JP2022091747A - 抗ｉｌ１－ｒａｐ抗体 - Google Patents

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Abstract

【課題】ＩＬ１－ＲＡＰに特異的な抗体を提供する。【解決手段】特定のアミノ酸配列を含む可変軽鎖および別の特定のアミノ酸配列を含む可変重鎖を含む、単離された抗ＩＬ１－ＲＡＰ抗体を提供する。【効果】該抗ＩＬ１－ＲＡＰ抗体は、細胞傷害剤を、がん細胞等のＩＬ１－ＲＡＰ発現細胞に特異的に送達するためにコンジュゲートされた形で使用することができる。【選択図】なし

Description

関連出願の参照
本願は、2016年10月16日に出願された米国仮出願62/408,807、2016年11月23日に出願された米国仮出願62/425,970、および2017年10月10日に出願された国際出願PCT/US2017/055994の出願日の恩典を主張する。これらは全て、その全体が参照により組み入れられる。
発明の背景
インターロイキン-1(IL1)は、免疫系によって媒介される急性炎症反応と慢性炎症反応の両方の中心的な制御因子である。インターロイキン-1受容体アクセサリータンパク質(IL1-RAP)(IL-1R3としても知られる)は、IL1受容体シグナル伝達複合体において機能し、ある状況では細胞膜事象と下流シグナル伝達経路をつなげるのに必要なIL1コレセプターである。IL-1は感染、組織損傷、およびストレスの間に急性期タンパク質および炎症誘発性タンパク質の合成を誘導し、哺乳動物免疫において重要な役割を果たす。
IL1-RAPはまた、がん細胞や、さらなるがん細胞を生じることができる細胞であるがん幹細胞(「CSC」)の表面にも発現している。特に、IL1-RAPは、予後不良の急性骨髄性白血病(AML)および骨髄異形成症候群(MDS)でよく見られるCSCにおいて高発現している。結果として、IL1-RAPは有望な標的として提唱されている。Barreyro et al., Blood 2012; 120(6): 1290-1298（非特許文献1）。
化学療法の主な制約の1つは、抗がん剤が正常細胞とがん細胞を全般的に弁別できないことである。抗悪性腫瘍薬の主なカテゴリーのほぼ全てのメンバーが正常細胞に対してかなりの毒性を有する。
がん細胞を特異的に標的とする組成物により、この問題を回避することができる。しかしながら、既存のがん治療法はCSCを標的としない。この理由から、既存の化学療法戦略はがん細胞に特異的に送達された時でもがんを効果的に排除しない。生き残ったCSCが新たながん細胞を生み出すことができるので、再発リスクが残る。
抗体は、疾患組織を判別して標的とすることで、疾患組織と非疾患組織の標的弁別を改善する大きな治療機会を与える。
US2015/0315279（特許文献1）は、ヒトIL1RAPの細胞外膜アンカー基部領域に結合する抗ILRAP抗体について言及している。
US2015/0315279
Barreyro et al., Blood 2012; 120(6): 1290-1298
一局面において、可変軽鎖および可変重鎖を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、(a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体軽鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む;および/または(b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体重鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む、単離された抗IL1-RAP抗体が本明細書において提供される。一態様において、この抗体は、可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する。別の態様において、配列同一性は、少なくとも95％、96％、97％、98％、または99％である。
別の局面において、可変軽鎖および可変重鎖を含み、可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する、抗IL1-RAP抗体であって、(a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体軽鎖CDRL1、CDRL2、およびCDRL3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRL1、CDRL2、およびCDRL3を有する配列を含む;ならびに/または(b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体重鎖CDRH1、CDRH2、CDRH3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRH1、CDRH2、CDRH3を有する配列を含む、抗IL1-RAP抗体が本明細書において提供される。一態様において、CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2、およびCDRH3は、
Figure 2022091747000001
より選択される抗体に由来する配列を有する。
別の局面において、(1)CDRL1、CDRL2、およびCDRL3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDRH1、CDRH2、およびCDRH3を含む重鎖可変領域とを含む、(任意で、単離された)抗IL1-RAP抗体であって、
CDR L1が、
Figure 2022091747000002
の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR L2が、YASDLES(SEQ ID NO:11)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000003
の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H1が、GYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H2が、FPASGT(SEQ ID NO:8)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H3が、
Figure 2022091747000004
の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有する、 抗IL1-RAP抗体が提供される。
この局面の一部の態様において、単離された抗体のCDR L1は
Figure 2022091747000005
の配列を有し、単離された抗体のCDR L2はYASDLES(SEQ ID NO:11)の配列を有し、単離された抗体のCDR L3は
Figure 2022091747000006
の配列を有し、単離された抗体のCDR H1はGYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列を有し、単離された抗体のCDR H2はFPASGT(SEQ ID NO:8)の配列を有し、単離された抗体のCDR H3は
Figure 2022091747000007
の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000008
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000009
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000010
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000011
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000012
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000013
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000014
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000015
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000016
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
別の局面において、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、(任意で、単離された)抗IL1-RAP抗体であって、軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:6および118～121のいずれか一つの配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する、抗IL1-RAP抗体が提供される。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:6 および118～121のいずれか一つの配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:5の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:6の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:5の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:6の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:118の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:118の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:119の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:119の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:120の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:120の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:121の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:121の配列を有する。
別の局面において、本発明は、(1)CDR L1、CDR L2、およびCDR L3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDR H1、CDR H2、およびCDR H3を含む重鎖可変領域とを含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
CDR L1が、
Figure 2022091747000017
の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR L2が、YASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000018
の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H1が、GYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H2が、NTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有し、
CDR H3が、YYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列に対して少なくとも90％の配列同一性を有する(例えば、これと比較して0個、1個、または2個の保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換を有する)配列を有する、単離された抗IL1-RAP抗体を特徴とする。
この局面の一部の態様において、単離された抗体のCDR L1は
Figure 2022091747000019
の配列を有し、単離された抗体のCDR L2はYASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列を有し、単離された抗体のCDR L3は
Figure 2022091747000020
の配列を有し、単離された抗体のCDR H1はGYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列を有し、単離された抗体のCDR H2はNTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列を有し、単離された抗体のCDR H3はYYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000021
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、
Figure 2022091747000022
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000023
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の重鎖可変領域は、
Figure 2022091747000024
の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。
別の局面において、本発明は、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する、単離された抗IL1-RAP抗体を特徴とする。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:27の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:28の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:27の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:28の配列を有する。
この局面の一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:122の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:123の配列と少なくとも90％(例えば、少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、または99％、または100％)の配列同一性を有する配列を有する。一部の態様において、単離された抗体の軽鎖可変領域はSEQ ID NO:122の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域はSEQ ID NO:123の配列を有する。
別の態様において、(任意で、単離された)抗体は単一特異性である。別の態様において、(任意で、単離された)抗体は多重特異性または二重特異性である。別の態様において、多重特異性または二重特異性の(任意で、単離された)抗体は、CD45、CD38、およびCD34からなる群より選択される抗原に結合する。別の態様において、(任意で、単離された)抗体はヒト化されている。別の態様において、(任意で、単離された)抗体は免疫グロブリン全体である。別の態様において、(任意で、単離された)抗体は、例えば、Fab、F(ab’)2、Fab’または単鎖Fvからなる群より選択される抗体断片である。
別の局面において、本明細書に記載の抗IL1-RAP抗体または抗体断片のいずれかをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子が、本明細書において提供される。一態様において、この核酸配列は発現制御配列に機能的に連結されている。別の態様において、この核酸分子は発現ベクターの中に含まれている。
別の局面において、本明細書において開示される発現ベクターを含む宿主細胞が、本明細書において提供される。一態様において、宿主細胞はチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である。
別の局面において、本明細書において提供される宿主細胞を培養する工程を含む、抗IL1-RAP抗体を作り出すための方法が、本明細書において提供される。一態様において、この方法は、抗体を単離する工程をさらに含む。
別の局面において、化学部分にコンジュゲートされた本明細書において開示される抗体が、本明細書において提供される。一態様において、コンジュゲートされる部分は標識である。別の態様において、コンジュゲートされる部分は化学療法剤または細胞傷害剤である。別の態様において、化学療法剤または細胞傷害剤は、アルキル化剤、代謝拮抗物質、抗生物質、ヒドロキシウレア、白金に基づく化学療法剤、タキサン、ボルテゾミブ、レナリドミン(lenalidomine)、サリドマイド、メタンジノイド(metanzinoid)からなる群より選択される。
別の局面において、アジュバントと、本明細書において提供される抗体またはコンジュゲートされた抗体とを含む、組成物が本明細書において提供される。一態様において、この組成物は薬学的に許容される。
別の局面において、受容体IL1-RAPを発現する細胞を検出する方法であって、細胞に結合することができる、有効量の本明細書において開示される抗体、抗体断片、または抗体コンジュゲートに、細胞を接触させる工程、および抗体と細胞との結合を検出する工程であって、結合が関心対象の細胞の存在を示す、工程を含む、方法が本明細書において提供される。
別の局面において、疾患を診断する方法であって、罹患細胞に結合することができる、有効量の本明細書において開示される抗体、抗体断片、または抗体コンジュゲートに、個体に由来する生物学的試料を接触させる工程、および抗体と罹患細胞との結合を検出する工程であって、結合が疾患の存在を示す、工程を含む、方法が本明細書において提供される。一態様において、抗体は、検出可能な部分にコンジュゲートされている。別の態様において、疾患はがんである。別の態様において、細胞は腫瘍細胞またはがん幹細胞である。別の態様において、疾患は骨髄増殖性障害である。別の態様において、骨髄増殖性障害は、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される。
別の局面において、細胞に結合することができる、少なくとも有効量の本明細書において開示される抗体、抗体断片、または抗体コンジュゲートに、細胞を接触させる工程を含む、細胞分裂を阻害する方法が本明細書において提供される。一態様において、細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす。別の態様において、細胞は腫瘍細胞またはがん幹細胞である。別の態様において、腫瘍細胞またはがん幹細胞は骨髄増殖性障害に由来する。別の態様において、骨髄増殖性障害は、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される。
別の局面において、細胞に結合することができる、少なくとも有効量の本明細書において開示される抗体または抗体断片に、細胞を接触させる工程を含む、NF-kBシグナル伝達を阻害する方法が本明細書において提供される。一態様において、細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす。別の態様において、細胞は腫瘍細胞またはがん幹細胞である。別の態様において、腫瘍細胞またはがん幹細胞は骨髄増殖性障害に由来する。別の態様において、骨髄増殖性障害は、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される。
別の局面において、治療的有効量の本明細書において開示される抗体または抗体コンジュゲートを患者に投与する工程を含む、がんを処置する方法が本明細書において提供される。一態様において、抗体は、切断可能な、切断不可能な、または跡を残さない(traceless)リンカーを介して化学療法用のまたは細胞傷害性の薬物とコンジュゲートされた抗体コンジュゲートである。別の態様において、薬物は、マイタンシノイド、アウリスタチン、ドラスタチン、ツブリシン(tubulysin)、クリプトフィシン、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体、インドリノベンゾジアゼピン二量体、α-アマニチン、トリコテン(trichothene)、SN-38、デュオカルマイシン、CC1065、カリケアマインシン(calicheamincin)、エンジインアンチバイオアティック(enediyne antibioatic)、タキサン、ドキソルビシン誘導体、アントラサイクリン、およびその立体異性体、アザノフィド(azanofide)、アイソスター、類似体、または誘導体からなる群より選択される。別の態様において、がんは骨髄増殖性障害である。別の態様において、骨髄増殖性障害は、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫(pasmocytoma)、および骨髄線維症からなる群より選択される。別の態様において、本明細書に記載の抗体は腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原に結合する。一部の態様において、腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原はCLL-1である。
別の局面において、有効量の本明細書において開示される抗体、抗体断片、または抗体コンジュゲートを投与する工程を含む、腫瘍量を低減する方法が本明細書において提供される。
[本発明1001]
可変軽鎖および可変重鎖を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
(a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体軽鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む;および/または
(b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体重鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む、
単離された抗IL1-RAP抗体。
[本発明1002]
可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する、本発明1001の抗体。
[本発明1003]
配列同一性が少なくとも95％、96％、97％、98％、または99％である、本発明1001の抗体。
[本発明1004]
可変軽鎖および可変重鎖を含み、可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する、抗IL1-RAP抗体であって、
(a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体軽鎖CDRL1、CDRL2、およびCDRL3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRL1、CDRL2、およびCDRL3を有する配列を含む;ならびに/または
(b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体重鎖CDRH1、CDRH2、CDRH3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRH1、CDRH2、CDRH3を有する配列を含む、
抗IL1-RAP抗体。
[本発明1005]
CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2、およびCDRH3が、
Figure 2022091747000025
より選択される抗体に由来する配列を有する、本発明1003の抗体。
[本発明1006]
(1)CDR L1、CDR L2、およびCDR L3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDR H1、CDR H2、およびCDR H3を含む重鎖可変領域とを含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
CDR L1が、
Figure 2022091747000026
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR L2が、YASDLES(SEQ ID NO:11)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000027
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H1が、GYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H2が、FPASGT(SEQ ID NO:8)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H3が、
Figure 2022091747000028
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
単離された抗IL1-RAP抗体。
[本発明1007]
CDR L1が、
Figure 2022091747000029
の配列を有し、
CDR L2が、YASDLES(SEQ ID NO:11)の配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000030
の配列を有し、
CDR H1が、GYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列を有し、
CDR H2が、FPASGT(SEQ ID NO:8)の配列を有し、
CDR H3が、
Figure 2022091747000031
の配列を有する、
本発明1006の単離された抗体。
[本発明1008]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000032
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006または1007の単離された抗体。
[本発明1009]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000033
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006または1007の単離された抗体。
[本発明1010]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000034
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006または1007の単離された抗体。
[本発明1011]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000035
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006または1007の単離された抗体。
[本発明1012]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000036
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006～1011のいずれかの単離された抗体。
[本発明1013]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000037
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006～1011のいずれかの単離された抗体。
[本発明1014]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000038
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006～1011のいずれかの単離された抗体。
[本発明1015]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000039
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006～1011のいずれかの単離された抗体。
[本発明1016]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000040
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1006～1011のいずれかの単離された抗体。
[本発明1017]
軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:6および118～121のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
単離された抗IL1-RAP抗体。
[本発明1018]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:6および118～121のいずれか一つの配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1019]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:5の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:6の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1020]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:5の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:6の配列を有する、本発明1019の単離された抗体。
