはそのバリアントもしくはフラグメントを含む多量体結合分子であって、該多量体結合分子の各結合ユニットが、2個のIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、該IgAもしくはIgM定常領域もしくはそのフラグメントの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、またはある特定の実施形態においては各IgAもしくはIgM重鎖定常領域またはそのフラグメントが、結合パートナーに特異的に結合する結合ポリペプチドまたはそのフラグメントに融合されている、該多量体結合分子を提供する。例示的な結合ポリペプチド及び結合パートナーは、本明細書の他の箇所で詳述される。ある特定の実施形態において、本明細書に提供される結合分子の一部である結合ポリペプチドまたはそのフラグメントは、抗体でも、抗体の抗原結合フラグメントでも、または抗体もしくは抗体の抗原結合フラグメントのバリアントもしくは誘導体でもない。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子に含まれる結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同じ結合パートナーに結合する。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子に含まれる結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同一である。この開示によって提供される例示的な六量体及び五量体IgM由来結合分子の構造は、図1A及び図1Bに図解される。
本明細書に提供されるような多量体結合分子は、ある特定の実施形態において、細胞(例えば、表面上に結合ポリペプチドを典型的に発現する細胞、または表面上に結合パートナーを典型的に発現する細胞)におけるシグナル伝達を調節することができる。「シグナル伝達を調節する」とは、細胞においてシグナル伝達に影響を及ぼすこと、例えば、シグナル伝達経路が現在不活性である細胞においてシグナル伝達を開始すること、活性であるがレベルがより低い経路においてシグナル伝達活性を増加させること、シグナル伝達経路を遮断するかもしくは阻害すること、または活性なシグナル伝達経路の活性レベルを低減することを意味する。シグナル伝達の調節は、一部の事例において、直接的であり得る(例えば、結合分子が細胞の表面上の結合パートナーに直接的に結合し、それによってその結合パートナーを介したシグナル伝達に影響を及ぼす場合)。シグナル伝達の調節は、一部の事例において、間接的であり得る(例えば、結合分子が、シグナル伝達経路が影響を及ぼされる細胞に直接的に結合するのではなく、シグナル伝達経路の一部として当該細胞にさもなければ結合するであろう部分に結合する場合)。それにより、結合分子は、その部分が当該細胞に結合するのを防止することによって、または細胞への結合に利用可能なその部分の濃度を低減することによって、シグナル伝達に間接的に影響を及ぼすことができる。細胞においてある特定のシグナル伝達経路を開始するかまたはその活性を増加させる、本明細書に提供されるような多量体結合分子は、その経路の「アゴニスト」である。シグナル伝達経路の活性を低減するかまたはシグナル伝達経路を遮断する、本明細書に提供されるような多量体結合分子は、そのシグナル伝達経路の「アンタゴニスト」である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子は、同じ結合パートナーに結合する1個または2個の結合ポリペプチド(例えば、同じ結合ポリペプチドの2個のコピーのうちの1個)を含む当量の単量体または二量体結合分子よりも高い効力で、細胞のシグナル伝達を調節することができる。
ある特定の実施形態において(これらの例は本明細書に提供される)、結合パートナーが細胞の表面上に発現し、結合ポリペプチドの結合パートナーへの結合が、その細胞におけるシグナル伝達を調節する。例えば、結合ポリペプチドは、リガンドまたはリガンドの受容体結合フラグメントであり得、結合パートナーは、細胞の表面上に発現している受容体であり得、リガンド及び受容体の結合が、例えば、受容体を介したシグナル伝達を誘導し得るか、増加させ得るか、阻害し得るか、または遮断し得る。他の実施形態において、結合ポリペプチドは、例えば、サイトカインもしくはその受容体結合フラグメント、成長因子もしくはその受容体結合フラグメント、神経伝達物質もしくはその受容体結合フラグメント、ペプチドもしくはタンパク質ホルモンもしくはその受容体結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドもしくはその受容体結合フラグメント、または細胞外マトリックスタンパク質の受容体結合フラグメントであり得る。ある特定の実施形態において、結合分子の結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、当該細胞の同じ結合パートナーに結合して、当該結合パートナーを介したシグナル伝達を調節する。ある特定の実施形態において、結合分子の結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同一である。ある特定の実施形態において、細胞上の結合パートナーの、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、または12個のコピーを有する結合分子の接触は、同じ結合パートナーに結合する1個または2個の結合ポリペプチドのみを有する当量の一価または二価結合分子よりも高い効力で、例えば、当該細胞におけるシグナル伝達を誘導し得るか、増加させ得るか、阻害し得るか、または遮断し得る。
ある特定の実施形態において(これらの例は本明細書に提供される)、結合分子の結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、リガンドまたはその受容体結合フラグメントを含む結合パートナーに特異的に結合し得る、受容体外部ドメインを含む。本明細書で使用する場合、「受容体外部ドメイン」は、細胞外に露出している、細胞上に典型的に発現している受容体の部分を指す。したがって、「受容体外部ドメイン」は、受容体タンパク質の膜貫通または細胞内部分は含まない。これらの実施形態によれば、結合パートナーは、細胞と会合している(例えば、細胞の表面上に発現している)可能性があるか、または細胞会合部分の細胞外部分もしくは可溶性フラグメントであり得る。ある特定の実施形態において、受容体外部ドメインは、抗体でも抗体の抗原結合フラグメントでもない。また、これらの実施形態によれば、受容体外部ドメインの、リガンドまたはそのフラグメントへの結合は、典型的には間接的に、当該受容体を発現する細胞におけるシグナル伝達を調節することができる。例えば、結合分子の受容体外部ドメインの、それぞれ対応するリガンドまたはそのフラグメントへの結合は、リガンドが細胞で発現している受容体と会合するのを競合的に阻害し、それによって当該細胞におけるシグナル伝達を阻害することができる。競合的阻害は、例えば、リガンド結合に対する親和性の増加、細胞で発現している受容体の数と比べた受容体外部ドメインの量の増加、またはそれらの組み合わせによるものであり得る。ある特定の実施形態において、受容体外部ドメインのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同じリガンドに結合する。ある特定の実施形態において、受容体外部ドメインのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個は、同一である。ある特定の実施形態において、結合分子の受容体外部ドメインによる、そのそれぞれ対応するリガンドまたはそのフラグメントとの接触は、同じリガンドに結合する1個または2個の受容体外部ドメインのみを有する当量の一価または二価結合分子よりも高い効力で、例えば、当該受容体を発現する細胞におけるシグナル伝達を阻害し得るか、または遮断し得る。結合ポリペプチドが受容体外部ドメインである多量体結合分子の概略図が、図2として提示される。
IgM由来の多量体結合分子
ある特定の実施形態において、この開示によって提供される多量体結合分子は、本明細書に記載されるような結合ポリペプチドに融合されたIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントを含む、六量体または五量体結合分子である。本明細書に提供されるように、IgM由来結合分子は、多量体結合分子のIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントのN末端側に融合された、結合パートナーに特異的に結合する少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個の結合ポリペプチドを含む。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個の結合ポリペプチドは、同じ結合パートナーに結合する。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個の結合ポリペプチドは、同一である。
本明細書に提供されるような二価IgM由来結合ユニットは、2個のIgM重鎖定常領域を含み、IgM由来結合分子は、典型的には、5個または6個の結合ユニットを含む。完全長IgM重(μ)鎖定常領域は、4個の定常領域ドメインであるCμ1(CM1、CMu1、またはCH1とも呼ばれる)、Cμ2(CM2、CMu2、またはCH2とも呼ばれる)、Cμ3(CM3、CMu3、またはCH3とも呼ばれる)、及びCμ4(CM4、CMu4、またはCH4とも呼ばれる)、ならびに「テールピース」(tp)を含む。ヒトIgM定常領域は、典型的には、アミノ酸配列、配列番号:1(例えば、GenBank受託番号pir||S37768、CAA47708.1、及びCAA47714.1、アレルIGHM03と同一)、または配列番号:60(例えば、GenBank受託番号sp|P01871.4、アレルIGHM04と同一)を含む。ヒトCμ1ドメインは、配列番号:1または配列番号:60のおよそアミノ酸5からおよそアミノ酸102に及び、ヒトCμ2ドメインは、配列番号:1または配列番号:60のおよそアミノ酸114からおよそアミノ酸205に及び、ヒトCμ3ドメインは、配列番号:1または配列番号:60のおよそアミノ酸224からおよそアミノ酸319に及び、Cμ4ドメインは、配列番号:1または配列番号:60のおよそアミノ酸329からおよそアミノ酸430に及び、テールピース(tp)は、配列番号:1または配列番号:60のおよそアミノ酸431からおよそアミノ酸453に及ぶ。
5個のIgM由来結合ユニットが、追加の小さなポリペプチド鎖(J鎖)と複合体を形成して、IgM結合分子を形成することができる。前駆体ヒトJ鎖は、アミノ酸配列、配列番号:14を含む。
成熟ヒトJ鎖は、アミノ酸配列、配列番号:15を含む。J鎖を伴わない場合、IgM由来結合ユニットは、典型的には集合して六量体を形成する。理論に束縛されることを望むものではないが、IgM結合ユニットが集合して五量体または六量体の結合分子を形成することには、少なくともCμ4及び/またはtpドメインが関与すると考えられている。例えば、Braathen,R.,et al.,J.Biol.Chem.277:42755-42762(2002)を参照されたい。したがって、この開示に提供される五量体または六量体結合分子は、典型的には、少なくともCμ4及び/またはtpドメインを含むIgM定常領域を含む。
IgM重鎖定常領域は、Cμ3ドメインもしくはそのフラグメント、Cμ2ドメインもしくはそのフラグメント、Cμ1ドメインもしくはそのフラグメント、及び/または他のIgMもしくは他の免疫グロブリン重鎖ドメインを追加的に含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、完全なIgM重(μ)鎖定常領域、例えば、配列番号:1または配列番号:60、またはそのバリアント、誘導体、もしくは類似体を含み得る。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の各結合ユニットは、少なくともIgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインを各々含む2個のIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、IgM重鎖定常領域は各々、IgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインのN末端側に位置するIgM Cμ3ドメインをさらに含み得る。
ある特定の実施形態において、IgM重鎖定常領域は各々、IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgM Cμ2ドメインをさらに含み得る。本明細書に提供される例示的な多量体結合分子は、野生型ヒトCμ2、Cμ3、Cμ4-TPドメインを含む配列番号:3を含む、ヒトIgM定常領域を含む。
本明細書に提供されるようなある特定のIgM由来の多量体結合分子において、各IgM定常領域は、IgM Cμ2ドメインの代わりに、またはそれに加えて、IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgGヒンジ領域またはその機能的バリアントを含み得る。6位のシステインがセリンで置換されている、例示的なバリアントヒトIgG1ヒンジ領域のアミノ酸配列は、VEPKSSDKTHTCPPCPAP(配列番号:5)である。このタイプの例示的なIgM定常領域は、Cμ3、Cμ4、及びTPドメインを含むヒトIgM定常領域の多量体化フラグメントに融合された、バリアントヒトIgG1ヒンジ領域を含み、アミノ酸配列、配列番号:6を含む。
低減されたCDC活性、変化したグリコシル化、または増加した血清半減期を有する、修飾されたヒトIgM定常領域
