JP2022505440A - 植物細胞におけるCRISPR/Casゲノム編集のためのデュアルガイドRNA - Google Patents
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Abstract
【選択図】なし
Description
さらなる態様では、本発明は、
i)本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼを含む容器;及び
ii)本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼをコードする1つ又は複数の構築物を含む容器
のうちの少なくとも1つ、並びに任意選択で、tracrRNA及び/又は1つ若しくは複数のcrRNA、及び/又はそれをコードする構築物を含む容器
を含む、植物細胞のDNAを標的化修飾するためのキットに関する。
本発明の方法、組成物、使用及び他の態様に関する各種用語は、本明細書及び特許請求の範囲の全体にわたって使用される。そのような用語には、特段の明示のない限り、本発明が関係する技術分野における通常の意味が付与されるものとする。他の詳細に定義された用語は、本明細書で提供された定義と一致する方法で解釈されるものとする。本明細書に記載のものと類似の又は同等の任意の方法及び材料を本発明の試験の実施において使用することができ、好ましい材料及び方法は本明細書に記載されている。
i)CRISPRシステムヌクレアーゼ;
ii)crRNA;及び
iii)tracrRNA
を含む、植物細胞のDNAを標的化修飾するための方法に関する。
好ましくは、目的の遺伝子(GOI)は、特徴、好ましくは表現型の特徴を付与又は改変する遺伝子である。植物GOIは、したがって、好ましくは、植物の特徴、好ましくは表現型の植物の特徴を付与又は改変する。用語の「植物の特徴」とは、植物、植物細胞又は植物組織の任意の特徴を意味する。好ましくは、植物の特徴は、植物の発達、植物の成長、収量、バイオマス生産、植物の構造、植物生化学、植物生理学、代謝、生存能力、及びストレス耐性からなる群から選択される。或いは、又はさらに、植物の特徴は、DNA合成、DNA修飾、核内倍加、細胞期、細胞壁生合成、転写調節、シグナル伝達、貯蔵脂質動員、及び光合成からなる群から選択される。
本明細書で以下に詳述するのは、本明細書に記載された本発明の方法によって修飾することができる植物の特徴の非限定的な例である:
「成長」とは、バイオマスを拡大及び増加させる植物又は植物部分の能力を意味する。改変された成長とは、中でも、改変された成長速度、周期の時間、サイズ、植物の増殖又は増加を意味する。さらに及び/又は或いは、成長の特徴は、限定するものではないが、細胞周期(入口、進行、出口)、細胞分裂、細胞壁生合成及び/又はDNA合成、DNA修飾及び/又は核内倍加を含む、細胞プロセスを意味し得る。
本明細書で定義した方法において使用するためのRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体は、CRISPRシステムヌクレアーゼに加えて、crRNA及びtracrRNAを含む。crRNA及びtracrRNAとして適切な分子は、当技術分野では周知である(例えば、国際公開第2013142578号及びJinekら,Science (2012) 337,816~821を参照されたい)。crRNAは、標的配列、好ましくは本明細書で定義したDNA標的配列に、又はその近くでハイブリダイズすることができる配列を含む。したがって、好ましくは、crRNAは、標的DNAの配列、すなわちプロトスペーサー配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。好ましくは、crRNAはまた、tracrRNAとの複合体形成も可能にする。
本発明において使用するためのCRISPRシステムヌクレアーゼ又はRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体のタンパク質は、本明細書で定義したcrRNA及びtracrRNAと複合体を形成し、その複合体が続いて植物細胞のDNAの標的化修飾を媒介することができる、任意の適切なCRISPRシステムヌクレアーゼであり得る。CRISPRシステムヌクレアーゼは、クラス2 CRISPRヌクレアーゼ(Makarova KSら, “An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems”, Nat. Rev. Microbiol (2015),13(11):722~726)であり得る。CRISPRシステムヌクレアーゼは、クラス2、2型CRISPRヌクレアーゼであり得る。
一実施形態では、本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体は、ヌクレアーゼ支援型ODTNEに使用される。したがって、本発明は、さらに、植物細胞のDNAを標的化修飾するための方法であって、標的化修飾がオリゴヌクレオチドによって方向づけられ、この方法が、DNAを、
i)本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体;及び
ii)オリゴヌクレオチド、好ましくは本明細書で定義したオリゴヌクレオチド
と接触させるステップを含む、方法に関する。