[本発明1021]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:118の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1022]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:118の配列を有する、本発明1021の単離された抗体。
[本発明1023]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:119の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1024]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:119の配列を有する、本発明1023の単離された抗体。
[本発明1025]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:120の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1026]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:120の配列を有する、本発明1025の単離された抗体。
[本発明1027]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:121の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1017の単離された抗体。
[本発明1028]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:121の配列を有する、本発明1027の単離された抗体。
[本発明1029]
(1)CDR L1、CDR L2、およびCDR L3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDR H1、CDR H2、およびCDR H3を含む重鎖可変領域とを含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
CDR L1が、
Figure 2022091747000041
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR L2が、YASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000042
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H1が、GYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H2が、NTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
CDR H3が、YYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
単離された抗IL1-RAP抗体。
[本発明1030]
CDR L1が、
Figure 2022091747000043
の配列を有し、
CDR L2が、YASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列を有し、
CDR L3が、
Figure 2022091747000044
の配列を有し、
CDR H1が、GYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列を有し、
CDR H2が、NTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列を有し、
CDR H3が、YYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列を有する、
本発明1029の単離された抗体。
[本発明1031]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000045
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1029または1030の単離された抗体。
[本発明1032]
軽鎖可変領域が、
Figure 2022091747000046
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1029または1030の単離された抗体。
[本発明1033]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000047
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1029～1032のいずれかの単離された抗体。
[本発明1034]
重鎖可変領域が、
Figure 2022091747000048
の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1029～1032のいずれかの単離された抗体。
[本発明1035]
軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
単離された抗IL1-RAP抗体。
[本発明1036]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列を有する、本発明1035の単離された抗体。
[本発明1037]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:27の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:28の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1035の単離された抗体。
[本発明1038]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:27の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:28の配列を有する、本発明1037の単離された抗体。
[本発明1039]
単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:122の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:123の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、本発明1035の単離された抗体。
[本発明1040]
単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:122の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:123の配列を有する、本発明1039の単離された抗体。
[本発明1041]
単一特異性である、本発明1001～1040のいずれかの単離された抗体。
[本発明1042]
多重特異性または二重特異性である、本発明1001～1040のいずれかの単離された抗体。
[本発明1043]
CD45、CD38、およびCD34からなる群より選択される抗原に結合する、本発明1001～1042のいずれかの単離された抗体。
[本発明1044]
ヒト化されている、本発明1001～1043のいずれかの単離された抗体。
[本発明1045]
免疫グロブリン全体である、本発明1001～1044のいずれかの単離された抗体。
[本発明1046]
抗体断片であり、例えばFab、F(ab’)2、Fab’、または単鎖Fvからなる群より選択される、本発明1001～1044のいずれかの単離された抗体。
[本発明1047]
本発明1001～1046のいずれかの抗IL1-RAP抗体または抗体断片のいずれかをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
[本発明1048]
発現制御配列に機能的に連結されている、本発明1047の核酸分子。
[本発明1049]
発現ベクターの中に含まれている、本発明1047または1048の核酸分子。
[本発明1050]
本発明1049の発現ベクターを含む、宿主細胞。
[本発明1051]
チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である、本発明1050の宿主細胞。
[本発明1052]
本発明1050の宿主細胞を培養する工程を含む、抗IL1-RAP抗体を作り出すための方法。
[本発明1053]
前記抗体を単離する工程をさらに含む、本発明1052の方法。
[本発明1054]
化学部分にコンジュゲートされている、本発明1001～1046のいずれかの抗体。
[本発明1055]
コンジュゲートされる部分が標識である、本発明1054のコンジュゲートされた抗体。
[本発明1056]
コンジュゲートされる部分が化学療法剤または細胞傷害剤である、本発明1054のコンジュゲートされた抗体。
[本発明1057]
化学療法剤または細胞傷害剤が、アルキル化剤、代謝拮抗物質、抗生物質、ヒドロキシウレア、白金に基づく化学療法剤、タキサン、ボルテゾミブ、レナリドミン(lenalidomine)、サリドマイド、メタンジノイド(metanzinoid)からなる群より選択される、本発明1056のコンジュゲートされた抗体。
[本発明1058]
アジュバントと、本発明1001～1046のいずれかの抗体または本発明1054～1057のいずれかのコンジュゲートされた抗体とを含む、組成物。
[本発明1059]
薬学的に許容される、本発明1058の組成物。
[本発明1060]
以下の工程を含む、受容体IL1-RAPを発現する細胞を検出する方法:
a.細胞に結合することができる、有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体または抗体コンジュゲートに、細胞を接触させる工程、および
b.抗体と細胞との結合を検出する工程であって、結合が関心対象の細胞の存在を示す、工程。
[本発明1061]
以下の工程を含む、疾患を診断する方法:
a.罹患細胞に結合することができる、有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体または抗体コンジュゲートに、個体に由来する生物学的試料を接触させる工程、および
b.抗体と罹患細胞との結合を検出する工程であって、結合が疾患の存在を示す、工程。
[本発明1062]
抗体が、検出可能な部分にコンジュゲートされている、本発明1060または1061の方法。
[本発明1063]
疾患ががんである、本発明1061の方法。
[本発明1064]
細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、本発明1061の方法。
[本発明1065]
疾患が骨髄増殖性障害である、本発明1061の方法。
[本発明1066]
骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、本発明1065の方法。
[本発明1067]
細胞に結合することができる、少なくとも有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体に、細胞を接触させる工程を含む、細胞分裂を阻害する方法。
[本発明1068]
細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす、本発明1067の方法。
[本発明1069]
細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、本発明1067または1068の方法。
[本発明1070]
腫瘍細胞またはがん幹細胞が骨髄増殖性障害に由来する、本発明1069の方法。
[本発明1071]
骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、本発明1070の方法。
[本発明1072]
細胞に結合することができる、少なくとも有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体に、細胞を接触させる工程を含む、NF-kBシグナル伝達を阻害する方法。
[本発明1073]
細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす、本発明1072の方法。
[本発明1074]
細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、本発明1072または1073の方法。
[本発明1075]
腫瘍細胞またはがん幹細胞が骨髄増殖性障害に由来する、本発明1074の方法。
[本発明1076]
骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、本発明1075の方法。
[本発明1077]
治療的有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体を患者に投与する工程を含む、がんを処置する方法。
[本発明1078]
抗体が、切断可能なリンカー、切断不可能なリンカー、または跡を残さない(traceless)リンカーを介して化学療法用のまたは細胞傷害性の薬物とコンジュゲートされた抗体コンジュゲートである、本発明1077の方法。
[本発明1079]
前記薬物が、マイタンシノイド、アウリスタチン、ドラスタチン、ツブリシン(tubulysin)、クリプトフィシン、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体、インドリノベンゾジアゼピン二量体、α-アマニチン、トリコテン、SN-38、デュオカルマイシン、CC1065、カリケアマインシン(calicheamincin)、エンジインアンチバイオアティック(enediyne antibioatic)、タキサン、ドキソルビシン誘導体、アントラサイクリン、およびその立体異性体、アザノフィド(azanofide)、アイソスター、類似体、または誘導体からなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1080]
がんが骨髄増殖性障害である、本発明1077～1079のいずれかの方法。
[本発明1081]
骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、本発明1080の方法。
[本発明1082]
抗体が腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原に結合する、本発明1077～1081のいずれかの方法。
[本発明1083]
腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原がCLL-1である、本発明1082の方法。
[本発明1084]
有効量の本発明1001～1046または本発明1054～1057のいずれかの抗体を投与する工程を含む、腫瘍量を低減する方法。
様々なAML細胞株における蛍光増加によって示した、抗IL1-RAP抗体50.3G7とIL1-RAPとの結合のFACSプロットである。 マウスを免疫して本開示の抗IL1-RAP抗体を作り出すために作製したキメラヒト/マウスタンパク質の模式図である。 ELISAアッセイの結果を示す。3A:直接ELISA。プレートを細胞外ドメインIL1-RAPまたは可溶型IL1RAPでコーティングした;3B:サンドイッチELISA。プレートをヤギ抗IL1RAP抗体でコーティングし、次いで、IL1-RAPの細胞外ドメインまたは可溶性IL1-RAPを添加し、最後に、2H8抗体を添加した。抗体2H8は細胞外ドメインIL1RAPに優先的に結合する。 FACSによって様々な細胞株(すなわち、293T、IL1-RAPでトランスフェクトした293、EOL-1、HNT-34)に対して試験した、クローン2H8、5H9.1.4、および56.12G6の結合特異性のプロットを示す。 健常患者から単離した様々なレベルの正常ヒト血清(NHS)および可溶性IL1-RAP(Q9NPH3-2)またはIL1-RAPの細胞外ドメイン(ECD)(Q9NPH3-4)の存在下で、抗IL1-RAP抗体2H8および56.12G6とHNT-34細胞との結合を示したFACSプロットおよびヒストグラムである。左:HNT-34細胞上での抗体結合滴定。右:処理条件でのEC50値。 クローン2H8、50.3G7、および56.12G6と、1人の原発患者のAML細胞との結合を示したFACS分析の散布図である。2H8を用いた時に、試験した12人のAML患者のうち6人が陽性である。 実施例15に記載のコロニー形成細胞(CFC)アッセイの結果を示したヒストグラムである。 健常なCD34+細胞に対する抗IL1-RAPクローンの作用を証明したヒストグラムである。 抗IL1-RAPクローン濃度の関数としてのパーセント阻害のプロットである。 様々な抗IL1-RAPクローンで処置したマウスにおける骨髄細胞、脾臓細胞、および血液細胞における腫瘍量のグラフである。 EOL-1腫瘍を異種移植したマウスにおける生存に対する様々な抗IL1-RAPクローンの処置効果のカプラン・マイヤー(Kaplan-Myer)プロットである。 54.9D7(SEQ ID NO:5および28)、56.12G6(SEQ ID NO:13および14)、2H8(SEQ ID NO:126および127)それぞれの軽鎖可変領域配列および重鎖可変領域配列を示す。CDRを太字にし、下線を引いた。 50.3G7(SEQ ID NO:27および134)、54.15B5(SEQ ID NO:128および129)、42.1D3(SEQ ID NO:41および42)、54.8H8(SEQ ID NO:130および131)それぞれの軽鎖可変領域配列および重鎖可変領域配列を示す。CDRを太字にし、下線を引いた。 54.9E9(SEQ ID NO:52および53)、50.6C12(SEQ ID NO:58および59)、57.7A9(SEQ ID NO:13および66)、46.8G1(SEQ ID NO:67および68)それぞれの軽鎖可変領域配列および重鎖可変領域配列を示す。CDRを太字にし、下線を引いた。 42.3G6(SEQ ID NO:75および76)、46.1D2(SEQ ID NO:81および82)、41.10C2(SEQ ID NO:89および90)、46.2C2(SEQ ID NO:97および98)それぞれの軽鎖可変領域配列および重鎖可変領域配列を示す。CDRを太字にし、下線を引いた。 44.5D2(SEQ ID NO:105および106)の軽鎖可変領域配列および重鎖可変領域配列を示す。CDRを太字にし、下線を引いた。 FACSによって調べた、様々な抗体クローンとmIg2およびmIg3との結合を示したヒストグラムである。 EOL-1細胞との結合における、HCおよびLCの異なる組み合わせを有する54.9D7のヒト化クローンの平均蛍光強度(MFI)値を示す。 EOL-1細胞との結合における、54.9D7の3種類のヒト化クローンのMFI値のプロットである。 キメラ54.9D7および54.9D7の3種類のヒト化クローンの結合親和性を示したプロットである。
発明の詳細な説明
I.序論
IL1-RAPに特異的に結合する抗体が本明細書において提供される。抗IL1-RAP抗体は、細胞傷害剤を、IL1-RAP発現細胞、例えば、がん細胞、例えば、がん幹細胞(CSC)、白血病、リンパ腫、および固形腫瘍に特異的に送達するためにコンジュゲートされた形で使用することができる。
細胞傷害剤にコンジュゲートされずともがん細胞増殖を阻害する、および/または腫瘍量を低減する抗IL1-RAP特異的抗体も提供される。このような抗体は、インターロイキン1ファミリーメンバー5、6、8、または9(IL-1F5、IL-1F6、IL1F8、またはIL1F9)によって媒介されるシグナル伝達を阻害することができる、抗体依存性細胞傷害を誘導することができる、IL-1依存性シグナル伝達をブロックすることができる、またはその組み合わせが可能である。一部の態様において、本開示の抗体は補体依存性細胞傷害(CDC)または抗体依存性細胞傷害(ADDC)を提供する。
がん成長もしくはがん肝細胞増殖、代謝活性、生存率、または分裂を低減するのに有効な抗IL1-RAP特異的抗体も提供される。治療用途に加えて、または治療用途と組み合わせて、本開示の抗IL1-RAP抗体はインビボ診断剤およびインビトロ診断剤に有用である。
II.定義
特に定めのない限り、本明細書において用いられる技術用語および科学用語は、当業者に一般に理解されているものと同じ意味を有する。例えば、Lackie, DICTIONARY OF CELL AND MOLECULAR BIOLOGY, Elsevier (4th ed. 2007); Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold Springs Harbor Press (Cold Springs Harbor, NY 1989)を参照されたい。「1つの(a)」または「1つの(an)」という用語は「1つまたは複数の」を意味することが意図される。「含む(comprise)」という用語およびその語尾変化、例えば、「含む(comprises)」および「含む(comprising)」は工程または要素の列挙の前にある時は、さらなる工程または要素の追加が任意であり、除外されないことを意味すると意図される。本明細書に記載のものと類似する、または等価な任意の方法、装置、および材料を本発明の実施において使用することができる。以下の定義は、本明細書において頻繁に用いられる、ある特定の用語の理解を容易にするために提供され、本開示の範囲を限定することが意図されない。
本明細書で使用する「IL1-RAP」は、ヒトインターロイキン1受容体アクセサリータンパク質を指す。IL1-RAPの配列は、Uniprotアクセッション番号Q9NPH3-1(アイソフォーム1):
Figure 2022091747000049
に示した通りのものでもよい。上記に示した570aaポリペプチドにおいて、残基1～20はシグナル配列であり、残基21～367は細胞外であり、残基368～388は膜貫通であるのに対して、残基389～570は細胞質である。当業者は、例えば、保存された残基およびドメインを特定するためにIL1-RAP変種(例えば、種ホモログ、対立遺伝子変種など)を最適にアラインメントできることを理解する。
本明細書で使用する「膜アンカー基部領域」とは、膜貫通領域の基部に近いが、N末端側にある、IL1-RAPタンパク質のアミノ酸を指す。場合によっては、受容体IL1-RAPは膜アンカー基部領域を含む。当業者は、一例にすぎないが、UniprotアクセッションQ9NPH3-1のアミノ酸300～370、301～370、302～370、303～370、304～370、305～370、306～370、307～370、308～370、309～370、310～370、311～370、312～370、313～370、314～370、315～370、316～370、317～370、318～370、319～370、320～370、321～370、322～370、323～370、324～370、325～370、326～370、327～370、328～370、329～370、330～370、331～370、332～370、333～370、334～370、335～370、336～370、337～370、338～370、339～370、340～370、340～369、340～368、340～367、340～366、340～365、340～364、340～363、340～362、340～361、340～360、341～370、341～369、341～368、341～367、341～366、341～365、341～364、341～363、341～362、341～361、341～360、342～370、342～369、342～368、342～367、342～366、342～365、342～364、342～363、342～362、342～361、342～360、343～370、343～369、343～368、343～367、343～366、343～365、343～364、343～363、343～362、343～361、343～360、344～370、344～369、344～368、344～367、344～366、344～365、344～364、344～363、344～362、344～361、344～360、345～370、345～369、345～368、345～367、345～366、345～365、345～364、345～363、345～362、345～361、345～360、346～370、346～369、346～368、346～367、346～366、346～365、346～364、346～363、346～362、346～361、346～360、347～370、347～369、347～368、347～367、347～366、347～365、347～364、347～363、347～362、347～361、またはアミノ酸347～360を含んでもよい、膜アンカー基部領域を確かめる方法を知っている。膜アンカー基部領域は、上述した残基からカルボキシ方向またはアミノ方向にある15個、14個、13個、12個、11個、10個のアミノ酸、またはそれより少ないアミノ酸であるIL1-RAP一次配列領域を含んでもよい。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、これらの膜アンカー基部領域の1つまたは複数を含むIL1-RAPタンパク質に結合する。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、これらの膜アンカー基部領域の1つまたは複数を含むIL1-RAPタンパク質に結合するが、これらの膜アンカー基部領域の1つまたは複数を含まないIL1-RAPタンパク質に結合しないか、または実質的に結合しない。
本明細書で使用する「受容体IL1-RAP」、「膜IL1-RAP」、および「膜結合性IL1-RAP」とは、IL1-RAPを発現する細胞の表面に存在する当該タンパク質の形態、例えば、IL1-Rapのアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)(Q9NPH3-1)を有するタンパク質を指す。従って、受容体IL1-RAP、膜IL1-RAP、または膜結合性IL1-RAPはまた、膜から精製された時の、または別の方法で膜を含まない時の、この形態のIL1-RAPも指す。
本明細書で使用する「可溶性IL1-RAP」とは、膜に結合していない天然のIL1-RAPタンパク質を指す。可溶性IL1-RAPタンパク質の具体例には、上述した膜貫通領域を含まないIL1-RAPタンパク質、上述した膜アンカー基部領域を含まないIL1-RAPタンパク質、IL1-RAP発現細胞の表面に存在しないIL1-RAPタンパク質、膜に固定されないようにタンパク分解により切断されているIL1-RAPタンパク質、サイトゾルIL1-RAP、および正常ヒト血清中に存在する(例えば、正常ヒト血清に分泌された)IL1-RAPタンパク質が含まれる。
IL1-RAPの可溶型の1つ(アイソフォーム2)(Q9NPH3-2)は、残基VPAPRY(SEQ ID NO:135)がC末端ペプチドGNRCGQ(SEQ ID NO:4; 残基351～356)と交換されている356アミノ酸配列であり、(アイソフォーム1と比べて)残基357～570が無い。
Figure 2022091747000050
別の可溶型(アイソフォーム3)(Q9NPH3-3)は、
Figure 2022091747000051
が
Figure 2022091747000052
と交換されている346aa配列である。
Figure 2022091747000053
場合によっては、受容体IL1-RAPはインタクトな膜貫通(もしくは膜アンカー)領域またはその一部を含む。例えば、受容体IL1-RAPは、UniprotアクセッションQ9NPH3-1のアミノ酸370～388、369～388、368～388、367～388、366～388、365～388、364～388、363～388、362～388、361～388、370～395、369～395、368～395、368～394、368～393、368～392、368～391、368～390、または368～389によって示される膜の内外にまたがる膜貫通領域を含有してもよい。膜貫通領域は、上述した残基から離れてカルボキシ方向またはアミノ方向にある、20個以下の(例えば、19個、18個、17個、16個、15個、14個、13個、12個、11個、10個、9個、8個、7個、6個、5個、4個、3個、2個、または1個の)アミノ酸であるIL1-RAP一次配列領域を含んでもよい。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、これらの膜貫通領域の1つまたは複数を含むIL1-RAPタンパク質に結合する。場合によっては、受容体IL1-RAPは膜に結合している。例えば、受容体IL1-RAPまたはその一部は細胞膜に固定されていてもよい。
場合によっては、受容体IL1-RAPは、カルボキシ末端に
Figure 2022091747000054
配列が存在することで可溶性IL1-RAPと区別され、可溶性IL1-RAPには、この配列が無い場合がある。場合によっては、受容体IL1-RAPは、カルボキシ末端に
Figure 2022091747000055
配列が存在することで可溶性IL1-RAPと区別され、可溶性IL1-RAPには、この配列が無い場合がある。場合によっては、受容体IL1-RAPは、カルボキシ末端にGNRCGQ(SEQ ID NO:4)配列が存在しないことで可溶性IL1-RAPと区別され、可溶性IL1-RAPは、この配列を含有する場合がある。
用語「受容体IL1-RAP特異的抗体」、「抗受容体IL1-RAP抗体」、「膜IL1-RAP特異的抗体」、「抗膜IL1-RAP抗体」、「膜IL1-RAP抗体」、および「IL1-RAPの膜結合型に結合するが、可溶型に結合しない抗体」などは、IL1-RAPの受容体(すなわち、膜結合)型に特異的に結合する抗体を指すために本明細書において同義に用いられる。一部の態様において、受容体IL1-RAPとの特異的結合は、受容体IL1-RAPに結合するが、正常ヒト血清に見出される(例えば、正常ヒト血清に分泌された)IL1-RAPの可溶型に実質的に結合しないことを含む。一部の態様において、受容体IL1-RAPとの特異的結合は、受容体IL1-RAPに結合するが、配列GNRCGQ(SEQ ID NO:4)を含むIL1-RAPの可溶型に実質的に結合しないことを含む。