ある特定の実施形態において、修飾されたヒトIgM定常領域は、本明細書に提供されるような修飾されたヒトIgM由来結合分子の一部として発現されるとき、対応する野生型ヒトIgM定常領域と比べて、補体の存在下で細胞に対して低減された補体依存性細胞傷害(CDC)活性を示す。「対応する野生型ヒトIgM定常領域」とは、CDC活性に影響を及ぼす定常領域における修飾(単数または複数)を除いて、修飾されたIgM定常領域と同一である野生型IgM定常領域を意味する。例えば、「対応する野生型ヒトIgM定常領域」は、同一の結合ポリペプチドに融合されることになり、修飾されたヒトIgM定常が有する場合がある、CDC活性に影響を及ぼす修飾以外の任意の他の修飾または短縮化。ある特定の実施形態において、修飾されたヒトIgM定常領域は、例えば、PCT公開第WO2018/187702号(これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)に記載されるように、野生型ヒトIgM定常領域と比べて、例えばCμ3ドメインにおいて、1つまたは複数のアミノ酸置換を含む。CDCを測定するためのアッセイが当業者に周知されており、例示的なアッセイが、例えば、PCT公開第WO2018/187702号に記載されている。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような修飾されたヒトIgM定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域と比べて、配列番号:1または配列番号:60の位置P311に置換を含む。他の実施形態において、本明細書に提供されるような修飾されたIgM定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域と比べて、配列番号:1または配列番号:60の位置P313に置換を含有する。他の実施形態において、本明細書に提供されるような修飾されたIgM定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域と比べて、配列番号:1または配列番号:60の位置P311及び配列番号:1または配列番号:60の位置P313に置換の組み合わせを含有する。配列番号:1または配列番号:60の位置P311にて修飾されたIgM定常領域アミノ酸は、アラニン(P311A)、セリン(P311S)、またはグリシン(P311G)で置換されていることが可能である。配列番号:1または配列番号:60の位置P313にて修飾されたIgM定常領域アミノ酸は、アラニン(P313A)、セリン(P313S)、またはグリシン(P313G)で置換されていることが可能である。配列番号:1または配列番号:60の位置P311及びP313にて修飾されたIgM定常領域アミノ酸は、それぞれアラニン(P311A)及びセリン(P313S)(配列番号:2)またはアラニン、セリン、及び/またはグリシンの任意の組み合わせで置換されていることが可能である。
一実施形態において、P311及び/またはP313にアミノ酸置換(例えば、P311A、P311S、P311G、P313A、P313S、及び/またはP313G、またはそれらの任意の組み合わせ)を含む修飾されたヒトIgM定常領域を含む、本明細書に提供されるような結合分子は、対応する野生型IgM定常領域を含む結合分子と比べて、用量-応答アッセイにおいて達成される最大CDCが少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%または90%減少している。
したがって、この開示は、少なくとも1個の結合ユニットが、2個以上の結合ユニットが、または各結合ユニットが、2個の修飾されたIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む、低減されたCDC活性を示す多量体IgM由来結合分子を提供する。ある特定の実施形態において、修飾されたIgM定常領域は、IgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインを含み、IgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインのN末端側に位置する修飾されたIgM Cμ3ドメインをさらに含む。ある特定の実施形態において、IgM重鎖定常領域は各々、修飾されたIgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgM Cμ2ドメインをさらに含み得る。本明細書に提供される例示的な多量体結合分子は、ヒトCμ2ドメイン、P311A及びP313S変異を含む修飾されたヒトCμ3ドメイン、ならびにヒトCμ4-TPドメインを含む配列番号:4を含む、ヒトIgM定常領域を含む。ある特定の実施形態において、IgM重鎖定常領域がアミノ酸配列、配列番号:4を含む多量体結合分子は、IgM重鎖定常領域がアミノ酸配列、配列番号:3を含む対応する結合分子と比べて低減されたCDC活性を有する。
本明細書に提供されるような低減されたCDC活性を有するある特定のIgM由来の多量体結合分子において、各IgM定常領域は、IgM Cμ2ドメインの代わりに、またはそれに加えて、バリアントIgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgGヒンジ領域またはその機能的バリアントを含み得る。例示的なバリアントヒトIgG1ヒンジ領域のアミノ酸配列は、VEPKSSDKTHTCPPCPAP(配列番号:5)である。本明細書に提供される例示的な多量体結合分子は、修飾されたヒトIgG1ヒンジ領域、P311A及びP313S変異を含む修飾されたヒトCμ3ドメイン、ならびにヒトCμ4-TPドメインを含む配列番号:7を含む、ヒトIgM定常領域を含む。ある特定の実施形態において、IgM重鎖定常領域がアミノ酸配列、配列番号:7を含む多量体結合分子は、IgM重鎖定常領域がアミノ酸配列、配列番号:6を含む対応する結合分子と比べて低減されたCDC活性を有する。
本明細書に提供されるようなある特定のIgM由来結合分子は、強化された血清半減期を有するように操作することができる。IgM由来結合分子の血清半減期を強化し得る例示的なIgM重鎖定常領域変異は、PCT公開第WO2019/169314号に開示され、その内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。例えば、本明細書の他の箇所に記載されるグリコシル化変異のうちの1つまたは複数に加えて、本明細書に提供されるようなIgM由来結合分子のバリアントIgM重鎖定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域(例えば、配列番号:1または配列番号:60)のアミノ酸S401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含み得る。「野生型ヒトIgM定常領域のアミノ酸S401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸」とは、ヒトIgM定常領域におけるS401、E402、E403、R344、及び/またはE345に相同である、任意の種のIgM定常領域の配列におけるアミノ酸を意味する。ある特定の実施形態において、配列番号:1または配列番号:60のS401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸は、任意のアミノ酸、例えば、アラニンで置換されていることが可能である。
本明細書に提供されるようなヒトIgM定常領域、及び同じくある特定の非ヒト霊長類IgM定常領域は、典型的には、5個の天然アスパラギン(N)-結合型グリコシル化モチーフまたは部位を含む。本明細書で使用する場合、「N-結合型グリコシル化モチーフ」は、アミノ酸配列N-X1-S/Tを含むか、またはそれからなり、ここで、Nはアスパラギンであり、X1は、プロリン(P)を除く任意のアミノ酸であり、S/Tはセリン(S)またはトレオニン(T)である。グリカンは、アスパラギン残基の窒素原子に付着している。例えば、Drickamer K,Taylor ME(2006),Introduction to Glycobiology(2nd ed.).Oxford University Press,USA.を参照されたい。N-結合型グリコシル化モチーフは、配列番号:1または配列番号:60のヒトIgM重鎖定常領域において生じ、46位(「N1」)、209位(「N2」)、272位(「N3」)、279位(「N4」)、及び440位(「N5」)で開始する。これらの5個のモチーフは、非ヒト霊長類IgM重鎖定常領域において保存されており、5個のうちの4個は、マウスIgM重鎖定常領域において保存されている。ヒトIgM重鎖定常領域における、N4を除くこれらの部位の各々は、その部位でのグリコシル化を防止しながらも、依然としてIgM発現、及び六量体または五量体への集合を可能にするように変異させることができる。2019年8月23日に出願された米国特許出願第62/891,263号を参照されたく、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
IgA由来結合分子
ある特定の実施形態において、この開示によって提供される多量体結合分子は、IgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントを含む二量体結合分子である。本明細書に提供されるように、IgA由来結合分子は、多量体結合分子のIgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントのN末端側に融合された、結合パートナーに特異的に結合する少なくとも3個または4個全ての結合ポリペプチドを含む。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3個または4個全ての結合ポリペプチドは、同じ結合パートナーに結合する。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3個または4個全ての結合ポリペプチドは、同一である。
二価IgA由来結合ユニットは、2個のIgA重鎖定常領域を含み、二量体IgA由来結合分子は、2個の結合ユニットを含む。IgAは、以下の重鎖定常ドメイン、すなわち、Cα1(または代替的にCA1もしくはCH1)、ヒンジ領域、Cα2(または代替的にCA2もしくはCH2)、及びCα3(または代替的にCA3もしくはCH3)、及びC末端「テールピース」を含有する。ヒトIgAは2個のサブタイプ、IgA1及びIgA2を有する。ヒトIgA1定常領域は、典型的には、アミノ酸配列、配列番号:24を含む。ヒトCα1ドメインは、配列番号:24のおよそアミノ酸6からおよそアミノ酸98に及び、ヒトIgA1ヒンジ領域は、配列番号:24のおよそアミノ酸102からおよそアミノ酸124に及び、ヒトCα2ドメインは、配列番号:24のおよそアミノ酸125からおよそアミノ酸219に及び、ヒトCα3ドメインは、配列番号:24のおよそアミノ酸228からおよそアミノ酸330に及び、テールピースは、配列番号:24のおよそアミノ酸331からおよそアミノ酸352に及ぶ。ヒトIgA2定常領域は、典型的には、アミノ酸配列、配列番号:25を含む。ヒトCα1ドメインは、配列番号:25のおよそアミノ酸6からおよそアミノ酸98に及び、ヒトIgA2ヒンジ領域は、配列番号:25のおよそアミノ酸102からおよそアミノ酸111に及び、ヒトCα2ドメインは、配列番号:25のおよそアミノ酸113からおよそアミノ酸206に及び、ヒトCα3ドメインは、配列番号:25のおよそアミノ酸215からおよそアミノ酸317に及び、テールピースは、配列番号:25のおよそアミノ酸318からおよそアミノ酸340に及ぶ。
2個のIgA結合ユニットが、2個の追加のポリペプチド鎖、J鎖(配列番号:15)、及び分泌成分(前駆体:配列番号:26、成熟型:配列番号:27)と複合体を形成して、本明細書に提供されるような二価の分泌型IgA(sIgA)由来結合分子を形成することができる。理論に束縛されることを望むものではないが、2個のIgA結合ユニットが集合して二量体IgA由来結合分子を形成することには、Cα3ドメイン及びテールピースドメインが関与すると考えられている。例えば、Braathen,R.,et al.,J.Biol.Chem.277:42755-42762(2002)を参照されたい。したがって、この開示に提供される多量体化二量体IgA由来結合分子は、典型的には、少なくともCα3ドメイン及びテールピースドメインを含むIgA定常領域を含む。
IgA重鎖定常領域は、Cα2ドメインもしくはそのフラグメント、IgAヒンジ領域もしくはそのフラグメント、Cα1ドメインもしくはそのフラグメント、及び/または、例えばIgGヒンジ領域を含む、他のIgA(または他の免疫グロブリン、例えばIgG)重鎖ドメインを追加的に含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、完全なIgA重(α)鎖定常ドメイン(例えば、配列番号:24または配列番号:25)、またはそのバリアント、誘導体、もしくは類似体を含み得る。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の各結合ユニットは、少なくともIgA Cα3ドメイン及びIgAテールピースドメインを各々含む2個のIgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgA Cα3ドメイン及びIgAテールピースドメインのN末端側に位置するIgA Cα2ドメインをさらに含み得る。例えば、IgA重鎖定常領域は、配列番号:24のアミノ酸125~353または配列番号:25のアミノ酸113~340を含み得る。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgA Cα2ドメインのN末端側に位置するIgAまたはIgGヒンジ領域をさらに含み得る。例えば、IgA重鎖定常領域は、配列番号:24のアミノ酸102~353または配列番号:25のアミノ酸102~340を含み得る。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgAヒンジ領域のN末端側に位置するIgA Cα1ドメインをさらに含み得る。
結合ポリペプチド及び結合パートナー
