JP2021532827A - 虚弱性の診断および／または予測のためのバイオマーカー - Google Patents

虚弱性の診断および／または予測のためのバイオマーカー Download PDF

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Abstract

本発明は、対象における虚弱性の診断および／または予測のためのバイオマーカーパネル、およびその使用に関する。本発明のバイオマーカーパネルは、ＥＧＲ１発現単独の、または２つのバイオマーカーのさらなるセットと組み合わせての、および／またはさらに３０を超えるさらなるバイオマーカーのさらなるパネルと組み合わせての、同定を含む。本発明はまた、対象における虚弱性の診断および／または予測のためのインビトロ方法、ならびに前記方法を実施するためのキットに関する。

Description

発明の詳細な説明
本発明は、分子生物学および医薬品の分野に含まれる。具体的には、本発明は、虚弱性の診断および／または予測のためのインビトロ方法に関する。より具体的には、本発明は、バイオマーカーまたは分子マーカーに関し、ならびに対象が虚弱性に罹患しているか否か、および／または虚弱性が進行しそうか否かを決定するためのその使用に関する。
〔発明の背景〕
老齢人口は、公衆衛生政策および社会経済開発の成功であり、かつ社会の課題である。社会は、高齢者の社会的ニーズおよび健康上のニーズを持続可能な方法で考慮しつつ、高齢者の福祉および社会的参加、ならびに高齢者に対するサービスの提供を確保しなければならない。加齢に伴って一連の生理学的変化が生じ、環境の要求に対する適応が徐々に失われ、脆弱性が増大する。老齢人口の問題の最も深刻な発現は、虚弱性の臨床症状である。
虚弱性（ｆｒａｉｌｔｙ）とは、高齢者の機能的蓄積および適応能力の低下を特徴とする、老年状態または老年症候群と定義される。この欠陥は、依存症に向かって確実に進行する、健康の全体的な衰えを決定づける。虚弱性は、施設入所、入院、転倒、障害および依存症などの重篤で有害な健康上の事象とは別の危険因子であることが証明されている。虚弱な人々は、同じ年齢および性別の、頑強（ｒｏｂｕｓｔ）であると考えられる人々よりも、依存状態になる可能性が６倍高い。虚弱性の罹患率は、それを測定するために使用される器具および研究の分野に依存して変化するが、７０歳超の人口の１５〜２５％の範囲である。依存症とは異なり、虚弱性は可逆的であり、運動を通じた筋力強化、食生活改善または多剤投与の制御に基づく干渉の有効性に関する証拠が豊富に存在する。したがって、虚弱性は検出可能であり、干渉を受けやすいと考えれば、虚弱性に作用することによって障害を防止することが可能である。虚弱性は別個に、死亡率、依存症、転倒および骨折、入院、ならびに健康に関連する生活の質の低下のより高いリスクと関連付けられている。
虚弱性の重要な要素は、複数の相互に関連した系の変化によって引き起こされる低強度ストレッサーに対する脆弱性の増加であり、これは、生物の機能的貯蔵および適応能力の低下につながる。これが、有害な健康上の事象を起こしやすくし、虚弱な人が罹患している機能的能力の喪失のために、正常な日々の発達を妨げる。
虚弱で高齢な対象の同定は、非常に関連性がある。これは、対象およびその家族のニーズに適合したパーソナライズされた干渉によって、依存症に向かう虚弱性の自然進行を停止することが可能になるからである。虚弱性に対処することは、依存症の防止において、重要な焦点である。依存症の発達を防ぐことは、それに対処することよりも重要でなくとも、同じくらいには重要であり、虚弱性の早期発見による発達を遅延することは、それが新しく可逆的なものである場合には、より効果的である。
近年、様々なヘルスケア分野において、虚弱な対象を同定するための多くの器具が提案されている。虚弱性を同定するための古典的なアプローチは、Ｆｒｉｅｄによって提唱された表現型、Ｔｉｌｂｕｒｇ ｆｒａｉｌｔｙ ｉｎｄｉｃａｔｏｒ、またはＦＲＡＩＬツールなどの予測尺度；Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｆｒａｉｌｔｙ ＳｃａｌｅまたはＧｅｒｏｎｔｏｐｏｌｅ Ｆｒａｉｌｔｙ Ｓｃａｌｅなどの専門家の臨床的判断；および最後に、Ｆｒａｉｌｔｙ Ｉｎｄｅｘ（Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ−Ｍａｎａｓ Ｌ、Ｆｒｉｅｄ ＬＰ．Ｌａｎｃｅｔ．２０１５；３８５（９９６８）：ｅ７−ｅ９）などの欠損カウントに基づいている。しかしながら、これまでのところ、これらはいずれも、国民保健制度における標準的技法には体系的に組み込まれていない。臨床環境において許容可能なツールのこのような欠落には、いくつかの理由があり、その中でも、以下は特筆すべきである：１）臨床環境におけるそれらの妥当性の確認が不十分であり、虚弱性の罹患率が、集団ベースの研究における既存の罹患率よりもはるかに高いこと、２）集団の二分的な特性付け（虚弱対非虚弱）により、対象のモニタリングおよび追跡が不可能になること、３）対象の一部が必要とする過剰な時間。
近年、臨床的特徴および機能的衰えの発達を伴う虚弱性の特徴である生理学的衰えに関与する分子メカニズムに関連する特定の分子バイオマーカーを同定および決定するための異なる試みもなされている。このように、虚弱な集団において、異なった発現をする異なる遺伝子を調べた研究もある。それらの大部分は、炎症（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−６およびＴＮＦ−α）、酸化的ストレス（例えば、一般的なマロンジアルデヒドレベルおよびタンパク質酸化レベル）、および代謝（例えば、グルコース、インスリン、サーチュイン１およびサーチュイン３）に関与する遺伝子であり（Ｃａｌｖａｎｉ Ｒら．ＳＰＲＩＮＴＴ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．Ａｇｉｎｇ Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｒｅｓ．２０１７年２月；２９（１）：２９−３４）；生物の異なる系に影響を及ぼす。しかし、その情報は、一貫しては検証されておらず、臨床実務および国民保健制度への転換は行われていない。
したがって、様々なヘルスケア分野における虚弱性のスクリーニングおよび診断を進めるために、とりわけ、前記スクリーニングおよび診断を単純に、客観的に、かつ確実に個別にまたは集団的に実施することを可能にする機能的および分子的ツールが、医療専門家が利用できるようにしなければならない。そのため、非侵襲的で個々の診療記録に日常的に含まれることさえ可能な、実用的にも一時的にも実施しやすいツールを作成し、検証することの重要性がますます必要になってきている。虚弱な人を迅速かつ容易に同定することを可能にする非侵襲的試験によるバイオマーカーの使用は、前記ツールであり得る。
〔発明の説明〕
虚弱性基質の生物学的基礎を理解するための虚弱性の分子マーカーを同定すること、ならびに、その適切な同定および検出のための単純、迅速、安価、確実および定量可能な機器を有することは、現在、革新的かつ工業的な潜在性を以て関心が高まっている分野である。この点に関して、本発明者らは、対象における虚弱性の診断および／または予測に有用なバイオマーカーを同定した。具体的には、本発明のバイオマーカーは、ＥＧＲ１遺伝子および／またはその発現産物もしくはタンパク質に関する。
したがって、本発明の第１の態様は、対象における虚弱性のインビトロ診断および／または予測のための、ＥＧＲ１バイオマーカー（以下、本発明のバイオマーカー）の遺伝子および／またはタンパク質発現レベルの使用に関する。
好ましい実施形態において、本発明の第１の態様は、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルの使用をさらに含む。好ましい実施形態において、本発明の第１の態様は、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４バイオマーカーのセットの発現レベルの使用を含む。
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態において、当該使用は、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを決定することをさらに含む。より好ましくは、本発明の第１の態様は、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、およびＴＲＡＶ８−３からなるリストから選択されるバイオマーカーのセットの発現レベルを決定することをさらに含む。
本発明の第１の態様の別の好ましい実施形態において、当該使用は、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉ−Ｒ６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、ＴＲＢＶ３−１、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを決定することをさらに含む。
別のより好ましい実施形態において、本発明の第１の態様は、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉ−Ｒ６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、およびＴＲＢＶ３−１からなるリストから選択されるバイオマーカーのセットの発現レベルを決定することをさらに含む。
好ましい実施形態において、本発明のバイオマーカーの発現レベルの決定は、対象の単離された生物学的試料において、インビトロで行われる。
「単離された生物学的試料」は、以下を含むが、これらに限定されない：細胞；組織；および／または当業者に公知の任意の方法によって、血液、血清、血漿、尿、および／または涙から選択される生物の生物学的流体。本発明における好ましい単離された生物学的試料は末梢血であるか、および／または末梢血細胞（ＰＢＭＣ）、より好ましくは単核細胞を含む。これらの細胞は例えば、Ｆｉｃｏｌｌを使用する密度勾配による分離によって単離されるが、これに限定されない。Ｆｉｃｏｌｌは、密度勾配媒体であり、本方法の遠心分離工程の間に媒体を通る細胞の差次的移動の原理に基づく。これらの細胞は、一旦単離されると、制御された条件下でインキュベートされ、これは、続く決定を信頼できるものにする。
本文書中で使用される場合、用語「虚弱性」または「虚弱性症候群」は、生理学的蓄積が低下した状態と、高齢化の加速に関連するストレス因子に対する脆弱性とを反映する老年症候群として定義される。虚弱性の生理病理学は、複数の相互に関連した系、特に免疫系、ホルモン系および内分泌系の脱調節に根ざしている。虚弱な人は、臨床的虚弱性尺度で測定され、分類されている一連の臨床的属性を共有している。これらの属性は、とりわけ、不随意的な体重減少、筋力低下、遅い歩行速度、疲労、低い身体活動、認知障害、および気分の変化を含む。他方、虚弱とみなされない個体は、「頑強である」個体であるか、または虚弱性の前段階である「依存症である」個体である。