一部の態様において、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、本明細書に記載の膜アンカー基部領域内にあるアミノ酸残基に結合する。例えば、場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、アミノ酸300～368、320～360、330～350、または347～362の中にある残基に結合することができる。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、上述した膜アンカー基部領域からカルボキシ末端方向またはアミノ末端方向にある、15個、14個、13個、12個、11個、10個、9個、8個、7個、6個、5個、4個、3個、2個、または1個のアミノ酸であるIL1-RAP一次配列領域に結合する。例えば、この抗体は、ポリペプチド
Figure 2022091747000056
に結合することができる。
場合によっては、受容体IL1-RAP特異的抗体は、IL1-RAPのある特定の非天然可溶型、例えば、1つまたは複数の膜アンカー基部領域を含む、受容体IL1-RAPの細胞外ドメイン(ECD IL1-RAP)を含有するが、膜貫通領域を含有しない、および/またはGNRCGQ(SEQ ID NO:4)を含有しないタンパク質に結合することができる。
場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、これらの膜貫通領域の1つまたは複数を含むIL1-RAPタンパク質に結合するが、これらの膜貫通領域の1つまたは複数を含まないIL1-RAPタンパク質に結合しない。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、これらの膜貫通領域の1つまたは複数を含まないIL1-RAPタンパク質よりもかなり低い解離定数(すなわち、密着した結合)で、上記の膜貫通領域の1つまたは複数を含むIL1-RAPタンパク質に結合する。例えば、一部の態様において、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、膜貫通領域を含まないIL1-RAPタンパク質よりも2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、8倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、40倍、50倍、100倍、もしくは1000倍の親和性、またはそれより大きな親和性で膜貫通領域を含むIL1-RAPタンパク質に結合することができる。
場合によっては、受容体IL1-RAP抗体は、細胞、例えば、ある特定のがん細胞(例えば、がん幹細胞(CSC)または造血腫瘍細胞(HTC))の表面に存在するIL1-RAPに特異的に結合するが、ほとんどの成熟末梢血細胞に結合しない。下記でさらに詳細に議論するように、一部の態様では、本発明の抗IL1-RAP抗体はIL1-RAP発現細胞に結合することができる、その増殖を阻害することができる、および/またはその破壊を媒介することができる。
「IL1-RAP関連障害(IL1-RAP-associated disorder)」(またはIL1-RAP関連障害(IL1-RAP related disorder)、IL1-RAP障害、IL1-RAPに関連する状態または疾患など)とは、標準対照(例えば、正常細胞、非疾患細胞、非がん細胞)におけるIL1-RAP発現と比較して高い、または低いIL1-RAP細胞表面発現と相関関係にある状態および疾患を指す。高いIL1-RAPレベルは、がん細胞、特に、がん幹細胞、特に、白血病、例えば、AML(急性骨髄性白血病)、MDS(骨髄異形成症候群)、およびCML(慢性骨髄性白血病)、および、造血CSC(例えば、LSC)に関連する。
「生着する」または「生着」という用語は、細胞が個体または組織に導入された時に生存する、増殖する、および/または適切な場所にある能力を指す。がん幹細胞(CSC)の場合、この用語は、CSCが新たに腫瘍を生じる能力、または異なる部位に広がる能力を指すことがある。この用語は、細胞集団が異種移植片モデルにおいて生存および機能する能力(例えば、マウスにおけるヒト細胞の生着)を述べるためによく用いられる。造血細胞の生着は、例えば、WO2006/047569に記載のように確かめることができる。腫瘍細胞の生着は、例えば、Beckhove et al.(2003) Int. J. Caner 105:444に記載のように確かめることができる。
「抗体」という用語は、抗原に特異的に結合し、かつ抗原を認識する、免疫グロブリン遺伝子に由来するフレームワーク領域を含むポリペプチド、またはその断片(「抗体断片」)を指す。典型的には、「可変領域」は抗体の抗原結合領域(またはその機能的等価物)を含有し、結合の特異性および親和性において最も重要である。例示的な免疫グロブリン(抗体)構造単位は四量体から成り立っている。各四量体は同じ2対のポリペプチド鎖で構成され、各対には、1本の「軽」(約25kD)鎖と1本の「重」鎖(約50～70kD)がある。この用語は、免疫グロブリン全体(2本の軽鎖と2本の重鎖、例えば、四量体)、免疫グロブリンポリペプチド(1本の軽鎖または1本の重鎖)、免疫グロブリンの結合部分、例えば、キメラ抗体もしくは二重特異性抗体もしくはscFvを含むか、または蛍光部分などの別のアミノ酸配列と融合した融合タンパク質、ならびに抗体断片、例えば、Fab、F(ab')2、Fv、scFv、Fd、dAb、抗原結合活性を保持している全てのものを指すことがある。この用語は、天然型または遺伝子組換え型、例えば、ヒト化抗体、ヒト抗体、単鎖抗体、キメラ抗体、合成抗体、組換え抗体、ハイブリッド抗体、変異抗体、グラフトされた(grafted)抗体、およびインビトロで作製された抗体を含む、ヒト細胞または他の哺乳動物細胞に由来するアイソタイプクラスIgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMのポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を含むが、これに限定されない。
「アイソタイプ」とは、重鎖定常領域によって規定される抗体のクラスである。免疫グロブリン遺伝子はκ、λ、α、γ、δ、ε、およびμ定常領域遺伝子を含む。軽鎖はκまたはλのいずれかとして分類される。重鎖はγ、μ、α、δ、またはεとして分類され、そしてこれらは、アイソタイプクラスIgG、IgM、IgA、IgD、およびIgEをそれぞれ規定する。
「キメラ抗原受容体」または「CAR」という用語は、(1)標的結合ドメイン(例えば、抗体の結合部分、例えば、scFV);(2)ヒンジ領域;(3)膜貫通ドメイン(TM);ならびに(4)少なくとも1つのシグナル伝達ドメイン(例えば、CD4)を含む細胞内ドメインを含むポリペプチドを指す。
例示的な免疫グロブリン(抗体)構造単位は四量体から成り立っている。各四量体は同じ2対のポリペプチド鎖で構成され、各対には、1本の「軽」(約25kD)鎖と1本の「重」鎖(約50～70kD)がある。各鎖のN末端は、主として抗原認識を担う、約100～110またはそれより多いアミノ酸の可変領域を規定する。可変軽鎖(VL)および可変重鎖(VH)という用語は、それぞれ、軽鎖および重鎖のこれらの領域を指す。可変領域は抗体の抗原結合領域(またはその機能的等価物)を含有し、結合の特異性および親和性において最も重要である。Paul, Fundamental Immunology (2003)を参照されたい。
抗体はインタクトな免疫グロブリンとして存在してもよく、特異的な抗原結合活性を有する多数の詳細に特徴付けられた断片のうちのいずれかとして存在してもよい。理解しやすいようにするために、重鎖および軽鎖を有する四量体抗体は本明細書では「インタクトな免疫グロブリン」と呼ばれ、天然でもよく、ポリクローナルでもよく、モノクローナルでもよく、組換えにより生成されてもよい。断片は様々なペプチダーゼを用いて生成することができる。ペプシンは、ヒンジ領域にあるジスルフィド結合より下で抗体を消化して、ジスルフィド結合によって軽鎖とVH-CH1がつながっているFabの二量体であるF(ab)’ 2を生成する。F(ab)’ 2は、ヒンジ領域にあるジスルフィド結合を壊すために穏やかな条件下で還元することができ、それによってF(ab)’ 2二量体はFab’単量体に変換される。Fab’単量体は、本質的には、ヒンジ領域の一部があるFabである。インタクトな抗体の消化の点で様々な抗体断片が定義されているが、当業者は、このような断片が化学的に、または組換えDNA法を用いることで新たに合成され得ることを理解する。従って、本明細書で使用する抗体という用語はまた、抗体全体を改変することで生成された抗体断片、または組換えDNA法を用いて新たに合成されたもの、またはファージディスプレイライブラリーを用いて特定されたものも含む(例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554(1990)を参照されたい)。
本明細書で使用する「Fv」という用語は一価または二価の可変領域断片を指し、可変領域(例えば、VLおよび/またはVH)だけを含んでもよく、それより長い断片、例えば、CLおよび/またはCH1も含む、Fab、Fab’またはF(ab’)2を含んでもよい。他で特定しない限り、「Fc」という用語は、CH1領域およびCH2領域を含む重鎖単量体または二量体を指す。
単鎖Fv(scFv)とは、VLおよびVHがリンカー、例えば、ペプチドリンカーによって接続されているポリペプチドを指す。scFvはまた、タンデム(または二価)scFvまたはダイアボディを形成するのに使用することもできる。タンデムscFvおよびダイアボディの生成および特性は、例えば、Asano et al. (2011) J Biol. Chem. 286:1812; Kenanova et al. (2010) Prot Eng Design Sel 23:789; Asano et al. (2008) Prot Eng Design Sel 21:597に記載されている。
本明細書で使用する「モノクローナル抗体」とは、抗原上にある、ある特定のエピトープに対して単一の結合特異性および親和性を有する抗体のクローン調製物を指す。「ポリクローナル抗体」とは、1種類の抗原に対して産生されたが、異なる結合特異性および親和性を有する抗体の調製物を指す。
本明細書で使用する「V領域」とは、VL領域とVH領域の両方を含む抗体可変領域ドメインを指す。それぞれのVLおよびVHは、CDR3およびフレームワーク4を含めて、フレームワーク1、CDR1、フレームワーク2、CDR2、およびフレームワーク3のセグメントをさらに含む。これらのセグメントは、B細胞分化中に、それぞれの重鎖V領域遺伝子および軽鎖V領域遺伝子が再編成した結果としてVセグメントに付加される。
本明細書で使用する「可変軽鎖」および「可変重鎖」とは、それぞれ、抗体軽鎖の可変領域および抗体重鎖の可変領域を指す。
本明細書で使用する「相補性決定領域(CDR)」とは、軽鎖可変領域および重鎖可変領域によって定められる4つの「フレームワーク」領域を中断する、各鎖にある3つの超可変領域を指す。CDRは主に抗原のエピトープへの結合を担っている。それぞれの軽鎖および重鎖のCDRは、典型的には、それぞれ、CDRL1、CDRL2、CDRL3、およびCDRH1、CDRH2、CDRH3と呼ばれる。従って、CDRH3は、典型的には、抗体重鎖の可変ドメインにある3番目のCDRであるのに対して、CDRL1は軽鎖の可変ドメインにある1番目のCDR1である。
異なる軽鎖または重鎖のフレームワーク領域の配列は種内で比較的保存されている。抗体のフレームワーク領域、すなわち、構成要素である軽鎖および重鎖の組み合わされたフレームワーク領域はCDRを三次元空間内に配置し、並べるのに役立つ。
CDRおよびフレームワーク領域のアミノ酸配列は、当技術分野における様々な周知の定義、例えば、Kabat、Chothia、international ImMunoGeneTics database(IMGT)、および AbMを用いて決定することができる(例えば、Johnson et al., 前記; Chothia & Lesk, (1987) J. Mol. Biol. 196, 901-917; Chothia et al. (1989) Nature 342, 877-883; Chothia et al. (1992) J. Mol. Biol. 227, 799-817; Al-Lazikani et al., J.Mol.Biol 1997, 273(4)を参照されたい)。Kabat法を用いてCDRの位置を突き止めるのに役立つ指針は、bioinf.org.uk/absで利用可能なウェブサイトで見られる。抗原結合部位の定義もまた、以下:Ruiz et al. Nucleic Acids Res., 28, 219-221 (2000);およびLefranc Nucleic Acids Res. Jan 1;29(1):207-9 (2001); MacCallum et al., J. Mol. Biol., 262: 732-745 (1996);およびMartin et al, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86, 9268-9272 (1989); Martin, et al, Methods Enzymol., 203: 121-153, (1991); Pedersen et al, Immunomethods, 1, 126, (1992);およびRees et al, In Sternberg M.J.E. (ed.), Protein Structure Prediction. Oxford University Press, Oxford, 141-172 1996)に記載されている。一部の態様において、本開示の受容体IL1-RAP抗体のCDRは図12において特定される。
「キメラ抗体」とは、(a)抗原結合部位(可変領域、CDR、またはその一部)が異なる、または変化したクラス、エフェクター機能、および/または種の定常領域と連結されるように、定常領域またはその一部が変えられている、置換されている、または交換されている抗体、あるいは(b)可変領域またはその一部が、異なる、または変化した抗原特異性を有する可変領域(例えば、異なる種に由来するCDRおよびフレームワーク領域)を用いて変えられている、置換されている、または交換されている抗体を指す。キメラ抗体は、可変領域断片、例えば、2つのFabまたはFv領域またはscFvを含む組換え抗体を含んでもよい。キメラはまた、上記で示されたように、取り付けられたFv領域とは異なる供給源に由来するFc領域を含んでもよい。場合によっては、キメラ抗体はFv領域内にキメリズムを含む。このようなキメラ抗体の一例は、FvおよびCDRが異なる供給源に由来するヒト化抗体であろう。
ヒト化抗体は、非ヒト抗体のVH領域およびVL領域から得られた抗原結合ループ、すなわち、CDRがヒトフレームワーク配列とつながっている抗体である。ヒト化、すなわち、ヒト抗体の対応する配列から非ヒトCDR配列への置換は、例えば、米国特許第5,545,806号;同第5,569,825号;同第5,633,425号;同第5,661,016号; Riechmann et al., Nature 332:323-327 (1988); Marks et al., Bio/Technology 10:779-783 (1992); Morrison, Nature 368:812-13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14:845-51(1996)に記載の方法に従って行うことができる。米国特許第6,673,986号に開示されるように、ヒト化またはヒト抗体を発現させるために、トランスジェニックマウス、または他の哺乳動物などの他の生物も用いられることがある。
本明細書で使用する「パーセント(％)同一性」という用語は、配列をアラインメントし、必要であれば、最大パーセント同一性を実現するためにギャップを導入した後に(すなわち、最適アラインメントのためにギャップを候補配列および参照配列の一方または両方に導入することができ、比較目的で非相同配列を無視することができる)、参照配列のアミノ酸(または核酸)残基と同一の、候補配列、例えば、本発明の単離された抗IL1-RAP抗体のアミノ酸(または核酸)残基のパーセントを指す。パーセント同一性を求めるために、BLAST2.0ソフトウェアと標準設定を用いてアラインメントを行うことができる。アラインメントは、比較されている配列の完全長にわたって最大アラインメントに達するように行うことができる。一部の態様において、ある特定の参照配列に対する、ある特定の参照配列との、またはある特定の参照配列と比べた、ある特定の候補配列のパーセントアミノ酸(または核酸)配列同一性(代わりに、ある特定の参照配列に対して、ある特定の参照配列と、またはある特定の参照配列と比べて、ある特定のパーセントアミノ酸(または核酸)配列同一性を有するか、または含む、ある特定の候補配列と言い表すことができる)は、以下:
100x(A/Bの比)
の通りに計算することができる。式中、Aは、候補配列および参照配列のアラインメントにおいて同一であるとスコア付けされたアミノ酸(または核酸)残基の数であり、Bは、参照配列中のアミノ酸(または核酸)残基の総数である。一部の態様において、候補配列の長さが参照配列の長さと等しくない場合、参照配列に対する候補配列のパーセントアミノ酸(または核酸)配列同一性は、候補配列に対する参照配列のパーセントアミノ酸(または核酸)配列同一性と等しくない。
特定の態様において、候補配列との比較のためにアラインメントされた参照配列から、候補配列が候補配列の完全長にわたって、または候補配列の連続するアミノ酸(または核酸)残基の選択された部分にわたって50％～100％の同一性を示すことが分かることがある。比較のためにアラインメントされた候補配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも30％、例えば、少なくとも40％、例えば、少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、または100％である。候補配列中の位置が、参照配列中の対応する位置と同じアミノ酸(または核酸)残基によって占められる場合、この分子は、その位置において同一である。
「抗原」、「免疫原」、「抗体標的」、「標的分析物」という用語、および同様の用語は、本明細書では、抗体が認識する、すなわち、抗体が特異的に結合することができる分子、化合物、または複合体を指すために用いられる。この用語は、抗体が特異的に認識することができる任意の分子、例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、炭水化物、脂質、化学部分、またはその組み合わせ(例えば、リン酸化またはグリコシル化されたポリペプチドなど)を指すことがある。当業者は、この用語が、上記の分子が、あらゆる状況で免疫原性があることを示しておらず、単に、抗体の標的としうることを示していると理解する。
抗体は、抗原上にある「エピトープ」に結合する。エピトープは、抗体によって認識および結合される、抗原上にある局部的な部位である。エピトープは、いくつかのアミノ酸、またはいくつかのアミノ酸の一部、例えば、5個もしくは6個、またはそれより多いアミノ酸、例えば、20個以上のアミノ酸、またはこれらのアミノ酸の一部を含んでもよい。場合によっては、エピトープは非タンパク質成分、例えば、炭水化物、核酸、または脂質に由来する非タンパク質成分を含む。場合によっては、エピトープは三次元部分である。従って、例えば、標的がタンパク質である場合、エピトープは連続するアミノ酸で構成されてもよく、タンパク質フォールディングによって近接されるタンパク質の異なる部分に由来するアミノ酸で構成されてもよい(例えば、不連続なエピトープ)。同じことが、三次元構造を形成する他のタイプの標的分子にも当てはまる。
「特異的な」、「特異的に結合する」という用語、および同様の用語は、非標的化合物よりも少なくとも2倍大きな親和性で、例えば、少なくとも、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、25倍、50倍、または100倍大きな親和性のいずれかで標的に結合する分子(例えば、抗体または抗体断片)を指す。例えば、一次抗体標的に特異的に結合する抗体は、典型的には、非一次抗体標的標的(例えば、異なる種に由来する抗体、または異なるアイソタイプの抗体、または非抗体標的)よりも少なくとも2倍大きな親和性で一次抗体に結合する。例えば、IL1-RAPの受容体型に特異的に結合する抗体は、典型的には、非標的分子(例えば、IL1-RAPの可溶型、IL1-RAPに関連するタンパク質、または他のタンパク質)より少なくとも2倍大きな親和性でIL1-RAPの受容体型に結合する。
本明細書で使用する、抗体は、10-6Mよりも大きなKDで標的に結合する場合、標的に「実質的に結合」しない。
細胞タイプに関して「結合する」という用語(例えば、リンパ腫細胞に結合する抗体)は、典型的には、作用物質が、その細胞の純粋な集団内にある大部分の細胞に結合することを示す。例えば、ある特定の細胞タイプに結合する抗体は十分に高い濃度であれば、典型的には、示された細胞の集団にある細胞の少なくとも2/3(例えば、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、または100％)に結合する。場合によっては、受容体-IL1-RAP特異的結合は、抗体と、膜結合性IL1-RAPを発現する細胞との結合を、抗体と、膜結合性IL1-RAPを発現しない細胞との結合(またはその欠如)を比較することによってアッセイすることができる。当業者は、結合を確かめる方法および/または閾値に応じて、いくらかのばらつきが生じることを認める。
抗体標的(例えば、抗原、分析物、免疫複合体)に関して「捕捉する」という用語は、典型的には、抗体が、純粋な集団にある抗体標的の大部分に結合することを示す(適切なモル比と仮定する)。例えば、ある特定の抗体標的に結合する抗体は、典型的には、溶液中の抗体標的の少なくとも2/3(例えば、少なくとも、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、または100％のいずれか)に結合する。当業者は、結合を確かめる方法および/または閾値に応じて、いくらかのばらつきが生じることを認める。
抗体に関して「架橋された」という用語は、抗体が固体もしくは半固体のマトリックス(例えば、セファロース、ビーズ、培養プレート)または別のタンパク質もしくは抗体に取り付けられていることを指す。例えば、抗体は、複数の(2つより多い)抗原結合部位との抗体複合体を作り出すように多量体化することができる。抗体は、高結合価(high-valency)アイソタイプ(例えば、通常、2つの抗体の複合体を形成するIgA、または通常、5つの抗体の複合体を形成するIgM)として抗体を発現することによって多量体化することができる。抗体多量体化はまた、タンパク質を連結することができる反応基(例えば、カルボジイミド、NHSエステルなど)を含むクロスリンカーを用いることによって行うこともできる。抗体をマトリックスに架橋結合するための方法および組成物は、例えば、AbcamおよびNew England Biolabのカタログおよびウェブサイト(abcam.comおよび neb.comで利用可能)に記載されている。様々な反応基を有するクロスリンカー化合物は、例えば、Thermo Fisher Scientificのカタログおよびウェブサイト(piercenet.comで利用可能)に記載されている。
本明細書で使用する、第1の抗体の非存在下での第2の抗体の結合と比較して、第1の抗体の存在下での第2の抗体と標的との結合が検出可能に減少した時に、第1の抗体またはその抗原結合部分は、標的と第2の抗体またはその抗原結合部分との結合において「競合する」。また、第2の抗体の存在下で第1の抗体と標的との結合が検出可能に減少する、もう一つの場合が該当することがあるが、そうである必要はない。すなわち、第1の抗体が第2の抗体と標的との結合を阻害することなく、第2の抗体は、第1の抗体と標的との結合を阻害することができる。しかしながら、各抗体が他の抗体とそのコグネイトエピトープまたはリガンドとの結合を、同じ程度であっても、それより大きな程度であっても、それより小さな程度であっても、検出可能に阻害する場合、それぞれのエピトープの結合において互いに「交差競合する(cross-compete)」と言われる。競合抗体と交差競合抗体は両方とも本発明に含まれる。「コンペティター(competitor)」抗体という用語は、当業者によって確かめることができるように第1の抗体または第2の抗体に適用することができる。場合によっては、例えば、第2の抗体と標的との結合が第1の(コンペティター)抗体の存在下では検出不可能になるように、コンペティター抗体(例えば、第1の抗体)が存在すると、第2の抗体と標的との結合が少なくとも10％、例えば、少なくとも20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％のいずれか、またはそれより大きく低下する。
「標識」、「検出可能な部分」という用語、および同様の用語は、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、化学的手段、または他の物理的手段によって検出可能な組成物を指す。例えば、有用な標識には、蛍光色素、発光剤、放射性同位体(例えば、32P、3H)、高電子密度試薬、酵素(例えば、ELISAにおいて一般的に用いられるような酵素)、ビオチン、ジゴキシゲニン、または検出可能にすることができる、例えば、放射標識を、標的分析物と特異的に反応するペプチドもしくは抗体に組み込むことによって検出可能にすることができる、ハプテンおよびタンパク質または他の実体が含まれる。抗体を標識にコンジュゲートするための当技術分野において公知の任意の方法を、例えば、Hermanson, Bioconjugate Techniques 1996, Academic Press, Inc., San Diegoに記載の方法を用いて使用することができる。「タグ」という用語は「標識」という用語と同義に使用することができるが、一般的に、親和性に基づく部分、例えば、精製の場合は「Hisタグ」、またはビオチンと相互作用する「ストレプトアビジンタグ」を指す。
「標識された」分子(例えば、核酸、タンパク質、または抗体)とは、この分子と結合した標識の存在を検出することによって、この分子の存在が検出できるように、リンカーまたは化学結合を介して標識と共有結合された分子、またはイオン結合、ファン・デル・ワールス結合、静電結合、もしくは水素結合を介して標識と非共有結合された分子である。
「異なって発現された」または「異なって調節された」という用語は、一般的に、少なくとも1つの他の試料と比較して、ある試料において過剰発現された(アップレギュレートされた)、または過小発現された(ダウンレギュレートされた)タンパク質または核酸バイオマーカーを指す。本開示の文脈の中で、この用語は、一般的に、非疾患組織に存在するような可溶性IL-1RAPとは対照的な、がん細胞(例えば、AML細胞またはAML CSC)の表面での受容体IL1-RAPの過剰発現を指す。
例えば、「過剰発現された」または「アップレギュレートされた」という用語は、対照レベルよりも検出可能に大きなレベルで転写または翻訳されたタンパク質または核酸、一般的に、バイオマーカーを区別なく指す。この用語は、転写、転写後プロセシング、翻訳、翻訳後プロセシング、細胞局在化(例えば、細胞小器官、細胞質、核、細胞表面)、ならびにRNAおよびタンパク質安定性による過剰発現を含む。過剰発現は、mRNA(すなわち、RT-PCR、ハイブリダイゼーション)でもタンパク質(すなわち、フローサイトメトリー、画像化、ELISA、免疫組織化学的技法)でも、バイオマーカーを検出するための従来技法を用いて検出することができる。過剰発現は、正常細胞と比較して少なくとも10％多い、20％多い、30％多い、40％多い、50％多い、60％多い、70％多い、80％多い、90％多い、のいずれでもよい。
「アゴニスト」、「アクチベーター」、「誘導物質」という用語、および同様の用語は、対照と比較して活性または発現を増加させる分子を指す。アゴニストとは、例えば、標的に結合するか、標的を刺激するか、標的を増加させるか、標的を活性化するか、標的の活性化を高めるか、標的の感度を高めるか、または標的の活性をアップレギュレートする薬剤である。発現または活性は、対照の発現または活性よりも、少なくとも10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％のいずれか、またはそれより多く増加してもよい。場合によっては、活性化は、対照と比較して1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍のいずれか、またはそれより大きい。
「阻害剤」、「リプレッサー」または「アンタゴニスト」、または「ダウンレギュレーター」という用語は、対照と比較して検出可能に低い発現または活性レベルをもたらす物質を区別なく指す。阻害された発現または活性は、対照における発現または活性より10％少ない、20％少ない、30％少ない、40％少ない、50％少ない、60％少ない、70％少ない、80％少ない、90％少ない、のいずれでもよい。場合によっては、阻害は、対照と比較して1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍のいずれか、またはそれより大きい。
「対照」試料または値は、試験試料と比較するための基準、通常、既知の基準として役立つ試料を指す。例えば、試験試料を、試験条件から、例えば、試験化合物の存在下で採取し、既知の条件からの試料、例えば、試験化合物の存在下の試料(負の対照)、または既知の化合物の存在下の試料(正の対照)と比較することができる。本開示の文脈の中では、負の対照の一例は、既知の健常な(非がん)個体からの生物学的試料になり、正の対照の一例は、既知のAML患者からの生物学的試料になるだろう。対照はまた、多数の試験または結果から作成した平均値または範囲でもよい。当業者は、任意の数のパラメータを評価するために対照を設計できることを認める。例えば、薬理学的データ(例えば、半減期)に基づいて治療利益を比較するために、または治療尺度を比較するために(例えば、利益および/もしくは副作用の比較)、対照を考案することができる。インビトロ用途のために対照を設計することができる。当業者は、どの対照が、ある特定の状況で役立つかを理解し、対照値との比較に基づいてデータを分析することができる。対照はまた、データの有意性を確かめるのにも役立つ。例えば、ある特定のパラメータの値が対照において大きく異なる場合、試験試料のばらつきは有意だとみなされない。