本明細書に提供されるような多量体結合分子は、多岐にわたる非限定的な結合ポリペプチドを含み得る。例えば、結合パートナーが細胞の表面上に発現している場合、結合ポリペプチドは、例えば、リガンドもしくはリガンドの受容体結合フラグメント(例えば、リガンドが、それ自体、別の細胞の表面上に典型的に発現している場合)、サイトカインもしくはその受容体結合フラグメント、成長因子もしくはその受容体結合フラグメント、神経伝達物質もしくはその受容体結合フラグメント、ペプチドもしくはタンパク質ホルモンもしくはその受容体結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドもしくはその受容体結合フラグメント、または細胞外マトリックスタンパク質の受容体結合フラグメントであり得る。本明細書に提供されるような結合分子は、結合パートナーに結合するのに必要とされる結合ポリペプチドの部分を含むこと、及び細胞におけるシグナル伝達を直接的または間接的のいずれかで調節することのみが必要である。
「リガンド」とは、広義に、細胞表面受容体に結合し、それによって受容体において変化、例えば、立体構造の変化を引き起こして、それによって当該受容体を発現する細胞において事象を誘発することができるシグナル伝達分子を意味する。数千でないにせよ数百の個々のリガンドが特定及び特性解析されており、これらは典型的には、構造または機能によってファミリー別に系統立てられる。リガンドファミリーには、アクチビン及びインヒビンリガンド、骨形成タンパク質、ケモカイン、補体成分、エフリン、線維芽細胞成長因子(FGF)ファミリーリガンド、ガレクチン、糖タンパク質ホルモン、免疫チェックポイントモジュレーター、インターフェロン、インターロイキン、神経ペプチド、腫瘍壊死因子スーパーファミリー(TNFSF)リガンド、血管内皮細胞成長因子(VEGF)ファミリーリガンド、TNF-βスーパーファミリーリガンド、及びWntファミリーリガンドが含まれるが、これらに限定されない。例えば、IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY(www_dot_guidetopharmacology_dot_org/GRAC/LigandFamiliesForward、及びwww_dot_guidetopharmacology_dot_org/GRAC/LigandListForward(両サイトの最終アクセス日は2018年7月23日である))を参照されたい。リガンドは、細胞外環境にある可溶性分子であり得るか、またはそれら自体が細胞の表面上に発現している可能性がある。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の結合ポリペプチドは、腫瘍壊死因子スーパーファミリー(TNFSF)リガンドであり得る。これらのリガンドは、TNF受容体スーパーファミリー(TNFrSF)の受容体に結合し、それを活性化して、受容体発現細胞において多岐にわたる機能、例えば、炎症、アポトーシス、細胞増殖、細胞侵入、血管新生、または細胞分化を誘発する。例えば、Aggarwal,B.B.et al.,Blood 119:651-665(2012)を参照されたい。TNFスーパーファミリーは、TNF-α(カケクチンの別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:28として提示される、外部ドメイン:配列番号:28のアミノ酸57~233)、TNF-β(リンホトキシン-アルファの別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:29として提示される、成熟可溶性タンパク質:配列番号:29のアミノ酸35~205)、リンホトキシン-β(LT-β)(例示的なヒト配列は配列番号:30として提示される、外部ドメイン:配列番号:30のアミノ酸49~244)、OX40L(gp34またはCD252の別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:31として提示される、外部ドメイン:配列番号:31のアミノ酸51~183)、CD40L(例示的なヒト配列は配列番号:32として提示される、外部ドメイン:配列番号:32のアミノ酸47~261)、FasL(アポトーシス抗原リガンドまたはAPTLの別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:33として提示される、外部ドメイン:配列番号:33の103~281)、4-1BBL(例示的なヒト配列は配列番号:34として提示される、外部ドメイン:配列番号:34のアミノ酸50~254)、TNF関連アポトーシス誘導リガンド(TRAIL)(例示的なヒト配列は配列番号:35として提示される、外部ドメイン:配列番号:35のアミノ酸39~281)、及びグルココルチコイド誘導性TNF受容体リガンド(GITRL)(例示的なヒト配列は配列番号:36として提示される、外部ドメイン:配列番号:36のアミノ酸72~199)を含むがこれらに限定されない、少なくとも19個のリガンド及び29個の相互作用受容体を含む。当業者であれば、これらの提示された配列の種々の関連するヒトアイソフォームが存在し、また他の種においてオルソログが存在することを理解しよう。その上、これらのリガンドは、文献において多くの異なる名称及び頭字語で現れるが、それらの主要な構造及び機能によって識別することができる。これらのリガンドによって活性化されるシグナル伝達経路のうちの多くは、例えば、がん、感染疾患、炎症性疾患、及び/または神経変性疾患の治療において、治療上の重要性をもつ。
TNFSF-TNFrSF相互作用の共通の特徴は、シグナル伝達が生じるために、リガンドが細胞表面上の少なくとも3個の受容体単量体に結合することを必要とする点である。典型的にホモ三量体として集合するTNFSFリガンドが、この課題を遂行するように適合させられる。例えば、Locksley,R.M.,et al.,Cell 104:487-501(2001)を参照されたい。そのため、TNFrSF結合パートナーと結合することができる3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、または12個のTNFSFリガンド結合ポリペプチドを含み得る、本明細書に提供されるような結合分子は、受容体活性化のためのスーパーアゴニストとして作用し得る。例えば、TRAILの受容体結合フラグメント(例えば、配列番号:35のアミノ酸39~281)の最大12個のコピーを含む、本明細書に提供されるような六量体結合分子は、デスドメイン含有受容体DR4及び/またはDR5を過剰発現している腫瘍細胞と会合すると、非常に効率的にそれらの腫瘍細胞のアポトーシスを誘導することが可能である。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の結合ポリペプチドは、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドまたはその受容体結合フラグメントであり得る。免疫チェックポイントモジュレーターリガンドには、プログラム細胞死1リガンド1(PD-L1(CD274、B7ホモログ1、またはB7-H1とも呼ばれる)、例示的なヒト配列は配列番号:8として提示される、外部ドメイン:配列番号:8のアミノ酸19~238、または配列番号:9)、CD80(B7-1とも呼ばれ、例示的なヒト配列は配列番号:37として提示される、外部ドメイン:配列番号:37のアミノ酸35~242)、及びCD86(B7-2とも呼ばれ、例示的なヒト配列は配列番号:38として提示される)が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、結合パートナーは、例えば、免疫チェックポイントモジュレーター経路における受容体である。例えば、結合パートナーは、PD-1またはCTLA4であり得る。
PD-L1は、樹状細胞及び単球を含めた種々の細胞上に典型的に発現している40kDaの膜貫通タンパク質である。PD-L1は、プログラム細胞死タンパク質-1(PD-1)のリガンドである。例えば活性化T細胞上のPD-1受容体への、PD-L1の結合は、抗原特異的T細胞の増殖を低減し、また、制御性T細胞(Tレグ)のアポトーシスも低減し得る。腫瘍細胞は、PD-L1を過剰発現して、抗腫瘍免疫の抑制をもたらし得るが(例えば、Dong H.,et al.,Nat.Med.8:793-800(2002)を参照されたい)、PD-L1の低減された発現もまた自己免疫に関連する(例えば、Ansari,M.J.,et al.,J.Exp.Med.198:63-69(2003)、Mozaffarian,N.,et al.,Rheumatology 47:1335-1341(2008)を参照されたい)。前駆体ヒトPD-L1の例示的なアミノ酸配列は、配列番号:8として提示される。
ヒトPD-L1のシグナルペプチドは、配列番号:8のアミノ酸1からおよそアミノ酸18に及ぶ。成熟ヒトPD-L1タンパク質は、配列番号:8のおよそアミノ酸19からアミノ酸290に及ぶ。ヒトPD-L1は、2個の細胞外ドメイン、すなわち、配列番号:8のおよそアミノ酸19から配列番号:8のおよそアミノ酸127に及ぶIg様Vタイプドメイン、及び配列番号:8のおよそアミノ酸133からおよそアミノ酸225に及ぶIg様C2タイプドメインを有する。ヒトPD-L1の膜貫通ドメインは、配列番号:8のおよそアミノ酸239からおよそアミノ酸259に及ぶ。ヒトPD-L1の細胞質ドメインは、配列番号:8の約260からアミノ酸290に及ぶ。膜貫通タンパク質として、PD-L1の受容体結合可溶性フラグメントは典型的には、この開示によって提供される多価結合分子に含まれることが当業者には理解されよう。また、当業者であれば、ヒトPD-L1の異なる受容体結合アイソフォーム及び/またはスプライスバリアントが存在し、本明細書に提供されるような結合分子に含まれ得ることも理解しよう。その上、他の種においてヒトPD-L1のオルソログが存在し、任意の種のPD-L1の受容体結合フラグメントが、本明細書に提供されるような多価結合分子に含まれ得る。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供される多量体結合分子の結合ポリペプチドは、PD-L1(例えば、ヒトPD-L1)の受容体結合フラグメントを含む。ある特定の実施形態において、結合ポリペプチドは、PD-L1(例えば、ヒトPD-L1)のVタイプ外部ドメイン、例えば、配列番号:8のアミノ酸18~127または19~127を含む。ある特定の実施形態において、結合ポリペプチドは、配列番号:8のアミノ酸18~134または19~134を含む。例えば、Zak et al.Structure 23:2341-2348(2015)を参照されたい。ある特定の実施形態において、結合ポリペプチドは、PD-L1(例えば、ヒトPD-L1)のVタイプ及びC2タイプ外部ドメイン、例えば、配列番号:8のアミノ酸18~238または19~238を含む(ヒトPD-L1の例示的な外部ドメインは、本明細書で配列番号:9として提示される)。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の結合ポリペプチドは、受容体外部ドメインであり得る。例としては、TNFスーパーファミリー受容体の外部ドメイン、免疫チェックポイントモジュレーター受容体の外部ドメイン、TGF-β受容体の外部ドメイン、血管内皮細胞成長因子受容体(VEGFR)の外部ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
例えば、結合ポリペプチドは、TNFスーパーファミリー受容体(TNFrSF)の可溶性リガンド結合フラグメント、例えば、デスドメイン含有受容体-4(DR4(TRAIL-R1またはAPO2の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:39として提示される、外部ドメイン:配列番号:39のアミノ酸24~239)、デスドメイン含有受容体-5(DR5(TRAIL-R2、Ly98、またはCD262の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:40として提示される、外部ドメイン:配列番号:40のアミノ酸56~210)、OX-40(例示的なヒト配列は配列番号:41として提示される、外部ドメイン:配列番号:41のアミノ酸29~214)、CD40(例示的なヒト配列は配列番号:42として提示される、外部ドメイン:配列番号:42のアミノ酸21~193)、4-1BB(CD137の別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:43として提示される、外部ドメイン:配列番号:43のアミノ酸24~186)、及び/またはグルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体(GITR(AITRまたはCD357の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:44として提示される、外部ドメイン:配列番号:44のアミノ酸26~162)の可溶性フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
結合ポリペプチドはまた、例えば、免疫チェックポイントモジュレーター受容体の外部ドメイン、例えば、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質-4(CTLA4(CD152の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:45として提示される、外部ドメイン:配列番号:45のアミノ酸36~161)、PD-1(例示的なヒト配列は配列番号:46として提示される、外部ドメイン:配列番号:46のアミノ酸21~170)、LAG3(CD223の別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:47として提示される、外部ドメイン:配列番号:47のアミノ酸29~450)、CD28(例示的なヒト配列は配列番号:48として提示される、外部ドメイン:配列番号:48のアミノ酸19~152)、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体2(ILDR2、例示的なヒト配列は配列番号:49として提示される、外部ドメイン:配列番号:49のアミノ酸21~186)、T細胞免疫グロブリンムチンファミリーメンバー3(TIM-3(CD366の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:50として提示される、外部ドメイン:配列番号:50のアミノ酸22~202)の可溶性リガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせでもあり得る。