本明細書中で使用される場合、用語「個体」または「対象」は、動物、好ましくは哺乳類、より好ましくはヒトに言及する。本明細書における用語「個体」は、「患者」の同義語であり、いかなる意味においても限定することを意図するものではなく、前者は、任意の年齢、性別、または任意の身体状態である。個体は、誰であっても、虚性弱に罹患しやすい個体であっても、前記疾患に罹患している個体であってもよい。
本発明の別の態様は、個体における虚弱の診断および／または予後のためのインビトロ方法に関する。以下、本発明の方法は、以下を含む：
（ａ）前記個体の単離された生物学的試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの遺伝子および／またはタンパク質の発現レベルを定量化すること、および、
（ｂ）工程（ａ）において得られた発現レベルを参照値と比較すること、
を含み、
前記バイオマーカーについての前記参照値に対する、患者の前記試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルの増加は、虚弱性を有すること、または罹患しやすいことを示す。
本発明の方法の別の好ましい実施形態において、当該方法は、工程（ａ）において、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを定量化することをさらに含む。本発明の方法の別のより好ましい実施形態において、当該方法はまた、工程（ａ）において、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーの発現レベルを決定することを含むことを特徴とする。
本発明の方法の別のより好ましい実施形態において、当該方法は、工程（ａ）において、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを決定することをさらに含むことを特徴とする。より好ましくは、当該方法は、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９およびＴＲＡＶ８−３からなるリストから選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定することをさらに含む。
別の好ましい実施形態において、本発明の方法は、工程（ａ）において、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉ−Ｒ６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、ＴＲＢＶ３−１、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択されるバイオマーカーのセットを決定することを含む。より好ましくは、当該方法は、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉ−Ｒ６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、およびＴＲＢＶ３−１からなるリストから選択されるバイオマーカーのセットの発現レベルを決定することを含む。
好ましい実施形態において、本発明の方法の工程（ａ）において、すべてのバイオマーカーの発現レベルは、同時に定量化することができ、または前記バイオマーカーのいずれか、もしくはそれらの任意の組み合わせを独立して選択することができる。
「診断」は、疾病または疾患、好ましくは虚弱性が同定される方法として、解釈される。本発明において、用語「診断」は、虚弱性または虚弱性症候群に罹患した個体または罹患していない個体を区別する能力に言及する。用語「予測」は、疾病、好ましくは虚弱性または虚弱性症候群の発生または経過において起こることの予想を確立する方法に言及する。予測は、予想される疾病の発展として理解され、対象が疾病に罹患する確率の評価、およびその始まりの評価、その発生、発展、もしくは退行の状態の評価、ならびに／または将来の疾病の経過の予測に言及する。当業者が理解するように、この評価は、そうであることが好ましいが、通常は、診断される対象について１００％正確であるわけではない。しかしながら、当該用語は、疾病に罹患しているか、または同じ傾向を有する対象の統計的に有意な割合を同定することを必要とする。統計的に有意な量とは、異なる統計的ツールを使用することによって、当業者によって確立され得る。異なる統計的ツールは例えば、信頼区間を決定すること、有意なｐ値を決定すること、スチューデントのｔ検定もしくはＦｉｓｈｅｒの判別関数、ノンパラメトリックＭａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ測定、Ｓｐｅａｒｍａｎの相関、ロジスティック回帰、線形回帰、ＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）であるが、これらに限定されない。好ましくは、信頼区間は、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％である。好ましくは、ｐ値は、０．１未満、０．０５未満、０．０１未満、０．００５未満、または０．０００１未満である。好ましくは、本発明は、特定の分析された群または集団の対象のうち、少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、さらに好ましくは少なくとも８０％、またはさらに好ましくは少なくとも９０％の疾病が異なる様式で正確に同定されることを可能にする。
本発明に記載されるバイオマーカー、遺伝子および／またはタンパク質の発現レベルは、特定の発現プロファイルを提供する。用語「発現レベル」は、「遺伝子産物量」または「発現産物量」としても言及されるが、ＲＮＡであろうとタンパク質であろうと、遺伝子発現の結果であろうと、生化学物質に言及する。遺伝子産物量の測定を使用して、遺伝子がどの程度活性であるかを推定することがある。「遺伝子発現プロファイル」とは、単離された生物学的試料における、本発明に記載される対象の遺伝子またはバイオマーカーによって産生されるｍＲＮＡおよび／またはタンパク質の定量後に得られる遺伝子プロファイルとして、理解される。バイオマーカーの発現プロファイルは、好ましくは、単離された生物学的試料中に存在する全ＲＮＡの抽出の前に、その転写由来のｍＲＮＡレベルを決定することによって、行われる。ｍＲＮＡレベルの決定は、当技術分野で公知のプロトコルによって、行うことができる。本発明のバイオマーカーの発現産物量の検出は、当技術分野において公知の任意の手段によって、行われ得る。本発明の著者らは、半定量的または定量的な様式でのこれらのバイオマーカーと比較した抗体の量または濃度の検出が、対象における虚弱性の診断および／または予測を可能にすることを示した。これらの遺伝子の発現産物の量または濃度の測定は、好ましくは半定量的または定量的な様式で、直接的または間接的に行われ得る。直接的な測定は、前記遺伝子の転写物またはタンパク質から直接得られるシグナルに基づく、遺伝子の発現産物の量または濃度の測定に関する。当該シグナルは、遺伝子によって産生されるＲＮＡ分子やタンパク質分子の数と直接相関している。強度シグナルとも言及できる前記シグナルは、例えば前記生成物の化学的または物理的特性の強度値を測定することによって、得ることができる。間接的な測定は、第２の構成要素または生物学的測定系（例えば、細胞応答、リガンド、「標識」または酵素反応産物の測定）から得られる測定を含む。
本発明において生物学的マーカーとして使用される遺伝子の転写由来のｍＲＮＡレベルの決定は例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による増幅、ポリメラーゼ連鎖反応と組み合わせた逆転写（ＲＴ−ＰＣＲ）、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、リガーゼ連鎖反応と組み合わせた逆転写（ＲＴ−ＬＣＲ）、または任意の他の核酸増幅法；遺伝子発現の連続解析（ＳＡＧＥ、ＳｕｐｅｒＳＡＧＥ）；任意のメカニズムによって堆積したオリゴヌクレオチドを用いて調製されたＤＮＡマイクロアレイ；フォトリソグラフィーによって、または任意の他のメカニズムによってインサイチュで合成されたオリゴヌクレオチドを用いて調製されたＤＮＡマイクロアレイ；任意の標識法で標識された特異的プローブを使用するインサイチュハイブリダイゼーション；電気泳動ゲル；膜転写、および特異的プローブとのハイブリダイゼーション；常磁性診断ナノ粒子または抗体で官能化された任意の他の種類の検出可能なナノ粒子を使用する核磁気共鳴または任意の他の診断用画像化技術によって、または任意の他の手段によって、行うことができるが、これらに限定されない。本発明において生物学的マーカーとして使用される遺伝子の発現の定量的検出は、より好ましくはリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲまたはＲＴｑＰＣＲ）によって、行うことができる。増幅産物のリアルタイム検出は、二本鎖ＤＮＡ中に散在する蛍光分子を使用することによって、または異なるタイプのプローブとのハイブリダイゼーションによって、行うことが出来る。
別の好ましい実施形態において、遺伝子発現プロファイルは、本発明において生物学的マーカーとして使用される遺伝子の転写由来のｍＲＮＡ翻訳のタンパク質産物の検出および／または定量化によって得ることができる。これは、例えば、ウェスタンブロット、サイトメトリー、ラジオイムノアッセイ、およびラジオイムノメトリー技術、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、またはそれらの任意の組み合わせによる免疫検出によるものであるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「比較」は、分析される生物学的試料（問題の生物学的試料とも呼ばれる）における本発明のバイオマーカーの発現レベルと、１つ以上の参照試料の発現レベルとの比較に言及するが、これに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「参照値」または「参照量」は、本発明のバイオマーカーの遺伝子および／またはタンパク質発現レベルの絶対量または相対量に言及する。これらは、疾病に罹患している個体、または疾病に罹患するであろう個体、すなわち虚弱な個体および／または依存症な個体を、疾病に罹患していない個体、または罹患しないであろう個体、すなわち頑健な個体と区別することを可能にする。前記値または量は、本発明の方法によって、例えば問題の生物学的試料と同時に、または連続して分析することができる参照試料から、決定することができる。このように、非限定的な様式の例として、参照試料は、ネガティブコントロール、すなわち、疾病、虚弱性に罹患していない個体、すなわち頑強な個体の試料において、本発明の方法によって検出される量であり得る。
本発明の方法のセクション（ｂ）に記載される比較は、手動またはコンピュータアシストであり得る。
用語「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、本明細書中で互換的に使用され、ヌクレオチドの、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）およびデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）の両方の任意の長さの高分子形態に言及する。用語「アミノ酸配列」、「ペプチド」、「オリゴペプチド」、「ポリペプチド」および「タンパク質」は、本明細書中で互換的に使用され、アミノ酸の任意の長さの高分子形態に言及し、コードまたは非コードであり得、化学的または生化学的に修飾され得る。