「診断」という用語は、対象にがんなどの障害がある相対的な確率を指す。同様に、「予後」という用語は、対象において、ある特定の将来のアウトカムが起こり得る相対的な確率を指す。例えば、本開示の文脈の中では、予後は、個体ががんを発症するか、再発するか、治癒する確率を指すか、または疾患のありそうな重篤度(例えば、症状の重篤度、機能低下の速度、生存など)を指すことがある。これらの用語は、医療診断の当業者により理解されるように絶対的なものだと意図されない。
本明細書で使用する「生検」または「患者に由来する生物学的試料」とは、IL1-RAP関連障害を有する患者、またはIL1-RAP関連障害を有すると疑われる患者から得られた試料を指す。試料はまた、血液試料または血液画分、例えば、白血球画分、血清、または血漿でもよい。一部の態様において、試料は、組織生検材料、例えば、針生検材料、細針生検材料、外科生検材料などでもよい。試料は、病変部または疑わしい病変部がある組織試料を含んでもよいが、生物学的試料はまた、別の部位、例えば、疑わしい転移の部位、リンパ節から、または血液から得られてもよい。場合によっては、生物学的試料はまた、病変部または疑わしい病変部に隣接する領域に由来してもよい。
「生物学的試料」は、患者、例えば、生検材料から得られてもよく、動物、例えば、動物モデルから得られてもよく、培養細胞、例えば、細胞株、または観察のために患者から取り出し、培養状態で増殖した細胞から得られてもよい。生物学的試料には、組織および体液、例えば、血液、血液画分、リンパ液、唾液、尿、糞便などが含まれる。
「療法」、「処置」、および「寛解」という用語は、症状の重篤度の任意の低減を指す。がん(例えば、AML)を処置する場合、処置とは、例えば、腫瘍サイズ、がん細胞数、成長速度、転移活動の低減、非がん細胞の細胞死の低減、悪心および他の化学療法または放射線療法副作用の低減などを指すことがある。「処置する」および「予防する」という用語は絶対的な用語だと意図されない。処置および予防は、発症の任意の遅延、症状の寛解、患者生存の改善、生存期間または生存率の増加などを指すことがある。処置および予防は完全な処置および予防でもよく(新生細胞の検出不可能なレベル)、本発明無しで行ったものより少ない新生細胞が患者に見出されるような部分的な処置および予防でもよい。処置の効果は、処置を受けていない個体または個体のプールと比較されてもよく、処置前の、または処置中の異なる時間の同じ患者と比較されてもよい。一部の局面において、疾患の重篤度は、例えば、投与前の個体と比較した時に、または処置を受けていない対照個体と比較した時に少なくとも10％低減している。一部の局面において、疾患の重篤度は少なくとも25％、50％、75％、80％、または90％低減しており、または場合によっては、標準的な診断技法を用いて、もはや検出することができない。
「有効量」、「有効用量」、「治療的有効量」などという用語は、前記のように障害を寛解するのに十分な治療剤の量を指す。例えば、ある特定のパラメータについて、治療的有効量は、治療効果の、少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、40％、50％、60％、75％、80％、90％のいずれか、または少なくとも100％の増加または減少を示す。治療効力はまた「倍」の増加または減少とも表すことができる。例えば、治療的有効量は、対照よりも、少なくとも、1.2倍、1.5倍、2倍、5倍、またはそれよりも大きな効果のいずれかを有することができる。
本明細書で使用する「阻害する」または「阻害」、例えば、細胞の成長、増殖、代謝活性、生存率、生存、または分裂などの特徴の阻害は、対照と比べた特徴の減少を指す。場合によっては、本発明の化合物は、前述した特徴の1つを阻害してもよい。例えば、本明細書に記載の抗体で処理された細胞は、未処理細胞と比較して前述した特徴の1つにおいて、約1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97.5％、99％、99.5％、99.9％、またはそれより多い減少を示してもよい。場合によっては、本発明の化合物で処理された細胞は、対照(例えば、処理)細胞の約1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97.5％、99％、99.5％、99.9％より少ない成長、増殖、代謝活性、生存率、生存、または分裂を示してもよい。
IL1-RAP活性の「阻害剤」とは、IL1-RAP活性のインビトロアッセイおよびインビボアッセイを用いて特定された阻害分子、例えば、アンタゴニストならびにそのホモログおよびミメティックを指す。阻害剤は、例えば、IL1-RAPに結合してもよく、IL1-RAP活性を不活化してもよい。阻害剤には、天然アンタゴニストおよび合成アンタゴニスト(例えば、アンタゴニストとして機能する、小さな化学分子、抗体など)が含まれる。阻害剤を対象にした、このようなアッセイは、例えば、本明細書に記載のように、推定の阻害剤化合物をIL1-RAP発現細胞に適用し、次いで、細胞との結合を確かめるか、IL1-RAPの機能活性を測定することを含む。IL1-RAPの機能活性は細胞増殖または細胞生存を含んでもよい。潜在的な阻害剤を用いて処理されるIL1-RAP発現細胞は、作用の程度を調べるために、阻害剤を含まない対照試料と比較される。対照細胞(未処理)には100％のIL1-RAP活性相対値が割り当てられる。
対照と比べたIL1-RAP活性値が約80％、または70％、任意で50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％であるか、またはそれより少ない時に、IL1-RAPの阻害は成し遂げられる。IL1-RAPを阻害すると、細胞増殖を減少するか、または細胞生存を減少することができる。他の場合において、阻害は、IL1-RAPとリガンドまたは別のタンパク質、例えば、IL1R1、TOLLIP、MYD88、IRAK1、もしくはIRAK2との結合または会合の減少によって検出することができる。さらに他の場合において、阻害は、NF-κ-Bのインターロイキン-1依存性活性化の減少によって検出することができる。阻害はまた、AML細胞のクローン形成能の減少または生存の減少でも検出することができる。一態様において、IL1-RAP活性は実施例6に示したように確かめることができる。
本明細書で使用する「薬学的に許容される」という用語は、製剤の他の成分と適合し、そのレシピエントにとって有害でない担体を指す。この用語は「生理学的に許容される」および「薬理学的に許容される」と同義に用いられる。薬学的組成物は、一般的に、緩衝化するための薬剤および保管庫で保存するための薬剤を含み、投与経路に応じて、適切な送達のための緩衝液および担体を含むことがある。
「用量」および「投与量」という用語は本明細書において区別なく用いられる。用量とは、投与ごとに個体に与えられる活性成分の量を指す。本発明の場合、用量は、抗体または関連する成分の濃度、例えば、治療剤の量または放射標識の線量を指すことがある。用量は、投与の頻度;個体のサイズおよび耐性;状態の重篤度;副作用のリスク;投与経路;および検出可能な部分(存在する場合)の画像化手法を含む多数の要因により異なる。当業者は、用量は上記の要因に応じて、または治療プロセスに基づいて変更できることを認める。「剤形」という用語は、薬の特定の形式を指し、投与経路によって決まる。例えば、剤形は、液体、例えば、注射用食塩水に溶解した状態でもよい。
「対象」、「患者」、「個体」、および同様の用語は区別なく用いられ、示されている場合を除いて、哺乳動物、例えば、ヒトおよび非ヒト霊長類、ならびにウサギ、ラット、マウス、ヤギ、ブタ、および他の哺乳動物種を指す。この用語は、必ず、対象が特定の疾患と診断されていることを示すとは限らず、典型的には、医学的監視下にある個体を指す。患者は、既存の治療レジメンなどの処置、モニタリング、調整、または変更を求めている個体でもよい。「がん患者」または「AML患者」とは、がんと診断された個体、現在、治療レジメンに従っている個体、または再発のリスクがある個体、例えば、腫瘍を除去する外科手術後の個体を指すことがある。一部の態様において、がん患者はがんと診断されており、療法の候補である。がん患者は、処置を受けたことがない個体、現在、処置を受けている個体、外科手術を受けたことがある個体、および処置を中断している個体を含んでもよい。
がんを処置するという文脈の中で、処置を必要とする対象は、がんまたは前がん状態を有する個体、がんにかかったことがあり、再発のリスクがある個体、がんがあると疑われる個体、放射線療法または化学療法などのがんの標準的な治療を受けている個体などを指すことがある。
「がん」、「腫瘍」、「形質転換された」、および同様の用語は、前がん細胞、新生細胞、形質転換細胞、およびがん細胞を含み、固形腫瘍または非固形がんを指すことがある(例えば、Edge et al. AJCC Cancer Staging Manual(7th ed. 2009); Cibas and Ducatman Cytology: Diagnostic principles and clinical correlates(3rd ed. 2009)を参照されたい)。がんには良性新生物と悪性新生物(異常な成長)の両方が含まれる。「形質転換」とは、自然発生的な、または誘導された表現型変化、例えば、細胞の不死化、形態学的変化、異常な細胞増殖、接触阻止および足場(anchorage)の低下、ならびに/または悪性腫瘍を指す(Freshney, Culture of Animal Cells a Manual of Basic Technique(3rd ed. 1994)を参照されたい)。形質転換は、形質転換ウイルスに感染し、新たなゲノムDNAを組み込むことに起因するか、または外因性DNAを取り込むことに起因することがあるが、これは自然発生的に、または発がん物質への曝露後にも生じることがある。
「がん」という用語は、白血病、癌腫、肉腫、腺がん、リンパ腫、固形がん、およびリンパがんなどを指すことがある。異なるタイプのがんの例には、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、小細胞リンパ腫、大細胞リンパ腫、単球性白血病、骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、多発性骨髄腫、肺がん(例えば、非小細胞肺がんすなわちNSCLC)、卵巣がん、前立腺がん、結腸直腸がん、肝臓がん(すなわち、肝細胞がん)、腎臓がん(すなわち、腎細胞がん)、膀胱がん、乳がん、甲状腺がん、胸膜がん、膵臓がん、子宮がん、子宮頚がん、精巣がん、肛門がん、膵臓がん、胆管がん、胃腸カルチノイド腫瘍、食道がん、胆嚢がん、虫垂がん、小腸がん、胃(stomach)(胃(gastric))がん、中枢神経系のがん、皮膚がん、絨毛がん;頭頚部がん、骨原性肉腫、線維肉腫、神経芽細胞腫、神経膠腫、および黒色腫が含まれるが、これに限定されない。
「がん標的」または「がんマーカー」とは、がんにおいて、例えば、がん細胞の表面で、またはがん環境において異なって発現または処理される分子である。例示的ながん標的は、細胞表面タンパク質、例えば、受容体IL1-RAP(例えば、細胞接着分子および受容体も)、細胞内受容体、ホルモン、ならびに細胞によってがん環境に分泌されるプロテアーゼなどの分子である。具体的ながんのマーカー、例えば、AMLについてはCD45、AML CSCについてはCD34+CD38-、結腸がんおよび結腸直腸がんの表面でのMUC1発現、肺がんにおけるボンベシン受容体、および前立腺がんの表面での前立腺特異的膜抗原(PSMA)は当技術分野において公知である。
一部の態様において、がん標的は、ある特定のタイプのがん細胞、例えば、AML、白血病、骨髄腫、リンパ腫、非小細胞肺がん細胞、前立腺がん、結腸直腸がん、乳がん、または卵巣がんと関連付けることができる。細胞タイプに特異的な標的は、典型的には、その細胞タイプにおいて参照細胞集団よりも少なくとも2倍大きなレベルで発現している。一部の態様において、細胞タイプ特異的マーカーは、少なくとも、参照集団における平均発現よりも3倍高い、4倍高い、5倍高い、6倍高い、7倍高い、8倍高い、9倍高い、10倍高い、20倍高い、50倍高い、100倍高い、または1000倍高い、のいずれかのレベルで存在する。従って、標的を検出または測定して、前記の細胞タイプまたは関心対象のタイプを他の細胞と区別することができる。例えば、AMLがん標的には、CLL-1、IL1-RAP、GPR114、Ly86、LILRA1、およびCD180が含まれる。
がん幹細胞(CSC)は、がんの塊を構成する細胞を生じることができる、腫瘍または血液がんにおいて見出される細胞である。CSCはまた、正常(非がん)幹細胞に似た自己複製性もある。従って、CSCは、個体の非腫瘍組織に遊走し、「新たな」腫瘍を開始することによって転移を媒介することができる。CSCは、がんが検出された段階に応じて、任意のがんのごくわずかなパーセントを構成する。例えば、AML細胞試料中にあるCSCの平均頻度は約1:10,000だと考えられる。造血CSCは、正常造血幹細胞(HSC)に似たCD34+として特定することができる。他のCSC関連マーカーには、CD44(乳房)、CD133(膠細胞がん)、ならびにNotch(例えば、骨髄腫および神経芽細胞腫)が含まれる。
「炎症状態」とは、個体における任意の炎症を指し、(例えば、病原体またはアレルゲンへの曝露に応答して)一過的でもよく、慢性的でもよい。炎症は、マクロファージおよび他の白血球を動員および活性化する、炎症性サイトカイン、例えば、IFN-γ、IL-6、およびTNF-αによって特徴付けられる。場合によっては、炎症は慢性の有害な状態または自己免疫状態(例えば、MS、狼瘡、慢性関節リウマチ、クローン病)に発達することがある。炎症は局所的に(例えば、感染または曝露の局所的な部位で)はっきり表われてもよく、全身にはっきり表われてもよい(例えば、アテローム性動脈硬化症、高血圧)。
「内部移行する」、「内部移行」、「エンドサイトーシスする」、「エンドサイトーシス」、「貪食する」という用語、および同様の用語は、細胞によって、例えば、抗体(または受容体)を介したエンドサイトーシスまたはファゴサイトーシスによって物質が取り込まれることを指す。
「核酸」という用語は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、および一本鎖または二本鎖の形をしたその重合体、ならびにその相補鎖を指す。「ポリヌクレオチド」という用語はヌクレオチドの直鎖配列を指す。「ヌクレオチド」という用語は、典型的には、ポリヌクレオチドの1つの単位、すなわち、単量体を指す。ヌクレオチドは天然のリボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドでもよく、その合成バージョンまたは改変されたバージョンでもよい。本明細書において検討されるポリヌクレオチドの例には、一本鎖DNAおよび二本鎖DNA、一本鎖RNAおよび二本鎖RNA(siRNAを含む)、ならびに一本鎖および二本鎖のDNAおよびRNAの混合物を有するハイブリッド分子が含まれる。
「相補的な」または「相補性」という単語は、ポリヌクレオチドにある核酸が、第2のポリヌクレオチドにある別の核酸と塩基対を形成する能力を指す。例えば、配列A-G-Tは配列T-C-Aに相補的である。相補性は、塩基対合に従って核酸の一部しか一致しない部分的相補性でもよく、核酸が全て塩基対合に従って一致する完全相補性でもよい。
核酸ハイブリダイゼーション法を使用する、DNAおよびRNAを特異的に測定する様々な方法が当業者に公知である(Sambrook、同上を参照されたい)。一部の方法は電気泳動分離(例えば、DNAの検出にはサザンブロット、RNAの検出にはノザンブロット)を伴うが、DNAおよびRNAの測定は電気泳動分離なしで行うこともできる(例えば、定量PCR、ドットブロット、またはアレイ)。
「タンパク質」、「ペプチド」、および「ポリペプチド」という単語は、アミノ酸重合体、または2つ以上の相互作用するアミノ酸重合体もしくは結合されたアミノ酸重合体のセットを指すために区別なく用いられる。これらの用語は、1つまたは複数のアミノ酸残基が、天然に存在する対応するアミノ酸の人工化学ミメティックであるアミノ酸重合体、ならびに天然に存在するアミノ酸重合体、改変された残基を含有するアミノ酸重合体、および天然に存在しないアミノ酸重合体に適用される。
「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸、修飾アミノ酸または合成アミノ酸、ならびに天然アミノ酸と同じように機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸ミメティックを指す。天然アミノ酸とは、遺伝暗号によってコードされるアミノ酸である。修飾アミノ酸には、例えば、ヒドロキシプロリン、γ-カルボキシグルタミン酸、およびO-ホスホセリンが含まれる。アミノ酸類似体とは、天然アミノ酸と同じ基本化学構造、例えば、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびR基に結合しているα炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。このような類似体は、改変されたR基(例えば、ノルロイシン)または改変されたペプチドバックボーンを有してもよいが、天然アミノ酸と同じ基本化学構造を保持している。アミノ酸ミメティックとは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然アミノ酸と同じように機能する化合物を指す。
アミノ酸は、IUPAC-IUB生化学命名委員会(Biochemical Nomenclature Commission)により勧告された、一般に知られている三文字記号または一文字記号によって本明細書において言及されることがある。同様に、ヌクレオチドは、一般に受け入れられている一文字暗号によって言及されることがある。
「保存的に改変された変種」はアミノ酸配列と核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に改変された変種とは、同一のもしくは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸、または核酸がアミノ酸配列をコードしない場合、本質的に同一のもしくは関連する配列、例えば、天然に連続する配列を指す。遺伝暗号の縮重のために、多数の機能的に同一の核酸が、ほとんどのタンパク質をコードする。例えば、コドンGCA、GCC、GCG、およびGCUは全てアミノ酸アラニンをコードする。従って、あるコドンによってアラニンが指定される全ての位置において、コードされるポリペプチドが変化することなく、そのコドンを、記載の対応するコドンのうちの別のコドンに変えることができる。このような核酸バリエーションは、保存的に改変されたバリエーションの一種である「サイレントバリエーション」である。ポリペプチドをコードする本明細書の全ての核酸配列が核酸のサイレントバリエーションも示す。当業者は、ある特定の状況において、機能的に同一の分子を生じるように、(メチオニンの通常、一つしかないコドンであるAUG、およびトリプトファンの通常、一つしかないコドンであるTGGを除く)核酸中のそれぞれのコドンを改変できることを認める。従って、ポリペプチドをコードする核酸のサイレントバリエーションが、発現産物に関する記載の配列に含まれるが、実際のプローブ配列に関する記載の配列には含まれない。
アミノ酸配列に関して、当業者は、コードされている配列において1個のアミノ酸またはごくわずかな割合のアミノ酸を変えるか、付加するか、または欠失させる、核酸配列、ペプチド配列、ポリペプチド配列、またはタンパク質配列への個々の置換、欠失、または付加が、変化によってアミノ酸が化学的に類似するアミノ酸に置換された「保存的に改変された変種」だと認める。機能が類似するアミノ酸を示す保存的置換表は当技術分野において周知である。このような保存的に改変された変種は本発明の多型変種、種間ホモログ、および対立遺伝子に加わるものであり、これらを排除しない。以下のアミノ酸:1)アラニン(A)、グリシン(G);2)アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E);3)アスパラギン(N)、グルタミン(Q);4)アルギニン(R)、リジン(K);5)イソロイシン(I)、ロイシン(L)、メチオニン(M)、バリン(V);6)フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)、トリプトファン(W);7)セリン(S)、スレオニン(T);および8)システイン(C)、メチオニン(M)は、通常、互いの保存的置換である(例えば、Creighton,Proteins(1984)を参照されたい)。
「同一の」または「パーセント同一性」という用語は、2つ以上の核酸または2つ以上のポリペプチドの文脈では、BLASTまたはBLAST2.0配列比較アルゴリズムとデフォルトパラメータを用いて測定された時に、または手操作によるアラインメントおよび目視検査によって測定された時に同じであるか、または特定のパーセントの同じヌクレオチドもしくはアミノ酸を有する2つ以上の配列または部分配列(すなわち、比較ウィンドウまたは指示された領域にわたって最大一致(maximum correspondence)を得るように比較およびアラインメントされた時に、指定された領域にわたって約60％の同一性、例えば、少なくとも、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％のいずれかの同一性、またはそれより高い同一性)を指す。例えば、ncbi.nlm.nih.gov/BLASTにあるNCBIウェブサイトを参照されたい。次いで、このような配列は「実質的に同一」だと言われる。パーセント同一性は、典型的には、上記の定義が、欠失および/または付加を有する配列ならびに置換を有する配列にあてはまるように、最適にアラインメントされた配列にわたって決定される。当技術分野において一般的に用いられるアルゴリズムはギャップなどの原因となる。典型的には、同一性は、抗体エピトープを含む領域、または長さが少なくとも約25アミノ酸もしくはヌクレオチドの配列にわたって、または長さが50～100アミノ酸もしくはヌクレオチドの領域にわたって、または参照配列の全長にわたって存在する。
「組換え」という用語は、例えば、細胞、または核酸、タンパク質、またはベクターに関して用いられる時、細胞、核酸、タンパク質、またはベクターが、異種の核酸もしくはタンパク質の導入またはネイティブな核酸もしくはタンパク質の変化によって改変されていること、あるいは細胞が、このように改変された細胞に由来することを示す。従って、例えば、組換え細胞は、ネイティブな(非組換え)型の細胞内に見出されない遺伝子を発現するか、または別の方法で異常発現された、過小発現された、または全く発現されないネイティブな遺伝子を発現する。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドに関して「異種」という用語は、そのポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然で互いに対して同じ関係にあると見出されない2つ以上の部分配列を含むことを示す。例えば、異種ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、典型的には、無関係の遺伝子に由来する2つ以上の配列、例えば、ある供給源に由来するプロモーターと別の供給源に由来するコード領域が新たな機能単位を作るように並べられて組換えにより産生される。同様に、異種タンパク質とは、このタンパク質が、天然で互いに対して同じ関係にあると見出されない2つ以上の部分配列を含むことを示している(例えば、融合タンパク質)。
III.IL1-RAP関連障害
IL1-RAP障害は、本明細書に記載の抗体を用いて処置、予防、寛解、または軽減することができる。IL1-RAP関連障害には、本明細書に記載のような、高いIL1-RAP発現に関連するがんおよび低いIL1-RAP発現に関連する炎症性障害が含まれる。本発明の抗体は、これらの障害の診断およびモニタリング、ならびに標的療法、例えば、他の細胞への送達を回避または低減しながら、抗体または化学療法(または細胞傷害)剤にコンジュゲートされた抗体をIL1-RAP発現細胞、例えば、がん細胞に特異的に送達するための標的療法に使用することができる。場合によっては、標的療法は、IL1-RAP発現細胞を、本明細書に記載の抗体と接触させる工程を含んでもよい。
IL1-RAP発現は、骨髄腫および他の造血細胞がん、ならびに癌腫(例えば、結腸、卵巣、肝臓、前立腺、子宮、乳房、および腎臓の癌腫)に関連する。従って、受容体IL1-RAP特異的抗体を用いて標的とすることができるがんの例には、造血細胞がん(例えば、B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群(前白血病)、白血病、および骨髄腫(例えば、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、多発性骨髄腫、形質細胞腫))が含まれる。本開示の抗体を用いて標的とすることができる、さらなるIL1-RAP発現がんには、結腸がん、卵巣がん、前立腺がん、乳がん、腎臓がん、肝臓がん、および子宮がんが含まれるが、これに限定されない。骨髄異形成症候群(MDS)も受容体IL1-RAP特異的抗体を用いて標的とすることができる。
場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体によって処置され得るIL1-RAP関連障害には、関節、骨、および筋肉の疾患、例えば、慢性関節リウマチ、強直性脊椎炎、手のびらん性変形性関節症、再発性多発性骨髄炎、外傷性膝損傷、および再発性多発性軟骨炎が含まれる。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体によって処置され得るIL1-RAP関連障害には、遺伝性全身性自己炎症性疾患、例えば、家族性地中海熱、クリオピリン関連周期性症候群、TNF受容体関連周期性症候群、高IgD症候群、周期熱、アフタ性口内炎、咽頭炎および腺炎、ならびにIL-1受容体アンタゴニストの欠損が含まれる。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体によって処置され得るIL1-RAP関連障害には、全身性炎症性疾患、例えば、全身性若年性特発性関節炎、成人発症型スチル病、シュニッツラー症候群、ベーチェット病、SAPHO(synovitis acne pustulosis hyperostosis osteitis)症候群、およびマクロファージ活性化症候群が含まれる。場合によっては、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体によって処置され得るIL1-RAP関連障害には、よくある炎症性疾患、例えば、痛風、偽痛風、2型糖尿病、化膿性汗腺炎、収縮期心不全、心臓リモデリング、ドライアイ症候群、膿疱性乾癬、および好中球性皮膚症が含まれる。IL1-RAP関連障害のさらなる例には、Dinarello et al. Nature Reviews Drug Discovery, Volume 11 August 2012 p.613およびその中に提供される補足資料に記載の疾患および状態が含まれる。
AML細胞は、細胞表面マーカー発現を検出することで特徴付けることができ、他の細胞と区別することができる。AML細胞はCLL-1+であることのほかに、CD33+(だが一部はCD33-である)、CD45+、およびCDw52+になることがある。AML芽球(LSCを含む)は典型的にはCD34+CD38-である。HSCおよびLSCはCD34発現によって特徴付けることができるが、前者はCLL-1を発現しない。MDS細胞はCD5、CD7、CD13、およびCD34の発現によって特徴付けることができる。CML細胞は7-ADD、CD33、CD34、およびCD38の発現によって特徴付けることができる。
骨髄異形成症候群(MDS)には、前白血病プロセスを示唆するが、必ず急性白血病として終わるとは限らない慢性経過をたどる質的変化および量的変化を骨髄が示す、密接に関連する血液形成障害のグループが含まれる。前白血病、難治性貧血、難治性骨髄異形成貧血(refractory dysmyelopoietic anemia)、くすぶり型白血病または亜急性白血病、骨髄異形成症候群(dysmyelopoietic syndrome)(DMPS)、および骨髄形成異常を含む様々な用語が全てMDSを説明するために用いられてきた。これらの状態は全て、成熟が損なわれた細胞骨髄(骨髄異形成)と血球数の低下を特徴とする。DMPSは、顆粒球成熟プロセスの強化を反映する、メガブラストイド(megablastoid)の存在、巨核球異形成、および異常な芽細胞の数の増加を特徴とする。DMPS患者は、急性骨髄性白血病において見出される染色体異常に似た染色体異常を示し、ある一部の罹患患者では急性骨髄性白血病への進行を示す。
慢性骨髄増殖性障害は、成熟した、および未熟な顆粒球、赤血球、および血小板の数の増加を特徴とする状態の集まりである。慢性骨髄増殖性障害は、このグループの中の他の形態に移行することがあり、急性骨髄性白血病で終わる傾向がある。このグループの中の具体的な疾患には、真性赤血球増加症、慢性骨髄性白血病、原因不明性骨髄性白血病(agnogenic myeloid leukemia)、本態性血小板血症、および慢性好中球性白血病が含まれる。
骨髄線維症は、赤血球および白血球ならびに血小板の数を減少させる骨髄の瘢痕(scarring)を特徴とする。骨髄繊維症の瘢痕は白血病に起因することがあるが、血小板増加症または薬物有害作用などの他の原因を有することがある。
IV.抗IL1-RAP抗体
抗IL1-RAP抗体(例えば、受容体IL1-RAP特異的抗体、IL1-RAPの膜結合型に特異的に結合するが、IL1-RAPの可溶型に実質的に結合しない抗受容体IL1-RAPを含む)が本明細書において提供される。一部の態様において、本明細書において提供される抗IL1-RAP抗体は、IL1-RAPの膜結合型に特異的に結合するが、IL1-RAPの可溶型に結合しない。本明細書に記載の抗受容体IL1-RAP抗体はまたIL1-RAP発現細胞の増殖を阻害することもできる。本明細書に記載のデータも考慮し、これらの抗IL1-RAP抗体は、コンジュゲートされた細胞傷害剤の非存在下で、IL1-RAP発現細胞(例えば、がん細胞)の細胞増殖を阻害するのに使用できると考えられる。また、本明細書に記載の抗IL1-RAP抗体は補体依存性細胞傷害(CDC)活性または抗体依存性細胞傷害(ADCC)も示すとも考えられる。また、これらの抗IL1-RAP抗体は、例えば、コンジュゲートされた細胞傷害剤の非存在下で、IL1-RAP発現細胞を破壊の標的とするのに使用できるとも考えられる。しかしながら、場合によっては、それにもかかわらず、細胞傷害剤が本発明の抗IL1-RAP抗体とコンジュゲートされてもよい。