結合ポリペプチドはまた、例えば、形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の外部ドメインでもあり得る。3種のヒト受容体タンパク質がTGFβと結合することが知られている。これらには、TGFβ受容体1型(TGFβR1(アクチビン受容体様キナーゼ5またはALK5の別名でも知られており、例示的なヒト配列は配列番号:51として提示される、外部ドメイン:配列番号:51のアミノ酸34~126)、TGFβ受容体2型(TGFβR2、例示的なヒト配列は配列番号:52として提示される、外部ドメイン:配列番号:52のアミノ酸23~166)、及びTGFβ受容体3型(TGFβR3、例示的なヒト配列は配列番号:53として提示される、外部ドメイン:配列番号:53のアミノ酸21~787)が含まれる。
結合ポリペプチドはまた、例えば、血管内皮細胞成長因子受容体(VEGFR)の外部ドメインでもあり得る。血管内皮細胞成長因子スーパーファミリーのメンバーに結合することが知られているヒト受容体には、血管内皮細胞成長因子受容体2(VEGFR-2、例示的なヒト配列は配列番号:54として提示される、外部ドメイン、配列番号:54のアミノ酸20~764)、血管内皮細胞成長因子受容体3(VEGFR-3(FLT4の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:55として提示される、外部ドメイン、配列番号:55のアミノ酸25~775)、及び血管内皮細胞成長因子受容体1(VEGFR-1(FLT1の別名でも知られている)、例示的なヒト配列は配列番号:56として提示される、外部ドメイン、配列番号:56のアミノ酸27~758)が含まれるが、これらに限定されない。VEGFR-2-外部ドメイン-Fcγタンパク質は、頭蓋内ヒト多形膠芽腫のマウスモデルにおいて血管新生を阻害することが示された。例えば、Szentirmai,O.,et al.,J.Neurosurg 108:979-988(2008)を参照されたい。VEGF受容体のリガンド結合外部ドメインを含むFcγ融合タンパク質(アフリベルセプト(配列番号:57)は、配列番号:56のアミノ酸129~230(VEGFR-1)、配列番号:54のアミノ酸225~327(VEGFR-2)、及びヒトIgG1Fc定常領域を含有する)は、例えば加齢性黄斑変性症に関連する、眼血管新生の予防に使用される。例えば、Sawar,S.,et al.,Dev.Opthalmol.55:282-294(2016)を参照されたい。
修飾されたJ鎖
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような五量体IgM由来結合分子のJ鎖は、五量体IgM由来結合分子が集合して、その結合パートナー(複数可)に結合する能力を妨害することなく、例えば、1個の異種部分または2個以上の異種部分の導入によって、修飾され得る。例えば、米国特許第9,951,134号及び同第10,400,038号、米国特許出願公開第US-2019-0185570号及び同第US-2018-0265596号を参照されたく、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。したがって、本明細書に提供されるような五量体IgM由来結合分子は、J鎖またはそのフラグメントに導入された1個の異種部分または2個以上の異種部分を含む、修飾されたJ鎖またはその機能的フラグメントを含み得る。ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖に組み込まれた異種部分は、J鎖にインフレームで融合されたまたはJ鎖に化学的にコンジュゲートされたペプチドまたはポリペプチド配列であり得る。ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖に組み込まれた異種部分は、J鎖にコンジュゲートされた化学部分であり得る。J鎖に付着される異種部分には、限定されるものではないが、結合部分、例えば、抗体またはその抗原結合フラグメント、例えば、一本鎖Fv(scFv)分子、五量体IgM由来結合分子の半減期を増加させることができる安定化ペプチド、またはポリマーもしくは細胞毒素などの化学部分が含まれ得る。
いくつかの実施形態において、修飾されたJ鎖は、抗原結合ドメインを含み得、抗原結合ドメインには、限定されるものではないが、標的抗原に特異的に結合することができるポリペプチド(低分子ペプチドを含む)が含まれ得る。ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖と会合した抗原結合ドメインは、本明細書の他の箇所に記載される抗体またはその抗原結合フラグメントであり得る。ある特定の実施形態において、抗原結合ドメインは、例えば、ラクダ科抗体またはコンドリクトイド(condricthoid)抗体からの、scFv結合ドメインまたは一本鎖結合ドメインであり得る。抗原結合ドメインは、J鎖の機能または会合したIgMもしくはIgA結合分子の機能を妨害することなく、抗原結合ドメインのその結合パートナーへの結合を可能にする任意の箇所でJ鎖に導入することができる。挿入箇所としては、限定されるものではないが、C末端もしくはその付近、N末端もしくはその付近、またはJ鎖の3次元構造に基づいてアクセス可能な内部の箇所が挙げられる。ある特定の実施形態において、抗原結合ドメインは、配列番号:15のシステイン残基92と101との間で配列番号:15の成熟ヒトJ鎖に導入することができる。さらなる実施形態において、抗原結合ドメインは、グリコシル化部位またはその付近で配列番号:15のヒトJ鎖に導入することができる。さらなる実施形態において、抗原結合ドメインは、N末端またはC末端から約10アミノ酸残基以内で配列番号:15のヒトJ鎖に導入することができる。
血清半減期を変化させるJ鎖変異を有する五量体IgM由来結合分子
この開示は、IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントを含むIgM由来の五量体結合分子を提供し、結合分子は、IgM抗体またはIgM由来結合分子で典型的に観察される血清半減期と比べて強化された血清半減期を有する。本明細書に提供されるような五量体IgM由来結合分子は、5個の二価IgM由来結合ユニットまたはそのバリアントもしくは多量体化フラグメント、ならびにJ鎖の機能的バリアント及び/または誘導体またはその機能的フラグメントを含む。J鎖の「機能的バリアント、誘導体、またはフラグメント」とは、5個のIgM由来結合ユニットと会合して五量体を形成することが依然として可能である、J鎖バリアント、誘導体、またはフラグメントを意味する。提供されるIgM由来結合分子の各結合ユニットは、2個のIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、該定常領域が、本明細書の他の箇所に記載されるような結合ポリペプチドに融合されている。本明細書に提供されるように、バリアント及び/または誘導体J鎖またはその機能的フラグメントは、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体を含むIgM由来結合分子の血清半減期に影響を及ぼし得る、1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を含み得る。「1つまたは複数の単一アミノ酸置換、挿入、及び欠失」という用語は、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体のアミノ酸配列の各アミノ酸が個々に、置換され得るか、欠失させられ得るか、またはそれに隣接して挿入された単一アミノ酸を有し得るが、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体が、IgM重鎖またはIgM由来の重鎖と集合してIgM由来の五量体結合分子を形成する機能を果たすことが依然として可能でなければならないことを意味する。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体は、1つの単一アミノ酸置換、挿入、もしくは欠失、2つの単一アミノ酸置換、挿入、もしくは欠失の組み合わせ(例えば、2つの単一アミノ酸置換、または1つの単一アミノ酸置換及び1つの単一アミノ酸挿入もしくは欠失)、3つの単一アミノ酸置換、挿入、もしくは欠失の組み合わせ、4つの単一アミノ酸置換、挿入、もしくは欠失の組み合わせ、またはそれよりも多くを有し得、該1つ、2つ、3つ、4つ、またはそれよりも多くの単一アミノ酸置換、挿入、または欠失は、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体を含むIgM由来結合分子の血清半減期に影響を及ぼし得る。したがって、提供されるIgM由来結合分子は、動物に投与される場合、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体における1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を除いて同一である参照IgM由来結合分子と比べて、増加した血清半減期を示し、ここで、提供される結合分子及び参照結合分子の両方は、同じ動物種に同じ方法で投与される。本明細書に提供されるようなIgM由来結合分子の血清半減期を改善し得る、修飾されたJ鎖またはバリアントJ鎖が本明細書に開示されていると共に、そのようなJ鎖の作製方法及び使用方法が、PCT公開第WO2019/169314号に開示され、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ある特定の実施形態において、IgM由来結合分子の血清半減期、例えば、α半減期、β半減期、または全体的な半減期は、参照結合分子に対して少なくとも0.1倍、少なくとも0.5倍、少なくとも1倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも20倍、少なくとも30倍、少なくとも40倍、少なくとも50倍、少なくとも60倍、少なくとも70倍、少なくとも80倍、少なくとも90倍、少なくとも100倍、少なくとも500倍、少なくとも1000倍、またはそれを超えて増加させることができる。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgM由来結合分子のJ鎖は、成熟ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含む。「野生型ヒトJ鎖のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸」とは、ヒトJ鎖におけるY102に相同である任意の種のJ鎖の配列におけるアミノ酸を意味する。配列番号:15におけるY102に対応する位置は、少なくとも43の他の種のJ鎖アミノ酸配列において保存されている。米国特許第9,951,134号の図4を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる。理論に束縛されることを望むものではないが、この変異は、ある特定の免疫グロブリン受容体、例えば、Fcαμ受容体及び/または重合体Ig受容体(pIg受容体)の結合に影響を及ぼすと考えられている。ある特定の実施形態において、配列番号:15のY102は、任意のアミノ酸で置換されていることが可能である。ある特定の実施形態において、配列番号:15のY102は、アラニン(A)、セリン(S)またはアルギニン(R)で置換されていることが可能である。特定の実施形態において、配列番号:15のY102は、アラニンで置換されていることが可能である。一実施形態において、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体はバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列、配列番号:16を含む。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgM由来結合分子のJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体は、成熟ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸N49またはアミノ酸S51に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含むか(ここで、S51は、トレオニン(T)で置換されることはない)、またはJ鎖は、ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸N49及びS51の両方に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含む。ここでもまた、「野生型ヒトJ鎖の配列番号:15のN49に対応するアミノ酸または配列番号:15のアミノ酸S51に対応するアミノ酸」とは、ヒトJ鎖におけるN49及び/またはS51に相同である任意の種のJ鎖の配列におけるアミノ酸を意味する。配列番号:15におけるN49及びS51に対応する位置は、少なくとも43の他の種のJ鎖アミノ酸配列において保存されている。PCT公開第WO2015/153912号の図4を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる。理論に束縛されることを望むものではないが、配列番号:15のN49及びS51に対応するアミノ酸が、配列番号:15のI50に対応するアミノ酸と共にして、J鎖におけるN-結合型グリコシル化モチーフを含み、N49及び/またはS51の変異(S51のトレオニン置換を除く)がこのモチーフにおけるグリコシル化を防止し得ると考えられている。ある特定の実施形態において、配列番号:15のN49に対応する位置のアスパラギンは、任意のアミノ酸で置換されていることが可能である。ある特定の実施形態において、配列番号:15のN49に対応する位置のアスパラギンは、アラニン(A)、グリシン(G)、トレオニン(T)、セリン(S)、またはアスパラギン酸(D)で置換されていることが可能である。特定の実施形態において、配列番号:15のN49に対応する位置は、アラニン(A)で置換されていることが可能である。特定の実施形態において、J鎖はバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列、配列番号:17を含む。