一実施形態では、本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRヌクレアーゼ複合体は、一本鎖切断又は二本鎖切断を導入することができるが、例えば、その理由は、ヌクレアーゼが好ましくは内因性のヌクレアーゼ活性を含むためである。この実施形態では、本発明の方法は、本発明の方法によって修飾され、DNAの配列に少なくとも部分的に相補的である配列を有するドナー構築物を植物細胞に導入するステップをさらに含むことができる。したがって、本発明は、さらに、植物細胞のDNAを標的化修飾するための方法であって、標的化修飾がドナー構築物によって方向づけられ、この方法が、DNAを、
i)本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体;及び
ii)ドナー構築物、好ましくは本明細書で定義したドナー構築物
と接触させるステップを含む、方法に関する。
本発明の方法は、好ましくは、植物細胞のDNAを、本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体と接触させるステップを含む。これは、CRISPRシステムヌクレアーゼ、tracrRNA、及びヌクレアーゼをDNAに誘導するためのcrRNAを植物細胞に導入することによって達成され得る。したがって、本発明の方法はまた、本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体を植物細胞に導入するステップを含む、植物細胞のDNAを標的化修飾するための方法として定義することができる。
本発明の方法は、本明細書で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体を誘導するためのcrRNAを植物細胞に導入するステップに先行して、前記植物細胞を提供するステップをさらに含んでいてもよい。当業者は、本発明の方法が特定の植物細胞タイプに限定されないことを理解する。特に、本明細書に開示した本発明の方法は、分裂細胞及び非分裂細胞に適用することができる。細胞は、トランスジェニックであっても非トランスジェニックであってもよい。植物細胞は、例えば、植物が再生され得る植物細胞組織培養物、植物カルス、植物塊、及び植物又は植物の一部、例えば、胚、花粉、胚珠、種子、葉、花、枝、果実、穀粒、穂、穂軸、殻、茎、根、根端、葯、粒などが無傷の植物細胞から得ることができる。
本方法は、標的化修飾を含む植物又はその子孫を再生するステップをさらに含み得る。好ましくは、そのような再生は、再生に適した条件を使用して実施される。当業者は、植物プロトプラストから植物を再生する方法及びプロトコルを十分に知っている。再生された植物の後代、子孫、バリアント、及び変異体もまた、これらの部分が本明細書で教示した方法で導入された標的化改変を含むならば、本発明の範囲内に含まれる。
本発明はまた、本発明の方法によって得ることができる植物細胞又は植物の後代に関する。さらに、本発明は、本明細書で定義した植物細胞又は植物から得ることができる植物産物、例えば、果物、葉、植物器官、植物油脂、植物油、植物デンプン、及び粉砕、磨砕されたか、又は完全なままであるか、他の材料と混合された、乾燥された、凍結されたなどの植物タンパク質画分からなるグループから選択される植物産物に関する。これらの産物は、繁殖しないこともあり得る。好ましくは、前記植物産物は、
i)修飾されたDNA、好ましくは本明細書で定義した修飾されたGOI、又はコードされたそれらの産物、
ii)本明細書で定義したtracrRNA;
iii)本明細書で定義したcrRNA;
iv)本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼ;及び、
v)CRISPRシステムヌクレアーゼをコードする配列
のうちの少なくとも1つ又は少なくとも一部を含む。
本発明はさらに、キットオブパーツ、好ましくは、本明細書に記載した方法において使用するためのキットオブパーツに関する。好ましくは、キットオブパーツは、
本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼを含む容器;
本明細書で定義したcrRNAを含む容器、及び本明細書で定義したtracrRNAを含む容器。任意選択で、crRNA及びtracrRNAは、単一の容器に組み合わせることができる。容器は、さらに任意選択で、異なる標的配列を標的とするための異なるガイド配列をそれぞれ含む、2つ以上のcrRNAを含んでいてもよい;
本明細書で定義したヌクレアーゼ支援型ODTNEのための一本鎖オリゴヌクレオチドを含む容器;
本明細書で定義したHRのための二本鎖オリゴヌクレオチドを含む容器
本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼをコードするベクターを含む容器。任意選択で、前記ベクターは、本明細書で定義した前記ヌクレアーゼを誘導するための1つ又は複数のcrRNA及び/又はtracrRNAをさらにコードする;並びに、
本明細書で定義した1つ又は複数のcrRNAをコードする1つ又は複数のベクターを含む容器。1つ又は複数のベクターは、tracrRNAをコードする配列をさらに含み得る。或いは、又はさらに、tracrRNAをコードする配列は、異なるベクターに存在し得る。tracrRNAをコードする前記ベクターは、同じ容器又は別の容器に存在し得る;
のうちの少なくとも1つ、又はそれらの任意の組合せを含む。好ましくは、キットオブパーツは容器のセットを含み、容器のセットは、少なくとも、
本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼ、又はCRISPRシステムヌクレアーゼをコードする配列;