本明細書に記載の抗IL1-RAP抗体には、ユニークな細胞結合活性、例えば、本明細書の実施例に記載の細胞結合活性がある。例えば、抗IL1-RAP抗体は、好酸球性白血病細胞(EOL-1細胞として例示される)を標的とするのに使用することができる。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体はまた、AML細胞、CML細胞、もしくはMDS細胞、または固形腫瘍細胞、例えば、肝臓腫瘍細胞、腎臓腫瘍細胞、肺腫瘍細胞、および脳腫瘍細胞にも結合することができる。一部の態様において、これらの抗体は、本明細書において開示される抗IL1-RAP抗体のうちの少なくとも1つによって高い親和性で標的とされるエピトープを示すがん細胞を検出するのに使用することができる。一部の態様において、次いで、このがん細胞を、同じ抗IL1-RAP抗体を用いた破壊の標的とすることができる。このような方法は、例えば、本明細書に記載のように、IL1-RAP発現がん細胞を有する個体を処置する工程であって、抗IL1-RAP抗体を個体に投与する工程を含む、工程を含んでもよい。
場合によっては、この抗IL1-RAP抗体には、以前に述べられた抗IL1-RAP抗体よりも大きく、かつ驚くべき利点がある。例えば、IL1-RAPは可溶型および膜結合型で発現される。場合によっては、可溶型は正常ヒト血清中に存在する(例えば、正常ヒト血清に分泌される)。従って、本発明者らは、可溶型と膜結合型の両方に結合する抗体はIL1-RAPの可溶型によってブロックされ、IL1-RAP発現細胞の表面に蓄積しない可能性があることを発見した。
場合によっては、本明細書において提供される抗体は抗体依存性細胞傷害(ADCC)もしくは補体依存性細胞傷害(CDC)またはその組み合わせを活性化するか、または強く活性化するので、本明細書に記載の抗IL1-RAP抗体は、以前に述べられた抗IL1-RAP抗体よりも大きな利点を提供する。場合によっては、本明細書に記載の受容体特異的IL1-RAP抗体は、受容体に特異的でない抗IL1-RAP抗体と比較してかなり大きなADCC活性化および/またはCDC活性化をもたらす。例えば、場合によっては、受容体特異的IL1-RAP抗体は、膜結合性IL1-RAPを発現する多数の細胞に結合することができ、これらの細胞に可溶性IL1-RAPが競合的に結合することで解離しないか、または実質的に解離しない。場合によっては、本明細書において提供される抗体は、可溶性IL1-RAPの存在に関係なく、IL1-RAPの受容体型を発現する細胞に細胞傷害剤または化学療法剤を送達するのに特に有利である。
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、抗体54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、または44.5D2のCDR配列を有する抗体と同じエピトープに結合する。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、抗体クローン54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、または44.5D2のCDRより選択される3つの重鎖CDRおよび/または3つの軽鎖CDRを含む。CDRはグループ内の同じ抗体に由来してもよく、異なる抗体に由来してもよい。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、抗体54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2または44.5D2の1つまたは複数のCDR配列と比べて1個、2個、3個、または4個までのアミノ酸置換、付加、または欠失/CDRを有する、軽鎖CDR配列および重鎖CDR配列を有する。一部の態様において、軽鎖CDR配列は、前述した抗IL1-RAP抗体の1つまたは複数の軽鎖CDR配列と比べて1個、2個、3個、または4個までのアミノ酸置換、付加、または欠失/CDRを含む。一部の態様において、重鎖CDR配列は、前述した抗IL1-RAP抗体の1つまたは複数の重鎖CDR配列と比べて1個、2個、3個、または4個までのアミノ酸置換、付加、または欠失/CDRを含む。一部の態様において、置換、付加、または欠失は、6つ全てのCDRのうち1個、2個、3個、4個、または5個のCDRでしか生じない。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、または44.5D2の可変領域配列と少なくとも75％、80％、85％、90％、95％の同一性または96％、97％、98％、99％、または100％の同一性を有する可変領域配列を有する。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、もしくは44.5D2と少なくとも95％の同一性または96％、97％、98％、99％、もしくは100％の同一性の、軽鎖CDRおよび/または重鎖CDRにおけるCDR配列同一性を有する。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン54.9D7の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000057
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:5と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.9D7軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:6と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9D7重鎖可変領域を含んでもよい。
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:115と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.9D7ヒト化軽鎖可変領域を含んでもよい。他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:116と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.9D7ヒト化軽鎖可変領域を含んでもよい。他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:117と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.9D7ヒト化軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:118と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9D7重鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:119と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9D7重鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:120と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9D7重鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:121と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9D7重鎖可変領域を含んでもよい。
キメラ54.9D7の軽鎖可変領域配列(SEQ ID NO:5)、54.9D7のヒト化軽鎖可変領域配列変種1(SEQ ID NO:115)、54.9D7のヒト化軽鎖可変領域配列変種2(SEQ ID NO:116)、54.9D7のヒト化軽鎖可変領域配列変種3(SEQ ID NO:117)の配列アラインメントを以下に示した。それぞれのヒト化軽鎖可変領域配列(SEQ ID NO:115～117)の中にある、SEQ ID NO:5の配列とは異なるアミノ酸を「・」または「:」で示した。
SEQ ID NO:5および115～117の配列アラインメント
Figure 2022091747000058
キメラ54.9D7の重鎖可変領域配列(SEQ ID NO:6)、54.9D7のヒト化重鎖可変領域配列変種1(SEQ ID NO:118)、54.9D7のヒト化重鎖可変領域配列変種2(SEQ ID NO:119)、54.9D7のヒト化重鎖可変領域配列変種3(SEQ ID NO:120)、および54.9D7のヒト化重鎖可変領域配列変種4(SEQ ID NO:121)の配列アラインメントを以下に示した。それぞれのヒト化重鎖可変領域配列(SEQ ID NO:118～121)の中にある、SEQ ID NO:6の配列とは異なるアミノ酸を「・」または「:」で示した。
SEQ ID NO:6および118～121の配列アラインメント
Figure 2022091747000059
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000060
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の54.9D7 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000061
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の54.9D7 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン56.12G6の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000062
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:13と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の56.12G6軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:14と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の56.12G6重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000063
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の56.12G6 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000064
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の56.12G6 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン2H8の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000065
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:126と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の2H8軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:127と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の2H8重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000066
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の2H8 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000067
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の2H8 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン50.3G7の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000068
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:27と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の50.3G7軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:134と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の50.3G7重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000069
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の50.3G7 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000070
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の50.3G7 CDRを含んでもよい。
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:124の配列と95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の軽鎖配列を有するヒト化50.3G7抗体である。
Figure 2022091747000071
(SEQ ID NO:124; CDRおよびコンジュゲート用のシステイン置換を太字にし、下線を引いた; CDRはそれぞれSEQ ID NO: 32、33、および34である。)
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:125の配列と95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の重鎖配列を有するヒト化50.3G7抗体である。
Figure 2022091747000072
(SEQ ID NO:125; CDRおよびコンジュゲート用のシステイン置換を太字にし、下線を引いた; CDRはそれぞれSEQ ID NO: 132、133、および31である。)
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン54.15B5の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000073
Figure 2022091747000074
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:128と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.15B5軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:129と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.15B5重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000075
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の54.15B5 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000076
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の54.15B5 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン42.1D3の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000077
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:41と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の42.1D3軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:42と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の42.1D3重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000078
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の42.1D3 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000079
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の42.1D3 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン54.8H8の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000080
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:130と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.8H8軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:131と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.8H8重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000081
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の54.8H8 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000082
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の54.8H8 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン54.9E9の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000083
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:52と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の54.9E9軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:53と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の54.9E9重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000084
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の54.9E9 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000085
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の54.9E9 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン50.6C12の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000086
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:58と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の50.6C12軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:59と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の50.6C12重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000087
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の50.6C12 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000088
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の50.6C12 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン57.7A9の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000089
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:13と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の57.7A9軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:66と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の57.7A9重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000090
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の57.7A9 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000091
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の57.7A9 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン46.8G1の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000092
Figure 2022091747000093
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:67と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の46.8G1軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:68と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の46.8G1重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000094
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の46.8G1 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000095
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の46.8G1 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン42.3G6の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000096
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:75と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の42.3G6軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:76と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の42.3G6重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000097
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の42.3G6 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000098
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の42.3G6 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン46.1D2の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000099
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:81と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の46.1D2軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:82と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の46.1D2重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000100
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の46.1D2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000101
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の46.1D2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン41.10C2の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000102
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:89と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の41.10C2軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:90と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の41.10C2重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000103
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の41.10C2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000104
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の41.10C2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン46.2C2の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000105
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:97と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の46.2C2軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:98と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の46.2C2重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000106
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の46.2C2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000107
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の46.2C2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、クローン44.5D2の軽鎖可変領域配列および/または重鎖可変領域配列を含んでもよい。
Figure 2022091747000108
Figure 2022091747000109
他の場合において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:105と少なくとも85％、90％、95％、97％、98％、または99％同一の44.5D2軽鎖可変領域を含んでもよい。さらに、または別の選択肢において、抗IL1-RAP抗体は、SEQ ID NO:106と少なくとも85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一の44.5D2重鎖可変領域を含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000110
からなる群より選択されるCDRと95％、96％、97％、98％、99％、または100％同一の1つまたは複数の44.5D2 CDRを含んでもよい。
場合によっては、抗IL1-RAP抗体は、
Figure 2022091747000111
からなる群より選択されるCDRと比較して1個、2個、3個、または4個のアミノ酸置換または欠失を含有する1つまたは複数の44.5D2 CDRを含んでもよい。