ある特定の実施形態において、配列番号:15のS51に対応する位置のセリンは、任意のアミノ酸で置換されていることが可能である。ある特定の実施形態において、配列番号:15のS51に対応する位置のセリンは、アラニン(A)またはグリシン(G)で置換されていることが可能である。特定の実施形態において、配列番号:15のS51に対応する位置は、アラニン(A)で置換されていることが可能である。特定の実施形態において、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体はバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列、配列番号:18を含む。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような改善された血清半減期を有するIgM由来結合分子はさらに、参照結合分子と比べて、他の修飾された薬物動態パラメータ、例えば、増加したピーク血漿中濃度(Cmax)、増加した曲線下面積(AUC)、低減されたクリアランス時間、またはそれらの任意の組み合わせを示す。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるようなIgM由来結合分子のJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体は、例えば米国特許第9,951,134号に、例えば提供されるような、修飾されたJ鎖であり得る。ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖は、異種ポリペプチドをさらに含み、異種ポリペプチドは、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体に直接的または間接的に融合されている。ある特定の実施形態において、異種ポリペプチドは、リンカー、例えば、少なくとも5アミノ酸からなるが、ただし25アミノ酸を超えないペプチドリンカーを介して、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体ペプチドに融合されている。ある特定の実施形態において、ペプチドリンカーは、
Figure 2022505663000004
からなる。異種ポリペプチドは、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体のN末端、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体のC末端に融合され得るか、または異種ポリペプチドは、J鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体のN末端及びC末端の両方に融合され得る。ある特定の実施形態において、異種ポリペプチドは、結合ドメインを含む。ある特定の実施形態において、異種ポリペプチドの結合ドメインは、抗体またはその抗原結合フラグメント、例えば、Fabフラグメント、Fab’フラグメント、F(ab’)2フラグメント、Fdフラグメント、Fvフラグメント、一本鎖Fv(scFv)フラグメント、ジスルフィド結合したFv(sdFv)フラグメント、もしくはそれらの任意の組み合わせである。
ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖に融合された異種ポリペプチドは、1個または複数個の本明細書に提供されるような結合ポリペプチドを含み得る。ある特定の実施形態において、修飾されたJ鎖に融合された異種ポリペプチドは、多量体結合分子の吸収、分布、代謝、及び/または排泄(ADME)に影響を与えるポリペプチドを含み得る。本明細書に提供されるような修飾されたJ鎖に融合させるための例示的な異種ポリペプチドは、例えば、米国特許第9,951,134号及び同第10,400,038号、米国特許出願公開第US-2019-0185570号及び同第US-2018-0265596号に開示され、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
一実施形態において、修飾されたJ鎖に融合された異種ポリペプチドは、本明細書に提供されるような結合分子を特定の細胞、組織、または臓器に標的指向化することができる。例えば、本明細書に提供されるような修飾されたJ鎖を含む五量体結合分子は、VEGFへの結合及びその阻害に関して上述したような少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、または10個のVEGF-R2受容体外部ドメイン結合ポリペプチド、ならびに眼を標的とするポリペプチド、例えば、ヒアルロン酸結合ペプチド(HABP)、例えば、腫瘍壊死因子誘導性遺伝子6タンパク質のLINKドメイン、例えば、配列番号:58のアミノ酸36~129を含む、修飾されたJ鎖を含み得る。例えば、Ghosh,JG et al.,Nature Comm.8:14837(2017)を参照されたい。そのような多量体結合分子を使用して、変性眼疾患、例えば、加齢性黄斑変性症を治療することができる。
組織標的化の別の例は、滑膜を標的とさせるための滑膜内皮標的化ペプチド(SvETP、CKSTHDRLC、配列番号:59)である。例えば、Wythe,SE et al.,Ann.Rheum Dis.72:129-135(2013)を参照されたい。
別の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の修飾されたJ鎖に融合された異種ポリペプチドは、腫瘍微小環境における腫瘍誘導性の免疫抑制を遮断するための、TGF-βへの結合及びその阻害に関して上述したような少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、または10個のTGF-β-受容体外部ドメイン結合ポリペプチドを含む多量体結合分子における、免疫チェックポイント遮断物質(例えば、PD-L1)を標的とするscFv抗体フラグメントであり得る。例えば、Knudson,KM,et al,Oncoimmunology 7:1426519;DOI:10.1080/2162402X.2018.1426519(2018)を参照されたい。様々な抗PD-L1抗体が当該技術分野で知られている。例示的な抗PD-L1抗体は、例えば、PCT公開第WO/2017/196867号に記載され、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
PD-L1結合ポリペプチドを含む六量体及び五量体IgM由来結合分子
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、10個または12個のIgM由来の重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントを含み、該IgM由来の重鎖定常領域のうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個が、PD-L1タンパク質(例えば、ヒトPD-L1タンパク質)のVタイプ及びC2タイプ外部ドメインを含む結合ポリペプチド、例えば、アミノ酸配列、配列番号:9を含む結合ポリペプチドに融合されている。
ある特定の実施形態において、IgM由来の重鎖定常領域は、ヒトIgM定常領域の野生型Cμ2、Cμ3、Cμ4、及びtpドメインを含む。例えば、ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、配列番号:10のアミノ酸19~587を含むポリペプチドの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個のコピーを含む。結合分子の構成要素ポリペプチドの前駆体は、タンパク質の分泌を容易にするためのシグナルペプチドをさらに含み得、例えば、該ポリペプチドは、アミノ酸配列、配列番号:10を含み得る。ある特定の実施形態において、IgM由来の重鎖定常領域は、修飾されたヒトIgM由来の定常領域を含み、該修飾が、結合分子のCDC活性を低減するかまたは抑止し、該IgM由来の重鎖定常領域は、Cμ3ドメインにおいてP311A及びP313Sアミノ酸置換を有するヒトIgM定常領域のCμ2、Cμ3、Cμ4、及びtpドメインを含む。例えば、ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、配列番号:11のアミノ酸19~587を含むポリペプチドの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個のコピーを含む。結合分子の構成要素ポリペプチドの前駆体は、タンパク質の分泌を容易にするためのシグナルペプチドをさらに含み得、例えば、該ポリペプチドは、アミノ酸配列、配列番号:11を含み得る。
ある特定の実施形態において、IgM由来の重鎖定常領域は、修飾されたIgGヒンジ領域、ならびにヒトIgM定常領域の野生型Cμ3、Cμ4、及びtpドメインを含む。例えば、ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、配列番号:12のアミノ酸19~493を含むポリペプチドの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個のコピーを含む。結合分子の構成要素ポリペプチドの前駆体は、タンパク質の分泌を容易にするためのシグナルペプチドをさらに含み得、例えば、該ポリペプチドは、アミノ酸配列、配列番号:12を含み得る。ある特定の実施形態において、IgM由来の重鎖定常領域は、修飾されたIgGヒンジ領域及び修飾されたヒトIgM由来の定常領域を含み、該修飾が、該修飾されたIgGヒンジ領域、ならびにCμ3ドメインにおいてP311A及びP313Sアミノ酸置換を有する該ヒトIgM定常領域のCμ3、Cμ4、及びtpドメインを含む、結合分子のCDC活性を低減するかまたは抑止する。例えば、ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような結合分子は、配列番号:13のアミノ酸19~493を含むポリペプチドの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個のコピーを含む。結合分子の構成要素ポリペプチドの前駆体は、タンパク質の分泌を容易にするためのシグナルペプチドをさらに含み得、例えば、該ポリペプチドは、アミノ酸配列、配列番号:13を含み得る。
PD-L1結合ポリペプチドを含む結合分子が五量体である場合、結合分子は、J鎖、または機能的フラグメント、バリアント、またはその誘導体をさらに含み得る。例えば、結合分子は、アミノ酸配列、配列番号:15を含む野生型ヒトJ鎖、または、結合分子の血清半減期に影響を及ぼす、例えば、それを増加させるかもしくは延長する1つもしくは複数のアミノ酸置換を含むバリアントJ鎖、例えば、アミノ酸配列、配列番号:16、配列番号:17、もしくは配列番号:18を含むバリアントヒトJ鎖を含み得る。特定の実施形態において、結合分子は、配列番号:11のアミノ酸19~587を含むアミノ酸配列の10個のコピーまたは配列番号:13のアミノ酸19~493を含むアミノ酸配列の10個のコピー、及びアミノ酸配列、配列番号:16を含むバリアントJ鎖を含む。
本明細書に提供されるようなPD-L1結合ポリペプチドを含む六量体及び五量体IgM由来結合分子は、結合パートナーである(例えばT細胞上に発現している)PD-1の複数のコピーに結合し、それによってPD-1を介したシグナル伝達をもたらすことができる。したがって、これらの結合分子は、PD-1シグナル伝達のアゴニストとして機能し得る。そのような結合分子は、例えば、自己免疫障害及び/または炎症性障害、または移植片拒絶症の防止に有用であり得る。単量体または二量体PD-L1外部ドメイン-IgG fc融合タンパク質によるPD-1の結合は、T細胞受容体媒介性のリンパ球増殖及びサイトカイン分泌を阻害することが実証された。例えば、Freeman,G.J.et al.,J.Exp.Med.192:1027-1034(2000)を参照されたい。本明細書に提供されるような多量体結合分子は、当量(例えば、モル当量または重量当量)の単量体または二量体PD-L1外部ドメインベースの結合分子、例えば、IgG Fc領域に融合されたPD-L1外部ドメインを含む結合分子よりも高い効力、例えば、それよりも5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、500倍、または1000倍高い効力で、PD-1アゴニストとして機能し得る。
ポリヌクレオチド、ベクター、及び宿主細胞
本開示はさらに、本明細書に記載されるような多量体結合分子のポリペプチドサブユニットをコードする核酸配列を含む、ポリヌクレオチド、例えば、単離された、組換え、及び/または非天然ポリヌクレオチドを提供する。「ポリペプチドサブユニット」とは、独立して翻訳され得る結合分子、結合ユニット、またはIgM由来もしくはIgA由来の重鎖融合タンパク質の部分を意味する。例としては、限定されるものではないが、結合ポリペプチドまたはそのフラグメントに融合されたIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む融合タンパク質、J鎖、分泌成分、または本明細書に記載されるようなそれらの任意のバリアント及び/または誘導体が挙げられる。