本発明の目的であるバイオマーカーの特性を以下に記載する。
本発明の文脈において、ＥＧＲ１（初期成長応答タンパク質１）は、Ｚｉｆ２６８（ジンクフィンガータンパク質２２５）、ＮＧＦＩ−Ａ（神経成長因子誘導タンパク質Ａ）、ＡＴ２２５、Ｇ０Ｓ３０、ＫＲＯＸ−２４、ＴＩＳ８、ＺＮＦ２２５、転写因子ＥＴＲ１０３、ＴＩＳ８としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１９５８を有する、配列番号１のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ１８１４６を有する、配列番号２のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＥＧＲ１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号１に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＤＤＸ１１Ｌ１またはＤＥＡＤ／Ｈ−ｂｏｘヘリカーゼ１１ｌｉｋｅ１は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１００２８７１０２を有する、配列番号３のヌクレオチドの配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｂ７ＺＧＸ０を有する、配列番号４のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号４と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＤＤＸ１１Ｌ１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ｍｉＲ−４５４またはＭｉｃｒｏＲＮＡ４５４、Ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：７６８２１６を有する、配列番号５のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＣＤ６９は、ＣＬＥＣ２ＣまたはＭＬＲ−３としても知られ、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：９６９を有する、配列番号６２のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によって定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ０７１０８を有する、配列番号６３のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含む：ａ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号６３と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＩＳＨタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号６２に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＰＴＥＮは、ＢＺＳまたはＭＨＡＭとしても知られ、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：５７２８を有する、配列番号６４のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によって定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ６０４８４を有する、配列番号６５のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含む：ａ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号６５と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＩＳＨタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号６４に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＪＵＮは、ＡＰ１、Ｃ−ＪＵＮまたはＰ３９としても知られ、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：３７２５を有する、配列番号６６のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によって定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ０５４１２を有する、配列番号６７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含む：ａ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号６７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＩＳＨタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号６６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＩＳＨ（サイトカイン誘導性ＳＨ２含有タンパク質）は、ＢＡＣＴＳ２、ＣＩＳ、ＣＩＳ−１、Ｇ１８またはＳＯＣＳとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１１５４を有する、配列番号６のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９ＮＳＥ２を有する、配列番号７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含む：ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＩＳＨタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＤＤＸ１１Ｌ１０（ＤＥＡＤ／Ｈ−ｂｏｘヘリカーゼ１１ｌｉｋｅ１０）は、ＤＤＸ１１Ｌ１またはＤＤＸ１１Ｐとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１００２８７０２９を有する、配列番号８のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｂ７ＺＧＸ５を有する、配列番号９のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号９と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＤＤＸ１１Ｌ１０タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号８に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＬＯＣ１０１９２９７７５は、Ｃ−Ｊｕｎ−アミノ末端キナーゼ相互作用タンパク質１−ｌｉｋｅとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１０１９２９７７５を有する、配列番号１０のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＬＯＣ６４４１７２は、ＭＡＰＫ８ＩＰ１Ｐ２（マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ８相互作用タンパク質１偽遺伝子２）としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：６４４１７２を有する、配列番号１１のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＮＳＦ（−Ｎ−エチルマレイミド感応性因子）は、ＳＫＤ２またはＳＥＣ１８としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：４９０５を有する、配列番号１２のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によって定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９６Ｄ４７を有する、配列番号１３のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号１３と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＮＳＦタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号１２に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＪ１７（Ｔ細胞受容体α結合１７）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８７３８を有する、配列番号１４のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０７５Ｂ６Ｗ８を有する、配列番号１５のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号１５と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＪ１７タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号１４に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＪ１９（Ｔ細胞受容体α結合１９（非機能的））は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８７３６を有する、配列番号１６のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０７５Ｂ６Ｙ４を有する、配列番号１７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号１７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＪ１９タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号１６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＶ８−３（Ｔ細胞受容体α可変体８−３）は、ＴＣＲＡＶ１Ｓ４、ＴＣＲＡＶ８Ｓ３またはＴＲＡＶ８３としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８６８３を有する、配列番号１８のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０Ａ６ＹＹＪ７を有する、配列番号１９のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号１９と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＶ８−３タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号１８に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＤ４０Ｌ（リガンドＣＤ４０）は、ＩＧＭ；ＩＭＤ３；ＴＲＡＰ；ｇｐ３９；ＣＤ１５４；ＨＩＧＭ１；Ｔ−ＢＡＭ；ＴＮＦＳＦ５およびｈＣＤ４０Ｌとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：９５９を有する、配列番号２０のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ４５ＱＸ２を有する、配列番号２１のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２１と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＤ４０Ｌタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号２０に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＬＤＮ１２（クローディン１２）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：９０６９を有する、配列番号２２のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ５６７４９を有する、配列番号２３のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２３と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＬＤＮ１２タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号２２に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＮＴＮＡＰ３（コンタクチン関連タンパク質−Ｌｉｋｅ３）は、ＣＡＳＰＲ３；ＣＮＴＮＡＰ３Ａとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：７９９３７を有する、配列番号２４のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９ＢＺ７６を有する、配列番号２５のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２５と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＮＴＮＡＰ３タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号２４に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ（コンタクチン関連タンパク質−Ｌｉｋｅ３Ｂ）は、ＣＡＳＰＲ３Ｂとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：７２８５７７を有する、配列番号２６のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９６ＮＵ０を有する、配列番号２７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＮＴＮＡＰ３Ｂタンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号２６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＳＲＮＰ１（システインおよびセリンリッチ核タンパク質１）は、ＡＸＵＤ１；ＵＲＡＸ１；ＴＡＩＰ−３；ＣＳＲＮＰ−１およびＦＡＭ１３０Ｂとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：６４６５１を有する、配列番号２８のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９６Ｓ６５を有する、配列番号２９のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号２９と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＳＲＮＰ１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号２８に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＣＴＳＬＰ８（カテプシンＬ偽遺伝子８）は、ＣＴＳＬ１Ｐ８としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１５１８を有する、配列番号３０のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＣＸＣＬ８（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカインリガンド８）は、ＩＬ８；ＮＡＦ；ＧＣＰ１；ＬＥＣＴ；ＬＵＣＴ；ＮＡＰ１；ＧＣＰ−１；ＬＹＮＡＰ；ＭＤＮＣＦ；ＭＯＮＡＰおよびＮＡＰ−１としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：３５７６を有する、配列番号３１のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ１０１４５を有する、配列番号３２のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号３２と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＣＸＣＬ８タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３１に含まれるものがある。
本発明の文脈において、Ｇ０Ｓ２（Ｇ０／Ｇ１スイッチ２）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：５０４８６を有する、配列番号３３のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ２７４６９を有する、配列番号３４のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号３４と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＧ０Ｓ２タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３３に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＧＣＮＴ４（グルコサミニル（Ｎ−アセチル）トランスフェラーゼ４、コア２）は、Ｃ２ＧＮＴ３としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：５１３０１を有する、配列番号３５のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９Ｐ１０９を有する、配列番号３６のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号３６と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＧＣＮＴ４タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３５に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＧＪＢ６（ギャップ結合タンパク質β６）は、ＥＤ２；ＥＤＨ；ＨＥＤ；ＣＸ３０；ＨＥＤ２；ＤＦＮＡ３；ＥＣＴＤ２；ＤＦＮＡ３ＢおよびＤＦＮＢ１Ｂとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１０８０４を有する、配列番号３７のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｑ９５４５２を有する、配列番号３８のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号３８と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＧＪＢ６タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３７に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＩＧＨＶ２−２６（免疫グロブリン重可変体２−２６）は、ＶＨおよびＩＧＨＶ２２６としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８４５５を有する、配列番号３９のヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０Ｂ４Ｊ１Ｖ２を有する、配列番号４０のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号４０と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＩＧＨＶ２−２６タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号３９に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＬＯＣ１００５０５５３０は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１００５０５５３０を有する、配列番号４１のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＬＯＣ１０５３７８９１６は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１０５３７８９１６を有する、配列番号４２のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉｃｒｏＲＮＡ３９４１、ＭＩＲ３９４１またはＨｓａ−ｍｉＲ−３９４１は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１００５００８６６を有する、配列番号４３のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ４８７Ａ、ＭＩＲ４８７ＡまたはＨｓａ−ｍｉＲ−４８７Ａは、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：６１９５５５を有する、配列番号４４のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ｍｉＲ−６２６、ｍｉｃｒｏＲＮＡ６２６、ＭＩＲ６２６またはＨｓａ−ｍｉＲ−６２６は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：６９３２１１を有する、配列番号４５のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。