本明細書に記載の抗体はどれもキメラ抗体でもよくヒト化抗体でもよい。一部の態様において、抗体は、抗IL1-RAP-結合抗体断片、例えば、Fabである。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、検出可能な薬剤で、例えば、下記のような検出可能な薬剤で標識される。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、治療剤、例えば、下記の化学療法剤または細胞傷害剤に取り付けられる。
他の態様において、抗IL1-RAP抗体は、受容体IL1RAPに結合する抗原結合領域を有する第1のアーム(arm)と、第2の標的抗原に結合する抗原結合領域を有する第2のアームを有する二重特異性抗体である。第2の標的抗原は関心対象の任意の抗原でよい。例えば、第2の標的抗原は、がんマーカー、すなわち、がん細胞上で非がん細胞よりも高レベルで(例えば、2xよりも多く)発現しているタンパク質(例えば、細胞表面タンパク質)でもよい。例えば、第2の標的抗原は、CLL-1、GPR114、IL1RAP、TIM-3、CD19、CD20、CD22、ROR1、メソテリン、CD33、CD123/IL3Ra、c-Met、PSMA、前立腺酸性ホスファターゼ(PAP)、CEA、CA-125、Muc-1、AFP、糖脂質 F77、EGFRvIII、GD-2、NY-ESO-1 TCR、チロシナーゼ、TRPI/gp75、gp100/pmel-17、Melan-A/MART-1、Her2/neu、WT1、EphA3、テロメラーゼ、HPV E6、HPV E7、EBNA1、BAGE、GAGEおよびMAGE A3 TCRSLITRK6、ENPP3、ネクチン-4、CD27、SLC44A4、CAIX、Cripto、CD30、MUC16、GPNMB、BCMA、Trop-2、組織因子(TF)、CanAg、EGFR、αv-インテグリン、CD37、葉酸受容体、CD138、CEACAM5、CD56、CD70、CD74、GCC、5T4、CD79b、Steap1、Napi2b、ルイスY抗原、LIV、c-RET、DLL3、EFNA4、Ly6e(RIG-e)、CD79a、CD274(PD-L1)、CD38、DLL4、CD319(SLAMF7)、またはエンドシアリン(Endosialin)/CD248より選択することができる。
一部の態様において、前記抗体はまた、
・100μM以下(例えば、1～10μM、0.1～10μM、10～50μM、約20μMなど)のKDでIL1-RAPの受容体型に結合する;
・100nM以下(例えば、1～10nM、0.1～10nM、10～50nM、約20nMなど)のKDでIL1-RAPの受容体型に結合する;
・抗体の非存在下での細胞増殖と比較してIL1-RAP発現細胞の細胞増殖を低減する;および
・(例えば、固体または半固体のマトリックス上に)架橋または固定化された時に抗体の非存在下での細胞増殖と比較してIL1-RAP発現細胞の細胞増殖を低減する
・IL-1RAP発現がん細胞株におけるコロニー形成を低減する
・受容体IL1-RAP発現細胞においてIL-1bによって誘導されるNF-kappBシグナル伝達を阻害する
・AML腫瘍異種移植片動物モデルにおいて腫瘍量を低減する
・1M以上(例えば、10M超、100M超など)のKDで可溶性IL1-RAPに結合する
・10-7M未満のKDで受容体IL-1Rapに結合する
より選択される少なくとも1つの活性も有する。
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、ヒトに由来する受容体IL1-RAPに結合する。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、カニクイザルに由来する受容体IL1-RAPに結合する。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、げっ歯類(マウスまたはラット)に由来するIL1-RAPに結合する。
A.抗体を作製する方法
本明細書に記載の抗体、例えば、組換え抗体、モノクローナル抗体、またはポリクローナル抗体を調製するために、当技術分野において公知の多くの技法を使用することができる(例えば、Kohler & Milstein, Nature 256:495-497 (1975); Kozbor et al., Immunology Today 4: 72 (1983); Cole et al., pp. 77-96 in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc. (1985); Coligan, Current Protocols in Immunology (1991); Harlow & Lane, Antibodies, A Laboratory Manual (1988);およびGoding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice (2d ed. 1986)を参照されたい)。関心対象の抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子を細胞からクローニングすることができる。例えば、モノクローナル抗体をコードする遺伝子をハイブリドーマからクローニングし、組換えモノクローナル抗体を生成するのに使用することができる。モノクローナル抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子ライブラリーはまたハイブリドーマまたはプラズマ細胞から作ることもできる。重鎖遺伝子産物と軽鎖遺伝子産物をランダムに組み合わせると、異なる抗原特異性を有する大きな抗体プールが生じる(例えば、Kuby, Immunology (3rd ed. 1997)を参照されたい)。単鎖抗体または組換え抗体を生成するための技法(米国特許第4,946,778号、米国特許第4,816,567号)を、本発明のポリペプチドに対する抗体を生成するように合わせることができる。また、トランスジェニックマウス、または他の哺乳動物などの他の生物を用いてヒト化抗体またはヒト抗体を発現させることもできる(例えば、米国特許第5,545,807号;同第5,545,806号;同第5,569,825号;同第5,625,126号;同第5,633,425号;同第5,661,016号、Marks et al., Bio/Technology 10:779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368:856-859 (1994); Morrison, Nature 368:812-13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14:845-51 (1996); Neuberger, Nature Biotechnology 14:826 (1996);およびLonberg & Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13:65-93 (1995)を参照されたい)。または、ファージディスプレイ技術を用いて、選択された抗原に特異的に結合する抗体およびヘテロマーFab断片を特定することができる(例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990); Marks et al., Biotechnology 10:779-783 (1992)を参照されたい)。抗体はまた二重特異性になるように、すなわち、2つの異なる抗原を認識できるようにされてもよい(例えば、WO93/08829、Traunecker et al., EMBO J. 10:3655-3659 (1991);およびSuresh et al., Methods in Enzymology 121:210 (1986)を参照されたい)。抗体はまたヘテロコンジュゲート、例えば、2種類の共有結合した抗体でもよく、免疫毒素でもよい(例えば、米国特許第4,676,980号、WO91/00360;WO92/200373;およびEP03089を参照されたい)。
抗体は、原核生物発現系および真核生物発現系を含む任意の数の発現系を用いて生成することができる。一部の態様において、発現系は、ハイブリドーマなどの哺乳動物細胞発現、またはCHO細胞発現系である。多くのこのような系が商業的供給業者から広く入手することができる。抗体がVH領域とVL領域の両方を含む態様では、VH領域およびVL領域は1種類のベクターを用いて、例えば、ジシストロニック発現単位において発現されてもよく、異なるプロモーターの制御下で発現されてもよい。他の態様において、VH領域およびVL領域は別々のベクターを用いて発現されてもよい。本明細書に記載のVH領域およびVL領域は任意でN末端にメチオニンを含んでもよい。
本発明の抗体はまた、Fab、Fab'、F(ab')2、scFv、またはdABを含む様々な形式で生成することができる。抗体断片は、酵素、例えば、ペプシン((Fab')2断片を生じる)もしくはパパイン(Fab断片を生じる)を用いたインタクトな抗体の消化または新規合成を含む様々な方法によって得ることができる。抗体断片はまた組換えDNA法を用いて合成することもできる。一部の態様において、CLL-1抗体は、CLL-1に特異的に結合するF(ab')2断片を含む。本発明の抗体はまたヒト定常領域も含むことがある。例えば、Fundamental Immunology (Paul ed., 4d ed. 1999); Bird, et al., Science 242:423 (1988);およびHuston, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879 (1988)を参照されたい。
非ヒト抗体をヒト化するための(すなわち、非ヒト抗体に由来するCDRを用いてヒト化するための)方法も当技術分野において公知である。一般的に、ヒト化抗体には、非ヒト供給源に由来する1つまたは複数のアミノ酸残基がある。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、輸入(import)残基と呼ばれ、典型的には、輸入残基は輸入可変ドメインから選ばれる。ヒト化は、本質的に、Winterおよび共同研究者(例えば、Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science 239:1534-1536 (1988) および Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照されたい)の方法に従って、ヒト抗体の対応する配列を、げっ歯類CDRまたはCDR配列で置換することによって行うことができる。このようなヒト化抗体は、インタクトなヒト可変ドメインよりかなり小さな配列が非ヒト種に由来する対応する配列で置換されているキメラ抗体(米国特許第4,816,567号)である。実際には、ヒト化抗体は、典型的には、一部のCDR残基、場合によっては一部のFR残基が、げっ歯類抗体の類似部位に由来する残基で置換されたヒト抗体である。
場合によっては、インビボでの半減期を延長するために、前記抗体または抗体断片を別の分子、例えば、ポリエチレングリコール(ペグ化)または血清アルブミンとコンジュゲートすることができる。抗体断片のペグ化の例は、Knight et al. Platelets 15:409, 2004 (アブシキシマブの場合); Pedley et al., Br. J. Cancer 70:1126, 1994 (抗CEA抗体の場合); Chapman et al., Nature Biotech. 17:780, 1999;およびHumphreys, et al., Protein Eng. Des. 20: 227, 2007)に示されている。前記抗体または抗体断片はまた下記のように標識されてもよく、治療剤とコンジュゲートされてもよい。
B. 結合親和性
結合の特異性は、前記抗体と、環境にある他の材料または無関係の分子全般に関する解離定数と比較した、標的に対する前記抗体(または他のターゲティング部分)の比較解離定数(Kd)の点から定義することができる。典型的には、無関係の材料に関する前記抗体のKdは、標的に関するKdの少なくとも2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、200倍、またはそれより大きい。本明細書で使用する、大きなKdとは、低い親和性相互作用を表すKdである。逆に、良い、または小さなKdとは、高い親和性相互作用または密着した結合を表すKdである。一例にすぎないが、標的に特異的に結合する抗体のKdは、フェムトモル濃度、ピコモル濃度、ナノモル濃度、またはマイクロモル濃度でもよく、無関係の材料に対する抗体結合のKdはミリモル濃度またはそれより大きくてもよい。従って、抗体は、無関係の材料に対する親和性の2倍;3倍;4倍;5倍;10倍;20倍;25倍;50倍;100倍;200倍;250倍;500倍;750倍;1,000倍;10,000倍;100,000倍;1,000,000倍、またはそれより大きな親和性で標的分子に結合することができる。場合によっては、無関係の材料に対する抗体結合のKdは検出できなくてもよい。
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、1000pM以下のKdで、例えば、800pM、700pM、600pM、500pM、400pM、300pM、200pM、100pMのいずれか、またはそれより低いKdで受容体IL1-RAPに対する親和性を有する。一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、10nM(10-2mM、10-5M)以下、例えば、1nM以下、1～10nM、100～1000pM、10～1000pM、約1nM以下、1～500pMのKdで受容体IL1-RAPに対する親和性を有する。一部の態様において、IL1-RAP抗体はまた、10nM、1nM、500pMのKdで、またはそれより低いKdで霊長類受容体IL1-RAP、例えば、カニクイザルに結合する。一部の態様において、受容体IL1-RAP抗体は、ヒト受容体IL1-RAPのKdの桁内のKdでカニクイザル受容体IL1-RAPに結合する。当業者は、Kd値が低いほど親和性が高くなることを理解する。
場合によっては、結合の特異性は、前記抗体(または他のターゲティング部分)とIL1-RAPの可溶型に関する解離定数と比較した、標的(すなわち、IL1-RAPの受容体型)に対する前記抗体(または他のターゲティング部分)の比較解離定数(Kd)の点から定義することができる。例えば、可溶性IL1-RAPに関する前記抗体のKdは、IL1-RAPの受容体型に関するKdの少なくとも2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、200倍、またはそれより大きくてもよい(すなわち、親和性が低い、または結合が悪い)。従って、前記抗体は、IL1-RAPの可溶型に対する親和性よりも2倍;3倍;4倍;5倍;10倍;20倍;25倍;50倍;100倍;200倍;250倍;500倍;750倍;1,000倍;10,000倍;100,000倍;1,000,000倍、またはそれより大きい親和性でIL1-RAPの受容体型に結合することができる。
場合によっては、本発明の抗IL1-RAP抗体はIL1-RAPの受容体型に結合するが、IL1-RAPの可溶型に結合しない。例えば、前記抗体は、可溶性IL1-RAPに対して検出可能な、または識別可能な親和性を示さない。他の場合において、前記抗体は可溶性IL1-RAPに実質的に結合しない。例えば、前記抗体は、可溶性IL1-RAPに対してバックグラウンドよりも大きな検出可能な結合を示さない。
別の例として、IL1-RAPの受容体型に結合するが、可溶型に実質的に結合しない本発明の抗体は、IL1-RAPの受容体型に対する結合についてのKdの2倍、20倍、50倍、100倍;1,000倍、10,000倍、1,000,000倍のいずれか、またはそれより大きい、可溶型に対する結合についてのKdを示してもよい。IL1-RAPの受容体型に結合するが、可溶型に実質的に結合しない本発明の抗体はまた、IL1-RAPの可溶型に対する結合についての親和性の20倍、50倍、100倍;1,000倍、10,000倍、1,000,000倍、またはそれより大きな、受容体型に対する親和性も示してもよい。場合によっては、本発明の抗IL1-RAP抗体は、フェムトモル、ピコモル、またはマイクロモルKdで、IL1-RAPの受容体型に結合することができ、例えば、ELISA、FACS、表面プラズモン共鳴などによって、IL1-RAPの可溶型に対してミリモル濃度で結合を示すか、または検出可能な結合を示さない。
抗体の望ましい親和性、例えば、高(pM～低nM)、中程度(低nM～100nM)、または低(約100nM以上)は、診断剤または治療剤として用いられるかどうかに応じて異なることがある。理論に限定されないが、ある例では、高親和性抗体と比較して中程度の親和性を有する抗体が腫瘍への局在に成功する場合がある。従って、様々な親和性を有する抗体を診断用途および治療用途に使用することができる。
ターゲティング部分は、典型的には、約1000nM未満の、例えば、250nM、100nM、50nM、20nM、またはそれより小さなnMより小さなKdで結合する。一部の態様において、親和性薬剤のKdは15nM、10nM、5nM、または1nMより小さい。一部の態様において、Kdは1～100nM、0.1～50nM、0.1～10nM、または1～20nMである。解離定数(Kd)の値は周知の方法によって求めることができ、例えば、Caceci et al., Byte (1984) 9:340-362に開示されるような方法によって複合混合物でも算出することができる。
標的に対する抗体または任意のターゲティング薬剤の親和性は、例えば、Ernst et al. Determination of Equilibrium Dissociation Constants, Therapeutic Monoclonal Antibodies (Wiley & Sons ed. 2009)に概説されるように、当技術分野において公知の方法に従って求めることができる。
定量ELISA、および類似のアレイベースのアフィニティ法を使用することができる。ELISA(酵素結合免疫吸着シグナリングアッセイ(Enzyme linked immunosorbent signaling assay))は抗体に基づく方法である。場合によっては、関心対象の標的に特異的な抗体が支持体に固定化され、標的を含有すると疑われる試料と接触される。次いで、結合しなかった物質を除去するために表面が洗浄される。標的結合は様々な手法で、例えば、標識された抗体を用いる第2の段階、標的の直接標識、または抗原が結合した時に検出可能な標識を用いる一次抗体の標識を用いて検出することができる。場合によっては、抗原は支持体に(例えば、タンパク質に対して高親和性の支持体、またはストレプトアビジン-ビオチン相互作用を用いて)取り付けられ、標識された抗体(または他のターゲティング部分)を用いて検出される。オリジナルのELISA法のいくつかの変更が開発されており、当技術分野において公知である(総説についてはLequin (2005) Clin. Chem. 51:2415-18 を参照されたい)。
Kd、Kon、およびKoffはまた、例えば、Biacore T100装置を用いることで測定されるように表面プラズモン共鳴(SPR)を用いて求めることもできる。SPR法は、例えば、Hahnfeld et al. Determination of Kinetic Data Using SPR Biosensors, Molecular Diagnosis of Infectious Diseases(2004)に概説されている。代表的なSPR実験では、ある相互作用物(標的またはターゲティング薬剤)が、フローセルの中にあるSPR活性の、金でコーティングされたガラススライド上に固定化され、他の相互作用物を含有する試料が、表面を横断する流れに導入される。ある特定の周波数の光が表面に照らされた時に、金の光反射率の変化が結合および結合のキネティクスを示す。
結合親和性はまた、ビオチン化した相互作用物をストレプトアビジン(SA)センサーチップに固定化することによって確かめることもできる。次いで、他方の相互作用物がチップと接触され、例えば、Abdessamad et al.(2002) Nuc. Acids Res. 30:e45に記載のように検出される。
V. 診断用途
本明細書に記載の抗体はIL1-RAPの受容体型およびIL1-RAP発現細胞に特異的に結合する。従って、受容体IL1-RAP特異的抗体は、IL1-RAP発現細胞(例えば、CSC;ある特定の固形腫瘍細胞;造血がん細胞;関節、骨、もしくは筋肉の細胞;または本明細書において示される炎症性疾患に関与する細胞)を検出するためのインビトロ診断アッセイおよびインビボ診断アッセイに使用することができる。例えば、試料(例えば、血液試料または組織生検材料)を患者から入手し、受容体IL1-RAP抗体と接触させることができ、抗体結合を検出することによって患者試料におけるIL1-RAP発現細胞の存在を確かめることができる。抗体結合は直接検出されてもよく(例えば、抗体そのものが標識される)、第2の検出薬剤、例えば、二次抗体を用いることによって検出されてもよい。検出可能な標識が本発明の抗体と直接結合されてもよく、間接的に、例えば、キレート剤またはリンカーを介して結合されてもよい。場合によっては、IL1-RAPの受容体型に特異的であるが、可溶型に特異的でない本発明の抗体は、可溶性IL1-RAPを含有する血液または他の体液からのIL1-RAP発現細胞の検出または捕捉に有用である。
一部の態様において、抗IL1-RAP抗体は、IL1-RAP関連障害を有するか、またはIL1-RAP関連障害を有すると疑われる個体に由来する生物学的試料と接触され、抗体と試料中の細胞との結合が確かめられ、正常な抗体結合よりも高ければ、または低ければ、個体にIL1-RAP関連障害があることが分かる。一部の態様において、生物学的試料は血液試料または血液画分(例えば、血清、血漿、血小板、赤血球、白血球)である。一部の態様において、生物学的試料は、組織試料(生検材料)、例えば、疑われた腫瘍部位に由来する組織試料(生検材料)、または、例えば、既知の腫瘍の境界を確かめるための、罹患していることが分かっている組織に由来する組織試料(生検材料)である。一部の態様において、生物学的試料は炎症部位から得られる。
生検は、典型的には、組織、すなわち、非流動性の細胞タイプから試料を得るために行われる。適用される生検技法は、評価しようとする組織タイプ(例えば、乳房、皮膚、結腸、前立腺、腎臓、肺、膀胱、リンパ節、肝臓、骨髄、気道、または肺)に左右される。がんの場合、この技法はまた、要因の中でも特に、腫瘍(例えば、固形腫瘍、懸濁腫瘍、または血液腫瘍)のサイズおよびタイプにも左右される。代表的な生検技法には、切除生検、切開生検、針生検、外科生検、および骨髄生検が含まれるが、これに限定されない。「切除生検」とは、腫瘍塊を取り囲む、わずかな正常組織周辺部と共に腫瘍塊全体を取り出すことを指す。「切開生検」とは、腫瘍の断面直径を含む、楔形に切った組織を取り出すことを指す。内視鏡検査または透視検査によってなされる診断または予後予測は、腫瘍塊の「コア針生検」、または一般的に腫瘍塊内から細胞の懸濁液を得る「穿刺吸引細胞診(fine-needle aspiration biopsy)」を必要とする場合がある。生検技法は、例えば、Harrison’s Principles of Internal Medicine, Kasperら編, 第16版, 2005, 70章、およびパートV全体を通して議論される。
抗体と試料中にある細胞との結合を検出する任意の方法を本発明の診断アッセイにおいて使用することができる。抗体結合を検出する方法、例えば、フローサイトメトリー、蛍光顕微鏡、ELISAなどは当技術分野において周知である。一部の態様において、方法は、確かめる工程の前に検出のために生物学的試料を調製する工程を含む。例えば、細胞の部分母集団(例えば、白血球、CD34+細胞、CD45+細胞など)が個体の試料の残り(例えば、他の血液成分)から分離されてもよく、検出をさらに簡単にするために組織中の細胞が懸濁されてもよい。
一部の態様では、試料中のIL1-RAP発現細胞のパーセントを求め、対照、例えば、IL1-RAP関連障害を有することが分かっている個体もしくは個体群に由来する試料(正の対照)、またはIL1-RAP関連障害を有さないことが分かっている個体もしくは個体群に由来する試料(正常、非疾患、もしくは負の対照)と比較する。一部の態様において、対照は、ある特定の組織について確かめられたIL1-RAP発現の標準的な範囲である。IL1-RAP発現細胞の正常なパーセントよりも高ければ、もしくは低ければ、または発現レベルが高ければ、もしくは低ければ、個体にIL1-RAP関連障害があることが分かる。
一部の態様では、意図された療法の適用可能性を確かめるために、標識された抗IL1-RAP抗体を個体に提供(投与)することができる。例えば、標識された抗体は疾患領域内のIL1-RAP密度を検出するのに用いられてもよく、この密度は通常、非疾患組織と比べて高い。標識された抗体はまた、疾患領域に療法が到達可能だと示すこともできる。従って、画像化結果に基づいて療法について患者を選択することができる。がんの正確な境界を確かめるなど解剖学的な特徴付けを、標準的な画像化技法(例えば、CTスキャニング、MRI、PETスキャニングなど)を用いて行うことができる。
一部の態様では、例えば、「セラノスティック」組成物を形成するために、本明細書に記載のような、受容体IL1-RAPに特異的な標識された抗体を治療用化合物とさらに結合することができる。例えば、本明細書に記載の抗IL1-RAP抗体は、検出可能な標識と、治療剤、例えば、IL1-RAP発現がん細胞を死滅させる細胞傷害剤の両方に(直接的または間接的に)連結することができる。一部の態様では、IL1-RAPの受容体型に特異的な標識された抗体は、IL1-RAP発現がん細胞を診断するのに、および/またはIL1-RAP発現がん細胞の場所を突き止めるのに用いられ、次いで、IL1-RAP発現がん細胞は、IL1-RAPの受容体型に特異的な別の治療用抗体を用いてターゲティングされる。一部の態様では、IL1-RAPの受容体型に特異的な診断用抗体は、高い割合またはパーセントでIL1-RAP発現細胞に内部移行されない抗体である。一部の態様では、IL1-RAPの受容体型に特異的な治療用抗体は、架橋または多量体化するとIL1-RAP発現細胞の増殖を阻害する抗体である。
A.標識
受容体IL1-RAP抗体を含む診断剤には、例えば、以下の参考文献:Armstrong et al., Diagnostic Imaging, 5th Ed., Blackwell Publishing (2004); Torchilin, V. P., Ed., Targeted Delivery of Imaging Agents, CRC Press (1995); Vallabhajosula, S., Molecular Imaging: Radiopharmaceuticals for PET and SPECT, Springer (2009)において示されるように当技術分野において公知の任意の診断剤が含まれ得る。診断剤は、検出可能なシグナルを供給する、および/または強化する薬剤を含む様々な手法で検出することができる。検出可能なシグナルには、γ線を発するシグナル、放射性シグナル、エコーを発するシグナル、光シグナル、蛍光シグナル、吸収シグナル、磁気シグナル、または断層撮影シグナルが含まれるが、これに限定されない。診断剤を画像化するための技法には、単一光子放射型コンピュータ断層撮影法(SPECT)、磁気共鳴画像法(MRI)、光学イメージング、ポジトロン放出断層撮影法(PET)、コンピュータ断層撮影法(CT)、X線画像化、γ線画像化などが含まれ得るが、これに限定されない。「検出可能な薬剤」、「検出可能な部分」、「標識」、「画像化薬剤」という用語、および同様の用語は本明細書において同義に用いられる。
一部の態様において、標識には、光学的薬剤、例えば、蛍光剤、リン光剤、化学発光剤などが含まれ得る。非常に多くの薬剤(例えば、色素、プローブ、標識、または指示薬)が当技術分野において公知であり、本発明において使用することができる(例えば、Invitrogen, The Handbook-A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies, Tenth Edition (2005)を参照されたい)。蛍光剤には、様々な有機低分子および/もしくは無機低分子または様々な蛍光タンパク質およびその誘導体が含まれ得る。例えば、蛍光剤には、シアニン、フタロシアニン、ポルフィリン、インドシアニン、ローダミン、フェノキサジン、フェニルキサンテン、フェノチアジン、フェノセレナジン(phenoselenazine)、フルオレセイン、ベンゾポルフィリン、スクアライン(squaraine)、ジピロロピリミドン(dipyrrolo pyrimidone)、テトラセン、キノリン、ピラジン、コーリン、クロコニウム(croconium)、アクリドン、フェナントリジン、ローダミン、アクリジン、アントラキノン、カルコゲノピリリウム(chalcogenopyrylium)類似体、クロリン、ナフタロシアニン、メチン色素、インドレニウム(indolenium)色素、アゾ化合物、アズレン、アザアズレン、トリフェニルメタン色素、インドール、ベンゾインドール、インドカルボシアニン(indocarbocyanine)、ベンゾインドカルボシアニン(benzoindocarbocyanine)、およびBODIPY(商標)誘導体が含まれ得るが、これに限定されない。蛍光色素は、例えば、米国特許第4,452,720号、米国特許第5,227,487号、および米国特許第5,543,295号に記載されている。