ある特定の実施形態において、ポリペプチドサブユニットは、本明細書に記載されるような結合ポリペプチドに融合された、IgMもしくはIgM様重鎖定常領域またはその多量体化フラグメント及び/またはフラグメントを含み得る。ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、結合ポリペプチドのC末端に融合されたヒトIgMもしくはIgM様定常領域またはその多量体化フラグメント及び/またはバリアントを含むポリペプチドサブユニットをコードすることができる。
簡潔に述べると、本明細書に提供されるような多量体結合分子のポリペプチドサブユニットをコードする核酸配列は、既存の分子から合成するかまたは増幅し、発現時にベクターが完全長ポリペプチドサブユニットを産出するように適切な向きでかつインフレームで1個または複数個のベクターに挿入することができる。これらの目的に有用なベクターが当該技術分野で知られている。そのようなベクターはまた、エンハンサー、及び所望の鎖の発現を達成するのに必要とされる他の配列を含み得る。複数のベクターまたは単一のベクターを使用することができ、これらはJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体をさらにコードすることができる。この(またはこれらの)ベクター(単数または複数)を宿主細胞にトランスフェクトすることができ、次いで、本明細書に提供されるようなIgM由来もしくはIgA由来の融合タンパク質、ならびにJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体を発現させ、多量体結合分子へと集合させ、それを精製する。発現すると、鎖は、本明細書に提供されるような完全に機能的な多量体結合分子を形成する。次いで、完全に集合した多量体結合分子は、標準的方法によって精製することができる。発現及び精製プロセスは、必要であれば商業規模で行うことができる。
本開示はさらに、2個以上のポリヌクレオチドを含む組成物を提供し、該2個以上のポリヌクレオチドが合わせて、本明細書に提供されるような多量体結合分子をコードすることができる。ある特定の実施形態において、該組成物は、結合ポリペプチドまたはそのフラグメントに融合されたIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントをコードするポリヌクレオチド、ならびにJ鎖またはその機能的フラグメント、バリアント、及び/または誘導体をコードするポリヌクレオチドを含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような組成物を構成するポリヌクレオチドは、2個の別々のベクター、例えば、発現ベクター上に位置することができる。そのようなベクターは本開示によって提供される。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような組成物を構成するポリヌクレオチドのうちの2個以上が、単一のベクター、例えば、発現ベクター上に位置することができる。そのようなベクターは本開示によって提供される。
本開示はさらに、本明細書に提供されるような多量体結合分子もしくはその任意のサブユニットをコードする1個のポリヌクレオチドもしくは2個以上のポリヌクレオチド、本明細書に提供されるようなポリヌクレオチド組成物、または1個のベクター、もしくは本明細書に提供されるような多量体結合分子もしくはその任意のサブユニットを合わせてコードする2個、3個、もしくはそれよりも多くのベクターを含む、宿主細胞、例えば、原核または真核宿主細胞を提供する。
関連する実施形態において、本開示は、この開示によって提供されるような多量体結合分子を生成する方法を提供し、該方法は、本明細書に提供されるような宿主細胞を培養することと、多量体結合分子を回収することとを含む。
使用方法
本開示はさらに、治療の必要がある対象において疾患または障害を治療するための方法を提供し、該方法は、治療上有効量の本明細書に提供されるような多量体結合分子を対象に投与する工程を含む。「治療上有効な用量または量」または「有効量」とは、投与されたときに、対象の治療に関して正の治療応答をもたらす多量体結合分子の量が意図されている。
疾患または障害の治療のための組成物の有効用量は、投与手段、標的部位、対象の生理的状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の薬剤、及び治療が予防的なものであるか治療的なものであるかを含めた、多くの異なる因子に応じて変動する。通常、対象はヒトであるが、トランスジェニック哺乳動物を含めた非ヒト哺乳動物もまた治療することができる。当業者に知られている通例の方法を用いて治療用量を滴定して、安全性及び有効性を最適化することができる。
ある特定の実施形態において、本開示は、治療の必要がある対象において自己免疫障害、炎症性障害、またはそれらの組み合わせを治療するための方法を提供し、該方法は、有効量の本明細書に提供されるような多量体結合分子を対象に投与する工程を含む。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の対象への投与は、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合分子の投与よりも大きい効力をもたらす。ある特定の実施形態において、単量体または二量体結合分子は、本明細書に提供されるような多量体結合分子と同一の結合ポリペプチドを含む。「当量」とは、例えば、分子量によって測定される量(例えば、総ミリグラム単位で)、または代替的な、例えば、当量数の分子が投与される場合における、モル当量を意味する。
ある特定の実施形態において、自己免疫疾患は、例えば、関節炎、例えば、関節リウマチ、骨関節炎、もしくは強直性脊椎炎、多発性硬化症(MS)、炎症性腸疾患(IBD)、例えば、クローン病もしくは潰瘍性大腸炎、または全身性エリテマトーデス(SLE)であり得る。ある特定の実施形態において、炎症性疾患または障害は、例えば、関節炎、例えば、関節リウマチ、もしくは骨関節炎、もしくは乾癬性関節炎、ライム病、SLE、MS、シェーグレン症候群、喘息、炎症性腸疾患、虚血、アテローム性動脈硬化症、または脳卒中であり得る。
他の実施形態において、本開示は、移植レシピエントにおいて移植拒絶反応を防止する方法を提供し、該方法は、有効量の本明細書に提供されるような多量体結合分子を対象に投与することを含む。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるような多量体結合分子の対象への投与は、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合ポリペプチドの投与よりも大きい効力をもたらす。ある特定の実施形態において、単量体または二量体結合分子は、本明細書に提供されるような多量体結合分子と同一の結合ポリペプチドを含む。「当量」とは、例えば、分子量によって測定される量(例えば、総ミリグラム単位で)、または代替的な、例えば、当量数の分子が投与される場合における、モル当量を意味する。
治療が行われる対象は、治療を必要とする任意の動物、例えば哺乳動物であり得、ある特定の実施形態において、対象はヒト対象である。
その最も単純な形態において、対象に投与される調製物は、従来的な剤形で投与される本明細書に提供されるような多量体結合分子であり、この多量体結合分子は、本明細書の他の箇所に記載されるような医薬賦形剤、担体、または希釈剤と組み合わせることができる。
本開示の多量体結合分子は、任意の好適な方法により、例えば、非経口的に、脳室内に、経口的に、吸入スプレーによって、局所的に、直腸に、鼻腔に、頬側に、膣内に、または移植リザーバーを介して、投与することができる。本明細書で使用する場合、「非経口的」という用語は、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑液内、胸骨内、髄腔内、肝臓内、病巣内、及び頭蓋内の注射または輸注技法を含む。
医薬組成物及び投与方法
本明細書に提供されるような多量体結合分子を調製する方法及びそれを必要とする対象に投与する方法は、当業者に周知されているか、または本開示を考慮して当業者によって容易に決定される。投与経路は、例えば、経口、非経口、吸入によるもの、または局所であり得る。本明細書で使用する場合の非経口という用語は、例えば、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、直腸、または膣内の投与を含む。これらの投与形態は好適な形態として企図されているが、別の投与形態の例として、注射用溶液、特に静脈内または動脈内の注射または点滴用の溶液が考えられる。好適な医薬組成物は、緩衝液(例えば酢酸、リン酸、またはクエン酸緩衝液)、界面活性剤(例えば、ポリソルベート)、任意選択で安定化剤(例えば、ヒトアルブミン)などを含むことができる。
本明細書で論じられるように、本明細書に提供されるような多量体結合分子は、それを必要とする対象の治療のための医薬有効量で投与することができる。この点において、開示される多量体結合分子は、投与を容易にし、かつ活性薬剤の安定性を促進するように製剤化され得ることが理解されよう。したがって、医薬組成物は、医薬的に許容される非毒性の滅菌担体、例えば、生理食塩水、非毒性緩衝液、防腐剤などを含むことができる。本明細書に提供されるような多量体結合分子の医薬有効量は、標的に対する有効な結合を達成し、かつ治療上の有益性を達成するのに十分な量を意味する。好適な製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences(Mack Publishing Co.)16th ed.(1980)に記載されている。
本明細書で提供されるある特定の医薬組成物は、許容される剤形で経口投与することができ、このような剤形には、例えば、カプセル、錠剤、水性懸濁液または水溶液が含まれる。ある特定の医薬組成物は、経鼻エアロゾルまたは吸入によって投与することもできる。そのような組成物は、食塩水溶液として、ベンジルアルコールもしくは他の好適な防腐剤、生物学的利用能を強化するための吸収促進剤、及び/または他の従来的な可溶化剤もしくは分散剤を用いて調製され得る。
単一の剤形をもたらすために担体材料と組み合わされ得る多量体結合分子の量は、例えば、治療される対象及び特定の投与様式に応じて変動する。組成物は、単回用量、複数回用量として、または輸注において確立された期間にわたり、投与することができる。薬用量レジメンも、最適な所望の応答(例えば、治療または予防応答)を提供するように調整され得る。
本開示の範囲に従って、本明細書に提供されるような多量体結合分子は、治療効果をもたらすのに十分な量で療法を必要とする対象に投与することができる。本明細書に提供されるような多量体結合分子は、既知の技法に従って、本開示の多量体結合分子を従来的な医薬的に許容される担体または希釈剤と組み合わせることにより調製した従来的な剤形で、対象に投与することができる。医薬的に許容される担体または希釈剤の形態及び特性は、それが組み合わされる活性成分の量、投与経路、及び他の周知の可変要素によって規定され得る。
この開示はまた、疾患もしくは障害、例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患を治療するか、防止するか、もしくは管理するため、または移植拒絶反応を防止するための医薬品の製造における、本明細書に提供されるような多量体結合分子の使用を可能にする。
この開示は、別段の指示がない限り、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、トランスジェニック生物学、微生物学、組換えDNA、及び免疫学の従来的技法を採用し、このような技法は当業者の技能の範囲内である。そのような技法は、文献において十分に説明されている。例えば、Green and Sambrook,ed.(2012)Molecular Cloning A Laboratory Manual(4th ed.;Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Sambrook et al.,ed.(1992)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,(Cold Springs Harbor Laboratory,NY)、D.N.Glover and B.D.Hames,eds.,(1995)DNA Cloning 2d Edition(IRL Press),Volumes 1-4;Gait,ed.(1990)Oligonucleotide Synthesis(IRL Press)、Mullisらの米国特許第4,683,195号、Hames and Higgins,eds.(1985)Nucleic Acid Hybridization(IRL Press)、Hames and Higgins,eds.(1984)Transcription And Translation(IRL Press)、Freshney(2016)Culture Of Animal Cells,7th Edition(Wiley-Blackwell)、Woodward,J.,Immobilized Cells And Enzymes(IRL Press)(1985)、Perbal(1988)A Practical Guide To Molecular Cloning;2d Edition(Wiley-Interscience);Miller and Calos eds.(1987)Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells,(Cold Spring Harbor Laboratory)、S.C.Makrides(2003)Gene Transfer and Expression in Mammalian Cells(Elsevier Science)、Methods in Enzymology,Vols.151-155(Academic Press,Inc.,N.Y.)、Mayer and Walker,eds.(1987)Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology(Academic Press,London)、Weir and Blackwell,eds.、及びAusubel et al.(1995)Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons)を参照されたい。