本発明の文脈において、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２（ＭＴ−ＲＮＲ２−ｌｉｋｅ２）は、ＨＮ２としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：１００４６２９８１を有する、配列番号４６のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ０ＣＪ６９を有する、配列番号４７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号４７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＭＴＲＮＲ２Ｌ２タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号４６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＲＬＮ１（リラキシン１）は、Ｈ１；Ｈ１ＲＬＸ；ＲＬＸＨ１；ｂＡ１２Ｄ２４．３．１およびｂＡ１２Ｄ２４．３．２としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：６０１３を有する、配列番号４８のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ０４８０８を有する、配列番号４９のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号４７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＲＬＮ１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号４８に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＩＡ１（ＴＩＡ１細胞毒性顆粒関連ＲＮＡ結合タンパク質）は、ＷＤＭおよびＴＩＡ−１としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：７０７２を有する、配列番号５０のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ｐ３１４８３を有する、配列番号５１のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号５１と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＩＡ１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号５０に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＪ１４（Ｔ細胞受容体α結合１４）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８７４１を有する、配列番号５２のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ｎ４Ｚ３を有する、配列番号５３のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号５３と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＪ１４タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号５２に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＪ１６（Ｔ細胞受容体α結合１６）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８７３９を有する、配列番号５４のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ７５Ｂ６Ｖ０を有する、配列番号５５のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号５５と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＪ１６タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号５４に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＪ４８（Ｔ細胞受容体α結合４８）は、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８７０７を有する、配列番号５６のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０７５Ｂ６Ｖ３を有する、配列番号５７のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号５７と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＪ４８タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号５６に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＡＶ１６（Ｔ細胞受容体α可変体１６）は、ＴＣＲＡＶ９Ｓ１およびＴＣＲＡＶ１６Ｓ１としても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８６６７を有する、配列番号５８のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ０Ａ６ＹＹＫ６を有する、配列番号５９のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号５９と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＡＶ１６タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号５８に含まれるものがある。
本発明の文脈において、ＴＲＢＶ３−１（Ｔ細胞受容体α可変体３−１）は、ＴＲＢＶ３１；ＴＣＲＢＶ３Ｓ１およびＴＣＲＢＶ９Ｓ１Ａ１Ｔとしても知られるが、ＮＣＢＩにおける遺伝子番号：２８６１９を有する、配列番号６０のヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列によっても定義される。当該配列は、ＵｎｉＰｒｏｔデータベースにおけるアクセス番号：Ａ０Ａ５７６を有する、配列番号６１のタンパク質のコード配列を構成し、以下とは異なる変異体を含み得る：ａ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、ｂ）相補鎖がａ）のポリヌクレオチド配列とハイブリッドする核酸分子、ｃ）配列が、遺伝子コードの縮重に起因して、ａ）および／またはｂ）とは異なる核酸分子、ｄ）配列番号６１と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子、および前記核酸によってコードされるポリペプチドがＴＲＢＶ３−１タンパク質の活性および構造特性を示す核酸分子。前記核酸分子の中には、配列番号６０に含まれるものがある。
本発明のバイオマーカーの活性の計測は、当技術分野で公知の任意の手段によって、行うことができる。さらに、多型または変異の存在は、ＤＮＡシークエンスによって、決定され得る。
本明細書中で使用される意味において、用語「変異体」は、本発明のバイオマーカーのいずれかと実質的に等価であるタンパク質に言及する。一般的に、変異体は、アミノ酸および／またはヌクレオチドの付加、欠失または置換を含む。また、用語「変異体」は、例えばリン酸化、グリコシル化、ＳＵＭＯ化、メチル化またはアシル化などであるがこれに限定されない翻訳後修飾から生じるタンパク質も含む。
本明細書中で使用される場合、そのアミノ酸および／またはヌクレオチド配列が本発明のバイオマーカーのアミノ酸および／またはヌクレオチドと良好なアラインメントを有する場合に、すなわち、そのアミノ酸および／またはヌクレオチド配列が本発明のバイオマーカーのアミノ酸および／またはヌクレオチド配列に対して、少なくとも５０％、典型的には少なくとも８０％、有利には少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性レベルを有する場合に、バイオマーカーは本発明のバイオマーカーと「実質的に等価」である。本発明のバイオマーカーと等価な配列は、例えば配列を比較するために適したコンピュータプログラムを用いて、当業者によって容易に同定され得る。本明細書中で使用される場合、「機能的に等価である」という表現は、問題のタンパク質または当該タンパク質の断片が、本文書に記載されている生物学的または免疫学的特性を本質的に保持していることを意味するものである。前記能力は、従来の方法によって、決定され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「同一性」は、比較される２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間で同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸の割合に言及する。配列を比較するための方法は、当技術分野で公知であり、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘｅｆら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２：２８７（１９８４））、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、（ＷＩ）；ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴＰまたはＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、１９９９．ＪＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１）を含むＧＡＧプログラムを含むが、これらに限定されない。