標識はまた、放射性同位体、例えば、γ線、陽電子、β粒子およびα粒子、ならびにX線を発する放射性核種でもよい。適切な放射性核種には、225Ac、72As、211At、11B、128Ba、212Bi、75Br、77Br、14C、109Cd、62Cu、64Cu、67Cu、18F、67Ga、68Ga、3H、166Ho、123I、124I、125I、130I、131I、111In、177Lu、13N、15O、32P、33P、212Pb、103Pd、186Re、188Re、47Sc、153Sm、89Sr、99mTc、88Y、および90Yが含まれるが、これに限定されない。一部の態様において、放射性薬剤には、111In-DTPA、99mTc(CO)3-DTPA、99mTc(CO)3-ENPy2、62/64/67Cu-TETA、99mTc(CO)3-IDA、および99mTc(CO)3トリアミン(環式または直鎖)が含まれ得る。一部の態様において、これら薬剤には、DOTA、および111In、177Lu、153Sm、88/90Y、62/64/67Cu、または67/68Gaを含む、その様々な 類似体が含まれ得る。一部の態様において、ナノ粒子は、以下の参考文献: Phillips et al., Wiley Interdisciplinary Reviews: Nanomedicine and Nanobiotechnology, 1(1): 69-83 (2008); Torchilin, V.P. & Weissig, V., Eds. Liposomes 2nd Ed.: Oxford Univ. Press (2003); Elbayoumi, T.A. & Torchilin, V.P., Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imaging 33:1196-1205 (2006); Mougin-Degraef, M. et al., Int’l J. Pharmaceutics 344:110-117 (2007)において示されたように、キレートに取り付けられた脂質、例えば、DTPA-脂質の取り込みによって標識することができる。
一部の態様において、診断剤は二次結合リガンドと結合されてもよく、発色基質と接触すると色の付いた生成物を生じる酵素(酵素タグ)に結合されてもよい。適切な酵素の例には、ウレアーゼ、アルカリホスファターゼ、(セイヨウワサビ)水素ペルオキシダーゼ、およびグルコースオキシダーゼが含まれる。二次結合リガンドには、例えば、当技術分野において公知のようにビオチンおよびアビジンまたはストレプトアビジン化合物が含まれる。
一部の態様において、標識された抗体は、下記でさらに詳細に説明するように、インビボで安定性を改善する組成物、例えば、PEGまたはナノ粒子、例えば、リポソームとさらに結合することができる。
B.標識方法
検出可能な薬剤および治療剤を抗体にコンジュゲートするための技法は周知である(例えば、Arnon et al., 「Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy」, Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985); Hellstrom et al., 「Antibodies For Drug Delivery」 Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987); Thorpe, 「Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review」Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985);およびThorpe et al., 「The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates」, Immunol. Rev., 62:119-58 (1982)を参照されたい)。
典型的には、抗体は、エピトープとの結合を妨害しない領域で、検出可能な部分に取り付けられる。従って、場合によっては、検出可能な部分は定常領域に取り付けられるか、CDR外の可変領域に取り付けられる。当業者は、検出可能な部分を抗体の他の場所に配置することができ、それに応じて、検出可能な部分の位置を調整できることを認める。一部の態様において、取り付けによって結合が過度に破壊されないことを保証するために、抗体がエピトープと結合する能力は、検出可能な部分に取り付けられる前および取り付けられた後に比較される。
一部の態様において、抗体は、さらなるターゲティング部分と結合することができる。例えば、標的結合、例えば、がん細胞との標的結合を最適化するために、標的分子または標的細胞上にある異なる部位に結合する、抗体断片、ペプチド、またはアプタマーを抗体とコンジュゲートすることができる。
VI.治療用途
IL1-RAPは多数の疾患状態において異常発現しており、このような状態におけるIL1-RAP発現細胞は、IL1-RAPの受容体型に特異的な本明細書に記載の抗体を用いて標的とすることができる。例えば、IL1-RAP発現は、がん細胞(例えば、本明細書に記載のB細胞リンパ腫、AML細胞、および固形腫瘍細胞);CSC(例えば、骨髄CSC);ならびに本明細書において提供されるIL1-RAP関連障害に関連する細胞の表面で高い。IL1-RAPは正常造血幹細胞(HSC)の表面ではあまり発現していない。上記で述べたように、抗IL1-RAP抗体を含む治療用組成物は、例えば、IL1-RAP発現細胞を検出および局在化するための、ならびに治療効果をモニタリングするためのセラノスティック組成物を形成するために検出可能な標識をさらに含んでもよい。
A.化学療法剤および細胞傷害剤
本明細書において証明されるように、抗IL1-RAP抗体はがん細胞の成長(増殖)を阻害することができ、従って、化学療法剤とみなすことができる。以下の開示は、IL1-RAP発現細胞に送達するために抗IL1-RAP抗体に連結することができる、さらなる化学療法剤および細胞傷害剤の例を提供する。
化学療法(抗がん)剤は、がん成長を低減することができる、がん細胞複製を妨害することができる、がん細胞を直接的または間接的に死滅することができる、転移を低減することができる、腫瘍血液供給を低減することができる任意の薬剤でよい。従って、化学療法剤には細胞傷害剤が含まれる。細胞傷害剤には、サポリン、タキサン、ビンカアルカロイド、アントラサイクリン、および白金に基づく薬剤が含まれるが、これに限定されない。化学療法剤のクラスには、アルキル化剤、代謝拮抗物質、例えば、メトトレキセート、植物アルカロイド、例えば、ビンクリスチン、および抗腫瘍性抗生物質、例えば、アントラサイクリン、例えば、ドキソルビシン、ならびに特定のクラスに入らない種々雑多な薬物、例えば、ヒドロキシウレアが含まれるが、これに限定されない。白金に基づく薬物はシスプラチンおよびオキサリプラチンで例示され、化学療法剤の主要なクラスである。これらの薬物はDNAに結合し、複製を妨害する。タキサンはタキソールで例示され、化学療法剤の別の主要なクラスである。これらの化合物は、細胞骨格形成および紡錘体形成を妨害して細胞分裂を阻害することで作用し、それによって、急速に分裂しているがん細胞の増殖を阻止する。他の化学療法薬にはホルモン療法が含まれる。化学療法剤には、チューブリン集合または重合を阻害する薬剤、例えば、マイタンシン、メルタンシン(mertansine)、およびアウリスタチンも含まれる。化学療法剤には、カリチアマイシンなどのDNA損傷剤も含まれる。
化学療法剤には、マイタンシノイド、アウリスタチン、ドラスタチン、ツブリシン、クリプトフィシン、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体、インドリノベンゾジアゼピン二量体、α-アマニチン、トリコテン、SN-38、デュオカルマイシン、CC1065、カリケアマインシン、エンジインアンチバイオアティック、タキサン、ドキソルビシン誘導体、アントラサイクリン、およびその立体異性体、アザノフィド、アイソスター、類似体、または誘導体が含まれ得る。
骨髄腫を処置するために現在用いられている化学療法には、ボルテゾミブ、レナリドマイド、およびサリドマイドが含まれる。骨髄腫患者に投与することができる、さらなる治療剤には、ビスホスホネート(骨折の予防目的)およびエリスロポエチン(貧血の低減目的)が含まれる。
複数種の治療剤が同じ組成物中で組み合わせられてもよく、別々の組成物中で組み合わせられてもよい。治療剤はまた、特定の個体に適するように、さらなる治療剤とも組み合わせられてもよい。がん患者に提供される一般的な治療剤には、疼痛、悪心、貧血、感染、炎症、およびがん患者が通常経験する他の症状に対処するための薬物が含まれる。
B.治療用組成物を形成する方法
抗体は、様々な公知の架橋結合剤を用いて治療剤、検出可能な薬剤、またはナノキャリア(nanocarrier)に取り付けることができる。ポリペプチドを共有結合または非共有結合により取り付けるための方法は当技術分野において周知である。このような方法は、化学クロスリンカー、光活性化されたクロスリンカー、および/または二官能性架橋結合試薬の使用を含んでもよいが、これに限定されない。分子を架橋結合するための例示的な方法は米国特許第5,603,872号および米国特許第5,401,511号に開示される。架橋結合試薬の非限定的な例には、グルタルアルデヒド、二官能性オキシラン、エチレングリコールジグリシジルエーテル、カルボジイミド、例えば、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドまたはジシクロヘキシルカルボジイミド、ビスイミデート、ジニトロベンゼン、スベリン酸のN-ヒドロキシスクシンイミドエステル、酒石酸ジサクシンイミジル、ジメチル-3,3'-ジチオ-ビスプロピオンイミデート(bispropionimidate)、アジドグリオキサール、N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオ)プロピオネート、および4-(ブロモアドミノエチル(bromoadminoethyl))-2-ニトロフェニルアジドが含まれる。薬剤は、抗体内にあるシステイン残基を介してコンジュゲートすることができ、このシステイン残基は天然に存在するものでもよく、人工的に導入されてもよい。
ナノキャリア(例えば、リポソーム)とコンジュゲートされた抗体の場合、ある特定の数の抗体が表面に、すなわち、ある特定の表面密度で存在する。一部の態様において、ナノキャリアには、ナノキャリア1つにつき少なくとも5個の抗体がある、例えば、ナノキャリア1つにつき少なくとも10個、30個、40個、50個、75個、100個、またはそれより多い抗体がある。ナノキャリア1つあたりの抗体の数が集団の全メンバーについて完全に均一ではないので、当業者は表面密度が平均範囲であることを理解する。
ナノキャリアには、小胞、例えば、リポソームおよびミセル、ならびにポリマーナノ粒子などが含まれる。ナノキャリアは治療剤および診断剤の送達に有用であるが、がんを処置するのに用いられる細胞傷害剤を保護するのに特に有用な場合がある。ナノキャリアは、脂質(例えば、リン脂質)、親水性ポリマー、疎水性ポリマー、両親媒性化合物、架橋ポリマー、およびポリマーマトリックスを含んでもよい(例えば、WO2009/110939を参照されたい)。用途に応じて、ナノキャリアは、特定のサイズ、半減期、貯蔵寿命、および漏れ速度(leakage rate)を有するように設計することができる。
ナノキャリア、例えば、抗体標的指向型(antibody targeted)リポソーム、ポリマーナノ粒子、または長期貯蔵寿命リポソーム(extended shelf-life liposome)の調製は、例えば、米国特許第6465188号、同第7122202号、同第7462603号、および同第7550441号に記載されている。
一部の態様において、前記抗体は安定化部分、例えば、PEG、またはリポソームまたは他のナノキャリアに連結される。米国特許第4,732,863号および同第7892554号ならびにChattopadhyay et al.(2010) Mol Pharm 7:2194は、選択された抗体をPEG、PEG誘導体、およびナノ粒子(例えば、リポソーム)に取り付けるための方法について説明する。ホスファチジル-エタノールアミン(PE)を含有するリポソームは、本明細書に記載のように確立した手順によって調製することができる。PEを含めると、リポソーム表面に、取り付けのための活性のある機能部位が生じる。
抗体コンジュゲートはまた、複数種の活性化合物、例えば、さらなる化学療法剤もしくは細胞傷害剤、サイトカイン、または増殖阻害剤を提供するように処方することもできる。活性成分はまた、持効性調製物(例えば、固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス(例えば、ポリエステル、ヒドロゲル(例えば、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール))、ポリ乳酸として調製されてもよい。前記抗体およびイムノコンジュゲートは、ナノ粒子、例えば、コアセルベーション法または界面重合によって調製されたナノ粒子、それぞれ、例えば、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ(メチルメタクリレート)マイクロカプセルに封入されてもよく、コロイド薬物送達系(例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル)に封入されてもよく、マクロエマルジョンに封入されてもよい。
C.投与方法
本発明の抗IL1-RAP抗体はインビボで治療用組成物をIL1-RAP発現細胞に効率的に送達することができる。一部の態様において、処置方法は、有効量の治療用抗IL1-RAPコンジュゲート、例えば、治療剤に取り付けられた抗IL1-RAP抗体を個体に投与する工程を含む。一部の態様において、個体はがんと診断されている。一部の態様において、個体はがん療法、例えば、外科手術、放射線療法、または化学療法を受けているか、または受けたことがある。一部の態様において、個体はがんと診断されたことがあるが、がんは寛解中である。
一部の態様において、抗IL1-RAPコンジュゲートはリポソームを含む。一部の態様において、前記方法は、がんの進行について個体をモニタリングする工程をさらに含む。一部の態様において、各投与について抗IL1-RAPコンジュゲートの用量は個体の治療の進展に基づいて決定され、例えば、個体が療法に十分に応答していなければ、さらに高い用量の化学療法が投与される。
一部の態様において、本発明は、抗体または抗体標的指向型組成物と、生理学的に(すなわち、薬学的に)許容される担体を含んでもよい。「担体」という用語は、診断剤または治療剤の希釈剤またはビヒクルとして用いられる通常、不活性の物質を指す。この用語はまた、組成物に凝集特性を付与する通常、不活性の物質も含んでもよい。生理学的に許容される担体は、液体、例えば、生理食塩水、リン酸緩衝液、正常緩衝食塩水(135～150mM NaCl)、水、緩衝された水、0.4％食塩水、0.3％グリシン、安定性を向上させる糖タンパク質(例えば、アルブミン、リポタンパク質、グロブリンなど)などでもよい。生理学的に許容される担体は、部分的に、投与される特定の組成物によって、ならびに組成物を投与するのに用いられる特定の方法によって決定されるので、本発明の薬学的組成物の多種多様な適切な製剤がある(例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, 17th ed., 1989を参照されたい)。
本発明の組成物は従来の周知の滅菌法によって滅菌されてもよく、無菌条件下で生成されてもよい。水溶液は使用のために包装されてもよく、無菌条件下で濾過され、凍結乾燥されてもよく、凍結乾燥された調製物は投与前に滅菌水溶液と組み合わされる。本組成物は、生理条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質、例えば、pH調整剤および緩衝剤、張性調整剤、湿潤剤など、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタンモノラウレート、ならびにトリエタノールアミンオレエートを含有することがある。組成物を安定化するために糖も含まれてもよく、例えば、凍結乾燥された抗体組成物には安定剤が含まれる。
剤形は、患者への粘膜投与(例えば、経鼻投与、舌下投与、腟投与、頬投与、もしくは直腸投与)、非経口投与(例えば、皮下注射、静脈内注射、筋肉内注射、もしくは動脈内注射、ボーラスもしくは注入のいずれか)、経口投与、または経皮投与のために調製することができる。剤形の例には、分散剤;坐剤;軟膏;パップ剤(湿布剤);パスタ剤;散剤;包帯;クリーム;硬膏剤;溶液;パッチ;エアロゾル(例えば、点鼻薬または吸入器);ゲル;懸濁液(例えば、水性もしくは非水性の液体懸濁液、水中油型エマルジョン、または油中水型液体エマルジョン)、溶液、およびエリキシル剤を含む、患者への経口投与または粘膜投与に適した液体剤形;患者への非経口投与に適した液体剤形;ならびに患者への非経口投与に適した液体剤形を提供するように再構成することができる滅菌固体(例えば、結晶固体または非結晶固体)が含まれるが、これに限定されない。
注射用(例えば、静脈内)組成物は、許容される担体、例えば水性担体に懸濁された、抗体または抗体標的指向型組成物の溶液を含んでもよい。任意の様々な水性担体、例えば、水、緩衝された水、0.4％食塩水、0.9％等張性食塩水、0.3％グリシン、5％デキストロースなどが用いられてもよく、安定性の向上のために糖タンパク質、例えば、アルブミン、リポタンパク質、グロブリンなどを含んでもよい。しばしば、正常緩衝食塩水(135～150mM NaCl)が用いられる。本組成物は、生理条件に近づけるための薬学的に許容される補助物質、例えば、pH調整剤および緩衝剤、張性調整剤、湿潤剤、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタンモノラウレート、トリエタノールアミンオレエートなどを含有することがある。一部の態様において、抗体標的指向型組成物は静脈内投与のキットに入れられて処方されてもよい。
非経口投与、例えば、関節内経路(関節の中)、静脈内経路、筋肉内経路、腫瘍内経路、皮内経路、腹腔内経路、および皮下経路による投与に適した製剤には、酸化防止剤、緩衝液、静菌剤、および製剤を意図されたレシピエントの血液と等張にする溶質を含有し得る、水性および非水性の等張性の滅菌注射溶液、ならびに懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、および防腐剤を含有し得る、水性および非水性の滅菌懸濁液が含まれる。注射溶液および懸濁液はまた、滅菌した散剤、顆粒剤、および錠剤から調製することもできる。本発明の実施において、組成物は、例えば、静脈内注入によって、局所に、腹腔内に、膀胱内に、またはくも膜下腔内に投与することができる。非経口投与および静脈内投与は好ましい投与方法である。標的指向型組成物の製剤は、アンプルおよびバイアルなどのユニットドーズ密閉容器またはマルチドーズ密閉容器に入れて提供することができる。
吸入によって投与するために、選り抜きの標的送達組成物を単独で、または他の適切な成分と組み合わせてエアロゾル製剤にする(「霧状にする」)ことができる。エアロゾル製剤を、加圧した許容される噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、および窒素の中に入れてもよい。
薬学的調製物は単位剤形の形で包装または調製することができる。このような形で、調製物は、例えば、治療剤の用量または抗体濃度に応じて、適量の活性成分を含有する単位用量にさらに分けられる。単位剤形は、包装された調製物でもよく、この包装容器は別々の量の調製物を含む。組成物は、所望であれば、他の適合性の治療剤を含有してもよい。
前記抗体(または抗体標的指向型組成物)は、静脈内経路、皮下経路、筋肉内経路、または腹腔内経路を含むが、これに限定されない任意の適切な経路を介して注射または注入によって投与されてもよい。薬学的組成物の投与の一例は、抗体を注射用の滅菌等張性食塩水に溶解して10mg/mlで4℃で保管する工程、および患者に投与する前に、100mlまたは200mlの注射用0.9％塩化ナトリウムで希釈する工程を含む。前記抗体は0.2～10mg/kgの用量で1時間の間に静脈内注入によって投与される。他の態様において、前記抗体は15分～2時間の間に静脈内注入によって投与される。さらに他の態様において、投与手順は皮下ボーラス注入を介したものである。
抗体の用量は、患者に有効な療法を提供するように選択され、0.1mg/kg体重未満～約25mg/kg体重の範囲、または1mg～2g/患者の範囲である。場合によっては、用量は1～100mg/kgまたは約50mg～8000mg/患者の範囲である。投薬は、抗体の薬物動態(例えば、循環中での抗体の半減期)および薬力学的応答(例えば、抗体の治療効果の期間)に応じて、1日1回～3ヶ月に1回の範囲でもよい適切な頻度で繰り返されてもよい。一部の態様において、約7～約25日のインビボ半減期および抗体投薬が1週間に1回～3ヶ月に1回で繰り返される。
投与は定期的な投与でもよい。投与経路に応じて、用量は、例えば、1日、3日、5日、7日、10日、14日、21日、もしくは28日に1回、またはそれより長い期間で1回(例えば、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、または6ヶ月に1回)投与されてもよい。場合によっては、投与はもっと頻繁に、例えば、1日に2回または3回行われる。当業者により認められるように、治療の進展と、あらゆる有害な副作用に応じて投与量および投与頻度を調整するために患者はモニタリングされてもよい。
従って、一部の態様において、さらなる投与は患者の進行によって決まり、例えば、患者は投与間でモニタリングされる。例えば、1回目の投与または投与回の後に、患者は、腫瘍成長の速度、再発(例えば、手術後の患者の場合)、または一般的な疾患関連症状、例えば、脱力感、疼痛、悪心などがモニタリングされてもよい。
がんを処置するための治療的使用において、抗体標的指向型組成物(例えば、治療剤および/または診断剤を含む)は1日に約0.001mg/kg～約1000mg/kgの初期投与量で投与され、経時的に調整されてもよい。約0.01mg/kg～約500mg/kg、または約0.1mg/kg～約200mg/kg、または約1mg/kg～約100mg/kg、または約10mg/kg～約50mg/kgの一日量範囲を使用することができる。投与量は、患者の必要量、処置されている状態の重篤度、および使用されている標的指向型組成物に応じて変えられる。例えば、投与量は、特定の患者において診断されたがんのタイプおよびステージを考慮して経験的に決定することができる。本発明の文脈において、患者に投与される用量は、患者において有益な治療応答を経時的にもたらすのに十分な用量でなければならない。用量のサイズはまた、当業者により認められるように、特定の患者における特定の標的指向型組成物の投与に伴う、あらゆる有害な副作用の存在、内容、および程度によって決定される。
本願において引用された特許、特許出願、およびGenBankアクセッション番号を含む他の刊行物は全て、その全体が全ての目的のために参照により組み入れられる。
実施例1:
IL1-RAPに対する抗体の作製
細胞外ドメインをコードするヒトIL1-RAPのcDNA断片(Q9NPH3の残基21～367(「Q9NPH3-4」))を完全長ヒトIL1-RAP cDNA(Open Biosystems)からクローニングした。6xHisタグ化をC末端に付加してIL1-RAP-His融合タンパク質を作製し、これを用いてマウスを免疫してモノクローナルマウス抗ヒトIL1-RAP抗体を産生した。ハイブリドーマを標準プロトコールを用いて作製した。簡単に述べると、4～6週齢Balb/cマウスを、精製された組換えIL1-RAP融合タンパク質を用いて合計4週間にわたって週2回、免疫した。その後に力価を評価し、脾臓細胞をSP2/0細胞と融合した。ハイブリドーマを選択し、結果として生じたクローンに由来する上清を酵素結合免疫測定法(ELISA)および蛍光活性化細胞選別(FACS)によってスクリーニングした。
選択されたハイブリドーマクローンの特異性を、親細胞またはヒトIL1-RAPトランスフェクト293/293IL1-RAP細胞ならびに複数のAML細胞株、例えば、OCI-AML2、OCI-AML3、およびHNT-34とのFACS結合によって調べた。抗体クローン50.3G7の結合結果を図1に示した。
実施例2:
IL1-RAPの膜結合型に対する抗体の作製
膜結合性IL1-RAPを認識する特異的な抗体を作製するために、様々なキメラマウス/ヒトIL1-RAPタンパク質を作製した。各キメラでマウスを免疫し、ELISAに基づくスクリーニングを用いて、膜結合性ILRAPに特異的なmAbをスクリーニングした。模式図を図2に示した。
2a.膜結合性IL1-RAPに特異的に結合する抗体の特定
膜結合性IL1-RAPを優先的に認識する抗体クローンを、IL1-RAPのhis-タグ化細胞外ドメイン(ECD)(Q9NPH3-4)および可溶性IL1-RAP型(Q9NPH3-2)を用いた間接的ELISAによって特定した。クローンを、ペルオキシダーゼ結合ヤギ抗マウスIgG(サブクラスIgG1、2、および3特異的)抗体を用いて検出した。
2b.ELISAによって2H8は膜結合性IL1-RAPを優先的に認識する
IL1-RAPの細胞外ドメイン(Q9NPH3-4)および可溶性IL1-RAP型(Q9NPH3-2)を293細胞から発現および精製した。サンドイッチELISAを行った。図3Aおよび図3Bに示した結合データから、クローン2H8は可溶性IL1-RAP型と比較して膜結合性IL1-RAPに良好に結合するという結論が裏付けられる。
2c.AML細胞株との2H8結合
様々な細胞株(すなわち、293T、IL1-RAPでトランスフェクトした293、EOL-1、HNT-34)に対してクローン2H8、5H9.1.4、および56.12G6の結合特異性をFACSによって試験した。結果を図4A～4Dで示した。データから、2H8はIL1-RAP発現293細胞またはAML細胞株に選択的に結合することが示唆される。
2d.2H8とIL1-RAPとの結合は正常ヒト血清の影響を最小限にしか受けない
図5A～5Dに示したように、様々な抗IL1-RAP抗体とHNT-34細胞の結果を、健常患者から単離した様々なレベルの正常ヒト血清(NHS)および可溶性IL1-RAP(Q9NPH3-2)またはIL1-RAPの細胞外ドメイン(ECD)(Q9NPH3-4)の存在下で試験した。左:HNT-34細胞における抗体結合滴定。右:処置条件のEC50値。ヒト血清またはIL1-RAPタンパク質は56.12G6とHNT-34細胞との結合を2H8よりも効果的に阻害した。このことから、2H8抗体は、ヒト血清中に存在する可溶性IL1-RAPから最小限の干渉しか示さない可能性があることが分かる。
実施例3:
原発性AML試料とのIL-RAP結合
AML原発患者試料との結合を確かめるためにIL1-RAPクローンを試験した。合計12個のAML患者試料を、クローン2H8、50.3G7、および56.12G6を用いて調べた。抗体は全てIL1-RAP表面発現タンパク質に対して作製された。2H8は、患者AML患者試料のCD34+集団の6/12(50％)を認識した。これらのAML患者試料は様々な2008 WHOおよびFAB分類から得られた。図6A～6Dは、個々の陽性患者の例示的なFACデータを示す。
フローサイトメトリーによる発現分析。BMMCまたはPBMCをFicoll分離(GE Healthcare)によって骨髄吸引液または全血から単離した。細胞を2x106細胞/mLになるまで染色溶液(HBSS、1％BSA、1mM EDTA)に再懸濁し、染色前にマウスIgG、ラットIgG、またはヒトIgGのいずれかでブロックした。5μLのCD34-APCを50μLの染色溶液と共に各チューブに添加した。様々な抗体、mIgG、2H8、56.12G6、50.3G7抗体を2ug/mLの最終濃度まで各チューブに添加し、次いで、APC結合ヤギ抗マウス二次抗体を各チューブに添加し、氷上で30分間インキュベートした。細胞を染色溶液で洗浄し、ヨウ化プロピジウムを含む染色溶液200μLに再懸濁した。分析のために細胞をフローサイトメトリーにすぐに適用した。染色された試料の幾何平均蛍光強度(MFI)とアイソフォームIgG対照の幾何平均蛍光強度(MFI)との比が1.5より大きく、細胞の>1％の全体的なシフトではなく、対照試料と比較して、または場合によっては別個の陽性集団と比較して、細胞の5％超が抗原を発現していれば、試料は標的陽性であるとみなされた。
さらに、83個のAML試料を、作製したIL1-RAPクローンに対して染色した。試料のうち78個(94％)が少なくとも1つのIL1-RAPクローンについて陽性染色された。4/4(100％)の骨髄試料と75/79(95％)の末梢血(PBMC、末梢血単核球)試料がIL1-RAPについて陽性染色された(表2を参照されたい)。分析のためにAML試料をFAB(French-American-British)分類群に分けた。
(表２)FABサブタイプ(NCCN(National Comprehensive Cancer Network)細胞遺伝学的分類)
Figure 2022091747000112
実施例4:
IL1-RAPクローンのエピトープマッピング
本開示に従って作製した様々な抗IL1-RAP抗体を組換えマウスIL1-RAPとの結合について試験した。クローンはどれもマウスIL1-RAPに結合しなかったので、マウスドメインmIg2またはmIg3のいずれかを含むマウス/ヒトIL1-RAPキメラ受容体を作製した(図2を参照されたい)。このキメラマウス/ヒト受容体を一過的なトランスフェクションによって293細胞に導入した。IL1-RAPクローンとmIg2およびmIg3との結合をFACSによって調べ、図13に示したヒストグラムにプロットした。要約すると、結合のためにマウスドメインmIg2を必要とするクローン、例えば、50.3G7があり、結合のためにマウスドメインmIg3を必要とするクローン、例えば、56.12G6がある。
実施例5:
IL1-RAPクローンの機能的特徴付け
IL1-RAPクローンをコロニー形成細胞(CFC)アッセイにおいて評価した。簡単に述べると、細胞を、Ficoll(GE Healthcare)またはCD34+濃縮キット(enrichment kit)(Stem Cell)のいずれかを用いて単離した。死細胞をLive-Dead Kit(Miltenyi)を用いて除去し、生細胞を、CD34+細胞については2x103細胞/mL、BMMCについては1x104細胞/mL、PBMCについては2x105細胞/mLの最終濃度になるように調整した。2H8またはIgG対照抗体を10μg/mLまたは1μg/mLの最終濃度になるように細胞溶液に添加し、37℃で1時間インキュベートした。細胞をPBSで洗浄し、次いで、同じ体積になるまで培地で再懸濁した。約450個のCD34+細胞/チューブ、3,000個のBMMC/チューブ、または30,000個のPBMC/チューブとなるように細胞溶液(0.3mL)を2.7mLのMethocult w/o EPO(Stem Cell)と混合し、混合物を35mm2ディッシュにプレートし、37℃で2週間インキュベートした。結果として得られたコロニーを計数し、結果を図7に示した。
白血病幹細胞様細胞に対する抗体の効果を理解するためにCFCアッセイを行った。AML患者には血液と骨髄の中に芽細胞と白血病幹細胞様細胞が両方ともあるので、本発明者らは、本抗体が一方のサブセットに優先的に向かうか、または悪性細胞に等しく影響を及ぼすかどうかを問うた。この可能性を調べるために、CFCアッセイを行った。コロニー形成の低下が50.3G7および56.12G6と共に2H8処理において見られた。しかしながら、対照IgGと比較して正常CD34細胞に及ぼす影響はなかった。AML芽細胞と白血病幹細胞様細胞は両方ともIL1-RAP抗体によって標的とされる。対照的に、正常HSCは、これらの抗体の影響を受けない。結果を図8に示した。