抗体工学の一般原理は、例えば、Strohl,W.R.,and L.M.Strohl(2012),Therapeutic Antibody Engineering(Woodhead Publishing)に記載されている。タンパク質工学の一般原理は、例えば、Park and Cochran,eds.(2009),Protein Engineering and Design(CDC Press)に記載されている。免疫学の一般原理は、例えば、Abbas and Lichtman(2017)Cellular and Molecular Immunology 9th Edition(Elsevier)に記載されている。追加として、当該技術分野で既知の免疫学の標準的方法は、例えば、Current Protocols in Immunology(Wiley Online Library)、Wild,D.(2013),The Immunoassay Handbook 4th Edition(Elsevier Science)、Greenfield,ed.(2013),Antibodies,a Laboratory Manual,2d Edition(Cold Spring Harbor Press)、及びOssipow and Fischer,eds.,(2014),Monoclonal Antibodies:Methods and Protocols(Humana Press)に従って得ることができる。
上記で引用された参考文献の全て、ならびに本明細書で引用された全ての参考文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
以下の実施例は、限定としてではなく例示説明として提供されるものである。
実施例1:多価PD-L1-IgM融合タンパク質の構築
PD-L1-IgM融合タンパク質サブユニットをコードする2個のDNA構築物は、商業的供給業者によって構築された。概略図が図3のA及びBとして提供される。
第1の構築物は、補体媒介性細胞傷害性を低減するかまたは排除するためにCμ3ドメインにおけるP311A及びP313Sアミノ酸置換により修飾されたヒトIgM定常領域のCμ2、Cμ3、Cμ4、及びテールピース(tp)ドメインをコードするDNAに融合された、シグナルペプチド、ヒトPD-L1のV1及びC2ドメイン(UniProtKB/Swiss-Prot:Q9NZQ7.1のアミノ酸1~238、本明細書で配列番号:8として提示される)をコードするDNAを含む(PCT公開第WO2018/187702号を参照されたく、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。該構築物によってコードされる前駆体融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書で配列番号:11として提示され、シグナルペプチドの切断後の、該構築物によってコードされる成熟融合タンパク質のアミノ酸配列(「PD-L1-IgM」)は、本明細書で配列番号:11のアミノ酸19~587として提示される。該結合分子の六量体形態の概略図が図3のAとして示される。
第2の構築物は、バリアントヒトIgG2ヒンジ領域(配列番号:5)をコードするDNAならびに上記のようにCμ3ドメインにおけるP311A及びP313Sアミノ酸置換により修飾されたヒトIgM定常領域のCμ3、Cμ4、及びテールピース(tp)ドメインをコードするDNA(ヒンジ-修飾Cμ3、Cμ4、tpのアミノ酸配列は配列番号:6として提示される)に融合された、シグナルペプチド、ヒトPD-L1のV1及びC2ドメイン(UniProtKB/Swiss-Prot:Q9NZQ7.1のアミノ酸1~238、本明細書で配列番号:8として提示される)をコードするDNAを含む。該構築物によってコードされる前駆体融合タンパク質のアミノ酸配列は、本明細書で配列番号:13として提示され、シグナルペプチドの切断後の、該構築物によってコードされる成熟融合タンパク質のアミノ酸配列(「PD-L1-H-IgM」)は、本明細書で配列番号:13のアミノ酸19~493として提示される。該該結合分子の六量体形態の概略図が図3のBとして示される。
結果として得られたDNA構築物を使用して、標準的方法を用いてExpi293細胞(ThermoFisher)に一過性でトランスフェクトした。DNA構築物は単独でトランスフェクトして六量体タンパク質を生成したか、または野生型ヒトJ鎖とコトランスフェクトして五量体タンパク質を生成したかのいずれかであった。多量体融合タンパク質を、製造業者の推奨に従ってCapture Select IgM親和性マトリックス(BAC、Thermo Fisherカタログ番号2890.05)を用いて精製した。得られたタンパク質を、以前に記載されたように非還元ポリアクリルアミドゲル電気泳動及びウェスタンブロッティングによって適切な発現及び集合に関して評価した(例えば、PCT公開第WO/2018/017888号を参照されたい)。
ヒトIgG1 Fc領域(「PD-L1-Fc」)に融合されたヒトPD-L1の外部ドメインを含む精製された融合タンパク質をR&D Systems(カタログ番156-B7)から購入した。IgG-Fc構築物の概略図が図3のCに示される。
実施例2:PD-L1-IgM及びPD-L1-H-IgMによるPD-1発現T細胞の活性化
PD-L1-IgM及びPD-L1-H-IgM融合タンパク質の六量体及び五量体バージョンがPD-1発現T細胞を活性化する能力を以下のように評価した。PD-1を介して活性化されると光を生じるレポーターJurkat T細胞をDiscoverX(PathHunter(登録商標)PD-1アッセイ、カタログ番号93-1104C19)から購入し、製造業者の指示に従って使用した。これらの細胞において、完全長PD-1受容体は、そのC末端に小さなβ-galフラグメントを融合させることにより操作されており、SHP-1のSH2-ドメインは、補完的なβ-galフラグメント(EA)により操作されている。これらの構築物は、Jurkat細胞において安定に発現される。PD-L1がこれらの細胞の表面上のPD-1に結合すると、PD-1融合タンパク質はリン酸化されて、SHP-1融合タンパク質の動員につながり、活性なβ-gal酵素がもたらされる。この活性酵素は、基質を加水分解して、受容体活性の尺度としての化学発光を生み出す。
これらの細胞を、実施例1に記載されるように購入または生成した単量体、五量体、及び六量体構築物に接触させた。PD-1及びSHP-1(DiscoverX)が操作されたJurkat細胞をPD-L1融合タンパク質と混合し、5%CO下、37℃で1時間おいた。PD-1の結合及び活性化により、SHP1とPD-L1の細胞内ドメインとの会合がもたらされ、これによりβ-ガラクトシダーゼのドナー構成要素及びアクセプター構成要素が一緒に結び付いた。化学発光基質を暗所で、室温で3時間インキュベーションした後、β-ガラクトシダーゼ活性を測定した。結果が図4及び表1に提示される。
(表1)PD-1活性化アッセイからのEC50
Figure 2022505663000005
IgMベースの融合タンパク質の全てが、IgG融合タンパク質と比べて改善された活性化EC50を有した。
(表2)本明細書に提示される配列
Figure 2022505663000006
Figure 2022505663000007
Figure 2022505663000008
Figure 2022505663000009
Figure 2022505663000010
Figure 2022505663000011
Figure 2022505663000012
Figure 2022505663000013
Figure 2022505663000014
Figure 2022505663000015
Figure 2022505663000016
Figure 2022505663000017
Figure 2022505663000018
本開示の広がり及び範囲は、上述の例示的な実施形態のいずれによっても限定されるべきではなく、添付の特許請求の範囲及びそれらの均等物に従ってのみ定義されるべきである。

Claims (62)

  1. 2個、5個、もしくは6個の二価結合ユニットまたはそのバリアントもしくはフラグメントを含む、多量体結合分子であって、
    各結合ユニットが、細胞の表面上に発現している結合パートナーに特異的に結合する結合ポリペプチドまたはそのフラグメントに各々融合された2個のIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、前記結合ポリペプチドが、抗体でも抗体の抗原結合フラグメントでもなく、前記結合ポリペプチドの前記結合パートナーへの結合が、前記細胞におけるシグナル伝達を調節し、
    前記結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個が、同じ結合パートナーに結合して、その結合パートナーのシグナル伝達を調節し、
    前記結合分子が、前記同じ結合パートナーに結合する1個または2個の結合ポリペプチドを有する当量の一価または二価結合分子よりも高い効力で、前記細胞におけるシグナル伝達を誘導し得るかまたは阻害し得る、前記多量体結合分子。
  2. 2個、5個、もしくは6個の二価結合ユニットまたはそのバリアントもしくはフラグメントを含む、多量体結合分子であって、
    各結合ユニットが、結合ポリペプチドに各々融合された2個のIgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、前記結合ポリペプチドのうちの少なくとも3個が、リガンドまたはその受容体結合フラグメントを含む結合パートナーに特異的に結合する受容体外部ドメインを含み、前記受容体外部ドメインが、抗体でも抗体の抗原結合フラグメントでもなく、前記受容体外部ドメインの前記リガンドへの結合が、前記受容体を発現する細胞におけるシグナル伝達を調節し得、
    前記受容体外部ドメインのうちの少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または12個が、同じリガンドに結合し、
    前記結合分子が、前記同じリガンドに結合する1個または2個の受容体外部ドメインを有する当量の単量体または二量体結合分子よりも高い効力で、シグナル伝達を調節し得る、前記多量体結合分子。
  3. 各結合ユニットが、IgA Cα3ドメイン及びIgAテールピース(tailpiece)ドメインを各々含む2個のIgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含み、前記多量体結合分子が、J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをさらに含む、請求項1または2に記載の多量体結合分子。
  4. 各IgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、前記IgA Cα3ドメイン及び前記IgAテールピースドメインのN末端側に位置するIgA Cα2ドメインをさらに含む、請求項3に記載の多量体結合分子。
  5. 配列番号:24のアミノ酸125~353、または配列番号:25のアミノ酸113~340を含む、請求項4に記載の多量体結合分子。
  6. 各IgA重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、前記IgA Cα2ドメインのN末端側に位置するIgAヒンジ領域をさらに含む、請求項4または5に記載の多量体結合分子。
  7. 配列番号:24のアミノ酸102~353、または配列番号:25のアミノ酸102~340を含む、請求項6に記載の多量体結合分子。
  8. 各結合ユニットが、IgM Cμ4ドメイン及びIgMテールピースドメインを各々含む2個のIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントを含む、請求項1または2に記載の多量体結合分子。
  9. 各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、前記IgM Cμ4ドメイン及び前記IgMテールピースドメインのN末端側に位置するIgM Cμ3ドメインをさらに含む、請求項8に記載の多量体結合分子。
  10. 各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、前記IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgM Cμ2ドメインをさらに含む、請求項9に記載の多量体結合分子。
  11. 配列番号:3を含むヒトIgM定常領域の多量体化フラグメントを含む、請求項10に記載の多量体結合分子。
  12. 配列番号:4を含むヒトIgM定常領域の多量体化バリアントフラグメントを含み、前記多量体結合分子が、配列番号:3のヒトIgM定常領域の野生型多量体化フラグメントを含む対応する結合分子と比べて、低減された補体依存性細胞傷害(CDC)活性を有する、請求項10に記載の多量体結合分子。
  13. 各IgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアントが、前記IgM Cμ3ドメインのN末端側に位置するIgGヒンジ領域またはその機能的バリアントをさらに含む、請求項9に記載の多量体結合分子。
  14. 前記Cμ3ドメイン、前記Cμ4ドメイン、及び前記TPドメインを含む前記ヒトIgM定常領域の多量体化フラグメントに融合されたバリアントヒトIgG1ヒンジ領域を含み、前記多量体化ヒンジ-IgM定常領域フラグメントが、配列番号:6を含む、請求項13に記載の多量体結合分子。