本明細書で定義したtracrRNA、又はtracrRNAをコードする配列;及び、
本明細書で定義したcrRNA、又はcrRNAをコードする配列
を含む。
本明細書で定義したヌクレアーゼ支援型ODTNEのための一本鎖オリゴヌクレオチド;及び、
本明細書で定義したHRのための二本鎖オリゴヌクレオチド
をさらに含む。
本発明はさらに、本明細書で定義した1つ又は複数のtracrRNA及び1つ又は複数の、好ましくは2つ以上のcrRNAを含む組成物に関する。好ましくは、1つ又は複数のcrRNAは、ガイド配列が植物ゲノムの配列、好ましくは本明細書で定義したGOI内の配列を標的とするためのものであることを特徴とする。組成物は、本明細書で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼ及び/又はCRISPRシステムヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含むことができる。
DsREDオープンリーディングフレームを、123位にAからCへの変換があり未成熟終止コドンをもたらす破壊されたYFPオープンリーディングフレームに融合させたレポーター構築物をCaMV35Sプロモーターの制御下でクローニングした。6xHISタグと核局在化シグナル(NLS)をDsRED ORFの5’末端に付加し、NOSターミネーターを転写の終結に使用した。 NLS-His-tagged-DsRED::YFP stopのオープンリーディングフレームは、配列番号15で表され、下記を参照されたい。レポーターカセットを、Gateway technologyを使用してpK2GW7にクローニングし、フローラルディップ法(Clough SJ及びBent AF (1998) Floral dip: a simplified method for agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana. Plant J 16(6):735~473)を使用して、シロイヌナズナで形質転換させた。一次形質転換体は、若葉から単離したプロトプラストでDsRED蛍光に基づいて選択した。
sgRNA及びdgRNAは、トランスジェニックシロイヌナズナ系統に安定的に組み込まれたDsRED::YFP stop蛍光レポーター構築物を標的化するために、20ヌクレオチド長の遺伝子特異的配列5'-TCTGTTTCTGGTGAGGGTGA-3'(配列番号16)を含むように設計した。
crRNAとtracrRNAを、製造元の指示(Synthego Corporation、Menlo Park、CA、USA)に従って、アニーリングした。簡単に説明すると、乾燥crRNAとtracrRNAを1×TE緩衝液に溶解させて最終濃度を200μMにし、crRNAとtracrRNAを1×アニーリング緩衝液中、2:1の比率で混合し、アニールされたdgRNAの最終濃度を30μMにした。
一本鎖オリゴヌクレオチド(ssODN)は、Richardsonら,Nature Biotechnology (2016),43(3),339~345に従って設計した。簡単に説明すると、ssODNは、切断のPAM遠位側に36ヌクレオチドのアームを、切断のPAM近位側に91ヌクレオチドのアームを有する、sgRNAにより標的とされないDNA鎖に相補的な配列で構成されており、ssODNのそれぞれの末端の最後の2ヌクレオチドの間にホスホロチオエート結合を有することにより修飾されている。ssODNは、5’末端から73位にGを保持し、(オープンリーディングフレームを含む)上流DNA鎖にCを導入することで、TAA(stop)をTAC(TYR)に変換し、結果としてYFPオープンリーディングを復元している。ssODNの配列は、以下のとおりである:A*GTAGTAACAAGAGTTGGCCATGGAACTGGAAGCTTTCCAGTAGTGCAGATGAACTTAAGTGTAAGTTTACCgTAAGTAGCATCACCTTCtCCtTCtCCtGAAACAGAGAACTTATGTCCGTTCAC*A(配列番号21)、ここで、標的配列に関してSNPを表す小文字は、下線を引いたものを除き、YFPのアミノ酸配列を変えないが、プロトスペーサーの配列は変えて、遺伝子ターゲティングが生じた後にCas9による再切断を回避する同義変異である。下線は、遺伝子ターゲティングの際にYFP機能性を回復する要因となる変異に対応している。アスタリスクは、ホスホロチオエート結合に対応している。
シロイヌナズナのプロトプラストを、参照により本明細書に組み込まれる欧州特許出願公開第2562261号に記載されているように、PEG媒介性形質転換を使用して、ssODNの有無に関係なく、上記で示したように調製したRNPでトランスフェクトした。簡単に説明すると、上記で示したように調製した20μLの事前に構築されたRNPを、10μLのssODN(ヌクレアーゼフリー水中、ストック1μg.μL-1)の有無に関係なく、250.000シロイヌナズナプロトプラストの250μLアリコートに加えた。アリコートを、続いて250μLのPEGと穏やかに混合する。20分間、室温でインキュベートした後、5mLの0.275Mの冷Ca(NO3)2を滴下添加する。プロトプラスト懸濁液を10分間、85xg、4℃で遠心分離する。
変異部位にまたがる一次アンプリコンを、以下のPCRプライマーを使用して生成した:
5'-GAGCTGAGGCTAGGCATCATC-3'(配列番号22);及び、