IL1-RAP抗体をAML患者芽細胞に添加すると、アイソタイプ抗体対照と比較してコロニー形成が阻害された。半固体培地を用いたコロニー形成の評価は、白血病幹細胞の自己複製能を確かめる古典的なアプローチであるが、病気にかかった患者に存在する白血病幹細胞集団を直接評価しない。
実施例6:
IL-1β誘導性NF-κBシグナル伝達の阻害
HEK-Blue IL-1β細胞を50pg/mL組換えヒトIL-1βで処理したIL-1β誘導性NF-κBシグナル伝達を阻害するかどうか、25個のIL1-RAP mAbクローンをスクリーニングした。IL-1Raを正の対照として使用した。抗IL1-RAP mAbクローンを6.4ng/mLから100μg/mLまで滴定した。表3にある10種類の抗体のIC50は<12μg/mLであり、6種類のIC50は<0.5μg/mLである。10μg/mL抗体で観察された最大阻害はクローン54.9D7については92.3％であった。観察された最小のIC50は32.3ng/mLであり、これもクローン54.9D7であった。図9にパーセント阻害を抗体濃度の関数としてグラフ化し、表3に表の形で示した。
（表３）
Figure 2022091747000113
実施例7
IL1-RAP抗体のインビボ評価
抗IL1-RAP抗体クローンの初期効力を評価するために、EOL-1腫瘍細胞を生着させたAML腫瘍モデルを確立した。クローン50.3G7抗体は骨髄、脾臓、および末梢血において、かなりの腫瘍量を低減するのに有効である。NOD/SCID IL2Rγ-/-(NSG)マウスに致死線量以下の放射線を照射し、5x106個のEOL-1腫瘍細胞を生着させた。細胞を生着させて6日後に(骨髄中に約.1～1％の生着EOL-1細胞)、マウスに10mg/kgの抗体を3週間にわたって週1回与えた。骨髄、脾臓、および血液をEOL-1細胞生着後、4週目に収集し、生着ヒト細胞のパーセントについてFACSによってヒトCD45およびCD33の抗体染色で分析した。IgG対照抗体またはIL1-RAP特異的抗体クローン50.3G7、56.7A9、および56.12G6で処置した7～13匹のマウスからの結果。クローン50.3G7は骨髄、脾臓、および血液におけるAML腫瘍量の低減において他の抗体と比べて最良の効力を示した。結果を図10A～10Cに示した。
本発明者らの機能遮断IL1-RAP機能遮断抗体である54.9D7、42.4D11、42.1D2、54.9E9と、膜優先抗体である2H8.3の特定に伴って、本発明者らは、これらの抗体の腫瘍阻害効力をインビボで評価した。再び、NSGマウスに致死線量以下の放射線を照射し、5x106個のEOL-1腫瘍細胞を生着させた。細胞を生着させて6日後に、マウスに10mg/kgの抗体を3週間にわたって週1回与えた。54.9D7抗体で処置した担がんマウスは生存期間の中央値が38日と他のIL1-RAP抗体と比べて最も長く生存し、これに対して、対照IgG抗体で処置したマウスの生存期間の中央値は28日しかなかった(P値<0.00001)。54.9D7抗体には最良のIL1-RAPシグナル伝達遮断活性もあり、強力なインビボ効力はAML細胞へのIL1-RAPシグナル伝達の遮断に起因するかもしれない。膜結合性IL1-RAPに優先的に結合するクローン2H8.3も対照IgG抗体と比べて有意に生存期間を改善した(生存期間の中央値が2H8.3については35日であるのに対して、IgGについては28日;P値=0.014)。有効な腫瘍阻害抗体として以前に特定された50.3G7抗体は有意な生存期間の向上を一貫して示した。中央値が50.3G7については36日であるのに対して、IgGについては28日である。P値<0.0001。選ばれた抗IL1-RAPクローンの生存曲線および統計値を図11に示した。クローン54.9D7、50.3G7、および2H8.3を強調した。
実施例8
抗体54.9D7のヒト化クローン
抗体54.9D7の3種類のヒト化バージョンを生成および試験した。配列および活性を図14～19に図示した。EOL-1細胞との結合についてヒト化クローンの平均蛍光強度(MFI)値を表4に示した。ヒト化結腸のKD、kon、およびkdis値を表5Aおよび5Bに示した。クローン「hH1L3」は、SEQ ID NO:118の重鎖可変領域配列およびSEQ ID NO:117の軽鎖可変領域配列を有する54.9D7のヒト化クローンを指す。クローン「hH2L3」は、SEQ ID NO:119の重鎖可変領域配列およびSEQ ID NO:117の軽鎖可変領域配列を有する54.9D7のヒト化クローンを指す。クローン「hH3L3」は、SEQ ID NO:120の重鎖可変領域配列およびSEQ ID NO:117の軽鎖可変領域配列を有する54.9D7のヒト化クローンを指す。
（表４）
Figure 2022091747000114
（表５Ａ）
Figure 2022091747000115
（表５Ｂ）
Figure 2022091747000116
本明細書に記載の実施例および態様は例示目的にすぎず、本明細書に記載の実施例および態様を考慮して様々な変更または変化が当業者に示唆され、本願の精神および範囲ならびに添付の特許請求の範囲の中に含まれることが理解される。本明細書において引用された刊行物、特許、および特許出願は全て、その全体が全ての目的のために、参照により本明細書に組み入れられる。

Claims (84)

  1. 可変軽鎖および可変重鎖を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
    (a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体軽鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む;および/または
    (b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択されるマウス抗体重鎖配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含む、
    単離された抗IL1-RAP抗体。
  2. 可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する、請求項1に記載の抗体。
  3. 配列同一性が少なくとも95％、96％、97％、98％、または99％である、請求項1に記載の抗体。
  4. 可変軽鎖および可変重鎖を含み、可溶性IL1-RAPに結合するよりも大きな親和性(例えば、少なくとも、2倍大きな、5倍大きな、10倍大きな、または100倍大きな親和性のいずれか)で受容体IL1-RAPに結合する、抗IL1-RAP抗体であって、
    (a)可変軽鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体軽鎖CDRL1、CDRL2、およびCDRL3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRL1、CDRL2、およびCDRL3を有する配列を含む;ならびに/または
    (b)可変重鎖が、54.9D7、56.12G6、2H8、50.3G7、54.15B5、42.1D3、54.8H8、54.9E9、50.6C12、57.7A9、46.8G1、42.3G6、46.1D2、41.10C2、46.2C2、44.5D2からなる群より選択される抗体のマウス抗体重鎖CDRH1、CDRH2、CDRH3配列と少なくとも95％の配列同一性を有するCDRH1、CDRH2、CDRH3を有する配列を含む、
    抗IL1-RAP抗体。
  5. CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2、およびCDRH3が、
    Figure 2022091747000117
    より選択される抗体に由来する配列を有する、請求項3に記載の抗体。
  6. (1)CDR L1、CDR L2、およびCDR L3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDR H1、CDR H2、およびCDR H3を含む重鎖可変領域とを含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
    CDR L1が、
    Figure 2022091747000118
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR L2が、YASDLES(SEQ ID NO:11)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR L3が、
    Figure 2022091747000119
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H1が、GYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H2が、FPASGT(SEQ ID NO:8)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H3が、
    Figure 2022091747000120
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
    単離された抗IL1-RAP抗体。
  7. CDR L1が、
    Figure 2022091747000121
    の配列を有し、
    CDR L2が、YASDLES(SEQ ID NO:11)の配列を有し、
    CDR L3が、
    Figure 2022091747000122
    の配列を有し、
    CDR H1が、GYIFITY(SEQ ID NO:7)の配列を有し、
    CDR H2が、FPASGT(SEQ ID NO:8)の配列を有し、
    CDR H3が、
    Figure 2022091747000123
    の配列を有する、
    請求項6に記載の単離された抗体。
  8. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000124
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6または7に記載の単離された抗体。
  9. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000125
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6または7に記載の単離された抗体。
  10. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000126
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6または7に記載の単離された抗体。
  11. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000127
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6または7に記載の単離された抗体。
  12. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000128
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6～11のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  13. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000129
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6～11のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  14. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000130
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6～11のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  15. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000131
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6～11のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  16. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000132
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項6～11のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  17. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
    軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:6および118～121のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
    単離された抗IL1-RAP抗体。
  18. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:5および115～117のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:6および118～121のいずれか一つの配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  19. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:5の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:6の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  20. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:5の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:6の配列を有する、請求項19に記載の単離された抗体。
  21. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:118の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  22. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:118の配列を有する、請求項21に記載の単離された抗体。
  23. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:119の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  24. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:119の配列を有する、請求項23に記載の単離された抗体。
  25. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:120の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  26. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:120の配列を有する、請求項25に記載の単離された抗体。
  27. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:117の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:121の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項17に記載の単離された抗体。
  28. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:117の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:121の配列を有する、請求項27に記載の単離された抗体。
  29. (1)CDR L1、CDR L2、およびCDR L3を含む軽鎖可変領域と、(2)CDR H1、CDR H2、およびCDR H3を含む重鎖可変領域とを含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
    CDR L1が、
    Figure 2022091747000133
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR L2が、YASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR L3が、
    Figure 2022091747000134
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H1が、GYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H2が、NTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、
    CDR H3が、YYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
    単離された抗IL1-RAP抗体。
  30. CDR L1が、
    Figure 2022091747000135
    の配列を有し、
    CDR L2が、YASQSIS(SEQ ID NO:33)の配列を有し、
    CDR L3が、
    Figure 2022091747000136
    の配列を有し、
    CDR H1が、GYTFTNY(SEQ ID NO:29)の配列を有し、
    CDR H2が、NTYTGE(SEQ ID NO:30)の配列を有し、
    CDR H3が、YYGNFDY(SEQ ID NO:31)の配列を有する、
    請求項29に記載の単離された抗体。
  31. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000137
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項29または30に記載の単離された抗体。
  32. 軽鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000138
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項29または30に記載の単離された抗体。
  33. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000139
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項29～32のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  34. 重鎖可変領域が、
    Figure 2022091747000140
    の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項29～32のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  35. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む、単離された抗IL1-RAP抗体であって、
    軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、重鎖可変領域が、SEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、
    単離された抗IL1-RAP抗体。
  36. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:27および122のいずれか一つの配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:28および123のいずれか一つの配列を有する、請求項35に記載の単離された抗体。
  37. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:27の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:28の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項35に記載の単離された抗体。
  38. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:27の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:28の配列を有する、請求項37に記載の単離された抗体。
  39. 単離された抗体の軽鎖可変領域が、SEQ ID NO:122の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域が、SEQ ID NO:123の配列と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を有する、請求項35に記載の単離された抗体。
  40. 単離された抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:122の配列を有し、単離された抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:123の配列を有する、請求項39に記載の単離された抗体。
  41. 単一特異性である、請求項1～40のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  42. 多重特異性または二重特異性である、請求項1～40のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  43. CD45、CD38、およびCD34からなる群より選択される抗原に結合する、請求項1～42のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  44. ヒト化されている、請求項1～43のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  45. 免疫グロブリン全体である、請求項1～44のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  46. 抗体断片であり、例えばFab、F(ab’)2、Fab’、または単鎖Fvからなる群より選択される、請求項1～44のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  47. 請求項1～46のいずれか一項に記載の抗IL1-RAP抗体または抗体断片のいずれかをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
  48. 発現制御配列に機能的に連結されている、請求項47に記載の核酸分子。
  49. 発現ベクターの中に含まれている、請求項47または48に記載の核酸分子。
  50. 請求項49に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  51. チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である、請求項50に記載の宿主細胞。
  52. 請求項50に記載の宿主細胞を培養する工程を含む、抗IL1-RAP抗体を作り出すための方法。
  53. 前記抗体を単離する工程をさらに含む、請求項52に記載の方法。
  54. 化学部分にコンジュゲートされている、請求項1～46のいずれか一項に記載の抗体。
  55. コンジュゲートされる部分が標識である、請求項54に記載のコンジュゲートされた抗体。
  56. コンジュゲートされる部分が化学療法剤または細胞傷害剤である、請求項54に記載のコンジュゲートされた抗体。
  57. 化学療法剤または細胞傷害剤が、アルキル化剤、代謝拮抗物質、抗生物質、ヒドロキシウレア、白金に基づく化学療法剤、タキサン、ボルテゾミブ、レナリドミン(lenalidomine)、サリドマイド、メタンジノイド(metanzinoid)からなる群より選択される、請求項56に記載のコンジュゲートされた抗体。
  58. アジュバントと、請求項1～46のいずれか一項に記載の抗体または請求項54～57のいずれか一項に記載のコンジュゲートされた抗体とを含む、組成物。
  59. 薬学的に許容される、請求項58に記載の組成物。
  60. 以下の工程を含む、受容体IL1-RAPを発現する細胞を検出する方法:
    a.細胞に結合することができる、有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体または抗体コンジュゲートに、細胞を接触させる工程、および
    b.抗体と細胞との結合を検出する工程であって、結合が関心対象の細胞の存在を示す、工程。
  61. 以下の工程を含む、疾患を診断する方法:
    a.罹患細胞に結合することができる、有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体または抗体コンジュゲートに、個体に由来する生物学的試料を接触させる工程、および
    b.抗体と罹患細胞との結合を検出する工程であって、結合が疾患の存在を示す、工程。
  62. 抗体が、検出可能な部分にコンジュゲートされている、請求項60または61に記載の方法。
  63. 疾患ががんである、請求項61に記載の方法。
  64. 細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、請求項61に記載の方法。
  65. 疾患が骨髄増殖性障害である、請求項61に記載の方法。
  66. 骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、請求項65に記載の方法。
  67. 細胞に結合することができる、少なくとも有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体に、細胞を接触させる工程を含む、細胞分裂を阻害する方法。
  68. 細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす、請求項67に記載の方法。
  69. 細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、請求項67または68に記載の方法。
  70. 腫瘍細胞またはがん幹細胞が骨髄増殖性障害に由来する、請求項69に記載の方法。
  71. 骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、請求項70に記載の方法。
  72. 細胞に結合することができる、少なくとも有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体に、細胞を接触させる工程を含む、NF-kBシグナル伝達を阻害する方法。
  73. 細胞分裂の阻害が細胞死をもたらす、請求項72に記載の方法。
  74. 細胞が腫瘍細胞またはがん幹細胞である、請求項72または73に記載の方法。
  75. 腫瘍細胞またはがん幹細胞が骨髄増殖性障害に由来する、請求項74に記載の方法。
  76. 骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、請求項75に記載の方法。
  77. 治療的有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体を患者に投与する工程を含む、がんを処置する方法。
  78. 抗体が、切断可能なリンカー、切断不可能なリンカー、または跡を残さない(traceless)リンカーを介して化学療法用のまたは細胞傷害性の薬物とコンジュゲートされた抗体コンジュゲートである、請求項77に記載の方法。
  79. 前記薬物が、マイタンシノイド、アウリスタチン、ドラスタチン、ツブリシン(tubulysin)、クリプトフィシン、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体、インドリノベンゾジアゼピン二量体、α-アマニチン、トリコテン、SN-38、デュオカルマイシン、CC1065、カリケアマインシン(calicheamincin)、エンジインアンチバイオアティック(enediyne antibioatic)、タキサン、ドキソルビシン誘導体、アントラサイクリン、およびその立体異性体、アザノフィド(azanofide)、アイソスター、類似体、または誘導体からなる群より選択される、請求項78に記載の方法。
  80. がんが骨髄増殖性障害である、請求項77～79のいずれか一項に記載の方法。
  81. 骨髄増殖性障害が、AML、CML、CMML、多発性骨髄腫、形質細胞腫、および骨髄線維症からなる群より選択される、請求項80に記載の方法。
  82. 抗体が腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原に結合する、請求項77～81のいずれか一項に記載の方法。
  83. 腫瘍関連抗原またはがん幹細胞抗原がCLL-1である、請求項82に記載の方法。
  84. 有効量の請求項1～46または請求項54～57のいずれか一項に記載の抗体を投与する工程を含む、腫瘍量を低減する方法。
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