本文書に記載される診断および予測方法は、本文書に記載されるバイオマーカーの発現レベルと虚弱性に罹患するリスクとの間の関係を捕捉するように、設計される。本文書に記載される方法によって個体が診断されると、または患者によって特性付けられる疾病の状態に応じて適切と考えられる治療または干渉レジメンに従って、この個体は治療され得るか、干渉が行われ得る。
本発明の別の態様は、キットまたはデバイス（以下、本発明のキット）に関する。当該キットは、個体の単離された生物学的試料における本発明のバイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素を含む。
好ましい実施形態において、本発明のキットは、バイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素を含む。別の好ましい実施形態において、本発明のキットは、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４バイオマーカー、および／またはそれらの任意の組み合わせの発現レベルを定量化するために必要な要素をさらに含む。より好ましくは、キットは、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素を含む。別のより好ましい実施形態において、キットは、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択されるバイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素をさらに含む。
別のより好ましい実施形態において、キットは、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、ＴＲＢＶ３−１、またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択されるバイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素をさらに含む。
別のより好ましい実施形態において、キットは、ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６およびＴＲＢＶ３−１からなるリストから選択されるバイオマーカーのセットの発現レベルを定量化するために必要な要素を含む。
この態様の別のより好ましい実施形態において、本発明のバイオマーカーの発現レベルを定量化するために必要な要素は、プライマー、プローブおよび／または抗体からなるリストから選択される。
本発明のこの態様の好ましい実施形態において、単離された試料は、末梢血であり、さらにより好ましくは末梢血単核細胞である。
前記キットまたはデバイスは、当技術分野に存在する方法のいずれか、および／または本文書に記載される方法のいずれかによって、本発明のバイオマーカーを決定するために必要なすべての試薬を含み得る。キットはまた、限定されるものではないが、緩衝液、汚染を防止するための薬剤、遺伝子および／またはタンパク質分解阻害剤なども含み得る。さらに、キットは、それを開始および最適化するために必要なすべての媒体および容器を含み得る。好ましくは、キットは、本発明の方法のいずれかを行うための説明書をさらに含む。
本発明のこの態様の別の好ましい実施形態において、本発明のキットまたはデバイスは、パーツキットであり、工程ａ）の試料を収集するためのデバイスによって形成される構成要素Ａと、工程ａ）の試料の定量分析または本発明の方法のいずれかを行うために必要な要素によって形成される構成要素Ｂとを含む。
本発明の別の態様は、個体における虚弱性のインビトロ診断および／または予測のための、本発明のキットの使用に関する。
本文書および特許請求の範囲を通じて、用語「含む」およびその変形は、他の技術的特徴、付加物、構成要素または工程を排除することを意図しない。当業者にとって、本発明の他の目的、利点および特徴は、本発明の説明および実際の使用の両方から推論され得る。以下の実施例および図面は、例示のために提供され、本発明を限定することを意図しない。
〔図面の簡単な説明〕
〔図１〕分析した患者（ｎ＝２６）の試料における虚弱性の罹患率を示すグラフであり、分析した試料において、男性に対して虚弱な女性の数の有意な増加を観察した（ｐ＜０．００１）。
〔図２〕（Ａ）Ｔｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏ試験（ＴＵＧ）のボックスプロット形式のデータであり、男性と女性との間でｐ＜０．００１の統計的有意性が観察される；および（Ｂ）歩行速度（ＧＳ）のボックスプロット形式のデータであり、男性と女性との間でｐ＝０．７１１の統計的有意性が観察される。
〔図３〕（Ａ）本発明において分析され、調査されたすべての試験によると頑強な対象および虚弱な対象のグループ間で異なって発現されたバイオマーカーの発現の階層的グループ化。（Ｂ）分析した患者の試料における各分類器の感度および特異度の値。（Ｃ）複合共変量予測分類子により、本発明の３５個のバイオマーカーのセットを用いて得られたＲＯＣ曲線。
〔図４〕オリジナルコホート（ｎ＝２６）の対象セットにおける、頑強な個体（黒四角）と虚弱な個体（白四角）との間のＤＤＸ１１Ｌ１（Ａ）、ＥＧＲ１（Ｂ）、およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（Ｃ）バイオマーカーの遺伝子発現の解析。バイオマーカーとコントロールとして使用される参照遺伝子との間のサイクル差（Ｃｔ）が示されており、前記マーカーのサイクル数の大きな値は、当該マーカーのより低い発現を伴うことを意味する。（Ｄ）この図は、頑健な群に対して、虚弱な集団におけるバイオマーカーの発現が高かった回数（ＥＧＲ１の場合）または低かった回数（ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４の場合）を示す。
〔図５〕示された各試験に従って得られた検証集団（ｎ＝１８２）におけるＥＧＲ１バイオマーカーの遺伝子発現の解析。黒四角は頑強な個体を表し、白四角は虚弱な個体を表す。Ｃａｒｌｓｏｎ試験では、灰四角は依存症の個体を表す。
〔図６〕実施されたすべての試験において個体が頑強または虚弱であると同定された５８個体のサブコホートにおける、ＥＧＲ１バイオマーカー発現。
〔図７〕元々のコホート（ｎ＝２５）（Ａ）およびｑＰＣＲによる検証コホート（ｎ＝５８）（分類末端）（Ｂ）における、ＥＧＲ１バイオマーカーのＲＯＣ曲線。
〔図８〕ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４のバイオマーカーの組み合わせを含む、検証コホート（ｎ＝１８２）から選択された５８個の試料のサブコホートにおける３つの遺伝子のＲＯＣ曲線。
〔図９〕ｑＰＣＲにより評価した虚弱または頑強な個体における、ＥＧＲ１関連遺伝子、ＣＤ６９、ｃ−ＪｕｎおよびＰＴＥＮの遺伝子発現。
〔図１０〕健康な対象（頑強）から得て、その頑強な状態を維持するか（頑強な細胞）、または連続継代により虚弱に変化した（虚弱な細胞）培養線維芽細胞におけるＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４バイオマーカーの遺伝子発現。
〔実施例〕
本発明は、本発明の産物の有効性を明らかにする、本発明者らによって行われた試験によって、以下に説明される。
〔実施例１．虚弱性バイオマーカーの同定〕
プライマリーケアリサーチユニットは、Ｇｕｉｐｕｚｃｏａ州（スペイン）のコミュニティから１０００人の対象のコホートを形成した。具体的には、対象は、ＯＳＩ ＢｉｄａｓｏａおよびＯＳＩ Ｄｏｎｏｓｔｉａｌｄｅａに由来し、関係のプライマリーケア専門家に参加するように招待された。インフォームドコンセントを与えた後、彼らは、１回の対面インタビューを依頼され、計画された基礎評価が行われた。当該基礎評価は、社会人口統計学的および健康状態データ（ＫＯＳ）の収集、人体計測の測定、ＴｉｌｂｕｒｇおよびＢａｒｔｈｅｌ試験アンケート、ならびにＴｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏおよび歩行速度などの機能遂行試験を含む。さらに、現在の共疾病率、慢性的な処方、ならびに転倒の発生および医療サービスの使用に関する情報を、彼らの医療記録に基づいて得た。得られた結果は、対象の５６％が女性であり、コホートの平均年齢は８３歳であることを確認した。
虚弱性は、調査される試料において非常に一般的な状態であるが、これは使用される同定器具、ツール、または試験に依存して変化する。したがって、Ｔｉｌｂｕｒｇ質問票に基づく虚弱性を考慮すると、罹患率は３０％であるが、図１で観察されるように、これは性別によって異なり、女性については３８．０％の虚弱性を示すのに対して、男性については２２．４％の虚弱性を示す（ｐ＜０．００１）。分析された個体の試料について、機能遂行試験、Ｔｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏおよび歩行速度で得られた結果は、図２に見られるように、虚弱な個体の割合（ＴＵＧにおいて５０％）が、Ｔｉｌｂｕｒｇ試験で観察された割合（３８．４６％）よりも高いことを示した。さらに、これらの調査はまた、転倒または入院などの有害事象に罹患するリスクを有する対象の割合が高く、性別を考慮した場合、特にＴｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏ試験の場合に有意差があることを示す（図２Ａ）。最後に、Ｂａｒｔｈｅｌ試験は、個体を頑強、虚弱、及び依存症にグループ分けすることを可能にした。
完全なトランスクリプトームの分析のために計画された年齢、性別および年齢幅に関する代表性を維持しつつ、Ｔｉｌｂｕｒｇにより頑強および虚弱と記載された個体の群を無作為に選択した。実施した試験に基づいて母集団グループに分類した２６人の対象全体を選択し、その詳細を表１に示す。
Figure 2021532827
表１に記載した２６人の対象の分類に使用した異なる分類ツールの比較を行った。結果は、使用された機能的ツールまたは試験に基づいて、頑強、虚弱および依存へのグループ分けが変化することを示し、母集団グループにおける個体数は表２に要約する。得られた差異にもかかわらず、分析したすべての分類尺度または試験において、虚弱または頑強な個体とみなされる対象が存在すると見ることが可能であった（表１）。
Figure 2021532827
次に、調査されたコホートにおいて特性付けられた異なる母集団グループについてトランスクリプトーム調査を実施する（表１）。最初に、発現アレイによってバイオマーカーを検索するために、調査におけるすべての参加者（ｎ＝２６）から採血した。ＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ）により、血液細胞（末梢血単核細胞−ＰＢＭＣ）からＲＮＡを単離した。ＲＮＡの量を、吸光度（Ｎａｎｏｄｒｏｐ）による特性付けによって、試料当たりで定量化し、個体当たり２μｇをアリコートした。