5'-TCCATCCTCGATGTTGTGCC-3'(配列番号23)。
実験の結果を図1にまとめている。dgRNA(crRNAとtracrRNAを個々の分子として含む)は、インデルの誘発、並びにクリーンな遺伝子ターゲティング、すなわちGFPオープンリーディングフレームを復元するSNPの誘発の両方において、sgRNAよりも少なくとも6~7倍優れていたことが明らかなようである。in vitroでのsgRNA及び合成sgRNAの結果は似ていた(データは示さず)。
Claims (15)
- 植物細胞のDNAを標的化修飾するための方法であって、DNAをRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体と接触させるステップを含む、前記複合体が、CRISPRシステムヌクレアーゼ、crRNA及びtracrRNAを含み、crRNA及びtracrRNAが別個の(非共有結合的に連結された)分子である、方法。
- CRISPRシステムヌクレアーゼが2つの触媒的に活性なエンドヌクレアーゼドメインを含む、請求項1に記載の方法。
- CRISPRシステムヌクレアーゼが少なくとも1つの触媒的に不活性なエンドヌクレアーゼドメインを含む、請求項1に記載の方法。
- CRISPRシステムヌクレアーゼが機能性ドメイン、好ましくはデアミナーゼドメインに融合されている、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- CRISPRシステムヌクレアーゼが、CRISPRシステムヌクレアーゼをコードするベクターで細胞をトランスフェクトすることによって細胞に導入される、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- CRISPRシステムヌクレアーゼが、CRISPRシステムヌクレアーゼで細胞をトランスフェクトすることによって細胞に導入される、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- crRNA及びtracrRNAのうちの少なくとも1つが、前記crRNA及び/又はtracrRNAをコードするベクターで細胞をトランスフェクトすることによって細胞に導入される、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- crRNA及びtracrRNAのうちの少なくとも1つが、前記crRNA及び/又はtracrRNAで細胞をトランスフェクトすることによって細胞に導入され、好ましくは、crRNA及び/又はtracrRNAが化学的に修飾されている、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞がテンプレートオリゴヌクレオチドでさらにトランスフェクトされ、好ましくはテンプレートオリゴヌクレオチドが化学的に修飾されている、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞がドナー構築物でさらにトランスフェクトされ、好ましくはドナー構築物が化学的に修飾されている、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- CRISPRシステムエンドヌクレアーゼ、crRNA、tracrRNA、及び/又は任意選択でテンプレートオリゴヌクレオチド若しくはドナー構築物が、ポリエチレングリコール媒介性トランスフェクションを使用して、好ましくはPEGを含む水性媒体を使用して、植物細胞に導入される、請求項1~10のいずれか一項に記載の方法。
- 標的化修飾を含む植物又はその子孫を再生するステップをさらに含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の方法。
- 植物細胞のDNAを標的化修飾するための、請求項1~12のいずれか一項で定義したCRISPRシステムヌクレアーゼ、crRNA及びtracrRNA、又はそれらをコードする1つ若しくは複数の構築物を含むRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体。
- i)請求項13に記載のCRISPRシステムヌクレアーゼを含む容器;及び
ii)請求項13に記載の1つ又は複数の構築物を含む容器、
のうちの少なくとも1つ、並びに任意選択で、tracrRNA及び/又は1つ若しくは複数のcrRNA、及び/又はそれをコードする構築物を含む容器
を含む、植物細胞のDNAを標的化修飾するためのキット。 - 植物細胞のDNAを標的化修飾するための、請求項13で定義したRNA-誘導型CRISPRシステムヌクレアーゼ複合体、又はそれをコードする1つ若しくは複数の構築物、又は請求項14で定義したキットの使用。
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Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021188526A1 (en) * | 2020-03-16 | 2021-09-23 | Pairwise Plants Services, Inc. | Natural guide architectures and methods of making and using the same |
CN117136003A (zh) | 2021-04-15 | 2023-11-28 | 主基因有限公司 | 共再生顽拗性植物 |