  15. 前記Cμ3ドメイン、前記Cμ4ドメイン、及び前記TPドメインを含む前記ヒトIgM定常領域の多量体化フラグメントに融合されたバリアントヒトIgG1ヒンジ領域を含み、前記多量体化ヒンジ-IgM定常領域フラグメントが、配列番号:7を含み、前記多量体結合分子が、配列番号:6の多量体化ヒンジ-IgMフラグメントを含む対応する結合分子と比べて、低減されたCDC活性を有する、請求項13に記載の多量体結合分子。
  16. 五量体であり、J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをさらに含む、請求項8~15のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  17. 前記J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントが、野生型J鎖と比べて、前記多量体結合分子の血清半減期に影響を及ぼし得る1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を含むバリアントJ鎖であり、前記多量体結合分子が、動物に投与される場合、前記1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失、または挿入を除いて同一でありかつ同じ動物種に同じ方法で投与される参照多量体結合分子と比べて、増加した血清半減期を示す、請求項16に記載の多量体結合分子。
  18. 前記J鎖またはその機能的フラグメントが、前記野生型ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含む、請求項17に記載の多量体結合分子。
  19. 配列番号:15のY102に対応するアミノ酸が、アラニン(A)、セリン(S)、またはアルギニン(R)で置換される、請求項18に記載の多量体結合分子。
  20. 配列番号:15のY102に対応するアミノ酸が、アラニン(A)で置換される、請求項19に記載の多量体結合分子。
  21. 前記J鎖が、バリアントヒトJ鎖であり、配列番号:16のアミノ酸配列を含む、請求項20に記載の多量体結合分子。
  22. 前記J鎖またはその機能的フラグメントが、前記ヒトJ鎖(配列番号:15)のアミノ酸N49、アミノ酸S51、またはN49及びS51の両方に対応するアミノ酸位置にアミノ酸置換を含み、配列番号:15の位置S51に対応する単一アミノ酸置換が、トレオニン(T)置換ではない、請求項17に記載の多量体結合分子。
  23. 配列番号:15のN49に対応する位置が、アラニン(A)、グリシン(G)、トレオニン(T)、セリン(S)、またはアスパラギン酸(D)で置換される、請求項22に記載の多量体結合分子。
  24. 配列番号:15のN49に対応する位置が、アラニン(A)で置換される、請求項23に記載の多量体結合分子。
  25. 前記J鎖が、バリアントヒトJ鎖であり、配列番号:17のアミノ酸配列を含む、請求項24に記載の多量体結合分子。
  26. 配列番号:15のS51に対応する位置が、アラニン(A)またはグリシン(G)で置換される、請求項22に記載の多量体結合分子。
  27. 配列番号:15のS51に対応する位置が、アラニン(A)で置換される、請求項26に記載の多量体結合分子。
  28. 前記J鎖が、バリアントヒトJ鎖であり、配列番号:18のアミノ酸配列を含む、請求項27に記載の多量体結合分子。
  29. 前記J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントが、異種ポリペプチドをさらに含み、前記異種ポリペプチドが、前記J鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントに直接的または間接的に融合されている、請求項3~7または16~28のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  30. 前記異種ポリペプチドが、ペプチドリンカーを介して前記J鎖またはそのフラグメントに融合されている、請求項29に記載の多量体結合分子。
  31. 前記ペプチドリンカーが、少なくとも5アミノ酸を含むが、ただし25アミノ酸を超えない、請求項30に記載の多量体結合分子。
  32. 前記ペプチドリンカーが、
    Figure 2022505663000019
    からなる、請求項31に記載の多量体結合分子。
  33. 前記異種ポリペプチドが、前記J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのN末端、前記J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのC末端、あるいは前記J鎖またはそのフラグメントもしくはバリアントのN末端及びC末端の両方に融合されている、請求項29~32のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  34. 前記異種ポリペプチドが、前記多量体結合分子の吸収、分布、代謝、及び/または排泄(ADME)に影響を与え得る、請求項29~33のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  35. 前記異種ポリペプチドが、抗原結合ドメインを含む、請求項29~33のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  36. 前記異種ポリペプチドの抗原結合ドメインが、抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項35に記載の多量体結合分子。
  37. 前記抗原結合フラグメントが、Fabフラグメント、Fab’フラグメント、F(ab’)2フラグメント、Fdフラグメント、Fvフラグメント、一本鎖Fv(scFv)フラグメント、ジスルフィド結合したFv(sdFv)フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項36に記載の多量体結合分子。
  38. 前記抗原結合フラグメントが、scFvフラグメントである、請求項37に記載の多量体結合分子。
  39. 4個の同一の結合ポリペプチドを含む、請求項3~7のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  40. 五量体であり、10個の同一の結合ポリペプチドを含む、請求項8~38のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  41. 六量体であり、12個の同一の結合ポリペプチドを含む、請求項8~38のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  42. 各結合ポリペプチドが、リガンドもしくはその受容体結合フラグメント、サイトカインもしくはその受容体結合フラグメント、成長因子もしくはその受容体結合フラグメント、神経伝達物質もしくはその受容体結合フラグメント、ペプチドもしくはタンパク質ホルモンもしくはその受容体結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドもしくはその受容体結合フラグメント、または細胞外マトリックスタンパク質の受容体結合フラグメントである、請求項1または3~41のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  43. 前記リガンドまたはその受容体結合フラグメントが、ケモカイン、補体タンパク質、線維芽細胞成長因子(FGF)ファミリーリガンド、免疫チェックポイントモジュレーターリガンド、上皮成長因子(EGF)、インターフェロン、腫瘍壊死因子スーパーファミリー(TNFSF)リガンド、血管内皮細胞成長因子(VEGF)ファミリーリガンド、形質転換成長因子-βスーパーファミリー(TGFβsf)リガンド、それらの任意の受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項42に記載の多量体結合分子。
  44. 前記結合ポリペプチドが、TNFSFリガンドを含み、前記TNFSFリガンドが、TRAIL、OX40リガンド、CD40リガンド、グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体リガンド(GITRL)、4-1BBリガンド、それらの任意の受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項43に記載の多量体結合分子。
  45. 前記結合ポリペプチドが、免疫チェックポイントモジュレーターリガンドタンパク質もしくはその受容体結合フラグメントを含み、前記免疫チェックポイントモジュレータータンパク質が、CD86もしくはその受容体結合フラグメント、CD80もしくはその受容体結合フラグメント、PD-L1もしくはその受容体結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項42に記載の多量体結合分子。
  46. 前記結合ポリペプチドが、ヒトPD-L1の受容体結合フラグメントを含む、請求項45に記載の多量体結合タンパク質。
  47. 前記結合ポリペプチドが、ヒトPD-L1のVタイプドメインを含む配列番号:8のアミノ酸19~127を含む、請求項46に記載の多量体結合タンパク質。
  48. 前記結合ポリペプチドが、ヒトPD-L1のVタイプドメイン及びC2タイプドメインを含む配列番号:9を含む、請求項47に記載の多量体結合タンパク質。
  49. 配列番号:11または配列番号:13のアミノ酸配列を含むポリペプチドの10個または12個のコピーを含む、請求項48に記載の多量体結合分子。
  50. 配列番号:16のアミノ酸配列を含むバリアントJ鎖をさらに含む、請求項49に記載の多量体結合分子。
  51. PD-1のアゴニストである、請求項46~50のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  52. 前記結合パートナーが、細胞表面受容体タンパク質または免疫チェックポイントモジュレーターである、請求項1または3~51のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  53. 前記受容体外部ドメインが、腫瘍壊死因子スーパーファミリー受容体(TNFrSF)のリガンド結合フラグメント、免疫チェックポイントモジュレーター受容体のリガンド結合フラグメント、TGFβ受容体のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項2~41のいずれか1項に記載の多量体結合分子。
  54. 前記TNFrSF受容体フラグメントが、デスドメイン含有受容体-4(DR4)のリガンド結合フラグメント、デスドメイン含有受容体-5(DR5)のリガンド結合フラグメント、OX-40のリガンド結合フラグメント、CD40のリガンド結合フラグメント、4-1BBのリガンド結合フラグメント、グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体(GITR)のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項53に記載の多量体結合分子。
  55. 前記免疫チェックポイントモジュレーター受容体外部ドメインが、PD-1のリガンド結合フラグメント、CTLA4のリガンド結合フラグメント、LAG3のリガンド結合フラグメント、CD28のリガンド結合フラグメント、免疫グロブリン様ドメイン含有受容体2(ILDR2)のリガンド結合フラグメント、T細胞免疫グロブリンムチンファミリーメンバー3(TIM-3)のリガンド結合フラグメント、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項53に記載の多量体結合分子。
  56. 前記TGFβ受容体が、TGFβR-1、TGFβR-2、TGFβR3、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項53に記載の多量体結合分子。
  57. 請求項1~56のいずれか1項に記載の多量体結合分子のサブユニットをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドであって、
    各サブユニットが、
    結合パートナーに特異的に結合する結合ポリペプチドもしくはそのフラグメントまたはリガンドに特異的に結合する受容体外部ドメインに融合された、IgAもしくはIgM重鎖定常領域またはその多量体化フラグメントもしくはバリアント
    を含む、前記単離されたポリヌクレオチド。
  58. 請求項57に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  59. 請求項58に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  60. 請求項16~38のいずれか1項に記載のJ鎖またはその機能的フラグメントもしくはバリアントをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド
    をさらに含む、請求項59に記載の宿主細胞。
  61. 治療の必要がある対象において自己免疫障害、炎症性障害、またはそれらの組み合わせを治療するための方法であって、前記方法が、有効量の請求項45~55のいずれか1項に記載の多量体結合分子を前記対象に投与する工程を含み、前記多量体結合分子が、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合分子よりも大きい効力を示す、前記方法。
  62. 移植レシピエントにおいて移植拒絶反応を防止するための方法であって、前記方法が、有効量の請求項45~55のいずれか1項に記載の多量体結合分子を対象に投与する工程を含み、前記多量体結合分子が、同じ結合パートナーに結合する当量の単量体または二量体結合分子よりも大きい効力を示す、前記方法。
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