ＨｕＧｅｎｅ−２＿０−ｓｔ−ｖ１発現アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）をトランスクリプトーム解析に使用し、この調査に含まれる対象（ｎ＝２６）から採血された血液試料の単離されたＲＮＡ中に存在する４８２２６個の転写物の発現を分析した。Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｃｏｎｓｏｌｅソフトウェアによりＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ品質管理をした後、Ｒ−Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒにより実施するＲＭＡ（Ｒｏｂｕｓｔ Ｍｅｄｉａｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ）により、データを標準化した。さらに、試料および得られたデータについて、アレイ自身の内部コントロール、ならびに階層的クラスタリングおよび主成分分析（ＰＣＡ）による調査の使用を用いて、また考えられる技術的異常値の探索を用いて、品質管理を行った。
データ解析は２６人の対象について行い、表１に示した頑強な群および虚弱な群に記載された尺度および試験を使用して、虚弱な個体の分子パターンに対して、頑強な個体が示した分子パターンを比較した。虚弱な個体の分子パターンは、Ｔｉｌｂｕｒｇ試験、Ｔｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏ試験、またはＧａｉｔ Ｓｐｅｅｄ試験のいずれに基づいて分析が行われるかに応じて、変化し、非常に不均一である（図３Ａ）。
次いで、使用された５つの尺度またはツールにおいて虚弱または頑強である個体の試料を選択した。これにより、頑強な群および虚弱な群の分子パターンの明確な差異を観察することが可能になる。さらに、虚弱な個体の感度および特異度の値は、化合物共変量予測子（ＣＣＰ）、対角線形判別解析（ＤＬＤＡ）、１−最近傍（１ＮＮ）、３−最近傍（３ＮＮ）、最近傍中心（ＮＣ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）およびベイジアン複合共変量予測子（ＢＣＣＰ）などの異なる統計的分類器によって、特異的に決定した。
前述の異なる分類器を用いて得られた結果は、３５個のバイオマーカーのセット（表３）が同定されることを可能にした。これにより、有望なＲＯＣ曲線（曲線下の面積：０．９４３）を用いて、頑強な個体と虚弱な個体とを区別することが可能になる（図３Ｃ）。この３５個の遺伝子のセットの選択のために行われた分析は、０．７１４〜０．８５７の間の感度および０．８〜１の間の特異度を示す（図３Ｂ）。最良の結果（感度０．８５７および特異度１）は、３ＮＮおよびＮＣ分類器を用いて得られる。
表３は、見込まれる虚弱性バイオマーカーとして同定された３５個のバイオマーカーのリストを、その統計値と共に含む。
Figure 2021532827
Figure 2021532827
したがって、使用される５つの尺度またはツールにおいて虚弱または頑強である個体の試料の分析は、得られた結果を区別することを可能にし、本発明において記載された方法および得られた結果に対して、現在までに当技術分野で知られているいかなる調査においても示されていない有効性および健全性を提供する。ここで、得られた結果は、虚弱性を同定するための１つまたは２つの機能的尺度またはツールに由来する。主成分分析（ＰＣＡ）の分析は、虚弱性を評価するために使用される尺度およびツール（臨床試験）が、その不均一性にもかかわらず、分類ツールとなり得、当該分類ツールが、その結果を異なる分子発現パターンと相関させることを可能にすることを示す。
次の工程は、日常の臨床診療において使用することができる十分に健全なプロファイルを得ることであった。そのために、上述の同定された３５個のバイオマーカー（表３）に基づいて、虚弱な個体が高い特異度および感度で同定されることを可能にする最小の分子パターンが求められた。そのために、Ｔ検定により統計解析を行い（Ｆｃ＞｜２｜、およびｐ値＜０．０５）、ＥＧＲ１バイオマーカーを、虚弱な個体を同定するために最も再現性があり確かな候補として同定した。アレイから得られたデータにおいて、ＥＧＲ１は、曲線下面積０．８３１（ｐ＝０．００９）を示し、所定のカットオフ点６．１８について感度１００％および特異度８７．５％を有する。
表３に示すデータを考慮すると、ＥＧＲ１に加えて、ＥＧＲ１ほど良好ではないが、虚弱な個体を同定するための良好なデータを別々に有する他のバイオマーカーが存在することが分かる。このように、本発明者らは、３個のバイオマーカー、ＥＧＲ１、ＤＤＳおよびｍｉＲ４５４の組み合わせが、虚弱な個体の同定において相乗効果を有し、曲線下値０．８６８（ｐ＝０．００４）を提供し、感度１００％および特異度９４．１％を有することを示す。
次に、トランスクリプトーム解析で同定され、虚弱な個体と頑強な個体との間で異なって発現する３５個の遺伝子のセットから選択された３つの遺伝子を検証した。最初に、元々のマイクロアレイで使用された頑強な個体および虚弱な個体の試料におけるその発現を、定量的ＰＣＲ（ＲＴｑＰＣＲ）によって、分析した。この分析は、マイクロアレイにおいて得られた結果を確認し、ＥＧＲ１遺伝子（配列番号１）の発現レベルが増加したが、ＤＤＸ１１Ｌ１遺伝子（配列番号３）の発現レベル、およびｍｉＲＮＡであるｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（配列番号５）の発現レベルは、頑強な個体と比較して虚弱な個体において減少したことが観察された（図５）。
ＤＤＸ１１Ｌ１遺伝子（配列番号３）と組み合わせて、およびｍｉＲＮＡであるｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（配列番号５）と組み合わせて、使用することができるＥＧＲ１遺伝子（配列番号１）が虚弱性バイオマーカーとして一度同定し、再度ｑＰＣＲ技術によってＥＧＲ１バイオマーカーが同定されたが、虚弱な個体と頑強な個体との間の前記バイオマーカーの差異は、より広い集団系列（ｎ＝１７２）においてより大きかった。Ｑｉａｇｅｎ社のＥＧＲ遺伝子のための事前設計されたプローブ（ＥＧＲ１（ＱＴ００９９９９６４）用、内因性遺伝子としてＢ２Ｍ（ＱＴ０００８８９３５）を使用）を用いて、ＲＴｑＰＣＲは実施された。この検証系列の臨床的特徴を表４に要約する。
Figure 2021532827
虚弱性バイオマーカーＥＧＲ１（配列番号１）について、この検証コホートにおいて得られた結果は、以前に得られたデータを確認し、前記バイオマーカーの発現が変化したことを示す。その発現は、頑強な個体における前記バイオマーカーの発現に対して、虚弱な個体において有意に増加する（ｐ＝０．０２６０）。ＥＧＲ１バイオマーカー（配列番号１）の発現レベルは、分析されたすべての機能的試験および尺度を使用した虚弱な個体において増加する（１．０７〜１．４３の範囲）ことに留意しなければならない。当該機能的試験および尺度は、Ｔｉｌｂｕｒｇ試験、ＴＵＧおよびＧＳ、ＳＰＰＢ、ＧｅｒｏｎｔｏｐｏｌｅおよびＣａｒｌｓｏｎ試験（図６）を含むが、とりわけ、検証コホートにおいて調査された試験および尺度により、虚弱な個体および頑強な個体を選択する場合にそうである（図７）。上記の図表によると、検証コホートにおいて、すべての尺度で分類が共通する個体が５８人いる。このサブコホートにおいて、ＥＧＲ１はバイオマーカーとして最も良く機能する（ＦＣ：１．８４）（図７）。
これらのデータは、ＥＧＲ１が、調査された機能的試験および尺度の大部分を使用して、虚弱な個体を同定およびグループ化し得ることを確認するが、とりわけ、虚弱な個体がすべての試験および尺度によって選択される場合にそうである。
元々のコホートおよび検証コホートの両方の、分析されたコホートにおいてＥＧＲ１バイオマーカーについて行った分析は、感度０．７５〜０．８３および特異度０．６６〜１を有するＲＯＣ曲線を示す（図７）。
これらの結果は、虚弱な対象または虚弱性に罹患するであろう対象と、頑強な対象とを区別するためのＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルの分析の有用性を確証する。
最後に、アレイにおいて使用される分析図に従って、前記バイオマーカーの各々を別々に使用して、虚弱な個体が感度よく特異的に同定されることを可能にする群分子パターンとしての、ＥＧＲ１（配列番号１）およびＤＤＸ１１Ｌ１（配列番号３）遺伝子およびｍｉＲＮＡであるｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（配列番号５）の影響を分析した。前記分析を行うために、頑強な個体および虚弱な個体の検証コホート（ｎ＝５８）において、各バイオマーカーのＲＯＣ曲線、ならびに３つのバイオマーカーの組み合わせについてのＲＯＣ曲線を、個別に分析した。結果は、上記のように、別々の他のバイオマーカー（ＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４）に対して、特異度および感度に関する最良の結果がＥＧＲ１バイオマーカー単独によって示されることを示す。しかし、図８に見られるように、ＥＧＲ１、ＤＤＸＬ１１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーの３つを組み合わせた場合には、虚弱な個体の同定における感度および特異度に対して、相乗効果がある（図８）。
本明細書中に示されるすべての結果は、対象における虚弱性のインビトロ診断および／または予測におけるＥＧＲ１バイオマーカーの有用性を証明する。ＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーと組み合わせて使用した場合には、虚弱な個体の同定においてより大きな特異度および感度を示す。
ＥＧＲ１は、転写因子である。したがって、本発明者らは、それが、虚弱性にも関連するのであろうさらなる遺伝子の発現に影響を及ぼし得るかどうかを検討した。このために、本発明者らは、バイオインフォマティクス分析を行った。Ｒｅｇｎｅｔｗｏｒｋ ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙを使用し、マイクロアレイにおいて高レベルの信頼性および倍率変化ＦＣ＞１．２を有する７つの推定される標的候補を同定した。さらに、追加の調査により、ＥＧＲ１の標的候補遺伝子が３つ明らかになり、マイクロアレイにおいても統計学的に有意であった（表５）。
Figure 2021532827
さらに、本発明者らは、元々のマイクロアレイで使用した試料において、見込まれるＥＧＲ１関連経路、ＣＤ６９、ＰＴＥＮおよびＪｕｎの発現を試験することによって、これらの結果を検証した。５人の頑強な個体および７人の虚弱な個体からの試料をｑＰＣＲによって分析した。ＥＧＲ１の発現と並行して、技術的検証を行ったところ、頑強のコントロールと比較して、虚弱な個体においてはＣＤ６９、ＰＴＥＮおよびＪＵＮ遺伝子の発現レベルが上昇していた（図９）。
〔実施例２．線維芽細胞培養物における本発明の虚弱性バイオマーカーの発現の分析〕
細胞培養物、特に線維芽細胞の連続継代による維持は、老化や虚弱性の進行が伴う分子的および生理学的レベルに近いストレスを細胞内に生み出す。これを考慮し、３０〜５０歳の大人の対象の試料から得られたインビトロ線維芽細胞培養物における、虚弱性バイオマーカーであるＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｈｓａ−ｍｉＲ−４５４の発現を解析した。