Citations (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20150059010A1 (en) * | 2013-08-22 | 2015-02-26 | Pioneer Hi-Bred International Inc | Genome modification using guide polynucleotide/cas endonuclease systems and methods of use |
CN104450745A (zh) * | 2013-09-12 | 2015-03-25 | 北京大学 | 一种获得水稻指定基因突变体的方法及其应用 |
WO2015048707A2 (en) * | 2013-09-30 | 2015-04-02 | Regents Of The University Of Minnesota | Conferring resistance to geminiviruses in plants using crispr/cas systems |
JP2015523856A (ja) * | 2012-05-25 | 2015-08-20 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフ | Rna依存性標的dna修飾およびrna依存性転写調節のための方法および組成物 |
JP2016500003A (ja) * | 2012-10-23 | 2016-01-07 | ツールゲン インコーポレイテッド | 標的dnaに特異的なガイドrnaおよびcasタンパク質コード核酸またはcasタンパク質を含む、標的dnaを切断するための組成物、ならびにその使用 |
JP2016501036A (ja) * | 2012-12-17 | 2016-01-18 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | Rna誘導性ヒトゲノム改変 |
JP2016504026A (ja) * | 2012-12-12 | 2016-02-12 | ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド | 配列操作のための系、方法および最適化ガイド組成物のエンジニアリング |
JP2016512048A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-04-25 | リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミネソタ | CRISPR/Casシステムを使用した植物ゲノム操作 |
JP2016520317A (ja) * | 2013-05-29 | 2016-07-14 | セレクティスCellectis | Cas9ニッカーゼ活性を用いて正確なdna切断をもたらすための方法 |
JP2017205104A (ja) * | 2016-05-13 | 2017-11-24 | 株式会社カネカ | 植物のゲノム編集方法 |
WO2018115202A1 (en) * | 2016-12-20 | 2018-06-28 | Kws Saat Se | Conferring resistance to geminiviruses in plants in alternative manner to gene drive, using crispr/cas systems |
Family Cites Families (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1983056A1 (en) | 1992-07-07 | 2008-10-22 | Japan Tobacco Inc. | Method for transforming monocotyledons |
ES2220913T3 (es) | 1993-09-03 | 2004-12-16 | Japan Tobacco Inc. | Procedimiento para la transformacion de monocotiledonas utilizando el escutelo de un embrio inmaduro. |
US6072050A (en) | 1996-06-11 | 2000-06-06 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Synthetic promoters |
US6369298B1 (en) | 1997-04-30 | 2002-04-09 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Agrobacterium mediated transformation of sorghum |
GB9711015D0 (en) | 1997-05-28 | 1997-07-23 | Zeneca Ltd | Improvements in or relating to organic compounds |
CA2309719A1 (en) | 1997-11-18 | 1999-05-27 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Targeted manipulation of genes in plants |