線維芽細胞を前記個体の皮膚から単離し、機械的細胞分解およびトリプシンを用いた酵素的細胞分解の方法によって、細胞培養物を作製した。単離された線維芽細胞を、それらが十分に確立され、そして増殖するまで、多数の継代（各継代は、培養液中での７日間の維持である）の間、培養液中で維持した。前記線維芽細胞を用いた連続継代試験（インビトロエイジング）は、細胞がまだ頑強である初期段階で開始した。それらは、５０〜７０歳の個体において観察される老化および虚弱状態に類似した酸素２０％のインキュベーター中、細胞培養状態における連続継代によって、細胞が虚弱性の特性を提供する高継代に達するまで、培養された。
前記時間が経過した後、前記培養物を収集し、前記細胞における本発明のバイオマーカーの発現を分析した。インビトロ線維芽細胞の結果は、虚弱な線維芽細胞培養物（連続培養）に対するコントロールとして使用された頑強な線維芽細胞培養物（初期継代）においては、本発明のバイオマーカーＥＧＲ１（配列番号１）が異なる発現もあることを示す。具体的には、当該結果は、前記バイオマーカーの発現が虚弱な細胞において変化し、バイオマーカーの発現において、頑強な細胞に対して２．４９倍の有意な増加（ｐ＝０．０１８）が観察されることを示す（図１０）。
さらに、虚弱な繊維芽細胞培養物（連続培養）に対するコントロールとして使用された頑強な繊維芽細胞培養物（初期継代）における、ＤＤＸＬ１１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４バイオマーカーの発現も解析した。当該結果は、前記バイオマーカーの発現が虚弱な細胞において変化し、堅牢細胞に関して、ＤＤＸ１１Ｌ１（配列番号３）（ｐ＝０．００３８）およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（配列番号５）（ｐ＝０．０００１）バイオマーカーの発現レベルのそれぞれで、０．７０倍および０．４４倍の有意な減少が観察されたことを示す（図９）。
前記インビトロの結果は、本発明のバイオマーカーを用いて虚弱と診断された対象の試料において得られた結果と相関する。
分析した患者（ｎ＝２６）の試料における虚弱性の罹患率を示すグラフであり、分析した試料において、男性に対して虚弱な女性の数の有意な増加を観察した（ｐ＜０．００１）。 （Ａ）Ｔｉｍｅ Ｕｐ ａｎｄ Ｇｏ試験（ＴＵＧ）のボックスプロット形式のデータであり、男性と女性との間でｐ＜０．００１の統計的有意性が観察される；および（Ｂ）歩行速度（ＧＳ）のボックスプロット形式のデータであり、男性と女性との間でｐ＝０．７１１の統計的有意性が観察される。 本発明において分析され、調査されたすべての試験によると頑強な対象および虚弱な対象のグループ間で異なって発現されたバイオマーカーの発現の階層的グループ化。 分析した患者の試料における各分類器の感度および特異度の値。 複合共変量予測分類子により、本発明の３５個のバイオマーカーのセットを用いて得られたＲＯＣ曲線。 オリジナルコホート（ｎ＝２６）の対象セットにおける、頑強な個体（黒四角）と虚弱な個体（白四角）との間のＤＤＸ１１Ｌ１（Ａ）、ＥＧＲ１（Ｂ）、およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（Ｃ）バイオマーカーの遺伝子発現の解析。バイオマーカーとコントロールとして使用される参照遺伝子との間のサイクル差（Ｃｔ）が示されており、前記マーカーのサイクル数の大きな値は、当該マーカーのより低い発現を伴うことを意味する。 オリジナルコホート（ｎ＝２６）の対象セットにおける、頑強な個体（黒四角）と虚弱な個体（白四角）との間のＤＤＸ１１Ｌ１（Ａ）、ＥＧＲ１（Ｂ）、およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（Ｃ）バイオマーカーの遺伝子発現の解析。バイオマーカーとコントロールとして使用される参照遺伝子との間のサイクル差（Ｃｔ）が示されており、前記マーカーのサイクル数の大きな値は、当該マーカーのより低い発現を伴うことを意味する。 オリジナルコホート（ｎ＝２６）の対象セットにおける、頑強な個体（黒四角）と虚弱な個体（白四角）との間のＤＤＸ１１Ｌ１（Ａ）、ＥＧＲ１（Ｂ）、およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４（Ｃ）バイオマーカーの遺伝子発現の解析。バイオマーカーとコントロールとして使用される参照遺伝子との間のサイクル差（Ｃｔ）が示されており、前記マーカーのサイクル数の大きな値は、当該マーカーのより低い発現を伴うことを意味する。 この図は、頑健な群に対して、虚弱な集団におけるバイオマーカーの発現が高かった回数（ＥＧＲ１の場合）または低かった回数（ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４の場合）を示す。 示された各試験に従って得られた検証集団（ｎ＝１８２）におけるＥＧＲ１バイオマーカーの遺伝子発現の解析。黒四角は頑強な個体を表し、白四角は虚弱な個体を表す。Ｃａｒｌｓｏｎ試験では、灰四角は依存症の個体を表す。 実施されたすべての試験において個体が頑強または虚弱であると同定された５８個体のサブコホートにおける、ＥＧＲ１バイオマーカー発現。 元々のコホート（ｎ＝２５）（Ａ）およびｑＰＣＲによる検証コホート（ｎ＝５８）（分類末端）（Ｂ）における、ＥＧＲ１バイオマーカーのＲＯＣ曲線。 ＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４のバイオマーカーの組み合わせを含む、検証コホート（ｎ＝１８２）から選択された５８個の試料のサブコホートにおける３つの遺伝子のＲＯＣ曲線。 ｑＰＣＲにより評価した虚弱または頑強な個体における、ＥＧＲ１関連遺伝子、ＣＤ６９、ｃ−ＪｕｎおよびＰＴＥＮの遺伝子発現。 健康な対象（頑強）から得て、その頑強な状態を維持するか（頑強な細胞）、または連続継代により虚弱に変化した（虚弱な細胞）培養線維芽細胞におけるＥＧＲ１、ＤＤＸ１１Ｌ１およびｈｓａ−ｍｉＲ−４５４バイオマーカーの遺伝子発現。

Claims (14)

  1. 対象における虚弱性のインビトロ診断および／または予測のための、単離された生物学的試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルの使用。
  2. ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルをさらに含む、請求項１に記載の使用。
  3. ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、ＴＲＢＶ３−１、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルをさらに含む、請求項１または２に記載の使用。
  4. 前記単離された生物学的試料は、血液、血漿、血清または尿試料からなるリストから選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の使用。
  5. 前記単離された生物学的試料は、血液であり、好ましくは末梢血単核細胞である、請求項４に記載の使用。
  6. 個体における虚弱性の診断および／または予測のための、インビトロ方法であって、
    （ａ）前記個体の単離された生物学的試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルを定量化すること、および、
    （ｂ）工程（ａ）において得られた発現レベルを参照値と比較すること、
    を含み、
    前記バイオマーカーについての前記参照値に対する、患者の前記試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルの増加は、虚弱性に罹患していること、または罹患しやすいことを示す、インビトロ方法。
  7. 工程（ａ）において、ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベル、好ましくはＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーのセットの発現レベルを定量化することをさらに含み、
    前記バイオマーカーについての前記参照値に対する、患者の前記試料におけるＤＤＸ１１Ｌ１およびｍｉＲ−４５４バイオマーカーの発現レベルの減少は、虚弱性に罹患していること、または罹患しやすいことを示す、請求項６に記載のインビトロ方法。
  8. 工程（ａ）において、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、ＴＲＢＶ３−１、および／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベル、好ましくはバイオマーカーＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６、およびＴＲＢＶ３−１のセットの発現レベルを定量化することをさらに含む、請求項６〜７のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
  9. 前記参照値は、頑強な個体の単離された生物学的試料における前記バイオマーカーの発現レベルに対応する、請求項５〜８のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
  10. 工程（ａ）の前記単離された生物学的試料は、血液、血漿、血清または尿試料である、請求項５〜９のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
  11. 前記単離された生物学的試料は、血液であり、好ましくは末梢血単核細胞である、請求項１０に記載のインビトロ方法。
  12. 個体における虚弱性の診断および／または予測のための、単離された生物学的試料におけるＥＧＲ１バイオマーカーの発現レベルを検出することができるプライマー、プローブおよび／または抗体を含む、キットまたはデバイス。
  13. ＤＤＸ１１Ｌ１、ｍｉＲ−４５４、ＣＤ６９、ＰＴＥＮ、ＪＵＮ、ＣＩＳＨ、ＤＤＸ１１Ｌ１０、ＬＯＣ１０１９２９７７５、ＬＯＣ６４４１７２、ＮＳＦ、ＴＲＡＪ１７、ＴＲＡＪ１９、ＴＲＡＶ８−３、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＬＤＮ１２、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＳＲＮＰ１、ＣＴＳＬＰ８、ＣＸＣＬ８、Ｇ０Ｓ２、ＧＣＮＴ４、ＧＪＢ６、ＩＧＨＶ２−２６、ＬＯＣ１００５０５５３０、ＬＯＣ１０５３７８９１６、ｍｉＲ−３９４１、ｍｉＲ−４８７Ａ、ｍｉＲ−６２６、ＭＴＲＮＲ２Ｌ２、ＲＬＮ１、ＴＩＡ１、ＴＲＡＪ１４、ＴＲＡＪ１６、ＴＲＡＪ４８、ＴＲＡＶ１６およびＴＲＢＶ３−１、ならびに／またはそれらの任意の組み合わせからなるリストから選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを検出することができるプライマー、プローブおよび／または抗体をさらに含む、請求項１２に記載のキットまたはデバイス。
  14. 個体における虚弱性のインビトロ診断および／または予測のための、請求項１２〜１３のいずれか１項に記載のキットまたはデバイスの使用。
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