AR025996A1 (es) | 1999-10-07 | 2002-12-26 | Valigen Us Inc | Plantas no transgenicas resistentes a los herbicidas. |
AU7875400A (en) | 1999-10-07 | 2001-05-10 | Valigen, Inc. | Compositions and methods for plant genetic modification |
BRPI0619939A2 (pt) | 2005-12-16 | 2011-10-25 | Keygene Nv | gene quimérico, vetor, uso do promotor de um gene de cisteìna sintase citossólica de planta, e, método para fabricar uma planta transgênica ou célula de planta |
WO2007073149A1 (en) | 2005-12-22 | 2007-06-28 | Keygene N.V. | Alternative nucleotides for improved targeted nucleotide exchange |
ES2531882T3 (es) | 2006-01-12 | 2015-03-20 | Cibus Europe B.V. | EPSPS mutantes |
RU2010101882A (ru) | 2007-06-22 | 2011-07-27 | Киджин Н.В. (Nl) | Направленная нуклеотидная замена при применении улучшенных модифицированных олигонуклеотидов |
KR20140050759A (ko) | 2007-12-21 | 2014-04-29 | 키진 엔.브이. | 식물 원형질체 내로 폴리에틸렌 글리콜 매개 돌연변이 뉴클레오염기의 도입을 이용한 개선된 돌연변이 생성방법 |
CA2951341A1 (en) | 2009-12-21 | 2011-06-30 | Keygene N.V. | Improved techniques for transfecting protoplasts |
CA2819423C (en) | 2010-12-02 | 2020-12-22 | Keygene N.V. | Targeted alteration of dna |
WO2012074386A1 (en) | 2010-12-02 | 2012-06-07 | Keygene N.V. | Targeted alteration of dna with oligonucleotides |
US9637739B2 (en) | 2012-03-20 | 2017-05-02 | Vilnius University | RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex |
SI3019619T1 (sl) | 2013-07-11 | 2021-12-31 | Modernatx, Inc. | Sestave, ki zajemajo sintetične polinukleotide, ki kodirajo proteine, pozvezane s crispr, in sintetične sgrna, ter metode uporabe |
PT3116305T (pt) | 2014-03-14 | 2024-03-07 | Cibus Us Llc | Métodos e composições para aumentar a eficiência da modificação genética direccionada utilizando a reparação genética mediada por oligonucleótidos |
GB201510296D0 (en) | 2015-06-12 | 2015-07-29 | Univ Wageningen | Thermostable CAS9 nucleases |
WO2018109101A1 (en) | 2016-12-14 | 2018-06-21 | Wageningen Universiteit | Thermostable cas9 nucleases |
AU2016432443B2 (en) | 2016-12-14 | 2024-04-18 | Stichting Voor De Technische Wetenschappen | Thermostable Cas9 nucleases |
WO2018115389A1 (en) | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Keygene N.V. | Methods of targeted genetic alteration in plant cells |
WO2018115390A1 (en) | 2016-12-22 | 2018-06-28 | Keygene N.V. | Method for targeted alteration of duplex dna |
JP7057786B2 (ja) * | 2016-12-30 | 2022-04-20 | シンセティック ジェノミクス インコーポレーテッド | 光合成アンテナの減少を有する高生産性藻類突然変異体 |
US9982279B1 (en) | 2017-06-23 | 2018-05-29 | Inscripta, Inc. | Nucleic acid-guided nucleases |
-
2019
- 2019-11-01 WO PCT/EP2019/079950 patent/WO2020089448A1/en unknown
- 2019-11-01 US US17/290,547 patent/US20220010321A1/en active Pending
- 2019-11-01 JP JP2021521475A patent/JP2022505440A/ja active Pending
- 2019-11-01 EP EP19797277.1A patent/EP3874048A1/en active Pending
Patent Citations (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015523856A (ja) * | 2012-05-25 | 2015-08-20 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフ | Rna依存性標的dna修飾およびrna依存性転写調節のための方法および組成物 |
JP2016500003A (ja) * | 2012-10-23 | 2016-01-07 | ツールゲン インコーポレイテッド | 標的dnaに特異的なガイドrnaおよびcasタンパク質コード核酸またはcasタンパク質を含む、標的dnaを切断するための組成物、ならびにその使用 |
JP2016504026A (ja) * | 2012-12-12 | 2016-02-12 | ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド | 配列操作のための系、方法および最適化ガイド組成物のエンジニアリング |
JP2016501036A (ja) * | 2012-12-17 | 2016-01-18 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | Rna誘導性ヒトゲノム改変 |
JP2016512048A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-04-25 | リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミネソタ | CRISPR/Casシステムを使用した植物ゲノム操作 |
JP2016520317A (ja) * | 2013-05-29 | 2016-07-14 | セレクティスCellectis | Cas9ニッカーゼ活性を用いて正確なdna切断をもたらすための方法 |
US20150059010A1 (en) * | 2013-08-22 | 2015-02-26 | Pioneer Hi-Bred International Inc | Genome modification using guide polynucleotide/cas endonuclease systems and methods of use |
CN104450745A (zh) * | 2013-09-12 | 2015-03-25 | 北京大学 | 一种获得水稻指定基因突变体的方法及其应用 |
WO2015048707A2 (en) * | 2013-09-30 | 2015-04-02 | Regents Of The University Of Minnesota | Conferring resistance to geminiviruses in plants using crispr/cas systems |
JP2017205104A (ja) * | 2016-05-13 | 2017-11-24 | 株式会社カネカ | 植物のゲノム編集方法 |
WO2018115202A1 (en) * | 2016-12-20 | 2018-06-28 | Kws Saat Se | Conferring resistance to geminiviruses in plants in alternative manner to gene drive, using crispr/cas systems |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
HUANBIN ZHOU ET AL., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. 42, no. 17, JPN7023003304, 2014, pages 10903 - 10914, ISSN: 0005144833 * |
JIN MIAO ET AL., CELL RESEARCH, vol. 23, JPN6023035662, 2013, pages 1233 - 1236, ISSN: 0005144834 * |
LUISA BORTESI AND RAINER FISCHER, BIOTECHNOLOGY ADVANCES, vol. 33, JPN6023035663, 2015, pages 41 - 52, ISSN: 0005144835 * |
Also Published As
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